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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>02/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 105                 features can be filtered and shaded according to any
 106                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 107                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 108                 file)
 109               </li>
 110               <li>
 111                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 112                 stored and restored from Jalview Projects
 113               </li>
 114               <li>
 115                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 116                                                                 recognise variant features
 117                                                         </li>
 118                                                         <li>
 119                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 120                                                                 sequences (also coloured red by default)
 121                                                         </li>
 122                                                         <li>
 123                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 124                                                                 details
 125                                                         </li>
 126                                                         <li>
 127                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 128                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 129                                                         </li>
 130                                                         <li>
 131                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 132                                                                 dialog
 133                                                         </li>
 134                                                 </ul>
 135                                         </li>
 136                                         <li>
 137                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 138                                                 tree and PCA calculations
 139                                         </li>
 140                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 141             <ul>
 142                                                         <li>
 143                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 144                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 145                                                         </li>
 146                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 147                                                                 drop-down menus</li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 150                                                                 incrementally
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 154                                                         </li>
 155                                                 </ul>
 156                                         </li>
 157                                         <li>
 158                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 159                                         </li>
 160                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 161                                         <ul>
 162                                                         <li>
 163                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 164                                                                 multiple groups when working with large alignments
 165                                                         </li>
 166                                                         <li>
 167                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 168                                                                 Stockholm files
 169                                                         </li>
 170                                                 </ul>
 171                                         <li><strong>User Interface</strong>
 172                                         <ul>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 175                                                                 view
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 179                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 180                                                                 default (can be changed in user preferences)
 181                                                         </li>
 182                                                         <li>
 183                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 184                                                                 to the Overwrite Dialog
 185                                                         </li>
 186                                                         <li>
 187                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 188                                                                 sequences are hidden
 189                                                         </li>
 190                                                         <li>
 191                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 192                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 193                                                         </li>
 194                                                         <li>
 195                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 196                                                                 labels
 197                                                         </li>
 198                                                         <li>
 199                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 200                                                                 when in wrapped mode
 201                                                         </li>
 202                                                         <li>
 203                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 204                                                                 annotation
 205                                                         </li>
 206                                                         <li>
 207                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 208                                                         </li>
 209                                                         <li>
 210                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 211                                                                 panel
 212                                                         </li>
 213                                                         <li>
 214                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 215                                                                 popup menu
 216                                                         </li>
 217                                                         <li>
 218                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 219                                                         <li>
 220                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 221
 222
 223                                                 </ul></li>
 224                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 225                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 226                                                 <ul>
 227                                                         <li>
 228                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 229                                                                 trapping CMD-Q
 230                                                         </li>
 231                                                 </ul></li>
 232                                 </ul>
 233         <em>Deprecations</em>
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 237             capabilities removed from the Jalview Desktop
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 241             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 242             and XML based data retrieval clients</li>
 243           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 244           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 245         </ul> <em>Documentation</em>
 246                                 <ul>
 247                                         <li>
 248                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 249                                                 not supported in EPS figure export
 250                                         </li>
 251                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 252                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 253         <ul>
 254                 <li>
 255                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 256                                         </li>
 257                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 260             gradle-eclipse
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 --> Atlassian
 264             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 265             execution
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 269             operations
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 273             issues resolved.
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 277             markdown (with HTML rendering)
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 284             versions of Jalview
 285           </li>
 286           <li>
 287           <li>
 288         </ul>
 289       </td>
 290                         <td align="left" valign="top">
 291                                 <ul>
 292                                         <li>
 293                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 294                                         </li>
 295                                         <li>
 296                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 297                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 298                                         </li>
 299                                         <li>
 300                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 301                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 302                                         </li>
 303                                         <li>
 304                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 305                                                 monospaced font
 306                                         </li>
 307                                         <li>
 308                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 309                                                 project involving multiple views
 310                                         </li>
 311                                         <li>
 312                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 313                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 314                                                 Annotation dialog hides columns
 315                                         </li>
 316                                         <li>
 317                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 318                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 319                                                 one view, then making another selection in the other view
 320                                         </li>
 321                                         <li>
 322                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 323                                                 columns
 324                                         </li>
 325                                         <li>
 326                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 327                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 328                                         </li>
 329                                         <li>
 330                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 331                                                 overview updates with large alignments
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 335                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 336                                                 mouse moved to the left of the first column
 337                                         </li>
 338                                         <li>
 339                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 340                                                 hidden column marker via scale popup menu
 341                                         </li>
 342                                         <li>
 343                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 344                                                 doesn't tell users the invalid URL
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 348                                                 score from view
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 352                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 353                                                 red in original view
 354                                         </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 357             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 358           </li>
 359                                         <li>
 360                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 361                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 362                                         </li>
 363                                         <li>
 364                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 365                                                 when columns are hidden
 366                                         </li>
 367                                         <li>
 368                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 369                                                 Columns by Annotation description
 370                                         </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 373                                                 out of Scale or Annotation Panel
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 377                                                 scale panel
 378                                         </li>
 379                                         <li>
 380                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 381                                                 alignment down
 382                                         </li>
 383                                         <li>
 384                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 385                                                 scale panel
 386                                         </li>
 387                                         <li>
 388                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 389                                                 Page Up in wrapped mode
 390                                         </li>
 391                                         <li>
 392                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 396                                         </li>
 397                                         <li>
 398                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 399                                                 on opening an alignment
 400                                         </li>
 401                                         <li>
 402                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 403                                                 Colour menu
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 407                                                 different groups in the alignment are selected
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 411                                                 correctly in menu
 412                                         </li>
 413                                         <li>
 414                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 415                                                 threshold limit
 416                                         </li>
 417                                         <li>
 418                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 419                                                 threshold gets 'unrounded'
 420                                         </li>
 421                                         <li>
 422                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 423                                                 colour
 424                                         </li>
 425                                         <li>
 426                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 430                                         </li>
 431                                         <li>
 432                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 433                                                 Tree font
 434                                         </li>
 435                                         <li>
 436                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 437                                                 project file
 438                                         </li>
 439                                         <li>
 440                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 441                                                 shown in complementary view
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 445                                                 without normalisation
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 449                                                 of report
 450                                         </li>
 451                                         <li>
 452                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 453                                         </li>
 454                                   <li>
 455                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 456                                   </li>
 457                                 </ul> <em>Editing</em>
 458                                 <ul>
 459                                         <li>
 460                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 461                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 462                                                 sequence
 463                                         </li>
 464                                         <li>
 465                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 466                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 467                                                 removed (Known defect since 2.10)
 468                                         </li>
 469                                         <li>
 470                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 471                                                 dialog corrupts dataset sequence
 472                                         </li>
 473                                         <li>
 474                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 475                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 476                                         </li>
 477                                 </ul>
 478                                 <em>Datamodel</em>
 479                                 <ul>
 480                                         <li>
 481                                                 <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 482                                                 sequence's End is greater than its length
 483                                         </li>
 484           <li><strong>Bugs fixed for Java 11 Support (not
 485               yet on general release)</strong>
 486             <ul>
 487               <li>
 488                 <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 489               </li>
 490             </ul></li>
 491         </ul> <em>New Known Defects</em>
 492                                 <ul>
 493                                 <li><!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 494                                 </li>
 495                                         <li>
 496                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 497                                                 regions of protein alignment.
 498                                         </li>
 499                                         <li>
 500                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 501                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 502                                         </li>
 503                                         <li>
 504                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 505                                                 'New View'
 506                                         </li>
 507                                         <li>
 508                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 509                                                 columns within hidden columns
 510                                         </li>
 511                                         <li>
 512                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 513                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 514                                                 region
 515                                         </li>
 516                                         <li>
 517                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 518                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 519                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 520                                                 create a Score filter instead.
 521                                         </li>
 522                                         <li><!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 523                                         <li>
 524                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 525                                         </li>
 526                                         <li>
 527                                                 <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 528                                                 alignments with multiple views can close views unexpectedly
 529                                         </li>
 530                                         <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 531             <ul>
 532               <li>
 533               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 534
 535             </ul></li>
 536
 537                                 </ul>
 538                         </td>
 539                 </tr>
 540     <tr>
 541     <td width="60" nowrap>
 542       <div align="center">
 543         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 544       </div>
 545     </td>
 546     <td><div align="left">
 547         <em></em>
 548         <ul>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 551               InstallAnywhere increased to 1G.
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 555               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 556               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 557                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 558                 properties file.</em>
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 562               API and sequence data now imported as JSON.
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 566               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 567               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 568               property.
 569             </li>
 570           </ul>
 571           <em>Development</em>
 572           <ul>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 575               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 576                 Clover</a>
 577             </li>
 578           </ul>
 579         </div></td>
 580     <td><div align="left">
 581         <em></em>
 582         <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 585               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 586               alignment.
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 590               annotation displayed.
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 594               for newly created group when 'Apply to all groups'
 595               selected
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 599               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 600               visible.
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 604               when sequences are selected in exported view.</em>
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 608               aren't rendered with correct colour.
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 612               types of knotted RNA secondary structure.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 616               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 617               do not start at 1.
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 621               annotation when columns are inserted into an alignment,
 622               and when exporting as Stockholm flatfile.
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 626               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 627               treated as RNA secondary structure.
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 631               (not .jar) when saving a jalview project file.
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 635               transfers focus to previous window on OSX
 636             </li>
 637           </ul>
 638           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 639           <ul>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 642               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 643               box.
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 647               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 648               'look and feel' which has improved compatibility with the
 649               latest version of OSX.
