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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187 -->Option to show 'virtual' codon features on
  66             protein (or vice versa)
  67             <ul>
  68               <li>
  69                 <!-- JAL-3304 -->Option to export virtual features if
  70                 shown
  71               </li>
  72               <li>
  73                 <!-- JAL-3302 -->Option to transfer virtual features to
  74                 Chimera
  75               </li>
  76             </ul>
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values POS,
  83             ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation while parsing
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen position if reopened
  90            </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views enabled by default
  93            </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in tooltips and menus
  96            </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted with no feature types visible
  99           </li>
 100         </ul><em>Jalview Installer</em>
 101             <ul>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 104             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 111           </li>
 112               <li>
 113                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 114               <li>
 115                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 116         </ul> <em>Release processes</em>
 117         <ul>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 120           </li>
 121         </ul> <em>Build System</em>
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 128             report
 129           </li>
 130         </ul>
 131       </td>
 132       <td align="left" valign="top">
 133         <ul>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not equal when split frame is first opened
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 142             with annotation and exceptions thrown when only a few
 143             columns shown in wrapped mode
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 147             wrapped alignment figure with annotations
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 151             ID fails with ClassCastException
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 155             Project
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 159             feature settings dialog also selects columns
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 163             IllegalArgumentException in some circumstances
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be opened for a view
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if alignment window is closed
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 173             help documentation for 2.11.0 release
 174           </li>
 175         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 176         <ul>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in PDB/Uniprot search panel
 179           </li>
 180         </ul> <em>Installer</em>
 181         <ul>
 182           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 183           </li>
 184         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 185         <ul>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from repository
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of memory
 191           </li>
 192         </ul>
 193         <em>New Known Issues</em>
 194         <ul>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 197             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 198             command line
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 202             clipped in headless figure export when Right Align option
 203             enabled
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output
 207           </li>
 208         </ul>
 209       </td>
 210     </tr>
 211     <tr>
 212       <td width="60" align="center" nowrap>
 213           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 214             <em>04/07/2019</em></strong>
 215       </td>
 216       <td align="left" valign="top">
 217         <ul>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 220             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 221             source project) rather than InstallAnywhere
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225             settings, receive over the air updates and launch specific
 226             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227               Rings' GetDown</a>)
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 231             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 235             arguments and switch between different getdown channels
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 239             or alignment files
 240           </li>
 241
 242           <li>
 243             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 244             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 247             'Translate as cDNA'</li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 250           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 251             <ul>
 252                       <li>
 253             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 254             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 255           <li>
 256                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 257                 features can be filtered and shaded according to any
 258                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 259                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 260                 file)
 261               </li>
 262               <li>
 263                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 264                 stored and restored from Jalview Projects
 265               </li>
 266               <li>
 267                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 268                 recognise variant features
 269               </li>
 270               <li>
 271                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 272                 sequences (also coloured red by default)
 273               </li>
 274               <li>
 275                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 276                 details
 277               </li>
 278               <li>
 279                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 280                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 281               </li>
 282               <li>
 283                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 284                 dialog
 285               </li>
 286             </ul>
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 290             tree and PCA calculations
 291           </li>
 292           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 293             <ul>
 294               <li>
 295                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 296                 and Viewer state saved in Jalview Project
 297               </li>
 298               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 299                 drop-down menus</li>
 300               <li>
 301                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 302                 incrementally
 303               </li>
 304               <li>
 305                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 306               </li>
 307             </ul>
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 311           </li>
 312           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 313           <ul>
 314               <li>
 315                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 316                 multiple groups when working with large alignments
 317               </li>
 318               <li>
 319                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 320                 Stockholm files
 321               </li>
 322             </ul>
 323           <li><strong>User Interface</strong>
 324           <ul>
 325               <li>
 326                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 327                 view
 328               </li>
 329               <li>
 330                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 331                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 332                 default (can be changed in user preferences)
 333               </li>
 334               <li>
 335                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 336                 to the Overwrite Dialog
 337               </li>
 338               <li>
 339                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 340                 sequences are hidden
 341               </li>
 342               <li>
 343                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 344                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 345               </li>
 346               <li>
 347                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 348                 labels
 349               </li>
 350               <li>
 351                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 352                 when in wrapped mode
 353               </li>
 354               <li>
 355                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 356                 annotation
 357               </li>
 358               <li>
 359                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 360               </li>
 361               <li>
 362                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 363                 panel
 364               </li>
 365               <li>
 366                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 367                 popup menu
 368               </li>
 369               <li>
 370               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 371               <li>
 372               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 373
 374
 375             </ul></li>
 376             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 377           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 378             <ul>
 379               <li>
 380                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 381                 trapping CMD-Q
 382               </li>
 383             </ul></li>
 384         </ul>
 385         <em>Deprecations</em>
 386         <ul>
 387           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 388             capabilities removed from the Jalview Desktop
 389           </li>
 390           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 391             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 392             and XML based data retrieval clients</li>
 393           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 394           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 395         </ul> <em>Documentation</em>
 396         <ul>
 397           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 398             not supported in EPS figure export
 399           </li>
 400           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 401         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 402         <ul>
 403           <li>
 404           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 405           </li>
 406       <li>
 407       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 408           <li>
 409           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 410             gradle-eclipse
 411           </li>
 412           <li>
 413           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 414             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 415             execution
 416           </li>
 417           <li>
 418           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 419             operations
 420           </li>
 421           <li>
 422           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 423             issues resolved
 424           </li>
 425           <li>
 426           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 427             markdown (with HTML rendering)
 428           </li>
 429           <li>
 430           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 431           </li>
 432           <li>
 433           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 434             versions of Jalview
 435           </li>
 436         </ul>
 437       </td>
 438       <td align="left" valign="top">
 439         <ul>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 445             superposition in Jmol fail on Windows
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 449             structures for sequences with lots of PDB structures
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 453             monospaced font
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 457             project involving multiple views
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 461             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 462             Annotation dialog hides columns
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 466             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 467             one view, then making another selection in the other view
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 471             columns
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 475             Settings and Jalview Preferences panels
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 479             overview with large alignments
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 483             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 484             mouse moved to the left of the first column
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 488             hidden column marker via scale popup menu
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 492             doesn't tell users the invalid URL
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 496             score from view
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 500             show cross references or Fetch Database References are shown in
 501             red in original view
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 505             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 509             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 513             when columns are hidden
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 517             Columns by Annotation description
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 521             out of Scale or Annotation Panel
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 525             scale panel
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 529             alignment down
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 533             scale panel
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 537             Page Up in wrapped mode
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 547             on opening an alignment
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 551             Colour menu
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 555             different groups in the alignment are selected
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 559             correctly in menu
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 563             threshold limit
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 567             threshold gets 'unrounded'
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 571             colour
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 581             Tree font
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 585             project file
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 589             shown in complementary view
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 593             without normalisation
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 597             of report
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 601           </li>
 602           <li>
 603           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 604           </li>
 605         </ul> <em>Editing</em>
 606         <ul>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 609             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 610             sequence
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 614             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 615             removed (Known defect since 2.10)
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 619             dialog corrupts dataset sequence
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 623             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 624           </li>
 625         </ul> <em>Datamodel</em>
 626         <ul>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 629             sequence's End is greater than its length
 630           </li>
 631         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 632           general release)</em>
 633         <ul>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 636           </li>
 637         </ul> <em>New Known Defects</em>
 638         <ul>
 639         <li>
 640         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 641         </li>
 642         <li>
 643           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 644           regions of protein alignment.
