help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 126             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 130             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 134             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 138             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 139             '%s'" on the console
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 143             when there are both local and complementary features mapped
 144             to the position under the cursor
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 148             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 152             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 156             internationalised text for some messages and log output
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 160             hidden gapped columns
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 164             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 168             specifying output format when exporting an alignment via the
 169             command line
 170           </li>
 171         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 172         <ul>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 175             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 176             OutOfMemory error.
 177           </li>
 178         </ul> <em>New Known defects</em>
 179         <ul>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 182             are ordered differently when shown on alignment and in
 183             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 187             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 188             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 189             Workaround is to try to save the file again, and if that
 190             fails, delete the original file and save in place.
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 194             alignment window not working correctly when in a HiDPI
 195             scaled mode in Linux
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 199             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 200           </li>
 201         </ul>
 202       </td>
 203     </tr>
 204     <tr>
 205       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 206           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 207           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 208       <td align="left" valign="top">
 209         <ul>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 212             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 213             for display in alignments, on structure views (including
 214             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 215             export.
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 219             exported and re-imported as GFF3 files
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 223             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 227             validation while parsing
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 231             position if reopened
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 235             of associated view
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 239             enabled by default
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 243             tooltips and menus
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 247             with no feature types visible
 248           </li>
 249           <li>
 250           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 251           </li>
 252         </ul><em>Jalview Installer</em>
 253             <ul>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 256             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 263           </li>
 264               <li>
 265                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 266               <li>
 267                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 268         </ul> <em>Release processes</em>
 269         <ul>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 275           </li>
 276         </ul> <em>Build System</em>
 277         <ul>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 283             report
 284           </li>
 285         </ul>
 286         <em>Groovy Scripts</em>
 287             <ul>
 288           <li>
 289             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 290             to stdout containing the consensus sequence for each
 291             alignment in a Jalview session
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 295             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 296             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 297           </li>
 298         </ul>
 299       </td>
 300       <td align="left" valign="top">
 301         <ul>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 304             'Show hidden markers' option is not ticked
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 308             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 309             jalview preferences or properties file
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 313             'Show Sequence Features' option is not ticked
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 317             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 318             features are visible
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 322             equal when split frame is first opened
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 326             correct after editing a sequence's start position
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 330             with annotation and exceptions thrown when only a few
 331             columns shown in wrapped mode
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 335             wrapped alignment figure with annotations
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 339             ID fails with ClassCastException
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 343             Project
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 347             feature settings dialog also selects columns
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 351             IllegalArgumentException in some circumstances
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 355             opened for a view
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 359             alignment window is closed
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 363             help documentation for 2.11.0 release
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 367             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 368             Uniprot Accession
 369           </li>
 370         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 371         <ul>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 374             PDB/Uniprot search panel
 375           </li>
 376         </ul> <em>Installer</em>
 377         <ul>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 380             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 381           </li>
 382         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 383         <ul>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 386             repository
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 390             memory
 391           </li>
 392         </ul> <em>New Known Issues</em>
 393         <ul>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 396             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 397             command line
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 401             clipped in headless figure export when Right Align option
 402             enabled
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 406             'Source' in console output
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 410             bamboo server but run fine locally.
 411           </li>
 412         </ul>
 413       </td>
 414     </tr>
 415     <tr>
 416       <td width="60" align="center" nowrap>
 417           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 418             <em>04/07/2019</em></strong>
 419       </td>
 420       <td align="left" valign="top">
 421         <ul>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 424             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 425             source project) rather than InstallAnywhere
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 429             settings, receive over the air updates and launch specific
 430             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 431               Rings' GetDown</a>)
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 435             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 439             arguments and switch between different getdown channels
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 443             or alignment files
 444           </li>
 445
 446           <li>
 447             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 448             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 451             'Translate as cDNA'</li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 454           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 455             <ul>
 456                       <li>
 457             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 458             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 459           <li>
 460                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 461                 features can be filtered and shaded according to any
 462                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 463                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 464                 file)
 465               </li>
 466               <li>
 467                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 468                 stored and restored from Jalview Projects
 469               </li>
 470               <li>
 471                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 472                 recognise variant features
 473               </li>
 474               <li>
 475                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 476                 sequences (also coloured red by default)
 477               </li>
 478               <li>
 479                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 480                 details
 481               </li>
 482               <li>
 483                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 484                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 485               </li>
 486               <li>
 487                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 488                 dialog
 489               </li>
 490             </ul>
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 494             tree and PCA calculations
 495           </li>
 496           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 497             <ul>
 498               <li>
 499                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 500                 and Viewer state saved in Jalview Project
 501               </li>
 502               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 503                 drop-down menus</li>
 504               <li>
 505                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 506                 incrementally
 507               </li>
 508               <li>
 509                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 510               </li>
 511             </ul>
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 515           </li>
 516           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 517           <ul>
 518               <li>
 519                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 520                 multiple groups when working with large alignments
 521               </li>
 522               <li>
 523                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 524                 Stockholm files
 525               </li>
 526             </ul>
 527           <li><strong>User Interface</strong>
 528           <ul>
 529               <li>
 530                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 531                 view
 532               </li>
 533               <li>
 534                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 535                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 536                 default (can be changed in user preferences)
 537               </li>
 538               <li>
 539                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 540                 to the Overwrite Dialog
 541               </li>
 542               <li>
 543                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 544                 sequences are hidden
 545               </li>
 546               <li>
 547                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 548                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 549               </li>
 550               <li>
 551                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 552                 labels
 553               </li>
 554               <li>
 555                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 556                 when in wrapped mode
 557               </li>
 558               <li>
 559                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 560                 annotation
 561               </li>
 562               <li>
 563                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 564               </li>
 565               <li>
 566                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 567                 panel
 568               </li>
 569               <li>
 570                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 571                 popup menu
 572               </li>
 573               <li>
 574               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 575               <li>
 576               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 577
 578
 579             </ul></li>
 580             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 581           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 582             <ul>
 583               <li>
 584                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 585                 trapping CMD-Q
 586               </li>
 587             </ul></li>
 588         </ul>
 589         <em>Deprecations</em>
 590         <ul>
 591           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 592             capabilities removed from the Jalview Desktop
 593           </li>
 594           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 595             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 596             and XML based data retrieval clients</li>
 597           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 598           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 599         </ul> <em>Documentation</em>
 600         <ul>
 601           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 602             not supported in EPS figure export
 603           </li>
 604           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 605         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 606         <ul>
 607           <li>
 608           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 609           </li>
 610       <li>
 611       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 612           <li>
 613           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 614             gradle-eclipse
 615           </li>
 616           <li>
 617           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 618             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 619             execution
 620           </li>
 621           <li>
 622           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 623             operations
 624           </li>
 625           <li>
 626           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 627             issues resolved
 628           </li>
 629           <li>
 630           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 631             markdown (with HTML rendering)
 632           </li>
 633           <li>
 634           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 635           </li>
 636           <li>
 637           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 638             versions of Jalview
 639           </li>
 640         </ul>
 641       </td>
 642       <td align="left" valign="top">
 643         <ul>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 649             superposition in Jmol fail on Windows
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 653             structures for sequences with lots of PDB structures
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 657             monospaced font
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 661             project involving multiple views
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 665             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 666             Annotation dialog hides columns
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 670             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 671             one view, then making another selection in the other view
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 675             columns
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 679             Settings and Jalview Preferences panels
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 683             overview with large alignments
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 687             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 688             mouse moved to the left of the first column
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 692             hidden column marker via scale popup menu
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 696             doesn't tell users the invalid URL
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 700             score from view
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 704             show cross references or Fetch Database References are shown in
 705             red in original view
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 709             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 713             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 717             when columns are hidden
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 721             Columns by Annotation description
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 725             out of Scale or Annotation Panel
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 729             scale panel
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 733             alignment down
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 737             scale panel
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 741             Page Up in wrapped mode
 742           </li>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 751             on opening an alignment
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 755             Colour menu
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 759             different groups in the alignment are selected
 760           </li>
 761           <li>
 762             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 763             correctly in menu
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 767             threshold limit
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 771             threshold gets 'unrounded'
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 775             colour
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 785             Tree font
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 789             project file
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 793             shown in complementary view
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 797             without normalisation
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 801             of report
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 805           </li>
 806           <li>
 807           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 808           </li>
 809         </ul> <em>Editing</em>
 810         <ul>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 813             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 814             sequence
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 818             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 819             removed (Known defect since 2.10)
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 823             dialog corrupts dataset sequence
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 827             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 828           </li>
 829         </ul> <em>Datamodel</em>
 830         <ul>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 833             sequence's End is greater than its length
 834           </li>
 835         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 836           general release)</em>
 837         <ul>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 840           </li>
 841         </ul> <em>New Known Defects</em>
 842         <ul>
 843         <li>
 844         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 845         </li>
 846         <li>
 847           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 848           regions of protein alignment.
 849         </li>
 850         <li>
 851           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 852           is restored from a Jalview 2.11 project
 853         </li>
 854         <li>
 855           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 856           'New View'
 857         </li>
 858         <li>
 859           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 860           columns within hidden columns
 861         </li>
 862         <li>
 863           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 864           window after dragging left to select columns to left of visible
 865           region
 866         </li>
 867         <li>
 868           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 869           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 870           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 871           create a Score filter instead.
 872         </li>
 873         <li>
 874         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 875         <li>
 876         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 877         </li>
 878         <li>
 879           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 880           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 881         </li>
 882         </ul>
 883         <em>Java 11 Specific defects</em>
 884           <ul>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 887               alphabetically when saved
 888             </li>
 889         </ul>
 890       </td>
 891     </tr>
 892     <tr>
 893     <td width="60" nowrap>
 894       <div align="center">
 895         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 896       </div>
 897     </td>
 898     <td><div align="left">
 899         <em></em>
 900         <ul>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 903               InstallAnywhere increased to 1G.
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 907               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 908               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 909                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 910                 properties file.</em>
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 914               API and sequence data now imported as JSON.
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 918               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 919               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 920               property.
