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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>14/05/2019 (final due date !)</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-3141 -->Optional automatic backups when saving
  69             Jalview project or alignment files</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis and
  72             Viewer state is saved in Jalview Project<br />The 'Change
  73             parameters' option has also been removed from the PCA viewer</li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' (subgroup) option</li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables supported for
  78             'Translate as cDNA'</li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each view</li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
  83             multiple groups when working with large alignments</li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
  86             parsing stockholm files</li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  91             shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  92             attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  93             column 9 of GFF file)</li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide sequences</li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-2792 -->Popup report of a selected sequence feature's details</li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
 100             algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)</li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now by default shows
 103             only visible region of alignment (this can be changed in
 104             user preferences)</li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after Cancel overwrite</li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when
 109           all sequences are hidden</li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a selection
 112           region, and gap count when inserting or deleting gaps</li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation labels</li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3093 -->Show annotation tooltips and popup menus in wrapped mode</li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in annotations</li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings dialog</li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels</li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview panel</li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3203  -->Overview panel default changed to not show hidden regions</li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id popup menu</li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3218 -->Scale panel popup menu allows Hide selected columns adjacent
 133             to a hidden column marker</li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image incrementally</li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-2965 -->PCA depth queuing with graduated colours</li>
 138         </ul>
 139         <em>Deprecations</em>
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 143             capabilities removed from the Jalview Desktop
 144           </li>
 145         </ul>
 146         <em>Release Processes</em>
 147         <ul>
 148           <li>
 149           Atlassian Bamboo continuous integration server for
 150             unattended Test Suite execution</li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 153             operations</li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 156             implementation) used for Sequence Feature collections</li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 159             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 160             and XML based data retrieval clients</li>
 161         </ul>
 162       </td>
 163     <td align="left" valign="top">
 164         <ul>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 169             Jalview project involving multiple views</li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 172             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 173             Annotation dialog hides columns</li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 176             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 177             selection in one view, then making another selection in the
 178             other view</li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 183             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 186             or the overview updates with large alignments</li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 189             region if columns were selected by dragging right-to-left
 190             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 193             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 196             on export as Jalview features file</li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 199             printed when columns are hidden</li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 204             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 219             opening an alignment</li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 224             different groups in the alignment are selected</li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 247         </ul>
 248         <em>Editing</em>
 249         <ul>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 252             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 253             via 'Edit' sequence</li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 256             sequence features correctly when start of sequence is
 257             removed (Known defect since 2.10)</li>
 258         </ul>
 259         <em>New Known Defects</em>
 260         <ul>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 265         </ul>
 266       </td>
 267     </tr>
 268     <tr>
 269     <td width="60" nowrap>
 270       <div align="center">
 271         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 272       </div>
 273     </td>
 274     <td><div align="left">
 275         <em></em>
 276         <ul>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 279               InstallAnywhere increased to 1G.
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 283               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 284               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 285                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 286                 properties file.</em>
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 290               API and sequence data now imported as JSON.
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 294               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 295               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 296               property.
 297             </li>
 298           </ul>
 299           <em>Development</em>
 300           <ul>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 303               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 304                 Clover</a>
 305             </li>
 306           </ul>
 307         </div></td>
 308     <td><div align="left">
 309         <em></em>
 310         <ul>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 313               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 314               alignment.
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 318               annotation displayed.
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 322               for newly created group when 'Apply to all groups'
 323               selected
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 327               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 328               visible.
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 332               when sequences are selected in exported view.</em>
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 336               aren't rendered with correct colour.
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 340               types of knotted RNA secondary structure.
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 344               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 345               do not start at 1.
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 349               annotation when columns are inserted into an alignment,
 350               and when exporting as Stockholm flatfile.
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 354               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 355               treated as RNA secondary structure.
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 359               (not .jar) when saving a jalview project file.
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 363               transfers focus to previous window on OSX
 364             </li>
 365           </ul>
 366           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 367           <ul>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 370               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 371               box.
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 375               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 376               'look and feel' which has improved compatibility with the
 377               latest version of OSX.
 378             </li>
 379           </ul>
 380         </div>
 381     </td>
 382     </tr>
 383     <tr>
 384       <td width="60" nowrap>
 385         <div align="center">
 386           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 387             <em>7/06/2018</em></strong>
 388         </div>
 389       </td>
 390       <td><div align="left">
 391           <em></em>
 392           <ul>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 395               annotation retrieved from Uniprot
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 399               onto the Jalview Desktop
 400             </li>
 401           </ul>
 402         </div></td>
 403       <td><div align="left">
 404           <em></em>
 405           <ul>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 408               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 412               right-hand column parsed correctly
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 416               not alignment area in exported graphic
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 420               window has input focus
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 424               annotation added to view (Windows)
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 428               network connectivity is poor
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 432               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 433                 the currently open URL and links from a page viewed in
 434                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 435                 you are using Edge, only links in the page can be
 436                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 437                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 438             </li>
 439           </ul>
 440         </div></td>
 441     </tr>
 442     <tr>
 443       <td width="60" nowrap>
 444         <div align="center">
 445           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 446         </div>
 447       </td>
 448       <td><div align="left">
 449           <em></em>
 450           <ul>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 453               for disabling automatic superposition of multiple
 454               structures and open structures in existing views
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 458               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 459               adjust them.
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 463               Ensembl services
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 467               and lots of hidden columns
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 471               of features (particularly when transparency is disabled)
 472             </li>
 473           </ul>
 474           </div>
 475       </td>
 476       <td><div align="left">
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 480               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 484               overlapping alignment panel
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 488               sequence as gaps
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 492               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 493               UTR
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 497               factor annotation not added to sequence when local PDB
 498               file associated with it by drag'n'drop or structure
 499               chooser
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 503               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 507               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 511               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 515               columns in annotation row
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 519               honored in batch mode
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 523               for structures added to existing Jmol view
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 527               entries after importing project with multiple views
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 531               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 532               with negative residue numbers or missing residues fails
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 536               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 537               as generated by CONSURF)
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 541               tooltip doesn't include a text description of mutation
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 545               structure and/or overview windows are also shown
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 549               very slow for alignments with large numbers of sequences
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 553               with 'StringIndexOutOfBounds'
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 557               platforms running Java 10
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 561               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 562             </li>
 563           </ul>
 564           <em>Applet</em>
 565           <ul>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 568               should copy the group consensus when popup is opened on it
 569             </li>
 570           </ul>
 571           <em>Batch Mode</em>
 572           <ul>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 575           </li>
 576           </ul>
 577           <em>New Known Defects</em>
 578           <ul>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 581               editing a large alignment and overview is displayed
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 585               repeatedly after a series of edits even when the overview
 586               is no longer reflecting updates
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 590               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 591               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 592               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 593             </li>
 594           </ul>
 595         </div>
 596           </td>
 597     </tr>
 598     <tr>
 599       <td width="60" nowrap>
 600         <div align="center">
 601           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 602         </div>
 603       </td>
 604       <td><div align="left">
 605           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 606               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 607       <td><div align="left">
 608           <em>Desktop</em><ul>
 609           <ul>
 610             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 611             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 612             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 613             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 614             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 615             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 616             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 617           </ul>
 618           </div>
 619       </td>
 620     </tr>
 621     <tr>
 622       <td width="60" nowrap>
 623         <div align="center">
 624           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 625         </div>
 626       </td>
 627       <td><div align="left">
 628           <em></em>
 629           <ul>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 632               rendering of sequence features
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 636               429 rate limit request hander
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 640               their colours have changed
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 644               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 648               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 652               view from Ensembl locus cross-references
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 656               Alignment report
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 660               feature can be disabled
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 664               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 668               Uniprot
 669             </li>
 670           </ul>
 671           <em>Scripting</em>
 672           <ul>
 673             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 674             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 675               percent identity scores for current alignment.</li>
 676           </ul>
 677           <em>Testing and Deployment</em>
 678           <ul>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 681             </li>
 682           </ul>
 683         </div></td>
 684       <td><div align="left">
 685           <em>General</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 689               threshold text field doesn't trigger an update to the
 690               alignment view
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 694               strings in parallel
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 698               alignment window is closed
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 702               group visibility
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 706               takes a long time in Cursor mode
 707             </li>
 708           </ul>
 709           <em>Desktop</em>
 710           <ul>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 713               cannot be viewed in Chimera
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 717               CDS/Protein view
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 721               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 722               Search Dialogs
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 732               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 736               scrolling right in unwapped alignment view
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 740               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 741               database
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 745               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 749               features of same type and group to be selected for
 750               amending
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 754               alignments when hidden columns are present
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 758               displaying several structures
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 762               moving a window
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 766               within the Jalview desktop on OSX
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 770               when in wrapped alignment mode
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 774               hand end of alignment
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 778               each selected sequence do not have correct start/end
 779               positions
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 783               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 787               restoring project until a new view is created
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 791               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 792               configured (since 2.10.2b2)
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 796               position is adjusted
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 800               in a multi-chain structure when viewing alignment
 801               involving more than one chain (since 2.10)
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 805               if new selection moves alignment window
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 809               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 813               that produces correctly annotated transcripts and products
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 817               doesn't update associated structure view
 818             </li>
 819           </ul>
 820           <em>Applet</em><br />
 821           <ul>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 824               closing alignment panel
 825             </li>
 826           </ul>
 827           <em>BioJSON</em><br />
 828           <ul>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 831               non-positional features
 832             </li>
 833           </ul>
 834           <em>New Known Issues</em>
 835           <ul>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 838               sequence features correctly (for many previous versions of
 839               Jalview)
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 843               using cursor in wrapped panel other than top
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 847               graduated colour threshold
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 851               always preserve numbering and sequence features
 852             </li>
 853           </ul>
 854           <em>Known Java 9 Issues</em>
 855           <ul>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 858               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 859               9.01, OSX 10.10)
 860             </li>
 861           </ul>
 862         </div></td>
 863     </tr>
 864     <tr>
 865       <td width="60" nowrap>
 866         <div align="center">
 867           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 868             <em>2/10/2017</em></strong>
 869         </div>
 870       </td>
 871       <td><div align="left">
 872           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 873           <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 876             </li>
 877             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 878             </li>
 879           </ul>
 880         </div></td>
 881       <td><div align="left">
 882         </div></td>
 883     </tr>
 884     <tr>
 885       <td width="60" nowrap>
 886         <div align="center">
 887           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 888             <em>7/9/2017</em></strong>
 889         </div>
 890       </td>
 891       <td><div align="left">
 892           <em></em>
 893           <ul>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 896               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 897               white)
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 901               Preferences
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 905               in size and progress bar shown as higher resolution
 906               overview is recalculated
 907             </li>
 908
 909           </ul>
 910         </div></td>
 911       <td><div align="left">
 912           <em></em>
 913           <ul>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 916               column region row by row
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 920               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 924               format setting is unticked
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 928               if group has show boxes format setting unticked
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 932               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 933               include sequences and columns not currently displayed
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 937               assemblies are imported via CIF file
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 941               displayed when threshold or conservation colouring is also
 942               enabled.
