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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  72             memory settings at launch
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  76             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  77             fetcher dialog.
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL- -->
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL- -->
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  87             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  88             Annotation' for a sequence
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  95             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 101             schema
 102           </li>
 103         </ul> <em>JalviewJS</em>
 104         <ul>
 105           <li>
 106             <!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 107             SIFTS
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL- -->
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL- -->
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL- -->
 117           </li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 120             reported once per key (avoids excessive log output in js
 121             console)
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 125             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 126           </li>
 127           <li></li>
 128         </ul> <em>Development</em>
 129         <ul>
 130           <li>First integrated JalviewJS and Jalview release</li>
 131           <li>Updated building instructions</li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build process
 134             for system package provided eclipse installs on linux
 135           </li>
 136           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 137           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 138             Sur and Monterey</li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 141             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 142             the DMG
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 146             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 147             Jalview Launcher
 148           </li>
 149
 150         </ul>
 151
 152       </td>
 153       <td>
 154         <ul>
 155                   <li>
 156             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 157             execution
 158           </li>
 159         <li>
 160             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 161             disappears when only one structure is shown (and many
 162             sequences:one chain mappings are present)
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 166             the first SEQUENCE_GROUP defined
 167
 168           </li>
 169
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 172             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 173             trees (known defect from 2.11.1.3)
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 177             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 178           </li>
 179                     <li>
 180             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown base
 181             in DNA sequences
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 185             Structure Preferences
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 195             modified graduated colour
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 199             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 200             clustal colouring is enabled
 201           </li>
 202           <li><!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels</li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 205             routing to stderr and appear as a raw template
 206           </li>
 207         </ul> <em>JalviewJS</em>
 208         <ul>
 209           <li>
 210             <!-- -->
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- -->
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- -->
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- -->
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- -->
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 226             via Info.args when there are arguments on the URL
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 233             JalviewJS
 234           </li>
 235         </ul> <em>Development</em>
 236         <ul>
 237           <li>Gradle
 238             <ul>
 239               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 240               <li>
 241                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 242                 Gradle v.6.6+
 243               </li>
 244             </ul>
 245           </li>
 246
 247         </ul>
 248       </td>
 249     </tr>
 250     <tr>
 251       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 252           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 253           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 254       <td></td>
 255       <td align="left" valign="top">
 256         <ul>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 259             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 260             Unix/BSD OSs)
 261           </li>
 262         </ul> <em>Security</em>
 263         <ul>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 266             certificates.
 267           </li>
 268         </ul>
 269     </tr>
 270     <tr>
 271       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 272           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 273           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 274
 275       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 276         <ul>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 279             </li>
 280         </ul></td>
 281       <td>
 282       </td>
 283     </tr>
 284     <tr>
 285       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 286           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 287           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 288
 289       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 290         <ul>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 293             (was log4j 1.2.x).
 294         </ul> <em>Development</em>
 295         <ul>
 296           <li>Updated building instructions</li>
 297         </ul></td>
 298       <td>
 299         <ul>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 302             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 303             and display)
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 307             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 308             only)
 309           </li>
 310         </ul> <em>Development</em>
 311         <ul>
 312           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 313         </ul>
 314       </td>
 315     </tr>
 316     <tr>
 317       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 318           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 319           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 320       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 321           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 322         <ul>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 325             launch of the news browser (like -nonews argument)
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 329             download of linkout URLs from
 330             www.jalview.org/services/identifiers
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 334             download of BIOJSHTML templates
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 338             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 339             disabled
 340           </li>
 341         </ul></td>
 342       <td align="left" valign="top">
 343         <ul>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 346             Jmol
 347           </li>
 348         </ul> <em>New Known defects</em>
 349         <ul>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 352             always restored from project (since 2.10.3)
 353           </li>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 356             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 357           </li>
 358         </ul>
 359       </td>
 360     </tr>
 361     <tr>
 362       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 363           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 364           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 365       <td align="left" valign="top">
 366         <ul>
 367
 368         </ul>
 369       </td>
 370       <td align="left" valign="top">
 371         <ul>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 374             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 378             sequences can be classed as nucleotide
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 382             sequences after alignment of protein products (known defect
 383             first reported for 2.11.1.0)
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 387             features outwith CDS shown overlaid on protein
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 391             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 392             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 396             CDS features
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 400             always select corresponding protein sequences
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 404             column selection doesn't always ignore hidden columns
 405           </li>
 406         </ul> <em>Installer</em>
 407         <ul>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 410             Windows prevents install4j launching getdown
 411           </li>
 412         </ul> <em>Development</em>
 413         <ul>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 416             version numbers in doc/building.md
 417           </li>
 418         </ul>
 419       </td>
 420     </tr>
 421     <tr>
 422       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 423           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 424           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 425       <td align="left" valign="top">
 426         <ul>
 427         </ul>
 428       </td>
 429       <td align="left" valign="top">
 430         <ul>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 433             "Encountered problems opening
 434             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 435           </li>
 436         </ul>
 437       </td>
 438     </tr>
 439     <tr>
 440       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 441           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 442           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 443       <td align="left" valign="top">
 444         <ul>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 447             residue in cursor mode
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 451             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 455             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 456             improved compatibility with JalviewJS
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 460             alignments from Pfam and Rfam
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 464             import (no longer based on .gz extension)
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 471             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 472             EMBL flat file
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 476             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 477             saving or making backup files.
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 481             <ul>
 482               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 483               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 484             </ul>
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 488             when running on Linux (Requires Java 11+)
 489           </li>
 490         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 491         <ul>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 494             through a system property
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 498             line help for configuring Jalview's memory
 499           </li>
 500         </ul>
 501       </td>
 502       <td align="left" valign="top">
 503         <ul>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 506             but not calculated and no protein or DNA score models are
 507             available for tree/PCA calculation when launched with
 508             Turkish language locale
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 512             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 516             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 520             sequence under the cursor
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 524             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 528             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 529             '%s'" on the console
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 533             when there are both local and complementary features mapped
 534             to the position under the cursor
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 538             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 542             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 546             internationalised text for some messages and log output
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 550             hidden gapped columns
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 554             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 558             specifying output format when exporting an alignment via the
 559             command line
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 563             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 564             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 565             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 566             file again, and if that fails, delete the original file and
 567             save in place.)
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 571             via command line
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 575             program and documentation
 576           </li>
 577         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 578         <ul>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 581             first time for a version that has different jars to the
 582             previous launched version.
 583           </li>
 584         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 585         <ul>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 588             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 589             OutOfMemory error.
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 593             monitor the release channel
 594           </li>
 595         </ul> <em>New Known defects</em>
 596         <ul>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 599             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 600             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 601             genome of RNA viruses)
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 605             are ordered differently when shown on alignment and in
 606             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 610             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 611             works for the top left quadrant of the alignment window
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 615             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 619             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 623             protein products for certain ENA records are repeatedly
 624             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 625           </li>
 626         </ul>
 627       </td>
 628     </tr>
 629     <tr>
 630       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 631           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 632           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 633       <td align="left" valign="top">
 634         <ul>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 637             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 638             for display in alignments, on structure views (including
 639             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 640             export.
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 644             exported and re-imported as GFF3 files
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 648             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 652             validation while parsing
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 656             position if reopened
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 660             of associated view
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 664             enabled by default
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 668             tooltips and menus
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 672             with no feature types visible
 673           </li>
 674           <li>
 675           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 676           </li>
 677         </ul><em>Jalview Installer</em>
 678             <ul>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 681             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 688           </li>
 689               <li>
 690                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 691               <li>
 692                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 693         </ul> <em>Release processes</em>
 694         <ul>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 700           </li>
 701         </ul> <em>Build System</em>
 702         <ul>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 708             report
 709           </li>
 710         </ul>
 711         <em>Groovy Scripts</em>
 712             <ul>
 713           <li>
 714             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 715             to stdout containing the consensus sequence for each
 716             alignment in a Jalview session
 717           </li>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 720             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 721             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 722           </li>
 723         </ul>
 724       </td>
 725       <td align="left" valign="top">
 726         <ul>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 729             'Show hidden markers' option is not ticked
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 733             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 734             jalview preferences or properties file
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 738             'Show Sequence Features' option is not ticked
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 742             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 743             features are visible
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 747             equal when split frame is first opened
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 751             correct after editing a sequence's start position
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 755             with annotation and exceptions thrown when only a few
 756             columns shown in wrapped mode
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 760             wrapped alignment figure with annotations
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 764             ID fails with ClassCastException
 765           </li>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 768             Project
 769           </li>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 772             feature settings dialog also selects columns
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 776             IllegalArgumentException in some circumstances
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 780             opened for a view
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 784             alignment window is closed
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 788             help documentation for 2.11.0 release
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 792             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 793             Uniprot Accession
 794           </li>
 795         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 796         <ul>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 799             PDB/Uniprot search panel
 800           </li>
 801         </ul> <em>Installer</em>
 802         <ul>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 805             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 806           </li>
 807         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 808         <ul>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 811             repository
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 815             memory
 816           </li>
 817         </ul> <em>New Known Issues</em>
 818         <ul>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 821             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 822             command line
 823           </li>
 824           <li>
 825             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 826             clipped in headless figure export when Right Align option
 827             enabled
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 831             'Source' in console output
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 835             bamboo server but run fine locally.
