help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.1</a><br />
  62           <em>31/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li></li>
  66         </ul>
  67       </td>
  68       <td align="left" valign="top">
  69         <ul>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3975 -->Residue selection using keyboard input
  72             stops working after first "Create sequence feature"
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3976 -->3D Structure chooser fails to select
  76             structures from 3D-beacons and pops up a 'null' dialog
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3886 -->Pfam and Rfam alignment retrieval as
  80             gzipped stockholm doesn't work on JalviewJS build of 2.11.2
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3973 -->Cannot build Jalview 2.11.2.0 via gradle
  84             from its source tarball
  85           </li>
  86         </ul> <em>New Known Issues</em>
  87       <ul>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3873 -->Colour by->all views doesn't allow
  90             colouring same structure from different views (since
  91             2.11.2.0)
  92           </li><li>
  93           <!-- JAL-3980 -->
  94           Sequence ID tooltip not showing during long running
  95           retrieval/crossref operations (affects at least 2.11.1
  96           onwards)
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3972 -->Java 11 Only: Jalview 2.11.2.0 OSX install
 100             not working due to VAqua requiring
 101             sun.awt.image.MultiResolutionImage
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3981 -->Sequence Details can take a long time to be
 105             displayed for heavily annotated sequences (all versions)
 106           </li>
 107         </ul>
 108       </td>
 109     </tr>
 110     <tr>
 111       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 112           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
 113           <em>10/03/2022</em></strong></td>
 114       <td align="left" valign="top">
 115         <ul>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
 118             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
 119             Chimera.
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
 123             with Uniprot references via 3D-Beacons
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
 127             Uniprot sequences according to number of residues in
 128             structure mapped to positions involved in the alignment
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
 132             chains in 3D structures are included in the 'Reference
 133             Annotation' for a sequence
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
 140             molecules imported from ENA records are shown as RNA
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
 146             memory settings at launch
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 150             non-alphanumerics when discovering database references with
 151             'Fetch DB Refs'
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 155             Console whilst discovering database references for a
 156             sequence
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 160             schema
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 164             disabled by default
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 168             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 169             fetcher dialog.
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 173             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 174             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 175             drosophila_melanogaster)
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 179             argument to prevent automatic discovery of analysis
 180             webservices on launch
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 184             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 185             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 186             textbox
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 190             proxies that require authentication
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 194             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 198             to 14.31.53
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 202             text
 203           </li>
 204         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 205         <ul>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 208             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 209             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 210             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 211               is the recommended workaround for known issue about
 212               working directory preservation when running native
 213               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 214           </em>
 215           </li>
 216           <li>Notarized MacOS installer for compliance with latest
 217             OSX releases (Monterey)</li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 220             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 221             the OSX disk image
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 225             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 229             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 230             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 231             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 235             configuration from jalview_properties
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 239             to get at Jalview's development builds
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 243             and Jalview Develop applications.
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 247             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 248             than anonymous 'Java' icons
 249           </li>
 250         </ul> <em>JalviewJS</em>
 251         <ul>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 254             with SIFTS
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 258             JalviewJS only
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 262             reported once per key (avoids excessive log output in js
 263             console)
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 267             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 274             GUI additions and improvements in sync with Java
 275             application.
 276           </li>
 277         </ul> <em>Development</em>
 278         <ul>
 279           <li>
 280             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 287             process, added support for system package provided eclipse
 288             installs on linux
 289           </li>
 290           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 293             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 294             Jalview Launcher
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 298             with Java 17 (next LTS target)
 299           </li>
 300         </ul>
 301       </td>
 302       <td align="left" valign="top">
 303         <ul>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 306             execution
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 310             disappears when only one structure is shown (and many
 311             sequences:one chain mappings are present)
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 315             the first SEQUENCE_GROUP defined
 316           </li>
 317
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 320             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 321             trees (known defect from 2.11.1.3)
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 325             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 329             base in DNA sequences
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 333             Structure Preferences
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 343             modified graduated colour
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 347             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 348             clustal colouring is enabled
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 355             from Preferences
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 359             routing to stderr and appear as a raw template
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 363             numerical field doesn't update the value of the parameter
 364             until return is pressed.
 365           </li>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 368             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 369             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 370             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 371           </li>
 372         </ul> <em>JalviewJS</em>
 373         <ul>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 376             down) percentage values causing a divide by zero
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 380             via Info.args when there are arguments on the URL
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 387             JalviewJS
 388           </li>
 389         </ul> <em>Development</em>
 390         <ul>
 391           <li>Gradle
 392             <ul>
 393               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 394               <li>
 395                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 396                 Gradle v.6.6+
 397               </li>
 398             </ul>
 399           </li>
 400
 401         </ul> <em>Known Issues</em>
 402         <ul>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 405             suppressed when structures associated with a sequence are
 406             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 407             series)
 408           </li>
 409         </ul>
 410       </td>
 411     </tr>
 412     <tr>
 413       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 414           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 415           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 416       <td></td>
 417       <td align="left" valign="top">
 418         <ul>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 421             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 422             Unix/BSD OSs)
 423           </li>
 424         </ul> <em>Security</em>
 425         <ul>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 428             certificates.
 429           </li>
 430         </ul>
 431     </tr>
 432     <tr>
 433       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 434           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 435           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 436
 437       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 438         <ul>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 441             2.16.0 to 2.17.0.
 442           </li>
 443         </ul></td>
 444       <td></td>
 445     </tr>
 446     <tr>
 447       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 448           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 449           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 450
 451       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 452         <ul>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 455             (was log4j 1.2.x).
 456         </ul> <em>Development</em>
 457         <ul>
 458           <li>Updated building instructions</li>
 459         </ul></td>
 460       <td>
 461         <ul>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 464             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 465             and display)
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 469             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 470             only)
 471           </li>
 472         </ul> <em>Development</em>
 473         <ul>
 474           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 475         </ul>
 476       </td>
 477     </tr>
 478     <tr>
 479       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 480           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 481           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 482       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 483           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 484         <ul>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 487             launch of the news browser (like -nonews argument)
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 491             download of linkout URLs from
 492             www.jalview.org/services/identifiers
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 496             download of BIOJSHTML templates
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 500             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 501             disabled
 502           </li>
 503         </ul></td>
 504       <td align="left" valign="top">
 505         <ul>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 508             Jmol
 509           </li>
 510         </ul> <em>New Known defects</em>
 511         <ul>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 514             always restored from project (since 2.10.3)
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 518             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 519           </li>
 520         </ul>
 521       </td>
 522     </tr>
 523     <tr>
 524       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 525           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 526           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 527       <td align="left" valign="top">
 528         <ul>
 529
 530         </ul>
 531       </td>
 532       <td align="left" valign="top">
 533         <ul>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 536             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 540             sequences can be classed as nucleotide
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 544             sequences after alignment of protein products (known defect
 545             first reported for 2.11.1.0)
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 549             features outwith CDS shown overlaid on protein
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 553             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 554             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 558             CDS features
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 562             always select corresponding protein sequences
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 566             column selection doesn't always ignore hidden columns
 567           </li>
 568         </ul> <em>Installer</em>
 569         <ul>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 572             Windows prevents install4j launching getdown
 573           </li>
 574         </ul> <em>Development</em>
 575         <ul>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 578             version numbers in doc/building.md
 579           </li>
 580         </ul>
 581       </td>
 582     </tr>
 583     <tr>
 584       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 585           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 586           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 587       <td align="left" valign="top">
 588         <ul>
 589         </ul>
 590       </td>
 591       <td align="left" valign="top">
 592         <ul>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 595             "Encountered problems opening
 596             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 597           </li>
 598         </ul>
 599       </td>
 600     </tr>
 601     <tr>
 602       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 603           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 604           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 605       <td align="left" valign="top">
 606         <ul>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 609             residue in cursor mode
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 613             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 617             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 618             improved compatibility with JalviewJS
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 622             alignments from Pfam and Rfam
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 626             import (no longer based on .gz extension)
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 633             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 634             EMBL flat file
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 638             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 639             saving or making backup files.
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 643             <ul>
 644               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 645               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 646             </ul>
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 650             when running on Linux (Requires Java 11+)
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 654             green ones) are not automatically displayed when associated
 655             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 656             PDB.
 657           </li>
 658         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 659         <ul>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 662             through a system property
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 666             line help for configuring Jalview's memory
 667           </li>
 668         </ul>
 669       </td>
 670       <td align="left" valign="top">
 671         <ul>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 674             but not calculated and no protein or DNA score models are
 675             available for tree/PCA calculation when launched with
 676             Turkish language locale
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 680             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 681           </li>
 682           <li>
 683             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 684             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 688             sequence under the cursor
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 692             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 696             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 697             '%s'" on the console
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 701             when there are both local and complementary features mapped
 702             to the position under the cursor
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 706             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 710             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 714             internationalised text for some messages and log output
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 718             hidden gapped columns
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 722             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 723           </li>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 726             specifying output format when exporting an alignment via the
 727             command line
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 731             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 732             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 733             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 734             file again, and if that fails, delete the original file and
 735             save in place.)
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 739             sequence features displayed causes displayed features to be
 740             hidden.
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 744             via command line
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 748             program and documentation
 749           </li>
 750         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 751         <ul>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 754             first time for a version that has different jars to the
 755             previous launched version.
 756           </li>
 757         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 758         <ul>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 761             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 762             OutOfMemory error.
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 766             monitor the release channel
 767           </li>
 768         </ul> <em>New Known defects</em>
 769         <ul>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 772             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 773             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 774             RNA viruses)
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 778             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 779             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 783             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 784             works for the top left quadrant of the alignment window
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 788             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 792             when alignment view restored from project (since Jalview
 793             2.11.0)
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 797             protein products for certain ENA records are repeatedly
 798             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 799           </li>
 800         </ul>
 801       </td>
 802     </tr>
 803     <tr>
 804       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 805           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 806           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 807       <td align="left" valign="top">
 808         <ul>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 811             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 812             for display in alignments, on structure views (including
 813             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 814             export.
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 818             exported and re-imported as GFF3 files
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 822             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 823           </li>
 824           <li>
 825             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 826             validation while parsing
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 830             position if reopened
 831           </li>
 832           <li>
 833             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 834             of associated view
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 838             enabled by default
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 842             tooltips and menus
 843           </li>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 846             with no feature types visible
 847           </li>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 850             attributes with large integer values
 851           </li>
 852         </ul>
 853         <em>Jalview Installer</em>
 854         <ul>
 855           <li>
 856             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 857             installer template version reported in console (may be null
 858             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 862             higher quality background images
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 866             generated with install4j 8.0.4
 867           </li>
 868           <li>
 869             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 870             Platforms
 871           </li>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 874             setting when running on large memory machines
 875           </li>
 876         </ul> <em>Release processes</em>
 877         <ul>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 883             access to test-release channel builds
 884           </li>
 885         </ul> <em>Build System</em>
 886         <ul>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 889           </li>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 892             report
 893           </li>
 894         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 895         <ul>
 896           <li>
 897             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 898             to stdout containing the consensus sequence for each
 899             alignment in a Jalview session
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 903             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 904             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 905           </li>
 906         </ul>
 907       </td>
 908       <td align="left" valign="top">
 909         <ul>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 912             'Show hidden markers' option is not ticked
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 916             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 917             jalview preferences or properties file
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 921             'Show Sequence Features' option is not ticked
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 925             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 926             features are visible
 927           </li>
 928           <li>
 929             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 930             equal when split frame is first opened
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 934             correct after editing a sequence's start position
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 938             with annotation and exceptions thrown when only a few
 939             columns shown in wrapped mode
 940           </li>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 943             wrapped alignment figure with annotations
 944           </li>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 947             ID fails with ClassCastException
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 951             Project
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 955             feature settings dialog also selects columns
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 959             IllegalArgumentException in some circumstances
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 963             opened for a view
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 967             alignment window is closed
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 971             help documentation for 2.11.0 release
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 975             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 976             Uniprot Accession
 977           </li>
 978         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 979         <ul>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 982             PDB/Uniprot search panel
 983           </li>
 984         </ul> <em>Installer</em>
 985         <ul>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 988             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 989           </li>
 990         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 991         <ul>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 994             repository
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 998             memory
 999           </li>
1000         </ul> <em>New Known Issues</em>
1001         <ul>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
1004             preserved when Jalview.app launched with parameters from
1005             command line
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
1009             clipped in headless figure export when Right Align option
1010             enabled
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
1014             'Source' in console output
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
1018             on jalview's bamboo server but run fine locally.
