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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>22/04/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
  66             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
  67             for display in alignments, on structure views (including
  68             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
  69             export.
  70           </li>
  71           <li>
  72             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  73             exported and re-imported as GFF3 files
  74           </li>
  75           <li>
  76             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  77             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  81             validation while parsing
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  85             position if reopened
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
  89             of associated view
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  93             enabled by default
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  97             tooltips and menus
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 101             with no feature types visible
 102           </li>
 103           <li>
 104           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 105           </li>
 106         </ul><em>Jalview Installer</em>
 107             <ul>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 110             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 117           </li>
 118               <li>
 119                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 120               <li>
 121                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 122         </ul> <em>Release processes</em>
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 129           </li>
 130         </ul> <em>Build System</em>
 131         <ul>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 137             report
 138           </li>
 139         </ul>
 140         <em>Groovy Scripts</em>
 141             <ul>
 142           <li>
 143             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 144             to stdout containing the consensus sequence for each
 145             alignment in a Jalview session
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 149             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 150             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 151           </li>
 152         </ul>
 153       </td>
 154       <td align="left" valign="top">
 155         <ul>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 158             'Show hidden markers' option is not ticked
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 162             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 163             jalview preferences or properties file
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 167             'Show Sequence Features' option is not ticked
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 171             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 172             features are visible
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 176             equal when split frame is first opened
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 180             correct after editing a sequence's start position
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 184             with annotation and exceptions thrown when only a few
 185             columns shown in wrapped mode
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 189             wrapped alignment figure with annotations
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 193             ID fails with ClassCastException
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 197             Project
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 201             feature settings dialog also selects columns
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 205             IllegalArgumentException in some circumstances
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 209             opened for a view
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 213             alignment window is closed
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 217             help documentation for 2.11.0 release
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 221             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 222             Uniprot Accession
 223           </li>
 224         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 225         <ul>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 228             PDB/Uniprot search panel
 229           </li>
 230         </ul> <em>Installer</em>
 231         <ul>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 234             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 235           </li>
 236         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 237         <ul>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 240             repository
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 244             memory
 245           </li>
 246         </ul> <em>New Known Issues</em>
 247         <ul>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 250             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 251             command line
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 255             clipped in headless figure export when Right Align option
 256             enabled
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 260             'Source' in console output
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 264             bamboo server but run fine locally.
 265           </li>
 266         </ul>
 267       </td>
 268     </tr>
 269     <tr>
 270       <td width="60" align="center" nowrap>
 271           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 272             <em>04/07/2019</em></strong>
 273       </td>
 274       <td align="left" valign="top">
 275         <ul>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 278             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 279             source project) rather than InstallAnywhere
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 283             settings, receive over the air updates and launch specific
 284             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 285               Rings' GetDown</a>)
 286           </li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 289             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 293             arguments and switch between different getdown channels
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 297             or alignment files
 298           </li>
 299
 300           <li>
 301             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 302             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 305             'Translate as cDNA'</li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 308           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 309             <ul>
 310                       <li>
 311             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 312             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 313           <li>
 314                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 315                 features can be filtered and shaded according to any
 316                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 317                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 318                 file)
 319               </li>
 320               <li>
 321                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 322                 stored and restored from Jalview Projects
 323               </li>
 324               <li>
 325                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 326                 recognise variant features
 327               </li>
 328               <li>
 329                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 330                 sequences (also coloured red by default)
 331               </li>
 332               <li>
 333                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 334                 details
 335               </li>
 336               <li>
 337                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 338                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 339               </li>
 340               <li>
 341                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 342                 dialog
 343               </li>
 344             </ul>
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 348             tree and PCA calculations
 349           </li>
 350           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 351             <ul>
 352               <li>
 353                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 354                 and Viewer state saved in Jalview Project
 355               </li>
 356               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 357                 drop-down menus</li>
 358               <li>
 359                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 360                 incrementally
 361               </li>
 362               <li>
 363                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 364               </li>
 365             </ul>
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 369           </li>
 370           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 371           <ul>
 372               <li>
 373                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 374                 multiple groups when working with large alignments
 375               </li>
 376               <li>
 377                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 378                 Stockholm files
 379               </li>
 380             </ul>
 381           <li><strong>User Interface</strong>
 382           <ul>
 383               <li>
 384                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 385                 view
 386               </li>
 387               <li>
 388                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 389                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 390                 default (can be changed in user preferences)
 391               </li>
 392               <li>
 393                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 394                 to the Overwrite Dialog
 395               </li>
 396               <li>
 397                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 398                 sequences are hidden
 399               </li>
 400               <li>
 401                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 402                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 403               </li>
 404               <li>
 405                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 406                 labels
 407               </li>
 408               <li>
 409                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 410                 when in wrapped mode
 411               </li>
 412               <li>
 413                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 414                 annotation
 415               </li>
 416               <li>
 417                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 418               </li>
 419               <li>
 420                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 421                 panel
 422               </li>
 423               <li>
 424                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 425                 popup menu
 426               </li>
 427               <li>
 428               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 429               <li>
 430               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 431
 432
 433             </ul></li>
 434             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 435           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 436             <ul>
 437               <li>
 438                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 439                 trapping CMD-Q
 440               </li>
 441             </ul></li>
 442         </ul>
 443         <em>Deprecations</em>
 444         <ul>
 445           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 446             capabilities removed from the Jalview Desktop
 447           </li>
 448           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 449             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 450             and XML based data retrieval clients</li>
 451           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 452           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 453         </ul> <em>Documentation</em>
 454         <ul>
 455           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 456             not supported in EPS figure export
 457           </li>
 458           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 459         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 460         <ul>
 461           <li>
 462           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 463           </li>
 464       <li>
 465       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 466           <li>
 467           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 468             gradle-eclipse
 469           </li>
 470           <li>
 471           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 472             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 473             execution
 474           </li>
 475           <li>
 476           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 477             operations
 478           </li>
 479           <li>
 480           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 481             issues resolved
 482           </li>
 483           <li>
 484           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 485             markdown (with HTML rendering)
 486           </li>
 487           <li>
 488           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 489           </li>
 490           <li>
 491           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 492             versions of Jalview
 493           </li>
 494         </ul>
 495       </td>
 496       <td align="left" valign="top">
 497         <ul>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 503             superposition in Jmol fail on Windows
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 507             structures for sequences with lots of PDB structures
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 511             monospaced font
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 515             project involving multiple views
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 519             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 520             Annotation dialog hides columns
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 524             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 525             one view, then making another selection in the other view
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 529             columns
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 533             Settings and Jalview Preferences panels
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 537             overview with large alignments
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 541             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 542             mouse moved to the left of the first column
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 546             hidden column marker via scale popup menu
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 550             doesn't tell users the invalid URL
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 554             score from view
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 558             show cross references or Fetch Database References are shown in
 559             red in original view
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 563             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 567             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 571             when columns are hidden
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 575             Columns by Annotation description
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 579             out of Scale or Annotation Panel
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 583             scale panel
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 587             alignment down
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 591             scale panel
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 595             Page Up in wrapped mode
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 605             on opening an alignment
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 609             Colour menu
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 613             different groups in the alignment are selected
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 617             correctly in menu
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 621             threshold limit
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 625             threshold gets 'unrounded'
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 629             colour
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 639             Tree font
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 643             project file
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 647             shown in complementary view
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 651             without normalisation
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 655             of report
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 659           </li>
 660           <li>
 661           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 662           </li>
 663         </ul> <em>Editing</em>
 664         <ul>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 667             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 668             sequence
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 672             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 673             removed (Known defect since 2.10)
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 677             dialog corrupts dataset sequence
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 681             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 682           </li>
 683         </ul> <em>Datamodel</em>
 684         <ul>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 687             sequence's End is greater than its length
 688           </li>
 689         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 690           general release)</em>
 691         <ul>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 694           </li>
 695         </ul> <em>New Known Defects</em>
 696         <ul>
 697         <li>
 698         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 699         </li>
 700         <li>
 701           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 702           regions of protein alignment.
 703         </li>
 704         <li>
 705           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 706           is restored from a Jalview 2.11 project
 707         </li>
 708         <li>
 709           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 710           'New View'
 711         </li>
 712         <li>
 713           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 714           columns within hidden columns
 715         </li>
 716         <li>
 717           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 718           window after dragging left to select columns to left of visible
 719           region
 720         </li>
 721         <li>
 722           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 723           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 724           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 725           create a Score filter instead.
 726         </li>
 727         <li>
 728         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 729         <li>
 730         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 731         </li>
 732         <li>
 733           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 734           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 735         </li>
 736         </ul>
 737         <em>Java 11 Specific defects</em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 741               alphabetically when saved
 742             </li>
 743         </ul>
 744       </td>
 745     </tr>
 746     <tr>
 747     <td width="60" nowrap>
 748       <div align="center">
 749         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 750       </div>
 751     </td>
 752     <td><div align="left">
 753         <em></em>
 754         <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 757               InstallAnywhere increased to 1G.
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 761               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 762               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 763                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 764                 properties file.</em>
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 768               API and sequence data now imported as JSON.
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 772               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 773               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 774               property.
 775             </li>
 776           </ul>
 777           <em>Development</em>
 778           <ul>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 781               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 782                 Clover</a>
 783             </li>
 784           </ul>
 785         </div></td>
 786     <td><div align="left">
 787         <em></em>
 788         <ul>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 791               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 792               alignment.
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 796               annotation displayed.
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 800               for newly created group when 'Apply to all groups'
 801               selected
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 805               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 806               visible.
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 810               when sequences are selected in exported view.</em>
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 814               aren't rendered with correct colour.
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 818               types of knotted RNA secondary structure.
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 822               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 823               do not start at 1.
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 827               annotation when columns are inserted into an alignment,
 828               and when exporting as Stockholm flatfile.
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 832               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 833               treated as RNA secondary structure.
