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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
  61           <em>29/10/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64
  65         </ul>
  66       </td>
  67       <td align="left" valign="top">
  68         <ul>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
  71             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
  75             sequences can be classed as nucleotide
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
  79             sequences after alignment of protein products (known defect
  80             first reported for 2.11.1.0)
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic features
  84             outwith CDS shown overlaid on protein
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
  88             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
  89             ribosomal slippage, since 2.9.0)
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
  93             CDS features
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
  97             always select corresponding protein sequences
  98           </li>
  99         </ul> <em>Installer</em>
 100         <ul>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 103             Windows prevents install4j launching getdown
 104           </li>
 105         </ul> <em>Development</em>
 106         <ul>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 109             version numbers in doc/building.md
 110           </li>
 111         </ul>
 112       </td>
 113     </tr>
 114     <tr>
 115       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 116           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 117           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 118       <td align="left" valign="top">
 119         <ul>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 126             "Encountered problems opening
 127             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 128           </li>
 129         </ul>
 130       </td>
 131     </tr>
 132     <tr>
 133       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 134           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 135           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 136       <td align="left" valign="top">
 137         <ul>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 140             residue in cursor mode
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 144             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 148             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 149             improved compatibility with JalviewJS
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 153             alignments from Pfam and Rfam
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 157             import (no longer based on .gz extension)
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 164             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 165             EMBL flat file
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 169             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 170             saving or making backup files.
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 174             <ul>
 175               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 176               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 177             </ul>
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 181             when running on Linux (Requires Java 11+)
 182           </li>
 183         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 184         <ul>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 187             through a system property
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 191             line help for configuring Jalview's memory
 192           </li>
 193         </ul>
 194       </td>
 195       <td align="left" valign="top">
 196         <ul>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 199             but not calculated and no protein or DNA score models are
 200             available for tree/PCA calculation when launched with
 201             Turkish language locale
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 205             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 209             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 213             sequence under the cursor
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 217             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 221             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 222             '%s'" on the console
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 226             when there are both local and complementary features mapped
 227             to the position under the cursor
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 231             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 235             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 239             internationalised text for some messages and log output
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 243             hidden gapped columns
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 247             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 251             specifying output format when exporting an alignment via the
 252             command line
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 256             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 257             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 258             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 259             file again, and if that fails, delete the original file and
 260             save in place.)
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 264             via command line
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 268             program and documentation
 269           </li>
 270         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 271         <ul>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 274             first time for a version that has different jars to the
 275             previous launched version.
 276           </li>
 277         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 278         <ul>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 281             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 282             OutOfMemory error.
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 286             monitor the release channel
 287           </li>
 288         </ul> <em>New Known defects</em>
 289         <ul>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 292             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 293             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 294             genome of RNA viruses)
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 298             are ordered differently when shown on alignment and in
 299             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 303             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 304             works for the top left quadrant of the alignment window
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 308             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 312             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 316             protein products for certain ENA records are repeatedly
 317             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 318           </li>
 319         </ul>
 320       </td>
 321     </tr>
 322     <tr>
 323       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 324           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 325           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 326       <td align="left" valign="top">
 327         <ul>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 330             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 331             for display in alignments, on structure views (including
 332             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 333             export.
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 337             exported and re-imported as GFF3 files
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 341             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 345             validation while parsing
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 349             position if reopened
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 353             of associated view
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 357             enabled by default
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 361             tooltips and menus
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 365             with no feature types visible
 366           </li>
 367           <li>
 368           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 369           </li>
 370         </ul><em>Jalview Installer</em>
 371             <ul>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 374             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 378           </li>
 379           <li>
 380             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 381           </li>
 382               <li>
 383                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 384               <li>
 385                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 386         </ul> <em>Release processes</em>
 387         <ul>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 393           </li>
 394         </ul> <em>Build System</em>
 395         <ul>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 401             report
 402           </li>
 403         </ul>
 404         <em>Groovy Scripts</em>
 405             <ul>
 406           <li>
 407             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 408             to stdout containing the consensus sequence for each
 409             alignment in a Jalview session
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 413             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 414             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 415           </li>
 416         </ul>
 417       </td>
 418       <td align="left" valign="top">
 419         <ul>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 422             'Show hidden markers' option is not ticked
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 426             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 427             jalview preferences or properties file
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 431             'Show Sequence Features' option is not ticked
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 435             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 436             features are visible
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 440             equal when split frame is first opened
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 444             correct after editing a sequence's start position
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 448             with annotation and exceptions thrown when only a few
 449             columns shown in wrapped mode
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 453             wrapped alignment figure with annotations
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 457             ID fails with ClassCastException
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 461             Project
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 465             feature settings dialog also selects columns
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 469             IllegalArgumentException in some circumstances
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 473             opened for a view
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 477             alignment window is closed
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 481             help documentation for 2.11.0 release
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 485             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 486             Uniprot Accession
 487           </li>
 488         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 489         <ul>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 492             PDB/Uniprot search panel
 493           </li>
 494         </ul> <em>Installer</em>
 495         <ul>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 498             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 499           </li>
 500         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 501         <ul>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 504             repository
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 508             memory
 509           </li>
 510         </ul> <em>New Known Issues</em>
 511         <ul>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 514             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 515             command line
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 519             clipped in headless figure export when Right Align option
 520             enabled
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 524             'Source' in console output
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 528             bamboo server but run fine locally.
 529           </li>
 530         </ul>
 531       </td>
 532     </tr>
 533     <tr>
 534       <td width="60" align="center" nowrap>
 535           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 536             <em>04/07/2019</em></strong>
 537       </td>
 538       <td align="left" valign="top">
 539         <ul>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 542             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 543             source project) rather than InstallAnywhere
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 547             settings, receive over the air updates and launch specific
 548             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 549               Rings' GetDown</a>)
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 553             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 557             arguments and switch between different getdown channels
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 561             or alignment files
 562           </li>
 563
 564           <li>
 565             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 566             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 569             'Translate as cDNA'</li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 572           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 573             <ul>
 574                       <li>
 575             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 576             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 577           <li>
 578                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 579                 features can be filtered and shaded according to any
 580                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 581                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 582                 file)
 583               </li>
 584               <li>
 585                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 586                 stored and restored from Jalview Projects
 587               </li>
 588               <li>
 589                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 590                 recognise variant features
 591               </li>
 592               <li>
 593                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 594                 sequences (also coloured red by default)
 595               </li>
 596               <li>
 597                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 598                 details
 599               </li>
 600               <li>
 601                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 602                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 603               </li>
 604               <li>
 605                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 606                 dialog
 607               </li>
 608             </ul>
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 612             tree and PCA calculations
 613           </li>
 614           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 615             <ul>
 616               <li>
 617                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 618                 and Viewer state saved in Jalview Project
 619               </li>
 620               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 621                 drop-down menus</li>
 622               <li>
 623                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 624                 incrementally
 625               </li>
 626               <li>
 627                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 628               </li>
 629             </ul>
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 633           </li>
 634           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 635           <ul>
 636               <li>
 637                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 638                 multiple groups when working with large alignments
 639               </li>
 640               <li>
 641                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 642                 Stockholm files
 643               </li>
 644             </ul>
 645           <li><strong>User Interface</strong>
 646           <ul>
 647               <li>
 648                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 649                 view
 650               </li>
 651               <li>
 652                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 653                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 654                 default (can be changed in user preferences)
 655               </li>
 656               <li>
 657                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 658                 to the Overwrite Dialog
 659               </li>
 660               <li>
 661                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 662                 sequences are hidden
 663               </li>
 664               <li>
 665                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 666                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 667               </li>
 668               <li>
 669                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 670                 labels
 671               </li>
 672               <li>
 673                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 674                 when in wrapped mode
 675               </li>
 676               <li>
 677                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 678                 annotation
 679               </li>
 680               <li>
 681                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 682               </li>
 683               <li>
 684                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 685                 panel
 686               </li>
 687               <li>
 688                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 689                 popup menu
 690               </li>
 691               <li>
 692               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 693               <li>
 694               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 695
 696
 697             </ul></li>
 698             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 699           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 700             <ul>
 701               <li>
 702                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 703                 trapping CMD-Q
 704               </li>
 705             </ul></li>
 706         </ul>
 707         <em>Deprecations</em>
 708         <ul>
 709           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 710             capabilities removed from the Jalview Desktop
 711           </li>
 712           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 713             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 714             and XML based data retrieval clients</li>
 715           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 716           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 717         </ul> <em>Documentation</em>
 718         <ul>
 719           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 720             not supported in EPS figure export
 721           </li>
 722           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 723         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 724         <ul>
 725           <li>
 726           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 727           </li>
 728       <li>
 729       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 730           <li>
 731           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 732             gradle-eclipse
 733           </li>
 734           <li>
 735           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 736             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 737             execution
 738           </li>
 739           <li>
 740           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 741             operations
 742           </li>
 743           <li>
 744           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 745             issues resolved
 746           </li>
 747           <li>
 748           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 749             markdown (with HTML rendering)
 750           </li>
 751           <li>
 752           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 753           </li>
 754           <li>
 755           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 756             versions of Jalview
 757           </li>
 758         </ul>
 759       </td>
 760       <td align="left" valign="top">
 761         <ul>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 767             superposition in Jmol fail on Windows
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 771             structures for sequences with lots of PDB structures
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 775             monospaced font
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 779             project involving multiple views
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 783             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 784             Annotation dialog hides columns
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 788             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 789             one view, then making another selection in the other view
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 793             columns
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 797             Settings and Jalview Preferences panels
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 801             overview with large alignments
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 805             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 806             mouse moved to the left of the first column
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 810             hidden column marker via scale popup menu
 811           </li>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 814             doesn't tell users the invalid URL
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 818             score from view
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 822             show cross references or Fetch Database References are shown in
 823             red in original view
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 827             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 831             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 835             when columns are hidden
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 839             Columns by Annotation description
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 843             out of Scale or Annotation Panel
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 847             scale panel
 848           </li>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 851             alignment down
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 855             scale panel
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 859             Page Up in wrapped mode
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 869             on opening an alignment
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 873             Colour menu
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 877             different groups in the alignment are selected
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 881             correctly in menu
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 885             threshold limit
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 889             threshold gets 'unrounded'
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 893             colour
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 897           </li>
 898           <li>
 899             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 903             Tree font
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 907             project file
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 911             shown in complementary view
 912           </li>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 915             without normalisation
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 919             of report
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 923           </li>
 924           <li>
 925           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 926           </li>
 927         </ul> <em>Editing</em>
 928         <ul>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 931             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 932             sequence
 933           </li>
 934           <li>
 935             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 936             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 937             removed (Known defect since 2.10)
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 941             dialog corrupts dataset sequence
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 945             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 946           </li>
 947         </ul> <em>Datamodel</em>
 948         <ul>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 951             sequence's End is greater than its length
 952           </li>
 953         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 954           general release)</em>
 955         <ul>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 958           </li>
 959         </ul> <em>New Known Defects</em>
 960         <ul>
 961         <li>
 962         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 963         </li>
 964         <li>
 965           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 966           regions of protein alignment.
