help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3677 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 126             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 130             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 134             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 138             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 139             '%s'" on the console
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 143             when there are both local and complementary features mapped
 144             to the position under the cursor
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 148             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 152             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 156             internationalised text for some messages and log output
 157           </li>
 158         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 159         <ul>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 162             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 163             OutOfMemory error.
 164           </li>
 165         </ul> <em>New Known defects</em>
 166         <ul>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 169             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 173             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 174             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 175             Workaround is to try to save the file again, and if that
 176             fails, delete the original file and save in place.
 177           </li>
 178         </ul>
 179       </td>
 180     </tr>
 181     <tr>
 182       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 183           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 184           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 185       <td align="left" valign="top">
 186         <ul>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 189             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 190             for display in alignments, on structure views (including
 191             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 192             export.
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 196             exported and re-imported as GFF3 files
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 200             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 204             validation while parsing
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 208             position if reopened
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 212             of associated view
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 216             enabled by default
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 220             tooltips and menus
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 224             with no feature types visible
 225           </li>
 226           <li>
 227           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 228           </li>
 229         </ul><em>Jalview Installer</em>
 230             <ul>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 233             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 240           </li>
 241               <li>
 242                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 243               <li>
 244                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 245         </ul> <em>Release processes</em>
 246         <ul>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 252           </li>
 253         </ul> <em>Build System</em>
 254         <ul>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 260             report
 261           </li>
 262         </ul>
 263         <em>Groovy Scripts</em>
 264             <ul>
 265           <li>
 266             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 267             to stdout containing the consensus sequence for each
 268             alignment in a Jalview session
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 272             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 273             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 274           </li>
 275         </ul>
 276       </td>
 277       <td align="left" valign="top">
 278         <ul>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 281             'Show hidden markers' option is not ticked
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 285             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 286             jalview preferences or properties file
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 290             'Show Sequence Features' option is not ticked
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 294             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 295             features are visible
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 299             equal when split frame is first opened
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 303             correct after editing a sequence's start position
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 307             with annotation and exceptions thrown when only a few
 308             columns shown in wrapped mode
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 312             wrapped alignment figure with annotations
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 316             ID fails with ClassCastException
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 320             Project
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 324             feature settings dialog also selects columns
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 328             IllegalArgumentException in some circumstances
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 332             opened for a view
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 336             alignment window is closed
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 340             help documentation for 2.11.0 release
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 344             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 345             Uniprot Accession
 346           </li>
 347         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 348         <ul>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 351             PDB/Uniprot search panel
 352           </li>
 353         </ul> <em>Installer</em>
 354         <ul>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 357             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 358           </li>
 359         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 360         <ul>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 363             repository
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 367             memory
 368           </li>
 369         </ul> <em>New Known Issues</em>
 370         <ul>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 373             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 374             command line
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 378             clipped in headless figure export when Right Align option
 379             enabled
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 383             'Source' in console output
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 387             bamboo server but run fine locally.
 388           </li>
 389         </ul>
 390       </td>
 391     </tr>
 392     <tr>
 393       <td width="60" align="center" nowrap>
 394           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 395             <em>04/07/2019</em></strong>
 396       </td>
 397       <td align="left" valign="top">
 398         <ul>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 401             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 402             source project) rather than InstallAnywhere
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 406             settings, receive over the air updates and launch specific
 407             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 408               Rings' GetDown</a>)
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 412             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 416             arguments and switch between different getdown channels
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 420             or alignment files
 421           </li>
 422
 423           <li>
 424             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 425             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 428             'Translate as cDNA'</li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 431           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 432             <ul>
 433                       <li>
 434             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 435             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 436           <li>
 437                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 438                 features can be filtered and shaded according to any
 439                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 440                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 441                 file)
 442               </li>
 443               <li>
 444                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 445                 stored and restored from Jalview Projects
 446               </li>
 447               <li>
 448                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 449                 recognise variant features
 450               </li>
 451               <li>
 452                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 453                 sequences (also coloured red by default)
 454               </li>
 455               <li>
 456                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 457                 details
 458               </li>
 459               <li>
 460                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 461                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 462               </li>
 463               <li>
 464                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 465                 dialog
 466               </li>
 467             </ul>
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 471             tree and PCA calculations
 472           </li>
 473           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 474             <ul>
 475               <li>
 476                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 477                 and Viewer state saved in Jalview Project
 478               </li>
 479               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 480                 drop-down menus</li>
 481               <li>
 482                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 483                 incrementally
 484               </li>
 485               <li>
 486                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 487               </li>
 488             </ul>
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 492           </li>
 493           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 494           <ul>
 495               <li>
 496                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 497                 multiple groups when working with large alignments
 498               </li>
 499               <li>
 500                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 501                 Stockholm files
 502               </li>
 503             </ul>
 504           <li><strong>User Interface</strong>
 505           <ul>
 506               <li>
 507                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 508                 view
 509               </li>
 510               <li>
 511                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 512                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 513                 default (can be changed in user preferences)
 514               </li>
 515               <li>
 516                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 517                 to the Overwrite Dialog
 518               </li>
 519               <li>
 520                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 521                 sequences are hidden
 522               </li>
 523               <li>
 524                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 525                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 526               </li>
 527               <li>
 528                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 529                 labels
 530               </li>
 531               <li>
 532                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 533                 when in wrapped mode
 534               </li>
 535               <li>
 536                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 537                 annotation
 538               </li>
 539               <li>
 540                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 541               </li>
 542               <li>
 543                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 544                 panel
 545               </li>
 546               <li>
 547                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 548                 popup menu
 549               </li>
 550               <li>
 551               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 552               <li>
 553               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 554
 555
 556             </ul></li>
 557             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 558           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 559             <ul>
 560               <li>
 561                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 562                 trapping CMD-Q
 563               </li>
 564             </ul></li>
 565         </ul>
 566         <em>Deprecations</em>
 567         <ul>
 568           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 569             capabilities removed from the Jalview Desktop
 570           </li>
 571           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 572             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 573             and XML based data retrieval clients</li>
 574           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 575           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 576         </ul> <em>Documentation</em>
 577         <ul>
 578           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 579             not supported in EPS figure export
 580           </li>
 581           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 582         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 583         <ul>
 584           <li>
 585           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 586           </li>
 587       <li>
 588       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 589           <li>
 590           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 591             gradle-eclipse
 592           </li>
 593           <li>
 594           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 595             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 596             execution
 597           </li>
 598           <li>
 599           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 600             operations
 601           </li>
 602           <li>
 603           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 604             issues resolved
 605           </li>
 606           <li>
 607           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 608             markdown (with HTML rendering)
 609           </li>
 610           <li>
 611           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 612           </li>
 613           <li>
 614           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 615             versions of Jalview
 616           </li>
 617         </ul>
 618       </td>
 619       <td align="left" valign="top">
 620         <ul>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 626             superposition in Jmol fail on Windows
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 630             structures for sequences with lots of PDB structures
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 634             monospaced font
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 638             project involving multiple views
 639           </li>
 640           <li>
 641             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 642             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 643             Annotation dialog hides columns
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 647             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 648             one view, then making another selection in the other view
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 652             columns
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 656             Settings and Jalview Preferences panels
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 660             overview with large alignments
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 664             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 665             mouse moved to the left of the first column
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 669             hidden column marker via scale popup menu
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 673             doesn't tell users the invalid URL
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 677             score from view
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 681             show cross references or Fetch Database References are shown in
 682             red in original view
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 686             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 690             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 694             when columns are hidden
 695           </li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 698             Columns by Annotation description
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 702             out of Scale or Annotation Panel
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 706             scale panel
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 710             alignment down
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 714             scale panel
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 718             Page Up in wrapped mode
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 728             on opening an alignment
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 732             Colour menu
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 736             different groups in the alignment are selected
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 740             correctly in menu
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 744             threshold limit
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 748             threshold gets 'unrounded'
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 752             colour
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 762             Tree font
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 766             project file
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 770             shown in complementary view
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 774             without normalisation
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 778             of report
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 782           </li>
 783           <li>
 784           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 785           </li>
 786         </ul> <em>Editing</em>
 787         <ul>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 790             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 791             sequence
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 795             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 796             removed (Known defect since 2.10)
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 800             dialog corrupts dataset sequence
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 804             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 805           </li>
 806         </ul> <em>Datamodel</em>
 807         <ul>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 810             sequence's End is greater than its length
 811           </li>
 812         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 813           general release)</em>
 814         <ul>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 817           </li>
 818         </ul> <em>New Known Defects</em>
 819         <ul>
 820         <li>
 821         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 822         </li>
 823         <li>
 824           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 825           regions of protein alignment.
 826         </li>
 827         <li>
 828           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 829           is restored from a Jalview 2.11 project
 830         </li>
 831         <li>
 832           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 833           'New View'
 834         </li>
 835         <li>
 836           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 837           columns within hidden columns
 838         </li>
 839         <li>
 840           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 841           window after dragging left to select columns to left of visible
 842           region
 843         </li>
 844         <li>
 845           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 846           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 847           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 848           create a Score filter instead.
 849         </li>
 850         <li>
 851         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 852         <li>
 853         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 854         </li>
 855         <li>
 856           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 857           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 858         </li>
 859         </ul>
 860         <em>Java 11 Specific defects</em>
 861           <ul>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 864               alphabetically when saved
 865             </li>
 866         </ul>
 867       </td>
 868     </tr>
 869     <tr>
 870     <td width="60" nowrap>
 871       <div align="center">
 872         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 873       </div>
 874     </td>
 875     <td><div align="left">
 876         <em></em>
 877         <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 880               InstallAnywhere increased to 1G.
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 884               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 885               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 886                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 887                 properties file.</em>
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 891               API and sequence data now imported as JSON.
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 895               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 896               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 897               property.
 898             </li>
 899           </ul>
 900           <em>Development</em>
 901           <ul>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 904               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 905                 Clover</a>
 906             </li>
 907           </ul>
 908         </div></td>
 909     <td><div align="left">
 910         <em></em>
 911         <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 914               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 915               alignment.
