help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59         <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
  62           <em>6/01/2022</em></strong></td>
  63
  64       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  65         <ul>
  66           <li>
  67             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
  68             </li>
  69         </ul></td>
  70       <td>
  71       </td>
  72     </tr>
  73     <tr>
  74       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  75           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
  76           <em>20/12/2021</em></strong></td>
  77
  78       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
  82             (was log4j 1.2.x).
  83         </ul> <em>Development</em>
  84         <ul>
  85           <li>Updated building instructions</li>
  86         </ul></td>
  87       <td>
  88         <ul>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
  91             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
  92             and display)
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
  96             scale factors being set with buggy window-managers (linux
  97             only)
  98           </li>
  99         </ul> <em>Development</em>
 100         <ul>
 101           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 102         </ul>
 103       </td>
 104     </tr>
 105     <tr>
 106       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 107           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 108           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 109       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 110           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 114             launch of the news browser (like -nonews argument)
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 118             download of linkout URLs from
 119             www.jalview.org/services/identifiers
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 123             download of BIOJSHTML templates
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 127             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 128             disabled
 129           </li>
 130         </ul></td>
 131       <td align="left" valign="top">
 132         <ul>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 135             Jmol
 136           </li>
 137         </ul> <em>New Known defects</em>
 138         <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 141             always restored from project (since 2.10.3)
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 145             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 146           </li>
 147         </ul>
 148       </td>
 149     </tr>
 150     <tr>
 151       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 152           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 153           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 154       <td align="left" valign="top">
 155         <ul>
 156
 157         </ul>
 158       </td>
 159       <td align="left" valign="top">
 160         <ul>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 163             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 167             sequences can be classed as nucleotide
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 171             sequences after alignment of protein products (known defect
 172             first reported for 2.11.1.0)
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 176             features outwith CDS shown overlaid on protein
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 180             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 181             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 185             CDS features
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 189             always select corresponding protein sequences
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 193             column selection doesn't always ignore hidden columns
 194           </li>
 195         </ul> <em>Installer</em>
 196         <ul>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 199             Windows prevents install4j launching getdown
 200           </li>
 201         </ul> <em>Development</em>
 202         <ul>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 205             version numbers in doc/building.md
 206           </li>
 207         </ul>
 208       </td>
 209     </tr>
 210     <tr>
 211       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 212           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 213           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 214       <td align="left" valign="top">
 215         <ul>
 216         </ul>
 217       </td>
 218       <td align="left" valign="top">
 219         <ul>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 222             "Encountered problems opening
 223             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 224           </li>
 225         </ul>
 226       </td>
 227     </tr>
 228     <tr>
 229       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 230           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 231           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 232       <td align="left" valign="top">
 233         <ul>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 236             residue in cursor mode
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 240             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 244             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 245             improved compatibility with JalviewJS
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 249             alignments from Pfam and Rfam
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 253             import (no longer based on .gz extension)
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 260             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 261             EMBL flat file
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 265             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 266             saving or making backup files.
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 270             <ul>
 271               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 272               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 273             </ul>
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 277             when running on Linux (Requires Java 11+)
 278           </li>
 279         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 280         <ul>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 283             through a system property
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 287             line help for configuring Jalview's memory
 288           </li>
 289         </ul>
 290       </td>
 291       <td align="left" valign="top">
 292         <ul>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 295             but not calculated and no protein or DNA score models are
 296             available for tree/PCA calculation when launched with
 297             Turkish language locale
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 301             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 305             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 306           </li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 309             sequence under the cursor
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 313             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 317             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 318             '%s'" on the console
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 322             when there are both local and complementary features mapped
 323             to the position under the cursor
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 327             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 331             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 335             internationalised text for some messages and log output
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 339             hidden gapped columns
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 343             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 347             specifying output format when exporting an alignment via the
 348             command line
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 352             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 353             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 354             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 355             file again, and if that fails, delete the original file and
 356             save in place.)
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 360             via command line
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 364             program and documentation
 365           </li>
 366         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 367         <ul>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 370             first time for a version that has different jars to the
 371             previous launched version.
 372           </li>
 373         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 374         <ul>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 377             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 378             OutOfMemory error.
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 382             monitor the release channel
 383           </li>
 384         </ul> <em>New Known defects</em>
 385         <ul>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 388             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 389             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 390             genome of RNA viruses)
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 394             are ordered differently when shown on alignment and in
 395             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 396           </li>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 399             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 400             works for the top left quadrant of the alignment window
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 404             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 408             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 412             protein products for certain ENA records are repeatedly
 413             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 414           </li>
 415         </ul>
 416       </td>
 417     </tr>
 418     <tr>
 419       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 420           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 421           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 422       <td align="left" valign="top">
 423         <ul>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 426             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 427             for display in alignments, on structure views (including
 428             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 429             export.
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 433             exported and re-imported as GFF3 files
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 437             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 441             validation while parsing
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 445             position if reopened
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 449             of associated view
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 453             enabled by default
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 457             tooltips and menus
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 461             with no feature types visible
 462           </li>
 463           <li>
 464           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 465           </li>
 466         </ul><em>Jalview Installer</em>
 467             <ul>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 470             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 477           </li>
 478               <li>
 479                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 480               <li>
 481                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 482         </ul> <em>Release processes</em>
 483         <ul>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 489           </li>
 490         </ul> <em>Build System</em>
 491         <ul>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 497             report
 498           </li>
 499         </ul>
 500         <em>Groovy Scripts</em>
 501             <ul>
 502           <li>
 503             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 504             to stdout containing the consensus sequence for each
 505             alignment in a Jalview session
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 509             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 510             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 511           </li>
 512         </ul>
 513       </td>
 514       <td align="left" valign="top">
 515         <ul>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 518             'Show hidden markers' option is not ticked
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 522             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 523             jalview preferences or properties file
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 527             'Show Sequence Features' option is not ticked
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 531             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 532             features are visible
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 536             equal when split frame is first opened
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 540             correct after editing a sequence's start position
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 544             with annotation and exceptions thrown when only a few
 545             columns shown in wrapped mode
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 549             wrapped alignment figure with annotations
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 553             ID fails with ClassCastException
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 557             Project
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 561             feature settings dialog also selects columns
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 565             IllegalArgumentException in some circumstances
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 569             opened for a view
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 573             alignment window is closed
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 577             help documentation for 2.11.0 release
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 581             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 582             Uniprot Accession
 583           </li>
 584         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 585         <ul>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 588             PDB/Uniprot search panel
 589           </li>
 590         </ul> <em>Installer</em>
 591         <ul>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 594             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 595           </li>
 596         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 597         <ul>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 600             repository
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 604             memory
 605           </li>
 606         </ul> <em>New Known Issues</em>
 607         <ul>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 610             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 611             command line
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 615             clipped in headless figure export when Right Align option
 616             enabled
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 620             'Source' in console output
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 624             bamboo server but run fine locally.
 625           </li>
 626         </ul>
 627       </td>
 628     </tr>
 629     <tr>
 630       <td width="60" align="center" nowrap>
 631           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 632             <em>04/07/2019</em></strong>
 633       </td>
 634       <td align="left" valign="top">
 635         <ul>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 638             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 639             source project) rather than InstallAnywhere
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 643             settings, receive over the air updates and launch specific
 644             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 645               Rings' GetDown</a>)
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 649             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 653             arguments and switch between different getdown channels
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 657             or alignment files
 658           </li>
 659
 660           <li>
 661             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 662             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 665             'Translate as cDNA'</li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 668           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 669             <ul>
 670                       <li>
 671             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 672             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 673           <li>
 674                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 675                 features can be filtered and shaded according to any
 676                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 677                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 678                 file)
 679               </li>
 680               <li>
 681                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 682                 stored and restored from Jalview Projects
 683               </li>
 684               <li>
 685                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 686                 recognise variant features
 687               </li>
 688               <li>
 689                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 690                 sequences (also coloured red by default)
 691               </li>
 692               <li>
 693                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 694                 details
 695               </li>
 696               <li>
 697                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 698                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 699               </li>
 700               <li>
 701                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 702                 dialog
 703               </li>
 704             </ul>
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 708             tree and PCA calculations
 709           </li>
 710           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 711             <ul>
 712               <li>
 713                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 714                 and Viewer state saved in Jalview Project
 715               </li>
 716               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 717                 drop-down menus</li>
 718               <li>
 719                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 720                 incrementally
 721               </li>
 722               <li>
 723                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 724               </li>
 725             </ul>
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 729           </li>
 730           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 731           <ul>
 732               <li>
 733                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 734                 multiple groups when working with large alignments
 735               </li>
 736               <li>
 737                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 738                 Stockholm files
 739               </li>
 740             </ul>
 741           <li><strong>User Interface</strong>
 742           <ul>
 743               <li>
 744                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 745                 view
 746               </li>
 747               <li>
 748                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 749                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 750                 default (can be changed in user preferences)
 751               </li>
 752               <li>
 753                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 754                 to the Overwrite Dialog
 755               </li>
 756               <li>
 757                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 758                 sequences are hidden
 759               </li>
 760               <li>
 761                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 762                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 763               </li>
 764               <li>
 765                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 766                 labels
 767               </li>
 768               <li>
 769                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 770                 when in wrapped mode
 771               </li>
 772               <li>
 773                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 774                 annotation
 775               </li>
 776               <li>
 777                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 778               </li>
 779               <li>
 780                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 781                 panel
 782               </li>
 783               <li>
 784                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 785                 popup menu
 786               </li>
 787               <li>
 788               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 789               <li>
 790               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 791
 792
 793             </ul></li>
 794             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 795           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 796             <ul>
 797               <li>
 798                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 799                 trapping CMD-Q
 800               </li>
 801             </ul></li>
 802         </ul>
 803         <em>Deprecations</em>
 804         <ul>
 805           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 806             capabilities removed from the Jalview Desktop
 807           </li>
 808           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 809             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 810             and XML based data retrieval clients</li>
 811           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 812           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 813         </ul> <em>Documentation</em>
 814         <ul>
 815           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 816             not supported in EPS figure export
 817           </li>
 818           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 819         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 820         <ul>
 821           <li>
 822           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 823           </li>
 824       <li>
 825       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 826           <li>
 827           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 828             gradle-eclipse
 829           </li>
 830           <li>
 831           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 832             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 833             execution
 834           </li>
 835           <li>
 836           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 837             operations
 838           </li>
 839           <li>
 840           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 841             issues resolved
 842           </li>
 843           <li>
 844           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 845             markdown (with HTML rendering)
 846           </li>
 847           <li>
 848           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 849           </li>
 850           <li>
 851           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 852             versions of Jalview
 853           </li>
 854         </ul>
 855       </td>
 856       <td align="left" valign="top">
 857         <ul>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 863             superposition in Jmol fail on Windows
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 867             structures for sequences with lots of PDB structures
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 871             monospaced font
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 875             project involving multiple views
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 879             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 880             Annotation dialog hides columns
 881           </li>
 882           <li>
 883             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 884             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 885             one view, then making another selection in the other view
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 889             columns
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 893             Settings and Jalview Preferences panels
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 897             overview with large alignments
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 901             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 902             mouse moved to the left of the first column
 903           </li>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 906             hidden column marker via scale popup menu
 907           </li>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 910             doesn't tell users the invalid URL
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 914             score from view
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 918             show cross references or Fetch Database References are shown in
 919             red in original view
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 923             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 927             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 931             when columns are hidden
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 935             Columns by Annotation description
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 939             out of Scale or Annotation Panel
 940           </li>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 943             scale panel
 944           </li>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 947             alignment down
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 951             scale panel
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 955             Page Up in wrapped mode
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 965             on opening an alignment
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 969             Colour menu
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 973             different groups in the alignment are selected
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 977             correctly in menu
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 981             threshold limit
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 985             threshold gets 'unrounded'
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 989             colour
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 999             Tree font
1000           </li>
1001           <li>
1002             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1003             project file
1004           </li>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1007             shown in complementary view
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1011             without normalisation
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1015             of report
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1019           </li>
1020           <li>
1021           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1022           </li>
1023         </ul> <em>Editing</em>
1024         <ul>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1027             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1028             sequence
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1032             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1033             removed (Known defect since 2.10)
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1037             dialog corrupts dataset sequence
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1041             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1042           </li>
1043         </ul> <em>Datamodel</em>
1044         <ul>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1047             sequence's End is greater than its length
1048           </li>
1049         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1050           general release)</em>
1051         <ul>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1054           </li>
1055         </ul> <em>New Known Defects</em>
1056         <ul>
1057         <li>
1058         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1059         </li>
1060         <li>
1061           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1062           regions of protein alignment.
