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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 104             non-alphanumerics when discovering database references with
 105             'Fetch DB Refs'
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 109             Console whilst discovering database references for a
 110             sequence
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 114             schema
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 118             disabled by default
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 122             argument to prevent automatic discovery of analysis
 123             webservices on launch
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 127             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 128             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 129             textbox
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 133             proxies that require authentication
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 137             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 141             text
 142           </li>
 143         </ul>
 144         <em>Jalview Native App</em>
 145         <ul>
 146           <li>
 147             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 148             to get at Jalview's development builds
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 152             and Jalview Develop applications.
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 156             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 157             than anonymous 'Java' icons
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing) Look and Feel (LaF) used by Jalview
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved operation on Linux Ubuntu with
 164             HiDPI display in Java 11 (still known issues with HiDPI screens in java
 165             8 and 11. see <a
 166             href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh, .ps1, .bat) usable on
 170             macOS, Linux/Unix, Windows and documentation in Help.  Installer wizard has option
 171             to add this to PATH, or link to it in your PATH.
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 175             configuration from jalview_properties
 176           </li>
 177         </ul> <em>JalviewJS</em>
 178         <ul>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 181             SIFTS
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 188             reported once per key (avoids excessive log output in js
 189             console)
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 193             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 194           </li>
 195           <li></li>
 196         </ul> <em>Development</em>
 197         <ul>
 198           <li>
 199             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 200           </li>
 201           <li>Updated building instructions</li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 204             process, added support for system package provided eclipse
 205             installs on linux
 206           </li>
 207           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 208           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 209             Sur and Monterey</li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 212             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 213             the DMG
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 217             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 218             Jalview Launcher
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 222             with Java 17 (next LTS target)
 223           </li>
 224
 225         </ul>
 226
 227       </td>
 228       <td>
 229         <ul>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 232             execution
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 236             disappears when only one structure is shown (and many
 237             sequences:one chain mappings are present)
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 241             the first SEQUENCE_GROUP defined
 242
 243           </li>
 244
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 247             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 248             trees (known defect from 2.11.1.3)
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 252             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 256             base in DNA sequences
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 260             Structure Preferences
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 270             modified graduated colour
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 274             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 275             clustal colouring is enabled
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 282             from Preferences
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 286             routing to stderr and appear as a raw template
 287           </li>
 288         </ul> <em>JalviewJS</em>
 289         <ul>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 292             down) percentage values causing a divide by zero
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- -->
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- -->
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- -->
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!-- -->
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 308             via Info.args when there are arguments on the URL
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 315             JalviewJS
 316           </li>
 317         </ul> <em>Development</em>
 318         <ul>
 319           <li>Gradle
 320             <ul>
 321               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 322               <li>
 323                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 324                 Gradle v.6.6+
 325               </li>
 326             </ul>
 327           </li>
 328
 329         </ul>
 330         <em>Known Issues</em>
 331         <ul>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 334             suppressed when structures associated with a sequence are
 335             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1 series)
 336           </li>
 337         </ul>
 338       </td>
 339     </tr>
 340     <tr>
 341       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 342           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 343           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 344       <td></td>
 345       <td align="left" valign="top">
 346         <ul>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 349             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 350             Unix/BSD OSs)
 351           </li>
 352         </ul> <em>Security</em>
 353         <ul>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 356             certificates.
 357           </li>
 358         </ul>
 359     </tr>
 360     <tr>
 361       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 362           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 363           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 364
 365       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 366         <ul>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 369             2.16.0 to 2.17.0.
 370           </li>
 371         </ul></td>
 372       <td></td>
 373     </tr>
 374     <tr>
 375       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 376           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 377           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 378
 379       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 380         <ul>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 383             (was log4j 1.2.x).
 384         </ul> <em>Development</em>
 385         <ul>
 386           <li>Updated building instructions</li>
 387         </ul></td>
 388       <td>
 389         <ul>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 392             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 393             and display)
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 397             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 398             only)
 399           </li>
 400         </ul> <em>Development</em>
 401         <ul>
 402           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 403         </ul>
 404       </td>
 405     </tr>
 406     <tr>
 407       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 408           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 409           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 410       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 411           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 412         <ul>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 415             launch of the news browser (like -nonews argument)
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 419             download of linkout URLs from
 420             www.jalview.org/services/identifiers
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 424             download of BIOJSHTML templates
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 428             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 429             disabled
 430           </li>
 431         </ul></td>
 432       <td align="left" valign="top">
 433         <ul>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 436             Jmol
 437           </li>
 438         </ul> <em>New Known defects</em>
 439         <ul>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 442             always restored from project (since 2.10.3)
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 446             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 447           </li>
 448         </ul>
 449       </td>
 450     </tr>
 451     <tr>
 452       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 453           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 454           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 455       <td align="left" valign="top">
 456         <ul>
 457
 458         </ul>
 459       </td>
 460       <td align="left" valign="top">
 461         <ul>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 464             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 468             sequences can be classed as nucleotide
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 472             sequences after alignment of protein products (known defect
 473             first reported for 2.11.1.0)
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 477             features outwith CDS shown overlaid on protein
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 481             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 482             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 486             CDS features
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 490             always select corresponding protein sequences
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 494             column selection doesn't always ignore hidden columns
 495           </li>
 496         </ul> <em>Installer</em>
 497         <ul>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 500             Windows prevents install4j launching getdown
 501           </li>
 502         </ul> <em>Development</em>
 503         <ul>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 506             version numbers in doc/building.md
 507           </li>
 508         </ul>
 509       </td>
 510     </tr>
 511     <tr>
 512       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 513           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 514           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 515       <td align="left" valign="top">
 516         <ul>
 517         </ul>
 518       </td>
 519       <td align="left" valign="top">
 520         <ul>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 523             "Encountered problems opening
 524             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 525           </li>
 526         </ul>
 527       </td>
 528     </tr>
 529     <tr>
 530       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 531           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 532           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 533       <td align="left" valign="top">
 534         <ul>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 537             residue in cursor mode
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 541             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 545             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 546             improved compatibility with JalviewJS
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 550             alignments from Pfam and Rfam
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 554             import (no longer based on .gz extension)
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 561             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 562             EMBL flat file
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 566             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 567             saving or making backup files.
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 571             <ul>
 572               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 573               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 574             </ul>
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 578             when running on Linux (Requires Java 11+)
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 582             green ones) are not automatically displayed when associated
 583             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 584             PDB.
 585           </li>
 586         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 587         <ul>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 590             through a system property
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 594             line help for configuring Jalview's memory
 595           </li>
 596         </ul>
 597       </td>
 598       <td align="left" valign="top">
 599         <ul>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 602             but not calculated and no protein or DNA score models are
 603             available for tree/PCA calculation when launched with
 604             Turkish language locale
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 608             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 612             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 616             sequence under the cursor
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 620             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 624             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 625             '%s'" on the console
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 629             when there are both local and complementary features mapped
 630             to the position under the cursor
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 634             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 638             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 639           </li>
 640           <li>
 641             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 642             internationalised text for some messages and log output
 643           </li>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 646             hidden gapped columns
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 650             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 654             specifying output format when exporting an alignment via the
 655             command line
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 659             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 660             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 661             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 662             file again, and if that fails, delete the original file and
 663             save in place.)
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 667             sequence features displayed causes displayed features to be
 668             hidden.
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 672             via command line
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 676             program and documentation
 677           </li>
 678         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 679         <ul>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 682             first time for a version that has different jars to the
 683             previous launched version.
 684           </li>
 685         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 686         <ul>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 689             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 690             OutOfMemory error.
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 694             monitor the release channel
 695           </li>
 696         </ul> <em>New Known defects</em>
 697         <ul>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 700             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 701             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 702             RNA viruses)
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 706             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 707             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 711             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 712             works for the top left quadrant of the alignment window
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 716             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 717           </li>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 720             when alignment view restored from project (since Jalview
 721             2.11.0)
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 725             protein products for certain ENA records are repeatedly
 726             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 727           </li>
 728         </ul>
 729       </td>
 730     </tr>
 731     <tr>
 732       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 733           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 734           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 735       <td align="left" valign="top">
 736         <ul>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 739             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 740             for display in alignments, on structure views (including
 741             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 742             export.
