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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul> <em>Documentation</em>
 211                                 <ul>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 214                                                 not supported in EPS figure export
 215                                         </li>
 216                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 217         <ul>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 220                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 221                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 226                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227                                                         Rings' GetDown</a>)
 228                                         </li>
 229                                         <li>
 230                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 231                                         </li>
 232                                         <li>
 233                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 234                                                 gradle-eclipse
 235                                         </li>
 236           <li>
 237           Atlassian Bamboo continuous integration for
 238             unattended Test Suite execution</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 241             operations</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 244             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 245           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 246         </ul>
 247       </td>
 248                         <td align="left" valign="top">
 249                                 <ul>
 250                                         <li>
 251                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 252                                         </li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 255                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 256                                         </li>
 257                                         <li>
 258                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 259                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 260                                         </li>
 261                                         <li>
 262                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 263                                                 monospaced font
 264                                         </li>
 265                                         <li>
 266                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 267                                                 project involving multiple views
 268                                         </li>
 269                                         <li>
 270                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 271                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 272                                                 Annotation dialog hides columns
 273                                         </li>
 274                                         <li>
 275                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 276                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 277                                                 one view, then making another selection in the other view
 278                                         </li>
 279                                         <li>
 280                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 281                                                 columns
 282                                         </li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 285                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 286                                         </li>
 287                                         <li>
 288                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 289                                                 overview updates with large alignments
 290                                         </li>
 291                                         <li>
 292                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 293                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 294                                                 mouse moved to the left of the first column
 295                                         </li>
 296                                         <li>
 297                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 298                                                 hidden column marker via scale popup menu
 299                                         </li>
 300                                         <li>
 301                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 302                                                 doesn't tell users the invalid URL
 303                                         </li>
 304                                         <li>
 305                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 306                                                 export as Jalview features file
 307                                         </li>
 308                                         <li>
 309                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 310                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 311                                         </li>
 312                                         <li>
 313                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 314                                                 when columns are hidden
 315                                         </li>
 316                                         <li>
 317                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 318                                                 Columns by Annotation description
 319                                         </li>
 320                                         <li>
 321                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 322                                                 out of Scale or Annotation Panel
 323                                         </li>
 324                                         <li>
 325                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 326                                                 scale panel
 327                                         </li>
 328                                         <li>
 329                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 330                                                 alignment down
 331                                         </li>
 332                                         <li>
 333                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 334                                                 scale panel
 335                                         </li>
 336                                         <li>
 337                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 338                                                 Page Up in wrapped mode
 339                                         </li>
 340                                         <li>
 341                                                 <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions
 342                                         </li>
 343                                         <li>
 344                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 348                                                 on opening an alignment
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 352                                                 Colour menu
 353                                         </li>
 354                                         <li>
 355                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 356                                                 different groups in the alignment are selected
 357                                         </li>
 358                                         <li>
 359                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 360                                                 correctly in menu
 361                                         </li>
 362                                         <li>
 363                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 364                                                 threshold limit
 365                                         </li>
 366                                         <li>
 367                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 368                                                 threshold gets 'unrounded'
 369                                         </li>
 370                                         <li>
 371                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 372                                                 colour
 373                                         </li>
 374                                         <li>
 375                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 376                                         </li>
 377                                         <li>
 378                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 379                                         </li>
 380                                         <li>
 381                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 382                                                 Tree font
 383                                         </li>
 384                                         <li>
 385                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 386                                                 project file
 387                                         </li>
 388                                         <li>
 389                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 390                                                 shown in complementary view
 391                                         </li>
 392                                         <li>
 393                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 394                                                 peptide sequence
 395                                         </li>
 396                                         <li>
 397                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 398                                                 of report
 399                                         </li>
 400                                         <li>
 401                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 402                                         </li>
 403                                 </ul> <em>Editing</em>
 404                                 <ul>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 407                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 408                                                 sequence
 409                                         </li>
 410                                         <li>
 411                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 412                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 413                                                 removed (Known defect since 2.10)
 414                                         </li>
 415                                         <li>
 416                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 417                                                 dialog corrupts dataset sequence
 418                                         </li>
 419                                 </ul>
 420                                 <em>New Known Defects</em>
 421                                 <ul>
 422                                         <li>
 423                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 424                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 425                                         </li>
 426                                         <li>
 427                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 428                                                 'New View'
 429                                         </li>
 430                                         <li>
 431                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 432                                                 columns within hidden columns
 433                                         </li>
 434                                         <li>
 435                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 436                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 437                                                 region
 438                                         </li>
 439                                         <li>
 440                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 441                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 442                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 443                                                 create a Score filter instead.
 444                                         </li>
 445                                 </ul>
 446                         </td>
 447                 </tr>
 448     <tr>
 449     <td width="60" nowrap>
 450       <div align="center">
 451         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 452       </div>
 453     </td>
 454     <td><div align="left">
 455         <em></em>
 456         <ul>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 459               InstallAnywhere increased to 1G.
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 463               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 464               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 465                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 466                 properties file.</em>
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 470               API and sequence data now imported as JSON.
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 474               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 475               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 476               property.
 477             </li>
 478           </ul>
 479           <em>Development</em>
 480           <ul>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 483               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 484                 Clover</a>
 485             </li>
 486           </ul>
 487         </div></td>
 488     <td><div align="left">
 489         <em></em>
 490         <ul>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 493               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 494               alignment.
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 498               annotation displayed.
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 502               for newly created group when 'Apply to all groups'
 503               selected
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 507               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 508               visible.
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 512               when sequences are selected in exported view.</em>
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 516               aren't rendered with correct colour.
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 520               types of knotted RNA secondary structure.
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 524               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 525               do not start at 1.
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 529               annotation when columns are inserted into an alignment,
 530               and when exporting as Stockholm flatfile.
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 534               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 535               treated as RNA secondary structure.
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 539               (not .jar) when saving a jalview project file.
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 543               transfers focus to previous window on OSX
 544             </li>
 545           </ul>
 546           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 547           <ul>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 550               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 551               box.
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 555               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 556               'look and feel' which has improved compatibility with the
 557               latest version of OSX.
 558             </li>
 559           </ul>
 560         </div>
 561     </td>
 562     </tr>
 563     <tr>
 564       <td width="60" nowrap>
 565         <div align="center">
 566           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 567             <em>7/06/2018</em></strong>
 568         </div>
 569       </td>
 570       <td><div align="left">
 571           <em></em>
 572           <ul>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 575               annotation retrieved from Uniprot
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 579               onto the Jalview Desktop
 580             </li>
 581           </ul>
 582         </div></td>
 583       <td><div align="left">
 584           <em></em>
 585           <ul>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 588               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 592               right-hand column parsed correctly
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 596               not alignment area in exported graphic
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 600               window has input focus
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 604               annotation added to view (Windows)
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 608               network connectivity is poor
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 612               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 613                 the currently open URL and links from a page viewed in
 614                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 615                 you are using Edge, only links in the page can be
 616                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 617                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 618             </li>
 619           </ul>
 620         </div></td>
 621     </tr>
 622     <tr>
 623       <td width="60" nowrap>
 624         <div align="center">
 625           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 626         </div>
 627       </td>
 628       <td><div align="left">
 629           <em></em>
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 633               for disabling automatic superposition of multiple
 634               structures and open structures in existing views
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 638               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 639               adjust them.
