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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>15/09/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  66             residue in cursor mode
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  70             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  74             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  75             improved compatibility with JalviewJS
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  79             alignments from Pfam and Rfam
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  83             import (no longer based on .gz extension)
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  90             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  91             EMBL flat file
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  95             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  96             saving or making backup files.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 100             <ul>
 101               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 102               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 103             </ul>
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 107             when running on Linux (Requires Java 11+)
 108           </li>
 109         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 110         <ul>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 113             through a system property
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 117             line help for configuring Jalview's memory
 118           </li>
 119         </ul>
 120       </td>
 121       <td align="left" valign="top">
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 125             but not calculated and no protein or DNA score models are
 126             available for tree/PCA calculation when launched with
 127             Turkish language locale
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 131             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 135             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 139             sequence under the cursor
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 143             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 147             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 148             '%s'" on the console
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 152             when there are both local and complementary features mapped
 153             to the position under the cursor
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 157             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 161             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 165             internationalised text for some messages and log output
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 169             hidden gapped columns
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 173             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 177             specifying output format when exporting an alignment via the
 178             command line
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 182             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 183             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 184             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 185             file again, and if that fails, delete the original file and
 186             save in place.)
 187           </li>
 188         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 189         <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 192             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 193             OutOfMemory error.
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 197             monitor the release channel
 198           </li>
 199         </ul> <em>New Known defects</em>
 200         <ul>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 203             are ordered differently when shown on alignment and in
 204             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 208             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 209             works for the top left quadrant of the alignment window
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 213             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 217             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 218           </li>
 219         </ul>
 220       </td>
 221     </tr>
 222     <tr>
 223       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 224           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 225           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 226       <td align="left" valign="top">
 227         <ul>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 230             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 231             for display in alignments, on structure views (including
 232             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 233             export.
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 237             exported and re-imported as GFF3 files
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 241             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 245             validation while parsing
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 249             position if reopened
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 253             of associated view
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 257             enabled by default
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 261             tooltips and menus
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 265             with no feature types visible
 266           </li>
 267           <li>
 268           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 269           </li>
 270         </ul><em>Jalview Installer</em>
 271             <ul>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 274             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 281           </li>
 282               <li>
 283                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 284               <li>
 285                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 286         </ul> <em>Release processes</em>
 287         <ul>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 293           </li>
 294         </ul> <em>Build System</em>
 295         <ul>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 301             report
 302           </li>
 303         </ul>
 304         <em>Groovy Scripts</em>
 305             <ul>
 306           <li>
 307             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 308             to stdout containing the consensus sequence for each
 309             alignment in a Jalview session
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 313             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 314             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 315           </li>
 316         </ul>
 317       </td>
 318       <td align="left" valign="top">
 319         <ul>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 322             'Show hidden markers' option is not ticked
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 326             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 327             jalview preferences or properties file
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 331             'Show Sequence Features' option is not ticked
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 335             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 336             features are visible
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 340             equal when split frame is first opened
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 344             correct after editing a sequence's start position
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 348             with annotation and exceptions thrown when only a few
 349             columns shown in wrapped mode
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 353             wrapped alignment figure with annotations
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 357             ID fails with ClassCastException
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 361             Project
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 365             feature settings dialog also selects columns
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 369             IllegalArgumentException in some circumstances
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 373             opened for a view
 374           </li>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 377             alignment window is closed
 378           </li>
 379           <li>
 380             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 381             help documentation for 2.11.0 release
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 385             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 386             Uniprot Accession
 387           </li>
 388         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 389         <ul>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 392             PDB/Uniprot search panel
 393           </li>
 394         </ul> <em>Installer</em>
 395         <ul>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 398             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 399           </li>
 400         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 401         <ul>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 404             repository
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 408             memory
 409           </li>
 410         </ul> <em>New Known Issues</em>
 411         <ul>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 414             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 415             command line
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 419             clipped in headless figure export when Right Align option
 420             enabled
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 424             'Source' in console output
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 428             bamboo server but run fine locally.
 429           </li>
 430         </ul>
 431       </td>
 432     </tr>
 433     <tr>
 434       <td width="60" align="center" nowrap>
 435           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 436             <em>04/07/2019</em></strong>
 437       </td>
 438       <td align="left" valign="top">
 439         <ul>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 442             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 443             source project) rather than InstallAnywhere
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 447             settings, receive over the air updates and launch specific
 448             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 449               Rings' GetDown</a>)
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 453             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 457             arguments and switch between different getdown channels
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 461             or alignment files
 462           </li>
 463
 464           <li>
 465             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 466             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 469             'Translate as cDNA'</li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 472           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 473             <ul>
 474                       <li>
 475             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 476             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 477           <li>
 478                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 479                 features can be filtered and shaded according to any
 480                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 481                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 482                 file)
 483               </li>
 484               <li>
 485                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 486                 stored and restored from Jalview Projects
 487               </li>
 488               <li>
 489                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 490                 recognise variant features
 491               </li>
 492               <li>
 493                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 494                 sequences (also coloured red by default)
 495               </li>
 496               <li>
 497                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 498                 details
 499               </li>
 500               <li>
 501                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 502                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 503               </li>
 504               <li>
 505                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 506                 dialog
 507               </li>
 508             </ul>
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 512             tree and PCA calculations
 513           </li>
 514           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 515             <ul>
 516               <li>
 517                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 518                 and Viewer state saved in Jalview Project
 519               </li>
 520               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 521                 drop-down menus</li>
 522               <li>
 523                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 524                 incrementally
 525               </li>
 526               <li>
 527                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 528               </li>
 529             </ul>
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 533           </li>
 534           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 535           <ul>
 536               <li>
 537                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 538                 multiple groups when working with large alignments
 539               </li>
 540               <li>
 541                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 542                 Stockholm files
 543               </li>
 544             </ul>
 545           <li><strong>User Interface</strong>
 546           <ul>
 547               <li>
 548                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 549                 view
 550               </li>
 551               <li>
 552                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 553                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 554                 default (can be changed in user preferences)
 555               </li>
 556               <li>
 557                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 558                 to the Overwrite Dialog
 559               </li>
 560               <li>
 561                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 562                 sequences are hidden
 563               </li>
 564               <li>
 565                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 566                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 567               </li>
 568               <li>
 569                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 570                 labels
 571               </li>
 572               <li>
 573                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 574                 when in wrapped mode
 575               </li>
 576               <li>
 577                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 578                 annotation
 579               </li>
 580               <li>
 581                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 582               </li>
 583               <li>
 584                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 585                 panel
 586               </li>
 587               <li>
 588                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 589                 popup menu
 590               </li>
 591               <li>
 592               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 593               <li>
 594               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 595
 596
 597             </ul></li>
 598             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 599           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 600             <ul>
 601               <li>
 602                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 603                 trapping CMD-Q
 604               </li>
 605             </ul></li>
 606         </ul>
 607         <em>Deprecations</em>
 608         <ul>
 609           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 610             capabilities removed from the Jalview Desktop
 611           </li>
 612           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 613             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 614             and XML based data retrieval clients</li>
 615           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 616           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 617         </ul> <em>Documentation</em>
 618         <ul>
 619           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 620             not supported in EPS figure export
 621           </li>
 622           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 623         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 624         <ul>
 625           <li>
 626           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 627           </li>
 628       <li>
 629       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 630           <li>
 631           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 632             gradle-eclipse
 633           </li>
 634           <li>
 635           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 636             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 637             execution
 638           </li>
 639           <li>
 640           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 641             operations
 642           </li>
 643           <li>
 644           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 645             issues resolved
 646           </li>
 647           <li>
 648           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 649             markdown (with HTML rendering)
 650           </li>
 651           <li>
 652           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 653           </li>
 654           <li>
 655           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 656             versions of Jalview
 657           </li>
 658         </ul>
 659       </td>
 660       <td align="left" valign="top">
 661         <ul>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 667             superposition in Jmol fail on Windows
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 671             structures for sequences with lots of PDB structures
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 675             monospaced font
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 679             project involving multiple views
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 683             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 684             Annotation dialog hides columns
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 688             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 689             one view, then making another selection in the other view
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 693             columns
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 697             Settings and Jalview Preferences panels
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 701             overview with large alignments
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 705             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 706             mouse moved to the left of the first column
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 710             hidden column marker via scale popup menu
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 714             doesn't tell users the invalid URL
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 718             score from view
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 722             show cross references or Fetch Database References are shown in
 723             red in original view
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 727             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 731             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 735             when columns are hidden
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 739             Columns by Annotation description
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 743             out of Scale or Annotation Panel
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 747             scale panel
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 751             alignment down
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 755             scale panel
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 759             Page Up in wrapped mode
 760           </li>
 761           <li>
 762             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 769             on opening an alignment
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 773             Colour menu
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 777             different groups in the alignment are selected
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 781             correctly in menu
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 785             threshold limit
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 789             threshold gets 'unrounded'
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 793             colour
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 803             Tree font
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 807             project file
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 811             shown in complementary view
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 815             without normalisation
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 819             of report
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 823           </li>
 824           <li>
 825           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 826           </li>
 827         </ul> <em>Editing</em>
 828         <ul>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 831             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 832             sequence
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 836             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 837             removed (Known defect since 2.10)
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 841             dialog corrupts dataset sequence
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 845             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 846           </li>
 847         </ul> <em>Datamodel</em>
 848         <ul>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 851             sequence's End is greater than its length
 852           </li>
 853         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 854           general release)</em>
 855         <ul>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 858           </li>
 859         </ul> <em>New Known Defects</em>
 860         <ul>
 861         <li>
 862         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 863         </li>
 864         <li>
 865           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 866           regions of protein alignment.
 867         </li>
 868         <li>
 869           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 870           is restored from a Jalview 2.11 project
 871         </li>
 872         <li>
 873           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 874           'New View'
 875         </li>
 876         <li>
 877           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 878           columns within hidden columns
 879         </li>
 880         <li>
 881           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 882           window after dragging left to select columns to left of visible
 883           region
 884         </li>
 885         <li>
 886           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 887           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 888           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 889           create a Score filter instead.
