help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.1</a><br />
  62           <em>31/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3973 -->Distribution Tarball includes git commit
  67             and branch details
  68           </li>
  69         </ul>
  70       </td>
  71       <td align="left" valign="top">
  72         <ul>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3975 -->Residue selection using keyboard input
  75             stops working after first "Create sequence feature"
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3976 -->3D Structure chooser fails to select
  79             structures from 3D-beacons and pops up a 'null' dialog
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3973 -->Cannot build Jalview 2.11.2.0 via gradle
  83             from its source tarball
  84           </li>
  85         </ul> <em>New Known Issues</em>
  86         <ul>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3873 -->Colour by->all views doesn't allow
  89             colouring same structure from different views (since
  90             2.11.2.0)
  91           </li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-3980 --> Sequence ID tooltip not showing during
  94             long running retrieval/crossref operations (affects at least
  95             2.11.1 onwards)
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3886 -->Pfam and Rfam alignment retrieval as
  99             gzipped stockholm doesn't work on JalviewJS build of 2.11.2
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3972 -->Java 11 Only: Jalview 2.11.2.0 OSX install
 103             not working due to VAqua requiring
 104             sun.awt.image.MultiResolutionImage
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3981 -->Sequence Details can take a long time to be
 108             displayed for heavily annotated sequences (all versions)
 109           </li>
 110         </ul>
 111       </td>
 112     </tr>
 113     <tr>
 114       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 115           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
 116           <em>10/03/2022</em></strong></td>
 117       <td align="left" valign="top">
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
 121             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
 122             Chimera.
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
 126             with Uniprot references via 3D-Beacons
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
 130             Uniprot sequences according to number of residues in
 131             structure mapped to positions involved in the alignment
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
 135             chains in 3D structures are included in the 'Reference
 136             Annotation' for a sequence
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
 143             molecules imported from ENA records are shown as RNA
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
 149             memory settings at launch
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 153             non-alphanumerics when discovering database references with
 154             'Fetch DB Refs'
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 158             Console whilst discovering database references for a
 159             sequence
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 163             schema
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 167             disabled by default
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 171             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 172             fetcher dialog.
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 176             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 177             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 178             drosophila_melanogaster)
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 182             argument to prevent automatic discovery of analysis
 183             webservices on launch
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 187             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 188             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 189             textbox
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 193             proxies that require authentication
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 197             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 201             to 14.31.53
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 205             text
 206           </li>
 207         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 208         <ul>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 211             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 212             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 213             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 214               is the recommended workaround for known issue about
 215               working directory preservation when running native
 216               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 217           </em>
 218           </li>
 219           <li>Notarized MacOS installer for compliance with latest
 220             OSX releases (Monterey)</li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 223             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 224             the OSX disk image
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 228             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 232             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 233             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 234             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 238             configuration from jalview_properties
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 242             to get at Jalview's development builds
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 246             and Jalview Develop applications.
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 250             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 251             than anonymous 'Java' icons
 252           </li>
 253         </ul> <em>JalviewJS</em>
 254         <ul>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 257             with SIFTS
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 261             JalviewJS only
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 265             reported once per key (avoids excessive log output in js
 266             console)
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 270             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 277             GUI additions and improvements in sync with Java
 278             application.
 279           </li>
 280         </ul> <em>Development</em>
 281         <ul>
 282           <li>
 283             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 290             process, added support for system package provided eclipse
 291             installs on linux
 292           </li>
 293           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 296             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 297             Jalview Launcher
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 301             with Java 17 (next LTS target)
 302           </li>
 303         </ul>
 304       </td>
 305       <td align="left" valign="top">
 306         <ul>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 309             execution
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 313             disappears when only one structure is shown (and many
 314             sequences:one chain mappings are present)
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 318             the first SEQUENCE_GROUP defined
 319           </li>
 320
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 323             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 324             trees (known defect from 2.11.1.3)
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 328             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 332             base in DNA sequences
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 336             Structure Preferences
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 346             modified graduated colour
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 350             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 351             clustal colouring is enabled
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 358             from Preferences
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 362             routing to stderr and appear as a raw template
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 366             numerical field doesn't update the value of the parameter
 367             until return is pressed.
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 371             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 372             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 373             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 374           </li>
 375         </ul> <em>JalviewJS</em>
 376         <ul>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 379             down) percentage values causing a divide by zero
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 383             via Info.args when there are arguments on the URL
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 390             JalviewJS
 391           </li>
 392         </ul> <em>Development</em>
 393         <ul>
 394           <li>Gradle
 395             <ul>
 396               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 397               <li>
 398                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 399                 Gradle v.6.6+
 400               </li>
 401             </ul>
 402           </li>
 403
 404         </ul> <em>Known Issues</em>
 405         <ul>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 408             suppressed when structures associated with a sequence are
 409             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 410             series)
 411           </li>
 412         </ul>
 413       </td>
 414     </tr>
 415     <tr>
 416       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 417           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 418           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 419       <td></td>
 420       <td align="left" valign="top">
 421         <ul>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 424             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 425             Unix/BSD OSs)
 426           </li>
 427         </ul> <em>Security</em>
 428         <ul>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 431             certificates.
 432           </li>
 433         </ul>
 434     </tr>
 435     <tr>
 436       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 437           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 438           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 439
 440       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 441         <ul>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 444             2.16.0 to 2.17.0.
 445           </li>
 446         </ul></td>
 447       <td></td>
 448     </tr>
 449     <tr>
 450       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 451           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 452           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 453
 454       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 455         <ul>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 458             (was log4j 1.2.x).
 459         </ul> <em>Development</em>
 460         <ul>
 461           <li>Updated building instructions</li>
 462         </ul></td>
 463       <td>
 464         <ul>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 467             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 468             and display)
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 472             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 473             only)
 474           </li>
 475         </ul> <em>Development</em>
 476         <ul>
 477           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 478         </ul>
 479       </td>
 480     </tr>
 481     <tr>
 482       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 483           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 484           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 485       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 486           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 487         <ul>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 490             launch of the news browser (like -nonews argument)
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 494             download of linkout URLs from
 495             www.jalview.org/services/identifiers
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 499             download of BIOJSHTML templates
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 503             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 504             disabled
 505           </li>
 506         </ul></td>
 507       <td align="left" valign="top">
 508         <ul>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 511             Jmol
 512           </li>
 513         </ul> <em>New Known defects</em>
 514         <ul>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 517             always restored from project (since 2.10.3)
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 521             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 522           </li>
 523         </ul>
 524       </td>
 525     </tr>
 526     <tr>
 527       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 528           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 529           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 530       <td align="left" valign="top">
 531         <ul>
 532
 533         </ul>
 534       </td>
 535       <td align="left" valign="top">
 536         <ul>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 539             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 543             sequences can be classed as nucleotide
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 547             sequences after alignment of protein products (known defect
 548             first reported for 2.11.1.0)
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 552             features outwith CDS shown overlaid on protein
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 556             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 557             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 561             CDS features
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 565             always select corresponding protein sequences
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 569             column selection doesn't always ignore hidden columns
 570           </li>
 571         </ul> <em>Installer</em>
 572         <ul>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 575             Windows prevents install4j launching getdown
 576           </li>
 577         </ul> <em>Development</em>
 578         <ul>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 581             version numbers in doc/building.md
 582           </li>
 583         </ul>
 584       </td>
 585     </tr>
 586     <tr>
 587       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 588           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 589           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 590       <td align="left" valign="top">
 591         <ul>
 592         </ul>
 593       </td>
 594       <td align="left" valign="top">
 595         <ul>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 598             "Encountered problems opening
 599             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 600           </li>
 601         </ul>
 602       </td>
 603     </tr>
 604     <tr>
 605       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 606           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 607           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 608       <td align="left" valign="top">
 609         <ul>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 612             residue in cursor mode
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 616             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 620             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 621             improved compatibility with JalviewJS
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 625             alignments from Pfam and Rfam
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 629             import (no longer based on .gz extension)
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 636             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 637             EMBL flat file
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 641             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 642             saving or making backup files.
 643           </li>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 646             <ul>
 647               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 648               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 649             </ul>
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 653             when running on Linux (Requires Java 11+)
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 657             green ones) are not automatically displayed when associated
 658             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 659             PDB.
 660           </li>
 661         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 662         <ul>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 665             through a system property
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 669             line help for configuring Jalview's memory
 670           </li>
 671         </ul>
 672       </td>
 673       <td align="left" valign="top">
 674         <ul>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 677             but not calculated and no protein or DNA score models are
 678             available for tree/PCA calculation when launched with
 679             Turkish language locale
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 683             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 687             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 691             sequence under the cursor
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 695             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 699             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 700             '%s'" on the console
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 704             when there are both local and complementary features mapped
 705             to the position under the cursor
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 709             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 713             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 717             internationalised text for some messages and log output
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 721             hidden gapped columns
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 725             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 729             specifying output format when exporting an alignment via the
 730             command line
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 734             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 735             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 736             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 737             file again, and if that fails, delete the original file and
 738             save in place.)
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 742             sequence features displayed causes displayed features to be
 743             hidden.
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 747             via command line
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 751             program and documentation
 752           </li>
 753         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 754         <ul>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 757             first time for a version that has different jars to the
 758             previous launched version.
 759           </li>
 760         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 761         <ul>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 764             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 765             OutOfMemory error.
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 769             monitor the release channel
 770           </li>
 771         </ul> <em>New Known defects</em>
 772         <ul>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 775             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 776             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 777             RNA viruses)
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 781             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 782             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 786             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 787             works for the top left quadrant of the alignment window
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 791             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 795             when alignment view restored from project (since Jalview
 796             2.11.0)
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 800             protein products for certain ENA records are repeatedly
 801             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 802           </li>
 803         </ul>
 804       </td>
 805     </tr>
 806     <tr>
 807       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 808           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 809           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 810       <td align="left" valign="top">
 811         <ul>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 814             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 815             for display in alignments, on structure views (including
 816             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 817             export.
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 821             exported and re-imported as GFF3 files
 822           </li>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 825             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 829             validation while parsing
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 833             position if reopened
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 837             of associated view
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 841             enabled by default
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 845             tooltips and menus
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 849             with no feature types visible
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 853             attributes with large integer values
 854           </li>
 855         </ul>
 856         <em>Jalview Installer</em>
 857         <ul>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 860             installer template version reported in console (may be null
 861             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 862           </li>
 863           <li>
 864             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 865             higher quality background images
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 869             generated with install4j 8.0.4
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 873             Platforms
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 877             setting when running on large memory machines
 878           </li>
 879         </ul> <em>Release processes</em>
 880         <ul>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 886             access to test-release channel builds
 887           </li>
 888         </ul> <em>Build System</em>
 889         <ul>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 895             report
 896           </li>
 897         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 898         <ul>
 899           <li>
 900             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 901             to stdout containing the consensus sequence for each
 902             alignment in a Jalview session
 903           </li>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 906             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 907             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 908           </li>
 909         </ul>
 910       </td>
 911       <td align="left" valign="top">
 912         <ul>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 915             'Show hidden markers' option is not ticked
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 919             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 920             jalview preferences or properties file
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 924             'Show Sequence Features' option is not ticked
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 928             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 929             features are visible
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 933             equal when split frame is first opened
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 937             correct after editing a sequence's start position
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 941             with annotation and exceptions thrown when only a few
 942             columns shown in wrapped mode
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 946             wrapped alignment figure with annotations
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 950             ID fails with ClassCastException
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 954             Project
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 958             feature settings dialog also selects columns
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 962             IllegalArgumentException in some circumstances
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 966             opened for a view
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 970             alignment window is closed
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 974             help documentation for 2.11.0 release
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 978             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 979             Uniprot Accession
 980           </li>
 981         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 982         <ul>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 985             PDB/Uniprot search panel
 986           </li>
 987         </ul> <em>Installer</em>
 988         <ul>
 989           <li>
 990             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 991             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 992           </li>
 993         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 994         <ul>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 997             repository
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
1001             memory
1002           </li>
1003         </ul> <em>New Known Issues</em>
1004         <ul>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
1007             preserved when Jalview.app launched with parameters from
1008             command line
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
1012             clipped in headless figure export when Right Align option
1013             enabled
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
1017             'Source' in console output
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
1021             on jalview's bamboo server but run fine locally.
