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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64         <!-- -->
  65         </ul>
  66       </td>
  67       <td align="left" valign="top">
  68         <ul>
  69          <li><!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the alignment (Since Jalview 2.10.3)</li>
  70         </ul>
  71       </td>
  72     </tr>
  73     <tr>
  74       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  75           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  76           <em>22/04/2020</em></strong></td>
  77       <td align="left" valign="top">
  78         <ul>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
  81             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
  82             for display in alignments, on structure views (including
  83             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
  84             export.
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  88             exported and re-imported as GFF3 files
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  92             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  96             validation while parsing
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 100             position if reopened
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 104             of associated view
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 108             enabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 112             tooltips and menus
 113           </li>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 116             with no feature types visible
 117           </li>
 118           <li>
 119           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 120           </li>
 121         </ul><em>Jalview Installer</em>
 122             <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 125             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 132           </li>
 133               <li>
 134                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 135               <li>
 136                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 137         </ul> <em>Release processes</em>
 138         <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 144           </li>
 145         </ul> <em>Build System</em>
 146         <ul>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 152             report
 153           </li>
 154         </ul>
 155         <em>Groovy Scripts</em>
 156             <ul>
 157           <li>
 158             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 159             to stdout containing the consensus sequence for each
 160             alignment in a Jalview session
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 164             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 165             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 166           </li>
 167         </ul>
 168       </td>
 169       <td align="left" valign="top">
 170         <ul>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 173             'Show hidden markers' option is not ticked
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 177             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 178             jalview preferences or properties file
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 182             'Show Sequence Features' option is not ticked
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 186             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 187             features are visible
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 191             equal when split frame is first opened
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 195             correct after editing a sequence's start position
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 199             with annotation and exceptions thrown when only a few
 200             columns shown in wrapped mode
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 204             wrapped alignment figure with annotations
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 208             ID fails with ClassCastException
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 212             Project
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 216             feature settings dialog also selects columns
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 220             IllegalArgumentException in some circumstances
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 224             opened for a view
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 228             alignment window is closed
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 232             help documentation for 2.11.0 release
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 236             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 237             Uniprot Accession
 238           </li>
 239         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 240         <ul>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 243             PDB/Uniprot search panel
 244           </li>
 245         </ul> <em>Installer</em>
 246         <ul>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 249             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 250           </li>
 251         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 252         <ul>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 255             repository
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 259             memory
 260           </li>
 261         </ul> <em>New Known Issues</em>
 262         <ul>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 265             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 266             command line
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 270             clipped in headless figure export when Right Align option
 271             enabled
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 275             'Source' in console output
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 279             bamboo server but run fine locally.
 280           </li>
 281         </ul>
 282       </td>
 283     </tr>
 284     <tr>
 285       <td width="60" align="center" nowrap>
 286           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 287             <em>04/07/2019</em></strong>
 288       </td>
 289       <td align="left" valign="top">
 290         <ul>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 293             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 294             source project) rather than InstallAnywhere
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 298             settings, receive over the air updates and launch specific
 299             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 300               Rings' GetDown</a>)
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 304             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 308             arguments and switch between different getdown channels
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 312             or alignment files
 313           </li>
 314
 315           <li>
 316             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 317             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 320             'Translate as cDNA'</li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 323           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 324             <ul>
 325                       <li>
 326             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 327             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 328           <li>
 329                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 330                 features can be filtered and shaded according to any
 331                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 332                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 333                 file)
 334               </li>
 335               <li>
 336                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 337                 stored and restored from Jalview Projects
 338               </li>
 339               <li>
 340                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 341                 recognise variant features
 342               </li>
 343               <li>
 344                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 345                 sequences (also coloured red by default)
 346               </li>
 347               <li>
 348                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 349                 details
 350               </li>
 351               <li>
 352                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 353                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 354               </li>
 355               <li>
 356                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 357                 dialog
 358               </li>
 359             </ul>
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 363             tree and PCA calculations
 364           </li>
 365           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 366             <ul>
 367               <li>
 368                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 369                 and Viewer state saved in Jalview Project
 370               </li>
 371               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 372                 drop-down menus</li>
 373               <li>
 374                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 375                 incrementally
 376               </li>
 377               <li>
 378                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 379               </li>
 380             </ul>
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 384           </li>
 385           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 386           <ul>
 387               <li>
 388                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 389                 multiple groups when working with large alignments
 390               </li>
 391               <li>
 392                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 393                 Stockholm files
 394               </li>
 395             </ul>
 396           <li><strong>User Interface</strong>
 397           <ul>
 398               <li>
 399                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 400                 view
 401               </li>
 402               <li>
 403                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 404                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 405                 default (can be changed in user preferences)
 406               </li>
 407               <li>
 408                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 409                 to the Overwrite Dialog
 410               </li>
 411               <li>
 412                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 413                 sequences are hidden
 414               </li>
 415               <li>
 416                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 417                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 418               </li>
 419               <li>
 420                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 421                 labels
 422               </li>
 423               <li>
 424                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 425                 when in wrapped mode
 426               </li>
 427               <li>
 428                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 429                 annotation
 430               </li>
 431               <li>
 432                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 433               </li>
 434               <li>
 435                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 436                 panel
 437               </li>
 438               <li>
 439                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 440                 popup menu
 441               </li>
 442               <li>
 443               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 444               <li>
 445               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 446
 447
 448             </ul></li>
 449             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 450           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 451             <ul>
 452               <li>
 453                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 454                 trapping CMD-Q
 455               </li>
 456             </ul></li>
 457         </ul>
 458         <em>Deprecations</em>
 459         <ul>
 460           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 461             capabilities removed from the Jalview Desktop
 462           </li>
 463           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 464             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 465             and XML based data retrieval clients</li>
 466           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 467           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 468         </ul> <em>Documentation</em>
 469         <ul>
 470           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 471             not supported in EPS figure export
 472           </li>
 473           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 474         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 475         <ul>
 476           <li>
 477           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 478           </li>
 479       <li>
 480       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 481           <li>
 482           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 483             gradle-eclipse
 484           </li>
 485           <li>
 486           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 487             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 488             execution
 489           </li>
 490           <li>
 491           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 492             operations
 493           </li>
 494           <li>
 495           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 496             issues resolved
 497           </li>
 498           <li>
 499           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 500             markdown (with HTML rendering)
 501           </li>
 502           <li>
 503           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 504           </li>
 505           <li>
 506           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 507             versions of Jalview
 508           </li>
 509         </ul>
 510       </td>
 511       <td align="left" valign="top">
 512         <ul>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 518             superposition in Jmol fail on Windows
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 522             structures for sequences with lots of PDB structures
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 526             monospaced font
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 530             project involving multiple views
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 534             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 535             Annotation dialog hides columns
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 539             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 540             one view, then making another selection in the other view
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 544             columns
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 548             Settings and Jalview Preferences panels
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 552             overview with large alignments
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 556             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 557             mouse moved to the left of the first column
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 561             hidden column marker via scale popup menu
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 565             doesn't tell users the invalid URL
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 569             score from view
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 573             show cross references or Fetch Database References are shown in
 574             red in original view
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 578             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 582             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 586             when columns are hidden
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 590             Columns by Annotation description
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 594             out of Scale or Annotation Panel
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 598             scale panel
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 602             alignment down
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 606             scale panel
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 610             Page Up in wrapped mode
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 620             on opening an alignment
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 624             Colour menu
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 628             different groups in the alignment are selected
 629           </li>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 632             correctly in menu
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 636             threshold limit
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 640             threshold gets 'unrounded'
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 644             colour
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 654             Tree font
 655           </li>
 656           <li>
 657             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 658             project file
 659           </li>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 662             shown in complementary view
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 666             without normalisation
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 670             of report
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 674           </li>
 675           <li>
 676           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 677           </li>
 678         </ul> <em>Editing</em>
 679         <ul>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 682             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 683             sequence
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 687             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 688             removed (Known defect since 2.10)
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 692             dialog corrupts dataset sequence
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 696             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 697           </li>
 698         </ul> <em>Datamodel</em>
 699         <ul>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 702             sequence's End is greater than its length
 703           </li>
 704         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 705           general release)</em>
 706         <ul>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 709           </li>
 710         </ul> <em>New Known Defects</em>
 711         <ul>
 712         <li>
 713         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 714         </li>
 715         <li>
 716           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 717           regions of protein alignment.
 718         </li>
 719         <li>
 720           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 721           is restored from a Jalview 2.11 project
 722         </li>
 723         <li>
 724           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 725           'New View'
 726         </li>
 727         <li>
 728           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 729           columns within hidden columns
 730         </li>
 731         <li>
 732           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 733           window after dragging left to select columns to left of visible
 734           region
 735         </li>
 736         <li>
 737           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 738           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 739           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 740           create a Score filter instead.
 741         </li>
 742         <li>
 743         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 744         <li>
 745         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 746         </li>
 747         <li>
 748           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 749           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 750         </li>
 751         </ul>
 752         <em>Java 11 Specific defects</em>
 753           <ul>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 756               alphabetically when saved
 757             </li>
 758         </ul>
 759       </td>
 760     </tr>
 761     <tr>
 762     <td width="60" nowrap>
 763       <div align="center">
 764         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 765       </div>
 766     </td>
 767     <td><div align="left">
 768         <em></em>
 769         <ul>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 772               InstallAnywhere increased to 1G.
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 776               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 777               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 778                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 779                 properties file.</em>
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 783               API and sequence data now imported as JSON.
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 787               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 788               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 789               property.
 790             </li>
 791           </ul>
 792           <em>Development</em>
 793           <ul>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 796               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 797                 Clover</a>
 798             </li>
 799           </ul>
 800         </div></td>
 801     <td><div align="left">
 802         <em></em>
 803         <ul>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 806               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 807               alignment.
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 811               annotation displayed.
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 815               for newly created group when 'Apply to all groups'
 816               selected
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 820               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 821               visible.
