help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 126             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 130             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 134             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 138             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 139             '%s'" on the console
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 143             when there are both local and complementary features mapped
 144             to the position under the cursor
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 148             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 152             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 156             internationalised text for some messages and log output
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 160             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 161           </li>
 162         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 163         <ul>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 166             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 167             OutOfMemory error.
 168           </li>
 169         </ul> <em>New Known defects</em>
 170         <ul>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 173             are ordered differently when shown on alignment and in
 174             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 178             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 179             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 180             Workaround is to try to save the file again, and if that
 181             fails, delete the original file and save in place.
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 185             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 186           </li>
 187         </ul>
 188       </td>
 189     </tr>
 190     <tr>
 191       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 192           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 193           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 194       <td align="left" valign="top">
 195         <ul>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 198             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 199             for display in alignments, on structure views (including
 200             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 201             export.
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 205             exported and re-imported as GFF3 files
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 209             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 213             validation while parsing
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 217             position if reopened
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 221             of associated view
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 225             enabled by default
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 229             tooltips and menus
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 233             with no feature types visible
 234           </li>
 235           <li>
 236           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 237           </li>
 238         </ul><em>Jalview Installer</em>
 239             <ul>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 242             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 249           </li>
 250               <li>
 251                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 252               <li>
 253                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 254         </ul> <em>Release processes</em>
 255         <ul>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 261           </li>
 262         </ul> <em>Build System</em>
 263         <ul>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 269             report
 270           </li>
 271         </ul>
 272         <em>Groovy Scripts</em>
 273             <ul>
 274           <li>
 275             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 276             to stdout containing the consensus sequence for each
 277             alignment in a Jalview session
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 281             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 282             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 283           </li>
 284         </ul>
 285       </td>
 286       <td align="left" valign="top">
 287         <ul>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 290             'Show hidden markers' option is not ticked
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 294             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 295             jalview preferences or properties file
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 299             'Show Sequence Features' option is not ticked
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 303             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 304             features are visible
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 308             equal when split frame is first opened
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 312             correct after editing a sequence's start position
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 316             with annotation and exceptions thrown when only a few
 317             columns shown in wrapped mode
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 321             wrapped alignment figure with annotations
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 325             ID fails with ClassCastException
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 329             Project
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 333             feature settings dialog also selects columns
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 337             IllegalArgumentException in some circumstances
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 341             opened for a view
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 345             alignment window is closed
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 349             help documentation for 2.11.0 release
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 353             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 354             Uniprot Accession
 355           </li>
 356         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 357         <ul>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 360             PDB/Uniprot search panel
 361           </li>
 362         </ul> <em>Installer</em>
 363         <ul>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 366             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 367           </li>
 368         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 369         <ul>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 372             repository
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 376             memory
 377           </li>
 378         </ul> <em>New Known Issues</em>
 379         <ul>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 382             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 383             command line
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 387             clipped in headless figure export when Right Align option
 388             enabled
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 392             'Source' in console output
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 396             bamboo server but run fine locally.
 397           </li>
 398         </ul>
 399       </td>
 400     </tr>
 401     <tr>
 402       <td width="60" align="center" nowrap>
 403           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 404             <em>04/07/2019</em></strong>
 405       </td>
 406       <td align="left" valign="top">
 407         <ul>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 410             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 411             source project) rather than InstallAnywhere
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 415             settings, receive over the air updates and launch specific
 416             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 417               Rings' GetDown</a>)
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 421             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 425             arguments and switch between different getdown channels
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 429             or alignment files
 430           </li>
 431
 432           <li>
 433             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 434             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 437             'Translate as cDNA'</li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 440           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 441             <ul>
 442                       <li>
 443             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 444             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 445           <li>
 446                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 447                 features can be filtered and shaded according to any
 448                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 449                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 450                 file)
 451               </li>
 452               <li>
 453                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 454                 stored and restored from Jalview Projects
 455               </li>
 456               <li>
 457                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 458                 recognise variant features
 459               </li>
 460               <li>
 461                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 462                 sequences (also coloured red by default)
 463               </li>
 464               <li>
 465                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 466                 details
 467               </li>
 468               <li>
 469                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 470                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 471               </li>
 472               <li>
 473                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 474                 dialog
 475               </li>
 476             </ul>
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 480             tree and PCA calculations
 481           </li>
 482           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 483             <ul>
 484               <li>
 485                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 486                 and Viewer state saved in Jalview Project
 487               </li>
 488               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 489                 drop-down menus</li>
 490               <li>
 491                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 492                 incrementally
 493               </li>
 494               <li>
 495                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 496               </li>
 497             </ul>
 498           </li>
 499           <li>
 500             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 501           </li>
 502           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 503           <ul>
 504               <li>
 505                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 506                 multiple groups when working with large alignments
 507               </li>
 508               <li>
 509                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 510                 Stockholm files
 511               </li>
 512             </ul>
 513           <li><strong>User Interface</strong>
 514           <ul>
 515               <li>
 516                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 517                 view
 518               </li>
 519               <li>
 520                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 521                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 522                 default (can be changed in user preferences)
 523               </li>
 524               <li>
 525                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 526                 to the Overwrite Dialog
 527               </li>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 530                 sequences are hidden
 531               </li>
 532               <li>
 533                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 534                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 535               </li>
 536               <li>
 537                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 538                 labels
 539               </li>
 540               <li>
 541                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 542                 when in wrapped mode
 543               </li>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 546                 annotation
 547               </li>
 548               <li>
 549                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 550               </li>
 551               <li>
 552                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 553                 panel
 554               </li>
 555               <li>
 556                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 557                 popup menu
 558               </li>
 559               <li>
 560               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 561               <li>
 562               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 563
 564
 565             </ul></li>
 566             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 567           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 568             <ul>
 569               <li>
 570                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 571                 trapping CMD-Q
 572               </li>
 573             </ul></li>
 574         </ul>
 575         <em>Deprecations</em>
 576         <ul>
 577           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 578             capabilities removed from the Jalview Desktop
 579           </li>
 580           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 581             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 582             and XML based data retrieval clients</li>
 583           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 584           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 585         </ul> <em>Documentation</em>
 586         <ul>
 587           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 588             not supported in EPS figure export
 589           </li>
 590           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 591         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 592         <ul>
 593           <li>
 594           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 595           </li>
 596       <li>
 597       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 598           <li>
 599           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 600             gradle-eclipse
 601           </li>
 602           <li>
 603           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 604             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 605             execution
 606           </li>
 607           <li>
 608           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 609             operations
 610           </li>
 611           <li>
 612           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 613             issues resolved
 614           </li>
 615           <li>
 616           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 617             markdown (with HTML rendering)
 618           </li>
 619           <li>
 620           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 621           </li>
 622           <li>
 623           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 624             versions of Jalview
 625           </li>
 626         </ul>
 627       </td>
 628       <td align="left" valign="top">
 629         <ul>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 635             superposition in Jmol fail on Windows
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 639             structures for sequences with lots of PDB structures
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 643             monospaced font
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 647             project involving multiple views
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 651             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 652             Annotation dialog hides columns
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 656             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 657             one view, then making another selection in the other view
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 661             columns
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 665             Settings and Jalview Preferences panels
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 669             overview with large alignments
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 673             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 674             mouse moved to the left of the first column
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 678             hidden column marker via scale popup menu
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 682             doesn't tell users the invalid URL
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 686             score from view
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 690             show cross references or Fetch Database References are shown in
 691             red in original view
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 695             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 699             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 703             when columns are hidden
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 707             Columns by Annotation description
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 711             out of Scale or Annotation Panel
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 715             scale panel
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 719             alignment down
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 723             scale panel
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 727             Page Up in wrapped mode
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 737             on opening an alignment
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 741             Colour menu
 742           </li>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 745             different groups in the alignment are selected
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 749             correctly in menu
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 753             threshold limit
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 757             threshold gets 'unrounded'
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 761             colour
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 765           </li>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 771             Tree font
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 775             project file
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 779             shown in complementary view
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 783             without normalisation
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 787             of report
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 791           </li>
 792           <li>
 793           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 794           </li>
 795         </ul> <em>Editing</em>
 796         <ul>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 799             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 800             sequence
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 804             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 805             removed (Known defect since 2.10)
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 809             dialog corrupts dataset sequence
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 813             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 814           </li>
 815         </ul> <em>Datamodel</em>
 816         <ul>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 819             sequence's End is greater than its length
 820           </li>
 821         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 822           general release)</em>
 823         <ul>
 824           <li>
 825             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 826           </li>
 827         </ul> <em>New Known Defects</em>
 828         <ul>
 829         <li>
 830         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 831         </li>
 832         <li>
 833           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 834           regions of protein alignment.
 835         </li>
 836         <li>
 837           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 838           is restored from a Jalview 2.11 project
 839         </li>
 840         <li>
 841           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 842           'New View'
 843         </li>
 844         <li>
 845           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 846           columns within hidden columns
 847         </li>
 848         <li>
 849           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 850           window after dragging left to select columns to left of visible
 851           region
 852         </li>
 853         <li>
 854           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 855           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 856           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 857           create a Score filter instead.
 858         </li>
 859         <li>
 860         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 861         <li>
 862         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 863         </li>
 864         <li>
 865           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 866           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 867         </li>
 868         </ul>
 869         <em>Java 11 Specific defects</em>
 870           <ul>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 873               alphabetically when saved
 874             </li>
 875         </ul>
 876       </td>
 877     </tr>
 878     <tr>
 879     <td width="60" nowrap>
 880       <div align="center">
 881         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 882       </div>
 883     </td>
 884     <td><div align="left">
 885         <em></em>
 886         <ul>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 889               InstallAnywhere increased to 1G.
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 893               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 894               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 895                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 896                 properties file.</em>
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 900               API and sequence data now imported as JSON.
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 904               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 905               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 906               property.
