help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94         </ul> <em>Launching Jalview</em>
  95         <ul>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
  98             through a system property
  99           </li>
 100         </ul>
 101       </td>
 102       <td align="left" valign="top">
 103         <ul>
 104           <li>
 105             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 106             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 107           </li>
 108           <li>
 109             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 110             doesn't slide selected sequences
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 114             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 118             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 119             '%s'" on the console
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 123             when there are both local and complementary features mapped
 124             to the position under the cursor
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 128             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 129           </li>
 130         </ul>
 131         <em>New Known defects</em>
 132         <ul>
 133           <li><!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 134           </li>
 135         </ul>
 136       </td>
 137     </tr>
 138     <tr>
 139       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 140           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 141           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 142       <td align="left" valign="top">
 143         <ul>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 146             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 147             for display in alignments, on structure views (including
 148             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 149             export.
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 153             exported and re-imported as GFF3 files
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 157             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 161             validation while parsing
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 165             position if reopened
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 169             of associated view
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 173             enabled by default
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 177             tooltips and menus
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 181             with no feature types visible
 182           </li>
 183           <li>
 184           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 185           </li>
 186         </ul><em>Jalview Installer</em>
 187             <ul>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 190             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 197           </li>
 198               <li>
 199                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 200               <li>
 201                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 202         </ul> <em>Release processes</em>
 203         <ul>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 209           </li>
 210         </ul> <em>Build System</em>
 211         <ul>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 217             report
 218           </li>
 219         </ul>
 220         <em>Groovy Scripts</em>
 221             <ul>
 222           <li>
 223             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 224             to stdout containing the consensus sequence for each
 225             alignment in a Jalview session
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 229             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 230             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 231           </li>
 232         </ul>
 233       </td>
 234       <td align="left" valign="top">
 235         <ul>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 238             'Show hidden markers' option is not ticked
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 242             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 243             jalview preferences or properties file
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 247             'Show Sequence Features' option is not ticked
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 251             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 252             features are visible
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 256             equal when split frame is first opened
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 260             correct after editing a sequence's start position
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 264             with annotation and exceptions thrown when only a few
 265             columns shown in wrapped mode
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 269             wrapped alignment figure with annotations
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 273             ID fails with ClassCastException
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 277             Project
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 281             feature settings dialog also selects columns
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 285             IllegalArgumentException in some circumstances
 286           </li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 289             opened for a view
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 293             alignment window is closed
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 297             help documentation for 2.11.0 release
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 301             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 302             Uniprot Accession
 303           </li>
 304         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 305         <ul>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 308             PDB/Uniprot search panel
 309           </li>
 310         </ul> <em>Installer</em>
 311         <ul>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 314             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 315           </li>
 316         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 317         <ul>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 320             repository
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 324             memory
 325           </li>
 326         </ul> <em>New Known Issues</em>
 327         <ul>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 330             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 331             command line
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 335             clipped in headless figure export when Right Align option
 336             enabled
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 340             'Source' in console output
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 344             bamboo server but run fine locally.
 345           </li>
 346         </ul>
 347       </td>
 348     </tr>
 349     <tr>
 350       <td width="60" align="center" nowrap>
 351           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 352             <em>04/07/2019</em></strong>
 353       </td>
 354       <td align="left" valign="top">
 355         <ul>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 358             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 359             source project) rather than InstallAnywhere
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 363             settings, receive over the air updates and launch specific
 364             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 365               Rings' GetDown</a>)
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 369             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 373             arguments and switch between different getdown channels
 374           </li>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 377             or alignment files
 378           </li>
 379
 380           <li>
 381             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 382             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 385             'Translate as cDNA'</li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 388           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 389             <ul>
 390                       <li>
 391             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 392             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 393           <li>
 394                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 395                 features can be filtered and shaded according to any
 396                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 397                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 398                 file)
 399               </li>
 400               <li>
 401                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 402                 stored and restored from Jalview Projects
 403               </li>
 404               <li>
 405                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 406                 recognise variant features
 407               </li>
 408               <li>
 409                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 410                 sequences (also coloured red by default)
 411               </li>
 412               <li>
 413                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 414                 details
 415               </li>
 416               <li>
 417                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 418                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 419               </li>
 420               <li>
 421                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 422                 dialog
 423               </li>
 424             </ul>
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 428             tree and PCA calculations
 429           </li>
 430           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 431             <ul>
 432               <li>
 433                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 434                 and Viewer state saved in Jalview Project
 435               </li>
 436               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 437                 drop-down menus</li>
 438               <li>
 439                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 440                 incrementally
 441               </li>
 442               <li>
 443                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 444               </li>
 445             </ul>
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 449           </li>
 450           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 451           <ul>
 452               <li>
 453                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 454                 multiple groups when working with large alignments
 455               </li>
 456               <li>
 457                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 458                 Stockholm files
 459               </li>
 460             </ul>
 461           <li><strong>User Interface</strong>
 462           <ul>
 463               <li>
 464                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 465                 view
 466               </li>
 467               <li>
 468                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 469                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 470                 default (can be changed in user preferences)
 471               </li>
 472               <li>
 473                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 474                 to the Overwrite Dialog
 475               </li>
 476               <li>
 477                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 478                 sequences are hidden
 479               </li>
 480               <li>
 481                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 482                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 483               </li>
 484               <li>
 485                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 486                 labels
 487               </li>
 488               <li>
 489                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 490                 when in wrapped mode
 491               </li>
 492               <li>
 493                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 494                 annotation
 495               </li>
 496               <li>
 497                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 498               </li>
 499               <li>
 500                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 501                 panel
 502               </li>
 503               <li>
 504                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 505                 popup menu
 506               </li>
 507               <li>
 508               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 509               <li>
 510               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 511
 512
 513             </ul></li>
 514             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 515           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 516             <ul>
 517               <li>
 518                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 519                 trapping CMD-Q
 520               </li>
 521             </ul></li>
 522         </ul>
 523         <em>Deprecations</em>
 524         <ul>
 525           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 526             capabilities removed from the Jalview Desktop
 527           </li>
 528           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 529             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 530             and XML based data retrieval clients</li>
 531           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 532           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 533         </ul> <em>Documentation</em>
 534         <ul>
 535           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 536             not supported in EPS figure export
 537           </li>
 538           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 539         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 540         <ul>
 541           <li>
 542           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 543           </li>
 544       <li>
 545       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 546           <li>
 547           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 548             gradle-eclipse
 549           </li>
 550           <li>
 551           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 552             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 553             execution
 554           </li>
 555           <li>
 556           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 557             operations
 558           </li>
 559           <li>
 560           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 561             issues resolved
 562           </li>
 563           <li>
 564           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 565             markdown (with HTML rendering)
 566           </li>
 567           <li>
 568           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 569           </li>
 570           <li>
 571           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 572             versions of Jalview
 573           </li>
 574         </ul>
 575       </td>
 576       <td align="left" valign="top">
 577         <ul>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 583             superposition in Jmol fail on Windows
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 587             structures for sequences with lots of PDB structures
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 591             monospaced font
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 595             project involving multiple views
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 599             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 600             Annotation dialog hides columns
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 604             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 605             one view, then making another selection in the other view
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 609             columns
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 613             Settings and Jalview Preferences panels
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 617             overview with large alignments
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 621             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 622             mouse moved to the left of the first column
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 626             hidden column marker via scale popup menu
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 630             doesn't tell users the invalid URL
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 634             score from view
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 638             show cross references or Fetch Database References are shown in
 639             red in original view
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 643             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 647             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 651             when columns are hidden
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 655             Columns by Annotation description
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 659             out of Scale or Annotation Panel
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 663             scale panel
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 667             alignment down
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 671             scale panel
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 675             Page Up in wrapped mode
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 685             on opening an alignment
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 689             Colour menu
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 693             different groups in the alignment are selected
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 697             correctly in menu
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 701             threshold limit
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 705             threshold gets 'unrounded'
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 709             colour
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 719             Tree font
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 723             project file
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 727             shown in complementary view
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 731             without normalisation
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 735             of report
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 739           </li>
 740           <li>
 741           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 742           </li>
 743         </ul> <em>Editing</em>
 744         <ul>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 747             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 748             sequence
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 752             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 753             removed (Known defect since 2.10)
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 757             dialog corrupts dataset sequence
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 761             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 762           </li>
 763         </ul> <em>Datamodel</em>
 764         <ul>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 767             sequence's End is greater than its length
 768           </li>
 769         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 770           general release)</em>
 771         <ul>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 774           </li>
 775         </ul> <em>New Known Defects</em>
 776         <ul>
 777         <li>
 778         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 779         </li>
 780         <li>
 781           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 782           regions of protein alignment.
 783         </li>
 784         <li>
 785           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 786           is restored from a Jalview 2.11 project
 787         </li>
 788         <li>
 789           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 790           'New View'
 791         </li>
 792         <li>
 793           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 794           columns within hidden columns
 795         </li>
 796         <li>
 797           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 798           window after dragging left to select columns to left of visible
 799           region
 800         </li>
 801         <li>
 802           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 803           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 804           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 805           create a Score filter instead.
 806         </li>
 807         <li>
 808         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 809         <li>
 810         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 811         </li>
 812         <li>
 813           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 814           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 815         </li>
 816         </ul>
 817         <em>Java 11 Specific defects</em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 821               alphabetically when saved
 822             </li>
 823         </ul>
 824       </td>
 825     </tr>
 826     <tr>
 827     <td width="60" nowrap>
 828       <div align="center">
 829         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 830       </div>
 831     </td>
 832     <td><div align="left">
 833         <em></em>
 834         <ul>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 837               InstallAnywhere increased to 1G.
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 841               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 842               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 843                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 844                 properties file.</em>
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 848               API and sequence data now imported as JSON.
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 852               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 853               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 854               property.
 855             </li>
 856           </ul>
 857           <em>Development</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 861               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 862                 Clover</a>
 863             </li>
 864           </ul>
 865         </div></td>
 866     <td><div align="left">
 867         <em></em>
 868         <ul>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 871               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 872               alignment.
