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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59       <tr>
  60         <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61             id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
  62             <em>18/01/2022</em></strong>
  63         </td>
  64         <td>
  65         </td>
  66         <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  67           <ul>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
  70             certificates.
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
  74             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
  75             Unix/BSD OSs)
  76           </li>
  77         </ul></td>
  78       </tr>
  79       <tr>
  80       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  81           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
  82           <em>6/01/2022</em></strong></td>
  83
  84       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  85         <ul>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
  88             </li>
  89         </ul></td>
  90       <td>
  91       </td>
  92     </tr>
  93     <tr>
  94       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  95           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
  96           <em>20/12/2021</em></strong></td>
  97
  98       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  99         <ul>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 102             (was log4j 1.2.x).
 103         </ul> <em>Development</em>
 104         <ul>
 105           <li>Updated building instructions</li>
 106         </ul></td>
 107       <td>
 108         <ul>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 111             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 112             and display)
 113           </li>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 116             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 117             only)
 118           </li>
 119         </ul> <em>Development</em>
 120         <ul>
 121           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 122         </ul>
 123       </td>
 124     </tr>
 125     <tr>
 126       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 127           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 128           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 129       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 130           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 131         <ul>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 134             launch of the news browser (like -nonews argument)
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 138             download of linkout URLs from
 139             www.jalview.org/services/identifiers
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 143             download of BIOJSHTML templates
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 147             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 148             disabled
 149           </li>
 150         </ul></td>
 151       <td align="left" valign="top">
 152         <ul>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 155             Jmol
 156           </li>
 157         </ul> <em>New Known defects</em>
 158         <ul>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 161             always restored from project (since 2.10.3)
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 165             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 166           </li>
 167         </ul>
 168       </td>
 169     </tr>
 170     <tr>
 171       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 172           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 173           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 174       <td align="left" valign="top">
 175         <ul>
 176
 177         </ul>
 178       </td>
 179       <td align="left" valign="top">
 180         <ul>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 183             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 187             sequences can be classed as nucleotide
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 191             sequences after alignment of protein products (known defect
 192             first reported for 2.11.1.0)
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 196             features outwith CDS shown overlaid on protein
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 200             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 201             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 205             CDS features
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 209             always select corresponding protein sequences
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 213             column selection doesn't always ignore hidden columns
 214           </li>
 215         </ul> <em>Installer</em>
 216         <ul>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 219             Windows prevents install4j launching getdown
 220           </li>
 221         </ul> <em>Development</em>
 222         <ul>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 225             version numbers in doc/building.md
 226           </li>
 227         </ul>
 228       </td>
 229     </tr>
 230     <tr>
 231       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 232           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 233           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 234       <td align="left" valign="top">
 235         <ul>
 236         </ul>
 237       </td>
 238       <td align="left" valign="top">
 239         <ul>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 242             "Encountered problems opening
 243             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 244           </li>
 245         </ul>
 246       </td>
 247     </tr>
 248     <tr>
 249       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 250           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 251           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 252       <td align="left" valign="top">
 253         <ul>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 256             residue in cursor mode
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 260             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 264             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 265             improved compatibility with JalviewJS
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 269             alignments from Pfam and Rfam
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 273             import (no longer based on .gz extension)
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 280             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 281             EMBL flat file
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 285             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 286             saving or making backup files.
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 290             <ul>
 291               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 292               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 293             </ul>
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 297             when running on Linux (Requires Java 11+)
 298           </li>
 299         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 300         <ul>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 303             through a system property
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 307             line help for configuring Jalview's memory
 308           </li>
 309         </ul>
 310       </td>
 311       <td align="left" valign="top">
 312         <ul>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 315             but not calculated and no protein or DNA score models are
 316             available for tree/PCA calculation when launched with
 317             Turkish language locale
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 321             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 325             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 329             sequence under the cursor
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 333             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 337             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 338             '%s'" on the console
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 342             when there are both local and complementary features mapped
 343             to the position under the cursor
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 347             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 351             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 355             internationalised text for some messages and log output
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 359             hidden gapped columns
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 363             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 367             specifying output format when exporting an alignment via the
 368             command line
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 372             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 373             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 374             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 375             file again, and if that fails, delete the original file and
 376             save in place.)
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 380             via command line
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 384             program and documentation
 385           </li>
 386         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 387         <ul>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 390             first time for a version that has different jars to the
 391             previous launched version.
 392           </li>
 393         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 394         <ul>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 397             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 398             OutOfMemory error.
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 402             monitor the release channel
 403           </li>
 404         </ul> <em>New Known defects</em>
 405         <ul>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 408             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 409             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 410             genome of RNA viruses)
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 414             are ordered differently when shown on alignment and in
 415             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 419             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 420             works for the top left quadrant of the alignment window
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 424             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 428             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 432             protein products for certain ENA records are repeatedly
 433             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 434           </li>
 435         </ul>
 436       </td>
 437     </tr>
 438     <tr>
 439       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 440           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 441           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 442       <td align="left" valign="top">
 443         <ul>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 446             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 447             for display in alignments, on structure views (including
 448             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 449             export.
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 453             exported and re-imported as GFF3 files
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 457             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 461             validation while parsing
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 465             position if reopened
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 469             of associated view
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 473             enabled by default
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 477             tooltips and menus
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 481             with no feature types visible
 482           </li>
 483           <li>
 484           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 485           </li>
 486         </ul><em>Jalview Installer</em>
 487             <ul>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 490             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 497           </li>
 498               <li>
 499                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 500               <li>
 501                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 502         </ul> <em>Release processes</em>
 503         <ul>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 509           </li>
 510         </ul> <em>Build System</em>
 511         <ul>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 517             report
 518           </li>
 519         </ul>
 520         <em>Groovy Scripts</em>
 521             <ul>
 522           <li>
 523             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 524             to stdout containing the consensus sequence for each
 525             alignment in a Jalview session
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 529             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 530             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 531           </li>
 532         </ul>
 533       </td>
 534       <td align="left" valign="top">
 535         <ul>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 538             'Show hidden markers' option is not ticked
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 542             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 543             jalview preferences or properties file
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 547             'Show Sequence Features' option is not ticked
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 551             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 552             features are visible
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 556             equal when split frame is first opened
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 560             correct after editing a sequence's start position
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 564             with annotation and exceptions thrown when only a few
 565             columns shown in wrapped mode
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 569             wrapped alignment figure with annotations
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 573             ID fails with ClassCastException
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 577             Project
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 581             feature settings dialog also selects columns
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 585             IllegalArgumentException in some circumstances
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 589             opened for a view
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 593             alignment window is closed
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 597             help documentation for 2.11.0 release
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 601             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 602             Uniprot Accession
 603           </li>
 604         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 605         <ul>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 608             PDB/Uniprot search panel
 609           </li>
 610         </ul> <em>Installer</em>
 611         <ul>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 614             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 615           </li>
 616         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 617         <ul>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 620             repository
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 624             memory
 625           </li>
 626         </ul> <em>New Known Issues</em>
 627         <ul>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 630             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 631             command line
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 635             clipped in headless figure export when Right Align option
 636             enabled
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 640             'Source' in console output
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 644             bamboo server but run fine locally.
 645           </li>
 646         </ul>
 647       </td>
 648     </tr>
 649     <tr>
 650       <td width="60" align="center" nowrap>
 651           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 652             <em>04/07/2019</em></strong>
 653       </td>
 654       <td align="left" valign="top">
 655         <ul>
 656           <li>
 657             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 658             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 659             source project) rather than InstallAnywhere
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 663             settings, receive over the air updates and launch specific
 664             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 665               Rings' GetDown</a>)
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 669             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 673             arguments and switch between different getdown channels
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 677             or alignment files
 678           </li>
 679
 680           <li>
 681             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 682             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 685             'Translate as cDNA'</li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 688           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 689             <ul>
 690                       <li>
 691             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 692             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 693           <li>
 694                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 695                 features can be filtered and shaded according to any
 696                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 697                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 698                 file)
 699               </li>
 700               <li>
 701                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 702                 stored and restored from Jalview Projects
 703               </li>
 704               <li>
 705                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 706                 recognise variant features
 707               </li>
 708               <li>
 709                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 710                 sequences (also coloured red by default)
 711               </li>
 712               <li>
 713                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 714                 details
 715               </li>
 716               <li>
 717                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 718                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 719               </li>
 720               <li>
 721                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 722                 dialog
 723               </li>
 724             </ul>
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 728             tree and PCA calculations
 729           </li>
 730           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 731             <ul>
 732               <li>
 733                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 734                 and Viewer state saved in Jalview Project
 735               </li>
 736               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 737                 drop-down menus</li>
 738               <li>
 739                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 740                 incrementally
 741               </li>
 742               <li>
 743                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 744               </li>
 745             </ul>
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 749           </li>
 750           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 751           <ul>
 752               <li>
 753                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 754                 multiple groups when working with large alignments
 755               </li>
 756               <li>
 757                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 758                 Stockholm files
 759               </li>
 760             </ul>
 761           <li><strong>User Interface</strong>
 762           <ul>
 763               <li>
 764                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 765                 view
 766               </li>
 767               <li>
 768                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 769                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 770                 default (can be changed in user preferences)
 771               </li>
 772               <li>
 773                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 774                 to the Overwrite Dialog
 775               </li>
 776               <li>
 777                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 778                 sequences are hidden
 779               </li>
 780               <li>
 781                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 782                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 783               </li>
 784               <li>
 785                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 786                 labels
 787               </li>
 788               <li>
 789                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 790                 when in wrapped mode
 791               </li>
 792               <li>
 793                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 794                 annotation
 795               </li>
 796               <li>
 797                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 798               </li>
 799               <li>
 800                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 801                 panel
 802               </li>
 803               <li>
 804                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 805                 popup menu
 806               </li>
 807               <li>
 808               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 809               <li>
 810               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 811
 812
 813             </ul></li>
 814             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 815           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 816             <ul>
 817               <li>
 818                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 819                 trapping CMD-Q
 820               </li>
 821             </ul></li>
 822         </ul>
 823         <em>Deprecations</em>
 824         <ul>
 825           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 826             capabilities removed from the Jalview Desktop
 827           </li>
 828           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 829             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 830             and XML based data retrieval clients</li>
 831           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 832           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 833         </ul> <em>Documentation</em>
 834         <ul>
 835           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 836             not supported in EPS figure export
 837           </li>
 838           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 839         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 840         <ul>
 841           <li>
 842           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 843           </li>
 844       <li>
 845       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 846           <li>
 847           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 848             gradle-eclipse
 849           </li>
 850           <li>
 851           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 852             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 853             execution
 854           </li>
 855           <li>
 856           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 857             operations
 858           </li>
 859           <li>
 860           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 861             issues resolved
 862           </li>
 863           <li>
 864           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 865             markdown (with HTML rendering)
 866           </li>
 867           <li>
 868           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 869           </li>
 870           <li>
 871           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 872             versions of Jalview
 873           </li>
 874         </ul>
 875       </td>
 876       <td align="left" valign="top">
 877         <ul>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 883             superposition in Jmol fail on Windows
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 887             structures for sequences with lots of PDB structures
 888           </li>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 891             monospaced font
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 895             project involving multiple views
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 899             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 900             Annotation dialog hides columns
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 904             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 905             one view, then making another selection in the other view
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 909             columns
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 913             Settings and Jalview Preferences panels
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 917             overview with large alignments
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 921             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 922             mouse moved to the left of the first column
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 926             hidden column marker via scale popup menu
 927           </li>
 928           <li>
 929             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 930             doesn't tell users the invalid URL
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 934             score from view
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 938             show cross references or Fetch Database References are shown in
 939             red in original view
 940           </li>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 943             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 944           </li>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 947             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 951             when columns are hidden
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 955             Columns by Annotation description
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 959             out of Scale or Annotation Panel
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 963             scale panel
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 967             alignment down
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 971             scale panel
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 975             Page Up in wrapped mode
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 985             on opening an alignment
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 989             Colour menu
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 993             different groups in the alignment are selected
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 997             correctly in menu
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1001             threshold limit
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1005             threshold gets 'unrounded'
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1009             colour
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1019             Tree font
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1023             project file
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1027             shown in complementary view
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1031             without normalisation
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1035             of report
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1039           </li>
1040           <li>
1041           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1042           </li>
1043         </ul> <em>Editing</em>
1044         <ul>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1047             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1048             sequence
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1052             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1053             removed (Known defect since 2.10)
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1057             dialog corrupts dataset sequence
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1061             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1062           </li>
1063         </ul> <em>Datamodel</em>
1064         <ul>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1067             sequence's End is greater than its length
1068           </li>
1069         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1070           general release)</em>
1071         <ul>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1074           </li>
1075         </ul> <em>New Known Defects</em>
1076         <ul>
1077         <li>
1078         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1079         </li>
1080         <li>
1081           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1082           regions of protein alignment.