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 746             exported and re-imported as GFF3 files
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 750             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 754             validation while parsing
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 758             position if reopened
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 762             of associated view
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 766             enabled by default
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 770             tooltips and menus
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 774             with no feature types visible
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 778             attributes with large integer values
 779           </li>
 780         </ul>
 781         <em>Jalview Installer</em>
 782         <ul>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 785             installer template version reported in console (may be null
 786             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 790             higher quality background images
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 794             generated with install4j 8.0.4
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 798             Platforms
 799           </li>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 802             setting when running on large memory machines
 803           </li>
 804         </ul> <em>Release processes</em>
 805         <ul>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 811             access to test-release channel builds
 812           </li>
 813         </ul> <em>Build System</em>
 814         <ul>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 820             report
 821           </li>
 822         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 823         <ul>
 824           <li>
 825             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 826             to stdout containing the consensus sequence for each
 827             alignment in a Jalview session
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 831             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 832             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 833           </li>
 834         </ul>
 835       </td>
 836       <td align="left" valign="top">
 837         <ul>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 840             'Show hidden markers' option is not ticked
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 844             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 845             jalview preferences or properties file
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 849             'Show Sequence Features' option is not ticked
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 853             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 854             features are visible
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 858             equal when split frame is first opened
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 862             correct after editing a sequence's start position
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 866             with annotation and exceptions thrown when only a few
 867             columns shown in wrapped mode
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 871             wrapped alignment figure with annotations
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 875             ID fails with ClassCastException
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 879             Project
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 883             feature settings dialog also selects columns
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 887             IllegalArgumentException in some circumstances
 888           </li>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 891             opened for a view
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 895             alignment window is closed
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 899             help documentation for 2.11.0 release
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 903             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 904             Uniprot Accession
 905           </li>
 906         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 907         <ul>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 910             PDB/Uniprot search panel
 911           </li>
 912         </ul> <em>Installer</em>
 913         <ul>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 916             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 917           </li>
 918         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 919         <ul>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 922             repository
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 926             memory
 927           </li>
 928         </ul> <em>New Known Issues</em>
 929         <ul>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 932             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 933             command line
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 937             clipped in headless figure export when Right Align option
 938             enabled
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 942             'Source' in console output
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 946             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 947           </li>
 948         </ul>
 949       </td>
 950     </tr>
 951     <tr>
 952       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 953           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 954       <td align="left" valign="top">
 955         <ul>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 958             Application and Installers built with <a
 959             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 960             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 961             InstallAnywhere
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 965             memory settings, receive over the air updates and launch
 966             specific versions via (<a
 967             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 968               Rings' GetDown</a>)
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 972             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 973             files)
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 977             line arguments and switch between different getdown channels
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 981             project or alignment files
 982           </li>
 983
 984           <li>
 985             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 986             data files
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 990             updated to version 2.12.0
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 994             'Translate as cDNA'
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 998           </li>
 999           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1000               of Sequence Features</strong>
1001             <ul>
1002               <li>
1003                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1004                 implementation that allows updates) used for Sequence
1005                 Feature collections
1006               </li>
1007               <li>
1008                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1009                 features can be filtered and shaded according to any
1010                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1011                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1012                 file)
1013               </li>
1014               <li>
1015                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1016                 stored and restored from Jalview Projects
1017               </li>
1018               <li>
1019                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1020                 BioJava) to recognise variant features
1021               </li>
1022               <li>
1023                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1024                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1025               </li>
1026               <li>
1027                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1028                 selected sequence feature's details
1029               </li>
1030               <li>
1031                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1032                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1033                 and filter aware)
1034               </li>
1035               <li>
1036                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1037                 Settings dialog
1038               </li>
1039             </ul></li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1042             and PCA calculations
1043           </li>
1044           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1045             <ul>
1046               <li>
1047                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1048                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1049               </li>
1050               <li>
1051                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1052                 viewer's drop-down menus
1053               </li>
1054               <li>
1055                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1056                 PCA image incrementally
1057               </li>
1058               <li>
1059                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1060               </li>
1061             </ul></li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1064           </li>
1065           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1066             <ul>
1067               <li>
1068                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1069                 selections and multiple groups when working with large
1070                 alignments
1071               </li>
1072               <li>
1073                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1074                 parsing Stockholm files
1075               </li>
1076             </ul>
1077           <li><strong>User Interface</strong>
1078             <ul>
1079               <li>
1080                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1081                 each view
1082               </li>
1083               <li>
1084                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1085                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1086                 regions of alignment are shown by default (can be
1087                 changed in user preferences)
1088               </li>
1089               <li>
1090                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1091                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1092               </li>
1093               <li>
1094                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1095                 when all sequences are hidden
1096               </li>
1097               <li>
1098                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1099                 selection region, and gap count when inserting or
1100                 deleting gaps
1101               </li>
1102               <li>
1103                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1104                 annotation labels
1105               </li>
1106               <li>
1107                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1108                 shown when in wrapped mode
1109               </li>
1110               <li>
1111                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1112                 left/right in a graph or histogram annotation
1113               </li>
1114               <li>
1115                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1116                 search panels
1117               </li>
1118               <li>
1119                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1120                 Overview panel
1121               </li>
1122               <li>
1123                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1124                 sequence id popup menu
1125               </li>
1126               <li>
1127                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1128                 not shown if no subgroups are created
1129               </li>
1130               <li>
1131                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1132                 search history by right-clicking search box
1133               </li>
1134
1135
1136             </ul></li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1139             Groovy v2.5
1140           </li>
1141           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1142               release)</strong>
1143             <ul>
1144               <li>
1145                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1146                 entry and trapping CMD-Q
1147               </li>
1148             </ul></li>
1149         </ul> <em>Deprecations</em>
1150         <ul>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1153             capabilities removed from the Jalview Desktop
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1157             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1158             projects and XML based data retrieval clients
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1162             removal
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1166             Start
1167           </li>
1168         </ul> <em>Documentation</em>
1169         <ul>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1172             effects not supported in EPS figure export
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1176             dialog
1177           </li>
1178         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1179         <ul>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1182             from Ant to Gradle
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1186             keys in Message bundles
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1190             gradle-eclipse
1191           </li>
1192           <li>
1193             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1194             continuous integration for unattended Test Suite execution
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1198             operations
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1202             issues resolved
1203           </li>
1204           <li>
1205             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1206             markdown (with HTML rendering)
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1213             versions of Jalview
1214           </li>
1215         </ul>
1216       </td>
1217       <td align="left" valign="top">
1218         <ul>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1221           </li>
1222           <li>
1223             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1224             superposition in Jmol fail on Windows
1225           </li>
1226           <li>
1227             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1228             discovering structures for sequences with lots of PDB
1229             structures
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1233             with monospaced font
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1237             Jalview project involving multiple views
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1241             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1242             Annotation dialog hides columns
1243           </li>
1244           <li>
1245             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1246             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1247             selection in one view, then making another selection in the
1248             other view
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1252             columns
1253           </li>
1254           <li>
1255             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1256             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1257           </li>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1260             redrawing the overview with large alignments
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1264             region if columns were selected by dragging right-to-left
1265             and the mouse moved to the left of the first column
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1269             a hidden column marker via scale popup menu
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1273             URLs doesn't tell users the invalid URL
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1277             score from view
1278           </li>
1279           <li>
1280             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1281             during show cross references or Fetch Database References
1282             are shown in red in original view
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1286             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1287             p.Res.null)
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1291             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1292           </li>
1293           <li>
1294             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1295             printed when columns are hidden
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1299             Columns by Annotation description
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1303             dragging out of Scale or Annotation Panel
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1307             out of scale panel
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1311             alignment down
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1315             in scale panel
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1319             Down, Page Up in wrapped mode
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1323           </li>
1324           <li>
1325             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1329             selected on opening an alignment
1330           </li>
1331           <li>
1332             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1333             in Colour menu
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1337             when different groups in the alignment are selected
1338           </li>
1339           <li>
1340             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1341             shown correctly in menu
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1345             min/max threshold limit
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1349             threshold gets 'unrounded'
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1353             colour
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1357             axis
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1364             alignment, not Tree font
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1368             from project file
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1372             Overview shown in complementary view
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1376             shown without normalisation
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1380             positioned at top of report
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1387             OSX Mojave
1388           </li>
1389         </ul> <em>Editing</em>
1390         <ul>
1391           <li>
1392             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1393             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1394             via 'Edit' sequence
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1398             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1399             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1403             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1407             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1408             in 2.10.5)
1409           </li>
1410         </ul> <em>Datamodel</em>
1411         <ul>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1414             sequence's End is greater than its length
1415           </li>
1416         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1417           release)</em>
1418         <ul>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1421           </li>
1422         </ul> <em>New Known Defects</em>
1423         <ul>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1426             clicking ignores bounds of an existing selected region
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1430             gapped regions of protein alignment.
1431           </li>
1432           <li>
1433             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1434             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1435           </li>
1436           <li>
1437             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1438             after 'New View'
1439           </li>
1440           <li>
1441             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1442             columns within hidden columns
1443           </li>
1444           <li>
1445             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1446             re-enters window after dragging left to select columns to
1447             left of visible region
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1451             description string and thresholded by score in earlier
1452             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1453             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1454           </li>
1455           <li>
1456             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1457             reset group visibility
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1461             linked CDS/Protein view
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1465             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1466           </li>
1467         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1468         <ul>
1469           <li>
1470             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1471             alphabetically when saved
1472           </li>
1473         </ul>
1474       </td>
1475     </tr>
1476     <tr>
1477       <td width="60" nowrap>
1478         <div align="center">
1479           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1480         </div>
1481       </td>
1482       <td><div align="left">
1483           <em></em>
1484           <ul>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1487               InstallAnywhere increased to 1G.
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1491               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1492               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1493                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1494                 properties file.</em>
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1498               API and sequence data now imported as JSON.
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1502               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1503               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1504               property.
1505             </li>
1506           </ul>
1507           <em>Development</em>
1508           <ul>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1511               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1512                 Clover</a>
1513             </li>
1514           </ul>
1515         </div></td>
1516       <td><div align="left">
1517           <em></em>
1518           <ul>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1521               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1522               alignment.
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1526               annotation displayed.
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1530               for newly created group when 'Apply to all groups'
1531               selected
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1535               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1536               visible.
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1540               when sequences are selected in exported view.</em>
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1544               aren't rendered with correct colour.
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1548               types of knotted RNA secondary structure.
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1552               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1553               do not start at 1.
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1557               annotation when columns are inserted into an alignment,
1558               and when exporting as Stockholm flatfile.
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1562               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1563               treated as RNA secondary structure.
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1567               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1571               transfers focus to previous window on OSX
1572             </li>
1573           </ul>
1574           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1575           <ul>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1578               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1579               box.
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1583               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1584               'look and feel' which has improved compatibility with the
1585               latest version of OSX.
1586             </li>
1587           </ul>
1588         </div></td>
1589     </tr>
1590     <tr>
1591       <td width="60" nowrap>
1592         <div align="center">
1593           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1594             <em>7/06/2018</em></strong>
1595         </div>
1596       </td>
1597       <td><div align="left">
1598           <em></em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1602               annotation retrieved from Uniprot
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1606               onto the Jalview Desktop
1607             </li>
1608           </ul>
1609         </div></td>
1610       <td><div align="left">
1611           <em></em>
1612           <ul>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1615               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1619               right-hand column parsed correctly
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1623               not alignment area in exported graphic
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1627               window has input focus
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1631               annotation added to view (Windows)
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1635               network connectivity is poor
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1639               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1640                 the currently open URL and links from a page viewed in
1641                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1642                 you are using Edge, only links in the page can be
1643                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1644                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1645             </li>
1646           </ul>
1647           <em>New Known Defects</em>
1648           <ul>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1651               Annotation
1652             </li>
1653           </ul>
1654         </div></td>
1655     </tr>
1656     <tr>
1657       <td width="60" nowrap>
1658         <div align="center">
1659           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1660         </div>
1661       </td>
1662       <td><div align="left">
1663           <em></em>
1664           <ul>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1667               for disabling automatic superposition of multiple
1668               structures and open structures in existing views
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1672               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1673               adjust them.