1063         </li>
1064         <li>
1065           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1066           is restored from a Jalview 2.11 project
1067         </li>
1068         <li>
1069           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1070           'New View'
1071         </li>
1072         <li>
1073           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1074           columns within hidden columns
1075         </li>
1076         <li>
1077           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1078           window after dragging left to select columns to left of visible
1079           region
1080         </li>
1081         <li>
1082           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1083           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1084           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1085           create a Score filter instead.
1086         </li>
1087         <li>
1088         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1089         <li>
1090         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1091         </li>
1092         <li>
1093           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1094           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1095         </li>
1096         </ul>
1097         <em>Java 11 Specific defects</em>
1098           <ul>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1101               alphabetically when saved
1102             </li>
1103         </ul>
1104       </td>
1105     </tr>
1106     <tr>
1107     <td width="60" nowrap>
1108       <div align="center">
1109         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1110       </div>
1111     </td>
1112     <td><div align="left">
1113         <em></em>
1114         <ul>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1117               InstallAnywhere increased to 1G.
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1121               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1122               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1123                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1124                 properties file.</em>
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1128               API and sequence data now imported as JSON.
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1132               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1133               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1134               property.
1135             </li>
1136           </ul>
1137           <em>Development</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1141               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1142                 Clover</a>
1143             </li>
1144           </ul>
1145         </div></td>
1146     <td><div align="left">
1147         <em></em>
1148         <ul>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1151               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1152               alignment.
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1156               annotation displayed.
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1160               for newly created group when 'Apply to all groups'
1161               selected
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1165               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1166               visible.
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1170               when sequences are selected in exported view.</em>
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1174               aren't rendered with correct colour.
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1178               types of knotted RNA secondary structure.
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1182               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1183               do not start at 1.
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1187               annotation when columns are inserted into an alignment,
1188               and when exporting as Stockholm flatfile.
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1192               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1193               treated as RNA secondary structure.
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1197               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1201               transfers focus to previous window on OSX
1202             </li>
1203           </ul>
1204           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1208               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1209               box.
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1213               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1214               'look and feel' which has improved compatibility with the
1215               latest version of OSX.
1216             </li>
1217           </ul>
1218         </div>
1219     </td>
1220     </tr>
1221     <tr>
1222       <td width="60" nowrap>
1223         <div align="center">
1224           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1225             <em>7/06/2018</em></strong>
1226         </div>
1227       </td>
1228       <td><div align="left">
1229           <em></em>
1230           <ul>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1233               annotation retrieved from Uniprot
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1237               onto the Jalview Desktop
1238             </li>
1239           </ul>
1240         </div></td>
1241       <td><div align="left">
1242           <em></em>
1243           <ul>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1246               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1250               right-hand column parsed correctly
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1254               not alignment area in exported graphic
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1258               window has input focus
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1262               annotation added to view (Windows)
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1266               network connectivity is poor
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1270               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1271                 the currently open URL and links from a page viewed in
1272                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1273                 you are using Edge, only links in the page can be
1274                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1275                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1276             </li>
1277           </ul>
1278           <em>New Known Defects</em>
1279           <ul>
1280             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1281           </ul>
1282         </div></td>
1283     </tr>
1284     <tr>
1285       <td width="60" nowrap>
1286         <div align="center">
1287           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1288         </div>
1289       </td>
1290       <td><div align="left">
1291           <em></em>
1292           <ul>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1295               for disabling automatic superposition of multiple
1296               structures and open structures in existing views
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1300               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1301               adjust them.
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1305               Ensembl services
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1309               and lots of hidden columns
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1313               of features (particularly when transparency is disabled)
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1317               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1318               generally available
1319             </li>
1320           </ul>
1321           </div>
1322       </td>
1323       <td><div align="left">
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1327               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1331               overlapping alignment panel
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1335               sequence as gaps
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1339               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1340               UTR
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1344               factor annotation not added to sequence when local PDB
1345               file associated with it by drag'n'drop or structure
1346               chooser
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1350               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1354               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1358               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1362               columns in annotation row
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1366               honored in batch mode
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1370               for structures added to existing Jmol view
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1374               entries after importing project with multiple views
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1378               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1379               with negative residue numbers or missing residues fails
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1383               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1384               as generated by CONSURF)
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1388               tooltip doesn't include a text description of mutation
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1392               structure and/or overview windows are also shown
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1396               very slow for alignments with large numbers of sequences
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1400               with 'StringIndexOutOfBounds'
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1404               platforms running Java 10
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1408               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1409             </li>
1410           </ul>
1411           <em>Applet</em>
1412           <ul>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1415               should copy the group consensus when popup is opened on it
1416             </li>
1417           </ul>
1418           <em>Batch Mode</em>
1419           <ul>
1420           <li>
1421             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1422           </li>
1423           </ul>
1424           <em>New Known Defects</em>
1425           <ul>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1428               editing a large alignment and overview is displayed
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1432               repeatedly after a series of edits even when the overview
1433               is no longer reflecting updates
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1437               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1438               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1439               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1443               option gives blank output
1444             </li>
1445           </ul>
1446         </div>
1447           </td>
1448     </tr>
1449     <tr>
1450       <td width="60" nowrap>
1451         <div align="center">
1452           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1453         </div>
1454       </td>
1455       <td><div align="left">
1456           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1457               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1458       <td><div align="left">
1459           <em>Desktop</em><ul>
1460           <ul>
1461             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1462             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1463             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1464             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1465             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1466             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1467             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1468           </ul>
1469           </div>
1470       </td>
1471     </tr>
1472     <tr>
1473       <td width="60" nowrap>
1474         <div align="center">
1475           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1476         </div>
1477       </td>
1478       <td><div align="left">
1479           <em></em>
1480           <ul>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1483               rendering of sequence features
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1487               429 rate limit request hander
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1491               their colours have changed
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1495               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1499               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1503               view from Ensembl locus cross-references
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1507               Alignment report
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1511               feature can be disabled
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1515               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1519               Uniprot
1520             </li>
1521           </ul>
1522           <em>Scripting</em>
1523           <ul>
1524             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1525             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1526               percent identity scores for current alignment.</li>
1527           </ul>
1528           <em>Testing and Deployment</em>
1529           <ul>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1532             </li>
1533           </ul>
1534         </div></td>
1535       <td><div align="left">
1536           <em>General</em>
1537           <ul>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1540               threshold text field doesn't trigger an update to the
1541               alignment view
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1545               strings in parallel
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1549               alignment window is closed
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1553               group visibility
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1557               takes a long time in Cursor mode
1558             </li>
1559           </ul>
1560           <em>Desktop</em>
1561           <ul>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1564               cannot be viewed in Chimera
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1568               CDS/Protein view
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1572               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1573               Search Dialogs
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1583               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1587               scrolling right in unwapped alignment view
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1591               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1592               database
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1596               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1600               features of same type and group to be selected for
1601               amending
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1605               alignments when hidden columns are present
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1609               displaying several structures
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1613               moving a window
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1617               within the Jalview desktop on OSX
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1621               when in wrapped alignment mode
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1625               hand end of alignment
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1629               each selected sequence do not have correct start/end
1630               positions
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1634               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1638               restoring project until a new view is created
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1642               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1643               configured (since 2.10.2b2)
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1647               position is adjusted
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1651               in a multi-chain structure when viewing alignment
1652               involving more than one chain (since 2.10)
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1656               if new selection moves alignment window
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1660               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1664               that produces correctly annotated transcripts and products
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1668               doesn't update associated structure view
1669             </li>
1670           </ul>
1671           <em>Applet</em><br />
1672           <ul>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1675               closing alignment panel
1676             </li>
1677           </ul>
1678           <em>BioJSON</em><br />
1679           <ul>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1682               non-positional features
1683             </li>
1684           </ul>
1685           <em>New Known Issues</em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1689               sequence features correctly (for many previous versions of
1690               Jalview)
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1694               using cursor in wrapped panel other than top
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1698               graduated colour threshold
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1702               always preserve numbering and sequence features
1703             </li>
1704           </ul>
1705           <em>Known Java 9 Issues</em>
1706           <ul>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1709               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1710               9.01, OSX 10.10)
1711             </li>
1712           </ul>
1713         </div></td>
1714     </tr>
1715     <tr>
1716       <td width="60" nowrap>
1717         <div align="center">
1718           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1719             <em>2/10/2017</em></strong>
1720         </div>
1721       </td>
1722       <td><div align="left">
1723           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1724           <ul>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1727             </li>
1728             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1729             </li>
1730           </ul>
1731         </div></td>
1732       <td><div align="left">
1733         </div></td>
1734     </tr>
1735     <tr>
1736       <td width="60" nowrap>
1737         <div align="center">
1738           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1739             <em>7/9/2017</em></strong>
1740         </div>
1741       </td>
1742       <td><div align="left">
1743           <em></em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1747               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1748               white)
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1752               Preferences
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1756               in size and progress bar shown as higher resolution
1757               overview is recalculated
1758             </li>
1759
1760           </ul>
1761         </div></td>
1762       <td><div align="left">
1763           <em></em>
1764           <ul>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1767               column region row by row
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1771               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1775               format setting is unticked
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1779               if group has show boxes format setting unticked
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1783               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1784               include sequences and columns not currently displayed
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1788               assemblies are imported via CIF file
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1792               displayed when threshold or conservation colouring is also
1793               enabled.