1019           </li>
1020         </ul>
1021       </td>
1022     </tr>
1023     <tr>
1024       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
1025           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
1026       <td align="left" valign="top">
1027         <ul>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
1030             Application and Installers built with <a
1031             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
1032             (licensed to the Jalview open source project) rather than
1033             InstallAnywhere
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
1037             memory settings, receive over the air updates and launch
1038             specific versions via (<a
1039             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
1040               Rings' GetDown</a>)
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
1044             for formats supported by Jalview (including .jvp project
1045             files)
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
1049             line arguments and switch between different getdown channels
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1053             project or alignment files
1054           </li>
1055
1056           <li>
1057             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1058             data files
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1062             updated to version 2.12.0
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1066             'Translate as cDNA'
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1070           </li>
1071           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1072               of Sequence Features</strong>
1073             <ul>
1074               <li>
1075                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1076                 implementation that allows updates) used for Sequence
1077                 Feature collections
1078               </li>
1079               <li>
1080                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1081                 features can be filtered and shaded according to any
1082                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1083                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1084                 file)
1085               </li>
1086               <li>
1087                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1088                 stored and restored from Jalview Projects
1089               </li>
1090               <li>
1091                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1092                 BioJava) to recognise variant features
1093               </li>
1094               <li>
1095                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1096                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1097               </li>
1098               <li>
1099                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1100                 selected sequence feature's details
1101               </li>
1102               <li>
1103                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1104                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1105                 and filter aware)
1106               </li>
1107               <li>
1108                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1109                 Settings dialog
1110               </li>
1111             </ul></li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1114             and PCA calculations
1115           </li>
1116           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1117             <ul>
1118               <li>
1119                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1120                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1121               </li>
1122               <li>
1123                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1124                 viewer's drop-down menus
1125               </li>
1126               <li>
1127                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1128                 PCA image incrementally
1129               </li>
1130               <li>
1131                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1132               </li>
1133             </ul></li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1136           </li>
1137           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1138             <ul>
1139               <li>
1140                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1141                 selections and multiple groups when working with large
1142                 alignments
1143               </li>
1144               <li>
1145                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1146                 parsing Stockholm files
1147               </li>
1148             </ul>
1149           <li><strong>User Interface</strong>
1150             <ul>
1151               <li>
1152                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1153                 each view
1154               </li>
1155               <li>
1156                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1157                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1158                 regions of alignment are shown by default (can be
1159                 changed in user preferences)
1160               </li>
1161               <li>
1162                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1163                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1164               </li>
1165               <li>
1166                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1167                 when all sequences are hidden
1168               </li>
1169               <li>
1170                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1171                 selection region, and gap count when inserting or
1172                 deleting gaps
1173               </li>
1174               <li>
1175                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1176                 annotation labels
1177               </li>
1178               <li>
1179                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1180                 shown when in wrapped mode
1181               </li>
1182               <li>
1183                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1184                 left/right in a graph or histogram annotation
1185               </li>
1186               <li>
1187                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1188                 search panels
1189               </li>
1190               <li>
1191                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1192                 Overview panel
1193               </li>
1194               <li>
1195                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1196                 sequence id popup menu
1197               </li>
1198               <li>
1199                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1200                 not shown if no subgroups are created
1201               </li>
1202               <li>
1203                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1204                 search history by right-clicking search box
1205               </li>
1206
1207
1208             </ul></li>
1209           <li>
1210             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1211             Groovy v2.5
1212           </li>
1213           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1214               release)</strong>
1215             <ul>
1216               <li>
1217                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1218                 entry and trapping CMD-Q
1219               </li>
1220             </ul></li>
1221         </ul> <em>Deprecations</em>
1222         <ul>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1225             capabilities removed from the Jalview Desktop
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1229             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1230             projects and XML based data retrieval clients
1231           </li>
1232           <li>
1233             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1234             removal
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1238             Start
1239           </li>
1240         </ul> <em>Documentation</em>
1241         <ul>
1242           <li>
1243             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1244             effects not supported in EPS figure export
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1248             dialog
1249           </li>
1250         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1251         <ul>
1252           <li>
1253             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1254             from Ant to Gradle
1255           </li>
1256           <li>
1257             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1258             keys in Message bundles
1259           </li>
1260           <li>
1261             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1262             gradle-eclipse
1263           </li>
1264           <li>
1265             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1266             continuous integration for unattended Test Suite execution
1267           </li>
1268           <li>
1269             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1270             operations
1271           </li>
1272           <li>
1273             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1274             issues resolved
1275           </li>
1276           <li>
1277             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1278             markdown (with HTML rendering)
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1285             versions of Jalview
1286           </li>
1287         </ul>
1288       </td>
1289       <td align="left" valign="top">
1290         <ul>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1296             superposition in Jmol fail on Windows
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1300             discovering structures for sequences with lots of PDB
1301             structures
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1305             with monospaced font
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1309             Jalview project involving multiple views
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1313             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1314             Annotation dialog hides columns
1315           </li>
1316           <li>
1317             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1318             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1319             selection in one view, then making another selection in the
1320             other view
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1324             columns
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1328             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1332             redrawing the overview with large alignments
1333           </li>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1336             region if columns were selected by dragging right-to-left
1337             and the mouse moved to the left of the first column
1338           </li>
1339           <li>
1340             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1341             a hidden column marker via scale popup menu
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1345             URLs doesn't tell users the invalid URL
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1349             score from view
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1353             during show cross references or Fetch Database References
1354             are shown in red in original view
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1358             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1359             p.Res.null)
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1363             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1367             printed when columns are hidden
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1371             Columns by Annotation description
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1375             dragging out of Scale or Annotation Panel
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1379             out of scale panel
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1383             alignment down
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1387             in scale panel
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1391             Down, Page Up in wrapped mode
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1401             selected on opening an alignment
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1405             in Colour menu
1406           </li>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1409             when different groups in the alignment are selected
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1413             shown correctly in menu
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1417             min/max threshold limit
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1421             threshold gets 'unrounded'
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1425             colour
1426           </li>
1427           <li>
1428             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1429             axis
1430           </li>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1436             alignment, not Tree font
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1440             from project file
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1444             Overview shown in complementary view
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1448             shown without normalisation
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1452             positioned at top of report
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1456           </li>
1457           <li>
1458             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1459             OSX Mojave
1460           </li>
1461         </ul> <em>Editing</em>
1462         <ul>
1463           <li>
1464             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1465             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1466             via 'Edit' sequence
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1470             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1471             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1472           </li>
1473           <li>
1474             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1475             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1476           </li>
1477           <li>
1478             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1479             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1480             in 2.10.5)
1481           </li>
1482         </ul> <em>Datamodel</em>
1483         <ul>
1484           <li>
1485             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1486             sequence's End is greater than its length
1487           </li>
1488         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1489           release)</em>
1490         <ul>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1493           </li>
1494         </ul> <em>New Known Defects</em>
1495         <ul>
1496           <li>
1497             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1498             clicking ignores bounds of an existing selected region
1499           </li>
1500           <li>
1501             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1502             gapped regions of protein alignment.
1503           </li>
1504           <li>
1505             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1506             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1507           </li>
1508           <li>
1509             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1510             after 'New View'
1511           </li>
1512           <li>
1513             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1514             columns within hidden columns
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1518             re-enters window after dragging left to select columns to
1519             left of visible region
1520           </li>
1521           <li>
1522             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1523             description string and thresholded by score in earlier
1524             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1525             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1529             reset group visibility
1530           </li>
1531           <li>
1532             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1533             linked CDS/Protein view
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1537             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1538           </li>
1539         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1540         <ul>
1541           <li>
1542             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1543             alphabetically when saved
1544           </li>
1545         </ul>
1546       </td>
1547     </tr>
1548     <tr>
1549       <td width="60" nowrap>
1550         <div align="center">
1551           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1552         </div>
1553       </td>
1554       <td><div align="left">
1555           <em></em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1559               InstallAnywhere increased to 1G.
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1563               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1564               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1565                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1566                 properties file.</em>
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1570               API and sequence data now imported as JSON.
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1574               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1575               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1576               property.
1577             </li>
1578           </ul>
1579           <em>Development</em>
1580           <ul>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1583               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1584                 Clover</a>
1585             </li>
1586           </ul>
1587         </div></td>
1588       <td><div align="left">
1589           <em></em>
1590           <ul>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1593               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1594               alignment.
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1598               annotation displayed.
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1602               for newly created group when 'Apply to all groups'
1603               selected
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1607               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1608               visible.
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1612               when sequences are selected in exported view.</em>
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1616               aren't rendered with correct colour.
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1620               types of knotted RNA secondary structure.
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1624               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1625               do not start at 1.
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1629               annotation when columns are inserted into an alignment,
1630               and when exporting as Stockholm flatfile.
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1634               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1635               treated as RNA secondary structure.
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1639               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1643               transfers focus to previous window on OSX
1644             </li>
1645           </ul>
1646           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1647           <ul>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1650               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1651               box.
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1655               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1656               'look and feel' which has improved compatibility with the
1657               latest version of OSX.
1658             </li>
1659           </ul>
1660         </div></td>
1661     </tr>
1662     <tr>
1663       <td width="60" nowrap>
1664         <div align="center">
1665           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1666             <em>7/06/2018</em></strong>
1667         </div>
1668       </td>
1669       <td><div align="left">
1670           <em></em>
1671           <ul>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1674               annotation retrieved from Uniprot
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1678               onto the Jalview Desktop
1679             </li>
1680           </ul>
1681         </div></td>
1682       <td><div align="left">
1683           <em></em>
1684           <ul>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1687               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1691               right-hand column parsed correctly
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1695               not alignment area in exported graphic
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1699               window has input focus
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1703               annotation added to view (Windows)
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1707               network connectivity is poor
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1711               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1712                 the currently open URL and links from a page viewed in
1713                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1714                 you are using Edge, only links in the page can be
1715                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1716                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1717             </li>
1718           </ul>
1719           <em>New Known Defects</em>
1720           <ul>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1723               Annotation
1724             </li>
1725           </ul>
1726         </div></td>
1727     </tr>
1728     <tr>
1729       <td width="60" nowrap>
1730         <div align="center">
1731           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1732         </div>
1733       </td>
1734       <td><div align="left">
1735           <em></em>
1736           <ul>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1739               for disabling automatic superposition of multiple
1740               structures and open structures in existing views
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1744               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1745               adjust them.
