help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59       <tr>
  60         <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61             id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
  62             <em>18/01/2022</em></strong>
  63         </td>
  64         <td>
  65         </td>
  66       <td align="left" valign="top">
  67         <ul>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
  70             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
  71             Unix/BSD OSs)
  72           </li>
  73         </ul> <em>Security</em>
  74         <ul>
  75           <li>
  76             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
  77             certificates.
  78           </li>
  79         </ul>
  80       </td>
  81     </tr>
  82       <tr>
  83       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  84           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
  85           <em>6/01/2022</em></strong></td>
  86
  87       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  88         <ul>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
  91             </li>
  92         </ul></td>
  93       <td>
  94       </td>
  95     </tr>
  96     <tr>
  97       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  98           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
  99           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 100
 101       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 102         <ul>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 105             (was log4j 1.2.x).
 106         </ul> <em>Development</em>
 107         <ul>
 108           <li>Updated building instructions</li>
 109         </ul></td>
 110       <td>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 114             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 115             and display)
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 119             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 120             only)
 121           </li>
 122         </ul> <em>Development</em>
 123         <ul>
 124           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 125         </ul>
 126       </td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 130           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 131           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 132       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 133           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 134         <ul>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 137             launch of the news browser (like -nonews argument)
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 141             download of linkout URLs from
 142             www.jalview.org/services/identifiers
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 146             download of BIOJSHTML templates
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 150             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 151             disabled
 152           </li>
 153         </ul></td>
 154       <td align="left" valign="top">
 155         <ul>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 158             Jmol
 159           </li>
 160         </ul> <em>New Known defects</em>
 161         <ul>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 164             always restored from project (since 2.10.3)
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 168             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 169           </li>
 170         </ul>
 171       </td>
 172     </tr>
 173     <tr>
 174       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 175           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 176           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 177       <td align="left" valign="top">
 178         <ul>
 179
 180         </ul>
 181       </td>
 182       <td align="left" valign="top">
 183         <ul>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 186             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 190             sequences can be classed as nucleotide
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 194             sequences after alignment of protein products (known defect
 195             first reported for 2.11.1.0)
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 199             features outwith CDS shown overlaid on protein
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 203             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 204             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 208             CDS features
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 212             always select corresponding protein sequences
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 216             column selection doesn't always ignore hidden columns
 217           </li>
 218         </ul> <em>Installer</em>
 219         <ul>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 222             Windows prevents install4j launching getdown
 223           </li>
 224         </ul> <em>Development</em>
 225         <ul>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 228             version numbers in doc/building.md
 229           </li>
 230         </ul>
 231       </td>
 232     </tr>
 233     <tr>
 234       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 235           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 236           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 237       <td align="left" valign="top">
 238         <ul>
 239         </ul>
 240       </td>
 241       <td align="left" valign="top">
 242         <ul>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 245             "Encountered problems opening
 246             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 247           </li>
 248         </ul>
 249       </td>
 250     </tr>
 251     <tr>
 252       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 253           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 254           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 255       <td align="left" valign="top">
 256         <ul>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 259             residue in cursor mode
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 263             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 267             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 268             improved compatibility with JalviewJS
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 272             alignments from Pfam and Rfam
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 276             import (no longer based on .gz extension)
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 283             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 284             EMBL flat file
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 288             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 289             saving or making backup files.
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 293             <ul>
 294               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 295               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 296             </ul>
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 300             when running on Linux (Requires Java 11+)
 301           </li>
 302         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 303         <ul>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 306             through a system property
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 310             line help for configuring Jalview's memory
 311           </li>
 312         </ul>
 313       </td>
 314       <td align="left" valign="top">
 315         <ul>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 318             but not calculated and no protein or DNA score models are
 319             available for tree/PCA calculation when launched with
 320             Turkish language locale
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 324             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 328             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 332             sequence under the cursor
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 336             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 340             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 341             '%s'" on the console
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 345             when there are both local and complementary features mapped
 346             to the position under the cursor
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 350             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 354             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 358             internationalised text for some messages and log output
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 362             hidden gapped columns
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 366             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 370             specifying output format when exporting an alignment via the
 371             command line
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 375             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 376             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 377             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 378             file again, and if that fails, delete the original file and
 379             save in place.)
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 383             via command line
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 387             program and documentation
 388           </li>
 389         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 390         <ul>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 393             first time for a version that has different jars to the
 394             previous launched version.
 395           </li>
 396         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 397         <ul>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 400             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 401             OutOfMemory error.
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 405             monitor the release channel
 406           </li>
 407         </ul> <em>New Known defects</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 411             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 412             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 413             genome of RNA viruses)
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 417             are ordered differently when shown on alignment and in
 418             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 422             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 423             works for the top left quadrant of the alignment window
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 427             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 431             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 435             protein products for certain ENA records are repeatedly
 436             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 437           </li>
 438         </ul>
 439       </td>
 440     </tr>
 441     <tr>
 442       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 443           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 444           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 445       <td align="left" valign="top">
 446         <ul>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 449             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 450             for display in alignments, on structure views (including
 451             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 452             export.
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 456             exported and re-imported as GFF3 files
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 460             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 464             validation while parsing
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 468             position if reopened
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 472             of associated view
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 476             enabled by default
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 480             tooltips and menus
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 484             with no feature types visible
 485           </li>
 486           <li>
 487           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 488           </li>
 489         </ul><em>Jalview Installer</em>
 490             <ul>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 493             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 500           </li>
 501               <li>
 502                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 503               <li>
 504                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 505         </ul> <em>Release processes</em>
 506         <ul>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 512           </li>
 513         </ul> <em>Build System</em>
 514         <ul>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 520             report
 521           </li>
 522         </ul>
 523         <em>Groovy Scripts</em>
 524             <ul>
 525           <li>
 526             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 527             to stdout containing the consensus sequence for each
 528             alignment in a Jalview session
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 532             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 533             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 534           </li>
 535         </ul>
 536       </td>
 537       <td align="left" valign="top">
 538         <ul>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 541             'Show hidden markers' option is not ticked
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 545             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 546             jalview preferences or properties file
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 550             'Show Sequence Features' option is not ticked
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 554             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 555             features are visible
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 559             equal when split frame is first opened
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 563             correct after editing a sequence's start position
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 567             with annotation and exceptions thrown when only a few
 568             columns shown in wrapped mode
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 572             wrapped alignment figure with annotations
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 576             ID fails with ClassCastException
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 580             Project
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 584             feature settings dialog also selects columns
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 588             IllegalArgumentException in some circumstances
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 592             opened for a view
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 596             alignment window is closed
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 600             help documentation for 2.11.0 release
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 604             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 605             Uniprot Accession
 606           </li>
 607         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 608         <ul>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 611             PDB/Uniprot search panel
 612           </li>
 613         </ul> <em>Installer</em>
 614         <ul>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 617             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 618           </li>
 619         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 620         <ul>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 623             repository
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 627             memory
 628           </li>
 629         </ul> <em>New Known Issues</em>
 630         <ul>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 633             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 634             command line
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 638             clipped in headless figure export when Right Align option
 639             enabled
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 643             'Source' in console output
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 647             bamboo server but run fine locally.
 648           </li>
 649         </ul>
 650       </td>
 651     </tr>
 652     <tr>
 653       <td width="60" align="center" nowrap>
 654           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 655             <em>04/07/2019</em></strong>
 656       </td>
 657       <td align="left" valign="top">
 658         <ul>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 661             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 662             source project) rather than InstallAnywhere
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 666             settings, receive over the air updates and launch specific
 667             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 668               Rings' GetDown</a>)
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 672             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 676             arguments and switch between different getdown channels
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 680             or alignment files
 681           </li>
 682
 683           <li>
 684             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 685             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 688             'Translate as cDNA'</li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 691           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 692             <ul>
 693                       <li>
 694             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 695             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 696           <li>
 697                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 698                 features can be filtered and shaded according to any
 699                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 700                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 701                 file)
 702               </li>
 703               <li>
 704                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 705                 stored and restored from Jalview Projects
 706               </li>
 707               <li>
 708                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 709                 recognise variant features
 710               </li>
 711               <li>
 712                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 713                 sequences (also coloured red by default)
 714               </li>
 715               <li>
 716                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 717                 details
 718               </li>
 719               <li>
 720                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 721                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 722               </li>
 723               <li>
 724                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 725                 dialog
 726               </li>
 727             </ul>
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 731             tree and PCA calculations
 732           </li>
 733           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 734             <ul>
 735               <li>
 736                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 737                 and Viewer state saved in Jalview Project
 738               </li>
 739               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 740                 drop-down menus</li>
 741               <li>
 742                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 743                 incrementally
 744               </li>
 745               <li>
 746                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 747               </li>
 748             </ul>
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 752           </li>
 753           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 754           <ul>
 755               <li>
 756                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 757                 multiple groups when working with large alignments
 758               </li>
 759               <li>
 760                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 761                 Stockholm files
 762               </li>
 763             </ul>
 764           <li><strong>User Interface</strong>
 765           <ul>
 766               <li>
 767                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 768                 view
 769               </li>
 770               <li>
 771                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 772                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 773                 default (can be changed in user preferences)
 774               </li>
 775               <li>
 776                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 777                 to the Overwrite Dialog
 778               </li>
 779               <li>
 780                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 781                 sequences are hidden
 782               </li>
 783               <li>
 784                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 785                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 786               </li>
 787               <li>
 788                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 789                 labels
 790               </li>
 791               <li>
 792                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 793                 when in wrapped mode
 794               </li>
 795               <li>
 796                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 797                 annotation
 798               </li>
 799               <li>
 800                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 801               </li>
 802               <li>
 803                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 804                 panel
 805               </li>
 806               <li>
 807                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 808                 popup menu
 809               </li>
 810               <li>
 811               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 812               <li>
 813               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 814
 815
 816             </ul></li>
 817             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 818           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 819             <ul>
 820               <li>
 821                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 822                 trapping CMD-Q
 823               </li>
 824             </ul></li>
 825         </ul>
 826         <em>Deprecations</em>
 827         <ul>
 828           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 829             capabilities removed from the Jalview Desktop
 830           </li>
 831           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 832             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 833             and XML based data retrieval clients</li>
 834           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 835           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 836         </ul> <em>Documentation</em>
 837         <ul>
 838           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 839             not supported in EPS figure export
 840           </li>
 841           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 842         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 843         <ul>
 844           <li>
 845           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 846           </li>
 847       <li>
 848       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 849           <li>
 850           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 851             gradle-eclipse
 852           </li>
 853           <li>
 854           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 855             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 856             execution
 857           </li>
 858           <li>
 859           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 860             operations
 861           </li>
 862           <li>
 863           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 864             issues resolved
 865           </li>
 866           <li>
 867           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 868             markdown (with HTML rendering)
 869           </li>
 870           <li>
 871           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 872           </li>
 873           <li>
 874           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 875             versions of Jalview
 876           </li>
 877         </ul>
 878       </td>
 879       <td align="left" valign="top">
 880         <ul>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 886             superposition in Jmol fail on Windows
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 890             structures for sequences with lots of PDB structures
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 894             monospaced font
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 898             project involving multiple views
 899           </li>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 902             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 903             Annotation dialog hides columns
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 907             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 908             one view, then making another selection in the other view
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 912             columns
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 916             Settings and Jalview Preferences panels
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 920             overview with large alignments
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 924             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 925             mouse moved to the left of the first column
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 929             hidden column marker via scale popup menu
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 933             doesn't tell users the invalid URL
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 937             score from view
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 941             show cross references or Fetch Database References are shown in
 942             red in original view
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 946             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 950             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 954             when columns are hidden
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 958             Columns by Annotation description
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 962             out of Scale or Annotation Panel
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 966             scale panel
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 970             alignment down
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 974             scale panel
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 978             Page Up in wrapped mode
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 988             on opening an alignment
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 992             Colour menu
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 996             different groups in the alignment are selected
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1000             correctly in menu
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1004             threshold limit
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1008             threshold gets 'unrounded'
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1012             colour
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1022             Tree font
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1026             project file
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1030             shown in complementary view
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1034             without normalisation
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1038             of report
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1042           </li>
1043           <li>
1044           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1045           </li>
1046         </ul> <em>Editing</em>
1047         <ul>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1050             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1051             sequence
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1055             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1056             removed (Known defect since 2.10)
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1060             dialog corrupts dataset sequence
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1064             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1065           </li>
1066         </ul> <em>Datamodel</em>
1067         <ul>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1070             sequence's End is greater than its length
1071           </li>
1072         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1073           general release)</em>
1074         <ul>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1077           </li>
1078         </ul> <em>New Known Defects</em>
1079         <ul>
1080         <li>
1081         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1082         </li>
1083         <li>
1084           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1085           regions of protein alignment.