 921             </li>
 922           </ul>
 923           <em>Development</em>
 924           <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 927               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 928                 Clover</a>
 929             </li>
 930           </ul>
 931         </div></td>
 932     <td><div align="left">
 933         <em></em>
 934         <ul>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 937               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 938               alignment.
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 942               annotation displayed.
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 946               for newly created group when 'Apply to all groups'
 947               selected
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 951               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 952               visible.
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 956               when sequences are selected in exported view.</em>
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 960               aren't rendered with correct colour.
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 964               types of knotted RNA secondary structure.
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 968               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 969               do not start at 1.
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 973               annotation when columns are inserted into an alignment,
 974               and when exporting as Stockholm flatfile.
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 978               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 979               treated as RNA secondary structure.
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 983               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 987               transfers focus to previous window on OSX
 988             </li>
 989           </ul>
 990           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 991           <ul>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 994               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 995               box.
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 999               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1000               'look and feel' which has improved compatibility with the
1001               latest version of OSX.
1002             </li>
1003           </ul>
1004         </div>
1005     </td>
1006     </tr>
1007     <tr>
1008       <td width="60" nowrap>
1009         <div align="center">
1010           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1011             <em>7/06/2018</em></strong>
1012         </div>
1013       </td>
1014       <td><div align="left">
1015           <em></em>
1016           <ul>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1019               annotation retrieved from Uniprot
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1023               onto the Jalview Desktop
1024             </li>
1025           </ul>
1026         </div></td>
1027       <td><div align="left">
1028           <em></em>
1029           <ul>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1032               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1036               right-hand column parsed correctly
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1040               not alignment area in exported graphic
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1044               window has input focus
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1048               annotation added to view (Windows)
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1052               network connectivity is poor
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1056               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1057                 the currently open URL and links from a page viewed in
1058                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1059                 you are using Edge, only links in the page can be
1060                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1061                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1062             </li>
1063           </ul>
1064           <em>New Known Defects</em>
1065           <ul>
1066             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1067           </ul>
1068         </div></td>
1069     </tr>
1070     <tr>
1071       <td width="60" nowrap>
1072         <div align="center">
1073           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1074         </div>
1075       </td>
1076       <td><div align="left">
1077           <em></em>
1078           <ul>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1081               for disabling automatic superposition of multiple
1082               structures and open structures in existing views
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1086               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1087               adjust them.
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1091               Ensembl services
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1095               and lots of hidden columns
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1099               of features (particularly when transparency is disabled)
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1103               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1104               generally available
1105             </li>
1106           </ul>
1107           </div>
1108       </td>
1109       <td><div align="left">
1110           <ul>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1113               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1117               overlapping alignment panel
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1121               sequence as gaps
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1125               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1126               UTR
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1130               factor annotation not added to sequence when local PDB
1131               file associated with it by drag'n'drop or structure
1132               chooser
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1136               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1140               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1144               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1148               columns in annotation row
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1152               honored in batch mode
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1156               for structures added to existing Jmol view
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1160               entries after importing project with multiple views
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1164               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1165               with negative residue numbers or missing residues fails
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1169               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1170               as generated by CONSURF)
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1174               tooltip doesn't include a text description of mutation
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1178               structure and/or overview windows are also shown
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1182               very slow for alignments with large numbers of sequences
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1186               with 'StringIndexOutOfBounds'
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1190               platforms running Java 10
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1194               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1195             </li>
1196           </ul>
1197           <em>Applet</em>
1198           <ul>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1201               should copy the group consensus when popup is opened on it
1202             </li>
1203           </ul>
1204           <em>Batch Mode</em>
1205           <ul>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1208           </li>
1209           </ul>
1210           <em>New Known Defects</em>
1211           <ul>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1214               editing a large alignment and overview is displayed
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1218               repeatedly after a series of edits even when the overview
1219               is no longer reflecting updates
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1223               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1224               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1225               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1229               option gives blank output
1230             </li>
1231           </ul>
1232         </div>
1233           </td>
1234     </tr>
1235     <tr>
1236       <td width="60" nowrap>
1237         <div align="center">
1238           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1239         </div>
1240       </td>
1241       <td><div align="left">
1242           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1243               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1244       <td><div align="left">
1245           <em>Desktop</em><ul>
1246           <ul>
1247             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1248             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1249             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1250             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1251             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1252             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1253             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1254           </ul>
1255           </div>
1256       </td>
1257     </tr>
1258     <tr>
1259       <td width="60" nowrap>
1260         <div align="center">
1261           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1262         </div>
1263       </td>
1264       <td><div align="left">
1265           <em></em>
1266           <ul>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1269               rendering of sequence features
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1273               429 rate limit request hander
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1277               their colours have changed
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1281               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1285               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1289               view from Ensembl locus cross-references
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1293               Alignment report
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1297               feature can be disabled
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1301               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1305               Uniprot
1306             </li>
1307           </ul>
1308           <em>Scripting</em>
1309           <ul>
1310             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1311             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1312               percent identity scores for current alignment.</li>
1313           </ul>
1314           <em>Testing and Deployment</em>
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1318             </li>
1319           </ul>
1320         </div></td>
1321       <td><div align="left">
1322           <em>General</em>
1323           <ul>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1326               threshold text field doesn't trigger an update to the
1327               alignment view
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1331               strings in parallel
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1335               alignment window is closed
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1339               group visibility
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1343               takes a long time in Cursor mode
1344             </li>
1345           </ul>
1346           <em>Desktop</em>
1347           <ul>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1350               cannot be viewed in Chimera
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1354               CDS/Protein view
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1358               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1359               Search Dialogs
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1369               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1373               scrolling right in unwapped alignment view
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1377               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1378               database
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1382               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1386               features of same type and group to be selected for
1387               amending
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1391               alignments when hidden columns are present
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1395               displaying several structures
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1399               moving a window
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1403               within the Jalview desktop on OSX
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1407               when in wrapped alignment mode
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1411               hand end of alignment
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1415               each selected sequence do not have correct start/end
1416               positions
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1420               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1424               restoring project until a new view is created
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1428               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1429               configured (since 2.10.2b2)
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1433               position is adjusted
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1437               in a multi-chain structure when viewing alignment
1438               involving more than one chain (since 2.10)
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1442               if new selection moves alignment window
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1446               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1450               that produces correctly annotated transcripts and products
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1454               doesn't update associated structure view
1455             </li>
1456           </ul>
1457           <em>Applet</em><br />
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1461               closing alignment panel
1462             </li>
1463           </ul>
1464           <em>BioJSON</em><br />
1465           <ul>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1468               non-positional features
1469             </li>
1470           </ul>
1471           <em>New Known Issues</em>
1472           <ul>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1475               sequence features correctly (for many previous versions of
1476               Jalview)
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1480               using cursor in wrapped panel other than top
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1484               graduated colour threshold
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1488               always preserve numbering and sequence features
1489             </li>
1490           </ul>
1491           <em>Known Java 9 Issues</em>
1492           <ul>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1495               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1496               9.01, OSX 10.10)
1497             </li>
1498           </ul>
1499         </div></td>
1500     </tr>
1501     <tr>
1502       <td width="60" nowrap>
1503         <div align="center">
1504           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1505             <em>2/10/2017</em></strong>
1506         </div>
1507       </td>
1508       <td><div align="left">
1509           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1510           <ul>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1513             </li>
1514             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1515             </li>
1516           </ul>
1517         </div></td>
1518       <td><div align="left">
1519         </div></td>
1520     </tr>
1521     <tr>
1522       <td width="60" nowrap>
1523         <div align="center">
1524           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1525             <em>7/9/2017</em></strong>
1526         </div>
1527       </td>
1528       <td><div align="left">
1529           <em></em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1533               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1534               white)
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1538               Preferences
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1542               in size and progress bar shown as higher resolution
1543               overview is recalculated
1544             </li>
1545
1546           </ul>
1547         </div></td>
1548       <td><div align="left">
1549           <em></em>
1550           <ul>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1553               column region row by row
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1557               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1561               format setting is unticked
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1565               if group has show boxes format setting unticked
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1569               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1570               include sequences and columns not currently displayed
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1574               assemblies are imported via CIF file
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1578               displayed when threshold or conservation colouring is also
1579               enabled.
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1583               server version
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1587               dragging a selected region off the visible region of the
1588               alignment
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1592               colourscheme to all groups in a view
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1596               initially after font size change using the Font chooser or
1597               middle-mouse zoom
1598             </li>
1599           </ul>
1600         </div></td>
1601     </tr>
1602     <tr>
1603       <td width="60" nowrap>
1604         <div align="center">
1605           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1606         </div>
1607       </td>
1608       <td><div align="left">
1609           <em>Calculations</em>
1610           <ul>
1611
1612             <li>
1613               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1614               ungapped positions in each column of the alignment.
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1618               a calculation dialog box
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1622               and memory efficiency (~30x faster)
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1626               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1627               and other calculations
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1631               files within the Jalview codebase
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1635               Similarity may have different topology due to increased
1636               precision
1637             </li>
1638           </ul>
1639           <em>Rendering</em>
1640           <ul>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1643               model for alignments and groups
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1647               scripts
1648             </li>
1649           </ul>
1650           <em>Overview</em>
1651           <ul>
1652             <li>
1653               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1654               with alignment and overview windows
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1658               overview
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1662               omitted in Overview
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1666               adjustment of visible position
1667             </li>
1668           </ul>
1669
1670           <em>Data import/export</em>
1671           <ul>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1674               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1678               annotation input/output via stockholm flatfile
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1682               extension when importing structure files without embedded
1683               names or PDB accessions
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1687               format sequence substitution matrices
1688             </li>
1689           </ul>
1690           <em>User Interface</em>
1691           <ul>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1694               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1695               the application.
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1699               via Overview or sequence motif search operations
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1703               opened by double clicking gaps within sequence feature
1704               extent
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1708               aligned positions were available to create a 3D structure
1709               superposition.
1710             </li>
1711           </ul>
1712           <em>3D Structure</em>
1713           <ul>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1716               coloured in linked structure views
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1720               file-based command exchange
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1724               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1725               structures are already available for sequences
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1729               the Jalview project rather than downloaded again when the
1730               project is reopened.