 836           </li>
 837         </ul>
 838       </td>
 839     </tr>
 840     <tr>
 841       <td width="60" align="center" nowrap>
 842           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 843             <em>04/07/2019</em></strong>
 844       </td>
 845       <td align="left" valign="top">
 846         <ul>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 849             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 850             source project) rather than InstallAnywhere
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 854             settings, receive over the air updates and launch specific
 855             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 856               Rings' GetDown</a>)
 857           </li>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 860             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 864             arguments and switch between different getdown channels
 865           </li>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 868             or alignment files
 869           </li>
 870
 871           <li>
 872             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 873             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 876             'Translate as cDNA'</li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 879           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 880             <ul>
 881                       <li>
 882             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 883             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 884           <li>
 885                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 886                 features can be filtered and shaded according to any
 887                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 888                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 889                 file)
 890               </li>
 891               <li>
 892                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 893                 stored and restored from Jalview Projects
 894               </li>
 895               <li>
 896                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 897                 recognise variant features
 898               </li>
 899               <li>
 900                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 901                 sequences (also coloured red by default)
 902               </li>
 903               <li>
 904                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 905                 details
 906               </li>
 907               <li>
 908                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 909                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 910               </li>
 911               <li>
 912                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 913                 dialog
 914               </li>
 915             </ul>
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 919             tree and PCA calculations
 920           </li>
 921           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 922             <ul>
 923               <li>
 924                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 925                 and Viewer state saved in Jalview Project
 926               </li>
 927               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 928                 drop-down menus</li>
 929               <li>
 930                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 931                 incrementally
 932               </li>
 933               <li>
 934                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 935               </li>
 936             </ul>
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 940           </li>
 941           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 942           <ul>
 943               <li>
 944                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 945                 multiple groups when working with large alignments
 946               </li>
 947               <li>
 948                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 949                 Stockholm files
 950               </li>
 951             </ul>
 952           <li><strong>User Interface</strong>
 953           <ul>
 954               <li>
 955                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 956                 view
 957               </li>
 958               <li>
 959                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 960                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 961                 default (can be changed in user preferences)
 962               </li>
 963               <li>
 964                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 965                 to the Overwrite Dialog
 966               </li>
 967               <li>
 968                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 969                 sequences are hidden
 970               </li>
 971               <li>
 972                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 973                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 974               </li>
 975               <li>
 976                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 977                 labels
 978               </li>
 979               <li>
 980                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 981                 when in wrapped mode
 982               </li>
 983               <li>
 984                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 985                 annotation
 986               </li>
 987               <li>
 988                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 989               </li>
 990               <li>
 991                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 992                 panel
 993               </li>
 994               <li>
 995                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 996                 popup menu
 997               </li>
 998               <li>
 999               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
1000               <li>
1001               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
1002
1003
1004             </ul></li>
1005             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
1006           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
1007             <ul>
1008               <li>
1009                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
1010                 trapping CMD-Q
1011               </li>
1012             </ul></li>
1013         </ul>
1014         <em>Deprecations</em>
1015         <ul>
1016           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1017             capabilities removed from the Jalview Desktop
1018           </li>
1019           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
1020             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
1021             and XML based data retrieval clients</li>
1022           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
1023           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
1024         </ul> <em>Documentation</em>
1025         <ul>
1026           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
1027             not supported in EPS figure export
1028           </li>
1029           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
1030         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1031         <ul>
1032           <li>
1033           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
1034           </li>
1035       <li>
1036       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
1037           <li>
1038           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1039             gradle-eclipse
1040           </li>
1041           <li>
1042           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
1043             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
1044             execution
1045           </li>
1046           <li>
1047           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1048             operations
1049           </li>
1050           <li>
1051           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1052             issues resolved
1053           </li>
1054           <li>
1055           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1056             markdown (with HTML rendering)
1057           </li>
1058           <li>
1059           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1060           </li>
1061           <li>
1062           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1063             versions of Jalview
1064           </li>
1065         </ul>
1066       </td>
1067       <td align="left" valign="top">
1068         <ul>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1074             superposition in Jmol fail on Windows
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
1078             structures for sequences with lots of PDB structures
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
1082             monospaced font
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
1086             project involving multiple views
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1090             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1091             Annotation dialog hides columns
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
1095             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
1096             one view, then making another selection in the other view
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1100             columns
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
1104             Settings and Jalview Preferences panels
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
1108             overview with large alignments
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1112             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
1113             mouse moved to the left of the first column
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
1117             hidden column marker via scale popup menu
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
1121             doesn't tell users the invalid URL
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1125             score from view
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
1129             show cross references or Fetch Database References are shown in
1130             red in original view
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
1134             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1138             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
1142             when columns are hidden
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1146             Columns by Annotation description
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
1150             out of Scale or Annotation Panel
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
1154             scale panel
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1158             alignment down
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1162             scale panel
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1166             Page Up in wrapped mode
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1170           </li>
1171           <li>
1172             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1176             on opening an alignment
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1180             Colour menu
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1184             different groups in the alignment are selected
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1188             correctly in menu
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1192             threshold limit
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1196             threshold gets 'unrounded'
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1200             colour
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1210             Tree font
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1214             project file
1215           </li>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1218             shown in complementary view
1219           </li>
1220           <li>
1221             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1222             without normalisation
1223           </li>
1224           <li>
1225             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1226             of report
1227           </li>
1228           <li>
1229             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1230           </li>
1231           <li>
1232           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1233           </li>
1234         </ul> <em>Editing</em>
1235         <ul>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1238             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1239             sequence
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1243             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1244             removed (Known defect since 2.10)
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1248             dialog corrupts dataset sequence
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1252             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1253           </li>
1254         </ul> <em>Datamodel</em>
1255         <ul>
1256           <li>
1257             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1258             sequence's End is greater than its length
1259           </li>
1260         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1261           general release)</em>
1262         <ul>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1265           </li>
1266         </ul> <em>New Known Defects</em>
1267         <ul>
1268         <li>
1269         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1270         </li>
1271         <li>
1272           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1273           regions of protein alignment.
1274         </li>
1275         <li>
1276           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1277           is restored from a Jalview 2.11 project
1278         </li>
1279         <li>
1280           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1281           'New View'
1282         </li>
1283         <li>
1284           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1285           columns within hidden columns
1286         </li>
1287         <li>
1288           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1289           window after dragging left to select columns to left of visible
1290           region
1291         </li>
1292         <li>
1293           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1294           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1295           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1296           create a Score filter instead.
1297         </li>
1298         <li>
1299         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1300         <li>
1301         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1302         </li>
1303         <li>
1304           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1305           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1306         </li>
1307         </ul>
1308         <em>Java 11 Specific defects</em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1312               alphabetically when saved
1313             </li>
1314         </ul>
1315       </td>
1316     </tr>
1317     <tr>
1318     <td width="60" nowrap>
1319       <div align="center">
1320         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1321       </div>
1322     </td>
1323     <td><div align="left">
1324         <em></em>
1325         <ul>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1328               InstallAnywhere increased to 1G.
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1332               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1333               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1334                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1335                 properties file.</em>
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1339               API and sequence data now imported as JSON.
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1343               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1344               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1345               property.
1346             </li>
1347           </ul>
1348           <em>Development</em>
1349           <ul>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1352               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1353                 Clover</a>
1354             </li>
1355           </ul>
1356         </div></td>
1357     <td><div align="left">
1358         <em></em>
1359         <ul>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1362               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1363               alignment.
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1367               annotation displayed.
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1371               for newly created group when 'Apply to all groups'
1372               selected
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1376               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1377               visible.
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1381               when sequences are selected in exported view.</em>
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1385               aren't rendered with correct colour.
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1389               types of knotted RNA secondary structure.
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1393               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1394               do not start at 1.
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1398               annotation when columns are inserted into an alignment,
1399               and when exporting as Stockholm flatfile.
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1403               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1404               treated as RNA secondary structure.
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1408               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1412               transfers focus to previous window on OSX
1413             </li>
1414           </ul>
1415           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1416           <ul>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1419               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1420               box.
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1424               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1425               'look and feel' which has improved compatibility with the
1426               latest version of OSX.
1427             </li>
1428           </ul>
1429         </div>
1430     </td>
1431     </tr>
1432     <tr>
1433       <td width="60" nowrap>
1434         <div align="center">
1435           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1436             <em>7/06/2018</em></strong>
1437         </div>
1438       </td>
1439       <td><div align="left">
1440           <em></em>
1441           <ul>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1444               annotation retrieved from Uniprot
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1448               onto the Jalview Desktop
1449             </li>
1450           </ul>
1451         </div></td>
1452       <td><div align="left">
1453           <em></em>
1454           <ul>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1457               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1461               right-hand column parsed correctly
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1465               not alignment area in exported graphic
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1469               window has input focus
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1473               annotation added to view (Windows)
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1477               network connectivity is poor
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1481               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1482                 the currently open URL and links from a page viewed in
1483                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1484                 you are using Edge, only links in the page can be
1485                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1486                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1487             </li>
1488           </ul>
1489           <em>New Known Defects</em>
1490           <ul>
1491             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1492           </ul>
1493         </div></td>
1494     </tr>
1495     <tr>
1496       <td width="60" nowrap>
1497         <div align="center">
1498           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1499         </div>
1500       </td>
1501       <td><div align="left">
1502           <em></em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1506               for disabling automatic superposition of multiple
1507               structures and open structures in existing views
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1511               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1512               adjust them.
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1516               Ensembl services
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1520               and lots of hidden columns
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1524               of features (particularly when transparency is disabled)
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1528               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1529               generally available
1530             </li>
1531           </ul>
1532           </div>
1533       </td>
1534       <td><div align="left">
1535           <ul>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1538               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1542               overlapping alignment panel
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1546               sequence as gaps
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1550               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1551               UTR
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1555               factor annotation not added to sequence when local PDB
1556               file associated with it by drag'n'drop or structure
1557               chooser
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1561               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1565               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1569               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1573               columns in annotation row
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1577               honored in batch mode
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1581               for structures added to existing Jmol view
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1585               entries after importing project with multiple views
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1589               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1590               with negative residue numbers or missing residues fails
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1594               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1595               as generated by CONSURF)
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1599               tooltip doesn't include a text description of mutation
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1603               structure and/or overview windows are also shown
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1607               very slow for alignments with large numbers of sequences
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1611               with 'StringIndexOutOfBounds'
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1615               platforms running Java 10
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1619               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1620             </li>
1621           </ul>
1622           <em>Applet</em>
1623           <ul>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1626               should copy the group consensus when popup is opened on it
1627             </li>
1628           </ul>
1629           <em>Batch Mode</em>
1630           <ul>
1631           <li>
1632             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1633           </li>
1634           </ul>
1635           <em>New Known Defects</em>
1636           <ul>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1639               editing a large alignment and overview is displayed
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1643               repeatedly after a series of edits even when the overview
1644               is no longer reflecting updates
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1648               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1649               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1650               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1654               option gives blank output
1655             </li>
1656           </ul>
1657         </div>
1658           </td>
1659     </tr>
1660     <tr>
1661       <td width="60" nowrap>
1662         <div align="center">
1663           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1664         </div>
1665       </td>
1666       <td><div align="left">
1667           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1668               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1669       <td><div align="left">
1670           <em>Desktop</em><ul>
1671           <ul>
1672             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1673             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1674             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1675             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1676             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1677             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1678             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1679           </ul>
1680           </div>
1681       </td>
1682     </tr>
1683     <tr>
1684       <td width="60" nowrap>
1685         <div align="center">
1686           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1687         </div>
1688       </td>
1689       <td><div align="left">
1690           <em></em>
1691           <ul>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1694               rendering of sequence features
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1698               429 rate limit request hander
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1702               their colours have changed
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1706               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1710               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1714               view from Ensembl locus cross-references
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1718               Alignment report
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1722               feature can be disabled
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1726               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1730               Uniprot
1731             </li>
1732           </ul>
1733           <em>Scripting</em>
1734           <ul>
1735             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1736             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1737               percent identity scores for current alignment.</li>
1738           </ul>
1739           <em>Testing and Deployment</em>
1740           <ul>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1743             </li>
1744           </ul>
1745         </div></td>
1746       <td><div align="left">
1747           <em>General</em>
1748           <ul>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1751               threshold text field doesn't trigger an update to the
1752               alignment view
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1756               strings in parallel
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1760               alignment window is closed
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1764               group visibility
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1768               takes a long time in Cursor mode
1769             </li>
1770           </ul>
1771           <em>Desktop</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1775               cannot be viewed in Chimera
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1779               CDS/Protein view
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1783               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1784               Search Dialogs
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1794               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1798               scrolling right in unwapped alignment view
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1802               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1803               database
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1807               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1811               features of same type and group to be selected for
1812               amending
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1816               alignments when hidden columns are present
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1820               displaying several structures
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1824               moving a window
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1828               within the Jalview desktop on OSX
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1832               when in wrapped alignment mode
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1836               hand end of alignment
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1840               each selected sequence do not have correct start/end
1841               positions
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1845               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1849               restoring project until a new view is created
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1853               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1854               configured (since 2.10.2b2)
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1858               position is adjusted
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1862               in a multi-chain structure when viewing alignment
1863               involving more than one chain (since 2.10)
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1867               if new selection moves alignment window
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1871               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1875               that produces correctly annotated transcripts and products
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1879               doesn't update associated structure view
1880             </li>
1881           </ul>
1882           <em>Applet</em><br />
1883           <ul>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1886               closing alignment panel
1887             </li>
1888           </ul>
1889           <em>BioJSON</em><br />
1890           <ul>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1893               non-positional features
1894             </li>
1895           </ul>
1896           <em>New Known Issues</em>
1897           <ul>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1900               sequence features correctly (for many previous versions of
1901               Jalview)
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1905               using cursor in wrapped panel other than top
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1909               graduated colour threshold
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1913               always preserve numbering and sequence features
1914             </li>
1915           </ul>
1916           <em>Known Java 9 Issues</em>
1917           <ul>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1920               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1921               9.01, OSX 10.10)
1922             </li>
1923           </ul>
1924         </div></td>
1925     </tr>
1926     <tr>
1927       <td width="60" nowrap>
1928         <div align="center">
1929           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1930             <em>2/10/2017</em></strong>
1931         </div>
1932       </td>
1933       <td><div align="left">
1934           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1935           <ul>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1938             </li>
1939             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1940             </li>
1941           </ul>
1942         </div></td>
1943       <td><div align="left">
1944         </div></td>
1945     </tr>
1946     <tr>
1947       <td width="60" nowrap>
1948         <div align="center">
1949           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1950             <em>7/9/2017</em></strong>
1951         </div>
1952       </td>
1953       <td><div align="left">
1954           <em></em>
1955           <ul>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1958               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1959               white)
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1963               Preferences
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1967               in size and progress bar shown as higher resolution
1968               overview is recalculated
1969             </li>
1970
1971           </ul>
1972         </div></td>
1973       <td><div align="left">
1974           <em></em>
1975           <ul>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1978               column region row by row
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1982               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1986               format setting is unticked
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1990               if group has show boxes format setting unticked
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1994               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1995               include sequences and columns not currently displayed
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1999               assemblies are imported via CIF file
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2003               displayed when threshold or conservation colouring is also
2004               enabled.
