help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 112             argument to prevent automatic discovery of analysis
 113             webservices on launch
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 117             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 118             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 119             textbox
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 123             text
 124           </li>
 125         </ul>
 126         <em>Jalview Native App</em>
 127         <ul>
 128           <li>
 129             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 130             to get at Jalview's development builds
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 134             and Jalview Develop applications.
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 138             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 139             than anonymous 'Java' icons
 140           </li>
 141         </ul> <em>JalviewJS</em>
 142         <ul>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 145             SIFTS
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 152             reported once per key (avoids excessive log output in js
 153             console)
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 157             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 158           </li>
 159           <li></li>
 160         </ul> <em>Development</em>
 161         <ul>
 162           <li>
 163             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 164           </li>
 165           <li>Updated building instructions</li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 168             process, added support for system package provided eclipse
 169             installs on linux
 170           </li>
 171           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 172           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 173             Sur and Monterey</li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 176             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 177             the DMG
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 181             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 182             Jalview Launcher
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 186             with Java 17 (next LTS target)
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing) Look and Feel used by Jalview
 190           </li>
 191
 192         </ul>
 193
 194       </td>
 195       <td>
 196         <ul>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 199             execution
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 203             disappears when only one structure is shown (and many
 204             sequences:one chain mappings are present)
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 208             the first SEQUENCE_GROUP defined
 209
 210           </li>
 211
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 214             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 215             trees (known defect from 2.11.1.3)
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 219             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 223             base in DNA sequences
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 227             Structure Preferences
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 237             modified graduated colour
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 241             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 242             clustal colouring is enabled
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 249             routing to stderr and appear as a raw template
 250           </li>
 251         </ul> <em>JalviewJS</em>
 252         <ul>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 255             down) percentage values causing a divide by zero
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- -->
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- -->
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- -->
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- -->
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 271             via Info.args when there are arguments on the URL
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 278             JalviewJS
 279           </li>
 280         </ul> <em>Development</em>
 281         <ul>
 282           <li>Gradle
 283             <ul>
 284               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 285               <li>
 286                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 287                 Gradle v.6.6+
 288               </li>
 289             </ul>
 290           </li>
 291
 292         </ul>
 293       </td>
 294     </tr>
 295     <tr>
 296       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 297           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 298           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 299       <td></td>
 300       <td align="left" valign="top">
 301         <ul>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 304             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 305             Unix/BSD OSs)
 306           </li>
 307         </ul> <em>Security</em>
 308         <ul>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 311             certificates.
 312           </li>
 313         </ul>
 314     </tr>
 315     <tr>
 316       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 317           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 318           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 319
 320       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 321         <ul>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 324             2.16.0 to 2.17.0.
 325           </li>
 326         </ul></td>
 327       <td></td>
 328     </tr>
 329     <tr>
 330       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 331           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 332           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 333
 334       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 335         <ul>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 338             (was log4j 1.2.x).
 339         </ul> <em>Development</em>
 340         <ul>
 341           <li>Updated building instructions</li>
 342         </ul></td>
 343       <td>
 344         <ul>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 347             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 348             and display)
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 352             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 353             only)
 354           </li>
 355         </ul> <em>Development</em>
 356         <ul>
 357           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 358         </ul>
 359       </td>
 360     </tr>
 361     <tr>
 362       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 363           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 364           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 365       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 366           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 367         <ul>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 370             launch of the news browser (like -nonews argument)
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 374             download of linkout URLs from
 375             www.jalview.org/services/identifiers
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 379             download of BIOJSHTML templates
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 383             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 384             disabled
 385           </li>
 386         </ul></td>
 387       <td align="left" valign="top">
 388         <ul>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 391             Jmol
 392           </li>
 393         </ul> <em>New Known defects</em>
 394         <ul>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 397             always restored from project (since 2.10.3)
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 401             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 402           </li>
 403         </ul>
 404       </td>
 405     </tr>
 406     <tr>
 407       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 408           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 409           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 410       <td align="left" valign="top">
 411         <ul>
 412
 413         </ul>
 414       </td>
 415       <td align="left" valign="top">
 416         <ul>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 419             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 423             sequences can be classed as nucleotide
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 427             sequences after alignment of protein products (known defect
 428             first reported for 2.11.1.0)
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 432             features outwith CDS shown overlaid on protein
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 436             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 437             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 441             CDS features
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 445             always select corresponding protein sequences
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 449             column selection doesn't always ignore hidden columns
 450           </li>
 451         </ul> <em>Installer</em>
 452         <ul>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 455             Windows prevents install4j launching getdown
 456           </li>
 457         </ul> <em>Development</em>
 458         <ul>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 461             version numbers in doc/building.md
 462           </li>
 463         </ul>
 464       </td>
 465     </tr>
 466     <tr>
 467       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 468           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 469           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 470       <td align="left" valign="top">
 471         <ul>
 472         </ul>
 473       </td>
 474       <td align="left" valign="top">
 475         <ul>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 478             "Encountered problems opening
 479             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 480           </li>
 481         </ul>
 482       </td>
 483     </tr>
 484     <tr>
 485       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 486           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 487           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 488       <td align="left" valign="top">
 489         <ul>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 492             residue in cursor mode
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 496             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 500             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 501             improved compatibility with JalviewJS
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 505             alignments from Pfam and Rfam
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 509             import (no longer based on .gz extension)
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 516             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 517             EMBL flat file
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 521             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 522             saving or making backup files.
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 526             <ul>
 527               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 528               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 529             </ul>
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 533             when running on Linux (Requires Java 11+)
 534           </li>
 535         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 536         <ul>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 539             through a system property
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 543             line help for configuring Jalview's memory
 544           </li>
 545         </ul>
 546       </td>
 547       <td align="left" valign="top">
 548         <ul>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 551             but not calculated and no protein or DNA score models are
 552             available for tree/PCA calculation when launched with
 553             Turkish language locale
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 557             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 561             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 565             sequence under the cursor
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 569             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 573             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 574             '%s'" on the console
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 578             when there are both local and complementary features mapped
 579             to the position under the cursor
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 583             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 587             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 591             internationalised text for some messages and log output
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 595             hidden gapped columns
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 599             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 603             specifying output format when exporting an alignment via the
 604             command line
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 608             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 609             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 610             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 611             file again, and if that fails, delete the original file and
 612             save in place.)
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 616             via command line
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 620             program and documentation
 621           </li>
 622         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 623         <ul>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 626             first time for a version that has different jars to the
 627             previous launched version.
 628           </li>
 629         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 630         <ul>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 633             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 634             OutOfMemory error.
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 638             monitor the release channel
 639           </li>
 640         </ul> <em>New Known defects</em>
 641         <ul>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 644             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 645             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 646             RNA viruses)
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 650             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 651             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 655             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 656             works for the top left quadrant of the alignment window
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 660             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 664             when alignment view restored from project (since Jalview
 665             2.11.0)
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 669             protein products for certain ENA records are repeatedly
 670             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 671           </li>
 672         </ul>
 673       </td>
 674     </tr>
 675     <tr>
 676       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 677           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 678           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 679       <td align="left" valign="top">
 680         <ul>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 683             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 684             for display in alignments, on structure views (including
 685             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 686             export.
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 690             exported and re-imported as GFF3 files
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 694             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 695           </li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 698             validation while parsing
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 702             position if reopened
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 706             of associated view
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 710             enabled by default
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 714             tooltips and menus
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 718             with no feature types visible
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 722             attributes with large integer values
 723           </li>
 724         </ul>
 725         <em>Jalview Installer</em>
 726         <ul>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 729             installer template version reported in console (may be null
 730             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 734             higher quality background images
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 738             generated with install4j 8.0.4
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 742             Platforms
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 746             setting when running on large memory machines
 747           </li>
 748         </ul> <em>Release processes</em>
 749         <ul>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 755             access to test-release channel builds
 756           </li>
 757         </ul> <em>Build System</em>
 758         <ul>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 764             report
 765           </li>
 766         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 767         <ul>
 768           <li>
 769             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 770             to stdout containing the consensus sequence for each
 771             alignment in a Jalview session
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 775             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 776             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 777           </li>
 778         </ul>
 779       </td>
 780       <td align="left" valign="top">
 781         <ul>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 784             'Show hidden markers' option is not ticked
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 788             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 789             jalview preferences or properties file
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 793             'Show Sequence Features' option is not ticked
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 797             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 798             features are visible
 799           </li>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 802             equal when split frame is first opened
 803           </li>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 806             correct after editing a sequence's start position
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 810             with annotation and exceptions thrown when only a few
 811             columns shown in wrapped mode
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 815             wrapped alignment figure with annotations
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 819             ID fails with ClassCastException
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 823             Project
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 827             feature settings dialog also selects columns
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 831             IllegalArgumentException in some circumstances
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 835             opened for a view
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 839             alignment window is closed
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 843             help documentation for 2.11.0 release
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 847             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 848             Uniprot Accession
 849           </li>
 850         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 851         <ul>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 854             PDB/Uniprot search panel
 855           </li>
 856         </ul> <em>Installer</em>
 857         <ul>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 860             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 861           </li>
 862         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 863         <ul>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 866             repository
 867           </li>
 868           <li>
 869             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 870             memory
 871           </li>
 872         </ul> <em>New Known Issues</em>
 873         <ul>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 876             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 877             command line
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 881             clipped in headless figure export when Right Align option
 882             enabled
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 886             'Source' in console output
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 890             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 891           </li>
 892         </ul>
 893       </td>
 894     </tr>
 895     <tr>
 896       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 897           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 898       <td align="left" valign="top">
 899         <ul>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 902             Application and Installers built with <a
 903             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 904             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 905             InstallAnywhere
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 909             memory settings, receive over the air updates and launch
 910             specific versions via (<a
 911             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 912               Rings' GetDown</a>)
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 916             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 917             files)
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 921             line arguments and switch between different getdown channels
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 925             project or alignment files
 926           </li>
 927
 928           <li>
 929             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 930             data files
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 934             updated to version 2.12.0
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 938             'Translate as cDNA'
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 942           </li>
 943           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 944               of Sequence Features</strong>
 945             <ul>
 946               <li>
 947                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 948                 implementation that allows updates) used for Sequence
 949                 Feature collections
 950               </li>
 951               <li>
 952                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 953                 features can be filtered and shaded according to any
 954                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 955                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 956                 file)
 957               </li>
 958               <li>
 959                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 960                 stored and restored from Jalview Projects
 961               </li>
 962               <li>
 963                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 964                 BioJava) to recognise variant features
 965               </li>
 966               <li>
 967                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 968                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 969               </li>
 970               <li>
 971                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 972                 selected sequence feature's details
 973               </li>
 974               <li>
 975                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 976                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 977                 and filter aware)
 978               </li>
 979               <li>
 980                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 981                 Settings dialog
 982               </li>
 983             </ul></li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 986             and PCA calculations
 987           </li>
 988           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 989             <ul>
 990               <li>
 991                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 992                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 993               </li>
 994               <li>
 995                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
 996                 viewer's drop-down menus
 997               </li>
 998               <li>
 999                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1000                 PCA image incrementally
1001               </li>
1002               <li>
1003                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1004               </li>
1005             </ul></li>
1006           <li>
1007             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1008           </li>
1009           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1010             <ul>
1011               <li>
1012                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1013                 selections and multiple groups when working with large
1014                 alignments
1015               </li>
1016               <li>
1017                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1018                 parsing Stockholm files
1019               </li>
1020             </ul>
1021           <li><strong>User Interface</strong>
1022             <ul>
1023               <li>
1024                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1025                 each view
1026               </li>
1027               <li>
1028                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1029                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1030                 regions of alignment are shown by default (can be
1031                 changed in user preferences)
1032               </li>
1033               <li>
1034                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1035                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1036               </li>
1037               <li>
1038                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1039                 when all sequences are hidden
1040               </li>
1041               <li>
1042                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1043                 selection region, and gap count when inserting or
1044                 deleting gaps
1045               </li>
1046               <li>
1047                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1048                 annotation labels
1049               </li>
1050               <li>
1051                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1052                 shown when in wrapped mode
1053               </li>
1054               <li>
1055                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1056                 left/right in a graph or histogram annotation
1057               </li>
1058               <li>
1059                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1060                 search panels
1061               </li>
1062               <li>
1063                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1064                 Overview panel
1065               </li>
1066               <li>
1067                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1068                 sequence id popup menu
1069               </li>
1070               <li>
1071                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1072                 not shown if no subgroups are created
1073               </li>
1074               <li>
1075                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1076                 search history by right-clicking search box
1077               </li>
1078
1079
1080             </ul></li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1083             Groovy v2.5
1084           </li>
1085           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1086               release)</strong>
1087             <ul>
1088               <li>