1022           </li>
1023         </ul>
1024       </td>
1025     </tr>
1026     <tr>
1027       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
1028           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
1029       <td align="left" valign="top">
1030         <ul>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
1033             Application and Installers built with <a
1034             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
1035             (licensed to the Jalview open source project) rather than
1036             InstallAnywhere
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
1040             memory settings, receive over the air updates and launch
1041             specific versions via (<a
1042             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
1043               Rings' GetDown</a>)
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
1047             for formats supported by Jalview (including .jvp project
1048             files)
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
1052             line arguments and switch between different getdown channels
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1056             project or alignment files
1057           </li>
1058
1059           <li>
1060             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1061             data files
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1065             updated to version 2.12.0
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1069             'Translate as cDNA'
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1073           </li>
1074           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1075               of Sequence Features</strong>
1076             <ul>
1077               <li>
1078                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1079                 implementation that allows updates) used for Sequence
1080                 Feature collections
1081               </li>
1082               <li>
1083                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1084                 features can be filtered and shaded according to any
1085                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1086                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1087                 file)
1088               </li>
1089               <li>
1090                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1091                 stored and restored from Jalview Projects
1092               </li>
1093               <li>
1094                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1095                 BioJava) to recognise variant features
1096               </li>
1097               <li>
1098                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1099                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1100               </li>
1101               <li>
1102                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1103                 selected sequence feature's details
1104               </li>
1105               <li>
1106                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1107                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1108                 and filter aware)
1109               </li>
1110               <li>
1111                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1112                 Settings dialog
1113               </li>
1114             </ul></li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1117             and PCA calculations
1118           </li>
1119           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1120             <ul>
1121               <li>
1122                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1123                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1124               </li>
1125               <li>
1126                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1127                 viewer's drop-down menus
1128               </li>
1129               <li>
1130                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1131                 PCA image incrementally
1132               </li>
1133               <li>
1134                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1135               </li>
1136             </ul></li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1139           </li>
1140           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1141             <ul>
1142               <li>
1143                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1144                 selections and multiple groups when working with large
1145                 alignments
1146               </li>
1147               <li>
1148                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1149                 parsing Stockholm files
1150               </li>
1151             </ul>
1152           <li><strong>User Interface</strong>
1153             <ul>
1154               <li>
1155                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1156                 each view
1157               </li>
1158               <li>
1159                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1160                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1161                 regions of alignment are shown by default (can be
1162                 changed in user preferences)
1163               </li>
1164               <li>
1165                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1166                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1167               </li>
1168               <li>
1169                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1170                 when all sequences are hidden
1171               </li>
1172               <li>
1173                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1174                 selection region, and gap count when inserting or
1175                 deleting gaps
1176               </li>
1177               <li>
1178                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1179                 annotation labels
1180               </li>
1181               <li>
1182                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1183                 shown when in wrapped mode
1184               </li>
1185               <li>
1186                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1187                 left/right in a graph or histogram annotation
1188               </li>
1189               <li>
1190                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1191                 search panels
1192               </li>
1193               <li>
1194                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1195                 Overview panel
1196               </li>
1197               <li>
1198                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1199                 sequence id popup menu
1200               </li>
1201               <li>
1202                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1203                 not shown if no subgroups are created
1204               </li>
1205               <li>
1206                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1207                 search history by right-clicking search box
1208               </li>
1209
1210
1211             </ul></li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1214             Groovy v2.5
1215           </li>
1216           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1217               release)</strong>
1218             <ul>
1219               <li>
1220                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1221                 entry and trapping CMD-Q
1222               </li>
1223             </ul></li>
1224         </ul> <em>Deprecations</em>
1225         <ul>
1226           <li>
1227             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1228             capabilities removed from the Jalview Desktop
1229           </li>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1232             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1233             projects and XML based data retrieval clients
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1237             removal
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1241             Start
1242           </li>
1243         </ul> <em>Documentation</em>
1244         <ul>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1247             effects not supported in EPS figure export
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1251             dialog
1252           </li>
1253         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1254         <ul>
1255           <li>
1256             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1257             from Ant to Gradle
1258           </li>
1259           <li>
1260             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1261             keys in Message bundles
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1265             gradle-eclipse
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1269             continuous integration for unattended Test Suite execution
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1273             operations
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1277             issues resolved
1278           </li>
1279           <li>
1280             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1281             markdown (with HTML rendering)
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1288             versions of Jalview
1289           </li>
1290         </ul>
1291       </td>
1292       <td align="left" valign="top">
1293         <ul>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1299             superposition in Jmol fail on Windows
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1303             discovering structures for sequences with lots of PDB
1304             structures
1305           </li>
1306           <li>
1307             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1308             with monospaced font
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1312             Jalview project involving multiple views
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1316             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1317             Annotation dialog hides columns
1318           </li>
1319           <li>
1320             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1321             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1322             selection in one view, then making another selection in the
1323             other view
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1327             columns
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1331             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1335             redrawing the overview with large alignments
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1339             region if columns were selected by dragging right-to-left
1340             and the mouse moved to the left of the first column
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1344             a hidden column marker via scale popup menu
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1348             URLs doesn't tell users the invalid URL
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1352             score from view
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1356             during show cross references or Fetch Database References
1357             are shown in red in original view
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1361             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1362             p.Res.null)
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1366             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1370             printed when columns are hidden
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1374             Columns by Annotation description
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1378             dragging out of Scale or Annotation Panel
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1382             out of scale panel
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1386             alignment down
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1390             in scale panel
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1394             Down, Page Up in wrapped mode
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1401           </li>
1402           <li>
1403             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1404             selected on opening an alignment
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1408             in Colour menu
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1412             when different groups in the alignment are selected
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1416             shown correctly in menu
1417           </li>
1418           <li>
1419             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1420             min/max threshold limit
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1424             threshold gets 'unrounded'
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1428             colour
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1432             axis
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1436           </li>
1437           <li>
1438             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1439             alignment, not Tree font
1440           </li>
1441           <li>
1442             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1443             from project file
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1447             Overview shown in complementary view
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1451             shown without normalisation
1452           </li>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1455             positioned at top of report
1456           </li>
1457           <li>
1458             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1462             OSX Mojave
1463           </li>
1464         </ul> <em>Editing</em>
1465         <ul>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1468             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1469             via 'Edit' sequence
1470           </li>
1471           <li>
1472             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1473             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1474             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1478             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1482             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1483             in 2.10.5)
1484           </li>
1485         </ul> <em>Datamodel</em>
1486         <ul>
1487           <li>
1488             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1489             sequence's End is greater than its length
1490           </li>
1491         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1492           release)</em>
1493         <ul>
1494           <li>
1495             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1496           </li>
1497         </ul> <em>New Known Defects</em>
1498         <ul>
1499           <li>
1500             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1501             clicking ignores bounds of an existing selected region
1502           </li>
1503           <li>
1504             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1505             gapped regions of protein alignment.
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1509             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1513             after 'New View'
1514           </li>
1515           <li>
1516             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1517             columns within hidden columns
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1521             re-enters window after dragging left to select columns to
1522             left of visible region
1523           </li>
1524           <li>
1525             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1526             description string and thresholded by score in earlier
1527             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1528             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1532             reset group visibility
1533           </li>
1534           <li>
1535             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1536             linked CDS/Protein view
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1540             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1541           </li>
1542         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1543         <ul>
1544           <li>
1545             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1546             alphabetically when saved
1547           </li>
1548         </ul>
1549       </td>
1550     </tr>
1551     <tr>
1552       <td width="60" nowrap>
1553         <div align="center">
1554           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1555         </div>
1556       </td>
1557       <td><div align="left">
1558           <em></em>
1559           <ul>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1562               InstallAnywhere increased to 1G.
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1566               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1567               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1568                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1569                 properties file.</em>
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1573               API and sequence data now imported as JSON.
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1577               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1578               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1579               property.
1580             </li>
1581           </ul>
1582           <em>Development</em>
1583           <ul>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1586               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1587                 Clover</a>
1588             </li>
1589           </ul>
1590         </div></td>
1591       <td><div align="left">
1592           <em></em>
1593           <ul>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1596               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1597               alignment.
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1601               annotation displayed.
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1605               for newly created group when 'Apply to all groups'
1606               selected
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1610               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1611               visible.
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1615               when sequences are selected in exported view.</em>
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1619               aren't rendered with correct colour.
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1623               types of knotted RNA secondary structure.
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1627               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1628               do not start at 1.
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1632               annotation when columns are inserted into an alignment,
1633               and when exporting as Stockholm flatfile.
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1637               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1638               treated as RNA secondary structure.
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1642               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1646               transfers focus to previous window on OSX
1647             </li>
1648           </ul>
1649           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1650           <ul>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1653               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1654               box.
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1658               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1659               'look and feel' which has improved compatibility with the
1660               latest version of OSX.
1661             </li>
1662           </ul>
1663         </div></td>
1664     </tr>
1665     <tr>
1666       <td width="60" nowrap>
1667         <div align="center">
1668           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1669             <em>7/06/2018</em></strong>
1670         </div>
1671       </td>
1672       <td><div align="left">
1673           <em></em>
1674           <ul>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1677               annotation retrieved from Uniprot
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1681               onto the Jalview Desktop
1682             </li>
1683           </ul>
1684         </div></td>
1685       <td><div align="left">
1686           <em></em>
1687           <ul>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1690               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1694               right-hand column parsed correctly
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1698               not alignment area in exported graphic
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1702               window has input focus
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1706               annotation added to view (Windows)
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1710               network connectivity is poor
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1714               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1715                 the currently open URL and links from a page viewed in
1716                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1717                 you are using Edge, only links in the page can be
1718                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1719                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1720             </li>
1721           </ul>
1722           <em>New Known Defects</em>
1723           <ul>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1726               Annotation
1727             </li>
1728           </ul>
1729         </div></td>
1730     </tr>
1731     <tr>
1732       <td width="60" nowrap>
1733         <div align="center">
1734           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1735         </div>
1736       </td>
1737       <td><div align="left">
1738           <em></em>
1739           <ul>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1742               for disabling automatic superposition of multiple
1743               structures and open structures in existing views
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1747               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1748               adjust them.
