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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>04/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 105                 features can be filtered and shaded according to any
 106                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 107                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 108                 file)
 109               </li>
 110               <li>
 111                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 112                 stored and restored from Jalview Projects
 113               </li>
 114               <li>
 115                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 116                                                                 recognise variant features
 117                                                         </li>
 118                                                         <li>
 119                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 120                                                                 sequences (also coloured red by default)
 121                                                         </li>
 122                                                         <li>
 123                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 124                                                                 details
 125                                                         </li>
 126                                                         <li>
 127                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 128                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 129                                                         </li>
 130                                                         <li>
 131                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 132                                                                 dialog
 133                                                         </li>
 134                                                 </ul>
 135                                         </li>
 136                                         <li>
 137                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 138                                                 tree and PCA calculations
 139                                         </li>
 140                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 141             <ul>
 142                                                         <li>
 143                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 144                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 145                                                         </li>
 146                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 147                                                                 drop-down menus</li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 150                                                                 incrementally
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 154                                                         </li>
 155                                                 </ul>
 156                                         </li>
 157                                         <li>
 158                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 159                                         </li>
 160                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 161                                         <ul>
 162                                                         <li>
 163                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 164                                                                 multiple groups when working with large alignments
 165                                                         </li>
 166                                                         <li>
 167                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 168                                                                 Stockholm files
 169                                                         </li>
 170                                                 </ul>
 171                                         <li><strong>User Interface</strong>
 172                                         <ul>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 175                                                                 view
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 179                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 180                                                                 default (can be changed in user preferences)
 181                                                         </li>
 182                                                         <li>
 183                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 184                                                                 to the Overwrite Dialog
 185                                                         </li>
 186                                                         <li>
 187                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 188                                                                 sequences are hidden
 189                                                         </li>
 190                                                         <li>
 191                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 192                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 193                                                         </li>
 194                                                         <li>
 195                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 196                                                                 labels
 197                                                         </li>
 198                                                         <li>
 199                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 200                                                                 when in wrapped mode
 201                                                         </li>
 202                                                         <li>
 203                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 204                                                                 annotation
 205                                                         </li>
 206                                                         <li>
 207                                                                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 208                                                         </li>
 209                                                         <li>
 210                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 211                                                                 panel
 212                                                         </li>
 213                                                         <li>
 214                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 215                                                                 popup menu
 216                                                         </li>
 217                                                         <li>
 218                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 219                                                         <li>
 220                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 221
 222
 223                                                 </ul></li>
 224                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 225                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 226                                                 <ul>
 227                                                         <li>
 228                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 229                                                                 trapping CMD-Q
 230                                                         </li>
 231                                                 </ul></li>
 232                                 </ul>
 233         <em>Deprecations</em>
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 237             capabilities removed from the Jalview Desktop
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 241             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 242             and XML based data retrieval clients</li>
 243           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 244           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 245         </ul> <em>Documentation</em>
 246                                 <ul>
 247                                         <li>
 248                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 249                                                 not supported in EPS figure export
 250                                         </li>
 251                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 252                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 253         <ul>
 254                 <li>
 255                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 256                                         </li>
 257                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 260             gradle-eclipse
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 --> Atlassian
 264             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 265             execution
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 269             operations
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 273             issues resolved.
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 277             markdown (with HTML rendering)
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 284             versions of Jalview
 285           </li>
 286           <li>
 287           <li>
 288         </ul>
 289       </td>
 290                         <td align="left" valign="top">
 291                                 <ul>
 292                                         <li>
 293                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 294                                         </li>
 295                                         <li>
 296                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 297                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 298                                         </li>
 299                                         <li>
 300                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 301                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 302                                         </li>
 303                                         <li>
 304                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 305                                                 monospaced font
 306                                         </li>
 307                                         <li>
 308                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 309                                                 project involving multiple views
 310                                         </li>
 311                                         <li>
 312                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 313                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 314                                                 Annotation dialog hides columns
 315                                         </li>
 316                                         <li>
 317                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 318                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 319                                                 one view, then making another selection in the other view
 320                                         </li>
 321                                         <li>
 322                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 323                                                 columns
 324                                         </li>
 325                                         <li>
 326                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 327                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 328                                         </li>
 329                                         <li>
 330                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 331                                                 overview updates with large alignments
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 335                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 336                                                 mouse moved to the left of the first column
 337                                         </li>
 338                                         <li>
 339                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 340                                                 hidden column marker via scale popup menu
 341                                         </li>
 342                                         <li>
 343                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 344                                                 doesn't tell users the invalid URL
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 348                                                 score from view
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 352                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 353                                                 red in original view
 354                                         </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 357             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 358           </li>
 359                                         <li>
 360                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 361                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 362                                         </li>
 363                                         <li>
 364                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 365                                                 when columns are hidden
 366                                         </li>
 367                                         <li>
 368                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 369                                                 Columns by Annotation description
 370                                         </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 373                                                 out of Scale or Annotation Panel
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 377                                                 scale panel
 378                                         </li>
 379                                         <li>
 380                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 381                                                 alignment down
 382                                         </li>
 383                                         <li>
 384                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 385                                                 scale panel
 386                                         </li>
 387                                         <li>
 388                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 389                                                 Page Up in wrapped mode
 390                                         </li>
 391                                         <li>
 392                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 396                                         </li>
 397                                         <li>
 398                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 399                                                 on opening an alignment
 400                                         </li>
 401                                         <li>
 402                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 403                                                 Colour menu
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 407                                                 different groups in the alignment are selected
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 411                                                 correctly in menu
 412                                         </li>
 413                                         <li>
 414                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 415                                                 threshold limit
 416                                         </li>
 417                                         <li>
 418                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 419                                                 threshold gets 'unrounded'
 420                                         </li>
 421                                         <li>
 422                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 423                                                 colour
 424                                         </li>
 425                                         <li>
 426                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 430                                         </li>
 431                                         <li>
 432                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 433                                                 Tree font
 434                                         </li>
 435                                         <li>
 436                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 437                                                 project file
 438                                         </li>
 439                                         <li>
 440                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 441                                                 shown in complementary view
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 445                                                 without normalisation
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 449                                                 of report
 450                                         </li>
 451                                         <li>
 452                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 453                                         </li>
 454                                   <li>
 455                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 456                                   </li>
 457                                 </ul> <em>Editing</em>
 458                                 <ul>
 459                                         <li>
 460                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 461                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 462                                                 sequence
 463                                         </li>
 464                                         <li>
 465                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 466                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 467                                                 removed (Known defect since 2.10)
 468                                         </li>
 469                                         <li>
 470                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 471                                                 dialog corrupts dataset sequence
 472                                         </li>
 473                                         <li>
 474                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 475                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 476                                         </li>
 477                                 </ul> <em>Datamodel</em>
 478         <ul>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 481             sequence's End is greater than its length
 482           </li>
 483         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 484           general release)</em>
 485         <ul>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 488           </li>
 489         </ul> <em>New Known Defects</em>
 490         <ul>
 491                                 <li><!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 492                                 </li>
 493                                         <li>
 494                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 495                                                 regions of protein alignment.
 496                                         </li>
 497                                         <li>
 498                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 499                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 500                                         </li>
 501                                         <li>
 502                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 503                                                 'New View'
 504                                         </li>
 505                                         <li>
 506                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 507                                                 columns within hidden columns
 508                                         </li>
 509                                         <li>
 510                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 511                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 512                                                 region
 513                                         </li>
 514                                         <li>
 515                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 516                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 517                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 518                                                 create a Score filter instead.
 519                                         </li>
 520                                         <li><!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 521                                         <li>
 522                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 523                                         </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 526             alignments with multiple views can close views unexpectedly
 527           </li>
 528           </ul>
 529           <em>Java 11 Specific defects</em>
 530             <ul>
 531               <li>
 532                 <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 533                 alphabetically when saved
 534               </li>
 535           </ul>
 536                         </td>
 537                 </tr>
 538     <tr>
 539     <td width="60" nowrap>
 540       <div align="center">
 541         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 542       </div>
 543     </td>
 544     <td><div align="left">
 545         <em></em>
 546         <ul>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 549               InstallAnywhere increased to 1G.
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 553               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 554               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 555                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 556                 properties file.</em>
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 560               API and sequence data now imported as JSON.
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 564               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 565               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 566               property.
 567             </li>
 568           </ul>
 569           <em>Development</em>
 570           <ul>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 573               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 574                 Clover</a>
 575             </li>
 576           </ul>
 577         </div></td>
 578     <td><div align="left">
 579         <em></em>
 580         <ul>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 583               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 584               alignment.
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 588               annotation displayed.
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 592               for newly created group when 'Apply to all groups'
 593               selected
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 597               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 598               visible.
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 602               when sequences are selected in exported view.</em>
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 606               aren't rendered with correct colour.
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 610               types of knotted RNA secondary structure.
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 614               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 615               do not start at 1.
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 619               annotation when columns are inserted into an alignment,
 620               and when exporting as Stockholm flatfile.
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 624               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 625               treated as RNA secondary structure.
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 629               (not .jar) when saving a jalview project file.
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 633               transfers focus to previous window on OSX
 634             </li>
 635           </ul>
 636           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 637           <ul>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 640               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 641               box.
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 645               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 646               'look and feel' which has improved compatibility with the
 647               latest version of OSX.