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 837               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 841               transfers focus to previous window on OSX
 842             </li>
 843           </ul>
 844           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 845           <ul>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 848               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 849               box.
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 853               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 854               'look and feel' which has improved compatibility with the
 855               latest version of OSX.
 856             </li>
 857           </ul>
 858         </div>
 859     </td>
 860     </tr>
 861     <tr>
 862       <td width="60" nowrap>
 863         <div align="center">
 864           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 865             <em>7/06/2018</em></strong>
 866         </div>
 867       </td>
 868       <td><div align="left">
 869           <em></em>
 870           <ul>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 873               annotation retrieved from Uniprot
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 877               onto the Jalview Desktop
 878             </li>
 879           </ul>
 880         </div></td>
 881       <td><div align="left">
 882           <em></em>
 883           <ul>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 886               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 890               right-hand column parsed correctly
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 894               not alignment area in exported graphic
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 898               window has input focus
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 902               annotation added to view (Windows)
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 906               network connectivity is poor
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 910               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 911                 the currently open URL and links from a page viewed in
 912                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 913                 you are using Edge, only links in the page can be
 914                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 915                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 916             </li>
 917           </ul>
 918           <em>New Known Defects</em>
 919           <ul>
 920             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 921           </ul>
 922         </div></td>
 923     </tr>
 924     <tr>
 925       <td width="60" nowrap>
 926         <div align="center">
 927           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 928         </div>
 929       </td>
 930       <td><div align="left">
 931           <em></em>
 932           <ul>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 935               for disabling automatic superposition of multiple
 936               structures and open structures in existing views
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 940               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 941               adjust them.
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 945               Ensembl services
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 949               and lots of hidden columns
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 953               of features (particularly when transparency is disabled)
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 957               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 958               generally available
 959             </li>
 960           </ul>
 961           </div>
 962       </td>
 963       <td><div align="left">
 964           <ul>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 967               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 971               overlapping alignment panel
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 975               sequence as gaps
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 979               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 980               UTR
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 984               factor annotation not added to sequence when local PDB
 985               file associated with it by drag'n'drop or structure
 986               chooser
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 990               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 994               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 998               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1002               columns in annotation row
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1006               honored in batch mode
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1010               for structures added to existing Jmol view
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1014               entries after importing project with multiple views
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1018               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1019               with negative residue numbers or missing residues fails
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1023               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1024               as generated by CONSURF)
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1028               tooltip doesn't include a text description of mutation
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1032               structure and/or overview windows are also shown
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1036               very slow for alignments with large numbers of sequences
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1040               with 'StringIndexOutOfBounds'
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1044               platforms running Java 10
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1048               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1049             </li>
1050           </ul>
1051           <em>Applet</em>
1052           <ul>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1055               should copy the group consensus when popup is opened on it
1056             </li>
1057           </ul>
1058           <em>Batch Mode</em>
1059           <ul>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1062           </li>
1063           </ul>
1064           <em>New Known Defects</em>
1065           <ul>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1068               editing a large alignment and overview is displayed
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1072               repeatedly after a series of edits even when the overview
1073               is no longer reflecting updates
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1077               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1078               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1079               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1083               option gives blank output
1084             </li>
1085           </ul>
1086         </div>
1087           </td>
1088     </tr>
1089     <tr>
1090       <td width="60" nowrap>
1091         <div align="center">
1092           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1093         </div>
1094       </td>
1095       <td><div align="left">
1096           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1097               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1098       <td><div align="left">
1099           <em>Desktop</em><ul>
1100           <ul>
1101             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1102             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1103             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1104             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1105             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1106             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1107             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1108           </ul>
1109           </div>
1110       </td>
1111     </tr>
1112     <tr>
1113       <td width="60" nowrap>
1114         <div align="center">
1115           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1116         </div>
1117       </td>
1118       <td><div align="left">
1119           <em></em>
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1123               rendering of sequence features
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1127               429 rate limit request hander
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1131               their colours have changed
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1135               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1139               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1143               view from Ensembl locus cross-references
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1147               Alignment report
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1151               feature can be disabled
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1155               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1159               Uniprot
1160             </li>
1161           </ul>
1162           <em>Scripting</em>
1163           <ul>
1164             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1165             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1166               percent identity scores for current alignment.</li>
1167           </ul>
1168           <em>Testing and Deployment</em>
1169           <ul>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1172             </li>
1173           </ul>
1174         </div></td>
1175       <td><div align="left">
1176           <em>General</em>
1177           <ul>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1180               threshold text field doesn't trigger an update to the
1181               alignment view
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1185               strings in parallel
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1189               alignment window is closed
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1193               group visibility
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1197               takes a long time in Cursor mode
1198             </li>
1199           </ul>
1200           <em>Desktop</em>
1201           <ul>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1204               cannot be viewed in Chimera
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1208               CDS/Protein view
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1212               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1213               Search Dialogs
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1223               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1227               scrolling right in unwapped alignment view
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1231               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1232               database
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1236               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1240               features of same type and group to be selected for
1241               amending
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1245               alignments when hidden columns are present
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1249               displaying several structures
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1253               moving a window
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1257               within the Jalview desktop on OSX
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1261               when in wrapped alignment mode
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1265               hand end of alignment
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1269               each selected sequence do not have correct start/end
1270               positions
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1274               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1278               restoring project until a new view is created
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1282               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1283               configured (since 2.10.2b2)
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1287               position is adjusted
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1291               in a multi-chain structure when viewing alignment
1292               involving more than one chain (since 2.10)
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1296               if new selection moves alignment window
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1300               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1304               that produces correctly annotated transcripts and products
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1308               doesn't update associated structure view
1309             </li>
1310           </ul>
1311           <em>Applet</em><br />
1312           <ul>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1315               closing alignment panel
1316             </li>
1317           </ul>
1318           <em>BioJSON</em><br />
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1322               non-positional features
1323             </li>
1324           </ul>
1325           <em>New Known Issues</em>
1326           <ul>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1329               sequence features correctly (for many previous versions of
1330               Jalview)
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1334               using cursor in wrapped panel other than top
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1338               graduated colour threshold
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1342               always preserve numbering and sequence features
1343             </li>
1344           </ul>
1345           <em>Known Java 9 Issues</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1349               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1350               9.01, OSX 10.10)
1351             </li>
1352           </ul>
1353         </div></td>
1354     </tr>
1355     <tr>
1356       <td width="60" nowrap>
1357         <div align="center">
1358           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1359             <em>2/10/2017</em></strong>
1360         </div>
1361       </td>
1362       <td><div align="left">
1363           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1367             </li>
1368             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1369             </li>
1370           </ul>
1371         </div></td>
1372       <td><div align="left">
1373         </div></td>
1374     </tr>
1375     <tr>
1376       <td width="60" nowrap>
1377         <div align="center">
1378           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1379             <em>7/9/2017</em></strong>
1380         </div>
1381       </td>
1382       <td><div align="left">
1383           <em></em>
1384           <ul>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1387               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1388               white)
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1392               Preferences
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1396               in size and progress bar shown as higher resolution
1397               overview is recalculated
1398             </li>
1399
1400           </ul>
1401         </div></td>
1402       <td><div align="left">
1403           <em></em>
1404           <ul>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1407               column region row by row
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1411               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1415               format setting is unticked
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1419               if group has show boxes format setting unticked
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1423               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1424               include sequences and columns not currently displayed
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1428               assemblies are imported via CIF file
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1432               displayed when threshold or conservation colouring is also
1433               enabled.
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1437               server version
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1441               dragging a selected region off the visible region of the
1442               alignment
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1446               colourscheme to all groups in a view
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1450               initially after font size change using the Font chooser or
1451               middle-mouse zoom
1452             </li>
1453           </ul>
1454         </div></td>
1455     </tr>
1456     <tr>
1457       <td width="60" nowrap>
1458         <div align="center">
1459           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1460         </div>
1461       </td>
1462       <td><div align="left">
1463           <em>Calculations</em>
1464           <ul>
1465
1466             <li>
1467               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1468               ungapped positions in each column of the alignment.
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1472               a calculation dialog box
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1476               and memory efficiency (~30x faster)
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1480               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1481               and other calculations
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1485               files within the Jalview codebase
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1489               Similarity may have different topology due to increased
1490               precision
1491             </li>
1492           </ul>
1493           <em>Rendering</em>
1494           <ul>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1497               model for alignments and groups
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1501               scripts
1502             </li>
1503           </ul>
1504           <em>Overview</em>
1505           <ul>
1506             <li>
1507               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1508               with alignment and overview windows
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1512               overview
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1516               omitted in Overview
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1520               adjustment of visible position
1521             </li>
1522           </ul>
1523
1524           <em>Data import/export</em>
1525           <ul>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1528               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1532               annotation input/output via stockholm flatfile
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1536               extension when importing structure files without embedded
1537               names or PDB accessions
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1541               format sequence substitution matrices
1542             </li>
1543           </ul>
1544           <em>User Interface</em>
1545           <ul>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1548               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1549               the application.
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1553               via Overview or sequence motif search operations
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1557               opened by double clicking gaps within sequence feature
1558               extent
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1562               aligned positions were available to create a 3D structure
1563               superposition.
1564             </li>
1565           </ul>
1566           <em>3D Structure</em>
1567           <ul>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1570               coloured in linked structure views
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1574               file-based command exchange
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1578               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1579               structures are already available for sequences
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1583               the Jalview project rather than downloaded again when the
1584               project is reopened.
