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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li></li>
  74         </ul>
  75       </td>
  76       <td align="left" valign="top">
  77         <ul>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
  80             alignment (Since Jalview 2.10.3)
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
  84             doesn't slide selected sequences
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
  88             multiple EMBL gene products shown for a single contig
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
  92             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
  93             '%s'" on the console
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
  97             when there are both local and complementary features mapped
  98             to the position under the cursor
  99           </li>
 100         </ul>
 101       </td>
 102     </tr>
 103     <tr>
 104       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 105           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 106           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 107       <td align="left" valign="top">
 108         <ul>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 111             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 112             for display in alignments, on structure views (including
 113             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 114             export.
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 118             exported and re-imported as GFF3 files
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 122             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 126             validation while parsing
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 130             position if reopened
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 134             of associated view
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 138             enabled by default
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 142             tooltips and menus
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 146             with no feature types visible
 147           </li>
 148           <li>
 149           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 150           </li>
 151         </ul><em>Jalview Installer</em>
 152             <ul>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 155             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 162           </li>
 163               <li>
 164                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 165               <li>
 166                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 167         </ul> <em>Release processes</em>
 168         <ul>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 174           </li>
 175         </ul> <em>Build System</em>
 176         <ul>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 182             report
 183           </li>
 184         </ul>
 185         <em>Groovy Scripts</em>
 186             <ul>
 187           <li>
 188             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 189             to stdout containing the consensus sequence for each
 190             alignment in a Jalview session
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 194             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 195             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 196           </li>
 197         </ul>
 198       </td>
 199       <td align="left" valign="top">
 200         <ul>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 203             'Show hidden markers' option is not ticked
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 207             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 208             jalview preferences or properties file
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 212             'Show Sequence Features' option is not ticked
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 216             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 217             features are visible
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 221             equal when split frame is first opened
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 225             correct after editing a sequence's start position
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 229             with annotation and exceptions thrown when only a few
 230             columns shown in wrapped mode
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 234             wrapped alignment figure with annotations
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 238             ID fails with ClassCastException
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 242             Project
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 246             feature settings dialog also selects columns
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 250             IllegalArgumentException in some circumstances
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 254             opened for a view
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 258             alignment window is closed
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 262             help documentation for 2.11.0 release
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 266             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 267             Uniprot Accession
 268           </li>
 269         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 270         <ul>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 273             PDB/Uniprot search panel
 274           </li>
 275         </ul> <em>Installer</em>
 276         <ul>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 279             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 280           </li>
 281         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 282         <ul>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 285             repository
 286           </li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 289             memory
 290           </li>
 291         </ul> <em>New Known Issues</em>
 292         <ul>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 295             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 296             command line
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 300             clipped in headless figure export when Right Align option
 301             enabled
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 305             'Source' in console output
 306           </li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 309             bamboo server but run fine locally.
 310           </li>
 311         </ul>
 312       </td>
 313     </tr>
 314     <tr>
 315       <td width="60" align="center" nowrap>
 316           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 317             <em>04/07/2019</em></strong>
 318       </td>
 319       <td align="left" valign="top">
 320         <ul>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 323             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 324             source project) rather than InstallAnywhere
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 328             settings, receive over the air updates and launch specific
 329             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 330               Rings' GetDown</a>)
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 334             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 338             arguments and switch between different getdown channels
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 342             or alignment files
 343           </li>
 344
 345           <li>
 346             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 347             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 350             'Translate as cDNA'</li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 353           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 354             <ul>
 355                       <li>
 356             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 357             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 358           <li>
 359                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 360                 features can be filtered and shaded according to any
 361                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 362                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 363                 file)
 364               </li>
 365               <li>
 366                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 367                 stored and restored from Jalview Projects
 368               </li>
 369               <li>
 370                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 371                 recognise variant features
 372               </li>
 373               <li>
 374                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 375                 sequences (also coloured red by default)
 376               </li>
 377               <li>
 378                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 379                 details
 380               </li>
 381               <li>
 382                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 383                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 384               </li>
 385               <li>
 386                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 387                 dialog
 388               </li>
 389             </ul>
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 393             tree and PCA calculations
 394           </li>
 395           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 396             <ul>
 397               <li>
 398                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 399                 and Viewer state saved in Jalview Project
 400               </li>
 401               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 402                 drop-down menus</li>
 403               <li>
 404                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 405                 incrementally
 406               </li>
 407               <li>
 408                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 409               </li>
 410             </ul>
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 414           </li>
 415           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 416           <ul>
 417               <li>
 418                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 419                 multiple groups when working with large alignments
 420               </li>
 421               <li>
 422                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 423                 Stockholm files
 424               </li>
 425             </ul>
 426           <li><strong>User Interface</strong>
 427           <ul>
 428               <li>
 429                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 430                 view
 431               </li>
 432               <li>
 433                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 434                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 435                 default (can be changed in user preferences)
 436               </li>
 437               <li>
 438                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 439                 to the Overwrite Dialog
 440               </li>
 441               <li>
 442                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 443                 sequences are hidden
 444               </li>
 445               <li>
 446                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 447                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 448               </li>
 449               <li>
 450                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 451                 labels
 452               </li>
 453               <li>
 454                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 455                 when in wrapped mode
 456               </li>
 457               <li>
 458                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 459                 annotation
 460               </li>
 461               <li>
 462                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 463               </li>
 464               <li>
 465                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 466                 panel
 467               </li>
 468               <li>
 469                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 470                 popup menu
 471               </li>
 472               <li>
 473               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 474               <li>
 475               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 476
 477
 478             </ul></li>
 479             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 480           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 481             <ul>
 482               <li>
 483                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 484                 trapping CMD-Q
 485               </li>
 486             </ul></li>
 487         </ul>
 488         <em>Deprecations</em>
 489         <ul>
 490           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 491             capabilities removed from the Jalview Desktop
 492           </li>
 493           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 494             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 495             and XML based data retrieval clients</li>
 496           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 497           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 498         </ul> <em>Documentation</em>
 499         <ul>
 500           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 501             not supported in EPS figure export
 502           </li>
 503           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 504         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 505         <ul>
 506           <li>
 507           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 508           </li>
 509       <li>
 510       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 511           <li>
 512           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 513             gradle-eclipse
 514           </li>
 515           <li>
 516           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 517             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 518             execution
 519           </li>
 520           <li>
 521           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 522             operations
 523           </li>
 524           <li>
 525           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 526             issues resolved
 527           </li>
 528           <li>
 529           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 530             markdown (with HTML rendering)
 531           </li>
 532           <li>
 533           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 534           </li>
 535           <li>
 536           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 537             versions of Jalview
 538           </li>
 539         </ul>
 540       </td>
 541       <td align="left" valign="top">
 542         <ul>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 548             superposition in Jmol fail on Windows
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 552             structures for sequences with lots of PDB structures
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 556             monospaced font
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 560             project involving multiple views
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 564             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 565             Annotation dialog hides columns
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 569             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 570             one view, then making another selection in the other view
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 574             columns
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 578             Settings and Jalview Preferences panels
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 582             overview with large alignments
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 586             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 587             mouse moved to the left of the first column
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 591             hidden column marker via scale popup menu
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 595             doesn't tell users the invalid URL
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 599             score from view
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 603             show cross references or Fetch Database References are shown in
 604             red in original view
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 608             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 612             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 616             when columns are hidden
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 620             Columns by Annotation description
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 624             out of Scale or Annotation Panel
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 628             scale panel
 629           </li>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 632             alignment down
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 636             scale panel
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 640             Page Up in wrapped mode
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 650             on opening an alignment
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 654             Colour menu
 655           </li>
 656           <li>
 657             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 658             different groups in the alignment are selected
 659           </li>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 662             correctly in menu
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 666             threshold limit
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 670             threshold gets 'unrounded'
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 674             colour
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 681           </li>
 682           <li>
 683             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 684             Tree font
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 688             project file
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 692             shown in complementary view
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 696             without normalisation
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 700             of report
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 704           </li>
 705           <li>
 706           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 707           </li>
 708         </ul> <em>Editing</em>
 709         <ul>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 712             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 713             sequence
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 717             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 718             removed (Known defect since 2.10)
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 722             dialog corrupts dataset sequence
 723           </li>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 726             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 727           </li>
 728         </ul> <em>Datamodel</em>
 729         <ul>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 732             sequence's End is greater than its length
 733           </li>
 734         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 735           general release)</em>
 736         <ul>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 739           </li>
 740         </ul> <em>New Known Defects</em>
 741         <ul>
 742         <li>
 743         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 744         </li>
 745         <li>
 746           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 747           regions of protein alignment.
 748         </li>
 749         <li>
 750           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 751           is restored from a Jalview 2.11 project
 752         </li>
 753         <li>
 754           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 755           'New View'
 756         </li>
 757         <li>
 758           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 759           columns within hidden columns
 760         </li>
 761         <li>
 762           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 763           window after dragging left to select columns to left of visible
 764           region
 765         </li>
 766         <li>
 767           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 768           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 769           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 770           create a Score filter instead.
 771         </li>
 772         <li>
 773         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 774         <li>
 775         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 776         </li>
 777         <li>
 778           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 779           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 780         </li>
 781         </ul>
 782         <em>Java 11 Specific defects</em>
 783           <ul>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 786               alphabetically when saved
 787             </li>
 788         </ul>
 789       </td>
 790     </tr>
 791     <tr>
 792     <td width="60" nowrap>
 793       <div align="center">
 794         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 795       </div>
 796     </td>
 797     <td><div align="left">
 798         <em></em>
 799         <ul>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 802               InstallAnywhere increased to 1G.
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 806               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 807               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 808                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 809                 properties file.</em>
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 813               API and sequence data now imported as JSON.
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 817               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 818               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 819               property.
 820             </li>
 821           </ul>
 822           <em>Development</em>
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 826               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 827                 Clover</a>
 828             </li>
 829           </ul>
 830         </div></td>
 831     <td><div align="left">
 832         <em></em>
 833         <ul>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 836               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 837               alignment.