 890         </li>
 891         <li>
 892         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 893         <li>
 894         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 895         </li>
 896         <li>
 897           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 898           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 899         </li>
 900         </ul>
 901         <em>Java 11 Specific defects</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 905               alphabetically when saved
 906             </li>
 907         </ul>
 908       </td>
 909     </tr>
 910     <tr>
 911     <td width="60" nowrap>
 912       <div align="center">
 913         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 914       </div>
 915     </td>
 916     <td><div align="left">
 917         <em></em>
 918         <ul>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 921               InstallAnywhere increased to 1G.
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 925               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 926               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 927                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 928                 properties file.</em>
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 932               API and sequence data now imported as JSON.
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 936               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 937               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 938               property.
 939             </li>
 940           </ul>
 941           <em>Development</em>
 942           <ul>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 945               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 946                 Clover</a>
 947             </li>
 948           </ul>
 949         </div></td>
 950     <td><div align="left">
 951         <em></em>
 952         <ul>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 955               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 956               alignment.
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 960               annotation displayed.
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 964               for newly created group when 'Apply to all groups'
 965               selected
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 969               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 970               visible.
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 974               when sequences are selected in exported view.</em>
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 978               aren't rendered with correct colour.
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 982               types of knotted RNA secondary structure.
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 986               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 987               do not start at 1.
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 991               annotation when columns are inserted into an alignment,
 992               and when exporting as Stockholm flatfile.
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 996               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 997               treated as RNA secondary structure.
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1001               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1005               transfers focus to previous window on OSX
1006             </li>
1007           </ul>
1008           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1009           <ul>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1012               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1013               box.
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1017               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1018               'look and feel' which has improved compatibility with the
1019               latest version of OSX.
1020             </li>
1021           </ul>
1022         </div>
1023     </td>
1024     </tr>
1025     <tr>
1026       <td width="60" nowrap>
1027         <div align="center">
1028           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1029             <em>7/06/2018</em></strong>
1030         </div>
1031       </td>
1032       <td><div align="left">
1033           <em></em>
1034           <ul>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1037               annotation retrieved from Uniprot
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1041               onto the Jalview Desktop
1042             </li>
1043           </ul>
1044         </div></td>
1045       <td><div align="left">
1046           <em></em>
1047           <ul>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1050               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1054               right-hand column parsed correctly
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1058               not alignment area in exported graphic
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1062               window has input focus
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1066               annotation added to view (Windows)
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1070               network connectivity is poor
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1074               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1075                 the currently open URL and links from a page viewed in
1076                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1077                 you are using Edge, only links in the page can be
1078                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1079                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1080             </li>
1081           </ul>
1082           <em>New Known Defects</em>
1083           <ul>
1084             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1085           </ul>
1086         </div></td>
1087     </tr>
1088     <tr>
1089       <td width="60" nowrap>
1090         <div align="center">
1091           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1092         </div>
1093       </td>
1094       <td><div align="left">
1095           <em></em>
1096           <ul>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1099               for disabling automatic superposition of multiple
1100               structures and open structures in existing views
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1104               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1105               adjust them.
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1109               Ensembl services
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1113               and lots of hidden columns
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1117               of features (particularly when transparency is disabled)
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1121               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1122               generally available
1123             </li>
1124           </ul>
1125           </div>
1126       </td>
1127       <td><div align="left">
1128           <ul>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1131               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1135               overlapping alignment panel
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1139               sequence as gaps
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1143               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1144               UTR
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1148               factor annotation not added to sequence when local PDB
1149               file associated with it by drag'n'drop or structure
1150               chooser
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1154               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1158               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1162               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1166               columns in annotation row
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1170               honored in batch mode
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1174               for structures added to existing Jmol view
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1178               entries after importing project with multiple views
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1182               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1183               with negative residue numbers or missing residues fails
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1187               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1188               as generated by CONSURF)
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1192               tooltip doesn't include a text description of mutation
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1196               structure and/or overview windows are also shown
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1200               very slow for alignments with large numbers of sequences
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1204               with 'StringIndexOutOfBounds'
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1208               platforms running Java 10
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1212               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1213             </li>
1214           </ul>
1215           <em>Applet</em>
1216           <ul>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1219               should copy the group consensus when popup is opened on it
1220             </li>
1221           </ul>
1222           <em>Batch Mode</em>
1223           <ul>
1224           <li>
1225             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1226           </li>
1227           </ul>
1228           <em>New Known Defects</em>
1229           <ul>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1232               editing a large alignment and overview is displayed
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1236               repeatedly after a series of edits even when the overview
1237               is no longer reflecting updates
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1241               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1242               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1243               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1247               option gives blank output
1248             </li>
1249           </ul>
1250         </div>
1251           </td>
1252     </tr>
1253     <tr>
1254       <td width="60" nowrap>
1255         <div align="center">
1256           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1257         </div>
1258       </td>
1259       <td><div align="left">
1260           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1261               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1262       <td><div align="left">
1263           <em>Desktop</em><ul>
1264           <ul>
1265             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1266             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1267             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1268             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1269             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1270             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1271             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1272           </ul>
1273           </div>
1274       </td>
1275     </tr>
1276     <tr>
1277       <td width="60" nowrap>
1278         <div align="center">
1279           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1280         </div>
1281       </td>
1282       <td><div align="left">
1283           <em></em>
1284           <ul>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1287               rendering of sequence features
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1291               429 rate limit request hander
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1295               their colours have changed
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1299               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1303               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1307               view from Ensembl locus cross-references
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1311               Alignment report
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1315               feature can be disabled
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1319               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1323               Uniprot
1324             </li>
1325           </ul>
1326           <em>Scripting</em>
1327           <ul>
1328             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1329             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1330               percent identity scores for current alignment.</li>
1331           </ul>
1332           <em>Testing and Deployment</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1336             </li>
1337           </ul>
1338         </div></td>
1339       <td><div align="left">
1340           <em>General</em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1344               threshold text field doesn't trigger an update to the
1345               alignment view
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1349               strings in parallel
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1353               alignment window is closed
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1357               group visibility
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1361               takes a long time in Cursor mode
1362             </li>
1363           </ul>
1364           <em>Desktop</em>
1365           <ul>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1368               cannot be viewed in Chimera
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1372               CDS/Protein view
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1376               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1377               Search Dialogs
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1387               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1391               scrolling right in unwapped alignment view
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1395               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1396               database
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1400               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1404               features of same type and group to be selected for
1405               amending
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1409               alignments when hidden columns are present
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1413               displaying several structures
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1417               moving a window
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1421               within the Jalview desktop on OSX
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1425               when in wrapped alignment mode
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1429               hand end of alignment
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1433               each selected sequence do not have correct start/end
1434               positions
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1438               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1442               restoring project until a new view is created
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1446               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1447               configured (since 2.10.2b2)
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1451               position is adjusted
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1455               in a multi-chain structure when viewing alignment
1456               involving more than one chain (since 2.10)
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1460               if new selection moves alignment window
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1464               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1468               that produces correctly annotated transcripts and products
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1472               doesn't update associated structure view
1473             </li>
1474           </ul>
1475           <em>Applet</em><br />
1476           <ul>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1479               closing alignment panel
1480             </li>
1481           </ul>
1482           <em>BioJSON</em><br />
1483           <ul>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1486               non-positional features
1487             </li>
1488           </ul>
1489           <em>New Known Issues</em>
1490           <ul>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1493               sequence features correctly (for many previous versions of
1494               Jalview)
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1498               using cursor in wrapped panel other than top
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1502               graduated colour threshold
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1506               always preserve numbering and sequence features
1507             </li>
1508           </ul>
1509           <em>Known Java 9 Issues</em>
1510           <ul>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1513               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1514               9.01, OSX 10.10)
1515             </li>
1516           </ul>
1517         </div></td>
1518     </tr>
1519     <tr>
1520       <td width="60" nowrap>
1521         <div align="center">
1522           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1523             <em>2/10/2017</em></strong>
1524         </div>
1525       </td>
1526       <td><div align="left">
1527           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1528           <ul>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1531             </li>
1532             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1533             </li>
1534           </ul>
1535         </div></td>
1536       <td><div align="left">
1537         </div></td>
1538     </tr>
1539     <tr>
1540       <td width="60" nowrap>
1541         <div align="center">
1542           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1543             <em>7/9/2017</em></strong>
1544         </div>
1545       </td>
1546       <td><div align="left">
1547           <em></em>
1548           <ul>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1551               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1552               white)
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1556               Preferences
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1560               in size and progress bar shown as higher resolution
1561               overview is recalculated
1562             </li>
1563
1564           </ul>
1565         </div></td>
1566       <td><div align="left">
1567           <em></em>
1568           <ul>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1571               column region row by row
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1575               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1579               format setting is unticked
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1583               if group has show boxes format setting unticked
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1587               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1588               include sequences and columns not currently displayed
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1592               assemblies are imported via CIF file
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1596               displayed when threshold or conservation colouring is also
1597               enabled.
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1601               server version
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1605               dragging a selected region off the visible region of the
1606               alignment
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1610               colourscheme to all groups in a view
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1614               initially after font size change using the Font chooser or
1615               middle-mouse zoom
1616             </li>
1617           </ul>
1618         </div></td>
1619     </tr>
1620     <tr>
1621       <td width="60" nowrap>
1622         <div align="center">
1623           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1624         </div>
1625       </td>
1626       <td><div align="left">
1627           <em>Calculations</em>
1628           <ul>
1629
1630             <li>
1631               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1632               ungapped positions in each column of the alignment.
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1636               a calculation dialog box
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1640               and memory efficiency (~30x faster)
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1644               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1645               and other calculations
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1649               files within the Jalview codebase
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1653               Similarity may have different topology due to increased
1654               precision
1655             </li>
1656           </ul>
1657           <em>Rendering</em>
1658           <ul>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1661               model for alignments and groups
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1665               scripts
1666             </li>
1667           </ul>
1668           <em>Overview</em>
1669           <ul>
1670             <li>
1671               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1672               with alignment and overview windows
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1676               overview
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1680               omitted in Overview
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1684               adjustment of visible position
1685             </li>
1686           </ul>
1687
1688           <em>Data import/export</em>
1689           <ul>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1692               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1696               annotation input/output via stockholm flatfile
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1700               extension when importing structure files without embedded
1701               names or PDB accessions
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1705               format sequence substitution matrices
1706             </li>
1707           </ul>
1708           <em>User Interface</em>
1709           <ul>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1712               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1713               the application.