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1588               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1589               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1590                 Feature</strong>)
1591             </li>
1592           </ul>
1593           <em>Web Services</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1600               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1601               Analysis services
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1605               cross-references provided by identifiers.org and the
1606               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1607             </li>
1608           </ul>
1609
1610           <em>Scripting</em>
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1614               identifying file formats (instead of String constants)
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1618               efficiency when counting all displayed features (not
1619               backwards compatible with 2.10.1)
1620             </li>
1621           </ul>
1622           <em>Example files</em>
1623           <ul>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1626               included in the example feature file
1627             </li>
1628           </ul>
1629           <em>Documentation</em>
1630           <ul>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1633               with the built-in Java help viewer
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1637               sequence description' option
1638             </li>
1639           </ul>
1640           <em>Test Suite</em>
1641           <ul>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1644               Uniprot REST Free Text Search Client
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1651               during tests
1652             </li>
1653           </ul>
1654         </div></td>
1655       <td><div align="left">
1656           <em>Calculations</em>
1657           <ul>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1660               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1661               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1662             </li>
1663             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1664               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1665               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1666               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1667               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1668               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1669               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1670               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1671               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1672               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1673               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1674               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1675               // for 2.10.1 mode <br />
1676               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1677               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1678                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1679                 calculations (not recommended)</em></li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1682               scaling of branch lengths for trees computed using
1683               Sequence Feature Similarity.
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1687               generating output report when working with highly
1688               redundant alignments
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1692               right of selected region when gaps present on right-hand
1693               boundary
1694             </li>
1695           </ul>
1696           <em>User Interface</em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1700               doesn't reselect a specific sequence's associated
1701               annotation after it was used for colouring a view
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1705               opened on a region of alignment without groups
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1709               of an alignment with overlapping groups
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1713               name and description match
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1717               hidden regions results in incorrect hidden regions
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1721               changing colour does not apply Conservation slider value
1722               to all groups
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1726               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1730               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1734               gaps before start of features
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1738               restored to UI when feature colour is edited
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1742               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1746               as graduate feature colour settings are modified via the
1747               dialog box
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1751               when a group defined on the alignment is resized
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1755               wrapped view result in positional status updates
1756             </li>
1757
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1760               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1764               alignment included gapped columns
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1768               widgets don't permanently disappear
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1772               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1773               T-Coffee column reliability scores)
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1777               sequence feature on gaps only
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1781               button from a Find inherit previously defined feature type
1782               rather than the Find query string
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1786               exporting tree calculated in Jalview
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1790               and then revealing them reorders sequences on the
1791               alignment
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1795               doesn't update to reflect available set of groups after
1796               interactively adding or modifying features
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1800               Linux
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1804               only excluded gaps in current sequence and ignored
1805               selection.
1806             </li>
1807           </ul>
1808           <em>Rendering</em>
1809           <ul>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1812               erratically when hidden rows or columns are present
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1816               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1817               sequence colouring
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1821               colour and group colour menu for protein alignments
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1825               reflect currently selected view or group's shading
1826               thresholds
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1830               when rendered on overview and structures when opacity at
1831               100%
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1835               overview when features overlaid on alignment
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1839               recovered correctly from Jalview project file
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1843               (automatically via preferences) are different to the main
1844               alignment panel
1845             </li>
1846           </ul>
1847           <em>Data import/export</em>
1848           <ul>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1851               load
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1855               added after a sequence was imported are not written to
1856               Stockholm File
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1860               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1864               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1868               with lightGray or darkGray via features file (but can
1869               specify lightgray)
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1873               when alignment view imported from project
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1877               structure and sequences extracted from structure files
1878               imported via URL and viewed in Jmol
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1882               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1883               the project is loaded and the structure viewed
1884             </li>
1885           </ul>
1886           <em>Web Services</em>
1887           <ul>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1890               release of Ensembl v.88
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1894               appear enabled in Preferences->Connections
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1898               removed from console output
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1902               Ensembl by Peptide ID
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1906               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1907               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1908               due to 'null' string rather than empty string used for
1909               residues with no corresponding PDB mapping).
1910             </li>
1911           </ul>
1912           <em>Application UI</em>
1913           <ul>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1916               menu
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1920               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1921               new documentation and tooltips added)
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1925               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1929               new features are added to alignment
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1933               changes to feature colours via the Amend features dialog
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1937               edit graduated feature colour via amend features dialog
1938               box
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1942               selection menu changes colours of alignment views
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1946               from alignment calculation workers after alignment has
1947               been closed
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1951               groups now 'Create Group'
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1955               Create/Undefine group doesn't always work
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1959               shown again after pressing 'Cancel'
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1963               adjusts start position in wrap mode
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1967               ambiguous amino acids
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1971               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1972               proteins
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1976               Defined' don't appear in Colours menu
1977             </li>
1978           </ul>
1979           <em>Applet</em>
1980           <ul>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1983               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1987               overview or linked structure view
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1991               work (since 2.8)
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1995               user-defined colourscheme doesn't restore original
1996               colourscheme
1997             </li>
1998           </ul>
1999           <em>Test Suite</em>
2000           <ul>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2003               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2007               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2008               problems with deep array comparison equality asserts in
2009               successive versions of TestNG
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2013               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2014             </li>
2015           </ul>
2016           <em>New Known Issues</em>
2017           <ul>
2018             <li>
2019               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2020               phase after a sequence motif find operation
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2024               containing just upper and lower case letters are
2025               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2029               reliably from eggnog Ortholog database
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2033               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2034               to mark columns containing highlighted regions.
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2038               doesn't always add secondary structure annotation.
2039             </li>
2040           </ul>
2041         </div>
2042     <tr>
2043       <td width="60" nowrap>
2044         <div align="center">
2045           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2046         </div>
2047       </td>
2048       <td><div align="left">
2049           <em>General</em>
2050           <ul>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2053               for all consensus calculations
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2057               3rd Oct 2016)
2058             </li>
2059             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2060               for 2016-2017</li>
2061           </ul>
2062           <em>Application</em>
2063           <ul>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2066               set of database cross-references, sorted alphabetically
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2070               from database cross references. Users with custom links
2071               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2072                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2076               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2077               Chimera session
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2081               the Chimera it is connected to is shut down
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2085               columns menu item to mark columns containing highlighted
2086               regions (e.g. from structure selections or results of a
2087               Find operation)
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2091               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2092               MSAviewer
2093             </li>
2094           </ul>
2095         </div></td>
2096       <td>
2097         <div align="left">
2098           <em>General</em>
2099           <ul>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2102               are not coloured or thresholded according to percent
2103               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2107               hydrophobic
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2111               threshold, amino acid properties)
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2115               reported as mapped to residues in a structure file in the
2116               View Mapping report
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2120               could be added multiple times to a sequence
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2124               bond features shown as two highlighted residues rather
2125               than a range in linked structure views, and treated
2126               correctly when selecting and computing trees from features
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2130               cross-references are matched to database name regardless
2131               of case
2132             </li>
2133
2134           </ul>
2135           <em>Application</em>
2136           <ul>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2139               names without regular expressions also offer links from
2140               Sequence ID
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2144               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2145               update Jalview configuration
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2149               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2153               files with similarly named sequences if dropped onto the
2154               alignment
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2158               entries where more chains exist in the PDB accession than
2159               are reported in the SIFTS file
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2163               the structure view when displayed with Chimera
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2167               panel's View->Show Chains submenu
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2171               work for wrapped alignment views
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2175               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2179               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2180               first annotation row
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2184               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2188               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2189             </li>
2190             <!-- JAL-2319 -->
2191             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2192             coordindate data
2193             </li>
2194           </ul>
2195           <!--           <em>New Known Issues</em>
2196           <ul>
2197             <li></li>
2198           </ul> -->
2199         </div>
2200       </td>
2201     </tr>
2202     <td width="60" nowrap>
2203       <div align="center">
2204         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2205           <em>25/10/2016</em></strong>
2206       </div>
2207     </td>
2208     <td><em>Application</em>
2209       <ul>
2210         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2211           view if structures already loaded</li>
2212         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2213           structure views</li>
2214       </ul></td>
2215     <td>
2216       <div align="left">
2217         <em>General</em>
2218         <ul>
2219           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2220             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2221           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2222             example sequences/projects/trees</li>
2223         </ul>
2224         <em>Application</em>
2225         <ul>
2226           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2227             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2228           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2229             without timeout for structures with multiple models or
2230             multiple sequences in alignment</li>
2231           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2232             PDB ID HEADER line</li>
2233           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2234             is performed</li>
2235           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2236             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2237           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2238           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2239             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2240             option</li>
2241           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2242             is created on the alignment</li>
2243           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2244             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2245             pop-up menu</li>
2246         </ul>
2247         <em>Build and deployment</em>
2248         <ul>
2249           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2250             tags</li>
2251         </ul>
2252         <em>New Known Issues</em>
2253         <ul>
2254           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2255             on Windows</li>
2256         </ul>
2257       </div>
2258     </td>
2259     </tr>
2260     <tr>
2261       <td width="60" nowrap>
2262         <div align="center">
2263           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2264         </div>
2265       </td>
2266       <td><em>General</em>
2267         <ul>
2268           <li>
2269             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2270           </li>
2271           <li>
2272             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2273             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2274             better PDB parsing.
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2278             reference sequence
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2282             mousing over sequence associated annotation
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2286             for manual entry
2287           </li>
2288           <li>
2289             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2290             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2291             for each column
2292           </li>
2293           <li>
2294             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2295             showing or hiding columns containing a feature
2296           </li>
2297           <li>
2298             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2299             group and sequence associated annotation labels
2300           </li>
2301           <li>
2302             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2303             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2304             dialogs
2305           </li>
2306
2307         </ul> <em>Application</em>
2308         <ul>
2309           <li>
2310             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2311             gene/transcript view
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2315             dialog
2316           </li>
2317           <li>
2318             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2319             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2323             Pfam sources to xfam.org
2324           </li>
2325           <li>
2326             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2330             over sequences in Jalview
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2334             regions in ENA and EMBL
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2338             for record retrieval via ENA rest API
2339           </li>
2340           <li>
2341             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2342             complement operator
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2346             groovy script execution
2347           </li>
2348           <li>
2349             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2350             alignment window's Calculate menu
2351           </li>
2352           <li>
2353             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2354             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2358             calculation workers from groovy scripts
2359           </li>
2360           <li>
2361             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2362             Jalview projects
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2366             associations are now saved/restored from project
2367           </li>
2368           <li>
2369             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2370             before sequence fetcher is opened
2371           </li>
2372           <li>
2373             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2374             database chooser opens a sequence fetcher
2375           </li>
2376           <li>
2377             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2378             the UniProt REST API
2379           </li>
2380           <li>
2381             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2382             the news reader opening
2383           </li>
2384           <li>
2385             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2386             querying stored in preferences
2387           </li>
2388           <li>
2389             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2390             search results
2391           </li>
2392           <li>
2393             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2397             menu for nucleotide sequences
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2401             and feature counts preserves alignment ordering (and
2402             debugged for complex feature sets).
