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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>02/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 111                                                                 recognise variant features
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 115                                                                 sequences
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 119                                                                 details
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 123                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 124                                                         </li>
 125                                                         <li>
 126                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 127                                                                 dialog
 128                                                         </li>
 129                                                 </ul>
 130                                         </li>
 131                                         <li>
 132                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 133                                                 tree and PCA calculations
 134                                         </li>
 135                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 136             <ul>
 137                                                         <li>
 138                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 139                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 140                                                         </li>
 141                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 142                                                                 drop-down menus</li>
 143                                                         <li>
 144                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 145                                                                 incrementally
 146                                                         </li>
 147                                                         <li>
 148                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 149                                                         </li>
 150                                                 </ul>
 151                                         </li>
 152                                         <li>
 153                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 154                                         </li>
 155                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 156                                         <ul>
 157                                                         <li>
 158                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 159                                                                 multiple groups when working with large alignments
 160                                                         </li>
 161                                                         <li>
 162                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 163                                                                 Stockholm files
 164                                                         </li>
 165                                                 </ul>
 166                                         <li><strong>User Interface</strong>
 167                                         <ul>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 170                                                                 view
 171                                                         </li>
 172                                                         <li>
 173                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 174                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 175                                                                 default (can be changed in user preferences)
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 179                                                                 to the Overwrite Dialog
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 183                                                                 sequences are hidden
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 187                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 191                                                                 labels
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 195                                                                 when in wrapped mode
 196                                                         </li>
 197                                                         <li>
 198                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 199                                                                 annotation
 200                                                         </li>
 201                                                         <li>
 202                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 206                                                                 panel
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 210                                                                 popup menu
 211                                                         </li>
 212                                                         <li>
 213                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 214                                                         <li>
 215                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 216
 217
 218                                                 </ul></li>
 219                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 220                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 221                                                 <ul>
 222                                                         <li>
 223                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 224                                                                 trapping CMD-Q
 225                                                         </li>
 226                                                 </ul></li>
 227                                 </ul>
 228         <em>Deprecations</em>
 229         <ul>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 232             capabilities removed from the Jalview Desktop
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 236             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 237             and XML based data retrieval clients</li>
 238           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 239           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 240         </ul> <em>Documentation</em>
 241                                 <ul>
 242                                         <li>
 243                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 244                                                 not supported in EPS figure export
 245                                         </li>
 246                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 247                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 248         <ul>
 249                 <li>
 250                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 251                                         </li>
 252                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 255                                                 gradle-eclipse
 256                                         </li>
 257           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 258           Atlassian Bamboo continuous integration for
 259             unattended Test Suite execution</li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 262             operations</li>
 263           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 264           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 265         </ul>
 266       </td>
 267                         <td align="left" valign="top">
 268                                 <ul>
 269                                         <li>
 270                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 271                                         </li>
 272                                         <li>
 273                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 274                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 275                                         </li>
 276                                         <li>
 277                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 278                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 279                                         </li>
 280                                         <li>
 281                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 282                                                 monospaced font
 283                                         </li>
 284                                         <li>
 285                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 286                                                 project involving multiple views
 287                                         </li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 290                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 291                                                 Annotation dialog hides columns
 292                                         </li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 295                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 296                                                 one view, then making another selection in the other view
 297                                         </li>
 298                                         <li>
 299                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 300                                                 columns
 301                                         </li>
 302                                         <li>
 303                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 304                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 305                                         </li>
 306                                         <li>
 307                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 308                                                 overview updates with large alignments
 309                                         </li>
 310                                         <li>
 311                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 312                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 313                                                 mouse moved to the left of the first column
 314                                         </li>
 315                                         <li>
 316                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 317                                                 hidden column marker via scale popup menu
 318                                         </li>
 319                                         <li>
 320                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 321                                                 doesn't tell users the invalid URL
 322                                         </li>
 323                                         <li>
 324                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 325                                                 export as Jalview features file
 326                                         </li>
 327                                         <li>
 328                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 329                                                 score from view
 330                                         </li>
 331                                         <li>
 332                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 333                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 334                                                 red in original view
 335                                         </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 338             peptide sequence
 339           </li>
 340                                         <li>
 341                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 342                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 343                                         </li>
 344                                         <li>
 345                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 346                                                 when columns are hidden
 347                                         </li>
 348                                         <li>
 349                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 350                                                 Columns by Annotation description
 351                                         </li>
 352                                         <li>
 353                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 354                                                 out of Scale or Annotation Panel
 355                                         </li>
 356                                         <li>
 357                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 358                                                 scale panel
 359                                         </li>
 360                                         <li>
 361                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 362                                                 alignment down
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 366                                                 scale panel
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 370                                                 Page Up in wrapped mode
 371                                         </li>
 372                                         <li>
 373                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 377                                         </li>
 378                                         <li>
 379                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 380                                                 on opening an alignment
 381                                         </li>
 382                                         <li>
 383                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 384                                                 Colour menu
 385                                         </li>
 386                                         <li>
 387                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 388                                                 different groups in the alignment are selected
 389                                         </li>
 390                                         <li>
 391                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 392                                                 correctly in menu
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 396                                                 threshold limit
 397                                         </li>
 398                                         <li>
 399                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 400                                                 threshold gets 'unrounded'
 401                                         </li>
 402                                         <li>
 403                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 404                                                 colour
 405                                         </li>
 406                                         <li>
 407                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 411                                         </li>
 412                                         <li>
 413                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 414                                                 Tree font
 415                                         </li>
 416                                         <li>
 417                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 418                                                 project file
 419                                         </li>
 420                                         <li>
 421                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 422                                                 shown in complementary view
 423                                         </li>
 424                                         <li>
 425                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 426                                                 without normalisation
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 430                                                 of report
 431                                         </li>
 432                                         <li>
 433                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 434                                         </li>
 435                                 </ul> <em>Editing</em>
 436                                 <ul>
 437                                         <li>
 438                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 439                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 440                                                 sequence
 441                                         </li>
 442                                         <li>
 443                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 444                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 445                                                 removed (Known defect since 2.10)
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 449                                                 dialog corrupts dataset sequence
 450                                         </li>
 451                                         <li>
 452                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 453                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 454                                         </li>
 455                                 </ul>
 456                                 <em>Datamodel</em>
 457                                 <ul>
 458                                         <li>
 459                                                 <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 460                                                 sequence's End is greater than its length
 461                                         </li>
 462                                 </ul> <em>New Known Defects</em>
 463                                 <ul>
 464                                 <li><!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 465                                 </li>
 466                                         <li>
 467                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 468                                                 regions of protein alignment.
 469                                         </li>
 470                                         <li>
 471                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 472                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 473                                         </li>
 474                                         <li>
 475                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 476                                                 'New View'
 477                                         </li>
 478                                         <li>
 479                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 480                                                 columns within hidden columns
 481                                         </li>
 482                                         <li>
 483                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 484                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 485                                                 region
 486                                         </li>
 487                                         <li>
 488                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 489                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 490                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 491                                                 create a Score filter instead.
 492                                         </li>
 493                                         <li><!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 494                                         <li>
 495                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 496                                         </li>
 497                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 498             <ul>
 499               <li>
 500               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 501
 502             </ul></li>
 503
 504                                 </ul>
 505                         </td>
 506                 </tr>
 507     <tr>
 508     <td width="60" nowrap>
 509       <div align="center">
 510         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 511       </div>
 512     </td>
 513     <td><div align="left">
 514         <em></em>
 515         <ul>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 518               InstallAnywhere increased to 1G.
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 522               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 523               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 524                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 525                 properties file.</em>
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 529               API and sequence data now imported as JSON.
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 533               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 534               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 535               property.
 536             </li>
 537           </ul>
 538           <em>Development</em>
 539           <ul>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 542               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 543                 Clover</a>
 544             </li>
 545           </ul>
 546         </div></td>
 547     <td><div align="left">
 548         <em></em>
 549         <ul>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 552               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 553               alignment.
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 557               annotation displayed.
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 561               for newly created group when 'Apply to all groups'
 562               selected
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 566               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 567               visible.
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 571               when sequences are selected in exported view.</em>
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 575               aren't rendered with correct colour.
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 579               types of knotted RNA secondary structure.
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 583               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 584               do not start at 1.
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 588               annotation when columns are inserted into an alignment,
 589               and when exporting as Stockholm flatfile.
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 593               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 594               treated as RNA secondary structure.
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 598               (not .jar) when saving a jalview project file.
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 602               transfers focus to previous window on OSX
 603             </li>
 604           </ul>
 605           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 609               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 610               box.
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 614               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 615               'look and feel' which has improved compatibility with the
 616               latest version of OSX.
 617             </li>
 618           </ul>
 619         </div>
 620     </td>
 621     </tr>
 622     <tr>
 623       <td width="60" nowrap>
 624         <div align="center">
 625           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 626             <em>7/06/2018</em></strong>
 627         </div>
 628       </td>
 629       <td><div align="left">
 630           <em></em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 634               annotation retrieved from Uniprot
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 638               onto the Jalview Desktop
 639             </li>
 640           </ul>
 641         </div></td>
 642       <td><div align="left">
 643           <em></em>
 644           <ul>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 647               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 651               right-hand column parsed correctly
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 655               not alignment area in exported graphic
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 659               window has input focus
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 663               annotation added to view (Windows)
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 667               network connectivity is poor
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 671               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 672                 the currently open URL and links from a page viewed in
 673                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 674                 you are using Edge, only links in the page can be
 675                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 676                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 677             </li>
 678           </ul>
 679           <em>New Known Defects</em>
 680           <ul>
 681             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 682           </ul>
 683         </div></td>
 684     </tr>
 685     <tr>
 686       <td width="60" nowrap>
 687         <div align="center">
 688           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 689         </div>
 690       </td>
 691       <td><div align="left">
 692           <em></em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 696               for disabling automatic superposition of multiple
 697               structures and open structures in existing views
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 701               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 702               adjust them.
