help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 112             argument to prevent automatic discovery of analysis
 113             webservices on launch
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 117             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 118             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 119             textbox
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 123             text
 124           </li>
 125         </ul>
 126         <em>Jalview Native App</em>
 127         <ul>
 128           <li>
 129             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 130             to get at Jalview's development builds
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 134             and Jalview Develop applications.
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 138             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 139             than anonymous 'Java' icons
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing) Look and Feel (LaF) used by Jalview
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved operation on Linux Ubuntu with
 146             HiDPI display in Java 11 (still known issues with HiDPI screens in java
 147             8 and 11. see <a
 148             href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh, .ps1, .bat) usable on
 152             macOS, Linux/Unix, Windows and documentation in Help.  Installer wizard has option
 153             to add this to PATH, or link to it in your PATH.
 154           </li>
 155
 156         </ul> <em>JalviewJS</em>
 157         <ul>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 160             SIFTS
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 167             reported once per key (avoids excessive log output in js
 168             console)
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 172             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 173           </li>
 174           <li></li>
 175         </ul> <em>Development</em>
 176         <ul>
 177           <li>
 178             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 179           </li>
 180           <li>Updated building instructions</li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 183             process, added support for system package provided eclipse
 184             installs on linux
 185           </li>
 186           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 187           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 188             Sur and Monterey</li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 191             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 192             the DMG
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 196             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 197             Jalview Launcher
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 201             with Java 17 (next LTS target)
 202           </li>
 203
 204         </ul>
 205
 206       </td>
 207       <td>
 208         <ul>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 211             execution
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 215             disappears when only one structure is shown (and many
 216             sequences:one chain mappings are present)
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 220             the first SEQUENCE_GROUP defined
 221
 222           </li>
 223
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 226             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 227             trees (known defect from 2.11.1.3)
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 231             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 235             base in DNA sequences
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 239             Structure Preferences
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 249             modified graduated colour
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 253             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 254             clustal colouring is enabled
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 261             routing to stderr and appear as a raw template
 262           </li>
 263         </ul> <em>JalviewJS</em>
 264         <ul>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 267             down) percentage values causing a divide by zero
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- -->
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- -->
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- -->
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- -->
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 283             via Info.args when there are arguments on the URL
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 290             JalviewJS
 291           </li>
 292         </ul> <em>Development</em>
 293         <ul>
 294           <li>Gradle
 295             <ul>
 296               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 297               <li>
 298                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 299                 Gradle v.6.6+
 300               </li>
 301             </ul>
 302           </li>
 303
 304         </ul>
 305       </td>
 306     </tr>
 307     <tr>
 308       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 309           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 310           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 311       <td></td>
 312       <td align="left" valign="top">
 313         <ul>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 316             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 317             Unix/BSD OSs)
 318           </li>
 319         </ul> <em>Security</em>
 320         <ul>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 323             certificates.
 324           </li>
 325         </ul>
 326     </tr>
 327     <tr>
 328       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 329           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 330           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 331
 332       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 333         <ul>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 336             2.16.0 to 2.17.0.
 337           </li>
 338         </ul></td>
 339       <td></td>
 340     </tr>
 341     <tr>
 342       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 343           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 344           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 345
 346       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 347         <ul>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 350             (was log4j 1.2.x).
 351         </ul> <em>Development</em>
 352         <ul>
 353           <li>Updated building instructions</li>
 354         </ul></td>
 355       <td>
 356         <ul>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 359             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 360             and display)
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 364             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 365             only)
 366           </li>
 367         </ul> <em>Development</em>
 368         <ul>
 369           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 370         </ul>
 371       </td>
 372     </tr>
 373     <tr>
 374       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 375           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 376           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 377       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 378           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 379         <ul>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 382             launch of the news browser (like -nonews argument)
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 386             download of linkout URLs from
 387             www.jalview.org/services/identifiers
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 391             download of BIOJSHTML templates
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 395             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 396             disabled
 397           </li>
 398         </ul></td>
 399       <td align="left" valign="top">
 400         <ul>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 403             Jmol
 404           </li>
 405         </ul> <em>New Known defects</em>
 406         <ul>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 409             always restored from project (since 2.10.3)
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 413             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 414           </li>
 415         </ul>
 416       </td>
 417     </tr>
 418     <tr>
 419       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 420           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 421           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 422       <td align="left" valign="top">
 423         <ul>
 424
 425         </ul>
 426       </td>
 427       <td align="left" valign="top">
 428         <ul>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 431             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 435             sequences can be classed as nucleotide
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 439             sequences after alignment of protein products (known defect
 440             first reported for 2.11.1.0)
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 444             features outwith CDS shown overlaid on protein
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 448             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 449             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 453             CDS features
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 457             always select corresponding protein sequences
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 461             column selection doesn't always ignore hidden columns
 462           </li>
 463         </ul> <em>Installer</em>
 464         <ul>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 467             Windows prevents install4j launching getdown
 468           </li>
 469         </ul> <em>Development</em>
 470         <ul>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 473             version numbers in doc/building.md
 474           </li>
 475         </ul>
 476       </td>
 477     </tr>
 478     <tr>
 479       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 480           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 481           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 482       <td align="left" valign="top">
 483         <ul>
 484         </ul>
 485       </td>
 486       <td align="left" valign="top">
 487         <ul>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 490             "Encountered problems opening
 491             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 492           </li>
 493         </ul>
 494       </td>
 495     </tr>
 496     <tr>
 497       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 498           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 499           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 500       <td align="left" valign="top">
 501         <ul>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 504             residue in cursor mode
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 508             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 512             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 513             improved compatibility with JalviewJS
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 517             alignments from Pfam and Rfam
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 521             import (no longer based on .gz extension)
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 528             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 529             EMBL flat file
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 533             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 534             saving or making backup files.
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 538             <ul>
 539               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 540               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 541             </ul>
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 545             when running on Linux (Requires Java 11+)
 546           </li>
 547         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 548         <ul>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 551             through a system property
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 555             line help for configuring Jalview's memory
 556           </li>
 557         </ul>
 558       </td>
 559       <td align="left" valign="top">
 560         <ul>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 563             but not calculated and no protein or DNA score models are
 564             available for tree/PCA calculation when launched with
 565             Turkish language locale
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 569             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 573             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 577             sequence under the cursor
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 581             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 585             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 586             '%s'" on the console
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 590             when there are both local and complementary features mapped
 591             to the position under the cursor
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 595             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 599             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 603             internationalised text for some messages and log output
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 607             hidden gapped columns
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 611             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 615             specifying output format when exporting an alignment via the
 616             command line
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 620             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 621             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 622             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 623             file again, and if that fails, delete the original file and
 624             save in place.)
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 628             via command line
 629           </li>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 632             program and documentation
 633           </li>
 634         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 635         <ul>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 638             first time for a version that has different jars to the
 639             previous launched version.
 640           </li>
 641         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 642         <ul>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 645             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 646             OutOfMemory error.
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 650             monitor the release channel
 651           </li>
 652         </ul> <em>New Known defects</em>
 653         <ul>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 656             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 657             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 658             RNA viruses)
 659           </li>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 662             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 663             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 667             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 668             works for the top left quadrant of the alignment window
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 672             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 676             when alignment view restored from project (since Jalview
 677             2.11.0)
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 681             protein products for certain ENA records are repeatedly
 682             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 683           </li>
 684         </ul>
 685       </td>
 686     </tr>
 687     <tr>
 688       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 689           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 690           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 691       <td align="left" valign="top">
 692         <ul>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 695             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 696             for display in alignments, on structure views (including
 697             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 698             export.
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 702             exported and re-imported as GFF3 files
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 706             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 710             validation while parsing
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 714             position if reopened
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 718             of associated view
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 722             enabled by default
 723           </li>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 726             tooltips and menus
 727           </li>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 730             with no feature types visible
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 734             attributes with large integer values
 735           </li>
 736         </ul>
 737         <em>Jalview Installer</em>
 738         <ul>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 741             installer template version reported in console (may be null
 742             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 746             higher quality background images
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 750             generated with install4j 8.0.4
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 754             Platforms
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 758             setting when running on large memory machines
 759           </li>
 760         </ul> <em>Release processes</em>
 761         <ul>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 767             access to test-release channel builds
 768           </li>
 769         </ul> <em>Build System</em>
 770         <ul>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 776             report
 777           </li>
 778         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 779         <ul>
 780           <li>
 781             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 782             to stdout containing the consensus sequence for each
 783             alignment in a Jalview session
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 787             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 788             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 789           </li>
 790         </ul>
 791       </td>
 792       <td align="left" valign="top">
 793         <ul>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 796             'Show hidden markers' option is not ticked
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 800             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 801             jalview preferences or properties file
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 805             'Show Sequence Features' option is not ticked
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 809             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 810             features are visible
 811           </li>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 814             equal when split frame is first opened
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 818             correct after editing a sequence's start position
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 822             with annotation and exceptions thrown when only a few
 823             columns shown in wrapped mode
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 827             wrapped alignment figure with annotations
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 831             ID fails with ClassCastException
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 835             Project
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 839             feature settings dialog also selects columns
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 843             IllegalArgumentException in some circumstances
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 847             opened for a view
 848           </li>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 851             alignment window is closed
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 855             help documentation for 2.11.0 release
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 859             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 860             Uniprot Accession
 861           </li>
 862         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 863         <ul>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 866             PDB/Uniprot search panel
 867           </li>
 868         </ul> <em>Installer</em>
 869         <ul>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 872             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 873           </li>
 874         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 875         <ul>
 876           <li>
 877             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 878             repository
 879           </li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 882             memory
 883           </li>
 884         </ul> <em>New Known Issues</em>
 885         <ul>
 886           <li>
 887             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 888             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 889             command line
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 893             clipped in headless figure export when Right Align option
 894             enabled