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 919               annotation displayed.
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 923               for newly created group when 'Apply to all groups'
 924               selected
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 928               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 929               visible.
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 933               when sequences are selected in exported view.</em>
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 937               aren't rendered with correct colour.
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 941               types of knotted RNA secondary structure.
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 945               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 946               do not start at 1.
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 950               annotation when columns are inserted into an alignment,
 951               and when exporting as Stockholm flatfile.
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 955               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 956               treated as RNA secondary structure.
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 960               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 964               transfers focus to previous window on OSX
 965             </li>
 966           </ul>
 967           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 968           <ul>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 971               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 972               box.
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 976               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 977               'look and feel' which has improved compatibility with the
 978               latest version of OSX.
 979             </li>
 980           </ul>
 981         </div>
 982     </td>
 983     </tr>
 984     <tr>
 985       <td width="60" nowrap>
 986         <div align="center">
 987           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 988             <em>7/06/2018</em></strong>
 989         </div>
 990       </td>
 991       <td><div align="left">
 992           <em></em>
 993           <ul>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 996               annotation retrieved from Uniprot
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1000               onto the Jalview Desktop
1001             </li>
1002           </ul>
1003         </div></td>
1004       <td><div align="left">
1005           <em></em>
1006           <ul>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1009               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1013               right-hand column parsed correctly
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1017               not alignment area in exported graphic
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1021               window has input focus
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1025               annotation added to view (Windows)
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1029               network connectivity is poor
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1033               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1034                 the currently open URL and links from a page viewed in
1035                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1036                 you are using Edge, only links in the page can be
1037                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1038                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1039             </li>
1040           </ul>
1041           <em>New Known Defects</em>
1042           <ul>
1043             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1044           </ul>
1045         </div></td>
1046     </tr>
1047     <tr>
1048       <td width="60" nowrap>
1049         <div align="center">
1050           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1051         </div>
1052       </td>
1053       <td><div align="left">
1054           <em></em>
1055           <ul>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1058               for disabling automatic superposition of multiple
1059               structures and open structures in existing views
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1063               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1064               adjust them.
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1068               Ensembl services
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1072               and lots of hidden columns
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1076               of features (particularly when transparency is disabled)
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1080               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1081               generally available
1082             </li>
1083           </ul>
1084           </div>
1085       </td>
1086       <td><div align="left">
1087           <ul>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1090               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1094               overlapping alignment panel
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1098               sequence as gaps
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1102               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1103               UTR
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1107               factor annotation not added to sequence when local PDB
1108               file associated with it by drag'n'drop or structure
1109               chooser
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1113               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1117               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1121               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1125               columns in annotation row
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1129               honored in batch mode
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1133               for structures added to existing Jmol view
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1137               entries after importing project with multiple views
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1141               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1142               with negative residue numbers or missing residues fails
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1146               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1147               as generated by CONSURF)
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1151               tooltip doesn't include a text description of mutation
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1155               structure and/or overview windows are also shown
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1159               very slow for alignments with large numbers of sequences
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1163               with 'StringIndexOutOfBounds'
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1167               platforms running Java 10
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1171               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1172             </li>
1173           </ul>
1174           <em>Applet</em>
1175           <ul>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1178               should copy the group consensus when popup is opened on it
1179             </li>
1180           </ul>
1181           <em>Batch Mode</em>
1182           <ul>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1185           </li>
1186           </ul>
1187           <em>New Known Defects</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1191               editing a large alignment and overview is displayed
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1195               repeatedly after a series of edits even when the overview
1196               is no longer reflecting updates
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1200               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1201               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1202               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1206               option gives blank output
1207             </li>
1208           </ul>
1209         </div>
1210           </td>
1211     </tr>
1212     <tr>
1213       <td width="60" nowrap>
1214         <div align="center">
1215           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1216         </div>
1217       </td>
1218       <td><div align="left">
1219           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1220               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1221       <td><div align="left">
1222           <em>Desktop</em><ul>
1223           <ul>
1224             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1225             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1226             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1227             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1228             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1229             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1230             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1231           </ul>
1232           </div>
1233       </td>
1234     </tr>
1235     <tr>
1236       <td width="60" nowrap>
1237         <div align="center">
1238           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1239         </div>
1240       </td>
1241       <td><div align="left">
1242           <em></em>
1243           <ul>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1246               rendering of sequence features
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1250               429 rate limit request hander
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1254               their colours have changed
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1258               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1262               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1266               view from Ensembl locus cross-references
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1270               Alignment report
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1274               feature can be disabled
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1278               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1282               Uniprot
1283             </li>
1284           </ul>
1285           <em>Scripting</em>
1286           <ul>
1287             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1288             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1289               percent identity scores for current alignment.</li>
1290           </ul>
1291           <em>Testing and Deployment</em>
1292           <ul>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1295             </li>
1296           </ul>
1297         </div></td>
1298       <td><div align="left">
1299           <em>General</em>
1300           <ul>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1303               threshold text field doesn't trigger an update to the
1304               alignment view
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1308               strings in parallel
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1312               alignment window is closed
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1316               group visibility
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1320               takes a long time in Cursor mode
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <em>Desktop</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1327               cannot be viewed in Chimera
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1331               CDS/Protein view
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1335               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1336               Search Dialogs
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1346               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1350               scrolling right in unwapped alignment view
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1354               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1355               database
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1359               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1363               features of same type and group to be selected for
1364               amending
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1368               alignments when hidden columns are present
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1372               displaying several structures
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1376               moving a window
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1380               within the Jalview desktop on OSX
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1384               when in wrapped alignment mode
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1388               hand end of alignment
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1392               each selected sequence do not have correct start/end
1393               positions
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1397               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1401               restoring project until a new view is created
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1405               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1406               configured (since 2.10.2b2)
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1410               position is adjusted
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1414               in a multi-chain structure when viewing alignment
1415               involving more than one chain (since 2.10)
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1419               if new selection moves alignment window
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1423               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1427               that produces correctly annotated transcripts and products
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1431               doesn't update associated structure view
1432             </li>
1433           </ul>
1434           <em>Applet</em><br />
1435           <ul>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1438               closing alignment panel
1439             </li>
1440           </ul>
1441           <em>BioJSON</em><br />
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1445               non-positional features
1446             </li>
1447           </ul>
1448           <em>New Known Issues</em>
1449           <ul>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1452               sequence features correctly (for many previous versions of
1453               Jalview)
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1457               using cursor in wrapped panel other than top
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1461               graduated colour threshold
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1465               always preserve numbering and sequence features
1466             </li>
1467           </ul>
1468           <em>Known Java 9 Issues</em>
1469           <ul>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1472               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1473               9.01, OSX 10.10)
1474             </li>
1475           </ul>
1476         </div></td>
1477     </tr>
1478     <tr>
1479       <td width="60" nowrap>
1480         <div align="center">
1481           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1482             <em>2/10/2017</em></strong>
1483         </div>
1484       </td>
1485       <td><div align="left">
1486           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1490             </li>
1491             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1492             </li>
1493           </ul>
1494         </div></td>
1495       <td><div align="left">
1496         </div></td>
1497     </tr>
1498     <tr>
1499       <td width="60" nowrap>
1500         <div align="center">
1501           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1502             <em>7/9/2017</em></strong>
1503         </div>
1504       </td>
1505       <td><div align="left">
1506           <em></em>
1507           <ul>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1510               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1511               white)
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1515               Preferences
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1519               in size and progress bar shown as higher resolution
1520               overview is recalculated
1521             </li>
1522
1523           </ul>
1524         </div></td>
1525       <td><div align="left">
1526           <em></em>
1527           <ul>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1530               column region row by row
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1534               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1538               format setting is unticked
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1542               if group has show boxes format setting unticked
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1546               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1547               include sequences and columns not currently displayed
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1551               assemblies are imported via CIF file
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1555               displayed when threshold or conservation colouring is also
1556               enabled.
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1560               server version
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1564               dragging a selected region off the visible region of the
1565               alignment
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1569               colourscheme to all groups in a view
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1573               initially after font size change using the Font chooser or
1574               middle-mouse zoom
1575             </li>
1576           </ul>
1577         </div></td>
1578     </tr>
1579     <tr>
1580       <td width="60" nowrap>
1581         <div align="center">
1582           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1583         </div>
1584       </td>
1585       <td><div align="left">
1586           <em>Calculations</em>
1587           <ul>
1588
1589             <li>
1590               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1591               ungapped positions in each column of the alignment.
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1595               a calculation dialog box
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1599               and memory efficiency (~30x faster)
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1603               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1604               and other calculations
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1608               files within the Jalview codebase
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1612               Similarity may have different topology due to increased
1613               precision
1614             </li>
1615           </ul>
1616           <em>Rendering</em>
1617           <ul>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1620               model for alignments and groups
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1624               scripts
1625             </li>
1626           </ul>
1627           <em>Overview</em>
1628           <ul>
1629             <li>
1630               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1631               with alignment and overview windows
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1635               overview
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1639               omitted in Overview
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1643               adjustment of visible position
1644             </li>
1645           </ul>
1646
1647           <em>Data import/export</em>
1648           <ul>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1651               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1655               annotation input/output via stockholm flatfile
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1659               extension when importing structure files without embedded
1660               names or PDB accessions
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1664               format sequence substitution matrices
1665             </li>
1666           </ul>
1667           <em>User Interface</em>
1668           <ul>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1671               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1672               the application.
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1676               via Overview or sequence motif search operations
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1680               opened by double clicking gaps within sequence feature
1681               extent
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1685               aligned positions were available to create a 3D structure
1686               superposition.
1687             </li>
1688           </ul>
1689           <em>3D Structure</em>
1690           <ul>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1693               coloured in linked structure views
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1697               file-based command exchange
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1701               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1702               structures are already available for sequences
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1706               the Jalview project rather than downloaded again when the
1707               project is reopened.