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 946               server version
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 950               dragging a selected region off the visible region of the
 951               alignment
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 955               colourscheme to all groups in a view
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 959               initially after font size change using the Font chooser or
 960               middle-mouse zoom
 961             </li>
 962           </ul>
 963         </div></td>
 964     </tr>
 965     <tr>
 966       <td width="60" nowrap>
 967         <div align="center">
 968           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 969         </div>
 970       </td>
 971       <td><div align="left">
 972           <em>Calculations</em>
 973           <ul>
 974
 975             <li>
 976               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 977               ungapped positions in each column of the alignment.
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 981               a calculation dialog box
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 985               and memory efficiency (~30x faster)
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 989               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 990               and other calculations
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 994               files within the Jalview codebase
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 998               Similarity may have different topology due to increased
 999               precision
1000             </li>
1001           </ul>
1002           <em>Rendering</em>
1003           <ul>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1006               model for alignments and groups
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1010               scripts
1011             </li>
1012           </ul>
1013           <em>Overview</em>
1014           <ul>
1015             <li>
1016               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1017               with alignment and overview windows
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1021               overview
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1025               omitted in Overview
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1029               adjustment of visible position
1030             </li>
1031           </ul>
1032
1033           <em>Data import/export</em>
1034           <ul>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1037               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1041               annotation input/output via stockholm flatfile
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1045               extension when importing structure files without embedded
1046               names or PDB accessions
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1050               format sequence substitution matrices
1051             </li>
1052           </ul>
1053           <em>User Interface</em>
1054           <ul>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1057               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1058               the application.
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1062               via Overview or sequence motif search operations
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1066               opened by double clicking gaps within sequence feature
1067               extent
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1071               aligned positions were available to create a 3D structure
1072               superposition.
1073             </li>
1074           </ul>
1075           <em>3D Structure</em>
1076           <ul>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1079               coloured in linked structure views
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1083               file-based command exchange
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1087               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1088               structures are already available for sequences
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1092               the Jalview project rather than downloaded again when the
1093               project is reopened.
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1097               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1098               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1099                 Feature</strong>)
1100             </li>
1101           </ul>
1102           <em>Web Services</em>
1103           <ul>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1109               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1110               Analysis services
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1114               cross-references provided by identifiers.org and the
1115               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1116             </li>
1117           </ul>
1118
1119           <em>Scripting</em>
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1123               identifying file formats (instead of String constants)
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1127               efficiency when counting all displayed features (not
1128               backwards compatible with 2.10.1)
1129             </li>
1130           </ul>
1131           <em>Example files</em>
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1135               included in the example feature file
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>Documentation</em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1142               with the built-in Java help viewer
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1146               sequence description' option
1147             </li>
1148           </ul>
1149           <em>Test Suite</em>
1150           <ul>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1153               Uniprot REST Free Text Search Client
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1160               during tests
1161             </li>
1162           </ul>
1163         </div></td>
1164       <td><div align="left">
1165           <em>Calculations</em>
1166           <ul>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1169               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1170               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1171             </li>
1172             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1173               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1174               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1175               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1176               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1177               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1178               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1179               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1180               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1181               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1182               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1183               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1184               // for 2.10.1 mode <br />
1185               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1186               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1187                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1188                 calculations (not recommended)</em></li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1191               scaling of branch lengths for trees computed using
1192               Sequence Feature Similarity.
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1196               generating output report when working with highly
1197               redundant alignments
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1201               right of selected region when gaps present on right-hand
1202               boundary
1203             </li>
1204           </ul>
1205           <em>User Interface</em>
1206           <ul>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1209               doesn't reselect a specific sequence's associated
1210               annotation after it was used for colouring a view
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1214               opened on a region of alignment without groups
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1218               of an alignment with overlapping groups
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1222               name and description match
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1226               hidden regions results in incorrect hidden regions
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1230               changing colour does not apply Conservation slider value
1231               to all groups
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1235               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1239               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1243               gaps before start of features
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1247               restored to UI when feature colour is edited
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1251               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1255               as graduate feature colour settings are modified via the
1256               dialog box
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1260               when a group defined on the alignment is resized
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1264               wrapped view result in positional status updates
1265             </li>
1266
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1269               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1273               alignment included gapped columns
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1277               widgets don't permanently disappear
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1281               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1282               T-Coffee column reliability scores)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1286               sequence feature on gaps only
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1290               button from a Find inherit previously defined feature type
1291               rather than the Find query string
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1295               exporting tree calculated in Jalview
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1299               and then revealing them reorders sequences on the
1300               alignment
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1304               doesn't update to reflect available set of groups after
1305               interactively adding or modifying features
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1309               Linux
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1313               only excluded gaps in current sequence and ignored
1314               selection.
1315             </li>
1316           </ul>
1317           <em>Rendering</em>
1318           <ul>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1321               erratically when hidden rows or columns are present
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1325               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1326               sequence colouring
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1330               colour and group colour menu for protein alignments
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1334               reflect currently selected view or group's shading
1335               thresholds
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1339               when rendered on overview and structures when opacity at
1340               100%
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1344               overview when features overlaid on alignment
1345             </li>
1346           </ul>
1347           <em>Data import/export</em>
1348           <ul>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1351               load
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1355               added after a sequence was imported are not written to
1356               Stockholm File
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1360               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1364               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1368               with lightGray or darkGray via features file (but can
1369               specify lightgray)
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1373               when alignment view imported from project
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1377               structure and sequences extracted from structure files
1378               imported via URL and viewed in Jmol
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1382               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1383               the project is loaded and the structure viewed
1384             </li>
1385           </ul>
1386           <em>Web Services</em>
1387           <ul>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1390               release of Ensembl v.88
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1394               appear enabled in Preferences->Connections
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1398               removed from console output
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1402               Ensembl by Peptide ID
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1406               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1407               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1408               due to 'null' string rather than empty string used for
1409               residues with no corresponding PDB mapping).
1410             </li>
1411           </ul>
1412           <em>Application UI</em>
1413           <ul>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1416               menu
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1420               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1421               new documentation and tooltips added)
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1425               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1429               new features are added to alignment
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1433               changes to feature colours via the Amend features dialog
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1437               edit graduated feature colour via amend features dialog
1438               box
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1442               selection menu changes colours of alignment views
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1446               from alignment calculation workers after alignment has
1447               been closed
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1451               groups now 'Create Group'
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1455               Create/Undefine group doesn't always work
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1459               shown again after pressing 'Cancel'
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1463               adjusts start position in wrap mode
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1467               ambiguous amino acids
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1471               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1472               proteins
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1476               Defined' don't appear in Colours menu
1477             </li>
1478           </ul>
1479           <em>Applet</em>
1480           <ul>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1483               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1487               overview or linked structure view
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1491               work (since 2.8)
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1495               user-defined colourscheme doesn't restore original
1496               colourscheme
1497             </li>
1498           </ul>
1499           <em>Test Suite</em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1503               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1507               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1508               problems with deep array comparison equality asserts in
1509               successive versions of TestNG
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1513               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1514             </li>
1515           </ul>
1516           <em>New Known Issues</em>
1517           <ul>
1518             <li>
1519               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1520               phase after a sequence motif find operation
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1524               containing just upper and lower case letters are
1525               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1529               reliably from eggnog Ortholog database
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1533               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1534               to mark columns containing highlighted regions.
