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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li></li>
  79         </ul>
  80       </td>
  81       <td align="left" valign="top">
  82         <ul>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
  85             alignment (Since Jalview 2.10.3)
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
  89             doesn't slide selected sequences
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
  93             multiple EMBL gene products shown for a single contig
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
  97             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
  98             '%s'" on the console
  99           </li>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 102             when there are both local and complementary features mapped
 103             to the position under the cursor
 104           </li>
 105         </ul>
 106       </td>
 107     </tr>
 108     <tr>
 109       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 110           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 111           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 112       <td align="left" valign="top">
 113         <ul>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 116             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 117             for display in alignments, on structure views (including
 118             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 119             export.
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 123             exported and re-imported as GFF3 files
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 127             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 131             validation while parsing
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 135             position if reopened
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 139             of associated view
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 143             enabled by default
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 147             tooltips and menus
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 151             with no feature types visible
 152           </li>
 153           <li>
 154           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 155           </li>
 156         </ul><em>Jalview Installer</em>
 157             <ul>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 160             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 167           </li>
 168               <li>
 169                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 170               <li>
 171                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 172         </ul> <em>Release processes</em>
 173         <ul>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 179           </li>
 180         </ul> <em>Build System</em>
 181         <ul>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 187             report
 188           </li>
 189         </ul>
 190         <em>Groovy Scripts</em>
 191             <ul>
 192           <li>
 193             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 194             to stdout containing the consensus sequence for each
 195             alignment in a Jalview session
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 199             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 200             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 201           </li>
 202         </ul>
 203       </td>
 204       <td align="left" valign="top">
 205         <ul>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 208             'Show hidden markers' option is not ticked
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 212             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 213             jalview preferences or properties file
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 217             'Show Sequence Features' option is not ticked
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 221             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 222             features are visible
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 226             equal when split frame is first opened
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 230             correct after editing a sequence's start position
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 234             with annotation and exceptions thrown when only a few
 235             columns shown in wrapped mode
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 239             wrapped alignment figure with annotations
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 243             ID fails with ClassCastException
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 247             Project
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 251             feature settings dialog also selects columns
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 255             IllegalArgumentException in some circumstances
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 259             opened for a view
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 263             alignment window is closed
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 267             help documentation for 2.11.0 release
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 271             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 272             Uniprot Accession
 273           </li>
 274         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 275         <ul>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 278             PDB/Uniprot search panel
 279           </li>
 280         </ul> <em>Installer</em>
 281         <ul>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 284             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 285           </li>
 286         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 287         <ul>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 290             repository
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 294             memory
 295           </li>
 296         </ul> <em>New Known Issues</em>
 297         <ul>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 300             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 301             command line
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 305             clipped in headless figure export when Right Align option
 306             enabled
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 310             'Source' in console output
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 314             bamboo server but run fine locally.
 315           </li>
 316         </ul>
 317       </td>
 318     </tr>
 319     <tr>
 320       <td width="60" align="center" nowrap>
 321           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 322             <em>04/07/2019</em></strong>
 323       </td>
 324       <td align="left" valign="top">
 325         <ul>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 328             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 329             source project) rather than InstallAnywhere
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 333             settings, receive over the air updates and launch specific
 334             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 335               Rings' GetDown</a>)
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 339             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 343             arguments and switch between different getdown channels
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 347             or alignment files
 348           </li>
 349
 350           <li>
 351             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 352             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 355             'Translate as cDNA'</li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 358           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 359             <ul>
 360                       <li>
 361             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 362             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 363           <li>
 364                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 365                 features can be filtered and shaded according to any
 366                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 367                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 368                 file)
 369               </li>
 370               <li>
 371                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 372                 stored and restored from Jalview Projects
 373               </li>
 374               <li>
 375                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 376                 recognise variant features
 377               </li>
 378               <li>
 379                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 380                 sequences (also coloured red by default)
 381               </li>
 382               <li>
 383                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 384                 details
 385               </li>
 386               <li>
 387                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 388                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 389               </li>
 390               <li>
 391                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 392                 dialog
 393               </li>
 394             </ul>
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 398             tree and PCA calculations
 399           </li>
 400           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 401             <ul>
 402               <li>
 403                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 404                 and Viewer state saved in Jalview Project
 405               </li>
 406               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 407                 drop-down menus</li>
 408               <li>
 409                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 410                 incrementally
 411               </li>
 412               <li>
 413                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 414               </li>
 415             </ul>
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 419           </li>
 420           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 421           <ul>
 422               <li>
 423                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 424                 multiple groups when working with large alignments
 425               </li>
 426               <li>
 427                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 428                 Stockholm files
 429               </li>
 430             </ul>
 431           <li><strong>User Interface</strong>
 432           <ul>
 433               <li>
 434                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 435                 view
 436               </li>
 437               <li>
 438                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 439                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 440                 default (can be changed in user preferences)
 441               </li>
 442               <li>
 443                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 444                 to the Overwrite Dialog
 445               </li>
 446               <li>
 447                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 448                 sequences are hidden
 449               </li>
 450               <li>
 451                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 452                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 453               </li>
 454               <li>
 455                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 456                 labels
 457               </li>
 458               <li>
 459                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 460                 when in wrapped mode
 461               </li>
 462               <li>
 463                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 464                 annotation
 465               </li>
 466               <li>
 467                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 468               </li>
 469               <li>
 470                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 471                 panel
 472               </li>
 473               <li>
 474                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 475                 popup menu
 476               </li>
 477               <li>
 478               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 479               <li>
 480               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 481
 482
 483             </ul></li>
 484             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 485           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 486             <ul>
 487               <li>
 488                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 489                 trapping CMD-Q
 490               </li>
 491             </ul></li>
 492         </ul>
 493         <em>Deprecations</em>
 494         <ul>
 495           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 496             capabilities removed from the Jalview Desktop
 497           </li>
 498           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 499             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 500             and XML based data retrieval clients</li>
 501           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 502           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 503         </ul> <em>Documentation</em>
 504         <ul>
 505           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 506             not supported in EPS figure export
 507           </li>
 508           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 509         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 510         <ul>
 511           <li>
 512           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 513           </li>
 514       <li>
 515       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 516           <li>
 517           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 518             gradle-eclipse
 519           </li>
 520           <li>
 521           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 522             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 523             execution
 524           </li>
 525           <li>
 526           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 527             operations
 528           </li>
 529           <li>
 530           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 531             issues resolved
 532           </li>
 533           <li>
 534           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 535             markdown (with HTML rendering)
 536           </li>
 537           <li>
 538           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 539           </li>
 540           <li>
 541           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 542             versions of Jalview
 543           </li>
 544         </ul>
 545       </td>
 546       <td align="left" valign="top">
 547         <ul>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 553             superposition in Jmol fail on Windows
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 557             structures for sequences with lots of PDB structures
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 561             monospaced font
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 565             project involving multiple views
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 569             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 570             Annotation dialog hides columns
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 574             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 575             one view, then making another selection in the other view
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 579             columns
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 583             Settings and Jalview Preferences panels
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 587             overview with large alignments
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 591             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 592             mouse moved to the left of the first column
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 596             hidden column marker via scale popup menu
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 600             doesn't tell users the invalid URL
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 604             score from view
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 608             show cross references or Fetch Database References are shown in
 609             red in original view
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 613             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 617             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 621             when columns are hidden
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 625             Columns by Annotation description
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 629             out of Scale or Annotation Panel
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 633             scale panel
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 637             alignment down
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 641             scale panel
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 645             Page Up in wrapped mode
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 655             on opening an alignment
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 659             Colour menu
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 663             different groups in the alignment are selected
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 667             correctly in menu
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 671             threshold limit
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 675             threshold gets 'unrounded'
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 679             colour
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 689             Tree font
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 693             project file
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 697             shown in complementary view
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 701             without normalisation
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 705             of report
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 709           </li>
 710           <li>
 711           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 712           </li>
 713         </ul> <em>Editing</em>
 714         <ul>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 717             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 718             sequence
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 722             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 723             removed (Known defect since 2.10)
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 727             dialog corrupts dataset sequence
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 731             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 732           </li>
 733         </ul> <em>Datamodel</em>
 734         <ul>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 737             sequence's End is greater than its length
 738           </li>
 739         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 740           general release)</em>
 741         <ul>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 744           </li>
 745         </ul> <em>New Known Defects</em>
 746         <ul>
 747         <li>
 748         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 749         </li>
 750         <li>
 751           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 752           regions of protein alignment.
 753         </li>
 754         <li>
 755           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 756           is restored from a Jalview 2.11 project
 757         </li>
 758         <li>
 759           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 760           'New View'
 761         </li>
 762         <li>
 763           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 764           columns within hidden columns
 765         </li>
 766         <li>
 767           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 768           window after dragging left to select columns to left of visible
 769           region
 770         </li>
 771         <li>
 772           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 773           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 774           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 775           create a Score filter instead.
 776         </li>
 777         <li>
 778         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 779         <li>
 780         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 781         </li>
 782         <li>
 783           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 784           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 785         </li>
 786         </ul>
 787         <em>Java 11 Specific defects</em>
 788           <ul>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 791               alphabetically when saved
 792             </li>
 793         </ul>
 794       </td>
 795     </tr>
 796     <tr>
 797     <td width="60" nowrap>
 798       <div align="center">
 799         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 800       </div>
 801     </td>
 802     <td><div align="left">
 803         <em></em>
 804         <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 807               InstallAnywhere increased to 1G.
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 811               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 812               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 813                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 814                 properties file.</em>
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 818               API and sequence data now imported as JSON.
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 822               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 823               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 824               property.
 825             </li>
 826           </ul>
 827           <em>Development</em>
 828           <ul>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 831               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 832                 Clover</a>
 833             </li>
 834           </ul>
 835         </div></td>
 836     <td><div align="left">
 837         <em></em>
 838         <ul>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 841               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 842               alignment.
