help/help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <!-- NOTE: THIS PAGE COLLECTS TOGETHER THE INDIVIDUAL ALIGNMENT WINDOW MENU PAGES - DON"T EDIT INDIVIDUAL ENTRIES HERE!  -->
  28   <p>
  29     <strong>Alignment Window Menus</strong>
  30   </p>
  31   <ul>
  32     <li><strong>File</strong>
  33       <ul>
  34         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br> <em>Shows
  35             a dialog window in which you can retrieve known ids from
  36             UniProt, EMBL, EMBLCDS, PFAM, Rfam, or PDB database using
  37             Web Services provided by the European Bioinformatics
  38             Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
  39               Fetcher</a>
  40         </em>.</li>
  41         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br> Add
  42             sequences to the visible alignment from file, URL, or cut
  43             &amp; paste window </em></li>
  44         <li><strong>Reload</strong><em><br> Reloads the
  45             alignment from the original file, if available.<br> <strong>Warning:
  46               This will delete any edits, analyses and colourings
  47               applied since the alignment was last saved, and cannot be
  48               undone.</strong> </em></li>
  49         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  50             Saves the alignment to the file it was loaded from (if
  51             available), in the same format, updating the original in
  52             place. </em></li>
  53         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  54         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection
  55             window will open, use the &quot;Files of type:&quot;
  56             selection box to determine which <a href="../io/index.html">alignment
  57               format</a> to save as.
  58         </em></li>
  59         <li><strong>Output to Textbox<br>
  60         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  61             window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the
  62             pull down menu, or your standard operating system copy and
  63             paste keys. The output window also has a <strong>&quot;New
  64               Window&quot;</strong> button to import the (possibly edited) text
  65             as a new alignment.<br> Select the format of the text
  66             by selecting one of the following menu items.
  67         </em>
  68           <ul>
  69             <li><strong>FASTA</strong></li>
  70             <li><strong>MSF</strong></li>
  71             <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  72             <li><strong>BLC</strong></li>
  73             <li><strong>PIR</strong></li>
  74             <li><strong>PFAM</strong></li>
  75             <li><strong>PileUp</strong></li>
  76             <li><strong>AMSA</strong></li>
  77             <li><strong>STH</strong></li>
  78             <li><strong>Phylip</strong></li>
  79             <li><strong>JSON</strong></li>
  80           </ul></li>
  81         <li><strong>Page Setup ...</strong><br> <em>Open
  82             the printing system's Page Setup dialog box, to control page
  83             size, layout and orientation.</em></li>
  84         <li><strong>Print (Control P)<br>
  85         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current
  86             fonts and colours of your alignment. If the alignment has
  87             annotations visible, these will be printed below the
  88             alignment. If the alignment is wrapped the number of
  89             residues per line of your alignment will depend on the paper
  90             width or your alignment window width, whichever is the
  91             smaller. </em></li>
  92         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  93             Creates an alignment graphic with the current view's
  94             annotation, alignment background colours and group colours.
  95             If the alignment is <a href="../features/wrap.html">wrapped</a>,
  96             the output will also be wrapped and will have the same
  97             visible residue width as the open alignment. </em>
  98           <ul>
  99             <li><strong>HTML<br>
 100             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>
 101                 from your alignment.
 102             </em></li>
 103             <li><strong>EPS<br>
 104             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
 105                   Postscript</a> file from your alignment.
 106             </em></li>
 107             <li><strong>PNG<br>
 108             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable
 109                   Network Graphics</a> file from your alignment.
 110             </em></li>
 111             <li><strong>SVG<br>
 112             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Scalable
 113                   Vector Graphics</a> file from your alignment for embedding
 114                 in web pages.
 115             </em></li>
 116             <li><strong>BioJS<br>
 117             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">BioJS MSA
 118                   Viewer HTML </a> file from your alignment.
 119             </em></li>
 120           </ul></li>
 121         <li><strong>Export Features</strong><em><br> All
 122             features visible on the alignment can be saved to file or
 123             displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
 124         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
 125             All annotations visible on the alignment can be saved to
 126             file or displayed in a textbox in Jalview annotations
 127             format. </em></li>
 128         <li><strong>Load Associated Tree<br>
 129         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
 130               trees</a> stored in the Newick file format, and associate them
 131             with the alignment. Note: the ids of the tree file and your
 132             alignment MUST be the same.