2403           </li>
2404           <li>
2405             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2406             viewing structures with Jalview 2.10
2407           </li>
2408           <li>
2409             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2410             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2411             Ensembl Genomes REST API
2412           </li>
2413           <li>
2414             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2415             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2416             (Ensembl)
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2420             sequences
2421           </li>
2422           <li>
2423             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2424             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2425             data from external database records.
2426           </li>
2427           <li>
2428             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2429             efficient recovery of sequence coding and alignment
2430             annotation relationships.
2431           </li>
2432         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2433         <ul>
2434           <li>
2435             -- JAL---
2436           </li>
2437         </ul> --></td>
2438       <td>
2439         <div align="left">
2440           <em>General</em>
2441           <ul>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2444               menu on OSX
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2448               includes graduated colourschemes
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2452               working with big alignments and lots of hidden columns
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2456               at right of alignment window
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2460               contents
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2464               for DNA alignments
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2468               based tree calculation
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2472               unconserved enabled for group on alignment
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2476               set as reference
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2480               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2481               annotation
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2485               hidden columns present
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2489               user created annotation added to alignment
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2493               '()' base pair annotation
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2497               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2498               Consensus
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2502               feature not working
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2506               beginning of sequence
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2510               entry 3a6s
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2514               from a tree when t-coffee scores are shown
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2518               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2522               some structures
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2526               to Clustal, PIR and PileUp output
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2530               not visible causes alignment window to repaint
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2534               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2535               scores associated with features and annotation rows
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2539               calculation should be case independent
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2543               columns
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2547               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2548               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2552               problems when reference sequence defined and 'show
2553               non-conserved' enabled
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2557               load even when Consensus calculation is disabled
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2561               alignment does nothing
2562             </li>
2563           </ul>
2564           <em>Application</em>
2565           <ul>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2568               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2569               yet fixed for El Capitan)
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2573               output when running on non-gb/us i18n platforms
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2577               hidden sequences as flat-file alignment
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2581               launching Chimera
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2585               (also hotfix for 2.9.0b2)
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2589               reference sequence defined
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2593               alignments and views when revealing hidden columns
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2597               view in a cDNA/Protein splitframe
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2601               sequence from project when only one sequence is
2602               represented
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2606               in Structure Chooser
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2610               structure consensus didn't refresh annotation panel
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2614               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2618               dialogs format columns correctly, don't display array
2619               data, sort columns according to type
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2623               file chooser is cancelled during an image export
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2627               sequence name containing special characters
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2631               case insensitive
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2635               formatting don't wrap
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2639               truncated so L looks like I in consensus annotation
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2643               currently displayed features for the current selection or
2644               view
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2648               after fetching cross-references, and restoring from
2649               project
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2653               followed in the structure viewer
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2657               splitframe not restored from project
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2661               trailing end of protein alignment in transcript/product
2662               splitview when pad-gaps not enabled by default
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2666               is case dependent
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2670               article has been read (reopened issue due to
2671               internationalisation problems)
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2675               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2676               cross-references
2677             </li>
2678
2679             <li>
2680               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2681               alignment as HTML
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2685               multiple structures are shown for one or more sequences.
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2689               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2690               is enabled.
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2694               specific PDB id for sequence
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2698               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2699               columns' is disabled.
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2703               selects lowest rather than highest resolution structures
2704               for each sequence
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2708               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2712               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2716               after clicking on it to create new annotation for a
2717               column.
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2721               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2722             </li>
2723             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2724             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2725           </ul>
2726           <em>Applet</em>
2727           <ul>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2730               hidden columns present before start of sequence
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2734               (JSON jars)
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2738               sequences are hidden in applet
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2742               deployment on examples pages.
2743             </li>
2744           </ul>
2745         </div>
2746       </td>
2747     </tr>
2748     <tr>
2749       <td width="60" nowrap>
2750         <div align="center">
2751           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2752             <em>16/10/2015</em></strong>
2753         </div>
2754       </td>
2755       <td><em>General</em>
2756         <ul>
2757           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2758             jars</li>
2759         </ul></td>
2760       <td>
2761         <div align="left">
2762           <em>Application</em>
2763           <ul>
2764             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2765               shown when tree is partitioned</li>
2766             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2767               multiple cDNA/Protein split views</li>
2768           </ul>
2769         </div>
2770       </td>
2771     </tr>
2772     <tr>
2773       <td width="60" nowrap>
2774         <div align="center">
2775           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2776             <em>8/10/2015</em></strong>
2777         </div>
2778       </td>
2779       <td><em>General</em>
2780         <ul>
2781           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2782             2.9</li>
2783         </ul> <em>Application</em>
2784         <ul>
2785           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2786           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2787           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2788         </ul> <em>Applet</em>
2789         <ul>
2790           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2791         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2792         <ul>
2793           <li>
2794             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2795             suite
2796           </li>
2797         </ul></td>
2798       <td>
2799         <div align="left">
2800           <em>General</em>
2801           <ul>
2802             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2803               incorrect when sequence start > 1</li>
2804             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2805               documentation</li>
2806             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2807             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2808               loading a features file containing HTML tags in feature
2809               description</li>
2810
2811           </ul>
2812           <em>Application</em>
2813           <ul>
2814             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2815               reimport</li>
2816             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2817               with 'trim retrieved sequences'</li>
2818             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2819               deleting selected columns</li>
2820             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2821               JNLP templates for webstart launch</li>
2822             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2823               unreleased structures for download or viewing</li>
2824             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2825               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2826             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2827               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2828             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2829               recovered from jalview project</li>
2830             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2831               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2832               alignment view</li>
2833             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2834               color schemes from BioJSON</li>
2835           </ul>
2836           <em>Applet</em>
2837           <ul>
2838             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2839               frame</li>
2840             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2841           </ul>
2842         </div>
2843       </td>
2844     </tr>
2845     <tr>
2846       <td><div align="center">
2847           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2848         </div></td>
2849       <td><em>General</em>
2850         <ul>
2851           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2852             alignments:
2853             <ul>
2854               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2855                 and DNA alignment views</li>
2856               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2857                 cDNA alignment views</li>
2858               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2859                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2860               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2861                 protein sequences</li>
2862             </ul>
2863           </li>
2864           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2865           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2866             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2867           <li>New alignment annotation file statements for
2868             reference sequences and marking hidden columns</li>
2869           <li>Reference sequence based alignment shading to
2870             highlight variation</li>
2871           <li>Select or hide columns according to alignment
2872             annotation</li>
2873           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2874           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2875             acid conservation row</li>
2876           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2877         </ul> <em>Application</em>
2878         <ul>
2879           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2880             <ul>
2881               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2882                 view with cDNA/Protein</li>
2883               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2884                 sequences are placed in the same alignment</li>
2885               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2886                 projects</li>
2887             </ul>
2888           </li>
2889
2890           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2891           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2892             Jalview windows</li>
2893
2894           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2895           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2896           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2897             be shown in VARNA</li>
2898
2899           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2900             as the active selected region</li>
2901
2902           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2903             similarity</li>
2904           <li>New Export options
2905             <ul>
2906               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2907                 region export in flat file generation</li>
2908
2909               <li>Export alignment views for display with the <a
2910                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2911
2912               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2913               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2914                 alignment figures to HTML</li>
2915           </li>
2916           <li>3D structure retrieval and display
2917             <ul>
2918               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2919                 Search API</li>
2920               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2921                 PDB structures for a sequence set</li>
2922             </ul>
2923           </li>
2924
2925           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2926             predictions</li>
2927           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2928             for one or a group of sequences</li>
2929           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2930             from the JPred4 web server</li>
2931           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2932             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2933             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2934           </li>
2935           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2936             VARNA 2D Structure'</li>
2937           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2938             Structure ..."</li>
2939
2940         </ul> <em>Applet</em>
2941         <ul>
2942           <li>New layout for applet example pages</li>
2943           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2944             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2945           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2946             Protein alignments</li>
2947         </ul> <em>Development and deployment</em>
2948         <ul>
2949           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2950           <li>Include installation type and git revision in build
2951             properties and console log output</li>
2952           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2953             storing BioJsMSA Templates</li>
2954           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2955         </ul></td>
2956       <td>
2957         <!-- <em>General</em>
2958         <ul>
2959         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2960         <ul>
2961           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2962           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2963           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2964             predictions are not highlighted in amber</li>
2965           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2966             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2967           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2968             associated structure views</li>
2969           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2970             width checkbox not enabled</li>
2971           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2972             creating user defined colours</li>
2973           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2974             mappings for just that viewer's sequences</li>
2975           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2976             multiple models in Chimera</li>