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1711               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1712               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1713                 Feature</strong>)
1714             </li>
1715           </ul>
1716           <em>Web Services</em>
1717           <ul>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1723               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1724               Analysis services
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1728               cross-references provided by identifiers.org and the
1729               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1730             </li>
1731           </ul>
1732
1733           <em>Scripting</em>
1734           <ul>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1737               identifying file formats (instead of String constants)
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1741               efficiency when counting all displayed features (not
1742               backwards compatible with 2.10.1)
1743             </li>
1744           </ul>
1745           <em>Example files</em>
1746           <ul>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1749               included in the example feature file
1750             </li>
1751           </ul>
1752           <em>Documentation</em>
1753           <ul>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1756               with the built-in Java help viewer
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1760               sequence description' option
1761             </li>
1762           </ul>
1763           <em>Test Suite</em>
1764           <ul>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1767               Uniprot REST Free Text Search Client
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1774               during tests
1775             </li>
1776           </ul>
1777         </div></td>
1778       <td><div align="left">
1779           <em>Calculations</em>
1780           <ul>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1783               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1784               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1785             </li>
1786             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1787               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1788               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1789               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1790               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1791               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1792               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1793               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1794               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1795               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1796               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1797               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1798               // for 2.10.1 mode <br />
1799               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1800               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1801                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1802                 calculations (not recommended)</em></li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1805               scaling of branch lengths for trees computed using
1806               Sequence Feature Similarity.
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1810               generating output report when working with highly
1811               redundant alignments
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1815               right of selected region when gaps present on right-hand
1816               boundary
1817             </li>
1818           </ul>
1819           <em>User Interface</em>
1820           <ul>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1823               doesn't reselect a specific sequence's associated
1824               annotation after it was used for colouring a view
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1828               opened on a region of alignment without groups
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1832               of an alignment with overlapping groups
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1836               name and description match
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1840               hidden regions results in incorrect hidden regions
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1844               changing colour does not apply Conservation slider value
1845               to all groups
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1849               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1853               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1857               gaps before start of features
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1861               restored to UI when feature colour is edited
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1865               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1869               as graduate feature colour settings are modified via the
1870               dialog box
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1874               when a group defined on the alignment is resized
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1878               wrapped view result in positional status updates
1879             </li>
1880
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1883               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1887               alignment included gapped columns
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1891               widgets don't permanently disappear
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1895               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1896               T-Coffee column reliability scores)
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1900               sequence feature on gaps only
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1904               button from a Find inherit previously defined feature type
1905               rather than the Find query string
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1909               exporting tree calculated in Jalview
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1913               and then revealing them reorders sequences on the
1914               alignment
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1918               doesn't update to reflect available set of groups after
1919               interactively adding or modifying features
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1923               Linux
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1927               only excluded gaps in current sequence and ignored
1928               selection.
1929             </li>
1930           </ul>
1931           <em>Rendering</em>
1932           <ul>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1935               erratically when hidden rows or columns are present
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1939               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1940               sequence colouring
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1944               colour and group colour menu for protein alignments
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1948               reflect currently selected view or group's shading
1949               thresholds
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1953               when rendered on overview and structures when opacity at
1954               100%
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1958               overview when features overlaid on alignment
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1962               recovered correctly from Jalview project file
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1966               (automatically via preferences) are different to the main
1967               alignment panel
1968             </li>
1969           </ul>
1970           <em>Data import/export</em>
1971           <ul>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1974               load
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1978               added after a sequence was imported are not written to
1979               Stockholm File
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1983               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1987               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1991               with lightGray or darkGray via features file (but can
1992               specify lightgray)
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1996               when alignment view imported from project
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2000               structure and sequences extracted from structure files
2001               imported via URL and viewed in Jmol
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2005               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2006               the project is loaded and the structure viewed
2007             </li>
2008           </ul>
2009           <em>Web Services</em>
2010           <ul>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2013               release of Ensembl v.88
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2017               appear enabled in Preferences->Connections
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2021               removed from console output
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2025               Ensembl by Peptide ID
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2029               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2030               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2031               due to 'null' string rather than empty string used for
2032               residues with no corresponding PDB mapping).
2033             </li>
2034           </ul>
2035           <em>Application UI</em>
2036           <ul>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2039               menu
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2043               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2044               new documentation and tooltips added)
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2048               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2052               new features are added to alignment
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2056               changes to feature colours via the Amend features dialog
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2060               edit graduated feature colour via amend features dialog
2061               box
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2065               selection menu changes colours of alignment views
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2069               from alignment calculation workers after alignment has
2070               been closed
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2074               groups now 'Create Group'
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2078               Create/Undefine group doesn't always work
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2082               shown again after pressing 'Cancel'
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2086               adjusts start position in wrap mode
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2090               ambiguous amino acids
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2094               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2095               proteins
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2099               Defined' don't appear in Colours menu
2100             </li>
2101           </ul>
2102           <em>Applet</em>
2103           <ul>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2106               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2110               overview or linked structure view
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2114               work (since 2.8)
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2118               user-defined colourscheme doesn't restore original
2119               colourscheme
2120             </li>
2121           </ul>
2122           <em>Test Suite</em>
2123           <ul>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2126               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2130               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2131               problems with deep array comparison equality asserts in
2132               successive versions of TestNG
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2136               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2137             </li>
2138           </ul>
2139           <em>New Known Issues</em>
2140           <ul>
2141             <li>
2142               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2143               phase after a sequence motif find operation
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2147               containing just upper and lower case letters are
2148               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2152               reliably from eggnog Ortholog database
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2156               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2157               to mark columns containing highlighted regions.
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2161               doesn't always add secondary structure annotation.
2162             </li>
2163           </ul>
2164         </div>
2165     <tr>
2166       <td width="60" nowrap>
2167         <div align="center">
2168           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2169         </div>
2170       </td>
2171       <td><div align="left">
2172           <em>General</em>
2173           <ul>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2176               for all consensus calculations
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2180               3rd Oct 2016)
2181             </li>
2182             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2183               for 2016-2017</li>
2184           </ul>
2185           <em>Application</em>
2186           <ul>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2189               set of database cross-references, sorted alphabetically
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2193               from database cross references. Users with custom links
2194               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2195                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2199               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2200               Chimera session
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2204               the Chimera it is connected to is shut down
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2208               columns menu item to mark columns containing highlighted
2209               regions (e.g. from structure selections or results of a
2210               Find operation)
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2214               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2215               MSAviewer
2216             </li>
2217           </ul>
2218         </div></td>
2219       <td>
2220         <div align="left">
2221           <em>General</em>
2222           <ul>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2225               are not coloured or thresholded according to percent
2226               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2227             </li>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2230               hydrophobic
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2234               threshold, amino acid properties)
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2238               reported as mapped to residues in a structure file in the
2239               View Mapping report
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2243               could be added multiple times to a sequence
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2247               bond features shown as two highlighted residues rather
2248               than a range in linked structure views, and treated
2249               correctly when selecting and computing trees from features
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2253               cross-references are matched to database name regardless
2254               of case
2255             </li>
2256
2257           </ul>
2258           <em>Application</em>
2259           <ul>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2262               names without regular expressions also offer links from
2263               Sequence ID
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2267               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2268               update Jalview configuration
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2272               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2276               files with similarly named sequences if dropped onto the
2277               alignment
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2281               entries where more chains exist in the PDB accession than
2282               are reported in the SIFTS file
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2286               the structure view when displayed with Chimera
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2290               panel's View->Show Chains submenu
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2294               work for wrapped alignment views
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2298               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2302               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2303               first annotation row
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2307               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2311               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2312             </li>
2313             <!-- JAL-2319 -->
2314             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2315             coordindate data
2316             </li>
2317           </ul>
2318           <!--           <em>New Known Issues</em>
2319           <ul>
2320             <li></li>
2321           </ul> -->
2322         </div>
2323       </td>
2324     </tr>
2325     <td width="60" nowrap>
2326       <div align="center">
2327         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2328           <em>25/10/2016</em></strong>
2329       </div>
2330     </td>
2331     <td><em>Application</em>
2332       <ul>
2333         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2334           view if structures already loaded</li>
2335         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2336           structure views</li>
2337       </ul></td>
2338     <td>
2339       <div align="left">
2340         <em>General</em>
2341         <ul>
2342           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2343             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2344           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2345             example sequences/projects/trees</li>
2346         </ul>
2347         <em>Application</em>
2348         <ul>
2349           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2350             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2351           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2352             without timeout for structures with multiple models or
2353             multiple sequences in alignment</li>
2354           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2355             PDB ID HEADER line</li>
2356           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2357             is performed</li>
2358           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2359             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2360           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2361           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2362             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2363             option</li>
2364           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2365             is created on the alignment</li>
2366           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2367             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2368             pop-up menu</li>
2369         </ul>
2370         <em>Build and deployment</em>
2371         <ul>
2372           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2373             tags</li>
2374         </ul>
2375         <em>New Known Issues</em>
2376         <ul>
2377           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2378             on Windows</li>
2379         </ul>
2380       </div>
2381     </td>
2382     </tr>
2383     <tr>
2384       <td width="60" nowrap>
2385         <div align="center">
2386           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2387         </div>
2388       </td>
2389       <td><em>General</em>
2390         <ul>
2391           <li>
2392             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2393           </li>
2394           <li>
2395             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2396             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2397             better PDB parsing.
