help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 126             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 130             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 134             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 138             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 139             '%s'" on the console
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 143             when there are both local and complementary features mapped
 144             to the position under the cursor
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 148             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 152             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 156             internationalised text for some messages and log output
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 160             hidden gapped columns
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 164             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 165           </li>
 166         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 167         <ul>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 170             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 171             OutOfMemory error.
 172           </li>
 173         </ul> <em>New Known defects</em>
 174         <ul>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 177             are ordered differently when shown on alignment and in
 178             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 182             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 183             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 184             Workaround is to try to save the file again, and if that
 185             fails, delete the original file and save in place.
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 189             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 190           </li>
 191         </ul>
 192       </td>
 193     </tr>
 194     <tr>
 195       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 196           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 197           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 198       <td align="left" valign="top">
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 202             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 203             for display in alignments, on structure views (including
 204             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 205             export.
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 209             exported and re-imported as GFF3 files
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 213             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 217             validation while parsing
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 221             position if reopened
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 225             of associated view
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 229             enabled by default
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 233             tooltips and menus
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 237             with no feature types visible
 238           </li>
 239           <li>
 240           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 241           </li>
 242         </ul><em>Jalview Installer</em>
 243             <ul>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 246             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 253           </li>
 254               <li>
 255                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 256               <li>
 257                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 258         </ul> <em>Release processes</em>
 259         <ul>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 265           </li>
 266         </ul> <em>Build System</em>
 267         <ul>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 273             report
 274           </li>
 275         </ul>
 276         <em>Groovy Scripts</em>
 277             <ul>
 278           <li>
 279             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 280             to stdout containing the consensus sequence for each
 281             alignment in a Jalview session
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 285             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 286             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 287           </li>
 288         </ul>
 289       </td>
 290       <td align="left" valign="top">
 291         <ul>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 294             'Show hidden markers' option is not ticked
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 298             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 299             jalview preferences or properties file
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 303             'Show Sequence Features' option is not ticked
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 307             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 308             features are visible
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 312             equal when split frame is first opened
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 316             correct after editing a sequence's start position
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 320             with annotation and exceptions thrown when only a few
 321             columns shown in wrapped mode
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 325             wrapped alignment figure with annotations
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 329             ID fails with ClassCastException
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 333             Project
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 337             feature settings dialog also selects columns
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 341             IllegalArgumentException in some circumstances
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 345             opened for a view
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 349             alignment window is closed
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 353             help documentation for 2.11.0 release
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 357             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 358             Uniprot Accession
 359           </li>
 360         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 361         <ul>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 364             PDB/Uniprot search panel
 365           </li>
 366         </ul> <em>Installer</em>
 367         <ul>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 370             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 371           </li>
 372         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 373         <ul>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 376             repository
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 380             memory
 381           </li>
 382         </ul> <em>New Known Issues</em>
 383         <ul>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 386             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 387             command line
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 391             clipped in headless figure export when Right Align option
 392             enabled
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 396             'Source' in console output
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 400             bamboo server but run fine locally.
 401           </li>
 402         </ul>
 403       </td>
 404     </tr>
 405     <tr>
 406       <td width="60" align="center" nowrap>
 407           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 408             <em>04/07/2019</em></strong>
 409       </td>
 410       <td align="left" valign="top">
 411         <ul>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 414             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 415             source project) rather than InstallAnywhere
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 419             settings, receive over the air updates and launch specific
 420             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 421               Rings' GetDown</a>)
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 425             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 429             arguments and switch between different getdown channels
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 433             or alignment files
 434           </li>
 435
 436           <li>
 437             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 438             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 441             'Translate as cDNA'</li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 444           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 445             <ul>
 446                       <li>
 447             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 448             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 449           <li>
 450                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 451                 features can be filtered and shaded according to any
 452                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 453                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 454                 file)
 455               </li>
 456               <li>
 457                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 458                 stored and restored from Jalview Projects
 459               </li>
 460               <li>
 461                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 462                 recognise variant features
 463               </li>
 464               <li>
 465                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 466                 sequences (also coloured red by default)
 467               </li>
 468               <li>
 469                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 470                 details
 471               </li>
 472               <li>
 473                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 474                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 475               </li>
 476               <li>
 477                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 478                 dialog
 479               </li>
 480             </ul>
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 484             tree and PCA calculations
 485           </li>
 486           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 487             <ul>
 488               <li>
 489                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 490                 and Viewer state saved in Jalview Project
 491               </li>
 492               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 493                 drop-down menus</li>
 494               <li>
 495                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 496                 incrementally
 497               </li>
 498               <li>
 499                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 500               </li>
 501             </ul>
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 505           </li>
 506           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 507           <ul>
 508               <li>
 509                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 510                 multiple groups when working with large alignments
 511               </li>
 512               <li>
 513                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 514                 Stockholm files
 515               </li>
 516             </ul>
 517           <li><strong>User Interface</strong>
 518           <ul>
 519               <li>
 520                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 521                 view
 522               </li>
 523               <li>
 524                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 525                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 526                 default (can be changed in user preferences)
 527               </li>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 530                 to the Overwrite Dialog
 531               </li>
 532               <li>
 533                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 534                 sequences are hidden
 535               </li>
 536               <li>
 537                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 538                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 539               </li>
 540               <li>
 541                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 542                 labels
 543               </li>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 546                 when in wrapped mode
 547               </li>
 548               <li>
 549                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 550                 annotation
 551               </li>
 552               <li>
 553                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 554               </li>
 555               <li>
 556                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 557                 panel
 558               </li>
 559               <li>
 560                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 561                 popup menu
 562               </li>
 563               <li>
 564               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 565               <li>
 566               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 567
 568
 569             </ul></li>
 570             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 571           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 572             <ul>
 573               <li>
 574                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 575                 trapping CMD-Q
 576               </li>
 577             </ul></li>
 578         </ul>
 579         <em>Deprecations</em>
 580         <ul>
 581           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 582             capabilities removed from the Jalview Desktop
 583           </li>
 584           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 585             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 586             and XML based data retrieval clients</li>
 587           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 588           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 589         </ul> <em>Documentation</em>
 590         <ul>
 591           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 592             not supported in EPS figure export
 593           </li>
 594           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 595         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 596         <ul>
 597           <li>
 598           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 599           </li>
 600       <li>
 601       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 602           <li>
 603           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 604             gradle-eclipse
 605           </li>
 606           <li>
 607           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 608             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 609             execution
 610           </li>
 611           <li>
 612           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 613             operations
 614           </li>
 615           <li>
 616           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 617             issues resolved
 618           </li>
 619           <li>
 620           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 621             markdown (with HTML rendering)
 622           </li>
 623           <li>
 624           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 625           </li>
 626           <li>
 627           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 628             versions of Jalview
 629           </li>
 630         </ul>
 631       </td>
 632       <td align="left" valign="top">
 633         <ul>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 639             superposition in Jmol fail on Windows
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 643             structures for sequences with lots of PDB structures
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 647             monospaced font
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 651             project involving multiple views
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 655             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 656             Annotation dialog hides columns
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 660             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 661             one view, then making another selection in the other view
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 665             columns
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 669             Settings and Jalview Preferences panels
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 673             overview with large alignments
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 677             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 678             mouse moved to the left of the first column
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 682             hidden column marker via scale popup menu
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 686             doesn't tell users the invalid URL
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 690             score from view
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 694             show cross references or Fetch Database References are shown in
 695             red in original view
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 699             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 703             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 707             when columns are hidden
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 711             Columns by Annotation description
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 715             out of Scale or Annotation Panel
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 719             scale panel
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 723             alignment down
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 727             scale panel
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 731             Page Up in wrapped mode
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 741             on opening an alignment
 742           </li>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 745             Colour menu
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 749             different groups in the alignment are selected
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 753             correctly in menu
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 757             threshold limit
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 761             threshold gets 'unrounded'
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 765             colour
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 769           </li>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 775             Tree font
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 779             project file
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 783             shown in complementary view
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 787             without normalisation
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 791             of report
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 795           </li>
 796           <li>
 797           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 798           </li>
 799         </ul> <em>Editing</em>
 800         <ul>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 803             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 804             sequence
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 808             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 809             removed (Known defect since 2.10)
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 813             dialog corrupts dataset sequence
 814           </li>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 817             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 818           </li>
 819         </ul> <em>Datamodel</em>
 820         <ul>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 823             sequence's End is greater than its length
 824           </li>
 825         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 826           general release)</em>
 827         <ul>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 830           </li>
 831         </ul> <em>New Known Defects</em>
 832         <ul>
 833         <li>
 834         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 835         </li>
 836         <li>
 837           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 838           regions of protein alignment.
 839         </li>
 840         <li>
 841           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 842           is restored from a Jalview 2.11 project
 843         </li>
 844         <li>
 845           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 846           'New View'
 847         </li>
 848         <li>
 849           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 850           columns within hidden columns
 851         </li>
 852         <li>
 853           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 854           window after dragging left to select columns to left of visible
 855           region
 856         </li>
 857         <li>
 858           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 859           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 860           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 861           create a Score filter instead.
 862         </li>
 863         <li>
 864         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 865         <li>
 866         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 867         </li>
 868         <li>
 869           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 870           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 871         </li>
 872         </ul>
 873         <em>Java 11 Specific defects</em>
 874           <ul>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 877               alphabetically when saved
 878             </li>
 879         </ul>
 880       </td>
 881     </tr>
 882     <tr>
 883     <td width="60" nowrap>
 884       <div align="center">
 885         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 886       </div>
 887     </td>
 888     <td><div align="left">
 889         <em></em>
 890         <ul>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 893               InstallAnywhere increased to 1G.
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 897               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 898               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 899                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 900                 properties file.</em>
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 904               API and sequence data now imported as JSON.
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 908               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 909               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 910               property.