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 876               annotation displayed.
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 880               for newly created group when 'Apply to all groups'
 881               selected
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 885               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 886               visible.
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 890               when sequences are selected in exported view.</em>
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 894               aren't rendered with correct colour.
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 898               types of knotted RNA secondary structure.
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 902               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 903               do not start at 1.
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 907               annotation when columns are inserted into an alignment,
 908               and when exporting as Stockholm flatfile.
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 912               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 913               treated as RNA secondary structure.
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 917               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 921               transfers focus to previous window on OSX
 922             </li>
 923           </ul>
 924           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 925           <ul>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 928               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 929               box.
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 933               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 934               'look and feel' which has improved compatibility with the
 935               latest version of OSX.
 936             </li>
 937           </ul>
 938         </div>
 939     </td>
 940     </tr>
 941     <tr>
 942       <td width="60" nowrap>
 943         <div align="center">
 944           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 945             <em>7/06/2018</em></strong>
 946         </div>
 947       </td>
 948       <td><div align="left">
 949           <em></em>
 950           <ul>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 953               annotation retrieved from Uniprot
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 957               onto the Jalview Desktop
 958             </li>
 959           </ul>
 960         </div></td>
 961       <td><div align="left">
 962           <em></em>
 963           <ul>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 966               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 970               right-hand column parsed correctly
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 974               not alignment area in exported graphic
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 978               window has input focus
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 982               annotation added to view (Windows)
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 986               network connectivity is poor
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 990               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 991                 the currently open URL and links from a page viewed in
 992                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 993                 you are using Edge, only links in the page can be
 994                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 995                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 996             </li>
 997           </ul>
 998           <em>New Known Defects</em>
 999           <ul>
1000             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1001           </ul>
1002         </div></td>
1003     </tr>
1004     <tr>
1005       <td width="60" nowrap>
1006         <div align="center">
1007           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1008         </div>
1009       </td>
1010       <td><div align="left">
1011           <em></em>
1012           <ul>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1015               for disabling automatic superposition of multiple
1016               structures and open structures in existing views
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1020               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1021               adjust them.
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1025               Ensembl services
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1029               and lots of hidden columns
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1033               of features (particularly when transparency is disabled)
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1037               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1038               generally available
1039             </li>
1040           </ul>
1041           </div>
1042       </td>
1043       <td><div align="left">
1044           <ul>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1047               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1051               overlapping alignment panel
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1055               sequence as gaps
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1059               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1060               UTR
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1064               factor annotation not added to sequence when local PDB
1065               file associated with it by drag'n'drop or structure
1066               chooser
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1070               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1074               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1078               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1082               columns in annotation row
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1086               honored in batch mode
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1090               for structures added to existing Jmol view
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1094               entries after importing project with multiple views
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1098               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1099               with negative residue numbers or missing residues fails
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1103               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1104               as generated by CONSURF)
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1108               tooltip doesn't include a text description of mutation
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1112               structure and/or overview windows are also shown
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1116               very slow for alignments with large numbers of sequences
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1120               with 'StringIndexOutOfBounds'
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1124               platforms running Java 10
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1128               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1129             </li>
1130           </ul>
1131           <em>Applet</em>
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1135               should copy the group consensus when popup is opened on it
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>Batch Mode</em>
1139           <ul>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1142           </li>
1143           </ul>
1144           <em>New Known Defects</em>
1145           <ul>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1148               editing a large alignment and overview is displayed
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1152               repeatedly after a series of edits even when the overview
1153               is no longer reflecting updates
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1157               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1158               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1159               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1163               option gives blank output
1164             </li>
1165           </ul>
1166         </div>
1167           </td>
1168     </tr>
1169     <tr>
1170       <td width="60" nowrap>
1171         <div align="center">
1172           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1173         </div>
1174       </td>
1175       <td><div align="left">
1176           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1177               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1178       <td><div align="left">
1179           <em>Desktop</em><ul>
1180           <ul>
1181             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1182             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1183             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1184             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1185             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1186             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1187             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1188           </ul>
1189           </div>
1190       </td>
1191     </tr>
1192     <tr>
1193       <td width="60" nowrap>
1194         <div align="center">
1195           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1196         </div>
1197       </td>
1198       <td><div align="left">
1199           <em></em>
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1203               rendering of sequence features
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1207               429 rate limit request hander
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1211               their colours have changed
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1215               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1219               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1223               view from Ensembl locus cross-references
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1227               Alignment report
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1231               feature can be disabled
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1235               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1239               Uniprot
1240             </li>
1241           </ul>
1242           <em>Scripting</em>
1243           <ul>
1244             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1245             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1246               percent identity scores for current alignment.</li>
1247           </ul>
1248           <em>Testing and Deployment</em>
1249           <ul>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1252             </li>
1253           </ul>
1254         </div></td>
1255       <td><div align="left">
1256           <em>General</em>
1257           <ul>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1260               threshold text field doesn't trigger an update to the
1261               alignment view
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1265               strings in parallel
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1269               alignment window is closed
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1273               group visibility
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1277               takes a long time in Cursor mode
1278             </li>
1279           </ul>
1280           <em>Desktop</em>
1281           <ul>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1284               cannot be viewed in Chimera
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1288               CDS/Protein view
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1292               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1293               Search Dialogs
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1303               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1307               scrolling right in unwapped alignment view
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1311               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1312               database
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1316               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1320               features of same type and group to be selected for
1321               amending
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1325               alignments when hidden columns are present
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1329               displaying several structures
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1333               moving a window
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1337               within the Jalview desktop on OSX
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1341               when in wrapped alignment mode
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1345               hand end of alignment
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1349               each selected sequence do not have correct start/end
1350               positions
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1354               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1358               restoring project until a new view is created
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1362               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1363               configured (since 2.10.2b2)
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1367               position is adjusted
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1371               in a multi-chain structure when viewing alignment
1372               involving more than one chain (since 2.10)
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1376               if new selection moves alignment window
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1380               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1384               that produces correctly annotated transcripts and products
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1388               doesn't update associated structure view
1389             </li>
1390           </ul>
1391           <em>Applet</em><br />
1392           <ul>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1395               closing alignment panel
1396             </li>
1397           </ul>
1398           <em>BioJSON</em><br />
1399           <ul>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1402               non-positional features
1403             </li>
1404           </ul>
1405           <em>New Known Issues</em>
1406           <ul>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1409               sequence features correctly (for many previous versions of
1410               Jalview)
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1414               using cursor in wrapped panel other than top
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1418               graduated colour threshold
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1422               always preserve numbering and sequence features
1423             </li>
1424           </ul>
1425           <em>Known Java 9 Issues</em>
1426           <ul>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1429               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1430               9.01, OSX 10.10)
1431             </li>
1432           </ul>
1433         </div></td>
1434     </tr>
1435     <tr>
1436       <td width="60" nowrap>
1437         <div align="center">
1438           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1439             <em>2/10/2017</em></strong>
1440         </div>
1441       </td>
1442       <td><div align="left">
1443           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1444           <ul>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1447             </li>
1448             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1449             </li>
1450           </ul>
1451         </div></td>
1452       <td><div align="left">
1453         </div></td>
1454     </tr>
1455     <tr>
1456       <td width="60" nowrap>
1457         <div align="center">
1458           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1459             <em>7/9/2017</em></strong>
1460         </div>
1461       </td>
1462       <td><div align="left">
1463           <em></em>
1464           <ul>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1467               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1468               white)
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1472               Preferences
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1476               in size and progress bar shown as higher resolution
1477               overview is recalculated
1478             </li>
1479
1480           </ul>
1481         </div></td>
1482       <td><div align="left">
1483           <em></em>
1484           <ul>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1487               column region row by row
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1491               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1495               format setting is unticked
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1499               if group has show boxes format setting unticked
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1503               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1504               include sequences and columns not currently displayed
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1508               assemblies are imported via CIF file
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1512               displayed when threshold or conservation colouring is also
1513               enabled.
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1517               server version
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1521               dragging a selected region off the visible region of the
1522               alignment
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1526               colourscheme to all groups in a view
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1530               initially after font size change using the Font chooser or
1531               middle-mouse zoom
1532             </li>
1533           </ul>
1534         </div></td>
1535     </tr>
1536     <tr>
1537       <td width="60" nowrap>
1538         <div align="center">
1539           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1540         </div>
1541       </td>
1542       <td><div align="left">
1543           <em>Calculations</em>
1544           <ul>
1545
1546             <li>
1547               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1548               ungapped positions in each column of the alignment.
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1552               a calculation dialog box
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1556               and memory efficiency (~30x faster)
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1560               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1561               and other calculations
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1565               files within the Jalview codebase
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1569               Similarity may have different topology due to increased
1570               precision
1571             </li>
1572           </ul>
1573           <em>Rendering</em>
1574           <ul>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1577               model for alignments and groups
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1581               scripts
1582             </li>
1583           </ul>
1584           <em>Overview</em>
1585           <ul>
1586             <li>
1587               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1588               with alignment and overview windows
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1592               overview
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1596               omitted in Overview
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1600               adjustment of visible position
1601             </li>
1602           </ul>
1603
1604           <em>Data import/export</em>
1605           <ul>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1608               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1612               annotation input/output via stockholm flatfile
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1616               extension when importing structure files without embedded
1617               names or PDB accessions
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1621               format sequence substitution matrices
1622             </li>
1623           </ul>
1624           <em>User Interface</em>
1625           <ul>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1628               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1629               the application.
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1633               via Overview or sequence motif search operations
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1637               opened by double clicking gaps within sequence feature
1638               extent
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1642               aligned positions were available to create a 3D structure
1643               superposition.
1644             </li>
1645           </ul>
1646           <em>3D Structure</em>
1647           <ul>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1650               coloured in linked structure views
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1654               file-based command exchange
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1658               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1659               structures are already available for sequences
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1663               the Jalview project rather than downloaded again when the
1664               project is reopened.