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 898             'Source' in console output
 899           </li>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 902             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 903           </li>
 904         </ul>
 905       </td>
 906     </tr>
 907     <tr>
 908       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 909           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 910       <td align="left" valign="top">
 911         <ul>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 914             Application and Installers built with <a
 915             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 916             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 917             InstallAnywhere
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 921             memory settings, receive over the air updates and launch
 922             specific versions via (<a
 923             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 924               Rings' GetDown</a>)
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 928             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 929             files)
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 933             line arguments and switch between different getdown channels
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 937             project or alignment files
 938           </li>
 939
 940           <li>
 941             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 942             data files
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 946             updated to version 2.12.0
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 950             'Translate as cDNA'
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 954           </li>
 955           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 956               of Sequence Features</strong>
 957             <ul>
 958               <li>
 959                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 960                 implementation that allows updates) used for Sequence
 961                 Feature collections
 962               </li>
 963               <li>
 964                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 965                 features can be filtered and shaded according to any
 966                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 967                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 968                 file)
 969               </li>
 970               <li>
 971                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 972                 stored and restored from Jalview Projects
 973               </li>
 974               <li>
 975                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 976                 BioJava) to recognise variant features
 977               </li>
 978               <li>
 979                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 980                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 981               </li>
 982               <li>
 983                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 984                 selected sequence feature's details
 985               </li>
 986               <li>
 987                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 988                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 989                 and filter aware)
 990               </li>
 991               <li>
 992                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 993                 Settings dialog
 994               </li>
 995             </ul></li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 998             and PCA calculations
 999           </li>
1000           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1001             <ul>
1002               <li>
1003                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1004                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1005               </li>
1006               <li>
1007                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1008                 viewer's drop-down menus
1009               </li>
1010               <li>
1011                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1012                 PCA image incrementally
1013               </li>
1014               <li>
1015                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1016               </li>
1017             </ul></li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1020           </li>
1021           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1022             <ul>
1023               <li>
1024                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1025                 selections and multiple groups when working with large
1026                 alignments
1027               </li>
1028               <li>
1029                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1030                 parsing Stockholm files
1031               </li>
1032             </ul>
1033           <li><strong>User Interface</strong>
1034             <ul>
1035               <li>
1036                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1037                 each view
1038               </li>
1039               <li>
1040                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1041                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1042                 regions of alignment are shown by default (can be
1043                 changed in user preferences)
1044               </li>
1045               <li>
1046                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1047                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1048               </li>
1049               <li>
1050                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1051                 when all sequences are hidden
1052               </li>
1053               <li>
1054                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1055                 selection region, and gap count when inserting or
1056                 deleting gaps
1057               </li>
1058               <li>
1059                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1060                 annotation labels
1061               </li>
1062               <li>
1063                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1064                 shown when in wrapped mode
1065               </li>
1066               <li>
1067                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1068                 left/right in a graph or histogram annotation
1069               </li>
1070               <li>
1071                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1072                 search panels
1073               </li>
1074               <li>
1075                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1076                 Overview panel
1077               </li>
1078               <li>
1079                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1080                 sequence id popup menu
1081               </li>
1082               <li>
1083                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1084                 not shown if no subgroups are created
1085               </li>
1086               <li>
1087                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1088                 search history by right-clicking search box
1089               </li>
1090
1091
1092             </ul></li>
1093           <li>
1094             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1095             Groovy v2.5
1096           </li>
1097           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1098               release)</strong>
1099             <ul>
1100               <li>
1101                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1102                 entry and trapping CMD-Q
1103               </li>
1104             </ul></li>
1105         </ul> <em>Deprecations</em>
1106         <ul>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1109             capabilities removed from the Jalview Desktop
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1113             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1114             projects and XML based data retrieval clients
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1118             removal
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1122             Start
1123           </li>
1124         </ul> <em>Documentation</em>
1125         <ul>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1128             effects not supported in EPS figure export
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1132             dialog
1133           </li>
1134         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1135         <ul>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1138             from Ant to Gradle
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1142             keys in Message bundles
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1146             gradle-eclipse
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1150             continuous integration for unattended Test Suite execution
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1154             operations
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1158             issues resolved
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1162             markdown (with HTML rendering)
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1169             versions of Jalview
1170           </li>
1171         </ul>
1172       </td>
1173       <td align="left" valign="top">
1174         <ul>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1180             superposition in Jmol fail on Windows
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1184             discovering structures for sequences with lots of PDB
1185             structures
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1189             with monospaced font
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1193             Jalview project involving multiple views
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1197             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1198             Annotation dialog hides columns
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1202             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1203             selection in one view, then making another selection in the
1204             other view
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1208             columns
1209           </li>
1210           <li>
1211             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1212             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1213           </li>
1214           <li>
1215             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1216             redrawing the overview with large alignments
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1220             region if columns were selected by dragging right-to-left
1221             and the mouse moved to the left of the first column
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1225             a hidden column marker via scale popup menu
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1229             URLs doesn't tell users the invalid URL
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1233             score from view
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1237             during show cross references or Fetch Database References
1238             are shown in red in original view
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1242             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1243             p.Res.null)
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1247             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1251             printed when columns are hidden
1252           </li>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1255             Columns by Annotation description
1256           </li>
1257           <li>
1258             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1259             dragging out of Scale or Annotation Panel
1260           </li>
1261           <li>
1262             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1263             out of scale panel
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1267             alignment down
1268           </li>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1271             in scale panel
1272           </li>
1273           <li>
1274             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1275             Down, Page Up in wrapped mode
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1285             selected on opening an alignment
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1289             in Colour menu
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1293             when different groups in the alignment are selected
1294           </li>
1295           <li>
1296             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1297             shown correctly in menu
1298           </li>
1299           <li>
1300             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1301             min/max threshold limit
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1305             threshold gets 'unrounded'
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1309             colour
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1313             axis
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1320             alignment, not Tree font
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1324             from project file
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1328             Overview shown in complementary view
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1332             shown without normalisation
1333           </li>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1336             positioned at top of report
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1343             OSX Mojave
1344           </li>
1345         </ul> <em>Editing</em>
1346         <ul>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1349             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1350             via 'Edit' sequence
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1354             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1355             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1359             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1363             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1364             in 2.10.5)
1365           </li>
1366         </ul> <em>Datamodel</em>
1367         <ul>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1370             sequence's End is greater than its length
1371           </li>
1372         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1373           release)</em>
1374         <ul>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1377           </li>
1378         </ul> <em>New Known Defects</em>
1379         <ul>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1382             clicking ignores bounds of an existing selected region
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1386             gapped regions of protein alignment.
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1390             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1394             after 'New View'
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1398             columns within hidden columns
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1402             re-enters window after dragging left to select columns to
1403             left of visible region
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1407             description string and thresholded by score in earlier
1408             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1409             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1413             reset group visibility
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1417             linked CDS/Protein view
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1421             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1422           </li>
1423         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1424         <ul>
1425           <li>
1426             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1427             alphabetically when saved
1428           </li>
1429         </ul>
1430       </td>
1431     </tr>
1432     <tr>
1433       <td width="60" nowrap>
1434         <div align="center">
1435           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1436         </div>
1437       </td>
1438       <td><div align="left">
1439           <em></em>
1440           <ul>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1443               InstallAnywhere increased to 1G.
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1447               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1448               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1449                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1450                 properties file.</em>
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1454               API and sequence data now imported as JSON.
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1458               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1459               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1460               property.
1461             </li>
1462           </ul>
1463           <em>Development</em>
1464           <ul>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1467               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1468                 Clover</a>
1469             </li>
1470           </ul>
1471         </div></td>
1472       <td><div align="left">
1473           <em></em>
1474           <ul>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1477               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1478               alignment.
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1482               annotation displayed.
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1486               for newly created group when 'Apply to all groups'
1487               selected
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1491               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1492               visible.
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1496               when sequences are selected in exported view.</em>
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1500               aren't rendered with correct colour.
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1504               types of knotted RNA secondary structure.
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1508               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1509               do not start at 1.
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1513               annotation when columns are inserted into an alignment,
1514               and when exporting as Stockholm flatfile.
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1518               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1519               treated as RNA secondary structure.
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1523               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1527               transfers focus to previous window on OSX
1528             </li>
1529           </ul>
1530           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1531           <ul>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1534               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1535               box.
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1539               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1540               'look and feel' which has improved compatibility with the
1541               latest version of OSX.
1542             </li>
1543           </ul>
1544         </div></td>
1545     </tr>
1546     <tr>
1547       <td width="60" nowrap>
1548         <div align="center">
1549           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1550             <em>7/06/2018</em></strong>
1551         </div>
1552       </td>
1553       <td><div align="left">
1554           <em></em>
1555           <ul>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1558               annotation retrieved from Uniprot
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1562               onto the Jalview Desktop
1563             </li>
1564           </ul>
1565         </div></td>
1566       <td><div align="left">
1567           <em></em>
1568           <ul>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1571               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1575               right-hand column parsed correctly
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1579               not alignment area in exported graphic
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1583               window has input focus
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1587               annotation added to view (Windows)
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1591               network connectivity is poor
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1595               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1596                 the currently open URL and links from a page viewed in
1597                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1598                 you are using Edge, only links in the page can be
1599                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1600                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1601             </li>
1602           </ul>
1603           <em>New Known Defects</em>
1604           <ul>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1607               Annotation
1608             </li>
1609           </ul>
1610         </div></td>
1611     </tr>
1612     <tr>
1613       <td width="60" nowrap>
1614         <div align="center">
1615           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1616         </div>
1617       </td>
1618       <td><div align="left">
1619           <em></em>
1620           <ul>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1623               for disabling automatic superposition of multiple
1624               structures and open structures in existing views
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1628               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1629               adjust them.