 967         </li>
 968         <li>
 969           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 970           is restored from a Jalview 2.11 project
 971         </li>
 972         <li>
 973           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 974           'New View'
 975         </li>
 976         <li>
 977           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 978           columns within hidden columns
 979         </li>
 980         <li>
 981           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 982           window after dragging left to select columns to left of visible
 983           region
 984         </li>
 985         <li>
 986           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 987           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 988           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 989           create a Score filter instead.
 990         </li>
 991         <li>
 992         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 993         <li>
 994         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 995         </li>
 996         <li>
 997           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 998           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 999         </li>
1000         </ul>
1001         <em>Java 11 Specific defects</em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1005               alphabetically when saved
1006             </li>
1007         </ul>
1008       </td>
1009     </tr>
1010     <tr>
1011     <td width="60" nowrap>
1012       <div align="center">
1013         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1014       </div>
1015     </td>
1016     <td><div align="left">
1017         <em></em>
1018         <ul>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1021               InstallAnywhere increased to 1G.
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1025               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1026               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1027                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1028                 properties file.</em>
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1032               API and sequence data now imported as JSON.
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1036               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1037               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1038               property.
1039             </li>
1040           </ul>
1041           <em>Development</em>
1042           <ul>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1045               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1046                 Clover</a>
1047             </li>
1048           </ul>
1049         </div></td>
1050     <td><div align="left">
1051         <em></em>
1052         <ul>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1055               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1056               alignment.
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1060               annotation displayed.
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1064               for newly created group when 'Apply to all groups'
1065               selected
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1069               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1070               visible.
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1074               when sequences are selected in exported view.</em>
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1078               aren't rendered with correct colour.
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1082               types of knotted RNA secondary structure.
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1086               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1087               do not start at 1.
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1091               annotation when columns are inserted into an alignment,
1092               and when exporting as Stockholm flatfile.
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1096               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1097               treated as RNA secondary structure.
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1101               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1105               transfers focus to previous window on OSX
1106             </li>
1107           </ul>
1108           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1112               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1113               box.
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1117               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1118               'look and feel' which has improved compatibility with the
1119               latest version of OSX.
1120             </li>
1121           </ul>
1122         </div>
1123     </td>
1124     </tr>
1125     <tr>
1126       <td width="60" nowrap>
1127         <div align="center">
1128           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1129             <em>7/06/2018</em></strong>
1130         </div>
1131       </td>
1132       <td><div align="left">
1133           <em></em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1137               annotation retrieved from Uniprot
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1141               onto the Jalview Desktop
1142             </li>
1143           </ul>
1144         </div></td>
1145       <td><div align="left">
1146           <em></em>
1147           <ul>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1150               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1154               right-hand column parsed correctly
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1158               not alignment area in exported graphic
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1162               window has input focus
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1166               annotation added to view (Windows)
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1170               network connectivity is poor
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1174               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1175                 the currently open URL and links from a page viewed in
1176                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1177                 you are using Edge, only links in the page can be
1178                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1179                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1180             </li>
1181           </ul>
1182           <em>New Known Defects</em>
1183           <ul>
1184             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1185           </ul>
1186         </div></td>
1187     </tr>
1188     <tr>
1189       <td width="60" nowrap>
1190         <div align="center">
1191           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1192         </div>
1193       </td>
1194       <td><div align="left">
1195           <em></em>
1196           <ul>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1199               for disabling automatic superposition of multiple
1200               structures and open structures in existing views
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1204               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1205               adjust them.
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1209               Ensembl services
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1213               and lots of hidden columns
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1217               of features (particularly when transparency is disabled)
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1221               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1222               generally available
1223             </li>
1224           </ul>
1225           </div>
1226       </td>
1227       <td><div align="left">
1228           <ul>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1231               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1235               overlapping alignment panel
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1239               sequence as gaps
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1243               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1244               UTR
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1248               factor annotation not added to sequence when local PDB
1249               file associated with it by drag'n'drop or structure
1250               chooser
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1254               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1258               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1262               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1266               columns in annotation row
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1270               honored in batch mode
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1274               for structures added to existing Jmol view
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1278               entries after importing project with multiple views
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1282               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1283               with negative residue numbers or missing residues fails
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1287               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1288               as generated by CONSURF)
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1292               tooltip doesn't include a text description of mutation
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1296               structure and/or overview windows are also shown
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1300               very slow for alignments with large numbers of sequences
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1304               with 'StringIndexOutOfBounds'
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1308               platforms running Java 10
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1312               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1313             </li>
1314           </ul>
1315           <em>Applet</em>
1316           <ul>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1319               should copy the group consensus when popup is opened on it
1320             </li>
1321           </ul>
1322           <em>Batch Mode</em>
1323           <ul>
1324           <li>
1325             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1326           </li>
1327           </ul>
1328           <em>New Known Defects</em>
1329           <ul>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1332               editing a large alignment and overview is displayed
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1336               repeatedly after a series of edits even when the overview
1337               is no longer reflecting updates
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1341               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1342               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1343               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1347               option gives blank output
1348             </li>
1349           </ul>
1350         </div>
1351           </td>
1352     </tr>
1353     <tr>
1354       <td width="60" nowrap>
1355         <div align="center">
1356           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1357         </div>
1358       </td>
1359       <td><div align="left">
1360           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1361               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1362       <td><div align="left">
1363           <em>Desktop</em><ul>
1364           <ul>
1365             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1366             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1367             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1368             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1369             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1370             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1371             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1372           </ul>
1373           </div>
1374       </td>
1375     </tr>
1376     <tr>
1377       <td width="60" nowrap>
1378         <div align="center">
1379           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1380         </div>
1381       </td>
1382       <td><div align="left">
1383           <em></em>
1384           <ul>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1387               rendering of sequence features
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1391               429 rate limit request hander
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1395               their colours have changed
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1399               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1403               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1407               view from Ensembl locus cross-references
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1411               Alignment report
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1415               feature can be disabled
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1419               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1423               Uniprot
1424             </li>
1425           </ul>
1426           <em>Scripting</em>
1427           <ul>
1428             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1429             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1430               percent identity scores for current alignment.</li>
1431           </ul>
1432           <em>Testing and Deployment</em>
1433           <ul>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1436             </li>
1437           </ul>
1438         </div></td>
1439       <td><div align="left">
1440           <em>General</em>
1441           <ul>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1444               threshold text field doesn't trigger an update to the
1445               alignment view
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1449               strings in parallel
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1453               alignment window is closed
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1457               group visibility
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1461               takes a long time in Cursor mode
1462             </li>
1463           </ul>
1464           <em>Desktop</em>
1465           <ul>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1468               cannot be viewed in Chimera
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1472               CDS/Protein view
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1476               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1477               Search Dialogs
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1487               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1491               scrolling right in unwapped alignment view
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1495               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1496               database
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1500               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1504               features of same type and group to be selected for
1505               amending
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1509               alignments when hidden columns are present
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1513               displaying several structures
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1517               moving a window
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1521               within the Jalview desktop on OSX
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1525               when in wrapped alignment mode
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1529               hand end of alignment
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1533               each selected sequence do not have correct start/end
1534               positions
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1538               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1542               restoring project until a new view is created
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1546               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1547               configured (since 2.10.2b2)
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1551               position is adjusted
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1555               in a multi-chain structure when viewing alignment
1556               involving more than one chain (since 2.10)
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1560               if new selection moves alignment window
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1564               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1568               that produces correctly annotated transcripts and products
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1572               doesn't update associated structure view
1573             </li>
1574           </ul>
1575           <em>Applet</em><br />
1576           <ul>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1579               closing alignment panel
1580             </li>
1581           </ul>
1582           <em>BioJSON</em><br />
1583           <ul>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1586               non-positional features
1587             </li>
1588           </ul>
1589           <em>New Known Issues</em>
1590           <ul>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1593               sequence features correctly (for many previous versions of
1594               Jalview)
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1598               using cursor in wrapped panel other than top
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1602               graduated colour threshold
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1606               always preserve numbering and sequence features
1607             </li>
1608           </ul>
1609           <em>Known Java 9 Issues</em>
1610           <ul>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1613               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1614               9.01, OSX 10.10)
1615             </li>
1616           </ul>
1617         </div></td>
1618     </tr>
1619     <tr>
1620       <td width="60" nowrap>
1621         <div align="center">
1622           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1623             <em>2/10/2017</em></strong>
1624         </div>
1625       </td>
1626       <td><div align="left">
1627           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1628           <ul>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1631             </li>
1632             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1633             </li>
1634           </ul>
1635         </div></td>
1636       <td><div align="left">
1637         </div></td>
1638     </tr>
1639     <tr>
1640       <td width="60" nowrap>
1641         <div align="center">
1642           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1643             <em>7/9/2017</em></strong>
1644         </div>
1645       </td>
1646       <td><div align="left">
1647           <em></em>
1648           <ul>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1651               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1652               white)
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1656               Preferences
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1660               in size and progress bar shown as higher resolution
1661               overview is recalculated
1662             </li>
1663
1664           </ul>
1665         </div></td>
1666       <td><div align="left">
1667           <em></em>
1668           <ul>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1671               column region row by row
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1675               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1679               format setting is unticked
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1683               if group has show boxes format setting unticked
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1687               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1688               include sequences and columns not currently displayed
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1692               assemblies are imported via CIF file
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1696               displayed when threshold or conservation colouring is also
1697               enabled.
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1701               server version
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1705               dragging a selected region off the visible region of the
1706               alignment
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1710               colourscheme to all groups in a view
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1714               initially after font size change using the Font chooser or
1715               middle-mouse zoom
1716             </li>
1717           </ul>
1718         </div></td>
1719     </tr>
1720     <tr>
1721       <td width="60" nowrap>
1722         <div align="center">
1723           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1724         </div>
1725       </td>
1726       <td><div align="left">
1727           <em>Calculations</em>
1728           <ul>
1729
1730             <li>
1731               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1732               ungapped positions in each column of the alignment.
