help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>8/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 104             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus, dmelanogaster now
 105             rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis, drosophila_melanogaster)
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 109             non-alphanumerics when discovering database references with
 110             'Fetch DB Refs'
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 114             Console whilst discovering database references for a
 115             sequence
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 119             schema
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 123             disabled by default
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 127             argument to prevent automatic discovery of analysis
 128             webservices on launch
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 132             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 133             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 134             textbox
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 138             proxies that require authentication
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 142             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 146             text
 147           </li>
 148         </ul>
 149         <em>Jalview Native App</em>
 150         <ul>
 151           <li>
 152             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 153             to get at Jalview's development builds
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 157             and Jalview Develop applications.
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 161             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 162             than anonymous 'Java' icons
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing) Look and Feel (LaF) used by Jalview
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved operation on Linux Ubuntu with
 169             HiDPI display in Java 11 (still known issues with HiDPI screens in java
 170             8 and 11. see <a
 171             href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh, .ps1, .bat) usable on
 175             macOS, Linux/Unix, Windows and documentation in Help.  Installer wizard has option
 176             to add this to PATH, or link to it in your PATH.
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 180             configuration from jalview_properties
 181           </li>
 182         </ul> <em>JalviewJS</em>
 183         <ul>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 186             SIFTS
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 193             reported once per key (avoids excessive log output in js
 194             console)
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 198             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 199           </li>
 200           <li></li>
 201         </ul> <em>Development</em>
 202         <ul>
 203           <li>
 204             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 205           </li>
 206           <li>Updated building instructions</li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 209             process, added support for system package provided eclipse
 210             installs on linux
 211           </li>
 212           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 213           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 214             Sur and Monterey</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 217             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 218             the DMG
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 222             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 223             Jalview Launcher
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 227             with Java 17 (next LTS target)
 228           </li>
 229
 230         </ul>
 231
 232       </td>
 233       <td>
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 237             execution
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 241             disappears when only one structure is shown (and many
 242             sequences:one chain mappings are present)
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 246             the first SEQUENCE_GROUP defined
 247
 248           </li>
 249
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 252             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 253             trees (known defect from 2.11.1.3)
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 257             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 261             base in DNA sequences
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 265             Structure Preferences
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 275             modified graduated colour
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 279             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 280             clustal colouring is enabled
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 287             from Preferences
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 291             routing to stderr and appear as a raw template
 292           </li>
 293         </ul> <em>JalviewJS</em>
 294         <ul>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 297             down) percentage values causing a divide by zero
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- -->
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- -->
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- -->
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- -->
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 313             via Info.args when there are arguments on the URL
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 320             JalviewJS
 321           </li>
 322         </ul> <em>Development</em>
 323         <ul>
 324           <li>Gradle
 325             <ul>
 326               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 327               <li>
 328                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 329                 Gradle v.6.6+
 330               </li>
 331             </ul>
 332           </li>
 333
 334         </ul>
 335         <em>Known Issues</em>
 336         <ul>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 339             suppressed when structures associated with a sequence are
 340             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1 series)
 341           </li>
 342         </ul>
 343       </td>
 344     </tr>
 345     <tr>
 346       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 347           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 348           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 349       <td></td>
 350       <td align="left" valign="top">
 351         <ul>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 354             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 355             Unix/BSD OSs)
 356           </li>
 357         </ul> <em>Security</em>
 358         <ul>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 361             certificates.
 362           </li>
 363         </ul>
 364     </tr>
 365     <tr>
 366       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 367           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 368           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 369
 370       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 371         <ul>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 374             2.16.0 to 2.17.0.
 375           </li>
 376         </ul></td>
 377       <td></td>
 378     </tr>
 379     <tr>
 380       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 381           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 382           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 383
 384       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 385         <ul>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 388             (was log4j 1.2.x).
 389         </ul> <em>Development</em>
 390         <ul>
 391           <li>Updated building instructions</li>
 392         </ul></td>
 393       <td>
 394         <ul>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 397             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 398             and display)
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 402             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 403             only)
 404           </li>
 405         </ul> <em>Development</em>
 406         <ul>
 407           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 408         </ul>
 409       </td>
 410     </tr>
 411     <tr>
 412       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 413           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 414           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 415       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 416           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 417         <ul>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 420             launch of the news browser (like -nonews argument)
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 424             download of linkout URLs from
 425             www.jalview.org/services/identifiers
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 429             download of BIOJSHTML templates
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 433             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 434             disabled
 435           </li>
 436         </ul></td>
 437       <td align="left" valign="top">
 438         <ul>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 441             Jmol
 442           </li>
 443         </ul> <em>New Known defects</em>
 444         <ul>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 447             always restored from project (since 2.10.3)
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 451             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 452           </li>
 453         </ul>
 454       </td>
 455     </tr>
 456     <tr>
 457       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 458           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 459           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 460       <td align="left" valign="top">
 461         <ul>
 462
 463         </ul>
 464       </td>
 465       <td align="left" valign="top">
 466         <ul>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 469             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 473             sequences can be classed as nucleotide
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 477             sequences after alignment of protein products (known defect
 478             first reported for 2.11.1.0)
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 482             features outwith CDS shown overlaid on protein
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 486             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 487             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 491             CDS features
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 495             always select corresponding protein sequences
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 499             column selection doesn't always ignore hidden columns
 500           </li>
 501         </ul> <em>Installer</em>
 502         <ul>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 505             Windows prevents install4j launching getdown
 506           </li>
 507         </ul> <em>Development</em>
 508         <ul>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 511             version numbers in doc/building.md
 512           </li>
 513         </ul>
 514       </td>
 515     </tr>
 516     <tr>
 517       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 518           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 519           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 520       <td align="left" valign="top">
 521         <ul>
 522         </ul>
 523       </td>
 524       <td align="left" valign="top">
 525         <ul>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 528             "Encountered problems opening
 529             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 530           </li>
 531         </ul>
 532       </td>
 533     </tr>
 534     <tr>
 535       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 536           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 537           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 538       <td align="left" valign="top">
 539         <ul>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 542             residue in cursor mode
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 546             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 550             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 551             improved compatibility with JalviewJS
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 555             alignments from Pfam and Rfam
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 559             import (no longer based on .gz extension)
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 566             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 567             EMBL flat file
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 571             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 572             saving or making backup files.
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 576             <ul>
 577               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 578               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 579             </ul>
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 583             when running on Linux (Requires Java 11+)
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 587             green ones) are not automatically displayed when associated
 588             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 589             PDB.
 590           </li>
 591         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 592         <ul>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 595             through a system property
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 599             line help for configuring Jalview's memory
 600           </li>
 601         </ul>
 602       </td>
 603       <td align="left" valign="top">
 604         <ul>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 607             but not calculated and no protein or DNA score models are
 608             available for tree/PCA calculation when launched with
 609             Turkish language locale
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 613             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 617             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 621             sequence under the cursor
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 625             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 629             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 630             '%s'" on the console
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 634             when there are both local and complementary features mapped
 635             to the position under the cursor
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 639             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 643             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 647             internationalised text for some messages and log output
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 651             hidden gapped columns
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 655             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 659             specifying output format when exporting an alignment via the
 660             command line
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 664             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 665             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 666             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 667             file again, and if that fails, delete the original file and
 668             save in place.)
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 672             sequence features displayed causes displayed features to be
 673             hidden.
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 677             via command line
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 681             program and documentation
 682           </li>
 683         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 684         <ul>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 687             first time for a version that has different jars to the
 688             previous launched version.
 689           </li>
 690         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 691         <ul>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 694             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 695             OutOfMemory error.
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 699             monitor the release channel
 700           </li>
 701         </ul> <em>New Known defects</em>
 702         <ul>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 705             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 706             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 707             RNA viruses)
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 711             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 712             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 716             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 717             works for the top left quadrant of the alignment window
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 721             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 725             when alignment view restored from project (since Jalview
 726             2.11.0)
 727           </li>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 730             protein products for certain ENA records are repeatedly
 731             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 732           </li>
 733         </ul>
 734       </td>
 735     </tr>
 736     <tr>
 737       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 738           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 739           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 740       <td align="left" valign="top">
 741         <ul>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 744             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 745             for display in alignments, on structure views (including
 746             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 747             export.