 907             </li>
 908           </ul>
 909           <em>Development</em>
 910           <ul>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 913               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 914                 Clover</a>
 915             </li>
 916           </ul>
 917         </div></td>
 918     <td><div align="left">
 919         <em></em>
 920         <ul>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 923               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 924               alignment.
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 928               annotation displayed.
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 932               for newly created group when 'Apply to all groups'
 933               selected
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 937               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 938               visible.
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 942               when sequences are selected in exported view.</em>
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 946               aren't rendered with correct colour.
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 950               types of knotted RNA secondary structure.
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 954               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 955               do not start at 1.
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 959               annotation when columns are inserted into an alignment,
 960               and when exporting as Stockholm flatfile.
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 964               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 965               treated as RNA secondary structure.
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 969               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 973               transfers focus to previous window on OSX
 974             </li>
 975           </ul>
 976           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 977           <ul>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 980               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 981               box.
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 985               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 986               'look and feel' which has improved compatibility with the
 987               latest version of OSX.
 988             </li>
 989           </ul>
 990         </div>
 991     </td>
 992     </tr>
 993     <tr>
 994       <td width="60" nowrap>
 995         <div align="center">
 996           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 997             <em>7/06/2018</em></strong>
 998         </div>
 999       </td>
1000       <td><div align="left">
1001           <em></em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1005               annotation retrieved from Uniprot
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1009               onto the Jalview Desktop
1010             </li>
1011           </ul>
1012         </div></td>
1013       <td><div align="left">
1014           <em></em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1018               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1022               right-hand column parsed correctly
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1026               not alignment area in exported graphic
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1030               window has input focus
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1034               annotation added to view (Windows)
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1038               network connectivity is poor
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1042               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1043                 the currently open URL and links from a page viewed in
1044                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1045                 you are using Edge, only links in the page can be
1046                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1047                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1048             </li>
1049           </ul>
1050           <em>New Known Defects</em>
1051           <ul>
1052             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1053           </ul>
1054         </div></td>
1055     </tr>
1056     <tr>
1057       <td width="60" nowrap>
1058         <div align="center">
1059           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1060         </div>
1061       </td>
1062       <td><div align="left">
1063           <em></em>
1064           <ul>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1067               for disabling automatic superposition of multiple
1068               structures and open structures in existing views
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1072               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1073               adjust them.
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1077               Ensembl services
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1081               and lots of hidden columns
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1085               of features (particularly when transparency is disabled)
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1089               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1090               generally available
1091             </li>
1092           </ul>
1093           </div>
1094       </td>
1095       <td><div align="left">
1096           <ul>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1099               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1103               overlapping alignment panel
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1107               sequence as gaps
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1111               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1112               UTR
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1116               factor annotation not added to sequence when local PDB
1117               file associated with it by drag'n'drop or structure
1118               chooser
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1122               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1126               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1130               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1134               columns in annotation row
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1138               honored in batch mode
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1142               for structures added to existing Jmol view
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1146               entries after importing project with multiple views
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1150               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1151               with negative residue numbers or missing residues fails
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1155               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1156               as generated by CONSURF)
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1160               tooltip doesn't include a text description of mutation
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1164               structure and/or overview windows are also shown
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1168               very slow for alignments with large numbers of sequences
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1172               with 'StringIndexOutOfBounds'
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1176               platforms running Java 10
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1180               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1181             </li>
1182           </ul>
1183           <em>Applet</em>
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1187               should copy the group consensus when popup is opened on it
1188             </li>
1189           </ul>
1190           <em>Batch Mode</em>
1191           <ul>
1192           <li>
1193             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1194           </li>
1195           </ul>
1196           <em>New Known Defects</em>
1197           <ul>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1200               editing a large alignment and overview is displayed
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1204               repeatedly after a series of edits even when the overview
1205               is no longer reflecting updates
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1209               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1210               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1211               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1215               option gives blank output
1216             </li>
1217           </ul>
1218         </div>
1219           </td>
1220     </tr>
1221     <tr>
1222       <td width="60" nowrap>
1223         <div align="center">
1224           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1225         </div>
1226       </td>
1227       <td><div align="left">
1228           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1229               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1230       <td><div align="left">
1231           <em>Desktop</em><ul>
1232           <ul>
1233             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1234             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1235             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1236             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1237             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1238             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1239             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1240           </ul>
1241           </div>
1242       </td>
1243     </tr>
1244     <tr>
1245       <td width="60" nowrap>
1246         <div align="center">
1247           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1248         </div>
1249       </td>
1250       <td><div align="left">
1251           <em></em>
1252           <ul>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1255               rendering of sequence features
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1259               429 rate limit request hander
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1263               their colours have changed
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1267               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1271               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1275               view from Ensembl locus cross-references
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1279               Alignment report
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1283               feature can be disabled
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1287               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1291               Uniprot
1292             </li>
1293           </ul>
1294           <em>Scripting</em>
1295           <ul>
1296             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1297             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1298               percent identity scores for current alignment.</li>
1299           </ul>
1300           <em>Testing and Deployment</em>
1301           <ul>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1304             </li>
1305           </ul>
1306         </div></td>
1307       <td><div align="left">
1308           <em>General</em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1312               threshold text field doesn't trigger an update to the
1313               alignment view
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1317               strings in parallel
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1321               alignment window is closed
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1325               group visibility
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1329               takes a long time in Cursor mode
1330             </li>
1331           </ul>
1332           <em>Desktop</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1336               cannot be viewed in Chimera
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1340               CDS/Protein view
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1344               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1345               Search Dialogs
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1355               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1359               scrolling right in unwapped alignment view
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1363               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1364               database
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1368               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1372               features of same type and group to be selected for
1373               amending
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1377               alignments when hidden columns are present
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1381               displaying several structures
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1385               moving a window
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1389               within the Jalview desktop on OSX
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1393               when in wrapped alignment mode
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1397               hand end of alignment
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1401               each selected sequence do not have correct start/end
1402               positions
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1406               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1410               restoring project until a new view is created
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1414               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1415               configured (since 2.10.2b2)
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1419               position is adjusted
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1423               in a multi-chain structure when viewing alignment
1424               involving more than one chain (since 2.10)
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1428               if new selection moves alignment window
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1432               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1436               that produces correctly annotated transcripts and products
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1440               doesn't update associated structure view
1441             </li>
1442           </ul>
1443           <em>Applet</em><br />
1444           <ul>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1447               closing alignment panel
1448             </li>
1449           </ul>
1450           <em>BioJSON</em><br />
1451           <ul>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1454               non-positional features
1455             </li>
1456           </ul>
1457           <em>New Known Issues</em>
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1461               sequence features correctly (for many previous versions of
1462               Jalview)
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1466               using cursor in wrapped panel other than top
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1470               graduated colour threshold
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1474               always preserve numbering and sequence features
1475             </li>
1476           </ul>
1477           <em>Known Java 9 Issues</em>
1478           <ul>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1481               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1482               9.01, OSX 10.10)
1483             </li>
1484           </ul>
1485         </div></td>
1486     </tr>
1487     <tr>
1488       <td width="60" nowrap>
1489         <div align="center">
1490           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1491             <em>2/10/2017</em></strong>
1492         </div>
1493       </td>
1494       <td><div align="left">
1495           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1496           <ul>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1499             </li>
1500             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1501             </li>
1502           </ul>
1503         </div></td>
1504       <td><div align="left">
1505         </div></td>
1506     </tr>
1507     <tr>
1508       <td width="60" nowrap>
1509         <div align="center">
1510           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1511             <em>7/9/2017</em></strong>
1512         </div>
1513       </td>
1514       <td><div align="left">
1515           <em></em>
1516           <ul>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1519               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1520               white)
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1524               Preferences
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1528               in size and progress bar shown as higher resolution
1529               overview is recalculated
1530             </li>
1531
1532           </ul>
1533         </div></td>
1534       <td><div align="left">
1535           <em></em>
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1539               column region row by row
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1543               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1547               format setting is unticked
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1551               if group has show boxes format setting unticked
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1555               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1556               include sequences and columns not currently displayed
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1560               assemblies are imported via CIF file
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1564               displayed when threshold or conservation colouring is also
1565               enabled.
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1569               server version
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1573               dragging a selected region off the visible region of the
1574               alignment
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1578               colourscheme to all groups in a view
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1582               initially after font size change using the Font chooser or
1583               middle-mouse zoom
1584             </li>
1585           </ul>
1586         </div></td>
1587     </tr>
1588     <tr>
1589       <td width="60" nowrap>
1590         <div align="center">
1591           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1592         </div>
1593       </td>
1594       <td><div align="left">
1595           <em>Calculations</em>
1596           <ul>
1597
1598             <li>
1599               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1600               ungapped positions in each column of the alignment.
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1604               a calculation dialog box
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1608               and memory efficiency (~30x faster)
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1612               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1613               and other calculations
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1617               files within the Jalview codebase
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1621               Similarity may have different topology due to increased
1622               precision
1623             </li>
1624           </ul>
1625           <em>Rendering</em>
1626           <ul>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1629               model for alignments and groups
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1633               scripts
1634             </li>
1635           </ul>
1636           <em>Overview</em>
1637           <ul>
1638             <li>
1639               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1640               with alignment and overview windows
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1644               overview
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1648               omitted in Overview
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1652               adjustment of visible position
1653             </li>
1654           </ul>
1655
1656           <em>Data import/export</em>
1657           <ul>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1660               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1664               annotation input/output via stockholm flatfile
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1668               extension when importing structure files without embedded
1669               names or PDB accessions
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1673               format sequence substitution matrices
1674             </li>
1675           </ul>
1676           <em>User Interface</em>
1677           <ul>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1680               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1681               the application.
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1685               via Overview or sequence motif search operations
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1689               opened by double clicking gaps within sequence feature
1690               extent
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1694               aligned positions were available to create a 3D structure
1695               superposition.