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1752               Ensembl services
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1756               and lots of hidden columns
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1760               of features (particularly when transparency is disabled)
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1764               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1765               made generally available
1766             </li>
1767           </ul>
1768         </div></td>
1769       <td><div align="left">
1770           <ul>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1773               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1777               overlapping alignment panel
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1781               sequence as gaps
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1785               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1786               UTR
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1790               factor annotation not added to sequence when local PDB
1791               file associated with it by drag'n'drop or structure
1792               chooser
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1796               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1800               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1804               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1808               columns in annotation row
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1812               not honored in batch mode
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1816               for structures added to existing Jmol view
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1820               entries after importing project with multiple views
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1824               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1825               with negative residue numbers or missing residues fails
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1829               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1830               files (e.g. as generated by CONSURF)
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1834               tooltip doesn't include a text description of mutation
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1838               structure and/or overview windows are also shown
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1842               regions very slow for alignments with large numbers of
1843               sequences
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1847               with 'StringIndexOutOfBounds'
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1851               Feel for OSX platforms running Java 10
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1855               view appears to do nothing because the view is hidden
1856               behind the alignment view
1857             </li>
1858           </ul>
1859           <em>Applet</em>
1860           <ul>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1863               should copy the group consensus when popup is opened on it
1864             </li>
1865           </ul>
1866           <em>Batch Mode</em>
1867           <ul>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1870               respected
1871             </li>
1872           </ul>
1873           <em>New Known Defects</em>
1874           <ul>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1877               editing a large alignment and overview is displayed
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1881               repeatedly after a series of edits even when the overview
1882               is no longer reflecting updates
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1886               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1887               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1888               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1892               CSV option gives blank output
1893             </li>
1894           </ul>
1895         </div></td>
1896     </tr>
1897     <tr>
1898       <td width="60" nowrap>
1899         <div align="center">
1900           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1901             <em>24/1/2018</em></strong>
1902         </div>
1903       </td>
1904       <td><div align="left">
1905           <ul>
1906             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1907               30th November 2018)</li>
1908           </ul>
1909         </div></td>
1910       <td><div align="left">
1911           <em>Desktop</em>
1912           <ul>
1913             <ul>
1914               <li>
1915                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1916                 several sequences and structures are selected for
1917                 viewing/superposing
1918               </li>
1919               <li>
1920                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1921                 vertically via trackpad and scrollwheel
1922               </li>
1923               <li>
1924                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1925                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1926                 start of alignment
1927               </li>
1928               <li>
1929                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1930                 scrolled into view if columns are hidden
1931               </li>
1932               <li>
1933                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1934                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1935                 hidden columns
1936               </li>
1937               <li>
1938                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1939                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1940                 effect
1941               </li>
1942               <li>
1943                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1944                 relationships when retrieving sequences from
1945                 EnsemblGenomes
1946               </li>
1947             </ul>
1948         </div></td>
1949     </tr>
1950     <tr>
1951       <td width="60" nowrap>
1952         <div align="center">
1953           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1954         </div>
1955       </td>
1956       <td><div align="left">
1957           <em></em>
1958           <ul>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1961               rendering of sequence features
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1965               429 rate limit request hander
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1969               their colours have changed
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1973               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1977               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1981               view from Ensembl locus cross-references
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1985               Alignment report
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1989               feature can be disabled
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1993               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1997               Uniprot
1998             </li>
1999           </ul>
2000           <em>Scripting</em>
2001           <ul>
2002             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
2003             <li>Example groovy script for generating a matrix of
2004               percent identity scores for current alignment.</li>
2005           </ul>
2006           <em>Testing and Deployment</em>
2007           <ul>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
2010             </li>
2011           </ul>
2012         </div></td>
2013       <td><div align="left">
2014           <em>General</em>
2015           <ul>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
2018               threshold text field doesn't trigger an update to the
2019               alignment view
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
2023               strings in parallel
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
2027               alignment window is closed
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
2031               group visibility
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
2035               takes a long time in Cursor mode
2036             </li>
2037           </ul>
2038           <em>Desktop</em>
2039           <ul>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
2042               cannot be viewed in Chimera
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
2046               CDS/Protein view
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
2050               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
2051               Search Dialogs
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2061               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2065               scrolling right in unwapped alignment view
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2069               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2070               database
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2074               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2078               features of same type and group to be selected for
2079               amending
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2083               alignments when hidden columns are present
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2087               displaying several structures
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2091               moving a window
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2095               within the Jalview desktop on OSX
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2099               when in wrapped alignment mode
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2103               hand end of alignment
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2107               each selected sequence do not have correct start/end
2108               positions
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2112               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2116               restoring project until a new view is created
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2120               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2121               configured (since 2.10.2b2)
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2125               position is adjusted
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2129               in a multi-chain structure when viewing alignment
2130               involving more than one chain (since 2.10)
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2134               if new selection moves alignment window
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2138               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2142               that produces correctly annotated transcripts and products
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2146               doesn't update associated structure view
2147             </li>
2148           </ul>
2149           <em>Applet</em><br />
2150           <ul>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2153               closing alignment panel
2154             </li>
2155           </ul>
2156           <em>BioJSON</em><br />
2157           <ul>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2160               non-positional features
2161             </li>
2162           </ul>
2163           <em>New Known Issues</em>
2164           <ul>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2167               sequence features correctly (for many previous versions of
2168               Jalview)
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2172               using cursor in wrapped panel other than top
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2176               graduated colour threshold
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2180               always preserve numbering and sequence features
2181             </li>
2182           </ul>
2183           <em>Known Java 9 Issues</em>
2184           <ul>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2187               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2188               9.01, OSX 10.10)
2189             </li>
2190           </ul>
2191         </div></td>
2192     </tr>
2193     <tr>
2194       <td width="60" nowrap>
2195         <div align="center">
2196           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2197             <em>2/10/2017</em></strong>
2198         </div>
2199       </td>
2200       <td><div align="left">
2201           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2202           <ul>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2205               at uniprot.org
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2209               ebi.ac.uk
2210             </li>
2211           </ul>
2212         </div></td>
2213       <td><div align="left"></div></td>
2214     </tr>
2215     <tr>
2216       <td width="60" nowrap>
2217         <div align="center">
2218           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2219             <em>7/9/2017</em></strong>
2220         </div>
2221       </td>
2222       <td><div align="left">
2223           <em></em>
2224           <ul>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2227               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2228               white)
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2232               Preferences
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2236               in size and progress bar shown as higher resolution
2237               overview is recalculated
2238             </li>
2239
2240           </ul>
2241         </div></td>
2242       <td><div align="left">
2243           <em></em>
2244           <ul>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2247               column region row by row
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2251               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2255               format setting is unticked
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2259               if group has show boxes format setting unticked
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2263               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2264               include sequences and columns not currently displayed
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2268               assemblies are imported via CIF file
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2272               displayed when threshold or conservation colouring is also
2273               enabled.
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2277               server version
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2281               dragging a selected region off the visible region of the
2282               alignment
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2286               colourscheme to all groups in a view
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2290               initially after font size change using the Font chooser or
2291               middle-mouse zoom
2292             </li>
2293           </ul>
2294         </div></td>
2295     </tr>
2296     <tr>
2297       <td width="60" nowrap>
2298         <div align="center">
2299           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2300         </div>
2301       </td>
2302       <td><div align="left">
2303           <em>Calculations</em>
2304           <ul>
2305
2306             <li>
2307               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2308               ungapped positions in each column of the alignment.
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2312               a calculation dialog box
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2316               and memory efficiency (~30x faster)
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2320               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2321               and other calculations
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2325               files within the Jalview codebase
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2329               Similarity may have different topology due to increased
2330               precision
2331             </li>
2332           </ul>
2333           <em>Rendering</em>
2334           <ul>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2337               model for alignments and groups
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2341               scripts
2342             </li>
2343           </ul>
2344           <em>Overview</em>
2345           <ul>
2346             <li>
2347               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2348               with alignment and overview windows
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2352               overview
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2356               omitted in Overview
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2360               adjustment of visible position
2361             </li>
2362           </ul>
2363
2364           <em>Data import/export</em>
2365           <ul>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2368               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2372               annotation input/output via stockholm flatfile
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2376               extension when importing structure files without embedded
2377               names or PDB accessions
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2381               format sequence substitution matrices
2382             </li>
2383           </ul>
2384           <em>User Interface</em>
2385           <ul>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2388               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2389               the application.
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2393               via Overview or sequence motif search operations
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2397               opened by double clicking gaps within sequence feature
2398               extent
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2402               aligned positions were available to create a 3D structure
2403               superposition.
2404             </li>
2405           </ul>
2406           <em>3D Structure</em>
2407           <ul>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2410               coloured in linked structure views
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2414               file-based command exchange
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2418               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2419               structures are already available for sequences
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2423               the Jalview project rather than downloaded again when the
2424               project is reopened.
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2428               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2429               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2430                 Feature</strong>)
2431             </li>
2432           </ul>
2433           <em>Web Services</em>
2434           <ul>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2440               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2441               Analysis services
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2445               cross-references provided by identifiers.org and the
2446               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2447             </li>
2448           </ul>
2449
2450           <em>Scripting</em>
2451           <ul>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2454               identifying file formats (instead of String constants)
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2458               efficiency when counting all displayed features (not
2459               backwards compatible with 2.10.1)
2460             </li>
2461           </ul>
2462           <em>Example files</em>
2463           <ul>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2466               included in the example feature file
2467             </li>
2468           </ul>
2469           <em>Documentation</em>
2470           <ul>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2473               with the built-in Java help viewer
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2477               sequence description' option
2478             </li>
2479           </ul>
2480           <em>Test Suite</em>
2481           <ul>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2484               Uniprot REST Free Text Search Client
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2491               during tests
2492             </li>
2493           </ul>
2494         </div></td>
2495       <td><div align="left">
2496           <em>Calculations</em>
2497           <ul>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2500               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2501               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2502             </li>
2503             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2504               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2505               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2506               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2507               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2508               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2509               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2510               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2511               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2512               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2513               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2514               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2515               // for 2.10.1 mode <br />
2516               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2517               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2518                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2519                 calculations (not recommended)</em></li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2522               scaling of branch lengths for trees computed using
2523               Sequence Feature Similarity.
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2527               generating output report when working with highly
2528               redundant alignments
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2532               right of selected region when gaps present on right-hand
2533               boundary
2534             </li>
2535           </ul>
2536           <em>User Interface</em>
2537           <ul>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2540               doesn't reselect a specific sequence's associated
2541               annotation after it was used for colouring a view
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2545               opened on a region of alignment without groups
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2549               of an alignment with overlapping groups
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2553               name and description match
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2557               hidden regions results in incorrect hidden regions
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2561               changing colour does not apply Conservation slider value
2562               to all groups
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2566               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2570               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2574               gaps before start of features
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2578               restored to UI when feature colour is edited
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2582               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2586               as graduate feature colour settings are modified via the
2587               dialog box
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2591               when a group defined on the alignment is resized
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2595               wrapped view result in positional status updates
2596             </li>
2597
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2600               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2604               alignment included gapped columns
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2608               widgets don't permanently disappear
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2612               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2613               T-Coffee column reliability scores)
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2617               sequence feature on gaps only
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2621               button from a Find inherit previously defined feature type
2622               rather than the Find query string
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2626               exporting tree calculated in Jalview
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2630               and then revealing them reorders sequences on the
2631               alignment
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2635               doesn't update to reflect available set of groups after
2636               interactively adding or modifying features
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2640               Linux
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2644               only excluded gaps in current sequence and ignored
2645               selection.
2646             </li>
2647           </ul>
2648           <em>Rendering</em>
2649           <ul>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2652               erratically when hidden rows or columns are present
2653             </li>
2654             <li>
2655               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2656               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2657               sequence colouring
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2661               colour and group colour menu for protein alignments
2662             </li>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2665               reflect currently selected view or group's shading
2666               thresholds
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2670               when rendered on overview and structures when opacity at
2671               100%
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2675               overview when features overlaid on alignment
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2679               recovered correctly from Jalview project file
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2683               opened (automatically via preferences) are different to
2684               the main alignment panel
2685             </li>
2686           </ul>
2687           <em>Data import/export</em>
2688           <ul>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2691               load
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2695               added after a sequence was imported are not written to
2696               Stockholm File
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2700               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2704               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2708               with lightGray or darkGray via features file (but can
2709               specify lightgray)
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2713               when alignment view imported from project
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2717               structure and sequences extracted from structure files
2718               imported via URL and viewed in Jmol
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2722               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2723               the project is loaded and the structure viewed
2724             </li>
2725           </ul>
2726           <em>Web Services</em>
2727           <ul>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2730               release of Ensembl v.88
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2734               appear enabled in Preferences->Connections
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2738               removed from console output
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2742               Ensembl by Peptide ID
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2746               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2747               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2748               due to 'null' string rather than empty string used for
2749               residues with no corresponding PDB mapping).