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1677               Ensembl services
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1681               and lots of hidden columns
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1685               of features (particularly when transparency is disabled)
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1689               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1690               made generally available
1691             </li>
1692           </ul>
1693         </div></td>
1694       <td><div align="left">
1695           <ul>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1698               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1702               overlapping alignment panel
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1706               sequence as gaps
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1710               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1711               UTR
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1715               factor annotation not added to sequence when local PDB
1716               file associated with it by drag'n'drop or structure
1717               chooser
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1721               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1725               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1729               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1733               columns in annotation row
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1737               not honored in batch mode
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1741               for structures added to existing Jmol view
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1745               entries after importing project with multiple views
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1749               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1750               with negative residue numbers or missing residues fails
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1754               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1755               files (e.g. as generated by CONSURF)
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1759               tooltip doesn't include a text description of mutation
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1763               structure and/or overview windows are also shown
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1767               regions very slow for alignments with large numbers of
1768               sequences
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1772               with 'StringIndexOutOfBounds'
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1776               Feel for OSX platforms running Java 10
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1780               view appears to do nothing because the view is hidden
1781               behind the alignment view
1782             </li>
1783           </ul>
1784           <em>Applet</em>
1785           <ul>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1788               should copy the group consensus when popup is opened on it
1789             </li>
1790           </ul>
1791           <em>Batch Mode</em>
1792           <ul>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1795               respected
1796             </li>
1797           </ul>
1798           <em>New Known Defects</em>
1799           <ul>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1802               editing a large alignment and overview is displayed
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1806               repeatedly after a series of edits even when the overview
1807               is no longer reflecting updates
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1811               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1812               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1813               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1817               CSV option gives blank output
1818             </li>
1819           </ul>
1820         </div></td>
1821     </tr>
1822     <tr>
1823       <td width="60" nowrap>
1824         <div align="center">
1825           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1826             <em>24/1/2018</em></strong>
1827         </div>
1828       </td>
1829       <td><div align="left">
1830           <ul>
1831             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1832               30th November 2018)</li>
1833           </ul>
1834         </div></td>
1835       <td><div align="left">
1836           <em>Desktop</em>
1837           <ul>
1838             <ul>
1839               <li>
1840                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1841                 several sequences and structures are selected for
1842                 viewing/superposing
1843               </li>
1844               <li>
1845                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1846                 vertically via trackpad and scrollwheel
1847               </li>
1848               <li>
1849                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1850                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1851                 start of alignment
1852               </li>
1853               <li>
1854                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1855                 scrolled into view if columns are hidden
1856               </li>
1857               <li>
1858                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1859                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1860                 hidden columns
1861               </li>
1862               <li>
1863                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1864                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1865                 effect
1866               </li>
1867               <li>
1868                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1869                 relationships when retrieving sequences from
1870                 EnsemblGenomes
1871               </li>
1872             </ul>
1873         </div></td>
1874     </tr>
1875     <tr>
1876       <td width="60" nowrap>
1877         <div align="center">
1878           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1879         </div>
1880       </td>
1881       <td><div align="left">
1882           <em></em>
1883           <ul>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1886               rendering of sequence features
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1890               429 rate limit request hander
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1894               their colours have changed
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1898               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1902               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1906               view from Ensembl locus cross-references
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1910               Alignment report
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1914               feature can be disabled
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1918               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1922               Uniprot
1923             </li>
1924           </ul>
1925           <em>Scripting</em>
1926           <ul>
1927             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1928             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1929               percent identity scores for current alignment.</li>
1930           </ul>
1931           <em>Testing and Deployment</em>
1932           <ul>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1935             </li>
1936           </ul>
1937         </div></td>
1938       <td><div align="left">
1939           <em>General</em>
1940           <ul>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1943               threshold text field doesn't trigger an update to the
1944               alignment view
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1948               strings in parallel
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1952               alignment window is closed
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1956               group visibility
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1960               takes a long time in Cursor mode
1961             </li>
1962           </ul>
1963           <em>Desktop</em>
1964           <ul>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1967               cannot be viewed in Chimera
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1971               CDS/Protein view
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1975               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1976               Search Dialogs
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1986               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1990               scrolling right in unwapped alignment view
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1994               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1995               database
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1999               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2003               features of same type and group to be selected for
2004               amending
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2008               alignments when hidden columns are present
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2012               displaying several structures
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2016               moving a window
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2020               within the Jalview desktop on OSX
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2024               when in wrapped alignment mode
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2028               hand end of alignment
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2032               each selected sequence do not have correct start/end
2033               positions
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2037               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2041               restoring project until a new view is created
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2045               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2046               configured (since 2.10.2b2)
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2050               position is adjusted
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2054               in a multi-chain structure when viewing alignment
2055               involving more than one chain (since 2.10)
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2059               if new selection moves alignment window
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2063               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2067               that produces correctly annotated transcripts and products
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2071               doesn't update associated structure view
2072             </li>
2073           </ul>
2074           <em>Applet</em><br />
2075           <ul>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2078               closing alignment panel
2079             </li>
2080           </ul>
2081           <em>BioJSON</em><br />
2082           <ul>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2085               non-positional features
2086             </li>
2087           </ul>
2088           <em>New Known Issues</em>
2089           <ul>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2092               sequence features correctly (for many previous versions of
2093               Jalview)
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2097               using cursor in wrapped panel other than top
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2101               graduated colour threshold
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2105               always preserve numbering and sequence features
2106             </li>
2107           </ul>
2108           <em>Known Java 9 Issues</em>
2109           <ul>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2112               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2113               9.01, OSX 10.10)
2114             </li>
2115           </ul>
2116         </div></td>
2117     </tr>
2118     <tr>
2119       <td width="60" nowrap>
2120         <div align="center">
2121           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2122             <em>2/10/2017</em></strong>
2123         </div>
2124       </td>
2125       <td><div align="left">
2126           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2127           <ul>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2130               at uniprot.org
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2134               ebi.ac.uk
2135             </li>
2136           </ul>
2137         </div></td>
2138       <td><div align="left"></div></td>
2139     </tr>
2140     <tr>
2141       <td width="60" nowrap>
2142         <div align="center">
2143           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2144             <em>7/9/2017</em></strong>
2145         </div>
2146       </td>
2147       <td><div align="left">
2148           <em></em>
2149           <ul>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2152               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2153               white)
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2157               Preferences
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2161               in size and progress bar shown as higher resolution
2162               overview is recalculated
2163             </li>
2164
2165           </ul>
2166         </div></td>
2167       <td><div align="left">
2168           <em></em>
2169           <ul>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2172               column region row by row
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2176               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2180               format setting is unticked
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2184               if group has show boxes format setting unticked
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2188               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2189               include sequences and columns not currently displayed
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2193               assemblies are imported via CIF file
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2197               displayed when threshold or conservation colouring is also
2198               enabled.
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2202               server version
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2206               dragging a selected region off the visible region of the
2207               alignment
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2211               colourscheme to all groups in a view
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2215               initially after font size change using the Font chooser or
2216               middle-mouse zoom
2217             </li>
2218           </ul>
2219         </div></td>
2220     </tr>
2221     <tr>
2222       <td width="60" nowrap>
2223         <div align="center">
2224           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2225         </div>
2226       </td>
2227       <td><div align="left">
2228           <em>Calculations</em>
2229           <ul>
2230
2231             <li>
2232               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2233               ungapped positions in each column of the alignment.
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2237               a calculation dialog box
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2241               and memory efficiency (~30x faster)
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2245               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2246               and other calculations
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2250               files within the Jalview codebase
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2254               Similarity may have different topology due to increased
2255               precision
2256             </li>
2257           </ul>
2258           <em>Rendering</em>
2259           <ul>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2262               model for alignments and groups
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2266               scripts
2267             </li>
2268           </ul>
2269           <em>Overview</em>
2270           <ul>
2271             <li>
2272               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2273               with alignment and overview windows
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2277               overview
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2281               omitted in Overview
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2285               adjustment of visible position
2286             </li>
2287           </ul>
2288
2289           <em>Data import/export</em>
2290           <ul>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2293               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2297               annotation input/output via stockholm flatfile
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2301               extension when importing structure files without embedded
2302               names or PDB accessions
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2306               format sequence substitution matrices
2307             </li>
2308           </ul>
2309           <em>User Interface</em>
2310           <ul>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2313               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2314               the application.
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2318               via Overview or sequence motif search operations
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2322               opened by double clicking gaps within sequence feature
2323               extent
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2327               aligned positions were available to create a 3D structure
2328               superposition.
2329             </li>
2330           </ul>
2331           <em>3D Structure</em>
2332           <ul>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2335               coloured in linked structure views
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2339               file-based command exchange
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2343               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2344               structures are already available for sequences
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2348               the Jalview project rather than downloaded again when the
2349               project is reopened.
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2353               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2354               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2355                 Feature</strong>)
2356             </li>
2357           </ul>
2358           <em>Web Services</em>
2359           <ul>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2365               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2366               Analysis services
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2370               cross-references provided by identifiers.org and the
2371               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2372             </li>
2373           </ul>
2374
2375           <em>Scripting</em>
2376           <ul>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2379               identifying file formats (instead of String constants)
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2383               efficiency when counting all displayed features (not
2384               backwards compatible with 2.10.1)
2385             </li>
2386           </ul>
2387           <em>Example files</em>
2388           <ul>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2391               included in the example feature file
2392             </li>
2393           </ul>
2394           <em>Documentation</em>
2395           <ul>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2398               with the built-in Java help viewer
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2402               sequence description' option
2403             </li>
2404           </ul>
2405           <em>Test Suite</em>
2406           <ul>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2409               Uniprot REST Free Text Search Client
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2416               during tests
2417             </li>
2418           </ul>
2419         </div></td>
2420       <td><div align="left">
2421           <em>Calculations</em>
2422           <ul>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2425               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2426               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2427             </li>
2428             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2429               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2430               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2431               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2432               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2433               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2434               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2435               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2436               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2437               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2438               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2439               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2440               // for 2.10.1 mode <br />
2441               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2442               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2443                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2444                 calculations (not recommended)</em></li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2447               scaling of branch lengths for trees computed using
2448               Sequence Feature Similarity.
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2452               generating output report when working with highly
2453               redundant alignments
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2457               right of selected region when gaps present on right-hand
2458               boundary
2459             </li>
2460           </ul>
2461           <em>User Interface</em>
2462           <ul>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2465               doesn't reselect a specific sequence's associated
2466               annotation after it was used for colouring a view
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2470               opened on a region of alignment without groups
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2474               of an alignment with overlapping groups
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2478               name and description match
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2482               hidden regions results in incorrect hidden regions
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2486               changing colour does not apply Conservation slider value
2487               to all groups
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2491               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2495               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2499               gaps before start of features
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2503               restored to UI when feature colour is edited
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2507               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2511               as graduate feature colour settings are modified via the
2512               dialog box
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2516               when a group defined on the alignment is resized
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2520               wrapped view result in positional status updates
2521             </li>
2522
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2525               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2529               alignment included gapped columns
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2533               widgets don't permanently disappear
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2537               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2538               T-Coffee column reliability scores)
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2542               sequence feature on gaps only
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2546               button from a Find inherit previously defined feature type
2547               rather than the Find query string
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2551               exporting tree calculated in Jalview
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2555               and then revealing them reorders sequences on the
2556               alignment
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2560               doesn't update to reflect available set of groups after
2561               interactively adding or modifying features
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2565               Linux
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2569               only excluded gaps in current sequence and ignored
2570               selection.
2571             </li>
2572           </ul>
2573           <em>Rendering</em>
2574           <ul>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2577               erratically when hidden rows or columns are present
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2581               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2582               sequence colouring
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2586               colour and group colour menu for protein alignments
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2590               reflect currently selected view or group's shading
2591               thresholds
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2595               when rendered on overview and structures when opacity at
2596               100%
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2600               overview when features overlaid on alignment
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2604               recovered correctly from Jalview project file
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2608               opened (automatically via preferences) are different to
2609               the main alignment panel
2610             </li>
2611           </ul>
2612           <em>Data import/export</em>
2613           <ul>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2616               load
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2620               added after a sequence was imported are not written to
2621               Stockholm File
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2625               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2629               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2633               with lightGray or darkGray via features file (but can
2634               specify lightgray)
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2638               when alignment view imported from project
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2642               structure and sequences extracted from structure files
2643               imported via URL and viewed in Jmol
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2647               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2648               the project is loaded and the structure viewed
2649             </li>
2650           </ul>
2651           <em>Web Services</em>
2652           <ul>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2655               release of Ensembl v.88
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2659               appear enabled in Preferences->Connections
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2663               removed from console output
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2667               Ensembl by Peptide ID
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2671               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2672               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2673               due to 'null' string rather than empty string used for
2674               residues with no corresponding PDB mapping).
2675             </li>
2676           </ul>
2677           <em>Application UI</em>
2678           <ul>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2681               menu
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2685               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2686               new documentation and tooltips added)
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2690               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2694               new features are added to alignment
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2698               changes to feature colours via the Amend features dialog
2699             </li>
2700             <li>
2701               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2702               edit graduated feature colour via amend features dialog
2703               box
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2707               selection menu changes colours of alignment views
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2711               from alignment calculation workers after alignment has
2712               been closed
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2716               groups now 'Create Group'
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2720               Create/Undefine group doesn't always work
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2724               shown again after pressing 'Cancel'
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2728               adjusts start position in wrap mode
2729             </li>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2732               ambiguous amino acids
2733             </li>
2734             <li>
2735               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2736               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2737               proteins
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2741               Defined' don't appear in Colours menu
2742             </li>
2743           </ul>
2744           <em>Applet</em>
2745           <ul>
2746             <li>
2747               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2748               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2749             </li>
2750             <li>
2751               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2752               overview or linked structure view
2753             </li>
2754             <li>
2755               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2756               work (since 2.8)
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2760               user-defined colourscheme doesn't restore original
2761               colourscheme
2762             </li>
2763           </ul>
2764           <em>Test Suite</em>
2765           <ul>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2768               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2772               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2773               problems with deep array comparison equality asserts in
2774               successive versions of TestNG
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2778               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2779             </li>
2780           </ul>
2781           <em>New Known Issues</em>
2782           <ul>
2783             <li>
2784               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2785               phase after a sequence motif find operation
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2789               containing just upper and lower case letters are
2790               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2794               reliably from eggnog Ortholog database
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2798               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2799               to mark columns containing highlighted regions.
