help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3677 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 126             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 130             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 134             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 138             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 139             '%s'" on the console
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 143             when there are both local and complementary features mapped
 144             to the position under the cursor
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 148             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 152             internationalised text for some messages and log output
 153           </li>
 154         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 155         <ul>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 158             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 159             OutOfMemory error.
 160           </li>
 161         </ul> <em>New Known defects</em>
 162         <ul>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 165             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 169             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 170             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 171             Workaround is to try to save the file again, and if that
 172             fails, delete the original file and save in place.
 173           </li>
 174         </ul>
 175       </td>
 176     </tr>
 177     <tr>
 178       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 179           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 180           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 181       <td align="left" valign="top">
 182         <ul>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 185             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 186             for display in alignments, on structure views (including
 187             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 188             export.
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 192             exported and re-imported as GFF3 files
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 196             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 200             validation while parsing
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 204             position if reopened
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 208             of associated view
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 212             enabled by default
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 216             tooltips and menus
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 220             with no feature types visible
 221           </li>
 222           <li>
 223           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 224           </li>
 225         </ul><em>Jalview Installer</em>
 226             <ul>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 229             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 236           </li>
 237               <li>
 238                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 239               <li>
 240                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 241         </ul> <em>Release processes</em>
 242         <ul>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 248           </li>
 249         </ul> <em>Build System</em>
 250         <ul>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 256             report
 257           </li>
 258         </ul>
 259         <em>Groovy Scripts</em>
 260             <ul>
 261           <li>
 262             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 263             to stdout containing the consensus sequence for each
 264             alignment in a Jalview session
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 268             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 269             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 270           </li>
 271         </ul>
 272       </td>
 273       <td align="left" valign="top">
 274         <ul>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 277             'Show hidden markers' option is not ticked
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 281             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 282             jalview preferences or properties file
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 286             'Show Sequence Features' option is not ticked
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 290             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 291             features are visible
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 295             equal when split frame is first opened
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 299             correct after editing a sequence's start position
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 303             with annotation and exceptions thrown when only a few
 304             columns shown in wrapped mode
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 308             wrapped alignment figure with annotations
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 312             ID fails with ClassCastException
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 316             Project
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 320             feature settings dialog also selects columns
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 324             IllegalArgumentException in some circumstances
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 328             opened for a view
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 332             alignment window is closed
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 336             help documentation for 2.11.0 release
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 340             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 341             Uniprot Accession
 342           </li>
 343         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 344         <ul>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 347             PDB/Uniprot search panel
 348           </li>
 349         </ul> <em>Installer</em>
 350         <ul>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 353             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 354           </li>
 355         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 356         <ul>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 359             repository
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 363             memory
 364           </li>
 365         </ul> <em>New Known Issues</em>
 366         <ul>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 369             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 370             command line
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 374             clipped in headless figure export when Right Align option
 375             enabled
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 379             'Source' in console output
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 383             bamboo server but run fine locally.
 384           </li>
 385         </ul>
 386       </td>
 387     </tr>
 388     <tr>
 389       <td width="60" align="center" nowrap>
 390           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 391             <em>04/07/2019</em></strong>
 392       </td>
 393       <td align="left" valign="top">
 394         <ul>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 397             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 398             source project) rather than InstallAnywhere
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 402             settings, receive over the air updates and launch specific
 403             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 404               Rings' GetDown</a>)
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 408             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 412             arguments and switch between different getdown channels
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 416             or alignment files
 417           </li>
 418
 419           <li>
 420             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 421             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 424             'Translate as cDNA'</li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 427           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 428             <ul>
 429                       <li>
 430             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 431             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 432           <li>
 433                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 434                 features can be filtered and shaded according to any
 435                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 436                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 437                 file)
 438               </li>
 439               <li>
 440                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 441                 stored and restored from Jalview Projects
 442               </li>
 443               <li>
 444                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 445                 recognise variant features
 446               </li>
 447               <li>
 448                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 449                 sequences (also coloured red by default)
 450               </li>
 451               <li>
 452                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 453                 details
 454               </li>
 455               <li>
 456                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 457                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 458               </li>
 459               <li>
 460                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 461                 dialog
 462               </li>
 463             </ul>
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 467             tree and PCA calculations
 468           </li>
 469           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 470             <ul>
 471               <li>
 472                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 473                 and Viewer state saved in Jalview Project
 474               </li>
 475               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 476                 drop-down menus</li>
 477               <li>
 478                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 479                 incrementally
 480               </li>
 481               <li>
 482                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 483               </li>
 484             </ul>
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 488           </li>
 489           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 490           <ul>
 491               <li>
 492                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 493                 multiple groups when working with large alignments
 494               </li>
 495               <li>
 496                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 497                 Stockholm files
 498               </li>
 499             </ul>
 500           <li><strong>User Interface</strong>
 501           <ul>
 502               <li>
 503                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 504                 view
 505               </li>
 506               <li>
 507                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 508                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 509                 default (can be changed in user preferences)
 510               </li>
 511               <li>
 512                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 513                 to the Overwrite Dialog
 514               </li>
 515               <li>
 516                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 517                 sequences are hidden
 518               </li>
 519               <li>
 520                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 521                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 522               </li>
 523               <li>
 524                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 525                 labels
 526               </li>
 527               <li>
 528                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 529                 when in wrapped mode
 530               </li>
 531               <li>
 532                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 533                 annotation
 534               </li>
 535               <li>
 536                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 537               </li>
 538               <li>
 539                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 540                 panel
 541               </li>
 542               <li>
 543                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 544                 popup menu
 545               </li>
 546               <li>
 547               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 548               <li>
 549               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 550
 551
 552             </ul></li>
 553             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 554           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 555             <ul>
 556               <li>
 557                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 558                 trapping CMD-Q
 559               </li>
 560             </ul></li>
 561         </ul>
 562         <em>Deprecations</em>
 563         <ul>
 564           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 565             capabilities removed from the Jalview Desktop
 566           </li>
 567           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 568             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 569             and XML based data retrieval clients</li>
 570           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 571           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 572         </ul> <em>Documentation</em>
 573         <ul>
 574           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 575             not supported in EPS figure export
 576           </li>
 577           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 578         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 579         <ul>
 580           <li>
 581           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 582           </li>
 583       <li>
 584       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 585           <li>
 586           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 587             gradle-eclipse
 588           </li>
 589           <li>
 590           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 591             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 592             execution
 593           </li>
 594           <li>
 595           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 596             operations
 597           </li>
 598           <li>
 599           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 600             issues resolved
 601           </li>
 602           <li>
 603           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 604             markdown (with HTML rendering)
 605           </li>
 606           <li>
 607           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 608           </li>
 609           <li>
 610           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 611             versions of Jalview
 612           </li>
 613         </ul>
 614       </td>
 615       <td align="left" valign="top">
 616         <ul>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 622             superposition in Jmol fail on Windows
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 626             structures for sequences with lots of PDB structures
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 630             monospaced font
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 634             project involving multiple views
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 638             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 639             Annotation dialog hides columns
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 643             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 644             one view, then making another selection in the other view
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 648             columns
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 652             Settings and Jalview Preferences panels
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 656             overview with large alignments
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 660             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 661             mouse moved to the left of the first column
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 665             hidden column marker via scale popup menu
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 669             doesn't tell users the invalid URL
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 673             score from view
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 677             show cross references or Fetch Database References are shown in
 678             red in original view
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 682             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 686             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 690             when columns are hidden
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 694             Columns by Annotation description
 695           </li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 698             out of Scale or Annotation Panel
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 702             scale panel
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 706             alignment down
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 710             scale panel
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 714             Page Up in wrapped mode
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 721           </li>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 724             on opening an alignment
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 728             Colour menu
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 732             different groups in the alignment are selected
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 736             correctly in menu
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 740             threshold limit
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 744             threshold gets 'unrounded'
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 748             colour
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 758             Tree font
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 762             project file
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 766             shown in complementary view
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 770             without normalisation
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 774             of report
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 778           </li>
 779           <li>
 780           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 781           </li>
 782         </ul> <em>Editing</em>
 783         <ul>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 786             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 787             sequence
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 791             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 792             removed (Known defect since 2.10)
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 796             dialog corrupts dataset sequence
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 800             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 801           </li>
 802         </ul> <em>Datamodel</em>
 803         <ul>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 806             sequence's End is greater than its length
 807           </li>
 808         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 809           general release)</em>
 810         <ul>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 813           </li>
 814         </ul> <em>New Known Defects</em>
 815         <ul>
 816         <li>
 817         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 818         </li>
 819         <li>
 820           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 821           regions of protein alignment.
 822         </li>
 823         <li>
 824           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 825           is restored from a Jalview 2.11 project
 826         </li>
 827         <li>
 828           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 829           'New View'
 830         </li>
 831         <li>
 832           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 833           columns within hidden columns
 834         </li>
 835         <li>
 836           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 837           window after dragging left to select columns to left of visible
 838           region
 839         </li>
 840         <li>
 841           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 842           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 843           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 844           create a Score filter instead.
 845         </li>
 846         <li>
 847         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 848         <li>
 849         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 850         </li>
 851         <li>
 852           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 853           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 854         </li>
 855         </ul>
 856         <em>Java 11 Specific defects</em>
 857           <ul>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 860               alphabetically when saved
 861             </li>
 862         </ul>
 863       </td>
 864     </tr>
 865     <tr>
 866     <td width="60" nowrap>
 867       <div align="center">
 868         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 869       </div>
 870     </td>
 871     <td><div align="left">
 872         <em></em>
 873         <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 876               InstallAnywhere increased to 1G.
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 880               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 881               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 882                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 883                 properties file.</em>
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 887               API and sequence data now imported as JSON.
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 891               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 892               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 893               property.
 894             </li>
 895           </ul>
 896           <em>Development</em>
 897           <ul>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 900               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 901                 Clover</a>
 902             </li>
 903           </ul>
 904         </div></td>
 905     <td><div align="left">
 906         <em></em>
 907         <ul>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 910               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 911               alignment.