 650             </li>
 651           </ul>
 652         </div>
 653     </td>
 654     </tr>
 655     <tr>
 656       <td width="60" nowrap>
 657         <div align="center">
 658           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 659             <em>7/06/2018</em></strong>
 660         </div>
 661       </td>
 662       <td><div align="left">
 663           <em></em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 667               annotation retrieved from Uniprot
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 671               onto the Jalview Desktop
 672             </li>
 673           </ul>
 674         </div></td>
 675       <td><div align="left">
 676           <em></em>
 677           <ul>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 680               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 684               right-hand column parsed correctly
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 688               not alignment area in exported graphic
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 692               window has input focus
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 696               annotation added to view (Windows)
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 700               network connectivity is poor
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 704               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 705                 the currently open URL and links from a page viewed in
 706                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 707                 you are using Edge, only links in the page can be
 708                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 709                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 710             </li>
 711           </ul>
 712           <em>New Known Defects</em>
 713           <ul>
 714             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 715           </ul>
 716         </div></td>
 717     </tr>
 718     <tr>
 719       <td width="60" nowrap>
 720         <div align="center">
 721           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 722         </div>
 723       </td>
 724       <td><div align="left">
 725           <em></em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 729               for disabling automatic superposition of multiple
 730               structures and open structures in existing views
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 734               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 735               adjust them.
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 739               Ensembl services
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 743               and lots of hidden columns
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 747               of features (particularly when transparency is disabled)
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 751               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 752               generally available
 753             </li>
 754           </ul>
 755           </div>
 756       </td>
 757       <td><div align="left">
 758           <ul>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 761               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 765               overlapping alignment panel
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 769               sequence as gaps
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 773               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 774               UTR
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 778               factor annotation not added to sequence when local PDB
 779               file associated with it by drag'n'drop or structure
 780               chooser
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 784               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 788               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 792               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 796               columns in annotation row
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 800               honored in batch mode
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 804               for structures added to existing Jmol view
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 808               entries after importing project with multiple views
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 812               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 813               with negative residue numbers or missing residues fails
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 817               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 818               as generated by CONSURF)
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 822               tooltip doesn't include a text description of mutation
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 826               structure and/or overview windows are also shown
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 830               very slow for alignments with large numbers of sequences
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 834               with 'StringIndexOutOfBounds'
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 838               platforms running Java 10
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 842               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 843             </li>
 844           </ul>
 845           <em>Applet</em>
 846           <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 849               should copy the group consensus when popup is opened on it
 850             </li>
 851           </ul>
 852           <em>Batch Mode</em>
 853           <ul>
 854           <li>
 855             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 856           </li>
 857           </ul>
 858           <em>New Known Defects</em>
 859           <ul>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 862               editing a large alignment and overview is displayed
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 866               repeatedly after a series of edits even when the overview
 867               is no longer reflecting updates
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 871               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 872               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 873               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 874             </li>
 875                                                 <li>
 876                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 877                                                         option gives blank output
 878                                                 </li>
 879                                         </ul>
 880         </div>
 881           </td>
 882     </tr>
 883     <tr>
 884       <td width="60" nowrap>
 885         <div align="center">
 886           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 887         </div>
 888       </td>
 889       <td><div align="left">
 890           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 891               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 892       <td><div align="left">
 893           <em>Desktop</em><ul>
 894           <ul>
 895             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 896             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 897             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 898             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 899             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 900             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 901             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 902           </ul>
 903           </div>
 904       </td>
 905     </tr>
 906     <tr>
 907       <td width="60" nowrap>
 908         <div align="center">
 909           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 910         </div>
 911       </td>
 912       <td><div align="left">
 913           <em></em>
 914           <ul>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 917               rendering of sequence features
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 921               429 rate limit request hander
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 925               their colours have changed
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 929               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 933               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 937               view from Ensembl locus cross-references
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 941               Alignment report
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 945               feature can be disabled
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 949               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 953               Uniprot
 954             </li>
 955           </ul>
 956           <em>Scripting</em>
 957           <ul>
 958             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 959             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 960               percent identity scores for current alignment.</li>
 961           </ul>
 962           <em>Testing and Deployment</em>
 963           <ul>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 966             </li>
 967           </ul>
 968         </div></td>
 969       <td><div align="left">
 970           <em>General</em>
 971           <ul>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 974               threshold text field doesn't trigger an update to the
 975               alignment view
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 979               strings in parallel
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 983               alignment window is closed
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 987               group visibility
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 991               takes a long time in Cursor mode
 992             </li>
 993           </ul>
 994           <em>Desktop</em>
 995           <ul>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 998               cannot be viewed in Chimera
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1002               CDS/Protein view
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1006               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1007               Search Dialogs
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1017               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1021               scrolling right in unwapped alignment view
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1025               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1026               database
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1030               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1034               features of same type and group to be selected for
1035               amending
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1039               alignments when hidden columns are present
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1043               displaying several structures
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1047               moving a window
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1051               within the Jalview desktop on OSX
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1055               when in wrapped alignment mode
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1059               hand end of alignment
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1063               each selected sequence do not have correct start/end
1064               positions
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1068               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1072               restoring project until a new view is created
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1076               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1077               configured (since 2.10.2b2)
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1081               position is adjusted
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1085               in a multi-chain structure when viewing alignment
1086               involving more than one chain (since 2.10)
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1090               if new selection moves alignment window
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1094               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1098               that produces correctly annotated transcripts and products
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1102               doesn't update associated structure view
1103             </li>
1104           </ul>
1105           <em>Applet</em><br />
1106           <ul>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1109               closing alignment panel
1110             </li>
1111           </ul>
1112           <em>BioJSON</em><br />
1113           <ul>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1116               non-positional features
1117             </li>
1118           </ul>
1119           <em>New Known Issues</em>
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1123               sequence features correctly (for many previous versions of
1124               Jalview)
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1128               using cursor in wrapped panel other than top
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1132               graduated colour threshold
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1136               always preserve numbering and sequence features
1137             </li>
1138           </ul>
1139           <em>Known Java 9 Issues</em>
1140           <ul>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1143               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1144               9.01, OSX 10.10)
1145             </li>
1146           </ul>
1147         </div></td>
1148     </tr>
1149     <tr>
1150       <td width="60" nowrap>
1151         <div align="center">
1152           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1153             <em>2/10/2017</em></strong>
1154         </div>
1155       </td>
1156       <td><div align="left">
1157           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1158           <ul>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1161             </li>
1162             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1163             </li>
1164           </ul>
1165         </div></td>
1166       <td><div align="left">
1167         </div></td>
1168     </tr>
1169     <tr>
1170       <td width="60" nowrap>
1171         <div align="center">
1172           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1173             <em>7/9/2017</em></strong>
1174         </div>
1175       </td>
1176       <td><div align="left">
1177           <em></em>
1178           <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1181               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1182               white)
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1186               Preferences
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1190               in size and progress bar shown as higher resolution
1191               overview is recalculated
1192             </li>
1193
1194           </ul>
1195         </div></td>
1196       <td><div align="left">
1197           <em></em>
1198           <ul>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1201               column region row by row
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1205               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1209               format setting is unticked
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1213               if group has show boxes format setting unticked
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1217               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1218               include sequences and columns not currently displayed
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1222               assemblies are imported via CIF file
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1226               displayed when threshold or conservation colouring is also
1227               enabled.
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1231               server version
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1235               dragging a selected region off the visible region of the
1236               alignment
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1240               colourscheme to all groups in a view
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1244               initially after font size change using the Font chooser or
1245               middle-mouse zoom
1246             </li>
1247           </ul>
1248         </div></td>
1249     </tr>
1250     <tr>
1251       <td width="60" nowrap>
1252         <div align="center">
1253           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1254         </div>
1255       </td>
1256       <td><div align="left">
1257           <em>Calculations</em>
1258           <ul>
1259
1260             <li>
1261               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1262               ungapped positions in each column of the alignment.
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1266               a calculation dialog box
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1270               and memory efficiency (~30x faster)
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1274               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1275               and other calculations
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1279               files within the Jalview codebase
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1283               Similarity may have different topology due to increased
1284               precision
1285             </li>
1286           </ul>
1287           <em>Rendering</em>
1288           <ul>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1291               model for alignments and groups
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1295               scripts
1296             </li>
1297           </ul>
1298           <em>Overview</em>
1299           <ul>
1300             <li>
1301               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1302               with alignment and overview windows
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1306               overview
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1310               omitted in Overview
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1314               adjustment of visible position
1315             </li>
1316           </ul>
1317
1318           <em>Data import/export</em>
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1322               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1326               annotation input/output via stockholm flatfile
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1330               extension when importing structure files without embedded
1331               names or PDB accessions
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1335               format sequence substitution matrices
1336             </li>
1337           </ul>
1338           <em>User Interface</em>
1339           <ul>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1342               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1343               the application.
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1347               via Overview or sequence motif search operations
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1351               opened by double clicking gaps within sequence feature
1352               extent
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1356               aligned positions were available to create a 3D structure
1357               superposition.
1358             </li>
1359           </ul>
1360           <em>3D Structure</em>
1361           <ul>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1364               coloured in linked structure views
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1368               file-based command exchange
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1372               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1373               structures are already available for sequences
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1377               the Jalview project rather than downloaded again when the
1378               project is reopened.