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 706               Ensembl services
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 710               and lots of hidden columns
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 714               of features (particularly when transparency is disabled)
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 718               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 719               generally available
 720             </li>
 721           </ul>
 722           </div>
 723       </td>
 724       <td><div align="left">
 725           <ul>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 728               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 732               overlapping alignment panel
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 736               sequence as gaps
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 740               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 741               UTR
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 745               factor annotation not added to sequence when local PDB
 746               file associated with it by drag'n'drop or structure
 747               chooser
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 751               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 755               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 759               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 763               columns in annotation row
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 767               honored in batch mode
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 771               for structures added to existing Jmol view
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 775               entries after importing project with multiple views
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 779               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 780               with negative residue numbers or missing residues fails
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 784               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 785               as generated by CONSURF)
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 789               tooltip doesn't include a text description of mutation
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 793               structure and/or overview windows are also shown
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 797               very slow for alignments with large numbers of sequences
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 801               with 'StringIndexOutOfBounds'
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 805               platforms running Java 10
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 809               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 810             </li>
 811           </ul>
 812           <em>Applet</em>
 813           <ul>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 816               should copy the group consensus when popup is opened on it
 817             </li>
 818           </ul>
 819           <em>Batch Mode</em>
 820           <ul>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 823           </li>
 824           </ul>
 825           <em>New Known Defects</em>
 826           <ul>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 829               editing a large alignment and overview is displayed
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 833               repeatedly after a series of edits even when the overview
 834               is no longer reflecting updates
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 838               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 839               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 840               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 841             </li>
 842                                                 <li>
 843                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 844                                                         option gives blank output
 845                                                 </li>
 846                                         </ul>
 847         </div>
 848           </td>
 849     </tr>
 850     <tr>
 851       <td width="60" nowrap>
 852         <div align="center">
 853           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 854         </div>
 855       </td>
 856       <td><div align="left">
 857           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 858               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 859       <td><div align="left">
 860           <em>Desktop</em><ul>
 861           <ul>
 862             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 863             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 864             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 865             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 866             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 867             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 868             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 869           </ul>
 870           </div>
 871       </td>
 872     </tr>
 873     <tr>
 874       <td width="60" nowrap>
 875         <div align="center">
 876           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 877         </div>
 878       </td>
 879       <td><div align="left">
 880           <em></em>
 881           <ul>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 884               rendering of sequence features
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 888               429 rate limit request hander
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 892               their colours have changed
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 896               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 900               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 904               view from Ensembl locus cross-references
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 908               Alignment report
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 912               feature can be disabled
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 916               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 920               Uniprot
 921             </li>
 922           </ul>
 923           <em>Scripting</em>
 924           <ul>
 925             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 926             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 927               percent identity scores for current alignment.</li>
 928           </ul>
 929           <em>Testing and Deployment</em>
 930           <ul>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 933             </li>
 934           </ul>
 935         </div></td>
 936       <td><div align="left">
 937           <em>General</em>
 938           <ul>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 941               threshold text field doesn't trigger an update to the
 942               alignment view
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 946               strings in parallel
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 950               alignment window is closed
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 954               group visibility
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 958               takes a long time in Cursor mode
 959             </li>
 960           </ul>
 961           <em>Desktop</em>
 962           <ul>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 965               cannot be viewed in Chimera
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 969               CDS/Protein view
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 973               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 974               Search Dialogs
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 984               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 988               scrolling right in unwapped alignment view
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 992               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 993               database
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 997               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1001               features of same type and group to be selected for
1002               amending
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1006               alignments when hidden columns are present
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1010               displaying several structures
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1014               moving a window
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1018               within the Jalview desktop on OSX
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1022               when in wrapped alignment mode
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1026               hand end of alignment
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1030               each selected sequence do not have correct start/end
1031               positions
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1035               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1039               restoring project until a new view is created
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1043               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1044               configured (since 2.10.2b2)
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1048               position is adjusted
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1052               in a multi-chain structure when viewing alignment
1053               involving more than one chain (since 2.10)
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1057               if new selection moves alignment window
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1061               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1065               that produces correctly annotated transcripts and products
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1069               doesn't update associated structure view
1070             </li>
1071           </ul>
1072           <em>Applet</em><br />
1073           <ul>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1076               closing alignment panel
1077             </li>
1078           </ul>
1079           <em>BioJSON</em><br />
1080           <ul>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1083               non-positional features
1084             </li>
1085           </ul>
1086           <em>New Known Issues</em>
1087           <ul>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1090               sequence features correctly (for many previous versions of
1091               Jalview)
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1095               using cursor in wrapped panel other than top
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1099               graduated colour threshold
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1103               always preserve numbering and sequence features
1104             </li>
1105           </ul>
1106           <em>Known Java 9 Issues</em>
1107           <ul>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1110               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1111               9.01, OSX 10.10)
1112             </li>
1113           </ul>
1114         </div></td>
1115     </tr>
1116     <tr>
1117       <td width="60" nowrap>
1118         <div align="center">
1119           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1120             <em>2/10/2017</em></strong>
1121         </div>
1122       </td>
1123       <td><div align="left">
1124           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1125           <ul>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1128             </li>
1129             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1130             </li>
1131           </ul>
1132         </div></td>
1133       <td><div align="left">
1134         </div></td>
1135     </tr>
1136     <tr>
1137       <td width="60" nowrap>
1138         <div align="center">
1139           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1140             <em>7/9/2017</em></strong>
1141         </div>
1142       </td>
1143       <td><div align="left">
1144           <em></em>
1145           <ul>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1148               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1149               white)
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1153               Preferences
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1157               in size and progress bar shown as higher resolution
1158               overview is recalculated
1159             </li>
1160
1161           </ul>
1162         </div></td>
1163       <td><div align="left">
1164           <em></em>
1165           <ul>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1168               column region row by row
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1172               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1176               format setting is unticked
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1180               if group has show boxes format setting unticked
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1184               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1185               include sequences and columns not currently displayed
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1189               assemblies are imported via CIF file
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1193               displayed when threshold or conservation colouring is also
1194               enabled.
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1198               server version
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1202               dragging a selected region off the visible region of the
1203               alignment
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1207               colourscheme to all groups in a view
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1211               initially after font size change using the Font chooser or
1212               middle-mouse zoom
1213             </li>
1214           </ul>
1215         </div></td>
1216     </tr>
1217     <tr>
1218       <td width="60" nowrap>
1219         <div align="center">
1220           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1221         </div>
1222       </td>
1223       <td><div align="left">
1224           <em>Calculations</em>
1225           <ul>
1226
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1229               ungapped positions in each column of the alignment.
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1233               a calculation dialog box
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1237               and memory efficiency (~30x faster)
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1241               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1242               and other calculations
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1246               files within the Jalview codebase
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1250               Similarity may have different topology due to increased
1251               precision
1252             </li>
1253           </ul>
1254           <em>Rendering</em>
1255           <ul>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1258               model for alignments and groups
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1262               scripts
1263             </li>
1264           </ul>
1265           <em>Overview</em>
1266           <ul>
1267             <li>
1268               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1269               with alignment and overview windows
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1273               overview
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1277               omitted in Overview
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1281               adjustment of visible position
1282             </li>
1283           </ul>
1284
1285           <em>Data import/export</em>
1286           <ul>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1289               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1293               annotation input/output via stockholm flatfile
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1297               extension when importing structure files without embedded
1298               names or PDB accessions
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1302               format sequence substitution matrices
1303             </li>
1304           </ul>
1305           <em>User Interface</em>
1306           <ul>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1309               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1310               the application.
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1314               via Overview or sequence motif search operations
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1318               opened by double clicking gaps within sequence feature
1319               extent
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1323               aligned positions were available to create a 3D structure
1324               superposition.
1325             </li>
1326           </ul>
1327           <em>3D Structure</em>
1328           <ul>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1331               coloured in linked structure views
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1335               file-based command exchange
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1339               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1340               structures are already available for sequences
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1344               the Jalview project rather than downloaded again when the
1345               project is reopened.
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1349               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1350               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1351                 Feature</strong>)
1352             </li>
1353           </ul>
1354           <em>Web Services</em>
1355           <ul>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1361               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1362               Analysis services
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1366               cross-references provided by identifiers.org and the
1367               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1368             </li>
1369           </ul>
1370
1371           <em>Scripting</em>
1372           <ul>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1375               identifying file formats (instead of String constants)
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1379               efficiency when counting all displayed features (not
1380               backwards compatible with 2.10.1)
1381             </li>
1382           </ul>
1383           <em>Example files</em>
1384           <ul>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1387               included in the example feature file
1388             </li>
1389           </ul>
1390           <em>Documentation</em>
1391           <ul>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1394               with the built-in Java help viewer
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1398               sequence description' option
1399             </li>
1400           </ul>
1401           <em>Test Suite</em>
1402           <ul>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1405               Uniprot REST Free Text Search Client
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1412               during tests
1413             </li>
1414           </ul>
1415         </div></td>
1416       <td><div align="left">
1417           <em>Calculations</em>
1418           <ul>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1421               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1422               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1423             </li>
1424             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1425               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1426               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1427               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1428               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1429               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1430               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1431               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1432               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1433               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1434               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1435               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1436               // for 2.10.1 mode <br />
1437               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1438               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1439                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1440                 calculations (not recommended)</em></li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1443               scaling of branch lengths for trees computed using
1444               Sequence Feature Similarity.
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1448               generating output report when working with highly
1449               redundant alignments
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1453               right of selected region when gaps present on right-hand
1454               boundary
1455             </li>
1456           </ul>
1457           <em>User Interface</em>
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1461               doesn't reselect a specific sequence's associated
1462               annotation after it was used for colouring a view
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1466               opened on a region of alignment without groups
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1470               of an alignment with overlapping groups
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1474               name and description match
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1478               hidden regions results in incorrect hidden regions
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1482               changing colour does not apply Conservation slider value
1483               to all groups
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1487               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1491               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1495               gaps before start of features
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1499               restored to UI when feature colour is edited
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1503               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1507               as graduate feature colour settings are modified via the
1508               dialog box
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1512               when a group defined on the alignment is resized
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1516               wrapped view result in positional status updates
1517             </li>
1518
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1521               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1525               alignment included gapped columns
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1529               widgets don't permanently disappear
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1533               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1534               T-Coffee column reliability scores)
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1538               sequence feature on gaps only
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1542               button from a Find inherit previously defined feature type
1543               rather than the Find query string
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1547               exporting tree calculated in Jalview
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1551               and then revealing them reorders sequences on the
1552               alignment
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1556               doesn't update to reflect available set of groups after
1557               interactively adding or modifying features
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1561               Linux
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1565               only excluded gaps in current sequence and ignored
1566               selection.
