help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3608 -->Set choice of Look and Feel via system property or command line option, and
  71             force use of Metal look and feel as default on linux.
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3633 -->Preferences -&gt; Connections, Proxy server settings now allow selecting "No proxy", "System proxy settings" or custom proxy settings
  75             which can be configured for HTTP, HTTPS and allows for an authenticated proxy server.
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  79             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  83             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  84             improved compatibility with JalviewJS
  85           </li>
  86           <li>
  87           <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted alignments from Pfam and Rfam
  88           </li>
  89           <li>
  90           <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File import (no longer based on .gz extension)
  91           </li>
  92           <li></li>
  93         </ul>
  94       </td>
  95       <td align="left" valign="top">
  96         <ul>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
  99             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 103             doesn't slide selected sequences
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 107             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3628 -->Unable to save update to an existing file on Windows (partially resolved)
 111             and Backups -&gt; Single backup scheme not always saving backup file.
 112           </li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3609 -->Java 11 only: Automatically set scaling for HiDPI displays in linux.
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->Proxy properties don't set HTTPS proxy for launcher or application.
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 121             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 122             '%s'" on the console
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 126             when there are both local and complementary features mapped
 127             to the position under the cursor
 128           </li>
 129         </ul>
 130       </td>
 131     </tr>
 132     <tr>
 133       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 134           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 135           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 136       <td align="left" valign="top">
 137         <ul>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 140             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 141             for display in alignments, on structure views (including
 142             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 143             export.
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 147             exported and re-imported as GFF3 files
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 151             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 155             validation while parsing
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 159             position if reopened
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 163             of associated view
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 167             enabled by default
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 171             tooltips and menus
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 175             with no feature types visible
 176           </li>
 177           <li>
 178           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 179           </li>
 180         </ul><em>Jalview Installer</em>
 181             <ul>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 184             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 191           </li>
 192               <li>
 193                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 194               <li>
 195                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 196         </ul> <em>Release processes</em>
 197         <ul>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 203           </li>
 204         </ul> <em>Build System</em>
 205         <ul>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 211             report
 212           </li>
 213         </ul>
 214         <em>Groovy Scripts</em>
 215             <ul>
 216           <li>
 217             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 218             to stdout containing the consensus sequence for each
 219             alignment in a Jalview session
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 223             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 224             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 225           </li>
 226         </ul>
 227       </td>
 228       <td align="left" valign="top">
 229         <ul>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 232             'Show hidden markers' option is not ticked
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 236             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 237             jalview preferences or properties file
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 241             'Show Sequence Features' option is not ticked
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 245             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 246             features are visible
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 250             equal when split frame is first opened
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 254             correct after editing a sequence's start position
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 258             with annotation and exceptions thrown when only a few
 259             columns shown in wrapped mode
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 263             wrapped alignment figure with annotations
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 267             ID fails with ClassCastException
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 271             Project
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 275             feature settings dialog also selects columns
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 279             IllegalArgumentException in some circumstances
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 283             opened for a view
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 287             alignment window is closed
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 291             help documentation for 2.11.0 release
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 295             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 296             Uniprot Accession
 297           </li>
 298         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 299         <ul>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 302             PDB/Uniprot search panel
 303           </li>
 304         </ul> <em>Installer</em>
 305         <ul>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 308             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 309           </li>
 310         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 311         <ul>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 314             repository
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 318             memory
 319           </li>
 320         </ul> <em>New Known Issues</em>
 321         <ul>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 324             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 325             command line
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 329             clipped in headless figure export when Right Align option
 330             enabled
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 334             'Source' in console output
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 338             bamboo server but run fine locally.
 339           </li>
 340         </ul>
 341       </td>
 342     </tr>
 343     <tr>
 344       <td width="60" align="center" nowrap>
 345           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 346             <em>04/07/2019</em></strong>
 347       </td>
 348       <td align="left" valign="top">
 349         <ul>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 352             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 353             source project) rather than InstallAnywhere
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 357             settings, receive over the air updates and launch specific
 358             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 359               Rings' GetDown</a>)
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 363             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 367             arguments and switch between different getdown channels
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 371             or alignment files
 372           </li>
 373
 374           <li>
 375             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 376             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 379             'Translate as cDNA'</li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 382           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 383             <ul>
 384                       <li>
 385             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 386             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 387           <li>
 388                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 389                 features can be filtered and shaded according to any
 390                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 391                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 392                 file)
 393               </li>
 394               <li>
 395                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 396                 stored and restored from Jalview Projects
 397               </li>
 398               <li>
 399                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 400                 recognise variant features
 401               </li>
 402               <li>
 403                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 404                 sequences (also coloured red by default)
 405               </li>
 406               <li>
 407                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 408                 details
 409               </li>
 410               <li>
 411                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 412                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 413               </li>
 414               <li>
 415                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 416                 dialog
 417               </li>
 418             </ul>
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 422             tree and PCA calculations
 423           </li>
 424           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 425             <ul>
 426               <li>
 427                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 428                 and Viewer state saved in Jalview Project
 429               </li>
 430               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 431                 drop-down menus</li>
 432               <li>
 433                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 434                 incrementally
 435               </li>
 436               <li>
 437                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 438               </li>
 439             </ul>
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 443           </li>
 444           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 445           <ul>
 446               <li>
 447                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 448                 multiple groups when working with large alignments
 449               </li>
 450               <li>
 451                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 452                 Stockholm files
 453               </li>
 454             </ul>
 455           <li><strong>User Interface</strong>
 456           <ul>
 457               <li>
 458                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 459                 view
 460               </li>
 461               <li>
 462                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 463                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 464                 default (can be changed in user preferences)
 465               </li>
 466               <li>
 467                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 468                 to the Overwrite Dialog
 469               </li>
 470               <li>
 471                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 472                 sequences are hidden
 473               </li>
 474               <li>
 475                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 476                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 477               </li>
 478               <li>
 479                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 480                 labels
 481               </li>
 482               <li>
 483                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 484                 when in wrapped mode
 485               </li>
 486               <li>
 487                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 488                 annotation
 489               </li>
 490               <li>
 491                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 492               </li>
 493               <li>
 494                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 495                 panel
 496               </li>
 497               <li>
 498                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 499                 popup menu
 500               </li>
 501               <li>
 502               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 503               <li>
 504               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 505
 506
 507             </ul></li>
 508             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 509           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 510             <ul>
 511               <li>
 512                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 513                 trapping CMD-Q
 514               </li>
 515             </ul></li>
 516         </ul>
 517         <em>Deprecations</em>
 518         <ul>
 519           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 520             capabilities removed from the Jalview Desktop
 521           </li>
 522           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 523             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 524             and XML based data retrieval clients</li>
 525           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 526           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 527         </ul> <em>Documentation</em>
 528         <ul>
 529           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 530             not supported in EPS figure export
 531           </li>
 532           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 533         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 534         <ul>
 535           <li>
 536           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 537           </li>
 538       <li>
 539       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 540           <li>
 541           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 542             gradle-eclipse
 543           </li>
 544           <li>
 545           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 546             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 547             execution
 548           </li>
 549           <li>
 550           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 551             operations
 552           </li>
 553           <li>
 554           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 555             issues resolved
 556           </li>
 557           <li>
 558           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 559             markdown (with HTML rendering)
 560           </li>
 561           <li>
 562           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 563           </li>
 564           <li>
 565           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 566             versions of Jalview
 567           </li>
 568         </ul>
 569       </td>
 570       <td align="left" valign="top">
 571         <ul>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 577             superposition in Jmol fail on Windows
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 581             structures for sequences with lots of PDB structures
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 585             monospaced font
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 589             project involving multiple views
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 593             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 594             Annotation dialog hides columns
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 598             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 599             one view, then making another selection in the other view
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 603             columns
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 607             Settings and Jalview Preferences panels
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 611             overview with large alignments
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 615             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 616             mouse moved to the left of the first column
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 620             hidden column marker via scale popup menu
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 624             doesn't tell users the invalid URL
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 628             score from view
 629           </li>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 632             show cross references or Fetch Database References are shown in
 633             red in original view
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 637             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 641             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 645             when columns are hidden
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 649             Columns by Annotation description
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 653             out of Scale or Annotation Panel
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 657             scale panel
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 661             alignment down
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 665             scale panel
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 669             Page Up in wrapped mode
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 679             on opening an alignment
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 683             Colour menu
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 687             different groups in the alignment are selected
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 691             correctly in menu
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 695             threshold limit
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 699             threshold gets 'unrounded'
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 703             colour
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 713             Tree font
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 717             project file
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 721             shown in complementary view
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 725             without normalisation
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 729             of report
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 733           </li>
 734           <li>
 735           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 736           </li>
 737         </ul> <em>Editing</em>
 738         <ul>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 741             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 742             sequence
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 746             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 747             removed (Known defect since 2.10)
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 751             dialog corrupts dataset sequence
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 755             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 756           </li>
 757         </ul> <em>Datamodel</em>
 758         <ul>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 761             sequence's End is greater than its length
 762           </li>
 763         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 764           general release)</em>
 765         <ul>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 768           </li>
 769         </ul> <em>New Known Defects</em>
 770         <ul>
 771         <li>
 772         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 773         </li>
 774         <li>
 775           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 776           regions of protein alignment.
 777         </li>
 778         <li>
 779           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 780           is restored from a Jalview 2.11 project
 781         </li>
 782         <li>
 783           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 784           'New View'
 785         </li>
 786         <li>
 787           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 788           columns within hidden columns
 789         </li>
 790         <li>
 791           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 792           window after dragging left to select columns to left of visible
 793           region
 794         </li>
 795         <li>
 796           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 797           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 798           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 799           create a Score filter instead.
 800         </li>
 801         <li>
 802         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 803         <li>
 804         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 805         </li>
 806         <li>
 807           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 808           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 809         </li>
 810         </ul>
 811         <em>Java 11 Specific defects</em>
 812           <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 815               alphabetically when saved
 816             </li>
 817         </ul>
 818       </td>
 819     </tr>
 820     <tr>
 821     <td width="60" nowrap>
 822       <div align="center">
 823         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 824       </div>
 825     </td>
 826     <td><div align="left">
 827         <em></em>
 828         <ul>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 831               InstallAnywhere increased to 1G.