 133         </em></li>
 134         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 135         </strong><em>Load files describing precalculated <a
 136             href="../features/featuresFormat.html">sequence
 137               features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment
 138               annotations</a>.
 139         </em></li>
 140         <li><strong>Close (Control W)</strong><br> <em>Close
 141             the alignment window. Make sure you have saved your
 142             alignment before you close - either from the Desktop's <strong>Save
 143               Project</strong> File menu option, or by using the <strong>Save
 144               As</strong> menu.
 145         </em></li>
 146       </ul></li>
 147     <li><strong>Edit</strong>
 148       <ul>
 149         <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
 150             This will undo any edits you make to the alignment. This
 151             applies to insertion or deletion of gaps, cutting residues
 152             or sequences from the alignment or pasting sequences to the
 153             current alignment or sorting the alignment. <strong>NOTE:</strong>
 154             It DOES NOT undo colour changes, adjustments to group sizes,
 155             or changes to the annotation panel. </em></li>
 156         <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 157         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 158         <li><strong>Cut (Control X)<br>
 159         </strong><em>This will make a copy of the currently selected
 160             residues before removing them from your alignment. Click on
 161             a sequence name if you wish to select a whole sequence. <br>
 162             Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to
 163             cut.
 164         </em></li>
 165         <li><strong>Copy (Control C)</strong><br> <em>Copies
 166             the currently selected residues to the system clipboard -
 167             you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 168             (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br> If you try to
 169             paste the clipboard contents to a text editor, you will see
 170             the format of the copied residues FASTA.
 171         </em></li>
 172         <li><strong>Copy Highlighted region (Control Shift
 173             C)</strong><br> <em>Copies each stretch of highlighted
 174             residues as a new sequence on the system clipboard - you can
 175             also do this by pressing &lt;CTRL&gt; &lt;SHIFT&gt; and C
 176             (&lt;APPLE&gt; &lt;SHIFT&gt; and C on MacOSX). <br>Use
 177             this when you want to extract sequence regions highlighted
 178             as a result of a Find operation, or due to mouseovers or
 179             selections made in other views such as an assocated 3D
 180             structure viewer.
 181         </em></li>
 182         <li><strong>Paste </strong>
 183           <ul>
 184             <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 185             </strong><em>A new alignment window will be created from
 186                 sequences previously copied or cut to the system
 187                 clipboard. <br> Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt;
 188                 and V(&lt;APPLE&gt; and &lt;SHIFT;&gt; and and V on
 189                 MacOSX) to paste.
 190             </em></li>
 191             <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 192             </strong><em>Copied sequences from another alignment window can
 193                 be added to the current Jalview alignment. </em></li>
 194           </ul></li>
 195         <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 196         </strong><em>This will delete the currently selected residues
 197             without copying them to the clipboard. Like the other edit
 198             operations, this can be undone with <strong>Undo</strong>.
 199         </em></li>
 200         <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 201         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 202             be trimmed to the left of the leftmost marked column. To
 203             mark a column, mouse click the scale bar above the
 204             alignment. Click again to unmark a column, or select
 205             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 206         <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 207         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 208             be trimmed to the right of the rightmost marked column. To
 209             mark a column, mouse click the scale bar above the
 210             alignment. Click again to unmark a column, or select
 211             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 212         <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 213         </strong><em>All columns which only contain gap characters
 214             (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted.<br> You
 215             may set the default gap character in <a
 216             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 217         </em></li>
 218         <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 219           <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be
 220             deleted from the selected area of the alignment. If no
 221             selection is made, ALL the gaps in the alignment will be
 222             removed.<br> You may set the default gap character in <a
 223             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 224         </em></li>
 225         <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 226         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to
 227             select a threshold. If the percentage identity between any
 228             two sequences (under the current alignment) exceeds this
 229             value then one of the sequences (the shorter) is discarded.