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1633               Ensembl services
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1637               and lots of hidden columns
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1641               of features (particularly when transparency is disabled)
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1645               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1646               made generally available
1647             </li>
1648           </ul>
1649         </div></td>
1650       <td><div align="left">
1651           <ul>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1654               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1658               overlapping alignment panel
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1662               sequence as gaps
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1666               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1667               UTR
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1671               factor annotation not added to sequence when local PDB
1672               file associated with it by drag'n'drop or structure
1673               chooser
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1677               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1681               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1685               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1689               columns in annotation row
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1693               not honored in batch mode
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1697               for structures added to existing Jmol view
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1701               entries after importing project with multiple views
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1705               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1706               with negative residue numbers or missing residues fails
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1710               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1711               files (e.g. as generated by CONSURF)
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1715               tooltip doesn't include a text description of mutation
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1719               structure and/or overview windows are also shown
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1723               regions very slow for alignments with large numbers of
1724               sequences
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1728               with 'StringIndexOutOfBounds'
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1732               Feel for OSX platforms running Java 10
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1736               view appears to do nothing because the view is hidden
1737               behind the alignment view
1738             </li>
1739           </ul>
1740           <em>Applet</em>
1741           <ul>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1744               should copy the group consensus when popup is opened on it
1745             </li>
1746           </ul>
1747           <em>Batch Mode</em>
1748           <ul>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1751               respected
1752             </li>
1753           </ul>
1754           <em>New Known Defects</em>
1755           <ul>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1758               editing a large alignment and overview is displayed
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1762               repeatedly after a series of edits even when the overview
1763               is no longer reflecting updates
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1767               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1768               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1769               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1773               CSV option gives blank output
1774             </li>
1775           </ul>
1776         </div></td>
1777     </tr>
1778     <tr>
1779       <td width="60" nowrap>
1780         <div align="center">
1781           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1782             <em>24/1/2018</em></strong>
1783         </div>
1784       </td>
1785       <td><div align="left">
1786           <ul>
1787             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1788               30th November 2018)</li>
1789           </ul>
1790         </div></td>
1791       <td><div align="left">
1792           <em>Desktop</em>
1793           <ul>
1794             <ul>
1795               <li>
1796                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1797                 several sequences and structures are selected for
1798                 viewing/superposing
1799               </li>
1800               <li>
1801                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1802                 vertically via trackpad and scrollwheel
1803               </li>
1804               <li>
1805                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1806                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1807                 start of alignment
1808               </li>
1809               <li>
1810                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1811                 scrolled into view if columns are hidden
1812               </li>
1813               <li>
1814                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1815                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1816                 hidden columns
1817               </li>
1818               <li>
1819                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1820                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1821                 effect
1822               </li>
1823               <li>
1824                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1825                 relationships when retrieving sequences from
1826                 EnsemblGenomes
1827               </li>
1828             </ul>
1829         </div></td>
1830     </tr>
1831     <tr>
1832       <td width="60" nowrap>
1833         <div align="center">
1834           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1835         </div>
1836       </td>
1837       <td><div align="left">
1838           <em></em>
1839           <ul>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1842               rendering of sequence features
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1846               429 rate limit request hander
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1850               their colours have changed
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1854               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1858               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1862               view from Ensembl locus cross-references
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1866               Alignment report
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1870               feature can be disabled
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1874               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1878               Uniprot
1879             </li>
1880           </ul>
1881           <em>Scripting</em>
1882           <ul>
1883             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1884             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1885               percent identity scores for current alignment.</li>
1886           </ul>
1887           <em>Testing and Deployment</em>
1888           <ul>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1891             </li>
1892           </ul>
1893         </div></td>
1894       <td><div align="left">
1895           <em>General</em>
1896           <ul>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1899               threshold text field doesn't trigger an update to the
1900               alignment view
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1904               strings in parallel
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1908               alignment window is closed
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1912               group visibility
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1916               takes a long time in Cursor mode
1917             </li>
1918           </ul>
1919           <em>Desktop</em>
1920           <ul>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1923               cannot be viewed in Chimera
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1927               CDS/Protein view
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1931               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1932               Search Dialogs
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1942               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1946               scrolling right in unwapped alignment view
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1950               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1951               database
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1955               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1959               features of same type and group to be selected for
1960               amending
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1964               alignments when hidden columns are present
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1968               displaying several structures
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1972               moving a window
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1976               within the Jalview desktop on OSX
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1980               when in wrapped alignment mode
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1984               hand end of alignment
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1988               each selected sequence do not have correct start/end
1989               positions
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1993               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1997               restoring project until a new view is created
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2001               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2002               configured (since 2.10.2b2)
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2006               position is adjusted
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2010               in a multi-chain structure when viewing alignment
2011               involving more than one chain (since 2.10)
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2015               if new selection moves alignment window
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2019               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2023               that produces correctly annotated transcripts and products
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2027               doesn't update associated structure view
2028             </li>
2029           </ul>
2030           <em>Applet</em><br />
2031           <ul>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2034               closing alignment panel
2035             </li>
2036           </ul>
2037           <em>BioJSON</em><br />
2038           <ul>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2041               non-positional features
2042             </li>
2043           </ul>
2044           <em>New Known Issues</em>
2045           <ul>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2048               sequence features correctly (for many previous versions of
2049               Jalview)
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2053               using cursor in wrapped panel other than top
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2057               graduated colour threshold
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2061               always preserve numbering and sequence features
2062             </li>
2063           </ul>
2064           <em>Known Java 9 Issues</em>
2065           <ul>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2068               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2069               9.01, OSX 10.10)
2070             </li>
2071           </ul>
2072         </div></td>
2073     </tr>
2074     <tr>
2075       <td width="60" nowrap>
2076         <div align="center">
2077           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2078             <em>2/10/2017</em></strong>
2079         </div>
2080       </td>
2081       <td><div align="left">
2082           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2083           <ul>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2086               at uniprot.org
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2090               ebi.ac.uk
2091             </li>
2092           </ul>
2093         </div></td>
2094       <td><div align="left"></div></td>
2095     </tr>
2096     <tr>
2097       <td width="60" nowrap>
2098         <div align="center">
2099           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2100             <em>7/9/2017</em></strong>
2101         </div>
2102       </td>
2103       <td><div align="left">
2104           <em></em>
2105           <ul>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2108               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2109               white)
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2113               Preferences
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2117               in size and progress bar shown as higher resolution
2118               overview is recalculated
2119             </li>
2120
2121           </ul>
2122         </div></td>
2123       <td><div align="left">
2124           <em></em>
2125           <ul>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2128               column region row by row
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2132               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2136               format setting is unticked
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2140               if group has show boxes format setting unticked
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2144               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2145               include sequences and columns not currently displayed
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2149               assemblies are imported via CIF file
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2153               displayed when threshold or conservation colouring is also
2154               enabled.
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2158               server version
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2162               dragging a selected region off the visible region of the
2163               alignment
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2167               colourscheme to all groups in a view
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2171               initially after font size change using the Font chooser or
2172               middle-mouse zoom
2173             </li>
2174           </ul>
2175         </div></td>
2176     </tr>
2177     <tr>
2178       <td width="60" nowrap>
2179         <div align="center">
2180           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2181         </div>
2182       </td>
2183       <td><div align="left">
2184           <em>Calculations</em>
2185           <ul>
2186
2187             <li>
2188               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2189               ungapped positions in each column of the alignment.
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2193               a calculation dialog box
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2197               and memory efficiency (~30x faster)
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2201               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2202               and other calculations
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2206               files within the Jalview codebase
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2210               Similarity may have different topology due to increased
2211               precision
2212             </li>
2213           </ul>
2214           <em>Rendering</em>
2215           <ul>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2218               model for alignments and groups
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2222               scripts
2223             </li>
2224           </ul>
2225           <em>Overview</em>
2226           <ul>
2227             <li>
2228               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2229               with alignment and overview windows
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2233               overview
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2237               omitted in Overview
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2241               adjustment of visible position
2242             </li>
2243           </ul>
2244
2245           <em>Data import/export</em>
2246           <ul>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2249               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2253               annotation input/output via stockholm flatfile
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2257               extension when importing structure files without embedded
2258               names or PDB accessions
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2262               format sequence substitution matrices
2263             </li>
2264           </ul>
2265           <em>User Interface</em>
2266           <ul>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2269               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2270               the application.
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2274               via Overview or sequence motif search operations
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2278               opened by double clicking gaps within sequence feature
2279               extent
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2283               aligned positions were available to create a 3D structure
2284               superposition.
2285             </li>
2286           </ul>
2287           <em>3D Structure</em>
2288           <ul>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2291               coloured in linked structure views
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2295               file-based command exchange
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2299               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2300               structures are already available for sequences
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2304               the Jalview project rather than downloaded again when the
2305               project is reopened.
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2309               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2310               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2311                 Feature</strong>)
2312             </li>
2313           </ul>
2314           <em>Web Services</em>
2315           <ul>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2321               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2322               Analysis services
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2326               cross-references provided by identifiers.org and the
2327               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2328             </li>
2329           </ul>
2330
2331           <em>Scripting</em>
2332           <ul>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2335               identifying file formats (instead of String constants)
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2339               efficiency when counting all displayed features (not
2340               backwards compatible with 2.10.1)
2341             </li>
2342           </ul>
2343           <em>Example files</em>
2344           <ul>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2347               included in the example feature file
2348             </li>
2349           </ul>
2350           <em>Documentation</em>
2351           <ul>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2354               with the built-in Java help viewer
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2358               sequence description' option
2359             </li>
2360           </ul>
2361           <em>Test Suite</em>
2362           <ul>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2365               Uniprot REST Free Text Search Client
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2372               during tests
2373             </li>
2374           </ul>
2375         </div></td>
2376       <td><div align="left">
2377           <em>Calculations</em>
2378           <ul>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2381               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2382               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2383             </li>
2384             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2385               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2386               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2387               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2388               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2389               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2390               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2391               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2392               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2393               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2394               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2395               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2396               // for 2.10.1 mode <br />
2397               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2398               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2399                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2400                 calculations (not recommended)</em></li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2403               scaling of branch lengths for trees computed using
2404               Sequence Feature Similarity.
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2408               generating output report when working with highly
2409               redundant alignments
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2413               right of selected region when gaps present on right-hand
2414               boundary
2415             </li>
2416           </ul>
2417           <em>User Interface</em>
2418           <ul>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2421               doesn't reselect a specific sequence's associated
2422               annotation after it was used for colouring a view
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2426               opened on a region of alignment without groups
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2430               of an alignment with overlapping groups
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2434               name and description match
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2438               hidden regions results in incorrect hidden regions
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2442               changing colour does not apply Conservation slider value
2443               to all groups
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2447               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2451               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2455               gaps before start of features
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2459               restored to UI when feature colour is edited
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2463               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2467               as graduate feature colour settings are modified via the
2468               dialog box
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2472               when a group defined on the alignment is resized
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2476               wrapped view result in positional status updates
2477             </li>
2478
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2481               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2485               alignment included gapped columns
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2489               widgets don't permanently disappear
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2493               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2494               T-Coffee column reliability scores)
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2498               sequence feature on gaps only
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2502               button from a Find inherit previously defined feature type
2503               rather than the Find query string
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2507               exporting tree calculated in Jalview
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2511               and then revealing them reorders sequences on the
2512               alignment
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2516               doesn't update to reflect available set of groups after
2517               interactively adding or modifying features
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2521               Linux
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2525               only excluded gaps in current sequence and ignored
2526               selection.
2527             </li>
2528           </ul>
2529           <em>Rendering</em>
2530           <ul>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2533               erratically when hidden rows or columns are present
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2537               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2538               sequence colouring
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2542               colour and group colour menu for protein alignments
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2546               reflect currently selected view or group's shading
2547               thresholds
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2551               when rendered on overview and structures when opacity at
2552               100%
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2556               overview when features overlaid on alignment
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2560               recovered correctly from Jalview project file
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2564               opened (automatically via preferences) are different to
2565               the main alignment panel
2566             </li>
2567           </ul>
2568           <em>Data import/export</em>
2569           <ul>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2572               load
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2576               added after a sequence was imported are not written to
2577               Stockholm File
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2581               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2585               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2589               with lightGray or darkGray via features file (but can
2590               specify lightgray)
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2594               when alignment view imported from project
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2598               structure and sequences extracted from structure files
2599               imported via URL and viewed in Jmol
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2603               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2604               the project is loaded and the structure viewed
2605             </li>
2606           </ul>
2607           <em>Web Services</em>
2608           <ul>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2611               release of Ensembl v.88
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2615               appear enabled in Preferences->Connections
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2619               removed from console output
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2623               Ensembl by Peptide ID
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2627               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2628               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2629               due to 'null' string rather than empty string used for
2630               residues with no corresponding PDB mapping).
2631             </li>
2632           </ul>
2633           <em>Application UI</em>
2634           <ul>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2637               menu
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2641               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2642               new documentation and tooltips added)
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2646               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2650               new features are added to alignment
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2654               changes to feature colours via the Amend features dialog
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2658               edit graduated feature colour via amend features dialog
2659               box
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2663               selection menu changes colours of alignment views
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2667               from alignment calculation workers after alignment has
2668               been closed
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2672               groups now 'Create Group'
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2676               Create/Undefine group doesn't always work
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2680               shown again after pressing 'Cancel'
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2684               adjusts start position in wrap mode
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2688               ambiguous amino acids
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2692               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2693               proteins
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2697               Defined' don't appear in Colours menu
2698             </li>
2699           </ul>
2700           <em>Applet</em>
2701           <ul>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2704               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2708               overview or linked structure view
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2712               work (since 2.8)
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2716               user-defined colourscheme doesn't restore original
2717               colourscheme
2718             </li>
2719           </ul>
2720           <em>Test Suite</em>
2721           <ul>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2724               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2728               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2729               problems with deep array comparison equality asserts in
2730               successive versions of TestNG
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2734               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2735             </li>
2736           </ul>
2737           <em>New Known Issues</em>
2738           <ul>
2739             <li>
2740               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2741               phase after a sequence motif find operation
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2745               containing just upper and lower case letters are
2746               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2750               reliably from eggnog Ortholog database
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2754               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2755               to mark columns containing highlighted regions.
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2759               doesn't always add secondary structure annotation.