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2803               doesn't always add secondary structure annotation.
2804             </li>
2805           </ul>
2806         </div>
2807     <tr>
2808       <td width="60" nowrap>
2809         <div align="center">
2810           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2811         </div>
2812       </td>
2813       <td><div align="left">
2814           <em>General</em>
2815           <ul>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2818               for all consensus calculations
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2822               3rd Oct 2016)
2823             </li>
2824             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2825               for 2016-2017</li>
2826           </ul>
2827           <em>Application</em>
2828           <ul>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2831               set of database cross-references, sorted alphabetically
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2835               from database cross references. Users with custom links
2836               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2837                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2841               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2842               Chimera session
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2846               the Chimera it is connected to is shut down
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2850               columns menu item to mark columns containing highlighted
2851               regions (e.g. from structure selections or results of a
2852               Find operation)
2853             </li>
2854             <li>
2855               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2856               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2857               MSAviewer
2858             </li>
2859           </ul>
2860         </div></td>
2861       <td>
2862         <div align="left">
2863           <em>General</em>
2864           <ul>
2865             <li>
2866               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2867               are not coloured or thresholded according to percent
2868               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2872               hydrophobic
2873             </li>
2874             <li>
2875               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2876               threshold, amino acid properties)
2877             </li>
2878             <li>
2879               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2880               reported as mapped to residues in a structure file in the
2881               View Mapping report
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2885               could be added multiple times to a sequence
2886             </li>
2887             <li>
2888               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2889               bond features shown as two highlighted residues rather
2890               than a range in linked structure views, and treated
2891               correctly when selecting and computing trees from features
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2895               cross-references are matched to database name regardless
2896               of case
2897             </li>
2898
2899           </ul>
2900           <em>Application</em>
2901           <ul>
2902             <li>
2903               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2904               names without regular expressions also offer links from
2905               Sequence ID
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2909               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2910               update Jalview configuration
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2914               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2915             </li>
2916             <li>
2917               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2918               files with similarly named sequences if dropped onto the
2919               alignment
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2923               entries where more chains exist in the PDB accession than
2924               are reported in the SIFTS file
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2928               the structure view when displayed with Chimera
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2932               panel's View->Show Chains submenu
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2936               work for wrapped alignment views
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2940               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2944               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2945               first annotation row
2946             </li>
2947             <li>
2948               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2949               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2950             </li>
2951             <li>
2952               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2953               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2954             </li>
2955             <!-- JAL-2319 -->
2956             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2957             coordindate data
2958             </li>
2959           </ul>
2960           <!--           <em>New Known Issues</em>
2961           <ul>
2962             <li></li>
2963           </ul> -->
2964         </div>
2965       </td>
2966     </tr>
2967     <td width="60" nowrap>
2968       <div align="center">
2969         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2970           <em>25/10/2016</em></strong>
2971       </div>
2972     </td>
2973     <td><em>Application</em>
2974       <ul>
2975         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2976           view if structures already loaded</li>
2977         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2978           structure views</li>
2979       </ul></td>
2980     <td>
2981       <div align="left">
2982         <em>General</em>
2983         <ul>
2984           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2985             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2986           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2987             example sequences/projects/trees</li>
2988         </ul>
2989         <em>Application</em>
2990         <ul>
2991           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2992             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2993           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2994             without timeout for structures with multiple models or
2995             multiple sequences in alignment</li>
2996           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2997             PDB ID HEADER line</li>
2998           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2999             is performed</li>
3000           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3001             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3002           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3003           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3004             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3005             option</li>
3006           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3007             is created on the alignment</li>
3008           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3009             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3010             pop-up menu</li>
3011         </ul>
3012         <em>Build and deployment</em>
3013         <ul>
3014           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3015             tags</li>
3016         </ul>
3017         <em>New Known Issues</em>
3018         <ul>
3019           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3020             on Windows</li>
3021         </ul>
3022       </div>
3023     </td>
3024     </tr>
3025     <tr>
3026       <td width="60" nowrap>
3027         <div align="center">
3028           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3029         </div>
3030       </td>
3031       <td><em>General</em>
3032         <ul>
3033           <li>
3034             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3035           </li>
3036           <li>
3037             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3038             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3039             better PDB parsing.
3040           </li>
3041           <li>
3042             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3043             reference sequence
3044           </li>
3045           <li>
3046             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3047             mousing over sequence associated annotation
3048           </li>
3049           <li>
3050             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3051             for manual entry
3052           </li>
3053           <li>
3054             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3055             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3056             for each column
3057           </li>
3058           <li>
3059             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3060             showing or hiding columns containing a feature
3061           </li>
3062           <li>
3063             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3064             group and sequence associated annotation labels
3065           </li>
3066           <li>
3067             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3068             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3069             dialogs
3070           </li>
3071
3072         </ul> <em>Application</em>
3073         <ul>
3074           <li>
3075             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3076             gene/transcript view
3077           </li>
3078           <li>
3079             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3080             dialog
3081           </li>
3082           <li>
3083             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3084             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3085           </li>
3086           <li>
3087             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3088             Pfam sources to xfam.org
3089           </li>
3090           <li>
3091             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3092           </li>
3093           <li>
3094             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3095             over sequences in Jalview
3096           </li>
3097           <li>
3098             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3099             regions in ENA and EMBL
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3103             for record retrieval via ENA rest API
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3107             complement operator
3108           </li>
3109           <li>
3110             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3111             groovy script execution
3112           </li>
3113           <li>
3114             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3115             alignment window's Calculate menu
3116           </li>
3117           <li>
3118             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3119             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3120           </li>
3121           <li>
3122             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3123             calculation workers from groovy scripts
3124           </li>
3125           <li>
3126             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3127             Jalview projects
3128           </li>
3129           <li>
3130             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3131             associations are now saved/restored from project
3132           </li>
3133           <li>
3134             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3135             before sequence fetcher is opened
3136           </li>
3137           <li>
3138             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3139             database chooser opens a sequence fetcher
3140           </li>
3141           <li>
3142             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3143             the UniProt REST API
3144           </li>
3145           <li>
3146             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3147             the news reader opening
3148           </li>
3149           <li>
3150             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3151             querying stored in preferences
3152           </li>
3153           <li>
3154             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3155             search results
3156           </li>
3157           <li>
3158             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3159           </li>
3160           <li>
3161             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3162             menu for nucleotide sequences
3163           </li>
3164           <li>
3165             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3166             and feature counts preserves alignment ordering (and
3167             debugged for complex feature sets).
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3171             viewing structures with Jalview 2.10
3172           </li>
3173           <li>
3174             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3175             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3176             Ensembl Genomes REST API
3177           </li>
3178           <li>
3179             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3180             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3181             (Ensembl)
3182           </li>
3183           <li>
3184             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3185             sequences
3186           </li>
3187           <li>
3188             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3189             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3190             data from external database records.
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3194             efficient recovery of sequence coding and alignment
3195             annotation relationships.
3196           </li>
3197         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3198         <ul>
3199           <li>
3200             -- JAL---
3201           </li>
3202         </ul> --></td>
3203       <td>
3204         <div align="left">
3205           <em>General</em>
3206           <ul>
3207             <li>
3208               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3209               menu on OSX
3210             </li>
3211             <li>
3212               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3213               includes graduated colourschemes
3214             </li>
3215             <li>
3216               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3217               working with big alignments and lots of hidden columns
3218             </li>
3219             <li>
3220               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3221               at right of alignment window
3222             </li>
3223             <li>
3224               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3225               contents
3226             </li>
3227             <li>
3228               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3229               for DNA alignments
3230             </li>
3231             <li>
3232               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3233               based tree calculation
3234             </li>
3235             <li>
3236               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3237               unconserved enabled for group on alignment
3238             </li>
3239             <li>
3240               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3241               set as reference
3242             </li>
3243             <li>
3244               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3245               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3246               annotation
3247             </li>
3248             <li>
3249               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3250               hidden columns present
3251             </li>
3252             <li>
3253               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3254               user created annotation added to alignment
3255             </li>
3256             <li>
3257               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3258               '()' base pair annotation
3259             </li>
3260             <li>
3261               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3262               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3263               Consensus
3264             </li>
3265             <li>
3266               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3267               feature not working
3268             </li>
3269             <li>
3270               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3271               beginning of sequence
3272             </li>
3273             <li>
3274               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3275               entry 3a6s
3276             </li>
3277             <li>
3278               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3279               from a tree when t-coffee scores are shown
3280             </li>
3281             <li>
3282               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3283               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3284             </li>
3285             <li>
3286               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3287               some structures
3288             </li>
3289             <li>
3290               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3291               to Clustal, PIR and PileUp output
3292             </li>
3293             <li>
3294               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3295               not visible causes alignment window to repaint
3296             </li>
3297             <li>
3298               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3299               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3300               scores associated with features and annotation rows
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3304               calculation should be case independent
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3308               columns
3309             </li>
3310             <li>
3311               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3312               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3313               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3314             </li>
3315             <li>
3316               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3317               problems when reference sequence defined and 'show
3318               non-conserved' enabled
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3322               load even when Consensus calculation is disabled
3323             </li>
3324             <li>
3325               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3326               alignment does nothing
3327             </li>
3328           </ul>
3329           <em>Application</em>
3330           <ul>
3331             <li>
3332               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3333               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3334               yet fixed for El Capitan)
3335             </li>
3336             <li>
3337               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3338               output when running on non-gb/us i18n platforms
3339             </li>
3340             <li>
3341               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3342               hidden sequences as flat-file alignment
3343             </li>
3344             <li>
3345               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3346               launching Chimera
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3350               (also hotfix for 2.9.0b2)
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3354               reference sequence defined
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3358               alignments and views when revealing hidden columns
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3362               view in a cDNA/Protein splitframe
3363             </li>
3364             <li>
3365               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3366               sequence from project when only one sequence is
3367               represented
3368             </li>
3369             <li>
3370               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3371               in Structure Chooser
3372             </li>
3373             <li>
3374               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3375               structure consensus didn't refresh annotation panel
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3379               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3380             </li>
3381             <li>
3382               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3383               dialogs format columns correctly, don't display array
3384               data, sort columns according to type
3385             </li>
3386             <li>
3387               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3388               file chooser is cancelled during an image export
3389             </li>
3390             <li>
3391               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3392               sequence name containing special characters
3393             </li>
3394             <li>
3395               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3396               case insensitive
3397             </li>
3398             <li>
3399               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3400               formatting don't wrap
3401             </li>
3402             <li>
3403               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3404               truncated so L looks like I in consensus annotation
3405             </li>
3406             <li>
3407               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3408               currently displayed features for the current selection or
3409               view
3410             </li>
3411             <li>
3412               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3413               after fetching cross-references, and restoring from
3414               project
3415             </li>
3416             <li>
3417               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3418               followed in the structure viewer
3419             </li>
3420             <li>
3421               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3422               splitframe not restored from project
3423             </li>
3424             <li>
3425               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3426               trailing end of protein alignment in transcript/product
3427               splitview when pad-gaps not enabled by default
3428             </li>
3429             <li>
3430               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3431               is case dependent
3432             </li>
3433             <li>
3434               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3435               article has been read (reopened issue due to
3436               internationalisation problems)
3437             </li>
3438             <li>
3439               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3440               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3441               cross-references
3442             </li>
3443
3444             <li>
3445               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3446               alignment as HTML
3447             </li>
3448             <li>
3449               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3450               multiple structures are shown for one or more sequences.