 230             Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant
 231             sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last
 232             redundancy deletion.</em></li>
 233         <li><strong>Pad Gaps<br>
 234         </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal
 235             width (so there are no empty columns before or after the
 236             first or last aligned residue) and all sequences will be
 237             padded with gap characters before and after their
 238             terminating residues.<br> This switch is useful when
 239             making a tree using unaligned sequences and when working
 240             with alignment analysis programs which require 'properly
 241             aligned sequences' to be all the same length.<br> You
 242             may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 243             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 244         </em></li>
 245       </ul></li>
 246     <li><strong>Select</strong>
 247       <ul>
 248         <li><a href="../features/search.html"><strong>Find...
 249               (Control F)</strong></a><br> <em>Opens the Find dialog box to
 250             search for residues, sequence name or residue position
 251             within the alignment and create new sequence features from
 252             the queries. </em>
 253         <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
 254         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the
 255             alignment. <br> Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt;
 256             and A on a MacOSX) to select all.
 257         </em></li>
 258         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 259         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from
 260             the alignment window. All selected sequences, residues and
 261             marked columns will be deselected. </em><em> <br> Use
 262             &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.
 263         </em></li>
 264         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 265         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace
 266             the current selection. </em></li>
 267         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt
 268             I)<br>
 269         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the
 270             current column selection. </em></li>
 271         <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong> <em>Create
 272             a group containing the currently selected sequences.</em></li>
 273         <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong>
 274           <em>Ungroup the currently selected sequence group.</em></li>
 275         <li><strong>Make Groups for selection<br /></strong> <em>The
 276             currently selected groups of the alignment will be
 277             subdivided according to the contents of the currently
 278             selected region. <br />Use this to subdivide an alignment
 279             based on the different combinations of residues at marked
 280             columns.
 281         </em></li>
 282         <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 283         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 284             <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.
 285         </em></li>
 286         <li><strong><a
 287             href="../features/columnFilterByAnnotation.html">Select/Hide
 288               Columns by Annotation</a></strong> <br /> <em>Select or Hide
 289             columns in the alignment according to secondary structure,
 290             labels and values shown in alignment annotation rows. </em></li>
 291         <li><strong>Select Highlighted Columns</strong> <br /> <em>Selects
 292         the columns currently highlighted as a result of a find, mouse
 293         over, or selection event from a linked structure viewer or other
 294         application. Modifiers will work on some platforms: ALT will add
 295         all but the highlighted set to the column selection, and CTRL
 296         (or META) will toggle the selection. </em></li>
 297       </ul></li>
 298     <li><strong>View</strong>
 299       <ul>
 300         <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 301             Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 302         <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 303             Display each view associated with the alignment in its own
 304             alignment window, allowing several views to be displayed
 305             simultaneously. </em></li>
 306         <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 307             Each view associated with the alignment will be displayed
 308             within its own tab on the current alignment window. </em></li>
 309         <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
 310             Sequences and Columns)</strong><em><br> All hidden Columns
 311             / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
 312         <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
 313             Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
 314             Hides the all the currently selected Columns / Sequences /
 315             Region or everything but the selected Region.</em></li>
 316         <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 317         </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
 318             display the highlighted sequence position corresponding to
 319             the position under the mouse pointer in a linked alignment
 320             or structure view.</em></li>
 321         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
 322             or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 323         <li><strong><a
 324             href="../features/featuresettings.html">Sequence
 325               Feature Settings...</a> </strong><br> <em>Opens the
 326               Sequence Feature Settings dialog box to control the colour
 327               and display of sequence features on the alignment.</em></li>
 328         <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em>
 329             (application only) <br>This submenu's options allow the
 330             inclusion or exclusion of non-positional sequence features
 331             or database cross references from the tooltip shown when the
 332             mouse hovers over the sequence ID panel.
 333         </em></li>
 334         <li><strong>Alignment Properties...<br />
 335         </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
 336             current alignment view and any named properties defined on
 337             the whole alignment.</em></li>
 338         <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 339               Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
 340             will be displayed in a small window. A red box will indicate
 341             the currently visible area of the alignment. Move the
 342             visible region using the mouse. </em></li>
 343       </ul></li>
 344     <li><strong>Annotations</strong><em> (Since Jalview 2.8.2)</em>
 345       <ul>
 346         <li><strong>Show Annotations<br>
 347         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot;
 348             will be displayed below the alignment. The default setting
 349             is to display the conservation calculation, quality
 350             calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
 351         <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
 352             Show all annotations that are for the alignment as a whole
 353             (for example, Consensus, or secondary structure prediction
 354             from alignment).</em></li>
 355         <li><strong>Hide Alignment Related</strong><em><br>
 356             Hide all annotations that are for the alignment as a whole.</em></li>
 357         <li><strong>Show Sequence Related</strong><em><br>
 358             Show all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 359         <li><strong>Hide Sequence Related</strong><em><br>
 360             Hide all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 361         <li><em>You can also selectively show or hide
 362             annotations from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a> or
 363             <a href="../features/annotation.html">Annotation</a> menus.
