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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>02/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 111                                                                 recognise variant features
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 115                                                                 sequences
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 119                                                                 details
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 123                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 124                                                         </li>
 125                                                         <li>
 126                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 127                                                                 dialog
 128                                                         </li>
 129                                                 </ul>
 130                                         </li>
 131                                         <li>
 132                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 133                                                 tree and PCA calculations
 134                                         </li>
 135                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 136             <ul>
 137                                                         <li>
 138                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 139                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 140                                                         </li>
 141                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 142                                                                 drop-down menus</li>
 143                                                         <li>
 144                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 145                                                                 incrementally
 146                                                         </li>
 147                                                         <li>
 148                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 149                                                         </li>
 150                                                 </ul>
 151                                         </li>
 152                                         <li>
 153                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 154                                         </li>
 155                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 156                                         <ul>
 157                                                         <li>
 158                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 159                                                                 multiple groups when working with large alignments
 160                                                         </li>
 161                                                         <li>
 162                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 163                                                                 Stockholm files
 164                                                         </li>
 165                                                 </ul>
 166                                         <li><strong>User Interface</strong>
 167                                         <ul>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 170                                                                 view
 171                                                         </li>
 172                                                         <li>
 173                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 174                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 175                                                                 default (can be changed in user preferences)
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 179                                                                 to the Overwrite Dialog
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 183                                                                 sequences are hidden
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 187                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 191                                                                 labels
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 195                                                                 when in wrapped mode
 196                                                         </li>
 197                                                         <li>
 198                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 199                                                                 annotation
 200                                                         </li>
 201                                                         <li>
 202                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 206                                                                 panel
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 210                                                                 popup menu
 211                                                         </li>
 212                                                         <li>
 213                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 214                                                         <li>
 215                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 216
 217
 218                                                 </ul></li>
 219                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 220                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 221                                                 <ul>
 222                                                         <li>
 223                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 224                                                                 trapping CMD-Q
 225                                                         </li>
 226                                                 </ul></li>
 227                                 </ul>
 228         <em>Deprecations</em>
 229         <ul>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 232             capabilities removed from the Jalview Desktop
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 236             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 237             and XML based data retrieval clients</li>
 238           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 239           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 240         </ul> <em>Documentation</em>
 241                                 <ul>
 242                                         <li>
 243                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 244                                                 not supported in EPS figure export
 245                                         </li>
 246                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 247                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 248         <ul>
 249                 <li>
 250                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 251                                         </li>
 252                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 255                                                 gradle-eclipse
 256                                         </li>
 257           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 258           Atlassian Bamboo continuous integration for
 259             unattended Test Suite execution</li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 262             operations</li>
 263           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 264           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 265         </ul>
 266       </td>
 267                         <td align="left" valign="top">
 268                                 <ul>
 269                                         <li>
 270                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 271                                         </li>
 272                                         <li>
 273                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 274                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 275                                         </li>
 276                                         <li>
 277                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 278                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 279                                         </li>
 280                                         <li>
 281                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 282                                                 monospaced font
 283                                         </li>
 284                                         <li>
 285                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 286                                                 project involving multiple views
 287                                         </li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 290                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 291                                                 Annotation dialog hides columns
 292                                         </li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 295                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 296                                                 one view, then making another selection in the other view
 297                                         </li>
 298                                         <li>
 299                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 300                                                 columns
 301                                         </li>
 302                                         <li>
 303                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 304                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 305                                         </li>
 306                                         <li>
 307                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 308                                                 overview updates with large alignments
 309                                         </li>
 310                                         <li>
 311                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 312                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 313                                                 mouse moved to the left of the first column
 314                                         </li>
 315                                         <li>
 316                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 317                                                 hidden column marker via scale popup menu
 318                                         </li>
 319                                         <li>
 320                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 321                                                 doesn't tell users the invalid URL
 322                                         </li>
 323                                         <li>
 324                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 325                                                 export as Jalview features file
 326                                         </li>
 327                                         <li>
 328                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 329                                                 score from view
 330                                         </li>
 331                                         <li>
 332                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 333                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 334                                                 red in original view
 335                                         </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 338             peptide sequence
 339           </li>
 340                                         <li>
 341                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 342                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 343                                         </li>
 344                                         <li>
 345                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 346                                                 when columns are hidden
 347                                         </li>
 348                                         <li>
 349                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 350                                                 Columns by Annotation description
 351                                         </li>
 352                                         <li>
 353                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 354                                                 out of Scale or Annotation Panel
 355                                         </li>
 356                                         <li>
 357                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 358                                                 scale panel
 359                                         </li>
 360                                         <li>
 361                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 362                                                 alignment down
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 366                                                 scale panel
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 370                                                 Page Up in wrapped mode
 371                                         </li>
 372                                         <li>
 373                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 377                                         </li>
 378                                         <li>
 379                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 380                                                 on opening an alignment
 381                                         </li>
 382                                         <li>
 383                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 384                                                 Colour menu
 385                                         </li>
 386                                         <li>
 387                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 388                                                 different groups in the alignment are selected
 389                                         </li>
 390                                         <li>
 391                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 392                                                 correctly in menu
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 396                                                 threshold limit
 397                                         </li>
 398                                         <li>
 399                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 400                                                 threshold gets 'unrounded'
 401                                         </li>
 402                                         <li>
 403                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 404                                                 colour
 405                                         </li>
 406                                         <li>
 407                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 411                                         </li>
 412                                         <li>
 413                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 414                                                 Tree font
 415                                         </li>
 416                                         <li>
 417                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 418                                                 project file
 419                                         </li>
 420                                         <li>
 421                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 422                                                 shown in complementary view
 423                                         </li>
 424                                         <li>
 425                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 426                                                 without normalisation
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 430                                                 of report
 431                                         </li>
 432                                         <li>
 433                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 434                                         </li>
 435                                 </ul> <em>Editing</em>
 436                                 <ul>
 437                                         <li>
 438                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 439                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 440                                                 sequence
 441                                         </li>
 442                                         <li>
 443                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 444                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 445                                                 removed (Known defect since 2.10)
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 449                                                 dialog corrupts dataset sequence
 450                                         </li>
 451                                         <li>
 452                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 453                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 454                                         </li>
 455                                 </ul>
 456                                 <em>Datamodel</em>
 457                                 <ul>
 458                                         <li>
 459                                                 <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 460                                                 sequence's End is greater than its length
 461                                         </li>
 462                                 </ul> <em>New Known Defects</em>
 463                                 <ul>
 464                                         <li>
 465                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 466                                                 regions of protein alignment.
 467                                         </li>
 468                                         <li>
 469                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 470                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 471                                         </li>
 472                                         <li>
 473                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 474                                                 'New View'
 475                                         </li>
 476                                         <li>
 477                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 478                                                 columns within hidden columns
 479                                         </li>
 480                                         <li>
 481                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 482                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 483                                                 region
 484                                         </li>
 485                                         <li>
 486                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 487                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 488                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 489                                                 create a Score filter instead.
 490                                         </li>
 491                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 492             <ul>
 493               <li>
 494               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 495
 496             </ul></li>
 497
 498                                 </ul>
 499                         </td>
 500                 </tr>
 501     <tr>
 502     <td width="60" nowrap>
 503       <div align="center">
 504         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 505       </div>
 506     </td>
 507     <td><div align="left">
 508         <em></em>
 509         <ul>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 512               InstallAnywhere increased to 1G.
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 516               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 517               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 518                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 519                 properties file.</em>
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 523               API and sequence data now imported as JSON.
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 527               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 528               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 529               property.
 530             </li>
 531           </ul>
 532           <em>Development</em>
 533           <ul>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 536               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 537                 Clover</a>
 538             </li>
 539           </ul>
 540         </div></td>
 541     <td><div align="left">
 542         <em></em>
 543         <ul>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 546               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 547               alignment.
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 551               annotation displayed.
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 555               for newly created group when 'Apply to all groups'
 556               selected
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 560               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 561               visible.
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 565               when sequences are selected in exported view.</em>
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 569               aren't rendered with correct colour.
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 573               types of knotted RNA secondary structure.
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 577               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 578               do not start at 1.
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 582               annotation when columns are inserted into an alignment,
 583               and when exporting as Stockholm flatfile.
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 587               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 588               treated as RNA secondary structure.
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 592               (not .jar) when saving a jalview project file.
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 596               transfers focus to previous window on OSX
 597             </li>
 598           </ul>
 599           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 600           <ul>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 603               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 604               box.
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 608               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 609               'look and feel' which has improved compatibility with the
 610               latest version of OSX.
 611             </li>
 612           </ul>
 613         </div>
 614     </td>
 615     </tr>
 616     <tr>
 617       <td width="60" nowrap>
 618         <div align="center">
 619           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 620             <em>7/06/2018</em></strong>
 621         </div>
 622       </td>
 623       <td><div align="left">
 624           <em></em>
 625           <ul>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 628               annotation retrieved from Uniprot
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 632               onto the Jalview Desktop
 633             </li>
 634           </ul>
 635         </div></td>
 636       <td><div align="left">
 637           <em></em>
 638           <ul>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 641               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 645               right-hand column parsed correctly
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 649               not alignment area in exported graphic
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 653               window has input focus
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 657               annotation added to view (Windows)
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 661               network connectivity is poor
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 665               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 666                 the currently open URL and links from a page viewed in
 667                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 668                 you are using Edge, only links in the page can be
 669                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 670                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 671             </li>
 672           </ul>
 673           <em>New Known Defects</em>
 674           <ul>
 675             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 676           </ul>
 677         </div></td>
 678     </tr>
 679     <tr>
 680       <td width="60" nowrap>
 681         <div align="center">
 682           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 683         </div>
 684       </td>
 685       <td><div align="left">
 686           <em></em>
 687           <ul>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 690               for disabling automatic superposition of multiple
 691               structures and open structures in existing views
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 695               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 696               adjust them.