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 751             exported and re-imported as GFF3 files
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 755             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 759             validation while parsing
 760           </li>
 761           <li>
 762             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 763             position if reopened
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 767             of associated view
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 771             enabled by default
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 775             tooltips and menus
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 779             with no feature types visible
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 783             attributes with large integer values
 784           </li>
 785         </ul>
 786         <em>Jalview Installer</em>
 787         <ul>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 790             installer template version reported in console (may be null
 791             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 795             higher quality background images
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 799             generated with install4j 8.0.4
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 803             Platforms
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 807             setting when running on large memory machines
 808           </li>
 809         </ul> <em>Release processes</em>
 810         <ul>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 816             access to test-release channel builds
 817           </li>
 818         </ul> <em>Build System</em>
 819         <ul>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 822           </li>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 825             report
 826           </li>
 827         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 828         <ul>
 829           <li>
 830             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 831             to stdout containing the consensus sequence for each
 832             alignment in a Jalview session
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 836             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 837             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 838           </li>
 839         </ul>
 840       </td>
 841       <td align="left" valign="top">
 842         <ul>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 845             'Show hidden markers' option is not ticked
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 849             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 850             jalview preferences or properties file
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 854             'Show Sequence Features' option is not ticked
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 858             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 859             features are visible
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 863             equal when split frame is first opened
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 867             correct after editing a sequence's start position
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 871             with annotation and exceptions thrown when only a few
 872             columns shown in wrapped mode
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 876             wrapped alignment figure with annotations
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 880             ID fails with ClassCastException
 881           </li>
 882           <li>
 883             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 884             Project
 885           </li>
 886           <li>
 887             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 888             feature settings dialog also selects columns
 889           </li>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 892             IllegalArgumentException in some circumstances
 893           </li>
 894           <li>
 895             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 896             opened for a view
 897           </li>
 898           <li>
 899             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 900             alignment window is closed
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 904             help documentation for 2.11.0 release
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 908             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 909             Uniprot Accession
 910           </li>
 911         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 912         <ul>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 915             PDB/Uniprot search panel
 916           </li>
 917         </ul> <em>Installer</em>
 918         <ul>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 921             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 922           </li>
 923         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 924         <ul>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 927             repository
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 931             memory
 932           </li>
 933         </ul> <em>New Known Issues</em>
 934         <ul>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 937             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 938             command line
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 942             clipped in headless figure export when Right Align option
 943             enabled
 944           </li>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 947             'Source' in console output
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 951             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 952           </li>
 953         </ul>
 954       </td>
 955     </tr>
 956     <tr>
 957       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 958           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 959       <td align="left" valign="top">
 960         <ul>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 963             Application and Installers built with <a
 964             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 965             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 966             InstallAnywhere
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 970             memory settings, receive over the air updates and launch
 971             specific versions via (<a
 972             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 973               Rings' GetDown</a>)
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 977             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 978             files)
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 982             line arguments and switch between different getdown channels
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 986             project or alignment files
 987           </li>
 988
 989           <li>
 990             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 991             data files
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 995             updated to version 2.12.0
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 999             'Translate as cDNA'
1000           </li>
1001           <li>
1002             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1003           </li>
1004           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1005               of Sequence Features</strong>
1006             <ul>
1007               <li>
1008                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1009                 implementation that allows updates) used for Sequence
1010                 Feature collections
1011               </li>
1012               <li>
1013                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1014                 features can be filtered and shaded according to any
1015                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1016                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1017                 file)
1018               </li>
1019               <li>
1020                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1021                 stored and restored from Jalview Projects
1022               </li>
1023               <li>
1024                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1025                 BioJava) to recognise variant features
1026               </li>
1027               <li>
1028                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1029                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1030               </li>
1031               <li>
1032                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1033                 selected sequence feature's details
1034               </li>
1035               <li>
1036                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1037                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1038                 and filter aware)
1039               </li>
1040               <li>
1041                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1042                 Settings dialog
1043               </li>
1044             </ul></li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1047             and PCA calculations
1048           </li>
1049           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1050             <ul>
1051               <li>
1052                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1053                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1054               </li>
1055               <li>
1056                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1057                 viewer's drop-down menus
1058               </li>
1059               <li>
1060                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1061                 PCA image incrementally
1062               </li>
1063               <li>
1064                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1065               </li>
1066             </ul></li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1069           </li>
1070           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1071             <ul>
1072               <li>
1073                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1074                 selections and multiple groups when working with large
1075                 alignments
1076               </li>
1077               <li>
1078                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1079                 parsing Stockholm files
1080               </li>
1081             </ul>
1082           <li><strong>User Interface</strong>
1083             <ul>
1084               <li>
1085                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1086                 each view
1087               </li>
1088               <li>
1089                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1090                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1091                 regions of alignment are shown by default (can be
1092                 changed in user preferences)
1093               </li>
1094               <li>
1095                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1096                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1097               </li>
1098               <li>
1099                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1100                 when all sequences are hidden
1101               </li>
1102               <li>
1103                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1104                 selection region, and gap count when inserting or
1105                 deleting gaps
1106               </li>
1107               <li>
1108                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1109                 annotation labels
1110               </li>
1111               <li>
1112                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1113                 shown when in wrapped mode
1114               </li>
1115               <li>
1116                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1117                 left/right in a graph or histogram annotation
1118               </li>
1119               <li>
1120                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1121                 search panels
1122               </li>
1123               <li>
1124                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1125                 Overview panel
1126               </li>
1127               <li>
1128                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1129                 sequence id popup menu
1130               </li>
1131               <li>
1132                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1133                 not shown if no subgroups are created
1134               </li>
1135               <li>
1136                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1137                 search history by right-clicking search box
1138               </li>
1139
1140
1141             </ul></li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1144             Groovy v2.5
1145           </li>
1146           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1147               release)</strong>
1148             <ul>
1149               <li>
1150                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1151                 entry and trapping CMD-Q
1152               </li>
1153             </ul></li>
1154         </ul> <em>Deprecations</em>
1155         <ul>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1158             capabilities removed from the Jalview Desktop
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1162             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1163             projects and XML based data retrieval clients
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1167             removal
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1171             Start
1172           </li>
1173         </ul> <em>Documentation</em>
1174         <ul>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1177             effects not supported in EPS figure export
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1181             dialog
1182           </li>
1183         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1184         <ul>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1187             from Ant to Gradle
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1191             keys in Message bundles
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1195             gradle-eclipse
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1199             continuous integration for unattended Test Suite execution
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1203             operations
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1207             issues resolved
1208           </li>
1209           <li>
1210             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1211             markdown (with HTML rendering)
1212           </li>
1213           <li>
1214             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1215           </li>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1218             versions of Jalview
1219           </li>
1220         </ul>
1221       </td>
1222       <td align="left" valign="top">
1223         <ul>
1224           <li>
1225             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1229             superposition in Jmol fail on Windows
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1233             discovering structures for sequences with lots of PDB
1234             structures
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1238             with monospaced font
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1242             Jalview project involving multiple views
1243           </li>
1244           <li>
1245             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1246             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1247             Annotation dialog hides columns
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1251             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1252             selection in one view, then making another selection in the
1253             other view
1254           </li>
1255           <li>
1256             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1257             columns
1258           </li>
1259           <li>
1260             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1261             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1265             redrawing the overview with large alignments
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1269             region if columns were selected by dragging right-to-left
1270             and the mouse moved to the left of the first column
1271           </li>
1272           <li>
1273             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1274             a hidden column marker via scale popup menu
1275           </li>
1276           <li>
1277             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1278             URLs doesn't tell users the invalid URL
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1282             score from view
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1286             during show cross references or Fetch Database References
1287             are shown in red in original view
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1291             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1292             p.Res.null)
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1296             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1300             printed when columns are hidden
1301           </li>
1302           <li>
1303             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1304             Columns by Annotation description
1305           </li>
1306           <li>
1307             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1308             dragging out of Scale or Annotation Panel
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1312             out of scale panel
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1316             alignment down
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1320             in scale panel
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1324             Down, Page Up in wrapped mode
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1334             selected on opening an alignment
1335           </li>
1336           <li>
1337             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1338             in Colour menu
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1342             when different groups in the alignment are selected
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1346             shown correctly in menu
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1350             min/max threshold limit
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1354             threshold gets 'unrounded'
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1358             colour
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1362             axis
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1369             alignment, not Tree font
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1373             from project file
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1377             Overview shown in complementary view
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1381             shown without normalisation
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1385             positioned at top of report
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1392             OSX Mojave
1393           </li>
1394         </ul> <em>Editing</em>
1395         <ul>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1398             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1399             via 'Edit' sequence
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1403             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1404             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1408             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1412             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1413             in 2.10.5)
1414           </li>
1415         </ul> <em>Datamodel</em>
1416         <ul>
1417           <li>
1418             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1419             sequence's End is greater than its length
1420           </li>
1421         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1422           release)</em>
1423         <ul>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1426           </li>
1427         </ul> <em>New Known Defects</em>
1428         <ul>
1429           <li>
1430             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1431             clicking ignores bounds of an existing selected region
1432           </li>
1433           <li>
1434             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1435             gapped regions of protein alignment.
1436           </li>
1437           <li>
1438             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1439             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1440           </li>
1441           <li>
1442             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1443             after 'New View'
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1447             columns within hidden columns
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1451             re-enters window after dragging left to select columns to
1452             left of visible region
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1456             description string and thresholded by score in earlier
1457             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1458             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1462             reset group visibility
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1466             linked CDS/Protein view
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1470             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1471           </li>
1472         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1473         <ul>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1476             alphabetically when saved
1477           </li>
1478         </ul>
1479       </td>
1480     </tr>
1481     <tr>
1482       <td width="60" nowrap>
1483         <div align="center">
1484           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1485         </div>
1486       </td>
1487       <td><div align="left">
1488           <em></em>
1489           <ul>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1492               InstallAnywhere increased to 1G.
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1496               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1497               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1498                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1499                 properties file.</em>
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1503               API and sequence data now imported as JSON.
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1507               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1508               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1509               property.
1510             </li>
1511           </ul>
1512           <em>Development</em>
1513           <ul>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1516               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1517                 Clover</a>
1518             </li>
1519           </ul>
1520         </div></td>
1521       <td><div align="left">
1522           <em></em>
1523           <ul>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1526               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1527               alignment.
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1531               annotation displayed.
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1535               for newly created group when 'Apply to all groups'
1536               selected
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1540               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1541               visible.
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1545               when sequences are selected in exported view.</em>
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1549               aren't rendered with correct colour.
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1553               types of knotted RNA secondary structure.
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1557               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1558               do not start at 1.
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1562               annotation when columns are inserted into an alignment,
1563               and when exporting as Stockholm flatfile.
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1567               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1568               treated as RNA secondary structure.
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1572               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1576               transfers focus to previous window on OSX
1577             </li>
1578           </ul>
1579           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1580           <ul>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1583               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1584               box.
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1588               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1589               'look and feel' which has improved compatibility with the
1590               latest version of OSX.
1591             </li>
1592           </ul>
1593         </div></td>
1594     </tr>
1595     <tr>
1596       <td width="60" nowrap>
1597         <div align="center">
1598           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1599             <em>7/06/2018</em></strong>
1600         </div>
1601       </td>
1602       <td><div align="left">
1603           <em></em>
1604           <ul>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1607               annotation retrieved from Uniprot
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1611               onto the Jalview Desktop
1612             </li>
1613           </ul>
1614         </div></td>
1615       <td><div align="left">
1616           <em></em>
1617           <ul>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1620               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1624               right-hand column parsed correctly
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1628               not alignment area in exported graphic
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1632               window has input focus
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1636               annotation added to view (Windows)
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1640               network connectivity is poor
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1644               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1645                 the currently open URL and links from a page viewed in
1646                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1647                 you are using Edge, only links in the page can be
1648                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1649                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1650             </li>
1651           </ul>
1652           <em>New Known Defects</em>
1653           <ul>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1656               Annotation
1657             </li>
1658           </ul>
1659         </div></td>
1660     </tr>
1661     <tr>
1662       <td width="60" nowrap>
1663         <div align="center">
1664           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1665         </div>
1666       </td>
1667       <td><div align="left">
1668           <em></em>
1669           <ul>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1672               for disabling automatic superposition of multiple
1673               structures and open structures in existing views
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1677               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1678               adjust them.