1083         </li>
1084         <li>
1085           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1086           is restored from a Jalview 2.11 project
1087         </li>
1088         <li>
1089           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1090           'New View'
1091         </li>
1092         <li>
1093           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1094           columns within hidden columns
1095         </li>
1096         <li>
1097           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1098           window after dragging left to select columns to left of visible
1099           region
1100         </li>
1101         <li>
1102           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1103           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1104           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1105           create a Score filter instead.
1106         </li>
1107         <li>
1108         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1109         <li>
1110         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1111         </li>
1112         <li>
1113           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1114           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1115         </li>
1116         </ul>
1117         <em>Java 11 Specific defects</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1121               alphabetically when saved
1122             </li>
1123         </ul>
1124       </td>
1125     </tr>
1126     <tr>
1127     <td width="60" nowrap>
1128       <div align="center">
1129         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1130       </div>
1131     </td>
1132     <td><div align="left">
1133         <em></em>
1134         <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1137               InstallAnywhere increased to 1G.
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1141               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1142               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1143                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1144                 properties file.</em>
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1148               API and sequence data now imported as JSON.
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1152               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1153               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1154               property.
1155             </li>
1156           </ul>
1157           <em>Development</em>
1158           <ul>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1161               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1162                 Clover</a>
1163             </li>
1164           </ul>
1165         </div></td>
1166     <td><div align="left">
1167         <em></em>
1168         <ul>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1171               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1172               alignment.
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1176               annotation displayed.
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1180               for newly created group when 'Apply to all groups'
1181               selected
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1185               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1186               visible.
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1190               when sequences are selected in exported view.</em>
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1194               aren't rendered with correct colour.
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1198               types of knotted RNA secondary structure.
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1202               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1203               do not start at 1.
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1207               annotation when columns are inserted into an alignment,
1208               and when exporting as Stockholm flatfile.
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1212               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1213               treated as RNA secondary structure.
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1217               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1221               transfers focus to previous window on OSX
1222             </li>
1223           </ul>
1224           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1225           <ul>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1228               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1229               box.
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1233               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1234               'look and feel' which has improved compatibility with the
1235               latest version of OSX.
1236             </li>
1237           </ul>
1238         </div>
1239     </td>
1240     </tr>
1241     <tr>
1242       <td width="60" nowrap>
1243         <div align="center">
1244           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1245             <em>7/06/2018</em></strong>
1246         </div>
1247       </td>
1248       <td><div align="left">
1249           <em></em>
1250           <ul>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1253               annotation retrieved from Uniprot
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1257               onto the Jalview Desktop
1258             </li>
1259           </ul>
1260         </div></td>
1261       <td><div align="left">
1262           <em></em>
1263           <ul>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1266               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1270               right-hand column parsed correctly
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1274               not alignment area in exported graphic
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1278               window has input focus
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1282               annotation added to view (Windows)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1286               network connectivity is poor
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1290               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1291                 the currently open URL and links from a page viewed in
1292                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1293                 you are using Edge, only links in the page can be
1294                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1295                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1296             </li>
1297           </ul>
1298           <em>New Known Defects</em>
1299           <ul>
1300             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1301           </ul>
1302         </div></td>
1303     </tr>
1304     <tr>
1305       <td width="60" nowrap>
1306         <div align="center">
1307           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1308         </div>
1309       </td>
1310       <td><div align="left">
1311           <em></em>
1312           <ul>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1315               for disabling automatic superposition of multiple
1316               structures and open structures in existing views
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1320               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1321               adjust them.
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1325               Ensembl services
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1329               and lots of hidden columns
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1333               of features (particularly when transparency is disabled)
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1337               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1338               generally available
1339             </li>
1340           </ul>
1341           </div>
1342       </td>
1343       <td><div align="left">
1344           <ul>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1347               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1351               overlapping alignment panel
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1355               sequence as gaps
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1359               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1360               UTR
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1364               factor annotation not added to sequence when local PDB
1365               file associated with it by drag'n'drop or structure
1366               chooser
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1370               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1374               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1378               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1382               columns in annotation row
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1386               honored in batch mode
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1390               for structures added to existing Jmol view
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1394               entries after importing project with multiple views
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1398               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1399               with negative residue numbers or missing residues fails
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1403               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1404               as generated by CONSURF)
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1408               tooltip doesn't include a text description of mutation
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1412               structure and/or overview windows are also shown
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1416               very slow for alignments with large numbers of sequences
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1420               with 'StringIndexOutOfBounds'
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1424               platforms running Java 10
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1428               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1429             </li>
1430           </ul>
1431           <em>Applet</em>
1432           <ul>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1435               should copy the group consensus when popup is opened on it
1436             </li>
1437           </ul>
1438           <em>Batch Mode</em>
1439           <ul>
1440           <li>
1441             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1442           </li>
1443           </ul>
1444           <em>New Known Defects</em>
1445           <ul>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1448               editing a large alignment and overview is displayed
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1452               repeatedly after a series of edits even when the overview
1453               is no longer reflecting updates
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1457               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1458               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1459               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1463               option gives blank output
1464             </li>
1465           </ul>
1466         </div>
1467           </td>
1468     </tr>
1469     <tr>
1470       <td width="60" nowrap>
1471         <div align="center">
1472           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1473         </div>
1474       </td>
1475       <td><div align="left">
1476           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1477               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1478       <td><div align="left">
1479           <em>Desktop</em><ul>
1480           <ul>
1481             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1482             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1483             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1484             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1485             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1486             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1487             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1488           </ul>
1489           </div>
1490       </td>
1491     </tr>
1492     <tr>
1493       <td width="60" nowrap>
1494         <div align="center">
1495           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1496         </div>
1497       </td>
1498       <td><div align="left">
1499           <em></em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1503               rendering of sequence features
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1507               429 rate limit request hander
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1511               their colours have changed
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1515               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1519               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1523               view from Ensembl locus cross-references
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1527               Alignment report
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1531               feature can be disabled
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1535               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1539               Uniprot
1540             </li>
1541           </ul>
1542           <em>Scripting</em>
1543           <ul>
1544             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1545             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1546               percent identity scores for current alignment.</li>
1547           </ul>
1548           <em>Testing and Deployment</em>
1549           <ul>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1552             </li>
1553           </ul>
1554         </div></td>
1555       <td><div align="left">
1556           <em>General</em>
1557           <ul>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1560               threshold text field doesn't trigger an update to the
1561               alignment view
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1565               strings in parallel
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1569               alignment window is closed
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1573               group visibility
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1577               takes a long time in Cursor mode
1578             </li>
1579           </ul>
1580           <em>Desktop</em>
1581           <ul>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1584               cannot be viewed in Chimera
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1588               CDS/Protein view
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1592               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1593               Search Dialogs
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1603               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1607               scrolling right in unwapped alignment view
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1611               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1612               database
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1616               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1620               features of same type and group to be selected for
1621               amending
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1625               alignments when hidden columns are present
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1629               displaying several structures
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1633               moving a window
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1637               within the Jalview desktop on OSX
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1641               when in wrapped alignment mode
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1645               hand end of alignment
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1649               each selected sequence do not have correct start/end
1650               positions
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1654               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1658               restoring project until a new view is created
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1662               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1663               configured (since 2.10.2b2)
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1667               position is adjusted
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1671               in a multi-chain structure when viewing alignment
1672               involving more than one chain (since 2.10)
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1676               if new selection moves alignment window
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1680               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1684               that produces correctly annotated transcripts and products
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1688               doesn't update associated structure view
1689             </li>
1690           </ul>
1691           <em>Applet</em><br />
1692           <ul>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1695               closing alignment panel
1696             </li>
1697           </ul>
1698           <em>BioJSON</em><br />
1699           <ul>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1702               non-positional features
1703             </li>
1704           </ul>
1705           <em>New Known Issues</em>
1706           <ul>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1709               sequence features correctly (for many previous versions of
1710               Jalview)
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1714               using cursor in wrapped panel other than top
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1718               graduated colour threshold
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1722               always preserve numbering and sequence features
1723             </li>
1724           </ul>
1725           <em>Known Java 9 Issues</em>
1726           <ul>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1729               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1730               9.01, OSX 10.10)
1731             </li>
1732           </ul>
1733         </div></td>
1734     </tr>
1735     <tr>
1736       <td width="60" nowrap>
1737         <div align="center">
1738           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1739             <em>2/10/2017</em></strong>
1740         </div>
1741       </td>
1742       <td><div align="left">
1743           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1747             </li>
1748             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1749             </li>
1750           </ul>
1751         </div></td>
1752       <td><div align="left">
1753         </div></td>
1754     </tr>
1755     <tr>
1756       <td width="60" nowrap>
1757         <div align="center">
1758           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1759             <em>7/9/2017</em></strong>
1760         </div>
1761       </td>
1762       <td><div align="left">
1763           <em></em>
1764           <ul>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1767               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1768               white)
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1772               Preferences
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1776               in size and progress bar shown as higher resolution
1777               overview is recalculated
1778             </li>
1779
1780           </ul>
1781         </div></td>
1782       <td><div align="left">
1783           <em></em>
1784           <ul>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1787               column region row by row
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1791               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1795               format setting is unticked
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1799               if group has show boxes format setting unticked
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1803               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1804               include sequences and columns not currently displayed
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1808               assemblies are imported via CIF file
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1812               displayed when threshold or conservation colouring is also
1813               enabled.
