help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.1">.1</a><br />
  62           <em>05/04/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3973 -->Distribution Tarball includes git commit
  67             and branch details
  68           </li>
  69         </ul>
  70       </td>
  71       <td align="left" valign="top">
  72         <ul>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3975 -->Keyboard mode (F2) stops working after
  75             using the "Create sequence feature" dialog
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3976 -->3D Structure chooser fails to select
  79             structures from 3D-beacons and pops up a 'null' dialog
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3985 -->PDB FTS query results in error dialog
  83             containing '414' [URL too long]
  84           </li>
  85           <li>
  86           <!-- JAL-3980 JAL-3981 -->Sequence ID tooltip not shown during
  87             long running retrieval/crossref operations (affects at least
  88             2.11.1 onwards)
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3973 -->Cannot build Jalview 2.11.2.0 via gradle
  92             from its source tarball
  93           </li>
  94         </ul> <em>New Known Issues</em>
  95         <ul>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3984 -->Keyboard mode (F2) stops working after
  98             using the "Text Colour" dialog
  99           </li>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-3873 -->Colour by->all views doesn't allow
 102             colouring same structure from different views (since
 103             2.11.2.0)
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3981 --> Sequence Details report can take a long
 107             time to be displayed for heavily annotated sequences (such
 108             as single genome contigs for highly studied organisms)
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3886 -->Pfam and Rfam alignment retrieval as
 112             gzipped stockholm doesn't work on JalviewJS build of 2.11.2
 113           </li>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-3972 -->Java 11 Only: Jalview 2.11.2.0 OSX install
 116             not working due to VAqua requiring
 117             sun.awt.image.MultiResolutionImage
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3981 -->Sequence Details can take a long time to be
 121             displayed for heavily annotated sequences (all versions)
 122           </li>
 123         </ul>
 124       </td>
 125     </tr>
 126     <tr>
 127       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 128           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
 129           <em>10/03/2022</em></strong></td>
 130       <td align="left" valign="top">
 131         <ul>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
 134             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
 135             Chimera.
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
 139             with Uniprot references via 3D-Beacons
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
 143             Uniprot sequences according to number of residues in
 144             structure mapped to positions involved in the alignment
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
 148             chains in 3D structures are included in the 'Reference
 149             Annotation' for a sequence
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
 156             molecules imported from ENA records are shown as RNA
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
 162             memory settings at launch
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 166             non-alphanumerics when discovering database references with
 167             'Fetch DB Refs'
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 171             Console whilst discovering database references for a
 172             sequence
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 176             schema
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 180             disabled by default
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 184             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 185             fetcher dialog.
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 189             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 190             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 191             drosophila_melanogaster)
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 195             argument to prevent automatic discovery of analysis
 196             webservices on launch
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 200             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 201             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 202             textbox
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 206             proxies that require authentication
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 210             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 214             to 14.31.53
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 218             text
 219           </li>
 220         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 221         <ul>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 224             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 225             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 226             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 227               is the recommended workaround for known issue about
 228               working directory preservation when running native
 229               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 230           </em>
 231           </li>
 232           <li>Notarized MacOS installer for compliance with latest
 233             OSX releases (Monterey)</li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 236             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 237             the OSX disk image
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 241             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 245             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 246             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 247             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 251             configuration from jalview_properties
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 255             to get at Jalview's development builds
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 259             and Jalview Develop applications.
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 263             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 264             than anonymous 'Java' icons
 265           </li>
 266         </ul> <em>JalviewJS</em>
 267         <ul>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 270             with SIFTS
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 274             JalviewJS only
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 278             reported once per key (avoids excessive log output in js
 279             console)
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 283             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 290             GUI additions and improvements in sync with Java
 291             application.
 292           </li>
 293         </ul> <em>Development</em>
 294         <ul>
 295           <li>
 296             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 303             process, added support for system package provided eclipse
 304             installs on linux
 305           </li>
 306           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 309             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 310             Jalview Launcher
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 314             with Java 17 (next LTS target)
 315           </li>
 316         </ul>
 317       </td>
 318       <td align="left" valign="top">
 319         <ul>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 322             execution
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 326             disappears when only one structure is shown (and many
 327             sequences:one chain mappings are present)
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 331             the first SEQUENCE_GROUP defined
 332           </li>
 333
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 336             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 337             trees (known defect from 2.11.1.3)
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 341             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 345             base in DNA sequences
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 349             Structure Preferences
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 353           </li>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 359             modified graduated colour
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 363             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 364             clustal colouring is enabled
 365           </li>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 371             from Preferences
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 375             routing to stderr and appear as a raw template
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 379             numerical field doesn't update the value of the parameter
 380             until return is pressed.
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 384             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 385             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 386             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 387           </li>
 388         </ul> <em>JalviewJS</em>
 389         <ul>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 392             down) percentage values causing a divide by zero
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 396             via Info.args when there are arguments on the URL
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 400           </li>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 403             JalviewJS
 404           </li>
 405         </ul> <em>Development</em>
 406         <ul>
 407           <li>Gradle
 408             <ul>
 409               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 410               <li>
 411                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 412                 Gradle v.6.6+
 413               </li>
 414             </ul>
 415           </li>
 416
 417         </ul> <em>Known Issues</em>
 418         <ul>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 421             suppressed when structures associated with a sequence are
 422             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 423             series)
 424           </li>
 425         </ul>
 426       </td>
 427     </tr>
 428     <tr>
 429       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 430           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 431           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 432       <td></td>
 433       <td align="left" valign="top">
 434         <ul>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 437             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 438             Unix/BSD OSs)
 439           </li>
 440         </ul> <em>Security</em>
 441         <ul>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 444             certificates.
 445           </li>
 446         </ul>
 447     </tr>
 448     <tr>
 449       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 450           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 451           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 452
 453       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 454         <ul>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 457             2.16.0 to 2.17.0.
 458           </li>
 459         </ul></td>
 460       <td></td>
 461     </tr>
 462     <tr>
 463       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 464           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 465           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 466
 467       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 468         <ul>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 471             (was log4j 1.2.x).
 472         </ul> <em>Development</em>
 473         <ul>
 474           <li>Updated building instructions</li>
 475         </ul></td>
 476       <td>
 477         <ul>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 480             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 481             and display)
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 485             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 486             only)
 487           </li>
 488         </ul> <em>Development</em>
 489         <ul>
 490           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 491         </ul>
 492       </td>
 493     </tr>
 494     <tr>
 495       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 496           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 497           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 498       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 499           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 500         <ul>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 503             launch of the news browser (like -nonews argument)
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 507             download of linkout URLs from
 508             www.jalview.org/services/identifiers
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 512             download of BIOJSHTML templates
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 516             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 517             disabled
 518           </li>
 519         </ul></td>
 520       <td align="left" valign="top">
 521         <ul>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 524             Jmol
 525           </li>
 526         </ul> <em>New Known defects</em>
 527         <ul>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 530             always restored from project (since 2.10.3)
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 534             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 535           </li>
 536         </ul>
 537       </td>
 538     </tr>
 539     <tr>
 540       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 541           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 542           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 543       <td align="left" valign="top">
 544         <ul>
 545
 546         </ul>
 547       </td>
 548       <td align="left" valign="top">
 549         <ul>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 552             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 556             sequences can be classed as nucleotide
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 560             sequences after alignment of protein products (known defect
 561             first reported for 2.11.1.0)
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 565             features outwith CDS shown overlaid on protein
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 569             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 570             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 574             CDS features
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 578             always select corresponding protein sequences
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 582             column selection doesn't always ignore hidden columns
 583           </li>
 584         </ul> <em>Installer</em>
 585         <ul>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 588             Windows prevents install4j launching getdown
 589           </li>
 590         </ul> <em>Development</em>
 591         <ul>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 594             version numbers in doc/building.md
 595           </li>
 596         </ul>
 597       </td>
 598     </tr>
 599     <tr>
 600       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 601           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 602           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 603       <td align="left" valign="top">
 604         <ul>
 605         </ul>
 606       </td>
 607       <td align="left" valign="top">
 608         <ul>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 611             "Encountered problems opening
 612             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 613           </li>
 614         </ul>
 615       </td>
 616     </tr>
 617     <tr>
 618       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 619           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 620           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 621       <td align="left" valign="top">
 622         <ul>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 625             residue in cursor mode
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 629             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 633             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 634             improved compatibility with JalviewJS
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 638             alignments from Pfam and Rfam
 639           </li>
 640           <li>
 641             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 642             import (no longer based on .gz extension)
 643           </li>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 649             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 650             EMBL flat file
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 654             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 655             saving or making backup files.
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 659             <ul>
 660               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 661               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 662             </ul>
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 666             when running on Linux (Requires Java 11+)
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 670             green ones) are not automatically displayed when associated
 671             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 672             PDB.
 673           </li>
 674         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 675         <ul>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 678             through a system property
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 682             line help for configuring Jalview's memory
 683           </li>
 684         </ul>
 685       </td>
 686       <td align="left" valign="top">
 687         <ul>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 690             but not calculated and no protein or DNA score models are
 691             available for tree/PCA calculation when launched with
 692             Turkish language locale
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 696             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 700             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 704             sequence under the cursor
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 708             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 712             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 713             '%s'" on the console
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 717             when there are both local and complementary features mapped
 718             to the position under the cursor
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 722             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 723           </li>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 726             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 727           </li>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 730             internationalised text for some messages and log output
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 734             hidden gapped columns
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 738             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 742             specifying output format when exporting an alignment via the
 743             command line
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 747             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 748             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 749             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 750             file again, and if that fails, delete the original file and
 751             save in place.)
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 755             sequence features displayed causes displayed features to be
 756             hidden.
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 760             via command line
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 764             program and documentation
 765           </li>
 766         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 767         <ul>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 770             first time for a version that has different jars to the
 771             previous launched version.
 772           </li>
 773         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 774         <ul>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 777             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 778             OutOfMemory error.
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 782             monitor the release channel
 783           </li>
 784         </ul> <em>New Known defects</em>
 785         <ul>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 788             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 789             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 790             RNA viruses)
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 794             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 795             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 799             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 800             works for the top left quadrant of the alignment window
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 804             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 808             when alignment view restored from project (since Jalview
 809             2.11.0)
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 813             protein products for certain ENA records are repeatedly
 814             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 815           </li>
 816         </ul>
 817       </td>
 818     </tr>
 819     <tr>
 820       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 821           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 822           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 823       <td align="left" valign="top">
 824         <ul>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 827             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 828             for display in alignments, on structure views (including
 829             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 830             export.
 831           </li>
 832           <li>
 833             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 834             exported and re-imported as GFF3 files
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 838             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 842             validation while parsing
 843           </li>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 846             position if reopened
 847           </li>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 850             of associated view
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 854             enabled by default
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 858             tooltips and menus
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 862             with no feature types visible
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 866             attributes with large integer values
 867           </li>
 868         </ul>
 869         <em>Jalview Installer</em>
 870         <ul>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 873             installer template version reported in console (may be null
 874             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 875           </li>
 876           <li>
 877             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 878             higher quality background images
 879           </li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 882             generated with install4j 8.0.4
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 886             Platforms
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 890             setting when running on large memory machines
 891           </li>
 892         </ul> <em>Release processes</em>
 893         <ul>
 894           <li>
 895             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 899             access to test-release channel builds
 900           </li>
 901         </ul> <em>Build System</em>
 902         <ul>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 908             report
 909           </li>
 910         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 911         <ul>
 912           <li>
 913             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 914             to stdout containing the consensus sequence for each
 915             alignment in a Jalview session
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 919             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 920             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 921           </li>
 922         </ul>
 923       </td>
 924       <td align="left" valign="top">
 925         <ul>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 928             'Show hidden markers' option is not ticked
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 932             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 933             jalview preferences or properties file
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 937             'Show Sequence Features' option is not ticked
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 941             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 942             features are visible
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 946             equal when split frame is first opened
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 950             correct after editing a sequence's start position
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 954             with annotation and exceptions thrown when only a few
 955             columns shown in wrapped mode
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 959             wrapped alignment figure with annotations
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 963             ID fails with ClassCastException
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 967             Project
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 971             feature settings dialog also selects columns
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 975             IllegalArgumentException in some circumstances
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 979             opened for a view
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 983             alignment window is closed
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 987             help documentation for 2.11.0 release
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 991             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 992             Uniprot Accession
 993           </li>
 994         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 995         <ul>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 998             PDB/Uniprot search panel
 999           </li>
1000         </ul> <em>Installer</em>
1001         <ul>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
1004             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
1005           </li>
1006         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
1007         <ul>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
1010             repository
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
1014             memory
1015           </li>
1016         </ul> <em>New Known Issues</em>
1017         <ul>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
1020             preserved when Jalview.app launched with parameters from
1021             command line
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
1025             clipped in headless figure export when Right Align option
1026             enabled
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
1030             'Source' in console output
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
1034             on jalview's bamboo server but run fine locally.