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1797               server version
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1801               dragging a selected region off the visible region of the
1802               alignment
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1806               colourscheme to all groups in a view
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1810               initially after font size change using the Font chooser or
1811               middle-mouse zoom
1812             </li>
1813           </ul>
1814         </div></td>
1815     </tr>
1816     <tr>
1817       <td width="60" nowrap>
1818         <div align="center">
1819           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1820         </div>
1821       </td>
1822       <td><div align="left">
1823           <em>Calculations</em>
1824           <ul>
1825
1826             <li>
1827               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1828               ungapped positions in each column of the alignment.
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1832               a calculation dialog box
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1836               and memory efficiency (~30x faster)
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1840               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1841               and other calculations
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1845               files within the Jalview codebase
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1849               Similarity may have different topology due to increased
1850               precision
1851             </li>
1852           </ul>
1853           <em>Rendering</em>
1854           <ul>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1857               model for alignments and groups
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1861               scripts
1862             </li>
1863           </ul>
1864           <em>Overview</em>
1865           <ul>
1866             <li>
1867               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1868               with alignment and overview windows
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1872               overview
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1876               omitted in Overview
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1880               adjustment of visible position
1881             </li>
1882           </ul>
1883
1884           <em>Data import/export</em>
1885           <ul>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1888               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1892               annotation input/output via stockholm flatfile
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1896               extension when importing structure files without embedded
1897               names or PDB accessions
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1901               format sequence substitution matrices
1902             </li>
1903           </ul>
1904           <em>User Interface</em>
1905           <ul>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1908               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1909               the application.
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1913               via Overview or sequence motif search operations
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1917               opened by double clicking gaps within sequence feature
1918               extent
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1922               aligned positions were available to create a 3D structure
1923               superposition.
1924             </li>
1925           </ul>
1926           <em>3D Structure</em>
1927           <ul>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1930               coloured in linked structure views
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1934               file-based command exchange
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1938               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1939               structures are already available for sequences
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1943               the Jalview project rather than downloaded again when the
1944               project is reopened.
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1948               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1949               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1950                 Feature</strong>)
1951             </li>
1952           </ul>
1953           <em>Web Services</em>
1954           <ul>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1960               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1961               Analysis services
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1965               cross-references provided by identifiers.org and the
1966               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1967             </li>
1968           </ul>
1969
1970           <em>Scripting</em>
1971           <ul>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1974               identifying file formats (instead of String constants)
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1978               efficiency when counting all displayed features (not
1979               backwards compatible with 2.10.1)
1980             </li>
1981           </ul>
1982           <em>Example files</em>
1983           <ul>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1986               included in the example feature file
1987             </li>
1988           </ul>
1989           <em>Documentation</em>
1990           <ul>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1993               with the built-in Java help viewer
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1997               sequence description' option
1998             </li>
1999           </ul>
2000           <em>Test Suite</em>
2001           <ul>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2004               Uniprot REST Free Text Search Client
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2011               during tests
2012             </li>
2013           </ul>
2014         </div></td>
2015       <td><div align="left">
2016           <em>Calculations</em>
2017           <ul>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2020               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2021               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2022             </li>
2023             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2024               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2025               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2026               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2027               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2028               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2029               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2030               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2031               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2032               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2033               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2034               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2035               // for 2.10.1 mode <br />
2036               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2037               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2038                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2039                 calculations (not recommended)</em></li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2042               scaling of branch lengths for trees computed using
2043               Sequence Feature Similarity.
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2047               generating output report when working with highly
2048               redundant alignments
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2052               right of selected region when gaps present on right-hand
2053               boundary
2054             </li>
2055           </ul>
2056           <em>User Interface</em>
2057           <ul>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2060               doesn't reselect a specific sequence's associated
2061               annotation after it was used for colouring a view
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2065               opened on a region of alignment without groups
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2069               of an alignment with overlapping groups
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2073               name and description match
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2077               hidden regions results in incorrect hidden regions
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2081               changing colour does not apply Conservation slider value
2082               to all groups
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2086               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2090               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2094               gaps before start of features
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2098               restored to UI when feature colour is edited
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2102               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2106               as graduate feature colour settings are modified via the
2107               dialog box
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2111               when a group defined on the alignment is resized
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2115               wrapped view result in positional status updates
2116             </li>
2117
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2120               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2124               alignment included gapped columns
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2128               widgets don't permanently disappear
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2132               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2133               T-Coffee column reliability scores)
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2137               sequence feature on gaps only
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2141               button from a Find inherit previously defined feature type
2142               rather than the Find query string
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2146               exporting tree calculated in Jalview
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2150               and then revealing them reorders sequences on the
2151               alignment
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2155               doesn't update to reflect available set of groups after
2156               interactively adding or modifying features
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2160               Linux
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2164               only excluded gaps in current sequence and ignored
2165               selection.
2166             </li>
2167           </ul>
2168           <em>Rendering</em>
2169           <ul>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2172               erratically when hidden rows or columns are present
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2176               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2177               sequence colouring
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2181               colour and group colour menu for protein alignments
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2185               reflect currently selected view or group's shading
2186               thresholds
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2190               when rendered on overview and structures when opacity at
2191               100%
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2195               overview when features overlaid on alignment
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2199               recovered correctly from Jalview project file
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2203               (automatically via preferences) are different to the main
2204               alignment panel
2205             </li>
2206           </ul>
2207           <em>Data import/export</em>
2208           <ul>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2211               load
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2215               added after a sequence was imported are not written to
2216               Stockholm File
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2220               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2224               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2228               with lightGray or darkGray via features file (but can
2229               specify lightgray)
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2233               when alignment view imported from project
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2237               structure and sequences extracted from structure files
2238               imported via URL and viewed in Jmol
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2242               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2243               the project is loaded and the structure viewed
2244             </li>
2245           </ul>
2246           <em>Web Services</em>
2247           <ul>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2250               release of Ensembl v.88
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2254               appear enabled in Preferences->Connections
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2258               removed from console output
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2262               Ensembl by Peptide ID
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2266               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2267               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2268               due to 'null' string rather than empty string used for
2269               residues with no corresponding PDB mapping).
2270             </li>
2271           </ul>
2272           <em>Application UI</em>
2273           <ul>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2276               menu
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2280               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2281               new documentation and tooltips added)
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2285               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2289               new features are added to alignment
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2293               changes to feature colours via the Amend features dialog
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2297               edit graduated feature colour via amend features dialog
2298               box
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2302               selection menu changes colours of alignment views
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2306               from alignment calculation workers after alignment has
2307               been closed
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2311               groups now 'Create Group'
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2315               Create/Undefine group doesn't always work
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2319               shown again after pressing 'Cancel'
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2323               adjusts start position in wrap mode
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2327               ambiguous amino acids
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2331               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2332               proteins
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2336               Defined' don't appear in Colours menu
2337             </li>
2338           </ul>
2339           <em>Applet</em>
2340           <ul>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2343               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2347               overview or linked structure view
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2351               work (since 2.8)
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2355               user-defined colourscheme doesn't restore original
2356               colourscheme
2357             </li>
2358           </ul>
2359           <em>Test Suite</em>
2360           <ul>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2363               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2367               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2368               problems with deep array comparison equality asserts in
2369               successive versions of TestNG
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2373               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2374             </li>
2375           </ul>
2376           <em>New Known Issues</em>
2377           <ul>
2378             <li>
2379               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2380               phase after a sequence motif find operation
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2384               containing just upper and lower case letters are
2385               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2389               reliably from eggnog Ortholog database
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2393               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2394               to mark columns containing highlighted regions.
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2398               doesn't always add secondary structure annotation.
2399             </li>
2400           </ul>
2401         </div>
2402     <tr>
2403       <td width="60" nowrap>
2404         <div align="center">
2405           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2406         </div>
2407       </td>
2408       <td><div align="left">
2409           <em>General</em>
2410           <ul>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2413               for all consensus calculations
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2417               3rd Oct 2016)
2418             </li>
2419             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2420               for 2016-2017</li>
2421           </ul>
2422           <em>Application</em>
2423           <ul>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2426               set of database cross-references, sorted alphabetically
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2430               from database cross references. Users with custom links
2431               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2432                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2436               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2437               Chimera session
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2441               the Chimera it is connected to is shut down
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2445               columns menu item to mark columns containing highlighted
2446               regions (e.g. from structure selections or results of a
2447               Find operation)
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2451               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2452               MSAviewer
2453             </li>
2454           </ul>
2455         </div></td>
2456       <td>
2457         <div align="left">
2458           <em>General</em>
2459           <ul>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2462               are not coloured or thresholded according to percent
2463               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2467               hydrophobic
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2471               threshold, amino acid properties)
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2475               reported as mapped to residues in a structure file in the
2476               View Mapping report
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2480               could be added multiple times to a sequence
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2484               bond features shown as two highlighted residues rather
2485               than a range in linked structure views, and treated
2486               correctly when selecting and computing trees from features
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2490               cross-references are matched to database name regardless
2491               of case
2492             </li>
2493
2494           </ul>
2495           <em>Application</em>
2496           <ul>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2499               names without regular expressions also offer links from
2500               Sequence ID
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2504               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2505               update Jalview configuration
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2509               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2513               files with similarly named sequences if dropped onto the
2514               alignment
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2518               entries where more chains exist in the PDB accession than
2519               are reported in the SIFTS file
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2523               the structure view when displayed with Chimera
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2527               panel's View->Show Chains submenu
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2531               work for wrapped alignment views
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2535               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2539               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2540               first annotation row
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2544               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2548               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2549             </li>
2550             <!-- JAL-2319 -->
2551             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2552             coordindate data
2553             </li>
2554           </ul>
2555           <!--           <em>New Known Issues</em>
2556           <ul>
2557             <li></li>
2558           </ul> -->
2559         </div>
2560       </td>
2561     </tr>
2562     <td width="60" nowrap>
2563       <div align="center">
2564         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2565           <em>25/10/2016</em></strong>
2566       </div>
2567     </td>
2568     <td><em>Application</em>
2569       <ul>
2570         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2571           view if structures already loaded</li>
2572         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2573           structure views</li>
2574       </ul></td>
2575     <td>
2576       <div align="left">
2577         <em>General</em>
2578         <ul>
2579           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2580             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2581           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2582             example sequences/projects/trees</li>
2583         </ul>
2584         <em>Application</em>
2585         <ul>
2586           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2587             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2588           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2589             without timeout for structures with multiple models or
2590             multiple sequences in alignment</li>
2591           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2592             PDB ID HEADER line</li>
2593           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2594             is performed</li>
2595           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2596             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2597           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2598           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2599             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2600             option</li>
2601           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2602             is created on the alignment</li>
2603           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2604             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2605             pop-up menu</li>
2606         </ul>
2607         <em>Build and deployment</em>
2608         <ul>
2609           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2610             tags</li>
2611         </ul>
2612         <em>New Known Issues</em>
2613         <ul>
2614           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2615             on Windows</li>
2616         </ul>
2617       </div>
2618     </td>
2619     </tr>
2620     <tr>
2621       <td width="60" nowrap>
2622         <div align="center">
2623           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2624         </div>
2625       </td>
2626       <td><em>General</em>
2627         <ul>
2628           <li>
2629             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2630           </li>
2631           <li>
2632             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2633             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2634             better PDB parsing.