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1817               server version
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1821               dragging a selected region off the visible region of the
1822               alignment
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1826               colourscheme to all groups in a view
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1830               initially after font size change using the Font chooser or
1831               middle-mouse zoom
1832             </li>
1833           </ul>
1834         </div></td>
1835     </tr>
1836     <tr>
1837       <td width="60" nowrap>
1838         <div align="center">
1839           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1840         </div>
1841       </td>
1842       <td><div align="left">
1843           <em>Calculations</em>
1844           <ul>
1845
1846             <li>
1847               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1848               ungapped positions in each column of the alignment.
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1852               a calculation dialog box
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1856               and memory efficiency (~30x faster)
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1860               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1861               and other calculations
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1865               files within the Jalview codebase
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1869               Similarity may have different topology due to increased
1870               precision
1871             </li>
1872           </ul>
1873           <em>Rendering</em>
1874           <ul>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1877               model for alignments and groups
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1881               scripts
1882             </li>
1883           </ul>
1884           <em>Overview</em>
1885           <ul>
1886             <li>
1887               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1888               with alignment and overview windows
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1892               overview
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1896               omitted in Overview
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1900               adjustment of visible position
1901             </li>
1902           </ul>
1903
1904           <em>Data import/export</em>
1905           <ul>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1908               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1912               annotation input/output via stockholm flatfile
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1916               extension when importing structure files without embedded
1917               names or PDB accessions
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1921               format sequence substitution matrices
1922             </li>
1923           </ul>
1924           <em>User Interface</em>
1925           <ul>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1928               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1929               the application.
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1933               via Overview or sequence motif search operations
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1937               opened by double clicking gaps within sequence feature
1938               extent
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1942               aligned positions were available to create a 3D structure
1943               superposition.
1944             </li>
1945           </ul>
1946           <em>3D Structure</em>
1947           <ul>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1950               coloured in linked structure views
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1954               file-based command exchange
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1958               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1959               structures are already available for sequences
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1963               the Jalview project rather than downloaded again when the
1964               project is reopened.
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1968               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1969               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1970                 Feature</strong>)
1971             </li>
1972           </ul>
1973           <em>Web Services</em>
1974           <ul>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1980               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1981               Analysis services
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1985               cross-references provided by identifiers.org and the
1986               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1987             </li>
1988           </ul>
1989
1990           <em>Scripting</em>
1991           <ul>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1994               identifying file formats (instead of String constants)
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1998               efficiency when counting all displayed features (not
1999               backwards compatible with 2.10.1)
2000             </li>
2001           </ul>
2002           <em>Example files</em>
2003           <ul>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2006               included in the example feature file
2007             </li>
2008           </ul>
2009           <em>Documentation</em>
2010           <ul>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2013               with the built-in Java help viewer
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2017               sequence description' option
2018             </li>
2019           </ul>
2020           <em>Test Suite</em>
2021           <ul>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2024               Uniprot REST Free Text Search Client
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2031               during tests
2032             </li>
2033           </ul>
2034         </div></td>
2035       <td><div align="left">
2036           <em>Calculations</em>
2037           <ul>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2040               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2041               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2042             </li>
2043             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2044               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2045               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2046               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2047               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2048               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2049               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2050               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2051               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2052               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2053               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2054               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2055               // for 2.10.1 mode <br />
2056               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2057               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2058                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2059                 calculations (not recommended)</em></li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2062               scaling of branch lengths for trees computed using
2063               Sequence Feature Similarity.
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2067               generating output report when working with highly
2068               redundant alignments
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2072               right of selected region when gaps present on right-hand
2073               boundary
2074             </li>
2075           </ul>
2076           <em>User Interface</em>
2077           <ul>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2080               doesn't reselect a specific sequence's associated
2081               annotation after it was used for colouring a view
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2085               opened on a region of alignment without groups
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2089               of an alignment with overlapping groups
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2093               name and description match
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2097               hidden regions results in incorrect hidden regions
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2101               changing colour does not apply Conservation slider value
2102               to all groups
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2106               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2110               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2114               gaps before start of features
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2118               restored to UI when feature colour is edited
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2122               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2126               as graduate feature colour settings are modified via the
2127               dialog box
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2131               when a group defined on the alignment is resized
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2135               wrapped view result in positional status updates
2136             </li>
2137
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2140               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2144               alignment included gapped columns
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2148               widgets don't permanently disappear
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2152               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2153               T-Coffee column reliability scores)
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2157               sequence feature on gaps only
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2161               button from a Find inherit previously defined feature type
2162               rather than the Find query string
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2166               exporting tree calculated in Jalview
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2170               and then revealing them reorders sequences on the
2171               alignment
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2175               doesn't update to reflect available set of groups after
2176               interactively adding or modifying features
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2180               Linux
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2184               only excluded gaps in current sequence and ignored
2185               selection.
2186             </li>
2187           </ul>
2188           <em>Rendering</em>
2189           <ul>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2192               erratically when hidden rows or columns are present
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2196               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2197               sequence colouring
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2201               colour and group colour menu for protein alignments
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2205               reflect currently selected view or group's shading
2206               thresholds
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2210               when rendered on overview and structures when opacity at
2211               100%
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2215               overview when features overlaid on alignment
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2219               recovered correctly from Jalview project file
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2223               (automatically via preferences) are different to the main
2224               alignment panel
2225             </li>
2226           </ul>
2227           <em>Data import/export</em>
2228           <ul>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2231               load
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2235               added after a sequence was imported are not written to
2236               Stockholm File
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2240               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2244               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2248               with lightGray or darkGray via features file (but can
2249               specify lightgray)
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2253               when alignment view imported from project
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2257               structure and sequences extracted from structure files
2258               imported via URL and viewed in Jmol
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2262               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2263               the project is loaded and the structure viewed
2264             </li>
2265           </ul>
2266           <em>Web Services</em>
2267           <ul>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2270               release of Ensembl v.88
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2274               appear enabled in Preferences->Connections
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2278               removed from console output
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2282               Ensembl by Peptide ID
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2286               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2287               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2288               due to 'null' string rather than empty string used for
2289               residues with no corresponding PDB mapping).
2290             </li>
2291           </ul>
2292           <em>Application UI</em>
2293           <ul>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2296               menu
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2300               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2301               new documentation and tooltips added)
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2305               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2309               new features are added to alignment
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2313               changes to feature colours via the Amend features dialog
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2317               edit graduated feature colour via amend features dialog
2318               box
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2322               selection menu changes colours of alignment views
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2326               from alignment calculation workers after alignment has
2327               been closed
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2331               groups now 'Create Group'
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2335               Create/Undefine group doesn't always work
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2339               shown again after pressing 'Cancel'
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2343               adjusts start position in wrap mode
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2347               ambiguous amino acids
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2351               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2352               proteins
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2356               Defined' don't appear in Colours menu
2357             </li>
2358           </ul>
2359           <em>Applet</em>
2360           <ul>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2363               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2367               overview or linked structure view
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2371               work (since 2.8)
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2375               user-defined colourscheme doesn't restore original
2376               colourscheme
2377             </li>
2378           </ul>
2379           <em>Test Suite</em>
2380           <ul>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2383               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2387               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2388               problems with deep array comparison equality asserts in
2389               successive versions of TestNG
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2393               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2394             </li>
2395           </ul>
2396           <em>New Known Issues</em>
2397           <ul>
2398             <li>
2399               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2400               phase after a sequence motif find operation
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2404               containing just upper and lower case letters are
2405               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2409               reliably from eggnog Ortholog database
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2413               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2414               to mark columns containing highlighted regions.
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2418               doesn't always add secondary structure annotation.
2419             </li>
2420           </ul>
2421         </div>
2422     <tr>
2423       <td width="60" nowrap>
2424         <div align="center">
2425           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2426         </div>
2427       </td>
2428       <td><div align="left">
2429           <em>General</em>
2430           <ul>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2433               for all consensus calculations
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2437               3rd Oct 2016)
2438             </li>
2439             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2440               for 2016-2017</li>
2441           </ul>
2442           <em>Application</em>
2443           <ul>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2446               set of database cross-references, sorted alphabetically
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2450               from database cross references. Users with custom links
2451               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2452                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2456               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2457               Chimera session
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2461               the Chimera it is connected to is shut down
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2465               columns menu item to mark columns containing highlighted
2466               regions (e.g. from structure selections or results of a
2467               Find operation)
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2471               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2472               MSAviewer
2473             </li>
2474           </ul>
2475         </div></td>
2476       <td>
2477         <div align="left">
2478           <em>General</em>
2479           <ul>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2482               are not coloured or thresholded according to percent
2483               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2487               hydrophobic
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2491               threshold, amino acid properties)
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2495               reported as mapped to residues in a structure file in the
2496               View Mapping report
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2500               could be added multiple times to a sequence
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2504               bond features shown as two highlighted residues rather
2505               than a range in linked structure views, and treated
2506               correctly when selecting and computing trees from features
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2510               cross-references are matched to database name regardless
2511               of case
2512             </li>
2513
2514           </ul>
2515           <em>Application</em>
2516           <ul>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2519               names without regular expressions also offer links from
2520               Sequence ID
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2524               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2525               update Jalview configuration
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2529               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2533               files with similarly named sequences if dropped onto the
2534               alignment
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2538               entries where more chains exist in the PDB accession than
2539               are reported in the SIFTS file
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2543               the structure view when displayed with Chimera
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2547               panel's View->Show Chains submenu
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2551               work for wrapped alignment views
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2555               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2559               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2560               first annotation row
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2564               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2568               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2569             </li>
2570             <!-- JAL-2319 -->
2571             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2572             coordindate data
2573             </li>
2574           </ul>
2575           <!--           <em>New Known Issues</em>
2576           <ul>
2577             <li></li>
2578           </ul> -->
2579         </div>
2580       </td>
2581     </tr>
2582     <td width="60" nowrap>
2583       <div align="center">
2584         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2585           <em>25/10/2016</em></strong>
2586       </div>
2587     </td>
2588     <td><em>Application</em>
2589       <ul>
2590         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2591           view if structures already loaded</li>
2592         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2593           structure views</li>
2594       </ul></td>
2595     <td>
2596       <div align="left">
2597         <em>General</em>
2598         <ul>
2599           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2600             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2601           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2602             example sequences/projects/trees</li>
2603         </ul>
2604         <em>Application</em>
2605         <ul>
2606           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2607             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2608           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2609             without timeout for structures with multiple models or
2610             multiple sequences in alignment</li>
2611           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2612             PDB ID HEADER line</li>
2613           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2614             is performed</li>
2615           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2616             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2617           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2618           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2619             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2620             option</li>
2621           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2622             is created on the alignment</li>
2623           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2624             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2625             pop-up menu</li>
2626         </ul>
2627         <em>Build and deployment</em>
2628         <ul>
2629           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2630             tags</li>
2631         </ul>
2632         <em>New Known Issues</em>
2633         <ul>
2634           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2635             on Windows</li>
2636         </ul>
2637       </div>
2638     </td>
2639     </tr>
2640     <tr>
2641       <td width="60" nowrap>
2642         <div align="center">
2643           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2644         </div>
2645       </td>
2646       <td><em>General</em>
2647         <ul>
2648           <li>
2649             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2650           </li>
2651           <li>
2652             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2653             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2654             better PDB parsing.