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1717               via Overview or sequence motif search operations
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1721               opened by double clicking gaps within sequence feature
1722               extent
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1726               aligned positions were available to create a 3D structure
1727               superposition.
1728             </li>
1729           </ul>
1730           <em>3D Structure</em>
1731           <ul>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1734               coloured in linked structure views
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1738               file-based command exchange
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1742               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1743               structures are already available for sequences
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1747               the Jalview project rather than downloaded again when the
1748               project is reopened.
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1752               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1753               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1754                 Feature</strong>)
1755             </li>
1756           </ul>
1757           <em>Web Services</em>
1758           <ul>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1764               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1765               Analysis services
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1769               cross-references provided by identifiers.org and the
1770               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1771             </li>
1772           </ul>
1773
1774           <em>Scripting</em>
1775           <ul>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1778               identifying file formats (instead of String constants)
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1782               efficiency when counting all displayed features (not
1783               backwards compatible with 2.10.1)
1784             </li>
1785           </ul>
1786           <em>Example files</em>
1787           <ul>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1790               included in the example feature file
1791             </li>
1792           </ul>
1793           <em>Documentation</em>
1794           <ul>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1797               with the built-in Java help viewer
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1801               sequence description' option
1802             </li>
1803           </ul>
1804           <em>Test Suite</em>
1805           <ul>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1808               Uniprot REST Free Text Search Client
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1815               during tests
1816             </li>
1817           </ul>
1818         </div></td>
1819       <td><div align="left">
1820           <em>Calculations</em>
1821           <ul>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1824               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1825               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1826             </li>
1827             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1828               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1829               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1830               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1831               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1832               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1833               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1834               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1835               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1836               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1837               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1838               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1839               // for 2.10.1 mode <br />
1840               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1841               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1842                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1843                 calculations (not recommended)</em></li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1846               scaling of branch lengths for trees computed using
1847               Sequence Feature Similarity.
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1851               generating output report when working with highly
1852               redundant alignments
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1856               right of selected region when gaps present on right-hand
1857               boundary
1858             </li>
1859           </ul>
1860           <em>User Interface</em>
1861           <ul>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1864               doesn't reselect a specific sequence's associated
1865               annotation after it was used for colouring a view
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1869               opened on a region of alignment without groups
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1873               of an alignment with overlapping groups
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1877               name and description match
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1881               hidden regions results in incorrect hidden regions
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1885               changing colour does not apply Conservation slider value
1886               to all groups
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1890               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1894               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1898               gaps before start of features
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1902               restored to UI when feature colour is edited
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1906               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1910               as graduate feature colour settings are modified via the
1911               dialog box
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1915               when a group defined on the alignment is resized
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1919               wrapped view result in positional status updates
1920             </li>
1921
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1924               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1928               alignment included gapped columns
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1932               widgets don't permanently disappear
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1936               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1937               T-Coffee column reliability scores)
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1941               sequence feature on gaps only
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1945               button from a Find inherit previously defined feature type
1946               rather than the Find query string
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1950               exporting tree calculated in Jalview
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1954               and then revealing them reorders sequences on the
1955               alignment
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1959               doesn't update to reflect available set of groups after
1960               interactively adding or modifying features
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1964               Linux
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1968               only excluded gaps in current sequence and ignored
1969               selection.
1970             </li>
1971           </ul>
1972           <em>Rendering</em>
1973           <ul>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1976               erratically when hidden rows or columns are present
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1980               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1981               sequence colouring
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1985               colour and group colour menu for protein alignments
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1989               reflect currently selected view or group's shading
1990               thresholds
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1994               when rendered on overview and structures when opacity at
1995               100%
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1999               overview when features overlaid on alignment
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2003               recovered correctly from Jalview project file
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2007               (automatically via preferences) are different to the main
2008               alignment panel
2009             </li>
2010           </ul>
2011           <em>Data import/export</em>
2012           <ul>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2015               load
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2019               added after a sequence was imported are not written to
2020               Stockholm File
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2024               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2028               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2032               with lightGray or darkGray via features file (but can
2033               specify lightgray)
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2037               when alignment view imported from project
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2041               structure and sequences extracted from structure files
2042               imported via URL and viewed in Jmol
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2046               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2047               the project is loaded and the structure viewed
2048             </li>
2049           </ul>
2050           <em>Web Services</em>
2051           <ul>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2054               release of Ensembl v.88
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2058               appear enabled in Preferences->Connections
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2062               removed from console output
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2066               Ensembl by Peptide ID
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2070               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2071               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2072               due to 'null' string rather than empty string used for
2073               residues with no corresponding PDB mapping).
2074             </li>
2075           </ul>
2076           <em>Application UI</em>
2077           <ul>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2080               menu
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2084               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2085               new documentation and tooltips added)
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2089               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2093               new features are added to alignment
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2097               changes to feature colours via the Amend features dialog
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2101               edit graduated feature colour via amend features dialog
2102               box
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2106               selection menu changes colours of alignment views
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2110               from alignment calculation workers after alignment has
2111               been closed
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2115               groups now 'Create Group'
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2119               Create/Undefine group doesn't always work
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2123               shown again after pressing 'Cancel'
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2127               adjusts start position in wrap mode
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2131               ambiguous amino acids
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2135               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2136               proteins
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2140               Defined' don't appear in Colours menu
2141             </li>
2142           </ul>
2143           <em>Applet</em>
2144           <ul>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2147               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2151               overview or linked structure view
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2155               work (since 2.8)
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2159               user-defined colourscheme doesn't restore original
2160               colourscheme
2161             </li>
2162           </ul>
2163           <em>Test Suite</em>
2164           <ul>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2167               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2171               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2172               problems with deep array comparison equality asserts in
2173               successive versions of TestNG
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2177               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2178             </li>
2179           </ul>
2180           <em>New Known Issues</em>
2181           <ul>
2182             <li>
2183               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2184               phase after a sequence motif find operation
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2188               containing just upper and lower case letters are
2189               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2193               reliably from eggnog Ortholog database
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2197               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2198               to mark columns containing highlighted regions.
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2202               doesn't always add secondary structure annotation.
2203             </li>
2204           </ul>
2205         </div>
2206     <tr>
2207       <td width="60" nowrap>
2208         <div align="center">
2209           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2210         </div>
2211       </td>
2212       <td><div align="left">
2213           <em>General</em>
2214           <ul>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2217               for all consensus calculations
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2221               3rd Oct 2016)
2222             </li>
2223             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2224               for 2016-2017</li>
2225           </ul>
2226           <em>Application</em>
2227           <ul>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2230               set of database cross-references, sorted alphabetically
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2234               from database cross references. Users with custom links
2235               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2236                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2240               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2241               Chimera session
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2245               the Chimera it is connected to is shut down
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2249               columns menu item to mark columns containing highlighted
2250               regions (e.g. from structure selections or results of a
2251               Find operation)
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2255               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2256               MSAviewer
2257             </li>
2258           </ul>
2259         </div></td>
2260       <td>
2261         <div align="left">
2262           <em>General</em>
2263           <ul>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2266               are not coloured or thresholded according to percent
2267               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2271               hydrophobic
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2275               threshold, amino acid properties)
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2279               reported as mapped to residues in a structure file in the
2280               View Mapping report
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2284               could be added multiple times to a sequence
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2288               bond features shown as two highlighted residues rather
2289               than a range in linked structure views, and treated
2290               correctly when selecting and computing trees from features
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2294               cross-references are matched to database name regardless
2295               of case
2296             </li>
2297
2298           </ul>
2299           <em>Application</em>
2300           <ul>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2303               names without regular expressions also offer links from
2304               Sequence ID
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2308               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2309               update Jalview configuration
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2313               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2317               files with similarly named sequences if dropped onto the
2318               alignment
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2322               entries where more chains exist in the PDB accession than
2323               are reported in the SIFTS file
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2327               the structure view when displayed with Chimera
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2331               panel's View->Show Chains submenu
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2335               work for wrapped alignment views
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2339               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2343               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2344               first annotation row
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2348               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2352               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2353             </li>
2354             <!-- JAL-2319 -->
2355             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2356             coordindate data
2357             </li>
2358           </ul>
2359           <!--           <em>New Known Issues</em>
2360           <ul>
2361             <li></li>
2362           </ul> -->
2363         </div>
2364       </td>
2365     </tr>
2366     <td width="60" nowrap>
2367       <div align="center">
2368         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2369           <em>25/10/2016</em></strong>
2370       </div>
2371     </td>
2372     <td><em>Application</em>
2373       <ul>
2374         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2375           view if structures already loaded</li>
2376         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2377           structure views</li>
2378       </ul></td>
2379     <td>
2380       <div align="left">
2381         <em>General</em>
2382         <ul>
2383           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2384             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2385           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2386             example sequences/projects/trees</li>
2387         </ul>
2388         <em>Application</em>
2389         <ul>
2390           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2391             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2392           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2393             without timeout for structures with multiple models or
2394             multiple sequences in alignment</li>
2395           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2396             PDB ID HEADER line</li>
2397           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2398             is performed</li>
2399           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2400             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2401           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2402           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2403             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2404             option</li>
2405           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2406             is created on the alignment</li>
2407           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2408             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2409             pop-up menu</li>
2410         </ul>
2411         <em>Build and deployment</em>
2412         <ul>
2413           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2414             tags</li>
2415         </ul>
2416         <em>New Known Issues</em>
2417         <ul>
2418           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2419             on Windows</li>
2420         </ul>
2421       </div>
2422     </td>
2423     </tr>
2424     <tr>
2425       <td width="60" nowrap>
2426         <div align="center">
2427           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2428         </div>
2429       </td>
2430       <td><em>General</em>
2431         <ul>
2432           <li>
2433             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2434           </li>
2435           <li>
2436             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2437             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2438             better PDB parsing.