 648             </li>
 649           </ul>
 650         </div>
 651     </td>
 652     </tr>
 653     <tr>
 654       <td width="60" nowrap>
 655         <div align="center">
 656           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 657             <em>7/06/2018</em></strong>
 658         </div>
 659       </td>
 660       <td><div align="left">
 661           <em></em>
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 665               annotation retrieved from Uniprot
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 669               onto the Jalview Desktop
 670             </li>
 671           </ul>
 672         </div></td>
 673       <td><div align="left">
 674           <em></em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 678               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 682               right-hand column parsed correctly
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 686               not alignment area in exported graphic
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 690               window has input focus
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 694               annotation added to view (Windows)
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 698               network connectivity is poor
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 702               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 703                 the currently open URL and links from a page viewed in
 704                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 705                 you are using Edge, only links in the page can be
 706                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 707                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 708             </li>
 709           </ul>
 710           <em>New Known Defects</em>
 711           <ul>
 712             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 713           </ul>
 714         </div></td>
 715     </tr>
 716     <tr>
 717       <td width="60" nowrap>
 718         <div align="center">
 719           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 720         </div>
 721       </td>
 722       <td><div align="left">
 723           <em></em>
 724           <ul>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 727               for disabling automatic superposition of multiple
 728               structures and open structures in existing views
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 732               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 733               adjust them.
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 737               Ensembl services
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 741               and lots of hidden columns
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 745               of features (particularly when transparency is disabled)
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 749               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 750               generally available
 751             </li>
 752           </ul>
 753           </div>
 754       </td>
 755       <td><div align="left">
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 759               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 763               overlapping alignment panel
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 767               sequence as gaps
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 771               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 772               UTR
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 776               factor annotation not added to sequence when local PDB
 777               file associated with it by drag'n'drop or structure
 778               chooser
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 782               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 786               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 790               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 794               columns in annotation row
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 798               honored in batch mode
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 802               for structures added to existing Jmol view
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 806               entries after importing project with multiple views
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 810               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 811               with negative residue numbers or missing residues fails
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 815               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 816               as generated by CONSURF)
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 820               tooltip doesn't include a text description of mutation
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 824               structure and/or overview windows are also shown
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 828               very slow for alignments with large numbers of sequences
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 832               with 'StringIndexOutOfBounds'
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 836               platforms running Java 10
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 840               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 841             </li>
 842           </ul>
 843           <em>Applet</em>
 844           <ul>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 847               should copy the group consensus when popup is opened on it
 848             </li>
 849           </ul>
 850           <em>Batch Mode</em>
 851           <ul>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 854           </li>
 855           </ul>
 856           <em>New Known Defects</em>
 857           <ul>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 860               editing a large alignment and overview is displayed
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 864               repeatedly after a series of edits even when the overview
 865               is no longer reflecting updates
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 869               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 870               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 871               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 872             </li>
 873                                                 <li>
 874                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 875                                                         option gives blank output
 876                                                 </li>
 877                                         </ul>
 878         </div>
 879           </td>
 880     </tr>
 881     <tr>
 882       <td width="60" nowrap>
 883         <div align="center">
 884           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 885         </div>
 886       </td>
 887       <td><div align="left">
 888           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 889               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 890       <td><div align="left">
 891           <em>Desktop</em><ul>
 892           <ul>
 893             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 894             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 895             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 896             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 897             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 898             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 899             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 900           </ul>
 901           </div>
 902       </td>
 903     </tr>
 904     <tr>
 905       <td width="60" nowrap>
 906         <div align="center">
 907           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 908         </div>
 909       </td>
 910       <td><div align="left">
 911           <em></em>
 912           <ul>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 915               rendering of sequence features
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 919               429 rate limit request hander
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 923               their colours have changed
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 927               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 931               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 935               view from Ensembl locus cross-references
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 939               Alignment report
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 943               feature can be disabled
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 947               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 951               Uniprot
 952             </li>
 953           </ul>
 954           <em>Scripting</em>
 955           <ul>
 956             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 957             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 958               percent identity scores for current alignment.</li>
 959           </ul>
 960           <em>Testing and Deployment</em>
 961           <ul>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 964             </li>
 965           </ul>
 966         </div></td>
 967       <td><div align="left">
 968           <em>General</em>
 969           <ul>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 972               threshold text field doesn't trigger an update to the
 973               alignment view
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 977               strings in parallel
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 981               alignment window is closed
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 985               group visibility
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 989               takes a long time in Cursor mode
 990             </li>
 991           </ul>
 992           <em>Desktop</em>
 993           <ul>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 996               cannot be viewed in Chimera
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1000               CDS/Protein view
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1004               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1005               Search Dialogs
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1015               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1019               scrolling right in unwapped alignment view
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1023               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1024               database
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1028               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1032               features of same type and group to be selected for
1033               amending
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1037               alignments when hidden columns are present
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1041               displaying several structures
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1045               moving a window
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1049               within the Jalview desktop on OSX
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1053               when in wrapped alignment mode
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1057               hand end of alignment
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1061               each selected sequence do not have correct start/end
1062               positions
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1066               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1070               restoring project until a new view is created
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1074               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1075               configured (since 2.10.2b2)
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1079               position is adjusted
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1083               in a multi-chain structure when viewing alignment
1084               involving more than one chain (since 2.10)
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1088               if new selection moves alignment window
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1092               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1096               that produces correctly annotated transcripts and products
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1100               doesn't update associated structure view
1101             </li>
1102           </ul>
1103           <em>Applet</em><br />
1104           <ul>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1107               closing alignment panel
1108             </li>
1109           </ul>
1110           <em>BioJSON</em><br />
1111           <ul>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1114               non-positional features
1115             </li>
1116           </ul>
1117           <em>New Known Issues</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1121               sequence features correctly (for many previous versions of
1122               Jalview)
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1126               using cursor in wrapped panel other than top
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1130               graduated colour threshold
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1134               always preserve numbering and sequence features
1135             </li>
1136           </ul>
1137           <em>Known Java 9 Issues</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1141               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1142               9.01, OSX 10.10)
1143             </li>
1144           </ul>
1145         </div></td>
1146     </tr>
1147     <tr>
1148       <td width="60" nowrap>
1149         <div align="center">
1150           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1151             <em>2/10/2017</em></strong>
1152         </div>
1153       </td>
1154       <td><div align="left">
1155           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1156           <ul>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1159             </li>
1160             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1161             </li>
1162           </ul>
1163         </div></td>
1164       <td><div align="left">
1165         </div></td>
1166     </tr>
1167     <tr>
1168       <td width="60" nowrap>
1169         <div align="center">
1170           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1171             <em>7/9/2017</em></strong>
1172         </div>
1173       </td>
1174       <td><div align="left">
1175           <em></em>
1176           <ul>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1179               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1180               white)
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1184               Preferences
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1188               in size and progress bar shown as higher resolution
1189               overview is recalculated
1190             </li>
1191
1192           </ul>
1193         </div></td>
1194       <td><div align="left">
1195           <em></em>
1196           <ul>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1199               column region row by row
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1203               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1207               format setting is unticked
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1211               if group has show boxes format setting unticked
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1215               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1216               include sequences and columns not currently displayed
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1220               assemblies are imported via CIF file
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1224               displayed when threshold or conservation colouring is also
1225               enabled.
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1229               server version
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1233               dragging a selected region off the visible region of the
1234               alignment
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1238               colourscheme to all groups in a view
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1242               initially after font size change using the Font chooser or
1243               middle-mouse zoom
1244             </li>
1245           </ul>
1246         </div></td>
1247     </tr>
1248     <tr>
1249       <td width="60" nowrap>
1250         <div align="center">
1251           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1252         </div>
1253       </td>
1254       <td><div align="left">
1255           <em>Calculations</em>
1256           <ul>
1257
1258             <li>
1259               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1260               ungapped positions in each column of the alignment.
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1264               a calculation dialog box
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1268               and memory efficiency (~30x faster)
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1272               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1273               and other calculations
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1277               files within the Jalview codebase
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1281               Similarity may have different topology due to increased
1282               precision
1283             </li>
1284           </ul>
1285           <em>Rendering</em>
1286           <ul>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1289               model for alignments and groups
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1293               scripts
1294             </li>
1295           </ul>
1296           <em>Overview</em>
1297           <ul>
1298             <li>
1299               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1300               with alignment and overview windows
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1304               overview
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1308               omitted in Overview
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1312               adjustment of visible position
1313             </li>
1314           </ul>
1315
1316           <em>Data import/export</em>
1317           <ul>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1320               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1324               annotation input/output via stockholm flatfile
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1328               extension when importing structure files without embedded
1329               names or PDB accessions
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1333               format sequence substitution matrices
1334             </li>
1335           </ul>
1336           <em>User Interface</em>
1337           <ul>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1340               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1341               the application.
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1345               via Overview or sequence motif search operations
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1349               opened by double clicking gaps within sequence feature
1350               extent
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1354               aligned positions were available to create a 3D structure
1355               superposition.
1356             </li>
1357           </ul>
1358           <em>3D Structure</em>
1359           <ul>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1362               coloured in linked structure views
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1366               file-based command exchange
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1370               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1371               structures are already available for sequences
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1375               the Jalview project rather than downloaded again when the
1376               project is reopened.