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 846               annotation displayed.
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 850               for newly created group when 'Apply to all groups'
 851               selected
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 855               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 856               visible.
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 860               when sequences are selected in exported view.</em>
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 864               aren't rendered with correct colour.
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 868               types of knotted RNA secondary structure.
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 872               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 873               do not start at 1.
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 877               annotation when columns are inserted into an alignment,
 878               and when exporting as Stockholm flatfile.
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 882               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 883               treated as RNA secondary structure.
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 887               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 891               transfers focus to previous window on OSX
 892             </li>
 893           </ul>
 894           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 898               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 899               box.
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 903               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 904               'look and feel' which has improved compatibility with the
 905               latest version of OSX.
 906             </li>
 907           </ul>
 908         </div>
 909     </td>
 910     </tr>
 911     <tr>
 912       <td width="60" nowrap>
 913         <div align="center">
 914           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 915             <em>7/06/2018</em></strong>
 916         </div>
 917       </td>
 918       <td><div align="left">
 919           <em></em>
 920           <ul>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 923               annotation retrieved from Uniprot
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 927               onto the Jalview Desktop
 928             </li>
 929           </ul>
 930         </div></td>
 931       <td><div align="left">
 932           <em></em>
 933           <ul>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 936               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 940               right-hand column parsed correctly
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 944               not alignment area in exported graphic
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 948               window has input focus
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 952               annotation added to view (Windows)
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 956               network connectivity is poor
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 960               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 961                 the currently open URL and links from a page viewed in
 962                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 963                 you are using Edge, only links in the page can be
 964                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 965                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 966             </li>
 967           </ul>
 968           <em>New Known Defects</em>
 969           <ul>
 970             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 971           </ul>
 972         </div></td>
 973     </tr>
 974     <tr>
 975       <td width="60" nowrap>
 976         <div align="center">
 977           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 978         </div>
 979       </td>
 980       <td><div align="left">
 981           <em></em>
 982           <ul>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 985               for disabling automatic superposition of multiple
 986               structures and open structures in existing views
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 990               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 991               adjust them.
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 995               Ensembl services
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 999               and lots of hidden columns
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1003               of features (particularly when transparency is disabled)
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1007               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1008               generally available
1009             </li>
1010           </ul>
1011           </div>
1012       </td>
1013       <td><div align="left">
1014           <ul>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1017               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1021               overlapping alignment panel
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1025               sequence as gaps
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1029               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1030               UTR
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1034               factor annotation not added to sequence when local PDB
1035               file associated with it by drag'n'drop or structure
1036               chooser
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1040               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1044               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1048               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1052               columns in annotation row
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1056               honored in batch mode
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1060               for structures added to existing Jmol view
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1064               entries after importing project with multiple views
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1068               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1069               with negative residue numbers or missing residues fails
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1073               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1074               as generated by CONSURF)
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1078               tooltip doesn't include a text description of mutation
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1082               structure and/or overview windows are also shown
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1086               very slow for alignments with large numbers of sequences
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1090               with 'StringIndexOutOfBounds'
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1094               platforms running Java 10
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1098               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1099             </li>
1100           </ul>
1101           <em>Applet</em>
1102           <ul>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1105               should copy the group consensus when popup is opened on it
1106             </li>
1107           </ul>
1108           <em>Batch Mode</em>
1109           <ul>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1112           </li>
1113           </ul>
1114           <em>New Known Defects</em>
1115           <ul>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1118               editing a large alignment and overview is displayed
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1122               repeatedly after a series of edits even when the overview
1123               is no longer reflecting updates
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1127               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1128               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1129               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1133               option gives blank output
1134             </li>
1135           </ul>
1136         </div>
1137           </td>
1138     </tr>
1139     <tr>
1140       <td width="60" nowrap>
1141         <div align="center">
1142           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1143         </div>
1144       </td>
1145       <td><div align="left">
1146           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1147               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1148       <td><div align="left">
1149           <em>Desktop</em><ul>
1150           <ul>
1151             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1152             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1153             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1154             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1155             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1156             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1157             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1158           </ul>
1159           </div>
1160       </td>
1161     </tr>
1162     <tr>
1163       <td width="60" nowrap>
1164         <div align="center">
1165           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1166         </div>
1167       </td>
1168       <td><div align="left">
1169           <em></em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1173               rendering of sequence features
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1177               429 rate limit request hander
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1181               their colours have changed
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1185               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1189               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1193               view from Ensembl locus cross-references
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1197               Alignment report
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1201               feature can be disabled
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1205               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1209               Uniprot
1210             </li>
1211           </ul>
1212           <em>Scripting</em>
1213           <ul>
1214             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1215             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1216               percent identity scores for current alignment.</li>
1217           </ul>
1218           <em>Testing and Deployment</em>
1219           <ul>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1222             </li>
1223           </ul>
1224         </div></td>
1225       <td><div align="left">
1226           <em>General</em>
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1230               threshold text field doesn't trigger an update to the
1231               alignment view
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1235               strings in parallel
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1239               alignment window is closed
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1243               group visibility
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1247               takes a long time in Cursor mode
1248             </li>
1249           </ul>
1250           <em>Desktop</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1254               cannot be viewed in Chimera
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1258               CDS/Protein view
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1262               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1263               Search Dialogs
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1273               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1277               scrolling right in unwapped alignment view
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1281               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1282               database
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1286               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1290               features of same type and group to be selected for
1291               amending
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1295               alignments when hidden columns are present
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1299               displaying several structures
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1303               moving a window
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1307               within the Jalview desktop on OSX
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1311               when in wrapped alignment mode
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1315               hand end of alignment
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1319               each selected sequence do not have correct start/end
1320               positions
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1324               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1328               restoring project until a new view is created
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1332               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1333               configured (since 2.10.2b2)
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1337               position is adjusted
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1341               in a multi-chain structure when viewing alignment
1342               involving more than one chain (since 2.10)
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1346               if new selection moves alignment window
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1350               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1354               that produces correctly annotated transcripts and products
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1358               doesn't update associated structure view
1359             </li>
1360           </ul>
1361           <em>Applet</em><br />
1362           <ul>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1365               closing alignment panel
1366             </li>
1367           </ul>
1368           <em>BioJSON</em><br />
1369           <ul>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1372               non-positional features
1373             </li>
1374           </ul>
1375           <em>New Known Issues</em>
1376           <ul>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1379               sequence features correctly (for many previous versions of
1380               Jalview)
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1384               using cursor in wrapped panel other than top
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1388               graduated colour threshold
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1392               always preserve numbering and sequence features
1393             </li>
1394           </ul>
1395           <em>Known Java 9 Issues</em>
1396           <ul>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1399               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1400               9.01, OSX 10.10)
1401             </li>
1402           </ul>
1403         </div></td>
1404     </tr>
1405     <tr>
1406       <td width="60" nowrap>
1407         <div align="center">
1408           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1409             <em>2/10/2017</em></strong>
1410         </div>
1411       </td>
1412       <td><div align="left">
1413           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1414           <ul>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1417             </li>
1418             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1419             </li>
1420           </ul>
1421         </div></td>
1422       <td><div align="left">
1423         </div></td>
1424     </tr>
1425     <tr>
1426       <td width="60" nowrap>
1427         <div align="center">
1428           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1429             <em>7/9/2017</em></strong>
1430         </div>
1431       </td>
1432       <td><div align="left">
1433           <em></em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1437               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1438               white)
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1442               Preferences
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1446               in size and progress bar shown as higher resolution
1447               overview is recalculated
1448             </li>
1449
1450           </ul>
1451         </div></td>
1452       <td><div align="left">
1453           <em></em>
1454           <ul>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1457               column region row by row
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1461               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1465               format setting is unticked
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1469               if group has show boxes format setting unticked
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1473               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1474               include sequences and columns not currently displayed
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1478               assemblies are imported via CIF file
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1482               displayed when threshold or conservation colouring is also
1483               enabled.
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1487               server version
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1491               dragging a selected region off the visible region of the
1492               alignment
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1496               colourscheme to all groups in a view
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1500               initially after font size change using the Font chooser or
1501               middle-mouse zoom
1502             </li>
1503           </ul>
1504         </div></td>
1505     </tr>
1506     <tr>
1507       <td width="60" nowrap>
1508         <div align="center">
1509           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1510         </div>
1511       </td>
1512       <td><div align="left">
1513           <em>Calculations</em>
1514           <ul>
1515
1516             <li>
1517               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1518               ungapped positions in each column of the alignment.
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1522               a calculation dialog box
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1526               and memory efficiency (~30x faster)
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1530               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1531               and other calculations
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1535               files within the Jalview codebase
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1539               Similarity may have different topology due to increased
1540               precision
1541             </li>
1542           </ul>
1543           <em>Rendering</em>
1544           <ul>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1547               model for alignments and groups
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1551               scripts
1552             </li>
1553           </ul>
1554           <em>Overview</em>
1555           <ul>
1556             <li>
1557               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1558               with alignment and overview windows
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1562               overview
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1566               omitted in Overview
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1570               adjustment of visible position
1571             </li>
1572           </ul>
1573
1574           <em>Data import/export</em>
1575           <ul>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1578               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1582               annotation input/output via stockholm flatfile
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1586               extension when importing structure files without embedded
1587               names or PDB accessions
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1591               format sequence substitution matrices
1592             </li>
1593           </ul>
1594           <em>User Interface</em>
1595           <ul>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1598               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1599               the application.
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1603               via Overview or sequence motif search operations
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1607               opened by double clicking gaps within sequence feature
1608               extent
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1612               aligned positions were available to create a 3D structure
1613               superposition.
1614             </li>
1615           </ul>
1616           <em>3D Structure</em>
1617           <ul>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1620               coloured in linked structure views
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1624               file-based command exchange
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1628               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1629               structures are already available for sequences
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1633               the Jalview project rather than downloaded again when the
1634               project is reopened.
