help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 126             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 130             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 134             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 138             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 139             '%s'" on the console
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 143             when there are both local and complementary features mapped
 144             to the position under the cursor
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 148             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 152             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 156             internationalised text for some messages and log output
 157           </li>
 158         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 159         <ul>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 162             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 163             OutOfMemory error.
 164           </li>
 165         </ul> <em>New Known defects</em>
 166         <ul>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 169             are ordered differently when shown on alignment and in
 170             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 174             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 175             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 176             Workaround is to try to save the file again, and if that
 177             fails, delete the original file and save in place.
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 181             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 182           </li>
 183         </ul>
 184       </td>
 185     </tr>
 186     <tr>
 187       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 188           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 189           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 190       <td align="left" valign="top">
 191         <ul>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 194             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 195             for display in alignments, on structure views (including
 196             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 197             export.
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 201             exported and re-imported as GFF3 files
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 205             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 209             validation while parsing
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 213             position if reopened
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 217             of associated view
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 221             enabled by default
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 225             tooltips and menus
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 229             with no feature types visible
 230           </li>
 231           <li>
 232           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 233           </li>
 234         </ul><em>Jalview Installer</em>
 235             <ul>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 238             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 245           </li>
 246               <li>
 247                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 248               <li>
 249                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 250         </ul> <em>Release processes</em>
 251         <ul>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 257           </li>
 258         </ul> <em>Build System</em>
 259         <ul>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 265             report
 266           </li>
 267         </ul>
 268         <em>Groovy Scripts</em>
 269             <ul>
 270           <li>
 271             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 272             to stdout containing the consensus sequence for each
 273             alignment in a Jalview session
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 277             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 278             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 279           </li>
 280         </ul>
 281       </td>
 282       <td align="left" valign="top">
 283         <ul>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 286             'Show hidden markers' option is not ticked
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 290             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 291             jalview preferences or properties file
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 295             'Show Sequence Features' option is not ticked
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 299             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 300             features are visible
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 304             equal when split frame is first opened
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 308             correct after editing a sequence's start position
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 312             with annotation and exceptions thrown when only a few
 313             columns shown in wrapped mode
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 317             wrapped alignment figure with annotations
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 321             ID fails with ClassCastException
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 325             Project
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 329             feature settings dialog also selects columns
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 333             IllegalArgumentException in some circumstances
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 337             opened for a view
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 341             alignment window is closed
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 345             help documentation for 2.11.0 release
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 349             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 350             Uniprot Accession
 351           </li>
 352         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 353         <ul>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 356             PDB/Uniprot search panel
 357           </li>
 358         </ul> <em>Installer</em>
 359         <ul>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 362             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 363           </li>
 364         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 365         <ul>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 368             repository
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 372             memory
 373           </li>
 374         </ul> <em>New Known Issues</em>
 375         <ul>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 378             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 379             command line
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 383             clipped in headless figure export when Right Align option
 384             enabled
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 388             'Source' in console output
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 392             bamboo server but run fine locally.
 393           </li>
 394         </ul>
 395       </td>
 396     </tr>
 397     <tr>
 398       <td width="60" align="center" nowrap>
 399           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 400             <em>04/07/2019</em></strong>
 401       </td>
 402       <td align="left" valign="top">
 403         <ul>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 406             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 407             source project) rather than InstallAnywhere
 408           </li>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 411             settings, receive over the air updates and launch specific
 412             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 413               Rings' GetDown</a>)
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 417             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 421             arguments and switch between different getdown channels
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 425             or alignment files
 426           </li>
 427
 428           <li>
 429             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 430             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 433             'Translate as cDNA'</li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 436           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 437             <ul>
 438                       <li>
 439             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 440             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 441           <li>
 442                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 443                 features can be filtered and shaded according to any
 444                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 445                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 446                 file)
 447               </li>
 448               <li>
 449                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 450                 stored and restored from Jalview Projects
 451               </li>
 452               <li>
 453                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 454                 recognise variant features
 455               </li>
 456               <li>
 457                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 458                 sequences (also coloured red by default)
 459               </li>
 460               <li>
 461                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 462                 details
 463               </li>
 464               <li>
 465                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 466                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 467               </li>
 468               <li>
 469                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 470                 dialog
 471               </li>
 472             </ul>
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 476             tree and PCA calculations
 477           </li>
 478           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 479             <ul>
 480               <li>
 481                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 482                 and Viewer state saved in Jalview Project
 483               </li>
 484               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 485                 drop-down menus</li>
 486               <li>
 487                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 488                 incrementally
 489               </li>
 490               <li>
 491                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 492               </li>
 493             </ul>
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 497           </li>
 498           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 499           <ul>
 500               <li>
 501                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 502                 multiple groups when working with large alignments
 503               </li>
 504               <li>
 505                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 506                 Stockholm files
 507               </li>
 508             </ul>
 509           <li><strong>User Interface</strong>
 510           <ul>
 511               <li>
 512                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 513                 view
 514               </li>
 515               <li>
 516                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 517                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 518                 default (can be changed in user preferences)
 519               </li>
 520               <li>
 521                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 522                 to the Overwrite Dialog
 523               </li>
 524               <li>
 525                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 526                 sequences are hidden
 527               </li>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 530                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 531               </li>
 532               <li>
 533                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 534                 labels
 535               </li>
 536               <li>
 537                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 538                 when in wrapped mode
 539               </li>
 540               <li>
 541                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 542                 annotation
 543               </li>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 546               </li>
 547               <li>
 548                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 549                 panel
 550               </li>
 551               <li>
 552                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 553                 popup menu
 554               </li>
 555               <li>
 556               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 557               <li>
 558               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 559
 560
 561             </ul></li>
 562             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 563           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 564             <ul>
 565               <li>
 566                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 567                 trapping CMD-Q
 568               </li>
 569             </ul></li>
 570         </ul>
 571         <em>Deprecations</em>
 572         <ul>
 573           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 574             capabilities removed from the Jalview Desktop
 575           </li>
 576           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 577             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 578             and XML based data retrieval clients</li>
 579           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 580           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 581         </ul> <em>Documentation</em>
 582         <ul>
 583           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 584             not supported in EPS figure export
 585           </li>
 586           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 587         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 588         <ul>
 589           <li>
 590           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 591           </li>
 592       <li>
 593       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 594           <li>
 595           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 596             gradle-eclipse
 597           </li>
 598           <li>
 599           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 600             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 601             execution
 602           </li>
 603           <li>
 604           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 605             operations
 606           </li>
 607           <li>
 608           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 609             issues resolved
 610           </li>
 611           <li>
 612           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 613             markdown (with HTML rendering)
 614           </li>
 615           <li>
 616           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 617           </li>
 618           <li>
 619           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 620             versions of Jalview
 621           </li>
 622         </ul>
 623       </td>
 624       <td align="left" valign="top">
 625         <ul>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 631             superposition in Jmol fail on Windows
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 635             structures for sequences with lots of PDB structures
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 639             monospaced font
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 643             project involving multiple views
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 647             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 648             Annotation dialog hides columns
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 652             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 653             one view, then making another selection in the other view
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 657             columns
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 661             Settings and Jalview Preferences panels
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 665             overview with large alignments
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 669             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 670             mouse moved to the left of the first column
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 674             hidden column marker via scale popup menu
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 678             doesn't tell users the invalid URL
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 682             score from view
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 686             show cross references or Fetch Database References are shown in
 687             red in original view
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 691             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 695             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 699             when columns are hidden
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 703             Columns by Annotation description
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 707             out of Scale or Annotation Panel
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 711             scale panel
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 715             alignment down
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 719             scale panel
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 723             Page Up in wrapped mode
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 727           </li>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 733             on opening an alignment
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 737             Colour menu
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 741             different groups in the alignment are selected
 742           </li>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 745             correctly in menu
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 749             threshold limit
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 753             threshold gets 'unrounded'
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 757             colour
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 767             Tree font
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 771             project file
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 775             shown in complementary view
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 779             without normalisation
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 783             of report
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 787           </li>
 788           <li>
 789           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 790           </li>
 791         </ul> <em>Editing</em>
 792         <ul>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 795             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 796             sequence
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 800             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 801             removed (Known defect since 2.10)
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 805             dialog corrupts dataset sequence
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 809             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 810           </li>
 811         </ul> <em>Datamodel</em>
 812         <ul>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 815             sequence's End is greater than its length
 816           </li>
 817         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 818           general release)</em>
 819         <ul>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 822           </li>
 823         </ul> <em>New Known Defects</em>
 824         <ul>
 825         <li>
 826         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 827         </li>
 828         <li>
 829           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 830           regions of protein alignment.
 831         </li>
 832         <li>
 833           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 834           is restored from a Jalview 2.11 project
 835         </li>
 836         <li>
 837           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 838           'New View'
 839         </li>
 840         <li>
 841           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 842           columns within hidden columns
 843         </li>
 844         <li>
 845           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 846           window after dragging left to select columns to left of visible
 847           region
 848         </li>
 849         <li>
 850           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 851           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 852           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 853           create a Score filter instead.
 854         </li>
 855         <li>
 856         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 857         <li>
 858         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 859         </li>
 860         <li>
 861           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 862           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 863         </li>
 864         </ul>
 865         <em>Java 11 Specific defects</em>
 866           <ul>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 869               alphabetically when saved
 870             </li>
 871         </ul>
 872       </td>
 873     </tr>
 874     <tr>
 875     <td width="60" nowrap>
 876       <div align="center">
 877         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 878       </div>
 879     </td>
 880     <td><div align="left">
 881         <em></em>
 882         <ul>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 885               InstallAnywhere increased to 1G.
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 889               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 890               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 891                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 892                 properties file.</em>
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 896               API and sequence data now imported as JSON.
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 900               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 901               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 902               property.
 903             </li>
 904           </ul>
 905           <em>Development</em>
 906           <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 909               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 910                 Clover</a>
 911             </li>
 912           </ul>
 913         </div></td>
 914     <td><div align="left">
 915         <em></em>
 916         <ul>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 919               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 920               alignment.