2655           </li>
2656           <li>
2657             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2658             reference sequence
2659           </li>
2660           <li>
2661             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2662             mousing over sequence associated annotation
2663           </li>
2664           <li>
2665             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2666             for manual entry
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2670             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2671             for each column
2672           </li>
2673           <li>
2674             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2675             showing or hiding columns containing a feature
2676           </li>
2677           <li>
2678             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2679             group and sequence associated annotation labels
2680           </li>
2681           <li>
2682             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2683             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2684             dialogs
2685           </li>
2686
2687         </ul> <em>Application</em>
2688         <ul>
2689           <li>
2690             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2691             gene/transcript view
2692           </li>
2693           <li>
2694             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2695             dialog
2696           </li>
2697           <li>
2698             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2699             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2700           </li>
2701           <li>
2702             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2703             Pfam sources to xfam.org
2704           </li>
2705           <li>
2706             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2707           </li>
2708           <li>
2709             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2710             over sequences in Jalview
2711           </li>
2712           <li>
2713             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2714             regions in ENA and EMBL
2715           </li>
2716           <li>
2717             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2718             for record retrieval via ENA rest API
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2722             complement operator
2723           </li>
2724           <li>
2725             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2726             groovy script execution
2727           </li>
2728           <li>
2729             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2730             alignment window's Calculate menu
2731           </li>
2732           <li>
2733             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2734             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2735           </li>
2736           <li>
2737             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2738             calculation workers from groovy scripts
2739           </li>
2740           <li>
2741             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2742             Jalview projects
2743           </li>
2744           <li>
2745             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2746             associations are now saved/restored from project
2747           </li>
2748           <li>
2749             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2750             before sequence fetcher is opened
2751           </li>
2752           <li>
2753             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2754             database chooser opens a sequence fetcher
2755           </li>
2756           <li>
2757             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2758             the UniProt REST API
2759           </li>
2760           <li>
2761             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2762             the news reader opening
2763           </li>
2764           <li>
2765             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2766             querying stored in preferences
2767           </li>
2768           <li>
2769             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2770             search results
2771           </li>
2772           <li>
2773             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2774           </li>
2775           <li>
2776             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2777             menu for nucleotide sequences
2778           </li>
2779           <li>
2780             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2781             and feature counts preserves alignment ordering (and
2782             debugged for complex feature sets).
2783           </li>
2784           <li>
2785             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2786             viewing structures with Jalview 2.10
2787           </li>
2788           <li>
2789             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2790             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2791             Ensembl Genomes REST API
2792           </li>
2793           <li>
2794             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2795             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2796             (Ensembl)
2797           </li>
2798           <li>
2799             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2800             sequences
2801           </li>
2802           <li>
2803             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2804             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2805             data from external database records.
2806           </li>
2807           <li>
2808             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2809             efficient recovery of sequence coding and alignment
2810             annotation relationships.
2811           </li>
2812         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2813         <ul>
2814           <li>
2815             -- JAL---
2816           </li>
2817         </ul> --></td>
2818       <td>
2819         <div align="left">
2820           <em>General</em>
2821           <ul>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2824               menu on OSX
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2828               includes graduated colourschemes
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2832               working with big alignments and lots of hidden columns
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2836               at right of alignment window
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2840               contents
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2844               for DNA alignments
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2848               based tree calculation
2849             </li>
2850             <li>
2851               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2852               unconserved enabled for group on alignment
2853             </li>
2854             <li>
2855               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2856               set as reference
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2860               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2861               annotation
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2865               hidden columns present
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2869               user created annotation added to alignment
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2873               '()' base pair annotation
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2877               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2878               Consensus
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2882               feature not working
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2886               beginning of sequence
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2890               entry 3a6s
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2894               from a tree when t-coffee scores are shown
2895             </li>
2896             <li>
2897               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2898               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2899             </li>
2900             <li>
2901               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2902               some structures
2903             </li>
2904             <li>
2905               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2906               to Clustal, PIR and PileUp output
2907             </li>
2908             <li>
2909               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2910               not visible causes alignment window to repaint
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2914               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2915               scores associated with features and annotation rows
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2919               calculation should be case independent
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2923               columns
2924             </li>
2925             <li>
2926               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2927               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2928               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2932               problems when reference sequence defined and 'show
2933               non-conserved' enabled
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2937               load even when Consensus calculation is disabled
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2941               alignment does nothing
2942             </li>
2943           </ul>
2944           <em>Application</em>
2945           <ul>
2946             <li>
2947               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2948               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2949               yet fixed for El Capitan)
2950             </li>
2951             <li>
2952               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2953               output when running on non-gb/us i18n platforms
2954             </li>
2955             <li>
2956               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2957               hidden sequences as flat-file alignment
2958             </li>
2959             <li>
2960               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2961               launching Chimera
2962             </li>
2963             <li>
2964               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2965               (also hotfix for 2.9.0b2)
2966             </li>
2967             <li>
2968               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2969               reference sequence defined
2970             </li>
2971             <li>
2972               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2973               alignments and views when revealing hidden columns
2974             </li>
2975             <li>
2976               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2977               view in a cDNA/Protein splitframe
2978             </li>
2979             <li>
2980               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2981               sequence from project when only one sequence is
2982               represented
2983             </li>
2984             <li>
2985               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2986               in Structure Chooser
2987             </li>
2988             <li>
2989               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2990               structure consensus didn't refresh annotation panel
2991             </li>
2992             <li>
2993               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2994               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2995             </li>
2996             <li>
2997               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2998               dialogs format columns correctly, don't display array
2999               data, sort columns according to type
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3003               file chooser is cancelled during an image export
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3007               sequence name containing special characters
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3011               case insensitive
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3015               formatting don't wrap
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3019               truncated so L looks like I in consensus annotation
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3023               currently displayed features for the current selection or
3024               view
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3028               after fetching cross-references, and restoring from
3029               project
3030             </li>
3031             <li>
3032               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3033               followed in the structure viewer
3034             </li>
3035             <li>
3036               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3037               splitframe not restored from project
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3041               trailing end of protein alignment in transcript/product
3042               splitview when pad-gaps not enabled by default
3043             </li>
3044             <li>
3045               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3046               is case dependent
3047             </li>
3048             <li>
3049               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3050               article has been read (reopened issue due to
3051               internationalisation problems)
3052             </li>
3053             <li>
3054               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3055               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3056               cross-references
3057             </li>
3058
3059             <li>
3060               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3061               alignment as HTML
3062             </li>
3063             <li>
3064               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3065               multiple structures are shown for one or more sequences.
3066             </li>
3067             <li>
3068               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3069               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3070               is enabled.
3071             </li>
3072             <li>
3073               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3074               specific PDB id for sequence
3075             </li>
3076             <li>
3077               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3078               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3079               columns' is disabled.
3080             </li>
3081             <li>
3082               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3083               selects lowest rather than highest resolution structures
3084               for each sequence
3085             </li>
3086             <li>
3087               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3088               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3089             </li>
3090             <li>
3091               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3092               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3093             </li>
3094             <li>
3095               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3096               after clicking on it to create new annotation for a
3097               column.
3098             </li>
3099             <li>
3100               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3101               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3102             </li>
3103             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3104             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3105           </ul>
3106           <em>Applet</em>
3107           <ul>
3108             <li>
3109               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3110               hidden columns present before start of sequence
3111             </li>
3112             <li>
3113               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3114               (JSON jars)
3115             </li>
3116             <li>
3117               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3118               sequences are hidden in applet
3119             </li>
3120             <li>
3121               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3122               deployment on examples pages.