 364         </em></li>
 365         <li><strong>Sort by Sequence</strong><em><br>Sort
 366             sequence-specific annotations by sequence order in the
 367             alignment (and within that, by label).</em></li>
 368         <li><strong>Sort by Label</strong><em><br>Sort
 369             sequence-specific annotations by label (and within that, by
 370             sequence order). If neither sort order is selected, no
 371             sorting is applied, allowing you to make a manual ordering
 372             of the annotations.</em></li>
 373         <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
 374         </strong><em>Settings for the display of autocalculated annotation.</em>
 375           <ul>
 376             <li><strong>Show first<br></strong><em> Show
 377                 autocalculated annotations above sequence-specific
 378                 annotations. Note this also applies to other annotations
 379                 for the alignment, for example secondary structure
 380                 prediction from alignment.</em></li>
 381             <li><strong>Show last<br></strong><em> Show
 382                 autocalculated / alignment annotations below
 383                 sequence-specific annotations.</em></li>
 384             <li><strong>Apply to all groups<br>
 385             </strong><em> When ticked, any modification to the current
 386                 settings will be applied to all autocalculated
 387                 annotation.</em></li>
 388             <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
 389             </strong><em> Enable or disable the display of the histogram
 390                 above the consensus sequence.</em></li>
 391             <li><strong>Show Consensus Logo<br>
 392             </strong><em> Enable or disable the display of the Consensus
 393                 Logo above the consensus sequence.</em></li>
 394             <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
 395             </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same
 396                 height, making it easier to compare symbol diversity in
 397                 highly variable regions.</em></li>
 398             <li><strong>Group Conservation<br>
 399             </strong><em> When ticked, display a conservation row for all
 400                 groups (only available for protein alignments).</em></li>
 401             <li><strong>Group Consensus<br>
 402             </strong><em> When ticked, display a consensus row for all
 403                 groups.</em></li>
 404           </ul></li>
 405       </ul></li>
 406     <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 407       <ul>
 408         <li><strong>Font...<br>
 409         </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order
 410             to change the font of the display and enable or disable
 411             'smooth fonts' (anti-aliasing) for faster alignment
 412             rendering. </em></li>
 413         <li><strong>Wrap<br>
 414         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 415             href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to
 416             the width of the alignment window. This is useful if your
 417             alignment has only a few sequences to view its full width at
 418             once.
 419         </em><br> Additional options for display of sequence numbering
 420           and scales are also visible in wrapped layout mode:<br>
 421           <ul>
 422             <li><strong>Scale Above</strong><br> <em>
 423                 Show the alignment column position scale.</em></li>
 424             <li><strong>Scale Left</strong><br> <em> Show
 425                 the sequence position for the first aligned residue in
 426                 each row in the left column of the alignment.</em></li>
 427             <li><strong>Scale Right</strong><br> <em>
 428                 Show the sequence position for the last aligned residue
 429                 in each row in the right-most column of the alignment.</em></li>
 430             <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 431             </strong><em>If this box is selected the sequence name will have
 432                 the start and end position of the sequence appended to
 433                 the name, in the format NAME/START-END</em></li>
 434             <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 435             </strong><em>If this box is selected then the sequence names
 436                 displayed in the sequence label area will be aligned
 437                 against the left-hand edge of the alignment display,
 438                 rather than the left-hand edge of the alignment window.</em>
 439             </li>
 440             <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 441             </strong><em>When this box is selected, positions in the
 442                 alignment where rows and columns are hidden will be
 443                 marked by blue arrows. </em></li>
 444             <li><strong>Boxes</strong><em><br> If this is
 445                 selected the background of a residue will be coloured
 446                 using the selected background colour. Useful if used in
 447                 conjunction with &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 448             <li><strong>Text<br>
 449             </strong><em>If this is selected the residues will be displayed
 450                 using the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 451             <li><strong>Colour Text<br>
 452             </strong><em>If this is selected the residues will be coloured
 453                 according to the background colour associated with that
 454                 residue. The colour is slightly darker than background
 455                 so the amino acid symbol remains visible. </em></li>
 456             <li><strong>Show Gaps<br>