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 924               annotation displayed.
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 928               for newly created group when 'Apply to all groups'
 929               selected
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 933               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 934               visible.
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 938               when sequences are selected in exported view.</em>
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 942               aren't rendered with correct colour.
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 946               types of knotted RNA secondary structure.
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 950               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 951               do not start at 1.
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 955               annotation when columns are inserted into an alignment,
 956               and when exporting as Stockholm flatfile.
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 960               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 961               treated as RNA secondary structure.
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 965               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 969               transfers focus to previous window on OSX
 970             </li>
 971           </ul>
 972           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 973           <ul>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 976               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 977               box.
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 981               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 982               'look and feel' which has improved compatibility with the
 983               latest version of OSX.
 984             </li>
 985           </ul>
 986         </div>
 987     </td>
 988     </tr>
 989     <tr>
 990       <td width="60" nowrap>
 991         <div align="center">
 992           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 993             <em>7/06/2018</em></strong>
 994         </div>
 995       </td>
 996       <td><div align="left">
 997           <em></em>
 998           <ul>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1001               annotation retrieved from Uniprot
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1005               onto the Jalview Desktop
1006             </li>
1007           </ul>
1008         </div></td>
1009       <td><div align="left">
1010           <em></em>
1011           <ul>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1014               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1018               right-hand column parsed correctly
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1022               not alignment area in exported graphic
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1026               window has input focus
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1030               annotation added to view (Windows)
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1034               network connectivity is poor
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1038               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1039                 the currently open URL and links from a page viewed in
1040                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1041                 you are using Edge, only links in the page can be
1042                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1043                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1044             </li>
1045           </ul>
1046           <em>New Known Defects</em>
1047           <ul>
1048             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1049           </ul>
1050         </div></td>
1051     </tr>
1052     <tr>
1053       <td width="60" nowrap>
1054         <div align="center">
1055           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1056         </div>
1057       </td>
1058       <td><div align="left">
1059           <em></em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1063               for disabling automatic superposition of multiple
1064               structures and open structures in existing views
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1068               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1069               adjust them.
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1073               Ensembl services
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1077               and lots of hidden columns
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1081               of features (particularly when transparency is disabled)
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1085               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1086               generally available
1087             </li>
1088           </ul>
1089           </div>
1090       </td>
1091       <td><div align="left">
1092           <ul>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1095               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1099               overlapping alignment panel
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1103               sequence as gaps
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1107               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1108               UTR
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1112               factor annotation not added to sequence when local PDB
1113               file associated with it by drag'n'drop or structure
1114               chooser
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1118               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1122               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1126               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1130               columns in annotation row
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1134               honored in batch mode
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1138               for structures added to existing Jmol view
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1142               entries after importing project with multiple views
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1146               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1147               with negative residue numbers or missing residues fails
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1151               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1152               as generated by CONSURF)
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1156               tooltip doesn't include a text description of mutation
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1160               structure and/or overview windows are also shown
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1164               very slow for alignments with large numbers of sequences
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1168               with 'StringIndexOutOfBounds'
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1172               platforms running Java 10
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1176               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1177             </li>
1178           </ul>
1179           <em>Applet</em>
1180           <ul>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1183               should copy the group consensus when popup is opened on it
1184             </li>
1185           </ul>
1186           <em>Batch Mode</em>
1187           <ul>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1190           </li>
1191           </ul>
1192           <em>New Known Defects</em>
1193           <ul>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1196               editing a large alignment and overview is displayed
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1200               repeatedly after a series of edits even when the overview
1201               is no longer reflecting updates
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1205               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1206               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1207               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1211               option gives blank output
1212             </li>
1213           </ul>
1214         </div>
1215           </td>
1216     </tr>
1217     <tr>
1218       <td width="60" nowrap>
1219         <div align="center">
1220           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1221         </div>
1222       </td>
1223       <td><div align="left">
1224           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1225               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1226       <td><div align="left">
1227           <em>Desktop</em><ul>
1228           <ul>
1229             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1230             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1231             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1232             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1233             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1234             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1235             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1236           </ul>
1237           </div>
1238       </td>
1239     </tr>
1240     <tr>
1241       <td width="60" nowrap>
1242         <div align="center">
1243           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1244         </div>
1245       </td>
1246       <td><div align="left">
1247           <em></em>
1248           <ul>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1251               rendering of sequence features
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1255               429 rate limit request hander
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1259               their colours have changed
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1263               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1267               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1271               view from Ensembl locus cross-references
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1275               Alignment report
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1279               feature can be disabled
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1283               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1287               Uniprot
1288             </li>
1289           </ul>
1290           <em>Scripting</em>
1291           <ul>
1292             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1293             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1294               percent identity scores for current alignment.</li>
1295           </ul>
1296           <em>Testing and Deployment</em>
1297           <ul>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1300             </li>
1301           </ul>
1302         </div></td>
1303       <td><div align="left">
1304           <em>General</em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1308               threshold text field doesn't trigger an update to the
1309               alignment view
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1313               strings in parallel
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1317               alignment window is closed
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1321               group visibility
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1325               takes a long time in Cursor mode
1326             </li>
1327           </ul>
1328           <em>Desktop</em>
1329           <ul>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1332               cannot be viewed in Chimera
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1336               CDS/Protein view
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1340               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1341               Search Dialogs
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1351               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1355               scrolling right in unwapped alignment view
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1359               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1360               database
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1364               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1368               features of same type and group to be selected for
1369               amending
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1373               alignments when hidden columns are present
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1377               displaying several structures
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1381               moving a window
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1385               within the Jalview desktop on OSX
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1389               when in wrapped alignment mode
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1393               hand end of alignment
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1397               each selected sequence do not have correct start/end
1398               positions
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1402               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1406               restoring project until a new view is created
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1410               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1411               configured (since 2.10.2b2)
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1415               position is adjusted
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1419               in a multi-chain structure when viewing alignment
1420               involving more than one chain (since 2.10)
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1424               if new selection moves alignment window
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1428               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1432               that produces correctly annotated transcripts and products
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1436               doesn't update associated structure view
1437             </li>
1438           </ul>
1439           <em>Applet</em><br />
1440           <ul>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1443               closing alignment panel
1444             </li>
1445           </ul>
1446           <em>BioJSON</em><br />
1447           <ul>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1450               non-positional features
1451             </li>
1452           </ul>
1453           <em>New Known Issues</em>
1454           <ul>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1457               sequence features correctly (for many previous versions of
1458               Jalview)
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1462               using cursor in wrapped panel other than top
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1466               graduated colour threshold
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1470               always preserve numbering and sequence features
1471             </li>
1472           </ul>
1473           <em>Known Java 9 Issues</em>
1474           <ul>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1477               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1478               9.01, OSX 10.10)
1479             </li>
1480           </ul>
1481         </div></td>
1482     </tr>
1483     <tr>
1484       <td width="60" nowrap>
1485         <div align="center">
1486           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1487             <em>2/10/2017</em></strong>
1488         </div>
1489       </td>
1490       <td><div align="left">
1491           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1492           <ul>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1495             </li>
1496             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1497             </li>
1498           </ul>
1499         </div></td>
1500       <td><div align="left">
1501         </div></td>
1502     </tr>
1503     <tr>
1504       <td width="60" nowrap>
1505         <div align="center">
1506           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1507             <em>7/9/2017</em></strong>
1508         </div>
1509       </td>
1510       <td><div align="left">
1511           <em></em>
1512           <ul>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1515               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1516               white)
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1520               Preferences
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1524               in size and progress bar shown as higher resolution
1525               overview is recalculated
1526             </li>
1527
1528           </ul>
1529         </div></td>
1530       <td><div align="left">
1531           <em></em>
1532           <ul>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1535               column region row by row
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1539               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1543               format setting is unticked
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1547               if group has show boxes format setting unticked
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1551               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1552               include sequences and columns not currently displayed
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1556               assemblies are imported via CIF file
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1560               displayed when threshold or conservation colouring is also
1561               enabled.
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1565               server version
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1569               dragging a selected region off the visible region of the
1570               alignment
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1574               colourscheme to all groups in a view
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1578               initially after font size change using the Font chooser or
1579               middle-mouse zoom
1580             </li>
1581           </ul>
1582         </div></td>
1583     </tr>
1584     <tr>
1585       <td width="60" nowrap>
1586         <div align="center">
1587           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1588         </div>
1589       </td>
1590       <td><div align="left">
1591           <em>Calculations</em>
1592           <ul>
1593
1594             <li>
1595               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1596               ungapped positions in each column of the alignment.
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1600               a calculation dialog box
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1604               and memory efficiency (~30x faster)
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1608               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1609               and other calculations
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1613               files within the Jalview codebase
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1617               Similarity may have different topology due to increased
1618               precision
1619             </li>
1620           </ul>
1621           <em>Rendering</em>
1622           <ul>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1625               model for alignments and groups
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1629               scripts
1630             </li>
1631           </ul>
1632           <em>Overview</em>
1633           <ul>
1634             <li>
1635               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1636               with alignment and overview windows
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1640               overview
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1644               omitted in Overview
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1648               adjustment of visible position
1649             </li>
1650           </ul>
1651
1652           <em>Data import/export</em>
1653           <ul>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1656               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1660               annotation input/output via stockholm flatfile
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1664               extension when importing structure files without embedded
1665               names or PDB accessions
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1669               format sequence substitution matrices
1670             </li>
1671           </ul>
1672           <em>User Interface</em>
1673           <ul>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1676               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1677               the application.
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1681               via Overview or sequence motif search operations
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1685               opened by double clicking gaps within sequence feature
1686               extent
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1690               aligned positions were available to create a 3D structure
1691               superposition.
1692             </li>
1693           </ul>
1694           <em>3D Structure</em>
1695           <ul>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1698               coloured in linked structure views
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1702               file-based command exchange
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1706               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1707               structures are already available for sequences
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1711               the Jalview project rather than downloaded again when the
1712               project is reopened.