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1382               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1383               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1384                 Feature</strong>)
1385             </li>
1386           </ul>
1387           <em>Web Services</em>
1388           <ul>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1394               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1395               Analysis services
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1399               cross-references provided by identifiers.org and the
1400               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1401             </li>
1402           </ul>
1403
1404           <em>Scripting</em>
1405           <ul>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1408               identifying file formats (instead of String constants)
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1412               efficiency when counting all displayed features (not
1413               backwards compatible with 2.10.1)
1414             </li>
1415           </ul>
1416           <em>Example files</em>
1417           <ul>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1420               included in the example feature file
1421             </li>
1422           </ul>
1423           <em>Documentation</em>
1424           <ul>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1427               with the built-in Java help viewer
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1431               sequence description' option
1432             </li>
1433           </ul>
1434           <em>Test Suite</em>
1435           <ul>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1438               Uniprot REST Free Text Search Client
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1445               during tests
1446             </li>
1447           </ul>
1448         </div></td>
1449       <td><div align="left">
1450           <em>Calculations</em>
1451           <ul>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1454               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1455               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1456             </li>
1457             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1458               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1459               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1460               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1461               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1462               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1463               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1464               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1465               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1466               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1467               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1468               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1469               // for 2.10.1 mode <br />
1470               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1471               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1472                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1473                 calculations (not recommended)</em></li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1476               scaling of branch lengths for trees computed using
1477               Sequence Feature Similarity.
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1481               generating output report when working with highly
1482               redundant alignments
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1486               right of selected region when gaps present on right-hand
1487               boundary
1488             </li>
1489           </ul>
1490           <em>User Interface</em>
1491           <ul>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1494               doesn't reselect a specific sequence's associated
1495               annotation after it was used for colouring a view
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1499               opened on a region of alignment without groups
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1503               of an alignment with overlapping groups
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1507               name and description match
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1511               hidden regions results in incorrect hidden regions
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1515               changing colour does not apply Conservation slider value
1516               to all groups
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1520               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1524               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1528               gaps before start of features
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1532               restored to UI when feature colour is edited
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1536               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1540               as graduate feature colour settings are modified via the
1541               dialog box
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1545               when a group defined on the alignment is resized
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1549               wrapped view result in positional status updates
1550             </li>
1551
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1554               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1558               alignment included gapped columns
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1562               widgets don't permanently disappear
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1566               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1567               T-Coffee column reliability scores)
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1571               sequence feature on gaps only
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1575               button from a Find inherit previously defined feature type
1576               rather than the Find query string
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1580               exporting tree calculated in Jalview
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1584               and then revealing them reorders sequences on the
1585               alignment
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1589               doesn't update to reflect available set of groups after
1590               interactively adding or modifying features
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1594               Linux
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1598               only excluded gaps in current sequence and ignored
1599               selection.
1600             </li>
1601           </ul>
1602           <em>Rendering</em>
1603           <ul>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1606               erratically when hidden rows or columns are present
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1610               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1611               sequence colouring
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1615               colour and group colour menu for protein alignments
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1619               reflect currently selected view or group's shading
1620               thresholds
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1624               when rendered on overview and structures when opacity at
1625               100%
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1629               overview when features overlaid on alignment
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1633               recovered correctly from Jalview project file
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1637               (automatically via preferences) are different to the main
1638               alignment panel
1639             </li>
1640           </ul>
1641           <em>Data import/export</em>
1642           <ul>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1645               load
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1649               added after a sequence was imported are not written to
1650               Stockholm File
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1654               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1658               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1662               with lightGray or darkGray via features file (but can
1663               specify lightgray)
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1667               when alignment view imported from project
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1671               structure and sequences extracted from structure files
1672               imported via URL and viewed in Jmol
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1676               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1677               the project is loaded and the structure viewed
1678             </li>
1679           </ul>
1680           <em>Web Services</em>
1681           <ul>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1684               release of Ensembl v.88
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1688               appear enabled in Preferences->Connections
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1692               removed from console output
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1696               Ensembl by Peptide ID
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1700               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1701               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1702               due to 'null' string rather than empty string used for
1703               residues with no corresponding PDB mapping).
1704             </li>
1705           </ul>
1706           <em>Application UI</em>
1707           <ul>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1710               menu
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1714               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1715               new documentation and tooltips added)
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1719               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1723               new features are added to alignment
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1727               changes to feature colours via the Amend features dialog
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1731               edit graduated feature colour via amend features dialog
1732               box
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1736               selection menu changes colours of alignment views
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1740               from alignment calculation workers after alignment has
1741               been closed
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1745               groups now 'Create Group'
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1749               Create/Undefine group doesn't always work
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1753               shown again after pressing 'Cancel'
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1757               adjusts start position in wrap mode
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1761               ambiguous amino acids
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1765               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1766               proteins
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1770               Defined' don't appear in Colours menu
1771             </li>
1772           </ul>
1773           <em>Applet</em>
1774           <ul>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1777               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1781               overview or linked structure view
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1785               work (since 2.8)
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1789               user-defined colourscheme doesn't restore original
1790               colourscheme
1791             </li>
1792           </ul>
1793           <em>Test Suite</em>
1794           <ul>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1797               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1801               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1802               problems with deep array comparison equality asserts in
1803               successive versions of TestNG
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1807               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1808             </li>
1809           </ul>
1810           <em>New Known Issues</em>
1811           <ul>
1812             <li>
1813               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1814               phase after a sequence motif find operation
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1818               containing just upper and lower case letters are
1819               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1823               reliably from eggnog Ortholog database
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1827               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1828               to mark columns containing highlighted regions.
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1832               doesn't always add secondary structure annotation.
1833             </li>
1834           </ul>
1835         </div>
1836     <tr>
1837       <td width="60" nowrap>
1838         <div align="center">
1839           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1840         </div>
1841       </td>
1842       <td><div align="left">
1843           <em>General</em>
1844           <ul>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1847               for all consensus calculations
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1851               3rd Oct 2016)
1852             </li>
1853             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1854               for 2016-2017</li>
1855           </ul>
1856           <em>Application</em>
1857           <ul>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1860               set of database cross-references, sorted alphabetically
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1864               from database cross references. Users with custom links
1865               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1866                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1870               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1871               Chimera session
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1875               the Chimera it is connected to is shut down
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1879               columns menu item to mark columns containing highlighted
1880               regions (e.g. from structure selections or results of a
1881               Find operation)
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1885               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1886               MSAviewer
1887             </li>
1888           </ul>
1889         </div></td>
1890       <td>
1891         <div align="left">
1892           <em>General</em>
1893           <ul>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1896               are not coloured or thresholded according to percent
1897               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1901               hydrophobic
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1905               threshold, amino acid properties)
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1909               reported as mapped to residues in a structure file in the
1910               View Mapping report
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1914               could be added multiple times to a sequence
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1918               bond features shown as two highlighted residues rather
1919               than a range in linked structure views, and treated
1920               correctly when selecting and computing trees from features
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1924               cross-references are matched to database name regardless
1925               of case
1926             </li>
1927
1928           </ul>
1929           <em>Application</em>
1930           <ul>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1933               names without regular expressions also offer links from
1934               Sequence ID
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1938               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1939               update Jalview configuration
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1943               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1947               files with similarly named sequences if dropped onto the
1948               alignment
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1952               entries where more chains exist in the PDB accession than
1953               are reported in the SIFTS file
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1957               the structure view when displayed with Chimera
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1961               panel's View->Show Chains submenu
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1965               work for wrapped alignment views
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1969               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1973               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1974               first annotation row
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1978               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1982               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1983             </li>
1984             <!-- JAL-2319 -->
1985             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1986             coordindate data
1987             </li>
1988           </ul>
1989           <!--           <em>New Known Issues</em>
1990           <ul>
1991             <li></li>
1992           </ul> -->
1993         </div>
1994       </td>
1995     </tr>
1996     <td width="60" nowrap>
1997       <div align="center">
1998         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1999           <em>25/10/2016</em></strong>
2000       </div>
2001     </td>
2002     <td><em>Application</em>
2003       <ul>
2004         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2005           view if structures already loaded</li>
2006         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2007           structure views</li>
2008       </ul></td>
2009     <td>
2010       <div align="left">
2011         <em>General</em>
2012         <ul>
2013           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2014             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2015           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2016             example sequences/projects/trees</li>
2017         </ul>
2018         <em>Application</em>
2019         <ul>
2020           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2021             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2022           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2023             without timeout for structures with multiple models or
2024             multiple sequences in alignment</li>
2025           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2026             PDB ID HEADER line</li>
2027           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2028             is performed</li>
2029           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2030             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2031           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2032           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2033             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2034             option</li>
2035           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2036             is created on the alignment</li>
2037           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2038             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2039             pop-up menu</li>
2040         </ul>
2041         <em>Build and deployment</em>
2042         <ul>
2043           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2044             tags</li>
2045         </ul>
2046         <em>New Known Issues</em>
2047         <ul>
2048           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2049             on Windows</li>
2050         </ul>
2051       </div>
2052     </td>
2053     </tr>
2054     <tr>
2055       <td width="60" nowrap>
2056         <div align="center">
2057           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2058         </div>
2059       </td>
2060       <td><em>General</em>
2061         <ul>
2062           <li>
2063             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2064           </li>
2065           <li>
2066             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2067             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2068             better PDB parsing.
2069           </li>
2070           <li>
2071             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2072             reference sequence
2073           </li>
2074           <li>
2075             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2076             mousing over sequence associated annotation
2077           </li>
2078           <li>
2079             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2080             for manual entry
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2084             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2085             for each column
2086           </li>
2087           <li>
2088             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2089             showing or hiding columns containing a feature
2090           </li>
2091           <li>
2092             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2093             group and sequence associated annotation labels
2094           </li>
2095           <li>
2096             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2097             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2098             dialogs
2099           </li>
2100
2101         </ul> <em>Application</em>
2102         <ul>
2103           <li>
2104             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2105             gene/transcript view
2106           </li>
2107           <li>
2108             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2109             dialog
2110           </li>
2111           <li>
2112             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2113             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2114           </li>
2115           <li>
2116             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2117             Pfam sources to xfam.org
2118           </li>
2119           <li>
2120             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2121           </li>
2122           <li>
2123             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2124             over sequences in Jalview
2125           </li>
2126           <li>
2127             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2128             regions in ENA and EMBL
2129           </li>
2130           <li>
2131             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2132             for record retrieval via ENA rest API
2133           </li>
2134           <li>
2135             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2136             complement operator
2137           </li>
2138           <li>
2139             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2140             groovy script execution
2141           </li>
2142           <li>
2143             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2144             alignment window's Calculate menu
2145           </li>
2146           <li>
2147             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2148             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2149           </li>
2150           <li>
2151             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2152             calculation workers from groovy scripts
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2156             Jalview projects
2157           </li>
2158           <li>
2159             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2160             associations are now saved/restored from project
2161           </li>
2162           <li>
2163             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2164             before sequence fetcher is opened
2165           </li>
2166           <li>
2167             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2168             database chooser opens a sequence fetcher
2169           </li>
2170           <li>
2171             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2172             the UniProt REST API
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2176             the news reader opening
2177           </li>
2178           <li>
2179             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2180             querying stored in preferences
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2184             search results
2185           </li>
2186           <li>
2187             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2188           </li>
2189           <li>
2190             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2191             menu for nucleotide sequences
2192           </li>
2193           <li>
2194             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2195             and feature counts preserves alignment ordering (and
2196             debugged for complex feature sets).