3123             </li>
3124           </ul>
3125         </div>
3126       </td>
3127     </tr>
3128     <tr>
3129       <td width="60" nowrap>
3130         <div align="center">
3131           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3132             <em>16/10/2015</em></strong>
3133         </div>
3134       </td>
3135       <td><em>General</em>
3136         <ul>
3137           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3138             jars</li>
3139         </ul></td>
3140       <td>
3141         <div align="left">
3142           <em>Application</em>
3143           <ul>
3144             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3145               shown when tree is partitioned</li>
3146             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3147               multiple cDNA/Protein split views</li>
3148           </ul>
3149         </div>
3150       </td>
3151     </tr>
3152     <tr>
3153       <td width="60" nowrap>
3154         <div align="center">
3155           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3156             <em>8/10/2015</em></strong>
3157         </div>
3158       </td>
3159       <td><em>General</em>
3160         <ul>
3161           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3162             2.9</li>
3163         </ul> <em>Application</em>
3164         <ul>
3165           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3166           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3167           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3168         </ul> <em>Applet</em>
3169         <ul>
3170           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3171         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3172         <ul>
3173           <li>
3174             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3175             suite
3176           </li>
3177         </ul></td>
3178       <td>
3179         <div align="left">
3180           <em>General</em>
3181           <ul>
3182             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3183               incorrect when sequence start > 1</li>
3184             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3185               documentation</li>
3186             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3187             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3188               loading a features file containing HTML tags in feature
3189               description</li>
3190
3191           </ul>
3192           <em>Application</em>
3193           <ul>
3194             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3195               reimport</li>
3196             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3197               with 'trim retrieved sequences'</li>
3198             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3199               deleting selected columns</li>
3200             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3201               JNLP templates for webstart launch</li>
3202             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3203               unreleased structures for download or viewing</li>
3204             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3205               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3206             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3207               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3208             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3209               recovered from jalview project</li>
3210             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3211               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3212               alignment view</li>
3213             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3214               color schemes from BioJSON</li>
3215           </ul>
3216           <em>Applet</em>
3217           <ul>
3218             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3219               frame</li>
3220             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3221           </ul>
3222         </div>
3223       </td>
3224     </tr>
3225     <tr>
3226       <td><div align="center">
3227           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3228         </div></td>
3229       <td><em>General</em>
3230         <ul>
3231           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3232             alignments:
3233             <ul>
3234               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3235                 and DNA alignment views</li>
3236               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3237                 cDNA alignment views</li>
3238               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3239                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3240               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3241                 protein sequences</li>
3242             </ul>
3243           </li>
3244           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3245           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3246             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3247           <li>New alignment annotation file statements for
3248             reference sequences and marking hidden columns</li>
3249           <li>Reference sequence based alignment shading to
3250             highlight variation</li>
3251           <li>Select or hide columns according to alignment
3252             annotation</li>
3253           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3254           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3255             acid conservation row</li>
3256           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3257         </ul> <em>Application</em>
3258         <ul>
3259           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3260             <ul>
3261               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3262                 view with cDNA/Protein</li>
3263               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3264                 sequences are placed in the same alignment</li>
3265               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3266                 projects</li>
3267             </ul>
3268           </li>
3269
3270           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3271           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3272             Jalview windows</li>
3273
3274           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3275           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3276           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3277             be shown in VARNA</li>
3278
3279           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3280             as the active selected region</li>
3281
3282           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3283             similarity</li>
3284           <li>New Export options
3285             <ul>
3286               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3287                 region export in flat file generation</li>
3288
3289               <li>Export alignment views for display with the <a
3290                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3291
3292               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3293               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3294                 alignment figures to HTML</li>
3295           </li>
3296           <li>3D structure retrieval and display
3297             <ul>
3298               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3299                 Search API</li>
3300               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3301                 PDB structures for a sequence set</li>
3302             </ul>
3303           </li>
3304
3305           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3306             predictions</li>
3307           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3308             for one or a group of sequences</li>
3309           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3310             from the JPred4 web server</li>
3311           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3312             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3313             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3314           </li>
3315           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3316             VARNA 2D Structure'</li>
3317           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3318             Structure ..."</li>
3319
3320         </ul> <em>Applet</em>
3321         <ul>
3322           <li>New layout for applet example pages</li>
3323           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3324             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3325           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3326             Protein alignments</li>
3327         </ul> <em>Development and deployment</em>
3328         <ul>
3329           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3330           <li>Include installation type and git revision in build
3331             properties and console log output</li>
3332           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3333             storing BioJsMSA Templates</li>
3334           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3335         </ul></td>
3336       <td>
3337         <!-- <em>General</em>
3338         <ul>
3339         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3340         <ul>
3341           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3342           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3343           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3344             predictions are not highlighted in amber</li>
3345           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3346             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3347           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3348             associated structure views</li>
3349           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3350             width checkbox not enabled</li>
3351           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3352             creating user defined colours</li>
3353           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3354             mappings for just that viewer's sequences</li>
3355           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3356             multiple models in Chimera</li>
3357           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3358             over Jmol structure</li>
3359           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3360             output to text box</li>
3361           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3362             have incorrect sequence start/end</li>
3363           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3364             Jalview fails</li>
3365           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3366             work for nucleotide</li>
3367           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3368             to a grey/invisible alignment window</li>
3369           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3370             imports to different position</li>
3371           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3372             on some platforms</li>
3373           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3374             populated</li>
3375           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3376             console if Chimera has been opened</li>
3377           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3378           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3379             retrieved</li>
3380           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3381           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3382             either sequence shows on first structure</li>
3383           <li>'Show annotations' options should not make
3384             non-positional annotations visible</li>
3385           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3386             in right place after 'view flanking regions'</li>
3387           <li>File Save As type unset when current file format is
3388             unknown</li>
3389           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3390             projects</li>
3391           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3392             responsive</li>
3393           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3394             several views on same alignment</li>
3395           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3396           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3397             spaces</li>
3398         </ul> <em>Applet</em>
3399         <ul>
3400           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3401           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3402             descriptions containing angle brackets</li>
3403         </ul> <em>General</em>
3404         <ul>
3405           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3406             via jalview annotation file</li>
3407           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3408             with RNA secondary structure</li>
3409           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3410             translation doesn't work.</li>
3411           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3412           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3413             positions</li>
3414           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3415             choosing 1pt font</li>
3416           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3417             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3418             'h'</li>
3419           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3420             new feature</li>
3421           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3422             order dependent</li>
3423           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3424             sequences</li>
3425           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3426         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3427         <ul>
3428           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3429             www.jalview.org</li>
3430         </ul> <em>Application Known issues</em>
3431         <ul>
3432           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3433           <li>Misleading message appears after trying to delete
3434             solid column.</li>
3435           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3436             version launches</li>
3437           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3438             fails with a sequence mismatch</li>
3439           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3440             scrolling alignment to right</li>
3441           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3442             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3443           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3444             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3445           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3446             ultra-high resolution</li>
3447           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3448             quality and conservation</li>
3449           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3450             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3451         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3452         <ul>
3453           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3454           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3455             window is being resized</li>
3456
3457         </ul>
3458       </td>
3459     </tr>
3460     <tr>
3461       <td><div align="center">
3462           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3463         </div></td>
3464       <td><em>General</em>
3465         <ul>
3466           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3467             Certum.PL.</li>
3468           <li>Features and annotation preserved when performing
3469             pairwise alignment</li>
3470           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3471             imported/exported/displayed</li>
3472           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3473             protein secondary structure</li>
3474           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3475               post-hoc with 2.9 release</em>)
3476           </li>
3477
3478         </ul> <em>Application</em>
3479         <ul>
3480           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3481             with 3D structures</li>
3482           <li>Support for parsing RNAML</li>
3483           <li>Annotations menu for layout
3484             <ul>
3485               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3486               <li>place sequence annotation above/below alignment
3487                 annotation</li>
3488             </ul>
3489           <li>Output in Stockholm format</li>
3490           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3491             translation</li>
3492           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3493           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3494             shared between alignments</li>
3495           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3496             Jalview</li>
3497           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3498             all or current selection</li>
3499           <li>disorder and secondary structure predictions
3500             available as dataset annotation</li>
3501           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3502
3503
3504           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3505             alignments from Rfam</li>
3506           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3507
3508           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3509             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3510           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3511           <li>include installation type in build properties and
3512             console log output</li>
3513           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3514             annotation</li>
3515         </ul></td>
3516       <td>
3517         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3518         <ul>
3519           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3520             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3521           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3522             alignment</li>
3523           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3524           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3525           <li>Double click on sequence associated annotation
3526             selects only first column</li>
3527           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3528             leaves shown in tree</li>
3529           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3530             properly</li>
3531           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3532           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3533             screen and buttons not visible</li>
3534           <li>author list isn't updated if already written to
3535             Jalview properties</li>
3536           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3537             from database</li>
3538           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3539           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3540             browser search window</li>
3541           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3542             in feature settings dialog</li>
3543           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3544             desktop</li>
3545           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3546             pass validation</li>
3547           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3548             fit on screen</li>
3549           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3550             tooltip</li>
3551           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3552             defined user preset</li>
3553           <li>MSA web services warns user if they were launched
3554             with invalid input</li>
3555           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3556             Java 8</li>
3557           <li>
3558             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3559             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3560             created
3561           </li>
3562
3563         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3564         <ul>
3565         </ul> <em>General</em>
3566         <ul>
3567         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3568         <ul>
3569           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3570             memory allocation</li>
3571           <li>launchApp service doesn't automatically open
3572             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3573           <li>
3574             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3575             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3576             1.7_055 is available
3577           </li>
3578         </ul> <em>Application Known issues</em>
3579         <ul>
3580           <li>
3581             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3582             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3583             alignment to right
3584           </li>
3585           <li>
3586             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3587             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3588             with large number of ID
3589           </li>
3590           <li>
3591             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3592             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3593             start/end
3594           </li>
3595           <li>
3596             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3597             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3598             structure tracks are rearranged
3599           </li>
3600           <li>
3601             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3602             invalid rna structure positional highlighting does not
3603             highlight position of invalid base pairs
3604           </li>
3605           <li>
3606             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3607             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3608             project from alignment window file menu
3609           </li>
3610           <li>
3611             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3612             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3613             structures
3614           </li>
3615           <li>
3616             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3617             colour by RNA Helices not enabled when user created
3618             annotation added to alignment
3619           </li>
3620           <li>
3621             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3622             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3623           </li>
3624         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3625         <ul>
3626           <li>
3627             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3628             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3629           </li>
3630           <li>
3631             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3632             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3633           </li>
3634
3635           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3636             when selected</li>
3637         </ul>
3638       </td>
3639     </tr>
3640     <tr>
3641       <td><div align="center">
3642           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3643         </div></td>
3644       <td>
3645         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3646         <em>General</em>
3647         <ul>
3648           <li>Internationalisation of user interface (usually
3649             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3650           <li>Define/Undefine group on current selection with
3651             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3652           <li>Improved group creation/removal options in
3653             alignment/sequence Popup menu</li>
3654           <li>Sensible precision for symbol distribution
3655             percentages shown in logo tooltip.</li>
3656           <li>Annotation panel height set according to amount of
3657             annotation when alignment first opened</li>
3658         </ul> <em>Application</em>
3659         <ul>
3660           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3661             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3662           <li>Select columns containing particular features from
3663             Feature Settings dialog</li>
3664           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3665             sequences</li>
3666           <li>Update Jalview project format:
3667             <ul>
3668               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3669               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3670                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3671               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3672                 colouring</li>
3673             </ul>
3674           </li>
3675           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3676             (PAM250)</li>
3677           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3678             flanking regions for an alignment</li>
3679         </ul>
3680       </td>
3681       <td>
3682         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3683         <ul>
3684           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3685             running after job is cancelled</li>
3686           <li>cannot export features from alignments imported from
3687             Jalview/VAMSAS projects</li>
3688           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3689             float values</li>
3690           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3691             have 'display all symbols' flag set</li>
3692           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3693             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3694           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3695             Jalview</li>
3696           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3697             Lion/Webstart</li>
3698           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3699           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3700           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3701             alignment onto desktop</li>
3702           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3703             'extract scores' function</li>
3704           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3705             alignment window</li>
3706           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3707             performing IUPred disorder prediction</li>
3708           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3709             changing 'normalise logo' display setting</li>
3710           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3711             nothing matches query</li>
3712           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3713             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3714           </li>
3715           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3716             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3717           </li>
3718           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3719             Jalview's menu</li>
3720           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3721             'invalid literal/length code'</li>
3722           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3723             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3724           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3725             colourscheme</li>
3726
3727         </ul> <em>Applet</em>
3728         <ul>
3729           <li>Remove group option is shown even when selection is
3730             not a group</li>
3731           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3732             don't affect groups</li>
3733           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3734             colourscheme name</li>
3735           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3736             Annotation panel is not displayed</li>
3737           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3738             embedded windows</li>
3739         </ul> <em>Other</em>
3740         <ul>
3741           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3742             single sequence were not calculated</li>
3743           <li>annotation files that contain only groups imported as
3744             annotation and junk sequences</li>
3745           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3746             recognised as PFAM or BLC</li>
3747           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3748             doesn't affect background (2.8.0b1)
3749           <li></li>
3750           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3751           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3752             trailing gaps</li>
3753           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3754             registered correctly on import</li>
3755           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3756             certain alignments</li>
3757           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3758             existing annotation based 'use original colours'
3759             colourscheme loses original colours setting</li>
3760         </ul>
3761       </td>
3762     </tr>
3763     <tr>
3764       <td><div align="center">
3765           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3766             <em>30/1/2014</em></strong>
3767         </div></td>
3768       <td>
3769         <ul>
3770           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3771             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3772             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3773             open source project).