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 825               when sequences are selected in exported view.</em>
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 829               aren't rendered with correct colour.
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 833               types of knotted RNA secondary structure.
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 837               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 838               do not start at 1.
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 842               annotation when columns are inserted into an alignment,
 843               and when exporting as Stockholm flatfile.
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 847               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 848               treated as RNA secondary structure.
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 852               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 856               transfers focus to previous window on OSX
 857             </li>
 858           </ul>
 859           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 860           <ul>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 863               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 864               box.
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 868               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 869               'look and feel' which has improved compatibility with the
 870               latest version of OSX.
 871             </li>
 872           </ul>
 873         </div>
 874     </td>
 875     </tr>
 876     <tr>
 877       <td width="60" nowrap>
 878         <div align="center">
 879           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 880             <em>7/06/2018</em></strong>
 881         </div>
 882       </td>
 883       <td><div align="left">
 884           <em></em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 888               annotation retrieved from Uniprot
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 892               onto the Jalview Desktop
 893             </li>
 894           </ul>
 895         </div></td>
 896       <td><div align="left">
 897           <em></em>
 898           <ul>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 901               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 905               right-hand column parsed correctly
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 909               not alignment area in exported graphic
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 913               window has input focus
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 917               annotation added to view (Windows)
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 921               network connectivity is poor
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 925               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 926                 the currently open URL and links from a page viewed in
 927                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 928                 you are using Edge, only links in the page can be
 929                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 930                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 931             </li>
 932           </ul>
 933           <em>New Known Defects</em>
 934           <ul>
 935             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 936           </ul>
 937         </div></td>
 938     </tr>
 939     <tr>
 940       <td width="60" nowrap>
 941         <div align="center">
 942           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 943         </div>
 944       </td>
 945       <td><div align="left">
 946           <em></em>
 947           <ul>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 950               for disabling automatic superposition of multiple
 951               structures and open structures in existing views
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 955               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 956               adjust them.
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 960               Ensembl services
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 964               and lots of hidden columns
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 968               of features (particularly when transparency is disabled)
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 972               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 973               generally available
 974             </li>
 975           </ul>
 976           </div>
 977       </td>
 978       <td><div align="left">
 979           <ul>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 982               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 986               overlapping alignment panel
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 990               sequence as gaps
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 994               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 995               UTR
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 999               factor annotation not added to sequence when local PDB
1000               file associated with it by drag'n'drop or structure
1001               chooser
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1005               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1009               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1013               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1017               columns in annotation row
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1021               honored in batch mode
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1025               for structures added to existing Jmol view
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1029               entries after importing project with multiple views
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1033               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1034               with negative residue numbers or missing residues fails
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1038               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1039               as generated by CONSURF)
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1043               tooltip doesn't include a text description of mutation
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1047               structure and/or overview windows are also shown
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1051               very slow for alignments with large numbers of sequences
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1055               with 'StringIndexOutOfBounds'
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1059               platforms running Java 10
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1063               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1064             </li>
1065           </ul>
1066           <em>Applet</em>
1067           <ul>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1070               should copy the group consensus when popup is opened on it
1071             </li>
1072           </ul>
1073           <em>Batch Mode</em>
1074           <ul>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1077           </li>
1078           </ul>
1079           <em>New Known Defects</em>
1080           <ul>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1083               editing a large alignment and overview is displayed
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1087               repeatedly after a series of edits even when the overview
1088               is no longer reflecting updates
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1092               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1093               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1094               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1098               option gives blank output
1099             </li>
1100           </ul>
1101         </div>
1102           </td>
1103     </tr>
1104     <tr>
1105       <td width="60" nowrap>
1106         <div align="center">
1107           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1108         </div>
1109       </td>
1110       <td><div align="left">
1111           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1112               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1113       <td><div align="left">
1114           <em>Desktop</em><ul>
1115           <ul>
1116             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1117             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1118             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1119             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1120             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1121             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1122             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1123           </ul>
1124           </div>
1125       </td>
1126     </tr>
1127     <tr>
1128       <td width="60" nowrap>
1129         <div align="center">
1130           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1131         </div>
1132       </td>
1133       <td><div align="left">
1134           <em></em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1138               rendering of sequence features
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1142               429 rate limit request hander
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1146               their colours have changed
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1150               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1154               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1158               view from Ensembl locus cross-references
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1162               Alignment report
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1166               feature can be disabled
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1170               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1174               Uniprot
1175             </li>
1176           </ul>
1177           <em>Scripting</em>
1178           <ul>
1179             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1180             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1181               percent identity scores for current alignment.</li>
1182           </ul>
1183           <em>Testing and Deployment</em>
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1187             </li>
1188           </ul>
1189         </div></td>
1190       <td><div align="left">
1191           <em>General</em>
1192           <ul>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1195               threshold text field doesn't trigger an update to the
1196               alignment view
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1200               strings in parallel
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1204               alignment window is closed
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1208               group visibility
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1212               takes a long time in Cursor mode
1213             </li>
1214           </ul>
1215           <em>Desktop</em>
1216           <ul>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1219               cannot be viewed in Chimera
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1223               CDS/Protein view
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1227               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1228               Search Dialogs
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1238               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1242               scrolling right in unwapped alignment view
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1246               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1247               database
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1251               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1255               features of same type and group to be selected for
1256               amending
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1260               alignments when hidden columns are present
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1264               displaying several structures
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1268               moving a window
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1272               within the Jalview desktop on OSX
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1276               when in wrapped alignment mode
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1280               hand end of alignment
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1284               each selected sequence do not have correct start/end
1285               positions
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1289               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1293               restoring project until a new view is created
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1297               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1298               configured (since 2.10.2b2)
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1302               position is adjusted
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1306               in a multi-chain structure when viewing alignment
1307               involving more than one chain (since 2.10)
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1311               if new selection moves alignment window
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1315               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1319               that produces correctly annotated transcripts and products
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1323               doesn't update associated structure view
1324             </li>
1325           </ul>
1326           <em>Applet</em><br />
1327           <ul>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1330               closing alignment panel
1331             </li>
1332           </ul>
1333           <em>BioJSON</em><br />
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1337               non-positional features
1338             </li>
1339           </ul>
1340           <em>New Known Issues</em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1344               sequence features correctly (for many previous versions of
1345               Jalview)
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1349               using cursor in wrapped panel other than top
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1353               graduated colour threshold
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1357               always preserve numbering and sequence features
1358             </li>
1359           </ul>
1360           <em>Known Java 9 Issues</em>
1361           <ul>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1364               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1365               9.01, OSX 10.10)
1366             </li>
1367           </ul>
1368         </div></td>
1369     </tr>
1370     <tr>
1371       <td width="60" nowrap>
1372         <div align="center">
1373           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1374             <em>2/10/2017</em></strong>
1375         </div>
1376       </td>
1377       <td><div align="left">
1378           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1379           <ul>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1382             </li>
1383             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1384             </li>
1385           </ul>
1386         </div></td>
1387       <td><div align="left">
1388         </div></td>
1389     </tr>
1390     <tr>
1391       <td width="60" nowrap>
1392         <div align="center">
1393           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1394             <em>7/9/2017</em></strong>
1395         </div>
1396       </td>
1397       <td><div align="left">
1398           <em></em>
1399           <ul>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1402               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1403               white)
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1407               Preferences
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1411               in size and progress bar shown as higher resolution
1412               overview is recalculated
1413             </li>
1414
1415           </ul>
1416         </div></td>
1417       <td><div align="left">
1418           <em></em>
1419           <ul>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1422               column region row by row
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1426               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1430               format setting is unticked
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1434               if group has show boxes format setting unticked
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1438               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1439               include sequences and columns not currently displayed
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1443               assemblies are imported via CIF file
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1447               displayed when threshold or conservation colouring is also
1448               enabled.
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1452               server version
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1456               dragging a selected region off the visible region of the
1457               alignment
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1461               colourscheme to all groups in a view
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1465               initially after font size change using the Font chooser or
1466               middle-mouse zoom
1467             </li>
1468           </ul>
1469         </div></td>
1470     </tr>
1471     <tr>
1472       <td width="60" nowrap>
1473         <div align="center">
1474           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1475         </div>
1476       </td>
1477       <td><div align="left">
1478           <em>Calculations</em>
1479           <ul>
1480
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1483               ungapped positions in each column of the alignment.
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1487               a calculation dialog box
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1491               and memory efficiency (~30x faster)
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1495               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1496               and other calculations
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1500               files within the Jalview codebase
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1504               Similarity may have different topology due to increased
1505               precision
1506             </li>
1507           </ul>
1508           <em>Rendering</em>
1509           <ul>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1512               model for alignments and groups
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1516               scripts
1517             </li>
1518           </ul>
1519           <em>Overview</em>
1520           <ul>
1521             <li>
1522               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1523               with alignment and overview windows
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1527               overview
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1531               omitted in Overview
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1535               adjustment of visible position
1536             </li>
1537           </ul>
1538
1539           <em>Data import/export</em>
1540           <ul>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1543               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1547               annotation input/output via stockholm flatfile
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1551               extension when importing structure files without embedded
1552               names or PDB accessions
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1556               format sequence substitution matrices
1557             </li>
1558           </ul>
1559           <em>User Interface</em>
1560           <ul>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1563               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1564               the application.
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1568               via Overview or sequence motif search operations
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1572               opened by double clicking gaps within sequence feature
1573               extent
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1577               aligned positions were available to create a 3D structure
1578               superposition.
1579             </li>
1580           </ul>
1581           <em>3D Structure</em>
1582           <ul>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1585               coloured in linked structure views
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1589               file-based command exchange
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1593               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1594               structures are already available for sequences
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1598               the Jalview project rather than downloaded again when the
1599               project is reopened.
