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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Nucleic Acid Support</title>
  24 <style type="text/css">
  25 <!--
  26 td {
  27         font-family: "Courier New", Courier, mono;
  28         font-style: normal;
  29         font-size: medium;
  30 }
  31 -->
  32 </style>
  33 </head>
  34 <body>
  35   <p>
  36     <strong>Nucleic Acid Support</strong>
  37   </p>
  38   <p>
  39     <em>Colour Schemes</em>
  40   </p>
  41   <p>Jalview has color schemes for nucleic acid based sequences,
  42     ability to fetch sequences from RFAM and RNA secondary structure
  43     coloring</p>
  44   <p>
  45     Information on the <a href="../colourSchemes/nucleotide.html">Nucleotide
  46       colour scheme</a> and <a href="../colourSchemes/purinepyrimidine.html">
  47       Purine/Pyrimidine colour scheme</a> are available under the Colour
  48     Menu. See <a href="../colourSchemes/index.html">Colour Schemes</a>.
  49   </p>
  50   <p>
  51     <em>RNA Support</em>
  52   </p>
  53   Jalview supports annotation of RNA sequences with secondary structure
  54   information. You can interactively
  55   <a href="../features/annotation.html#rna">create and edit RNA
  56     secondary structure annotation rows</a>, or import data in the following
  57   way:
  58   <ul>
  59     <li><em>RFAM</em> - Sequences can be <a
  60       href="../features/seqfetch.html">fetched</a> from the RFAM
  61       database by accession number or ID.</li>
  62     <li><em>Stockholm files</em> - WUSS (or VIENNA) dot-bracket
  63       notation found in the secondary structure annotation line will be
  64       imported as sequence or alignment associated secondary structure
  65       annotation.</li>
  66     <li><em>Clustal files</em> - certain RNA alignment programs,
  67       such as <a href="http://rna.informatik.uni-freiburg.de/LocARNA">LocaRNA</a>
  68       output consensus RNA secondary structure lines in the line
  69       normally reserved for the Clustal consensus line in a clustal
  70       file.</li>
  71     <li><em>RNAML</em> Jalview can import RNAML files containing
  72       sequences and extended secondary structure annotation derived from
  73       RNA 3D structure</li>
  74   </ul>
  75   <p>
  76     <strong>RNA Secondary Structure Visualization and Analysis</strong><br />
  77     If a sequence or RNA alignment has secondary structure information,
  78     the alignment will have a secondary structure line shown below it,
  79     and a number of additional options become available:
  80   <ul>
  81     <li><a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
  82         Helix colouring</a> - highlights columns of alignment involved in
  83       particular RNA helices, Uses the first displayed secondary
  84       structure annotation.</li>
  85     <li><a href="../calculations/structureconsensus.html">Base
  86         Pair Conservation Analysis</a> - shown as a histogram and base-pair
  87       logo below the alignment. Uses the first displayed secondary
  88       structure annotation row.</li>
  89     <li><a href="../features/varna.html">2D Structure
  90         Visualization in VARNA</a> - allows linked viewing of the consensus
  91       or an individual sequence's structure. Accessed via the Sequence
  92       ID popup menu.</li>
  93     <li><strong>per sequence secondary structure
  94         annotation</strong><br /> Sequence associated secondary structure
  95       annotation imported via stockholm, PDB files, or other sources can
  96       be shown on the alignment with the <strong>Colours&#8594;By
  97         Annotation</strong> dialog box. Colours are assigned according to RNA
  98       helix topology number (number of distinct nested helices).
  99       Alignments can also be sorted by RNA helix secondary structure
 100       topology number, <em>via</em> the <strong>Calculations&#8594;Sort&#8594;By
 101         Annotation&#8594;Secondary Structure</strong> option (only present when
 102       per-sequence secondary structure is available).</li>
 103   </ul>
 104   <p>
 105     <strong>Pseudo-knots</strong><br /> Jalview 2.8.2 introduced
 106     limited support for working with structures including pseudoknots.
 107     Where possible, extended WUSS symbols (e.g. different types of
 108     parentheses, or upper and lower case letters) are preserved when
 109     parsing RNA structure annotation and will be shaded differently when
 110     displayed in the structure.<br /> Extended WUSS annotation is also
 111     employed to distinguish different base pair interactions obtained
 112     from RNAML files.
 113   </p>
 114
 115   <p>
 116     <strong>Limitations when working with RNA in Jalview</strong><br />
 117     Currently, Jalview is not able to export RNA secondary structure
 118     annotation in any format other than Jalview annotation </br> <em>Jalview's
 119       RNA handling capabilities were introduced in v2.8</em>
 120   </p>
 121   <p align="center">&nbsp;</p>
 122 </body>
 123 </html>