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2442             reference sequence
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2446             mousing over sequence associated annotation
2447           </li>
2448           <li>
2449             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2450             for manual entry
2451           </li>
2452           <li>
2453             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2454             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2455             for each column
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2459             showing or hiding columns containing a feature
2460           </li>
2461           <li>
2462             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2463             group and sequence associated annotation labels
2464           </li>
2465           <li>
2466             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2467             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2468             dialogs
2469           </li>
2470
2471         </ul> <em>Application</em>
2472         <ul>
2473           <li>
2474             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2475             gene/transcript view
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2479             dialog
2480           </li>
2481           <li>
2482             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2483             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2484           </li>
2485           <li>
2486             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2487             Pfam sources to xfam.org
2488           </li>
2489           <li>
2490             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2494             over sequences in Jalview
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2498             regions in ENA and EMBL
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2502             for record retrieval via ENA rest API
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2506             complement operator
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2510             groovy script execution
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2514             alignment window's Calculate menu
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2518             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2522             calculation workers from groovy scripts
2523           </li>
2524           <li>
2525             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2526             Jalview projects
2527           </li>
2528           <li>
2529             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2530             associations are now saved/restored from project
2531           </li>
2532           <li>
2533             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2534             before sequence fetcher is opened
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2538             database chooser opens a sequence fetcher
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2542             the UniProt REST API
2543           </li>
2544           <li>
2545             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2546             the news reader opening
2547           </li>
2548           <li>
2549             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2550             querying stored in preferences
2551           </li>
2552           <li>
2553             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2554             search results
2555           </li>
2556           <li>
2557             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2561             menu for nucleotide sequences
2562           </li>
2563           <li>
2564             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2565             and feature counts preserves alignment ordering (and
2566             debugged for complex feature sets).
2567           </li>
2568           <li>
2569             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2570             viewing structures with Jalview 2.10
2571           </li>
2572           <li>
2573             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2574             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2575             Ensembl Genomes REST API
2576           </li>
2577           <li>
2578             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2579             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2580             (Ensembl)
2581           </li>
2582           <li>
2583             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2584             sequences
2585           </li>
2586           <li>
2587             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2588             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2589             data from external database records.
2590           </li>
2591           <li>
2592             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2593             efficient recovery of sequence coding and alignment
2594             annotation relationships.
2595           </li>
2596         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2597         <ul>
2598           <li>
2599             -- JAL---
2600           </li>
2601         </ul> --></td>
2602       <td>
2603         <div align="left">
2604           <em>General</em>
2605           <ul>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2608               menu on OSX
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2612               includes graduated colourschemes
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2616               working with big alignments and lots of hidden columns
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2620               at right of alignment window
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2624               contents
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2628               for DNA alignments
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2632               based tree calculation
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2636               unconserved enabled for group on alignment
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2640               set as reference
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2644               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2645               annotation
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2649               hidden columns present
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2653               user created annotation added to alignment
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2657               '()' base pair annotation
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2661               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2662               Consensus
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2666               feature not working
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2670               beginning of sequence
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2674               entry 3a6s
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2678               from a tree when t-coffee scores are shown
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2682               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2686               some structures
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2690               to Clustal, PIR and PileUp output
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2694               not visible causes alignment window to repaint
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2698               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2699               scores associated with features and annotation rows
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2703               calculation should be case independent
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2707               columns
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2711               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2712               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2716               problems when reference sequence defined and 'show
2717               non-conserved' enabled
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2721               load even when Consensus calculation is disabled
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2725               alignment does nothing
2726             </li>
2727           </ul>
2728           <em>Application</em>
2729           <ul>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2732               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2733               yet fixed for El Capitan)
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2737               output when running on non-gb/us i18n platforms
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2741               hidden sequences as flat-file alignment
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2745               launching Chimera
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2749               (also hotfix for 2.9.0b2)
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2753               reference sequence defined
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2757               alignments and views when revealing hidden columns
2758             </li>
2759             <li>
2760               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2761               view in a cDNA/Protein splitframe
2762             </li>
2763             <li>
2764               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2765               sequence from project when only one sequence is
2766               represented
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2770               in Structure Chooser
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2774               structure consensus didn't refresh annotation panel
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2778               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2782               dialogs format columns correctly, don't display array
2783               data, sort columns according to type
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2787               file chooser is cancelled during an image export
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2791               sequence name containing special characters
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2795               case insensitive
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2799               formatting don't wrap
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2803               truncated so L looks like I in consensus annotation
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2807               currently displayed features for the current selection or
2808               view
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2812               after fetching cross-references, and restoring from
2813               project
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2817               followed in the structure viewer
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2821               splitframe not restored from project
2822             </li>
2823             <li>
2824               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2825               trailing end of protein alignment in transcript/product
2826               splitview when pad-gaps not enabled by default
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2830               is case dependent
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2834               article has been read (reopened issue due to
2835               internationalisation problems)
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2839               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2840               cross-references
2841             </li>
2842
2843             <li>
2844               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2845               alignment as HTML
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2849               multiple structures are shown for one or more sequences.
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2853               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2854               is enabled.
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2858               specific PDB id for sequence
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2862               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2863               columns' is disabled.
2864             </li>
2865             <li>
2866               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2867               selects lowest rather than highest resolution structures
2868               for each sequence
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2872               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2873             </li>
2874             <li>
2875               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2876               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2877             </li>
2878             <li>
2879               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2880               after clicking on it to create new annotation for a
2881               column.
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2885               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2886             </li>
2887             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2888             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2889           </ul>
2890           <em>Applet</em>
2891           <ul>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2894               hidden columns present before start of sequence
2895             </li>
2896             <li>
2897               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2898               (JSON jars)
2899             </li>
2900             <li>
2901               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2902               sequences are hidden in applet
2903             </li>
2904             <li>
2905               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2906               deployment on examples pages.
2907             </li>
2908           </ul>
2909         </div>
2910       </td>
2911     </tr>
2912     <tr>
2913       <td width="60" nowrap>
2914         <div align="center">
2915           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2916             <em>16/10/2015</em></strong>
2917         </div>
2918       </td>
2919       <td><em>General</em>
2920         <ul>
2921           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2922             jars</li>
2923         </ul></td>
2924       <td>
2925         <div align="left">
2926           <em>Application</em>
2927           <ul>
2928             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2929               shown when tree is partitioned</li>
2930             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2931               multiple cDNA/Protein split views</li>
2932           </ul>
2933         </div>
2934       </td>
2935     </tr>
2936     <tr>
2937       <td width="60" nowrap>
2938         <div align="center">
2939           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2940             <em>8/10/2015</em></strong>
2941         </div>
2942       </td>
2943       <td><em>General</em>
2944         <ul>
2945           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2946             2.9</li>
2947         </ul> <em>Application</em>
2948         <ul>
2949           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2950           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2951           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2952         </ul> <em>Applet</em>
2953         <ul>
2954           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2955         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2956         <ul>
2957           <li>
2958             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2959             suite
2960           </li>
2961         </ul></td>
2962       <td>
2963         <div align="left">
2964           <em>General</em>
2965           <ul>
2966             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2967               incorrect when sequence start > 1</li>
2968             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2969               documentation</li>
2970             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2971             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2972               loading a features file containing HTML tags in feature
2973               description</li>
2974
2975           </ul>
2976           <em>Application</em>
2977           <ul>
2978             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2979               reimport</li>
2980             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2981               with 'trim retrieved sequences'</li>
2982             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2983               deleting selected columns</li>
2984             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2985               JNLP templates for webstart launch</li>
2986             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2987               unreleased structures for download or viewing</li>
2988             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2989               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2990             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2991               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2992             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2993               recovered from jalview project</li>
2994             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2995               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2996               alignment view</li>
2997             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2998               color schemes from BioJSON</li>
2999           </ul>
3000           <em>Applet</em>
3001           <ul>
3002             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3003               frame</li>
3004             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3005           </ul>
3006         </div>
3007       </td>
3008     </tr>
3009     <tr>
3010       <td><div align="center">
3011           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3012         </div></td>
3013       <td><em>General</em>
3014         <ul>
3015           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3016             alignments:
3017             <ul>
3018               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3019                 and DNA alignment views</li>
3020               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3021                 cDNA alignment views</li>
3022               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3023                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3024               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3025                 protein sequences</li>
3026             </ul>
3027           </li>
3028           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3029           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3030             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3031           <li>New alignment annotation file statements for
3032             reference sequences and marking hidden columns</li>
3033           <li>Reference sequence based alignment shading to
3034             highlight variation</li>
3035           <li>Select or hide columns according to alignment
3036             annotation</li>
3037           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3038           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3039             acid conservation row</li>
3040           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3041         </ul> <em>Application</em>
3042         <ul>
3043           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3044             <ul>
3045               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3046                 view with cDNA/Protein</li>
3047               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3048                 sequences are placed in the same alignment</li>
3049               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3050                 projects</li>
3051             </ul>
3052           </li>
3053
3054           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3055           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3056             Jalview windows</li>
3057
3058           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3059           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3060           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3061             be shown in VARNA</li>
3062
3063           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3064             as the active selected region</li>
3065
3066           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3067             similarity</li>
3068           <li>New Export options
3069             <ul>
3070               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3071                 region export in flat file generation</li>
3072
3073               <li>Export alignment views for display with the <a
3074                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3075
3076               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3077               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3078                 alignment figures to HTML</li>
3079           </li>
3080           <li>3D structure retrieval and display
3081             <ul>
3082               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3083                 Search API</li>
3084               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3085                 PDB structures for a sequence set</li>
3086             </ul>
3087           </li>
3088
3089           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3090             predictions</li>
3091           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3092             for one or a group of sequences</li>
3093           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3094             from the JPred4 web server</li>