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 643               Ensembl services
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 647               and lots of hidden columns
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 651               of features (particularly when transparency is disabled)
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 655               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 656               generally available
 657             </li>
 658           </ul>
 659           </div>
 660       </td>
 661       <td><div align="left">
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 665               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 669               overlapping alignment panel
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 673               sequence as gaps
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 677               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 678               UTR
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 682               factor annotation not added to sequence when local PDB
 683               file associated with it by drag'n'drop or structure
 684               chooser
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 688               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 692               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 696               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 700               columns in annotation row
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 704               honored in batch mode
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 708               for structures added to existing Jmol view
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 712               entries after importing project with multiple views
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 716               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 717               with negative residue numbers or missing residues fails
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 721               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 722               as generated by CONSURF)
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 726               tooltip doesn't include a text description of mutation
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 730               structure and/or overview windows are also shown
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 734               very slow for alignments with large numbers of sequences
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 738               with 'StringIndexOutOfBounds'
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 742               platforms running Java 10
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 746               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 747             </li>
 748           </ul>
 749           <em>Applet</em>
 750           <ul>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 753               should copy the group consensus when popup is opened on it
 754             </li>
 755           </ul>
 756           <em>Batch Mode</em>
 757           <ul>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 760           </li>
 761           </ul>
 762           <em>New Known Defects</em>
 763           <ul>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 766               editing a large alignment and overview is displayed
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 770               repeatedly after a series of edits even when the overview
 771               is no longer reflecting updates
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 775               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 776               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 777               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 778             </li>
 779           </ul>
 780         </div>
 781           </td>
 782     </tr>
 783     <tr>
 784       <td width="60" nowrap>
 785         <div align="center">
 786           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 787         </div>
 788       </td>
 789       <td><div align="left">
 790           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 791               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 792       <td><div align="left">
 793           <em>Desktop</em><ul>
 794           <ul>
 795             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 796             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 797             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 798             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 799             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 800             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 801             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 802           </ul>
 803           </div>
 804       </td>
 805     </tr>
 806     <tr>
 807       <td width="60" nowrap>
 808         <div align="center">
 809           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 810         </div>
 811       </td>
 812       <td><div align="left">
 813           <em></em>
 814           <ul>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 817               rendering of sequence features
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 821               429 rate limit request hander
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 825               their colours have changed
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 829               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 833               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 837               view from Ensembl locus cross-references
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 841               Alignment report
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 845               feature can be disabled
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 849               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 853               Uniprot
 854             </li>
 855           </ul>
 856           <em>Scripting</em>
 857           <ul>
 858             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 859             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 860               percent identity scores for current alignment.</li>
 861           </ul>
 862           <em>Testing and Deployment</em>
 863           <ul>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 866             </li>
 867           </ul>
 868         </div></td>
 869       <td><div align="left">
 870           <em>General</em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 874               threshold text field doesn't trigger an update to the
 875               alignment view
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 879               strings in parallel
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 883               alignment window is closed
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 887               group visibility
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 891               takes a long time in Cursor mode
 892             </li>
 893           </ul>
 894           <em>Desktop</em>
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 898               cannot be viewed in Chimera
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 902               CDS/Protein view
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 906               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 907               Search Dialogs
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 917               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 921               scrolling right in unwapped alignment view
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 925               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 926               database
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 930               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 934               features of same type and group to be selected for
 935               amending
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 939               alignments when hidden columns are present
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 943               displaying several structures
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 947               moving a window
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 951               within the Jalview desktop on OSX
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 955               when in wrapped alignment mode
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 959               hand end of alignment
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 963               each selected sequence do not have correct start/end
 964               positions
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 968               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 972               restoring project until a new view is created
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 976               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 977               configured (since 2.10.2b2)
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 981               position is adjusted
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 985               in a multi-chain structure when viewing alignment
 986               involving more than one chain (since 2.10)
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 990               if new selection moves alignment window
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 994               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 998               that produces correctly annotated transcripts and products
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1002               doesn't update associated structure view
1003             </li>
1004           </ul>
1005           <em>Applet</em><br />
1006           <ul>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1009               closing alignment panel
1010             </li>
1011           </ul>
1012           <em>BioJSON</em><br />
1013           <ul>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1016               non-positional features
1017             </li>
1018           </ul>
1019           <em>New Known Issues</em>
1020           <ul>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1023               sequence features correctly (for many previous versions of
1024               Jalview)
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1028               using cursor in wrapped panel other than top
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1032               graduated colour threshold
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1036               always preserve numbering and sequence features
1037             </li>
1038           </ul>
1039           <em>Known Java 9 Issues</em>
1040           <ul>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1043               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1044               9.01, OSX 10.10)
1045             </li>
1046           </ul>
1047         </div></td>
1048     </tr>
1049     <tr>
1050       <td width="60" nowrap>
1051         <div align="center">
1052           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1053             <em>2/10/2017</em></strong>
1054         </div>
1055       </td>
1056       <td><div align="left">
1057           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1061             </li>
1062             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1063             </li>
1064           </ul>
1065         </div></td>
1066       <td><div align="left">
1067         </div></td>
1068     </tr>
1069     <tr>
1070       <td width="60" nowrap>
1071         <div align="center">
1072           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1073             <em>7/9/2017</em></strong>
1074         </div>
1075       </td>
1076       <td><div align="left">
1077           <em></em>
1078           <ul>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1081               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1082               white)
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1086               Preferences
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1090               in size and progress bar shown as higher resolution
1091               overview is recalculated
1092             </li>
1093
1094           </ul>
1095         </div></td>
1096       <td><div align="left">
1097           <em></em>
1098           <ul>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1101               column region row by row
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1105               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1109               format setting is unticked
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1113               if group has show boxes format setting unticked
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1117               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1118               include sequences and columns not currently displayed
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1122               assemblies are imported via CIF file
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1126               displayed when threshold or conservation colouring is also
1127               enabled.
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1131               server version
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1135               dragging a selected region off the visible region of the
1136               alignment
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1140               colourscheme to all groups in a view
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1144               initially after font size change using the Font chooser or
1145               middle-mouse zoom
1146             </li>
1147           </ul>
1148         </div></td>
1149     </tr>
1150     <tr>
1151       <td width="60" nowrap>
1152         <div align="center">
1153           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1154         </div>
1155       </td>
1156       <td><div align="left">
1157           <em>Calculations</em>
1158           <ul>
1159
1160             <li>
1161               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1162               ungapped positions in each column of the alignment.
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1166               a calculation dialog box
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1170               and memory efficiency (~30x faster)
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1174               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1175               and other calculations
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1179               files within the Jalview codebase
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1183               Similarity may have different topology due to increased
1184               precision
1185             </li>
1186           </ul>
1187           <em>Rendering</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1191               model for alignments and groups
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1195               scripts
1196             </li>
1197           </ul>
1198           <em>Overview</em>
1199           <ul>
1200             <li>
1201               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1202               with alignment and overview windows
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1206               overview
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1210               omitted in Overview
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1214               adjustment of visible position
1215             </li>
1216           </ul>
1217
1218           <em>Data import/export</em>
1219           <ul>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1222               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1226               annotation input/output via stockholm flatfile
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1230               extension when importing structure files without embedded
1231               names or PDB accessions
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1235               format sequence substitution matrices
1236             </li>
1237           </ul>
1238           <em>User Interface</em>
1239           <ul>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1242               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1243               the application.
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1247               via Overview or sequence motif search operations
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1251               opened by double clicking gaps within sequence feature
1252               extent
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1256               aligned positions were available to create a 3D structure
1257               superposition.
1258             </li>
1259           </ul>
1260           <em>3D Structure</em>
1261           <ul>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1264               coloured in linked structure views
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1268               file-based command exchange
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1272               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1273               structures are already available for sequences
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1277               the Jalview project rather than downloaded again when the
1278               project is reopened.
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1282               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1283               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1284                 Feature</strong>)
1285             </li>
1286           </ul>
1287           <em>Web Services</em>
1288           <ul>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1294               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1295               Analysis services
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1299               cross-references provided by identifiers.org and the
1300               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1301             </li>
1302           </ul>
1303
1304           <em>Scripting</em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1308               identifying file formats (instead of String constants)
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1312               efficiency when counting all displayed features (not
1313               backwards compatible with 2.10.1)
1314             </li>
1315           </ul>
1316           <em>Example files</em>
1317           <ul>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1320               included in the example feature file
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <em>Documentation</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1327               with the built-in Java help viewer
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1331               sequence description' option
1332             </li>
1333           </ul>
1334           <em>Test Suite</em>
1335           <ul>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1338               Uniprot REST Free Text Search Client
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1345               during tests
1346             </li>
1347           </ul>
1348         </div></td>
1349       <td><div align="left">
1350           <em>Calculations</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1354               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1355               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1356             </li>
1357             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1358               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1359               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1360               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1361               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1362               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1363               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1364               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1365               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1366               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1367               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1368               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1369               // for 2.10.1 mode <br />
1370               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1371               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1372                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1373                 calculations (not recommended)</em></li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1376               scaling of branch lengths for trees computed using
1377               Sequence Feature Similarity.
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1381               generating output report when working with highly
1382               redundant alignments
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1386               right of selected region when gaps present on right-hand
1387               boundary
1388             </li>
1389           </ul>
1390           <em>User Interface</em>
1391           <ul>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1394               doesn't reselect a specific sequence's associated
1395               annotation after it was used for colouring a view
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1399               opened on a region of alignment without groups
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1403               of an alignment with overlapping groups
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1407               name and description match
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1411               hidden regions results in incorrect hidden regions
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1415               changing colour does not apply Conservation slider value
1416               to all groups
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1420               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1424               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1428               gaps before start of features
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1432               restored to UI when feature colour is edited
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1436               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1440               as graduate feature colour settings are modified via the
1441               dialog box
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1445               when a group defined on the alignment is resized
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1449               wrapped view result in positional status updates
1450             </li>
1451
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1454               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1458               alignment included gapped columns
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1462               widgets don't permanently disappear
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1466               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1467               T-Coffee column reliability scores)
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1471               sequence feature on gaps only
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1475               button from a Find inherit previously defined feature type
1476               rather than the Find query string
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1480               exporting tree calculated in Jalview
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1484               and then revealing them reorders sequences on the
1485               alignment
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1489               doesn't update to reflect available set of groups after
1490               interactively adding or modifying features
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1494               Linux
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1498               only excluded gaps in current sequence and ignored
1499               selection.
1500             </li>
1501           </ul>
1502           <em>Rendering</em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1506               erratically when hidden rows or columns are present
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1510               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1511               sequence colouring
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1515               colour and group colour menu for protein alignments
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1519               reflect currently selected view or group's shading
1520               thresholds
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1524               when rendered on overview and structures when opacity at
1525               100%
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1529               overview when features overlaid on alignment
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1533               recovered correctly from Jalview project file
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1537               (automatically via preferences) are different to the main
1538               alignment panel
1539             </li>
1540           </ul>
1541           <em>Data import/export</em>
1542           <ul>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1545               load
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1549               added after a sequence was imported are not written to
1550               Stockholm File
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1554               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1558               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1562               with lightGray or darkGray via features file (but can
1563               specify lightgray)
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1567               when alignment view imported from project
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1571               structure and sequences extracted from structure files
1572               imported via URL and viewed in Jmol
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1576               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1577               the project is loaded and the structure viewed
1578             </li>
1579           </ul>
1580           <em>Web Services</em>
1581           <ul>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1584               release of Ensembl v.88
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1588               appear enabled in Preferences->Connections
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1592               removed from console output
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1596               Ensembl by Peptide ID
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1600               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1601               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1602               due to 'null' string rather than empty string used for
1603               residues with no corresponding PDB mapping).