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 835               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 836               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 837                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 838                 properties file.</em>
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 842               API and sequence data now imported as JSON.
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 846               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 847               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 848               property.
 849             </li>
 850           </ul>
 851           <em>Development</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 855               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 856                 Clover</a>
 857             </li>
 858           </ul>
 859         </div></td>
 860     <td><div align="left">
 861         <em></em>
 862         <ul>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 865               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 866               alignment.
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 870               annotation displayed.
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 874               for newly created group when 'Apply to all groups'
 875               selected
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 879               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 880               visible.
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 884               when sequences are selected in exported view.</em>
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 888               aren't rendered with correct colour.
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 892               types of knotted RNA secondary structure.
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 896               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 897               do not start at 1.
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 901               annotation when columns are inserted into an alignment,
 902               and when exporting as Stockholm flatfile.
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 906               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 907               treated as RNA secondary structure.
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 911               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 915               transfers focus to previous window on OSX
 916             </li>
 917           </ul>
 918           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 922               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 923               box.
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 927               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 928               'look and feel' which has improved compatibility with the
 929               latest version of OSX.
 930             </li>
 931           </ul>
 932         </div>
 933     </td>
 934     </tr>
 935     <tr>
 936       <td width="60" nowrap>
 937         <div align="center">
 938           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 939             <em>7/06/2018</em></strong>
 940         </div>
 941       </td>
 942       <td><div align="left">
 943           <em></em>
 944           <ul>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 947               annotation retrieved from Uniprot
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 951               onto the Jalview Desktop
 952             </li>
 953           </ul>
 954         </div></td>
 955       <td><div align="left">
 956           <em></em>
 957           <ul>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 960               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 964               right-hand column parsed correctly
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 968               not alignment area in exported graphic
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 972               window has input focus
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 976               annotation added to view (Windows)
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 980               network connectivity is poor
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 984               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 985                 the currently open URL and links from a page viewed in
 986                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 987                 you are using Edge, only links in the page can be
 988                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 989                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 990             </li>
 991           </ul>
 992           <em>New Known Defects</em>
 993           <ul>
 994             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 995           </ul>
 996         </div></td>
 997     </tr>
 998     <tr>
 999       <td width="60" nowrap>
1000         <div align="center">
1001           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1002         </div>
1003       </td>
1004       <td><div align="left">
1005           <em></em>
1006           <ul>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1009               for disabling automatic superposition of multiple
1010               structures and open structures in existing views
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1014               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1015               adjust them.
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1019               Ensembl services
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1023               and lots of hidden columns
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1027               of features (particularly when transparency is disabled)
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1031               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1032               generally available
1033             </li>
1034           </ul>
1035           </div>
1036       </td>
1037       <td><div align="left">
1038           <ul>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1041               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1045               overlapping alignment panel
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1049               sequence as gaps
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1053               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1054               UTR
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1058               factor annotation not added to sequence when local PDB
1059               file associated with it by drag'n'drop or structure
1060               chooser
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1064               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1068               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1072               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1076               columns in annotation row
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1080               honored in batch mode
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1084               for structures added to existing Jmol view
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1088               entries after importing project with multiple views
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1092               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1093               with negative residue numbers or missing residues fails
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1097               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1098               as generated by CONSURF)
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1102               tooltip doesn't include a text description of mutation
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1106               structure and/or overview windows are also shown
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1110               very slow for alignments with large numbers of sequences
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1114               with 'StringIndexOutOfBounds'
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1118               platforms running Java 10
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1122               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1123             </li>
1124           </ul>
1125           <em>Applet</em>
1126           <ul>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1129               should copy the group consensus when popup is opened on it
1130             </li>
1131           </ul>
1132           <em>Batch Mode</em>
1133           <ul>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1136           </li>
1137           </ul>
1138           <em>New Known Defects</em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1142               editing a large alignment and overview is displayed
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1146               repeatedly after a series of edits even when the overview
1147               is no longer reflecting updates
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1151               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1152               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1153               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1157               option gives blank output
1158             </li>
1159           </ul>
1160         </div>
1161           </td>
1162     </tr>
1163     <tr>
1164       <td width="60" nowrap>
1165         <div align="center">
1166           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1167         </div>
1168       </td>
1169       <td><div align="left">
1170           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1171               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1172       <td><div align="left">
1173           <em>Desktop</em><ul>
1174           <ul>
1175             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1176             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1177             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1178             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1179             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1180             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1181             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1182           </ul>
1183           </div>
1184       </td>
1185     </tr>
1186     <tr>
1187       <td width="60" nowrap>
1188         <div align="center">
1189           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1190         </div>
1191       </td>
1192       <td><div align="left">
1193           <em></em>
1194           <ul>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1197               rendering of sequence features
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1201               429 rate limit request hander
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1205               their colours have changed
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1209               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1213               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1217               view from Ensembl locus cross-references
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1221               Alignment report
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1225               feature can be disabled
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1229               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1233               Uniprot
1234             </li>
1235           </ul>
1236           <em>Scripting</em>
1237           <ul>
1238             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1239             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1240               percent identity scores for current alignment.</li>
1241           </ul>
1242           <em>Testing and Deployment</em>
1243           <ul>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1246             </li>
1247           </ul>
1248         </div></td>
1249       <td><div align="left">
1250           <em>General</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1254               threshold text field doesn't trigger an update to the
1255               alignment view
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1259               strings in parallel
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1263               alignment window is closed
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1267               group visibility
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1271               takes a long time in Cursor mode
1272             </li>
1273           </ul>
1274           <em>Desktop</em>
1275           <ul>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1278               cannot be viewed in Chimera
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1282               CDS/Protein view
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1286               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1287               Search Dialogs
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1297               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1301               scrolling right in unwapped alignment view
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1305               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1306               database
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1310               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1314               features of same type and group to be selected for
1315               amending
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1319               alignments when hidden columns are present
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1323               displaying several structures
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1327               moving a window
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1331               within the Jalview desktop on OSX
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1335               when in wrapped alignment mode
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1339               hand end of alignment
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1343               each selected sequence do not have correct start/end
1344               positions
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1348               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1352               restoring project until a new view is created
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1356               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1357               configured (since 2.10.2b2)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1361               position is adjusted
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1365               in a multi-chain structure when viewing alignment
1366               involving more than one chain (since 2.10)
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1370               if new selection moves alignment window
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1374               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1378               that produces correctly annotated transcripts and products
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1382               doesn't update associated structure view
1383             </li>
1384           </ul>
1385           <em>Applet</em><br />
1386           <ul>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1389               closing alignment panel
1390             </li>
1391           </ul>
1392           <em>BioJSON</em><br />
1393           <ul>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1396               non-positional features
1397             </li>
1398           </ul>
1399           <em>New Known Issues</em>
1400           <ul>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1403               sequence features correctly (for many previous versions of
1404               Jalview)
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1408               using cursor in wrapped panel other than top
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1412               graduated colour threshold
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1416               always preserve numbering and sequence features
1417             </li>
1418           </ul>
1419           <em>Known Java 9 Issues</em>
1420           <ul>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1423               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1424               9.01, OSX 10.10)
1425             </li>
1426           </ul>
1427         </div></td>
1428     </tr>
1429     <tr>
1430       <td width="60" nowrap>
1431         <div align="center">
1432           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1433             <em>2/10/2017</em></strong>
1434         </div>
1435       </td>
1436       <td><div align="left">
1437           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1438           <ul>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1441             </li>
1442             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1443             </li>
1444           </ul>
1445         </div></td>
1446       <td><div align="left">
1447         </div></td>
1448     </tr>
1449     <tr>
1450       <td width="60" nowrap>
1451         <div align="center">
1452           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1453             <em>7/9/2017</em></strong>
1454         </div>
1455       </td>
1456       <td><div align="left">
1457           <em></em>
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1461               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1462               white)
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1466               Preferences
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1470               in size and progress bar shown as higher resolution
1471               overview is recalculated
1472             </li>
1473
1474           </ul>
1475         </div></td>
1476       <td><div align="left">
1477           <em></em>
1478           <ul>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1481               column region row by row
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1485               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1489               format setting is unticked
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1493               if group has show boxes format setting unticked
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1497               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1498               include sequences and columns not currently displayed
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1502               assemblies are imported via CIF file
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1506               displayed when threshold or conservation colouring is also
1507               enabled.
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1511               server version
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1515               dragging a selected region off the visible region of the
1516               alignment
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1520               colourscheme to all groups in a view
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1524               initially after font size change using the Font chooser or
1525               middle-mouse zoom
1526             </li>
1527           </ul>
1528         </div></td>
1529     </tr>
1530     <tr>
1531       <td width="60" nowrap>
1532         <div align="center">
1533           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1534         </div>
1535       </td>
1536       <td><div align="left">
1537           <em>Calculations</em>
1538           <ul>
1539
1540             <li>
1541               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1542               ungapped positions in each column of the alignment.
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1546               a calculation dialog box
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1550               and memory efficiency (~30x faster)
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1554               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1555               and other calculations
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1559               files within the Jalview codebase
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1563               Similarity may have different topology due to increased
1564               precision
1565             </li>
1566           </ul>
1567           <em>Rendering</em>
1568           <ul>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1571               model for alignments and groups
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1575               scripts
1576             </li>
1577           </ul>
1578           <em>Overview</em>
1579           <ul>
1580             <li>
1581               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1582               with alignment and overview windows
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1586               overview
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1590               omitted in Overview
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1594               adjustment of visible position
1595             </li>
1596           </ul>
1597
1598           <em>Data import/export</em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1602               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1606               annotation input/output via stockholm flatfile
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1610               extension when importing structure files without embedded
1611               names or PDB accessions
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1615               format sequence substitution matrices
1616             </li>
1617           </ul>
1618           <em>User Interface</em>
1619           <ul>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1622               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1623               the application.
