help/help/html/menus/alwview.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Alignment Window View Menu</strong>
  29   </p>
  30   <ul>
  31     <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  32         Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  33     <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br> Display
  34         each view associated with the alignment in its own alignment
  35         window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  36     <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br> Each
  37         view associated with the alignment will be displayed within its
  38         own tab on the current alignment window. </em></li>
  39     <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
  40         Sequences and Columns</strong>)</strong><em><br> All hidden Columns /
  41         Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  42     <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
  43         Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  44         Hides the currently selected Columns / Sequences / Region or
  45         everything but the selected Region.</em></li>
  46     <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  47     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
  48         display the highlighted sequence position corresponding to the
  49         position under the mouse pointer in a linked alignment or
  50         structure view.</em></li>
  51     <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
  52         or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  53     <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Sequence
  54           Feature Settings...</a></strong><em><br> Opens the Sequence
  55         Feature Settings dialog box to control the colour and display of
  56         sequence features on the alignment.</em></li>
  57     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application
  58         only) <br>This submenu's options allow the inclusion or
  59         exclusion of non-positional sequence features or database cross
  60         references from the tooltip shown when the mouse hovers over the
  61         sequence ID panel.
  62     </em></li>
  63     <li><strong>Alignment Properties...<br>
  64     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the current
  65         alignment view and any named properties defined on the whole
  66         alignment.</em></li>
  67     <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
  68           Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
  69         will be displayed in a small window. A red box will indicate the
  70         currently visible area of the alignment. Move the visible region
  71         using the mouse. </em></li>
  72   </ul>
  73   <p>&nbsp;</p>
  74 </body>
  75 </html>