 911             </li>
 912           </ul>
 913           <em>Development</em>
 914           <ul>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 917               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 918                 Clover</a>
 919             </li>
 920           </ul>
 921         </div></td>
 922     <td><div align="left">
 923         <em></em>
 924         <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 927               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 928               alignment.
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 932               annotation displayed.
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 936               for newly created group when 'Apply to all groups'
 937               selected
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 941               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 942               visible.
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 946               when sequences are selected in exported view.</em>
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 950               aren't rendered with correct colour.
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 954               types of knotted RNA secondary structure.
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 958               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 959               do not start at 1.
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 963               annotation when columns are inserted into an alignment,
 964               and when exporting as Stockholm flatfile.
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 968               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 969               treated as RNA secondary structure.
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 973               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 977               transfers focus to previous window on OSX
 978             </li>
 979           </ul>
 980           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 981           <ul>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 984               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 985               box.
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 989               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 990               'look and feel' which has improved compatibility with the
 991               latest version of OSX.
 992             </li>
 993           </ul>
 994         </div>
 995     </td>
 996     </tr>
 997     <tr>
 998       <td width="60" nowrap>
 999         <div align="center">
1000           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1001             <em>7/06/2018</em></strong>
1002         </div>
1003       </td>
1004       <td><div align="left">
1005           <em></em>
1006           <ul>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1009               annotation retrieved from Uniprot
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1013               onto the Jalview Desktop
1014             </li>
1015           </ul>
1016         </div></td>
1017       <td><div align="left">
1018           <em></em>
1019           <ul>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1022               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1026               right-hand column parsed correctly
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1030               not alignment area in exported graphic
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1034               window has input focus
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1038               annotation added to view (Windows)
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1042               network connectivity is poor
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1046               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1047                 the currently open URL and links from a page viewed in
1048                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1049                 you are using Edge, only links in the page can be
1050                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1051                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1052             </li>
1053           </ul>
1054           <em>New Known Defects</em>
1055           <ul>
1056             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1057           </ul>
1058         </div></td>
1059     </tr>
1060     <tr>
1061       <td width="60" nowrap>
1062         <div align="center">
1063           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1064         </div>
1065       </td>
1066       <td><div align="left">
1067           <em></em>
1068           <ul>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1071               for disabling automatic superposition of multiple
1072               structures and open structures in existing views
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1076               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1077               adjust them.
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1081               Ensembl services
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1085               and lots of hidden columns
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1089               of features (particularly when transparency is disabled)
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1093               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1094               generally available
1095             </li>
1096           </ul>
1097           </div>
1098       </td>
1099       <td><div align="left">
1100           <ul>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1103               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1107               overlapping alignment panel
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1111               sequence as gaps
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1115               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1116               UTR
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1120               factor annotation not added to sequence when local PDB
1121               file associated with it by drag'n'drop or structure
1122               chooser
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1126               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1130               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1134               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1138               columns in annotation row
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1142               honored in batch mode
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1146               for structures added to existing Jmol view
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1150               entries after importing project with multiple views
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1154               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1155               with negative residue numbers or missing residues fails
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1159               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1160               as generated by CONSURF)
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1164               tooltip doesn't include a text description of mutation
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1168               structure and/or overview windows are also shown
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1172               very slow for alignments with large numbers of sequences
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1176               with 'StringIndexOutOfBounds'
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1180               platforms running Java 10
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1184               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1185             </li>
1186           </ul>
1187           <em>Applet</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1191               should copy the group consensus when popup is opened on it
1192             </li>
1193           </ul>
1194           <em>Batch Mode</em>
1195           <ul>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1198           </li>
1199           </ul>
1200           <em>New Known Defects</em>
1201           <ul>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1204               editing a large alignment and overview is displayed
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1208               repeatedly after a series of edits even when the overview
1209               is no longer reflecting updates
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1213               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1214               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1215               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1219               option gives blank output
1220             </li>
1221           </ul>
1222         </div>
1223           </td>
1224     </tr>
1225     <tr>
1226       <td width="60" nowrap>
1227         <div align="center">
1228           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1229         </div>
1230       </td>
1231       <td><div align="left">
1232           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1233               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1234       <td><div align="left">
1235           <em>Desktop</em><ul>
1236           <ul>
1237             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1238             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1239             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1240             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1241             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1242             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1243             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1244           </ul>
1245           </div>
1246       </td>
1247     </tr>
1248     <tr>
1249       <td width="60" nowrap>
1250         <div align="center">
1251           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1252         </div>
1253       </td>
1254       <td><div align="left">
1255           <em></em>
1256           <ul>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1259               rendering of sequence features
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1263               429 rate limit request hander
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1267               their colours have changed
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1271               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1275               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1279               view from Ensembl locus cross-references
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1283               Alignment report
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1287               feature can be disabled
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1291               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1295               Uniprot
1296             </li>
1297           </ul>
1298           <em>Scripting</em>
1299           <ul>
1300             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1301             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1302               percent identity scores for current alignment.</li>
1303           </ul>
1304           <em>Testing and Deployment</em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1308             </li>
1309           </ul>
1310         </div></td>
1311       <td><div align="left">
1312           <em>General</em>
1313           <ul>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1316               threshold text field doesn't trigger an update to the
1317               alignment view
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1321               strings in parallel
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1325               alignment window is closed
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1329               group visibility
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1333               takes a long time in Cursor mode
1334             </li>
1335           </ul>
1336           <em>Desktop</em>
1337           <ul>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1340               cannot be viewed in Chimera
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1344               CDS/Protein view
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1348               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1349               Search Dialogs
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1359               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1363               scrolling right in unwapped alignment view
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1367               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1368               database
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1372               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1376               features of same type and group to be selected for
1377               amending
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1381               alignments when hidden columns are present
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1385               displaying several structures
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1389               moving a window
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1393               within the Jalview desktop on OSX
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1397               when in wrapped alignment mode
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1401               hand end of alignment
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1405               each selected sequence do not have correct start/end
1406               positions
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1410               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1414               restoring project until a new view is created
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1418               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1419               configured (since 2.10.2b2)
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1423               position is adjusted
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1427               in a multi-chain structure when viewing alignment
1428               involving more than one chain (since 2.10)
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1432               if new selection moves alignment window
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1436               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1440               that produces correctly annotated transcripts and products
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1444               doesn't update associated structure view
1445             </li>
1446           </ul>
1447           <em>Applet</em><br />
1448           <ul>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1451               closing alignment panel
1452             </li>
1453           </ul>
1454           <em>BioJSON</em><br />
1455           <ul>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1458               non-positional features
1459             </li>
1460           </ul>
1461           <em>New Known Issues</em>
1462           <ul>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1465               sequence features correctly (for many previous versions of
1466               Jalview)
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1470               using cursor in wrapped panel other than top
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1474               graduated colour threshold
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1478               always preserve numbering and sequence features
1479             </li>
1480           </ul>
1481           <em>Known Java 9 Issues</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1485               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1486               9.01, OSX 10.10)
1487             </li>
1488           </ul>
1489         </div></td>
1490     </tr>
1491     <tr>
1492       <td width="60" nowrap>
1493         <div align="center">
1494           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1495             <em>2/10/2017</em></strong>
1496         </div>
1497       </td>
1498       <td><div align="left">
1499           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1503             </li>
1504             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1505             </li>
1506           </ul>
1507         </div></td>
1508       <td><div align="left">
1509         </div></td>
1510     </tr>
1511     <tr>
1512       <td width="60" nowrap>
1513         <div align="center">
1514           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1515             <em>7/9/2017</em></strong>
1516         </div>
1517       </td>
1518       <td><div align="left">
1519           <em></em>
1520           <ul>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1523               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1524               white)
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1528               Preferences
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1532               in size and progress bar shown as higher resolution
1533               overview is recalculated
1534             </li>
1535
1536           </ul>
1537         </div></td>
1538       <td><div align="left">
1539           <em></em>
1540           <ul>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1543               column region row by row
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1547               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1551               format setting is unticked
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1555               if group has show boxes format setting unticked
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1559               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1560               include sequences and columns not currently displayed
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1564               assemblies are imported via CIF file
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1568               displayed when threshold or conservation colouring is also
1569               enabled.
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1573               server version
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1577               dragging a selected region off the visible region of the
1578               alignment
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1582               colourscheme to all groups in a view
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1586               initially after font size change using the Font chooser or
1587               middle-mouse zoom
1588             </li>
1589           </ul>
1590         </div></td>
1591     </tr>
1592     <tr>
1593       <td width="60" nowrap>
1594         <div align="center">
1595           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1596         </div>
1597       </td>
1598       <td><div align="left">
1599           <em>Calculations</em>
1600           <ul>
1601
1602             <li>
1603               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1604               ungapped positions in each column of the alignment.
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1608               a calculation dialog box
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1612               and memory efficiency (~30x faster)
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1616               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1617               and other calculations
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1621               files within the Jalview codebase
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1625               Similarity may have different topology due to increased
1626               precision
1627             </li>
1628           </ul>
1629           <em>Rendering</em>
1630           <ul>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1633               model for alignments and groups
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1637               scripts
1638             </li>
1639           </ul>
1640           <em>Overview</em>
1641           <ul>
1642             <li>
1643               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1644               with alignment and overview windows
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1648               overview
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1652               omitted in Overview
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1656               adjustment of visible position
1657             </li>
1658           </ul>
1659
1660           <em>Data import/export</em>
1661           <ul>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1664               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1668               annotation input/output via stockholm flatfile
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1672               extension when importing structure files without embedded
1673               names or PDB accessions
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1677               format sequence substitution matrices
1678             </li>
1679           </ul>
1680           <em>User Interface</em>
1681           <ul>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1684               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1685               the application.
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1689               via Overview or sequence motif search operations
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1693               opened by double clicking gaps within sequence feature
1694               extent
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1698               aligned positions were available to create a 3D structure
1699               superposition.
1700             </li>
1701           </ul>
1702           <em>3D Structure</em>
1703           <ul>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1706               coloured in linked structure views
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1710               file-based command exchange
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1714               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1715               structures are already available for sequences
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1719               the Jalview project rather than downloaded again when the
1720               project is reopened.