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 700               Ensembl services
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 704               and lots of hidden columns
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 708               of features (particularly when transparency is disabled)
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 712               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 713               generally available
 714             </li>
 715           </ul>
 716           </div>
 717       </td>
 718       <td><div align="left">
 719           <ul>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 722               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 726               overlapping alignment panel
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 730               sequence as gaps
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 734               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 735               UTR
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 739               factor annotation not added to sequence when local PDB
 740               file associated with it by drag'n'drop or structure
 741               chooser
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 745               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 749               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 753               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 757               columns in annotation row
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 761               honored in batch mode
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 765               for structures added to existing Jmol view
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 769               entries after importing project with multiple views
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 773               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 774               with negative residue numbers or missing residues fails
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 778               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 779               as generated by CONSURF)
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 783               tooltip doesn't include a text description of mutation
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 787               structure and/or overview windows are also shown
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 791               very slow for alignments with large numbers of sequences
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 795               with 'StringIndexOutOfBounds'
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 799               platforms running Java 10
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 803               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 804             </li>
 805           </ul>
 806           <em>Applet</em>
 807           <ul>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 810               should copy the group consensus when popup is opened on it
 811             </li>
 812           </ul>
 813           <em>Batch Mode</em>
 814           <ul>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 817           </li>
 818           </ul>
 819           <em>New Known Defects</em>
 820           <ul>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 823               editing a large alignment and overview is displayed
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 827               repeatedly after a series of edits even when the overview
 828               is no longer reflecting updates
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 832               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 833               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 834               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 835             </li>
 836                                                 <li>
 837                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 838                                                         option gives blank output
 839                                                 </li>
 840                                         </ul>
 841         </div>
 842           </td>
 843     </tr>
 844     <tr>
 845       <td width="60" nowrap>
 846         <div align="center">
 847           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 848         </div>
 849       </td>
 850       <td><div align="left">
 851           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 852               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 853       <td><div align="left">
 854           <em>Desktop</em><ul>
 855           <ul>
 856             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 857             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 858             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 859             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 860             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 861             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 862             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 863           </ul>
 864           </div>
 865       </td>
 866     </tr>
 867     <tr>
 868       <td width="60" nowrap>
 869         <div align="center">
 870           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 871         </div>
 872       </td>
 873       <td><div align="left">
 874           <em></em>
 875           <ul>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 878               rendering of sequence features
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 882               429 rate limit request hander
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 886               their colours have changed
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 890               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 894               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 898               view from Ensembl locus cross-references
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 902               Alignment report
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 906               feature can be disabled
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 910               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 914               Uniprot
 915             </li>
 916           </ul>
 917           <em>Scripting</em>
 918           <ul>
 919             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 920             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 921               percent identity scores for current alignment.</li>
 922           </ul>
 923           <em>Testing and Deployment</em>
 924           <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 927             </li>
 928           </ul>
 929         </div></td>
 930       <td><div align="left">
 931           <em>General</em>
 932           <ul>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 935               threshold text field doesn't trigger an update to the
 936               alignment view
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 940               strings in parallel
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 944               alignment window is closed
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 948               group visibility
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 952               takes a long time in Cursor mode
 953             </li>
 954           </ul>
 955           <em>Desktop</em>
 956           <ul>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 959               cannot be viewed in Chimera
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 963               CDS/Protein view
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 967               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 968               Search Dialogs
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 978               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 982               scrolling right in unwapped alignment view
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 986               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 987               database
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 991               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 995               features of same type and group to be selected for
 996               amending
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1000               alignments when hidden columns are present
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1004               displaying several structures
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1008               moving a window
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1012               within the Jalview desktop on OSX
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1016               when in wrapped alignment mode
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1020               hand end of alignment
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1024               each selected sequence do not have correct start/end
1025               positions
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1029               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1033               restoring project until a new view is created
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1037               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1038               configured (since 2.10.2b2)
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1042               position is adjusted
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1046               in a multi-chain structure when viewing alignment
1047               involving more than one chain (since 2.10)
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1051               if new selection moves alignment window
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1055               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1059               that produces correctly annotated transcripts and products
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1063               doesn't update associated structure view
1064             </li>
1065           </ul>
1066           <em>Applet</em><br />
1067           <ul>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1070               closing alignment panel
1071             </li>
1072           </ul>
1073           <em>BioJSON</em><br />
1074           <ul>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1077               non-positional features
1078             </li>
1079           </ul>
1080           <em>New Known Issues</em>
1081           <ul>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1084               sequence features correctly (for many previous versions of
1085               Jalview)
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1089               using cursor in wrapped panel other than top
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1093               graduated colour threshold
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1097               always preserve numbering and sequence features
1098             </li>
1099           </ul>
1100           <em>Known Java 9 Issues</em>
1101           <ul>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1104               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1105               9.01, OSX 10.10)
1106             </li>
1107           </ul>
1108         </div></td>
1109     </tr>
1110     <tr>
1111       <td width="60" nowrap>
1112         <div align="center">
1113           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1114             <em>2/10/2017</em></strong>
1115         </div>
1116       </td>
1117       <td><div align="left">
1118           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1119           <ul>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1122             </li>
1123             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1124             </li>
1125           </ul>
1126         </div></td>
1127       <td><div align="left">
1128         </div></td>
1129     </tr>
1130     <tr>
1131       <td width="60" nowrap>
1132         <div align="center">
1133           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1134             <em>7/9/2017</em></strong>
1135         </div>
1136       </td>
1137       <td><div align="left">
1138           <em></em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1142               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1143               white)
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1147               Preferences
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1151               in size and progress bar shown as higher resolution
1152               overview is recalculated
1153             </li>
1154
1155           </ul>
1156         </div></td>
1157       <td><div align="left">
1158           <em></em>
1159           <ul>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1162               column region row by row
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1166               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1170               format setting is unticked
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1174               if group has show boxes format setting unticked
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1178               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1179               include sequences and columns not currently displayed
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1183               assemblies are imported via CIF file
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1187               displayed when threshold or conservation colouring is also
1188               enabled.
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1192               server version
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1196               dragging a selected region off the visible region of the
1197               alignment
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1201               colourscheme to all groups in a view
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1205               initially after font size change using the Font chooser or
1206               middle-mouse zoom
1207             </li>
1208           </ul>
1209         </div></td>
1210     </tr>
1211     <tr>
1212       <td width="60" nowrap>
1213         <div align="center">
1214           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1215         </div>
1216       </td>
1217       <td><div align="left">
1218           <em>Calculations</em>
1219           <ul>
1220
1221             <li>
1222               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1223               ungapped positions in each column of the alignment.
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1227               a calculation dialog box
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1231               and memory efficiency (~30x faster)
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1235               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1236               and other calculations
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1240               files within the Jalview codebase
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1244               Similarity may have different topology due to increased
1245               precision
1246             </li>
1247           </ul>
1248           <em>Rendering</em>
1249           <ul>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1252               model for alignments and groups
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1256               scripts
1257             </li>
1258           </ul>
1259           <em>Overview</em>
1260           <ul>
1261             <li>
1262               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1263               with alignment and overview windows
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1267               overview
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1271               omitted in Overview
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1275               adjustment of visible position
1276             </li>
1277           </ul>
1278
1279           <em>Data import/export</em>
1280           <ul>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1283               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1287               annotation input/output via stockholm flatfile
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1291               extension when importing structure files without embedded
1292               names or PDB accessions
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1296               format sequence substitution matrices
1297             </li>
1298           </ul>
1299           <em>User Interface</em>
1300           <ul>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1303               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1304               the application.
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1308               via Overview or sequence motif search operations
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1312               opened by double clicking gaps within sequence feature
1313               extent
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1317               aligned positions were available to create a 3D structure
1318               superposition.
1319             </li>
1320           </ul>
1321           <em>3D Structure</em>
1322           <ul>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1325               coloured in linked structure views
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1329               file-based command exchange
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1333               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1334               structures are already available for sequences
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1338               the Jalview project rather than downloaded again when the
1339               project is reopened.
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1343               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1344               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1345                 Feature</strong>)
1346             </li>
1347           </ul>
1348           <em>Web Services</em>
1349           <ul>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1355               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1356               Analysis services
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1360               cross-references provided by identifiers.org and the
1361               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1362             </li>
1363           </ul>
1364
1365           <em>Scripting</em>
1366           <ul>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1369               identifying file formats (instead of String constants)
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1373               efficiency when counting all displayed features (not
1374               backwards compatible with 2.10.1)
1375             </li>
1376           </ul>
1377           <em>Example files</em>
1378           <ul>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1381               included in the example feature file
1382             </li>
1383           </ul>
1384           <em>Documentation</em>
1385           <ul>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1388               with the built-in Java help viewer
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1392               sequence description' option
1393             </li>
1394           </ul>
1395           <em>Test Suite</em>
1396           <ul>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1399               Uniprot REST Free Text Search Client
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1406               during tests
1407             </li>
1408           </ul>
1409         </div></td>
1410       <td><div align="left">
1411           <em>Calculations</em>
1412           <ul>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1415               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1416               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1417             </li>
1418             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1419               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1420               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1421               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1422               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1423               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1424               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1425               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1426               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1427               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1428               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1429               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1430               // for 2.10.1 mode <br />
1431               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1432               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1433                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1434                 calculations (not recommended)</em></li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1437               scaling of branch lengths for trees computed using
1438               Sequence Feature Similarity.
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1442               generating output report when working with highly
1443               redundant alignments
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1447               right of selected region when gaps present on right-hand
1448               boundary
1449             </li>
1450           </ul>
1451           <em>User Interface</em>
1452           <ul>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1455               doesn't reselect a specific sequence's associated
1456               annotation after it was used for colouring a view
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1460               opened on a region of alignment without groups
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1464               of an alignment with overlapping groups
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1468               name and description match
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1472               hidden regions results in incorrect hidden regions
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1476               changing colour does not apply Conservation slider value
1477               to all groups
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1481               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1485               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1489               gaps before start of features
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1493               restored to UI when feature colour is edited
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1497               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1501               as graduate feature colour settings are modified via the
1502               dialog box
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1506               when a group defined on the alignment is resized
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1510               wrapped view result in positional status updates
1511             </li>
1512
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1515               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1519               alignment included gapped columns
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1523               widgets don't permanently disappear
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1527               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1528               T-Coffee column reliability scores)
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1532               sequence feature on gaps only
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1536               button from a Find inherit previously defined feature type
1537               rather than the Find query string
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1541               exporting tree calculated in Jalview
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1545               and then revealing them reorders sequences on the
1546               alignment
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1550               doesn't update to reflect available set of groups after
1551               interactively adding or modifying features
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1555               Linux
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1559               only excluded gaps in current sequence and ignored
1560               selection.