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1668               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1669               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1670                 Feature</strong>)
1671             </li>
1672           </ul>
1673           <em>Web Services</em>
1674           <ul>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1680               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1681               Analysis services
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1685               cross-references provided by identifiers.org and the
1686               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1687             </li>
1688           </ul>
1689
1690           <em>Scripting</em>
1691           <ul>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1694               identifying file formats (instead of String constants)
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1698               efficiency when counting all displayed features (not
1699               backwards compatible with 2.10.1)
1700             </li>
1701           </ul>
1702           <em>Example files</em>
1703           <ul>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1706               included in the example feature file
1707             </li>
1708           </ul>
1709           <em>Documentation</em>
1710           <ul>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1713               with the built-in Java help viewer
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1717               sequence description' option
1718             </li>
1719           </ul>
1720           <em>Test Suite</em>
1721           <ul>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1724               Uniprot REST Free Text Search Client
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1731               during tests
1732             </li>
1733           </ul>
1734         </div></td>
1735       <td><div align="left">
1736           <em>Calculations</em>
1737           <ul>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1740               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1741               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1742             </li>
1743             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1744               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1745               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1746               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1747               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1748               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1749               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1750               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1751               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1752               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1753               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1754               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1755               // for 2.10.1 mode <br />
1756               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1757               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1758                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1759                 calculations (not recommended)</em></li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1762               scaling of branch lengths for trees computed using
1763               Sequence Feature Similarity.
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1767               generating output report when working with highly
1768               redundant alignments
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1772               right of selected region when gaps present on right-hand
1773               boundary
1774             </li>
1775           </ul>
1776           <em>User Interface</em>
1777           <ul>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1780               doesn't reselect a specific sequence's associated
1781               annotation after it was used for colouring a view
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1785               opened on a region of alignment without groups
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1789               of an alignment with overlapping groups
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1793               name and description match
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1797               hidden regions results in incorrect hidden regions
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1801               changing colour does not apply Conservation slider value
1802               to all groups
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1806               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1810               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1814               gaps before start of features
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1818               restored to UI when feature colour is edited
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1822               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1826               as graduate feature colour settings are modified via the
1827               dialog box
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1831               when a group defined on the alignment is resized
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1835               wrapped view result in positional status updates
1836             </li>
1837
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1840               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1844               alignment included gapped columns
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1848               widgets don't permanently disappear
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1852               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1853               T-Coffee column reliability scores)
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1857               sequence feature on gaps only
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1861               button from a Find inherit previously defined feature type
1862               rather than the Find query string
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1866               exporting tree calculated in Jalview
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1870               and then revealing them reorders sequences on the
1871               alignment
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1875               doesn't update to reflect available set of groups after
1876               interactively adding or modifying features
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1880               Linux
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1884               only excluded gaps in current sequence and ignored
1885               selection.
1886             </li>
1887           </ul>
1888           <em>Rendering</em>
1889           <ul>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1892               erratically when hidden rows or columns are present
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1896               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1897               sequence colouring
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1901               colour and group colour menu for protein alignments
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1905               reflect currently selected view or group's shading
1906               thresholds
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1910               when rendered on overview and structures when opacity at
1911               100%
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1915               overview when features overlaid on alignment
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1919               recovered correctly from Jalview project file
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1923               (automatically via preferences) are different to the main
1924               alignment panel
1925             </li>
1926           </ul>
1927           <em>Data import/export</em>
1928           <ul>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1931               load
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1935               added after a sequence was imported are not written to
1936               Stockholm File
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1940               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1944               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1948               with lightGray or darkGray via features file (but can
1949               specify lightgray)
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1953               when alignment view imported from project
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1957               structure and sequences extracted from structure files
1958               imported via URL and viewed in Jmol
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1962               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1963               the project is loaded and the structure viewed
1964             </li>
1965           </ul>
1966           <em>Web Services</em>
1967           <ul>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1970               release of Ensembl v.88
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1974               appear enabled in Preferences->Connections
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1978               removed from console output
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1982               Ensembl by Peptide ID
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1986               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1987               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1988               due to 'null' string rather than empty string used for
1989               residues with no corresponding PDB mapping).
1990             </li>
1991           </ul>
1992           <em>Application UI</em>
1993           <ul>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1996               menu
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2000               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2001               new documentation and tooltips added)
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2005               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2009               new features are added to alignment
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2013               changes to feature colours via the Amend features dialog
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2017               edit graduated feature colour via amend features dialog
2018               box
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2022               selection menu changes colours of alignment views
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2026               from alignment calculation workers after alignment has
2027               been closed
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2031               groups now 'Create Group'
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2035               Create/Undefine group doesn't always work
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2039               shown again after pressing 'Cancel'
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2043               adjusts start position in wrap mode
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2047               ambiguous amino acids
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2051               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2052               proteins
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2056               Defined' don't appear in Colours menu
2057             </li>
2058           </ul>
2059           <em>Applet</em>
2060           <ul>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2063               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2067               overview or linked structure view
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2071               work (since 2.8)
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2075               user-defined colourscheme doesn't restore original
2076               colourscheme
2077             </li>
2078           </ul>
2079           <em>Test Suite</em>
2080           <ul>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2083               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2087               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2088               problems with deep array comparison equality asserts in
2089               successive versions of TestNG
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2093               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2094             </li>
2095           </ul>
2096           <em>New Known Issues</em>
2097           <ul>
2098             <li>
2099               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2100               phase after a sequence motif find operation
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2104               containing just upper and lower case letters are
2105               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2109               reliably from eggnog Ortholog database
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2113               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2114               to mark columns containing highlighted regions.
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2118               doesn't always add secondary structure annotation.
2119             </li>
2120           </ul>
2121         </div>
2122     <tr>
2123       <td width="60" nowrap>
2124         <div align="center">
2125           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2126         </div>
2127       </td>
2128       <td><div align="left">
2129           <em>General</em>
2130           <ul>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2133               for all consensus calculations
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2137               3rd Oct 2016)
2138             </li>
2139             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2140               for 2016-2017</li>
2141           </ul>
2142           <em>Application</em>
2143           <ul>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2146               set of database cross-references, sorted alphabetically
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2150               from database cross references. Users with custom links
2151               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2152                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2156               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2157               Chimera session
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2161               the Chimera it is connected to is shut down
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2165               columns menu item to mark columns containing highlighted
2166               regions (e.g. from structure selections or results of a
2167               Find operation)
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2171               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2172               MSAviewer
2173             </li>
2174           </ul>
2175         </div></td>
2176       <td>
2177         <div align="left">
2178           <em>General</em>
2179           <ul>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2182               are not coloured or thresholded according to percent
2183               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2187               hydrophobic
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2191               threshold, amino acid properties)
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2195               reported as mapped to residues in a structure file in the
2196               View Mapping report
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2200               could be added multiple times to a sequence
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2204               bond features shown as two highlighted residues rather
2205               than a range in linked structure views, and treated
2206               correctly when selecting and computing trees from features
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2210               cross-references are matched to database name regardless
2211               of case
2212             </li>
2213
2214           </ul>
2215           <em>Application</em>
2216           <ul>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2219               names without regular expressions also offer links from
2220               Sequence ID
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2224               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2225               update Jalview configuration
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2229               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2233               files with similarly named sequences if dropped onto the
2234               alignment
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2238               entries where more chains exist in the PDB accession than
2239               are reported in the SIFTS file
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2243               the structure view when displayed with Chimera
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2247               panel's View->Show Chains submenu
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2251               work for wrapped alignment views
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2255               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2259               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2260               first annotation row
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2264               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2268               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2269             </li>
2270             <!-- JAL-2319 -->
2271             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2272             coordindate data
2273             </li>
2274           </ul>
2275           <!--           <em>New Known Issues</em>
2276           <ul>
2277             <li></li>
2278           </ul> -->
2279         </div>
2280       </td>
2281     </tr>
2282     <td width="60" nowrap>
2283       <div align="center">
2284         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2285           <em>25/10/2016</em></strong>
2286       </div>
2287     </td>
2288     <td><em>Application</em>
2289       <ul>
2290         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2291           view if structures already loaded</li>
2292         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2293           structure views</li>
2294       </ul></td>
2295     <td>
2296       <div align="left">
2297         <em>General</em>
2298         <ul>
2299           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2300             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2301           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2302             example sequences/projects/trees</li>
2303         </ul>
2304         <em>Application</em>
2305         <ul>
2306           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2307             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2308           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2309             without timeout for structures with multiple models or
2310             multiple sequences in alignment</li>
2311           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2312             PDB ID HEADER line</li>
2313           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2314             is performed</li>
2315           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2316             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2317           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2318           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2319             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2320             option</li>
2321           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2322             is created on the alignment</li>
2323           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2324             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2325             pop-up menu</li>
2326         </ul>
2327         <em>Build and deployment</em>
2328         <ul>
2329           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2330             tags</li>
2331         </ul>
2332         <em>New Known Issues</em>
2333         <ul>
2334           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2335             on Windows</li>
2336         </ul>
2337       </div>
2338     </td>
2339     </tr>
2340     <tr>
2341       <td width="60" nowrap>
2342         <div align="center">
2343           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2344         </div>
2345       </td>
2346       <td><em>General</em>
2347         <ul>
2348           <li>
2349             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2353             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2354             better PDB parsing.