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1682               Ensembl services
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1686               and lots of hidden columns
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1690               of features (particularly when transparency is disabled)
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1694               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1695               made generally available
1696             </li>
1697           </ul>
1698         </div></td>
1699       <td><div align="left">
1700           <ul>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1703               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1707               overlapping alignment panel
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1711               sequence as gaps
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1715               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1716               UTR
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1720               factor annotation not added to sequence when local PDB
1721               file associated with it by drag'n'drop or structure
1722               chooser
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1726               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1730               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1734               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1738               columns in annotation row
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1742               not honored in batch mode
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1746               for structures added to existing Jmol view
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1750               entries after importing project with multiple views
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1754               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1755               with negative residue numbers or missing residues fails
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1759               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1760               files (e.g. as generated by CONSURF)
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1764               tooltip doesn't include a text description of mutation
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1768               structure and/or overview windows are also shown
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1772               regions very slow for alignments with large numbers of
1773               sequences
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1777               with 'StringIndexOutOfBounds'
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1781               Feel for OSX platforms running Java 10
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1785               view appears to do nothing because the view is hidden
1786               behind the alignment view
1787             </li>
1788           </ul>
1789           <em>Applet</em>
1790           <ul>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1793               should copy the group consensus when popup is opened on it
1794             </li>
1795           </ul>
1796           <em>Batch Mode</em>
1797           <ul>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1800               respected
1801             </li>
1802           </ul>
1803           <em>New Known Defects</em>
1804           <ul>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1807               editing a large alignment and overview is displayed
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1811               repeatedly after a series of edits even when the overview
1812               is no longer reflecting updates
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1816               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1817               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1818               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1822               CSV option gives blank output
1823             </li>
1824           </ul>
1825         </div></td>
1826     </tr>
1827     <tr>
1828       <td width="60" nowrap>
1829         <div align="center">
1830           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1831             <em>24/1/2018</em></strong>
1832         </div>
1833       </td>
1834       <td><div align="left">
1835           <ul>
1836             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1837               30th November 2018)</li>
1838           </ul>
1839         </div></td>
1840       <td><div align="left">
1841           <em>Desktop</em>
1842           <ul>
1843             <ul>
1844               <li>
1845                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1846                 several sequences and structures are selected for
1847                 viewing/superposing
1848               </li>
1849               <li>
1850                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1851                 vertically via trackpad and scrollwheel
1852               </li>
1853               <li>
1854                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1855                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1856                 start of alignment
1857               </li>
1858               <li>
1859                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1860                 scrolled into view if columns are hidden
1861               </li>
1862               <li>
1863                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1864                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1865                 hidden columns
1866               </li>
1867               <li>
1868                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1869                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1870                 effect
1871               </li>
1872               <li>
1873                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1874                 relationships when retrieving sequences from
1875                 EnsemblGenomes
1876               </li>
1877             </ul>
1878         </div></td>
1879     </tr>
1880     <tr>
1881       <td width="60" nowrap>
1882         <div align="center">
1883           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1884         </div>
1885       </td>
1886       <td><div align="left">
1887           <em></em>
1888           <ul>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1891               rendering of sequence features
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1895               429 rate limit request hander
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1899               their colours have changed
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1903               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1907               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1911               view from Ensembl locus cross-references
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1915               Alignment report
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1919               feature can be disabled
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1923               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1927               Uniprot
1928             </li>
1929           </ul>
1930           <em>Scripting</em>
1931           <ul>
1932             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1933             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1934               percent identity scores for current alignment.</li>
1935           </ul>
1936           <em>Testing and Deployment</em>
1937           <ul>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1940             </li>
1941           </ul>
1942         </div></td>
1943       <td><div align="left">
1944           <em>General</em>
1945           <ul>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1948               threshold text field doesn't trigger an update to the
1949               alignment view
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1953               strings in parallel
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1957               alignment window is closed
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1961               group visibility
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1965               takes a long time in Cursor mode
1966             </li>
1967           </ul>
1968           <em>Desktop</em>
1969           <ul>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1972               cannot be viewed in Chimera
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1976               CDS/Protein view
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1980               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1981               Search Dialogs
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1991               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1995               scrolling right in unwapped alignment view
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1999               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2000               database
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2004               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2008               features of same type and group to be selected for
2009               amending
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2013               alignments when hidden columns are present
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2017               displaying several structures
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2021               moving a window
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2025               within the Jalview desktop on OSX
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2029               when in wrapped alignment mode
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2033               hand end of alignment
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2037               each selected sequence do not have correct start/end
2038               positions
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2042               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2046               restoring project until a new view is created
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2050               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2051               configured (since 2.10.2b2)
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2055               position is adjusted
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2059               in a multi-chain structure when viewing alignment
2060               involving more than one chain (since 2.10)
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2064               if new selection moves alignment window
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2068               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2072               that produces correctly annotated transcripts and products
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2076               doesn't update associated structure view
2077             </li>
2078           </ul>
2079           <em>Applet</em><br />
2080           <ul>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2083               closing alignment panel
2084             </li>
2085           </ul>
2086           <em>BioJSON</em><br />
2087           <ul>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2090               non-positional features
2091             </li>
2092           </ul>
2093           <em>New Known Issues</em>
2094           <ul>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2097               sequence features correctly (for many previous versions of
2098               Jalview)
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2102               using cursor in wrapped panel other than top
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2106               graduated colour threshold
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2110               always preserve numbering and sequence features
2111             </li>
2112           </ul>
2113           <em>Known Java 9 Issues</em>
2114           <ul>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2117               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2118               9.01, OSX 10.10)
2119             </li>
2120           </ul>
2121         </div></td>
2122     </tr>
2123     <tr>
2124       <td width="60" nowrap>
2125         <div align="center">
2126           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2127             <em>2/10/2017</em></strong>
2128         </div>
2129       </td>
2130       <td><div align="left">
2131           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2132           <ul>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2135               at uniprot.org
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2139               ebi.ac.uk
2140             </li>
2141           </ul>
2142         </div></td>
2143       <td><div align="left"></div></td>
2144     </tr>
2145     <tr>
2146       <td width="60" nowrap>
2147         <div align="center">
2148           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2149             <em>7/9/2017</em></strong>
2150         </div>
2151       </td>
2152       <td><div align="left">
2153           <em></em>
2154           <ul>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2157               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2158               white)
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2162               Preferences
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2166               in size and progress bar shown as higher resolution
2167               overview is recalculated
2168             </li>
2169
2170           </ul>
2171         </div></td>
2172       <td><div align="left">
2173           <em></em>
2174           <ul>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2177               column region row by row
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2181               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2185               format setting is unticked
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2189               if group has show boxes format setting unticked
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2193               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2194               include sequences and columns not currently displayed
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2198               assemblies are imported via CIF file
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2202               displayed when threshold or conservation colouring is also
2203               enabled.
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2207               server version
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2211               dragging a selected region off the visible region of the
2212               alignment
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2216               colourscheme to all groups in a view
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2220               initially after font size change using the Font chooser or
2221               middle-mouse zoom
2222             </li>
2223           </ul>
2224         </div></td>
2225     </tr>
2226     <tr>
2227       <td width="60" nowrap>
2228         <div align="center">
2229           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2230         </div>
2231       </td>
2232       <td><div align="left">
2233           <em>Calculations</em>
2234           <ul>
2235
2236             <li>
2237               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2238               ungapped positions in each column of the alignment.
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2242               a calculation dialog box
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2246               and memory efficiency (~30x faster)
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2250               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2251               and other calculations
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2255               files within the Jalview codebase
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2259               Similarity may have different topology due to increased
2260               precision
2261             </li>
2262           </ul>
2263           <em>Rendering</em>
2264           <ul>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2267               model for alignments and groups
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2271               scripts
2272             </li>
2273           </ul>
2274           <em>Overview</em>
2275           <ul>
2276             <li>
2277               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2278               with alignment and overview windows
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2282               overview
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2286               omitted in Overview
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2290               adjustment of visible position
2291             </li>
2292           </ul>
2293
2294           <em>Data import/export</em>
2295           <ul>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2298               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2302               annotation input/output via stockholm flatfile
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2306               extension when importing structure files without embedded
2307               names or PDB accessions
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2311               format sequence substitution matrices
2312             </li>
2313           </ul>
2314           <em>User Interface</em>
2315           <ul>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2318               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2319               the application.
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2323               via Overview or sequence motif search operations
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2327               opened by double clicking gaps within sequence feature
2328               extent
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2332               aligned positions were available to create a 3D structure
2333               superposition.
2334             </li>
2335           </ul>
2336           <em>3D Structure</em>
2337           <ul>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2340               coloured in linked structure views
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2344               file-based command exchange
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2348               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2349               structures are already available for sequences
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2353               the Jalview project rather than downloaded again when the
2354               project is reopened.
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2358               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2359               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2360                 Feature</strong>)
2361             </li>
2362           </ul>
2363           <em>Web Services</em>
2364           <ul>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2370               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2371               Analysis services
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2375               cross-references provided by identifiers.org and the
2376               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2377             </li>
2378           </ul>
2379
2380           <em>Scripting</em>
2381           <ul>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2384               identifying file formats (instead of String constants)
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2388               efficiency when counting all displayed features (not
2389               backwards compatible with 2.10.1)
2390             </li>
2391           </ul>
2392           <em>Example files</em>
2393           <ul>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2396               included in the example feature file
2397             </li>
2398           </ul>
2399           <em>Documentation</em>
2400           <ul>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2403               with the built-in Java help viewer
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2407               sequence description' option
2408             </li>
2409           </ul>
2410           <em>Test Suite</em>
2411           <ul>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2414               Uniprot REST Free Text Search Client
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2421               during tests
2422             </li>
2423           </ul>
2424         </div></td>
2425       <td><div align="left">
2426           <em>Calculations</em>
2427           <ul>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2430               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2431               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2432             </li>
2433             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2434               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2435               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2436               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2437               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2438               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2439               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2440               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2441               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2442               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2443               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2444               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2445               // for 2.10.1 mode <br />
2446               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2447               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2448                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2449                 calculations (not recommended)</em></li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2452               scaling of branch lengths for trees computed using
2453               Sequence Feature Similarity.
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2457               generating output report when working with highly
2458               redundant alignments
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2462               right of selected region when gaps present on right-hand
2463               boundary
2464             </li>
2465           </ul>
2466           <em>User Interface</em>
2467           <ul>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2470               doesn't reselect a specific sequence's associated
2471               annotation after it was used for colouring a view
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2475               opened on a region of alignment without groups
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2479               of an alignment with overlapping groups
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2483               name and description match
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2487               hidden regions results in incorrect hidden regions
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2491               changing colour does not apply Conservation slider value
2492               to all groups
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2496               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2500               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2504               gaps before start of features
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2508               restored to UI when feature colour is edited
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2512               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2516               as graduate feature colour settings are modified via the
2517               dialog box
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2521               when a group defined on the alignment is resized
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2525               wrapped view result in positional status updates
2526             </li>
2527
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2530               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2534               alignment included gapped columns
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2538               widgets don't permanently disappear
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2542               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2543               T-Coffee column reliability scores)
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2547               sequence feature on gaps only
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2551               button from a Find inherit previously defined feature type
2552               rather than the Find query string
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2556               exporting tree calculated in Jalview
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2560               and then revealing them reorders sequences on the
2561               alignment
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2565               doesn't update to reflect available set of groups after
2566               interactively adding or modifying features
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2570               Linux
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2574               only excluded gaps in current sequence and ignored
2575               selection.
2576             </li>
2577           </ul>
2578           <em>Rendering</em>
2579           <ul>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2582               erratically when hidden rows or columns are present
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2586               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2587               sequence colouring
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2591               colour and group colour menu for protein alignments
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2595               reflect currently selected view or group's shading
2596               thresholds
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2600               when rendered on overview and structures when opacity at
2601               100%
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2605               overview when features overlaid on alignment
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2609               recovered correctly from Jalview project file
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2613               opened (automatically via preferences) are different to
2614               the main alignment panel
2615             </li>
2616           </ul>
2617           <em>Data import/export</em>
2618           <ul>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2621               load
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2625               added after a sequence was imported are not written to
2626               Stockholm File
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2630               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2634               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2638               with lightGray or darkGray via features file (but can
2639               specify lightgray)
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2643               when alignment view imported from project
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2647               structure and sequences extracted from structure files
2648               imported via URL and viewed in Jmol
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2652               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2653               the project is loaded and the structure viewed
2654             </li>
2655           </ul>
2656           <em>Web Services</em>
2657           <ul>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2660               release of Ensembl v.88
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2664               appear enabled in Preferences->Connections
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2668               removed from console output
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2672               Ensembl by Peptide ID
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2676               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2677               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2678               due to 'null' string rather than empty string used for
2679               residues with no corresponding PDB mapping).
2680             </li>
2681           </ul>
2682           <em>Application UI</em>
2683           <ul>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2686               menu
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2690               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2691               new documentation and tooltips added)
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2695               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2699               new features are added to alignment
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2703               changes to feature colours via the Amend features dialog
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2707               edit graduated feature colour via amend features dialog
2708               box
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2712               selection menu changes colours of alignment views
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2716               from alignment calculation workers after alignment has
2717               been closed
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2721               groups now 'Create Group'
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2725               Create/Undefine group doesn't always work
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2729               shown again after pressing 'Cancel'
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2733               adjusts start position in wrap mode
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2737               ambiguous amino acids
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2741               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2742               proteins
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2746               Defined' don't appear in Colours menu
2747             </li>
2748           </ul>
2749           <em>Applet</em>
2750           <ul>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2753               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2757               overview or linked structure view
2758             </li>
2759             <li>
2760               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2761               work (since 2.8)
2762             </li>
2763             <li>
2764               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2765               user-defined colourscheme doesn't restore original
2766               colourscheme
2767             </li>
2768           </ul>
2769           <em>Test Suite</em>
2770           <ul>
2771             <li>
2772               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2773               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2777               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2778               problems with deep array comparison equality asserts in
2779               successive versions of TestNG
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2783               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2784             </li>
2785           </ul>
2786           <em>New Known Issues</em>
2787           <ul>
2788             <li>
2789               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2790               phase after a sequence motif find operation
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2794               containing just upper and lower case letters are
2795               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2799               reliably from eggnog Ortholog database
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2803               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2804               to mark columns containing highlighted regions.