2760             </li>
2761           </ul>
2762         </div>
2763     <tr>
2764       <td width="60" nowrap>
2765         <div align="center">
2766           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2767         </div>
2768       </td>
2769       <td><div align="left">
2770           <em>General</em>
2771           <ul>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2774               for all consensus calculations
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2778               3rd Oct 2016)
2779             </li>
2780             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2781               for 2016-2017</li>
2782           </ul>
2783           <em>Application</em>
2784           <ul>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2787               set of database cross-references, sorted alphabetically
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2791               from database cross references. Users with custom links
2792               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2793                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2794             </li>
2795             <li>
2796               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2797               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2798               Chimera session
2799             </li>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2802               the Chimera it is connected to is shut down
2803             </li>
2804             <li>
2805               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2806               columns menu item to mark columns containing highlighted
2807               regions (e.g. from structure selections or results of a
2808               Find operation)
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2812               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2813               MSAviewer
2814             </li>
2815           </ul>
2816         </div></td>
2817       <td>
2818         <div align="left">
2819           <em>General</em>
2820           <ul>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2823               are not coloured or thresholded according to percent
2824               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2828               hydrophobic
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2832               threshold, amino acid properties)
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2836               reported as mapped to residues in a structure file in the
2837               View Mapping report
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2841               could be added multiple times to a sequence
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2845               bond features shown as two highlighted residues rather
2846               than a range in linked structure views, and treated
2847               correctly when selecting and computing trees from features
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2851               cross-references are matched to database name regardless
2852               of case
2853             </li>
2854
2855           </ul>
2856           <em>Application</em>
2857           <ul>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2860               names without regular expressions also offer links from
2861               Sequence ID
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2865               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2866               update Jalview configuration
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2870               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2874               files with similarly named sequences if dropped onto the
2875               alignment
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2879               entries where more chains exist in the PDB accession than
2880               are reported in the SIFTS file
2881             </li>
2882             <li>
2883               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2884               the structure view when displayed with Chimera
2885             </li>
2886             <li>
2887               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2888               panel's View->Show Chains submenu
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2892               work for wrapped alignment views
2893             </li>
2894             <li>
2895               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2896               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2897             </li>
2898             <li>
2899               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2900               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2901               first annotation row
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2905               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2909               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2910             </li>
2911             <!-- JAL-2319 -->
2912             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2913             coordindate data
2914             </li>
2915           </ul>
2916           <!--           <em>New Known Issues</em>
2917           <ul>
2918             <li></li>
2919           </ul> -->
2920         </div>
2921       </td>
2922     </tr>
2923     <td width="60" nowrap>
2924       <div align="center">
2925         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2926           <em>25/10/2016</em></strong>
2927       </div>
2928     </td>
2929     <td><em>Application</em>
2930       <ul>
2931         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2932           view if structures already loaded</li>
2933         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2934           structure views</li>
2935       </ul></td>
2936     <td>
2937       <div align="left">
2938         <em>General</em>
2939         <ul>
2940           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2941             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2942           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2943             example sequences/projects/trees</li>
2944         </ul>
2945         <em>Application</em>
2946         <ul>
2947           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2948             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2949           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2950             without timeout for structures with multiple models or
2951             multiple sequences in alignment</li>
2952           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2953             PDB ID HEADER line</li>
2954           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2955             is performed</li>
2956           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2957             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2958           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2959           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2960             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2961             option</li>
2962           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2963             is created on the alignment</li>
2964           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2965             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2966             pop-up menu</li>
2967         </ul>
2968         <em>Build and deployment</em>
2969         <ul>
2970           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2971             tags</li>
2972         </ul>
2973         <em>New Known Issues</em>
2974         <ul>
2975           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2976             on Windows</li>
2977         </ul>
2978       </div>
2979     </td>
2980     </tr>
2981     <tr>
2982       <td width="60" nowrap>
2983         <div align="center">
2984           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2985         </div>
2986       </td>
2987       <td><em>General</em>
2988         <ul>
2989           <li>
2990             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2991           </li>
2992           <li>
2993             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2994             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2995             better PDB parsing.
2996           </li>
2997           <li>
2998             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2999             reference sequence
3000           </li>
3001           <li>
3002             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3003             mousing over sequence associated annotation
3004           </li>
3005           <li>
3006             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3007             for manual entry
3008           </li>
3009           <li>
3010             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3011             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3012             for each column
3013           </li>
3014           <li>
3015             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3016             showing or hiding columns containing a feature
3017           </li>
3018           <li>
3019             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3020             group and sequence associated annotation labels
3021           </li>
3022           <li>
3023             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3024             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3025             dialogs
3026           </li>
3027
3028         </ul> <em>Application</em>
3029         <ul>
3030           <li>
3031             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3032             gene/transcript view
3033           </li>
3034           <li>
3035             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3036             dialog
3037           </li>
3038           <li>
3039             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3040             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3041           </li>
3042           <li>
3043             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3044             Pfam sources to xfam.org
3045           </li>
3046           <li>
3047             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3048           </li>
3049           <li>
3050             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3051             over sequences in Jalview
3052           </li>
3053           <li>
3054             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3055             regions in ENA and EMBL
3056           </li>
3057           <li>
3058             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3059             for record retrieval via ENA rest API
3060           </li>
3061           <li>
3062             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3063             complement operator
3064           </li>
3065           <li>
3066             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3067             groovy script execution
3068           </li>
3069           <li>
3070             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3071             alignment window's Calculate menu
3072           </li>
3073           <li>
3074             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3075             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3076           </li>
3077           <li>
3078             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3079             calculation workers from groovy scripts
3080           </li>
3081           <li>
3082             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3083             Jalview projects
3084           </li>
3085           <li>
3086             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3087             associations are now saved/restored from project
3088           </li>
3089           <li>
3090             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3091             before sequence fetcher is opened
3092           </li>
3093           <li>
3094             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3095             database chooser opens a sequence fetcher
3096           </li>
3097           <li>
3098             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3099             the UniProt REST API
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3103             the news reader opening
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3107             querying stored in preferences
3108           </li>
3109           <li>
3110             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3111             search results
3112           </li>
3113           <li>
3114             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3115           </li>
3116           <li>
3117             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3118             menu for nucleotide sequences
3119           </li>
3120           <li>
3121             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3122             and feature counts preserves alignment ordering (and
3123             debugged for complex feature sets).
3124           </li>
3125           <li>
3126             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3127             viewing structures with Jalview 2.10
3128           </li>
3129           <li>
3130             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3131             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3132             Ensembl Genomes REST API
3133           </li>
3134           <li>
3135             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3136             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3137             (Ensembl)
3138           </li>
3139           <li>
3140             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3141             sequences
3142           </li>
3143           <li>
3144             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3145             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3146             data from external database records.
3147           </li>
3148           <li>
3149             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3150             efficient recovery of sequence coding and alignment
3151             annotation relationships.
3152           </li>
3153         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3154         <ul>
3155           <li>
3156             -- JAL---
3157           </li>
3158         </ul> --></td>
3159       <td>
3160         <div align="left">
3161           <em>General</em>
3162           <ul>
3163             <li>
3164               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3165               menu on OSX
3166             </li>
3167             <li>
3168               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3169               includes graduated colourschemes
3170             </li>
3171             <li>
3172               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3173               working with big alignments and lots of hidden columns
3174             </li>
3175             <li>
3176               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3177               at right of alignment window
3178             </li>
3179             <li>
3180               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3181               contents
3182             </li>
3183             <li>
3184               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3185               for DNA alignments
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3189               based tree calculation
3190             </li>
3191             <li>
3192               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3193               unconserved enabled for group on alignment
3194             </li>
3195             <li>
3196               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3197               set as reference
3198             </li>
3199             <li>
3200               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3201               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3202               annotation
3203             </li>
3204             <li>
3205               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3206               hidden columns present
3207             </li>
3208             <li>
3209               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3210               user created annotation added to alignment
3211             </li>
3212             <li>
3213               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3214               '()' base pair annotation
3215             </li>
3216             <li>
3217               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3218               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3219               Consensus
3220             </li>
3221             <li>
3222               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3223               feature not working
3224             </li>
3225             <li>
3226               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3227               beginning of sequence
3228             </li>
3229             <li>
3230               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3231               entry 3a6s
3232             </li>
3233             <li>
3234               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3235               from a tree when t-coffee scores are shown
3236             </li>
3237             <li>
3238               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3239               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3240             </li>
3241             <li>
3242               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3243               some structures
3244             </li>
3245             <li>
3246               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3247               to Clustal, PIR and PileUp output
3248             </li>
3249             <li>
3250               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3251               not visible causes alignment window to repaint
3252             </li>
3253             <li>
3254               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3255               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3256               scores associated with features and annotation rows
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3260               calculation should be case independent
3261             </li>
3262             <li>
3263               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3264               columns
3265             </li>
3266             <li>
3267               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3268               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3269               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3270             </li>
3271             <li>
3272               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3273               problems when reference sequence defined and 'show
3274               non-conserved' enabled
3275             </li>
3276             <li>
3277               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3278               load even when Consensus calculation is disabled
3279             </li>
3280             <li>
3281               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3282               alignment does nothing
3283             </li>
3284           </ul>
3285           <em>Application</em>
3286           <ul>
3287             <li>
3288               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3289               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3290               yet fixed for El Capitan)
3291             </li>
3292             <li>
3293               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3294               output when running on non-gb/us i18n platforms
3295             </li>
3296             <li>
3297               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3298               hidden sequences as flat-file alignment
3299             </li>
3300             <li>
3301               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3302               launching Chimera
3303             </li>
3304             <li>
3305               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3306               (also hotfix for 2.9.0b2)
3307             </li>
3308             <li>
3309               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3310               reference sequence defined
3311             </li>
3312             <li>
3313               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3314               alignments and views when revealing hidden columns
3315             </li>
3316             <li>
3317               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3318               view in a cDNA/Protein splitframe
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3322               sequence from project when only one sequence is
3323               represented
3324             </li>
3325             <li>
3326               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3327               in Structure Chooser
3328             </li>
3329             <li>
3330               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3331               structure consensus didn't refresh annotation panel
3332             </li>
3333             <li>
3334               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3335               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3336             </li>
3337             <li>
3338               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3339               dialogs format columns correctly, don't display array
3340               data, sort columns according to type
3341             </li>
3342             <li>
3343               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3344               file chooser is cancelled during an image export
3345             </li>
3346             <li>
3347               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3348               sequence name containing special characters
3349             </li>
3350             <li>
3351               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3352               case insensitive
3353             </li>
3354             <li>
3355               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3356               formatting don't wrap
3357             </li>
3358             <li>
3359               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3360               truncated so L looks like I in consensus annotation
3361             </li>
3362             <li>
3363               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3364               currently displayed features for the current selection or
3365               view
3366             </li>
3367             <li>
3368               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3369               after fetching cross-references, and restoring from
3370               project
3371             </li>
3372             <li>
3373               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3374               followed in the structure viewer
3375             </li>
3376             <li>
3377               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3378               splitframe not restored from project
3379             </li>
3380             <li>
3381               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3382               trailing end of protein alignment in transcript/product
3383               splitview when pad-gaps not enabled by default
3384             </li>
3385             <li>
3386               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3387               is case dependent
3388             </li>
3389             <li>
3390               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3391               article has been read (reopened issue due to
3392               internationalisation problems)
3393             </li>
3394             <li>
3395               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3396               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3397               cross-references
3398             </li>
3399
3400             <li>
3401               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3402               alignment as HTML
3403             </li>
3404             <li>
3405               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3406               multiple structures are shown for one or more sequences.
3407             </li>
3408             <li>
3409               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3410               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3411               is enabled.
3412             </li>
3413             <li>
3414               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3415               specific PDB id for sequence
3416             </li>
3417             <li>
3418               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3419               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3420               columns' is disabled.