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2008               server version
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2012               dragging a selected region off the visible region of the
2013               alignment
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2017               colourscheme to all groups in a view
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2021               initially after font size change using the Font chooser or
2022               middle-mouse zoom
2023             </li>
2024           </ul>
2025         </div></td>
2026     </tr>
2027     <tr>
2028       <td width="60" nowrap>
2029         <div align="center">
2030           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2031         </div>
2032       </td>
2033       <td><div align="left">
2034           <em>Calculations</em>
2035           <ul>
2036
2037             <li>
2038               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2039               ungapped positions in each column of the alignment.
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2043               a calculation dialog box
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2047               and memory efficiency (~30x faster)
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2051               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2052               and other calculations
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2056               files within the Jalview codebase
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2060               Similarity may have different topology due to increased
2061               precision
2062             </li>
2063           </ul>
2064           <em>Rendering</em>
2065           <ul>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2068               model for alignments and groups
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2072               scripts
2073             </li>
2074           </ul>
2075           <em>Overview</em>
2076           <ul>
2077             <li>
2078               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2079               with alignment and overview windows
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2083               overview
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2087               omitted in Overview
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2091               adjustment of visible position
2092             </li>
2093           </ul>
2094
2095           <em>Data import/export</em>
2096           <ul>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2099               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2103               annotation input/output via stockholm flatfile
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2107               extension when importing structure files without embedded
2108               names or PDB accessions
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2112               format sequence substitution matrices
2113             </li>
2114           </ul>
2115           <em>User Interface</em>
2116           <ul>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2119               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2120               the application.
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2124               via Overview or sequence motif search operations
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2128               opened by double clicking gaps within sequence feature
2129               extent
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2133               aligned positions were available to create a 3D structure
2134               superposition.
2135             </li>
2136           </ul>
2137           <em>3D Structure</em>
2138           <ul>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2141               coloured in linked structure views
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2145               file-based command exchange
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2149               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2150               structures are already available for sequences
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2154               the Jalview project rather than downloaded again when the
2155               project is reopened.
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2159               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2160               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2161                 Feature</strong>)
2162             </li>
2163           </ul>
2164           <em>Web Services</em>
2165           <ul>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2171               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2172               Analysis services
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2176               cross-references provided by identifiers.org and the
2177               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2178             </li>
2179           </ul>
2180
2181           <em>Scripting</em>
2182           <ul>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2185               identifying file formats (instead of String constants)
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2189               efficiency when counting all displayed features (not
2190               backwards compatible with 2.10.1)
2191             </li>
2192           </ul>
2193           <em>Example files</em>
2194           <ul>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2197               included in the example feature file
2198             </li>
2199           </ul>
2200           <em>Documentation</em>
2201           <ul>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2204               with the built-in Java help viewer
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2208               sequence description' option
2209             </li>
2210           </ul>
2211           <em>Test Suite</em>
2212           <ul>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2215               Uniprot REST Free Text Search Client
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2222               during tests
2223             </li>
2224           </ul>
2225         </div></td>
2226       <td><div align="left">
2227           <em>Calculations</em>
2228           <ul>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2231               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2232               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2233             </li>
2234             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2235               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2236               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2237               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2238               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2239               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2240               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2241               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2242               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2243               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2244               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2245               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2246               // for 2.10.1 mode <br />
2247               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2248               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2249                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2250                 calculations (not recommended)</em></li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2253               scaling of branch lengths for trees computed using
2254               Sequence Feature Similarity.
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2258               generating output report when working with highly
2259               redundant alignments
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2263               right of selected region when gaps present on right-hand
2264               boundary
2265             </li>
2266           </ul>
2267           <em>User Interface</em>
2268           <ul>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2271               doesn't reselect a specific sequence's associated
2272               annotation after it was used for colouring a view
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2276               opened on a region of alignment without groups
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2280               of an alignment with overlapping groups
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2284               name and description match
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2288               hidden regions results in incorrect hidden regions
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2292               changing colour does not apply Conservation slider value
2293               to all groups
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2297               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2301               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2305               gaps before start of features
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2309               restored to UI when feature colour is edited
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2313               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2317               as graduate feature colour settings are modified via the
2318               dialog box
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2322               when a group defined on the alignment is resized
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2326               wrapped view result in positional status updates
2327             </li>
2328
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2331               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2335               alignment included gapped columns
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2339               widgets don't permanently disappear
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2343               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2344               T-Coffee column reliability scores)
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2348               sequence feature on gaps only
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2352               button from a Find inherit previously defined feature type
2353               rather than the Find query string
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2357               exporting tree calculated in Jalview
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2361               and then revealing them reorders sequences on the
2362               alignment
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2366               doesn't update to reflect available set of groups after
2367               interactively adding or modifying features
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2371               Linux
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2375               only excluded gaps in current sequence and ignored
2376               selection.
2377             </li>
2378           </ul>
2379           <em>Rendering</em>
2380           <ul>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2383               erratically when hidden rows or columns are present
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2387               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2388               sequence colouring
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2392               colour and group colour menu for protein alignments
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2396               reflect currently selected view or group's shading
2397               thresholds
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2401               when rendered on overview and structures when opacity at
2402               100%
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2406               overview when features overlaid on alignment
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2410               recovered correctly from Jalview project file
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2414               (automatically via preferences) are different to the main
2415               alignment panel
2416             </li>
2417           </ul>
2418           <em>Data import/export</em>
2419           <ul>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2422               load
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2426               added after a sequence was imported are not written to
2427               Stockholm File
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2431               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2435               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2439               with lightGray or darkGray via features file (but can
2440               specify lightgray)
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2444               when alignment view imported from project
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2448               structure and sequences extracted from structure files
2449               imported via URL and viewed in Jmol
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2453               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2454               the project is loaded and the structure viewed
2455             </li>
2456           </ul>
2457           <em>Web Services</em>
2458           <ul>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2461               release of Ensembl v.88
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2465               appear enabled in Preferences->Connections
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2469               removed from console output
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2473               Ensembl by Peptide ID
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2477               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2478               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2479               due to 'null' string rather than empty string used for
2480               residues with no corresponding PDB mapping).
2481             </li>
2482           </ul>
2483           <em>Application UI</em>
2484           <ul>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2487               menu
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2491               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2492               new documentation and tooltips added)
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2496               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2500               new features are added to alignment
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2504               changes to feature colours via the Amend features dialog
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2508               edit graduated feature colour via amend features dialog
2509               box
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2513               selection menu changes colours of alignment views
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2517               from alignment calculation workers after alignment has
2518               been closed
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2522               groups now 'Create Group'
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2526               Create/Undefine group doesn't always work
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2530               shown again after pressing 'Cancel'
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2534               adjusts start position in wrap mode
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2538               ambiguous amino acids
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2542               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2543               proteins
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2547               Defined' don't appear in Colours menu
2548             </li>
2549           </ul>
2550           <em>Applet</em>
2551           <ul>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2554               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2558               overview or linked structure view
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2562               work (since 2.8)
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2566               user-defined colourscheme doesn't restore original
2567               colourscheme
2568             </li>
2569           </ul>
2570           <em>Test Suite</em>
2571           <ul>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2574               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2578               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2579               problems with deep array comparison equality asserts in
2580               successive versions of TestNG
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2584               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2585             </li>
2586           </ul>
2587           <em>New Known Issues</em>
2588           <ul>
2589             <li>
2590               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2591               phase after a sequence motif find operation
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2595               containing just upper and lower case letters are
2596               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2600               reliably from eggnog Ortholog database
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2604               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2605               to mark columns containing highlighted regions.
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2609               doesn't always add secondary structure annotation.