1086         </li>
1087         <li>
1088           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1089           is restored from a Jalview 2.11 project
1090         </li>
1091         <li>
1092           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1093           'New View'
1094         </li>
1095         <li>
1096           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1097           columns within hidden columns
1098         </li>
1099         <li>
1100           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1101           window after dragging left to select columns to left of visible
1102           region
1103         </li>
1104         <li>
1105           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1106           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1107           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1108           create a Score filter instead.
1109         </li>
1110         <li>
1111         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1112         <li>
1113         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1114         </li>
1115         <li>
1116           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1117           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1118         </li>
1119         </ul>
1120         <em>Java 11 Specific defects</em>
1121           <ul>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1124               alphabetically when saved
1125             </li>
1126         </ul>
1127       </td>
1128     </tr>
1129     <tr>
1130     <td width="60" nowrap>
1131       <div align="center">
1132         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1133       </div>
1134     </td>
1135     <td><div align="left">
1136         <em></em>
1137         <ul>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1140               InstallAnywhere increased to 1G.
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1144               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1145               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1146                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1147                 properties file.</em>
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1151               API and sequence data now imported as JSON.
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1155               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1156               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1157               property.
1158             </li>
1159           </ul>
1160           <em>Development</em>
1161           <ul>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1164               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1165                 Clover</a>
1166             </li>
1167           </ul>
1168         </div></td>
1169     <td><div align="left">
1170         <em></em>
1171         <ul>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1174               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1175               alignment.
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1179               annotation displayed.
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1183               for newly created group when 'Apply to all groups'
1184               selected
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1188               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1189               visible.
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1193               when sequences are selected in exported view.</em>
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1197               aren't rendered with correct colour.
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1201               types of knotted RNA secondary structure.
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1205               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1206               do not start at 1.
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1210               annotation when columns are inserted into an alignment,
1211               and when exporting as Stockholm flatfile.
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1215               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1216               treated as RNA secondary structure.
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1220               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1224               transfers focus to previous window on OSX
1225             </li>
1226           </ul>
1227           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1228           <ul>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1231               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1232               box.
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1236               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1237               'look and feel' which has improved compatibility with the
1238               latest version of OSX.
1239             </li>
1240           </ul>
1241         </div>
1242     </td>
1243     </tr>
1244     <tr>
1245       <td width="60" nowrap>
1246         <div align="center">
1247           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1248             <em>7/06/2018</em></strong>
1249         </div>
1250       </td>
1251       <td><div align="left">
1252           <em></em>
1253           <ul>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1256               annotation retrieved from Uniprot
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1260               onto the Jalview Desktop
1261             </li>
1262           </ul>
1263         </div></td>
1264       <td><div align="left">
1265           <em></em>
1266           <ul>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1269               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1273               right-hand column parsed correctly
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1277               not alignment area in exported graphic
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1281               window has input focus
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1285               annotation added to view (Windows)
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1289               network connectivity is poor
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1293               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1294                 the currently open URL and links from a page viewed in
1295                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1296                 you are using Edge, only links in the page can be
1297                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1298                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1299             </li>
1300           </ul>
1301           <em>New Known Defects</em>
1302           <ul>
1303             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1304           </ul>
1305         </div></td>
1306     </tr>
1307     <tr>
1308       <td width="60" nowrap>
1309         <div align="center">
1310           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1311         </div>
1312       </td>
1313       <td><div align="left">
1314           <em></em>
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1318               for disabling automatic superposition of multiple
1319               structures and open structures in existing views
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1323               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1324               adjust them.
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1328               Ensembl services
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1332               and lots of hidden columns
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1336               of features (particularly when transparency is disabled)
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1340               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1341               generally available
1342             </li>
1343           </ul>
1344           </div>
1345       </td>
1346       <td><div align="left">
1347           <ul>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1350               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1354               overlapping alignment panel
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1358               sequence as gaps
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1362               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1363               UTR
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1367               factor annotation not added to sequence when local PDB
1368               file associated with it by drag'n'drop or structure
1369               chooser
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1373               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1377               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1381               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1385               columns in annotation row
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1389               honored in batch mode
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1393               for structures added to existing Jmol view
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1397               entries after importing project with multiple views
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1401               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1402               with negative residue numbers or missing residues fails
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1406               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1407               as generated by CONSURF)
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1411               tooltip doesn't include a text description of mutation
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1415               structure and/or overview windows are also shown
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1419               very slow for alignments with large numbers of sequences
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1423               with 'StringIndexOutOfBounds'
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1427               platforms running Java 10
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1431               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1432             </li>
1433           </ul>
1434           <em>Applet</em>
1435           <ul>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1438               should copy the group consensus when popup is opened on it
1439             </li>
1440           </ul>
1441           <em>Batch Mode</em>
1442           <ul>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1445           </li>
1446           </ul>
1447           <em>New Known Defects</em>
1448           <ul>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1451               editing a large alignment and overview is displayed
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1455               repeatedly after a series of edits even when the overview
1456               is no longer reflecting updates
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1460               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1461               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1462               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1466               option gives blank output
1467             </li>
1468           </ul>
1469         </div>
1470           </td>
1471     </tr>
1472     <tr>
1473       <td width="60" nowrap>
1474         <div align="center">
1475           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1476         </div>
1477       </td>
1478       <td><div align="left">
1479           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1480               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1481       <td><div align="left">
1482           <em>Desktop</em><ul>
1483           <ul>
1484             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1485             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1486             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1487             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1488             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1489             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1490             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1491           </ul>
1492           </div>
1493       </td>
1494     </tr>
1495     <tr>
1496       <td width="60" nowrap>
1497         <div align="center">
1498           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1499         </div>
1500       </td>
1501       <td><div align="left">
1502           <em></em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1506               rendering of sequence features
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1510               429 rate limit request hander
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1514               their colours have changed
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1518               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1522               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1526               view from Ensembl locus cross-references
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1530               Alignment report
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1534               feature can be disabled
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1538               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1542               Uniprot
1543             </li>
1544           </ul>
1545           <em>Scripting</em>
1546           <ul>
1547             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1548             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1549               percent identity scores for current alignment.</li>
1550           </ul>
1551           <em>Testing and Deployment</em>
1552           <ul>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1555             </li>
1556           </ul>
1557         </div></td>
1558       <td><div align="left">
1559           <em>General</em>
1560           <ul>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1563               threshold text field doesn't trigger an update to the
1564               alignment view
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1568               strings in parallel
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1572               alignment window is closed
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1576               group visibility
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1580               takes a long time in Cursor mode
1581             </li>
1582           </ul>
1583           <em>Desktop</em>
1584           <ul>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1587               cannot be viewed in Chimera
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1591               CDS/Protein view
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1595               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1596               Search Dialogs
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1606               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1610               scrolling right in unwapped alignment view
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1614               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1615               database
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1619               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1623               features of same type and group to be selected for
1624               amending
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1628               alignments when hidden columns are present
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1632               displaying several structures
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1636               moving a window
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1640               within the Jalview desktop on OSX
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1644               when in wrapped alignment mode
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1648               hand end of alignment
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1652               each selected sequence do not have correct start/end
1653               positions
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1657               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1661               restoring project until a new view is created
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1665               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1666               configured (since 2.10.2b2)
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1670               position is adjusted
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1674               in a multi-chain structure when viewing alignment
1675               involving more than one chain (since 2.10)
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1679               if new selection moves alignment window
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1683               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1687               that produces correctly annotated transcripts and products
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1691               doesn't update associated structure view
1692             </li>
1693           </ul>
1694           <em>Applet</em><br />
1695           <ul>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1698               closing alignment panel
1699             </li>
1700           </ul>
1701           <em>BioJSON</em><br />
1702           <ul>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1705               non-positional features
1706             </li>
1707           </ul>
1708           <em>New Known Issues</em>
1709           <ul>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1712               sequence features correctly (for many previous versions of
1713               Jalview)
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1717               using cursor in wrapped panel other than top
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1721               graduated colour threshold
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1725               always preserve numbering and sequence features
1726             </li>
1727           </ul>
1728           <em>Known Java 9 Issues</em>
1729           <ul>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1732               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1733               9.01, OSX 10.10)
1734             </li>
1735           </ul>
1736         </div></td>
1737     </tr>
1738     <tr>
1739       <td width="60" nowrap>
1740         <div align="center">
1741           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1742             <em>2/10/2017</em></strong>
1743         </div>
1744       </td>
1745       <td><div align="left">
1746           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1747           <ul>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1750             </li>
1751             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1752             </li>
1753           </ul>
1754         </div></td>
1755       <td><div align="left">
1756         </div></td>
1757     </tr>
1758     <tr>
1759       <td width="60" nowrap>
1760         <div align="center">
1761           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1762             <em>7/9/2017</em></strong>
1763         </div>
1764       </td>
1765       <td><div align="left">
1766           <em></em>
1767           <ul>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1770               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1771               white)
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1775               Preferences
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1779               in size and progress bar shown as higher resolution
1780               overview is recalculated
1781             </li>
1782
1783           </ul>
1784         </div></td>
1785       <td><div align="left">
1786           <em></em>
1787           <ul>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1790               column region row by row
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1794               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1798               format setting is unticked
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1802               if group has show boxes format setting unticked
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1806               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1807               include sequences and columns not currently displayed
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1811               assemblies are imported via CIF file
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1815               displayed when threshold or conservation colouring is also
1816               enabled.