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1736               a calculation dialog box
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1740               and memory efficiency (~30x faster)
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1744               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1745               and other calculations
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1749               files within the Jalview codebase
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1753               Similarity may have different topology due to increased
1754               precision
1755             </li>
1756           </ul>
1757           <em>Rendering</em>
1758           <ul>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1761               model for alignments and groups
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1765               scripts
1766             </li>
1767           </ul>
1768           <em>Overview</em>
1769           <ul>
1770             <li>
1771               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1772               with alignment and overview windows
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1776               overview
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1780               omitted in Overview
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1784               adjustment of visible position
1785             </li>
1786           </ul>
1787
1788           <em>Data import/export</em>
1789           <ul>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1792               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1796               annotation input/output via stockholm flatfile
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1800               extension when importing structure files without embedded
1801               names or PDB accessions
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1805               format sequence substitution matrices
1806             </li>
1807           </ul>
1808           <em>User Interface</em>
1809           <ul>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1812               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1813               the application.
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1817               via Overview or sequence motif search operations
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1821               opened by double clicking gaps within sequence feature
1822               extent
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1826               aligned positions were available to create a 3D structure
1827               superposition.
1828             </li>
1829           </ul>
1830           <em>3D Structure</em>
1831           <ul>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1834               coloured in linked structure views
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1838               file-based command exchange
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1842               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1843               structures are already available for sequences
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1847               the Jalview project rather than downloaded again when the
1848               project is reopened.
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1852               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1853               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1854                 Feature</strong>)
1855             </li>
1856           </ul>
1857           <em>Web Services</em>
1858           <ul>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1864               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1865               Analysis services
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1869               cross-references provided by identifiers.org and the
1870               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1871             </li>
1872           </ul>
1873
1874           <em>Scripting</em>
1875           <ul>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1878               identifying file formats (instead of String constants)
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1882               efficiency when counting all displayed features (not
1883               backwards compatible with 2.10.1)
1884             </li>
1885           </ul>
1886           <em>Example files</em>
1887           <ul>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1890               included in the example feature file
1891             </li>
1892           </ul>
1893           <em>Documentation</em>
1894           <ul>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1897               with the built-in Java help viewer
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1901               sequence description' option
1902             </li>
1903           </ul>
1904           <em>Test Suite</em>
1905           <ul>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1908               Uniprot REST Free Text Search Client
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1915               during tests
1916             </li>
1917           </ul>
1918         </div></td>
1919       <td><div align="left">
1920           <em>Calculations</em>
1921           <ul>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1924               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1925               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1926             </li>
1927             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1928               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1929               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1930               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1931               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1932               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1933               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1934               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1935               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1936               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1937               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1938               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1939               // for 2.10.1 mode <br />
1940               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1941               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1942                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1943                 calculations (not recommended)</em></li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1946               scaling of branch lengths for trees computed using
1947               Sequence Feature Similarity.
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1951               generating output report when working with highly
1952               redundant alignments
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1956               right of selected region when gaps present on right-hand
1957               boundary
1958             </li>
1959           </ul>
1960           <em>User Interface</em>
1961           <ul>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1964               doesn't reselect a specific sequence's associated
1965               annotation after it was used for colouring a view
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1969               opened on a region of alignment without groups
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1973               of an alignment with overlapping groups
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1977               name and description match
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1981               hidden regions results in incorrect hidden regions
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1985               changing colour does not apply Conservation slider value
1986               to all groups
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1990               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1994               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1998               gaps before start of features
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2002               restored to UI when feature colour is edited
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2006               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2010               as graduate feature colour settings are modified via the
2011               dialog box
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2015               when a group defined on the alignment is resized
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2019               wrapped view result in positional status updates
2020             </li>
2021
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2024               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2028               alignment included gapped columns
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2032               widgets don't permanently disappear
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2036               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2037               T-Coffee column reliability scores)
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2041               sequence feature on gaps only
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2045               button from a Find inherit previously defined feature type
2046               rather than the Find query string
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2050               exporting tree calculated in Jalview
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2054               and then revealing them reorders sequences on the
2055               alignment
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2059               doesn't update to reflect available set of groups after
2060               interactively adding or modifying features
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2064               Linux
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2068               only excluded gaps in current sequence and ignored
2069               selection.
2070             </li>
2071           </ul>
2072           <em>Rendering</em>
2073           <ul>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2076               erratically when hidden rows or columns are present
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2080               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2081               sequence colouring
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2085               colour and group colour menu for protein alignments
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2089               reflect currently selected view or group's shading
2090               thresholds
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2094               when rendered on overview and structures when opacity at
2095               100%
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2099               overview when features overlaid on alignment
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2103               recovered correctly from Jalview project file
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2107               (automatically via preferences) are different to the main
2108               alignment panel
2109             </li>
2110           </ul>
2111           <em>Data import/export</em>
2112           <ul>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2115               load
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2119               added after a sequence was imported are not written to
2120               Stockholm File
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2124               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2128               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2132               with lightGray or darkGray via features file (but can
2133               specify lightgray)
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2137               when alignment view imported from project
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2141               structure and sequences extracted from structure files
2142               imported via URL and viewed in Jmol
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2146               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2147               the project is loaded and the structure viewed
2148             </li>
2149           </ul>
2150           <em>Web Services</em>
2151           <ul>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2154               release of Ensembl v.88
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2158               appear enabled in Preferences->Connections
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2162               removed from console output
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2166               Ensembl by Peptide ID
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2170               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2171               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2172               due to 'null' string rather than empty string used for
2173               residues with no corresponding PDB mapping).
2174             </li>
2175           </ul>
2176           <em>Application UI</em>
2177           <ul>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2180               menu
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2184               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2185               new documentation and tooltips added)
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2189               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2193               new features are added to alignment
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2197               changes to feature colours via the Amend features dialog
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2201               edit graduated feature colour via amend features dialog
2202               box
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2206               selection menu changes colours of alignment views
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2210               from alignment calculation workers after alignment has
2211               been closed
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2215               groups now 'Create Group'
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2219               Create/Undefine group doesn't always work
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2223               shown again after pressing 'Cancel'
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2227               adjusts start position in wrap mode
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2231               ambiguous amino acids
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2235               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2236               proteins
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2240               Defined' don't appear in Colours menu
2241             </li>
2242           </ul>
2243           <em>Applet</em>
2244           <ul>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2247               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2251               overview or linked structure view
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2255               work (since 2.8)
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2259               user-defined colourscheme doesn't restore original
2260               colourscheme
2261             </li>
2262           </ul>
2263           <em>Test Suite</em>
2264           <ul>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2267               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2271               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2272               problems with deep array comparison equality asserts in
2273               successive versions of TestNG
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2277               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2278             </li>
2279           </ul>
2280           <em>New Known Issues</em>
2281           <ul>
2282             <li>
2283               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2284               phase after a sequence motif find operation
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2288               containing just upper and lower case letters are
2289               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2293               reliably from eggnog Ortholog database
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2297               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2298               to mark columns containing highlighted regions.
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2302               doesn't always add secondary structure annotation.
2303             </li>
2304           </ul>
2305         </div>
2306     <tr>
2307       <td width="60" nowrap>
2308         <div align="center">
2309           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2310         </div>
2311       </td>
2312       <td><div align="left">
2313           <em>General</em>
2314           <ul>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2317               for all consensus calculations
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2321               3rd Oct 2016)
2322             </li>
2323             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2324               for 2016-2017</li>
2325           </ul>
2326           <em>Application</em>
2327           <ul>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2330               set of database cross-references, sorted alphabetically
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2334               from database cross references. Users with custom links
2335               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2336                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2340               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2341               Chimera session
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2345               the Chimera it is connected to is shut down
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2349               columns menu item to mark columns containing highlighted
2350               regions (e.g. from structure selections or results of a
2351               Find operation)
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2355               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2356               MSAviewer
2357             </li>
2358           </ul>
2359         </div></td>
2360       <td>
2361         <div align="left">
2362           <em>General</em>
2363           <ul>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2366               are not coloured or thresholded according to percent
2367               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2371               hydrophobic
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2375               threshold, amino acid properties)
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2379               reported as mapped to residues in a structure file in the
2380               View Mapping report
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2384               could be added multiple times to a sequence
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2388               bond features shown as two highlighted residues rather
2389               than a range in linked structure views, and treated
2390               correctly when selecting and computing trees from features
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2394               cross-references are matched to database name regardless
2395               of case
2396             </li>
2397
2398           </ul>
2399           <em>Application</em>
2400           <ul>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2403               names without regular expressions also offer links from
2404               Sequence ID
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2408               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2409               update Jalview configuration
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2413               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2417               files with similarly named sequences if dropped onto the
2418               alignment
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2422               entries where more chains exist in the PDB accession than
2423               are reported in the SIFTS file
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2427               the structure view when displayed with Chimera
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2431               panel's View->Show Chains submenu
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2435               work for wrapped alignment views
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2439               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2443               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2444               first annotation row
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2448               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2452               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2453             </li>
2454             <!-- JAL-2319 -->
2455             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2456             coordindate data
2457             </li>
2458           </ul>
2459           <!--           <em>New Known Issues</em>
2460           <ul>
2461             <li></li>
2462           </ul> -->
2463         </div>
2464       </td>
2465     </tr>
2466     <td width="60" nowrap>
2467       <div align="center">
2468         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2469           <em>25/10/2016</em></strong>
2470       </div>
2471     </td>
2472     <td><em>Application</em>
2473       <ul>
2474         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2475           view if structures already loaded</li>
2476         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2477           structure views</li>
2478       </ul></td>
2479     <td>
2480       <div align="left">
2481         <em>General</em>
2482         <ul>
2483           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2484             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2485           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2486             example sequences/projects/trees</li>
2487         </ul>
2488         <em>Application</em>
2489         <ul>
2490           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2491             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2492           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2493             without timeout for structures with multiple models or
2494             multiple sequences in alignment</li>
2495           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2496             PDB ID HEADER line</li>
2497           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2498             is performed</li>
2499           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2500             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2501           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2502           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2503             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2504             option</li>
2505           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2506             is created on the alignment</li>
2507           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2508             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2509             pop-up menu</li>
2510         </ul>
2511         <em>Build and deployment</em>
2512         <ul>
2513           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2514             tags</li>
2515         </ul>
2516         <em>New Known Issues</em>
2517         <ul>
2518           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2519             on Windows</li>
2520         </ul>
2521       </div>
2522     </td>
2523     </tr>
2524     <tr>
2525       <td width="60" nowrap>
2526         <div align="center">
2527           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2528         </div>
2529       </td>
2530       <td><em>General</em>
2531         <ul>
2532           <li>
2533             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2534           </li>
2535           <li>
2536             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2537             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2538             better PDB parsing.