1567             </li>
1568           </ul>
1569           <em>Rendering</em>
1570           <ul>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1573               erratically when hidden rows or columns are present
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1577               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1578               sequence colouring
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1582               colour and group colour menu for protein alignments
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1586               reflect currently selected view or group's shading
1587               thresholds
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1591               when rendered on overview and structures when opacity at
1592               100%
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1596               overview when features overlaid on alignment
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1600               recovered correctly from Jalview project file
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1604               (automatically via preferences) are different to the main
1605               alignment panel
1606             </li>
1607           </ul>
1608           <em>Data import/export</em>
1609           <ul>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1612               load
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1616               added after a sequence was imported are not written to
1617               Stockholm File
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1621               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1625               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1629               with lightGray or darkGray via features file (but can
1630               specify lightgray)
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1634               when alignment view imported from project
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1638               structure and sequences extracted from structure files
1639               imported via URL and viewed in Jmol
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1643               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1644               the project is loaded and the structure viewed
1645             </li>
1646           </ul>
1647           <em>Web Services</em>
1648           <ul>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1651               release of Ensembl v.88
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1655               appear enabled in Preferences->Connections
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1659               removed from console output
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1663               Ensembl by Peptide ID
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1667               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1668               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1669               due to 'null' string rather than empty string used for
1670               residues with no corresponding PDB mapping).
1671             </li>
1672           </ul>
1673           <em>Application UI</em>
1674           <ul>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1677               menu
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1681               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1682               new documentation and tooltips added)
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1686               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1690               new features are added to alignment
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1694               changes to feature colours via the Amend features dialog
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1698               edit graduated feature colour via amend features dialog
1699               box
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1703               selection menu changes colours of alignment views
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1707               from alignment calculation workers after alignment has
1708               been closed
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1712               groups now 'Create Group'
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1716               Create/Undefine group doesn't always work
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1720               shown again after pressing 'Cancel'
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1724               adjusts start position in wrap mode
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1728               ambiguous amino acids
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1732               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1733               proteins
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1737               Defined' don't appear in Colours menu
1738             </li>
1739           </ul>
1740           <em>Applet</em>
1741           <ul>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1744               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1748               overview or linked structure view
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1752               work (since 2.8)
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1756               user-defined colourscheme doesn't restore original
1757               colourscheme
1758             </li>
1759           </ul>
1760           <em>Test Suite</em>
1761           <ul>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1764               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1768               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1769               problems with deep array comparison equality asserts in
1770               successive versions of TestNG
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1774               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1775             </li>
1776           </ul>
1777           <em>New Known Issues</em>
1778           <ul>
1779             <li>
1780               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1781               phase after a sequence motif find operation
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1785               containing just upper and lower case letters are
1786               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1790               reliably from eggnog Ortholog database
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1794               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1795               to mark columns containing highlighted regions.
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1799               doesn't always add secondary structure annotation.
1800             </li>
1801           </ul>
1802         </div>
1803     <tr>
1804       <td width="60" nowrap>
1805         <div align="center">
1806           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1807         </div>
1808       </td>
1809       <td><div align="left">
1810           <em>General</em>
1811           <ul>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1814               for all consensus calculations
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1818               3rd Oct 2016)
1819             </li>
1820             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1821               for 2016-2017</li>
1822           </ul>
1823           <em>Application</em>
1824           <ul>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1827               set of database cross-references, sorted alphabetically
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1831               from database cross references. Users with custom links
1832               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1833                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1837               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1838               Chimera session
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1842               the Chimera it is connected to is shut down
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1846               columns menu item to mark columns containing highlighted
1847               regions (e.g. from structure selections or results of a
1848               Find operation)
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1852               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1853               MSAviewer
1854             </li>
1855           </ul>
1856         </div></td>
1857       <td>
1858         <div align="left">
1859           <em>General</em>
1860           <ul>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1863               are not coloured or thresholded according to percent
1864               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1868               hydrophobic
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1872               threshold, amino acid properties)
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1876               reported as mapped to residues in a structure file in the
1877               View Mapping report
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1881               could be added multiple times to a sequence
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1885               bond features shown as two highlighted residues rather
1886               than a range in linked structure views, and treated
1887               correctly when selecting and computing trees from features
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1891               cross-references are matched to database name regardless
1892               of case
1893             </li>
1894
1895           </ul>
1896           <em>Application</em>
1897           <ul>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1900               names without regular expressions also offer links from
1901               Sequence ID
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1905               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1906               update Jalview configuration
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1910               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1914               files with similarly named sequences if dropped onto the
1915               alignment
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1919               entries where more chains exist in the PDB accession than
1920               are reported in the SIFTS file
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1924               the structure view when displayed with Chimera
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1928               panel's View->Show Chains submenu
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1932               work for wrapped alignment views
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1936               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1940               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1941               first annotation row
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1945               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1949               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1950             </li>
1951             <!-- JAL-2319 -->
1952             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1953             coordindate data
1954             </li>
1955           </ul>
1956           <!--           <em>New Known Issues</em>
1957           <ul>
1958             <li></li>
1959           </ul> -->
1960         </div>
1961       </td>
1962     </tr>
1963     <td width="60" nowrap>
1964       <div align="center">
1965         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1966           <em>25/10/2016</em></strong>
1967       </div>
1968     </td>
1969     <td><em>Application</em>
1970       <ul>
1971         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1972           view if structures already loaded</li>
1973         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1974           structure views</li>
1975       </ul></td>
1976     <td>
1977       <div align="left">
1978         <em>General</em>
1979         <ul>
1980           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1981             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1982           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1983             example sequences/projects/trees</li>
1984         </ul>
1985         <em>Application</em>
1986         <ul>
1987           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1988             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1989           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1990             without timeout for structures with multiple models or
1991             multiple sequences in alignment</li>
1992           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1993             PDB ID HEADER line</li>
1994           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1995             is performed</li>
1996           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1997             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1998           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1999           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2000             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2001             option</li>
2002           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2003             is created on the alignment</li>
2004           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2005             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2006             pop-up menu</li>
2007         </ul>
2008         <em>Build and deployment</em>
2009         <ul>
2010           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2011             tags</li>
2012         </ul>
2013         <em>New Known Issues</em>
2014         <ul>
2015           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2016             on Windows</li>
2017         </ul>
2018       </div>
2019     </td>
2020     </tr>
2021     <tr>
2022       <td width="60" nowrap>
2023         <div align="center">
2024           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2025         </div>
2026       </td>
2027       <td><em>General</em>
2028         <ul>
2029           <li>
2030             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2031           </li>
2032           <li>
2033             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2034             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2035             better PDB parsing.
2036           </li>
2037           <li>
2038             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2039             reference sequence
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2043             mousing over sequence associated annotation
2044           </li>
2045           <li>
2046             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2047             for manual entry
2048           </li>
2049           <li>
2050             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2051             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2052             for each column
2053           </li>
2054           <li>
2055             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2056             showing or hiding columns containing a feature
2057           </li>
2058           <li>
2059             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2060             group and sequence associated annotation labels
2061           </li>
2062           <li>
2063             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2064             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2065             dialogs
2066           </li>
2067
2068         </ul> <em>Application</em>
2069         <ul>
2070           <li>
2071             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2072             gene/transcript view
2073           </li>
2074           <li>
2075             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2076             dialog
2077           </li>
2078           <li>
2079             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2080             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2084             Pfam sources to xfam.org
2085           </li>
2086           <li>
2087             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2088           </li>
2089           <li>
2090             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2091             over sequences in Jalview
2092           </li>
2093           <li>
2094             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2095             regions in ENA and EMBL
2096           </li>
2097           <li>
2098             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2099             for record retrieval via ENA rest API
2100           </li>
2101           <li>
2102             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2103             complement operator
2104           </li>
2105           <li>
2106             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2107             groovy script execution
2108           </li>
2109           <li>
2110             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2111             alignment window's Calculate menu
2112           </li>
2113           <li>
2114             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2115             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2116           </li>
2117           <li>
2118             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2119             calculation workers from groovy scripts
2120           </li>
2121           <li>
2122             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2123             Jalview projects
2124           </li>
2125           <li>
2126             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2127             associations are now saved/restored from project
2128           </li>
2129           <li>
2130             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2131             before sequence fetcher is opened
2132           </li>
2133           <li>
2134             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2135             database chooser opens a sequence fetcher
2136           </li>
2137           <li>
2138             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2139             the UniProt REST API
2140           </li>
2141           <li>
2142             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2143             the news reader opening
2144           </li>
2145           <li>
2146             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2147             querying stored in preferences
2148           </li>
2149           <li>
2150             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2151             search results
2152           </li>
2153           <li>
2154             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2155           </li>
2156           <li>
2157             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2158             menu for nucleotide sequences
2159           </li>
2160           <li>
2161             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2162             and feature counts preserves alignment ordering (and
2163             debugged for complex feature sets).