1696             </li>
1697           </ul>
1698           <em>3D Structure</em>
1699           <ul>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1702               coloured in linked structure views
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1706               file-based command exchange
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1710               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1711               structures are already available for sequences
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1715               the Jalview project rather than downloaded again when the
1716               project is reopened.
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1720               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1721               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1722                 Feature</strong>)
1723             </li>
1724           </ul>
1725           <em>Web Services</em>
1726           <ul>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1732               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1733               Analysis services
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1737               cross-references provided by identifiers.org and the
1738               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1739             </li>
1740           </ul>
1741
1742           <em>Scripting</em>
1743           <ul>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1746               identifying file formats (instead of String constants)
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1750               efficiency when counting all displayed features (not
1751               backwards compatible with 2.10.1)
1752             </li>
1753           </ul>
1754           <em>Example files</em>
1755           <ul>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1758               included in the example feature file
1759             </li>
1760           </ul>
1761           <em>Documentation</em>
1762           <ul>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1765               with the built-in Java help viewer
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1769               sequence description' option
1770             </li>
1771           </ul>
1772           <em>Test Suite</em>
1773           <ul>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1776               Uniprot REST Free Text Search Client
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1783               during tests
1784             </li>
1785           </ul>
1786         </div></td>
1787       <td><div align="left">
1788           <em>Calculations</em>
1789           <ul>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1792               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1793               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1794             </li>
1795             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1796               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1797               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1798               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1799               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1800               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1801               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1802               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1803               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1804               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1805               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1806               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1807               // for 2.10.1 mode <br />
1808               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1809               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1810                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1811                 calculations (not recommended)</em></li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1814               scaling of branch lengths for trees computed using
1815               Sequence Feature Similarity.
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1819               generating output report when working with highly
1820               redundant alignments
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1824               right of selected region when gaps present on right-hand
1825               boundary
1826             </li>
1827           </ul>
1828           <em>User Interface</em>
1829           <ul>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1832               doesn't reselect a specific sequence's associated
1833               annotation after it was used for colouring a view
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1837               opened on a region of alignment without groups
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1841               of an alignment with overlapping groups
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1845               name and description match
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1849               hidden regions results in incorrect hidden regions
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1853               changing colour does not apply Conservation slider value
1854               to all groups
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1858               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1862               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1866               gaps before start of features
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1870               restored to UI when feature colour is edited
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1874               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1878               as graduate feature colour settings are modified via the
1879               dialog box
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1883               when a group defined on the alignment is resized
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1887               wrapped view result in positional status updates
1888             </li>
1889
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1892               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1896               alignment included gapped columns
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1900               widgets don't permanently disappear
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1904               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1905               T-Coffee column reliability scores)
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1909               sequence feature on gaps only
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1913               button from a Find inherit previously defined feature type
1914               rather than the Find query string
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1918               exporting tree calculated in Jalview
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1922               and then revealing them reorders sequences on the
1923               alignment
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1927               doesn't update to reflect available set of groups after
1928               interactively adding or modifying features
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1932               Linux
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1936               only excluded gaps in current sequence and ignored
1937               selection.
1938             </li>
1939           </ul>
1940           <em>Rendering</em>
1941           <ul>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1944               erratically when hidden rows or columns are present
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1948               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1949               sequence colouring
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1953               colour and group colour menu for protein alignments
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1957               reflect currently selected view or group's shading
1958               thresholds
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1962               when rendered on overview and structures when opacity at
1963               100%
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1967               overview when features overlaid on alignment
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1971               recovered correctly from Jalview project file
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1975               (automatically via preferences) are different to the main
1976               alignment panel
1977             </li>
1978           </ul>
1979           <em>Data import/export</em>
1980           <ul>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1983               load
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1987               added after a sequence was imported are not written to
1988               Stockholm File
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1992               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1996               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2000               with lightGray or darkGray via features file (but can
2001               specify lightgray)
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2005               when alignment view imported from project
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2009               structure and sequences extracted from structure files
2010               imported via URL and viewed in Jmol
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2014               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2015               the project is loaded and the structure viewed
2016             </li>
2017           </ul>
2018           <em>Web Services</em>
2019           <ul>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2022               release of Ensembl v.88
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2026               appear enabled in Preferences->Connections
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2030               removed from console output
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2034               Ensembl by Peptide ID
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2038               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2039               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2040               due to 'null' string rather than empty string used for
2041               residues with no corresponding PDB mapping).
2042             </li>
2043           </ul>
2044           <em>Application UI</em>
2045           <ul>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2048               menu
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2052               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2053               new documentation and tooltips added)
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2057               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2061               new features are added to alignment
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2065               changes to feature colours via the Amend features dialog
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2069               edit graduated feature colour via amend features dialog
2070               box
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2074               selection menu changes colours of alignment views
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2078               from alignment calculation workers after alignment has
2079               been closed
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2083               groups now 'Create Group'
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2087               Create/Undefine group doesn't always work
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2091               shown again after pressing 'Cancel'
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2095               adjusts start position in wrap mode
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2099               ambiguous amino acids
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2103               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2104               proteins
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2108               Defined' don't appear in Colours menu
2109             </li>
2110           </ul>
2111           <em>Applet</em>
2112           <ul>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2115               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2119               overview or linked structure view
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2123               work (since 2.8)
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2127               user-defined colourscheme doesn't restore original
2128               colourscheme
2129             </li>
2130           </ul>
2131           <em>Test Suite</em>
2132           <ul>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2135               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2139               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2140               problems with deep array comparison equality asserts in
2141               successive versions of TestNG
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2145               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2146             </li>
2147           </ul>
2148           <em>New Known Issues</em>
2149           <ul>
2150             <li>
2151               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2152               phase after a sequence motif find operation
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2156               containing just upper and lower case letters are
2157               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2161               reliably from eggnog Ortholog database
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2165               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2166               to mark columns containing highlighted regions.
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2170               doesn't always add secondary structure annotation.
2171             </li>
2172           </ul>
2173         </div>
2174     <tr>
2175       <td width="60" nowrap>
2176         <div align="center">
2177           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2178         </div>
2179       </td>
2180       <td><div align="left">
2181           <em>General</em>
2182           <ul>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2185               for all consensus calculations
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2189               3rd Oct 2016)
2190             </li>
2191             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2192               for 2016-2017</li>
2193           </ul>
2194           <em>Application</em>
2195           <ul>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2198               set of database cross-references, sorted alphabetically
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2202               from database cross references. Users with custom links
2203               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2204                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2208               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2209               Chimera session
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2213               the Chimera it is connected to is shut down
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2217               columns menu item to mark columns containing highlighted
2218               regions (e.g. from structure selections or results of a
2219               Find operation)
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2223               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2224               MSAviewer
2225             </li>
2226           </ul>
2227         </div></td>
2228       <td>
2229         <div align="left">
2230           <em>General</em>
2231           <ul>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2234               are not coloured or thresholded according to percent
2235               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2236             </li>
2237             <li>
2238               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2239               hydrophobic
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2243               threshold, amino acid properties)
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2247               reported as mapped to residues in a structure file in the
2248               View Mapping report
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2252               could be added multiple times to a sequence
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2256               bond features shown as two highlighted residues rather
2257               than a range in linked structure views, and treated
2258               correctly when selecting and computing trees from features
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2262               cross-references are matched to database name regardless
2263               of case
2264             </li>
2265
2266           </ul>
2267           <em>Application</em>
2268           <ul>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2271               names without regular expressions also offer links from
2272               Sequence ID
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2276               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2277               update Jalview configuration
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2281               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2285               files with similarly named sequences if dropped onto the
2286               alignment
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2290               entries where more chains exist in the PDB accession than
2291               are reported in the SIFTS file
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2295               the structure view when displayed with Chimera
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2299               panel's View->Show Chains submenu
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2303               work for wrapped alignment views
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2307               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2311               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2312               first annotation row
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2316               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2320               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2321             </li>
2322             <!-- JAL-2319 -->
2323             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2324             coordindate data
2325             </li>
2326           </ul>
2327           <!--           <em>New Known Issues</em>
2328           <ul>
2329             <li></li>
2330           </ul> -->
2331         </div>
2332       </td>
2333     </tr>
2334     <td width="60" nowrap>
2335       <div align="center">
2336         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2337           <em>25/10/2016</em></strong>
2338       </div>
2339     </td>
2340     <td><em>Application</em>
2341       <ul>
2342         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2343           view if structures already loaded</li>
2344         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2345           structure views</li>
2346       </ul></td>
2347     <td>
2348       <div align="left">
2349         <em>General</em>
2350         <ul>
2351           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2352             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2353           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2354             example sequences/projects/trees</li>
2355         </ul>
2356         <em>Application</em>
2357         <ul>
2358           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2359             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2360           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2361             without timeout for structures with multiple models or
2362             multiple sequences in alignment</li>
2363           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2364             PDB ID HEADER line</li>
2365           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2366             is performed</li>
2367           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2368             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2369           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2370           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2371             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2372             option</li>
2373           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2374             is created on the alignment</li>
2375           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2376             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2377             pop-up menu</li>
2378         </ul>
2379         <em>Build and deployment</em>
2380         <ul>
2381           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2382             tags</li>
2383         </ul>
2384         <em>New Known Issues</em>
2385         <ul>
2386           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2387             on Windows</li>
2388         </ul>
2389       </div>
2390     </td>
2391     </tr>
2392     <tr>
2393       <td width="60" nowrap>
2394         <div align="center">
2395           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2396         </div>
2397       </td>
2398       <td><em>General</em>
2399         <ul>
2400           <li>
2401             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2402           </li>
2403           <li>
2404             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2405             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2406             better PDB parsing.