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1538               doesn't always add secondary structure annotation.
1539             </li>
1540           </ul>
1541         </div>
1542     <tr>
1543       <td width="60" nowrap>
1544         <div align="center">
1545           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1546         </div>
1547       </td>
1548       <td><div align="left">
1549           <em>General</em>
1550           <ul>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1553               for all consensus calculations
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1557               3rd Oct 2016)
1558             </li>
1559             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1560               for 2016-2017</li>
1561           </ul>
1562           <em>Application</em>
1563           <ul>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1566               set of database cross-references, sorted alphabetically
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1570               from database cross references. Users with custom links
1571               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1572                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1576               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1577               Chimera session
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1581               the Chimera it is connected to is shut down
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1585               columns menu item to mark columns containing highlighted
1586               regions (e.g. from structure selections or results of a
1587               Find operation)
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1591               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1592               MSAviewer
1593             </li>
1594           </ul>
1595         </div></td>
1596       <td>
1597         <div align="left">
1598           <em>General</em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1602               are not coloured or thresholded according to percent
1603               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1607               hydrophobic
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1611               threshold, amino acid properties)
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1615               reported as mapped to residues in a structure file in the
1616               View Mapping report
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1620               could be added multiple times to a sequence
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1624               bond features shown as two highlighted residues rather
1625               than a range in linked structure views, and treated
1626               correctly when selecting and computing trees from features
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1630               cross-references are matched to database name regardless
1631               of case
1632             </li>
1633
1634           </ul>
1635           <em>Application</em>
1636           <ul>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1639               names without regular expressions also offer links from
1640               Sequence ID
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1644               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1645               update Jalview configuration
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1649               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1653               files with similarly named sequences if dropped onto the
1654               alignment
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1658               entries where more chains exist in the PDB accession than
1659               are reported in the SIFTS file
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1663               the structure view when displayed with Chimera
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1667               panel's View->Show Chains submenu
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1671               work for wrapped alignment views
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1675               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1679               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1680               first annotation row
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1684               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1688               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1689             </li>
1690             <!-- JAL-2319 -->
1691             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1692             coordindate data
1693             </li>
1694           </ul>
1695           <!--           <em>New Known Issues</em>
1696           <ul>
1697             <li></li>
1698           </ul> -->
1699         </div>
1700       </td>
1701     </tr>
1702     <td width="60" nowrap>
1703       <div align="center">
1704         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1705           <em>25/10/2016</em></strong>
1706       </div>
1707     </td>
1708     <td><em>Application</em>
1709       <ul>
1710         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1711           view if structures already loaded</li>
1712         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1713           structure views</li>
1714       </ul></td>
1715     <td>
1716       <div align="left">
1717         <em>General</em>
1718         <ul>
1719           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1720             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1721           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1722             example sequences/projects/trees</li>
1723         </ul>
1724         <em>Application</em>
1725         <ul>
1726           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1727             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1728           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1729             without timeout for structures with multiple models or
1730             multiple sequences in alignment</li>
1731           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1732             PDB ID HEADER line</li>
1733           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1734             is performed</li>
1735           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1736             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1737           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1738           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1739             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1740             option</li>
1741           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1742             is created on the alignment</li>
1743           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1744             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1745             pop-up menu</li>
1746         </ul>
1747         <em>Build and deployment</em>
1748         <ul>
1749           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1750             tags</li>
1751         </ul>
1752         <em>New Known Issues</em>
1753         <ul>
1754           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1755             on Windows</li>
1756         </ul>
1757       </div>
1758     </td>
1759     </tr>
1760     <tr>
1761       <td width="60" nowrap>
1762         <div align="center">
1763           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1764         </div>
1765       </td>
1766       <td><em>General</em>
1767         <ul>
1768           <li>
1769             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1770           </li>
1771           <li>
1772             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1773             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1774             better PDB parsing.
1775           </li>
1776           <li>
1777             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1778             reference sequence
1779           </li>
1780           <li>
1781             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1782             mousing over sequence associated annotation
1783           </li>
1784           <li>
1785             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1786             for manual entry
1787           </li>
1788           <li>
1789             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1790             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1791             for each column
1792           </li>
1793           <li>
1794             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1795             showing or hiding columns containing a feature
1796           </li>
1797           <li>
1798             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1799             group and sequence associated annotation labels
1800           </li>
1801           <li>
1802             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1803             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1804             dialogs
1805           </li>
1806
1807         </ul> <em>Application</em>
1808         <ul>
1809           <li>
1810             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1811             gene/transcript view
1812           </li>
1813           <li>
1814             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1815             dialog
1816           </li>
1817           <li>
1818             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1819             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1820           </li>
1821           <li>
1822             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1823             Pfam sources to xfam.org
1824           </li>
1825           <li>
1826             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1827           </li>
1828           <li>
1829             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1830             over sequences in Jalview
1831           </li>
1832           <li>
1833             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1834             regions in ENA and EMBL
1835           </li>
1836           <li>
1837             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1838             for record retrieval via ENA rest API
1839           </li>
1840           <li>
1841             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1842             complement operator
1843           </li>
1844           <li>
1845             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1846             groovy script execution
1847           </li>
1848           <li>
1849             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1850             alignment window's Calculate menu
1851           </li>
1852           <li>
1853             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1854             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1855           </li>
1856           <li>
1857             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1858             calculation workers from groovy scripts
1859           </li>
1860           <li>
1861             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1862             Jalview projects
1863           </li>
1864           <li>
1865             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1866             associations are now saved/restored from project
1867           </li>
1868           <li>
1869             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1870             before sequence fetcher is opened
1871           </li>
1872           <li>
1873             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1874             database chooser opens a sequence fetcher
1875           </li>
1876           <li>
1877             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1878             the UniProt REST API
1879           </li>
1880           <li>
1881             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1882             the news reader opening
1883           </li>
1884           <li>
1885             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1886             querying stored in preferences
1887           </li>
1888           <li>
1889             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1890             search results
1891           </li>
1892           <li>
1893             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1894           </li>
1895           <li>
1896             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1897             menu for nucleotide sequences
1898           </li>
1899           <li>
1900             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1901             and feature counts preserves alignment ordering (and
1902             debugged for complex feature sets).
1903           </li>
1904           <li>
1905             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1906             viewing structures with Jalview 2.10
1907           </li>
1908           <li>
1909             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1910             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1911             Ensembl Genomes REST API
1912           </li>
1913           <li>
1914             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1915             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1916             (Ensembl)
1917           </li>
1918           <li>
1919             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1920             sequences
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1924             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1925             data from external database records.
1926           </li>
1927           <li>
1928             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1929             efficient recovery of sequence coding and alignment
1930             annotation relationships.
1931           </li>
1932         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1933         <ul>
1934           <li>
1935             -- JAL---
1936           </li>
1937         </ul> --></td>
1938       <td>
1939         <div align="left">
1940           <em>General</em>
1941           <ul>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1944               menu on OSX
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1948               includes graduated colourschemes
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1952               working with big alignments and lots of hidden columns
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1956               at right of alignment window
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1960               contents
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1964               for DNA alignments
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1968               based tree calculation
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1972               unconserved enabled for group on alignment
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1976               set as reference
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1980               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1981               annotation
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1985               hidden columns present
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1989               user created annotation added to alignment
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1993               '()' base pair annotation
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1997               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1998               Consensus
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2002               feature not working
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2006               beginning of sequence
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2010               entry 3a6s
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2014               from a tree when t-coffee scores are shown
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2018               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2022               some structures
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2026               to Clustal, PIR and PileUp output
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2030               not visible causes alignment window to repaint
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2034               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2035               scores associated with features and annotation rows
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2039               calculation should be case independent
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2043               columns
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2047               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2048               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2052               problems when reference sequence defined and 'show
2053               non-conserved' enabled
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2057               load even when Consensus calculation is disabled
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2061               alignment does nothing
2062             </li>
2063           </ul>
2064           <em>Application</em>
2065           <ul>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2068               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2069               yet fixed for El Capitan)
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2073               output when running on non-gb/us i18n platforms
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2077               hidden sequences as flat-file alignment
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2081               launching Chimera
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2085               (also hotfix for 2.9.0b2)
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2089               reference sequence defined
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2093               alignments and views when revealing hidden columns
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2097               view in a cDNA/Protein splitframe
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2101               sequence from project when only one sequence is
2102               represented
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2106               in Structure Chooser
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2110               structure consensus didn't refresh annotation panel
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2114               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2118               dialogs format columns correctly, don't display array
2119               data, sort columns according to type
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2123               file chooser is cancelled during an image export
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2127               sequence name containing special characters
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2131               case insensitive
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2135               formatting don't wrap
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2139               truncated so L looks like I in consensus annotation
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2143               currently displayed features for the current selection or
2144               view
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2148               after fetching cross-references, and restoring from
2149               project
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2153               followed in the structure viewer
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2157               splitframe not restored from project
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2161               trailing end of protein alignment in transcript/product
2162               splitview when pad-gaps not enabled by default
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2166               is case dependent
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2170               article has been read (reopened issue due to
2171               internationalisation problems)
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2175               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2176               cross-references
2177             </li>
2178
2179             <li>
2180               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2181               alignment as HTML
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2185               multiple structures are shown for one or more sequences.