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1734               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1735               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1736                 Feature</strong>)
1737             </li>
1738           </ul>
1739           <em>Web Services</em>
1740           <ul>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1746               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1747               Analysis services
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1751               cross-references provided by identifiers.org and the
1752               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1753             </li>
1754           </ul>
1755
1756           <em>Scripting</em>
1757           <ul>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1760               identifying file formats (instead of String constants)
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1764               efficiency when counting all displayed features (not
1765               backwards compatible with 2.10.1)
1766             </li>
1767           </ul>
1768           <em>Example files</em>
1769           <ul>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1772               included in the example feature file
1773             </li>
1774           </ul>
1775           <em>Documentation</em>
1776           <ul>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1779               with the built-in Java help viewer
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1783               sequence description' option
1784             </li>
1785           </ul>
1786           <em>Test Suite</em>
1787           <ul>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1790               Uniprot REST Free Text Search Client
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1797               during tests
1798             </li>
1799           </ul>
1800         </div></td>
1801       <td><div align="left">
1802           <em>Calculations</em>
1803           <ul>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1806               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1807               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1808             </li>
1809             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1810               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1811               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1812               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1813               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1814               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1815               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1816               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1817               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1818               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1819               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1820               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1821               // for 2.10.1 mode <br />
1822               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1823               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1824                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1825                 calculations (not recommended)</em></li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1828               scaling of branch lengths for trees computed using
1829               Sequence Feature Similarity.
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1833               generating output report when working with highly
1834               redundant alignments
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1838               right of selected region when gaps present on right-hand
1839               boundary
1840             </li>
1841           </ul>
1842           <em>User Interface</em>
1843           <ul>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1846               doesn't reselect a specific sequence's associated
1847               annotation after it was used for colouring a view
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1851               opened on a region of alignment without groups
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1855               of an alignment with overlapping groups
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1859               name and description match
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1863               hidden regions results in incorrect hidden regions
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1867               changing colour does not apply Conservation slider value
1868               to all groups
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1872               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1876               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1880               gaps before start of features
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1884               restored to UI when feature colour is edited
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1888               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1892               as graduate feature colour settings are modified via the
1893               dialog box
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1897               when a group defined on the alignment is resized
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1901               wrapped view result in positional status updates
1902             </li>
1903
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1906               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1910               alignment included gapped columns
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1914               widgets don't permanently disappear
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1918               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1919               T-Coffee column reliability scores)
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1923               sequence feature on gaps only
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1927               button from a Find inherit previously defined feature type
1928               rather than the Find query string
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1932               exporting tree calculated in Jalview
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1936               and then revealing them reorders sequences on the
1937               alignment
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1941               doesn't update to reflect available set of groups after
1942               interactively adding or modifying features
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1946               Linux
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1950               only excluded gaps in current sequence and ignored
1951               selection.
1952             </li>
1953           </ul>
1954           <em>Rendering</em>
1955           <ul>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1958               erratically when hidden rows or columns are present
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1962               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1963               sequence colouring
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1967               colour and group colour menu for protein alignments
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1971               reflect currently selected view or group's shading
1972               thresholds
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1976               when rendered on overview and structures when opacity at
1977               100%
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1981               overview when features overlaid on alignment
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1985               recovered correctly from Jalview project file
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1989               (automatically via preferences) are different to the main
1990               alignment panel
1991             </li>
1992           </ul>
1993           <em>Data import/export</em>
1994           <ul>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1997               load
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2001               added after a sequence was imported are not written to
2002               Stockholm File
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2006               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2010               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2014               with lightGray or darkGray via features file (but can
2015               specify lightgray)
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2019               when alignment view imported from project
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2023               structure and sequences extracted from structure files
2024               imported via URL and viewed in Jmol
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2028               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2029               the project is loaded and the structure viewed
2030             </li>
2031           </ul>
2032           <em>Web Services</em>
2033           <ul>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2036               release of Ensembl v.88
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2040               appear enabled in Preferences->Connections
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2044               removed from console output
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2048               Ensembl by Peptide ID
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2052               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2053               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2054               due to 'null' string rather than empty string used for
2055               residues with no corresponding PDB mapping).
2056             </li>
2057           </ul>
2058           <em>Application UI</em>
2059           <ul>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2062               menu
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2066               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2067               new documentation and tooltips added)
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2071               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2075               new features are added to alignment
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2079               changes to feature colours via the Amend features dialog
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2083               edit graduated feature colour via amend features dialog
2084               box
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2088               selection menu changes colours of alignment views
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2092               from alignment calculation workers after alignment has
2093               been closed
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2097               groups now 'Create Group'
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2101               Create/Undefine group doesn't always work
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2105               shown again after pressing 'Cancel'
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2109               adjusts start position in wrap mode
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2113               ambiguous amino acids
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2117               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2118               proteins
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2122               Defined' don't appear in Colours menu
2123             </li>
2124           </ul>
2125           <em>Applet</em>
2126           <ul>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2129               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2133               overview or linked structure view
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2137               work (since 2.8)
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2141               user-defined colourscheme doesn't restore original
2142               colourscheme
2143             </li>
2144           </ul>
2145           <em>Test Suite</em>
2146           <ul>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2149               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2153               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2154               problems with deep array comparison equality asserts in
2155               successive versions of TestNG
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2159               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2160             </li>
2161           </ul>
2162           <em>New Known Issues</em>
2163           <ul>
2164             <li>
2165               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2166               phase after a sequence motif find operation
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2170               containing just upper and lower case letters are
2171               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2175               reliably from eggnog Ortholog database
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2179               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2180               to mark columns containing highlighted regions.
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2184               doesn't always add secondary structure annotation.
2185             </li>
2186           </ul>
2187         </div>
2188     <tr>
2189       <td width="60" nowrap>
2190         <div align="center">
2191           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2192         </div>
2193       </td>
2194       <td><div align="left">
2195           <em>General</em>
2196           <ul>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2199               for all consensus calculations
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2203               3rd Oct 2016)
2204             </li>
2205             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2206               for 2016-2017</li>
2207           </ul>
2208           <em>Application</em>
2209           <ul>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2212               set of database cross-references, sorted alphabetically
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2216               from database cross references. Users with custom links
2217               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2218                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2222               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2223               Chimera session
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2227               the Chimera it is connected to is shut down
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2231               columns menu item to mark columns containing highlighted
2232               regions (e.g. from structure selections or results of a
2233               Find operation)
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2237               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2238               MSAviewer
2239             </li>
2240           </ul>
2241         </div></td>
2242       <td>
2243         <div align="left">
2244           <em>General</em>
2245           <ul>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2248               are not coloured or thresholded according to percent
2249               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2253               hydrophobic
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2257               threshold, amino acid properties)
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2261               reported as mapped to residues in a structure file in the
2262               View Mapping report
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2266               could be added multiple times to a sequence
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2270               bond features shown as two highlighted residues rather
2271               than a range in linked structure views, and treated
2272               correctly when selecting and computing trees from features
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2276               cross-references are matched to database name regardless
2277               of case
2278             </li>
2279
2280           </ul>
2281           <em>Application</em>
2282           <ul>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2285               names without regular expressions also offer links from
2286               Sequence ID
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2290               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2291               update Jalview configuration
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2295               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2299               files with similarly named sequences if dropped onto the
2300               alignment
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2304               entries where more chains exist in the PDB accession than
2305               are reported in the SIFTS file
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2309               the structure view when displayed with Chimera
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2313               panel's View->Show Chains submenu
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2317               work for wrapped alignment views
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2321               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2325               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2326               first annotation row
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2330               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2334               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2335             </li>
2336             <!-- JAL-2319 -->
2337             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2338             coordindate data
2339             </li>
2340           </ul>
2341           <!--           <em>New Known Issues</em>
2342           <ul>
2343             <li></li>
2344           </ul> -->
2345         </div>
2346       </td>
2347     </tr>
2348     <td width="60" nowrap>
2349       <div align="center">
2350         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2351           <em>25/10/2016</em></strong>
2352       </div>
2353     </td>
2354     <td><em>Application</em>
2355       <ul>
2356         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2357           view if structures already loaded</li>
2358         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2359           structure views</li>
2360       </ul></td>
2361     <td>
2362       <div align="left">
2363         <em>General</em>
2364         <ul>
2365           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2366             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2367           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2368             example sequences/projects/trees</li>
2369         </ul>
2370         <em>Application</em>
2371         <ul>
2372           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2373             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2374           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2375             without timeout for structures with multiple models or
2376             multiple sequences in alignment</li>
2377           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2378             PDB ID HEADER line</li>
2379           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2380             is performed</li>
2381           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2382             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2383           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2384           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2385             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2386             option</li>
2387           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2388             is created on the alignment</li>
2389           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2390             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2391             pop-up menu</li>
2392         </ul>
2393         <em>Build and deployment</em>
2394         <ul>
2395           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2396             tags</li>
2397         </ul>
2398         <em>New Known Issues</em>
2399         <ul>
2400           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2401             on Windows</li>
2402         </ul>
2403       </div>
2404     </td>
2405     </tr>
2406     <tr>
2407       <td width="60" nowrap>
2408         <div align="center">
2409           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2410         </div>
2411       </td>
2412       <td><em>General</em>
2413         <ul>
2414           <li>
2415             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2416           </li>
2417           <li>
2418             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2419             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2420             better PDB parsing.