3095           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3096             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3097             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3098           </li>
3099           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3100             VARNA 2D Structure'</li>
3101           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3102             Structure ..."</li>
3103
3104         </ul> <em>Applet</em>
3105         <ul>
3106           <li>New layout for applet example pages</li>
3107           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3108             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3109           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3110             Protein alignments</li>
3111         </ul> <em>Development and deployment</em>
3112         <ul>
3113           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3114           <li>Include installation type and git revision in build
3115             properties and console log output</li>
3116           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3117             storing BioJsMSA Templates</li>
3118           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3119         </ul></td>
3120       <td>
3121         <!-- <em>General</em>
3122         <ul>
3123         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3124         <ul>
3125           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3126           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3127           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3128             predictions are not highlighted in amber</li>
3129           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3130             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3131           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3132             associated structure views</li>
3133           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3134             width checkbox not enabled</li>
3135           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3136             creating user defined colours</li>
3137           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3138             mappings for just that viewer's sequences</li>
3139           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3140             multiple models in Chimera</li>
3141           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3142             over Jmol structure</li>
3143           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3144             output to text box</li>
3145           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3146             have incorrect sequence start/end</li>
3147           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3148             Jalview fails</li>
3149           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3150             work for nucleotide</li>
3151           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3152             to a grey/invisible alignment window</li>
3153           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3154             imports to different position</li>
3155           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3156             on some platforms</li>
3157           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3158             populated</li>
3159           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3160             console if Chimera has been opened</li>
3161           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3162           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3163             retrieved</li>
3164           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3165           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3166             either sequence shows on first structure</li>
3167           <li>'Show annotations' options should not make
3168             non-positional annotations visible</li>
3169           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3170             in right place after 'view flanking regions'</li>
3171           <li>File Save As type unset when current file format is
3172             unknown</li>
3173           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3174             projects</li>
3175           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3176             responsive</li>
3177           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3178             several views on same alignment</li>
3179           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3180           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3181             spaces</li>
3182         </ul> <em>Applet</em>
3183         <ul>
3184           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3185           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3186             descriptions containing angle brackets</li>
3187         </ul> <em>General</em>
3188         <ul>
3189           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3190             via jalview annotation file</li>
3191           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3192             with RNA secondary structure</li>
3193           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3194             translation doesn't work.</li>
3195           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3196           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3197             positions</li>
3198           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3199             choosing 1pt font</li>
3200           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3201             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3202             'h'</li>
3203           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3204             new feature</li>
3205           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3206             order dependent</li>
3207           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3208             sequences</li>
3209           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3210         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3211         <ul>
3212           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3213             www.jalview.org</li>
3214         </ul> <em>Application Known issues</em>
3215         <ul>
3216           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3217           <li>Misleading message appears after trying to delete
3218             solid column.</li>
3219           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3220             version launches</li>
3221           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3222             fails with a sequence mismatch</li>
3223           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3224             scrolling alignment to right</li>
3225           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3226             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3227           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3228             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3229           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3230             ultra-high resolution</li>
3231           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3232             quality and conservation</li>
3233           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3234             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3235         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3236         <ul>
3237           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3238           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3239             window is being resized</li>
3240
3241         </ul>
3242       </td>
3243     </tr>
3244     <tr>
3245       <td><div align="center">
3246           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3247         </div></td>
3248       <td><em>General</em>
3249         <ul>
3250           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3251             Certum.PL.</li>
3252           <li>Features and annotation preserved when performing
3253             pairwise alignment</li>
3254           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3255             imported/exported/displayed</li>
3256           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3257             protein secondary structure</li>
3258           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3259               post-hoc with 2.9 release</em>)
3260           </li>
3261
3262         </ul> <em>Application</em>
3263         <ul>
3264           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3265             with 3D structures</li>
3266           <li>Support for parsing RNAML</li>
3267           <li>Annotations menu for layout
3268             <ul>
3269               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3270               <li>place sequence annotation above/below alignment
3271                 annotation</li>
3272             </ul>
3273           <li>Output in Stockholm format</li>
3274           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3275             translation</li>
3276           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3277           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3278             shared between alignments</li>
3279           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3280             Jalview</li>
3281           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3282             all or current selection</li>
3283           <li>disorder and secondary structure predictions
3284             available as dataset annotation</li>
3285           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3286
3287
3288           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3289             alignments from Rfam</li>
3290           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3291
3292           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3293             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3294           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3295           <li>include installation type in build properties and
3296             console log output</li>
3297           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3298             annotation</li>
3299         </ul></td>
3300       <td>
3301         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3302         <ul>
3303           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3304             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3305           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3306             alignment</li>
3307           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3308           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3309           <li>Double click on sequence associated annotation
3310             selects only first column</li>
3311           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3312             leaves shown in tree</li>
3313           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3314             properly</li>
3315           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3316           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3317             screen and buttons not visible</li>
3318           <li>author list isn't updated if already written to
3319             Jalview properties</li>
3320           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3321             from database</li>
3322           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3323           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3324             browser search window</li>
3325           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3326             in feature settings dialog</li>
3327           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3328             desktop</li>
3329           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3330             pass validation</li>
3331           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3332             fit on screen</li>
3333           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3334             tooltip</li>
3335           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3336             defined user preset</li>
3337           <li>MSA web services warns user if they were launched
3338             with invalid input</li>
3339           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3340             Java 8</li>
3341           <li>
3342             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3343             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3344             created
3345           </li>
3346
3347         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3348         <ul>
3349         </ul> <em>General</em>
3350         <ul>
3351         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3352         <ul>
3353           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3354             memory allocation</li>
3355           <li>launchApp service doesn't automatically open
3356             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3357           <li>
3358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3359             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3360             1.7_055 is available
3361           </li>
3362         </ul> <em>Application Known issues</em>
3363         <ul>
3364           <li>
3365             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3366             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3367             alignment to right
3368           </li>
3369           <li>
3370             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3371             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3372             with large number of ID
3373           </li>
3374           <li>
3375             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3376             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3377             start/end
3378           </li>
3379           <li>
3380             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3381             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3382             structure tracks are rearranged
3383           </li>
3384           <li>
3385             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3386             invalid rna structure positional highlighting does not
3387             highlight position of invalid base pairs
3388           </li>
3389           <li>
3390             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3391             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3392             project from alignment window file menu
3393           </li>
3394           <li>
3395             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3396             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3397             structures
3398           </li>
3399           <li>
3400             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3401             colour by RNA Helices not enabled when user created
3402             annotation added to alignment
3403           </li>
3404           <li>
3405             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3406             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3407           </li>
3408         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3409         <ul>
3410           <li>
3411             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3412             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3413           </li>
3414           <li>
3415             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3416             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3417           </li>
3418
3419           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3420             when selected</li>
3421         </ul>
3422       </td>
3423     </tr>
3424     <tr>
3425       <td><div align="center">
3426           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3427         </div></td>
3428       <td>
3429         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3430         <em>General</em>
3431         <ul>
3432           <li>Internationalisation of user interface (usually
3433             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3434           <li>Define/Undefine group on current selection with
3435             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3436           <li>Improved group creation/removal options in
3437             alignment/sequence Popup menu</li>
3438           <li>Sensible precision for symbol distribution
3439             percentages shown in logo tooltip.</li>
3440           <li>Annotation panel height set according to amount of
3441             annotation when alignment first opened</li>
3442         </ul> <em>Application</em>
3443         <ul>
3444           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3445             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3446           <li>Select columns containing particular features from
3447             Feature Settings dialog</li>
3448           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3449             sequences</li>
3450           <li>Update Jalview project format:
3451             <ul>
3452               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3453               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3454                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3455               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3456                 colouring</li>
3457             </ul>
3458           </li>
3459           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3460             (PAM250)</li>
3461           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3462             flanking regions for an alignment</li>
3463         </ul>
3464       </td>
3465       <td>
3466         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3467         <ul>
3468           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3469             running after job is cancelled</li>
3470           <li>cannot export features from alignments imported from
3471             Jalview/VAMSAS projects</li>
3472           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3473             float values</li>
3474           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3475             have 'display all symbols' flag set</li>
3476           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3477             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3478           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3479             Jalview</li>
3480           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3481             Lion/Webstart</li>
3482           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3483           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3484           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3485             alignment onto desktop</li>
3486           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3487             'extract scores' function</li>
3488           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3489             alignment window</li>
3490           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3491             performing IUPred disorder prediction</li>
3492           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3493             changing 'normalise logo' display setting</li>
3494           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3495             nothing matches query</li>
3496           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3497             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3498           </li>
3499           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3500             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3501           </li>
3502           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3503             Jalview's menu</li>
3504           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3505             'invalid literal/length code'</li>
3506           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3507             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3508           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3509             colourscheme</li>
3510
3511         </ul> <em>Applet</em>
3512         <ul>
3513           <li>Remove group option is shown even when selection is
3514             not a group</li>
3515           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3516             don't affect groups</li>
3517           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3518             colourscheme name</li>
3519           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3520             Annotation panel is not displayed</li>
3521           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3522             embedded windows</li>
3523         </ul> <em>Other</em>
3524         <ul>
3525           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3526             single sequence were not calculated</li>
3527           <li>annotation files that contain only groups imported as
3528             annotation and junk sequences</li>
3529           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3530             recognised as PFAM or BLC</li>
3531           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3532             doesn't affect background (2.8.0b1)
3533           <li></li>
3534           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3535           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3536             trailing gaps</li>
3537           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3538             registered correctly on import</li>
3539           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3540             certain alignments</li>
3541           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3542             existing annotation based 'use original colours'
3543             colourscheme loses original colours setting</li>
3544         </ul>
3545       </td>
3546     </tr>
3547     <tr>
3548       <td><div align="center">
3549           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3550             <em>30/1/2014</em></strong>
3551         </div></td>
3552       <td>
3553         <ul>
3554           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3555             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3556             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3557             open source project).