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1724               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1725               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1726                 Feature</strong>)
1727             </li>
1728           </ul>
1729           <em>Web Services</em>
1730           <ul>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1736               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1737               Analysis services
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1741               cross-references provided by identifiers.org and the
1742               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1743             </li>
1744           </ul>
1745
1746           <em>Scripting</em>
1747           <ul>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1750               identifying file formats (instead of String constants)
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1754               efficiency when counting all displayed features (not
1755               backwards compatible with 2.10.1)
1756             </li>
1757           </ul>
1758           <em>Example files</em>
1759           <ul>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1762               included in the example feature file
1763             </li>
1764           </ul>
1765           <em>Documentation</em>
1766           <ul>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1769               with the built-in Java help viewer
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1773               sequence description' option
1774             </li>
1775           </ul>
1776           <em>Test Suite</em>
1777           <ul>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1780               Uniprot REST Free Text Search Client
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1787               during tests
1788             </li>
1789           </ul>
1790         </div></td>
1791       <td><div align="left">
1792           <em>Calculations</em>
1793           <ul>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1796               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1797               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1798             </li>
1799             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1800               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1801               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1802               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1803               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1804               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1805               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1806               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1807               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1808               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1809               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1810               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1811               // for 2.10.1 mode <br />
1812               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1813               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1814                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1815                 calculations (not recommended)</em></li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1818               scaling of branch lengths for trees computed using
1819               Sequence Feature Similarity.
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1823               generating output report when working with highly
1824               redundant alignments
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1828               right of selected region when gaps present on right-hand
1829               boundary
1830             </li>
1831           </ul>
1832           <em>User Interface</em>
1833           <ul>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1836               doesn't reselect a specific sequence's associated
1837               annotation after it was used for colouring a view
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1841               opened on a region of alignment without groups
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1845               of an alignment with overlapping groups
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1849               name and description match
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1853               hidden regions results in incorrect hidden regions
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1857               changing colour does not apply Conservation slider value
1858               to all groups
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1862               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1866               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1870               gaps before start of features
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1874               restored to UI when feature colour is edited
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1878               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1882               as graduate feature colour settings are modified via the
1883               dialog box
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1887               when a group defined on the alignment is resized
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1891               wrapped view result in positional status updates
1892             </li>
1893
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1896               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1900               alignment included gapped columns
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1904               widgets don't permanently disappear
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1908               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1909               T-Coffee column reliability scores)
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1913               sequence feature on gaps only
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1917               button from a Find inherit previously defined feature type
1918               rather than the Find query string
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1922               exporting tree calculated in Jalview
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1926               and then revealing them reorders sequences on the
1927               alignment
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1931               doesn't update to reflect available set of groups after
1932               interactively adding or modifying features
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1936               Linux
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1940               only excluded gaps in current sequence and ignored
1941               selection.
1942             </li>
1943           </ul>
1944           <em>Rendering</em>
1945           <ul>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1948               erratically when hidden rows or columns are present
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1952               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1953               sequence colouring
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1957               colour and group colour menu for protein alignments
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1961               reflect currently selected view or group's shading
1962               thresholds
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1966               when rendered on overview and structures when opacity at
1967               100%
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1971               overview when features overlaid on alignment
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1975               recovered correctly from Jalview project file
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1979               (automatically via preferences) are different to the main
1980               alignment panel
1981             </li>
1982           </ul>
1983           <em>Data import/export</em>
1984           <ul>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1987               load
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1991               added after a sequence was imported are not written to
1992               Stockholm File
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1996               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2000               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2004               with lightGray or darkGray via features file (but can
2005               specify lightgray)
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2009               when alignment view imported from project
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2013               structure and sequences extracted from structure files
2014               imported via URL and viewed in Jmol
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2018               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2019               the project is loaded and the structure viewed
2020             </li>
2021           </ul>
2022           <em>Web Services</em>
2023           <ul>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2026               release of Ensembl v.88
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2030               appear enabled in Preferences->Connections
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2034               removed from console output
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2038               Ensembl by Peptide ID
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2042               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2043               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2044               due to 'null' string rather than empty string used for
2045               residues with no corresponding PDB mapping).
2046             </li>
2047           </ul>
2048           <em>Application UI</em>
2049           <ul>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2052               menu
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2056               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2057               new documentation and tooltips added)
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2061               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2065               new features are added to alignment
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2069               changes to feature colours via the Amend features dialog
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2073               edit graduated feature colour via amend features dialog
2074               box
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2078               selection menu changes colours of alignment views
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2082               from alignment calculation workers after alignment has
2083               been closed
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2087               groups now 'Create Group'
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2091               Create/Undefine group doesn't always work
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2095               shown again after pressing 'Cancel'
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2099               adjusts start position in wrap mode
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2103               ambiguous amino acids
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2107               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2108               proteins
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2112               Defined' don't appear in Colours menu
2113             </li>
2114           </ul>
2115           <em>Applet</em>
2116           <ul>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2119               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2123               overview or linked structure view
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2127               work (since 2.8)
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2131               user-defined colourscheme doesn't restore original
2132               colourscheme
2133             </li>
2134           </ul>
2135           <em>Test Suite</em>
2136           <ul>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2139               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2143               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2144               problems with deep array comparison equality asserts in
2145               successive versions of TestNG
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2149               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2150             </li>
2151           </ul>
2152           <em>New Known Issues</em>
2153           <ul>
2154             <li>
2155               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2156               phase after a sequence motif find operation
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2160               containing just upper and lower case letters are
2161               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2165               reliably from eggnog Ortholog database
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2169               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2170               to mark columns containing highlighted regions.
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2174               doesn't always add secondary structure annotation.
2175             </li>
2176           </ul>
2177         </div>
2178     <tr>
2179       <td width="60" nowrap>
2180         <div align="center">
2181           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2182         </div>
2183       </td>
2184       <td><div align="left">
2185           <em>General</em>
2186           <ul>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2189               for all consensus calculations
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2193               3rd Oct 2016)
2194             </li>
2195             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2196               for 2016-2017</li>
2197           </ul>
2198           <em>Application</em>
2199           <ul>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2202               set of database cross-references, sorted alphabetically
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2206               from database cross references. Users with custom links
2207               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2208                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2212               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2213               Chimera session
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2217               the Chimera it is connected to is shut down
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2221               columns menu item to mark columns containing highlighted
2222               regions (e.g. from structure selections or results of a
2223               Find operation)
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2227               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2228               MSAviewer
2229             </li>
2230           </ul>
2231         </div></td>
2232       <td>
2233         <div align="left">
2234           <em>General</em>
2235           <ul>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2238               are not coloured or thresholded according to percent
2239               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2243               hydrophobic
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2247               threshold, amino acid properties)
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2251               reported as mapped to residues in a structure file in the
2252               View Mapping report
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2256               could be added multiple times to a sequence
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2260               bond features shown as two highlighted residues rather
2261               than a range in linked structure views, and treated
2262               correctly when selecting and computing trees from features
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2266               cross-references are matched to database name regardless
2267               of case
2268             </li>
2269
2270           </ul>
2271           <em>Application</em>
2272           <ul>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2275               names without regular expressions also offer links from
2276               Sequence ID
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2280               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2281               update Jalview configuration
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2285               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2289               files with similarly named sequences if dropped onto the
2290               alignment
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2294               entries where more chains exist in the PDB accession than
2295               are reported in the SIFTS file
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2299               the structure view when displayed with Chimera
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2303               panel's View->Show Chains submenu
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2307               work for wrapped alignment views
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2311               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2315               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2316               first annotation row
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2320               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2324               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2325             </li>
2326             <!-- JAL-2319 -->
2327             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2328             coordindate data
2329             </li>
2330           </ul>
2331           <!--           <em>New Known Issues</em>
2332           <ul>
2333             <li></li>
2334           </ul> -->
2335         </div>
2336       </td>
2337     </tr>
2338     <td width="60" nowrap>
2339       <div align="center">
2340         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2341           <em>25/10/2016</em></strong>
2342       </div>
2343     </td>
2344     <td><em>Application</em>
2345       <ul>
2346         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2347           view if structures already loaded</li>
2348         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2349           structure views</li>
2350       </ul></td>
2351     <td>
2352       <div align="left">
2353         <em>General</em>
2354         <ul>
2355           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2356             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2357           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2358             example sequences/projects/trees</li>
2359         </ul>
2360         <em>Application</em>
2361         <ul>
2362           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2363             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2364           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2365             without timeout for structures with multiple models or
2366             multiple sequences in alignment</li>
2367           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2368             PDB ID HEADER line</li>
2369           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2370             is performed</li>
2371           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2372             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2373           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2374           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2375             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2376             option</li>
2377           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2378             is created on the alignment</li>
2379           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2380             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2381             pop-up menu</li>
2382         </ul>
2383         <em>Build and deployment</em>
2384         <ul>
2385           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2386             tags</li>
2387         </ul>
2388         <em>New Known Issues</em>
2389         <ul>
2390           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2391             on Windows</li>
2392         </ul>
2393       </div>
2394     </td>
2395     </tr>
2396     <tr>
2397       <td width="60" nowrap>
2398         <div align="center">
2399           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2400         </div>
2401       </td>
2402       <td><em>General</em>
2403         <ul>
2404           <li>
2405             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2406           </li>
2407           <li>
2408             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2409             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2410             better PDB parsing.