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2808               doesn't always add secondary structure annotation.
2809             </li>
2810           </ul>
2811         </div>
2812     <tr>
2813       <td width="60" nowrap>
2814         <div align="center">
2815           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2816         </div>
2817       </td>
2818       <td><div align="left">
2819           <em>General</em>
2820           <ul>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2823               for all consensus calculations
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2827               3rd Oct 2016)
2828             </li>
2829             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2830               for 2016-2017</li>
2831           </ul>
2832           <em>Application</em>
2833           <ul>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2836               set of database cross-references, sorted alphabetically
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2840               from database cross references. Users with custom links
2841               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2842                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2846               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2847               Chimera session
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2851               the Chimera it is connected to is shut down
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2855               columns menu item to mark columns containing highlighted
2856               regions (e.g. from structure selections or results of a
2857               Find operation)
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2861               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2862               MSAviewer
2863             </li>
2864           </ul>
2865         </div></td>
2866       <td>
2867         <div align="left">
2868           <em>General</em>
2869           <ul>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2872               are not coloured or thresholded according to percent
2873               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2877               hydrophobic
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2881               threshold, amino acid properties)
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2885               reported as mapped to residues in a structure file in the
2886               View Mapping report
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2890               could be added multiple times to a sequence
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2894               bond features shown as two highlighted residues rather
2895               than a range in linked structure views, and treated
2896               correctly when selecting and computing trees from features
2897             </li>
2898             <li>
2899               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2900               cross-references are matched to database name regardless
2901               of case
2902             </li>
2903
2904           </ul>
2905           <em>Application</em>
2906           <ul>
2907             <li>
2908               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2909               names without regular expressions also offer links from
2910               Sequence ID
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2914               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2915               update Jalview configuration
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2919               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2923               files with similarly named sequences if dropped onto the
2924               alignment
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2928               entries where more chains exist in the PDB accession than
2929               are reported in the SIFTS file
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2933               the structure view when displayed with Chimera
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2937               panel's View->Show Chains submenu
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2941               work for wrapped alignment views
2942             </li>
2943             <li>
2944               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2945               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2946             </li>
2947             <li>
2948               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2949               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2950               first annotation row
2951             </li>
2952             <li>
2953               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2954               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2955             </li>
2956             <li>
2957               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2958               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2959             </li>
2960             <!-- JAL-2319 -->
2961             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2962             coordindate data
2963             </li>
2964           </ul>
2965           <!--           <em>New Known Issues</em>
2966           <ul>
2967             <li></li>
2968           </ul> -->
2969         </div>
2970       </td>
2971     </tr>
2972     <td width="60" nowrap>
2973       <div align="center">
2974         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2975           <em>25/10/2016</em></strong>
2976       </div>
2977     </td>
2978     <td><em>Application</em>
2979       <ul>
2980         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2981           view if structures already loaded</li>
2982         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2983           structure views</li>
2984       </ul></td>
2985     <td>
2986       <div align="left">
2987         <em>General</em>
2988         <ul>
2989           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2990             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2991           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2992             example sequences/projects/trees</li>
2993         </ul>
2994         <em>Application</em>
2995         <ul>
2996           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2997             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2998           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2999             without timeout for structures with multiple models or
3000             multiple sequences in alignment</li>
3001           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3002             PDB ID HEADER line</li>
3003           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3004             is performed</li>
3005           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3006             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3007           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3008           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3009             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3010             option</li>
3011           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3012             is created on the alignment</li>
3013           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3014             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3015             pop-up menu</li>
3016         </ul>
3017         <em>Build and deployment</em>
3018         <ul>
3019           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3020             tags</li>
3021         </ul>
3022         <em>New Known Issues</em>
3023         <ul>
3024           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3025             on Windows</li>
3026         </ul>
3027       </div>
3028     </td>
3029     </tr>
3030     <tr>
3031       <td width="60" nowrap>
3032         <div align="center">
3033           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3034         </div>
3035       </td>
3036       <td><em>General</em>
3037         <ul>
3038           <li>
3039             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3040           </li>
3041           <li>
3042             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3043             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3044             better PDB parsing.
3045           </li>
3046           <li>
3047             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3048             reference sequence
3049           </li>
3050           <li>
3051             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3052             mousing over sequence associated annotation
3053           </li>
3054           <li>
3055             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3056             for manual entry
3057           </li>
3058           <li>
3059             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3060             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3061             for each column
3062           </li>
3063           <li>
3064             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3065             showing or hiding columns containing a feature
3066           </li>
3067           <li>
3068             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3069             group and sequence associated annotation labels
3070           </li>
3071           <li>
3072             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3073             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3074             dialogs
3075           </li>
3076
3077         </ul> <em>Application</em>
3078         <ul>
3079           <li>
3080             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3081             gene/transcript view
3082           </li>
3083           <li>
3084             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3085             dialog
3086           </li>
3087           <li>
3088             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3089             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3090           </li>
3091           <li>
3092             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3093             Pfam sources to xfam.org
3094           </li>
3095           <li>
3096             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3097           </li>
3098           <li>
3099             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3100             over sequences in Jalview
3101           </li>
3102           <li>
3103             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3104             regions in ENA and EMBL
3105           </li>
3106           <li>
3107             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3108             for record retrieval via ENA rest API
3109           </li>
3110           <li>
3111             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3112             complement operator
3113           </li>
3114           <li>
3115             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3116             groovy script execution
3117           </li>
3118           <li>
3119             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3120             alignment window's Calculate menu
3121           </li>
3122           <li>
3123             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3124             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3125           </li>
3126           <li>
3127             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3128             calculation workers from groovy scripts
3129           </li>
3130           <li>
3131             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3132             Jalview projects
3133           </li>
3134           <li>
3135             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3136             associations are now saved/restored from project
3137           </li>
3138           <li>
3139             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3140             before sequence fetcher is opened
3141           </li>
3142           <li>
3143             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3144             database chooser opens a sequence fetcher
3145           </li>
3146           <li>
3147             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3148             the UniProt REST API
3149           </li>
3150           <li>
3151             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3152             the news reader opening
3153           </li>
3154           <li>
3155             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3156             querying stored in preferences
3157           </li>
3158           <li>
3159             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3160             search results
3161           </li>
3162           <li>
3163             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3167             menu for nucleotide sequences
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3171             and feature counts preserves alignment ordering (and
3172             debugged for complex feature sets).
3173           </li>
3174           <li>
3175             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3176             viewing structures with Jalview 2.10
3177           </li>
3178           <li>
3179             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3180             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3181             Ensembl Genomes REST API
3182           </li>
3183           <li>
3184             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3185             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3186             (Ensembl)
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3190             sequences
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3194             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3195             data from external database records.
3196           </li>
3197           <li>
3198             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3199             efficient recovery of sequence coding and alignment
3200             annotation relationships.
3201           </li>
3202         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3203         <ul>
3204           <li>
3205             -- JAL---
3206           </li>
3207         </ul> --></td>
3208       <td>
3209         <div align="left">
3210           <em>General</em>
3211           <ul>
3212             <li>
3213               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3214               menu on OSX
3215             </li>
3216             <li>
3217               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3218               includes graduated colourschemes
3219             </li>
3220             <li>
3221               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3222               working with big alignments and lots of hidden columns
3223             </li>
3224             <li>
3225               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3226               at right of alignment window
3227             </li>
3228             <li>
3229               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3230               contents
3231             </li>
3232             <li>
3233               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3234               for DNA alignments
3235             </li>
3236             <li>
3237               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3238               based tree calculation
3239             </li>
3240             <li>
3241               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3242               unconserved enabled for group on alignment
3243             </li>
3244             <li>
3245               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3246               set as reference
3247             </li>
3248             <li>
3249               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3250               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3251               annotation
3252             </li>
3253             <li>
3254               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3255               hidden columns present
3256             </li>
3257             <li>
3258               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3259               user created annotation added to alignment
3260             </li>
3261             <li>
3262               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3263               '()' base pair annotation
3264             </li>
3265             <li>
3266               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3267               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3268               Consensus
3269             </li>
3270             <li>
3271               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3272               feature not working
3273             </li>
3274             <li>
3275               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3276               beginning of sequence
3277             </li>
3278             <li>
3279               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3280               entry 3a6s
3281             </li>
3282             <li>
3283               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3284               from a tree when t-coffee scores are shown
3285             </li>
3286             <li>
3287               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3288               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3289             </li>
3290             <li>
3291               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3292               some structures
3293             </li>
3294             <li>
3295               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3296               to Clustal, PIR and PileUp output
3297             </li>
3298             <li>
3299               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3300               not visible causes alignment window to repaint
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3304               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3305               scores associated with features and annotation rows
3306             </li>
3307             <li>
3308               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3309               calculation should be case independent
3310             </li>
3311             <li>
3312               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3313               columns
3314             </li>
3315             <li>
3316               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3317               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3318               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3322               problems when reference sequence defined and 'show
3323               non-conserved' enabled
3324             </li>
3325             <li>
3326               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3327               load even when Consensus calculation is disabled
3328             </li>
3329             <li>
3330               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3331               alignment does nothing
3332             </li>
3333           </ul>
3334           <em>Application</em>
3335           <ul>
3336             <li>
3337               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3338               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3339               yet fixed for El Capitan)
3340             </li>
3341             <li>
3342               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3343               output when running on non-gb/us i18n platforms
3344             </li>
3345             <li>
3346               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3347               hidden sequences as flat-file alignment
3348             </li>
3349             <li>
3350               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3351               launching Chimera
3352             </li>
3353             <li>
3354               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3355               (also hotfix for 2.9.0b2)
3356             </li>
3357             <li>
3358               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3359               reference sequence defined
3360             </li>
3361             <li>
3362               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3363               alignments and views when revealing hidden columns
3364             </li>
3365             <li>
3366               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3367               view in a cDNA/Protein splitframe
3368             </li>
3369             <li>
3370               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3371               sequence from project when only one sequence is
3372               represented
3373             </li>
3374             <li>
3375               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3376               in Structure Chooser
3377             </li>
3378             <li>
3379               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3380               structure consensus didn't refresh annotation panel
3381             </li>
3382             <li>
3383               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3384               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3385             </li>
3386             <li>
3387               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3388               dialogs format columns correctly, don't display array
3389               data, sort columns according to type
3390             </li>
3391             <li>
3392               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3393               file chooser is cancelled during an image export
3394             </li>
3395             <li>
3396               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3397               sequence name containing special characters
3398             </li>
3399             <li>
3400               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3401               case insensitive
3402             </li>
3403             <li>
3404               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3405               formatting don't wrap
3406             </li>
3407             <li>
3408               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3409               truncated so L looks like I in consensus annotation
3410             </li>
3411             <li>
3412               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3413               currently displayed features for the current selection or
3414               view
3415             </li>
3416             <li>
3417               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3418               after fetching cross-references, and restoring from
3419               project
3420             </li>
3421             <li>
3422               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3423               followed in the structure viewer
3424             </li>
3425             <li>
3426               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3427               splitframe not restored from project
3428             </li>
3429             <li>
3430               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3431               trailing end of protein alignment in transcript/product
3432               splitview when pad-gaps not enabled by default
3433             </li>
3434             <li>
3435               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3436               is case dependent
3437             </li>
3438             <li>
3439               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3440               article has been read (reopened issue due to
3441               internationalisation problems)
3442             </li>
3443             <li>
3444               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3445               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3446               cross-references
3447             </li>
3448
3449             <li>
3450               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3451               alignment as HTML
3452             </li>
3453             <li>
3454               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3455               multiple structures are shown for one or more sequences.