2407           </li>
2408           <li>
2409             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2410             reference sequence
2411           </li>
2412           <li>
2413             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2414             mousing over sequence associated annotation
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2418             for manual entry
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2422             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2423             for each column
2424           </li>
2425           <li>
2426             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2427             showing or hiding columns containing a feature
2428           </li>
2429           <li>
2430             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2431             group and sequence associated annotation labels
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2435             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2436             dialogs
2437           </li>
2438
2439         </ul> <em>Application</em>
2440         <ul>
2441           <li>
2442             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2443             gene/transcript view
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2447             dialog
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2451             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2455             Pfam sources to xfam.org
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2459           </li>
2460           <li>
2461             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2462             over sequences in Jalview
2463           </li>
2464           <li>
2465             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2466             regions in ENA and EMBL
2467           </li>
2468           <li>
2469             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2470             for record retrieval via ENA rest API
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2474             complement operator
2475           </li>
2476           <li>
2477             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2478             groovy script execution
2479           </li>
2480           <li>
2481             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2482             alignment window's Calculate menu
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2486             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2490             calculation workers from groovy scripts
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2494             Jalview projects
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2498             associations are now saved/restored from project
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2502             before sequence fetcher is opened
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2506             database chooser opens a sequence fetcher
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2510             the UniProt REST API
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2514             the news reader opening
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2518             querying stored in preferences
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2522             search results
2523           </li>
2524           <li>
2525             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2526           </li>
2527           <li>
2528             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2529             menu for nucleotide sequences
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2533             and feature counts preserves alignment ordering (and
2534             debugged for complex feature sets).
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2538             viewing structures with Jalview 2.10
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2542             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2543             Ensembl Genomes REST API
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2547             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2548             (Ensembl)
2549           </li>
2550           <li>
2551             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2552             sequences
2553           </li>
2554           <li>
2555             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2556             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2557             data from external database records.
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2561             efficient recovery of sequence coding and alignment
2562             annotation relationships.
2563           </li>
2564         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2565         <ul>
2566           <li>
2567             -- JAL---
2568           </li>
2569         </ul> --></td>
2570       <td>
2571         <div align="left">
2572           <em>General</em>
2573           <ul>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2576               menu on OSX
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2580               includes graduated colourschemes
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2584               working with big alignments and lots of hidden columns
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2588               at right of alignment window
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2592               contents
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2596               for DNA alignments
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2600               based tree calculation
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2604               unconserved enabled for group on alignment
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2608               set as reference
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2612               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2613               annotation
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2617               hidden columns present
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2621               user created annotation added to alignment
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2625               '()' base pair annotation
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2629               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2630               Consensus
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2634               feature not working
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2638               beginning of sequence
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2642               entry 3a6s
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2646               from a tree when t-coffee scores are shown
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2650               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2654               some structures
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2658               to Clustal, PIR and PileUp output
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2662               not visible causes alignment window to repaint
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2666               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2667               scores associated with features and annotation rows
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2671               calculation should be case independent
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2675               columns
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2679               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2680               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2684               problems when reference sequence defined and 'show
2685               non-conserved' enabled
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2689               load even when Consensus calculation is disabled
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2693               alignment does nothing
2694             </li>
2695           </ul>
2696           <em>Application</em>
2697           <ul>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2700               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2701               yet fixed for El Capitan)
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2705               output when running on non-gb/us i18n platforms
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2709               hidden sequences as flat-file alignment
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2713               launching Chimera
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2717               (also hotfix for 2.9.0b2)
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2721               reference sequence defined
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2725               alignments and views when revealing hidden columns
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2729               view in a cDNA/Protein splitframe
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2733               sequence from project when only one sequence is
2734               represented
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2738               in Structure Chooser
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2742               structure consensus didn't refresh annotation panel
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2746               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2750               dialogs format columns correctly, don't display array
2751               data, sort columns according to type
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2755               file chooser is cancelled during an image export
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2759               sequence name containing special characters
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2763               case insensitive
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2767               formatting don't wrap
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2771               truncated so L looks like I in consensus annotation
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2775               currently displayed features for the current selection or
2776               view
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2780               after fetching cross-references, and restoring from
2781               project
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2785               followed in the structure viewer
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2789               splitframe not restored from project
2790             </li>
2791             <li>
2792               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2793               trailing end of protein alignment in transcript/product
2794               splitview when pad-gaps not enabled by default
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2798               is case dependent
2799             </li>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2802               article has been read (reopened issue due to
2803               internationalisation problems)
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2807               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2808               cross-references
2809             </li>
2810
2811             <li>
2812               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2813               alignment as HTML
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2817               multiple structures are shown for one or more sequences.
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2821               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2822               is enabled.
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2826               specific PDB id for sequence
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2830               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2831               columns' is disabled.
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2835               selects lowest rather than highest resolution structures
2836               for each sequence
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2840               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2844               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2848               after clicking on it to create new annotation for a
2849               column.
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2853               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2854             </li>
2855             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2856             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2857           </ul>
2858           <em>Applet</em>
2859           <ul>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2862               hidden columns present before start of sequence
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2866               (JSON jars)
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2870               sequences are hidden in applet
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2874               deployment on examples pages.
2875             </li>
2876           </ul>
2877         </div>
2878       </td>
2879     </tr>
2880     <tr>
2881       <td width="60" nowrap>
2882         <div align="center">
2883           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2884             <em>16/10/2015</em></strong>
2885         </div>
2886       </td>
2887       <td><em>General</em>
2888         <ul>
2889           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2890             jars</li>
2891         </ul></td>
2892       <td>
2893         <div align="left">
2894           <em>Application</em>
2895           <ul>
2896             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2897               shown when tree is partitioned</li>
2898             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2899               multiple cDNA/Protein split views</li>
2900           </ul>
2901         </div>
2902       </td>
2903     </tr>
2904     <tr>
2905       <td width="60" nowrap>
2906         <div align="center">
2907           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2908             <em>8/10/2015</em></strong>
2909         </div>
2910       </td>
2911       <td><em>General</em>
2912         <ul>
2913           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2914             2.9</li>
2915         </ul> <em>Application</em>
2916         <ul>
2917           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2918           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2919           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2920         </ul> <em>Applet</em>
2921         <ul>
2922           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2923         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2924         <ul>
2925           <li>
2926             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2927             suite
2928           </li>
2929         </ul></td>
2930       <td>
2931         <div align="left">
2932           <em>General</em>
2933           <ul>
2934             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2935               incorrect when sequence start > 1</li>
2936             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2937               documentation</li>
2938             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2939             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2940               loading a features file containing HTML tags in feature
2941               description</li>
2942
2943           </ul>
2944           <em>Application</em>
2945           <ul>
2946             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2947               reimport</li>
2948             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2949               with 'trim retrieved sequences'</li>
2950             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2951               deleting selected columns</li>
2952             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2953               JNLP templates for webstart launch</li>
2954             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2955               unreleased structures for download or viewing</li>
2956             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2957               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2958             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2959               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2960             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2961               recovered from jalview project</li>
2962             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2963               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2964               alignment view</li>
2965             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2966               color schemes from BioJSON</li>
2967           </ul>
2968           <em>Applet</em>
2969           <ul>
2970             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2971               frame</li>
2972             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2973           </ul>
2974         </div>
2975       </td>
2976     </tr>
2977     <tr>
2978       <td><div align="center">
2979           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2980         </div></td>
2981       <td><em>General</em>
2982         <ul>
2983           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2984             alignments:
2985             <ul>
2986               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2987                 and DNA alignment views</li>
2988               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2989                 cDNA alignment views</li>
2990               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2991                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2992               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2993                 protein sequences</li>
2994             </ul>
2995           </li>
2996           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2997           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2998             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2999           <li>New alignment annotation file statements for
3000             reference sequences and marking hidden columns</li>
3001           <li>Reference sequence based alignment shading to
3002             highlight variation</li>
3003           <li>Select or hide columns according to alignment
3004             annotation</li>
3005           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3006           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3007             acid conservation row</li>
3008           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3009         </ul> <em>Application</em>
3010         <ul>
3011           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3012             <ul>
3013               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3014                 view with cDNA/Protein</li>
3015               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3016                 sequences are placed in the same alignment</li>
3017               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3018                 projects</li>
3019             </ul>
3020           </li>
3021
3022           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3023           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3024             Jalview windows</li>
3025
3026           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3027           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3028           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3029             be shown in VARNA</li>
3030
3031           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3032             as the active selected region</li>
3033
3034           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3035             similarity</li>
3036           <li>New Export options
3037             <ul>
3038               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3039                 region export in flat file generation</li>
3040
3041               <li>Export alignment views for display with the <a
3042                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3043
3044               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3045               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3046                 alignment figures to HTML</li>
3047           </li>
3048           <li>3D structure retrieval and display
3049             <ul>
3050               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3051                 Search API</li>
3052               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3053                 PDB structures for a sequence set</li>
3054             </ul>
3055           </li>
3056
3057           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3058             predictions</li>
3059           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3060             for one or a group of sequences</li>
3061           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3062             from the JPred4 web server</li>
3063           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3064             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3065             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3066           </li>
3067           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3068             VARNA 2D Structure'</li>
3069           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3070             Structure ..."</li>
3071
3072         </ul> <em>Applet</em>
3073         <ul>
3074           <li>New layout for applet example pages</li>