2164           </li>
2165           <li>
2166             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2167             viewing structures with Jalview 2.10
2168           </li>
2169           <li>
2170             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2171             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2172             Ensembl Genomes REST API
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2176             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2177             (Ensembl)
2178           </li>
2179           <li>
2180             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2181             sequences
2182           </li>
2183           <li>
2184             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2185             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2186             data from external database records.
2187           </li>
2188           <li>
2189             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2190             efficient recovery of sequence coding and alignment
2191             annotation relationships.
2192           </li>
2193         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2194         <ul>
2195           <li>
2196             -- JAL---
2197           </li>
2198         </ul> --></td>
2199       <td>
2200         <div align="left">
2201           <em>General</em>
2202           <ul>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2205               menu on OSX
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2209               includes graduated colourschemes
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2213               working with big alignments and lots of hidden columns
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2217               at right of alignment window
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2221               contents
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2225               for DNA alignments
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2229               based tree calculation
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2233               unconserved enabled for group on alignment
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2237               set as reference
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2241               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2242               annotation
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2246               hidden columns present
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2250               user created annotation added to alignment
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2254               '()' base pair annotation
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2258               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2259               Consensus
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2263               feature not working
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2267               beginning of sequence
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2271               entry 3a6s
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2275               from a tree when t-coffee scores are shown
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2279               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2283               some structures
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2287               to Clustal, PIR and PileUp output
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2291               not visible causes alignment window to repaint
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2295               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2296               scores associated with features and annotation rows
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2300               calculation should be case independent
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2304               columns
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2308               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2309               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2313               problems when reference sequence defined and 'show
2314               non-conserved' enabled
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2318               load even when Consensus calculation is disabled
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2322               alignment does nothing
2323             </li>
2324           </ul>
2325           <em>Application</em>
2326           <ul>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2329               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2330               yet fixed for El Capitan)
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2334               output when running on non-gb/us i18n platforms
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2338               hidden sequences as flat-file alignment
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2342               launching Chimera
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2346               (also hotfix for 2.9.0b2)
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2350               reference sequence defined
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2354               alignments and views when revealing hidden columns
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2358               view in a cDNA/Protein splitframe
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2362               sequence from project when only one sequence is
2363               represented
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2367               in Structure Chooser
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2371               structure consensus didn't refresh annotation panel
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2375               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2379               dialogs format columns correctly, don't display array
2380               data, sort columns according to type
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2384               file chooser is cancelled during an image export
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2388               sequence name containing special characters
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2392               case insensitive
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2396               formatting don't wrap
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2400               truncated so L looks like I in consensus annotation
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2404               currently displayed features for the current selection or
2405               view
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2409               after fetching cross-references, and restoring from
2410               project
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2414               followed in the structure viewer
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2418               splitframe not restored from project
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2422               trailing end of protein alignment in transcript/product
2423               splitview when pad-gaps not enabled by default
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2427               is case dependent
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2431               article has been read (reopened issue due to
2432               internationalisation problems)
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2436               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2437               cross-references
2438             </li>
2439
2440             <li>
2441               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2442               alignment as HTML
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2446               multiple structures are shown for one or more sequences.
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2450               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2451               is enabled.
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2455               specific PDB id for sequence
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2459               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2460               columns' is disabled.
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2464               selects lowest rather than highest resolution structures
2465               for each sequence
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2469               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2473               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2477               after clicking on it to create new annotation for a
2478               column.
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2482               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2483             </li>
2484             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2485             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2486           </ul>
2487           <em>Applet</em>
2488           <ul>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2491               hidden columns present before start of sequence
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2495               (JSON jars)
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2499               sequences are hidden in applet
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2503               deployment on examples pages.
2504             </li>
2505           </ul>
2506         </div>
2507       </td>
2508     </tr>
2509     <tr>
2510       <td width="60" nowrap>
2511         <div align="center">
2512           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2513             <em>16/10/2015</em></strong>
2514         </div>
2515       </td>
2516       <td><em>General</em>
2517         <ul>
2518           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2519             jars</li>
2520         </ul></td>
2521       <td>
2522         <div align="left">
2523           <em>Application</em>
2524           <ul>
2525             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2526               shown when tree is partitioned</li>
2527             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2528               multiple cDNA/Protein split views</li>
2529           </ul>
2530         </div>
2531       </td>
2532     </tr>
2533     <tr>
2534       <td width="60" nowrap>
2535         <div align="center">
2536           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2537             <em>8/10/2015</em></strong>
2538         </div>
2539       </td>
2540       <td><em>General</em>
2541         <ul>
2542           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2543             2.9</li>
2544         </ul> <em>Application</em>
2545         <ul>
2546           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2547           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2548           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2549         </ul> <em>Applet</em>
2550         <ul>
2551           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2552         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2553         <ul>
2554           <li>
2555             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2556             suite
2557           </li>
2558         </ul></td>
2559       <td>
2560         <div align="left">
2561           <em>General</em>
2562           <ul>
2563             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2564               incorrect when sequence start > 1</li>
2565             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2566               documentation</li>
2567             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2568             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2569               loading a features file containing HTML tags in feature
2570               description</li>
2571
2572           </ul>
2573           <em>Application</em>
2574           <ul>
2575             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2576               reimport</li>
2577             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2578               with 'trim retrieved sequences'</li>
2579             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2580               deleting selected columns</li>
2581             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2582               JNLP templates for webstart launch</li>
2583             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2584               unreleased structures for download or viewing</li>
2585             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2586               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2587             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2588               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2589             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2590               recovered from jalview project</li>
2591             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2592               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2593               alignment view</li>
2594             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2595               color schemes from BioJSON</li>
2596           </ul>
2597           <em>Applet</em>
2598           <ul>
2599             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2600               frame</li>
2601             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2602           </ul>
2603         </div>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td><div align="center">
2608           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2609         </div></td>
2610       <td><em>General</em>
2611         <ul>
2612           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2613             alignments:
2614             <ul>
2615               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2616                 and DNA alignment views</li>
2617               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2618                 cDNA alignment views</li>
2619               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2620                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2621               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2622                 protein sequences</li>
2623             </ul>
2624           </li>
2625           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2626           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2627             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2628           <li>New alignment annotation file statements for
2629             reference sequences and marking hidden columns</li>
2630           <li>Reference sequence based alignment shading to
2631             highlight variation</li>
2632           <li>Select or hide columns according to alignment
2633             annotation</li>
2634           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2635           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2636             acid conservation row</li>
2637           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2638         </ul> <em>Application</em>
2639         <ul>
2640           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2641             <ul>
2642               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2643                 view with cDNA/Protein</li>
2644               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2645                 sequences are placed in the same alignment</li>
2646               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2647                 projects</li>
2648             </ul>
2649           </li>
2650
2651           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2652           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2653             Jalview windows</li>
2654
2655           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2656           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2657           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2658             be shown in VARNA</li>
2659
2660           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2661             as the active selected region</li>
2662
2663           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2664             similarity</li>
2665           <li>New Export options
2666             <ul>
2667               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2668                 region export in flat file generation</li>
2669
2670               <li>Export alignment views for display with the <a
2671                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2672
2673               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2674               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2675                 alignment figures to HTML</li>
2676           </li>
2677           <li>3D structure retrieval and display
2678             <ul>
2679               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2680                 Search API</li>
2681               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2682                 PDB structures for a sequence set</li>
2683             </ul>
2684           </li>
2685
2686           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2687             predictions</li>
2688           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2689             for one or a group of sequences</li>
2690           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2691             from the JPred4 web server</li>
2692           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2693             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2694             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2695           </li>
2696           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2697             VARNA 2D Structure'</li>
2698           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2699             Structure ..."</li>
2700
2701         </ul> <em>Applet</em>
2702         <ul>
2703           <li>New layout for applet example pages</li>
2704           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2705             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2706           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2707             Protein alignments</li>
2708         </ul> <em>Development and deployment</em>
2709         <ul>
2710           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2711           <li>Include installation type and git revision in build
2712             properties and console log output</li>
2713           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2714             storing BioJsMSA Templates</li>
2715           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2716         </ul></td>
2717       <td>
2718         <!-- <em>General</em>
2719         <ul>
2720         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2721         <ul>
2722           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2723           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2724           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2725             predictions are not highlighted in amber</li>
2726           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2727             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2728           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2729             associated structure views</li>
2730           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2731             width checkbox not enabled</li>
2732           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2733             creating user defined colours</li>
2734           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2735             mappings for just that viewer's sequences</li>
2736           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2737             multiple models in Chimera</li>
