help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>10/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  81             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  82             Annotation' for a sequence
  83           </li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  89             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  95             memory settings at launch
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
  99             non-alphanumerics when discovering database references with
 100             'Fetch DB Refs'
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 104             Console whilst discovering database references for a
 105             sequence
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 109             schema
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 113             disabled by default
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 117             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 118             fetcher dialog.
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 122             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 123             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 124             drosophila_melanogaster)
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 128             argument to prevent automatic discovery of analysis
 129             webservices on launch
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 133             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 134             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 135             textbox
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 139             proxies that require authentication
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 143             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 147             to 14.31.53
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 151             text
 152           </li>
 153         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 154         <ul>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 157             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 158             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 159             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 160               is the recommended workaround for known issue about
 161               working directory preservation when running native
 162               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 163           </em>
 164           </li>
 165           <li>Notarized MacOS installer for compliance with
 166             latest OSX releases (Monterey)</li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 169             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 170             the OSX disk image
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 174             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 178             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 179             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 180             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 184             configuration from jalview_properties
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 188             to get at Jalview's development builds
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 192             and Jalview Develop applications.
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 196             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 197             than anonymous 'Java' icons
 198           </li>
 199         </ul> <em>JalviewJS</em>
 200         <ul>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 203             with SIFTS
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 207             JalviewJS only
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 211             reported once per key (avoids excessive log output in js
 212             console)
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 216             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 223             GUI additions and improvements in sync with Java
 224             application.
 225           </li>
 226         </ul> <em>Development</em>
 227         <ul>
 228           <li>
 229             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 230           </li>
 231           <li><!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md</li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 234             process, added support for system package provided eclipse
 235             installs on linux
 236           </li>
 237           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 240             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 241             Jalview Launcher
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 245             with Java 17 (next LTS target)
 246           </li>
 247         </ul>
 248       </td>
 249       <td>
 250         <ul>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 253             execution
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 257             disappears when only one structure is shown (and many
 258             sequences:one chain mappings are present)
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 262             the first SEQUENCE_GROUP defined
 263           </li>
 264
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 267             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 268             trees (known defect from 2.11.1.3)
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 272             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 276             base in DNA sequences
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 280             Structure Preferences
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 290             modified graduated colour
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 294             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 295             clustal colouring is enabled
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 302             from Preferences
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 306             routing to stderr and appear as a raw template
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 310             numerical field doesn't update the value of the parameter
 311             until return is pressed.
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 315             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 316             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 317             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 318           </li>
 319         </ul> <em>JalviewJS</em>
 320         <ul>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 323             down) percentage values causing a divide by zero
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 327             via Info.args when there are arguments on the URL
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 334             JalviewJS
 335           </li>
 336         </ul> <em>Development</em>
 337         <ul>
 338           <li>Gradle
 339             <ul>
 340               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 341               <li>
 342                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 343                 Gradle v.6.6+
 344               </li>
 345             </ul>
 346           </li>
 347
 348         </ul> <em>Known Issues</em>
 349         <ul>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 352             suppressed when structures associated with a sequence are
 353             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 354             series)
 355           </li>
 356         </ul>
 357       </td>
 358     </tr>
 359     <tr>
 360       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 361           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 362           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 363       <td></td>
 364       <td align="left" valign="top">
 365         <ul>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 368             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 369             Unix/BSD OSs)
 370           </li>
 371         </ul> <em>Security</em>
 372         <ul>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 375             certificates.
 376           </li>
 377         </ul>
 378     </tr>
 379     <tr>
 380       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 381           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 382           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 383
 384       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 385         <ul>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 388             2.16.0 to 2.17.0.
 389           </li>
 390         </ul></td>
 391       <td></td>
 392     </tr>
 393     <tr>
 394       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 395           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 396           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 397
 398       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 399         <ul>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 402             (was log4j 1.2.x).
 403         </ul> <em>Development</em>
 404         <ul>
 405           <li>Updated building instructions</li>
 406         </ul></td>
 407       <td>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 411             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 412             and display)
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 416             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 417             only)
 418           </li>
 419         </ul> <em>Development</em>
 420         <ul>
 421           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 422         </ul>
 423       </td>
 424     </tr>
 425     <tr>
 426       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 427           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 428           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 429       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 430           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 431         <ul>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 434             launch of the news browser (like -nonews argument)
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 438             download of linkout URLs from
 439             www.jalview.org/services/identifiers
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 443             download of BIOJSHTML templates
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 447             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 448             disabled
 449           </li>
 450         </ul></td>
 451       <td align="left" valign="top">
 452         <ul>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 455             Jmol
 456           </li>
 457         </ul> <em>New Known defects</em>
 458         <ul>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 461             always restored from project (since 2.10.3)
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 465             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 466           </li>
 467         </ul>
 468       </td>
 469     </tr>
 470     <tr>
 471       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 472           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 473           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 474       <td align="left" valign="top">
 475         <ul>
 476
 477         </ul>
 478       </td>
 479       <td align="left" valign="top">
 480         <ul>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 483             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 487             sequences can be classed as nucleotide
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 491             sequences after alignment of protein products (known defect
 492             first reported for 2.11.1.0)
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 496             features outwith CDS shown overlaid on protein
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 500             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 501             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 505             CDS features
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 509             always select corresponding protein sequences
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 513             column selection doesn't always ignore hidden columns
 514           </li>
 515         </ul> <em>Installer</em>
 516         <ul>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 519             Windows prevents install4j launching getdown
 520           </li>
 521         </ul> <em>Development</em>
 522         <ul>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 525             version numbers in doc/building.md
 526           </li>
 527         </ul>
 528       </td>
 529     </tr>
 530     <tr>
 531       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 532           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 533           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 534       <td align="left" valign="top">
 535         <ul>
 536         </ul>
 537       </td>
 538       <td align="left" valign="top">
 539         <ul>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 542             "Encountered problems opening
 543             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 544           </li>
 545         </ul>
 546       </td>
 547     </tr>
 548     <tr>
 549       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 550           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 551           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 552       <td align="left" valign="top">
 553         <ul>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 556             residue in cursor mode
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 560             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 564             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 565             improved compatibility with JalviewJS
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 569             alignments from Pfam and Rfam
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 573             import (no longer based on .gz extension)
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 580             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 581             EMBL flat file
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 585             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 586             saving or making backup files.
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 590             <ul>
 591               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 592               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 593             </ul>
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 597             when running on Linux (Requires Java 11+)
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 601             green ones) are not automatically displayed when associated
 602             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 603             PDB.
 604           </li>
 605         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 606         <ul>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 609             through a system property
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 613             line help for configuring Jalview's memory
 614           </li>
 615         </ul>
 616       </td>
 617       <td align="left" valign="top">
 618         <ul>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 621             but not calculated and no protein or DNA score models are
 622             available for tree/PCA calculation when launched with
 623             Turkish language locale
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 627             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 631             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 635             sequence under the cursor
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 639             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 643             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 644             '%s'" on the console
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 648             when there are both local and complementary features mapped
 649             to the position under the cursor
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 653             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 657             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 661             internationalised text for some messages and log output
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 665             hidden gapped columns
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 669             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 673             specifying output format when exporting an alignment via the
 674             command line
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 678             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 679             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 680             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 681             file again, and if that fails, delete the original file and
 682             save in place.)
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 686             sequence features displayed causes displayed features to be
 687             hidden.
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 691             via command line
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 695             program and documentation
 696           </li>
 697         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 698         <ul>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 701             first time for a version that has different jars to the
 702             previous launched version.
 703           </li>
 704         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 705         <ul>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 708             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 709             OutOfMemory error.
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 713             monitor the release channel
 714           </li>
 715         </ul> <em>New Known defects</em>
 716         <ul>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 719             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 720             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 721             RNA viruses)
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 725             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 726             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 727           </li>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 730             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 731             works for the top left quadrant of the alignment window
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 735             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 739             when alignment view restored from project (since Jalview
 740             2.11.0)
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 744             protein products for certain ENA records are repeatedly
 745             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 746           </li>
 747         </ul>
 748       </td>
 749     </tr>
 750     <tr>
 751       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 752           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 753           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 754       <td align="left" valign="top">
 755         <ul>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 758             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 759             for display in alignments, on structure views (including
 760             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 761             export.