1035           </li>
1036         </ul>
1037       </td>
1038     </tr>
1039     <tr>
1040       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
1041           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
1042       <td align="left" valign="top">
1043         <ul>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
1046             Application and Installers built with <a
1047             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
1048             (licensed to the Jalview open source project) rather than
1049             InstallAnywhere
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
1053             memory settings, receive over the air updates and launch
1054             specific versions via (<a
1055             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
1056               Rings' GetDown</a>)
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
1060             for formats supported by Jalview (including .jvp project
1061             files)
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
1065             line arguments and switch between different getdown channels
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1069             project or alignment files
1070           </li>
1071
1072           <li>
1073             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1074             data files
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1078             updated to version 2.12.0
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1082             'Translate as cDNA'
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1086           </li>
1087           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1088               of Sequence Features</strong>
1089             <ul>
1090               <li>
1091                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1092                 implementation that allows updates) used for Sequence
1093                 Feature collections
1094               </li>
1095               <li>
1096                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1097                 features can be filtered and shaded according to any
1098                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1099                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1100                 file)
1101               </li>
1102               <li>
1103                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1104                 stored and restored from Jalview Projects
1105               </li>
1106               <li>
1107                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1108                 BioJava) to recognise variant features
1109               </li>
1110               <li>
1111                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1112                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1113               </li>
1114               <li>
1115                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1116                 selected sequence feature's details
1117               </li>
1118               <li>
1119                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1120                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1121                 and filter aware)
1122               </li>
1123               <li>
1124                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1125                 Settings dialog
1126               </li>
1127             </ul></li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1130             and PCA calculations
1131           </li>
1132           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1133             <ul>
1134               <li>
1135                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1136                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1137               </li>
1138               <li>
1139                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1140                 viewer's drop-down menus
1141               </li>
1142               <li>
1143                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1144                 PCA image incrementally
1145               </li>
1146               <li>
1147                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1148               </li>
1149             </ul></li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1152           </li>
1153           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1154             <ul>
1155               <li>
1156                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1157                 selections and multiple groups when working with large
1158                 alignments
1159               </li>
1160               <li>
1161                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1162                 parsing Stockholm files
1163               </li>
1164             </ul>
1165           <li><strong>User Interface</strong>
1166             <ul>
1167               <li>
1168                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1169                 each view
1170               </li>
1171               <li>
1172                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1173                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1174                 regions of alignment are shown by default (can be
1175                 changed in user preferences)
1176               </li>
1177               <li>
1178                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1179                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1180               </li>
1181               <li>
1182                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1183                 when all sequences are hidden
1184               </li>
1185               <li>
1186                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1187                 selection region, and gap count when inserting or
1188                 deleting gaps
1189               </li>
1190               <li>
1191                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1192                 annotation labels
1193               </li>
1194               <li>
1195                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1196                 shown when in wrapped mode
1197               </li>
1198               <li>
1199                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1200                 left/right in a graph or histogram annotation
1201               </li>
1202               <li>
1203                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1204                 search panels
1205               </li>
1206               <li>
1207                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1208                 Overview panel
1209               </li>
1210               <li>
1211                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1212                 sequence id popup menu
1213               </li>
1214               <li>
1215                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1216                 not shown if no subgroups are created
1217               </li>
1218               <li>
1219                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1220                 search history by right-clicking search box
1221               </li>
1222
1223
1224             </ul></li>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1227             Groovy v2.5
1228           </li>
1229           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1230               release)</strong>
1231             <ul>
1232               <li>
1233                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1234                 entry and trapping CMD-Q
1235               </li>
1236             </ul></li>
1237         </ul> <em>Deprecations</em>
1238         <ul>
1239           <li>
1240             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1241             capabilities removed from the Jalview Desktop
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1245             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1246             projects and XML based data retrieval clients
1247           </li>
1248           <li>
1249             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1250             removal
1251           </li>
1252           <li>
1253             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1254             Start
1255           </li>
1256         </ul> <em>Documentation</em>
1257         <ul>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1260             effects not supported in EPS figure export
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1264             dialog
1265           </li>
1266         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1267         <ul>
1268           <li>
1269             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1270             from Ant to Gradle
1271           </li>
1272           <li>
1273             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1274             keys in Message bundles
1275           </li>
1276           <li>
1277             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1278             gradle-eclipse
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1282             continuous integration for unattended Test Suite execution
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1286             operations
1287           </li>
1288           <li>
1289             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1290             issues resolved
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1294             markdown (with HTML rendering)
1295           </li>
1296           <li>
1297             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1298           </li>
1299           <li>
1300             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1301             versions of Jalview
1302           </li>
1303         </ul>
1304       </td>
1305       <td align="left" valign="top">
1306         <ul>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1312             superposition in Jmol fail on Windows
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1316             discovering structures for sequences with lots of PDB
1317             structures
1318           </li>
1319           <li>
1320             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1321             with monospaced font
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1325             Jalview project involving multiple views
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1329             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1330             Annotation dialog hides columns
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1334             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1335             selection in one view, then making another selection in the
1336             other view
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1340             columns
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1344             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1348             redrawing the overview with large alignments
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1352             region if columns were selected by dragging right-to-left
1353             and the mouse moved to the left of the first column
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1357             a hidden column marker via scale popup menu
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1361             URLs doesn't tell users the invalid URL
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1365             score from view
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1369             during show cross references or Fetch Database References
1370             are shown in red in original view
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1374             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1375             p.Res.null)
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1379             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1383             printed when columns are hidden
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1387             Columns by Annotation description
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1391             dragging out of Scale or Annotation Panel
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1395             out of scale panel
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1399             alignment down
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1403             in scale panel
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1407             Down, Page Up in wrapped mode
1408           </li>
1409           <li>
1410             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1417             selected on opening an alignment
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1421             in Colour menu
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1425             when different groups in the alignment are selected
1426           </li>
1427           <li>
1428             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1429             shown correctly in menu
1430           </li>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1433             min/max threshold limit
1434           </li>
1435           <li>
1436             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1437             threshold gets 'unrounded'
1438           </li>
1439           <li>
1440             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1441             colour
1442           </li>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1445             axis
1446           </li>
1447           <li>
1448             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1452             alignment, not Tree font
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1456             from project file
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1460             Overview shown in complementary view
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1464             shown without normalisation
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1468             positioned at top of report
1469           </li>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1472           </li>
1473           <li>
1474             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1475             OSX Mojave
1476           </li>
1477         </ul> <em>Editing</em>
1478         <ul>
1479           <li>
1480             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1481             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1482             via 'Edit' sequence
1483           </li>
1484           <li>
1485             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1486             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1487             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1488           </li>
1489           <li>
1490             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1491             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1492           </li>
1493           <li>
1494             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1495             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1496             in 2.10.5)
1497           </li>
1498         </ul> <em>Datamodel</em>
1499         <ul>
1500           <li>
1501             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1502             sequence's End is greater than its length
1503           </li>
1504         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1505           release)</em>
1506         <ul>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1509           </li>
1510         </ul> <em>New Known Defects</em>
1511         <ul>
1512           <li>
1513             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1514             clicking ignores bounds of an existing selected region
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1518             gapped regions of protein alignment.
1519           </li>
1520           <li>
1521             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1522             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1523           </li>
1524           <li>
1525             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1526             after 'New View'
1527           </li>
1528           <li>
1529             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1530             columns within hidden columns
1531           </li>
1532           <li>
1533             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1534             re-enters window after dragging left to select columns to
1535             left of visible region
1536           </li>
1537           <li>
1538             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1539             description string and thresholded by score in earlier
1540             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1541             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1542           </li>
1543           <li>
1544             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1545             reset group visibility
1546           </li>
1547           <li>
1548             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1549             linked CDS/Protein view
1550           </li>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1553             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1554           </li>
1555         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1556         <ul>
1557           <li>
1558             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1559             alphabetically when saved
1560           </li>
1561         </ul>
1562       </td>
1563     </tr>
1564     <tr>
1565       <td width="60" nowrap>
1566         <div align="center">
1567           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1568         </div>
1569       </td>
1570       <td><div align="left">
1571           <em></em>
1572           <ul>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1575               InstallAnywhere increased to 1G.
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1579               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1580               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1581                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1582                 properties file.</em>
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1586               API and sequence data now imported as JSON.
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1590               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1591               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1592               property.
1593             </li>
1594           </ul>
1595           <em>Development</em>
1596           <ul>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1599               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1600                 Clover</a>
1601             </li>
1602           </ul>
1603         </div></td>
1604       <td><div align="left">
1605           <em></em>
1606           <ul>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1609               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1610               alignment.
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1614               annotation displayed.
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1618               for newly created group when 'Apply to all groups'
1619               selected
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1623               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1624               visible.
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1628               when sequences are selected in exported view.</em>
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1632               aren't rendered with correct colour.
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1636               types of knotted RNA secondary structure.
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1640               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1641               do not start at 1.
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1645               annotation when columns are inserted into an alignment,
1646               and when exporting as Stockholm flatfile.
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1650               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1651               treated as RNA secondary structure.
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1655               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1659               transfers focus to previous window on OSX
1660             </li>
1661           </ul>
1662           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1663           <ul>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1666               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1667               box.
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1671               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1672               'look and feel' which has improved compatibility with the
1673               latest version of OSX.
1674             </li>
1675           </ul>
1676         </div></td>
1677     </tr>
1678     <tr>
1679       <td width="60" nowrap>
1680         <div align="center">
1681           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1682             <em>7/06/2018</em></strong>
1683         </div>
1684       </td>
1685       <td><div align="left">
1686           <em></em>
1687           <ul>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1690               annotation retrieved from Uniprot
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1694               onto the Jalview Desktop
1695             </li>
1696           </ul>
1697         </div></td>
1698       <td><div align="left">
1699           <em></em>
1700           <ul>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1703               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1707               right-hand column parsed correctly
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1711               not alignment area in exported graphic
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1715               window has input focus
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1719               annotation added to view (Windows)
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1723               network connectivity is poor
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1727               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1728                 the currently open URL and links from a page viewed in
1729                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1730                 you are using Edge, only links in the page can be
1731                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1732                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1733             </li>
1734           </ul>
1735           <em>New Known Defects</em>
1736           <ul>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1739               Annotation
1740             </li>
1741           </ul>
1742         </div></td>
1743     </tr>
1744     <tr>
1745       <td width="60" nowrap>
1746         <div align="center">
1747           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1748         </div>
1749       </td>
1750       <td><div align="left">
1751           <em></em>
1752           <ul>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1755               for disabling automatic superposition of multiple
1756               structures and open structures in existing views
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1760               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1761               adjust them.