1089                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1090                 entry and trapping CMD-Q
1091               </li>
1092             </ul></li>
1093         </ul> <em>Deprecations</em>
1094         <ul>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1097             capabilities removed from the Jalview Desktop
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1101             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1102             projects and XML based data retrieval clients
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1106             removal
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1110             Start
1111           </li>
1112         </ul> <em>Documentation</em>
1113         <ul>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1116             effects not supported in EPS figure export
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1120             dialog
1121           </li>
1122         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1123         <ul>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1126             from Ant to Gradle
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1130             keys in Message bundles
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1134             gradle-eclipse
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1138             continuous integration for unattended Test Suite execution
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1142             operations
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1146             issues resolved
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1150             markdown (with HTML rendering)
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1157             versions of Jalview
1158           </li>
1159         </ul>
1160       </td>
1161       <td align="left" valign="top">
1162         <ul>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1168             superposition in Jmol fail on Windows
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1172             discovering structures for sequences with lots of PDB
1173             structures
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1177             with monospaced font
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1181             Jalview project involving multiple views
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1185             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1186             Annotation dialog hides columns
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1190             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1191             selection in one view, then making another selection in the
1192             other view
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1196             columns
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1200             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1204             redrawing the overview with large alignments
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1208             region if columns were selected by dragging right-to-left
1209             and the mouse moved to the left of the first column
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1213             a hidden column marker via scale popup menu
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1217             URLs doesn't tell users the invalid URL
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1221             score from view
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1225             during show cross references or Fetch Database References
1226             are shown in red in original view
1227           </li>
1228           <li>
1229             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1230             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1231             p.Res.null)
1232           </li>
1233           <li>
1234             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1235             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1236           </li>
1237           <li>
1238             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1239             printed when columns are hidden
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1243             Columns by Annotation description
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1247             dragging out of Scale or Annotation Panel
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1251             out of scale panel
1252           </li>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1255             alignment down
1256           </li>
1257           <li>
1258             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1259             in scale panel
1260           </li>
1261           <li>
1262             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1263             Down, Page Up in wrapped mode
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1267           </li>
1268           <li>
1269             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1273             selected on opening an alignment
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1277             in Colour menu
1278           </li>
1279           <li>
1280             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1281             when different groups in the alignment are selected
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1285             shown correctly in menu
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1289             min/max threshold limit
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1293             threshold gets 'unrounded'
1294           </li>
1295           <li>
1296             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1297             colour
1298           </li>
1299           <li>
1300             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1301             axis
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1305           </li>
1306           <li>
1307             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1308             alignment, not Tree font
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1312             from project file
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1316             Overview shown in complementary view
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1320             shown without normalisation
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1324             positioned at top of report
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1331             OSX Mojave
1332           </li>
1333         </ul> <em>Editing</em>
1334         <ul>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1337             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1338             via 'Edit' sequence
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1342             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1343             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1344           </li>
1345           <li>
1346             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1347             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1348           </li>
1349           <li>
1350             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1351             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1352             in 2.10.5)
1353           </li>
1354         </ul> <em>Datamodel</em>
1355         <ul>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1358             sequence's End is greater than its length
1359           </li>
1360         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1361           release)</em>
1362         <ul>
1363           <li>
1364             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1365           </li>
1366         </ul> <em>New Known Defects</em>
1367         <ul>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1370             clicking ignores bounds of an existing selected region
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1374             gapped regions of protein alignment.
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1378             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1382             after 'New View'
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1386             columns within hidden columns
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1390             re-enters window after dragging left to select columns to
1391             left of visible region
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1395             description string and thresholded by score in earlier
1396             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1397             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1401             reset group visibility
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1405             linked CDS/Protein view
1406           </li>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1409             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1410           </li>
1411         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1412         <ul>
1413           <li>
1414             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1415             alphabetically when saved
1416           </li>
1417         </ul>
1418       </td>
1419     </tr>
1420     <tr>
1421       <td width="60" nowrap>
1422         <div align="center">
1423           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1424         </div>
1425       </td>
1426       <td><div align="left">
1427           <em></em>
1428           <ul>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1431               InstallAnywhere increased to 1G.
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1435               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1436               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1437                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1438                 properties file.</em>
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1442               API and sequence data now imported as JSON.
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1446               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1447               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1448               property.
1449             </li>
1450           </ul>
1451           <em>Development</em>
1452           <ul>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1455               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1456                 Clover</a>
1457             </li>
1458           </ul>
1459         </div></td>
1460       <td><div align="left">
1461           <em></em>
1462           <ul>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1465               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1466               alignment.
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1470               annotation displayed.
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1474               for newly created group when 'Apply to all groups'
1475               selected
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1479               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1480               visible.
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1484               when sequences are selected in exported view.</em>
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1488               aren't rendered with correct colour.
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1492               types of knotted RNA secondary structure.
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1496               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1497               do not start at 1.
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1501               annotation when columns are inserted into an alignment,
1502               and when exporting as Stockholm flatfile.
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1506               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1507               treated as RNA secondary structure.
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1511               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1515               transfers focus to previous window on OSX
1516             </li>
1517           </ul>
1518           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1519           <ul>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1522               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1523               box.
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1527               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1528               'look and feel' which has improved compatibility with the
1529               latest version of OSX.
1530             </li>
1531           </ul>
1532         </div></td>
1533     </tr>
1534     <tr>
1535       <td width="60" nowrap>
1536         <div align="center">
1537           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1538             <em>7/06/2018</em></strong>
1539         </div>
1540       </td>
1541       <td><div align="left">
1542           <em></em>
1543           <ul>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1546               annotation retrieved from Uniprot
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1550               onto the Jalview Desktop
1551             </li>
1552           </ul>
1553         </div></td>
1554       <td><div align="left">
1555           <em></em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1559               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1563               right-hand column parsed correctly
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1567               not alignment area in exported graphic
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1571               window has input focus
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1575               annotation added to view (Windows)
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1579               network connectivity is poor
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1583               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1584                 the currently open URL and links from a page viewed in
1585                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1586                 you are using Edge, only links in the page can be
1587                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1588                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1589             </li>
1590           </ul>
1591           <em>New Known Defects</em>
1592           <ul>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1595               Annotation
1596             </li>
1597           </ul>
1598         </div></td>
1599     </tr>
1600     <tr>
1601       <td width="60" nowrap>
1602         <div align="center">
1603           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1604         </div>
1605       </td>
1606       <td><div align="left">
1607           <em></em>
1608           <ul>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1611               for disabling automatic superposition of multiple
1612               structures and open structures in existing views
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1616               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1617               adjust them.
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1621               Ensembl services
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1625               and lots of hidden columns
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1629               of features (particularly when transparency is disabled)
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1633               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1634               made generally available
1635             </li>
1636           </ul>
1637         </div></td>
1638       <td><div align="left">
1639           <ul>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1642               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1646               overlapping alignment panel
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1650               sequence as gaps
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1654               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1655               UTR
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1659               factor annotation not added to sequence when local PDB
1660               file associated with it by drag'n'drop or structure
1661               chooser
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1665               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1669               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1673               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1677               columns in annotation row
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1681               not honored in batch mode
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1685               for structures added to existing Jmol view
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1689               entries after importing project with multiple views
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1693               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1694               with negative residue numbers or missing residues fails
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1698               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1699               files (e.g. as generated by CONSURF)
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1703               tooltip doesn't include a text description of mutation
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1707               structure and/or overview windows are also shown
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1711               regions very slow for alignments with large numbers of
1712               sequences
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1716               with 'StringIndexOutOfBounds'
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1720               Feel for OSX platforms running Java 10
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1724               view appears to do nothing because the view is hidden
1725               behind the alignment view
1726             </li>
1727           </ul>
1728           <em>Applet</em>
1729           <ul>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1732               should copy the group consensus when popup is opened on it
1733             </li>
1734           </ul>
1735           <em>Batch Mode</em>
1736           <ul>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1739               respected
1740             </li>
1741           </ul>
1742           <em>New Known Defects</em>
1743           <ul>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1746               editing a large alignment and overview is displayed
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1750               repeatedly after a series of edits even when the overview
1751               is no longer reflecting updates
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1755               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1756               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1757               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1761               CSV option gives blank output
1762             </li>
1763           </ul>
1764         </div></td>
1765     </tr>
1766     <tr>
1767       <td width="60" nowrap>
1768         <div align="center">
1769           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1770             <em>24/1/2018</em></strong>
1771         </div>
1772       </td>
1773       <td><div align="left">
1774           <ul>
1775             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1776               30th November 2018)</li>
1777           </ul>
1778         </div></td>
1779       <td><div align="left">
1780           <em>Desktop</em>
1781           <ul>
1782             <ul>
1783               <li>
1784                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1785                 several sequences and structures are selected for
1786                 viewing/superposing
1787               </li>
1788               <li>
1789                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1790                 vertically via trackpad and scrollwheel
1791               </li>
1792               <li>
1793                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1794                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1795                 start of alignment
1796               </li>
1797               <li>
1798                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1799                 scrolled into view if columns are hidden
1800               </li>
1801               <li>
1802                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1803                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1804                 hidden columns
1805               </li>
1806               <li>
1807                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1808                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1809                 effect
1810               </li>
1811               <li>
1812                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1813                 relationships when retrieving sequences from
1814                 EnsemblGenomes
1815               </li>
1816             </ul>
1817         </div></td>
1818     </tr>
1819     <tr>
1820       <td width="60" nowrap>
1821         <div align="center">
1822           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1823         </div>
1824       </td>
1825       <td><div align="left">
1826           <em></em>
1827           <ul>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1830               rendering of sequence features
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1834               429 rate limit request hander
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1838               their colours have changed
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1842               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1846               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1850               view from Ensembl locus cross-references
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1854               Alignment report
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1858               feature can be disabled
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1862               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1866               Uniprot
1867             </li>
1868           </ul>
1869           <em>Scripting</em>
1870           <ul>
1871             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1872             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1873               percent identity scores for current alignment.</li>
1874           </ul>
1875           <em>Testing and Deployment</em>
1876           <ul>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1879             </li>
1880           </ul>
1881         </div></td>
1882       <td><div align="left">
1883           <em>General</em>
1884           <ul>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1887               threshold text field doesn't trigger an update to the
1888               alignment view
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1892               strings in parallel
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1896               alignment window is closed
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1900               group visibility
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1904               takes a long time in Cursor mode
1905             </li>
1906           </ul>
1907           <em>Desktop</em>
1908           <ul>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1911               cannot be viewed in Chimera
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1915               CDS/Protein view
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1919               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1920               Search Dialogs
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1930               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1934               scrolling right in unwapped alignment view
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1938               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1939               database
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1943               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1947               features of same type and group to be selected for
1948               amending
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1952               alignments when hidden columns are present
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1956               displaying several structures
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1960               moving a window
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1964               within the Jalview desktop on OSX
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1968               when in wrapped alignment mode
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1972               hand end of alignment
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1976               each selected sequence do not have correct start/end
1977               positions
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1981               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1985               restoring project until a new view is created
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1989               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1990               configured (since 2.10.2b2)
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1994               position is adjusted
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1998               in a multi-chain structure when viewing alignment
1999               involving more than one chain (since 2.10)
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2003               if new selection moves alignment window
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2007               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2011               that produces correctly annotated transcripts and products
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2015               doesn't update associated structure view
2016             </li>
2017           </ul>
2018           <em>Applet</em><br />
2019           <ul>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2022               closing alignment panel
2023             </li>
2024           </ul>
2025           <em>BioJSON</em><br />
2026           <ul>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2029               non-positional features
2030             </li>
2031           </ul>
2032           <em>New Known Issues</em>
2033           <ul>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2036               sequence features correctly (for many previous versions of
2037               Jalview)
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2041               using cursor in wrapped panel other than top
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2045               graduated colour threshold
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2049               always preserve numbering and sequence features
2050             </li>
2051           </ul>
2052           <em>Known Java 9 Issues</em>
2053           <ul>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2056               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2057               9.01, OSX 10.10)
2058             </li>
2059           </ul>
2060         </div></td>
2061     </tr>
2062     <tr>
2063       <td width="60" nowrap>
2064         <div align="center">
2065           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2066             <em>2/10/2017</em></strong>
2067         </div>
2068       </td>
2069       <td><div align="left">
2070           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2074               at uniprot.org
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2078               ebi.ac.uk
2079             </li>
2080           </ul>
2081         </div></td>
2082       <td><div align="left"></div></td>
2083     </tr>
2084     <tr>
2085       <td width="60" nowrap>
2086         <div align="center">
2087           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2088             <em>7/9/2017</em></strong>
2089         </div>
2090       </td>
2091       <td><div align="left">
2092           <em></em>
2093           <ul>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2096               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2097               white)
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2101               Preferences
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2105               in size and progress bar shown as higher resolution
2106               overview is recalculated
2107             </li>
2108
2109           </ul>
2110         </div></td>
2111       <td><div align="left">
2112           <em></em>
2113           <ul>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2116               column region row by row
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2120               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2124               format setting is unticked
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2128               if group has show boxes format setting unticked
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2132               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2133               include sequences and columns not currently displayed
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2137               assemblies are imported via CIF file
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2141               displayed when threshold or conservation colouring is also
2142               enabled.