2610             </li>
2611           </ul>
2612         </div>
2613     <tr>
2614       <td width="60" nowrap>
2615         <div align="center">
2616           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2617         </div>
2618       </td>
2619       <td><div align="left">
2620           <em>General</em>
2621           <ul>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2624               for all consensus calculations
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2628               3rd Oct 2016)
2629             </li>
2630             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2631               for 2016-2017</li>
2632           </ul>
2633           <em>Application</em>
2634           <ul>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2637               set of database cross-references, sorted alphabetically
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2641               from database cross references. Users with custom links
2642               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2643                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2647               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2648               Chimera session
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2652               the Chimera it is connected to is shut down
2653             </li>
2654             <li>
2655               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2656               columns menu item to mark columns containing highlighted
2657               regions (e.g. from structure selections or results of a
2658               Find operation)
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2662               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2663               MSAviewer
2664             </li>
2665           </ul>
2666         </div></td>
2667       <td>
2668         <div align="left">
2669           <em>General</em>
2670           <ul>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2673               are not coloured or thresholded according to percent
2674               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2678               hydrophobic
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2682               threshold, amino acid properties)
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2686               reported as mapped to residues in a structure file in the
2687               View Mapping report
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2691               could be added multiple times to a sequence
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2695               bond features shown as two highlighted residues rather
2696               than a range in linked structure views, and treated
2697               correctly when selecting and computing trees from features
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2701               cross-references are matched to database name regardless
2702               of case
2703             </li>
2704
2705           </ul>
2706           <em>Application</em>
2707           <ul>
2708             <li>
2709               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2710               names without regular expressions also offer links from
2711               Sequence ID
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2715               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2716               update Jalview configuration
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2720               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2724               files with similarly named sequences if dropped onto the
2725               alignment
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2729               entries where more chains exist in the PDB accession than
2730               are reported in the SIFTS file
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2734               the structure view when displayed with Chimera
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2738               panel's View->Show Chains submenu
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2742               work for wrapped alignment views
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2746               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2750               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2751               first annotation row
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2755               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2759               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2760             </li>
2761             <!-- JAL-2319 -->
2762             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2763             coordindate data
2764             </li>
2765           </ul>
2766           <!--           <em>New Known Issues</em>
2767           <ul>
2768             <li></li>
2769           </ul> -->
2770         </div>
2771       </td>
2772     </tr>
2773     <td width="60" nowrap>
2774       <div align="center">
2775         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2776           <em>25/10/2016</em></strong>
2777       </div>
2778     </td>
2779     <td><em>Application</em>
2780       <ul>
2781         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2782           view if structures already loaded</li>
2783         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2784           structure views</li>
2785       </ul></td>
2786     <td>
2787       <div align="left">
2788         <em>General</em>
2789         <ul>
2790           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2791             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2792           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2793             example sequences/projects/trees</li>
2794         </ul>
2795         <em>Application</em>
2796         <ul>
2797           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2798             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2799           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2800             without timeout for structures with multiple models or
2801             multiple sequences in alignment</li>
2802           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2803             PDB ID HEADER line</li>
2804           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2805             is performed</li>
2806           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2807             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2808           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2809           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2810             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2811             option</li>
2812           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2813             is created on the alignment</li>
2814           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2815             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2816             pop-up menu</li>
2817         </ul>
2818         <em>Build and deployment</em>
2819         <ul>
2820           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2821             tags</li>
2822         </ul>
2823         <em>New Known Issues</em>
2824         <ul>
2825           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2826             on Windows</li>
2827         </ul>
2828       </div>
2829     </td>
2830     </tr>
2831     <tr>
2832       <td width="60" nowrap>
2833         <div align="center">
2834           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2835         </div>
2836       </td>
2837       <td><em>General</em>
2838         <ul>
2839           <li>
2840             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2841           </li>
2842           <li>
2843             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2844             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2845             better PDB parsing.
2846           </li>
2847           <li>
2848             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2849             reference sequence
2850           </li>
2851           <li>
2852             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2853             mousing over sequence associated annotation
2854           </li>
2855           <li>
2856             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2857             for manual entry
2858           </li>
2859           <li>
2860             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2861             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2862             for each column
2863           </li>
2864           <li>
2865             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2866             showing or hiding columns containing a feature
2867           </li>
2868           <li>
2869             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2870             group and sequence associated annotation labels
2871           </li>
2872           <li>
2873             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2874             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2875             dialogs
2876           </li>
2877
2878         </ul> <em>Application</em>
2879         <ul>
2880           <li>
2881             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2882             gene/transcript view
2883           </li>
2884           <li>
2885             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2886             dialog
2887           </li>
2888           <li>
2889             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2890             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2891           </li>
2892           <li>
2893             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2894             Pfam sources to xfam.org
2895           </li>
2896           <li>
2897             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2898           </li>
2899           <li>
2900             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2901             over sequences in Jalview
2902           </li>
2903           <li>
2904             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2905             regions in ENA and EMBL
2906           </li>
2907           <li>
2908             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2909             for record retrieval via ENA rest API
2910           </li>
2911           <li>
2912             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2913             complement operator
2914           </li>
2915           <li>
2916             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2917             groovy script execution
2918           </li>
2919           <li>
2920             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2921             alignment window's Calculate menu
2922           </li>
2923           <li>
2924             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2925             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2926           </li>
2927           <li>
2928             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2929             calculation workers from groovy scripts
2930           </li>
2931           <li>
2932             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2933             Jalview projects
2934           </li>
2935           <li>
2936             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2937             associations are now saved/restored from project
2938           </li>
2939           <li>
2940             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2941             before sequence fetcher is opened
2942           </li>
2943           <li>
2944             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2945             database chooser opens a sequence fetcher
2946           </li>
2947           <li>
2948             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2949             the UniProt REST API
2950           </li>
2951           <li>
2952             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2953             the news reader opening
2954           </li>
2955           <li>
2956             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2957             querying stored in preferences
2958           </li>
2959           <li>
2960             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2961             search results
2962           </li>
2963           <li>
2964             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2965           </li>
2966           <li>
2967             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2968             menu for nucleotide sequences
2969           </li>
2970           <li>
2971             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2972             and feature counts preserves alignment ordering (and
2973             debugged for complex feature sets).
2974           </li>
2975           <li>
2976             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2977             viewing structures with Jalview 2.10
2978           </li>
2979           <li>
2980             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2981             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2982             Ensembl Genomes REST API
2983           </li>
2984           <li>
2985             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2986             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2987             (Ensembl)
2988           </li>
2989           <li>
2990             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2991             sequences
2992           </li>
2993           <li>
2994             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2995             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2996             data from external database records.
2997           </li>
2998           <li>
2999             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3000             efficient recovery of sequence coding and alignment
3001             annotation relationships.
3002           </li>
3003         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3004         <ul>
3005           <li>
3006             -- JAL---
3007           </li>
3008         </ul> --></td>
3009       <td>
3010         <div align="left">
3011           <em>General</em>
3012           <ul>
3013             <li>
3014               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3015               menu on OSX
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3019               includes graduated colourschemes
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3023               working with big alignments and lots of hidden columns
3024             </li>
3025             <li>
3026               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3027               at right of alignment window
3028             </li>
3029             <li>
3030               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3031               contents
3032             </li>
3033             <li>
3034               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3035               for DNA alignments
3036             </li>
3037             <li>
3038               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3039               based tree calculation
3040             </li>
3041             <li>
3042               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3043               unconserved enabled for group on alignment
3044             </li>
3045             <li>
3046               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3047               set as reference
3048             </li>
3049             <li>
3050               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3051               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3052               annotation
3053             </li>
3054             <li>
3055               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3056               hidden columns present
3057             </li>
3058             <li>
3059               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3060               user created annotation added to alignment
3061             </li>
3062             <li>
3063               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3064               '()' base pair annotation
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3068               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3069               Consensus
3070             </li>
3071             <li>
3072               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3073               feature not working
3074             </li>
3075             <li>
3076               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3077               beginning of sequence
3078             </li>
3079             <li>
3080               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3081               entry 3a6s
3082             </li>
3083             <li>
3084               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3085               from a tree when t-coffee scores are shown
3086             </li>
3087             <li>
3088               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3089               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3090             </li>
3091             <li>
3092               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3093               some structures
3094             </li>
3095             <li>
3096               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3097               to Clustal, PIR and PileUp output
3098             </li>
3099             <li>
3100               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3101               not visible causes alignment window to repaint
3102             </li>
3103             <li>
3104               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3105               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3106               scores associated with features and annotation rows
3107             </li>
3108             <li>
3109               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3110               calculation should be case independent
3111             </li>
3112             <li>
3113               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3114               columns
3115             </li>
3116             <li>
3117               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3118               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3119               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3120             </li>
3121             <li>
3122               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3123               problems when reference sequence defined and 'show
3124               non-conserved' enabled
3125             </li>
3126             <li>
3127               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3128               load even when Consensus calculation is disabled
3129             </li>
3130             <li>
3131               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3132               alignment does nothing
3133             </li>
3134           </ul>
3135           <em>Application</em>
3136           <ul>
3137             <li>
3138               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3139               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3140               yet fixed for El Capitan)
3141             </li>
3142             <li>
3143               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3144               output when running on non-gb/us i18n platforms
3145             </li>
3146             <li>
3147               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3148               hidden sequences as flat-file alignment
3149             </li>
3150             <li>
3151               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3152               launching Chimera
3153             </li>
3154             <li>
3155               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3156               (also hotfix for 2.9.0b2)
3157             </li>
3158             <li>
3159               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3160               reference sequence defined
3161             </li>
3162             <li>
3163               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3164               alignments and views when revealing hidden columns
3165             </li>
3166             <li>
3167               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3168               view in a cDNA/Protein splitframe
3169             </li>
3170             <li>
3171               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3172               sequence from project when only one sequence is
3173               represented
3174             </li>
3175             <li>
3176               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3177               in Structure Chooser
3178             </li>
3179             <li>
3180               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3181               structure consensus didn't refresh annotation panel
3182             </li>
3183             <li>
3184               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3185               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3189               dialogs format columns correctly, don't display array
3190               data, sort columns according to type
3191             </li>
3192             <li>
3193               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3194               file chooser is cancelled during an image export
3195             </li>
3196             <li>
3197               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3198               sequence name containing special characters
3199             </li>
3200             <li>
3201               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3202               case insensitive
3203             </li>
3204             <li>
3205               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3206               formatting don't wrap
3207             </li>
3208             <li>
3209               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3210               truncated so L looks like I in consensus annotation
3211             </li>
3212             <li>
3213               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3214               currently displayed features for the current selection or
3215               view
3216             </li>
3217             <li>
3218               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3219               after fetching cross-references, and restoring from
3220               project
3221             </li>
3222             <li>
3223               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3224               followed in the structure viewer
3225             </li>
3226             <li>
3227               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3228               splitframe not restored from project
3229             </li>
3230             <li>
3231               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3232               trailing end of protein alignment in transcript/product
3233               splitview when pad-gaps not enabled by default
3234             </li>
3235             <li>
3236               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3237               is case dependent
3238             </li>
3239             <li>
3240               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3241               article has been read (reopened issue due to
3242               internationalisation problems)
3243             </li>
3244             <li>
3245               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3246               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3247               cross-references
3248             </li>
3249
3250             <li>
3251               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3252               alignment as HTML
3253             </li>
3254             <li>
3255               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3256               multiple structures are shown for one or more sequences.
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3260               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3261               is enabled.
3262             </li>
3263             <li>
3264               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3265               specific PDB id for sequence
3266             </li>
3267             <li>
3268               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3269               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3270               columns' is disabled.
3271             </li>
3272             <li>
3273               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3274               selects lowest rather than highest resolution structures
3275               for each sequence
3276             </li>
3277             <li>
3278               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3279               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3280             </li>
3281             <li>
3282               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3283               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3284             </li>
3285             <li>
3286               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3287               after clicking on it to create new annotation for a
3288               column.
3289             </li>
3290             <li>
3291               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3292               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3293             </li>
3294             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3295             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3296           </ul>
3297           <em>Applet</em>
3298           <ul>
3299             <li>
3300               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3301               hidden columns present before start of sequence
3302             </li>
3303             <li>
3304               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3305               (JSON jars)
3306             </li>
3307             <li>
3308               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3309               sequences are hidden in applet
3310             </li>
3311             <li>
3312               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3313               deployment on examples pages.