2977           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2978             over Jmol structure</li>
2979           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2980             output to text box</li>
2981           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2982             have incorrect sequence start/end</li>
2983           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2984             Jalview fails</li>
2985           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2986             work for nucleotide</li>
2987           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2988             to a grey/invisible alignment window</li>
2989           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2990             imports to different position</li>
2991           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2992             on some platforms</li>
2993           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2994             populated</li>
2995           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2996             console if Chimera has been opened</li>
2997           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2998           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2999             retrieved</li>
3000           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3001           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3002             either sequence shows on first structure</li>
3003           <li>'Show annotations' options should not make
3004             non-positional annotations visible</li>
3005           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3006             in right place after 'view flanking regions'</li>
3007           <li>File Save As type unset when current file format is
3008             unknown</li>
3009           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3010             projects</li>
3011           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3012             responsive</li>
3013           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3014             several views on same alignment</li>
3015           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3016           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3017             spaces</li>
3018         </ul> <em>Applet</em>
3019         <ul>
3020           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3021           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3022             descriptions containing angle brackets</li>
3023         </ul> <em>General</em>
3024         <ul>
3025           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3026             via jalview annotation file</li>
3027           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3028             with RNA secondary structure</li>
3029           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3030             translation doesn't work.</li>
3031           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3032           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3033             positions</li>
3034           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3035             choosing 1pt font</li>
3036           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3037             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3038             'h'</li>
3039           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3040             new feature</li>
3041           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3042             order dependent</li>
3043           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3044             sequences</li>
3045           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3046         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3047         <ul>
3048           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3049             www.jalview.org</li>
3050         </ul> <em>Application Known issues</em>
3051         <ul>
3052           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3053           <li>Misleading message appears after trying to delete
3054             solid column.</li>
3055           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3056             version launches</li>
3057           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3058             fails with a sequence mismatch</li>
3059           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3060             scrolling alignment to right</li>
3061           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3062             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3063           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3064             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3065           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3066             ultra-high resolution</li>
3067           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3068             quality and conservation</li>
3069           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3070             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3071         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3072         <ul>
3073           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3074           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3075             window is being resized</li>
3076
3077         </ul>
3078       </td>
3079     </tr>
3080     <tr>
3081       <td><div align="center">
3082           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3083         </div></td>
3084       <td><em>General</em>
3085         <ul>
3086           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3087             Certum.PL.</li>
3088           <li>Features and annotation preserved when performing
3089             pairwise alignment</li>
3090           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3091             imported/exported/displayed</li>
3092           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3093             protein secondary structure</li>
3094           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3095               post-hoc with 2.9 release</em>)
3096           </li>
3097
3098         </ul> <em>Application</em>
3099         <ul>
3100           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3101             with 3D structures</li>
3102           <li>Support for parsing RNAML</li>
3103           <li>Annotations menu for layout
3104             <ul>
3105               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3106               <li>place sequence annotation above/below alignment
3107                 annotation</li>
3108             </ul>
3109           <li>Output in Stockholm format</li>
3110           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3111             translation</li>
3112           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3113           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3114             shared between alignments</li>
3115           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3116             Jalview</li>
3117           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3118             all or current selection</li>
3119           <li>disorder and secondary structure predictions
3120             available as dataset annotation</li>
3121           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3122
3123
3124           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3125             alignments from Rfam</li>
3126           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3127
3128           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3129             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3130           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3131           <li>include installation type in build properties and
3132             console log output</li>
3133           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3134             annotation</li>
3135         </ul></td>
3136       <td>
3137         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3138         <ul>
3139           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3140             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3141           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3142             alignment</li>
3143           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3144           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3145           <li>Double click on sequence associated annotation
3146             selects only first column</li>
3147           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3148             leaves shown in tree</li>
3149           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3150             properly</li>
3151           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3152           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3153             screen and buttons not visible</li>
3154           <li>author list isn't updated if already written to
3155             Jalview properties</li>
3156           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3157             from database</li>
3158           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3159           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3160             browser search window</li>
3161           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3162             in feature settings dialog</li>
3163           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3164             desktop</li>
3165           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3166             pass validation</li>
3167           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3168             fit on screen</li>
3169           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3170             tooltip</li>
3171           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3172             defined user preset</li>
3173           <li>MSA web services warns user if they were launched
3174             with invalid input</li>
3175           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3176             Java 8</li>
3177           <li>
3178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3179             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3180             created
3181           </li>
3182
3183         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3184         <ul>
3185         </ul> <em>General</em>
3186         <ul>
3187         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3188         <ul>
3189           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3190             memory allocation</li>
3191           <li>launchApp service doesn't automatically open
3192             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3193           <li>
3194             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3195             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3196             1.7_055 is available
3197           </li>
3198         </ul> <em>Application Known issues</em>
3199         <ul>
3200           <li>
3201             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3202             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3203             alignment to right
3204           </li>
3205           <li>
3206             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3207             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3208             with large number of ID
3209           </li>
3210           <li>
3211             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3212             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3213             start/end
3214           </li>
3215           <li>
3216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3217             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3218             structure tracks are rearranged
3219           </li>
3220           <li>
3221             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3222             invalid rna structure positional highlighting does not
3223             highlight position of invalid base pairs
3224           </li>
3225           <li>
3226             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3227             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3228             project from alignment window file menu
3229           </li>
3230           <li>
3231             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3232             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3233             structures
3234           </li>
3235           <li>
3236             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3237             colour by RNA Helices not enabled when user created
3238             annotation added to alignment
3239           </li>
3240           <li>
3241             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3242             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3243           </li>
3244         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3245         <ul>
3246           <li>
3247             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3248             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3249           </li>
3250           <li>
3251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3252             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3253           </li>
3254
3255           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3256             when selected</li>
3257         </ul>
3258       </td>
3259     </tr>
3260     <tr>
3261       <td><div align="center">
3262           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3263         </div></td>
3264       <td>
3265         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3266         <em>General</em>
3267         <ul>
3268           <li>Internationalisation of user interface (usually
3269             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3270           <li>Define/Undefine group on current selection with
3271             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3272           <li>Improved group creation/removal options in
3273             alignment/sequence Popup menu</li>
3274           <li>Sensible precision for symbol distribution
3275             percentages shown in logo tooltip.</li>
3276           <li>Annotation panel height set according to amount of
3277             annotation when alignment first opened</li>
3278         </ul> <em>Application</em>
3279         <ul>
3280           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3281             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3282           <li>Select columns containing particular features from
3283             Feature Settings dialog</li>
3284           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3285             sequences</li>
3286           <li>Update Jalview project format:
3287             <ul>
3288               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3289               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3290                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3291               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3292                 colouring</li>
3293             </ul>
3294           </li>
3295           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3296             (PAM250)</li>
3297           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3298             flanking regions for an alignment</li>
3299         </ul>
3300       </td>
3301       <td>
3302         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3303         <ul>
3304           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3305             running after job is cancelled</li>
3306           <li>cannot export features from alignments imported from
3307             Jalview/VAMSAS projects</li>
3308           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3309             float values</li>
3310           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3311             have 'display all symbols' flag set</li>
3312           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3313             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3314           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3315             Jalview</li>
3316           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3317             Lion/Webstart</li>
3318           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3319           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3320           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3321             alignment onto desktop</li>
3322           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3323             'extract scores' function</li>
3324           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3325             alignment window</li>
3326           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3327             performing IUPred disorder prediction</li>
3328           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3329             changing 'normalise logo' display setting</li>
3330           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3331             nothing matches query</li>
3332           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3333             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3334           </li>
3335           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3336             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3337           </li>
3338           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3339             Jalview's menu</li>
3340           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3341             'invalid literal/length code'</li>
3342           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3343             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3344           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3345             colourscheme</li>
3346
3347         </ul> <em>Applet</em>
3348         <ul>
3349           <li>Remove group option is shown even when selection is
3350             not a group</li>
3351           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3352             don't affect groups</li>
3353           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3354             colourscheme name</li>
3355           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3356             Annotation panel is not displayed</li>
3357           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3358             embedded windows</li>
3359         </ul> <em>Other</em>
3360         <ul>
3361           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3362             single sequence were not calculated</li>
3363           <li>annotation files that contain only groups imported as
3364             annotation and junk sequences</li>
3365           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3366             recognised as PFAM or BLC</li>
3367           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3368             doesn't affect background (2.8.0b1)
3369           <li></li>
3370           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3371           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3372             trailing gaps</li>
3373           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3374             registered correctly on import</li>
3375           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3376             certain alignments</li>
3377           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3378             existing annotation based 'use original colours'
3379             colourscheme loses original colours setting</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382     </tr>
3383     <tr>
3384       <td><div align="center">
3385           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3386             <em>30/1/2014</em></strong>
3387         </div></td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3391             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3392             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3393             open source project).