2635           </li>
2636           <li>
2637             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2638             reference sequence
2639           </li>
2640           <li>
2641             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2642             mousing over sequence associated annotation
2643           </li>
2644           <li>
2645             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2646             for manual entry
2647           </li>
2648           <li>
2649             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2650             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2651             for each column
2652           </li>
2653           <li>
2654             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2655             showing or hiding columns containing a feature
2656           </li>
2657           <li>
2658             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2659             group and sequence associated annotation labels
2660           </li>
2661           <li>
2662             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2663             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2664             dialogs
2665           </li>
2666
2667         </ul> <em>Application</em>
2668         <ul>
2669           <li>
2670             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2671             gene/transcript view
2672           </li>
2673           <li>
2674             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2675             dialog
2676           </li>
2677           <li>
2678             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2679             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2680           </li>
2681           <li>
2682             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2683             Pfam sources to xfam.org
2684           </li>
2685           <li>
2686             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2687           </li>
2688           <li>
2689             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2690             over sequences in Jalview
2691           </li>
2692           <li>
2693             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2694             regions in ENA and EMBL
2695           </li>
2696           <li>
2697             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2698             for record retrieval via ENA rest API
2699           </li>
2700           <li>
2701             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2702             complement operator
2703           </li>
2704           <li>
2705             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2706             groovy script execution
2707           </li>
2708           <li>
2709             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2710             alignment window's Calculate menu
2711           </li>
2712           <li>
2713             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2714             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2715           </li>
2716           <li>
2717             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2718             calculation workers from groovy scripts
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2722             Jalview projects
2723           </li>
2724           <li>
2725             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2726             associations are now saved/restored from project
2727           </li>
2728           <li>
2729             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2730             before sequence fetcher is opened
2731           </li>
2732           <li>
2733             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2734             database chooser opens a sequence fetcher
2735           </li>
2736           <li>
2737             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2738             the UniProt REST API
2739           </li>
2740           <li>
2741             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2742             the news reader opening
2743           </li>
2744           <li>
2745             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2746             querying stored in preferences
2747           </li>
2748           <li>
2749             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2750             search results
2751           </li>
2752           <li>
2753             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2754           </li>
2755           <li>
2756             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2757             menu for nucleotide sequences
2758           </li>
2759           <li>
2760             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2761             and feature counts preserves alignment ordering (and
2762             debugged for complex feature sets).
2763           </li>
2764           <li>
2765             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2766             viewing structures with Jalview 2.10
2767           </li>
2768           <li>
2769             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2770             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2771             Ensembl Genomes REST API
2772           </li>
2773           <li>
2774             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2775             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2776             (Ensembl)
2777           </li>
2778           <li>
2779             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2780             sequences
2781           </li>
2782           <li>
2783             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2784             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2785             data from external database records.
2786           </li>
2787           <li>
2788             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2789             efficient recovery of sequence coding and alignment
2790             annotation relationships.
2791           </li>
2792         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2793         <ul>
2794           <li>
2795             -- JAL---
2796           </li>
2797         </ul> --></td>
2798       <td>
2799         <div align="left">
2800           <em>General</em>
2801           <ul>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2804               menu on OSX
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2808               includes graduated colourschemes
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2812               working with big alignments and lots of hidden columns
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2816               at right of alignment window
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2820               contents
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2824               for DNA alignments
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2828               based tree calculation
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2832               unconserved enabled for group on alignment
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2836               set as reference
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2840               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2841               annotation
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2845               hidden columns present
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2849               user created annotation added to alignment
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2853               '()' base pair annotation
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2857               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2858               Consensus
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2862               feature not working
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2866               beginning of sequence
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2870               entry 3a6s
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2874               from a tree when t-coffee scores are shown
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2878               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2882               some structures
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2886               to Clustal, PIR and PileUp output
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2890               not visible causes alignment window to repaint
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2894               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2895               scores associated with features and annotation rows
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2899               calculation should be case independent
2900             </li>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2903               columns
2904             </li>
2905             <li>
2906               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2907               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2908               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2909             </li>
2910             <li>
2911               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2912               problems when reference sequence defined and 'show
2913               non-conserved' enabled
2914             </li>
2915             <li>
2916               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2917               load even when Consensus calculation is disabled
2918             </li>
2919             <li>
2920               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2921               alignment does nothing
2922             </li>
2923           </ul>
2924           <em>Application</em>
2925           <ul>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2928               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2929               yet fixed for El Capitan)
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2933               output when running on non-gb/us i18n platforms
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2937               hidden sequences as flat-file alignment
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2941               launching Chimera
2942             </li>
2943             <li>
2944               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2945               (also hotfix for 2.9.0b2)
2946             </li>
2947             <li>
2948               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2949               reference sequence defined
2950             </li>
2951             <li>
2952               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2953               alignments and views when revealing hidden columns
2954             </li>
2955             <li>
2956               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2957               view in a cDNA/Protein splitframe
2958             </li>
2959             <li>
2960               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2961               sequence from project when only one sequence is
2962               represented
2963             </li>
2964             <li>
2965               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2966               in Structure Chooser
2967             </li>
2968             <li>
2969               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2970               structure consensus didn't refresh annotation panel
2971             </li>
2972             <li>
2973               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2974               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2975             </li>
2976             <li>
2977               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2978               dialogs format columns correctly, don't display array
2979               data, sort columns according to type
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2983               file chooser is cancelled during an image export
2984             </li>
2985             <li>
2986               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2987               sequence name containing special characters
2988             </li>
2989             <li>
2990               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2991               case insensitive
2992             </li>
2993             <li>
2994               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2995               formatting don't wrap
2996             </li>
2997             <li>
2998               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2999               truncated so L looks like I in consensus annotation
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3003               currently displayed features for the current selection or
3004               view
3005             </li>
3006             <li>
3007               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3008               after fetching cross-references, and restoring from
3009               project
3010             </li>
3011             <li>
3012               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3013               followed in the structure viewer
3014             </li>
3015             <li>
3016               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3017               splitframe not restored from project
3018             </li>
3019             <li>
3020               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3021               trailing end of protein alignment in transcript/product
3022               splitview when pad-gaps not enabled by default
3023             </li>
3024             <li>
3025               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3026               is case dependent
3027             </li>
3028             <li>
3029               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3030               article has been read (reopened issue due to
3031               internationalisation problems)
3032             </li>
3033             <li>
3034               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3035               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3036               cross-references
3037             </li>
3038
3039             <li>
3040               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3041               alignment as HTML
3042             </li>
3043             <li>
3044               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3045               multiple structures are shown for one or more sequences.
3046             </li>
3047             <li>
3048               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3049               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3050               is enabled.
3051             </li>
3052             <li>
3053               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3054               specific PDB id for sequence
3055             </li>
3056             <li>
3057               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3058               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3059               columns' is disabled.
3060             </li>
3061             <li>
3062               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3063               selects lowest rather than highest resolution structures
3064               for each sequence
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3068               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3069             </li>
3070             <li>
3071               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3072               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3073             </li>
3074             <li>
3075               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3076               after clicking on it to create new annotation for a
3077               column.
3078             </li>
3079             <li>
3080               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3081               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3082             </li>
3083             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3084             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3085           </ul>
3086           <em>Applet</em>
3087           <ul>
3088             <li>
3089               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3090               hidden columns present before start of sequence
3091             </li>
3092             <li>
3093               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3094               (JSON jars)
3095             </li>
3096             <li>
3097               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3098               sequences are hidden in applet
3099             </li>
3100             <li>
3101               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3102               deployment on examples pages.