3421             </li>
3422             <li>
3423               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3424               selects lowest rather than highest resolution structures
3425               for each sequence
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3429               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3430             </li>
3431             <li>
3432               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3433               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3434             </li>
3435             <li>
3436               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3437               after clicking on it to create new annotation for a
3438               column.
3439             </li>
3440             <li>
3441               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3442               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3443             </li>
3444             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3445             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3446           </ul>
3447           <em>Applet</em>
3448           <ul>
3449             <li>
3450               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3451               hidden columns present before start of sequence
3452             </li>
3453             <li>
3454               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3455               (JSON jars)
3456             </li>
3457             <li>
3458               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3459               sequences are hidden in applet
3460             </li>
3461             <li>
3462               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3463               deployment on examples pages.
3464             </li>
3465           </ul>
3466         </div>
3467       </td>
3468     </tr>
3469     <tr>
3470       <td width="60" nowrap>
3471         <div align="center">
3472           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3473             <em>16/10/2015</em></strong>
3474         </div>
3475       </td>
3476       <td><em>General</em>
3477         <ul>
3478           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3479             jars</li>
3480         </ul></td>
3481       <td>
3482         <div align="left">
3483           <em>Application</em>
3484           <ul>
3485             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3486               shown when tree is partitioned</li>
3487             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3488               multiple cDNA/Protein split views</li>
3489           </ul>
3490         </div>
3491       </td>
3492     </tr>
3493     <tr>
3494       <td width="60" nowrap>
3495         <div align="center">
3496           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3497             <em>8/10/2015</em></strong>
3498         </div>
3499       </td>
3500       <td><em>General</em>
3501         <ul>
3502           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3503             2.9</li>
3504         </ul> <em>Application</em>
3505         <ul>
3506           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3507           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3508           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3509         </ul> <em>Applet</em>
3510         <ul>
3511           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3512         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3513         <ul>
3514           <li>
3515             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3516             suite
3517           </li>
3518         </ul></td>
3519       <td>
3520         <div align="left">
3521           <em>General</em>
3522           <ul>
3523             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3524               incorrect when sequence start > 1</li>
3525             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3526               documentation</li>
3527             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3528             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3529               loading a features file containing HTML tags in feature
3530               description</li>
3531
3532           </ul>
3533           <em>Application</em>
3534           <ul>
3535             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3536               reimport</li>
3537             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3538               with 'trim retrieved sequences'</li>
3539             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3540               deleting selected columns</li>
3541             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3542               JNLP templates for webstart launch</li>
3543             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3544               unreleased structures for download or viewing</li>
3545             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3546               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3547             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3548               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3549             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3550               recovered from jalview project</li>
3551             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3552               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3553               alignment view</li>
3554             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3555               color schemes from BioJSON</li>
3556           </ul>
3557           <em>Applet</em>
3558           <ul>
3559             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3560               frame</li>
3561             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3562           </ul>
3563         </div>
3564       </td>
3565     </tr>
3566     <tr>
3567       <td><div align="center">
3568           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3569         </div></td>
3570       <td><em>General</em>
3571         <ul>
3572           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3573             alignments:
3574             <ul>
3575               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3576                 and DNA alignment views</li>
3577               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3578                 cDNA alignment views</li>
3579               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3580                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3581               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3582                 protein sequences</li>
3583             </ul>
3584           </li>
3585           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3586           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3587             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3588           <li>New alignment annotation file statements for
3589             reference sequences and marking hidden columns</li>
3590           <li>Reference sequence based alignment shading to
3591             highlight variation</li>
3592           <li>Select or hide columns according to alignment
3593             annotation</li>
3594           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3595           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3596             acid conservation row</li>
3597           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3598         </ul> <em>Application</em>
3599         <ul>
3600           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3601             <ul>
3602               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3603                 view with cDNA/Protein</li>
3604               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3605                 sequences are placed in the same alignment</li>
3606               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3607                 projects</li>
3608             </ul>
3609           </li>
3610
3611           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3612           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3613             Jalview windows</li>
3614
3615           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3616           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3617           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3618             be shown in VARNA</li>
3619
3620           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3621             as the active selected region</li>
3622
3623           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3624             similarity</li>
3625           <li>New Export options
3626             <ul>
3627               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3628                 region export in flat file generation</li>
3629
3630               <li>Export alignment views for display with the <a
3631                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3632
3633               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3634               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3635                 alignment figures to HTML</li>
3636           </li>
3637           <li>3D structure retrieval and display
3638             <ul>
3639               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3640                 Search API</li>
3641               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3642                 PDB structures for a sequence set</li>
3643             </ul>
3644           </li>
3645
3646           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3647             predictions</li>
3648           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3649             for one or a group of sequences</li>
3650           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3651             from the JPred4 web server</li>
3652           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3653             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3654             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3655           </li>
3656           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3657             VARNA 2D Structure'</li>
3658           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3659             Structure ..."</li>
3660
3661         </ul> <em>Applet</em>
3662         <ul>
3663           <li>New layout for applet example pages</li>
3664           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3665             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3666           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3667             Protein alignments</li>
3668         </ul> <em>Development and deployment</em>
3669         <ul>
3670           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3671           <li>Include installation type and git revision in build
3672             properties and console log output</li>
3673           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3674             storing BioJsMSA Templates</li>
3675           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3676         </ul></td>
3677       <td>
3678         <!-- <em>General</em>
3679         <ul>
3680         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3681         <ul>
3682           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3683           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3684           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3685             predictions are not highlighted in amber</li>
3686           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3687             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3688           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3689             associated structure views</li>
3690           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3691             width checkbox not enabled</li>
3692           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3693             creating user defined colours</li>
3694           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3695             mappings for just that viewer's sequences</li>
3696           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3697             multiple models in Chimera</li>
3698           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3699             over Jmol structure</li>
3700           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3701             output to text box</li>
3702           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3703             have incorrect sequence start/end</li>
3704           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3705             Jalview fails</li>
3706           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3707             work for nucleotide</li>
3708           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3709             to a grey/invisible alignment window</li>
3710           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3711             imports to different position</li>
3712           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3713             on some platforms</li>
3714           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3715             populated</li>
3716           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3717             console if Chimera has been opened</li>
3718           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3719           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3720             retrieved</li>
3721           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3722           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3723             either sequence shows on first structure</li>
3724           <li>'Show annotations' options should not make
3725             non-positional annotations visible</li>
3726           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3727             in right place after 'view flanking regions'</li>
3728           <li>File Save As type unset when current file format is
3729             unknown</li>
3730           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3731             projects</li>
3732           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3733             responsive</li>
3734           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3735             several views on same alignment</li>
3736           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3737           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3738             spaces</li>
3739         </ul> <em>Applet</em>
3740         <ul>
3741           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3742           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3743             descriptions containing angle brackets</li>
3744         </ul> <em>General</em>
3745         <ul>
3746           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3747             via jalview annotation file</li>
3748           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3749             with RNA secondary structure</li>
3750           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3751             translation doesn't work.</li>
3752           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3753           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3754             positions</li>
3755           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3756             choosing 1pt font</li>
3757           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3758             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3759             'h'</li>
3760           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3761             new feature</li>
3762           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3763             order dependent</li>
3764           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3765             sequences</li>
3766           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3767         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3768         <ul>
3769           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3770             www.jalview.org</li>
3771         </ul> <em>Application Known issues</em>
3772         <ul>
3773           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3774           <li>Misleading message appears after trying to delete
3775             solid column.</li>
3776           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3777             version launches</li>
3778           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3779             fails with a sequence mismatch</li>
3780           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3781             scrolling alignment to right</li>
3782           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3783             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3784           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3785             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3786           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3787             ultra-high resolution</li>
3788           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3789             quality and conservation</li>
3790           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3791             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3792         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3793         <ul>
3794           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3795           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3796             window is being resized</li>
3797
3798         </ul>
3799       </td>
3800     </tr>
3801     <tr>
3802       <td><div align="center">
3803           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3804         </div></td>
3805       <td><em>General</em>
3806         <ul>
3807           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3808             Certum.PL.</li>
3809           <li>Features and annotation preserved when performing
3810             pairwise alignment</li>
3811           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3812             imported/exported/displayed</li>
3813           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3814             protein secondary structure</li>
3815           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3816               post-hoc with 2.9 release</em>)
3817           </li>
3818
3819         </ul> <em>Application</em>
3820         <ul>
3821           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3822             with 3D structures</li>
3823           <li>Support for parsing RNAML</li>
3824           <li>Annotations menu for layout
3825             <ul>
3826               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3827               <li>place sequence annotation above/below alignment
3828                 annotation</li>
3829             </ul>
3830           <li>Output in Stockholm format</li>
3831           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3832             translation</li>
3833           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3834           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3835             shared between alignments</li>
3836           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3837             Jalview</li>
3838           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3839             all or current selection</li>
3840           <li>disorder and secondary structure predictions
3841             available as dataset annotation</li>
3842           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3843
3844
3845           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3846             alignments from Rfam</li>
3847           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3848
3849           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3850             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3851           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3852           <li>include installation type in build properties and
3853             console log output</li>
3854           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3855             annotation</li>
3856         </ul></td>
3857       <td>
3858         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3859         <ul>
3860           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3861             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3862           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3863             alignment</li>
3864           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3865           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3866           <li>Double click on sequence associated annotation
3867             selects only first column</li>
3868           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3869             leaves shown in tree</li>
3870           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3871             properly</li>
3872           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3873           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3874             screen and buttons not visible</li>
3875           <li>author list isn't updated if already written to
3876             Jalview properties</li>
3877           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3878             from database</li>
3879           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3880           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3881             browser search window</li>
3882           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3883             in feature settings dialog</li>
3884           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3885             desktop</li>
3886           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3887             pass validation</li>
3888           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3889             fit on screen</li>
3890           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3891             tooltip</li>
3892           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3893             defined user preset</li>
3894           <li>MSA web services warns user if they were launched
3895             with invalid input</li>
3896           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3897             Java 8</li>
3898           <li>
3899             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3900             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3901             created
3902           </li>
3903
3904         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3905         <ul>
3906         </ul> <em>General</em>
3907         <ul>
3908         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3909         <ul>
3910           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3911             memory allocation</li>
3912           <li>launchApp service doesn't automatically open
3913             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3914           <li>
3915             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3916             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3917             1.7_055 is available
3918           </li>
3919         </ul> <em>Application Known issues</em>
3920         <ul>
3921           <li>
3922             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3923             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3924             alignment to right
3925           </li>
3926           <li>
3927             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3928             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3929             with large number of ID
3930           </li>
3931           <li>
3932             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3933             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3934             start/end
3935           </li>
3936           <li>
3937             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3938             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3939             structure tracks are rearranged
3940           </li>
3941           <li>
3942             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3943             invalid rna structure positional highlighting does not
3944             highlight position of invalid base pairs
3945           </li>
3946           <li>
3947             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3948             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3949             project from alignment window file menu
3950           </li>
3951           <li>
3952             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3953             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3954             structures
3955           </li>
3956           <li>
3957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3958             colour by RNA Helices not enabled when user created
3959             annotation added to alignment
3960           </li>
3961           <li>
3962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3963             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3964           </li>
3965         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3966         <ul>
3967           <li>
3968             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3969             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3970           </li>
3971           <li>
3972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3973             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3974           </li>
3975
3976           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3977             when selected</li>
3978         </ul>
3979       </td>
3980     </tr>
3981     <tr>
3982       <td><div align="center">
3983           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3984         </div></td>
3985       <td>
3986         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3987         <em>General</em>
3988         <ul>
3989           <li>Internationalisation of user interface (usually
3990             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3991           <li>Define/Undefine group on current selection with
3992             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3993           <li>Improved group creation/removal options in
3994             alignment/sequence Popup menu</li>
3995           <li>Sensible precision for symbol distribution
3996             percentages shown in logo tooltip.</li>
3997           <li>Annotation panel height set according to amount of
3998             annotation when alignment first opened</li>
3999         </ul> <em>Application</em>
4000         <ul>
4001           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4002             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4003           <li>Select columns containing particular features from
4004             Feature Settings dialog</li>
4005           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4006             sequences</li>
4007           <li>Update Jalview project format:
4008             <ul>
4009               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4010               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4011                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4012               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4013                 colouring</li>
4014             </ul>
4015           </li>
4016           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4017             (PAM250)</li>
4018           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4019             flanking regions for an alignment</li>
4020         </ul>
4021       </td>
4022       <td>
4023         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4024         <ul>
4025           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4026             running after job is cancelled</li>
4027           <li>cannot export features from alignments imported from
4028             Jalview/VAMSAS projects</li>
4029           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4030             float values</li>
4031           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4032             have 'display all symbols' flag set</li>
4033           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4034             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4035           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4036             Jalview</li>
4037           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4038             Lion/Webstart</li>
4039           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4040           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4041           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4042             alignment onto desktop</li>
4043           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4044             'extract scores' function</li>
4045           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4046             alignment window</li>
4047           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4048             performing IUPred disorder prediction</li>
4049           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4050             changing 'normalise logo' display setting</li>
4051           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4052             nothing matches query</li>
4053           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4054             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4055           </li>
4056           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4057             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4058           </li>
4059           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4060             Jalview's menu</li>
4061           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4062             'invalid literal/length code'</li>
4063           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4064             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4065           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4066             colourscheme</li>
4067
4068         </ul> <em>Applet</em>
4069         <ul>
4070           <li>Remove group option is shown even when selection is
4071             not a group</li>
4072           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4073             don't affect groups</li>
4074           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4075             colourscheme name</li>
4076           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4077             Annotation panel is not displayed</li>
4078           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4079             embedded windows</li>
4080         </ul> <em>Other</em>
4081         <ul>
4082           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4083             single sequence were not calculated</li>
4084           <li>annotation files that contain only groups imported as
4085             annotation and junk sequences</li>
4086           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4087             recognised as PFAM or BLC</li>
4088           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4089             doesn't affect background (2.8.0b1)
4090           <li></li>
4091           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4092           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4093             trailing gaps</li>
4094           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4095             registered correctly on import</li>
4096           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4097             certain alignments</li>
4098           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4099             existing annotation based 'use original colours'
4100             colourscheme loses original colours setting</li>
4101         </ul>
4102       </td>
4103     </tr>
4104     <tr>
4105       <td><div align="center">
4106           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4107             <em>30/1/2014</em></strong>
4108         </div></td>
4109       <td>
4110         <ul>
4111           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4112             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4113             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4114             open source project).