2197           </li>
2198           <li>
2199             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2200             viewing structures with Jalview 2.10
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2204             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2205             Ensembl Genomes REST API
2206           </li>
2207           <li>
2208             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2209             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2210             (Ensembl)
2211           </li>
2212           <li>
2213             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2214             sequences
2215           </li>
2216           <li>
2217             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2218             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2219             data from external database records.
2220           </li>
2221           <li>
2222             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2223             efficient recovery of sequence coding and alignment
2224             annotation relationships.
2225           </li>
2226         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2227         <ul>
2228           <li>
2229             -- JAL---
2230           </li>
2231         </ul> --></td>
2232       <td>
2233         <div align="left">
2234           <em>General</em>
2235           <ul>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2238               menu on OSX
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2242               includes graduated colourschemes
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2246               working with big alignments and lots of hidden columns
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2250               at right of alignment window
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2254               contents
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2258               for DNA alignments
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2262               based tree calculation
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2266               unconserved enabled for group on alignment
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2270               set as reference
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2274               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2275               annotation
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2279               hidden columns present
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2283               user created annotation added to alignment
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2287               '()' base pair annotation
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2291               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2292               Consensus
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2296               feature not working
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2300               beginning of sequence
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2304               entry 3a6s
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2308               from a tree when t-coffee scores are shown
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2312               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2316               some structures
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2320               to Clustal, PIR and PileUp output
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2324               not visible causes alignment window to repaint
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2328               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2329               scores associated with features and annotation rows
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2333               calculation should be case independent
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2337               columns
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2341               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2342               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2346               problems when reference sequence defined and 'show
2347               non-conserved' enabled
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2351               load even when Consensus calculation is disabled
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2355               alignment does nothing
2356             </li>
2357           </ul>
2358           <em>Application</em>
2359           <ul>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2362               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2363               yet fixed for El Capitan)
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2367               output when running on non-gb/us i18n platforms
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2371               hidden sequences as flat-file alignment
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2375               launching Chimera
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2379               (also hotfix for 2.9.0b2)
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2383               reference sequence defined
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2387               alignments and views when revealing hidden columns
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2391               view in a cDNA/Protein splitframe
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2395               sequence from project when only one sequence is
2396               represented
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2400               in Structure Chooser
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2404               structure consensus didn't refresh annotation panel
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2408               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2412               dialogs format columns correctly, don't display array
2413               data, sort columns according to type
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2417               file chooser is cancelled during an image export
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2421               sequence name containing special characters
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2425               case insensitive
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2429               formatting don't wrap
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2433               truncated so L looks like I in consensus annotation
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2437               currently displayed features for the current selection or
2438               view
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2442               after fetching cross-references, and restoring from
2443               project
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2447               followed in the structure viewer
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2451               splitframe not restored from project
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2455               trailing end of protein alignment in transcript/product
2456               splitview when pad-gaps not enabled by default
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2460               is case dependent
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2464               article has been read (reopened issue due to
2465               internationalisation problems)
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2469               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2470               cross-references
2471             </li>
2472
2473             <li>
2474               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2475               alignment as HTML
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2479               multiple structures are shown for one or more sequences.
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2483               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2484               is enabled.
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2488               specific PDB id for sequence
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2492               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2493               columns' is disabled.
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2497               selects lowest rather than highest resolution structures
2498               for each sequence
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2502               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2506               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2510               after clicking on it to create new annotation for a
2511               column.
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2515               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2516             </li>
2517             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2518             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2519           </ul>
2520           <em>Applet</em>
2521           <ul>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2524               hidden columns present before start of sequence
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2528               (JSON jars)
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2532               sequences are hidden in applet
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2536               deployment on examples pages.
2537             </li>
2538           </ul>
2539         </div>
2540       </td>
2541     </tr>
2542     <tr>
2543       <td width="60" nowrap>
2544         <div align="center">
2545           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2546             <em>16/10/2015</em></strong>
2547         </div>
2548       </td>
2549       <td><em>General</em>
2550         <ul>
2551           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2552             jars</li>
2553         </ul></td>
2554       <td>
2555         <div align="left">
2556           <em>Application</em>
2557           <ul>
2558             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2559               shown when tree is partitioned</li>
2560             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2561               multiple cDNA/Protein split views</li>
2562           </ul>
2563         </div>
2564       </td>
2565     </tr>
2566     <tr>
2567       <td width="60" nowrap>
2568         <div align="center">
2569           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2570             <em>8/10/2015</em></strong>
2571         </div>
2572       </td>
2573       <td><em>General</em>
2574         <ul>
2575           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2576             2.9</li>
2577         </ul> <em>Application</em>
2578         <ul>
2579           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2580           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2581           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2582         </ul> <em>Applet</em>
2583         <ul>
2584           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2585         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2586         <ul>
2587           <li>
2588             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2589             suite
2590           </li>
2591         </ul></td>
2592       <td>
2593         <div align="left">
2594           <em>General</em>
2595           <ul>
2596             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2597               incorrect when sequence start > 1</li>
2598             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2599               documentation</li>
2600             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2601             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2602               loading a features file containing HTML tags in feature
2603               description</li>
2604
2605           </ul>
2606           <em>Application</em>
2607           <ul>
2608             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2609               reimport</li>
2610             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2611               with 'trim retrieved sequences'</li>
2612             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2613               deleting selected columns</li>
2614             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2615               JNLP templates for webstart launch</li>
2616             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2617               unreleased structures for download or viewing</li>
2618             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2619               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2620             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2621               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2622             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2623               recovered from jalview project</li>
2624             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2625               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2626               alignment view</li>
2627             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2628               color schemes from BioJSON</li>
2629           </ul>
2630           <em>Applet</em>
2631           <ul>
2632             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2633               frame</li>
2634             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2635           </ul>
2636         </div>
2637       </td>
2638     </tr>
2639     <tr>
2640       <td><div align="center">
2641           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2642         </div></td>
2643       <td><em>General</em>
2644         <ul>
2645           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2646             alignments:
2647             <ul>
2648               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2649                 and DNA alignment views</li>
2650               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2651                 cDNA alignment views</li>
2652               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2653                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2654               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2655                 protein sequences</li>
2656             </ul>
2657           </li>
2658           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2659           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2660             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2661           <li>New alignment annotation file statements for
2662             reference sequences and marking hidden columns</li>
2663           <li>Reference sequence based alignment shading to
2664             highlight variation</li>
2665           <li>Select or hide columns according to alignment
2666             annotation</li>
2667           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2668           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2669             acid conservation row</li>
2670           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2671         </ul> <em>Application</em>
2672         <ul>
2673           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2674             <ul>
2675               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2676                 view with cDNA/Protein</li>
2677               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2678                 sequences are placed in the same alignment</li>
2679               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2680                 projects</li>
2681             </ul>
2682           </li>
2683
2684           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2685           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2686             Jalview windows</li>
2687
2688           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2689           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2690           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2691             be shown in VARNA</li>
2692
2693           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2694             as the active selected region</li>
2695
2696           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2697             similarity</li>
2698           <li>New Export options
2699             <ul>
2700               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2701                 region export in flat file generation</li>
2702
2703               <li>Export alignment views for display with the <a
2704                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2705
2706               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2707               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2708                 alignment figures to HTML</li>
2709           </li>
2710           <li>3D structure retrieval and display
2711             <ul>
2712               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2713                 Search API</li>
2714               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2715                 PDB structures for a sequence set</li>
2716             </ul>
2717           </li>
2718
2719           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2720             predictions</li>
2721           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2722             for one or a group of sequences</li>
2723           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2724             from the JPred4 web server</li>
2725           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2726             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2727             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2728           </li>
2729           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2730             VARNA 2D Structure'</li>
2731           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2732             Structure ..."</li>
2733
2734         </ul> <em>Applet</em>
2735         <ul>
2736           <li>New layout for applet example pages</li>
2737           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2738             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2739           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2740             Protein alignments</li>
2741         </ul> <em>Development and deployment</em>
2742         <ul>
2743           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2744           <li>Include installation type and git revision in build
2745             properties and console log output</li>
2746           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2747             storing BioJsMSA Templates</li>
2748           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2749         </ul></td>
2750       <td>
2751         <!-- <em>General</em>
2752         <ul>
2753         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2754         <ul>
2755           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2756           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2757           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2758             predictions are not highlighted in amber</li>
2759           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2760             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2761           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2762             associated structure views</li>
2763           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2764             width checkbox not enabled</li>
2765           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2766             creating user defined colours</li>
2767           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2768             mappings for just that viewer's sequences</li>
2769           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2770             multiple models in Chimera</li>