3314             </li>
3315           </ul>
3316         </div>
3317       </td>
3318     </tr>
3319     <tr>
3320       <td width="60" nowrap>
3321         <div align="center">
3322           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3323             <em>16/10/2015</em></strong>
3324         </div>
3325       </td>
3326       <td><em>General</em>
3327         <ul>
3328           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3329             jars</li>
3330         </ul></td>
3331       <td>
3332         <div align="left">
3333           <em>Application</em>
3334           <ul>
3335             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3336               shown when tree is partitioned</li>
3337             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3338               multiple cDNA/Protein split views</li>
3339           </ul>
3340         </div>
3341       </td>
3342     </tr>
3343     <tr>
3344       <td width="60" nowrap>
3345         <div align="center">
3346           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3347             <em>8/10/2015</em></strong>
3348         </div>
3349       </td>
3350       <td><em>General</em>
3351         <ul>
3352           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3353             2.9</li>
3354         </ul> <em>Application</em>
3355         <ul>
3356           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3357           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3358           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3359         </ul> <em>Applet</em>
3360         <ul>
3361           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3362         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3363         <ul>
3364           <li>
3365             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3366             suite
3367           </li>
3368         </ul></td>
3369       <td>
3370         <div align="left">
3371           <em>General</em>
3372           <ul>
3373             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3374               incorrect when sequence start > 1</li>
3375             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3376               documentation</li>
3377             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3378             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3379               loading a features file containing HTML tags in feature
3380               description</li>
3381
3382           </ul>
3383           <em>Application</em>
3384           <ul>
3385             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3386               reimport</li>
3387             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3388               with 'trim retrieved sequences'</li>
3389             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3390               deleting selected columns</li>
3391             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3392               JNLP templates for webstart launch</li>
3393             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3394               unreleased structures for download or viewing</li>
3395             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3396               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3397             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3398               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3399             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3400               recovered from jalview project</li>
3401             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3402               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3403               alignment view</li>
3404             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3405               color schemes from BioJSON</li>
3406           </ul>
3407           <em>Applet</em>
3408           <ul>
3409             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3410               frame</li>
3411             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3412           </ul>
3413         </div>
3414       </td>
3415     </tr>
3416     <tr>
3417       <td><div align="center">
3418           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3419         </div></td>
3420       <td><em>General</em>
3421         <ul>
3422           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3423             alignments:
3424             <ul>
3425               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3426                 and DNA alignment views</li>
3427               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3428                 cDNA alignment views</li>
3429               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3430                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3431               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3432                 protein sequences</li>
3433             </ul>
3434           </li>
3435           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3436           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3437             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3438           <li>New alignment annotation file statements for
3439             reference sequences and marking hidden columns</li>
3440           <li>Reference sequence based alignment shading to
3441             highlight variation</li>
3442           <li>Select or hide columns according to alignment
3443             annotation</li>
3444           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3445           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3446             acid conservation row</li>
3447           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3448         </ul> <em>Application</em>
3449         <ul>
3450           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3451             <ul>
3452               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3453                 view with cDNA/Protein</li>
3454               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3455                 sequences are placed in the same alignment</li>
3456               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3457                 projects</li>
3458             </ul>
3459           </li>
3460
3461           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3462           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3463             Jalview windows</li>
3464
3465           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3466           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3467           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3468             be shown in VARNA</li>
3469
3470           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3471             as the active selected region</li>
3472
3473           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3474             similarity</li>
3475           <li>New Export options
3476             <ul>
3477               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3478                 region export in flat file generation</li>
3479
3480               <li>Export alignment views for display with the <a
3481                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3482
3483               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3484               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3485                 alignment figures to HTML</li>
3486           </li>
3487           <li>3D structure retrieval and display
3488             <ul>
3489               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3490                 Search API</li>
3491               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3492                 PDB structures for a sequence set</li>
3493             </ul>
3494           </li>
3495
3496           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3497             predictions</li>
3498           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3499             for one or a group of sequences</li>
3500           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3501             from the JPred4 web server</li>
3502           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3503             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3504             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3505           </li>
3506           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3507             VARNA 2D Structure'</li>
3508           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3509             Structure ..."</li>
3510
3511         </ul> <em>Applet</em>
3512         <ul>
3513           <li>New layout for applet example pages</li>
3514           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3515             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3516           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3517             Protein alignments</li>
3518         </ul> <em>Development and deployment</em>
3519         <ul>
3520           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3521           <li>Include installation type and git revision in build
3522             properties and console log output</li>
3523           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3524             storing BioJsMSA Templates</li>
3525           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3526         </ul></td>
3527       <td>
3528         <!-- <em>General</em>
3529         <ul>
3530         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3531         <ul>
3532           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3533           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3534           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3535             predictions are not highlighted in amber</li>
3536           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3537             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3538           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3539             associated structure views</li>
3540           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3541             width checkbox not enabled</li>
3542           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3543             creating user defined colours</li>
3544           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3545             mappings for just that viewer's sequences</li>
3546           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3547             multiple models in Chimera</li>
3548           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3549             over Jmol structure</li>
3550           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3551             output to text box</li>
3552           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3553             have incorrect sequence start/end</li>
3554           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3555             Jalview fails</li>
3556           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3557             work for nucleotide</li>
3558           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3559             to a grey/invisible alignment window</li>
3560           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3561             imports to different position</li>
3562           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3563             on some platforms</li>
3564           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3565             populated</li>
3566           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3567             console if Chimera has been opened</li>
3568           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3569           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3570             retrieved</li>
3571           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3572           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3573             either sequence shows on first structure</li>
3574           <li>'Show annotations' options should not make
3575             non-positional annotations visible</li>
3576           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3577             in right place after 'view flanking regions'</li>
3578           <li>File Save As type unset when current file format is
3579             unknown</li>
3580           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3581             projects</li>
3582           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3583             responsive</li>
3584           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3585             several views on same alignment</li>
3586           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3587           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3588             spaces</li>
3589         </ul> <em>Applet</em>
3590         <ul>
3591           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3592           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3593             descriptions containing angle brackets</li>
3594         </ul> <em>General</em>
3595         <ul>
3596           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3597             via jalview annotation file</li>
3598           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3599             with RNA secondary structure</li>
3600           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3601             translation doesn't work.</li>
3602           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3603           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3604             positions</li>
3605           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3606             choosing 1pt font</li>
3607           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3608             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3609             'h'</li>
3610           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3611             new feature</li>
3612           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3613             order dependent</li>
3614           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3615             sequences</li>
3616           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3617         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3618         <ul>
3619           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3620             www.jalview.org</li>
3621         </ul> <em>Application Known issues</em>
3622         <ul>
3623           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3624           <li>Misleading message appears after trying to delete
3625             solid column.</li>
3626           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3627             version launches</li>
3628           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3629             fails with a sequence mismatch</li>
3630           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3631             scrolling alignment to right</li>
3632           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3633             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3634           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3635             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3636           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3637             ultra-high resolution</li>
3638           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3639             quality and conservation</li>
3640           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3641             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3642         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3643         <ul>
3644           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3645           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3646             window is being resized</li>
3647
3648         </ul>
3649       </td>
3650     </tr>
3651     <tr>
3652       <td><div align="center">
3653           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3654         </div></td>
3655       <td><em>General</em>
3656         <ul>
3657           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3658             Certum.PL.</li>
3659           <li>Features and annotation preserved when performing
3660             pairwise alignment</li>
3661           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3662             imported/exported/displayed</li>
3663           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3664             protein secondary structure</li>
3665           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3666               post-hoc with 2.9 release</em>)
3667           </li>
3668
3669         </ul> <em>Application</em>
3670         <ul>
3671           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3672             with 3D structures</li>
3673           <li>Support for parsing RNAML</li>
3674           <li>Annotations menu for layout
3675             <ul>
3676               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3677               <li>place sequence annotation above/below alignment
3678                 annotation</li>
3679             </ul>
3680           <li>Output in Stockholm format</li>
3681           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3682             translation</li>
3683           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3684           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3685             shared between alignments</li>
3686           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3687             Jalview</li>
3688           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3689             all or current selection</li>
3690           <li>disorder and secondary structure predictions
3691             available as dataset annotation</li>
3692           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3693
3694
3695           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3696             alignments from Rfam</li>
3697           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3698
3699           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3700             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3701           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3702           <li>include installation type in build properties and
3703             console log output</li>
3704           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3705             annotation</li>
3706         </ul></td>
3707       <td>
3708         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3709         <ul>
3710           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3711             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3712           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3713             alignment</li>
3714           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3715           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3716           <li>Double click on sequence associated annotation
3717             selects only first column</li>
3718           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3719             leaves shown in tree</li>
3720           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3721             properly</li>
3722           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3723           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3724             screen and buttons not visible</li>
3725           <li>author list isn't updated if already written to
3726             Jalview properties</li>
3727           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3728             from database</li>
3729           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3730           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3731             browser search window</li>
3732           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3733             in feature settings dialog</li>
3734           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3735             desktop</li>
3736           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3737             pass validation</li>
3738           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3739             fit on screen</li>
3740           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3741             tooltip</li>
3742           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3743             defined user preset</li>
3744           <li>MSA web services warns user if they were launched
3745             with invalid input</li>
3746           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3747             Java 8</li>
3748           <li>
3749             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3750             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3751             created
3752           </li>
3753
3754         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3755         <ul>
3756         </ul> <em>General</em>
3757         <ul>
3758         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3759         <ul>
3760           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3761             memory allocation</li>
3762           <li>launchApp service doesn't automatically open
3763             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3764           <li>
3765             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3766             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3767             1.7_055 is available
3768           </li>
3769         </ul> <em>Application Known issues</em>
3770         <ul>
3771           <li>
3772             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3773             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3774             alignment to right
3775           </li>
3776           <li>
3777             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3778             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3779             with large number of ID
3780           </li>
3781           <li>
3782             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3783             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3784             start/end
3785           </li>
3786           <li>
3787             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3788             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3789             structure tracks are rearranged
3790           </li>
3791           <li>
3792             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3793             invalid rna structure positional highlighting does not
3794             highlight position of invalid base pairs
3795           </li>
3796           <li>
3797             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3798             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3799             project from alignment window file menu
3800           </li>
3801           <li>
3802             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3803             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3804             structures
3805           </li>
3806           <li>
3807             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3808             colour by RNA Helices not enabled when user created
3809             annotation added to alignment
3810           </li>
3811           <li>
3812             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3813             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3814           </li>
3815         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3816         <ul>
3817           <li>
3818             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3819             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3820           </li>
3821           <li>
3822             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3823             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3824           </li>
3825
3826           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3827             when selected</li>
3828         </ul>
3829       </td>
3830     </tr>
3831     <tr>
3832       <td><div align="center">
3833           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3834         </div></td>
3835       <td>
3836         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3837         <em>General</em>
3838         <ul>
3839           <li>Internationalisation of user interface (usually
3840             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3841           <li>Define/Undefine group on current selection with
3842             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3843           <li>Improved group creation/removal options in
3844             alignment/sequence Popup menu</li>
3845           <li>Sensible precision for symbol distribution
3846             percentages shown in logo tooltip.</li>
3847           <li>Annotation panel height set according to amount of
3848             annotation when alignment first opened</li>
3849         </ul> <em>Application</em>
3850         <ul>
3851           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3852             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3853           <li>Select columns containing particular features from
3854             Feature Settings dialog</li>
3855           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3856             sequences</li>
3857           <li>Update Jalview project format:
3858             <ul>
3859               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3860               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3861                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3862               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3863                 colouring</li>
3864             </ul>
3865           </li>
3866           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3867             (PAM250)</li>
3868           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3869             flanking regions for an alignment</li>
3870         </ul>
3871       </td>
3872       <td>
3873         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3874         <ul>
3875           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3876             running after job is cancelled</li>
3877           <li>cannot export features from alignments imported from
3878             Jalview/VAMSAS projects</li>
3879           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3880             float values</li>
3881           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3882             have 'display all symbols' flag set</li>
3883           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3884             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3885           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3886             Jalview</li>
3887           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3888             Lion/Webstart</li>
3889           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3890           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3891           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3892             alignment onto desktop</li>
3893           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3894             'extract scores' function</li>
3895           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3896             alignment window</li>
3897           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3898             performing IUPred disorder prediction</li>
3899           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3900             changing 'normalise logo' display setting</li>
3901           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3902             nothing matches query</li>
3903           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3904             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3905           </li>
3906           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3907             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3908           </li>
3909           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3910             Jalview's menu</li>
3911           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3912             'invalid literal/length code'</li>
3913           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3914             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3915           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3916             colourscheme</li>
3917
3918         </ul> <em>Applet</em>
3919         <ul>
3920           <li>Remove group option is shown even when selection is
3921             not a group</li>
3922           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3923             don't affect groups</li>
3924           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3925             colourscheme name</li>
3926           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3927             Annotation panel is not displayed</li>
3928           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3929             embedded windows</li>
3930         </ul> <em>Other</em>
3931         <ul>
3932           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3933             single sequence were not calculated</li>
3934           <li>annotation files that contain only groups imported as
3935             annotation and junk sequences</li>
3936           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3937             recognised as PFAM or BLC</li>
3938           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3939             doesn't affect background (2.8.0b1)
3940           <li></li>
3941           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3942           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3943             trailing gaps</li>
3944           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3945             registered correctly on import</li>
3946           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3947             certain alignments</li>
3948           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3949             existing annotation based 'use original colours'
3950             colourscheme loses original colours setting</li>
3951         </ul>
3952       </td>
3953     </tr>
3954     <tr>
3955       <td><div align="center">
3956           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3957             <em>30/1/2014</em></strong>
3958         </div></td>
3959       <td>
3960         <ul>
3961           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3962             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3963             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3964             open source project).