3558           </li>
3559           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3560           <li>Output in Stockholm format</li>
3561           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3562           <li>Export/import group and sequence associated line
3563             graph thresholds</li>
3564           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3565             ambiguity codes</li>
3566           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3567             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3568             works</li>
3569           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3570         </ul> <em>Other improvements</em>
3571         <ul>
3572           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3573           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3574             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3575           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3576             files</li>
3577           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3578           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3579             link but no description</li>
3580           <li>Select primary source when selecting authority in
3581             database fetcher GUI</li>
3582           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3583             Jalview</li>
3584           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3585         </ul>
3586       </td>
3587       <td>
3588         <ul>
3589           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3590             displayed</li>
3591           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3592             secondary structure annotation line</li>
3593           <li>Sequence database accessions not imported when
3594             fetching alignments from Rfam</li>
3595           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3596             identical IDs</li>
3597           <li>View all structures does not always superpose
3598             structures</li>
3599           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3600             reflect user or preset settings</li>
3601           <li>Null pointer exceptions for some services without
3602             presets or adjustable parameters</li>
3603           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3604             discover PDB xRefs</li>
3605           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3606             features with DAS</li>
3607           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3608             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3609           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3610             residue follows a gap</li>
3611           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3612             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3613           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3614             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3615           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3616             annotation already exists on alignment</li>
3617           <li>oninit javascript function should be called after
3618             initialisation completes</li>
3619           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3620             alignment window display</li>
3621           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3622           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3623             to annotation file</li>
3624           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3625             groups created</li>
3626           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3627             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3628           <li>Pressing return several times causes Number Format
3629             exceptions in keyboard mode</li>
3630           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3631             correct partitions for input data</li>
3632           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3633           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3634           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3635           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3636             mode</li>
3637           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3638             changes one row&#39;s threshold</li>
3639           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3640             doesn&#39;t open</li>
3641           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3642             quality histograms</li>
3643         </ul>
3644       </td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td><div align="center">
3648           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3649         </div></td>
3650       <td><em>Application</em>
3651         <ul>
3652           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3653             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3654           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3655             preferences</li>
3656           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3657             in Jalview alignment window</li>
3658           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3659             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3660           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3661             RNA and ambiguity codes</li>
3662
3663           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3664           <li>Support fetching and database reference look up
3665             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3666             refs')</li>
3667           <li>Jalview project improvements
3668             <ul>
3669               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3670                 flag for annotation</li>
3671               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3672                 alignment</li>
3673               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3674                 Jalview project</li>
3675
3676             </ul>
3677           </li>
3678           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3679           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3680             running</li>
3681           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3682           <li>visual indication that web service results are still
3683             being retrieved from server</li>
3684           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3685             starts up for first time</li>
3686           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3687             services</li>
3688           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3689             client library</li>
3690           <li>Examples directory and Groovy library included in
3691             InstallAnywhere distribution</li>
3692         </ul> <em>Applet</em>
3693         <ul>
3694           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3695             visualization applet example</li>
3696         </ul> <em>General</em>
3697         <ul>
3698           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3699           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3700             defaults</li>
3701           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3702             calculation</li>
3703           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3704             matrices
3705           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3706             in HTML</li>
3707           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3708             structure contacts</li>
3709           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3710           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3711           <li>Parse sequence associated secondary structure
3712             information in Stockholm files</li>
3713           <li>HTML Export database accessions and annotation
3714             information presented in tooltip for sequences</li>
3715           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3716             style RNA alignment files</li>
3717           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3718             alignment</li>
3719           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3720             shade each sequence according to its associated alignment
3721             annotation</li>
3722           <li>New Jalview Logo</li>
3723         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3724         <ul>
3725           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3726           <li>New Website!</li>
3727         </ul></td>
3728       <td><em>Application</em>
3729         <ul>
3730           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3731             wsdbfetch REST service</li>
3732           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3733           <li>Filetype associations not installed for webstart
3734             launch</li>
3735           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3736             job execution in full once it is complete</li>
3737           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3738             uploaded via ali_file parameter</li>
3739           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3740           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3741           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3742             submitted for prediction</li>
3743           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3744             desktop window</li>
3745           <li>Putting fractional value into integer text box in
3746             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3747           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3748             windows 7</li>
3749           <li>View all structures fails with exception shown in
3750             structure view</li>
3751           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3752             escaped in a platform independent way</li>
3753           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3754             using proxy</li>
3755           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3756             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3757           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3758             failure when java web start temporary file caching is
3759             disabled</li>
3760           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3761             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3762           <li>Errors during processing of command line arguments
3763             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3764           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3765             DAS sources in sequence fetcher</li>
3766           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3767             dialog is shown</li>
3768           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3769           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3770           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3771           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3772             on OSX Mountain Lion</li>
3773           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3774             sequences with alignment annotation are pasted into the
3775             alignment</li>
3776           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3777             when loaded from Jalview project</li>
3778           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3779           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3780             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3781           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3782             associated with all views</li>
3783           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3784             annotation rows to new window</li>
3785         </ul> <em>Applet</em>
3786         <ul>
3787           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3788             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3789           <li>loading features via javascript API automatically
3790             enables feature display</li>
3791           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3792             work</li>
3793         </ul> <em>General</em>
3794         <ul>
3795           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3796           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3797             and then deselected</li>
3798           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3799           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3800             coloured with clustalx</li>
3801           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3802             exceptions and redraw errors</li>
3803           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3804             reconfigured view</li>
3805           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3806             colour</li>
3807           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3808             for lots of labels</li>
3809         </ul>
3810     </tr>
3811     <tr>
3812       <td>
3813         <div align="center">
3814           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3815         </div>
3816       </td>
3817       <td><em>Application</em>
3818         <ul>
3819           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3820           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3821           <li>View/alignment association menu to enable user to
3822             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3823             its colours/correspondences from</li>
3824           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3825           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3826             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3827           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3828           <li>Annotation row column label formatting attributes
3829             stored in project file</li>
3830           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3831             rows preserved in Jalview project file</li>
3832           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3833             saved using Desktop window menu</li>
3834           <li>Visual indication that command line arguments are
3835             still being processed</li>
3836           <li>Groovy script execution from URL</li>
3837           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3838             preferences</li>
3839           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3840             alignment with sequences that have high similarity and
3841             matching IDs</li>
3842           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3843           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3844             structures in same window</li>
3845           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3846           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3847             analysis function in its own submenu</li>
3848         </ul> <em>Applet</em>
3849         <ul>
3850           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3851             groups</li>
3852           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3853           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3854           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3855           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3856           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3857             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3858           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3859           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3860             parameters are treated as such</li>
3861           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3862             <ul>
3863               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3864               <li>Javascript callbacks for
3865                 <ul>
3866                   <li>Applet initialisation</li>
3867                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3868                 </ul>
3869               </li>
3870               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3871                 functions</li>
3872               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3873               <li>javascript structure viewer harness to pass
3874                 messages between Jmol and Jalview when running as
3875                 distinct applets</li>
3876               <li>sortBy method</li>
3877               <li>Set of applet and application examples shipped
3878                 with documentation</li>
3879               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3880                 javascript message exchange</li>
3881             </ul>
3882         </ul> <em>General</em>
3883         <ul>
3884           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3885             multiple alignments</li>
3886           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3887           <li>User configurable link to enable redirects to a
3888             www.Jalview.org mirror</li>
3889           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3890           <li>Configurable newline string when writing alignment
3891             and other flat files</li>
3892           <li>Allow alignment annotation description lines to
3893             contain html tags</li>
3894         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3895         <ul>
3896           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3897             examples</li>
3898           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3899             using a web service before displaying the result in the
3900             Jalview desktop</li>
3901           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3902           <li>Ant target to publish example html files with applet
3903             archive</li>
3904           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3905           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3906         </ul></td>
3907       <td><em>Application</em>
3908         <ul>
3909           <li>User defined colourscheme throws exception when
3910             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3911           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3912             dialog for valid filename/format</li>
3913           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3914           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3915             P37173</li>
3916           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3917             which sequence is to be associated with the file</li>
3918           <li>Find All raises null pointer exception when query
3919             only matches sequence IDs</li>
3920           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3921           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3922             2.4 cannot be loaded</li>
3923           <li>Filetype associations not installed for webstart
3924             launch</li>
3925           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3926             with sequences in different alignments do not get coloured
3927             by their associated sequence</li>
3928           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3929             not preserved when project is loaded</li>
3930           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3931             stored in Jalview project</li>
3932           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3933             Jalview project</li>
3934           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3935           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3936             by conservation</li>
3937           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3938             created on new view</li>
3939           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3940             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3941           <li>Alignment quality not updated after alignment
3942             annotation row is hidden then shown</li>
3943           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3944             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3945           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3946             properly</li>
3947           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3948             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3949           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3950           <li>Structures imported from file and saved in project
3951             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3952           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3953             job execution in full once it is complete</li>
3954         </ul> <em>Applet</em>
3955         <ul>
3956           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3957             annotation rows are displayed</li>
3958           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3959             codebase</li>
3960           <li>View follows highlighting does not work for positions
3961             in sequences</li>
3962           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3963           <li>Export features raises exception when no features
3964             exist</li>
3965           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3966             for javascript api is modified when separator string
3967             provided as parameter</li>