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1603               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1604               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1605                 Feature</strong>)
1606             </li>
1607           </ul>
1608           <em>Web Services</em>
1609           <ul>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1615               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1616               Analysis services
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1620               cross-references provided by identifiers.org and the
1621               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1622             </li>
1623           </ul>
1624
1625           <em>Scripting</em>
1626           <ul>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1629               identifying file formats (instead of String constants)
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1633               efficiency when counting all displayed features (not
1634               backwards compatible with 2.10.1)
1635             </li>
1636           </ul>
1637           <em>Example files</em>
1638           <ul>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1641               included in the example feature file
1642             </li>
1643           </ul>
1644           <em>Documentation</em>
1645           <ul>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1648               with the built-in Java help viewer
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1652               sequence description' option
1653             </li>
1654           </ul>
1655           <em>Test Suite</em>
1656           <ul>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1659               Uniprot REST Free Text Search Client
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1666               during tests
1667             </li>
1668           </ul>
1669         </div></td>
1670       <td><div align="left">
1671           <em>Calculations</em>
1672           <ul>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1675               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1676               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1677             </li>
1678             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1679               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1680               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1681               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1682               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1683               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1684               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1685               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1686               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1687               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1688               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1689               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1690               // for 2.10.1 mode <br />
1691               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1692               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1693                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1694                 calculations (not recommended)</em></li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1697               scaling of branch lengths for trees computed using
1698               Sequence Feature Similarity.
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1702               generating output report when working with highly
1703               redundant alignments
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1707               right of selected region when gaps present on right-hand
1708               boundary
1709             </li>
1710           </ul>
1711           <em>User Interface</em>
1712           <ul>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1715               doesn't reselect a specific sequence's associated
1716               annotation after it was used for colouring a view
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1720               opened on a region of alignment without groups
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1724               of an alignment with overlapping groups
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1728               name and description match
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1732               hidden regions results in incorrect hidden regions
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1736               changing colour does not apply Conservation slider value
1737               to all groups
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1741               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1745               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1749               gaps before start of features
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1753               restored to UI when feature colour is edited
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1757               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1761               as graduate feature colour settings are modified via the
1762               dialog box
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1766               when a group defined on the alignment is resized
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1770               wrapped view result in positional status updates
1771             </li>
1772
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1775               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1779               alignment included gapped columns
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1783               widgets don't permanently disappear
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1787               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1788               T-Coffee column reliability scores)
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1792               sequence feature on gaps only
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1796               button from a Find inherit previously defined feature type
1797               rather than the Find query string
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1801               exporting tree calculated in Jalview
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1805               and then revealing them reorders sequences on the
1806               alignment
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1810               doesn't update to reflect available set of groups after
1811               interactively adding or modifying features
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1815               Linux
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1819               only excluded gaps in current sequence and ignored
1820               selection.
1821             </li>
1822           </ul>
1823           <em>Rendering</em>
1824           <ul>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1827               erratically when hidden rows or columns are present
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1831               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1832               sequence colouring
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1836               colour and group colour menu for protein alignments
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1840               reflect currently selected view or group's shading
1841               thresholds
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1845               when rendered on overview and structures when opacity at
1846               100%
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1850               overview when features overlaid on alignment
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1854               recovered correctly from Jalview project file
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1858               (automatically via preferences) are different to the main
1859               alignment panel
1860             </li>
1861           </ul>
1862           <em>Data import/export</em>
1863           <ul>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1866               load
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1870               added after a sequence was imported are not written to
1871               Stockholm File
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1875               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1879               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1883               with lightGray or darkGray via features file (but can
1884               specify lightgray)
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1888               when alignment view imported from project
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1892               structure and sequences extracted from structure files
1893               imported via URL and viewed in Jmol
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1897               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1898               the project is loaded and the structure viewed
1899             </li>
1900           </ul>
1901           <em>Web Services</em>
1902           <ul>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1905               release of Ensembl v.88
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1909               appear enabled in Preferences->Connections
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1913               removed from console output
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1917               Ensembl by Peptide ID
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1921               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1922               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1923               due to 'null' string rather than empty string used for
1924               residues with no corresponding PDB mapping).
1925             </li>
1926           </ul>
1927           <em>Application UI</em>
1928           <ul>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1931               menu
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1935               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1936               new documentation and tooltips added)
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1940               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1944               new features are added to alignment
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1948               changes to feature colours via the Amend features dialog
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1952               edit graduated feature colour via amend features dialog
1953               box
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1957               selection menu changes colours of alignment views
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1961               from alignment calculation workers after alignment has
1962               been closed
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1966               groups now 'Create Group'
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1970               Create/Undefine group doesn't always work
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1974               shown again after pressing 'Cancel'
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1978               adjusts start position in wrap mode
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1982               ambiguous amino acids
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1986               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1987               proteins
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1991               Defined' don't appear in Colours menu
1992             </li>
1993           </ul>
1994           <em>Applet</em>
1995           <ul>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1998               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2002               overview or linked structure view
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2006               work (since 2.8)
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2010               user-defined colourscheme doesn't restore original
2011               colourscheme
2012             </li>
2013           </ul>
2014           <em>Test Suite</em>
2015           <ul>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2018               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2022               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2023               problems with deep array comparison equality asserts in
2024               successive versions of TestNG
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2028               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2029             </li>
2030           </ul>
2031           <em>New Known Issues</em>
2032           <ul>
2033             <li>
2034               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2035               phase after a sequence motif find operation
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2039               containing just upper and lower case letters are
2040               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2044               reliably from eggnog Ortholog database
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2048               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2049               to mark columns containing highlighted regions.
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2053               doesn't always add secondary structure annotation.
2054             </li>
2055           </ul>
2056         </div>
2057     <tr>
2058       <td width="60" nowrap>
2059         <div align="center">
2060           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2061         </div>
2062       </td>
2063       <td><div align="left">
2064           <em>General</em>
2065           <ul>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2068               for all consensus calculations
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2072               3rd Oct 2016)
2073             </li>
2074             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2075               for 2016-2017</li>
2076           </ul>
2077           <em>Application</em>
2078           <ul>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2081               set of database cross-references, sorted alphabetically
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2085               from database cross references. Users with custom links
2086               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2087                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2091               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2092               Chimera session
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2096               the Chimera it is connected to is shut down
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2100               columns menu item to mark columns containing highlighted
2101               regions (e.g. from structure selections or results of a
2102               Find operation)
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2106               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2107               MSAviewer
2108             </li>
2109           </ul>
2110         </div></td>
2111       <td>
2112         <div align="left">
2113           <em>General</em>
2114           <ul>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2117               are not coloured or thresholded according to percent
2118               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2122               hydrophobic
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2126               threshold, amino acid properties)
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2130               reported as mapped to residues in a structure file in the
2131               View Mapping report
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2135               could be added multiple times to a sequence
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2139               bond features shown as two highlighted residues rather
2140               than a range in linked structure views, and treated
2141               correctly when selecting and computing trees from features
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2145               cross-references are matched to database name regardless
2146               of case
2147             </li>
2148
2149           </ul>
2150           <em>Application</em>
2151           <ul>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2154               names without regular expressions also offer links from
2155               Sequence ID
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2159               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2160               update Jalview configuration
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2164               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2168               files with similarly named sequences if dropped onto the
2169               alignment
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2173               entries where more chains exist in the PDB accession than
2174               are reported in the SIFTS file
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2178               the structure view when displayed with Chimera
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2182               panel's View->Show Chains submenu
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2186               work for wrapped alignment views
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2190               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2194               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2195               first annotation row
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2199               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2203               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2204             </li>
2205             <!-- JAL-2319 -->
2206             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2207             coordindate data
2208             </li>
2209           </ul>
2210           <!--           <em>New Known Issues</em>
2211           <ul>
2212             <li></li>
2213           </ul> -->
2214         </div>
2215       </td>
2216     </tr>
2217     <td width="60" nowrap>
2218       <div align="center">
2219         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2220           <em>25/10/2016</em></strong>
2221       </div>
2222     </td>
2223     <td><em>Application</em>
2224       <ul>
2225         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2226           view if structures already loaded</li>
2227         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2228           structure views</li>
2229       </ul></td>
2230     <td>
2231       <div align="left">
2232         <em>General</em>
2233         <ul>
2234           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2235             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2236           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2237             example sequences/projects/trees</li>
2238         </ul>
2239         <em>Application</em>
2240         <ul>
2241           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2242             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2243           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2244             without timeout for structures with multiple models or
2245             multiple sequences in alignment</li>
2246           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2247             PDB ID HEADER line</li>
2248           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2249             is performed</li>
2250           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2251             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2252           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2253           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2254             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2255             option</li>
2256           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2257             is created on the alignment</li>
2258           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2259             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2260             pop-up menu</li>
2261         </ul>
2262         <em>Build and deployment</em>
2263         <ul>
2264           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2265             tags</li>
2266         </ul>
2267         <em>New Known Issues</em>
2268         <ul>
2269           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2270             on Windows</li>
2271         </ul>
2272       </div>
2273     </td>
2274     </tr>
2275     <tr>
2276       <td width="60" nowrap>
2277         <div align="center">
2278           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2279         </div>
2280       </td>
2281       <td><em>General</em>
2282         <ul>
2283           <li>
2284             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2285           </li>
2286           <li>
2287             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2288             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2289             better PDB parsing.