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2146               server version
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2150               dragging a selected region off the visible region of the
2151               alignment
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2155               colourscheme to all groups in a view
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2159               initially after font size change using the Font chooser or
2160               middle-mouse zoom
2161             </li>
2162           </ul>
2163         </div></td>
2164     </tr>
2165     <tr>
2166       <td width="60" nowrap>
2167         <div align="center">
2168           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2169         </div>
2170       </td>
2171       <td><div align="left">
2172           <em>Calculations</em>
2173           <ul>
2174
2175             <li>
2176               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2177               ungapped positions in each column of the alignment.
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2181               a calculation dialog box
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2185               and memory efficiency (~30x faster)
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2189               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2190               and other calculations
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2194               files within the Jalview codebase
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2198               Similarity may have different topology due to increased
2199               precision
2200             </li>
2201           </ul>
2202           <em>Rendering</em>
2203           <ul>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2206               model for alignments and groups
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2210               scripts
2211             </li>
2212           </ul>
2213           <em>Overview</em>
2214           <ul>
2215             <li>
2216               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2217               with alignment and overview windows
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2221               overview
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2225               omitted in Overview
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2229               adjustment of visible position
2230             </li>
2231           </ul>
2232
2233           <em>Data import/export</em>
2234           <ul>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2237               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2241               annotation input/output via stockholm flatfile
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2245               extension when importing structure files without embedded
2246               names or PDB accessions
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2250               format sequence substitution matrices
2251             </li>
2252           </ul>
2253           <em>User Interface</em>
2254           <ul>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2257               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2258               the application.
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2262               via Overview or sequence motif search operations
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2266               opened by double clicking gaps within sequence feature
2267               extent
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2271               aligned positions were available to create a 3D structure
2272               superposition.
2273             </li>
2274           </ul>
2275           <em>3D Structure</em>
2276           <ul>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2279               coloured in linked structure views
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2283               file-based command exchange
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2287               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2288               structures are already available for sequences
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2292               the Jalview project rather than downloaded again when the
2293               project is reopened.
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2297               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2298               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2299                 Feature</strong>)
2300             </li>
2301           </ul>
2302           <em>Web Services</em>
2303           <ul>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2309               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2310               Analysis services
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2314               cross-references provided by identifiers.org and the
2315               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2316             </li>
2317           </ul>
2318
2319           <em>Scripting</em>
2320           <ul>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2323               identifying file formats (instead of String constants)
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2327               efficiency when counting all displayed features (not
2328               backwards compatible with 2.10.1)
2329             </li>
2330           </ul>
2331           <em>Example files</em>
2332           <ul>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2335               included in the example feature file
2336             </li>
2337           </ul>
2338           <em>Documentation</em>
2339           <ul>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2342               with the built-in Java help viewer
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2346               sequence description' option
2347             </li>
2348           </ul>
2349           <em>Test Suite</em>
2350           <ul>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2353               Uniprot REST Free Text Search Client
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2360               during tests
2361             </li>
2362           </ul>
2363         </div></td>
2364       <td><div align="left">
2365           <em>Calculations</em>
2366           <ul>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2369               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2370               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2371             </li>
2372             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2373               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2374               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2375               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2376               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2377               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2378               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2379               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2380               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2381               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2382               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2383               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2384               // for 2.10.1 mode <br />
2385               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2386               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2387                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2388                 calculations (not recommended)</em></li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2391               scaling of branch lengths for trees computed using
2392               Sequence Feature Similarity.
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2396               generating output report when working with highly
2397               redundant alignments
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2401               right of selected region when gaps present on right-hand
2402               boundary
2403             </li>
2404           </ul>
2405           <em>User Interface</em>
2406           <ul>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2409               doesn't reselect a specific sequence's associated
2410               annotation after it was used for colouring a view
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2414               opened on a region of alignment without groups
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2418               of an alignment with overlapping groups
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2422               name and description match
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2426               hidden regions results in incorrect hidden regions
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2430               changing colour does not apply Conservation slider value
2431               to all groups
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2435               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2439               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2443               gaps before start of features
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2447               restored to UI when feature colour is edited
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2451               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2455               as graduate feature colour settings are modified via the
2456               dialog box
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2460               when a group defined on the alignment is resized
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2464               wrapped view result in positional status updates
2465             </li>
2466
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2469               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2473               alignment included gapped columns
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2477               widgets don't permanently disappear
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2481               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2482               T-Coffee column reliability scores)
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2486               sequence feature on gaps only
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2490               button from a Find inherit previously defined feature type
2491               rather than the Find query string
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2495               exporting tree calculated in Jalview
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2499               and then revealing them reorders sequences on the
2500               alignment
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2504               doesn't update to reflect available set of groups after
2505               interactively adding or modifying features
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2509               Linux
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2513               only excluded gaps in current sequence and ignored
2514               selection.
2515             </li>
2516           </ul>
2517           <em>Rendering</em>
2518           <ul>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2521               erratically when hidden rows or columns are present
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2525               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2526               sequence colouring
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2530               colour and group colour menu for protein alignments
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2534               reflect currently selected view or group's shading
2535               thresholds
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2539               when rendered on overview and structures when opacity at
2540               100%
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2544               overview when features overlaid on alignment
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2548               recovered correctly from Jalview project file
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2552               opened (automatically via preferences) are different to
2553               the main alignment panel
2554             </li>
2555           </ul>
2556           <em>Data import/export</em>
2557           <ul>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2560               load
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2564               added after a sequence was imported are not written to
2565               Stockholm File
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2569               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2573               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2577               with lightGray or darkGray via features file (but can
2578               specify lightgray)
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2582               when alignment view imported from project
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2586               structure and sequences extracted from structure files
2587               imported via URL and viewed in Jmol
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2591               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2592               the project is loaded and the structure viewed
2593             </li>
2594           </ul>
2595           <em>Web Services</em>
2596           <ul>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2599               release of Ensembl v.88
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2603               appear enabled in Preferences->Connections
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2607               removed from console output
2608             </li>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2611               Ensembl by Peptide ID
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2615               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2616               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2617               due to 'null' string rather than empty string used for
2618               residues with no corresponding PDB mapping).
2619             </li>
2620           </ul>
2621           <em>Application UI</em>
2622           <ul>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2625               menu
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2629               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2630               new documentation and tooltips added)
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2634               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2638               new features are added to alignment
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2642               changes to feature colours via the Amend features dialog
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2646               edit graduated feature colour via amend features dialog
2647               box
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2651               selection menu changes colours of alignment views
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2655               from alignment calculation workers after alignment has
2656               been closed
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2660               groups now 'Create Group'
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2664               Create/Undefine group doesn't always work
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2668               shown again after pressing 'Cancel'
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2672               adjusts start position in wrap mode
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2676               ambiguous amino acids
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2680               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2681               proteins
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2685               Defined' don't appear in Colours menu
2686             </li>
2687           </ul>
2688           <em>Applet</em>
2689           <ul>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2692               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2696               overview or linked structure view
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2700               work (since 2.8)
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2704               user-defined colourscheme doesn't restore original
2705               colourscheme
2706             </li>
2707           </ul>
2708           <em>Test Suite</em>
2709           <ul>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2712               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2716               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2717               problems with deep array comparison equality asserts in
2718               successive versions of TestNG
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2722               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2723             </li>
2724           </ul>
2725           <em>New Known Issues</em>
2726           <ul>
2727             <li>
2728               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2729               phase after a sequence motif find operation
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2733               containing just upper and lower case letters are
2734               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2738               reliably from eggnog Ortholog database
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2742               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2743               to mark columns containing highlighted regions.
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2747               doesn't always add secondary structure annotation.