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 841               annotation displayed.
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 845               for newly created group when 'Apply to all groups'
 846               selected
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 850               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 851               visible.
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 855               when sequences are selected in exported view.</em>
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 859               aren't rendered with correct colour.
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 863               types of knotted RNA secondary structure.
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 867               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 868               do not start at 1.
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 872               annotation when columns are inserted into an alignment,
 873               and when exporting as Stockholm flatfile.
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 877               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 878               treated as RNA secondary structure.
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 882               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 886               transfers focus to previous window on OSX
 887             </li>
 888           </ul>
 889           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 890           <ul>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 893               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 894               box.
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 898               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 899               'look and feel' which has improved compatibility with the
 900               latest version of OSX.
 901             </li>
 902           </ul>
 903         </div>
 904     </td>
 905     </tr>
 906     <tr>
 907       <td width="60" nowrap>
 908         <div align="center">
 909           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 910             <em>7/06/2018</em></strong>
 911         </div>
 912       </td>
 913       <td><div align="left">
 914           <em></em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 918               annotation retrieved from Uniprot
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 922               onto the Jalview Desktop
 923             </li>
 924           </ul>
 925         </div></td>
 926       <td><div align="left">
 927           <em></em>
 928           <ul>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 931               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 935               right-hand column parsed correctly
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 939               not alignment area in exported graphic
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 943               window has input focus
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 947               annotation added to view (Windows)
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 951               network connectivity is poor
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 955               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 956                 the currently open URL and links from a page viewed in
 957                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 958                 you are using Edge, only links in the page can be
 959                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 960                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 961             </li>
 962           </ul>
 963           <em>New Known Defects</em>
 964           <ul>
 965             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 966           </ul>
 967         </div></td>
 968     </tr>
 969     <tr>
 970       <td width="60" nowrap>
 971         <div align="center">
 972           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 973         </div>
 974       </td>
 975       <td><div align="left">
 976           <em></em>
 977           <ul>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 980               for disabling automatic superposition of multiple
 981               structures and open structures in existing views
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 985               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 986               adjust them.
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 990               Ensembl services
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 994               and lots of hidden columns
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 998               of features (particularly when transparency is disabled)
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1002               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1003               generally available
1004             </li>
1005           </ul>
1006           </div>
1007       </td>
1008       <td><div align="left">
1009           <ul>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1012               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1016               overlapping alignment panel
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1020               sequence as gaps
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1024               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1025               UTR
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1029               factor annotation not added to sequence when local PDB
1030               file associated with it by drag'n'drop or structure
1031               chooser
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1035               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1039               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1043               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1047               columns in annotation row
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1051               honored in batch mode
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1055               for structures added to existing Jmol view
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1059               entries after importing project with multiple views
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1063               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1064               with negative residue numbers or missing residues fails
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1068               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1069               as generated by CONSURF)
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1073               tooltip doesn't include a text description of mutation
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1077               structure and/or overview windows are also shown
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1081               very slow for alignments with large numbers of sequences
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1085               with 'StringIndexOutOfBounds'
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1089               platforms running Java 10
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1093               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1094             </li>
1095           </ul>
1096           <em>Applet</em>
1097           <ul>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1100               should copy the group consensus when popup is opened on it
1101             </li>
1102           </ul>
1103           <em>Batch Mode</em>
1104           <ul>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1107           </li>
1108           </ul>
1109           <em>New Known Defects</em>
1110           <ul>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1113               editing a large alignment and overview is displayed
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1117               repeatedly after a series of edits even when the overview
1118               is no longer reflecting updates
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1122               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1123               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1124               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1128               option gives blank output
1129             </li>
1130           </ul>
1131         </div>
1132           </td>
1133     </tr>
1134     <tr>
1135       <td width="60" nowrap>
1136         <div align="center">
1137           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1138         </div>
1139       </td>
1140       <td><div align="left">
1141           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1142               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1143       <td><div align="left">
1144           <em>Desktop</em><ul>
1145           <ul>
1146             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1147             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1148             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1149             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1150             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1151             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1152             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1153           </ul>
1154           </div>
1155       </td>
1156     </tr>
1157     <tr>
1158       <td width="60" nowrap>
1159         <div align="center">
1160           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1161         </div>
1162       </td>
1163       <td><div align="left">
1164           <em></em>
1165           <ul>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1168               rendering of sequence features
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1172               429 rate limit request hander
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1176               their colours have changed
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1180               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1184               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1188               view from Ensembl locus cross-references
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1192               Alignment report
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1196               feature can be disabled
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1200               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1204               Uniprot
1205             </li>
1206           </ul>
1207           <em>Scripting</em>
1208           <ul>
1209             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1210             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1211               percent identity scores for current alignment.</li>
1212           </ul>
1213           <em>Testing and Deployment</em>
1214           <ul>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1217             </li>
1218           </ul>
1219         </div></td>
1220       <td><div align="left">
1221           <em>General</em>
1222           <ul>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1225               threshold text field doesn't trigger an update to the
1226               alignment view
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1230               strings in parallel
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1234               alignment window is closed
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1238               group visibility
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1242               takes a long time in Cursor mode
1243             </li>
1244           </ul>
1245           <em>Desktop</em>
1246           <ul>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1249               cannot be viewed in Chimera
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1253               CDS/Protein view
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1257               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1258               Search Dialogs
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1268               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1272               scrolling right in unwapped alignment view
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1276               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1277               database
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1281               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1285               features of same type and group to be selected for
1286               amending
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1290               alignments when hidden columns are present
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1294               displaying several structures
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1298               moving a window
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1302               within the Jalview desktop on OSX
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1306               when in wrapped alignment mode
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1310               hand end of alignment
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1314               each selected sequence do not have correct start/end
1315               positions
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1319               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1323               restoring project until a new view is created
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1327               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1328               configured (since 2.10.2b2)
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1332               position is adjusted
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1336               in a multi-chain structure when viewing alignment
1337               involving more than one chain (since 2.10)
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1341               if new selection moves alignment window
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1345               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1349               that produces correctly annotated transcripts and products
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1353               doesn't update associated structure view
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>Applet</em><br />
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1360               closing alignment panel
1361             </li>
1362           </ul>
1363           <em>BioJSON</em><br />
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1367               non-positional features
1368             </li>
1369           </ul>
1370           <em>New Known Issues</em>
1371           <ul>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1374               sequence features correctly (for many previous versions of
1375               Jalview)
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1379               using cursor in wrapped panel other than top
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1383               graduated colour threshold
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1387               always preserve numbering and sequence features
1388             </li>
1389           </ul>
1390           <em>Known Java 9 Issues</em>
1391           <ul>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1394               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1395               9.01, OSX 10.10)
1396             </li>
1397           </ul>
1398         </div></td>
1399     </tr>
1400     <tr>
1401       <td width="60" nowrap>
1402         <div align="center">
1403           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1404             <em>2/10/2017</em></strong>
1405         </div>
1406       </td>
1407       <td><div align="left">
1408           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1409           <ul>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1412             </li>
1413             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1414             </li>
1415           </ul>
1416         </div></td>
1417       <td><div align="left">
1418         </div></td>
1419     </tr>
1420     <tr>
1421       <td width="60" nowrap>
1422         <div align="center">
1423           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1424             <em>7/9/2017</em></strong>
1425         </div>
1426       </td>
1427       <td><div align="left">
1428           <em></em>
1429           <ul>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1432               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1433               white)
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1437               Preferences
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1441               in size and progress bar shown as higher resolution
1442               overview is recalculated
1443             </li>
1444
1445           </ul>
1446         </div></td>
1447       <td><div align="left">
1448           <em></em>
1449           <ul>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1452               column region row by row
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1456               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1460               format setting is unticked
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1464               if group has show boxes format setting unticked
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1468               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1469               include sequences and columns not currently displayed
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1473               assemblies are imported via CIF file
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1477               displayed when threshold or conservation colouring is also
1478               enabled.
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1482               server version
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1486               dragging a selected region off the visible region of the
1487               alignment
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1491               colourscheme to all groups in a view
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1495               initially after font size change using the Font chooser or
1496               middle-mouse zoom
1497             </li>
1498           </ul>
1499         </div></td>
1500     </tr>
1501     <tr>
1502       <td width="60" nowrap>
1503         <div align="center">
1504           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1505         </div>
1506       </td>
1507       <td><div align="left">
1508           <em>Calculations</em>
1509           <ul>
1510
1511             <li>
1512               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1513               ungapped positions in each column of the alignment.
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1517               a calculation dialog box
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1521               and memory efficiency (~30x faster)
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1525               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1526               and other calculations
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1530               files within the Jalview codebase
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1534               Similarity may have different topology due to increased
1535               precision
1536             </li>
1537           </ul>
1538           <em>Rendering</em>
1539           <ul>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1542               model for alignments and groups
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1546               scripts
1547             </li>
1548           </ul>
1549           <em>Overview</em>
1550           <ul>
1551             <li>
1552               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1553               with alignment and overview windows
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1557               overview
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1561               omitted in Overview
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1565               adjustment of visible position
1566             </li>
1567           </ul>
1568
1569           <em>Data import/export</em>
1570           <ul>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1573               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1577               annotation input/output via stockholm flatfile
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1581               extension when importing structure files without embedded
1582               names or PDB accessions
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1586               format sequence substitution matrices
1587             </li>
1588           </ul>
1589           <em>User Interface</em>
1590           <ul>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1593               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1594               the application.
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1598               via Overview or sequence motif search operations
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1602               opened by double clicking gaps within sequence feature
1603               extent
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1607               aligned positions were available to create a 3D structure
1608               superposition.
1609             </li>
1610           </ul>
1611           <em>3D Structure</em>
1612           <ul>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1615               coloured in linked structure views
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1619               file-based command exchange
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1623               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1624               structures are already available for sequences
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1628               the Jalview project rather than downloaded again when the
1629               project is reopened.