2411           </li>
2412           <li>
2413             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2414             reference sequence
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2418             mousing over sequence associated annotation
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2422             for manual entry
2423           </li>
2424           <li>
2425             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2426             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2427             for each column
2428           </li>
2429           <li>
2430             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2431             showing or hiding columns containing a feature
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2435             group and sequence associated annotation labels
2436           </li>
2437           <li>
2438             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2439             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2440             dialogs
2441           </li>
2442
2443         </ul> <em>Application</em>
2444         <ul>
2445           <li>
2446             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2447             gene/transcript view
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2451             dialog
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2455             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2459             Pfam sources to xfam.org
2460           </li>
2461           <li>
2462             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2463           </li>
2464           <li>
2465             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2466             over sequences in Jalview
2467           </li>
2468           <li>
2469             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2470             regions in ENA and EMBL
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2474             for record retrieval via ENA rest API
2475           </li>
2476           <li>
2477             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2478             complement operator
2479           </li>
2480           <li>
2481             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2482             groovy script execution
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2486             alignment window's Calculate menu
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2490             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2494             calculation workers from groovy scripts
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2498             Jalview projects
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2502             associations are now saved/restored from project
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2506             before sequence fetcher is opened
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2510             database chooser opens a sequence fetcher
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2514             the UniProt REST API
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2518             the news reader opening
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2522             querying stored in preferences
2523           </li>
2524           <li>
2525             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2526             search results
2527           </li>
2528           <li>
2529             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2533             menu for nucleotide sequences
2534           </li>
2535           <li>
2536             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2537             and feature counts preserves alignment ordering (and
2538             debugged for complex feature sets).
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2542             viewing structures with Jalview 2.10
2543           </li>
2544           <li>
2545             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2546             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2547             Ensembl Genomes REST API
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2551             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2552             (Ensembl)
2553           </li>
2554           <li>
2555             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2556             sequences
2557           </li>
2558           <li>
2559             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2560             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2561             data from external database records.
2562           </li>
2563           <li>
2564             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2565             efficient recovery of sequence coding and alignment
2566             annotation relationships.
2567           </li>
2568         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2569         <ul>
2570           <li>
2571             -- JAL---
2572           </li>
2573         </ul> --></td>
2574       <td>
2575         <div align="left">
2576           <em>General</em>
2577           <ul>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2580               menu on OSX
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2584               includes graduated colourschemes
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2588               working with big alignments and lots of hidden columns
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2592               at right of alignment window
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2596               contents
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2600               for DNA alignments
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2604               based tree calculation
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2608               unconserved enabled for group on alignment
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2612               set as reference
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2616               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2617               annotation
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2621               hidden columns present
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2625               user created annotation added to alignment
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2629               '()' base pair annotation
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2633               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2634               Consensus
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2638               feature not working
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2642               beginning of sequence
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2646               entry 3a6s
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2650               from a tree when t-coffee scores are shown
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2654               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2658               some structures
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2662               to Clustal, PIR and PileUp output
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2666               not visible causes alignment window to repaint
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2670               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2671               scores associated with features and annotation rows
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2675               calculation should be case independent
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2679               columns
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2683               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2684               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2688               problems when reference sequence defined and 'show
2689               non-conserved' enabled
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2693               load even when Consensus calculation is disabled
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2697               alignment does nothing
2698             </li>
2699           </ul>
2700           <em>Application</em>
2701           <ul>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2704               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2705               yet fixed for El Capitan)
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2709               output when running on non-gb/us i18n platforms
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2713               hidden sequences as flat-file alignment
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2717               launching Chimera
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2721               (also hotfix for 2.9.0b2)
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2725               reference sequence defined
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2729               alignments and views when revealing hidden columns
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2733               view in a cDNA/Protein splitframe
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2737               sequence from project when only one sequence is
2738               represented
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2742               in Structure Chooser
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2746               structure consensus didn't refresh annotation panel
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2750               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2754               dialogs format columns correctly, don't display array
2755               data, sort columns according to type
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2759               file chooser is cancelled during an image export
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2763               sequence name containing special characters
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2767               case insensitive
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2771               formatting don't wrap
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2775               truncated so L looks like I in consensus annotation
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2779               currently displayed features for the current selection or
2780               view
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2784               after fetching cross-references, and restoring from
2785               project
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2789               followed in the structure viewer
2790             </li>
2791             <li>
2792               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2793               splitframe not restored from project
2794             </li>
2795             <li>
2796               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2797               trailing end of protein alignment in transcript/product
2798               splitview when pad-gaps not enabled by default
2799             </li>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2802               is case dependent
2803             </li>
2804             <li>
2805               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2806               article has been read (reopened issue due to
2807               internationalisation problems)
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2811               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2812               cross-references
2813             </li>
2814
2815             <li>
2816               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2817               alignment as HTML
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2821               multiple structures are shown for one or more sequences.
2822             </li>
2823             <li>
2824               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2825               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2826               is enabled.
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2830               specific PDB id for sequence
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2834               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2835               columns' is disabled.
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2839               selects lowest rather than highest resolution structures
2840               for each sequence
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2844               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2848               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2849             </li>
2850             <li>
2851               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2852               after clicking on it to create new annotation for a
2853               column.
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2857               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2858             </li>
2859             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2860             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2861           </ul>
2862           <em>Applet</em>
2863           <ul>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2866               hidden columns present before start of sequence
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2870               (JSON jars)
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2874               sequences are hidden in applet
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2878               deployment on examples pages.
2879             </li>
2880           </ul>
2881         </div>
2882       </td>
2883     </tr>
2884     <tr>
2885       <td width="60" nowrap>
2886         <div align="center">
2887           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2888             <em>16/10/2015</em></strong>
2889         </div>
2890       </td>
2891       <td><em>General</em>
2892         <ul>
2893           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2894             jars</li>
2895         </ul></td>
2896       <td>
2897         <div align="left">
2898           <em>Application</em>
2899           <ul>
2900             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2901               shown when tree is partitioned</li>
2902             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2903               multiple cDNA/Protein split views</li>
2904           </ul>
2905         </div>
2906       </td>
2907     </tr>
2908     <tr>
2909       <td width="60" nowrap>
2910         <div align="center">
2911           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2912             <em>8/10/2015</em></strong>
2913         </div>
2914       </td>
2915       <td><em>General</em>
2916         <ul>
2917           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2918             2.9</li>
2919         </ul> <em>Application</em>
2920         <ul>
2921           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2922           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2923           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2924         </ul> <em>Applet</em>
2925         <ul>
2926           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2927         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2928         <ul>
2929           <li>
2930             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2931             suite
2932           </li>
2933         </ul></td>
2934       <td>
2935         <div align="left">
2936           <em>General</em>
2937           <ul>
2938             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2939               incorrect when sequence start > 1</li>
2940             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2941               documentation</li>
2942             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2943             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2944               loading a features file containing HTML tags in feature
2945               description</li>
2946
2947           </ul>
2948           <em>Application</em>
2949           <ul>
2950             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2951               reimport</li>
2952             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2953               with 'trim retrieved sequences'</li>
2954             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2955               deleting selected columns</li>
2956             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2957               JNLP templates for webstart launch</li>
2958             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2959               unreleased structures for download or viewing</li>
2960             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2961               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2962             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2963               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2964             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2965               recovered from jalview project</li>
2966             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2967               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2968               alignment view</li>
2969             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2970               color schemes from BioJSON</li>
2971           </ul>
2972           <em>Applet</em>
2973           <ul>
2974             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2975               frame</li>
2976             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2977           </ul>
2978         </div>
2979       </td>
2980     </tr>
2981     <tr>
2982       <td><div align="center">
2983           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2984         </div></td>
2985       <td><em>General</em>
2986         <ul>
2987           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2988             alignments:
2989             <ul>
2990               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2991                 and DNA alignment views</li>
2992               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2993                 cDNA alignment views</li>
2994               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2995                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2996               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2997                 protein sequences</li>
2998             </ul>
2999           </li>
3000           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3001           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3002             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3003           <li>New alignment annotation file statements for
3004             reference sequences and marking hidden columns</li>
3005           <li>Reference sequence based alignment shading to
3006             highlight variation</li>
3007           <li>Select or hide columns according to alignment
3008             annotation</li>
3009           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3010           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3011             acid conservation row</li>
3012           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3013         </ul> <em>Application</em>
3014         <ul>
3015           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3016             <ul>
3017               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3018                 view with cDNA/Protein</li>
3019               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3020                 sequences are placed in the same alignment</li>
3021               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3022                 projects</li>
3023             </ul>
3024           </li>
3025
3026           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3027           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3028             Jalview windows</li>
3029
3030           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3031           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3032           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3033             be shown in VARNA</li>
3034
3035           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3036             as the active selected region</li>
3037
3038           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3039             similarity</li>
3040           <li>New Export options
3041             <ul>
3042               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3043                 region export in flat file generation</li>
3044
3045               <li>Export alignment views for display with the <a
3046                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3047
3048               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3049               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3050                 alignment figures to HTML</li>
3051           </li>
3052           <li>3D structure retrieval and display
3053             <ul>
3054               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3055                 Search API</li>
3056               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3057                 PDB structures for a sequence set</li>
3058             </ul>
3059           </li>
3060
3061           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3062             predictions</li>
3063           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3064             for one or a group of sequences</li>
3065           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3066             from the JPred4 web server</li>
3067           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3068             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3069             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3070           </li>
3071           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3072             VARNA 2D Structure'</li>