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1638               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1639               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1640                 Feature</strong>)
1641             </li>
1642           </ul>
1643           <em>Web Services</em>
1644           <ul>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1650               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1651               Analysis services
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1655               cross-references provided by identifiers.org and the
1656               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1657             </li>
1658           </ul>
1659
1660           <em>Scripting</em>
1661           <ul>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1664               identifying file formats (instead of String constants)
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1668               efficiency when counting all displayed features (not
1669               backwards compatible with 2.10.1)
1670             </li>
1671           </ul>
1672           <em>Example files</em>
1673           <ul>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1676               included in the example feature file
1677             </li>
1678           </ul>
1679           <em>Documentation</em>
1680           <ul>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1683               with the built-in Java help viewer
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1687               sequence description' option
1688             </li>
1689           </ul>
1690           <em>Test Suite</em>
1691           <ul>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1694               Uniprot REST Free Text Search Client
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1701               during tests
1702             </li>
1703           </ul>
1704         </div></td>
1705       <td><div align="left">
1706           <em>Calculations</em>
1707           <ul>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1710               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1711               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1712             </li>
1713             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1714               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1715               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1716               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1717               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1718               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1719               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1720               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1721               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1722               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1723               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1724               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1725               // for 2.10.1 mode <br />
1726               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1727               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1728                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1729                 calculations (not recommended)</em></li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1732               scaling of branch lengths for trees computed using
1733               Sequence Feature Similarity.
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1737               generating output report when working with highly
1738               redundant alignments
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1742               right of selected region when gaps present on right-hand
1743               boundary
1744             </li>
1745           </ul>
1746           <em>User Interface</em>
1747           <ul>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1750               doesn't reselect a specific sequence's associated
1751               annotation after it was used for colouring a view
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1755               opened on a region of alignment without groups
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1759               of an alignment with overlapping groups
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1763               name and description match
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1767               hidden regions results in incorrect hidden regions
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1771               changing colour does not apply Conservation slider value
1772               to all groups
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1776               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1780               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1784               gaps before start of features
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1788               restored to UI when feature colour is edited
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1792               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1796               as graduate feature colour settings are modified via the
1797               dialog box
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1801               when a group defined on the alignment is resized
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1805               wrapped view result in positional status updates
1806             </li>
1807
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1810               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1814               alignment included gapped columns
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1818               widgets don't permanently disappear
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1822               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1823               T-Coffee column reliability scores)
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1827               sequence feature on gaps only
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1831               button from a Find inherit previously defined feature type
1832               rather than the Find query string
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1836               exporting tree calculated in Jalview
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1840               and then revealing them reorders sequences on the
1841               alignment
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1845               doesn't update to reflect available set of groups after
1846               interactively adding or modifying features
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1850               Linux
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1854               only excluded gaps in current sequence and ignored
1855               selection.
1856             </li>
1857           </ul>
1858           <em>Rendering</em>
1859           <ul>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1862               erratically when hidden rows or columns are present
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1866               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1867               sequence colouring
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1871               colour and group colour menu for protein alignments
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1875               reflect currently selected view or group's shading
1876               thresholds
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1880               when rendered on overview and structures when opacity at
1881               100%
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1885               overview when features overlaid on alignment
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1889               recovered correctly from Jalview project file
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1893               (automatically via preferences) are different to the main
1894               alignment panel
1895             </li>
1896           </ul>
1897           <em>Data import/export</em>
1898           <ul>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1901               load
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1905               added after a sequence was imported are not written to
1906               Stockholm File
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1910               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1914               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1918               with lightGray or darkGray via features file (but can
1919               specify lightgray)
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1923               when alignment view imported from project
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1927               structure and sequences extracted from structure files
1928               imported via URL and viewed in Jmol
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1932               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1933               the project is loaded and the structure viewed
1934             </li>
1935           </ul>
1936           <em>Web Services</em>
1937           <ul>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1940               release of Ensembl v.88
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1944               appear enabled in Preferences->Connections
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1948               removed from console output
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1952               Ensembl by Peptide ID
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1956               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1957               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1958               due to 'null' string rather than empty string used for
1959               residues with no corresponding PDB mapping).
1960             </li>
1961           </ul>
1962           <em>Application UI</em>
1963           <ul>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1966               menu
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1970               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1971               new documentation and tooltips added)
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1975               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1979               new features are added to alignment
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1983               changes to feature colours via the Amend features dialog
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1987               edit graduated feature colour via amend features dialog
1988               box
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1992               selection menu changes colours of alignment views
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1996               from alignment calculation workers after alignment has
1997               been closed
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2001               groups now 'Create Group'
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2005               Create/Undefine group doesn't always work
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2009               shown again after pressing 'Cancel'
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2013               adjusts start position in wrap mode
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2017               ambiguous amino acids
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2021               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2022               proteins
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2026               Defined' don't appear in Colours menu
2027             </li>
2028           </ul>
2029           <em>Applet</em>
2030           <ul>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2033               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2037               overview or linked structure view
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2041               work (since 2.8)
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2045               user-defined colourscheme doesn't restore original
2046               colourscheme
2047             </li>
2048           </ul>
2049           <em>Test Suite</em>
2050           <ul>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2053               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2057               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2058               problems with deep array comparison equality asserts in
2059               successive versions of TestNG
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2063               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2064             </li>
2065           </ul>
2066           <em>New Known Issues</em>
2067           <ul>
2068             <li>
2069               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2070               phase after a sequence motif find operation
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2074               containing just upper and lower case letters are
2075               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2079               reliably from eggnog Ortholog database
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2083               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2084               to mark columns containing highlighted regions.
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2088               doesn't always add secondary structure annotation.
2089             </li>
2090           </ul>
2091         </div>
2092     <tr>
2093       <td width="60" nowrap>
2094         <div align="center">
2095           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2096         </div>
2097       </td>
2098       <td><div align="left">
2099           <em>General</em>
2100           <ul>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2103               for all consensus calculations
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2107               3rd Oct 2016)
2108             </li>
2109             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2110               for 2016-2017</li>
2111           </ul>
2112           <em>Application</em>
2113           <ul>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2116               set of database cross-references, sorted alphabetically
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2120               from database cross references. Users with custom links
2121               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2122                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2126               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2127               Chimera session
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2131               the Chimera it is connected to is shut down
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2135               columns menu item to mark columns containing highlighted
2136               regions (e.g. from structure selections or results of a
2137               Find operation)
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2141               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2142               MSAviewer
2143             </li>
2144           </ul>
2145         </div></td>
2146       <td>
2147         <div align="left">
2148           <em>General</em>
2149           <ul>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2152               are not coloured or thresholded according to percent
2153               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2157               hydrophobic
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2161               threshold, amino acid properties)
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2165               reported as mapped to residues in a structure file in the
2166               View Mapping report
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2170               could be added multiple times to a sequence
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2174               bond features shown as two highlighted residues rather
2175               than a range in linked structure views, and treated
2176               correctly when selecting and computing trees from features
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2180               cross-references are matched to database name regardless
2181               of case
2182             </li>
2183
2184           </ul>
2185           <em>Application</em>
2186           <ul>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2189               names without regular expressions also offer links from
2190               Sequence ID
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2194               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2195               update Jalview configuration
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2199               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2203               files with similarly named sequences if dropped onto the
2204               alignment
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2208               entries where more chains exist in the PDB accession than
2209               are reported in the SIFTS file
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2213               the structure view when displayed with Chimera
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2217               panel's View->Show Chains submenu
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2221               work for wrapped alignment views
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2225               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2229               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2230               first annotation row
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2234               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2238               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2239             </li>
2240             <!-- JAL-2319 -->
2241             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2242             coordindate data
2243             </li>
2244           </ul>
2245           <!--           <em>New Known Issues</em>
2246           <ul>
2247             <li></li>
2248           </ul> -->
2249         </div>
2250       </td>
2251     </tr>
2252     <td width="60" nowrap>
2253       <div align="center">
2254         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2255           <em>25/10/2016</em></strong>
2256       </div>
2257     </td>
2258     <td><em>Application</em>
2259       <ul>
2260         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2261           view if structures already loaded</li>
2262         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2263           structure views</li>
2264       </ul></td>
2265     <td>
2266       <div align="left">
2267         <em>General</em>
2268         <ul>
2269           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2270             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2271           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2272             example sequences/projects/trees</li>
2273         </ul>
2274         <em>Application</em>
2275         <ul>
2276           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2277             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2278           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2279             without timeout for structures with multiple models or
2280             multiple sequences in alignment</li>
2281           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2282             PDB ID HEADER line</li>
2283           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2284             is performed</li>
2285           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2286             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2287           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2288           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2289             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2290             option</li>
2291           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2292             is created on the alignment</li>
2293           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2294             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2295             pop-up menu</li>
2296         </ul>
2297         <em>Build and deployment</em>
2298         <ul>
2299           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2300             tags</li>
2301         </ul>
2302         <em>New Known Issues</em>
2303         <ul>
2304           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2305             on Windows</li>
2306         </ul>
2307       </div>
2308     </td>
2309     </tr>
2310     <tr>
2311       <td width="60" nowrap>
2312         <div align="center">
2313           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2314         </div>
2315       </td>
2316       <td><em>General</em>
2317         <ul>
2318           <li>
2319             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2323             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2324             better PDB parsing.