3103             </li>
3104           </ul>
3105         </div>
3106       </td>
3107     </tr>
3108     <tr>
3109       <td width="60" nowrap>
3110         <div align="center">
3111           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3112             <em>16/10/2015</em></strong>
3113         </div>
3114       </td>
3115       <td><em>General</em>
3116         <ul>
3117           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3118             jars</li>
3119         </ul></td>
3120       <td>
3121         <div align="left">
3122           <em>Application</em>
3123           <ul>
3124             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3125               shown when tree is partitioned</li>
3126             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3127               multiple cDNA/Protein split views</li>
3128           </ul>
3129         </div>
3130       </td>
3131     </tr>
3132     <tr>
3133       <td width="60" nowrap>
3134         <div align="center">
3135           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3136             <em>8/10/2015</em></strong>
3137         </div>
3138       </td>
3139       <td><em>General</em>
3140         <ul>
3141           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3142             2.9</li>
3143         </ul> <em>Application</em>
3144         <ul>
3145           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3146           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3147           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3148         </ul> <em>Applet</em>
3149         <ul>
3150           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3151         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3152         <ul>
3153           <li>
3154             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3155             suite
3156           </li>
3157         </ul></td>
3158       <td>
3159         <div align="left">
3160           <em>General</em>
3161           <ul>
3162             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3163               incorrect when sequence start > 1</li>
3164             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3165               documentation</li>
3166             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3167             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3168               loading a features file containing HTML tags in feature
3169               description</li>
3170
3171           </ul>
3172           <em>Application</em>
3173           <ul>
3174             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3175               reimport</li>
3176             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3177               with 'trim retrieved sequences'</li>
3178             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3179               deleting selected columns</li>
3180             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3181               JNLP templates for webstart launch</li>
3182             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3183               unreleased structures for download or viewing</li>
3184             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3185               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3186             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3187               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3188             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3189               recovered from jalview project</li>
3190             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3191               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3192               alignment view</li>
3193             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3194               color schemes from BioJSON</li>
3195           </ul>
3196           <em>Applet</em>
3197           <ul>
3198             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3199               frame</li>
3200             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3201           </ul>
3202         </div>
3203       </td>
3204     </tr>
3205     <tr>
3206       <td><div align="center">
3207           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3208         </div></td>
3209       <td><em>General</em>
3210         <ul>
3211           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3212             alignments:
3213             <ul>
3214               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3215                 and DNA alignment views</li>
3216               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3217                 cDNA alignment views</li>
3218               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3219                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3220               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3221                 protein sequences</li>
3222             </ul>
3223           </li>
3224           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3225           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3226             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3227           <li>New alignment annotation file statements for
3228             reference sequences and marking hidden columns</li>
3229           <li>Reference sequence based alignment shading to
3230             highlight variation</li>
3231           <li>Select or hide columns according to alignment
3232             annotation</li>
3233           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3234           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3235             acid conservation row</li>
3236           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3237         </ul> <em>Application</em>
3238         <ul>
3239           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3240             <ul>
3241               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3242                 view with cDNA/Protein</li>
3243               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3244                 sequences are placed in the same alignment</li>
3245               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3246                 projects</li>
3247             </ul>
3248           </li>
3249
3250           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3251           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3252             Jalview windows</li>
3253
3254           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3255           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3256           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3257             be shown in VARNA</li>
3258
3259           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3260             as the active selected region</li>
3261
3262           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3263             similarity</li>
3264           <li>New Export options
3265             <ul>
3266               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3267                 region export in flat file generation</li>
3268
3269               <li>Export alignment views for display with the <a
3270                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3271
3272               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3273               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3274                 alignment figures to HTML</li>
3275           </li>
3276           <li>3D structure retrieval and display
3277             <ul>
3278               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3279                 Search API</li>
3280               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3281                 PDB structures for a sequence set</li>
3282             </ul>
3283           </li>
3284
3285           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3286             predictions</li>
3287           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3288             for one or a group of sequences</li>
3289           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3290             from the JPred4 web server</li>
3291           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3292             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3293             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3294           </li>
3295           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3296             VARNA 2D Structure'</li>
3297           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3298             Structure ..."</li>
3299
3300         </ul> <em>Applet</em>
3301         <ul>
3302           <li>New layout for applet example pages</li>
3303           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3304             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3305           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3306             Protein alignments</li>
3307         </ul> <em>Development and deployment</em>
3308         <ul>
3309           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3310           <li>Include installation type and git revision in build
3311             properties and console log output</li>
3312           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3313             storing BioJsMSA Templates</li>
3314           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3315         </ul></td>
3316       <td>
3317         <!-- <em>General</em>
3318         <ul>
3319         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3320         <ul>
3321           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3322           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3323           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3324             predictions are not highlighted in amber</li>
3325           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3326             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3327           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3328             associated structure views</li>
3329           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3330             width checkbox not enabled</li>
3331           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3332             creating user defined colours</li>
3333           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3334             mappings for just that viewer's sequences</li>
3335           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3336             multiple models in Chimera</li>
3337           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3338             over Jmol structure</li>
3339           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3340             output to text box</li>
3341           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3342             have incorrect sequence start/end</li>
3343           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3344             Jalview fails</li>
3345           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3346             work for nucleotide</li>
3347           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3348             to a grey/invisible alignment window</li>
3349           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3350             imports to different position</li>
3351           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3352             on some platforms</li>
3353           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3354             populated</li>
3355           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3356             console if Chimera has been opened</li>
3357           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3358           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3359             retrieved</li>
3360           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3361           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3362             either sequence shows on first structure</li>
3363           <li>'Show annotations' options should not make
3364             non-positional annotations visible</li>
3365           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3366             in right place after 'view flanking regions'</li>
3367           <li>File Save As type unset when current file format is
3368             unknown</li>
3369           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3370             projects</li>
3371           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3372             responsive</li>
3373           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3374             several views on same alignment</li>
3375           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3376           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3377             spaces</li>
3378         </ul> <em>Applet</em>
3379         <ul>
3380           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3381           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3382             descriptions containing angle brackets</li>
3383         </ul> <em>General</em>
3384         <ul>
3385           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3386             via jalview annotation file</li>
3387           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3388             with RNA secondary structure</li>
3389           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3390             translation doesn't work.</li>
3391           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3392           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3393             positions</li>
3394           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3395             choosing 1pt font</li>
3396           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3397             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3398             'h'</li>
3399           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3400             new feature</li>
3401           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3402             order dependent</li>
3403           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3404             sequences</li>
3405           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3406         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3407         <ul>
3408           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3409             www.jalview.org</li>
3410         </ul> <em>Application Known issues</em>
3411         <ul>
3412           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3413           <li>Misleading message appears after trying to delete
3414             solid column.</li>
3415           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3416             version launches</li>
3417           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3418             fails with a sequence mismatch</li>
3419           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3420             scrolling alignment to right</li>
3421           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3422             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3423           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3424             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3425           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3426             ultra-high resolution</li>
3427           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3428             quality and conservation</li>
3429           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3430             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3431         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3432         <ul>
3433           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3434           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3435             window is being resized</li>
3436
3437         </ul>
3438       </td>
3439     </tr>
3440     <tr>
3441       <td><div align="center">
3442           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3443         </div></td>
3444       <td><em>General</em>
3445         <ul>
3446           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3447             Certum.PL.</li>
3448           <li>Features and annotation preserved when performing
3449             pairwise alignment</li>
3450           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3451             imported/exported/displayed</li>
3452           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3453             protein secondary structure</li>
3454           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3455               post-hoc with 2.9 release</em>)
3456           </li>
3457
3458         </ul> <em>Application</em>
3459         <ul>
3460           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3461             with 3D structures</li>
3462           <li>Support for parsing RNAML</li>
3463           <li>Annotations menu for layout
3464             <ul>
3465               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3466               <li>place sequence annotation above/below alignment
3467                 annotation</li>
3468             </ul>
3469           <li>Output in Stockholm format</li>
3470           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3471             translation</li>
3472           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3473           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3474             shared between alignments</li>
3475           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3476             Jalview</li>
3477           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3478             all or current selection</li>
3479           <li>disorder and secondary structure predictions
3480             available as dataset annotation</li>
3481           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3482
3483
3484           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3485             alignments from Rfam</li>
3486           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3487
3488           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3489             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3490           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3491           <li>include installation type in build properties and
3492             console log output</li>
3493           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3494             annotation</li>
3495         </ul></td>
3496       <td>
3497         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3498         <ul>
3499           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3500             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3501           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3502             alignment</li>
3503           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3504           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3505           <li>Double click on sequence associated annotation
3506             selects only first column</li>
3507           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3508             leaves shown in tree</li>
3509           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3510             properly</li>
3511           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3512           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3513             screen and buttons not visible</li>
3514           <li>author list isn't updated if already written to
3515             Jalview properties</li>
3516           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3517             from database</li>
3518           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3519           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3520             browser search window</li>
3521           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3522             in feature settings dialog</li>
3523           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3524             desktop</li>
3525           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3526             pass validation</li>
3527           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3528             fit on screen</li>
3529           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3530             tooltip</li>
3531           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3532             defined user preset</li>
3533           <li>MSA web services warns user if they were launched
3534             with invalid input</li>
3535           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3536             Java 8</li>
3537           <li>
3538             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3539             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3540             created
3541           </li>
3542
3543         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3544         <ul>
3545         </ul> <em>General</em>
3546         <ul>
3547         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3548         <ul>
3549           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3550             memory allocation</li>
3551           <li>launchApp service doesn't automatically open
3552             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3553           <li>
3554             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3555             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3556             1.7_055 is available
3557           </li>
3558         </ul> <em>Application Known issues</em>
3559         <ul>
3560           <li>
3561             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3562             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3563             alignment to right
3564           </li>
3565           <li>
3566             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3567             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3568             with large number of ID
3569           </li>
3570           <li>
3571             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3572             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3573             start/end
3574           </li>
3575           <li>
3576             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3577             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3578             structure tracks are rearranged
3579           </li>
3580           <li>
3581             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3582             invalid rna structure positional highlighting does not
3583             highlight position of invalid base pairs
3584           </li>
3585           <li>
3586             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3587             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3588             project from alignment window file menu
3589           </li>
3590           <li>
3591             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3592             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3593             structures
3594           </li>
3595           <li>
3596             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3597             colour by RNA Helices not enabled when user created
3598             annotation added to alignment
3599           </li>
3600           <li>
3601             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3602             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3603           </li>
3604         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3605         <ul>
3606           <li>
3607             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3608             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3609           </li>
3610           <li>
3611             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3612             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3613           </li>
3614
3615           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3616             when selected</li>
3617         </ul>
3618       </td>
3619     </tr>
3620     <tr>
3621       <td><div align="center">
3622           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3623         </div></td>
3624       <td>
3625         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3626         <em>General</em>
3627         <ul>
3628           <li>Internationalisation of user interface (usually
3629             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3630           <li>Define/Undefine group on current selection with
3631             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3632           <li>Improved group creation/removal options in
3633             alignment/sequence Popup menu</li>
3634           <li>Sensible precision for symbol distribution
3635             percentages shown in logo tooltip.</li>
3636           <li>Annotation panel height set according to amount of
3637             annotation when alignment first opened</li>
3638         </ul> <em>Application</em>
3639         <ul>
3640           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3641             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3642           <li>Select columns containing particular features from
3643             Feature Settings dialog</li>
3644           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3645             sequences</li>
3646           <li>Update Jalview project format:
3647             <ul>
3648               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3649               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3650                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3651               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3652                 colouring</li>
3653             </ul>
3654           </li>
3655           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3656             (PAM250)</li>
3657           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3658             flanking regions for an alignment</li>
3659         </ul>
3660       </td>
3661       <td>
3662         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3663         <ul>
3664           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3665             running after job is cancelled</li>
3666           <li>cannot export features from alignments imported from
3667             Jalview/VAMSAS projects</li>
3668           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3669             float values</li>
3670           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3671             have 'display all symbols' flag set</li>
3672           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3673             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3674           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3675             Jalview</li>
3676           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3677             Lion/Webstart</li>
3678           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3679           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3680           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3681             alignment onto desktop</li>
3682           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3683             'extract scores' function</li>
3684           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3685             alignment window</li>
3686           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3687             performing IUPred disorder prediction</li>
3688           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3689             changing 'normalise logo' display setting</li>
3690           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3691             nothing matches query</li>
3692           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3693             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3694           </li>
3695           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3696             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3697           </li>
3698           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3699             Jalview's menu</li>
3700           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3701             'invalid literal/length code'</li>
3702           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3703             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3704           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3705             colourscheme</li>
3706
3707         </ul> <em>Applet</em>
3708         <ul>
3709           <li>Remove group option is shown even when selection is
3710             not a group</li>
3711           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3712             don't affect groups</li>
3713           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3714             colourscheme name</li>
3715           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3716             Annotation panel is not displayed</li>
3717           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3718             embedded windows</li>
3719         </ul> <em>Other</em>
3720         <ul>
3721           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3722             single sequence were not calculated</li>
3723           <li>annotation files that contain only groups imported as
3724             annotation and junk sequences</li>
3725           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3726             recognised as PFAM or BLC</li>
3727           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3728             doesn't affect background (2.8.0b1)
3729           <li></li>
3730           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3731           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3732             trailing gaps</li>
3733           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3734             registered correctly on import</li>
3735           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3736             certain alignments</li>
3737           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3738             existing annotation based 'use original colours'
3739             colourscheme loses original colours setting</li>
3740         </ul>
3741       </td>
3742     </tr>
3743     <tr>
3744       <td><div align="center">
3745           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3746             <em>30/1/2014</em></strong>
3747         </div></td>
3748       <td>
3749         <ul>
3750           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3751             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3752             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3753             open source project).