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1749               Ensembl services
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1753               and lots of hidden columns
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1757               of features (particularly when transparency is disabled)
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1761               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1762               made generally available
1763             </li>
1764           </ul>
1765         </div></td>
1766       <td><div align="left">
1767           <ul>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1770               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1774               overlapping alignment panel
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1778               sequence as gaps
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1782               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1783               UTR
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1787               factor annotation not added to sequence when local PDB
1788               file associated with it by drag'n'drop or structure
1789               chooser
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1793               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1797               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1801               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1805               columns in annotation row
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1809               not honored in batch mode
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1813               for structures added to existing Jmol view
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1817               entries after importing project with multiple views
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1821               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1822               with negative residue numbers or missing residues fails
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1826               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1827               files (e.g. as generated by CONSURF)
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1831               tooltip doesn't include a text description of mutation
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1835               structure and/or overview windows are also shown
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1839               regions very slow for alignments with large numbers of
1840               sequences
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1844               with 'StringIndexOutOfBounds'
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1848               Feel for OSX platforms running Java 10
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1852               view appears to do nothing because the view is hidden
1853               behind the alignment view
1854             </li>
1855           </ul>
1856           <em>Applet</em>
1857           <ul>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1860               should copy the group consensus when popup is opened on it
1861             </li>
1862           </ul>
1863           <em>Batch Mode</em>
1864           <ul>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1867               respected
1868             </li>
1869           </ul>
1870           <em>New Known Defects</em>
1871           <ul>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1874               editing a large alignment and overview is displayed
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1878               repeatedly after a series of edits even when the overview
1879               is no longer reflecting updates
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1883               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1884               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1885               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1889               CSV option gives blank output
1890             </li>
1891           </ul>
1892         </div></td>
1893     </tr>
1894     <tr>
1895       <td width="60" nowrap>
1896         <div align="center">
1897           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1898             <em>24/1/2018</em></strong>
1899         </div>
1900       </td>
1901       <td><div align="left">
1902           <ul>
1903             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1904               30th November 2018)</li>
1905           </ul>
1906         </div></td>
1907       <td><div align="left">
1908           <em>Desktop</em>
1909           <ul>
1910             <ul>
1911               <li>
1912                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1913                 several sequences and structures are selected for
1914                 viewing/superposing
1915               </li>
1916               <li>
1917                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1918                 vertically via trackpad and scrollwheel
1919               </li>
1920               <li>
1921                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1922                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1923                 start of alignment
1924               </li>
1925               <li>
1926                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1927                 scrolled into view if columns are hidden
1928               </li>
1929               <li>
1930                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1931                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1932                 hidden columns
1933               </li>
1934               <li>
1935                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1936                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1937                 effect
1938               </li>
1939               <li>
1940                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1941                 relationships when retrieving sequences from
1942                 EnsemblGenomes
1943               </li>
1944             </ul>
1945         </div></td>
1946     </tr>
1947     <tr>
1948       <td width="60" nowrap>
1949         <div align="center">
1950           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1951         </div>
1952       </td>
1953       <td><div align="left">
1954           <em></em>
1955           <ul>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1958               rendering of sequence features
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1962               429 rate limit request hander
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1966               their colours have changed
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1970               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1974               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1978               view from Ensembl locus cross-references
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1982               Alignment report
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1986               feature can be disabled
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1990               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1994               Uniprot
1995             </li>
1996           </ul>
1997           <em>Scripting</em>
1998           <ul>
1999             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
2000             <li>Example groovy script for generating a matrix of
2001               percent identity scores for current alignment.</li>
2002           </ul>
2003           <em>Testing and Deployment</em>
2004           <ul>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
2007             </li>
2008           </ul>
2009         </div></td>
2010       <td><div align="left">
2011           <em>General</em>
2012           <ul>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
2015               threshold text field doesn't trigger an update to the
2016               alignment view
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
2020               strings in parallel
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
2024               alignment window is closed
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
2028               group visibility
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
2032               takes a long time in Cursor mode
2033             </li>
2034           </ul>
2035           <em>Desktop</em>
2036           <ul>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
2039               cannot be viewed in Chimera
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
2043               CDS/Protein view
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
2047               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
2048               Search Dialogs
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2058               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2062               scrolling right in unwapped alignment view
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2066               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2067               database
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2071               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2075               features of same type and group to be selected for
2076               amending
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2080               alignments when hidden columns are present
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2084               displaying several structures
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2088               moving a window
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2092               within the Jalview desktop on OSX
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2096               when in wrapped alignment mode
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2100               hand end of alignment
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2104               each selected sequence do not have correct start/end
2105               positions
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2109               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2113               restoring project until a new view is created
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2117               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2118               configured (since 2.10.2b2)
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2122               position is adjusted
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2126               in a multi-chain structure when viewing alignment
2127               involving more than one chain (since 2.10)
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2131               if new selection moves alignment window
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2135               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2139               that produces correctly annotated transcripts and products
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2143               doesn't update associated structure view
2144             </li>
2145           </ul>
2146           <em>Applet</em><br />
2147           <ul>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2150               closing alignment panel
2151             </li>
2152           </ul>
2153           <em>BioJSON</em><br />
2154           <ul>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2157               non-positional features
2158             </li>
2159           </ul>
2160           <em>New Known Issues</em>
2161           <ul>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2164               sequence features correctly (for many previous versions of
2165               Jalview)
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2169               using cursor in wrapped panel other than top
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2173               graduated colour threshold
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2177               always preserve numbering and sequence features
2178             </li>
2179           </ul>
2180           <em>Known Java 9 Issues</em>
2181           <ul>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2184               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2185               9.01, OSX 10.10)
2186             </li>
2187           </ul>
2188         </div></td>
2189     </tr>
2190     <tr>
2191       <td width="60" nowrap>
2192         <div align="center">
2193           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2194             <em>2/10/2017</em></strong>
2195         </div>
2196       </td>
2197       <td><div align="left">
2198           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2199           <ul>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2202               at uniprot.org
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2206               ebi.ac.uk
2207             </li>
2208           </ul>
2209         </div></td>
2210       <td><div align="left"></div></td>
2211     </tr>
2212     <tr>
2213       <td width="60" nowrap>
2214         <div align="center">
2215           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2216             <em>7/9/2017</em></strong>
2217         </div>
2218       </td>
2219       <td><div align="left">
2220           <em></em>
2221           <ul>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2224               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2225               white)
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2229               Preferences
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2233               in size and progress bar shown as higher resolution
2234               overview is recalculated
2235             </li>
2236
2237           </ul>
2238         </div></td>
2239       <td><div align="left">
2240           <em></em>
2241           <ul>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2244               column region row by row
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2248               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2252               format setting is unticked
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2256               if group has show boxes format setting unticked
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2260               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2261               include sequences and columns not currently displayed
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2265               assemblies are imported via CIF file
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2269               displayed when threshold or conservation colouring is also
2270               enabled.
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2274               server version
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2278               dragging a selected region off the visible region of the
2279               alignment
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2283               colourscheme to all groups in a view
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2287               initially after font size change using the Font chooser or
2288               middle-mouse zoom
2289             </li>
2290           </ul>
2291         </div></td>
2292     </tr>
2293     <tr>
2294       <td width="60" nowrap>
2295         <div align="center">
2296           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2297         </div>
2298       </td>
2299       <td><div align="left">
2300           <em>Calculations</em>
2301           <ul>
2302
2303             <li>
2304               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2305               ungapped positions in each column of the alignment.
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2309               a calculation dialog box
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2313               and memory efficiency (~30x faster)
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2317               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2318               and other calculations
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2322               files within the Jalview codebase
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2326               Similarity may have different topology due to increased
2327               precision
2328             </li>
2329           </ul>
2330           <em>Rendering</em>
2331           <ul>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2334               model for alignments and groups
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2338               scripts
2339             </li>
2340           </ul>
2341           <em>Overview</em>
2342           <ul>
2343             <li>
2344               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2345               with alignment and overview windows
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2349               overview
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2353               omitted in Overview
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2357               adjustment of visible position
2358             </li>
2359           </ul>
2360
2361           <em>Data import/export</em>
2362           <ul>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2365               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2369               annotation input/output via stockholm flatfile
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2373               extension when importing structure files without embedded
2374               names or PDB accessions
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2378               format sequence substitution matrices
2379             </li>
2380           </ul>
2381           <em>User Interface</em>
2382           <ul>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2385               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2386               the application.
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2390               via Overview or sequence motif search operations
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2394               opened by double clicking gaps within sequence feature
2395               extent
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2399               aligned positions were available to create a 3D structure
2400               superposition.
2401             </li>
2402           </ul>
2403           <em>3D Structure</em>
2404           <ul>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2407               coloured in linked structure views
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2411               file-based command exchange
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2415               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2416               structures are already available for sequences
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2420               the Jalview project rather than downloaded again when the
2421               project is reopened.
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2425               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2426               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2427                 Feature</strong>)
2428             </li>
2429           </ul>
2430           <em>Web Services</em>
2431           <ul>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2437               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2438               Analysis services
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2442               cross-references provided by identifiers.org and the
2443               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2444             </li>
2445           </ul>
2446
2447           <em>Scripting</em>
2448           <ul>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2451               identifying file formats (instead of String constants)
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2455               efficiency when counting all displayed features (not
2456               backwards compatible with 2.10.1)
2457             </li>
2458           </ul>
2459           <em>Example files</em>
2460           <ul>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2463               included in the example feature file
2464             </li>
2465           </ul>
2466           <em>Documentation</em>
2467           <ul>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2470               with the built-in Java help viewer
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2474               sequence description' option
2475             </li>
2476           </ul>
2477           <em>Test Suite</em>
2478           <ul>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2481               Uniprot REST Free Text Search Client
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2488               during tests
2489             </li>
2490           </ul>
2491         </div></td>
2492       <td><div align="left">
2493           <em>Calculations</em>
2494           <ul>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2497               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2498               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2499             </li>
2500             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2501               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2502               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2503               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2504               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2505               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2506               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2507               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2508               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2509               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2510               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2511               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2512               // for 2.10.1 mode <br />
2513               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2514               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2515                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2516                 calculations (not recommended)</em></li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2519               scaling of branch lengths for trees computed using
2520               Sequence Feature Similarity.
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2524               generating output report when working with highly
2525               redundant alignments
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2529               right of selected region when gaps present on right-hand
2530               boundary
2531             </li>
2532           </ul>
2533           <em>User Interface</em>
2534           <ul>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2537               doesn't reselect a specific sequence's associated
2538               annotation after it was used for colouring a view
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2542               opened on a region of alignment without groups
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2546               of an alignment with overlapping groups
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2550               name and description match
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2554               hidden regions results in incorrect hidden regions
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2558               changing colour does not apply Conservation slider value
2559               to all groups
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2563               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2567               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2571               gaps before start of features
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2575               restored to UI when feature colour is edited
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2579               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2583               as graduate feature colour settings are modified via the
2584               dialog box
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2588               when a group defined on the alignment is resized
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2592               wrapped view result in positional status updates
2593             </li>
2594
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2597               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2601               alignment included gapped columns
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2605               widgets don't permanently disappear
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2609               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2610               T-Coffee column reliability scores)
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2614               sequence feature on gaps only
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2618               button from a Find inherit previously defined feature type
2619               rather than the Find query string
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2623               exporting tree calculated in Jalview
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2627               and then revealing them reorders sequences on the
2628               alignment
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2632               doesn't update to reflect available set of groups after
2633               interactively adding or modifying features
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2637               Linux
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2641               only excluded gaps in current sequence and ignored
2642               selection.
2643             </li>
2644           </ul>
2645           <em>Rendering</em>
2646           <ul>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2649               erratically when hidden rows or columns are present
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2653               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2654               sequence colouring
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2658               colour and group colour menu for protein alignments
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2662               reflect currently selected view or group's shading
2663               thresholds
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2667               when rendered on overview and structures when opacity at
2668               100%
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2672               overview when features overlaid on alignment
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2676               recovered correctly from Jalview project file
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2680               opened (automatically via preferences) are different to
2681               the main alignment panel
2682             </li>
2683           </ul>
2684           <em>Data import/export</em>
2685           <ul>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2688               load
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2692               added after a sequence was imported are not written to
2693               Stockholm File
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2697               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2701               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2705               with lightGray or darkGray via features file (but can
2706               specify lightgray)
2707             </li>
2708             <li>
2709               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2710               when alignment view imported from project
2711             </li>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2714               structure and sequences extracted from structure files
2715               imported via URL and viewed in Jmol
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2719               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2720               the project is loaded and the structure viewed
2721             </li>
2722           </ul>
2723           <em>Web Services</em>
2724           <ul>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2727               release of Ensembl v.88
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2731               appear enabled in Preferences->Connections
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2735               removed from console output
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2739               Ensembl by Peptide ID
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2743               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2744               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2745               due to 'null' string rather than empty string used for
2746               residues with no corresponding PDB mapping).