3073           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3074             Structure ..."</li>
3075
3076         </ul> <em>Applet</em>
3077         <ul>
3078           <li>New layout for applet example pages</li>
3079           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3080             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3081           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3082             Protein alignments</li>
3083         </ul> <em>Development and deployment</em>
3084         <ul>
3085           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3086           <li>Include installation type and git revision in build
3087             properties and console log output</li>
3088           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3089             storing BioJsMSA Templates</li>
3090           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3091         </ul></td>
3092       <td>
3093         <!-- <em>General</em>
3094         <ul>
3095         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3096         <ul>
3097           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3098           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3099           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3100             predictions are not highlighted in amber</li>
3101           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3102             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3103           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3104             associated structure views</li>
3105           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3106             width checkbox not enabled</li>
3107           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3108             creating user defined colours</li>
3109           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3110             mappings for just that viewer's sequences</li>
3111           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3112             multiple models in Chimera</li>
3113           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3114             over Jmol structure</li>
3115           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3116             output to text box</li>
3117           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3118             have incorrect sequence start/end</li>
3119           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3120             Jalview fails</li>
3121           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3122             work for nucleotide</li>
3123           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3124             to a grey/invisible alignment window</li>
3125           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3126             imports to different position</li>
3127           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3128             on some platforms</li>
3129           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3130             populated</li>
3131           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3132             console if Chimera has been opened</li>
3133           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3134           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3135             retrieved</li>
3136           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3137           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3138             either sequence shows on first structure</li>
3139           <li>'Show annotations' options should not make
3140             non-positional annotations visible</li>
3141           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3142             in right place after 'view flanking regions'</li>
3143           <li>File Save As type unset when current file format is
3144             unknown</li>
3145           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3146             projects</li>
3147           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3148             responsive</li>
3149           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3150             several views on same alignment</li>
3151           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3152           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3153             spaces</li>
3154         </ul> <em>Applet</em>
3155         <ul>
3156           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3157           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3158             descriptions containing angle brackets</li>
3159         </ul> <em>General</em>
3160         <ul>
3161           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3162             via jalview annotation file</li>
3163           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3164             with RNA secondary structure</li>
3165           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3166             translation doesn't work.</li>
3167           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3168           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3169             positions</li>
3170           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3171             choosing 1pt font</li>
3172           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3173             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3174             'h'</li>
3175           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3176             new feature</li>
3177           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3178             order dependent</li>
3179           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3180             sequences</li>
3181           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3182         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3183         <ul>
3184           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3185             www.jalview.org</li>
3186         </ul> <em>Application Known issues</em>
3187         <ul>
3188           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3189           <li>Misleading message appears after trying to delete
3190             solid column.</li>
3191           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3192             version launches</li>
3193           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3194             fails with a sequence mismatch</li>
3195           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3196             scrolling alignment to right</li>
3197           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3198             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3199           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3200             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3201           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3202             ultra-high resolution</li>
3203           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3204             quality and conservation</li>
3205           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3206             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3207         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3208         <ul>
3209           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3210           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3211             window is being resized</li>
3212
3213         </ul>
3214       </td>
3215     </tr>
3216     <tr>
3217       <td><div align="center">
3218           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3219         </div></td>
3220       <td><em>General</em>
3221         <ul>
3222           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3223             Certum.PL.</li>
3224           <li>Features and annotation preserved when performing
3225             pairwise alignment</li>
3226           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3227             imported/exported/displayed</li>
3228           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3229             protein secondary structure</li>
3230           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3231               post-hoc with 2.9 release</em>)
3232           </li>
3233
3234         </ul> <em>Application</em>
3235         <ul>
3236           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3237             with 3D structures</li>
3238           <li>Support for parsing RNAML</li>
3239           <li>Annotations menu for layout
3240             <ul>
3241               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3242               <li>place sequence annotation above/below alignment
3243                 annotation</li>
3244             </ul>
3245           <li>Output in Stockholm format</li>
3246           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3247             translation</li>
3248           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3249           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3250             shared between alignments</li>
3251           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3252             Jalview</li>
3253           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3254             all or current selection</li>
3255           <li>disorder and secondary structure predictions
3256             available as dataset annotation</li>
3257           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3258
3259
3260           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3261             alignments from Rfam</li>
3262           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3263
3264           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3265             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3266           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3267           <li>include installation type in build properties and
3268             console log output</li>
3269           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3270             annotation</li>
3271         </ul></td>
3272       <td>
3273         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3274         <ul>
3275           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3276             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3277           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3278             alignment</li>
3279           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3280           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3281           <li>Double click on sequence associated annotation
3282             selects only first column</li>
3283           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3284             leaves shown in tree</li>
3285           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3286             properly</li>
3287           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3288           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3289             screen and buttons not visible</li>
3290           <li>author list isn't updated if already written to
3291             Jalview properties</li>
3292           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3293             from database</li>
3294           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3295           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3296             browser search window</li>
3297           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3298             in feature settings dialog</li>
3299           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3300             desktop</li>
3301           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3302             pass validation</li>
3303           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3304             fit on screen</li>
3305           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3306             tooltip</li>
3307           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3308             defined user preset</li>
3309           <li>MSA web services warns user if they were launched
3310             with invalid input</li>
3311           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3312             Java 8</li>
3313           <li>
3314             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3315             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3316             created
3317           </li>
3318
3319         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3320         <ul>
3321         </ul> <em>General</em>
3322         <ul>
3323         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3324         <ul>
3325           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3326             memory allocation</li>
3327           <li>launchApp service doesn't automatically open
3328             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3329           <li>
3330             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3331             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3332             1.7_055 is available
3333           </li>
3334         </ul> <em>Application Known issues</em>
3335         <ul>
3336           <li>
3337             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3338             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3339             alignment to right
3340           </li>
3341           <li>
3342             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3343             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3344             with large number of ID
3345           </li>
3346           <li>
3347             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3348             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3349             start/end
3350           </li>
3351           <li>
3352             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3353             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3354             structure tracks are rearranged
3355           </li>
3356           <li>
3357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3358             invalid rna structure positional highlighting does not
3359             highlight position of invalid base pairs
3360           </li>
3361           <li>
3362             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3363             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3364             project from alignment window file menu
3365           </li>
3366           <li>
3367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3368             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3369             structures
3370           </li>
3371           <li>
3372             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3373             colour by RNA Helices not enabled when user created
3374             annotation added to alignment
3375           </li>
3376           <li>
3377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3378             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3379           </li>
3380         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3381         <ul>
3382           <li>
3383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3384             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3385           </li>
3386           <li>
3387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3388             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3389           </li>
3390
3391           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3392             when selected</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395     </tr>
3396     <tr>
3397       <td><div align="center">
3398           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3399         </div></td>
3400       <td>
3401         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3402         <em>General</em>
3403         <ul>
3404           <li>Internationalisation of user interface (usually
3405             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3406           <li>Define/Undefine group on current selection with
3407             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3408           <li>Improved group creation/removal options in
3409             alignment/sequence Popup menu</li>
3410           <li>Sensible precision for symbol distribution
3411             percentages shown in logo tooltip.</li>
3412           <li>Annotation panel height set according to amount of
3413             annotation when alignment first opened</li>
3414         </ul> <em>Application</em>
3415         <ul>
3416           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3417             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3418           <li>Select columns containing particular features from
3419             Feature Settings dialog</li>
3420           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3421             sequences</li>
3422           <li>Update Jalview project format:
3423             <ul>
3424               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3425               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3426                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3427               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3428                 colouring</li>
3429             </ul>
3430           </li>
3431           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3432             (PAM250)</li>
3433           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3434             flanking regions for an alignment</li>
3435         </ul>
3436       </td>
3437       <td>
3438         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3439         <ul>
3440           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3441             running after job is cancelled</li>
3442           <li>cannot export features from alignments imported from
3443             Jalview/VAMSAS projects</li>
3444           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3445             float values</li>
3446           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3447             have 'display all symbols' flag set</li>
3448           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3449             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3450           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3451             Jalview</li>
3452           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3453             Lion/Webstart</li>
3454           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3455           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3456           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3457             alignment onto desktop</li>
3458           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3459             'extract scores' function</li>
3460           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3461             alignment window</li>
3462           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3463             performing IUPred disorder prediction</li>
3464           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3465             changing 'normalise logo' display setting</li>
3466           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3467             nothing matches query</li>
3468           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3469             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3470           </li>
3471           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3472             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3473           </li>
3474           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3475             Jalview's menu</li>
3476           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3477             'invalid literal/length code'</li>
3478           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3479             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3480           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3481             colourscheme</li>
3482
3483         </ul> <em>Applet</em>
3484         <ul>
3485           <li>Remove group option is shown even when selection is
3486             not a group</li>
3487           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3488             don't affect groups</li>
3489           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3490             colourscheme name</li>
3491           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3492             Annotation panel is not displayed</li>
3493           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3494             embedded windows</li>
3495         </ul> <em>Other</em>
3496         <ul>
3497           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3498             single sequence were not calculated</li>
3499           <li>annotation files that contain only groups imported as
3500             annotation and junk sequences</li>
3501           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3502             recognised as PFAM or BLC</li>
3503           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3504             doesn't affect background (2.8.0b1)
3505           <li></li>
3506           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3507           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3508             trailing gaps</li>
3509           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3510             registered correctly on import</li>
3511           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3512             certain alignments</li>
3513           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3514             existing annotation based 'use original colours'
3515             colourscheme loses original colours setting</li>
3516         </ul>
3517       </td>
3518     </tr>
3519     <tr>
3520       <td><div align="center">
3521           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3522             <em>30/1/2014</em></strong>
3523         </div></td>
3524       <td>
3525         <ul>
3526           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3527             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3528             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3529             open source project).