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 915               annotation displayed.
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 919               for newly created group when 'Apply to all groups'
 920               selected
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 924               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 925               visible.
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 929               when sequences are selected in exported view.</em>
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 933               aren't rendered with correct colour.
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 937               types of knotted RNA secondary structure.
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 941               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 942               do not start at 1.
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 946               annotation when columns are inserted into an alignment,
 947               and when exporting as Stockholm flatfile.
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 951               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 952               treated as RNA secondary structure.
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 956               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 960               transfers focus to previous window on OSX
 961             </li>
 962           </ul>
 963           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 964           <ul>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 967               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 968               box.
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 972               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 973               'look and feel' which has improved compatibility with the
 974               latest version of OSX.
 975             </li>
 976           </ul>
 977         </div>
 978     </td>
 979     </tr>
 980     <tr>
 981       <td width="60" nowrap>
 982         <div align="center">
 983           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 984             <em>7/06/2018</em></strong>
 985         </div>
 986       </td>
 987       <td><div align="left">
 988           <em></em>
 989           <ul>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 992               annotation retrieved from Uniprot
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 996               onto the Jalview Desktop
 997             </li>
 998           </ul>
 999         </div></td>
1000       <td><div align="left">
1001           <em></em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1005               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1009               right-hand column parsed correctly
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1013               not alignment area in exported graphic
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1017               window has input focus
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1021               annotation added to view (Windows)
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1025               network connectivity is poor
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1029               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1030                 the currently open URL and links from a page viewed in
1031                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1032                 you are using Edge, only links in the page can be
1033                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1034                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1035             </li>
1036           </ul>
1037           <em>New Known Defects</em>
1038           <ul>
1039             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1040           </ul>
1041         </div></td>
1042     </tr>
1043     <tr>
1044       <td width="60" nowrap>
1045         <div align="center">
1046           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1047         </div>
1048       </td>
1049       <td><div align="left">
1050           <em></em>
1051           <ul>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1054               for disabling automatic superposition of multiple
1055               structures and open structures in existing views
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1059               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1060               adjust them.
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1064               Ensembl services
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1068               and lots of hidden columns
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1072               of features (particularly when transparency is disabled)
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1076               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1077               generally available
1078             </li>
1079           </ul>
1080           </div>
1081       </td>
1082       <td><div align="left">
1083           <ul>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1086               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1090               overlapping alignment panel
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1094               sequence as gaps
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1098               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1099               UTR
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1103               factor annotation not added to sequence when local PDB
1104               file associated with it by drag'n'drop or structure
1105               chooser
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1109               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1113               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1117               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1121               columns in annotation row
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1125               honored in batch mode
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1129               for structures added to existing Jmol view
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1133               entries after importing project with multiple views
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1137               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1138               with negative residue numbers or missing residues fails
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1142               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1143               as generated by CONSURF)
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1147               tooltip doesn't include a text description of mutation
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1151               structure and/or overview windows are also shown
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1155               very slow for alignments with large numbers of sequences
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1159               with 'StringIndexOutOfBounds'
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1163               platforms running Java 10
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1167               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1168             </li>
1169           </ul>
1170           <em>Applet</em>
1171           <ul>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1174               should copy the group consensus when popup is opened on it
1175             </li>
1176           </ul>
1177           <em>Batch Mode</em>
1178           <ul>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1181           </li>
1182           </ul>
1183           <em>New Known Defects</em>
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1187               editing a large alignment and overview is displayed
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1191               repeatedly after a series of edits even when the overview
1192               is no longer reflecting updates
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1196               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1197               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1198               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1202               option gives blank output
1203             </li>
1204           </ul>
1205         </div>
1206           </td>
1207     </tr>
1208     <tr>
1209       <td width="60" nowrap>
1210         <div align="center">
1211           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1212         </div>
1213       </td>
1214       <td><div align="left">
1215           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1216               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1217       <td><div align="left">
1218           <em>Desktop</em><ul>
1219           <ul>
1220             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1221             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1222             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1223             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1224             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1225             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1226             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1227           </ul>
1228           </div>
1229       </td>
1230     </tr>
1231     <tr>
1232       <td width="60" nowrap>
1233         <div align="center">
1234           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1235         </div>
1236       </td>
1237       <td><div align="left">
1238           <em></em>
1239           <ul>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1242               rendering of sequence features
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1246               429 rate limit request hander
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1250               their colours have changed
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1254               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1258               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1262               view from Ensembl locus cross-references
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1266               Alignment report
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1270               feature can be disabled
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1274               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1278               Uniprot
1279             </li>
1280           </ul>
1281           <em>Scripting</em>
1282           <ul>
1283             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1284             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1285               percent identity scores for current alignment.</li>
1286           </ul>
1287           <em>Testing and Deployment</em>
1288           <ul>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1291             </li>
1292           </ul>
1293         </div></td>
1294       <td><div align="left">
1295           <em>General</em>
1296           <ul>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1299               threshold text field doesn't trigger an update to the
1300               alignment view
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1304               strings in parallel
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1308               alignment window is closed
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1312               group visibility
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1316               takes a long time in Cursor mode
1317             </li>
1318           </ul>
1319           <em>Desktop</em>
1320           <ul>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1323               cannot be viewed in Chimera
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1327               CDS/Protein view
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1331               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1332               Search Dialogs
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1342               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1346               scrolling right in unwapped alignment view
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1350               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1351               database
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1355               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1359               features of same type and group to be selected for
1360               amending
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1364               alignments when hidden columns are present
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1368               displaying several structures
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1372               moving a window
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1376               within the Jalview desktop on OSX
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1380               when in wrapped alignment mode
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1384               hand end of alignment
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1388               each selected sequence do not have correct start/end
1389               positions
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1393               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1397               restoring project until a new view is created
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1401               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1402               configured (since 2.10.2b2)
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1406               position is adjusted
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1410               in a multi-chain structure when viewing alignment
1411               involving more than one chain (since 2.10)
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1415               if new selection moves alignment window
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1419               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1423               that produces correctly annotated transcripts and products
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1427               doesn't update associated structure view
1428             </li>
1429           </ul>
1430           <em>Applet</em><br />
1431           <ul>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1434               closing alignment panel
1435             </li>
1436           </ul>
1437           <em>BioJSON</em><br />
1438           <ul>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1441               non-positional features
1442             </li>
1443           </ul>
1444           <em>New Known Issues</em>
1445           <ul>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1448               sequence features correctly (for many previous versions of
1449               Jalview)
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1453               using cursor in wrapped panel other than top
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1457               graduated colour threshold
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1461               always preserve numbering and sequence features
1462             </li>
1463           </ul>
1464           <em>Known Java 9 Issues</em>
1465           <ul>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1468               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1469               9.01, OSX 10.10)
1470             </li>
1471           </ul>
1472         </div></td>
1473     </tr>
1474     <tr>
1475       <td width="60" nowrap>
1476         <div align="center">
1477           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1478             <em>2/10/2017</em></strong>
1479         </div>
1480       </td>
1481       <td><div align="left">
1482           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1483           <ul>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1486             </li>
1487             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1488             </li>
1489           </ul>
1490         </div></td>
1491       <td><div align="left">
1492         </div></td>
1493     </tr>
1494     <tr>
1495       <td width="60" nowrap>
1496         <div align="center">
1497           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1498             <em>7/9/2017</em></strong>
1499         </div>
1500       </td>
1501       <td><div align="left">
1502           <em></em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1506               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1507               white)
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1511               Preferences
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1515               in size and progress bar shown as higher resolution
1516               overview is recalculated
1517             </li>
1518
1519           </ul>
1520         </div></td>
1521       <td><div align="left">
1522           <em></em>
1523           <ul>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1526               column region row by row
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1530               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1534               format setting is unticked
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1538               if group has show boxes format setting unticked
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1542               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1543               include sequences and columns not currently displayed
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1547               assemblies are imported via CIF file
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1551               displayed when threshold or conservation colouring is also
1552               enabled.
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1556               server version
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1560               dragging a selected region off the visible region of the
1561               alignment
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1565               colourscheme to all groups in a view
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1569               initially after font size change using the Font chooser or
1570               middle-mouse zoom
1571             </li>
1572           </ul>
1573         </div></td>
1574     </tr>
1575     <tr>
1576       <td width="60" nowrap>
1577         <div align="center">
1578           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1579         </div>
1580       </td>
1581       <td><div align="left">
1582           <em>Calculations</em>
1583           <ul>
1584
1585             <li>
1586               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1587               ungapped positions in each column of the alignment.
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1591               a calculation dialog box
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1595               and memory efficiency (~30x faster)
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1599               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1600               and other calculations
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1604               files within the Jalview codebase
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1608               Similarity may have different topology due to increased
1609               precision
1610             </li>
1611           </ul>
1612           <em>Rendering</em>
1613           <ul>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1616               model for alignments and groups
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1620               scripts
1621             </li>
1622           </ul>
1623           <em>Overview</em>
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1627               with alignment and overview windows
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1631               overview
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1635               omitted in Overview
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1639               adjustment of visible position
1640             </li>
1641           </ul>
1642
1643           <em>Data import/export</em>
1644           <ul>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1647               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1651               annotation input/output via stockholm flatfile
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1655               extension when importing structure files without embedded
1656               names or PDB accessions
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1660               format sequence substitution matrices
1661             </li>
1662           </ul>
1663           <em>User Interface</em>
1664           <ul>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1667               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1668               the application.
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1672               via Overview or sequence motif search operations
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1676               opened by double clicking gaps within sequence feature
1677               extent
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1681               aligned positions were available to create a 3D structure
1682               superposition.
1683             </li>
1684           </ul>
1685           <em>3D Structure</em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1689               coloured in linked structure views
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1693               file-based command exchange
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1697               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1698               structures are already available for sequences
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1702               the Jalview project rather than downloaded again when the
1703               project is reopened.