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2358             reference sequence
2359           </li>
2360           <li>
2361             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2362             mousing over sequence associated annotation
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2366             for manual entry
2367           </li>
2368           <li>
2369             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2370             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2371             for each column
2372           </li>
2373           <li>
2374             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2375             showing or hiding columns containing a feature
2376           </li>
2377           <li>
2378             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2379             group and sequence associated annotation labels
2380           </li>
2381           <li>
2382             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2383             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2384             dialogs
2385           </li>
2386
2387         </ul> <em>Application</em>
2388         <ul>
2389           <li>
2390             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2391             gene/transcript view
2392           </li>
2393           <li>
2394             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2395             dialog
2396           </li>
2397           <li>
2398             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2399             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2400           </li>
2401           <li>
2402             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2403             Pfam sources to xfam.org
2404           </li>
2405           <li>
2406             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2407           </li>
2408           <li>
2409             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2410             over sequences in Jalview
2411           </li>
2412           <li>
2413             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2414             regions in ENA and EMBL
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2418             for record retrieval via ENA rest API
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2422             complement operator
2423           </li>
2424           <li>
2425             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2426             groovy script execution
2427           </li>
2428           <li>
2429             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2430             alignment window's Calculate menu
2431           </li>
2432           <li>
2433             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2434             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2438             calculation workers from groovy scripts
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2442             Jalview projects
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2446             associations are now saved/restored from project
2447           </li>
2448           <li>
2449             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2450             before sequence fetcher is opened
2451           </li>
2452           <li>
2453             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2454             database chooser opens a sequence fetcher
2455           </li>
2456           <li>
2457             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2458             the UniProt REST API
2459           </li>
2460           <li>
2461             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2462             the news reader opening
2463           </li>
2464           <li>
2465             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2466             querying stored in preferences
2467           </li>
2468           <li>
2469             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2470             search results
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2474           </li>
2475           <li>
2476             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2477             menu for nucleotide sequences
2478           </li>
2479           <li>
2480             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2481             and feature counts preserves alignment ordering (and
2482             debugged for complex feature sets).
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2486             viewing structures with Jalview 2.10
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2490             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2491             Ensembl Genomes REST API
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2495             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2496             (Ensembl)
2497           </li>
2498           <li>
2499             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2500             sequences
2501           </li>
2502           <li>
2503             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2504             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2505             data from external database records.
2506           </li>
2507           <li>
2508             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2509             efficient recovery of sequence coding and alignment
2510             annotation relationships.
2511           </li>
2512         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2513         <ul>
2514           <li>
2515             -- JAL---
2516           </li>
2517         </ul> --></td>
2518       <td>
2519         <div align="left">
2520           <em>General</em>
2521           <ul>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2524               menu on OSX
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2528               includes graduated colourschemes
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2532               working with big alignments and lots of hidden columns
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2536               at right of alignment window
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2540               contents
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2544               for DNA alignments
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2548               based tree calculation
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2552               unconserved enabled for group on alignment
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2556               set as reference
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2560               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2561               annotation
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2565               hidden columns present
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2569               user created annotation added to alignment
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2573               '()' base pair annotation
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2577               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2578               Consensus
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2582               feature not working
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2586               beginning of sequence
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2590               entry 3a6s
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2594               from a tree when t-coffee scores are shown
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2598               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2602               some structures
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2606               to Clustal, PIR and PileUp output
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2610               not visible causes alignment window to repaint
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2614               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2615               scores associated with features and annotation rows
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2619               calculation should be case independent
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2623               columns
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2627               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2628               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2632               problems when reference sequence defined and 'show
2633               non-conserved' enabled
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2637               load even when Consensus calculation is disabled
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2641               alignment does nothing
2642             </li>
2643           </ul>
2644           <em>Application</em>
2645           <ul>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2648               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2649               yet fixed for El Capitan)
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2653               output when running on non-gb/us i18n platforms
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2657               hidden sequences as flat-file alignment
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2661               launching Chimera
2662             </li>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2665               (also hotfix for 2.9.0b2)
2666             </li>
2667             <li>
2668               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2669               reference sequence defined
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2673               alignments and views when revealing hidden columns
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2677               view in a cDNA/Protein splitframe
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2681               sequence from project when only one sequence is
2682               represented
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2686               in Structure Chooser
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2690               structure consensus didn't refresh annotation panel
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2694               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2698               dialogs format columns correctly, don't display array
2699               data, sort columns according to type
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2703               file chooser is cancelled during an image export
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2707               sequence name containing special characters
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2711               case insensitive
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2715               formatting don't wrap
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2719               truncated so L looks like I in consensus annotation
2720             </li>
2721             <li>
2722               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2723               currently displayed features for the current selection or
2724               view
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2728               after fetching cross-references, and restoring from
2729               project
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2733               followed in the structure viewer
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2737               splitframe not restored from project
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2741               trailing end of protein alignment in transcript/product
2742               splitview when pad-gaps not enabled by default
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2746               is case dependent
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2750               article has been read (reopened issue due to
2751               internationalisation problems)
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2755               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2756               cross-references
2757             </li>
2758
2759             <li>
2760               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2761               alignment as HTML
2762             </li>
2763             <li>
2764               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2765               multiple structures are shown for one or more sequences.
2766             </li>
2767             <li>
2768               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2769               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2770               is enabled.
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2774               specific PDB id for sequence
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2778               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2779               columns' is disabled.
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2783               selects lowest rather than highest resolution structures
2784               for each sequence
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2788               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2792               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2796               after clicking on it to create new annotation for a
2797               column.
2798             </li>
2799             <li>
2800               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2801               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2802             </li>
2803             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2804             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2805           </ul>
2806           <em>Applet</em>
2807           <ul>
2808             <li>
2809               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2810               hidden columns present before start of sequence
2811             </li>
2812             <li>
2813               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2814               (JSON jars)
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2818               sequences are hidden in applet
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2822               deployment on examples pages.
2823             </li>
2824           </ul>
2825         </div>
2826       </td>
2827     </tr>
2828     <tr>
2829       <td width="60" nowrap>
2830         <div align="center">
2831           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2832             <em>16/10/2015</em></strong>
2833         </div>
2834       </td>
2835       <td><em>General</em>
2836         <ul>
2837           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2838             jars</li>
2839         </ul></td>
2840       <td>
2841         <div align="left">
2842           <em>Application</em>
2843           <ul>
2844             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2845               shown when tree is partitioned</li>
2846             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2847               multiple cDNA/Protein split views</li>
2848           </ul>
2849         </div>
2850       </td>
2851     </tr>
2852     <tr>
2853       <td width="60" nowrap>
2854         <div align="center">
2855           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2856             <em>8/10/2015</em></strong>
2857         </div>
2858       </td>
2859       <td><em>General</em>
2860         <ul>
2861           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2862             2.9</li>
2863         </ul> <em>Application</em>
2864         <ul>
2865           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2866           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2867           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2868         </ul> <em>Applet</em>
2869         <ul>
2870           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2871         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2872         <ul>
2873           <li>
2874             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2875             suite
2876           </li>
2877         </ul></td>
2878       <td>
2879         <div align="left">
2880           <em>General</em>
2881           <ul>
2882             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2883               incorrect when sequence start > 1</li>
2884             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2885               documentation</li>
2886             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2887             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2888               loading a features file containing HTML tags in feature
2889               description</li>
2890
2891           </ul>
2892           <em>Application</em>
2893           <ul>
2894             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2895               reimport</li>
2896             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2897               with 'trim retrieved sequences'</li>
2898             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2899               deleting selected columns</li>
2900             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2901               JNLP templates for webstart launch</li>
2902             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2903               unreleased structures for download or viewing</li>
2904             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2905               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2906             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2907               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2908             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2909               recovered from jalview project</li>
2910             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2911               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2912               alignment view</li>
2913             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2914               color schemes from BioJSON</li>
2915           </ul>
2916           <em>Applet</em>
2917           <ul>
2918             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2919               frame</li>
2920             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2921           </ul>
2922         </div>
2923       </td>
2924     </tr>
2925     <tr>
2926       <td><div align="center">
2927           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2928         </div></td>
2929       <td><em>General</em>
2930         <ul>
2931           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2932             alignments:
2933             <ul>
2934               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2935                 and DNA alignment views</li>
2936               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2937                 cDNA alignment views</li>
2938               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2939                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2940               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2941                 protein sequences</li>
2942             </ul>
2943           </li>
2944           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2945           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2946             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2947           <li>New alignment annotation file statements for
2948             reference sequences and marking hidden columns</li>
2949           <li>Reference sequence based alignment shading to
2950             highlight variation</li>
2951           <li>Select or hide columns according to alignment
2952             annotation</li>
2953           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2954           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2955             acid conservation row</li>
2956           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2957         </ul> <em>Application</em>
2958         <ul>
2959           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2960             <ul>
2961               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2962                 view with cDNA/Protein</li>
2963               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2964                 sequences are placed in the same alignment</li>
2965               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2966                 projects</li>
2967             </ul>
2968           </li>
2969
2970           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2971           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2972             Jalview windows</li>
2973
2974           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2975           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2976           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2977             be shown in VARNA</li>
2978
2979           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2980             as the active selected region</li>
2981
2982           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2983             similarity</li>
2984           <li>New Export options
2985             <ul>
2986               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2987                 region export in flat file generation</li>
2988
2989               <li>Export alignment views for display with the <a
2990                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2991
2992               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2993               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2994                 alignment figures to HTML</li>
2995           </li>
2996           <li>3D structure retrieval and display
2997             <ul>
2998               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2999                 Search API</li>
3000               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3001                 PDB structures for a sequence set</li>
3002             </ul>
3003           </li>
3004
3005           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3006             predictions</li>
3007           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3008             for one or a group of sequences</li>
3009           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3010             from the JPred4 web server</li>