3075           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3076             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3077           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3078             Protein alignments</li>
3079         </ul> <em>Development and deployment</em>
3080         <ul>
3081           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3082           <li>Include installation type and git revision in build
3083             properties and console log output</li>
3084           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3085             storing BioJsMSA Templates</li>
3086           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3087         </ul></td>
3088       <td>
3089         <!-- <em>General</em>
3090         <ul>
3091         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3092         <ul>
3093           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3094           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3095           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3096             predictions are not highlighted in amber</li>
3097           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3098             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3099           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3100             associated structure views</li>
3101           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3102             width checkbox not enabled</li>
3103           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3104             creating user defined colours</li>
3105           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3106             mappings for just that viewer's sequences</li>
3107           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3108             multiple models in Chimera</li>
3109           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3110             over Jmol structure</li>
3111           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3112             output to text box</li>
3113           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3114             have incorrect sequence start/end</li>
3115           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3116             Jalview fails</li>
3117           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3118             work for nucleotide</li>
3119           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3120             to a grey/invisible alignment window</li>
3121           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3122             imports to different position</li>
3123           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3124             on some platforms</li>
3125           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3126             populated</li>
3127           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3128             console if Chimera has been opened</li>
3129           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3130           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3131             retrieved</li>
3132           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3133           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3134             either sequence shows on first structure</li>
3135           <li>'Show annotations' options should not make
3136             non-positional annotations visible</li>
3137           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3138             in right place after 'view flanking regions'</li>
3139           <li>File Save As type unset when current file format is
3140             unknown</li>
3141           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3142             projects</li>
3143           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3144             responsive</li>
3145           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3146             several views on same alignment</li>
3147           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3148           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3149             spaces</li>
3150         </ul> <em>Applet</em>
3151         <ul>
3152           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3153           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3154             descriptions containing angle brackets</li>
3155         </ul> <em>General</em>
3156         <ul>
3157           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3158             via jalview annotation file</li>
3159           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3160             with RNA secondary structure</li>
3161           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3162             translation doesn't work.</li>
3163           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3164           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3165             positions</li>
3166           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3167             choosing 1pt font</li>
3168           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3169             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3170             'h'</li>
3171           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3172             new feature</li>
3173           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3174             order dependent</li>
3175           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3176             sequences</li>
3177           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3178         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3179         <ul>
3180           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3181             www.jalview.org</li>
3182         </ul> <em>Application Known issues</em>
3183         <ul>
3184           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3185           <li>Misleading message appears after trying to delete
3186             solid column.</li>
3187           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3188             version launches</li>
3189           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3190             fails with a sequence mismatch</li>
3191           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3192             scrolling alignment to right</li>
3193           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3194             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3195           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3196             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3197           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3198             ultra-high resolution</li>
3199           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3200             quality and conservation</li>
3201           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3202             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3203         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3204         <ul>
3205           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3206           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3207             window is being resized</li>
3208
3209         </ul>
3210       </td>
3211     </tr>
3212     <tr>
3213       <td><div align="center">
3214           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3215         </div></td>
3216       <td><em>General</em>
3217         <ul>
3218           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3219             Certum.PL.</li>
3220           <li>Features and annotation preserved when performing
3221             pairwise alignment</li>
3222           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3223             imported/exported/displayed</li>
3224           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3225             protein secondary structure</li>
3226           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3227               post-hoc with 2.9 release</em>)
3228           </li>
3229
3230         </ul> <em>Application</em>
3231         <ul>
3232           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3233             with 3D structures</li>
3234           <li>Support for parsing RNAML</li>
3235           <li>Annotations menu for layout
3236             <ul>
3237               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3238               <li>place sequence annotation above/below alignment
3239                 annotation</li>
3240             </ul>
3241           <li>Output in Stockholm format</li>
3242           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3243             translation</li>
3244           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3245           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3246             shared between alignments</li>
3247           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3248             Jalview</li>
3249           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3250             all or current selection</li>
3251           <li>disorder and secondary structure predictions
3252             available as dataset annotation</li>
3253           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3254
3255
3256           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3257             alignments from Rfam</li>
3258           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3259
3260           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3261             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3262           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3263           <li>include installation type in build properties and
3264             console log output</li>
3265           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3266             annotation</li>
3267         </ul></td>
3268       <td>
3269         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3270         <ul>
3271           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3272             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3273           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3274             alignment</li>
3275           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3276           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3277           <li>Double click on sequence associated annotation
3278             selects only first column</li>
3279           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3280             leaves shown in tree</li>
3281           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3282             properly</li>
3283           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3284           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3285             screen and buttons not visible</li>
3286           <li>author list isn't updated if already written to
3287             Jalview properties</li>
3288           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3289             from database</li>
3290           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3291           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3292             browser search window</li>
3293           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3294             in feature settings dialog</li>
3295           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3296             desktop</li>
3297           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3298             pass validation</li>
3299           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3300             fit on screen</li>
3301           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3302             tooltip</li>
3303           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3304             defined user preset</li>
3305           <li>MSA web services warns user if they were launched
3306             with invalid input</li>
3307           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3308             Java 8</li>
3309           <li>
3310             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3311             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3312             created
3313           </li>
3314
3315         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3316         <ul>
3317         </ul> <em>General</em>
3318         <ul>
3319         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3320         <ul>
3321           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3322             memory allocation</li>
3323           <li>launchApp service doesn't automatically open
3324             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3325           <li>
3326             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3327             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3328             1.7_055 is available
3329           </li>
3330         </ul> <em>Application Known issues</em>
3331         <ul>
3332           <li>
3333             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3334             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3335             alignment to right
3336           </li>
3337           <li>
3338             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3339             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3340             with large number of ID
3341           </li>
3342           <li>
3343             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3344             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3345             start/end
3346           </li>
3347           <li>
3348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3349             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3350             structure tracks are rearranged
3351           </li>
3352           <li>
3353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3354             invalid rna structure positional highlighting does not
3355             highlight position of invalid base pairs
3356           </li>
3357           <li>
3358             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3359             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3360             project from alignment window file menu
3361           </li>
3362           <li>
3363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3364             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3365             structures
3366           </li>
3367           <li>
3368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3369             colour by RNA Helices not enabled when user created
3370             annotation added to alignment
3371           </li>
3372           <li>
3373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3374             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3375           </li>
3376         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3377         <ul>
3378           <li>
3379             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3380             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3381           </li>
3382           <li>
3383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3384             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3385           </li>
3386
3387           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3388             when selected</li>
3389         </ul>
3390       </td>
3391     </tr>
3392     <tr>
3393       <td><div align="center">
3394           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3395         </div></td>
3396       <td>
3397         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3398         <em>General</em>
3399         <ul>
3400           <li>Internationalisation of user interface (usually
3401             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3402           <li>Define/Undefine group on current selection with
3403             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3404           <li>Improved group creation/removal options in
3405             alignment/sequence Popup menu</li>
3406           <li>Sensible precision for symbol distribution
3407             percentages shown in logo tooltip.</li>
3408           <li>Annotation panel height set according to amount of
3409             annotation when alignment first opened</li>
3410         </ul> <em>Application</em>
3411         <ul>
3412           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3413             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3414           <li>Select columns containing particular features from
3415             Feature Settings dialog</li>
3416           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3417             sequences</li>
3418           <li>Update Jalview project format:
3419             <ul>
3420               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3421               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3422                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3423               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3424                 colouring</li>
3425             </ul>
3426           </li>
3427           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3428             (PAM250)</li>
3429           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3430             flanking regions for an alignment</li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3435         <ul>
3436           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3437             running after job is cancelled</li>
3438           <li>cannot export features from alignments imported from
3439             Jalview/VAMSAS projects</li>
3440           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3441             float values</li>
3442           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3443             have 'display all symbols' flag set</li>
3444           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3445             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3446           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3447             Jalview</li>
3448           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3449             Lion/Webstart</li>
3450           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3451           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3452           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3453             alignment onto desktop</li>
3454           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3455             'extract scores' function</li>
3456           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3457             alignment window</li>
3458           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3459             performing IUPred disorder prediction</li>
3460           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3461             changing 'normalise logo' display setting</li>
3462           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3463             nothing matches query</li>
3464           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3465             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3466           </li>
3467           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3468             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3469           </li>
3470           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3471             Jalview's menu</li>
3472           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3473             'invalid literal/length code'</li>
3474           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3475             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3476           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3477             colourscheme</li>
3478
3479         </ul> <em>Applet</em>
3480         <ul>
3481           <li>Remove group option is shown even when selection is
3482             not a group</li>
3483           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3484             don't affect groups</li>
3485           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3486             colourscheme name</li>
3487           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3488             Annotation panel is not displayed</li>
3489           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3490             embedded windows</li>
3491         </ul> <em>Other</em>
3492         <ul>
3493           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3494             single sequence were not calculated</li>
3495           <li>annotation files that contain only groups imported as
3496             annotation and junk sequences</li>
3497           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3498             recognised as PFAM or BLC</li>
3499           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3500             doesn't affect background (2.8.0b1)
3501           <li></li>
3502           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3503           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3504             trailing gaps</li>
3505           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3506             registered correctly on import</li>
3507           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3508             certain alignments</li>
3509           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3510             existing annotation based 'use original colours'
3511             colourscheme loses original colours setting</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514     </tr>
3515     <tr>
3516       <td><div align="center">
3517           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3518             <em>30/1/2014</em></strong>
3519         </div></td>
3520       <td>
3521         <ul>
3522           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3523             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3524             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3525             open source project).