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1716               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1717               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1718                 Feature</strong>)
1719             </li>
1720           </ul>
1721           <em>Web Services</em>
1722           <ul>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1728               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1729               Analysis services
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1733               cross-references provided by identifiers.org and the
1734               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1735             </li>
1736           </ul>
1737
1738           <em>Scripting</em>
1739           <ul>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1742               identifying file formats (instead of String constants)
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1746               efficiency when counting all displayed features (not
1747               backwards compatible with 2.10.1)
1748             </li>
1749           </ul>
1750           <em>Example files</em>
1751           <ul>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1754               included in the example feature file
1755             </li>
1756           </ul>
1757           <em>Documentation</em>
1758           <ul>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1761               with the built-in Java help viewer
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1765               sequence description' option
1766             </li>
1767           </ul>
1768           <em>Test Suite</em>
1769           <ul>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1772               Uniprot REST Free Text Search Client
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1779               during tests
1780             </li>
1781           </ul>
1782         </div></td>
1783       <td><div align="left">
1784           <em>Calculations</em>
1785           <ul>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1788               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1789               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1790             </li>
1791             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1792               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1793               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1794               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1795               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1796               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1797               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1798               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1799               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1800               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1801               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1802               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1803               // for 2.10.1 mode <br />
1804               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1805               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1806                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1807                 calculations (not recommended)</em></li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1810               scaling of branch lengths for trees computed using
1811               Sequence Feature Similarity.
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1815               generating output report when working with highly
1816               redundant alignments
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1820               right of selected region when gaps present on right-hand
1821               boundary
1822             </li>
1823           </ul>
1824           <em>User Interface</em>
1825           <ul>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1828               doesn't reselect a specific sequence's associated
1829               annotation after it was used for colouring a view
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1833               opened on a region of alignment without groups
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1837               of an alignment with overlapping groups
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1841               name and description match
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1845               hidden regions results in incorrect hidden regions
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1849               changing colour does not apply Conservation slider value
1850               to all groups
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1854               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1858               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1862               gaps before start of features
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1866               restored to UI when feature colour is edited
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1870               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1874               as graduate feature colour settings are modified via the
1875               dialog box
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1879               when a group defined on the alignment is resized
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1883               wrapped view result in positional status updates
1884             </li>
1885
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1888               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1892               alignment included gapped columns
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1896               widgets don't permanently disappear
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1900               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1901               T-Coffee column reliability scores)
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1905               sequence feature on gaps only
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1909               button from a Find inherit previously defined feature type
1910               rather than the Find query string
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1914               exporting tree calculated in Jalview
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1918               and then revealing them reorders sequences on the
1919               alignment
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1923               doesn't update to reflect available set of groups after
1924               interactively adding or modifying features
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1928               Linux
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1932               only excluded gaps in current sequence and ignored
1933               selection.
1934             </li>
1935           </ul>
1936           <em>Rendering</em>
1937           <ul>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1940               erratically when hidden rows or columns are present
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1944               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1945               sequence colouring
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1949               colour and group colour menu for protein alignments
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1953               reflect currently selected view or group's shading
1954               thresholds
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1958               when rendered on overview and structures when opacity at
1959               100%
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1963               overview when features overlaid on alignment
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1967               recovered correctly from Jalview project file
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1971               (automatically via preferences) are different to the main
1972               alignment panel
1973             </li>
1974           </ul>
1975           <em>Data import/export</em>
1976           <ul>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1979               load
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1983               added after a sequence was imported are not written to
1984               Stockholm File
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1988               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1992               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1996               with lightGray or darkGray via features file (but can
1997               specify lightgray)
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2001               when alignment view imported from project
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2005               structure and sequences extracted from structure files
2006               imported via URL and viewed in Jmol
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2010               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2011               the project is loaded and the structure viewed
2012             </li>
2013           </ul>
2014           <em>Web Services</em>
2015           <ul>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2018               release of Ensembl v.88
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2022               appear enabled in Preferences->Connections
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2026               removed from console output
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2030               Ensembl by Peptide ID
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2034               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2035               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2036               due to 'null' string rather than empty string used for
2037               residues with no corresponding PDB mapping).
2038             </li>
2039           </ul>
2040           <em>Application UI</em>
2041           <ul>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2044               menu
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2048               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2049               new documentation and tooltips added)
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2053               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2057               new features are added to alignment
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2061               changes to feature colours via the Amend features dialog
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2065               edit graduated feature colour via amend features dialog
2066               box
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2070               selection menu changes colours of alignment views
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2074               from alignment calculation workers after alignment has
2075               been closed
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2079               groups now 'Create Group'
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2083               Create/Undefine group doesn't always work
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2087               shown again after pressing 'Cancel'
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2091               adjusts start position in wrap mode
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2095               ambiguous amino acids
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2099               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2100               proteins
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2104               Defined' don't appear in Colours menu
2105             </li>
2106           </ul>
2107           <em>Applet</em>
2108           <ul>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2111               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2115               overview or linked structure view
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2119               work (since 2.8)
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2123               user-defined colourscheme doesn't restore original
2124               colourscheme
2125             </li>
2126           </ul>
2127           <em>Test Suite</em>
2128           <ul>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2131               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2135               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2136               problems with deep array comparison equality asserts in
2137               successive versions of TestNG
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2141               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2142             </li>
2143           </ul>
2144           <em>New Known Issues</em>
2145           <ul>
2146             <li>
2147               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2148               phase after a sequence motif find operation
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2152               containing just upper and lower case letters are
2153               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2157               reliably from eggnog Ortholog database
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2161               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2162               to mark columns containing highlighted regions.
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2166               doesn't always add secondary structure annotation.
2167             </li>
2168           </ul>
2169         </div>
2170     <tr>
2171       <td width="60" nowrap>
2172         <div align="center">
2173           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2174         </div>
2175       </td>
2176       <td><div align="left">
2177           <em>General</em>
2178           <ul>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2181               for all consensus calculations
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2185               3rd Oct 2016)
2186             </li>
2187             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2188               for 2016-2017</li>
2189           </ul>
2190           <em>Application</em>
2191           <ul>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2194               set of database cross-references, sorted alphabetically
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2198               from database cross references. Users with custom links
2199               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2200                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2204               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2205               Chimera session
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2209               the Chimera it is connected to is shut down
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2213               columns menu item to mark columns containing highlighted
2214               regions (e.g. from structure selections or results of a
2215               Find operation)
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2219               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2220               MSAviewer
2221             </li>
2222           </ul>
2223         </div></td>
2224       <td>
2225         <div align="left">
2226           <em>General</em>
2227           <ul>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2230               are not coloured or thresholded according to percent
2231               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2235               hydrophobic
2236             </li>
2237             <li>
2238               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2239               threshold, amino acid properties)
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2243               reported as mapped to residues in a structure file in the
2244               View Mapping report
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2248               could be added multiple times to a sequence
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2252               bond features shown as two highlighted residues rather
2253               than a range in linked structure views, and treated
2254               correctly when selecting and computing trees from features
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2258               cross-references are matched to database name regardless
2259               of case
2260             </li>
2261
2262           </ul>
2263           <em>Application</em>
2264           <ul>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2267               names without regular expressions also offer links from
2268               Sequence ID
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2272               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2273               update Jalview configuration
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2277               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2281               files with similarly named sequences if dropped onto the
2282               alignment
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2286               entries where more chains exist in the PDB accession than
2287               are reported in the SIFTS file
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2291               the structure view when displayed with Chimera
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2295               panel's View->Show Chains submenu
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2299               work for wrapped alignment views
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2303               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2307               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2308               first annotation row
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2312               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2316               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2317             </li>
2318             <!-- JAL-2319 -->
2319             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2320             coordindate data
2321             </li>
2322           </ul>
2323           <!--           <em>New Known Issues</em>
2324           <ul>
2325             <li></li>
2326           </ul> -->
2327         </div>
2328       </td>
2329     </tr>
2330     <td width="60" nowrap>
2331       <div align="center">
2332         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2333           <em>25/10/2016</em></strong>
2334       </div>
2335     </td>
2336     <td><em>Application</em>
2337       <ul>
2338         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2339           view if structures already loaded</li>
2340         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2341           structure views</li>
2342       </ul></td>
2343     <td>
2344       <div align="left">
2345         <em>General</em>
2346         <ul>
2347           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2348             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2349           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2350             example sequences/projects/trees</li>
2351         </ul>
2352         <em>Application</em>
2353         <ul>
2354           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2355             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2356           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2357             without timeout for structures with multiple models or
2358             multiple sequences in alignment</li>
2359           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2360             PDB ID HEADER line</li>
2361           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2362             is performed</li>
2363           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2364             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2365           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2366           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2367             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2368             option</li>
2369           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2370             is created on the alignment</li>
2371           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2372             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2373             pop-up menu</li>
2374         </ul>
2375         <em>Build and deployment</em>
2376         <ul>
2377           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2378             tags</li>
2379         </ul>
2380         <em>New Known Issues</em>
2381         <ul>
2382           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2383             on Windows</li>
2384         </ul>
2385       </div>
2386     </td>
2387     </tr>
2388     <tr>
2389       <td width="60" nowrap>
2390         <div align="center">
2391           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2392         </div>
2393       </td>
2394       <td><em>General</em>
2395         <ul>
2396           <li>
2397             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2401             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2402             better PDB parsing.