3965           </li>
3966           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3967           <li>Output in Stockholm format</li>
3968           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3969           <li>Export/import group and sequence associated line
3970             graph thresholds</li>
3971           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3972             ambiguity codes</li>
3973           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3974             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3975             works</li>
3976           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3977         </ul> <em>Other improvements</em>
3978         <ul>
3979           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3980           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3981             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3982           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3983             files</li>
3984           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3985           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3986             link but no description</li>
3987           <li>Select primary source when selecting authority in
3988             database fetcher GUI</li>
3989           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3990             Jalview</li>
3991           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3992         </ul>
3993       </td>
3994       <td>
3995         <ul>
3996           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3997             displayed</li>
3998           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3999             secondary structure annotation line</li>
4000           <li>Sequence database accessions not imported when
4001             fetching alignments from Rfam</li>
4002           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4003             identical IDs</li>
4004           <li>View all structures does not always superpose
4005             structures</li>
4006           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4007             reflect user or preset settings</li>
4008           <li>Null pointer exceptions for some services without
4009             presets or adjustable parameters</li>
4010           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4011             discover PDB xRefs</li>
4012           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4013             features with DAS</li>
4014           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4015             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4016           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4017             residue follows a gap</li>
4018           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4019             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4020           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4021             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4022           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4023             annotation already exists on alignment</li>
4024           <li>oninit javascript function should be called after
4025             initialisation completes</li>
4026           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4027             alignment window display</li>
4028           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4029           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4030             to annotation file</li>
4031           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4032             groups created</li>
4033           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4034             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4035           <li>Pressing return several times causes Number Format
4036             exceptions in keyboard mode</li>
4037           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4038             correct partitions for input data</li>
4039           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4040           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4041           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4042           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4043             mode</li>
4044           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4045             changes one row&#39;s threshold</li>
4046           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4047             doesn&#39;t open</li>
4048           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4049             quality histograms</li>
4050         </ul>
4051       </td>
4052     </tr>
4053     <tr>
4054       <td><div align="center">
4055           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4056         </div></td>
4057       <td><em>Application</em>
4058         <ul>
4059           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4060             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4061           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4062             preferences</li>
4063           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4064             in Jalview alignment window</li>
4065           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4066             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4067           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4068             RNA and ambiguity codes</li>
4069
4070           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4071           <li>Support fetching and database reference look up
4072             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4073             refs')</li>
4074           <li>Jalview project improvements
4075             <ul>
4076               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4077                 flag for annotation</li>
4078               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4079                 alignment</li>
4080               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4081                 Jalview project</li>
4082
4083             </ul>
4084           </li>
4085           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4086           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4087             running</li>
4088           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4089           <li>visual indication that web service results are still
4090             being retrieved from server</li>
4091           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4092             starts up for first time</li>
4093           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4094             services</li>
4095           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4096             client library</li>
4097           <li>Examples directory and Groovy library included in
4098             InstallAnywhere distribution</li>
4099         </ul> <em>Applet</em>
4100         <ul>
4101           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4102             visualization applet example</li>
4103         </ul> <em>General</em>
4104         <ul>
4105           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4106           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4107             defaults</li>
4108           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4109             calculation</li>
4110           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4111             matrices
4112           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4113             in HTML</li>
4114           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4115             structure contacts</li>
4116           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4117           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4118           <li>Parse sequence associated secondary structure
4119             information in Stockholm files</li>
4120           <li>HTML Export database accessions and annotation
4121             information presented in tooltip for sequences</li>
4122           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4123             style RNA alignment files</li>
4124           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4125             alignment</li>
4126           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4127             shade each sequence according to its associated alignment
4128             annotation</li>
4129           <li>New Jalview Logo</li>
4130         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4131         <ul>
4132           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4133           <li>New Website!</li>
4134         </ul></td>
4135       <td><em>Application</em>
4136         <ul>
4137           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4138             wsdbfetch REST service</li>
4139           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4140           <li>Filetype associations not installed for webstart
4141             launch</li>
4142           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4143             job execution in full once it is complete</li>
4144           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4145             uploaded via ali_file parameter</li>
4146           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4147           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4148           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4149             submitted for prediction</li>
4150           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4151             desktop window</li>
4152           <li>Putting fractional value into integer text box in
4153             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4154           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4155             windows 7</li>
4156           <li>View all structures fails with exception shown in
4157             structure view</li>
4158           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4159             escaped in a platform independent way</li>
4160           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4161             using proxy</li>
4162           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4163             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4164           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4165             failure when java web start temporary file caching is
4166             disabled</li>
4167           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4168             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4169           <li>Errors during processing of command line arguments
4170             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4171           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4172             DAS sources in sequence fetcher</li>
4173           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4174             dialog is shown</li>
4175           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4176           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4177           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4178           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4179             on OSX Mountain Lion</li>
4180           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4181             sequences with alignment annotation are pasted into the
4182             alignment</li>
4183           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4184             when loaded from Jalview project</li>
4185           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4186           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4187             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4188           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4189             associated with all views</li>
4190           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4191             annotation rows to new window</li>
4192         </ul> <em>Applet</em>
4193         <ul>
4194           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4195             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4196           <li>loading features via javascript API automatically
4197             enables feature display</li>
4198           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4199             work</li>
4200         </ul> <em>General</em>
4201         <ul>
4202           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4203           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4204             and then deselected</li>
4205           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4206           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4207             coloured with clustalx</li>
4208           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4209             exceptions and redraw errors</li>
4210           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4211             reconfigured view</li>
4212           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4213             colour</li>
4214           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4215             for lots of labels</li>
4216         </ul>
4217     </tr>
4218     <tr>
4219       <td>
4220         <div align="center">
4221           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4222         </div>
4223       </td>
4224       <td><em>Application</em>
4225         <ul>
4226           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4227           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4228           <li>View/alignment association menu to enable user to
4229             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4230             its colours/correspondences from</li>
4231           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4232           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4233             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4234           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4235           <li>Annotation row column label formatting attributes
4236             stored in project file</li>
4237           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4238             rows preserved in Jalview project file</li>
4239           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4240             saved using Desktop window menu</li>
4241           <li>Visual indication that command line arguments are
4242             still being processed</li>
4243           <li>Groovy script execution from URL</li>
4244           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4245             preferences</li>
4246           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4247             alignment with sequences that have high similarity and
4248             matching IDs</li>
4249           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4250           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4251             structures in same window</li>
4252           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4253           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4254             analysis function in its own submenu</li>
4255         </ul> <em>Applet</em>
4256         <ul>
4257           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4258             groups</li>
4259           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4260           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4261           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4262           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4263           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4264             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4265           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4266           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4267             parameters are treated as such</li>
4268           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4269             <ul>
4270               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4271               <li>Javascript callbacks for
4272                 <ul>
4273                   <li>Applet initialisation</li>
4274                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4275                 </ul>
4276               </li>
4277               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4278                 functions</li>
4279               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4280               <li>javascript structure viewer harness to pass
4281                 messages between Jmol and Jalview when running as
4282                 distinct applets</li>
4283               <li>sortBy method</li>
4284               <li>Set of applet and application examples shipped
4285                 with documentation</li>
4286               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4287                 javascript message exchange</li>
4288             </ul>
4289         </ul> <em>General</em>
4290         <ul>
4291           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4292             multiple alignments</li>
4293           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4294           <li>User configurable link to enable redirects to a
4295             www.Jalview.org mirror</li>
4296           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4297           <li>Configurable newline string when writing alignment
4298             and other flat files</li>
4299           <li>Allow alignment annotation description lines to
4300             contain html tags</li>
4301         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4302         <ul>
4303           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4304             examples</li>
4305           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4306             using a web service before displaying the result in the
4307             Jalview desktop</li>
4308           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4309           <li>Ant target to publish example html files with applet
4310             archive</li>
4311           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4312           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4313         </ul></td>
4314       <td><em>Application</em>
4315         <ul>
4316           <li>User defined colourscheme throws exception when
4317             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4318           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4319             dialog for valid filename/format</li>
4320           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4321           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4322             P37173</li>
4323           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4324             which sequence is to be associated with the file</li>
4325           <li>Find All raises null pointer exception when query
4326             only matches sequence IDs</li>
4327           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4328           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4329             2.4 cannot be loaded</li>
4330           <li>Filetype associations not installed for webstart
4331             launch</li>
4332           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4333             with sequences in different alignments do not get coloured
4334             by their associated sequence</li>
4335           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4336             not preserved when project is loaded</li>
4337           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4338             stored in Jalview project</li>
4339           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4340             Jalview project</li>
4341           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4342           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4343             by conservation</li>
4344           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4345             created on new view</li>
4346           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4347             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4348           <li>Alignment quality not updated after alignment
4349             annotation row is hidden then shown</li>
4350           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4351             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4352           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4353             properly</li>
4354           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4355             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4356           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4357           <li>Structures imported from file and saved in project
4358             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4359           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4360             job execution in full once it is complete</li>
4361         </ul> <em>Applet</em>
4362         <ul>
4363           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4364             annotation rows are displayed</li>
4365           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4366             codebase</li>
4367           <li>View follows highlighting does not work for positions
4368             in sequences</li>
4369           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4370           <li>Export features raises exception when no features
4371             exist</li>
4372           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4373             for javascript api is modified when separator string
4374             provided as parameter</li>
4375           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4376             alignment with no existing selection</li>