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 765             exported and re-imported as GFF3 files
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 769             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 773             validation while parsing
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 777             position if reopened
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 781             of associated view
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 785             enabled by default
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 789             tooltips and menus
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 793             with no feature types visible
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 797             attributes with large integer values
 798           </li>
 799         </ul>
 800         <em>Jalview Installer</em>
 801         <ul>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 804             installer template version reported in console (may be null
 805             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 809             higher quality background images
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 813             generated with install4j 8.0.4
 814           </li>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 817             Platforms
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 821             setting when running on large memory machines
 822           </li>
 823         </ul> <em>Release processes</em>
 824         <ul>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 830             access to test-release channel builds
 831           </li>
 832         </ul> <em>Build System</em>
 833         <ul>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 839             report
 840           </li>
 841         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 842         <ul>
 843           <li>
 844             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 845             to stdout containing the consensus sequence for each
 846             alignment in a Jalview session
 847           </li>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 850             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 851             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 852           </li>
 853         </ul>
 854       </td>
 855       <td align="left" valign="top">
 856         <ul>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 859             'Show hidden markers' option is not ticked
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 863             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 864             jalview preferences or properties file
 865           </li>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 868             'Show Sequence Features' option is not ticked
 869           </li>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 872             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 873             features are visible
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 877             equal when split frame is first opened
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 881             correct after editing a sequence's start position
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 885             with annotation and exceptions thrown when only a few
 886             columns shown in wrapped mode
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 890             wrapped alignment figure with annotations
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 894             ID fails with ClassCastException
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 898             Project
 899           </li>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 902             feature settings dialog also selects columns
 903           </li>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 906             IllegalArgumentException in some circumstances
 907           </li>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 910             opened for a view
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 914             alignment window is closed
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 918             help documentation for 2.11.0 release
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 922             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 923             Uniprot Accession
 924           </li>
 925         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 926         <ul>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 929             PDB/Uniprot search panel
 930           </li>
 931         </ul> <em>Installer</em>
 932         <ul>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 935             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 936           </li>
 937         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 938         <ul>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 941             repository
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 945             memory
 946           </li>
 947         </ul> <em>New Known Issues</em>
 948         <ul>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 951             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 952             command line
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 956             clipped in headless figure export when Right Align option
 957             enabled
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 961             'Source' in console output
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 965             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 966           </li>
 967         </ul>
 968       </td>
 969     </tr>
 970     <tr>
 971       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 972           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 973       <td align="left" valign="top">
 974         <ul>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 977             Application and Installers built with <a
 978             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 979             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 980             InstallAnywhere
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 984             memory settings, receive over the air updates and launch
 985             specific versions via (<a
 986             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 987               Rings' GetDown</a>)
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 991             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 992             files)
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 996             line arguments and switch between different getdown channels
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1000             project or alignment files
1001           </li>
1002
1003           <li>
1004             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1005             data files
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1009             updated to version 2.12.0
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1013             'Translate as cDNA'
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1017           </li>
1018           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1019               of Sequence Features</strong>
1020             <ul>
1021               <li>
1022                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1023                 implementation that allows updates) used for Sequence
1024                 Feature collections
1025               </li>
1026               <li>
1027                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1028                 features can be filtered and shaded according to any
1029                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1030                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1031                 file)
1032               </li>
1033               <li>
1034                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1035                 stored and restored from Jalview Projects
1036               </li>
1037               <li>
1038                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1039                 BioJava) to recognise variant features
1040               </li>
1041               <li>
1042                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1043                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1044               </li>
1045               <li>
1046                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1047                 selected sequence feature's details
1048               </li>
1049               <li>
1050                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1051                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1052                 and filter aware)
1053               </li>
1054               <li>
1055                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1056                 Settings dialog
1057               </li>
1058             </ul></li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1061             and PCA calculations
1062           </li>
1063           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1064             <ul>
1065               <li>
1066                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1067                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1068               </li>
1069               <li>
1070                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1071                 viewer's drop-down menus
1072               </li>
1073               <li>
1074                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1075                 PCA image incrementally
1076               </li>
1077               <li>
1078                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1079               </li>
1080             </ul></li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1083           </li>
1084           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1085             <ul>
1086               <li>
1087                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1088                 selections and multiple groups when working with large
1089                 alignments
1090               </li>
1091               <li>
1092                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1093                 parsing Stockholm files
1094               </li>
1095             </ul>
1096           <li><strong>User Interface</strong>
1097             <ul>
1098               <li>
1099                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1100                 each view
1101               </li>
1102               <li>
1103                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1104                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1105                 regions of alignment are shown by default (can be
1106                 changed in user preferences)
1107               </li>
1108               <li>
1109                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1110                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1111               </li>
1112               <li>
1113                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1114                 when all sequences are hidden
1115               </li>
1116               <li>
1117                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1118                 selection region, and gap count when inserting or
1119                 deleting gaps
1120               </li>
1121               <li>
1122                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1123                 annotation labels
1124               </li>
1125               <li>
1126                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1127                 shown when in wrapped mode
1128               </li>
1129               <li>
1130                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1131                 left/right in a graph or histogram annotation
1132               </li>
1133               <li>
1134                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1135                 search panels
1136               </li>
1137               <li>
1138                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1139                 Overview panel
1140               </li>
1141               <li>
1142                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1143                 sequence id popup menu
1144               </li>
1145               <li>
1146                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1147                 not shown if no subgroups are created
1148               </li>
1149               <li>
1150                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1151                 search history by right-clicking search box
1152               </li>
1153
1154
1155             </ul></li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1158             Groovy v2.5
1159           </li>
1160           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1161               release)</strong>
1162             <ul>
1163               <li>
1164                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1165                 entry and trapping CMD-Q
1166               </li>
1167             </ul></li>
1168         </ul> <em>Deprecations</em>
1169         <ul>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1172             capabilities removed from the Jalview Desktop
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1176             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1177             projects and XML based data retrieval clients
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1181             removal
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1185             Start
1186           </li>
1187         </ul> <em>Documentation</em>
1188         <ul>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1191             effects not supported in EPS figure export
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1195             dialog
1196           </li>
1197         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1198         <ul>
1199           <li>
1200             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1201             from Ant to Gradle
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1205             keys in Message bundles
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1209             gradle-eclipse
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1213             continuous integration for unattended Test Suite execution
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1217             operations
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1221             issues resolved
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1225             markdown (with HTML rendering)
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1229           </li>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1232             versions of Jalview
1233           </li>
1234         </ul>
1235       </td>
1236       <td align="left" valign="top">
1237         <ul>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1243             superposition in Jmol fail on Windows
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1247             discovering structures for sequences with lots of PDB
1248             structures
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1252             with monospaced font
1253           </li>
1254           <li>
1255             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1256             Jalview project involving multiple views
1257           </li>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1260             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1261             Annotation dialog hides columns
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1265             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1266             selection in one view, then making another selection in the
1267             other view
1268           </li>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1271             columns
1272           </li>
1273           <li>
1274             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1275             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1279             redrawing the overview with large alignments
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1283             region if columns were selected by dragging right-to-left
1284             and the mouse moved to the left of the first column
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1288             a hidden column marker via scale popup menu
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1292             URLs doesn't tell users the invalid URL
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1296             score from view
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1300             during show cross references or Fetch Database References
1301             are shown in red in original view
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1305             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1306             p.Res.null)
1307           </li>
1308           <li>
1309             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1310             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1311           </li>
1312           <li>
1313             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1314             printed when columns are hidden
1315           </li>
1316           <li>
1317             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1318             Columns by Annotation description
1319           </li>
1320           <li>
1321             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1322             dragging out of Scale or Annotation Panel
1323           </li>
1324           <li>
1325             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1326             out of scale panel
1327           </li>
1328           <li>
1329             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1330             alignment down
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1334             in scale panel
1335           </li>
1336           <li>
1337             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1338             Down, Page Up in wrapped mode
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1348             selected on opening an alignment
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1352             in Colour menu
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1356             when different groups in the alignment are selected
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1360             shown correctly in menu
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1364             min/max threshold limit
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1368             threshold gets 'unrounded'
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1372             colour
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1376             axis
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1383             alignment, not Tree font
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1387             from project file
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1391             Overview shown in complementary view
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1395             shown without normalisation
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1399             positioned at top of report
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1403           </li>
1404           <li>
1405             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1406             OSX Mojave
1407           </li>
1408         </ul> <em>Editing</em>
1409         <ul>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1412             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1413             via 'Edit' sequence
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1417             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1418             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1419           </li>
1420           <li>
1421             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1422             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1423           </li>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1426             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1427             in 2.10.5)
1428           </li>
1429         </ul> <em>Datamodel</em>
1430         <ul>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1433             sequence's End is greater than its length
1434           </li>
1435         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1436           release)</em>
1437         <ul>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1440           </li>
1441         </ul> <em>New Known Defects</em>
1442         <ul>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1445             clicking ignores bounds of an existing selected region
1446           </li>
1447           <li>
1448             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1449             gapped regions of protein alignment.
1450           </li>
1451           <li>
1452             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1453             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1454           </li>
1455           <li>
1456             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1457             after 'New View'
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1461             columns within hidden columns
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1465             re-enters window after dragging left to select columns to
1466             left of visible region
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1470             description string and thresholded by score in earlier
1471             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1472             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1476             reset group visibility
1477           </li>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1480             linked CDS/Protein view
1481           </li>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1484             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1485           </li>
1486         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1487         <ul>
1488           <li>
1489             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1490             alphabetically when saved
1491           </li>
1492         </ul>
1493       </td>
1494     </tr>
1495     <tr>
1496       <td width="60" nowrap>
1497         <div align="center">
1498           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1499         </div>
1500       </td>
1501       <td><div align="left">
1502           <em></em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1506               InstallAnywhere increased to 1G.
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1510               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1511               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1512                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1513                 properties file.</em>
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1517               API and sequence data now imported as JSON.
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1521               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1522               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1523               property.
1524             </li>
1525           </ul>
1526           <em>Development</em>
1527           <ul>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1530               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1531                 Clover</a>
1532             </li>
1533           </ul>
1534         </div></td>
1535       <td><div align="left">
1536           <em></em>
1537           <ul>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1540               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1541               alignment.
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1545               annotation displayed.
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1549               for newly created group when 'Apply to all groups'
1550               selected
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1554               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1555               visible.
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1559               when sequences are selected in exported view.</em>
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1563               aren't rendered with correct colour.
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1567               types of knotted RNA secondary structure.
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1571               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1572               do not start at 1.
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1576               annotation when columns are inserted into an alignment,
1577               and when exporting as Stockholm flatfile.
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1581               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1582               treated as RNA secondary structure.
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1586               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1590               transfers focus to previous window on OSX
1591             </li>
1592           </ul>
1593           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1597               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1598               box.
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1602               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1603               'look and feel' which has improved compatibility with the
1604               latest version of OSX.
1605             </li>
1606           </ul>
1607         </div></td>
1608     </tr>
1609     <tr>
1610       <td width="60" nowrap>
1611         <div align="center">
1612           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1613             <em>7/06/2018</em></strong>
1614         </div>
1615       </td>
1616       <td><div align="left">
1617           <em></em>
1618           <ul>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1621               annotation retrieved from Uniprot
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1625               onto the Jalview Desktop
1626             </li>
1627           </ul>
1628         </div></td>
1629       <td><div align="left">
1630           <em></em>
1631           <ul>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1634               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1638               right-hand column parsed correctly
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1642               not alignment area in exported graphic
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1646               window has input focus
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1650               annotation added to view (Windows)
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1654               network connectivity is poor
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1658               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1659                 the currently open URL and links from a page viewed in
1660                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1661                 you are using Edge, only links in the page can be
1662                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1663                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1664             </li>
1665           </ul>
1666           <em>New Known Defects</em>
1667           <ul>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1670               Annotation
1671             </li>
1672           </ul>
1673         </div></td>
1674     </tr>
1675     <tr>
1676       <td width="60" nowrap>
1677         <div align="center">
1678           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1679         </div>
1680       </td>
1681       <td><div align="left">
1682           <em></em>
1683           <ul>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1686               for disabling automatic superposition of multiple
1687               structures and open structures in existing views
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1691               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1692               adjust them.