2403           </li>
2404           <li>
2405             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2406             reference sequence
2407           </li>
2408           <li>
2409             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2410             mousing over sequence associated annotation
2411           </li>
2412           <li>
2413             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2414             for manual entry
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2418             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2419             for each column
2420           </li>
2421           <li>
2422             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2423             showing or hiding columns containing a feature
2424           </li>
2425           <li>
2426             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2427             group and sequence associated annotation labels
2428           </li>
2429           <li>
2430             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2431             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2432             dialogs
2433           </li>
2434
2435         </ul> <em>Application</em>
2436         <ul>
2437           <li>
2438             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2439             gene/transcript view
2440           </li>
2441           <li>
2442             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2443             dialog
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2447             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2451             Pfam sources to xfam.org
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2455           </li>
2456           <li>
2457             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2458             over sequences in Jalview
2459           </li>
2460           <li>
2461             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2462             regions in ENA and EMBL
2463           </li>
2464           <li>
2465             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2466             for record retrieval via ENA rest API
2467           </li>
2468           <li>
2469             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2470             complement operator
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2474             groovy script execution
2475           </li>
2476           <li>
2477             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2478             alignment window's Calculate menu
2479           </li>
2480           <li>
2481             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2482             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2486             calculation workers from groovy scripts
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2490             Jalview projects
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2494             associations are now saved/restored from project
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2498             before sequence fetcher is opened
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2502             database chooser opens a sequence fetcher
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2506             the UniProt REST API
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2510             the news reader opening
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2514             querying stored in preferences
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2518             search results
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2522           </li>
2523           <li>
2524             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2525             menu for nucleotide sequences
2526           </li>
2527           <li>
2528             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2529             and feature counts preserves alignment ordering (and
2530             debugged for complex feature sets).
2531           </li>
2532           <li>
2533             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2534             viewing structures with Jalview 2.10
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2538             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2539             Ensembl Genomes REST API
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2543             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2544             (Ensembl)
2545           </li>
2546           <li>
2547             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2548             sequences
2549           </li>
2550           <li>
2551             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2552             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2553             data from external database records.
2554           </li>
2555           <li>
2556             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2557             efficient recovery of sequence coding and alignment
2558             annotation relationships.
2559           </li>
2560         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2561         <ul>
2562           <li>
2563             -- JAL---
2564           </li>
2565         </ul> --></td>
2566       <td>
2567         <div align="left">
2568           <em>General</em>
2569           <ul>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2572               menu on OSX
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2576               includes graduated colourschemes
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2580               working with big alignments and lots of hidden columns
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2584               at right of alignment window
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2588               contents
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2592               for DNA alignments
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2596               based tree calculation
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2600               unconserved enabled for group on alignment
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2604               set as reference
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2608               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2609               annotation
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2613               hidden columns present
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2617               user created annotation added to alignment
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2621               '()' base pair annotation
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2625               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2626               Consensus
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2630               feature not working
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2634               beginning of sequence
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2638               entry 3a6s
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2642               from a tree when t-coffee scores are shown
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2646               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2650               some structures
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2654               to Clustal, PIR and PileUp output
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2658               not visible causes alignment window to repaint
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2662               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2663               scores associated with features and annotation rows
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2667               calculation should be case independent
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2671               columns
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2675               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2676               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2680               problems when reference sequence defined and 'show
2681               non-conserved' enabled
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2685               load even when Consensus calculation is disabled
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2689               alignment does nothing
2690             </li>
2691           </ul>
2692           <em>Application</em>
2693           <ul>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2696               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2697               yet fixed for El Capitan)
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2701               output when running on non-gb/us i18n platforms
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2705               hidden sequences as flat-file alignment
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2709               launching Chimera
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2713               (also hotfix for 2.9.0b2)
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2717               reference sequence defined
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2721               alignments and views when revealing hidden columns
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2725               view in a cDNA/Protein splitframe
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2729               sequence from project when only one sequence is
2730               represented
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2734               in Structure Chooser
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2738               structure consensus didn't refresh annotation panel
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2742               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2746               dialogs format columns correctly, don't display array
2747               data, sort columns according to type
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2751               file chooser is cancelled during an image export
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2755               sequence name containing special characters
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2759               case insensitive
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2763               formatting don't wrap
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2767               truncated so L looks like I in consensus annotation
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2771               currently displayed features for the current selection or
2772               view
2773             </li>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2776               after fetching cross-references, and restoring from
2777               project
2778             </li>
2779             <li>
2780               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2781               followed in the structure viewer
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2785               splitframe not restored from project
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2789               trailing end of protein alignment in transcript/product
2790               splitview when pad-gaps not enabled by default
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2794               is case dependent
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2798               article has been read (reopened issue due to
2799               internationalisation problems)
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2803               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2804               cross-references
2805             </li>
2806
2807             <li>
2808               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2809               alignment as HTML
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2813               multiple structures are shown for one or more sequences.
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2817               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2818               is enabled.
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2822               specific PDB id for sequence
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2826               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2827               columns' is disabled.
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2831               selects lowest rather than highest resolution structures
2832               for each sequence
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2836               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2840               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2844               after clicking on it to create new annotation for a
2845               column.
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2849               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2850             </li>
2851             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2852             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2853           </ul>
2854           <em>Applet</em>
2855           <ul>
2856             <li>
2857               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2858               hidden columns present before start of sequence
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2862               (JSON jars)
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2866               sequences are hidden in applet
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2870               deployment on examples pages.
2871             </li>
2872           </ul>
2873         </div>
2874       </td>
2875     </tr>
2876     <tr>
2877       <td width="60" nowrap>
2878         <div align="center">
2879           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2880             <em>16/10/2015</em></strong>
2881         </div>
2882       </td>
2883       <td><em>General</em>
2884         <ul>
2885           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2886             jars</li>
2887         </ul></td>
2888       <td>
2889         <div align="left">
2890           <em>Application</em>
2891           <ul>
2892             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2893               shown when tree is partitioned</li>
2894             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2895               multiple cDNA/Protein split views</li>
2896           </ul>
2897         </div>
2898       </td>
2899     </tr>
2900     <tr>
2901       <td width="60" nowrap>
2902         <div align="center">
2903           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2904             <em>8/10/2015</em></strong>
2905         </div>
2906       </td>
2907       <td><em>General</em>
2908         <ul>
2909           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2910             2.9</li>
2911         </ul> <em>Application</em>
2912         <ul>
2913           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2914           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2915           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2916         </ul> <em>Applet</em>
2917         <ul>
2918           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2919         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2920         <ul>
2921           <li>
2922             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2923             suite
2924           </li>
2925         </ul></td>
2926       <td>
2927         <div align="left">
2928           <em>General</em>
2929           <ul>
2930             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2931               incorrect when sequence start > 1</li>
2932             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2933               documentation</li>
2934             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2935             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2936               loading a features file containing HTML tags in feature
2937               description</li>
2938
2939           </ul>
2940           <em>Application</em>
2941           <ul>
2942             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2943               reimport</li>
2944             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2945               with 'trim retrieved sequences'</li>
2946             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2947               deleting selected columns</li>
2948             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2949               JNLP templates for webstart launch</li>
2950             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2951               unreleased structures for download or viewing</li>
2952             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2953               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2954             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2955               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2956             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2957               recovered from jalview project</li>
2958             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2959               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2960               alignment view</li>
2961             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2962               color schemes from BioJSON</li>
2963           </ul>
2964           <em>Applet</em>
2965           <ul>
2966             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2967               frame</li>
2968             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2969           </ul>
2970         </div>
2971       </td>
2972     </tr>
2973     <tr>
2974       <td><div align="center">
2975           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2976         </div></td>
2977       <td><em>General</em>
2978         <ul>
2979           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2980             alignments:
2981             <ul>
2982               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2983                 and DNA alignment views</li>
2984               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2985                 cDNA alignment views</li>
2986               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2987                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2988               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2989                 protein sequences</li>
2990             </ul>
2991           </li>
2992           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2993           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2994             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2995           <li>New alignment annotation file statements for
2996             reference sequences and marking hidden columns</li>
2997           <li>Reference sequence based alignment shading to
2998             highlight variation</li>
2999           <li>Select or hide columns according to alignment
3000             annotation</li>
3001           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3002           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3003             acid conservation row</li>
3004           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3005         </ul> <em>Application</em>
3006         <ul>
3007           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3008             <ul>
3009               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3010                 view with cDNA/Protein</li>
3011               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3012                 sequences are placed in the same alignment</li>
3013               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3014                 projects</li>
3015             </ul>
3016           </li>
3017
3018           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3019           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3020             Jalview windows</li>
3021
3022           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3023           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3024           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3025             be shown in VARNA</li>
3026
3027           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3028             as the active selected region</li>
3029
3030           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3031             similarity</li>
3032           <li>New Export options
3033             <ul>
3034               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3035                 region export in flat file generation</li>
3036
3037               <li>Export alignment views for display with the <a
3038                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3039
3040               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3041               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3042                 alignment figures to HTML</li>
3043           </li>
3044           <li>3D structure retrieval and display
3045             <ul>
3046               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3047                 Search API</li>
3048               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3049                 PDB structures for a sequence set</li>
3050             </ul>
3051           </li>
3052
3053           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3054             predictions</li>
3055           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3056             for one or a group of sequences</li>
3057           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3058             from the JPred4 web server</li>
3059           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3060             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3061             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3062           </li>
3063           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3064             VARNA 2D Structure'</li>