3968           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3969             alignment with no existing selection</li>
3970           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3971             to applet&#39;s codebase</li>
3972           <li>Status bar not updated after finished searching and
3973             search wraps around to first result</li>
3974           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3975             several Jalview applets causes race conditions and memory
3976             leaks</li>
3977           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3978             not sent from Jmol in applet</li>
3979           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3980             applet API fatally hang browser</li>
3981         </ul> <em>General</em>
3982         <ul>
3983           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3984             position with wrapped view and hidden regions</li>
3985           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3986             with/without hidden columns</li>
3987           <li>Sequence length given in alignment properties window
3988             is off by 1</li>
3989           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3990             import PDB like structure files</li>
3991           <li>Positional search results are only highlighted
3992             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3993           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3994           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3995             given sequence position</li>
3996           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3997             output</li>
3998           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3999             from nucleotide chains correctly</li>
4000           <li>Structure colours not updated when tree partition
4001             changed in alignment</li>
4002           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4003             parsed in interleaved stockholm</li>
4004           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4005             state</li>
4006           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4007             properly</li>
4008           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4009             properly associated with their pdb files</li>
4010         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4011         <ul>
4012           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4013             ApplyCopyright tool</li>
4014         </ul></td>
4015     </tr>
4016     <tr>
4017       <td>
4018         <div align="center">
4019           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4020         </div>
4021       </td>
4022       <td><em>Application</em>
4023         <ul>
4024           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4025             contact web services</li>
4026           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4027             service job window</li>
4028           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4029         </ul></td>
4030       <td>
4031         <ul>
4032           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4033             pir file emitted by Jalview</li>
4034           <li>Existing feature settings transferred to new
4035             alignment view created from cut'n'paste</li>
4036           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4037             parsing PDB files</li>
4038           <li>Consensus and conservation annotation rows
4039             occasionally become blank for all new windows</li>
4040           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4041             in wrapped view mode</li>
4042         </ul> <em>Application</em>
4043         <ul>
4044           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4045             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4046           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4047             parameter names</li>
4048           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4049             is down</li>
4050         </ul>
4051       </td>
4052     </tr>
4053     <tr>
4054       <td>
4055         <div align="center">
4056           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4057         </div>
4058       </td>
4059       <td><em>Application</em>
4060         <ul>
4061           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4062             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4063             (JABAWS)
4064           </li>
4065           <li>Web Services preference tab</li>
4066           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4067             preferences</li>
4068           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4069           <li>Superpose structures using associated sequence
4070             alignment</li>
4071           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4072             viewer</li>
4073         </ul> <em>Applet</em>
4074         <ul>
4075           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4076             link out mechanism</li>
4077         </ul> <em>Other</em>
4078         <ul>
4079           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4080             series 12</li>
4081           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4082             require Java 1.5</li>
4083           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4084             sequence annotation files</li>
4085           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4086             type colour specification</li>
4087           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4088             script to check if it being run in an interactive session or
4089             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4090         </ul></td>
4091       <td>
4092         <ul>
4093           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4094             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4095         </ul> <em>Application</em>
4096         <ul>
4097           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4098             selected Regions menu item</li>
4099           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4100             part of a valid accession ID</li>
4101           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4102             runs out of memory</li>
4103           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4104             analysis results</li>
4105           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4106             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4107           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4108         </ul> <em>Applet</em>
4109         <ul>
4110           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4111             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4112             defined.</li>
4113         </ul>
4114       </td>
4115     </tr>
4116     <tr>
4117       <td>
4118         <div align="center">
4119           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4120         </div>
4121       </td>
4122       <td></td>
4123       <td>
4124         <ul>
4125           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4126             sequence IDs</li>
4127           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4128             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4129           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4130             import correctly</li>
4131           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4132             number of columns are hidden</li>
4133           <li>annotation label popup menu not providing correct
4134             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4135             present</li>
4136           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4137             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4138           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4139             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4140
4141         </ul> <em>Applet</em>
4142         <ul>
4143           <li>annotation panel disappears when annotation is
4144             hidden/removed</li>
4145         </ul> <em>Application</em>
4146         <ul>
4147           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4148             alignment opened where annotation panel is visible but no
4149             annotations are present on alignment</li>
4150           <li>pasted region containing hidden columns is
4151             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4152           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4153             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4154           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4155             selected Rregions menu item.</li>
4156           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4157             'Un' or 'Non'conserved</li>
4158           <li>Sequence feature settings are being shared by
4159             multiple distinct alignments</li>
4160           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4161             changed</li>
4162           <li>double click on group annotation to select sequences
4163             does not propagate to associated trees</li>
4164           <li>Mac OSX specific issues:
4165             <ul>
4166               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4167                 window background</li>
4168               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4169                 name set correctly</li>
4170               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4171                 save feature colourscheme button</li>
4172             </ul>
4173           </li>
4174         </ul>
4175       </td>
4176     </tr>
4177     <tr>
4178
4179       <td>
4180         <div align="center">
4181           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4182         </div>
4183       </td>
4184       <td><em>New Capabilities</em>
4185         <ul>
4186           <li>URL links generated from description line for
4187             regular-expression based URL links (applet and application)
4188
4189           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4190             menu</li>
4191           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4192             structures</li>
4193           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4194             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4195           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4196             average score or total feature count for each sequence.</li>
4197           <li>Shading features by score or associated description</li>
4198           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4199             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4200           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4201             hide everything but the currently selected region.</li>
4202           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4203         </ul> <em>Application</em>
4204         <ul>
4205           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4206             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4207           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4208             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4209           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4210             database references and protein_name is parsed as
4211             description line (BioSapiens terms).</li>
4212           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4213             references in sequence ID tooltip from View menu in
4214             application.</li>
4215           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4216       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4217           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4218             conservation plots</li>
4219           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4220             and visualized as sequence logos</li>
4221           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4222             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4223           </li>
4224           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4225             when a new tree is opened.</li>
4226           <li>Jalview Java Console</li>
4227           <li>Better placement of desktop window when moving
4228             between different screens.</li>
4229           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4230             consensus annotation</li>
4231           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4232             Workflows</li>
4233           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4234             <ul>
4235               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4236                 used to preserve views, structures, and tree display
4237                 settings)</li>
4238               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4239                 command line</li>
4240               <li>Sharing of selected regions between views and
4241                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4242               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4243             </ul></li>
4244         </ul> <em>Applet</em>
4245         <ul>
4246           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4247           <li>New Parameters
4248             <ul>
4249               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4250                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4251                 opened.</li>
4252               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4253                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4254               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4255                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4256               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4257                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4258                 view</li>
4259               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4260                 increase the height or width of a cell in the alignment
4261                 grid relative to the current font size.</li>
4262             </ul>
4263           </li>
4264           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4265             tooltip</li>
4266         </ul> <em>Other</em>
4267         <ul>
4268           <li>Features format: graduated colour definitions and
4269             specification of feature scores</li>
4270           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4271             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4272             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4273           <li>XML formats extended to support graduated feature
4274             colourschemes, group associated annotation, and profile
4275             visualization settings.</li></td>
4276       <td>
4277         <ul>
4278           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4279             rather than description</li>
4280           <li>Non-positional features are now included in sequence
4281             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4282             visibility in tooltip).</li>
4283           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4284           <li>Added URL embedding instructions to features file
4285             documentation.</li>
4286           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4287             'X' in peptide product</li>
4288           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4289             sequence ID and sequence string and query strings do not
4290             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4291           <li>AMSA files only contain first column of
4292             multi-character column annotation labels</li>
4293           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4294             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4295             exported and re-imported)</li>
4296           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4297             name</li>
4298           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4299             as subsequence matches, and correctly reports total number
4300             of both.</li>
4301           <li>Application:
4302             <ul>
4303               <li>Better handling of exceptions during sequence
4304                 retrieval</li>
4305               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4306                 link text excludes the start_end suffix</li>
4307               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4308                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4309               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4310               <li>Sequence description lines properly shared via
4311                 VAMSAS</li>
4312               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4313                 data sources</li>
4314               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4315                 completes before alignment figures are generated.</li>
4316               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4317                 first time.</li>
4318               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4319                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4320               <li>User defined group colours properly recovered
4321                 from Jalview projects.</li>
4322             </ul>
4323           </li>
4324         </ul>
4325       </td>
4326
4327     </tr>
4328     <tr>
4329       <td>
4330         <div align="center">
4331           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4332         </div>
4333       </td>
4334       <td>
4335         <ul>
4336           <li>Experimental support for google analytics usage
4337             tracking.</li>
4338           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4339         </ul>
4340       </td>
4341       <td>
4342         <ul>
4343           <li>Race condition in applet preventing startup in
4344             jre1.6.0u12+.</li>
4345           <li>Exception when feature created from selection beyond
4346             length of sequence.</li>
4347           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4348           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4349             all sequences with a given id</li>
4350           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4351             ID string searches</li>
4352           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4353             alignment to fail with exception</li>
4354         </ul> <em>Application Issues</em>
4355         <ul>
4356           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4357           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4358             data sources</li>
4359         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4360         <ul>
4361           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4362             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4363           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4364             version (java class versioning error fixed)</li>
4365         </ul>
4366       </td>
4367     </tr>
4368     <tr>
4369       <td>
4370
4371         <div align="center">
4372           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4373         </div>
4374       </td>
4375       <td><em>User Interface</em>
4376         <ul>
4377           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4378             translation and protein products</li>
4379           <li>Linked highlighting of structure associated with
4380             residue mapping to codon position</li>
4381           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4382             and 'clear' button</li>
4383           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4384             Tools menu</li>
4385           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4386             numeric data in description line</li>
4387           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4388           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4389             of sequence</li>
4390         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4391         <ul>
4392           <li>JPred3 web service</li>
4393           <li>Prototype sequence search client (no public services
4394             available yet)</li>
4395           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4396             PFAM</li>
4397           <li>URL Links created for matching database cross
4398             references as well as sequence ID</li>
4399           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4400         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4401         <ul>
4402           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4403             databases</li>
4404           <li>Generalised database reference retrieval and
4405             validation to all fetchable databases</li>
4406           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4407             sequence command</li>
4408         </ul> <em>Import and Export</em>
4409         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4410         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4411           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4412         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4413           File</li>
4414         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4415           triplet as name of colourscheme</li>
4416         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4417         <ul>