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1627               via Overview or sequence motif search operations
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1631               opened by double clicking gaps within sequence feature
1632               extent
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1636               aligned positions were available to create a 3D structure
1637               superposition.
1638             </li>
1639           </ul>
1640           <em>3D Structure</em>
1641           <ul>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1644               coloured in linked structure views
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1648               file-based command exchange
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1652               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1653               structures are already available for sequences
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1657               the Jalview project rather than downloaded again when the
1658               project is reopened.
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1662               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1663               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1664                 Feature</strong>)
1665             </li>
1666           </ul>
1667           <em>Web Services</em>
1668           <ul>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1674               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1675               Analysis services
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1679               cross-references provided by identifiers.org and the
1680               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1681             </li>
1682           </ul>
1683
1684           <em>Scripting</em>
1685           <ul>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1688               identifying file formats (instead of String constants)
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1692               efficiency when counting all displayed features (not
1693               backwards compatible with 2.10.1)
1694             </li>
1695           </ul>
1696           <em>Example files</em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1700               included in the example feature file
1701             </li>
1702           </ul>
1703           <em>Documentation</em>
1704           <ul>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1707               with the built-in Java help viewer
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1711               sequence description' option
1712             </li>
1713           </ul>
1714           <em>Test Suite</em>
1715           <ul>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1718               Uniprot REST Free Text Search Client
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1725               during tests
1726             </li>
1727           </ul>
1728         </div></td>
1729       <td><div align="left">
1730           <em>Calculations</em>
1731           <ul>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1734               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1735               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1736             </li>
1737             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1738               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1739               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1740               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1741               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1742               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1743               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1744               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1745               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1746               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1747               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1748               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1749               // for 2.10.1 mode <br />
1750               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1751               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1752                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1753                 calculations (not recommended)</em></li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1756               scaling of branch lengths for trees computed using
1757               Sequence Feature Similarity.
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1761               generating output report when working with highly
1762               redundant alignments
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1766               right of selected region when gaps present on right-hand
1767               boundary
1768             </li>
1769           </ul>
1770           <em>User Interface</em>
1771           <ul>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1774               doesn't reselect a specific sequence's associated
1775               annotation after it was used for colouring a view
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1779               opened on a region of alignment without groups
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1783               of an alignment with overlapping groups
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1787               name and description match
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1791               hidden regions results in incorrect hidden regions
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1795               changing colour does not apply Conservation slider value
1796               to all groups
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1800               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1804               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1808               gaps before start of features
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1812               restored to UI when feature colour is edited
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1816               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1820               as graduate feature colour settings are modified via the
1821               dialog box
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1825               when a group defined on the alignment is resized
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1829               wrapped view result in positional status updates
1830             </li>
1831
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1834               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1838               alignment included gapped columns
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1842               widgets don't permanently disappear
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1846               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1847               T-Coffee column reliability scores)
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1851               sequence feature on gaps only
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1855               button from a Find inherit previously defined feature type
1856               rather than the Find query string
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1860               exporting tree calculated in Jalview
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1864               and then revealing them reorders sequences on the
1865               alignment
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1869               doesn't update to reflect available set of groups after
1870               interactively adding or modifying features
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1874               Linux
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1878               only excluded gaps in current sequence and ignored
1879               selection.
1880             </li>
1881           </ul>
1882           <em>Rendering</em>
1883           <ul>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1886               erratically when hidden rows or columns are present
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1890               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1891               sequence colouring
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1895               colour and group colour menu for protein alignments
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1899               reflect currently selected view or group's shading
1900               thresholds
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1904               when rendered on overview and structures when opacity at
1905               100%
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1909               overview when features overlaid on alignment
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1913               recovered correctly from Jalview project file
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1917               (automatically via preferences) are different to the main
1918               alignment panel
1919             </li>
1920           </ul>
1921           <em>Data import/export</em>
1922           <ul>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1925               load
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1929               added after a sequence was imported are not written to
1930               Stockholm File
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1934               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1938               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1942               with lightGray or darkGray via features file (but can
1943               specify lightgray)
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1947               when alignment view imported from project
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1951               structure and sequences extracted from structure files
1952               imported via URL and viewed in Jmol
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1956               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1957               the project is loaded and the structure viewed
1958             </li>
1959           </ul>
1960           <em>Web Services</em>
1961           <ul>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1964               release of Ensembl v.88
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1968               appear enabled in Preferences->Connections
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1972               removed from console output
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1976               Ensembl by Peptide ID
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1980               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1981               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1982               due to 'null' string rather than empty string used for
1983               residues with no corresponding PDB mapping).
1984             </li>
1985           </ul>
1986           <em>Application UI</em>
1987           <ul>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1990               menu
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1994               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1995               new documentation and tooltips added)
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1999               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2003               new features are added to alignment
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2007               changes to feature colours via the Amend features dialog
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2011               edit graduated feature colour via amend features dialog
2012               box
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2016               selection menu changes colours of alignment views
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2020               from alignment calculation workers after alignment has
2021               been closed
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2025               groups now 'Create Group'
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2029               Create/Undefine group doesn't always work
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2033               shown again after pressing 'Cancel'
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2037               adjusts start position in wrap mode
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2041               ambiguous amino acids
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2045               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2046               proteins
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2050               Defined' don't appear in Colours menu
2051             </li>
2052           </ul>
2053           <em>Applet</em>
2054           <ul>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2057               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2061               overview or linked structure view
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2065               work (since 2.8)
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2069               user-defined colourscheme doesn't restore original
2070               colourscheme
2071             </li>
2072           </ul>
2073           <em>Test Suite</em>
2074           <ul>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2077               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2081               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2082               problems with deep array comparison equality asserts in
2083               successive versions of TestNG
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2087               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2088             </li>
2089           </ul>
2090           <em>New Known Issues</em>
2091           <ul>
2092             <li>
2093               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2094               phase after a sequence motif find operation
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2098               containing just upper and lower case letters are
2099               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2103               reliably from eggnog Ortholog database
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2107               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2108               to mark columns containing highlighted regions.
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2112               doesn't always add secondary structure annotation.
2113             </li>
2114           </ul>
2115         </div>
2116     <tr>
2117       <td width="60" nowrap>
2118         <div align="center">
2119           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2120         </div>
2121       </td>
2122       <td><div align="left">
2123           <em>General</em>
2124           <ul>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2127               for all consensus calculations
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2131               3rd Oct 2016)
2132             </li>
2133             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2134               for 2016-2017</li>
2135           </ul>
2136           <em>Application</em>
2137           <ul>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2140               set of database cross-references, sorted alphabetically
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2144               from database cross references. Users with custom links
2145               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2146                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2150               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2151               Chimera session
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2155               the Chimera it is connected to is shut down
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2159               columns menu item to mark columns containing highlighted
2160               regions (e.g. from structure selections or results of a
2161               Find operation)
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2165               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2166               MSAviewer
2167             </li>
2168           </ul>
2169         </div></td>
2170       <td>
2171         <div align="left">
2172           <em>General</em>
2173           <ul>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2176               are not coloured or thresholded according to percent
2177               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2181               hydrophobic
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2185               threshold, amino acid properties)
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2189               reported as mapped to residues in a structure file in the
2190               View Mapping report
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2194               could be added multiple times to a sequence
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2198               bond features shown as two highlighted residues rather
2199               than a range in linked structure views, and treated
2200               correctly when selecting and computing trees from features
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2204               cross-references are matched to database name regardless
2205               of case
2206             </li>
2207
2208           </ul>
2209           <em>Application</em>
2210           <ul>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2213               names without regular expressions also offer links from
2214               Sequence ID
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2218               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2219               update Jalview configuration
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2223               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2227               files with similarly named sequences if dropped onto the
2228               alignment
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2232               entries where more chains exist in the PDB accession than
2233               are reported in the SIFTS file
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2237               the structure view when displayed with Chimera
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2241               panel's View->Show Chains submenu
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2245               work for wrapped alignment views
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2249               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2253               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2254               first annotation row
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2258               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2262               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2263             </li>
2264             <!-- JAL-2319 -->
2265             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2266             coordindate data
2267             </li>
2268           </ul>
2269           <!--           <em>New Known Issues</em>
2270           <ul>
2271             <li></li>
2272           </ul> -->
2273         </div>
2274       </td>
2275     </tr>
2276     <td width="60" nowrap>
2277       <div align="center">
2278         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2279           <em>25/10/2016</em></strong>
2280       </div>
2281     </td>
2282     <td><em>Application</em>
2283       <ul>
2284         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2285           view if structures already loaded</li>
2286         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2287           structure views</li>
2288       </ul></td>
2289     <td>
2290       <div align="left">
2291         <em>General</em>
2292         <ul>
2293           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2294             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2295           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2296             example sequences/projects/trees</li>
2297         </ul>
2298         <em>Application</em>
2299         <ul>
2300           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2301             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2302           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2303             without timeout for structures with multiple models or
2304             multiple sequences in alignment</li>
2305           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2306             PDB ID HEADER line</li>
2307           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2308             is performed</li>
2309           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2310             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2311           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2312           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2313             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2314             option</li>
2315           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2316             is created on the alignment</li>
2317           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2318             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2319             pop-up menu</li>
2320         </ul>
2321         <em>Build and deployment</em>
2322         <ul>
2323           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2324             tags</li>
2325         </ul>
2326         <em>New Known Issues</em>
2327         <ul>
2328           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2329             on Windows</li>
2330         </ul>
2331       </div>
2332     </td>
2333     </tr>
2334     <tr>
2335       <td width="60" nowrap>
2336         <div align="center">
2337           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2338         </div>
2339       </td>
2340       <td><em>General</em>
2341         <ul>
2342           <li>
2343             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2344           </li>
2345           <li>
2346             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2347             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2348             better PDB parsing.