3451             </li>
3452             <li>
3453               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3454               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3455               is enabled.
3456             </li>
3457             <li>
3458               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3459               specific PDB id for sequence
3460             </li>
3461             <li>
3462               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3463               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3464               columns' is disabled.
3465             </li>
3466             <li>
3467               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3468               selects lowest rather than highest resolution structures
3469               for each sequence
3470             </li>
3471             <li>
3472               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3473               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3474             </li>
3475             <li>
3476               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3477               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3478             </li>
3479             <li>
3480               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3481               after clicking on it to create new annotation for a
3482               column.
3483             </li>
3484             <li>
3485               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3486               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3487             </li>
3488             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3489             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3490           </ul>
3491           <em>Applet</em>
3492           <ul>
3493             <li>
3494               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3495               hidden columns present before start of sequence
3496             </li>
3497             <li>
3498               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3499               (JSON jars)
3500             </li>
3501             <li>
3502               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3503               sequences are hidden in applet
3504             </li>
3505             <li>
3506               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3507               deployment on examples pages.
3508             </li>
3509           </ul>
3510         </div>
3511       </td>
3512     </tr>
3513     <tr>
3514       <td width="60" nowrap>
3515         <div align="center">
3516           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3517             <em>16/10/2015</em></strong>
3518         </div>
3519       </td>
3520       <td><em>General</em>
3521         <ul>
3522           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3523             jars</li>
3524         </ul></td>
3525       <td>
3526         <div align="left">
3527           <em>Application</em>
3528           <ul>
3529             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3530               shown when tree is partitioned</li>
3531             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3532               multiple cDNA/Protein split views</li>
3533           </ul>
3534         </div>
3535       </td>
3536     </tr>
3537     <tr>
3538       <td width="60" nowrap>
3539         <div align="center">
3540           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3541             <em>8/10/2015</em></strong>
3542         </div>
3543       </td>
3544       <td><em>General</em>
3545         <ul>
3546           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3547             2.9</li>
3548         </ul> <em>Application</em>
3549         <ul>
3550           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3551           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3552           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3553         </ul> <em>Applet</em>
3554         <ul>
3555           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3556         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3557         <ul>
3558           <li>
3559             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3560             suite
3561           </li>
3562         </ul></td>
3563       <td>
3564         <div align="left">
3565           <em>General</em>
3566           <ul>
3567             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3568               incorrect when sequence start > 1</li>
3569             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3570               documentation</li>
3571             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3572             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3573               loading a features file containing HTML tags in feature
3574               description</li>
3575
3576           </ul>
3577           <em>Application</em>
3578           <ul>
3579             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3580               reimport</li>
3581             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3582               with 'trim retrieved sequences'</li>
3583             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3584               deleting selected columns</li>
3585             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3586               JNLP templates for webstart launch</li>
3587             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3588               unreleased structures for download or viewing</li>
3589             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3590               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3591             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3592               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3593             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3594               recovered from jalview project</li>
3595             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3596               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3597               alignment view</li>
3598             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3599               color schemes from BioJSON</li>
3600           </ul>
3601           <em>Applet</em>
3602           <ul>
3603             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3604               frame</li>
3605             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3606           </ul>
3607         </div>
3608       </td>
3609     </tr>
3610     <tr>
3611       <td><div align="center">
3612           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3613         </div></td>
3614       <td><em>General</em>
3615         <ul>
3616           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3617             alignments:
3618             <ul>
3619               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3620                 and DNA alignment views</li>
3621               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3622                 cDNA alignment views</li>
3623               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3624                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3625               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3626                 protein sequences</li>
3627             </ul>
3628           </li>
3629           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3630           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3631             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3632           <li>New alignment annotation file statements for
3633             reference sequences and marking hidden columns</li>
3634           <li>Reference sequence based alignment shading to
3635             highlight variation</li>
3636           <li>Select or hide columns according to alignment
3637             annotation</li>
3638           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3639           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3640             acid conservation row</li>
3641           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3642         </ul> <em>Application</em>
3643         <ul>
3644           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3645             <ul>
3646               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3647                 view with cDNA/Protein</li>
3648               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3649                 sequences are placed in the same alignment</li>
3650               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3651                 projects</li>
3652             </ul>
3653           </li>
3654
3655           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3656           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3657             Jalview windows</li>
3658
3659           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3660           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3661           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3662             be shown in VARNA</li>
3663
3664           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3665             as the active selected region</li>
3666
3667           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3668             similarity</li>
3669           <li>New Export options
3670             <ul>
3671               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3672                 region export in flat file generation</li>
3673
3674               <li>Export alignment views for display with the <a
3675                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3676
3677               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3678               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3679                 alignment figures to HTML</li>
3680           </li>
3681           <li>3D structure retrieval and display
3682             <ul>
3683               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3684                 Search API</li>
3685               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3686                 PDB structures for a sequence set</li>
3687             </ul>
3688           </li>
3689
3690           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3691             predictions</li>
3692           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3693             for one or a group of sequences</li>
3694           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3695             from the JPred4 web server</li>
3696           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3697             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3698             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3699           </li>
3700           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3701             VARNA 2D Structure'</li>
3702           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3703             Structure ..."</li>
3704
3705         </ul> <em>Applet</em>
3706         <ul>
3707           <li>New layout for applet example pages</li>
3708           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3709             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3710           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3711             Protein alignments</li>
3712         </ul> <em>Development and deployment</em>
3713         <ul>
3714           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3715           <li>Include installation type and git revision in build
3716             properties and console log output</li>
3717           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3718             storing BioJsMSA Templates</li>
3719           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3720         </ul></td>
3721       <td>
3722         <!-- <em>General</em>
3723         <ul>
3724         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3725         <ul>
3726           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3727           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3728           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3729             predictions are not highlighted in amber</li>
3730           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3731             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3732           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3733             associated structure views</li>
3734           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3735             width checkbox not enabled</li>
3736           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3737             creating user defined colours</li>
3738           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3739             mappings for just that viewer's sequences</li>
3740           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3741             multiple models in Chimera</li>
3742           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3743             over Jmol structure</li>
3744           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3745             output to text box</li>
3746           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3747             have incorrect sequence start/end</li>
3748           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3749             Jalview fails</li>
3750           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3751             work for nucleotide</li>
3752           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3753             to a grey/invisible alignment window</li>
3754           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3755             imports to different position</li>
3756           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3757             on some platforms</li>
3758           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3759             populated</li>
3760           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3761             console if Chimera has been opened</li>
3762           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3763           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3764             retrieved</li>
3765           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3766           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3767             either sequence shows on first structure</li>
3768           <li>'Show annotations' options should not make
3769             non-positional annotations visible</li>
3770           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3771             in right place after 'view flanking regions'</li>
3772           <li>File Save As type unset when current file format is
3773             unknown</li>
3774           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3775             projects</li>
3776           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3777             responsive</li>
3778           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3779             several views on same alignment</li>
3780           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3781           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3782             spaces</li>
3783         </ul> <em>Applet</em>
3784         <ul>
3785           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3786           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3787             descriptions containing angle brackets</li>
3788         </ul> <em>General</em>
3789         <ul>
3790           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3791             via jalview annotation file</li>
3792           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3793             with RNA secondary structure</li>
3794           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3795             translation doesn't work.</li>
3796           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3797           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3798             positions</li>
3799           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3800             choosing 1pt font</li>
3801           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3802             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3803             'h'</li>
3804           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3805             new feature</li>
3806           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3807             order dependent</li>
3808           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3809             sequences</li>
3810           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3811         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3812         <ul>
3813           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3814             www.jalview.org</li>
3815         </ul> <em>Application Known issues</em>
3816         <ul>
3817           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3818           <li>Misleading message appears after trying to delete
3819             solid column.</li>
3820           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3821             version launches</li>
3822           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3823             fails with a sequence mismatch</li>
3824           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3825             scrolling alignment to right</li>
3826           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3827             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3828           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3829             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3830           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3831             ultra-high resolution</li>
3832           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3833             quality and conservation</li>
3834           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3835             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3836         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3837         <ul>
3838           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3839           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3840             window is being resized</li>
3841
3842         </ul>
3843       </td>
3844     </tr>
3845     <tr>
3846       <td><div align="center">
3847           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3848         </div></td>
3849       <td><em>General</em>
3850         <ul>
3851           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3852             Certum.PL.</li>
3853           <li>Features and annotation preserved when performing
3854             pairwise alignment</li>
3855           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3856             imported/exported/displayed</li>
3857           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3858             protein secondary structure</li>
3859           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3860               post-hoc with 2.9 release</em>)
3861           </li>
3862
3863         </ul> <em>Application</em>
3864         <ul>
3865           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3866             with 3D structures</li>
3867           <li>Support for parsing RNAML</li>
3868           <li>Annotations menu for layout
3869             <ul>
3870               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3871               <li>place sequence annotation above/below alignment
3872                 annotation</li>
3873             </ul>
3874           <li>Output in Stockholm format</li>
3875           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3876             translation</li>
3877           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3878           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3879             shared between alignments</li>
3880           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3881             Jalview</li>
3882           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3883             all or current selection</li>
3884           <li>disorder and secondary structure predictions
3885             available as dataset annotation</li>
3886           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3887
3888
3889           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3890             alignments from Rfam</li>
3891           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3892
3893           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3894             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3895           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3896           <li>include installation type in build properties and
3897             console log output</li>
3898           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3899             annotation</li>
3900         </ul></td>
3901       <td>
3902         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3903         <ul>
3904           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3905             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3906           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3907             alignment</li>
3908           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3909           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3910           <li>Double click on sequence associated annotation
3911             selects only first column</li>
3912           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3913             leaves shown in tree</li>
3914           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3915             properly</li>
3916           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3917           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3918             screen and buttons not visible</li>
3919           <li>author list isn't updated if already written to
3920             Jalview properties</li>
3921           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3922             from database</li>
3923           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3924           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3925             browser search window</li>
3926           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3927             in feature settings dialog</li>
3928           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3929             desktop</li>
3930           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3931             pass validation</li>
3932           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3933             fit on screen</li>
3934           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3935             tooltip</li>
3936           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3937             defined user preset</li>
3938           <li>MSA web services warns user if they were launched
3939             with invalid input</li>
3940           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3941             Java 8</li>
3942           <li>
3943             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3944             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3945             created
3946           </li>
3947
3948         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3949         <ul>
3950         </ul> <em>General</em>
3951         <ul>
3952         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3953         <ul>
3954           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3955             memory allocation</li>
3956           <li>launchApp service doesn't automatically open
3957             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3958           <li>
3959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3960             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3961             1.7_055 is available
3962           </li>
3963         </ul> <em>Application Known issues</em>
3964         <ul>
3965           <li>
3966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3967             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3968             alignment to right
3969           </li>
3970           <li>
3971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3972             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3973             with large number of ID
3974           </li>
3975           <li>
3976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3977             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3978             start/end
3979           </li>
3980           <li>
3981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3982             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3983             structure tracks are rearranged
3984           </li>
3985           <li>
3986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3987             invalid rna structure positional highlighting does not
3988             highlight position of invalid base pairs
3989           </li>
3990           <li>
3991             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3992             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3993             project from alignment window file menu
3994           </li>
3995           <li>
3996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3997             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3998             structures
3999           </li>
4000           <li>
4001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4002             colour by RNA Helices not enabled when user created
4003             annotation added to alignment
4004           </li>
4005           <li>
4006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4007             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4008           </li>
4009         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4010         <ul>
4011           <li>
4012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4013             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4014           </li>
4015           <li>
4016             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4017             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4018           </li>
4019
4020           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4021             when selected</li>
4022         </ul>
4023       </td>
4024     </tr>
4025     <tr>
4026       <td><div align="center">
4027           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4028         </div></td>
4029       <td>
4030         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4031         <em>General</em>
4032         <ul>
4033           <li>Internationalisation of user interface (usually
4034             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4035           <li>Define/Undefine group on current selection with
4036             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4037           <li>Improved group creation/removal options in
4038             alignment/sequence Popup menu</li>
4039           <li>Sensible precision for symbol distribution
4040             percentages shown in logo tooltip.</li>
4041           <li>Annotation panel height set according to amount of
4042             annotation when alignment first opened</li>
4043         </ul> <em>Application</em>
4044         <ul>
4045           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4046             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4047           <li>Select columns containing particular features from
4048             Feature Settings dialog</li>
4049           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4050             sequences</li>
4051           <li>Update Jalview project format:
4052             <ul>
4053               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4054               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4055                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4056               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4057                 colouring</li>
4058             </ul>
4059           </li>
4060           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4061             (PAM250)</li>
4062           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4063             flanking regions for an alignment</li>
4064         </ul>
4065       </td>
4066       <td>
4067         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4068         <ul>
4069           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4070             running after job is cancelled</li>
4071           <li>cannot export features from alignments imported from
4072             Jalview/VAMSAS projects</li>
4073           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4074             float values</li>
4075           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4076             have 'display all symbols' flag set</li>
4077           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4078             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4079           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4080             Jalview</li>
4081           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4082             Lion/Webstart</li>
4083           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4084           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4085           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4086             alignment onto desktop</li>
4087           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4088             'extract scores' function</li>
4089           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4090             alignment window</li>
4091           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4092             performing IUPred disorder prediction</li>
4093           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4094             changing 'normalise logo' display setting</li>
4095           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4096             nothing matches query</li>
4097           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4098             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4099           </li>
4100           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4101             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4102           </li>
4103           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4104             Jalview's menu</li>
4105           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4106             'invalid literal/length code'</li>
4107           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4108             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4109           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4110             colourscheme</li>
4111
4112         </ul> <em>Applet</em>
4113         <ul>
4114           <li>Remove group option is shown even when selection is
4115             not a group</li>
4116           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4117             don't affect groups</li>
4118           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4119             colourscheme name</li>
4120           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4121             Annotation panel is not displayed</li>
4122           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4123             embedded windows</li>
4124         </ul> <em>Other</em>
4125         <ul>
4126           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4127             single sequence were not calculated</li>
4128           <li>annotation files that contain only groups imported as
4129             annotation and junk sequences</li>
4130           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4131             recognised as PFAM or BLC</li>
4132           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4133             doesn't affect background (2.8.0b1)
4134           <li></li>
4135           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4136           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4137             trailing gaps</li>
4138           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4139             registered correctly on import</li>
4140           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4141             certain alignments</li>
4142           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4143             existing annotation based 'use original colours'
4144             colourscheme loses original colours setting</li>
4145         </ul>
4146       </td>
4147     </tr>
4148     <tr>
4149       <td><div align="center">
4150           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4151             <em>30/1/2014</em></strong>
4152         </div></td>
4153       <td>
4154         <ul>
4155           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4156             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4157             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4158             open source project).