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2189               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2190               is enabled.
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2194               specific PDB id for sequence
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2198               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2199               columns' is disabled.
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2203               selects lowest rather than highest resolution structures
2204               for each sequence
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2208               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2212               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2216               after clicking on it to create new annotation for a
2217               column.
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2221               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2222             </li>
2223             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2224             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2225           </ul>
2226           <em>Applet</em>
2227           <ul>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2230               hidden columns present before start of sequence
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2234               (JSON jars)
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2238               sequences are hidden in applet
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2242               deployment on examples pages.
2243             </li>
2244           </ul>
2245         </div>
2246       </td>
2247     </tr>
2248     <tr>
2249       <td width="60" nowrap>
2250         <div align="center">
2251           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2252             <em>16/10/2015</em></strong>
2253         </div>
2254       </td>
2255       <td><em>General</em>
2256         <ul>
2257           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2258             jars</li>
2259         </ul></td>
2260       <td>
2261         <div align="left">
2262           <em>Application</em>
2263           <ul>
2264             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2265               shown when tree is partitioned</li>
2266             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2267               multiple cDNA/Protein split views</li>
2268           </ul>
2269         </div>
2270       </td>
2271     </tr>
2272     <tr>
2273       <td width="60" nowrap>
2274         <div align="center">
2275           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2276             <em>8/10/2015</em></strong>
2277         </div>
2278       </td>
2279       <td><em>General</em>
2280         <ul>
2281           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2282             2.9</li>
2283         </ul> <em>Application</em>
2284         <ul>
2285           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2286           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2287           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2288         </ul> <em>Applet</em>
2289         <ul>
2290           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2291         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2292         <ul>
2293           <li>
2294             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2295             suite
2296           </li>
2297         </ul></td>
2298       <td>
2299         <div align="left">
2300           <em>General</em>
2301           <ul>
2302             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2303               incorrect when sequence start > 1</li>
2304             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2305               documentation</li>
2306             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2307             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2308               loading a features file containing HTML tags in feature
2309               description</li>
2310
2311           </ul>
2312           <em>Application</em>
2313           <ul>
2314             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2315               reimport</li>
2316             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2317               with 'trim retrieved sequences'</li>
2318             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2319               deleting selected columns</li>
2320             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2321               JNLP templates for webstart launch</li>
2322             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2323               unreleased structures for download or viewing</li>
2324             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2325               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2326             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2327               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2328             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2329               recovered from jalview project</li>
2330             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2331               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2332               alignment view</li>
2333             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2334               color schemes from BioJSON</li>
2335           </ul>
2336           <em>Applet</em>
2337           <ul>
2338             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2339               frame</li>
2340             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2341           </ul>
2342         </div>
2343       </td>
2344     </tr>
2345     <tr>
2346       <td><div align="center">
2347           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2348         </div></td>
2349       <td><em>General</em>
2350         <ul>
2351           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2352             alignments:
2353             <ul>
2354               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2355                 and DNA alignment views</li>
2356               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2357                 cDNA alignment views</li>
2358               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2359                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2360               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2361                 protein sequences</li>
2362             </ul>
2363           </li>
2364           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2365           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2366             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2367           <li>New alignment annotation file statements for
2368             reference sequences and marking hidden columns</li>
2369           <li>Reference sequence based alignment shading to
2370             highlight variation</li>
2371           <li>Select or hide columns according to alignment
2372             annotation</li>
2373           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2374           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2375             acid conservation row</li>
2376           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2377         </ul> <em>Application</em>
2378         <ul>
2379           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2380             <ul>
2381               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2382                 view with cDNA/Protein</li>
2383               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2384                 sequences are placed in the same alignment</li>
2385               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2386                 projects</li>
2387             </ul>
2388           </li>
2389
2390           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2391           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2392             Jalview windows</li>
2393
2394           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2395           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2396           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2397             be shown in VARNA</li>
2398
2399           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2400             as the active selected region</li>
2401
2402           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2403             similarity</li>
2404           <li>New Export options
2405             <ul>
2406               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2407                 region export in flat file generation</li>
2408
2409               <li>Export alignment views for display with the <a
2410                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2411
2412               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2413               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2414                 alignment figures to HTML</li>
2415           </li>
2416           <li>3D structure retrieval and display
2417             <ul>
2418               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2419                 Search API</li>
2420               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2421                 PDB structures for a sequence set</li>
2422             </ul>
2423           </li>
2424
2425           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2426             predictions</li>
2427           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2428             for one or a group of sequences</li>
2429           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2430             from the JPred4 web server</li>
2431           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2432             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2433             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2434           </li>
2435           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2436             VARNA 2D Structure'</li>
2437           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2438             Structure ..."</li>
2439
2440         </ul> <em>Applet</em>
2441         <ul>
2442           <li>New layout for applet example pages</li>
2443           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2444             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2445           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2446             Protein alignments</li>
2447         </ul> <em>Development and deployment</em>
2448         <ul>
2449           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2450           <li>Include installation type and git revision in build
2451             properties and console log output</li>
2452           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2453             storing BioJsMSA Templates</li>
2454           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2455         </ul></td>
2456       <td>
2457         <!-- <em>General</em>
2458         <ul>
2459         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2460         <ul>
2461           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2462           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2463           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2464             predictions are not highlighted in amber</li>
2465           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2466             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2467           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2468             associated structure views</li>
2469           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2470             width checkbox not enabled</li>
2471           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2472             creating user defined colours</li>
2473           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2474             mappings for just that viewer's sequences</li>
2475           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2476             multiple models in Chimera</li>
2477           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2478             over Jmol structure</li>
2479           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2480             output to text box</li>
2481           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2482             have incorrect sequence start/end</li>
2483           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2484             Jalview fails</li>
2485           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2486             work for nucleotide</li>
2487           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2488             to a grey/invisible alignment window</li>
2489           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2490             imports to different position</li>
2491           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2492             on some platforms</li>
2493           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2494             populated</li>
2495           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2496             console if Chimera has been opened</li>
2497           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2498           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2499             retrieved</li>
2500           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2501           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2502             either sequence shows on first structure</li>
2503           <li>'Show annotations' options should not make
2504             non-positional annotations visible</li>
2505           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2506             in right place after 'view flanking regions'</li>
2507           <li>File Save As type unset when current file format is
2508             unknown</li>
2509           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2510             projects</li>
2511           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2512             responsive</li>
2513           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2514             several views on same alignment</li>
2515           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2516           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2517             spaces</li>
2518         </ul> <em>Applet</em>
2519         <ul>
2520           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2521           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2522             descriptions containing angle brackets</li>
2523         </ul> <em>General</em>
2524         <ul>
2525           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2526             via jalview annotation file</li>
2527           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2528             with RNA secondary structure</li>
2529           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2530             translation doesn't work.</li>
2531           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2532           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2533             positions</li>
2534           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2535             choosing 1pt font</li>
2536           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2537             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2538             'h'</li>
2539           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2540             new feature</li>
2541           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2542             order dependent</li>
2543           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2544             sequences</li>
2545           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2546         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2547         <ul>
2548           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2549             www.jalview.org</li>
2550         </ul> <em>Application Known issues</em>
2551         <ul>
2552           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2553           <li>Misleading message appears after trying to delete
2554             solid column.</li>
2555           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2556             version launches</li>
2557           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2558             fails with a sequence mismatch</li>
2559           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2560             scrolling alignment to right</li>
2561           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2562             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2563           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2564             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2565           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2566             ultra-high resolution</li>
2567           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2568             quality and conservation</li>
2569           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2570             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2571         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2572         <ul>
2573           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2574           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2575             window is being resized</li>
2576
2577         </ul>
2578       </td>
2579     </tr>
2580     <tr>
2581       <td><div align="center">
2582           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2583         </div></td>
2584       <td><em>General</em>
2585         <ul>
2586           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2587             Certum.PL.</li>
2588           <li>Features and annotation preserved when performing
2589             pairwise alignment</li>
2590           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2591             imported/exported/displayed</li>
2592           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2593             protein secondary structure</li>
2594           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2595               post-hoc with 2.9 release</em>)
2596           </li>
2597
2598         </ul> <em>Application</em>
2599         <ul>
2600           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2601             with 3D structures</li>
2602           <li>Support for parsing RNAML</li>
2603           <li>Annotations menu for layout
2604             <ul>
2605               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2606               <li>place sequence annotation above/below alignment
2607                 annotation</li>
2608             </ul>
2609           <li>Output in Stockholm format</li>
2610           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2611             translation</li>
2612           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2613           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2614             shared between alignments</li>
2615           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2616             Jalview</li>
2617           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2618             all or current selection</li>
2619           <li>disorder and secondary structure predictions
2620             available as dataset annotation</li>
2621           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2622
2623