1561             </li>
1562           </ul>
1563           <em>Rendering</em>
1564           <ul>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1567               erratically when hidden rows or columns are present
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1571               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1572               sequence colouring
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1576               colour and group colour menu for protein alignments
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1580               reflect currently selected view or group's shading
1581               thresholds
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1585               when rendered on overview and structures when opacity at
1586               100%
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1590               overview when features overlaid on alignment
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1594               recovered correctly from Jalview project file
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1598               (automatically via preferences) are different to the main
1599               alignment panel
1600             </li>
1601           </ul>
1602           <em>Data import/export</em>
1603           <ul>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1606               load
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1610               added after a sequence was imported are not written to
1611               Stockholm File
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1615               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1619               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1623               with lightGray or darkGray via features file (but can
1624               specify lightgray)
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1628               when alignment view imported from project
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1632               structure and sequences extracted from structure files
1633               imported via URL and viewed in Jmol
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1637               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1638               the project is loaded and the structure viewed
1639             </li>
1640           </ul>
1641           <em>Web Services</em>
1642           <ul>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1645               release of Ensembl v.88
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1649               appear enabled in Preferences->Connections
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1653               removed from console output
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1657               Ensembl by Peptide ID
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1661               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1662               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1663               due to 'null' string rather than empty string used for
1664               residues with no corresponding PDB mapping).
1665             </li>
1666           </ul>
1667           <em>Application UI</em>
1668           <ul>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1671               menu
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1675               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1676               new documentation and tooltips added)
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1680               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1684               new features are added to alignment
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1688               changes to feature colours via the Amend features dialog
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1692               edit graduated feature colour via amend features dialog
1693               box
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1697               selection menu changes colours of alignment views
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1701               from alignment calculation workers after alignment has
1702               been closed
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1706               groups now 'Create Group'
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1710               Create/Undefine group doesn't always work
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1714               shown again after pressing 'Cancel'
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1718               adjusts start position in wrap mode
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1722               ambiguous amino acids
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1726               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1727               proteins
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1731               Defined' don't appear in Colours menu
1732             </li>
1733           </ul>
1734           <em>Applet</em>
1735           <ul>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1738               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1742               overview or linked structure view
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1746               work (since 2.8)
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1750               user-defined colourscheme doesn't restore original
1751               colourscheme
1752             </li>
1753           </ul>
1754           <em>Test Suite</em>
1755           <ul>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1758               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1762               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1763               problems with deep array comparison equality asserts in
1764               successive versions of TestNG
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1768               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1769             </li>
1770           </ul>
1771           <em>New Known Issues</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1775               phase after a sequence motif find operation
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1779               containing just upper and lower case letters are
1780               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1784               reliably from eggnog Ortholog database
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1788               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1789               to mark columns containing highlighted regions.
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1793               doesn't always add secondary structure annotation.
1794             </li>
1795           </ul>
1796         </div>
1797     <tr>
1798       <td width="60" nowrap>
1799         <div align="center">
1800           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1801         </div>
1802       </td>
1803       <td><div align="left">
1804           <em>General</em>
1805           <ul>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1808               for all consensus calculations
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1812               3rd Oct 2016)
1813             </li>
1814             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1815               for 2016-2017</li>
1816           </ul>
1817           <em>Application</em>
1818           <ul>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1821               set of database cross-references, sorted alphabetically
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1825               from database cross references. Users with custom links
1826               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1827                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1831               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1832               Chimera session
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1836               the Chimera it is connected to is shut down
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1840               columns menu item to mark columns containing highlighted
1841               regions (e.g. from structure selections or results of a
1842               Find operation)
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1846               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1847               MSAviewer
1848             </li>
1849           </ul>
1850         </div></td>
1851       <td>
1852         <div align="left">
1853           <em>General</em>
1854           <ul>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1857               are not coloured or thresholded according to percent
1858               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1862               hydrophobic
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1866               threshold, amino acid properties)
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1870               reported as mapped to residues in a structure file in the
1871               View Mapping report
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1875               could be added multiple times to a sequence
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1879               bond features shown as two highlighted residues rather
1880               than a range in linked structure views, and treated
1881               correctly when selecting and computing trees from features
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1885               cross-references are matched to database name regardless
1886               of case
1887             </li>
1888
1889           </ul>
1890           <em>Application</em>
1891           <ul>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1894               names without regular expressions also offer links from
1895               Sequence ID
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1899               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1900               update Jalview configuration
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1904               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1908               files with similarly named sequences if dropped onto the
1909               alignment
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1913               entries where more chains exist in the PDB accession than
1914               are reported in the SIFTS file
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1918               the structure view when displayed with Chimera
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1922               panel's View->Show Chains submenu
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1926               work for wrapped alignment views
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1930               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1934               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1935               first annotation row
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1939               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1943               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1944             </li>
1945             <!-- JAL-2319 -->
1946             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1947             coordindate data
1948             </li>
1949           </ul>
1950           <!--           <em>New Known Issues</em>
1951           <ul>
1952             <li></li>
1953           </ul> -->
1954         </div>
1955       </td>
1956     </tr>
1957     <td width="60" nowrap>
1958       <div align="center">
1959         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1960           <em>25/10/2016</em></strong>
1961       </div>
1962     </td>
1963     <td><em>Application</em>
1964       <ul>
1965         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1966           view if structures already loaded</li>
1967         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1968           structure views</li>
1969       </ul></td>
1970     <td>
1971       <div align="left">
1972         <em>General</em>
1973         <ul>
1974           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1975             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1976           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1977             example sequences/projects/trees</li>
1978         </ul>
1979         <em>Application</em>
1980         <ul>
1981           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1982             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1983           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1984             without timeout for structures with multiple models or
1985             multiple sequences in alignment</li>
1986           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1987             PDB ID HEADER line</li>
1988           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1989             is performed</li>
1990           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1991             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1992           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1993           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1994             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1995             option</li>
1996           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1997             is created on the alignment</li>
1998           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1999             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2000             pop-up menu</li>
2001         </ul>
2002         <em>Build and deployment</em>
2003         <ul>
2004           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2005             tags</li>
2006         </ul>
2007         <em>New Known Issues</em>
2008         <ul>
2009           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2010             on Windows</li>
2011         </ul>
2012       </div>
2013     </td>
2014     </tr>
2015     <tr>
2016       <td width="60" nowrap>
2017         <div align="center">
2018           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2019         </div>
2020       </td>
2021       <td><em>General</em>
2022         <ul>
2023           <li>
2024             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2028             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2029             better PDB parsing.
2030           </li>
2031           <li>
2032             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2033             reference sequence
2034           </li>
2035           <li>
2036             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2037             mousing over sequence associated annotation
2038           </li>
2039           <li>
2040             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2041             for manual entry
2042           </li>
2043           <li>
2044             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2045             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2046             for each column
2047           </li>
2048           <li>
2049             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2050             showing or hiding columns containing a feature
2051           </li>
2052           <li>
2053             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2054             group and sequence associated annotation labels
2055           </li>
2056           <li>
2057             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2058             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2059             dialogs
2060           </li>
2061
2062         </ul> <em>Application</em>
2063         <ul>
2064           <li>
2065             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2066             gene/transcript view
2067           </li>
2068           <li>
2069             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2070             dialog
2071           </li>
2072           <li>
2073             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2074             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2075           </li>
2076           <li>
2077             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2078             Pfam sources to xfam.org
2079           </li>
2080           <li>
2081             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2082           </li>
2083           <li>
2084             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2085             over sequences in Jalview
2086           </li>
2087           <li>
2088             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2089             regions in ENA and EMBL
2090           </li>
2091           <li>
2092             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2093             for record retrieval via ENA rest API
2094           </li>
2095           <li>
2096             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2097             complement operator
2098           </li>
2099           <li>
2100             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2101             groovy script execution
2102           </li>
2103           <li>
2104             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2105             alignment window's Calculate menu
2106           </li>
2107           <li>
2108             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2109             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2110           </li>
2111           <li>
2112             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2113             calculation workers from groovy scripts
2114           </li>
2115           <li>
2116             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2117             Jalview projects
2118           </li>
2119           <li>
2120             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2121             associations are now saved/restored from project
2122           </li>
2123           <li>
2124             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2125             before sequence fetcher is opened
2126           </li>
2127           <li>
2128             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2129             database chooser opens a sequence fetcher
2130           </li>
2131           <li>
2132             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2133             the UniProt REST API
2134           </li>
2135           <li>
2136             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2137             the news reader opening
2138           </li>
2139           <li>
2140             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2141             querying stored in preferences
2142           </li>
2143           <li>
2144             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2145             search results
2146           </li>
2147           <li>
2148             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2149           </li>
2150           <li>
2151             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2152             menu for nucleotide sequences
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2156             and feature counts preserves alignment ordering (and
2157             debugged for complex feature sets).