3065           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3066             Structure ..."</li>
3067
3068         </ul> <em>Applet</em>
3069         <ul>
3070           <li>New layout for applet example pages</li>
3071           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3072             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3073           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3074             Protein alignments</li>
3075         </ul> <em>Development and deployment</em>
3076         <ul>
3077           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3078           <li>Include installation type and git revision in build
3079             properties and console log output</li>
3080           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3081             storing BioJsMSA Templates</li>
3082           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3083         </ul></td>
3084       <td>
3085         <!-- <em>General</em>
3086         <ul>
3087         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3088         <ul>
3089           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3090           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3091           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3092             predictions are not highlighted in amber</li>
3093           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3094             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3095           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3096             associated structure views</li>
3097           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3098             width checkbox not enabled</li>
3099           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3100             creating user defined colours</li>
3101           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3102             mappings for just that viewer's sequences</li>
3103           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3104             multiple models in Chimera</li>
3105           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3106             over Jmol structure</li>
3107           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3108             output to text box</li>
3109           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3110             have incorrect sequence start/end</li>
3111           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3112             Jalview fails</li>
3113           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3114             work for nucleotide</li>
3115           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3116             to a grey/invisible alignment window</li>
3117           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3118             imports to different position</li>
3119           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3120             on some platforms</li>
3121           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3122             populated</li>
3123           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3124             console if Chimera has been opened</li>
3125           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3126           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3127             retrieved</li>
3128           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3129           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3130             either sequence shows on first structure</li>
3131           <li>'Show annotations' options should not make
3132             non-positional annotations visible</li>
3133           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3134             in right place after 'view flanking regions'</li>
3135           <li>File Save As type unset when current file format is
3136             unknown</li>
3137           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3138             projects</li>
3139           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3140             responsive</li>
3141           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3142             several views on same alignment</li>
3143           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3144           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3145             spaces</li>
3146         </ul> <em>Applet</em>
3147         <ul>
3148           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3149           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3150             descriptions containing angle brackets</li>
3151         </ul> <em>General</em>
3152         <ul>
3153           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3154             via jalview annotation file</li>
3155           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3156             with RNA secondary structure</li>
3157           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3158             translation doesn't work.</li>
3159           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3160           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3161             positions</li>
3162           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3163             choosing 1pt font</li>
3164           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3165             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3166             'h'</li>
3167           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3168             new feature</li>
3169           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3170             order dependent</li>
3171           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3172             sequences</li>
3173           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3174         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3175         <ul>
3176           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3177             www.jalview.org</li>
3178         </ul> <em>Application Known issues</em>
3179         <ul>
3180           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3181           <li>Misleading message appears after trying to delete
3182             solid column.</li>
3183           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3184             version launches</li>
3185           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3186             fails with a sequence mismatch</li>
3187           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3188             scrolling alignment to right</li>
3189           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3190             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3191           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3192             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3193           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3194             ultra-high resolution</li>
3195           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3196             quality and conservation</li>
3197           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3198             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3199         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3200         <ul>
3201           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3202           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3203             window is being resized</li>
3204
3205         </ul>
3206       </td>
3207     </tr>
3208     <tr>
3209       <td><div align="center">
3210           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3211         </div></td>
3212       <td><em>General</em>
3213         <ul>
3214           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3215             Certum.PL.</li>
3216           <li>Features and annotation preserved when performing
3217             pairwise alignment</li>
3218           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3219             imported/exported/displayed</li>
3220           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3221             protein secondary structure</li>
3222           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3223               post-hoc with 2.9 release</em>)
3224           </li>
3225
3226         </ul> <em>Application</em>
3227         <ul>
3228           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3229             with 3D structures</li>
3230           <li>Support for parsing RNAML</li>
3231           <li>Annotations menu for layout
3232             <ul>
3233               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3234               <li>place sequence annotation above/below alignment
3235                 annotation</li>
3236             </ul>
3237           <li>Output in Stockholm format</li>
3238           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3239             translation</li>
3240           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3241           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3242             shared between alignments</li>
3243           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3244             Jalview</li>
3245           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3246             all or current selection</li>
3247           <li>disorder and secondary structure predictions
3248             available as dataset annotation</li>
3249           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3250
3251
3252           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3253             alignments from Rfam</li>
3254           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3255
3256           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3257             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3258           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3259           <li>include installation type in build properties and
3260             console log output</li>
3261           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3262             annotation</li>
3263         </ul></td>
3264       <td>
3265         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3266         <ul>
3267           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3268             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3269           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3270             alignment</li>
3271           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3272           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3273           <li>Double click on sequence associated annotation
3274             selects only first column</li>
3275           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3276             leaves shown in tree</li>
3277           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3278             properly</li>
3279           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3280           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3281             screen and buttons not visible</li>
3282           <li>author list isn't updated if already written to
3283             Jalview properties</li>
3284           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3285             from database</li>
3286           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3287           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3288             browser search window</li>
3289           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3290             in feature settings dialog</li>
3291           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3292             desktop</li>
3293           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3294             pass validation</li>
3295           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3296             fit on screen</li>
3297           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3298             tooltip</li>
3299           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3300             defined user preset</li>
3301           <li>MSA web services warns user if they were launched
3302             with invalid input</li>
3303           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3304             Java 8</li>
3305           <li>
3306             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3307             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3308             created
3309           </li>
3310
3311         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3312         <ul>
3313         </ul> <em>General</em>
3314         <ul>
3315         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3316         <ul>
3317           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3318             memory allocation</li>
3319           <li>launchApp service doesn't automatically open
3320             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3321           <li>
3322             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3323             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3324             1.7_055 is available
3325           </li>
3326         </ul> <em>Application Known issues</em>
3327         <ul>
3328           <li>
3329             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3330             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3331             alignment to right
3332           </li>
3333           <li>
3334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3335             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3336             with large number of ID
3337           </li>
3338           <li>
3339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3340             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3341             start/end
3342           </li>
3343           <li>
3344             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3345             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3346             structure tracks are rearranged
3347           </li>
3348           <li>
3349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3350             invalid rna structure positional highlighting does not
3351             highlight position of invalid base pairs
3352           </li>
3353           <li>
3354             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3355             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3356             project from alignment window file menu
3357           </li>
3358           <li>
3359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3360             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3361             structures
3362           </li>
3363           <li>
3364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3365             colour by RNA Helices not enabled when user created
3366             annotation added to alignment
3367           </li>
3368           <li>
3369             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3370             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3371           </li>
3372         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3373         <ul>
3374           <li>
3375             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3376             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3377           </li>
3378           <li>
3379             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3380             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3381           </li>
3382
3383           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3384             when selected</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387     </tr>
3388     <tr>
3389       <td><div align="center">
3390           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3391         </div></td>
3392       <td>
3393         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3394         <em>General</em>
3395         <ul>
3396           <li>Internationalisation of user interface (usually
3397             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3398           <li>Define/Undefine group on current selection with
3399             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3400           <li>Improved group creation/removal options in
3401             alignment/sequence Popup menu</li>
3402           <li>Sensible precision for symbol distribution
3403             percentages shown in logo tooltip.</li>
3404           <li>Annotation panel height set according to amount of
3405             annotation when alignment first opened</li>
3406         </ul> <em>Application</em>
3407         <ul>
3408           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3409             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3410           <li>Select columns containing particular features from
3411             Feature Settings dialog</li>
3412           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3413             sequences</li>
3414           <li>Update Jalview project format:
3415             <ul>
3416               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3417               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3418                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3419               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3420                 colouring</li>
3421             </ul>
3422           </li>
3423           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3424             (PAM250)</li>
3425           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3426             flanking regions for an alignment</li>
3427         </ul>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3431         <ul>
3432           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3433             running after job is cancelled</li>
3434           <li>cannot export features from alignments imported from
3435             Jalview/VAMSAS projects</li>
3436           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3437             float values</li>
3438           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3439             have 'display all symbols' flag set</li>
3440           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3441             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3442           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3443             Jalview</li>
3444           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3445             Lion/Webstart</li>
3446           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3447           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3448           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3449             alignment onto desktop</li>
3450           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3451             'extract scores' function</li>
3452           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3453             alignment window</li>
3454           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3455             performing IUPred disorder prediction</li>
3456           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3457             changing 'normalise logo' display setting</li>
3458           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3459             nothing matches query</li>
3460           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3461             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3462           </li>
3463           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3464             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3465           </li>
3466           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3467             Jalview's menu</li>
3468           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3469             'invalid literal/length code'</li>
3470           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3471             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3472           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3473             colourscheme</li>
3474
3475         </ul> <em>Applet</em>
3476         <ul>
3477           <li>Remove group option is shown even when selection is
3478             not a group</li>
3479           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3480             don't affect groups</li>
3481           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3482             colourscheme name</li>
3483           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3484             Annotation panel is not displayed</li>
3485           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3486             embedded windows</li>
3487         </ul> <em>Other</em>
3488         <ul>
3489           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3490             single sequence were not calculated</li>
3491           <li>annotation files that contain only groups imported as
3492             annotation and junk sequences</li>
3493           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3494             recognised as PFAM or BLC</li>
3495           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3496             doesn't affect background (2.8.0b1)
3497           <li></li>
3498           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3499           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3500             trailing gaps</li>
3501           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3502             registered correctly on import</li>
3503           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3504             certain alignments</li>
3505           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3506             existing annotation based 'use original colours'
3507             colourscheme loses original colours setting</li>
3508         </ul>
3509       </td>
3510     </tr>
3511     <tr>
3512       <td><div align="center">
3513           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3514             <em>30/1/2014</em></strong>
3515         </div></td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3519             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3520             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3521             open source project).