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1765               Ensembl services
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1769               and lots of hidden columns
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1773               of features (particularly when transparency is disabled)
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1777               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1778               made generally available
1779             </li>
1780           </ul>
1781         </div></td>
1782       <td><div align="left">
1783           <ul>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1786               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1790               overlapping alignment panel
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1794               sequence as gaps
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1798               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1799               UTR
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1803               factor annotation not added to sequence when local PDB
1804               file associated with it by drag'n'drop or structure
1805               chooser
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1809               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1813               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1817               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1821               columns in annotation row
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1825               not honored in batch mode
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1829               for structures added to existing Jmol view
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1833               entries after importing project with multiple views
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1837               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1838               with negative residue numbers or missing residues fails
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1842               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1843               files (e.g. as generated by CONSURF)
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1847               tooltip doesn't include a text description of mutation
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1851               structure and/or overview windows are also shown
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1855               regions very slow for alignments with large numbers of
1856               sequences
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1860               with 'StringIndexOutOfBounds'
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1864               Feel for OSX platforms running Java 10
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1868               view appears to do nothing because the view is hidden
1869               behind the alignment view
1870             </li>
1871           </ul>
1872           <em>Applet</em>
1873           <ul>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1876               should copy the group consensus when popup is opened on it
1877             </li>
1878           </ul>
1879           <em>Batch Mode</em>
1880           <ul>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1883               respected
1884             </li>
1885           </ul>
1886           <em>New Known Defects</em>
1887           <ul>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1890               editing a large alignment and overview is displayed
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1894               repeatedly after a series of edits even when the overview
1895               is no longer reflecting updates
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1899               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1900               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1901               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1905               CSV option gives blank output
1906             </li>
1907           </ul>
1908         </div></td>
1909     </tr>
1910     <tr>
1911       <td width="60" nowrap>
1912         <div align="center">
1913           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1914             <em>24/1/2018</em></strong>
1915         </div>
1916       </td>
1917       <td><div align="left">
1918           <ul>
1919             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1920               30th November 2018)</li>
1921           </ul>
1922         </div></td>
1923       <td><div align="left">
1924           <em>Desktop</em>
1925           <ul>
1926             <ul>
1927               <li>
1928                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1929                 several sequences and structures are selected for
1930                 viewing/superposing
1931               </li>
1932               <li>
1933                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1934                 vertically via trackpad and scrollwheel
1935               </li>
1936               <li>
1937                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1938                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1939                 start of alignment
1940               </li>
1941               <li>
1942                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1943                 scrolled into view if columns are hidden
1944               </li>
1945               <li>
1946                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1947                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1948                 hidden columns
1949               </li>
1950               <li>
1951                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1952                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1953                 effect
1954               </li>
1955               <li>
1956                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1957                 relationships when retrieving sequences from
1958                 EnsemblGenomes
1959               </li>
1960             </ul>
1961         </div></td>
1962     </tr>
1963     <tr>
1964       <td width="60" nowrap>
1965         <div align="center">
1966           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1967         </div>
1968       </td>
1969       <td><div align="left">
1970           <em></em>
1971           <ul>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1974               rendering of sequence features
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1978               429 rate limit request hander
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1982               their colours have changed
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1986               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1990               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1994               view from Ensembl locus cross-references
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1998               Alignment report
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
2002               feature can be disabled
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
2006               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
2010               Uniprot
2011             </li>
2012           </ul>
2013           <em>Scripting</em>
2014           <ul>
2015             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
2016             <li>Example groovy script for generating a matrix of
2017               percent identity scores for current alignment.</li>
2018           </ul>
2019           <em>Testing and Deployment</em>
2020           <ul>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
2023             </li>
2024           </ul>
2025         </div></td>
2026       <td><div align="left">
2027           <em>General</em>
2028           <ul>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
2031               threshold text field doesn't trigger an update to the
2032               alignment view
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
2036               strings in parallel
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
2040               alignment window is closed
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
2044               group visibility
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
2048               takes a long time in Cursor mode
2049             </li>
2050           </ul>
2051           <em>Desktop</em>
2052           <ul>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
2055               cannot be viewed in Chimera
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
2059               CDS/Protein view
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
2063               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
2064               Search Dialogs
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2074               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2078               scrolling right in unwapped alignment view
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2082               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2083               database
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2087               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2091               features of same type and group to be selected for
2092               amending
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2096               alignments when hidden columns are present
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2100               displaying several structures
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2104               moving a window
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2108               within the Jalview desktop on OSX
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2112               when in wrapped alignment mode
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2116               hand end of alignment
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2120               each selected sequence do not have correct start/end
2121               positions
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2125               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2129               restoring project until a new view is created
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2133               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2134               configured (since 2.10.2b2)
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2138               position is adjusted
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2142               in a multi-chain structure when viewing alignment
2143               involving more than one chain (since 2.10)
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2147               if new selection moves alignment window
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2151               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2155               that produces correctly annotated transcripts and products
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2159               doesn't update associated structure view
2160             </li>
2161           </ul>
2162           <em>Applet</em><br />
2163           <ul>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2166               closing alignment panel
2167             </li>
2168           </ul>
2169           <em>BioJSON</em><br />
2170           <ul>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2173               non-positional features
2174             </li>
2175           </ul>
2176           <em>New Known Issues</em>
2177           <ul>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2180               sequence features correctly (for many previous versions of
2181               Jalview)
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2185               using cursor in wrapped panel other than top
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2189               graduated colour threshold
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2193               always preserve numbering and sequence features
2194             </li>
2195           </ul>
2196           <em>Known Java 9 Issues</em>
2197           <ul>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2200               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2201               9.01, OSX 10.10)
2202             </li>
2203           </ul>
2204         </div></td>
2205     </tr>
2206     <tr>
2207       <td width="60" nowrap>
2208         <div align="center">
2209           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2210             <em>2/10/2017</em></strong>
2211         </div>
2212       </td>
2213       <td><div align="left">
2214           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2215           <ul>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2218               at uniprot.org
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2222               ebi.ac.uk
2223             </li>
2224           </ul>
2225         </div></td>
2226       <td><div align="left"></div></td>
2227     </tr>
2228     <tr>
2229       <td width="60" nowrap>
2230         <div align="center">
2231           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2232             <em>7/9/2017</em></strong>
2233         </div>
2234       </td>
2235       <td><div align="left">
2236           <em></em>
2237           <ul>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2240               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2241               white)
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2245               Preferences
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2249               in size and progress bar shown as higher resolution
2250               overview is recalculated
2251             </li>
2252
2253           </ul>
2254         </div></td>
2255       <td><div align="left">
2256           <em></em>
2257           <ul>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2260               column region row by row
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2264               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2268               format setting is unticked
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2272               if group has show boxes format setting unticked
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2276               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2277               include sequences and columns not currently displayed
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2281               assemblies are imported via CIF file
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2285               displayed when threshold or conservation colouring is also
2286               enabled.
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2290               server version
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2294               dragging a selected region off the visible region of the
2295               alignment
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2299               colourscheme to all groups in a view
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2303               initially after font size change using the Font chooser or
2304               middle-mouse zoom
2305             </li>
2306           </ul>
2307         </div></td>
2308     </tr>
2309     <tr>
2310       <td width="60" nowrap>
2311         <div align="center">
2312           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2313         </div>
2314       </td>
2315       <td><div align="left">
2316           <em>Calculations</em>
2317           <ul>
2318
2319             <li>
2320               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2321               ungapped positions in each column of the alignment.
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2325               a calculation dialog box
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2329               and memory efficiency (~30x faster)
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2333               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2334               and other calculations
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2338               files within the Jalview codebase
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2342               Similarity may have different topology due to increased
2343               precision
2344             </li>
2345           </ul>
2346           <em>Rendering</em>
2347           <ul>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2350               model for alignments and groups
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2354               scripts
2355             </li>
2356           </ul>
2357           <em>Overview</em>
2358           <ul>
2359             <li>
2360               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2361               with alignment and overview windows
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2365               overview
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2369               omitted in Overview
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2373               adjustment of visible position
2374             </li>
2375           </ul>
2376
2377           <em>Data import/export</em>
2378           <ul>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2381               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2385               annotation input/output via stockholm flatfile
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2389               extension when importing structure files without embedded
2390               names or PDB accessions
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2394               format sequence substitution matrices
2395             </li>
2396           </ul>
2397           <em>User Interface</em>
2398           <ul>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2401               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2402               the application.
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2406               via Overview or sequence motif search operations
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2410               opened by double clicking gaps within sequence feature
2411               extent
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2415               aligned positions were available to create a 3D structure
2416               superposition.
2417             </li>
2418           </ul>
2419           <em>3D Structure</em>
2420           <ul>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2423               coloured in linked structure views
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2427               file-based command exchange
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2431               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2432               structures are already available for sequences
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2436               the Jalview project rather than downloaded again when the
2437               project is reopened.
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2441               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2442               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2443                 Feature</strong>)
2444             </li>
2445           </ul>
2446           <em>Web Services</em>
2447           <ul>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2453               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2454               Analysis services
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2458               cross-references provided by identifiers.org and the
2459               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2460             </li>
2461           </ul>
2462
2463           <em>Scripting</em>
2464           <ul>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2467               identifying file formats (instead of String constants)
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2471               efficiency when counting all displayed features (not
2472               backwards compatible with 2.10.1)
2473             </li>
2474           </ul>
2475           <em>Example files</em>
2476           <ul>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2479               included in the example feature file
2480             </li>
2481           </ul>
2482           <em>Documentation</em>
2483           <ul>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2486               with the built-in Java help viewer
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2490               sequence description' option
2491             </li>
2492           </ul>
2493           <em>Test Suite</em>
2494           <ul>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2497               Uniprot REST Free Text Search Client
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2504               during tests
2505             </li>
2506           </ul>
2507         </div></td>
2508       <td><div align="left">
2509           <em>Calculations</em>
2510           <ul>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2513               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2514               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2515             </li>
2516             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2517               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2518               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2519               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2520               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2521               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2522               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2523               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2524               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2525               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2526               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2527               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2528               // for 2.10.1 mode <br />
2529               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2530               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2531                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2532                 calculations (not recommended)</em></li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2535               scaling of branch lengths for trees computed using
2536               Sequence Feature Similarity.
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2540               generating output report when working with highly
2541               redundant alignments
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2545               right of selected region when gaps present on right-hand
2546               boundary
2547             </li>
2548           </ul>
2549           <em>User Interface</em>
2550           <ul>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2553               doesn't reselect a specific sequence's associated
2554               annotation after it was used for colouring a view
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2558               opened on a region of alignment without groups
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2562               of an alignment with overlapping groups
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2566               name and description match
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2570               hidden regions results in incorrect hidden regions
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2574               changing colour does not apply Conservation slider value
2575               to all groups
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2579               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2583               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2587               gaps before start of features
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2591               restored to UI when feature colour is edited
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2595               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2599               as graduate feature colour settings are modified via the
2600               dialog box
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2604               when a group defined on the alignment is resized
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2608               wrapped view result in positional status updates
2609             </li>
2610
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2613               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2617               alignment included gapped columns
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2621               widgets don't permanently disappear
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2625               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2626               T-Coffee column reliability scores)
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2630               sequence feature on gaps only
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2634               button from a Find inherit previously defined feature type
2635               rather than the Find query string
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2639               exporting tree calculated in Jalview
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2643               and then revealing them reorders sequences on the
2644               alignment
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2648               doesn't update to reflect available set of groups after
2649               interactively adding or modifying features
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2653               Linux
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2657               only excluded gaps in current sequence and ignored
2658               selection.
2659             </li>
2660           </ul>
2661           <em>Rendering</em>
2662           <ul>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2665               erratically when hidden rows or columns are present
2666             </li>
2667             <li>
2668               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2669               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2670               sequence colouring
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2674               colour and group colour menu for protein alignments
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2678               reflect currently selected view or group's shading
2679               thresholds
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2683               when rendered on overview and structures when opacity at
2684               100%
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2688               overview when features overlaid on alignment
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2692               recovered correctly from Jalview project file
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2696               opened (automatically via preferences) are different to
2697               the main alignment panel
2698             </li>
2699           </ul>
2700           <em>Data import/export</em>
2701           <ul>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2704               load
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2708               added after a sequence was imported are not written to
2709               Stockholm File
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2713               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2717               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2721               with lightGray or darkGray via features file (but can
2722               specify lightgray)
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2726               when alignment view imported from project
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2730               structure and sequences extracted from structure files
2731               imported via URL and viewed in Jmol
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2735               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2736               the project is loaded and the structure viewed
2737             </li>
2738           </ul>
2739           <em>Web Services</em>
2740           <ul>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2743               release of Ensembl v.88
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2747               appear enabled in Preferences->Connections
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2751               removed from console output
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2755               Ensembl by Peptide ID
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2759               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2760               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2761               due to 'null' string rather than empty string used for
2762               residues with no corresponding PDB mapping).