1604             </li>
1605           </ul>
1606           <em>Application UI</em>
1607           <ul>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1610               menu
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1614               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1615               new documentation and tooltips added)
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1619               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1623               new features are added to alignment
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1627               changes to feature colours via the Amend features dialog
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1631               edit graduated feature colour via amend features dialog
1632               box
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1636               selection menu changes colours of alignment views
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1640               from alignment calculation workers after alignment has
1641               been closed
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1645               groups now 'Create Group'
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1649               Create/Undefine group doesn't always work
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1653               shown again after pressing 'Cancel'
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1657               adjusts start position in wrap mode
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1661               ambiguous amino acids
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1665               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1666               proteins
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1670               Defined' don't appear in Colours menu
1671             </li>
1672           </ul>
1673           <em>Applet</em>
1674           <ul>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1677               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1681               overview or linked structure view
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1685               work (since 2.8)
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1689               user-defined colourscheme doesn't restore original
1690               colourscheme
1691             </li>
1692           </ul>
1693           <em>Test Suite</em>
1694           <ul>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1697               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1701               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1702               problems with deep array comparison equality asserts in
1703               successive versions of TestNG
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1707               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1708             </li>
1709           </ul>
1710           <em>New Known Issues</em>
1711           <ul>
1712             <li>
1713               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1714               phase after a sequence motif find operation
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1718               containing just upper and lower case letters are
1719               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1723               reliably from eggnog Ortholog database
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1727               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1728               to mark columns containing highlighted regions.
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1732               doesn't always add secondary structure annotation.
1733             </li>
1734           </ul>
1735         </div>
1736     <tr>
1737       <td width="60" nowrap>
1738         <div align="center">
1739           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1740         </div>
1741       </td>
1742       <td><div align="left">
1743           <em>General</em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1747               for all consensus calculations
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1751               3rd Oct 2016)
1752             </li>
1753             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1754               for 2016-2017</li>
1755           </ul>
1756           <em>Application</em>
1757           <ul>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1760               set of database cross-references, sorted alphabetically
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1764               from database cross references. Users with custom links
1765               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1766                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1770               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1771               Chimera session
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1775               the Chimera it is connected to is shut down
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1779               columns menu item to mark columns containing highlighted
1780               regions (e.g. from structure selections or results of a
1781               Find operation)
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1785               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1786               MSAviewer
1787             </li>
1788           </ul>
1789         </div></td>
1790       <td>
1791         <div align="left">
1792           <em>General</em>
1793           <ul>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1796               are not coloured or thresholded according to percent
1797               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1801               hydrophobic
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1805               threshold, amino acid properties)
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1809               reported as mapped to residues in a structure file in the
1810               View Mapping report
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1814               could be added multiple times to a sequence
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1818               bond features shown as two highlighted residues rather
1819               than a range in linked structure views, and treated
1820               correctly when selecting and computing trees from features
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1824               cross-references are matched to database name regardless
1825               of case
1826             </li>
1827
1828           </ul>
1829           <em>Application</em>
1830           <ul>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1833               names without regular expressions also offer links from
1834               Sequence ID
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1838               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1839               update Jalview configuration
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1843               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1847               files with similarly named sequences if dropped onto the
1848               alignment
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1852               entries where more chains exist in the PDB accession than
1853               are reported in the SIFTS file
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1857               the structure view when displayed with Chimera
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1861               panel's View->Show Chains submenu
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1865               work for wrapped alignment views
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1869               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1873               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1874               first annotation row
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1878               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1882               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1883             </li>
1884             <!-- JAL-2319 -->
1885             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1886             coordindate data
1887             </li>
1888           </ul>
1889           <!--           <em>New Known Issues</em>
1890           <ul>
1891             <li></li>
1892           </ul> -->
1893         </div>
1894       </td>
1895     </tr>
1896     <td width="60" nowrap>
1897       <div align="center">
1898         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1899           <em>25/10/2016</em></strong>
1900       </div>
1901     </td>
1902     <td><em>Application</em>
1903       <ul>
1904         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1905           view if structures already loaded</li>
1906         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1907           structure views</li>
1908       </ul></td>
1909     <td>
1910       <div align="left">
1911         <em>General</em>
1912         <ul>
1913           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1914             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1915           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1916             example sequences/projects/trees</li>
1917         </ul>
1918         <em>Application</em>
1919         <ul>
1920           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1921             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1922           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1923             without timeout for structures with multiple models or
1924             multiple sequences in alignment</li>
1925           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1926             PDB ID HEADER line</li>
1927           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1928             is performed</li>
1929           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1930             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1931           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1932           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1933             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1934             option</li>
1935           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1936             is created on the alignment</li>
1937           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1938             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1939             pop-up menu</li>
1940         </ul>
1941         <em>Build and deployment</em>
1942         <ul>
1943           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1944             tags</li>
1945         </ul>
1946         <em>New Known Issues</em>
1947         <ul>
1948           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1949             on Windows</li>
1950         </ul>
1951       </div>
1952     </td>
1953     </tr>
1954     <tr>
1955       <td width="60" nowrap>
1956         <div align="center">
1957           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1958         </div>
1959       </td>
1960       <td><em>General</em>
1961         <ul>
1962           <li>
1963             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1964           </li>
1965           <li>
1966             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1967             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1968             better PDB parsing.
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1972             reference sequence
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1976             mousing over sequence associated annotation
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1980             for manual entry
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1984             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1985             for each column
1986           </li>
1987           <li>
1988             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1989             showing or hiding columns containing a feature
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1993             group and sequence associated annotation labels
1994           </li>
1995           <li>
1996             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1997             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1998             dialogs
1999           </li>
2000
2001         </ul> <em>Application</em>
2002         <ul>
2003           <li>
2004             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2005             gene/transcript view
2006           </li>
2007           <li>
2008             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2009             dialog
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2013             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2014           </li>
2015           <li>
2016             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2017             Pfam sources to xfam.org
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2021           </li>
2022           <li>
2023             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2024             over sequences in Jalview
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2028             regions in ENA and EMBL
2029           </li>
2030           <li>
2031             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2032             for record retrieval via ENA rest API
2033           </li>
2034           <li>
2035             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2036             complement operator
2037           </li>
2038           <li>
2039             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2040             groovy script execution
2041           </li>
2042           <li>
2043             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2044             alignment window's Calculate menu
2045           </li>
2046           <li>
2047             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2048             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2049           </li>
2050           <li>
2051             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2052             calculation workers from groovy scripts
2053           </li>
2054           <li>
2055             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2056             Jalview projects
2057           </li>
2058           <li>
2059             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2060             associations are now saved/restored from project
2061           </li>
2062           <li>
2063             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2064             before sequence fetcher is opened
2065           </li>
2066           <li>
2067             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2068             database chooser opens a sequence fetcher
2069           </li>
2070           <li>
2071             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2072             the UniProt REST API
2073           </li>
2074           <li>
2075             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2076             the news reader opening
2077           </li>
2078           <li>
2079             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2080             querying stored in preferences
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2084             search results
2085           </li>
2086           <li>
2087             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2088           </li>
2089           <li>
2090             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2091             menu for nucleotide sequences
2092           </li>
2093           <li>
2094             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2095             and feature counts preserves alignment ordering (and
2096             debugged for complex feature sets).
2097           </li>
2098           <li>
2099             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2100             viewing structures with Jalview 2.10
2101           </li>
2102           <li>
2103             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2104             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2105             Ensembl Genomes REST API
2106           </li>
2107           <li>
2108             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2109             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2110             (Ensembl)
2111           </li>
2112           <li>
2113             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2114             sequences
2115           </li>
2116           <li>
2117             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2118             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2119             data from external database records.
2120           </li>
2121           <li>
2122             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2123             efficient recovery of sequence coding and alignment
2124             annotation relationships.