3011           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3012             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3013             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3014           </li>
3015           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3016             VARNA 2D Structure'</li>
3017           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3018             Structure ..."</li>
3019
3020         </ul> <em>Applet</em>
3021         <ul>
3022           <li>New layout for applet example pages</li>
3023           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3024             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3025           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3026             Protein alignments</li>
3027         </ul> <em>Development and deployment</em>
3028         <ul>
3029           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3030           <li>Include installation type and git revision in build
3031             properties and console log output</li>
3032           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3033             storing BioJsMSA Templates</li>
3034           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3035         </ul></td>
3036       <td>
3037         <!-- <em>General</em>
3038         <ul>
3039         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3040         <ul>
3041           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3042           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3043           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3044             predictions are not highlighted in amber</li>
3045           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3046             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3047           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3048             associated structure views</li>
3049           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3050             width checkbox not enabled</li>
3051           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3052             creating user defined colours</li>
3053           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3054             mappings for just that viewer's sequences</li>
3055           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3056             multiple models in Chimera</li>
3057           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3058             over Jmol structure</li>
3059           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3060             output to text box</li>
3061           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3062             have incorrect sequence start/end</li>
3063           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3064             Jalview fails</li>
3065           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3066             work for nucleotide</li>
3067           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3068             to a grey/invisible alignment window</li>
3069           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3070             imports to different position</li>
3071           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3072             on some platforms</li>
3073           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3074             populated</li>
3075           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3076             console if Chimera has been opened</li>
3077           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3078           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3079             retrieved</li>
3080           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3081           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3082             either sequence shows on first structure</li>
3083           <li>'Show annotations' options should not make
3084             non-positional annotations visible</li>
3085           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3086             in right place after 'view flanking regions'</li>
3087           <li>File Save As type unset when current file format is
3088             unknown</li>
3089           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3090             projects</li>
3091           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3092             responsive</li>
3093           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3094             several views on same alignment</li>
3095           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3096           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3097             spaces</li>
3098         </ul> <em>Applet</em>
3099         <ul>
3100           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3101           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3102             descriptions containing angle brackets</li>
3103         </ul> <em>General</em>
3104         <ul>
3105           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3106             via jalview annotation file</li>
3107           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3108             with RNA secondary structure</li>
3109           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3110             translation doesn't work.</li>
3111           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3112           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3113             positions</li>
3114           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3115             choosing 1pt font</li>
3116           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3117             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3118             'h'</li>
3119           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3120             new feature</li>
3121           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3122             order dependent</li>
3123           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3124             sequences</li>
3125           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3126         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3127         <ul>
3128           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3129             www.jalview.org</li>
3130         </ul> <em>Application Known issues</em>
3131         <ul>
3132           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3133           <li>Misleading message appears after trying to delete
3134             solid column.</li>
3135           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3136             version launches</li>
3137           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3138             fails with a sequence mismatch</li>
3139           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3140             scrolling alignment to right</li>
3141           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3142             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3143           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3144             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3145           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3146             ultra-high resolution</li>
3147           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3148             quality and conservation</li>
3149           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3150             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3151         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3152         <ul>
3153           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3154           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3155             window is being resized</li>
3156
3157         </ul>
3158       </td>
3159     </tr>
3160     <tr>
3161       <td><div align="center">
3162           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3163         </div></td>
3164       <td><em>General</em>
3165         <ul>
3166           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3167             Certum.PL.</li>
3168           <li>Features and annotation preserved when performing
3169             pairwise alignment</li>
3170           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3171             imported/exported/displayed</li>
3172           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3173             protein secondary structure</li>
3174           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3175               post-hoc with 2.9 release</em>)
3176           </li>
3177
3178         </ul> <em>Application</em>
3179         <ul>
3180           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3181             with 3D structures</li>
3182           <li>Support for parsing RNAML</li>
3183           <li>Annotations menu for layout
3184             <ul>
3185               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3186               <li>place sequence annotation above/below alignment
3187                 annotation</li>
3188             </ul>
3189           <li>Output in Stockholm format</li>
3190           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3191             translation</li>
3192           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3193           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3194             shared between alignments</li>
3195           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3196             Jalview</li>
3197           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3198             all or current selection</li>
3199           <li>disorder and secondary structure predictions
3200             available as dataset annotation</li>
3201           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3202
3203
3204           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3205             alignments from Rfam</li>
3206           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3207
3208           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3209             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3210           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3211           <li>include installation type in build properties and
3212             console log output</li>
3213           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3214             annotation</li>
3215         </ul></td>
3216       <td>
3217         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3218         <ul>
3219           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3220             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3221           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3222             alignment</li>
3223           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3224           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3225           <li>Double click on sequence associated annotation
3226             selects only first column</li>
3227           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3228             leaves shown in tree</li>
3229           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3230             properly</li>
3231           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3232           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3233             screen and buttons not visible</li>
3234           <li>author list isn't updated if already written to
3235             Jalview properties</li>
3236           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3237             from database</li>
3238           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3239           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3240             browser search window</li>
3241           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3242             in feature settings dialog</li>
3243           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3244             desktop</li>
3245           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3246             pass validation</li>
3247           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3248             fit on screen</li>
3249           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3250             tooltip</li>
3251           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3252             defined user preset</li>
3253           <li>MSA web services warns user if they were launched
3254             with invalid input</li>
3255           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3256             Java 8</li>
3257           <li>
3258             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3259             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3260             created
3261           </li>
3262
3263         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3264         <ul>
3265         </ul> <em>General</em>
3266         <ul>
3267         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3268         <ul>
3269           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3270             memory allocation</li>
3271           <li>launchApp service doesn't automatically open
3272             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3273           <li>
3274             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3275             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3276             1.7_055 is available
3277           </li>
3278         </ul> <em>Application Known issues</em>
3279         <ul>
3280           <li>
3281             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3282             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3283             alignment to right
3284           </li>
3285           <li>
3286             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3287             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3288             with large number of ID
3289           </li>
3290           <li>
3291             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3292             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3293             start/end
3294           </li>
3295           <li>
3296             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3297             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3298             structure tracks are rearranged
3299           </li>
3300           <li>
3301             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3302             invalid rna structure positional highlighting does not
3303             highlight position of invalid base pairs
3304           </li>
3305           <li>
3306             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3307             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3308             project from alignment window file menu
3309           </li>
3310           <li>
3311             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3312             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3313             structures
3314           </li>
3315           <li>
3316             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3317             colour by RNA Helices not enabled when user created
3318             annotation added to alignment
3319           </li>
3320           <li>
3321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3322             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3323           </li>
3324         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3325         <ul>
3326           <li>
3327             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3328             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3329           </li>
3330           <li>
3331             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3332             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3333           </li>
3334
3335           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3336             when selected</li>
3337         </ul>
3338       </td>
3339     </tr>
3340     <tr>
3341       <td><div align="center">
3342           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3343         </div></td>
3344       <td>
3345         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3346         <em>General</em>
3347         <ul>
3348           <li>Internationalisation of user interface (usually
3349             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3350           <li>Define/Undefine group on current selection with
3351             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3352           <li>Improved group creation/removal options in
3353             alignment/sequence Popup menu</li>
3354           <li>Sensible precision for symbol distribution
3355             percentages shown in logo tooltip.</li>
3356           <li>Annotation panel height set according to amount of
3357             annotation when alignment first opened</li>
3358         </ul> <em>Application</em>
3359         <ul>
3360           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3361             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3362           <li>Select columns containing particular features from
3363             Feature Settings dialog</li>
3364           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3365             sequences</li>
3366           <li>Update Jalview project format:
3367             <ul>
3368               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3369               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3370                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3371               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3372                 colouring</li>
3373             </ul>
3374           </li>
3375           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3376             (PAM250)</li>
3377           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3378             flanking regions for an alignment</li>
3379         </ul>
3380       </td>
3381       <td>
3382         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3383         <ul>
3384           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3385             running after job is cancelled</li>
3386           <li>cannot export features from alignments imported from
3387             Jalview/VAMSAS projects</li>
3388           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3389             float values</li>
3390           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3391             have 'display all symbols' flag set</li>
3392           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3393             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3394           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3395             Jalview</li>
3396           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3397             Lion/Webstart</li>
3398           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3399           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3400           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3401             alignment onto desktop</li>
3402           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3403             'extract scores' function</li>
3404           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3405             alignment window</li>
3406           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3407             performing IUPred disorder prediction</li>
3408           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3409             changing 'normalise logo' display setting</li>
3410           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3411             nothing matches query</li>
3412           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3413             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3414           </li>
3415           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3416             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3417           </li>
3418           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3419             Jalview's menu</li>
3420           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3421             'invalid literal/length code'</li>
3422           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3423             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3424           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3425             colourscheme</li>
3426
3427         </ul> <em>Applet</em>
3428         <ul>
3429           <li>Remove group option is shown even when selection is
3430             not a group</li>
3431           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3432             don't affect groups</li>
3433           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3434             colourscheme name</li>
3435           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3436             Annotation panel is not displayed</li>
3437           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3438             embedded windows</li>
3439         </ul> <em>Other</em>
3440         <ul>
3441           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3442             single sequence were not calculated</li>
3443           <li>annotation files that contain only groups imported as
3444             annotation and junk sequences</li>
3445           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3446             recognised as PFAM or BLC</li>
3447           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3448             doesn't affect background (2.8.0b1)
3449           <li></li>
3450           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3451           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3452             trailing gaps</li>
3453           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3454             registered correctly on import</li>
3455           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3456             certain alignments</li>
3457           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3458             existing annotation based 'use original colours'
3459             colourscheme loses original colours setting</li>
3460         </ul>
3461       </td>
3462     </tr>
3463     <tr>
3464       <td><div align="center">
3465           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3466             <em>30/1/2014</em></strong>
3467         </div></td>
3468       <td>
3469         <ul>
3470           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3471             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3472             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3473             open source project).