3774           </li>
3775           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3776           <li>Output in Stockholm format</li>
3777           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3778           <li>Export/import group and sequence associated line
3779             graph thresholds</li>
3780           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3781             ambiguity codes</li>
3782           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3783             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3784             works</li>
3785           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3786         </ul> <em>Other improvements</em>
3787         <ul>
3788           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3789           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3790             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3791           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3792             files</li>
3793           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3794           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3795             link but no description</li>
3796           <li>Select primary source when selecting authority in
3797             database fetcher GUI</li>
3798           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3799             Jalview</li>
3800           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3801         </ul>
3802       </td>
3803       <td>
3804         <ul>
3805           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3806             displayed</li>
3807           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3808             secondary structure annotation line</li>
3809           <li>Sequence database accessions not imported when
3810             fetching alignments from Rfam</li>
3811           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3812             identical IDs</li>
3813           <li>View all structures does not always superpose
3814             structures</li>
3815           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3816             reflect user or preset settings</li>
3817           <li>Null pointer exceptions for some services without
3818             presets or adjustable parameters</li>
3819           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3820             discover PDB xRefs</li>
3821           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3822             features with DAS</li>
3823           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3824             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3825           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3826             residue follows a gap</li>
3827           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3828             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3829           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3830             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3831           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3832             annotation already exists on alignment</li>
3833           <li>oninit javascript function should be called after
3834             initialisation completes</li>
3835           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3836             alignment window display</li>
3837           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3838           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3839             to annotation file</li>
3840           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3841             groups created</li>
3842           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3843             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3844           <li>Pressing return several times causes Number Format
3845             exceptions in keyboard mode</li>
3846           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3847             correct partitions for input data</li>
3848           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3849           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3850           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3851           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3852             mode</li>
3853           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3854             changes one row&#39;s threshold</li>
3855           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3856             doesn&#39;t open</li>
3857           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3858             quality histograms</li>
3859         </ul>
3860       </td>
3861     </tr>
3862     <tr>
3863       <td><div align="center">
3864           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3865         </div></td>
3866       <td><em>Application</em>
3867         <ul>
3868           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3869             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3870           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3871             preferences</li>
3872           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3873             in Jalview alignment window</li>
3874           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3875             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3876           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3877             RNA and ambiguity codes</li>
3878
3879           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3880           <li>Support fetching and database reference look up
3881             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3882             refs')</li>
3883           <li>Jalview project improvements
3884             <ul>
3885               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3886                 flag for annotation</li>
3887               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3888                 alignment</li>
3889               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3890                 Jalview project</li>
3891
3892             </ul>
3893           </li>
3894           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3895           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3896             running</li>
3897           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3898           <li>visual indication that web service results are still
3899             being retrieved from server</li>
3900           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3901             starts up for first time</li>
3902           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3903             services</li>
3904           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3905             client library</li>
3906           <li>Examples directory and Groovy library included in
3907             InstallAnywhere distribution</li>
3908         </ul> <em>Applet</em>
3909         <ul>
3910           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3911             visualization applet example</li>
3912         </ul> <em>General</em>
3913         <ul>
3914           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3915           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3916             defaults</li>
3917           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3918             calculation</li>
3919           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3920             matrices
3921           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3922             in HTML</li>
3923           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3924             structure contacts</li>
3925           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3926           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3927           <li>Parse sequence associated secondary structure
3928             information in Stockholm files</li>
3929           <li>HTML Export database accessions and annotation
3930             information presented in tooltip for sequences</li>
3931           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3932             style RNA alignment files</li>
3933           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3934             alignment</li>
3935           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3936             shade each sequence according to its associated alignment
3937             annotation</li>
3938           <li>New Jalview Logo</li>
3939         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3940         <ul>
3941           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3942           <li>New Website!</li>
3943         </ul></td>
3944       <td><em>Application</em>
3945         <ul>
3946           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3947             wsdbfetch REST service</li>
3948           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3949           <li>Filetype associations not installed for webstart
3950             launch</li>
3951           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3952             job execution in full once it is complete</li>
3953           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3954             uploaded via ali_file parameter</li>
3955           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3956           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3957           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3958             submitted for prediction</li>
3959           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3960             desktop window</li>
3961           <li>Putting fractional value into integer text box in
3962             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3963           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3964             windows 7</li>
3965           <li>View all structures fails with exception shown in
3966             structure view</li>
3967           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3968             escaped in a platform independent way</li>
3969           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3970             using proxy</li>
3971           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3972             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3973           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3974             failure when java web start temporary file caching is
3975             disabled</li>
3976           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3977             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3978           <li>Errors during processing of command line arguments
3979             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3980           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3981             DAS sources in sequence fetcher</li>
3982           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3983             dialog is shown</li>
3984           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3985           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3986           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3987           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3988             on OSX Mountain Lion</li>
3989           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3990             sequences with alignment annotation are pasted into the
3991             alignment</li>
3992           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3993             when loaded from Jalview project</li>
3994           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3995           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3996             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3997           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3998             associated with all views</li>
3999           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4000             annotation rows to new window</li>
4001         </ul> <em>Applet</em>
4002         <ul>
4003           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4004             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4005           <li>loading features via javascript API automatically
4006             enables feature display</li>
4007           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4008             work</li>
4009         </ul> <em>General</em>
4010         <ul>
4011           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4012           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4013             and then deselected</li>
4014           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4015           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4016             coloured with clustalx</li>
4017           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4018             exceptions and redraw errors</li>
4019           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4020             reconfigured view</li>
4021           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4022             colour</li>
4023           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4024             for lots of labels</li>
4025         </ul>
4026     </tr>
4027     <tr>
4028       <td>
4029         <div align="center">
4030           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4031         </div>
4032       </td>
4033       <td><em>Application</em>
4034         <ul>
4035           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4036           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4037           <li>View/alignment association menu to enable user to
4038             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4039             its colours/correspondences from</li>
4040           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4041           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4042             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4043           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4044           <li>Annotation row column label formatting attributes
4045             stored in project file</li>
4046           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4047             rows preserved in Jalview project file</li>
4048           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4049             saved using Desktop window menu</li>
4050           <li>Visual indication that command line arguments are
4051             still being processed</li>
4052           <li>Groovy script execution from URL</li>
4053           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4054             preferences</li>
4055           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4056             alignment with sequences that have high similarity and
4057             matching IDs</li>
4058           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4059           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4060             structures in same window</li>
4061           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4062           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4063             analysis function in its own submenu</li>
4064         </ul> <em>Applet</em>
4065         <ul>
4066           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4067             groups</li>
4068           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4069           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4070           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4071           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4072           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4073             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4074           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4075           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4076             parameters are treated as such</li>
4077           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4078             <ul>
4079               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4080               <li>Javascript callbacks for
4081                 <ul>
4082                   <li>Applet initialisation</li>
4083                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4084                 </ul>
4085               </li>
4086               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4087                 functions</li>
4088               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4089               <li>javascript structure viewer harness to pass
4090                 messages between Jmol and Jalview when running as
4091                 distinct applets</li>
4092               <li>sortBy method</li>
4093               <li>Set of applet and application examples shipped
4094                 with documentation</li>
4095               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4096                 javascript message exchange</li>
4097             </ul>
4098         </ul> <em>General</em>
4099         <ul>
4100           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4101             multiple alignments</li>
4102           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4103           <li>User configurable link to enable redirects to a
4104             www.Jalview.org mirror</li>
4105           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4106           <li>Configurable newline string when writing alignment
4107             and other flat files</li>
4108           <li>Allow alignment annotation description lines to
4109             contain html tags</li>
4110         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4111         <ul>
4112           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4113             examples</li>
4114           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4115             using a web service before displaying the result in the
4116             Jalview desktop</li>
4117           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4118           <li>Ant target to publish example html files with applet
4119             archive</li>
4120           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4121           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4122         </ul></td>
4123       <td><em>Application</em>
4124         <ul>
4125           <li>User defined colourscheme throws exception when
4126             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4127           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4128             dialog for valid filename/format</li>
4129           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4130           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4131             P37173</li>
4132           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4133             which sequence is to be associated with the file</li>
4134           <li>Find All raises null pointer exception when query
4135             only matches sequence IDs</li>
4136           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4137           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4138             2.4 cannot be loaded</li>
4139           <li>Filetype associations not installed for webstart
4140             launch</li>
4141           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4142             with sequences in different alignments do not get coloured
4143             by their associated sequence</li>
4144           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4145             not preserved when project is loaded</li>
4146           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4147             stored in Jalview project</li>
4148           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4149             Jalview project</li>
4150           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4151           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4152             by conservation</li>
4153           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4154             created on new view</li>
4155           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4156             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4157           <li>Alignment quality not updated after alignment
4158             annotation row is hidden then shown</li>
4159           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4160             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4161           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4162             properly</li>
4163           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4164             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4165           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4166           <li>Structures imported from file and saved in project
4167             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4168           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4169             job execution in full once it is complete</li>
4170         </ul> <em>Applet</em>
4171         <ul>
4172           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4173             annotation rows are displayed</li>
4174           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4175             codebase</li>
4176           <li>View follows highlighting does not work for positions
4177             in sequences</li>
4178           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4179           <li>Export features raises exception when no features
4180             exist</li>
4181           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4182             for javascript api is modified when separator string
4183             provided as parameter</li>
4184           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4185             alignment with no existing selection</li>