2125           </li>
2126         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2127         <ul>
2128           <li>
2129             -- JAL---
2130           </li>
2131         </ul> --></td>
2132       <td>
2133         <div align="left">
2134           <em>General</em>
2135           <ul>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2138               menu on OSX
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2142               includes graduated colourschemes
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2146               working with big alignments and lots of hidden columns
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2150               at right of alignment window
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2154               contents
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2158               for DNA alignments
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2162               based tree calculation
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2166               unconserved enabled for group on alignment
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2170               set as reference
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2174               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2175               annotation
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2179               hidden columns present
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2183               user created annotation added to alignment
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2187               '()' base pair annotation
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2191               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2192               Consensus
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2196               feature not working
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2200               beginning of sequence
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2204               entry 3a6s
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2208               from a tree when t-coffee scores are shown
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2212               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2216               some structures
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2220               to Clustal, PIR and PileUp output
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2224               not visible causes alignment window to repaint
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2228               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2229               scores associated with features and annotation rows
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2233               calculation should be case independent
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2237               columns
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2241               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2242               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2246               problems when reference sequence defined and 'show
2247               non-conserved' enabled
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2251               load even when Consensus calculation is disabled
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2255               alignment does nothing
2256             </li>
2257           </ul>
2258           <em>Application</em>
2259           <ul>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2262               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2263               yet fixed for El Capitan)
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2267               output when running on non-gb/us i18n platforms
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2271               hidden sequences as flat-file alignment
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2275               launching Chimera
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2279               (also hotfix for 2.9.0b2)
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2283               reference sequence defined
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2287               alignments and views when revealing hidden columns
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2291               view in a cDNA/Protein splitframe
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2295               sequence from project when only one sequence is
2296               represented
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2300               in Structure Chooser
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2304               structure consensus didn't refresh annotation panel
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2308               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2312               dialogs format columns correctly, don't display array
2313               data, sort columns according to type
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2317               file chooser is cancelled during an image export
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2321               sequence name containing special characters
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2325               case insensitive
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2329               formatting don't wrap
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2333               truncated so L looks like I in consensus annotation
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2337               currently displayed features for the current selection or
2338               view
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2342               after fetching cross-references, and restoring from
2343               project
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2347               followed in the structure viewer
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2351               splitframe not restored from project
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2355               trailing end of protein alignment in transcript/product
2356               splitview when pad-gaps not enabled by default
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2360               is case dependent
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2364               article has been read (reopened issue due to
2365               internationalisation problems)
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2369               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2370               cross-references
2371             </li>
2372
2373             <li>
2374               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2375               alignment as HTML
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2379               multiple structures are shown for one or more sequences.
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2383               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2384               is enabled.
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2388               specific PDB id for sequence
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2392               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2393               columns' is disabled.
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2397               selects lowest rather than highest resolution structures
2398               for each sequence
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2402               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2406               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2410               after clicking on it to create new annotation for a
2411               column.
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2415               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2416             </li>
2417             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2418             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2419           </ul>
2420           <em>Applet</em>
2421           <ul>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2424               hidden columns present before start of sequence
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2428               (JSON jars)
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2432               sequences are hidden in applet
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2436               deployment on examples pages.
2437             </li>
2438           </ul>
2439         </div>
2440       </td>
2441     </tr>
2442     <tr>
2443       <td width="60" nowrap>
2444         <div align="center">
2445           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2446             <em>16/10/2015</em></strong>
2447         </div>
2448       </td>
2449       <td><em>General</em>
2450         <ul>
2451           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2452             jars</li>
2453         </ul></td>
2454       <td>
2455         <div align="left">
2456           <em>Application</em>
2457           <ul>
2458             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2459               shown when tree is partitioned</li>
2460             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2461               multiple cDNA/Protein split views</li>
2462           </ul>
2463         </div>
2464       </td>
2465     </tr>
2466     <tr>
2467       <td width="60" nowrap>
2468         <div align="center">
2469           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2470             <em>8/10/2015</em></strong>
2471         </div>
2472       </td>
2473       <td><em>General</em>
2474         <ul>
2475           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2476             2.9</li>
2477         </ul> <em>Application</em>
2478         <ul>
2479           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2480           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2481           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2482         </ul> <em>Applet</em>
2483         <ul>
2484           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2485         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2486         <ul>
2487           <li>
2488             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2489             suite
2490           </li>
2491         </ul></td>
2492       <td>
2493         <div align="left">
2494           <em>General</em>
2495           <ul>
2496             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2497               incorrect when sequence start > 1</li>
2498             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2499               documentation</li>
2500             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2501             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2502               loading a features file containing HTML tags in feature
2503               description</li>
2504
2505           </ul>
2506           <em>Application</em>
2507           <ul>
2508             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2509               reimport</li>
2510             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2511               with 'trim retrieved sequences'</li>
2512             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2513               deleting selected columns</li>
2514             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2515               JNLP templates for webstart launch</li>
2516             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2517               unreleased structures for download or viewing</li>
2518             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2519               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2520             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2521               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2522             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2523               recovered from jalview project</li>
2524             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2525               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2526               alignment view</li>
2527             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2528               color schemes from BioJSON</li>
2529           </ul>
2530           <em>Applet</em>
2531           <ul>
2532             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2533               frame</li>
2534             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2535           </ul>
2536         </div>
2537       </td>
2538     </tr>
2539     <tr>
2540       <td><div align="center">
2541           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2542         </div></td>
2543       <td><em>General</em>
2544         <ul>
2545           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2546             alignments:
2547             <ul>
2548               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2549                 and DNA alignment views</li>
2550               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2551                 cDNA alignment views</li>
2552               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2553                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2554               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2555                 protein sequences</li>
2556             </ul>
2557           </li>
2558           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2559           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2560             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2561           <li>New alignment annotation file statements for
2562             reference sequences and marking hidden columns</li>
2563           <li>Reference sequence based alignment shading to
2564             highlight variation</li>
2565           <li>Select or hide columns according to alignment
2566             annotation</li>
2567           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2568           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2569             acid conservation row</li>
2570           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2571         </ul> <em>Application</em>
2572         <ul>
2573           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2574             <ul>
2575               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2576                 view with cDNA/Protein</li>
2577               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2578                 sequences are placed in the same alignment</li>
2579               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2580                 projects</li>
2581             </ul>
2582           </li>
2583
2584           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2585           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2586             Jalview windows</li>
2587
2588           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2589           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2590           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2591             be shown in VARNA</li>
2592
2593           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2594             as the active selected region</li>
2595
2596           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2597             similarity</li>
2598           <li>New Export options
2599             <ul>
2600               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2601                 region export in flat file generation</li>
2602
2603               <li>Export alignment views for display with the <a
2604                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2605
2606               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2607               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2608                 alignment figures to HTML</li>
2609           </li>
2610           <li>3D structure retrieval and display
2611             <ul>
2612               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2613                 Search API</li>
2614               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2615                 PDB structures for a sequence set</li>
2616             </ul>
2617           </li>
2618
2619           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2620             predictions</li>
2621           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2622             for one or a group of sequences</li>
2623           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2624             from the JPred4 web server</li>
2625           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2626             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2627             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2628           </li>
2629           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2630             VARNA 2D Structure'</li>
2631           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2632             Structure ..."</li>
2633
2634         </ul> <em>Applet</em>
2635         <ul>
2636           <li>New layout for applet example pages</li>
2637           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2638             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2639           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2640             Protein alignments</li>
2641         </ul> <em>Development and deployment</em>
2642         <ul>
2643           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2644           <li>Include installation type and git revision in build
2645             properties and console log output</li>
2646           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2647             storing BioJsMSA Templates</li>
2648           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2649         </ul></td>
2650       <td>
2651         <!-- <em>General</em>
2652         <ul>
2653         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2654         <ul>
2655           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2656           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2657           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2658             predictions are not highlighted in amber</li>
2659           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2660             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2661           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2662             associated structure views</li>
2663           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2664             width checkbox not enabled</li>
2665           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2666             creating user defined colours</li>
2667           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2668             mappings for just that viewer's sequences</li>
2669           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2670             multiple models in Chimera</li>
2671           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2672             over Jmol structure</li>
2673           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2674             output to text box</li>
2675           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2676             have incorrect sequence start/end</li>
2677           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2678             Jalview fails</li>
2679           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2680             work for nucleotide</li>
2681           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2682             to a grey/invisible alignment window</li>
2683           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2684             imports to different position</li>
2685           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2686             on some platforms</li>
2687           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2688             populated</li>
2689           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2690             console if Chimera has been opened</li>
2691           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2692           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2693             retrieved</li>
2694           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2695           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2696             either sequence shows on first structure</li>
2697           <li>'Show annotations' options should not make
2698             non-positional annotations visible</li>
2699           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2700             in right place after 'view flanking regions'</li>
2701           <li>File Save As type unset when current file format is
2702             unknown</li>
2703           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2704             projects</li>