3530           </li>
3531           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3532           <li>Output in Stockholm format</li>
3533           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3534           <li>Export/import group and sequence associated line
3535             graph thresholds</li>
3536           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3537             ambiguity codes</li>
3538           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3539             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3540             works</li>
3541           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3542         </ul> <em>Other improvements</em>
3543         <ul>
3544           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3545           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3546             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3547           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3548             files</li>
3549           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3550           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3551             link but no description</li>
3552           <li>Select primary source when selecting authority in
3553             database fetcher GUI</li>
3554           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3555             Jalview</li>
3556           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3557         </ul>
3558       </td>
3559       <td>
3560         <ul>
3561           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3562             displayed</li>
3563           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3564             secondary structure annotation line</li>
3565           <li>Sequence database accessions not imported when
3566             fetching alignments from Rfam</li>
3567           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3568             identical IDs</li>
3569           <li>View all structures does not always superpose
3570             structures</li>
3571           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3572             reflect user or preset settings</li>
3573           <li>Null pointer exceptions for some services without
3574             presets or adjustable parameters</li>
3575           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3576             discover PDB xRefs</li>
3577           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3578             features with DAS</li>
3579           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3580             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3581           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3582             residue follows a gap</li>
3583           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3584             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3585           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3586             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3587           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3588             annotation already exists on alignment</li>
3589           <li>oninit javascript function should be called after
3590             initialisation completes</li>
3591           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3592             alignment window display</li>
3593           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3594           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3595             to annotation file</li>
3596           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3597             groups created</li>
3598           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3599             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3600           <li>Pressing return several times causes Number Format
3601             exceptions in keyboard mode</li>
3602           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3603             correct partitions for input data</li>
3604           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3605           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3606           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3607           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3608             mode</li>
3609           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3610             changes one row&#39;s threshold</li>
3611           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3612             doesn&#39;t open</li>
3613           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3614             quality histograms</li>
3615         </ul>
3616       </td>
3617     </tr>
3618     <tr>
3619       <td><div align="center">
3620           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3621         </div></td>
3622       <td><em>Application</em>
3623         <ul>
3624           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3625             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3626           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3627             preferences</li>
3628           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3629             in Jalview alignment window</li>
3630           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3631             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3632           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3633             RNA and ambiguity codes</li>
3634
3635           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3636           <li>Support fetching and database reference look up
3637             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3638             refs')</li>
3639           <li>Jalview project improvements
3640             <ul>
3641               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3642                 flag for annotation</li>
3643               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3644                 alignment</li>
3645               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3646                 Jalview project</li>
3647
3648             </ul>
3649           </li>
3650           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3651           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3652             running</li>
3653           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3654           <li>visual indication that web service results are still
3655             being retrieved from server</li>
3656           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3657             starts up for first time</li>
3658           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3659             services</li>
3660           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3661             client library</li>
3662           <li>Examples directory and Groovy library included in
3663             InstallAnywhere distribution</li>
3664         </ul> <em>Applet</em>
3665         <ul>
3666           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3667             visualization applet example</li>
3668         </ul> <em>General</em>
3669         <ul>
3670           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3671           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3672             defaults</li>
3673           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3674             calculation</li>
3675           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3676             matrices
3677           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3678             in HTML</li>
3679           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3680             structure contacts</li>
3681           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3682           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3683           <li>Parse sequence associated secondary structure
3684             information in Stockholm files</li>
3685           <li>HTML Export database accessions and annotation
3686             information presented in tooltip for sequences</li>
3687           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3688             style RNA alignment files</li>
3689           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3690             alignment</li>
3691           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3692             shade each sequence according to its associated alignment
3693             annotation</li>
3694           <li>New Jalview Logo</li>
3695         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3696         <ul>
3697           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3698           <li>New Website!</li>
3699         </ul></td>
3700       <td><em>Application</em>
3701         <ul>
3702           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3703             wsdbfetch REST service</li>
3704           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3705           <li>Filetype associations not installed for webstart
3706             launch</li>
3707           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3708             job execution in full once it is complete</li>
3709           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3710             uploaded via ali_file parameter</li>
3711           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3712           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3713           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3714             submitted for prediction</li>
3715           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3716             desktop window</li>
3717           <li>Putting fractional value into integer text box in
3718             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3719           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3720             windows 7</li>
3721           <li>View all structures fails with exception shown in
3722             structure view</li>
3723           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3724             escaped in a platform independent way</li>
3725           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3726             using proxy</li>
3727           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3728             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3729           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3730             failure when java web start temporary file caching is
3731             disabled</li>
3732           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3733             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3734           <li>Errors during processing of command line arguments
3735             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3736           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3737             DAS sources in sequence fetcher</li>
3738           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3739             dialog is shown</li>
3740           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3741           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3742           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3743           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3744             on OSX Mountain Lion</li>
3745           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3746             sequences with alignment annotation are pasted into the
3747             alignment</li>
3748           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3749             when loaded from Jalview project</li>
3750           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3751           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3752             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3753           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3754             associated with all views</li>
3755           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3756             annotation rows to new window</li>
3757         </ul> <em>Applet</em>
3758         <ul>
3759           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3760             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3761           <li>loading features via javascript API automatically
3762             enables feature display</li>
3763           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3764             work</li>
3765         </ul> <em>General</em>
3766         <ul>
3767           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3768           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3769             and then deselected</li>
3770           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3771           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3772             coloured with clustalx</li>
3773           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3774             exceptions and redraw errors</li>
3775           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3776             reconfigured view</li>
3777           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3778             colour</li>
3779           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3780             for lots of labels</li>
3781         </ul>
3782     </tr>
3783     <tr>
3784       <td>
3785         <div align="center">
3786           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3787         </div>
3788       </td>
3789       <td><em>Application</em>
3790         <ul>
3791           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3792           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3793           <li>View/alignment association menu to enable user to
3794             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3795             its colours/correspondences from</li>
3796           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3797           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3798             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3799           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3800           <li>Annotation row column label formatting attributes
3801             stored in project file</li>
3802           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3803             rows preserved in Jalview project file</li>
3804           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3805             saved using Desktop window menu</li>
3806           <li>Visual indication that command line arguments are
3807             still being processed</li>
3808           <li>Groovy script execution from URL</li>
3809           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3810             preferences</li>
3811           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3812             alignment with sequences that have high similarity and
3813             matching IDs</li>
3814           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3815           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3816             structures in same window</li>
3817           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3818           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3819             analysis function in its own submenu</li>
3820         </ul> <em>Applet</em>
3821         <ul>
3822           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3823             groups</li>
3824           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3825           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3826           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3827           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3828           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3829             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3830           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3831           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3832             parameters are treated as such</li>
3833           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3834             <ul>
3835               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3836               <li>Javascript callbacks for
3837                 <ul>
3838                   <li>Applet initialisation</li>
3839                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3840                 </ul>
3841               </li>
3842               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3843                 functions</li>
3844               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3845               <li>javascript structure viewer harness to pass
3846                 messages between Jmol and Jalview when running as
3847                 distinct applets</li>
3848               <li>sortBy method</li>
3849               <li>Set of applet and application examples shipped
3850                 with documentation</li>
3851               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3852                 javascript message exchange</li>
3853             </ul>
3854         </ul> <em>General</em>
3855         <ul>
3856           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3857             multiple alignments</li>
3858           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3859           <li>User configurable link to enable redirects to a
3860             www.Jalview.org mirror</li>
3861           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3862           <li>Configurable newline string when writing alignment
3863             and other flat files</li>
3864           <li>Allow alignment annotation description lines to
3865             contain html tags</li>
3866         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3867         <ul>
3868           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3869             examples</li>
3870           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3871             using a web service before displaying the result in the
3872             Jalview desktop</li>
3873           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3874           <li>Ant target to publish example html files with applet
3875             archive</li>
3876           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3877           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3878         </ul></td>
3879       <td><em>Application</em>
3880         <ul>
3881           <li>User defined colourscheme throws exception when
3882             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3883           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3884             dialog for valid filename/format</li>
3885           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3886           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3887             P37173</li>
3888           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3889             which sequence is to be associated with the file</li>
3890           <li>Find All raises null pointer exception when query
3891             only matches sequence IDs</li>
3892           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3893           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3894             2.4 cannot be loaded</li>
3895           <li>Filetype associations not installed for webstart
3896             launch</li>
3897           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3898             with sequences in different alignments do not get coloured
3899             by their associated sequence</li>
3900           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3901             not preserved when project is loaded</li>
3902           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3903             stored in Jalview project</li>
3904           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3905             Jalview project</li>
3906           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3907           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3908             by conservation</li>
3909           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3910             created on new view</li>
3911           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3912             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3913           <li>Alignment quality not updated after alignment
3914             annotation row is hidden then shown</li>
3915           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3916             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3917           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3918             properly</li>
3919           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3920             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3921           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3922           <li>Structures imported from file and saved in project
3923             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3924           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3925             job execution in full once it is complete</li>
3926         </ul> <em>Applet</em>
3927         <ul>
3928           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3929             annotation rows are displayed</li>
3930           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3931             codebase</li>
3932           <li>View follows highlighting does not work for positions
3933             in sequences</li>
3934           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3935           <li>Export features raises exception when no features
3936             exist</li>
3937           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3938             for javascript api is modified when separator string
3939             provided as parameter</li>