3754           </li>
3755           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3756           <li>Output in Stockholm format</li>
3757           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3758           <li>Export/import group and sequence associated line
3759             graph thresholds</li>
3760           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3761             ambiguity codes</li>
3762           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3763             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3764             works</li>
3765           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3766         </ul> <em>Other improvements</em>
3767         <ul>
3768           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3769           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3770             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3771           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3772             files</li>
3773           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3774           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3775             link but no description</li>
3776           <li>Select primary source when selecting authority in
3777             database fetcher GUI</li>
3778           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3779             Jalview</li>
3780           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3781         </ul>
3782       </td>
3783       <td>
3784         <ul>
3785           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3786             displayed</li>
3787           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3788             secondary structure annotation line</li>
3789           <li>Sequence database accessions not imported when
3790             fetching alignments from Rfam</li>
3791           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3792             identical IDs</li>
3793           <li>View all structures does not always superpose
3794             structures</li>
3795           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3796             reflect user or preset settings</li>
3797           <li>Null pointer exceptions for some services without
3798             presets or adjustable parameters</li>
3799           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3800             discover PDB xRefs</li>
3801           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3802             features with DAS</li>
3803           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3804             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3805           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3806             residue follows a gap</li>
3807           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3808             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3809           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3810             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3811           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3812             annotation already exists on alignment</li>
3813           <li>oninit javascript function should be called after
3814             initialisation completes</li>
3815           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3816             alignment window display</li>
3817           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3818           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3819             to annotation file</li>
3820           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3821             groups created</li>
3822           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3823             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3824           <li>Pressing return several times causes Number Format
3825             exceptions in keyboard mode</li>
3826           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3827             correct partitions for input data</li>
3828           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3829           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3830           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3831           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3832             mode</li>
3833           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3834             changes one row&#39;s threshold</li>
3835           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3836             doesn&#39;t open</li>
3837           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3838             quality histograms</li>
3839         </ul>
3840       </td>
3841     </tr>
3842     <tr>
3843       <td><div align="center">
3844           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3845         </div></td>
3846       <td><em>Application</em>
3847         <ul>
3848           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3849             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3850           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3851             preferences</li>
3852           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3853             in Jalview alignment window</li>
3854           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3855             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3856           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3857             RNA and ambiguity codes</li>
3858
3859           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3860           <li>Support fetching and database reference look up
3861             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3862             refs')</li>
3863           <li>Jalview project improvements
3864             <ul>
3865               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3866                 flag for annotation</li>
3867               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3868                 alignment</li>
3869               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3870                 Jalview project</li>
3871
3872             </ul>
3873           </li>
3874           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3875           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3876             running</li>
3877           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3878           <li>visual indication that web service results are still
3879             being retrieved from server</li>
3880           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3881             starts up for first time</li>
3882           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3883             services</li>
3884           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3885             client library</li>
3886           <li>Examples directory and Groovy library included in
3887             InstallAnywhere distribution</li>
3888         </ul> <em>Applet</em>
3889         <ul>
3890           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3891             visualization applet example</li>
3892         </ul> <em>General</em>
3893         <ul>
3894           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3895           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3896             defaults</li>
3897           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3898             calculation</li>
3899           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3900             matrices
3901           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3902             in HTML</li>
3903           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3904             structure contacts</li>
3905           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3906           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3907           <li>Parse sequence associated secondary structure
3908             information in Stockholm files</li>
3909           <li>HTML Export database accessions and annotation
3910             information presented in tooltip for sequences</li>
3911           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3912             style RNA alignment files</li>
3913           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3914             alignment</li>
3915           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3916             shade each sequence according to its associated alignment
3917             annotation</li>
3918           <li>New Jalview Logo</li>
3919         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3920         <ul>
3921           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3922           <li>New Website!</li>
3923         </ul></td>
3924       <td><em>Application</em>
3925         <ul>
3926           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3927             wsdbfetch REST service</li>
3928           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3929           <li>Filetype associations not installed for webstart
3930             launch</li>
3931           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3932             job execution in full once it is complete</li>
3933           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3934             uploaded via ali_file parameter</li>
3935           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3936           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3937           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3938             submitted for prediction</li>
3939           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3940             desktop window</li>
3941           <li>Putting fractional value into integer text box in
3942             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3943           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3944             windows 7</li>
3945           <li>View all structures fails with exception shown in
3946             structure view</li>
3947           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3948             escaped in a platform independent way</li>
3949           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3950             using proxy</li>
3951           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3952             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3953           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3954             failure when java web start temporary file caching is
3955             disabled</li>
3956           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3957             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3958           <li>Errors during processing of command line arguments
3959             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3960           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3961             DAS sources in sequence fetcher</li>
3962           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3963             dialog is shown</li>
3964           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3965           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3966           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3967           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3968             on OSX Mountain Lion</li>
3969           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3970             sequences with alignment annotation are pasted into the
3971             alignment</li>
3972           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3973             when loaded from Jalview project</li>
3974           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3975           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3976             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3977           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3978             associated with all views</li>
3979           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3980             annotation rows to new window</li>
3981         </ul> <em>Applet</em>
3982         <ul>
3983           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3984             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3985           <li>loading features via javascript API automatically
3986             enables feature display</li>
3987           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3988             work</li>
3989         </ul> <em>General</em>
3990         <ul>
3991           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3992           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3993             and then deselected</li>
3994           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3995           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3996             coloured with clustalx</li>
3997           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3998             exceptions and redraw errors</li>
3999           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4000             reconfigured view</li>
4001           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4002             colour</li>
4003           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4004             for lots of labels</li>
4005         </ul>
4006     </tr>
4007     <tr>
4008       <td>
4009         <div align="center">
4010           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4011         </div>
4012       </td>
4013       <td><em>Application</em>
4014         <ul>
4015           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4016           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4017           <li>View/alignment association menu to enable user to
4018             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4019             its colours/correspondences from</li>
4020           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4021           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4022             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4023           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4024           <li>Annotation row column label formatting attributes
4025             stored in project file</li>
4026           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4027             rows preserved in Jalview project file</li>
4028           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4029             saved using Desktop window menu</li>
4030           <li>Visual indication that command line arguments are
4031             still being processed</li>
4032           <li>Groovy script execution from URL</li>
4033           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4034             preferences</li>
4035           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4036             alignment with sequences that have high similarity and
4037             matching IDs</li>
4038           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4039           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4040             structures in same window</li>
4041           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4042           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4043             analysis function in its own submenu</li>
4044         </ul> <em>Applet</em>
4045         <ul>
4046           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4047             groups</li>
4048           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4049           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4050           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4051           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4052           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4053             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4054           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4055           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4056             parameters are treated as such</li>
4057           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4058             <ul>
4059               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4060               <li>Javascript callbacks for
4061                 <ul>
4062                   <li>Applet initialisation</li>
4063                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4064                 </ul>
4065               </li>
4066               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4067                 functions</li>
4068               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4069               <li>javascript structure viewer harness to pass
4070                 messages between Jmol and Jalview when running as
4071                 distinct applets</li>
4072               <li>sortBy method</li>
4073               <li>Set of applet and application examples shipped
4074                 with documentation</li>
4075               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4076                 javascript message exchange</li>
4077             </ul>
4078         </ul> <em>General</em>
4079         <ul>
4080           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4081             multiple alignments</li>
4082           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4083           <li>User configurable link to enable redirects to a
4084             www.Jalview.org mirror</li>
4085           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4086           <li>Configurable newline string when writing alignment
4087             and other flat files</li>
4088           <li>Allow alignment annotation description lines to
4089             contain html tags</li>
4090         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4091         <ul>
4092           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4093             examples</li>
4094           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4095             using a web service before displaying the result in the
4096             Jalview desktop</li>
4097           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4098           <li>Ant target to publish example html files with applet
4099             archive</li>
4100           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4101           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4102         </ul></td>
4103       <td><em>Application</em>
4104         <ul>
4105           <li>User defined colourscheme throws exception when
4106             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4107           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4108             dialog for valid filename/format</li>
4109           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4110           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4111             P37173</li>
4112           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4113             which sequence is to be associated with the file</li>
4114           <li>Find All raises null pointer exception when query
4115             only matches sequence IDs</li>
4116           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4117           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4118             2.4 cannot be loaded</li>
4119           <li>Filetype associations not installed for webstart
4120             launch</li>
4121           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4122             with sequences in different alignments do not get coloured
4123             by their associated sequence</li>
4124           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4125             not preserved when project is loaded</li>
4126           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4127             stored in Jalview project</li>
4128           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4129             Jalview project</li>
4130           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4131           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4132             by conservation</li>
4133           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4134             created on new view</li>
4135           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4136             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4137           <li>Alignment quality not updated after alignment
4138             annotation row is hidden then shown</li>
4139           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4140             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4141           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4142             properly</li>
4143           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4144             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4145           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4146           <li>Structures imported from file and saved in project
4147             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4148           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4149             job execution in full once it is complete</li>
4150         </ul> <em>Applet</em>
4151         <ul>
4152           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4153             annotation rows are displayed</li>
4154           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4155             codebase</li>
4156           <li>View follows highlighting does not work for positions
4157             in sequences</li>
4158           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4159           <li>Export features raises exception when no features
4160             exist</li>
4161           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4162             for javascript api is modified when separator string
4163             provided as parameter</li>
4164           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4165             alignment with no existing selection</li>