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2401             reference sequence
2402           </li>
2403           <li>
2404             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2405             mousing over sequence associated annotation
2406           </li>
2407           <li>
2408             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2409             for manual entry
2410           </li>
2411           <li>
2412             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2413             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2414             for each column
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2418             showing or hiding columns containing a feature
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2422             group and sequence associated annotation labels
2423           </li>
2424           <li>
2425             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2426             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2427             dialogs
2428           </li>
2429
2430         </ul> <em>Application</em>
2431         <ul>
2432           <li>
2433             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2434             gene/transcript view
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2438             dialog
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2442             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2446             Pfam sources to xfam.org
2447           </li>
2448           <li>
2449             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2450           </li>
2451           <li>
2452             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2453             over sequences in Jalview
2454           </li>
2455           <li>
2456             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2457             regions in ENA and EMBL
2458           </li>
2459           <li>
2460             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2461             for record retrieval via ENA rest API
2462           </li>
2463           <li>
2464             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2465             complement operator
2466           </li>
2467           <li>
2468             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2469             groovy script execution
2470           </li>
2471           <li>
2472             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2473             alignment window's Calculate menu
2474           </li>
2475           <li>
2476             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2477             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2478           </li>
2479           <li>
2480             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2481             calculation workers from groovy scripts
2482           </li>
2483           <li>
2484             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2485             Jalview projects
2486           </li>
2487           <li>
2488             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2489             associations are now saved/restored from project
2490           </li>
2491           <li>
2492             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2493             before sequence fetcher is opened
2494           </li>
2495           <li>
2496             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2497             database chooser opens a sequence fetcher
2498           </li>
2499           <li>
2500             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2501             the UniProt REST API
2502           </li>
2503           <li>
2504             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2505             the news reader opening
2506           </li>
2507           <li>
2508             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2509             querying stored in preferences
2510           </li>
2511           <li>
2512             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2513             search results
2514           </li>
2515           <li>
2516             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2517           </li>
2518           <li>
2519             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2520             menu for nucleotide sequences
2521           </li>
2522           <li>
2523             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2524             and feature counts preserves alignment ordering (and
2525             debugged for complex feature sets).
2526           </li>
2527           <li>
2528             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2529             viewing structures with Jalview 2.10
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2533             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2534             Ensembl Genomes REST API
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2538             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2539             (Ensembl)
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2543             sequences
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2547             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2548             data from external database records.
2549           </li>
2550           <li>
2551             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2552             efficient recovery of sequence coding and alignment
2553             annotation relationships.
2554           </li>
2555         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2556         <ul>
2557           <li>
2558             -- JAL---
2559           </li>
2560         </ul> --></td>
2561       <td>
2562         <div align="left">
2563           <em>General</em>
2564           <ul>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2567               menu on OSX
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2571               includes graduated colourschemes
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2575               working with big alignments and lots of hidden columns
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2579               at right of alignment window
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2583               contents
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2587               for DNA alignments
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2591               based tree calculation
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2595               unconserved enabled for group on alignment
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2599               set as reference
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2603               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2604               annotation
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2608               hidden columns present
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2612               user created annotation added to alignment
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2616               '()' base pair annotation
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2620               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2621               Consensus
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2625               feature not working
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2629               beginning of sequence
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2633               entry 3a6s
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2637               from a tree when t-coffee scores are shown
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2641               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2645               some structures
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2649               to Clustal, PIR and PileUp output
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2653               not visible causes alignment window to repaint
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2657               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2658               scores associated with features and annotation rows
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2662               calculation should be case independent
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2666               columns
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2670               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2671               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2675               problems when reference sequence defined and 'show
2676               non-conserved' enabled
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2680               load even when Consensus calculation is disabled
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2684               alignment does nothing
2685             </li>
2686           </ul>
2687           <em>Application</em>
2688           <ul>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2691               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2692               yet fixed for El Capitan)
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2696               output when running on non-gb/us i18n platforms
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2700               hidden sequences as flat-file alignment
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2704               launching Chimera
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2708               (also hotfix for 2.9.0b2)
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2712               reference sequence defined
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2716               alignments and views when revealing hidden columns
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2720               view in a cDNA/Protein splitframe
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2724               sequence from project when only one sequence is
2725               represented
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2729               in Structure Chooser
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2733               structure consensus didn't refresh annotation panel
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2737               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2741               dialogs format columns correctly, don't display array
2742               data, sort columns according to type
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2746               file chooser is cancelled during an image export
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2750               sequence name containing special characters
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2754               case insensitive
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2758               formatting don't wrap
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2762               truncated so L looks like I in consensus annotation
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2766               currently displayed features for the current selection or
2767               view
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2771               after fetching cross-references, and restoring from
2772               project
2773             </li>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2776               followed in the structure viewer
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2780               splitframe not restored from project
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2784               trailing end of protein alignment in transcript/product
2785               splitview when pad-gaps not enabled by default
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2789               is case dependent
2790             </li>
2791             <li>
2792               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2793               article has been read (reopened issue due to
2794               internationalisation problems)
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2798               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2799               cross-references
2800             </li>
2801
2802             <li>
2803               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2804               alignment as HTML
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2808               multiple structures are shown for one or more sequences.
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2812               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2813               is enabled.
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2817               specific PDB id for sequence
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2821               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2822               columns' is disabled.
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2826               selects lowest rather than highest resolution structures
2827               for each sequence
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2831               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2835               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2839               after clicking on it to create new annotation for a
2840               column.
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2844               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2845             </li>
2846             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2847             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2848           </ul>
2849           <em>Applet</em>
2850           <ul>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2853               hidden columns present before start of sequence
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2857               (JSON jars)
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2861               sequences are hidden in applet
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2865               deployment on examples pages.
2866             </li>
2867           </ul>
2868         </div>
2869       </td>
2870     </tr>
2871     <tr>
2872       <td width="60" nowrap>
2873         <div align="center">
2874           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2875             <em>16/10/2015</em></strong>
2876         </div>
2877       </td>
2878       <td><em>General</em>
2879         <ul>
2880           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2881             jars</li>
2882         </ul></td>
2883       <td>
2884         <div align="left">
2885           <em>Application</em>
2886           <ul>
2887             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2888               shown when tree is partitioned</li>
2889             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2890               multiple cDNA/Protein split views</li>
2891           </ul>
2892         </div>
2893       </td>
2894     </tr>
2895     <tr>
2896       <td width="60" nowrap>
2897         <div align="center">
2898           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2899             <em>8/10/2015</em></strong>
2900         </div>
2901       </td>
2902       <td><em>General</em>
2903         <ul>
2904           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2905             2.9</li>
2906         </ul> <em>Application</em>
2907         <ul>
2908           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2909           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2910           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2911         </ul> <em>Applet</em>
2912         <ul>
2913           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2914         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2915         <ul>
2916           <li>
2917             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2918             suite
2919           </li>
2920         </ul></td>
2921       <td>
2922         <div align="left">
2923           <em>General</em>
2924           <ul>
2925             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2926               incorrect when sequence start > 1</li>
2927             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2928               documentation</li>
2929             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2930             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2931               loading a features file containing HTML tags in feature
2932               description</li>
2933
2934           </ul>
2935           <em>Application</em>
2936           <ul>
2937             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2938               reimport</li>
2939             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2940               with 'trim retrieved sequences'</li>
2941             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2942               deleting selected columns</li>
2943             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2944               JNLP templates for webstart launch</li>
2945             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2946               unreleased structures for download or viewing</li>
2947             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2948               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2949             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2950               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2951             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2952               recovered from jalview project</li>
2953             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2954               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2955               alignment view</li>
2956             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2957               color schemes from BioJSON</li>
2958           </ul>
2959           <em>Applet</em>
2960           <ul>
2961             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2962               frame</li>
2963             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2964           </ul>
2965         </div>
2966       </td>
2967     </tr>
2968     <tr>
2969       <td><div align="center">
2970           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2971         </div></td>
2972       <td><em>General</em>
2973         <ul>
2974           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2975             alignments:
2976             <ul>
2977               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2978                 and DNA alignment views</li>
2979               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2980                 cDNA alignment views</li>
2981               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2982                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2983               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2984                 protein sequences</li>
2985             </ul>
2986           </li>
2987           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2988           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2989             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2990           <li>New alignment annotation file statements for
2991             reference sequences and marking hidden columns</li>
2992           <li>Reference sequence based alignment shading to
2993             highlight variation</li>
2994           <li>Select or hide columns according to alignment
2995             annotation</li>
2996           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2997           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2998             acid conservation row</li>
2999           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3000         </ul> <em>Application</em>
3001         <ul>
3002           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3003             <ul>
3004               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3005                 view with cDNA/Protein</li>
3006               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3007                 sequences are placed in the same alignment</li>
3008               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3009                 projects</li>
3010             </ul>
3011           </li>
3012
3013           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3014           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3015             Jalview windows</li>
3016
3017           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3018           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3019           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3020             be shown in VARNA</li>
3021
3022           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3023             as the active selected region</li>
3024
3025           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3026             similarity</li>
3027           <li>New Export options
3028             <ul>
3029               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3030                 region export in flat file generation</li>
3031
3032               <li>Export alignment views for display with the <a
3033                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3034
3035               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3036               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3037                 alignment figures to HTML</li>
3038           </li>
3039           <li>3D structure retrieval and display
3040             <ul>
3041               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3042                 Search API</li>
3043               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3044                 PDB structures for a sequence set</li>
3045             </ul>
3046           </li>
3047
3048           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3049             predictions</li>
3050           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3051             for one or a group of sequences</li>
3052           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3053             from the JPred4 web server</li>
3054           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3055             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3056             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3057           </li>