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1707               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1708               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1709                 Feature</strong>)
1710             </li>
1711           </ul>
1712           <em>Web Services</em>
1713           <ul>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1719               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1720               Analysis services
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1724               cross-references provided by identifiers.org and the
1725               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1726             </li>
1727           </ul>
1728
1729           <em>Scripting</em>
1730           <ul>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1733               identifying file formats (instead of String constants)
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1737               efficiency when counting all displayed features (not
1738               backwards compatible with 2.10.1)
1739             </li>
1740           </ul>
1741           <em>Example files</em>
1742           <ul>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1745               included in the example feature file
1746             </li>
1747           </ul>
1748           <em>Documentation</em>
1749           <ul>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1752               with the built-in Java help viewer
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1756               sequence description' option
1757             </li>
1758           </ul>
1759           <em>Test Suite</em>
1760           <ul>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1763               Uniprot REST Free Text Search Client
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1770               during tests
1771             </li>
1772           </ul>
1773         </div></td>
1774       <td><div align="left">
1775           <em>Calculations</em>
1776           <ul>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1779               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1780               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1781             </li>
1782             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1783               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1784               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1785               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1786               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1787               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1788               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1789               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1790               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1791               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1792               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1793               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1794               // for 2.10.1 mode <br />
1795               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1796               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1797                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1798                 calculations (not recommended)</em></li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1801               scaling of branch lengths for trees computed using
1802               Sequence Feature Similarity.
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1806               generating output report when working with highly
1807               redundant alignments
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1811               right of selected region when gaps present on right-hand
1812               boundary
1813             </li>
1814           </ul>
1815           <em>User Interface</em>
1816           <ul>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1819               doesn't reselect a specific sequence's associated
1820               annotation after it was used for colouring a view
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1824               opened on a region of alignment without groups
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1828               of an alignment with overlapping groups
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1832               name and description match
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1836               hidden regions results in incorrect hidden regions
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1840               changing colour does not apply Conservation slider value
1841               to all groups
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1845               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1849               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1853               gaps before start of features
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1857               restored to UI when feature colour is edited
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1861               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1865               as graduate feature colour settings are modified via the
1866               dialog box
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1870               when a group defined on the alignment is resized
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1874               wrapped view result in positional status updates
1875             </li>
1876
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1879               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1883               alignment included gapped columns
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1887               widgets don't permanently disappear
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1891               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1892               T-Coffee column reliability scores)
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1896               sequence feature on gaps only
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1900               button from a Find inherit previously defined feature type
1901               rather than the Find query string
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1905               exporting tree calculated in Jalview
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1909               and then revealing them reorders sequences on the
1910               alignment
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1914               doesn't update to reflect available set of groups after
1915               interactively adding or modifying features
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1919               Linux
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1923               only excluded gaps in current sequence and ignored
1924               selection.
1925             </li>
1926           </ul>
1927           <em>Rendering</em>
1928           <ul>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1931               erratically when hidden rows or columns are present
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1935               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1936               sequence colouring
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1940               colour and group colour menu for protein alignments
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1944               reflect currently selected view or group's shading
1945               thresholds
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1949               when rendered on overview and structures when opacity at
1950               100%
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1954               overview when features overlaid on alignment
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1958               recovered correctly from Jalview project file
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1962               (automatically via preferences) are different to the main
1963               alignment panel
1964             </li>
1965           </ul>
1966           <em>Data import/export</em>
1967           <ul>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1970               load
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1974               added after a sequence was imported are not written to
1975               Stockholm File
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1979               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1983               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1987               with lightGray or darkGray via features file (but can
1988               specify lightgray)
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1992               when alignment view imported from project
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1996               structure and sequences extracted from structure files
1997               imported via URL and viewed in Jmol
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2001               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2002               the project is loaded and the structure viewed
2003             </li>
2004           </ul>
2005           <em>Web Services</em>
2006           <ul>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2009               release of Ensembl v.88
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2013               appear enabled in Preferences->Connections
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2017               removed from console output
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2021               Ensembl by Peptide ID
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2025               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2026               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2027               due to 'null' string rather than empty string used for
2028               residues with no corresponding PDB mapping).
2029             </li>
2030           </ul>
2031           <em>Application UI</em>
2032           <ul>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2035               menu
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2039               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2040               new documentation and tooltips added)
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2044               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2048               new features are added to alignment
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2052               changes to feature colours via the Amend features dialog
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2056               edit graduated feature colour via amend features dialog
2057               box
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2061               selection menu changes colours of alignment views
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2065               from alignment calculation workers after alignment has
2066               been closed
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2070               groups now 'Create Group'
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2074               Create/Undefine group doesn't always work
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2078               shown again after pressing 'Cancel'
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2082               adjusts start position in wrap mode
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2086               ambiguous amino acids
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2090               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2091               proteins
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2095               Defined' don't appear in Colours menu
2096             </li>
2097           </ul>
2098           <em>Applet</em>
2099           <ul>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2102               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2106               overview or linked structure view
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2110               work (since 2.8)
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2114               user-defined colourscheme doesn't restore original
2115               colourscheme
2116             </li>
2117           </ul>
2118           <em>Test Suite</em>
2119           <ul>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2122               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2126               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2127               problems with deep array comparison equality asserts in
2128               successive versions of TestNG
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2132               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2133             </li>
2134           </ul>
2135           <em>New Known Issues</em>
2136           <ul>
2137             <li>
2138               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2139               phase after a sequence motif find operation
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2143               containing just upper and lower case letters are
2144               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2148               reliably from eggnog Ortholog database
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2152               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2153               to mark columns containing highlighted regions.
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2157               doesn't always add secondary structure annotation.
2158             </li>
2159           </ul>
2160         </div>
2161     <tr>
2162       <td width="60" nowrap>
2163         <div align="center">
2164           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2165         </div>
2166       </td>
2167       <td><div align="left">
2168           <em>General</em>
2169           <ul>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2172               for all consensus calculations
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2176               3rd Oct 2016)
2177             </li>
2178             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2179               for 2016-2017</li>
2180           </ul>
2181           <em>Application</em>
2182           <ul>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2185               set of database cross-references, sorted alphabetically
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2189               from database cross references. Users with custom links
2190               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2191                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2195               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2196               Chimera session
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2200               the Chimera it is connected to is shut down
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2204               columns menu item to mark columns containing highlighted
2205               regions (e.g. from structure selections or results of a
2206               Find operation)
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2210               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2211               MSAviewer
2212             </li>
2213           </ul>
2214         </div></td>
2215       <td>
2216         <div align="left">
2217           <em>General</em>
2218           <ul>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2221               are not coloured or thresholded according to percent
2222               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2226               hydrophobic
2227             </li>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2230               threshold, amino acid properties)
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2234               reported as mapped to residues in a structure file in the
2235               View Mapping report
2236             </li>
2237             <li>
2238               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2239               could be added multiple times to a sequence
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2243               bond features shown as two highlighted residues rather
2244               than a range in linked structure views, and treated
2245               correctly when selecting and computing trees from features
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2249               cross-references are matched to database name regardless
2250               of case
2251             </li>
2252
2253           </ul>
2254           <em>Application</em>
2255           <ul>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2258               names without regular expressions also offer links from
2259               Sequence ID
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2263               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2264               update Jalview configuration
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2268               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2272               files with similarly named sequences if dropped onto the
2273               alignment
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2277               entries where more chains exist in the PDB accession than
2278               are reported in the SIFTS file
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2282               the structure view when displayed with Chimera
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2286               panel's View->Show Chains submenu
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2290               work for wrapped alignment views
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2294               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2298               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2299               first annotation row
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2303               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2307               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2308             </li>
2309             <!-- JAL-2319 -->
2310             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2311             coordindate data
2312             </li>
2313           </ul>
2314           <!--           <em>New Known Issues</em>
2315           <ul>
2316             <li></li>
2317           </ul> -->
2318         </div>
2319       </td>
2320     </tr>
2321     <td width="60" nowrap>
2322       <div align="center">
2323         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2324           <em>25/10/2016</em></strong>
2325       </div>
2326     </td>
2327     <td><em>Application</em>
2328       <ul>
2329         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2330           view if structures already loaded</li>
2331         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2332           structure views</li>
2333       </ul></td>
2334     <td>
2335       <div align="left">
2336         <em>General</em>
2337         <ul>
2338           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2339             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2340           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2341             example sequences/projects/trees</li>
2342         </ul>
2343         <em>Application</em>
2344         <ul>
2345           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2346             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2347           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2348             without timeout for structures with multiple models or
2349             multiple sequences in alignment</li>
2350           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2351             PDB ID HEADER line</li>
2352           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2353             is performed</li>
2354           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2355             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2356           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2357           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2358             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2359             option</li>
2360           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2361             is created on the alignment</li>
2362           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2363             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2364             pop-up menu</li>
2365         </ul>
2366         <em>Build and deployment</em>
2367         <ul>
2368           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2369             tags</li>
2370         </ul>
2371         <em>New Known Issues</em>
2372         <ul>
2373           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2374             on Windows</li>
2375         </ul>
2376       </div>
2377     </td>
2378     </tr>
2379     <tr>
2380       <td width="60" nowrap>
2381         <div align="center">
2382           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2383         </div>
2384       </td>
2385       <td><em>General</em>
2386         <ul>
2387           <li>
2388             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2389           </li>
2390           <li>
2391             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2392             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2393             better PDB parsing.