3522           </li>
3523           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3524           <li>Output in Stockholm format</li>
3525           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3526           <li>Export/import group and sequence associated line
3527             graph thresholds</li>
3528           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3529             ambiguity codes</li>
3530           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3531             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3532             works</li>
3533           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3534         </ul> <em>Other improvements</em>
3535         <ul>
3536           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3537           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3538             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3539           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3540             files</li>
3541           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3542           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3543             link but no description</li>
3544           <li>Select primary source when selecting authority in
3545             database fetcher GUI</li>
3546           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3547             Jalview</li>
3548           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3554             displayed</li>
3555           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3556             secondary structure annotation line</li>
3557           <li>Sequence database accessions not imported when
3558             fetching alignments from Rfam</li>
3559           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3560             identical IDs</li>
3561           <li>View all structures does not always superpose
3562             structures</li>
3563           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3564             reflect user or preset settings</li>
3565           <li>Null pointer exceptions for some services without
3566             presets or adjustable parameters</li>
3567           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3568             discover PDB xRefs</li>
3569           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3570             features with DAS</li>
3571           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3572             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3573           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3574             residue follows a gap</li>
3575           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3576             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3577           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3578             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3579           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3580             annotation already exists on alignment</li>
3581           <li>oninit javascript function should be called after
3582             initialisation completes</li>
3583           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3584             alignment window display</li>
3585           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3586           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3587             to annotation file</li>
3588           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3589             groups created</li>
3590           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3591             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3592           <li>Pressing return several times causes Number Format
3593             exceptions in keyboard mode</li>
3594           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3595             correct partitions for input data</li>
3596           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3597           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3598           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3599           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3600             mode</li>
3601           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3602             changes one row&#39;s threshold</li>
3603           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3604             doesn&#39;t open</li>
3605           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3606             quality histograms</li>
3607         </ul>
3608       </td>
3609     </tr>
3610     <tr>
3611       <td><div align="center">
3612           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3613         </div></td>
3614       <td><em>Application</em>
3615         <ul>
3616           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3617             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3618           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3619             preferences</li>
3620           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3621             in Jalview alignment window</li>
3622           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3623             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3624           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3625             RNA and ambiguity codes</li>
3626
3627           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3628           <li>Support fetching and database reference look up
3629             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3630             refs')</li>
3631           <li>Jalview project improvements
3632             <ul>
3633               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3634                 flag for annotation</li>
3635               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3636                 alignment</li>
3637               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3638                 Jalview project</li>
3639
3640             </ul>
3641           </li>
3642           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3643           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3644             running</li>
3645           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3646           <li>visual indication that web service results are still
3647             being retrieved from server</li>
3648           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3649             starts up for first time</li>
3650           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3651             services</li>
3652           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3653             client library</li>
3654           <li>Examples directory and Groovy library included in
3655             InstallAnywhere distribution</li>
3656         </ul> <em>Applet</em>
3657         <ul>
3658           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3659             visualization applet example</li>
3660         </ul> <em>General</em>
3661         <ul>
3662           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3663           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3664             defaults</li>
3665           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3666             calculation</li>
3667           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3668             matrices
3669           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3670             in HTML</li>
3671           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3672             structure contacts</li>
3673           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3674           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3675           <li>Parse sequence associated secondary structure
3676             information in Stockholm files</li>
3677           <li>HTML Export database accessions and annotation
3678             information presented in tooltip for sequences</li>
3679           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3680             style RNA alignment files</li>
3681           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3682             alignment</li>
3683           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3684             shade each sequence according to its associated alignment
3685             annotation</li>
3686           <li>New Jalview Logo</li>
3687         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3688         <ul>
3689           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3690           <li>New Website!</li>
3691         </ul></td>
3692       <td><em>Application</em>
3693         <ul>
3694           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3695             wsdbfetch REST service</li>
3696           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3697           <li>Filetype associations not installed for webstart
3698             launch</li>
3699           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3700             job execution in full once it is complete</li>
3701           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3702             uploaded via ali_file parameter</li>
3703           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3704           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3705           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3706             submitted for prediction</li>
3707           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3708             desktop window</li>
3709           <li>Putting fractional value into integer text box in
3710             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3711           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3712             windows 7</li>
3713           <li>View all structures fails with exception shown in
3714             structure view</li>
3715           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3716             escaped in a platform independent way</li>
3717           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3718             using proxy</li>
3719           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3720             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3721           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3722             failure when java web start temporary file caching is
3723             disabled</li>
3724           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3725             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3726           <li>Errors during processing of command line arguments
3727             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3728           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3729             DAS sources in sequence fetcher</li>
3730           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3731             dialog is shown</li>
3732           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3733           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3734           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3735           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3736             on OSX Mountain Lion</li>
3737           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3738             sequences with alignment annotation are pasted into the
3739             alignment</li>
3740           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3741             when loaded from Jalview project</li>
3742           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3743           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3744             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3745           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3746             associated with all views</li>
3747           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3748             annotation rows to new window</li>
3749         </ul> <em>Applet</em>
3750         <ul>
3751           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3752             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3753           <li>loading features via javascript API automatically
3754             enables feature display</li>
3755           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3756             work</li>
3757         </ul> <em>General</em>
3758         <ul>
3759           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3760           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3761             and then deselected</li>
3762           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3763           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3764             coloured with clustalx</li>
3765           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3766             exceptions and redraw errors</li>
3767           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3768             reconfigured view</li>
3769           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3770             colour</li>
3771           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3772             for lots of labels</li>
3773         </ul>
3774     </tr>
3775     <tr>
3776       <td>
3777         <div align="center">
3778           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3779         </div>
3780       </td>
3781       <td><em>Application</em>
3782         <ul>
3783           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3784           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3785           <li>View/alignment association menu to enable user to
3786             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3787             its colours/correspondences from</li>
3788           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3789           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3790             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3791           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3792           <li>Annotation row column label formatting attributes
3793             stored in project file</li>
3794           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3795             rows preserved in Jalview project file</li>
3796           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3797             saved using Desktop window menu</li>
3798           <li>Visual indication that command line arguments are
3799             still being processed</li>
3800           <li>Groovy script execution from URL</li>
3801           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3802             preferences</li>
3803           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3804             alignment with sequences that have high similarity and
3805             matching IDs</li>
3806           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3807           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3808             structures in same window</li>
3809           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3810           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3811             analysis function in its own submenu</li>
3812         </ul> <em>Applet</em>
3813         <ul>
3814           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3815             groups</li>
3816           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3817           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3818           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3819           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3820           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3821             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3822           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3823           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3824             parameters are treated as such</li>
3825           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3826             <ul>
3827               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3828               <li>Javascript callbacks for
3829                 <ul>
3830                   <li>Applet initialisation</li>
3831                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3832                 </ul>
3833               </li>
3834               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3835                 functions</li>
3836               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3837               <li>javascript structure viewer harness to pass
3838                 messages between Jmol and Jalview when running as
3839                 distinct applets</li>
3840               <li>sortBy method</li>
3841               <li>Set of applet and application examples shipped
3842                 with documentation</li>
3843               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3844                 javascript message exchange</li>
3845             </ul>
3846         </ul> <em>General</em>
3847         <ul>
3848           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3849             multiple alignments</li>
3850           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3851           <li>User configurable link to enable redirects to a
3852             www.Jalview.org mirror</li>
3853           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3854           <li>Configurable newline string when writing alignment
3855             and other flat files</li>
3856           <li>Allow alignment annotation description lines to
3857             contain html tags</li>
3858         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3859         <ul>
3860           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3861             examples</li>
3862           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3863             using a web service before displaying the result in the
3864             Jalview desktop</li>
3865           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3866           <li>Ant target to publish example html files with applet
3867             archive</li>
3868           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3869           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3870         </ul></td>
3871       <td><em>Application</em>
3872         <ul>
3873           <li>User defined colourscheme throws exception when
3874             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3875           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3876             dialog for valid filename/format</li>
3877           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3878           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3879             P37173</li>
3880           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3881             which sequence is to be associated with the file</li>
3882           <li>Find All raises null pointer exception when query
3883             only matches sequence IDs</li>
3884           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3885           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3886             2.4 cannot be loaded</li>
3887           <li>Filetype associations not installed for webstart
3888             launch</li>
3889           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3890             with sequences in different alignments do not get coloured
3891             by their associated sequence</li>
3892           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3893             not preserved when project is loaded</li>
3894           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3895             stored in Jalview project</li>
3896           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3897             Jalview project</li>
3898           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3899           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3900             by conservation</li>
3901           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3902             created on new view</li>
3903           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3904             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3905           <li>Alignment quality not updated after alignment
3906             annotation row is hidden then shown</li>
3907           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3908             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3909           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3910             properly</li>
3911           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3912             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3913           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3914           <li>Structures imported from file and saved in project
3915             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3916           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3917             job execution in full once it is complete</li>
3918         </ul> <em>Applet</em>
3919         <ul>
3920           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3921             annotation rows are displayed</li>
3922           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3923             codebase</li>
3924           <li>View follows highlighting does not work for positions
3925             in sequences</li>
3926           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3927           <li>Export features raises exception when no features
3928             exist</li>
3929           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3930             for javascript api is modified when separator string
3931             provided as parameter</li>
3932           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3933             alignment with no existing selection</li>