2325           </li>
2326           <li>
2327             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2328             reference sequence
2329           </li>
2330           <li>
2331             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2332             mousing over sequence associated annotation
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2336             for manual entry
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2340             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2341             for each column
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2345             showing or hiding columns containing a feature
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2349             group and sequence associated annotation labels
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2353             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2354             dialogs
2355           </li>
2356
2357         </ul> <em>Application</em>
2358         <ul>
2359           <li>
2360             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2361             gene/transcript view
2362           </li>
2363           <li>
2364             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2365             dialog
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2369             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2373             Pfam sources to xfam.org
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2377           </li>
2378           <li>
2379             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2380             over sequences in Jalview
2381           </li>
2382           <li>
2383             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2384             regions in ENA and EMBL
2385           </li>
2386           <li>
2387             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2388             for record retrieval via ENA rest API
2389           </li>
2390           <li>
2391             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2392             complement operator
2393           </li>
2394           <li>
2395             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2396             groovy script execution
2397           </li>
2398           <li>
2399             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2400             alignment window's Calculate menu
2401           </li>
2402           <li>
2403             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2404             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2405           </li>
2406           <li>
2407             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2408             calculation workers from groovy scripts
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2412             Jalview projects
2413           </li>
2414           <li>
2415             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2416             associations are now saved/restored from project
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2420             before sequence fetcher is opened
2421           </li>
2422           <li>
2423             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2424             database chooser opens a sequence fetcher
2425           </li>
2426           <li>
2427             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2428             the UniProt REST API
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2432             the news reader opening
2433           </li>
2434           <li>
2435             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2436             querying stored in preferences
2437           </li>
2438           <li>
2439             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2440             search results
2441           </li>
2442           <li>
2443             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2447             menu for nucleotide sequences
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2451             and feature counts preserves alignment ordering (and
2452             debugged for complex feature sets).
2453           </li>
2454           <li>
2455             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2456             viewing structures with Jalview 2.10
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2460             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2461             Ensembl Genomes REST API
2462           </li>
2463           <li>
2464             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2465             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2466             (Ensembl)
2467           </li>
2468           <li>
2469             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2470             sequences
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2474             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2475             data from external database records.
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2479             efficient recovery of sequence coding and alignment
2480             annotation relationships.
2481           </li>
2482         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2483         <ul>
2484           <li>
2485             -- JAL---
2486           </li>
2487         </ul> --></td>
2488       <td>
2489         <div align="left">
2490           <em>General</em>
2491           <ul>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2494               menu on OSX
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2498               includes graduated colourschemes
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2502               working with big alignments and lots of hidden columns
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2506               at right of alignment window
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2510               contents
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2514               for DNA alignments
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2518               based tree calculation
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2522               unconserved enabled for group on alignment
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2526               set as reference
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2530               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2531               annotation
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2535               hidden columns present
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2539               user created annotation added to alignment
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2543               '()' base pair annotation
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2547               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2548               Consensus
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2552               feature not working
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2556               beginning of sequence
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2560               entry 3a6s
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2564               from a tree when t-coffee scores are shown
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2568               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2572               some structures
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2576               to Clustal, PIR and PileUp output
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2580               not visible causes alignment window to repaint
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2584               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2585               scores associated with features and annotation rows
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2589               calculation should be case independent
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2593               columns
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2597               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2598               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2602               problems when reference sequence defined and 'show
2603               non-conserved' enabled
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2607               load even when Consensus calculation is disabled
2608             </li>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2611               alignment does nothing
2612             </li>
2613           </ul>
2614           <em>Application</em>
2615           <ul>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2618               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2619               yet fixed for El Capitan)
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2623               output when running on non-gb/us i18n platforms
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2627               hidden sequences as flat-file alignment
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2631               launching Chimera
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2635               (also hotfix for 2.9.0b2)
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2639               reference sequence defined
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2643               alignments and views when revealing hidden columns
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2647               view in a cDNA/Protein splitframe
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2651               sequence from project when only one sequence is
2652               represented
2653             </li>
2654             <li>
2655               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2656               in Structure Chooser
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2660               structure consensus didn't refresh annotation panel
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2664               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2668               dialogs format columns correctly, don't display array
2669               data, sort columns according to type
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2673               file chooser is cancelled during an image export
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2677               sequence name containing special characters
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2681               case insensitive
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2685               formatting don't wrap
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2689               truncated so L looks like I in consensus annotation
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2693               currently displayed features for the current selection or
2694               view
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2698               after fetching cross-references, and restoring from
2699               project
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2703               followed in the structure viewer
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2707               splitframe not restored from project
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2711               trailing end of protein alignment in transcript/product
2712               splitview when pad-gaps not enabled by default
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2716               is case dependent
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2720               article has been read (reopened issue due to
2721               internationalisation problems)
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2725               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2726               cross-references
2727             </li>
2728
2729             <li>
2730               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2731               alignment as HTML
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2735               multiple structures are shown for one or more sequences.
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2739               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2740               is enabled.
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2744               specific PDB id for sequence
2745             </li>
2746             <li>
2747               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2748               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2749               columns' is disabled.
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2753               selects lowest rather than highest resolution structures
2754               for each sequence
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2758               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2762               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2766               after clicking on it to create new annotation for a
2767               column.
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2771               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2772             </li>
2773             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2774             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2775           </ul>
2776           <em>Applet</em>
2777           <ul>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2780               hidden columns present before start of sequence
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2784               (JSON jars)
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2788               sequences are hidden in applet
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2792               deployment on examples pages.
2793             </li>
2794           </ul>
2795         </div>
2796       </td>
2797     </tr>
2798     <tr>
2799       <td width="60" nowrap>
2800         <div align="center">
2801           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2802             <em>16/10/2015</em></strong>
2803         </div>
2804       </td>
2805       <td><em>General</em>
2806         <ul>
2807           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2808             jars</li>
2809         </ul></td>
2810       <td>
2811         <div align="left">
2812           <em>Application</em>
2813           <ul>
2814             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2815               shown when tree is partitioned</li>
2816             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2817               multiple cDNA/Protein split views</li>
2818           </ul>
2819         </div>
2820       </td>
2821     </tr>
2822     <tr>
2823       <td width="60" nowrap>
2824         <div align="center">
2825           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2826             <em>8/10/2015</em></strong>
2827         </div>
2828       </td>
2829       <td><em>General</em>
2830         <ul>
2831           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2832             2.9</li>
2833         </ul> <em>Application</em>
2834         <ul>
2835           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2836           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2837           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2838         </ul> <em>Applet</em>
2839         <ul>
2840           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2841         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2842         <ul>
2843           <li>
2844             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2845             suite
2846           </li>
2847         </ul></td>
2848       <td>
2849         <div align="left">
2850           <em>General</em>
2851           <ul>
2852             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2853               incorrect when sequence start > 1</li>
2854             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2855               documentation</li>
2856             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2857             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2858               loading a features file containing HTML tags in feature
2859               description</li>
2860
2861           </ul>
2862           <em>Application</em>
2863           <ul>
2864             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2865               reimport</li>
2866             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2867               with 'trim retrieved sequences'</li>
2868             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2869               deleting selected columns</li>
2870             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2871               JNLP templates for webstart launch</li>
2872             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2873               unreleased structures for download or viewing</li>
2874             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2875               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2876             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2877               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2878             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2879               recovered from jalview project</li>
2880             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2881               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2882               alignment view</li>
2883             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2884               color schemes from BioJSON</li>
2885           </ul>
2886           <em>Applet</em>
2887           <ul>
2888             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2889               frame</li>
2890             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2891           </ul>
2892         </div>
2893       </td>
2894     </tr>
2895     <tr>
2896       <td><div align="center">
2897           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2898         </div></td>
2899       <td><em>General</em>
2900         <ul>
2901           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2902             alignments:
2903             <ul>
2904               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2905                 and DNA alignment views</li>
2906               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2907                 cDNA alignment views</li>
2908               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2909                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2910               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2911                 protein sequences</li>
2912             </ul>
2913           </li>
2914           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2915           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2916             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2917           <li>New alignment annotation file statements for
2918             reference sequences and marking hidden columns</li>
2919           <li>Reference sequence based alignment shading to
2920             highlight variation</li>
2921           <li>Select or hide columns according to alignment
2922             annotation</li>
2923           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2924           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2925             acid conservation row</li>
2926           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2927         </ul> <em>Application</em>
2928         <ul>
2929           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2930             <ul>
2931               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2932                 view with cDNA/Protein</li>
2933               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2934                 sequences are placed in the same alignment</li>
2935               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2936                 projects</li>
2937             </ul>
2938           </li>
2939
2940           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2941           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2942             Jalview windows</li>
2943
2944           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2945           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2946           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2947             be shown in VARNA</li>
2948
2949           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2950             as the active selected region</li>
2951
2952           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2953             similarity</li>
2954           <li>New Export options
2955             <ul>
2956               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2957                 region export in flat file generation</li>
2958
2959               <li>Export alignment views for display with the <a
2960                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2961
2962               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2963               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2964                 alignment figures to HTML</li>
2965           </li>
2966           <li>3D structure retrieval and display
2967             <ul>
2968               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2969                 Search API</li>
2970               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2971                 PDB structures for a sequence set</li>
2972             </ul>
2973           </li>
2974
2975           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2976             predictions</li>
2977           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2978             for one or a group of sequences</li>
2979           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2980             from the JPred4 web server</li>
2981           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2982             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2983             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2984           </li>
2985           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2986             VARNA 2D Structure'</li>