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1380               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1381               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1382                 Feature</strong>)
1383             </li>
1384           </ul>
1385           <em>Web Services</em>
1386           <ul>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1392               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1393               Analysis services
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1397               cross-references provided by identifiers.org and the
1398               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1399             </li>
1400           </ul>
1401
1402           <em>Scripting</em>
1403           <ul>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1406               identifying file formats (instead of String constants)
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1410               efficiency when counting all displayed features (not
1411               backwards compatible with 2.10.1)
1412             </li>
1413           </ul>
1414           <em>Example files</em>
1415           <ul>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1418               included in the example feature file
1419             </li>
1420           </ul>
1421           <em>Documentation</em>
1422           <ul>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1425               with the built-in Java help viewer
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1429               sequence description' option
1430             </li>
1431           </ul>
1432           <em>Test Suite</em>
1433           <ul>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1436               Uniprot REST Free Text Search Client
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1443               during tests
1444             </li>
1445           </ul>
1446         </div></td>
1447       <td><div align="left">
1448           <em>Calculations</em>
1449           <ul>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1452               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1453               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1454             </li>
1455             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1456               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1457               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1458               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1459               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1460               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1461               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1462               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1463               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1464               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1465               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1466               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1467               // for 2.10.1 mode <br />
1468               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1469               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1470                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1471                 calculations (not recommended)</em></li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1474               scaling of branch lengths for trees computed using
1475               Sequence Feature Similarity.
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1479               generating output report when working with highly
1480               redundant alignments
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1484               right of selected region when gaps present on right-hand
1485               boundary
1486             </li>
1487           </ul>
1488           <em>User Interface</em>
1489           <ul>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1492               doesn't reselect a specific sequence's associated
1493               annotation after it was used for colouring a view
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1497               opened on a region of alignment without groups
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1501               of an alignment with overlapping groups
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1505               name and description match
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1509               hidden regions results in incorrect hidden regions
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1513               changing colour does not apply Conservation slider value
1514               to all groups
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1518               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1522               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1526               gaps before start of features
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1530               restored to UI when feature colour is edited
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1534               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1538               as graduate feature colour settings are modified via the
1539               dialog box
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1543               when a group defined on the alignment is resized
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1547               wrapped view result in positional status updates
1548             </li>
1549
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1552               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1556               alignment included gapped columns
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1560               widgets don't permanently disappear
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1564               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1565               T-Coffee column reliability scores)
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1569               sequence feature on gaps only
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1573               button from a Find inherit previously defined feature type
1574               rather than the Find query string
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1578               exporting tree calculated in Jalview
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1582               and then revealing them reorders sequences on the
1583               alignment
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1587               doesn't update to reflect available set of groups after
1588               interactively adding or modifying features
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1592               Linux
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1596               only excluded gaps in current sequence and ignored
1597               selection.
1598             </li>
1599           </ul>
1600           <em>Rendering</em>
1601           <ul>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1604               erratically when hidden rows or columns are present
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1608               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1609               sequence colouring
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1613               colour and group colour menu for protein alignments
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1617               reflect currently selected view or group's shading
1618               thresholds
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1622               when rendered on overview and structures when opacity at
1623               100%
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1627               overview when features overlaid on alignment
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1631               recovered correctly from Jalview project file
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1635               (automatically via preferences) are different to the main
1636               alignment panel
1637             </li>
1638           </ul>
1639           <em>Data import/export</em>
1640           <ul>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1643               load
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1647               added after a sequence was imported are not written to
1648               Stockholm File
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1652               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1656               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1660               with lightGray or darkGray via features file (but can
1661               specify lightgray)
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1665               when alignment view imported from project
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1669               structure and sequences extracted from structure files
1670               imported via URL and viewed in Jmol
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1674               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1675               the project is loaded and the structure viewed
1676             </li>
1677           </ul>
1678           <em>Web Services</em>
1679           <ul>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1682               release of Ensembl v.88
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1686               appear enabled in Preferences->Connections
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1690               removed from console output
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1694               Ensembl by Peptide ID
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1698               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1699               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1700               due to 'null' string rather than empty string used for
1701               residues with no corresponding PDB mapping).
1702             </li>
1703           </ul>
1704           <em>Application UI</em>
1705           <ul>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1708               menu
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1712               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1713               new documentation and tooltips added)
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1717               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1721               new features are added to alignment
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1725               changes to feature colours via the Amend features dialog
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1729               edit graduated feature colour via amend features dialog
1730               box
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1734               selection menu changes colours of alignment views
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1738               from alignment calculation workers after alignment has
1739               been closed
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1743               groups now 'Create Group'
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1747               Create/Undefine group doesn't always work
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1751               shown again after pressing 'Cancel'
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1755               adjusts start position in wrap mode
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1759               ambiguous amino acids
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1763               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1764               proteins
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1768               Defined' don't appear in Colours menu
1769             </li>
1770           </ul>
1771           <em>Applet</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1775               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1779               overview or linked structure view
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1783               work (since 2.8)
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1787               user-defined colourscheme doesn't restore original
1788               colourscheme
1789             </li>
1790           </ul>
1791           <em>Test Suite</em>
1792           <ul>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1795               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1799               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1800               problems with deep array comparison equality asserts in
1801               successive versions of TestNG
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1805               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1806             </li>
1807           </ul>
1808           <em>New Known Issues</em>
1809           <ul>
1810             <li>
1811               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1812               phase after a sequence motif find operation
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1816               containing just upper and lower case letters are
1817               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1821               reliably from eggnog Ortholog database
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1825               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1826               to mark columns containing highlighted regions.
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1830               doesn't always add secondary structure annotation.
1831             </li>
1832           </ul>
1833         </div>
1834     <tr>
1835       <td width="60" nowrap>
1836         <div align="center">
1837           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1838         </div>
1839       </td>
1840       <td><div align="left">
1841           <em>General</em>
1842           <ul>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1845               for all consensus calculations
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1849               3rd Oct 2016)
1850             </li>
1851             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1852               for 2016-2017</li>
1853           </ul>
1854           <em>Application</em>
1855           <ul>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1858               set of database cross-references, sorted alphabetically
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1862               from database cross references. Users with custom links
1863               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1864                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1868               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1869               Chimera session
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1873               the Chimera it is connected to is shut down
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1877               columns menu item to mark columns containing highlighted
1878               regions (e.g. from structure selections or results of a
1879               Find operation)
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1883               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1884               MSAviewer
1885             </li>
1886           </ul>
1887         </div></td>
1888       <td>
1889         <div align="left">
1890           <em>General</em>
1891           <ul>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1894               are not coloured or thresholded according to percent
1895               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1899               hydrophobic
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1903               threshold, amino acid properties)
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1907               reported as mapped to residues in a structure file in the
1908               View Mapping report
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1912               could be added multiple times to a sequence
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1916               bond features shown as two highlighted residues rather
1917               than a range in linked structure views, and treated
1918               correctly when selecting and computing trees from features
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1922               cross-references are matched to database name regardless
1923               of case
1924             </li>
1925
1926           </ul>
1927           <em>Application</em>
1928           <ul>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1931               names without regular expressions also offer links from
1932               Sequence ID
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1936               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1937               update Jalview configuration
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1941               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1945               files with similarly named sequences if dropped onto the
1946               alignment
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1950               entries where more chains exist in the PDB accession than
1951               are reported in the SIFTS file
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1955               the structure view when displayed with Chimera
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1959               panel's View->Show Chains submenu
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1963               work for wrapped alignment views
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1967               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1971               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1972               first annotation row
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1976               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1980               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1981             </li>
1982             <!-- JAL-2319 -->
1983             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1984             coordindate data
1985             </li>
1986           </ul>
1987           <!--           <em>New Known Issues</em>
1988           <ul>
1989             <li></li>
1990           </ul> -->
1991         </div>
1992       </td>
1993     </tr>
1994     <td width="60" nowrap>
1995       <div align="center">
1996         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1997           <em>25/10/2016</em></strong>
1998       </div>
1999     </td>
2000     <td><em>Application</em>
2001       <ul>
2002         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2003           view if structures already loaded</li>
2004         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2005           structure views</li>
2006       </ul></td>
2007     <td>
2008       <div align="left">
2009         <em>General</em>
2010         <ul>
2011           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2012             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2013           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2014             example sequences/projects/trees</li>
2015         </ul>
2016         <em>Application</em>
2017         <ul>
2018           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2019             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2020           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2021             without timeout for structures with multiple models or
2022             multiple sequences in alignment</li>
2023           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2024             PDB ID HEADER line</li>
2025           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2026             is performed</li>
2027           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2028             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2029           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2030           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2031             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2032             option</li>
2033           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2034             is created on the alignment</li>
2035           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2036             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2037             pop-up menu</li>
2038         </ul>
2039         <em>Build and deployment</em>
2040         <ul>
2041           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2042             tags</li>
2043         </ul>
2044         <em>New Known Issues</em>
2045         <ul>
2046           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2047             on Windows</li>
2048         </ul>
2049       </div>
2050     </td>
2051     </tr>
2052     <tr>
2053       <td width="60" nowrap>
2054         <div align="center">
2055           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2056         </div>
2057       </td>
2058       <td><em>General</em>
2059         <ul>
2060           <li>
2061             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2062           </li>
2063           <li>
2064             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2065             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2066             better PDB parsing.
2067           </li>
2068           <li>
2069             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2070             reference sequence
2071           </li>
2072           <li>
2073             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2074             mousing over sequence associated annotation
2075           </li>
2076           <li>
2077             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2078             for manual entry
2079           </li>
2080           <li>
2081             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2082             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2083             for each column
2084           </li>
2085           <li>
2086             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2087             showing or hiding columns containing a feature
2088           </li>
2089           <li>
2090             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2091             group and sequence associated annotation labels
2092           </li>
2093           <li>
2094             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2095             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2096             dialogs
2097           </li>
2098
2099         </ul> <em>Application</em>
2100         <ul>
2101           <li>
2102             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2103             gene/transcript view
2104           </li>
2105           <li>
2106             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2107             dialog
2108           </li>
2109           <li>
2110             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2111             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2112           </li>
2113           <li>
2114             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2115             Pfam sources to xfam.org
2116           </li>
2117           <li>
2118             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2119           </li>
2120           <li>
2121             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2122             over sequences in Jalview
2123           </li>
2124           <li>
2125             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2126             regions in ENA and EMBL
2127           </li>
2128           <li>
2129             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2130             for record retrieval via ENA rest API
2131           </li>
2132           <li>
2133             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2134             complement operator
2135           </li>
2136           <li>
2137             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2138             groovy script execution
2139           </li>
2140           <li>
2141             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2142             alignment window's Calculate menu
2143           </li>
2144           <li>
2145             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2146             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2147           </li>
2148           <li>
2149             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2150             calculation workers from groovy scripts
2151           </li>
2152           <li>
2153             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2154             Jalview projects
2155           </li>
2156           <li>
2157             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2158             associations are now saved/restored from project
2159           </li>
2160           <li>
2161             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2162             before sequence fetcher is opened
2163           </li>
2164           <li>
2165             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2166             database chooser opens a sequence fetcher
2167           </li>
2168           <li>
2169             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2170             the UniProt REST API
2171           </li>
2172           <li>
2173             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2174             the news reader opening
2175           </li>
2176           <li>
2177             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2178             querying stored in preferences
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2182             search results
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2186           </li>
2187           <li>
2188             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2189             menu for nucleotide sequences
2190           </li>
2191           <li>
2192             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2193             and feature counts preserves alignment ordering (and
2194             debugged for complex feature sets).