2747             </li>
2748           </ul>
2749           <em>Application UI</em>
2750           <ul>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2753               menu
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2757               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2758               new documentation and tooltips added)
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2762               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2766               new features are added to alignment
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2770               changes to feature colours via the Amend features dialog
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2774               edit graduated feature colour via amend features dialog
2775               box
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2779               selection menu changes colours of alignment views
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2783               from alignment calculation workers after alignment has
2784               been closed
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2788               groups now 'Create Group'
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2792               Create/Undefine group doesn't always work
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2796               shown again after pressing 'Cancel'
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2800               adjusts start position in wrap mode
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2804               ambiguous amino acids
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2808               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2809               proteins
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2813               Defined' don't appear in Colours menu
2814             </li>
2815           </ul>
2816           <em>Applet</em>
2817           <ul>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2820               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2824               overview or linked structure view
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2828               work (since 2.8)
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2832               user-defined colourscheme doesn't restore original
2833               colourscheme
2834             </li>
2835           </ul>
2836           <em>Test Suite</em>
2837           <ul>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2840               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2844               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2845               problems with deep array comparison equality asserts in
2846               successive versions of TestNG
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2850               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2851             </li>
2852           </ul>
2853           <em>New Known Issues</em>
2854           <ul>
2855             <li>
2856               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2857               phase after a sequence motif find operation
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2861               containing just upper and lower case letters are
2862               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2866               reliably from eggnog Ortholog database
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2870               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2871               to mark columns containing highlighted regions.
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2875               doesn't always add secondary structure annotation.
2876             </li>
2877           </ul>
2878         </div>
2879     <tr>
2880       <td width="60" nowrap>
2881         <div align="center">
2882           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2883         </div>
2884       </td>
2885       <td><div align="left">
2886           <em>General</em>
2887           <ul>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2890               for all consensus calculations
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2894               3rd Oct 2016)
2895             </li>
2896             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2897               for 2016-2017</li>
2898           </ul>
2899           <em>Application</em>
2900           <ul>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2903               set of database cross-references, sorted alphabetically
2904             </li>
2905             <li>
2906               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2907               from database cross references. Users with custom links
2908               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2909                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2910             </li>
2911             <li>
2912               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2913               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2914               Chimera session
2915             </li>
2916             <li>
2917               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2918               the Chimera it is connected to is shut down
2919             </li>
2920             <li>
2921               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2922               columns menu item to mark columns containing highlighted
2923               regions (e.g. from structure selections or results of a
2924               Find operation)
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2928               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2929               MSAviewer
2930             </li>
2931           </ul>
2932         </div></td>
2933       <td>
2934         <div align="left">
2935           <em>General</em>
2936           <ul>
2937             <li>
2938               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2939               are not coloured or thresholded according to percent
2940               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2944               hydrophobic
2945             </li>
2946             <li>
2947               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2948               threshold, amino acid properties)
2949             </li>
2950             <li>
2951               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2952               reported as mapped to residues in a structure file in the
2953               View Mapping report
2954             </li>
2955             <li>
2956               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2957               could be added multiple times to a sequence
2958             </li>
2959             <li>
2960               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2961               bond features shown as two highlighted residues rather
2962               than a range in linked structure views, and treated
2963               correctly when selecting and computing trees from features
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2967               cross-references are matched to database name regardless
2968               of case
2969             </li>
2970
2971           </ul>
2972           <em>Application</em>
2973           <ul>
2974             <li>
2975               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2976               names without regular expressions also offer links from
2977               Sequence ID
2978             </li>
2979             <li>
2980               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2981               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2982               update Jalview configuration
2983             </li>
2984             <li>
2985               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2986               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2987             </li>
2988             <li>
2989               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2990               files with similarly named sequences if dropped onto the
2991               alignment
2992             </li>
2993             <li>
2994               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2995               entries where more chains exist in the PDB accession than
2996               are reported in the SIFTS file
2997             </li>
2998             <li>
2999               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
3000               the structure view when displayed with Chimera
3001             </li>
3002             <li>
3003               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
3004               panel's View->Show Chains submenu
3005             </li>
3006             <li>
3007               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
3008               work for wrapped alignment views
3009             </li>
3010             <li>
3011               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
3012               predictions from 'JNet' to 'JPred'
3013             </li>
3014             <li>
3015               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
3016               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
3017               first annotation row
3018             </li>
3019             <li>
3020               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
3021               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
3022             </li>
3023             <li>
3024               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
3025               ranges for PDB and sequence for SIFTS
3026             </li>
3027             <!-- JAL-2319 -->
3028             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
3029             coordindate data
3030             </li>
3031           </ul>
3032           <!--           <em>New Known Issues</em>
3033           <ul>
3034             <li></li>
3035           </ul> -->
3036         </div>
3037       </td>
3038     </tr>
3039     <td width="60" nowrap>
3040       <div align="center">
3041         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
3042           <em>25/10/2016</em></strong>
3043       </div>
3044     </td>
3045     <td><em>Application</em>
3046       <ul>
3047         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
3048           view if structures already loaded</li>
3049         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
3050           structure views</li>
3051       </ul></td>
3052     <td>
3053       <div align="left">
3054         <em>General</em>
3055         <ul>
3056           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3057             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3058           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3059             example sequences/projects/trees</li>
3060         </ul>
3061         <em>Application</em>
3062         <ul>
3063           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3064             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3065           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3066             without timeout for structures with multiple models or
3067             multiple sequences in alignment</li>
3068           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3069             PDB ID HEADER line</li>
3070           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3071             is performed</li>
3072           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3073             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3074           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3075           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3076             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3077             option</li>
3078           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3079             is created on the alignment</li>
3080           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3081             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3082             pop-up menu</li>
3083         </ul>
3084         <em>Build and deployment</em>
3085         <ul>
3086           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3087             tags</li>
3088         </ul>
3089         <em>New Known Issues</em>
3090         <ul>
3091           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3092             on Windows</li>
3093         </ul>
3094       </div>
3095     </td>
3096     </tr>
3097     <tr>
3098       <td width="60" nowrap>
3099         <div align="center">
3100           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3101         </div>
3102       </td>
3103       <td><em>General</em>
3104         <ul>
3105           <li>
3106             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3107           </li>
3108           <li>
3109             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3110             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3111             better PDB parsing.
3112           </li>
3113           <li>
3114             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3115             reference sequence
3116           </li>
3117           <li>
3118             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3119             mousing over sequence associated annotation
3120           </li>
3121           <li>
3122             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3123             for manual entry
3124           </li>
3125           <li>
3126             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3127             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3128             for each column
3129           </li>
3130           <li>
3131             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3132             showing or hiding columns containing a feature
3133           </li>
3134           <li>
3135             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3136             group and sequence associated annotation labels
3137           </li>
3138           <li>
3139             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3140             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3141             dialogs
3142           </li>
3143
3144         </ul> <em>Application</em>
3145         <ul>
3146           <li>
3147             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3148             gene/transcript view
3149           </li>
3150           <li>
3151             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3152             dialog
3153           </li>
3154           <li>
3155             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3156             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3157           </li>
3158           <li>
3159             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3160             Pfam sources to xfam.org
3161           </li>
3162           <li>
3163             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3167             over sequences in Jalview
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3171             regions in ENA and EMBL
3172           </li>
3173           <li>
3174             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3175             for record retrieval via ENA rest API
3176           </li>
3177           <li>
3178             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3179             complement operator
3180           </li>
3181           <li>
3182             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3183             groovy script execution
3184           </li>
3185           <li>
3186             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3187             alignment window's Calculate menu
3188           </li>
3189           <li>
3190             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3191             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3192           </li>
3193           <li>
3194             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3195             calculation workers from groovy scripts
3196           </li>
3197           <li>
3198             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3199             Jalview projects
3200           </li>
3201           <li>
3202             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3203             associations are now saved/restored from project
3204           </li>
3205           <li>
3206             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3207             before sequence fetcher is opened
3208           </li>
3209           <li>
3210             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3211             database chooser opens a sequence fetcher
3212           </li>
3213           <li>
3214             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3215             the UniProt REST API
3216           </li>
3217           <li>
3218             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3219             the news reader opening
3220           </li>
3221           <li>
3222             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3223             querying stored in preferences
3224           </li>
3225           <li>
3226             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3227             search results
3228           </li>
3229           <li>
3230             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3231           </li>
3232           <li>
3233             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3234             menu for nucleotide sequences
3235           </li>
3236           <li>
3237             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3238             and feature counts preserves alignment ordering (and
3239             debugged for complex feature sets).
3240           </li>
3241           <li>
3242             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3243             viewing structures with Jalview 2.10
3244           </li>
3245           <li>
3246             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3247             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3248             Ensembl Genomes REST API
3249           </li>
3250           <li>
3251             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3252             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3253             (Ensembl)
3254           </li>
3255           <li>
3256             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3257             sequences
3258           </li>
3259           <li>
3260             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3261             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3262             data from external database records.
3263           </li>
3264           <li>
3265             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3266             efficient recovery of sequence coding and alignment
3267             annotation relationships.
3268           </li>
3269         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3270         <ul>
3271           <li>
3272             -- JAL---
3273           </li>
3274         </ul> --></td>
3275       <td>
3276         <div align="left">
3277           <em>General</em>
3278           <ul>
3279             <li>
3280               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3281               menu on OSX
3282             </li>
3283             <li>
3284               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3285               includes graduated colourschemes
3286             </li>
3287             <li>
3288               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3289               working with big alignments and lots of hidden columns
3290             </li>
3291             <li>
3292               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3293               at right of alignment window
3294             </li>
3295             <li>
3296               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3297               contents
3298             </li>
3299             <li>
3300               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3301               for DNA alignments
3302             </li>
3303             <li>
3304               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3305               based tree calculation
3306             </li>
3307             <li>
3308               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3309               unconserved enabled for group on alignment
3310             </li>
3311             <li>
3312               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3313               set as reference
3314             </li>
3315             <li>
3316               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3317               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3318               annotation
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3322               hidden columns present
3323             </li>
3324             <li>
3325               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3326               user created annotation added to alignment
3327             </li>
3328             <li>
3329               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3330               '()' base pair annotation
3331             </li>
3332             <li>
3333               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3334               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3335               Consensus
3336             </li>
3337             <li>
3338               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3339               feature not working
3340             </li>
3341             <li>
3342               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3343               beginning of sequence
3344             </li>
3345             <li>
3346               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3347               entry 3a6s
3348             </li>
3349             <li>
3350               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3351               from a tree when t-coffee scores are shown
3352             </li>
3353             <li>
3354               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3355               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3356             </li>
3357             <li>
3358               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3359               some structures
3360             </li>
3361             <li>
3362               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3363               to Clustal, PIR and PileUp output
3364             </li>
3365             <li>
3366               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3367               not visible causes alignment window to repaint
3368             </li>
3369             <li>
3370               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3371               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3372               scores associated with features and annotation rows
3373             </li>
3374             <li>
3375               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3376               calculation should be case independent
3377             </li>
3378             <li>
3379               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3380               columns
3381             </li>
3382             <li>
3383               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3384               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3385               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3386             </li>
3387             <li>
3388               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3389               problems when reference sequence defined and 'show
3390               non-conserved' enabled
3391             </li>
3392             <li>
3393               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3394               load even when Consensus calculation is disabled
3395             </li>
3396             <li>
3397               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3398               alignment does nothing
3399             </li>
3400           </ul>
3401           <em>Application</em>
3402           <ul>
3403             <li>
3404               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3405               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3406               yet fixed for El Capitan)
3407             </li>
3408             <li>
3409               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3410               output when running on non-gb/us i18n platforms
3411             </li>
3412             <li>
3413               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3414               hidden sequences as flat-file alignment
3415             </li>
3416             <li>
3417               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3418               launching Chimera
3419             </li>
3420             <li>
3421               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3422               (also hotfix for 2.9.0b2)
3423             </li>
3424             <li>
3425               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3426               reference sequence defined
3427             </li>
3428             <li>
3429               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3430               alignments and views when revealing hidden columns
3431             </li>
3432             <li>
3433               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3434               view in a cDNA/Protein splitframe
3435             </li>
3436             <li>
3437               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3438               sequence from project when only one sequence is
3439               represented
3440             </li>
3441             <li>
3442               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3443               in Structure Chooser
3444             </li>
3445             <li>
3446               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3447               structure consensus didn't refresh annotation panel
3448             </li>
3449             <li>
3450               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3451               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3452             </li>
3453             <li>
3454               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3455               dialogs format columns correctly, don't display array
3456               data, sort columns according to type
3457             </li>
3458             <li>
3459               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3460               file chooser is cancelled during an image export
3461             </li>
3462             <li>
3463               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3464               sequence name containing special characters
3465             </li>
3466             <li>
3467               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3468               case insensitive
3469             </li>
3470             <li>
3471               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3472               formatting don't wrap
3473             </li>
3474             <li>
3475               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3476               truncated so L looks like I in consensus annotation
3477             </li>
3478             <li>
3479               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3480               currently displayed features for the current selection or
3481               view
3482             </li>
3483             <li>
3484               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3485               after fetching cross-references, and restoring from
3486               project
3487             </li>
3488             <li>
3489               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3490               followed in the structure viewer
3491             </li>
3492             <li>
3493               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3494               splitframe not restored from project
3495             </li>
3496             <li>
3497               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3498               trailing end of protein alignment in transcript/product
3499               splitview when pad-gaps not enabled by default
3500             </li>
3501             <li>
3502               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3503               is case dependent
3504             </li>
3505             <li>
3506               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3507               article has been read (reopened issue due to
3508               internationalisation problems)
3509             </li>
3510             <li>
3511               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3512               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3513               cross-references
3514             </li>
3515
3516             <li>
3517               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3518               alignment as HTML
3519             </li>
3520             <li>
3521               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3522               multiple structures are shown for one or more sequences.