4186           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4187             to applet&#39;s codebase</li>
4188           <li>Status bar not updated after finished searching and
4189             search wraps around to first result</li>
4190           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4191             several Jalview applets causes race conditions and memory
4192             leaks</li>
4193           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4194             not sent from Jmol in applet</li>
4195           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4196             applet API fatally hang browser</li>
4197         </ul> <em>General</em>
4198         <ul>
4199           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4200             position with wrapped view and hidden regions</li>
4201           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4202             with/without hidden columns</li>
4203           <li>Sequence length given in alignment properties window
4204             is off by 1</li>
4205           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4206             import PDB like structure files</li>
4207           <li>Positional search results are only highlighted
4208             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4209           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4210           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4211             given sequence position</li>
4212           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4213             output</li>
4214           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4215             from nucleotide chains correctly</li>
4216           <li>Structure colours not updated when tree partition
4217             changed in alignment</li>
4218           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4219             parsed in interleaved stockholm</li>
4220           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4221             state</li>
4222           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4223             properly</li>
4224           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4225             properly associated with their pdb files</li>
4226         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4227         <ul>
4228           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4229             ApplyCopyright tool</li>
4230         </ul></td>
4231     </tr>
4232     <tr>
4233       <td>
4234         <div align="center">
4235           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4236         </div>
4237       </td>
4238       <td><em>Application</em>
4239         <ul>
4240           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4241             contact web services</li>
4242           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4243             service job window</li>
4244           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4245         </ul></td>
4246       <td>
4247         <ul>
4248           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4249             pir file emitted by Jalview</li>
4250           <li>Existing feature settings transferred to new
4251             alignment view created from cut'n'paste</li>
4252           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4253             parsing PDB files</li>
4254           <li>Consensus and conservation annotation rows
4255             occasionally become blank for all new windows</li>
4256           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4257             in wrapped view mode</li>
4258         </ul> <em>Application</em>
4259         <ul>
4260           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4261             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4262           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4263             parameter names</li>
4264           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4265             is down</li>
4266         </ul>
4267       </td>
4268     </tr>
4269     <tr>
4270       <td>
4271         <div align="center">
4272           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4273         </div>
4274       </td>
4275       <td><em>Application</em>
4276         <ul>
4277           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4278             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4279             (JABAWS)
4280           </li>
4281           <li>Web Services preference tab</li>
4282           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4283             preferences</li>
4284           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4285           <li>Superpose structures using associated sequence
4286             alignment</li>
4287           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4288             viewer</li>
4289         </ul> <em>Applet</em>
4290         <ul>
4291           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4292             link out mechanism</li>
4293         </ul> <em>Other</em>
4294         <ul>
4295           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4296             series 12</li>
4297           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4298             require Java 1.5</li>
4299           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4300             sequence annotation files</li>
4301           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4302             type colour specification</li>
4303           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4304             script to check if it being run in an interactive session or
4305             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4306         </ul></td>
4307       <td>
4308         <ul>
4309           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4310             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4311         </ul> <em>Application</em>
4312         <ul>
4313           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4314             selected Regions menu item</li>
4315           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4316             part of a valid accession ID</li>
4317           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4318             runs out of memory</li>
4319           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4320             analysis results</li>
4321           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4322             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4323           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4324         </ul> <em>Applet</em>
4325         <ul>
4326           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4327             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4328             defined.</li>
4329         </ul>
4330       </td>
4331     </tr>
4332     <tr>
4333       <td>
4334         <div align="center">
4335           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4336         </div>
4337       </td>
4338       <td></td>
4339       <td>
4340         <ul>
4341           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4342             sequence IDs</li>
4343           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4344             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4345           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4346             import correctly</li>
4347           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4348             number of columns are hidden</li>
4349           <li>annotation label popup menu not providing correct
4350             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4351             present</li>
4352           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4353             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4354           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4355             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4356
4357         </ul> <em>Applet</em>
4358         <ul>
4359           <li>annotation panel disappears when annotation is
4360             hidden/removed</li>
4361         </ul> <em>Application</em>
4362         <ul>
4363           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4364             alignment opened where annotation panel is visible but no
4365             annotations are present on alignment</li>
4366           <li>pasted region containing hidden columns is
4367             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4368           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4369             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4370           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4371             selected Rregions menu item.</li>
4372           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4373             'Un' or 'Non'conserved</li>
4374           <li>Sequence feature settings are being shared by
4375             multiple distinct alignments</li>
4376           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4377             changed</li>
4378           <li>double click on group annotation to select sequences
4379             does not propagate to associated trees</li>
4380           <li>Mac OSX specific issues:
4381             <ul>
4382               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4383                 window background</li>
4384               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4385                 name set correctly</li>
4386               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4387                 save feature colourscheme button</li>
4388             </ul>
4389           </li>
4390         </ul>
4391       </td>
4392     </tr>
4393     <tr>
4394
4395       <td>
4396         <div align="center">
4397           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4398         </div>
4399       </td>
4400       <td><em>New Capabilities</em>
4401         <ul>
4402           <li>URL links generated from description line for
4403             regular-expression based URL links (applet and application)
4404
4405           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4406             menu</li>
4407           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4408             structures</li>
4409           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4410             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4411           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4412             average score or total feature count for each sequence.</li>
4413           <li>Shading features by score or associated description</li>
4414           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4415             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4416           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4417             hide everything but the currently selected region.</li>
4418           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4419         </ul> <em>Application</em>
4420         <ul>
4421           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4422             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4423           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4424             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4425           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4426             database references and protein_name is parsed as
4427             description line (BioSapiens terms).</li>
4428           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4429             references in sequence ID tooltip from View menu in
4430             application.</li>
4431           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4432       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4433           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4434             conservation plots</li>
4435           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4436             and visualized as sequence logos</li>
4437           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4438             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4439           </li>
4440           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4441             when a new tree is opened.</li>
4442           <li>Jalview Java Console</li>
4443           <li>Better placement of desktop window when moving
4444             between different screens.</li>
4445           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4446             consensus annotation</li>
4447           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4448             Workflows</li>
4449           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4450             <ul>
4451               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4452                 used to preserve views, structures, and tree display
4453                 settings)</li>
4454               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4455                 command line</li>
4456               <li>Sharing of selected regions between views and
4457                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4458               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4459             </ul></li>
4460         </ul> <em>Applet</em>
4461         <ul>
4462           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4463           <li>New Parameters
4464             <ul>
4465               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4466                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4467                 opened.</li>
4468               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4469                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4470               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4471                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4472               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4473                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4474                 view</li>
4475               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4476                 increase the height or width of a cell in the alignment
4477                 grid relative to the current font size.</li>
4478             </ul>
4479           </li>
4480           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4481             tooltip</li>
4482         </ul> <em>Other</em>
4483         <ul>
4484           <li>Features format: graduated colour definitions and
4485             specification of feature scores</li>
4486           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4487             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4488             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4489           <li>XML formats extended to support graduated feature
4490             colourschemes, group associated annotation, and profile
4491             visualization settings.</li></td>
4492       <td>
4493         <ul>
4494           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4495             rather than description</li>
4496           <li>Non-positional features are now included in sequence
4497             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4498             visibility in tooltip).</li>
4499           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4500           <li>Added URL embedding instructions to features file
4501             documentation.</li>
4502           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4503             'X' in peptide product</li>
4504           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4505             sequence ID and sequence string and query strings do not
4506             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4507           <li>AMSA files only contain first column of
4508             multi-character column annotation labels</li>
4509           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4510             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4511             exported and re-imported)</li>
4512           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4513             name</li>
4514           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4515             as subsequence matches, and correctly reports total number
4516             of both.</li>
4517           <li>Application:
4518             <ul>
4519               <li>Better handling of exceptions during sequence
4520                 retrieval</li>
4521               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4522                 link text excludes the start_end suffix</li>
4523               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4524                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4525               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4526               <li>Sequence description lines properly shared via
4527                 VAMSAS</li>
4528               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4529                 data sources</li>
4530               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4531                 completes before alignment figures are generated.</li>
4532               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4533                 first time.</li>
4534               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4535                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4536               <li>User defined group colours properly recovered
4537                 from Jalview projects.</li>
4538             </ul>
4539           </li>
4540         </ul>
4541       </td>
4542
4543     </tr>
4544     <tr>
4545       <td>
4546         <div align="center">
4547           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4548         </div>
4549       </td>
4550       <td>
4551         <ul>
4552           <li>Experimental support for google analytics usage
4553             tracking.</li>
4554           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4555         </ul>
4556       </td>
4557       <td>
4558         <ul>
4559           <li>Race condition in applet preventing startup in
4560             jre1.6.0u12+.</li>
4561           <li>Exception when feature created from selection beyond
4562             length of sequence.</li>
4563           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4564           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4565             all sequences with a given id</li>
4566           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4567             ID string searches</li>
4568           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4569             alignment to fail with exception</li>
4570         </ul> <em>Application Issues</em>
4571         <ul>
4572           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4573           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4574             data sources</li>
4575         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4576         <ul>
4577           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4578             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4579           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4580             version (java class versioning error fixed)</li>
4581         </ul>
4582       </td>
4583     </tr>
4584     <tr>
4585       <td>
4586
4587         <div align="center">
4588           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4589         </div>
4590       </td>
4591       <td><em>User Interface</em>
4592         <ul>
4593           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4594             translation and protein products</li>
4595           <li>Linked highlighting of structure associated with
4596             residue mapping to codon position</li>
4597           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4598             and 'clear' button</li>
4599           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4600             Tools menu</li>
4601           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4602             numeric data in description line</li>
4603           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4604           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4605             of sequence</li>
4606         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4607         <ul>
4608           <li>JPred3 web service</li>
4609           <li>Prototype sequence search client (no public services
4610             available yet)</li>
4611           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4612             PFAM</li>
4613           <li>URL Links created for matching database cross
4614             references as well as sequence ID</li>
4615           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4616         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4617         <ul>
4618           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4619             databases</li>
4620           <li>Generalised database reference retrieval and
4621             validation to all fetchable databases</li>
4622           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4623             sequence command</li>
4624         </ul> <em>Import and Export</em>
4625         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4626         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4627           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4628         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4629           File</li>
4630         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4631           triplet as name of colourscheme</li>
4632         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4633         <ul>
4634           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4635           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4636             alignments (experimental)</li>