2421           </li>
2422           <li>
2423             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2424             reference sequence
2425           </li>
2426           <li>
2427             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2428             mousing over sequence associated annotation
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2432             for manual entry
2433           </li>
2434           <li>
2435             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2436             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2437             for each column
2438           </li>
2439           <li>
2440             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2441             showing or hiding columns containing a feature
2442           </li>
2443           <li>
2444             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2445             group and sequence associated annotation labels
2446           </li>
2447           <li>
2448             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2449             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2450             dialogs
2451           </li>
2452
2453         </ul> <em>Application</em>
2454         <ul>
2455           <li>
2456             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2457             gene/transcript view
2458           </li>
2459           <li>
2460             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2461             dialog
2462           </li>
2463           <li>
2464             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2465             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2466           </li>
2467           <li>
2468             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2469             Pfam sources to xfam.org
2470           </li>
2471           <li>
2472             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2473           </li>
2474           <li>
2475             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2476             over sequences in Jalview
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2480             regions in ENA and EMBL
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2484             for record retrieval via ENA rest API
2485           </li>
2486           <li>
2487             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2488             complement operator
2489           </li>
2490           <li>
2491             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2492             groovy script execution
2493           </li>
2494           <li>
2495             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2496             alignment window's Calculate menu
2497           </li>
2498           <li>
2499             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2500             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2501           </li>
2502           <li>
2503             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2504             calculation workers from groovy scripts
2505           </li>
2506           <li>
2507             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2508             Jalview projects
2509           </li>
2510           <li>
2511             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2512             associations are now saved/restored from project
2513           </li>
2514           <li>
2515             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2516             before sequence fetcher is opened
2517           </li>
2518           <li>
2519             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2520             database chooser opens a sequence fetcher
2521           </li>
2522           <li>
2523             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2524             the UniProt REST API
2525           </li>
2526           <li>
2527             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2528             the news reader opening
2529           </li>
2530           <li>
2531             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2532             querying stored in preferences
2533           </li>
2534           <li>
2535             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2536             search results
2537           </li>
2538           <li>
2539             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2543             menu for nucleotide sequences
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2547             and feature counts preserves alignment ordering (and
2548             debugged for complex feature sets).
2549           </li>
2550           <li>
2551             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2552             viewing structures with Jalview 2.10
2553           </li>
2554           <li>
2555             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2556             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2557             Ensembl Genomes REST API
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2561             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2562             (Ensembl)
2563           </li>
2564           <li>
2565             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2566             sequences
2567           </li>
2568           <li>
2569             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2570             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2571             data from external database records.
2572           </li>
2573           <li>
2574             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2575             efficient recovery of sequence coding and alignment
2576             annotation relationships.
2577           </li>
2578         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2579         <ul>
2580           <li>
2581             -- JAL---
2582           </li>
2583         </ul> --></td>
2584       <td>
2585         <div align="left">
2586           <em>General</em>
2587           <ul>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2590               menu on OSX
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2594               includes graduated colourschemes
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2598               working with big alignments and lots of hidden columns
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2602               at right of alignment window
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2606               contents
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2610               for DNA alignments
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2614               based tree calculation
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2618               unconserved enabled for group on alignment
2619             </li>
2620             <li>
2621               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2622               set as reference
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2626               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2627               annotation
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2631               hidden columns present
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2635               user created annotation added to alignment
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2639               '()' base pair annotation
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2643               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2644               Consensus
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2648               feature not working
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2652               beginning of sequence
2653             </li>
2654             <li>
2655               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2656               entry 3a6s
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2660               from a tree when t-coffee scores are shown
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2664               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2668               some structures
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2672               to Clustal, PIR and PileUp output
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2676               not visible causes alignment window to repaint
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2680               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2681               scores associated with features and annotation rows
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2685               calculation should be case independent
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2689               columns
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2693               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2694               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2698               problems when reference sequence defined and 'show
2699               non-conserved' enabled
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2703               load even when Consensus calculation is disabled
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2707               alignment does nothing
2708             </li>
2709           </ul>
2710           <em>Application</em>
2711           <ul>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2714               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2715               yet fixed for El Capitan)
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2719               output when running on non-gb/us i18n platforms
2720             </li>
2721             <li>
2722               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2723               hidden sequences as flat-file alignment
2724             </li>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2727               launching Chimera
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2731               (also hotfix for 2.9.0b2)
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2735               reference sequence defined
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2739               alignments and views when revealing hidden columns
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2743               view in a cDNA/Protein splitframe
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2747               sequence from project when only one sequence is
2748               represented
2749             </li>
2750             <li>
2751               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2752               in Structure Chooser
2753             </li>
2754             <li>
2755               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2756               structure consensus didn't refresh annotation panel
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2760               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2764               dialogs format columns correctly, don't display array
2765               data, sort columns according to type
2766             </li>
2767             <li>
2768               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2769               file chooser is cancelled during an image export
2770             </li>
2771             <li>
2772               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2773               sequence name containing special characters
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2777               case insensitive
2778             </li>
2779             <li>
2780               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2781               formatting don't wrap
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2785               truncated so L looks like I in consensus annotation
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2789               currently displayed features for the current selection or
2790               view
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2794               after fetching cross-references, and restoring from
2795               project
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2799               followed in the structure viewer
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2803               splitframe not restored from project
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2807               trailing end of protein alignment in transcript/product
2808               splitview when pad-gaps not enabled by default
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2812               is case dependent
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2816               article has been read (reopened issue due to
2817               internationalisation problems)
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2821               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2822               cross-references
2823             </li>
2824
2825             <li>
2826               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2827               alignment as HTML
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2831               multiple structures are shown for one or more sequences.
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2835               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2836               is enabled.
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2840               specific PDB id for sequence
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2844               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2845               columns' is disabled.
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2849               selects lowest rather than highest resolution structures
2850               for each sequence
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2854               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2858               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2862               after clicking on it to create new annotation for a
2863               column.
2864             </li>
2865             <li>
2866               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2867               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2868             </li>
2869             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2870             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2871           </ul>
2872           <em>Applet</em>
2873           <ul>
2874             <li>
2875               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2876               hidden columns present before start of sequence
2877             </li>
2878             <li>
2879               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2880               (JSON jars)
2881             </li>
2882             <li>
2883               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2884               sequences are hidden in applet
2885             </li>
2886             <li>
2887               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2888               deployment on examples pages.
2889             </li>
2890           </ul>
2891         </div>
2892       </td>
2893     </tr>
2894     <tr>
2895       <td width="60" nowrap>
2896         <div align="center">
2897           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2898             <em>16/10/2015</em></strong>
2899         </div>
2900       </td>
2901       <td><em>General</em>
2902         <ul>
2903           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2904             jars</li>
2905         </ul></td>
2906       <td>
2907         <div align="left">
2908           <em>Application</em>
2909           <ul>
2910             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2911               shown when tree is partitioned</li>
2912             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2913               multiple cDNA/Protein split views</li>
2914           </ul>
2915         </div>
2916       </td>
2917     </tr>
2918     <tr>
2919       <td width="60" nowrap>
2920         <div align="center">
2921           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2922             <em>8/10/2015</em></strong>
2923         </div>
2924       </td>
2925       <td><em>General</em>
2926         <ul>
2927           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2928             2.9</li>
2929         </ul> <em>Application</em>
2930         <ul>
2931           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2932           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2933           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2934         </ul> <em>Applet</em>
2935         <ul>
2936           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2937         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2938         <ul>
2939           <li>
2940             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2941             suite
2942           </li>
2943         </ul></td>
2944       <td>
2945         <div align="left">
2946           <em>General</em>
2947           <ul>
2948             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2949               incorrect when sequence start > 1</li>
2950             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2951               documentation</li>
2952             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2953             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2954               loading a features file containing HTML tags in feature
2955               description</li>
2956
2957           </ul>
2958           <em>Application</em>
2959           <ul>
2960             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2961               reimport</li>
2962             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2963               with 'trim retrieved sequences'</li>
2964             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2965               deleting selected columns</li>
2966             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2967               JNLP templates for webstart launch</li>
2968             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2969               unreleased structures for download or viewing</li>
2970             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2971               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2972             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2973               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2974             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2975               recovered from jalview project</li>
2976             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2977               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2978               alignment view</li>
2979             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2980               color schemes from BioJSON</li>
2981           </ul>
2982           <em>Applet</em>
2983           <ul>
2984             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2985               frame</li>
2986             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2987           </ul>
2988         </div>
2989       </td>
2990     </tr>
2991     <tr>
2992       <td><div align="center">
2993           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2994         </div></td>
2995       <td><em>General</em>
2996         <ul>
2997           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2998             alignments:
2999             <ul>
3000               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3001                 and DNA alignment views</li>
3002               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3003                 cDNA alignment views</li>
3004               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3005                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3006               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3007                 protein sequences</li>
3008             </ul>
3009           </li>
3010           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3011           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3012             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3013           <li>New alignment annotation file statements for
3014             reference sequences and marking hidden columns</li>
3015           <li>Reference sequence based alignment shading to
3016             highlight variation</li>
3017           <li>Select or hide columns according to alignment
3018             annotation</li>
3019           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3020           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3021             acid conservation row</li>
3022           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3023         </ul> <em>Application</em>
3024         <ul>
3025           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3026             <ul>
3027               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3028                 view with cDNA/Protein</li>
3029               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3030                 sequences are placed in the same alignment</li>
3031               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3032                 projects</li>
3033             </ul>
3034           </li>
3035
3036           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3037           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3038             Jalview windows</li>
3039
3040           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3041           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3042           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3043             be shown in VARNA</li>
3044
3045           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3046             as the active selected region</li>
3047
3048           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3049             similarity</li>
3050           <li>New Export options
3051             <ul>
3052               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3053                 region export in flat file generation</li>
3054
3055               <li>Export alignment views for display with the <a
3056                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3057
3058               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3059               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3060                 alignment figures to HTML</li>
3061           </li>
3062           <li>3D structure retrieval and display
3063             <ul>
3064               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3065                 Search API</li>
3066               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3067                 PDB structures for a sequence set</li>
3068             </ul>