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2542             reference sequence
2543           </li>
2544           <li>
2545             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2546             mousing over sequence associated annotation
2547           </li>
2548           <li>
2549             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2550             for manual entry
2551           </li>
2552           <li>
2553             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2554             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2555             for each column
2556           </li>
2557           <li>
2558             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2559             showing or hiding columns containing a feature
2560           </li>
2561           <li>
2562             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2563             group and sequence associated annotation labels
2564           </li>
2565           <li>
2566             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2567             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2568             dialogs
2569           </li>
2570
2571         </ul> <em>Application</em>
2572         <ul>
2573           <li>
2574             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2575             gene/transcript view
2576           </li>
2577           <li>
2578             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2579             dialog
2580           </li>
2581           <li>
2582             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2583             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2584           </li>
2585           <li>
2586             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2587             Pfam sources to xfam.org
2588           </li>
2589           <li>
2590             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2591           </li>
2592           <li>
2593             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2594             over sequences in Jalview
2595           </li>
2596           <li>
2597             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2598             regions in ENA and EMBL
2599           </li>
2600           <li>
2601             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2602             for record retrieval via ENA rest API
2603           </li>
2604           <li>
2605             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2606             complement operator
2607           </li>
2608           <li>
2609             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2610             groovy script execution
2611           </li>
2612           <li>
2613             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2614             alignment window's Calculate menu
2615           </li>
2616           <li>
2617             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2618             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2619           </li>
2620           <li>
2621             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2622             calculation workers from groovy scripts
2623           </li>
2624           <li>
2625             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2626             Jalview projects
2627           </li>
2628           <li>
2629             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2630             associations are now saved/restored from project
2631           </li>
2632           <li>
2633             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2634             before sequence fetcher is opened
2635           </li>
2636           <li>
2637             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2638             database chooser opens a sequence fetcher
2639           </li>
2640           <li>
2641             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2642             the UniProt REST API
2643           </li>
2644           <li>
2645             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2646             the news reader opening
2647           </li>
2648           <li>
2649             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2650             querying stored in preferences
2651           </li>
2652           <li>
2653             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2654             search results
2655           </li>
2656           <li>
2657             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2658           </li>
2659           <li>
2660             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2661             menu for nucleotide sequences
2662           </li>
2663           <li>
2664             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2665             and feature counts preserves alignment ordering (and
2666             debugged for complex feature sets).
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2670             viewing structures with Jalview 2.10
2671           </li>
2672           <li>
2673             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2674             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2675             Ensembl Genomes REST API
2676           </li>
2677           <li>
2678             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2679             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2680             (Ensembl)
2681           </li>
2682           <li>
2683             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2684             sequences
2685           </li>
2686           <li>
2687             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2688             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2689             data from external database records.
2690           </li>
2691           <li>
2692             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2693             efficient recovery of sequence coding and alignment
2694             annotation relationships.
2695           </li>
2696         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2697         <ul>
2698           <li>
2699             -- JAL---
2700           </li>
2701         </ul> --></td>
2702       <td>
2703         <div align="left">
2704           <em>General</em>
2705           <ul>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2708               menu on OSX
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2712               includes graduated colourschemes
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2716               working with big alignments and lots of hidden columns
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2720               at right of alignment window
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2724               contents
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2728               for DNA alignments
2729             </li>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2732               based tree calculation
2733             </li>
2734             <li>
2735               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2736               unconserved enabled for group on alignment
2737             </li>
2738             <li>
2739               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2740               set as reference
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2744               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2745               annotation
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2749               hidden columns present
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2753               user created annotation added to alignment
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2757               '()' base pair annotation
2758             </li>
2759             <li>
2760               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2761               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2762               Consensus
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2766               feature not working
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2770               beginning of sequence
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2774               entry 3a6s
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2778               from a tree when t-coffee scores are shown
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2782               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2786               some structures
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2790               to Clustal, PIR and PileUp output
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2794               not visible causes alignment window to repaint
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2798               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2799               scores associated with features and annotation rows
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2803               calculation should be case independent
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2807               columns
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2811               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2812               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2816               problems when reference sequence defined and 'show
2817               non-conserved' enabled
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2821               load even when Consensus calculation is disabled
2822             </li>
2823             <li>
2824               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2825               alignment does nothing
2826             </li>
2827           </ul>
2828           <em>Application</em>
2829           <ul>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2832               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2833               yet fixed for El Capitan)
2834             </li>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2837               output when running on non-gb/us i18n platforms
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2841               hidden sequences as flat-file alignment
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2845               launching Chimera
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2849               (also hotfix for 2.9.0b2)
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2853               reference sequence defined
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2857               alignments and views when revealing hidden columns
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2861               view in a cDNA/Protein splitframe
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2865               sequence from project when only one sequence is
2866               represented
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2870               in Structure Chooser
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2874               structure consensus didn't refresh annotation panel
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2878               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2882               dialogs format columns correctly, don't display array
2883               data, sort columns according to type
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2887               file chooser is cancelled during an image export
2888             </li>
2889             <li>
2890               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2891               sequence name containing special characters
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2895               case insensitive
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2899               formatting don't wrap
2900             </li>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2903               truncated so L looks like I in consensus annotation
2904             </li>
2905             <li>
2906               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2907               currently displayed features for the current selection or
2908               view
2909             </li>
2910             <li>
2911               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2912               after fetching cross-references, and restoring from
2913               project
2914             </li>
2915             <li>
2916               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2917               followed in the structure viewer
2918             </li>
2919             <li>
2920               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2921               splitframe not restored from project
2922             </li>
2923             <li>
2924               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2925               trailing end of protein alignment in transcript/product
2926               splitview when pad-gaps not enabled by default
2927             </li>
2928             <li>
2929               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2930               is case dependent
2931             </li>
2932             <li>
2933               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2934               article has been read (reopened issue due to
2935               internationalisation problems)
2936             </li>
2937             <li>
2938               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2939               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2940               cross-references
2941             </li>
2942
2943             <li>
2944               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2945               alignment as HTML
2946             </li>
2947             <li>
2948               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2949               multiple structures are shown for one or more sequences.
2950             </li>
2951             <li>
2952               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2953               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2954               is enabled.
2955             </li>
2956             <li>
2957               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2958               specific PDB id for sequence
2959             </li>
2960             <li>
2961               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2962               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2963               columns' is disabled.
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2967               selects lowest rather than highest resolution structures
2968               for each sequence
2969             </li>
2970             <li>
2971               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2972               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2973             </li>
2974             <li>
2975               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2976               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2977             </li>
2978             <li>
2979               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2980               after clicking on it to create new annotation for a
2981               column.
2982             </li>
2983             <li>
2984               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2985               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2986             </li>
2987             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2988             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2989           </ul>
2990           <em>Applet</em>
2991           <ul>
2992             <li>
2993               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2994               hidden columns present before start of sequence
2995             </li>
2996             <li>
2997               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2998               (JSON jars)
2999             </li>
3000             <li>
3001               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3002               sequences are hidden in applet
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3006               deployment on examples pages.