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2293             reference sequence
2294           </li>
2295           <li>
2296             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2297             mousing over sequence associated annotation
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2301             for manual entry
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2305             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2306             for each column
2307           </li>
2308           <li>
2309             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2310             showing or hiding columns containing a feature
2311           </li>
2312           <li>
2313             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2314             group and sequence associated annotation labels
2315           </li>
2316           <li>
2317             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2318             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2319             dialogs
2320           </li>
2321
2322         </ul> <em>Application</em>
2323         <ul>
2324           <li>
2325             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2326             gene/transcript view
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2330             dialog
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2334             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2338             Pfam sources to xfam.org
2339           </li>
2340           <li>
2341             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2345             over sequences in Jalview
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2349             regions in ENA and EMBL
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2353             for record retrieval via ENA rest API
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2357             complement operator
2358           </li>
2359           <li>
2360             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2361             groovy script execution
2362           </li>
2363           <li>
2364             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2365             alignment window's Calculate menu
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2369             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2373             calculation workers from groovy scripts
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2377             Jalview projects
2378           </li>
2379           <li>
2380             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2381             associations are now saved/restored from project
2382           </li>
2383           <li>
2384             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2385             before sequence fetcher is opened
2386           </li>
2387           <li>
2388             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2389             database chooser opens a sequence fetcher
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2393             the UniProt REST API
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2397             the news reader opening
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2401             querying stored in preferences
2402           </li>
2403           <li>
2404             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2405             search results
2406           </li>
2407           <li>
2408             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2412             menu for nucleotide sequences
2413           </li>
2414           <li>
2415             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2416             and feature counts preserves alignment ordering (and
2417             debugged for complex feature sets).
2418           </li>
2419           <li>
2420             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2421             viewing structures with Jalview 2.10
2422           </li>
2423           <li>
2424             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2425             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2426             Ensembl Genomes REST API
2427           </li>
2428           <li>
2429             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2430             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2431             (Ensembl)
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2435             sequences
2436           </li>
2437           <li>
2438             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2439             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2440             data from external database records.
2441           </li>
2442           <li>
2443             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2444             efficient recovery of sequence coding and alignment
2445             annotation relationships.
2446           </li>
2447         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2448         <ul>
2449           <li>
2450             -- JAL---
2451           </li>
2452         </ul> --></td>
2453       <td>
2454         <div align="left">
2455           <em>General</em>
2456           <ul>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2459               menu on OSX
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2463               includes graduated colourschemes
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2467               working with big alignments and lots of hidden columns
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2471               at right of alignment window
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2475               contents
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2479               for DNA alignments
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2483               based tree calculation
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2487               unconserved enabled for group on alignment
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2491               set as reference
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2495               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2496               annotation
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2500               hidden columns present
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2504               user created annotation added to alignment
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2508               '()' base pair annotation
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2512               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2513               Consensus
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2517               feature not working
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2521               beginning of sequence
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2525               entry 3a6s
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2529               from a tree when t-coffee scores are shown
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2533               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2537               some structures
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2541               to Clustal, PIR and PileUp output
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2545               not visible causes alignment window to repaint
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2549               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2550               scores associated with features and annotation rows
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2554               calculation should be case independent
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2558               columns
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2562               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2563               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2567               problems when reference sequence defined and 'show
2568               non-conserved' enabled
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2572               load even when Consensus calculation is disabled
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2576               alignment does nothing
2577             </li>
2578           </ul>
2579           <em>Application</em>
2580           <ul>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2583               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2584               yet fixed for El Capitan)
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2588               output when running on non-gb/us i18n platforms
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2592               hidden sequences as flat-file alignment
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2596               launching Chimera
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2600               (also hotfix for 2.9.0b2)
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2604               reference sequence defined
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2608               alignments and views when revealing hidden columns
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2612               view in a cDNA/Protein splitframe
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2616               sequence from project when only one sequence is
2617               represented
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2621               in Structure Chooser
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2625               structure consensus didn't refresh annotation panel
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2629               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2633               dialogs format columns correctly, don't display array
2634               data, sort columns according to type
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2638               file chooser is cancelled during an image export
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2642               sequence name containing special characters
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2646               case insensitive
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2650               formatting don't wrap
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2654               truncated so L looks like I in consensus annotation
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2658               currently displayed features for the current selection or
2659               view
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2663               after fetching cross-references, and restoring from
2664               project
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2668               followed in the structure viewer
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2672               splitframe not restored from project
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2676               trailing end of protein alignment in transcript/product
2677               splitview when pad-gaps not enabled by default
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2681               is case dependent
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2685               article has been read (reopened issue due to
2686               internationalisation problems)
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2690               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2691               cross-references
2692             </li>
2693
2694             <li>
2695               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2696               alignment as HTML
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2700               multiple structures are shown for one or more sequences.
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2704               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2705               is enabled.
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2709               specific PDB id for sequence
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2713               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2714               columns' is disabled.
2715             </li>
2716             <li>
2717               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2718               selects lowest rather than highest resolution structures
2719               for each sequence
2720             </li>
2721             <li>
2722               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2723               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2724             </li>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2727               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2731               after clicking on it to create new annotation for a
2732               column.
2733             </li>
2734             <li>
2735               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2736               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2737             </li>
2738             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2739             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2740           </ul>
2741           <em>Applet</em>
2742           <ul>
2743             <li>
2744               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2745               hidden columns present before start of sequence
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2749               (JSON jars)
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2753               sequences are hidden in applet
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2757               deployment on examples pages.
2758             </li>
2759           </ul>
2760         </div>
2761       </td>
2762     </tr>
2763     <tr>
2764       <td width="60" nowrap>
2765         <div align="center">
2766           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2767             <em>16/10/2015</em></strong>
2768         </div>
2769       </td>
2770       <td><em>General</em>
2771         <ul>
2772           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2773             jars</li>
2774         </ul></td>
2775       <td>
2776         <div align="left">
2777           <em>Application</em>
2778           <ul>
2779             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2780               shown when tree is partitioned</li>
2781             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2782               multiple cDNA/Protein split views</li>
2783           </ul>
2784         </div>
2785       </td>
2786     </tr>
2787     <tr>
2788       <td width="60" nowrap>
2789         <div align="center">
2790           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2791             <em>8/10/2015</em></strong>
2792         </div>
2793       </td>
2794       <td><em>General</em>
2795         <ul>
2796           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2797             2.9</li>
2798         </ul> <em>Application</em>
2799         <ul>
2800           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2801           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2802           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2803         </ul> <em>Applet</em>
2804         <ul>
2805           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2806         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2807         <ul>
2808           <li>
2809             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2810             suite
2811           </li>
2812         </ul></td>
2813       <td>
2814         <div align="left">
2815           <em>General</em>
2816           <ul>
2817             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2818               incorrect when sequence start > 1</li>
2819             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2820               documentation</li>
2821             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2822             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2823               loading a features file containing HTML tags in feature
2824               description</li>
2825
2826           </ul>
2827           <em>Application</em>
2828           <ul>
2829             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2830               reimport</li>
2831             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2832               with 'trim retrieved sequences'</li>
2833             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2834               deleting selected columns</li>
2835             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2836               JNLP templates for webstart launch</li>
2837             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2838               unreleased structures for download or viewing</li>
2839             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2840               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2841             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2842               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2843             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2844               recovered from jalview project</li>
2845             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2846               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2847               alignment view</li>
2848             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2849               color schemes from BioJSON</li>
2850           </ul>
2851           <em>Applet</em>
2852           <ul>
2853             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2854               frame</li>
2855             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2856           </ul>
2857         </div>
2858       </td>
2859     </tr>
2860     <tr>
2861       <td><div align="center">
2862           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2863         </div></td>
2864       <td><em>General</em>
2865         <ul>
2866           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2867             alignments:
2868             <ul>
2869               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2870                 and DNA alignment views</li>
2871               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2872                 cDNA alignment views</li>
2873               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2874                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2875               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2876                 protein sequences</li>
2877             </ul>
2878           </li>
2879           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2880           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2881             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2882           <li>New alignment annotation file statements for
2883             reference sequences and marking hidden columns</li>
2884           <li>Reference sequence based alignment shading to
2885             highlight variation</li>
2886           <li>Select or hide columns according to alignment
2887             annotation</li>
2888           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2889           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2890             acid conservation row</li>
2891           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2892         </ul> <em>Application</em>
2893         <ul>
2894           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2895             <ul>
2896               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2897                 view with cDNA/Protein</li>
2898               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2899                 sequences are placed in the same alignment</li>
2900               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2901                 projects</li>
2902             </ul>
2903           </li>
2904
2905           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2906           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2907             Jalview windows</li>
2908
2909           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2910           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2911           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2912             be shown in VARNA</li>
2913
2914           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2915             as the active selected region</li>
2916
2917           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2918             similarity</li>
2919           <li>New Export options
2920             <ul>
2921               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2922                 region export in flat file generation</li>
2923
2924               <li>Export alignment views for display with the <a
2925                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2926
2927               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2928               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2929                 alignment figures to HTML</li>
2930           </li>
2931           <li>3D structure retrieval and display
2932             <ul>
2933               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2934                 Search API</li>
2935               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2936                 PDB structures for a sequence set</li>
2937             </ul>
2938           </li>
2939
2940           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2941             predictions</li>
2942           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2943             for one or a group of sequences</li>
2944           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2945             from the JPred4 web server</li>
2946           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2947             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2948             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2949           </li>
2950           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2951             VARNA 2D Structure'</li>
2952           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2953             Structure ..."</li>