3940           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3941             alignment with no existing selection</li>
3942           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3943             to applet&#39;s codebase</li>
3944           <li>Status bar not updated after finished searching and
3945             search wraps around to first result</li>
3946           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3947             several Jalview applets causes race conditions and memory
3948             leaks</li>
3949           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3950             not sent from Jmol in applet</li>
3951           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3952             applet API fatally hang browser</li>
3953         </ul> <em>General</em>
3954         <ul>
3955           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3956             position with wrapped view and hidden regions</li>
3957           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3958             with/without hidden columns</li>
3959           <li>Sequence length given in alignment properties window
3960             is off by 1</li>
3961           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3962             import PDB like structure files</li>
3963           <li>Positional search results are only highlighted
3964             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3965           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3966           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3967             given sequence position</li>
3968           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3969             output</li>
3970           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3971             from nucleotide chains correctly</li>
3972           <li>Structure colours not updated when tree partition
3973             changed in alignment</li>
3974           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3975             parsed in interleaved stockholm</li>
3976           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3977             state</li>
3978           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3979             properly</li>
3980           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3981             properly associated with their pdb files</li>
3982         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3983         <ul>
3984           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3985             ApplyCopyright tool</li>
3986         </ul></td>
3987     </tr>
3988     <tr>
3989       <td>
3990         <div align="center">
3991           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3992         </div>
3993       </td>
3994       <td><em>Application</em>
3995         <ul>
3996           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3997             contact web services</li>
3998           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3999             service job window</li>
4000           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4001         </ul></td>
4002       <td>
4003         <ul>
4004           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4005             pir file emitted by Jalview</li>
4006           <li>Existing feature settings transferred to new
4007             alignment view created from cut'n'paste</li>
4008           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4009             parsing PDB files</li>
4010           <li>Consensus and conservation annotation rows
4011             occasionally become blank for all new windows</li>
4012           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4013             in wrapped view mode</li>
4014         </ul> <em>Application</em>
4015         <ul>
4016           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4017             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4018           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4019             parameter names</li>
4020           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4021             is down</li>
4022         </ul>
4023       </td>
4024     </tr>
4025     <tr>
4026       <td>
4027         <div align="center">
4028           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4029         </div>
4030       </td>
4031       <td><em>Application</em>
4032         <ul>
4033           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4034             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4035             (JABAWS)
4036           </li>
4037           <li>Web Services preference tab</li>
4038           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4039             preferences</li>
4040           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4041           <li>Superpose structures using associated sequence
4042             alignment</li>
4043           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4044             viewer</li>
4045         </ul> <em>Applet</em>
4046         <ul>
4047           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4048             link out mechanism</li>
4049         </ul> <em>Other</em>
4050         <ul>
4051           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4052             series 12</li>
4053           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4054             require Java 1.5</li>
4055           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4056             sequence annotation files</li>
4057           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4058             type colour specification</li>
4059           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4060             script to check if it being run in an interactive session or
4061             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4062         </ul></td>
4063       <td>
4064         <ul>
4065           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4066             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4067         </ul> <em>Application</em>
4068         <ul>
4069           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4070             selected Regions menu item</li>
4071           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4072             part of a valid accession ID</li>
4073           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4074             runs out of memory</li>
4075           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4076             analysis results</li>
4077           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4078             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4079           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4080         </ul> <em>Applet</em>
4081         <ul>
4082           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4083             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4084             defined.</li>
4085         </ul>
4086       </td>
4087     </tr>
4088     <tr>
4089       <td>
4090         <div align="center">
4091           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4092         </div>
4093       </td>
4094       <td></td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4098             sequence IDs</li>
4099           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4100             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4101           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4102             import correctly</li>
4103           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4104             number of columns are hidden</li>
4105           <li>annotation label popup menu not providing correct
4106             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4107             present</li>
4108           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4109             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4110           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4111             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4112
4113         </ul> <em>Applet</em>
4114         <ul>
4115           <li>annotation panel disappears when annotation is
4116             hidden/removed</li>
4117         </ul> <em>Application</em>
4118         <ul>
4119           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4120             alignment opened where annotation panel is visible but no
4121             annotations are present on alignment</li>
4122           <li>pasted region containing hidden columns is
4123             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4124           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4125             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4126           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4127             selected Rregions menu item.</li>
4128           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4129             'Un' or 'Non'conserved</li>
4130           <li>Sequence feature settings are being shared by
4131             multiple distinct alignments</li>
4132           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4133             changed</li>
4134           <li>double click on group annotation to select sequences
4135             does not propagate to associated trees</li>
4136           <li>Mac OSX specific issues:
4137             <ul>
4138               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4139                 window background</li>
4140               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4141                 name set correctly</li>
4142               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4143                 save feature colourscheme button</li>
4144             </ul>
4145           </li>
4146         </ul>
4147       </td>
4148     </tr>
4149     <tr>
4150
4151       <td>
4152         <div align="center">
4153           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4154         </div>
4155       </td>
4156       <td><em>New Capabilities</em>
4157         <ul>
4158           <li>URL links generated from description line for
4159             regular-expression based URL links (applet and application)
4160
4161           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4162             menu</li>
4163           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4164             structures</li>
4165           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4166             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4167           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4168             average score or total feature count for each sequence.</li>
4169           <li>Shading features by score or associated description</li>
4170           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4171             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4172           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4173             hide everything but the currently selected region.</li>
4174           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4175         </ul> <em>Application</em>
4176         <ul>
4177           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4178             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4179           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4180             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4181           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4182             database references and protein_name is parsed as
4183             description line (BioSapiens terms).</li>
4184           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4185             references in sequence ID tooltip from View menu in
4186             application.</li>
4187           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4188       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4189           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4190             conservation plots</li>
4191           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4192             and visualized as sequence logos</li>
4193           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4194             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4195           </li>
4196           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4197             when a new tree is opened.</li>
4198           <li>Jalview Java Console</li>
4199           <li>Better placement of desktop window when moving
4200             between different screens.</li>
4201           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4202             consensus annotation</li>
4203           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4204             Workflows</li>
4205           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4206             <ul>
4207               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4208                 used to preserve views, structures, and tree display
4209                 settings)</li>
4210               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4211                 command line</li>
4212               <li>Sharing of selected regions between views and
4213                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4214               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4215             </ul></li>
4216         </ul> <em>Applet</em>
4217         <ul>
4218           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4219           <li>New Parameters
4220             <ul>
4221               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4222                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4223                 opened.</li>
4224               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4225                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4226               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4227                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4228               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4229                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4230                 view</li>
4231               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4232                 increase the height or width of a cell in the alignment
4233                 grid relative to the current font size.</li>
4234             </ul>
4235           </li>
4236           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4237             tooltip</li>
4238         </ul> <em>Other</em>
4239         <ul>
4240           <li>Features format: graduated colour definitions and
4241             specification of feature scores</li>
4242           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4243             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4244             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4245           <li>XML formats extended to support graduated feature
4246             colourschemes, group associated annotation, and profile
4247             visualization settings.</li></td>
4248       <td>
4249         <ul>
4250           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4251             rather than description</li>
4252           <li>Non-positional features are now included in sequence
4253             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4254             visibility in tooltip).</li>
4255           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4256           <li>Added URL embedding instructions to features file
4257             documentation.</li>
4258           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4259             'X' in peptide product</li>
4260           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4261             sequence ID and sequence string and query strings do not
4262             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4263           <li>AMSA files only contain first column of
4264             multi-character column annotation labels</li>
4265           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4266             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4267             exported and re-imported)</li>
4268           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4269             name</li>
4270           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4271             as subsequence matches, and correctly reports total number
4272             of both.</li>
4273           <li>Application:
4274             <ul>
4275               <li>Better handling of exceptions during sequence
4276                 retrieval</li>
4277               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4278                 link text excludes the start_end suffix</li>
4279               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4280                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4281               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4282               <li>Sequence description lines properly shared via
4283                 VAMSAS</li>
4284               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4285                 data sources</li>
4286               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4287                 completes before alignment figures are generated.</li>
4288               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4289                 first time.</li>
4290               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4291                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4292               <li>User defined group colours properly recovered
4293                 from Jalview projects.</li>
4294             </ul>
4295           </li>
4296         </ul>
4297       </td>
4298
4299     </tr>
4300     <tr>
4301       <td>
4302         <div align="center">
4303           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4304         </div>
4305       </td>
4306       <td>
4307         <ul>
4308           <li>Experimental support for google analytics usage
4309             tracking.</li>
4310           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4311         </ul>
4312       </td>
4313       <td>
4314         <ul>
4315           <li>Race condition in applet preventing startup in
4316             jre1.6.0u12+.</li>
4317           <li>Exception when feature created from selection beyond
4318             length of sequence.</li>
4319           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4320           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4321             all sequences with a given id</li>
4322           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4323             ID string searches</li>
4324           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4325             alignment to fail with exception</li>
4326         </ul> <em>Application Issues</em>
4327         <ul>
4328           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4329           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4330             data sources</li>
4331         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4332         <ul>
4333           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4334             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4335           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4336             version (java class versioning error fixed)</li>
4337         </ul>
4338       </td>
4339     </tr>
4340     <tr>
4341       <td>
4342
4343         <div align="center">
4344           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4345         </div>
4346       </td>
4347       <td><em>User Interface</em>
4348         <ul>
4349           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4350             translation and protein products</li>
4351           <li>Linked highlighting of structure associated with
4352             residue mapping to codon position</li>
4353           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4354             and 'clear' button</li>
4355           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4356             Tools menu</li>
4357           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4358             numeric data in description line</li>
4359           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4360           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4361             of sequence</li>
4362         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4363         <ul>
4364           <li>JPred3 web service</li>
4365           <li>Prototype sequence search client (no public services
4366             available yet)</li>
4367           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4368             PFAM</li>
4369           <li>URL Links created for matching database cross
4370             references as well as sequence ID</li>
4371           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4372         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4373         <ul>
4374           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4375             databases</li>
4376           <li>Generalised database reference retrieval and
4377             validation to all fetchable databases</li>
4378           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4379             sequence command</li>
4380         </ul> <em>Import and Export</em>
4381         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4382         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4383           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4384         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4385           File</li>
4386         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4387           triplet as name of colourscheme</li>
4388         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4389         <ul>