3456             </li>
3457             <li>
3458               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3459               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3460               is enabled.
3461             </li>
3462             <li>
3463               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3464               specific PDB id for sequence
3465             </li>
3466             <li>
3467               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3468               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3469               columns' is disabled.
3470             </li>
3471             <li>
3472               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3473               selects lowest rather than highest resolution structures
3474               for each sequence
3475             </li>
3476             <li>
3477               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3478               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3479             </li>
3480             <li>
3481               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3482               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3483             </li>
3484             <li>
3485               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3486               after clicking on it to create new annotation for a
3487               column.
3488             </li>
3489             <li>
3490               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3491               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3492             </li>
3493             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3494             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3495           </ul>
3496           <em>Applet</em>
3497           <ul>
3498             <li>
3499               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3500               hidden columns present before start of sequence
3501             </li>
3502             <li>
3503               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3504               (JSON jars)
3505             </li>
3506             <li>
3507               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3508               sequences are hidden in applet
3509             </li>
3510             <li>
3511               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3512               deployment on examples pages.
3513             </li>
3514           </ul>
3515         </div>
3516       </td>
3517     </tr>
3518     <tr>
3519       <td width="60" nowrap>
3520         <div align="center">
3521           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3522             <em>16/10/2015</em></strong>
3523         </div>
3524       </td>
3525       <td><em>General</em>
3526         <ul>
3527           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3528             jars</li>
3529         </ul></td>
3530       <td>
3531         <div align="left">
3532           <em>Application</em>
3533           <ul>
3534             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3535               shown when tree is partitioned</li>
3536             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3537               multiple cDNA/Protein split views</li>
3538           </ul>
3539         </div>
3540       </td>
3541     </tr>
3542     <tr>
3543       <td width="60" nowrap>
3544         <div align="center">
3545           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3546             <em>8/10/2015</em></strong>
3547         </div>
3548       </td>
3549       <td><em>General</em>
3550         <ul>
3551           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3552             2.9</li>
3553         </ul> <em>Application</em>
3554         <ul>
3555           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3556           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3557           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3558         </ul> <em>Applet</em>
3559         <ul>
3560           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3561         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3562         <ul>
3563           <li>
3564             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3565             suite
3566           </li>
3567         </ul></td>
3568       <td>
3569         <div align="left">
3570           <em>General</em>
3571           <ul>
3572             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3573               incorrect when sequence start > 1</li>
3574             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3575               documentation</li>
3576             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3577             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3578               loading a features file containing HTML tags in feature
3579               description</li>
3580
3581           </ul>
3582           <em>Application</em>
3583           <ul>
3584             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3585               reimport</li>
3586             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3587               with 'trim retrieved sequences'</li>
3588             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3589               deleting selected columns</li>
3590             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3591               JNLP templates for webstart launch</li>
3592             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3593               unreleased structures for download or viewing</li>
3594             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3595               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3596             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3597               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3598             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3599               recovered from jalview project</li>
3600             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3601               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3602               alignment view</li>
3603             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3604               color schemes from BioJSON</li>
3605           </ul>
3606           <em>Applet</em>
3607           <ul>
3608             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3609               frame</li>
3610             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3611           </ul>
3612         </div>
3613       </td>
3614     </tr>
3615     <tr>
3616       <td><div align="center">
3617           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3618         </div></td>
3619       <td><em>General</em>
3620         <ul>
3621           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3622             alignments:
3623             <ul>
3624               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3625                 and DNA alignment views</li>
3626               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3627                 cDNA alignment views</li>
3628               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3629                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3630               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3631                 protein sequences</li>
3632             </ul>
3633           </li>
3634           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3635           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3636             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3637           <li>New alignment annotation file statements for
3638             reference sequences and marking hidden columns</li>
3639           <li>Reference sequence based alignment shading to
3640             highlight variation</li>
3641           <li>Select or hide columns according to alignment
3642             annotation</li>
3643           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3644           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3645             acid conservation row</li>
3646           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3647         </ul> <em>Application</em>
3648         <ul>
3649           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3650             <ul>
3651               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3652                 view with cDNA/Protein</li>
3653               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3654                 sequences are placed in the same alignment</li>
3655               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3656                 projects</li>
3657             </ul>
3658           </li>
3659
3660           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3661           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3662             Jalview windows</li>
3663
3664           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3665           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3666           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3667             be shown in VARNA</li>
3668
3669           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3670             as the active selected region</li>
3671
3672           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3673             similarity</li>
3674           <li>New Export options
3675             <ul>
3676               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3677                 region export in flat file generation</li>
3678
3679               <li>Export alignment views for display with the <a
3680                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3681
3682               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3683               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3684                 alignment figures to HTML</li>
3685           </li>
3686           <li>3D structure retrieval and display
3687             <ul>
3688               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3689                 Search API</li>
3690               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3691                 PDB structures for a sequence set</li>
3692             </ul>
3693           </li>
3694
3695           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3696             predictions</li>
3697           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3698             for one or a group of sequences</li>
3699           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3700             from the JPred4 web server</li>
3701           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3702             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3703             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3704           </li>
3705           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3706             VARNA 2D Structure'</li>
3707           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3708             Structure ..."</li>
3709
3710         </ul> <em>Applet</em>
3711         <ul>
3712           <li>New layout for applet example pages</li>
3713           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3714             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3715           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3716             Protein alignments</li>
3717         </ul> <em>Development and deployment</em>
3718         <ul>
3719           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3720           <li>Include installation type and git revision in build
3721             properties and console log output</li>
3722           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3723             storing BioJsMSA Templates</li>
3724           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3725         </ul></td>
3726       <td>
3727         <!-- <em>General</em>
3728         <ul>
3729         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3730         <ul>
3731           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3732           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3733           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3734             predictions are not highlighted in amber</li>
3735           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3736             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3737           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3738             associated structure views</li>
3739           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3740             width checkbox not enabled</li>
3741           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3742             creating user defined colours</li>
3743           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3744             mappings for just that viewer's sequences</li>
3745           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3746             multiple models in Chimera</li>
3747           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3748             over Jmol structure</li>
3749           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3750             output to text box</li>
3751           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3752             have incorrect sequence start/end</li>
3753           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3754             Jalview fails</li>
3755           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3756             work for nucleotide</li>
3757           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3758             to a grey/invisible alignment window</li>
3759           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3760             imports to different position</li>
3761           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3762             on some platforms</li>
3763           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3764             populated</li>
3765           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3766             console if Chimera has been opened</li>
3767           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3768           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3769             retrieved</li>
3770           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3771           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3772             either sequence shows on first structure</li>
3773           <li>'Show annotations' options should not make
3774             non-positional annotations visible</li>
3775           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3776             in right place after 'view flanking regions'</li>
3777           <li>File Save As type unset when current file format is
3778             unknown</li>
3779           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3780             projects</li>
3781           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3782             responsive</li>
3783           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3784             several views on same alignment</li>
3785           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3786           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3787             spaces</li>
3788         </ul> <em>Applet</em>
3789         <ul>
3790           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3791           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3792             descriptions containing angle brackets</li>
3793         </ul> <em>General</em>
3794         <ul>
3795           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3796             via jalview annotation file</li>
3797           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3798             with RNA secondary structure</li>
3799           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3800             translation doesn't work.</li>
3801           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3802           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3803             positions</li>
3804           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3805             choosing 1pt font</li>
3806           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3807             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3808             'h'</li>
3809           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3810             new feature</li>
3811           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3812             order dependent</li>
3813           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3814             sequences</li>
3815           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3816         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3817         <ul>
3818           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3819             www.jalview.org</li>
3820         </ul> <em>Application Known issues</em>
3821         <ul>
3822           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3823           <li>Misleading message appears after trying to delete
3824             solid column.</li>
3825           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3826             version launches</li>
3827           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3828             fails with a sequence mismatch</li>
3829           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3830             scrolling alignment to right</li>
3831           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3832             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3833           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3834             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3835           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3836             ultra-high resolution</li>
3837           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3838             quality and conservation</li>
3839           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3840             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3841         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3842         <ul>
3843           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3844           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3845             window is being resized</li>
3846
3847         </ul>
3848       </td>
3849     </tr>
3850     <tr>
3851       <td><div align="center">
3852           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3853         </div></td>
3854       <td><em>General</em>
3855         <ul>
3856           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3857             Certum.PL.</li>
3858           <li>Features and annotation preserved when performing
3859             pairwise alignment</li>
3860           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3861             imported/exported/displayed</li>
3862           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3863             protein secondary structure</li>
3864           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3865               post-hoc with 2.9 release</em>)
3866           </li>
3867
3868         </ul> <em>Application</em>
3869         <ul>
3870           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3871             with 3D structures</li>
3872           <li>Support for parsing RNAML</li>
3873           <li>Annotations menu for layout
3874             <ul>
3875               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3876               <li>place sequence annotation above/below alignment
3877                 annotation</li>
3878             </ul>
3879           <li>Output in Stockholm format</li>
3880           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3881             translation</li>
3882           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3883           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3884             shared between alignments</li>
3885           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3886             Jalview</li>
3887           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3888             all or current selection</li>
3889           <li>disorder and secondary structure predictions
3890             available as dataset annotation</li>
3891           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3892
3893
3894           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3895             alignments from Rfam</li>
3896           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3897
3898           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3899             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3900           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3901           <li>include installation type in build properties and
3902             console log output</li>
3903           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3904             annotation</li>
3905         </ul></td>
3906       <td>
3907         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3908         <ul>
3909           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3910             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3911           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3912             alignment</li>
3913           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3914           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3915           <li>Double click on sequence associated annotation
3916             selects only first column</li>
3917           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3918             leaves shown in tree</li>
3919           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3920             properly</li>
3921           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3922           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3923             screen and buttons not visible</li>
3924           <li>author list isn't updated if already written to
3925             Jalview properties</li>
3926           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3927             from database</li>
3928           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3929           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3930             browser search window</li>
3931           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3932             in feature settings dialog</li>
3933           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3934             desktop</li>
3935           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3936             pass validation</li>
3937           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3938             fit on screen</li>
3939           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3940             tooltip</li>
3941           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3942             defined user preset</li>
3943           <li>MSA web services warns user if they were launched
3944             with invalid input</li>
3945           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3946             Java 8</li>
3947           <li>
3948             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3949             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3950             created
3951           </li>
3952
3953         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3954         <ul>
3955         </ul> <em>General</em>
3956         <ul>
3957         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3958         <ul>
3959           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3960             memory allocation</li>
3961           <li>launchApp service doesn't automatically open
3962             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3963           <li>
3964             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3965             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3966             1.7_055 is available
3967           </li>
3968         </ul> <em>Application Known issues</em>
3969         <ul>
3970           <li>
3971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3972             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3973             alignment to right
3974           </li>
3975           <li>
3976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3977             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3978             with large number of ID
3979           </li>
3980           <li>
3981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3982             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3983             start/end
3984           </li>
3985           <li>
3986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3987             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3988             structure tracks are rearranged
3989           </li>
3990           <li>
3991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3992             invalid rna structure positional highlighting does not
3993             highlight position of invalid base pairs
3994           </li>
3995           <li>
3996             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3997             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3998             project from alignment window file menu
3999           </li>
4000           <li>
4001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4002             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4003             structures
4004           </li>
4005           <li>
4006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4007             colour by RNA Helices not enabled when user created
4008             annotation added to alignment
4009           </li>
4010           <li>
4011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4012             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4013           </li>
4014         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4015         <ul>
4016           <li>
4017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4018             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4019           </li>
4020           <li>
4021             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4022             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4023           </li>
4024
4025           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4026             when selected</li>
4027         </ul>
4028       </td>
4029     </tr>
4030     <tr>
4031       <td><div align="center">
4032           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4033         </div></td>
4034       <td>
4035         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4036         <em>General</em>
4037         <ul>
4038           <li>Internationalisation of user interface (usually
4039             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4040           <li>Define/Undefine group on current selection with
4041             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4042           <li>Improved group creation/removal options in
4043             alignment/sequence Popup menu</li>
4044           <li>Sensible precision for symbol distribution
4045             percentages shown in logo tooltip.</li>
4046           <li>Annotation panel height set according to amount of
4047             annotation when alignment first opened</li>
4048         </ul> <em>Application</em>
4049         <ul>
4050           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4051             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4052           <li>Select columns containing particular features from
4053             Feature Settings dialog</li>
4054           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4055             sequences</li>
4056           <li>Update Jalview project format:
4057             <ul>
4058               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4059               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4060                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4061               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4062                 colouring</li>
4063             </ul>
4064           </li>
4065           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4066             (PAM250)</li>
4067           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4068             flanking regions for an alignment</li>
4069         </ul>
4070       </td>
4071       <td>
4072         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4073         <ul>
4074           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4075             running after job is cancelled</li>
4076           <li>cannot export features from alignments imported from
4077             Jalview/VAMSAS projects</li>
4078           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4079             float values</li>
4080           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4081             have 'display all symbols' flag set</li>
4082           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4083             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4084           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4085             Jalview</li>
4086           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4087             Lion/Webstart</li>
4088           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4089           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4090           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4091             alignment onto desktop</li>
4092           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4093             'extract scores' function</li>
4094           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4095             alignment window</li>
4096           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4097             performing IUPred disorder prediction</li>
4098           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4099             changing 'normalise logo' display setting</li>
4100           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4101             nothing matches query</li>
4102           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4103             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4104           </li>
4105           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4106             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4107           </li>
4108           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4109             Jalview's menu</li>
4110           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4111             'invalid literal/length code'</li>
4112           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4113             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4114           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4115             colourscheme</li>
4116
4117         </ul> <em>Applet</em>
4118         <ul>
4119           <li>Remove group option is shown even when selection is
4120             not a group</li>
4121           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4122             don't affect groups</li>
4123           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4124             colourscheme name</li>
4125           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4126             Annotation panel is not displayed</li>
4127           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4128             embedded windows</li>
4129         </ul> <em>Other</em>
4130         <ul>
4131           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4132             single sequence were not calculated</li>
4133           <li>annotation files that contain only groups imported as
4134             annotation and junk sequences</li>
4135           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4136             recognised as PFAM or BLC</li>
4137           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4138             doesn't affect background (2.8.0b1)
4139           <li></li>
4140           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4141           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4142             trailing gaps</li>
4143           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4144             registered correctly on import</li>
4145           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4146             certain alignments</li>
4147           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4148             existing annotation based 'use original colours'
4149             colourscheme loses original colours setting</li>
4150         </ul>
4151       </td>
4152     </tr>
4153     <tr>
4154       <td><div align="center">
4155           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4156             <em>30/1/2014</em></strong>
4157         </div></td>
4158       <td>
4159         <ul>
4160           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4161             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4162             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4163             open source project).