2771           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2772             over Jmol structure</li>
2773           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2774             output to text box</li>
2775           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2776             have incorrect sequence start/end</li>
2777           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2778             Jalview fails</li>
2779           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2780             work for nucleotide</li>
2781           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2782             to a grey/invisible alignment window</li>
2783           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2784             imports to different position</li>
2785           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2786             on some platforms</li>
2787           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2788             populated</li>
2789           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2790             console if Chimera has been opened</li>
2791           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2792           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2793             retrieved</li>
2794           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2795           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2796             either sequence shows on first structure</li>
2797           <li>'Show annotations' options should not make
2798             non-positional annotations visible</li>
2799           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2800             in right place after 'view flanking regions'</li>
2801           <li>File Save As type unset when current file format is
2802             unknown</li>
2803           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2804             projects</li>
2805           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2806             responsive</li>
2807           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2808             several views on same alignment</li>
2809           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2810           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2811             spaces</li>
2812         </ul> <em>Applet</em>
2813         <ul>
2814           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2815           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2816             descriptions containing angle brackets</li>
2817         </ul> <em>General</em>
2818         <ul>
2819           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2820             via jalview annotation file</li>
2821           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2822             with RNA secondary structure</li>
2823           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2824             translation doesn't work.</li>
2825           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2826           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2827             positions</li>
2828           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2829             choosing 1pt font</li>
2830           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2831             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2832             'h'</li>
2833           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2834             new feature</li>
2835           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2836             order dependent</li>
2837           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2838             sequences</li>
2839           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2840         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2841         <ul>
2842           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2843             www.jalview.org</li>
2844         </ul> <em>Application Known issues</em>
2845         <ul>
2846           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2847           <li>Misleading message appears after trying to delete
2848             solid column.</li>
2849           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2850             version launches</li>
2851           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2852             fails with a sequence mismatch</li>
2853           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2854             scrolling alignment to right</li>
2855           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2856             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2857           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2858             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2859           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2860             ultra-high resolution</li>
2861           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2862             quality and conservation</li>
2863           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2864             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2865         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2866         <ul>
2867           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2868           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2869             window is being resized</li>
2870
2871         </ul>
2872       </td>
2873     </tr>
2874     <tr>
2875       <td><div align="center">
2876           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2877         </div></td>
2878       <td><em>General</em>
2879         <ul>
2880           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2881             Certum.PL.</li>
2882           <li>Features and annotation preserved when performing
2883             pairwise alignment</li>
2884           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2885             imported/exported/displayed</li>
2886           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2887             protein secondary structure</li>
2888           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2889               post-hoc with 2.9 release</em>)
2890           </li>
2891
2892         </ul> <em>Application</em>
2893         <ul>
2894           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2895             with 3D structures</li>
2896           <li>Support for parsing RNAML</li>
2897           <li>Annotations menu for layout
2898             <ul>
2899               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2900               <li>place sequence annotation above/below alignment
2901                 annotation</li>
2902             </ul>
2903           <li>Output in Stockholm format</li>
2904           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2905             translation</li>
2906           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2907           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2908             shared between alignments</li>
2909           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2910             Jalview</li>
2911           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2912             all or current selection</li>
2913           <li>disorder and secondary structure predictions
2914             available as dataset annotation</li>
2915           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2916
2917
2918           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2919             alignments from Rfam</li>
2920           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2921
2922           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2923             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2924           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2925           <li>include installation type in build properties and
2926             console log output</li>
2927           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2928             annotation</li>
2929         </ul></td>
2930       <td>
2931         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2932         <ul>
2933           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2934             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2935           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2936             alignment</li>
2937           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2938           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2939           <li>Double click on sequence associated annotation
2940             selects only first column</li>
2941           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2942             leaves shown in tree</li>
2943           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2944             properly</li>
2945           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2946           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2947             screen and buttons not visible</li>
2948           <li>author list isn't updated if already written to
2949             Jalview properties</li>
2950           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2951             from database</li>
2952           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2953           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2954             browser search window</li>
2955           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2956             in feature settings dialog</li>
2957           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2958             desktop</li>
2959           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2960             pass validation</li>
2961           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2962             fit on screen</li>
2963           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2964             tooltip</li>
2965           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2966             defined user preset</li>
2967           <li>MSA web services warns user if they were launched
2968             with invalid input</li>
2969           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2970             Java 8</li>
2971           <li>
2972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2973             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2974             created
2975           </li>
2976
2977         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2978         <ul>
2979         </ul> <em>General</em>
2980         <ul>
2981         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2982         <ul>
2983           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2984             memory allocation</li>
2985           <li>launchApp service doesn't automatically open
2986             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2987           <li>
2988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2989             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2990             1.7_055 is available
2991           </li>
2992         </ul> <em>Application Known issues</em>
2993         <ul>
2994           <li>
2995             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2996             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2997             alignment to right
2998           </li>
2999           <li>
3000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3001             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3002             with large number of ID
3003           </li>
3004           <li>
3005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3006             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3007             start/end
3008           </li>
3009           <li>
3010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3011             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3012             structure tracks are rearranged
3013           </li>
3014           <li>
3015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3016             invalid rna structure positional highlighting does not
3017             highlight position of invalid base pairs
3018           </li>
3019           <li>
3020             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3021             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3022             project from alignment window file menu
3023           </li>
3024           <li>
3025             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3026             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3027             structures
3028           </li>
3029           <li>
3030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3031             colour by RNA Helices not enabled when user created
3032             annotation added to alignment
3033           </li>
3034           <li>
3035             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3036             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3037           </li>
3038         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3039         <ul>
3040           <li>
3041             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3042             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3043           </li>
3044           <li>
3045             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3046             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3047           </li>
3048
3049           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3050             when selected</li>
3051         </ul>
3052       </td>
3053     </tr>
3054     <tr>
3055       <td><div align="center">
3056           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3057         </div></td>
3058       <td>
3059         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3060         <em>General</em>
3061         <ul>
3062           <li>Internationalisation of user interface (usually
3063             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3064           <li>Define/Undefine group on current selection with
3065             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3066           <li>Improved group creation/removal options in
3067             alignment/sequence Popup menu</li>
3068           <li>Sensible precision for symbol distribution
3069             percentages shown in logo tooltip.</li>
3070           <li>Annotation panel height set according to amount of
3071             annotation when alignment first opened</li>
3072         </ul> <em>Application</em>
3073         <ul>
3074           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3075             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3076           <li>Select columns containing particular features from
3077             Feature Settings dialog</li>
3078           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3079             sequences</li>
3080           <li>Update Jalview project format:
3081             <ul>
3082               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3083               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3084                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3085               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3086                 colouring</li>
3087             </ul>
3088           </li>
3089           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3090             (PAM250)</li>
3091           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3092             flanking regions for an alignment</li>
3093         </ul>
3094       </td>
3095       <td>
3096         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3097         <ul>
3098           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3099             running after job is cancelled</li>
3100           <li>cannot export features from alignments imported from
3101             Jalview/VAMSAS projects</li>
3102           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3103             float values</li>
3104           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3105             have 'display all symbols' flag set</li>
3106           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3107             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3108           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3109             Jalview</li>
3110           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3111             Lion/Webstart</li>
3112           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3113           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3114           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3115             alignment onto desktop</li>
3116           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3117             'extract scores' function</li>
3118           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3119             alignment window</li>
3120           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3121             performing IUPred disorder prediction</li>
3122           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3123             changing 'normalise logo' display setting</li>
3124           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3125             nothing matches query</li>
3126           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3127             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3128           </li>
3129           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3130             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3131           </li>
3132           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3133             Jalview's menu</li>
3134           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3135             'invalid literal/length code'</li>
3136           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3137             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3138           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3139             colourscheme</li>
3140
3141         </ul> <em>Applet</em>
3142         <ul>
3143           <li>Remove group option is shown even when selection is
3144             not a group</li>
3145           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3146             don't affect groups</li>
3147           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3148             colourscheme name</li>
3149           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3150             Annotation panel is not displayed</li>
3151           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3152             embedded windows</li>
3153         </ul> <em>Other</em>
3154         <ul>
3155           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3156             single sequence were not calculated</li>
3157           <li>annotation files that contain only groups imported as
3158             annotation and junk sequences</li>
3159           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3160             recognised as PFAM or BLC</li>
3161           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3162             doesn't affect background (2.8.0b1)
3163           <li></li>
3164           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3165           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3166             trailing gaps</li>
3167           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3168             registered correctly on import</li>
3169           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3170             certain alignments</li>
3171           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3172             existing annotation based 'use original colours'
3173             colourscheme loses original colours setting</li>
3174         </ul>
3175       </td>
3176     </tr>
3177     <tr>
3178       <td><div align="center">
3179           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3180             <em>30/1/2014</em></strong>
3181         </div></td>
3182       <td>
3183         <ul>
3184           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3185             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3186             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3187             open source project).