3523             </li>
3524             <li>
3525               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3526               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3527               is enabled.
3528             </li>
3529             <li>
3530               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3531               specific PDB id for sequence
3532             </li>
3533             <li>
3534               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3535               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3536               columns' is disabled.
3537             </li>
3538             <li>
3539               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3540               selects lowest rather than highest resolution structures
3541               for each sequence
3542             </li>
3543             <li>
3544               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3545               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3546             </li>
3547             <li>
3548               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3549               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3550             </li>
3551             <li>
3552               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3553               after clicking on it to create new annotation for a
3554               column.
3555             </li>
3556             <li>
3557               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3558               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3559             </li>
3560             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3561             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3562           </ul>
3563           <em>Applet</em>
3564           <ul>
3565             <li>
3566               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3567               hidden columns present before start of sequence
3568             </li>
3569             <li>
3570               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3571               (JSON jars)
3572             </li>
3573             <li>
3574               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3575               sequences are hidden in applet
3576             </li>
3577             <li>
3578               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3579               deployment on examples pages.
3580             </li>
3581           </ul>
3582         </div>
3583       </td>
3584     </tr>
3585     <tr>
3586       <td width="60" nowrap>
3587         <div align="center">
3588           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3589             <em>16/10/2015</em></strong>
3590         </div>
3591       </td>
3592       <td><em>General</em>
3593         <ul>
3594           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3595             jars</li>
3596         </ul></td>
3597       <td>
3598         <div align="left">
3599           <em>Application</em>
3600           <ul>
3601             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3602               shown when tree is partitioned</li>
3603             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3604               multiple cDNA/Protein split views</li>
3605           </ul>
3606         </div>
3607       </td>
3608     </tr>
3609     <tr>
3610       <td width="60" nowrap>
3611         <div align="center">
3612           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3613             <em>8/10/2015</em></strong>
3614         </div>
3615       </td>
3616       <td><em>General</em>
3617         <ul>
3618           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3619             2.9</li>
3620         </ul> <em>Application</em>
3621         <ul>
3622           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3623           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3624           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3625         </ul> <em>Applet</em>
3626         <ul>
3627           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3628         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3629         <ul>
3630           <li>
3631             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3632             suite
3633           </li>
3634         </ul></td>
3635       <td>
3636         <div align="left">
3637           <em>General</em>
3638           <ul>
3639             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3640               incorrect when sequence start > 1</li>
3641             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3642               documentation</li>
3643             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3644             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3645               loading a features file containing HTML tags in feature
3646               description</li>
3647
3648           </ul>
3649           <em>Application</em>
3650           <ul>
3651             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3652               reimport</li>
3653             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3654               with 'trim retrieved sequences'</li>
3655             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3656               deleting selected columns</li>
3657             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3658               JNLP templates for webstart launch</li>
3659             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3660               unreleased structures for download or viewing</li>
3661             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3662               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3663             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3664               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3665             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3666               recovered from jalview project</li>
3667             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3668               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3669               alignment view</li>
3670             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3671               color schemes from BioJSON</li>
3672           </ul>
3673           <em>Applet</em>
3674           <ul>
3675             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3676               frame</li>
3677             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3678           </ul>
3679         </div>
3680       </td>
3681     </tr>
3682     <tr>
3683       <td><div align="center">
3684           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3685         </div></td>
3686       <td><em>General</em>
3687         <ul>
3688           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3689             alignments:
3690             <ul>
3691               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3692                 and DNA alignment views</li>
3693               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3694                 cDNA alignment views</li>
3695               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3696                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3697               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3698                 protein sequences</li>
3699             </ul>
3700           </li>
3701           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3702           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3703             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3704           <li>New alignment annotation file statements for
3705             reference sequences and marking hidden columns</li>
3706           <li>Reference sequence based alignment shading to
3707             highlight variation</li>
3708           <li>Select or hide columns according to alignment
3709             annotation</li>
3710           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3711           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3712             acid conservation row</li>
3713           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3714         </ul> <em>Application</em>
3715         <ul>
3716           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3717             <ul>
3718               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3719                 view with cDNA/Protein</li>
3720               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3721                 sequences are placed in the same alignment</li>
3722               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3723                 projects</li>
3724             </ul>
3725           </li>
3726
3727           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3728           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3729             Jalview windows</li>
3730
3731           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3732           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3733           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3734             be shown in VARNA</li>
3735
3736           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3737             as the active selected region</li>
3738
3739           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3740             similarity</li>
3741           <li>New Export options
3742             <ul>
3743               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3744                 region export in flat file generation</li>
3745
3746               <li>Export alignment views for display with the <a
3747                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3748
3749               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3750               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3751                 alignment figures to HTML</li>
3752           </li>
3753           <li>3D structure retrieval and display
3754             <ul>
3755               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3756                 Search API</li>
3757               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3758                 PDB structures for a sequence set</li>
3759             </ul>
3760           </li>
3761
3762           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3763             predictions</li>
3764           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3765             for one or a group of sequences</li>
3766           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3767             from the JPred4 web server</li>
3768           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3769             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3770             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3771           </li>
3772           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3773             VARNA 2D Structure'</li>
3774           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3775             Structure ..."</li>
3776
3777         </ul> <em>Applet</em>
3778         <ul>
3779           <li>New layout for applet example pages</li>
3780           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3781             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3782           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3783             Protein alignments</li>
3784         </ul> <em>Development and deployment</em>
3785         <ul>
3786           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3787           <li>Include installation type and git revision in build
3788             properties and console log output</li>
3789           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3790             storing BioJsMSA Templates</li>
3791           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3792         </ul></td>
3793       <td>
3794         <!-- <em>General</em>
3795         <ul>
3796         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3797         <ul>
3798           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3799           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3800           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3801             predictions are not highlighted in amber</li>
3802           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3803             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3804           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3805             associated structure views</li>
3806           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3807             width checkbox not enabled</li>
3808           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3809             creating user defined colours</li>
3810           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3811             mappings for just that viewer's sequences</li>
3812           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3813             multiple models in Chimera</li>
3814           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3815             over Jmol structure</li>
3816           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3817             output to text box</li>
3818           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3819             have incorrect sequence start/end</li>
3820           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3821             Jalview fails</li>
3822           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3823             work for nucleotide</li>
3824           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3825             to a grey/invisible alignment window</li>
3826           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3827             imports to different position</li>
3828           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3829             on some platforms</li>
3830           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3831             populated</li>
3832           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3833             console if Chimera has been opened</li>
3834           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3835           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3836             retrieved</li>
3837           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3838           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3839             either sequence shows on first structure</li>
3840           <li>'Show annotations' options should not make
3841             non-positional annotations visible</li>
3842           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3843             in right place after 'view flanking regions'</li>
3844           <li>File Save As type unset when current file format is
3845             unknown</li>
3846           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3847             projects</li>
3848           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3849             responsive</li>
3850           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3851             several views on same alignment</li>
3852           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3853           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3854             spaces</li>
3855         </ul> <em>Applet</em>
3856         <ul>
3857           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3858           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3859             descriptions containing angle brackets</li>
3860         </ul> <em>General</em>
3861         <ul>
3862           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3863             via jalview annotation file</li>
3864           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3865             with RNA secondary structure</li>
3866           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3867             translation doesn't work.</li>
3868           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3869           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3870             positions</li>
3871           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3872             choosing 1pt font</li>
3873           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3874             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3875             'h'</li>
3876           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3877             new feature</li>
3878           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3879             order dependent</li>
3880           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3881             sequences</li>
3882           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3883         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3884         <ul>
3885           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3886             www.jalview.org</li>
3887         </ul> <em>Application Known issues</em>
3888         <ul>
3889           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3890           <li>Misleading message appears after trying to delete
3891             solid column.</li>
3892           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3893             version launches</li>
3894           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3895             fails with a sequence mismatch</li>
3896           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3897             scrolling alignment to right</li>
3898           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3899             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3900           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3901             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3902           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3903             ultra-high resolution</li>
3904           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3905             quality and conservation</li>
3906           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3907             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3908         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3909         <ul>
3910           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3911           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3912             window is being resized</li>
3913
3914         </ul>
3915       </td>
3916     </tr>
3917     <tr>
3918       <td><div align="center">
3919           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3920         </div></td>
3921       <td><em>General</em>
3922         <ul>
3923           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3924             Certum.PL.</li>
3925           <li>Features and annotation preserved when performing
3926             pairwise alignment</li>
3927           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3928             imported/exported/displayed</li>
3929           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3930             protein secondary structure</li>
3931           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3932               post-hoc with 2.9 release</em>)
3933           </li>
3934
3935         </ul> <em>Application</em>
3936         <ul>
3937           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3938             with 3D structures</li>
3939           <li>Support for parsing RNAML</li>
3940           <li>Annotations menu for layout
3941             <ul>
3942               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3943               <li>place sequence annotation above/below alignment
3944                 annotation</li>
3945             </ul>
3946           <li>Output in Stockholm format</li>
3947           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3948             translation</li>
3949           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3950           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3951             shared between alignments</li>
3952           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3953             Jalview</li>
3954           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3955             all or current selection</li>
3956           <li>disorder and secondary structure predictions
3957             available as dataset annotation</li>
3958           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3959
3960
3961           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3962             alignments from Rfam</li>
3963           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3964
3965           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3966             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3967           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3968           <li>include installation type in build properties and
3969             console log output</li>
3970           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3971             annotation</li>
3972         </ul></td>
3973       <td>
3974         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3975         <ul>
3976           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3977             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3978           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3979             alignment</li>
3980           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3981           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3982           <li>Double click on sequence associated annotation
3983             selects only first column</li>
3984           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3985             leaves shown in tree</li>
3986           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3987             properly</li>
3988           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3989           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3990             screen and buttons not visible</li>
3991           <li>author list isn't updated if already written to
3992             Jalview properties</li>
3993           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3994             from database</li>
3995           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3996           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3997             browser search window</li>
3998           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3999             in feature settings dialog</li>
4000           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
4001             desktop</li>
4002           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
4003             pass validation</li>
4004           <li>Web services parameters dialog box is too large to
4005             fit on screen</li>
4006           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
4007             tooltip</li>
4008           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
4009             defined user preset</li>
4010           <li>MSA web services warns user if they were launched
4011             with invalid input</li>
4012           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
4013             Java 8</li>
4014           <li>
4015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
4016             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
4017             created
4018           </li>
4019
4020         </ul> <!--  <em>Applet</em>
4021         <ul>
4022         </ul> <em>General</em>
4023         <ul>
4024         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
4025         <ul>
4026           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
4027             memory allocation</li>
4028           <li>launchApp service doesn't automatically open
4029             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
4030           <li>
4031             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
4032             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
4033             1.7_055 is available
4034           </li>
4035         </ul> <em>Application Known issues</em>
4036         <ul>
4037           <li>
4038             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
4039             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
4040             alignment to right
4041           </li>
4042           <li>
4043             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
4044             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
4045             with large number of ID
4046           </li>
4047           <li>
4048             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
4049             flatfile output of visible region has incorrect sequence
4050             start/end
4051           </li>