2195           </li>
2196           <li>
2197             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2198             viewing structures with Jalview 2.10
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2202             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2203             Ensembl Genomes REST API
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2207             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2208             (Ensembl)
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2212             sequences
2213           </li>
2214           <li>
2215             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2216             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2217             data from external database records.
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2221             efficient recovery of sequence coding and alignment
2222             annotation relationships.
2223           </li>
2224         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2225         <ul>
2226           <li>
2227             -- JAL---
2228           </li>
2229         </ul> --></td>
2230       <td>
2231         <div align="left">
2232           <em>General</em>
2233           <ul>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2236               menu on OSX
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2240               includes graduated colourschemes
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2244               working with big alignments and lots of hidden columns
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2248               at right of alignment window
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2252               contents
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2256               for DNA alignments
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2260               based tree calculation
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2264               unconserved enabled for group on alignment
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2268               set as reference
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2272               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2273               annotation
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2277               hidden columns present
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2281               user created annotation added to alignment
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2285               '()' base pair annotation
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2289               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2290               Consensus
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2294               feature not working
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2298               beginning of sequence
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2302               entry 3a6s
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2306               from a tree when t-coffee scores are shown
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2310               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2314               some structures
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2318               to Clustal, PIR and PileUp output
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2322               not visible causes alignment window to repaint
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2326               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2327               scores associated with features and annotation rows
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2331               calculation should be case independent
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2335               columns
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2339               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2340               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2344               problems when reference sequence defined and 'show
2345               non-conserved' enabled
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2349               load even when Consensus calculation is disabled
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2353               alignment does nothing
2354             </li>
2355           </ul>
2356           <em>Application</em>
2357           <ul>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2360               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2361               yet fixed for El Capitan)
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2365               output when running on non-gb/us i18n platforms
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2369               hidden sequences as flat-file alignment
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2373               launching Chimera
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2377               (also hotfix for 2.9.0b2)
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2381               reference sequence defined
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2385               alignments and views when revealing hidden columns
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2389               view in a cDNA/Protein splitframe
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2393               sequence from project when only one sequence is
2394               represented
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2398               in Structure Chooser
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2402               structure consensus didn't refresh annotation panel
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2406               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2410               dialogs format columns correctly, don't display array
2411               data, sort columns according to type
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2415               file chooser is cancelled during an image export
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2419               sequence name containing special characters
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2423               case insensitive
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2427               formatting don't wrap
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2431               truncated so L looks like I in consensus annotation
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2435               currently displayed features for the current selection or
2436               view
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2440               after fetching cross-references, and restoring from
2441               project
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2445               followed in the structure viewer
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2449               splitframe not restored from project
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2453               trailing end of protein alignment in transcript/product
2454               splitview when pad-gaps not enabled by default
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2458               is case dependent
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2462               article has been read (reopened issue due to
2463               internationalisation problems)
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2467               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2468               cross-references
2469             </li>
2470
2471             <li>
2472               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2473               alignment as HTML
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2477               multiple structures are shown for one or more sequences.
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2481               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2482               is enabled.
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2486               specific PDB id for sequence
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2490               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2491               columns' is disabled.
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2495               selects lowest rather than highest resolution structures
2496               for each sequence
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2500               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2504               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2508               after clicking on it to create new annotation for a
2509               column.
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2513               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2514             </li>
2515             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2516             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2517           </ul>
2518           <em>Applet</em>
2519           <ul>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2522               hidden columns present before start of sequence
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2526               (JSON jars)
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2530               sequences are hidden in applet
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2534               deployment on examples pages.
2535             </li>
2536           </ul>
2537         </div>
2538       </td>
2539     </tr>
2540     <tr>
2541       <td width="60" nowrap>
2542         <div align="center">
2543           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2544             <em>16/10/2015</em></strong>
2545         </div>
2546       </td>
2547       <td><em>General</em>
2548         <ul>
2549           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2550             jars</li>
2551         </ul></td>
2552       <td>
2553         <div align="left">
2554           <em>Application</em>
2555           <ul>
2556             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2557               shown when tree is partitioned</li>
2558             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2559               multiple cDNA/Protein split views</li>
2560           </ul>
2561         </div>
2562       </td>
2563     </tr>
2564     <tr>
2565       <td width="60" nowrap>
2566         <div align="center">
2567           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2568             <em>8/10/2015</em></strong>
2569         </div>
2570       </td>
2571       <td><em>General</em>
2572         <ul>
2573           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2574             2.9</li>
2575         </ul> <em>Application</em>
2576         <ul>
2577           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2578           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2579           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2580         </ul> <em>Applet</em>
2581         <ul>
2582           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2583         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2584         <ul>
2585           <li>
2586             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2587             suite
2588           </li>
2589         </ul></td>
2590       <td>
2591         <div align="left">
2592           <em>General</em>
2593           <ul>
2594             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2595               incorrect when sequence start > 1</li>
2596             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2597               documentation</li>
2598             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2599             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2600               loading a features file containing HTML tags in feature
2601               description</li>
2602
2603           </ul>
2604           <em>Application</em>
2605           <ul>
2606             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2607               reimport</li>
2608             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2609               with 'trim retrieved sequences'</li>
2610             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2611               deleting selected columns</li>
2612             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2613               JNLP templates for webstart launch</li>
2614             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2615               unreleased structures for download or viewing</li>
2616             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2617               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2618             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2619               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2620             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2621               recovered from jalview project</li>
2622             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2623               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2624               alignment view</li>
2625             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2626               color schemes from BioJSON</li>
2627           </ul>
2628           <em>Applet</em>
2629           <ul>
2630             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2631               frame</li>
2632             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2633           </ul>
2634         </div>
2635       </td>
2636     </tr>
2637     <tr>
2638       <td><div align="center">
2639           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2640         </div></td>
2641       <td><em>General</em>
2642         <ul>
2643           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2644             alignments:
2645             <ul>
2646               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2647                 and DNA alignment views</li>
2648               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2649                 cDNA alignment views</li>
2650               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2651                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2652               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2653                 protein sequences</li>
2654             </ul>
2655           </li>
2656           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2657           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2658             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2659           <li>New alignment annotation file statements for
2660             reference sequences and marking hidden columns</li>
2661           <li>Reference sequence based alignment shading to
2662             highlight variation</li>
2663           <li>Select or hide columns according to alignment
2664             annotation</li>
2665           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2666           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2667             acid conservation row</li>
2668           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2669         </ul> <em>Application</em>
2670         <ul>
2671           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2672             <ul>
2673               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2674                 view with cDNA/Protein</li>
2675               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2676                 sequences are placed in the same alignment</li>
2677               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2678                 projects</li>
2679             </ul>
2680           </li>
2681
2682           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2683           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2684             Jalview windows</li>
2685
2686           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2687           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2688           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2689             be shown in VARNA</li>
2690
2691           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2692             as the active selected region</li>
2693
2694           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2695             similarity</li>
2696           <li>New Export options
2697             <ul>
2698               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2699                 region export in flat file generation</li>
2700
2701               <li>Export alignment views for display with the <a
2702                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2703
2704               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2705               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2706                 alignment figures to HTML</li>
2707           </li>
2708           <li>3D structure retrieval and display
2709             <ul>
2710               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2711                 Search API</li>
2712               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2713                 PDB structures for a sequence set</li>
2714             </ul>
2715           </li>
2716
2717           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2718             predictions</li>
2719           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2720             for one or a group of sequences</li>
2721           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2722             from the JPred4 web server</li>
2723           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2724             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2725             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2726           </li>
2727           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2728             VARNA 2D Structure'</li>
2729           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2730             Structure ..."</li>
2731
2732         </ul> <em>Applet</em>
2733         <ul>
2734           <li>New layout for applet example pages</li>
2735           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2736             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2737           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2738             Protein alignments</li>
2739         </ul> <em>Development and deployment</em>
2740         <ul>
2741           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2742           <li>Include installation type and git revision in build
2743             properties and console log output</li>
2744           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2745             storing BioJsMSA Templates</li>
2746           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2747         </ul></td>
2748       <td>
2749         <!-- <em>General</em>
2750         <ul>
2751         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2752         <ul>
2753           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2754           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2755           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2756             predictions are not highlighted in amber</li>
2757           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2758             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2759           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2760             associated structure views</li>
2761           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2762             width checkbox not enabled</li>
2763           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2764             creating user defined colours</li>
2765           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2766             mappings for just that viewer's sequences</li>
2767           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2768             multiple models in Chimera</li>
2769           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2770             over Jmol structure</li>