3188           </li>
3189           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3190           <li>Output in Stockholm format</li>
3191           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3192           <li>Export/import group and sequence associated line
3193             graph thresholds</li>
3194           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3195             ambiguity codes</li>
3196           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3197             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3198             works</li>
3199           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3200         </ul> <em>Other improvements</em>
3201         <ul>
3202           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3203           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3204             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3205           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3206             files</li>
3207           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3208           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3209             link but no description</li>
3210           <li>Select primary source when selecting authority in
3211             database fetcher GUI</li>
3212           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3213             Jalview</li>
3214           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3215         </ul>
3216       </td>
3217       <td>
3218         <ul>
3219           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3220             displayed</li>
3221           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3222             secondary structure annotation line</li>
3223           <li>Sequence database accessions not imported when
3224             fetching alignments from Rfam</li>
3225           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3226             identical IDs</li>
3227           <li>View all structures does not always superpose
3228             structures</li>
3229           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3230             reflect user or preset settings</li>
3231           <li>Null pointer exceptions for some services without
3232             presets or adjustable parameters</li>
3233           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3234             discover PDB xRefs</li>
3235           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3236             features with DAS</li>
3237           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3238             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3239           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3240             residue follows a gap</li>
3241           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3242             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3243           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3244             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3245           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3246             annotation already exists on alignment</li>
3247           <li>oninit javascript function should be called after
3248             initialisation completes</li>
3249           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3250             alignment window display</li>
3251           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3252           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3253             to annotation file</li>
3254           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3255             groups created</li>
3256           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3257             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3258           <li>Pressing return several times causes Number Format
3259             exceptions in keyboard mode</li>
3260           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3261             correct partitions for input data</li>
3262           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3263           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3264           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3265           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3266             mode</li>
3267           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3268             changes one row&#39;s threshold</li>
3269           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3270             doesn&#39;t open</li>
3271           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3272             quality histograms</li>
3273         </ul>
3274       </td>
3275     </tr>
3276     <tr>
3277       <td><div align="center">
3278           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3279         </div></td>
3280       <td><em>Application</em>
3281         <ul>
3282           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3283             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3284           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3285             preferences</li>
3286           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3287             in Jalview alignment window</li>
3288           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3289             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3290           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3291             RNA and ambiguity codes</li>
3292
3293           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3294           <li>Support fetching and database reference look up
3295             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3296             refs')</li>
3297           <li>Jalview project improvements
3298             <ul>
3299               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3300                 flag for annotation</li>
3301               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3302                 alignment</li>
3303               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3304                 Jalview project</li>
3305
3306             </ul>
3307           </li>
3308           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3309           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3310             running</li>
3311           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3312           <li>visual indication that web service results are still
3313             being retrieved from server</li>
3314           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3315             starts up for first time</li>
3316           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3317             services</li>
3318           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3319             client library</li>
3320           <li>Examples directory and Groovy library included in
3321             InstallAnywhere distribution</li>
3322         </ul> <em>Applet</em>
3323         <ul>
3324           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3325             visualization applet example</li>
3326         </ul> <em>General</em>
3327         <ul>
3328           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3329           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3330             defaults</li>
3331           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3332             calculation</li>
3333           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3334             matrices
3335           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3336             in HTML</li>
3337           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3338             structure contacts</li>
3339           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3340           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3341           <li>Parse sequence associated secondary structure
3342             information in Stockholm files</li>
3343           <li>HTML Export database accessions and annotation
3344             information presented in tooltip for sequences</li>
3345           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3346             style RNA alignment files</li>
3347           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3348             alignment</li>
3349           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3350             shade each sequence according to its associated alignment
3351             annotation</li>
3352           <li>New Jalview Logo</li>
3353         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3354         <ul>
3355           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3356           <li>New Website!</li>
3357         </ul></td>
3358       <td><em>Application</em>
3359         <ul>
3360           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3361             wsdbfetch REST service</li>
3362           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3363           <li>Filetype associations not installed for webstart
3364             launch</li>
3365           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3366             job execution in full once it is complete</li>
3367           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3368             uploaded via ali_file parameter</li>
3369           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3370           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3371           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3372             submitted for prediction</li>
3373           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3374             desktop window</li>
3375           <li>Putting fractional value into integer text box in
3376             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3377           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3378             windows 7</li>
3379           <li>View all structures fails with exception shown in
3380             structure view</li>
3381           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3382             escaped in a platform independent way</li>
3383           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3384             using proxy</li>
3385           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3386             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3387           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3388             failure when java web start temporary file caching is
3389             disabled</li>
3390           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3391             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3392           <li>Errors during processing of command line arguments
3393             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3394           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3395             DAS sources in sequence fetcher</li>
3396           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3397             dialog is shown</li>
3398           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3399           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3400           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3401           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3402             on OSX Mountain Lion</li>
3403           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3404             sequences with alignment annotation are pasted into the
3405             alignment</li>
3406           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3407             when loaded from Jalview project</li>
3408           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3409           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3410             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3411           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3412             associated with all views</li>
3413           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3414             annotation rows to new window</li>
3415         </ul> <em>Applet</em>
3416         <ul>
3417           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3418             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3419           <li>loading features via javascript API automatically
3420             enables feature display</li>
3421           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3422             work</li>
3423         </ul> <em>General</em>
3424         <ul>
3425           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3426           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3427             and then deselected</li>
3428           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3429           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3430             coloured with clustalx</li>
3431           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3432             exceptions and redraw errors</li>
3433           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3434             reconfigured view</li>
3435           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3436             colour</li>
3437           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3438             for lots of labels</li>
3439         </ul>
3440     </tr>
3441     <tr>
3442       <td>
3443         <div align="center">
3444           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3445         </div>
3446       </td>
3447       <td><em>Application</em>
3448         <ul>
3449           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3450           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3451           <li>View/alignment association menu to enable user to
3452             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3453             its colours/correspondences from</li>
3454           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3455           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3456             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3457           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3458           <li>Annotation row column label formatting attributes
3459             stored in project file</li>
3460           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3461             rows preserved in Jalview project file</li>
3462           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3463             saved using Desktop window menu</li>
3464           <li>Visual indication that command line arguments are
3465             still being processed</li>
3466           <li>Groovy script execution from URL</li>
3467           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3468             preferences</li>
3469           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3470             alignment with sequences that have high similarity and
3471             matching IDs</li>
3472           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3473           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3474             structures in same window</li>
3475           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3476           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3477             analysis function in its own submenu</li>
3478         </ul> <em>Applet</em>
3479         <ul>
3480           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3481             groups</li>
3482           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3483           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3484           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3485           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3486           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3487             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3488           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3489           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3490             parameters are treated as such</li>
3491           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3492             <ul>
3493               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3494               <li>Javascript callbacks for
3495                 <ul>
3496                   <li>Applet initialisation</li>
3497                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3498                 </ul>
3499               </li>
3500               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3501                 functions</li>
3502               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3503               <li>javascript structure viewer harness to pass
3504                 messages between Jmol and Jalview when running as
3505                 distinct applets</li>
3506               <li>sortBy method</li>
3507               <li>Set of applet and application examples shipped
3508                 with documentation</li>
3509               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3510                 javascript message exchange</li>
3511             </ul>
3512         </ul> <em>General</em>
3513         <ul>
3514           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3515             multiple alignments</li>
3516           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3517           <li>User configurable link to enable redirects to a
3518             www.Jalview.org mirror</li>
3519           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3520           <li>Configurable newline string when writing alignment
3521             and other flat files</li>
3522           <li>Allow alignment annotation description lines to
3523             contain html tags</li>
3524         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3525         <ul>
3526           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3527             examples</li>
3528           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3529             using a web service before displaying the result in the
3530             Jalview desktop</li>
3531           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3532           <li>Ant target to publish example html files with applet
3533             archive</li>
3534           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3535           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3536         </ul></td>
3537       <td><em>Application</em>
3538         <ul>
3539           <li>User defined colourscheme throws exception when
3540             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3541           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3542             dialog for valid filename/format</li>
3543           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3544           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3545             P37173</li>
3546           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3547             which sequence is to be associated with the file</li>
3548           <li>Find All raises null pointer exception when query
3549             only matches sequence IDs</li>
3550           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3551           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3552             2.4 cannot be loaded</li>
3553           <li>Filetype associations not installed for webstart
3554             launch</li>
3555           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3556             with sequences in different alignments do not get coloured
3557             by their associated sequence</li>
3558           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3559             not preserved when project is loaded</li>
3560           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3561             stored in Jalview project</li>
3562           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3563             Jalview project</li>
3564           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3565           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3566             by conservation</li>
3567           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3568             created on new view</li>
3569           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3570             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3571           <li>Alignment quality not updated after alignment
3572             annotation row is hidden then shown</li>
3573           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3574             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3575           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3576             properly</li>
3577           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3578             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3579           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3580           <li>Structures imported from file and saved in project
3581             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3582           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3583             job execution in full once it is complete</li>
3584         </ul> <em>Applet</em>
3585         <ul>
3586           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3587             annotation rows are displayed</li>
3588           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3589             codebase</li>
3590           <li>View follows highlighting does not work for positions
3591             in sequences</li>
3592           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3593           <li>Export features raises exception when no features
3594             exist</li>
3595           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3596             for javascript api is modified when separator string
3597             provided as parameter</li>
