help/help/html/menus/alwedit.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Alignment Window Edit Menu</strong>
  29   </p>
  30   <ul>
  31     <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br> This
  32         will undo any edits you make to the alignment. This applies to
  33         insertion or deletion of gaps, cutting residues or sequences
  34         from the alignment or pasting sequences to the current alignment
  35         or sorting the alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT
  36         undo colour changes, adjustments to group sizes, or changes to
  37         the annotation panel. </em></li>
  38     <li><strong>Redo (Control Y)<br>
  39     </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
  40     <li><strong>Cut (Control X)<br>
  41     </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues
  42         before removing them from your alignment. Click on a sequence
  43         name if you wish to select a whole sequence. <br> Use
  44         &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.
  45     </em></li>
  46     <li><strong>Copy (Control C)</strong><br> <em>Copies
  47         the currently selected residues to the system clipboard - you
  48         can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C (&lt;APPLE&gt;
  49         and C on MacOSX). <br> If you try to paste the clipboard
  50         contents to a text editor, you will see the format of the copied
  51         residues FASTA.
  52     </em></li>
  53     <li><strong>Copy Highlighted region (Control Shift C)</strong><br> <em>Copies
  54         each stretch of highlighted residues as a new sequence on the
  55         system clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt;
  56         &lt;SHIFT&gt; and C (&lt;APPLE&gt; &lt;SHIFT&gt; and C on
  57         MacOSX). <br>Use this when you want to extract sequence regions
  58         highlighted as a result of a Find operation, or due to
  59         mouseovers or selections made in other views such as an
  60         assocated 3D structure viewer.
  61     </em></li>
  62     <li><strong>Paste </strong>
  63       <ul>
  64         <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
  65         </strong><em>A new alignment window will be created from sequences
  66             previously copied or cut to the system clipboard. <br>
  67             Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and
  68             &lt;SHIFT;&gt; and and V on MacOSX) to paste.
  69         </em></li>
  70         <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
  71         </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be
  72             added to the current Jalview alignment. </em></li>
  73       </ul></li>
  74     <li><strong>Delete (Backspace)<br>
  75     </strong><em>This will delete the currently selected residues without
  76         copying them to the clipboard. Like the other edit operations,
  77         this can be undone with <strong>Undo</strong>.
  78     </em></li>
  79     <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
  80     </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
  81         trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a
  82         column, mouse click the scale bar above the alignment. Click
  83         again to unmark a column, or select &quot;Deselect All&quot; to
  84         deselect all columns.</em></li>
  85     <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
  86     </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
  87         trimmed to the right of the rightmost marked column. To mark a
  88         column, mouse click the scale bar above the alignment. Click
  89         again to unmark a column, or select &quot;Deselect All&quot; to
  90         deselect all columns.</em></li>
  91     <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
  92     </strong><em>All columns which only contain gap characters
  93         (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted.<br> You may
  94         set the default gap character in <a
  95         href="../features/preferences.html">preferences</a>.
  96     </em></li>
  97     <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
  98       <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be
  99         deleted from the selected area of the alignment. If no selection
 100         is made, ALL the gaps in the alignment will be removed.<br>
 101         You may set the default gap character in <a
 102         href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 103     </em></li>
 104     <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 105     </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to
 106         select a threshold. If the percentage identity between any two
 107         sequences (under the current alignment) exceeds this value then
 108         one of the sequences (the shorter) is discarded. Press the
 109         &quot;Apply&quot; button to remove redundant sequences. The
 110         &quot;Undo&quot; button will undo the last redundancy deletion.</em></li>
 111     <li><strong>Pad Gaps<br>
 112     </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal width
 113         (so there are no empty columns before or after the first or last
 114         aligned residue) and all sequences will be padded with gap
 115         characters before and after their terminating residues.<br>
 116         This switch is useful when making a tree using unaligned
 117         sequences and when working with alignment analysis programs
 118         which require 'properly aligned sequences' to be all the same
 119         length.<br> You may set the default for <strong>Pad
 120           Gaps</strong> in the <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 121     </em></li>
 122   </ul>
 123 </body>
 124 </html>