3069           </li>
3070
3071           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3072             predictions</li>
3073           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3074             for one or a group of sequences</li>
3075           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3076             from the JPred4 web server</li>
3077           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3078             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3079             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3080           </li>
3081           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3082             VARNA 2D Structure'</li>
3083           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3084             Structure ..."</li>
3085
3086         </ul> <em>Applet</em>
3087         <ul>
3088           <li>New layout for applet example pages</li>
3089           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3090             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3091           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3092             Protein alignments</li>
3093         </ul> <em>Development and deployment</em>
3094         <ul>
3095           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3096           <li>Include installation type and git revision in build
3097             properties and console log output</li>
3098           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3099             storing BioJsMSA Templates</li>
3100           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3101         </ul></td>
3102       <td>
3103         <!-- <em>General</em>
3104         <ul>
3105         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3106         <ul>
3107           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3108           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3109           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3110             predictions are not highlighted in amber</li>
3111           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3112             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3113           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3114             associated structure views</li>
3115           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3116             width checkbox not enabled</li>
3117           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3118             creating user defined colours</li>
3119           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3120             mappings for just that viewer's sequences</li>
3121           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3122             multiple models in Chimera</li>
3123           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3124             over Jmol structure</li>
3125           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3126             output to text box</li>
3127           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3128             have incorrect sequence start/end</li>
3129           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3130             Jalview fails</li>
3131           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3132             work for nucleotide</li>
3133           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3134             to a grey/invisible alignment window</li>
3135           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3136             imports to different position</li>
3137           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3138             on some platforms</li>
3139           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3140             populated</li>
3141           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3142             console if Chimera has been opened</li>
3143           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3144           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3145             retrieved</li>
3146           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3147           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3148             either sequence shows on first structure</li>
3149           <li>'Show annotations' options should not make
3150             non-positional annotations visible</li>
3151           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3152             in right place after 'view flanking regions'</li>
3153           <li>File Save As type unset when current file format is
3154             unknown</li>
3155           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3156             projects</li>
3157           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3158             responsive</li>
3159           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3160             several views on same alignment</li>
3161           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3162           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3163             spaces</li>
3164         </ul> <em>Applet</em>
3165         <ul>
3166           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3167           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3168             descriptions containing angle brackets</li>
3169         </ul> <em>General</em>
3170         <ul>
3171           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3172             via jalview annotation file</li>
3173           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3174             with RNA secondary structure</li>
3175           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3176             translation doesn't work.</li>
3177           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3178           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3179             positions</li>
3180           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3181             choosing 1pt font</li>
3182           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3183             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3184             'h'</li>
3185           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3186             new feature</li>
3187           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3188             order dependent</li>
3189           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3190             sequences</li>
3191           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3192         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3193         <ul>
3194           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3195             www.jalview.org</li>
3196         </ul> <em>Application Known issues</em>
3197         <ul>
3198           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3199           <li>Misleading message appears after trying to delete
3200             solid column.</li>
3201           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3202             version launches</li>
3203           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3204             fails with a sequence mismatch</li>
3205           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3206             scrolling alignment to right</li>
3207           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3208             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3209           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3210             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3211           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3212             ultra-high resolution</li>
3213           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3214             quality and conservation</li>
3215           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3216             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3217         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3218         <ul>
3219           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3220           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3221             window is being resized</li>
3222
3223         </ul>
3224       </td>
3225     </tr>
3226     <tr>
3227       <td><div align="center">
3228           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3229         </div></td>
3230       <td><em>General</em>
3231         <ul>
3232           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3233             Certum.PL.</li>
3234           <li>Features and annotation preserved when performing
3235             pairwise alignment</li>
3236           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3237             imported/exported/displayed</li>
3238           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3239             protein secondary structure</li>
3240           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3241               post-hoc with 2.9 release</em>)
3242           </li>
3243
3244         </ul> <em>Application</em>
3245         <ul>
3246           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3247             with 3D structures</li>
3248           <li>Support for parsing RNAML</li>
3249           <li>Annotations menu for layout
3250             <ul>
3251               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3252               <li>place sequence annotation above/below alignment
3253                 annotation</li>
3254             </ul>
3255           <li>Output in Stockholm format</li>
3256           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3257             translation</li>
3258           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3259           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3260             shared between alignments</li>
3261           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3262             Jalview</li>
3263           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3264             all or current selection</li>
3265           <li>disorder and secondary structure predictions
3266             available as dataset annotation</li>
3267           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3268
3269
3270           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3271             alignments from Rfam</li>
3272           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3273
3274           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3275             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3276           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3277           <li>include installation type in build properties and
3278             console log output</li>
3279           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3280             annotation</li>
3281         </ul></td>
3282       <td>
3283         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3284         <ul>
3285           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3286             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3287           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3288             alignment</li>
3289           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3290           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3291           <li>Double click on sequence associated annotation
3292             selects only first column</li>
3293           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3294             leaves shown in tree</li>
3295           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3296             properly</li>
3297           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3298           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3299             screen and buttons not visible</li>
3300           <li>author list isn't updated if already written to
3301             Jalview properties</li>
3302           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3303             from database</li>
3304           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3305           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3306             browser search window</li>
3307           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3308             in feature settings dialog</li>
3309           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3310             desktop</li>
3311           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3312             pass validation</li>
3313           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3314             fit on screen</li>
3315           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3316             tooltip</li>
3317           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3318             defined user preset</li>
3319           <li>MSA web services warns user if they were launched
3320             with invalid input</li>
3321           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3322             Java 8</li>
3323           <li>
3324             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3325             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3326             created
3327           </li>
3328
3329         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3330         <ul>
3331         </ul> <em>General</em>
3332         <ul>
3333         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3334         <ul>
3335           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3336             memory allocation</li>
3337           <li>launchApp service doesn't automatically open
3338             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3339           <li>
3340             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3341             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3342             1.7_055 is available
3343           </li>
3344         </ul> <em>Application Known issues</em>
3345         <ul>
3346           <li>
3347             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3348             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3349             alignment to right
3350           </li>
3351           <li>
3352             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3353             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3354             with large number of ID
3355           </li>
3356           <li>
3357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3358             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3359             start/end
3360           </li>
3361           <li>
3362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3363             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3364             structure tracks are rearranged
3365           </li>
3366           <li>
3367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3368             invalid rna structure positional highlighting does not
3369             highlight position of invalid base pairs
3370           </li>
3371           <li>
3372             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3373             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3374             project from alignment window file menu
3375           </li>
3376           <li>
3377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3378             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3379             structures
3380           </li>
3381           <li>
3382             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3383             colour by RNA Helices not enabled when user created
3384             annotation added to alignment
3385           </li>
3386           <li>
3387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3388             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3389           </li>
3390         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3391         <ul>
3392           <li>
3393             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3394             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3395           </li>
3396           <li>
3397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3398             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3399           </li>
3400
3401           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3402             when selected</li>
3403         </ul>
3404       </td>
3405     </tr>
3406     <tr>
3407       <td><div align="center">
3408           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3409         </div></td>
3410       <td>
3411         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3412         <em>General</em>
3413         <ul>
3414           <li>Internationalisation of user interface (usually
3415             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3416           <li>Define/Undefine group on current selection with
3417             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3418           <li>Improved group creation/removal options in
3419             alignment/sequence Popup menu</li>
3420           <li>Sensible precision for symbol distribution
3421             percentages shown in logo tooltip.</li>
3422           <li>Annotation panel height set according to amount of
3423             annotation when alignment first opened</li>
3424         </ul> <em>Application</em>
3425         <ul>
3426           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3427             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3428           <li>Select columns containing particular features from
3429             Feature Settings dialog</li>
3430           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3431             sequences</li>
3432           <li>Update Jalview project format:
3433             <ul>
3434               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3435               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3436                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3437               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3438                 colouring</li>
3439             </ul>
3440           </li>
3441           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3442             (PAM250)</li>
3443           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3444             flanking regions for an alignment</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3449         <ul>
3450           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3451             running after job is cancelled</li>
3452           <li>cannot export features from alignments imported from
3453             Jalview/VAMSAS projects</li>
3454           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3455             float values</li>
3456           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3457             have 'display all symbols' flag set</li>
3458           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3459             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3460           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3461             Jalview</li>
3462           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3463             Lion/Webstart</li>
3464           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3465           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3466           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3467             alignment onto desktop</li>
3468           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3469             'extract scores' function</li>
3470           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3471             alignment window</li>
3472           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3473             performing IUPred disorder prediction</li>
3474           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3475             changing 'normalise logo' display setting</li>
3476           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3477             nothing matches query</li>
3478           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3479             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3480           </li>
3481           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3482             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3483           </li>
3484           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3485             Jalview's menu</li>
3486           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3487             'invalid literal/length code'</li>
3488           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3489             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3490           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3491             colourscheme</li>
3492
3493         </ul> <em>Applet</em>
3494         <ul>
3495           <li>Remove group option is shown even when selection is
3496             not a group</li>
3497           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3498             don't affect groups</li>
3499           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3500             colourscheme name</li>
3501           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3502             Annotation panel is not displayed</li>
3503           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3504             embedded windows</li>
3505         </ul> <em>Other</em>
3506         <ul>
3507           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3508             single sequence were not calculated</li>
3509           <li>annotation files that contain only groups imported as
3510             annotation and junk sequences</li>
3511           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3512             recognised as PFAM or BLC</li>
3513           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3514             doesn't affect background (2.8.0b1)
3515           <li></li>
3516           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3517           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3518             trailing gaps</li>
3519           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3520             registered correctly on import</li>
3521           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3522             certain alignments</li>
3523           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3524             existing annotation based 'use original colours'
3525             colourscheme loses original colours setting</li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528     </tr>
3529     <tr>
3530       <td><div align="center">
3531           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3532             <em>30/1/2014</em></strong>
3533         </div></td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3537             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3538             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3539             open source project).