3598           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3599             alignment with no existing selection</li>
3600           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3601             to applet&#39;s codebase</li>
3602           <li>Status bar not updated after finished searching and
3603             search wraps around to first result</li>
3604           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3605             several Jalview applets causes race conditions and memory
3606             leaks</li>
3607           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3608             not sent from Jmol in applet</li>
3609           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3610             applet API fatally hang browser</li>
3611         </ul> <em>General</em>
3612         <ul>
3613           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3614             position with wrapped view and hidden regions</li>
3615           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3616             with/without hidden columns</li>
3617           <li>Sequence length given in alignment properties window
3618             is off by 1</li>
3619           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3620             import PDB like structure files</li>
3621           <li>Positional search results are only highlighted
3622             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3623           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3624           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3625             given sequence position</li>
3626           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3627             output</li>
3628           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3629             from nucleotide chains correctly</li>
3630           <li>Structure colours not updated when tree partition
3631             changed in alignment</li>
3632           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3633             parsed in interleaved stockholm</li>
3634           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3635             state</li>
3636           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3637             properly</li>
3638           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3639             properly associated with their pdb files</li>
3640         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3641         <ul>
3642           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3643             ApplyCopyright tool</li>
3644         </ul></td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td>
3648         <div align="center">
3649           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3650         </div>
3651       </td>
3652       <td><em>Application</em>
3653         <ul>
3654           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3655             contact web services</li>
3656           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3657             service job window</li>
3658           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3659         </ul></td>
3660       <td>
3661         <ul>
3662           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3663             pir file emitted by Jalview</li>
3664           <li>Existing feature settings transferred to new
3665             alignment view created from cut'n'paste</li>
3666           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3667             parsing PDB files</li>
3668           <li>Consensus and conservation annotation rows
3669             occasionally become blank for all new windows</li>
3670           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3671             in wrapped view mode</li>
3672         </ul> <em>Application</em>
3673         <ul>
3674           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3675             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3676           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3677             parameter names</li>
3678           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3679             is down</li>
3680         </ul>
3681       </td>
3682     </tr>
3683     <tr>
3684       <td>
3685         <div align="center">
3686           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3687         </div>
3688       </td>
3689       <td><em>Application</em>
3690         <ul>
3691           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3692             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3693             (JABAWS)
3694           </li>
3695           <li>Web Services preference tab</li>
3696           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3697             preferences</li>
3698           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3699           <li>Superpose structures using associated sequence
3700             alignment</li>
3701           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3702             viewer</li>
3703         </ul> <em>Applet</em>
3704         <ul>
3705           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3706             link out mechanism</li>
3707         </ul> <em>Other</em>
3708         <ul>
3709           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3710             series 12</li>
3711           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3712             require Java 1.5</li>
3713           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3714             sequence annotation files</li>
3715           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3716             type colour specification</li>
3717           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3718             script to check if it being run in an interactive session or
3719             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3720         </ul></td>
3721       <td>
3722         <ul>
3723           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3724             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3725         </ul> <em>Application</em>
3726         <ul>
3727           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3728             selected Regions menu item</li>
3729           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3730             part of a valid accession ID</li>
3731           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3732             runs out of memory</li>
3733           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3734             analysis results</li>
3735           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3736             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3737           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3738         </ul> <em>Applet</em>
3739         <ul>
3740           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3741             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3742             defined.</li>
3743         </ul>
3744       </td>
3745     </tr>
3746     <tr>
3747       <td>
3748         <div align="center">
3749           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3750         </div>
3751       </td>
3752       <td></td>
3753       <td>
3754         <ul>
3755           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3756             sequence IDs</li>
3757           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3758             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3759           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3760             import correctly</li>
3761           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3762             number of columns are hidden</li>
3763           <li>annotation label popup menu not providing correct
3764             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3765             present</li>
3766           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3767             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3768           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3769             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3770
3771         </ul> <em>Applet</em>
3772         <ul>
3773           <li>annotation panel disappears when annotation is
3774             hidden/removed</li>
3775         </ul> <em>Application</em>
3776         <ul>
3777           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3778             alignment opened where annotation panel is visible but no
3779             annotations are present on alignment</li>
3780           <li>pasted region containing hidden columns is
3781             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3782           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3783             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3784           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3785             selected Rregions menu item.</li>
3786           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3787             'Un' or 'Non'conserved</li>
3788           <li>Sequence feature settings are being shared by
3789             multiple distinct alignments</li>
3790           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3791             changed</li>
3792           <li>double click on group annotation to select sequences
3793             does not propagate to associated trees</li>
3794           <li>Mac OSX specific issues:
3795             <ul>
3796               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3797                 window background</li>
3798               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3799                 name set correctly</li>
3800               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3801                 save feature colourscheme button</li>
3802             </ul>
3803           </li>
3804         </ul>
3805       </td>
3806     </tr>
3807     <tr>
3808
3809       <td>
3810         <div align="center">
3811           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3812         </div>
3813       </td>
3814       <td><em>New Capabilities</em>
3815         <ul>
3816           <li>URL links generated from description line for
3817             regular-expression based URL links (applet and application)
3818
3819           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3820             menu</li>
3821           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3822             structures</li>
3823           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3824             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3825           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3826             average score or total feature count for each sequence.</li>
3827           <li>Shading features by score or associated description</li>
3828           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3829             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3830           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3831             hide everything but the currently selected region.</li>
3832           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3833         </ul> <em>Application</em>
3834         <ul>
3835           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3836             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3837           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3838             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3839           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3840             database references and protein_name is parsed as
3841             description line (BioSapiens terms).</li>
3842           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3843             references in sequence ID tooltip from View menu in
3844             application.</li>
3845           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3846       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3847           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3848             conservation plots</li>
3849           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3850             and visualized as sequence logos</li>
3851           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3852             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3853           </li>
3854           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3855             when a new tree is opened.</li>
3856           <li>Jalview Java Console</li>
3857           <li>Better placement of desktop window when moving
3858             between different screens.</li>
3859           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3860             consensus annotation</li>
3861           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3862             Workflows</li>
3863           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3864             <ul>
3865               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3866                 used to preserve views, structures, and tree display
3867                 settings)</li>
3868               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3869                 command line</li>
3870               <li>Sharing of selected regions between views and
3871                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3872               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3873             </ul></li>
3874         </ul> <em>Applet</em>
3875         <ul>
3876           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3877           <li>New Parameters
3878             <ul>
3879               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3880                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3881                 opened.</li>
3882               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3883                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3884               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3885                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3886               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3887                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3888                 view</li>
3889               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3890                 increase the height or width of a cell in the alignment
3891                 grid relative to the current font size.</li>
3892             </ul>
3893           </li>
3894           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3895             tooltip</li>
3896         </ul> <em>Other</em>
3897         <ul>
3898           <li>Features format: graduated colour definitions and
3899             specification of feature scores</li>
3900           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3901             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3902             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3903           <li>XML formats extended to support graduated feature
3904             colourschemes, group associated annotation, and profile
3905             visualization settings.</li></td>
3906       <td>
3907         <ul>
3908           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3909             rather than description</li>
3910           <li>Non-positional features are now included in sequence
3911             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3912             visibility in tooltip).</li>
3913           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3914           <li>Added URL embedding instructions to features file
3915             documentation.</li>
3916           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3917             'X' in peptide product</li>
3918           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3919             sequence ID and sequence string and query strings do not
3920             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3921           <li>AMSA files only contain first column of
3922             multi-character column annotation labels</li>
3923           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3924             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3925             exported and re-imported)</li>
3926           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3927             name</li>
3928           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3929             as subsequence matches, and correctly reports total number
3930             of both.</li>
3931           <li>Application:
3932             <ul>
3933               <li>Better handling of exceptions during sequence
3934                 retrieval</li>
3935               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3936                 link text excludes the start_end suffix</li>
3937               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3938                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3939               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3940               <li>Sequence description lines properly shared via
3941                 VAMSAS</li>
3942               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3943                 data sources</li>
3944               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3945                 completes before alignment figures are generated.</li>
3946               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3947                 first time.</li>
3948               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3949                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3950               <li>User defined group colours properly recovered
3951                 from Jalview projects.</li>
3952             </ul>
3953           </li>
3954         </ul>
3955       </td>
3956
3957     </tr>
3958     <tr>
3959       <td>
3960         <div align="center">
3961           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3962         </div>
3963       </td>
3964       <td>
3965         <ul>
3966           <li>Experimental support for google analytics usage
3967             tracking.</li>
3968           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3969         </ul>
3970       </td>
3971       <td>
3972         <ul>
3973           <li>Race condition in applet preventing startup in
3974             jre1.6.0u12+.</li>
3975           <li>Exception when feature created from selection beyond
3976             length of sequence.</li>
3977           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3978           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3979             all sequences with a given id</li>
3980           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3981             ID string searches</li>
3982           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3983             alignment to fail with exception</li>
3984         </ul> <em>Application Issues</em>
3985         <ul>
3986           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3987           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3988             data sources</li>
3989         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3990         <ul>
3991           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3992             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3993           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3994             version (java class versioning error fixed)</li>
3995         </ul>
3996       </td>
3997     </tr>
3998     <tr>
3999       <td>
4000
4001         <div align="center">
4002           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4003         </div>
4004       </td>
4005       <td><em>User Interface</em>
4006         <ul>
4007           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4008             translation and protein products</li>
4009           <li>Linked highlighting of structure associated with
4010             residue mapping to codon position</li>
4011           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4012             and 'clear' button</li>
4013           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4014             Tools menu</li>
4015           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4016             numeric data in description line</li>
4017           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4018           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4019             of sequence</li>
4020         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4021         <ul>
4022           <li>JPred3 web service</li>
4023           <li>Prototype sequence search client (no public services
4024             available yet)</li>
4025           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4026             PFAM</li>
4027           <li>URL Links created for matching database cross
4028             references as well as sequence ID</li>
4029           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4030         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4031         <ul>
4032           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4033             databases</li>
4034           <li>Generalised database reference retrieval and
4035             validation to all fetchable databases</li>
4036           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4037             sequence command</li>
4038         </ul> <em>Import and Export</em>
4039         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4040         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4041           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4042         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4043           File</li>
4044         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4045           triplet as name of colourscheme</li>
4046         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4047         <ul>