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1633               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1634               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1635                 Feature</strong>)
1636             </li>
1637           </ul>
1638           <em>Web Services</em>
1639           <ul>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1645               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1646               Analysis services
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1650               cross-references provided by identifiers.org and the
1651               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1652             </li>
1653           </ul>
1654
1655           <em>Scripting</em>
1656           <ul>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1659               identifying file formats (instead of String constants)
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1663               efficiency when counting all displayed features (not
1664               backwards compatible with 2.10.1)
1665             </li>
1666           </ul>
1667           <em>Example files</em>
1668           <ul>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1671               included in the example feature file
1672             </li>
1673           </ul>
1674           <em>Documentation</em>
1675           <ul>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1678               with the built-in Java help viewer
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1682               sequence description' option
1683             </li>
1684           </ul>
1685           <em>Test Suite</em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1689               Uniprot REST Free Text Search Client
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1696               during tests
1697             </li>
1698           </ul>
1699         </div></td>
1700       <td><div align="left">
1701           <em>Calculations</em>
1702           <ul>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1705               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1706               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1707             </li>
1708             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1709               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1710               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1711               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1712               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1713               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1714               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1715               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1716               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1717               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1718               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1719               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1720               // for 2.10.1 mode <br />
1721               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1722               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1723                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1724                 calculations (not recommended)</em></li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1727               scaling of branch lengths for trees computed using
1728               Sequence Feature Similarity.
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1732               generating output report when working with highly
1733               redundant alignments
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1737               right of selected region when gaps present on right-hand
1738               boundary
1739             </li>
1740           </ul>
1741           <em>User Interface</em>
1742           <ul>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1745               doesn't reselect a specific sequence's associated
1746               annotation after it was used for colouring a view
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1750               opened on a region of alignment without groups
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1754               of an alignment with overlapping groups
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1758               name and description match
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1762               hidden regions results in incorrect hidden regions
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1766               changing colour does not apply Conservation slider value
1767               to all groups
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1771               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1775               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1779               gaps before start of features
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1783               restored to UI when feature colour is edited
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1787               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1791               as graduate feature colour settings are modified via the
1792               dialog box
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1796               when a group defined on the alignment is resized
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1800               wrapped view result in positional status updates
1801             </li>
1802
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1805               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1809               alignment included gapped columns
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1813               widgets don't permanently disappear
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1817               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1818               T-Coffee column reliability scores)
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1822               sequence feature on gaps only
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1826               button from a Find inherit previously defined feature type
1827               rather than the Find query string
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1831               exporting tree calculated in Jalview
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1835               and then revealing them reorders sequences on the
1836               alignment
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1840               doesn't update to reflect available set of groups after
1841               interactively adding or modifying features
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1845               Linux
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1849               only excluded gaps in current sequence and ignored
1850               selection.
1851             </li>
1852           </ul>
1853           <em>Rendering</em>
1854           <ul>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1857               erratically when hidden rows or columns are present
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1861               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1862               sequence colouring
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1866               colour and group colour menu for protein alignments
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1870               reflect currently selected view or group's shading
1871               thresholds
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1875               when rendered on overview and structures when opacity at
1876               100%
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1880               overview when features overlaid on alignment
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1884               recovered correctly from Jalview project file
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1888               (automatically via preferences) are different to the main
1889               alignment panel
1890             </li>
1891           </ul>
1892           <em>Data import/export</em>
1893           <ul>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1896               load
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1900               added after a sequence was imported are not written to
1901               Stockholm File
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1905               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1909               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1913               with lightGray or darkGray via features file (but can
1914               specify lightgray)
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1918               when alignment view imported from project
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1922               structure and sequences extracted from structure files
1923               imported via URL and viewed in Jmol
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1927               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1928               the project is loaded and the structure viewed
1929             </li>
1930           </ul>
1931           <em>Web Services</em>
1932           <ul>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1935               release of Ensembl v.88
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1939               appear enabled in Preferences->Connections
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1943               removed from console output
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1947               Ensembl by Peptide ID
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1951               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1952               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1953               due to 'null' string rather than empty string used for
1954               residues with no corresponding PDB mapping).
1955             </li>
1956           </ul>
1957           <em>Application UI</em>
1958           <ul>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1961               menu
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1965               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1966               new documentation and tooltips added)
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1970               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1974               new features are added to alignment
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1978               changes to feature colours via the Amend features dialog
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1982               edit graduated feature colour via amend features dialog
1983               box
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1987               selection menu changes colours of alignment views
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1991               from alignment calculation workers after alignment has
1992               been closed
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1996               groups now 'Create Group'
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2000               Create/Undefine group doesn't always work
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2004               shown again after pressing 'Cancel'
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2008               adjusts start position in wrap mode
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2012               ambiguous amino acids
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2016               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2017               proteins
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2021               Defined' don't appear in Colours menu
2022             </li>
2023           </ul>
2024           <em>Applet</em>
2025           <ul>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2028               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2032               overview or linked structure view
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2036               work (since 2.8)
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2040               user-defined colourscheme doesn't restore original
2041               colourscheme
2042             </li>
2043           </ul>
2044           <em>Test Suite</em>
2045           <ul>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2048               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2052               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2053               problems with deep array comparison equality asserts in
2054               successive versions of TestNG
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2058               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2059             </li>
2060           </ul>
2061           <em>New Known Issues</em>
2062           <ul>
2063             <li>
2064               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2065               phase after a sequence motif find operation
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2069               containing just upper and lower case letters are
2070               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2074               reliably from eggnog Ortholog database
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2078               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2079               to mark columns containing highlighted regions.
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2083               doesn't always add secondary structure annotation.
2084             </li>
2085           </ul>
2086         </div>
2087     <tr>
2088       <td width="60" nowrap>
2089         <div align="center">
2090           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2091         </div>
2092       </td>
2093       <td><div align="left">
2094           <em>General</em>
2095           <ul>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2098               for all consensus calculations
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2102               3rd Oct 2016)
2103             </li>
2104             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2105               for 2016-2017</li>
2106           </ul>
2107           <em>Application</em>
2108           <ul>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2111               set of database cross-references, sorted alphabetically
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2115               from database cross references. Users with custom links
2116               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2117                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2121               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2122               Chimera session
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2126               the Chimera it is connected to is shut down
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2130               columns menu item to mark columns containing highlighted
2131               regions (e.g. from structure selections or results of a
2132               Find operation)
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2136               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2137               MSAviewer
2138             </li>
2139           </ul>
2140         </div></td>
2141       <td>
2142         <div align="left">
2143           <em>General</em>
2144           <ul>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2147               are not coloured or thresholded according to percent
2148               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2152               hydrophobic
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2156               threshold, amino acid properties)
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2160               reported as mapped to residues in a structure file in the
2161               View Mapping report
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2165               could be added multiple times to a sequence
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2169               bond features shown as two highlighted residues rather
2170               than a range in linked structure views, and treated
2171               correctly when selecting and computing trees from features
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2175               cross-references are matched to database name regardless
2176               of case
2177             </li>
2178
2179           </ul>
2180           <em>Application</em>
2181           <ul>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2184               names without regular expressions also offer links from
2185               Sequence ID
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2189               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2190               update Jalview configuration
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2194               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2198               files with similarly named sequences if dropped onto the
2199               alignment
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2203               entries where more chains exist in the PDB accession than
2204               are reported in the SIFTS file
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2208               the structure view when displayed with Chimera
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2212               panel's View->Show Chains submenu
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2216               work for wrapped alignment views
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2220               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2224               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2225               first annotation row
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2229               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2233               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2234             </li>
2235             <!-- JAL-2319 -->
2236             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2237             coordindate data
2238             </li>
2239           </ul>
2240           <!--           <em>New Known Issues</em>
2241           <ul>
2242             <li></li>
2243           </ul> -->
2244         </div>
2245       </td>
2246     </tr>
2247     <td width="60" nowrap>
2248       <div align="center">
2249         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2250           <em>25/10/2016</em></strong>
2251       </div>
2252     </td>
2253     <td><em>Application</em>
2254       <ul>
2255         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2256           view if structures already loaded</li>
2257         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2258           structure views</li>
2259       </ul></td>
2260     <td>
2261       <div align="left">
2262         <em>General</em>
2263         <ul>
2264           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2265             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2266           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2267             example sequences/projects/trees</li>
2268         </ul>
2269         <em>Application</em>
2270         <ul>
2271           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2272             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2273           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2274             without timeout for structures with multiple models or
2275             multiple sequences in alignment</li>
2276           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2277             PDB ID HEADER line</li>
2278           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2279             is performed</li>
2280           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2281             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2282           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2283           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2284             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2285             option</li>
2286           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2287             is created on the alignment</li>
2288           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2289             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2290             pop-up menu</li>
2291         </ul>
2292         <em>Build and deployment</em>
2293         <ul>
2294           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2295             tags</li>
2296         </ul>
2297         <em>New Known Issues</em>
2298         <ul>
2299           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2300             on Windows</li>
2301         </ul>
2302       </div>
2303     </td>
2304     </tr>
2305     <tr>
2306       <td width="60" nowrap>
2307         <div align="center">
2308           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2309         </div>
2310       </td>
2311       <td><em>General</em>
2312         <ul>
2313           <li>
2314             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2315           </li>
2316           <li>
2317             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2318             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2319             better PDB parsing.