3540           </li>
3541           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3542           <li>Output in Stockholm format</li>
3543           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3544           <li>Export/import group and sequence associated line
3545             graph thresholds</li>
3546           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3547             ambiguity codes</li>
3548           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3549             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3550             works</li>
3551           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3552         </ul> <em>Other improvements</em>
3553         <ul>
3554           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3555           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3556             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3557           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3558             files</li>
3559           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3560           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3561             link but no description</li>
3562           <li>Select primary source when selecting authority in
3563             database fetcher GUI</li>
3564           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3565             Jalview</li>
3566           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3567         </ul>
3568       </td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3572             displayed</li>
3573           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3574             secondary structure annotation line</li>
3575           <li>Sequence database accessions not imported when
3576             fetching alignments from Rfam</li>
3577           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3578             identical IDs</li>
3579           <li>View all structures does not always superpose
3580             structures</li>
3581           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3582             reflect user or preset settings</li>
3583           <li>Null pointer exceptions for some services without
3584             presets or adjustable parameters</li>
3585           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3586             discover PDB xRefs</li>
3587           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3588             features with DAS</li>
3589           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3590             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3591           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3592             residue follows a gap</li>
3593           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3594             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3595           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3596             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3597           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3598             annotation already exists on alignment</li>
3599           <li>oninit javascript function should be called after
3600             initialisation completes</li>
3601           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3602             alignment window display</li>
3603           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3604           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3605             to annotation file</li>
3606           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3607             groups created</li>
3608           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3609             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3610           <li>Pressing return several times causes Number Format
3611             exceptions in keyboard mode</li>
3612           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3613             correct partitions for input data</li>
3614           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3615           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3616           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3617           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3618             mode</li>
3619           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3620             changes one row&#39;s threshold</li>
3621           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3622             doesn&#39;t open</li>
3623           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3624             quality histograms</li>
3625         </ul>
3626       </td>
3627     </tr>
3628     <tr>
3629       <td><div align="center">
3630           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3631         </div></td>
3632       <td><em>Application</em>
3633         <ul>
3634           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3635             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3636           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3637             preferences</li>
3638           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3639             in Jalview alignment window</li>
3640           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3641             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3642           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3643             RNA and ambiguity codes</li>
3644
3645           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3646           <li>Support fetching and database reference look up
3647             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3648             refs')</li>
3649           <li>Jalview project improvements
3650             <ul>
3651               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3652                 flag for annotation</li>
3653               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3654                 alignment</li>
3655               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3656                 Jalview project</li>
3657
3658             </ul>
3659           </li>
3660           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3661           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3662             running</li>
3663           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3664           <li>visual indication that web service results are still
3665             being retrieved from server</li>
3666           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3667             starts up for first time</li>
3668           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3669             services</li>
3670           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3671             client library</li>
3672           <li>Examples directory and Groovy library included in
3673             InstallAnywhere distribution</li>
3674         </ul> <em>Applet</em>
3675         <ul>
3676           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3677             visualization applet example</li>
3678         </ul> <em>General</em>
3679         <ul>
3680           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3681           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3682             defaults</li>
3683           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3684             calculation</li>
3685           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3686             matrices
3687           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3688             in HTML</li>
3689           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3690             structure contacts</li>
3691           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3692           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3693           <li>Parse sequence associated secondary structure
3694             information in Stockholm files</li>
3695           <li>HTML Export database accessions and annotation
3696             information presented in tooltip for sequences</li>
3697           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3698             style RNA alignment files</li>
3699           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3700             alignment</li>
3701           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3702             shade each sequence according to its associated alignment
3703             annotation</li>
3704           <li>New Jalview Logo</li>
3705         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3706         <ul>
3707           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3708           <li>New Website!</li>
3709         </ul></td>
3710       <td><em>Application</em>
3711         <ul>
3712           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3713             wsdbfetch REST service</li>
3714           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3715           <li>Filetype associations not installed for webstart
3716             launch</li>
3717           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3718             job execution in full once it is complete</li>
3719           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3720             uploaded via ali_file parameter</li>
3721           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3722           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3723           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3724             submitted for prediction</li>
3725           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3726             desktop window</li>
3727           <li>Putting fractional value into integer text box in
3728             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3729           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3730             windows 7</li>
3731           <li>View all structures fails with exception shown in
3732             structure view</li>
3733           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3734             escaped in a platform independent way</li>
3735           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3736             using proxy</li>
3737           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3738             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3739           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3740             failure when java web start temporary file caching is
3741             disabled</li>
3742           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3743             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3744           <li>Errors during processing of command line arguments
3745             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3746           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3747             DAS sources in sequence fetcher</li>
3748           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3749             dialog is shown</li>
3750           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3751           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3752           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3753           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3754             on OSX Mountain Lion</li>
3755           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3756             sequences with alignment annotation are pasted into the
3757             alignment</li>
3758           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3759             when loaded from Jalview project</li>
3760           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3761           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3762             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3763           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3764             associated with all views</li>
3765           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3766             annotation rows to new window</li>
3767         </ul> <em>Applet</em>
3768         <ul>
3769           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3770             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3771           <li>loading features via javascript API automatically
3772             enables feature display</li>
3773           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3774             work</li>
3775         </ul> <em>General</em>
3776         <ul>
3777           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3778           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3779             and then deselected</li>
3780           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3781           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3782             coloured with clustalx</li>
3783           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3784             exceptions and redraw errors</li>
3785           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3786             reconfigured view</li>
3787           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3788             colour</li>
3789           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3790             for lots of labels</li>
3791         </ul>
3792     </tr>
3793     <tr>
3794       <td>
3795         <div align="center">
3796           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3797         </div>
3798       </td>
3799       <td><em>Application</em>
3800         <ul>
3801           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3802           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3803           <li>View/alignment association menu to enable user to
3804             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3805             its colours/correspondences from</li>
3806           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3807           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3808             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3809           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3810           <li>Annotation row column label formatting attributes
3811             stored in project file</li>
3812           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3813             rows preserved in Jalview project file</li>
3814           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3815             saved using Desktop window menu</li>
3816           <li>Visual indication that command line arguments are
3817             still being processed</li>
3818           <li>Groovy script execution from URL</li>
3819           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3820             preferences</li>
3821           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3822             alignment with sequences that have high similarity and
3823             matching IDs</li>
3824           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3825           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3826             structures in same window</li>
3827           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3828           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3829             analysis function in its own submenu</li>
3830         </ul> <em>Applet</em>
3831         <ul>
3832           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3833             groups</li>
3834           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3835           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3836           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3837           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3838           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3839             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3840           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3841           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3842             parameters are treated as such</li>
3843           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3844             <ul>
3845               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3846               <li>Javascript callbacks for
3847                 <ul>
3848                   <li>Applet initialisation</li>
3849                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3850                 </ul>
3851               </li>
3852               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3853                 functions</li>
3854               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3855               <li>javascript structure viewer harness to pass
3856                 messages between Jmol and Jalview when running as
3857                 distinct applets</li>
3858               <li>sortBy method</li>
3859               <li>Set of applet and application examples shipped
3860                 with documentation</li>
3861               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3862                 javascript message exchange</li>
3863             </ul>
3864         </ul> <em>General</em>
3865         <ul>
3866           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3867             multiple alignments</li>
3868           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3869           <li>User configurable link to enable redirects to a
3870             www.Jalview.org mirror</li>
3871           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3872           <li>Configurable newline string when writing alignment
3873             and other flat files</li>
3874           <li>Allow alignment annotation description lines to
3875             contain html tags</li>
3876         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3877         <ul>
3878           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3879             examples</li>
3880           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3881             using a web service before displaying the result in the
3882             Jalview desktop</li>
3883           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3884           <li>Ant target to publish example html files with applet
3885             archive</li>
3886           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3887           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3888         </ul></td>
3889       <td><em>Application</em>
3890         <ul>
3891           <li>User defined colourscheme throws exception when
3892             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3893           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3894             dialog for valid filename/format</li>
3895           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3896           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3897             P37173</li>
3898           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3899             which sequence is to be associated with the file</li>
3900           <li>Find All raises null pointer exception when query
3901             only matches sequence IDs</li>
3902           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3903           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3904             2.4 cannot be loaded</li>
3905           <li>Filetype associations not installed for webstart
3906             launch</li>
3907           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3908             with sequences in different alignments do not get coloured
3909             by their associated sequence</li>
3910           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3911             not preserved when project is loaded</li>
3912           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3913             stored in Jalview project</li>
3914           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3915             Jalview project</li>
3916           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3917           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3918             by conservation</li>
3919           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3920             created on new view</li>
3921           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3922             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3923           <li>Alignment quality not updated after alignment
3924             annotation row is hidden then shown</li>
3925           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3926             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3927           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3928             properly</li>
3929           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3930             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3931           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3932           <li>Structures imported from file and saved in project
3933             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3934           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3935             job execution in full once it is complete</li>
3936         </ul> <em>Applet</em>
3937         <ul>
3938           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3939             annotation rows are displayed</li>
3940           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3941             codebase</li>
3942           <li>View follows highlighting does not work for positions
3943             in sequences</li>
3944           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3945           <li>Export features raises exception when no features
3946             exist</li>
3947           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3948             for javascript api is modified when separator string
3949             provided as parameter</li>
3950           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3951             alignment with no existing selection</li>