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1696               Ensembl services
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1700               and lots of hidden columns
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1704               of features (particularly when transparency is disabled)
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1708               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1709               made generally available
1710             </li>
1711           </ul>
1712         </div></td>
1713       <td><div align="left">
1714           <ul>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1717               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1721               overlapping alignment panel
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1725               sequence as gaps
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1729               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1730               UTR
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1734               factor annotation not added to sequence when local PDB
1735               file associated with it by drag'n'drop or structure
1736               chooser
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1740               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1744               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1748               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1752               columns in annotation row
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1756               not honored in batch mode
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1760               for structures added to existing Jmol view
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1764               entries after importing project with multiple views
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1768               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1769               with negative residue numbers or missing residues fails
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1773               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1774               files (e.g. as generated by CONSURF)
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1778               tooltip doesn't include a text description of mutation
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1782               structure and/or overview windows are also shown
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1786               regions very slow for alignments with large numbers of
1787               sequences
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1791               with 'StringIndexOutOfBounds'
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1795               Feel for OSX platforms running Java 10
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1799               view appears to do nothing because the view is hidden
1800               behind the alignment view
1801             </li>
1802           </ul>
1803           <em>Applet</em>
1804           <ul>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1807               should copy the group consensus when popup is opened on it
1808             </li>
1809           </ul>
1810           <em>Batch Mode</em>
1811           <ul>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1814               respected
1815             </li>
1816           </ul>
1817           <em>New Known Defects</em>
1818           <ul>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1821               editing a large alignment and overview is displayed
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1825               repeatedly after a series of edits even when the overview
1826               is no longer reflecting updates
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1830               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1831               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1832               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1836               CSV option gives blank output
1837             </li>
1838           </ul>
1839         </div></td>
1840     </tr>
1841     <tr>
1842       <td width="60" nowrap>
1843         <div align="center">
1844           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1845             <em>24/1/2018</em></strong>
1846         </div>
1847       </td>
1848       <td><div align="left">
1849           <ul>
1850             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1851               30th November 2018)</li>
1852           </ul>
1853         </div></td>
1854       <td><div align="left">
1855           <em>Desktop</em>
1856           <ul>
1857             <ul>
1858               <li>
1859                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1860                 several sequences and structures are selected for
1861                 viewing/superposing
1862               </li>
1863               <li>
1864                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1865                 vertically via trackpad and scrollwheel
1866               </li>
1867               <li>
1868                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1869                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1870                 start of alignment
1871               </li>
1872               <li>
1873                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1874                 scrolled into view if columns are hidden
1875               </li>
1876               <li>
1877                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1878                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1879                 hidden columns
1880               </li>
1881               <li>
1882                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1883                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1884                 effect
1885               </li>
1886               <li>
1887                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1888                 relationships when retrieving sequences from
1889                 EnsemblGenomes
1890               </li>
1891             </ul>
1892         </div></td>
1893     </tr>
1894     <tr>
1895       <td width="60" nowrap>
1896         <div align="center">
1897           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1898         </div>
1899       </td>
1900       <td><div align="left">
1901           <em></em>
1902           <ul>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1905               rendering of sequence features
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1909               429 rate limit request hander
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1913               their colours have changed
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1917               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1921               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1925               view from Ensembl locus cross-references
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1929               Alignment report
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1933               feature can be disabled
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1937               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1941               Uniprot
1942             </li>
1943           </ul>
1944           <em>Scripting</em>
1945           <ul>
1946             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1947             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1948               percent identity scores for current alignment.</li>
1949           </ul>
1950           <em>Testing and Deployment</em>
1951           <ul>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1954             </li>
1955           </ul>
1956         </div></td>
1957       <td><div align="left">
1958           <em>General</em>
1959           <ul>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1962               threshold text field doesn't trigger an update to the
1963               alignment view
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1967               strings in parallel
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1971               alignment window is closed
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1975               group visibility
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1979               takes a long time in Cursor mode
1980             </li>
1981           </ul>
1982           <em>Desktop</em>
1983           <ul>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1986               cannot be viewed in Chimera
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1990               CDS/Protein view
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1994               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1995               Search Dialogs
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2005               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2009               scrolling right in unwapped alignment view
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2013               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2014               database
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2018               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2022               features of same type and group to be selected for
2023               amending
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2027               alignments when hidden columns are present
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2031               displaying several structures
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2035               moving a window
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2039               within the Jalview desktop on OSX
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2043               when in wrapped alignment mode
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2047               hand end of alignment
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2051               each selected sequence do not have correct start/end
2052               positions
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2056               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2060               restoring project until a new view is created
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2064               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2065               configured (since 2.10.2b2)
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2069               position is adjusted
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2073               in a multi-chain structure when viewing alignment
2074               involving more than one chain (since 2.10)
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2078               if new selection moves alignment window
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2082               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2086               that produces correctly annotated transcripts and products
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2090               doesn't update associated structure view
2091             </li>
2092           </ul>
2093           <em>Applet</em><br />
2094           <ul>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2097               closing alignment panel
2098             </li>
2099           </ul>
2100           <em>BioJSON</em><br />
2101           <ul>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2104               non-positional features
2105             </li>
2106           </ul>
2107           <em>New Known Issues</em>
2108           <ul>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2111               sequence features correctly (for many previous versions of
2112               Jalview)
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2116               using cursor in wrapped panel other than top
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2120               graduated colour threshold
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2124               always preserve numbering and sequence features
2125             </li>
2126           </ul>
2127           <em>Known Java 9 Issues</em>
2128           <ul>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2131               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2132               9.01, OSX 10.10)
2133             </li>
2134           </ul>
2135         </div></td>
2136     </tr>
2137     <tr>
2138       <td width="60" nowrap>
2139         <div align="center">
2140           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2141             <em>2/10/2017</em></strong>
2142         </div>
2143       </td>
2144       <td><div align="left">
2145           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2146           <ul>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2149               at uniprot.org
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2153               ebi.ac.uk
2154             </li>
2155           </ul>
2156         </div></td>
2157       <td><div align="left"></div></td>
2158     </tr>
2159     <tr>
2160       <td width="60" nowrap>
2161         <div align="center">
2162           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2163             <em>7/9/2017</em></strong>
2164         </div>
2165       </td>
2166       <td><div align="left">
2167           <em></em>
2168           <ul>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2171               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2172               white)
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2176               Preferences
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2180               in size and progress bar shown as higher resolution
2181               overview is recalculated
2182             </li>
2183
2184           </ul>
2185         </div></td>
2186       <td><div align="left">
2187           <em></em>
2188           <ul>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2191               column region row by row
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2195               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2199               format setting is unticked
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2203               if group has show boxes format setting unticked
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2207               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2208               include sequences and columns not currently displayed
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2212               assemblies are imported via CIF file
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2216               displayed when threshold or conservation colouring is also
2217               enabled.
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2221               server version
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2225               dragging a selected region off the visible region of the
2226               alignment
2227             </li>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2230               colourscheme to all groups in a view
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2234               initially after font size change using the Font chooser or
2235               middle-mouse zoom
2236             </li>
2237           </ul>
2238         </div></td>
2239     </tr>
2240     <tr>
2241       <td width="60" nowrap>
2242         <div align="center">
2243           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2244         </div>
2245       </td>
2246       <td><div align="left">
2247           <em>Calculations</em>
2248           <ul>
2249
2250             <li>
2251               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2252               ungapped positions in each column of the alignment.
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2256               a calculation dialog box
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2260               and memory efficiency (~30x faster)
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2264               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2265               and other calculations
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2269               files within the Jalview codebase
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2273               Similarity may have different topology due to increased
2274               precision
2275             </li>
2276           </ul>
2277           <em>Rendering</em>
2278           <ul>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2281               model for alignments and groups
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2285               scripts
2286             </li>
2287           </ul>
2288           <em>Overview</em>
2289           <ul>
2290             <li>
2291               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2292               with alignment and overview windows
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2296               overview
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2300               omitted in Overview
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2304               adjustment of visible position
2305             </li>
2306           </ul>
2307
2308           <em>Data import/export</em>
2309           <ul>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2312               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2316               annotation input/output via stockholm flatfile
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2320               extension when importing structure files without embedded
2321               names or PDB accessions
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2325               format sequence substitution matrices
2326             </li>
2327           </ul>
2328           <em>User Interface</em>
2329           <ul>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2332               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2333               the application.
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2337               via Overview or sequence motif search operations
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2341               opened by double clicking gaps within sequence feature
2342               extent
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2346               aligned positions were available to create a 3D structure
2347               superposition.
2348             </li>
2349           </ul>
2350           <em>3D Structure</em>
2351           <ul>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2354               coloured in linked structure views
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2358               file-based command exchange
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2362               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2363               structures are already available for sequences
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2367               the Jalview project rather than downloaded again when the
2368               project is reopened.
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2372               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2373               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2374                 Feature</strong>)
2375             </li>
2376           </ul>
2377           <em>Web Services</em>
2378           <ul>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2384               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2385               Analysis services
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2389               cross-references provided by identifiers.org and the
2390               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2391             </li>
2392           </ul>
2393
2394           <em>Scripting</em>
2395           <ul>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2398               identifying file formats (instead of String constants)
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2402               efficiency when counting all displayed features (not
2403               backwards compatible with 2.10.1)
2404             </li>
2405           </ul>
2406           <em>Example files</em>
2407           <ul>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2410               included in the example feature file
2411             </li>
2412           </ul>
2413           <em>Documentation</em>
2414           <ul>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2417               with the built-in Java help viewer
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2421               sequence description' option
2422             </li>
2423           </ul>
2424           <em>Test Suite</em>
2425           <ul>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2428               Uniprot REST Free Text Search Client
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2435               during tests
2436             </li>
2437           </ul>
2438         </div></td>
2439       <td><div align="left">
2440           <em>Calculations</em>
2441           <ul>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2444               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2445               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2446             </li>
2447             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2448               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2449               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2450               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2451               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2452               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2453               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2454               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2455               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2456               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2457               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2458               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2459               // for 2.10.1 mode <br />
2460               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2461               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2462                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2463                 calculations (not recommended)</em></li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2466               scaling of branch lengths for trees computed using
2467               Sequence Feature Similarity.
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2471               generating output report when working with highly
2472               redundant alignments
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2476               right of selected region when gaps present on right-hand
2477               boundary
2478             </li>
2479           </ul>
2480           <em>User Interface</em>
2481           <ul>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2484               doesn't reselect a specific sequence's associated
2485               annotation after it was used for colouring a view
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2489               opened on a region of alignment without groups
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2493               of an alignment with overlapping groups
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2497               name and description match
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2501               hidden regions results in incorrect hidden regions
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2505               changing colour does not apply Conservation slider value
2506               to all groups
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2510               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2514               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2518               gaps before start of features
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2522               restored to UI when feature colour is edited
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2526               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2530               as graduate feature colour settings are modified via the
2531               dialog box
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2535               when a group defined on the alignment is resized
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2539               wrapped view result in positional status updates
2540             </li>
2541
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2544               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2548               alignment included gapped columns
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2552               widgets don't permanently disappear
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2556               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2557               T-Coffee column reliability scores)
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2561               sequence feature on gaps only
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2565               button from a Find inherit previously defined feature type
2566               rather than the Find query string
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2570               exporting tree calculated in Jalview
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2574               and then revealing them reorders sequences on the
2575               alignment
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2579               doesn't update to reflect available set of groups after
2580               interactively adding or modifying features
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2584               Linux
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2588               only excluded gaps in current sequence and ignored
2589               selection.
2590             </li>
2591           </ul>
2592           <em>Rendering</em>
2593           <ul>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2596               erratically when hidden rows or columns are present
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2600               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2601               sequence colouring
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2605               colour and group colour menu for protein alignments
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2609               reflect currently selected view or group's shading
2610               thresholds
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2614               when rendered on overview and structures when opacity at
2615               100%
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2619               overview when features overlaid on alignment
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2623               recovered correctly from Jalview project file
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2627               opened (automatically via preferences) are different to
2628               the main alignment panel
2629             </li>
2630           </ul>
2631           <em>Data import/export</em>
2632           <ul>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2635               load
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2639               added after a sequence was imported are not written to
2640               Stockholm File
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2644               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2648               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2652               with lightGray or darkGray via features file (but can
2653               specify lightgray)
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2657               when alignment view imported from project
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2661               structure and sequences extracted from structure files
2662               imported via URL and viewed in Jmol
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2666               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2667               the project is loaded and the structure viewed
2668             </li>
2669           </ul>
2670           <em>Web Services</em>
2671           <ul>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2674               release of Ensembl v.88
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2678               appear enabled in Preferences->Connections
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2682               removed from console output
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2686               Ensembl by Peptide ID
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2690               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2691               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2692               due to 'null' string rather than empty string used for
2693               residues with no corresponding PDB mapping).
2694             </li>
2695           </ul>
2696           <em>Application UI</em>
2697           <ul>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2700               menu
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2704               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2705               new documentation and tooltips added)
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2709               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2713               new features are added to alignment
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2717               changes to feature colours via the Amend features dialog
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2721               edit graduated feature colour via amend features dialog
2722               box
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2726               selection menu changes colours of alignment views
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2730               from alignment calculation workers after alignment has
2731               been closed
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2735               groups now 'Create Group'
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2739               Create/Undefine group doesn't always work
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2743               shown again after pressing 'Cancel'
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2747               adjusts start position in wrap mode
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2751               ambiguous amino acids
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2755               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2756               proteins
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2760               Defined' don't appear in Colours menu
2761             </li>
2762           </ul>
2763           <em>Applet</em>
2764           <ul>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2767               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2771               overview or linked structure view
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2775               work (since 2.8)
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2779               user-defined colourscheme doesn't restore original
2780               colourscheme
2781             </li>
2782           </ul>
2783           <em>Test Suite</em>
2784           <ul>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2787               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2791               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2792               problems with deep array comparison equality asserts in
2793               successive versions of TestNG
2794             </li>
2795             <li>
2796               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2797               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2798             </li>
2799           </ul>
2800           <em>New Known Issues</em>
2801           <ul>
2802             <li>
2803               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2804               phase after a sequence motif find operation
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2808               containing just upper and lower case letters are
2809               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2813               reliably from eggnog Ortholog database
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2817               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2818               to mark columns containing highlighted regions.