 457             </strong><em>When this is selected, gap characters will be
 458                 displayed as &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If
 459                 unselected, then gap characters will appear as blank
 460                 spaces. <br> You may set the default gap character
 461                 in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 462             </em></li>
 463             <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
 464             </strong><em>Select this to center labels along an annotation
 465                 row relative to their associated column (default is off,
 466                 i.e. left-justified).</em></li>
 467             <li><strong>Show Unconserved<br>
 468             </strong><em>When this is selected, all consensus sequence
 469                 symbols will be rendered as a '.', highlighting
 470                 mutations in highly conserved alignments. </em></li>
 471
 472       </ul></li>
 473
 474   </ul>
 475   </li>
 476
 477   <li><strong>Colour</strong>
 478     <ul>
 479       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 480       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 481           colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 482       </em></li>
 483       <li><strong><a
 484           href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 485             Text...</a> </strong><em><br> Opens the Colour Text dialog box
 486           to set a different text colour for light and dark background,
 487           and the intensity threshold for transition between them. </em></li>
 488       <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 489           Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,
 490           gecos-flower, gecos-blossom, gecos-sunset, gecos-ocean,
 491           Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn
 492           Propensity, Buried Index, Nucleotide, Nucleotide Ambiguity, Purine/Pyrimidine, User
 493           Defined<br>
 494       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a>
 495           for a description of all colour schemes.
 496       </em><br></li>
 497         <li><strong>Sequence ID<br></strong><em>Shades
 498             sequences using their Sequence ID colour. Useful when
 499             performing <a
 500             href="../calculations/treeviewer.html#partitioning">tree
 501               based subfamily analysis</a>.
 502         </em></li>
 503         <li><strong>By Conservation<br>
 504       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 505             by Conservation</a>.
 506       </em><br></li>
 507       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 508       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider
 509           window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
 510           conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>
 511       <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 512       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 513             Percentage Identity</a>
 514       </em><strong>.<br>
 515       </strong></li>
 516       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 517       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 518           Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 519       </em></li>
 520       <li><strong>By Annotation</strong><br> <em>Colours
 521           the alignment on a per-column value from a specified
 522           annotation. See <a
 523           href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 524             Colouring</a>.
 525       </em><br></li>
 526       <li><strong>By RNA Helices</strong><br> <em>Colours
 527           the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file.
 528           See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
 529             Helices Colouring</a>.
 530       </em><br></li>
 531     </ul></li>
 532   <li><strong>Calculate</strong>
 533     <ul>
 534       <li><strong>Sort </strong>
 535         <ul>
 536           <li><strong>by ID</strong><em><br> This will
 537               sort the sequences according to sequence name. If the sort
 538               is repeated, the order of the sorted sequences will be
 539               inverted. </em></li>
 540           <li><strong>by Length</strong><em><br> This
 541               will sort the sequences according to their length
 542               (excluding gap characters). If the sort is repeated, the
 543               order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 544           <li><strong>by Group</strong><strong><br> </strong><em>This
 545               will sort the sequences according to sequence name. If the
 546               sort is repeated, the order of the sorted sequences will
 547               be inverted. </em><strong></strong></li>
 548           <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 549           </strong><em>This will sort the selected sequences by their
 550               percentage identity to the consensus sequence. The most
 551               similar sequence is put at the top. </em></li>
 552           <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 553                 menu</a> will have some additional options if you have just
 554               done a multiple alignment calculation, or opened a tree
 555               viewer window.
 556           </em><br></li>
 557         </ul></li>
 558     <li><strong>Calculate Tree or PCA ...</strong><em> <br> Opens the
 559     <a href="../calculations/calculations.html">calculations dialog</a> for
 560         for calculating <a href="../calculations/tree.html">trees</a> or
 561          <a href="../calculations/pca.html">principal component analysis
 562          plots</a> on the alignment or the currently selected
 563         region.