3952           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3953             to applet&#39;s codebase</li>
3954           <li>Status bar not updated after finished searching and
3955             search wraps around to first result</li>
3956           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3957             several Jalview applets causes race conditions and memory
3958             leaks</li>
3959           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3960             not sent from Jmol in applet</li>
3961           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3962             applet API fatally hang browser</li>
3963         </ul> <em>General</em>
3964         <ul>
3965           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3966             position with wrapped view and hidden regions</li>
3967           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3968             with/without hidden columns</li>
3969           <li>Sequence length given in alignment properties window
3970             is off by 1</li>
3971           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3972             import PDB like structure files</li>
3973           <li>Positional search results are only highlighted
3974             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3975           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3976           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3977             given sequence position</li>
3978           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3979             output</li>
3980           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3981             from nucleotide chains correctly</li>
3982           <li>Structure colours not updated when tree partition
3983             changed in alignment</li>
3984           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3985             parsed in interleaved stockholm</li>
3986           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3987             state</li>
3988           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3989             properly</li>
3990           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3991             properly associated with their pdb files</li>
3992         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3993         <ul>
3994           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3995             ApplyCopyright tool</li>
3996         </ul></td>
3997     </tr>
3998     <tr>
3999       <td>
4000         <div align="center">
4001           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4002         </div>
4003       </td>
4004       <td><em>Application</em>
4005         <ul>
4006           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4007             contact web services</li>
4008           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4009             service job window</li>
4010           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4011         </ul></td>
4012       <td>
4013         <ul>
4014           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4015             pir file emitted by Jalview</li>
4016           <li>Existing feature settings transferred to new
4017             alignment view created from cut'n'paste</li>
4018           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4019             parsing PDB files</li>
4020           <li>Consensus and conservation annotation rows
4021             occasionally become blank for all new windows</li>
4022           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4023             in wrapped view mode</li>
4024         </ul> <em>Application</em>
4025         <ul>
4026           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4027             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4028           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4029             parameter names</li>
4030           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4031             is down</li>
4032         </ul>
4033       </td>
4034     </tr>
4035     <tr>
4036       <td>
4037         <div align="center">
4038           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4039         </div>
4040       </td>
4041       <td><em>Application</em>
4042         <ul>
4043           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4044             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4045             (JABAWS)
4046           </li>
4047           <li>Web Services preference tab</li>
4048           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4049             preferences</li>
4050           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4051           <li>Superpose structures using associated sequence
4052             alignment</li>
4053           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4054             viewer</li>
4055         </ul> <em>Applet</em>
4056         <ul>
4057           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4058             link out mechanism</li>
4059         </ul> <em>Other</em>
4060         <ul>
4061           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4062             series 12</li>
4063           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4064             require Java 1.5</li>
4065           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4066             sequence annotation files</li>
4067           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4068             type colour specification</li>
4069           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4070             script to check if it being run in an interactive session or
4071             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4072         </ul></td>
4073       <td>
4074         <ul>
4075           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4076             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4077         </ul> <em>Application</em>
4078         <ul>
4079           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4080             selected Regions menu item</li>
4081           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4082             part of a valid accession ID</li>
4083           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4084             runs out of memory</li>
4085           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4086             analysis results</li>
4087           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4088             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4089           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4090         </ul> <em>Applet</em>
4091         <ul>
4092           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4093             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4094             defined.</li>
4095         </ul>
4096       </td>
4097     </tr>
4098     <tr>
4099       <td>
4100         <div align="center">
4101           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4102         </div>
4103       </td>
4104       <td></td>
4105       <td>
4106         <ul>
4107           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4108             sequence IDs</li>
4109           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4110             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4111           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4112             import correctly</li>
4113           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4114             number of columns are hidden</li>
4115           <li>annotation label popup menu not providing correct
4116             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4117             present</li>
4118           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4119             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4120           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4121             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4122
4123         </ul> <em>Applet</em>
4124         <ul>
4125           <li>annotation panel disappears when annotation is
4126             hidden/removed</li>
4127         </ul> <em>Application</em>
4128         <ul>
4129           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4130             alignment opened where annotation panel is visible but no
4131             annotations are present on alignment</li>
4132           <li>pasted region containing hidden columns is
4133             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4134           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4135             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4136           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4137             selected Rregions menu item.</li>
4138           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4139             'Un' or 'Non'conserved</li>
4140           <li>Sequence feature settings are being shared by
4141             multiple distinct alignments</li>
4142           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4143             changed</li>
4144           <li>double click on group annotation to select sequences
4145             does not propagate to associated trees</li>
4146           <li>Mac OSX specific issues:
4147             <ul>
4148               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4149                 window background</li>
4150               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4151                 name set correctly</li>
4152               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4153                 save feature colourscheme button</li>
4154             </ul>
4155           </li>
4156         </ul>
4157       </td>
4158     </tr>
4159     <tr>
4160
4161       <td>
4162         <div align="center">
4163           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4164         </div>
4165       </td>
4166       <td><em>New Capabilities</em>
4167         <ul>
4168           <li>URL links generated from description line for
4169             regular-expression based URL links (applet and application)
4170
4171           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4172             menu</li>
4173           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4174             structures</li>
4175           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4176             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4177           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4178             average score or total feature count for each sequence.</li>
4179           <li>Shading features by score or associated description</li>
4180           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4181             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4182           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4183             hide everything but the currently selected region.</li>
4184           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4185         </ul> <em>Application</em>
4186         <ul>
4187           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4188             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4189           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4190             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4191           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4192             database references and protein_name is parsed as
4193             description line (BioSapiens terms).</li>
4194           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4195             references in sequence ID tooltip from View menu in
4196             application.</li>
4197           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4198       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4199           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4200             conservation plots</li>
4201           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4202             and visualized as sequence logos</li>
4203           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4204             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4205           </li>
4206           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4207             when a new tree is opened.</li>
4208           <li>Jalview Java Console</li>
4209           <li>Better placement of desktop window when moving
4210             between different screens.</li>
4211           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4212             consensus annotation</li>
4213           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4214             Workflows</li>
4215           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4216             <ul>
4217               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4218                 used to preserve views, structures, and tree display
4219                 settings)</li>
4220               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4221                 command line</li>
4222               <li>Sharing of selected regions between views and
4223                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4224               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4225             </ul></li>
4226         </ul> <em>Applet</em>
4227         <ul>
4228           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4229           <li>New Parameters
4230             <ul>
4231               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4232                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4233                 opened.</li>
4234               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4235                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4236               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4237                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4238               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4239                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4240                 view</li>
4241               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4242                 increase the height or width of a cell in the alignment
4243                 grid relative to the current font size.</li>
4244             </ul>
4245           </li>
4246           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4247             tooltip</li>
4248         </ul> <em>Other</em>
4249         <ul>
4250           <li>Features format: graduated colour definitions and
4251             specification of feature scores</li>
4252           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4253             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4254             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4255           <li>XML formats extended to support graduated feature
4256             colourschemes, group associated annotation, and profile
4257             visualization settings.</li></td>
4258       <td>
4259         <ul>
4260           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4261             rather than description</li>
4262           <li>Non-positional features are now included in sequence
4263             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4264             visibility in tooltip).</li>
4265           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4266           <li>Added URL embedding instructions to features file
4267             documentation.</li>
4268           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4269             'X' in peptide product</li>
4270           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4271             sequence ID and sequence string and query strings do not
4272             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4273           <li>AMSA files only contain first column of
4274             multi-character column annotation labels</li>
4275           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4276             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4277             exported and re-imported)</li>
4278           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4279             name</li>
4280           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4281             as subsequence matches, and correctly reports total number
4282             of both.</li>
4283           <li>Application:
4284             <ul>
4285               <li>Better handling of exceptions during sequence
4286                 retrieval</li>
4287               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4288                 link text excludes the start_end suffix</li>
4289               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4290                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4291               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4292               <li>Sequence description lines properly shared via
4293                 VAMSAS</li>
4294               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4295                 data sources</li>
4296               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4297                 completes before alignment figures are generated.</li>
4298               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4299                 first time.</li>
4300               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4301                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4302               <li>User defined group colours properly recovered
4303                 from Jalview projects.</li>
4304             </ul>
4305           </li>
4306         </ul>
4307       </td>
4308
4309     </tr>
4310     <tr>
4311       <td>
4312         <div align="center">
4313           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4314         </div>
4315       </td>
4316       <td>
4317         <ul>
4318           <li>Experimental support for google analytics usage
4319             tracking.</li>
4320           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4321         </ul>
4322       </td>
4323       <td>
4324         <ul>
4325           <li>Race condition in applet preventing startup in
4326             jre1.6.0u12+.</li>
4327           <li>Exception when feature created from selection beyond
4328             length of sequence.</li>
4329           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4330           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4331             all sequences with a given id</li>
4332           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4333             ID string searches</li>
4334           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4335             alignment to fail with exception</li>
4336         </ul> <em>Application Issues</em>
4337         <ul>
4338           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4339           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4340             data sources</li>
4341         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4342         <ul>
4343           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4344             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4345           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4346             version (java class versioning error fixed)</li>
4347         </ul>
4348       </td>
4349     </tr>
4350     <tr>
4351       <td>
4352
4353         <div align="center">
4354           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4355         </div>
4356       </td>
4357       <td><em>User Interface</em>
4358         <ul>
4359           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4360             translation and protein products</li>
4361           <li>Linked highlighting of structure associated with
4362             residue mapping to codon position</li>
4363           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4364             and 'clear' button</li>
4365           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4366             Tools menu</li>
4367           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4368             numeric data in description line</li>
4369           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4370           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4371             of sequence</li>
4372         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4373         <ul>
4374           <li>JPred3 web service</li>
4375           <li>Prototype sequence search client (no public services
4376             available yet)</li>
4377           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4378             PFAM</li>
4379           <li>URL Links created for matching database cross
4380             references as well as sequence ID</li>
4381           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4382         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4383         <ul>
4384           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4385             databases</li>
4386           <li>Generalised database reference retrieval and
4387             validation to all fetchable databases</li>
4388           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4389             sequence command</li>
4390         </ul> <em>Import and Export</em>
4391         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4392         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4393           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4394         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4395           File</li>
4396         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4397           triplet as name of colourscheme</li>
4398         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4399         <ul>