2624           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2625             alignments from Rfam</li>
2626           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2627
2628           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2629             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2630           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2631           <li>include installation type in build properties and
2632             console log output</li>
2633           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2634             annotation</li>
2635         </ul></td>
2636       <td>
2637         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2638         <ul>
2639           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2640             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2641           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2642             alignment</li>
2643           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2644           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2645           <li>Double click on sequence associated annotation
2646             selects only first column</li>
2647           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2648             leaves shown in tree</li>
2649           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2650             properly</li>
2651           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2652           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2653             screen and buttons not visible</li>
2654           <li>author list isn't updated if already written to
2655             Jalview properties</li>
2656           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2657             from database</li>
2658           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2659           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2660             browser search window</li>
2661           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2662             in feature settings dialog</li>
2663           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2664             desktop</li>
2665           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2666             pass validation</li>
2667           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2668             fit on screen</li>
2669           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2670             tooltip</li>
2671           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2672             defined user preset</li>
2673           <li>MSA web services warns user if they were launched
2674             with invalid input</li>
2675           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2676             Java 8</li>
2677           <li>
2678             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2679             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2680             created
2681           </li>
2682
2683         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2684         <ul>
2685         </ul> <em>General</em>
2686         <ul>
2687         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2688         <ul>
2689           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2690             memory allocation</li>
2691           <li>launchApp service doesn't automatically open
2692             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2693           <li>
2694             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2695             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2696             1.7_055 is available
2697           </li>
2698         </ul> <em>Application Known issues</em>
2699         <ul>
2700           <li>
2701             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2702             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2703             alignment to right
2704           </li>
2705           <li>
2706             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2707             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2708             with large number of ID
2709           </li>
2710           <li>
2711             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2712             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2713             start/end
2714           </li>
2715           <li>
2716             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2717             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2718             structure tracks are rearranged
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2722             invalid rna structure positional highlighting does not
2723             highlight position of invalid base pairs
2724           </li>
2725           <li>
2726             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2727             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2728             project from alignment window file menu
2729           </li>
2730           <li>
2731             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2732             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2733             structures
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2737             colour by RNA Helices not enabled when user created
2738             annotation added to alignment
2739           </li>
2740           <li>
2741             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2742             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2743           </li>
2744         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2745         <ul>
2746           <li>
2747             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2748             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2749           </li>
2750           <li>
2751             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2752             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2753           </li>
2754
2755           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2756             when selected</li>
2757         </ul>
2758       </td>
2759     </tr>
2760     <tr>
2761       <td><div align="center">
2762           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2763         </div></td>
2764       <td>
2765         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2766         <em>General</em>
2767         <ul>
2768           <li>Internationalisation of user interface (usually
2769             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2770           <li>Define/Undefine group on current selection with
2771             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2772           <li>Improved group creation/removal options in
2773             alignment/sequence Popup menu</li>
2774           <li>Sensible precision for symbol distribution
2775             percentages shown in logo tooltip.</li>
2776           <li>Annotation panel height set according to amount of
2777             annotation when alignment first opened</li>
2778         </ul> <em>Application</em>
2779         <ul>
2780           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2781             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2782           <li>Select columns containing particular features from
2783             Feature Settings dialog</li>
2784           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2785             sequences</li>
2786           <li>Update Jalview project format:
2787             <ul>
2788               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2789               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2790                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2791               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2792                 colouring</li>
2793             </ul>
2794           </li>
2795           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2796             (PAM250)</li>
2797           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2798             flanking regions for an alignment</li>
2799         </ul>
2800       </td>
2801       <td>
2802         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2803         <ul>
2804           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2805             running after job is cancelled</li>
2806           <li>cannot export features from alignments imported from
2807             Jalview/VAMSAS projects</li>
2808           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2809             float values</li>
2810           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2811             have 'display all symbols' flag set</li>
2812           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2813             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2814           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2815             Jalview</li>
2816           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2817             Lion/Webstart</li>
2818           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2819           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2820           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2821             alignment onto desktop</li>
2822           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2823             'extract scores' function</li>
2824           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2825             alignment window</li>
2826           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2827             performing IUPred disorder prediction</li>
2828           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2829             changing 'normalise logo' display setting</li>
2830           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2831             nothing matches query</li>
2832           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2833             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2834           </li>
2835           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2836             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2837           </li>
2838           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2839             Jalview's menu</li>
2840           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2841             'invalid literal/length code'</li>
2842           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2843             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2844           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2845             colourscheme</li>
2846
2847         </ul> <em>Applet</em>
2848         <ul>
2849           <li>Remove group option is shown even when selection is
2850             not a group</li>
2851           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2852             don't affect groups</li>
2853           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2854             colourscheme name</li>
2855           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2856             Annotation panel is not displayed</li>
2857           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2858             embedded windows</li>
2859         </ul> <em>Other</em>
2860         <ul>
2861           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2862             single sequence were not calculated</li>
2863           <li>annotation files that contain only groups imported as
2864             annotation and junk sequences</li>
2865           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2866             recognised as PFAM or BLC</li>
2867           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2868             doesn't affect background (2.8.0b1)
2869           <li></li>
2870           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2871           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2872             trailing gaps</li>
2873           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2874             registered correctly on import</li>
2875           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2876             certain alignments</li>
2877           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2878             existing annotation based 'use original colours'
2879             colourscheme loses original colours setting</li>
2880         </ul>
2881       </td>
2882     </tr>
2883     <tr>
2884       <td><div align="center">
2885           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2886             <em>30/1/2014</em></strong>
2887         </div></td>
2888       <td>
2889         <ul>
2890           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2891             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2892             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2893             open source project).
2894           </li>
2895           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2896           <li>Output in Stockholm format</li>
2897           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2898           <li>Export/import group and sequence associated line
2899             graph thresholds</li>
2900           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2901             ambiguity codes</li>
2902           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2903             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2904             works</li>
2905           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2906         </ul> <em>Other improvements</em>
2907         <ul>
2908           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2909           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2910             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2911           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2912             files</li>
2913           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2914           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2915             link but no description</li>
2916           <li>Select primary source when selecting authority in
2917             database fetcher GUI</li>
2918           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2919             Jalview</li>
2920           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2921         </ul>
2922       </td>
2923       <td>
2924         <ul>
2925           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2926             displayed</li>
2927           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2928             secondary structure annotation line</li>
2929           <li>Sequence database accessions not imported when
2930             fetching alignments from Rfam</li>
2931           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2932             identical IDs</li>
2933           <li>View all structures does not always superpose
2934             structures</li>
2935           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2936             reflect user or preset settings</li>
2937           <li>Null pointer exceptions for some services without
2938             presets or adjustable parameters</li>
2939           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2940             discover PDB xRefs</li>
2941           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2942             features with DAS</li>
2943           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2944             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2945           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2946             residue follows a gap</li>
2947           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2948             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2949           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2950             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2951           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2952             annotation already exists on alignment</li>
2953           <li>oninit javascript function should be called after
2954             initialisation completes</li>
2955           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2956             alignment window display</li>
2957           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2958           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2959             to annotation file</li>
2960           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2961             groups created</li>
2962           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2963             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2964           <li>Pressing return several times causes Number Format
2965             exceptions in keyboard mode</li>
2966           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2967             correct partitions for input data</li>
2968           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2969           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2970           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2971           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2972             mode</li>
2973           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2974             changes one row&#39;s threshold</li>
2975           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2976             doesn&#39;t open</li>
2977           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2978             quality histograms</li>
2979         </ul>
2980       </td>
2981     </tr>
2982     <tr>
2983       <td><div align="center">
2984           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2985         </div></td>
2986       <td><em>Application</em>
2987         <ul>
2988           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2989             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2990           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2991             preferences</li>
2992           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2993             in Jalview alignment window</li>
2994           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2995             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2996           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2997             RNA and ambiguity codes</li>
2998
2999           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3000           <li>Support fetching and database reference look up
3001             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3002             refs')</li>
3003           <li>Jalview project improvements
3004             <ul>
3005               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3006                 flag for annotation</li>
3007               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3008                 alignment</li>
3009               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3010                 Jalview project</li>
3011
3012             </ul>
3013           </li>
3014           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3015           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3016             running</li>
3017           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3018           <li>visual indication that web service results are still
3019             being retrieved from server</li>
3020           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3021             starts up for first time</li>
3022           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3023             services</li>
3024           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3025             client library</li>
