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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Alignment Window Calculate Menu</strong>
  29   </p>
  30   <ul>
  31     <li><strong>Sort </strong>
  32       <ul>
  33         <li><strong>By ID</strong><em><br> This will sort
  34             the sequences according to sequence name. If the sort is
  35             repeated, the order of the sorted sequences will be
  36             inverted. </em></li>
  37         <li><strong>By Length</strong><em><br> This will
  38             sort the sequences according to their length (excluding gap
  39             characters). If the sort is repeated, the order of the
  40             sorted sequences will be inverted. </em></li>
  41         <li><strong>By Group</strong><strong><br> </strong><em>This
  42             will sort the sequences according to sequence name. If the
  43             sort is repeated, the order of the sorted sequences will be
  44             inverted. </em><strong></strong></li>
  45         <li><strong>By Pairwise Identity<br>
  46         </strong><em>This will sort the selected sequences by their
  47             percentage identity to the consensus sequence. The most
  48             similar sequence is put at the top. </em></li>
  49         <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
  50               menu</a> will have some additional options if the alignment
  51             has any associated score annotation, or you have just done a
  52             multiple alignment calculation or opened a tree viewer
  53             window.
  54         </em><br></li>
  55       </ul></li>
  56     <li><strong>Calculate Tree or PCA ...</strong> <br> <em>Opens the
  57     <a href="../calculations/calculations.html">calculations dialog</a> for
  58         for calculating <a href="../calculations/tree.html">trees</a> or
  59          <a href="../calculations/pca.html">principle component analysis
  60          plots</a> on the alignment or the currently selected
  61         region.
  62       </em><br>
  63     </li>
  64     <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
  65         Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
  66         href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  67           alignments</a>.
  68     </em><br></li>
  69     <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
  70         option is only visible if Jalview detects one or more
  71         white-space separated values in the description line of the
  72         alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
  73         parsed into sequence associated annotation which can then be
  74         used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
  75     </em> <br></li>
  76     <li><strong>Translate as cDNA</strong><br> <em>This
  77         option is visible for nucleotide alignments. Selecting this
  78         option shows the DNA's calculated protein product in a new <a
  79         href="../features/splitView.html">split frame</a> window. Note
  80         that the translation is not frame- or intron-aware; it simply
  81         translates all codons in each sequence. You can use the standard <a
  82         href="../misc/geneticCode.html">genetic code</a>, or choose an
  83         alternative code table (any incomplete final codon is discarded).
  84         You can perform this action on the whole alignment, or selected
  85         rows, columns, or regions. Alternative code tables were added in
  86         Jalview 2.11.
  87     </em> <br></li>
  88     <li><strong>Reverse, Reverse Complement</strong> (not applet)<br>
  89       <em>These options are visible for nucleotide alignments.
  90         Selecting them adds the reverse (or reverse complement) of the
  91         sequences (or selected region) as new sequences in the
  92         alignment. To try this out, add this sequence and perform
  93         'Reverse Complement' followed by 'Translate as cDNA': <br>
  94       <small> Seq
  95           GTCATTTGCGCGTGTTGATTATTCGGACCGCTCCACTTCCCTTTACTCGTGCGTTCAATTGATTTAATCCTC
  96           TGGGGGGGCTCTGGTTTACATAGCTTAAATCTATTCCATTCAAGGAAGCTCATG</small>
  97     </em> <br></li>
  98     <li><strong>Get Cross-References</strong> (not applet)<br>
  99       <em>This option is visible where sequences have
 100         cross-references to other standard databases; for example, an
 101         EMBL entry may have cross-references to one or more UNIPROT
 102         entries. Select the database to view all cross-referenced
 103         sequences in a new <a href="../features/splitView.html">split
 104           frame</a> window.
 105     </em> <br></li>
 106     <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
 107         large alignments it can be useful to deselect
 108         &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents
 109         the sometimes lengthy calculations performed after each sequence
 110         edit.</em> <br></li>
 111     <li><strong>Sort Alignment With New Tree</strong><br> <em>If
 112         this option is selected, the alignment will be automatically
 113         sorted whenever a new tree is calculated or loaded.</em> <br></li>
 114     <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
 115         a new alignment window showing any additional sequence data
 116         either side of the current alignment. Useful in conjunction with
 117         'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved Sequences'
 118         option is disabled to retrieve full length sequences for a set
 119         of aligned peptides. </em></li>
 120   </ul>
 121 </body>
 122 </html>