2738           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2739             over Jmol structure</li>
2740           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2741             output to text box</li>
2742           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2743             have incorrect sequence start/end</li>
2744           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2745             Jalview fails</li>
2746           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2747             work for nucleotide</li>
2748           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2749             to a grey/invisible alignment window</li>
2750           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2751             imports to different position</li>
2752           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2753             on some platforms</li>
2754           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2755             populated</li>
2756           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2757             console if Chimera has been opened</li>
2758           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2759           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2760             retrieved</li>
2761           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2762           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2763             either sequence shows on first structure</li>
2764           <li>'Show annotations' options should not make
2765             non-positional annotations visible</li>
2766           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2767             in right place after 'view flanking regions'</li>
2768           <li>File Save As type unset when current file format is
2769             unknown</li>
2770           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2771             projects</li>
2772           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2773             responsive</li>
2774           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2775             several views on same alignment</li>
2776           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2777           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2778             spaces</li>
2779         </ul> <em>Applet</em>
2780         <ul>
2781           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2782           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2783             descriptions containing angle brackets</li>
2784         </ul> <em>General</em>
2785         <ul>
2786           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2787             via jalview annotation file</li>
2788           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2789             with RNA secondary structure</li>
2790           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2791             translation doesn't work.</li>
2792           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2793           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2794             positions</li>
2795           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2796             choosing 1pt font</li>
2797           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2798             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2799             'h'</li>
2800           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2801             new feature</li>
2802           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2803             order dependent</li>
2804           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2805             sequences</li>
2806           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2807         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2808         <ul>
2809           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2810             www.jalview.org</li>
2811         </ul> <em>Application Known issues</em>
2812         <ul>
2813           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2814           <li>Misleading message appears after trying to delete
2815             solid column.</li>
2816           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2817             version launches</li>
2818           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2819             fails with a sequence mismatch</li>
2820           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2821             scrolling alignment to right</li>
2822           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2823             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2824           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2825             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2826           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2827             ultra-high resolution</li>
2828           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2829             quality and conservation</li>
2830           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2831             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2832         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2833         <ul>
2834           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2835           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2836             window is being resized</li>
2837
2838         </ul>
2839       </td>
2840     </tr>
2841     <tr>
2842       <td><div align="center">
2843           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2844         </div></td>
2845       <td><em>General</em>
2846         <ul>
2847           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2848             Certum.PL.</li>
2849           <li>Features and annotation preserved when performing
2850             pairwise alignment</li>
2851           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2852             imported/exported/displayed</li>
2853           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2854             protein secondary structure</li>
2855           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2856               post-hoc with 2.9 release</em>)
2857           </li>
2858
2859         </ul> <em>Application</em>
2860         <ul>
2861           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2862             with 3D structures</li>
2863           <li>Support for parsing RNAML</li>
2864           <li>Annotations menu for layout
2865             <ul>
2866               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2867               <li>place sequence annotation above/below alignment
2868                 annotation</li>
2869             </ul>
2870           <li>Output in Stockholm format</li>
2871           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2872             translation</li>
2873           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2874           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2875             shared between alignments</li>
2876           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2877             Jalview</li>
2878           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2879             all or current selection</li>
2880           <li>disorder and secondary structure predictions
2881             available as dataset annotation</li>
2882           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2883
2884
2885           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2886             alignments from Rfam</li>
2887           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2888
2889           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2890             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2891           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2892           <li>include installation type in build properties and
2893             console log output</li>
2894           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2895             annotation</li>
2896         </ul></td>
2897       <td>
2898         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2899         <ul>
2900           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2901             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2902           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2903             alignment</li>
2904           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2905           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2906           <li>Double click on sequence associated annotation
2907             selects only first column</li>
2908           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2909             leaves shown in tree</li>
2910           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2911             properly</li>
2912           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2913           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2914             screen and buttons not visible</li>
2915           <li>author list isn't updated if already written to
2916             Jalview properties</li>
2917           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2918             from database</li>
2919           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2920           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2921             browser search window</li>
2922           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2923             in feature settings dialog</li>
2924           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2925             desktop</li>
2926           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2927             pass validation</li>
2928           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2929             fit on screen</li>
2930           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2931             tooltip</li>
2932           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2933             defined user preset</li>
2934           <li>MSA web services warns user if they were launched
2935             with invalid input</li>
2936           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2937             Java 8</li>
2938           <li>
2939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2940             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2941             created
2942           </li>
2943
2944         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2945         <ul>
2946         </ul> <em>General</em>
2947         <ul>
2948         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2949         <ul>
2950           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2951             memory allocation</li>
2952           <li>launchApp service doesn't automatically open
2953             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2954           <li>
2955             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2956             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2957             1.7_055 is available
2958           </li>
2959         </ul> <em>Application Known issues</em>
2960         <ul>
2961           <li>
2962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2963             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2964             alignment to right
2965           </li>
2966           <li>
2967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2968             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2969             with large number of ID
2970           </li>
2971           <li>
2972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2973             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2974             start/end
2975           </li>
2976           <li>
2977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2978             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2979             structure tracks are rearranged
2980           </li>
2981           <li>
2982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2983             invalid rna structure positional highlighting does not
2984             highlight position of invalid base pairs
2985           </li>
2986           <li>
2987             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2988             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2989             project from alignment window file menu
2990           </li>
2991           <li>
2992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2993             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2994             structures
2995           </li>
2996           <li>
2997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2998             colour by RNA Helices not enabled when user created
2999             annotation added to alignment
3000           </li>
3001           <li>
3002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3003             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3004           </li>
3005         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3006         <ul>
3007           <li>
3008             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3009             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3010           </li>
3011           <li>
3012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3013             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3014           </li>
3015
3016           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3017             when selected</li>
3018         </ul>
3019       </td>
3020     </tr>
3021     <tr>
3022       <td><div align="center">
3023           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3024         </div></td>
3025       <td>
3026         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3027         <em>General</em>
3028         <ul>
3029           <li>Internationalisation of user interface (usually
3030             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3031           <li>Define/Undefine group on current selection with
3032             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3033           <li>Improved group creation/removal options in
3034             alignment/sequence Popup menu</li>
3035           <li>Sensible precision for symbol distribution
3036             percentages shown in logo tooltip.</li>
3037           <li>Annotation panel height set according to amount of
3038             annotation when alignment first opened</li>
3039         </ul> <em>Application</em>
3040         <ul>
3041           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3042             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3043           <li>Select columns containing particular features from
3044             Feature Settings dialog</li>
3045           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3046             sequences</li>
3047           <li>Update Jalview project format:
3048             <ul>
3049               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3050               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3051                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3052               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3053                 colouring</li>
3054             </ul>
3055           </li>
3056           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3057             (PAM250)</li>
3058           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3059             flanking regions for an alignment</li>
3060         </ul>
3061       </td>
3062       <td>
3063         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3064         <ul>
3065           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3066             running after job is cancelled</li>
3067           <li>cannot export features from alignments imported from
3068             Jalview/VAMSAS projects</li>
3069           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3070             float values</li>
3071           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3072             have 'display all symbols' flag set</li>
3073           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3074             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3075           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3076             Jalview</li>
3077           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3078             Lion/Webstart</li>
3079           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3080           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3081           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3082             alignment onto desktop</li>
3083           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3084             'extract scores' function</li>
3085           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3086             alignment window</li>
3087           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3088             performing IUPred disorder prediction</li>
3089           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3090             changing 'normalise logo' display setting</li>
3091           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3092             nothing matches query</li>
3093           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3094             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3095           </li>
3096           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3097             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3098           </li>
3099           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3100             Jalview's menu</li>
3101           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3102             'invalid literal/length code'</li>
3103           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3104             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3105           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3106             colourscheme</li>
3107
3108         </ul> <em>Applet</em>
3109         <ul>
3110           <li>Remove group option is shown even when selection is
3111             not a group</li>
3112           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3113             don't affect groups</li>
3114           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3115             colourscheme name</li>
3116           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3117             Annotation panel is not displayed</li>
3118           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3119             embedded windows</li>
3120         </ul> <em>Other</em>
3121         <ul>
3122           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3123             single sequence were not calculated</li>
3124           <li>annotation files that contain only groups imported as
3125             annotation and junk sequences</li>
3126           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3127             recognised as PFAM or BLC</li>
3128           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3129             doesn't affect background (2.8.0b1)
3130           <li></li>
3131           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3132           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3133             trailing gaps</li>
3134           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3135             registered correctly on import</li>
3136           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3137             certain alignments</li>
3138           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3139             existing annotation based 'use original colours'
3140             colourscheme loses original colours setting</li>
3141         </ul>
3142       </td>
3143     </tr>
3144     <tr>
3145       <td><div align="center">
3146           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3147             <em>30/1/2014</em></strong>
3148         </div></td>
3149       <td>
3150         <ul>
3151           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3152             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3153             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3154             open source project).