 645         </li>
 646         <li>
 647           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 648           is restored from a Jalview 2.11 project
 649         </li>
 650         <li>
 651           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 652           'New View'
 653         </li>
 654         <li>
 655           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 656           columns within hidden columns
 657         </li>
 658         <li>
 659           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 660           window after dragging left to select columns to left of visible
 661           region
 662         </li>
 663         <li>
 664           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 665           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 666           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 667           create a Score filter instead.
 668         </li>
 669         <li>
 670         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 671         <li>
 672         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 673         </li>
 674         <li>
 675           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 676           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 677         </li>
 678         </ul>
 679         <em>Java 11 Specific defects</em>
 680           <ul>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 683               alphabetically when saved
 684             </li>
 685         </ul>
 686       </td>
 687     </tr>
 688     <tr>
 689     <td width="60" nowrap>
 690       <div align="center">
 691         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 692       </div>
 693     </td>
 694     <td><div align="left">
 695         <em></em>
 696         <ul>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 699               InstallAnywhere increased to 1G.
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 703               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 704               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 705                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 706                 properties file.</em>
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 710               API and sequence data now imported as JSON.
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 714               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 715               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 716               property.
 717             </li>
 718           </ul>
 719           <em>Development</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 723               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 724                 Clover</a>
 725             </li>
 726           </ul>
 727         </div></td>
 728     <td><div align="left">
 729         <em></em>
 730         <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 733               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 734               alignment.
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 738               annotation displayed.
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 742               for newly created group when 'Apply to all groups'
 743               selected
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 747               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 748               visible.
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 752               when sequences are selected in exported view.</em>
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 756               aren't rendered with correct colour.
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 760               types of knotted RNA secondary structure.
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 764               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 765               do not start at 1.
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 769               annotation when columns are inserted into an alignment,
 770               and when exporting as Stockholm flatfile.
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 774               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 775               treated as RNA secondary structure.
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 779               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 783               transfers focus to previous window on OSX
 784             </li>
 785           </ul>
 786           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 787           <ul>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 790               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 791               box.
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 795               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 796               'look and feel' which has improved compatibility with the
 797               latest version of OSX.
 798             </li>
 799           </ul>
 800         </div>
 801     </td>
 802     </tr>
 803     <tr>
 804       <td width="60" nowrap>
 805         <div align="center">
 806           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 807             <em>7/06/2018</em></strong>
 808         </div>
 809       </td>
 810       <td><div align="left">
 811           <em></em>
 812           <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 815               annotation retrieved from Uniprot
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 819               onto the Jalview Desktop
 820             </li>
 821           </ul>
 822         </div></td>
 823       <td><div align="left">
 824           <em></em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 828               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 832               right-hand column parsed correctly
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 836               not alignment area in exported graphic
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 840               window has input focus
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 844               annotation added to view (Windows)
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 848               network connectivity is poor
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 852               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 853                 the currently open URL and links from a page viewed in
 854                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 855                 you are using Edge, only links in the page can be
 856                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 857                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 858             </li>
 859           </ul>
 860           <em>New Known Defects</em>
 861           <ul>
 862             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 863           </ul>
 864         </div></td>
 865     </tr>
 866     <tr>
 867       <td width="60" nowrap>
 868         <div align="center">
 869           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 870         </div>
 871       </td>
 872       <td><div align="left">
 873           <em></em>
 874           <ul>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 877               for disabling automatic superposition of multiple
 878               structures and open structures in existing views
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 882               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 883               adjust them.
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 887               Ensembl services
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 891               and lots of hidden columns
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 895               of features (particularly when transparency is disabled)
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 899               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 900               generally available
 901             </li>
 902           </ul>
 903           </div>
 904       </td>
 905       <td><div align="left">
 906           <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 909               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 913               overlapping alignment panel
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 917               sequence as gaps
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 921               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 922               UTR
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 926               factor annotation not added to sequence when local PDB
 927               file associated with it by drag'n'drop or structure
 928               chooser
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 932               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 936               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 940               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 944               columns in annotation row
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 948               honored in batch mode
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 952               for structures added to existing Jmol view
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 956               entries after importing project with multiple views
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 960               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 961               with negative residue numbers or missing residues fails
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 965               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 966               as generated by CONSURF)
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 970               tooltip doesn't include a text description of mutation
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 974               structure and/or overview windows are also shown
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 978               very slow for alignments with large numbers of sequences
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 982               with 'StringIndexOutOfBounds'
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 986               platforms running Java 10
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 990               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 991             </li>
 992           </ul>
 993           <em>Applet</em>
 994           <ul>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 997               should copy the group consensus when popup is opened on it
 998             </li>
 999           </ul>
1000           <em>Batch Mode</em>
1001           <ul>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1004           </li>
1005           </ul>
1006           <em>New Known Defects</em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1010               editing a large alignment and overview is displayed
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1014               repeatedly after a series of edits even when the overview
1015               is no longer reflecting updates
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1019               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1020               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1021               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1025               option gives blank output
1026             </li>
1027           </ul>
1028         </div>
1029           </td>
1030     </tr>
1031     <tr>
1032       <td width="60" nowrap>
1033         <div align="center">
1034           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1035         </div>
1036       </td>
1037       <td><div align="left">
1038           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1039               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1040       <td><div align="left">
1041           <em>Desktop</em><ul>
1042           <ul>
1043             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1044             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1045             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1046             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1047             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1048             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1049             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1050           </ul>
1051           </div>
1052       </td>
1053     </tr>
1054     <tr>
1055       <td width="60" nowrap>
1056         <div align="center">
1057           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1058         </div>
1059       </td>
1060       <td><div align="left">
1061           <em></em>
1062           <ul>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1065               rendering of sequence features
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1069               429 rate limit request hander
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1073               their colours have changed
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1077               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1081               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1085               view from Ensembl locus cross-references
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1089               Alignment report
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1093               feature can be disabled
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1097               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1101               Uniprot
1102             </li>
1103           </ul>
1104           <em>Scripting</em>
1105           <ul>
1106             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1107             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1108               percent identity scores for current alignment.</li>
1109           </ul>
1110           <em>Testing and Deployment</em>
1111           <ul>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1114             </li>
1115           </ul>
1116         </div></td>
1117       <td><div align="left">
1118           <em>General</em>
1119           <ul>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1122               threshold text field doesn't trigger an update to the
1123               alignment view