2987           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2988             Structure ..."</li>
2989
2990         </ul> <em>Applet</em>
2991         <ul>
2992           <li>New layout for applet example pages</li>
2993           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2994             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2995           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2996             Protein alignments</li>
2997         </ul> <em>Development and deployment</em>
2998         <ul>
2999           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3000           <li>Include installation type and git revision in build
3001             properties and console log output</li>
3002           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3003             storing BioJsMSA Templates</li>
3004           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3005         </ul></td>
3006       <td>
3007         <!-- <em>General</em>
3008         <ul>
3009         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3010         <ul>
3011           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3012           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3013           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3014             predictions are not highlighted in amber</li>
3015           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3016             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3017           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3018             associated structure views</li>
3019           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3020             width checkbox not enabled</li>
3021           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3022             creating user defined colours</li>
3023           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3024             mappings for just that viewer's sequences</li>
3025           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3026             multiple models in Chimera</li>
3027           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3028             over Jmol structure</li>
3029           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3030             output to text box</li>
3031           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3032             have incorrect sequence start/end</li>
3033           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3034             Jalview fails</li>
3035           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3036             work for nucleotide</li>
3037           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3038             to a grey/invisible alignment window</li>
3039           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3040             imports to different position</li>
3041           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3042             on some platforms</li>
3043           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3044             populated</li>
3045           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3046             console if Chimera has been opened</li>
3047           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3048           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3049             retrieved</li>
3050           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3051           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3052             either sequence shows on first structure</li>
3053           <li>'Show annotations' options should not make
3054             non-positional annotations visible</li>
3055           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3056             in right place after 'view flanking regions'</li>
3057           <li>File Save As type unset when current file format is
3058             unknown</li>
3059           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3060             projects</li>
3061           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3062             responsive</li>
3063           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3064             several views on same alignment</li>
3065           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3066           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3067             spaces</li>
3068         </ul> <em>Applet</em>
3069         <ul>
3070           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3071           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3072             descriptions containing angle brackets</li>
3073         </ul> <em>General</em>
3074         <ul>
3075           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3076             via jalview annotation file</li>
3077           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3078             with RNA secondary structure</li>
3079           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3080             translation doesn't work.</li>
3081           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3082           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3083             positions</li>
3084           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3085             choosing 1pt font</li>
3086           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3087             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3088             'h'</li>
3089           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3090             new feature</li>
3091           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3092             order dependent</li>
3093           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3094             sequences</li>
3095           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3096         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3097         <ul>
3098           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3099             www.jalview.org</li>
3100         </ul> <em>Application Known issues</em>
3101         <ul>
3102           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3103           <li>Misleading message appears after trying to delete
3104             solid column.</li>
3105           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3106             version launches</li>
3107           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3108             fails with a sequence mismatch</li>
3109           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3110             scrolling alignment to right</li>
3111           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3112             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3113           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3114             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3115           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3116             ultra-high resolution</li>
3117           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3118             quality and conservation</li>
3119           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3120             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3121         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3122         <ul>
3123           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3124           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3125             window is being resized</li>
3126
3127         </ul>
3128       </td>
3129     </tr>
3130     <tr>
3131       <td><div align="center">
3132           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3133         </div></td>
3134       <td><em>General</em>
3135         <ul>
3136           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3137             Certum.PL.</li>
3138           <li>Features and annotation preserved when performing
3139             pairwise alignment</li>
3140           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3141             imported/exported/displayed</li>
3142           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3143             protein secondary structure</li>
3144           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3145               post-hoc with 2.9 release</em>)
3146           </li>
3147
3148         </ul> <em>Application</em>
3149         <ul>
3150           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3151             with 3D structures</li>
3152           <li>Support for parsing RNAML</li>
3153           <li>Annotations menu for layout
3154             <ul>
3155               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3156               <li>place sequence annotation above/below alignment
3157                 annotation</li>
3158             </ul>
3159           <li>Output in Stockholm format</li>
3160           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3161             translation</li>
3162           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3163           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3164             shared between alignments</li>
3165           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3166             Jalview</li>
3167           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3168             all or current selection</li>
3169           <li>disorder and secondary structure predictions
3170             available as dataset annotation</li>
3171           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3172
3173
3174           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3175             alignments from Rfam</li>
3176           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3177
3178           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3179             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3180           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3181           <li>include installation type in build properties and
3182             console log output</li>
3183           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3184             annotation</li>
3185         </ul></td>
3186       <td>
3187         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3188         <ul>
3189           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3190             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3191           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3192             alignment</li>
3193           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3194           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3195           <li>Double click on sequence associated annotation
3196             selects only first column</li>
3197           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3198             leaves shown in tree</li>
3199           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3200             properly</li>
3201           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3202           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3203             screen and buttons not visible</li>
3204           <li>author list isn't updated if already written to
3205             Jalview properties</li>
3206           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3207             from database</li>
3208           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3209           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3210             browser search window</li>
3211           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3212             in feature settings dialog</li>
3213           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3214             desktop</li>
3215           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3216             pass validation</li>
3217           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3218             fit on screen</li>
3219           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3220             tooltip</li>
3221           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3222             defined user preset</li>
3223           <li>MSA web services warns user if they were launched
3224             with invalid input</li>
3225           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3226             Java 8</li>
3227           <li>
3228             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3229             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3230             created
3231           </li>
3232
3233         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3234         <ul>
3235         </ul> <em>General</em>
3236         <ul>
3237         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3238         <ul>
3239           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3240             memory allocation</li>
3241           <li>launchApp service doesn't automatically open
3242             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3243           <li>
3244             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3245             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3246             1.7_055 is available
3247           </li>
3248         </ul> <em>Application Known issues</em>
3249         <ul>
3250           <li>
3251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3252             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3253             alignment to right
3254           </li>
3255           <li>
3256             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3257             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3258             with large number of ID
3259           </li>
3260           <li>
3261             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3262             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3263             start/end
3264           </li>
3265           <li>
3266             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3267             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3268             structure tracks are rearranged
3269           </li>
3270           <li>
3271             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3272             invalid rna structure positional highlighting does not
3273             highlight position of invalid base pairs
3274           </li>
3275           <li>
3276             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3277             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3278             project from alignment window file menu
3279           </li>
3280           <li>
3281             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3282             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3283             structures
3284           </li>
3285           <li>
3286             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3287             colour by RNA Helices not enabled when user created
3288             annotation added to alignment
3289           </li>
3290           <li>
3291             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3292             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3293           </li>
3294         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3295         <ul>
3296           <li>
3297             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3298             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3299           </li>
3300           <li>
3301             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3302             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3303           </li>
3304
3305           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3306             when selected</li>
3307         </ul>
3308       </td>
3309     </tr>
3310     <tr>
3311       <td><div align="center">
3312           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3313         </div></td>
3314       <td>
3315         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3316         <em>General</em>
3317         <ul>
3318           <li>Internationalisation of user interface (usually
3319             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3320           <li>Define/Undefine group on current selection with
3321             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3322           <li>Improved group creation/removal options in
3323             alignment/sequence Popup menu</li>
3324           <li>Sensible precision for symbol distribution
3325             percentages shown in logo tooltip.</li>
3326           <li>Annotation panel height set according to amount of
3327             annotation when alignment first opened</li>
3328         </ul> <em>Application</em>
3329         <ul>
3330           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3331             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3332           <li>Select columns containing particular features from
3333             Feature Settings dialog</li>
3334           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3335             sequences</li>
3336           <li>Update Jalview project format:
3337             <ul>
3338               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3339               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3340                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3341               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3342                 colouring</li>
3343             </ul>
3344           </li>
3345           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3346             (PAM250)</li>
3347           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3348             flanking regions for an alignment</li>
3349         </ul>
3350       </td>
3351       <td>
3352         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3353         <ul>
3354           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3355             running after job is cancelled</li>
3356           <li>cannot export features from alignments imported from
3357             Jalview/VAMSAS projects</li>
3358           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3359             float values</li>
3360           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3361             have 'display all symbols' flag set</li>
3362           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3363             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3364           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3365             Jalview</li>
3366           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3367             Lion/Webstart</li>
3368           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3369           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3370           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3371             alignment onto desktop</li>
3372           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3373             'extract scores' function</li>
3374           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3375             alignment window</li>
3376           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3377             performing IUPred disorder prediction</li>
3378           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3379             changing 'normalise logo' display setting</li>
3380           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3381             nothing matches query</li>
3382           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3383             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3384           </li>
3385           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3386             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3387           </li>
3388           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3389             Jalview's menu</li>
3390           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3391             'invalid literal/length code'</li>
3392           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3393             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3394           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3395             colourscheme</li>
3396
3397         </ul> <em>Applet</em>
3398         <ul>
3399           <li>Remove group option is shown even when selection is
3400             not a group</li>
3401           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3402             don't affect groups</li>
3403           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3404             colourscheme name</li>
3405           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3406             Annotation panel is not displayed</li>
3407           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3408             embedded windows</li>
3409         </ul> <em>Other</em>
3410         <ul>
3411           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3412             single sequence were not calculated</li>
3413           <li>annotation files that contain only groups imported as
3414             annotation and junk sequences</li>
3415           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3416             recognised as PFAM or BLC</li>
3417           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3418             doesn't affect background (2.8.0b1)
3419           <li></li>
3420           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3421           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3422             trailing gaps</li>
3423           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3424             registered correctly on import</li>
3425           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3426             certain alignments</li>
3427           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3428             existing annotation based 'use original colours'
3429             colourscheme loses original colours setting</li>
3430         </ul>
3431       </td>
3432     </tr>
3433     <tr>
3434       <td><div align="center">
3435           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3436             <em>30/1/2014</em></strong>
3437         </div></td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3441             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3442             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3443             open source project).