2705           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2706             responsive</li>
2707           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2708             several views on same alignment</li>
2709           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2710           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2711             spaces</li>
2712         </ul> <em>Applet</em>
2713         <ul>
2714           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2715           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2716             descriptions containing angle brackets</li>
2717         </ul> <em>General</em>
2718         <ul>
2719           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2720             via jalview annotation file</li>
2721           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2722             with RNA secondary structure</li>
2723           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2724             translation doesn't work.</li>
2725           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2726           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2727             positions</li>
2728           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2729             choosing 1pt font</li>
2730           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2731             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2732             'h'</li>
2733           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2734             new feature</li>
2735           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2736             order dependent</li>
2737           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2738             sequences</li>
2739           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2740         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2741         <ul>
2742           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2743             www.jalview.org</li>
2744         </ul> <em>Application Known issues</em>
2745         <ul>
2746           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2747           <li>Misleading message appears after trying to delete
2748             solid column.</li>
2749           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2750             version launches</li>
2751           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2752             fails with a sequence mismatch</li>
2753           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2754             scrolling alignment to right</li>
2755           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2756             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2757           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2758             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2759           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2760             ultra-high resolution</li>
2761           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2762             quality and conservation</li>
2763           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2764             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2765         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2766         <ul>
2767           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2768           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2769             window is being resized</li>
2770
2771         </ul>
2772       </td>
2773     </tr>
2774     <tr>
2775       <td><div align="center">
2776           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2777         </div></td>
2778       <td><em>General</em>
2779         <ul>
2780           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2781             Certum.PL.</li>
2782           <li>Features and annotation preserved when performing
2783             pairwise alignment</li>
2784           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2785             imported/exported/displayed</li>
2786           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2787             protein secondary structure</li>
2788           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2789               post-hoc with 2.9 release</em>)
2790           </li>
2791
2792         </ul> <em>Application</em>
2793         <ul>
2794           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2795             with 3D structures</li>
2796           <li>Support for parsing RNAML</li>
2797           <li>Annotations menu for layout
2798             <ul>
2799               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2800               <li>place sequence annotation above/below alignment
2801                 annotation</li>
2802             </ul>
2803           <li>Output in Stockholm format</li>
2804           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2805             translation</li>
2806           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2807           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2808             shared between alignments</li>
2809           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2810             Jalview</li>
2811           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2812             all or current selection</li>
2813           <li>disorder and secondary structure predictions
2814             available as dataset annotation</li>
2815           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2816
2817
2818           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2819             alignments from Rfam</li>
2820           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2821
2822           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2823             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2824           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2825           <li>include installation type in build properties and
2826             console log output</li>
2827           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2828             annotation</li>
2829         </ul></td>
2830       <td>
2831         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2832         <ul>
2833           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2834             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2835           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2836             alignment</li>
2837           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2838           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2839           <li>Double click on sequence associated annotation
2840             selects only first column</li>
2841           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2842             leaves shown in tree</li>
2843           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2844             properly</li>
2845           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2846           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2847             screen and buttons not visible</li>
2848           <li>author list isn't updated if already written to
2849             Jalview properties</li>
2850           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2851             from database</li>
2852           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2853           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2854             browser search window</li>
2855           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2856             in feature settings dialog</li>
2857           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2858             desktop</li>
2859           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2860             pass validation</li>
2861           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2862             fit on screen</li>
2863           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2864             tooltip</li>
2865           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2866             defined user preset</li>
2867           <li>MSA web services warns user if they were launched
2868             with invalid input</li>
2869           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2870             Java 8</li>
2871           <li>
2872             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2873             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2874             created
2875           </li>
2876
2877         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2878         <ul>
2879         </ul> <em>General</em>
2880         <ul>
2881         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2882         <ul>
2883           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2884             memory allocation</li>
2885           <li>launchApp service doesn't automatically open
2886             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2887           <li>
2888             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2889             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2890             1.7_055 is available
2891           </li>
2892         </ul> <em>Application Known issues</em>
2893         <ul>
2894           <li>
2895             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2896             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2897             alignment to right
2898           </li>
2899           <li>
2900             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2901             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2902             with large number of ID
2903           </li>
2904           <li>
2905             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2906             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2907             start/end
2908           </li>
2909           <li>
2910             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2911             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2912             structure tracks are rearranged
2913           </li>
2914           <li>
2915             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2916             invalid rna structure positional highlighting does not
2917             highlight position of invalid base pairs
2918           </li>
2919           <li>
2920             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2921             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2922             project from alignment window file menu
2923           </li>
2924           <li>
2925             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2926             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2927             structures
2928           </li>
2929           <li>
2930             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2931             colour by RNA Helices not enabled when user created
2932             annotation added to alignment
2933           </li>
2934           <li>
2935             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2936             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2937           </li>
2938         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2939         <ul>
2940           <li>
2941             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2942             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2943           </li>
2944           <li>
2945             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2946             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2947           </li>
2948
2949           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2950             when selected</li>
2951         </ul>
2952       </td>
2953     </tr>
2954     <tr>
2955       <td><div align="center">
2956           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2957         </div></td>
2958       <td>
2959         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2960         <em>General</em>
2961         <ul>
2962           <li>Internationalisation of user interface (usually
2963             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2964           <li>Define/Undefine group on current selection with
2965             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2966           <li>Improved group creation/removal options in
2967             alignment/sequence Popup menu</li>
2968           <li>Sensible precision for symbol distribution
2969             percentages shown in logo tooltip.</li>
2970           <li>Annotation panel height set according to amount of
2971             annotation when alignment first opened</li>
2972         </ul> <em>Application</em>
2973         <ul>
2974           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2975             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2976           <li>Select columns containing particular features from
2977             Feature Settings dialog</li>
2978           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2979             sequences</li>
2980           <li>Update Jalview project format:
2981             <ul>
2982               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2983               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2984                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2985               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2986                 colouring</li>
2987             </ul>
2988           </li>
2989           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2990             (PAM250)</li>
2991           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2992             flanking regions for an alignment</li>
2993         </ul>
2994       </td>
2995       <td>
2996         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2997         <ul>
2998           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2999             running after job is cancelled</li>
3000           <li>cannot export features from alignments imported from
3001             Jalview/VAMSAS projects</li>
3002           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3003             float values</li>
3004           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3005             have 'display all symbols' flag set</li>
3006           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3007             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3008           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3009             Jalview</li>
3010           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3011             Lion/Webstart</li>
3012           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3013           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3014           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3015             alignment onto desktop</li>
3016           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3017             'extract scores' function</li>
3018           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3019             alignment window</li>
3020           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3021             performing IUPred disorder prediction</li>
3022           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3023             changing 'normalise logo' display setting</li>
3024           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3025             nothing matches query</li>
3026           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3027             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3028           </li>
3029           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3030             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3031           </li>
3032           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3033             Jalview's menu</li>
3034           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3035             'invalid literal/length code'</li>
3036           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3037             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3038           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3039             colourscheme</li>
3040
3041         </ul> <em>Applet</em>
3042         <ul>
3043           <li>Remove group option is shown even when selection is
3044             not a group</li>
3045           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3046             don't affect groups</li>
3047           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3048             colourscheme name</li>
3049           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3050             Annotation panel is not displayed</li>
3051           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3052             embedded windows</li>
3053         </ul> <em>Other</em>
3054         <ul>
3055           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3056             single sequence were not calculated</li>
3057           <li>annotation files that contain only groups imported as
3058             annotation and junk sequences</li>
3059           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3060             recognised as PFAM or BLC</li>
3061           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3062             doesn't affect background (2.8.0b1)
3063           <li></li>
3064           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3065           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3066             trailing gaps</li>
3067           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3068             registered correctly on import</li>
3069           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3070             certain alignments</li>
3071           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3072             existing annotation based 'use original colours'
3073             colourscheme loses original colours setting</li>
3074         </ul>
3075       </td>
3076     </tr>
3077     <tr>
3078       <td><div align="center">
3079           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3080             <em>30/1/2014</em></strong>
3081         </div></td>
3082       <td>
3083         <ul>
3084           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3085             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3086             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3087             open source project).
3088           </li>
3089           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3090           <li>Output in Stockholm format</li>
3091           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3092           <li>Export/import group and sequence associated line
3093             graph thresholds</li>
3094           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3095             ambiguity codes</li>
3096           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3097             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3098             works</li>
3099           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3100         </ul> <em>Other improvements</em>
3101         <ul>
3102           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3103           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3104             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3105           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3106             files</li>
3107           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3108           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3109             link but no description</li>
3110           <li>Select primary source when selecting authority in
3111             database fetcher GUI</li>
3112           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3113             Jalview</li>
3114           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3115         </ul>
3116       </td>
3117       <td>
3118         <ul>
3119           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3120             displayed</li>
3121           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3122             secondary structure annotation line</li>
3123           <li>Sequence database accessions not imported when
3124             fetching alignments from Rfam</li>
3125           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3126             identical IDs</li>
3127           <li>View all structures does not always superpose
3128             structures</li>
3129           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3130             reflect user or preset settings</li>
3131           <li>Null pointer exceptions for some services without
3132             presets or adjustable parameters</li>
3133           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3134             discover PDB xRefs</li>
3135           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3136             features with DAS</li>