2748             </li>
2749           </ul>
2750         </div>
2751     <tr>
2752       <td width="60" nowrap>
2753         <div align="center">
2754           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2755         </div>
2756       </td>
2757       <td><div align="left">
2758           <em>General</em>
2759           <ul>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2762               for all consensus calculations
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2766               3rd Oct 2016)
2767             </li>
2768             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2769               for 2016-2017</li>
2770           </ul>
2771           <em>Application</em>
2772           <ul>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2775               set of database cross-references, sorted alphabetically
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2779               from database cross references. Users with custom links
2780               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2781                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2785               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2786               Chimera session
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2790               the Chimera it is connected to is shut down
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2794               columns menu item to mark columns containing highlighted
2795               regions (e.g. from structure selections or results of a
2796               Find operation)
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2800               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2801               MSAviewer
2802             </li>
2803           </ul>
2804         </div></td>
2805       <td>
2806         <div align="left">
2807           <em>General</em>
2808           <ul>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2811               are not coloured or thresholded according to percent
2812               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2816               hydrophobic
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2820               threshold, amino acid properties)
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2824               reported as mapped to residues in a structure file in the
2825               View Mapping report
2826             </li>
2827             <li>
2828               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2829               could be added multiple times to a sequence
2830             </li>
2831             <li>
2832               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2833               bond features shown as two highlighted residues rather
2834               than a range in linked structure views, and treated
2835               correctly when selecting and computing trees from features
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2839               cross-references are matched to database name regardless
2840               of case
2841             </li>
2842
2843           </ul>
2844           <em>Application</em>
2845           <ul>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2848               names without regular expressions also offer links from
2849               Sequence ID
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2853               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2854               update Jalview configuration
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2858               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2862               files with similarly named sequences if dropped onto the
2863               alignment
2864             </li>
2865             <li>
2866               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2867               entries where more chains exist in the PDB accession than
2868               are reported in the SIFTS file
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2872               the structure view when displayed with Chimera
2873             </li>
2874             <li>
2875               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2876               panel's View->Show Chains submenu
2877             </li>
2878             <li>
2879               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2880               work for wrapped alignment views
2881             </li>
2882             <li>
2883               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2884               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2885             </li>
2886             <li>
2887               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2888               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2889               first annotation row
2890             </li>
2891             <li>
2892               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2893               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2897               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2898             </li>
2899             <!-- JAL-2319 -->
2900             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2901             coordindate data
2902             </li>
2903           </ul>
2904           <!--           <em>New Known Issues</em>
2905           <ul>
2906             <li></li>
2907           </ul> -->
2908         </div>
2909       </td>
2910     </tr>
2911     <td width="60" nowrap>
2912       <div align="center">
2913         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2914           <em>25/10/2016</em></strong>
2915       </div>
2916     </td>
2917     <td><em>Application</em>
2918       <ul>
2919         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2920           view if structures already loaded</li>
2921         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2922           structure views</li>
2923       </ul></td>
2924     <td>
2925       <div align="left">
2926         <em>General</em>
2927         <ul>
2928           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2929             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2930           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2931             example sequences/projects/trees</li>
2932         </ul>
2933         <em>Application</em>
2934         <ul>
2935           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2936             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2937           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2938             without timeout for structures with multiple models or
2939             multiple sequences in alignment</li>
2940           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2941             PDB ID HEADER line</li>
2942           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2943             is performed</li>
2944           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2945             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2946           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2947           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2948             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2949             option</li>
2950           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2951             is created on the alignment</li>
2952           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2953             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2954             pop-up menu</li>
2955         </ul>
2956         <em>Build and deployment</em>
2957         <ul>
2958           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2959             tags</li>
2960         </ul>
2961         <em>New Known Issues</em>
2962         <ul>
2963           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2964             on Windows</li>
2965         </ul>
2966       </div>
2967     </td>
2968     </tr>
2969     <tr>
2970       <td width="60" nowrap>
2971         <div align="center">
2972           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2973         </div>
2974       </td>
2975       <td><em>General</em>
2976         <ul>
2977           <li>
2978             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2982             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2983             better PDB parsing.
2984           </li>
2985           <li>
2986             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2987             reference sequence
2988           </li>
2989           <li>
2990             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2991             mousing over sequence associated annotation
2992           </li>
2993           <li>
2994             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2995             for manual entry
2996           </li>
2997           <li>
2998             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2999             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3000             for each column
3001           </li>
3002           <li>
3003             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3004             showing or hiding columns containing a feature
3005           </li>
3006           <li>
3007             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3008             group and sequence associated annotation labels
3009           </li>
3010           <li>
3011             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3012             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3013             dialogs
3014           </li>
3015
3016         </ul> <em>Application</em>
3017         <ul>
3018           <li>
3019             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3020             gene/transcript view
3021           </li>
3022           <li>
3023             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3024             dialog
3025           </li>
3026           <li>
3027             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3028             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3029           </li>
3030           <li>
3031             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3032             Pfam sources to xfam.org
3033           </li>
3034           <li>
3035             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3036           </li>
3037           <li>
3038             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3039             over sequences in Jalview
3040           </li>
3041           <li>
3042             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3043             regions in ENA and EMBL
3044           </li>
3045           <li>
3046             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3047             for record retrieval via ENA rest API
3048           </li>
3049           <li>
3050             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3051             complement operator
3052           </li>
3053           <li>
3054             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3055             groovy script execution
3056           </li>
3057           <li>
3058             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3059             alignment window's Calculate menu
3060           </li>
3061           <li>
3062             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3063             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3064           </li>
3065           <li>
3066             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3067             calculation workers from groovy scripts
3068           </li>
3069           <li>
3070             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3071             Jalview projects
3072           </li>
3073           <li>
3074             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3075             associations are now saved/restored from project
3076           </li>
3077           <li>
3078             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3079             before sequence fetcher is opened
3080           </li>
3081           <li>
3082             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3083             database chooser opens a sequence fetcher
3084           </li>
3085           <li>
3086             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3087             the UniProt REST API
3088           </li>
3089           <li>
3090             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3091             the news reader opening
3092           </li>
3093           <li>
3094             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3095             querying stored in preferences
3096           </li>
3097           <li>
3098             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3099             search results
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3103           </li>
3104           <li>
3105             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3106             menu for nucleotide sequences
3107           </li>
3108           <li>
3109             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3110             and feature counts preserves alignment ordering (and
3111             debugged for complex feature sets).
3112           </li>
3113           <li>
3114             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3115             viewing structures with Jalview 2.10
3116           </li>
3117           <li>
3118             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3119             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3120             Ensembl Genomes REST API
3121           </li>
3122           <li>
3123             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3124             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3125             (Ensembl)
3126           </li>
3127           <li>
3128             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3129             sequences
3130           </li>
3131           <li>
3132             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3133             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3134             data from external database records.
3135           </li>
3136           <li>
3137             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3138             efficient recovery of sequence coding and alignment
3139             annotation relationships.
3140           </li>
3141         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3142         <ul>
3143           <li>
3144             -- JAL---
3145           </li>
3146         </ul> --></td>
3147       <td>
3148         <div align="left">
3149           <em>General</em>
3150           <ul>
3151             <li>
3152               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3153               menu on OSX
3154             </li>
3155             <li>
3156               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3157               includes graduated colourschemes
3158             </li>
3159             <li>
3160               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3161               working with big alignments and lots of hidden columns
3162             </li>
3163             <li>
3164               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3165               at right of alignment window
3166             </li>
3167             <li>
3168               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3169               contents
3170             </li>
3171             <li>
3172               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3173               for DNA alignments
3174             </li>
3175             <li>
3176               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3177               based tree calculation
3178             </li>
3179             <li>
3180               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3181               unconserved enabled for group on alignment
3182             </li>
3183             <li>
3184               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3185               set as reference
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3189               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3190               annotation
3191             </li>
3192             <li>
3193               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3194               hidden columns present
3195             </li>
3196             <li>
3197               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3198               user created annotation added to alignment
3199             </li>
3200             <li>
3201               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3202               '()' base pair annotation
3203             </li>
3204             <li>
3205               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3206               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3207               Consensus
3208             </li>
3209             <li>
3210               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3211               feature not working
3212             </li>
3213             <li>
3214               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3215               beginning of sequence
3216             </li>
3217             <li>
3218               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3219               entry 3a6s
3220             </li>
3221             <li>
3222               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3223               from a tree when t-coffee scores are shown
3224             </li>
3225             <li>
3226               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3227               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3228             </li>
3229             <li>
3230               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3231               some structures
3232             </li>
3233             <li>
3234               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3235               to Clustal, PIR and PileUp output
3236             </li>
3237             <li>
3238               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3239               not visible causes alignment window to repaint
3240             </li>
3241             <li>
3242               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3243               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3244               scores associated with features and annotation rows
3245             </li>
3246             <li>
3247               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3248               calculation should be case independent
3249             </li>
3250             <li>
3251               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3252               columns
3253             </li>
3254             <li>
3255               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3256               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3257               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3258             </li>
3259             <li>
3260               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3261               problems when reference sequence defined and 'show
3262               non-conserved' enabled
3263             </li>
3264             <li>
3265               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3266               load even when Consensus calculation is disabled
3267             </li>
3268             <li>
3269               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3270               alignment does nothing
3271             </li>
3272           </ul>
3273           <em>Application</em>
3274           <ul>
3275             <li>
3276               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3277               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3278               yet fixed for El Capitan)
3279             </li>
3280             <li>
3281               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3282               output when running on non-gb/us i18n platforms
3283             </li>
3284             <li>
3285               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3286               hidden sequences as flat-file alignment
3287             </li>
3288             <li>
3289               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3290               launching Chimera
3291             </li>
3292             <li>
3293               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3294               (also hotfix for 2.9.0b2)
3295             </li>
3296             <li>
3297               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3298               reference sequence defined
3299             </li>
3300             <li>
3301               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3302               alignments and views when revealing hidden columns
3303             </li>
3304             <li>
3305               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3306               view in a cDNA/Protein splitframe
3307             </li>
3308             <li>
3309               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3310               sequence from project when only one sequence is
3311               represented
3312             </li>
3313             <li>
3314               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3315               in Structure Chooser
3316             </li>
3317             <li>
3318               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3319               structure consensus didn't refresh annotation panel
3320             </li>
3321             <li>
3322               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3323               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3324             </li>
3325             <li>
3326               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3327               dialogs format columns correctly, don't display array
3328               data, sort columns according to type
3329             </li>
3330             <li>
3331               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3332               file chooser is cancelled during an image export
3333             </li>
3334             <li>
3335               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3336               sequence name containing special characters
3337             </li>
3338             <li>
3339               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3340               case insensitive
3341             </li>
3342             <li>
3343               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3344               formatting don't wrap
3345             </li>
3346             <li>
3347               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3348               truncated so L looks like I in consensus annotation
3349             </li>
3350             <li>
3351               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3352               currently displayed features for the current selection or
3353               view
3354             </li>
3355             <li>
3356               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3357               after fetching cross-references, and restoring from
3358               project
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3362               followed in the structure viewer
3363             </li>
3364             <li>
3365               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3366               splitframe not restored from project
3367             </li>
3368             <li>
3369               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3370               trailing end of protein alignment in transcript/product
3371               splitview when pad-gaps not enabled by default
3372             </li>
3373             <li>
3374               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3375               is case dependent
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3379               article has been read (reopened issue due to
3380               internationalisation problems)
3381             </li>
3382             <li>
3383               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3384               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3385               cross-references
3386             </li>
3387
3388             <li>
3389               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3390               alignment as HTML
3391             </li>
3392             <li>
3393               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3394               multiple structures are shown for one or more sequences.
3395             </li>
3396             <li>
3397               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3398               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3399               is enabled.
3400             </li>
3401             <li>
3402               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3403               specific PDB id for sequence
3404             </li>
3405             <li>
3406               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3407               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3408               columns' is disabled.