3058           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3059             VARNA 2D Structure'</li>
3060           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3061             Structure ..."</li>
3062
3063         </ul> <em>Applet</em>
3064         <ul>
3065           <li>New layout for applet example pages</li>
3066           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3067             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3068           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3069             Protein alignments</li>
3070         </ul> <em>Development and deployment</em>
3071         <ul>
3072           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3073           <li>Include installation type and git revision in build
3074             properties and console log output</li>
3075           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3076             storing BioJsMSA Templates</li>
3077           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3078         </ul></td>
3079       <td>
3080         <!-- <em>General</em>
3081         <ul>
3082         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3083         <ul>
3084           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3085           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3086           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3087             predictions are not highlighted in amber</li>
3088           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3089             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3090           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3091             associated structure views</li>
3092           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3093             width checkbox not enabled</li>
3094           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3095             creating user defined colours</li>
3096           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3097             mappings for just that viewer's sequences</li>
3098           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3099             multiple models in Chimera</li>
3100           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3101             over Jmol structure</li>
3102           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3103             output to text box</li>
3104           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3105             have incorrect sequence start/end</li>
3106           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3107             Jalview fails</li>
3108           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3109             work for nucleotide</li>
3110           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3111             to a grey/invisible alignment window</li>
3112           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3113             imports to different position</li>
3114           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3115             on some platforms</li>
3116           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3117             populated</li>
3118           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3119             console if Chimera has been opened</li>
3120           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3121           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3122             retrieved</li>
3123           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3124           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3125             either sequence shows on first structure</li>
3126           <li>'Show annotations' options should not make
3127             non-positional annotations visible</li>
3128           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3129             in right place after 'view flanking regions'</li>
3130           <li>File Save As type unset when current file format is
3131             unknown</li>
3132           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3133             projects</li>
3134           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3135             responsive</li>
3136           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3137             several views on same alignment</li>
3138           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3139           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3140             spaces</li>
3141         </ul> <em>Applet</em>
3142         <ul>
3143           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3144           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3145             descriptions containing angle brackets</li>
3146         </ul> <em>General</em>
3147         <ul>
3148           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3149             via jalview annotation file</li>
3150           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3151             with RNA secondary structure</li>
3152           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3153             translation doesn't work.</li>
3154           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3155           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3156             positions</li>
3157           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3158             choosing 1pt font</li>
3159           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3160             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3161             'h'</li>
3162           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3163             new feature</li>
3164           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3165             order dependent</li>
3166           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3167             sequences</li>
3168           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3169         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3170         <ul>
3171           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3172             www.jalview.org</li>
3173         </ul> <em>Application Known issues</em>
3174         <ul>
3175           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3176           <li>Misleading message appears after trying to delete
3177             solid column.</li>
3178           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3179             version launches</li>
3180           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3181             fails with a sequence mismatch</li>
3182           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3183             scrolling alignment to right</li>
3184           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3185             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3186           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3187             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3188           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3189             ultra-high resolution</li>
3190           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3191             quality and conservation</li>
3192           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3193             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3194         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3195         <ul>
3196           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3197           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3198             window is being resized</li>
3199
3200         </ul>
3201       </td>
3202     </tr>
3203     <tr>
3204       <td><div align="center">
3205           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3206         </div></td>
3207       <td><em>General</em>
3208         <ul>
3209           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3210             Certum.PL.</li>
3211           <li>Features and annotation preserved when performing
3212             pairwise alignment</li>
3213           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3214             imported/exported/displayed</li>
3215           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3216             protein secondary structure</li>
3217           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3218               post-hoc with 2.9 release</em>)
3219           </li>
3220
3221         </ul> <em>Application</em>
3222         <ul>
3223           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3224             with 3D structures</li>
3225           <li>Support for parsing RNAML</li>
3226           <li>Annotations menu for layout
3227             <ul>
3228               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3229               <li>place sequence annotation above/below alignment
3230                 annotation</li>
3231             </ul>
3232           <li>Output in Stockholm format</li>
3233           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3234             translation</li>
3235           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3236           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3237             shared between alignments</li>
3238           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3239             Jalview</li>
3240           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3241             all or current selection</li>
3242           <li>disorder and secondary structure predictions
3243             available as dataset annotation</li>
3244           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3245
3246
3247           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3248             alignments from Rfam</li>
3249           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3250
3251           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3252             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3253           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3254           <li>include installation type in build properties and
3255             console log output</li>
3256           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3257             annotation</li>
3258         </ul></td>
3259       <td>
3260         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3261         <ul>
3262           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3263             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3264           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3265             alignment</li>
3266           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3267           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3268           <li>Double click on sequence associated annotation
3269             selects only first column</li>
3270           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3271             leaves shown in tree</li>
3272           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3273             properly</li>
3274           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3275           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3276             screen and buttons not visible</li>
3277           <li>author list isn't updated if already written to
3278             Jalview properties</li>
3279           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3280             from database</li>
3281           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3282           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3283             browser search window</li>
3284           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3285             in feature settings dialog</li>
3286           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3287             desktop</li>
3288           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3289             pass validation</li>
3290           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3291             fit on screen</li>
3292           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3293             tooltip</li>
3294           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3295             defined user preset</li>
3296           <li>MSA web services warns user if they were launched
3297             with invalid input</li>
3298           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3299             Java 8</li>
3300           <li>
3301             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3302             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3303             created
3304           </li>
3305
3306         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3307         <ul>
3308         </ul> <em>General</em>
3309         <ul>
3310         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3311         <ul>
3312           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3313             memory allocation</li>
3314           <li>launchApp service doesn't automatically open
3315             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3316           <li>
3317             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3318             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3319             1.7_055 is available
3320           </li>
3321         </ul> <em>Application Known issues</em>
3322         <ul>
3323           <li>
3324             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3325             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3326             alignment to right
3327           </li>
3328           <li>
3329             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3330             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3331             with large number of ID
3332           </li>
3333           <li>
3334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3335             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3336             start/end
3337           </li>
3338           <li>
3339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3340             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3341             structure tracks are rearranged
3342           </li>
3343           <li>
3344             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3345             invalid rna structure positional highlighting does not
3346             highlight position of invalid base pairs
3347           </li>
3348           <li>
3349             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3350             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3351             project from alignment window file menu
3352           </li>
3353           <li>
3354             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3355             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3356             structures
3357           </li>
3358           <li>
3359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3360             colour by RNA Helices not enabled when user created
3361             annotation added to alignment
3362           </li>
3363           <li>
3364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3365             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3366           </li>
3367         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3368         <ul>
3369           <li>
3370             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3371             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3372           </li>
3373           <li>
3374             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3375             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3376           </li>
3377
3378           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3379             when selected</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382     </tr>
3383     <tr>
3384       <td><div align="center">
3385           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3386         </div></td>
3387       <td>
3388         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3389         <em>General</em>
3390         <ul>
3391           <li>Internationalisation of user interface (usually
3392             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3393           <li>Define/Undefine group on current selection with
3394             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3395           <li>Improved group creation/removal options in
3396             alignment/sequence Popup menu</li>
3397           <li>Sensible precision for symbol distribution
3398             percentages shown in logo tooltip.</li>
3399           <li>Annotation panel height set according to amount of
3400             annotation when alignment first opened</li>
3401         </ul> <em>Application</em>
3402         <ul>
3403           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3404             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3405           <li>Select columns containing particular features from
3406             Feature Settings dialog</li>
3407           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3408             sequences</li>
3409           <li>Update Jalview project format:
3410             <ul>
3411               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3412               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3413                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3414               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3415                 colouring</li>
3416             </ul>
3417           </li>
3418           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3419             (PAM250)</li>
3420           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3421             flanking regions for an alignment</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424       <td>
3425         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3426         <ul>
3427           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3428             running after job is cancelled</li>
3429           <li>cannot export features from alignments imported from
3430             Jalview/VAMSAS projects</li>
3431           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3432             float values</li>
3433           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3434             have 'display all symbols' flag set</li>
3435           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3436             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3437           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3438             Jalview</li>
3439           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3440             Lion/Webstart</li>
3441           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3442           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3443           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3444             alignment onto desktop</li>
3445           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3446             'extract scores' function</li>
3447           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3448             alignment window</li>
3449           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3450             performing IUPred disorder prediction</li>
3451           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3452             changing 'normalise logo' display setting</li>
3453           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3454             nothing matches query</li>
3455           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3456             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3457           </li>
3458           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3459             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3460           </li>
3461           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3462             Jalview's menu</li>
3463           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3464             'invalid literal/length code'</li>
3465           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3466             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3467           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3468             colourscheme</li>
3469
3470         </ul> <em>Applet</em>
3471         <ul>
3472           <li>Remove group option is shown even when selection is
3473             not a group</li>
3474           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3475             don't affect groups</li>
3476           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3477             colourscheme name</li>
3478           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3479             Annotation panel is not displayed</li>
3480           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3481             embedded windows</li>
3482         </ul> <em>Other</em>
3483         <ul>
3484           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3485             single sequence were not calculated</li>
3486           <li>annotation files that contain only groups imported as
3487             annotation and junk sequences</li>
3488           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3489             recognised as PFAM or BLC</li>
3490           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3491             doesn't affect background (2.8.0b1)
3492           <li></li>
3493           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3494           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3495             trailing gaps</li>
3496           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3497             registered correctly on import</li>
3498           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3499             certain alignments</li>
3500           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3501             existing annotation based 'use original colours'
3502             colourscheme loses original colours setting</li>
3503         </ul>
3504       </td>
3505     </tr>
3506     <tr>
3507       <td><div align="center">
3508           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3509             <em>30/1/2014</em></strong>
3510         </div></td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3514             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3515             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3516             open source project).