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2397             reference sequence
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2401             mousing over sequence associated annotation
2402           </li>
2403           <li>
2404             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2405             for manual entry
2406           </li>
2407           <li>
2408             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2409             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2410             for each column
2411           </li>
2412           <li>
2413             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2414             showing or hiding columns containing a feature
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2418             group and sequence associated annotation labels
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2422             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2423             dialogs
2424           </li>
2425
2426         </ul> <em>Application</em>
2427         <ul>
2428           <li>
2429             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2430             gene/transcript view
2431           </li>
2432           <li>
2433             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2434             dialog
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2438             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2442             Pfam sources to xfam.org
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2446           </li>
2447           <li>
2448             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2449             over sequences in Jalview
2450           </li>
2451           <li>
2452             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2453             regions in ENA and EMBL
2454           </li>
2455           <li>
2456             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2457             for record retrieval via ENA rest API
2458           </li>
2459           <li>
2460             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2461             complement operator
2462           </li>
2463           <li>
2464             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2465             groovy script execution
2466           </li>
2467           <li>
2468             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2469             alignment window's Calculate menu
2470           </li>
2471           <li>
2472             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2473             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2474           </li>
2475           <li>
2476             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2477             calculation workers from groovy scripts
2478           </li>
2479           <li>
2480             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2481             Jalview projects
2482           </li>
2483           <li>
2484             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2485             associations are now saved/restored from project
2486           </li>
2487           <li>
2488             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2489             before sequence fetcher is opened
2490           </li>
2491           <li>
2492             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2493             database chooser opens a sequence fetcher
2494           </li>
2495           <li>
2496             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2497             the UniProt REST API
2498           </li>
2499           <li>
2500             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2501             the news reader opening
2502           </li>
2503           <li>
2504             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2505             querying stored in preferences
2506           </li>
2507           <li>
2508             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2509             search results
2510           </li>
2511           <li>
2512             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2513           </li>
2514           <li>
2515             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2516             menu for nucleotide sequences
2517           </li>
2518           <li>
2519             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2520             and feature counts preserves alignment ordering (and
2521             debugged for complex feature sets).
2522           </li>
2523           <li>
2524             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2525             viewing structures with Jalview 2.10
2526           </li>
2527           <li>
2528             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2529             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2530             Ensembl Genomes REST API
2531           </li>
2532           <li>
2533             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2534             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2535             (Ensembl)
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2539             sequences
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2543             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2544             data from external database records.
2545           </li>
2546           <li>
2547             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2548             efficient recovery of sequence coding and alignment
2549             annotation relationships.
2550           </li>
2551         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2552         <ul>
2553           <li>
2554             -- JAL---
2555           </li>
2556         </ul> --></td>
2557       <td>
2558         <div align="left">
2559           <em>General</em>
2560           <ul>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2563               menu on OSX
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2567               includes graduated colourschemes
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2571               working with big alignments and lots of hidden columns
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2575               at right of alignment window
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2579               contents
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2583               for DNA alignments
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2587               based tree calculation
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2591               unconserved enabled for group on alignment
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2595               set as reference
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2599               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2600               annotation
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2604               hidden columns present
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2608               user created annotation added to alignment
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2612               '()' base pair annotation
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2616               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2617               Consensus
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2621               feature not working
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2625               beginning of sequence
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2629               entry 3a6s
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2633               from a tree when t-coffee scores are shown
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2637               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2641               some structures
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2645               to Clustal, PIR and PileUp output
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2649               not visible causes alignment window to repaint
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2653               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2654               scores associated with features and annotation rows
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2658               calculation should be case independent
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2662               columns
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2666               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2667               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2671               problems when reference sequence defined and 'show
2672               non-conserved' enabled
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2676               load even when Consensus calculation is disabled
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2680               alignment does nothing
2681             </li>
2682           </ul>
2683           <em>Application</em>
2684           <ul>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2687               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2688               yet fixed for El Capitan)
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2692               output when running on non-gb/us i18n platforms
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2696               hidden sequences as flat-file alignment
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2700               launching Chimera
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2704               (also hotfix for 2.9.0b2)
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2708               reference sequence defined
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2712               alignments and views when revealing hidden columns
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2716               view in a cDNA/Protein splitframe
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2720               sequence from project when only one sequence is
2721               represented
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2725               in Structure Chooser
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2729               structure consensus didn't refresh annotation panel
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2733               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2737               dialogs format columns correctly, don't display array
2738               data, sort columns according to type
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2742               file chooser is cancelled during an image export
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2746               sequence name containing special characters
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2750               case insensitive
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2754               formatting don't wrap
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2758               truncated so L looks like I in consensus annotation
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2762               currently displayed features for the current selection or
2763               view
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2767               after fetching cross-references, and restoring from
2768               project
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2772               followed in the structure viewer
2773             </li>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2776               splitframe not restored from project
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2780               trailing end of protein alignment in transcript/product
2781               splitview when pad-gaps not enabled by default
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2785               is case dependent
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2789               article has been read (reopened issue due to
2790               internationalisation problems)
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2794               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2795               cross-references
2796             </li>
2797
2798             <li>
2799               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2800               alignment as HTML
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2804               multiple structures are shown for one or more sequences.
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2808               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2809               is enabled.
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2813               specific PDB id for sequence
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2817               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2818               columns' is disabled.
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2822               selects lowest rather than highest resolution structures
2823               for each sequence
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2827               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2831               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2835               after clicking on it to create new annotation for a
2836               column.
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2840               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2841             </li>
2842             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2843             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2844           </ul>
2845           <em>Applet</em>
2846           <ul>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2849               hidden columns present before start of sequence
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2853               (JSON jars)
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2857               sequences are hidden in applet
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2861               deployment on examples pages.
2862             </li>
2863           </ul>
2864         </div>
2865       </td>
2866     </tr>
2867     <tr>
2868       <td width="60" nowrap>
2869         <div align="center">
2870           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2871             <em>16/10/2015</em></strong>
2872         </div>
2873       </td>
2874       <td><em>General</em>
2875         <ul>
2876           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2877             jars</li>
2878         </ul></td>
2879       <td>
2880         <div align="left">
2881           <em>Application</em>
2882           <ul>
2883             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2884               shown when tree is partitioned</li>
2885             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2886               multiple cDNA/Protein split views</li>
2887           </ul>
2888         </div>
2889       </td>
2890     </tr>
2891     <tr>
2892       <td width="60" nowrap>
2893         <div align="center">
2894           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2895             <em>8/10/2015</em></strong>
2896         </div>
2897       </td>
2898       <td><em>General</em>
2899         <ul>
2900           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2901             2.9</li>
2902         </ul> <em>Application</em>
2903         <ul>
2904           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2905           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2906           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2907         </ul> <em>Applet</em>
2908         <ul>
2909           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2910         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2911         <ul>
2912           <li>
2913             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2914             suite
2915           </li>
2916         </ul></td>
2917       <td>
2918         <div align="left">
2919           <em>General</em>
2920           <ul>
2921             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2922               incorrect when sequence start > 1</li>
2923             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2924               documentation</li>
2925             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2926             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2927               loading a features file containing HTML tags in feature
2928               description</li>
2929
2930           </ul>
2931           <em>Application</em>
2932           <ul>
2933             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2934               reimport</li>
2935             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2936               with 'trim retrieved sequences'</li>
2937             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2938               deleting selected columns</li>
2939             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2940               JNLP templates for webstart launch</li>
2941             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2942               unreleased structures for download or viewing</li>
2943             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2944               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2945             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2946               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2947             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2948               recovered from jalview project</li>
2949             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2950               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2951               alignment view</li>
2952             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2953               color schemes from BioJSON</li>
2954           </ul>
2955           <em>Applet</em>
2956           <ul>
2957             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2958               frame</li>
2959             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2960           </ul>
2961         </div>
2962       </td>
2963     </tr>
2964     <tr>
2965       <td><div align="center">
2966           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2967         </div></td>
2968       <td><em>General</em>
2969         <ul>
2970           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2971             alignments:
2972             <ul>
2973               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2974                 and DNA alignment views</li>
2975               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2976                 cDNA alignment views</li>
2977               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2978                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2979               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2980                 protein sequences</li>
2981             </ul>
2982           </li>
2983           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2984           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2985             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2986           <li>New alignment annotation file statements for
2987             reference sequences and marking hidden columns</li>
2988           <li>Reference sequence based alignment shading to
2989             highlight variation</li>
2990           <li>Select or hide columns according to alignment
2991             annotation</li>
2992           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2993           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2994             acid conservation row</li>
2995           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2996         </ul> <em>Application</em>
2997         <ul>
2998           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2999             <ul>
3000               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3001                 view with cDNA/Protein</li>
3002               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3003                 sequences are placed in the same alignment</li>
3004               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3005                 projects</li>
3006             </ul>
3007           </li>
3008
3009           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3010           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3011             Jalview windows</li>
3012
3013           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3014           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3015           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3016             be shown in VARNA</li>
3017
3018           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3019             as the active selected region</li>
3020
3021           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3022             similarity</li>
3023           <li>New Export options
3024             <ul>
3025               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3026                 region export in flat file generation</li>
3027
3028               <li>Export alignment views for display with the <a
3029                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3030
3031               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3032               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3033                 alignment figures to HTML</li>
3034           </li>
3035           <li>3D structure retrieval and display
3036             <ul>
3037               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3038                 Search API</li>
3039               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3040                 PDB structures for a sequence set</li>
3041             </ul>
3042           </li>
3043
3044           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3045             predictions</li>
3046           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3047             for one or a group of sequences</li>
3048           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3049             from the JPred4 web server</li>
3050           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3051             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3052             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3053           </li>