4164           </li>
4165           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4166           <li>Output in Stockholm format</li>
4167           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4168           <li>Export/import group and sequence associated line
4169             graph thresholds</li>
4170           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4171             ambiguity codes</li>
4172           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4173             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4174             works</li>
4175           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4176         </ul> <em>Other improvements</em>
4177         <ul>
4178           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4179           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4180             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4181           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4182             files</li>
4183           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4184           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4185             link but no description</li>
4186           <li>Select primary source when selecting authority in
4187             database fetcher GUI</li>
4188           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4189             Jalview</li>
4190           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4191         </ul>
4192       </td>
4193       <td>
4194         <ul>
4195           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4196             displayed</li>
4197           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4198             secondary structure annotation line</li>
4199           <li>Sequence database accessions not imported when
4200             fetching alignments from Rfam</li>
4201           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4202             identical IDs</li>
4203           <li>View all structures does not always superpose
4204             structures</li>
4205           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4206             reflect user or preset settings</li>
4207           <li>Null pointer exceptions for some services without
4208             presets or adjustable parameters</li>
4209           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4210             discover PDB xRefs</li>
4211           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4212             features with DAS</li>
4213           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4214             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4215           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4216             residue follows a gap</li>
4217           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4218             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4219           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4220             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4221           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4222             annotation already exists on alignment</li>
4223           <li>oninit javascript function should be called after
4224             initialisation completes</li>
4225           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4226             alignment window display</li>
4227           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4228           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4229             to annotation file</li>
4230           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4231             groups created</li>
4232           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4233             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4234           <li>Pressing return several times causes Number Format
4235             exceptions in keyboard mode</li>
4236           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4237             correct partitions for input data</li>
4238           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4239           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4240           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4241           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4242             mode</li>
4243           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4244             changes one row&#39;s threshold</li>
4245           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4246             doesn&#39;t open</li>
4247           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4248             quality histograms</li>
4249         </ul>
4250       </td>
4251     </tr>
4252     <tr>
4253       <td><div align="center">
4254           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4255         </div></td>
4256       <td><em>Application</em>
4257         <ul>
4258           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4259             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4260           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4261             preferences</li>
4262           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4263             in Jalview alignment window</li>
4264           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4265             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4266           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4267             RNA and ambiguity codes</li>
4268
4269           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4270           <li>Support fetching and database reference look up
4271             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4272             refs')</li>
4273           <li>Jalview project improvements
4274             <ul>
4275               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4276                 flag for annotation</li>
4277               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4278                 alignment</li>
4279               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4280                 Jalview project</li>
4281
4282             </ul>
4283           </li>
4284           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4285           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4286             running</li>
4287           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4288           <li>visual indication that web service results are still
4289             being retrieved from server</li>
4290           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4291             starts up for first time</li>
4292           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4293             services</li>
4294           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4295             client library</li>
4296           <li>Examples directory and Groovy library included in
4297             InstallAnywhere distribution</li>
4298         </ul> <em>Applet</em>
4299         <ul>
4300           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4301             visualization applet example</li>
4302         </ul> <em>General</em>
4303         <ul>
4304           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4305           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4306             defaults</li>
4307           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4308             calculation</li>
4309           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4310             matrices
4311           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4312             in HTML</li>
4313           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4314             structure contacts</li>
4315           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4316           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4317           <li>Parse sequence associated secondary structure
4318             information in Stockholm files</li>
4319           <li>HTML Export database accessions and annotation
4320             information presented in tooltip for sequences</li>
4321           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4322             style RNA alignment files</li>
4323           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4324             alignment</li>
4325           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4326             shade each sequence according to its associated alignment
4327             annotation</li>
4328           <li>New Jalview Logo</li>
4329         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4330         <ul>
4331           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4332           <li>New Website!</li>
4333         </ul></td>
4334       <td><em>Application</em>
4335         <ul>
4336           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4337             wsdbfetch REST service</li>
4338           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4339           <li>Filetype associations not installed for webstart
4340             launch</li>
4341           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4342             job execution in full once it is complete</li>
4343           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4344             uploaded via ali_file parameter</li>
4345           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4346           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4347           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4348             submitted for prediction</li>
4349           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4350             desktop window</li>
4351           <li>Putting fractional value into integer text box in
4352             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4353           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4354             windows 7</li>
4355           <li>View all structures fails with exception shown in
4356             structure view</li>
4357           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4358             escaped in a platform independent way</li>
4359           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4360             using proxy</li>
4361           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4362             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4363           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4364             failure when java web start temporary file caching is
4365             disabled</li>
4366           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4367             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4368           <li>Errors during processing of command line arguments
4369             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4370           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4371             DAS sources in sequence fetcher</li>
4372           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4373             dialog is shown</li>
4374           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4375           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4376           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4377           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4378             on OSX Mountain Lion</li>
4379           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4380             sequences with alignment annotation are pasted into the
4381             alignment</li>
4382           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4383             when loaded from Jalview project</li>
4384           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4385           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4386             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4387           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4388             associated with all views</li>
4389           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4390             annotation rows to new window</li>
4391         </ul> <em>Applet</em>
4392         <ul>
4393           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4394             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4395           <li>loading features via javascript API automatically
4396             enables feature display</li>
4397           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4398             work</li>
4399         </ul> <em>General</em>
4400         <ul>
4401           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4402           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4403             and then deselected</li>
4404           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4405           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4406             coloured with clustalx</li>
4407           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4408             exceptions and redraw errors</li>
4409           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4410             reconfigured view</li>
4411           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4412             colour</li>
4413           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4414             for lots of labels</li>
4415         </ul>
4416     </tr>
4417     <tr>
4418       <td>
4419         <div align="center">
4420           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4421         </div>
4422       </td>
4423       <td><em>Application</em>
4424         <ul>
4425           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4426           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4427           <li>View/alignment association menu to enable user to
4428             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4429             its colours/correspondences from</li>
4430           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4431           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4432             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4433           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4434           <li>Annotation row column label formatting attributes
4435             stored in project file</li>
4436           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4437             rows preserved in Jalview project file</li>
4438           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4439             saved using Desktop window menu</li>
4440           <li>Visual indication that command line arguments are
4441             still being processed</li>
4442           <li>Groovy script execution from URL</li>
4443           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4444             preferences</li>
4445           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4446             alignment with sequences that have high similarity and
4447             matching IDs</li>
4448           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4449           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4450             structures in same window</li>
4451           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4452           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4453             analysis function in its own submenu</li>
4454         </ul> <em>Applet</em>
4455         <ul>
4456           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4457             groups</li>
4458           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4459           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4460           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4461           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4462           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4463             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4464           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4465           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4466             parameters are treated as such</li>
4467           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4468             <ul>
4469               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4470               <li>Javascript callbacks for
4471                 <ul>
4472                   <li>Applet initialisation</li>
4473                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4474                 </ul>
4475               </li>
4476               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4477                 functions</li>
4478               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4479               <li>javascript structure viewer harness to pass
4480                 messages between Jmol and Jalview when running as
4481                 distinct applets</li>
4482               <li>sortBy method</li>
4483               <li>Set of applet and application examples shipped
4484                 with documentation</li>
4485               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4486                 javascript message exchange</li>
4487             </ul>
4488         </ul> <em>General</em>
4489         <ul>
4490           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4491             multiple alignments</li>
4492           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4493           <li>User configurable link to enable redirects to a
4494             www.Jalview.org mirror</li>
4495           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4496           <li>Configurable newline string when writing alignment
4497             and other flat files</li>
4498           <li>Allow alignment annotation description lines to
4499             contain html tags</li>
4500         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4501         <ul>
4502           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4503             examples</li>
4504           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4505             using a web service before displaying the result in the
4506             Jalview desktop</li>
4507           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4508           <li>Ant target to publish example html files with applet
4509             archive</li>
4510           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4511           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4512         </ul></td>
4513       <td><em>Application</em>
4514         <ul>
4515           <li>User defined colourscheme throws exception when
4516             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4517           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4518             dialog for valid filename/format</li>
4519           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4520           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4521             P37173</li>
4522           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4523             which sequence is to be associated with the file</li>
4524           <li>Find All raises null pointer exception when query
4525             only matches sequence IDs</li>
4526           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4527           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4528             2.4 cannot be loaded</li>
4529           <li>Filetype associations not installed for webstart
4530             launch</li>
4531           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4532             with sequences in different alignments do not get coloured
4533             by their associated sequence</li>
4534           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4535             not preserved when project is loaded</li>
4536           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4537             stored in Jalview project</li>
4538           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4539             Jalview project</li>
4540           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4541           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4542             by conservation</li>
4543           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4544             created on new view</li>
4545           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4546             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4547           <li>Alignment quality not updated after alignment
4548             annotation row is hidden then shown</li>
4549           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4550             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4551           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4552             properly</li>
4553           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4554             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4555           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4556           <li>Structures imported from file and saved in project
4557             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4558           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4559             job execution in full once it is complete</li>
4560         </ul> <em>Applet</em>
4561         <ul>
4562           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4563             annotation rows are displayed</li>
4564           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4565             codebase</li>
4566           <li>View follows highlighting does not work for positions
4567             in sequences</li>
4568           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4569           <li>Export features raises exception when no features
4570             exist</li>
4571           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4572             for javascript api is modified when separator string
4573             provided as parameter</li>
4574           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4575             alignment with no existing selection</li>