2763             </li>
2764           </ul>
2765           <em>Application UI</em>
2766           <ul>
2767             <li>
2768               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2769               menu
2770             </li>
2771             <li>
2772               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2773               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2774               new documentation and tooltips added)
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2778               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2782               new features are added to alignment
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2786               changes to feature colours via the Amend features dialog
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2790               edit graduated feature colour via amend features dialog
2791               box
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2795               selection menu changes colours of alignment views
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2799               from alignment calculation workers after alignment has
2800               been closed
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2804               groups now 'Create Group'
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2808               Create/Undefine group doesn't always work
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2812               shown again after pressing 'Cancel'
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2816               adjusts start position in wrap mode
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2820               ambiguous amino acids
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2824               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2825               proteins
2826             </li>
2827             <li>
2828               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2829               Defined' don't appear in Colours menu
2830             </li>
2831           </ul>
2832           <em>Applet</em>
2833           <ul>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2836               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2840               overview or linked structure view
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2844               work (since 2.8)
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2848               user-defined colourscheme doesn't restore original
2849               colourscheme
2850             </li>
2851           </ul>
2852           <em>Test Suite</em>
2853           <ul>
2854             <li>
2855               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2856               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2860               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2861               problems with deep array comparison equality asserts in
2862               successive versions of TestNG
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2866               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2867             </li>
2868           </ul>
2869           <em>New Known Issues</em>
2870           <ul>
2871             <li>
2872               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2873               phase after a sequence motif find operation
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2877               containing just upper and lower case letters are
2878               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2882               reliably from eggnog Ortholog database
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2886               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2887               to mark columns containing highlighted regions.
2888             </li>
2889             <li>
2890               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2891               doesn't always add secondary structure annotation.
2892             </li>
2893           </ul>
2894         </div>
2895     <tr>
2896       <td width="60" nowrap>
2897         <div align="center">
2898           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2899         </div>
2900       </td>
2901       <td><div align="left">
2902           <em>General</em>
2903           <ul>
2904             <li>
2905               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2906               for all consensus calculations
2907             </li>
2908             <li>
2909               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2910               3rd Oct 2016)
2911             </li>
2912             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2913               for 2016-2017</li>
2914           </ul>
2915           <em>Application</em>
2916           <ul>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2919               set of database cross-references, sorted alphabetically
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2923               from database cross references. Users with custom links
2924               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2925                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2929               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2930               Chimera session
2931             </li>
2932             <li>
2933               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2934               the Chimera it is connected to is shut down
2935             </li>
2936             <li>
2937               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2938               columns menu item to mark columns containing highlighted
2939               regions (e.g. from structure selections or results of a
2940               Find operation)
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2944               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2945               MSAviewer
2946             </li>
2947           </ul>
2948         </div></td>
2949       <td>
2950         <div align="left">
2951           <em>General</em>
2952           <ul>
2953             <li>
2954               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2955               are not coloured or thresholded according to percent
2956               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2957             </li>
2958             <li>
2959               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2960               hydrophobic
2961             </li>
2962             <li>
2963               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2964               threshold, amino acid properties)
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2968               reported as mapped to residues in a structure file in the
2969               View Mapping report
2970             </li>
2971             <li>
2972               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2973               could be added multiple times to a sequence
2974             </li>
2975             <li>
2976               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2977               bond features shown as two highlighted residues rather
2978               than a range in linked structure views, and treated
2979               correctly when selecting and computing trees from features
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2983               cross-references are matched to database name regardless
2984               of case
2985             </li>
2986
2987           </ul>
2988           <em>Application</em>
2989           <ul>
2990             <li>
2991               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2992               names without regular expressions also offer links from
2993               Sequence ID
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2997               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2998               update Jalview configuration
2999             </li>
3000             <li>
3001               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
3002               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
3006               files with similarly named sequences if dropped onto the
3007               alignment
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
3011               entries where more chains exist in the PDB accession than
3012               are reported in the SIFTS file
3013             </li>
3014             <li>
3015               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
3016               the structure view when displayed with Chimera
3017             </li>
3018             <li>
3019               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
3020               panel's View->Show Chains submenu
3021             </li>
3022             <li>
3023               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
3024               work for wrapped alignment views
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
3028               predictions from 'JNet' to 'JPred'
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
3032               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
3033               first annotation row
3034             </li>
3035             <li>
3036               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
3037               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
3041               ranges for PDB and sequence for SIFTS
3042             </li>
3043             <!-- JAL-2319 -->
3044             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
3045             coordindate data
3046             </li>
3047           </ul>
3048           <!--           <em>New Known Issues</em>
3049           <ul>
3050             <li></li>
3051           </ul> -->
3052         </div>
3053       </td>
3054     </tr>
3055     <td width="60" nowrap>
3056       <div align="center">
3057         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
3058           <em>25/10/2016</em></strong>
3059       </div>
3060     </td>
3061     <td><em>Application</em>
3062       <ul>
3063         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
3064           view if structures already loaded</li>
3065         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
3066           structure views</li>
3067       </ul></td>
3068     <td>
3069       <div align="left">
3070         <em>General</em>
3071         <ul>
3072           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3073             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3074           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3075             example sequences/projects/trees</li>
3076         </ul>
3077         <em>Application</em>
3078         <ul>
3079           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3080             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3081           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3082             without timeout for structures with multiple models or
3083             multiple sequences in alignment</li>
3084           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3085             PDB ID HEADER line</li>
3086           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3087             is performed</li>
3088           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3089             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3090           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3091           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3092             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3093             option</li>
3094           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3095             is created on the alignment</li>
3096           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3097             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3098             pop-up menu</li>
3099         </ul>
3100         <em>Build and deployment</em>
3101         <ul>
3102           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3103             tags</li>
3104         </ul>
3105         <em>New Known Issues</em>
3106         <ul>
3107           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3108             on Windows</li>
3109         </ul>
3110       </div>
3111     </td>
3112     </tr>
3113     <tr>
3114       <td width="60" nowrap>
3115         <div align="center">
3116           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3117         </div>
3118       </td>
3119       <td><em>General</em>
3120         <ul>
3121           <li>
3122             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3126             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3127             better PDB parsing.
3128           </li>
3129           <li>
3130             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3131             reference sequence
3132           </li>
3133           <li>
3134             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3135             mousing over sequence associated annotation
3136           </li>
3137           <li>
3138             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3139             for manual entry
3140           </li>
3141           <li>
3142             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3143             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3144             for each column
3145           </li>
3146           <li>
3147             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3148             showing or hiding columns containing a feature
3149           </li>
3150           <li>
3151             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3152             group and sequence associated annotation labels
3153           </li>
3154           <li>
3155             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3156             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3157             dialogs
3158           </li>
3159
3160         </ul> <em>Application</em>
3161         <ul>
3162           <li>
3163             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3164             gene/transcript view
3165           </li>
3166           <li>
3167             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3168             dialog
3169           </li>
3170           <li>
3171             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3172             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3173           </li>
3174           <li>
3175             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3176             Pfam sources to xfam.org
3177           </li>
3178           <li>
3179             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3180           </li>
3181           <li>
3182             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3183             over sequences in Jalview
3184           </li>
3185           <li>
3186             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3187             regions in ENA and EMBL
3188           </li>
3189           <li>
3190             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3191             for record retrieval via ENA rest API
3192           </li>
3193           <li>
3194             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3195             complement operator
3196           </li>
3197           <li>
3198             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3199             groovy script execution
3200           </li>
3201           <li>
3202             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3203             alignment window's Calculate menu
3204           </li>
3205           <li>
3206             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3207             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3208           </li>
3209           <li>
3210             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3211             calculation workers from groovy scripts
3212           </li>
3213           <li>
3214             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3215             Jalview projects
3216           </li>
3217           <li>
3218             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3219             associations are now saved/restored from project
3220           </li>
3221           <li>
3222             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3223             before sequence fetcher is opened
3224           </li>
3225           <li>
3226             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3227             database chooser opens a sequence fetcher
3228           </li>
3229           <li>
3230             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3231             the UniProt REST API
3232           </li>
3233           <li>
3234             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3235             the news reader opening
3236           </li>
3237           <li>
3238             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3239             querying stored in preferences
3240           </li>
3241           <li>
3242             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3243             search results
3244           </li>
3245           <li>
3246             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3247           </li>
3248           <li>
3249             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3250             menu for nucleotide sequences
3251           </li>
3252           <li>
3253             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3254             and feature counts preserves alignment ordering (and
3255             debugged for complex feature sets).
3256           </li>
3257           <li>
3258             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3259             viewing structures with Jalview 2.10
3260           </li>
3261           <li>
3262             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3263             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3264             Ensembl Genomes REST API
3265           </li>
3266           <li>
3267             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3268             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3269             (Ensembl)
3270           </li>
3271           <li>
3272             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3273             sequences
3274           </li>
3275           <li>
3276             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3277             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3278             data from external database records.
3279           </li>
3280           <li>
3281             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3282             efficient recovery of sequence coding and alignment
3283             annotation relationships.
3284           </li>
3285         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3286         <ul>
3287           <li>
3288             -- JAL---
3289           </li>
3290         </ul> --></td>
3291       <td>
3292         <div align="left">
3293           <em>General</em>
3294           <ul>
3295             <li>
3296               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3297               menu on OSX
3298             </li>
3299             <li>
3300               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3301               includes graduated colourschemes
3302             </li>
3303             <li>
3304               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3305               working with big alignments and lots of hidden columns
3306             </li>
3307             <li>
3308               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3309               at right of alignment window
3310             </li>
3311             <li>
3312               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3313               contents
3314             </li>
3315             <li>
3316               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3317               for DNA alignments
3318             </li>
3319             <li>
3320               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3321               based tree calculation
3322             </li>
3323             <li>
3324               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3325               unconserved enabled for group on alignment
3326             </li>
3327             <li>
3328               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3329               set as reference
3330             </li>
3331             <li>
3332               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3333               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3334               annotation
3335             </li>
3336             <li>
3337               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3338               hidden columns present
3339             </li>
3340             <li>
3341               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3342               user created annotation added to alignment
3343             </li>
3344             <li>
3345               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3346               '()' base pair annotation
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3350               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3351               Consensus
3352             </li>
3353             <li>
3354               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3355               feature not working
3356             </li>
3357             <li>
3358               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3359               beginning of sequence
3360             </li>
3361             <li>
3362               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3363               entry 3a6s
3364             </li>
3365             <li>
3366               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3367               from a tree when t-coffee scores are shown
3368             </li>
3369             <li>
3370               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3371               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3372             </li>
3373             <li>
3374               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3375               some structures
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3379               to Clustal, PIR and PileUp output
3380             </li>
3381             <li>
3382               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3383               not visible causes alignment window to repaint
3384             </li>
3385             <li>
3386               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3387               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3388               scores associated with features and annotation rows
3389             </li>
3390             <li>
3391               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3392               calculation should be case independent
3393             </li>
3394             <li>
3395               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3396               columns
3397             </li>
3398             <li>
3399               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3400               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3401               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3402             </li>
3403             <li>
3404               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3405               problems when reference sequence defined and 'show
3406               non-conserved' enabled
3407             </li>
3408             <li>
3409               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3410               load even when Consensus calculation is disabled
3411             </li>
3412             <li>
3413               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3414               alignment does nothing
3415             </li>
3416           </ul>
3417           <em>Application</em>
3418           <ul>
3419             <li>
3420               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3421               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3422               yet fixed for El Capitan)
3423             </li>
3424             <li>
3425               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3426               output when running on non-gb/us i18n platforms
3427             </li>
3428             <li>
3429               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3430               hidden sequences as flat-file alignment
3431             </li>
3432             <li>
3433               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3434               launching Chimera
3435             </li>
3436             <li>
3437               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3438               (also hotfix for 2.9.0b2)
3439             </li>
3440             <li>
3441               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3442               reference sequence defined
3443             </li>
3444             <li>
3445               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3446               alignments and views when revealing hidden columns
3447             </li>
3448             <li>
3449               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3450               view in a cDNA/Protein splitframe
3451             </li>
3452             <li>
3453               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3454               sequence from project when only one sequence is
3455               represented
3456             </li>
3457             <li>
3458               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3459               in Structure Chooser
3460             </li>
3461             <li>
3462               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3463               structure consensus didn't refresh annotation panel
3464             </li>
3465             <li>
3466               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3467               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3468             </li>
3469             <li>
3470               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3471               dialogs format columns correctly, don't display array
3472               data, sort columns according to type
3473             </li>
3474             <li>
3475               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3476               file chooser is cancelled during an image export
3477             </li>
3478             <li>
3479               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3480               sequence name containing special characters
3481             </li>
3482             <li>
3483               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3484               case insensitive
3485             </li>
3486             <li>
3487               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3488               formatting don't wrap
3489             </li>
3490             <li>
3491               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3492               truncated so L looks like I in consensus annotation
3493             </li>
3494             <li>
3495               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3496               currently displayed features for the current selection or
3497               view
3498             </li>
3499             <li>
3500               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3501               after fetching cross-references, and restoring from
3502               project
3503             </li>
3504             <li>
3505               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3506               followed in the structure viewer
3507             </li>
3508             <li>
3509               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3510               splitframe not restored from project
3511             </li>
3512             <li>
3513               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3514               trailing end of protein alignment in transcript/product
3515               splitview when pad-gaps not enabled by default
3516             </li>
3517             <li>
3518               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3519               is case dependent
3520             </li>
3521             <li>
3522               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3523               article has been read (reopened issue due to
3524               internationalisation problems)
3525             </li>
3526             <li>
3527               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3528               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3529               cross-references
3530             </li>
3531
3532             <li>
3533               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3534               alignment as HTML
3535             </li>
3536             <li>
3537               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3538               multiple structures are shown for one or more sequences.