3394           </li>
3395           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3396           <li>Output in Stockholm format</li>
3397           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3398           <li>Export/import group and sequence associated line
3399             graph thresholds</li>
3400           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3401             ambiguity codes</li>
3402           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3403             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3404             works</li>
3405           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3406         </ul> <em>Other improvements</em>
3407         <ul>
3408           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3409           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3410             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3411           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3412             files</li>
3413           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3414           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3415             link but no description</li>
3416           <li>Select primary source when selecting authority in
3417             database fetcher GUI</li>
3418           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3419             Jalview</li>
3420           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3421         </ul>
3422       </td>
3423       <td>
3424         <ul>
3425           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3426             displayed</li>
3427           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3428             secondary structure annotation line</li>
3429           <li>Sequence database accessions not imported when
3430             fetching alignments from Rfam</li>
3431           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3432             identical IDs</li>
3433           <li>View all structures does not always superpose
3434             structures</li>
3435           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3436             reflect user or preset settings</li>
3437           <li>Null pointer exceptions for some services without
3438             presets or adjustable parameters</li>
3439           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3440             discover PDB xRefs</li>
3441           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3442             features with DAS</li>
3443           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3444             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3445           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3446             residue follows a gap</li>
3447           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3448             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3449           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3450             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3451           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3452             annotation already exists on alignment</li>
3453           <li>oninit javascript function should be called after
3454             initialisation completes</li>
3455           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3456             alignment window display</li>
3457           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3458           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3459             to annotation file</li>
3460           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3461             groups created</li>
3462           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3463             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3464           <li>Pressing return several times causes Number Format
3465             exceptions in keyboard mode</li>
3466           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3467             correct partitions for input data</li>
3468           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3469           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3470           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3471           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3472             mode</li>
3473           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3474             changes one row&#39;s threshold</li>
3475           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3476             doesn&#39;t open</li>
3477           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3478             quality histograms</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481     </tr>
3482     <tr>
3483       <td><div align="center">
3484           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3485         </div></td>
3486       <td><em>Application</em>
3487         <ul>
3488           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3489             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3490           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3491             preferences</li>
3492           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3493             in Jalview alignment window</li>
3494           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3495             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3496           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3497             RNA and ambiguity codes</li>
3498
3499           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3500           <li>Support fetching and database reference look up
3501             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3502             refs')</li>
3503           <li>Jalview project improvements
3504             <ul>
3505               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3506                 flag for annotation</li>
3507               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3508                 alignment</li>
3509               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3510                 Jalview project</li>
3511
3512             </ul>
3513           </li>
3514           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3515           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3516             running</li>
3517           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3518           <li>visual indication that web service results are still
3519             being retrieved from server</li>
3520           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3521             starts up for first time</li>
3522           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3523             services</li>
3524           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3525             client library</li>
3526           <li>Examples directory and Groovy library included in
3527             InstallAnywhere distribution</li>
3528         </ul> <em>Applet</em>
3529         <ul>
3530           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3531             visualization applet example</li>
3532         </ul> <em>General</em>
3533         <ul>
3534           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3535           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3536             defaults</li>
3537           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3538             calculation</li>
3539           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3540             matrices
3541           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3542             in HTML</li>
3543           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3544             structure contacts</li>
3545           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3546           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3547           <li>Parse sequence associated secondary structure
3548             information in Stockholm files</li>
3549           <li>HTML Export database accessions and annotation
3550             information presented in tooltip for sequences</li>
3551           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3552             style RNA alignment files</li>
3553           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3554             alignment</li>
3555           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3556             shade each sequence according to its associated alignment
3557             annotation</li>
3558           <li>New Jalview Logo</li>
3559         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3560         <ul>
3561           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3562           <li>New Website!</li>
3563         </ul></td>
3564       <td><em>Application</em>
3565         <ul>
3566           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3567             wsdbfetch REST service</li>
3568           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3569           <li>Filetype associations not installed for webstart
3570             launch</li>
3571           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3572             job execution in full once it is complete</li>
3573           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3574             uploaded via ali_file parameter</li>
3575           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3576           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3577           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3578             submitted for prediction</li>
3579           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3580             desktop window</li>
3581           <li>Putting fractional value into integer text box in
3582             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3583           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3584             windows 7</li>
3585           <li>View all structures fails with exception shown in
3586             structure view</li>
3587           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3588             escaped in a platform independent way</li>
3589           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3590             using proxy</li>
3591           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3592             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3593           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3594             failure when java web start temporary file caching is
3595             disabled</li>
3596           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3597             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3598           <li>Errors during processing of command line arguments
3599             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3600           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3601             DAS sources in sequence fetcher</li>
3602           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3603             dialog is shown</li>
3604           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3605           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3606           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3607           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3608             on OSX Mountain Lion</li>
3609           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3610             sequences with alignment annotation are pasted into the
3611             alignment</li>
3612           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3613             when loaded from Jalview project</li>
3614           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3615           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3616             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3617           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3618             associated with all views</li>
3619           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3620             annotation rows to new window</li>
3621         </ul> <em>Applet</em>
3622         <ul>
3623           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3624             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3625           <li>loading features via javascript API automatically
3626             enables feature display</li>
3627           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3628             work</li>
3629         </ul> <em>General</em>
3630         <ul>
3631           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3632           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3633             and then deselected</li>
3634           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3635           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3636             coloured with clustalx</li>
3637           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3638             exceptions and redraw errors</li>
3639           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3640             reconfigured view</li>
3641           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3642             colour</li>
3643           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3644             for lots of labels</li>
3645         </ul>
3646     </tr>
3647     <tr>
3648       <td>
3649         <div align="center">
3650           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3651         </div>
3652       </td>
3653       <td><em>Application</em>
3654         <ul>
3655           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3656           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3657           <li>View/alignment association menu to enable user to
3658             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3659             its colours/correspondences from</li>
3660           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3661           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3662             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3663           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3664           <li>Annotation row column label formatting attributes
3665             stored in project file</li>
3666           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3667             rows preserved in Jalview project file</li>
3668           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3669             saved using Desktop window menu</li>
3670           <li>Visual indication that command line arguments are
3671             still being processed</li>
3672           <li>Groovy script execution from URL</li>
3673           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3674             preferences</li>
3675           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3676             alignment with sequences that have high similarity and
3677             matching IDs</li>
3678           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3679           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3680             structures in same window</li>
3681           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3682           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3683             analysis function in its own submenu</li>
3684         </ul> <em>Applet</em>
3685         <ul>
3686           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3687             groups</li>
3688           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3689           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3690           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3691           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3692           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3693             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3694           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3695           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3696             parameters are treated as such</li>
3697           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3698             <ul>
3699               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3700               <li>Javascript callbacks for
3701                 <ul>
3702                   <li>Applet initialisation</li>
3703                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3704                 </ul>
3705               </li>
3706               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3707                 functions</li>
3708               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3709               <li>javascript structure viewer harness to pass
3710                 messages between Jmol and Jalview when running as
3711                 distinct applets</li>
3712               <li>sortBy method</li>
3713               <li>Set of applet and application examples shipped
3714                 with documentation</li>
3715               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3716                 javascript message exchange</li>
3717             </ul>
3718         </ul> <em>General</em>
3719         <ul>
3720           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3721             multiple alignments</li>
3722           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3723           <li>User configurable link to enable redirects to a
3724             www.Jalview.org mirror</li>
3725           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3726           <li>Configurable newline string when writing alignment
3727             and other flat files</li>
3728           <li>Allow alignment annotation description lines to
3729             contain html tags</li>
3730         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3731         <ul>
3732           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3733             examples</li>
3734           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3735             using a web service before displaying the result in the
3736             Jalview desktop</li>
3737           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3738           <li>Ant target to publish example html files with applet
3739             archive</li>
3740           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3741           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3742         </ul></td>
3743       <td><em>Application</em>
3744         <ul>
3745           <li>User defined colourscheme throws exception when
3746             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3747           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3748             dialog for valid filename/format</li>
3749           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3750           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3751             P37173</li>
3752           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3753             which sequence is to be associated with the file</li>
3754           <li>Find All raises null pointer exception when query
3755             only matches sequence IDs</li>
3756           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3757           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3758             2.4 cannot be loaded</li>
3759           <li>Filetype associations not installed for webstart
3760             launch</li>
3761           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3762             with sequences in different alignments do not get coloured
3763             by their associated sequence</li>
3764           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3765             not preserved when project is loaded</li>
3766           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3767             stored in Jalview project</li>
3768           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3769             Jalview project</li>
3770           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3771           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3772             by conservation</li>
3773           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3774             created on new view</li>
3775           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3776             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3777           <li>Alignment quality not updated after alignment
3778             annotation row is hidden then shown</li>
3779           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3780             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3781           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3782             properly</li>
3783           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3784             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3785           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3786           <li>Structures imported from file and saved in project
3787             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3788           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3789             job execution in full once it is complete</li>
3790         </ul> <em>Applet</em>
3791         <ul>
3792           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3793             annotation rows are displayed</li>
3794           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3795             codebase</li>
3796           <li>View follows highlighting does not work for positions
3797             in sequences</li>
3798           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3799           <li>Export features raises exception when no features
3800             exist</li>
3801           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3802             for javascript api is modified when separator string
3803             provided as parameter</li>