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2822               doesn't always add secondary structure annotation.
2823             </li>
2824           </ul>
2825         </div>
2826     <tr>
2827       <td width="60" nowrap>
2828         <div align="center">
2829           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2830         </div>
2831       </td>
2832       <td><div align="left">
2833           <em>General</em>
2834           <ul>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2837               for all consensus calculations
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2841               3rd Oct 2016)
2842             </li>
2843             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2844               for 2016-2017</li>
2845           </ul>
2846           <em>Application</em>
2847           <ul>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2850               set of database cross-references, sorted alphabetically
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2854               from database cross references. Users with custom links
2855               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2856                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2860               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2861               Chimera session
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2865               the Chimera it is connected to is shut down
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2869               columns menu item to mark columns containing highlighted
2870               regions (e.g. from structure selections or results of a
2871               Find operation)
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2875               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2876               MSAviewer
2877             </li>
2878           </ul>
2879         </div></td>
2880       <td>
2881         <div align="left">
2882           <em>General</em>
2883           <ul>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2886               are not coloured or thresholded according to percent
2887               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2888             </li>
2889             <li>
2890               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2891               hydrophobic
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2895               threshold, amino acid properties)
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2899               reported as mapped to residues in a structure file in the
2900               View Mapping report
2901             </li>
2902             <li>
2903               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2904               could be added multiple times to a sequence
2905             </li>
2906             <li>
2907               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2908               bond features shown as two highlighted residues rather
2909               than a range in linked structure views, and treated
2910               correctly when selecting and computing trees from features
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2914               cross-references are matched to database name regardless
2915               of case
2916             </li>
2917
2918           </ul>
2919           <em>Application</em>
2920           <ul>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2923               names without regular expressions also offer links from
2924               Sequence ID
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2928               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2929               update Jalview configuration
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2933               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2937               files with similarly named sequences if dropped onto the
2938               alignment
2939             </li>
2940             <li>
2941               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2942               entries where more chains exist in the PDB accession than
2943               are reported in the SIFTS file
2944             </li>
2945             <li>
2946               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2947               the structure view when displayed with Chimera
2948             </li>
2949             <li>
2950               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2951               panel's View->Show Chains submenu
2952             </li>
2953             <li>
2954               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2955               work for wrapped alignment views
2956             </li>
2957             <li>
2958               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2959               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2960             </li>
2961             <li>
2962               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2963               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2964               first annotation row
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2968               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2969             </li>
2970             <li>
2971               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2972               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2973             </li>
2974             <!-- JAL-2319 -->
2975             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2976             coordindate data
2977             </li>
2978           </ul>
2979           <!--           <em>New Known Issues</em>
2980           <ul>
2981             <li></li>
2982           </ul> -->
2983         </div>
2984       </td>
2985     </tr>
2986     <td width="60" nowrap>
2987       <div align="center">
2988         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2989           <em>25/10/2016</em></strong>
2990       </div>
2991     </td>
2992     <td><em>Application</em>
2993       <ul>
2994         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2995           view if structures already loaded</li>
2996         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2997           structure views</li>
2998       </ul></td>
2999     <td>
3000       <div align="left">
3001         <em>General</em>
3002         <ul>
3003           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3004             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3005           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3006             example sequences/projects/trees</li>
3007         </ul>
3008         <em>Application</em>
3009         <ul>
3010           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3011             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3012           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3013             without timeout for structures with multiple models or
3014             multiple sequences in alignment</li>
3015           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3016             PDB ID HEADER line</li>
3017           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3018             is performed</li>
3019           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3020             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3021           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3022           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3023             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3024             option</li>
3025           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3026             is created on the alignment</li>
3027           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3028             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3029             pop-up menu</li>
3030         </ul>
3031         <em>Build and deployment</em>
3032         <ul>
3033           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3034             tags</li>
3035         </ul>
3036         <em>New Known Issues</em>
3037         <ul>
3038           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3039             on Windows</li>
3040         </ul>
3041       </div>
3042     </td>
3043     </tr>
3044     <tr>
3045       <td width="60" nowrap>
3046         <div align="center">
3047           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3048         </div>
3049       </td>
3050       <td><em>General</em>
3051         <ul>
3052           <li>
3053             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3054           </li>
3055           <li>
3056             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3057             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3058             better PDB parsing.
3059           </li>
3060           <li>
3061             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3062             reference sequence
3063           </li>
3064           <li>
3065             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3066             mousing over sequence associated annotation
3067           </li>
3068           <li>
3069             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3070             for manual entry
3071           </li>
3072           <li>
3073             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3074             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3075             for each column
3076           </li>
3077           <li>
3078             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3079             showing or hiding columns containing a feature
3080           </li>
3081           <li>
3082             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3083             group and sequence associated annotation labels
3084           </li>
3085           <li>
3086             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3087             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3088             dialogs
3089           </li>
3090
3091         </ul> <em>Application</em>
3092         <ul>
3093           <li>
3094             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3095             gene/transcript view
3096           </li>
3097           <li>
3098             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3099             dialog
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3103             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3107             Pfam sources to xfam.org
3108           </li>
3109           <li>
3110             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3111           </li>
3112           <li>
3113             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3114             over sequences in Jalview
3115           </li>
3116           <li>
3117             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3118             regions in ENA and EMBL
3119           </li>
3120           <li>
3121             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3122             for record retrieval via ENA rest API
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3126             complement operator
3127           </li>
3128           <li>
3129             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3130             groovy script execution
3131           </li>
3132           <li>
3133             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3134             alignment window's Calculate menu
3135           </li>
3136           <li>
3137             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3138             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3139           </li>
3140           <li>
3141             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3142             calculation workers from groovy scripts
3143           </li>
3144           <li>
3145             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3146             Jalview projects
3147           </li>
3148           <li>
3149             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3150             associations are now saved/restored from project
3151           </li>
3152           <li>
3153             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3154             before sequence fetcher is opened
3155           </li>
3156           <li>
3157             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3158             database chooser opens a sequence fetcher
3159           </li>
3160           <li>
3161             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3162             the UniProt REST API
3163           </li>
3164           <li>
3165             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3166             the news reader opening
3167           </li>
3168           <li>
3169             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3170             querying stored in preferences
3171           </li>
3172           <li>
3173             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3174             search results
3175           </li>
3176           <li>
3177             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3178           </li>
3179           <li>
3180             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3181             menu for nucleotide sequences
3182           </li>
3183           <li>
3184             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3185             and feature counts preserves alignment ordering (and
3186             debugged for complex feature sets).
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3190             viewing structures with Jalview 2.10
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3194             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3195             Ensembl Genomes REST API
3196           </li>
3197           <li>
3198             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3199             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3200             (Ensembl)
3201           </li>
3202           <li>
3203             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3204             sequences
3205           </li>
3206           <li>
3207             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3208             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3209             data from external database records.
3210           </li>
3211           <li>
3212             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3213             efficient recovery of sequence coding and alignment
3214             annotation relationships.
3215           </li>
3216         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3217         <ul>
3218           <li>
3219             -- JAL---
3220           </li>
3221         </ul> --></td>
3222       <td>
3223         <div align="left">
3224           <em>General</em>
3225           <ul>
3226             <li>
3227               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3228               menu on OSX
3229             </li>
3230             <li>
3231               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3232               includes graduated colourschemes
3233             </li>
3234             <li>
3235               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3236               working with big alignments and lots of hidden columns
3237             </li>
3238             <li>
3239               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3240               at right of alignment window
3241             </li>
3242             <li>
3243               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3244               contents
3245             </li>
3246             <li>
3247               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3248               for DNA alignments
3249             </li>
3250             <li>
3251               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3252               based tree calculation
3253             </li>
3254             <li>
3255               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3256               unconserved enabled for group on alignment
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3260               set as reference
3261             </li>
3262             <li>
3263               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3264               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3265               annotation
3266             </li>
3267             <li>
3268               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3269               hidden columns present
3270             </li>
3271             <li>
3272               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3273               user created annotation added to alignment
3274             </li>
3275             <li>
3276               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3277               '()' base pair annotation
3278             </li>
3279             <li>
3280               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3281               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3282               Consensus
3283             </li>
3284             <li>
3285               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3286               feature not working
3287             </li>
3288             <li>
3289               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3290               beginning of sequence
3291             </li>
3292             <li>
3293               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3294               entry 3a6s
3295             </li>
3296             <li>
3297               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3298               from a tree when t-coffee scores are shown
3299             </li>
3300             <li>
3301               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3302               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3303             </li>
3304             <li>
3305               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3306               some structures
3307             </li>
3308             <li>
3309               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3310               to Clustal, PIR and PileUp output
3311             </li>
3312             <li>
3313               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3314               not visible causes alignment window to repaint
3315             </li>
3316             <li>
3317               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3318               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3319               scores associated with features and annotation rows
3320             </li>
3321             <li>
3322               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3323               calculation should be case independent
3324             </li>
3325             <li>
3326               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3327               columns
3328             </li>
3329             <li>
3330               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3331               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3332               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3333             </li>
3334             <li>
3335               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3336               problems when reference sequence defined and 'show
3337               non-conserved' enabled
3338             </li>
3339             <li>
3340               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3341               load even when Consensus calculation is disabled
3342             </li>
3343             <li>
3344               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3345               alignment does nothing
3346             </li>
3347           </ul>
3348           <em>Application</em>
3349           <ul>
3350             <li>
3351               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3352               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3353               yet fixed for El Capitan)
3354             </li>
3355             <li>
3356               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3357               output when running on non-gb/us i18n platforms
3358             </li>
3359             <li>
3360               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3361               hidden sequences as flat-file alignment
3362             </li>
3363             <li>
3364               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3365               launching Chimera
3366             </li>
3367             <li>
3368               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3369               (also hotfix for 2.9.0b2)
3370             </li>
3371             <li>
3372               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3373               reference sequence defined
3374             </li>
3375             <li>
3376               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3377               alignments and views when revealing hidden columns
3378             </li>
3379             <li>
3380               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3381               view in a cDNA/Protein splitframe
3382             </li>
3383             <li>
3384               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3385               sequence from project when only one sequence is
3386               represented
3387             </li>
3388             <li>
3389               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3390               in Structure Chooser
3391             </li>
3392             <li>
3393               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3394               structure consensus didn't refresh annotation panel
3395             </li>
3396             <li>
3397               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3398               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3399             </li>
3400             <li>
3401               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3402               dialogs format columns correctly, don't display array
3403               data, sort columns according to type
3404             </li>
3405             <li>
3406               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3407               file chooser is cancelled during an image export
3408             </li>
3409             <li>
3410               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3411               sequence name containing special characters
3412             </li>
3413             <li>
3414               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3415               case insensitive
3416             </li>
3417             <li>
3418               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3419               formatting don't wrap
3420             </li>
3421             <li>
3422               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3423               truncated so L looks like I in consensus annotation
3424             </li>
3425             <li>
3426               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3427               currently displayed features for the current selection or
3428               view
3429             </li>
3430             <li>
3431               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3432               after fetching cross-references, and restoring from
3433               project
3434             </li>
3435             <li>
3436               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3437               followed in the structure viewer
3438             </li>
3439             <li>
3440               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3441               splitframe not restored from project
3442             </li>
3443             <li>
3444               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3445               trailing end of protein alignment in transcript/product
3446               splitview when pad-gaps not enabled by default
3447             </li>
3448             <li>
3449               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3450               is case dependent
3451             </li>
3452             <li>
3453               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3454               article has been read (reopened issue due to
3455               internationalisation problems)
3456             </li>
3457             <li>
3458               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3459               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3460               cross-references
3461             </li>
3462
3463             <li>
3464               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3465               alignment as HTML
3466             </li>
3467             <li>
3468               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3469               multiple structures are shown for one or more sequences.