2349           </li>
2350           <li>
2351             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2352             reference sequence
2353           </li>
2354           <li>
2355             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2356             mousing over sequence associated annotation
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2360             for manual entry
2361           </li>
2362           <li>
2363             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2364             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2365             for each column
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2369             showing or hiding columns containing a feature
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2373             group and sequence associated annotation labels
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2377             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2378             dialogs
2379           </li>
2380
2381         </ul> <em>Application</em>
2382         <ul>
2383           <li>
2384             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2385             gene/transcript view
2386           </li>
2387           <li>
2388             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2389             dialog
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2393             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2397             Pfam sources to xfam.org
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2401           </li>
2402           <li>
2403             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2404             over sequences in Jalview
2405           </li>
2406           <li>
2407             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2408             regions in ENA and EMBL
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2412             for record retrieval via ENA rest API
2413           </li>
2414           <li>
2415             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2416             complement operator
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2420             groovy script execution
2421           </li>
2422           <li>
2423             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2424             alignment window's Calculate menu
2425           </li>
2426           <li>
2427             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2428             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2432             calculation workers from groovy scripts
2433           </li>
2434           <li>
2435             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2436             Jalview projects
2437           </li>
2438           <li>
2439             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2440             associations are now saved/restored from project
2441           </li>
2442           <li>
2443             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2444             before sequence fetcher is opened
2445           </li>
2446           <li>
2447             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2448             database chooser opens a sequence fetcher
2449           </li>
2450           <li>
2451             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2452             the UniProt REST API
2453           </li>
2454           <li>
2455             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2456             the news reader opening
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2460             querying stored in preferences
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2464             search results
2465           </li>
2466           <li>
2467             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2468           </li>
2469           <li>
2470             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2471             menu for nucleotide sequences
2472           </li>
2473           <li>
2474             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2475             and feature counts preserves alignment ordering (and
2476             debugged for complex feature sets).
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2480             viewing structures with Jalview 2.10
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2484             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2485             Ensembl Genomes REST API
2486           </li>
2487           <li>
2488             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2489             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2490             (Ensembl)
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2494             sequences
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2498             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2499             data from external database records.
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2503             efficient recovery of sequence coding and alignment
2504             annotation relationships.
2505           </li>
2506         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2507         <ul>
2508           <li>
2509             -- JAL---
2510           </li>
2511         </ul> --></td>
2512       <td>
2513         <div align="left">
2514           <em>General</em>
2515           <ul>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2518               menu on OSX
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2522               includes graduated colourschemes
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2526               working with big alignments and lots of hidden columns
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2530               at right of alignment window
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2534               contents
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2538               for DNA alignments
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2542               based tree calculation
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2546               unconserved enabled for group on alignment
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2550               set as reference
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2554               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2555               annotation
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2559               hidden columns present
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2563               user created annotation added to alignment
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2567               '()' base pair annotation
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2571               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2572               Consensus
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2576               feature not working
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2580               beginning of sequence
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2584               entry 3a6s
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2588               from a tree when t-coffee scores are shown
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2592               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2596               some structures
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2600               to Clustal, PIR and PileUp output
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2604               not visible causes alignment window to repaint
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2608               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2609               scores associated with features and annotation rows
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2613               calculation should be case independent
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2617               columns
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2621               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2622               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2626               problems when reference sequence defined and 'show
2627               non-conserved' enabled
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2631               load even when Consensus calculation is disabled
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2635               alignment does nothing
2636             </li>
2637           </ul>
2638           <em>Application</em>
2639           <ul>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2642               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2643               yet fixed for El Capitan)
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2647               output when running on non-gb/us i18n platforms
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2651               hidden sequences as flat-file alignment
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2655               launching Chimera
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2659               (also hotfix for 2.9.0b2)
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2663               reference sequence defined
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2667               alignments and views when revealing hidden columns
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2671               view in a cDNA/Protein splitframe
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2675               sequence from project when only one sequence is
2676               represented
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2680               in Structure Chooser
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2684               structure consensus didn't refresh annotation panel
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2688               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2692               dialogs format columns correctly, don't display array
2693               data, sort columns according to type
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2697               file chooser is cancelled during an image export
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2701               sequence name containing special characters
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2705               case insensitive
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2709               formatting don't wrap
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2713               truncated so L looks like I in consensus annotation
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2717               currently displayed features for the current selection or
2718               view
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2722               after fetching cross-references, and restoring from
2723               project
2724             </li>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2727               followed in the structure viewer
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2731               splitframe not restored from project
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2735               trailing end of protein alignment in transcript/product
2736               splitview when pad-gaps not enabled by default
2737             </li>
2738             <li>
2739               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2740               is case dependent
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2744               article has been read (reopened issue due to
2745               internationalisation problems)
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2749               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2750               cross-references
2751             </li>
2752
2753             <li>
2754               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2755               alignment as HTML
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2759               multiple structures are shown for one or more sequences.
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2763               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2764               is enabled.
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2768               specific PDB id for sequence
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2772               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2773               columns' is disabled.
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2777               selects lowest rather than highest resolution structures
2778               for each sequence
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2782               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2786               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2790               after clicking on it to create new annotation for a
2791               column.
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2795               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2796             </li>
2797             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2798             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2799           </ul>
2800           <em>Applet</em>
2801           <ul>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2804               hidden columns present before start of sequence
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2808               (JSON jars)
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2812               sequences are hidden in applet
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2816               deployment on examples pages.
2817             </li>
2818           </ul>
2819         </div>
2820       </td>
2821     </tr>
2822     <tr>
2823       <td width="60" nowrap>
2824         <div align="center">
2825           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2826             <em>16/10/2015</em></strong>
2827         </div>
2828       </td>
2829       <td><em>General</em>
2830         <ul>
2831           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2832             jars</li>
2833         </ul></td>
2834       <td>
2835         <div align="left">
2836           <em>Application</em>
2837           <ul>
2838             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2839               shown when tree is partitioned</li>
2840             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2841               multiple cDNA/Protein split views</li>
2842           </ul>
2843         </div>
2844       </td>
2845     </tr>
2846     <tr>
2847       <td width="60" nowrap>
2848         <div align="center">
2849           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2850             <em>8/10/2015</em></strong>
2851         </div>
2852       </td>
2853       <td><em>General</em>
2854         <ul>
2855           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2856             2.9</li>
2857         </ul> <em>Application</em>
2858         <ul>
2859           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2860           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2861           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2862         </ul> <em>Applet</em>
2863         <ul>
2864           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2865         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2866         <ul>
2867           <li>
2868             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2869             suite
2870           </li>
2871         </ul></td>
2872       <td>
2873         <div align="left">
2874           <em>General</em>
2875           <ul>
2876             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2877               incorrect when sequence start > 1</li>
2878             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2879               documentation</li>
2880             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2881             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2882               loading a features file containing HTML tags in feature
2883               description</li>
2884
2885           </ul>
2886           <em>Application</em>
2887           <ul>
2888             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2889               reimport</li>
2890             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2891               with 'trim retrieved sequences'</li>
2892             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2893               deleting selected columns</li>
2894             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2895               JNLP templates for webstart launch</li>
2896             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2897               unreleased structures for download or viewing</li>
2898             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2899               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2900             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2901               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2902             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2903               recovered from jalview project</li>
2904             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2905               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2906               alignment view</li>
2907             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2908               color schemes from BioJSON</li>
2909           </ul>
2910           <em>Applet</em>
2911           <ul>
2912             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2913               frame</li>
2914             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2915           </ul>
2916         </div>
2917       </td>
2918     </tr>
2919     <tr>
2920       <td><div align="center">
2921           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2922         </div></td>
2923       <td><em>General</em>
2924         <ul>
2925           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2926             alignments:
2927             <ul>
2928               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2929                 and DNA alignment views</li>
2930               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2931                 cDNA alignment views</li>
2932               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2933                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2934               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2935                 protein sequences</li>
2936             </ul>
2937           </li>
2938           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2939           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2940             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2941           <li>New alignment annotation file statements for
2942             reference sequences and marking hidden columns</li>
2943           <li>Reference sequence based alignment shading to
2944             highlight variation</li>
2945           <li>Select or hide columns according to alignment
2946             annotation</li>
2947           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2948           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2949             acid conservation row</li>
2950           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2951         </ul> <em>Application</em>
2952         <ul>
2953           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2954             <ul>
2955               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2956                 view with cDNA/Protein</li>
2957               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2958                 sequences are placed in the same alignment</li>
2959               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2960                 projects</li>
2961             </ul>
2962           </li>
2963
2964           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2965           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2966             Jalview windows</li>
2967
2968           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2969           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2970           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2971             be shown in VARNA</li>
2972
2973           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2974             as the active selected region</li>
2975
2976           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2977             similarity</li>
2978           <li>New Export options
2979             <ul>
2980               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2981                 region export in flat file generation</li>
2982
2983               <li>Export alignment views for display with the <a
2984                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2985
2986               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2987               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2988                 alignment figures to HTML</li>
2989           </li>
2990           <li>3D structure retrieval and display
2991             <ul>
2992               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2993                 Search API</li>
2994               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2995                 PDB structures for a sequence set</li>
2996             </ul>
2997           </li>
2998
2999           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3000             predictions</li>
3001           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3002             for one or a group of sequences</li>
3003           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3004             from the JPred4 web server</li>
3005           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3006             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3007             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3008           </li>
3009           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3010             VARNA 2D Structure'</li>
3011           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3012             Structure ..."</li>