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1127               strings in parallel
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1131               alignment window is closed
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1135               group visibility
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1139               takes a long time in Cursor mode
1140             </li>
1141           </ul>
1142           <em>Desktop</em>
1143           <ul>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1146               cannot be viewed in Chimera
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1150               CDS/Protein view
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1154               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1155               Search Dialogs
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1165               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1169               scrolling right in unwapped alignment view
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1173               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1174               database
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1178               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1182               features of same type and group to be selected for
1183               amending
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1187               alignments when hidden columns are present
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1191               displaying several structures
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1195               moving a window
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1199               within the Jalview desktop on OSX
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1203               when in wrapped alignment mode
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1207               hand end of alignment
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1211               each selected sequence do not have correct start/end
1212               positions
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1216               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1220               restoring project until a new view is created
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1224               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1225               configured (since 2.10.2b2)
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1229               position is adjusted
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1233               in a multi-chain structure when viewing alignment
1234               involving more than one chain (since 2.10)
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1238               if new selection moves alignment window
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1242               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1246               that produces correctly annotated transcripts and products
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1250               doesn't update associated structure view
1251             </li>
1252           </ul>
1253           <em>Applet</em><br />
1254           <ul>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1257               closing alignment panel
1258             </li>
1259           </ul>
1260           <em>BioJSON</em><br />
1261           <ul>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1264               non-positional features
1265             </li>
1266           </ul>
1267           <em>New Known Issues</em>
1268           <ul>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1271               sequence features correctly (for many previous versions of
1272               Jalview)
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1276               using cursor in wrapped panel other than top
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1280               graduated colour threshold
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1284               always preserve numbering and sequence features
1285             </li>
1286           </ul>
1287           <em>Known Java 9 Issues</em>
1288           <ul>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1291               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1292               9.01, OSX 10.10)
1293             </li>
1294           </ul>
1295         </div></td>
1296     </tr>
1297     <tr>
1298       <td width="60" nowrap>
1299         <div align="center">
1300           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1301             <em>2/10/2017</em></strong>
1302         </div>
1303       </td>
1304       <td><div align="left">
1305           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1306           <ul>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1309             </li>
1310             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1311             </li>
1312           </ul>
1313         </div></td>
1314       <td><div align="left">
1315         </div></td>
1316     </tr>
1317     <tr>
1318       <td width="60" nowrap>
1319         <div align="center">
1320           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1321             <em>7/9/2017</em></strong>
1322         </div>
1323       </td>
1324       <td><div align="left">
1325           <em></em>
1326           <ul>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1329               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1330               white)
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1334               Preferences
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1338               in size and progress bar shown as higher resolution
1339               overview is recalculated
1340             </li>
1341
1342           </ul>
1343         </div></td>
1344       <td><div align="left">
1345           <em></em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1349               column region row by row
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1353               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1357               format setting is unticked
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1361               if group has show boxes format setting unticked
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1365               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1366               include sequences and columns not currently displayed
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1370               assemblies are imported via CIF file
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1374               displayed when threshold or conservation colouring is also
1375               enabled.
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1379               server version
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1383               dragging a selected region off the visible region of the
1384               alignment
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1388               colourscheme to all groups in a view
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1392               initially after font size change using the Font chooser or
1393               middle-mouse zoom
1394             </li>
1395           </ul>
1396         </div></td>
1397     </tr>
1398     <tr>
1399       <td width="60" nowrap>
1400         <div align="center">
1401           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1402         </div>
1403       </td>
1404       <td><div align="left">
1405           <em>Calculations</em>
1406           <ul>
1407
1408             <li>
1409               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1410               ungapped positions in each column of the alignment.
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1414               a calculation dialog box
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1418               and memory efficiency (~30x faster)
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1422               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1423               and other calculations
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1427               files within the Jalview codebase
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1431               Similarity may have different topology due to increased
1432               precision
1433             </li>
1434           </ul>
1435           <em>Rendering</em>
1436           <ul>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1439               model for alignments and groups
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1443               scripts
1444             </li>
1445           </ul>
1446           <em>Overview</em>
1447           <ul>
1448             <li>
1449               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1450               with alignment and overview windows
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1454               overview
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1458               omitted in Overview
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1462               adjustment of visible position
1463             </li>
1464           </ul>
1465
1466           <em>Data import/export</em>
1467           <ul>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1470               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1474               annotation input/output via stockholm flatfile
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1478               extension when importing structure files without embedded
1479               names or PDB accessions
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1483               format sequence substitution matrices
1484             </li>
1485           </ul>
1486           <em>User Interface</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1490               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1491               the application.
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1495               via Overview or sequence motif search operations
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1499               opened by double clicking gaps within sequence feature
1500               extent
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1504               aligned positions were available to create a 3D structure
1505               superposition.
1506             </li>
1507           </ul>
1508           <em>3D Structure</em>
1509           <ul>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1512               coloured in linked structure views
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1516               file-based command exchange
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1520               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1521               structures are already available for sequences
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1525               the Jalview project rather than downloaded again when the
1526               project is reopened.
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1530               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1531               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1532                 Feature</strong>)
1533             </li>
1534           </ul>
1535           <em>Web Services</em>
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1542               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1543               Analysis services
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1547               cross-references provided by identifiers.org and the
1548               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1549             </li>
1550           </ul>
1551
1552           <em>Scripting</em>
1553           <ul>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1556               identifying file formats (instead of String constants)
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1560               efficiency when counting all displayed features (not
1561               backwards compatible with 2.10.1)
1562             </li>
1563           </ul>
1564           <em>Example files</em>
1565           <ul>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1568               included in the example feature file
1569             </li>
1570           </ul>
1571           <em>Documentation</em>
1572           <ul>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1575               with the built-in Java help viewer
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1579               sequence description' option
1580             </li>
1581           </ul>
1582           <em>Test Suite</em>
1583           <ul>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1586               Uniprot REST Free Text Search Client
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1593               during tests
1594             </li>
1595           </ul>
1596         </div></td>
1597       <td><div align="left">
1598           <em>Calculations</em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1602               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1603               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1604             </li>
1605             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1606               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1607               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1608               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1609               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1610               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1611               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1612               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1613               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1614               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1615               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1616               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1617               // for 2.10.1 mode <br />
1618               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1619               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1620                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1621                 calculations (not recommended)</em></li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1624               scaling of branch lengths for trees computed using