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1820               server version
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1824               dragging a selected region off the visible region of the
1825               alignment
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1829               colourscheme to all groups in a view
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1833               initially after font size change using the Font chooser or
1834               middle-mouse zoom
1835             </li>
1836           </ul>
1837         </div></td>
1838     </tr>
1839     <tr>
1840       <td width="60" nowrap>
1841         <div align="center">
1842           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1843         </div>
1844       </td>
1845       <td><div align="left">
1846           <em>Calculations</em>
1847           <ul>
1848
1849             <li>
1850               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1851               ungapped positions in each column of the alignment.
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1855               a calculation dialog box
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1859               and memory efficiency (~30x faster)
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1863               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1864               and other calculations
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1868               files within the Jalview codebase
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1872               Similarity may have different topology due to increased
1873               precision
1874             </li>
1875           </ul>
1876           <em>Rendering</em>
1877           <ul>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1880               model for alignments and groups
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1884               scripts
1885             </li>
1886           </ul>
1887           <em>Overview</em>
1888           <ul>
1889             <li>
1890               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1891               with alignment and overview windows
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1895               overview
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1899               omitted in Overview
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1903               adjustment of visible position
1904             </li>
1905           </ul>
1906
1907           <em>Data import/export</em>
1908           <ul>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1911               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1915               annotation input/output via stockholm flatfile
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1919               extension when importing structure files without embedded
1920               names or PDB accessions
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1924               format sequence substitution matrices
1925             </li>
1926           </ul>
1927           <em>User Interface</em>
1928           <ul>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1931               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1932               the application.
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1936               via Overview or sequence motif search operations
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1940               opened by double clicking gaps within sequence feature
1941               extent
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1945               aligned positions were available to create a 3D structure
1946               superposition.
1947             </li>
1948           </ul>
1949           <em>3D Structure</em>
1950           <ul>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1953               coloured in linked structure views
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1957               file-based command exchange
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1961               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1962               structures are already available for sequences
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1966               the Jalview project rather than downloaded again when the
1967               project is reopened.
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1971               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1972               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1973                 Feature</strong>)
1974             </li>
1975           </ul>
1976           <em>Web Services</em>
1977           <ul>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1983               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1984               Analysis services
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1988               cross-references provided by identifiers.org and the
1989               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1990             </li>
1991           </ul>
1992
1993           <em>Scripting</em>
1994           <ul>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1997               identifying file formats (instead of String constants)
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2001               efficiency when counting all displayed features (not
2002               backwards compatible with 2.10.1)
2003             </li>
2004           </ul>
2005           <em>Example files</em>
2006           <ul>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2009               included in the example feature file
2010             </li>
2011           </ul>
2012           <em>Documentation</em>
2013           <ul>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2016               with the built-in Java help viewer
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2020               sequence description' option
2021             </li>
2022           </ul>
2023           <em>Test Suite</em>
2024           <ul>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2027               Uniprot REST Free Text Search Client
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2034               during tests
2035             </li>
2036           </ul>
2037         </div></td>
2038       <td><div align="left">
2039           <em>Calculations</em>
2040           <ul>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2043               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2044               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2045             </li>
2046             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2047               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2048               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2049               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2050               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2051               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2052               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2053               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2054               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2055               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2056               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2057               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2058               // for 2.10.1 mode <br />
2059               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2060               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2061                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2062                 calculations (not recommended)</em></li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2065               scaling of branch lengths for trees computed using
2066               Sequence Feature Similarity.
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2070               generating output report when working with highly
2071               redundant alignments
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2075               right of selected region when gaps present on right-hand
2076               boundary
2077             </li>
2078           </ul>
2079           <em>User Interface</em>
2080           <ul>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2083               doesn't reselect a specific sequence's associated
2084               annotation after it was used for colouring a view
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2088               opened on a region of alignment without groups
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2092               of an alignment with overlapping groups
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2096               name and description match
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2100               hidden regions results in incorrect hidden regions
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2104               changing colour does not apply Conservation slider value
2105               to all groups
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2109               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2113               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2117               gaps before start of features
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2121               restored to UI when feature colour is edited
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2125               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2129               as graduate feature colour settings are modified via the
2130               dialog box
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2134               when a group defined on the alignment is resized
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2138               wrapped view result in positional status updates
2139             </li>
2140
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2143               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2147               alignment included gapped columns
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2151               widgets don't permanently disappear
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2155               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2156               T-Coffee column reliability scores)
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2160               sequence feature on gaps only
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2164               button from a Find inherit previously defined feature type
2165               rather than the Find query string
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2169               exporting tree calculated in Jalview
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2173               and then revealing them reorders sequences on the
2174               alignment
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2178               doesn't update to reflect available set of groups after
2179               interactively adding or modifying features
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2183               Linux
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2187               only excluded gaps in current sequence and ignored
2188               selection.
2189             </li>
2190           </ul>
2191           <em>Rendering</em>
2192           <ul>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2195               erratically when hidden rows or columns are present
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2199               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2200               sequence colouring
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2204               colour and group colour menu for protein alignments
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2208               reflect currently selected view or group's shading
2209               thresholds
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2213               when rendered on overview and structures when opacity at
2214               100%
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2218               overview when features overlaid on alignment
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2222               recovered correctly from Jalview project file
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2226               (automatically via preferences) are different to the main
2227               alignment panel
2228             </li>
2229           </ul>
2230           <em>Data import/export</em>
2231           <ul>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2234               load
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2238               added after a sequence was imported are not written to
2239               Stockholm File
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2243               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2247               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2251               with lightGray or darkGray via features file (but can
2252               specify lightgray)
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2256               when alignment view imported from project
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2260               structure and sequences extracted from structure files
2261               imported via URL and viewed in Jmol
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2265               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2266               the project is loaded and the structure viewed
2267             </li>
2268           </ul>
2269           <em>Web Services</em>
2270           <ul>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2273               release of Ensembl v.88
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2277               appear enabled in Preferences->Connections
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2281               removed from console output
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2285               Ensembl by Peptide ID
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2289               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2290               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2291               due to 'null' string rather than empty string used for
2292               residues with no corresponding PDB mapping).
2293             </li>
2294           </ul>
2295           <em>Application UI</em>
2296           <ul>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2299               menu
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2303               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2304               new documentation and tooltips added)
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2308               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2312               new features are added to alignment
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2316               changes to feature colours via the Amend features dialog
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2320               edit graduated feature colour via amend features dialog
2321               box
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2325               selection menu changes colours of alignment views
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2329               from alignment calculation workers after alignment has
2330               been closed
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2334               groups now 'Create Group'
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2338               Create/Undefine group doesn't always work
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2342               shown again after pressing 'Cancel'
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2346               adjusts start position in wrap mode
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2350               ambiguous amino acids
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2354               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2355               proteins
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2359               Defined' don't appear in Colours menu
2360             </li>
2361           </ul>
2362           <em>Applet</em>
2363           <ul>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2366               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2370               overview or linked structure view
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2374               work (since 2.8)
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2378               user-defined colourscheme doesn't restore original
2379               colourscheme
2380             </li>
2381           </ul>
2382           <em>Test Suite</em>
2383           <ul>
2384             <li>
2385               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2386               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2390               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2391               problems with deep array comparison equality asserts in
2392               successive versions of TestNG
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2396               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2397             </li>
2398           </ul>
2399           <em>New Known Issues</em>
2400           <ul>
2401             <li>
2402               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2403               phase after a sequence motif find operation
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2407               containing just upper and lower case letters are
2408               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2412               reliably from eggnog Ortholog database
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2416               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2417               to mark columns containing highlighted regions.
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2421               doesn't always add secondary structure annotation.
2422             </li>
2423           </ul>
2424         </div>
2425     <tr>
2426       <td width="60" nowrap>
2427         <div align="center">
2428           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2429         </div>
2430       </td>
2431       <td><div align="left">
2432           <em>General</em>
2433           <ul>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2436               for all consensus calculations
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2440               3rd Oct 2016)
2441             </li>
2442             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2443               for 2016-2017</li>
2444           </ul>
2445           <em>Application</em>
2446           <ul>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2449               set of database cross-references, sorted alphabetically
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2453               from database cross references. Users with custom links
2454               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2455                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2459               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2460               Chimera session
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2464               the Chimera it is connected to is shut down
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2468               columns menu item to mark columns containing highlighted
2469               regions (e.g. from structure selections or results of a
2470               Find operation)
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2474               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2475               MSAviewer
2476             </li>
2477           </ul>
2478         </div></td>
2479       <td>
2480         <div align="left">
2481           <em>General</em>
2482           <ul>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2485               are not coloured or thresholded according to percent
2486               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2490               hydrophobic
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2494               threshold, amino acid properties)
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2498               reported as mapped to residues in a structure file in the
2499               View Mapping report
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2503               could be added multiple times to a sequence
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2507               bond features shown as two highlighted residues rather
2508               than a range in linked structure views, and treated
2509               correctly when selecting and computing trees from features
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2513               cross-references are matched to database name regardless
2514               of case
2515             </li>
2516
2517           </ul>
2518           <em>Application</em>
2519           <ul>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2522               names without regular expressions also offer links from
2523               Sequence ID
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2527               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2528               update Jalview configuration
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2532               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2536               files with similarly named sequences if dropped onto the
2537               alignment
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2541               entries where more chains exist in the PDB accession than
2542               are reported in the SIFTS file
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2546               the structure view when displayed with Chimera
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2550               panel's View->Show Chains submenu
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2554               work for wrapped alignment views
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2558               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2562               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2563               first annotation row
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2567               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2571               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2572             </li>
2573             <!-- JAL-2319 -->
2574             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2575             coordindate data
2576             </li>
2577           </ul>
2578           <!--           <em>New Known Issues</em>
2579           <ul>
2580             <li></li>
2581           </ul> -->
2582         </div>
2583       </td>
2584     </tr>
2585     <td width="60" nowrap>
2586       <div align="center">
2587         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2588           <em>25/10/2016</em></strong>
2589       </div>
2590     </td>
2591     <td><em>Application</em>
2592       <ul>
2593         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2594           view if structures already loaded</li>
2595         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2596           structure views</li>
2597       </ul></td>
2598     <td>
2599       <div align="left">
2600         <em>General</em>
2601         <ul>
2602           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2603             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2604           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2605             example sequences/projects/trees</li>
2606         </ul>
2607         <em>Application</em>
2608         <ul>
2609           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2610             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2611           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2612             without timeout for structures with multiple models or
2613             multiple sequences in alignment</li>
2614           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2615             PDB ID HEADER line</li>
2616           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2617             is performed</li>
2618           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2619             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2620           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2621           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2622             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2623             option</li>
2624           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2625             is created on the alignment</li>
2626           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2627             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2628             pop-up menu</li>
2629         </ul>
2630         <em>Build and deployment</em>
2631         <ul>
2632           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2633             tags</li>
2634         </ul>
2635         <em>New Known Issues</em>
2636         <ul>
2637           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2638             on Windows</li>
2639         </ul>
2640       </div>
2641     </td>
2642     </tr>
2643     <tr>
2644       <td width="60" nowrap>
2645         <div align="center">
2646           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2647         </div>
2648       </td>
2649       <td><em>General</em>
2650         <ul>
2651           <li>
2652             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2653           </li>
2654           <li>
2655             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2656             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2657             better PDB parsing.