4115           </li>
4116           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4117           <li>Output in Stockholm format</li>
4118           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4119           <li>Export/import group and sequence associated line
4120             graph thresholds</li>
4121           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4122             ambiguity codes</li>
4123           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4124             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4125             works</li>
4126           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4127         </ul> <em>Other improvements</em>
4128         <ul>
4129           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4130           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4131             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4132           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4133             files</li>
4134           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4135           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4136             link but no description</li>
4137           <li>Select primary source when selecting authority in
4138             database fetcher GUI</li>
4139           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4140             Jalview</li>
4141           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4142         </ul>
4143       </td>
4144       <td>
4145         <ul>
4146           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4147             displayed</li>
4148           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4149             secondary structure annotation line</li>
4150           <li>Sequence database accessions not imported when
4151             fetching alignments from Rfam</li>
4152           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4153             identical IDs</li>
4154           <li>View all structures does not always superpose
4155             structures</li>
4156           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4157             reflect user or preset settings</li>
4158           <li>Null pointer exceptions for some services without
4159             presets or adjustable parameters</li>
4160           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4161             discover PDB xRefs</li>
4162           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4163             features with DAS</li>
4164           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4165             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4166           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4167             residue follows a gap</li>
4168           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4169             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4170           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4171             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4172           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4173             annotation already exists on alignment</li>
4174           <li>oninit javascript function should be called after
4175             initialisation completes</li>
4176           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4177             alignment window display</li>
4178           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4179           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4180             to annotation file</li>
4181           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4182             groups created</li>
4183           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4184             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4185           <li>Pressing return several times causes Number Format
4186             exceptions in keyboard mode</li>
4187           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4188             correct partitions for input data</li>
4189           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4190           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4191           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4192           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4193             mode</li>
4194           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4195             changes one row&#39;s threshold</li>
4196           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4197             doesn&#39;t open</li>
4198           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4199             quality histograms</li>
4200         </ul>
4201       </td>
4202     </tr>
4203     <tr>
4204       <td><div align="center">
4205           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4206         </div></td>
4207       <td><em>Application</em>
4208         <ul>
4209           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4210             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4211           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4212             preferences</li>
4213           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4214             in Jalview alignment window</li>
4215           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4216             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4217           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4218             RNA and ambiguity codes</li>
4219
4220           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4221           <li>Support fetching and database reference look up
4222             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4223             refs')</li>
4224           <li>Jalview project improvements
4225             <ul>
4226               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4227                 flag for annotation</li>
4228               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4229                 alignment</li>
4230               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4231                 Jalview project</li>
4232
4233             </ul>
4234           </li>
4235           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4236           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4237             running</li>
4238           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4239           <li>visual indication that web service results are still
4240             being retrieved from server</li>
4241           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4242             starts up for first time</li>
4243           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4244             services</li>
4245           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4246             client library</li>
4247           <li>Examples directory and Groovy library included in
4248             InstallAnywhere distribution</li>
4249         </ul> <em>Applet</em>
4250         <ul>
4251           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4252             visualization applet example</li>
4253         </ul> <em>General</em>
4254         <ul>
4255           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4256           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4257             defaults</li>
4258           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4259             calculation</li>
4260           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4261             matrices
4262           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4263             in HTML</li>
4264           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4265             structure contacts</li>
4266           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4267           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4268           <li>Parse sequence associated secondary structure
4269             information in Stockholm files</li>
4270           <li>HTML Export database accessions and annotation
4271             information presented in tooltip for sequences</li>
4272           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4273             style RNA alignment files</li>
4274           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4275             alignment</li>
4276           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4277             shade each sequence according to its associated alignment
4278             annotation</li>
4279           <li>New Jalview Logo</li>
4280         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4281         <ul>
4282           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4283           <li>New Website!</li>
4284         </ul></td>
4285       <td><em>Application</em>
4286         <ul>
4287           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4288             wsdbfetch REST service</li>
4289           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4290           <li>Filetype associations not installed for webstart
4291             launch</li>
4292           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4293             job execution in full once it is complete</li>
4294           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4295             uploaded via ali_file parameter</li>
4296           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4297           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4298           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4299             submitted for prediction</li>
4300           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4301             desktop window</li>
4302           <li>Putting fractional value into integer text box in
4303             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4304           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4305             windows 7</li>
4306           <li>View all structures fails with exception shown in
4307             structure view</li>
4308           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4309             escaped in a platform independent way</li>
4310           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4311             using proxy</li>
4312           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4313             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4314           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4315             failure when java web start temporary file caching is
4316             disabled</li>
4317           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4318             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4319           <li>Errors during processing of command line arguments
4320             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4321           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4322             DAS sources in sequence fetcher</li>
4323           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4324             dialog is shown</li>
4325           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4326           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4327           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4328           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4329             on OSX Mountain Lion</li>
4330           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4331             sequences with alignment annotation are pasted into the
4332             alignment</li>
4333           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4334             when loaded from Jalview project</li>
4335           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4336           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4337             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4338           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4339             associated with all views</li>
4340           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4341             annotation rows to new window</li>
4342         </ul> <em>Applet</em>
4343         <ul>
4344           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4345             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4346           <li>loading features via javascript API automatically
4347             enables feature display</li>
4348           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4349             work</li>
4350         </ul> <em>General</em>
4351         <ul>
4352           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4353           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4354             and then deselected</li>
4355           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4356           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4357             coloured with clustalx</li>
4358           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4359             exceptions and redraw errors</li>
4360           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4361             reconfigured view</li>
4362           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4363             colour</li>
4364           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4365             for lots of labels</li>
4366         </ul>
4367     </tr>
4368     <tr>
4369       <td>
4370         <div align="center">
4371           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4372         </div>
4373       </td>
4374       <td><em>Application</em>
4375         <ul>
4376           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4377           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4378           <li>View/alignment association menu to enable user to
4379             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4380             its colours/correspondences from</li>
4381           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4382           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4383             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4384           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4385           <li>Annotation row column label formatting attributes
4386             stored in project file</li>
4387           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4388             rows preserved in Jalview project file</li>
4389           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4390             saved using Desktop window menu</li>
4391           <li>Visual indication that command line arguments are
4392             still being processed</li>
4393           <li>Groovy script execution from URL</li>
4394           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4395             preferences</li>
4396           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4397             alignment with sequences that have high similarity and
4398             matching IDs</li>
4399           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4400           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4401             structures in same window</li>
4402           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4403           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4404             analysis function in its own submenu</li>
4405         </ul> <em>Applet</em>
4406         <ul>
4407           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4408             groups</li>
4409           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4410           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4411           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4412           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4413           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4414             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4415           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4416           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4417             parameters are treated as such</li>
4418           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4419             <ul>
4420               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4421               <li>Javascript callbacks for
4422                 <ul>
4423                   <li>Applet initialisation</li>
4424                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4425                 </ul>
4426               </li>
4427               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4428                 functions</li>
4429               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4430               <li>javascript structure viewer harness to pass
4431                 messages between Jmol and Jalview when running as
4432                 distinct applets</li>
4433               <li>sortBy method</li>
4434               <li>Set of applet and application examples shipped
4435                 with documentation</li>
4436               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4437                 javascript message exchange</li>
4438             </ul>
4439         </ul> <em>General</em>
4440         <ul>
4441           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4442             multiple alignments</li>
4443           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4444           <li>User configurable link to enable redirects to a
4445             www.Jalview.org mirror</li>
4446           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4447           <li>Configurable newline string when writing alignment
4448             and other flat files</li>
4449           <li>Allow alignment annotation description lines to
4450             contain html tags</li>
4451         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4452         <ul>
4453           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4454             examples</li>
4455           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4456             using a web service before displaying the result in the
4457             Jalview desktop</li>
4458           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4459           <li>Ant target to publish example html files with applet
4460             archive</li>
4461           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4462           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4463         </ul></td>
4464       <td><em>Application</em>
4465         <ul>
4466           <li>User defined colourscheme throws exception when
4467             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4468           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4469             dialog for valid filename/format</li>
4470           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4471           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4472             P37173</li>
4473           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4474             which sequence is to be associated with the file</li>
4475           <li>Find All raises null pointer exception when query
4476             only matches sequence IDs</li>
4477           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4478           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4479             2.4 cannot be loaded</li>
4480           <li>Filetype associations not installed for webstart
4481             launch</li>
4482           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4483             with sequences in different alignments do not get coloured
4484             by their associated sequence</li>
4485           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4486             not preserved when project is loaded</li>
4487           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4488             stored in Jalview project</li>
4489           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4490             Jalview project</li>
4491           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4492           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4493             by conservation</li>
4494           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4495             created on new view</li>
4496           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4497             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4498           <li>Alignment quality not updated after alignment
4499             annotation row is hidden then shown</li>
4500           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4501             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4502           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4503             properly</li>
4504           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4505             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4506           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4507           <li>Structures imported from file and saved in project
4508             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4509           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4510             job execution in full once it is complete</li>
4511         </ul> <em>Applet</em>
4512         <ul>
4513           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4514             annotation rows are displayed</li>
4515           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4516             codebase</li>
4517           <li>View follows highlighting does not work for positions
4518             in sequences</li>
4519           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4520           <li>Export features raises exception when no features
4521             exist</li>
4522           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4523             for javascript api is modified when separator string
4524             provided as parameter</li>
4525           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4526             alignment with no existing selection</li>