2771           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2772             output to text box</li>
2773           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2774             have incorrect sequence start/end</li>
2775           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2776             Jalview fails</li>
2777           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2778             work for nucleotide</li>
2779           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2780             to a grey/invisible alignment window</li>
2781           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2782             imports to different position</li>
2783           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2784             on some platforms</li>
2785           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2786             populated</li>
2787           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2788             console if Chimera has been opened</li>
2789           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2790           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2791             retrieved</li>
2792           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2793           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2794             either sequence shows on first structure</li>
2795           <li>'Show annotations' options should not make
2796             non-positional annotations visible</li>
2797           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2798             in right place after 'view flanking regions'</li>
2799           <li>File Save As type unset when current file format is
2800             unknown</li>
2801           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2802             projects</li>
2803           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2804             responsive</li>
2805           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2806             several views on same alignment</li>
2807           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2808           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2809             spaces</li>
2810         </ul> <em>Applet</em>
2811         <ul>
2812           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2813           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2814             descriptions containing angle brackets</li>
2815         </ul> <em>General</em>
2816         <ul>
2817           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2818             via jalview annotation file</li>
2819           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2820             with RNA secondary structure</li>
2821           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2822             translation doesn't work.</li>
2823           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2824           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2825             positions</li>
2826           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2827             choosing 1pt font</li>
2828           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2829             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2830             'h'</li>
2831           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2832             new feature</li>
2833           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2834             order dependent</li>
2835           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2836             sequences</li>
2837           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2838         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2839         <ul>
2840           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2841             www.jalview.org</li>
2842         </ul> <em>Application Known issues</em>
2843         <ul>
2844           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2845           <li>Misleading message appears after trying to delete
2846             solid column.</li>
2847           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2848             version launches</li>
2849           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2850             fails with a sequence mismatch</li>
2851           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2852             scrolling alignment to right</li>
2853           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2854             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2855           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2856             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2857           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2858             ultra-high resolution</li>
2859           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2860             quality and conservation</li>
2861           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2862             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2863         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2864         <ul>
2865           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2866           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2867             window is being resized</li>
2868
2869         </ul>
2870       </td>
2871     </tr>
2872     <tr>
2873       <td><div align="center">
2874           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2875         </div></td>
2876       <td><em>General</em>
2877         <ul>
2878           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2879             Certum.PL.</li>
2880           <li>Features and annotation preserved when performing
2881             pairwise alignment</li>
2882           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2883             imported/exported/displayed</li>
2884           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2885             protein secondary structure</li>
2886           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2887               post-hoc with 2.9 release</em>)
2888           </li>
2889
2890         </ul> <em>Application</em>
2891         <ul>
2892           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2893             with 3D structures</li>
2894           <li>Support for parsing RNAML</li>
2895           <li>Annotations menu for layout
2896             <ul>
2897               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2898               <li>place sequence annotation above/below alignment
2899                 annotation</li>
2900             </ul>
2901           <li>Output in Stockholm format</li>
2902           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2903             translation</li>
2904           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2905           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2906             shared between alignments</li>
2907           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2908             Jalview</li>
2909           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2910             all or current selection</li>
2911           <li>disorder and secondary structure predictions
2912             available as dataset annotation</li>
2913           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2914
2915
2916           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2917             alignments from Rfam</li>
2918           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2919
2920           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2921             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2922           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2923           <li>include installation type in build properties and
2924             console log output</li>
2925           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2926             annotation</li>
2927         </ul></td>
2928       <td>
2929         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2930         <ul>
2931           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2932             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2933           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2934             alignment</li>
2935           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2936           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2937           <li>Double click on sequence associated annotation
2938             selects only first column</li>
2939           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2940             leaves shown in tree</li>
2941           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2942             properly</li>
2943           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2944           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2945             screen and buttons not visible</li>
2946           <li>author list isn't updated if already written to
2947             Jalview properties</li>
2948           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2949             from database</li>
2950           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2951           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2952             browser search window</li>
2953           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2954             in feature settings dialog</li>
2955           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2956             desktop</li>
2957           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2958             pass validation</li>
2959           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2960             fit on screen</li>
2961           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2962             tooltip</li>
2963           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2964             defined user preset</li>
2965           <li>MSA web services warns user if they were launched
2966             with invalid input</li>
2967           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2968             Java 8</li>
2969           <li>
2970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2971             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2972             created
2973           </li>
2974
2975         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2976         <ul>
2977         </ul> <em>General</em>
2978         <ul>
2979         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2980         <ul>
2981           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2982             memory allocation</li>
2983           <li>launchApp service doesn't automatically open
2984             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2985           <li>
2986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2987             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2988             1.7_055 is available
2989           </li>
2990         </ul> <em>Application Known issues</em>
2991         <ul>
2992           <li>
2993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2994             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2995             alignment to right
2996           </li>
2997           <li>
2998             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2999             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3000             with large number of ID
3001           </li>
3002           <li>
3003             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3004             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3005             start/end
3006           </li>
3007           <li>
3008             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3009             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3010             structure tracks are rearranged
3011           </li>
3012           <li>
3013             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3014             invalid rna structure positional highlighting does not
3015             highlight position of invalid base pairs
3016           </li>
3017           <li>
3018             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3019             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3020             project from alignment window file menu
3021           </li>
3022           <li>
3023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3024             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3025             structures
3026           </li>
3027           <li>
3028             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3029             colour by RNA Helices not enabled when user created
3030             annotation added to alignment
3031           </li>
3032           <li>
3033             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3034             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3035           </li>
3036         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3037         <ul>
3038           <li>
3039             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3040             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3041           </li>
3042           <li>
3043             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3044             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3045           </li>
3046
3047           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3048             when selected</li>
3049         </ul>
3050       </td>
3051     </tr>
3052     <tr>
3053       <td><div align="center">
3054           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3055         </div></td>
3056       <td>
3057         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3058         <em>General</em>
3059         <ul>
3060           <li>Internationalisation of user interface (usually
3061             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3062           <li>Define/Undefine group on current selection with
3063             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3064           <li>Improved group creation/removal options in
3065             alignment/sequence Popup menu</li>
3066           <li>Sensible precision for symbol distribution
3067             percentages shown in logo tooltip.</li>
3068           <li>Annotation panel height set according to amount of
3069             annotation when alignment first opened</li>
3070         </ul> <em>Application</em>
3071         <ul>
3072           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3073             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3074           <li>Select columns containing particular features from
3075             Feature Settings dialog</li>
3076           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3077             sequences</li>
3078           <li>Update Jalview project format:
3079             <ul>
3080               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3081               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3082                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3083               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3084                 colouring</li>
3085             </ul>
3086           </li>
3087           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3088             (PAM250)</li>
3089           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3090             flanking regions for an alignment</li>
3091         </ul>
3092       </td>
3093       <td>
3094         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3095         <ul>
3096           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3097             running after job is cancelled</li>
3098           <li>cannot export features from alignments imported from
3099             Jalview/VAMSAS projects</li>
3100           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3101             float values</li>
3102           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3103             have 'display all symbols' flag set</li>
3104           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3105             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3106           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3107             Jalview</li>
3108           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3109             Lion/Webstart</li>
3110           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3111           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3112           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3113             alignment onto desktop</li>
3114           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3115             'extract scores' function</li>
3116           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3117             alignment window</li>
3118           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3119             performing IUPred disorder prediction</li>
3120           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3121             changing 'normalise logo' display setting</li>
3122           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3123             nothing matches query</li>
3124           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3125             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3126           </li>
3127           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3128             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3129           </li>
3130           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3131             Jalview's menu</li>
3132           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3133             'invalid literal/length code'</li>
3134           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3135             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3136           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3137             colourscheme</li>
3138
3139         </ul> <em>Applet</em>
3140         <ul>
3141           <li>Remove group option is shown even when selection is
3142             not a group</li>
3143           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3144             don't affect groups</li>
3145           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3146             colourscheme name</li>
3147           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3148             Annotation panel is not displayed</li>
3149           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3150             embedded windows</li>
3151         </ul> <em>Other</em>
3152         <ul>
3153           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3154             single sequence were not calculated</li>
3155           <li>annotation files that contain only groups imported as
3156             annotation and junk sequences</li>
3157           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3158             recognised as PFAM or BLC</li>
3159           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3160             doesn't affect background (2.8.0b1)
3161           <li></li>
3162           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3163           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3164             trailing gaps</li>
3165           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3166             registered correctly on import</li>
3167           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3168             certain alignments</li>
3169           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3170             existing annotation based 'use original colours'
3171             colourscheme loses original colours setting</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174     </tr>
3175     <tr>
3176       <td><div align="center">
3177           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3178             <em>30/1/2014</em></strong>
3179         </div></td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3183             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3184             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3185             open source project).