4400           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4401           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4402             alignments (experimental)</li>
4403           <li>Create new or select existing session to join</li>
4404           <li>load and save of vamsas documents</li>
4405         </ul> <em>Application command line</em>
4406         <ul>
4407           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4408             from applet)</li>
4409           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4410             of DAS servers to query for alignment features</li>
4411           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4412             that are also automatically queried for features</li>
4413           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4414             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4415         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4416         <ul>
4417           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4418             application (when using &quot;View in full
4419             application&quot;)</li>
4420         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4421         <ul>
4422           <li>feature group display control parameter</li>
4423           <li>debug parameter</li>
4424           <li>showbutton parameter</li>
4425         </ul> <em>Applet API methods</em>
4426         <ul>
4427           <li>newView public method</li>
4428           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4429           <li>Feature display control methods</li>
4430           <li>get list of currently selected sequences</li>
4431         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4432         <ul>
4433           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4434           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4435             Jalview release.</li>
4436           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4437             property controls execution of obfuscator</li>
4438           <li>Build target for generating source distribution</li>
4439           <li>Debug flag for javacc</li>
4440           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4441             jalview.bin.Cache</li>
4442           <li>Continuous Build Integration for stable and
4443             development version of Application, Applet and source
4444             distribution</li>
4445         </ul></td>
4446       <td>
4447         <ul>
4448           <li>selected region output includes visible annotations
4449             (for certain formats)</li>
4450           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4451             for editing</li>
4452           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4453           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4454           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4455           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4456             comments</li>
4457           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4458             filenames containing a ':'</li>
4459           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4460             global sequence features</li>
4461           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4462             references from alignment sequences goes to zero</li>
4463           <li>Close of tree branch colour box without colour
4464             selection causes cascading exceptions</li>
4465           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4466           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4467             file parsing fails.</li>
4468           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4469           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4470             not a valid output format</li>
4471           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4472             vamsas</li>
4473           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4474           <li>error messages passed up and output when data read
4475             fails</li>
4476           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4477             sequence is edited</li>
4478           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4479             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4480           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4481             filetype</li>
4482           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4483             import fixed for PFAM records</li>
4484           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4485             window list</li>
4486           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4487             can be read and written correctly to annotation file</li>
4488           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4489             correctly</li>
4490           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4491             non-italic font for representatives in Applet</li>
4492           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4493             Macs.</li>
4494           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4495             Applet)</li>
4496           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4497             due to null pointer exceptions</li>
4498           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4499             first column of alignment</li>
4500           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4501             July 2008</li>
4502           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4503             file is case-insensitive</li>
4504           <li>Sequence features read from Features file appended to
4505             all sequences with matching IDs</li>
4506           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4507             containing a sub-sequence</li>
4508           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4509           <li>feature and annotation file applet parameters
4510             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4511           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4512           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4513             splash-screen version check to complete</li>
4514           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4515             when passing them to the launchApp service</li>
4516           <li>display name and local features preserved in results
4517             retrieved from web service</li>
4518           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4519             sequence fetcher initialisation</li>
4520           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4521             dasobert DAS client</li>
4522           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4523             association</li>
4524           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4525             sequences
4526           </li>
4527         </ul>
4528       </td>
4529     </tr>
4530     <tr>
4531       <td>
4532         <div align="center">
4533           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4534         </div>
4535       </td>
4536       <td>
4537         <ul>
4538           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4539           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4540           <li>Slide sequences</li>
4541           <li>Edit sequence in place</li>
4542           <li>EMBL CDS features</li>
4543           <li>DAS Feature mapping</li>
4544           <li>Feature ordering</li>
4545           <li>Alignment Properties</li>
4546           <li>Annotation Scores</li>
4547           <li>Sort by scores</li>
4548           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4549         </ul>
4550       </td>
4551       <td>
4552         <ul>
4553           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4554           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4555           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4556           <li>Feature group display state in XML</li>
4557           <li>Feature ordering in XML</li>
4558           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4559           <li>Stockholm alignment properties</li>
4560           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4561           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4562           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4563           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4564         </ul>
4565       </td>
4566
4567     </tr>
4568     <tr>
4569       <td>
4570         <div align="center">
4571           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4572         </div>
4573       </td>
4574       <td>
4575         <ul>
4576           <li>Non standard characters can be read and displayed
4577           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4578             applet via textbox
4579           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4580             name &amp; description
4581           <li>Preference setting to display sequence name in
4582             italics
4583           <li>Annotation file format extended to allow
4584             Sequence_groups to be defined
4585           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4586             specified in preferences
4587           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4588             sequences
4589         </ul>
4590       </td>
4591       <td>
4592         <ul>
4593           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4594             installed
4595           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4596           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4597         </ul>
4598       </td>
4599     </tr>
4600     <tr>
4601       <td>
4602         <div align="center">
4603           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4604         </div>
4605       </td>
4606       <td>
4607         <ul>
4608           <li>Multiple views on alignment
4609           <li>Sequence feature editing
4610           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4611           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4612           <li>Background dependent text colour
4613           <li>Right align sequence ids
4614           <li>User-defined lower case residue colours
4615           <li>Format Menu
4616           <li>Select Menu
4617           <li>Menu item accelerator keys
4618           <li>Control-V pastes to current alignment
4619           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4620           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4621           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4622
4623           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4624         </ul>
4625       </td>
4626       <td>
4627         <ul>
4628           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4629           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4630             calculations
4631           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4632             edits
4633           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4634             of alignment)
4635           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4636
4637           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4638             display correctly
4639           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4640           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4641             analysis results
4642           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4643             &#8739;
4644           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4645           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4646           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4647
4648         </ul>
4649       </td>
4650     </tr>
4651     <tr>
4652       <td>
4653         <div align="center">
4654           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4655         </div>
4656       </td>
4657       <td>
4658         <ul>
4659           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4660         </ul>
4661       </td>
4662       <td>
4663         <ul>
4664           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4665             sequence id panel has been resized</li>
4666           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4667             rendered</li>
4668           <li>Annotation files with sequence references - all
4669             elements in file are relative to sequence position</li>
4670           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4671         </ul>
4672       </td>
4673     </tr>
4674     <tr>
4675       <td>
4676         <div align="center">
4677           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4678         </div>
4679       </td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4683           <li>DAS Feature fetching</li>
4684           <li>Hide sequences and columns</li>
4685           <li>Export Annotations and Features</li>
4686           <li>GFF file reading / writing</li>
4687           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4688             files</li>
4689           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4690           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4691           <li>Applet can launch the full application</li>
4692           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4693             required)</li>
4694           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4695           <li>Applet can load sequences from parameter
4696             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4697           </li>
4698         </ul>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4703           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4704           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4705         </ul>
4706       </td>
4707     </tr>
4708     <tr>
4709       <td>
4710         <div align="center">
4711           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4712         </div>
4713       </td>
4714       <td>
4715         <ul>
4716           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4717           <li>Choose to match case when searching</li>
4718           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4719             expand the visible width and height of the alignment</li>
4720         </ul>
4721       </td>
4722       <td>
4723         <ul>
4724           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4725         </ul>
4726       </td>
4727     </tr>
4728     <tr>
4729       <td>
4730         <div align="center">
4731           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4732         </div>
4733       </td>
4734       <td>&nbsp;</td>
4735       <td>
4736         <ul>
4737           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4738           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4739             value</li>
4740         </ul>
4741       </td>
4742     </tr>
4743     <tr>
4744       <td>
4745         <div align="center">
4746           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4747         </div>
4748       </td>
4749       <td>
4750         <ul>
4751           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4752           <li>Keyboard editing</li>
4753           <li>Create sequence features from searches</li>
4754           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4755             alignments</li>
4756           <li>Features file allows grouping of features</li>
4757           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4758           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4759           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4760         </ul>
4761       </td>
4762       <td>
4763         <ul>
4764           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4765           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4766             descriptions saved.</li>
4767         </ul>
4768       </td>
4769     </tr>
4770     <tr>
4771       <td>
4772         <div align="center">
4773           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4774         </div>
4775       </td>
4776       <td>
4777         <ul>
4778           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4779           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4780           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4781             name for file output</li>
4782           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4783           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4784             used for HTML form input</li>
4785         </ul>
4786       </td>
4787       <td>
4788         <ul>
4789           <li>HTML output writes groups and features</li>
4790           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4791           <li>File IO bugs</li>
4792         </ul>
4793       </td>
4794     </tr>
4795     <tr>
4796       <td>
4797         <div align="center">
4798           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4799         </div>
4800       </td>
4801       <td>
4802         <ul>
4803           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4804           <li>More options for PCA viewer</li>
4805         </ul>
4806       </td>
4807       <td>
4808         <ul>
4809           <li>GUI bugs resolved</li>
4810           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4811         </ul>
4812       </td>
4813     </tr>
4814     <tr>
4815       <td height="63">
4816         <div align="center">
4817           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4818         </div>
4819       </td>
4820       <td>
4821         <ul>
4822           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4823           <li>Jar files are executable</li>
4824           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4825         </ul>
4826       </td>
4827       <td>
4828         <ul>
4829           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4830           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4831           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4832         </ul>
4833       </td>
4834     </tr>
4835     <tr>
4836       <td>
4837         <div align="center">
4838           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4839         </div>
4840       </td>
4841       <td>
4842         <ul>
4843           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4844         </ul>
4845       </td>
4846       <td>
4847         <ul>
4848           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4849         </ul>
4850       </td>
4851     </tr>
4852     <tr>
4853       <td>
4854         <div align="center">
4855           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4856         </div>
4857       </td>
4858       <td>
4859         <ul>
4860           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4861             size</li>
4862         </ul>
4863       </td>
4864       <td>
4865         <ul>
4866           <li>Improved JPred client reliability</li>
4867           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4868         </ul>
4869       </td>
4870     </tr>
4871     <tr>
4872       <td>
4873         <div align="center">
4874           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4875         </div>
4876       </td>
4877       <td>
4878         <ul>
4879           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4880           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4881           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4882             to Colour Menu</li>
4883           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4884           <li>Unix users can set default web browser</li>
4885           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4886           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4887         </ul>
4888       </td>
4889       <td>
4890         <ul>
4891           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4892         </ul>
4893       </td>
4894     </tr>
4895     <tr>
4896       <td>
4897         <div align="center">
4898           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4899         </div>
4900       </td>
4901       <td>&nbsp;</td>
4902       <td>
4903         <ul>
4904           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4905             alignment order.</li>
4906         </ul>
4907       </td>
4908     </tr>
4909     <tr>
4910       <td>
4911         <div align="center">
4912           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4913         </div>
4914       </td>
4915       <td>
4916         <ul>
4917           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4918           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4919           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4920             annotations.</li>
4921           <li>Version and build date written to build properties
4922             file.</li>
4923           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4924             at launch of Jalview.</li>
4925         </ul>
4926       </td>
4927       <td>
4928         <ul>
4929           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4930           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4931           <li>Can remove groups one by one.</li>
4932           <li>Filechooser icons installed.</li>
4933           <li>Finder ignores return character when searching.
4934             Return key will initiate a search.<br>
4935           </li>
4936         </ul>
4937       </td>
4938     </tr>
4939     <tr>
4940       <td>
4941         <div align="center">
4942           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4943         </div>
4944       </td>
4945       <td>
4946         <ul>
4947           <li>New codebase</li>
4948         </ul>
4949       </td>
4950       <td>&nbsp;</td>
4951     </tr>
4952   </table>
4953   <p>&nbsp;</p>
4954 </body>
4955 </html>