2658           </li>
2659           <li>
2660             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2661             reference sequence
2662           </li>
2663           <li>
2664             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2665             mousing over sequence associated annotation
2666           </li>
2667           <li>
2668             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2669             for manual entry
2670           </li>
2671           <li>
2672             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2673             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2674             for each column
2675           </li>
2676           <li>
2677             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2678             showing or hiding columns containing a feature
2679           </li>
2680           <li>
2681             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2682             group and sequence associated annotation labels
2683           </li>
2684           <li>
2685             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2686             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2687             dialogs
2688           </li>
2689
2690         </ul> <em>Application</em>
2691         <ul>
2692           <li>
2693             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2694             gene/transcript view
2695           </li>
2696           <li>
2697             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2698             dialog
2699           </li>
2700           <li>
2701             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2702             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2703           </li>
2704           <li>
2705             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2706             Pfam sources to xfam.org
2707           </li>
2708           <li>
2709             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2713             over sequences in Jalview
2714           </li>
2715           <li>
2716             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2717             regions in ENA and EMBL
2718           </li>
2719           <li>
2720             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2721             for record retrieval via ENA rest API
2722           </li>
2723           <li>
2724             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2725             complement operator
2726           </li>
2727           <li>
2728             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2729             groovy script execution
2730           </li>
2731           <li>
2732             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2733             alignment window's Calculate menu
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2737             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2741             calculation workers from groovy scripts
2742           </li>
2743           <li>
2744             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2745             Jalview projects
2746           </li>
2747           <li>
2748             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2749             associations are now saved/restored from project
2750           </li>
2751           <li>
2752             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2753             before sequence fetcher is opened
2754           </li>
2755           <li>
2756             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2757             database chooser opens a sequence fetcher
2758           </li>
2759           <li>
2760             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2761             the UniProt REST API
2762           </li>
2763           <li>
2764             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2765             the news reader opening
2766           </li>
2767           <li>
2768             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2769             querying stored in preferences
2770           </li>
2771           <li>
2772             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2773             search results
2774           </li>
2775           <li>
2776             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2777           </li>
2778           <li>
2779             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2780             menu for nucleotide sequences
2781           </li>
2782           <li>
2783             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2784             and feature counts preserves alignment ordering (and
2785             debugged for complex feature sets).
2786           </li>
2787           <li>
2788             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2789             viewing structures with Jalview 2.10
2790           </li>
2791           <li>
2792             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2793             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2794             Ensembl Genomes REST API
2795           </li>
2796           <li>
2797             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2798             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2799             (Ensembl)
2800           </li>
2801           <li>
2802             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2803             sequences
2804           </li>
2805           <li>
2806             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2807             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2808             data from external database records.
2809           </li>
2810           <li>
2811             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2812             efficient recovery of sequence coding and alignment
2813             annotation relationships.
2814           </li>
2815         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2816         <ul>
2817           <li>
2818             -- JAL---
2819           </li>
2820         </ul> --></td>
2821       <td>
2822         <div align="left">
2823           <em>General</em>
2824           <ul>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2827               menu on OSX
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2831               includes graduated colourschemes
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2835               working with big alignments and lots of hidden columns
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2839               at right of alignment window
2840             </li>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2843               contents
2844             </li>
2845             <li>
2846               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2847               for DNA alignments
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2851               based tree calculation
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2855               unconserved enabled for group on alignment
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2859               set as reference
2860             </li>
2861             <li>
2862               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2863               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2864               annotation
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2868               hidden columns present
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2872               user created annotation added to alignment
2873             </li>
2874             <li>
2875               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2876               '()' base pair annotation
2877             </li>
2878             <li>
2879               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2880               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2881               Consensus
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2885               feature not working
2886             </li>
2887             <li>
2888               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2889               beginning of sequence
2890             </li>
2891             <li>
2892               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2893               entry 3a6s
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2897               from a tree when t-coffee scores are shown
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2901               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2905               some structures
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2909               to Clustal, PIR and PileUp output
2910             </li>
2911             <li>
2912               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2913               not visible causes alignment window to repaint
2914             </li>
2915             <li>
2916               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2917               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2918               scores associated with features and annotation rows
2919             </li>
2920             <li>
2921               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2922               calculation should be case independent
2923             </li>
2924             <li>
2925               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2926               columns
2927             </li>
2928             <li>
2929               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2930               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2931               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2932             </li>
2933             <li>
2934               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2935               problems when reference sequence defined and 'show
2936               non-conserved' enabled
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2940               load even when Consensus calculation is disabled
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2944               alignment does nothing
2945             </li>
2946           </ul>
2947           <em>Application</em>
2948           <ul>
2949             <li>
2950               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2951               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2952               yet fixed for El Capitan)
2953             </li>
2954             <li>
2955               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2956               output when running on non-gb/us i18n platforms
2957             </li>
2958             <li>
2959               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2960               hidden sequences as flat-file alignment
2961             </li>
2962             <li>
2963               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2964               launching Chimera
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2968               (also hotfix for 2.9.0b2)
2969             </li>
2970             <li>
2971               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2972               reference sequence defined
2973             </li>
2974             <li>
2975               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2976               alignments and views when revealing hidden columns
2977             </li>
2978             <li>
2979               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2980               view in a cDNA/Protein splitframe
2981             </li>
2982             <li>
2983               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2984               sequence from project when only one sequence is
2985               represented
2986             </li>
2987             <li>
2988               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2989               in Structure Chooser
2990             </li>
2991             <li>
2992               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2993               structure consensus didn't refresh annotation panel
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2997               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2998             </li>
2999             <li>
3000               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3001               dialogs format columns correctly, don't display array
3002               data, sort columns according to type
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3006               file chooser is cancelled during an image export
3007             </li>
3008             <li>
3009               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3010               sequence name containing special characters
3011             </li>
3012             <li>
3013               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3014               case insensitive
3015             </li>
3016             <li>
3017               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3018               formatting don't wrap
3019             </li>
3020             <li>
3021               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3022               truncated so L looks like I in consensus annotation
3023             </li>
3024             <li>
3025               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3026               currently displayed features for the current selection or
3027               view
3028             </li>
3029             <li>
3030               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3031               after fetching cross-references, and restoring from
3032               project
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3036               followed in the structure viewer
3037             </li>
3038             <li>
3039               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3040               splitframe not restored from project
3041             </li>
3042             <li>
3043               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3044               trailing end of protein alignment in transcript/product
3045               splitview when pad-gaps not enabled by default
3046             </li>
3047             <li>
3048               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3049               is case dependent
3050             </li>
3051             <li>
3052               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3053               article has been read (reopened issue due to
3054               internationalisation problems)
3055             </li>
3056             <li>
3057               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3058               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3059               cross-references
3060             </li>
3061
3062             <li>
3063               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3064               alignment as HTML
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3068               multiple structures are shown for one or more sequences.
3069             </li>
3070             <li>
3071               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3072               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3073               is enabled.
3074             </li>
3075             <li>
3076               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3077               specific PDB id for sequence
3078             </li>
3079             <li>
3080               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3081               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3082               columns' is disabled.
3083             </li>
3084             <li>
3085               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3086               selects lowest rather than highest resolution structures
3087               for each sequence
3088             </li>
3089             <li>
3090               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3091               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3092             </li>
3093             <li>
3094               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3095               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3096             </li>
3097             <li>
3098               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3099               after clicking on it to create new annotation for a
3100               column.
3101             </li>
3102             <li>
3103               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3104               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3105             </li>
3106             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3107             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3108           </ul>
3109           <em>Applet</em>
3110           <ul>
3111             <li>
3112               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3113               hidden columns present before start of sequence
3114             </li>
3115             <li>
3116               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3117               (JSON jars)
3118             </li>
3119             <li>
3120               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3121               sequences are hidden in applet
3122             </li>
3123             <li>
3124               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3125               deployment on examples pages.