3186           </li>
3187           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3188           <li>Output in Stockholm format</li>
3189           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3190           <li>Export/import group and sequence associated line
3191             graph thresholds</li>
3192           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3193             ambiguity codes</li>
3194           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3195             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3196             works</li>
3197           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3198         </ul> <em>Other improvements</em>
3199         <ul>
3200           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3201           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3202             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3203           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3204             files</li>
3205           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3206           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3207             link but no description</li>
3208           <li>Select primary source when selecting authority in
3209             database fetcher GUI</li>
3210           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3211             Jalview</li>
3212           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3213         </ul>
3214       </td>
3215       <td>
3216         <ul>
3217           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3218             displayed</li>
3219           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3220             secondary structure annotation line</li>
3221           <li>Sequence database accessions not imported when
3222             fetching alignments from Rfam</li>
3223           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3224             identical IDs</li>
3225           <li>View all structures does not always superpose
3226             structures</li>
3227           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3228             reflect user or preset settings</li>
3229           <li>Null pointer exceptions for some services without
3230             presets or adjustable parameters</li>
3231           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3232             discover PDB xRefs</li>
3233           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3234             features with DAS</li>
3235           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3236             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3237           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3238             residue follows a gap</li>
3239           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3240             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3241           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3242             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3243           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3244             annotation already exists on alignment</li>
3245           <li>oninit javascript function should be called after
3246             initialisation completes</li>
3247           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3248             alignment window display</li>
3249           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3250           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3251             to annotation file</li>
3252           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3253             groups created</li>
3254           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3255             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3256           <li>Pressing return several times causes Number Format
3257             exceptions in keyboard mode</li>
3258           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3259             correct partitions for input data</li>
3260           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3261           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3262           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3263           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3264             mode</li>
3265           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3266             changes one row&#39;s threshold</li>
3267           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3268             doesn&#39;t open</li>
3269           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3270             quality histograms</li>
3271         </ul>
3272       </td>
3273     </tr>
3274     <tr>
3275       <td><div align="center">
3276           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3277         </div></td>
3278       <td><em>Application</em>
3279         <ul>
3280           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3281             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3282           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3283             preferences</li>
3284           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3285             in Jalview alignment window</li>
3286           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3287             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3288           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3289             RNA and ambiguity codes</li>
3290
3291           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3292           <li>Support fetching and database reference look up
3293             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3294             refs')</li>
3295           <li>Jalview project improvements
3296             <ul>
3297               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3298                 flag for annotation</li>
3299               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3300                 alignment</li>
3301               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3302                 Jalview project</li>
3303
3304             </ul>
3305           </li>
3306           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3307           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3308             running</li>
3309           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3310           <li>visual indication that web service results are still
3311             being retrieved from server</li>
3312           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3313             starts up for first time</li>
3314           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3315             services</li>
3316           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3317             client library</li>
3318           <li>Examples directory and Groovy library included in
3319             InstallAnywhere distribution</li>
3320         </ul> <em>Applet</em>
3321         <ul>
3322           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3323             visualization applet example</li>
3324         </ul> <em>General</em>
3325         <ul>
3326           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3327           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3328             defaults</li>
3329           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3330             calculation</li>
3331           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3332             matrices
3333           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3334             in HTML</li>
3335           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3336             structure contacts</li>
3337           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3338           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3339           <li>Parse sequence associated secondary structure
3340             information in Stockholm files</li>
3341           <li>HTML Export database accessions and annotation
3342             information presented in tooltip for sequences</li>
3343           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3344             style RNA alignment files</li>
3345           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3346             alignment</li>
3347           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3348             shade each sequence according to its associated alignment
3349             annotation</li>
3350           <li>New Jalview Logo</li>
3351         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3352         <ul>
3353           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3354           <li>New Website!</li>
3355         </ul></td>
3356       <td><em>Application</em>
3357         <ul>
3358           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3359             wsdbfetch REST service</li>
3360           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3361           <li>Filetype associations not installed for webstart
3362             launch</li>
3363           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3364             job execution in full once it is complete</li>
3365           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3366             uploaded via ali_file parameter</li>
3367           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3368           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3369           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3370             submitted for prediction</li>
3371           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3372             desktop window</li>
3373           <li>Putting fractional value into integer text box in
3374             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3375           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3376             windows 7</li>
3377           <li>View all structures fails with exception shown in
3378             structure view</li>
3379           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3380             escaped in a platform independent way</li>
3381           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3382             using proxy</li>
3383           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3384             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3385           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3386             failure when java web start temporary file caching is
3387             disabled</li>
3388           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3389             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3390           <li>Errors during processing of command line arguments
3391             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3392           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3393             DAS sources in sequence fetcher</li>
3394           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3395             dialog is shown</li>
3396           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3397           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3398           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3399           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3400             on OSX Mountain Lion</li>
3401           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3402             sequences with alignment annotation are pasted into the
3403             alignment</li>
3404           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3405             when loaded from Jalview project</li>
3406           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3407           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3408             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3409           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3410             associated with all views</li>
3411           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3412             annotation rows to new window</li>
3413         </ul> <em>Applet</em>
3414         <ul>
3415           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3416             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3417           <li>loading features via javascript API automatically
3418             enables feature display</li>
3419           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3420             work</li>
3421         </ul> <em>General</em>
3422         <ul>
3423           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3424           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3425             and then deselected</li>
3426           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3427           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3428             coloured with clustalx</li>
3429           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3430             exceptions and redraw errors</li>
3431           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3432             reconfigured view</li>
3433           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3434             colour</li>
3435           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3436             for lots of labels</li>
3437         </ul>
3438     </tr>
3439     <tr>
3440       <td>
3441         <div align="center">
3442           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3443         </div>
3444       </td>
3445       <td><em>Application</em>
3446         <ul>
3447           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3448           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3449           <li>View/alignment association menu to enable user to
3450             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3451             its colours/correspondences from</li>
3452           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3453           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3454             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3455           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3456           <li>Annotation row column label formatting attributes
3457             stored in project file</li>
3458           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3459             rows preserved in Jalview project file</li>
3460           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3461             saved using Desktop window menu</li>
3462           <li>Visual indication that command line arguments are
3463             still being processed</li>
3464           <li>Groovy script execution from URL</li>
3465           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3466             preferences</li>
3467           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3468             alignment with sequences that have high similarity and
3469             matching IDs</li>
3470           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3471           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3472             structures in same window</li>
3473           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3474           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3475             analysis function in its own submenu</li>
3476         </ul> <em>Applet</em>
3477         <ul>
3478           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3479             groups</li>
3480           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3481           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3482           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3483           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3484           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3485             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3486           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3487           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3488             parameters are treated as such</li>
3489           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3490             <ul>
3491               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3492               <li>Javascript callbacks for
3493                 <ul>
3494                   <li>Applet initialisation</li>
3495                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3496                 </ul>
3497               </li>
3498               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3499                 functions</li>
3500               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3501               <li>javascript structure viewer harness to pass
3502                 messages between Jmol and Jalview when running as
3503                 distinct applets</li>
3504               <li>sortBy method</li>
3505               <li>Set of applet and application examples shipped
3506                 with documentation</li>
3507               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3508                 javascript message exchange</li>
3509             </ul>
3510         </ul> <em>General</em>
3511         <ul>
3512           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3513             multiple alignments</li>
3514           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3515           <li>User configurable link to enable redirects to a
3516             www.Jalview.org mirror</li>
3517           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3518           <li>Configurable newline string when writing alignment
3519             and other flat files</li>
3520           <li>Allow alignment annotation description lines to
3521             contain html tags</li>
3522         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3523         <ul>
3524           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3525             examples</li>
3526           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3527             using a web service before displaying the result in the
3528             Jalview desktop</li>
3529           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3530           <li>Ant target to publish example html files with applet
3531             archive</li>
3532           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3533           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3534         </ul></td>
3535       <td><em>Application</em>
3536         <ul>
3537           <li>User defined colourscheme throws exception when
3538             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3539           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3540             dialog for valid filename/format</li>
3541           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3542           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3543             P37173</li>
3544           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3545             which sequence is to be associated with the file</li>
3546           <li>Find All raises null pointer exception when query
3547             only matches sequence IDs</li>
3548           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3549           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3550             2.4 cannot be loaded</li>
3551           <li>Filetype associations not installed for webstart
3552             launch</li>
3553           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3554             with sequences in different alignments do not get coloured
3555             by their associated sequence</li>
3556           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3557             not preserved when project is loaded</li>
3558           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3559             stored in Jalview project</li>
3560           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3561             Jalview project</li>
3562           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3563           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3564             by conservation</li>
3565           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3566             created on new view</li>
3567           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3568             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3569           <li>Alignment quality not updated after alignment
3570             annotation row is hidden then shown</li>
3571           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3572             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3573           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3574             properly</li>
3575           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3576             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3577           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3578           <li>Structures imported from file and saved in project
3579             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3580           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3581             job execution in full once it is complete</li>
3582         </ul> <em>Applet</em>
3583         <ul>
3584           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3585             annotation rows are displayed</li>
3586           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3587             codebase</li>
3588           <li>View follows highlighting does not work for positions
3589             in sequences</li>
3590           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3591           <li>Export features raises exception when no features
3592             exist</li>
3593           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3594             for javascript api is modified when separator string
3595             provided as parameter</li>
3596           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3597             alignment with no existing selection</li>