4390           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4391           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4392             alignments (experimental)</li>
4393           <li>Create new or select existing session to join</li>
4394           <li>load and save of vamsas documents</li>
4395         </ul> <em>Application command line</em>
4396         <ul>
4397           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4398             from applet)</li>
4399           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4400             of DAS servers to query for alignment features</li>
4401           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4402             that are also automatically queried for features</li>
4403           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4404             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4405         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4406         <ul>
4407           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4408             application (when using &quot;View in full
4409             application&quot;)</li>
4410         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4411         <ul>
4412           <li>feature group display control parameter</li>
4413           <li>debug parameter</li>
4414           <li>showbutton parameter</li>
4415         </ul> <em>Applet API methods</em>
4416         <ul>
4417           <li>newView public method</li>
4418           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4419           <li>Feature display control methods</li>
4420           <li>get list of currently selected sequences</li>
4421         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4422         <ul>
4423           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4424           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4425             Jalview release.</li>
4426           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4427             property controls execution of obfuscator</li>
4428           <li>Build target for generating source distribution</li>
4429           <li>Debug flag for javacc</li>
4430           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4431             jalview.bin.Cache</li>
4432           <li>Continuous Build Integration for stable and
4433             development version of Application, Applet and source
4434             distribution</li>
4435         </ul></td>
4436       <td>
4437         <ul>
4438           <li>selected region output includes visible annotations
4439             (for certain formats)</li>
4440           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4441             for editing</li>
4442           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4443           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4444           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4445           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4446             comments</li>
4447           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4448             filenames containing a ':'</li>
4449           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4450             global sequence features</li>
4451           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4452             references from alignment sequences goes to zero</li>
4453           <li>Close of tree branch colour box without colour
4454             selection causes cascading exceptions</li>
4455           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4456           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4457             file parsing fails.</li>
4458           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4459           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4460             not a valid output format</li>
4461           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4462             vamsas</li>
4463           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4464           <li>error messages passed up and output when data read
4465             fails</li>
4466           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4467             sequence is edited</li>
4468           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4469             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4470           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4471             filetype</li>
4472           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4473             import fixed for PFAM records</li>
4474           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4475             window list</li>
4476           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4477             can be read and written correctly to annotation file</li>
4478           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4479             correctly</li>
4480           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4481             non-italic font for representatives in Applet</li>
4482           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4483             Macs.</li>
4484           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4485             Applet)</li>
4486           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4487             due to null pointer exceptions</li>
4488           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4489             first column of alignment</li>
4490           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4491             July 2008</li>
4492           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4493             file is case-insensitive</li>
4494           <li>Sequence features read from Features file appended to
4495             all sequences with matching IDs</li>
4496           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4497             containing a sub-sequence</li>
4498           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4499           <li>feature and annotation file applet parameters
4500             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4501           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4502           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4503             splash-screen version check to complete</li>
4504           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4505             when passing them to the launchApp service</li>
4506           <li>display name and local features preserved in results
4507             retrieved from web service</li>
4508           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4509             sequence fetcher initialisation</li>
4510           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4511             dasobert DAS client</li>
4512           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4513             association</li>
4514           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4515             sequences
4516           </li>
4517         </ul>
4518       </td>
4519     </tr>
4520     <tr>
4521       <td>
4522         <div align="center">
4523           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4524         </div>
4525       </td>
4526       <td>
4527         <ul>
4528           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4529           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4530           <li>Slide sequences</li>
4531           <li>Edit sequence in place</li>
4532           <li>EMBL CDS features</li>
4533           <li>DAS Feature mapping</li>
4534           <li>Feature ordering</li>
4535           <li>Alignment Properties</li>
4536           <li>Annotation Scores</li>
4537           <li>Sort by scores</li>
4538           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4539         </ul>
4540       </td>
4541       <td>
4542         <ul>
4543           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4544           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4545           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4546           <li>Feature group display state in XML</li>
4547           <li>Feature ordering in XML</li>
4548           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4549           <li>Stockholm alignment properties</li>
4550           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4551           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4552           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4553           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4554         </ul>
4555       </td>
4556
4557     </tr>
4558     <tr>
4559       <td>
4560         <div align="center">
4561           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4562         </div>
4563       </td>
4564       <td>
4565         <ul>
4566           <li>Non standard characters can be read and displayed
4567           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4568             applet via textbox
4569           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4570             name &amp; description
4571           <li>Preference setting to display sequence name in
4572             italics
4573           <li>Annotation file format extended to allow
4574             Sequence_groups to be defined
4575           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4576             specified in preferences
4577           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4578             sequences
4579         </ul>
4580       </td>
4581       <td>
4582         <ul>
4583           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4584             installed
4585           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4586           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4587         </ul>
4588       </td>
4589     </tr>
4590     <tr>
4591       <td>
4592         <div align="center">
4593           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4594         </div>
4595       </td>
4596       <td>
4597         <ul>
4598           <li>Multiple views on alignment
4599           <li>Sequence feature editing
4600           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4601           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4602           <li>Background dependent text colour
4603           <li>Right align sequence ids
4604           <li>User-defined lower case residue colours
4605           <li>Format Menu
4606           <li>Select Menu
4607           <li>Menu item accelerator keys
4608           <li>Control-V pastes to current alignment
4609           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4610           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4611           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4612
4613           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4614         </ul>
4615       </td>
4616       <td>
4617         <ul>
4618           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4619           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4620             calculations
4621           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4622             edits
4623           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4624             of alignment)
4625           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4626
4627           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4628             display correctly
4629           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4630           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4631             analysis results
4632           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4633             &#8739;
4634           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4635           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4636           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4637
4638         </ul>
4639       </td>
4640     </tr>
4641     <tr>
4642       <td>
4643         <div align="center">
4644           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4645         </div>
4646       </td>
4647       <td>
4648         <ul>
4649           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4650         </ul>
4651       </td>
4652       <td>
4653         <ul>
4654           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4655             sequence id panel has been resized</li>
4656           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4657             rendered</li>
4658           <li>Annotation files with sequence references - all
4659             elements in file are relative to sequence position</li>
4660           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4661         </ul>
4662       </td>
4663     </tr>
4664     <tr>
4665       <td>
4666         <div align="center">
4667           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4668         </div>
4669       </td>
4670       <td>
4671         <ul>
4672           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4673           <li>DAS Feature fetching</li>
4674           <li>Hide sequences and columns</li>
4675           <li>Export Annotations and Features</li>
4676           <li>GFF file reading / writing</li>
4677           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4678             files</li>
4679           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4680           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4681           <li>Applet can launch the full application</li>
4682           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4683             required)</li>
4684           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4685           <li>Applet can load sequences from parameter
4686             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4687           </li>
4688         </ul>
4689       </td>
4690       <td>
4691         <ul>
4692           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4693           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4694           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4695         </ul>
4696       </td>
4697     </tr>
4698     <tr>
4699       <td>
4700         <div align="center">
4701           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4702         </div>
4703       </td>
4704       <td>
4705         <ul>
4706           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4707           <li>Choose to match case when searching</li>
4708           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4709             expand the visible width and height of the alignment</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712       <td>
4713         <ul>
4714           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717     </tr>
4718     <tr>
4719       <td>
4720         <div align="center">
4721           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4722         </div>
4723       </td>
4724       <td>&nbsp;</td>
4725       <td>
4726         <ul>
4727           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4728           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4729             value</li>
4730         </ul>
4731       </td>
4732     </tr>
4733     <tr>
4734       <td>
4735         <div align="center">
4736           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4737         </div>
4738       </td>
4739       <td>
4740         <ul>
4741           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4742           <li>Keyboard editing</li>
4743           <li>Create sequence features from searches</li>
4744           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4745             alignments</li>
4746           <li>Features file allows grouping of features</li>
4747           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4748           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4749           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4750         </ul>
4751       </td>
4752       <td>
4753         <ul>
4754           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4755           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4756             descriptions saved.</li>
4757         </ul>
4758       </td>
4759     </tr>
4760     <tr>
4761       <td>
4762         <div align="center">
4763           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4764         </div>
4765       </td>
4766       <td>
4767         <ul>
4768           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4769           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4770           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4771             name for file output</li>
4772           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4773           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4774             used for HTML form input</li>
4775         </ul>
4776       </td>
4777       <td>
4778         <ul>
4779           <li>HTML output writes groups and features</li>
4780           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4781           <li>File IO bugs</li>
4782         </ul>
4783       </td>
4784     </tr>
4785     <tr>
4786       <td>
4787         <div align="center">
4788           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4789         </div>
4790       </td>
4791       <td>
4792         <ul>
4793           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4794           <li>More options for PCA viewer</li>
4795         </ul>
4796       </td>
4797       <td>
4798         <ul>
4799           <li>GUI bugs resolved</li>
4800           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4801         </ul>
4802       </td>
4803     </tr>
4804     <tr>
4805       <td height="63">
4806         <div align="center">
4807           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4808         </div>
4809       </td>
4810       <td>
4811         <ul>
4812           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4813           <li>Jar files are executable</li>
4814           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4815         </ul>
4816       </td>
4817       <td>
4818         <ul>
4819           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4820           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4821           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4822         </ul>
4823       </td>
4824     </tr>
4825     <tr>
4826       <td>
4827         <div align="center">
4828           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4829         </div>
4830       </td>
4831       <td>
4832         <ul>
4833           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4834         </ul>
4835       </td>
4836       <td>
4837         <ul>
4838           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4839         </ul>
4840       </td>
4841     </tr>
4842     <tr>
4843       <td>
4844         <div align="center">
4845           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4846         </div>
4847       </td>
4848       <td>
4849         <ul>
4850           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4851             size</li>
4852         </ul>
4853       </td>
4854       <td>
4855         <ul>
4856           <li>Improved JPred client reliability</li>
4857           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4858         </ul>
4859       </td>
4860     </tr>
4861     <tr>
4862       <td>
4863         <div align="center">
4864           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4865         </div>
4866       </td>
4867       <td>
4868         <ul>
4869           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4870           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4871           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4872             to Colour Menu</li>
4873           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4874           <li>Unix users can set default web browser</li>
4875           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4876           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4877         </ul>
4878       </td>
4879       <td>
4880         <ul>
4881           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4882         </ul>
4883       </td>
4884     </tr>
4885     <tr>
4886       <td>
4887         <div align="center">
4888           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4889         </div>
4890       </td>
4891       <td>&nbsp;</td>
4892       <td>
4893         <ul>
4894           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4895             alignment order.</li>
4896         </ul>
4897       </td>
4898     </tr>
4899     <tr>
4900       <td>
4901         <div align="center">
4902           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4903         </div>
4904       </td>
4905       <td>
4906         <ul>
4907           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4908           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4909           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4910             annotations.</li>
4911           <li>Version and build date written to build properties
4912             file.</li>
4913           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4914             at launch of Jalview.</li>
4915         </ul>
4916       </td>
4917       <td>
4918         <ul>
4919           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4920           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4921           <li>Can remove groups one by one.</li>
4922           <li>Filechooser icons installed.</li>
4923           <li>Finder ignores return character when searching.
4924             Return key will initiate a search.<br>
4925           </li>
4926         </ul>
4927       </td>
4928     </tr>
4929     <tr>
4930       <td>
4931         <div align="center">
4932           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
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