3444           </li>
3445           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3446           <li>Output in Stockholm format</li>
3447           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3448           <li>Export/import group and sequence associated line
3449             graph thresholds</li>
3450           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3451             ambiguity codes</li>
3452           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3453             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3454             works</li>
3455           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3456         </ul> <em>Other improvements</em>
3457         <ul>
3458           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3459           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3460             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3461           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3462             files</li>
3463           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3464           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3465             link but no description</li>
3466           <li>Select primary source when selecting authority in
3467             database fetcher GUI</li>
3468           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3469             Jalview</li>
3470           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473       <td>
3474         <ul>
3475           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3476             displayed</li>
3477           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3478             secondary structure annotation line</li>
3479           <li>Sequence database accessions not imported when
3480             fetching alignments from Rfam</li>
3481           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3482             identical IDs</li>
3483           <li>View all structures does not always superpose
3484             structures</li>
3485           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3486             reflect user or preset settings</li>
3487           <li>Null pointer exceptions for some services without
3488             presets or adjustable parameters</li>
3489           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3490             discover PDB xRefs</li>
3491           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3492             features with DAS</li>
3493           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3494             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3495           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3496             residue follows a gap</li>
3497           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3498             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3499           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3500             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3501           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3502             annotation already exists on alignment</li>
3503           <li>oninit javascript function should be called after
3504             initialisation completes</li>
3505           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3506             alignment window display</li>
3507           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3508           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3509             to annotation file</li>
3510           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3511             groups created</li>
3512           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3513             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3514           <li>Pressing return several times causes Number Format
3515             exceptions in keyboard mode</li>
3516           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3517             correct partitions for input data</li>
3518           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3519           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3520           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3521           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3522             mode</li>
3523           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3524             changes one row&#39;s threshold</li>
3525           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3526             doesn&#39;t open</li>
3527           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3528             quality histograms</li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td><div align="center">
3534           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3535         </div></td>
3536       <td><em>Application</em>
3537         <ul>
3538           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3539             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3540           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3541             preferences</li>
3542           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3543             in Jalview alignment window</li>
3544           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3545             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3546           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3547             RNA and ambiguity codes</li>
3548
3549           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3550           <li>Support fetching and database reference look up
3551             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3552             refs')</li>
3553           <li>Jalview project improvements
3554             <ul>
3555               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3556                 flag for annotation</li>
3557               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3558                 alignment</li>
3559               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3560                 Jalview project</li>
3561
3562             </ul>
3563           </li>
3564           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3565           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3566             running</li>
3567           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3568           <li>visual indication that web service results are still
3569             being retrieved from server</li>
3570           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3571             starts up for first time</li>
3572           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3573             services</li>
3574           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3575             client library</li>
3576           <li>Examples directory and Groovy library included in
3577             InstallAnywhere distribution</li>
3578         </ul> <em>Applet</em>
3579         <ul>
3580           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3581             visualization applet example</li>
3582         </ul> <em>General</em>
3583         <ul>
3584           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3585           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3586             defaults</li>
3587           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3588             calculation</li>
3589           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3590             matrices
3591           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3592             in HTML</li>
3593           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3594             structure contacts</li>
3595           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3596           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3597           <li>Parse sequence associated secondary structure
3598             information in Stockholm files</li>
3599           <li>HTML Export database accessions and annotation
3600             information presented in tooltip for sequences</li>
3601           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3602             style RNA alignment files</li>
3603           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3604             alignment</li>
3605           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3606             shade each sequence according to its associated alignment
3607             annotation</li>
3608           <li>New Jalview Logo</li>
3609         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3610         <ul>
3611           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3612           <li>New Website!</li>
3613         </ul></td>
3614       <td><em>Application</em>
3615         <ul>
3616           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3617             wsdbfetch REST service</li>
3618           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3619           <li>Filetype associations not installed for webstart
3620             launch</li>
3621           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3622             job execution in full once it is complete</li>
3623           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3624             uploaded via ali_file parameter</li>
3625           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3626           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3627           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3628             submitted for prediction</li>
3629           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3630             desktop window</li>
3631           <li>Putting fractional value into integer text box in
3632             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3633           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3634             windows 7</li>
3635           <li>View all structures fails with exception shown in
3636             structure view</li>
3637           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3638             escaped in a platform independent way</li>
3639           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3640             using proxy</li>
3641           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3642             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3643           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3644             failure when java web start temporary file caching is
3645             disabled</li>
3646           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3647             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3648           <li>Errors during processing of command line arguments
3649             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3650           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3651             DAS sources in sequence fetcher</li>
3652           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3653             dialog is shown</li>
3654           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3655           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3656           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3657           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3658             on OSX Mountain Lion</li>
3659           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3660             sequences with alignment annotation are pasted into the
3661             alignment</li>
3662           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3663             when loaded from Jalview project</li>
3664           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3665           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3666             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3667           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3668             associated with all views</li>
3669           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3670             annotation rows to new window</li>
3671         </ul> <em>Applet</em>
3672         <ul>
3673           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3674             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3675           <li>loading features via javascript API automatically
3676             enables feature display</li>
3677           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3678             work</li>
3679         </ul> <em>General</em>
3680         <ul>
3681           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3682           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3683             and then deselected</li>
3684           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3685           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3686             coloured with clustalx</li>
3687           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3688             exceptions and redraw errors</li>
3689           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3690             reconfigured view</li>
3691           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3692             colour</li>
3693           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3694             for lots of labels</li>
3695         </ul>
3696     </tr>
3697     <tr>
3698       <td>
3699         <div align="center">
3700           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3701         </div>
3702       </td>
3703       <td><em>Application</em>
3704         <ul>
3705           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3706           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3707           <li>View/alignment association menu to enable user to
3708             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3709             its colours/correspondences from</li>
3710           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3711           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3712             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3713           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3714           <li>Annotation row column label formatting attributes
3715             stored in project file</li>
3716           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3717             rows preserved in Jalview project file</li>
3718           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3719             saved using Desktop window menu</li>
3720           <li>Visual indication that command line arguments are
3721             still being processed</li>
3722           <li>Groovy script execution from URL</li>
3723           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3724             preferences</li>
3725           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3726             alignment with sequences that have high similarity and
3727             matching IDs</li>
3728           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3729           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3730             structures in same window</li>
3731           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3732           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3733             analysis function in its own submenu</li>
3734         </ul> <em>Applet</em>
3735         <ul>
3736           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3737             groups</li>
3738           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3739           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3740           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3741           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3742           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3743             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3744           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3745           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3746             parameters are treated as such</li>
3747           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3748             <ul>
3749               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3750               <li>Javascript callbacks for
3751                 <ul>
3752                   <li>Applet initialisation</li>
3753                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3754                 </ul>
3755               </li>
3756               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3757                 functions</li>
3758               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3759               <li>javascript structure viewer harness to pass
3760                 messages between Jmol and Jalview when running as
3761                 distinct applets</li>
3762               <li>sortBy method</li>
3763               <li>Set of applet and application examples shipped
3764                 with documentation</li>
3765               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3766                 javascript message exchange</li>
3767             </ul>
3768         </ul> <em>General</em>
3769         <ul>
3770           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3771             multiple alignments</li>
3772           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3773           <li>User configurable link to enable redirects to a
3774             www.Jalview.org mirror</li>
3775           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3776           <li>Configurable newline string when writing alignment
3777             and other flat files</li>
3778           <li>Allow alignment annotation description lines to
3779             contain html tags</li>
3780         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3781         <ul>
3782           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3783             examples</li>
3784           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3785             using a web service before displaying the result in the
3786             Jalview desktop</li>
3787           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3788           <li>Ant target to publish example html files with applet
3789             archive</li>
3790           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3791           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3792         </ul></td>
3793       <td><em>Application</em>
3794         <ul>
3795           <li>User defined colourscheme throws exception when
3796             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3797           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3798             dialog for valid filename/format</li>
3799           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3800           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3801             P37173</li>
3802           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3803             which sequence is to be associated with the file</li>
3804           <li>Find All raises null pointer exception when query
3805             only matches sequence IDs</li>
3806           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3807           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3808             2.4 cannot be loaded</li>
3809           <li>Filetype associations not installed for webstart
3810             launch</li>
3811           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3812             with sequences in different alignments do not get coloured
3813             by their associated sequence</li>
3814           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3815             not preserved when project is loaded</li>
3816           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3817             stored in Jalview project</li>
3818           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3819             Jalview project</li>
3820           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3821           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3822             by conservation</li>
3823           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3824             created on new view</li>
3825           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3826             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3827           <li>Alignment quality not updated after alignment
3828             annotation row is hidden then shown</li>
3829           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3830             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3831           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3832             properly</li>
3833           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3834             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3835           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3836           <li>Structures imported from file and saved in project
3837             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3838           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3839             job execution in full once it is complete</li>
3840         </ul> <em>Applet</em>
3841         <ul>
3842           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3843             annotation rows are displayed</li>
3844           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3845             codebase</li>
3846           <li>View follows highlighting does not work for positions
3847             in sequences</li>
3848           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3849           <li>Export features raises exception when no features
3850             exist</li>
3851           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3852             for javascript api is modified when separator string
3853             provided as parameter</li>