1625               Sequence Feature Similarity.
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1629               generating output report when working with highly
1630               redundant alignments
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1634               right of selected region when gaps present on right-hand
1635               boundary
1636             </li>
1637           </ul>
1638           <em>User Interface</em>
1639           <ul>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1642               doesn't reselect a specific sequence's associated
1643               annotation after it was used for colouring a view
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1647               opened on a region of alignment without groups
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1651               of an alignment with overlapping groups
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1655               name and description match
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1659               hidden regions results in incorrect hidden regions
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1663               changing colour does not apply Conservation slider value
1664               to all groups
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1668               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1672               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1676               gaps before start of features
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1680               restored to UI when feature colour is edited
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1684               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1688               as graduate feature colour settings are modified via the
1689               dialog box
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1693               when a group defined on the alignment is resized
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1697               wrapped view result in positional status updates
1698             </li>
1699
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1702               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1706               alignment included gapped columns
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1710               widgets don't permanently disappear
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1714               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1715               T-Coffee column reliability scores)
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1719               sequence feature on gaps only
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1723               button from a Find inherit previously defined feature type
1724               rather than the Find query string
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1728               exporting tree calculated in Jalview
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1732               and then revealing them reorders sequences on the
1733               alignment
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1737               doesn't update to reflect available set of groups after
1738               interactively adding or modifying features
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1742               Linux
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1746               only excluded gaps in current sequence and ignored
1747               selection.
1748             </li>
1749           </ul>
1750           <em>Rendering</em>
1751           <ul>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1754               erratically when hidden rows or columns are present
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1758               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1759               sequence colouring
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1763               colour and group colour menu for protein alignments
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1767               reflect currently selected view or group's shading
1768               thresholds
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1772               when rendered on overview and structures when opacity at
1773               100%
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1777               overview when features overlaid on alignment
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1781               recovered correctly from Jalview project file
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1785               (automatically via preferences) are different to the main
1786               alignment panel
1787             </li>
1788           </ul>
1789           <em>Data import/export</em>
1790           <ul>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1793               load
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1797               added after a sequence was imported are not written to
1798               Stockholm File
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1802               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1806               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1810               with lightGray or darkGray via features file (but can
1811               specify lightgray)
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1815               when alignment view imported from project
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1819               structure and sequences extracted from structure files
1820               imported via URL and viewed in Jmol
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1824               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1825               the project is loaded and the structure viewed
1826             </li>
1827           </ul>
1828           <em>Web Services</em>
1829           <ul>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1832               release of Ensembl v.88
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1836               appear enabled in Preferences->Connections
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1840               removed from console output
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1844               Ensembl by Peptide ID
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1848               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1849               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1850               due to 'null' string rather than empty string used for
1851               residues with no corresponding PDB mapping).
1852             </li>
1853           </ul>
1854           <em>Application UI</em>
1855           <ul>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1858               menu
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1862               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1863               new documentation and tooltips added)
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1867               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1871               new features are added to alignment
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1875               changes to feature colours via the Amend features dialog
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1879               edit graduated feature colour via amend features dialog
1880               box
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1884               selection menu changes colours of alignment views
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1888               from alignment calculation workers after alignment has
1889               been closed
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1893               groups now 'Create Group'
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1897               Create/Undefine group doesn't always work
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1901               shown again after pressing 'Cancel'
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1905               adjusts start position in wrap mode
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1909               ambiguous amino acids
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1913               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1914               proteins
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1918               Defined' don't appear in Colours menu
1919             </li>
1920           </ul>
1921           <em>Applet</em>
1922           <ul>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1925               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1929               overview or linked structure view
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1933               work (since 2.8)
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1937               user-defined colourscheme doesn't restore original
1938               colourscheme
1939             </li>
1940           </ul>
1941           <em>Test Suite</em>
1942           <ul>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1945               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1949               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1950               problems with deep array comparison equality asserts in
1951               successive versions of TestNG
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1955               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1956             </li>
1957           </ul>
1958           <em>New Known Issues</em>
1959           <ul>
1960             <li>
1961               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1962               phase after a sequence motif find operation
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1966               containing just upper and lower case letters are
1967               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1971               reliably from eggnog Ortholog database
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1975               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1976               to mark columns containing highlighted regions.
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1980               doesn't always add secondary structure annotation.
1981             </li>
1982           </ul>
1983         </div>
1984     <tr>
1985       <td width="60" nowrap>
1986         <div align="center">
1987           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1988         </div>
1989       </td>
1990       <td><div align="left">
1991           <em>General</em>
1992           <ul>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1995               for all consensus calculations
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1999               3rd Oct 2016)
2000             </li>
2001             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2002               for 2016-2017</li>
2003           </ul>
2004           <em>Application</em>
2005           <ul>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2008               set of database cross-references, sorted alphabetically
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2012               from database cross references. Users with custom links
2013               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2014                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2018               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2019               Chimera session
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2023               the Chimera it is connected to is shut down
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2027               columns menu item to mark columns containing highlighted
2028               regions (e.g. from structure selections or results of a
2029               Find operation)
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2033               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2034               MSAviewer
2035             </li>
2036           </ul>
2037         </div></td>
2038       <td>
2039         <div align="left">
2040           <em>General</em>
2041           <ul>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2044               are not coloured or thresholded according to percent
2045               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2049               hydrophobic
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2053               threshold, amino acid properties)
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2057               reported as mapped to residues in a structure file in the
2058               View Mapping report
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2062               could be added multiple times to a sequence
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2066               bond features shown as two highlighted residues rather
2067               than a range in linked structure views, and treated
2068               correctly when selecting and computing trees from features
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2072               cross-references are matched to database name regardless
2073               of case
2074             </li>
2075
2076           </ul>
2077           <em>Application</em>
2078           <ul>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2081               names without regular expressions also offer links from
2082               Sequence ID
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2086               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2087               update Jalview configuration
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2091               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2095               files with similarly named sequences if dropped onto the
2096               alignment
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2100               entries where more chains exist in the PDB accession than
2101               are reported in the SIFTS file
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2105               the structure view when displayed with Chimera
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2109               panel's View->Show Chains submenu
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2113               work for wrapped alignment views
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2117               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2121               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2122               first annotation row
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2126               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2130               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2131             </li>
2132             <!-- JAL-2319 -->
2133             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2134             coordindate data
2135             </li>
2136           </ul>
2137           <!--           <em>New Known Issues</em>
2138           <ul>
2139             <li></li>
2140           </ul> -->
2141         </div>
2142       </td>
2143     </tr>
2144     <td width="60" nowrap>
2145       <div align="center">
2146         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2147           <em>25/10/2016</em></strong>
2148       </div>
2149     </td>
2150     <td><em>Application</em>
2151       <ul>
2152         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2153           view if structures already loaded</li>
2154         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2155           structure views</li>
2156       </ul></td>
2157     <td>
2158       <div align="left">
2159         <em>General</em>
2160         <ul>
2161           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2162             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2163           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2164             example sequences/projects/trees</li>
2165         </ul>
2166         <em>Application</em>
2167         <ul>
2168           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2169             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2170           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2171             without timeout for structures with multiple models or
2172             multiple sequences in alignment</li>
2173           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2174             PDB ID HEADER line</li>
2175           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2176             is performed</li>
2177           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2178             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2179           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2180           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2181             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2182             option</li>
2183           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2184             is created on the alignment</li>
2185           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2186             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2187             pop-up menu</li>
2188         </ul>
2189         <em>Build and deployment</em>
2190         <ul>
2191           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2192             tags</li>
2193         </ul>
2194         <em>New Known Issues</em>
2195         <ul>
2196           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2197             on Windows</li>
2198         </ul>
2199       </div>
2200     </td>
2201     </tr>
2202     <tr>
2203       <td width="60" nowrap>
2204         <div align="center">
2205           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2206         </div>
2207       </td>
2208       <td><em>General</em>
2209         <ul>
2210           <li>
2211             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2212           </li>
2213           <li>
2214             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2215             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2216             better PDB parsing.