3517           </li>
3518           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3519           <li>Output in Stockholm format</li>
3520           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3521           <li>Export/import group and sequence associated line
3522             graph thresholds</li>
3523           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3524             ambiguity codes</li>
3525           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3526             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3527             works</li>
3528           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3529         </ul> <em>Other improvements</em>
3530         <ul>
3531           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3532           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3533             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3534           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3535             files</li>
3536           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3537           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3538             link but no description</li>
3539           <li>Select primary source when selecting authority in
3540             database fetcher GUI</li>
3541           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3542             Jalview</li>
3543           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3544         </ul>
3545       </td>
3546       <td>
3547         <ul>
3548           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3549             displayed</li>
3550           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3551             secondary structure annotation line</li>
3552           <li>Sequence database accessions not imported when
3553             fetching alignments from Rfam</li>
3554           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3555             identical IDs</li>
3556           <li>View all structures does not always superpose
3557             structures</li>
3558           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3559             reflect user or preset settings</li>
3560           <li>Null pointer exceptions for some services without
3561             presets or adjustable parameters</li>
3562           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3563             discover PDB xRefs</li>
3564           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3565             features with DAS</li>
3566           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3567             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3568           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3569             residue follows a gap</li>
3570           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3571             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3572           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3573             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3574           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3575             annotation already exists on alignment</li>
3576           <li>oninit javascript function should be called after
3577             initialisation completes</li>
3578           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3579             alignment window display</li>
3580           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3581           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3582             to annotation file</li>
3583           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3584             groups created</li>
3585           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3586             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3587           <li>Pressing return several times causes Number Format
3588             exceptions in keyboard mode</li>
3589           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3590             correct partitions for input data</li>
3591           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3592           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3593           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3594           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3595             mode</li>
3596           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3597             changes one row&#39;s threshold</li>
3598           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3599             doesn&#39;t open</li>
3600           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3601             quality histograms</li>
3602         </ul>
3603       </td>
3604     </tr>
3605     <tr>
3606       <td><div align="center">
3607           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3608         </div></td>
3609       <td><em>Application</em>
3610         <ul>
3611           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3612             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3613           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3614             preferences</li>
3615           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3616             in Jalview alignment window</li>
3617           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3618             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3619           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3620             RNA and ambiguity codes</li>
3621
3622           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3623           <li>Support fetching and database reference look up
3624             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3625             refs')</li>
3626           <li>Jalview project improvements
3627             <ul>
3628               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3629                 flag for annotation</li>
3630               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3631                 alignment</li>
3632               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3633                 Jalview project</li>
3634
3635             </ul>
3636           </li>
3637           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3638           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3639             running</li>
3640           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3641           <li>visual indication that web service results are still
3642             being retrieved from server</li>
3643           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3644             starts up for first time</li>
3645           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3646             services</li>
3647           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3648             client library</li>
3649           <li>Examples directory and Groovy library included in
3650             InstallAnywhere distribution</li>
3651         </ul> <em>Applet</em>
3652         <ul>
3653           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3654             visualization applet example</li>
3655         </ul> <em>General</em>
3656         <ul>
3657           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3658           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3659             defaults</li>
3660           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3661             calculation</li>
3662           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3663             matrices
3664           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3665             in HTML</li>
3666           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3667             structure contacts</li>
3668           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3669           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3670           <li>Parse sequence associated secondary structure
3671             information in Stockholm files</li>
3672           <li>HTML Export database accessions and annotation
3673             information presented in tooltip for sequences</li>
3674           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3675             style RNA alignment files</li>
3676           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3677             alignment</li>
3678           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3679             shade each sequence according to its associated alignment
3680             annotation</li>
3681           <li>New Jalview Logo</li>
3682         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3683         <ul>
3684           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3685           <li>New Website!</li>
3686         </ul></td>
3687       <td><em>Application</em>
3688         <ul>
3689           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3690             wsdbfetch REST service</li>
3691           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3692           <li>Filetype associations not installed for webstart
3693             launch</li>
3694           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3695             job execution in full once it is complete</li>
3696           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3697             uploaded via ali_file parameter</li>
3698           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3699           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3700           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3701             submitted for prediction</li>
3702           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3703             desktop window</li>
3704           <li>Putting fractional value into integer text box in
3705             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3706           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3707             windows 7</li>
3708           <li>View all structures fails with exception shown in
3709             structure view</li>
3710           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3711             escaped in a platform independent way</li>
3712           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3713             using proxy</li>
3714           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3715             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3716           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3717             failure when java web start temporary file caching is
3718             disabled</li>
3719           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3720             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3721           <li>Errors during processing of command line arguments
3722             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3723           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3724             DAS sources in sequence fetcher</li>
3725           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3726             dialog is shown</li>
3727           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3728           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3729           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3730           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3731             on OSX Mountain Lion</li>
3732           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3733             sequences with alignment annotation are pasted into the
3734             alignment</li>
3735           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3736             when loaded from Jalview project</li>
3737           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3738           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3739             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3740           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3741             associated with all views</li>
3742           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3743             annotation rows to new window</li>
3744         </ul> <em>Applet</em>
3745         <ul>
3746           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3747             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3748           <li>loading features via javascript API automatically
3749             enables feature display</li>
3750           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3751             work</li>
3752         </ul> <em>General</em>
3753         <ul>
3754           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3755           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3756             and then deselected</li>
3757           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3758           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3759             coloured with clustalx</li>
3760           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3761             exceptions and redraw errors</li>
3762           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3763             reconfigured view</li>
3764           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3765             colour</li>
3766           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3767             for lots of labels</li>
3768         </ul>
3769     </tr>
3770     <tr>
3771       <td>
3772         <div align="center">
3773           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3774         </div>
3775       </td>
3776       <td><em>Application</em>
3777         <ul>
3778           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3779           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3780           <li>View/alignment association menu to enable user to
3781             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3782             its colours/correspondences from</li>
3783           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3784           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3785             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3786           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3787           <li>Annotation row column label formatting attributes
3788             stored in project file</li>
3789           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3790             rows preserved in Jalview project file</li>
3791           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3792             saved using Desktop window menu</li>
3793           <li>Visual indication that command line arguments are
3794             still being processed</li>
3795           <li>Groovy script execution from URL</li>
3796           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3797             preferences</li>
3798           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3799             alignment with sequences that have high similarity and
3800             matching IDs</li>
3801           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3802           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3803             structures in same window</li>
3804           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3805           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3806             analysis function in its own submenu</li>
3807         </ul> <em>Applet</em>
3808         <ul>
3809           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3810             groups</li>
3811           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3812           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3813           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3814           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3815           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3816             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3817           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3818           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3819             parameters are treated as such</li>
3820           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3821             <ul>
3822               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3823               <li>Javascript callbacks for
3824                 <ul>
3825                   <li>Applet initialisation</li>
3826                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3827                 </ul>
3828               </li>
3829               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3830                 functions</li>
3831               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3832               <li>javascript structure viewer harness to pass
3833                 messages between Jmol and Jalview when running as
3834                 distinct applets</li>
3835               <li>sortBy method</li>
3836               <li>Set of applet and application examples shipped
3837                 with documentation</li>
3838               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3839                 javascript message exchange</li>
3840             </ul>
3841         </ul> <em>General</em>
3842         <ul>
3843           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3844             multiple alignments</li>
3845           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3846           <li>User configurable link to enable redirects to a
3847             www.Jalview.org mirror</li>
3848           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3849           <li>Configurable newline string when writing alignment
3850             and other flat files</li>
3851           <li>Allow alignment annotation description lines to
3852             contain html tags</li>
3853         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3854         <ul>
3855           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3856             examples</li>
3857           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3858             using a web service before displaying the result in the
3859             Jalview desktop</li>
3860           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3861           <li>Ant target to publish example html files with applet
3862             archive</li>
3863           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3864           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3865         </ul></td>
3866       <td><em>Application</em>
3867         <ul>
3868           <li>User defined colourscheme throws exception when
3869             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3870           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3871             dialog for valid filename/format</li>
3872           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3873           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3874             P37173</li>
3875           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3876             which sequence is to be associated with the file</li>
3877           <li>Find All raises null pointer exception when query
3878             only matches sequence IDs</li>
3879           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3880           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3881             2.4 cannot be loaded</li>
3882           <li>Filetype associations not installed for webstart
3883             launch</li>
3884           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3885             with sequences in different alignments do not get coloured
3886             by their associated sequence</li>
3887           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3888             not preserved when project is loaded</li>
3889           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3890             stored in Jalview project</li>
3891           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3892             Jalview project</li>
3893           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3894           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3895             by conservation</li>
3896           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3897             created on new view</li>
3898           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3899             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3900           <li>Alignment quality not updated after alignment
3901             annotation row is hidden then shown</li>
3902           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3903             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3904           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3905             properly</li>
3906           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3907             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3908           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3909           <li>Structures imported from file and saved in project
3910             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3911           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3912             job execution in full once it is complete</li>
3913         </ul> <em>Applet</em>
3914         <ul>
3915           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3916             annotation rows are displayed</li>
3917           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3918             codebase</li>
3919           <li>View follows highlighting does not work for positions
3920             in sequences</li>
3921           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3922           <li>Export features raises exception when no features
3923             exist</li>
3924           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3925             for javascript api is modified when separator string
3926             provided as parameter</li>
3927           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3928             alignment with no existing selection</li>