2954
2955         </ul> <em>Applet</em>
2956         <ul>
2957           <li>New layout for applet example pages</li>
2958           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2959             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2960           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2961             Protein alignments</li>
2962         </ul> <em>Development and deployment</em>
2963         <ul>
2964           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2965           <li>Include installation type and git revision in build
2966             properties and console log output</li>
2967           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2968             storing BioJsMSA Templates</li>
2969           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2970         </ul></td>
2971       <td>
2972         <!-- <em>General</em>
2973         <ul>
2974         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2975         <ul>
2976           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2977           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2978           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2979             predictions are not highlighted in amber</li>
2980           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2981             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2982           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2983             associated structure views</li>
2984           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2985             width checkbox not enabled</li>
2986           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2987             creating user defined colours</li>
2988           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2989             mappings for just that viewer's sequences</li>
2990           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2991             multiple models in Chimera</li>
2992           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2993             over Jmol structure</li>
2994           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2995             output to text box</li>
2996           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2997             have incorrect sequence start/end</li>
2998           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2999             Jalview fails</li>
3000           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3001             work for nucleotide</li>
3002           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3003             to a grey/invisible alignment window</li>
3004           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3005             imports to different position</li>
3006           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3007             on some platforms</li>
3008           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3009             populated</li>
3010           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3011             console if Chimera has been opened</li>
3012           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3013           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3014             retrieved</li>
3015           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3016           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3017             either sequence shows on first structure</li>
3018           <li>'Show annotations' options should not make
3019             non-positional annotations visible</li>
3020           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3021             in right place after 'view flanking regions'</li>
3022           <li>File Save As type unset when current file format is
3023             unknown</li>
3024           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3025             projects</li>
3026           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3027             responsive</li>
3028           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3029             several views on same alignment</li>
3030           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3031           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3032             spaces</li>
3033         </ul> <em>Applet</em>
3034         <ul>
3035           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3036           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3037             descriptions containing angle brackets</li>
3038         </ul> <em>General</em>
3039         <ul>
3040           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3041             via jalview annotation file</li>
3042           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3043             with RNA secondary structure</li>
3044           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3045             translation doesn't work.</li>
3046           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3047           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3048             positions</li>
3049           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3050             choosing 1pt font</li>
3051           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3052             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3053             'h'</li>
3054           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3055             new feature</li>
3056           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3057             order dependent</li>
3058           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3059             sequences</li>
3060           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3061         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3062         <ul>
3063           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3064             www.jalview.org</li>
3065         </ul> <em>Application Known issues</em>
3066         <ul>
3067           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3068           <li>Misleading message appears after trying to delete
3069             solid column.</li>
3070           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3071             version launches</li>
3072           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3073             fails with a sequence mismatch</li>
3074           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3075             scrolling alignment to right</li>
3076           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3077             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3078           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3079             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3080           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3081             ultra-high resolution</li>
3082           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3083             quality and conservation</li>
3084           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3085             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3086         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3087         <ul>
3088           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3089           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3090             window is being resized</li>
3091
3092         </ul>
3093       </td>
3094     </tr>
3095     <tr>
3096       <td><div align="center">
3097           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3098         </div></td>
3099       <td><em>General</em>
3100         <ul>
3101           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3102             Certum.PL.</li>
3103           <li>Features and annotation preserved when performing
3104             pairwise alignment</li>
3105           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3106             imported/exported/displayed</li>
3107           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3108             protein secondary structure</li>
3109           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3110               post-hoc with 2.9 release</em>)
3111           </li>
3112
3113         </ul> <em>Application</em>
3114         <ul>
3115           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3116             with 3D structures</li>
3117           <li>Support for parsing RNAML</li>
3118           <li>Annotations menu for layout
3119             <ul>
3120               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3121               <li>place sequence annotation above/below alignment
3122                 annotation</li>
3123             </ul>
3124           <li>Output in Stockholm format</li>
3125           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3126             translation</li>
3127           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3128           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3129             shared between alignments</li>
3130           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3131             Jalview</li>
3132           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3133             all or current selection</li>
3134           <li>disorder and secondary structure predictions
3135             available as dataset annotation</li>
3136           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3137
3138
3139           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3140             alignments from Rfam</li>
3141           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3142
3143           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3144             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3145           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3146           <li>include installation type in build properties and
3147             console log output</li>
3148           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3149             annotation</li>
3150         </ul></td>
3151       <td>
3152         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3153         <ul>
3154           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3155             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3156           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3157             alignment</li>
3158           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3159           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3160           <li>Double click on sequence associated annotation
3161             selects only first column</li>
3162           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3163             leaves shown in tree</li>
3164           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3165             properly</li>
3166           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3167           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3168             screen and buttons not visible</li>
3169           <li>author list isn't updated if already written to
3170             Jalview properties</li>
3171           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3172             from database</li>
3173           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3174           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3175             browser search window</li>
3176           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3177             in feature settings dialog</li>
3178           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3179             desktop</li>
3180           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3181             pass validation</li>
3182           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3183             fit on screen</li>
3184           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3185             tooltip</li>
3186           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3187             defined user preset</li>
3188           <li>MSA web services warns user if they were launched
3189             with invalid input</li>
3190           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3191             Java 8</li>
3192           <li>
3193             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3194             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3195             created
3196           </li>
3197
3198         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3199         <ul>
3200         </ul> <em>General</em>
3201         <ul>
3202         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3203         <ul>
3204           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3205             memory allocation</li>
3206           <li>launchApp service doesn't automatically open
3207             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3208           <li>
3209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3210             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3211             1.7_055 is available
3212           </li>
3213         </ul> <em>Application Known issues</em>
3214         <ul>
3215           <li>
3216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3217             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3218             alignment to right
3219           </li>
3220           <li>
3221             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3222             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3223             with large number of ID
3224           </li>
3225           <li>
3226             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3227             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3228             start/end
3229           </li>
3230           <li>
3231             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3232             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3233             structure tracks are rearranged
3234           </li>
3235           <li>
3236             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3237             invalid rna structure positional highlighting does not
3238             highlight position of invalid base pairs
3239           </li>
3240           <li>
3241             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3242             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3243             project from alignment window file menu
3244           </li>
3245           <li>
3246             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3247             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3248             structures
3249           </li>
3250           <li>
3251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3252             colour by RNA Helices not enabled when user created
3253             annotation added to alignment
3254           </li>
3255           <li>
3256             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3257             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3258           </li>
3259         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3260         <ul>
3261           <li>
3262             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3263             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3264           </li>
3265           <li>
3266             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3267             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3268           </li>
3269
3270           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3271             when selected</li>
3272         </ul>
3273       </td>
3274     </tr>
3275     <tr>
3276       <td><div align="center">
3277           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3278         </div></td>
3279       <td>
3280         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3281         <em>General</em>
3282         <ul>
3283           <li>Internationalisation of user interface (usually
3284             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3285           <li>Define/Undefine group on current selection with
3286             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3287           <li>Improved group creation/removal options in
3288             alignment/sequence Popup menu</li>
3289           <li>Sensible precision for symbol distribution
3290             percentages shown in logo tooltip.</li>
3291           <li>Annotation panel height set according to amount of
3292             annotation when alignment first opened</li>
3293         </ul> <em>Application</em>
3294         <ul>
3295           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3296             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3297           <li>Select columns containing particular features from
3298             Feature Settings dialog</li>
3299           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3300             sequences</li>
3301           <li>Update Jalview project format:
3302             <ul>
3303               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3304               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3305                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3306               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3307                 colouring</li>
3308             </ul>
3309           </li>
3310           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3311             (PAM250)</li>
3312           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3313             flanking regions for an alignment</li>
3314         </ul>
3315       </td>
3316       <td>
3317         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3318         <ul>
3319           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3320             running after job is cancelled</li>
3321           <li>cannot export features from alignments imported from
3322             Jalview/VAMSAS projects</li>
3323           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3324             float values</li>
3325           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3326             have 'display all symbols' flag set</li>
3327           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3328             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3329           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3330             Jalview</li>
3331           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3332             Lion/Webstart</li>
3333           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3334           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3335           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3336             alignment onto desktop</li>
3337           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3338             'extract scores' function</li>
3339           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3340             alignment window</li>
3341           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3342             performing IUPred disorder prediction</li>
3343           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3344             changing 'normalise logo' display setting</li>
3345           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3346             nothing matches query</li>
3347           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3348             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3349           </li>
3350           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3351             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3352           </li>
3353           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3354             Jalview's menu</li>
3355           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3356             'invalid literal/length code'</li>
3357           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3358             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3359           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3360             colourscheme</li>
3361
3362         </ul> <em>Applet</em>
3363         <ul>
3364           <li>Remove group option is shown even when selection is
3365             not a group</li>
3366           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3367             don't affect groups</li>
3368           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3369             colourscheme name</li>
3370           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3371             Annotation panel is not displayed</li>
3372           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3373             embedded windows</li>
3374         </ul> <em>Other</em>
3375         <ul>
3376           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3377             single sequence were not calculated</li>
3378           <li>annotation files that contain only groups imported as
3379             annotation and junk sequences</li>
3380           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3381             recognised as PFAM or BLC</li>
3382           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3383             doesn't affect background (2.8.0b1)
3384           <li></li>
3385           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3386           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3387             trailing gaps</li>
3388           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3389             registered correctly on import</li>
3390           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3391             certain alignments</li>
3392           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3393             existing annotation based 'use original colours'
3394             colourscheme loses original colours setting</li>
3395         </ul>
3396       </td>
3397     </tr>
3398     <tr>
3399       <td><div align="center">
3400           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3401             <em>30/1/2014</em></strong>
3402         </div></td>
3403       <td>
3404         <ul>
3405           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3406             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3407             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3408             open source project).