3470             </li>
3471             <li>
3472               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3473               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3474               is enabled.
3475             </li>
3476             <li>
3477               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3478               specific PDB id for sequence
3479             </li>
3480             <li>
3481               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3482               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3483               columns' is disabled.
3484             </li>
3485             <li>
3486               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3487               selects lowest rather than highest resolution structures
3488               for each sequence
3489             </li>
3490             <li>
3491               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3492               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3493             </li>
3494             <li>
3495               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3496               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3497             </li>
3498             <li>
3499               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3500               after clicking on it to create new annotation for a
3501               column.
3502             </li>
3503             <li>
3504               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3505               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3506             </li>
3507             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3508             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3509           </ul>
3510           <em>Applet</em>
3511           <ul>
3512             <li>
3513               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3514               hidden columns present before start of sequence
3515             </li>
3516             <li>
3517               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3518               (JSON jars)
3519             </li>
3520             <li>
3521               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3522               sequences are hidden in applet
3523             </li>
3524             <li>
3525               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3526               deployment on examples pages.
3527             </li>
3528           </ul>
3529         </div>
3530       </td>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td width="60" nowrap>
3534         <div align="center">
3535           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3536             <em>16/10/2015</em></strong>
3537         </div>
3538       </td>
3539       <td><em>General</em>
3540         <ul>
3541           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3542             jars</li>
3543         </ul></td>
3544       <td>
3545         <div align="left">
3546           <em>Application</em>
3547           <ul>
3548             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3549               shown when tree is partitioned</li>
3550             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3551               multiple cDNA/Protein split views</li>
3552           </ul>
3553         </div>
3554       </td>
3555     </tr>
3556     <tr>
3557       <td width="60" nowrap>
3558         <div align="center">
3559           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3560             <em>8/10/2015</em></strong>
3561         </div>
3562       </td>
3563       <td><em>General</em>
3564         <ul>
3565           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3566             2.9</li>
3567         </ul> <em>Application</em>
3568         <ul>
3569           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3570           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3571           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3572         </ul> <em>Applet</em>
3573         <ul>
3574           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3575         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3576         <ul>
3577           <li>
3578             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3579             suite
3580           </li>
3581         </ul></td>
3582       <td>
3583         <div align="left">
3584           <em>General</em>
3585           <ul>
3586             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3587               incorrect when sequence start > 1</li>
3588             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3589               documentation</li>
3590             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3591             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3592               loading a features file containing HTML tags in feature
3593               description</li>
3594
3595           </ul>
3596           <em>Application</em>
3597           <ul>
3598             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3599               reimport</li>
3600             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3601               with 'trim retrieved sequences'</li>
3602             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3603               deleting selected columns</li>
3604             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3605               JNLP templates for webstart launch</li>
3606             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3607               unreleased structures for download or viewing</li>
3608             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3609               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3610             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3611               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3612             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3613               recovered from jalview project</li>
3614             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3615               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3616               alignment view</li>
3617             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3618               color schemes from BioJSON</li>
3619           </ul>
3620           <em>Applet</em>
3621           <ul>
3622             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3623               frame</li>
3624             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3625           </ul>
3626         </div>
3627       </td>
3628     </tr>
3629     <tr>
3630       <td><div align="center">
3631           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3632         </div></td>
3633       <td><em>General</em>
3634         <ul>
3635           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3636             alignments:
3637             <ul>
3638               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3639                 and DNA alignment views</li>
3640               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3641                 cDNA alignment views</li>
3642               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3643                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3644               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3645                 protein sequences</li>
3646             </ul>
3647           </li>
3648           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3649           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3650             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3651           <li>New alignment annotation file statements for
3652             reference sequences and marking hidden columns</li>
3653           <li>Reference sequence based alignment shading to
3654             highlight variation</li>
3655           <li>Select or hide columns according to alignment
3656             annotation</li>
3657           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3658           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3659             acid conservation row</li>
3660           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3661         </ul> <em>Application</em>
3662         <ul>
3663           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3664             <ul>
3665               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3666                 view with cDNA/Protein</li>
3667               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3668                 sequences are placed in the same alignment</li>
3669               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3670                 projects</li>
3671             </ul>
3672           </li>
3673
3674           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3675           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3676             Jalview windows</li>
3677
3678           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3679           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3680           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3681             be shown in VARNA</li>
3682
3683           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3684             as the active selected region</li>
3685
3686           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3687             similarity</li>
3688           <li>New Export options
3689             <ul>
3690               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3691                 region export in flat file generation</li>
3692
3693               <li>Export alignment views for display with the <a
3694                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3695
3696               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3697               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3698                 alignment figures to HTML</li>
3699           </li>
3700           <li>3D structure retrieval and display
3701             <ul>
3702               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3703                 Search API</li>
3704               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3705                 PDB structures for a sequence set</li>
3706             </ul>
3707           </li>
3708
3709           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3710             predictions</li>
3711           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3712             for one or a group of sequences</li>
3713           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3714             from the JPred4 web server</li>
3715           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3716             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3717             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3718           </li>
3719           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3720             VARNA 2D Structure'</li>
3721           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3722             Structure ..."</li>
3723
3724         </ul> <em>Applet</em>
3725         <ul>
3726           <li>New layout for applet example pages</li>
3727           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3728             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3729           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3730             Protein alignments</li>
3731         </ul> <em>Development and deployment</em>
3732         <ul>
3733           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3734           <li>Include installation type and git revision in build
3735             properties and console log output</li>
3736           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3737             storing BioJsMSA Templates</li>
3738           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3739         </ul></td>
3740       <td>
3741         <!-- <em>General</em>
3742         <ul>
3743         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3744         <ul>
3745           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3746           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3747           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3748             predictions are not highlighted in amber</li>
3749           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3750             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3751           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3752             associated structure views</li>
3753           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3754             width checkbox not enabled</li>
3755           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3756             creating user defined colours</li>
3757           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3758             mappings for just that viewer's sequences</li>
3759           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3760             multiple models in Chimera</li>
3761           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3762             over Jmol structure</li>
3763           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3764             output to text box</li>
3765           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3766             have incorrect sequence start/end</li>
3767           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3768             Jalview fails</li>
3769           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3770             work for nucleotide</li>
3771           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3772             to a grey/invisible alignment window</li>
3773           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3774             imports to different position</li>
3775           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3776             on some platforms</li>
3777           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3778             populated</li>
3779           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3780             console if Chimera has been opened</li>
3781           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3782           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3783             retrieved</li>
3784           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3785           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3786             either sequence shows on first structure</li>
3787           <li>'Show annotations' options should not make
3788             non-positional annotations visible</li>
3789           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3790             in right place after 'view flanking regions'</li>
3791           <li>File Save As type unset when current file format is
3792             unknown</li>
3793           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3794             projects</li>
3795           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3796             responsive</li>
3797           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3798             several views on same alignment</li>
3799           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3800           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3801             spaces</li>
3802         </ul> <em>Applet</em>
3803         <ul>
3804           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3805           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3806             descriptions containing angle brackets</li>
3807         </ul> <em>General</em>
3808         <ul>
3809           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3810             via jalview annotation file</li>
3811           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3812             with RNA secondary structure</li>
3813           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3814             translation doesn't work.</li>
3815           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3816           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3817             positions</li>
3818           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3819             choosing 1pt font</li>
3820           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3821             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3822             'h'</li>
3823           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3824             new feature</li>
3825           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3826             order dependent</li>
3827           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3828             sequences</li>
3829           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3830         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3831         <ul>
3832           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3833             www.jalview.org</li>
3834         </ul> <em>Application Known issues</em>
3835         <ul>
3836           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3837           <li>Misleading message appears after trying to delete
3838             solid column.</li>
3839           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3840             version launches</li>
3841           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3842             fails with a sequence mismatch</li>
3843           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3844             scrolling alignment to right</li>
3845           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3846             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3847           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3848             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3849           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3850             ultra-high resolution</li>
3851           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3852             quality and conservation</li>
3853           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3854             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3855         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3856         <ul>
3857           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3858           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3859             window is being resized</li>
3860
3861         </ul>
3862       </td>
3863     </tr>
3864     <tr>
3865       <td><div align="center">
3866           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3867         </div></td>
3868       <td><em>General</em>
3869         <ul>
3870           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3871             Certum.PL.</li>
3872           <li>Features and annotation preserved when performing
3873             pairwise alignment</li>
3874           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3875             imported/exported/displayed</li>
3876           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3877             protein secondary structure</li>
3878           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3879               post-hoc with 2.9 release</em>)
3880           </li>
3881
3882         </ul> <em>Application</em>
3883         <ul>
3884           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3885             with 3D structures</li>
3886           <li>Support for parsing RNAML</li>
3887           <li>Annotations menu for layout
3888             <ul>
3889               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3890               <li>place sequence annotation above/below alignment
3891                 annotation</li>
3892             </ul>
3893           <li>Output in Stockholm format</li>
3894           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3895             translation</li>
3896           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3897           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3898             shared between alignments</li>
3899           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3900             Jalview</li>
3901           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3902             all or current selection</li>
3903           <li>disorder and secondary structure predictions
3904             available as dataset annotation</li>
3905           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3906
3907
3908           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3909             alignments from Rfam</li>
3910           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3911
3912           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3913             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3914           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3915           <li>include installation type in build properties and
3916             console log output</li>
3917           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3918             annotation</li>
3919         </ul></td>
3920       <td>
3921         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3922         <ul>
3923           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3924             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3925           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3926             alignment</li>
3927           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3928           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3929           <li>Double click on sequence associated annotation
3930             selects only first column</li>
3931           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3932             leaves shown in tree</li>
3933           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3934             properly</li>
3935           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3936           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3937             screen and buttons not visible</li>
3938           <li>author list isn't updated if already written to
3939             Jalview properties</li>
3940           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3941             from database</li>
3942           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3943           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3944             browser search window</li>
3945           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3946             in feature settings dialog</li>
3947           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3948             desktop</li>
3949           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3950             pass validation</li>
3951           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3952             fit on screen</li>
3953           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3954             tooltip</li>
3955           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3956             defined user preset</li>
3957           <li>MSA web services warns user if they were launched
3958             with invalid input</li>
3959           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3960             Java 8</li>
3961           <li>
3962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3963             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3964             created
3965           </li>
3966
3967         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3968         <ul>
3969         </ul> <em>General</em>
3970         <ul>
3971         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3972         <ul>
3973           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3974             memory allocation</li>
3975           <li>launchApp service doesn't automatically open
3976             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3977           <li>
3978             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3979             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3980             1.7_055 is available
3981           </li>
3982         </ul> <em>Application Known issues</em>
3983         <ul>
3984           <li>
3985             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3986             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3987             alignment to right
3988           </li>
3989           <li>
3990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3991             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3992             with large number of ID
3993           </li>
3994           <li>
3995             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3996             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3997             start/end