3804           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3805             alignment with no existing selection</li>
3806           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3807             to applet&#39;s codebase</li>
3808           <li>Status bar not updated after finished searching and
3809             search wraps around to first result</li>
3810           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3811             several Jalview applets causes race conditions and memory
3812             leaks</li>
3813           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3814             not sent from Jmol in applet</li>
3815           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3816             applet API fatally hang browser</li>
3817         </ul> <em>General</em>
3818         <ul>
3819           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3820             position with wrapped view and hidden regions</li>
3821           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3822             with/without hidden columns</li>
3823           <li>Sequence length given in alignment properties window
3824             is off by 1</li>
3825           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3826             import PDB like structure files</li>
3827           <li>Positional search results are only highlighted
3828             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3829           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3830           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3831             given sequence position</li>
3832           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3833             output</li>
3834           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3835             from nucleotide chains correctly</li>
3836           <li>Structure colours not updated when tree partition
3837             changed in alignment</li>
3838           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3839             parsed in interleaved stockholm</li>
3840           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3841             state</li>
3842           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3843             properly</li>
3844           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3845             properly associated with their pdb files</li>
3846         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3847         <ul>
3848           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3849             ApplyCopyright tool</li>
3850         </ul></td>
3851     </tr>
3852     <tr>
3853       <td>
3854         <div align="center">
3855           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3856         </div>
3857       </td>
3858       <td><em>Application</em>
3859         <ul>
3860           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3861             contact web services</li>
3862           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3863             service job window</li>
3864           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3865         </ul></td>
3866       <td>
3867         <ul>
3868           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3869             pir file emitted by Jalview</li>
3870           <li>Existing feature settings transferred to new
3871             alignment view created from cut'n'paste</li>
3872           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3873             parsing PDB files</li>
3874           <li>Consensus and conservation annotation rows
3875             occasionally become blank for all new windows</li>
3876           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3877             in wrapped view mode</li>
3878         </ul> <em>Application</em>
3879         <ul>
3880           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3881             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3882           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3883             parameter names</li>
3884           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3885             is down</li>
3886         </ul>
3887       </td>
3888     </tr>
3889     <tr>
3890       <td>
3891         <div align="center">
3892           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3893         </div>
3894       </td>
3895       <td><em>Application</em>
3896         <ul>
3897           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3898             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3899             (JABAWS)
3900           </li>
3901           <li>Web Services preference tab</li>
3902           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3903             preferences</li>
3904           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3905           <li>Superpose structures using associated sequence
3906             alignment</li>
3907           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3908             viewer</li>
3909         </ul> <em>Applet</em>
3910         <ul>
3911           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3912             link out mechanism</li>
3913         </ul> <em>Other</em>
3914         <ul>
3915           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3916             series 12</li>
3917           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3918             require Java 1.5</li>
3919           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3920             sequence annotation files</li>
3921           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3922             type colour specification</li>
3923           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3924             script to check if it being run in an interactive session or
3925             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3926         </ul></td>
3927       <td>
3928         <ul>
3929           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3930             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3931         </ul> <em>Application</em>
3932         <ul>
3933           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3934             selected Regions menu item</li>
3935           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3936             part of a valid accession ID</li>
3937           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3938             runs out of memory</li>
3939           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3940             analysis results</li>
3941           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3942             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3943           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3944         </ul> <em>Applet</em>
3945         <ul>
3946           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3947             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3948             defined.</li>
3949         </ul>
3950       </td>
3951     </tr>
3952     <tr>
3953       <td>
3954         <div align="center">
3955           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3956         </div>
3957       </td>
3958       <td></td>
3959       <td>
3960         <ul>
3961           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3962             sequence IDs</li>
3963           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3964             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3965           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3966             import correctly</li>
3967           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3968             number of columns are hidden</li>
3969           <li>annotation label popup menu not providing correct
3970             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3971             present</li>
3972           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3973             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3974           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3975             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3976
3977         </ul> <em>Applet</em>
3978         <ul>
3979           <li>annotation panel disappears when annotation is
3980             hidden/removed</li>
3981         </ul> <em>Application</em>
3982         <ul>
3983           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3984             alignment opened where annotation panel is visible but no
3985             annotations are present on alignment</li>
3986           <li>pasted region containing hidden columns is
3987             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3988           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3989             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3990           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3991             selected Rregions menu item.</li>
3992           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3993             'Un' or 'Non'conserved</li>
3994           <li>Sequence feature settings are being shared by
3995             multiple distinct alignments</li>
3996           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3997             changed</li>
3998           <li>double click on group annotation to select sequences
3999             does not propagate to associated trees</li>
4000           <li>Mac OSX specific issues:
4001             <ul>
4002               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4003                 window background</li>
4004               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4005                 name set correctly</li>
4006               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4007                 save feature colourscheme button</li>
4008             </ul>
4009           </li>
4010         </ul>
4011       </td>
4012     </tr>
4013     <tr>
4014
4015       <td>
4016         <div align="center">
4017           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4018         </div>
4019       </td>
4020       <td><em>New Capabilities</em>
4021         <ul>
4022           <li>URL links generated from description line for
4023             regular-expression based URL links (applet and application)
4024
4025           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4026             menu</li>
4027           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4028             structures</li>
4029           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4030             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4031           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4032             average score or total feature count for each sequence.</li>
4033           <li>Shading features by score or associated description</li>
4034           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4035             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4036           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4037             hide everything but the currently selected region.</li>
4038           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4039         </ul> <em>Application</em>
4040         <ul>
4041           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4042             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4043           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4044             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4045           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4046             database references and protein_name is parsed as
4047             description line (BioSapiens terms).</li>
4048           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4049             references in sequence ID tooltip from View menu in
4050             application.</li>
4051           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4052       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4053           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4054             conservation plots</li>
4055           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4056             and visualized as sequence logos</li>
4057           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4058             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4059           </li>
4060           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4061             when a new tree is opened.</li>
4062           <li>Jalview Java Console</li>
4063           <li>Better placement of desktop window when moving
4064             between different screens.</li>
4065           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4066             consensus annotation</li>
4067           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4068             Workflows</li>
4069           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4070             <ul>
4071               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4072                 used to preserve views, structures, and tree display
4073                 settings)</li>
4074               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4075                 command line</li>
4076               <li>Sharing of selected regions between views and
4077                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4078               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4079             </ul></li>
4080         </ul> <em>Applet</em>
4081         <ul>
4082           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4083           <li>New Parameters
4084             <ul>
4085               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4086                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4087                 opened.</li>
4088               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4089                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4090               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4091                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4092               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4093                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4094                 view</li>
4095               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4096                 increase the height or width of a cell in the alignment
4097                 grid relative to the current font size.</li>
4098             </ul>
4099           </li>
4100           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4101             tooltip</li>
4102         </ul> <em>Other</em>
4103         <ul>
4104           <li>Features format: graduated colour definitions and
4105             specification of feature scores</li>
4106           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4107             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4108             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4109           <li>XML formats extended to support graduated feature
4110             colourschemes, group associated annotation, and profile
4111             visualization settings.</li></td>
4112       <td>
4113         <ul>
4114           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4115             rather than description</li>
4116           <li>Non-positional features are now included in sequence
4117             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4118             visibility in tooltip).</li>
4119           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4120           <li>Added URL embedding instructions to features file
4121             documentation.</li>
4122           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4123             'X' in peptide product</li>
4124           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4125             sequence ID and sequence string and query strings do not
4126             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4127           <li>AMSA files only contain first column of
4128             multi-character column annotation labels</li>
4129           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4130             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4131             exported and re-imported)</li>
4132           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4133             name</li>
4134           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4135             as subsequence matches, and correctly reports total number
4136             of both.</li>
4137           <li>Application:
4138             <ul>
4139               <li>Better handling of exceptions during sequence
4140                 retrieval</li>
4141               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4142                 link text excludes the start_end suffix</li>
4143               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4144                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4145               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4146               <li>Sequence description lines properly shared via
4147                 VAMSAS</li>
4148               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4149                 data sources</li>
4150               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4151                 completes before alignment figures are generated.</li>
4152               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4153                 first time.</li>
4154               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4155                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4156               <li>User defined group colours properly recovered
4157                 from Jalview projects.</li>
4158             </ul>
4159           </li>
4160         </ul>
4161       </td>
4162
4163     </tr>
4164     <tr>
4165       <td>
4166         <div align="center">
4167           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4168         </div>
4169       </td>
4170       <td>
4171         <ul>
4172           <li>Experimental support for google analytics usage
4173             tracking.</li>
4174           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4175         </ul>
4176       </td>
4177       <td>
4178         <ul>
4179           <li>Race condition in applet preventing startup in
4180             jre1.6.0u12+.</li>
4181           <li>Exception when feature created from selection beyond
4182             length of sequence.</li>
4183           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4184           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4185             all sequences with a given id</li>
4186           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4187             ID string searches</li>
4188           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4189             alignment to fail with exception</li>
4190         </ul> <em>Application Issues</em>
4191         <ul>
4192           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4193           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4194             data sources</li>
4195         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4196         <ul>
4197           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4198             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4199           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4200             version (java class versioning error fixed)</li>
4201         </ul>
4202       </td>
4203     </tr>
4204     <tr>
4205       <td>
4206
4207         <div align="center">
4208           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4209         </div>
4210       </td>
4211       <td><em>User Interface</em>
4212         <ul>
4213           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4214             translation and protein products</li>
4215           <li>Linked highlighting of structure associated with
4216             residue mapping to codon position</li>
4217           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4218             and 'clear' button</li>
4219           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4220             Tools menu</li>
4221           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4222             numeric data in description line</li>
4223           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4224           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4225             of sequence</li>
4226         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4227         <ul>
4228           <li>JPred3 web service</li>
4229           <li>Prototype sequence search client (no public services
4230             available yet)</li>
4231           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4232             PFAM</li>
4233           <li>URL Links created for matching database cross
4234             references as well as sequence ID</li>
4235           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4236         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4237         <ul>
4238           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4239             databases</li>
4240           <li>Generalised database reference retrieval and
4241             validation to all fetchable databases</li>
4242           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4243             sequence command</li>
4244         </ul> <em>Import and Export</em>
4245         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4246         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4247           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4248         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4249           File</li>
4250         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4251           triplet as name of colourscheme</li>
4252         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4253         <ul>