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2323             reference sequence
2324           </li>
2325           <li>
2326             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2327             mousing over sequence associated annotation
2328           </li>
2329           <li>
2330             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2331             for manual entry
2332           </li>
2333           <li>
2334             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2335             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2336             for each column
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2340             showing or hiding columns containing a feature
2341           </li>
2342           <li>
2343             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2344             group and sequence associated annotation labels
2345           </li>
2346           <li>
2347             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2348             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2349             dialogs
2350           </li>
2351
2352         </ul> <em>Application</em>
2353         <ul>
2354           <li>
2355             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2356             gene/transcript view
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2360             dialog
2361           </li>
2362           <li>
2363             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2364             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2365           </li>
2366           <li>
2367             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2368             Pfam sources to xfam.org
2369           </li>
2370           <li>
2371             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2372           </li>
2373           <li>
2374             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2375             over sequences in Jalview
2376           </li>
2377           <li>
2378             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2379             regions in ENA and EMBL
2380           </li>
2381           <li>
2382             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2383             for record retrieval via ENA rest API
2384           </li>
2385           <li>
2386             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2387             complement operator
2388           </li>
2389           <li>
2390             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2391             groovy script execution
2392           </li>
2393           <li>
2394             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2395             alignment window's Calculate menu
2396           </li>
2397           <li>
2398             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2399             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2400           </li>
2401           <li>
2402             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2403             calculation workers from groovy scripts
2404           </li>
2405           <li>
2406             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2407             Jalview projects
2408           </li>
2409           <li>
2410             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2411             associations are now saved/restored from project
2412           </li>
2413           <li>
2414             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2415             before sequence fetcher is opened
2416           </li>
2417           <li>
2418             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2419             database chooser opens a sequence fetcher
2420           </li>
2421           <li>
2422             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2423             the UniProt REST API
2424           </li>
2425           <li>
2426             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2427             the news reader opening
2428           </li>
2429           <li>
2430             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2431             querying stored in preferences
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2435             search results
2436           </li>
2437           <li>
2438             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2442             menu for nucleotide sequences
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2446             and feature counts preserves alignment ordering (and
2447             debugged for complex feature sets).
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2451             viewing structures with Jalview 2.10
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2455             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2456             Ensembl Genomes REST API
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2460             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2461             (Ensembl)
2462           </li>
2463           <li>
2464             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2465             sequences
2466           </li>
2467           <li>
2468             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2469             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2470             data from external database records.
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2474             efficient recovery of sequence coding and alignment
2475             annotation relationships.
2476           </li>
2477         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2478         <ul>
2479           <li>
2480             -- JAL---
2481           </li>
2482         </ul> --></td>
2483       <td>
2484         <div align="left">
2485           <em>General</em>
2486           <ul>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2489               menu on OSX
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2493               includes graduated colourschemes
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2497               working with big alignments and lots of hidden columns
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2501               at right of alignment window
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2505               contents
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2509               for DNA alignments
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2513               based tree calculation
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2517               unconserved enabled for group on alignment
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2521               set as reference
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2525               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2526               annotation
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2530               hidden columns present
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2534               user created annotation added to alignment
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2538               '()' base pair annotation
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2542               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2543               Consensus
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2547               feature not working
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2551               beginning of sequence
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2555               entry 3a6s
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2559               from a tree when t-coffee scores are shown
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2563               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2567               some structures
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2571               to Clustal, PIR and PileUp output
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2575               not visible causes alignment window to repaint
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2579               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2580               scores associated with features and annotation rows
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2584               calculation should be case independent
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2588               columns
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2592               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2593               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2597               problems when reference sequence defined and 'show
2598               non-conserved' enabled
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2602               load even when Consensus calculation is disabled
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2606               alignment does nothing
2607             </li>
2608           </ul>
2609           <em>Application</em>
2610           <ul>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2613               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2614               yet fixed for El Capitan)
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2618               output when running on non-gb/us i18n platforms
2619             </li>
2620             <li>
2621               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2622               hidden sequences as flat-file alignment
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2626               launching Chimera
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2630               (also hotfix for 2.9.0b2)
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2634               reference sequence defined
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2638               alignments and views when revealing hidden columns
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2642               view in a cDNA/Protein splitframe
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2646               sequence from project when only one sequence is
2647               represented
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2651               in Structure Chooser
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2655               structure consensus didn't refresh annotation panel
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2659               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2663               dialogs format columns correctly, don't display array
2664               data, sort columns according to type
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2668               file chooser is cancelled during an image export
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2672               sequence name containing special characters
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2676               case insensitive
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2680               formatting don't wrap
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2684               truncated so L looks like I in consensus annotation
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2688               currently displayed features for the current selection or
2689               view
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2693               after fetching cross-references, and restoring from
2694               project
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2698               followed in the structure viewer
2699             </li>
2700             <li>
2701               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2702               splitframe not restored from project
2703             </li>
2704             <li>
2705               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2706               trailing end of protein alignment in transcript/product
2707               splitview when pad-gaps not enabled by default
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2711               is case dependent
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2715               article has been read (reopened issue due to
2716               internationalisation problems)
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2720               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2721               cross-references
2722             </li>
2723
2724             <li>
2725               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2726               alignment as HTML
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2730               multiple structures are shown for one or more sequences.
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2734               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2735               is enabled.
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2739               specific PDB id for sequence
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2743               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2744               columns' is disabled.
2745             </li>
2746             <li>
2747               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2748               selects lowest rather than highest resolution structures
2749               for each sequence
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2753               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2757               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2758             </li>
2759             <li>
2760               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2761               after clicking on it to create new annotation for a
2762               column.
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2766               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2767             </li>
2768             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2769             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2770           </ul>
2771           <em>Applet</em>
2772           <ul>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2775               hidden columns present before start of sequence
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2779               (JSON jars)
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2783               sequences are hidden in applet
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2787               deployment on examples pages.
2788             </li>
2789           </ul>
2790         </div>
2791       </td>
2792     </tr>
2793     <tr>
2794       <td width="60" nowrap>
2795         <div align="center">
2796           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2797             <em>16/10/2015</em></strong>
2798         </div>
2799       </td>
2800       <td><em>General</em>
2801         <ul>
2802           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2803             jars</li>
2804         </ul></td>
2805       <td>
2806         <div align="left">
2807           <em>Application</em>
2808           <ul>
2809             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2810               shown when tree is partitioned</li>
2811             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2812               multiple cDNA/Protein split views</li>
2813           </ul>
2814         </div>
2815       </td>
2816     </tr>
2817     <tr>
2818       <td width="60" nowrap>
2819         <div align="center">
2820           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2821             <em>8/10/2015</em></strong>
2822         </div>
2823       </td>
2824       <td><em>General</em>
2825         <ul>
2826           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2827             2.9</li>
2828         </ul> <em>Application</em>
2829         <ul>
2830           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2831           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2832           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2833         </ul> <em>Applet</em>
2834         <ul>
2835           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2836         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2837         <ul>
2838           <li>
2839             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2840             suite
2841           </li>
2842         </ul></td>
2843       <td>
2844         <div align="left">
2845           <em>General</em>
2846           <ul>
2847             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2848               incorrect when sequence start > 1</li>
2849             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2850               documentation</li>
2851             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2852             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2853               loading a features file containing HTML tags in feature
2854               description</li>
2855
2856           </ul>
2857           <em>Application</em>
2858           <ul>
2859             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2860               reimport</li>
2861             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2862               with 'trim retrieved sequences'</li>
2863             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2864               deleting selected columns</li>
2865             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2866               JNLP templates for webstart launch</li>
2867             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2868               unreleased structures for download or viewing</li>
2869             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2870               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2871             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2872               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2873             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2874               recovered from jalview project</li>
2875             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2876               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2877               alignment view</li>
2878             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2879               color schemes from BioJSON</li>
2880           </ul>
2881           <em>Applet</em>
2882           <ul>
2883             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2884               frame</li>
2885             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2886           </ul>
2887         </div>
2888       </td>
2889     </tr>
2890     <tr>
2891       <td><div align="center">
2892           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2893         </div></td>
2894       <td><em>General</em>
2895         <ul>
2896           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2897             alignments:
2898             <ul>
2899               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2900                 and DNA alignment views</li>
2901               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2902                 cDNA alignment views</li>
2903               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2904                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2905               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2906                 protein sequences</li>
2907             </ul>
2908           </li>
2909           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2910           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2911             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2912           <li>New alignment annotation file statements for
2913             reference sequences and marking hidden columns</li>
2914           <li>Reference sequence based alignment shading to
2915             highlight variation</li>
2916           <li>Select or hide columns according to alignment
2917             annotation</li>
2918           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2919           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2920             acid conservation row</li>
2921           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2922         </ul> <em>Application</em>
2923         <ul>
2924           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2925             <ul>
2926               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2927                 view with cDNA/Protein</li>
2928               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2929                 sequences are placed in the same alignment</li>
2930               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2931                 projects</li>
2932             </ul>
2933           </li>
2934
2935           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2936           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2937             Jalview windows</li>
2938
2939           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2940           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2941           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2942             be shown in VARNA</li>
2943
2944           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2945             as the active selected region</li>
2946
2947           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2948             similarity</li>
2949           <li>New Export options
2950             <ul>
2951               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2952                 region export in flat file generation</li>
2953
2954               <li>Export alignment views for display with the <a
2955                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2956
2957               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2958               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2959                 alignment figures to HTML</li>
2960           </li>
2961           <li>3D structure retrieval and display
2962             <ul>
2963               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2964                 Search API</li>
2965               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2966                 PDB structures for a sequence set</li>
2967             </ul>
2968           </li>
2969
2970           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2971             predictions</li>
2972           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2973             for one or a group of sequences</li>
2974           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2975             from the JPred4 web server</li>