3054           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3055             VARNA 2D Structure'</li>
3056           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3057             Structure ..."</li>
3058
3059         </ul> <em>Applet</em>
3060         <ul>
3061           <li>New layout for applet example pages</li>
3062           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3063             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3064           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3065             Protein alignments</li>
3066         </ul> <em>Development and deployment</em>
3067         <ul>
3068           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3069           <li>Include installation type and git revision in build
3070             properties and console log output</li>
3071           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3072             storing BioJsMSA Templates</li>
3073           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3074         </ul></td>
3075       <td>
3076         <!-- <em>General</em>
3077         <ul>
3078         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3079         <ul>
3080           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3081           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3082           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3083             predictions are not highlighted in amber</li>
3084           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3085             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3086           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3087             associated structure views</li>
3088           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3089             width checkbox not enabled</li>
3090           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3091             creating user defined colours</li>
3092           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3093             mappings for just that viewer's sequences</li>
3094           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3095             multiple models in Chimera</li>
3096           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3097             over Jmol structure</li>
3098           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3099             output to text box</li>
3100           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3101             have incorrect sequence start/end</li>
3102           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3103             Jalview fails</li>
3104           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3105             work for nucleotide</li>
3106           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3107             to a grey/invisible alignment window</li>
3108           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3109             imports to different position</li>
3110           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3111             on some platforms</li>
3112           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3113             populated</li>
3114           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3115             console if Chimera has been opened</li>
3116           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3117           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3118             retrieved</li>
3119           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3120           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3121             either sequence shows on first structure</li>
3122           <li>'Show annotations' options should not make
3123             non-positional annotations visible</li>
3124           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3125             in right place after 'view flanking regions'</li>
3126           <li>File Save As type unset when current file format is
3127             unknown</li>
3128           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3129             projects</li>
3130           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3131             responsive</li>
3132           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3133             several views on same alignment</li>
3134           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3135           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3136             spaces</li>
3137         </ul> <em>Applet</em>
3138         <ul>
3139           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3140           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3141             descriptions containing angle brackets</li>
3142         </ul> <em>General</em>
3143         <ul>
3144           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3145             via jalview annotation file</li>
3146           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3147             with RNA secondary structure</li>
3148           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3149             translation doesn't work.</li>
3150           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3151           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3152             positions</li>
3153           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3154             choosing 1pt font</li>
3155           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3156             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3157             'h'</li>
3158           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3159             new feature</li>
3160           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3161             order dependent</li>
3162           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3163             sequences</li>
3164           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3165         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3166         <ul>
3167           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3168             www.jalview.org</li>
3169         </ul> <em>Application Known issues</em>
3170         <ul>
3171           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3172           <li>Misleading message appears after trying to delete
3173             solid column.</li>
3174           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3175             version launches</li>
3176           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3177             fails with a sequence mismatch</li>
3178           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3179             scrolling alignment to right</li>
3180           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3181             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3182           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3183             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3184           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3185             ultra-high resolution</li>
3186           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3187             quality and conservation</li>
3188           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3189             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3190         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3191         <ul>
3192           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3193           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3194             window is being resized</li>
3195
3196         </ul>
3197       </td>
3198     </tr>
3199     <tr>
3200       <td><div align="center">
3201           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3202         </div></td>
3203       <td><em>General</em>
3204         <ul>
3205           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3206             Certum.PL.</li>
3207           <li>Features and annotation preserved when performing
3208             pairwise alignment</li>
3209           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3210             imported/exported/displayed</li>
3211           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3212             protein secondary structure</li>
3213           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3214               post-hoc with 2.9 release</em>)
3215           </li>
3216
3217         </ul> <em>Application</em>
3218         <ul>
3219           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3220             with 3D structures</li>
3221           <li>Support for parsing RNAML</li>
3222           <li>Annotations menu for layout
3223             <ul>
3224               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3225               <li>place sequence annotation above/below alignment
3226                 annotation</li>
3227             </ul>
3228           <li>Output in Stockholm format</li>
3229           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3230             translation</li>
3231           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3232           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3233             shared between alignments</li>
3234           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3235             Jalview</li>
3236           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3237             all or current selection</li>
3238           <li>disorder and secondary structure predictions
3239             available as dataset annotation</li>
3240           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3241
3242
3243           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3244             alignments from Rfam</li>
3245           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3246
3247           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3248             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3249           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3250           <li>include installation type in build properties and
3251             console log output</li>
3252           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3253             annotation</li>
3254         </ul></td>
3255       <td>
3256         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3257         <ul>
3258           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3259             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3260           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3261             alignment</li>
3262           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3263           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3264           <li>Double click on sequence associated annotation
3265             selects only first column</li>
3266           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3267             leaves shown in tree</li>
3268           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3269             properly</li>
3270           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3271           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3272             screen and buttons not visible</li>
3273           <li>author list isn't updated if already written to
3274             Jalview properties</li>
3275           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3276             from database</li>
3277           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3278           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3279             browser search window</li>
3280           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3281             in feature settings dialog</li>
3282           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3283             desktop</li>
3284           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3285             pass validation</li>
3286           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3287             fit on screen</li>
3288           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3289             tooltip</li>
3290           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3291             defined user preset</li>
3292           <li>MSA web services warns user if they were launched
3293             with invalid input</li>
3294           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3295             Java 8</li>
3296           <li>
3297             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3298             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3299             created
3300           </li>
3301
3302         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3303         <ul>
3304         </ul> <em>General</em>
3305         <ul>
3306         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3307         <ul>
3308           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3309             memory allocation</li>
3310           <li>launchApp service doesn't automatically open
3311             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3312           <li>
3313             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3314             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3315             1.7_055 is available
3316           </li>
3317         </ul> <em>Application Known issues</em>
3318         <ul>
3319           <li>
3320             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3321             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3322             alignment to right
3323           </li>
3324           <li>
3325             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3326             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3327             with large number of ID
3328           </li>
3329           <li>
3330             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3331             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3332             start/end
3333           </li>
3334           <li>
3335             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3336             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3337             structure tracks are rearranged
3338           </li>
3339           <li>
3340             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3341             invalid rna structure positional highlighting does not
3342             highlight position of invalid base pairs
3343           </li>
3344           <li>
3345             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3346             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3347             project from alignment window file menu
3348           </li>
3349           <li>
3350             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3351             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3352             structures
3353           </li>
3354           <li>
3355             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3356             colour by RNA Helices not enabled when user created
3357             annotation added to alignment
3358           </li>
3359           <li>
3360             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3361             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3362           </li>
3363         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3364         <ul>
3365           <li>
3366             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3367             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3368           </li>
3369           <li>
3370             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3371             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3372           </li>
3373
3374           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3375             when selected</li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378     </tr>
3379     <tr>
3380       <td><div align="center">
3381           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3382         </div></td>
3383       <td>
3384         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3385         <em>General</em>
3386         <ul>
3387           <li>Internationalisation of user interface (usually
3388             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3389           <li>Define/Undefine group on current selection with
3390             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3391           <li>Improved group creation/removal options in
3392             alignment/sequence Popup menu</li>
3393           <li>Sensible precision for symbol distribution
3394             percentages shown in logo tooltip.</li>
3395           <li>Annotation panel height set according to amount of
3396             annotation when alignment first opened</li>
3397         </ul> <em>Application</em>
3398         <ul>
3399           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3400             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3401           <li>Select columns containing particular features from
3402             Feature Settings dialog</li>
3403           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3404             sequences</li>
3405           <li>Update Jalview project format:
3406             <ul>
3407               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3408               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3409                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3410               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3411                 colouring</li>
3412             </ul>
3413           </li>
3414           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3415             (PAM250)</li>
3416           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3417             flanking regions for an alignment</li>
3418         </ul>
3419       </td>
3420       <td>
3421         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3422         <ul>
3423           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3424             running after job is cancelled</li>
3425           <li>cannot export features from alignments imported from
3426             Jalview/VAMSAS projects</li>
3427           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3428             float values</li>
3429           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3430             have 'display all symbols' flag set</li>
3431           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3432             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3433           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3434             Jalview</li>
3435           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3436             Lion/Webstart</li>
3437           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3438           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3439           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3440             alignment onto desktop</li>
3441           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3442             'extract scores' function</li>
3443           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3444             alignment window</li>
3445           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3446             performing IUPred disorder prediction</li>
3447           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3448             changing 'normalise logo' display setting</li>
3449           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3450             nothing matches query</li>
3451           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3452             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3453           </li>
3454           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3455             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3456           </li>
3457           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3458             Jalview's menu</li>
3459           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3460             'invalid literal/length code'</li>
3461           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3462             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3463           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3464             colourscheme</li>
3465
3466         </ul> <em>Applet</em>
3467         <ul>
3468           <li>Remove group option is shown even when selection is
3469             not a group</li>
3470           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3471             don't affect groups</li>
3472           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3473             colourscheme name</li>
3474           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3475             Annotation panel is not displayed</li>
3476           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3477             embedded windows</li>
3478         </ul> <em>Other</em>
3479         <ul>
3480           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3481             single sequence were not calculated</li>
3482           <li>annotation files that contain only groups imported as
3483             annotation and junk sequences</li>
3484           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3485             recognised as PFAM or BLC</li>
3486           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3487             doesn't affect background (2.8.0b1)
3488           <li></li>
3489           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3490           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3491             trailing gaps</li>
3492           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3493             registered correctly on import</li>
3494           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3495             certain alignments</li>
3496           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3497             existing annotation based 'use original colours'
3498             colourscheme loses original colours setting</li>
3499         </ul>
3500       </td>
3501     </tr>
3502     <tr>
3503       <td><div align="center">
3504           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3505             <em>30/1/2014</em></strong>
3506         </div></td>
3507       <td>
3508         <ul>
3509           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3510             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3511             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3512             open source project).