3013
3014         </ul> <em>Applet</em>
3015         <ul>
3016           <li>New layout for applet example pages</li>
3017           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3018             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3019           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3020             Protein alignments</li>
3021         </ul> <em>Development and deployment</em>
3022         <ul>
3023           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3024           <li>Include installation type and git revision in build
3025             properties and console log output</li>
3026           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3027             storing BioJsMSA Templates</li>
3028           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3029         </ul></td>
3030       <td>
3031         <!-- <em>General</em>
3032         <ul>
3033         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3034         <ul>
3035           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3036           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3037           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3038             predictions are not highlighted in amber</li>
3039           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3040             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3041           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3042             associated structure views</li>
3043           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3044             width checkbox not enabled</li>
3045           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3046             creating user defined colours</li>
3047           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3048             mappings for just that viewer's sequences</li>
3049           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3050             multiple models in Chimera</li>
3051           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3052             over Jmol structure</li>
3053           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3054             output to text box</li>
3055           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3056             have incorrect sequence start/end</li>
3057           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3058             Jalview fails</li>
3059           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3060             work for nucleotide</li>
3061           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3062             to a grey/invisible alignment window</li>
3063           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3064             imports to different position</li>
3065           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3066             on some platforms</li>
3067           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3068             populated</li>
3069           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3070             console if Chimera has been opened</li>
3071           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3072           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3073             retrieved</li>
3074           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3075           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3076             either sequence shows on first structure</li>
3077           <li>'Show annotations' options should not make
3078             non-positional annotations visible</li>
3079           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3080             in right place after 'view flanking regions'</li>
3081           <li>File Save As type unset when current file format is
3082             unknown</li>
3083           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3084             projects</li>
3085           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3086             responsive</li>
3087           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3088             several views on same alignment</li>
3089           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3090           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3091             spaces</li>
3092         </ul> <em>Applet</em>
3093         <ul>
3094           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3095           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3096             descriptions containing angle brackets</li>
3097         </ul> <em>General</em>
3098         <ul>
3099           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3100             via jalview annotation file</li>
3101           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3102             with RNA secondary structure</li>
3103           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3104             translation doesn't work.</li>
3105           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3106           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3107             positions</li>
3108           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3109             choosing 1pt font</li>
3110           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3111             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3112             'h'</li>
3113           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3114             new feature</li>
3115           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3116             order dependent</li>
3117           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3118             sequences</li>
3119           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3120         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3121         <ul>
3122           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3123             www.jalview.org</li>
3124         </ul> <em>Application Known issues</em>
3125         <ul>
3126           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3127           <li>Misleading message appears after trying to delete
3128             solid column.</li>
3129           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3130             version launches</li>
3131           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3132             fails with a sequence mismatch</li>
3133           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3134             scrolling alignment to right</li>
3135           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3136             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3137           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3138             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3139           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3140             ultra-high resolution</li>
3141           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3142             quality and conservation</li>
3143           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3144             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3145         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3146         <ul>
3147           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3148           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3149             window is being resized</li>
3150
3151         </ul>
3152       </td>
3153     </tr>
3154     <tr>
3155       <td><div align="center">
3156           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3157         </div></td>
3158       <td><em>General</em>
3159         <ul>
3160           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3161             Certum.PL.</li>
3162           <li>Features and annotation preserved when performing
3163             pairwise alignment</li>
3164           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3165             imported/exported/displayed</li>
3166           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3167             protein secondary structure</li>
3168           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3169               post-hoc with 2.9 release</em>)
3170           </li>
3171
3172         </ul> <em>Application</em>
3173         <ul>
3174           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3175             with 3D structures</li>
3176           <li>Support for parsing RNAML</li>
3177           <li>Annotations menu for layout
3178             <ul>
3179               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3180               <li>place sequence annotation above/below alignment
3181                 annotation</li>
3182             </ul>
3183           <li>Output in Stockholm format</li>
3184           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3185             translation</li>
3186           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3187           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3188             shared between alignments</li>
3189           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3190             Jalview</li>
3191           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3192             all or current selection</li>
3193           <li>disorder and secondary structure predictions
3194             available as dataset annotation</li>
3195           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3196
3197
3198           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3199             alignments from Rfam</li>
3200           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3201
3202           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3203             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3204           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3205           <li>include installation type in build properties and
3206             console log output</li>
3207           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3208             annotation</li>
3209         </ul></td>
3210       <td>
3211         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3212         <ul>
3213           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3214             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3215           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3216             alignment</li>
3217           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3218           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3219           <li>Double click on sequence associated annotation
3220             selects only first column</li>
3221           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3222             leaves shown in tree</li>
3223           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3224             properly</li>
3225           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3226           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3227             screen and buttons not visible</li>
3228           <li>author list isn't updated if already written to
3229             Jalview properties</li>
3230           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3231             from database</li>
3232           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3233           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3234             browser search window</li>
3235           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3236             in feature settings dialog</li>
3237           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3238             desktop</li>
3239           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3240             pass validation</li>
3241           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3242             fit on screen</li>
3243           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3244             tooltip</li>
3245           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3246             defined user preset</li>
3247           <li>MSA web services warns user if they were launched
3248             with invalid input</li>
3249           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3250             Java 8</li>
3251           <li>
3252             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3253             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3254             created
3255           </li>
3256
3257         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3258         <ul>
3259         </ul> <em>General</em>
3260         <ul>
3261         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3262         <ul>
3263           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3264             memory allocation</li>
3265           <li>launchApp service doesn't automatically open
3266             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3267           <li>
3268             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3269             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3270             1.7_055 is available
3271           </li>
3272         </ul> <em>Application Known issues</em>
3273         <ul>
3274           <li>
3275             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3276             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3277             alignment to right
3278           </li>
3279           <li>
3280             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3281             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3282             with large number of ID
3283           </li>
3284           <li>
3285             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3286             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3287             start/end
3288           </li>
3289           <li>
3290             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3291             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3292             structure tracks are rearranged
3293           </li>
3294           <li>
3295             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3296             invalid rna structure positional highlighting does not
3297             highlight position of invalid base pairs
3298           </li>
3299           <li>
3300             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3301             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3302             project from alignment window file menu
3303           </li>
3304           <li>
3305             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3306             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3307             structures
3308           </li>
3309           <li>
3310             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3311             colour by RNA Helices not enabled when user created
3312             annotation added to alignment
3313           </li>
3314           <li>
3315             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3316             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3317           </li>
3318         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3319         <ul>
3320           <li>
3321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3322             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3323           </li>
3324           <li>
3325             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3326             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3327           </li>
3328
3329           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3330             when selected</li>
3331         </ul>
3332       </td>
3333     </tr>
3334     <tr>
3335       <td><div align="center">
3336           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3337         </div></td>
3338       <td>
3339         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3340         <em>General</em>
3341         <ul>
3342           <li>Internationalisation of user interface (usually
3343             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3344           <li>Define/Undefine group on current selection with
3345             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3346           <li>Improved group creation/removal options in
3347             alignment/sequence Popup menu</li>
3348           <li>Sensible precision for symbol distribution
3349             percentages shown in logo tooltip.</li>
3350           <li>Annotation panel height set according to amount of
3351             annotation when alignment first opened</li>
3352         </ul> <em>Application</em>
3353         <ul>
3354           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3355             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3356           <li>Select columns containing particular features from
3357             Feature Settings dialog</li>
3358           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3359             sequences</li>
3360           <li>Update Jalview project format:
3361             <ul>
3362               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3363               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3364                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3365               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3366                 colouring</li>
3367             </ul>
3368           </li>
3369           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3370             (PAM250)</li>
3371           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3372             flanking regions for an alignment</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3377         <ul>
3378           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3379             running after job is cancelled</li>
3380           <li>cannot export features from alignments imported from
3381             Jalview/VAMSAS projects</li>
3382           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3383             float values</li>
3384           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3385             have 'display all symbols' flag set</li>
3386           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3387             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3388           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3389             Jalview</li>
3390           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3391             Lion/Webstart</li>
3392           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3393           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3394           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3395             alignment onto desktop</li>
3396           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3397             'extract scores' function</li>
3398           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3399             alignment window</li>
3400           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3401             performing IUPred disorder prediction</li>
3402           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3403             changing 'normalise logo' display setting</li>
3404           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3405             nothing matches query</li>
3406           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3407             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3408           </li>
3409           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3410             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3411           </li>
3412           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3413             Jalview's menu</li>
3414           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3415             'invalid literal/length code'</li>
3416           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3417             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3418           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3419             colourscheme</li>
3420
3421         </ul> <em>Applet</em>
3422         <ul>
3423           <li>Remove group option is shown even when selection is
3424             not a group</li>
3425           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3426             don't affect groups</li>
3427           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3428             colourscheme name</li>
3429           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3430             Annotation panel is not displayed</li>
3431           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3432             embedded windows</li>
3433         </ul> <em>Other</em>
3434         <ul>
3435           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3436             single sequence were not calculated</li>
3437           <li>annotation files that contain only groups imported as
3438             annotation and junk sequences</li>
3439           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3440             recognised as PFAM or BLC</li>
3441           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3442             doesn't affect background (2.8.0b1)
3443           <li></li>
3444           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3445           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3446             trailing gaps</li>
3447           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3448             registered correctly on import</li>
3449           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3450             certain alignments</li>
3451           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3452             existing annotation based 'use original colours'
3453             colourscheme loses original colours setting</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td><div align="center">
3459           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3460             <em>30/1/2014</em></strong>
3461         </div></td>
3462       <td>
3463         <ul>
3464           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3465             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3466             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3467             open source project).