4159           </li>
4160           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4161           <li>Output in Stockholm format</li>
4162           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4163           <li>Export/import group and sequence associated line
4164             graph thresholds</li>
4165           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4166             ambiguity codes</li>
4167           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4168             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4169             works</li>
4170           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4171         </ul> <em>Other improvements</em>
4172         <ul>
4173           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4174           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4175             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4176           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4177             files</li>
4178           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4179           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4180             link but no description</li>
4181           <li>Select primary source when selecting authority in
4182             database fetcher GUI</li>
4183           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4184             Jalview</li>
4185           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4186         </ul>
4187       </td>
4188       <td>
4189         <ul>
4190           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4191             displayed</li>
4192           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4193             secondary structure annotation line</li>
4194           <li>Sequence database accessions not imported when
4195             fetching alignments from Rfam</li>
4196           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4197             identical IDs</li>
4198           <li>View all structures does not always superpose
4199             structures</li>
4200           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4201             reflect user or preset settings</li>
4202           <li>Null pointer exceptions for some services without
4203             presets or adjustable parameters</li>
4204           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4205             discover PDB xRefs</li>
4206           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4207             features with DAS</li>
4208           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4209             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4210           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4211             residue follows a gap</li>
4212           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4213             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4214           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4215             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4216           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4217             annotation already exists on alignment</li>
4218           <li>oninit javascript function should be called after
4219             initialisation completes</li>
4220           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4221             alignment window display</li>
4222           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4223           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4224             to annotation file</li>
4225           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4226             groups created</li>
4227           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4228             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4229           <li>Pressing return several times causes Number Format
4230             exceptions in keyboard mode</li>
4231           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4232             correct partitions for input data</li>
4233           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4234           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4235           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4236           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4237             mode</li>
4238           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4239             changes one row&#39;s threshold</li>
4240           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4241             doesn&#39;t open</li>
4242           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4243             quality histograms</li>
4244         </ul>
4245       </td>
4246     </tr>
4247     <tr>
4248       <td><div align="center">
4249           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4250         </div></td>
4251       <td><em>Application</em>
4252         <ul>
4253           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4254             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4255           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4256             preferences</li>
4257           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4258             in Jalview alignment window</li>
4259           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4260             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4261           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4262             RNA and ambiguity codes</li>
4263
4264           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4265           <li>Support fetching and database reference look up
4266             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4267             refs')</li>
4268           <li>Jalview project improvements
4269             <ul>
4270               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4271                 flag for annotation</li>
4272               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4273                 alignment</li>
4274               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4275                 Jalview project</li>
4276
4277             </ul>
4278           </li>
4279           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4280           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4281             running</li>
4282           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4283           <li>visual indication that web service results are still
4284             being retrieved from server</li>
4285           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4286             starts up for first time</li>
4287           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4288             services</li>
4289           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4290             client library</li>
4291           <li>Examples directory and Groovy library included in
4292             InstallAnywhere distribution</li>
4293         </ul> <em>Applet</em>
4294         <ul>
4295           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4296             visualization applet example</li>
4297         </ul> <em>General</em>
4298         <ul>
4299           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4300           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4301             defaults</li>
4302           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4303             calculation</li>
4304           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4305             matrices
4306           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4307             in HTML</li>
4308           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4309             structure contacts</li>
4310           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4311           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4312           <li>Parse sequence associated secondary structure
4313             information in Stockholm files</li>
4314           <li>HTML Export database accessions and annotation
4315             information presented in tooltip for sequences</li>
4316           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4317             style RNA alignment files</li>
4318           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4319             alignment</li>
4320           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4321             shade each sequence according to its associated alignment
4322             annotation</li>
4323           <li>New Jalview Logo</li>
4324         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4325         <ul>
4326           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4327           <li>New Website!</li>
4328         </ul></td>
4329       <td><em>Application</em>
4330         <ul>
4331           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4332             wsdbfetch REST service</li>
4333           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4334           <li>Filetype associations not installed for webstart
4335             launch</li>
4336           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4337             job execution in full once it is complete</li>
4338           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4339             uploaded via ali_file parameter</li>
4340           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4341           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4342           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4343             submitted for prediction</li>
4344           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4345             desktop window</li>
4346           <li>Putting fractional value into integer text box in
4347             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4348           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4349             windows 7</li>
4350           <li>View all structures fails with exception shown in
4351             structure view</li>
4352           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4353             escaped in a platform independent way</li>
4354           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4355             using proxy</li>
4356           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4357             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4358           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4359             failure when java web start temporary file caching is
4360             disabled</li>
4361           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4362             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4363           <li>Errors during processing of command line arguments
4364             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4365           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4366             DAS sources in sequence fetcher</li>
4367           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4368             dialog is shown</li>
4369           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4370           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4371           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4372           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4373             on OSX Mountain Lion</li>
4374           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4375             sequences with alignment annotation are pasted into the
4376             alignment</li>
4377           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4378             when loaded from Jalview project</li>
4379           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4380           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4381             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4382           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4383             associated with all views</li>
4384           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4385             annotation rows to new window</li>
4386         </ul> <em>Applet</em>
4387         <ul>
4388           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4389             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4390           <li>loading features via javascript API automatically
4391             enables feature display</li>
4392           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4393             work</li>
4394         </ul> <em>General</em>
4395         <ul>
4396           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4397           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4398             and then deselected</li>
4399           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4400           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4401             coloured with clustalx</li>
4402           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4403             exceptions and redraw errors</li>
4404           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4405             reconfigured view</li>
4406           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4407             colour</li>
4408           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4409             for lots of labels</li>
4410         </ul>
4411     </tr>
4412     <tr>
4413       <td>
4414         <div align="center">
4415           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4416         </div>
4417       </td>
4418       <td><em>Application</em>
4419         <ul>
4420           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4421           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4422           <li>View/alignment association menu to enable user to
4423             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4424             its colours/correspondences from</li>
4425           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4426           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4427             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4428           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4429           <li>Annotation row column label formatting attributes
4430             stored in project file</li>
4431           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4432             rows preserved in Jalview project file</li>
4433           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4434             saved using Desktop window menu</li>
4435           <li>Visual indication that command line arguments are
4436             still being processed</li>
4437           <li>Groovy script execution from URL</li>
4438           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4439             preferences</li>
4440           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4441             alignment with sequences that have high similarity and
4442             matching IDs</li>
4443           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4444           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4445             structures in same window</li>
4446           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4447           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4448             analysis function in its own submenu</li>
4449         </ul> <em>Applet</em>
4450         <ul>
4451           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4452             groups</li>
4453           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4454           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4455           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4456           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4457           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4458             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4459           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4460           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4461             parameters are treated as such</li>
4462           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4463             <ul>
4464               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4465               <li>Javascript callbacks for
4466                 <ul>
4467                   <li>Applet initialisation</li>
4468                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4469                 </ul>
4470               </li>
4471               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4472                 functions</li>
4473               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4474               <li>javascript structure viewer harness to pass
4475                 messages between Jmol and Jalview when running as
4476                 distinct applets</li>
4477               <li>sortBy method</li>
4478               <li>Set of applet and application examples shipped
4479                 with documentation</li>
4480               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4481                 javascript message exchange</li>
4482             </ul>
4483         </ul> <em>General</em>
4484         <ul>
4485           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4486             multiple alignments</li>
4487           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4488           <li>User configurable link to enable redirects to a
4489             www.Jalview.org mirror</li>
4490           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4491           <li>Configurable newline string when writing alignment
4492             and other flat files</li>
4493           <li>Allow alignment annotation description lines to
4494             contain html tags</li>
4495         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4496         <ul>
4497           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4498             examples</li>
4499           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4500             using a web service before displaying the result in the
4501             Jalview desktop</li>
4502           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4503           <li>Ant target to publish example html files with applet
4504             archive</li>
4505           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4506           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4507         </ul></td>
4508       <td><em>Application</em>
4509         <ul>
4510           <li>User defined colourscheme throws exception when
4511             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4512           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4513             dialog for valid filename/format</li>
4514           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4515           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4516             P37173</li>
4517           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4518             which sequence is to be associated with the file</li>
4519           <li>Find All raises null pointer exception when query
4520             only matches sequence IDs</li>
4521           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4522           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4523             2.4 cannot be loaded</li>
4524           <li>Filetype associations not installed for webstart
4525             launch</li>
4526           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4527             with sequences in different alignments do not get coloured
4528             by their associated sequence</li>
4529           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4530             not preserved when project is loaded</li>
4531           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4532             stored in Jalview project</li>
4533           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4534             Jalview project</li>
4535           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4536           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4537             by conservation</li>
4538           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4539             created on new view</li>
4540           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4541             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4542           <li>Alignment quality not updated after alignment
4543             annotation row is hidden then shown</li>
4544           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4545             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4546           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4547             properly</li>
4548           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4549             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4550           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4551           <li>Structures imported from file and saved in project
4552             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4553           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4554             job execution in full once it is complete</li>
4555         </ul> <em>Applet</em>
4556         <ul>
4557           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4558             annotation rows are displayed</li>
4559           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4560             codebase</li>
4561           <li>View follows highlighting does not work for positions
4562             in sequences</li>
4563           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4564           <li>Export features raises exception when no features
4565             exist</li>
4566           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4567             for javascript api is modified when separator string
4568             provided as parameter</li>
4569           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4570             alignment with no existing selection</li>