3007             </li>
3008           </ul>
3009         </div>
3010       </td>
3011     </tr>
3012     <tr>
3013       <td width="60" nowrap>
3014         <div align="center">
3015           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3016             <em>16/10/2015</em></strong>
3017         </div>
3018       </td>
3019       <td><em>General</em>
3020         <ul>
3021           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3022             jars</li>
3023         </ul></td>
3024       <td>
3025         <div align="left">
3026           <em>Application</em>
3027           <ul>
3028             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3029               shown when tree is partitioned</li>
3030             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3031               multiple cDNA/Protein split views</li>
3032           </ul>
3033         </div>
3034       </td>
3035     </tr>
3036     <tr>
3037       <td width="60" nowrap>
3038         <div align="center">
3039           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3040             <em>8/10/2015</em></strong>
3041         </div>
3042       </td>
3043       <td><em>General</em>
3044         <ul>
3045           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3046             2.9</li>
3047         </ul> <em>Application</em>
3048         <ul>
3049           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3050           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3051           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3052         </ul> <em>Applet</em>
3053         <ul>
3054           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3055         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3056         <ul>
3057           <li>
3058             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3059             suite
3060           </li>
3061         </ul></td>
3062       <td>
3063         <div align="left">
3064           <em>General</em>
3065           <ul>
3066             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3067               incorrect when sequence start > 1</li>
3068             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3069               documentation</li>
3070             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3071             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3072               loading a features file containing HTML tags in feature
3073               description</li>
3074
3075           </ul>
3076           <em>Application</em>
3077           <ul>
3078             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3079               reimport</li>
3080             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3081               with 'trim retrieved sequences'</li>
3082             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3083               deleting selected columns</li>
3084             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3085               JNLP templates for webstart launch</li>
3086             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3087               unreleased structures for download or viewing</li>
3088             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3089               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3090             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3091               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3092             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3093               recovered from jalview project</li>
3094             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3095               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3096               alignment view</li>
3097             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3098               color schemes from BioJSON</li>
3099           </ul>
3100           <em>Applet</em>
3101           <ul>
3102             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3103               frame</li>
3104             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3105           </ul>
3106         </div>
3107       </td>
3108     </tr>
3109     <tr>
3110       <td><div align="center">
3111           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3112         </div></td>
3113       <td><em>General</em>
3114         <ul>
3115           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3116             alignments:
3117             <ul>
3118               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3119                 and DNA alignment views</li>
3120               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3121                 cDNA alignment views</li>
3122               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3123                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3124               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3125                 protein sequences</li>
3126             </ul>
3127           </li>
3128           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3129           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3130             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3131           <li>New alignment annotation file statements for
3132             reference sequences and marking hidden columns</li>
3133           <li>Reference sequence based alignment shading to
3134             highlight variation</li>
3135           <li>Select or hide columns according to alignment
3136             annotation</li>
3137           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3138           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3139             acid conservation row</li>
3140           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3141         </ul> <em>Application</em>
3142         <ul>
3143           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3144             <ul>
3145               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3146                 view with cDNA/Protein</li>
3147               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3148                 sequences are placed in the same alignment</li>
3149               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3150                 projects</li>
3151             </ul>
3152           </li>
3153
3154           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3155           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3156             Jalview windows</li>
3157
3158           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3159           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3160           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3161             be shown in VARNA</li>
3162
3163           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3164             as the active selected region</li>
3165
3166           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3167             similarity</li>
3168           <li>New Export options
3169             <ul>
3170               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3171                 region export in flat file generation</li>
3172
3173               <li>Export alignment views for display with the <a
3174                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3175
3176               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3177               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3178                 alignment figures to HTML</li>
3179           </li>
3180           <li>3D structure retrieval and display
3181             <ul>
3182               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3183                 Search API</li>
3184               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3185                 PDB structures for a sequence set</li>
3186             </ul>
3187           </li>
3188
3189           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3190             predictions</li>
3191           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3192             for one or a group of sequences</li>
3193           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3194             from the JPred4 web server</li>
3195           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3196             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3197             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3198           </li>
3199           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3200             VARNA 2D Structure'</li>
3201           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3202             Structure ..."</li>
3203
3204         </ul> <em>Applet</em>
3205         <ul>
3206           <li>New layout for applet example pages</li>
3207           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3208             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3209           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3210             Protein alignments</li>
3211         </ul> <em>Development and deployment</em>
3212         <ul>
3213           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3214           <li>Include installation type and git revision in build
3215             properties and console log output</li>
3216           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3217             storing BioJsMSA Templates</li>
3218           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3219         </ul></td>
3220       <td>
3221         <!-- <em>General</em>
3222         <ul>
3223         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3224         <ul>
3225           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3226           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3227           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3228             predictions are not highlighted in amber</li>
3229           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3230             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3231           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3232             associated structure views</li>
3233           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3234             width checkbox not enabled</li>
3235           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3236             creating user defined colours</li>
3237           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3238             mappings for just that viewer's sequences</li>
3239           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3240             multiple models in Chimera</li>
3241           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3242             over Jmol structure</li>
3243           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3244             output to text box</li>
3245           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3246             have incorrect sequence start/end</li>
3247           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3248             Jalview fails</li>
3249           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3250             work for nucleotide</li>
3251           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3252             to a grey/invisible alignment window</li>
3253           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3254             imports to different position</li>
3255           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3256             on some platforms</li>
3257           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3258             populated</li>
3259           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3260             console if Chimera has been opened</li>
3261           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3262           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3263             retrieved</li>
3264           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3265           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3266             either sequence shows on first structure</li>
3267           <li>'Show annotations' options should not make
3268             non-positional annotations visible</li>
3269           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3270             in right place after 'view flanking regions'</li>
3271           <li>File Save As type unset when current file format is
3272             unknown</li>
3273           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3274             projects</li>
3275           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3276             responsive</li>
3277           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3278             several views on same alignment</li>
3279           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3280           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3281             spaces</li>
3282         </ul> <em>Applet</em>
3283         <ul>
3284           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3285           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3286             descriptions containing angle brackets</li>
3287         </ul> <em>General</em>
3288         <ul>
3289           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3290             via jalview annotation file</li>
3291           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3292             with RNA secondary structure</li>
3293           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3294             translation doesn't work.</li>
3295           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3296           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3297             positions</li>
3298           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3299             choosing 1pt font</li>
3300           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3301             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3302             'h'</li>
3303           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3304             new feature</li>
3305           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3306             order dependent</li>
3307           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3308             sequences</li>
3309           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3310         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3311         <ul>
3312           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3313             www.jalview.org</li>
3314         </ul> <em>Application Known issues</em>
3315         <ul>
3316           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3317           <li>Misleading message appears after trying to delete
3318             solid column.</li>
3319           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3320             version launches</li>
3321           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3322             fails with a sequence mismatch</li>
3323           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3324             scrolling alignment to right</li>
3325           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3326             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3327           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3328             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3329           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3330             ultra-high resolution</li>
3331           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3332             quality and conservation</li>
3333           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3334             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3335         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3336         <ul>
3337           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3338           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3339             window is being resized</li>
3340
3341         </ul>
3342       </td>
3343     </tr>
3344     <tr>
3345       <td><div align="center">
3346           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3347         </div></td>
3348       <td><em>General</em>
3349         <ul>
3350           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3351             Certum.PL.</li>
3352           <li>Features and annotation preserved when performing
3353             pairwise alignment</li>
3354           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3355             imported/exported/displayed</li>
3356           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3357             protein secondary structure</li>
3358           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3359               post-hoc with 2.9 release</em>)
3360           </li>
3361
3362         </ul> <em>Application</em>
3363         <ul>
3364           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3365             with 3D structures</li>
3366           <li>Support for parsing RNAML</li>
3367           <li>Annotations menu for layout
3368             <ul>
3369               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3370               <li>place sequence annotation above/below alignment
3371                 annotation</li>
3372             </ul>
3373           <li>Output in Stockholm format</li>
3374           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3375             translation</li>
3376           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3377           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3378             shared between alignments</li>
3379           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3380             Jalview</li>
3381           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3382             all or current selection</li>
3383           <li>disorder and secondary structure predictions
3384             available as dataset annotation</li>
3385           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3386
3387
3388           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3389             alignments from Rfam</li>
3390           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3391
3392           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3393             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3394           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3395           <li>include installation type in build properties and
3396             console log output</li>
3397           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3398             annotation</li>
3399         </ul></td>
3400       <td>
3401         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3402         <ul>
3403           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3404             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3405           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3406             alignment</li>
3407           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3408           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3409           <li>Double click on sequence associated annotation
3410             selects only first column</li>
3411           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3412             leaves shown in tree</li>
3413           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3414             properly</li>
3415           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3416           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3417             screen and buttons not visible</li>
3418           <li>author list isn't updated if already written to
3419             Jalview properties</li>
3420           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3421             from database</li>
3422           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3423           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3424             browser search window</li>
3425           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3426             in feature settings dialog</li>
3427           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3428             desktop</li>
3429           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3430             pass validation</li>
3431           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3432             fit on screen</li>
3433           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3434             tooltip</li>
3435           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3436             defined user preset</li>
3437           <li>MSA web services warns user if they were launched
3438             with invalid input</li>
3439           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3440             Java 8</li>
3441           <li>
3442             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3443             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3444             created
3445           </li>
3446
3447         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3448         <ul>
3449         </ul> <em>General</em>
3450         <ul>
3451         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3452         <ul>
3453           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3454             memory allocation</li>
3455           <li>launchApp service doesn't automatically open
3456             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3457           <li>
3458             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3459             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3460             1.7_055 is available
3461           </li>
3462         </ul> <em>Application Known issues</em>
3463         <ul>
3464           <li>
3465             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3466             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3467             alignment to right
3468           </li>
3469           <li>
3470             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3471             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3472             with large number of ID
3473           </li>
3474           <li>
3475             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3476             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3477             start/end
3478           </li>
3479           <li>
3480             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3481             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3482             structure tracks are rearranged
3483           </li>
3484           <li>
3485             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3486             invalid rna structure positional highlighting does not
3487             highlight position of invalid base pairs
3488           </li>
3489           <li>
3490             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3491             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3492             project from alignment window file menu
3493           </li>
3494           <li>
3495             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3496             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3497             structures
3498           </li>
3499           <li>
3500             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3501             colour by RNA Helices not enabled when user created
3502             annotation added to alignment
3503           </li>
3504           <li>
3505             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3506             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3507           </li>
3508         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3509         <ul>
3510           <li>
3511             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3512             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3513           </li>
3514           <li>
3515             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3516             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3517           </li>
3518
3519           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3520             when selected</li>
3521         </ul>
3522       </td>
3523     </tr>
3524     <tr>
3525       <td><div align="center">
3526           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3527         </div></td>
3528       <td>
3529         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3530         <em>General</em>
3531         <ul>
3532           <li>Internationalisation of user interface (usually
3533             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3534           <li>Define/Undefine group on current selection with
3535             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3536           <li>Improved group creation/removal options in
3537             alignment/sequence Popup menu</li>
3538           <li>Sensible precision for symbol distribution
3539             percentages shown in logo tooltip.</li>
3540           <li>Annotation panel height set according to amount of
3541             annotation when alignment first opened</li>
3542         </ul> <em>Application</em>
3543         <ul>
3544           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3545             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3546           <li>Select columns containing particular features from
3547             Feature Settings dialog</li>
3548           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3549             sequences</li>
3550           <li>Update Jalview project format:
3551             <ul>
3552               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3553               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3554                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3555               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3556                 colouring</li>
3557             </ul>
3558           </li>
3559           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3560             (PAM250)</li>
3561           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3562             flanking regions for an alignment</li>
3563         </ul>
3564       </td>
3565       <td>
3566         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3567         <ul>
3568           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3569             running after job is cancelled</li>
3570           <li>cannot export features from alignments imported from
3571             Jalview/VAMSAS projects</li>
3572           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3573             float values</li>
3574           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3575             have 'display all symbols' flag set</li>
3576           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3577             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3578           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3579             Jalview</li>
3580           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3581             Lion/Webstart</li>
3582           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3583           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3584           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3585             alignment onto desktop</li>
3586           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3587             'extract scores' function</li>
3588           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3589             alignment window</li>
3590           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3591             performing IUPred disorder prediction</li>
3592           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3593             changing 'normalise logo' display setting</li>
3594           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3595             nothing matches query</li>
3596           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3597             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3598           </li>
3599           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3600             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3601           </li>
3602           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3603             Jalview's menu</li>
3604           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3605             'invalid literal/length code'</li>
3606           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3607             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3608           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3609             colourscheme</li>
3610
3611         </ul> <em>Applet</em>
3612         <ul>
3613           <li>Remove group option is shown even when selection is
3614             not a group</li>
3615           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3616             don't affect groups</li>
3617           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3618             colourscheme name</li>
3619           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3620             Annotation panel is not displayed</li>
3621           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3622             embedded windows</li>
3623         </ul> <em>Other</em>
3624         <ul>
3625           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3626             single sequence were not calculated</li>
3627           <li>annotation files that contain only groups imported as
3628             annotation and junk sequences</li>
3629           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3630             recognised as PFAM or BLC</li>
3631           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3632             doesn't affect background (2.8.0b1)
3633           <li></li>
3634           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3635           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3636             trailing gaps</li>
3637           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3638             registered correctly on import</li>
3639           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3640             certain alignments</li>
3641           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3642             existing annotation based 'use original colours'
3643             colourscheme loses original colours setting</li>
3644         </ul>
3645       </td>
3646     </tr>
3647     <tr>
3648       <td><div align="center">
3649           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3650             <em>30/1/2014</em></strong>
3651         </div></td>
3652       <td>
3653         <ul>
3654           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3655             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3656             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3657             open source project).