4166           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4167             to applet&#39;s codebase</li>
4168           <li>Status bar not updated after finished searching and
4169             search wraps around to first result</li>
4170           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4171             several Jalview applets causes race conditions and memory
4172             leaks</li>
4173           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4174             not sent from Jmol in applet</li>
4175           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4176             applet API fatally hang browser</li>
4177         </ul> <em>General</em>
4178         <ul>
4179           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4180             position with wrapped view and hidden regions</li>
4181           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4182             with/without hidden columns</li>
4183           <li>Sequence length given in alignment properties window
4184             is off by 1</li>
4185           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4186             import PDB like structure files</li>
4187           <li>Positional search results are only highlighted
4188             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4189           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4190           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4191             given sequence position</li>
4192           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4193             output</li>
4194           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4195             from nucleotide chains correctly</li>
4196           <li>Structure colours not updated when tree partition
4197             changed in alignment</li>
4198           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4199             parsed in interleaved stockholm</li>
4200           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4201             state</li>
4202           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4203             properly</li>
4204           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4205             properly associated with their pdb files</li>
4206         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4207         <ul>
4208           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4209             ApplyCopyright tool</li>
4210         </ul></td>
4211     </tr>
4212     <tr>
4213       <td>
4214         <div align="center">
4215           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4216         </div>
4217       </td>
4218       <td><em>Application</em>
4219         <ul>
4220           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4221             contact web services</li>
4222           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4223             service job window</li>
4224           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4225         </ul></td>
4226       <td>
4227         <ul>
4228           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4229             pir file emitted by Jalview</li>
4230           <li>Existing feature settings transferred to new
4231             alignment view created from cut'n'paste</li>
4232           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4233             parsing PDB files</li>
4234           <li>Consensus and conservation annotation rows
4235             occasionally become blank for all new windows</li>
4236           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4237             in wrapped view mode</li>
4238         </ul> <em>Application</em>
4239         <ul>
4240           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4241             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4242           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4243             parameter names</li>
4244           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4245             is down</li>
4246         </ul>
4247       </td>
4248     </tr>
4249     <tr>
4250       <td>
4251         <div align="center">
4252           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4253         </div>
4254       </td>
4255       <td><em>Application</em>
4256         <ul>
4257           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4258             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4259             (JABAWS)
4260           </li>
4261           <li>Web Services preference tab</li>
4262           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4263             preferences</li>
4264           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4265           <li>Superpose structures using associated sequence
4266             alignment</li>
4267           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4268             viewer</li>
4269         </ul> <em>Applet</em>
4270         <ul>
4271           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4272             link out mechanism</li>
4273         </ul> <em>Other</em>
4274         <ul>
4275           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4276             series 12</li>
4277           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4278             require Java 1.5</li>
4279           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4280             sequence annotation files</li>
4281           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4282             type colour specification</li>
4283           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4284             script to check if it being run in an interactive session or
4285             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4286         </ul></td>
4287       <td>
4288         <ul>
4289           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4290             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4291         </ul> <em>Application</em>
4292         <ul>
4293           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4294             selected Regions menu item</li>
4295           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4296             part of a valid accession ID</li>
4297           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4298             runs out of memory</li>
4299           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4300             analysis results</li>
4301           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4302             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4303           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4304         </ul> <em>Applet</em>
4305         <ul>
4306           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4307             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4308             defined.</li>
4309         </ul>
4310       </td>
4311     </tr>
4312     <tr>
4313       <td>
4314         <div align="center">
4315           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4316         </div>
4317       </td>
4318       <td></td>
4319       <td>
4320         <ul>
4321           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4322             sequence IDs</li>
4323           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4324             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4325           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4326             import correctly</li>
4327           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4328             number of columns are hidden</li>
4329           <li>annotation label popup menu not providing correct
4330             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4331             present</li>
4332           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4333             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4334           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4335             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4336
4337         </ul> <em>Applet</em>
4338         <ul>
4339           <li>annotation panel disappears when annotation is
4340             hidden/removed</li>
4341         </ul> <em>Application</em>
4342         <ul>
4343           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4344             alignment opened where annotation panel is visible but no
4345             annotations are present on alignment</li>
4346           <li>pasted region containing hidden columns is
4347             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4348           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4349             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4350           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4351             selected Rregions menu item.</li>
4352           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4353             'Un' or 'Non'conserved</li>
4354           <li>Sequence feature settings are being shared by
4355             multiple distinct alignments</li>
4356           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4357             changed</li>
4358           <li>double click on group annotation to select sequences
4359             does not propagate to associated trees</li>
4360           <li>Mac OSX specific issues:
4361             <ul>
4362               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4363                 window background</li>
4364               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4365                 name set correctly</li>
4366               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4367                 save feature colourscheme button</li>
4368             </ul>
4369           </li>
4370         </ul>
4371       </td>
4372     </tr>
4373     <tr>
4374
4375       <td>
4376         <div align="center">
4377           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4378         </div>
4379       </td>
4380       <td><em>New Capabilities</em>
4381         <ul>
4382           <li>URL links generated from description line for
4383             regular-expression based URL links (applet and application)
4384
4385           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4386             menu</li>
4387           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4388             structures</li>
4389           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4390             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4391           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4392             average score or total feature count for each sequence.</li>
4393           <li>Shading features by score or associated description</li>
4394           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4395             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4396           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4397             hide everything but the currently selected region.</li>
4398           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4399         </ul> <em>Application</em>
4400         <ul>
4401           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4402             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4403           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4404             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4405           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4406             database references and protein_name is parsed as
4407             description line (BioSapiens terms).</li>
4408           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4409             references in sequence ID tooltip from View menu in
4410             application.</li>
4411           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4412       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4413           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4414             conservation plots</li>
4415           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4416             and visualized as sequence logos</li>
4417           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4418             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4419           </li>
4420           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4421             when a new tree is opened.</li>
4422           <li>Jalview Java Console</li>
4423           <li>Better placement of desktop window when moving
4424             between different screens.</li>
4425           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4426             consensus annotation</li>
4427           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4428             Workflows</li>
4429           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4430             <ul>
4431               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4432                 used to preserve views, structures, and tree display
4433                 settings)</li>
4434               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4435                 command line</li>
4436               <li>Sharing of selected regions between views and
4437                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4438               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4439             </ul></li>
4440         </ul> <em>Applet</em>
4441         <ul>
4442           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4443           <li>New Parameters
4444             <ul>
4445               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4446                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4447                 opened.</li>
4448               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4449                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4450               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4451                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4452               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4453                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4454                 view</li>
4455               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4456                 increase the height or width of a cell in the alignment
4457                 grid relative to the current font size.</li>
4458             </ul>
4459           </li>
4460           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4461             tooltip</li>
4462         </ul> <em>Other</em>
4463         <ul>
4464           <li>Features format: graduated colour definitions and
4465             specification of feature scores</li>
4466           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4467             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4468             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4469           <li>XML formats extended to support graduated feature
4470             colourschemes, group associated annotation, and profile
4471             visualization settings.</li></td>
4472       <td>
4473         <ul>
4474           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4475             rather than description</li>
4476           <li>Non-positional features are now included in sequence
4477             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4478             visibility in tooltip).</li>
4479           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4480           <li>Added URL embedding instructions to features file
4481             documentation.</li>
4482           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4483             'X' in peptide product</li>
4484           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4485             sequence ID and sequence string and query strings do not
4486             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4487           <li>AMSA files only contain first column of
4488             multi-character column annotation labels</li>
4489           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4490             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4491             exported and re-imported)</li>
4492           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4493             name</li>
4494           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4495             as subsequence matches, and correctly reports total number
4496             of both.</li>
4497           <li>Application:
4498             <ul>
4499               <li>Better handling of exceptions during sequence
4500                 retrieval</li>
4501               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4502                 link text excludes the start_end suffix</li>
4503               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4504                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4505               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4506               <li>Sequence description lines properly shared via
4507                 VAMSAS</li>
4508               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4509                 data sources</li>
4510               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4511                 completes before alignment figures are generated.</li>
4512               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4513                 first time.</li>
4514               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4515                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4516               <li>User defined group colours properly recovered
4517                 from Jalview projects.</li>
4518             </ul>
4519           </li>
4520         </ul>
4521       </td>
4522
4523     </tr>
4524     <tr>
4525       <td>
4526         <div align="center">
4527           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4528         </div>
4529       </td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>Experimental support for google analytics usage
4533             tracking.</li>
4534           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4535         </ul>
4536       </td>
4537       <td>
4538         <ul>
4539           <li>Race condition in applet preventing startup in
4540             jre1.6.0u12+.</li>
4541           <li>Exception when feature created from selection beyond
4542             length of sequence.</li>
4543           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4544           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4545             all sequences with a given id</li>
4546           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4547             ID string searches</li>
4548           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4549             alignment to fail with exception</li>
4550         </ul> <em>Application Issues</em>
4551         <ul>
4552           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4553           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4554             data sources</li>
4555         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4556         <ul>
4557           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4558             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4559           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4560             version (java class versioning error fixed)</li>
4561         </ul>
4562       </td>
4563     </tr>
4564     <tr>
4565       <td>
4566
4567         <div align="center">
4568           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4569         </div>
4570       </td>
4571       <td><em>User Interface</em>
4572         <ul>
4573           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4574             translation and protein products</li>
4575           <li>Linked highlighting of structure associated with
4576             residue mapping to codon position</li>
4577           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4578             and 'clear' button</li>
4579           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4580             Tools menu</li>
4581           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4582             numeric data in description line</li>
4583           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4584           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4585             of sequence</li>
4586         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4587         <ul>
4588           <li>JPred3 web service</li>
4589           <li>Prototype sequence search client (no public services
4590             available yet)</li>
4591           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4592             PFAM</li>
4593           <li>URL Links created for matching database cross
4594             references as well as sequence ID</li>
4595           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4596         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4597         <ul>
4598           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4599             databases</li>
4600           <li>Generalised database reference retrieval and
4601             validation to all fetchable databases</li>
4602           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4603             sequence command</li>
4604         </ul> <em>Import and Export</em>
4605         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4606         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4607           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4608         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4609           File</li>
4610         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4611           triplet as name of colourscheme</li>
4612         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4613         <ul>
4614           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4615           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4616             alignments (experimental)</li>