4576           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4577             to applet&#39;s codebase</li>
4578           <li>Status bar not updated after finished searching and
4579             search wraps around to first result</li>
4580           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4581             several Jalview applets causes race conditions and memory
4582             leaks</li>
4583           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4584             not sent from Jmol in applet</li>
4585           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4586             applet API fatally hang browser</li>
4587         </ul> <em>General</em>
4588         <ul>
4589           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4590             position with wrapped view and hidden regions</li>
4591           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4592             with/without hidden columns</li>
4593           <li>Sequence length given in alignment properties window
4594             is off by 1</li>
4595           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4596             import PDB like structure files</li>
4597           <li>Positional search results are only highlighted
4598             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4599           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4600           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4601             given sequence position</li>
4602           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4603             output</li>
4604           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4605             from nucleotide chains correctly</li>
4606           <li>Structure colours not updated when tree partition
4607             changed in alignment</li>
4608           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4609             parsed in interleaved stockholm</li>
4610           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4611             state</li>
4612           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4613             properly</li>
4614           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4615             properly associated with their pdb files</li>
4616         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4617         <ul>
4618           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4619             ApplyCopyright tool</li>
4620         </ul></td>
4621     </tr>
4622     <tr>
4623       <td>
4624         <div align="center">
4625           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4626         </div>
4627       </td>
4628       <td><em>Application</em>
4629         <ul>
4630           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4631             contact web services</li>
4632           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4633             service job window</li>
4634           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4635         </ul></td>
4636       <td>
4637         <ul>
4638           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4639             pir file emitted by Jalview</li>
4640           <li>Existing feature settings transferred to new
4641             alignment view created from cut'n'paste</li>
4642           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4643             parsing PDB files</li>
4644           <li>Consensus and conservation annotation rows
4645             occasionally become blank for all new windows</li>
4646           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4647             in wrapped view mode</li>
4648         </ul> <em>Application</em>
4649         <ul>
4650           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4651             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4652           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4653             parameter names</li>
4654           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4655             is down</li>
4656         </ul>
4657       </td>
4658     </tr>
4659     <tr>
4660       <td>
4661         <div align="center">
4662           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4663         </div>
4664       </td>
4665       <td><em>Application</em>
4666         <ul>
4667           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4668             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4669             (JABAWS)
4670           </li>
4671           <li>Web Services preference tab</li>
4672           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4673             preferences</li>
4674           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4675           <li>Superpose structures using associated sequence
4676             alignment</li>
4677           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4678             viewer</li>
4679         </ul> <em>Applet</em>
4680         <ul>
4681           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4682             link out mechanism</li>
4683         </ul> <em>Other</em>
4684         <ul>
4685           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4686             series 12</li>
4687           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4688             require Java 1.5</li>
4689           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4690             sequence annotation files</li>
4691           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4692             type colour specification</li>
4693           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4694             script to check if it being run in an interactive session or
4695             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4696         </ul></td>
4697       <td>
4698         <ul>
4699           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4700             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4701         </ul> <em>Application</em>
4702         <ul>
4703           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4704             selected Regions menu item</li>
4705           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4706             part of a valid accession ID</li>
4707           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4708             runs out of memory</li>
4709           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4710             analysis results</li>
4711           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4712             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4713           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4714         </ul> <em>Applet</em>
4715         <ul>
4716           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4717             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4718             defined.</li>
4719         </ul>
4720       </td>
4721     </tr>
4722     <tr>
4723       <td>
4724         <div align="center">
4725           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4726         </div>
4727       </td>
4728       <td></td>
4729       <td>
4730         <ul>
4731           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4732             sequence IDs</li>
4733           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4734             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4735           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4736             import correctly</li>
4737           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4738             number of columns are hidden</li>
4739           <li>annotation label popup menu not providing correct
4740             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4741             present</li>
4742           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4743             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4744           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4745             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4746
4747         </ul> <em>Applet</em>
4748         <ul>
4749           <li>annotation panel disappears when annotation is
4750             hidden/removed</li>
4751         </ul> <em>Application</em>
4752         <ul>
4753           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4754             alignment opened where annotation panel is visible but no
4755             annotations are present on alignment</li>
4756           <li>pasted region containing hidden columns is
4757             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4758           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4759             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4760           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4761             selected Rregions menu item.</li>
4762           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4763             'Un' or 'Non'conserved</li>
4764           <li>Sequence feature settings are being shared by
4765             multiple distinct alignments</li>
4766           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4767             changed</li>
4768           <li>double click on group annotation to select sequences
4769             does not propagate to associated trees</li>
4770           <li>Mac OSX specific issues:
4771             <ul>
4772               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4773                 window background</li>
4774               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4775                 name set correctly</li>
4776               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4777                 save feature colourscheme button</li>
4778             </ul>
4779           </li>
4780         </ul>
4781       </td>
4782     </tr>
4783     <tr>
4784
4785       <td>
4786         <div align="center">
4787           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4788         </div>
4789       </td>
4790       <td><em>New Capabilities</em>
4791         <ul>
4792           <li>URL links generated from description line for
4793             regular-expression based URL links (applet and application)
4794
4795
4796           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4797             menu</li>
4798           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4799             structures</li>
4800           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4801             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4802           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4803             average score or total feature count for each sequence.</li>
4804           <li>Shading features by score or associated description</li>
4805           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4806             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4807           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4808             hide everything but the currently selected region.</li>
4809           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4810         </ul> <em>Application</em>
4811         <ul>
4812           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4813             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4814           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4815             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4816           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4817             database references and protein_name is parsed as
4818             description line (BioSapiens terms).</li>
4819           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4820             references in sequence ID tooltip from View menu in
4821             application.</li>
4822           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4823       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4824           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4825             conservation plots</li>
4826           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4827             and visualized as sequence logos</li>
4828           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4829             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4830           </li>
4831           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4832             when a new tree is opened.</li>
4833           <li>Jalview Java Console</li>
4834           <li>Better placement of desktop window when moving
4835             between different screens.</li>
4836           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4837             consensus annotation</li>
4838           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4839             Workflows</li>
4840           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4841             <ul>
4842               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4843                 used to preserve views, structures, and tree display
4844                 settings)</li>
4845               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4846                 command line</li>
4847               <li>Sharing of selected regions between views and
4848                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4849               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4850             </ul></li>
4851         </ul> <em>Applet</em>
4852         <ul>
4853           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4854           <li>New Parameters
4855             <ul>
4856               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4857                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4858                 opened.</li>
4859               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4860                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4861               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4862                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4863               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4864                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4865                 view</li>
4866               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4867                 increase the height or width of a cell in the alignment
4868                 grid relative to the current font size.</li>
4869             </ul>
4870           </li>
4871           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4872             tooltip</li>
4873         </ul> <em>Other</em>
4874         <ul>
4875           <li>Features format: graduated colour definitions and
4876             specification of feature scores</li>
4877           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4878             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4879             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4880           <li>XML formats extended to support graduated feature
4881             colourschemes, group associated annotation, and profile
4882             visualization settings.</li></td>
4883       <td>
4884         <ul>
4885           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4886             rather than description</li>
4887           <li>Non-positional features are now included in sequence
4888             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4889             visibility in tooltip).</li>
4890           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4891           <li>Added URL embedding instructions to features file
4892             documentation.</li>
4893           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4894             'X' in peptide product</li>
4895           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4896             sequence ID and sequence string and query strings do not
4897             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4898           <li>AMSA files only contain first column of
4899             multi-character column annotation labels</li>
4900           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4901             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4902             exported and re-imported)</li>
4903           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4904             name</li>
4905           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4906             as subsequence matches, and correctly reports total number
4907             of both.</li>
4908           <li>Application:
4909             <ul>
4910               <li>Better handling of exceptions during sequence
4911                 retrieval</li>
4912               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4913                 link text excludes the start_end suffix</li>
4914               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4915                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4916               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4917               <li>Sequence description lines properly shared via
4918                 VAMSAS</li>
4919               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4920                 data sources</li>
4921               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4922                 completes before alignment figures are generated.</li>
4923               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4924                 first time.</li>
4925               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4926                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4927               <li>User defined group colours properly recovered
4928                 from Jalview projects.</li>
4929             </ul>
4930           </li>
4931         </ul>
4932       </td>
4933
4934     </tr>
4935     <tr>
4936       <td>
4937         <div align="center">
4938           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4939         </div>
4940       </td>
4941       <td>
4942         <ul>
4943           <li>Experimental support for google analytics usage
4944             tracking.</li>
4945           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4946         </ul>
4947       </td>
4948       <td>
4949         <ul>
4950           <li>Race condition in applet preventing startup in
4951             jre1.6.0u12+.</li>
4952           <li>Exception when feature created from selection beyond
4953             length of sequence.</li>
4954           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4955           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4956             all sequences with a given id</li>
4957           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4958             ID string searches</li>
4959           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4960             alignment to fail with exception</li>
4961         </ul> <em>Application Issues</em>
4962         <ul>
4963           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4964           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4965             data sources</li>
4966         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4967         <ul>
4968           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4969             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4970           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4971             version (java class versioning error fixed)</li>
4972         </ul>
4973       </td>
4974     </tr>
4975     <tr>
4976       <td>
4977
4978         <div align="center">
4979           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4980         </div>
4981       </td>
4982       <td><em>User Interface</em>
4983         <ul>
4984           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4985             translation and protein products</li>
4986           <li>Linked highlighting of structure associated with
4987             residue mapping to codon position</li>
4988           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4989             and 'clear' button</li>
4990           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4991             Tools menu</li>
4992           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4993             numeric data in description line</li>
4994           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4995           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4996             of sequence</li>
4997         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4998         <ul>
4999           <li>JPred3 web service</li>
5000           <li>Prototype sequence search client (no public services
5001             available yet)</li>
5002           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5003             PFAM</li>
5004           <li>URL Links created for matching database cross
5005             references as well as sequence ID</li>
5006           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5007         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5008         <ul>
5009           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5010             databases</li>
5011           <li>Generalised database reference retrieval and
5012             validation to all fetchable databases</li>
5013           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5014             sequence command</li>
5015         </ul> <em>Import and Export</em>
5016         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5017         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5018           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5019         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5020           File</li>
5021         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5022           triplet as name of colourscheme</li>
5023         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5024         <ul>
5025           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5026           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5027             alignments (experimental)</li>