3934           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3935             to applet&#39;s codebase</li>
3936           <li>Status bar not updated after finished searching and
3937             search wraps around to first result</li>
3938           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3939             several Jalview applets causes race conditions and memory
3940             leaks</li>
3941           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3942             not sent from Jmol in applet</li>
3943           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3944             applet API fatally hang browser</li>
3945         </ul> <em>General</em>
3946         <ul>
3947           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3948             position with wrapped view and hidden regions</li>
3949           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3950             with/without hidden columns</li>
3951           <li>Sequence length given in alignment properties window
3952             is off by 1</li>
3953           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3954             import PDB like structure files</li>
3955           <li>Positional search results are only highlighted
3956             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3957           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3958           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3959             given sequence position</li>
3960           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3961             output</li>
3962           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3963             from nucleotide chains correctly</li>
3964           <li>Structure colours not updated when tree partition
3965             changed in alignment</li>
3966           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3967             parsed in interleaved stockholm</li>
3968           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3969             state</li>
3970           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3971             properly</li>
3972           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3973             properly associated with their pdb files</li>
3974         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3975         <ul>
3976           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3977             ApplyCopyright tool</li>
3978         </ul></td>
3979     </tr>
3980     <tr>
3981       <td>
3982         <div align="center">
3983           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3984         </div>
3985       </td>
3986       <td><em>Application</em>
3987         <ul>
3988           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3989             contact web services</li>
3990           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3991             service job window</li>
3992           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3993         </ul></td>
3994       <td>
3995         <ul>
3996           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3997             pir file emitted by Jalview</li>
3998           <li>Existing feature settings transferred to new
3999             alignment view created from cut'n'paste</li>
4000           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4001             parsing PDB files</li>
4002           <li>Consensus and conservation annotation rows
4003             occasionally become blank for all new windows</li>
4004           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4005             in wrapped view mode</li>
4006         </ul> <em>Application</em>
4007         <ul>
4008           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4009             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4010           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4011             parameter names</li>
4012           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4013             is down</li>
4014         </ul>
4015       </td>
4016     </tr>
4017     <tr>
4018       <td>
4019         <div align="center">
4020           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4021         </div>
4022       </td>
4023       <td><em>Application</em>
4024         <ul>
4025           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4026             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4027             (JABAWS)
4028           </li>
4029           <li>Web Services preference tab</li>
4030           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4031             preferences</li>
4032           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4033           <li>Superpose structures using associated sequence
4034             alignment</li>
4035           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4036             viewer</li>
4037         </ul> <em>Applet</em>
4038         <ul>
4039           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4040             link out mechanism</li>
4041         </ul> <em>Other</em>
4042         <ul>
4043           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4044             series 12</li>
4045           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4046             require Java 1.5</li>
4047           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4048             sequence annotation files</li>
4049           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4050             type colour specification</li>
4051           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4052             script to check if it being run in an interactive session or
4053             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4054         </ul></td>
4055       <td>
4056         <ul>
4057           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4058             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4059         </ul> <em>Application</em>
4060         <ul>
4061           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4062             selected Regions menu item</li>
4063           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4064             part of a valid accession ID</li>
4065           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4066             runs out of memory</li>
4067           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4068             analysis results</li>
4069           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4070             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4071           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4072         </ul> <em>Applet</em>
4073         <ul>
4074           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4075             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4076             defined.</li>
4077         </ul>
4078       </td>
4079     </tr>
4080     <tr>
4081       <td>
4082         <div align="center">
4083           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4084         </div>
4085       </td>
4086       <td></td>
4087       <td>
4088         <ul>
4089           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4090             sequence IDs</li>
4091           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4092             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4093           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4094             import correctly</li>
4095           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4096             number of columns are hidden</li>
4097           <li>annotation label popup menu not providing correct
4098             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4099             present</li>
4100           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4101             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4102           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4103             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4104
4105         </ul> <em>Applet</em>
4106         <ul>
4107           <li>annotation panel disappears when annotation is
4108             hidden/removed</li>
4109         </ul> <em>Application</em>
4110         <ul>
4111           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4112             alignment opened where annotation panel is visible but no
4113             annotations are present on alignment</li>
4114           <li>pasted region containing hidden columns is
4115             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4116           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4117             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4118           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4119             selected Rregions menu item.</li>
4120           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4121             'Un' or 'Non'conserved</li>
4122           <li>Sequence feature settings are being shared by
4123             multiple distinct alignments</li>
4124           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4125             changed</li>
4126           <li>double click on group annotation to select sequences
4127             does not propagate to associated trees</li>
4128           <li>Mac OSX specific issues:
4129             <ul>
4130               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4131                 window background</li>
4132               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4133                 name set correctly</li>
4134               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4135                 save feature colourscheme button</li>
4136             </ul>
4137           </li>
4138         </ul>
4139       </td>
4140     </tr>
4141     <tr>
4142
4143       <td>
4144         <div align="center">
4145           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4146         </div>
4147       </td>
4148       <td><em>New Capabilities</em>
4149         <ul>
4150           <li>URL links generated from description line for
4151             regular-expression based URL links (applet and application)
4152
4153           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4154             menu</li>
4155           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4156             structures</li>
4157           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4158             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4159           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4160             average score or total feature count for each sequence.</li>
4161           <li>Shading features by score or associated description</li>
4162           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4163             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4164           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4165             hide everything but the currently selected region.</li>
4166           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4167         </ul> <em>Application</em>
4168         <ul>
4169           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4170             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4171           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4172             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4173           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4174             database references and protein_name is parsed as
4175             description line (BioSapiens terms).</li>
4176           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4177             references in sequence ID tooltip from View menu in
4178             application.</li>
4179           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4180       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4181           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4182             conservation plots</li>
4183           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4184             and visualized as sequence logos</li>
4185           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4186             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4187           </li>
4188           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4189             when a new tree is opened.</li>
4190           <li>Jalview Java Console</li>
4191           <li>Better placement of desktop window when moving
4192             between different screens.</li>
4193           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4194             consensus annotation</li>
4195           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4196             Workflows</li>
4197           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4198             <ul>
4199               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4200                 used to preserve views, structures, and tree display
4201                 settings)</li>
4202               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4203                 command line</li>
4204               <li>Sharing of selected regions between views and
4205                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4206               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4207             </ul></li>
4208         </ul> <em>Applet</em>
4209         <ul>
4210           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4211           <li>New Parameters
4212             <ul>
4213               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4214                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4215                 opened.</li>
4216               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4217                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4218               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4219                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4220               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4221                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4222                 view</li>
4223               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4224                 increase the height or width of a cell in the alignment
4225                 grid relative to the current font size.</li>
4226             </ul>
4227           </li>
4228           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4229             tooltip</li>
4230         </ul> <em>Other</em>
4231         <ul>
4232           <li>Features format: graduated colour definitions and
4233             specification of feature scores</li>
4234           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4235             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4236             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4237           <li>XML formats extended to support graduated feature
4238             colourschemes, group associated annotation, and profile
4239             visualization settings.</li></td>
4240       <td>
4241         <ul>
4242           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4243             rather than description</li>
4244           <li>Non-positional features are now included in sequence
4245             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4246             visibility in tooltip).</li>
4247           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4248           <li>Added URL embedding instructions to features file
4249             documentation.</li>
4250           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4251             'X' in peptide product</li>
4252           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4253             sequence ID and sequence string and query strings do not
4254             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4255           <li>AMSA files only contain first column of
4256             multi-character column annotation labels</li>
4257           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4258             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4259             exported and re-imported)</li>
4260           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4261             name</li>
4262           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4263             as subsequence matches, and correctly reports total number
4264             of both.</li>
4265           <li>Application:
4266             <ul>
4267               <li>Better handling of exceptions during sequence
4268                 retrieval</li>
4269               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4270                 link text excludes the start_end suffix</li>
4271               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4272                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4273               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4274               <li>Sequence description lines properly shared via
4275                 VAMSAS</li>
4276               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4277                 data sources</li>
4278               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4279                 completes before alignment figures are generated.</li>
4280               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4281                 first time.</li>
4282               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4283                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4284               <li>User defined group colours properly recovered
4285                 from Jalview projects.</li>
4286             </ul>
4287           </li>
4288         </ul>
4289       </td>
4290
4291     </tr>
4292     <tr>
4293       <td>
4294         <div align="center">
4295           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4296         </div>
4297       </td>
4298       <td>
4299         <ul>
4300           <li>Experimental support for google analytics usage
4301             tracking.</li>
4302           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4303         </ul>
4304       </td>
4305       <td>
4306         <ul>
4307           <li>Race condition in applet preventing startup in
4308             jre1.6.0u12+.</li>
4309           <li>Exception when feature created from selection beyond
4310             length of sequence.</li>
4311           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4312           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4313             all sequences with a given id</li>
4314           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4315             ID string searches</li>
4316           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4317             alignment to fail with exception</li>
4318         </ul> <em>Application Issues</em>
4319         <ul>
4320           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4321           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4322             data sources</li>
4323         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4324         <ul>
4325           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4326             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4327           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4328             version (java class versioning error fixed)</li>
4329         </ul>
4330       </td>
4331     </tr>
4332     <tr>
4333       <td>
4334
4335         <div align="center">
4336           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4337         </div>
4338       </td>
4339       <td><em>User Interface</em>
4340         <ul>
4341           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4342             translation and protein products</li>
4343           <li>Linked highlighting of structure associated with
4344             residue mapping to codon position</li>
4345           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4346             and 'clear' button</li>
4347           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4348             Tools menu</li>
4349           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4350             numeric data in description line</li>
4351           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4352           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4353             of sequence</li>
4354         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4355         <ul>
4356           <li>JPred3 web service</li>
4357           <li>Prototype sequence search client (no public services
4358             available yet)</li>
4359           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4360             PFAM</li>
4361           <li>URL Links created for matching database cross
4362             references as well as sequence ID</li>
4363           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4364         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4365         <ul>
4366           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4367             databases</li>
4368           <li>Generalised database reference retrieval and
4369             validation to all fetchable databases</li>
4370           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4371             sequence command</li>
4372         </ul> <em>Import and Export</em>
4373         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4374         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4375           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4376         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4377           File</li>
4378         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4379           triplet as name of colourscheme</li>
4380         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4381         <ul>
4382           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4383           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4384             alignments (experimental)</li>