2158           </li>
2159           <li>
2160             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2161             viewing structures with Jalview 2.10
2162           </li>
2163           <li>
2164             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2165             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2166             Ensembl Genomes REST API
2167           </li>
2168           <li>
2169             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2170             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2171             (Ensembl)
2172           </li>
2173           <li>
2174             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2175             sequences
2176           </li>
2177           <li>
2178             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2179             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2180             data from external database records.
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2184             efficient recovery of sequence coding and alignment
2185             annotation relationships.
2186           </li>
2187         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2188         <ul>
2189           <li>
2190             -- JAL---
2191           </li>
2192         </ul> --></td>
2193       <td>
2194         <div align="left">
2195           <em>General</em>
2196           <ul>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2199               menu on OSX
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2203               includes graduated colourschemes
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2207               working with big alignments and lots of hidden columns
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2211               at right of alignment window
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2215               contents
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2219               for DNA alignments
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2223               based tree calculation
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2227               unconserved enabled for group on alignment
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2231               set as reference
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2235               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2236               annotation
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2240               hidden columns present
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2244               user created annotation added to alignment
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2248               '()' base pair annotation
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2252               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2253               Consensus
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2257               feature not working
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2261               beginning of sequence
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2265               entry 3a6s
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2269               from a tree when t-coffee scores are shown
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2273               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2277               some structures
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2281               to Clustal, PIR and PileUp output
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2285               not visible causes alignment window to repaint
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2289               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2290               scores associated with features and annotation rows
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2294               calculation should be case independent
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2298               columns
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2302               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2303               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2307               problems when reference sequence defined and 'show
2308               non-conserved' enabled
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2312               load even when Consensus calculation is disabled
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2316               alignment does nothing
2317             </li>
2318           </ul>
2319           <em>Application</em>
2320           <ul>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2323               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2324               yet fixed for El Capitan)
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2328               output when running on non-gb/us i18n platforms
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2332               hidden sequences as flat-file alignment
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2336               launching Chimera
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2340               (also hotfix for 2.9.0b2)
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2344               reference sequence defined
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2348               alignments and views when revealing hidden columns
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2352               view in a cDNA/Protein splitframe
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2356               sequence from project when only one sequence is
2357               represented
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2361               in Structure Chooser
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2365               structure consensus didn't refresh annotation panel
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2369               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2373               dialogs format columns correctly, don't display array
2374               data, sort columns according to type
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2378               file chooser is cancelled during an image export
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2382               sequence name containing special characters
2383             </li>
2384             <li>
2385               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2386               case insensitive
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2390               formatting don't wrap
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2394               truncated so L looks like I in consensus annotation
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2398               currently displayed features for the current selection or
2399               view
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2403               after fetching cross-references, and restoring from
2404               project
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2408               followed in the structure viewer
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2412               splitframe not restored from project
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2416               trailing end of protein alignment in transcript/product
2417               splitview when pad-gaps not enabled by default
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2421               is case dependent
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2425               article has been read (reopened issue due to
2426               internationalisation problems)
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2430               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2431               cross-references
2432             </li>
2433
2434             <li>
2435               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2436               alignment as HTML
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2440               multiple structures are shown for one or more sequences.
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2444               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2445               is enabled.
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2449               specific PDB id for sequence
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2453               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2454               columns' is disabled.
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2458               selects lowest rather than highest resolution structures
2459               for each sequence
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2463               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2467               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2471               after clicking on it to create new annotation for a
2472               column.
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2476               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2477             </li>
2478             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2479             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2480           </ul>
2481           <em>Applet</em>
2482           <ul>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2485               hidden columns present before start of sequence
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2489               (JSON jars)
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2493               sequences are hidden in applet
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2497               deployment on examples pages.
2498             </li>
2499           </ul>
2500         </div>
2501       </td>
2502     </tr>
2503     <tr>
2504       <td width="60" nowrap>
2505         <div align="center">
2506           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2507             <em>16/10/2015</em></strong>
2508         </div>
2509       </td>
2510       <td><em>General</em>
2511         <ul>
2512           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2513             jars</li>
2514         </ul></td>
2515       <td>
2516         <div align="left">
2517           <em>Application</em>
2518           <ul>
2519             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2520               shown when tree is partitioned</li>
2521             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2522               multiple cDNA/Protein split views</li>
2523           </ul>
2524         </div>
2525       </td>
2526     </tr>
2527     <tr>
2528       <td width="60" nowrap>
2529         <div align="center">
2530           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2531             <em>8/10/2015</em></strong>
2532         </div>
2533       </td>
2534       <td><em>General</em>
2535         <ul>
2536           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2537             2.9</li>
2538         </ul> <em>Application</em>
2539         <ul>
2540           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2541           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2542           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2543         </ul> <em>Applet</em>
2544         <ul>
2545           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2546         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2547         <ul>
2548           <li>
2549             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2550             suite
2551           </li>
2552         </ul></td>
2553       <td>
2554         <div align="left">
2555           <em>General</em>
2556           <ul>
2557             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2558               incorrect when sequence start > 1</li>
2559             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2560               documentation</li>
2561             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2562             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2563               loading a features file containing HTML tags in feature
2564               description</li>
2565
2566           </ul>
2567           <em>Application</em>
2568           <ul>
2569             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2570               reimport</li>
2571             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2572               with 'trim retrieved sequences'</li>
2573             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2574               deleting selected columns</li>
2575             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2576               JNLP templates for webstart launch</li>
2577             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2578               unreleased structures for download or viewing</li>
2579             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2580               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2581             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2582               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2583             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2584               recovered from jalview project</li>
2585             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2586               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2587               alignment view</li>
2588             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2589               color schemes from BioJSON</li>
2590           </ul>
2591           <em>Applet</em>
2592           <ul>
2593             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2594               frame</li>
2595             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2596           </ul>
2597         </div>
2598       </td>
2599     </tr>
2600     <tr>
2601       <td><div align="center">
2602           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2603         </div></td>
2604       <td><em>General</em>
2605         <ul>
2606           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2607             alignments:
2608             <ul>
2609               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2610                 and DNA alignment views</li>
2611               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2612                 cDNA alignment views</li>
2613               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2614                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2615               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2616                 protein sequences</li>
2617             </ul>
2618           </li>
2619           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2620           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2621             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2622           <li>New alignment annotation file statements for
2623             reference sequences and marking hidden columns</li>
2624           <li>Reference sequence based alignment shading to
2625             highlight variation</li>
2626           <li>Select or hide columns according to alignment
2627             annotation</li>
2628           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2629           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2630             acid conservation row</li>
2631           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2632         </ul> <em>Application</em>
2633         <ul>
2634           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2635             <ul>
2636               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2637                 view with cDNA/Protein</li>
2638               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2639                 sequences are placed in the same alignment</li>
2640               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2641                 projects</li>
2642             </ul>
2643           </li>
2644
2645           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2646           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2647             Jalview windows</li>
2648
2649           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2650           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2651           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2652             be shown in VARNA</li>
2653
2654           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2655             as the active selected region</li>
2656
2657           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2658             similarity</li>
2659           <li>New Export options
2660             <ul>
2661               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2662                 region export in flat file generation</li>
2663
2664               <li>Export alignment views for display with the <a
2665                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2666
2667               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2668               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2669                 alignment figures to HTML</li>
2670           </li>
2671           <li>3D structure retrieval and display
2672             <ul>
2673               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2674                 Search API</li>
2675               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2676                 PDB structures for a sequence set</li>
2677             </ul>
2678           </li>
2679
2680           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2681             predictions</li>
2682           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2683             for one or a group of sequences</li>
2684           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2685             from the JPred4 web server</li>
2686           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2687             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2688             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2689           </li>
2690           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2691             VARNA 2D Structure'</li>
2692           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2693             Structure ..."</li>
2694
2695         </ul> <em>Applet</em>
2696         <ul>
2697           <li>New layout for applet example pages</li>
2698           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2699             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2700           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2701             Protein alignments</li>
2702         </ul> <em>Development and deployment</em>
2703         <ul>
2704           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2705           <li>Include installation type and git revision in build
2706             properties and console log output</li>
2707           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2708             storing BioJsMSA Templates</li>
2709           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2710         </ul></td>
2711       <td>
2712         <!-- <em>General</em>
2713         <ul>
2714         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2715         <ul>
2716           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2717           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2718           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2719             predictions are not highlighted in amber</li>
2720           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2721             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2722           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2723             associated structure views</li>
2724           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2725             width checkbox not enabled</li>
2726           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2727             creating user defined colours</li>
2728           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2729             mappings for just that viewer's sequences</li>