4571           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4572             to applet&#39;s codebase</li>
4573           <li>Status bar not updated after finished searching and
4574             search wraps around to first result</li>
4575           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4576             several Jalview applets causes race conditions and memory
4577             leaks</li>
4578           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4579             not sent from Jmol in applet</li>
4580           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4581             applet API fatally hang browser</li>
4582         </ul> <em>General</em>
4583         <ul>
4584           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4585             position with wrapped view and hidden regions</li>
4586           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4587             with/without hidden columns</li>
4588           <li>Sequence length given in alignment properties window
4589             is off by 1</li>
4590           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4591             import PDB like structure files</li>
4592           <li>Positional search results are only highlighted
4593             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4594           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4595           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4596             given sequence position</li>
4597           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4598             output</li>
4599           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4600             from nucleotide chains correctly</li>
4601           <li>Structure colours not updated when tree partition
4602             changed in alignment</li>
4603           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4604             parsed in interleaved stockholm</li>
4605           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4606             state</li>
4607           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4608             properly</li>
4609           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4610             properly associated with their pdb files</li>
4611         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4612         <ul>
4613           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4614             ApplyCopyright tool</li>
4615         </ul></td>
4616     </tr>
4617     <tr>
4618       <td>
4619         <div align="center">
4620           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4621         </div>
4622       </td>
4623       <td><em>Application</em>
4624         <ul>
4625           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4626             contact web services</li>
4627           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4628             service job window</li>
4629           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4630         </ul></td>
4631       <td>
4632         <ul>
4633           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4634             pir file emitted by Jalview</li>
4635           <li>Existing feature settings transferred to new
4636             alignment view created from cut'n'paste</li>
4637           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4638             parsing PDB files</li>
4639           <li>Consensus and conservation annotation rows
4640             occasionally become blank for all new windows</li>
4641           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4642             in wrapped view mode</li>
4643         </ul> <em>Application</em>
4644         <ul>
4645           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4646             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4647           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4648             parameter names</li>
4649           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4650             is down</li>
4651         </ul>
4652       </td>
4653     </tr>
4654     <tr>
4655       <td>
4656         <div align="center">
4657           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4658         </div>
4659       </td>
4660       <td><em>Application</em>
4661         <ul>
4662           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4663             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4664             (JABAWS)
4665           </li>
4666           <li>Web Services preference tab</li>
4667           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4668             preferences</li>
4669           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4670           <li>Superpose structures using associated sequence
4671             alignment</li>
4672           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4673             viewer</li>
4674         </ul> <em>Applet</em>
4675         <ul>
4676           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4677             link out mechanism</li>
4678         </ul> <em>Other</em>
4679         <ul>
4680           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4681             series 12</li>
4682           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4683             require Java 1.5</li>
4684           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4685             sequence annotation files</li>
4686           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4687             type colour specification</li>
4688           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4689             script to check if it being run in an interactive session or
4690             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4691         </ul></td>
4692       <td>
4693         <ul>
4694           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4695             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4696         </ul> <em>Application</em>
4697         <ul>
4698           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4699             selected Regions menu item</li>
4700           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4701             part of a valid accession ID</li>
4702           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4703             runs out of memory</li>
4704           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4705             analysis results</li>
4706           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4707             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4708           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4709         </ul> <em>Applet</em>
4710         <ul>
4711           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4712             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4713             defined.</li>
4714         </ul>
4715       </td>
4716     </tr>
4717     <tr>
4718       <td>
4719         <div align="center">
4720           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4721         </div>
4722       </td>
4723       <td></td>
4724       <td>
4725         <ul>
4726           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4727             sequence IDs</li>
4728           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4729             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4730           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4731             import correctly</li>
4732           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4733             number of columns are hidden</li>
4734           <li>annotation label popup menu not providing correct
4735             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4736             present</li>
4737           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4738             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4739           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4740             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4741
4742         </ul> <em>Applet</em>
4743         <ul>
4744           <li>annotation panel disappears when annotation is
4745             hidden/removed</li>
4746         </ul> <em>Application</em>
4747         <ul>
4748           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4749             alignment opened where annotation panel is visible but no
4750             annotations are present on alignment</li>
4751           <li>pasted region containing hidden columns is
4752             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4753           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4754             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4755           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4756             selected Rregions menu item.</li>
4757           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4758             'Un' or 'Non'conserved</li>
4759           <li>Sequence feature settings are being shared by
4760             multiple distinct alignments</li>
4761           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4762             changed</li>
4763           <li>double click on group annotation to select sequences
4764             does not propagate to associated trees</li>
4765           <li>Mac OSX specific issues:
4766             <ul>
4767               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4768                 window background</li>
4769               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4770                 name set correctly</li>
4771               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4772                 save feature colourscheme button</li>
4773             </ul>
4774           </li>
4775         </ul>
4776       </td>
4777     </tr>
4778     <tr>
4779
4780       <td>
4781         <div align="center">
4782           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4783         </div>
4784       </td>
4785       <td><em>New Capabilities</em>
4786         <ul>
4787           <li>URL links generated from description line for
4788             regular-expression based URL links (applet and application)
4789
4790
4791           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4792             menu</li>
4793           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4794             structures</li>
4795           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4796             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4797           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4798             average score or total feature count for each sequence.</li>
4799           <li>Shading features by score or associated description</li>
4800           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4801             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4802           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4803             hide everything but the currently selected region.</li>
4804           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4805         </ul> <em>Application</em>
4806         <ul>
4807           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4808             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4809           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4810             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4811           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4812             database references and protein_name is parsed as
4813             description line (BioSapiens terms).</li>
4814           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4815             references in sequence ID tooltip from View menu in
4816             application.</li>
4817           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4818       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4819           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4820             conservation plots</li>
4821           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4822             and visualized as sequence logos</li>
4823           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4824             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4825           </li>
4826           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4827             when a new tree is opened.</li>
4828           <li>Jalview Java Console</li>
4829           <li>Better placement of desktop window when moving
4830             between different screens.</li>
4831           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4832             consensus annotation</li>
4833           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4834             Workflows</li>
4835           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4836             <ul>
4837               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4838                 used to preserve views, structures, and tree display
4839                 settings)</li>
4840               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4841                 command line</li>
4842               <li>Sharing of selected regions between views and
4843                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4844               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4845             </ul></li>
4846         </ul> <em>Applet</em>
4847         <ul>
4848           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4849           <li>New Parameters
4850             <ul>
4851               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4852                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4853                 opened.</li>
4854               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4855                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4856               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4857                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4858               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4859                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4860                 view</li>
4861               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4862                 increase the height or width of a cell in the alignment
4863                 grid relative to the current font size.</li>
4864             </ul>
4865           </li>
4866           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4867             tooltip</li>
4868         </ul> <em>Other</em>
4869         <ul>
4870           <li>Features format: graduated colour definitions and
4871             specification of feature scores</li>
4872           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4873             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4874             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4875           <li>XML formats extended to support graduated feature
4876             colourschemes, group associated annotation, and profile
4877             visualization settings.</li></td>
4878       <td>
4879         <ul>
4880           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4881             rather than description</li>
4882           <li>Non-positional features are now included in sequence
4883             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4884             visibility in tooltip).</li>
4885           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4886           <li>Added URL embedding instructions to features file
4887             documentation.</li>
4888           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4889             'X' in peptide product</li>
4890           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4891             sequence ID and sequence string and query strings do not
4892             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4893           <li>AMSA files only contain first column of
4894             multi-character column annotation labels</li>
4895           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4896             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4897             exported and re-imported)</li>
4898           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4899             name</li>
4900           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4901             as subsequence matches, and correctly reports total number
4902             of both.</li>
4903           <li>Application:
4904             <ul>
4905               <li>Better handling of exceptions during sequence
4906                 retrieval</li>
4907               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4908                 link text excludes the start_end suffix</li>
4909               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4910                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4911               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4912               <li>Sequence description lines properly shared via
4913                 VAMSAS</li>
4914               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4915                 data sources</li>
4916               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4917                 completes before alignment figures are generated.</li>
4918               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4919                 first time.</li>
4920               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4921                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4922               <li>User defined group colours properly recovered
4923                 from Jalview projects.</li>
4924             </ul>
4925           </li>
4926         </ul>
4927       </td>
4928
4929     </tr>
4930     <tr>
4931       <td>
4932         <div align="center">
4933           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4934         </div>
4935       </td>
4936       <td>
4937         <ul>
4938           <li>Experimental support for google analytics usage
4939             tracking.</li>
4940           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4941         </ul>
4942       </td>
4943       <td>
4944         <ul>
4945           <li>Race condition in applet preventing startup in
4946             jre1.6.0u12+.</li>
4947           <li>Exception when feature created from selection beyond
4948             length of sequence.</li>
4949           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4950           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4951             all sequences with a given id</li>
4952           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4953             ID string searches</li>
4954           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4955             alignment to fail with exception</li>
4956         </ul> <em>Application Issues</em>
4957         <ul>
4958           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4959           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4960             data sources</li>
4961         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4962         <ul>
4963           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4964             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4965           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4966             version (java class versioning error fixed)</li>
4967         </ul>
4968       </td>
4969     </tr>
4970     <tr>
4971       <td>
4972
4973         <div align="center">
4974           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4975         </div>
4976       </td>
4977       <td><em>User Interface</em>
4978         <ul>
4979           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4980             translation and protein products</li>
4981           <li>Linked highlighting of structure associated with
4982             residue mapping to codon position</li>
4983           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4984             and 'clear' button</li>
4985           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4986             Tools menu</li>
4987           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4988             numeric data in description line</li>
4989           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4990           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4991             of sequence</li>
4992         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4993         <ul>
4994           <li>JPred3 web service</li>
4995           <li>Prototype sequence search client (no public services
4996             available yet)</li>
4997           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4998             PFAM</li>
4999           <li>URL Links created for matching database cross
5000             references as well as sequence ID</li>
5001           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5002         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5003         <ul>
5004           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5005             databases</li>
5006           <li>Generalised database reference retrieval and
5007             validation to all fetchable databases</li>
5008           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5009             sequence command</li>
5010         </ul> <em>Import and Export</em>
5011         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5012         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5013           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5014         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5015           File</li>
5016         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5017           triplet as name of colourscheme</li>
5018         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5019         <ul>
5020           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5021           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5022             alignments (experimental)</li>