3137           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3138             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3139           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3140             residue follows a gap</li>
3141           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3142             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3143           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3144             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3145           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3146             annotation already exists on alignment</li>
3147           <li>oninit javascript function should be called after
3148             initialisation completes</li>
3149           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3150             alignment window display</li>
3151           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3152           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3153             to annotation file</li>
3154           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3155             groups created</li>
3156           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3157             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3158           <li>Pressing return several times causes Number Format
3159             exceptions in keyboard mode</li>
3160           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3161             correct partitions for input data</li>
3162           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3163           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3164           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3165           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3166             mode</li>
3167           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3168             changes one row&#39;s threshold</li>
3169           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3170             doesn&#39;t open</li>
3171           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3172             quality histograms</li>
3173         </ul>
3174       </td>
3175     </tr>
3176     <tr>
3177       <td><div align="center">
3178           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3179         </div></td>
3180       <td><em>Application</em>
3181         <ul>
3182           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3183             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3184           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3185             preferences</li>
3186           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3187             in Jalview alignment window</li>
3188           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3189             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3190           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3191             RNA and ambiguity codes</li>
3192
3193           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3194           <li>Support fetching and database reference look up
3195             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3196             refs')</li>
3197           <li>Jalview project improvements
3198             <ul>
3199               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3200                 flag for annotation</li>
3201               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3202                 alignment</li>
3203               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3204                 Jalview project</li>
3205
3206             </ul>
3207           </li>
3208           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3209           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3210             running</li>
3211           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3212           <li>visual indication that web service results are still
3213             being retrieved from server</li>
3214           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3215             starts up for first time</li>
3216           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3217             services</li>
3218           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3219             client library</li>
3220           <li>Examples directory and Groovy library included in
3221             InstallAnywhere distribution</li>
3222         </ul> <em>Applet</em>
3223         <ul>
3224           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3225             visualization applet example</li>
3226         </ul> <em>General</em>
3227         <ul>
3228           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3229           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3230             defaults</li>
3231           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3232             calculation</li>
3233           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3234             matrices
3235           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3236             in HTML</li>
3237           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3238             structure contacts</li>
3239           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3240           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3241           <li>Parse sequence associated secondary structure
3242             information in Stockholm files</li>
3243           <li>HTML Export database accessions and annotation
3244             information presented in tooltip for sequences</li>
3245           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3246             style RNA alignment files</li>
3247           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3248             alignment</li>
3249           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3250             shade each sequence according to its associated alignment
3251             annotation</li>
3252           <li>New Jalview Logo</li>
3253         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3254         <ul>
3255           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3256           <li>New Website!</li>
3257         </ul></td>
3258       <td><em>Application</em>
3259         <ul>
3260           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3261             wsdbfetch REST service</li>
3262           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3263           <li>Filetype associations not installed for webstart
3264             launch</li>
3265           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3266             job execution in full once it is complete</li>
3267           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3268             uploaded via ali_file parameter</li>
3269           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3270           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3271           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3272             submitted for prediction</li>
3273           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3274             desktop window</li>
3275           <li>Putting fractional value into integer text box in
3276             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3277           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3278             windows 7</li>
3279           <li>View all structures fails with exception shown in
3280             structure view</li>
3281           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3282             escaped in a platform independent way</li>
3283           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3284             using proxy</li>
3285           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3286             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3287           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3288             failure when java web start temporary file caching is
3289             disabled</li>
3290           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3291             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3292           <li>Errors during processing of command line arguments
3293             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3294           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3295             DAS sources in sequence fetcher</li>
3296           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3297             dialog is shown</li>
3298           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3299           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3300           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3301           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3302             on OSX Mountain Lion</li>
3303           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3304             sequences with alignment annotation are pasted into the
3305             alignment</li>
3306           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3307             when loaded from Jalview project</li>
3308           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3309           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3310             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3311           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3312             associated with all views</li>
3313           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3314             annotation rows to new window</li>
3315         </ul> <em>Applet</em>
3316         <ul>
3317           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3318             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3319           <li>loading features via javascript API automatically
3320             enables feature display</li>
3321           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3322             work</li>
3323         </ul> <em>General</em>
3324         <ul>
3325           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3326           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3327             and then deselected</li>
3328           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3329           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3330             coloured with clustalx</li>
3331           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3332             exceptions and redraw errors</li>
3333           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3334             reconfigured view</li>
3335           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3336             colour</li>
3337           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3338             for lots of labels</li>
3339         </ul>
3340     </tr>
3341     <tr>
3342       <td>
3343         <div align="center">
3344           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3345         </div>
3346       </td>
3347       <td><em>Application</em>
3348         <ul>
3349           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3350           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3351           <li>View/alignment association menu to enable user to
3352             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3353             its colours/correspondences from</li>
3354           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3355           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3356             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3357           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3358           <li>Annotation row column label formatting attributes
3359             stored in project file</li>
3360           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3361             rows preserved in Jalview project file</li>
3362           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3363             saved using Desktop window menu</li>
3364           <li>Visual indication that command line arguments are
3365             still being processed</li>
3366           <li>Groovy script execution from URL</li>
3367           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3368             preferences</li>
3369           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3370             alignment with sequences that have high similarity and
3371             matching IDs</li>
3372           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3373           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3374             structures in same window</li>
3375           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3376           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3377             analysis function in its own submenu</li>
3378         </ul> <em>Applet</em>
3379         <ul>
3380           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3381             groups</li>
3382           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3383           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3384           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3385           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3386           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3387             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3388           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3389           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3390             parameters are treated as such</li>
3391           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3392             <ul>
3393               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3394               <li>Javascript callbacks for
3395                 <ul>
3396                   <li>Applet initialisation</li>
3397                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3398                 </ul>
3399               </li>
3400               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3401                 functions</li>
3402               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3403               <li>javascript structure viewer harness to pass
3404                 messages between Jmol and Jalview when running as
3405                 distinct applets</li>
3406               <li>sortBy method</li>
3407               <li>Set of applet and application examples shipped
3408                 with documentation</li>
3409               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3410                 javascript message exchange</li>
3411             </ul>
3412         </ul> <em>General</em>
3413         <ul>
3414           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3415             multiple alignments</li>
3416           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3417           <li>User configurable link to enable redirects to a
3418             www.Jalview.org mirror</li>
3419           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3420           <li>Configurable newline string when writing alignment
3421             and other flat files</li>
3422           <li>Allow alignment annotation description lines to
3423             contain html tags</li>
3424         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3425         <ul>
3426           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3427             examples</li>
3428           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3429             using a web service before displaying the result in the
3430             Jalview desktop</li>
3431           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3432           <li>Ant target to publish example html files with applet
3433             archive</li>
3434           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3435           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3436         </ul></td>
3437       <td><em>Application</em>
3438         <ul>
3439           <li>User defined colourscheme throws exception when
3440             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3441           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3442             dialog for valid filename/format</li>
3443           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3444           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3445             P37173</li>
3446           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3447             which sequence is to be associated with the file</li>
3448           <li>Find All raises null pointer exception when query
3449             only matches sequence IDs</li>
3450           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3451           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3452             2.4 cannot be loaded</li>
3453           <li>Filetype associations not installed for webstart
3454             launch</li>
3455           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3456             with sequences in different alignments do not get coloured
3457             by their associated sequence</li>
3458           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3459             not preserved when project is loaded</li>
3460           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3461             stored in Jalview project</li>
3462           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3463             Jalview project</li>
3464           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3465           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3466             by conservation</li>
3467           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3468             created on new view</li>
3469           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3470             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3471           <li>Alignment quality not updated after alignment
3472             annotation row is hidden then shown</li>
3473           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3474             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3475           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3476             properly</li>
3477           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3478             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3479           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3480           <li>Structures imported from file and saved in project
3481             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3482           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3483             job execution in full once it is complete</li>
3484         </ul> <em>Applet</em>
3485         <ul>
3486           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3487             annotation rows are displayed</li>
3488           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3489             codebase</li>
3490           <li>View follows highlighting does not work for positions
3491             in sequences</li>
3492           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3493           <li>Export features raises exception when no features
3494             exist</li>
3495           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3496             for javascript api is modified when separator string
3497             provided as parameter</li>
3498           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3499             alignment with no existing selection</li>
3500           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3501             to applet&#39;s codebase</li>
3502           <li>Status bar not updated after finished searching and
3503             search wraps around to first result</li>
3504           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3505             several Jalview applets causes race conditions and memory
3506             leaks</li>
3507           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3508             not sent from Jmol in applet</li>
3509           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3510             applet API fatally hang browser</li>
3511         </ul> <em>General</em>
3512         <ul>
3513           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3514             position with wrapped view and hidden regions</li>
3515           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3516             with/without hidden columns</li>
3517           <li>Sequence length given in alignment properties window
3518             is off by 1</li>
3519           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3520             import PDB like structure files</li>
3521           <li>Positional search results are only highlighted
3522             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3523           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3524           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3525             given sequence position</li>
3526           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3527             output</li>