2217           </li>
2218           <li>
2219             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2220             reference sequence
2221           </li>
2222           <li>
2223             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2224             mousing over sequence associated annotation
2225           </li>
2226           <li>
2227             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2228             for manual entry
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2232             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2233             for each column
2234           </li>
2235           <li>
2236             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2237             showing or hiding columns containing a feature
2238           </li>
2239           <li>
2240             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2241             group and sequence associated annotation labels
2242           </li>
2243           <li>
2244             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2245             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2246             dialogs
2247           </li>
2248
2249         </ul> <em>Application</em>
2250         <ul>
2251           <li>
2252             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2253             gene/transcript view
2254           </li>
2255           <li>
2256             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2257             dialog
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2261             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2262           </li>
2263           <li>
2264             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2265             Pfam sources to xfam.org
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2269           </li>
2270           <li>
2271             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2272             over sequences in Jalview
2273           </li>
2274           <li>
2275             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2276             regions in ENA and EMBL
2277           </li>
2278           <li>
2279             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2280             for record retrieval via ENA rest API
2281           </li>
2282           <li>
2283             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2284             complement operator
2285           </li>
2286           <li>
2287             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2288             groovy script execution
2289           </li>
2290           <li>
2291             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2292             alignment window's Calculate menu
2293           </li>
2294           <li>
2295             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2296             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2297           </li>
2298           <li>
2299             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2300             calculation workers from groovy scripts
2301           </li>
2302           <li>
2303             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2304             Jalview projects
2305           </li>
2306           <li>
2307             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2308             associations are now saved/restored from project
2309           </li>
2310           <li>
2311             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2312             before sequence fetcher is opened
2313           </li>
2314           <li>
2315             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2316             database chooser opens a sequence fetcher
2317           </li>
2318           <li>
2319             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2320             the UniProt REST API
2321           </li>
2322           <li>
2323             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2324             the news reader opening
2325           </li>
2326           <li>
2327             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2328             querying stored in preferences
2329           </li>
2330           <li>
2331             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2332             search results
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2336           </li>
2337           <li>
2338             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2339             menu for nucleotide sequences
2340           </li>
2341           <li>
2342             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2343             and feature counts preserves alignment ordering (and
2344             debugged for complex feature sets).
2345           </li>
2346           <li>
2347             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2348             viewing structures with Jalview 2.10
2349           </li>
2350           <li>
2351             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2352             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2353             Ensembl Genomes REST API
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2357             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2358             (Ensembl)
2359           </li>
2360           <li>
2361             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2362             sequences
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2366             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2367             data from external database records.
2368           </li>
2369           <li>
2370             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2371             efficient recovery of sequence coding and alignment
2372             annotation relationships.
2373           </li>
2374         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2375         <ul>
2376           <li>
2377             -- JAL---
2378           </li>
2379         </ul> --></td>
2380       <td>
2381         <div align="left">
2382           <em>General</em>
2383           <ul>
2384             <li>
2385               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2386               menu on OSX
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2390               includes graduated colourschemes
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2394               working with big alignments and lots of hidden columns
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2398               at right of alignment window
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2402               contents
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2406               for DNA alignments
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2410               based tree calculation
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2414               unconserved enabled for group on alignment
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2418               set as reference
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2422               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2423               annotation
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2427               hidden columns present
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2431               user created annotation added to alignment
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2435               '()' base pair annotation
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2439               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2440               Consensus
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2444               feature not working
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2448               beginning of sequence
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2452               entry 3a6s
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2456               from a tree when t-coffee scores are shown
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2460               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2464               some structures
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2468               to Clustal, PIR and PileUp output
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2472               not visible causes alignment window to repaint
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2476               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2477               scores associated with features and annotation rows
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2481               calculation should be case independent
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2485               columns
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2489               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2490               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2494               problems when reference sequence defined and 'show
2495               non-conserved' enabled
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2499               load even when Consensus calculation is disabled
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2503               alignment does nothing
2504             </li>
2505           </ul>
2506           <em>Application</em>
2507           <ul>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2510               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2511               yet fixed for El Capitan)
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2515               output when running on non-gb/us i18n platforms
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2519               hidden sequences as flat-file alignment
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2523               launching Chimera
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2527               (also hotfix for 2.9.0b2)
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2531               reference sequence defined
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2535               alignments and views when revealing hidden columns
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2539               view in a cDNA/Protein splitframe
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2543               sequence from project when only one sequence is
2544               represented
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2548               in Structure Chooser
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2552               structure consensus didn't refresh annotation panel
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2556               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2560               dialogs format columns correctly, don't display array
2561               data, sort columns according to type
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2565               file chooser is cancelled during an image export
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2569               sequence name containing special characters
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2573               case insensitive
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2577               formatting don't wrap
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2581               truncated so L looks like I in consensus annotation
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2585               currently displayed features for the current selection or
2586               view
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2590               after fetching cross-references, and restoring from
2591               project
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2595               followed in the structure viewer
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2599               splitframe not restored from project
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2603               trailing end of protein alignment in transcript/product
2604               splitview when pad-gaps not enabled by default
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2608               is case dependent
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2612               article has been read (reopened issue due to
2613               internationalisation problems)
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2617               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2618               cross-references
2619             </li>
2620
2621             <li>
2622               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2623               alignment as HTML
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2627               multiple structures are shown for one or more sequences.
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2631               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2632               is enabled.
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2636               specific PDB id for sequence
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2640               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2641               columns' is disabled.
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2645               selects lowest rather than highest resolution structures
2646               for each sequence
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2650               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2654               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2658               after clicking on it to create new annotation for a
2659               column.
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2663               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2664             </li>
2665             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2666             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2667           </ul>
2668           <em>Applet</em>
2669           <ul>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2672               hidden columns present before start of sequence
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2676               (JSON jars)
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2680               sequences are hidden in applet
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2684               deployment on examples pages.