3409             </li>
3410             <li>
3411               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3412               selects lowest rather than highest resolution structures
3413               for each sequence
3414             </li>
3415             <li>
3416               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3417               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3418             </li>
3419             <li>
3420               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3421               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3425               after clicking on it to create new annotation for a
3426               column.
3427             </li>
3428             <li>
3429               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3430               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3431             </li>
3432             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3433             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3434           </ul>
3435           <em>Applet</em>
3436           <ul>
3437             <li>
3438               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3439               hidden columns present before start of sequence
3440             </li>
3441             <li>
3442               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3443               (JSON jars)
3444             </li>
3445             <li>
3446               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3447               sequences are hidden in applet
3448             </li>
3449             <li>
3450               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3451               deployment on examples pages.
3452             </li>
3453           </ul>
3454         </div>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td width="60" nowrap>
3459         <div align="center">
3460           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3461             <em>16/10/2015</em></strong>
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td><em>General</em>
3465         <ul>
3466           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3467             jars</li>
3468         </ul></td>
3469       <td>
3470         <div align="left">
3471           <em>Application</em>
3472           <ul>
3473             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3474               shown when tree is partitioned</li>
3475             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3476               multiple cDNA/Protein split views</li>
3477           </ul>
3478         </div>
3479       </td>
3480     </tr>
3481     <tr>
3482       <td width="60" nowrap>
3483         <div align="center">
3484           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3485             <em>8/10/2015</em></strong>
3486         </div>
3487       </td>
3488       <td><em>General</em>
3489         <ul>
3490           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3491             2.9</li>
3492         </ul> <em>Application</em>
3493         <ul>
3494           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3495           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3496           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3497         </ul> <em>Applet</em>
3498         <ul>
3499           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3500         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3501         <ul>
3502           <li>
3503             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3504             suite
3505           </li>
3506         </ul></td>
3507       <td>
3508         <div align="left">
3509           <em>General</em>
3510           <ul>
3511             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3512               incorrect when sequence start > 1</li>
3513             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3514               documentation</li>
3515             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3516             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3517               loading a features file containing HTML tags in feature
3518               description</li>
3519
3520           </ul>
3521           <em>Application</em>
3522           <ul>
3523             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3524               reimport</li>
3525             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3526               with 'trim retrieved sequences'</li>
3527             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3528               deleting selected columns</li>
3529             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3530               JNLP templates for webstart launch</li>
3531             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3532               unreleased structures for download or viewing</li>
3533             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3534               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3535             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3536               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3537             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3538               recovered from jalview project</li>
3539             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3540               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3541               alignment view</li>
3542             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3543               color schemes from BioJSON</li>
3544           </ul>
3545           <em>Applet</em>
3546           <ul>
3547             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3548               frame</li>
3549             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3550           </ul>
3551         </div>
3552       </td>
3553     </tr>
3554     <tr>
3555       <td><div align="center">
3556           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3557         </div></td>
3558       <td><em>General</em>
3559         <ul>
3560           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3561             alignments:
3562             <ul>
3563               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3564                 and DNA alignment views</li>
3565               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3566                 cDNA alignment views</li>
3567               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3568                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3569               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3570                 protein sequences</li>
3571             </ul>
3572           </li>
3573           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3574           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3575             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3576           <li>New alignment annotation file statements for
3577             reference sequences and marking hidden columns</li>
3578           <li>Reference sequence based alignment shading to
3579             highlight variation</li>
3580           <li>Select or hide columns according to alignment
3581             annotation</li>
3582           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3583           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3584             acid conservation row</li>
3585           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3586         </ul> <em>Application</em>
3587         <ul>
3588           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3589             <ul>
3590               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3591                 view with cDNA/Protein</li>
3592               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3593                 sequences are placed in the same alignment</li>
3594               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3595                 projects</li>
3596             </ul>
3597           </li>
3598
3599           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3600           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3601             Jalview windows</li>
3602
3603           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3604           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3605           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3606             be shown in VARNA</li>
3607
3608           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3609             as the active selected region</li>
3610
3611           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3612             similarity</li>
3613           <li>New Export options
3614             <ul>
3615               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3616                 region export in flat file generation</li>
3617
3618               <li>Export alignment views for display with the <a
3619                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3620
3621               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3622               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3623                 alignment figures to HTML</li>
3624           </li>
3625           <li>3D structure retrieval and display
3626             <ul>
3627               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3628                 Search API</li>
3629               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3630                 PDB structures for a sequence set</li>
3631             </ul>
3632           </li>
3633
3634           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3635             predictions</li>
3636           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3637             for one or a group of sequences</li>
3638           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3639             from the JPred4 web server</li>
3640           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3641             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3642             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3643           </li>
3644           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3645             VARNA 2D Structure'</li>
3646           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3647             Structure ..."</li>
3648
3649         </ul> <em>Applet</em>
3650         <ul>
3651           <li>New layout for applet example pages</li>
3652           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3653             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3654           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3655             Protein alignments</li>
3656         </ul> <em>Development and deployment</em>
3657         <ul>
3658           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3659           <li>Include installation type and git revision in build
3660             properties and console log output</li>
3661           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3662             storing BioJsMSA Templates</li>
3663           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3664         </ul></td>
3665       <td>
3666         <!-- <em>General</em>
3667         <ul>
3668         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3669         <ul>
3670           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3671           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3672           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3673             predictions are not highlighted in amber</li>
3674           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3675             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3676           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3677             associated structure views</li>
3678           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3679             width checkbox not enabled</li>
3680           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3681             creating user defined colours</li>
3682           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3683             mappings for just that viewer's sequences</li>
3684           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3685             multiple models in Chimera</li>
3686           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3687             over Jmol structure</li>
3688           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3689             output to text box</li>
3690           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3691             have incorrect sequence start/end</li>
3692           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3693             Jalview fails</li>
3694           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3695             work for nucleotide</li>
3696           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3697             to a grey/invisible alignment window</li>
3698           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3699             imports to different position</li>
3700           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3701             on some platforms</li>
3702           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3703             populated</li>
3704           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3705             console if Chimera has been opened</li>
3706           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3707           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3708             retrieved</li>
3709           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3710           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3711             either sequence shows on first structure</li>
3712           <li>'Show annotations' options should not make
3713             non-positional annotations visible</li>
3714           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3715             in right place after 'view flanking regions'</li>
3716           <li>File Save As type unset when current file format is
3717             unknown</li>
3718           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3719             projects</li>
3720           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3721             responsive</li>
3722           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3723             several views on same alignment</li>
3724           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3725           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3726             spaces</li>
3727         </ul> <em>Applet</em>
3728         <ul>
3729           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3730           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3731             descriptions containing angle brackets</li>
3732         </ul> <em>General</em>
3733         <ul>
3734           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3735             via jalview annotation file</li>
3736           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3737             with RNA secondary structure</li>
3738           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3739             translation doesn't work.</li>
3740           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3741           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3742             positions</li>
3743           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3744             choosing 1pt font</li>
3745           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3746             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3747             'h'</li>
3748           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3749             new feature</li>
3750           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3751             order dependent</li>
3752           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3753             sequences</li>
3754           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3755         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3756         <ul>
3757           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3758             www.jalview.org</li>
3759         </ul> <em>Application Known issues</em>
3760         <ul>
3761           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3762           <li>Misleading message appears after trying to delete
3763             solid column.</li>
3764           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3765             version launches</li>
3766           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3767             fails with a sequence mismatch</li>
3768           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3769             scrolling alignment to right</li>
3770           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3771             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3772           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3773             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3774           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3775             ultra-high resolution</li>
3776           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3777             quality and conservation</li>
3778           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3779             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3780         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3781         <ul>
3782           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3783           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3784             window is being resized</li>
3785
3786         </ul>
3787       </td>
3788     </tr>
3789     <tr>
3790       <td><div align="center">
3791           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3792         </div></td>
3793       <td><em>General</em>
3794         <ul>
3795           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3796             Certum.PL.</li>
3797           <li>Features and annotation preserved when performing
3798             pairwise alignment</li>
3799           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3800             imported/exported/displayed</li>
3801           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3802             protein secondary structure</li>
3803           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3804               post-hoc with 2.9 release</em>)
3805           </li>
3806
3807         </ul> <em>Application</em>
3808         <ul>
3809           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3810             with 3D structures</li>
3811           <li>Support for parsing RNAML</li>
3812           <li>Annotations menu for layout
3813             <ul>
3814               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3815               <li>place sequence annotation above/below alignment
3816                 annotation</li>
3817             </ul>
3818           <li>Output in Stockholm format</li>
3819           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3820             translation</li>
3821           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3822           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3823             shared between alignments</li>
3824           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3825             Jalview</li>
3826           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3827             all or current selection</li>
3828           <li>disorder and secondary structure predictions
3829             available as dataset annotation</li>
3830           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3831
3832
3833           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3834             alignments from Rfam</li>
3835           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3836
3837           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3838             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3839           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3840           <li>include installation type in build properties and
3841             console log output</li>
3842           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3843             annotation</li>
3844         </ul></td>
3845       <td>
3846         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3847         <ul>
3848           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3849             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3850           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3851             alignment</li>
3852           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3853           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3854           <li>Double click on sequence associated annotation
3855             selects only first column</li>
3856           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3857             leaves shown in tree</li>
3858           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3859             properly</li>
3860           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3861           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3862             screen and buttons not visible</li>
3863           <li>author list isn't updated if already written to
3864             Jalview properties</li>
3865           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3866             from database</li>
3867           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3868           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3869             browser search window</li>
3870           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3871             in feature settings dialog</li>
3872           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3873             desktop</li>
3874           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3875             pass validation</li>
3876           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3877             fit on screen</li>
3878           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3879             tooltip</li>
3880           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3881             defined user preset</li>
3882           <li>MSA web services warns user if they were launched
3883             with invalid input</li>
3884           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3885             Java 8</li>
3886           <li>
3887             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3888             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3889             created
3890           </li>
3891
3892         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3893         <ul>
3894         </ul> <em>General</em>
3895         <ul>
3896         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3897         <ul>
3898           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3899             memory allocation</li>
3900           <li>launchApp service doesn't automatically open
3901             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3902           <li>
3903             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3904             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3905             1.7_055 is available
3906           </li>
3907         </ul> <em>Application Known issues</em>
3908         <ul>
3909           <li>
3910             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3911             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3912             alignment to right
3913           </li>
3914           <li>
3915             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3916             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3917             with large number of ID
3918           </li>
3919           <li>
3920             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3921             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3922             start/end
3923           </li>
3924           <li>
3925             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3926             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3927             structure tracks are rearranged
3928           </li>
3929           <li>
3930             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3931             invalid rna structure positional highlighting does not
3932             highlight position of invalid base pairs
3933           </li>
3934           <li>
3935             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3936             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3937             project from alignment window file menu
3938           </li>
3939           <li>
3940             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3941             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3942             structures
3943           </li>
3944           <li>
3945             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3946             colour by RNA Helices not enabled when user created
3947             annotation added to alignment
3948           </li>
3949           <li>
3950             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3951             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3952           </li>
3953         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3954         <ul>
3955           <li>
3956             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3957             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3958           </li>
3959           <li>
3960             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3961             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3962           </li>
3963
3964           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3965             when selected</li>
3966         </ul>
3967       </td>
3968     </tr>
3969     <tr>
3970       <td><div align="center">
3971           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3972         </div></td>
3973       <td>
3974         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3975         <em>General</em>
3976         <ul>
3977           <li>Internationalisation of user interface (usually
3978             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3979           <li>Define/Undefine group on current selection with
3980             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3981           <li>Improved group creation/removal options in
3982             alignment/sequence Popup menu</li>
3983           <li>Sensible precision for symbol distribution
3984             percentages shown in logo tooltip.</li>
3985           <li>Annotation panel height set according to amount of
3986             annotation when alignment first opened</li>
3987         </ul> <em>Application</em>
3988         <ul>
3989           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3990             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3991           <li>Select columns containing particular features from
3992             Feature Settings dialog</li>
3993           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3994             sequences</li>
3995           <li>Update Jalview project format:
3996             <ul>
3997               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3998               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3999                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4000               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4001                 colouring</li>
4002             </ul>
4003           </li>
4004           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4005             (PAM250)</li>
4006           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4007             flanking regions for an alignment</li>
4008         </ul>
4009       </td>
4010       <td>
4011         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4012         <ul>
4013           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4014             running after job is cancelled</li>
4015           <li>cannot export features from alignments imported from
4016             Jalview/VAMSAS projects</li>
4017           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4018             float values</li>
4019           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4020             have 'display all symbols' flag set</li>
4021           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4022             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4023           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4024             Jalview</li>
4025           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4026             Lion/Webstart</li>
4027           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4028           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4029           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4030             alignment onto desktop</li>
4031           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4032             'extract scores' function</li>
4033           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4034             alignment window</li>
4035           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4036             performing IUPred disorder prediction</li>
4037           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4038             changing 'normalise logo' display setting</li>
4039           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4040             nothing matches query</li>
4041           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4042             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4043           </li>
4044           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4045             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4046           </li>
4047           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4048             Jalview's menu</li>
4049           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4050             'invalid literal/length code'</li>
4051           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4052             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4053           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4054             colourscheme</li>
4055
4056         </ul> <em>Applet</em>
4057         <ul>
4058           <li>Remove group option is shown even when selection is
4059             not a group</li>
4060           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4061             don't affect groups</li>
4062           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4063             colourscheme name</li>
4064           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4065             Annotation panel is not displayed</li>
4066           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4067             embedded windows</li>
4068         </ul> <em>Other</em>
4069         <ul>
4070           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4071             single sequence were not calculated</li>
4072           <li>annotation files that contain only groups imported as
4073             annotation and junk sequences</li>
4074           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4075             recognised as PFAM or BLC</li>
4076           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4077             doesn't affect background (2.8.0b1)
4078           <li></li>
4079           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4080           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4081             trailing gaps</li>
4082           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4083             registered correctly on import</li>
4084           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4085             certain alignments</li>
4086           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4087             existing annotation based 'use original colours'
4088             colourscheme loses original colours setting</li>
4089         </ul>
4090       </td>
4091     </tr>
4092     <tr>
4093       <td><div align="center">
4094           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4095             <em>30/1/2014</em></strong>
4096         </div></td>
4097       <td>
4098         <ul>
4099           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4100             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4101             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4102             open source project).