3598           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3599             to applet&#39;s codebase</li>
3600           <li>Status bar not updated after finished searching and
3601             search wraps around to first result</li>
3602           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3603             several Jalview applets causes race conditions and memory
3604             leaks</li>
3605           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3606             not sent from Jmol in applet</li>
3607           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3608             applet API fatally hang browser</li>
3609         </ul> <em>General</em>
3610         <ul>
3611           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3612             position with wrapped view and hidden regions</li>
3613           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3614             with/without hidden columns</li>
3615           <li>Sequence length given in alignment properties window
3616             is off by 1</li>
3617           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3618             import PDB like structure files</li>
3619           <li>Positional search results are only highlighted
3620             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3621           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3622           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3623             given sequence position</li>
3624           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3625             output</li>
3626           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3627             from nucleotide chains correctly</li>
3628           <li>Structure colours not updated when tree partition
3629             changed in alignment</li>
3630           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3631             parsed in interleaved stockholm</li>
3632           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3633             state</li>
3634           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3635             properly</li>
3636           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3637             properly associated with their pdb files</li>
3638         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3639         <ul>
3640           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3641             ApplyCopyright tool</li>
3642         </ul></td>
3643     </tr>
3644     <tr>
3645       <td>
3646         <div align="center">
3647           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3648         </div>
3649       </td>
3650       <td><em>Application</em>
3651         <ul>
3652           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3653             contact web services</li>
3654           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3655             service job window</li>
3656           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3657         </ul></td>
3658       <td>
3659         <ul>
3660           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3661             pir file emitted by Jalview</li>
3662           <li>Existing feature settings transferred to new
3663             alignment view created from cut'n'paste</li>
3664           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3665             parsing PDB files</li>
3666           <li>Consensus and conservation annotation rows
3667             occasionally become blank for all new windows</li>
3668           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3669             in wrapped view mode</li>
3670         </ul> <em>Application</em>
3671         <ul>
3672           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3673             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3674           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3675             parameter names</li>
3676           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3677             is down</li>
3678         </ul>
3679       </td>
3680     </tr>
3681     <tr>
3682       <td>
3683         <div align="center">
3684           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3685         </div>
3686       </td>
3687       <td><em>Application</em>
3688         <ul>
3689           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3690             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3691             (JABAWS)
3692           </li>
3693           <li>Web Services preference tab</li>
3694           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3695             preferences</li>
3696           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3697           <li>Superpose structures using associated sequence
3698             alignment</li>
3699           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3700             viewer</li>
3701         </ul> <em>Applet</em>
3702         <ul>
3703           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3704             link out mechanism</li>
3705         </ul> <em>Other</em>
3706         <ul>
3707           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3708             series 12</li>
3709           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3710             require Java 1.5</li>
3711           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3712             sequence annotation files</li>
3713           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3714             type colour specification</li>
3715           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3716             script to check if it being run in an interactive session or
3717             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3718         </ul></td>
3719       <td>
3720         <ul>
3721           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3722             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3723         </ul> <em>Application</em>
3724         <ul>
3725           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3726             selected Regions menu item</li>
3727           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3728             part of a valid accession ID</li>
3729           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3730             runs out of memory</li>
3731           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3732             analysis results</li>
3733           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3734             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3735           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3736         </ul> <em>Applet</em>
3737         <ul>
3738           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3739             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3740             defined.</li>
3741         </ul>
3742       </td>
3743     </tr>
3744     <tr>
3745       <td>
3746         <div align="center">
3747           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3748         </div>
3749       </td>
3750       <td></td>
3751       <td>
3752         <ul>
3753           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3754             sequence IDs</li>
3755           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3756             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3757           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3758             import correctly</li>
3759           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3760             number of columns are hidden</li>
3761           <li>annotation label popup menu not providing correct
3762             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3763             present</li>
3764           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3765             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3766           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3767             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3768
3769         </ul> <em>Applet</em>
3770         <ul>
3771           <li>annotation panel disappears when annotation is
3772             hidden/removed</li>
3773         </ul> <em>Application</em>
3774         <ul>
3775           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3776             alignment opened where annotation panel is visible but no
3777             annotations are present on alignment</li>
3778           <li>pasted region containing hidden columns is
3779             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3780           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3781             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3782           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3783             selected Rregions menu item.</li>
3784           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3785             'Un' or 'Non'conserved</li>
3786           <li>Sequence feature settings are being shared by
3787             multiple distinct alignments</li>
3788           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3789             changed</li>
3790           <li>double click on group annotation to select sequences
3791             does not propagate to associated trees</li>
3792           <li>Mac OSX specific issues:
3793             <ul>
3794               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3795                 window background</li>
3796               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3797                 name set correctly</li>
3798               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3799                 save feature colourscheme button</li>
3800             </ul>
3801           </li>
3802         </ul>
3803       </td>
3804     </tr>
3805     <tr>
3806
3807       <td>
3808         <div align="center">
3809           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3810         </div>
3811       </td>
3812       <td><em>New Capabilities</em>
3813         <ul>
3814           <li>URL links generated from description line for
3815             regular-expression based URL links (applet and application)
3816
3817           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3818             menu</li>
3819           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3820             structures</li>
3821           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3822             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3823           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3824             average score or total feature count for each sequence.</li>
3825           <li>Shading features by score or associated description</li>
3826           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3827             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3828           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3829             hide everything but the currently selected region.</li>
3830           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3831         </ul> <em>Application</em>
3832         <ul>
3833           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3834             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3835           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3836             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3837           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3838             database references and protein_name is parsed as
3839             description line (BioSapiens terms).</li>
3840           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3841             references in sequence ID tooltip from View menu in
3842             application.</li>
3843           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3844       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3845           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3846             conservation plots</li>
3847           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3848             and visualized as sequence logos</li>
3849           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3850             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3851           </li>
3852           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3853             when a new tree is opened.</li>
3854           <li>Jalview Java Console</li>
3855           <li>Better placement of desktop window when moving
3856             between different screens.</li>
3857           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3858             consensus annotation</li>
3859           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3860             Workflows</li>
3861           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3862             <ul>
3863               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3864                 used to preserve views, structures, and tree display
3865                 settings)</li>
3866               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3867                 command line</li>
3868               <li>Sharing of selected regions between views and
3869                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3870               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3871             </ul></li>
3872         </ul> <em>Applet</em>
3873         <ul>
3874           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3875           <li>New Parameters
3876             <ul>
3877               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3878                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3879                 opened.</li>
3880               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3881                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3882               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3883                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3884               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3885                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3886                 view</li>
3887               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3888                 increase the height or width of a cell in the alignment
3889                 grid relative to the current font size.</li>
3890             </ul>
3891           </li>
3892           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3893             tooltip</li>
3894         </ul> <em>Other</em>
3895         <ul>
3896           <li>Features format: graduated colour definitions and
3897             specification of feature scores</li>
3898           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3899             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3900             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3901           <li>XML formats extended to support graduated feature
3902             colourschemes, group associated annotation, and profile
3903             visualization settings.</li></td>
3904       <td>
3905         <ul>
3906           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3907             rather than description</li>
3908           <li>Non-positional features are now included in sequence
3909             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3910             visibility in tooltip).</li>
3911           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3912           <li>Added URL embedding instructions to features file
3913             documentation.</li>
3914           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3915             'X' in peptide product</li>
3916           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3917             sequence ID and sequence string and query strings do not
3918             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3919           <li>AMSA files only contain first column of
3920             multi-character column annotation labels</li>
3921           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3922             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3923             exported and re-imported)</li>
3924           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3925             name</li>
3926           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3927             as subsequence matches, and correctly reports total number
3928             of both.</li>
3929           <li>Application:
3930             <ul>
3931               <li>Better handling of exceptions during sequence
3932                 retrieval</li>
3933               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3934                 link text excludes the start_end suffix</li>
3935               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3936                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3937               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3938               <li>Sequence description lines properly shared via
3939                 VAMSAS</li>
3940               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3941                 data sources</li>
3942               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3943                 completes before alignment figures are generated.</li>
3944               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3945                 first time.</li>
3946               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3947                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3948               <li>User defined group colours properly recovered
3949                 from Jalview projects.</li>
3950             </ul>
3951           </li>
3952         </ul>
3953       </td>
3954
3955     </tr>
3956     <tr>
3957       <td>
3958         <div align="center">
3959           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3960         </div>
3961       </td>
3962       <td>
3963         <ul>
3964           <li>Experimental support for google analytics usage
3965             tracking.</li>
3966           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3967         </ul>
3968       </td>
3969       <td>
3970         <ul>
3971           <li>Race condition in applet preventing startup in
3972             jre1.6.0u12+.</li>
3973           <li>Exception when feature created from selection beyond
3974             length of sequence.</li>
3975           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3976           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3977             all sequences with a given id</li>
3978           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3979             ID string searches</li>
3980           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3981             alignment to fail with exception</li>
3982         </ul> <em>Application Issues</em>
3983         <ul>
3984           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3985           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3986             data sources</li>
3987         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3988         <ul>
3989           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3990             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3991           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3992             version (java class versioning error fixed)</li>
3993         </ul>
3994       </td>
3995     </tr>
3996     <tr>
3997       <td>
3998
3999         <div align="center">
4000           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4001         </div>
4002       </td>
4003       <td><em>User Interface</em>
4004         <ul>
4005           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4006             translation and protein products</li>
4007           <li>Linked highlighting of structure associated with
4008             residue mapping to codon position</li>
4009           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4010             and 'clear' button</li>
4011           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4012             Tools menu</li>
4013           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4014             numeric data in description line</li>
4015           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4016           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4017             of sequence</li>
4018         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4019         <ul>
4020           <li>JPred3 web service</li>
4021           <li>Prototype sequence search client (no public services
4022             available yet)</li>
4023           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4024             PFAM</li>
4025           <li>URL Links created for matching database cross
4026             references as well as sequence ID</li>
4027           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4028         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4029         <ul>
4030           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4031             databases</li>
4032           <li>Generalised database reference retrieval and
4033             validation to all fetchable databases</li>
4034           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4035             sequence command</li>
4036         </ul> <em>Import and Export</em>
4037         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4038         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4039           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4040         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4041           File</li>
4042         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4043           triplet as name of colourscheme</li>
4044         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4045         <ul>
4046           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4047           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4048             alignments (experimental)</li>