3026           <li>Examples directory and Groovy library included in
3027             InstallAnywhere distribution</li>
3028         </ul> <em>Applet</em>
3029         <ul>
3030           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3031             visualization applet example</li>
3032         </ul> <em>General</em>
3033         <ul>
3034           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3035           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3036             defaults</li>
3037           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3038             calculation</li>
3039           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3040             matrices
3041           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3042             in HTML</li>
3043           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3044             structure contacts</li>
3045           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3046           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3047           <li>Parse sequence associated secondary structure
3048             information in Stockholm files</li>
3049           <li>HTML Export database accessions and annotation
3050             information presented in tooltip for sequences</li>
3051           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3052             style RNA alignment files</li>
3053           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3054             alignment</li>
3055           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3056             shade each sequence according to its associated alignment
3057             annotation</li>
3058           <li>New Jalview Logo</li>
3059         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3060         <ul>
3061           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3062           <li>New Website!</li>
3063         </ul></td>
3064       <td><em>Application</em>
3065         <ul>
3066           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3067             wsdbfetch REST service</li>
3068           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3069           <li>Filetype associations not installed for webstart
3070             launch</li>
3071           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3072             job execution in full once it is complete</li>
3073           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3074             uploaded via ali_file parameter</li>
3075           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3076           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3077           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3078             submitted for prediction</li>
3079           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3080             desktop window</li>
3081           <li>Putting fractional value into integer text box in
3082             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3083           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3084             windows 7</li>
3085           <li>View all structures fails with exception shown in
3086             structure view</li>
3087           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3088             escaped in a platform independent way</li>
3089           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3090             using proxy</li>
3091           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3092             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3093           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3094             failure when java web start temporary file caching is
3095             disabled</li>
3096           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3097             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3098           <li>Errors during processing of command line arguments
3099             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3100           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3101             DAS sources in sequence fetcher</li>
3102           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3103             dialog is shown</li>
3104           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3105           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3106           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3107           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3108             on OSX Mountain Lion</li>
3109           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3110             sequences with alignment annotation are pasted into the
3111             alignment</li>
3112           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3113             when loaded from Jalview project</li>
3114           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3115           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3116             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3117           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3118             associated with all views</li>
3119           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3120             annotation rows to new window</li>
3121         </ul> <em>Applet</em>
3122         <ul>
3123           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3124             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3125           <li>loading features via javascript API automatically
3126             enables feature display</li>
3127           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3128             work</li>
3129         </ul> <em>General</em>
3130         <ul>
3131           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3132           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3133             and then deselected</li>
3134           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3135           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3136             coloured with clustalx</li>
3137           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3138             exceptions and redraw errors</li>
3139           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3140             reconfigured view</li>
3141           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3142             colour</li>
3143           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3144             for lots of labels</li>
3145         </ul>
3146     </tr>
3147     <tr>
3148       <td>
3149         <div align="center">
3150           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3151         </div>
3152       </td>
3153       <td><em>Application</em>
3154         <ul>
3155           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3156           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3157           <li>View/alignment association menu to enable user to
3158             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3159             its colours/correspondences from</li>
3160           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3161           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3162             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3163           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3164           <li>Annotation row column label formatting attributes
3165             stored in project file</li>
3166           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3167             rows preserved in Jalview project file</li>
3168           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3169             saved using Desktop window menu</li>
3170           <li>Visual indication that command line arguments are
3171             still being processed</li>
3172           <li>Groovy script execution from URL</li>
3173           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3174             preferences</li>
3175           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3176             alignment with sequences that have high similarity and
3177             matching IDs</li>
3178           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3179           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3180             structures in same window</li>
3181           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3182           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3183             analysis function in its own submenu</li>
3184         </ul> <em>Applet</em>
3185         <ul>
3186           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3187             groups</li>
3188           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3189           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3190           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3191           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3192           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3193             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3194           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3195           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3196             parameters are treated as such</li>
3197           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3198             <ul>
3199               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3200               <li>Javascript callbacks for
3201                 <ul>
3202                   <li>Applet initialisation</li>
3203                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3204                 </ul>
3205               </li>
3206               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3207                 functions</li>
3208               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3209               <li>javascript structure viewer harness to pass
3210                 messages between Jmol and Jalview when running as
3211                 distinct applets</li>
3212               <li>sortBy method</li>
3213               <li>Set of applet and application examples shipped
3214                 with documentation</li>
3215               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3216                 javascript message exchange</li>
3217             </ul>
3218         </ul> <em>General</em>
3219         <ul>
3220           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3221             multiple alignments</li>
3222           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3223           <li>User configurable link to enable redirects to a
3224             www.Jalview.org mirror</li>
3225           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3226           <li>Configurable newline string when writing alignment
3227             and other flat files</li>
3228           <li>Allow alignment annotation description lines to
3229             contain html tags</li>
3230         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3231         <ul>
3232           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3233             examples</li>
3234           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3235             using a web service before displaying the result in the
3236             Jalview desktop</li>
3237           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3238           <li>Ant target to publish example html files with applet
3239             archive</li>
3240           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3241           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3242         </ul></td>
3243       <td><em>Application</em>
3244         <ul>
3245           <li>User defined colourscheme throws exception when
3246             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3247           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3248             dialog for valid filename/format</li>
3249           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3250           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3251             P37173</li>
3252           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3253             which sequence is to be associated with the file</li>
3254           <li>Find All raises null pointer exception when query
3255             only matches sequence IDs</li>
3256           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3257           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3258             2.4 cannot be loaded</li>
3259           <li>Filetype associations not installed for webstart
3260             launch</li>
3261           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3262             with sequences in different alignments do not get coloured
3263             by their associated sequence</li>
3264           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3265             not preserved when project is loaded</li>
3266           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3267             stored in Jalview project</li>
3268           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3269             Jalview project</li>
3270           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3271           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3272             by conservation</li>
3273           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3274             created on new view</li>
3275           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3276             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3277           <li>Alignment quality not updated after alignment
3278             annotation row is hidden then shown</li>
3279           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3280             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3281           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3282             properly</li>
3283           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3284             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3285           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3286           <li>Structures imported from file and saved in project
3287             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3288           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3289             job execution in full once it is complete</li>
3290         </ul> <em>Applet</em>
3291         <ul>
3292           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3293             annotation rows are displayed</li>
3294           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3295             codebase</li>
3296           <li>View follows highlighting does not work for positions
3297             in sequences</li>
3298           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3299           <li>Export features raises exception when no features
3300             exist</li>
3301           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3302             for javascript api is modified when separator string
3303             provided as parameter</li>
3304           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3305             alignment with no existing selection</li>
3306           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3307             to applet&#39;s codebase</li>
3308           <li>Status bar not updated after finished searching and
3309             search wraps around to first result</li>
3310           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3311             several Jalview applets causes race conditions and memory
3312             leaks</li>
3313           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3314             not sent from Jmol in applet</li>
3315           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3316             applet API fatally hang browser</li>
3317         </ul> <em>General</em>
3318         <ul>
3319           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3320             position with wrapped view and hidden regions</li>
3321           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3322             with/without hidden columns</li>
3323           <li>Sequence length given in alignment properties window
3324             is off by 1</li>
3325           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3326             import PDB like structure files</li>
3327           <li>Positional search results are only highlighted
3328             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3329           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3330           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3331             given sequence position</li>
3332           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3333             output</li>
3334           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3335             from nucleotide chains correctly</li>
3336           <li>Structure colours not updated when tree partition
3337             changed in alignment</li>
3338           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3339             parsed in interleaved stockholm</li>
3340           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3341             state</li>
3342           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3343             properly</li>
3344           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3345             properly associated with their pdb files</li>
3346         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3347         <ul>
3348           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3349             ApplyCopyright tool</li>
3350         </ul></td>
3351     </tr>
3352     <tr>
3353       <td>
3354         <div align="center">
3355           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3356         </div>
3357       </td>
3358       <td><em>Application</em>
3359         <ul>
3360           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3361             contact web services</li>
3362           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3363             service job window</li>
3364           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3365         </ul></td>
3366       <td>
3367         <ul>
3368           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3369             pir file emitted by Jalview</li>
3370           <li>Existing feature settings transferred to new
3371             alignment view created from cut'n'paste</li>
3372           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3373             parsing PDB files</li>
3374           <li>Consensus and conservation annotation rows
3375             occasionally become blank for all new windows</li>
3376           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3377             in wrapped view mode</li>
3378         </ul> <em>Application</em>
3379         <ul>
3380           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3381             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3382           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3383             parameter names</li>
3384           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3385             is down</li>
3386         </ul>
3387       </td>
3388     </tr>
3389     <tr>
3390       <td>
3391         <div align="center">
3392           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3393         </div>
3394       </td>
3395       <td><em>Application</em>
3396         <ul>
3397           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3398             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3399             (JABAWS)
3400           </li>
3401           <li>Web Services preference tab</li>