4377           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4378             to applet&#39;s codebase</li>
4379           <li>Status bar not updated after finished searching and
4380             search wraps around to first result</li>
4381           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4382             several Jalview applets causes race conditions and memory
4383             leaks</li>
4384           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4385             not sent from Jmol in applet</li>
4386           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4387             applet API fatally hang browser</li>
4388         </ul> <em>General</em>
4389         <ul>
4390           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4391             position with wrapped view and hidden regions</li>
4392           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4393             with/without hidden columns</li>
4394           <li>Sequence length given in alignment properties window
4395             is off by 1</li>
4396           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4397             import PDB like structure files</li>
4398           <li>Positional search results are only highlighted
4399             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4400           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4401           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4402             given sequence position</li>
4403           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4404             output</li>
4405           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4406             from nucleotide chains correctly</li>
4407           <li>Structure colours not updated when tree partition
4408             changed in alignment</li>
4409           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4410             parsed in interleaved stockholm</li>
4411           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4412             state</li>
4413           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4414             properly</li>
4415           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4416             properly associated with their pdb files</li>
4417         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4418         <ul>
4419           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4420             ApplyCopyright tool</li>
4421         </ul></td>
4422     </tr>
4423     <tr>
4424       <td>
4425         <div align="center">
4426           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4427         </div>
4428       </td>
4429       <td><em>Application</em>
4430         <ul>
4431           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4432             contact web services</li>
4433           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4434             service job window</li>
4435           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4436         </ul></td>
4437       <td>
4438         <ul>
4439           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4440             pir file emitted by Jalview</li>
4441           <li>Existing feature settings transferred to new
4442             alignment view created from cut'n'paste</li>
4443           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4444             parsing PDB files</li>
4445           <li>Consensus and conservation annotation rows
4446             occasionally become blank for all new windows</li>
4447           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4448             in wrapped view mode</li>
4449         </ul> <em>Application</em>
4450         <ul>
4451           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4452             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4453           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4454             parameter names</li>
4455           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4456             is down</li>
4457         </ul>
4458       </td>
4459     </tr>
4460     <tr>
4461       <td>
4462         <div align="center">
4463           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4464         </div>
4465       </td>
4466       <td><em>Application</em>
4467         <ul>
4468           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4469             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4470             (JABAWS)
4471           </li>
4472           <li>Web Services preference tab</li>
4473           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4474             preferences</li>
4475           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4476           <li>Superpose structures using associated sequence
4477             alignment</li>
4478           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4479             viewer</li>
4480         </ul> <em>Applet</em>
4481         <ul>
4482           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4483             link out mechanism</li>
4484         </ul> <em>Other</em>
4485         <ul>
4486           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4487             series 12</li>
4488           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4489             require Java 1.5</li>
4490           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4491             sequence annotation files</li>
4492           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4493             type colour specification</li>
4494           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4495             script to check if it being run in an interactive session or
4496             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4497         </ul></td>
4498       <td>
4499         <ul>
4500           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4501             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4502         </ul> <em>Application</em>
4503         <ul>
4504           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4505             selected Regions menu item</li>
4506           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4507             part of a valid accession ID</li>
4508           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4509             runs out of memory</li>
4510           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4511             analysis results</li>
4512           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4513             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4514           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4515         </ul> <em>Applet</em>
4516         <ul>
4517           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4518             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4519             defined.</li>
4520         </ul>
4521       </td>
4522     </tr>
4523     <tr>
4524       <td>
4525         <div align="center">
4526           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4527         </div>
4528       </td>
4529       <td></td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4533             sequence IDs</li>
4534           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4535             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4536           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4537             import correctly</li>
4538           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4539             number of columns are hidden</li>
4540           <li>annotation label popup menu not providing correct
4541             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4542             present</li>
4543           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4544             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4545           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4546             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4547
4548         </ul> <em>Applet</em>
4549         <ul>
4550           <li>annotation panel disappears when annotation is
4551             hidden/removed</li>
4552         </ul> <em>Application</em>
4553         <ul>
4554           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4555             alignment opened where annotation panel is visible but no
4556             annotations are present on alignment</li>
4557           <li>pasted region containing hidden columns is
4558             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4559           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4560             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4561           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4562             selected Rregions menu item.</li>
4563           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4564             'Un' or 'Non'conserved</li>
4565           <li>Sequence feature settings are being shared by
4566             multiple distinct alignments</li>
4567           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4568             changed</li>
4569           <li>double click on group annotation to select sequences
4570             does not propagate to associated trees</li>
4571           <li>Mac OSX specific issues:
4572             <ul>
4573               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4574                 window background</li>
4575               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4576                 name set correctly</li>
4577               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4578                 save feature colourscheme button</li>
4579             </ul>
4580           </li>
4581         </ul>
4582       </td>
4583     </tr>
4584     <tr>
4585
4586       <td>
4587         <div align="center">
4588           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4589         </div>
4590       </td>
4591       <td><em>New Capabilities</em>
4592         <ul>
4593           <li>URL links generated from description line for
4594             regular-expression based URL links (applet and application)
4595
4596           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4597             menu</li>
4598           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4599             structures</li>
4600           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4601             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4602           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4603             average score or total feature count for each sequence.</li>
4604           <li>Shading features by score or associated description</li>
4605           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4606             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4607           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4608             hide everything but the currently selected region.</li>
4609           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4610         </ul> <em>Application</em>
4611         <ul>
4612           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4613             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4614           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4615             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4616           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4617             database references and protein_name is parsed as
4618             description line (BioSapiens terms).</li>
4619           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4620             references in sequence ID tooltip from View menu in
4621             application.</li>
4622           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4623       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4624           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4625             conservation plots</li>
4626           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4627             and visualized as sequence logos</li>
4628           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4629             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4630           </li>
4631           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4632             when a new tree is opened.</li>
4633           <li>Jalview Java Console</li>
4634           <li>Better placement of desktop window when moving
4635             between different screens.</li>
4636           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4637             consensus annotation</li>
4638           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4639             Workflows</li>
4640           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4641             <ul>
4642               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4643                 used to preserve views, structures, and tree display
4644                 settings)</li>
4645               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4646                 command line</li>
4647               <li>Sharing of selected regions between views and
4648                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4649               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4650             </ul></li>
4651         </ul> <em>Applet</em>
4652         <ul>
4653           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4654           <li>New Parameters
4655             <ul>
4656               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4657                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4658                 opened.</li>
4659               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4660                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4661               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4662                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4663               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4664                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4665                 view</li>
4666               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4667                 increase the height or width of a cell in the alignment
4668                 grid relative to the current font size.</li>
4669             </ul>
4670           </li>
4671           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4672             tooltip</li>
4673         </ul> <em>Other</em>
4674         <ul>
4675           <li>Features format: graduated colour definitions and
4676             specification of feature scores</li>
4677           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4678             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4679             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4680           <li>XML formats extended to support graduated feature
4681             colourschemes, group associated annotation, and profile
4682             visualization settings.</li></td>
4683       <td>
4684         <ul>
4685           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4686             rather than description</li>
4687           <li>Non-positional features are now included in sequence
4688             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4689             visibility in tooltip).</li>
4690           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4691           <li>Added URL embedding instructions to features file
4692             documentation.</li>
4693           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4694             'X' in peptide product</li>
4695           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4696             sequence ID and sequence string and query strings do not
4697             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4698           <li>AMSA files only contain first column of
4699             multi-character column annotation labels</li>
4700           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4701             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4702             exported and re-imported)</li>
4703           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4704             name</li>
4705           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4706             as subsequence matches, and correctly reports total number
4707             of both.</li>
4708           <li>Application:
4709             <ul>
4710               <li>Better handling of exceptions during sequence
4711                 retrieval</li>
4712               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4713                 link text excludes the start_end suffix</li>
4714               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4715                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4716               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4717               <li>Sequence description lines properly shared via
4718                 VAMSAS</li>
4719               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4720                 data sources</li>
4721               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4722                 completes before alignment figures are generated.</li>
4723               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4724                 first time.</li>
4725               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4726                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4727               <li>User defined group colours properly recovered
4728                 from Jalview projects.</li>
4729             </ul>
4730           </li>
4731         </ul>
4732       </td>
4733
4734     </tr>
4735     <tr>
4736       <td>
4737         <div align="center">
4738           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4739         </div>
4740       </td>
4741       <td>
4742         <ul>
4743           <li>Experimental support for google analytics usage
4744             tracking.</li>
4745           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4746         </ul>
4747       </td>
4748       <td>
4749         <ul>
4750           <li>Race condition in applet preventing startup in
4751             jre1.6.0u12+.</li>
4752           <li>Exception when feature created from selection beyond
4753             length of sequence.</li>
4754           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4755           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4756             all sequences with a given id</li>
4757           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4758             ID string searches</li>
4759           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4760             alignment to fail with exception</li>
4761         </ul> <em>Application Issues</em>
4762         <ul>
4763           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4764           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4765             data sources</li>
4766         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4767         <ul>
4768           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4769             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4770           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4771             version (java class versioning error fixed)</li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774     </tr>
4775     <tr>
4776       <td>
4777
4778         <div align="center">
4779           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4780         </div>
4781       </td>
4782       <td><em>User Interface</em>
4783         <ul>
4784           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4785             translation and protein products</li>
4786           <li>Linked highlighting of structure associated with
4787             residue mapping to codon position</li>
4788           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4789             and 'clear' button</li>
4790           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4791             Tools menu</li>
4792           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4793             numeric data in description line</li>
4794           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4795           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4796             of sequence</li>
4797         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4798         <ul>
4799           <li>JPred3 web service</li>
4800           <li>Prototype sequence search client (no public services
4801             available yet)</li>
4802           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4803             PFAM</li>
4804           <li>URL Links created for matching database cross
4805             references as well as sequence ID</li>
4806           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4807         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4808         <ul>
4809           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4810             databases</li>
4811           <li>Generalised database reference retrieval and
4812             validation to all fetchable databases</li>
4813           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4814             sequence command</li>
4815         </ul> <em>Import and Export</em>
4816         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4817         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4818           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4819         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4820           File</li>
4821         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4822           triplet as name of colourscheme</li>
4823         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4824         <ul>
4825           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4826           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4827             alignments (experimental)</li>