2730           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2731             multiple models in Chimera</li>
2732           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2733             over Jmol structure</li>
2734           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2735             output to text box</li>
2736           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2737             have incorrect sequence start/end</li>
2738           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2739             Jalview fails</li>
2740           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2741             work for nucleotide</li>
2742           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2743             to a grey/invisible alignment window</li>
2744           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2745             imports to different position</li>
2746           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2747             on some platforms</li>
2748           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2749             populated</li>
2750           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2751             console if Chimera has been opened</li>
2752           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2753           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2754             retrieved</li>
2755           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2756           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2757             either sequence shows on first structure</li>
2758           <li>'Show annotations' options should not make
2759             non-positional annotations visible</li>
2760           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2761             in right place after 'view flanking regions'</li>
2762           <li>File Save As type unset when current file format is
2763             unknown</li>
2764           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2765             projects</li>
2766           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2767             responsive</li>
2768           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2769             several views on same alignment</li>
2770           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2771           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2772             spaces</li>
2773         </ul> <em>Applet</em>
2774         <ul>
2775           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2776           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2777             descriptions containing angle brackets</li>
2778         </ul> <em>General</em>
2779         <ul>
2780           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2781             via jalview annotation file</li>
2782           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2783             with RNA secondary structure</li>
2784           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2785             translation doesn't work.</li>
2786           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2787           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2788             positions</li>
2789           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2790             choosing 1pt font</li>
2791           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2792             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2793             'h'</li>
2794           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2795             new feature</li>
2796           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2797             order dependent</li>
2798           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2799             sequences</li>
2800           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2801         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2802         <ul>
2803           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2804             www.jalview.org</li>
2805         </ul> <em>Application Known issues</em>
2806         <ul>
2807           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2808           <li>Misleading message appears after trying to delete
2809             solid column.</li>
2810           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2811             version launches</li>
2812           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2813             fails with a sequence mismatch</li>
2814           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2815             scrolling alignment to right</li>
2816           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2817             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2818           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2819             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2820           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2821             ultra-high resolution</li>
2822           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2823             quality and conservation</li>
2824           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2825             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2826         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2827         <ul>
2828           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2829           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2830             window is being resized</li>
2831
2832         </ul>
2833       </td>
2834     </tr>
2835     <tr>
2836       <td><div align="center">
2837           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2838         </div></td>
2839       <td><em>General</em>
2840         <ul>
2841           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2842             Certum.PL.</li>
2843           <li>Features and annotation preserved when performing
2844             pairwise alignment</li>
2845           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2846             imported/exported/displayed</li>
2847           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2848             protein secondary structure</li>
2849           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2850               post-hoc with 2.9 release</em>)
2851           </li>
2852
2853         </ul> <em>Application</em>
2854         <ul>
2855           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2856             with 3D structures</li>
2857           <li>Support for parsing RNAML</li>
2858           <li>Annotations menu for layout
2859             <ul>
2860               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2861               <li>place sequence annotation above/below alignment
2862                 annotation</li>
2863             </ul>
2864           <li>Output in Stockholm format</li>
2865           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2866             translation</li>
2867           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2868           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2869             shared between alignments</li>
2870           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2871             Jalview</li>
2872           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2873             all or current selection</li>
2874           <li>disorder and secondary structure predictions
2875             available as dataset annotation</li>
2876           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2877
2878
2879           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2880             alignments from Rfam</li>
2881           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2882
2883           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2884             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2885           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2886           <li>include installation type in build properties and
2887             console log output</li>
2888           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2889             annotation</li>
2890         </ul></td>
2891       <td>
2892         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2893         <ul>
2894           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2895             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2896           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2897             alignment</li>
2898           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2899           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2900           <li>Double click on sequence associated annotation
2901             selects only first column</li>
2902           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2903             leaves shown in tree</li>
2904           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2905             properly</li>
2906           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2907           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2908             screen and buttons not visible</li>
2909           <li>author list isn't updated if already written to
2910             Jalview properties</li>
2911           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2912             from database</li>
2913           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2914           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2915             browser search window</li>
2916           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2917             in feature settings dialog</li>
2918           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2919             desktop</li>
2920           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2921             pass validation</li>
2922           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2923             fit on screen</li>
2924           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2925             tooltip</li>
2926           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2927             defined user preset</li>
2928           <li>MSA web services warns user if they were launched
2929             with invalid input</li>
2930           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2931             Java 8</li>
2932           <li>
2933             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2934             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2935             created
2936           </li>
2937
2938         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2939         <ul>
2940         </ul> <em>General</em>
2941         <ul>
2942         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2943         <ul>
2944           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2945             memory allocation</li>
2946           <li>launchApp service doesn't automatically open
2947             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2948           <li>
2949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2950             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2951             1.7_055 is available
2952           </li>
2953         </ul> <em>Application Known issues</em>
2954         <ul>
2955           <li>
2956             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2957             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2958             alignment to right
2959           </li>
2960           <li>
2961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2962             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2963             with large number of ID
2964           </li>
2965           <li>
2966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2967             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2968             start/end
2969           </li>
2970           <li>
2971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2972             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2973             structure tracks are rearranged
2974           </li>
2975           <li>
2976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2977             invalid rna structure positional highlighting does not
2978             highlight position of invalid base pairs
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2982             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2983             project from alignment window file menu
2984           </li>
2985           <li>
2986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2987             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2988             structures
2989           </li>
2990           <li>
2991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2992             colour by RNA Helices not enabled when user created
2993             annotation added to alignment
2994           </li>
2995           <li>
2996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2997             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2998           </li>
2999         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3000         <ul>
3001           <li>
3002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3003             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3004           </li>
3005           <li>
3006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3007             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3008           </li>
3009
3010           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3011             when selected</li>
3012         </ul>
3013       </td>
3014     </tr>
3015     <tr>
3016       <td><div align="center">
3017           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3018         </div></td>
3019       <td>
3020         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3021         <em>General</em>
3022         <ul>
3023           <li>Internationalisation of user interface (usually
3024             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3025           <li>Define/Undefine group on current selection with
3026             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3027           <li>Improved group creation/removal options in
3028             alignment/sequence Popup menu</li>
3029           <li>Sensible precision for symbol distribution
3030             percentages shown in logo tooltip.</li>
3031           <li>Annotation panel height set according to amount of
3032             annotation when alignment first opened</li>
3033         </ul> <em>Application</em>
3034         <ul>
3035           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3036             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3037           <li>Select columns containing particular features from
3038             Feature Settings dialog</li>
3039           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3040             sequences</li>
3041           <li>Update Jalview project format:
3042             <ul>
3043               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3044               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3045                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3046               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3047                 colouring</li>
3048             </ul>
3049           </li>
3050           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3051             (PAM250)</li>
3052           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3053             flanking regions for an alignment</li>
3054         </ul>
3055       </td>
3056       <td>
3057         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3058         <ul>
3059           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3060             running after job is cancelled</li>
3061           <li>cannot export features from alignments imported from
3062             Jalview/VAMSAS projects</li>
3063           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3064             float values</li>
3065           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3066             have 'display all symbols' flag set</li>
3067           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3068             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3069           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3070             Jalview</li>
3071           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3072             Lion/Webstart</li>
3073           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3074           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3075           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3076             alignment onto desktop</li>
3077           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3078             'extract scores' function</li>
3079           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3080             alignment window</li>
3081           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3082             performing IUPred disorder prediction</li>
3083           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3084             changing 'normalise logo' display setting</li>
3085           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3086             nothing matches query</li>
3087           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3088             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3089           </li>
3090           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3091             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3092           </li>
3093           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3094             Jalview's menu</li>
3095           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3096             'invalid literal/length code'</li>
3097           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3098             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3099           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3100             colourscheme</li>
3101
3102         </ul> <em>Applet</em>
3103         <ul>
3104           <li>Remove group option is shown even when selection is
3105             not a group</li>
3106           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3107             don't affect groups</li>
3108           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3109             colourscheme name</li>
3110           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3111             Annotation panel is not displayed</li>
3112           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3113             embedded windows</li>
3114         </ul> <em>Other</em>
3115         <ul>
3116           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3117             single sequence were not calculated</li>
3118           <li>annotation files that contain only groups imported as
3119             annotation and junk sequences</li>
3120           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3121             recognised as PFAM or BLC</li>
3122           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3123             doesn't affect background (2.8.0b1)
3124           <li></li>
3125           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3126           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3127             trailing gaps</li>
3128           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3129             registered correctly on import</li>
3130           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3131             certain alignments</li>
3132           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3133             existing annotation based 'use original colours'
3134             colourscheme loses original colours setting</li>
3135         </ul>
3136       </td>
3137     </tr>
3138     <tr>
3139       <td><div align="center">
3140           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3141             <em>30/1/2014</em></strong>
3142         </div></td>
3143       <td>
3144         <ul>
3145           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3146             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3147             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3148             open source project).