2750             </li>
2751           </ul>
2752           <em>Application UI</em>
2753           <ul>
2754             <li>
2755               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2756               menu
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2760               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2761               new documentation and tooltips added)
2762             </li>
2763             <li>
2764               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2765               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2766             </li>
2767             <li>
2768               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2769               new features are added to alignment
2770             </li>
2771             <li>
2772               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2773               changes to feature colours via the Amend features dialog
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2777               edit graduated feature colour via amend features dialog
2778               box
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2782               selection menu changes colours of alignment views
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2786               from alignment calculation workers after alignment has
2787               been closed
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2791               groups now 'Create Group'
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2795               Create/Undefine group doesn't always work
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2799               shown again after pressing 'Cancel'
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2803               adjusts start position in wrap mode
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2807               ambiguous amino acids
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2811               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2812               proteins
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2816               Defined' don't appear in Colours menu
2817             </li>
2818           </ul>
2819           <em>Applet</em>
2820           <ul>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2823               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2827               overview or linked structure view
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2831               work (since 2.8)
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2835               user-defined colourscheme doesn't restore original
2836               colourscheme
2837             </li>
2838           </ul>
2839           <em>Test Suite</em>
2840           <ul>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2843               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2844             </li>
2845             <li>
2846               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2847               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2848               problems with deep array comparison equality asserts in
2849               successive versions of TestNG
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2853               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2854             </li>
2855           </ul>
2856           <em>New Known Issues</em>
2857           <ul>
2858             <li>
2859               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2860               phase after a sequence motif find operation
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2864               containing just upper and lower case letters are
2865               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2869               reliably from eggnog Ortholog database
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2873               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2874               to mark columns containing highlighted regions.
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2878               doesn't always add secondary structure annotation.
2879             </li>
2880           </ul>
2881         </div>
2882     <tr>
2883       <td width="60" nowrap>
2884         <div align="center">
2885           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2886         </div>
2887       </td>
2888       <td><div align="left">
2889           <em>General</em>
2890           <ul>
2891             <li>
2892               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2893               for all consensus calculations
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2897               3rd Oct 2016)
2898             </li>
2899             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2900               for 2016-2017</li>
2901           </ul>
2902           <em>Application</em>
2903           <ul>
2904             <li>
2905               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2906               set of database cross-references, sorted alphabetically
2907             </li>
2908             <li>
2909               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2910               from database cross references. Users with custom links
2911               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2912                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2913             </li>
2914             <li>
2915               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2916               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2917               Chimera session
2918             </li>
2919             <li>
2920               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2921               the Chimera it is connected to is shut down
2922             </li>
2923             <li>
2924               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2925               columns menu item to mark columns containing highlighted
2926               regions (e.g. from structure selections or results of a
2927               Find operation)
2928             </li>
2929             <li>
2930               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2931               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2932               MSAviewer
2933             </li>
2934           </ul>
2935         </div></td>
2936       <td>
2937         <div align="left">
2938           <em>General</em>
2939           <ul>
2940             <li>
2941               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2942               are not coloured or thresholded according to percent
2943               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2944             </li>
2945             <li>
2946               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2947               hydrophobic
2948             </li>
2949             <li>
2950               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2951               threshold, amino acid properties)
2952             </li>
2953             <li>
2954               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2955               reported as mapped to residues in a structure file in the
2956               View Mapping report
2957             </li>
2958             <li>
2959               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2960               could be added multiple times to a sequence
2961             </li>
2962             <li>
2963               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2964               bond features shown as two highlighted residues rather
2965               than a range in linked structure views, and treated
2966               correctly when selecting and computing trees from features
2967             </li>
2968             <li>
2969               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2970               cross-references are matched to database name regardless
2971               of case
2972             </li>
2973
2974           </ul>
2975           <em>Application</em>
2976           <ul>
2977             <li>
2978               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2979               names without regular expressions also offer links from
2980               Sequence ID
2981             </li>
2982             <li>
2983               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2984               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2985               update Jalview configuration
2986             </li>
2987             <li>
2988               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2989               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2990             </li>
2991             <li>
2992               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2993               files with similarly named sequences if dropped onto the
2994               alignment
2995             </li>
2996             <li>
2997               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2998               entries where more chains exist in the PDB accession than
2999               are reported in the SIFTS file
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
3003               the structure view when displayed with Chimera
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
3007               panel's View->Show Chains submenu
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
3011               work for wrapped alignment views
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
3015               predictions from 'JNet' to 'JPred'
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
3019               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
3020               first annotation row
3021             </li>
3022             <li>
3023               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
3024               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
3028               ranges for PDB and sequence for SIFTS
3029             </li>
3030             <!-- JAL-2319 -->
3031             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
3032             coordindate data
3033             </li>
3034           </ul>
3035           <!--           <em>New Known Issues</em>
3036           <ul>
3037             <li></li>
3038           </ul> -->
3039         </div>
3040       </td>
3041     </tr>
3042     <td width="60" nowrap>
3043       <div align="center">
3044         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
3045           <em>25/10/2016</em></strong>
3046       </div>
3047     </td>
3048     <td><em>Application</em>
3049       <ul>
3050         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
3051           view if structures already loaded</li>
3052         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
3053           structure views</li>
3054       </ul></td>
3055     <td>
3056       <div align="left">
3057         <em>General</em>
3058         <ul>
3059           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3060             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3061           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3062             example sequences/projects/trees</li>
3063         </ul>
3064         <em>Application</em>
3065         <ul>
3066           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3067             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3068           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3069             without timeout for structures with multiple models or
3070             multiple sequences in alignment</li>
3071           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3072             PDB ID HEADER line</li>
3073           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3074             is performed</li>
3075           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3076             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3077           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3078           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3079             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3080             option</li>
3081           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3082             is created on the alignment</li>
3083           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3084             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3085             pop-up menu</li>
3086         </ul>
3087         <em>Build and deployment</em>
3088         <ul>
3089           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3090             tags</li>
3091         </ul>
3092         <em>New Known Issues</em>
3093         <ul>
3094           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3095             on Windows</li>
3096         </ul>
3097       </div>
3098     </td>
3099     </tr>
3100     <tr>
3101       <td width="60" nowrap>
3102         <div align="center">
3103           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3104         </div>
3105       </td>
3106       <td><em>General</em>
3107         <ul>
3108           <li>
3109             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3110           </li>
3111           <li>
3112             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3113             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3114             better PDB parsing.
3115           </li>
3116           <li>
3117             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3118             reference sequence
3119           </li>
3120           <li>
3121             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3122             mousing over sequence associated annotation
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3126             for manual entry
3127           </li>
3128           <li>
3129             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3130             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3131             for each column
3132           </li>
3133           <li>
3134             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3135             showing or hiding columns containing a feature
3136           </li>
3137           <li>
3138             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3139             group and sequence associated annotation labels
3140           </li>
3141           <li>
3142             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3143             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3144             dialogs
3145           </li>
3146
3147         </ul> <em>Application</em>
3148         <ul>
3149           <li>
3150             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3151             gene/transcript view
3152           </li>
3153           <li>
3154             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3155             dialog
3156           </li>
3157           <li>
3158             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3159             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3160           </li>
3161           <li>
3162             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3163             Pfam sources to xfam.org
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3167           </li>
3168           <li>
3169             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3170             over sequences in Jalview
3171           </li>
3172           <li>
3173             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3174             regions in ENA and EMBL
3175           </li>
3176           <li>
3177             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3178             for record retrieval via ENA rest API
3179           </li>
3180           <li>
3181             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3182             complement operator
3183           </li>
3184           <li>
3185             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3186             groovy script execution
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3190             alignment window's Calculate menu
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3194             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3195           </li>
3196           <li>
3197             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3198             calculation workers from groovy scripts
3199           </li>
3200           <li>
3201             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3202             Jalview projects
3203           </li>
3204           <li>
3205             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3206             associations are now saved/restored from project
3207           </li>
3208           <li>
3209             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3210             before sequence fetcher is opened
3211           </li>
3212           <li>
3213             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3214             database chooser opens a sequence fetcher
3215           </li>
3216           <li>
3217             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3218             the UniProt REST API
3219           </li>
3220           <li>
3221             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3222             the news reader opening
3223           </li>
3224           <li>
3225             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3226             querying stored in preferences
3227           </li>
3228           <li>
3229             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3230             search results
3231           </li>
3232           <li>
3233             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3234           </li>
3235           <li>
3236             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3237             menu for nucleotide sequences
3238           </li>
3239           <li>
3240             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3241             and feature counts preserves alignment ordering (and
3242             debugged for complex feature sets).
3243           </li>
3244           <li>
3245             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3246             viewing structures with Jalview 2.10
3247           </li>
3248           <li>
3249             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3250             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3251             Ensembl Genomes REST API
3252           </li>
3253           <li>
3254             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3255             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3256             (Ensembl)
3257           </li>
3258           <li>
3259             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3260             sequences
3261           </li>
3262           <li>
3263             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3264             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3265             data from external database records.
3266           </li>
3267           <li>
3268             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3269             efficient recovery of sequence coding and alignment
3270             annotation relationships.
3271           </li>
3272         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3273         <ul>
3274           <li>
3275             -- JAL---
3276           </li>
3277         </ul> --></td>
3278       <td>
3279         <div align="left">
3280           <em>General</em>
3281           <ul>
3282             <li>
3283               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3284               menu on OSX
3285             </li>
3286             <li>
3287               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3288               includes graduated colourschemes
3289             </li>
3290             <li>
3291               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3292               working with big alignments and lots of hidden columns
3293             </li>
3294             <li>
3295               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3296               at right of alignment window
3297             </li>
3298             <li>
3299               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3300               contents
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3304               for DNA alignments
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3308               based tree calculation
3309             </li>
3310             <li>
3311               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3312               unconserved enabled for group on alignment
3313             </li>
3314             <li>
3315               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3316               set as reference
3317             </li>
3318             <li>
3319               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3320               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3321               annotation
3322             </li>
3323             <li>
3324               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3325               hidden columns present
3326             </li>
3327             <li>
3328               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3329               user created annotation added to alignment
3330             </li>
3331             <li>
3332               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3333               '()' base pair annotation
3334             </li>
3335             <li>
3336               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3337               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3338               Consensus
3339             </li>
3340             <li>
3341               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3342               feature not working
3343             </li>
3344             <li>
3345               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3346               beginning of sequence
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3350               entry 3a6s
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3354               from a tree when t-coffee scores are shown
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3358               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3362               some structures
3363             </li>
3364             <li>
3365               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3366               to Clustal, PIR and PileUp output
3367             </li>
3368             <li>
3369               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3370               not visible causes alignment window to repaint
3371             </li>
3372             <li>
3373               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3374               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3375               scores associated with features and annotation rows
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3379               calculation should be case independent
3380             </li>
3381             <li>
3382               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3383               columns
3384             </li>
3385             <li>
3386               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3387               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3388               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3389             </li>
3390             <li>
3391               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3392               problems when reference sequence defined and 'show
3393               non-conserved' enabled
3394             </li>
3395             <li>
3396               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3397               load even when Consensus calculation is disabled
3398             </li>
3399             <li>
3400               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3401               alignment does nothing
3402             </li>
3403           </ul>
3404           <em>Application</em>
3405           <ul>
3406             <li>
3407               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3408               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3409               yet fixed for El Capitan)
3410             </li>
3411             <li>
3412               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3413               output when running on non-gb/us i18n platforms
3414             </li>
3415             <li>
3416               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3417               hidden sequences as flat-file alignment
3418             </li>
3419             <li>
3420               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3421               launching Chimera
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3425               (also hotfix for 2.9.0b2)
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3429               reference sequence defined
3430             </li>
3431             <li>
3432               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3433               alignments and views when revealing hidden columns
3434             </li>
3435             <li>
3436               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3437               view in a cDNA/Protein splitframe
3438             </li>
3439             <li>
3440               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3441               sequence from project when only one sequence is
3442               represented
3443             </li>
3444             <li>
3445               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3446               in Structure Chooser
3447             </li>
3448             <li>
3449               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3450               structure consensus didn't refresh annotation panel
3451             </li>
3452             <li>
3453               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3454               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3455             </li>
3456             <li>
3457               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3458               dialogs format columns correctly, don't display array
3459               data, sort columns according to type
3460             </li>
3461             <li>
3462               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3463               file chooser is cancelled during an image export
3464             </li>
3465             <li>
3466               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3467               sequence name containing special characters
3468             </li>
3469             <li>
3470               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3471               case insensitive
3472             </li>
3473             <li>
3474               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3475               formatting don't wrap
3476             </li>
3477             <li>
3478               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3479               truncated so L looks like I in consensus annotation
3480             </li>
3481             <li>
3482               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3483               currently displayed features for the current selection or
3484               view
3485             </li>
3486             <li>
3487               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3488               after fetching cross-references, and restoring from
3489               project
3490             </li>
3491             <li>
3492               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3493               followed in the structure viewer
3494             </li>
3495             <li>
3496               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3497               splitframe not restored from project
3498             </li>
3499             <li>
3500               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3501               trailing end of protein alignment in transcript/product
3502               splitview when pad-gaps not enabled by default
3503             </li>
3504             <li>
3505               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3506               is case dependent
3507             </li>
3508             <li>
3509               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3510               article has been read (reopened issue due to
3511               internationalisation problems)
3512             </li>
3513             <li>
3514               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3515               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3516               cross-references
3517             </li>
3518
3519             <li>
3520               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3521               alignment as HTML
3522             </li>
3523             <li>
3524               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3525               multiple structures are shown for one or more sequences.