3474           </li>
3475           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3476           <li>Output in Stockholm format</li>
3477           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3478           <li>Export/import group and sequence associated line
3479             graph thresholds</li>
3480           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3481             ambiguity codes</li>
3482           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3483             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3484             works</li>
3485           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3486         </ul> <em>Other improvements</em>
3487         <ul>
3488           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3489           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3490             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3491           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3492             files</li>
3493           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3494           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3495             link but no description</li>
3496           <li>Select primary source when selecting authority in
3497             database fetcher GUI</li>
3498           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3499             Jalview</li>
3500           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3506             displayed</li>
3507           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3508             secondary structure annotation line</li>
3509           <li>Sequence database accessions not imported when
3510             fetching alignments from Rfam</li>
3511           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3512             identical IDs</li>
3513           <li>View all structures does not always superpose
3514             structures</li>
3515           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3516             reflect user or preset settings</li>
3517           <li>Null pointer exceptions for some services without
3518             presets or adjustable parameters</li>
3519           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3520             discover PDB xRefs</li>
3521           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3522             features with DAS</li>
3523           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3524             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3525           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3526             residue follows a gap</li>
3527           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3528             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3529           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3530             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3531           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3532             annotation already exists on alignment</li>
3533           <li>oninit javascript function should be called after
3534             initialisation completes</li>
3535           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3536             alignment window display</li>
3537           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3538           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3539             to annotation file</li>
3540           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3541             groups created</li>
3542           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3543             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3544           <li>Pressing return several times causes Number Format
3545             exceptions in keyboard mode</li>
3546           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3547             correct partitions for input data</li>
3548           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3549           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3550           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3551           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3552             mode</li>
3553           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3554             changes one row&#39;s threshold</li>
3555           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3556             doesn&#39;t open</li>
3557           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3558             quality histograms</li>
3559         </ul>
3560       </td>
3561     </tr>
3562     <tr>
3563       <td><div align="center">
3564           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3565         </div></td>
3566       <td><em>Application</em>
3567         <ul>
3568           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3569             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3570           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3571             preferences</li>
3572           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3573             in Jalview alignment window</li>
3574           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3575             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3576           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3577             RNA and ambiguity codes</li>
3578
3579           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3580           <li>Support fetching and database reference look up
3581             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3582             refs')</li>
3583           <li>Jalview project improvements
3584             <ul>
3585               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3586                 flag for annotation</li>
3587               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3588                 alignment</li>
3589               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3590                 Jalview project</li>
3591
3592             </ul>
3593           </li>
3594           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3595           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3596             running</li>
3597           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3598           <li>visual indication that web service results are still
3599             being retrieved from server</li>
3600           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3601             starts up for first time</li>
3602           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3603             services</li>
3604           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3605             client library</li>
3606           <li>Examples directory and Groovy library included in
3607             InstallAnywhere distribution</li>
3608         </ul> <em>Applet</em>
3609         <ul>
3610           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3611             visualization applet example</li>
3612         </ul> <em>General</em>
3613         <ul>
3614           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3615           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3616             defaults</li>
3617           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3618             calculation</li>
3619           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3620             matrices
3621           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3622             in HTML</li>
3623           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3624             structure contacts</li>
3625           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3626           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3627           <li>Parse sequence associated secondary structure
3628             information in Stockholm files</li>
3629           <li>HTML Export database accessions and annotation
3630             information presented in tooltip for sequences</li>
3631           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3632             style RNA alignment files</li>
3633           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3634             alignment</li>
3635           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3636             shade each sequence according to its associated alignment
3637             annotation</li>
3638           <li>New Jalview Logo</li>
3639         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3640         <ul>
3641           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3642           <li>New Website!</li>
3643         </ul></td>
3644       <td><em>Application</em>
3645         <ul>
3646           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3647             wsdbfetch REST service</li>
3648           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3649           <li>Filetype associations not installed for webstart
3650             launch</li>
3651           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3652             job execution in full once it is complete</li>
3653           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3654             uploaded via ali_file parameter</li>
3655           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3656           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3657           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3658             submitted for prediction</li>
3659           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3660             desktop window</li>
3661           <li>Putting fractional value into integer text box in
3662             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3663           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3664             windows 7</li>
3665           <li>View all structures fails with exception shown in
3666             structure view</li>
3667           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3668             escaped in a platform independent way</li>
3669           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3670             using proxy</li>
3671           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3672             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3673           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3674             failure when java web start temporary file caching is
3675             disabled</li>
3676           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3677             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3678           <li>Errors during processing of command line arguments
3679             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3680           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3681             DAS sources in sequence fetcher</li>
3682           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3683             dialog is shown</li>
3684           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3685           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3686           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3687           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3688             on OSX Mountain Lion</li>
3689           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3690             sequences with alignment annotation are pasted into the
3691             alignment</li>
3692           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3693             when loaded from Jalview project</li>
3694           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3695           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3696             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3697           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3698             associated with all views</li>
3699           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3700             annotation rows to new window</li>
3701         </ul> <em>Applet</em>
3702         <ul>
3703           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3704             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3705           <li>loading features via javascript API automatically
3706             enables feature display</li>
3707           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3708             work</li>
3709         </ul> <em>General</em>
3710         <ul>
3711           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3712           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3713             and then deselected</li>
3714           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3715           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3716             coloured with clustalx</li>
3717           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3718             exceptions and redraw errors</li>
3719           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3720             reconfigured view</li>
3721           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3722             colour</li>
3723           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3724             for lots of labels</li>
3725         </ul>
3726     </tr>
3727     <tr>
3728       <td>
3729         <div align="center">
3730           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3731         </div>
3732       </td>
3733       <td><em>Application</em>
3734         <ul>
3735           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3736           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3737           <li>View/alignment association menu to enable user to
3738             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3739             its colours/correspondences from</li>
3740           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3741           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3742             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3743           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3744           <li>Annotation row column label formatting attributes
3745             stored in project file</li>
3746           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3747             rows preserved in Jalview project file</li>
3748           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3749             saved using Desktop window menu</li>
3750           <li>Visual indication that command line arguments are
3751             still being processed</li>
3752           <li>Groovy script execution from URL</li>
3753           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3754             preferences</li>
3755           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3756             alignment with sequences that have high similarity and
3757             matching IDs</li>
3758           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3759           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3760             structures in same window</li>
3761           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3762           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3763             analysis function in its own submenu</li>
3764         </ul> <em>Applet</em>
3765         <ul>
3766           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3767             groups</li>
3768           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3769           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3770           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3771           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3772           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3773             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3774           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3775           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3776             parameters are treated as such</li>
3777           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3778             <ul>
3779               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3780               <li>Javascript callbacks for
3781                 <ul>
3782                   <li>Applet initialisation</li>
3783                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3784                 </ul>
3785               </li>
3786               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3787                 functions</li>
3788               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3789               <li>javascript structure viewer harness to pass
3790                 messages between Jmol and Jalview when running as
3791                 distinct applets</li>
3792               <li>sortBy method</li>
3793               <li>Set of applet and application examples shipped
3794                 with documentation</li>
3795               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3796                 javascript message exchange</li>
3797             </ul>
3798         </ul> <em>General</em>
3799         <ul>
3800           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3801             multiple alignments</li>
3802           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3803           <li>User configurable link to enable redirects to a
3804             www.Jalview.org mirror</li>
3805           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3806           <li>Configurable newline string when writing alignment
3807             and other flat files</li>
3808           <li>Allow alignment annotation description lines to
3809             contain html tags</li>
3810         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3811         <ul>
3812           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3813             examples</li>
3814           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3815             using a web service before displaying the result in the
3816             Jalview desktop</li>
3817           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3818           <li>Ant target to publish example html files with applet
3819             archive</li>
3820           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3821           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3822         </ul></td>
3823       <td><em>Application</em>
3824         <ul>
3825           <li>User defined colourscheme throws exception when
3826             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3827           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3828             dialog for valid filename/format</li>
3829           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3830           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3831             P37173</li>
3832           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3833             which sequence is to be associated with the file</li>
3834           <li>Find All raises null pointer exception when query
3835             only matches sequence IDs</li>
3836           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3837           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3838             2.4 cannot be loaded</li>
3839           <li>Filetype associations not installed for webstart
3840             launch</li>
3841           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3842             with sequences in different alignments do not get coloured
3843             by their associated sequence</li>
3844           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3845             not preserved when project is loaded</li>
3846           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3847             stored in Jalview project</li>
3848           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3849             Jalview project</li>
3850           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3851           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3852             by conservation</li>
3853           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3854             created on new view</li>
3855           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3856             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3857           <li>Alignment quality not updated after alignment
3858             annotation row is hidden then shown</li>
3859           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3860             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3861           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3862             properly</li>
3863           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3864             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3865           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3866           <li>Structures imported from file and saved in project
3867             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3868           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3869             job execution in full once it is complete</li>
3870         </ul> <em>Applet</em>
3871         <ul>
3872           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3873             annotation rows are displayed</li>
3874           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3875             codebase</li>
3876           <li>View follows highlighting does not work for positions
3877             in sequences</li>
3878           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3879           <li>Export features raises exception when no features
3880             exist</li>
3881           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3882             for javascript api is modified when separator string
3883             provided as parameter</li>
3884           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3885             alignment with no existing selection</li>