3539             </li>
3540             <li>
3541               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3542               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3543               is enabled.
3544             </li>
3545             <li>
3546               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3547               specific PDB id for sequence
3548             </li>
3549             <li>
3550               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3551               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3552               columns' is disabled.
3553             </li>
3554             <li>
3555               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3556               selects lowest rather than highest resolution structures
3557               for each sequence
3558             </li>
3559             <li>
3560               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3561               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3562             </li>
3563             <li>
3564               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3565               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3566             </li>
3567             <li>
3568               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3569               after clicking on it to create new annotation for a
3570               column.
3571             </li>
3572             <li>
3573               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3574               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3575             </li>
3576             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3577             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3578           </ul>
3579           <em>Applet</em>
3580           <ul>
3581             <li>
3582               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3583               hidden columns present before start of sequence
3584             </li>
3585             <li>
3586               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3587               (JSON jars)
3588             </li>
3589             <li>
3590               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3591               sequences are hidden in applet
3592             </li>
3593             <li>
3594               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3595               deployment on examples pages.
3596             </li>
3597           </ul>
3598         </div>
3599       </td>
3600     </tr>
3601     <tr>
3602       <td width="60" nowrap>
3603         <div align="center">
3604           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3605             <em>16/10/2015</em></strong>
3606         </div>
3607       </td>
3608       <td><em>General</em>
3609         <ul>
3610           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3611             jars</li>
3612         </ul></td>
3613       <td>
3614         <div align="left">
3615           <em>Application</em>
3616           <ul>
3617             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3618               shown when tree is partitioned</li>
3619             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3620               multiple cDNA/Protein split views</li>
3621           </ul>
3622         </div>
3623       </td>
3624     </tr>
3625     <tr>
3626       <td width="60" nowrap>
3627         <div align="center">
3628           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3629             <em>8/10/2015</em></strong>
3630         </div>
3631       </td>
3632       <td><em>General</em>
3633         <ul>
3634           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3635             2.9</li>
3636         </ul> <em>Application</em>
3637         <ul>
3638           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3639           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3640           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3641         </ul> <em>Applet</em>
3642         <ul>
3643           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3644         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3645         <ul>
3646           <li>
3647             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3648             suite
3649           </li>
3650         </ul></td>
3651       <td>
3652         <div align="left">
3653           <em>General</em>
3654           <ul>
3655             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3656               incorrect when sequence start > 1</li>
3657             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3658               documentation</li>
3659             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3660             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3661               loading a features file containing HTML tags in feature
3662               description</li>
3663
3664           </ul>
3665           <em>Application</em>
3666           <ul>
3667             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3668               reimport</li>
3669             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3670               with 'trim retrieved sequences'</li>
3671             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3672               deleting selected columns</li>
3673             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3674               JNLP templates for webstart launch</li>
3675             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3676               unreleased structures for download or viewing</li>
3677             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3678               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3679             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3680               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3681             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3682               recovered from jalview project</li>
3683             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3684               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3685               alignment view</li>
3686             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3687               color schemes from BioJSON</li>
3688           </ul>
3689           <em>Applet</em>
3690           <ul>
3691             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3692               frame</li>
3693             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3694           </ul>
3695         </div>
3696       </td>
3697     </tr>
3698     <tr>
3699       <td><div align="center">
3700           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3701         </div></td>
3702       <td><em>General</em>
3703         <ul>
3704           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3705             alignments:
3706             <ul>
3707               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3708                 and DNA alignment views</li>
3709               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3710                 cDNA alignment views</li>
3711               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3712                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3713               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3714                 protein sequences</li>
3715             </ul>
3716           </li>
3717           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3718           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3719             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3720           <li>New alignment annotation file statements for
3721             reference sequences and marking hidden columns</li>
3722           <li>Reference sequence based alignment shading to
3723             highlight variation</li>
3724           <li>Select or hide columns according to alignment
3725             annotation</li>
3726           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3727           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3728             acid conservation row</li>
3729           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3730         </ul> <em>Application</em>
3731         <ul>
3732           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3733             <ul>
3734               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3735                 view with cDNA/Protein</li>
3736               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3737                 sequences are placed in the same alignment</li>
3738               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3739                 projects</li>
3740             </ul>
3741           </li>
3742
3743           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3744           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3745             Jalview windows</li>
3746
3747           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3748           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3749           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3750             be shown in VARNA</li>
3751
3752           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3753             as the active selected region</li>
3754
3755           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3756             similarity</li>
3757           <li>New Export options
3758             <ul>
3759               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3760                 region export in flat file generation</li>
3761
3762               <li>Export alignment views for display with the <a
3763                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3764
3765               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3766               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3767                 alignment figures to HTML</li>
3768           </li>
3769           <li>3D structure retrieval and display
3770             <ul>
3771               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3772                 Search API</li>
3773               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3774                 PDB structures for a sequence set</li>
3775             </ul>
3776           </li>
3777
3778           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3779             predictions</li>
3780           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3781             for one or a group of sequences</li>
3782           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3783             from the JPred4 web server</li>
3784           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3785             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3786             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3787           </li>
3788           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3789             VARNA 2D Structure'</li>
3790           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3791             Structure ..."</li>
3792
3793         </ul> <em>Applet</em>
3794         <ul>
3795           <li>New layout for applet example pages</li>
3796           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3797             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3798           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3799             Protein alignments</li>
3800         </ul> <em>Development and deployment</em>
3801         <ul>
3802           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3803           <li>Include installation type and git revision in build
3804             properties and console log output</li>
3805           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3806             storing BioJsMSA Templates</li>
3807           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3808         </ul></td>
3809       <td>
3810         <!-- <em>General</em>
3811         <ul>
3812         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3813         <ul>
3814           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3815           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3816           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3817             predictions are not highlighted in amber</li>
3818           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3819             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3820           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3821             associated structure views</li>
3822           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3823             width checkbox not enabled</li>
3824           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3825             creating user defined colours</li>
3826           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3827             mappings for just that viewer's sequences</li>
3828           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3829             multiple models in Chimera</li>
3830           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3831             over Jmol structure</li>
3832           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3833             output to text box</li>
3834           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3835             have incorrect sequence start/end</li>
3836           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3837             Jalview fails</li>
3838           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3839             work for nucleotide</li>
3840           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3841             to a grey/invisible alignment window</li>
3842           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3843             imports to different position</li>
3844           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3845             on some platforms</li>
3846           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3847             populated</li>
3848           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3849             console if Chimera has been opened</li>
3850           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3851           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3852             retrieved</li>
3853           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3854           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3855             either sequence shows on first structure</li>
3856           <li>'Show annotations' options should not make
3857             non-positional annotations visible</li>
3858           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3859             in right place after 'view flanking regions'</li>
3860           <li>File Save As type unset when current file format is
3861             unknown</li>
3862           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3863             projects</li>
3864           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3865             responsive</li>
3866           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3867             several views on same alignment</li>
3868           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3869           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3870             spaces</li>
3871         </ul> <em>Applet</em>
3872         <ul>
3873           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3874           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3875             descriptions containing angle brackets</li>
3876         </ul> <em>General</em>
3877         <ul>
3878           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3879             via jalview annotation file</li>
3880           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3881             with RNA secondary structure</li>
3882           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3883             translation doesn't work.</li>
3884           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3885           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3886             positions</li>
3887           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3888             choosing 1pt font</li>
3889           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3890             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3891             'h'</li>
3892           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3893             new feature</li>
3894           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3895             order dependent</li>
3896           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3897             sequences</li>
3898           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3899         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3900         <ul>
3901           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3902             www.jalview.org</li>
3903         </ul> <em>Application Known issues</em>
3904         <ul>
3905           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3906           <li>Misleading message appears after trying to delete
3907             solid column.</li>
3908           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3909             version launches</li>
3910           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3911             fails with a sequence mismatch</li>
3912           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3913             scrolling alignment to right</li>
3914           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3915             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3916           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3917             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3918           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3919             ultra-high resolution</li>
3920           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3921             quality and conservation</li>
3922           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3923             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3924         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3925         <ul>
3926           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3927           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3928             window is being resized</li>
3929
3930         </ul>
3931       </td>
3932     </tr>
3933     <tr>
3934       <td><div align="center">
3935           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3936         </div></td>
3937       <td><em>General</em>
3938         <ul>
3939           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3940             Certum.PL.</li>
3941           <li>Features and annotation preserved when performing
3942             pairwise alignment</li>
3943           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3944             imported/exported/displayed</li>
3945           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3946             protein secondary structure</li>
3947           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3948               post-hoc with 2.9 release</em>)
3949           </li>
3950
3951         </ul> <em>Application</em>
3952         <ul>
3953           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3954             with 3D structures</li>
3955           <li>Support for parsing RNAML</li>
3956           <li>Annotations menu for layout
3957             <ul>
3958               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3959               <li>place sequence annotation above/below alignment
3960                 annotation</li>
3961             </ul>
3962           <li>Output in Stockholm format</li>
3963           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3964             translation</li>
3965           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3966           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3967             shared between alignments</li>
3968           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3969             Jalview</li>
3970           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3971             all or current selection</li>
3972           <li>disorder and secondary structure predictions
3973             available as dataset annotation</li>
3974           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3975
3976
3977           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3978             alignments from Rfam</li>
3979           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3980
3981           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3982             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3983           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3984           <li>include installation type in build properties and
3985             console log output</li>
3986           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3987             annotation</li>
3988         </ul></td>
3989       <td>
3990         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3991         <ul>
3992           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3993             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3994           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3995             alignment</li>
3996           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3997           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3998           <li>Double click on sequence associated annotation
3999             selects only first column</li>
4000           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
4001             leaves shown in tree</li>
4002           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
4003             properly</li>
4004           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
4005           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
4006             screen and buttons not visible</li>
4007           <li>author list isn't updated if already written to
4008             Jalview properties</li>
4009           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
4010             from database</li>
4011           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
4012           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
4013             browser search window</li>
4014           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
4015             in feature settings dialog</li>
4016           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
4017             desktop</li>
4018           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
4019             pass validation</li>
4020           <li>Web services parameters dialog box is too large to
4021             fit on screen</li>
4022           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
4023             tooltip</li>
4024           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
4025             defined user preset</li>
4026           <li>MSA web services warns user if they were launched
4027             with invalid input</li>
4028           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
4029             Java 8</li>
4030           <li>
4031             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
4032             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
4033             created
4034           </li>
4035
4036         </ul> <!--  <em>Applet</em>
4037         <ul>
4038         </ul> <em>General</em>
4039         <ul>
4040         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
4041         <ul>
4042           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
4043             memory allocation</li>
4044           <li>launchApp service doesn't automatically open
4045             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
4046           <li>
4047             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
4048             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
4049             1.7_055 is available
4050           </li>
4051         </ul> <em>Application Known issues</em>
4052         <ul>
4053           <li>
4054             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
4055             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
4056             alignment to right
4057           </li>
4058           <li>
4059             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
4060             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
4061             with large number of ID
4062           </li>
4063           <li>
4064             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
4065             flatfile output of visible region has incorrect sequence