3126             </li>
3127           </ul>
3128         </div>
3129       </td>
3130     </tr>
3131     <tr>
3132       <td width="60" nowrap>
3133         <div align="center">
3134           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3135             <em>16/10/2015</em></strong>
3136         </div>
3137       </td>
3138       <td><em>General</em>
3139         <ul>
3140           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3141             jars</li>
3142         </ul></td>
3143       <td>
3144         <div align="left">
3145           <em>Application</em>
3146           <ul>
3147             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3148               shown when tree is partitioned</li>
3149             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3150               multiple cDNA/Protein split views</li>
3151           </ul>
3152         </div>
3153       </td>
3154     </tr>
3155     <tr>
3156       <td width="60" nowrap>
3157         <div align="center">
3158           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3159             <em>8/10/2015</em></strong>
3160         </div>
3161       </td>
3162       <td><em>General</em>
3163         <ul>
3164           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3165             2.9</li>
3166         </ul> <em>Application</em>
3167         <ul>
3168           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3169           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3170           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3171         </ul> <em>Applet</em>
3172         <ul>
3173           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3174         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3175         <ul>
3176           <li>
3177             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3178             suite
3179           </li>
3180         </ul></td>
3181       <td>
3182         <div align="left">
3183           <em>General</em>
3184           <ul>
3185             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3186               incorrect when sequence start > 1</li>
3187             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3188               documentation</li>
3189             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3190             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3191               loading a features file containing HTML tags in feature
3192               description</li>
3193
3194           </ul>
3195           <em>Application</em>
3196           <ul>
3197             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3198               reimport</li>
3199             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3200               with 'trim retrieved sequences'</li>
3201             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3202               deleting selected columns</li>
3203             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3204               JNLP templates for webstart launch</li>
3205             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3206               unreleased structures for download or viewing</li>
3207             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3208               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3209             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3210               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3211             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3212               recovered from jalview project</li>
3213             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3214               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3215               alignment view</li>
3216             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3217               color schemes from BioJSON</li>
3218           </ul>
3219           <em>Applet</em>
3220           <ul>
3221             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3222               frame</li>
3223             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3224           </ul>
3225         </div>
3226       </td>
3227     </tr>
3228     <tr>
3229       <td><div align="center">
3230           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3231         </div></td>
3232       <td><em>General</em>
3233         <ul>
3234           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3235             alignments:
3236             <ul>
3237               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3238                 and DNA alignment views</li>
3239               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3240                 cDNA alignment views</li>
3241               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3242                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3243               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3244                 protein sequences</li>
3245             </ul>
3246           </li>
3247           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3248           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3249             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3250           <li>New alignment annotation file statements for
3251             reference sequences and marking hidden columns</li>
3252           <li>Reference sequence based alignment shading to
3253             highlight variation</li>
3254           <li>Select or hide columns according to alignment
3255             annotation</li>
3256           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3257           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3258             acid conservation row</li>
3259           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3260         </ul> <em>Application</em>
3261         <ul>
3262           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3263             <ul>
3264               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3265                 view with cDNA/Protein</li>
3266               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3267                 sequences are placed in the same alignment</li>
3268               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3269                 projects</li>
3270             </ul>
3271           </li>
3272
3273           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3274           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3275             Jalview windows</li>
3276
3277           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3278           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3279           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3280             be shown in VARNA</li>
3281
3282           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3283             as the active selected region</li>
3284
3285           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3286             similarity</li>
3287           <li>New Export options
3288             <ul>
3289               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3290                 region export in flat file generation</li>
3291
3292               <li>Export alignment views for display with the <a
3293                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3294
3295               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3296               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3297                 alignment figures to HTML</li>
3298           </li>
3299           <li>3D structure retrieval and display
3300             <ul>
3301               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3302                 Search API</li>
3303               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3304                 PDB structures for a sequence set</li>
3305             </ul>
3306           </li>
3307
3308           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3309             predictions</li>
3310           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3311             for one or a group of sequences</li>
3312           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3313             from the JPred4 web server</li>
3314           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3315             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3316             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3317           </li>
3318           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3319             VARNA 2D Structure'</li>
3320           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3321             Structure ..."</li>
3322
3323         </ul> <em>Applet</em>
3324         <ul>
3325           <li>New layout for applet example pages</li>
3326           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3327             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3328           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3329             Protein alignments</li>
3330         </ul> <em>Development and deployment</em>
3331         <ul>
3332           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3333           <li>Include installation type and git revision in build
3334             properties and console log output</li>
3335           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3336             storing BioJsMSA Templates</li>
3337           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3338         </ul></td>
3339       <td>
3340         <!-- <em>General</em>
3341         <ul>
3342         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3343         <ul>
3344           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3345           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3346           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3347             predictions are not highlighted in amber</li>
3348           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3349             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3350           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3351             associated structure views</li>
3352           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3353             width checkbox not enabled</li>
3354           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3355             creating user defined colours</li>
3356           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3357             mappings for just that viewer's sequences</li>
3358           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3359             multiple models in Chimera</li>
3360           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3361             over Jmol structure</li>
3362           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3363             output to text box</li>
3364           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3365             have incorrect sequence start/end</li>
3366           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3367             Jalview fails</li>
3368           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3369             work for nucleotide</li>
3370           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3371             to a grey/invisible alignment window</li>
3372           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3373             imports to different position</li>
3374           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3375             on some platforms</li>
3376           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3377             populated</li>
3378           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3379             console if Chimera has been opened</li>
3380           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3381           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3382             retrieved</li>
3383           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3384           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3385             either sequence shows on first structure</li>
3386           <li>'Show annotations' options should not make
3387             non-positional annotations visible</li>
3388           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3389             in right place after 'view flanking regions'</li>
3390           <li>File Save As type unset when current file format is
3391             unknown</li>
3392           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3393             projects</li>
3394           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3395             responsive</li>
3396           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3397             several views on same alignment</li>
3398           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3399           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3400             spaces</li>
3401         </ul> <em>Applet</em>
3402         <ul>
3403           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3404           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3405             descriptions containing angle brackets</li>
3406         </ul> <em>General</em>
3407         <ul>
3408           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3409             via jalview annotation file</li>
3410           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3411             with RNA secondary structure</li>
3412           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3413             translation doesn't work.</li>
3414           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3415           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3416             positions</li>
3417           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3418             choosing 1pt font</li>
3419           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3420             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3421             'h'</li>
3422           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3423             new feature</li>
3424           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3425             order dependent</li>
3426           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3427             sequences</li>
3428           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3429         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3430         <ul>
3431           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3432             www.jalview.org</li>
3433         </ul> <em>Application Known issues</em>
3434         <ul>
3435           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3436           <li>Misleading message appears after trying to delete
3437             solid column.</li>
3438           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3439             version launches</li>
3440           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3441             fails with a sequence mismatch</li>
3442           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3443             scrolling alignment to right</li>
3444           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3445             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3446           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3447             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3448           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3449             ultra-high resolution</li>
3450           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3451             quality and conservation</li>
3452           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3453             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3454         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3455         <ul>
3456           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3457           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3458             window is being resized</li>
3459
3460         </ul>
3461       </td>
3462     </tr>
3463     <tr>
3464       <td><div align="center">
3465           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3466         </div></td>
3467       <td><em>General</em>
3468         <ul>
3469           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3470             Certum.PL.</li>
3471           <li>Features and annotation preserved when performing
3472             pairwise alignment</li>
3473           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3474             imported/exported/displayed</li>
3475           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3476             protein secondary structure</li>
3477           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3478               post-hoc with 2.9 release</em>)
3479           </li>
3480
3481         </ul> <em>Application</em>
3482         <ul>
3483           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3484             with 3D structures</li>
3485           <li>Support for parsing RNAML</li>
3486           <li>Annotations menu for layout
3487             <ul>
3488               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3489               <li>place sequence annotation above/below alignment
3490                 annotation</li>
3491             </ul>
3492           <li>Output in Stockholm format</li>
3493           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3494             translation</li>
3495           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3496           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3497             shared between alignments</li>
3498           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3499             Jalview</li>
3500           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3501             all or current selection</li>
3502           <li>disorder and secondary structure predictions
3503             available as dataset annotation</li>
3504           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3505
3506
3507           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3508             alignments from Rfam</li>
3509           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3510
3511           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3512             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3513           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3514           <li>include installation type in build properties and
3515             console log output</li>
3516           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3517             annotation</li>
3518         </ul></td>
3519       <td>
3520         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3521         <ul>
3522           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3523             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3524           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3525             alignment</li>
3526           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3527           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3528           <li>Double click on sequence associated annotation
3529             selects only first column</li>
3530           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3531             leaves shown in tree</li>
3532           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3533             properly</li>
3534           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3535           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3536             screen and buttons not visible</li>
3537           <li>author list isn't updated if already written to
3538             Jalview properties</li>
3539           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3540             from database</li>
3541           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3542           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3543             browser search window</li>
3544           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3545             in feature settings dialog</li>
3546           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3547             desktop</li>
3548           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3549             pass validation</li>
3550           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3551             fit on screen</li>
3552           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3553             tooltip</li>
3554           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3555             defined user preset</li>
3556           <li>MSA web services warns user if they were launched
3557             with invalid input</li>
3558           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3559             Java 8</li>
3560           <li>
3561             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3562             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3563             created
3564           </li>
3565
3566         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3567         <ul>
3568         </ul> <em>General</em>
3569         <ul>
3570         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3571         <ul>
3572           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3573             memory allocation</li>
3574           <li>launchApp service doesn't automatically open
3575             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3576           <li>
3577             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3578             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3579             1.7_055 is available
3580           </li>
3581         </ul> <em>Application Known issues</em>
3582         <ul>
3583           <li>
3584             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3585             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3586             alignment to right
3587           </li>
3588           <li>
3589             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3590             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3591             with large number of ID
3592           </li>
3593           <li>
3594             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3595             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3596             start/end
3597           </li>
3598           <li>
3599             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3600             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3601             structure tracks are rearranged
3602           </li>
3603           <li>
3604             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3605             invalid rna structure positional highlighting does not
3606             highlight position of invalid base pairs
3607           </li>
3608           <li>
3609             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3610             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3611             project from alignment window file menu
3612           </li>
3613           <li>
3614             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3615             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3616             structures
3617           </li>
3618           <li>
3619             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3620             colour by RNA Helices not enabled when user created
3621             annotation added to alignment
3622           </li>
3623           <li>
3624             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3625             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3626           </li>
3627         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3628         <ul>
3629           <li>
3630             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3631             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3632           </li>
3633           <li>
3634             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3635             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3636           </li>
3637
3638           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3639             when selected</li>
3640         </ul>
3641       </td>
3642     </tr>
3643     <tr>
3644       <td><div align="center">
3645           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3646         </div></td>
3647       <td>
3648         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3649         <em>General</em>
3650         <ul>
3651           <li>Internationalisation of user interface (usually
3652             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3653           <li>Define/Undefine group on current selection with
3654             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3655           <li>Improved group creation/removal options in
3656             alignment/sequence Popup menu</li>
3657           <li>Sensible precision for symbol distribution
3658             percentages shown in logo tooltip.</li>
3659           <li>Annotation panel height set according to amount of
3660             annotation when alignment first opened</li>
3661         </ul> <em>Application</em>
3662         <ul>
3663           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3664             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3665           <li>Select columns containing particular features from
3666             Feature Settings dialog</li>
3667           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3668             sequences</li>
3669           <li>Update Jalview project format:
3670             <ul>
3671               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3672               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3673                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3674               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3675                 colouring</li>
3676             </ul>
3677           </li>
3678           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3679             (PAM250)</li>
3680           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3681             flanking regions for an alignment</li>
3682         </ul>
3683       </td>
3684       <td>
3685         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3686         <ul>
3687           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3688             running after job is cancelled</li>
3689           <li>cannot export features from alignments imported from
3690             Jalview/VAMSAS projects</li>
3691           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3692             float values</li>
3693           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3694             have 'display all symbols' flag set</li>
3695           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3696             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3697           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3698             Jalview</li>
3699           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3700             Lion/Webstart</li>
3701           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3702           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3703           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3704             alignment onto desktop</li>
3705           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3706             'extract scores' function</li>
3707           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3708             alignment window</li>
3709           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3710             performing IUPred disorder prediction</li>
3711           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3712             changing 'normalise logo' display setting</li>
3713           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3714             nothing matches query</li>
3715           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3716             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3717           </li>
3718           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3719             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3720           </li>
3721           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3722             Jalview's menu</li>
3723           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3724             'invalid literal/length code'</li>
3725           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3726             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3727           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3728             colourscheme</li>
3729
3730         </ul> <em>Applet</em>
3731         <ul>
3732           <li>Remove group option is shown even when selection is
3733             not a group</li>
3734           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3735             don't affect groups</li>
3736           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3737             colourscheme name</li>
3738           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3739             Annotation panel is not displayed</li>
3740           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3741             embedded windows</li>
3742         </ul> <em>Other</em>
3743         <ul>
3744           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3745             single sequence were not calculated</li>
3746           <li>annotation files that contain only groups imported as
3747             annotation and junk sequences</li>
3748           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3749             recognised as PFAM or BLC</li>
3750           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3751             doesn't affect background (2.8.0b1)
3752           <li></li>
3753           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3754           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3755             trailing gaps</li>
3756           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3757             registered correctly on import</li>
3758           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3759             certain alignments</li>
3760           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3761             existing annotation based 'use original colours'
3762             colourscheme loses original colours setting</li>
3763         </ul>
3764       </td>
3765     </tr>
3766     <tr>
3767       <td><div align="center">
3768           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3769             <em>30/1/2014</em></strong>
3770         </div></td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3774             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3775             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3776             open source project).