3886           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3887             to applet&#39;s codebase</li>
3888           <li>Status bar not updated after finished searching and
3889             search wraps around to first result</li>
3890           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3891             several Jalview applets causes race conditions and memory
3892             leaks</li>
3893           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3894             not sent from Jmol in applet</li>
3895           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3896             applet API fatally hang browser</li>
3897         </ul> <em>General</em>
3898         <ul>
3899           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3900             position with wrapped view and hidden regions</li>
3901           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3902             with/without hidden columns</li>
3903           <li>Sequence length given in alignment properties window
3904             is off by 1</li>
3905           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3906             import PDB like structure files</li>
3907           <li>Positional search results are only highlighted
3908             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3909           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3910           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3911             given sequence position</li>
3912           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3913             output</li>
3914           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3915             from nucleotide chains correctly</li>
3916           <li>Structure colours not updated when tree partition
3917             changed in alignment</li>
3918           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3919             parsed in interleaved stockholm</li>
3920           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3921             state</li>
3922           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3923             properly</li>
3924           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3925             properly associated with their pdb files</li>
3926         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3927         <ul>
3928           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3929             ApplyCopyright tool</li>
3930         </ul></td>
3931     </tr>
3932     <tr>
3933       <td>
3934         <div align="center">
3935           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3936         </div>
3937       </td>
3938       <td><em>Application</em>
3939         <ul>
3940           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3941             contact web services</li>
3942           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3943             service job window</li>
3944           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3945         </ul></td>
3946       <td>
3947         <ul>
3948           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3949             pir file emitted by Jalview</li>
3950           <li>Existing feature settings transferred to new
3951             alignment view created from cut'n'paste</li>
3952           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3953             parsing PDB files</li>
3954           <li>Consensus and conservation annotation rows
3955             occasionally become blank for all new windows</li>
3956           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3957             in wrapped view mode</li>
3958         </ul> <em>Application</em>
3959         <ul>
3960           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3961             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3962           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3963             parameter names</li>
3964           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3965             is down</li>
3966         </ul>
3967       </td>
3968     </tr>
3969     <tr>
3970       <td>
3971         <div align="center">
3972           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3973         </div>
3974       </td>
3975       <td><em>Application</em>
3976         <ul>
3977           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3978             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3979             (JABAWS)
3980           </li>
3981           <li>Web Services preference tab</li>
3982           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3983             preferences</li>
3984           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3985           <li>Superpose structures using associated sequence
3986             alignment</li>
3987           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3988             viewer</li>
3989         </ul> <em>Applet</em>
3990         <ul>
3991           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3992             link out mechanism</li>
3993         </ul> <em>Other</em>
3994         <ul>
3995           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3996             series 12</li>
3997           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3998             require Java 1.5</li>
3999           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4000             sequence annotation files</li>
4001           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4002             type colour specification</li>
4003           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4004             script to check if it being run in an interactive session or
4005             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4006         </ul></td>
4007       <td>
4008         <ul>
4009           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4010             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4011         </ul> <em>Application</em>
4012         <ul>
4013           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4014             selected Regions menu item</li>
4015           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4016             part of a valid accession ID</li>
4017           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4018             runs out of memory</li>
4019           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4020             analysis results</li>
4021           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4022             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4023           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4024         </ul> <em>Applet</em>
4025         <ul>
4026           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4027             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4028             defined.</li>
4029         </ul>
4030       </td>
4031     </tr>
4032     <tr>
4033       <td>
4034         <div align="center">
4035           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4036         </div>
4037       </td>
4038       <td></td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4042             sequence IDs</li>
4043           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4044             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4045           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4046             import correctly</li>
4047           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4048             number of columns are hidden</li>
4049           <li>annotation label popup menu not providing correct
4050             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4051             present</li>
4052           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4053             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4054           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4055             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4056
4057         </ul> <em>Applet</em>
4058         <ul>
4059           <li>annotation panel disappears when annotation is
4060             hidden/removed</li>
4061         </ul> <em>Application</em>
4062         <ul>
4063           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4064             alignment opened where annotation panel is visible but no
4065             annotations are present on alignment</li>
4066           <li>pasted region containing hidden columns is
4067             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4068           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4069             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4070           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4071             selected Rregions menu item.</li>
4072           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4073             'Un' or 'Non'conserved</li>
4074           <li>Sequence feature settings are being shared by
4075             multiple distinct alignments</li>
4076           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4077             changed</li>
4078           <li>double click on group annotation to select sequences
4079             does not propagate to associated trees</li>
4080           <li>Mac OSX specific issues:
4081             <ul>
4082               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4083                 window background</li>
4084               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4085                 name set correctly</li>
4086               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4087                 save feature colourscheme button</li>
4088             </ul>
4089           </li>
4090         </ul>
4091       </td>
4092     </tr>
4093     <tr>
4094
4095       <td>
4096         <div align="center">
4097           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4098         </div>
4099       </td>
4100       <td><em>New Capabilities</em>
4101         <ul>
4102           <li>URL links generated from description line for
4103             regular-expression based URL links (applet and application)
4104
4105           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4106             menu</li>
4107           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4108             structures</li>
4109           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4110             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4111           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4112             average score or total feature count for each sequence.</li>
4113           <li>Shading features by score or associated description</li>
4114           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4115             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4116           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4117             hide everything but the currently selected region.</li>
4118           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4119         </ul> <em>Application</em>
4120         <ul>
4121           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4122             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4123           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4124             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4125           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4126             database references and protein_name is parsed as
4127             description line (BioSapiens terms).</li>
4128           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4129             references in sequence ID tooltip from View menu in
4130             application.</li>
4131           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4132       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4133           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4134             conservation plots</li>
4135           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4136             and visualized as sequence logos</li>
4137           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4138             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4139           </li>
4140           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4141             when a new tree is opened.</li>
4142           <li>Jalview Java Console</li>
4143           <li>Better placement of desktop window when moving
4144             between different screens.</li>
4145           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4146             consensus annotation</li>
4147           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4148             Workflows</li>
4149           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4150             <ul>
4151               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4152                 used to preserve views, structures, and tree display
4153                 settings)</li>
4154               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4155                 command line</li>
4156               <li>Sharing of selected regions between views and
4157                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4158               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4159             </ul></li>
4160         </ul> <em>Applet</em>
4161         <ul>
4162           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4163           <li>New Parameters
4164             <ul>
4165               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4166                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4167                 opened.</li>
4168               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4169                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4170               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4171                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4172               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4173                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4174                 view</li>
4175               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4176                 increase the height or width of a cell in the alignment
4177                 grid relative to the current font size.</li>
4178             </ul>
4179           </li>
4180           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4181             tooltip</li>
4182         </ul> <em>Other</em>
4183         <ul>
4184           <li>Features format: graduated colour definitions and
4185             specification of feature scores</li>
4186           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4187             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4188             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4189           <li>XML formats extended to support graduated feature
4190             colourschemes, group associated annotation, and profile
4191             visualization settings.</li></td>
4192       <td>
4193         <ul>
4194           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4195             rather than description</li>
4196           <li>Non-positional features are now included in sequence
4197             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4198             visibility in tooltip).</li>
4199           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4200           <li>Added URL embedding instructions to features file
4201             documentation.</li>
4202           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4203             'X' in peptide product</li>
4204           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4205             sequence ID and sequence string and query strings do not
4206             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4207           <li>AMSA files only contain first column of
4208             multi-character column annotation labels</li>
4209           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4210             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4211             exported and re-imported)</li>
4212           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4213             name</li>
4214           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4215             as subsequence matches, and correctly reports total number
4216             of both.</li>
4217           <li>Application:
4218             <ul>
4219               <li>Better handling of exceptions during sequence
4220                 retrieval</li>
4221               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4222                 link text excludes the start_end suffix</li>
4223               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4224                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4225               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4226               <li>Sequence description lines properly shared via
4227                 VAMSAS</li>
4228               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4229                 data sources</li>
4230               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4231                 completes before alignment figures are generated.</li>
4232               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4233                 first time.</li>
4234               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4235                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4236               <li>User defined group colours properly recovered
4237                 from Jalview projects.</li>
4238             </ul>
4239           </li>
4240         </ul>
4241       </td>
4242
4243     </tr>
4244     <tr>
4245       <td>
4246         <div align="center">
4247           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4248         </div>
4249       </td>
4250       <td>
4251         <ul>
4252           <li>Experimental support for google analytics usage
4253             tracking.</li>
4254           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4255         </ul>
4256       </td>
4257       <td>
4258         <ul>
4259           <li>Race condition in applet preventing startup in
4260             jre1.6.0u12+.</li>
4261           <li>Exception when feature created from selection beyond
4262             length of sequence.</li>
4263           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4264           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4265             all sequences with a given id</li>
4266           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4267             ID string searches</li>
4268           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4269             alignment to fail with exception</li>
4270         </ul> <em>Application Issues</em>
4271         <ul>
4272           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4273           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4274             data sources</li>
4275         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4276         <ul>
4277           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4278             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4279           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4280             version (java class versioning error fixed)</li>
4281         </ul>
4282       </td>
4283     </tr>
4284     <tr>
4285       <td>
4286
4287         <div align="center">
4288           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4289         </div>
4290       </td>
4291       <td><em>User Interface</em>
4292         <ul>
4293           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4294             translation and protein products</li>
4295           <li>Linked highlighting of structure associated with
4296             residue mapping to codon position</li>
4297           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4298             and 'clear' button</li>
4299           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4300             Tools menu</li>
4301           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4302             numeric data in description line</li>
4303           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4304           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4305             of sequence</li>
4306         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4307         <ul>
4308           <li>JPred3 web service</li>
4309           <li>Prototype sequence search client (no public services
4310             available yet)</li>
4311           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4312             PFAM</li>
4313           <li>URL Links created for matching database cross
4314             references as well as sequence ID</li>
4315           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4316         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4317         <ul>
4318           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4319             databases</li>
4320           <li>Generalised database reference retrieval and
4321             validation to all fetchable databases</li>
4322           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4323             sequence command</li>
4324         </ul> <em>Import and Export</em>
4325         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4326         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4327           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4328         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4329           File</li>
4330         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4331           triplet as name of colourscheme</li>
4332         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4333         <ul>