4066             start/end
4067           </li>
4068           <li>
4069             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4070             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4071             structure tracks are rearranged
4072           </li>
4073           <li>
4074             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4075             invalid rna structure positional highlighting does not
4076             highlight position of invalid base pairs
4077           </li>
4078           <li>
4079             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4080             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4081             project from alignment window file menu
4082           </li>
4083           <li>
4084             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4085             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4086             structures
4087           </li>
4088           <li>
4089             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4090             colour by RNA Helices not enabled when user created
4091             annotation added to alignment
4092           </li>
4093           <li>
4094             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4095             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4096           </li>
4097         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4098         <ul>
4099           <li>
4100             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4101             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4102           </li>
4103           <li>
4104             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4105             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4106           </li>
4107
4108           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4109             when selected</li>
4110         </ul>
4111       </td>
4112     </tr>
4113     <tr>
4114       <td><div align="center">
4115           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4116         </div></td>
4117       <td>
4118         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4119         <em>General</em>
4120         <ul>
4121           <li>Internationalisation of user interface (usually
4122             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4123           <li>Define/Undefine group on current selection with
4124             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4125           <li>Improved group creation/removal options in
4126             alignment/sequence Popup menu</li>
4127           <li>Sensible precision for symbol distribution
4128             percentages shown in logo tooltip.</li>
4129           <li>Annotation panel height set according to amount of
4130             annotation when alignment first opened</li>
4131         </ul> <em>Application</em>
4132         <ul>
4133           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4134             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4135           <li>Select columns containing particular features from
4136             Feature Settings dialog</li>
4137           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4138             sequences</li>
4139           <li>Update Jalview project format:
4140             <ul>
4141               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4142               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4143                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4144               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4145                 colouring</li>
4146             </ul>
4147           </li>
4148           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4149             (PAM250)</li>
4150           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4151             flanking regions for an alignment</li>
4152         </ul>
4153       </td>
4154       <td>
4155         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4156         <ul>
4157           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4158             running after job is cancelled</li>
4159           <li>cannot export features from alignments imported from
4160             Jalview/VAMSAS projects</li>
4161           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4162             float values</li>
4163           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4164             have 'display all symbols' flag set</li>
4165           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4166             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4167           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4168             Jalview</li>
4169           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4170             Lion/Webstart</li>
4171           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4172           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4173           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4174             alignment onto desktop</li>
4175           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4176             'extract scores' function</li>
4177           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4178             alignment window</li>
4179           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4180             performing IUPred disorder prediction</li>
4181           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4182             changing 'normalise logo' display setting</li>
4183           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4184             nothing matches query</li>
4185           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4186             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4187           </li>
4188           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4189             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4190           </li>
4191           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4192             Jalview's menu</li>
4193           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4194             'invalid literal/length code'</li>
4195           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4196             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4197           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4198             colourscheme</li>
4199
4200         </ul> <em>Applet</em>
4201         <ul>
4202           <li>Remove group option is shown even when selection is
4203             not a group</li>
4204           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4205             don't affect groups</li>
4206           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4207             colourscheme name</li>
4208           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4209             Annotation panel is not displayed</li>
4210           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4211             embedded windows</li>
4212         </ul> <em>Other</em>
4213         <ul>
4214           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4215             single sequence were not calculated</li>
4216           <li>annotation files that contain only groups imported as
4217             annotation and junk sequences</li>
4218           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4219             recognised as PFAM or BLC</li>
4220           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4221             doesn't affect background (2.8.0b1)
4222           <li></li>
4223           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4224           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4225             trailing gaps</li>
4226           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4227             registered correctly on import</li>
4228           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4229             certain alignments</li>
4230           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4231             existing annotation based 'use original colours'
4232             colourscheme loses original colours setting</li>
4233         </ul>
4234       </td>
4235     </tr>
4236     <tr>
4237       <td><div align="center">
4238           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4239             <em>30/1/2014</em></strong>
4240         </div></td>
4241       <td>
4242         <ul>
4243           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4244             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4245             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4246             open source project).
4247           </li>
4248           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4249           <li>Output in Stockholm format</li>
4250           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4251           <li>Export/import group and sequence associated line
4252             graph thresholds</li>
4253           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4254             ambiguity codes</li>
4255           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4256             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4257             works</li>
4258           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4259         </ul> <em>Other improvements</em>
4260         <ul>
4261           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4262           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4263             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4264           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4265             files</li>
4266           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4267           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4268             link but no description</li>
4269           <li>Select primary source when selecting authority in
4270             database fetcher GUI</li>
4271           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4272             Jalview</li>
4273           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4274         </ul>
4275       </td>
4276       <td>
4277         <ul>
4278           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4279             displayed</li>
4280           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4281             secondary structure annotation line</li>
4282           <li>Sequence database accessions not imported when
4283             fetching alignments from Rfam</li>
4284           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4285             identical IDs</li>
4286           <li>View all structures does not always superpose
4287             structures</li>
4288           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4289             reflect user or preset settings</li>
4290           <li>Null pointer exceptions for some services without
4291             presets or adjustable parameters</li>
4292           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4293             discover PDB xRefs</li>
4294           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4295             features with DAS</li>
4296           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4297             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4298           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4299             residue follows a gap</li>
4300           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4301             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4302           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4303             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4304           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4305             annotation already exists on alignment</li>
4306           <li>oninit javascript function should be called after
4307             initialisation completes</li>
4308           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4309             alignment window display</li>
4310           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4311           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4312             to annotation file</li>
4313           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4314             groups created</li>
4315           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4316             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4317           <li>Pressing return several times causes Number Format
4318             exceptions in keyboard mode</li>
4319           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4320             correct partitions for input data</li>
4321           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4322           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4323           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4324           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4325             mode</li>
4326           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4327             changes one row&#39;s threshold</li>
4328           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4329             doesn&#39;t open</li>
4330           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4331             quality histograms</li>
4332         </ul>
4333       </td>
4334     </tr>
4335     <tr>
4336       <td><div align="center">
4337           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4338         </div></td>
4339       <td><em>Application</em>
4340         <ul>
4341           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4342             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4343           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4344             preferences</li>
4345           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4346             in Jalview alignment window</li>
4347           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4348             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4349           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4350             RNA and ambiguity codes</li>
4351
4352           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4353           <li>Support fetching and database reference look up
4354             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4355             refs')</li>
4356           <li>Jalview project improvements
4357             <ul>
4358               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4359                 flag for annotation</li>
4360               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4361                 alignment</li>
4362               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4363                 Jalview project</li>
4364
4365             </ul>
4366           </li>
4367           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4368           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4369             running</li>
4370           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4371           <li>visual indication that web service results are still
4372             being retrieved from server</li>
4373           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4374             starts up for first time</li>
4375           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4376             services</li>
4377           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4378             client library</li>
4379           <li>Examples directory and Groovy library included in
4380             InstallAnywhere distribution</li>
4381         </ul> <em>Applet</em>
4382         <ul>
4383           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4384             visualization applet example</li>
4385         </ul> <em>General</em>
4386         <ul>
4387           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4388           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4389             defaults</li>
4390           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4391             calculation</li>
4392           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4393             matrices
4394           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4395             in HTML</li>
4396           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4397             structure contacts</li>
4398           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4399           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4400           <li>Parse sequence associated secondary structure
4401             information in Stockholm files</li>
4402           <li>HTML Export database accessions and annotation
4403             information presented in tooltip for sequences</li>
4404           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4405             style RNA alignment files</li>
4406           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4407             alignment</li>
4408           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4409             shade each sequence according to its associated alignment
4410             annotation</li>
4411           <li>New Jalview Logo</li>
4412         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4413         <ul>
4414           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4415           <li>New Website!</li>
4416         </ul></td>
4417       <td><em>Application</em>
4418         <ul>
4419           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4420             wsdbfetch REST service</li>
4421           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4422           <li>Filetype associations not installed for webstart
4423             launch</li>
4424           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4425             job execution in full once it is complete</li>
4426           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4427             uploaded via ali_file parameter</li>
4428           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4429           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4430           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4431             submitted for prediction</li>
4432           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4433             desktop window</li>
4434           <li>Putting fractional value into integer text box in
4435             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4436           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4437             windows 7</li>
4438           <li>View all structures fails with exception shown in
4439             structure view</li>
4440           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4441             escaped in a platform independent way</li>
4442           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4443             using proxy</li>
4444           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4445             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4446           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4447             failure when java web start temporary file caching is
4448             disabled</li>
4449           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4450             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4451           <li>Errors during processing of command line arguments
4452             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4453           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4454             DAS sources in sequence fetcher</li>
4455           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4456             dialog is shown</li>
4457           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4458           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4459           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4460           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4461             on OSX Mountain Lion</li>
4462           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4463             sequences with alignment annotation are pasted into the
4464             alignment</li>
4465           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4466             when loaded from Jalview project</li>
4467           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4468           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4469             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4470           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4471             associated with all views</li>
4472           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4473             annotation rows to new window</li>
4474         </ul> <em>Applet</em>
4475         <ul>
4476           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4477             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4478           <li>loading features via javascript API automatically
4479             enables feature display</li>
4480           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4481             work</li>
4482         </ul> <em>General</em>
4483         <ul>
4484           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4485           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4486             and then deselected</li>
4487           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4488           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4489             coloured with clustalx</li>
4490           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4491             exceptions and redraw errors</li>
4492           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4493             reconfigured view</li>
4494           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4495             colour</li>
4496           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4497             for lots of labels</li>
4498         </ul>
4499     </tr>
4500     <tr>
4501       <td>
4502         <div align="center">
4503           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4504         </div>
4505       </td>
4506       <td><em>Application</em>
4507         <ul>
4508           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4509           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4510           <li>View/alignment association menu to enable user to
4511             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4512             its colours/correspondences from</li>
4513           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4514           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4515             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4516           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4517           <li>Annotation row column label formatting attributes
4518             stored in project file</li>
4519           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4520             rows preserved in Jalview project file</li>
4521           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4522             saved using Desktop window menu</li>
4523           <li>Visual indication that command line arguments are
4524             still being processed</li>
4525           <li>Groovy script execution from URL</li>
4526           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4527             preferences</li>
4528           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4529             alignment with sequences that have high similarity and
4530             matching IDs</li>
4531           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4532           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4533             structures in same window</li>
4534           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4535           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4536             analysis function in its own submenu</li>
4537         </ul> <em>Applet</em>
4538         <ul>
4539           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4540             groups</li>
4541           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4542           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4543           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4544           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4545           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4546             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4547           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4548           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4549             parameters are treated as such</li>
4550           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4551             <ul>