4048           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4049           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4050             alignments (experimental)</li>
4051           <li>Create new or select existing session to join</li>
4052           <li>load and save of vamsas documents</li>
4053         </ul> <em>Application command line</em>
4054         <ul>
4055           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4056             from applet)</li>
4057           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4058             of DAS servers to query for alignment features</li>
4059           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4060             that are also automatically queried for features</li>
4061           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4062             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4063         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4064         <ul>
4065           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4066             application (when using &quot;View in full
4067             application&quot;)</li>
4068         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4069         <ul>
4070           <li>feature group display control parameter</li>
4071           <li>debug parameter</li>
4072           <li>showbutton parameter</li>
4073         </ul> <em>Applet API methods</em>
4074         <ul>
4075           <li>newView public method</li>
4076           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4077           <li>Feature display control methods</li>
4078           <li>get list of currently selected sequences</li>
4079         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4080         <ul>
4081           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4082           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4083             Jalview release.</li>
4084           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4085             property controls execution of obfuscator</li>
4086           <li>Build target for generating source distribution</li>
4087           <li>Debug flag for javacc</li>
4088           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4089             jalview.bin.Cache</li>
4090           <li>Continuous Build Integration for stable and
4091             development version of Application, Applet and source
4092             distribution</li>
4093         </ul></td>
4094       <td>
4095         <ul>
4096           <li>selected region output includes visible annotations
4097             (for certain formats)</li>
4098           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4099             for editing</li>
4100           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4101           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4102           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4103           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4104             comments</li>
4105           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4106             filenames containing a ':'</li>
4107           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4108             global sequence features</li>
4109           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4110             references from alignment sequences goes to zero</li>
4111           <li>Close of tree branch colour box without colour
4112             selection causes cascading exceptions</li>
4113           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4114           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4115             file parsing fails.</li>
4116           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4117           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4118             not a valid output format</li>
4119           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4120             vamsas</li>
4121           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4122           <li>error messages passed up and output when data read
4123             fails</li>
4124           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4125             sequence is edited</li>
4126           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4127             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4128           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4129             filetype</li>
4130           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4131             import fixed for PFAM records</li>
4132           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4133             window list</li>
4134           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4135             can be read and written correctly to annotation file</li>
4136           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4137             correctly</li>
4138           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4139             non-italic font for representatives in Applet</li>
4140           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4141             Macs.</li>
4142           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4143             Applet)</li>
4144           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4145             due to null pointer exceptions</li>
4146           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4147             first column of alignment</li>
4148           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4149             July 2008</li>
4150           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4151             file is case-insensitive</li>
4152           <li>Sequence features read from Features file appended to
4153             all sequences with matching IDs</li>
4154           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4155             containing a sub-sequence</li>
4156           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4157           <li>feature and annotation file applet parameters
4158             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4159           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4160           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4161             splash-screen version check to complete</li>
4162           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4163             when passing them to the launchApp service</li>
4164           <li>display name and local features preserved in results
4165             retrieved from web service</li>
4166           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4167             sequence fetcher initialisation</li>
4168           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4169             dasobert DAS client</li>
4170           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4171             association</li>
4172           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4173             sequences
4174           </li>
4175         </ul>
4176       </td>
4177     </tr>
4178     <tr>
4179       <td>
4180         <div align="center">
4181           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4182         </div>
4183       </td>
4184       <td>
4185         <ul>
4186           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4187           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4188           <li>Slide sequences</li>
4189           <li>Edit sequence in place</li>
4190           <li>EMBL CDS features</li>
4191           <li>DAS Feature mapping</li>
4192           <li>Feature ordering</li>
4193           <li>Alignment Properties</li>
4194           <li>Annotation Scores</li>
4195           <li>Sort by scores</li>
4196           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4197         </ul>
4198       </td>
4199       <td>
4200         <ul>
4201           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4202           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4203           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4204           <li>Feature group display state in XML</li>
4205           <li>Feature ordering in XML</li>
4206           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4207           <li>Stockholm alignment properties</li>
4208           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4209           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4210           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4211           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4212         </ul>
4213       </td>
4214
4215     </tr>
4216     <tr>
4217       <td>
4218         <div align="center">
4219           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4220         </div>
4221       </td>
4222       <td>
4223         <ul>
4224           <li>Non standard characters can be read and displayed
4225           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4226             applet via textbox
4227           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4228             name &amp; description
4229           <li>Preference setting to display sequence name in
4230             italics
4231           <li>Annotation file format extended to allow
4232             Sequence_groups to be defined
4233           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4234             specified in preferences
4235           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4236             sequences
4237         </ul>
4238       </td>
4239       <td>
4240         <ul>
4241           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4242             installed
4243           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4244           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4245         </ul>
4246       </td>
4247     </tr>
4248     <tr>
4249       <td>
4250         <div align="center">
4251           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4252         </div>
4253       </td>
4254       <td>
4255         <ul>
4256           <li>Multiple views on alignment
4257           <li>Sequence feature editing
4258           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4259           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4260           <li>Background dependent text colour
4261           <li>Right align sequence ids
4262           <li>User-defined lower case residue colours
4263           <li>Format Menu
4264           <li>Select Menu
4265           <li>Menu item accelerator keys
4266           <li>Control-V pastes to current alignment
4267           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4268           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4269           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4270
4271           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4272         </ul>
4273       </td>
4274       <td>
4275         <ul>
4276           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4277           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4278             calculations
4279           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4280             edits
4281           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4282             of alignment)
4283           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4284
4285           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4286             display correctly
4287           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4288           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4289             analysis results
4290           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4291             &#8739;
4292           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4293           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4294           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4295
4296         </ul>
4297       </td>
4298     </tr>
4299     <tr>
4300       <td>
4301         <div align="center">
4302           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4303         </div>
4304       </td>
4305       <td>
4306         <ul>
4307           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4308         </ul>
4309       </td>
4310       <td>
4311         <ul>
4312           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4313             sequence id panel has been resized</li>
4314           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4315             rendered</li>
4316           <li>Annotation files with sequence references - all
4317             elements in file are relative to sequence position</li>
4318           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4319         </ul>
4320       </td>
4321     </tr>
4322     <tr>
4323       <td>
4324         <div align="center">
4325           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4326         </div>
4327       </td>
4328       <td>
4329         <ul>
4330           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4331           <li>DAS Feature fetching</li>
4332           <li>Hide sequences and columns</li>
4333           <li>Export Annotations and Features</li>
4334           <li>GFF file reading / writing</li>
4335           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4336             files</li>
4337           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4338           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4339           <li>Applet can launch the full application</li>
4340           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4341             required)</li>
4342           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4343           <li>Applet can load sequences from parameter
4344             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4345           </li>
4346         </ul>
4347       </td>
4348       <td>
4349         <ul>
4350           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4351           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4352           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4353         </ul>
4354       </td>
4355     </tr>
4356     <tr>
4357       <td>
4358         <div align="center">
4359           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4360         </div>
4361       </td>
4362       <td>
4363         <ul>
4364           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4365           <li>Choose to match case when searching</li>
4366           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4367             expand the visible width and height of the alignment</li>
4368         </ul>
4369       </td>
4370       <td>
4371         <ul>
4372           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4373         </ul>
4374       </td>
4375     </tr>
4376     <tr>
4377       <td>
4378         <div align="center">
4379           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4380         </div>
4381       </td>
4382       <td>&nbsp;</td>
4383       <td>
4384         <ul>
4385           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4386           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4387             value</li>
4388         </ul>
4389       </td>
4390     </tr>
4391     <tr>
4392       <td>
4393         <div align="center">
4394           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4395         </div>
4396       </td>
4397       <td>
4398         <ul>
4399           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4400           <li>Keyboard editing</li>
4401           <li>Create sequence features from searches</li>
4402           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4403             alignments</li>
4404           <li>Features file allows grouping of features</li>
4405           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4406           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4407           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4408         </ul>
4409       </td>
4410       <td>
4411         <ul>
4412           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4413           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4414             descriptions saved.</li>
4415         </ul>
4416       </td>
4417     </tr>
4418     <tr>
4419       <td>
4420         <div align="center">
4421           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4422         </div>
4423       </td>
4424       <td>
4425         <ul>
4426           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4427           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4428           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4429             name for file output</li>
4430           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4431           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4432             used for HTML form input</li>
4433         </ul>
4434       </td>
4435       <td>
4436         <ul>
4437           <li>HTML output writes groups and features</li>
4438           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4439           <li>File IO bugs</li>
4440         </ul>
4441       </td>
4442     </tr>
4443     <tr>
4444       <td>
4445         <div align="center">
4446           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4447         </div>
4448       </td>
4449       <td>
4450         <ul>
4451           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4452           <li>More options for PCA viewer</li>
4453         </ul>
4454       </td>
4455       <td>
4456         <ul>
4457           <li>GUI bugs resolved</li>
4458           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4459         </ul>
4460       </td>
4461     </tr>
4462     <tr>
4463       <td height="63">
4464         <div align="center">
4465           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4466         </div>
4467       </td>
4468       <td>
4469         <ul>
4470           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4471           <li>Jar files are executable</li>
4472           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4478           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4479           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4480         </ul>
4481       </td>
4482     </tr>
4483     <tr>
4484       <td>
4485         <div align="center">
4486           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4487         </div>
4488       </td>
4489       <td>
4490         <ul>
4491           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4492         </ul>
4493       </td>
4494       <td>
4495         <ul>
4496           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4497         </ul>
4498       </td>
4499     </tr>
4500     <tr>
4501       <td>
4502         <div align="center">
4503           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4504         </div>
4505       </td>
4506       <td>
4507         <ul>
4508           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4509             size</li>
4510         </ul>
4511       </td>
4512       <td>
4513         <ul>
4514           <li>Improved JPred client reliability</li>
4515           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4516         </ul>
4517       </td>
4518     </tr>
4519     <tr>
4520       <td>
4521         <div align="center">
4522           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4523         </div>
4524       </td>
4525       <td>
4526         <ul>
4527           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4528           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4529           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4530             to Colour Menu</li>
4531           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4532           <li>Unix users can set default web browser</li>
4533           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4534           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4535         </ul>
4536       </td>
4537       <td>
4538         <ul>
4539           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4540         </ul>
4541       </td>
4542     </tr>
4543     <tr>
4544       <td>
4545         <div align="center">
4546           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4547         </div>
4548       </td>
4549       <td>&nbsp;</td>
4550       <td>
4551         <ul>
4552           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4553             alignment order.</li>
4554         </ul>
4555       </td>
4556     </tr>
4557     <tr>
4558       <td>
4559         <div align="center">
4560           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4561         </div>
4562       </td>
4563       <td>
4564         <ul>
4565           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4566           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4567           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4568             annotations.</li>
4569           <li>Version and build date written to build properties
4570             file.</li>
4571           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4572             at launch of Jalview.</li>
4573         </ul>
4574       </td>
4575       <td>
4576         <ul>
4577           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4578           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4579           <li>Can remove groups one by one.</li>
4580           <li>Filechooser icons installed.</li>
4581           <li>Finder ignores return character when searching.
4582             Return key will initiate a search.<br>
4583           </li>
4584         </ul>
4585       </td>
4586     </tr>
4587     <tr>
4588       <td>
4589         <div align="center">
4590           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4591         </div>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>New codebase</li>
4596         </ul>
4597       </td>
4598       <td>&nbsp;</td>
4599     </tr>
4600   </table>
4601   <p>&nbsp;</p>
4602 </body>
4603 </html>