3528           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3529             from nucleotide chains correctly</li>
3530           <li>Structure colours not updated when tree partition
3531             changed in alignment</li>
3532           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3533             parsed in interleaved stockholm</li>
3534           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3535             state</li>
3536           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3537             properly</li>
3538           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3539             properly associated with their pdb files</li>
3540         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3541         <ul>
3542           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3543             ApplyCopyright tool</li>
3544         </ul></td>
3545     </tr>
3546     <tr>
3547       <td>
3548         <div align="center">
3549           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3550         </div>
3551       </td>
3552       <td><em>Application</em>
3553         <ul>
3554           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3555             contact web services</li>
3556           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3557             service job window</li>
3558           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3559         </ul></td>
3560       <td>
3561         <ul>
3562           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3563             pir file emitted by Jalview</li>
3564           <li>Existing feature settings transferred to new
3565             alignment view created from cut'n'paste</li>
3566           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3567             parsing PDB files</li>
3568           <li>Consensus and conservation annotation rows
3569             occasionally become blank for all new windows</li>
3570           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3571             in wrapped view mode</li>
3572         </ul> <em>Application</em>
3573         <ul>
3574           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3575             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3576           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3577             parameter names</li>
3578           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3579             is down</li>
3580         </ul>
3581       </td>
3582     </tr>
3583     <tr>
3584       <td>
3585         <div align="center">
3586           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3587         </div>
3588       </td>
3589       <td><em>Application</em>
3590         <ul>
3591           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3592             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3593             (JABAWS)
3594           </li>
3595           <li>Web Services preference tab</li>
3596           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3597             preferences</li>
3598           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3599           <li>Superpose structures using associated sequence
3600             alignment</li>
3601           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3602             viewer</li>
3603         </ul> <em>Applet</em>
3604         <ul>
3605           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3606             link out mechanism</li>
3607         </ul> <em>Other</em>
3608         <ul>
3609           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3610             series 12</li>
3611           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3612             require Java 1.5</li>
3613           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3614             sequence annotation files</li>
3615           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3616             type colour specification</li>
3617           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3618             script to check if it being run in an interactive session or
3619             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3620         </ul></td>
3621       <td>
3622         <ul>
3623           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3624             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3625         </ul> <em>Application</em>
3626         <ul>
3627           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3628             selected Regions menu item</li>
3629           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3630             part of a valid accession ID</li>
3631           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3632             runs out of memory</li>
3633           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3634             analysis results</li>
3635           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3636             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3637           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3638         </ul> <em>Applet</em>
3639         <ul>
3640           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3641             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3642             defined.</li>
3643         </ul>
3644       </td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td>
3648         <div align="center">
3649           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3650         </div>
3651       </td>
3652       <td></td>
3653       <td>
3654         <ul>
3655           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3656             sequence IDs</li>
3657           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3658             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3659           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3660             import correctly</li>
3661           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3662             number of columns are hidden</li>
3663           <li>annotation label popup menu not providing correct
3664             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3665             present</li>
3666           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3667             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3668           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3669             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3670
3671         </ul> <em>Applet</em>
3672         <ul>
3673           <li>annotation panel disappears when annotation is
3674             hidden/removed</li>
3675         </ul> <em>Application</em>
3676         <ul>
3677           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3678             alignment opened where annotation panel is visible but no
3679             annotations are present on alignment</li>
3680           <li>pasted region containing hidden columns is
3681             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3682           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3683             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3684           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3685             selected Rregions menu item.</li>
3686           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3687             'Un' or 'Non'conserved</li>
3688           <li>Sequence feature settings are being shared by
3689             multiple distinct alignments</li>
3690           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3691             changed</li>
3692           <li>double click on group annotation to select sequences
3693             does not propagate to associated trees</li>
3694           <li>Mac OSX specific issues:
3695             <ul>
3696               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3697                 window background</li>
3698               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3699                 name set correctly</li>
3700               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3701                 save feature colourscheme button</li>
3702             </ul>
3703           </li>
3704         </ul>
3705       </td>
3706     </tr>
3707     <tr>
3708
3709       <td>
3710         <div align="center">
3711           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3712         </div>
3713       </td>
3714       <td><em>New Capabilities</em>
3715         <ul>
3716           <li>URL links generated from description line for
3717             regular-expression based URL links (applet and application)
3718
3719           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3720             menu</li>
3721           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3722             structures</li>
3723           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3724             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3725           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3726             average score or total feature count for each sequence.</li>
3727           <li>Shading features by score or associated description</li>
3728           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3729             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3730           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3731             hide everything but the currently selected region.</li>
3732           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3733         </ul> <em>Application</em>
3734         <ul>
3735           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3736             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3737           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3738             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3739           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3740             database references and protein_name is parsed as
3741             description line (BioSapiens terms).</li>
3742           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3743             references in sequence ID tooltip from View menu in
3744             application.</li>
3745           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3746       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3747           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3748             conservation plots</li>
3749           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3750             and visualized as sequence logos</li>
3751           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3752             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3753           </li>
3754           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3755             when a new tree is opened.</li>
3756           <li>Jalview Java Console</li>
3757           <li>Better placement of desktop window when moving
3758             between different screens.</li>
3759           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3760             consensus annotation</li>
3761           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3762             Workflows</li>
3763           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3764             <ul>
3765               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3766                 used to preserve views, structures, and tree display
3767                 settings)</li>
3768               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3769                 command line</li>
3770               <li>Sharing of selected regions between views and
3771                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3772               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3773             </ul></li>
3774         </ul> <em>Applet</em>
3775         <ul>
3776           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3777           <li>New Parameters
3778             <ul>
3779               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3780                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3781                 opened.</li>
3782               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3783                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3784               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3785                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3786               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3787                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3788                 view</li>
3789               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3790                 increase the height or width of a cell in the alignment
3791                 grid relative to the current font size.</li>
3792             </ul>
3793           </li>
3794           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3795             tooltip</li>
3796         </ul> <em>Other</em>
3797         <ul>
3798           <li>Features format: graduated colour definitions and
3799             specification of feature scores</li>
3800           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3801             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3802             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3803           <li>XML formats extended to support graduated feature
3804             colourschemes, group associated annotation, and profile
3805             visualization settings.</li></td>
3806       <td>
3807         <ul>
3808           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3809             rather than description</li>
3810           <li>Non-positional features are now included in sequence
3811             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3812             visibility in tooltip).</li>
3813           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3814           <li>Added URL embedding instructions to features file
3815             documentation.</li>
3816           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3817             'X' in peptide product</li>
3818           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3819             sequence ID and sequence string and query strings do not
3820             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3821           <li>AMSA files only contain first column of
3822             multi-character column annotation labels</li>
3823           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3824             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3825             exported and re-imported)</li>
3826           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3827             name</li>
3828           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3829             as subsequence matches, and correctly reports total number
3830             of both.</li>
3831           <li>Application:
3832             <ul>
3833               <li>Better handling of exceptions during sequence
3834                 retrieval</li>
3835               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3836                 link text excludes the start_end suffix</li>
3837               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3838                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3839               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3840               <li>Sequence description lines properly shared via
3841                 VAMSAS</li>
3842               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3843                 data sources</li>
3844               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3845                 completes before alignment figures are generated.</li>
3846               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3847                 first time.</li>
3848               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3849                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3850               <li>User defined group colours properly recovered
3851                 from Jalview projects.</li>
3852             </ul>
3853           </li>
3854         </ul>
3855       </td>
3856
3857     </tr>
3858     <tr>
3859       <td>
3860         <div align="center">
3861           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3862         </div>
3863       </td>
3864       <td>
3865         <ul>
3866           <li>Experimental support for google analytics usage
3867             tracking.</li>
3868           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871       <td>
3872         <ul>
3873           <li>Race condition in applet preventing startup in
3874             jre1.6.0u12+.</li>
3875           <li>Exception when feature created from selection beyond
3876             length of sequence.</li>
3877           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3878           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3879             all sequences with a given id</li>
3880           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3881             ID string searches</li>
3882           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3883             alignment to fail with exception</li>
3884         </ul> <em>Application Issues</em>
3885         <ul>
3886           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3887           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3888             data sources</li>
3889         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3890         <ul>
3891           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3892             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3893           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3894             version (java class versioning error fixed)</li>
3895         </ul>
3896       </td>
3897     </tr>
3898     <tr>
3899       <td>
3900
3901         <div align="center">
3902           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3903         </div>
3904       </td>
3905       <td><em>User Interface</em>
3906         <ul>
3907           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3908             translation and protein products</li>
3909           <li>Linked highlighting of structure associated with
3910             residue mapping to codon position</li>
3911           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3912             and 'clear' button</li>
3913           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3914             Tools menu</li>
3915           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3916             numeric data in description line</li>
3917           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3918           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3919             of sequence</li>
3920         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3921         <ul>
3922           <li>JPred3 web service</li>
3923           <li>Prototype sequence search client (no public services
3924             available yet)</li>
3925           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3926             PFAM</li>
3927           <li>URL Links created for matching database cross
3928             references as well as sequence ID</li>
3929           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3930         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3931         <ul>
3932           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3933             databases</li>
3934           <li>Generalised database reference retrieval and
3935             validation to all fetchable databases</li>
3936           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3937             sequence command</li>
3938         </ul> <em>Import and Export</em>
3939         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3940         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3941           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3942         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3943           File</li>
3944         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3945           triplet as name of colourscheme</li>
3946         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3947         <ul>
3948           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3949           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3950             alignments (experimental)</li>
3951           <li>Create new or select existing session to join</li>
3952           <li>load and save of vamsas documents</li>
3953         </ul> <em>Application command line</em>
3954         <ul>
3955           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3956             from applet)</li>
3957           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3958             of DAS servers to query for alignment features</li>
3959           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3960             that are also automatically queried for features</li>
3961           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3962             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3963         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3964         <ul>