2976           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2977             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2978             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2979           </li>
2980           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2981             VARNA 2D Structure'</li>
2982           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2983             Structure ..."</li>
2984
2985         </ul> <em>Applet</em>
2986         <ul>
2987           <li>New layout for applet example pages</li>
2988           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2989             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2990           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2991             Protein alignments</li>
2992         </ul> <em>Development and deployment</em>
2993         <ul>
2994           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2995           <li>Include installation type and git revision in build
2996             properties and console log output</li>
2997           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2998             storing BioJsMSA Templates</li>
2999           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3000         </ul></td>
3001       <td>
3002         <!-- <em>General</em>
3003         <ul>
3004         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3005         <ul>
3006           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3007           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3008           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3009             predictions are not highlighted in amber</li>
3010           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3011             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3012           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3013             associated structure views</li>
3014           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3015             width checkbox not enabled</li>
3016           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3017             creating user defined colours</li>
3018           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3019             mappings for just that viewer's sequences</li>
3020           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3021             multiple models in Chimera</li>
3022           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3023             over Jmol structure</li>
3024           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3025             output to text box</li>
3026           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3027             have incorrect sequence start/end</li>
3028           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3029             Jalview fails</li>
3030           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3031             work for nucleotide</li>
3032           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3033             to a grey/invisible alignment window</li>
3034           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3035             imports to different position</li>
3036           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3037             on some platforms</li>
3038           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3039             populated</li>
3040           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3041             console if Chimera has been opened</li>
3042           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3043           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3044             retrieved</li>
3045           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3046           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3047             either sequence shows on first structure</li>
3048           <li>'Show annotations' options should not make
3049             non-positional annotations visible</li>
3050           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3051             in right place after 'view flanking regions'</li>
3052           <li>File Save As type unset when current file format is
3053             unknown</li>
3054           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3055             projects</li>
3056           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3057             responsive</li>
3058           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3059             several views on same alignment</li>
3060           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3061           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3062             spaces</li>
3063         </ul> <em>Applet</em>
3064         <ul>
3065           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3066           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3067             descriptions containing angle brackets</li>
3068         </ul> <em>General</em>
3069         <ul>
3070           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3071             via jalview annotation file</li>
3072           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3073             with RNA secondary structure</li>
3074           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3075             translation doesn't work.</li>
3076           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3077           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3078             positions</li>
3079           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3080             choosing 1pt font</li>
3081           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3082             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3083             'h'</li>
3084           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3085             new feature</li>
3086           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3087             order dependent</li>
3088           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3089             sequences</li>
3090           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3091         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3092         <ul>
3093           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3094             www.jalview.org</li>
3095         </ul> <em>Application Known issues</em>
3096         <ul>
3097           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3098           <li>Misleading message appears after trying to delete
3099             solid column.</li>
3100           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3101             version launches</li>
3102           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3103             fails with a sequence mismatch</li>
3104           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3105             scrolling alignment to right</li>
3106           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3107             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3108           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3109             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3110           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3111             ultra-high resolution</li>
3112           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3113             quality and conservation</li>
3114           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3115             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3116         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3117         <ul>
3118           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3119           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3120             window is being resized</li>
3121
3122         </ul>
3123       </td>
3124     </tr>
3125     <tr>
3126       <td><div align="center">
3127           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3128         </div></td>
3129       <td><em>General</em>
3130         <ul>
3131           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3132             Certum.PL.</li>
3133           <li>Features and annotation preserved when performing
3134             pairwise alignment</li>
3135           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3136             imported/exported/displayed</li>
3137           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3138             protein secondary structure</li>
3139           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3140               post-hoc with 2.9 release</em>)
3141           </li>
3142
3143         </ul> <em>Application</em>
3144         <ul>
3145           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3146             with 3D structures</li>
3147           <li>Support for parsing RNAML</li>
3148           <li>Annotations menu for layout
3149             <ul>
3150               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3151               <li>place sequence annotation above/below alignment
3152                 annotation</li>
3153             </ul>
3154           <li>Output in Stockholm format</li>
3155           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3156             translation</li>
3157           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3158           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3159             shared between alignments</li>
3160           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3161             Jalview</li>
3162           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3163             all or current selection</li>
3164           <li>disorder and secondary structure predictions
3165             available as dataset annotation</li>
3166           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3167
3168
3169           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3170             alignments from Rfam</li>
3171           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3172
3173           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3174             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3175           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3176           <li>include installation type in build properties and
3177             console log output</li>
3178           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3179             annotation</li>
3180         </ul></td>
3181       <td>
3182         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3183         <ul>
3184           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3185             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3186           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3187             alignment</li>
3188           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3189           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3190           <li>Double click on sequence associated annotation
3191             selects only first column</li>
3192           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3193             leaves shown in tree</li>
3194           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3195             properly</li>
3196           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3197           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3198             screen and buttons not visible</li>
3199           <li>author list isn't updated if already written to
3200             Jalview properties</li>
3201           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3202             from database</li>
3203           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3204           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3205             browser search window</li>
3206           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3207             in feature settings dialog</li>
3208           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3209             desktop</li>
3210           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3211             pass validation</li>
3212           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3213             fit on screen</li>
3214           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3215             tooltip</li>
3216           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3217             defined user preset</li>
3218           <li>MSA web services warns user if they were launched
3219             with invalid input</li>
3220           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3221             Java 8</li>
3222           <li>
3223             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3224             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3225             created
3226           </li>
3227
3228         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3229         <ul>
3230         </ul> <em>General</em>
3231         <ul>
3232         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3233         <ul>
3234           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3235             memory allocation</li>
3236           <li>launchApp service doesn't automatically open
3237             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3238           <li>
3239             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3240             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3241             1.7_055 is available
3242           </li>
3243         </ul> <em>Application Known issues</em>
3244         <ul>
3245           <li>
3246             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3247             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3248             alignment to right
3249           </li>
3250           <li>
3251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3252             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3253             with large number of ID
3254           </li>
3255           <li>
3256             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3257             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3258             start/end
3259           </li>
3260           <li>
3261             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3262             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3263             structure tracks are rearranged
3264           </li>
3265           <li>
3266             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3267             invalid rna structure positional highlighting does not
3268             highlight position of invalid base pairs
3269           </li>
3270           <li>
3271             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3272             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3273             project from alignment window file menu
3274           </li>
3275           <li>
3276             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3277             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3278             structures
3279           </li>
3280           <li>
3281             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3282             colour by RNA Helices not enabled when user created
3283             annotation added to alignment
3284           </li>
3285           <li>
3286             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3287             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3288           </li>
3289         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3290         <ul>
3291           <li>
3292             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3293             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3294           </li>
3295           <li>
3296             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3297             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3298           </li>
3299
3300           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3301             when selected</li>
3302         </ul>
3303       </td>
3304     </tr>
3305     <tr>
3306       <td><div align="center">
3307           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3308         </div></td>
3309       <td>
3310         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3311         <em>General</em>
3312         <ul>
3313           <li>Internationalisation of user interface (usually
3314             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3315           <li>Define/Undefine group on current selection with
3316             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3317           <li>Improved group creation/removal options in
3318             alignment/sequence Popup menu</li>
3319           <li>Sensible precision for symbol distribution
3320             percentages shown in logo tooltip.</li>
3321           <li>Annotation panel height set according to amount of
3322             annotation when alignment first opened</li>
3323         </ul> <em>Application</em>
3324         <ul>
3325           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3326             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3327           <li>Select columns containing particular features from
3328             Feature Settings dialog</li>
3329           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3330             sequences</li>
3331           <li>Update Jalview project format:
3332             <ul>
3333               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3334               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3335                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3336               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3337                 colouring</li>
3338             </ul>
3339           </li>
3340           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3341             (PAM250)</li>
3342           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3343             flanking regions for an alignment</li>
3344         </ul>
3345       </td>
3346       <td>
3347         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3348         <ul>
3349           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3350             running after job is cancelled</li>
3351           <li>cannot export features from alignments imported from
3352             Jalview/VAMSAS projects</li>
3353           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3354             float values</li>
3355           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3356             have 'display all symbols' flag set</li>
3357           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3358             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3359           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3360             Jalview</li>
3361           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3362             Lion/Webstart</li>
3363           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3364           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3365           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3366             alignment onto desktop</li>
3367           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3368             'extract scores' function</li>
3369           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3370             alignment window</li>
3371           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3372             performing IUPred disorder prediction</li>
3373           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3374             changing 'normalise logo' display setting</li>
3375           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3376             nothing matches query</li>
3377           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3378             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3379           </li>
3380           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3381             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3382           </li>
3383           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3384             Jalview's menu</li>
3385           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3386             'invalid literal/length code'</li>
3387           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3388             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3389           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3390             colourscheme</li>
3391
3392         </ul> <em>Applet</em>
3393         <ul>
3394           <li>Remove group option is shown even when selection is
3395             not a group</li>
3396           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3397             don't affect groups</li>
3398           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3399             colourscheme name</li>
3400           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3401             Annotation panel is not displayed</li>
3402           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3403             embedded windows</li>
3404         </ul> <em>Other</em>
3405         <ul>
3406           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3407             single sequence were not calculated</li>
3408           <li>annotation files that contain only groups imported as
3409             annotation and junk sequences</li>
3410           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3411             recognised as PFAM or BLC</li>
3412           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3413             doesn't affect background (2.8.0b1)
3414           <li></li>
3415           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3416           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3417             trailing gaps</li>
3418           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3419             registered correctly on import</li>
3420           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3421             certain alignments</li>
3422           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3423             existing annotation based 'use original colours'
3424             colourscheme loses original colours setting</li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427     </tr>
3428     <tr>
3429       <td><div align="center">
3430           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3431             <em>30/1/2014</em></strong>
3432         </div></td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3436             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3437             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3438             open source project).