3155           </li>
3156           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3157           <li>Output in Stockholm format</li>
3158           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3159           <li>Export/import group and sequence associated line
3160             graph thresholds</li>
3161           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3162             ambiguity codes</li>
3163           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3164             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3165             works</li>
3166           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3167         </ul> <em>Other improvements</em>
3168         <ul>
3169           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3170           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3171             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3172           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3173             files</li>
3174           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3175           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3176             link but no description</li>
3177           <li>Select primary source when selecting authority in
3178             database fetcher GUI</li>
3179           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3180             Jalview</li>
3181           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3182         </ul>
3183       </td>
3184       <td>
3185         <ul>
3186           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3187             displayed</li>
3188           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3189             secondary structure annotation line</li>
3190           <li>Sequence database accessions not imported when
3191             fetching alignments from Rfam</li>
3192           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3193             identical IDs</li>
3194           <li>View all structures does not always superpose
3195             structures</li>
3196           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3197             reflect user or preset settings</li>
3198           <li>Null pointer exceptions for some services without
3199             presets or adjustable parameters</li>
3200           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3201             discover PDB xRefs</li>
3202           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3203             features with DAS</li>
3204           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3205             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3206           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3207             residue follows a gap</li>
3208           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3209             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3210           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3211             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3212           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3213             annotation already exists on alignment</li>
3214           <li>oninit javascript function should be called after
3215             initialisation completes</li>
3216           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3217             alignment window display</li>
3218           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3219           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3220             to annotation file</li>
3221           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3222             groups created</li>
3223           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3224             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3225           <li>Pressing return several times causes Number Format
3226             exceptions in keyboard mode</li>
3227           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3228             correct partitions for input data</li>
3229           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3230           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3231           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3232           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3233             mode</li>
3234           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3235             changes one row&#39;s threshold</li>
3236           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3237             doesn&#39;t open</li>
3238           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3239             quality histograms</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td><div align="center">
3245           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3246         </div></td>
3247       <td><em>Application</em>
3248         <ul>
3249           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3250             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3251           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3252             preferences</li>
3253           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3254             in Jalview alignment window</li>
3255           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3256             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3257           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3258             RNA and ambiguity codes</li>
3259
3260           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3261           <li>Support fetching and database reference look up
3262             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3263             refs')</li>
3264           <li>Jalview project improvements
3265             <ul>
3266               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3267                 flag for annotation</li>
3268               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3269                 alignment</li>
3270               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3271                 Jalview project</li>
3272
3273             </ul>
3274           </li>
3275           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3276           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3277             running</li>
3278           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3279           <li>visual indication that web service results are still
3280             being retrieved from server</li>
3281           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3282             starts up for first time</li>
3283           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3284             services</li>
3285           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3286             client library</li>
3287           <li>Examples directory and Groovy library included in
3288             InstallAnywhere distribution</li>
3289         </ul> <em>Applet</em>
3290         <ul>
3291           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3292             visualization applet example</li>
3293         </ul> <em>General</em>
3294         <ul>
3295           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3296           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3297             defaults</li>
3298           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3299             calculation</li>
3300           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3301             matrices
3302           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3303             in HTML</li>
3304           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3305             structure contacts</li>
3306           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3307           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3308           <li>Parse sequence associated secondary structure
3309             information in Stockholm files</li>
3310           <li>HTML Export database accessions and annotation
3311             information presented in tooltip for sequences</li>
3312           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3313             style RNA alignment files</li>
3314           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3315             alignment</li>
3316           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3317             shade each sequence according to its associated alignment
3318             annotation</li>
3319           <li>New Jalview Logo</li>
3320         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3321         <ul>
3322           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3323           <li>New Website!</li>
3324         </ul></td>
3325       <td><em>Application</em>
3326         <ul>
3327           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3328             wsdbfetch REST service</li>
3329           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3330           <li>Filetype associations not installed for webstart
3331             launch</li>
3332           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3333             job execution in full once it is complete</li>
3334           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3335             uploaded via ali_file parameter</li>
3336           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3337           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3338           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3339             submitted for prediction</li>
3340           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3341             desktop window</li>
3342           <li>Putting fractional value into integer text box in
3343             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3344           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3345             windows 7</li>
3346           <li>View all structures fails with exception shown in
3347             structure view</li>
3348           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3349             escaped in a platform independent way</li>
3350           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3351             using proxy</li>
3352           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3353             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3354           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3355             failure when java web start temporary file caching is
3356             disabled</li>
3357           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3358             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3359           <li>Errors during processing of command line arguments
3360             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3361           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3362             DAS sources in sequence fetcher</li>
3363           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3364             dialog is shown</li>
3365           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3366           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3367           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3368           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3369             on OSX Mountain Lion</li>
3370           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3371             sequences with alignment annotation are pasted into the
3372             alignment</li>
3373           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3374             when loaded from Jalview project</li>
3375           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3376           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3377             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3378           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3379             associated with all views</li>
3380           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3381             annotation rows to new window</li>
3382         </ul> <em>Applet</em>
3383         <ul>
3384           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3385             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3386           <li>loading features via javascript API automatically
3387             enables feature display</li>
3388           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3389             work</li>
3390         </ul> <em>General</em>
3391         <ul>
3392           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3393           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3394             and then deselected</li>
3395           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3396           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3397             coloured with clustalx</li>
3398           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3399             exceptions and redraw errors</li>
3400           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3401             reconfigured view</li>
3402           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3403             colour</li>
3404           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3405             for lots of labels</li>
3406         </ul>
3407     </tr>
3408     <tr>
3409       <td>
3410         <div align="center">
3411           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3412         </div>
3413       </td>
3414       <td><em>Application</em>
3415         <ul>
3416           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3417           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3418           <li>View/alignment association menu to enable user to
3419             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3420             its colours/correspondences from</li>
3421           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3422           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3423             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3424           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3425           <li>Annotation row column label formatting attributes
3426             stored in project file</li>
3427           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3428             rows preserved in Jalview project file</li>
3429           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3430             saved using Desktop window menu</li>
3431           <li>Visual indication that command line arguments are
3432             still being processed</li>
3433           <li>Groovy script execution from URL</li>
3434           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3435             preferences</li>
3436           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3437             alignment with sequences that have high similarity and
3438             matching IDs</li>
3439           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3440           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3441             structures in same window</li>
3442           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3443           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3444             analysis function in its own submenu</li>
3445         </ul> <em>Applet</em>
3446         <ul>
3447           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3448             groups</li>
3449           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3450           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3451           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3452           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3453           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3454             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3455           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3456           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3457             parameters are treated as such</li>
3458           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3459             <ul>
3460               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3461               <li>Javascript callbacks for
3462                 <ul>
3463                   <li>Applet initialisation</li>
3464                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3465                 </ul>
3466               </li>
3467               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3468                 functions</li>
3469               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3470               <li>javascript structure viewer harness to pass
3471                 messages between Jmol and Jalview when running as
3472                 distinct applets</li>
3473               <li>sortBy method</li>
3474               <li>Set of applet and application examples shipped
3475                 with documentation</li>
3476               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3477                 javascript message exchange</li>
3478             </ul>
3479         </ul> <em>General</em>
3480         <ul>
3481           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3482             multiple alignments</li>
3483           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3484           <li>User configurable link to enable redirects to a
3485             www.Jalview.org mirror</li>
3486           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3487           <li>Configurable newline string when writing alignment
3488             and other flat files</li>
3489           <li>Allow alignment annotation description lines to
3490             contain html tags</li>
3491         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3492         <ul>
3493           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3494             examples</li>
3495           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3496             using a web service before displaying the result in the
3497             Jalview desktop</li>
3498           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3499           <li>Ant target to publish example html files with applet
3500             archive</li>
3501           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3502           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3503         </ul></td>
3504       <td><em>Application</em>
3505         <ul>
3506           <li>User defined colourscheme throws exception when
3507             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3508           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3509             dialog for valid filename/format</li>
3510           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3511           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3512             P37173</li>
3513           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3514             which sequence is to be associated with the file</li>
3515           <li>Find All raises null pointer exception when query
3516             only matches sequence IDs</li>
3517           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3518           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3519             2.4 cannot be loaded</li>
3520           <li>Filetype associations not installed for webstart
3521             launch</li>
3522           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3523             with sequences in different alignments do not get coloured
3524             by their associated sequence</li>
3525           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3526             not preserved when project is loaded</li>
3527           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3528             stored in Jalview project</li>
3529           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3530             Jalview project</li>
3531           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3532           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3533             by conservation</li>
3534           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3535             created on new view</li>
3536           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3537             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3538           <li>Alignment quality not updated after alignment
3539             annotation row is hidden then shown</li>
3540           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3541             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3542           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3543             properly</li>
3544           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3545             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3546           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3547           <li>Structures imported from file and saved in project
3548             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3549           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3550             job execution in full once it is complete</li>
3551         </ul> <em>Applet</em>
3552         <ul>
3553           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3554             annotation rows are displayed</li>
3555           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3556             codebase</li>
3557           <li>View follows highlighting does not work for positions
3558             in sequences</li>
3559           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3560           <li>Export features raises exception when no features
3561             exist</li>
3562           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3563             for javascript api is modified when separator string
3564             provided as parameter</li>
3565           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3566             alignment with no existing selection</li>