3526             </li>
3527             <li>
3528               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3529               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3530               is enabled.
3531             </li>
3532             <li>
3533               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3534               specific PDB id for sequence
3535             </li>
3536             <li>
3537               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3538               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3539               columns' is disabled.
3540             </li>
3541             <li>
3542               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3543               selects lowest rather than highest resolution structures
3544               for each sequence
3545             </li>
3546             <li>
3547               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3548               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3549             </li>
3550             <li>
3551               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3552               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3553             </li>
3554             <li>
3555               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3556               after clicking on it to create new annotation for a
3557               column.
3558             </li>
3559             <li>
3560               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3561               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3562             </li>
3563             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3564             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3565           </ul>
3566           <em>Applet</em>
3567           <ul>
3568             <li>
3569               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3570               hidden columns present before start of sequence
3571             </li>
3572             <li>
3573               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3574               (JSON jars)
3575             </li>
3576             <li>
3577               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3578               sequences are hidden in applet
3579             </li>
3580             <li>
3581               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3582               deployment on examples pages.
3583             </li>
3584           </ul>
3585         </div>
3586       </td>
3587     </tr>
3588     <tr>
3589       <td width="60" nowrap>
3590         <div align="center">
3591           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3592             <em>16/10/2015</em></strong>
3593         </div>
3594       </td>
3595       <td><em>General</em>
3596         <ul>
3597           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3598             jars</li>
3599         </ul></td>
3600       <td>
3601         <div align="left">
3602           <em>Application</em>
3603           <ul>
3604             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3605               shown when tree is partitioned</li>
3606             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3607               multiple cDNA/Protein split views</li>
3608           </ul>
3609         </div>
3610       </td>
3611     </tr>
3612     <tr>
3613       <td width="60" nowrap>
3614         <div align="center">
3615           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3616             <em>8/10/2015</em></strong>
3617         </div>
3618       </td>
3619       <td><em>General</em>
3620         <ul>
3621           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3622             2.9</li>
3623         </ul> <em>Application</em>
3624         <ul>
3625           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3626           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3627           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3628         </ul> <em>Applet</em>
3629         <ul>
3630           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3631         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3632         <ul>
3633           <li>
3634             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3635             suite
3636           </li>
3637         </ul></td>
3638       <td>
3639         <div align="left">
3640           <em>General</em>
3641           <ul>
3642             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3643               incorrect when sequence start > 1</li>
3644             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3645               documentation</li>
3646             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3647             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3648               loading a features file containing HTML tags in feature
3649               description</li>
3650
3651           </ul>
3652           <em>Application</em>
3653           <ul>
3654             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3655               reimport</li>
3656             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3657               with 'trim retrieved sequences'</li>
3658             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3659               deleting selected columns</li>
3660             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3661               JNLP templates for webstart launch</li>
3662             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3663               unreleased structures for download or viewing</li>
3664             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3665               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3666             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3667               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3668             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3669               recovered from jalview project</li>
3670             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3671               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3672               alignment view</li>
3673             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3674               color schemes from BioJSON</li>
3675           </ul>
3676           <em>Applet</em>
3677           <ul>
3678             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3679               frame</li>
3680             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3681           </ul>
3682         </div>
3683       </td>
3684     </tr>
3685     <tr>
3686       <td><div align="center">
3687           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3688         </div></td>
3689       <td><em>General</em>
3690         <ul>
3691           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3692             alignments:
3693             <ul>
3694               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3695                 and DNA alignment views</li>
3696               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3697                 cDNA alignment views</li>
3698               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3699                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3700               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3701                 protein sequences</li>
3702             </ul>
3703           </li>
3704           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3705           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3706             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3707           <li>New alignment annotation file statements for
3708             reference sequences and marking hidden columns</li>
3709           <li>Reference sequence based alignment shading to
3710             highlight variation</li>
3711           <li>Select or hide columns according to alignment
3712             annotation</li>
3713           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3714           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3715             acid conservation row</li>
3716           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3717         </ul> <em>Application</em>
3718         <ul>
3719           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3720             <ul>
3721               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3722                 view with cDNA/Protein</li>
3723               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3724                 sequences are placed in the same alignment</li>
3725               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3726                 projects</li>
3727             </ul>
3728           </li>
3729
3730           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3731           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3732             Jalview windows</li>
3733
3734           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3735           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3736           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3737             be shown in VARNA</li>
3738
3739           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3740             as the active selected region</li>
3741
3742           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3743             similarity</li>
3744           <li>New Export options
3745             <ul>
3746               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3747                 region export in flat file generation</li>
3748
3749               <li>Export alignment views for display with the <a
3750                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3751
3752               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3753               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3754                 alignment figures to HTML</li>
3755           </li>
3756           <li>3D structure retrieval and display
3757             <ul>
3758               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3759                 Search API</li>
3760               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3761                 PDB structures for a sequence set</li>
3762             </ul>
3763           </li>
3764
3765           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3766             predictions</li>
3767           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3768             for one or a group of sequences</li>
3769           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3770             from the JPred4 web server</li>
3771           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3772             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3773             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3774           </li>
3775           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3776             VARNA 2D Structure'</li>
3777           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3778             Structure ..."</li>
3779
3780         </ul> <em>Applet</em>
3781         <ul>
3782           <li>New layout for applet example pages</li>
3783           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3784             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3785           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3786             Protein alignments</li>
3787         </ul> <em>Development and deployment</em>
3788         <ul>
3789           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3790           <li>Include installation type and git revision in build
3791             properties and console log output</li>
3792           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3793             storing BioJsMSA Templates</li>
3794           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3795         </ul></td>
3796       <td>
3797         <!-- <em>General</em>
3798         <ul>
3799         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3800         <ul>
3801           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3802           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3803           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3804             predictions are not highlighted in amber</li>
3805           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3806             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3807           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3808             associated structure views</li>
3809           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3810             width checkbox not enabled</li>
3811           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3812             creating user defined colours</li>
3813           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3814             mappings for just that viewer's sequences</li>
3815           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3816             multiple models in Chimera</li>
3817           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3818             over Jmol structure</li>
3819           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3820             output to text box</li>
3821           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3822             have incorrect sequence start/end</li>
3823           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3824             Jalview fails</li>
3825           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3826             work for nucleotide</li>
3827           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3828             to a grey/invisible alignment window</li>
3829           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3830             imports to different position</li>
3831           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3832             on some platforms</li>
3833           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3834             populated</li>
3835           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3836             console if Chimera has been opened</li>
3837           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3838           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3839             retrieved</li>
3840           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3841           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3842             either sequence shows on first structure</li>
3843           <li>'Show annotations' options should not make
3844             non-positional annotations visible</li>
3845           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3846             in right place after 'view flanking regions'</li>
3847           <li>File Save As type unset when current file format is
3848             unknown</li>
3849           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3850             projects</li>
3851           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3852             responsive</li>
3853           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3854             several views on same alignment</li>
3855           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3856           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3857             spaces</li>
3858         </ul> <em>Applet</em>
3859         <ul>
3860           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3861           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3862             descriptions containing angle brackets</li>
3863         </ul> <em>General</em>
3864         <ul>
3865           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3866             via jalview annotation file</li>
3867           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3868             with RNA secondary structure</li>
3869           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3870             translation doesn't work.</li>
3871           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3872           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3873             positions</li>
3874           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3875             choosing 1pt font</li>
3876           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3877             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3878             'h'</li>
3879           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3880             new feature</li>
3881           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3882             order dependent</li>
3883           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3884             sequences</li>
3885           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3886         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3887         <ul>
3888           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3889             www.jalview.org</li>
3890         </ul> <em>Application Known issues</em>
3891         <ul>
3892           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3893           <li>Misleading message appears after trying to delete
3894             solid column.</li>
3895           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3896             version launches</li>
3897           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3898             fails with a sequence mismatch</li>
3899           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3900             scrolling alignment to right</li>
3901           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3902             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3903           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3904             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3905           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3906             ultra-high resolution</li>
3907           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3908             quality and conservation</li>
3909           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3910             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3911         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3912         <ul>
3913           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3914           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3915             window is being resized</li>
3916
3917         </ul>
3918       </td>
3919     </tr>
3920     <tr>
3921       <td><div align="center">
3922           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3923         </div></td>
3924       <td><em>General</em>
3925         <ul>
3926           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3927             Certum.PL.</li>
3928           <li>Features and annotation preserved when performing
3929             pairwise alignment</li>
3930           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3931             imported/exported/displayed</li>
3932           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3933             protein secondary structure</li>
3934           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3935               post-hoc with 2.9 release</em>)
3936           </li>
3937
3938         </ul> <em>Application</em>
3939         <ul>
3940           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3941             with 3D structures</li>
3942           <li>Support for parsing RNAML</li>
3943           <li>Annotations menu for layout
3944             <ul>
3945               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3946               <li>place sequence annotation above/below alignment
3947                 annotation</li>
3948             </ul>
3949           <li>Output in Stockholm format</li>
3950           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3951             translation</li>
3952           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3953           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3954             shared between alignments</li>
3955           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3956             Jalview</li>
3957           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3958             all or current selection</li>
3959           <li>disorder and secondary structure predictions
3960             available as dataset annotation</li>
3961           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3962
3963
3964           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3965             alignments from Rfam</li>
3966           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3967
3968           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3969             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3970           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3971           <li>include installation type in build properties and
3972             console log output</li>
3973           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3974             annotation</li>
3975         </ul></td>
3976       <td>
3977         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3978         <ul>
3979           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3980             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3981           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3982             alignment</li>
3983           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3984           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3985           <li>Double click on sequence associated annotation
3986             selects only first column</li>
3987           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3988             leaves shown in tree</li>
3989           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3990             properly</li>
3991           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3992           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3993             screen and buttons not visible</li>
3994           <li>author list isn't updated if already written to
3995             Jalview properties</li>
3996           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3997             from database</li>
3998           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3999           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
4000             browser search window</li>
4001           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
4002             in feature settings dialog</li>
4003           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
4004             desktop</li>
4005           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
4006             pass validation</li>
4007           <li>Web services parameters dialog box is too large to
4008             fit on screen</li>
4009           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
4010             tooltip</li>
4011           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
4012             defined user preset</li>
4013           <li>MSA web services warns user if they were launched
4014             with invalid input</li>
4015           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
4016             Java 8</li>
4017           <li>
4018             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
4019             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
4020             created
4021           </li>
4022
4023         </ul> <!--  <em>Applet</em>
4024         <ul>
4025         </ul> <em>General</em>
4026         <ul>
4027         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
4028         <ul>
4029           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
4030             memory allocation</li>
4031           <li>launchApp service doesn't automatically open
4032             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
4033           <li>
4034             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
4035             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
4036             1.7_055 is available
4037           </li>
4038         </ul> <em>Application Known issues</em>
4039         <ul>
4040           <li>
4041             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
4042             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
4043             alignment to right
4044           </li>
4045           <li>
4046             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
4047             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
4048             with large number of ID
4049           </li>
4050           <li>
4051             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
4052             flatfile output of visible region has incorrect sequence
4053             start/end