3468           </li>
3469           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3470           <li>Output in Stockholm format</li>
3471           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3472           <li>Export/import group and sequence associated line
3473             graph thresholds</li>
3474           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3475             ambiguity codes</li>
3476           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3477             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3478             works</li>
3479           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3480         </ul> <em>Other improvements</em>
3481         <ul>
3482           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3483           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3484             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3485           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3486             files</li>
3487           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3488           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3489             link but no description</li>
3490           <li>Select primary source when selecting authority in
3491             database fetcher GUI</li>
3492           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3493             Jalview</li>
3494           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3495         </ul>
3496       </td>
3497       <td>
3498         <ul>
3499           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3500             displayed</li>
3501           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3502             secondary structure annotation line</li>
3503           <li>Sequence database accessions not imported when
3504             fetching alignments from Rfam</li>
3505           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3506             identical IDs</li>
3507           <li>View all structures does not always superpose
3508             structures</li>
3509           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3510             reflect user or preset settings</li>
3511           <li>Null pointer exceptions for some services without
3512             presets or adjustable parameters</li>
3513           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3514             discover PDB xRefs</li>
3515           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3516             features with DAS</li>
3517           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3518             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3519           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3520             residue follows a gap</li>
3521           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3522             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3523           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3524             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3525           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3526             annotation already exists on alignment</li>
3527           <li>oninit javascript function should be called after
3528             initialisation completes</li>
3529           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3530             alignment window display</li>
3531           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3532           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3533             to annotation file</li>
3534           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3535             groups created</li>
3536           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3537             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3538           <li>Pressing return several times causes Number Format
3539             exceptions in keyboard mode</li>
3540           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3541             correct partitions for input data</li>
3542           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3543           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3544           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3545           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3546             mode</li>
3547           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3548             changes one row&#39;s threshold</li>
3549           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3550             doesn&#39;t open</li>
3551           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3552             quality histograms</li>
3553         </ul>
3554       </td>
3555     </tr>
3556     <tr>
3557       <td><div align="center">
3558           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3559         </div></td>
3560       <td><em>Application</em>
3561         <ul>
3562           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3563             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3564           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3565             preferences</li>
3566           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3567             in Jalview alignment window</li>
3568           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3569             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3570           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3571             RNA and ambiguity codes</li>
3572
3573           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3574           <li>Support fetching and database reference look up
3575             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3576             refs')</li>
3577           <li>Jalview project improvements
3578             <ul>
3579               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3580                 flag for annotation</li>
3581               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3582                 alignment</li>
3583               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3584                 Jalview project</li>
3585
3586             </ul>
3587           </li>
3588           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3589           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3590             running</li>
3591           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3592           <li>visual indication that web service results are still
3593             being retrieved from server</li>
3594           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3595             starts up for first time</li>
3596           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3597             services</li>
3598           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3599             client library</li>
3600           <li>Examples directory and Groovy library included in
3601             InstallAnywhere distribution</li>
3602         </ul> <em>Applet</em>
3603         <ul>
3604           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3605             visualization applet example</li>
3606         </ul> <em>General</em>
3607         <ul>
3608           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3609           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3610             defaults</li>
3611           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3612             calculation</li>
3613           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3614             matrices
3615           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3616             in HTML</li>
3617           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3618             structure contacts</li>
3619           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3620           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3621           <li>Parse sequence associated secondary structure
3622             information in Stockholm files</li>
3623           <li>HTML Export database accessions and annotation
3624             information presented in tooltip for sequences</li>
3625           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3626             style RNA alignment files</li>
3627           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3628             alignment</li>
3629           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3630             shade each sequence according to its associated alignment
3631             annotation</li>
3632           <li>New Jalview Logo</li>
3633         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3634         <ul>
3635           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3636           <li>New Website!</li>
3637         </ul></td>
3638       <td><em>Application</em>
3639         <ul>
3640           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3641             wsdbfetch REST service</li>
3642           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3643           <li>Filetype associations not installed for webstart
3644             launch</li>
3645           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3646             job execution in full once it is complete</li>
3647           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3648             uploaded via ali_file parameter</li>
3649           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3650           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3651           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3652             submitted for prediction</li>
3653           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3654             desktop window</li>
3655           <li>Putting fractional value into integer text box in
3656             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3657           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3658             windows 7</li>
3659           <li>View all structures fails with exception shown in
3660             structure view</li>
3661           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3662             escaped in a platform independent way</li>
3663           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3664             using proxy</li>
3665           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3666             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3667           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3668             failure when java web start temporary file caching is
3669             disabled</li>
3670           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3671             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3672           <li>Errors during processing of command line arguments
3673             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3674           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3675             DAS sources in sequence fetcher</li>
3676           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3677             dialog is shown</li>
3678           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3679           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3680           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3681           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3682             on OSX Mountain Lion</li>
3683           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3684             sequences with alignment annotation are pasted into the
3685             alignment</li>
3686           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3687             when loaded from Jalview project</li>
3688           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3689           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3690             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3691           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3692             associated with all views</li>
3693           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3694             annotation rows to new window</li>
3695         </ul> <em>Applet</em>
3696         <ul>
3697           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3698             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3699           <li>loading features via javascript API automatically
3700             enables feature display</li>
3701           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3702             work</li>
3703         </ul> <em>General</em>
3704         <ul>
3705           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3706           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3707             and then deselected</li>
3708           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3709           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3710             coloured with clustalx</li>
3711           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3712             exceptions and redraw errors</li>
3713           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3714             reconfigured view</li>
3715           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3716             colour</li>
3717           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3718             for lots of labels</li>
3719         </ul>
3720     </tr>
3721     <tr>
3722       <td>
3723         <div align="center">
3724           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3725         </div>
3726       </td>
3727       <td><em>Application</em>
3728         <ul>
3729           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3730           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3731           <li>View/alignment association menu to enable user to
3732             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3733             its colours/correspondences from</li>
3734           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3735           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3736             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3737           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3738           <li>Annotation row column label formatting attributes
3739             stored in project file</li>
3740           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3741             rows preserved in Jalview project file</li>
3742           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3743             saved using Desktop window menu</li>
3744           <li>Visual indication that command line arguments are
3745             still being processed</li>
3746           <li>Groovy script execution from URL</li>
3747           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3748             preferences</li>
3749           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3750             alignment with sequences that have high similarity and
3751             matching IDs</li>
3752           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3753           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3754             structures in same window</li>
3755           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3756           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3757             analysis function in its own submenu</li>
3758         </ul> <em>Applet</em>
3759         <ul>
3760           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3761             groups</li>
3762           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3763           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3764           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3765           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3766           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3767             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3768           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3769           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3770             parameters are treated as such</li>
3771           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3772             <ul>
3773               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3774               <li>Javascript callbacks for
3775                 <ul>
3776                   <li>Applet initialisation</li>
3777                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3778                 </ul>
3779               </li>
3780               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3781                 functions</li>
3782               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3783               <li>javascript structure viewer harness to pass
3784                 messages between Jmol and Jalview when running as
3785                 distinct applets</li>
3786               <li>sortBy method</li>
3787               <li>Set of applet and application examples shipped
3788                 with documentation</li>
3789               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3790                 javascript message exchange</li>
3791             </ul>
3792         </ul> <em>General</em>
3793         <ul>
3794           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3795             multiple alignments</li>
3796           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3797           <li>User configurable link to enable redirects to a
3798             www.Jalview.org mirror</li>
3799           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3800           <li>Configurable newline string when writing alignment
3801             and other flat files</li>
3802           <li>Allow alignment annotation description lines to
3803             contain html tags</li>
3804         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3805         <ul>
3806           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3807             examples</li>
3808           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3809             using a web service before displaying the result in the
3810             Jalview desktop</li>
3811           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3812           <li>Ant target to publish example html files with applet
3813             archive</li>
3814           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3815           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3816         </ul></td>
3817       <td><em>Application</em>
3818         <ul>
3819           <li>User defined colourscheme throws exception when
3820             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3821           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3822             dialog for valid filename/format</li>
3823           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3824           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3825             P37173</li>
3826           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3827             which sequence is to be associated with the file</li>
3828           <li>Find All raises null pointer exception when query
3829             only matches sequence IDs</li>
3830           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3831           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3832             2.4 cannot be loaded</li>
3833           <li>Filetype associations not installed for webstart
3834             launch</li>
3835           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3836             with sequences in different alignments do not get coloured
3837             by their associated sequence</li>
3838           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3839             not preserved when project is loaded</li>
3840           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3841             stored in Jalview project</li>
3842           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3843             Jalview project</li>
3844           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3845           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3846             by conservation</li>
3847           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3848             created on new view</li>
3849           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3850             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3851           <li>Alignment quality not updated after alignment
3852             annotation row is hidden then shown</li>
3853           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3854             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3855           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3856             properly</li>
3857           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3858             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3859           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3860           <li>Structures imported from file and saved in project
3861             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3862           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3863             job execution in full once it is complete</li>
3864         </ul> <em>Applet</em>
3865         <ul>
3866           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3867             annotation rows are displayed</li>
3868           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3869             codebase</li>
3870           <li>View follows highlighting does not work for positions
3871             in sequences</li>
3872           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3873           <li>Export features raises exception when no features
3874             exist</li>
3875           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3876             for javascript api is modified when separator string
3877             provided as parameter</li>