3149           </li>
3150           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3151           <li>Output in Stockholm format</li>
3152           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3153           <li>Export/import group and sequence associated line
3154             graph thresholds</li>
3155           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3156             ambiguity codes</li>
3157           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3158             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3159             works</li>
3160           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3161         </ul> <em>Other improvements</em>
3162         <ul>
3163           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3164           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3165             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3166           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3167             files</li>
3168           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3169           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3170             link but no description</li>
3171           <li>Select primary source when selecting authority in
3172             database fetcher GUI</li>
3173           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3174             Jalview</li>
3175           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3176         </ul>
3177       </td>
3178       <td>
3179         <ul>
3180           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3181             displayed</li>
3182           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3183             secondary structure annotation line</li>
3184           <li>Sequence database accessions not imported when
3185             fetching alignments from Rfam</li>
3186           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3187             identical IDs</li>
3188           <li>View all structures does not always superpose
3189             structures</li>
3190           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3191             reflect user or preset settings</li>
3192           <li>Null pointer exceptions for some services without
3193             presets or adjustable parameters</li>
3194           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3195             discover PDB xRefs</li>
3196           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3197             features with DAS</li>
3198           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3199             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3200           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3201             residue follows a gap</li>
3202           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3203             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3204           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3205             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3206           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3207             annotation already exists on alignment</li>
3208           <li>oninit javascript function should be called after
3209             initialisation completes</li>
3210           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3211             alignment window display</li>
3212           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3213           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3214             to annotation file</li>
3215           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3216             groups created</li>
3217           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3218             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3219           <li>Pressing return several times causes Number Format
3220             exceptions in keyboard mode</li>
3221           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3222             correct partitions for input data</li>
3223           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3224           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3225           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3226           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3227             mode</li>
3228           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3229             changes one row&#39;s threshold</li>
3230           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3231             doesn&#39;t open</li>
3232           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3233             quality histograms</li>
3234         </ul>
3235       </td>
3236     </tr>
3237     <tr>
3238       <td><div align="center">
3239           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3240         </div></td>
3241       <td><em>Application</em>
3242         <ul>
3243           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3244             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3245           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3246             preferences</li>
3247           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3248             in Jalview alignment window</li>
3249           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3250             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3251           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3252             RNA and ambiguity codes</li>
3253
3254           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3255           <li>Support fetching and database reference look up
3256             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3257             refs')</li>
3258           <li>Jalview project improvements
3259             <ul>
3260               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3261                 flag for annotation</li>
3262               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3263                 alignment</li>
3264               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3265                 Jalview project</li>
3266
3267             </ul>
3268           </li>
3269           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3270           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3271             running</li>
3272           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3273           <li>visual indication that web service results are still
3274             being retrieved from server</li>
3275           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3276             starts up for first time</li>
3277           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3278             services</li>
3279           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3280             client library</li>
3281           <li>Examples directory and Groovy library included in
3282             InstallAnywhere distribution</li>
3283         </ul> <em>Applet</em>
3284         <ul>
3285           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3286             visualization applet example</li>
3287         </ul> <em>General</em>
3288         <ul>
3289           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3290           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3291             defaults</li>
3292           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3293             calculation</li>
3294           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3295             matrices
3296           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3297             in HTML</li>
3298           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3299             structure contacts</li>
3300           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3301           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3302           <li>Parse sequence associated secondary structure
3303             information in Stockholm files</li>
3304           <li>HTML Export database accessions and annotation
3305             information presented in tooltip for sequences</li>
3306           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3307             style RNA alignment files</li>
3308           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3309             alignment</li>
3310           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3311             shade each sequence according to its associated alignment
3312             annotation</li>
3313           <li>New Jalview Logo</li>
3314         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3315         <ul>
3316           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3317           <li>New Website!</li>
3318         </ul></td>
3319       <td><em>Application</em>
3320         <ul>
3321           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3322             wsdbfetch REST service</li>
3323           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3324           <li>Filetype associations not installed for webstart
3325             launch</li>
3326           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3327             job execution in full once it is complete</li>
3328           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3329             uploaded via ali_file parameter</li>
3330           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3331           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3332           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3333             submitted for prediction</li>
3334           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3335             desktop window</li>
3336           <li>Putting fractional value into integer text box in
3337             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3338           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3339             windows 7</li>
3340           <li>View all structures fails with exception shown in
3341             structure view</li>
3342           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3343             escaped in a platform independent way</li>
3344           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3345             using proxy</li>
3346           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3347             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3348           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3349             failure when java web start temporary file caching is
3350             disabled</li>
3351           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3352             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3353           <li>Errors during processing of command line arguments
3354             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3355           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3356             DAS sources in sequence fetcher</li>
3357           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3358             dialog is shown</li>
3359           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3360           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3361           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3362           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3363             on OSX Mountain Lion</li>
3364           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3365             sequences with alignment annotation are pasted into the
3366             alignment</li>
3367           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3368             when loaded from Jalview project</li>
3369           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3370           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3371             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3372           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3373             associated with all views</li>
3374           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3375             annotation rows to new window</li>
3376         </ul> <em>Applet</em>
3377         <ul>
3378           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3379             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3380           <li>loading features via javascript API automatically
3381             enables feature display</li>
3382           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3383             work</li>
3384         </ul> <em>General</em>
3385         <ul>
3386           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3387           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3388             and then deselected</li>
3389           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3390           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3391             coloured with clustalx</li>
3392           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3393             exceptions and redraw errors</li>
3394           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3395             reconfigured view</li>
3396           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3397             colour</li>
3398           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3399             for lots of labels</li>
3400         </ul>
3401     </tr>
3402     <tr>
3403       <td>
3404         <div align="center">
3405           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3406         </div>
3407       </td>
3408       <td><em>Application</em>
3409         <ul>
3410           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3411           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3412           <li>View/alignment association menu to enable user to
3413             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3414             its colours/correspondences from</li>
3415           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3416           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3417             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3418           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3419           <li>Annotation row column label formatting attributes
3420             stored in project file</li>
3421           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3422             rows preserved in Jalview project file</li>
3423           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3424             saved using Desktop window menu</li>
3425           <li>Visual indication that command line arguments are
3426             still being processed</li>
3427           <li>Groovy script execution from URL</li>
3428           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3429             preferences</li>
3430           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3431             alignment with sequences that have high similarity and
3432             matching IDs</li>
3433           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3434           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3435             structures in same window</li>
3436           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3437           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3438             analysis function in its own submenu</li>
3439         </ul> <em>Applet</em>
3440         <ul>
3441           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3442             groups</li>
3443           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3444           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3445           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3446           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3447           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3448             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3449           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3450           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3451             parameters are treated as such</li>
3452           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3453             <ul>
3454               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3455               <li>Javascript callbacks for
3456                 <ul>
3457                   <li>Applet initialisation</li>
3458                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3459                 </ul>
3460               </li>
3461               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3462                 functions</li>
3463               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3464               <li>javascript structure viewer harness to pass
3465                 messages between Jmol and Jalview when running as
3466                 distinct applets</li>
3467               <li>sortBy method</li>
3468               <li>Set of applet and application examples shipped
3469                 with documentation</li>
3470               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3471                 javascript message exchange</li>
3472             </ul>
3473         </ul> <em>General</em>
3474         <ul>
3475           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3476             multiple alignments</li>
3477           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3478           <li>User configurable link to enable redirects to a
3479             www.Jalview.org mirror</li>
3480           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3481           <li>Configurable newline string when writing alignment
3482             and other flat files</li>
3483           <li>Allow alignment annotation description lines to
3484             contain html tags</li>
3485         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3486         <ul>
3487           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3488             examples</li>
3489           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3490             using a web service before displaying the result in the
3491             Jalview desktop</li>
3492           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3493           <li>Ant target to publish example html files with applet
3494             archive</li>
3495           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3496           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3497         </ul></td>
3498       <td><em>Application</em>
3499         <ul>
3500           <li>User defined colourscheme throws exception when
3501             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3502           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3503             dialog for valid filename/format</li>
3504           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3505           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3506             P37173</li>
3507           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3508             which sequence is to be associated with the file</li>
3509           <li>Find All raises null pointer exception when query
3510             only matches sequence IDs</li>
3511           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3512           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3513             2.4 cannot be loaded</li>
3514           <li>Filetype associations not installed for webstart
3515             launch</li>
3516           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3517             with sequences in different alignments do not get coloured
3518             by their associated sequence</li>
3519           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3520             not preserved when project is loaded</li>
3521           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3522             stored in Jalview project</li>
3523           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3524             Jalview project</li>
3525           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3526           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3527             by conservation</li>
3528           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3529             created on new view</li>
3530           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3531             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3532           <li>Alignment quality not updated after alignment
3533             annotation row is hidden then shown</li>
3534           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3535             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3536           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3537             properly</li>
3538           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3539             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3540           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3541           <li>Structures imported from file and saved in project
3542             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3543           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3544             job execution in full once it is complete</li>
3545         </ul> <em>Applet</em>
3546         <ul>
3547           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3548             annotation rows are displayed</li>
3549           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3550             codebase</li>
3551           <li>View follows highlighting does not work for positions
3552             in sequences</li>
3553           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3554           <li>Export features raises exception when no features
3555             exist</li>
3556           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3557             for javascript api is modified when separator string
3558             provided as parameter</li>
3559           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3560             alignment with no existing selection</li>