3439           </li>
3440           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3441           <li>Output in Stockholm format</li>
3442           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3443           <li>Export/import group and sequence associated line
3444             graph thresholds</li>
3445           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3446             ambiguity codes</li>
3447           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3448             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3449             works</li>
3450           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3451         </ul> <em>Other improvements</em>
3452         <ul>
3453           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3454           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3455             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3456           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3457             files</li>
3458           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3459           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3460             link but no description</li>
3461           <li>Select primary source when selecting authority in
3462             database fetcher GUI</li>
3463           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3464             Jalview</li>
3465           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3466         </ul>
3467       </td>
3468       <td>
3469         <ul>
3470           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3471             displayed</li>
3472           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3473             secondary structure annotation line</li>
3474           <li>Sequence database accessions not imported when
3475             fetching alignments from Rfam</li>
3476           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3477             identical IDs</li>
3478           <li>View all structures does not always superpose
3479             structures</li>
3480           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3481             reflect user or preset settings</li>
3482           <li>Null pointer exceptions for some services without
3483             presets or adjustable parameters</li>
3484           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3485             discover PDB xRefs</li>
3486           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3487             features with DAS</li>
3488           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3489             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3490           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3491             residue follows a gap</li>
3492           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3493             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3494           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3495             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3496           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3497             annotation already exists on alignment</li>
3498           <li>oninit javascript function should be called after
3499             initialisation completes</li>
3500           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3501             alignment window display</li>
3502           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3503           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3504             to annotation file</li>
3505           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3506             groups created</li>
3507           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3508             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3509           <li>Pressing return several times causes Number Format
3510             exceptions in keyboard mode</li>
3511           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3512             correct partitions for input data</li>
3513           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3514           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3515           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3516           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3517             mode</li>
3518           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3519             changes one row&#39;s threshold</li>
3520           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3521             doesn&#39;t open</li>
3522           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3523             quality histograms</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526     </tr>
3527     <tr>
3528       <td><div align="center">
3529           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3530         </div></td>
3531       <td><em>Application</em>
3532         <ul>
3533           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3534             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3535           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3536             preferences</li>
3537           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3538             in Jalview alignment window</li>
3539           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3540             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3541           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3542             RNA and ambiguity codes</li>
3543
3544           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3545           <li>Support fetching and database reference look up
3546             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3547             refs')</li>
3548           <li>Jalview project improvements
3549             <ul>
3550               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3551                 flag for annotation</li>
3552               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3553                 alignment</li>
3554               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3555                 Jalview project</li>
3556
3557             </ul>
3558           </li>
3559           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3560           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3561             running</li>
3562           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3563           <li>visual indication that web service results are still
3564             being retrieved from server</li>
3565           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3566             starts up for first time</li>
3567           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3568             services</li>
3569           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3570             client library</li>
3571           <li>Examples directory and Groovy library included in
3572             InstallAnywhere distribution</li>
3573         </ul> <em>Applet</em>
3574         <ul>
3575           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3576             visualization applet example</li>
3577         </ul> <em>General</em>
3578         <ul>
3579           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3580           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3581             defaults</li>
3582           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3583             calculation</li>
3584           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3585             matrices
3586           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3587             in HTML</li>
3588           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3589             structure contacts</li>
3590           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3591           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3592           <li>Parse sequence associated secondary structure
3593             information in Stockholm files</li>
3594           <li>HTML Export database accessions and annotation
3595             information presented in tooltip for sequences</li>
3596           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3597             style RNA alignment files</li>
3598           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3599             alignment</li>
3600           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3601             shade each sequence according to its associated alignment
3602             annotation</li>
3603           <li>New Jalview Logo</li>
3604         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3605         <ul>
3606           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3607           <li>New Website!</li>
3608         </ul></td>
3609       <td><em>Application</em>
3610         <ul>
3611           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3612             wsdbfetch REST service</li>
3613           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3614           <li>Filetype associations not installed for webstart
3615             launch</li>
3616           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3617             job execution in full once it is complete</li>
3618           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3619             uploaded via ali_file parameter</li>
3620           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3621           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3622           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3623             submitted for prediction</li>
3624           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3625             desktop window</li>
3626           <li>Putting fractional value into integer text box in
3627             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3628           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3629             windows 7</li>
3630           <li>View all structures fails with exception shown in
3631             structure view</li>
3632           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3633             escaped in a platform independent way</li>
3634           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3635             using proxy</li>
3636           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3637             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3638           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3639             failure when java web start temporary file caching is
3640             disabled</li>
3641           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3642             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3643           <li>Errors during processing of command line arguments
3644             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3645           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3646             DAS sources in sequence fetcher</li>
3647           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3648             dialog is shown</li>
3649           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3650           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3651           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3652           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3653             on OSX Mountain Lion</li>
3654           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3655             sequences with alignment annotation are pasted into the
3656             alignment</li>
3657           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3658             when loaded from Jalview project</li>
3659           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3660           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3661             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3662           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3663             associated with all views</li>
3664           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3665             annotation rows to new window</li>
3666         </ul> <em>Applet</em>
3667         <ul>
3668           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3669             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3670           <li>loading features via javascript API automatically
3671             enables feature display</li>
3672           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3673             work</li>
3674         </ul> <em>General</em>
3675         <ul>
3676           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3677           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3678             and then deselected</li>
3679           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3680           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3681             coloured with clustalx</li>
3682           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3683             exceptions and redraw errors</li>
3684           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3685             reconfigured view</li>
3686           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3687             colour</li>
3688           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3689             for lots of labels</li>
3690         </ul>
3691     </tr>
3692     <tr>
3693       <td>
3694         <div align="center">
3695           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3696         </div>
3697       </td>
3698       <td><em>Application</em>
3699         <ul>
3700           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3701           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3702           <li>View/alignment association menu to enable user to
3703             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3704             its colours/correspondences from</li>
3705           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3706           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3707             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3708           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3709           <li>Annotation row column label formatting attributes
3710             stored in project file</li>
3711           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3712             rows preserved in Jalview project file</li>
3713           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3714             saved using Desktop window menu</li>
3715           <li>Visual indication that command line arguments are
3716             still being processed</li>
3717           <li>Groovy script execution from URL</li>
3718           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3719             preferences</li>
3720           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3721             alignment with sequences that have high similarity and
3722             matching IDs</li>
3723           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3724           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3725             structures in same window</li>
3726           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3727           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3728             analysis function in its own submenu</li>
3729         </ul> <em>Applet</em>
3730         <ul>
3731           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3732             groups</li>
3733           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3734           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3735           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3736           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3737           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3738             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3739           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3740           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3741             parameters are treated as such</li>
3742           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3743             <ul>
3744               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3745               <li>Javascript callbacks for
3746                 <ul>
3747                   <li>Applet initialisation</li>
3748                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3749                 </ul>
3750               </li>
3751               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3752                 functions</li>
3753               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3754               <li>javascript structure viewer harness to pass
3755                 messages between Jmol and Jalview when running as
3756                 distinct applets</li>
3757               <li>sortBy method</li>
3758               <li>Set of applet and application examples shipped
3759                 with documentation</li>
3760               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3761                 javascript message exchange</li>
3762             </ul>
3763         </ul> <em>General</em>
3764         <ul>
3765           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3766             multiple alignments</li>
3767           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3768           <li>User configurable link to enable redirects to a
3769             www.Jalview.org mirror</li>
3770           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3771           <li>Configurable newline string when writing alignment
3772             and other flat files</li>
3773           <li>Allow alignment annotation description lines to
3774             contain html tags</li>
3775         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3776         <ul>
3777           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3778             examples</li>
3779           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3780             using a web service before displaying the result in the
3781             Jalview desktop</li>
3782           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3783           <li>Ant target to publish example html files with applet
3784             archive</li>
3785           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3786           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3787         </ul></td>
3788       <td><em>Application</em>
3789         <ul>
3790           <li>User defined colourscheme throws exception when
3791             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3792           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3793             dialog for valid filename/format</li>
3794           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3795           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3796             P37173</li>
3797           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3798             which sequence is to be associated with the file</li>
3799           <li>Find All raises null pointer exception when query
3800             only matches sequence IDs</li>
3801           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3802           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3803             2.4 cannot be loaded</li>
3804           <li>Filetype associations not installed for webstart
3805             launch</li>
3806           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3807             with sequences in different alignments do not get coloured
3808             by their associated sequence</li>
3809           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3810             not preserved when project is loaded</li>
3811           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3812             stored in Jalview project</li>
3813           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3814             Jalview project</li>
3815           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3816           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3817             by conservation</li>
3818           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3819             created on new view</li>
3820           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3821             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3822           <li>Alignment quality not updated after alignment
3823             annotation row is hidden then shown</li>
3824           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3825             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3826           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3827             properly</li>
3828           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3829             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3830           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3831           <li>Structures imported from file and saved in project
3832             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3833           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3834             job execution in full once it is complete</li>
3835         </ul> <em>Applet</em>
3836         <ul>
3837           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3838             annotation rows are displayed</li>
3839           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3840             codebase</li>
3841           <li>View follows highlighting does not work for positions
3842             in sequences</li>
3843           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3844           <li>Export features raises exception when no features
3845             exist</li>
3846           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3847             for javascript api is modified when separator string
3848             provided as parameter</li>