2685             </li>
2686           </ul>
2687         </div>
2688       </td>
2689     </tr>
2690     <tr>
2691       <td width="60" nowrap>
2692         <div align="center">
2693           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2694             <em>16/10/2015</em></strong>
2695         </div>
2696       </td>
2697       <td><em>General</em>
2698         <ul>
2699           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2700             jars</li>
2701         </ul></td>
2702       <td>
2703         <div align="left">
2704           <em>Application</em>
2705           <ul>
2706             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2707               shown when tree is partitioned</li>
2708             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2709               multiple cDNA/Protein split views</li>
2710           </ul>
2711         </div>
2712       </td>
2713     </tr>
2714     <tr>
2715       <td width="60" nowrap>
2716         <div align="center">
2717           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2718             <em>8/10/2015</em></strong>
2719         </div>
2720       </td>
2721       <td><em>General</em>
2722         <ul>
2723           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2724             2.9</li>
2725         </ul> <em>Application</em>
2726         <ul>
2727           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2728           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2729           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2730         </ul> <em>Applet</em>
2731         <ul>
2732           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2733         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2734         <ul>
2735           <li>
2736             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2737             suite
2738           </li>
2739         </ul></td>
2740       <td>
2741         <div align="left">
2742           <em>General</em>
2743           <ul>
2744             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2745               incorrect when sequence start > 1</li>
2746             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2747               documentation</li>
2748             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2749             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2750               loading a features file containing HTML tags in feature
2751               description</li>
2752
2753           </ul>
2754           <em>Application</em>
2755           <ul>
2756             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2757               reimport</li>
2758             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2759               with 'trim retrieved sequences'</li>
2760             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2761               deleting selected columns</li>
2762             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2763               JNLP templates for webstart launch</li>
2764             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2765               unreleased structures for download or viewing</li>
2766             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2767               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2768             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2769               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2770             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2771               recovered from jalview project</li>
2772             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2773               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2774               alignment view</li>
2775             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2776               color schemes from BioJSON</li>
2777           </ul>
2778           <em>Applet</em>
2779           <ul>
2780             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2781               frame</li>
2782             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2783           </ul>
2784         </div>
2785       </td>
2786     </tr>
2787     <tr>
2788       <td><div align="center">
2789           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2790         </div></td>
2791       <td><em>General</em>
2792         <ul>
2793           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2794             alignments:
2795             <ul>
2796               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2797                 and DNA alignment views</li>
2798               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2799                 cDNA alignment views</li>
2800               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2801                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2802               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2803                 protein sequences</li>
2804             </ul>
2805           </li>
2806           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2807           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2808             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2809           <li>New alignment annotation file statements for
2810             reference sequences and marking hidden columns</li>
2811           <li>Reference sequence based alignment shading to
2812             highlight variation</li>
2813           <li>Select or hide columns according to alignment
2814             annotation</li>
2815           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2816           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2817             acid conservation row</li>
2818           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2819         </ul> <em>Application</em>
2820         <ul>
2821           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2822             <ul>
2823               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2824                 view with cDNA/Protein</li>
2825               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2826                 sequences are placed in the same alignment</li>
2827               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2828                 projects</li>
2829             </ul>
2830           </li>
2831
2832           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2833           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2834             Jalview windows</li>
2835
2836           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2837           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2838           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2839             be shown in VARNA</li>
2840
2841           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2842             as the active selected region</li>
2843
2844           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2845             similarity</li>
2846           <li>New Export options
2847             <ul>
2848               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2849                 region export in flat file generation</li>
2850
2851               <li>Export alignment views for display with the <a
2852                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2853
2854               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2855               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2856                 alignment figures to HTML</li>
2857           </li>
2858           <li>3D structure retrieval and display
2859             <ul>
2860               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2861                 Search API</li>
2862               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2863                 PDB structures for a sequence set</li>
2864             </ul>
2865           </li>
2866
2867           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2868             predictions</li>
2869           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2870             for one or a group of sequences</li>
2871           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2872             from the JPred4 web server</li>
2873           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2874             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2875             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2876           </li>
2877           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2878             VARNA 2D Structure'</li>
2879           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2880             Structure ..."</li>
2881
2882         </ul> <em>Applet</em>
2883         <ul>
2884           <li>New layout for applet example pages</li>
2885           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2886             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2887           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2888             Protein alignments</li>
2889         </ul> <em>Development and deployment</em>
2890         <ul>
2891           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2892           <li>Include installation type and git revision in build
2893             properties and console log output</li>
2894           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2895             storing BioJsMSA Templates</li>
2896           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2897         </ul></td>
2898       <td>
2899         <!-- <em>General</em>
2900         <ul>
2901         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2902         <ul>
2903           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2904           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2905           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2906             predictions are not highlighted in amber</li>
2907           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2908             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2909           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2910             associated structure views</li>
2911           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2912             width checkbox not enabled</li>
2913           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2914             creating user defined colours</li>
2915           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2916             mappings for just that viewer's sequences</li>
2917           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2918             multiple models in Chimera</li>
2919           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2920             over Jmol structure</li>
2921           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2922             output to text box</li>
2923           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2924             have incorrect sequence start/end</li>
2925           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2926             Jalview fails</li>
2927           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2928             work for nucleotide</li>
2929           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2930             to a grey/invisible alignment window</li>
2931           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2932             imports to different position</li>
2933           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2934             on some platforms</li>
2935           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2936             populated</li>
2937           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2938             console if Chimera has been opened</li>
2939           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2940           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2941             retrieved</li>
2942           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2943           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2944             either sequence shows on first structure</li>
2945           <li>'Show annotations' options should not make
2946             non-positional annotations visible</li>
2947           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2948             in right place after 'view flanking regions'</li>
2949           <li>File Save As type unset when current file format is
2950             unknown</li>
2951           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2952             projects</li>
2953           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2954             responsive</li>
2955           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2956             several views on same alignment</li>
2957           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2958           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2959             spaces</li>
2960         </ul> <em>Applet</em>
2961         <ul>
2962           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2963           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2964             descriptions containing angle brackets</li>
2965         </ul> <em>General</em>
2966         <ul>
2967           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2968             via jalview annotation file</li>
2969           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2970             with RNA secondary structure</li>
2971           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2972             translation doesn't work.</li>
2973           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2974           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2975             positions</li>
2976           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2977             choosing 1pt font</li>
2978           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2979             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2980             'h'</li>
2981           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2982             new feature</li>
2983           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2984             order dependent</li>
2985           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2986             sequences</li>
2987           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2988         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2989         <ul>
2990           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2991             www.jalview.org</li>
2992         </ul> <em>Application Known issues</em>
2993         <ul>
2994           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2995           <li>Misleading message appears after trying to delete
2996             solid column.</li>
2997           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2998             version launches</li>
2999           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3000             fails with a sequence mismatch</li>
3001           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3002             scrolling alignment to right</li>
3003           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3004             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3005           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3006             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3007           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3008             ultra-high resolution</li>