3409           </li>
3410           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3411           <li>Output in Stockholm format</li>
3412           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3413           <li>Export/import group and sequence associated line
3414             graph thresholds</li>
3415           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3416             ambiguity codes</li>
3417           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3418             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3419             works</li>
3420           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3421         </ul> <em>Other improvements</em>
3422         <ul>
3423           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3424           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3425             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3426           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3427             files</li>
3428           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3429           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3430             link but no description</li>
3431           <li>Select primary source when selecting authority in
3432             database fetcher GUI</li>
3433           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3434             Jalview</li>
3435           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3436         </ul>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3441             displayed</li>
3442           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3443             secondary structure annotation line</li>
3444           <li>Sequence database accessions not imported when
3445             fetching alignments from Rfam</li>
3446           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3447             identical IDs</li>
3448           <li>View all structures does not always superpose
3449             structures</li>
3450           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3451             reflect user or preset settings</li>
3452           <li>Null pointer exceptions for some services without
3453             presets or adjustable parameters</li>
3454           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3455             discover PDB xRefs</li>
3456           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3457             features with DAS</li>
3458           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3459             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3460           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3461             residue follows a gap</li>
3462           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3463             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3464           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3465             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3466           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3467             annotation already exists on alignment</li>
3468           <li>oninit javascript function should be called after
3469             initialisation completes</li>
3470           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3471             alignment window display</li>
3472           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3473           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3474             to annotation file</li>
3475           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3476             groups created</li>
3477           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3478             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3479           <li>Pressing return several times causes Number Format
3480             exceptions in keyboard mode</li>
3481           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3482             correct partitions for input data</li>
3483           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3484           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3485           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3486           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3487             mode</li>
3488           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3489             changes one row&#39;s threshold</li>
3490           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3491             doesn&#39;t open</li>
3492           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3493             quality histograms</li>
3494         </ul>
3495       </td>
3496     </tr>
3497     <tr>
3498       <td><div align="center">
3499           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3500         </div></td>
3501       <td><em>Application</em>
3502         <ul>
3503           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3504             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3505           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3506             preferences</li>
3507           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3508             in Jalview alignment window</li>
3509           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3510             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3511           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3512             RNA and ambiguity codes</li>
3513
3514           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3515           <li>Support fetching and database reference look up
3516             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3517             refs')</li>
3518           <li>Jalview project improvements
3519             <ul>
3520               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3521                 flag for annotation</li>
3522               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3523                 alignment</li>
3524               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3525                 Jalview project</li>
3526
3527             </ul>
3528           </li>
3529           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3530           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3531             running</li>
3532           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3533           <li>visual indication that web service results are still
3534             being retrieved from server</li>
3535           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3536             starts up for first time</li>
3537           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3538             services</li>
3539           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3540             client library</li>
3541           <li>Examples directory and Groovy library included in
3542             InstallAnywhere distribution</li>
3543         </ul> <em>Applet</em>
3544         <ul>
3545           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3546             visualization applet example</li>
3547         </ul> <em>General</em>
3548         <ul>
3549           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3550           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3551             defaults</li>
3552           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3553             calculation</li>
3554           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3555             matrices
3556           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3557             in HTML</li>
3558           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3559             structure contacts</li>
3560           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3561           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3562           <li>Parse sequence associated secondary structure
3563             information in Stockholm files</li>
3564           <li>HTML Export database accessions and annotation
3565             information presented in tooltip for sequences</li>
3566           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3567             style RNA alignment files</li>
3568           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3569             alignment</li>
3570           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3571             shade each sequence according to its associated alignment
3572             annotation</li>
3573           <li>New Jalview Logo</li>
3574         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3575         <ul>
3576           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3577           <li>New Website!</li>
3578         </ul></td>
3579       <td><em>Application</em>
3580         <ul>
3581           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3582             wsdbfetch REST service</li>
3583           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3584           <li>Filetype associations not installed for webstart
3585             launch</li>
3586           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3587             job execution in full once it is complete</li>
3588           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3589             uploaded via ali_file parameter</li>
3590           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3591           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3592           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3593             submitted for prediction</li>
3594           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3595             desktop window</li>
3596           <li>Putting fractional value into integer text box in
3597             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3598           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3599             windows 7</li>
3600           <li>View all structures fails with exception shown in
3601             structure view</li>
3602           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3603             escaped in a platform independent way</li>
3604           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3605             using proxy</li>
3606           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3607             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3608           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3609             failure when java web start temporary file caching is
3610             disabled</li>
3611           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3612             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3613           <li>Errors during processing of command line arguments
3614             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3615           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3616             DAS sources in sequence fetcher</li>
3617           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3618             dialog is shown</li>
3619           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3620           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3621           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3622           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3623             on OSX Mountain Lion</li>
3624           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3625             sequences with alignment annotation are pasted into the
3626             alignment</li>
3627           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3628             when loaded from Jalview project</li>
3629           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3630           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3631             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3632           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3633             associated with all views</li>
3634           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3635             annotation rows to new window</li>
3636         </ul> <em>Applet</em>
3637         <ul>
3638           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3639             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3640           <li>loading features via javascript API automatically
3641             enables feature display</li>
3642           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3643             work</li>
3644         </ul> <em>General</em>
3645         <ul>
3646           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3647           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3648             and then deselected</li>
3649           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3650           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3651             coloured with clustalx</li>
3652           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3653             exceptions and redraw errors</li>
3654           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3655             reconfigured view</li>
3656           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3657             colour</li>
3658           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3659             for lots of labels</li>
3660         </ul>
3661     </tr>
3662     <tr>
3663       <td>
3664         <div align="center">
3665           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3666         </div>
3667       </td>
3668       <td><em>Application</em>
3669         <ul>
3670           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3671           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3672           <li>View/alignment association menu to enable user to
3673             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3674             its colours/correspondences from</li>
3675           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3676           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3677             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3678           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3679           <li>Annotation row column label formatting attributes
3680             stored in project file</li>
3681           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3682             rows preserved in Jalview project file</li>
3683           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3684             saved using Desktop window menu</li>
3685           <li>Visual indication that command line arguments are
3686             still being processed</li>
3687           <li>Groovy script execution from URL</li>
3688           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3689             preferences</li>
3690           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3691             alignment with sequences that have high similarity and
3692             matching IDs</li>
3693           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3694           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3695             structures in same window</li>
3696           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3697           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3698             analysis function in its own submenu</li>
3699         </ul> <em>Applet</em>
3700         <ul>
3701           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3702             groups</li>
3703           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3704           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3705           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3706           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3707           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3708             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3709           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3710           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3711             parameters are treated as such</li>
3712           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3713             <ul>
3714               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3715               <li>Javascript callbacks for
3716                 <ul>
3717                   <li>Applet initialisation</li>
3718                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3719                 </ul>
3720               </li>
3721               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3722                 functions</li>
3723               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3724               <li>javascript structure viewer harness to pass
3725                 messages between Jmol and Jalview when running as
3726                 distinct applets</li>
3727               <li>sortBy method</li>
3728               <li>Set of applet and application examples shipped
3729                 with documentation</li>
3730               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3731                 javascript message exchange</li>
3732             </ul>
3733         </ul> <em>General</em>
3734         <ul>
3735           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3736             multiple alignments</li>
3737           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3738           <li>User configurable link to enable redirects to a
3739             www.Jalview.org mirror</li>
3740           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3741           <li>Configurable newline string when writing alignment
3742             and other flat files</li>
3743           <li>Allow alignment annotation description lines to
3744             contain html tags</li>
3745         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3746         <ul>
3747           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3748             examples</li>
3749           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3750             using a web service before displaying the result in the
3751             Jalview desktop</li>
3752           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3753           <li>Ant target to publish example html files with applet
3754             archive</li>
3755           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3756           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3757         </ul></td>
3758       <td><em>Application</em>
3759         <ul>
3760           <li>User defined colourscheme throws exception when
3761             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3762           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3763             dialog for valid filename/format</li>
3764           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3765           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3766             P37173</li>
3767           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3768             which sequence is to be associated with the file</li>
3769           <li>Find All raises null pointer exception when query
3770             only matches sequence IDs</li>
3771           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3772           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3773             2.4 cannot be loaded</li>
3774           <li>Filetype associations not installed for webstart
3775             launch</li>
3776           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3777             with sequences in different alignments do not get coloured
3778             by their associated sequence</li>
3779           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3780             not preserved when project is loaded</li>
3781           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3782             stored in Jalview project</li>
3783           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3784             Jalview project</li>
3785           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3786           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3787             by conservation</li>
3788           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3789             created on new view</li>
3790           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3791             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3792           <li>Alignment quality not updated after alignment
3793             annotation row is hidden then shown</li>
3794           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3795             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3796           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3797             properly</li>
3798           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3799             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3800           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3801           <li>Structures imported from file and saved in project
3802             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3803           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3804             job execution in full once it is complete</li>
3805         </ul> <em>Applet</em>
3806         <ul>
3807           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3808             annotation rows are displayed</li>
3809           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3810             codebase</li>
3811           <li>View follows highlighting does not work for positions
3812             in sequences</li>
3813           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3814           <li>Export features raises exception when no features
3815             exist</li>
3816           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3817             for javascript api is modified when separator string
3818             provided as parameter</li>
3819           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3820             alignment with no existing selection</li>