3526           </li>
3527           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3528           <li>Output in Stockholm format</li>
3529           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3530           <li>Export/import group and sequence associated line
3531             graph thresholds</li>
3532           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3533             ambiguity codes</li>
3534           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3535             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3536             works</li>
3537           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3538         </ul> <em>Other improvements</em>
3539         <ul>
3540           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3541           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3542             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3543           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3544             files</li>
3545           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3546           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3547             link but no description</li>
3548           <li>Select primary source when selecting authority in
3549             database fetcher GUI</li>
3550           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3551             Jalview</li>
3552           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3553         </ul>
3554       </td>
3555       <td>
3556         <ul>
3557           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3558             displayed</li>
3559           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3560             secondary structure annotation line</li>
3561           <li>Sequence database accessions not imported when
3562             fetching alignments from Rfam</li>
3563           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3564             identical IDs</li>
3565           <li>View all structures does not always superpose
3566             structures</li>
3567           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3568             reflect user or preset settings</li>
3569           <li>Null pointer exceptions for some services without
3570             presets or adjustable parameters</li>
3571           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3572             discover PDB xRefs</li>
3573           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3574             features with DAS</li>
3575           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3576             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3577           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3578             residue follows a gap</li>
3579           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3580             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3581           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3582             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3583           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3584             annotation already exists on alignment</li>
3585           <li>oninit javascript function should be called after
3586             initialisation completes</li>
3587           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3588             alignment window display</li>
3589           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3590           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3591             to annotation file</li>
3592           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3593             groups created</li>
3594           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3595             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3596           <li>Pressing return several times causes Number Format
3597             exceptions in keyboard mode</li>
3598           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3599             correct partitions for input data</li>
3600           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3601           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3602           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3603           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3604             mode</li>
3605           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3606             changes one row&#39;s threshold</li>
3607           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3608             doesn&#39;t open</li>
3609           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3610             quality histograms</li>
3611         </ul>
3612       </td>
3613     </tr>
3614     <tr>
3615       <td><div align="center">
3616           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3617         </div></td>
3618       <td><em>Application</em>
3619         <ul>
3620           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3621             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3622           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3623             preferences</li>
3624           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3625             in Jalview alignment window</li>
3626           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3627             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3628           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3629             RNA and ambiguity codes</li>
3630
3631           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3632           <li>Support fetching and database reference look up
3633             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3634             refs')</li>
3635           <li>Jalview project improvements
3636             <ul>
3637               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3638                 flag for annotation</li>
3639               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3640                 alignment</li>
3641               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3642                 Jalview project</li>
3643
3644             </ul>
3645           </li>
3646           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3647           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3648             running</li>
3649           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3650           <li>visual indication that web service results are still
3651             being retrieved from server</li>
3652           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3653             starts up for first time</li>
3654           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3655             services</li>
3656           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3657             client library</li>
3658           <li>Examples directory and Groovy library included in
3659             InstallAnywhere distribution</li>
3660         </ul> <em>Applet</em>
3661         <ul>
3662           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3663             visualization applet example</li>
3664         </ul> <em>General</em>
3665         <ul>
3666           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3667           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3668             defaults</li>
3669           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3670             calculation</li>
3671           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3672             matrices
3673           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3674             in HTML</li>
3675           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3676             structure contacts</li>
3677           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3678           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3679           <li>Parse sequence associated secondary structure
3680             information in Stockholm files</li>
3681           <li>HTML Export database accessions and annotation
3682             information presented in tooltip for sequences</li>
3683           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3684             style RNA alignment files</li>
3685           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3686             alignment</li>
3687           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3688             shade each sequence according to its associated alignment
3689             annotation</li>
3690           <li>New Jalview Logo</li>
3691         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3692         <ul>
3693           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3694           <li>New Website!</li>
3695         </ul></td>
3696       <td><em>Application</em>
3697         <ul>
3698           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3699             wsdbfetch REST service</li>
3700           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3701           <li>Filetype associations not installed for webstart
3702             launch</li>
3703           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3704             job execution in full once it is complete</li>
3705           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3706             uploaded via ali_file parameter</li>
3707           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3708           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3709           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3710             submitted for prediction</li>
3711           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3712             desktop window</li>
3713           <li>Putting fractional value into integer text box in
3714             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3715           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3716             windows 7</li>
3717           <li>View all structures fails with exception shown in
3718             structure view</li>
3719           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3720             escaped in a platform independent way</li>
3721           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3722             using proxy</li>
3723           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3724             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3725           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3726             failure when java web start temporary file caching is
3727             disabled</li>
3728           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3729             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3730           <li>Errors during processing of command line arguments
3731             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3732           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3733             DAS sources in sequence fetcher</li>
3734           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3735             dialog is shown</li>
3736           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3737           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3738           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3739           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3740             on OSX Mountain Lion</li>
3741           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3742             sequences with alignment annotation are pasted into the
3743             alignment</li>
3744           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3745             when loaded from Jalview project</li>
3746           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3747           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3748             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3749           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3750             associated with all views</li>
3751           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3752             annotation rows to new window</li>
3753         </ul> <em>Applet</em>
3754         <ul>
3755           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3756             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3757           <li>loading features via javascript API automatically
3758             enables feature display</li>
3759           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3760             work</li>
3761         </ul> <em>General</em>
3762         <ul>
3763           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3764           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3765             and then deselected</li>
3766           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3767           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3768             coloured with clustalx</li>
3769           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3770             exceptions and redraw errors</li>
3771           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3772             reconfigured view</li>
3773           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3774             colour</li>
3775           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3776             for lots of labels</li>
3777         </ul>
3778     </tr>
3779     <tr>
3780       <td>
3781         <div align="center">
3782           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3783         </div>
3784       </td>
3785       <td><em>Application</em>
3786         <ul>
3787           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3788           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3789           <li>View/alignment association menu to enable user to
3790             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3791             its colours/correspondences from</li>
3792           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3793           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3794             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3795           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3796           <li>Annotation row column label formatting attributes
3797             stored in project file</li>
3798           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3799             rows preserved in Jalview project file</li>
3800           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3801             saved using Desktop window menu</li>
3802           <li>Visual indication that command line arguments are
3803             still being processed</li>
3804           <li>Groovy script execution from URL</li>
3805           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3806             preferences</li>
3807           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3808             alignment with sequences that have high similarity and
3809             matching IDs</li>
3810           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3811           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3812             structures in same window</li>
3813           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3814           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3815             analysis function in its own submenu</li>
3816         </ul> <em>Applet</em>
3817         <ul>
3818           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3819             groups</li>
3820           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3821           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3822           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3823           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3824           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3825             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3826           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3827           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3828             parameters are treated as such</li>
3829           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3830             <ul>
3831               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3832               <li>Javascript callbacks for
3833                 <ul>
3834                   <li>Applet initialisation</li>
3835                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3836                 </ul>
3837               </li>
3838               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3839                 functions</li>
3840               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3841               <li>javascript structure viewer harness to pass
3842                 messages between Jmol and Jalview when running as
3843                 distinct applets</li>
3844               <li>sortBy method</li>
3845               <li>Set of applet and application examples shipped
3846                 with documentation</li>
3847               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3848                 javascript message exchange</li>
3849             </ul>
3850         </ul> <em>General</em>
3851         <ul>
3852           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3853             multiple alignments</li>
3854           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3855           <li>User configurable link to enable redirects to a
3856             www.Jalview.org mirror</li>
3857           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3858           <li>Configurable newline string when writing alignment
3859             and other flat files</li>
3860           <li>Allow alignment annotation description lines to
3861             contain html tags</li>
3862         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3863         <ul>
3864           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3865             examples</li>
3866           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3867             using a web service before displaying the result in the
3868             Jalview desktop</li>
3869           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3870           <li>Ant target to publish example html files with applet
3871             archive</li>
3872           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3873           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3874         </ul></td>
3875       <td><em>Application</em>
3876         <ul>
3877           <li>User defined colourscheme throws exception when
3878             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3879           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3880             dialog for valid filename/format</li>
3881           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3882           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3883             P37173</li>
3884           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3885             which sequence is to be associated with the file</li>
3886           <li>Find All raises null pointer exception when query
3887             only matches sequence IDs</li>
3888           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3889           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3890             2.4 cannot be loaded</li>
3891           <li>Filetype associations not installed for webstart
3892             launch</li>
3893           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3894             with sequences in different alignments do not get coloured
3895             by their associated sequence</li>
3896           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3897             not preserved when project is loaded</li>
3898           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3899             stored in Jalview project</li>
3900           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3901             Jalview project</li>
3902           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3903           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3904             by conservation</li>
3905           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3906             created on new view</li>
3907           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3908             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3909           <li>Alignment quality not updated after alignment
3910             annotation row is hidden then shown</li>
3911           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3912             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3913           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3914             properly</li>
3915           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3916             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3917           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3918           <li>Structures imported from file and saved in project
3919             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3920           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3921             job execution in full once it is complete</li>
3922         </ul> <em>Applet</em>
3923         <ul>
3924           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3925             annotation rows are displayed</li>
3926           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3927             codebase</li>
3928           <li>View follows highlighting does not work for positions
3929             in sequences</li>
3930           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3931           <li>Export features raises exception when no features
3932             exist</li>
3933           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3934             for javascript api is modified when separator string