3998           </li>
3999           <li>
4000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4001             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4002             structure tracks are rearranged
4003           </li>
4004           <li>
4005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4006             invalid rna structure positional highlighting does not
4007             highlight position of invalid base pairs
4008           </li>
4009           <li>
4010             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4011             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4012             project from alignment window file menu
4013           </li>
4014           <li>
4015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4016             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4017             structures
4018           </li>
4019           <li>
4020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4021             colour by RNA Helices not enabled when user created
4022             annotation added to alignment
4023           </li>
4024           <li>
4025             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4026             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4027           </li>
4028         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4029         <ul>
4030           <li>
4031             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4032             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4033           </li>
4034           <li>
4035             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4036             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4037           </li>
4038
4039           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4040             when selected</li>
4041         </ul>
4042       </td>
4043     </tr>
4044     <tr>
4045       <td><div align="center">
4046           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4047         </div></td>
4048       <td>
4049         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4050         <em>General</em>
4051         <ul>
4052           <li>Internationalisation of user interface (usually
4053             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4054           <li>Define/Undefine group on current selection with
4055             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4056           <li>Improved group creation/removal options in
4057             alignment/sequence Popup menu</li>
4058           <li>Sensible precision for symbol distribution
4059             percentages shown in logo tooltip.</li>
4060           <li>Annotation panel height set according to amount of
4061             annotation when alignment first opened</li>
4062         </ul> <em>Application</em>
4063         <ul>
4064           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4065             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4066           <li>Select columns containing particular features from
4067             Feature Settings dialog</li>
4068           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4069             sequences</li>
4070           <li>Update Jalview project format:
4071             <ul>
4072               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4073               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4074                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4075               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4076                 colouring</li>
4077             </ul>
4078           </li>
4079           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4080             (PAM250)</li>
4081           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4082             flanking regions for an alignment</li>
4083         </ul>
4084       </td>
4085       <td>
4086         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4087         <ul>
4088           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4089             running after job is cancelled</li>
4090           <li>cannot export features from alignments imported from
4091             Jalview/VAMSAS projects</li>
4092           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4093             float values</li>
4094           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4095             have 'display all symbols' flag set</li>
4096           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4097             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4098           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4099             Jalview</li>
4100           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4101             Lion/Webstart</li>
4102           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4103           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4104           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4105             alignment onto desktop</li>
4106           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4107             'extract scores' function</li>
4108           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4109             alignment window</li>
4110           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4111             performing IUPred disorder prediction</li>
4112           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4113             changing 'normalise logo' display setting</li>
4114           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4115             nothing matches query</li>
4116           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4117             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4118           </li>
4119           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4120             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4121           </li>
4122           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4123             Jalview's menu</li>
4124           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4125             'invalid literal/length code'</li>
4126           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4127             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4128           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4129             colourscheme</li>
4130
4131         </ul> <em>Applet</em>
4132         <ul>
4133           <li>Remove group option is shown even when selection is
4134             not a group</li>
4135           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4136             don't affect groups</li>
4137           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4138             colourscheme name</li>
4139           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4140             Annotation panel is not displayed</li>
4141           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4142             embedded windows</li>
4143         </ul> <em>Other</em>
4144         <ul>
4145           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4146             single sequence were not calculated</li>
4147           <li>annotation files that contain only groups imported as
4148             annotation and junk sequences</li>
4149           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4150             recognised as PFAM or BLC</li>
4151           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4152             doesn't affect background (2.8.0b1)
4153           <li></li>
4154           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4155           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4156             trailing gaps</li>
4157           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4158             registered correctly on import</li>
4159           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4160             certain alignments</li>
4161           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4162             existing annotation based 'use original colours'
4163             colourscheme loses original colours setting</li>
4164         </ul>
4165       </td>
4166     </tr>
4167     <tr>
4168       <td><div align="center">
4169           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4170             <em>30/1/2014</em></strong>
4171         </div></td>
4172       <td>
4173         <ul>
4174           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4175             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4176             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4177             open source project).
4178           </li>
4179           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4180           <li>Output in Stockholm format</li>
4181           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4182           <li>Export/import group and sequence associated line
4183             graph thresholds</li>
4184           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4185             ambiguity codes</li>
4186           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4187             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4188             works</li>
4189           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4190         </ul> <em>Other improvements</em>
4191         <ul>
4192           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4193           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4194             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4195           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4196             files</li>
4197           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4198           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4199             link but no description</li>
4200           <li>Select primary source when selecting authority in
4201             database fetcher GUI</li>
4202           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4203             Jalview</li>
4204           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4205         </ul>
4206       </td>
4207       <td>
4208         <ul>
4209           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4210             displayed</li>
4211           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4212             secondary structure annotation line</li>
4213           <li>Sequence database accessions not imported when
4214             fetching alignments from Rfam</li>
4215           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4216             identical IDs</li>
4217           <li>View all structures does not always superpose
4218             structures</li>
4219           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4220             reflect user or preset settings</li>
4221           <li>Null pointer exceptions for some services without
4222             presets or adjustable parameters</li>
4223           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4224             discover PDB xRefs</li>
4225           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4226             features with DAS</li>
4227           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4228             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4229           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4230             residue follows a gap</li>
4231           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4232             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4233           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4234             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4235           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4236             annotation already exists on alignment</li>
4237           <li>oninit javascript function should be called after
4238             initialisation completes</li>
4239           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4240             alignment window display</li>
4241           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4242           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4243             to annotation file</li>
4244           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4245             groups created</li>
4246           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4247             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4248           <li>Pressing return several times causes Number Format
4249             exceptions in keyboard mode</li>
4250           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4251             correct partitions for input data</li>
4252           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4253           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4254           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4255           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4256             mode</li>
4257           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4258             changes one row&#39;s threshold</li>
4259           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4260             doesn&#39;t open</li>
4261           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4262             quality histograms</li>
4263         </ul>
4264       </td>
4265     </tr>
4266     <tr>
4267       <td><div align="center">
4268           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4269         </div></td>
4270       <td><em>Application</em>
4271         <ul>
4272           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4273             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4274           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4275             preferences</li>
4276           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4277             in Jalview alignment window</li>
4278           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4279             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4280           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4281             RNA and ambiguity codes</li>
4282
4283           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4284           <li>Support fetching and database reference look up
4285             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4286             refs')</li>
4287           <li>Jalview project improvements
4288             <ul>
4289               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4290                 flag for annotation</li>
4291               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4292                 alignment</li>
4293               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4294                 Jalview project</li>
4295
4296             </ul>
4297           </li>
4298           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4299           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4300             running</li>
4301           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4302           <li>visual indication that web service results are still
4303             being retrieved from server</li>
4304           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4305             starts up for first time</li>
4306           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4307             services</li>
4308           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4309             client library</li>
4310           <li>Examples directory and Groovy library included in
4311             InstallAnywhere distribution</li>
4312         </ul> <em>Applet</em>
4313         <ul>
4314           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4315             visualization applet example</li>
4316         </ul> <em>General</em>
4317         <ul>
4318           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4319           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4320             defaults</li>
4321           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4322             calculation</li>
4323           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4324             matrices
4325           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4326             in HTML</li>
4327           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4328             structure contacts</li>
4329           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4330           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4331           <li>Parse sequence associated secondary structure
4332             information in Stockholm files</li>
4333           <li>HTML Export database accessions and annotation
4334             information presented in tooltip for sequences</li>
4335           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4336             style RNA alignment files</li>
4337           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4338             alignment</li>
4339           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4340             shade each sequence according to its associated alignment
4341             annotation</li>
4342           <li>New Jalview Logo</li>
4343         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4344         <ul>
4345           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4346           <li>New Website!</li>
4347         </ul></td>
4348       <td><em>Application</em>
4349         <ul>
4350           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4351             wsdbfetch REST service</li>
4352           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4353           <li>Filetype associations not installed for webstart
4354             launch</li>
4355           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4356             job execution in full once it is complete</li>
4357           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4358             uploaded via ali_file parameter</li>
4359           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4360           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4361           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4362             submitted for prediction</li>
4363           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4364             desktop window</li>
4365           <li>Putting fractional value into integer text box in
4366             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4367           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4368             windows 7</li>
4369           <li>View all structures fails with exception shown in
4370             structure view</li>
4371           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4372             escaped in a platform independent way</li>
4373           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4374             using proxy</li>
4375           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4376             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4377           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4378             failure when java web start temporary file caching is
4379             disabled</li>
4380           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4381             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4382           <li>Errors during processing of command line arguments
4383             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4384           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4385             DAS sources in sequence fetcher</li>
4386           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4387             dialog is shown</li>
4388           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4389           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4390           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4391           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4392             on OSX Mountain Lion</li>
4393           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4394             sequences with alignment annotation are pasted into the
4395             alignment</li>
4396           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4397             when loaded from Jalview project</li>
4398           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4399           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4400             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4401           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4402             associated with all views</li>
4403           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4404             annotation rows to new window</li>
4405         </ul> <em>Applet</em>
4406         <ul>
4407           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4408             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4409           <li>loading features via javascript API automatically
4410             enables feature display</li>
4411           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4412             work</li>
4413         </ul> <em>General</em>
4414         <ul>
4415           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4416           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4417             and then deselected</li>
4418           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4419           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4420             coloured with clustalx</li>
4421           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4422             exceptions and redraw errors</li>
4423           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4424             reconfigured view</li>
4425           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4426             colour</li>
4427           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4428             for lots of labels</li>
4429         </ul>
4430     </tr>
4431     <tr>
4432       <td>
4433         <div align="center">
4434           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4435         </div>
4436       </td>
4437       <td><em>Application</em>
4438         <ul>
4439           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4440           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4441           <li>View/alignment association menu to enable user to
4442             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4443             its colours/correspondences from</li>
4444           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4445           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4446             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4447           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4448           <li>Annotation row column label formatting attributes
4449             stored in project file</li>
4450           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4451             rows preserved in Jalview project file</li>
4452           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4453             saved using Desktop window menu</li>
4454           <li>Visual indication that command line arguments are
4455             still being processed</li>
4456           <li>Groovy script execution from URL</li>
4457           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4458             preferences</li>
4459           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4460             alignment with sequences that have high similarity and
4461             matching IDs</li>
4462           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4463           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4464             structures in same window</li>
4465           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4466           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4467             analysis function in its own submenu</li>
4468         </ul> <em>Applet</em>
4469         <ul>
4470           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4471             groups</li>
4472           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4473           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4474           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4475           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4476           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4477             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4478           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4479           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4480             parameters are treated as such</li>
4481           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4482             <ul>
4483               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4484               <li>Javascript callbacks for