4552               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4553               <li>Javascript callbacks for
4554                 <ul>
4555                   <li>Applet initialisation</li>
4556                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4557                 </ul>
4558               </li>
4559               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4560                 functions</li>
4561               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4562               <li>javascript structure viewer harness to pass
4563                 messages between Jmol and Jalview when running as
4564                 distinct applets</li>
4565               <li>sortBy method</li>
4566               <li>Set of applet and application examples shipped
4567                 with documentation</li>
4568               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4569                 javascript message exchange</li>
4570             </ul>
4571         </ul> <em>General</em>
4572         <ul>
4573           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4574             multiple alignments</li>
4575           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4576           <li>User configurable link to enable redirects to a
4577             www.Jalview.org mirror</li>
4578           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4579           <li>Configurable newline string when writing alignment
4580             and other flat files</li>
4581           <li>Allow alignment annotation description lines to
4582             contain html tags</li>
4583         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4584         <ul>
4585           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4586             examples</li>
4587           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4588             using a web service before displaying the result in the
4589             Jalview desktop</li>
4590           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4591           <li>Ant target to publish example html files with applet
4592             archive</li>
4593           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4594           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4595         </ul></td>
4596       <td><em>Application</em>
4597         <ul>
4598           <li>User defined colourscheme throws exception when
4599             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4600           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4601             dialog for valid filename/format</li>
4602           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4603           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4604             P37173</li>
4605           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4606             which sequence is to be associated with the file</li>
4607           <li>Find All raises null pointer exception when query
4608             only matches sequence IDs</li>
4609           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4610           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4611             2.4 cannot be loaded</li>
4612           <li>Filetype associations not installed for webstart
4613             launch</li>
4614           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4615             with sequences in different alignments do not get coloured
4616             by their associated sequence</li>
4617           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4618             not preserved when project is loaded</li>
4619           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4620             stored in Jalview project</li>
4621           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4622             Jalview project</li>
4623           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4624           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4625             by conservation</li>
4626           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4627             created on new view</li>
4628           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4629             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4630           <li>Alignment quality not updated after alignment
4631             annotation row is hidden then shown</li>
4632           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4633             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4634           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4635             properly</li>
4636           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4637             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4638           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4639           <li>Structures imported from file and saved in project
4640             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4641           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4642             job execution in full once it is complete</li>
4643         </ul> <em>Applet</em>
4644         <ul>
4645           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4646             annotation rows are displayed</li>
4647           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4648             codebase</li>
4649           <li>View follows highlighting does not work for positions
4650             in sequences</li>
4651           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4652           <li>Export features raises exception when no features
4653             exist</li>
4654           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4655             for javascript api is modified when separator string
4656             provided as parameter</li>
4657           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4658             alignment with no existing selection</li>
4659           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4660             to applet&#39;s codebase</li>
4661           <li>Status bar not updated after finished searching and
4662             search wraps around to first result</li>
4663           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4664             several Jalview applets causes race conditions and memory
4665             leaks</li>
4666           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4667             not sent from Jmol in applet</li>
4668           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4669             applet API fatally hang browser</li>
4670         </ul> <em>General</em>
4671         <ul>
4672           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4673             position with wrapped view and hidden regions</li>
4674           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4675             with/without hidden columns</li>
4676           <li>Sequence length given in alignment properties window
4677             is off by 1</li>
4678           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4679             import PDB like structure files</li>
4680           <li>Positional search results are only highlighted
4681             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4682           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4683           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4684             given sequence position</li>
4685           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4686             output</li>
4687           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4688             from nucleotide chains correctly</li>
4689           <li>Structure colours not updated when tree partition
4690             changed in alignment</li>
4691           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4692             parsed in interleaved stockholm</li>
4693           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4694             state</li>
4695           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4696             properly</li>
4697           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4698             properly associated with their pdb files</li>
4699         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4700         <ul>
4701           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4702             ApplyCopyright tool</li>
4703         </ul></td>
4704     </tr>
4705     <tr>
4706       <td>
4707         <div align="center">
4708           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4709         </div>
4710       </td>
4711       <td><em>Application</em>
4712         <ul>
4713           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4714             contact web services</li>
4715           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4716             service job window</li>
4717           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4718         </ul></td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4722             pir file emitted by Jalview</li>
4723           <li>Existing feature settings transferred to new
4724             alignment view created from cut'n'paste</li>
4725           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4726             parsing PDB files</li>
4727           <li>Consensus and conservation annotation rows
4728             occasionally become blank for all new windows</li>
4729           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4730             in wrapped view mode</li>
4731         </ul> <em>Application</em>
4732         <ul>
4733           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4734             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4735           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4736             parameter names</li>
4737           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4738             is down</li>
4739         </ul>
4740       </td>
4741     </tr>
4742     <tr>
4743       <td>
4744         <div align="center">
4745           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4746         </div>
4747       </td>
4748       <td><em>Application</em>
4749         <ul>
4750           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4751             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4752             (JABAWS)
4753           </li>
4754           <li>Web Services preference tab</li>
4755           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4756             preferences</li>
4757           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4758           <li>Superpose structures using associated sequence
4759             alignment</li>
4760           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4761             viewer</li>
4762         </ul> <em>Applet</em>
4763         <ul>
4764           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4765             link out mechanism</li>
4766         </ul> <em>Other</em>
4767         <ul>
4768           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4769             series 12</li>
4770           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4771             require Java 1.5</li>
4772           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4773             sequence annotation files</li>
4774           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4775             type colour specification</li>
4776           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4777             script to check if it being run in an interactive session or
4778             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4779         </ul></td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4783             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4784         </ul> <em>Application</em>
4785         <ul>
4786           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4787             selected Regions menu item</li>
4788           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4789             part of a valid accession ID</li>
4790           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4791             runs out of memory</li>
4792           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4793             analysis results</li>
4794           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4795             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4796           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4797         </ul> <em>Applet</em>
4798         <ul>
4799           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4800             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4801             defined.</li>
4802         </ul>
4803       </td>
4804     </tr>
4805     <tr>
4806       <td>
4807         <div align="center">
4808           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4809         </div>
4810       </td>
4811       <td></td>
4812       <td>
4813         <ul>
4814           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4815             sequence IDs</li>
4816           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4817             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4818           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4819             import correctly</li>
4820           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4821             number of columns are hidden</li>
4822           <li>annotation label popup menu not providing correct
4823             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4824             present</li>
4825           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4826             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4827           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4828             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4829
4830         </ul> <em>Applet</em>
4831         <ul>
4832           <li>annotation panel disappears when annotation is
4833             hidden/removed</li>
4834         </ul> <em>Application</em>
4835         <ul>
4836           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4837             alignment opened where annotation panel is visible but no
4838             annotations are present on alignment</li>
4839           <li>pasted region containing hidden columns is
4840             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4841           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4842             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4843           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4844             selected Rregions menu item.</li>
4845           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4846             'Un' or 'Non'conserved</li>
4847           <li>Sequence feature settings are being shared by
4848             multiple distinct alignments</li>
4849           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4850             changed</li>
4851           <li>double click on group annotation to select sequences
4852             does not propagate to associated trees</li>
4853           <li>Mac OSX specific issues:
4854             <ul>
4855               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4856                 window background</li>
4857               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4858                 name set correctly</li>
4859               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4860                 save feature colourscheme button</li>
4861             </ul>
4862           </li>
4863         </ul>
4864       </td>
4865     </tr>
4866     <tr>
4867
4868       <td>
4869         <div align="center">
4870           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4871         </div>
4872       </td>
4873       <td><em>New Capabilities</em>
4874         <ul>
4875           <li>URL links generated from description line for
4876             regular-expression based URL links (applet and application)
4877
4878
4879           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4880             menu</li>
4881           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4882             structures</li>
4883           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4884             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4885           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4886             average score or total feature count for each sequence.</li>
4887           <li>Shading features by score or associated description</li>
4888           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4889             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4890           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4891             hide everything but the currently selected region.</li>
4892           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4893         </ul> <em>Application</em>
4894         <ul>
4895           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4896             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4897           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4898             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4899           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4900             database references and protein_name is parsed as
4901             description line (BioSapiens terms).</li>
4902           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4903             references in sequence ID tooltip from View menu in
4904             application.</li>
4905           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4906       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4907           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4908             conservation plots</li>
4909           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4910             and visualized as sequence logos</li>
4911           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4912             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4913           </li>
4914           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4915             when a new tree is opened.</li>
4916           <li>Jalview Java Console</li>
4917           <li>Better placement of desktop window when moving
4918             between different screens.</li>
4919           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4920             consensus annotation</li>
4921           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4922             Workflows</li>
4923           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4924             <ul>
4925               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4926                 used to preserve views, structures, and tree display
4927                 settings)</li>
4928               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4929                 command line</li>
4930               <li>Sharing of selected regions between views and
4931                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4932               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4933             </ul></li>
4934         </ul> <em>Applet</em>
4935         <ul>
4936           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4937           <li>New Parameters
4938             <ul>
4939               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4940                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4941                 opened.</li>
4942               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4943                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4944               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4945                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4946               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4947                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4948                 view</li>
4949               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4950                 increase the height or width of a cell in the alignment
4951                 grid relative to the current font size.</li>
4952             </ul>
4953           </li>
4954           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4955             tooltip</li>
4956         </ul> <em>Other</em>
4957         <ul>
4958           <li>Features format: graduated colour definitions and
4959             specification of feature scores</li>
4960           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4961             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4962             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4963           <li>XML formats extended to support graduated feature
4964             colourschemes, group associated annotation, and profile
4965             visualization settings.</li></td>
4966       <td>
4967         <ul>
4968           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4969             rather than description</li>
4970           <li>Non-positional features are now included in sequence
4971             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4972             visibility in tooltip).</li>
4973           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4974           <li>Added URL embedding instructions to features file
4975             documentation.</li>
4976           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4977             'X' in peptide product</li>
4978           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4979             sequence ID and sequence string and query strings do not
4980             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4981           <li>AMSA files only contain first column of
4982             multi-character column annotation labels</li>
4983           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4984             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4985             exported and re-imported)</li>
4986           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4987             name</li>
4988           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4989             as subsequence matches, and correctly reports total number
4990             of both.</li>
4991           <li>Application:
4992             <ul>
4993               <li>Better handling of exceptions during sequence
4994                 retrieval</li>
4995               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4996                 link text excludes the start_end suffix</li>
4997               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4998                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4999               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
5000               <li>Sequence description lines properly shared via
5001                 VAMSAS</li>
5002               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5003                 data sources</li>
5004               <li>Ensured that command line das feature retrieval
5005                 completes before alignment figures are generated.</li>
5006               <li>Reduced time taken when opening file browser for
5007                 first time.</li>
5008               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
5009                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
5010               <li>User defined group colours properly recovered
5011                 from Jalview projects.</li>
5012             </ul>
5013           </li>
5014         </ul>
5015       </td>
5016
5017     </tr>
5018     <tr>
5019       <td>
5020         <div align="center">
5021           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
5022         </div>
5023       </td>
5024       <td>
5025         <ul>
5026           <li>Experimental support for google analytics usage
5027             tracking.</li>
5028           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
5029         </ul>
5030       </td>
5031       <td>
5032         <ul>
5033           <li>Race condition in applet preventing startup in
5034             jre1.6.0u12+.</li>
5035           <li>Exception when feature created from selection beyond
5036             length of sequence.</li>
5037           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
5038           <li>Sequence associated annotation rows associate with
5039             all sequences with a given id</li>
5040           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
5041             ID string searches</li>
5042           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
5043             alignment to fail with exception</li>
5044         </ul> <em>Application Issues</em>
5045         <ul>
5046           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
5047           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5048             data sources</li>
5049         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
5050         <ul>