4385           <li>Create new or select existing session to join</li>
4386           <li>load and save of vamsas documents</li>
4387         </ul> <em>Application command line</em>
4388         <ul>
4389           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4390             from applet)</li>
4391           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4392             of DAS servers to query for alignment features</li>
4393           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4394             that are also automatically queried for features</li>
4395           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4396             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4397         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4398         <ul>
4399           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4400             application (when using &quot;View in full
4401             application&quot;)</li>
4402         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4403         <ul>
4404           <li>feature group display control parameter</li>
4405           <li>debug parameter</li>
4406           <li>showbutton parameter</li>
4407         </ul> <em>Applet API methods</em>
4408         <ul>
4409           <li>newView public method</li>
4410           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4411           <li>Feature display control methods</li>
4412           <li>get list of currently selected sequences</li>
4413         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4414         <ul>
4415           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4416           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4417             Jalview release.</li>
4418           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4419             property controls execution of obfuscator</li>
4420           <li>Build target for generating source distribution</li>
4421           <li>Debug flag for javacc</li>
4422           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4423             jalview.bin.Cache</li>
4424           <li>Continuous Build Integration for stable and
4425             development version of Application, Applet and source
4426             distribution</li>
4427         </ul></td>
4428       <td>
4429         <ul>
4430           <li>selected region output includes visible annotations
4431             (for certain formats)</li>
4432           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4433             for editing</li>
4434           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4435           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4436           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4437           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4438             comments</li>
4439           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4440             filenames containing a ':'</li>
4441           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4442             global sequence features</li>
4443           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4444             references from alignment sequences goes to zero</li>
4445           <li>Close of tree branch colour box without colour
4446             selection causes cascading exceptions</li>
4447           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4448           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4449             file parsing fails.</li>
4450           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4451           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4452             not a valid output format</li>
4453           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4454             vamsas</li>
4455           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4456           <li>error messages passed up and output when data read
4457             fails</li>
4458           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4459             sequence is edited</li>
4460           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4461             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4462           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4463             filetype</li>
4464           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4465             import fixed for PFAM records</li>
4466           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4467             window list</li>
4468           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4469             can be read and written correctly to annotation file</li>
4470           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4471             correctly</li>
4472           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4473             non-italic font for representatives in Applet</li>
4474           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4475             Macs.</li>
4476           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4477             Applet)</li>
4478           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4479             due to null pointer exceptions</li>
4480           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4481             first column of alignment</li>
4482           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4483             July 2008</li>
4484           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4485             file is case-insensitive</li>
4486           <li>Sequence features read from Features file appended to
4487             all sequences with matching IDs</li>
4488           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4489             containing a sub-sequence</li>
4490           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4491           <li>feature and annotation file applet parameters
4492             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4493           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4494           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4495             splash-screen version check to complete</li>
4496           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4497             when passing them to the launchApp service</li>
4498           <li>display name and local features preserved in results
4499             retrieved from web service</li>
4500           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4501             sequence fetcher initialisation</li>
4502           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4503             dasobert DAS client</li>
4504           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4505             association</li>
4506           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4507             sequences
4508           </li>
4509         </ul>
4510       </td>
4511     </tr>
4512     <tr>
4513       <td>
4514         <div align="center">
4515           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4516         </div>
4517       </td>
4518       <td>
4519         <ul>
4520           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4521           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4522           <li>Slide sequences</li>
4523           <li>Edit sequence in place</li>
4524           <li>EMBL CDS features</li>
4525           <li>DAS Feature mapping</li>
4526           <li>Feature ordering</li>
4527           <li>Alignment Properties</li>
4528           <li>Annotation Scores</li>
4529           <li>Sort by scores</li>
4530           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4531         </ul>
4532       </td>
4533       <td>
4534         <ul>
4535           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4536           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4537           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4538           <li>Feature group display state in XML</li>
4539           <li>Feature ordering in XML</li>
4540           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4541           <li>Stockholm alignment properties</li>
4542           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4543           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4544           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4545           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4546         </ul>
4547       </td>
4548
4549     </tr>
4550     <tr>
4551       <td>
4552         <div align="center">
4553           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4554         </div>
4555       </td>
4556       <td>
4557         <ul>
4558           <li>Non standard characters can be read and displayed
4559           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4560             applet via textbox
4561           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4562             name &amp; description
4563           <li>Preference setting to display sequence name in
4564             italics
4565           <li>Annotation file format extended to allow
4566             Sequence_groups to be defined
4567           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4568             specified in preferences
4569           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4570             sequences
4571         </ul>
4572       </td>
4573       <td>
4574         <ul>
4575           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4576             installed
4577           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4578           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4579         </ul>
4580       </td>
4581     </tr>
4582     <tr>
4583       <td>
4584         <div align="center">
4585           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4586         </div>
4587       </td>
4588       <td>
4589         <ul>
4590           <li>Multiple views on alignment
4591           <li>Sequence feature editing
4592           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4593           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4594           <li>Background dependent text colour
4595           <li>Right align sequence ids
4596           <li>User-defined lower case residue colours
4597           <li>Format Menu
4598           <li>Select Menu
4599           <li>Menu item accelerator keys
4600           <li>Control-V pastes to current alignment
4601           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4602           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4603           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4604
4605           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4606         </ul>
4607       </td>
4608       <td>
4609         <ul>
4610           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4611           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4612             calculations
4613           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4614             edits
4615           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4616             of alignment)
4617           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4618
4619           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4620             display correctly
4621           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4622           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4623             analysis results
4624           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4625             &#8739;
4626           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4627           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4628           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4629
4630         </ul>
4631       </td>
4632     </tr>
4633     <tr>
4634       <td>
4635         <div align="center">
4636           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4637         </div>
4638       </td>
4639       <td>
4640         <ul>
4641           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4642         </ul>
4643       </td>
4644       <td>
4645         <ul>
4646           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4647             sequence id panel has been resized</li>
4648           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4649             rendered</li>
4650           <li>Annotation files with sequence references - all
4651             elements in file are relative to sequence position</li>
4652           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655     </tr>
4656     <tr>
4657       <td>
4658         <div align="center">
4659           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4660         </div>
4661       </td>
4662       <td>
4663         <ul>
4664           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4665           <li>DAS Feature fetching</li>
4666           <li>Hide sequences and columns</li>
4667           <li>Export Annotations and Features</li>
4668           <li>GFF file reading / writing</li>
4669           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4670             files</li>
4671           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4672           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4673           <li>Applet can launch the full application</li>
4674           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4675             required)</li>
4676           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4677           <li>Applet can load sequences from parameter
4678             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4679           </li>
4680         </ul>
4681       </td>
4682       <td>
4683         <ul>
4684           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4685           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4686           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4687         </ul>
4688       </td>
4689     </tr>
4690     <tr>
4691       <td>
4692         <div align="center">
4693           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4694         </div>
4695       </td>
4696       <td>
4697         <ul>
4698           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4699           <li>Choose to match case when searching</li>
4700           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4701             expand the visible width and height of the alignment</li>
4702         </ul>
4703       </td>
4704       <td>
4705         <ul>
4706           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4707         </ul>
4708       </td>
4709     </tr>
4710     <tr>
4711       <td>
4712         <div align="center">
4713           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4714         </div>
4715       </td>
4716       <td>&nbsp;</td>
4717       <td>
4718         <ul>
4719           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4720           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4721             value</li>
4722         </ul>
4723       </td>
4724     </tr>
4725     <tr>
4726       <td>
4727         <div align="center">
4728           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4729         </div>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4734           <li>Keyboard editing</li>
4735           <li>Create sequence features from searches</li>
4736           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4737             alignments</li>
4738           <li>Features file allows grouping of features</li>
4739           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4740           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4741           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4742         </ul>
4743       </td>
4744       <td>
4745         <ul>
4746           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4747           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4748             descriptions saved.</li>
4749         </ul>
4750       </td>
4751     </tr>
4752     <tr>
4753       <td>
4754         <div align="center">
4755           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4756         </div>
4757       </td>
4758       <td>
4759         <ul>
4760           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4761           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4762           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4763             name for file output</li>
4764           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4765           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4766             used for HTML form input</li>
4767         </ul>
4768       </td>
4769       <td>
4770         <ul>
4771           <li>HTML output writes groups and features</li>
4772           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4773           <li>File IO bugs</li>
4774         </ul>
4775       </td>
4776     </tr>
4777     <tr>
4778       <td>
4779         <div align="center">
4780           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4781         </div>
4782       </td>
4783       <td>
4784         <ul>
4785           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4786           <li>More options for PCA viewer</li>
4787         </ul>
4788       </td>
4789       <td>
4790         <ul>
4791           <li>GUI bugs resolved</li>
4792           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4793         </ul>
4794       </td>
4795     </tr>
4796     <tr>
4797       <td height="63">
4798         <div align="center">
4799           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4800         </div>
4801       </td>
4802       <td>
4803         <ul>
4804           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4805           <li>Jar files are executable</li>
4806           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4807         </ul>
4808       </td>
4809       <td>
4810         <ul>
4811           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4812           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4813           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4814         </ul>
4815       </td>
4816     </tr>
4817     <tr>
4818       <td>
4819         <div align="center">
4820           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4821         </div>
4822       </td>
4823       <td>
4824         <ul>
4825           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4826         </ul>
4827       </td>
4828       <td>
4829         <ul>
4830           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4831         </ul>
4832       </td>
4833     </tr>
4834     <tr>
4835       <td>
4836         <div align="center">
4837           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4838         </div>
4839       </td>
4840       <td>
4841         <ul>
4842           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4843             size</li>
4844         </ul>
4845       </td>
4846       <td>
4847         <ul>
4848           <li>Improved JPred client reliability</li>
4849           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4850         </ul>
4851       </td>
4852     </tr>
4853     <tr>
4854       <td>
4855         <div align="center">
4856           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4857         </div>
4858       </td>
4859       <td>
4860         <ul>
4861           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4862           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4863           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4864             to Colour Menu</li>
4865           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4866           <li>Unix users can set default web browser</li>
4867           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4868           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4869         </ul>
4870       </td>
4871       <td>
4872         <ul>
4873           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4874         </ul>
4875       </td>
4876     </tr>
4877     <tr>
4878       <td>
4879         <div align="center">
4880           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4881         </div>
4882       </td>
4883       <td>&nbsp;</td>
4884       <td>
4885         <ul>
4886           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4887             alignment order.</li>
4888         </ul>
4889       </td>
4890     </tr>
4891     <tr>
4892       <td>
4893         <div align="center">
4894           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4895         </div>
4896       </td>
4897       <td>
4898         <ul>
4899           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4900           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4901           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4902             annotations.</li>
4903           <li>Version and build date written to build properties
4904             file.</li>
4905           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4906             at launch of Jalview.</li>
4907         </ul>
4908       </td>
4909       <td>
4910         <ul>
4911           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4912           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4913           <li>Can remove groups one by one.</li>
4914           <li>Filechooser icons installed.</li>
4915           <li>Finder ignores return character when searching.
4916             Return key will initiate a search.<br>
4917           </li>
4918         </ul>
4919       </td>
4920     </tr>
4921     <tr>
4922       <td>
4923         <div align="center">
4924           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4925         </div>
4926       </td>
4927       <td>
4928         <ul>
4929           <li>New codebase</li>
4930         </ul>
4931       </td>
4932       <td>&nbsp;</td>
4933     </tr>
4934   </table>
4935   <p>&nbsp;</p>
4936 </body>
4937 </html>