3402           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3403             preferences</li>
3404           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3405           <li>Superpose structures using associated sequence
3406             alignment</li>
3407           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3408             viewer</li>
3409         </ul> <em>Applet</em>
3410         <ul>
3411           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3412             link out mechanism</li>
3413         </ul> <em>Other</em>
3414         <ul>
3415           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3416             series 12</li>
3417           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3418             require Java 1.5</li>
3419           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3420             sequence annotation files</li>
3421           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3422             type colour specification</li>
3423           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3424             script to check if it being run in an interactive session or
3425             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3426         </ul></td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3430             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3431         </ul> <em>Application</em>
3432         <ul>
3433           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3434             selected Regions menu item</li>
3435           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3436             part of a valid accession ID</li>
3437           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3438             runs out of memory</li>
3439           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3440             analysis results</li>
3441           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3442             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3443           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3444         </ul> <em>Applet</em>
3445         <ul>
3446           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3447             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3448             defined.</li>
3449         </ul>
3450       </td>
3451     </tr>
3452     <tr>
3453       <td>
3454         <div align="center">
3455           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3456         </div>
3457       </td>
3458       <td></td>
3459       <td>
3460         <ul>
3461           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3462             sequence IDs</li>
3463           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3464             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3465           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3466             import correctly</li>
3467           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3468             number of columns are hidden</li>
3469           <li>annotation label popup menu not providing correct
3470             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3471             present</li>
3472           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3473             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3474           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3475             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3476
3477         </ul> <em>Applet</em>
3478         <ul>
3479           <li>annotation panel disappears when annotation is
3480             hidden/removed</li>
3481         </ul> <em>Application</em>
3482         <ul>
3483           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3484             alignment opened where annotation panel is visible but no
3485             annotations are present on alignment</li>
3486           <li>pasted region containing hidden columns is
3487             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3488           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3489             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3490           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3491             selected Rregions menu item.</li>
3492           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3493             'Un' or 'Non'conserved</li>
3494           <li>Sequence feature settings are being shared by
3495             multiple distinct alignments</li>
3496           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3497             changed</li>
3498           <li>double click on group annotation to select sequences
3499             does not propagate to associated trees</li>
3500           <li>Mac OSX specific issues:
3501             <ul>
3502               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3503                 window background</li>
3504               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3505                 name set correctly</li>
3506               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3507                 save feature colourscheme button</li>
3508             </ul>
3509           </li>
3510         </ul>
3511       </td>
3512     </tr>
3513     <tr>
3514
3515       <td>
3516         <div align="center">
3517           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3518         </div>
3519       </td>
3520       <td><em>New Capabilities</em>
3521         <ul>
3522           <li>URL links generated from description line for
3523             regular-expression based URL links (applet and application)
3524
3525           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3526             menu</li>
3527           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3528             structures</li>
3529           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3530             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3531           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3532             average score or total feature count for each sequence.</li>
3533           <li>Shading features by score or associated description</li>
3534           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3535             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3536           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3537             hide everything but the currently selected region.</li>
3538           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3539         </ul> <em>Application</em>
3540         <ul>
3541           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3542             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3543           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3544             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3545           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3546             database references and protein_name is parsed as
3547             description line (BioSapiens terms).</li>
3548           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3549             references in sequence ID tooltip from View menu in
3550             application.</li>
3551           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3552       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3553           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3554             conservation plots</li>
3555           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3556             and visualized as sequence logos</li>
3557           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3558             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3559           </li>
3560           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3561             when a new tree is opened.</li>
3562           <li>Jalview Java Console</li>
3563           <li>Better placement of desktop window when moving
3564             between different screens.</li>
3565           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3566             consensus annotation</li>
3567           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3568             Workflows</li>
3569           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3570             <ul>
3571               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3572                 used to preserve views, structures, and tree display
3573                 settings)</li>
3574               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3575                 command line</li>
3576               <li>Sharing of selected regions between views and
3577                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3578               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3579             </ul></li>
3580         </ul> <em>Applet</em>
3581         <ul>
3582           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3583           <li>New Parameters
3584             <ul>
3585               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3586                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3587                 opened.</li>
3588               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3589                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3590               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3591                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3592               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3593                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3594                 view</li>
3595               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3596                 increase the height or width of a cell in the alignment
3597                 grid relative to the current font size.</li>
3598             </ul>
3599           </li>
3600           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3601             tooltip</li>
3602         </ul> <em>Other</em>
3603         <ul>
3604           <li>Features format: graduated colour definitions and
3605             specification of feature scores</li>
3606           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3607             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3608             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3609           <li>XML formats extended to support graduated feature
3610             colourschemes, group associated annotation, and profile
3611             visualization settings.</li></td>
3612       <td>
3613         <ul>
3614           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3615             rather than description</li>
3616           <li>Non-positional features are now included in sequence
3617             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3618             visibility in tooltip).</li>
3619           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3620           <li>Added URL embedding instructions to features file
3621             documentation.</li>
3622           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3623             'X' in peptide product</li>
3624           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3625             sequence ID and sequence string and query strings do not
3626             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3627           <li>AMSA files only contain first column of
3628             multi-character column annotation labels</li>
3629           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3630             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3631             exported and re-imported)</li>
3632           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3633             name</li>
3634           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3635             as subsequence matches, and correctly reports total number
3636             of both.</li>
3637           <li>Application:
3638             <ul>
3639               <li>Better handling of exceptions during sequence
3640                 retrieval</li>
3641               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3642                 link text excludes the start_end suffix</li>
3643               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3644                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3645               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3646               <li>Sequence description lines properly shared via
3647                 VAMSAS</li>
3648               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3649                 data sources</li>
3650               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3651                 completes before alignment figures are generated.</li>
3652               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3653                 first time.</li>
3654               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3655                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3656               <li>User defined group colours properly recovered
3657                 from Jalview projects.</li>
3658             </ul>
3659           </li>
3660         </ul>
3661       </td>
3662
3663     </tr>
3664     <tr>
3665       <td>
3666         <div align="center">
3667           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3668         </div>
3669       </td>
3670       <td>
3671         <ul>
3672           <li>Experimental support for google analytics usage
3673             tracking.</li>
3674           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3675         </ul>
3676       </td>
3677       <td>
3678         <ul>
3679           <li>Race condition in applet preventing startup in
3680             jre1.6.0u12+.</li>
3681           <li>Exception when feature created from selection beyond
3682             length of sequence.</li>
3683           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3684           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3685             all sequences with a given id</li>
3686           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3687             ID string searches</li>
3688           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3689             alignment to fail with exception</li>
3690         </ul> <em>Application Issues</em>
3691         <ul>
3692           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3693           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3694             data sources</li>
3695         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3696         <ul>
3697           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3698             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3699           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3700             version (java class versioning error fixed)</li>
3701         </ul>
3702       </td>
3703     </tr>
3704     <tr>
3705       <td>
3706
3707         <div align="center">
3708           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3709         </div>
3710       </td>
3711       <td><em>User Interface</em>
3712         <ul>
3713           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3714             translation and protein products</li>
3715           <li>Linked highlighting of structure associated with
3716             residue mapping to codon position</li>
3717           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3718             and 'clear' button</li>
3719           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3720             Tools menu</li>
3721           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3722             numeric data in description line</li>
3723           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3724           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3725             of sequence</li>
3726         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3727         <ul>
3728           <li>JPred3 web service</li>
3729           <li>Prototype sequence search client (no public services
3730             available yet)</li>
3731           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3732             PFAM</li>
3733           <li>URL Links created for matching database cross
3734             references as well as sequence ID</li>
3735           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3736         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3737         <ul>
3738           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3739             databases</li>
3740           <li>Generalised database reference retrieval and
3741             validation to all fetchable databases</li>
3742           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3743             sequence command</li>
3744         </ul> <em>Import and Export</em>
3745         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3746         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3747           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3748         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3749           File</li>
3750         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3751           triplet as name of colourscheme</li>
3752         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3753         <ul>
3754           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3755           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3756             alignments (experimental)</li>
3757           <li>Create new or select existing session to join</li>
3758           <li>load and save of vamsas documents</li>
3759         </ul> <em>Application command line</em>
3760         <ul>
3761           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3762             from applet)</li>
3763           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3764             of DAS servers to query for alignment features</li>
3765           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3766             that are also automatically queried for features</li>
3767           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3768             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3769         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3770         <ul>
3771           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3772             application (when using &quot;View in full
3773             application&quot;)</li>
3774         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3775         <ul>
3776           <li>feature group display control parameter</li>
3777           <li>debug parameter</li>
3778           <li>showbutton parameter</li>
3779         </ul> <em>Applet API methods</em>
3780         <ul>
3781           <li>newView public method</li>
3782           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3783           <li>Feature display control methods</li>
3784           <li>get list of currently selected sequences</li>
3785         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3786         <ul>
3787           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3788           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3789             Jalview release.</li>
3790           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3791             property controls execution of obfuscator</li>
3792           <li>Build target for generating source distribution</li>
3793           <li>Debug flag for javacc</li>
3794           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3795             jalview.bin.Cache</li>
3796           <li>Continuous Build Integration for stable and
3797             development version of Application, Applet and source
3798             distribution</li>