3658           </li>
3659           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3660           <li>Output in Stockholm format</li>
3661           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3662           <li>Export/import group and sequence associated line
3663             graph thresholds</li>
3664           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3665             ambiguity codes</li>
3666           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3667             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3668             works</li>
3669           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3670         </ul> <em>Other improvements</em>
3671         <ul>
3672           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3673           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3674             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3675           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3676             files</li>
3677           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3678           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3679             link but no description</li>
3680           <li>Select primary source when selecting authority in
3681             database fetcher GUI</li>
3682           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3683             Jalview</li>
3684           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3685         </ul>
3686       </td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3690             displayed</li>
3691           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3692             secondary structure annotation line</li>
3693           <li>Sequence database accessions not imported when
3694             fetching alignments from Rfam</li>
3695           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3696             identical IDs</li>
3697           <li>View all structures does not always superpose
3698             structures</li>
3699           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3700             reflect user or preset settings</li>
3701           <li>Null pointer exceptions for some services without
3702             presets or adjustable parameters</li>
3703           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3704             discover PDB xRefs</li>
3705           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3706             features with DAS</li>
3707           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3708             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3709           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3710             residue follows a gap</li>
3711           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3712             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3713           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3714             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3715           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3716             annotation already exists on alignment</li>
3717           <li>oninit javascript function should be called after
3718             initialisation completes</li>
3719           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3720             alignment window display</li>
3721           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3722           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3723             to annotation file</li>
3724           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3725             groups created</li>
3726           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3727             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3728           <li>Pressing return several times causes Number Format
3729             exceptions in keyboard mode</li>
3730           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3731             correct partitions for input data</li>
3732           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3733           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3734           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3735           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3736             mode</li>
3737           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3738             changes one row&#39;s threshold</li>
3739           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3740             doesn&#39;t open</li>
3741           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3742             quality histograms</li>
3743         </ul>
3744       </td>
3745     </tr>
3746     <tr>
3747       <td><div align="center">
3748           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3749         </div></td>
3750       <td><em>Application</em>
3751         <ul>
3752           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3753             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3754           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3755             preferences</li>
3756           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3757             in Jalview alignment window</li>
3758           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3759             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3760           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3761             RNA and ambiguity codes</li>
3762
3763           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3764           <li>Support fetching and database reference look up
3765             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3766             refs')</li>
3767           <li>Jalview project improvements
3768             <ul>
3769               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3770                 flag for annotation</li>
3771               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3772                 alignment</li>
3773               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3774                 Jalview project</li>
3775
3776             </ul>
3777           </li>
3778           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3779           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3780             running</li>
3781           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3782           <li>visual indication that web service results are still
3783             being retrieved from server</li>
3784           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3785             starts up for first time</li>
3786           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3787             services</li>
3788           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3789             client library</li>
3790           <li>Examples directory and Groovy library included in
3791             InstallAnywhere distribution</li>
3792         </ul> <em>Applet</em>
3793         <ul>
3794           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3795             visualization applet example</li>
3796         </ul> <em>General</em>
3797         <ul>
3798           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3799           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3800             defaults</li>
3801           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3802             calculation</li>
3803           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3804             matrices
3805           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3806             in HTML</li>
3807           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3808             structure contacts</li>
3809           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3810           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3811           <li>Parse sequence associated secondary structure
3812             information in Stockholm files</li>
3813           <li>HTML Export database accessions and annotation
3814             information presented in tooltip for sequences</li>
3815           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3816             style RNA alignment files</li>
3817           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3818             alignment</li>
3819           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3820             shade each sequence according to its associated alignment
3821             annotation</li>
3822           <li>New Jalview Logo</li>
3823         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3824         <ul>
3825           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3826           <li>New Website!</li>
3827         </ul></td>
3828       <td><em>Application</em>
3829         <ul>
3830           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3831             wsdbfetch REST service</li>
3832           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3833           <li>Filetype associations not installed for webstart
3834             launch</li>
3835           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3836             job execution in full once it is complete</li>
3837           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3838             uploaded via ali_file parameter</li>
3839           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3840           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3841           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3842             submitted for prediction</li>
3843           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3844             desktop window</li>
3845           <li>Putting fractional value into integer text box in
3846             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3847           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3848             windows 7</li>
3849           <li>View all structures fails with exception shown in
3850             structure view</li>
3851           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3852             escaped in a platform independent way</li>
3853           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3854             using proxy</li>
3855           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3856             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3857           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3858             failure when java web start temporary file caching is
3859             disabled</li>
3860           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3861             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3862           <li>Errors during processing of command line arguments
3863             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3864           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3865             DAS sources in sequence fetcher</li>
3866           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3867             dialog is shown</li>
3868           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3869           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3870           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3871           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3872             on OSX Mountain Lion</li>
3873           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3874             sequences with alignment annotation are pasted into the
3875             alignment</li>
3876           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3877             when loaded from Jalview project</li>
3878           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3879           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3880             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3881           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3882             associated with all views</li>
3883           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3884             annotation rows to new window</li>
3885         </ul> <em>Applet</em>
3886         <ul>
3887           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3888             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3889           <li>loading features via javascript API automatically
3890             enables feature display</li>
3891           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3892             work</li>
3893         </ul> <em>General</em>
3894         <ul>
3895           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3896           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3897             and then deselected</li>
3898           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3899           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3900             coloured with clustalx</li>
3901           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3902             exceptions and redraw errors</li>
3903           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3904             reconfigured view</li>
3905           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3906             colour</li>
3907           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3908             for lots of labels</li>
3909         </ul>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td><em>Application</em>
3918         <ul>
3919           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3920           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3921           <li>View/alignment association menu to enable user to
3922             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3923             its colours/correspondences from</li>
3924           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3925           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3926             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3927           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3928           <li>Annotation row column label formatting attributes
3929             stored in project file</li>
3930           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3931             rows preserved in Jalview project file</li>
3932           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3933             saved using Desktop window menu</li>
3934           <li>Visual indication that command line arguments are
3935             still being processed</li>
3936           <li>Groovy script execution from URL</li>
3937           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3938             preferences</li>
3939           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3940             alignment with sequences that have high similarity and
3941             matching IDs</li>
3942           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3943           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3944             structures in same window</li>
3945           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3946           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3947             analysis function in its own submenu</li>
3948         </ul> <em>Applet</em>
3949         <ul>
3950           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3951             groups</li>
3952           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3953           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3954           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3955           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3956           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3957             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3958           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3959           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3960             parameters are treated as such</li>
3961           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3962             <ul>
3963               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3964               <li>Javascript callbacks for
3965                 <ul>
3966                   <li>Applet initialisation</li>
3967                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3968                 </ul>
3969               </li>
3970               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3971                 functions</li>
3972               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3973               <li>javascript structure viewer harness to pass
3974                 messages between Jmol and Jalview when running as
3975                 distinct applets</li>
3976               <li>sortBy method</li>
3977               <li>Set of applet and application examples shipped
3978                 with documentation</li>
3979               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3980                 javascript message exchange</li>
3981             </ul>
3982         </ul> <em>General</em>
3983         <ul>
3984           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3985             multiple alignments</li>
3986           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3987           <li>User configurable link to enable redirects to a
3988             www.Jalview.org mirror</li>
3989           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3990           <li>Configurable newline string when writing alignment
3991             and other flat files</li>
3992           <li>Allow alignment annotation description lines to
3993             contain html tags</li>
3994         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3995         <ul>
3996           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3997             examples</li>
3998           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3999             using a web service before displaying the result in the
4000             Jalview desktop</li>
4001           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4002           <li>Ant target to publish example html files with applet
4003             archive</li>
4004           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4005           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4006         </ul></td>
4007       <td><em>Application</em>
4008         <ul>
4009           <li>User defined colourscheme throws exception when
4010             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4011           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4012             dialog for valid filename/format</li>
4013           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4014           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4015             P37173</li>
4016           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4017             which sequence is to be associated with the file</li>
4018           <li>Find All raises null pointer exception when query
4019             only matches sequence IDs</li>
4020           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4021           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4022             2.4 cannot be loaded</li>
4023           <li>Filetype associations not installed for webstart
4024             launch</li>
4025           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4026             with sequences in different alignments do not get coloured
4027             by their associated sequence</li>
4028           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4029             not preserved when project is loaded</li>
4030           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4031             stored in Jalview project</li>
4032           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4033             Jalview project</li>
4034           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4035           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4036             by conservation</li>
4037           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4038             created on new view</li>
4039           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4040             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4041           <li>Alignment quality not updated after alignment
4042             annotation row is hidden then shown</li>
4043           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4044             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4045           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4046             properly</li>
4047           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4048             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4049           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4050           <li>Structures imported from file and saved in project
4051             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4052           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4053             job execution in full once it is complete</li>
4054         </ul> <em>Applet</em>
4055         <ul>
4056           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4057             annotation rows are displayed</li>
4058           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4059             codebase</li>
4060           <li>View follows highlighting does not work for positions
4061             in sequences</li>
4062           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4063           <li>Export features raises exception when no features
4064             exist</li>
4065           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4066             for javascript api is modified when separator string
4067             provided as parameter</li>
4068           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4069             alignment with no existing selection</li>
4070           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4071             to applet&#39;s codebase</li>