3513           </li>
3514           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3515           <li>Output in Stockholm format</li>
3516           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3517           <li>Export/import group and sequence associated line
3518             graph thresholds</li>
3519           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3520             ambiguity codes</li>
3521           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3522             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3523             works</li>
3524           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3525         </ul> <em>Other improvements</em>
3526         <ul>
3527           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3528           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3529             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3530           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3531             files</li>
3532           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3533           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3534             link but no description</li>
3535           <li>Select primary source when selecting authority in
3536             database fetcher GUI</li>
3537           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3538             Jalview</li>
3539           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3540         </ul>
3541       </td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3545             displayed</li>
3546           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3547             secondary structure annotation line</li>
3548           <li>Sequence database accessions not imported when
3549             fetching alignments from Rfam</li>
3550           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3551             identical IDs</li>
3552           <li>View all structures does not always superpose
3553             structures</li>
3554           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3555             reflect user or preset settings</li>
3556           <li>Null pointer exceptions for some services without
3557             presets or adjustable parameters</li>
3558           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3559             discover PDB xRefs</li>
3560           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3561             features with DAS</li>
3562           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3563             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3564           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3565             residue follows a gap</li>
3566           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3567             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3568           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3569             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3570           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3571             annotation already exists on alignment</li>
3572           <li>oninit javascript function should be called after
3573             initialisation completes</li>
3574           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3575             alignment window display</li>
3576           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3577           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3578             to annotation file</li>
3579           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3580             groups created</li>
3581           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3582             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3583           <li>Pressing return several times causes Number Format
3584             exceptions in keyboard mode</li>
3585           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3586             correct partitions for input data</li>
3587           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3588           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3589           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3590           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3591             mode</li>
3592           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3593             changes one row&#39;s threshold</li>
3594           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3595             doesn&#39;t open</li>
3596           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3597             quality histograms</li>
3598         </ul>
3599       </td>
3600     </tr>
3601     <tr>
3602       <td><div align="center">
3603           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3604         </div></td>
3605       <td><em>Application</em>
3606         <ul>
3607           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3608             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3609           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3610             preferences</li>
3611           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3612             in Jalview alignment window</li>
3613           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3614             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3615           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3616             RNA and ambiguity codes</li>
3617
3618           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3619           <li>Support fetching and database reference look up
3620             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3621             refs')</li>
3622           <li>Jalview project improvements
3623             <ul>
3624               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3625                 flag for annotation</li>
3626               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3627                 alignment</li>
3628               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3629                 Jalview project</li>
3630
3631             </ul>
3632           </li>
3633           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3634           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3635             running</li>
3636           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3637           <li>visual indication that web service results are still
3638             being retrieved from server</li>
3639           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3640             starts up for first time</li>
3641           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3642             services</li>
3643           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3644             client library</li>
3645           <li>Examples directory and Groovy library included in
3646             InstallAnywhere distribution</li>
3647         </ul> <em>Applet</em>
3648         <ul>
3649           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3650             visualization applet example</li>
3651         </ul> <em>General</em>
3652         <ul>
3653           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3654           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3655             defaults</li>
3656           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3657             calculation</li>
3658           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3659             matrices
3660           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3661             in HTML</li>
3662           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3663             structure contacts</li>
3664           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3665           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3666           <li>Parse sequence associated secondary structure
3667             information in Stockholm files</li>
3668           <li>HTML Export database accessions and annotation
3669             information presented in tooltip for sequences</li>
3670           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3671             style RNA alignment files</li>
3672           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3673             alignment</li>
3674           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3675             shade each sequence according to its associated alignment
3676             annotation</li>
3677           <li>New Jalview Logo</li>
3678         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3679         <ul>
3680           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3681           <li>New Website!</li>
3682         </ul></td>
3683       <td><em>Application</em>
3684         <ul>
3685           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3686             wsdbfetch REST service</li>
3687           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3688           <li>Filetype associations not installed for webstart
3689             launch</li>
3690           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3691             job execution in full once it is complete</li>
3692           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3693             uploaded via ali_file parameter</li>
3694           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3695           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3696           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3697             submitted for prediction</li>
3698           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3699             desktop window</li>
3700           <li>Putting fractional value into integer text box in
3701             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3702           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3703             windows 7</li>
3704           <li>View all structures fails with exception shown in
3705             structure view</li>
3706           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3707             escaped in a platform independent way</li>
3708           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3709             using proxy</li>
3710           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3711             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3712           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3713             failure when java web start temporary file caching is
3714             disabled</li>
3715           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3716             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3717           <li>Errors during processing of command line arguments
3718             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3719           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3720             DAS sources in sequence fetcher</li>
3721           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3722             dialog is shown</li>
3723           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3724           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3725           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3726           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3727             on OSX Mountain Lion</li>
3728           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3729             sequences with alignment annotation are pasted into the
3730             alignment</li>
3731           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3732             when loaded from Jalview project</li>
3733           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3734           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3735             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3736           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3737             associated with all views</li>
3738           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3739             annotation rows to new window</li>
3740         </ul> <em>Applet</em>
3741         <ul>
3742           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3743             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3744           <li>loading features via javascript API automatically
3745             enables feature display</li>
3746           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3747             work</li>
3748         </ul> <em>General</em>
3749         <ul>
3750           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3751           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3752             and then deselected</li>
3753           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3754           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3755             coloured with clustalx</li>
3756           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3757             exceptions and redraw errors</li>
3758           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3759             reconfigured view</li>
3760           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3761             colour</li>
3762           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3763             for lots of labels</li>
3764         </ul>
3765     </tr>
3766     <tr>
3767       <td>
3768         <div align="center">
3769           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3770         </div>
3771       </td>
3772       <td><em>Application</em>
3773         <ul>
3774           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3775           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3776           <li>View/alignment association menu to enable user to
3777             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3778             its colours/correspondences from</li>
3779           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3780           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3781             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3782           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3783           <li>Annotation row column label formatting attributes
3784             stored in project file</li>
3785           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3786             rows preserved in Jalview project file</li>
3787           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3788             saved using Desktop window menu</li>
3789           <li>Visual indication that command line arguments are
3790             still being processed</li>
3791           <li>Groovy script execution from URL</li>
3792           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3793             preferences</li>
3794           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3795             alignment with sequences that have high similarity and
3796             matching IDs</li>
3797           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3798           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3799             structures in same window</li>
3800           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3801           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3802             analysis function in its own submenu</li>
3803         </ul> <em>Applet</em>
3804         <ul>
3805           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3806             groups</li>
3807           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3808           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3809           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3810           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3811           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3812             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3813           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3814           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3815             parameters are treated as such</li>
3816           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3817             <ul>
3818               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3819               <li>Javascript callbacks for
3820                 <ul>
3821                   <li>Applet initialisation</li>
3822                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3823                 </ul>
3824               </li>
3825               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3826                 functions</li>
3827               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3828               <li>javascript structure viewer harness to pass
3829                 messages between Jmol and Jalview when running as
3830                 distinct applets</li>
3831               <li>sortBy method</li>
3832               <li>Set of applet and application examples shipped
3833                 with documentation</li>
3834               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3835                 javascript message exchange</li>
3836             </ul>
3837         </ul> <em>General</em>
3838         <ul>
3839           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3840             multiple alignments</li>
3841           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3842           <li>User configurable link to enable redirects to a
3843             www.Jalview.org mirror</li>
3844           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3845           <li>Configurable newline string when writing alignment
3846             and other flat files</li>
3847           <li>Allow alignment annotation description lines to
3848             contain html tags</li>
3849         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3850         <ul>
3851           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3852             examples</li>
3853           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3854             using a web service before displaying the result in the
3855             Jalview desktop</li>
3856           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3857           <li>Ant target to publish example html files with applet
3858             archive</li>
3859           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3860           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3861         </ul></td>
3862       <td><em>Application</em>
3863         <ul>
3864           <li>User defined colourscheme throws exception when
3865             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3866           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3867             dialog for valid filename/format</li>
3868           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3869           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3870             P37173</li>
3871           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3872             which sequence is to be associated with the file</li>
3873           <li>Find All raises null pointer exception when query
3874             only matches sequence IDs</li>
3875           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3876           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3877             2.4 cannot be loaded</li>
3878           <li>Filetype associations not installed for webstart
3879             launch</li>
3880           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3881             with sequences in different alignments do not get coloured
3882             by their associated sequence</li>
3883           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3884             not preserved when project is loaded</li>
3885           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3886             stored in Jalview project</li>
3887           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3888             Jalview project</li>
3889           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3890           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3891             by conservation</li>
3892           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3893             created on new view</li>
3894           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3895             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3896           <li>Alignment quality not updated after alignment
3897             annotation row is hidden then shown</li>
3898           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3899             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3900           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3901             properly</li>
3902           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3903             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3904           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3905           <li>Structures imported from file and saved in project
3906             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3907           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3908             job execution in full once it is complete</li>
3909         </ul> <em>Applet</em>
3910         <ul>
3911           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3912             annotation rows are displayed</li>
3913           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3914             codebase</li>
3915           <li>View follows highlighting does not work for positions
3916             in sequences</li>
3917           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3918           <li>Export features raises exception when no features
3919             exist</li>
3920           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3921             for javascript api is modified when separator string
3922             provided as parameter</li>
3923           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3924             alignment with no existing selection</li>