3849           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3850             alignment with no existing selection</li>
3851           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3852             to applet&#39;s codebase</li>
3853           <li>Status bar not updated after finished searching and
3854             search wraps around to first result</li>
3855           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3856             several Jalview applets causes race conditions and memory
3857             leaks</li>
3858           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3859             not sent from Jmol in applet</li>
3860           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3861             applet API fatally hang browser</li>
3862         </ul> <em>General</em>
3863         <ul>
3864           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3865             position with wrapped view and hidden regions</li>
3866           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3867             with/without hidden columns</li>
3868           <li>Sequence length given in alignment properties window
3869             is off by 1</li>
3870           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3871             import PDB like structure files</li>
3872           <li>Positional search results are only highlighted
3873             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3874           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3875           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3876             given sequence position</li>
3877           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3878             output</li>
3879           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3880             from nucleotide chains correctly</li>
3881           <li>Structure colours not updated when tree partition
3882             changed in alignment</li>
3883           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3884             parsed in interleaved stockholm</li>
3885           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3886             state</li>
3887           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3888             properly</li>
3889           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3890             properly associated with their pdb files</li>
3891         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3892         <ul>
3893           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3894             ApplyCopyright tool</li>
3895         </ul></td>
3896     </tr>
3897     <tr>
3898       <td>
3899         <div align="center">
3900           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3901         </div>
3902       </td>
3903       <td><em>Application</em>
3904         <ul>
3905           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3906             contact web services</li>
3907           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3908             service job window</li>
3909           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3910         </ul></td>
3911       <td>
3912         <ul>
3913           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3914             pir file emitted by Jalview</li>
3915           <li>Existing feature settings transferred to new
3916             alignment view created from cut'n'paste</li>
3917           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3918             parsing PDB files</li>
3919           <li>Consensus and conservation annotation rows
3920             occasionally become blank for all new windows</li>
3921           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3922             in wrapped view mode</li>
3923         </ul> <em>Application</em>
3924         <ul>
3925           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3926             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3927           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3928             parameter names</li>
3929           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3930             is down</li>
3931         </ul>
3932       </td>
3933     </tr>
3934     <tr>
3935       <td>
3936         <div align="center">
3937           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3938         </div>
3939       </td>
3940       <td><em>Application</em>
3941         <ul>
3942           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3943             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3944             (JABAWS)
3945           </li>
3946           <li>Web Services preference tab</li>
3947           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3948             preferences</li>
3949           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3950           <li>Superpose structures using associated sequence
3951             alignment</li>
3952           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3953             viewer</li>
3954         </ul> <em>Applet</em>
3955         <ul>
3956           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3957             link out mechanism</li>
3958         </ul> <em>Other</em>
3959         <ul>
3960           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3961             series 12</li>
3962           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3963             require Java 1.5</li>
3964           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3965             sequence annotation files</li>
3966           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3967             type colour specification</li>
3968           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3969             script to check if it being run in an interactive session or
3970             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3971         </ul></td>
3972       <td>
3973         <ul>
3974           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3975             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3976         </ul> <em>Application</em>
3977         <ul>
3978           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3979             selected Regions menu item</li>
3980           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3981             part of a valid accession ID</li>
3982           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3983             runs out of memory</li>
3984           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3985             analysis results</li>
3986           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3987             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3988           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3989         </ul> <em>Applet</em>
3990         <ul>
3991           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3992             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3993             defined.</li>
3994         </ul>
3995       </td>
3996     </tr>
3997     <tr>
3998       <td>
3999         <div align="center">
4000           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4001         </div>
4002       </td>
4003       <td></td>
4004       <td>
4005         <ul>
4006           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4007             sequence IDs</li>
4008           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4009             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4010           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4011             import correctly</li>
4012           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4013             number of columns are hidden</li>
4014           <li>annotation label popup menu not providing correct
4015             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4016             present</li>
4017           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4018             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4019           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4020             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4021
4022         </ul> <em>Applet</em>
4023         <ul>
4024           <li>annotation panel disappears when annotation is
4025             hidden/removed</li>
4026         </ul> <em>Application</em>
4027         <ul>
4028           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4029             alignment opened where annotation panel is visible but no
4030             annotations are present on alignment</li>
4031           <li>pasted region containing hidden columns is
4032             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4033           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4034             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4035           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4036             selected Rregions menu item.</li>
4037           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4038             'Un' or 'Non'conserved</li>
4039           <li>Sequence feature settings are being shared by
4040             multiple distinct alignments</li>
4041           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4042             changed</li>
4043           <li>double click on group annotation to select sequences
4044             does not propagate to associated trees</li>
4045           <li>Mac OSX specific issues:
4046             <ul>
4047               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4048                 window background</li>
4049               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4050                 name set correctly</li>
4051               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4052                 save feature colourscheme button</li>
4053             </ul>
4054           </li>
4055         </ul>
4056       </td>
4057     </tr>
4058     <tr>
4059
4060       <td>
4061         <div align="center">
4062           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4063         </div>
4064       </td>
4065       <td><em>New Capabilities</em>
4066         <ul>
4067           <li>URL links generated from description line for
4068             regular-expression based URL links (applet and application)
4069
4070           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4071             menu</li>
4072           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4073             structures</li>
4074           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4075             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4076           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4077             average score or total feature count for each sequence.</li>
4078           <li>Shading features by score or associated description</li>
4079           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4080             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4081           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4082             hide everything but the currently selected region.</li>
4083           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4084         </ul> <em>Application</em>
4085         <ul>
4086           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4087             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4088           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4089             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4090           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4091             database references and protein_name is parsed as
4092             description line (BioSapiens terms).</li>
4093           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4094             references in sequence ID tooltip from View menu in
4095             application.</li>
4096           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4097       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4098           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4099             conservation plots</li>
4100           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4101             and visualized as sequence logos</li>
4102           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4103             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4104           </li>
4105           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4106             when a new tree is opened.</li>
4107           <li>Jalview Java Console</li>
4108           <li>Better placement of desktop window when moving
4109             between different screens.</li>
4110           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4111             consensus annotation</li>
4112           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4113             Workflows</li>
4114           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4115             <ul>
4116               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4117                 used to preserve views, structures, and tree display
4118                 settings)</li>
4119               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4120                 command line</li>
4121               <li>Sharing of selected regions between views and
4122                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4123               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4124             </ul></li>
4125         </ul> <em>Applet</em>
4126         <ul>
4127           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4128           <li>New Parameters
4129             <ul>
4130               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4131                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4132                 opened.</li>
4133               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4134                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4135               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4136                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4137               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4138                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4139                 view</li>
4140               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4141                 increase the height or width of a cell in the alignment
4142                 grid relative to the current font size.</li>
4143             </ul>
4144           </li>
4145           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4146             tooltip</li>
4147         </ul> <em>Other</em>
4148         <ul>
4149           <li>Features format: graduated colour definitions and
4150             specification of feature scores</li>
4151           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4152             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4153             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4154           <li>XML formats extended to support graduated feature
4155             colourschemes, group associated annotation, and profile
4156             visualization settings.</li></td>
4157       <td>
4158         <ul>
4159           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4160             rather than description</li>
4161           <li>Non-positional features are now included in sequence
4162             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4163             visibility in tooltip).</li>
4164           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4165           <li>Added URL embedding instructions to features file
4166             documentation.</li>
4167           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4168             'X' in peptide product</li>
4169           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4170             sequence ID and sequence string and query strings do not
4171             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4172           <li>AMSA files only contain first column of
4173             multi-character column annotation labels</li>
4174           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4175             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4176             exported and re-imported)</li>
4177           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4178             name</li>
4179           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4180             as subsequence matches, and correctly reports total number
4181             of both.</li>
4182           <li>Application:
4183             <ul>
4184               <li>Better handling of exceptions during sequence
4185                 retrieval</li>
4186               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4187                 link text excludes the start_end suffix</li>
4188               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4189                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4190               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4191               <li>Sequence description lines properly shared via
4192                 VAMSAS</li>
4193               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4194                 data sources</li>
4195               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4196                 completes before alignment figures are generated.</li>
4197               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4198                 first time.</li>
4199               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4200                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4201               <li>User defined group colours properly recovered
4202                 from Jalview projects.</li>
4203             </ul>
4204           </li>
4205         </ul>
4206       </td>
4207
4208     </tr>
4209     <tr>
4210       <td>
4211         <div align="center">
4212           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4213         </div>
4214       </td>
4215       <td>
4216         <ul>
4217           <li>Experimental support for google analytics usage
4218             tracking.</li>
4219           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4220         </ul>
4221       </td>
4222       <td>
4223         <ul>
4224           <li>Race condition in applet preventing startup in
4225             jre1.6.0u12+.</li>
4226           <li>Exception when feature created from selection beyond
4227             length of sequence.</li>
4228           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4229           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4230             all sequences with a given id</li>
4231           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4232             ID string searches</li>
4233           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4234             alignment to fail with exception</li>
4235         </ul> <em>Application Issues</em>
4236         <ul>
4237           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4238           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4239             data sources</li>
4240         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4241         <ul>
4242           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4243             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4244           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4245             version (java class versioning error fixed)</li>
4246         </ul>
4247       </td>
4248     </tr>
4249     <tr>
4250       <td>
4251
4252         <div align="center">
4253           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4254         </div>
4255       </td>
4256       <td><em>User Interface</em>
4257         <ul>
4258           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4259             translation and protein products</li>
4260           <li>Linked highlighting of structure associated with
4261             residue mapping to codon position</li>
4262           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4263             and 'clear' button</li>
4264           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4265             Tools menu</li>
4266           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4267             numeric data in description line</li>
4268           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4269           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4270             of sequence</li>
4271         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4272         <ul>
4273           <li>JPred3 web service</li>
4274           <li>Prototype sequence search client (no public services
4275             available yet)</li>
4276           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4277             PFAM</li>
4278           <li>URL Links created for matching database cross
4279             references as well as sequence ID</li>
4280           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4281         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4282         <ul>
4283           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4284             databases</li>
4285           <li>Generalised database reference retrieval and
4286             validation to all fetchable databases</li>
4287           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4288             sequence command</li>
4289         </ul> <em>Import and Export</em>
4290         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4291         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4292           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4293         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4294           File</li>
4295         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4296           triplet as name of colourscheme</li>
4297         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4298         <ul>