4052           <li>
4053             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4054             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4055             structure tracks are rearranged
4056           </li>
4057           <li>
4058             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4059             invalid rna structure positional highlighting does not
4060             highlight position of invalid base pairs
4061           </li>
4062           <li>
4063             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4064             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4065             project from alignment window file menu
4066           </li>
4067           <li>
4068             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4069             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4070             structures
4071           </li>
4072           <li>
4073             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4074             colour by RNA Helices not enabled when user created
4075             annotation added to alignment
4076           </li>
4077           <li>
4078             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4079             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4080           </li>
4081         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4082         <ul>
4083           <li>
4084             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4085             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4086           </li>
4087           <li>
4088             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4089             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4090           </li>
4091
4092           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4093             when selected</li>
4094         </ul>
4095       </td>
4096     </tr>
4097     <tr>
4098       <td><div align="center">
4099           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4100         </div></td>
4101       <td>
4102         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4103         <em>General</em>
4104         <ul>
4105           <li>Internationalisation of user interface (usually
4106             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4107           <li>Define/Undefine group on current selection with
4108             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4109           <li>Improved group creation/removal options in
4110             alignment/sequence Popup menu</li>
4111           <li>Sensible precision for symbol distribution
4112             percentages shown in logo tooltip.</li>
4113           <li>Annotation panel height set according to amount of
4114             annotation when alignment first opened</li>
4115         </ul> <em>Application</em>
4116         <ul>
4117           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4118             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4119           <li>Select columns containing particular features from
4120             Feature Settings dialog</li>
4121           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4122             sequences</li>
4123           <li>Update Jalview project format:
4124             <ul>
4125               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4126               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4127                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4128               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4129                 colouring</li>
4130             </ul>
4131           </li>
4132           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4133             (PAM250)</li>
4134           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4135             flanking regions for an alignment</li>
4136         </ul>
4137       </td>
4138       <td>
4139         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4140         <ul>
4141           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4142             running after job is cancelled</li>
4143           <li>cannot export features from alignments imported from
4144             Jalview/VAMSAS projects</li>
4145           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4146             float values</li>
4147           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4148             have 'display all symbols' flag set</li>
4149           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4150             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4151           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4152             Jalview</li>
4153           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4154             Lion/Webstart</li>
4155           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4156           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4157           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4158             alignment onto desktop</li>
4159           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4160             'extract scores' function</li>
4161           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4162             alignment window</li>
4163           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4164             performing IUPred disorder prediction</li>
4165           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4166             changing 'normalise logo' display setting</li>
4167           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4168             nothing matches query</li>
4169           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4170             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4171           </li>
4172           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4173             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4174           </li>
4175           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4176             Jalview's menu</li>
4177           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4178             'invalid literal/length code'</li>
4179           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4180             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4181           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4182             colourscheme</li>
4183
4184         </ul> <em>Applet</em>
4185         <ul>
4186           <li>Remove group option is shown even when selection is
4187             not a group</li>
4188           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4189             don't affect groups</li>
4190           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4191             colourscheme name</li>
4192           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4193             Annotation panel is not displayed</li>
4194           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4195             embedded windows</li>
4196         </ul> <em>Other</em>
4197         <ul>
4198           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4199             single sequence were not calculated</li>
4200           <li>annotation files that contain only groups imported as
4201             annotation and junk sequences</li>
4202           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4203             recognised as PFAM or BLC</li>
4204           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4205             doesn't affect background (2.8.0b1)
4206           <li></li>
4207           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4208           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4209             trailing gaps</li>
4210           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4211             registered correctly on import</li>
4212           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4213             certain alignments</li>
4214           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4215             existing annotation based 'use original colours'
4216             colourscheme loses original colours setting</li>
4217         </ul>
4218       </td>
4219     </tr>
4220     <tr>
4221       <td><div align="center">
4222           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4223             <em>30/1/2014</em></strong>
4224         </div></td>
4225       <td>
4226         <ul>
4227           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4228             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4229             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4230             open source project).
4231           </li>
4232           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4233           <li>Output in Stockholm format</li>
4234           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4235           <li>Export/import group and sequence associated line
4236             graph thresholds</li>
4237           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4238             ambiguity codes</li>
4239           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4240             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4241             works</li>
4242           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4243         </ul> <em>Other improvements</em>
4244         <ul>
4245           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4246           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4247             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4248           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4249             files</li>
4250           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4251           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4252             link but no description</li>
4253           <li>Select primary source when selecting authority in
4254             database fetcher GUI</li>
4255           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4256             Jalview</li>
4257           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4258         </ul>
4259       </td>
4260       <td>
4261         <ul>
4262           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4263             displayed</li>
4264           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4265             secondary structure annotation line</li>
4266           <li>Sequence database accessions not imported when
4267             fetching alignments from Rfam</li>
4268           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4269             identical IDs</li>
4270           <li>View all structures does not always superpose
4271             structures</li>
4272           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4273             reflect user or preset settings</li>
4274           <li>Null pointer exceptions for some services without
4275             presets or adjustable parameters</li>
4276           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4277             discover PDB xRefs</li>
4278           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4279             features with DAS</li>
4280           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4281             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4282           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4283             residue follows a gap</li>
4284           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4285             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4286           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4287             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4288           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4289             annotation already exists on alignment</li>
4290           <li>oninit javascript function should be called after
4291             initialisation completes</li>
4292           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4293             alignment window display</li>
4294           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4295           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4296             to annotation file</li>
4297           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4298             groups created</li>
4299           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4300             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4301           <li>Pressing return several times causes Number Format
4302             exceptions in keyboard mode</li>
4303           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4304             correct partitions for input data</li>
4305           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4306           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4307           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4308           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4309             mode</li>
4310           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4311             changes one row&#39;s threshold</li>
4312           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4313             doesn&#39;t open</li>
4314           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4315             quality histograms</li>
4316         </ul>
4317       </td>
4318     </tr>
4319     <tr>
4320       <td><div align="center">
4321           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4322         </div></td>
4323       <td><em>Application</em>
4324         <ul>
4325           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4326             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4327           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4328             preferences</li>
4329           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4330             in Jalview alignment window</li>
4331           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4332             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4333           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4334             RNA and ambiguity codes</li>
4335
4336           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4337           <li>Support fetching and database reference look up
4338             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4339             refs')</li>
4340           <li>Jalview project improvements
4341             <ul>
4342               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4343                 flag for annotation</li>
4344               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4345                 alignment</li>
4346               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4347                 Jalview project</li>
4348
4349             </ul>
4350           </li>
4351           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4352           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4353             running</li>
4354           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4355           <li>visual indication that web service results are still
4356             being retrieved from server</li>
4357           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4358             starts up for first time</li>
4359           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4360             services</li>
4361           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4362             client library</li>
4363           <li>Examples directory and Groovy library included in
4364             InstallAnywhere distribution</li>
4365         </ul> <em>Applet</em>
4366         <ul>
4367           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4368             visualization applet example</li>
4369         </ul> <em>General</em>
4370         <ul>
4371           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4372           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4373             defaults</li>
4374           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4375             calculation</li>
4376           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4377             matrices
4378           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4379             in HTML</li>
4380           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4381             structure contacts</li>
4382           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4383           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4384           <li>Parse sequence associated secondary structure
4385             information in Stockholm files</li>
4386           <li>HTML Export database accessions and annotation
4387             information presented in tooltip for sequences</li>
4388           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4389             style RNA alignment files</li>
4390           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4391             alignment</li>
4392           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4393             shade each sequence according to its associated alignment
4394             annotation</li>
4395           <li>New Jalview Logo</li>
4396         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4397         <ul>
4398           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4399           <li>New Website!</li>
4400         </ul></td>
4401       <td><em>Application</em>
4402         <ul>
4403           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4404             wsdbfetch REST service</li>
4405           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4406           <li>Filetype associations not installed for webstart
4407             launch</li>
4408           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4409             job execution in full once it is complete</li>
4410           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4411             uploaded via ali_file parameter</li>
4412           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4413           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4414           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4415             submitted for prediction</li>
4416           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4417             desktop window</li>
4418           <li>Putting fractional value into integer text box in
4419             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4420           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4421             windows 7</li>
4422           <li>View all structures fails with exception shown in
4423             structure view</li>
4424           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4425             escaped in a platform independent way</li>
4426           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4427             using proxy</li>
4428           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4429             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4430           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4431             failure when java web start temporary file caching is
4432             disabled</li>
4433           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4434             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4435           <li>Errors during processing of command line arguments
4436             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4437           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4438             DAS sources in sequence fetcher</li>
4439           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4440             dialog is shown</li>
4441           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4442           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4443           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4444           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4445             on OSX Mountain Lion</li>
4446           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4447             sequences with alignment annotation are pasted into the
4448             alignment</li>
4449           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4450             when loaded from Jalview project</li>
4451           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4452           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4453             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4454           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4455             associated with all views</li>
4456           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4457             annotation rows to new window</li>
4458         </ul> <em>Applet</em>
4459         <ul>
4460           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4461             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4462           <li>loading features via javascript API automatically
4463             enables feature display</li>
4464           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4465             work</li>
4466         </ul> <em>General</em>
4467         <ul>
4468           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4469           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4470             and then deselected</li>
4471           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4472           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4473             coloured with clustalx</li>
4474           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4475             exceptions and redraw errors</li>
4476           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4477             reconfigured view</li>
4478           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4479             colour</li>
4480           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4481             for lots of labels</li>
4482         </ul>
4483     </tr>
4484     <tr>
4485       <td>
4486         <div align="center">
4487           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4488         </div>
4489       </td>
4490       <td><em>Application</em>
4491         <ul>
4492           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4493           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4494           <li>View/alignment association menu to enable user to
4495             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4496             its colours/correspondences from</li>
4497           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4498           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4499             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4500           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4501           <li>Annotation row column label formatting attributes
4502             stored in project file</li>
4503           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4504             rows preserved in Jalview project file</li>
4505           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4506             saved using Desktop window menu</li>
4507           <li>Visual indication that command line arguments are
4508             still being processed</li>
4509           <li>Groovy script execution from URL</li>
4510           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4511             preferences</li>
4512           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4513             alignment with sequences that have high similarity and
4514             matching IDs</li>
4515           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4516           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4517             structures in same window</li>
4518           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4519           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4520             analysis function in its own submenu</li>
4521         </ul> <em>Applet</em>
4522         <ul>
4523           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4524             groups</li>
4525           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4526           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4527           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4528           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4529           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4530             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4531           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4532           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4533             parameters are treated as such</li>
4534           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4535             <ul>
4536               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4537               <li>Javascript callbacks for