3925           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3926             to applet&#39;s codebase</li>
3927           <li>Status bar not updated after finished searching and
3928             search wraps around to first result</li>
3929           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3930             several Jalview applets causes race conditions and memory
3931             leaks</li>
3932           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3933             not sent from Jmol in applet</li>
3934           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3935             applet API fatally hang browser</li>
3936         </ul> <em>General</em>
3937         <ul>
3938           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3939             position with wrapped view and hidden regions</li>
3940           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3941             with/without hidden columns</li>
3942           <li>Sequence length given in alignment properties window
3943             is off by 1</li>
3944           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3945             import PDB like structure files</li>
3946           <li>Positional search results are only highlighted
3947             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3948           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3949           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3950             given sequence position</li>
3951           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3952             output</li>
3953           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3954             from nucleotide chains correctly</li>
3955           <li>Structure colours not updated when tree partition
3956             changed in alignment</li>
3957           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3958             parsed in interleaved stockholm</li>
3959           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3960             state</li>
3961           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3962             properly</li>
3963           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3964             properly associated with their pdb files</li>
3965         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3966         <ul>
3967           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3968             ApplyCopyright tool</li>
3969         </ul></td>
3970     </tr>
3971     <tr>
3972       <td>
3973         <div align="center">
3974           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3975         </div>
3976       </td>
3977       <td><em>Application</em>
3978         <ul>
3979           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3980             contact web services</li>
3981           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3982             service job window</li>
3983           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3984         </ul></td>
3985       <td>
3986         <ul>
3987           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3988             pir file emitted by Jalview</li>
3989           <li>Existing feature settings transferred to new
3990             alignment view created from cut'n'paste</li>
3991           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3992             parsing PDB files</li>
3993           <li>Consensus and conservation annotation rows
3994             occasionally become blank for all new windows</li>
3995           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3996             in wrapped view mode</li>
3997         </ul> <em>Application</em>
3998         <ul>
3999           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4000             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4001           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4002             parameter names</li>
4003           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4004             is down</li>
4005         </ul>
4006       </td>
4007     </tr>
4008     <tr>
4009       <td>
4010         <div align="center">
4011           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4012         </div>
4013       </td>
4014       <td><em>Application</em>
4015         <ul>
4016           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4017             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4018             (JABAWS)
4019           </li>
4020           <li>Web Services preference tab</li>
4021           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4022             preferences</li>
4023           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4024           <li>Superpose structures using associated sequence
4025             alignment</li>
4026           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4027             viewer</li>
4028         </ul> <em>Applet</em>
4029         <ul>
4030           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4031             link out mechanism</li>
4032         </ul> <em>Other</em>
4033         <ul>
4034           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4035             series 12</li>
4036           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4037             require Java 1.5</li>
4038           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4039             sequence annotation files</li>
4040           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4041             type colour specification</li>
4042           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4043             script to check if it being run in an interactive session or
4044             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4045         </ul></td>
4046       <td>
4047         <ul>
4048           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4049             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4050         </ul> <em>Application</em>
4051         <ul>
4052           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4053             selected Regions menu item</li>
4054           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4055             part of a valid accession ID</li>
4056           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4057             runs out of memory</li>
4058           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4059             analysis results</li>
4060           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4061             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4062           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4063         </ul> <em>Applet</em>
4064         <ul>
4065           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4066             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4067             defined.</li>
4068         </ul>
4069       </td>
4070     </tr>
4071     <tr>
4072       <td>
4073         <div align="center">
4074           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4075         </div>
4076       </td>
4077       <td></td>
4078       <td>
4079         <ul>
4080           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4081             sequence IDs</li>
4082           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4083             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4084           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4085             import correctly</li>
4086           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4087             number of columns are hidden</li>
4088           <li>annotation label popup menu not providing correct
4089             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4090             present</li>
4091           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4092             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4093           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4094             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4095
4096         </ul> <em>Applet</em>
4097         <ul>
4098           <li>annotation panel disappears when annotation is
4099             hidden/removed</li>
4100         </ul> <em>Application</em>
4101         <ul>
4102           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4103             alignment opened where annotation panel is visible but no
4104             annotations are present on alignment</li>
4105           <li>pasted region containing hidden columns is
4106             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4107           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4108             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4109           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4110             selected Rregions menu item.</li>
4111           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4112             'Un' or 'Non'conserved</li>
4113           <li>Sequence feature settings are being shared by
4114             multiple distinct alignments</li>
4115           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4116             changed</li>
4117           <li>double click on group annotation to select sequences
4118             does not propagate to associated trees</li>
4119           <li>Mac OSX specific issues:
4120             <ul>
4121               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4122                 window background</li>
4123               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4124                 name set correctly</li>
4125               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4126                 save feature colourscheme button</li>
4127             </ul>
4128           </li>
4129         </ul>
4130       </td>
4131     </tr>
4132     <tr>
4133
4134       <td>
4135         <div align="center">
4136           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4137         </div>
4138       </td>
4139       <td><em>New Capabilities</em>
4140         <ul>
4141           <li>URL links generated from description line for
4142             regular-expression based URL links (applet and application)
4143
4144           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4145             menu</li>
4146           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4147             structures</li>
4148           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4149             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4150           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4151             average score or total feature count for each sequence.</li>
4152           <li>Shading features by score or associated description</li>
4153           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4154             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4155           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4156             hide everything but the currently selected region.</li>
4157           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4158         </ul> <em>Application</em>
4159         <ul>
4160           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4161             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4162           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4163             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4164           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4165             database references and protein_name is parsed as
4166             description line (BioSapiens terms).</li>
4167           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4168             references in sequence ID tooltip from View menu in
4169             application.</li>
4170           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4171       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4172           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4173             conservation plots</li>
4174           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4175             and visualized as sequence logos</li>
4176           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4177             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4178           </li>
4179           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4180             when a new tree is opened.</li>
4181           <li>Jalview Java Console</li>
4182           <li>Better placement of desktop window when moving
4183             between different screens.</li>
4184           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4185             consensus annotation</li>
4186           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4187             Workflows</li>
4188           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4189             <ul>
4190               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4191                 used to preserve views, structures, and tree display
4192                 settings)</li>
4193               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4194                 command line</li>
4195               <li>Sharing of selected regions between views and
4196                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4197               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4198             </ul></li>
4199         </ul> <em>Applet</em>
4200         <ul>
4201           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4202           <li>New Parameters
4203             <ul>
4204               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4205                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4206                 opened.</li>
4207               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4208                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4209               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4210                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4211               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4212                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4213                 view</li>
4214               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4215                 increase the height or width of a cell in the alignment
4216                 grid relative to the current font size.</li>
4217             </ul>
4218           </li>
4219           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4220             tooltip</li>
4221         </ul> <em>Other</em>
4222         <ul>
4223           <li>Features format: graduated colour definitions and
4224             specification of feature scores</li>
4225           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4226             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4227             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4228           <li>XML formats extended to support graduated feature
4229             colourschemes, group associated annotation, and profile
4230             visualization settings.</li></td>
4231       <td>
4232         <ul>
4233           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4234             rather than description</li>
4235           <li>Non-positional features are now included in sequence
4236             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4237             visibility in tooltip).</li>
4238           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4239           <li>Added URL embedding instructions to features file
4240             documentation.</li>
4241           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4242             'X' in peptide product</li>
4243           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4244             sequence ID and sequence string and query strings do not
4245             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4246           <li>AMSA files only contain first column of
4247             multi-character column annotation labels</li>
4248           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4249             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4250             exported and re-imported)</li>
4251           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4252             name</li>
4253           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4254             as subsequence matches, and correctly reports total number
4255             of both.</li>
4256           <li>Application:
4257             <ul>
4258               <li>Better handling of exceptions during sequence
4259                 retrieval</li>
4260               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4261                 link text excludes the start_end suffix</li>
4262               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4263                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4264               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4265               <li>Sequence description lines properly shared via
4266                 VAMSAS</li>
4267               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4268                 data sources</li>
4269               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4270                 completes before alignment figures are generated.</li>
4271               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4272                 first time.</li>
4273               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4274                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4275               <li>User defined group colours properly recovered
4276                 from Jalview projects.</li>
4277             </ul>
4278           </li>
4279         </ul>
4280       </td>
4281
4282     </tr>
4283     <tr>
4284       <td>
4285         <div align="center">
4286           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4287         </div>
4288       </td>
4289       <td>
4290         <ul>
4291           <li>Experimental support for google analytics usage
4292             tracking.</li>
4293           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4294         </ul>
4295       </td>
4296       <td>
4297         <ul>
4298           <li>Race condition in applet preventing startup in
4299             jre1.6.0u12+.</li>
4300           <li>Exception when feature created from selection beyond
4301             length of sequence.</li>
4302           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4303           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4304             all sequences with a given id</li>
4305           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4306             ID string searches</li>
4307           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4308             alignment to fail with exception</li>
4309         </ul> <em>Application Issues</em>
4310         <ul>
4311           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4312           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4313             data sources</li>
4314         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4315         <ul>
4316           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4317             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4318           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4319             version (java class versioning error fixed)</li>
4320         </ul>
4321       </td>
4322     </tr>
4323     <tr>
4324       <td>
4325
4326         <div align="center">
4327           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4328         </div>
4329       </td>
4330       <td><em>User Interface</em>
4331         <ul>
4332           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4333             translation and protein products</li>
4334           <li>Linked highlighting of structure associated with
4335             residue mapping to codon position</li>
4336           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4337             and 'clear' button</li>
4338           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4339             Tools menu</li>
4340           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4341             numeric data in description line</li>
4342           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4343           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4344             of sequence</li>
4345         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4346         <ul>
4347           <li>JPred3 web service</li>
4348           <li>Prototype sequence search client (no public services
4349             available yet)</li>
4350           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4351             PFAM</li>
4352           <li>URL Links created for matching database cross
4353             references as well as sequence ID</li>
4354           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4355         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4356         <ul>
4357           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4358             databases</li>
4359           <li>Generalised database reference retrieval and
4360             validation to all fetchable databases</li>
4361           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4362             sequence command</li>
4363         </ul> <em>Import and Export</em>
4364         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4365         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4366           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4367         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4368           File</li>
4369         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4370           triplet as name of colourscheme</li>
4371         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4372         <ul>