4527           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4528             to applet&#39;s codebase</li>
4529           <li>Status bar not updated after finished searching and
4530             search wraps around to first result</li>
4531           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4532             several Jalview applets causes race conditions and memory
4533             leaks</li>
4534           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4535             not sent from Jmol in applet</li>
4536           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4537             applet API fatally hang browser</li>
4538         </ul> <em>General</em>
4539         <ul>
4540           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4541             position with wrapped view and hidden regions</li>
4542           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4543             with/without hidden columns</li>
4544           <li>Sequence length given in alignment properties window
4545             is off by 1</li>
4546           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4547             import PDB like structure files</li>
4548           <li>Positional search results are only highlighted
4549             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4550           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4551           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4552             given sequence position</li>
4553           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4554             output</li>
4555           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4556             from nucleotide chains correctly</li>
4557           <li>Structure colours not updated when tree partition
4558             changed in alignment</li>
4559           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4560             parsed in interleaved stockholm</li>
4561           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4562             state</li>
4563           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4564             properly</li>
4565           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4566             properly associated with their pdb files</li>
4567         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4568         <ul>
4569           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4570             ApplyCopyright tool</li>
4571         </ul></td>
4572     </tr>
4573     <tr>
4574       <td>
4575         <div align="center">
4576           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4577         </div>
4578       </td>
4579       <td><em>Application</em>
4580         <ul>
4581           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4582             contact web services</li>
4583           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4584             service job window</li>
4585           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4586         </ul></td>
4587       <td>
4588         <ul>
4589           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4590             pir file emitted by Jalview</li>
4591           <li>Existing feature settings transferred to new
4592             alignment view created from cut'n'paste</li>
4593           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4594             parsing PDB files</li>
4595           <li>Consensus and conservation annotation rows
4596             occasionally become blank for all new windows</li>
4597           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4598             in wrapped view mode</li>
4599         </ul> <em>Application</em>
4600         <ul>
4601           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4602             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4603           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4604             parameter names</li>
4605           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4606             is down</li>
4607         </ul>
4608       </td>
4609     </tr>
4610     <tr>
4611       <td>
4612         <div align="center">
4613           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4614         </div>
4615       </td>
4616       <td><em>Application</em>
4617         <ul>
4618           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4619             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4620             (JABAWS)
4621           </li>
4622           <li>Web Services preference tab</li>
4623           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4624             preferences</li>
4625           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4626           <li>Superpose structures using associated sequence
4627             alignment</li>
4628           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4629             viewer</li>
4630         </ul> <em>Applet</em>
4631         <ul>
4632           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4633             link out mechanism</li>
4634         </ul> <em>Other</em>
4635         <ul>
4636           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4637             series 12</li>
4638           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4639             require Java 1.5</li>
4640           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4641             sequence annotation files</li>
4642           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4643             type colour specification</li>
4644           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4645             script to check if it being run in an interactive session or
4646             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4647         </ul></td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4651             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4652         </ul> <em>Application</em>
4653         <ul>
4654           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4655             selected Regions menu item</li>
4656           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4657             part of a valid accession ID</li>
4658           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4659             runs out of memory</li>
4660           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4661             analysis results</li>
4662           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4663             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4664           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4665         </ul> <em>Applet</em>
4666         <ul>
4667           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4668             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4669             defined.</li>
4670         </ul>
4671       </td>
4672     </tr>
4673     <tr>
4674       <td>
4675         <div align="center">
4676           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4677         </div>
4678       </td>
4679       <td></td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4683             sequence IDs</li>
4684           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4685             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4686           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4687             import correctly</li>
4688           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4689             number of columns are hidden</li>
4690           <li>annotation label popup menu not providing correct
4691             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4692             present</li>
4693           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4694             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4695           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4696             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4697
4698         </ul> <em>Applet</em>
4699         <ul>
4700           <li>annotation panel disappears when annotation is
4701             hidden/removed</li>
4702         </ul> <em>Application</em>
4703         <ul>
4704           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4705             alignment opened where annotation panel is visible but no
4706             annotations are present on alignment</li>
4707           <li>pasted region containing hidden columns is
4708             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4709           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4710             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4711           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4712             selected Rregions menu item.</li>
4713           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4714             'Un' or 'Non'conserved</li>
4715           <li>Sequence feature settings are being shared by
4716             multiple distinct alignments</li>
4717           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4718             changed</li>
4719           <li>double click on group annotation to select sequences
4720             does not propagate to associated trees</li>
4721           <li>Mac OSX specific issues:
4722             <ul>
4723               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4724                 window background</li>
4725               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4726                 name set correctly</li>
4727               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4728                 save feature colourscheme button</li>
4729             </ul>
4730           </li>
4731         </ul>
4732       </td>
4733     </tr>
4734     <tr>
4735
4736       <td>
4737         <div align="center">
4738           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4739         </div>
4740       </td>
4741       <td><em>New Capabilities</em>
4742         <ul>
4743           <li>URL links generated from description line for
4744             regular-expression based URL links (applet and application)
4745
4746
4747           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4748             menu</li>
4749           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4750             structures</li>
4751           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4752             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4753           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4754             average score or total feature count for each sequence.</li>
4755           <li>Shading features by score or associated description</li>
4756           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4757             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4758           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4759             hide everything but the currently selected region.</li>
4760           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4761         </ul> <em>Application</em>
4762         <ul>
4763           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4764             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4765           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4766             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4767           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4768             database references and protein_name is parsed as
4769             description line (BioSapiens terms).</li>
4770           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4771             references in sequence ID tooltip from View menu in
4772             application.</li>
4773           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4774       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4775           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4776             conservation plots</li>
4777           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4778             and visualized as sequence logos</li>
4779           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4780             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4781           </li>
4782           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4783             when a new tree is opened.</li>
4784           <li>Jalview Java Console</li>
4785           <li>Better placement of desktop window when moving
4786             between different screens.</li>
4787           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4788             consensus annotation</li>
4789           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4790             Workflows</li>
4791           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4792             <ul>
4793               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4794                 used to preserve views, structures, and tree display
4795                 settings)</li>
4796               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4797                 command line</li>
4798               <li>Sharing of selected regions between views and
4799                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4800               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4801             </ul></li>
4802         </ul> <em>Applet</em>
4803         <ul>
4804           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4805           <li>New Parameters
4806             <ul>
4807               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4808                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4809                 opened.</li>
4810               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4811                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4812               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4813                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4814               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4815                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4816                 view</li>
4817               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4818                 increase the height or width of a cell in the alignment
4819                 grid relative to the current font size.</li>
4820             </ul>
4821           </li>
4822           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4823             tooltip</li>
4824         </ul> <em>Other</em>
4825         <ul>
4826           <li>Features format: graduated colour definitions and
4827             specification of feature scores</li>
4828           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4829             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4830             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4831           <li>XML formats extended to support graduated feature
4832             colourschemes, group associated annotation, and profile
4833             visualization settings.</li></td>
4834       <td>
4835         <ul>
4836           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4837             rather than description</li>
4838           <li>Non-positional features are now included in sequence
4839             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4840             visibility in tooltip).</li>
4841           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4842           <li>Added URL embedding instructions to features file
4843             documentation.</li>
4844           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4845             'X' in peptide product</li>
4846           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4847             sequence ID and sequence string and query strings do not
4848             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4849           <li>AMSA files only contain first column of
4850             multi-character column annotation labels</li>
4851           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4852             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4853             exported and re-imported)</li>
4854           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4855             name</li>
4856           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4857             as subsequence matches, and correctly reports total number
4858             of both.</li>
4859           <li>Application:
4860             <ul>
4861               <li>Better handling of exceptions during sequence
4862                 retrieval</li>
4863               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4864                 link text excludes the start_end suffix</li>
4865               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4866                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4867               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4868               <li>Sequence description lines properly shared via
4869                 VAMSAS</li>
4870               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4871                 data sources</li>
4872               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4873                 completes before alignment figures are generated.</li>
4874               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4875                 first time.</li>
4876               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4877                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4878               <li>User defined group colours properly recovered
4879                 from Jalview projects.</li>
4880             </ul>
4881           </li>
4882         </ul>
4883       </td>
4884
4885     </tr>
4886     <tr>
4887       <td>
4888         <div align="center">
4889           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4890         </div>
4891       </td>
4892       <td>
4893         <ul>
4894           <li>Experimental support for google analytics usage
4895             tracking.</li>
4896           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4897         </ul>
4898       </td>
4899       <td>
4900         <ul>
4901           <li>Race condition in applet preventing startup in
4902             jre1.6.0u12+.</li>
4903           <li>Exception when feature created from selection beyond
4904             length of sequence.</li>
4905           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4906           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4907             all sequences with a given id</li>
4908           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4909             ID string searches</li>
4910           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4911             alignment to fail with exception</li>
4912         </ul> <em>Application Issues</em>
4913         <ul>
4914           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4915           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4916             data sources</li>
4917         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4918         <ul>
4919           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4920             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4921           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4922             version (java class versioning error fixed)</li>
4923         </ul>
4924       </td>
4925     </tr>
4926     <tr>
4927       <td>
4928
4929         <div align="center">
4930           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4931         </div>
4932       </td>
4933       <td><em>User Interface</em>
4934         <ul>
4935           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4936             translation and protein products</li>
4937           <li>Linked highlighting of structure associated with
4938             residue mapping to codon position</li>
4939           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4940             and 'clear' button</li>
4941           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4942             Tools menu</li>
4943           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4944             numeric data in description line</li>
4945           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4946           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4947             of sequence</li>
4948         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4949         <ul>
4950           <li>JPred3 web service</li>
4951           <li>Prototype sequence search client (no public services
4952             available yet)</li>
4953           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4954             PFAM</li>
4955           <li>URL Links created for matching database cross
4956             references as well as sequence ID</li>
4957           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4958         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4959         <ul>
4960           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4961             databases</li>
4962           <li>Generalised database reference retrieval and
4963             validation to all fetchable databases</li>
4964           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4965             sequence command</li>
4966         </ul> <em>Import and Export</em>
4967         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4968         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4969           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4970         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4971           File</li>
4972         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4973           triplet as name of colourscheme</li>
4974         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4975         <ul>
4976           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4977           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4978             alignments (experimental)</li>