4103           </li>
4104           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4105           <li>Output in Stockholm format</li>
4106           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4107           <li>Export/import group and sequence associated line
4108             graph thresholds</li>
4109           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4110             ambiguity codes</li>
4111           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4112             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4113             works</li>
4114           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4115         </ul> <em>Other improvements</em>
4116         <ul>
4117           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4118           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4119             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4120           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4121             files</li>
4122           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4123           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4124             link but no description</li>
4125           <li>Select primary source when selecting authority in
4126             database fetcher GUI</li>
4127           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4128             Jalview</li>
4129           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4130         </ul>
4131       </td>
4132       <td>
4133         <ul>
4134           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4135             displayed</li>
4136           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4137             secondary structure annotation line</li>
4138           <li>Sequence database accessions not imported when
4139             fetching alignments from Rfam</li>
4140           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4141             identical IDs</li>
4142           <li>View all structures does not always superpose
4143             structures</li>
4144           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4145             reflect user or preset settings</li>
4146           <li>Null pointer exceptions for some services without
4147             presets or adjustable parameters</li>
4148           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4149             discover PDB xRefs</li>
4150           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4151             features with DAS</li>
4152           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4153             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4154           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4155             residue follows a gap</li>
4156           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4157             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4158           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4159             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4160           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4161             annotation already exists on alignment</li>
4162           <li>oninit javascript function should be called after
4163             initialisation completes</li>
4164           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4165             alignment window display</li>
4166           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4167           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4168             to annotation file</li>
4169           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4170             groups created</li>
4171           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4172             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4173           <li>Pressing return several times causes Number Format
4174             exceptions in keyboard mode</li>
4175           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4176             correct partitions for input data</li>
4177           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4178           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4179           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4180           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4181             mode</li>
4182           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4183             changes one row&#39;s threshold</li>
4184           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4185             doesn&#39;t open</li>
4186           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4187             quality histograms</li>
4188         </ul>
4189       </td>
4190     </tr>
4191     <tr>
4192       <td><div align="center">
4193           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4194         </div></td>
4195       <td><em>Application</em>
4196         <ul>
4197           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4198             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4199           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4200             preferences</li>
4201           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4202             in Jalview alignment window</li>
4203           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4204             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4205           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4206             RNA and ambiguity codes</li>
4207
4208           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4209           <li>Support fetching and database reference look up
4210             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4211             refs')</li>
4212           <li>Jalview project improvements
4213             <ul>
4214               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4215                 flag for annotation</li>
4216               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4217                 alignment</li>
4218               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4219                 Jalview project</li>
4220
4221             </ul>
4222           </li>
4223           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4224           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4225             running</li>
4226           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4227           <li>visual indication that web service results are still
4228             being retrieved from server</li>
4229           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4230             starts up for first time</li>
4231           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4232             services</li>
4233           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4234             client library</li>
4235           <li>Examples directory and Groovy library included in
4236             InstallAnywhere distribution</li>
4237         </ul> <em>Applet</em>
4238         <ul>
4239           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4240             visualization applet example</li>
4241         </ul> <em>General</em>
4242         <ul>
4243           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4244           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4245             defaults</li>
4246           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4247             calculation</li>
4248           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4249             matrices
4250           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4251             in HTML</li>
4252           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4253             structure contacts</li>
4254           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4255           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4256           <li>Parse sequence associated secondary structure
4257             information in Stockholm files</li>
4258           <li>HTML Export database accessions and annotation
4259             information presented in tooltip for sequences</li>
4260           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4261             style RNA alignment files</li>
4262           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4263             alignment</li>
4264           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4265             shade each sequence according to its associated alignment
4266             annotation</li>
4267           <li>New Jalview Logo</li>
4268         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4269         <ul>
4270           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4271           <li>New Website!</li>
4272         </ul></td>
4273       <td><em>Application</em>
4274         <ul>
4275           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4276             wsdbfetch REST service</li>
4277           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4278           <li>Filetype associations not installed for webstart
4279             launch</li>
4280           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4281             job execution in full once it is complete</li>
4282           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4283             uploaded via ali_file parameter</li>
4284           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4285           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4286           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4287             submitted for prediction</li>
4288           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4289             desktop window</li>
4290           <li>Putting fractional value into integer text box in
4291             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4292           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4293             windows 7</li>
4294           <li>View all structures fails with exception shown in
4295             structure view</li>
4296           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4297             escaped in a platform independent way</li>
4298           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4299             using proxy</li>
4300           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4301             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4302           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4303             failure when java web start temporary file caching is
4304             disabled</li>
4305           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4306             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4307           <li>Errors during processing of command line arguments
4308             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4309           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4310             DAS sources in sequence fetcher</li>
4311           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4312             dialog is shown</li>
4313           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4314           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4315           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4316           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4317             on OSX Mountain Lion</li>
4318           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4319             sequences with alignment annotation are pasted into the
4320             alignment</li>
4321           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4322             when loaded from Jalview project</li>
4323           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4324           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4325             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4326           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4327             associated with all views</li>
4328           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4329             annotation rows to new window</li>
4330         </ul> <em>Applet</em>
4331         <ul>
4332           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4333             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4334           <li>loading features via javascript API automatically
4335             enables feature display</li>
4336           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4337             work</li>
4338         </ul> <em>General</em>
4339         <ul>
4340           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4341           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4342             and then deselected</li>
4343           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4344           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4345             coloured with clustalx</li>
4346           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4347             exceptions and redraw errors</li>
4348           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4349             reconfigured view</li>
4350           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4351             colour</li>
4352           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4353             for lots of labels</li>
4354         </ul>
4355     </tr>
4356     <tr>
4357       <td>
4358         <div align="center">
4359           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4360         </div>
4361       </td>
4362       <td><em>Application</em>
4363         <ul>
4364           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4365           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4366           <li>View/alignment association menu to enable user to
4367             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4368             its colours/correspondences from</li>
4369           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4370           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4371             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4372           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4373           <li>Annotation row column label formatting attributes
4374             stored in project file</li>
4375           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4376             rows preserved in Jalview project file</li>
4377           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4378             saved using Desktop window menu</li>
4379           <li>Visual indication that command line arguments are
4380             still being processed</li>
4381           <li>Groovy script execution from URL</li>
4382           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4383             preferences</li>
4384           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4385             alignment with sequences that have high similarity and
4386             matching IDs</li>
4387           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4388           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4389             structures in same window</li>
4390           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4391           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4392             analysis function in its own submenu</li>
4393         </ul> <em>Applet</em>
4394         <ul>
4395           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4396             groups</li>
4397           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4398           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4399           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4400           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4401           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4402             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4403           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4404           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4405             parameters are treated as such</li>
4406           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4407             <ul>
4408               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4409               <li>Javascript callbacks for
4410                 <ul>
4411                   <li>Applet initialisation</li>
4412                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4413                 </ul>
4414               </li>
4415               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4416                 functions</li>
4417               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4418               <li>javascript structure viewer harness to pass
4419                 messages between Jmol and Jalview when running as
4420                 distinct applets</li>
4421               <li>sortBy method</li>
4422               <li>Set of applet and application examples shipped
4423                 with documentation</li>
4424               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4425                 javascript message exchange</li>
4426             </ul>
4427         </ul> <em>General</em>
4428         <ul>
4429           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4430             multiple alignments</li>
4431           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4432           <li>User configurable link to enable redirects to a
4433             www.Jalview.org mirror</li>
4434           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4435           <li>Configurable newline string when writing alignment
4436             and other flat files</li>
4437           <li>Allow alignment annotation description lines to
4438             contain html tags</li>
4439         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4440         <ul>
4441           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4442             examples</li>
4443           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4444             using a web service before displaying the result in the
4445             Jalview desktop</li>
4446           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4447           <li>Ant target to publish example html files with applet
4448             archive</li>
4449           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4450           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4451         </ul></td>
4452       <td><em>Application</em>
4453         <ul>
4454           <li>User defined colourscheme throws exception when
4455             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4456           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4457             dialog for valid filename/format</li>
4458           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4459           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4460             P37173</li>
4461           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4462             which sequence is to be associated with the file</li>
4463           <li>Find All raises null pointer exception when query
4464             only matches sequence IDs</li>
4465           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4466           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4467             2.4 cannot be loaded</li>
4468           <li>Filetype associations not installed for webstart
4469             launch</li>
4470           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4471             with sequences in different alignments do not get coloured
4472             by their associated sequence</li>
4473           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4474             not preserved when project is loaded</li>
4475           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4476             stored in Jalview project</li>
4477           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4478             Jalview project</li>
4479           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4480           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4481             by conservation</li>
4482           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4483             created on new view</li>
4484           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4485             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4486           <li>Alignment quality not updated after alignment
4487             annotation row is hidden then shown</li>
4488           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4489             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4490           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4491             properly</li>
4492           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4493             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4494           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4495           <li>Structures imported from file and saved in project
4496             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4497           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4498             job execution in full once it is complete</li>
4499         </ul> <em>Applet</em>
4500         <ul>
4501           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4502             annotation rows are displayed</li>
4503           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4504             codebase</li>
4505           <li>View follows highlighting does not work for positions
4506             in sequences</li>
4507           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4508           <li>Export features raises exception when no features
4509             exist</li>
4510           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4511             for javascript api is modified when separator string
4512             provided as parameter</li>
4513           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4514             alignment with no existing selection</li>