3567           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3568             to applet&#39;s codebase</li>
3569           <li>Status bar not updated after finished searching and
3570             search wraps around to first result</li>
3571           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3572             several Jalview applets causes race conditions and memory
3573             leaks</li>
3574           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3575             not sent from Jmol in applet</li>
3576           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3577             applet API fatally hang browser</li>
3578         </ul> <em>General</em>
3579         <ul>
3580           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3581             position with wrapped view and hidden regions</li>
3582           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3583             with/without hidden columns</li>
3584           <li>Sequence length given in alignment properties window
3585             is off by 1</li>
3586           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3587             import PDB like structure files</li>
3588           <li>Positional search results are only highlighted
3589             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3590           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3591           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3592             given sequence position</li>
3593           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3594             output</li>
3595           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3596             from nucleotide chains correctly</li>
3597           <li>Structure colours not updated when tree partition
3598             changed in alignment</li>
3599           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3600             parsed in interleaved stockholm</li>
3601           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3602             state</li>
3603           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3604             properly</li>
3605           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3606             properly associated with their pdb files</li>
3607         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3608         <ul>
3609           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3610             ApplyCopyright tool</li>
3611         </ul></td>
3612     </tr>
3613     <tr>
3614       <td>
3615         <div align="center">
3616           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3617         </div>
3618       </td>
3619       <td><em>Application</em>
3620         <ul>
3621           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3622             contact web services</li>
3623           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3624             service job window</li>
3625           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3626         </ul></td>
3627       <td>
3628         <ul>
3629           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3630             pir file emitted by Jalview</li>
3631           <li>Existing feature settings transferred to new
3632             alignment view created from cut'n'paste</li>
3633           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3634             parsing PDB files</li>
3635           <li>Consensus and conservation annotation rows
3636             occasionally become blank for all new windows</li>
3637           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3638             in wrapped view mode</li>
3639         </ul> <em>Application</em>
3640         <ul>
3641           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3642             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3643           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3644             parameter names</li>
3645           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3646             is down</li>
3647         </ul>
3648       </td>
3649     </tr>
3650     <tr>
3651       <td>
3652         <div align="center">
3653           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3654         </div>
3655       </td>
3656       <td><em>Application</em>
3657         <ul>
3658           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3659             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3660             (JABAWS)
3661           </li>
3662           <li>Web Services preference tab</li>
3663           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3664             preferences</li>
3665           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3666           <li>Superpose structures using associated sequence
3667             alignment</li>
3668           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3669             viewer</li>
3670         </ul> <em>Applet</em>
3671         <ul>
3672           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3673             link out mechanism</li>
3674         </ul> <em>Other</em>
3675         <ul>
3676           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3677             series 12</li>
3678           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3679             require Java 1.5</li>
3680           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3681             sequence annotation files</li>
3682           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3683             type colour specification</li>
3684           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3685             script to check if it being run in an interactive session or
3686             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3687         </ul></td>
3688       <td>
3689         <ul>
3690           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3691             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3692         </ul> <em>Application</em>
3693         <ul>
3694           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3695             selected Regions menu item</li>
3696           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3697             part of a valid accession ID</li>
3698           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3699             runs out of memory</li>
3700           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3701             analysis results</li>
3702           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3703             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3704           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3705         </ul> <em>Applet</em>
3706         <ul>
3707           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3708             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3709             defined.</li>
3710         </ul>
3711       </td>
3712     </tr>
3713     <tr>
3714       <td>
3715         <div align="center">
3716           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3717         </div>
3718       </td>
3719       <td></td>
3720       <td>
3721         <ul>
3722           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3723             sequence IDs</li>
3724           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3725             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3726           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3727             import correctly</li>
3728           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3729             number of columns are hidden</li>
3730           <li>annotation label popup menu not providing correct
3731             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3732             present</li>
3733           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3734             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3735           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3736             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3737
3738         </ul> <em>Applet</em>
3739         <ul>
3740           <li>annotation panel disappears when annotation is
3741             hidden/removed</li>
3742         </ul> <em>Application</em>
3743         <ul>
3744           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3745             alignment opened where annotation panel is visible but no
3746             annotations are present on alignment</li>
3747           <li>pasted region containing hidden columns is
3748             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3749           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3750             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3751           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3752             selected Rregions menu item.</li>
3753           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3754             'Un' or 'Non'conserved</li>
3755           <li>Sequence feature settings are being shared by
3756             multiple distinct alignments</li>
3757           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3758             changed</li>
3759           <li>double click on group annotation to select sequences
3760             does not propagate to associated trees</li>
3761           <li>Mac OSX specific issues:
3762             <ul>
3763               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3764                 window background</li>
3765               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3766                 name set correctly</li>
3767               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3768                 save feature colourscheme button</li>
3769             </ul>
3770           </li>
3771         </ul>
3772       </td>
3773     </tr>
3774     <tr>
3775
3776       <td>
3777         <div align="center">
3778           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3779         </div>
3780       </td>
3781       <td><em>New Capabilities</em>
3782         <ul>
3783           <li>URL links generated from description line for
3784             regular-expression based URL links (applet and application)
3785
3786           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3787             menu</li>
3788           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3789             structures</li>
3790           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3791             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3792           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3793             average score or total feature count for each sequence.</li>
3794           <li>Shading features by score or associated description</li>
3795           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3796             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3797           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3798             hide everything but the currently selected region.</li>
3799           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3800         </ul> <em>Application</em>
3801         <ul>
3802           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3803             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3804           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3805             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3806           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3807             database references and protein_name is parsed as
3808             description line (BioSapiens terms).</li>
3809           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3810             references in sequence ID tooltip from View menu in
3811             application.</li>
3812           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3813       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3814           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3815             conservation plots</li>
3816           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3817             and visualized as sequence logos</li>
3818           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3819             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3820           </li>
3821           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3822             when a new tree is opened.</li>
3823           <li>Jalview Java Console</li>
3824           <li>Better placement of desktop window when moving
3825             between different screens.</li>
3826           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3827             consensus annotation</li>
3828           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3829             Workflows</li>
3830           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3831             <ul>
3832               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3833                 used to preserve views, structures, and tree display
3834                 settings)</li>
3835               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3836                 command line</li>
3837               <li>Sharing of selected regions between views and
3838                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3839               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3840             </ul></li>
3841         </ul> <em>Applet</em>
3842         <ul>
3843           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3844           <li>New Parameters
3845             <ul>
3846               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3847                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3848                 opened.</li>
3849               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3850                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3851               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3852                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3853               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3854                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3855                 view</li>
3856               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3857                 increase the height or width of a cell in the alignment
3858                 grid relative to the current font size.</li>
3859             </ul>
3860           </li>
3861           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3862             tooltip</li>
3863         </ul> <em>Other</em>
3864         <ul>
3865           <li>Features format: graduated colour definitions and
3866             specification of feature scores</li>
3867           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3868             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3869             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3870           <li>XML formats extended to support graduated feature
3871             colourschemes, group associated annotation, and profile
3872             visualization settings.</li></td>
3873       <td>
3874         <ul>
3875           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3876             rather than description</li>
3877           <li>Non-positional features are now included in sequence
3878             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3879             visibility in tooltip).</li>
3880           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3881           <li>Added URL embedding instructions to features file
3882             documentation.</li>
3883           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3884             'X' in peptide product</li>
3885           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3886             sequence ID and sequence string and query strings do not
3887             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3888           <li>AMSA files only contain first column of
3889             multi-character column annotation labels</li>
3890           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3891             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3892             exported and re-imported)</li>
3893           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3894             name</li>
3895           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3896             as subsequence matches, and correctly reports total number
3897             of both.</li>
3898           <li>Application:
3899             <ul>
3900               <li>Better handling of exceptions during sequence
3901                 retrieval</li>
3902               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3903                 link text excludes the start_end suffix</li>
3904               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3905                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3906               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3907               <li>Sequence description lines properly shared via
3908                 VAMSAS</li>
3909               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3910                 data sources</li>
3911               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3912                 completes before alignment figures are generated.</li>
3913               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3914                 first time.</li>
3915               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3916                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3917               <li>User defined group colours properly recovered
3918                 from Jalview projects.</li>
3919             </ul>
3920           </li>
3921         </ul>
3922       </td>
3923
3924     </tr>
3925     <tr>
3926       <td>
3927         <div align="center">
3928           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3929         </div>
3930       </td>
3931       <td>
3932         <ul>
3933           <li>Experimental support for google analytics usage
3934             tracking.</li>
3935           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3936         </ul>
3937       </td>
3938       <td>
3939         <ul>
3940           <li>Race condition in applet preventing startup in
3941             jre1.6.0u12+.</li>
3942           <li>Exception when feature created from selection beyond
3943             length of sequence.</li>
3944           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3945           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3946             all sequences with a given id</li>
3947           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3948             ID string searches</li>
3949           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3950             alignment to fail with exception</li>
3951         </ul> <em>Application Issues</em>
3952         <ul>
3953           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3954           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3955             data sources</li>
3956         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3957         <ul>
3958           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3959             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3960           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3961             version (java class versioning error fixed)</li>
3962         </ul>
3963       </td>
3964     </tr>
3965     <tr>
3966       <td>
3967
3968         <div align="center">
3969           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3970         </div>
3971       </td>
3972       <td><em>User Interface</em>
3973         <ul>
3974           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3975             translation and protein products</li>
3976           <li>Linked highlighting of structure associated with
3977             residue mapping to codon position</li>
3978           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3979             and 'clear' button</li>
3980           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3981             Tools menu</li>
3982           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3983             numeric data in description line</li>
3984           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3985           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3986             of sequence</li>
3987         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3988         <ul>
3989           <li>JPred3 web service</li>
3990           <li>Prototype sequence search client (no public services
3991             available yet)</li>
3992           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3993             PFAM</li>
3994           <li>URL Links created for matching database cross
3995             references as well as sequence ID</li>
3996           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3997         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3998         <ul>
3999           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4000             databases</li>
4001           <li>Generalised database reference retrieval and
4002             validation to all fetchable databases</li>
4003           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4004             sequence command</li>
4005         </ul> <em>Import and Export</em>
4006         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4007         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4008           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4009         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4010           File</li>
4011         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4012           triplet as name of colourscheme</li>
4013         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4014         <ul>