3009           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3010             quality and conservation</li>
3011           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3012             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3013         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3014         <ul>
3015           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3016           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3017             window is being resized</li>
3018
3019         </ul>
3020       </td>
3021     </tr>
3022     <tr>
3023       <td><div align="center">
3024           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3025         </div></td>
3026       <td><em>General</em>
3027         <ul>
3028           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3029             Certum.PL.</li>
3030           <li>Features and annotation preserved when performing
3031             pairwise alignment</li>
3032           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3033             imported/exported/displayed</li>
3034           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3035             protein secondary structure</li>
3036           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3037               post-hoc with 2.9 release</em>)
3038           </li>
3039
3040         </ul> <em>Application</em>
3041         <ul>
3042           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3043             with 3D structures</li>
3044           <li>Support for parsing RNAML</li>
3045           <li>Annotations menu for layout
3046             <ul>
3047               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3048               <li>place sequence annotation above/below alignment
3049                 annotation</li>
3050             </ul>
3051           <li>Output in Stockholm format</li>
3052           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3053             translation</li>
3054           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3055           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3056             shared between alignments</li>
3057           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3058             Jalview</li>
3059           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3060             all or current selection</li>
3061           <li>disorder and secondary structure predictions
3062             available as dataset annotation</li>
3063           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3064
3065
3066           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3067             alignments from Rfam</li>
3068           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3069
3070           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3071             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3072           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3073           <li>include installation type in build properties and
3074             console log output</li>
3075           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3076             annotation</li>
3077         </ul></td>
3078       <td>
3079         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3080         <ul>
3081           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3082             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3083           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3084             alignment</li>
3085           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3086           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3087           <li>Double click on sequence associated annotation
3088             selects only first column</li>
3089           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3090             leaves shown in tree</li>
3091           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3092             properly</li>
3093           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3094           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3095             screen and buttons not visible</li>
3096           <li>author list isn't updated if already written to
3097             Jalview properties</li>
3098           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3099             from database</li>
3100           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3101           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3102             browser search window</li>
3103           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3104             in feature settings dialog</li>
3105           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3106             desktop</li>
3107           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3108             pass validation</li>
3109           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3110             fit on screen</li>
3111           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3112             tooltip</li>
3113           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3114             defined user preset</li>
3115           <li>MSA web services warns user if they were launched
3116             with invalid input</li>
3117           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3118             Java 8</li>
3119           <li>
3120             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3121             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3122             created
3123           </li>
3124
3125         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3126         <ul>
3127         </ul> <em>General</em>
3128         <ul>
3129         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3130         <ul>
3131           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3132             memory allocation</li>
3133           <li>launchApp service doesn't automatically open
3134             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3135           <li>
3136             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3137             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3138             1.7_055 is available
3139           </li>
3140         </ul> <em>Application Known issues</em>
3141         <ul>
3142           <li>
3143             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3144             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3145             alignment to right
3146           </li>
3147           <li>
3148             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3149             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3150             with large number of ID
3151           </li>
3152           <li>
3153             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3154             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3155             start/end
3156           </li>
3157           <li>
3158             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3159             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3160             structure tracks are rearranged
3161           </li>
3162           <li>
3163             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3164             invalid rna structure positional highlighting does not
3165             highlight position of invalid base pairs
3166           </li>
3167           <li>
3168             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3169             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3170             project from alignment window file menu
3171           </li>
3172           <li>
3173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3174             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3175             structures
3176           </li>
3177           <li>
3178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3179             colour by RNA Helices not enabled when user created
3180             annotation added to alignment
3181           </li>
3182           <li>
3183             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3184             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3185           </li>
3186         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3187         <ul>
3188           <li>
3189             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3190             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3194             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3195           </li>
3196
3197           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3198             when selected</li>
3199         </ul>
3200       </td>
3201     </tr>
3202     <tr>
3203       <td><div align="center">
3204           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3205         </div></td>
3206       <td>
3207         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3208         <em>General</em>
3209         <ul>
3210           <li>Internationalisation of user interface (usually
3211             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3212           <li>Define/Undefine group on current selection with
3213             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3214           <li>Improved group creation/removal options in
3215             alignment/sequence Popup menu</li>
3216           <li>Sensible precision for symbol distribution
3217             percentages shown in logo tooltip.</li>
3218           <li>Annotation panel height set according to amount of
3219             annotation when alignment first opened</li>
3220         </ul> <em>Application</em>
3221         <ul>
3222           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3223             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3224           <li>Select columns containing particular features from
3225             Feature Settings dialog</li>
3226           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3227             sequences</li>
3228           <li>Update Jalview project format:
3229             <ul>
3230               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3231               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3232                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3233               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3234                 colouring</li>
3235             </ul>
3236           </li>
3237           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3238             (PAM250)</li>
3239           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3240             flanking regions for an alignment</li>
3241         </ul>
3242       </td>
3243       <td>
3244         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3245         <ul>
3246           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3247             running after job is cancelled</li>
3248           <li>cannot export features from alignments imported from
3249             Jalview/VAMSAS projects</li>
3250           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3251             float values</li>
3252           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3253             have 'display all symbols' flag set</li>
3254           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3255             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3256           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3257             Jalview</li>
3258           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3259             Lion/Webstart</li>
3260           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3261           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3262           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3263             alignment onto desktop</li>
3264           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3265             'extract scores' function</li>
3266           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3267             alignment window</li>
3268           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3269             performing IUPred disorder prediction</li>
3270           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3271             changing 'normalise logo' display setting</li>
3272           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3273             nothing matches query</li>
3274           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3275             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3276           </li>
3277           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3278             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3279           </li>
3280           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3281             Jalview's menu</li>
3282           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3283             'invalid literal/length code'</li>
3284           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3285             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3286           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3287             colourscheme</li>
3288
3289         </ul> <em>Applet</em>
3290         <ul>
3291           <li>Remove group option is shown even when selection is
3292             not a group</li>
3293           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3294             don't affect groups</li>
3295           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3296             colourscheme name</li>
3297           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3298             Annotation panel is not displayed</li>
3299           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3300             embedded windows</li>
3301         </ul> <em>Other</em>
3302         <ul>
3303           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3304             single sequence were not calculated</li>
3305           <li>annotation files that contain only groups imported as
3306             annotation and junk sequences</li>
3307           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3308             recognised as PFAM or BLC</li>
3309           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3310             doesn't affect background (2.8.0b1)
3311           <li></li>
3312           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3313           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3314             trailing gaps</li>
3315           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3316             registered correctly on import</li>
3317           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3318             certain alignments</li>
3319           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3320             existing annotation based 'use original colours'
3321             colourscheme loses original colours setting</li>
3322         </ul>
3323       </td>
3324     </tr>
3325     <tr>
3326       <td><div align="center">
3327           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3328             <em>30/1/2014</em></strong>
3329         </div></td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3333             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3334             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3335             open source project).