4617           <li>Create new or select existing session to join</li>
4618           <li>load and save of vamsas documents</li>
4619         </ul> <em>Application command line</em>
4620         <ul>
4621           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4622             from applet)</li>
4623           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4624             of DAS servers to query for alignment features</li>
4625           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4626             that are also automatically queried for features</li>
4627           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4628             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4629         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4630         <ul>
4631           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4632             application (when using &quot;View in full
4633             application&quot;)</li>
4634         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4635         <ul>
4636           <li>feature group display control parameter</li>
4637           <li>debug parameter</li>
4638           <li>showbutton parameter</li>
4639         </ul> <em>Applet API methods</em>
4640         <ul>
4641           <li>newView public method</li>
4642           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4643           <li>Feature display control methods</li>
4644           <li>get list of currently selected sequences</li>
4645         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4646         <ul>
4647           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4648           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4649             Jalview release.</li>
4650           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4651             property controls execution of obfuscator</li>
4652           <li>Build target for generating source distribution</li>
4653           <li>Debug flag for javacc</li>
4654           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4655             jalview.bin.Cache</li>
4656           <li>Continuous Build Integration for stable and
4657             development version of Application, Applet and source
4658             distribution</li>
4659         </ul></td>
4660       <td>
4661         <ul>
4662           <li>selected region output includes visible annotations
4663             (for certain formats)</li>
4664           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4665             for editing</li>
4666           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4667           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4668           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4669           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4670             comments</li>
4671           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4672             filenames containing a ':'</li>
4673           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4674             global sequence features</li>
4675           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4676             references from alignment sequences goes to zero</li>
4677           <li>Close of tree branch colour box without colour
4678             selection causes cascading exceptions</li>
4679           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4680           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4681             file parsing fails.</li>
4682           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4683           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4684             not a valid output format</li>
4685           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4686             vamsas</li>
4687           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4688           <li>error messages passed up and output when data read
4689             fails</li>
4690           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4691             sequence is edited</li>
4692           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4693             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4694           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4695             filetype</li>
4696           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4697             import fixed for PFAM records</li>
4698           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4699             window list</li>
4700           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4701             can be read and written correctly to annotation file</li>
4702           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4703             correctly</li>
4704           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4705             non-italic font for representatives in Applet</li>
4706           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4707             Macs.</li>
4708           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4709             Applet)</li>
4710           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4711             due to null pointer exceptions</li>
4712           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4713             first column of alignment</li>
4714           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4715             July 2008</li>
4716           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4717             file is case-insensitive</li>
4718           <li>Sequence features read from Features file appended to
4719             all sequences with matching IDs</li>
4720           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4721             containing a sub-sequence</li>
4722           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4723           <li>feature and annotation file applet parameters
4724             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4725           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4726           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4727             splash-screen version check to complete</li>
4728           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4729             when passing them to the launchApp service</li>
4730           <li>display name and local features preserved in results
4731             retrieved from web service</li>
4732           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4733             sequence fetcher initialisation</li>
4734           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4735             dasobert DAS client</li>
4736           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4737             association</li>
4738           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4739             sequences
4740           </li>
4741         </ul>
4742       </td>
4743     </tr>
4744     <tr>
4745       <td>
4746         <div align="center">
4747           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4748         </div>
4749       </td>
4750       <td>
4751         <ul>
4752           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4753           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4754           <li>Slide sequences</li>
4755           <li>Edit sequence in place</li>
4756           <li>EMBL CDS features</li>
4757           <li>DAS Feature mapping</li>
4758           <li>Feature ordering</li>
4759           <li>Alignment Properties</li>
4760           <li>Annotation Scores</li>
4761           <li>Sort by scores</li>
4762           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4763         </ul>
4764       </td>
4765       <td>
4766         <ul>
4767           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4768           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4769           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4770           <li>Feature group display state in XML</li>
4771           <li>Feature ordering in XML</li>
4772           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4773           <li>Stockholm alignment properties</li>
4774           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4775           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4776           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4777           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780
4781     </tr>
4782     <tr>
4783       <td>
4784         <div align="center">
4785           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4786         </div>
4787       </td>
4788       <td>
4789         <ul>
4790           <li>Non standard characters can be read and displayed
4791           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4792             applet via textbox
4793           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4794             name &amp; description
4795           <li>Preference setting to display sequence name in
4796             italics
4797           <li>Annotation file format extended to allow
4798             Sequence_groups to be defined
4799           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4800             specified in preferences
4801           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4802             sequences
4803         </ul>
4804       </td>
4805       <td>
4806         <ul>
4807           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4808             installed
4809           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4810           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4811         </ul>
4812       </td>
4813     </tr>
4814     <tr>
4815       <td>
4816         <div align="center">
4817           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4818         </div>
4819       </td>
4820       <td>
4821         <ul>
4822           <li>Multiple views on alignment
4823           <li>Sequence feature editing
4824           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4825           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4826           <li>Background dependent text colour
4827           <li>Right align sequence ids
4828           <li>User-defined lower case residue colours
4829           <li>Format Menu
4830           <li>Select Menu
4831           <li>Menu item accelerator keys
4832           <li>Control-V pastes to current alignment
4833           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4834           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4835           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4836
4837           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4838         </ul>
4839       </td>
4840       <td>
4841         <ul>
4842           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4843           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4844             calculations
4845           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4846             edits
4847           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4848             of alignment)
4849           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4850
4851           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4852             display correctly
4853           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4854           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4855             analysis results
4856           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4857             &#8739;
4858           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4859           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4860           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4861
4862         </ul>
4863       </td>
4864     </tr>
4865     <tr>
4866       <td>
4867         <div align="center">
4868           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4869         </div>
4870       </td>
4871       <td>
4872         <ul>
4873           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4874         </ul>
4875       </td>
4876       <td>
4877         <ul>
4878           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4879             sequence id panel has been resized</li>
4880           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4881             rendered</li>
4882           <li>Annotation files with sequence references - all
4883             elements in file are relative to sequence position</li>
4884           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4885         </ul>
4886       </td>
4887     </tr>
4888     <tr>
4889       <td>
4890         <div align="center">
4891           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4892         </div>
4893       </td>
4894       <td>
4895         <ul>
4896           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4897           <li>DAS Feature fetching</li>
4898           <li>Hide sequences and columns</li>
4899           <li>Export Annotations and Features</li>
4900           <li>GFF file reading / writing</li>
4901           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4902             files</li>
4903           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4904           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4905           <li>Applet can launch the full application</li>
4906           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4907             required)</li>
4908           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4909           <li>Applet can load sequences from parameter
4910             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4911           </li>
4912         </ul>
4913       </td>
4914       <td>
4915         <ul>
4916           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4917           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4918           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4919         </ul>
4920       </td>
4921     </tr>
4922     <tr>
4923       <td>
4924         <div align="center">
4925           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4926         </div>
4927       </td>
4928       <td>
4929         <ul>
4930           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4931           <li>Choose to match case when searching</li>
4932           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4933             expand the visible width and height of the alignment</li>
4934         </ul>
4935       </td>
4936       <td>
4937         <ul>
4938           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4939         </ul>
4940       </td>
4941     </tr>
4942     <tr>
4943       <td>
4944         <div align="center">
4945           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4946         </div>
4947       </td>
4948       <td>&nbsp;</td>
4949       <td>
4950         <ul>
4951           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4952           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4953             value</li>
4954         </ul>
4955       </td>
4956     </tr>
4957     <tr>
4958       <td>
4959         <div align="center">
4960           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4961         </div>
4962       </td>
4963       <td>
4964         <ul>
4965           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4966           <li>Keyboard editing</li>
4967           <li>Create sequence features from searches</li>
4968           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4969             alignments</li>
4970           <li>Features file allows grouping of features</li>
4971           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4972           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4973           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4974         </ul>
4975       </td>
4976       <td>
4977         <ul>
4978           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4979           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4980             descriptions saved.</li>
4981         </ul>
4982       </td>
4983     </tr>
4984     <tr>
4985       <td>
4986         <div align="center">
4987           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4988         </div>
4989       </td>
4990       <td>
4991         <ul>
4992           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4993           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4994           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4995             name for file output</li>
4996           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4997           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4998             used for HTML form input</li>
4999         </ul>
5000       </td>
5001       <td>
5002         <ul>
5003           <li>HTML output writes groups and features</li>
5004           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5005           <li>File IO bugs</li>
5006         </ul>
5007       </td>
5008     </tr>
5009     <tr>
5010       <td>
5011         <div align="center">
5012           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5013         </div>
5014       </td>
5015       <td>
5016         <ul>
5017           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5018           <li>More options for PCA viewer</li>
5019         </ul>
5020       </td>
5021       <td>
5022         <ul>
5023           <li>GUI bugs resolved</li>
5024           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5025         </ul>
5026       </td>
5027     </tr>
5028     <tr>
5029       <td height="63">
5030         <div align="center">
5031           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5032         </div>
5033       </td>
5034       <td>
5035         <ul>
5036           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5037           <li>Jar files are executable</li>
5038           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5039         </ul>
5040       </td>
5041       <td>
5042         <ul>
5043           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5044           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5045           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5046         </ul>
5047       </td>
5048     </tr>
5049     <tr>
5050       <td>
5051         <div align="center">
5052           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5053         </div>
5054       </td>
5055       <td>
5056         <ul>
5057           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5058         </ul>
5059       </td>
5060       <td>
5061         <ul>
5062           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5063         </ul>
5064       </td>
5065     </tr>
5066     <tr>
5067       <td>
5068         <div align="center">
5069           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5070         </div>
5071       </td>
5072       <td>
5073         <ul>
5074           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5075             size</li>
5076         </ul>
5077       </td>
5078       <td>
5079         <ul>
5080           <li>Improved JPred client reliability</li>
5081           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5082         </ul>
5083       </td>
5084     </tr>
5085     <tr>
5086       <td>
5087         <div align="center">
5088           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5089         </div>
5090       </td>
5091       <td>
5092         <ul>
5093           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5094           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5095           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5096             to Colour Menu</li>
5097           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5098           <li>Unix users can set default web browser</li>
5099           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5100           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5101         </ul>
5102       </td>
5103       <td>
5104         <ul>
5105           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5106         </ul>
5107       </td>
5108     </tr>
5109     <tr>
5110       <td>
5111         <div align="center">
5112           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5113         </div>
5114       </td>
5115       <td>&nbsp;</td>
5116       <td>
5117         <ul>
5118           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5119             alignment order.</li>
5120         </ul>
5121       </td>
5122     </tr>
5123     <tr>
5124       <td>
5125         <div align="center">
5126           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5127         </div>
5128       </td>
5129       <td>
5130         <ul>
5131           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5132           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5133           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5134             annotations.</li>
5135           <li>Version and build date written to build properties
5136             file.</li>
5137           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5138             at launch of Jalview.</li>
5139         </ul>
5140       </td>
5141       <td>
5142         <ul>
5143           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5144           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5145           <li>Can remove groups one by one.</li>
5146           <li>Filechooser icons installed.</li>
5147           <li>Finder ignores return character when searching.
5148             Return key will initiate a search.<br>
5149           </li>
5150         </ul>
5151       </td>
5152     </tr>
5153     <tr>
5154       <td>
5155         <div align="center">
5156           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5157         </div>
5158       </td>
5159       <td>
5160         <ul>
5161           <li>New codebase</li>
5162         </ul>
5163       </td>
5164       <td>&nbsp;</td>
5165     </tr>
5166   </table>
5167   <p>&nbsp;</p>
5168 </body>
5169 </html>