3561           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3562             to applet&#39;s codebase</li>
3563           <li>Status bar not updated after finished searching and
3564             search wraps around to first result</li>
3565           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3566             several Jalview applets causes race conditions and memory
3567             leaks</li>
3568           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3569             not sent from Jmol in applet</li>
3570           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3571             applet API fatally hang browser</li>
3572         </ul> <em>General</em>
3573         <ul>
3574           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3575             position with wrapped view and hidden regions</li>
3576           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3577             with/without hidden columns</li>
3578           <li>Sequence length given in alignment properties window
3579             is off by 1</li>
3580           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3581             import PDB like structure files</li>
3582           <li>Positional search results are only highlighted
3583             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3584           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3585           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3586             given sequence position</li>
3587           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3588             output</li>
3589           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3590             from nucleotide chains correctly</li>
3591           <li>Structure colours not updated when tree partition
3592             changed in alignment</li>
3593           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3594             parsed in interleaved stockholm</li>
3595           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3596             state</li>
3597           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3598             properly</li>
3599           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3600             properly associated with their pdb files</li>
3601         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3602         <ul>
3603           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3604             ApplyCopyright tool</li>
3605         </ul></td>
3606     </tr>
3607     <tr>
3608       <td>
3609         <div align="center">
3610           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3611         </div>
3612       </td>
3613       <td><em>Application</em>
3614         <ul>
3615           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3616             contact web services</li>
3617           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3618             service job window</li>
3619           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3620         </ul></td>
3621       <td>
3622         <ul>
3623           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3624             pir file emitted by Jalview</li>
3625           <li>Existing feature settings transferred to new
3626             alignment view created from cut'n'paste</li>
3627           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3628             parsing PDB files</li>
3629           <li>Consensus and conservation annotation rows
3630             occasionally become blank for all new windows</li>
3631           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3632             in wrapped view mode</li>
3633         </ul> <em>Application</em>
3634         <ul>
3635           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3636             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3637           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3638             parameter names</li>
3639           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3640             is down</li>
3641         </ul>
3642       </td>
3643     </tr>
3644     <tr>
3645       <td>
3646         <div align="center">
3647           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3648         </div>
3649       </td>
3650       <td><em>Application</em>
3651         <ul>
3652           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3653             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3654             (JABAWS)
3655           </li>
3656           <li>Web Services preference tab</li>
3657           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3658             preferences</li>
3659           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3660           <li>Superpose structures using associated sequence
3661             alignment</li>
3662           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3663             viewer</li>
3664         </ul> <em>Applet</em>
3665         <ul>
3666           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3667             link out mechanism</li>
3668         </ul> <em>Other</em>
3669         <ul>
3670           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3671             series 12</li>
3672           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3673             require Java 1.5</li>
3674           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3675             sequence annotation files</li>
3676           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3677             type colour specification</li>
3678           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3679             script to check if it being run in an interactive session or
3680             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3681         </ul></td>
3682       <td>
3683         <ul>
3684           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3685             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3686         </ul> <em>Application</em>
3687         <ul>
3688           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3689             selected Regions menu item</li>
3690           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3691             part of a valid accession ID</li>
3692           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3693             runs out of memory</li>
3694           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3695             analysis results</li>
3696           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3697             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3698           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3699         </ul> <em>Applet</em>
3700         <ul>
3701           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3702             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3703             defined.</li>
3704         </ul>
3705       </td>
3706     </tr>
3707     <tr>
3708       <td>
3709         <div align="center">
3710           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3711         </div>
3712       </td>
3713       <td></td>
3714       <td>
3715         <ul>
3716           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3717             sequence IDs</li>
3718           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3719             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3720           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3721             import correctly</li>
3722           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3723             number of columns are hidden</li>
3724           <li>annotation label popup menu not providing correct
3725             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3726             present</li>
3727           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3728             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3729           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3730             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3731
3732         </ul> <em>Applet</em>
3733         <ul>
3734           <li>annotation panel disappears when annotation is
3735             hidden/removed</li>
3736         </ul> <em>Application</em>
3737         <ul>
3738           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3739             alignment opened where annotation panel is visible but no
3740             annotations are present on alignment</li>
3741           <li>pasted region containing hidden columns is
3742             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3743           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3744             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3745           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3746             selected Rregions menu item.</li>
3747           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3748             'Un' or 'Non'conserved</li>
3749           <li>Sequence feature settings are being shared by
3750             multiple distinct alignments</li>
3751           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3752             changed</li>
3753           <li>double click on group annotation to select sequences
3754             does not propagate to associated trees</li>
3755           <li>Mac OSX specific issues:
3756             <ul>
3757               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3758                 window background</li>
3759               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3760                 name set correctly</li>
3761               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3762                 save feature colourscheme button</li>
3763             </ul>
3764           </li>
3765         </ul>
3766       </td>
3767     </tr>
3768     <tr>
3769
3770       <td>
3771         <div align="center">
3772           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3773         </div>
3774       </td>
3775       <td><em>New Capabilities</em>
3776         <ul>
3777           <li>URL links generated from description line for
3778             regular-expression based URL links (applet and application)
3779
3780           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3781             menu</li>
3782           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3783             structures</li>
3784           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3785             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3786           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3787             average score or total feature count for each sequence.</li>
3788           <li>Shading features by score or associated description</li>
3789           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3790             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3791           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3792             hide everything but the currently selected region.</li>
3793           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3794         </ul> <em>Application</em>
3795         <ul>
3796           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3797             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3798           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3799             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3800           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3801             database references and protein_name is parsed as
3802             description line (BioSapiens terms).</li>
3803           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3804             references in sequence ID tooltip from View menu in
3805             application.</li>
3806           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3807       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3808           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3809             conservation plots</li>
3810           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3811             and visualized as sequence logos</li>
3812           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3813             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3814           </li>
3815           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3816             when a new tree is opened.</li>
3817           <li>Jalview Java Console</li>
3818           <li>Better placement of desktop window when moving
3819             between different screens.</li>
3820           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3821             consensus annotation</li>
3822           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3823             Workflows</li>
3824           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3825             <ul>
3826               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3827                 used to preserve views, structures, and tree display
3828                 settings)</li>
3829               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3830                 command line</li>
3831               <li>Sharing of selected regions between views and
3832                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3833               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3834             </ul></li>
3835         </ul> <em>Applet</em>
3836         <ul>
3837           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3838           <li>New Parameters
3839             <ul>
3840               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3841                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3842                 opened.</li>
3843               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3844                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3845               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3846                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3847               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3848                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3849                 view</li>
3850               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3851                 increase the height or width of a cell in the alignment
3852                 grid relative to the current font size.</li>
3853             </ul>
3854           </li>
3855           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3856             tooltip</li>
3857         </ul> <em>Other</em>
3858         <ul>
3859           <li>Features format: graduated colour definitions and
3860             specification of feature scores</li>
3861           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3862             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3863             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3864           <li>XML formats extended to support graduated feature
3865             colourschemes, group associated annotation, and profile
3866             visualization settings.</li></td>
3867       <td>
3868         <ul>
3869           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3870             rather than description</li>
3871           <li>Non-positional features are now included in sequence
3872             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3873             visibility in tooltip).</li>
3874           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3875           <li>Added URL embedding instructions to features file
3876             documentation.</li>
3877           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3878             'X' in peptide product</li>
3879           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3880             sequence ID and sequence string and query strings do not
3881             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3882           <li>AMSA files only contain first column of
3883             multi-character column annotation labels</li>
3884           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3885             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3886             exported and re-imported)</li>
3887           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3888             name</li>
3889           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3890             as subsequence matches, and correctly reports total number
3891             of both.</li>
3892           <li>Application:
3893             <ul>
3894               <li>Better handling of exceptions during sequence
3895                 retrieval</li>
3896               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3897                 link text excludes the start_end suffix</li>
3898               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3899                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3900               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3901               <li>Sequence description lines properly shared via
3902                 VAMSAS</li>
3903               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3904                 data sources</li>
3905               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3906                 completes before alignment figures are generated.</li>
3907               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3908                 first time.</li>
3909               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3910                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3911               <li>User defined group colours properly recovered
3912                 from Jalview projects.</li>
3913             </ul>
3914           </li>
3915         </ul>
3916       </td>
3917
3918     </tr>
3919     <tr>
3920       <td>
3921         <div align="center">
3922           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3923         </div>
3924       </td>
3925       <td>
3926         <ul>
3927           <li>Experimental support for google analytics usage
3928             tracking.</li>
3929           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3930         </ul>
3931       </td>
3932       <td>
3933         <ul>
3934           <li>Race condition in applet preventing startup in
3935             jre1.6.0u12+.</li>
3936           <li>Exception when feature created from selection beyond
3937             length of sequence.</li>
3938           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3939           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3940             all sequences with a given id</li>
3941           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3942             ID string searches</li>
3943           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3944             alignment to fail with exception</li>
3945         </ul> <em>Application Issues</em>
3946         <ul>
3947           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3948           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3949             data sources</li>
3950         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3951         <ul>
3952           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3953             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3954           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3955             version (java class versioning error fixed)</li>
3956         </ul>
3957       </td>
3958     </tr>
3959     <tr>
3960       <td>
3961
3962         <div align="center">
3963           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3964         </div>
3965       </td>
3966       <td><em>User Interface</em>
3967         <ul>
3968           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3969             translation and protein products</li>
3970           <li>Linked highlighting of structure associated with
3971             residue mapping to codon position</li>
3972           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3973             and 'clear' button</li>
3974           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3975             Tools menu</li>
3976           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3977             numeric data in description line</li>
3978           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3979           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3980             of sequence</li>
3981         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3982         <ul>
3983           <li>JPred3 web service</li>
3984           <li>Prototype sequence search client (no public services
3985             available yet)</li>
3986           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3987             PFAM</li>
3988           <li>URL Links created for matching database cross
3989             references as well as sequence ID</li>
3990           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3991         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3992         <ul>
3993           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3994             databases</li>
3995           <li>Generalised database reference retrieval and
3996             validation to all fetchable databases</li>
3997           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3998             sequence command</li>
3999         </ul> <em>Import and Export</em>
4000         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4001         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4002           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4003         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4004           File</li>
4005         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4006           triplet as name of colourscheme</li>
4007         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4008         <ul>
4009           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4010           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4011             alignments (experimental)</li>