4637           <li>Create new or select existing session to join</li>
4638           <li>load and save of vamsas documents</li>
4639         </ul> <em>Application command line</em>
4640         <ul>
4641           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4642             from applet)</li>
4643           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4644             of DAS servers to query for alignment features</li>
4645           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4646             that are also automatically queried for features</li>
4647           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4648             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4649         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4650         <ul>
4651           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4652             application (when using &quot;View in full
4653             application&quot;)</li>
4654         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4655         <ul>
4656           <li>feature group display control parameter</li>
4657           <li>debug parameter</li>
4658           <li>showbutton parameter</li>
4659         </ul> <em>Applet API methods</em>
4660         <ul>
4661           <li>newView public method</li>
4662           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4663           <li>Feature display control methods</li>
4664           <li>get list of currently selected sequences</li>
4665         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4666         <ul>
4667           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4668           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4669             Jalview release.</li>
4670           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4671             property controls execution of obfuscator</li>
4672           <li>Build target for generating source distribution</li>
4673           <li>Debug flag for javacc</li>
4674           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4675             jalview.bin.Cache</li>
4676           <li>Continuous Build Integration for stable and
4677             development version of Application, Applet and source
4678             distribution</li>
4679         </ul></td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>selected region output includes visible annotations
4683             (for certain formats)</li>
4684           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4685             for editing</li>
4686           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4687           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4688           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4689           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4690             comments</li>
4691           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4692             filenames containing a ':'</li>
4693           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4694             global sequence features</li>
4695           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4696             references from alignment sequences goes to zero</li>
4697           <li>Close of tree branch colour box without colour
4698             selection causes cascading exceptions</li>
4699           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4700           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4701             file parsing fails.</li>
4702           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4703           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4704             not a valid output format</li>
4705           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4706             vamsas</li>
4707           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4708           <li>error messages passed up and output when data read
4709             fails</li>
4710           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4711             sequence is edited</li>
4712           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4713             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4714           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4715             filetype</li>
4716           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4717             import fixed for PFAM records</li>
4718           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4719             window list</li>
4720           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4721             can be read and written correctly to annotation file</li>
4722           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4723             correctly</li>
4724           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4725             non-italic font for representatives in Applet</li>
4726           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4727             Macs.</li>
4728           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4729             Applet)</li>
4730           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4731             due to null pointer exceptions</li>
4732           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4733             first column of alignment</li>
4734           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4735             July 2008</li>
4736           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4737             file is case-insensitive</li>
4738           <li>Sequence features read from Features file appended to
4739             all sequences with matching IDs</li>
4740           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4741             containing a sub-sequence</li>
4742           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4743           <li>feature and annotation file applet parameters
4744             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4745           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4746           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4747             splash-screen version check to complete</li>
4748           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4749             when passing them to the launchApp service</li>
4750           <li>display name and local features preserved in results
4751             retrieved from web service</li>
4752           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4753             sequence fetcher initialisation</li>
4754           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4755             dasobert DAS client</li>
4756           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4757             association</li>
4758           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4759             sequences
4760           </li>
4761         </ul>
4762       </td>
4763     </tr>
4764     <tr>
4765       <td>
4766         <div align="center">
4767           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4768         </div>
4769       </td>
4770       <td>
4771         <ul>
4772           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4773           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4774           <li>Slide sequences</li>
4775           <li>Edit sequence in place</li>
4776           <li>EMBL CDS features</li>
4777           <li>DAS Feature mapping</li>
4778           <li>Feature ordering</li>
4779           <li>Alignment Properties</li>
4780           <li>Annotation Scores</li>
4781           <li>Sort by scores</li>
4782           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4783         </ul>
4784       </td>
4785       <td>
4786         <ul>
4787           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4788           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4789           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4790           <li>Feature group display state in XML</li>
4791           <li>Feature ordering in XML</li>
4792           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4793           <li>Stockholm alignment properties</li>
4794           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4795           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4796           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4797           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4798         </ul>
4799       </td>
4800
4801     </tr>
4802     <tr>
4803       <td>
4804         <div align="center">
4805           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4806         </div>
4807       </td>
4808       <td>
4809         <ul>
4810           <li>Non standard characters can be read and displayed
4811           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4812             applet via textbox
4813           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4814             name &amp; description
4815           <li>Preference setting to display sequence name in
4816             italics
4817           <li>Annotation file format extended to allow
4818             Sequence_groups to be defined
4819           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4820             specified in preferences
4821           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4822             sequences
4823         </ul>
4824       </td>
4825       <td>
4826         <ul>
4827           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4828             installed
4829           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4830           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4831         </ul>
4832       </td>
4833     </tr>
4834     <tr>
4835       <td>
4836         <div align="center">
4837           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4838         </div>
4839       </td>
4840       <td>
4841         <ul>
4842           <li>Multiple views on alignment
4843           <li>Sequence feature editing
4844           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4845           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4846           <li>Background dependent text colour
4847           <li>Right align sequence ids
4848           <li>User-defined lower case residue colours
4849           <li>Format Menu
4850           <li>Select Menu
4851           <li>Menu item accelerator keys
4852           <li>Control-V pastes to current alignment
4853           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4854           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4855           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4856
4857           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4858         </ul>
4859       </td>
4860       <td>
4861         <ul>
4862           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4863           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4864             calculations
4865           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4866             edits
4867           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4868             of alignment)
4869           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4870
4871           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4872             display correctly
4873           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4874           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4875             analysis results
4876           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4877             &#8739;
4878           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4879           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4880           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4881
4882         </ul>
4883       </td>
4884     </tr>
4885     <tr>
4886       <td>
4887         <div align="center">
4888           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4889         </div>
4890       </td>
4891       <td>
4892         <ul>
4893           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4894         </ul>
4895       </td>
4896       <td>
4897         <ul>
4898           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4899             sequence id panel has been resized</li>
4900           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4901             rendered</li>
4902           <li>Annotation files with sequence references - all
4903             elements in file are relative to sequence position</li>
4904           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4905         </ul>
4906       </td>
4907     </tr>
4908     <tr>
4909       <td>
4910         <div align="center">
4911           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4912         </div>
4913       </td>
4914       <td>
4915         <ul>
4916           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4917           <li>DAS Feature fetching</li>
4918           <li>Hide sequences and columns</li>
4919           <li>Export Annotations and Features</li>
4920           <li>GFF file reading / writing</li>
4921           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4922             files</li>
4923           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4924           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4925           <li>Applet can launch the full application</li>
4926           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4927             required)</li>
4928           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4929           <li>Applet can load sequences from parameter
4930             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4931           </li>
4932         </ul>
4933       </td>
4934       <td>
4935         <ul>
4936           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4937           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4938           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4939         </ul>
4940       </td>
4941     </tr>
4942     <tr>
4943       <td>
4944         <div align="center">
4945           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4946         </div>
4947       </td>
4948       <td>
4949         <ul>
4950           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4951           <li>Choose to match case when searching</li>
4952           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4953             expand the visible width and height of the alignment</li>
4954         </ul>
4955       </td>
4956       <td>
4957         <ul>
4958           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4959         </ul>
4960       </td>
4961     </tr>
4962     <tr>
4963       <td>
4964         <div align="center">
4965           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4966         </div>
4967       </td>
4968       <td>&nbsp;</td>
4969       <td>
4970         <ul>
4971           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4972           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4973             value</li>
4974         </ul>
4975       </td>
4976     </tr>
4977     <tr>
4978       <td>
4979         <div align="center">
4980           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4981         </div>
4982       </td>
4983       <td>
4984         <ul>
4985           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4986           <li>Keyboard editing</li>
4987           <li>Create sequence features from searches</li>
4988           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4989             alignments</li>
4990           <li>Features file allows grouping of features</li>
4991           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4992           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4993           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4994         </ul>
4995       </td>
4996       <td>
4997         <ul>
4998           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4999           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5000             descriptions saved.</li>
5001         </ul>
5002       </td>
5003     </tr>
5004     <tr>
5005       <td>
5006         <div align="center">
5007           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5008         </div>
5009       </td>
5010       <td>
5011         <ul>
5012           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5013           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5014           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5015             name for file output</li>
5016           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5017           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5018             used for HTML form input</li>
5019         </ul>
5020       </td>
5021       <td>
5022         <ul>
5023           <li>HTML output writes groups and features</li>
5024           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5025           <li>File IO bugs</li>
5026         </ul>
5027       </td>
5028     </tr>
5029     <tr>
5030       <td>
5031         <div align="center">
5032           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5033         </div>
5034       </td>
5035       <td>
5036         <ul>
5037           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5038           <li>More options for PCA viewer</li>
5039         </ul>
5040       </td>
5041       <td>
5042         <ul>
5043           <li>GUI bugs resolved</li>
5044           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5045         </ul>
5046       </td>
5047     </tr>
5048     <tr>
5049       <td height="63">
5050         <div align="center">
5051           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5052         </div>
5053       </td>
5054       <td>
5055         <ul>
5056           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5057           <li>Jar files are executable</li>
5058           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5059         </ul>
5060       </td>
5061       <td>
5062         <ul>
5063           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5064           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5065           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5066         </ul>
5067       </td>
5068     </tr>
5069     <tr>
5070       <td>
5071         <div align="center">
5072           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5073         </div>
5074       </td>
5075       <td>
5076         <ul>
5077           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5078         </ul>
5079       </td>
5080       <td>
5081         <ul>
5082           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5083         </ul>
5084       </td>
5085     </tr>
5086     <tr>
5087       <td>
5088         <div align="center">
5089           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5090         </div>
5091       </td>
5092       <td>
5093         <ul>
5094           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5095             size</li>
5096         </ul>
5097       </td>
5098       <td>
5099         <ul>
5100           <li>Improved JPred client reliability</li>
5101           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5102         </ul>
5103       </td>
5104     </tr>
5105     <tr>
5106       <td>
5107         <div align="center">
5108           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5109         </div>
5110       </td>
5111       <td>
5112         <ul>
5113           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5114           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5115           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5116             to Colour Menu</li>
5117           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5118           <li>Unix users can set default web browser</li>
5119           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5120           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5121         </ul>
5122       </td>
5123       <td>
5124         <ul>
5125           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5126         </ul>
5127       </td>
5128     </tr>
5129     <tr>
5130       <td>
5131         <div align="center">
5132           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5133         </div>
5134       </td>
5135       <td>&nbsp;</td>
5136       <td>
5137         <ul>
5138           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5139             alignment order.</li>
5140         </ul>
5141       </td>
5142     </tr>
5143     <tr>
5144       <td>
5145         <div align="center">
5146           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5147         </div>
5148       </td>
5149       <td>
5150         <ul>
5151           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5152           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5153           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5154             annotations.</li>
5155           <li>Version and build date written to build properties
5156             file.</li>
5157           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5158             at launch of Jalview.</li>
5159         </ul>
5160       </td>
5161       <td>
5162         <ul>
5163           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5164           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5165           <li>Can remove groups one by one.</li>
5166           <li>Filechooser icons installed.</li>
5167           <li>Finder ignores return character when searching.
5168             Return key will initiate a search.<br>
5169           </li>
5170         </ul>
5171       </td>
5172     </tr>
5173     <tr>
5174       <td>
5175         <div align="center">
5176           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5177         </div>
5178       </td>
5179       <td>
5180         <ul>
5181           <li>New codebase</li>
5182         </ul>
5183       </td>
5184       <td>&nbsp;</td>
5185     </tr>
5186   </table>
5187   <p>&nbsp;</p>
5188 </body>
5189 </html>