4299           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4300           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4301             alignments (experimental)</li>
4302           <li>Create new or select existing session to join</li>
4303           <li>load and save of vamsas documents</li>
4304         </ul> <em>Application command line</em>
4305         <ul>
4306           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4307             from applet)</li>
4308           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4309             of DAS servers to query for alignment features</li>
4310           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4311             that are also automatically queried for features</li>
4312           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4313             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4314         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4315         <ul>
4316           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4317             application (when using &quot;View in full
4318             application&quot;)</li>
4319         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4320         <ul>
4321           <li>feature group display control parameter</li>
4322           <li>debug parameter</li>
4323           <li>showbutton parameter</li>
4324         </ul> <em>Applet API methods</em>
4325         <ul>
4326           <li>newView public method</li>
4327           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4328           <li>Feature display control methods</li>
4329           <li>get list of currently selected sequences</li>
4330         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4331         <ul>
4332           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4333           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4334             Jalview release.</li>
4335           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4336             property controls execution of obfuscator</li>
4337           <li>Build target for generating source distribution</li>
4338           <li>Debug flag for javacc</li>
4339           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4340             jalview.bin.Cache</li>
4341           <li>Continuous Build Integration for stable and
4342             development version of Application, Applet and source
4343             distribution</li>
4344         </ul></td>
4345       <td>
4346         <ul>
4347           <li>selected region output includes visible annotations
4348             (for certain formats)</li>
4349           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4350             for editing</li>
4351           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4352           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4353           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4354           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4355             comments</li>
4356           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4357             filenames containing a ':'</li>
4358           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4359             global sequence features</li>
4360           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4361             references from alignment sequences goes to zero</li>
4362           <li>Close of tree branch colour box without colour
4363             selection causes cascading exceptions</li>
4364           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4365           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4366             file parsing fails.</li>
4367           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4368           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4369             not a valid output format</li>
4370           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4371             vamsas</li>
4372           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4373           <li>error messages passed up and output when data read
4374             fails</li>
4375           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4376             sequence is edited</li>
4377           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4378             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4379           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4380             filetype</li>
4381           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4382             import fixed for PFAM records</li>
4383           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4384             window list</li>
4385           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4386             can be read and written correctly to annotation file</li>
4387           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4388             correctly</li>
4389           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4390             non-italic font for representatives in Applet</li>
4391           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4392             Macs.</li>
4393           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4394             Applet)</li>
4395           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4396             due to null pointer exceptions</li>
4397           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4398             first column of alignment</li>
4399           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4400             July 2008</li>
4401           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4402             file is case-insensitive</li>
4403           <li>Sequence features read from Features file appended to
4404             all sequences with matching IDs</li>
4405           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4406             containing a sub-sequence</li>
4407           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4408           <li>feature and annotation file applet parameters
4409             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4410           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4411           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4412             splash-screen version check to complete</li>
4413           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4414             when passing them to the launchApp service</li>
4415           <li>display name and local features preserved in results
4416             retrieved from web service</li>
4417           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4418             sequence fetcher initialisation</li>
4419           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4420             dasobert DAS client</li>
4421           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4422             association</li>
4423           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4424             sequences
4425           </li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428     </tr>
4429     <tr>
4430       <td>
4431         <div align="center">
4432           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4433         </div>
4434       </td>
4435       <td>
4436         <ul>
4437           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4438           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4439           <li>Slide sequences</li>
4440           <li>Edit sequence in place</li>
4441           <li>EMBL CDS features</li>
4442           <li>DAS Feature mapping</li>
4443           <li>Feature ordering</li>
4444           <li>Alignment Properties</li>
4445           <li>Annotation Scores</li>
4446           <li>Sort by scores</li>
4447           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4448         </ul>
4449       </td>
4450       <td>
4451         <ul>
4452           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4453           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4454           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4455           <li>Feature group display state in XML</li>
4456           <li>Feature ordering in XML</li>
4457           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4458           <li>Stockholm alignment properties</li>
4459           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4460           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4461           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4462           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4463         </ul>
4464       </td>
4465
4466     </tr>
4467     <tr>
4468       <td>
4469         <div align="center">
4470           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4471         </div>
4472       </td>
4473       <td>
4474         <ul>
4475           <li>Non standard characters can be read and displayed
4476           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4477             applet via textbox
4478           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4479             name &amp; description
4480           <li>Preference setting to display sequence name in
4481             italics
4482           <li>Annotation file format extended to allow
4483             Sequence_groups to be defined
4484           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4485             specified in preferences
4486           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4487             sequences
4488         </ul>
4489       </td>
4490       <td>
4491         <ul>
4492           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4493             installed
4494           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4495           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4496         </ul>
4497       </td>
4498     </tr>
4499     <tr>
4500       <td>
4501         <div align="center">
4502           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4503         </div>
4504       </td>
4505       <td>
4506         <ul>
4507           <li>Multiple views on alignment
4508           <li>Sequence feature editing
4509           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4510           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4511           <li>Background dependent text colour
4512           <li>Right align sequence ids
4513           <li>User-defined lower case residue colours
4514           <li>Format Menu
4515           <li>Select Menu
4516           <li>Menu item accelerator keys
4517           <li>Control-V pastes to current alignment
4518           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4519           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4520           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4521
4522           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4523         </ul>
4524       </td>
4525       <td>
4526         <ul>
4527           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4528           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4529             calculations
4530           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4531             edits
4532           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4533             of alignment)
4534           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4535
4536           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4537             display correctly
4538           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4539           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4540             analysis results
4541           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4542             &#8739;
4543           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4544           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4545           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4546
4547         </ul>
4548       </td>
4549     </tr>
4550     <tr>
4551       <td>
4552         <div align="center">
4553           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4554         </div>
4555       </td>
4556       <td>
4557         <ul>
4558           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4559         </ul>
4560       </td>
4561       <td>
4562         <ul>
4563           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4564             sequence id panel has been resized</li>
4565           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4566             rendered</li>
4567           <li>Annotation files with sequence references - all
4568             elements in file are relative to sequence position</li>
4569           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4570         </ul>
4571       </td>
4572     </tr>
4573     <tr>
4574       <td>
4575         <div align="center">
4576           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4577         </div>
4578       </td>
4579       <td>
4580         <ul>
4581           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4582           <li>DAS Feature fetching</li>
4583           <li>Hide sequences and columns</li>
4584           <li>Export Annotations and Features</li>
4585           <li>GFF file reading / writing</li>
4586           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4587             files</li>
4588           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4589           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4590           <li>Applet can launch the full application</li>
4591           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4592             required)</li>
4593           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4594           <li>Applet can load sequences from parameter
4595             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4596           </li>
4597         </ul>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4602           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4603           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4604         </ul>
4605       </td>
4606     </tr>
4607     <tr>
4608       <td>
4609         <div align="center">
4610           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4611         </div>
4612       </td>
4613       <td>
4614         <ul>
4615           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4616           <li>Choose to match case when searching</li>
4617           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4618             expand the visible width and height of the alignment</li>
4619         </ul>
4620       </td>
4621       <td>
4622         <ul>
4623           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4624         </ul>
4625       </td>
4626     </tr>
4627     <tr>
4628       <td>
4629         <div align="center">
4630           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4631         </div>
4632       </td>
4633       <td>&nbsp;</td>
4634       <td>
4635         <ul>
4636           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4637           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4638             value</li>
4639         </ul>
4640       </td>
4641     </tr>
4642     <tr>
4643       <td>
4644         <div align="center">
4645           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4646         </div>
4647       </td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4651           <li>Keyboard editing</li>
4652           <li>Create sequence features from searches</li>
4653           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4654             alignments</li>
4655           <li>Features file allows grouping of features</li>
4656           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4657           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4658           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4659         </ul>
4660       </td>
4661       <td>
4662         <ul>
4663           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4664           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4665             descriptions saved.</li>
4666         </ul>
4667       </td>
4668     </tr>
4669     <tr>
4670       <td>
4671         <div align="center">
4672           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4673         </div>
4674       </td>
4675       <td>
4676         <ul>
4677           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4678           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4679           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4680             name for file output</li>
4681           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4682           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4683             used for HTML form input</li>
4684         </ul>
4685       </td>
4686       <td>
4687         <ul>
4688           <li>HTML output writes groups and features</li>
4689           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4690           <li>File IO bugs</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693     </tr>
4694     <tr>
4695       <td>
4696         <div align="center">
4697           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4698         </div>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4703           <li>More options for PCA viewer</li>
4704         </ul>
4705       </td>
4706       <td>
4707         <ul>
4708           <li>GUI bugs resolved</li>
4709           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712     </tr>
4713     <tr>
4714       <td height="63">
4715         <div align="center">
4716           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4717         </div>
4718       </td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4722           <li>Jar files are executable</li>
4723           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4724         </ul>
4725       </td>
4726       <td>
4727         <ul>
4728           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4729           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4730           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4731         </ul>
4732       </td>
4733     </tr>
4734     <tr>
4735       <td>
4736         <div align="center">
4737           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4738         </div>
4739       </td>
4740       <td>
4741         <ul>
4742           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4743         </ul>
4744       </td>
4745       <td>
4746         <ul>
4747           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4748         </ul>
4749       </td>
4750     </tr>
4751     <tr>
4752       <td>
4753         <div align="center">
4754           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4755         </div>
4756       </td>
4757       <td>
4758         <ul>
4759           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4760             size</li>
4761         </ul>
4762       </td>
4763       <td>
4764         <ul>
4765           <li>Improved JPred client reliability</li>
4766           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4767         </ul>
4768       </td>
4769     </tr>
4770     <tr>
4771       <td>
4772         <div align="center">
4773           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4774         </div>
4775       </td>
4776       <td>
4777         <ul>
4778           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4779           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4780           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4781             to Colour Menu</li>
4782           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4783           <li>Unix users can set default web browser</li>
4784           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4785           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4786         </ul>
4787       </td>
4788       <td>
4789         <ul>
4790           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4791         </ul>
4792       </td>
4793     </tr>
4794     <tr>
4795       <td>
4796         <div align="center">
4797           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4798         </div>
4799       </td>
4800       <td>&nbsp;</td>
4801       <td>
4802         <ul>
4803           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4804             alignment order.</li>
4805         </ul>
4806       </td>
4807     </tr>
4808     <tr>
4809       <td>
4810         <div align="center">
4811           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4812         </div>
4813       </td>
4814       <td>
4815         <ul>
4816           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4817           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4818           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4819             annotations.</li>
4820           <li>Version and build date written to build properties
4821             file.</li>
4822           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4823             at launch of Jalview.</li>
4824         </ul>
4825       </td>
4826       <td>
4827         <ul>
4828           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4829           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4830           <li>Can remove groups one by one.</li>
4831           <li>Filechooser icons installed.</li>
4832           <li>Finder ignores return character when searching.
4833             Return key will initiate a search.<br>
4834           </li>
4835         </ul>
4836       </td>
4837     </tr>
4838     <tr>
4839       <td>
4840         <div align="center">
4841           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4842         </div>
4843       </td>
4844       <td>
4845         <ul>
4846           <li>New codebase</li>
4847         </ul>
4848       </td>
4849       <td>&nbsp;</td>
4850     </tr>
4851   </table>
4852   <p>&nbsp;</p>
4853 </body>
4854 </html>