4012           <li>Create new or select existing session to join</li>
4013           <li>load and save of vamsas documents</li>
4014         </ul> <em>Application command line</em>
4015         <ul>
4016           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4017             from applet)</li>
4018           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4019             of DAS servers to query for alignment features</li>
4020           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4021             that are also automatically queried for features</li>
4022           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4023             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4024         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4025         <ul>
4026           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4027             application (when using &quot;View in full
4028             application&quot;)</li>
4029         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4030         <ul>
4031           <li>feature group display control parameter</li>
4032           <li>debug parameter</li>
4033           <li>showbutton parameter</li>
4034         </ul> <em>Applet API methods</em>
4035         <ul>
4036           <li>newView public method</li>
4037           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4038           <li>Feature display control methods</li>
4039           <li>get list of currently selected sequences</li>
4040         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4041         <ul>
4042           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4043           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4044             Jalview release.</li>
4045           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4046             property controls execution of obfuscator</li>
4047           <li>Build target for generating source distribution</li>
4048           <li>Debug flag for javacc</li>
4049           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4050             jalview.bin.Cache</li>
4051           <li>Continuous Build Integration for stable and
4052             development version of Application, Applet and source
4053             distribution</li>
4054         </ul></td>
4055       <td>
4056         <ul>
4057           <li>selected region output includes visible annotations
4058             (for certain formats)</li>
4059           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4060             for editing</li>
4061           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4062           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4063           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4064           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4065             comments</li>
4066           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4067             filenames containing a ':'</li>
4068           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4069             global sequence features</li>
4070           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4071             references from alignment sequences goes to zero</li>
4072           <li>Close of tree branch colour box without colour
4073             selection causes cascading exceptions</li>
4074           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4075           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4076             file parsing fails.</li>
4077           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4078           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4079             not a valid output format</li>
4080           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4081             vamsas</li>
4082           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4083           <li>error messages passed up and output when data read
4084             fails</li>
4085           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4086             sequence is edited</li>
4087           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4088             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4089           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4090             filetype</li>
4091           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4092             import fixed for PFAM records</li>
4093           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4094             window list</li>
4095           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4096             can be read and written correctly to annotation file</li>
4097           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4098             correctly</li>
4099           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4100             non-italic font for representatives in Applet</li>
4101           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4102             Macs.</li>
4103           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4104             Applet)</li>
4105           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4106             due to null pointer exceptions</li>
4107           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4108             first column of alignment</li>
4109           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4110             July 2008</li>
4111           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4112             file is case-insensitive</li>
4113           <li>Sequence features read from Features file appended to
4114             all sequences with matching IDs</li>
4115           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4116             containing a sub-sequence</li>
4117           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4118           <li>feature and annotation file applet parameters
4119             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4120           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4121           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4122             splash-screen version check to complete</li>
4123           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4124             when passing them to the launchApp service</li>
4125           <li>display name and local features preserved in results
4126             retrieved from web service</li>
4127           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4128             sequence fetcher initialisation</li>
4129           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4130             dasobert DAS client</li>
4131           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4132             association</li>
4133           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4134             sequences
4135           </li>
4136         </ul>
4137       </td>
4138     </tr>
4139     <tr>
4140       <td>
4141         <div align="center">
4142           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4143         </div>
4144       </td>
4145       <td>
4146         <ul>
4147           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4148           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4149           <li>Slide sequences</li>
4150           <li>Edit sequence in place</li>
4151           <li>EMBL CDS features</li>
4152           <li>DAS Feature mapping</li>
4153           <li>Feature ordering</li>
4154           <li>Alignment Properties</li>
4155           <li>Annotation Scores</li>
4156           <li>Sort by scores</li>
4157           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4158         </ul>
4159       </td>
4160       <td>
4161         <ul>
4162           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4163           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4164           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4165           <li>Feature group display state in XML</li>
4166           <li>Feature ordering in XML</li>
4167           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4168           <li>Stockholm alignment properties</li>
4169           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4170           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4171           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4172           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4173         </ul>
4174       </td>
4175
4176     </tr>
4177     <tr>
4178       <td>
4179         <div align="center">
4180           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4181         </div>
4182       </td>
4183       <td>
4184         <ul>
4185           <li>Non standard characters can be read and displayed
4186           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4187             applet via textbox
4188           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4189             name &amp; description
4190           <li>Preference setting to display sequence name in
4191             italics
4192           <li>Annotation file format extended to allow
4193             Sequence_groups to be defined
4194           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4195             specified in preferences
4196           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4197             sequences
4198         </ul>
4199       </td>
4200       <td>
4201         <ul>
4202           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4203             installed
4204           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4205           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4206         </ul>
4207       </td>
4208     </tr>
4209     <tr>
4210       <td>
4211         <div align="center">
4212           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4213         </div>
4214       </td>
4215       <td>
4216         <ul>
4217           <li>Multiple views on alignment
4218           <li>Sequence feature editing
4219           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4220           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4221           <li>Background dependent text colour
4222           <li>Right align sequence ids
4223           <li>User-defined lower case residue colours
4224           <li>Format Menu
4225           <li>Select Menu
4226           <li>Menu item accelerator keys
4227           <li>Control-V pastes to current alignment
4228           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4229           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4230           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4231
4232           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4233         </ul>
4234       </td>
4235       <td>
4236         <ul>
4237           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4238           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4239             calculations
4240           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4241             edits
4242           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4243             of alignment)
4244           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4245
4246           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4247             display correctly
4248           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4249           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4250             analysis results
4251           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4252             &#8739;
4253           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4254           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4255           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4256
4257         </ul>
4258       </td>
4259     </tr>
4260     <tr>
4261       <td>
4262         <div align="center">
4263           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4264         </div>
4265       </td>
4266       <td>
4267         <ul>
4268           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4269         </ul>
4270       </td>
4271       <td>
4272         <ul>
4273           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4274             sequence id panel has been resized</li>
4275           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4276             rendered</li>
4277           <li>Annotation files with sequence references - all
4278             elements in file are relative to sequence position</li>
4279           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4280         </ul>
4281       </td>
4282     </tr>
4283     <tr>
4284       <td>
4285         <div align="center">
4286           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4287         </div>
4288       </td>
4289       <td>
4290         <ul>
4291           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4292           <li>DAS Feature fetching</li>
4293           <li>Hide sequences and columns</li>
4294           <li>Export Annotations and Features</li>
4295           <li>GFF file reading / writing</li>
4296           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4297             files</li>
4298           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4299           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4300           <li>Applet can launch the full application</li>
4301           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4302             required)</li>
4303           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4304           <li>Applet can load sequences from parameter
4305             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4306           </li>
4307         </ul>
4308       </td>
4309       <td>
4310         <ul>
4311           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4312           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4313           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4314         </ul>
4315       </td>
4316     </tr>
4317     <tr>
4318       <td>
4319         <div align="center">
4320           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4321         </div>
4322       </td>
4323       <td>
4324         <ul>
4325           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4326           <li>Choose to match case when searching</li>
4327           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4328             expand the visible width and height of the alignment</li>
4329         </ul>
4330       </td>
4331       <td>
4332         <ul>
4333           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4334         </ul>
4335       </td>
4336     </tr>
4337     <tr>
4338       <td>
4339         <div align="center">
4340           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4341         </div>
4342       </td>
4343       <td>&nbsp;</td>
4344       <td>
4345         <ul>
4346           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4347           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4348             value</li>
4349         </ul>
4350       </td>
4351     </tr>
4352     <tr>
4353       <td>
4354         <div align="center">
4355           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4356         </div>
4357       </td>
4358       <td>
4359         <ul>
4360           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4361           <li>Keyboard editing</li>
4362           <li>Create sequence features from searches</li>
4363           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4364             alignments</li>
4365           <li>Features file allows grouping of features</li>
4366           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4367           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4368           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4369         </ul>
4370       </td>
4371       <td>
4372         <ul>
4373           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4374           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4375             descriptions saved.</li>
4376         </ul>
4377       </td>
4378     </tr>
4379     <tr>
4380       <td>
4381         <div align="center">
4382           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4383         </div>
4384       </td>
4385       <td>
4386         <ul>
4387           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4388           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4389           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4390             name for file output</li>
4391           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4392           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4393             used for HTML form input</li>
4394         </ul>
4395       </td>
4396       <td>
4397         <ul>
4398           <li>HTML output writes groups and features</li>
4399           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4400           <li>File IO bugs</li>
4401         </ul>
4402       </td>
4403     </tr>
4404     <tr>
4405       <td>
4406         <div align="center">
4407           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4408         </div>
4409       </td>
4410       <td>
4411         <ul>
4412           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4413           <li>More options for PCA viewer</li>
4414         </ul>
4415       </td>
4416       <td>
4417         <ul>
4418           <li>GUI bugs resolved</li>
4419           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4420         </ul>
4421       </td>
4422     </tr>
4423     <tr>
4424       <td height="63">
4425         <div align="center">
4426           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4427         </div>
4428       </td>
4429       <td>
4430         <ul>
4431           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4432           <li>Jar files are executable</li>
4433           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4434         </ul>
4435       </td>
4436       <td>
4437         <ul>
4438           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4439           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4440           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4441         </ul>
4442       </td>
4443     </tr>
4444     <tr>
4445       <td>
4446         <div align="center">
4447           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4448         </div>
4449       </td>
4450       <td>
4451         <ul>
4452           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4453         </ul>
4454       </td>
4455       <td>
4456         <ul>
4457           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4458         </ul>
4459       </td>
4460     </tr>
4461     <tr>
4462       <td>
4463         <div align="center">
4464           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4465         </div>
4466       </td>
4467       <td>
4468         <ul>
4469           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4470             size</li>
4471         </ul>
4472       </td>
4473       <td>
4474         <ul>
4475           <li>Improved JPred client reliability</li>
4476           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479     </tr>
4480     <tr>
4481       <td>
4482         <div align="center">
4483           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4484         </div>
4485       </td>
4486       <td>
4487         <ul>
4488           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4489           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4490           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4491             to Colour Menu</li>
4492           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4493           <li>Unix users can set default web browser</li>
4494           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4495           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4496         </ul>
4497       </td>
4498       <td>
4499         <ul>
4500           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4501         </ul>
4502       </td>
4503     </tr>
4504     <tr>
4505       <td>
4506         <div align="center">
4507           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4508         </div>
4509       </td>
4510       <td>&nbsp;</td>
4511       <td>
4512         <ul>
4513           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4514             alignment order.</li>
4515         </ul>
4516       </td>
4517     </tr>
4518     <tr>
4519       <td>
4520         <div align="center">
4521           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4522         </div>
4523       </td>
4524       <td>
4525         <ul>
4526           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4527           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4528           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4529             annotations.</li>
4530           <li>Version and build date written to build properties
4531             file.</li>
4532           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4533             at launch of Jalview.</li>
4534         </ul>
4535       </td>
4536       <td>
4537         <ul>
4538           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4539           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4540           <li>Can remove groups one by one.</li>
4541           <li>Filechooser icons installed.</li>
4542           <li>Finder ignores return character when searching.
4543             Return key will initiate a search.<br>
4544           </li>
4545         </ul>
4546       </td>
4547     </tr>
4548     <tr>
4549       <td>
4550         <div align="center">
4551           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4552         </div>
4553       </td>
4554       <td>
4555         <ul>
4556           <li>New codebase</li>
4557         </ul>
4558       </td>
4559       <td>&nbsp;</td>
4560     </tr>
4561   </table>
4562   <p>&nbsp;</p>
4563 </body>
4564 </html>