3878           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3879             alignment with no existing selection</li>
3880           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3881             to applet&#39;s codebase</li>
3882           <li>Status bar not updated after finished searching and
3883             search wraps around to first result</li>
3884           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3885             several Jalview applets causes race conditions and memory
3886             leaks</li>
3887           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3888             not sent from Jmol in applet</li>
3889           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3890             applet API fatally hang browser</li>
3891         </ul> <em>General</em>
3892         <ul>
3893           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3894             position with wrapped view and hidden regions</li>
3895           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3896             with/without hidden columns</li>
3897           <li>Sequence length given in alignment properties window
3898             is off by 1</li>
3899           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3900             import PDB like structure files</li>
3901           <li>Positional search results are only highlighted
3902             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3903           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3904           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3905             given sequence position</li>
3906           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3907             output</li>
3908           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3909             from nucleotide chains correctly</li>
3910           <li>Structure colours not updated when tree partition
3911             changed in alignment</li>
3912           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3913             parsed in interleaved stockholm</li>
3914           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3915             state</li>
3916           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3917             properly</li>
3918           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3919             properly associated with their pdb files</li>
3920         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3921         <ul>
3922           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3923             ApplyCopyright tool</li>
3924         </ul></td>
3925     </tr>
3926     <tr>
3927       <td>
3928         <div align="center">
3929           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3930         </div>
3931       </td>
3932       <td><em>Application</em>
3933         <ul>
3934           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3935             contact web services</li>
3936           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3937             service job window</li>
3938           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3939         </ul></td>
3940       <td>
3941         <ul>
3942           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3943             pir file emitted by Jalview</li>
3944           <li>Existing feature settings transferred to new
3945             alignment view created from cut'n'paste</li>
3946           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3947             parsing PDB files</li>
3948           <li>Consensus and conservation annotation rows
3949             occasionally become blank for all new windows</li>
3950           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3951             in wrapped view mode</li>
3952         </ul> <em>Application</em>
3953         <ul>
3954           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3955             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3956           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3957             parameter names</li>
3958           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3959             is down</li>
3960         </ul>
3961       </td>
3962     </tr>
3963     <tr>
3964       <td>
3965         <div align="center">
3966           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3967         </div>
3968       </td>
3969       <td><em>Application</em>
3970         <ul>
3971           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3972             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3973             (JABAWS)
3974           </li>
3975           <li>Web Services preference tab</li>
3976           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3977             preferences</li>
3978           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3979           <li>Superpose structures using associated sequence
3980             alignment</li>
3981           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3982             viewer</li>
3983         </ul> <em>Applet</em>
3984         <ul>
3985           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3986             link out mechanism</li>
3987         </ul> <em>Other</em>
3988         <ul>
3989           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3990             series 12</li>
3991           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3992             require Java 1.5</li>
3993           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3994             sequence annotation files</li>
3995           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3996             type colour specification</li>
3997           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3998             script to check if it being run in an interactive session or
3999             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4000         </ul></td>
4001       <td>
4002         <ul>
4003           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4004             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4005         </ul> <em>Application</em>
4006         <ul>
4007           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4008             selected Regions menu item</li>
4009           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4010             part of a valid accession ID</li>
4011           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4012             runs out of memory</li>
4013           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4014             analysis results</li>
4015           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4016             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4017           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4018         </ul> <em>Applet</em>
4019         <ul>
4020           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4021             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4022             defined.</li>
4023         </ul>
4024       </td>
4025     </tr>
4026     <tr>
4027       <td>
4028         <div align="center">
4029           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4030         </div>
4031       </td>
4032       <td></td>
4033       <td>
4034         <ul>
4035           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4036             sequence IDs</li>
4037           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4038             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4039           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4040             import correctly</li>
4041           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4042             number of columns are hidden</li>
4043           <li>annotation label popup menu not providing correct
4044             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4045             present</li>
4046           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4047             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4048           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4049             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4050
4051         </ul> <em>Applet</em>
4052         <ul>
4053           <li>annotation panel disappears when annotation is
4054             hidden/removed</li>
4055         </ul> <em>Application</em>
4056         <ul>
4057           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4058             alignment opened where annotation panel is visible but no
4059             annotations are present on alignment</li>
4060           <li>pasted region containing hidden columns is
4061             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4062           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4063             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4064           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4065             selected Rregions menu item.</li>
4066           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4067             'Un' or 'Non'conserved</li>
4068           <li>Sequence feature settings are being shared by
4069             multiple distinct alignments</li>
4070           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4071             changed</li>
4072           <li>double click on group annotation to select sequences
4073             does not propagate to associated trees</li>
4074           <li>Mac OSX specific issues:
4075             <ul>
4076               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4077                 window background</li>
4078               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4079                 name set correctly</li>
4080               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4081                 save feature colourscheme button</li>
4082             </ul>
4083           </li>
4084         </ul>
4085       </td>
4086     </tr>
4087     <tr>
4088
4089       <td>
4090         <div align="center">
4091           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4092         </div>
4093       </td>
4094       <td><em>New Capabilities</em>
4095         <ul>
4096           <li>URL links generated from description line for
4097             regular-expression based URL links (applet and application)
4098
4099           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4100             menu</li>
4101           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4102             structures</li>
4103           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4104             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4105           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4106             average score or total feature count for each sequence.</li>
4107           <li>Shading features by score or associated description</li>
4108           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4109             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4110           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4111             hide everything but the currently selected region.</li>
4112           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4113         </ul> <em>Application</em>
4114         <ul>
4115           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4116             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4117           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4118             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4119           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4120             database references and protein_name is parsed as
4121             description line (BioSapiens terms).</li>
4122           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4123             references in sequence ID tooltip from View menu in
4124             application.</li>
4125           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4126       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4127           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4128             conservation plots</li>
4129           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4130             and visualized as sequence logos</li>
4131           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4132             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4133           </li>
4134           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4135             when a new tree is opened.</li>
4136           <li>Jalview Java Console</li>
4137           <li>Better placement of desktop window when moving
4138             between different screens.</li>
4139           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4140             consensus annotation</li>
4141           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4142             Workflows</li>
4143           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4144             <ul>
4145               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4146                 used to preserve views, structures, and tree display
4147                 settings)</li>
4148               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4149                 command line</li>
4150               <li>Sharing of selected regions between views and
4151                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4152               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4153             </ul></li>
4154         </ul> <em>Applet</em>
4155         <ul>
4156           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4157           <li>New Parameters
4158             <ul>
4159               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4160                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4161                 opened.</li>
4162               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4163                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4164               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4165                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4166               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4167                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4168                 view</li>
4169               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4170                 increase the height or width of a cell in the alignment
4171                 grid relative to the current font size.</li>
4172             </ul>
4173           </li>
4174           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4175             tooltip</li>
4176         </ul> <em>Other</em>
4177         <ul>
4178           <li>Features format: graduated colour definitions and
4179             specification of feature scores</li>
4180           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4181             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4182             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4183           <li>XML formats extended to support graduated feature
4184             colourschemes, group associated annotation, and profile
4185             visualization settings.</li></td>
4186       <td>
4187         <ul>
4188           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4189             rather than description</li>
4190           <li>Non-positional features are now included in sequence
4191             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4192             visibility in tooltip).</li>
4193           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4194           <li>Added URL embedding instructions to features file
4195             documentation.</li>
4196           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4197             'X' in peptide product</li>
4198           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4199             sequence ID and sequence string and query strings do not
4200             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4201           <li>AMSA files only contain first column of
4202             multi-character column annotation labels</li>
4203           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4204             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4205             exported and re-imported)</li>
4206           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4207             name</li>
4208           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4209             as subsequence matches, and correctly reports total number
4210             of both.</li>
4211           <li>Application:
4212             <ul>
4213               <li>Better handling of exceptions during sequence
4214                 retrieval</li>
4215               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4216                 link text excludes the start_end suffix</li>
4217               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4218                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4219               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4220               <li>Sequence description lines properly shared via
4221                 VAMSAS</li>
4222               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4223                 data sources</li>
4224               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4225                 completes before alignment figures are generated.</li>
4226               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4227                 first time.</li>
4228               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4229                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4230               <li>User defined group colours properly recovered
4231                 from Jalview projects.</li>
4232             </ul>
4233           </li>
4234         </ul>
4235       </td>
4236
4237     </tr>
4238     <tr>
4239       <td>
4240         <div align="center">
4241           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4242         </div>
4243       </td>
4244       <td>
4245         <ul>
4246           <li>Experimental support for google analytics usage
4247             tracking.</li>
4248           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4249         </ul>
4250       </td>
4251       <td>
4252         <ul>
4253           <li>Race condition in applet preventing startup in
4254             jre1.6.0u12+.</li>
4255           <li>Exception when feature created from selection beyond
4256             length of sequence.</li>
4257           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4258           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4259             all sequences with a given id</li>
4260           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4261             ID string searches</li>
4262           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4263             alignment to fail with exception</li>
4264         </ul> <em>Application Issues</em>
4265         <ul>
4266           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4267           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4268             data sources</li>
4269         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4270         <ul>
4271           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4272             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4273           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4274             version (java class versioning error fixed)</li>
4275         </ul>
4276       </td>
4277     </tr>
4278     <tr>
4279       <td>
4280
4281         <div align="center">
4282           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4283         </div>
4284       </td>
4285       <td><em>User Interface</em>
4286         <ul>
4287           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4288             translation and protein products</li>
4289           <li>Linked highlighting of structure associated with
4290             residue mapping to codon position</li>
4291           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4292             and 'clear' button</li>
4293           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4294             Tools menu</li>
4295           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4296             numeric data in description line</li>
4297           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4298           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4299             of sequence</li>
4300         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4301         <ul>
4302           <li>JPred3 web service</li>
4303           <li>Prototype sequence search client (no public services
4304             available yet)</li>
4305           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4306             PFAM</li>
4307           <li>URL Links created for matching database cross
4308             references as well as sequence ID</li>
4309           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4310         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4311         <ul>
4312           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4313             databases</li>
4314           <li>Generalised database reference retrieval and
4315             validation to all fetchable databases</li>
4316           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4317             sequence command</li>
4318         </ul> <em>Import and Export</em>
4319         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4320         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4321           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4322         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4323           File</li>
4324         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4325           triplet as name of colourscheme</li>
4326         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4327         <ul>