4072           <li>Status bar not updated after finished searching and
4073             search wraps around to first result</li>
4074           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4075             several Jalview applets causes race conditions and memory
4076             leaks</li>
4077           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4078             not sent from Jmol in applet</li>
4079           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4080             applet API fatally hang browser</li>
4081         </ul> <em>General</em>
4082         <ul>
4083           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4084             position with wrapped view and hidden regions</li>
4085           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4086             with/without hidden columns</li>
4087           <li>Sequence length given in alignment properties window
4088             is off by 1</li>
4089           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4090             import PDB like structure files</li>
4091           <li>Positional search results are only highlighted
4092             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4093           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4094           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4095             given sequence position</li>
4096           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4097             output</li>
4098           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4099             from nucleotide chains correctly</li>
4100           <li>Structure colours not updated when tree partition
4101             changed in alignment</li>
4102           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4103             parsed in interleaved stockholm</li>
4104           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4105             state</li>
4106           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4107             properly</li>
4108           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4109             properly associated with their pdb files</li>
4110         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4111         <ul>
4112           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4113             ApplyCopyright tool</li>
4114         </ul></td>
4115     </tr>
4116     <tr>
4117       <td>
4118         <div align="center">
4119           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4120         </div>
4121       </td>
4122       <td><em>Application</em>
4123         <ul>
4124           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4125             contact web services</li>
4126           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4127             service job window</li>
4128           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4129         </ul></td>
4130       <td>
4131         <ul>
4132           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4133             pir file emitted by Jalview</li>
4134           <li>Existing feature settings transferred to new
4135             alignment view created from cut'n'paste</li>
4136           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4137             parsing PDB files</li>
4138           <li>Consensus and conservation annotation rows
4139             occasionally become blank for all new windows</li>
4140           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4141             in wrapped view mode</li>
4142         </ul> <em>Application</em>
4143         <ul>
4144           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4145             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4146           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4147             parameter names</li>
4148           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4149             is down</li>
4150         </ul>
4151       </td>
4152     </tr>
4153     <tr>
4154       <td>
4155         <div align="center">
4156           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4157         </div>
4158       </td>
4159       <td><em>Application</em>
4160         <ul>
4161           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4162             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4163             (JABAWS)
4164           </li>
4165           <li>Web Services preference tab</li>
4166           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4167             preferences</li>
4168           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4169           <li>Superpose structures using associated sequence
4170             alignment</li>
4171           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4172             viewer</li>
4173         </ul> <em>Applet</em>
4174         <ul>
4175           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4176             link out mechanism</li>
4177         </ul> <em>Other</em>
4178         <ul>
4179           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4180             series 12</li>
4181           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4182             require Java 1.5</li>
4183           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4184             sequence annotation files</li>
4185           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4186             type colour specification</li>
4187           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4188             script to check if it being run in an interactive session or
4189             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4190         </ul></td>
4191       <td>
4192         <ul>
4193           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4194             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4195         </ul> <em>Application</em>
4196         <ul>
4197           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4198             selected Regions menu item</li>
4199           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4200             part of a valid accession ID</li>
4201           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4202             runs out of memory</li>
4203           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4204             analysis results</li>
4205           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4206             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4207           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4208         </ul> <em>Applet</em>
4209         <ul>
4210           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4211             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4212             defined.</li>
4213         </ul>
4214       </td>
4215     </tr>
4216     <tr>
4217       <td>
4218         <div align="center">
4219           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4220         </div>
4221       </td>
4222       <td></td>
4223       <td>
4224         <ul>
4225           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4226             sequence IDs</li>
4227           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4228             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4229           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4230             import correctly</li>
4231           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4232             number of columns are hidden</li>
4233           <li>annotation label popup menu not providing correct
4234             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4235             present</li>
4236           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4237             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4238           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4239             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4240
4241         </ul> <em>Applet</em>
4242         <ul>
4243           <li>annotation panel disappears when annotation is
4244             hidden/removed</li>
4245         </ul> <em>Application</em>
4246         <ul>
4247           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4248             alignment opened where annotation panel is visible but no
4249             annotations are present on alignment</li>
4250           <li>pasted region containing hidden columns is
4251             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4252           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4253             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4254           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4255             selected Rregions menu item.</li>
4256           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4257             'Un' or 'Non'conserved</li>
4258           <li>Sequence feature settings are being shared by
4259             multiple distinct alignments</li>
4260           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4261             changed</li>
4262           <li>double click on group annotation to select sequences
4263             does not propagate to associated trees</li>
4264           <li>Mac OSX specific issues:
4265             <ul>
4266               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4267                 window background</li>
4268               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4269                 name set correctly</li>
4270               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4271                 save feature colourscheme button</li>
4272             </ul>
4273           </li>
4274         </ul>
4275       </td>
4276     </tr>
4277     <tr>
4278
4279       <td>
4280         <div align="center">
4281           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4282         </div>
4283       </td>
4284       <td><em>New Capabilities</em>
4285         <ul>
4286           <li>URL links generated from description line for
4287             regular-expression based URL links (applet and application)
4288
4289           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4290             menu</li>
4291           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4292             structures</li>
4293           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4294             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4295           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4296             average score or total feature count for each sequence.</li>
4297           <li>Shading features by score or associated description</li>
4298           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4299             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4300           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4301             hide everything but the currently selected region.</li>
4302           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4303         </ul> <em>Application</em>
4304         <ul>
4305           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4306             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4307           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4308             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4309           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4310             database references and protein_name is parsed as
4311             description line (BioSapiens terms).</li>
4312           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4313             references in sequence ID tooltip from View menu in
4314             application.</li>
4315           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4316       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4317           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4318             conservation plots</li>
4319           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4320             and visualized as sequence logos</li>
4321           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4322             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4323           </li>
4324           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4325             when a new tree is opened.</li>
4326           <li>Jalview Java Console</li>
4327           <li>Better placement of desktop window when moving
4328             between different screens.</li>
4329           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4330             consensus annotation</li>
4331           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4332             Workflows</li>
4333           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4334             <ul>
4335               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4336                 used to preserve views, structures, and tree display
4337                 settings)</li>
4338               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4339                 command line</li>
4340               <li>Sharing of selected regions between views and
4341                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4342               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4343             </ul></li>
4344         </ul> <em>Applet</em>
4345         <ul>
4346           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4347           <li>New Parameters
4348             <ul>
4349               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4350                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4351                 opened.</li>
4352               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4353                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4354               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4355                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4356               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4357                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4358                 view</li>
4359               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4360                 increase the height or width of a cell in the alignment
4361                 grid relative to the current font size.</li>
4362             </ul>
4363           </li>
4364           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4365             tooltip</li>
4366         </ul> <em>Other</em>
4367         <ul>
4368           <li>Features format: graduated colour definitions and
4369             specification of feature scores</li>
4370           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4371             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4372             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4373           <li>XML formats extended to support graduated feature
4374             colourschemes, group associated annotation, and profile
4375             visualization settings.</li></td>
4376       <td>
4377         <ul>
4378           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4379             rather than description</li>
4380           <li>Non-positional features are now included in sequence
4381             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4382             visibility in tooltip).</li>
4383           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4384           <li>Added URL embedding instructions to features file
4385             documentation.</li>
4386           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4387             'X' in peptide product</li>
4388           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4389             sequence ID and sequence string and query strings do not
4390             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4391           <li>AMSA files only contain first column of
4392             multi-character column annotation labels</li>
4393           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4394             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4395             exported and re-imported)</li>
4396           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4397             name</li>
4398           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4399             as subsequence matches, and correctly reports total number
4400             of both.</li>
4401           <li>Application:
4402             <ul>
4403               <li>Better handling of exceptions during sequence
4404                 retrieval</li>
4405               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4406                 link text excludes the start_end suffix</li>
4407               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4408                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4409               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4410               <li>Sequence description lines properly shared via
4411                 VAMSAS</li>
4412               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4413                 data sources</li>
4414               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4415                 completes before alignment figures are generated.</li>
4416               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4417                 first time.</li>
4418               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4419                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4420               <li>User defined group colours properly recovered
4421                 from Jalview projects.</li>
4422             </ul>
4423           </li>
4424         </ul>
4425       </td>
4426
4427     </tr>
4428     <tr>
4429       <td>
4430         <div align="center">
4431           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4432         </div>
4433       </td>
4434       <td>
4435         <ul>
4436           <li>Experimental support for google analytics usage
4437             tracking.</li>
4438           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4439         </ul>
4440       </td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>Race condition in applet preventing startup in
4444             jre1.6.0u12+.</li>
4445           <li>Exception when feature created from selection beyond
4446             length of sequence.</li>
4447           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4448           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4449             all sequences with a given id</li>
4450           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4451             ID string searches</li>
4452           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4453             alignment to fail with exception</li>
4454         </ul> <em>Application Issues</em>
4455         <ul>
4456           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4457           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4458             data sources</li>
4459         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4460         <ul>
4461           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4462             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4463           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4464             version (java class versioning error fixed)</li>
4465         </ul>
4466       </td>
4467     </tr>
4468     <tr>
4469       <td>
4470
4471         <div align="center">
4472           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4473         </div>
4474       </td>
4475       <td><em>User Interface</em>
4476         <ul>
4477           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4478             translation and protein products</li>
4479           <li>Linked highlighting of structure associated with
4480             residue mapping to codon position</li>
4481           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4482             and 'clear' button</li>
4483           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4484             Tools menu</li>
4485           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4486             numeric data in description line</li>
4487           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4488           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4489             of sequence</li>
4490         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4491         <ul>
4492           <li>JPred3 web service</li>
4493           <li>Prototype sequence search client (no public services
4494             available yet)</li>
4495           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4496             PFAM</li>
4497           <li>URL Links created for matching database cross
4498             references as well as sequence ID</li>
4499           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4500         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4501         <ul>
4502           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4503             databases</li>
4504           <li>Generalised database reference retrieval and
4505             validation to all fetchable databases</li>
4506           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4507             sequence command</li>
4508         </ul> <em>Import and Export</em>
4509         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4510         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4511           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4512         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4513           File</li>
4514         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4515           triplet as name of colourscheme</li>
4516         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4517         <ul>
4518           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4519           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4520             alignments (experimental)</li>