4334           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4335           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4336             alignments (experimental)</li>
4337           <li>Create new or select existing session to join</li>
4338           <li>load and save of vamsas documents</li>
4339         </ul> <em>Application command line</em>
4340         <ul>
4341           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4342             from applet)</li>
4343           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4344             of DAS servers to query for alignment features</li>
4345           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4346             that are also automatically queried for features</li>
4347           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4348             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4349         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4350         <ul>
4351           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4352             application (when using &quot;View in full
4353             application&quot;)</li>
4354         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4355         <ul>
4356           <li>feature group display control parameter</li>
4357           <li>debug parameter</li>
4358           <li>showbutton parameter</li>
4359         </ul> <em>Applet API methods</em>
4360         <ul>
4361           <li>newView public method</li>
4362           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4363           <li>Feature display control methods</li>
4364           <li>get list of currently selected sequences</li>
4365         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4366         <ul>
4367           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4368           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4369             Jalview release.</li>
4370           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4371             property controls execution of obfuscator</li>
4372           <li>Build target for generating source distribution</li>
4373           <li>Debug flag for javacc</li>
4374           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4375             jalview.bin.Cache</li>
4376           <li>Continuous Build Integration for stable and
4377             development version of Application, Applet and source
4378             distribution</li>
4379         </ul></td>
4380       <td>
4381         <ul>
4382           <li>selected region output includes visible annotations
4383             (for certain formats)</li>
4384           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4385             for editing</li>
4386           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4387           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4388           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4389           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4390             comments</li>
4391           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4392             filenames containing a ':'</li>
4393           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4394             global sequence features</li>
4395           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4396             references from alignment sequences goes to zero</li>
4397           <li>Close of tree branch colour box without colour
4398             selection causes cascading exceptions</li>
4399           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4400           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4401             file parsing fails.</li>
4402           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4403           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4404             not a valid output format</li>
4405           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4406             vamsas</li>
4407           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4408           <li>error messages passed up and output when data read
4409             fails</li>
4410           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4411             sequence is edited</li>
4412           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4413             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4414           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4415             filetype</li>
4416           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4417             import fixed for PFAM records</li>
4418           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4419             window list</li>
4420           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4421             can be read and written correctly to annotation file</li>
4422           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4423             correctly</li>
4424           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4425             non-italic font for representatives in Applet</li>
4426           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4427             Macs.</li>
4428           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4429             Applet)</li>
4430           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4431             due to null pointer exceptions</li>
4432           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4433             first column of alignment</li>
4434           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4435             July 2008</li>
4436           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4437             file is case-insensitive</li>
4438           <li>Sequence features read from Features file appended to
4439             all sequences with matching IDs</li>
4440           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4441             containing a sub-sequence</li>
4442           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4443           <li>feature and annotation file applet parameters
4444             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4445           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4446           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4447             splash-screen version check to complete</li>
4448           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4449             when passing them to the launchApp service</li>
4450           <li>display name and local features preserved in results
4451             retrieved from web service</li>
4452           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4453             sequence fetcher initialisation</li>
4454           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4455             dasobert DAS client</li>
4456           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4457             association</li>
4458           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4459             sequences
4460           </li>
4461         </ul>
4462       </td>
4463     </tr>
4464     <tr>
4465       <td>
4466         <div align="center">
4467           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4468         </div>
4469       </td>
4470       <td>
4471         <ul>
4472           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4473           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4474           <li>Slide sequences</li>
4475           <li>Edit sequence in place</li>
4476           <li>EMBL CDS features</li>
4477           <li>DAS Feature mapping</li>
4478           <li>Feature ordering</li>
4479           <li>Alignment Properties</li>
4480           <li>Annotation Scores</li>
4481           <li>Sort by scores</li>
4482           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4483         </ul>
4484       </td>
4485       <td>
4486         <ul>
4487           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4488           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4489           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4490           <li>Feature group display state in XML</li>
4491           <li>Feature ordering in XML</li>
4492           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4493           <li>Stockholm alignment properties</li>
4494           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4495           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4496           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4497           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4498         </ul>
4499       </td>
4500
4501     </tr>
4502     <tr>
4503       <td>
4504         <div align="center">
4505           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4506         </div>
4507       </td>
4508       <td>
4509         <ul>
4510           <li>Non standard characters can be read and displayed
4511           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4512             applet via textbox
4513           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4514             name &amp; description
4515           <li>Preference setting to display sequence name in
4516             italics
4517           <li>Annotation file format extended to allow
4518             Sequence_groups to be defined
4519           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4520             specified in preferences
4521           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4522             sequences
4523         </ul>
4524       </td>
4525       <td>
4526         <ul>
4527           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4528             installed
4529           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4530           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4531         </ul>
4532       </td>
4533     </tr>
4534     <tr>
4535       <td>
4536         <div align="center">
4537           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4538         </div>
4539       </td>
4540       <td>
4541         <ul>
4542           <li>Multiple views on alignment
4543           <li>Sequence feature editing
4544           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4545           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4546           <li>Background dependent text colour
4547           <li>Right align sequence ids
4548           <li>User-defined lower case residue colours
4549           <li>Format Menu
4550           <li>Select Menu
4551           <li>Menu item accelerator keys
4552           <li>Control-V pastes to current alignment
4553           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4554           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4555           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4556
4557           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4558         </ul>
4559       </td>
4560       <td>
4561         <ul>
4562           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4563           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4564             calculations
4565           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4566             edits
4567           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4568             of alignment)
4569           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4570
4571           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4572             display correctly
4573           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4574           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4575             analysis results
4576           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4577             &#8739;
4578           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4579           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4580           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4581
4582         </ul>
4583       </td>
4584     </tr>
4585     <tr>
4586       <td>
4587         <div align="center">
4588           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4589         </div>
4590       </td>
4591       <td>
4592         <ul>
4593           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4594         </ul>
4595       </td>
4596       <td>
4597         <ul>
4598           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4599             sequence id panel has been resized</li>
4600           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4601             rendered</li>
4602           <li>Annotation files with sequence references - all
4603             elements in file are relative to sequence position</li>
4604           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4605         </ul>
4606       </td>
4607     </tr>
4608     <tr>
4609       <td>
4610         <div align="center">
4611           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4612         </div>
4613       </td>
4614       <td>
4615         <ul>
4616           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4617           <li>DAS Feature fetching</li>
4618           <li>Hide sequences and columns</li>
4619           <li>Export Annotations and Features</li>
4620           <li>GFF file reading / writing</li>
4621           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4622             files</li>
4623           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4624           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4625           <li>Applet can launch the full application</li>
4626           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4627             required)</li>
4628           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4629           <li>Applet can load sequences from parameter
4630             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4631           </li>
4632         </ul>
4633       </td>
4634       <td>
4635         <ul>
4636           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4637           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4638           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4639         </ul>
4640       </td>
4641     </tr>
4642     <tr>
4643       <td>
4644         <div align="center">
4645           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4646         </div>
4647       </td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4651           <li>Choose to match case when searching</li>
4652           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4653             expand the visible width and height of the alignment</li>
4654         </ul>
4655       </td>
4656       <td>
4657         <ul>
4658           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4659         </ul>
4660       </td>
4661     </tr>
4662     <tr>
4663       <td>
4664         <div align="center">
4665           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4666         </div>
4667       </td>
4668       <td>&nbsp;</td>
4669       <td>
4670         <ul>
4671           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4672           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4673             value</li>
4674         </ul>
4675       </td>
4676     </tr>
4677     <tr>
4678       <td>
4679         <div align="center">
4680           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4681         </div>
4682       </td>
4683       <td>
4684         <ul>
4685           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4686           <li>Keyboard editing</li>
4687           <li>Create sequence features from searches</li>
4688           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4689             alignments</li>
4690           <li>Features file allows grouping of features</li>
4691           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4692           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4693           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4694         </ul>
4695       </td>
4696       <td>
4697         <ul>
4698           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4699           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4700             descriptions saved.</li>
4701         </ul>
4702       </td>
4703     </tr>
4704     <tr>
4705       <td>
4706         <div align="center">
4707           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4708         </div>
4709       </td>
4710       <td>
4711         <ul>
4712           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4713           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4714           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4715             name for file output</li>
4716           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4717           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4718             used for HTML form input</li>
4719         </ul>
4720       </td>
4721       <td>
4722         <ul>
4723           <li>HTML output writes groups and features</li>
4724           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4725           <li>File IO bugs</li>
4726         </ul>
4727       </td>
4728     </tr>
4729     <tr>
4730       <td>
4731         <div align="center">
4732           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4733         </div>
4734       </td>
4735       <td>
4736         <ul>
4737           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4738           <li>More options for PCA viewer</li>
4739         </ul>
4740       </td>
4741       <td>
4742         <ul>
4743           <li>GUI bugs resolved</li>
4744           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4745         </ul>
4746       </td>
4747     </tr>
4748     <tr>
4749       <td height="63">
4750         <div align="center">
4751           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4752         </div>
4753       </td>
4754       <td>
4755         <ul>
4756           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4757           <li>Jar files are executable</li>
4758           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4759         </ul>
4760       </td>
4761       <td>
4762         <ul>
4763           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4764           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4765           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4766         </ul>
4767       </td>
4768     </tr>
4769     <tr>
4770       <td>
4771         <div align="center">
4772           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4773         </div>
4774       </td>
4775       <td>
4776         <ul>
4777           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4783         </ul>
4784       </td>
4785     </tr>
4786     <tr>
4787       <td>
4788         <div align="center">
4789           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4790         </div>
4791       </td>
4792       <td>
4793         <ul>
4794           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4795             size</li>
4796         </ul>
4797       </td>
4798       <td>
4799         <ul>
4800           <li>Improved JPred client reliability</li>
4801           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4802         </ul>
4803       </td>
4804     </tr>
4805     <tr>
4806       <td>
4807         <div align="center">
4808           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4809         </div>
4810       </td>
4811       <td>
4812         <ul>
4813           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4814           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4815           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4816             to Colour Menu</li>
4817           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4818           <li>Unix users can set default web browser</li>
4819           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4820           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4821         </ul>
4822       </td>
4823       <td>
4824         <ul>
4825           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4826         </ul>
4827       </td>
4828     </tr>
4829     <tr>
4830       <td>
4831         <div align="center">
4832           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4833         </div>
4834       </td>
4835       <td>&nbsp;</td>
4836       <td>
4837         <ul>
4838           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4839             alignment order.</li>
4840         </ul>
4841       </td>
4842     </tr>
4843     <tr>
4844       <td>
4845         <div align="center">
4846           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4847         </div>
4848       </td>
4849       <td>
4850         <ul>
4851           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4852           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4853           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4854             annotations.</li>
4855           <li>Version and build date written to build properties
4856             file.</li>
4857           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4858             at launch of Jalview.</li>
4859         </ul>
4860       </td>
4861       <td>
4862         <ul>
4863           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4864           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4865           <li>Can remove groups one by one.</li>
4866           <li>Filechooser icons installed.</li>
4867           <li>Finder ignores return character when searching.
4868             Return key will initiate a search.<br>
4869           </li>
4870         </ul>
4871       </td>
4872     </tr>
4873     <tr>
4874       <td>
4875         <div align="center">
4876           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4877         </div>
4878       </td>
4879       <td>
4880         <ul>
4881           <li>New codebase</li>
4882         </ul>
4883       </td>
4884       <td>&nbsp;</td>
4885     </tr>
4886   </table>
4887   <p>&nbsp;</p>
4888 </body>
4889 </html>