3929           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3930             to applet&#39;s codebase</li>
3931           <li>Status bar not updated after finished searching and
3932             search wraps around to first result</li>
3933           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3934             several Jalview applets causes race conditions and memory
3935             leaks</li>
3936           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3937             not sent from Jmol in applet</li>
3938           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3939             applet API fatally hang browser</li>
3940         </ul> <em>General</em>
3941         <ul>
3942           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3943             position with wrapped view and hidden regions</li>
3944           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3945             with/without hidden columns</li>
3946           <li>Sequence length given in alignment properties window
3947             is off by 1</li>
3948           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3949             import PDB like structure files</li>
3950           <li>Positional search results are only highlighted
3951             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3952           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3953           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3954             given sequence position</li>
3955           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3956             output</li>
3957           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3958             from nucleotide chains correctly</li>
3959           <li>Structure colours not updated when tree partition
3960             changed in alignment</li>
3961           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3962             parsed in interleaved stockholm</li>
3963           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3964             state</li>
3965           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3966             properly</li>
3967           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3968             properly associated with their pdb files</li>
3969         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3970         <ul>
3971           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3972             ApplyCopyright tool</li>
3973         </ul></td>
3974     </tr>
3975     <tr>
3976       <td>
3977         <div align="center">
3978           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3979         </div>
3980       </td>
3981       <td><em>Application</em>
3982         <ul>
3983           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3984             contact web services</li>
3985           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3986             service job window</li>
3987           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3988         </ul></td>
3989       <td>
3990         <ul>
3991           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3992             pir file emitted by Jalview</li>
3993           <li>Existing feature settings transferred to new
3994             alignment view created from cut'n'paste</li>
3995           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3996             parsing PDB files</li>
3997           <li>Consensus and conservation annotation rows
3998             occasionally become blank for all new windows</li>
3999           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4000             in wrapped view mode</li>
4001         </ul> <em>Application</em>
4002         <ul>
4003           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4004             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4005           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4006             parameter names</li>
4007           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4008             is down</li>
4009         </ul>
4010       </td>
4011     </tr>
4012     <tr>
4013       <td>
4014         <div align="center">
4015           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4016         </div>
4017       </td>
4018       <td><em>Application</em>
4019         <ul>
4020           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4021             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4022             (JABAWS)
4023           </li>
4024           <li>Web Services preference tab</li>
4025           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4026             preferences</li>
4027           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4028           <li>Superpose structures using associated sequence
4029             alignment</li>
4030           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4031             viewer</li>
4032         </ul> <em>Applet</em>
4033         <ul>
4034           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4035             link out mechanism</li>
4036         </ul> <em>Other</em>
4037         <ul>
4038           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4039             series 12</li>
4040           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4041             require Java 1.5</li>
4042           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4043             sequence annotation files</li>
4044           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4045             type colour specification</li>
4046           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4047             script to check if it being run in an interactive session or
4048             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4049         </ul></td>
4050       <td>
4051         <ul>
4052           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4053             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4054         </ul> <em>Application</em>
4055         <ul>
4056           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4057             selected Regions menu item</li>
4058           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4059             part of a valid accession ID</li>
4060           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4061             runs out of memory</li>
4062           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4063             analysis results</li>
4064           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4065             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4066           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4067         </ul> <em>Applet</em>
4068         <ul>
4069           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4070             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4071             defined.</li>
4072         </ul>
4073       </td>
4074     </tr>
4075     <tr>
4076       <td>
4077         <div align="center">
4078           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4079         </div>
4080       </td>
4081       <td></td>
4082       <td>
4083         <ul>
4084           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4085             sequence IDs</li>
4086           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4087             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4088           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4089             import correctly</li>
4090           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4091             number of columns are hidden</li>
4092           <li>annotation label popup menu not providing correct
4093             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4094             present</li>
4095           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4096             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4097           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4098             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4099
4100         </ul> <em>Applet</em>
4101         <ul>
4102           <li>annotation panel disappears when annotation is
4103             hidden/removed</li>
4104         </ul> <em>Application</em>
4105         <ul>
4106           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4107             alignment opened where annotation panel is visible but no
4108             annotations are present on alignment</li>
4109           <li>pasted region containing hidden columns is
4110             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4111           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4112             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4113           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4114             selected Rregions menu item.</li>
4115           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4116             'Un' or 'Non'conserved</li>
4117           <li>Sequence feature settings are being shared by
4118             multiple distinct alignments</li>
4119           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4120             changed</li>
4121           <li>double click on group annotation to select sequences
4122             does not propagate to associated trees</li>
4123           <li>Mac OSX specific issues:
4124             <ul>
4125               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4126                 window background</li>
4127               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4128                 name set correctly</li>
4129               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4130                 save feature colourscheme button</li>
4131             </ul>
4132           </li>
4133         </ul>
4134       </td>
4135     </tr>
4136     <tr>
4137
4138       <td>
4139         <div align="center">
4140           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4141         </div>
4142       </td>
4143       <td><em>New Capabilities</em>
4144         <ul>
4145           <li>URL links generated from description line for
4146             regular-expression based URL links (applet and application)
4147
4148           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4149             menu</li>
4150           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4151             structures</li>
4152           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4153             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4154           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4155             average score or total feature count for each sequence.</li>
4156           <li>Shading features by score or associated description</li>
4157           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4158             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4159           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4160             hide everything but the currently selected region.</li>
4161           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4162         </ul> <em>Application</em>
4163         <ul>
4164           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4165             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4166           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4167             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4168           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4169             database references and protein_name is parsed as
4170             description line (BioSapiens terms).</li>
4171           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4172             references in sequence ID tooltip from View menu in
4173             application.</li>
4174           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4175       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4176           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4177             conservation plots</li>
4178           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4179             and visualized as sequence logos</li>
4180           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4181             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4182           </li>
4183           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4184             when a new tree is opened.</li>
4185           <li>Jalview Java Console</li>
4186           <li>Better placement of desktop window when moving
4187             between different screens.</li>
4188           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4189             consensus annotation</li>
4190           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4191             Workflows</li>
4192           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4193             <ul>
4194               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4195                 used to preserve views, structures, and tree display
4196                 settings)</li>
4197               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4198                 command line</li>
4199               <li>Sharing of selected regions between views and
4200                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4201               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4202             </ul></li>
4203         </ul> <em>Applet</em>
4204         <ul>
4205           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4206           <li>New Parameters
4207             <ul>
4208               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4209                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4210                 opened.</li>
4211               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4212                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4213               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4214                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4215               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4216                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4217                 view</li>
4218               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4219                 increase the height or width of a cell in the alignment
4220                 grid relative to the current font size.</li>
4221             </ul>
4222           </li>
4223           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4224             tooltip</li>
4225         </ul> <em>Other</em>
4226         <ul>
4227           <li>Features format: graduated colour definitions and
4228             specification of feature scores</li>
4229           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4230             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4231             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4232           <li>XML formats extended to support graduated feature
4233             colourschemes, group associated annotation, and profile
4234             visualization settings.</li></td>
4235       <td>
4236         <ul>
4237           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4238             rather than description</li>
4239           <li>Non-positional features are now included in sequence
4240             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4241             visibility in tooltip).</li>
4242           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4243           <li>Added URL embedding instructions to features file
4244             documentation.</li>
4245           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4246             'X' in peptide product</li>
4247           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4248             sequence ID and sequence string and query strings do not
4249             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4250           <li>AMSA files only contain first column of
4251             multi-character column annotation labels</li>
4252           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4253             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4254             exported and re-imported)</li>
4255           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4256             name</li>
4257           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4258             as subsequence matches, and correctly reports total number
4259             of both.</li>
4260           <li>Application:
4261             <ul>
4262               <li>Better handling of exceptions during sequence
4263                 retrieval</li>
4264               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4265                 link text excludes the start_end suffix</li>
4266               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4267                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4268               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4269               <li>Sequence description lines properly shared via
4270                 VAMSAS</li>
4271               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4272                 data sources</li>
4273               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4274                 completes before alignment figures are generated.</li>
4275               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4276                 first time.</li>
4277               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4278                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4279               <li>User defined group colours properly recovered
4280                 from Jalview projects.</li>
4281             </ul>
4282           </li>
4283         </ul>
4284       </td>
4285
4286     </tr>
4287     <tr>
4288       <td>
4289         <div align="center">
4290           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4291         </div>
4292       </td>
4293       <td>
4294         <ul>
4295           <li>Experimental support for google analytics usage
4296             tracking.</li>
4297           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4298         </ul>
4299       </td>
4300       <td>
4301         <ul>
4302           <li>Race condition in applet preventing startup in
4303             jre1.6.0u12+.</li>
4304           <li>Exception when feature created from selection beyond
4305             length of sequence.</li>
4306           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4307           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4308             all sequences with a given id</li>
4309           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4310             ID string searches</li>
4311           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4312             alignment to fail with exception</li>
4313         </ul> <em>Application Issues</em>
4314         <ul>
4315           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4316           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4317             data sources</li>
4318         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4319         <ul>
4320           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4321             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4322           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4323             version (java class versioning error fixed)</li>
4324         </ul>
4325       </td>
4326     </tr>
4327     <tr>
4328       <td>
4329
4330         <div align="center">
4331           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4332         </div>
4333       </td>
4334       <td><em>User Interface</em>
4335         <ul>
4336           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4337             translation and protein products</li>
4338           <li>Linked highlighting of structure associated with
4339             residue mapping to codon position</li>
4340           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4341             and 'clear' button</li>
4342           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4343             Tools menu</li>
4344           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4345             numeric data in description line</li>
4346           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4347           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4348             of sequence</li>
4349         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4350         <ul>
4351           <li>JPred3 web service</li>
4352           <li>Prototype sequence search client (no public services
4353             available yet)</li>
4354           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4355             PFAM</li>
4356           <li>URL Links created for matching database cross
4357             references as well as sequence ID</li>
4358           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4359         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4360         <ul>
4361           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4362             databases</li>
4363           <li>Generalised database reference retrieval and
4364             validation to all fetchable databases</li>
4365           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4366             sequence command</li>
4367         </ul> <em>Import and Export</em>
4368         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4369         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4370           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4371         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4372           File</li>
4373         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4374           triplet as name of colourscheme</li>
4375         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4376         <ul>
4377           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4378           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4379             alignments (experimental)</li>