4979           <li>Create new or select existing session to join</li>
4980           <li>load and save of vamsas documents</li>
4981         </ul> <em>Application command line</em>
4982         <ul>
4983           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4984             from applet)</li>
4985           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4986             of DAS servers to query for alignment features</li>
4987           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4988             that are also automatically queried for features</li>
4989           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4990             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4991         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4992         <ul>
4993           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4994             application (when using &quot;View in full
4995             application&quot;)</li>
4996         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4997         <ul>
4998           <li>feature group display control parameter</li>
4999           <li>debug parameter</li>
5000           <li>showbutton parameter</li>
5001         </ul> <em>Applet API methods</em>
5002         <ul>
5003           <li>newView public method</li>
5004           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5005           <li>Feature display control methods</li>
5006           <li>get list of currently selected sequences</li>
5007         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5008         <ul>
5009           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5010           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5011             Jalview release.</li>
5012           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5013             property controls execution of obfuscator</li>
5014           <li>Build target for generating source distribution</li>
5015           <li>Debug flag for javacc</li>
5016           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5017             jalview.bin.Cache</li>
5018           <li>Continuous Build Integration for stable and
5019             development version of Application, Applet and source
5020             distribution</li>
5021         </ul></td>
5022       <td>
5023         <ul>
5024           <li>selected region output includes visible annotations
5025             (for certain formats)</li>
5026           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5027             for editing</li>
5028           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5029           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5030           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5031           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5032             comments</li>
5033           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5034             filenames containing a ':'</li>
5035           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5036             global sequence features</li>
5037           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5038             references from alignment sequences goes to zero</li>
5039           <li>Close of tree branch colour box without colour
5040             selection causes cascading exceptions</li>
5041           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5042           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5043             file parsing fails.</li>
5044           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5045           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5046             not a valid output format</li>
5047           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5048             vamsas</li>
5049           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5050           <li>error messages passed up and output when data read
5051             fails</li>
5052           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5053             sequence is edited</li>
5054           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5055             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5056           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5057             filetype</li>
5058           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5059             import fixed for PFAM records</li>
5060           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5061             window list</li>
5062           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5063             can be read and written correctly to annotation file</li>
5064           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5065             correctly</li>
5066           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5067             non-italic font for representatives in Applet</li>
5068           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5069             Macs.</li>
5070           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5071             Applet)</li>
5072           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5073             due to null pointer exceptions</li>
5074           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5075             first column of alignment</li>
5076           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5077             July 2008</li>
5078           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5079             file is case-insensitive</li>
5080           <li>Sequence features read from Features file appended to
5081             all sequences with matching IDs</li>
5082           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5083             containing a sub-sequence</li>
5084           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5085           <li>feature and annotation file applet parameters
5086             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5087           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5088           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5089             splash-screen version check to complete</li>
5090           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5091             when passing them to the launchApp service</li>
5092           <li>display name and local features preserved in results
5093             retrieved from web service</li>
5094           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5095             sequence fetcher initialisation</li>
5096           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5097             dasobert DAS client</li>
5098           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5099             association</li>
5100           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5101             sequences
5102           </li>
5103         </ul>
5104       </td>
5105     </tr>
5106     <tr>
5107       <td>
5108         <div align="center">
5109           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5110         </div>
5111       </td>
5112       <td>
5113         <ul>
5114           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5115           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5116           <li>Slide sequences</li>
5117           <li>Edit sequence in place</li>
5118           <li>EMBL CDS features</li>
5119           <li>DAS Feature mapping</li>
5120           <li>Feature ordering</li>
5121           <li>Alignment Properties</li>
5122           <li>Annotation Scores</li>
5123           <li>Sort by scores</li>
5124           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5125         </ul>
5126       </td>
5127       <td>
5128         <ul>
5129           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5130           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5131           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5132           <li>Feature group display state in XML</li>
5133           <li>Feature ordering in XML</li>
5134           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5135           <li>Stockholm alignment properties</li>
5136           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5137           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5138           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5139           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5140         </ul>
5141       </td>
5142
5143     </tr>
5144     <tr>
5145       <td>
5146         <div align="center">
5147           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5148         </div>
5149       </td>
5150       <td>
5151         <ul>
5152           <li>Non standard characters can be read and displayed
5153           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5154             applet via textbox
5155           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5156             name &amp; description
5157           <li>Preference setting to display sequence name in
5158             italics
5159           <li>Annotation file format extended to allow
5160             Sequence_groups to be defined
5161           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5162             specified in preferences
5163           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5164             sequences
5165         </ul>
5166       </td>
5167       <td>
5168         <ul>
5169           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5170             installed
5171           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5172           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5173         </ul>
5174       </td>
5175     </tr>
5176     <tr>
5177       <td>
5178         <div align="center">
5179           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5180         </div>
5181       </td>
5182       <td>
5183         <ul>
5184           <li>Multiple views on alignment
5185           <li>Sequence feature editing
5186           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5187           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5188           <li>Background dependent text colour
5189           <li>Right align sequence ids
5190           <li>User-defined lower case residue colours
5191           <li>Format Menu
5192           <li>Select Menu
5193           <li>Menu item accelerator keys
5194           <li>Control-V pastes to current alignment
5195           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5196           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5197           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5198
5199
5200           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5201         </ul>
5202       </td>
5203       <td>
5204         <ul>
5205           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5206           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5207             calculations
5208           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5209             edits
5210           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5211             of alignment)
5212           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5213
5214
5215           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5216             display correctly
5217           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5218           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5219             analysis results
5220           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5221             &#8739;
5222           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5223           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5224           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5225
5226
5227         </ul>
5228       </td>
5229     </tr>
5230     <tr>
5231       <td>
5232         <div align="center">
5233           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5234         </div>
5235       </td>
5236       <td>
5237         <ul>
5238           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5239         </ul>
5240       </td>
5241       <td>
5242         <ul>
5243           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5244             sequence id panel has been resized</li>
5245           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5246             rendered</li>
5247           <li>Annotation files with sequence references - all
5248             elements in file are relative to sequence position</li>
5249           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5250         </ul>
5251       </td>
5252     </tr>
5253     <tr>
5254       <td>
5255         <div align="center">
5256           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5257         </div>
5258       </td>
5259       <td>
5260         <ul>
5261           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5262           <li>DAS Feature fetching</li>
5263           <li>Hide sequences and columns</li>
5264           <li>Export Annotations and Features</li>
5265           <li>GFF file reading / writing</li>
5266           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5267             files</li>
5268           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5269           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5270           <li>Applet can launch the full application</li>
5271           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5272             required)</li>
5273           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5274           <li>Applet can load sequences from parameter
5275             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5276           </li>
5277         </ul>
5278       </td>
5279       <td>
5280         <ul>
5281           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5282           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5283           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5284         </ul>
5285       </td>
5286     </tr>
5287     <tr>
5288       <td>
5289         <div align="center">
5290           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5291         </div>
5292       </td>
5293       <td>
5294         <ul>
5295           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5296           <li>Choose to match case when searching</li>
5297           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5298             expand the visible width and height of the alignment</li>
5299         </ul>
5300       </td>
5301       <td>
5302         <ul>
5303           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5304         </ul>
5305       </td>
5306     </tr>
5307     <tr>
5308       <td>
5309         <div align="center">
5310           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5311         </div>
5312       </td>
5313       <td>&nbsp;</td>
5314       <td>
5315         <ul>
5316           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5317           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5318             value</li>
5319         </ul>
5320       </td>
5321     </tr>
5322     <tr>
5323       <td>
5324         <div align="center">
5325           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5326         </div>
5327       </td>
5328       <td>
5329         <ul>
5330           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5331           <li>Keyboard editing</li>
5332           <li>Create sequence features from searches</li>
5333           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5334             alignments</li>
5335           <li>Features file allows grouping of features</li>
5336           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5337           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5338           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5339         </ul>
5340       </td>
5341       <td>
5342         <ul>
5343           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5344           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5345             descriptions saved.</li>
5346         </ul>
5347       </td>
5348     </tr>
5349     <tr>
5350       <td>
5351         <div align="center">
5352           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5353         </div>
5354       </td>
5355       <td>
5356         <ul>
5357           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5358           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5359           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5360             name for file output</li>
5361           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5362           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5363             used for HTML form input</li>
5364         </ul>
5365       </td>
5366       <td>
5367         <ul>
5368           <li>HTML output writes groups and features</li>
5369           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5370           <li>File IO bugs</li>
5371         </ul>
5372       </td>
5373     </tr>
5374     <tr>
5375       <td>
5376         <div align="center">
5377           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5378         </div>
5379       </td>
5380       <td>
5381         <ul>
5382           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5383           <li>More options for PCA viewer</li>
5384         </ul>
5385       </td>
5386       <td>
5387         <ul>
5388           <li>GUI bugs resolved</li>
5389           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5390         </ul>
5391       </td>
5392     </tr>
5393     <tr>
5394       <td height="63">
5395         <div align="center">
5396           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5397         </div>
5398       </td>
5399       <td>
5400         <ul>
5401           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5402           <li>Jar files are executable</li>
5403           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5404         </ul>
5405       </td>
5406       <td>
5407         <ul>
5408           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5409           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5410           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5411         </ul>
5412       </td>
5413     </tr>
5414     <tr>
5415       <td>
5416         <div align="center">
5417           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5418         </div>
5419       </td>
5420       <td>
5421         <ul>
5422           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5423         </ul>
5424       </td>
5425       <td>
5426         <ul>
5427           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5428         </ul>
5429       </td>
5430     </tr>
5431     <tr>
5432       <td>
5433         <div align="center">
5434           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5435         </div>
5436       </td>
5437       <td>
5438         <ul>
5439           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5440             size</li>
5441         </ul>
5442       </td>
5443       <td>
5444         <ul>
5445           <li>Improved JPred client reliability</li>
5446           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5447         </ul>
5448       </td>
5449     </tr>
5450     <tr>
5451       <td>
5452         <div align="center">
5453           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5454         </div>
5455       </td>
5456       <td>
5457         <ul>
5458           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5459           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5460           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5461             to Colour Menu</li>
5462           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5463           <li>Unix users can set default web browser</li>
5464           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5465           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5466         </ul>
5467       </td>
5468       <td>
5469         <ul>
5470           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5471         </ul>
5472       </td>
5473     </tr>
5474     <tr>
5475       <td>
5476         <div align="center">
5477           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5478         </div>
5479       </td>
5480       <td>&nbsp;</td>
5481       <td>
5482         <ul>
5483           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5484             alignment order.</li>
5485         </ul>
5486       </td>
5487     </tr>
5488     <tr>
5489       <td>
5490         <div align="center">
5491           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5492         </div>
5493       </td>
5494       <td>
5495         <ul>
5496           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5497           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5498           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5499             annotations.</li>
5500           <li>Version and build date written to build properties
5501             file.</li>
5502           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5503             at launch of Jalview.</li>
5504         </ul>
5505       </td>
5506       <td>
5507         <ul>
5508           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5509           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5510           <li>Can remove groups one by one.</li>
5511           <li>Filechooser icons installed.</li>
5512           <li>Finder ignores return character when searching.
5513             Return key will initiate a search.<br>
5514           </li>
5515         </ul>
5516       </td>
5517     </tr>
5518     <tr>
5519       <td>
5520         <div align="center">
5521           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5522         </div>
5523       </td>
5524       <td>
5525         <ul>
5526           <li>New codebase</li>
5527         </ul>
5528       </td>
5529       <td>&nbsp;</td>
5530     </tr>
5531   </table>
5532   <p>&nbsp;</p>
5533 </body>
5534 </html>