3935             provided as parameter</li>
3936           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3937             alignment with no existing selection</li>
3938           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3939             to applet&#39;s codebase</li>
3940           <li>Status bar not updated after finished searching and
3941             search wraps around to first result</li>
3942           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3943             several Jalview applets causes race conditions and memory
3944             leaks</li>
3945           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3946             not sent from Jmol in applet</li>
3947           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3948             applet API fatally hang browser</li>
3949         </ul> <em>General</em>
3950         <ul>
3951           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3952             position with wrapped view and hidden regions</li>
3953           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3954             with/without hidden columns</li>
3955           <li>Sequence length given in alignment properties window
3956             is off by 1</li>
3957           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3958             import PDB like structure files</li>
3959           <li>Positional search results are only highlighted
3960             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3961           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3962           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3963             given sequence position</li>
3964           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3965             output</li>
3966           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3967             from nucleotide chains correctly</li>
3968           <li>Structure colours not updated when tree partition
3969             changed in alignment</li>
3970           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3971             parsed in interleaved stockholm</li>
3972           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3973             state</li>
3974           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3975             properly</li>
3976           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3977             properly associated with their pdb files</li>
3978         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3979         <ul>
3980           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3981             ApplyCopyright tool</li>
3982         </ul></td>
3983     </tr>
3984     <tr>
3985       <td>
3986         <div align="center">
3987           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3988         </div>
3989       </td>
3990       <td><em>Application</em>
3991         <ul>
3992           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3993             contact web services</li>
3994           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3995             service job window</li>
3996           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3997         </ul></td>
3998       <td>
3999         <ul>
4000           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4001             pir file emitted by Jalview</li>
4002           <li>Existing feature settings transferred to new
4003             alignment view created from cut'n'paste</li>
4004           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4005             parsing PDB files</li>
4006           <li>Consensus and conservation annotation rows
4007             occasionally become blank for all new windows</li>
4008           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4009             in wrapped view mode</li>
4010         </ul> <em>Application</em>
4011         <ul>
4012           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4013             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4014           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4015             parameter names</li>
4016           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4017             is down</li>
4018         </ul>
4019       </td>
4020     </tr>
4021     <tr>
4022       <td>
4023         <div align="center">
4024           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4025         </div>
4026       </td>
4027       <td><em>Application</em>
4028         <ul>
4029           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4030             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4031             (JABAWS)
4032           </li>
4033           <li>Web Services preference tab</li>
4034           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4035             preferences</li>
4036           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4037           <li>Superpose structures using associated sequence
4038             alignment</li>
4039           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4040             viewer</li>
4041         </ul> <em>Applet</em>
4042         <ul>
4043           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4044             link out mechanism</li>
4045         </ul> <em>Other</em>
4046         <ul>
4047           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4048             series 12</li>
4049           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4050             require Java 1.5</li>
4051           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4052             sequence annotation files</li>
4053           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4054             type colour specification</li>
4055           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4056             script to check if it being run in an interactive session or
4057             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4058         </ul></td>
4059       <td>
4060         <ul>
4061           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4062             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4063         </ul> <em>Application</em>
4064         <ul>
4065           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4066             selected Regions menu item</li>
4067           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4068             part of a valid accession ID</li>
4069           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4070             runs out of memory</li>
4071           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4072             analysis results</li>
4073           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4074             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4075           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4076         </ul> <em>Applet</em>
4077         <ul>
4078           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4079             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4080             defined.</li>
4081         </ul>
4082       </td>
4083     </tr>
4084     <tr>
4085       <td>
4086         <div align="center">
4087           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4088         </div>
4089       </td>
4090       <td></td>
4091       <td>
4092         <ul>
4093           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4094             sequence IDs</li>
4095           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4096             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4097           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4098             import correctly</li>
4099           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4100             number of columns are hidden</li>
4101           <li>annotation label popup menu not providing correct
4102             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4103             present</li>
4104           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4105             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4106           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4107             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4108
4109         </ul> <em>Applet</em>
4110         <ul>
4111           <li>annotation panel disappears when annotation is
4112             hidden/removed</li>
4113         </ul> <em>Application</em>
4114         <ul>
4115           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4116             alignment opened where annotation panel is visible but no
4117             annotations are present on alignment</li>
4118           <li>pasted region containing hidden columns is
4119             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4120           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4121             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4122           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4123             selected Rregions menu item.</li>
4124           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4125             'Un' or 'Non'conserved</li>
4126           <li>Sequence feature settings are being shared by
4127             multiple distinct alignments</li>
4128           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4129             changed</li>
4130           <li>double click on group annotation to select sequences
4131             does not propagate to associated trees</li>
4132           <li>Mac OSX specific issues:
4133             <ul>
4134               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4135                 window background</li>
4136               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4137                 name set correctly</li>
4138               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4139                 save feature colourscheme button</li>
4140             </ul>
4141           </li>
4142         </ul>
4143       </td>
4144     </tr>
4145     <tr>
4146
4147       <td>
4148         <div align="center">
4149           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4150         </div>
4151       </td>
4152       <td><em>New Capabilities</em>
4153         <ul>
4154           <li>URL links generated from description line for
4155             regular-expression based URL links (applet and application)
4156
4157           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4158             menu</li>
4159           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4160             structures</li>
4161           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4162             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4163           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4164             average score or total feature count for each sequence.</li>
4165           <li>Shading features by score or associated description</li>
4166           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4167             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4168           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4169             hide everything but the currently selected region.</li>
4170           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4171         </ul> <em>Application</em>
4172         <ul>
4173           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4174             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4175           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4176             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4177           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4178             database references and protein_name is parsed as
4179             description line (BioSapiens terms).</li>
4180           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4181             references in sequence ID tooltip from View menu in
4182             application.</li>
4183           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4184       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4185           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4186             conservation plots</li>
4187           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4188             and visualized as sequence logos</li>
4189           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4190             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4191           </li>
4192           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4193             when a new tree is opened.</li>
4194           <li>Jalview Java Console</li>
4195           <li>Better placement of desktop window when moving
4196             between different screens.</li>
4197           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4198             consensus annotation</li>
4199           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4200             Workflows</li>
4201           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4202             <ul>
4203               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4204                 used to preserve views, structures, and tree display
4205                 settings)</li>
4206               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4207                 command line</li>
4208               <li>Sharing of selected regions between views and
4209                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4210               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4211             </ul></li>
4212         </ul> <em>Applet</em>
4213         <ul>
4214           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4215           <li>New Parameters
4216             <ul>
4217               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4218                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4219                 opened.</li>
4220               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4221                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4222               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4223                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4224               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4225                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4226                 view</li>
4227               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4228                 increase the height or width of a cell in the alignment
4229                 grid relative to the current font size.</li>
4230             </ul>
4231           </li>
4232           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4233             tooltip</li>
4234         </ul> <em>Other</em>
4235         <ul>
4236           <li>Features format: graduated colour definitions and
4237             specification of feature scores</li>
4238           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4239             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4240             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4241           <li>XML formats extended to support graduated feature
4242             colourschemes, group associated annotation, and profile
4243             visualization settings.</li></td>
4244       <td>
4245         <ul>
4246           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4247             rather than description</li>
4248           <li>Non-positional features are now included in sequence
4249             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4250             visibility in tooltip).</li>
4251           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4252           <li>Added URL embedding instructions to features file
4253             documentation.</li>
4254           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4255             'X' in peptide product</li>
4256           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4257             sequence ID and sequence string and query strings do not
4258             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4259           <li>AMSA files only contain first column of
4260             multi-character column annotation labels</li>
4261           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4262             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4263             exported and re-imported)</li>
4264           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4265             name</li>
4266           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4267             as subsequence matches, and correctly reports total number
4268             of both.</li>
4269           <li>Application:
4270             <ul>
4271               <li>Better handling of exceptions during sequence
4272                 retrieval</li>
4273               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4274                 link text excludes the start_end suffix</li>
4275               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4276                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4277               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4278               <li>Sequence description lines properly shared via
4279                 VAMSAS</li>
4280               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4281                 data sources</li>
4282               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4283                 completes before alignment figures are generated.</li>
4284               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4285                 first time.</li>
4286               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4287                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4288               <li>User defined group colours properly recovered
4289                 from Jalview projects.</li>
4290             </ul>
4291           </li>
4292         </ul>
4293       </td>
4294
4295     </tr>
4296     <tr>
4297       <td>
4298         <div align="center">
4299           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4300         </div>
4301       </td>
4302       <td>
4303         <ul>
4304           <li>Experimental support for google analytics usage
4305             tracking.</li>
4306           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4307         </ul>
4308       </td>
4309       <td>
4310         <ul>
4311           <li>Race condition in applet preventing startup in
4312             jre1.6.0u12+.</li>
4313           <li>Exception when feature created from selection beyond
4314             length of sequence.</li>
4315           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4316           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4317             all sequences with a given id</li>
4318           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4319             ID string searches</li>
4320           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4321             alignment to fail with exception</li>
4322         </ul> <em>Application Issues</em>
4323         <ul>
4324           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4325           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4326             data sources</li>
4327         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4328         <ul>
4329           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4330             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4331           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4332             version (java class versioning error fixed)</li>
4333         </ul>
4334       </td>
4335     </tr>
4336     <tr>
4337       <td>
4338
4339         <div align="center">
4340           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4341         </div>
4342       </td>
4343       <td><em>User Interface</em>
4344         <ul>
4345           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4346             translation and protein products</li>
4347           <li>Linked highlighting of structure associated with
4348             residue mapping to codon position</li>
4349           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4350             and 'clear' button</li>
4351           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4352             Tools menu</li>
4353           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4354             numeric data in description line</li>
4355           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4356           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4357             of sequence</li>
4358         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4359         <ul>
4360           <li>JPred3 web service</li>
4361           <li>Prototype sequence search client (no public services
4362             available yet)</li>
4363           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4364             PFAM</li>
4365           <li>URL Links created for matching database cross
4366             references as well as sequence ID</li>
4367           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4368         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4369         <ul>
4370           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4371             databases</li>
4372           <li>Generalised database reference retrieval and
4373             validation to all fetchable databases</li>
4374           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4375             sequence command</li>
4376         </ul> <em>Import and Export</em>
4377         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4378         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4379           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4380         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4381           File</li>
4382         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4383           triplet as name of colourscheme</li>