4054           </li>
4055           <li>
4056             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4057             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4058             structure tracks are rearranged
4059           </li>
4060           <li>
4061             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4062             invalid rna structure positional highlighting does not
4063             highlight position of invalid base pairs
4064           </li>
4065           <li>
4066             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4067             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4068             project from alignment window file menu
4069           </li>
4070           <li>
4071             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4072             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4073             structures
4074           </li>
4075           <li>
4076             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4077             colour by RNA Helices not enabled when user created
4078             annotation added to alignment
4079           </li>
4080           <li>
4081             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4082             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4083           </li>
4084         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4085         <ul>
4086           <li>
4087             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4088             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4089           </li>
4090           <li>
4091             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4092             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4093           </li>
4094
4095           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4096             when selected</li>
4097         </ul>
4098       </td>
4099     </tr>
4100     <tr>
4101       <td><div align="center">
4102           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4103         </div></td>
4104       <td>
4105         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4106         <em>General</em>
4107         <ul>
4108           <li>Internationalisation of user interface (usually
4109             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4110           <li>Define/Undefine group on current selection with
4111             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4112           <li>Improved group creation/removal options in
4113             alignment/sequence Popup menu</li>
4114           <li>Sensible precision for symbol distribution
4115             percentages shown in logo tooltip.</li>
4116           <li>Annotation panel height set according to amount of
4117             annotation when alignment first opened</li>
4118         </ul> <em>Application</em>
4119         <ul>
4120           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4121             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4122           <li>Select columns containing particular features from
4123             Feature Settings dialog</li>
4124           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4125             sequences</li>
4126           <li>Update Jalview project format:
4127             <ul>
4128               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4129               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4130                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4131               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4132                 colouring</li>
4133             </ul>
4134           </li>
4135           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4136             (PAM250)</li>
4137           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4138             flanking regions for an alignment</li>
4139         </ul>
4140       </td>
4141       <td>
4142         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4143         <ul>
4144           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4145             running after job is cancelled</li>
4146           <li>cannot export features from alignments imported from
4147             Jalview/VAMSAS projects</li>
4148           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4149             float values</li>
4150           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4151             have 'display all symbols' flag set</li>
4152           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4153             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4154           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4155             Jalview</li>
4156           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4157             Lion/Webstart</li>
4158           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4159           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4160           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4161             alignment onto desktop</li>
4162           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4163             'extract scores' function</li>
4164           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4165             alignment window</li>
4166           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4167             performing IUPred disorder prediction</li>
4168           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4169             changing 'normalise logo' display setting</li>
4170           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4171             nothing matches query</li>
4172           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4173             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4174           </li>
4175           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4176             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4177           </li>
4178           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4179             Jalview's menu</li>
4180           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4181             'invalid literal/length code'</li>
4182           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4183             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4184           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4185             colourscheme</li>
4186
4187         </ul> <em>Applet</em>
4188         <ul>
4189           <li>Remove group option is shown even when selection is
4190             not a group</li>
4191           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4192             don't affect groups</li>
4193           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4194             colourscheme name</li>
4195           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4196             Annotation panel is not displayed</li>
4197           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4198             embedded windows</li>
4199         </ul> <em>Other</em>
4200         <ul>
4201           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4202             single sequence were not calculated</li>
4203           <li>annotation files that contain only groups imported as
4204             annotation and junk sequences</li>
4205           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4206             recognised as PFAM or BLC</li>
4207           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4208             doesn't affect background (2.8.0b1)
4209           <li></li>
4210           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4211           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4212             trailing gaps</li>
4213           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4214             registered correctly on import</li>
4215           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4216             certain alignments</li>
4217           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4218             existing annotation based 'use original colours'
4219             colourscheme loses original colours setting</li>
4220         </ul>
4221       </td>
4222     </tr>
4223     <tr>
4224       <td><div align="center">
4225           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4226             <em>30/1/2014</em></strong>
4227         </div></td>
4228       <td>
4229         <ul>
4230           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4231             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4232             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4233             open source project).
4234           </li>
4235           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4236           <li>Output in Stockholm format</li>
4237           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4238           <li>Export/import group and sequence associated line
4239             graph thresholds</li>
4240           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4241             ambiguity codes</li>
4242           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4243             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4244             works</li>
4245           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4246         </ul> <em>Other improvements</em>
4247         <ul>
4248           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4249           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4250             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4251           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4252             files</li>
4253           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4254           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4255             link but no description</li>
4256           <li>Select primary source when selecting authority in
4257             database fetcher GUI</li>
4258           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4259             Jalview</li>
4260           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4261         </ul>
4262       </td>
4263       <td>
4264         <ul>
4265           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4266             displayed</li>
4267           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4268             secondary structure annotation line</li>
4269           <li>Sequence database accessions not imported when
4270             fetching alignments from Rfam</li>
4271           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4272             identical IDs</li>
4273           <li>View all structures does not always superpose
4274             structures</li>
4275           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4276             reflect user or preset settings</li>
4277           <li>Null pointer exceptions for some services without
4278             presets or adjustable parameters</li>
4279           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4280             discover PDB xRefs</li>
4281           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4282             features with DAS</li>
4283           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4284             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4285           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4286             residue follows a gap</li>
4287           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4288             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4289           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4290             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4291           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4292             annotation already exists on alignment</li>
4293           <li>oninit javascript function should be called after
4294             initialisation completes</li>
4295           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4296             alignment window display</li>
4297           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4298           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4299             to annotation file</li>
4300           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4301             groups created</li>
4302           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4303             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4304           <li>Pressing return several times causes Number Format
4305             exceptions in keyboard mode</li>
4306           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4307             correct partitions for input data</li>
4308           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4309           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4310           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4311           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4312             mode</li>
4313           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4314             changes one row&#39;s threshold</li>
4315           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4316             doesn&#39;t open</li>
4317           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4318             quality histograms</li>
4319         </ul>
4320       </td>
4321     </tr>
4322     <tr>
4323       <td><div align="center">
4324           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4325         </div></td>
4326       <td><em>Application</em>
4327         <ul>
4328           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4329             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4330           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4331             preferences</li>
4332           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4333             in Jalview alignment window</li>
4334           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4335             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4336           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4337             RNA and ambiguity codes</li>
4338
4339           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4340           <li>Support fetching and database reference look up
4341             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4342             refs')</li>
4343           <li>Jalview project improvements
4344             <ul>
4345               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4346                 flag for annotation</li>
4347               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4348                 alignment</li>
4349               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4350                 Jalview project</li>
4351
4352             </ul>
4353           </li>
4354           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4355           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4356             running</li>
4357           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4358           <li>visual indication that web service results are still
4359             being retrieved from server</li>
4360           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4361             starts up for first time</li>
4362           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4363             services</li>
4364           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4365             client library</li>
4366           <li>Examples directory and Groovy library included in
4367             InstallAnywhere distribution</li>
4368         </ul> <em>Applet</em>
4369         <ul>
4370           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4371             visualization applet example</li>
4372         </ul> <em>General</em>
4373         <ul>
4374           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4375           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4376             defaults</li>
4377           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4378             calculation</li>
4379           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4380             matrices
4381           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4382             in HTML</li>
4383           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4384             structure contacts</li>
4385           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4386           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4387           <li>Parse sequence associated secondary structure
4388             information in Stockholm files</li>
4389           <li>HTML Export database accessions and annotation
4390             information presented in tooltip for sequences</li>
4391           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4392             style RNA alignment files</li>
4393           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4394             alignment</li>
4395           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4396             shade each sequence according to its associated alignment
4397             annotation</li>
4398           <li>New Jalview Logo</li>
4399         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4400         <ul>
4401           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4402           <li>New Website!</li>
4403         </ul></td>
4404       <td><em>Application</em>
4405         <ul>
4406           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4407             wsdbfetch REST service</li>
4408           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4409           <li>Filetype associations not installed for webstart
4410             launch</li>
4411           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4412             job execution in full once it is complete</li>
4413           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4414             uploaded via ali_file parameter</li>
4415           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4416           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4417           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4418             submitted for prediction</li>
4419           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4420             desktop window</li>
4421           <li>Putting fractional value into integer text box in
4422             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4423           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4424             windows 7</li>
4425           <li>View all structures fails with exception shown in
4426             structure view</li>
4427           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4428             escaped in a platform independent way</li>
4429           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4430             using proxy</li>
4431           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4432             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4433           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4434             failure when java web start temporary file caching is
4435             disabled</li>
4436           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4437             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4438           <li>Errors during processing of command line arguments
4439             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4440           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4441             DAS sources in sequence fetcher</li>
4442           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4443             dialog is shown</li>
4444           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4445           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4446           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4447           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4448             on OSX Mountain Lion</li>
4449           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4450             sequences with alignment annotation are pasted into the
4451             alignment</li>
4452           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4453             when loaded from Jalview project</li>
4454           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4455           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4456             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4457           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4458             associated with all views</li>
4459           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4460             annotation rows to new window</li>
4461         </ul> <em>Applet</em>
4462         <ul>
4463           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4464             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4465           <li>loading features via javascript API automatically
4466             enables feature display</li>
4467           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4468             work</li>
4469         </ul> <em>General</em>
4470         <ul>
4471           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4472           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4473             and then deselected</li>
4474           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4475           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4476             coloured with clustalx</li>
4477           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4478             exceptions and redraw errors</li>
4479           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4480             reconfigured view</li>
4481           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4482             colour</li>
4483           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4484             for lots of labels</li>
4485         </ul>
4486     </tr>
4487     <tr>
4488       <td>
4489         <div align="center">
4490           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4491         </div>
4492       </td>
4493       <td><em>Application</em>
4494         <ul>
4495           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4496           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4497           <li>View/alignment association menu to enable user to
4498             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4499             its colours/correspondences from</li>
4500           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4501           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4502             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4503           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4504           <li>Annotation row column label formatting attributes
4505             stored in project file</li>
4506           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4507             rows preserved in Jalview project file</li>
4508           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4509             saved using Desktop window menu</li>
4510           <li>Visual indication that command line arguments are
4511             still being processed</li>
4512           <li>Groovy script execution from URL</li>
4513           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4514             preferences</li>
4515           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4516             alignment with sequences that have high similarity and
4517             matching IDs</li>
4518           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4519           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4520             structures in same window</li>
4521           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4522           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4523             analysis function in its own submenu</li>
4524         </ul> <em>Applet</em>
4525         <ul>
4526           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4527             groups</li>
4528           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4529           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4530           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4531           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4532           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4533             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4534           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4535           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4536             parameters are treated as such</li>
4537           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4538             <ul>
4539               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4540               <li>Javascript callbacks for