4485                 <ul>
4486                   <li>Applet initialisation</li>
4487                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4488                 </ul>
4489               </li>
4490               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4491                 functions</li>
4492               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4493               <li>javascript structure viewer harness to pass
4494                 messages between Jmol and Jalview when running as
4495                 distinct applets</li>
4496               <li>sortBy method</li>
4497               <li>Set of applet and application examples shipped
4498                 with documentation</li>
4499               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4500                 javascript message exchange</li>
4501             </ul>
4502         </ul> <em>General</em>
4503         <ul>
4504           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4505             multiple alignments</li>
4506           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4507           <li>User configurable link to enable redirects to a
4508             www.Jalview.org mirror</li>
4509           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4510           <li>Configurable newline string when writing alignment
4511             and other flat files</li>
4512           <li>Allow alignment annotation description lines to
4513             contain html tags</li>
4514         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4515         <ul>
4516           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4517             examples</li>
4518           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4519             using a web service before displaying the result in the
4520             Jalview desktop</li>
4521           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4522           <li>Ant target to publish example html files with applet
4523             archive</li>
4524           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4525           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4526         </ul></td>
4527       <td><em>Application</em>
4528         <ul>
4529           <li>User defined colourscheme throws exception when
4530             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4531           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4532             dialog for valid filename/format</li>
4533           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4534           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4535             P37173</li>
4536           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4537             which sequence is to be associated with the file</li>
4538           <li>Find All raises null pointer exception when query
4539             only matches sequence IDs</li>
4540           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4541           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4542             2.4 cannot be loaded</li>
4543           <li>Filetype associations not installed for webstart
4544             launch</li>
4545           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4546             with sequences in different alignments do not get coloured
4547             by their associated sequence</li>
4548           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4549             not preserved when project is loaded</li>
4550           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4551             stored in Jalview project</li>
4552           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4553             Jalview project</li>
4554           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4555           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4556             by conservation</li>
4557           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4558             created on new view</li>
4559           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4560             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4561           <li>Alignment quality not updated after alignment
4562             annotation row is hidden then shown</li>
4563           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4564             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4565           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4566             properly</li>
4567           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4568             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4569           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4570           <li>Structures imported from file and saved in project
4571             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4572           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4573             job execution in full once it is complete</li>
4574         </ul> <em>Applet</em>
4575         <ul>
4576           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4577             annotation rows are displayed</li>
4578           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4579             codebase</li>
4580           <li>View follows highlighting does not work for positions
4581             in sequences</li>
4582           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4583           <li>Export features raises exception when no features
4584             exist</li>
4585           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4586             for javascript api is modified when separator string
4587             provided as parameter</li>
4588           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4589             alignment with no existing selection</li>
4590           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4591             to applet&#39;s codebase</li>
4592           <li>Status bar not updated after finished searching and
4593             search wraps around to first result</li>
4594           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4595             several Jalview applets causes race conditions and memory
4596             leaks</li>
4597           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4598             not sent from Jmol in applet</li>
4599           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4600             applet API fatally hang browser</li>
4601         </ul> <em>General</em>
4602         <ul>
4603           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4604             position with wrapped view and hidden regions</li>
4605           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4606             with/without hidden columns</li>
4607           <li>Sequence length given in alignment properties window
4608             is off by 1</li>
4609           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4610             import PDB like structure files</li>
4611           <li>Positional search results are only highlighted
4612             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4613           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4614           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4615             given sequence position</li>
4616           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4617             output</li>
4618           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4619             from nucleotide chains correctly</li>
4620           <li>Structure colours not updated when tree partition
4621             changed in alignment</li>
4622           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4623             parsed in interleaved stockholm</li>
4624           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4625             state</li>
4626           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4627             properly</li>
4628           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4629             properly associated with their pdb files</li>
4630         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4631         <ul>
4632           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4633             ApplyCopyright tool</li>
4634         </ul></td>
4635     </tr>
4636     <tr>
4637       <td>
4638         <div align="center">
4639           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4640         </div>
4641       </td>
4642       <td><em>Application</em>
4643         <ul>
4644           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4645             contact web services</li>
4646           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4647             service job window</li>
4648           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4649         </ul></td>
4650       <td>
4651         <ul>
4652           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4653             pir file emitted by Jalview</li>
4654           <li>Existing feature settings transferred to new
4655             alignment view created from cut'n'paste</li>
4656           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4657             parsing PDB files</li>
4658           <li>Consensus and conservation annotation rows
4659             occasionally become blank for all new windows</li>
4660           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4661             in wrapped view mode</li>
4662         </ul> <em>Application</em>
4663         <ul>
4664           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4665             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4666           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4667             parameter names</li>
4668           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4669             is down</li>
4670         </ul>
4671       </td>
4672     </tr>
4673     <tr>
4674       <td>
4675         <div align="center">
4676           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4677         </div>
4678       </td>
4679       <td><em>Application</em>
4680         <ul>
4681           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4682             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4683             (JABAWS)
4684           </li>
4685           <li>Web Services preference tab</li>
4686           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4687             preferences</li>
4688           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4689           <li>Superpose structures using associated sequence
4690             alignment</li>
4691           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4692             viewer</li>
4693         </ul> <em>Applet</em>
4694         <ul>
4695           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4696             link out mechanism</li>
4697         </ul> <em>Other</em>
4698         <ul>
4699           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4700             series 12</li>
4701           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4702             require Java 1.5</li>
4703           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4704             sequence annotation files</li>
4705           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4706             type colour specification</li>
4707           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4708             script to check if it being run in an interactive session or
4709             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4710         </ul></td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4714             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4715         </ul> <em>Application</em>
4716         <ul>
4717           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4718             selected Regions menu item</li>
4719           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4720             part of a valid accession ID</li>
4721           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4722             runs out of memory</li>
4723           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4724             analysis results</li>
4725           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4726             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4727           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4728         </ul> <em>Applet</em>
4729         <ul>
4730           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4731             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4732             defined.</li>
4733         </ul>
4734       </td>
4735     </tr>
4736     <tr>
4737       <td>
4738         <div align="center">
4739           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4740         </div>
4741       </td>
4742       <td></td>
4743       <td>
4744         <ul>
4745           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4746             sequence IDs</li>
4747           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4748             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4749           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4750             import correctly</li>
4751           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4752             number of columns are hidden</li>
4753           <li>annotation label popup menu not providing correct
4754             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4755             present</li>
4756           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4757             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4758           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4759             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4760
4761         </ul> <em>Applet</em>
4762         <ul>
4763           <li>annotation panel disappears when annotation is
4764             hidden/removed</li>
4765         </ul> <em>Application</em>
4766         <ul>
4767           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4768             alignment opened where annotation panel is visible but no
4769             annotations are present on alignment</li>
4770           <li>pasted region containing hidden columns is
4771             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4772           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4773             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4774           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4775             selected Rregions menu item.</li>
4776           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4777             'Un' or 'Non'conserved</li>
4778           <li>Sequence feature settings are being shared by
4779             multiple distinct alignments</li>
4780           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4781             changed</li>
4782           <li>double click on group annotation to select sequences
4783             does not propagate to associated trees</li>
4784           <li>Mac OSX specific issues:
4785             <ul>
4786               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4787                 window background</li>
4788               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4789                 name set correctly</li>
4790               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4791                 save feature colourscheme button</li>
4792             </ul>
4793           </li>
4794         </ul>
4795       </td>
4796     </tr>
4797     <tr>
4798
4799       <td>
4800         <div align="center">
4801           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4802         </div>
4803       </td>
4804       <td><em>New Capabilities</em>
4805         <ul>
4806           <li>URL links generated from description line for
4807             regular-expression based URL links (applet and application)
4808
4809
4810           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4811             menu</li>
4812           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4813             structures</li>
4814           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4815             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4816           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4817             average score or total feature count for each sequence.</li>
4818           <li>Shading features by score or associated description</li>
4819           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4820             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4821           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4822             hide everything but the currently selected region.</li>
4823           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4824         </ul> <em>Application</em>
4825         <ul>
4826           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4827             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4828           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4829             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4830           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4831             database references and protein_name is parsed as
4832             description line (BioSapiens terms).</li>
4833           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4834             references in sequence ID tooltip from View menu in
4835             application.</li>
4836           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4837       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4838           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4839             conservation plots</li>
4840           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4841             and visualized as sequence logos</li>
4842           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4843             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4844           </li>
4845           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4846             when a new tree is opened.</li>
4847           <li>Jalview Java Console</li>
4848           <li>Better placement of desktop window when moving
4849             between different screens.</li>
4850           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4851             consensus annotation</li>
4852           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4853             Workflows</li>
4854           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4855             <ul>
4856               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4857                 used to preserve views, structures, and tree display
4858                 settings)</li>
4859               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4860                 command line</li>
4861               <li>Sharing of selected regions between views and
4862                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4863               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4864             </ul></li>
4865         </ul> <em>Applet</em>
4866         <ul>
4867           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4868           <li>New Parameters
4869             <ul>
4870               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4871                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4872                 opened.</li>
4873               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4874                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4875               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4876                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4877               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4878                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4879                 view</li>
4880               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4881                 increase the height or width of a cell in the alignment
4882                 grid relative to the current font size.</li>
4883             </ul>
4884           </li>
4885           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4886             tooltip</li>
4887         </ul> <em>Other</em>
4888         <ul>
4889           <li>Features format: graduated colour definitions and
4890             specification of feature scores</li>
4891           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4892             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4893             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4894           <li>XML formats extended to support graduated feature
4895             colourschemes, group associated annotation, and profile
4896             visualization settings.</li></td>
4897       <td>
4898         <ul>
4899           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4900             rather than description</li>
4901           <li>Non-positional features are now included in sequence
4902             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4903             visibility in tooltip).</li>
4904           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4905           <li>Added URL embedding instructions to features file
4906             documentation.</li>
4907           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4908             'X' in peptide product</li>
4909           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4910             sequence ID and sequence string and query strings do not
4911             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4912           <li>AMSA files only contain first column of
4913             multi-character column annotation labels</li>
4914           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4915             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4916             exported and re-imported)</li>
4917           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4918             name</li>
4919           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4920             as subsequence matches, and correctly reports total number
4921             of both.</li>
4922           <li>Application:
4923             <ul>
4924               <li>Better handling of exceptions during sequence
4925                 retrieval</li>
4926               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4927                 link text excludes the start_end suffix</li>
4928               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4929                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4930               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4931               <li>Sequence description lines properly shared via
4932                 VAMSAS</li>
4933               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4934                 data sources</li>
4935               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4936                 completes before alignment figures are generated.</li>
4937               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4938                 first time.</li>
4939               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4940                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4941               <li>User defined group colours properly recovered
4942                 from Jalview projects.</li>
4943             </ul>
4944           </li>
4945         </ul>
4946       </td>
4947
4948     </tr>
4949     <tr>
4950       <td>
4951         <div align="center">
4952           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4953         </div>
4954       </td>
4955       <td>
4956         <ul>
4957           <li>Experimental support for google analytics usage
4958             tracking.</li>
4959           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4960         </ul>
4961       </td>
4962       <td>
4963         <ul>
4964           <li>Race condition in applet preventing startup in
4965             jre1.6.0u12+.</li>
4966           <li>Exception when feature created from selection beyond
4967             length of sequence.</li>
4968           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4969           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4970             all sequences with a given id</li>
4971           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4972             ID string searches</li>
4973           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4974             alignment to fail with exception</li>
4975         </ul> <em>Application Issues</em>
4976         <ul>
4977           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4978           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4979             data sources</li>
4980         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4981         <ul>