3965           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3966             application (when using &quot;View in full
3967             application&quot;)</li>
3968         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3969         <ul>
3970           <li>feature group display control parameter</li>
3971           <li>debug parameter</li>
3972           <li>showbutton parameter</li>
3973         </ul> <em>Applet API methods</em>
3974         <ul>
3975           <li>newView public method</li>
3976           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3977           <li>Feature display control methods</li>
3978           <li>get list of currently selected sequences</li>
3979         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3980         <ul>
3981           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3982           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3983             Jalview release.</li>
3984           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3985             property controls execution of obfuscator</li>
3986           <li>Build target for generating source distribution</li>
3987           <li>Debug flag for javacc</li>
3988           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3989             jalview.bin.Cache</li>
3990           <li>Continuous Build Integration for stable and
3991             development version of Application, Applet and source
3992             distribution</li>
3993         </ul></td>
3994       <td>
3995         <ul>
3996           <li>selected region output includes visible annotations
3997             (for certain formats)</li>
3998           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3999             for editing</li>
4000           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4001           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4002           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4003           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4004             comments</li>
4005           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4006             filenames containing a ':'</li>
4007           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4008             global sequence features</li>
4009           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4010             references from alignment sequences goes to zero</li>
4011           <li>Close of tree branch colour box without colour
4012             selection causes cascading exceptions</li>
4013           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4014           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4015             file parsing fails.</li>
4016           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4017           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4018             not a valid output format</li>
4019           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4020             vamsas</li>
4021           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4022           <li>error messages passed up and output when data read
4023             fails</li>
4024           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4025             sequence is edited</li>
4026           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4027             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4028           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4029             filetype</li>
4030           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4031             import fixed for PFAM records</li>
4032           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4033             window list</li>
4034           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4035             can be read and written correctly to annotation file</li>
4036           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4037             correctly</li>
4038           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4039             non-italic font for representatives in Applet</li>
4040           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4041             Macs.</li>
4042           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4043             Applet)</li>
4044           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4045             due to null pointer exceptions</li>
4046           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4047             first column of alignment</li>
4048           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4049             July 2008</li>
4050           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4051             file is case-insensitive</li>
4052           <li>Sequence features read from Features file appended to
4053             all sequences with matching IDs</li>
4054           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4055             containing a sub-sequence</li>
4056           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4057           <li>feature and annotation file applet parameters
4058             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4059           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4060           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4061             splash-screen version check to complete</li>
4062           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4063             when passing them to the launchApp service</li>
4064           <li>display name and local features preserved in results
4065             retrieved from web service</li>
4066           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4067             sequence fetcher initialisation</li>
4068           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4069             dasobert DAS client</li>
4070           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4071             association</li>
4072           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4073             sequences
4074           </li>
4075         </ul>
4076       </td>
4077     </tr>
4078     <tr>
4079       <td>
4080         <div align="center">
4081           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4082         </div>
4083       </td>
4084       <td>
4085         <ul>
4086           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4087           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4088           <li>Slide sequences</li>
4089           <li>Edit sequence in place</li>
4090           <li>EMBL CDS features</li>
4091           <li>DAS Feature mapping</li>
4092           <li>Feature ordering</li>
4093           <li>Alignment Properties</li>
4094           <li>Annotation Scores</li>
4095           <li>Sort by scores</li>
4096           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4097         </ul>
4098       </td>
4099       <td>
4100         <ul>
4101           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4102           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4103           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4104           <li>Feature group display state in XML</li>
4105           <li>Feature ordering in XML</li>
4106           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4107           <li>Stockholm alignment properties</li>
4108           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4109           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4110           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4111           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4112         </ul>
4113       </td>
4114
4115     </tr>
4116     <tr>
4117       <td>
4118         <div align="center">
4119           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4120         </div>
4121       </td>
4122       <td>
4123         <ul>
4124           <li>Non standard characters can be read and displayed
4125           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4126             applet via textbox
4127           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4128             name &amp; description
4129           <li>Preference setting to display sequence name in
4130             italics
4131           <li>Annotation file format extended to allow
4132             Sequence_groups to be defined
4133           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4134             specified in preferences
4135           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4136             sequences
4137         </ul>
4138       </td>
4139       <td>
4140         <ul>
4141           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4142             installed
4143           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4144           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4145         </ul>
4146       </td>
4147     </tr>
4148     <tr>
4149       <td>
4150         <div align="center">
4151           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4152         </div>
4153       </td>
4154       <td>
4155         <ul>
4156           <li>Multiple views on alignment
4157           <li>Sequence feature editing
4158           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4159           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4160           <li>Background dependent text colour
4161           <li>Right align sequence ids
4162           <li>User-defined lower case residue colours
4163           <li>Format Menu
4164           <li>Select Menu
4165           <li>Menu item accelerator keys
4166           <li>Control-V pastes to current alignment
4167           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4168           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4169           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4170
4171           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4172         </ul>
4173       </td>
4174       <td>
4175         <ul>
4176           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4177           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4178             calculations
4179           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4180             edits
4181           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4182             of alignment)
4183           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4184
4185           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4186             display correctly
4187           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4188           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4189             analysis results
4190           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4191             &#8739;
4192           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4193           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4194           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4195
4196         </ul>
4197       </td>
4198     </tr>
4199     <tr>
4200       <td>
4201         <div align="center">
4202           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4203         </div>
4204       </td>
4205       <td>
4206         <ul>
4207           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4208         </ul>
4209       </td>
4210       <td>
4211         <ul>
4212           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4213             sequence id panel has been resized</li>
4214           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4215             rendered</li>
4216           <li>Annotation files with sequence references - all
4217             elements in file are relative to sequence position</li>
4218           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4219         </ul>
4220       </td>
4221     </tr>
4222     <tr>
4223       <td>
4224         <div align="center">
4225           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4226         </div>
4227       </td>
4228       <td>
4229         <ul>
4230           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4231           <li>DAS Feature fetching</li>
4232           <li>Hide sequences and columns</li>
4233           <li>Export Annotations and Features</li>
4234           <li>GFF file reading / writing</li>
4235           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4236             files</li>
4237           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4238           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4239           <li>Applet can launch the full application</li>
4240           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4241             required)</li>
4242           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4243           <li>Applet can load sequences from parameter
4244             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4245           </li>
4246         </ul>
4247       </td>
4248       <td>
4249         <ul>
4250           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4251           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4252           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4253         </ul>
4254       </td>
4255     </tr>
4256     <tr>
4257       <td>
4258         <div align="center">
4259           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4260         </div>
4261       </td>
4262       <td>
4263         <ul>
4264           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4265           <li>Choose to match case when searching</li>
4266           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4267             expand the visible width and height of the alignment</li>
4268         </ul>
4269       </td>
4270       <td>
4271         <ul>
4272           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4273         </ul>
4274       </td>
4275     </tr>
4276     <tr>
4277       <td>
4278         <div align="center">
4279           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4280         </div>
4281       </td>
4282       <td>&nbsp;</td>
4283       <td>
4284         <ul>
4285           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4286           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4287             value</li>
4288         </ul>
4289       </td>
4290     </tr>
4291     <tr>
4292       <td>
4293         <div align="center">
4294           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4295         </div>
4296       </td>
4297       <td>
4298         <ul>
4299           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4300           <li>Keyboard editing</li>
4301           <li>Create sequence features from searches</li>
4302           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4303             alignments</li>
4304           <li>Features file allows grouping of features</li>
4305           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4306           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4307           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4308         </ul>
4309       </td>
4310       <td>
4311         <ul>
4312           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4313           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4314             descriptions saved.</li>
4315         </ul>
4316       </td>
4317     </tr>
4318     <tr>
4319       <td>
4320         <div align="center">
4321           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4322         </div>
4323       </td>
4324       <td>
4325         <ul>
4326           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4327           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4328           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4329             name for file output</li>
4330           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4331           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4332             used for HTML form input</li>
4333         </ul>
4334       </td>
4335       <td>
4336         <ul>
4337           <li>HTML output writes groups and features</li>
4338           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4339           <li>File IO bugs</li>
4340         </ul>
4341       </td>
4342     </tr>
4343     <tr>
4344       <td>
4345         <div align="center">
4346           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4347         </div>
4348       </td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4352           <li>More options for PCA viewer</li>
4353         </ul>
4354       </td>
4355       <td>
4356         <ul>
4357           <li>GUI bugs resolved</li>
4358           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4359         </ul>
4360       </td>
4361     </tr>
4362     <tr>
4363       <td height="63">
4364         <div align="center">
4365           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4366         </div>
4367       </td>
4368       <td>
4369         <ul>
4370           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4371           <li>Jar files are executable</li>
4372           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4373         </ul>
4374       </td>
4375       <td>
4376         <ul>
4377           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4378           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4379           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4380         </ul>
4381       </td>
4382     </tr>
4383     <tr>
4384       <td>
4385         <div align="center">
4386           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4387         </div>
4388       </td>
4389       <td>
4390         <ul>
4391           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4392         </ul>
4393       </td>
4394       <td>
4395         <ul>
4396           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4397         </ul>
4398       </td>
4399     </tr>
4400     <tr>
4401       <td>
4402         <div align="center">
4403           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4404         </div>
4405       </td>
4406       <td>
4407         <ul>
4408           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4409             size</li>
4410         </ul>
4411       </td>
4412       <td>
4413         <ul>
4414           <li>Improved JPred client reliability</li>
4415           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4416         </ul>
4417       </td>
4418     </tr>
4419     <tr>
4420       <td>
4421         <div align="center">
4422           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4423         </div>
4424       </td>
4425       <td>
4426         <ul>
4427           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4428           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4429           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4430             to Colour Menu</li>
4431           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4432           <li>Unix users can set default web browser</li>
4433           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4434           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4435         </ul>
4436       </td>
4437       <td>
4438         <ul>
4439           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4440         </ul>
4441       </td>
4442     </tr>
4443     <tr>
4444       <td>
4445         <div align="center">
4446           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4447         </div>
4448       </td>
4449       <td>&nbsp;</td>
4450       <td>
4451         <ul>
4452           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4453             alignment order.</li>
4454         </ul>
4455       </td>
4456     </tr>
4457     <tr>
4458       <td>
4459         <div align="center">
4460           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4461         </div>
4462       </td>
4463       <td>
4464         <ul>
4465           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4466           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4467           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4468             annotations.</li>
4469           <li>Version and build date written to build properties
4470             file.</li>
4471           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4472             at launch of Jalview.</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4478           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4479           <li>Can remove groups one by one.</li>
4480           <li>Filechooser icons installed.</li>
4481           <li>Finder ignores return character when searching.
4482             Return key will initiate a search.<br>
4483           </li>
4484         </ul>
4485       </td>
4486     </tr>
4487     <tr>
4488       <td>
4489         <div align="center">
4490           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4491         </div>
4492       </td>
4493       <td>
4494         <ul>
4495           <li>New codebase</li>
4496         </ul>
4497       </td>
4498       <td>&nbsp;</td>
4499     </tr>
4500   </table>
4501   <p>&nbsp;</p>
4502 </body>
4503 </html>