3799         </ul></td>
3800       <td>
3801         <ul>
3802           <li>selected region output includes visible annotations
3803             (for certain formats)</li>
3804           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3805             for editing</li>
3806           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3807           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3808           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3809           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3810             comments</li>
3811           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3812             filenames containing a ':'</li>
3813           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3814             global sequence features</li>
3815           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3816             references from alignment sequences goes to zero</li>
3817           <li>Close of tree branch colour box without colour
3818             selection causes cascading exceptions</li>
3819           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3820           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3821             file parsing fails.</li>
3822           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3823           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3824             not a valid output format</li>
3825           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3826             vamsas</li>
3827           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3828           <li>error messages passed up and output when data read
3829             fails</li>
3830           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3831             sequence is edited</li>
3832           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3833             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3834           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3835             filetype</li>
3836           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3837             import fixed for PFAM records</li>
3838           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3839             window list</li>
3840           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3841             can be read and written correctly to annotation file</li>
3842           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3843             correctly</li>
3844           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3845             non-italic font for representatives in Applet</li>
3846           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3847             Macs.</li>
3848           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3849             Applet)</li>
3850           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3851             due to null pointer exceptions</li>
3852           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3853             first column of alignment</li>
3854           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3855             July 2008</li>
3856           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3857             file is case-insensitive</li>
3858           <li>Sequence features read from Features file appended to
3859             all sequences with matching IDs</li>
3860           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3861             containing a sub-sequence</li>
3862           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3863           <li>feature and annotation file applet parameters
3864             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3865           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3866           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3867             splash-screen version check to complete</li>
3868           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3869             when passing them to the launchApp service</li>
3870           <li>display name and local features preserved in results
3871             retrieved from web service</li>
3872           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3873             sequence fetcher initialisation</li>
3874           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3875             dasobert DAS client</li>
3876           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3877             association</li>
3878           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3879             sequences
3880           </li>
3881         </ul>
3882       </td>
3883     </tr>
3884     <tr>
3885       <td>
3886         <div align="center">
3887           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3888         </div>
3889       </td>
3890       <td>
3891         <ul>
3892           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3893           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3894           <li>Slide sequences</li>
3895           <li>Edit sequence in place</li>
3896           <li>EMBL CDS features</li>
3897           <li>DAS Feature mapping</li>
3898           <li>Feature ordering</li>
3899           <li>Alignment Properties</li>
3900           <li>Annotation Scores</li>
3901           <li>Sort by scores</li>
3902           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3903         </ul>
3904       </td>
3905       <td>
3906         <ul>
3907           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3908           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3909           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3910           <li>Feature group display state in XML</li>
3911           <li>Feature ordering in XML</li>
3912           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3913           <li>Stockholm alignment properties</li>
3914           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3915           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3916           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3917           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3918         </ul>
3919       </td>
3920
3921     </tr>
3922     <tr>
3923       <td>
3924         <div align="center">
3925           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3926         </div>
3927       </td>
3928       <td>
3929         <ul>
3930           <li>Non standard characters can be read and displayed
3931           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3932             applet via textbox
3933           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3934             name &amp; description
3935           <li>Preference setting to display sequence name in
3936             italics
3937           <li>Annotation file format extended to allow
3938             Sequence_groups to be defined
3939           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3940             specified in preferences
3941           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3942             sequences
3943         </ul>
3944       </td>
3945       <td>
3946         <ul>
3947           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3948             installed
3949           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3950           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3951         </ul>
3952       </td>
3953     </tr>
3954     <tr>
3955       <td>
3956         <div align="center">
3957           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3958         </div>
3959       </td>
3960       <td>
3961         <ul>
3962           <li>Multiple views on alignment
3963           <li>Sequence feature editing
3964           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3965           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3966           <li>Background dependent text colour
3967           <li>Right align sequence ids
3968           <li>User-defined lower case residue colours
3969           <li>Format Menu
3970           <li>Select Menu
3971           <li>Menu item accelerator keys
3972           <li>Control-V pastes to current alignment
3973           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3974           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3975           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3976
3977           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3978         </ul>
3979       </td>
3980       <td>
3981         <ul>
3982           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3983           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3984             calculations
3985           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3986             edits
3987           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3988             of alignment)
3989           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3990
3991           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3992             display correctly
3993           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3994           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3995             analysis results
3996           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3997             &#8739;
3998           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3999           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4000           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4001
4002         </ul>
4003       </td>
4004     </tr>
4005     <tr>
4006       <td>
4007         <div align="center">
4008           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4009         </div>
4010       </td>
4011       <td>
4012         <ul>
4013           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4014         </ul>
4015       </td>
4016       <td>
4017         <ul>
4018           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4019             sequence id panel has been resized</li>
4020           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4021             rendered</li>
4022           <li>Annotation files with sequence references - all
4023             elements in file are relative to sequence position</li>
4024           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4025         </ul>
4026       </td>
4027     </tr>
4028     <tr>
4029       <td>
4030         <div align="center">
4031           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4032         </div>
4033       </td>
4034       <td>
4035         <ul>
4036           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4037           <li>DAS Feature fetching</li>
4038           <li>Hide sequences and columns</li>
4039           <li>Export Annotations and Features</li>
4040           <li>GFF file reading / writing</li>
4041           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4042             files</li>
4043           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4044           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4045           <li>Applet can launch the full application</li>
4046           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4047             required)</li>
4048           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4049           <li>Applet can load sequences from parameter
4050             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4051           </li>
4052         </ul>
4053       </td>
4054       <td>
4055         <ul>
4056           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4057           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4058           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4059         </ul>
4060       </td>
4061     </tr>
4062     <tr>
4063       <td>
4064         <div align="center">
4065           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4066         </div>
4067       </td>
4068       <td>
4069         <ul>
4070           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4071           <li>Choose to match case when searching</li>
4072           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4073             expand the visible width and height of the alignment</li>
4074         </ul>
4075       </td>
4076       <td>
4077         <ul>
4078           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4079         </ul>
4080       </td>
4081     </tr>
4082     <tr>
4083       <td>
4084         <div align="center">
4085           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4086         </div>
4087       </td>
4088       <td>&nbsp;</td>
4089       <td>
4090         <ul>
4091           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4092           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4093             value</li>
4094         </ul>
4095       </td>
4096     </tr>
4097     <tr>
4098       <td>
4099         <div align="center">
4100           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4101         </div>
4102       </td>
4103       <td>
4104         <ul>
4105           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4106           <li>Keyboard editing</li>
4107           <li>Create sequence features from searches</li>
4108           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4109             alignments</li>
4110           <li>Features file allows grouping of features</li>
4111           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4112           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4113           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4114         </ul>
4115       </td>
4116       <td>
4117         <ul>
4118           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4119           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4120             descriptions saved.</li>
4121         </ul>
4122       </td>
4123     </tr>
4124     <tr>
4125       <td>
4126         <div align="center">
4127           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4128         </div>
4129       </td>
4130       <td>
4131         <ul>
4132           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4133           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4134           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4135             name for file output</li>
4136           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4137           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4138             used for HTML form input</li>
4139         </ul>
4140       </td>
4141       <td>
4142         <ul>
4143           <li>HTML output writes groups and features</li>
4144           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4145           <li>File IO bugs</li>
4146         </ul>
4147       </td>
4148     </tr>
4149     <tr>
4150       <td>
4151         <div align="center">
4152           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4153         </div>
4154       </td>
4155       <td>
4156         <ul>
4157           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4158           <li>More options for PCA viewer</li>
4159         </ul>
4160       </td>
4161       <td>
4162         <ul>
4163           <li>GUI bugs resolved</li>
4164           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4165         </ul>
4166       </td>
4167     </tr>
4168     <tr>
4169       <td height="63">
4170         <div align="center">
4171           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4172         </div>
4173       </td>
4174       <td>
4175         <ul>
4176           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4177           <li>Jar files are executable</li>
4178           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4179         </ul>
4180       </td>
4181       <td>
4182         <ul>
4183           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4184           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4185           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4186         </ul>
4187       </td>
4188     </tr>
4189     <tr>
4190       <td>
4191         <div align="center">
4192           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4193         </div>
4194       </td>
4195       <td>
4196         <ul>
4197           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4198         </ul>
4199       </td>
4200       <td>
4201         <ul>
4202           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4203         </ul>
4204       </td>
4205     </tr>
4206     <tr>
4207       <td>
4208         <div align="center">
4209           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4210         </div>
4211       </td>
4212       <td>
4213         <ul>
4214           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4215             size</li>
4216         </ul>
4217       </td>
4218       <td>
4219         <ul>
4220           <li>Improved JPred client reliability</li>
4221           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4222         </ul>
4223       </td>
4224     </tr>
4225     <tr>
4226       <td>
4227         <div align="center">
4228           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4229         </div>
4230       </td>
4231       <td>
4232         <ul>
4233           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4234           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4235           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4236             to Colour Menu</li>
4237           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4238           <li>Unix users can set default web browser</li>
4239           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4240           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4241         </ul>
4242       </td>
4243       <td>
4244         <ul>
4245           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4246         </ul>
4247       </td>
4248     </tr>
4249     <tr>
4250       <td>
4251         <div align="center">
4252           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4253         </div>
4254       </td>
4255       <td>&nbsp;</td>
4256       <td>
4257         <ul>
4258           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4259             alignment order.</li>
4260         </ul>
4261       </td>
4262     </tr>
4263     <tr>
4264       <td>
4265         <div align="center">
4266           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4267         </div>
4268       </td>
4269       <td>
4270         <ul>
4271           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4272           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4273           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4274             annotations.</li>
4275           <li>Version and build date written to build properties
4276             file.</li>
4277           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4278             at launch of Jalview.</li>
4279         </ul>
4280       </td>
4281       <td>
4282         <ul>
4283           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4284           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4285           <li>Can remove groups one by one.</li>
4286           <li>Filechooser icons installed.</li>
4287           <li>Finder ignores return character when searching.
4288             Return key will initiate a search.<br>
4289           </li>
4290         </ul>
4291       </td>
4292     </tr>
4293     <tr>
4294       <td>
4295         <div align="center">
4296           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4297         </div>
4298       </td>
4299       <td>
4300         <ul>
4301           <li>New codebase</li>
4302         </ul>
4303       </td>
4304       <td>&nbsp;</td>
4305     </tr>
4306   </table>
4307   <p>&nbsp;</p>
4308 </body>
4309 </html>