5023           <li>Create new or select existing session to join</li>
5024           <li>load and save of vamsas documents</li>
5025         </ul> <em>Application command line</em>
5026         <ul>
5027           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5028             from applet)</li>
5029           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5030             of DAS servers to query for alignment features</li>
5031           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5032             that are also automatically queried for features</li>
5033           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5034             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5035         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5036         <ul>
5037           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5038             application (when using &quot;View in full
5039             application&quot;)</li>
5040         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5041         <ul>
5042           <li>feature group display control parameter</li>
5043           <li>debug parameter</li>
5044           <li>showbutton parameter</li>
5045         </ul> <em>Applet API methods</em>
5046         <ul>
5047           <li>newView public method</li>
5048           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5049           <li>Feature display control methods</li>
5050           <li>get list of currently selected sequences</li>
5051         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5052         <ul>
5053           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5054           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5055             Jalview release.</li>
5056           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5057             property controls execution of obfuscator</li>
5058           <li>Build target for generating source distribution</li>
5059           <li>Debug flag for javacc</li>
5060           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5061             jalview.bin.Cache</li>
5062           <li>Continuous Build Integration for stable and
5063             development version of Application, Applet and source
5064             distribution</li>
5065         </ul></td>
5066       <td>
5067         <ul>
5068           <li>selected region output includes visible annotations
5069             (for certain formats)</li>
5070           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5071             for editing</li>
5072           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5073           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5074           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5075           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5076             comments</li>
5077           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5078             filenames containing a ':'</li>
5079           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5080             global sequence features</li>
5081           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5082             references from alignment sequences goes to zero</li>
5083           <li>Close of tree branch colour box without colour
5084             selection causes cascading exceptions</li>
5085           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5086           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5087             file parsing fails.</li>
5088           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5089           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5090             not a valid output format</li>
5091           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5092             vamsas</li>
5093           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5094           <li>error messages passed up and output when data read
5095             fails</li>
5096           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5097             sequence is edited</li>
5098           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5099             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5100           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5101             filetype</li>
5102           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5103             import fixed for PFAM records</li>
5104           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5105             window list</li>
5106           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5107             can be read and written correctly to annotation file</li>
5108           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5109             correctly</li>
5110           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5111             non-italic font for representatives in Applet</li>
5112           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5113             Macs.</li>
5114           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5115             Applet)</li>
5116           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5117             due to null pointer exceptions</li>
5118           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5119             first column of alignment</li>
5120           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5121             July 2008</li>
5122           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5123             file is case-insensitive</li>
5124           <li>Sequence features read from Features file appended to
5125             all sequences with matching IDs</li>
5126           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5127             containing a sub-sequence</li>
5128           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5129           <li>feature and annotation file applet parameters
5130             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5131           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5132           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5133             splash-screen version check to complete</li>
5134           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5135             when passing them to the launchApp service</li>
5136           <li>display name and local features preserved in results
5137             retrieved from web service</li>
5138           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5139             sequence fetcher initialisation</li>
5140           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5141             dasobert DAS client</li>
5142           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5143             association</li>
5144           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5145             sequences
5146           </li>
5147         </ul>
5148       </td>
5149     </tr>
5150     <tr>
5151       <td>
5152         <div align="center">
5153           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5154         </div>
5155       </td>
5156       <td>
5157         <ul>
5158           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5159           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5160           <li>Slide sequences</li>
5161           <li>Edit sequence in place</li>
5162           <li>EMBL CDS features</li>
5163           <li>DAS Feature mapping</li>
5164           <li>Feature ordering</li>
5165           <li>Alignment Properties</li>
5166           <li>Annotation Scores</li>
5167           <li>Sort by scores</li>
5168           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5169         </ul>
5170       </td>
5171       <td>
5172         <ul>
5173           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5174           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5175           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5176           <li>Feature group display state in XML</li>
5177           <li>Feature ordering in XML</li>
5178           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5179           <li>Stockholm alignment properties</li>
5180           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5181           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5182           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5183           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5184         </ul>
5185       </td>
5186
5187     </tr>
5188     <tr>
5189       <td>
5190         <div align="center">
5191           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5192         </div>
5193       </td>
5194       <td>
5195         <ul>
5196           <li>Non standard characters can be read and displayed
5197           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5198             applet via textbox
5199           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5200             name &amp; description
5201           <li>Preference setting to display sequence name in
5202             italics
5203           <li>Annotation file format extended to allow
5204             Sequence_groups to be defined
5205           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5206             specified in preferences
5207           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5208             sequences
5209         </ul>
5210       </td>
5211       <td>
5212         <ul>
5213           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5214             installed
5215           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5216           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5217         </ul>
5218       </td>
5219     </tr>
5220     <tr>
5221       <td>
5222         <div align="center">
5223           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5224         </div>
5225       </td>
5226       <td>
5227         <ul>
5228           <li>Multiple views on alignment
5229           <li>Sequence feature editing
5230           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5231           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5232           <li>Background dependent text colour
5233           <li>Right align sequence ids
5234           <li>User-defined lower case residue colours
5235           <li>Format Menu
5236           <li>Select Menu
5237           <li>Menu item accelerator keys
5238           <li>Control-V pastes to current alignment
5239           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5240           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5241           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5242
5243
5244           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5245         </ul>
5246       </td>
5247       <td>
5248         <ul>
5249           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5250           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5251             calculations
5252           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5253             edits
5254           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5255             of alignment)
5256           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5257
5258
5259           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5260             display correctly
5261           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5262           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5263             analysis results
5264           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5265             &#8739;
5266           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5267           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5268           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5269
5270
5271         </ul>
5272       </td>
5273     </tr>
5274     <tr>
5275       <td>
5276         <div align="center">
5277           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5278         </div>
5279       </td>
5280       <td>
5281         <ul>
5282           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5283         </ul>
5284       </td>
5285       <td>
5286         <ul>
5287           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5288             sequence id panel has been resized</li>
5289           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5290             rendered</li>
5291           <li>Annotation files with sequence references - all
5292             elements in file are relative to sequence position</li>
5293           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5294         </ul>
5295       </td>
5296     </tr>
5297     <tr>
5298       <td>
5299         <div align="center">
5300           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5301         </div>
5302       </td>
5303       <td>
5304         <ul>
5305           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5306           <li>DAS Feature fetching</li>
5307           <li>Hide sequences and columns</li>
5308           <li>Export Annotations and Features</li>
5309           <li>GFF file reading / writing</li>
5310           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5311             files</li>
5312           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5313           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5314           <li>Applet can launch the full application</li>
5315           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5316             required)</li>
5317           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5318           <li>Applet can load sequences from parameter
5319             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5320           </li>
5321         </ul>
5322       </td>
5323       <td>
5324         <ul>
5325           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5326           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5327           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5328         </ul>
5329       </td>
5330     </tr>
5331     <tr>
5332       <td>
5333         <div align="center">
5334           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5335         </div>
5336       </td>
5337       <td>
5338         <ul>
5339           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5340           <li>Choose to match case when searching</li>
5341           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5342             expand the visible width and height of the alignment</li>
5343         </ul>
5344       </td>
5345       <td>
5346         <ul>
5347           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5348         </ul>
5349       </td>
5350     </tr>
5351     <tr>
5352       <td>
5353         <div align="center">
5354           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5355         </div>
5356       </td>
5357       <td>&nbsp;</td>
5358       <td>
5359         <ul>
5360           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5361           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5362             value</li>
5363         </ul>
5364       </td>
5365     </tr>
5366     <tr>
5367       <td>
5368         <div align="center">
5369           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5370         </div>
5371       </td>
5372       <td>
5373         <ul>
5374           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5375           <li>Keyboard editing</li>
5376           <li>Create sequence features from searches</li>
5377           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5378             alignments</li>
5379           <li>Features file allows grouping of features</li>
5380           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5381           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5382           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5383         </ul>
5384       </td>
5385       <td>
5386         <ul>
5387           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5388           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5389             descriptions saved.</li>
5390         </ul>
5391       </td>
5392     </tr>
5393     <tr>
5394       <td>
5395         <div align="center">
5396           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5397         </div>
5398       </td>
5399       <td>
5400         <ul>
5401           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5402           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5403           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5404             name for file output</li>
5405           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5406           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5407             used for HTML form input</li>
5408         </ul>
5409       </td>
5410       <td>
5411         <ul>
5412           <li>HTML output writes groups and features</li>
5413           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5414           <li>File IO bugs</li>
5415         </ul>
5416       </td>
5417     </tr>
5418     <tr>
5419       <td>
5420         <div align="center">
5421           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5422         </div>
5423       </td>
5424       <td>
5425         <ul>
5426           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5427           <li>More options for PCA viewer</li>
5428         </ul>
5429       </td>
5430       <td>
5431         <ul>
5432           <li>GUI bugs resolved</li>
5433           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5434         </ul>
5435       </td>
5436     </tr>
5437     <tr>
5438       <td height="63">
5439         <div align="center">
5440           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5441         </div>
5442       </td>
5443       <td>
5444         <ul>
5445           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5446           <li>Jar files are executable</li>
5447           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5448         </ul>
5449       </td>
5450       <td>
5451         <ul>
5452           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5453           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5454           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5455         </ul>
5456       </td>
5457     </tr>
5458     <tr>
5459       <td>
5460         <div align="center">
5461           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5462         </div>
5463       </td>
5464       <td>
5465         <ul>
5466           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5467         </ul>
5468       </td>
5469       <td>
5470         <ul>
5471           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5472         </ul>
5473       </td>
5474     </tr>
5475     <tr>
5476       <td>
5477         <div align="center">
5478           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5479         </div>
5480       </td>
5481       <td>
5482         <ul>
5483           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5484             size</li>
5485         </ul>
5486       </td>
5487       <td>
5488         <ul>
5489           <li>Improved JPred client reliability</li>
5490           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5491         </ul>
5492       </td>
5493     </tr>
5494     <tr>
5495       <td>
5496         <div align="center">
5497           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5498         </div>
5499       </td>
5500       <td>
5501         <ul>
5502           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5503           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5504           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5505             to Colour Menu</li>
5506           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5507           <li>Unix users can set default web browser</li>
5508           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5509           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5510         </ul>
5511       </td>
5512       <td>
5513         <ul>
5514           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5515         </ul>
5516       </td>
5517     </tr>
5518     <tr>
5519       <td>
5520         <div align="center">
5521           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5522         </div>
5523       </td>
5524       <td>&nbsp;</td>
5525       <td>
5526         <ul>
5527           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5528             alignment order.</li>
5529         </ul>
5530       </td>
5531     </tr>
5532     <tr>
5533       <td>
5534         <div align="center">
5535           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5536         </div>
5537       </td>
5538       <td>
5539         <ul>
5540           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5541           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5542           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5543             annotations.</li>
5544           <li>Version and build date written to build properties
5545             file.</li>
5546           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5547             at launch of Jalview.</li>
5548         </ul>
5549       </td>
5550       <td>
5551         <ul>
5552           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5553           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5554           <li>Can remove groups one by one.</li>
5555           <li>Filechooser icons installed.</li>
5556           <li>Finder ignores return character when searching.
5557             Return key will initiate a search.<br>
5558           </li>
5559         </ul>
5560       </td>
5561     </tr>
5562     <tr>
5563       <td>
5564         <div align="center">
5565           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5566         </div>
5567       </td>
5568       <td>
5569         <ul>
5570           <li>New codebase</li>
5571         </ul>
5572       </td>
5573       <td>&nbsp;</td>
5574     </tr>
5575   </table>
5576   <p>&nbsp;</p>
5577 </body>
5578 </html>