5028           <li>Create new or select existing session to join</li>
5029           <li>load and save of vamsas documents</li>
5030         </ul> <em>Application command line</em>
5031         <ul>
5032           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5033             from applet)</li>
5034           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5035             of DAS servers to query for alignment features</li>
5036           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5037             that are also automatically queried for features</li>
5038           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5039             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5040         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5041         <ul>
5042           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5043             application (when using &quot;View in full
5044             application&quot;)</li>
5045         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5046         <ul>
5047           <li>feature group display control parameter</li>
5048           <li>debug parameter</li>
5049           <li>showbutton parameter</li>
5050         </ul> <em>Applet API methods</em>
5051         <ul>
5052           <li>newView public method</li>
5053           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5054           <li>Feature display control methods</li>
5055           <li>get list of currently selected sequences</li>
5056         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5057         <ul>
5058           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5059           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5060             Jalview release.</li>
5061           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5062             property controls execution of obfuscator</li>
5063           <li>Build target for generating source distribution</li>
5064           <li>Debug flag for javacc</li>
5065           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5066             jalview.bin.Cache</li>
5067           <li>Continuous Build Integration for stable and
5068             development version of Application, Applet and source
5069             distribution</li>
5070         </ul></td>
5071       <td>
5072         <ul>
5073           <li>selected region output includes visible annotations
5074             (for certain formats)</li>
5075           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5076             for editing</li>
5077           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5078           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5079           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5080           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5081             comments</li>
5082           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5083             filenames containing a ':'</li>
5084           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5085             global sequence features</li>
5086           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5087             references from alignment sequences goes to zero</li>
5088           <li>Close of tree branch colour box without colour
5089             selection causes cascading exceptions</li>
5090           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5091           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5092             file parsing fails.</li>
5093           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5094           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5095             not a valid output format</li>
5096           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5097             vamsas</li>
5098           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5099           <li>error messages passed up and output when data read
5100             fails</li>
5101           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5102             sequence is edited</li>
5103           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5104             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5105           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5106             filetype</li>
5107           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5108             import fixed for PFAM records</li>
5109           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5110             window list</li>
5111           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5112             can be read and written correctly to annotation file</li>
5113           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5114             correctly</li>
5115           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5116             non-italic font for representatives in Applet</li>
5117           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5118             Macs.</li>
5119           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5120             Applet)</li>
5121           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5122             due to null pointer exceptions</li>
5123           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5124             first column of alignment</li>
5125           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5126             July 2008</li>
5127           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5128             file is case-insensitive</li>
5129           <li>Sequence features read from Features file appended to
5130             all sequences with matching IDs</li>
5131           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5132             containing a sub-sequence</li>
5133           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5134           <li>feature and annotation file applet parameters
5135             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5136           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5137           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5138             splash-screen version check to complete</li>
5139           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5140             when passing them to the launchApp service</li>
5141           <li>display name and local features preserved in results
5142             retrieved from web service</li>
5143           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5144             sequence fetcher initialisation</li>
5145           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5146             dasobert DAS client</li>
5147           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5148             association</li>
5149           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5150             sequences
5151           </li>
5152         </ul>
5153       </td>
5154     </tr>
5155     <tr>
5156       <td>
5157         <div align="center">
5158           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5159         </div>
5160       </td>
5161       <td>
5162         <ul>
5163           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5164           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5165           <li>Slide sequences</li>
5166           <li>Edit sequence in place</li>
5167           <li>EMBL CDS features</li>
5168           <li>DAS Feature mapping</li>
5169           <li>Feature ordering</li>
5170           <li>Alignment Properties</li>
5171           <li>Annotation Scores</li>
5172           <li>Sort by scores</li>
5173           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5174         </ul>
5175       </td>
5176       <td>
5177         <ul>
5178           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5179           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5180           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5181           <li>Feature group display state in XML</li>
5182           <li>Feature ordering in XML</li>
5183           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5184           <li>Stockholm alignment properties</li>
5185           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5186           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5187           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5188           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5189         </ul>
5190       </td>
5191
5192     </tr>
5193     <tr>
5194       <td>
5195         <div align="center">
5196           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5197         </div>
5198       </td>
5199       <td>
5200         <ul>
5201           <li>Non standard characters can be read and displayed
5202           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5203             applet via textbox
5204           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5205             name &amp; description
5206           <li>Preference setting to display sequence name in
5207             italics
5208           <li>Annotation file format extended to allow
5209             Sequence_groups to be defined
5210           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5211             specified in preferences
5212           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5213             sequences
5214         </ul>
5215       </td>
5216       <td>
5217         <ul>
5218           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5219             installed
5220           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5221           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5222         </ul>
5223       </td>
5224     </tr>
5225     <tr>
5226       <td>
5227         <div align="center">
5228           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5229         </div>
5230       </td>
5231       <td>
5232         <ul>
5233           <li>Multiple views on alignment
5234           <li>Sequence feature editing
5235           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5236           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5237           <li>Background dependent text colour
5238           <li>Right align sequence ids
5239           <li>User-defined lower case residue colours
5240           <li>Format Menu
5241           <li>Select Menu
5242           <li>Menu item accelerator keys
5243           <li>Control-V pastes to current alignment
5244           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5245           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5246           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5247
5248
5249           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5250         </ul>
5251       </td>
5252       <td>
5253         <ul>
5254           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5255           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5256             calculations
5257           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5258             edits
5259           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5260             of alignment)
5261           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5262
5263
5264           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5265             display correctly
5266           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5267           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5268             analysis results
5269           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5270             &#8739;
5271           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5272           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5273           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5274
5275
5276         </ul>
5277       </td>
5278     </tr>
5279     <tr>
5280       <td>
5281         <div align="center">
5282           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5283         </div>
5284       </td>
5285       <td>
5286         <ul>
5287           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5288         </ul>
5289       </td>
5290       <td>
5291         <ul>
5292           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5293             sequence id panel has been resized</li>
5294           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5295             rendered</li>
5296           <li>Annotation files with sequence references - all
5297             elements in file are relative to sequence position</li>
5298           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5299         </ul>
5300       </td>
5301     </tr>
5302     <tr>
5303       <td>
5304         <div align="center">
5305           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5306         </div>
5307       </td>
5308       <td>
5309         <ul>
5310           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5311           <li>DAS Feature fetching</li>
5312           <li>Hide sequences and columns</li>
5313           <li>Export Annotations and Features</li>
5314           <li>GFF file reading / writing</li>
5315           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5316             files</li>
5317           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5318           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5319           <li>Applet can launch the full application</li>
5320           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5321             required)</li>
5322           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5323           <li>Applet can load sequences from parameter
5324             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5325           </li>
5326         </ul>
5327       </td>
5328       <td>
5329         <ul>
5330           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5331           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5332           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5333         </ul>
5334       </td>
5335     </tr>
5336     <tr>
5337       <td>
5338         <div align="center">
5339           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5340         </div>
5341       </td>
5342       <td>
5343         <ul>
5344           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5345           <li>Choose to match case when searching</li>
5346           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5347             expand the visible width and height of the alignment</li>
5348         </ul>
5349       </td>
5350       <td>
5351         <ul>
5352           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5353         </ul>
5354       </td>
5355     </tr>
5356     <tr>
5357       <td>
5358         <div align="center">
5359           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5360         </div>
5361       </td>
5362       <td>&nbsp;</td>
5363       <td>
5364         <ul>
5365           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5366           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5367             value</li>
5368         </ul>
5369       </td>
5370     </tr>
5371     <tr>
5372       <td>
5373         <div align="center">
5374           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5375         </div>
5376       </td>
5377       <td>
5378         <ul>
5379           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5380           <li>Keyboard editing</li>
5381           <li>Create sequence features from searches</li>
5382           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5383             alignments</li>
5384           <li>Features file allows grouping of features</li>
5385           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5386           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5387           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5388         </ul>
5389       </td>
5390       <td>
5391         <ul>
5392           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5393           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5394             descriptions saved.</li>
5395         </ul>
5396       </td>
5397     </tr>
5398     <tr>
5399       <td>
5400         <div align="center">
5401           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5402         </div>
5403       </td>
5404       <td>
5405         <ul>
5406           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5407           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5408           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5409             name for file output</li>
5410           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5411           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5412             used for HTML form input</li>
5413         </ul>
5414       </td>
5415       <td>
5416         <ul>
5417           <li>HTML output writes groups and features</li>
5418           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5419           <li>File IO bugs</li>
5420         </ul>
5421       </td>
5422     </tr>
5423     <tr>
5424       <td>
5425         <div align="center">
5426           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5427         </div>
5428       </td>
5429       <td>
5430         <ul>
5431           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5432           <li>More options for PCA viewer</li>
5433         </ul>
5434       </td>
5435       <td>
5436         <ul>
5437           <li>GUI bugs resolved</li>
5438           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5439         </ul>
5440       </td>
5441     </tr>
5442     <tr>
5443       <td height="63">
5444         <div align="center">
5445           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5446         </div>
5447       </td>
5448       <td>
5449         <ul>
5450           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5451           <li>Jar files are executable</li>
5452           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5453         </ul>
5454       </td>
5455       <td>
5456         <ul>
5457           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5458           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5459           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5460         </ul>
5461       </td>
5462     </tr>
5463     <tr>
5464       <td>
5465         <div align="center">
5466           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5467         </div>
5468       </td>
5469       <td>
5470         <ul>
5471           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5472         </ul>
5473       </td>
5474       <td>
5475         <ul>
5476           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5477         </ul>
5478       </td>
5479     </tr>
5480     <tr>
5481       <td>
5482         <div align="center">
5483           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5484         </div>
5485       </td>
5486       <td>
5487         <ul>
5488           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5489             size</li>
5490         </ul>
5491       </td>
5492       <td>
5493         <ul>
5494           <li>Improved JPred client reliability</li>
5495           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5496         </ul>
5497       </td>
5498     </tr>
5499     <tr>
5500       <td>
5501         <div align="center">
5502           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5503         </div>
5504       </td>
5505       <td>
5506         <ul>
5507           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5508           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5509           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5510             to Colour Menu</li>
5511           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5512           <li>Unix users can set default web browser</li>
5513           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5514           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5515         </ul>
5516       </td>
5517       <td>
5518         <ul>
5519           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5520         </ul>
5521       </td>
5522     </tr>
5523     <tr>
5524       <td>
5525         <div align="center">
5526           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5527         </div>
5528       </td>
5529       <td>&nbsp;</td>
5530       <td>
5531         <ul>
5532           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5533             alignment order.</li>
5534         </ul>
5535       </td>
5536     </tr>
5537     <tr>
5538       <td>
5539         <div align="center">
5540           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5541         </div>
5542       </td>
5543       <td>
5544         <ul>
5545           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5546           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5547           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5548             annotations.</li>
5549           <li>Version and build date written to build properties
5550             file.</li>
5551           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5552             at launch of Jalview.</li>
5553         </ul>
5554       </td>
5555       <td>
5556         <ul>
5557           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5558           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5559           <li>Can remove groups one by one.</li>
5560           <li>Filechooser icons installed.</li>
5561           <li>Finder ignores return character when searching.
5562             Return key will initiate a search.<br>
5563           </li>
5564         </ul>
5565       </td>
5566     </tr>
5567     <tr>
5568       <td>
5569         <div align="center">
5570           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5571         </div>
5572       </td>
5573       <td>
5574         <ul>
5575           <li>New codebase</li>
5576         </ul>
5577       </td>
5578       <td>&nbsp;</td>
5579     </tr>
5580   </table>
5581   <p>&nbsp;</p>
5582 </body>
5583 </html>