3854           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3855             alignment with no existing selection</li>
3856           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3857             to applet&#39;s codebase</li>
3858           <li>Status bar not updated after finished searching and
3859             search wraps around to first result</li>
3860           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3861             several Jalview applets causes race conditions and memory
3862             leaks</li>
3863           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3864             not sent from Jmol in applet</li>
3865           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3866             applet API fatally hang browser</li>
3867         </ul> <em>General</em>
3868         <ul>
3869           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3870             position with wrapped view and hidden regions</li>
3871           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3872             with/without hidden columns</li>
3873           <li>Sequence length given in alignment properties window
3874             is off by 1</li>
3875           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3876             import PDB like structure files</li>
3877           <li>Positional search results are only highlighted
3878             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3879           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3880           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3881             given sequence position</li>
3882           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3883             output</li>
3884           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3885             from nucleotide chains correctly</li>
3886           <li>Structure colours not updated when tree partition
3887             changed in alignment</li>
3888           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3889             parsed in interleaved stockholm</li>
3890           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3891             state</li>
3892           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3893             properly</li>
3894           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3895             properly associated with their pdb files</li>
3896         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3897         <ul>
3898           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3899             ApplyCopyright tool</li>
3900         </ul></td>
3901     </tr>
3902     <tr>
3903       <td>
3904         <div align="center">
3905           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3906         </div>
3907       </td>
3908       <td><em>Application</em>
3909         <ul>
3910           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3911             contact web services</li>
3912           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3913             service job window</li>
3914           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3915         </ul></td>
3916       <td>
3917         <ul>
3918           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3919             pir file emitted by Jalview</li>
3920           <li>Existing feature settings transferred to new
3921             alignment view created from cut'n'paste</li>
3922           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3923             parsing PDB files</li>
3924           <li>Consensus and conservation annotation rows
3925             occasionally become blank for all new windows</li>
3926           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3927             in wrapped view mode</li>
3928         </ul> <em>Application</em>
3929         <ul>
3930           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3931             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3932           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3933             parameter names</li>
3934           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3935             is down</li>
3936         </ul>
3937       </td>
3938     </tr>
3939     <tr>
3940       <td>
3941         <div align="center">
3942           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3943         </div>
3944       </td>
3945       <td><em>Application</em>
3946         <ul>
3947           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3948             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3949             (JABAWS)
3950           </li>
3951           <li>Web Services preference tab</li>
3952           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3953             preferences</li>
3954           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3955           <li>Superpose structures using associated sequence
3956             alignment</li>
3957           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3958             viewer</li>
3959         </ul> <em>Applet</em>
3960         <ul>
3961           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3962             link out mechanism</li>
3963         </ul> <em>Other</em>
3964         <ul>
3965           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3966             series 12</li>
3967           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3968             require Java 1.5</li>
3969           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3970             sequence annotation files</li>
3971           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3972             type colour specification</li>
3973           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3974             script to check if it being run in an interactive session or
3975             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3976         </ul></td>
3977       <td>
3978         <ul>
3979           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3980             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3981         </ul> <em>Application</em>
3982         <ul>
3983           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3984             selected Regions menu item</li>
3985           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3986             part of a valid accession ID</li>
3987           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3988             runs out of memory</li>
3989           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3990             analysis results</li>
3991           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3992             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3993           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3994         </ul> <em>Applet</em>
3995         <ul>
3996           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3997             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3998             defined.</li>
3999         </ul>
4000       </td>
4001     </tr>
4002     <tr>
4003       <td>
4004         <div align="center">
4005           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4006         </div>
4007       </td>
4008       <td></td>
4009       <td>
4010         <ul>
4011           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4012             sequence IDs</li>
4013           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4014             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4015           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4016             import correctly</li>
4017           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4018             number of columns are hidden</li>
4019           <li>annotation label popup menu not providing correct
4020             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4021             present</li>
4022           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4023             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4024           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4025             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4026
4027         </ul> <em>Applet</em>
4028         <ul>
4029           <li>annotation panel disappears when annotation is
4030             hidden/removed</li>
4031         </ul> <em>Application</em>
4032         <ul>
4033           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4034             alignment opened where annotation panel is visible but no
4035             annotations are present on alignment</li>
4036           <li>pasted region containing hidden columns is
4037             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4038           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4039             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4040           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4041             selected Rregions menu item.</li>
4042           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4043             'Un' or 'Non'conserved</li>
4044           <li>Sequence feature settings are being shared by
4045             multiple distinct alignments</li>
4046           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4047             changed</li>
4048           <li>double click on group annotation to select sequences
4049             does not propagate to associated trees</li>
4050           <li>Mac OSX specific issues:
4051             <ul>
4052               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4053                 window background</li>
4054               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4055                 name set correctly</li>
4056               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4057                 save feature colourscheme button</li>
4058             </ul>
4059           </li>
4060         </ul>
4061       </td>
4062     </tr>
4063     <tr>
4064
4065       <td>
4066         <div align="center">
4067           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4068         </div>
4069       </td>
4070       <td><em>New Capabilities</em>
4071         <ul>
4072           <li>URL links generated from description line for
4073             regular-expression based URL links (applet and application)
4074
4075           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4076             menu</li>
4077           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4078             structures</li>
4079           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4080             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4081           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4082             average score or total feature count for each sequence.</li>
4083           <li>Shading features by score or associated description</li>
4084           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4085             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4086           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4087             hide everything but the currently selected region.</li>
4088           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4089         </ul> <em>Application</em>
4090         <ul>
4091           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4092             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4093           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4094             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4095           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4096             database references and protein_name is parsed as
4097             description line (BioSapiens terms).</li>
4098           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4099             references in sequence ID tooltip from View menu in
4100             application.</li>
4101           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4102       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4103           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4104             conservation plots</li>
4105           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4106             and visualized as sequence logos</li>
4107           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4108             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4109           </li>
4110           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4111             when a new tree is opened.</li>
4112           <li>Jalview Java Console</li>
4113           <li>Better placement of desktop window when moving
4114             between different screens.</li>
4115           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4116             consensus annotation</li>
4117           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4118             Workflows</li>
4119           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4120             <ul>
4121               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4122                 used to preserve views, structures, and tree display
4123                 settings)</li>
4124               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4125                 command line</li>
4126               <li>Sharing of selected regions between views and
4127                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4128               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4129             </ul></li>
4130         </ul> <em>Applet</em>
4131         <ul>
4132           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4133           <li>New Parameters
4134             <ul>
4135               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4136                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4137                 opened.</li>
4138               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4139                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4140               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4141                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4142               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4143                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4144                 view</li>
4145               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4146                 increase the height or width of a cell in the alignment
4147                 grid relative to the current font size.</li>
4148             </ul>
4149           </li>
4150           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4151             tooltip</li>
4152         </ul> <em>Other</em>
4153         <ul>
4154           <li>Features format: graduated colour definitions and
4155             specification of feature scores</li>
4156           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4157             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4158             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4159           <li>XML formats extended to support graduated feature
4160             colourschemes, group associated annotation, and profile
4161             visualization settings.</li></td>
4162       <td>
4163         <ul>
4164           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4165             rather than description</li>
4166           <li>Non-positional features are now included in sequence
4167             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4168             visibility in tooltip).</li>
4169           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4170           <li>Added URL embedding instructions to features file
4171             documentation.</li>
4172           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4173             'X' in peptide product</li>
4174           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4175             sequence ID and sequence string and query strings do not
4176             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4177           <li>AMSA files only contain first column of
4178             multi-character column annotation labels</li>
4179           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4180             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4181             exported and re-imported)</li>
4182           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4183             name</li>
4184           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4185             as subsequence matches, and correctly reports total number
4186             of both.</li>
4187           <li>Application:
4188             <ul>
4189               <li>Better handling of exceptions during sequence
4190                 retrieval</li>
4191               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4192                 link text excludes the start_end suffix</li>
4193               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4194                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4195               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4196               <li>Sequence description lines properly shared via
4197                 VAMSAS</li>
4198               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4199                 data sources</li>
4200               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4201                 completes before alignment figures are generated.</li>
4202               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4203                 first time.</li>
4204               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4205                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4206               <li>User defined group colours properly recovered
4207                 from Jalview projects.</li>
4208             </ul>
4209           </li>
4210         </ul>
4211       </td>
4212
4213     </tr>
4214     <tr>
4215       <td>
4216         <div align="center">
4217           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4218         </div>
4219       </td>
4220       <td>
4221         <ul>
4222           <li>Experimental support for google analytics usage
4223             tracking.</li>
4224           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4225         </ul>
4226       </td>
4227       <td>
4228         <ul>
4229           <li>Race condition in applet preventing startup in
4230             jre1.6.0u12+.</li>
4231           <li>Exception when feature created from selection beyond
4232             length of sequence.</li>
4233           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4234           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4235             all sequences with a given id</li>
4236           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4237             ID string searches</li>
4238           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4239             alignment to fail with exception</li>
4240         </ul> <em>Application Issues</em>
4241         <ul>
4242           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4243           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4244             data sources</li>
4245         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4246         <ul>
4247           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4248             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4249           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4250             version (java class versioning error fixed)</li>
4251         </ul>
4252       </td>
4253     </tr>
4254     <tr>
4255       <td>
4256
4257         <div align="center">
4258           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4259         </div>
4260       </td>
4261       <td><em>User Interface</em>
4262         <ul>
4263           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4264             translation and protein products</li>
4265           <li>Linked highlighting of structure associated with
4266             residue mapping to codon position</li>
4267           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4268             and 'clear' button</li>
4269           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4270             Tools menu</li>
4271           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4272             numeric data in description line</li>
4273           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4274           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4275             of sequence</li>
4276         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4277         <ul>
4278           <li>JPred3 web service</li>
4279           <li>Prototype sequence search client (no public services
4280             available yet)</li>
4281           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4282             PFAM</li>
4283           <li>URL Links created for matching database cross
4284             references as well as sequence ID</li>
4285           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4286         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4287         <ul>
4288           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4289             databases</li>
4290           <li>Generalised database reference retrieval and
4291             validation to all fetchable databases</li>
4292           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4293             sequence command</li>
4294         </ul> <em>Import and Export</em>
4295         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4296         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4297           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4298         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4299           File</li>
4300         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4301           triplet as name of colourscheme</li>
4302         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4303         <ul>