3777           </li>
3778           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3779           <li>Output in Stockholm format</li>
3780           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3781           <li>Export/import group and sequence associated line
3782             graph thresholds</li>
3783           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3784             ambiguity codes</li>
3785           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3786             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3787             works</li>
3788           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3789         </ul> <em>Other improvements</em>
3790         <ul>
3791           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3792           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3793             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3794           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3795             files</li>
3796           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3797           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3798             link but no description</li>
3799           <li>Select primary source when selecting authority in
3800             database fetcher GUI</li>
3801           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3802             Jalview</li>
3803           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3804         </ul>
3805       </td>
3806       <td>
3807         <ul>
3808           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3809             displayed</li>
3810           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3811             secondary structure annotation line</li>
3812           <li>Sequence database accessions not imported when
3813             fetching alignments from Rfam</li>
3814           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3815             identical IDs</li>
3816           <li>View all structures does not always superpose
3817             structures</li>
3818           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3819             reflect user or preset settings</li>
3820           <li>Null pointer exceptions for some services without
3821             presets or adjustable parameters</li>
3822           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3823             discover PDB xRefs</li>
3824           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3825             features with DAS</li>
3826           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3827             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3828           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3829             residue follows a gap</li>
3830           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3831             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3832           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3833             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3834           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3835             annotation already exists on alignment</li>
3836           <li>oninit javascript function should be called after
3837             initialisation completes</li>
3838           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3839             alignment window display</li>
3840           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3841           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3842             to annotation file</li>
3843           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3844             groups created</li>
3845           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3846             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3847           <li>Pressing return several times causes Number Format
3848             exceptions in keyboard mode</li>
3849           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3850             correct partitions for input data</li>
3851           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3852           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3853           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3854           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3855             mode</li>
3856           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3857             changes one row&#39;s threshold</li>
3858           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3859             doesn&#39;t open</li>
3860           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3861             quality histograms</li>
3862         </ul>
3863       </td>
3864     </tr>
3865     <tr>
3866       <td><div align="center">
3867           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3868         </div></td>
3869       <td><em>Application</em>
3870         <ul>
3871           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3872             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3873           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3874             preferences</li>
3875           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3876             in Jalview alignment window</li>
3877           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3878             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3879           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3880             RNA and ambiguity codes</li>
3881
3882           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3883           <li>Support fetching and database reference look up
3884             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3885             refs')</li>
3886           <li>Jalview project improvements
3887             <ul>
3888               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3889                 flag for annotation</li>
3890               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3891                 alignment</li>
3892               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3893                 Jalview project</li>
3894
3895             </ul>
3896           </li>
3897           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3898           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3899             running</li>
3900           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3901           <li>visual indication that web service results are still
3902             being retrieved from server</li>
3903           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3904             starts up for first time</li>
3905           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3906             services</li>
3907           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3908             client library</li>
3909           <li>Examples directory and Groovy library included in
3910             InstallAnywhere distribution</li>
3911         </ul> <em>Applet</em>
3912         <ul>
3913           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3914             visualization applet example</li>
3915         </ul> <em>General</em>
3916         <ul>
3917           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3918           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3919             defaults</li>
3920           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3921             calculation</li>
3922           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3923             matrices
3924           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3925             in HTML</li>
3926           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3927             structure contacts</li>
3928           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3929           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3930           <li>Parse sequence associated secondary structure
3931             information in Stockholm files</li>
3932           <li>HTML Export database accessions and annotation
3933             information presented in tooltip for sequences</li>
3934           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3935             style RNA alignment files</li>
3936           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3937             alignment</li>
3938           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3939             shade each sequence according to its associated alignment
3940             annotation</li>
3941           <li>New Jalview Logo</li>
3942         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3943         <ul>
3944           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3945           <li>New Website!</li>
3946         </ul></td>
3947       <td><em>Application</em>
3948         <ul>
3949           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3950             wsdbfetch REST service</li>
3951           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3952           <li>Filetype associations not installed for webstart
3953             launch</li>
3954           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3955             job execution in full once it is complete</li>
3956           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3957             uploaded via ali_file parameter</li>
3958           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3959           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3960           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3961             submitted for prediction</li>
3962           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3963             desktop window</li>
3964           <li>Putting fractional value into integer text box in
3965             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3966           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3967             windows 7</li>
3968           <li>View all structures fails with exception shown in
3969             structure view</li>
3970           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3971             escaped in a platform independent way</li>
3972           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3973             using proxy</li>
3974           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3975             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3976           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3977             failure when java web start temporary file caching is
3978             disabled</li>
3979           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3980             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3981           <li>Errors during processing of command line arguments
3982             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3983           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3984             DAS sources in sequence fetcher</li>
3985           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3986             dialog is shown</li>
3987           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3988           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3989           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3990           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3991             on OSX Mountain Lion</li>
3992           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3993             sequences with alignment annotation are pasted into the
3994             alignment</li>
3995           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3996             when loaded from Jalview project</li>
3997           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3998           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3999             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4000           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4001             associated with all views</li>
4002           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4003             annotation rows to new window</li>
4004         </ul> <em>Applet</em>
4005         <ul>
4006           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4007             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4008           <li>loading features via javascript API automatically
4009             enables feature display</li>
4010           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4011             work</li>
4012         </ul> <em>General</em>
4013         <ul>
4014           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4015           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4016             and then deselected</li>
4017           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4018           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4019             coloured with clustalx</li>
4020           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4021             exceptions and redraw errors</li>
4022           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4023             reconfigured view</li>
4024           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4025             colour</li>
4026           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4027             for lots of labels</li>
4028         </ul>
4029     </tr>
4030     <tr>
4031       <td>
4032         <div align="center">
4033           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4034         </div>
4035       </td>
4036       <td><em>Application</em>
4037         <ul>
4038           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4039           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4040           <li>View/alignment association menu to enable user to
4041             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4042             its colours/correspondences from</li>
4043           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4044           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4045             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4046           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4047           <li>Annotation row column label formatting attributes
4048             stored in project file</li>
4049           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4050             rows preserved in Jalview project file</li>
4051           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4052             saved using Desktop window menu</li>
4053           <li>Visual indication that command line arguments are
4054             still being processed</li>
4055           <li>Groovy script execution from URL</li>
4056           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4057             preferences</li>
4058           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4059             alignment with sequences that have high similarity and
4060             matching IDs</li>
4061           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4062           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4063             structures in same window</li>
4064           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4065           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4066             analysis function in its own submenu</li>
4067         </ul> <em>Applet</em>
4068         <ul>
4069           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4070             groups</li>
4071           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4072           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4073           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4074           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4075           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4076             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4077           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4078           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4079             parameters are treated as such</li>
4080           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4081             <ul>
4082               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4083               <li>Javascript callbacks for
4084                 <ul>
4085                   <li>Applet initialisation</li>
4086                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4087                 </ul>
4088               </li>
4089               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4090                 functions</li>
4091               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4092               <li>javascript structure viewer harness to pass
4093                 messages between Jmol and Jalview when running as
4094                 distinct applets</li>
4095               <li>sortBy method</li>
4096               <li>Set of applet and application examples shipped
4097                 with documentation</li>
4098               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4099                 javascript message exchange</li>
4100             </ul>
4101         </ul> <em>General</em>
4102         <ul>
4103           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4104             multiple alignments</li>
4105           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4106           <li>User configurable link to enable redirects to a
4107             www.Jalview.org mirror</li>
4108           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4109           <li>Configurable newline string when writing alignment
4110             and other flat files</li>
4111           <li>Allow alignment annotation description lines to
4112             contain html tags</li>
4113         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4114         <ul>
4115           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4116             examples</li>
4117           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4118             using a web service before displaying the result in the
4119             Jalview desktop</li>
4120           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4121           <li>Ant target to publish example html files with applet
4122             archive</li>
4123           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4124           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4125         </ul></td>
4126       <td><em>Application</em>
4127         <ul>
4128           <li>User defined colourscheme throws exception when
4129             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4130           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4131             dialog for valid filename/format</li>
4132           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4133           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4134             P37173</li>
4135           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4136             which sequence is to be associated with the file</li>
4137           <li>Find All raises null pointer exception when query
4138             only matches sequence IDs</li>
4139           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4140           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4141             2.4 cannot be loaded</li>
4142           <li>Filetype associations not installed for webstart
4143             launch</li>
4144           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4145             with sequences in different alignments do not get coloured
4146             by their associated sequence</li>
4147           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4148             not preserved when project is loaded</li>
4149           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4150             stored in Jalview project</li>
4151           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4152             Jalview project</li>
4153           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4154           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4155             by conservation</li>
4156           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4157             created on new view</li>
4158           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4159             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4160           <li>Alignment quality not updated after alignment
4161             annotation row is hidden then shown</li>
4162           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4163             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4164           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4165             properly</li>
4166           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4167             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4168           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4169           <li>Structures imported from file and saved in project
4170             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4171           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4172             job execution in full once it is complete</li>
4173         </ul> <em>Applet</em>
4174         <ul>
4175           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4176             annotation rows are displayed</li>
4177           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4178             codebase</li>
4179           <li>View follows highlighting does not work for positions
4180             in sequences</li>
4181           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4182           <li>Export features raises exception when no features
4183             exist</li>
4184           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4185             for javascript api is modified when separator string
4186             provided as parameter</li>
4187           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4188             alignment with no existing selection</li>