4515           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4516             to applet&#39;s codebase</li>
4517           <li>Status bar not updated after finished searching and
4518             search wraps around to first result</li>
4519           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4520             several Jalview applets causes race conditions and memory
4521             leaks</li>
4522           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4523             not sent from Jmol in applet</li>
4524           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4525             applet API fatally hang browser</li>
4526         </ul> <em>General</em>
4527         <ul>
4528           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4529             position with wrapped view and hidden regions</li>
4530           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4531             with/without hidden columns</li>
4532           <li>Sequence length given in alignment properties window
4533             is off by 1</li>
4534           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4535             import PDB like structure files</li>
4536           <li>Positional search results are only highlighted
4537             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4538           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4539           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4540             given sequence position</li>
4541           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4542             output</li>
4543           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4544             from nucleotide chains correctly</li>
4545           <li>Structure colours not updated when tree partition
4546             changed in alignment</li>
4547           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4548             parsed in interleaved stockholm</li>
4549           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4550             state</li>
4551           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4552             properly</li>
4553           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4554             properly associated with their pdb files</li>
4555         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4556         <ul>
4557           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4558             ApplyCopyright tool</li>
4559         </ul></td>
4560     </tr>
4561     <tr>
4562       <td>
4563         <div align="center">
4564           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4565         </div>
4566       </td>
4567       <td><em>Application</em>
4568         <ul>
4569           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4570             contact web services</li>
4571           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4572             service job window</li>
4573           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4574         </ul></td>
4575       <td>
4576         <ul>
4577           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4578             pir file emitted by Jalview</li>
4579           <li>Existing feature settings transferred to new
4580             alignment view created from cut'n'paste</li>
4581           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4582             parsing PDB files</li>
4583           <li>Consensus and conservation annotation rows
4584             occasionally become blank for all new windows</li>
4585           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4586             in wrapped view mode</li>
4587         </ul> <em>Application</em>
4588         <ul>
4589           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4590             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4591           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4592             parameter names</li>
4593           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4594             is down</li>
4595         </ul>
4596       </td>
4597     </tr>
4598     <tr>
4599       <td>
4600         <div align="center">
4601           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4602         </div>
4603       </td>
4604       <td><em>Application</em>
4605         <ul>
4606           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4607             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4608             (JABAWS)
4609           </li>
4610           <li>Web Services preference tab</li>
4611           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4612             preferences</li>
4613           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4614           <li>Superpose structures using associated sequence
4615             alignment</li>
4616           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4617             viewer</li>
4618         </ul> <em>Applet</em>
4619         <ul>
4620           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4621             link out mechanism</li>
4622         </ul> <em>Other</em>
4623         <ul>
4624           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4625             series 12</li>
4626           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4627             require Java 1.5</li>
4628           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4629             sequence annotation files</li>
4630           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4631             type colour specification</li>
4632           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4633             script to check if it being run in an interactive session or
4634             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4635         </ul></td>
4636       <td>
4637         <ul>
4638           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4639             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4640         </ul> <em>Application</em>
4641         <ul>
4642           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4643             selected Regions menu item</li>
4644           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4645             part of a valid accession ID</li>
4646           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4647             runs out of memory</li>
4648           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4649             analysis results</li>
4650           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4651             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4652           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4653         </ul> <em>Applet</em>
4654         <ul>
4655           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4656             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4657             defined.</li>
4658         </ul>
4659       </td>
4660     </tr>
4661     <tr>
4662       <td>
4663         <div align="center">
4664           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4665         </div>
4666       </td>
4667       <td></td>
4668       <td>
4669         <ul>
4670           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4671             sequence IDs</li>
4672           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4673             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4674           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4675             import correctly</li>
4676           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4677             number of columns are hidden</li>
4678           <li>annotation label popup menu not providing correct
4679             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4680             present</li>
4681           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4682             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4683           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4684             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4685
4686         </ul> <em>Applet</em>
4687         <ul>
4688           <li>annotation panel disappears when annotation is
4689             hidden/removed</li>
4690         </ul> <em>Application</em>
4691         <ul>
4692           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4693             alignment opened where annotation panel is visible but no
4694             annotations are present on alignment</li>
4695           <li>pasted region containing hidden columns is
4696             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4697           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4698             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4699           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4700             selected Rregions menu item.</li>
4701           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4702             'Un' or 'Non'conserved</li>
4703           <li>Sequence feature settings are being shared by
4704             multiple distinct alignments</li>
4705           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4706             changed</li>
4707           <li>double click on group annotation to select sequences
4708             does not propagate to associated trees</li>
4709           <li>Mac OSX specific issues:
4710             <ul>
4711               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4712                 window background</li>
4713               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4714                 name set correctly</li>
4715               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4716                 save feature colourscheme button</li>
4717             </ul>
4718           </li>
4719         </ul>
4720       </td>
4721     </tr>
4722     <tr>
4723
4724       <td>
4725         <div align="center">
4726           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4727         </div>
4728       </td>
4729       <td><em>New Capabilities</em>
4730         <ul>
4731           <li>URL links generated from description line for
4732             regular-expression based URL links (applet and application)
4733
4734
4735           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4736             menu</li>
4737           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4738             structures</li>
4739           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4740             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4741           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4742             average score or total feature count for each sequence.</li>
4743           <li>Shading features by score or associated description</li>
4744           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4745             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4746           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4747             hide everything but the currently selected region.</li>
4748           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4749         </ul> <em>Application</em>
4750         <ul>
4751           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4752             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4753           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4754             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4755           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4756             database references and protein_name is parsed as
4757             description line (BioSapiens terms).</li>
4758           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4759             references in sequence ID tooltip from View menu in
4760             application.</li>
4761           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4762       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4763           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4764             conservation plots</li>
4765           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4766             and visualized as sequence logos</li>
4767           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4768             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4769           </li>
4770           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4771             when a new tree is opened.</li>
4772           <li>Jalview Java Console</li>
4773           <li>Better placement of desktop window when moving
4774             between different screens.</li>
4775           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4776             consensus annotation</li>
4777           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4778             Workflows</li>
4779           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4780             <ul>
4781               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4782                 used to preserve views, structures, and tree display
4783                 settings)</li>
4784               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4785                 command line</li>
4786               <li>Sharing of selected regions between views and
4787                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4788               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4789             </ul></li>
4790         </ul> <em>Applet</em>
4791         <ul>
4792           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4793           <li>New Parameters
4794             <ul>
4795               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4796                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4797                 opened.</li>
4798               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4799                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4800               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4801                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4802               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4803                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4804                 view</li>
4805               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4806                 increase the height or width of a cell in the alignment
4807                 grid relative to the current font size.</li>
4808             </ul>
4809           </li>
4810           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4811             tooltip</li>
4812         </ul> <em>Other</em>
4813         <ul>
4814           <li>Features format: graduated colour definitions and
4815             specification of feature scores</li>
4816           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4817             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4818             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4819           <li>XML formats extended to support graduated feature
4820             colourschemes, group associated annotation, and profile
4821             visualization settings.</li></td>
4822       <td>
4823         <ul>
4824           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4825             rather than description</li>
4826           <li>Non-positional features are now included in sequence
4827             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4828             visibility in tooltip).</li>
4829           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4830           <li>Added URL embedding instructions to features file
4831             documentation.</li>
4832           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4833             'X' in peptide product</li>
4834           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4835             sequence ID and sequence string and query strings do not
4836             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4837           <li>AMSA files only contain first column of
4838             multi-character column annotation labels</li>
4839           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4840             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4841             exported and re-imported)</li>
4842           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4843             name</li>
4844           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4845             as subsequence matches, and correctly reports total number
4846             of both.</li>
4847           <li>Application:
4848             <ul>
4849               <li>Better handling of exceptions during sequence
4850                 retrieval</li>
4851               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4852                 link text excludes the start_end suffix</li>
4853               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4854                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4855               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4856               <li>Sequence description lines properly shared via
4857                 VAMSAS</li>
4858               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4859                 data sources</li>
4860               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4861                 completes before alignment figures are generated.</li>
4862               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4863                 first time.</li>
4864               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4865                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4866               <li>User defined group colours properly recovered
4867                 from Jalview projects.</li>
4868             </ul>
4869           </li>
4870         </ul>
4871       </td>
4872
4873     </tr>
4874     <tr>
4875       <td>
4876         <div align="center">
4877           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4878         </div>
4879       </td>
4880       <td>
4881         <ul>
4882           <li>Experimental support for google analytics usage
4883             tracking.</li>
4884           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4885         </ul>
4886       </td>
4887       <td>
4888         <ul>
4889           <li>Race condition in applet preventing startup in
4890             jre1.6.0u12+.</li>
4891           <li>Exception when feature created from selection beyond
4892             length of sequence.</li>
4893           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4894           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4895             all sequences with a given id</li>
4896           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4897             ID string searches</li>
4898           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4899             alignment to fail with exception</li>
4900         </ul> <em>Application Issues</em>
4901         <ul>
4902           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4903           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4904             data sources</li>
4905         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4906         <ul>
4907           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4908             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4909           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4910             version (java class versioning error fixed)</li>
4911         </ul>
4912       </td>
4913     </tr>
4914     <tr>
4915       <td>
4916
4917         <div align="center">
4918           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4919         </div>
4920       </td>
4921       <td><em>User Interface</em>
4922         <ul>
4923           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4924             translation and protein products</li>
4925           <li>Linked highlighting of structure associated with
4926             residue mapping to codon position</li>
4927           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4928             and 'clear' button</li>
4929           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4930             Tools menu</li>
4931           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4932             numeric data in description line</li>
4933           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4934           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4935             of sequence</li>
4936         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4937         <ul>
4938           <li>JPred3 web service</li>
4939           <li>Prototype sequence search client (no public services
4940             available yet)</li>
4941           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4942             PFAM</li>
4943           <li>URL Links created for matching database cross
4944             references as well as sequence ID</li>
4945           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4946         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4947         <ul>
4948           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4949             databases</li>
4950           <li>Generalised database reference retrieval and
4951             validation to all fetchable databases</li>
4952           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4953             sequence command</li>
4954         </ul> <em>Import and Export</em>
4955         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4956         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4957           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4958         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4959           File</li>
4960         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4961           triplet as name of colourscheme</li>
4962         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4963         <ul>
4964           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4965           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4966             alignments (experimental)</li>