4304           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4305           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4306             alignments (experimental)</li>
4307           <li>Create new or select existing session to join</li>
4308           <li>load and save of vamsas documents</li>
4309         </ul> <em>Application command line</em>
4310         <ul>
4311           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4312             from applet)</li>
4313           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4314             of DAS servers to query for alignment features</li>
4315           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4316             that are also automatically queried for features</li>
4317           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4318             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4319         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4320         <ul>
4321           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4322             application (when using &quot;View in full
4323             application&quot;)</li>
4324         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4325         <ul>
4326           <li>feature group display control parameter</li>
4327           <li>debug parameter</li>
4328           <li>showbutton parameter</li>
4329         </ul> <em>Applet API methods</em>
4330         <ul>
4331           <li>newView public method</li>
4332           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4333           <li>Feature display control methods</li>
4334           <li>get list of currently selected sequences</li>
4335         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4336         <ul>
4337           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4338           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4339             Jalview release.</li>
4340           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4341             property controls execution of obfuscator</li>
4342           <li>Build target for generating source distribution</li>
4343           <li>Debug flag for javacc</li>
4344           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4345             jalview.bin.Cache</li>
4346           <li>Continuous Build Integration for stable and
4347             development version of Application, Applet and source
4348             distribution</li>
4349         </ul></td>
4350       <td>
4351         <ul>
4352           <li>selected region output includes visible annotations
4353             (for certain formats)</li>
4354           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4355             for editing</li>
4356           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4357           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4358           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4359           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4360             comments</li>
4361           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4362             filenames containing a ':'</li>
4363           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4364             global sequence features</li>
4365           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4366             references from alignment sequences goes to zero</li>
4367           <li>Close of tree branch colour box without colour
4368             selection causes cascading exceptions</li>
4369           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4370           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4371             file parsing fails.</li>
4372           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4373           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4374             not a valid output format</li>
4375           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4376             vamsas</li>
4377           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4378           <li>error messages passed up and output when data read
4379             fails</li>
4380           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4381             sequence is edited</li>
4382           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4383             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4384           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4385             filetype</li>
4386           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4387             import fixed for PFAM records</li>
4388           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4389             window list</li>
4390           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4391             can be read and written correctly to annotation file</li>
4392           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4393             correctly</li>
4394           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4395             non-italic font for representatives in Applet</li>
4396           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4397             Macs.</li>
4398           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4399             Applet)</li>
4400           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4401             due to null pointer exceptions</li>
4402           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4403             first column of alignment</li>
4404           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4405             July 2008</li>
4406           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4407             file is case-insensitive</li>
4408           <li>Sequence features read from Features file appended to
4409             all sequences with matching IDs</li>
4410           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4411             containing a sub-sequence</li>
4412           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4413           <li>feature and annotation file applet parameters
4414             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4415           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4416           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4417             splash-screen version check to complete</li>
4418           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4419             when passing them to the launchApp service</li>
4420           <li>display name and local features preserved in results
4421             retrieved from web service</li>
4422           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4423             sequence fetcher initialisation</li>
4424           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4425             dasobert DAS client</li>
4426           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4427             association</li>
4428           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4429             sequences
4430           </li>
4431         </ul>
4432       </td>
4433     </tr>
4434     <tr>
4435       <td>
4436         <div align="center">
4437           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4438         </div>
4439       </td>
4440       <td>
4441         <ul>
4442           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4443           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4444           <li>Slide sequences</li>
4445           <li>Edit sequence in place</li>
4446           <li>EMBL CDS features</li>
4447           <li>DAS Feature mapping</li>
4448           <li>Feature ordering</li>
4449           <li>Alignment Properties</li>
4450           <li>Annotation Scores</li>
4451           <li>Sort by scores</li>
4452           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4453         </ul>
4454       </td>
4455       <td>
4456         <ul>
4457           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4458           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4459           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4460           <li>Feature group display state in XML</li>
4461           <li>Feature ordering in XML</li>
4462           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4463           <li>Stockholm alignment properties</li>
4464           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4465           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4466           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4467           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4468         </ul>
4469       </td>
4470
4471     </tr>
4472     <tr>
4473       <td>
4474         <div align="center">
4475           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4476         </div>
4477       </td>
4478       <td>
4479         <ul>
4480           <li>Non standard characters can be read and displayed
4481           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4482             applet via textbox
4483           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4484             name &amp; description
4485           <li>Preference setting to display sequence name in
4486             italics
4487           <li>Annotation file format extended to allow
4488             Sequence_groups to be defined
4489           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4490             specified in preferences
4491           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4492             sequences
4493         </ul>
4494       </td>
4495       <td>
4496         <ul>
4497           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4498             installed
4499           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4500           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4501         </ul>
4502       </td>
4503     </tr>
4504     <tr>
4505       <td>
4506         <div align="center">
4507           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4508         </div>
4509       </td>
4510       <td>
4511         <ul>
4512           <li>Multiple views on alignment
4513           <li>Sequence feature editing
4514           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4515           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4516           <li>Background dependent text colour
4517           <li>Right align sequence ids
4518           <li>User-defined lower case residue colours
4519           <li>Format Menu
4520           <li>Select Menu
4521           <li>Menu item accelerator keys
4522           <li>Control-V pastes to current alignment
4523           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4524           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4525           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4526
4527           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4528         </ul>
4529       </td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4533           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4534             calculations
4535           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4536             edits
4537           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4538             of alignment)
4539           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4540
4541           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4542             display correctly
4543           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4544           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4545             analysis results
4546           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4547             &#8739;
4548           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4549           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4550           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4551
4552         </ul>
4553       </td>
4554     </tr>
4555     <tr>
4556       <td>
4557         <div align="center">
4558           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4559         </div>
4560       </td>
4561       <td>
4562         <ul>
4563           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4564         </ul>
4565       </td>
4566       <td>
4567         <ul>
4568           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4569             sequence id panel has been resized</li>
4570           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4571             rendered</li>
4572           <li>Annotation files with sequence references - all
4573             elements in file are relative to sequence position</li>
4574           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4575         </ul>
4576       </td>
4577     </tr>
4578     <tr>
4579       <td>
4580         <div align="center">
4581           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4582         </div>
4583       </td>
4584       <td>
4585         <ul>
4586           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4587           <li>DAS Feature fetching</li>
4588           <li>Hide sequences and columns</li>
4589           <li>Export Annotations and Features</li>
4590           <li>GFF file reading / writing</li>
4591           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4592             files</li>
4593           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4594           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4595           <li>Applet can launch the full application</li>
4596           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4597             required)</li>
4598           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4599           <li>Applet can load sequences from parameter
4600             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4601           </li>
4602         </ul>
4603       </td>
4604       <td>
4605         <ul>
4606           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4607           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4608           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4609         </ul>
4610       </td>
4611     </tr>
4612     <tr>
4613       <td>
4614         <div align="center">
4615           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4616         </div>
4617       </td>
4618       <td>
4619         <ul>
4620           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4621           <li>Choose to match case when searching</li>
4622           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4623             expand the visible width and height of the alignment</li>
4624         </ul>
4625       </td>
4626       <td>
4627         <ul>
4628           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4629         </ul>
4630       </td>
4631     </tr>
4632     <tr>
4633       <td>
4634         <div align="center">
4635           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4636         </div>
4637       </td>
4638       <td>&nbsp;</td>
4639       <td>
4640         <ul>
4641           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4642           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4643             value</li>
4644         </ul>
4645       </td>
4646     </tr>
4647     <tr>
4648       <td>
4649         <div align="center">
4650           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4651         </div>
4652       </td>
4653       <td>
4654         <ul>
4655           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4656           <li>Keyboard editing</li>
4657           <li>Create sequence features from searches</li>
4658           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4659             alignments</li>
4660           <li>Features file allows grouping of features</li>
4661           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4662           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4663           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4664         </ul>
4665       </td>
4666       <td>
4667         <ul>
4668           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4669           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4670             descriptions saved.</li>
4671         </ul>
4672       </td>
4673     </tr>
4674     <tr>
4675       <td>
4676         <div align="center">
4677           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4678         </div>
4679       </td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4683           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4684           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4685             name for file output</li>
4686           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4687           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4688             used for HTML form input</li>
4689         </ul>
4690       </td>
4691       <td>
4692         <ul>
4693           <li>HTML output writes groups and features</li>
4694           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4695           <li>File IO bugs</li>
4696         </ul>
4697       </td>
4698     </tr>
4699     <tr>
4700       <td>
4701         <div align="center">
4702           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4703         </div>
4704       </td>
4705       <td>
4706         <ul>
4707           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4708           <li>More options for PCA viewer</li>
4709         </ul>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>GUI bugs resolved</li>
4714           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717     </tr>
4718     <tr>
4719       <td height="63">
4720         <div align="center">
4721           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4722         </div>
4723       </td>
4724       <td>
4725         <ul>
4726           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4727           <li>Jar files are executable</li>
4728           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4729         </ul>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4734           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4735           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4736         </ul>
4737       </td>
4738     </tr>
4739     <tr>
4740       <td>
4741         <div align="center">
4742           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4743         </div>
4744       </td>
4745       <td>
4746         <ul>
4747           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4748         </ul>
4749       </td>
4750       <td>
4751         <ul>
4752           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4753         </ul>
4754       </td>
4755     </tr>
4756     <tr>
4757       <td>
4758         <div align="center">
4759           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4760         </div>
4761       </td>
4762       <td>
4763         <ul>
4764           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4765             size</li>
4766         </ul>
4767       </td>
4768       <td>
4769         <ul>
4770           <li>Improved JPred client reliability</li>
4771           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774     </tr>
4775     <tr>
4776       <td>
4777         <div align="center">
4778           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4779         </div>
4780       </td>
4781       <td>
4782         <ul>
4783           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4784           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4785           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4786             to Colour Menu</li>
4787           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4788           <li>Unix users can set default web browser</li>
4789           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4790           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4791         </ul>
4792       </td>
4793       <td>
4794         <ul>
4795           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4796         </ul>
4797       </td>
4798     </tr>
4799     <tr>
4800       <td>
4801         <div align="center">
4802           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4803         </div>
4804       </td>
4805       <td>&nbsp;</td>
4806       <td>
4807         <ul>
4808           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4809             alignment order.</li>
4810         </ul>
4811       </td>
4812     </tr>
4813     <tr>
4814       <td>
4815         <div align="center">
4816           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4817         </div>
4818       </td>
4819       <td>
4820         <ul>
4821           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4822           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4823           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4824             annotations.</li>
4825           <li>Version and build date written to build properties
4826             file.</li>
4827           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4828             at launch of Jalview.</li>
4829         </ul>
4830       </td>
4831       <td>
4832         <ul>
4833           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4834           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4835           <li>Can remove groups one by one.</li>
4836           <li>Filechooser icons installed.</li>
4837           <li>Finder ignores return character when searching.
4838             Return key will initiate a search.<br>
4839           </li>
4840         </ul>
4841       </td>
4842     </tr>
4843     <tr>
4844       <td>
4845         <div align="center">
4846           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4847         </div>
4848       </td>
4849       <td>
4850         <ul>
4851           <li>New codebase</li>
4852         </ul>
4853       </td>
4854       <td>&nbsp;</td>
4855     </tr>
4856   </table>
4857   <p>&nbsp;</p>
4858 </body>
4859 </html>