4373           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4374           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4375             alignments (experimental)</li>
4376           <li>Create new or select existing session to join</li>
4377           <li>load and save of vamsas documents</li>
4378         </ul> <em>Application command line</em>
4379         <ul>
4380           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4381             from applet)</li>
4382           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4383             of DAS servers to query for alignment features</li>
4384           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4385             that are also automatically queried for features</li>
4386           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4387             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4388         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4389         <ul>
4390           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4391             application (when using &quot;View in full
4392             application&quot;)</li>
4393         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4394         <ul>
4395           <li>feature group display control parameter</li>
4396           <li>debug parameter</li>
4397           <li>showbutton parameter</li>
4398         </ul> <em>Applet API methods</em>
4399         <ul>
4400           <li>newView public method</li>
4401           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4402           <li>Feature display control methods</li>
4403           <li>get list of currently selected sequences</li>
4404         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4405         <ul>
4406           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4407           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4408             Jalview release.</li>
4409           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4410             property controls execution of obfuscator</li>
4411           <li>Build target for generating source distribution</li>
4412           <li>Debug flag for javacc</li>
4413           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4414             jalview.bin.Cache</li>
4415           <li>Continuous Build Integration for stable and
4416             development version of Application, Applet and source
4417             distribution</li>
4418         </ul></td>
4419       <td>
4420         <ul>
4421           <li>selected region output includes visible annotations
4422             (for certain formats)</li>
4423           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4424             for editing</li>
4425           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4426           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4427           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4428           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4429             comments</li>
4430           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4431             filenames containing a ':'</li>
4432           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4433             global sequence features</li>
4434           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4435             references from alignment sequences goes to zero</li>
4436           <li>Close of tree branch colour box without colour
4437             selection causes cascading exceptions</li>
4438           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4439           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4440             file parsing fails.</li>
4441           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4442           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4443             not a valid output format</li>
4444           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4445             vamsas</li>
4446           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4447           <li>error messages passed up and output when data read
4448             fails</li>
4449           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4450             sequence is edited</li>
4451           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4452             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4453           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4454             filetype</li>
4455           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4456             import fixed for PFAM records</li>
4457           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4458             window list</li>
4459           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4460             can be read and written correctly to annotation file</li>
4461           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4462             correctly</li>
4463           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4464             non-italic font for representatives in Applet</li>
4465           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4466             Macs.</li>
4467           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4468             Applet)</li>
4469           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4470             due to null pointer exceptions</li>
4471           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4472             first column of alignment</li>
4473           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4474             July 2008</li>
4475           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4476             file is case-insensitive</li>
4477           <li>Sequence features read from Features file appended to
4478             all sequences with matching IDs</li>
4479           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4480             containing a sub-sequence</li>
4481           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4482           <li>feature and annotation file applet parameters
4483             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4484           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4485           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4486             splash-screen version check to complete</li>
4487           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4488             when passing them to the launchApp service</li>
4489           <li>display name and local features preserved in results
4490             retrieved from web service</li>
4491           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4492             sequence fetcher initialisation</li>
4493           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4494             dasobert DAS client</li>
4495           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4496             association</li>
4497           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4498             sequences
4499           </li>
4500         </ul>
4501       </td>
4502     </tr>
4503     <tr>
4504       <td>
4505         <div align="center">
4506           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4507         </div>
4508       </td>
4509       <td>
4510         <ul>
4511           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4512           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4513           <li>Slide sequences</li>
4514           <li>Edit sequence in place</li>
4515           <li>EMBL CDS features</li>
4516           <li>DAS Feature mapping</li>
4517           <li>Feature ordering</li>
4518           <li>Alignment Properties</li>
4519           <li>Annotation Scores</li>
4520           <li>Sort by scores</li>
4521           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4522         </ul>
4523       </td>
4524       <td>
4525         <ul>
4526           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4527           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4528           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4529           <li>Feature group display state in XML</li>
4530           <li>Feature ordering in XML</li>
4531           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4532           <li>Stockholm alignment properties</li>
4533           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4534           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4535           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4536           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4537         </ul>
4538       </td>
4539
4540     </tr>
4541     <tr>
4542       <td>
4543         <div align="center">
4544           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4545         </div>
4546       </td>
4547       <td>
4548         <ul>
4549           <li>Non standard characters can be read and displayed
4550           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4551             applet via textbox
4552           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4553             name &amp; description
4554           <li>Preference setting to display sequence name in
4555             italics
4556           <li>Annotation file format extended to allow
4557             Sequence_groups to be defined
4558           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4559             specified in preferences
4560           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4561             sequences
4562         </ul>
4563       </td>
4564       <td>
4565         <ul>
4566           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4567             installed
4568           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4569           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4570         </ul>
4571       </td>
4572     </tr>
4573     <tr>
4574       <td>
4575         <div align="center">
4576           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4577         </div>
4578       </td>
4579       <td>
4580         <ul>
4581           <li>Multiple views on alignment
4582           <li>Sequence feature editing
4583           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4584           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4585           <li>Background dependent text colour
4586           <li>Right align sequence ids
4587           <li>User-defined lower case residue colours
4588           <li>Format Menu
4589           <li>Select Menu
4590           <li>Menu item accelerator keys
4591           <li>Control-V pastes to current alignment
4592           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4593           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4594           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4595
4596           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4597         </ul>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4602           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4603             calculations
4604           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4605             edits
4606           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4607             of alignment)
4608           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4609
4610           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4611             display correctly
4612           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4613           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4614             analysis results
4615           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4616             &#8739;
4617           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4618           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4619           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4620
4621         </ul>
4622       </td>
4623     </tr>
4624     <tr>
4625       <td>
4626         <div align="center">
4627           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4628         </div>
4629       </td>
4630       <td>
4631         <ul>
4632           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4633         </ul>
4634       </td>
4635       <td>
4636         <ul>
4637           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4638             sequence id panel has been resized</li>
4639           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4640             rendered</li>
4641           <li>Annotation files with sequence references - all
4642             elements in file are relative to sequence position</li>
4643           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4644         </ul>
4645       </td>
4646     </tr>
4647     <tr>
4648       <td>
4649         <div align="center">
4650           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4651         </div>
4652       </td>
4653       <td>
4654         <ul>
4655           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4656           <li>DAS Feature fetching</li>
4657           <li>Hide sequences and columns</li>
4658           <li>Export Annotations and Features</li>
4659           <li>GFF file reading / writing</li>
4660           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4661             files</li>
4662           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4663           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4664           <li>Applet can launch the full application</li>
4665           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4666             required)</li>
4667           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4668           <li>Applet can load sequences from parameter
4669             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4670           </li>
4671         </ul>
4672       </td>
4673       <td>
4674         <ul>
4675           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4676           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4677           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4678         </ul>
4679       </td>
4680     </tr>
4681     <tr>
4682       <td>
4683         <div align="center">
4684           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4685         </div>
4686       </td>
4687       <td>
4688         <ul>
4689           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4690           <li>Choose to match case when searching</li>
4691           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4692             expand the visible width and height of the alignment</li>
4693         </ul>
4694       </td>
4695       <td>
4696         <ul>
4697           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4698         </ul>
4699       </td>
4700     </tr>
4701     <tr>
4702       <td>
4703         <div align="center">
4704           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4705         </div>
4706       </td>
4707       <td>&nbsp;</td>
4708       <td>
4709         <ul>
4710           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4711           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4712             value</li>
4713         </ul>
4714       </td>
4715     </tr>
4716     <tr>
4717       <td>
4718         <div align="center">
4719           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4720         </div>
4721       </td>
4722       <td>
4723         <ul>
4724           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4725           <li>Keyboard editing</li>
4726           <li>Create sequence features from searches</li>
4727           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4728             alignments</li>
4729           <li>Features file allows grouping of features</li>
4730           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4731           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4732           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4733         </ul>
4734       </td>
4735       <td>
4736         <ul>
4737           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4738           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4739             descriptions saved.</li>
4740         </ul>
4741       </td>
4742     </tr>
4743     <tr>
4744       <td>
4745         <div align="center">
4746           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4747         </div>
4748       </td>
4749       <td>
4750         <ul>
4751           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4752           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4753           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4754             name for file output</li>
4755           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4756           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4757             used for HTML form input</li>
4758         </ul>
4759       </td>
4760       <td>
4761         <ul>
4762           <li>HTML output writes groups and features</li>
4763           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4764           <li>File IO bugs</li>
4765         </ul>
4766       </td>
4767     </tr>
4768     <tr>
4769       <td>
4770         <div align="center">
4771           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4772         </div>
4773       </td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4777           <li>More options for PCA viewer</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>GUI bugs resolved</li>
4783           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4784         </ul>
4785       </td>
4786     </tr>
4787     <tr>
4788       <td height="63">
4789         <div align="center">
4790           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4791         </div>
4792       </td>
4793       <td>
4794         <ul>
4795           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4796           <li>Jar files are executable</li>
4797           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4798         </ul>
4799       </td>
4800       <td>
4801         <ul>
4802           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4803           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4804           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4805         </ul>
4806       </td>
4807     </tr>
4808     <tr>
4809       <td>
4810         <div align="center">
4811           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4812         </div>
4813       </td>
4814       <td>
4815         <ul>
4816           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4817         </ul>
4818       </td>
4819       <td>
4820         <ul>
4821           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4822         </ul>
4823       </td>
4824     </tr>
4825     <tr>
4826       <td>
4827         <div align="center">
4828           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4829         </div>
4830       </td>
4831       <td>
4832         <ul>
4833           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4834             size</li>
4835         </ul>
4836       </td>
4837       <td>
4838         <ul>
4839           <li>Improved JPred client reliability</li>
4840           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4841         </ul>
4842       </td>
4843     </tr>
4844     <tr>
4845       <td>
4846         <div align="center">
4847           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4848         </div>
4849       </td>
4850       <td>
4851         <ul>
4852           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4853           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4854           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4855             to Colour Menu</li>
4856           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4857           <li>Unix users can set default web browser</li>
4858           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4859           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4860         </ul>
4861       </td>
4862       <td>
4863         <ul>
4864           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4865         </ul>
4866       </td>
4867     </tr>
4868     <tr>
4869       <td>
4870         <div align="center">
4871           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4872         </div>
4873       </td>
4874       <td>&nbsp;</td>
4875       <td>
4876         <ul>
4877           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4878             alignment order.</li>
4879         </ul>
4880       </td>
4881     </tr>
4882     <tr>
4883       <td>
4884         <div align="center">
4885           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4886         </div>
4887       </td>
4888       <td>
4889         <ul>
4890           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4891           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4892           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4893             annotations.</li>
4894           <li>Version and build date written to build properties
4895             file.</li>
4896           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4897             at launch of Jalview.</li>
4898         </ul>
4899       </td>
4900       <td>
4901         <ul>
4902           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4903           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4904           <li>Can remove groups one by one.</li>
4905           <li>Filechooser icons installed.</li>
4906           <li>Finder ignores return character when searching.
4907             Return key will initiate a search.<br>
4908           </li>
4909         </ul>
4910       </td>
4911     </tr>
4912     <tr>
4913       <td>
4914         <div align="center">
4915           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4916         </div>
4917       </td>
4918       <td>
4919         <ul>
4920           <li>New codebase</li>
4921         </ul>
4922       </td>
4923       <td>&nbsp;</td>
4924     </tr>
4925   </table>
4926   <p>&nbsp;</p>
4927 </body>
4928 </html>