4380           <li>Create new or select existing session to join</li>
4381           <li>load and save of vamsas documents</li>
4382         </ul> <em>Application command line</em>
4383         <ul>
4384           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4385             from applet)</li>
4386           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4387             of DAS servers to query for alignment features</li>
4388           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4389             that are also automatically queried for features</li>
4390           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4391             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4392         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4393         <ul>
4394           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4395             application (when using &quot;View in full
4396             application&quot;)</li>
4397         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4398         <ul>
4399           <li>feature group display control parameter</li>
4400           <li>debug parameter</li>
4401           <li>showbutton parameter</li>
4402         </ul> <em>Applet API methods</em>
4403         <ul>
4404           <li>newView public method</li>
4405           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4406           <li>Feature display control methods</li>
4407           <li>get list of currently selected sequences</li>
4408         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4409         <ul>
4410           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4411           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4412             Jalview release.</li>
4413           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4414             property controls execution of obfuscator</li>
4415           <li>Build target for generating source distribution</li>
4416           <li>Debug flag for javacc</li>
4417           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4418             jalview.bin.Cache</li>
4419           <li>Continuous Build Integration for stable and
4420             development version of Application, Applet and source
4421             distribution</li>
4422         </ul></td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>selected region output includes visible annotations
4426             (for certain formats)</li>
4427           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4428             for editing</li>
4429           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4430           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4431           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4432           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4433             comments</li>
4434           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4435             filenames containing a ':'</li>
4436           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4437             global sequence features</li>
4438           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4439             references from alignment sequences goes to zero</li>
4440           <li>Close of tree branch colour box without colour
4441             selection causes cascading exceptions</li>
4442           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4443           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4444             file parsing fails.</li>
4445           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4446           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4447             not a valid output format</li>
4448           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4449             vamsas</li>
4450           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4451           <li>error messages passed up and output when data read
4452             fails</li>
4453           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4454             sequence is edited</li>
4455           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4456             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4457           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4458             filetype</li>
4459           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4460             import fixed for PFAM records</li>
4461           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4462             window list</li>
4463           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4464             can be read and written correctly to annotation file</li>
4465           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4466             correctly</li>
4467           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4468             non-italic font for representatives in Applet</li>
4469           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4470             Macs.</li>
4471           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4472             Applet)</li>
4473           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4474             due to null pointer exceptions</li>
4475           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4476             first column of alignment</li>
4477           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4478             July 2008</li>
4479           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4480             file is case-insensitive</li>
4481           <li>Sequence features read from Features file appended to
4482             all sequences with matching IDs</li>
4483           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4484             containing a sub-sequence</li>
4485           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4486           <li>feature and annotation file applet parameters
4487             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4488           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4489           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4490             splash-screen version check to complete</li>
4491           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4492             when passing them to the launchApp service</li>
4493           <li>display name and local features preserved in results
4494             retrieved from web service</li>
4495           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4496             sequence fetcher initialisation</li>
4497           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4498             dasobert DAS client</li>
4499           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4500             association</li>
4501           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4502             sequences
4503           </li>
4504         </ul>
4505       </td>
4506     </tr>
4507     <tr>
4508       <td>
4509         <div align="center">
4510           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4511         </div>
4512       </td>
4513       <td>
4514         <ul>
4515           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4516           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4517           <li>Slide sequences</li>
4518           <li>Edit sequence in place</li>
4519           <li>EMBL CDS features</li>
4520           <li>DAS Feature mapping</li>
4521           <li>Feature ordering</li>
4522           <li>Alignment Properties</li>
4523           <li>Annotation Scores</li>
4524           <li>Sort by scores</li>
4525           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4526         </ul>
4527       </td>
4528       <td>
4529         <ul>
4530           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4531           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4532           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4533           <li>Feature group display state in XML</li>
4534           <li>Feature ordering in XML</li>
4535           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4536           <li>Stockholm alignment properties</li>
4537           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4538           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4539           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4540           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4541         </ul>
4542       </td>
4543
4544     </tr>
4545     <tr>
4546       <td>
4547         <div align="center">
4548           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4549         </div>
4550       </td>
4551       <td>
4552         <ul>
4553           <li>Non standard characters can be read and displayed
4554           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4555             applet via textbox
4556           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4557             name &amp; description
4558           <li>Preference setting to display sequence name in
4559             italics
4560           <li>Annotation file format extended to allow
4561             Sequence_groups to be defined
4562           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4563             specified in preferences
4564           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4565             sequences
4566         </ul>
4567       </td>
4568       <td>
4569         <ul>
4570           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4571             installed
4572           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4573           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4574         </ul>
4575       </td>
4576     </tr>
4577     <tr>
4578       <td>
4579         <div align="center">
4580           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4581         </div>
4582       </td>
4583       <td>
4584         <ul>
4585           <li>Multiple views on alignment
4586           <li>Sequence feature editing
4587           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4588           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4589           <li>Background dependent text colour
4590           <li>Right align sequence ids
4591           <li>User-defined lower case residue colours
4592           <li>Format Menu
4593           <li>Select Menu
4594           <li>Menu item accelerator keys
4595           <li>Control-V pastes to current alignment
4596           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4597           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4598           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4599
4600           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4601         </ul>
4602       </td>
4603       <td>
4604         <ul>
4605           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4606           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4607             calculations
4608           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4609             edits
4610           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4611             of alignment)
4612           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4613
4614           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4615             display correctly
4616           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4617           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4618             analysis results
4619           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4620             &#8739;
4621           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4622           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4623           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4624
4625         </ul>
4626       </td>
4627     </tr>
4628     <tr>
4629       <td>
4630         <div align="center">
4631           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4632         </div>
4633       </td>
4634       <td>
4635         <ul>
4636           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4637         </ul>
4638       </td>
4639       <td>
4640         <ul>
4641           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4642             sequence id panel has been resized</li>
4643           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4644             rendered</li>
4645           <li>Annotation files with sequence references - all
4646             elements in file are relative to sequence position</li>
4647           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4648         </ul>
4649       </td>
4650     </tr>
4651     <tr>
4652       <td>
4653         <div align="center">
4654           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4655         </div>
4656       </td>
4657       <td>
4658         <ul>
4659           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4660           <li>DAS Feature fetching</li>
4661           <li>Hide sequences and columns</li>
4662           <li>Export Annotations and Features</li>
4663           <li>GFF file reading / writing</li>
4664           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4665             files</li>
4666           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4667           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4668           <li>Applet can launch the full application</li>
4669           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4670             required)</li>
4671           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4672           <li>Applet can load sequences from parameter
4673             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4674           </li>
4675         </ul>
4676       </td>
4677       <td>
4678         <ul>
4679           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4680           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4681           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4682         </ul>
4683       </td>
4684     </tr>
4685     <tr>
4686       <td>
4687         <div align="center">
4688           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4689         </div>
4690       </td>
4691       <td>
4692         <ul>
4693           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4694           <li>Choose to match case when searching</li>
4695           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4696             expand the visible width and height of the alignment</li>
4697         </ul>
4698       </td>
4699       <td>
4700         <ul>
4701           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4702         </ul>
4703       </td>
4704     </tr>
4705     <tr>
4706       <td>
4707         <div align="center">
4708           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4709         </div>
4710       </td>
4711       <td>&nbsp;</td>
4712       <td>
4713         <ul>
4714           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4715           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4716             value</li>
4717         </ul>
4718       </td>
4719     </tr>
4720     <tr>
4721       <td>
4722         <div align="center">
4723           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4724         </div>
4725       </td>
4726       <td>
4727         <ul>
4728           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4729           <li>Keyboard editing</li>
4730           <li>Create sequence features from searches</li>
4731           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4732             alignments</li>
4733           <li>Features file allows grouping of features</li>
4734           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4735           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4736           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4737         </ul>
4738       </td>
4739       <td>
4740         <ul>
4741           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4742           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4743             descriptions saved.</li>
4744         </ul>
4745       </td>
4746     </tr>
4747     <tr>
4748       <td>
4749         <div align="center">
4750           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4751         </div>
4752       </td>
4753       <td>
4754         <ul>
4755           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4756           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4757           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4758             name for file output</li>
4759           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4760           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4761             used for HTML form input</li>
4762         </ul>
4763       </td>
4764       <td>
4765         <ul>
4766           <li>HTML output writes groups and features</li>
4767           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4768           <li>File IO bugs</li>
4769         </ul>
4770       </td>
4771     </tr>
4772     <tr>
4773       <td>
4774         <div align="center">
4775           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4776         </div>
4777       </td>
4778       <td>
4779         <ul>
4780           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4781           <li>More options for PCA viewer</li>
4782         </ul>
4783       </td>
4784       <td>
4785         <ul>
4786           <li>GUI bugs resolved</li>
4787           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4788         </ul>
4789       </td>
4790     </tr>
4791     <tr>
4792       <td height="63">
4793         <div align="center">
4794           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4795         </div>
4796       </td>
4797       <td>
4798         <ul>
4799           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4800           <li>Jar files are executable</li>
4801           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4802         </ul>
4803       </td>
4804       <td>
4805         <ul>
4806           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4807           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4808           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4809         </ul>
4810       </td>
4811     </tr>
4812     <tr>
4813       <td>
4814         <div align="center">
4815           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4816         </div>
4817       </td>
4818       <td>
4819         <ul>
4820           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4821         </ul>
4822       </td>
4823       <td>
4824         <ul>
4825           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4826         </ul>
4827       </td>
4828     </tr>
4829     <tr>
4830       <td>
4831         <div align="center">
4832           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4833         </div>
4834       </td>
4835       <td>
4836         <ul>
4837           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4838             size</li>
4839         </ul>
4840       </td>
4841       <td>
4842         <ul>
4843           <li>Improved JPred client reliability</li>
4844           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4845         </ul>
4846       </td>
4847     </tr>
4848     <tr>
4849       <td>
4850         <div align="center">
4851           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4852         </div>
4853       </td>
4854       <td>
4855         <ul>
4856           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4857           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4858           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4859             to Colour Menu</li>
4860           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4861           <li>Unix users can set default web browser</li>
4862           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4863           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4864         </ul>
4865       </td>
4866       <td>
4867         <ul>
4868           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4869         </ul>
4870       </td>
4871     </tr>
4872     <tr>
4873       <td>
4874         <div align="center">
4875           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4876         </div>
4877       </td>
4878       <td>&nbsp;</td>
4879       <td>
4880         <ul>
4881           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4882             alignment order.</li>
4883         </ul>
4884       </td>
4885     </tr>
4886     <tr>
4887       <td>
4888         <div align="center">
4889           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4890         </div>
4891       </td>
4892       <td>
4893         <ul>
4894           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4895           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4896           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4897             annotations.</li>
4898           <li>Version and build date written to build properties
4899             file.</li>
4900           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4901             at launch of Jalview.</li>
4902         </ul>
4903       </td>
4904       <td>
4905         <ul>
4906           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4907           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4908           <li>Can remove groups one by one.</li>
4909           <li>Filechooser icons installed.</li>
4910           <li>Finder ignores return character when searching.
4911             Return key will initiate a search.<br>
4912           </li>
4913         </ul>
4914       </td>
4915     </tr>
4916     <tr>
4917       <td>
4918         <div align="center">
4919           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4920         </div>
4921       </td>
4922       <td>
4923         <ul>
4924           <li>New codebase</li>
4925         </ul>
4926       </td>
4927       <td>&nbsp;</td>
4928     </tr>
4929   </table>
4930   <p>&nbsp;</p>
4931 </body>
4932 </html>