4538                 <ul>
4539                   <li>Applet initialisation</li>
4540                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4541                 </ul>
4542               </li>
4543               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4544                 functions</li>
4545               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4546               <li>javascript structure viewer harness to pass
4547                 messages between Jmol and Jalview when running as
4548                 distinct applets</li>
4549               <li>sortBy method</li>
4550               <li>Set of applet and application examples shipped
4551                 with documentation</li>
4552               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4553                 javascript message exchange</li>
4554             </ul>
4555         </ul> <em>General</em>
4556         <ul>
4557           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4558             multiple alignments</li>
4559           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4560           <li>User configurable link to enable redirects to a
4561             www.Jalview.org mirror</li>
4562           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4563           <li>Configurable newline string when writing alignment
4564             and other flat files</li>
4565           <li>Allow alignment annotation description lines to
4566             contain html tags</li>
4567         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4568         <ul>
4569           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4570             examples</li>
4571           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4572             using a web service before displaying the result in the
4573             Jalview desktop</li>
4574           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4575           <li>Ant target to publish example html files with applet
4576             archive</li>
4577           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4578           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4579         </ul></td>
4580       <td><em>Application</em>
4581         <ul>
4582           <li>User defined colourscheme throws exception when
4583             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4584           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4585             dialog for valid filename/format</li>
4586           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4587           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4588             P37173</li>
4589           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4590             which sequence is to be associated with the file</li>
4591           <li>Find All raises null pointer exception when query
4592             only matches sequence IDs</li>
4593           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4594           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4595             2.4 cannot be loaded</li>
4596           <li>Filetype associations not installed for webstart
4597             launch</li>
4598           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4599             with sequences in different alignments do not get coloured
4600             by their associated sequence</li>
4601           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4602             not preserved when project is loaded</li>
4603           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4604             stored in Jalview project</li>
4605           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4606             Jalview project</li>
4607           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4608           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4609             by conservation</li>
4610           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4611             created on new view</li>
4612           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4613             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4614           <li>Alignment quality not updated after alignment
4615             annotation row is hidden then shown</li>
4616           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4617             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4618           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4619             properly</li>
4620           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4621             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4622           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4623           <li>Structures imported from file and saved in project
4624             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4625           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4626             job execution in full once it is complete</li>
4627         </ul> <em>Applet</em>
4628         <ul>
4629           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4630             annotation rows are displayed</li>
4631           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4632             codebase</li>
4633           <li>View follows highlighting does not work for positions
4634             in sequences</li>
4635           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4636           <li>Export features raises exception when no features
4637             exist</li>
4638           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4639             for javascript api is modified when separator string
4640             provided as parameter</li>
4641           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4642             alignment with no existing selection</li>
4643           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4644             to applet&#39;s codebase</li>
4645           <li>Status bar not updated after finished searching and
4646             search wraps around to first result</li>
4647           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4648             several Jalview applets causes race conditions and memory
4649             leaks</li>
4650           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4651             not sent from Jmol in applet</li>
4652           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4653             applet API fatally hang browser</li>
4654         </ul> <em>General</em>
4655         <ul>
4656           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4657             position with wrapped view and hidden regions</li>
4658           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4659             with/without hidden columns</li>
4660           <li>Sequence length given in alignment properties window
4661             is off by 1</li>
4662           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4663             import PDB like structure files</li>
4664           <li>Positional search results are only highlighted
4665             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4666           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4667           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4668             given sequence position</li>
4669           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4670             output</li>
4671           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4672             from nucleotide chains correctly</li>
4673           <li>Structure colours not updated when tree partition
4674             changed in alignment</li>
4675           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4676             parsed in interleaved stockholm</li>
4677           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4678             state</li>
4679           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4680             properly</li>
4681           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4682             properly associated with their pdb files</li>
4683         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4684         <ul>
4685           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4686             ApplyCopyright tool</li>
4687         </ul></td>
4688     </tr>
4689     <tr>
4690       <td>
4691         <div align="center">
4692           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4693         </div>
4694       </td>
4695       <td><em>Application</em>
4696         <ul>
4697           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4698             contact web services</li>
4699           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4700             service job window</li>
4701           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4702         </ul></td>
4703       <td>
4704         <ul>
4705           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4706             pir file emitted by Jalview</li>
4707           <li>Existing feature settings transferred to new
4708             alignment view created from cut'n'paste</li>
4709           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4710             parsing PDB files</li>
4711           <li>Consensus and conservation annotation rows
4712             occasionally become blank for all new windows</li>
4713           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4714             in wrapped view mode</li>
4715         </ul> <em>Application</em>
4716         <ul>
4717           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4718             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4719           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4720             parameter names</li>
4721           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4722             is down</li>
4723         </ul>
4724       </td>
4725     </tr>
4726     <tr>
4727       <td>
4728         <div align="center">
4729           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4730         </div>
4731       </td>
4732       <td><em>Application</em>
4733         <ul>
4734           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4735             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4736             (JABAWS)
4737           </li>
4738           <li>Web Services preference tab</li>
4739           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4740             preferences</li>
4741           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4742           <li>Superpose structures using associated sequence
4743             alignment</li>
4744           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4745             viewer</li>
4746         </ul> <em>Applet</em>
4747         <ul>
4748           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4749             link out mechanism</li>
4750         </ul> <em>Other</em>
4751         <ul>
4752           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4753             series 12</li>
4754           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4755             require Java 1.5</li>
4756           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4757             sequence annotation files</li>
4758           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4759             type colour specification</li>
4760           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4761             script to check if it being run in an interactive session or
4762             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4763         </ul></td>
4764       <td>
4765         <ul>
4766           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4767             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4768         </ul> <em>Application</em>
4769         <ul>
4770           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4771             selected Regions menu item</li>
4772           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4773             part of a valid accession ID</li>
4774           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4775             runs out of memory</li>
4776           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4777             analysis results</li>
4778           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4779             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4780           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4781         </ul> <em>Applet</em>
4782         <ul>
4783           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4784             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4785             defined.</li>
4786         </ul>
4787       </td>
4788     </tr>
4789     <tr>
4790       <td>
4791         <div align="center">
4792           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4793         </div>
4794       </td>
4795       <td></td>
4796       <td>
4797         <ul>
4798           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4799             sequence IDs</li>
4800           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4801             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4802           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4803             import correctly</li>
4804           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4805             number of columns are hidden</li>
4806           <li>annotation label popup menu not providing correct
4807             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4808             present</li>
4809           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4810             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4811           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4812             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4813
4814         </ul> <em>Applet</em>
4815         <ul>
4816           <li>annotation panel disappears when annotation is
4817             hidden/removed</li>
4818         </ul> <em>Application</em>
4819         <ul>
4820           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4821             alignment opened where annotation panel is visible but no
4822             annotations are present on alignment</li>
4823           <li>pasted region containing hidden columns is
4824             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4825           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4826             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4827           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4828             selected Rregions menu item.</li>
4829           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4830             'Un' or 'Non'conserved</li>
4831           <li>Sequence feature settings are being shared by
4832             multiple distinct alignments</li>
4833           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4834             changed</li>
4835           <li>double click on group annotation to select sequences
4836             does not propagate to associated trees</li>
4837           <li>Mac OSX specific issues:
4838             <ul>
4839               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4840                 window background</li>
4841               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4842                 name set correctly</li>
4843               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4844                 save feature colourscheme button</li>
4845             </ul>
4846           </li>
4847         </ul>
4848       </td>
4849     </tr>
4850     <tr>
4851
4852       <td>
4853         <div align="center">
4854           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4855         </div>
4856       </td>
4857       <td><em>New Capabilities</em>
4858         <ul>
4859           <li>URL links generated from description line for
4860             regular-expression based URL links (applet and application)
4861
4862
4863           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4864             menu</li>
4865           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4866             structures</li>
4867           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4868             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4869           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4870             average score or total feature count for each sequence.</li>
4871           <li>Shading features by score or associated description</li>
4872           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4873             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4874           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4875             hide everything but the currently selected region.</li>
4876           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4877         </ul> <em>Application</em>
4878         <ul>
4879           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4880             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4881           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4882             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4883           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4884             database references and protein_name is parsed as
4885             description line (BioSapiens terms).</li>
4886           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4887             references in sequence ID tooltip from View menu in
4888             application.</li>
4889           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4890       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4891           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4892             conservation plots</li>
4893           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4894             and visualized as sequence logos</li>
4895           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4896             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4897           </li>
4898           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4899             when a new tree is opened.</li>
4900           <li>Jalview Java Console</li>
4901           <li>Better placement of desktop window when moving
4902             between different screens.</li>
4903           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4904             consensus annotation</li>
4905           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4906             Workflows</li>
4907           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4908             <ul>
4909               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4910                 used to preserve views, structures, and tree display
4911                 settings)</li>
4912               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4913                 command line</li>
4914               <li>Sharing of selected regions between views and
4915                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4916               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4917             </ul></li>
4918         </ul> <em>Applet</em>
4919         <ul>
4920           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4921           <li>New Parameters
4922             <ul>
4923               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4924                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4925                 opened.</li>
4926               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4927                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4928               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4929                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4930               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4931                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4932                 view</li>
4933               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4934                 increase the height or width of a cell in the alignment
4935                 grid relative to the current font size.</li>
4936             </ul>
4937           </li>
4938           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4939             tooltip</li>
4940         </ul> <em>Other</em>
4941         <ul>
4942           <li>Features format: graduated colour definitions and
4943             specification of feature scores</li>
4944           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4945             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4946             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4947           <li>XML formats extended to support graduated feature
4948             colourschemes, group associated annotation, and profile
4949             visualization settings.</li></td>
4950       <td>
4951         <ul>
4952           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4953             rather than description</li>
4954           <li>Non-positional features are now included in sequence
4955             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4956             visibility in tooltip).</li>
4957           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4958           <li>Added URL embedding instructions to features file
4959             documentation.</li>
4960           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4961             'X' in peptide product</li>
4962           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4963             sequence ID and sequence string and query strings do not
4964             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4965           <li>AMSA files only contain first column of
4966             multi-character column annotation labels</li>
4967           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4968             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4969             exported and re-imported)</li>
4970           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4971             name</li>
4972           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4973             as subsequence matches, and correctly reports total number
4974             of both.</li>
4975           <li>Application:
4976             <ul>
4977               <li>Better handling of exceptions during sequence
4978                 retrieval</li>
4979               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4980                 link text excludes the start_end suffix</li>
4981               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4982                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4983               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4984               <li>Sequence description lines properly shared via
4985                 VAMSAS</li>
4986               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4987                 data sources</li>
4988               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4989                 completes before alignment figures are generated.</li>
4990               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4991                 first time.</li>
4992               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4993                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4994               <li>User defined group colours properly recovered
4995                 from Jalview projects.</li>
4996             </ul>
4997           </li>
4998         </ul>
4999       </td>
5000
5001     </tr>
5002     <tr>
5003       <td>
5004         <div align="center">
5005           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
5006         </div>
5007       </td>
5008       <td>
5009         <ul>
5010           <li>Experimental support for google analytics usage
5011             tracking.</li>
5012           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
5013         </ul>
5014       </td>
5015       <td>
5016         <ul>
5017           <li>Race condition in applet preventing startup in
5018             jre1.6.0u12+.</li>
5019           <li>Exception when feature created from selection beyond
5020             length of sequence.</li>
5021           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
5022           <li>Sequence associated annotation rows associate with
5023             all sequences with a given id</li>
5024           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
5025             ID string searches</li>
5026           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
5027             alignment to fail with exception</li>
5028         </ul> <em>Application Issues</em>
5029         <ul>
5030           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
5031           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5032             data sources</li>
5033         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