4521           <li>Create new or select existing session to join</li>
4522           <li>load and save of vamsas documents</li>
4523         </ul> <em>Application command line</em>
4524         <ul>
4525           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4526             from applet)</li>
4527           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4528             of DAS servers to query for alignment features</li>
4529           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4530             that are also automatically queried for features</li>
4531           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4532             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4533         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4534         <ul>
4535           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4536             application (when using &quot;View in full
4537             application&quot;)</li>
4538         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4539         <ul>
4540           <li>feature group display control parameter</li>
4541           <li>debug parameter</li>
4542           <li>showbutton parameter</li>
4543         </ul> <em>Applet API methods</em>
4544         <ul>
4545           <li>newView public method</li>
4546           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4547           <li>Feature display control methods</li>
4548           <li>get list of currently selected sequences</li>
4549         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4550         <ul>
4551           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4552           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4553             Jalview release.</li>
4554           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4555             property controls execution of obfuscator</li>
4556           <li>Build target for generating source distribution</li>
4557           <li>Debug flag for javacc</li>
4558           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4559             jalview.bin.Cache</li>
4560           <li>Continuous Build Integration for stable and
4561             development version of Application, Applet and source
4562             distribution</li>
4563         </ul></td>
4564       <td>
4565         <ul>
4566           <li>selected region output includes visible annotations
4567             (for certain formats)</li>
4568           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4569             for editing</li>
4570           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4571           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4572           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4573           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4574             comments</li>
4575           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4576             filenames containing a ':'</li>
4577           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4578             global sequence features</li>
4579           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4580             references from alignment sequences goes to zero</li>
4581           <li>Close of tree branch colour box without colour
4582             selection causes cascading exceptions</li>
4583           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4584           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4585             file parsing fails.</li>
4586           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4587           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4588             not a valid output format</li>
4589           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4590             vamsas</li>
4591           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4592           <li>error messages passed up and output when data read
4593             fails</li>
4594           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4595             sequence is edited</li>
4596           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4597             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4598           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4599             filetype</li>
4600           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4601             import fixed for PFAM records</li>
4602           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4603             window list</li>
4604           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4605             can be read and written correctly to annotation file</li>
4606           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4607             correctly</li>
4608           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4609             non-italic font for representatives in Applet</li>
4610           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4611             Macs.</li>
4612           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4613             Applet)</li>
4614           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4615             due to null pointer exceptions</li>
4616           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4617             first column of alignment</li>
4618           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4619             July 2008</li>
4620           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4621             file is case-insensitive</li>
4622           <li>Sequence features read from Features file appended to
4623             all sequences with matching IDs</li>
4624           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4625             containing a sub-sequence</li>
4626           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4627           <li>feature and annotation file applet parameters
4628             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4629           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4630           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4631             splash-screen version check to complete</li>
4632           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4633             when passing them to the launchApp service</li>
4634           <li>display name and local features preserved in results
4635             retrieved from web service</li>
4636           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4637             sequence fetcher initialisation</li>
4638           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4639             dasobert DAS client</li>
4640           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4641             association</li>
4642           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4643             sequences
4644           </li>
4645         </ul>
4646       </td>
4647     </tr>
4648     <tr>
4649       <td>
4650         <div align="center">
4651           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4652         </div>
4653       </td>
4654       <td>
4655         <ul>
4656           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4657           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4658           <li>Slide sequences</li>
4659           <li>Edit sequence in place</li>
4660           <li>EMBL CDS features</li>
4661           <li>DAS Feature mapping</li>
4662           <li>Feature ordering</li>
4663           <li>Alignment Properties</li>
4664           <li>Annotation Scores</li>
4665           <li>Sort by scores</li>
4666           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4667         </ul>
4668       </td>
4669       <td>
4670         <ul>
4671           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4672           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4673           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4674           <li>Feature group display state in XML</li>
4675           <li>Feature ordering in XML</li>
4676           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4677           <li>Stockholm alignment properties</li>
4678           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4679           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4680           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4681           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4682         </ul>
4683       </td>
4684
4685     </tr>
4686     <tr>
4687       <td>
4688         <div align="center">
4689           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4690         </div>
4691       </td>
4692       <td>
4693         <ul>
4694           <li>Non standard characters can be read and displayed
4695           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4696             applet via textbox
4697           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4698             name &amp; description
4699           <li>Preference setting to display sequence name in
4700             italics
4701           <li>Annotation file format extended to allow
4702             Sequence_groups to be defined
4703           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4704             specified in preferences
4705           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4706             sequences
4707         </ul>
4708       </td>
4709       <td>
4710         <ul>
4711           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4712             installed
4713           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4714           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4715         </ul>
4716       </td>
4717     </tr>
4718     <tr>
4719       <td>
4720         <div align="center">
4721           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4722         </div>
4723       </td>
4724       <td>
4725         <ul>
4726           <li>Multiple views on alignment
4727           <li>Sequence feature editing
4728           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4729           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4730           <li>Background dependent text colour
4731           <li>Right align sequence ids
4732           <li>User-defined lower case residue colours
4733           <li>Format Menu
4734           <li>Select Menu
4735           <li>Menu item accelerator keys
4736           <li>Control-V pastes to current alignment
4737           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4738           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4739           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4740
4741           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4742         </ul>
4743       </td>
4744       <td>
4745         <ul>
4746           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4747           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4748             calculations
4749           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4750             edits
4751           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4752             of alignment)
4753           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4754
4755           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4756             display correctly
4757           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4758           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4759             analysis results
4760           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4761             &#8739;
4762           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4763           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4764           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4765
4766         </ul>
4767       </td>
4768     </tr>
4769     <tr>
4770       <td>
4771         <div align="center">
4772           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4773         </div>
4774       </td>
4775       <td>
4776         <ul>
4777           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4783             sequence id panel has been resized</li>
4784           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4785             rendered</li>
4786           <li>Annotation files with sequence references - all
4787             elements in file are relative to sequence position</li>
4788           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4789         </ul>
4790       </td>
4791     </tr>
4792     <tr>
4793       <td>
4794         <div align="center">
4795           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4796         </div>
4797       </td>
4798       <td>
4799         <ul>
4800           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4801           <li>DAS Feature fetching</li>
4802           <li>Hide sequences and columns</li>
4803           <li>Export Annotations and Features</li>
4804           <li>GFF file reading / writing</li>
4805           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4806             files</li>
4807           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4808           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4809           <li>Applet can launch the full application</li>
4810           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4811             required)</li>
4812           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4813           <li>Applet can load sequences from parameter
4814             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4815           </li>
4816         </ul>
4817       </td>
4818       <td>
4819         <ul>
4820           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4821           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4822           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4823         </ul>
4824       </td>
4825     </tr>
4826     <tr>
4827       <td>
4828         <div align="center">
4829           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4830         </div>
4831       </td>
4832       <td>
4833         <ul>
4834           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4835           <li>Choose to match case when searching</li>
4836           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4837             expand the visible width and height of the alignment</li>
4838         </ul>
4839       </td>
4840       <td>
4841         <ul>
4842           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4843         </ul>
4844       </td>
4845     </tr>
4846     <tr>
4847       <td>
4848         <div align="center">
4849           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4850         </div>
4851       </td>
4852       <td>&nbsp;</td>
4853       <td>
4854         <ul>
4855           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4856           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4857             value</li>
4858         </ul>
4859       </td>
4860     </tr>
4861     <tr>
4862       <td>
4863         <div align="center">
4864           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4865         </div>
4866       </td>
4867       <td>
4868         <ul>
4869           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4870           <li>Keyboard editing</li>
4871           <li>Create sequence features from searches</li>
4872           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4873             alignments</li>
4874           <li>Features file allows grouping of features</li>
4875           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4876           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4877           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4878         </ul>
4879       </td>
4880       <td>
4881         <ul>
4882           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4883           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4884             descriptions saved.</li>
4885         </ul>
4886       </td>
4887     </tr>
4888     <tr>
4889       <td>
4890         <div align="center">
4891           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4892         </div>
4893       </td>
4894       <td>
4895         <ul>
4896           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4897           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4898           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4899             name for file output</li>
4900           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4901           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4902             used for HTML form input</li>
4903         </ul>
4904       </td>
4905       <td>
4906         <ul>
4907           <li>HTML output writes groups and features</li>
4908           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4909           <li>File IO bugs</li>
4910         </ul>
4911       </td>
4912     </tr>
4913     <tr>
4914       <td>
4915         <div align="center">
4916           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4917         </div>
4918       </td>
4919       <td>
4920         <ul>
4921           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4922           <li>More options for PCA viewer</li>
4923         </ul>
4924       </td>
4925       <td>
4926         <ul>
4927           <li>GUI bugs resolved</li>
4928           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4929         </ul>
4930       </td>
4931     </tr>
4932     <tr>
4933       <td height="63">
4934         <div align="center">
4935           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4936         </div>
4937       </td>
4938       <td>
4939         <ul>
4940           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4941           <li>Jar files are executable</li>
4942           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4943         </ul>
4944       </td>
4945       <td>
4946         <ul>
4947           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4948           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4949           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4950         </ul>
4951       </td>
4952     </tr>
4953     <tr>
4954       <td>
4955         <div align="center">
4956           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4957         </div>
4958       </td>
4959       <td>
4960         <ul>
4961           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4962         </ul>
4963       </td>
4964       <td>
4965         <ul>
4966           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4967         </ul>
4968       </td>
4969     </tr>
4970     <tr>
4971       <td>
4972         <div align="center">
4973           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4974         </div>
4975       </td>
4976       <td>
4977         <ul>
4978           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4979             size</li>
4980         </ul>
4981       </td>
4982       <td>
4983         <ul>
4984           <li>Improved JPred client reliability</li>
4985           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4986         </ul>
4987       </td>
4988     </tr>
4989     <tr>
4990       <td>
4991         <div align="center">
4992           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4993         </div>
4994       </td>
4995       <td>
4996         <ul>
4997           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4998           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4999           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5000             to Colour Menu</li>
5001           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5002           <li>Unix users can set default web browser</li>
5003           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5004           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5005         </ul>
5006       </td>
5007       <td>
5008         <ul>
5009           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5010         </ul>
5011       </td>
5012     </tr>
5013     <tr>
5014       <td>
5015         <div align="center">
5016           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5017         </div>
5018       </td>
5019       <td>&nbsp;</td>
5020       <td>
5021         <ul>
5022           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5023             alignment order.</li>
5024         </ul>
5025       </td>
5026     </tr>
5027     <tr>
5028       <td>
5029         <div align="center">
5030           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5031         </div>
5032       </td>
5033       <td>
5034         <ul>
5035           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5036           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5037           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5038             annotations.</li>
5039           <li>Version and build date written to build properties
5040             file.</li>
5041           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5042             at launch of Jalview.</li>
5043         </ul>
5044       </td>
5045       <td>
5046         <ul>
5047           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5048           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5049           <li>Can remove groups one by one.</li>
5050           <li>Filechooser icons installed.</li>
5051           <li>Finder ignores return character when searching.
5052             Return key will initiate a search.<br>
5053           </li>
5054         </ul>
5055       </td>
5056     </tr>
5057     <tr>
5058       <td>
5059         <div align="center">
5060           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5061         </div>
5062       </td>
5063       <td>
5064         <ul>
5065           <li>New codebase</li>
5066         </ul>
5067       </td>
5068       <td>&nbsp;</td>
5069     </tr>
5070   </table>
5071   <p>&nbsp;</p>
5072 </body>
5073 </html>