4418           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4419           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4420             alignments (experimental)</li>
4421           <li>Create new or select existing session to join</li>
4422           <li>load and save of vamsas documents</li>
4423         </ul> <em>Application command line</em>
4424         <ul>
4425           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4426             from applet)</li>
4427           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4428             of DAS servers to query for alignment features</li>
4429           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4430             that are also automatically queried for features</li>
4431           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4432             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4433         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4434         <ul>
4435           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4436             application (when using &quot;View in full
4437             application&quot;)</li>
4438         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4439         <ul>
4440           <li>feature group display control parameter</li>
4441           <li>debug parameter</li>
4442           <li>showbutton parameter</li>
4443         </ul> <em>Applet API methods</em>
4444         <ul>
4445           <li>newView public method</li>
4446           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4447           <li>Feature display control methods</li>
4448           <li>get list of currently selected sequences</li>
4449         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4450         <ul>
4451           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4452           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4453             Jalview release.</li>
4454           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4455             property controls execution of obfuscator</li>
4456           <li>Build target for generating source distribution</li>
4457           <li>Debug flag for javacc</li>
4458           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4459             jalview.bin.Cache</li>
4460           <li>Continuous Build Integration for stable and
4461             development version of Application, Applet and source
4462             distribution</li>
4463         </ul></td>
4464       <td>
4465         <ul>
4466           <li>selected region output includes visible annotations
4467             (for certain formats)</li>
4468           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4469             for editing</li>
4470           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4471           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4472           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4473           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4474             comments</li>
4475           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4476             filenames containing a ':'</li>
4477           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4478             global sequence features</li>
4479           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4480             references from alignment sequences goes to zero</li>
4481           <li>Close of tree branch colour box without colour
4482             selection causes cascading exceptions</li>
4483           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4484           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4485             file parsing fails.</li>
4486           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4487           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4488             not a valid output format</li>
4489           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4490             vamsas</li>
4491           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4492           <li>error messages passed up and output when data read
4493             fails</li>
4494           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4495             sequence is edited</li>
4496           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4497             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4498           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4499             filetype</li>
4500           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4501             import fixed for PFAM records</li>
4502           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4503             window list</li>
4504           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4505             can be read and written correctly to annotation file</li>
4506           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4507             correctly</li>
4508           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4509             non-italic font for representatives in Applet</li>
4510           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4511             Macs.</li>
4512           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4513             Applet)</li>
4514           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4515             due to null pointer exceptions</li>
4516           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4517             first column of alignment</li>
4518           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4519             July 2008</li>
4520           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4521             file is case-insensitive</li>
4522           <li>Sequence features read from Features file appended to
4523             all sequences with matching IDs</li>
4524           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4525             containing a sub-sequence</li>
4526           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4527           <li>feature and annotation file applet parameters
4528             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4529           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4530           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4531             splash-screen version check to complete</li>
4532           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4533             when passing them to the launchApp service</li>
4534           <li>display name and local features preserved in results
4535             retrieved from web service</li>
4536           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4537             sequence fetcher initialisation</li>
4538           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4539             dasobert DAS client</li>
4540           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4541             association</li>
4542           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4543             sequences
4544           </li>
4545         </ul>
4546       </td>
4547     </tr>
4548     <tr>
4549       <td>
4550         <div align="center">
4551           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4552         </div>
4553       </td>
4554       <td>
4555         <ul>
4556           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4557           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4558           <li>Slide sequences</li>
4559           <li>Edit sequence in place</li>
4560           <li>EMBL CDS features</li>
4561           <li>DAS Feature mapping</li>
4562           <li>Feature ordering</li>
4563           <li>Alignment Properties</li>
4564           <li>Annotation Scores</li>
4565           <li>Sort by scores</li>
4566           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4567         </ul>
4568       </td>
4569       <td>
4570         <ul>
4571           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4572           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4573           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4574           <li>Feature group display state in XML</li>
4575           <li>Feature ordering in XML</li>
4576           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4577           <li>Stockholm alignment properties</li>
4578           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4579           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4580           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4581           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4582         </ul>
4583       </td>
4584
4585     </tr>
4586     <tr>
4587       <td>
4588         <div align="center">
4589           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4590         </div>
4591       </td>
4592       <td>
4593         <ul>
4594           <li>Non standard characters can be read and displayed
4595           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4596             applet via textbox
4597           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4598             name &amp; description
4599           <li>Preference setting to display sequence name in
4600             italics
4601           <li>Annotation file format extended to allow
4602             Sequence_groups to be defined
4603           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4604             specified in preferences
4605           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4606             sequences
4607         </ul>
4608       </td>
4609       <td>
4610         <ul>
4611           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4612             installed
4613           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4614           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4615         </ul>
4616       </td>
4617     </tr>
4618     <tr>
4619       <td>
4620         <div align="center">
4621           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4622         </div>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>Multiple views on alignment
4627           <li>Sequence feature editing
4628           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4629           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4630           <li>Background dependent text colour
4631           <li>Right align sequence ids
4632           <li>User-defined lower case residue colours
4633           <li>Format Menu
4634           <li>Select Menu
4635           <li>Menu item accelerator keys
4636           <li>Control-V pastes to current alignment
4637           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4638           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4639           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4640
4641           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4642         </ul>
4643       </td>
4644       <td>
4645         <ul>
4646           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4647           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4648             calculations
4649           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4650             edits
4651           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4652             of alignment)
4653           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4654
4655           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4656             display correctly
4657           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4658           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4659             analysis results
4660           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4661             &#8739;
4662           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4663           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4664           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4665
4666         </ul>
4667       </td>
4668     </tr>
4669     <tr>
4670       <td>
4671         <div align="center">
4672           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4673         </div>
4674       </td>
4675       <td>
4676         <ul>
4677           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4678         </ul>
4679       </td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4683             sequence id panel has been resized</li>
4684           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4685             rendered</li>
4686           <li>Annotation files with sequence references - all
4687             elements in file are relative to sequence position</li>
4688           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4689         </ul>
4690       </td>
4691     </tr>
4692     <tr>
4693       <td>
4694         <div align="center">
4695           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4696         </div>
4697       </td>
4698       <td>
4699         <ul>
4700           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4701           <li>DAS Feature fetching</li>
4702           <li>Hide sequences and columns</li>
4703           <li>Export Annotations and Features</li>
4704           <li>GFF file reading / writing</li>
4705           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4706             files</li>
4707           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4708           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4709           <li>Applet can launch the full application</li>
4710           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4711             required)</li>
4712           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4713           <li>Applet can load sequences from parameter
4714             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4715           </li>
4716         </ul>
4717       </td>
4718       <td>
4719         <ul>
4720           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4721           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4722           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4723         </ul>
4724       </td>
4725     </tr>
4726     <tr>
4727       <td>
4728         <div align="center">
4729           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4730         </div>
4731       </td>
4732       <td>
4733         <ul>
4734           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4735           <li>Choose to match case when searching</li>
4736           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4737             expand the visible width and height of the alignment</li>
4738         </ul>
4739       </td>
4740       <td>
4741         <ul>
4742           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4743         </ul>
4744       </td>
4745     </tr>
4746     <tr>
4747       <td>
4748         <div align="center">
4749           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4750         </div>
4751       </td>
4752       <td>&nbsp;</td>
4753       <td>
4754         <ul>
4755           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4756           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4757             value</li>
4758         </ul>
4759       </td>
4760     </tr>
4761     <tr>
4762       <td>
4763         <div align="center">
4764           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4765         </div>
4766       </td>
4767       <td>
4768         <ul>
4769           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4770           <li>Keyboard editing</li>
4771           <li>Create sequence features from searches</li>
4772           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4773             alignments</li>
4774           <li>Features file allows grouping of features</li>
4775           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4776           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4777           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4783           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4784             descriptions saved.</li>
4785         </ul>
4786       </td>
4787     </tr>
4788     <tr>
4789       <td>
4790         <div align="center">
4791           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4792         </div>
4793       </td>
4794       <td>
4795         <ul>
4796           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4797           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4798           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4799             name for file output</li>
4800           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4801           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4802             used for HTML form input</li>
4803         </ul>
4804       </td>
4805       <td>
4806         <ul>
4807           <li>HTML output writes groups and features</li>
4808           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4809           <li>File IO bugs</li>
4810         </ul>
4811       </td>
4812     </tr>
4813     <tr>
4814       <td>
4815         <div align="center">
4816           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4817         </div>
4818       </td>
4819       <td>
4820         <ul>
4821           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4822           <li>More options for PCA viewer</li>
4823         </ul>
4824       </td>
4825       <td>
4826         <ul>
4827           <li>GUI bugs resolved</li>
4828           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4829         </ul>
4830       </td>
4831     </tr>
4832     <tr>
4833       <td height="63">
4834         <div align="center">
4835           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4836         </div>
4837       </td>
4838       <td>
4839         <ul>
4840           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4841           <li>Jar files are executable</li>
4842           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4843         </ul>
4844       </td>
4845       <td>
4846         <ul>
4847           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4848           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4849           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4850         </ul>
4851       </td>
4852     </tr>
4853     <tr>
4854       <td>
4855         <div align="center">
4856           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4857         </div>
4858       </td>
4859       <td>
4860         <ul>
4861           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4862         </ul>
4863       </td>
4864       <td>
4865         <ul>
4866           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4867         </ul>
4868       </td>
4869     </tr>
4870     <tr>
4871       <td>
4872         <div align="center">
4873           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4874         </div>
4875       </td>
4876       <td>
4877         <ul>
4878           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4879             size</li>
4880         </ul>
4881       </td>
4882       <td>
4883         <ul>
4884           <li>Improved JPred client reliability</li>
4885           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4886         </ul>
4887       </td>
4888     </tr>
4889     <tr>
4890       <td>
4891         <div align="center">
4892           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4893         </div>
4894       </td>
4895       <td>
4896         <ul>
4897           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4898           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4899           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4900             to Colour Menu</li>
4901           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4902           <li>Unix users can set default web browser</li>
4903           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4904           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4905         </ul>
4906       </td>
4907       <td>
4908         <ul>
4909           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4910         </ul>
4911       </td>
4912     </tr>
4913     <tr>
4914       <td>
4915         <div align="center">
4916           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4917         </div>
4918       </td>
4919       <td>&nbsp;</td>
4920       <td>
4921         <ul>
4922           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4923             alignment order.</li>
4924         </ul>
4925       </td>
4926     </tr>
4927     <tr>
4928       <td>
4929         <div align="center">
4930           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4931         </div>
4932       </td>
4933       <td>
4934         <ul>
4935           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4936           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4937           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4938             annotations.</li>
4939           <li>Version and build date written to build properties
4940             file.</li>
4941           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4942             at launch of Jalview.</li>
4943         </ul>
4944       </td>
4945       <td>
4946         <ul>
4947           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4948           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4949           <li>Can remove groups one by one.</li>
4950           <li>Filechooser icons installed.</li>
4951           <li>Finder ignores return character when searching.
4952             Return key will initiate a search.<br>
4953           </li>
4954         </ul>
4955       </td>
4956     </tr>
4957     <tr>
4958       <td>
4959         <div align="center">
4960           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4961         </div>
4962       </td>
4963       <td>
4964         <ul>
4965           <li>New codebase</li>
4966         </ul>
4967       </td>
4968       <td>&nbsp;</td>
4969     </tr>
4970   </table>
4971   <p>&nbsp;</p>
4972 </body>
4973 </html>