5051           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
5052             issue with installAnywhere mechanism)</li>
5053           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
5054             version (java class versioning error fixed)</li>
5055         </ul>
5056       </td>
5057     </tr>
5058     <tr>
5059       <td>
5060
5061         <div align="center">
5062           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
5063         </div>
5064       </td>
5065       <td><em>User Interface</em>
5066         <ul>
5067           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
5068             translation and protein products</li>
5069           <li>Linked highlighting of structure associated with
5070             residue mapping to codon position</li>
5071           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5072             and 'clear' button</li>
5073           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5074             Tools menu</li>
5075           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5076             numeric data in description line</li>
5077           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5078           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5079             of sequence</li>
5080         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5081         <ul>
5082           <li>JPred3 web service</li>
5083           <li>Prototype sequence search client (no public services
5084             available yet)</li>
5085           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5086             PFAM</li>
5087           <li>URL Links created for matching database cross
5088             references as well as sequence ID</li>
5089           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5090         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5091         <ul>
5092           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5093             databases</li>
5094           <li>Generalised database reference retrieval and
5095             validation to all fetchable databases</li>
5096           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5097             sequence command</li>
5098         </ul> <em>Import and Export</em>
5099         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5100         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5101           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5102         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5103           File</li>
5104         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5105           triplet as name of colourscheme</li>
5106         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5107         <ul>
5108           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5109           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5110             alignments (experimental)</li>
5111           <li>Create new or select existing session to join</li>
5112           <li>load and save of vamsas documents</li>
5113         </ul> <em>Application command line</em>
5114         <ul>
5115           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5116             from applet)</li>
5117           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5118             of DAS servers to query for alignment features</li>
5119           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5120             that are also automatically queried for features</li>
5121           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5122             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5123         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5124         <ul>
5125           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5126             application (when using &quot;View in full
5127             application&quot;)</li>
5128         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5129         <ul>
5130           <li>feature group display control parameter</li>
5131           <li>debug parameter</li>
5132           <li>showbutton parameter</li>
5133         </ul> <em>Applet API methods</em>
5134         <ul>
5135           <li>newView public method</li>
5136           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5137           <li>Feature display control methods</li>
5138           <li>get list of currently selected sequences</li>
5139         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5140         <ul>
5141           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5142           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5143             Jalview release.</li>
5144           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5145             property controls execution of obfuscator</li>
5146           <li>Build target for generating source distribution</li>
5147           <li>Debug flag for javacc</li>
5148           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5149             jalview.bin.Cache</li>
5150           <li>Continuous Build Integration for stable and
5151             development version of Application, Applet and source
5152             distribution</li>
5153         </ul></td>
5154       <td>
5155         <ul>
5156           <li>selected region output includes visible annotations
5157             (for certain formats)</li>
5158           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5159             for editing</li>
5160           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5161           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5162           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5163           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5164             comments</li>
5165           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5166             filenames containing a ':'</li>
5167           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5168             global sequence features</li>
5169           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5170             references from alignment sequences goes to zero</li>
5171           <li>Close of tree branch colour box without colour
5172             selection causes cascading exceptions</li>
5173           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5174           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5175             file parsing fails.</li>
5176           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5177           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5178             not a valid output format</li>
5179           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5180             vamsas</li>
5181           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5182           <li>error messages passed up and output when data read
5183             fails</li>
5184           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5185             sequence is edited</li>
5186           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5187             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5188           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5189             filetype</li>
5190           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5191             import fixed for PFAM records</li>
5192           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5193             window list</li>
5194           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5195             can be read and written correctly to annotation file</li>
5196           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5197             correctly</li>
5198           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5199             non-italic font for representatives in Applet</li>
5200           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5201             Macs.</li>
5202           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5203             Applet)</li>
5204           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5205             due to null pointer exceptions</li>
5206           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5207             first column of alignment</li>
5208           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5209             July 2008</li>
5210           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5211             file is case-insensitive</li>
5212           <li>Sequence features read from Features file appended to
5213             all sequences with matching IDs</li>
5214           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5215             containing a sub-sequence</li>
5216           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5217           <li>feature and annotation file applet parameters
5218             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5219           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5220           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5221             splash-screen version check to complete</li>
5222           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5223             when passing them to the launchApp service</li>
5224           <li>display name and local features preserved in results
5225             retrieved from web service</li>
5226           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5227             sequence fetcher initialisation</li>
5228           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5229             dasobert DAS client</li>
5230           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5231             association</li>
5232           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5233             sequences
5234           </li>
5235         </ul>
5236       </td>
5237     </tr>
5238     <tr>
5239       <td>
5240         <div align="center">
5241           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5242         </div>
5243       </td>
5244       <td>
5245         <ul>
5246           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5247           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5248           <li>Slide sequences</li>
5249           <li>Edit sequence in place</li>
5250           <li>EMBL CDS features</li>
5251           <li>DAS Feature mapping</li>
5252           <li>Feature ordering</li>
5253           <li>Alignment Properties</li>
5254           <li>Annotation Scores</li>
5255           <li>Sort by scores</li>
5256           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5257         </ul>
5258       </td>
5259       <td>
5260         <ul>
5261           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5262           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5263           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5264           <li>Feature group display state in XML</li>
5265           <li>Feature ordering in XML</li>
5266           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5267           <li>Stockholm alignment properties</li>
5268           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5269           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5270           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5271           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5272         </ul>
5273       </td>
5274
5275     </tr>
5276     <tr>
5277       <td>
5278         <div align="center">
5279           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5280         </div>
5281       </td>
5282       <td>
5283         <ul>
5284           <li>Non standard characters can be read and displayed
5285           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5286             applet via textbox
5287           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5288             name &amp; description
5289           <li>Preference setting to display sequence name in
5290             italics
5291           <li>Annotation file format extended to allow
5292             Sequence_groups to be defined
5293           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5294             specified in preferences
5295           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5296             sequences
5297         </ul>
5298       </td>
5299       <td>
5300         <ul>
5301           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5302             installed
5303           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5304           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5305         </ul>
5306       </td>
5307     </tr>
5308     <tr>
5309       <td>
5310         <div align="center">
5311           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5312         </div>
5313       </td>
5314       <td>
5315         <ul>
5316           <li>Multiple views on alignment
5317           <li>Sequence feature editing
5318           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5319           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5320           <li>Background dependent text colour
5321           <li>Right align sequence ids
5322           <li>User-defined lower case residue colours
5323           <li>Format Menu
5324           <li>Select Menu
5325           <li>Menu item accelerator keys
5326           <li>Control-V pastes to current alignment
5327           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5328           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5329           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5330
5331
5332           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5333         </ul>
5334       </td>
5335       <td>
5336         <ul>
5337           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5338           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5339             calculations
5340           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5341             edits
5342           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5343             of alignment)
5344           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5345
5346
5347           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5348             display correctly
5349           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5350           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5351             analysis results
5352           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5353             &#8739;
5354           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5355           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5356           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5357
5358
5359         </ul>
5360       </td>
5361     </tr>
5362     <tr>
5363       <td>
5364         <div align="center">
5365           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5366         </div>
5367       </td>
5368       <td>
5369         <ul>
5370           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5371         </ul>
5372       </td>
5373       <td>
5374         <ul>
5375           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5376             sequence id panel has been resized</li>
5377           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5378             rendered</li>
5379           <li>Annotation files with sequence references - all
5380             elements in file are relative to sequence position</li>
5381           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5382         </ul>
5383       </td>
5384     </tr>
5385     <tr>
5386       <td>
5387         <div align="center">
5388           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5389         </div>
5390       </td>
5391       <td>
5392         <ul>
5393           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5394           <li>DAS Feature fetching</li>
5395           <li>Hide sequences and columns</li>
5396           <li>Export Annotations and Features</li>
5397           <li>GFF file reading / writing</li>
5398           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5399             files</li>
5400           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5401           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5402           <li>Applet can launch the full application</li>
5403           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5404             required)</li>
5405           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5406           <li>Applet can load sequences from parameter
5407             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5408           </li>
5409         </ul>
5410       </td>
5411       <td>
5412         <ul>
5413           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5414           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5415           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5416         </ul>
5417       </td>
5418     </tr>
5419     <tr>
5420       <td>
5421         <div align="center">
5422           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5423         </div>
5424       </td>
5425       <td>
5426         <ul>
5427           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5428           <li>Choose to match case when searching</li>
5429           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5430             expand the visible width and height of the alignment</li>
5431         </ul>
5432       </td>
5433       <td>
5434         <ul>
5435           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5436         </ul>
5437       </td>
5438     </tr>
5439     <tr>
5440       <td>
5441         <div align="center">
5442           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5443         </div>
5444       </td>
5445       <td>&nbsp;</td>
5446       <td>
5447         <ul>
5448           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5449           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5450             value</li>
5451         </ul>
5452       </td>
5453     </tr>
5454     <tr>
5455       <td>
5456         <div align="center">
5457           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5458         </div>
5459       </td>
5460       <td>
5461         <ul>
5462           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5463           <li>Keyboard editing</li>
5464           <li>Create sequence features from searches</li>
5465           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5466             alignments</li>
5467           <li>Features file allows grouping of features</li>
5468           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5469           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5470           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5471         </ul>
5472       </td>
5473       <td>
5474         <ul>
5475           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5476           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5477             descriptions saved.</li>
5478         </ul>
5479       </td>
5480     </tr>
5481     <tr>
5482       <td>
5483         <div align="center">
5484           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5485         </div>
5486       </td>
5487       <td>
5488         <ul>
5489           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5490           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5491           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5492             name for file output</li>
5493           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5494           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5495             used for HTML form input</li>
5496         </ul>
5497       </td>
5498       <td>
5499         <ul>
5500           <li>HTML output writes groups and features</li>
5501           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5502           <li>File IO bugs</li>
5503         </ul>
5504       </td>
5505     </tr>
5506     <tr>
5507       <td>
5508         <div align="center">
5509           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5510         </div>
5511       </td>
5512       <td>
5513         <ul>
5514           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5515           <li>More options for PCA viewer</li>
5516         </ul>
5517       </td>
5518       <td>
5519         <ul>
5520           <li>GUI bugs resolved</li>
5521           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5522         </ul>
5523       </td>
5524     </tr>
5525     <tr>
5526       <td height="63">
5527         <div align="center">
5528           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5529         </div>
5530       </td>
5531       <td>
5532         <ul>
5533           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5534           <li>Jar files are executable</li>
5535           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5536         </ul>
5537       </td>
5538       <td>
5539         <ul>
5540           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5541           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5542           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5543         </ul>
5544       </td>
5545     </tr>
5546     <tr>
5547       <td>
5548         <div align="center">
5549           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5550         </div>
5551       </td>
5552       <td>
5553         <ul>
5554           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5555         </ul>
5556       </td>
5557       <td>
5558         <ul>
5559           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5560         </ul>
5561       </td>
5562     </tr>
5563     <tr>
5564       <td>
5565         <div align="center">
5566           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5567         </div>
5568       </td>
5569       <td>
5570         <ul>
5571           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5572             size</li>
5573         </ul>
5574       </td>
5575       <td>
5576         <ul>
5577           <li>Improved JPred client reliability</li>
5578           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5579         </ul>
5580       </td>
5581     </tr>
5582     <tr>
5583       <td>
5584         <div align="center">
5585           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5586         </div>
5587       </td>
5588       <td>
5589         <ul>
5590           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5591           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5592           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5593             to Colour Menu</li>
5594           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5595           <li>Unix users can set default web browser</li>
5596           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5597           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5598         </ul>
5599       </td>
5600       <td>
5601         <ul>
5602           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5603         </ul>
5604       </td>
5605     </tr>
5606     <tr>
5607       <td>
5608         <div align="center">
5609           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5610         </div>
5611       </td>
5612       <td>&nbsp;</td>
5613       <td>
5614         <ul>
5615           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5616             alignment order.</li>
5617         </ul>
5618       </td>
5619     </tr>
5620     <tr>
5621       <td>
5622         <div align="center">
5623           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5624         </div>
5625       </td>
5626       <td>
5627         <ul>
5628           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5629           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5630           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5631             annotations.</li>
5632           <li>Version and build date written to build properties
5633             file.</li>
5634           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5635             at launch of Jalview.</li>
5636         </ul>
5637       </td>
5638       <td>
5639         <ul>
5640           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5641           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5642           <li>Can remove groups one by one.</li>
5643           <li>Filechooser icons installed.</li>
5644           <li>Finder ignores return character when searching.
5645             Return key will initiate a search.<br>
5646           </li>
5647         </ul>
5648       </td>
5649     </tr>
5650     <tr>
5651       <td>
5652         <div align="center">
5653           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5654         </div>
5655       </td>
5656       <td>
5657         <ul>
5658           <li>New codebase</li>
5659         </ul>
5660       </td>
5661       <td>&nbsp;</td>
5662     </tr>
5663   </table>
5664   <p>&nbsp;</p>
5665 </body>
5666 </html>