4541                 <ul>
4542                   <li>Applet initialisation</li>
4543                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4544                 </ul>
4545               </li>
4546               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4547                 functions</li>
4548               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4549               <li>javascript structure viewer harness to pass
4550                 messages between Jmol and Jalview when running as
4551                 distinct applets</li>
4552               <li>sortBy method</li>
4553               <li>Set of applet and application examples shipped
4554                 with documentation</li>
4555               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4556                 javascript message exchange</li>
4557             </ul>
4558         </ul> <em>General</em>
4559         <ul>
4560           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4561             multiple alignments</li>
4562           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4563           <li>User configurable link to enable redirects to a
4564             www.Jalview.org mirror</li>
4565           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4566           <li>Configurable newline string when writing alignment
4567             and other flat files</li>
4568           <li>Allow alignment annotation description lines to
4569             contain html tags</li>
4570         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4571         <ul>
4572           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4573             examples</li>
4574           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4575             using a web service before displaying the result in the
4576             Jalview desktop</li>
4577           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4578           <li>Ant target to publish example html files with applet
4579             archive</li>
4580           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4581           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4582         </ul></td>
4583       <td><em>Application</em>
4584         <ul>
4585           <li>User defined colourscheme throws exception when
4586             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4587           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4588             dialog for valid filename/format</li>
4589           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4590           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4591             P37173</li>
4592           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4593             which sequence is to be associated with the file</li>
4594           <li>Find All raises null pointer exception when query
4595             only matches sequence IDs</li>
4596           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4597           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4598             2.4 cannot be loaded</li>
4599           <li>Filetype associations not installed for webstart
4600             launch</li>
4601           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4602             with sequences in different alignments do not get coloured
4603             by their associated sequence</li>
4604           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4605             not preserved when project is loaded</li>
4606           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4607             stored in Jalview project</li>
4608           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4609             Jalview project</li>
4610           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4611           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4612             by conservation</li>
4613           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4614             created on new view</li>
4615           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4616             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4617           <li>Alignment quality not updated after alignment
4618             annotation row is hidden then shown</li>
4619           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4620             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4621           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4622             properly</li>
4623           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4624             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4625           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4626           <li>Structures imported from file and saved in project
4627             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4628           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4629             job execution in full once it is complete</li>
4630         </ul> <em>Applet</em>
4631         <ul>
4632           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4633             annotation rows are displayed</li>
4634           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4635             codebase</li>
4636           <li>View follows highlighting does not work for positions
4637             in sequences</li>
4638           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4639           <li>Export features raises exception when no features
4640             exist</li>
4641           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4642             for javascript api is modified when separator string
4643             provided as parameter</li>
4644           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4645             alignment with no existing selection</li>
4646           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4647             to applet&#39;s codebase</li>
4648           <li>Status bar not updated after finished searching and
4649             search wraps around to first result</li>
4650           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4651             several Jalview applets causes race conditions and memory
4652             leaks</li>
4653           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4654             not sent from Jmol in applet</li>
4655           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4656             applet API fatally hang browser</li>
4657         </ul> <em>General</em>
4658         <ul>
4659           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4660             position with wrapped view and hidden regions</li>
4661           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4662             with/without hidden columns</li>
4663           <li>Sequence length given in alignment properties window
4664             is off by 1</li>
4665           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4666             import PDB like structure files</li>
4667           <li>Positional search results are only highlighted
4668             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4669           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4670           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4671             given sequence position</li>
4672           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4673             output</li>
4674           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4675             from nucleotide chains correctly</li>
4676           <li>Structure colours not updated when tree partition
4677             changed in alignment</li>
4678           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4679             parsed in interleaved stockholm</li>
4680           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4681             state</li>
4682           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4683             properly</li>
4684           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4685             properly associated with their pdb files</li>
4686         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4687         <ul>
4688           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4689             ApplyCopyright tool</li>
4690         </ul></td>
4691     </tr>
4692     <tr>
4693       <td>
4694         <div align="center">
4695           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4696         </div>
4697       </td>
4698       <td><em>Application</em>
4699         <ul>
4700           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4701             contact web services</li>
4702           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4703             service job window</li>
4704           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4705         </ul></td>
4706       <td>
4707         <ul>
4708           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4709             pir file emitted by Jalview</li>
4710           <li>Existing feature settings transferred to new
4711             alignment view created from cut'n'paste</li>
4712           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4713             parsing PDB files</li>
4714           <li>Consensus and conservation annotation rows
4715             occasionally become blank for all new windows</li>
4716           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4717             in wrapped view mode</li>
4718         </ul> <em>Application</em>
4719         <ul>
4720           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4721             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4722           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4723             parameter names</li>
4724           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4725             is down</li>
4726         </ul>
4727       </td>
4728     </tr>
4729     <tr>
4730       <td>
4731         <div align="center">
4732           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4733         </div>
4734       </td>
4735       <td><em>Application</em>
4736         <ul>
4737           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4738             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4739             (JABAWS)
4740           </li>
4741           <li>Web Services preference tab</li>
4742           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4743             preferences</li>
4744           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4745           <li>Superpose structures using associated sequence
4746             alignment</li>
4747           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4748             viewer</li>
4749         </ul> <em>Applet</em>
4750         <ul>
4751           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4752             link out mechanism</li>
4753         </ul> <em>Other</em>
4754         <ul>
4755           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4756             series 12</li>
4757           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4758             require Java 1.5</li>
4759           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4760             sequence annotation files</li>
4761           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4762             type colour specification</li>
4763           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4764             script to check if it being run in an interactive session or
4765             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4766         </ul></td>
4767       <td>
4768         <ul>
4769           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4770             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4771         </ul> <em>Application</em>
4772         <ul>
4773           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4774             selected Regions menu item</li>
4775           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4776             part of a valid accession ID</li>
4777           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4778             runs out of memory</li>
4779           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4780             analysis results</li>
4781           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4782             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4783           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4784         </ul> <em>Applet</em>
4785         <ul>
4786           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4787             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4788             defined.</li>
4789         </ul>
4790       </td>
4791     </tr>
4792     <tr>
4793       <td>
4794         <div align="center">
4795           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4796         </div>
4797       </td>
4798       <td></td>
4799       <td>
4800         <ul>
4801           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4802             sequence IDs</li>
4803           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4804             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4805           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4806             import correctly</li>
4807           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4808             number of columns are hidden</li>
4809           <li>annotation label popup menu not providing correct
4810             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4811             present</li>
4812           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4813             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4814           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4815             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4816
4817         </ul> <em>Applet</em>
4818         <ul>
4819           <li>annotation panel disappears when annotation is
4820             hidden/removed</li>
4821         </ul> <em>Application</em>
4822         <ul>
4823           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4824             alignment opened where annotation panel is visible but no
4825             annotations are present on alignment</li>
4826           <li>pasted region containing hidden columns is
4827             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4828           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4829             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4830           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4831             selected Rregions menu item.</li>
4832           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4833             'Un' or 'Non'conserved</li>
4834           <li>Sequence feature settings are being shared by
4835             multiple distinct alignments</li>
4836           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4837             changed</li>
4838           <li>double click on group annotation to select sequences
4839             does not propagate to associated trees</li>
4840           <li>Mac OSX specific issues:
4841             <ul>
4842               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4843                 window background</li>
4844               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4845                 name set correctly</li>
4846               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4847                 save feature colourscheme button</li>
4848             </ul>
4849           </li>
4850         </ul>
4851       </td>
4852     </tr>
4853     <tr>
4854
4855       <td>
4856         <div align="center">
4857           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4858         </div>
4859       </td>
4860       <td><em>New Capabilities</em>
4861         <ul>
4862           <li>URL links generated from description line for
4863             regular-expression based URL links (applet and application)
4864
4865
4866           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4867             menu</li>
4868           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4869             structures</li>
4870           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4871             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4872           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4873             average score or total feature count for each sequence.</li>
4874           <li>Shading features by score or associated description</li>
4875           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4876             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4877           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4878             hide everything but the currently selected region.</li>
4879           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4880         </ul> <em>Application</em>
4881         <ul>
4882           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4883             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4884           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4885             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4886           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4887             database references and protein_name is parsed as
4888             description line (BioSapiens terms).</li>
4889           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4890             references in sequence ID tooltip from View menu in
4891             application.</li>
4892           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4893       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4894           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4895             conservation plots</li>
4896           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4897             and visualized as sequence logos</li>
4898           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4899             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4900           </li>
4901           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4902             when a new tree is opened.</li>
4903           <li>Jalview Java Console</li>
4904           <li>Better placement of desktop window when moving
4905             between different screens.</li>
4906           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4907             consensus annotation</li>
4908           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4909             Workflows</li>
4910           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4911             <ul>
4912               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4913                 used to preserve views, structures, and tree display
4914                 settings)</li>
4915               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4916                 command line</li>
4917               <li>Sharing of selected regions between views and
4918                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4919               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4920             </ul></li>
4921         </ul> <em>Applet</em>
4922         <ul>
4923           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4924           <li>New Parameters
4925             <ul>
4926               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4927                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4928                 opened.</li>
4929               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4930                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4931               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4932                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4933               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4934                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4935                 view</li>
4936               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4937                 increase the height or width of a cell in the alignment
4938                 grid relative to the current font size.</li>
4939             </ul>
4940           </li>
4941           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4942             tooltip</li>
4943         </ul> <em>Other</em>
4944         <ul>
4945           <li>Features format: graduated colour definitions and
4946             specification of feature scores</li>
4947           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4948             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4949             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4950           <li>XML formats extended to support graduated feature
4951             colourschemes, group associated annotation, and profile
4952             visualization settings.</li></td>
4953       <td>
4954         <ul>
4955           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4956             rather than description</li>
4957           <li>Non-positional features are now included in sequence
4958             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4959             visibility in tooltip).</li>
4960           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4961           <li>Added URL embedding instructions to features file
4962             documentation.</li>
4963           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4964             'X' in peptide product</li>
4965           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4966             sequence ID and sequence string and query strings do not
4967             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4968           <li>AMSA files only contain first column of
4969             multi-character column annotation labels</li>
4970           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4971             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4972             exported and re-imported)</li>
4973           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4974             name</li>
4975           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4976             as subsequence matches, and correctly reports total number
4977             of both.</li>
4978           <li>Application:
4979             <ul>
4980               <li>Better handling of exceptions during sequence
4981                 retrieval</li>
4982               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4983                 link text excludes the start_end suffix</li>
4984               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4985                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4986               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4987               <li>Sequence description lines properly shared via
4988                 VAMSAS</li>
4989               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4990                 data sources</li>
4991               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4992                 completes before alignment figures are generated.</li>
4993               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4994                 first time.</li>
4995               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4996                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4997               <li>User defined group colours properly recovered
4998                 from Jalview projects.</li>
4999             </ul>
5000           </li>
5001         </ul>
5002       </td>
5003
5004     </tr>
5005     <tr>
5006       <td>
5007         <div align="center">
5008           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
5009         </div>
5010       </td>
5011       <td>
5012         <ul>
5013           <li>Experimental support for google analytics usage
5014             tracking.</li>
5015           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
5016         </ul>
5017       </td>
5018       <td>
5019         <ul>
5020           <li>Race condition in applet preventing startup in
5021             jre1.6.0u12+.</li>
5022           <li>Exception when feature created from selection beyond
5023             length of sequence.</li>
5024           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
5025           <li>Sequence associated annotation rows associate with
5026             all sequences with a given id</li>
5027           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
5028             ID string searches</li>
5029           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
5030             alignment to fail with exception</li>
5031         </ul> <em>Application Issues</em>
5032         <ul>
5033           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
5034           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5035             data sources</li>
5036         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