4015           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4016           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4017             alignments (experimental)</li>
4018           <li>Create new or select existing session to join</li>
4019           <li>load and save of vamsas documents</li>
4020         </ul> <em>Application command line</em>
4021         <ul>
4022           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4023             from applet)</li>
4024           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4025             of DAS servers to query for alignment features</li>
4026           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4027             that are also automatically queried for features</li>
4028           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4029             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4030         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4031         <ul>
4032           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4033             application (when using &quot;View in full
4034             application&quot;)</li>
4035         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4036         <ul>
4037           <li>feature group display control parameter</li>
4038           <li>debug parameter</li>
4039           <li>showbutton parameter</li>
4040         </ul> <em>Applet API methods</em>
4041         <ul>
4042           <li>newView public method</li>
4043           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4044           <li>Feature display control methods</li>
4045           <li>get list of currently selected sequences</li>
4046         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4047         <ul>
4048           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4049           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4050             Jalview release.</li>
4051           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4052             property controls execution of obfuscator</li>
4053           <li>Build target for generating source distribution</li>
4054           <li>Debug flag for javacc</li>
4055           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4056             jalview.bin.Cache</li>
4057           <li>Continuous Build Integration for stable and
4058             development version of Application, Applet and source
4059             distribution</li>
4060         </ul></td>
4061       <td>
4062         <ul>
4063           <li>selected region output includes visible annotations
4064             (for certain formats)</li>
4065           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4066             for editing</li>
4067           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4068           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4069           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4070           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4071             comments</li>
4072           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4073             filenames containing a ':'</li>
4074           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4075             global sequence features</li>
4076           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4077             references from alignment sequences goes to zero</li>
4078           <li>Close of tree branch colour box without colour
4079             selection causes cascading exceptions</li>
4080           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4081           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4082             file parsing fails.</li>
4083           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4084           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4085             not a valid output format</li>
4086           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4087             vamsas</li>
4088           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4089           <li>error messages passed up and output when data read
4090             fails</li>
4091           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4092             sequence is edited</li>
4093           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4094             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4095           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4096             filetype</li>
4097           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4098             import fixed for PFAM records</li>
4099           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4100             window list</li>
4101           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4102             can be read and written correctly to annotation file</li>
4103           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4104             correctly</li>
4105           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4106             non-italic font for representatives in Applet</li>
4107           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4108             Macs.</li>
4109           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4110             Applet)</li>
4111           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4112             due to null pointer exceptions</li>
4113           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4114             first column of alignment</li>
4115           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4116             July 2008</li>
4117           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4118             file is case-insensitive</li>
4119           <li>Sequence features read from Features file appended to
4120             all sequences with matching IDs</li>
4121           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4122             containing a sub-sequence</li>
4123           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4124           <li>feature and annotation file applet parameters
4125             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4126           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4127           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4128             splash-screen version check to complete</li>
4129           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4130             when passing them to the launchApp service</li>
4131           <li>display name and local features preserved in results
4132             retrieved from web service</li>
4133           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4134             sequence fetcher initialisation</li>
4135           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4136             dasobert DAS client</li>
4137           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4138             association</li>
4139           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4140             sequences
4141           </li>
4142         </ul>
4143       </td>
4144     </tr>
4145     <tr>
4146       <td>
4147         <div align="center">
4148           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4149         </div>
4150       </td>
4151       <td>
4152         <ul>
4153           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4154           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4155           <li>Slide sequences</li>
4156           <li>Edit sequence in place</li>
4157           <li>EMBL CDS features</li>
4158           <li>DAS Feature mapping</li>
4159           <li>Feature ordering</li>
4160           <li>Alignment Properties</li>
4161           <li>Annotation Scores</li>
4162           <li>Sort by scores</li>
4163           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4164         </ul>
4165       </td>
4166       <td>
4167         <ul>
4168           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4169           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4170           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4171           <li>Feature group display state in XML</li>
4172           <li>Feature ordering in XML</li>
4173           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4174           <li>Stockholm alignment properties</li>
4175           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4176           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4177           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4178           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4179         </ul>
4180       </td>
4181
4182     </tr>
4183     <tr>
4184       <td>
4185         <div align="center">
4186           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4187         </div>
4188       </td>
4189       <td>
4190         <ul>
4191           <li>Non standard characters can be read and displayed
4192           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4193             applet via textbox
4194           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4195             name &amp; description
4196           <li>Preference setting to display sequence name in
4197             italics
4198           <li>Annotation file format extended to allow
4199             Sequence_groups to be defined
4200           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4201             specified in preferences
4202           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4203             sequences
4204         </ul>
4205       </td>
4206       <td>
4207         <ul>
4208           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4209             installed
4210           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4211           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4212         </ul>
4213       </td>
4214     </tr>
4215     <tr>
4216       <td>
4217         <div align="center">
4218           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4219         </div>
4220       </td>
4221       <td>
4222         <ul>
4223           <li>Multiple views on alignment
4224           <li>Sequence feature editing
4225           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4226           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4227           <li>Background dependent text colour
4228           <li>Right align sequence ids
4229           <li>User-defined lower case residue colours
4230           <li>Format Menu
4231           <li>Select Menu
4232           <li>Menu item accelerator keys
4233           <li>Control-V pastes to current alignment
4234           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4235           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4236           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4237
4238           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4239         </ul>
4240       </td>
4241       <td>
4242         <ul>
4243           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4244           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4245             calculations
4246           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4247             edits
4248           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4249             of alignment)
4250           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4251
4252           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4253             display correctly
4254           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4255           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4256             analysis results
4257           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4258             &#8739;
4259           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4260           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4261           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4262
4263         </ul>
4264       </td>
4265     </tr>
4266     <tr>
4267       <td>
4268         <div align="center">
4269           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4270         </div>
4271       </td>
4272       <td>
4273         <ul>
4274           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4275         </ul>
4276       </td>
4277       <td>
4278         <ul>
4279           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4280             sequence id panel has been resized</li>
4281           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4282             rendered</li>
4283           <li>Annotation files with sequence references - all
4284             elements in file are relative to sequence position</li>
4285           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4286         </ul>
4287       </td>
4288     </tr>
4289     <tr>
4290       <td>
4291         <div align="center">
4292           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4293         </div>
4294       </td>
4295       <td>
4296         <ul>
4297           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4298           <li>DAS Feature fetching</li>
4299           <li>Hide sequences and columns</li>
4300           <li>Export Annotations and Features</li>
4301           <li>GFF file reading / writing</li>
4302           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4303             files</li>
4304           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4305           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4306           <li>Applet can launch the full application</li>
4307           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4308             required)</li>
4309           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4310           <li>Applet can load sequences from parameter
4311             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4312           </li>
4313         </ul>
4314       </td>
4315       <td>
4316         <ul>
4317           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4318           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4319           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4320         </ul>
4321       </td>
4322     </tr>
4323     <tr>
4324       <td>
4325         <div align="center">
4326           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4327         </div>
4328       </td>
4329       <td>
4330         <ul>
4331           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4332           <li>Choose to match case when searching</li>
4333           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4334             expand the visible width and height of the alignment</li>
4335         </ul>
4336       </td>
4337       <td>
4338         <ul>
4339           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4340         </ul>
4341       </td>
4342     </tr>
4343     <tr>
4344       <td>
4345         <div align="center">
4346           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4347         </div>
4348       </td>
4349       <td>&nbsp;</td>
4350       <td>
4351         <ul>
4352           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4353           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4354             value</li>
4355         </ul>
4356       </td>
4357     </tr>
4358     <tr>
4359       <td>
4360         <div align="center">
4361           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4362         </div>
4363       </td>
4364       <td>
4365         <ul>
4366           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4367           <li>Keyboard editing</li>
4368           <li>Create sequence features from searches</li>
4369           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4370             alignments</li>
4371           <li>Features file allows grouping of features</li>
4372           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4373           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4374           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4375         </ul>
4376       </td>
4377       <td>
4378         <ul>
4379           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4380           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4381             descriptions saved.</li>
4382         </ul>
4383       </td>
4384     </tr>
4385     <tr>
4386       <td>
4387         <div align="center">
4388           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4389         </div>
4390       </td>
4391       <td>
4392         <ul>
4393           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4394           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4395           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4396             name for file output</li>
4397           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4398           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4399             used for HTML form input</li>
4400         </ul>
4401       </td>
4402       <td>
4403         <ul>
4404           <li>HTML output writes groups and features</li>
4405           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4406           <li>File IO bugs</li>
4407         </ul>
4408       </td>
4409     </tr>
4410     <tr>
4411       <td>
4412         <div align="center">
4413           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4414         </div>
4415       </td>
4416       <td>
4417         <ul>
4418           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4419           <li>More options for PCA viewer</li>
4420         </ul>
4421       </td>
4422       <td>
4423         <ul>
4424           <li>GUI bugs resolved</li>
4425           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428     </tr>
4429     <tr>
4430       <td height="63">
4431         <div align="center">
4432           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4433         </div>
4434       </td>
4435       <td>
4436         <ul>
4437           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4438           <li>Jar files are executable</li>
4439           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4440         </ul>
4441       </td>
4442       <td>
4443         <ul>
4444           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4445           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4446           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4447         </ul>
4448       </td>
4449     </tr>
4450     <tr>
4451       <td>
4452         <div align="center">
4453           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4454         </div>
4455       </td>
4456       <td>
4457         <ul>
4458           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4459         </ul>
4460       </td>
4461       <td>
4462         <ul>
4463           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4464         </ul>
4465       </td>
4466     </tr>
4467     <tr>
4468       <td>
4469         <div align="center">
4470           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4471         </div>
4472       </td>
4473       <td>
4474         <ul>
4475           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4476             size</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479       <td>
4480         <ul>
4481           <li>Improved JPred client reliability</li>
4482           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4483         </ul>
4484       </td>
4485     </tr>
4486     <tr>
4487       <td>
4488         <div align="center">
4489           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4490         </div>
4491       </td>
4492       <td>
4493         <ul>
4494           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4495           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4496           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4497             to Colour Menu</li>
4498           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4499           <li>Unix users can set default web browser</li>
4500           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4501           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4502         </ul>
4503       </td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4507         </ul>
4508       </td>
4509     </tr>
4510     <tr>
4511       <td>
4512         <div align="center">
4513           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4514         </div>
4515       </td>
4516       <td>&nbsp;</td>
4517       <td>
4518         <ul>
4519           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4520             alignment order.</li>
4521         </ul>
4522       </td>
4523     </tr>
4524     <tr>
4525       <td>
4526         <div align="center">
4527           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4528         </div>
4529       </td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4533           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4534           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4535             annotations.</li>
4536           <li>Version and build date written to build properties
4537             file.</li>
4538           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4539             at launch of Jalview.</li>
4540         </ul>
4541       </td>
4542       <td>
4543         <ul>
4544           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4545           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4546           <li>Can remove groups one by one.</li>
4547           <li>Filechooser icons installed.</li>
4548           <li>Finder ignores return character when searching.
4549             Return key will initiate a search.<br>
4550           </li>
4551         </ul>
4552       </td>
4553     </tr>
4554     <tr>
4555       <td>
4556         <div align="center">
4557           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4558         </div>
4559       </td>
4560       <td>
4561         <ul>
4562           <li>New codebase</li>
4563         </ul>
4564       </td>
4565       <td>&nbsp;</td>
4566     </tr>
4567   </table>
4568   <p>&nbsp;</p>
4569 </body>
4570 </html>