4189           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4190             to applet&#39;s codebase</li>
4191           <li>Status bar not updated after finished searching and
4192             search wraps around to first result</li>
4193           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4194             several Jalview applets causes race conditions and memory
4195             leaks</li>
4196           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4197             not sent from Jmol in applet</li>
4198           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4199             applet API fatally hang browser</li>
4200         </ul> <em>General</em>
4201         <ul>
4202           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4203             position with wrapped view and hidden regions</li>
4204           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4205             with/without hidden columns</li>
4206           <li>Sequence length given in alignment properties window
4207             is off by 1</li>
4208           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4209             import PDB like structure files</li>
4210           <li>Positional search results are only highlighted
4211             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4212           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4213           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4214             given sequence position</li>
4215           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4216             output</li>
4217           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4218             from nucleotide chains correctly</li>
4219           <li>Structure colours not updated when tree partition
4220             changed in alignment</li>
4221           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4222             parsed in interleaved stockholm</li>
4223           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4224             state</li>
4225           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4226             properly</li>
4227           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4228             properly associated with their pdb files</li>
4229         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4230         <ul>
4231           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4232             ApplyCopyright tool</li>
4233         </ul></td>
4234     </tr>
4235     <tr>
4236       <td>
4237         <div align="center">
4238           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4239         </div>
4240       </td>
4241       <td><em>Application</em>
4242         <ul>
4243           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4244             contact web services</li>
4245           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4246             service job window</li>
4247           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4248         </ul></td>
4249       <td>
4250         <ul>
4251           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4252             pir file emitted by Jalview</li>
4253           <li>Existing feature settings transferred to new
4254             alignment view created from cut'n'paste</li>
4255           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4256             parsing PDB files</li>
4257           <li>Consensus and conservation annotation rows
4258             occasionally become blank for all new windows</li>
4259           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4260             in wrapped view mode</li>
4261         </ul> <em>Application</em>
4262         <ul>
4263           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4264             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4265           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4266             parameter names</li>
4267           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4268             is down</li>
4269         </ul>
4270       </td>
4271     </tr>
4272     <tr>
4273       <td>
4274         <div align="center">
4275           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4276         </div>
4277       </td>
4278       <td><em>Application</em>
4279         <ul>
4280           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4281             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4282             (JABAWS)
4283           </li>
4284           <li>Web Services preference tab</li>
4285           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4286             preferences</li>
4287           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4288           <li>Superpose structures using associated sequence
4289             alignment</li>
4290           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4291             viewer</li>
4292         </ul> <em>Applet</em>
4293         <ul>
4294           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4295             link out mechanism</li>
4296         </ul> <em>Other</em>
4297         <ul>
4298           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4299             series 12</li>
4300           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4301             require Java 1.5</li>
4302           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4303             sequence annotation files</li>
4304           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4305             type colour specification</li>
4306           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4307             script to check if it being run in an interactive session or
4308             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4309         </ul></td>
4310       <td>
4311         <ul>
4312           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4313             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4314         </ul> <em>Application</em>
4315         <ul>
4316           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4317             selected Regions menu item</li>
4318           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4319             part of a valid accession ID</li>
4320           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4321             runs out of memory</li>
4322           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4323             analysis results</li>
4324           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4325             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4326           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4327         </ul> <em>Applet</em>
4328         <ul>
4329           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4330             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4331             defined.</li>
4332         </ul>
4333       </td>
4334     </tr>
4335     <tr>
4336       <td>
4337         <div align="center">
4338           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4339         </div>
4340       </td>
4341       <td></td>
4342       <td>
4343         <ul>
4344           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4345             sequence IDs</li>
4346           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4347             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4348           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4349             import correctly</li>
4350           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4351             number of columns are hidden</li>
4352           <li>annotation label popup menu not providing correct
4353             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4354             present</li>
4355           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4356             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4357           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4358             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4359
4360         </ul> <em>Applet</em>
4361         <ul>
4362           <li>annotation panel disappears when annotation is
4363             hidden/removed</li>
4364         </ul> <em>Application</em>
4365         <ul>
4366           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4367             alignment opened where annotation panel is visible but no
4368             annotations are present on alignment</li>
4369           <li>pasted region containing hidden columns is
4370             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4371           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4372             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4373           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4374             selected Rregions menu item.</li>
4375           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4376             'Un' or 'Non'conserved</li>
4377           <li>Sequence feature settings are being shared by
4378             multiple distinct alignments</li>
4379           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4380             changed</li>
4381           <li>double click on group annotation to select sequences
4382             does not propagate to associated trees</li>
4383           <li>Mac OSX specific issues:
4384             <ul>
4385               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4386                 window background</li>
4387               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4388                 name set correctly</li>
4389               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4390                 save feature colourscheme button</li>
4391             </ul>
4392           </li>
4393         </ul>
4394       </td>
4395     </tr>
4396     <tr>
4397
4398       <td>
4399         <div align="center">
4400           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4401         </div>
4402       </td>
4403       <td><em>New Capabilities</em>
4404         <ul>
4405           <li>URL links generated from description line for
4406             regular-expression based URL links (applet and application)
4407
4408           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4409             menu</li>
4410           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4411             structures</li>
4412           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4413             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4414           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4415             average score or total feature count for each sequence.</li>
4416           <li>Shading features by score or associated description</li>
4417           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4418             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4419           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4420             hide everything but the currently selected region.</li>
4421           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4422         </ul> <em>Application</em>
4423         <ul>
4424           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4425             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4426           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4427             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4428           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4429             database references and protein_name is parsed as
4430             description line (BioSapiens terms).</li>
4431           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4432             references in sequence ID tooltip from View menu in
4433             application.</li>
4434           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4435       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4436           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4437             conservation plots</li>
4438           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4439             and visualized as sequence logos</li>
4440           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4441             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4442           </li>
4443           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4444             when a new tree is opened.</li>
4445           <li>Jalview Java Console</li>
4446           <li>Better placement of desktop window when moving
4447             between different screens.</li>
4448           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4449             consensus annotation</li>
4450           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4451             Workflows</li>
4452           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4453             <ul>
4454               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4455                 used to preserve views, structures, and tree display
4456                 settings)</li>
4457               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4458                 command line</li>
4459               <li>Sharing of selected regions between views and
4460                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4461               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4462             </ul></li>
4463         </ul> <em>Applet</em>
4464         <ul>
4465           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4466           <li>New Parameters
4467             <ul>
4468               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4469                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4470                 opened.</li>
4471               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4472                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4473               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4474                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4475               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4476                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4477                 view</li>
4478               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4479                 increase the height or width of a cell in the alignment
4480                 grid relative to the current font size.</li>
4481             </ul>
4482           </li>
4483           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4484             tooltip</li>
4485         </ul> <em>Other</em>
4486         <ul>
4487           <li>Features format: graduated colour definitions and
4488             specification of feature scores</li>
4489           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4490             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4491             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4492           <li>XML formats extended to support graduated feature
4493             colourschemes, group associated annotation, and profile
4494             visualization settings.</li></td>
4495       <td>
4496         <ul>
4497           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4498             rather than description</li>
4499           <li>Non-positional features are now included in sequence
4500             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4501             visibility in tooltip).</li>
4502           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4503           <li>Added URL embedding instructions to features file
4504             documentation.</li>
4505           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4506             'X' in peptide product</li>
4507           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4508             sequence ID and sequence string and query strings do not
4509             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4510           <li>AMSA files only contain first column of
4511             multi-character column annotation labels</li>
4512           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4513             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4514             exported and re-imported)</li>
4515           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4516             name</li>
4517           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4518             as subsequence matches, and correctly reports total number
4519             of both.</li>
4520           <li>Application:
4521             <ul>
4522               <li>Better handling of exceptions during sequence
4523                 retrieval</li>
4524               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4525                 link text excludes the start_end suffix</li>
4526               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4527                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4528               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4529               <li>Sequence description lines properly shared via
4530                 VAMSAS</li>
4531               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4532                 data sources</li>
4533               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4534                 completes before alignment figures are generated.</li>
4535               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4536                 first time.</li>
4537               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4538                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4539               <li>User defined group colours properly recovered
4540                 from Jalview projects.</li>
4541             </ul>
4542           </li>
4543         </ul>
4544       </td>
4545
4546     </tr>
4547     <tr>
4548       <td>
4549         <div align="center">
4550           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4551         </div>
4552       </td>
4553       <td>
4554         <ul>
4555           <li>Experimental support for google analytics usage
4556             tracking.</li>
4557           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4558         </ul>
4559       </td>
4560       <td>
4561         <ul>
4562           <li>Race condition in applet preventing startup in
4563             jre1.6.0u12+.</li>
4564           <li>Exception when feature created from selection beyond
4565             length of sequence.</li>
4566           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4567           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4568             all sequences with a given id</li>
4569           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4570             ID string searches</li>
4571           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4572             alignment to fail with exception</li>
4573         </ul> <em>Application Issues</em>
4574         <ul>
4575           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4576           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4577             data sources</li>
4578         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4579         <ul>
4580           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4581             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4582           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4583             version (java class versioning error fixed)</li>
4584         </ul>
4585       </td>
4586     </tr>
4587     <tr>
4588       <td>
4589
4590         <div align="center">
4591           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4592         </div>
4593       </td>
4594       <td><em>User Interface</em>
4595         <ul>
4596           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4597             translation and protein products</li>
4598           <li>Linked highlighting of structure associated with
4599             residue mapping to codon position</li>
4600           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4601             and 'clear' button</li>
4602           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4603             Tools menu</li>
4604           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4605             numeric data in description line</li>
4606           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4607           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4608             of sequence</li>
4609         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4610         <ul>
4611           <li>JPred3 web service</li>
4612           <li>Prototype sequence search client (no public services
4613             available yet)</li>
4614           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4615             PFAM</li>
4616           <li>URL Links created for matching database cross
4617             references as well as sequence ID</li>
4618           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4619         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4620         <ul>
4621           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4622             databases</li>
4623           <li>Generalised database reference retrieval and
4624             validation to all fetchable databases</li>
4625           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4626             sequence command</li>
4627         </ul> <em>Import and Export</em>
4628         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4629         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4630           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4631         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4632           File</li>
4633         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4634           triplet as name of colourscheme</li>
4635         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4636         <ul>
4637           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4638           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4639             alignments (experimental)</li>