4967           <li>Create new or select existing session to join</li>
4968           <li>load and save of vamsas documents</li>
4969         </ul> <em>Application command line</em>
4970         <ul>
4971           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4972             from applet)</li>
4973           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4974             of DAS servers to query for alignment features</li>
4975           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4976             that are also automatically queried for features</li>
4977           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4978             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4979         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4980         <ul>
4981           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4982             application (when using &quot;View in full
4983             application&quot;)</li>
4984         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4985         <ul>
4986           <li>feature group display control parameter</li>
4987           <li>debug parameter</li>
4988           <li>showbutton parameter</li>
4989         </ul> <em>Applet API methods</em>
4990         <ul>
4991           <li>newView public method</li>
4992           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4993           <li>Feature display control methods</li>
4994           <li>get list of currently selected sequences</li>
4995         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4996         <ul>
4997           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4998           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4999             Jalview release.</li>
5000           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5001             property controls execution of obfuscator</li>
5002           <li>Build target for generating source distribution</li>
5003           <li>Debug flag for javacc</li>
5004           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5005             jalview.bin.Cache</li>
5006           <li>Continuous Build Integration for stable and
5007             development version of Application, Applet and source
5008             distribution</li>
5009         </ul></td>
5010       <td>
5011         <ul>
5012           <li>selected region output includes visible annotations
5013             (for certain formats)</li>
5014           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5015             for editing</li>
5016           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5017           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5018           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5019           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5020             comments</li>
5021           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5022             filenames containing a ':'</li>
5023           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5024             global sequence features</li>
5025           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5026             references from alignment sequences goes to zero</li>
5027           <li>Close of tree branch colour box without colour
5028             selection causes cascading exceptions</li>
5029           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5030           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5031             file parsing fails.</li>
5032           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5033           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5034             not a valid output format</li>
5035           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5036             vamsas</li>
5037           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5038           <li>error messages passed up and output when data read
5039             fails</li>
5040           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5041             sequence is edited</li>
5042           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5043             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5044           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5045             filetype</li>
5046           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5047             import fixed for PFAM records</li>
5048           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5049             window list</li>
5050           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5051             can be read and written correctly to annotation file</li>
5052           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5053             correctly</li>
5054           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5055             non-italic font for representatives in Applet</li>
5056           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5057             Macs.</li>
5058           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5059             Applet)</li>
5060           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5061             due to null pointer exceptions</li>
5062           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5063             first column of alignment</li>
5064           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5065             July 2008</li>
5066           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5067             file is case-insensitive</li>
5068           <li>Sequence features read from Features file appended to
5069             all sequences with matching IDs</li>
5070           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5071             containing a sub-sequence</li>
5072           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5073           <li>feature and annotation file applet parameters
5074             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5075           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5076           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5077             splash-screen version check to complete</li>
5078           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5079             when passing them to the launchApp service</li>
5080           <li>display name and local features preserved in results
5081             retrieved from web service</li>
5082           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5083             sequence fetcher initialisation</li>
5084           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5085             dasobert DAS client</li>
5086           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5087             association</li>
5088           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5089             sequences
5090           </li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093     </tr>
5094     <tr>
5095       <td>
5096         <div align="center">
5097           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5098         </div>
5099       </td>
5100       <td>
5101         <ul>
5102           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5103           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5104           <li>Slide sequences</li>
5105           <li>Edit sequence in place</li>
5106           <li>EMBL CDS features</li>
5107           <li>DAS Feature mapping</li>
5108           <li>Feature ordering</li>
5109           <li>Alignment Properties</li>
5110           <li>Annotation Scores</li>
5111           <li>Sort by scores</li>
5112           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5113         </ul>
5114       </td>
5115       <td>
5116         <ul>
5117           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5118           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5119           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5120           <li>Feature group display state in XML</li>
5121           <li>Feature ordering in XML</li>
5122           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5123           <li>Stockholm alignment properties</li>
5124           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5125           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5126           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5127           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5128         </ul>
5129       </td>
5130
5131     </tr>
5132     <tr>
5133       <td>
5134         <div align="center">
5135           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5136         </div>
5137       </td>
5138       <td>
5139         <ul>
5140           <li>Non standard characters can be read and displayed
5141           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5142             applet via textbox
5143           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5144             name &amp; description
5145           <li>Preference setting to display sequence name in
5146             italics
5147           <li>Annotation file format extended to allow
5148             Sequence_groups to be defined
5149           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5150             specified in preferences
5151           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5152             sequences
5153         </ul>
5154       </td>
5155       <td>
5156         <ul>
5157           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5158             installed
5159           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5160           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5161         </ul>
5162       </td>
5163     </tr>
5164     <tr>
5165       <td>
5166         <div align="center">
5167           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5168         </div>
5169       </td>
5170       <td>
5171         <ul>
5172           <li>Multiple views on alignment
5173           <li>Sequence feature editing
5174           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5175           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5176           <li>Background dependent text colour
5177           <li>Right align sequence ids
5178           <li>User-defined lower case residue colours
5179           <li>Format Menu
5180           <li>Select Menu
5181           <li>Menu item accelerator keys
5182           <li>Control-V pastes to current alignment
5183           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5184           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5185           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5186
5187
5188           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5189         </ul>
5190       </td>
5191       <td>
5192         <ul>
5193           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5194           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5195             calculations
5196           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5197             edits
5198           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5199             of alignment)
5200           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5201
5202
5203           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5204             display correctly
5205           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5206           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5207             analysis results
5208           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5209             &#8739;
5210           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5211           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5212           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5213
5214
5215         </ul>
5216       </td>
5217     </tr>
5218     <tr>
5219       <td>
5220         <div align="center">
5221           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5222         </div>
5223       </td>
5224       <td>
5225         <ul>
5226           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5227         </ul>
5228       </td>
5229       <td>
5230         <ul>
5231           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5232             sequence id panel has been resized</li>
5233           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5234             rendered</li>
5235           <li>Annotation files with sequence references - all
5236             elements in file are relative to sequence position</li>
5237           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5238         </ul>
5239       </td>
5240     </tr>
5241     <tr>
5242       <td>
5243         <div align="center">
5244           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5245         </div>
5246       </td>
5247       <td>
5248         <ul>
5249           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5250           <li>DAS Feature fetching</li>
5251           <li>Hide sequences and columns</li>
5252           <li>Export Annotations and Features</li>
5253           <li>GFF file reading / writing</li>
5254           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5255             files</li>
5256           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5257           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5258           <li>Applet can launch the full application</li>
5259           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5260             required)</li>
5261           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5262           <li>Applet can load sequences from parameter
5263             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5264           </li>
5265         </ul>
5266       </td>
5267       <td>
5268         <ul>
5269           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5270           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5271           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5272         </ul>
5273       </td>
5274     </tr>
5275     <tr>
5276       <td>
5277         <div align="center">
5278           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5279         </div>
5280       </td>
5281       <td>
5282         <ul>
5283           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5284           <li>Choose to match case when searching</li>
5285           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5286             expand the visible width and height of the alignment</li>
5287         </ul>
5288       </td>
5289       <td>
5290         <ul>
5291           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5292         </ul>
5293       </td>
5294     </tr>
5295     <tr>
5296       <td>
5297         <div align="center">
5298           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5299         </div>
5300       </td>
5301       <td>&nbsp;</td>
5302       <td>
5303         <ul>
5304           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5305           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5306             value</li>
5307         </ul>
5308       </td>
5309     </tr>
5310     <tr>
5311       <td>
5312         <div align="center">
5313           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5314         </div>
5315       </td>
5316       <td>
5317         <ul>
5318           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5319           <li>Keyboard editing</li>
5320           <li>Create sequence features from searches</li>
5321           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5322             alignments</li>
5323           <li>Features file allows grouping of features</li>
5324           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5325           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5326           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5327         </ul>
5328       </td>
5329       <td>
5330         <ul>
5331           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5332           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5333             descriptions saved.</li>
5334         </ul>
5335       </td>
5336     </tr>
5337     <tr>
5338       <td>
5339         <div align="center">
5340           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5341         </div>
5342       </td>
5343       <td>
5344         <ul>
5345           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5346           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5347           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5348             name for file output</li>
5349           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5350           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5351             used for HTML form input</li>
5352         </ul>
5353       </td>
5354       <td>
5355         <ul>
5356           <li>HTML output writes groups and features</li>
5357           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5358           <li>File IO bugs</li>
5359         </ul>
5360       </td>
5361     </tr>
5362     <tr>
5363       <td>
5364         <div align="center">
5365           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5366         </div>
5367       </td>
5368       <td>
5369         <ul>
5370           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5371           <li>More options for PCA viewer</li>
5372         </ul>
5373       </td>
5374       <td>
5375         <ul>
5376           <li>GUI bugs resolved</li>
5377           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5378         </ul>
5379       </td>
5380     </tr>
5381     <tr>
5382       <td height="63">
5383         <div align="center">
5384           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5385         </div>
5386       </td>
5387       <td>
5388         <ul>
5389           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5390           <li>Jar files are executable</li>
5391           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5392         </ul>
5393       </td>
5394       <td>
5395         <ul>
5396           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5397           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5398           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5399         </ul>
5400       </td>
5401     </tr>
5402     <tr>
5403       <td>
5404         <div align="center">
5405           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5406         </div>
5407       </td>
5408       <td>
5409         <ul>
5410           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5411         </ul>
5412       </td>
5413       <td>
5414         <ul>
5415           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5416         </ul>
5417       </td>
5418     </tr>
5419     <tr>
5420       <td>
5421         <div align="center">
5422           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5423         </div>
5424       </td>
5425       <td>
5426         <ul>
5427           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5428             size</li>
5429         </ul>
5430       </td>
5431       <td>
5432         <ul>
5433           <li>Improved JPred client reliability</li>
5434           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5435         </ul>
5436       </td>
5437     </tr>
5438     <tr>
5439       <td>
5440         <div align="center">
5441           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5442         </div>
5443       </td>
5444       <td>
5445         <ul>
5446           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5447           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5448           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5449             to Colour Menu</li>
5450           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5451           <li>Unix users can set default web browser</li>
5452           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5453           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5454         </ul>
5455       </td>
5456       <td>
5457         <ul>
5458           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5459         </ul>
5460       </td>
5461     </tr>
5462     <tr>
5463       <td>
5464         <div align="center">
5465           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5466         </div>
5467       </td>
5468       <td>&nbsp;</td>
5469       <td>
5470         <ul>
5471           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5472             alignment order.</li>
5473         </ul>
5474       </td>
5475     </tr>
5476     <tr>
5477       <td>
5478         <div align="center">
5479           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5480         </div>
5481       </td>
5482       <td>
5483         <ul>
5484           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5485           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5486           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5487             annotations.</li>
5488           <li>Version and build date written to build properties
5489             file.</li>
5490           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5491             at launch of Jalview.</li>
5492         </ul>
5493       </td>
5494       <td>
5495         <ul>
5496           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5497           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5498           <li>Can remove groups one by one.</li>
5499           <li>Filechooser icons installed.</li>
5500           <li>Finder ignores return character when searching.
5501             Return key will initiate a search.<br>
5502           </li>
5503         </ul>
5504       </td>
5505     </tr>
5506     <tr>
5507       <td>
5508         <div align="center">
5509           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5510         </div>
5511       </td>
5512       <td>
5513         <ul>
5514           <li>New codebase</li>
5515         </ul>
5516       </td>
5517       <td>&nbsp;</td>
5518     </tr>
5519   </table>
5520   <p>&nbsp;</p>
5521 </body>
5522 </html>