help/help/html/misc/aaproperties.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <style>
  24 body {
  25     font-size: 100%;
  26 }
  27 table {
  28     border: solid;
  29     border-collapse: separate;
  30 }
  31 th, td {
  32     border-style:none;
  33     font-family: "Courier New", Courier, mono;
  34     font-size: large;
  35 }
  36 </style><title>Amino Acid Properties</title>
  37 </head>
  38 <body>
  39   <div align="center">
  40     <h1>Amino Acid Properties</h1>
  41     <img src="properties.gif"> <br>
  42     <table>
  43     <tr><th>ILVCA</th><th>GMFYW</th><th>HKREQ</th><th>DNSTP</th><th>BZX-</th><th></th></tr>
  44       <tr><td>XXXXX</td><td>XXXXX</td><td>XX&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;X&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Hydrophobic</td></tr>
  45 <tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;XX</td><td>XXXXX</td><td>XXXX&middot;</td><td>XXXX</td><td>Polar</td></tr>
  46 <tr><td>&middot;&middot;XXX</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>XXXXX</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Small</td></tr>
  47 <tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;X</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Proline</td></tr>
  48 <tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;X</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;X&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Tiny</td></tr>
  49 <tr><td>XXX&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Aliphatic</td></tr>
  50 <tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XXX</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Aromatic</td></tr>
  51 <tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>XXX&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Positive</td></tr>
  52 <tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;X&middot;</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Negative</td></tr>
  53 <tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>XXXX&middot;</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Charged</td></tr>
  54     </table>
  55     </font>
  56   </div>
  57   <p>
  58     <br> From Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>
  59     "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical
  60     Analysis of Residue Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9,
  61     745-756.
  62   </p>
  63   <br>
  64   </div>
  65 </body>
  66 </html>