5034         <ul>
5035           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
5036             issue with installAnywhere mechanism)</li>
5037           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
5038             version (java class versioning error fixed)</li>
5039         </ul>
5040       </td>
5041     </tr>
5042     <tr>
5043       <td>
5044
5045         <div align="center">
5046           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
5047         </div>
5048       </td>
5049       <td><em>User Interface</em>
5050         <ul>
5051           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
5052             translation and protein products</li>
5053           <li>Linked highlighting of structure associated with
5054             residue mapping to codon position</li>
5055           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5056             and 'clear' button</li>
5057           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5058             Tools menu</li>
5059           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5060             numeric data in description line</li>
5061           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5062           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5063             of sequence</li>
5064         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5065         <ul>
5066           <li>JPred3 web service</li>
5067           <li>Prototype sequence search client (no public services
5068             available yet)</li>
5069           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5070             PFAM</li>
5071           <li>URL Links created for matching database cross
5072             references as well as sequence ID</li>
5073           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5074         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5075         <ul>
5076           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5077             databases</li>
5078           <li>Generalised database reference retrieval and
5079             validation to all fetchable databases</li>
5080           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5081             sequence command</li>
5082         </ul> <em>Import and Export</em>
5083         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5084         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5085           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5086         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5087           File</li>
5088         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5089           triplet as name of colourscheme</li>
5090         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5091         <ul>
5092           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5093           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5094             alignments (experimental)</li>
5095           <li>Create new or select existing session to join</li>
5096           <li>load and save of vamsas documents</li>
5097         </ul> <em>Application command line</em>
5098         <ul>
5099           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5100             from applet)</li>
5101           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5102             of DAS servers to query for alignment features</li>
5103           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5104             that are also automatically queried for features</li>
5105           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5106             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5107         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5108         <ul>
5109           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5110             application (when using &quot;View in full
5111             application&quot;)</li>
5112         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5113         <ul>
5114           <li>feature group display control parameter</li>
5115           <li>debug parameter</li>
5116           <li>showbutton parameter</li>
5117         </ul> <em>Applet API methods</em>
5118         <ul>
5119           <li>newView public method</li>
5120           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5121           <li>Feature display control methods</li>
5122           <li>get list of currently selected sequences</li>
5123         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5124         <ul>
5125           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5126           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5127             Jalview release.</li>
5128           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5129             property controls execution of obfuscator</li>
5130           <li>Build target for generating source distribution</li>
5131           <li>Debug flag for javacc</li>
5132           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5133             jalview.bin.Cache</li>
5134           <li>Continuous Build Integration for stable and
5135             development version of Application, Applet and source
5136             distribution</li>
5137         </ul></td>
5138       <td>
5139         <ul>
5140           <li>selected region output includes visible annotations
5141             (for certain formats)</li>
5142           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5143             for editing</li>
5144           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5145           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5146           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5147           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5148             comments</li>
5149           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5150             filenames containing a ':'</li>
5151           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5152             global sequence features</li>
5153           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5154             references from alignment sequences goes to zero</li>
5155           <li>Close of tree branch colour box without colour
5156             selection causes cascading exceptions</li>
5157           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5158           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5159             file parsing fails.</li>
5160           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5161           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5162             not a valid output format</li>
5163           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5164             vamsas</li>
5165           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5166           <li>error messages passed up and output when data read
5167             fails</li>
5168           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5169             sequence is edited</li>
5170           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5171             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5172           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5173             filetype</li>
5174           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5175             import fixed for PFAM records</li>
5176           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5177             window list</li>
5178           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5179             can be read and written correctly to annotation file</li>
5180           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5181             correctly</li>
5182           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5183             non-italic font for representatives in Applet</li>
5184           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5185             Macs.</li>
5186           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5187             Applet)</li>
5188           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5189             due to null pointer exceptions</li>
5190           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5191             first column of alignment</li>
5192           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5193             July 2008</li>
5194           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5195             file is case-insensitive</li>
5196           <li>Sequence features read from Features file appended to
5197             all sequences with matching IDs</li>
5198           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5199             containing a sub-sequence</li>
5200           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5201           <li>feature and annotation file applet parameters
5202             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5203           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5204           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5205             splash-screen version check to complete</li>
5206           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5207             when passing them to the launchApp service</li>
5208           <li>display name and local features preserved in results
5209             retrieved from web service</li>
5210           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5211             sequence fetcher initialisation</li>
5212           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5213             dasobert DAS client</li>
5214           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5215             association</li>
5216           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5217             sequences
5218           </li>
5219         </ul>
5220       </td>
5221     </tr>
5222     <tr>
5223       <td>
5224         <div align="center">
5225           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5226         </div>
5227       </td>
5228       <td>
5229         <ul>
5230           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5231           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5232           <li>Slide sequences</li>
5233           <li>Edit sequence in place</li>
5234           <li>EMBL CDS features</li>
5235           <li>DAS Feature mapping</li>
5236           <li>Feature ordering</li>
5237           <li>Alignment Properties</li>
5238           <li>Annotation Scores</li>
5239           <li>Sort by scores</li>
5240           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5241         </ul>
5242       </td>
5243       <td>
5244         <ul>
5245           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5246           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5247           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5248           <li>Feature group display state in XML</li>
5249           <li>Feature ordering in XML</li>
5250           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5251           <li>Stockholm alignment properties</li>
5252           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5253           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5254           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5255           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5256         </ul>
5257       </td>
5258
5259     </tr>
5260     <tr>
5261       <td>
5262         <div align="center">
5263           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5264         </div>
5265       </td>
5266       <td>
5267         <ul>
5268           <li>Non standard characters can be read and displayed
5269           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5270             applet via textbox
5271           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5272             name &amp; description
5273           <li>Preference setting to display sequence name in
5274             italics
5275           <li>Annotation file format extended to allow
5276             Sequence_groups to be defined
5277           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5278             specified in preferences
5279           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5280             sequences
5281         </ul>
5282       </td>
5283       <td>
5284         <ul>
5285           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5286             installed
5287           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5288           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5289         </ul>
5290       </td>
5291     </tr>
5292     <tr>
5293       <td>
5294         <div align="center">
5295           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5296         </div>
5297       </td>
5298       <td>
5299         <ul>
5300           <li>Multiple views on alignment
5301           <li>Sequence feature editing
5302           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5303           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5304           <li>Background dependent text colour
5305           <li>Right align sequence ids
5306           <li>User-defined lower case residue colours
5307           <li>Format Menu
5308           <li>Select Menu
5309           <li>Menu item accelerator keys
5310           <li>Control-V pastes to current alignment
5311           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5312           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5313           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5314
5315
5316           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5317         </ul>
5318       </td>
5319       <td>
5320         <ul>
5321           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5322           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5323             calculations
5324           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5325             edits
5326           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5327             of alignment)
5328           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5329
5330
5331           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5332             display correctly
5333           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5334           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5335             analysis results
5336           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5337             &#8739;
5338           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5339           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5340           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5341
5342
5343         </ul>
5344       </td>
5345     </tr>
5346     <tr>
5347       <td>
5348         <div align="center">
5349           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5350         </div>
5351       </td>
5352       <td>
5353         <ul>
5354           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5355         </ul>
5356       </td>
5357       <td>
5358         <ul>
5359           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5360             sequence id panel has been resized</li>
5361           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5362             rendered</li>
5363           <li>Annotation files with sequence references - all
5364             elements in file are relative to sequence position</li>
5365           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5366         </ul>
5367       </td>
5368     </tr>
5369     <tr>
5370       <td>
5371         <div align="center">
5372           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5373         </div>
5374       </td>
5375       <td>
5376         <ul>
5377           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5378           <li>DAS Feature fetching</li>
5379           <li>Hide sequences and columns</li>
5380           <li>Export Annotations and Features</li>
5381           <li>GFF file reading / writing</li>
5382           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5383             files</li>
5384           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5385           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5386           <li>Applet can launch the full application</li>
5387           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5388             required)</li>
5389           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5390           <li>Applet can load sequences from parameter
5391             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5392           </li>
5393         </ul>
5394       </td>
5395       <td>
5396         <ul>
5397           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5398           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5399           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5400         </ul>
5401       </td>
5402     </tr>
5403     <tr>
5404       <td>
5405         <div align="center">
5406           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5407         </div>
5408       </td>
5409       <td>
5410         <ul>
5411           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5412           <li>Choose to match case when searching</li>
5413           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5414             expand the visible width and height of the alignment</li>
5415         </ul>
5416       </td>
5417       <td>
5418         <ul>
5419           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5420         </ul>
5421       </td>
5422     </tr>
5423     <tr>
5424       <td>
5425         <div align="center">
5426           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5427         </div>
5428       </td>
5429       <td>&nbsp;</td>
5430       <td>
5431         <ul>
5432           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5433           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5434             value</li>
5435         </ul>
5436       </td>
5437     </tr>
5438     <tr>
5439       <td>
5440         <div align="center">
5441           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5442         </div>
5443       </td>
5444       <td>
5445         <ul>
5446           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5447           <li>Keyboard editing</li>
5448           <li>Create sequence features from searches</li>
5449           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5450             alignments</li>
5451           <li>Features file allows grouping of features</li>
5452           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5453           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5454           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5455         </ul>
5456       </td>
5457       <td>
5458         <ul>
5459           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5460           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5461             descriptions saved.</li>
5462         </ul>
5463       </td>
5464     </tr>
5465     <tr>
5466       <td>
5467         <div align="center">
5468           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5469         </div>
5470       </td>
5471       <td>
5472         <ul>
5473           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5474           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5475           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5476             name for file output</li>
5477           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5478           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5479             used for HTML form input</li>
5480         </ul>
5481       </td>
5482       <td>
5483         <ul>
5484           <li>HTML output writes groups and features</li>
5485           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5486           <li>File IO bugs</li>
5487         </ul>
5488       </td>
5489     </tr>
5490     <tr>
5491       <td>
5492         <div align="center">
5493           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5494         </div>
5495       </td>
5496       <td>
5497         <ul>
5498           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5499           <li>More options for PCA viewer</li>
5500         </ul>
5501       </td>
5502       <td>
5503         <ul>
5504           <li>GUI bugs resolved</li>
5505           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5506         </ul>
5507       </td>
5508     </tr>
5509     <tr>
5510       <td height="63">
5511         <div align="center">
5512           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5513         </div>
5514       </td>
5515       <td>
5516         <ul>
5517           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5518           <li>Jar files are executable</li>
5519           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5520         </ul>
5521       </td>
5522       <td>
5523         <ul>
5524           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5525           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5526           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5527         </ul>
5528       </td>
5529     </tr>
5530     <tr>
5531       <td>
5532         <div align="center">
5533           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5534         </div>
5535       </td>
5536       <td>
5537         <ul>
5538           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5539         </ul>
5540       </td>
5541       <td>
5542         <ul>
5543           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5544         </ul>
5545       </td>
5546     </tr>
5547     <tr>
5548       <td>
5549         <div align="center">
5550           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5551         </div>
5552       </td>
5553       <td>
5554         <ul>
5555           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5556             size</li>
5557         </ul>
5558       </td>
5559       <td>
5560         <ul>
5561           <li>Improved JPred client reliability</li>
5562           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5563         </ul>
5564       </td>
5565     </tr>
5566     <tr>
5567       <td>
5568         <div align="center">
5569           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5570         </div>
5571       </td>
5572       <td>
5573         <ul>
5574           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5575           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5576           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5577             to Colour Menu</li>
5578           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5579           <li>Unix users can set default web browser</li>
5580           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5581           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5582         </ul>
5583       </td>
5584       <td>
5585         <ul>
5586           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5587         </ul>
5588       </td>
5589     </tr>
5590     <tr>
5591       <td>
5592         <div align="center">
5593           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5594         </div>
5595       </td>
5596       <td>&nbsp;</td>
5597       <td>
5598         <ul>
5599           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5600             alignment order.</li>
5601         </ul>
5602       </td>
5603     </tr>
5604     <tr>
5605       <td>
5606         <div align="center">
5607           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5608         </div>
5609       </td>
5610       <td>
5611         <ul>
5612           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5613           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5614           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5615             annotations.</li>
5616           <li>Version and build date written to build properties
5617             file.</li>
5618           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5619             at launch of Jalview.</li>
5620         </ul>
5621       </td>
5622       <td>
5623         <ul>
5624           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5625           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5626           <li>Can remove groups one by one.</li>
5627           <li>Filechooser icons installed.</li>
5628           <li>Finder ignores return character when searching.
5629             Return key will initiate a search.<br>
5630           </li>
5631         </ul>
5632       </td>
5633     </tr>
5634     <tr>
5635       <td>
5636         <div align="center">
5637           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5638         </div>
5639       </td>
5640       <td>
5641         <ul>
5642           <li>New codebase</li>
5643         </ul>
5644       </td>
5645       <td>&nbsp;</td>
5646     </tr>
5647   </table>
5648   <p>&nbsp;</p>
5649 </body>
5650 </html>