4982           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4983             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4984           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4985             version (java class versioning error fixed)</li>
4986         </ul>
4987       </td>
4988     </tr>
4989     <tr>
4990       <td>
4991
4992         <div align="center">
4993           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4994         </div>
4995       </td>
4996       <td><em>User Interface</em>
4997         <ul>
4998           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4999             translation and protein products</li>
5000           <li>Linked highlighting of structure associated with
5001             residue mapping to codon position</li>
5002           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5003             and 'clear' button</li>
5004           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5005             Tools menu</li>
5006           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5007             numeric data in description line</li>
5008           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5009           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5010             of sequence</li>
5011         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5012         <ul>
5013           <li>JPred3 web service</li>
5014           <li>Prototype sequence search client (no public services
5015             available yet)</li>
5016           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5017             PFAM</li>
5018           <li>URL Links created for matching database cross
5019             references as well as sequence ID</li>
5020           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5021         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5022         <ul>
5023           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5024             databases</li>
5025           <li>Generalised database reference retrieval and
5026             validation to all fetchable databases</li>
5027           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5028             sequence command</li>
5029         </ul> <em>Import and Export</em>
5030         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5031         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5032           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5033         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5034           File</li>
5035         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5036           triplet as name of colourscheme</li>
5037         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5038         <ul>
5039           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5040           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5041             alignments (experimental)</li>
5042           <li>Create new or select existing session to join</li>
5043           <li>load and save of vamsas documents</li>
5044         </ul> <em>Application command line</em>
5045         <ul>
5046           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5047             from applet)</li>
5048           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5049             of DAS servers to query for alignment features</li>
5050           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5051             that are also automatically queried for features</li>
5052           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5053             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5054         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5055         <ul>
5056           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5057             application (when using &quot;View in full
5058             application&quot;)</li>
5059         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5060         <ul>
5061           <li>feature group display control parameter</li>
5062           <li>debug parameter</li>
5063           <li>showbutton parameter</li>
5064         </ul> <em>Applet API methods</em>
5065         <ul>
5066           <li>newView public method</li>
5067           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5068           <li>Feature display control methods</li>
5069           <li>get list of currently selected sequences</li>
5070         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5071         <ul>
5072           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5073           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5074             Jalview release.</li>
5075           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5076             property controls execution of obfuscator</li>
5077           <li>Build target for generating source distribution</li>
5078           <li>Debug flag for javacc</li>
5079           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5080             jalview.bin.Cache</li>
5081           <li>Continuous Build Integration for stable and
5082             development version of Application, Applet and source
5083             distribution</li>
5084         </ul></td>
5085       <td>
5086         <ul>
5087           <li>selected region output includes visible annotations
5088             (for certain formats)</li>
5089           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5090             for editing</li>
5091           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5092           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5093           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5094           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5095             comments</li>
5096           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5097             filenames containing a ':'</li>
5098           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5099             global sequence features</li>
5100           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5101             references from alignment sequences goes to zero</li>
5102           <li>Close of tree branch colour box without colour
5103             selection causes cascading exceptions</li>
5104           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5105           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5106             file parsing fails.</li>
5107           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5108           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5109             not a valid output format</li>
5110           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5111             vamsas</li>
5112           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5113           <li>error messages passed up and output when data read
5114             fails</li>
5115           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5116             sequence is edited</li>
5117           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5118             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5119           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5120             filetype</li>
5121           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5122             import fixed for PFAM records</li>
5123           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5124             window list</li>
5125           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5126             can be read and written correctly to annotation file</li>
5127           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5128             correctly</li>
5129           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5130             non-italic font for representatives in Applet</li>
5131           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5132             Macs.</li>
5133           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5134             Applet)</li>
5135           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5136             due to null pointer exceptions</li>
5137           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5138             first column of alignment</li>
5139           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5140             July 2008</li>
5141           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5142             file is case-insensitive</li>
5143           <li>Sequence features read from Features file appended to
5144             all sequences with matching IDs</li>
5145           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5146             containing a sub-sequence</li>
5147           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5148           <li>feature and annotation file applet parameters
5149             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5150           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5151           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5152             splash-screen version check to complete</li>
5153           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5154             when passing them to the launchApp service</li>
5155           <li>display name and local features preserved in results
5156             retrieved from web service</li>
5157           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5158             sequence fetcher initialisation</li>
5159           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5160             dasobert DAS client</li>
5161           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5162             association</li>
5163           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5164             sequences
5165           </li>
5166         </ul>
5167       </td>
5168     </tr>
5169     <tr>
5170       <td>
5171         <div align="center">
5172           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5173         </div>
5174       </td>
5175       <td>
5176         <ul>
5177           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5178           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5179           <li>Slide sequences</li>
5180           <li>Edit sequence in place</li>
5181           <li>EMBL CDS features</li>
5182           <li>DAS Feature mapping</li>
5183           <li>Feature ordering</li>
5184           <li>Alignment Properties</li>
5185           <li>Annotation Scores</li>
5186           <li>Sort by scores</li>
5187           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5188         </ul>
5189       </td>
5190       <td>
5191         <ul>
5192           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5193           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5194           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5195           <li>Feature group display state in XML</li>
5196           <li>Feature ordering in XML</li>
5197           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5198           <li>Stockholm alignment properties</li>
5199           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5200           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5201           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5202           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5203         </ul>
5204       </td>
5205
5206     </tr>
5207     <tr>
5208       <td>
5209         <div align="center">
5210           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5211         </div>
5212       </td>
5213       <td>
5214         <ul>
5215           <li>Non standard characters can be read and displayed
5216           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5217             applet via textbox
5218           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5219             name &amp; description
5220           <li>Preference setting to display sequence name in
5221             italics
5222           <li>Annotation file format extended to allow
5223             Sequence_groups to be defined
5224           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5225             specified in preferences
5226           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5227             sequences
5228         </ul>
5229       </td>
5230       <td>
5231         <ul>
5232           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5233             installed
5234           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5235           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5236         </ul>
5237       </td>
5238     </tr>
5239     <tr>
5240       <td>
5241         <div align="center">
5242           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5243         </div>
5244       </td>
5245       <td>
5246         <ul>
5247           <li>Multiple views on alignment
5248           <li>Sequence feature editing
5249           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5250           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5251           <li>Background dependent text colour
5252           <li>Right align sequence ids
5253           <li>User-defined lower case residue colours
5254           <li>Format Menu
5255           <li>Select Menu
5256           <li>Menu item accelerator keys
5257           <li>Control-V pastes to current alignment
5258           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5259           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5260           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5261
5262
5263           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5264         </ul>
5265       </td>
5266       <td>
5267         <ul>
5268           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5269           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5270             calculations
5271           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5272             edits
5273           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5274             of alignment)
5275           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5276
5277
5278           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5279             display correctly
5280           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5281           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5282             analysis results
5283           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5284             &#8739;
5285           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5286           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5287           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5288
5289
5290         </ul>
5291       </td>
5292     </tr>
5293     <tr>
5294       <td>
5295         <div align="center">
5296           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5297         </div>
5298       </td>
5299       <td>
5300         <ul>
5301           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5302         </ul>
5303       </td>
5304       <td>
5305         <ul>
5306           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5307             sequence id panel has been resized</li>
5308           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5309             rendered</li>
5310           <li>Annotation files with sequence references - all
5311             elements in file are relative to sequence position</li>
5312           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5313         </ul>
5314       </td>
5315     </tr>
5316     <tr>
5317       <td>
5318         <div align="center">
5319           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5320         </div>
5321       </td>
5322       <td>
5323         <ul>
5324           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5325           <li>DAS Feature fetching</li>
5326           <li>Hide sequences and columns</li>
5327           <li>Export Annotations and Features</li>
5328           <li>GFF file reading / writing</li>
5329           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5330             files</li>
5331           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5332           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5333           <li>Applet can launch the full application</li>
5334           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5335             required)</li>
5336           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5337           <li>Applet can load sequences from parameter
5338             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5339           </li>
5340         </ul>
5341       </td>
5342       <td>
5343         <ul>
5344           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5345           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5346           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5347         </ul>
5348       </td>
5349     </tr>
5350     <tr>
5351       <td>
5352         <div align="center">
5353           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5354         </div>
5355       </td>
5356       <td>
5357         <ul>
5358           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5359           <li>Choose to match case when searching</li>
5360           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5361             expand the visible width and height of the alignment</li>
5362         </ul>
5363       </td>
5364       <td>
5365         <ul>
5366           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5367         </ul>
5368       </td>
5369     </tr>
5370     <tr>
5371       <td>
5372         <div align="center">
5373           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5374         </div>
5375       </td>
5376       <td>&nbsp;</td>
5377       <td>
5378         <ul>
5379           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5380           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5381             value</li>
5382         </ul>
5383       </td>
5384     </tr>
5385     <tr>
5386       <td>
5387         <div align="center">
5388           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5389         </div>
5390       </td>
5391       <td>
5392         <ul>
5393           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5394           <li>Keyboard editing</li>
5395           <li>Create sequence features from searches</li>
5396           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5397             alignments</li>
5398           <li>Features file allows grouping of features</li>
5399           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5400           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5401           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5402         </ul>
5403       </td>
5404       <td>
5405         <ul>
5406           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5407           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5408             descriptions saved.</li>
5409         </ul>
5410       </td>
5411     </tr>
5412     <tr>
5413       <td>
5414         <div align="center">
5415           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5416         </div>
5417       </td>
5418       <td>
5419         <ul>
5420           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5421           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5422           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5423             name for file output</li>
5424           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5425           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5426             used for HTML form input</li>
5427         </ul>
5428       </td>
5429       <td>
5430         <ul>
5431           <li>HTML output writes groups and features</li>
5432           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5433           <li>File IO bugs</li>
5434         </ul>
5435       </td>
5436     </tr>
5437     <tr>
5438       <td>
5439         <div align="center">
5440           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5441         </div>
5442       </td>
5443       <td>
5444         <ul>
5445           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5446           <li>More options for PCA viewer</li>
5447         </ul>
5448       </td>
5449       <td>
5450         <ul>
5451           <li>GUI bugs resolved</li>
5452           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5453         </ul>
5454       </td>
5455     </tr>
5456     <tr>
5457       <td height="63">
5458         <div align="center">
5459           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5460         </div>
5461       </td>
5462       <td>
5463         <ul>
5464           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5465           <li>Jar files are executable</li>
5466           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5467         </ul>
5468       </td>
5469       <td>
5470         <ul>
5471           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5472           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5473           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5474         </ul>
5475       </td>
5476     </tr>
5477     <tr>
5478       <td>
5479         <div align="center">
5480           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5481         </div>
5482       </td>
5483       <td>
5484         <ul>
5485           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5486         </ul>
5487       </td>
5488       <td>
5489         <ul>
5490           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5491         </ul>
5492       </td>
5493     </tr>
5494     <tr>
5495       <td>
5496         <div align="center">
5497           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5498         </div>
5499       </td>
5500       <td>
5501         <ul>
5502           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5503             size</li>
5504         </ul>
5505       </td>
5506       <td>
5507         <ul>
5508           <li>Improved JPred client reliability</li>
5509           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5510         </ul>
5511       </td>
5512     </tr>
5513     <tr>
5514       <td>
5515         <div align="center">
5516           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5517         </div>
5518       </td>
5519       <td>
5520         <ul>
5521           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5522           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5523           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5524             to Colour Menu</li>
5525           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5526           <li>Unix users can set default web browser</li>
5527           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5528           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5529         </ul>
5530       </td>
5531       <td>
5532         <ul>
5533           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5534         </ul>
5535       </td>
5536     </tr>
5537     <tr>
5538       <td>
5539         <div align="center">
5540           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5541         </div>
5542       </td>
5543       <td>&nbsp;</td>
5544       <td>
5545         <ul>
5546           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5547             alignment order.</li>
5548         </ul>
5549       </td>
5550     </tr>
5551     <tr>
5552       <td>
5553         <div align="center">
5554           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5555         </div>
5556       </td>
5557       <td>
5558         <ul>
5559           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5560           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5561           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5562             annotations.</li>
5563           <li>Version and build date written to build properties
5564             file.</li>
5565           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5566             at launch of Jalview.</li>
5567         </ul>
5568       </td>
5569       <td>
5570         <ul>
5571           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5572           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5573           <li>Can remove groups one by one.</li>
5574           <li>Filechooser icons installed.</li>
5575           <li>Finder ignores return character when searching.
5576             Return key will initiate a search.<br>
5577           </li>
5578         </ul>
5579       </td>
5580     </tr>
5581     <tr>
5582       <td>
5583         <div align="center">
5584           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5585         </div>
5586       </td>
5587       <td>
5588         <ul>
5589           <li>New codebase</li>
5590         </ul>
5591       </td>
5592       <td>&nbsp;</td>
5593     </tr>
5594   </table>
5595   <p>&nbsp;</p>
5596 </body>
5597 </html>