3821           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3822             to applet&#39;s codebase</li>
3823           <li>Status bar not updated after finished searching and
3824             search wraps around to first result</li>
3825           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3826             several Jalview applets causes race conditions and memory
3827             leaks</li>
3828           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3829             not sent from Jmol in applet</li>
3830           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3831             applet API fatally hang browser</li>
3832         </ul> <em>General</em>
3833         <ul>
3834           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3835             position with wrapped view and hidden regions</li>
3836           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3837             with/without hidden columns</li>
3838           <li>Sequence length given in alignment properties window
3839             is off by 1</li>
3840           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3841             import PDB like structure files</li>
3842           <li>Positional search results are only highlighted
3843             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3844           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3845           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3846             given sequence position</li>
3847           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3848             output</li>
3849           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3850             from nucleotide chains correctly</li>
3851           <li>Structure colours not updated when tree partition
3852             changed in alignment</li>
3853           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3854             parsed in interleaved stockholm</li>
3855           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3856             state</li>
3857           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3858             properly</li>
3859           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3860             properly associated with their pdb files</li>
3861         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3862         <ul>
3863           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3864             ApplyCopyright tool</li>
3865         </ul></td>
3866     </tr>
3867     <tr>
3868       <td>
3869         <div align="center">
3870           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3871         </div>
3872       </td>
3873       <td><em>Application</em>
3874         <ul>
3875           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3876             contact web services</li>
3877           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3878             service job window</li>
3879           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3880         </ul></td>
3881       <td>
3882         <ul>
3883           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3884             pir file emitted by Jalview</li>
3885           <li>Existing feature settings transferred to new
3886             alignment view created from cut'n'paste</li>
3887           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3888             parsing PDB files</li>
3889           <li>Consensus and conservation annotation rows
3890             occasionally become blank for all new windows</li>
3891           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3892             in wrapped view mode</li>
3893         </ul> <em>Application</em>
3894         <ul>
3895           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3896             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3897           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3898             parameter names</li>
3899           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3900             is down</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903     </tr>
3904     <tr>
3905       <td>
3906         <div align="center">
3907           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3908         </div>
3909       </td>
3910       <td><em>Application</em>
3911         <ul>
3912           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3913             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3914             (JABAWS)
3915           </li>
3916           <li>Web Services preference tab</li>
3917           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3918             preferences</li>
3919           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3920           <li>Superpose structures using associated sequence
3921             alignment</li>
3922           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3923             viewer</li>
3924         </ul> <em>Applet</em>
3925         <ul>
3926           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3927             link out mechanism</li>
3928         </ul> <em>Other</em>
3929         <ul>
3930           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3931             series 12</li>
3932           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3933             require Java 1.5</li>
3934           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3935             sequence annotation files</li>
3936           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3937             type colour specification</li>
3938           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3939             script to check if it being run in an interactive session or
3940             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3941         </ul></td>
3942       <td>
3943         <ul>
3944           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3945             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3946         </ul> <em>Application</em>
3947         <ul>
3948           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3949             selected Regions menu item</li>
3950           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3951             part of a valid accession ID</li>
3952           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3953             runs out of memory</li>
3954           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3955             analysis results</li>
3956           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3957             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3958           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3959         </ul> <em>Applet</em>
3960         <ul>
3961           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3962             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3963             defined.</li>
3964         </ul>
3965       </td>
3966     </tr>
3967     <tr>
3968       <td>
3969         <div align="center">
3970           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3971         </div>
3972       </td>
3973       <td></td>
3974       <td>
3975         <ul>
3976           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3977             sequence IDs</li>
3978           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3979             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3980           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3981             import correctly</li>
3982           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3983             number of columns are hidden</li>
3984           <li>annotation label popup menu not providing correct
3985             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3986             present</li>
3987           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3988             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3989           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3990             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3991
3992         </ul> <em>Applet</em>
3993         <ul>
3994           <li>annotation panel disappears when annotation is
3995             hidden/removed</li>
3996         </ul> <em>Application</em>
3997         <ul>
3998           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3999             alignment opened where annotation panel is visible but no
4000             annotations are present on alignment</li>
4001           <li>pasted region containing hidden columns is
4002             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4003           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4004             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4005           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4006             selected Rregions menu item.</li>
4007           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4008             'Un' or 'Non'conserved</li>
4009           <li>Sequence feature settings are being shared by
4010             multiple distinct alignments</li>
4011           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4012             changed</li>
4013           <li>double click on group annotation to select sequences
4014             does not propagate to associated trees</li>
4015           <li>Mac OSX specific issues:
4016             <ul>
4017               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4018                 window background</li>
4019               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4020                 name set correctly</li>
4021               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4022                 save feature colourscheme button</li>
4023             </ul>
4024           </li>
4025         </ul>
4026       </td>
4027     </tr>
4028     <tr>
4029
4030       <td>
4031         <div align="center">
4032           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4033         </div>
4034       </td>
4035       <td><em>New Capabilities</em>
4036         <ul>
4037           <li>URL links generated from description line for
4038             regular-expression based URL links (applet and application)
4039
4040           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4041             menu</li>
4042           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4043             structures</li>
4044           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4045             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4046           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4047             average score or total feature count for each sequence.</li>
4048           <li>Shading features by score or associated description</li>
4049           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4050             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4051           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4052             hide everything but the currently selected region.</li>
4053           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4054         </ul> <em>Application</em>
4055         <ul>
4056           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4057             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4058           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4059             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4060           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4061             database references and protein_name is parsed as
4062             description line (BioSapiens terms).</li>
4063           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4064             references in sequence ID tooltip from View menu in
4065             application.</li>
4066           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4067       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4068           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4069             conservation plots</li>
4070           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4071             and visualized as sequence logos</li>
4072           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4073             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4074           </li>
4075           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4076             when a new tree is opened.</li>
4077           <li>Jalview Java Console</li>
4078           <li>Better placement of desktop window when moving
4079             between different screens.</li>
4080           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4081             consensus annotation</li>
4082           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4083             Workflows</li>
4084           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4085             <ul>
4086               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4087                 used to preserve views, structures, and tree display
4088                 settings)</li>
4089               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4090                 command line</li>
4091               <li>Sharing of selected regions between views and
4092                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4093               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4094             </ul></li>
4095         </ul> <em>Applet</em>
4096         <ul>
4097           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4098           <li>New Parameters
4099             <ul>
4100               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4101                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4102                 opened.</li>
4103               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4104                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4105               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4106                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4107               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4108                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4109                 view</li>
4110               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4111                 increase the height or width of a cell in the alignment
4112                 grid relative to the current font size.</li>
4113             </ul>
4114           </li>
4115           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4116             tooltip</li>
4117         </ul> <em>Other</em>
4118         <ul>
4119           <li>Features format: graduated colour definitions and
4120             specification of feature scores</li>
4121           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4122             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4123             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4124           <li>XML formats extended to support graduated feature
4125             colourschemes, group associated annotation, and profile
4126             visualization settings.</li></td>
4127       <td>
4128         <ul>
4129           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4130             rather than description</li>
4131           <li>Non-positional features are now included in sequence
4132             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4133             visibility in tooltip).</li>
4134           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4135           <li>Added URL embedding instructions to features file
4136             documentation.</li>
4137           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4138             'X' in peptide product</li>
4139           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4140             sequence ID and sequence string and query strings do not
4141             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4142           <li>AMSA files only contain first column of
4143             multi-character column annotation labels</li>
4144           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4145             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4146             exported and re-imported)</li>
4147           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4148             name</li>
4149           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4150             as subsequence matches, and correctly reports total number
4151             of both.</li>
4152           <li>Application:
4153             <ul>
4154               <li>Better handling of exceptions during sequence
4155                 retrieval</li>
4156               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4157                 link text excludes the start_end suffix</li>
4158               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4159                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4160               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4161               <li>Sequence description lines properly shared via
4162                 VAMSAS</li>
4163               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4164                 data sources</li>
4165               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4166                 completes before alignment figures are generated.</li>
4167               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4168                 first time.</li>
4169               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4170                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4171               <li>User defined group colours properly recovered
4172                 from Jalview projects.</li>
4173             </ul>
4174           </li>
4175         </ul>
4176       </td>
4177
4178     </tr>
4179     <tr>
4180       <td>
4181         <div align="center">
4182           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4183         </div>
4184       </td>
4185       <td>
4186         <ul>
4187           <li>Experimental support for google analytics usage
4188             tracking.</li>
4189           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4190         </ul>
4191       </td>
4192       <td>
4193         <ul>
4194           <li>Race condition in applet preventing startup in
4195             jre1.6.0u12+.</li>
4196           <li>Exception when feature created from selection beyond
4197             length of sequence.</li>
4198           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4199           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4200             all sequences with a given id</li>
4201           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4202             ID string searches</li>
4203           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4204             alignment to fail with exception</li>
4205         </ul> <em>Application Issues</em>
4206         <ul>
4207           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4208           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4209             data sources</li>
4210         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4211         <ul>
4212           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4213             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4214           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4215             version (java class versioning error fixed)</li>
4216         </ul>
4217       </td>
4218     </tr>
4219     <tr>
4220       <td>
4221
4222         <div align="center">
4223           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4224         </div>
4225       </td>
4226       <td><em>User Interface</em>
4227         <ul>
4228           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4229             translation and protein products</li>
4230           <li>Linked highlighting of structure associated with
4231             residue mapping to codon position</li>
4232           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4233             and 'clear' button</li>
4234           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4235             Tools menu</li>
4236           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4237             numeric data in description line</li>
4238           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4239           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4240             of sequence</li>
4241         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4242         <ul>
4243           <li>JPred3 web service</li>
4244           <li>Prototype sequence search client (no public services
4245             available yet)</li>
4246           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4247             PFAM</li>
4248           <li>URL Links created for matching database cross
4249             references as well as sequence ID</li>
4250           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4251         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4252         <ul>
4253           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4254             databases</li>
4255           <li>Generalised database reference retrieval and
4256             validation to all fetchable databases</li>
4257           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4258             sequence command</li>
4259         </ul> <em>Import and Export</em>
4260         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4261         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4262           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4263         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4264           File</li>
4265         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4266           triplet as name of colourscheme</li>
4267         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4268         <ul>
4269           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4270           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4271             alignments (experimental)</li>