4049           <li>Create new or select existing session to join</li>
4050           <li>load and save of vamsas documents</li>
4051         </ul> <em>Application command line</em>
4052         <ul>
4053           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4054             from applet)</li>
4055           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4056             of DAS servers to query for alignment features</li>
4057           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4058             that are also automatically queried for features</li>
4059           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4060             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4061         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4062         <ul>
4063           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4064             application (when using &quot;View in full
4065             application&quot;)</li>
4066         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4067         <ul>
4068           <li>feature group display control parameter</li>
4069           <li>debug parameter</li>
4070           <li>showbutton parameter</li>
4071         </ul> <em>Applet API methods</em>
4072         <ul>
4073           <li>newView public method</li>
4074           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4075           <li>Feature display control methods</li>
4076           <li>get list of currently selected sequences</li>
4077         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4078         <ul>
4079           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4080           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4081             Jalview release.</li>
4082           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4083             property controls execution of obfuscator</li>
4084           <li>Build target for generating source distribution</li>
4085           <li>Debug flag for javacc</li>
4086           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4087             jalview.bin.Cache</li>
4088           <li>Continuous Build Integration for stable and
4089             development version of Application, Applet and source
4090             distribution</li>
4091         </ul></td>
4092       <td>
4093         <ul>
4094           <li>selected region output includes visible annotations
4095             (for certain formats)</li>
4096           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4097             for editing</li>
4098           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4099           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4100           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4101           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4102             comments</li>
4103           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4104             filenames containing a ':'</li>
4105           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4106             global sequence features</li>
4107           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4108             references from alignment sequences goes to zero</li>
4109           <li>Close of tree branch colour box without colour
4110             selection causes cascading exceptions</li>
4111           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4112           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4113             file parsing fails.</li>
4114           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4115           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4116             not a valid output format</li>
4117           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4118             vamsas</li>
4119           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4120           <li>error messages passed up and output when data read
4121             fails</li>
4122           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4123             sequence is edited</li>
4124           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4125             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4126           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4127             filetype</li>
4128           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4129             import fixed for PFAM records</li>
4130           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4131             window list</li>
4132           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4133             can be read and written correctly to annotation file</li>
4134           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4135             correctly</li>
4136           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4137             non-italic font for representatives in Applet</li>
4138           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4139             Macs.</li>
4140           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4141             Applet)</li>
4142           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4143             due to null pointer exceptions</li>
4144           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4145             first column of alignment</li>
4146           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4147             July 2008</li>
4148           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4149             file is case-insensitive</li>
4150           <li>Sequence features read from Features file appended to
4151             all sequences with matching IDs</li>
4152           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4153             containing a sub-sequence</li>
4154           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4155           <li>feature and annotation file applet parameters
4156             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4157           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4158           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4159             splash-screen version check to complete</li>
4160           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4161             when passing them to the launchApp service</li>
4162           <li>display name and local features preserved in results
4163             retrieved from web service</li>
4164           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4165             sequence fetcher initialisation</li>
4166           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4167             dasobert DAS client</li>
4168           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4169             association</li>
4170           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4171             sequences
4172           </li>
4173         </ul>
4174       </td>
4175     </tr>
4176     <tr>
4177       <td>
4178         <div align="center">
4179           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4180         </div>
4181       </td>
4182       <td>
4183         <ul>
4184           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4185           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4186           <li>Slide sequences</li>
4187           <li>Edit sequence in place</li>
4188           <li>EMBL CDS features</li>
4189           <li>DAS Feature mapping</li>
4190           <li>Feature ordering</li>
4191           <li>Alignment Properties</li>
4192           <li>Annotation Scores</li>
4193           <li>Sort by scores</li>
4194           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4195         </ul>
4196       </td>
4197       <td>
4198         <ul>
4199           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4200           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4201           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4202           <li>Feature group display state in XML</li>
4203           <li>Feature ordering in XML</li>
4204           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4205           <li>Stockholm alignment properties</li>
4206           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4207           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4208           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4209           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4210         </ul>
4211       </td>
4212
4213     </tr>
4214     <tr>
4215       <td>
4216         <div align="center">
4217           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4218         </div>
4219       </td>
4220       <td>
4221         <ul>
4222           <li>Non standard characters can be read and displayed
4223           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4224             applet via textbox
4225           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4226             name &amp; description
4227           <li>Preference setting to display sequence name in
4228             italics
4229           <li>Annotation file format extended to allow
4230             Sequence_groups to be defined
4231           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4232             specified in preferences
4233           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4234             sequences
4235         </ul>
4236       </td>
4237       <td>
4238         <ul>
4239           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4240             installed
4241           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4242           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4243         </ul>
4244       </td>
4245     </tr>
4246     <tr>
4247       <td>
4248         <div align="center">
4249           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4250         </div>
4251       </td>
4252       <td>
4253         <ul>
4254           <li>Multiple views on alignment
4255           <li>Sequence feature editing
4256           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4257           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4258           <li>Background dependent text colour
4259           <li>Right align sequence ids
4260           <li>User-defined lower case residue colours
4261           <li>Format Menu
4262           <li>Select Menu
4263           <li>Menu item accelerator keys
4264           <li>Control-V pastes to current alignment
4265           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4266           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4267           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4268
4269           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4270         </ul>
4271       </td>
4272       <td>
4273         <ul>
4274           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4275           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4276             calculations
4277           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4278             edits
4279           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4280             of alignment)
4281           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4282
4283           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4284             display correctly
4285           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4286           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4287             analysis results
4288           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4289             &#8739;
4290           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4291           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4292           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4293
4294         </ul>
4295       </td>
4296     </tr>
4297     <tr>
4298       <td>
4299         <div align="center">
4300           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4301         </div>
4302       </td>
4303       <td>
4304         <ul>
4305           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4306         </ul>
4307       </td>
4308       <td>
4309         <ul>
4310           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4311             sequence id panel has been resized</li>
4312           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4313             rendered</li>
4314           <li>Annotation files with sequence references - all
4315             elements in file are relative to sequence position</li>
4316           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4317         </ul>
4318       </td>
4319     </tr>
4320     <tr>
4321       <td>
4322         <div align="center">
4323           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4324         </div>
4325       </td>
4326       <td>
4327         <ul>
4328           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4329           <li>DAS Feature fetching</li>
4330           <li>Hide sequences and columns</li>
4331           <li>Export Annotations and Features</li>
4332           <li>GFF file reading / writing</li>
4333           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4334             files</li>
4335           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4336           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4337           <li>Applet can launch the full application</li>
4338           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4339             required)</li>
4340           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4341           <li>Applet can load sequences from parameter
4342             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4343           </li>
4344         </ul>
4345       </td>
4346       <td>
4347         <ul>
4348           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4349           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4350           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4351         </ul>
4352       </td>
4353     </tr>
4354     <tr>
4355       <td>
4356         <div align="center">
4357           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4358         </div>
4359       </td>
4360       <td>
4361         <ul>
4362           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4363           <li>Choose to match case when searching</li>
4364           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4365             expand the visible width and height of the alignment</li>
4366         </ul>
4367       </td>
4368       <td>
4369         <ul>
4370           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4371         </ul>
4372       </td>
4373     </tr>
4374     <tr>
4375       <td>
4376         <div align="center">
4377           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4378         </div>
4379       </td>
4380       <td>&nbsp;</td>
4381       <td>
4382         <ul>
4383           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4384           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4385             value</li>
4386         </ul>
4387       </td>
4388     </tr>
4389     <tr>
4390       <td>
4391         <div align="center">
4392           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4393         </div>
4394       </td>
4395       <td>
4396         <ul>
4397           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4398           <li>Keyboard editing</li>
4399           <li>Create sequence features from searches</li>
4400           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4401             alignments</li>
4402           <li>Features file allows grouping of features</li>
4403           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4404           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4405           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4406         </ul>
4407       </td>
4408       <td>
4409         <ul>
4410           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4411           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4412             descriptions saved.</li>
4413         </ul>
4414       </td>
4415     </tr>
4416     <tr>
4417       <td>
4418         <div align="center">
4419           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4420         </div>
4421       </td>
4422       <td>
4423         <ul>
4424           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4425           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4426           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4427             name for file output</li>
4428           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4429           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4430             used for HTML form input</li>
4431         </ul>
4432       </td>
4433       <td>
4434         <ul>
4435           <li>HTML output writes groups and features</li>
4436           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4437           <li>File IO bugs</li>
4438         </ul>
4439       </td>
4440     </tr>
4441     <tr>
4442       <td>
4443         <div align="center">
4444           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4445         </div>
4446       </td>
4447       <td>
4448         <ul>
4449           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4450           <li>More options for PCA viewer</li>
4451         </ul>
4452       </td>
4453       <td>
4454         <ul>
4455           <li>GUI bugs resolved</li>
4456           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4457         </ul>
4458       </td>
4459     </tr>
4460     <tr>
4461       <td height="63">
4462         <div align="center">
4463           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4464         </div>
4465       </td>
4466       <td>
4467         <ul>
4468           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4469           <li>Jar files are executable</li>
4470           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4471         </ul>
4472       </td>
4473       <td>
4474         <ul>
4475           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4476           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4477           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4478         </ul>
4479       </td>
4480     </tr>
4481     <tr>
4482       <td>
4483         <div align="center">
4484           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4485         </div>
4486       </td>
4487       <td>
4488         <ul>
4489           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4490         </ul>
4491       </td>
4492       <td>
4493         <ul>
4494           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4495         </ul>
4496       </td>
4497     </tr>
4498     <tr>
4499       <td>
4500         <div align="center">
4501           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4502         </div>
4503       </td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4507             size</li>
4508         </ul>
4509       </td>
4510       <td>
4511         <ul>
4512           <li>Improved JPred client reliability</li>
4513           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4514         </ul>
4515       </td>
4516     </tr>
4517     <tr>
4518       <td>
4519         <div align="center">
4520           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4521         </div>
4522       </td>
4523       <td>
4524         <ul>
4525           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4526           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4527           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4528             to Colour Menu</li>
4529           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4530           <li>Unix users can set default web browser</li>
4531           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4532           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4533         </ul>
4534       </td>
4535       <td>
4536         <ul>
4537           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4538         </ul>
4539       </td>
4540     </tr>
4541     <tr>
4542       <td>
4543         <div align="center">
4544           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4545         </div>
4546       </td>
4547       <td>&nbsp;</td>
4548       <td>
4549         <ul>
4550           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4551             alignment order.</li>
4552         </ul>
4553       </td>
4554     </tr>
4555     <tr>
4556       <td>
4557         <div align="center">
4558           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4559         </div>
4560       </td>
4561       <td>
4562         <ul>
4563           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4564           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4565           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4566             annotations.</li>
4567           <li>Version and build date written to build properties
4568             file.</li>
4569           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4570             at launch of Jalview.</li>
4571         </ul>
4572       </td>
4573       <td>
4574         <ul>
4575           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4576           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4577           <li>Can remove groups one by one.</li>
4578           <li>Filechooser icons installed.</li>
4579           <li>Finder ignores return character when searching.
4580             Return key will initiate a search.<br>
4581           </li>
4582         </ul>
4583       </td>
4584     </tr>
4585     <tr>
4586       <td>
4587         <div align="center">
4588           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4589         </div>
4590       </td>
4591       <td>
4592         <ul>
4593           <li>New codebase</li>
4594         </ul>
4595       </td>
4596       <td>&nbsp;</td>
4597     </tr>
4598   </table>
4599   <p>&nbsp;</p>
4600 </body>
4601 </html>