4640           <li>Create new or select existing session to join</li>
4641           <li>load and save of vamsas documents</li>
4642         </ul> <em>Application command line</em>
4643         <ul>
4644           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4645             from applet)</li>
4646           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4647             of DAS servers to query for alignment features</li>
4648           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4649             that are also automatically queried for features</li>
4650           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4651             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4652         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4653         <ul>
4654           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4655             application (when using &quot;View in full
4656             application&quot;)</li>
4657         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4658         <ul>
4659           <li>feature group display control parameter</li>
4660           <li>debug parameter</li>
4661           <li>showbutton parameter</li>
4662         </ul> <em>Applet API methods</em>
4663         <ul>
4664           <li>newView public method</li>
4665           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4666           <li>Feature display control methods</li>
4667           <li>get list of currently selected sequences</li>
4668         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4669         <ul>
4670           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4671           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4672             Jalview release.</li>
4673           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4674             property controls execution of obfuscator</li>
4675           <li>Build target for generating source distribution</li>
4676           <li>Debug flag for javacc</li>
4677           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4678             jalview.bin.Cache</li>
4679           <li>Continuous Build Integration for stable and
4680             development version of Application, Applet and source
4681             distribution</li>
4682         </ul></td>
4683       <td>
4684         <ul>
4685           <li>selected region output includes visible annotations
4686             (for certain formats)</li>
4687           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4688             for editing</li>
4689           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4690           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4691           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4692           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4693             comments</li>
4694           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4695             filenames containing a ':'</li>
4696           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4697             global sequence features</li>
4698           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4699             references from alignment sequences goes to zero</li>
4700           <li>Close of tree branch colour box without colour
4701             selection causes cascading exceptions</li>
4702           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4703           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4704             file parsing fails.</li>
4705           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4706           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4707             not a valid output format</li>
4708           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4709             vamsas</li>
4710           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4711           <li>error messages passed up and output when data read
4712             fails</li>
4713           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4714             sequence is edited</li>
4715           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4716             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4717           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4718             filetype</li>
4719           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4720             import fixed for PFAM records</li>
4721           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4722             window list</li>
4723           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4724             can be read and written correctly to annotation file</li>
4725           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4726             correctly</li>
4727           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4728             non-italic font for representatives in Applet</li>
4729           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4730             Macs.</li>
4731           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4732             Applet)</li>
4733           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4734             due to null pointer exceptions</li>
4735           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4736             first column of alignment</li>
4737           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4738             July 2008</li>
4739           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4740             file is case-insensitive</li>
4741           <li>Sequence features read from Features file appended to
4742             all sequences with matching IDs</li>
4743           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4744             containing a sub-sequence</li>
4745           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4746           <li>feature and annotation file applet parameters
4747             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4748           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4749           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4750             splash-screen version check to complete</li>
4751           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4752             when passing them to the launchApp service</li>
4753           <li>display name and local features preserved in results
4754             retrieved from web service</li>
4755           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4756             sequence fetcher initialisation</li>
4757           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4758             dasobert DAS client</li>
4759           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4760             association</li>
4761           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4762             sequences
4763           </li>
4764         </ul>
4765       </td>
4766     </tr>
4767     <tr>
4768       <td>
4769         <div align="center">
4770           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4771         </div>
4772       </td>
4773       <td>
4774         <ul>
4775           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4776           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4777           <li>Slide sequences</li>
4778           <li>Edit sequence in place</li>
4779           <li>EMBL CDS features</li>
4780           <li>DAS Feature mapping</li>
4781           <li>Feature ordering</li>
4782           <li>Alignment Properties</li>
4783           <li>Annotation Scores</li>
4784           <li>Sort by scores</li>
4785           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4786         </ul>
4787       </td>
4788       <td>
4789         <ul>
4790           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4791           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4792           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4793           <li>Feature group display state in XML</li>
4794           <li>Feature ordering in XML</li>
4795           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4796           <li>Stockholm alignment properties</li>
4797           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4798           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4799           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4800           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4801         </ul>
4802       </td>
4803
4804     </tr>
4805     <tr>
4806       <td>
4807         <div align="center">
4808           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4809         </div>
4810       </td>
4811       <td>
4812         <ul>
4813           <li>Non standard characters can be read and displayed
4814           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4815             applet via textbox
4816           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4817             name &amp; description
4818           <li>Preference setting to display sequence name in
4819             italics
4820           <li>Annotation file format extended to allow
4821             Sequence_groups to be defined
4822           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4823             specified in preferences
4824           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4825             sequences
4826         </ul>
4827       </td>
4828       <td>
4829         <ul>
4830           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4831             installed
4832           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4833           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4834         </ul>
4835       </td>
4836     </tr>
4837     <tr>
4838       <td>
4839         <div align="center">
4840           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4841         </div>
4842       </td>
4843       <td>
4844         <ul>
4845           <li>Multiple views on alignment
4846           <li>Sequence feature editing
4847           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4848           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4849           <li>Background dependent text colour
4850           <li>Right align sequence ids
4851           <li>User-defined lower case residue colours
4852           <li>Format Menu
4853           <li>Select Menu
4854           <li>Menu item accelerator keys
4855           <li>Control-V pastes to current alignment
4856           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4857           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4858           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4859
4860           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4861         </ul>
4862       </td>
4863       <td>
4864         <ul>
4865           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4866           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4867             calculations
4868           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4869             edits
4870           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4871             of alignment)
4872           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4873
4874           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4875             display correctly
4876           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4877           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4878             analysis results
4879           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4880             &#8739;
4881           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4882           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4883           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4884
4885         </ul>
4886       </td>
4887     </tr>
4888     <tr>
4889       <td>
4890         <div align="center">
4891           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4892         </div>
4893       </td>
4894       <td>
4895         <ul>
4896           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4897         </ul>
4898       </td>
4899       <td>
4900         <ul>
4901           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4902             sequence id panel has been resized</li>
4903           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4904             rendered</li>
4905           <li>Annotation files with sequence references - all
4906             elements in file are relative to sequence position</li>
4907           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4908         </ul>
4909       </td>
4910     </tr>
4911     <tr>
4912       <td>
4913         <div align="center">
4914           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4915         </div>
4916       </td>
4917       <td>
4918         <ul>
4919           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4920           <li>DAS Feature fetching</li>
4921           <li>Hide sequences and columns</li>
4922           <li>Export Annotations and Features</li>
4923           <li>GFF file reading / writing</li>
4924           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4925             files</li>
4926           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4927           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4928           <li>Applet can launch the full application</li>
4929           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4930             required)</li>
4931           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4932           <li>Applet can load sequences from parameter
4933             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4934           </li>
4935         </ul>
4936       </td>
4937       <td>
4938         <ul>
4939           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4940           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4941           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4942         </ul>
4943       </td>
4944     </tr>
4945     <tr>
4946       <td>
4947         <div align="center">
4948           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4949         </div>
4950       </td>
4951       <td>
4952         <ul>
4953           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4954           <li>Choose to match case when searching</li>
4955           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4956             expand the visible width and height of the alignment</li>
4957         </ul>
4958       </td>
4959       <td>
4960         <ul>
4961           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4962         </ul>
4963       </td>
4964     </tr>
4965     <tr>
4966       <td>
4967         <div align="center">
4968           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4969         </div>
4970       </td>
4971       <td>&nbsp;</td>
4972       <td>
4973         <ul>
4974           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4975           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4976             value</li>
4977         </ul>
4978       </td>
4979     </tr>
4980     <tr>
4981       <td>
4982         <div align="center">
4983           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4984         </div>
4985       </td>
4986       <td>
4987         <ul>
4988           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4989           <li>Keyboard editing</li>
4990           <li>Create sequence features from searches</li>
4991           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4992             alignments</li>
4993           <li>Features file allows grouping of features</li>
4994           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4995           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4996           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4997         </ul>
4998       </td>
4999       <td>
5000         <ul>
5001           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5002           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5003             descriptions saved.</li>
5004         </ul>
5005       </td>
5006     </tr>
5007     <tr>
5008       <td>
5009         <div align="center">
5010           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5011         </div>
5012       </td>
5013       <td>
5014         <ul>
5015           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5016           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5017           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5018             name for file output</li>
5019           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5020           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5021             used for HTML form input</li>
5022         </ul>
5023       </td>
5024       <td>
5025         <ul>
5026           <li>HTML output writes groups and features</li>
5027           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5028           <li>File IO bugs</li>
5029         </ul>
5030       </td>
5031     </tr>
5032     <tr>
5033       <td>
5034         <div align="center">
5035           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5036         </div>
5037       </td>
5038       <td>
5039         <ul>
5040           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5041           <li>More options for PCA viewer</li>
5042         </ul>
5043       </td>
5044       <td>
5045         <ul>
5046           <li>GUI bugs resolved</li>
5047           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5048         </ul>
5049       </td>
5050     </tr>
5051     <tr>
5052       <td height="63">
5053         <div align="center">
5054           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5055         </div>
5056       </td>
5057       <td>
5058         <ul>
5059           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5060           <li>Jar files are executable</li>
5061           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5062         </ul>
5063       </td>
5064       <td>
5065         <ul>
5066           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5067           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5068           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5069         </ul>
5070       </td>
5071     </tr>
5072     <tr>
5073       <td>
5074         <div align="center">
5075           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5076         </div>
5077       </td>
5078       <td>
5079         <ul>
5080           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5081         </ul>
5082       </td>
5083       <td>
5084         <ul>
5085           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5086         </ul>
5087       </td>
5088     </tr>
5089     <tr>
5090       <td>
5091         <div align="center">
5092           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5093         </div>
5094       </td>
5095       <td>
5096         <ul>
5097           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5098             size</li>
5099         </ul>
5100       </td>
5101       <td>
5102         <ul>
5103           <li>Improved JPred client reliability</li>
5104           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5105         </ul>
5106       </td>
5107     </tr>
5108     <tr>
5109       <td>
5110         <div align="center">
5111           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5112         </div>
5113       </td>
5114       <td>
5115         <ul>
5116           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5117           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5118           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5119             to Colour Menu</li>
5120           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5121           <li>Unix users can set default web browser</li>
5122           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5123           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5124         </ul>
5125       </td>
5126       <td>
5127         <ul>
5128           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5129         </ul>
5130       </td>
5131     </tr>
5132     <tr>
5133       <td>
5134         <div align="center">
5135           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5136         </div>
5137       </td>
5138       <td>&nbsp;</td>
5139       <td>
5140         <ul>
5141           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5142             alignment order.</li>
5143         </ul>
5144       </td>
5145     </tr>
5146     <tr>
5147       <td>
5148         <div align="center">
5149           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5150         </div>
5151       </td>
5152       <td>
5153         <ul>
5154           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5155           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5156           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5157             annotations.</li>
5158           <li>Version and build date written to build properties
5159             file.</li>
5160           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5161             at launch of Jalview.</li>
5162         </ul>
5163       </td>
5164       <td>
5165         <ul>
5166           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5167           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5168           <li>Can remove groups one by one.</li>
5169           <li>Filechooser icons installed.</li>
5170           <li>Finder ignores return character when searching.
5171             Return key will initiate a search.<br>
5172           </li>
5173         </ul>
5174       </td>
5175     </tr>
5176     <tr>
5177       <td>
5178         <div align="center">
5179           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5180         </div>
5181       </td>
5182       <td>
5183         <ul>
5184           <li>New codebase</li>
5185         </ul>
5186       </td>
5187       <td>&nbsp;</td>
5188     </tr>
5189   </table>
5190   <p>&nbsp;</p>
5191 </body>
5192 </html>