4272           <li>Create new or select existing session to join</li>
4273           <li>load and save of vamsas documents</li>
4274         </ul> <em>Application command line</em>
4275         <ul>
4276           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4277             from applet)</li>
4278           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4279             of DAS servers to query for alignment features</li>
4280           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4281             that are also automatically queried for features</li>
4282           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4283             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4284         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4285         <ul>
4286           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4287             application (when using &quot;View in full
4288             application&quot;)</li>
4289         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4290         <ul>
4291           <li>feature group display control parameter</li>
4292           <li>debug parameter</li>
4293           <li>showbutton parameter</li>
4294         </ul> <em>Applet API methods</em>
4295         <ul>
4296           <li>newView public method</li>
4297           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4298           <li>Feature display control methods</li>
4299           <li>get list of currently selected sequences</li>
4300         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4301         <ul>
4302           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4303           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4304             Jalview release.</li>
4305           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4306             property controls execution of obfuscator</li>
4307           <li>Build target for generating source distribution</li>
4308           <li>Debug flag for javacc</li>
4309           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4310             jalview.bin.Cache</li>
4311           <li>Continuous Build Integration for stable and
4312             development version of Application, Applet and source
4313             distribution</li>
4314         </ul></td>
4315       <td>
4316         <ul>
4317           <li>selected region output includes visible annotations
4318             (for certain formats)</li>
4319           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4320             for editing</li>
4321           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4322           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4323           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4324           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4325             comments</li>
4326           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4327             filenames containing a ':'</li>
4328           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4329             global sequence features</li>
4330           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4331             references from alignment sequences goes to zero</li>
4332           <li>Close of tree branch colour box without colour
4333             selection causes cascading exceptions</li>
4334           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4335           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4336             file parsing fails.</li>
4337           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4338           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4339             not a valid output format</li>
4340           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4341             vamsas</li>
4342           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4343           <li>error messages passed up and output when data read
4344             fails</li>
4345           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4346             sequence is edited</li>
4347           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4348             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4349           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4350             filetype</li>
4351           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4352             import fixed for PFAM records</li>
4353           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4354             window list</li>
4355           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4356             can be read and written correctly to annotation file</li>
4357           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4358             correctly</li>
4359           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4360             non-italic font for representatives in Applet</li>
4361           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4362             Macs.</li>
4363           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4364             Applet)</li>
4365           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4366             due to null pointer exceptions</li>
4367           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4368             first column of alignment</li>
4369           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4370             July 2008</li>
4371           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4372             file is case-insensitive</li>
4373           <li>Sequence features read from Features file appended to
4374             all sequences with matching IDs</li>
4375           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4376             containing a sub-sequence</li>
4377           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4378           <li>feature and annotation file applet parameters
4379             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4380           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4381           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4382             splash-screen version check to complete</li>
4383           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4384             when passing them to the launchApp service</li>
4385           <li>display name and local features preserved in results
4386             retrieved from web service</li>
4387           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4388             sequence fetcher initialisation</li>
4389           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4390             dasobert DAS client</li>
4391           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4392             association</li>
4393           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4394             sequences
4395           </li>
4396         </ul>
4397       </td>
4398     </tr>
4399     <tr>
4400       <td>
4401         <div align="center">
4402           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4403         </div>
4404       </td>
4405       <td>
4406         <ul>
4407           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4408           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4409           <li>Slide sequences</li>
4410           <li>Edit sequence in place</li>
4411           <li>EMBL CDS features</li>
4412           <li>DAS Feature mapping</li>
4413           <li>Feature ordering</li>
4414           <li>Alignment Properties</li>
4415           <li>Annotation Scores</li>
4416           <li>Sort by scores</li>
4417           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4418         </ul>
4419       </td>
4420       <td>
4421         <ul>
4422           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4423           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4424           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4425           <li>Feature group display state in XML</li>
4426           <li>Feature ordering in XML</li>
4427           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4428           <li>Stockholm alignment properties</li>
4429           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4430           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4431           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4432           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4433         </ul>
4434       </td>
4435
4436     </tr>
4437     <tr>
4438       <td>
4439         <div align="center">
4440           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4441         </div>
4442       </td>
4443       <td>
4444         <ul>
4445           <li>Non standard characters can be read and displayed
4446           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4447             applet via textbox
4448           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4449             name &amp; description
4450           <li>Preference setting to display sequence name in
4451             italics
4452           <li>Annotation file format extended to allow
4453             Sequence_groups to be defined
4454           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4455             specified in preferences
4456           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4457             sequences
4458         </ul>
4459       </td>
4460       <td>
4461         <ul>
4462           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4463             installed
4464           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4465           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4466         </ul>
4467       </td>
4468     </tr>
4469     <tr>
4470       <td>
4471         <div align="center">
4472           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4473         </div>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Multiple views on alignment
4478           <li>Sequence feature editing
4479           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4480           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4481           <li>Background dependent text colour
4482           <li>Right align sequence ids
4483           <li>User-defined lower case residue colours
4484           <li>Format Menu
4485           <li>Select Menu
4486           <li>Menu item accelerator keys
4487           <li>Control-V pastes to current alignment
4488           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4489           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4490           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4491
4492           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4493         </ul>
4494       </td>
4495       <td>
4496         <ul>
4497           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4498           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4499             calculations
4500           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4501             edits
4502           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4503             of alignment)
4504           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4505
4506           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4507             display correctly
4508           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4509           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4510             analysis results
4511           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4512             &#8739;
4513           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4514           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4515           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4516
4517         </ul>
4518       </td>
4519     </tr>
4520     <tr>
4521       <td>
4522         <div align="center">
4523           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4524         </div>
4525       </td>
4526       <td>
4527         <ul>
4528           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4529         </ul>
4530       </td>
4531       <td>
4532         <ul>
4533           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4534             sequence id panel has been resized</li>
4535           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4536             rendered</li>
4537           <li>Annotation files with sequence references - all
4538             elements in file are relative to sequence position</li>
4539           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4540         </ul>
4541       </td>
4542     </tr>
4543     <tr>
4544       <td>
4545         <div align="center">
4546           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4547         </div>
4548       </td>
4549       <td>
4550         <ul>
4551           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4552           <li>DAS Feature fetching</li>
4553           <li>Hide sequences and columns</li>
4554           <li>Export Annotations and Features</li>
4555           <li>GFF file reading / writing</li>
4556           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4557             files</li>
4558           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4559           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4560           <li>Applet can launch the full application</li>
4561           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4562             required)</li>
4563           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4564           <li>Applet can load sequences from parameter
4565             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4566           </li>
4567         </ul>
4568       </td>
4569       <td>
4570         <ul>
4571           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4572           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4573           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4574         </ul>
4575       </td>
4576     </tr>
4577     <tr>
4578       <td>
4579         <div align="center">
4580           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4581         </div>
4582       </td>
4583       <td>
4584         <ul>
4585           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4586           <li>Choose to match case when searching</li>
4587           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4588             expand the visible width and height of the alignment</li>
4589         </ul>
4590       </td>
4591       <td>
4592         <ul>
4593           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4594         </ul>
4595       </td>
4596     </tr>
4597     <tr>
4598       <td>
4599         <div align="center">
4600           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4601         </div>
4602       </td>
4603       <td>&nbsp;</td>
4604       <td>
4605         <ul>
4606           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4607           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4608             value</li>
4609         </ul>
4610       </td>
4611     </tr>
4612     <tr>
4613       <td>
4614         <div align="center">
4615           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4616         </div>
4617       </td>
4618       <td>
4619         <ul>
4620           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4621           <li>Keyboard editing</li>
4622           <li>Create sequence features from searches</li>
4623           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4624             alignments</li>
4625           <li>Features file allows grouping of features</li>
4626           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4627           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4628           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4629         </ul>
4630       </td>
4631       <td>
4632         <ul>
4633           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4634           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4635             descriptions saved.</li>
4636         </ul>
4637       </td>
4638     </tr>
4639     <tr>
4640       <td>
4641         <div align="center">
4642           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4643         </div>
4644       </td>
4645       <td>
4646         <ul>
4647           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4648           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4649           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4650             name for file output</li>
4651           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4652           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4653             used for HTML form input</li>
4654         </ul>
4655       </td>
4656       <td>
4657         <ul>
4658           <li>HTML output writes groups and features</li>
4659           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4660           <li>File IO bugs</li>
4661         </ul>
4662       </td>
4663     </tr>
4664     <tr>
4665       <td>
4666         <div align="center">
4667           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4668         </div>
4669       </td>
4670       <td>
4671         <ul>
4672           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4673           <li>More options for PCA viewer</li>
4674         </ul>
4675       </td>
4676       <td>
4677         <ul>
4678           <li>GUI bugs resolved</li>
4679           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4680         </ul>
4681       </td>
4682     </tr>
4683     <tr>
4684       <td height="63">
4685         <div align="center">
4686           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4687         </div>
4688       </td>
4689       <td>
4690         <ul>
4691           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4692           <li>Jar files are executable</li>
4693           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4694         </ul>
4695       </td>
4696       <td>
4697         <ul>
4698           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4699           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4700           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4701         </ul>
4702       </td>
4703     </tr>
4704     <tr>
4705       <td>
4706         <div align="center">
4707           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4708         </div>
4709       </td>
4710       <td>
4711         <ul>
4712           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4713         </ul>
4714       </td>
4715       <td>
4716         <ul>
4717           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4718         </ul>
4719       </td>
4720     </tr>
4721     <tr>
4722       <td>
4723         <div align="center">
4724           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4725         </div>
4726       </td>
4727       <td>
4728         <ul>
4729           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4730             size</li>
4731         </ul>
4732       </td>
4733       <td>
4734         <ul>
4735           <li>Improved JPred client reliability</li>
4736           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4737         </ul>
4738       </td>
4739     </tr>
4740     <tr>
4741       <td>
4742         <div align="center">
4743           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4744         </div>
4745       </td>
4746       <td>
4747         <ul>
4748           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4749           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4750           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4751             to Colour Menu</li>
4752           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4753           <li>Unix users can set default web browser</li>
4754           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4755           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4756         </ul>
4757       </td>
4758       <td>
4759         <ul>
4760           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4761         </ul>
4762       </td>
4763     </tr>
4764     <tr>
4765       <td>
4766         <div align="center">
4767           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4768         </div>
4769       </td>
4770       <td>&nbsp;</td>
4771       <td>
4772         <ul>
4773           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4774             alignment order.</li>
4775         </ul>
4776       </td>
4777     </tr>
4778     <tr>
4779       <td>
4780         <div align="center">
4781           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4782         </div>
4783       </td>
4784       <td>
4785         <ul>
4786           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4787           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4788           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4789             annotations.</li>
4790           <li>Version and build date written to build properties
4791             file.</li>
4792           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4793             at launch of Jalview.</li>
4794         </ul>
4795       </td>
4796       <td>
4797         <ul>
4798           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4799           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4800           <li>Can remove groups one by one.</li>
4801           <li>Filechooser icons installed.</li>
4802           <li>Finder ignores return character when searching.
4803             Return key will initiate a search.<br>
4804           </li>
4805         </ul>
4806       </td>
4807     </tr>
4808     <tr>
4809       <td>
4810         <div align="center">
4811           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4812         </div>
4813       </td>
4814       <td>
4815         <ul>
4816           <li>New codebase</li>
4817         </ul>
4818       </td>
4819       <td>&nbsp;</td>
4820     </tr>
4821   </table>
4822   <p>&nbsp;</p>
4823 </body>
4824 </html>