 564       </em><br></li>
 565     <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
 566         Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
 567         href="../calculations/pairwise.html">pairwise
 568           alignments</a>.
 569     </em><br></li>
 570     <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
 571         option is only visible if Jalview detects one or more
 572         white-space separated values in the description line of the
 573         alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
 574         parsed into sequence associated annotation which can then be
 575         used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
 576     </em> <br></li>
 577     <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
 578           large alignments it can be useful to deselect
 579           &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This
 580           prevents the sometimes lengthy calculations performed after
 581           each sequence edit.</em> <br></li>
 582       <li><strong>Sort With New Tree</strong><br> <em>When
 583           enabled, Jalview will automatically sort the alignment when a
 584           new tree is calculated or loaded onto it.</em> <br></li>
 585       <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
 586           a new alignment window showing any additional sequence data
 587           either side of the current alignment. Useful in conjunction
 588           with 'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved
 589           Sequences' option is disabled to retrieve full length
 590           sequences for a set of aligned peptides. </em></li>
 591     </ul></li>
 592
 593   <li><strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu
 594       is dynamic, and may contain user-defined web service entries in
 595       addition to any of the following ones:</em>
 596     <ul>
 597                                 <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This
 598                                                 submenu contains options for accessing any of the database
 599                                                 services that Jalview is aware of (e.g. those provided by
 600                                                 EMBL-EBI) to verify sequence start/end positions and retrieve all
 601                                                 database cross references and PDB ids associated with all or just
 602                                                 the selected sequences in the alignment.
 603                                                 <ul>
 604                                                         <li>'Trim Retrieved Sequences' - when checked, Jalview will
 605                                                                 discard any additional sequence data for accessions associated
 606                                                                 with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
 607                                                                         Disabling this could cause out of memory errors when working
 608                                                                         with genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
 609                                                                         in Jalview 2.8.1</strong>
 610                                                         </li>
 611                                                         <li>'Standard Databases' will check sequences against the
 612                                                                 EBI databases.</li>
 613                                                 </ul> Other sub-menus allow you to pick a specific source to query -
 614                                                 sources are listed alphabetically according to their nickname.
 615                                 </em><br></li>
 616                         </ul>
 617     <p>Selecting items from the following submenus will start a
 618       remote service on compute facilities at the University of Dundee,
 619       or elsewhere. You need a continuous network connection in order to
 620       use these services through Jalview.</p>
 621     <ul>
 622       <li><strong>Alignment</strong><br /> <em> Align the
 623           currently selected sequences or all sequences in the
 624           alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned
 625           sequences. Entries in this menu provide access to the various
 626           alignment programs supported by <a
 627           href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>. See the
 628           <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
 629             Alignment webservice client</a> entry for more information.
 630       </em></li>
 631       <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 632         <ul>
 633           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 634             <em>Secondary structure prediction by network
 635               consensus. See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred</a>
 636               client entry for more information. The behaviour of this
 637               calculation depends on the current selection:
 638               <ul>
 639                 <li>If nothing is selected, and the displayed
 640                   sequences appear to be aligned, then a JPred prediction
 641                   will be run for the first sequence in the alignment,
 642                   using the current alignment. Otherwise the first
 643                   sequence will be submitted for prediction.</li>
 644                 <li>If just one sequence (or a region on one
 645                   sequence) has been selected, it will be submitted to
 646                   the automatic JPred prediction server for homolog
 647                   detection and prediction.</li>
 648                 <li>If a set of sequences are selected, and they
 649                   appear to be aligned, then the alignment will be used
 650                   for a JPred prediction on the <strong>first</strong>
 651                   sequence in the set (that is, the one that appears
 652                   first in the alignment window).
 653                 </li>
 654               </ul>
 655           </em>
 656         </ul></li>
 657       <li><strong>Analysis</strong><br />
 658         <ul>
 659           <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
 660               functional residue analysis on a protein family alignment
 661               with sub-families defined on it. See the <a
 662               href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony
 663                 service</a> entry for more information.
 664           </em></li>
 665         </ul></li>
 666     </ul></li>
 667   </ul>
 668
 669 </body>
 670 </html>