4328           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4329           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4330             alignments (experimental)</li>
4331           <li>Create new or select existing session to join</li>
4332           <li>load and save of vamsas documents</li>
4333         </ul> <em>Application command line</em>
4334         <ul>
4335           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4336             from applet)</li>
4337           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4338             of DAS servers to query for alignment features</li>
4339           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4340             that are also automatically queried for features</li>
4341           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4342             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4343         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4344         <ul>
4345           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4346             application (when using &quot;View in full
4347             application&quot;)</li>
4348         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4349         <ul>
4350           <li>feature group display control parameter</li>
4351           <li>debug parameter</li>
4352           <li>showbutton parameter</li>
4353         </ul> <em>Applet API methods</em>
4354         <ul>
4355           <li>newView public method</li>
4356           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4357           <li>Feature display control methods</li>
4358           <li>get list of currently selected sequences</li>
4359         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4360         <ul>
4361           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4362           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4363             Jalview release.</li>
4364           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4365             property controls execution of obfuscator</li>
4366           <li>Build target for generating source distribution</li>
4367           <li>Debug flag for javacc</li>
4368           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4369             jalview.bin.Cache</li>
4370           <li>Continuous Build Integration for stable and
4371             development version of Application, Applet and source
4372             distribution</li>
4373         </ul></td>
4374       <td>
4375         <ul>
4376           <li>selected region output includes visible annotations
4377             (for certain formats)</li>
4378           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4379             for editing</li>
4380           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4381           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4382           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4383           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4384             comments</li>
4385           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4386             filenames containing a ':'</li>
4387           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4388             global sequence features</li>
4389           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4390             references from alignment sequences goes to zero</li>
4391           <li>Close of tree branch colour box without colour
4392             selection causes cascading exceptions</li>
4393           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4394           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4395             file parsing fails.</li>
4396           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4397           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4398             not a valid output format</li>
4399           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4400             vamsas</li>
4401           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4402           <li>error messages passed up and output when data read
4403             fails</li>
4404           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4405             sequence is edited</li>
4406           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4407             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4408           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4409             filetype</li>
4410           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4411             import fixed for PFAM records</li>
4412           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4413             window list</li>
4414           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4415             can be read and written correctly to annotation file</li>
4416           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4417             correctly</li>
4418           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4419             non-italic font for representatives in Applet</li>
4420           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4421             Macs.</li>
4422           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4423             Applet)</li>
4424           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4425             due to null pointer exceptions</li>
4426           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4427             first column of alignment</li>
4428           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4429             July 2008</li>
4430           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4431             file is case-insensitive</li>
4432           <li>Sequence features read from Features file appended to
4433             all sequences with matching IDs</li>
4434           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4435             containing a sub-sequence</li>
4436           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4437           <li>feature and annotation file applet parameters
4438             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4439           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4440           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4441             splash-screen version check to complete</li>
4442           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4443             when passing them to the launchApp service</li>
4444           <li>display name and local features preserved in results
4445             retrieved from web service</li>
4446           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4447             sequence fetcher initialisation</li>
4448           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4449             dasobert DAS client</li>
4450           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4451             association</li>
4452           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4453             sequences
4454           </li>
4455         </ul>
4456       </td>
4457     </tr>
4458     <tr>
4459       <td>
4460         <div align="center">
4461           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4462         </div>
4463       </td>
4464       <td>
4465         <ul>
4466           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4467           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4468           <li>Slide sequences</li>
4469           <li>Edit sequence in place</li>
4470           <li>EMBL CDS features</li>
4471           <li>DAS Feature mapping</li>
4472           <li>Feature ordering</li>
4473           <li>Alignment Properties</li>
4474           <li>Annotation Scores</li>
4475           <li>Sort by scores</li>
4476           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479       <td>
4480         <ul>
4481           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4482           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4483           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4484           <li>Feature group display state in XML</li>
4485           <li>Feature ordering in XML</li>
4486           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4487           <li>Stockholm alignment properties</li>
4488           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4489           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4490           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4491           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4492         </ul>
4493       </td>
4494
4495     </tr>
4496     <tr>
4497       <td>
4498         <div align="center">
4499           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4500         </div>
4501       </td>
4502       <td>
4503         <ul>
4504           <li>Non standard characters can be read and displayed
4505           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4506             applet via textbox
4507           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4508             name &amp; description
4509           <li>Preference setting to display sequence name in
4510             italics
4511           <li>Annotation file format extended to allow
4512             Sequence_groups to be defined
4513           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4514             specified in preferences
4515           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4516             sequences
4517         </ul>
4518       </td>
4519       <td>
4520         <ul>
4521           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4522             installed
4523           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4524           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4525         </ul>
4526       </td>
4527     </tr>
4528     <tr>
4529       <td>
4530         <div align="center">
4531           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4532         </div>
4533       </td>
4534       <td>
4535         <ul>
4536           <li>Multiple views on alignment
4537           <li>Sequence feature editing
4538           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4539           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4540           <li>Background dependent text colour
4541           <li>Right align sequence ids
4542           <li>User-defined lower case residue colours
4543           <li>Format Menu
4544           <li>Select Menu
4545           <li>Menu item accelerator keys
4546           <li>Control-V pastes to current alignment
4547           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4548           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4549           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4550
4551           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4552         </ul>
4553       </td>
4554       <td>
4555         <ul>
4556           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4557           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4558             calculations
4559           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4560             edits
4561           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4562             of alignment)
4563           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4564
4565           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4566             display correctly
4567           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4568           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4569             analysis results
4570           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4571             &#8739;
4572           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4573           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4574           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4575
4576         </ul>
4577       </td>
4578     </tr>
4579     <tr>
4580       <td>
4581         <div align="center">
4582           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4583         </div>
4584       </td>
4585       <td>
4586         <ul>
4587           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4588         </ul>
4589       </td>
4590       <td>
4591         <ul>
4592           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4593             sequence id panel has been resized</li>
4594           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4595             rendered</li>
4596           <li>Annotation files with sequence references - all
4597             elements in file are relative to sequence position</li>
4598           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4599         </ul>
4600       </td>
4601     </tr>
4602     <tr>
4603       <td>
4604         <div align="center">
4605           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4606         </div>
4607       </td>
4608       <td>
4609         <ul>
4610           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4611           <li>DAS Feature fetching</li>
4612           <li>Hide sequences and columns</li>
4613           <li>Export Annotations and Features</li>
4614           <li>GFF file reading / writing</li>
4615           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4616             files</li>
4617           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4618           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4619           <li>Applet can launch the full application</li>
4620           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4621             required)</li>
4622           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4623           <li>Applet can load sequences from parameter
4624             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4625           </li>
4626         </ul>
4627       </td>
4628       <td>
4629         <ul>
4630           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4631           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4632           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4633         </ul>
4634       </td>
4635     </tr>
4636     <tr>
4637       <td>
4638         <div align="center">
4639           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4640         </div>
4641       </td>
4642       <td>
4643         <ul>
4644           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4645           <li>Choose to match case when searching</li>
4646           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4647             expand the visible width and height of the alignment</li>
4648         </ul>
4649       </td>
4650       <td>
4651         <ul>
4652           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655     </tr>
4656     <tr>
4657       <td>
4658         <div align="center">
4659           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4660         </div>
4661       </td>
4662       <td>&nbsp;</td>
4663       <td>
4664         <ul>
4665           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4666           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4667             value</li>
4668         </ul>
4669       </td>
4670     </tr>
4671     <tr>
4672       <td>
4673         <div align="center">
4674           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4675         </div>
4676       </td>
4677       <td>
4678         <ul>
4679           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4680           <li>Keyboard editing</li>
4681           <li>Create sequence features from searches</li>
4682           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4683             alignments</li>
4684           <li>Features file allows grouping of features</li>
4685           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4686           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4687           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4688         </ul>
4689       </td>
4690       <td>
4691         <ul>
4692           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4693           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4694             descriptions saved.</li>
4695         </ul>
4696       </td>
4697     </tr>
4698     <tr>
4699       <td>
4700         <div align="center">
4701           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4702         </div>
4703       </td>
4704       <td>
4705         <ul>
4706           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4707           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4708           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4709             name for file output</li>
4710           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4711           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4712             used for HTML form input</li>
4713         </ul>
4714       </td>
4715       <td>
4716         <ul>
4717           <li>HTML output writes groups and features</li>
4718           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4719           <li>File IO bugs</li>
4720         </ul>
4721       </td>
4722     </tr>
4723     <tr>
4724       <td>
4725         <div align="center">
4726           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4727         </div>
4728       </td>
4729       <td>
4730         <ul>
4731           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4732           <li>More options for PCA viewer</li>
4733         </ul>
4734       </td>
4735       <td>
4736         <ul>
4737           <li>GUI bugs resolved</li>
4738           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4739         </ul>
4740       </td>
4741     </tr>
4742     <tr>
4743       <td height="63">
4744         <div align="center">
4745           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4746         </div>
4747       </td>
4748       <td>
4749         <ul>
4750           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4751           <li>Jar files are executable</li>
4752           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4753         </ul>
4754       </td>
4755       <td>
4756         <ul>
4757           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4758           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4759           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4760         </ul>
4761       </td>
4762     </tr>
4763     <tr>
4764       <td>
4765         <div align="center">
4766           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4767         </div>
4768       </td>
4769       <td>
4770         <ul>
4771           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4777         </ul>
4778       </td>
4779     </tr>
4780     <tr>
4781       <td>
4782         <div align="center">
4783           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4784         </div>
4785       </td>
4786       <td>
4787         <ul>
4788           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4789             size</li>
4790         </ul>
4791       </td>
4792       <td>
4793         <ul>
4794           <li>Improved JPred client reliability</li>
4795           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4796         </ul>
4797       </td>
4798     </tr>
4799     <tr>
4800       <td>
4801         <div align="center">
4802           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4803         </div>
4804       </td>
4805       <td>
4806         <ul>
4807           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4808           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4809           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4810             to Colour Menu</li>
4811           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4812           <li>Unix users can set default web browser</li>
4813           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4814           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4815         </ul>
4816       </td>
4817       <td>
4818         <ul>
4819           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4820         </ul>
4821       </td>
4822     </tr>
4823     <tr>
4824       <td>
4825         <div align="center">
4826           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4827         </div>
4828       </td>
4829       <td>&nbsp;</td>
4830       <td>
4831         <ul>
4832           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4833             alignment order.</li>
4834         </ul>
4835       </td>
4836     </tr>
4837     <tr>
4838       <td>
4839         <div align="center">
4840           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4841         </div>
4842       </td>
4843       <td>
4844         <ul>
4845           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4846           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4847           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4848             annotations.</li>
4849           <li>Version and build date written to build properties
4850             file.</li>
4851           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4852             at launch of Jalview.</li>
4853         </ul>
4854       </td>
4855       <td>
4856         <ul>
4857           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4858           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4859           <li>Can remove groups one by one.</li>
4860           <li>Filechooser icons installed.</li>
4861           <li>Finder ignores return character when searching.
4862             Return key will initiate a search.<br>
4863           </li>
4864         </ul>
4865       </td>
4866     </tr>
4867     <tr>
4868       <td>
4869         <div align="center">
4870           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4871         </div>
4872       </td>
4873       <td>
4874         <ul>
4875           <li>New codebase</li>
4876         </ul>
4877       </td>
4878       <td>&nbsp;</td>
4879     </tr>
4880   </table>
4881   <p>&nbsp;</p>
4882 </body>
4883 </html>