4384         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4385         <ul>
4386           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4387           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4388             alignments (experimental)</li>
4389           <li>Create new or select existing session to join</li>
4390           <li>load and save of vamsas documents</li>
4391         </ul> <em>Application command line</em>
4392         <ul>
4393           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4394             from applet)</li>
4395           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4396             of DAS servers to query for alignment features</li>
4397           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4398             that are also automatically queried for features</li>
4399           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4400             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4401         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4402         <ul>
4403           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4404             application (when using &quot;View in full
4405             application&quot;)</li>
4406         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4407         <ul>
4408           <li>feature group display control parameter</li>
4409           <li>debug parameter</li>
4410           <li>showbutton parameter</li>
4411         </ul> <em>Applet API methods</em>
4412         <ul>
4413           <li>newView public method</li>
4414           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4415           <li>Feature display control methods</li>
4416           <li>get list of currently selected sequences</li>
4417         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4418         <ul>
4419           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4420           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4421             Jalview release.</li>
4422           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4423             property controls execution of obfuscator</li>
4424           <li>Build target for generating source distribution</li>
4425           <li>Debug flag for javacc</li>
4426           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4427             jalview.bin.Cache</li>
4428           <li>Continuous Build Integration for stable and
4429             development version of Application, Applet and source
4430             distribution</li>
4431         </ul></td>
4432       <td>
4433         <ul>
4434           <li>selected region output includes visible annotations
4435             (for certain formats)</li>
4436           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4437             for editing</li>
4438           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4439           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4440           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4441           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4442             comments</li>
4443           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4444             filenames containing a ':'</li>
4445           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4446             global sequence features</li>
4447           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4448             references from alignment sequences goes to zero</li>
4449           <li>Close of tree branch colour box without colour
4450             selection causes cascading exceptions</li>
4451           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4452           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4453             file parsing fails.</li>
4454           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4455           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4456             not a valid output format</li>
4457           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4458             vamsas</li>
4459           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4460           <li>error messages passed up and output when data read
4461             fails</li>
4462           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4463             sequence is edited</li>
4464           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4465             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4466           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4467             filetype</li>
4468           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4469             import fixed for PFAM records</li>
4470           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4471             window list</li>
4472           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4473             can be read and written correctly to annotation file</li>
4474           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4475             correctly</li>
4476           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4477             non-italic font for representatives in Applet</li>
4478           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4479             Macs.</li>
4480           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4481             Applet)</li>
4482           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4483             due to null pointer exceptions</li>
4484           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4485             first column of alignment</li>
4486           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4487             July 2008</li>
4488           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4489             file is case-insensitive</li>
4490           <li>Sequence features read from Features file appended to
4491             all sequences with matching IDs</li>
4492           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4493             containing a sub-sequence</li>
4494           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4495           <li>feature and annotation file applet parameters
4496             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4497           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4498           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4499             splash-screen version check to complete</li>
4500           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4501             when passing them to the launchApp service</li>
4502           <li>display name and local features preserved in results
4503             retrieved from web service</li>
4504           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4505             sequence fetcher initialisation</li>
4506           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4507             dasobert DAS client</li>
4508           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4509             association</li>
4510           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4511             sequences
4512           </li>
4513         </ul>
4514       </td>
4515     </tr>
4516     <tr>
4517       <td>
4518         <div align="center">
4519           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4520         </div>
4521       </td>
4522       <td>
4523         <ul>
4524           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4525           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4526           <li>Slide sequences</li>
4527           <li>Edit sequence in place</li>
4528           <li>EMBL CDS features</li>
4529           <li>DAS Feature mapping</li>
4530           <li>Feature ordering</li>
4531           <li>Alignment Properties</li>
4532           <li>Annotation Scores</li>
4533           <li>Sort by scores</li>
4534           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4535         </ul>
4536       </td>
4537       <td>
4538         <ul>
4539           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4540           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4541           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4542           <li>Feature group display state in XML</li>
4543           <li>Feature ordering in XML</li>
4544           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4545           <li>Stockholm alignment properties</li>
4546           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4547           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4548           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4549           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4550         </ul>
4551       </td>
4552
4553     </tr>
4554     <tr>
4555       <td>
4556         <div align="center">
4557           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4558         </div>
4559       </td>
4560       <td>
4561         <ul>
4562           <li>Non standard characters can be read and displayed
4563           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4564             applet via textbox
4565           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4566             name &amp; description
4567           <li>Preference setting to display sequence name in
4568             italics
4569           <li>Annotation file format extended to allow
4570             Sequence_groups to be defined
4571           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4572             specified in preferences
4573           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4574             sequences
4575         </ul>
4576       </td>
4577       <td>
4578         <ul>
4579           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4580             installed
4581           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4582           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4583         </ul>
4584       </td>
4585     </tr>
4586     <tr>
4587       <td>
4588         <div align="center">
4589           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4590         </div>
4591       </td>
4592       <td>
4593         <ul>
4594           <li>Multiple views on alignment
4595           <li>Sequence feature editing
4596           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4597           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4598           <li>Background dependent text colour
4599           <li>Right align sequence ids
4600           <li>User-defined lower case residue colours
4601           <li>Format Menu
4602           <li>Select Menu
4603           <li>Menu item accelerator keys
4604           <li>Control-V pastes to current alignment
4605           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4606           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4607           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4608
4609           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4610         </ul>
4611       </td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4615           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4616             calculations
4617           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4618             edits
4619           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4620             of alignment)
4621           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4622
4623           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4624             display correctly
4625           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4626           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4627             analysis results
4628           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4629             &#8739;
4630           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4631           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4632           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4633
4634         </ul>
4635       </td>
4636     </tr>
4637     <tr>
4638       <td>
4639         <div align="center">
4640           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4641         </div>
4642       </td>
4643       <td>
4644         <ul>
4645           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4646         </ul>
4647       </td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4651             sequence id panel has been resized</li>
4652           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4653             rendered</li>
4654           <li>Annotation files with sequence references - all
4655             elements in file are relative to sequence position</li>
4656           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4657         </ul>
4658       </td>
4659     </tr>
4660     <tr>
4661       <td>
4662         <div align="center">
4663           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4664         </div>
4665       </td>
4666       <td>
4667         <ul>
4668           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4669           <li>DAS Feature fetching</li>
4670           <li>Hide sequences and columns</li>
4671           <li>Export Annotations and Features</li>
4672           <li>GFF file reading / writing</li>
4673           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4674             files</li>
4675           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4676           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4677           <li>Applet can launch the full application</li>
4678           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4679             required)</li>
4680           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4681           <li>Applet can load sequences from parameter
4682             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4683           </li>
4684         </ul>
4685       </td>
4686       <td>
4687         <ul>
4688           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4689           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4690           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693     </tr>
4694     <tr>
4695       <td>
4696         <div align="center">
4697           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4698         </div>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4703           <li>Choose to match case when searching</li>
4704           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4705             expand the visible width and height of the alignment</li>
4706         </ul>
4707       </td>
4708       <td>
4709         <ul>
4710           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4711         </ul>
4712       </td>
4713     </tr>
4714     <tr>
4715       <td>
4716         <div align="center">
4717           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4718         </div>
4719       </td>
4720       <td>&nbsp;</td>
4721       <td>
4722         <ul>
4723           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4724           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4725             value</li>
4726         </ul>
4727       </td>
4728     </tr>
4729     <tr>
4730       <td>
4731         <div align="center">
4732           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4733         </div>
4734       </td>
4735       <td>
4736         <ul>
4737           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4738           <li>Keyboard editing</li>
4739           <li>Create sequence features from searches</li>
4740           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4741             alignments</li>
4742           <li>Features file allows grouping of features</li>
4743           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4744           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4745           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4746         </ul>
4747       </td>
4748       <td>
4749         <ul>
4750           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4751           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4752             descriptions saved.</li>
4753         </ul>
4754       </td>
4755     </tr>
4756     <tr>
4757       <td>
4758         <div align="center">
4759           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4760         </div>
4761       </td>
4762       <td>
4763         <ul>
4764           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4765           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4766           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4767             name for file output</li>
4768           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4769           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4770             used for HTML form input</li>
4771         </ul>
4772       </td>
4773       <td>
4774         <ul>
4775           <li>HTML output writes groups and features</li>
4776           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4777           <li>File IO bugs</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780     </tr>
4781     <tr>
4782       <td>
4783         <div align="center">
4784           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4785         </div>
4786       </td>
4787       <td>
4788         <ul>
4789           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4790           <li>More options for PCA viewer</li>
4791         </ul>
4792       </td>
4793       <td>
4794         <ul>
4795           <li>GUI bugs resolved</li>
4796           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4797         </ul>
4798       </td>
4799     </tr>
4800     <tr>
4801       <td height="63">
4802         <div align="center">
4803           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4804         </div>
4805       </td>
4806       <td>
4807         <ul>
4808           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4809           <li>Jar files are executable</li>
4810           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4811         </ul>
4812       </td>
4813       <td>
4814         <ul>
4815           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4816           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4817           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4818         </ul>
4819       </td>
4820     </tr>
4821     <tr>
4822       <td>
4823         <div align="center">
4824           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4825         </div>
4826       </td>
4827       <td>
4828         <ul>
4829           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4830         </ul>
4831       </td>
4832       <td>
4833         <ul>
4834           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4835         </ul>
4836       </td>
4837     </tr>
4838     <tr>
4839       <td>
4840         <div align="center">
4841           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4842         </div>
4843       </td>
4844       <td>
4845         <ul>
4846           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4847             size</li>
4848         </ul>
4849       </td>
4850       <td>
4851         <ul>
4852           <li>Improved JPred client reliability</li>
4853           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4854         </ul>
4855       </td>
4856     </tr>
4857     <tr>
4858       <td>
4859         <div align="center">
4860           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4861         </div>
4862       </td>
4863       <td>
4864         <ul>
4865           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4866           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4867           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4868             to Colour Menu</li>
4869           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4870           <li>Unix users can set default web browser</li>
4871           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4872           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4873         </ul>
4874       </td>
4875       <td>
4876         <ul>
4877           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4878         </ul>
4879       </td>
4880     </tr>
4881     <tr>
4882       <td>
4883         <div align="center">
4884           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4885         </div>
4886       </td>
4887       <td>&nbsp;</td>
4888       <td>
4889         <ul>
4890           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4891             alignment order.</li>
4892         </ul>
4893       </td>
4894     </tr>
4895     <tr>
4896       <td>
4897         <div align="center">
4898           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4899         </div>
4900       </td>
4901       <td>
4902         <ul>
4903           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4904           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4905           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4906             annotations.</li>
4907           <li>Version and build date written to build properties
4908             file.</li>
4909           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4910             at launch of Jalview.</li>
4911         </ul>
4912       </td>
4913       <td>
4914         <ul>
4915           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4916           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4917           <li>Can remove groups one by one.</li>
4918           <li>Filechooser icons installed.</li>
4919           <li>Finder ignores return character when searching.
4920             Return key will initiate a search.<br>
4921           </li>
4922         </ul>
4923       </td>
4924     </tr>
4925     <tr>
4926       <td>
4927         <div align="center">
4928           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
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