5037         <ul>
5038           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
5039             issue with installAnywhere mechanism)</li>
5040           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
5041             version (java class versioning error fixed)</li>
5042         </ul>
5043       </td>
5044     </tr>
5045     <tr>
5046       <td>
5047
5048         <div align="center">
5049           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
5050         </div>
5051       </td>
5052       <td><em>User Interface</em>
5053         <ul>
5054           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
5055             translation and protein products</li>
5056           <li>Linked highlighting of structure associated with
5057             residue mapping to codon position</li>
5058           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5059             and 'clear' button</li>
5060           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5061             Tools menu</li>
5062           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5063             numeric data in description line</li>
5064           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5065           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5066             of sequence</li>
5067         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5068         <ul>
5069           <li>JPred3 web service</li>
5070           <li>Prototype sequence search client (no public services
5071             available yet)</li>
5072           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5073             PFAM</li>
5074           <li>URL Links created for matching database cross
5075             references as well as sequence ID</li>
5076           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5077         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5078         <ul>
5079           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5080             databases</li>
5081           <li>Generalised database reference retrieval and
5082             validation to all fetchable databases</li>
5083           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5084             sequence command</li>
5085         </ul> <em>Import and Export</em>
5086         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5087         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5088           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5089         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5090           File</li>
5091         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5092           triplet as name of colourscheme</li>
5093         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5094         <ul>
5095           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5096           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5097             alignments (experimental)</li>
5098           <li>Create new or select existing session to join</li>
5099           <li>load and save of vamsas documents</li>
5100         </ul> <em>Application command line</em>
5101         <ul>
5102           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5103             from applet)</li>
5104           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5105             of DAS servers to query for alignment features</li>
5106           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5107             that are also automatically queried for features</li>
5108           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5109             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5110         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5111         <ul>
5112           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5113             application (when using &quot;View in full
5114             application&quot;)</li>
5115         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5116         <ul>
5117           <li>feature group display control parameter</li>
5118           <li>debug parameter</li>
5119           <li>showbutton parameter</li>
5120         </ul> <em>Applet API methods</em>
5121         <ul>
5122           <li>newView public method</li>
5123           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5124           <li>Feature display control methods</li>
5125           <li>get list of currently selected sequences</li>
5126         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5127         <ul>
5128           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5129           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5130             Jalview release.</li>
5131           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5132             property controls execution of obfuscator</li>
5133           <li>Build target for generating source distribution</li>
5134           <li>Debug flag for javacc</li>
5135           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5136             jalview.bin.Cache</li>
5137           <li>Continuous Build Integration for stable and
5138             development version of Application, Applet and source
5139             distribution</li>
5140         </ul></td>
5141       <td>
5142         <ul>
5143           <li>selected region output includes visible annotations
5144             (for certain formats)</li>
5145           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5146             for editing</li>
5147           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5148           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5149           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5150           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5151             comments</li>
5152           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5153             filenames containing a ':'</li>
5154           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5155             global sequence features</li>
5156           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5157             references from alignment sequences goes to zero</li>
5158           <li>Close of tree branch colour box without colour
5159             selection causes cascading exceptions</li>
5160           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5161           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5162             file parsing fails.</li>
5163           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5164           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5165             not a valid output format</li>
5166           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5167             vamsas</li>
5168           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5169           <li>error messages passed up and output when data read
5170             fails</li>
5171           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5172             sequence is edited</li>
5173           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5174             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5175           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5176             filetype</li>
5177           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5178             import fixed for PFAM records</li>
5179           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5180             window list</li>
5181           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5182             can be read and written correctly to annotation file</li>
5183           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5184             correctly</li>
5185           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5186             non-italic font for representatives in Applet</li>
5187           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5188             Macs.</li>
5189           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5190             Applet)</li>
5191           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5192             due to null pointer exceptions</li>
5193           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5194             first column of alignment</li>
5195           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5196             July 2008</li>
5197           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5198             file is case-insensitive</li>
5199           <li>Sequence features read from Features file appended to
5200             all sequences with matching IDs</li>
5201           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5202             containing a sub-sequence</li>
5203           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5204           <li>feature and annotation file applet parameters
5205             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5206           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5207           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5208             splash-screen version check to complete</li>
5209           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5210             when passing them to the launchApp service</li>
5211           <li>display name and local features preserved in results
5212             retrieved from web service</li>
5213           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5214             sequence fetcher initialisation</li>
5215           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5216             dasobert DAS client</li>
5217           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5218             association</li>
5219           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5220             sequences
5221           </li>
5222         </ul>
5223       </td>
5224     </tr>
5225     <tr>
5226       <td>
5227         <div align="center">
5228           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5229         </div>
5230       </td>
5231       <td>
5232         <ul>
5233           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5234           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5235           <li>Slide sequences</li>
5236           <li>Edit sequence in place</li>
5237           <li>EMBL CDS features</li>
5238           <li>DAS Feature mapping</li>
5239           <li>Feature ordering</li>
5240           <li>Alignment Properties</li>
5241           <li>Annotation Scores</li>
5242           <li>Sort by scores</li>
5243           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5244         </ul>
5245       </td>
5246       <td>
5247         <ul>
5248           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5249           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5250           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5251           <li>Feature group display state in XML</li>
5252           <li>Feature ordering in XML</li>
5253           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5254           <li>Stockholm alignment properties</li>
5255           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5256           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5257           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5258           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5259         </ul>
5260       </td>
5261
5262     </tr>
5263     <tr>
5264       <td>
5265         <div align="center">
5266           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5267         </div>
5268       </td>
5269       <td>
5270         <ul>
5271           <li>Non standard characters can be read and displayed
5272           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5273             applet via textbox
5274           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5275             name &amp; description
5276           <li>Preference setting to display sequence name in
5277             italics
5278           <li>Annotation file format extended to allow
5279             Sequence_groups to be defined
5280           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5281             specified in preferences
5282           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5283             sequences
5284         </ul>
5285       </td>
5286       <td>
5287         <ul>
5288           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5289             installed
5290           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5291           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5292         </ul>
5293       </td>
5294     </tr>
5295     <tr>
5296       <td>
5297         <div align="center">
5298           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5299         </div>
5300       </td>
5301       <td>
5302         <ul>
5303           <li>Multiple views on alignment
5304           <li>Sequence feature editing
5305           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5306           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5307           <li>Background dependent text colour
5308           <li>Right align sequence ids
5309           <li>User-defined lower case residue colours
5310           <li>Format Menu
5311           <li>Select Menu
5312           <li>Menu item accelerator keys
5313           <li>Control-V pastes to current alignment
5314           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5315           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5316           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5317
5318
5319           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5320         </ul>
5321       </td>
5322       <td>
5323         <ul>
5324           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5325           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5326             calculations
5327           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5328             edits
5329           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5330             of alignment)
5331           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5332
5333
5334           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5335             display correctly
5336           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5337           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5338             analysis results
5339           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5340             &#8739;
5341           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5342           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5343           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5344
5345
5346         </ul>
5347       </td>
5348     </tr>
5349     <tr>
5350       <td>
5351         <div align="center">
5352           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5353         </div>
5354       </td>
5355       <td>
5356         <ul>
5357           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5358         </ul>
5359       </td>
5360       <td>
5361         <ul>
5362           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5363             sequence id panel has been resized</li>
5364           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5365             rendered</li>
5366           <li>Annotation files with sequence references - all
5367             elements in file are relative to sequence position</li>
5368           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5369         </ul>
5370       </td>
5371     </tr>
5372     <tr>
5373       <td>
5374         <div align="center">
5375           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5376         </div>
5377       </td>
5378       <td>
5379         <ul>
5380           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5381           <li>DAS Feature fetching</li>
5382           <li>Hide sequences and columns</li>
5383           <li>Export Annotations and Features</li>
5384           <li>GFF file reading / writing</li>
5385           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5386             files</li>
5387           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5388           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5389           <li>Applet can launch the full application</li>
5390           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5391             required)</li>
5392           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5393           <li>Applet can load sequences from parameter
5394             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5395           </li>
5396         </ul>
5397       </td>
5398       <td>
5399         <ul>
5400           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5401           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5402           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5403         </ul>
5404       </td>
5405     </tr>
5406     <tr>
5407       <td>
5408         <div align="center">
5409           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5410         </div>
5411       </td>
5412       <td>
5413         <ul>
5414           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5415           <li>Choose to match case when searching</li>
5416           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5417             expand the visible width and height of the alignment</li>
5418         </ul>
5419       </td>
5420       <td>
5421         <ul>
5422           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5423         </ul>
5424       </td>
5425     </tr>
5426     <tr>
5427       <td>
5428         <div align="center">
5429           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5430         </div>
5431       </td>
5432       <td>&nbsp;</td>
5433       <td>
5434         <ul>
5435           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5436           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5437             value</li>
5438         </ul>
5439       </td>
5440     </tr>
5441     <tr>
5442       <td>
5443         <div align="center">
5444           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5445         </div>
5446       </td>
5447       <td>
5448         <ul>
5449           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5450           <li>Keyboard editing</li>
5451           <li>Create sequence features from searches</li>
5452           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5453             alignments</li>
5454           <li>Features file allows grouping of features</li>
5455           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5456           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5457           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5458         </ul>
5459       </td>
5460       <td>
5461         <ul>
5462           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5463           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5464             descriptions saved.</li>
5465         </ul>
5466       </td>
5467     </tr>
5468     <tr>
5469       <td>
5470         <div align="center">
5471           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5472         </div>
5473       </td>
5474       <td>
5475         <ul>
5476           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5477           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5478           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5479             name for file output</li>
5480           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5481           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5482             used for HTML form input</li>
5483         </ul>
5484       </td>
5485       <td>
5486         <ul>
5487           <li>HTML output writes groups and features</li>
5488           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5489           <li>File IO bugs</li>
5490         </ul>
5491       </td>
5492     </tr>
5493     <tr>
5494       <td>
5495         <div align="center">
5496           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5497         </div>
5498       </td>
5499       <td>
5500         <ul>
5501           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5502           <li>More options for PCA viewer</li>
5503         </ul>
5504       </td>
5505       <td>
5506         <ul>
5507           <li>GUI bugs resolved</li>
5508           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5509         </ul>
5510       </td>
5511     </tr>
5512     <tr>
5513       <td height="63">
5514         <div align="center">
5515           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5516         </div>
5517       </td>
5518       <td>
5519         <ul>
5520           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5521           <li>Jar files are executable</li>
5522           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5523         </ul>
5524       </td>
5525       <td>
5526         <ul>
5527           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5528           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5529           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5530         </ul>
5531       </td>
5532     </tr>
5533     <tr>
5534       <td>
5535         <div align="center">
5536           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5537         </div>
5538       </td>
5539       <td>
5540         <ul>
5541           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5542         </ul>
5543       </td>
5544       <td>
5545         <ul>
5546           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5547         </ul>
5548       </td>
5549     </tr>
5550     <tr>
5551       <td>
5552         <div align="center">
5553           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5554         </div>
5555       </td>
5556       <td>
5557         <ul>
5558           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5559             size</li>
5560         </ul>
5561       </td>
5562       <td>
5563         <ul>
5564           <li>Improved JPred client reliability</li>
5565           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5566         </ul>
5567       </td>
5568     </tr>
5569     <tr>
5570       <td>
5571         <div align="center">
5572           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5573         </div>
5574       </td>
5575       <td>
5576         <ul>
5577           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5578           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5579           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5580             to Colour Menu</li>
5581           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5582           <li>Unix users can set default web browser</li>
5583           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5584           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5585         </ul>
5586       </td>
5587       <td>
5588         <ul>
5589           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5590         </ul>
5591       </td>
5592     </tr>
5593     <tr>
5594       <td>
5595         <div align="center">
5596           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5597         </div>
5598       </td>
5599       <td>&nbsp;</td>
5600       <td>
5601         <ul>
5602           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5603             alignment order.</li>
5604         </ul>
5605       </td>
5606     </tr>
5607     <tr>
5608       <td>
5609         <div align="center">
5610           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5611         </div>
5612       </td>
5613       <td>
5614         <ul>
5615           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5616           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5617           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5618             annotations.</li>
5619           <li>Version and build date written to build properties
5620             file.</li>
5621           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5622             at launch of Jalview.</li>
5623         </ul>
5624       </td>
5625       <td>
5626         <ul>
5627           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5628           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5629           <li>Can remove groups one by one.</li>
5630           <li>Filechooser icons installed.</li>
5631           <li>Finder ignores return character when searching.
5632             Return key will initiate a search.<br>
5633           </li>
5634         </ul>
5635       </td>
5636     </tr>
5637     <tr>
5638       <td>
5639         <div align="center">
5640           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5641         </div>
5642       </td>
5643       <td>
5644         <ul>
5645           <li>New codebase</li>
5646         </ul>
5647       </td>
5648       <td>&nbsp;</td>
5649     </tr>
5650   </table>
5651   <p>&nbsp;</p>
5652 </body>
5653 </html>