4254           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4255           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4256             alignments (experimental)</li>
4257           <li>Create new or select existing session to join</li>
4258           <li>load and save of vamsas documents</li>
4259         </ul> <em>Application command line</em>
4260         <ul>
4261           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4262             from applet)</li>
4263           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4264             of DAS servers to query for alignment features</li>
4265           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4266             that are also automatically queried for features</li>
4267           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4268             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4269         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4270         <ul>
4271           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4272             application (when using &quot;View in full
4273             application&quot;)</li>
4274         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4275         <ul>
4276           <li>feature group display control parameter</li>
4277           <li>debug parameter</li>
4278           <li>showbutton parameter</li>
4279         </ul> <em>Applet API methods</em>
4280         <ul>
4281           <li>newView public method</li>
4282           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4283           <li>Feature display control methods</li>
4284           <li>get list of currently selected sequences</li>
4285         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4286         <ul>
4287           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4288           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4289             Jalview release.</li>
4290           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4291             property controls execution of obfuscator</li>
4292           <li>Build target for generating source distribution</li>
4293           <li>Debug flag for javacc</li>
4294           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4295             jalview.bin.Cache</li>
4296           <li>Continuous Build Integration for stable and
4297             development version of Application, Applet and source
4298             distribution</li>
4299         </ul></td>
4300       <td>
4301         <ul>
4302           <li>selected region output includes visible annotations
4303             (for certain formats)</li>
4304           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4305             for editing</li>
4306           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4307           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4308           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4309           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4310             comments</li>
4311           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4312             filenames containing a ':'</li>
4313           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4314             global sequence features</li>
4315           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4316             references from alignment sequences goes to zero</li>
4317           <li>Close of tree branch colour box without colour
4318             selection causes cascading exceptions</li>
4319           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4320           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4321             file parsing fails.</li>
4322           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4323           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4324             not a valid output format</li>
4325           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4326             vamsas</li>
4327           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4328           <li>error messages passed up and output when data read
4329             fails</li>
4330           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4331             sequence is edited</li>
4332           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4333             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4334           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4335             filetype</li>
4336           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4337             import fixed for PFAM records</li>
4338           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4339             window list</li>
4340           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4341             can be read and written correctly to annotation file</li>
4342           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4343             correctly</li>
4344           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4345             non-italic font for representatives in Applet</li>
4346           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4347             Macs.</li>
4348           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4349             Applet)</li>
4350           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4351             due to null pointer exceptions</li>
4352           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4353             first column of alignment</li>
4354           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4355             July 2008</li>
4356           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4357             file is case-insensitive</li>
4358           <li>Sequence features read from Features file appended to
4359             all sequences with matching IDs</li>
4360           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4361             containing a sub-sequence</li>
4362           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4363           <li>feature and annotation file applet parameters
4364             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4365           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4366           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4367             splash-screen version check to complete</li>
4368           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4369             when passing them to the launchApp service</li>
4370           <li>display name and local features preserved in results
4371             retrieved from web service</li>
4372           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4373             sequence fetcher initialisation</li>
4374           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4375             dasobert DAS client</li>
4376           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4377             association</li>
4378           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4379             sequences
4380           </li>
4381         </ul>
4382       </td>
4383     </tr>
4384     <tr>
4385       <td>
4386         <div align="center">
4387           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4388         </div>
4389       </td>
4390       <td>
4391         <ul>
4392           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4393           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4394           <li>Slide sequences</li>
4395           <li>Edit sequence in place</li>
4396           <li>EMBL CDS features</li>
4397           <li>DAS Feature mapping</li>
4398           <li>Feature ordering</li>
4399           <li>Alignment Properties</li>
4400           <li>Annotation Scores</li>
4401           <li>Sort by scores</li>
4402           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4403         </ul>
4404       </td>
4405       <td>
4406         <ul>
4407           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4408           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4409           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4410           <li>Feature group display state in XML</li>
4411           <li>Feature ordering in XML</li>
4412           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4413           <li>Stockholm alignment properties</li>
4414           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4415           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4416           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4417           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4418         </ul>
4419       </td>
4420
4421     </tr>
4422     <tr>
4423       <td>
4424         <div align="center">
4425           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4426         </div>
4427       </td>
4428       <td>
4429         <ul>
4430           <li>Non standard characters can be read and displayed
4431           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4432             applet via textbox
4433           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4434             name &amp; description
4435           <li>Preference setting to display sequence name in
4436             italics
4437           <li>Annotation file format extended to allow
4438             Sequence_groups to be defined
4439           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4440             specified in preferences
4441           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4442             sequences
4443         </ul>
4444       </td>
4445       <td>
4446         <ul>
4447           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4448             installed
4449           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4450           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4451         </ul>
4452       </td>
4453     </tr>
4454     <tr>
4455       <td>
4456         <div align="center">
4457           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4458         </div>
4459       </td>
4460       <td>
4461         <ul>
4462           <li>Multiple views on alignment
4463           <li>Sequence feature editing
4464           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4465           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4466           <li>Background dependent text colour
4467           <li>Right align sequence ids
4468           <li>User-defined lower case residue colours
4469           <li>Format Menu
4470           <li>Select Menu
4471           <li>Menu item accelerator keys
4472           <li>Control-V pastes to current alignment
4473           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4474           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4475           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4476
4477           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4478         </ul>
4479       </td>
4480       <td>
4481         <ul>
4482           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4483           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4484             calculations
4485           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4486             edits
4487           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4488             of alignment)
4489           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4490
4491           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4492             display correctly
4493           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4494           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4495             analysis results
4496           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4497             &#8739;
4498           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4499           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4500           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4501
4502         </ul>
4503       </td>
4504     </tr>
4505     <tr>
4506       <td>
4507         <div align="center">
4508           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4509         </div>
4510       </td>
4511       <td>
4512         <ul>
4513           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4514         </ul>
4515       </td>
4516       <td>
4517         <ul>
4518           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4519             sequence id panel has been resized</li>
4520           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4521             rendered</li>
4522           <li>Annotation files with sequence references - all
4523             elements in file are relative to sequence position</li>
4524           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4525         </ul>
4526       </td>
4527     </tr>
4528     <tr>
4529       <td>
4530         <div align="center">
4531           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4532         </div>
4533       </td>
4534       <td>
4535         <ul>
4536           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4537           <li>DAS Feature fetching</li>
4538           <li>Hide sequences and columns</li>
4539           <li>Export Annotations and Features</li>
4540           <li>GFF file reading / writing</li>
4541           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4542             files</li>
4543           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4544           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4545           <li>Applet can launch the full application</li>
4546           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4547             required)</li>
4548           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4549           <li>Applet can load sequences from parameter
4550             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4551           </li>
4552         </ul>
4553       </td>
4554       <td>
4555         <ul>
4556           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4557           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4558           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4559         </ul>
4560       </td>
4561     </tr>
4562     <tr>
4563       <td>
4564         <div align="center">
4565           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4566         </div>
4567       </td>
4568       <td>
4569         <ul>
4570           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4571           <li>Choose to match case when searching</li>
4572           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4573             expand the visible width and height of the alignment</li>
4574         </ul>
4575       </td>
4576       <td>
4577         <ul>
4578           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4579         </ul>
4580       </td>
4581     </tr>
4582     <tr>
4583       <td>
4584         <div align="center">
4585           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4586         </div>
4587       </td>
4588       <td>&nbsp;</td>
4589       <td>
4590         <ul>
4591           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4592           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4593             value</li>
4594         </ul>
4595       </td>
4596     </tr>
4597     <tr>
4598       <td>
4599         <div align="center">
4600           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4601         </div>
4602       </td>
4603       <td>
4604         <ul>
4605           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4606           <li>Keyboard editing</li>
4607           <li>Create sequence features from searches</li>
4608           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4609             alignments</li>
4610           <li>Features file allows grouping of features</li>
4611           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4612           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4613           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4614         </ul>
4615       </td>
4616       <td>
4617         <ul>
4618           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4619           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4620             descriptions saved.</li>
4621         </ul>
4622       </td>
4623     </tr>
4624     <tr>
4625       <td>
4626         <div align="center">
4627           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4628         </div>
4629       </td>
4630       <td>
4631         <ul>
4632           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4633           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4634           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4635             name for file output</li>
4636           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4637           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4638             used for HTML form input</li>
4639         </ul>
4640       </td>
4641       <td>
4642         <ul>
4643           <li>HTML output writes groups and features</li>
4644           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4645           <li>File IO bugs</li>
4646         </ul>
4647       </td>
4648     </tr>
4649     <tr>
4650       <td>
4651         <div align="center">
4652           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4653         </div>
4654       </td>
4655       <td>
4656         <ul>
4657           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4658           <li>More options for PCA viewer</li>
4659         </ul>
4660       </td>
4661       <td>
4662         <ul>
4663           <li>GUI bugs resolved</li>
4664           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4665         </ul>
4666       </td>
4667     </tr>
4668     <tr>
4669       <td height="63">
4670         <div align="center">
4671           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4672         </div>
4673       </td>
4674       <td>
4675         <ul>
4676           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4677           <li>Jar files are executable</li>
4678           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4679         </ul>
4680       </td>
4681       <td>
4682         <ul>
4683           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4684           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4685           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4686         </ul>
4687       </td>
4688     </tr>
4689     <tr>
4690       <td>
4691         <div align="center">
4692           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4693         </div>
4694       </td>
4695       <td>
4696         <ul>
4697           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4698         </ul>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4703         </ul>
4704       </td>
4705     </tr>
4706     <tr>
4707       <td>
4708         <div align="center">
4709           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4710         </div>
4711       </td>
4712       <td>
4713         <ul>
4714           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4715             size</li>
4716         </ul>
4717       </td>
4718       <td>
4719         <ul>
4720           <li>Improved JPred client reliability</li>
4721           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4722         </ul>
4723       </td>
4724     </tr>
4725     <tr>
4726       <td>
4727         <div align="center">
4728           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4729         </div>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4734           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4735           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4736             to Colour Menu</li>
4737           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4738           <li>Unix users can set default web browser</li>
4739           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4740           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4741         </ul>
4742       </td>
4743       <td>
4744         <ul>
4745           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4746         </ul>
4747       </td>
4748     </tr>
4749     <tr>
4750       <td>
4751         <div align="center">
4752           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4753         </div>
4754       </td>
4755       <td>&nbsp;</td>
4756       <td>
4757         <ul>
4758           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4759             alignment order.</li>
4760         </ul>
4761       </td>
4762     </tr>
4763     <tr>
4764       <td>
4765         <div align="center">
4766           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4767         </div>
4768       </td>
4769       <td>
4770         <ul>
4771           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4772           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4773           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4774             annotations.</li>
4775           <li>Version and build date written to build properties
4776             file.</li>
4777           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4778             at launch of Jalview.</li>
4779         </ul>
4780       </td>
4781       <td>
4782         <ul>
4783           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4784           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4785           <li>Can remove groups one by one.</li>
4786           <li>Filechooser icons installed.</li>
4787           <li>Finder ignores return character when searching.
4788             Return key will initiate a search.<br>
4789           </li>
4790         </ul>
4791       </td>
4792     </tr>
4793     <tr>
4794       <td>
4795         <div align="center">
4796           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4797         </div>
4798       </td>
4799       <td>
4800         <ul>
4801           <li>New codebase</li>
4802         </ul>
4803       </td>
4804       <td>&nbsp;</td>
4805     </tr>
4806   </table>
4807   <p>&nbsp;</p>
4808 </body>
4809 </html>