4828           <li>Create new or select existing session to join</li>
4829           <li>load and save of vamsas documents</li>
4830         </ul> <em>Application command line</em>
4831         <ul>
4832           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4833             from applet)</li>
4834           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4835             of DAS servers to query for alignment features</li>
4836           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4837             that are also automatically queried for features</li>
4838           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4839             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4840         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4841         <ul>
4842           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4843             application (when using &quot;View in full
4844             application&quot;)</li>
4845         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4846         <ul>
4847           <li>feature group display control parameter</li>
4848           <li>debug parameter</li>
4849           <li>showbutton parameter</li>
4850         </ul> <em>Applet API methods</em>
4851         <ul>
4852           <li>newView public method</li>
4853           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4854           <li>Feature display control methods</li>
4855           <li>get list of currently selected sequences</li>
4856         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4857         <ul>
4858           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4859           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4860             Jalview release.</li>
4861           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4862             property controls execution of obfuscator</li>
4863           <li>Build target for generating source distribution</li>
4864           <li>Debug flag for javacc</li>
4865           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4866             jalview.bin.Cache</li>
4867           <li>Continuous Build Integration for stable and
4868             development version of Application, Applet and source
4869             distribution</li>
4870         </ul></td>
4871       <td>
4872         <ul>
4873           <li>selected region output includes visible annotations
4874             (for certain formats)</li>
4875           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4876             for editing</li>
4877           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4878           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4879           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4880           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4881             comments</li>
4882           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4883             filenames containing a ':'</li>
4884           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4885             global sequence features</li>
4886           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4887             references from alignment sequences goes to zero</li>
4888           <li>Close of tree branch colour box without colour
4889             selection causes cascading exceptions</li>
4890           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4891           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4892             file parsing fails.</li>
4893           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4894           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4895             not a valid output format</li>
4896           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4897             vamsas</li>
4898           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4899           <li>error messages passed up and output when data read
4900             fails</li>
4901           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4902             sequence is edited</li>
4903           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4904             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4905           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4906             filetype</li>
4907           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4908             import fixed for PFAM records</li>
4909           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4910             window list</li>
4911           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4912             can be read and written correctly to annotation file</li>
4913           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4914             correctly</li>
4915           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4916             non-italic font for representatives in Applet</li>
4917           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4918             Macs.</li>
4919           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4920             Applet)</li>
4921           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4922             due to null pointer exceptions</li>
4923           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4924             first column of alignment</li>
4925           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4926             July 2008</li>
4927           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4928             file is case-insensitive</li>
4929           <li>Sequence features read from Features file appended to
4930             all sequences with matching IDs</li>
4931           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4932             containing a sub-sequence</li>
4933           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4934           <li>feature and annotation file applet parameters
4935             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4936           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4937           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4938             splash-screen version check to complete</li>
4939           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4940             when passing them to the launchApp service</li>
4941           <li>display name and local features preserved in results
4942             retrieved from web service</li>
4943           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4944             sequence fetcher initialisation</li>
4945           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4946             dasobert DAS client</li>
4947           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4948             association</li>
4949           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4950             sequences
4951           </li>
4952         </ul>
4953       </td>
4954     </tr>
4955     <tr>
4956       <td>
4957         <div align="center">
4958           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4959         </div>
4960       </td>
4961       <td>
4962         <ul>
4963           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4964           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4965           <li>Slide sequences</li>
4966           <li>Edit sequence in place</li>
4967           <li>EMBL CDS features</li>
4968           <li>DAS Feature mapping</li>
4969           <li>Feature ordering</li>
4970           <li>Alignment Properties</li>
4971           <li>Annotation Scores</li>
4972           <li>Sort by scores</li>
4973           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4974         </ul>
4975       </td>
4976       <td>
4977         <ul>
4978           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4979           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4980           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4981           <li>Feature group display state in XML</li>
4982           <li>Feature ordering in XML</li>
4983           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4984           <li>Stockholm alignment properties</li>
4985           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4986           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4987           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4988           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4989         </ul>
4990       </td>
4991
4992     </tr>
4993     <tr>
4994       <td>
4995         <div align="center">
4996           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4997         </div>
4998       </td>
4999       <td>
5000         <ul>
5001           <li>Non standard characters can be read and displayed
5002           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5003             applet via textbox
5004           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5005             name &amp; description
5006           <li>Preference setting to display sequence name in
5007             italics
5008           <li>Annotation file format extended to allow
5009             Sequence_groups to be defined
5010           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5011             specified in preferences
5012           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5013             sequences
5014         </ul>
5015       </td>
5016       <td>
5017         <ul>
5018           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5019             installed
5020           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5021           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5022         </ul>
5023       </td>
5024     </tr>
5025     <tr>
5026       <td>
5027         <div align="center">
5028           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5029         </div>
5030       </td>
5031       <td>
5032         <ul>
5033           <li>Multiple views on alignment
5034           <li>Sequence feature editing
5035           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5036           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5037           <li>Background dependent text colour
5038           <li>Right align sequence ids
5039           <li>User-defined lower case residue colours
5040           <li>Format Menu
5041           <li>Select Menu
5042           <li>Menu item accelerator keys
5043           <li>Control-V pastes to current alignment
5044           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5045           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5046           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5047
5048           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5049         </ul>
5050       </td>
5051       <td>
5052         <ul>
5053           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5054           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5055             calculations
5056           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5057             edits
5058           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5059             of alignment)
5060           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5061
5062           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5063             display correctly
5064           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5065           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5066             analysis results
5067           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5068             &#8739;
5069           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5070           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5071           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5072
5073         </ul>
5074       </td>
5075     </tr>
5076     <tr>
5077       <td>
5078         <div align="center">
5079           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5080         </div>
5081       </td>
5082       <td>
5083         <ul>
5084           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5085         </ul>
5086       </td>
5087       <td>
5088         <ul>
5089           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5090             sequence id panel has been resized</li>
5091           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5092             rendered</li>
5093           <li>Annotation files with sequence references - all
5094             elements in file are relative to sequence position</li>
5095           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5096         </ul>
5097       </td>
5098     </tr>
5099     <tr>
5100       <td>
5101         <div align="center">
5102           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5103         </div>
5104       </td>
5105       <td>
5106         <ul>
5107           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5108           <li>DAS Feature fetching</li>
5109           <li>Hide sequences and columns</li>
5110           <li>Export Annotations and Features</li>
5111           <li>GFF file reading / writing</li>
5112           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5113             files</li>
5114           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5115           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5116           <li>Applet can launch the full application</li>
5117           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5118             required)</li>
5119           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5120           <li>Applet can load sequences from parameter
5121             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5122           </li>
5123         </ul>
5124       </td>
5125       <td>
5126         <ul>
5127           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5128           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5129           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5130         </ul>
5131       </td>
5132     </tr>
5133     <tr>
5134       <td>
5135         <div align="center">
5136           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5137         </div>
5138       </td>
5139       <td>
5140         <ul>
5141           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5142           <li>Choose to match case when searching</li>
5143           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5144             expand the visible width and height of the alignment</li>
5145         </ul>
5146       </td>
5147       <td>
5148         <ul>
5149           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5150         </ul>
5151       </td>
5152     </tr>
5153     <tr>
5154       <td>
5155         <div align="center">
5156           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5157         </div>
5158       </td>
5159       <td>&nbsp;</td>
5160       <td>
5161         <ul>
5162           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5163           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5164             value</li>
5165         </ul>
5166       </td>
5167     </tr>
5168     <tr>
5169       <td>
5170         <div align="center">
5171           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5172         </div>
5173       </td>
5174       <td>
5175         <ul>
5176           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5177           <li>Keyboard editing</li>
5178           <li>Create sequence features from searches</li>
5179           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5180             alignments</li>
5181           <li>Features file allows grouping of features</li>
5182           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5183           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5184           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5185         </ul>
5186       </td>
5187       <td>
5188         <ul>
5189           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5190           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5191             descriptions saved.</li>
5192         </ul>
5193       </td>
5194     </tr>
5195     <tr>
5196       <td>
5197         <div align="center">
5198           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5199         </div>
5200       </td>
5201       <td>
5202         <ul>
5203           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5204           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5205           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5206             name for file output</li>
5207           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5208           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5209             used for HTML form input</li>
5210         </ul>
5211       </td>
5212       <td>
5213         <ul>
5214           <li>HTML output writes groups and features</li>
5215           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5216           <li>File IO bugs</li>
5217         </ul>
5218       </td>
5219     </tr>
5220     <tr>
5221       <td>
5222         <div align="center">
5223           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5224         </div>
5225       </td>
5226       <td>
5227         <ul>
5228           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5229           <li>More options for PCA viewer</li>
5230         </ul>
5231       </td>
5232       <td>
5233         <ul>
5234           <li>GUI bugs resolved</li>
5235           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5236         </ul>
5237       </td>
5238     </tr>
5239     <tr>
5240       <td height="63">
5241         <div align="center">
5242           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5243         </div>
5244       </td>
5245       <td>
5246         <ul>
5247           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5248           <li>Jar files are executable</li>
5249           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5250         </ul>
5251       </td>
5252       <td>
5253         <ul>
5254           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5255           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5256           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5257         </ul>
5258       </td>
5259     </tr>
5260     <tr>
5261       <td>
5262         <div align="center">
5263           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5264         </div>
5265       </td>
5266       <td>
5267         <ul>
5268           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5269         </ul>
5270       </td>
5271       <td>
5272         <ul>
5273           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5274         </ul>
5275       </td>
5276     </tr>
5277     <tr>
5278       <td>
5279         <div align="center">
5280           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5281         </div>
5282       </td>
5283       <td>
5284         <ul>
5285           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5286             size</li>
5287         </ul>
5288       </td>
5289       <td>
5290         <ul>
5291           <li>Improved JPred client reliability</li>
5292           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5293         </ul>
5294       </td>
5295     </tr>
5296     <tr>
5297       <td>
5298         <div align="center">
5299           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5300         </div>
5301       </td>
5302       <td>
5303         <ul>
5304           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5305           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5306           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5307             to Colour Menu</li>
5308           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5309           <li>Unix users can set default web browser</li>
5310           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5311           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5312         </ul>
5313       </td>
5314       <td>
5315         <ul>
5316           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5317         </ul>
5318       </td>
5319     </tr>
5320     <tr>
5321       <td>
5322         <div align="center">
5323           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5324         </div>
5325       </td>
5326       <td>&nbsp;</td>
5327       <td>
5328         <ul>
5329           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5330             alignment order.</li>
5331         </ul>
5332       </td>
5333     </tr>
5334     <tr>
5335       <td>
5336         <div align="center">
5337           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5338         </div>
5339       </td>
5340       <td>
5341         <ul>
5342           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5343           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5344           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5345             annotations.</li>
5346           <li>Version and build date written to build properties
5347             file.</li>
5348           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5349             at launch of Jalview.</li>
5350         </ul>
5351       </td>
5352       <td>
5353         <ul>
5354           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5355           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5356           <li>Can remove groups one by one.</li>
5357           <li>Filechooser icons installed.</li>
5358           <li>Finder ignores return character when searching.
5359             Return key will initiate a search.<br>
5360           </li>
5361         </ul>
5362       </td>
5363     </tr>
5364     <tr>
5365       <td>
5366         <div align="center">
5367           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5368         </div>
5369       </td>
5370       <td>
5371         <ul>
5372           <li>New codebase</li>
5373         </ul>
5374       </td>
5375       <td>&nbsp;</td>
5376     </tr>
5377   </table>
5378   <p>&nbsp;</p>
5379 </body>
5380 </html>