3336           </li>
3337           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3338           <li>Output in Stockholm format</li>
3339           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3340           <li>Export/import group and sequence associated line
3341             graph thresholds</li>
3342           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3343             ambiguity codes</li>
3344           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3345             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3346             works</li>
3347           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3348         </ul> <em>Other improvements</em>
3349         <ul>
3350           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3351           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3352             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3353           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3354             files</li>
3355           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3356           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3357             link but no description</li>
3358           <li>Select primary source when selecting authority in
3359             database fetcher GUI</li>
3360           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3361             Jalview</li>
3362           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3363         </ul>
3364       </td>
3365       <td>
3366         <ul>
3367           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3368             displayed</li>
3369           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3370             secondary structure annotation line</li>
3371           <li>Sequence database accessions not imported when
3372             fetching alignments from Rfam</li>
3373           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3374             identical IDs</li>
3375           <li>View all structures does not always superpose
3376             structures</li>
3377           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3378             reflect user or preset settings</li>
3379           <li>Null pointer exceptions for some services without
3380             presets or adjustable parameters</li>
3381           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3382             discover PDB xRefs</li>
3383           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3384             features with DAS</li>
3385           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3386             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3387           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3388             residue follows a gap</li>
3389           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3390             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3391           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3392             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3393           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3394             annotation already exists on alignment</li>
3395           <li>oninit javascript function should be called after
3396             initialisation completes</li>
3397           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3398             alignment window display</li>
3399           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3400           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3401             to annotation file</li>
3402           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3403             groups created</li>
3404           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3405             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3406           <li>Pressing return several times causes Number Format
3407             exceptions in keyboard mode</li>
3408           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3409             correct partitions for input data</li>
3410           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3411           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3412           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3413           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3414             mode</li>
3415           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3416             changes one row&#39;s threshold</li>
3417           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3418             doesn&#39;t open</li>
3419           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3420             quality histograms</li>
3421         </ul>
3422       </td>
3423     </tr>
3424     <tr>
3425       <td><div align="center">
3426           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3427         </div></td>
3428       <td><em>Application</em>
3429         <ul>
3430           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3431             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3432           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3433             preferences</li>
3434           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3435             in Jalview alignment window</li>
3436           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3437             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3438           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3439             RNA and ambiguity codes</li>
3440
3441           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3442           <li>Support fetching and database reference look up
3443             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3444             refs')</li>
3445           <li>Jalview project improvements
3446             <ul>
3447               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3448                 flag for annotation</li>
3449               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3450                 alignment</li>
3451               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3452                 Jalview project</li>
3453
3454             </ul>
3455           </li>
3456           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3457           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3458             running</li>
3459           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3460           <li>visual indication that web service results are still
3461             being retrieved from server</li>
3462           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3463             starts up for first time</li>
3464           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3465             services</li>
3466           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3467             client library</li>
3468           <li>Examples directory and Groovy library included in
3469             InstallAnywhere distribution</li>
3470         </ul> <em>Applet</em>
3471         <ul>
3472           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3473             visualization applet example</li>
3474         </ul> <em>General</em>
3475         <ul>
3476           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3477           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3478             defaults</li>
3479           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3480             calculation</li>
3481           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3482             matrices
3483           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3484             in HTML</li>
3485           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3486             structure contacts</li>
3487           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3488           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3489           <li>Parse sequence associated secondary structure
3490             information in Stockholm files</li>
3491           <li>HTML Export database accessions and annotation
3492             information presented in tooltip for sequences</li>
3493           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3494             style RNA alignment files</li>
3495           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3496             alignment</li>
3497           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3498             shade each sequence according to its associated alignment
3499             annotation</li>
3500           <li>New Jalview Logo</li>
3501         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3502         <ul>
3503           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3504           <li>New Website!</li>
3505         </ul></td>
3506       <td><em>Application</em>
3507         <ul>
3508           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3509             wsdbfetch REST service</li>
3510           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3511           <li>Filetype associations not installed for webstart
3512             launch</li>
3513           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3514             job execution in full once it is complete</li>
3515           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3516             uploaded via ali_file parameter</li>
3517           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3518           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3519           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3520             submitted for prediction</li>
3521           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3522             desktop window</li>
3523           <li>Putting fractional value into integer text box in
3524             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3525           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3526             windows 7</li>
3527           <li>View all structures fails with exception shown in
3528             structure view</li>
3529           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3530             escaped in a platform independent way</li>
3531           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3532             using proxy</li>
3533           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3534             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3535           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3536             failure when java web start temporary file caching is
3537             disabled</li>
3538           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3539             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3540           <li>Errors during processing of command line arguments
3541             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3542           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3543             DAS sources in sequence fetcher</li>
3544           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3545             dialog is shown</li>
3546           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3547           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3548           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3549           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3550             on OSX Mountain Lion</li>
3551           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3552             sequences with alignment annotation are pasted into the
3553             alignment</li>
3554           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3555             when loaded from Jalview project</li>
3556           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3557           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3558             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3559           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3560             associated with all views</li>
3561           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3562             annotation rows to new window</li>
3563         </ul> <em>Applet</em>
3564         <ul>
3565           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3566             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3567           <li>loading features via javascript API automatically
3568             enables feature display</li>
3569           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3570             work</li>
3571         </ul> <em>General</em>
3572         <ul>
3573           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3574           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3575             and then deselected</li>
3576           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3577           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3578             coloured with clustalx</li>
3579           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3580             exceptions and redraw errors</li>
3581           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3582             reconfigured view</li>
3583           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3584             colour</li>
3585           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3586             for lots of labels</li>
3587         </ul>
3588     </tr>
3589     <tr>
3590       <td>
3591         <div align="center">
3592           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3593         </div>
3594       </td>
3595       <td><em>Application</em>
3596         <ul>
3597           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3598           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3599           <li>View/alignment association menu to enable user to
3600             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3601             its colours/correspondences from</li>
3602           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3603           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3604             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3605           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3606           <li>Annotation row column label formatting attributes
3607             stored in project file</li>
3608           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3609             rows preserved in Jalview project file</li>
3610           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3611             saved using Desktop window menu</li>
3612           <li>Visual indication that command line arguments are
3613             still being processed</li>
3614           <li>Groovy script execution from URL</li>
3615           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3616             preferences</li>
3617           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3618             alignment with sequences that have high similarity and
3619             matching IDs</li>
3620           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3621           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3622             structures in same window</li>
3623           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3624           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3625             analysis function in its own submenu</li>
3626         </ul> <em>Applet</em>
3627         <ul>
3628           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3629             groups</li>
3630           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3631           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3632           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3633           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3634           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3635             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3636           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3637           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3638             parameters are treated as such</li>
3639           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3640             <ul>
3641               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3642               <li>Javascript callbacks for
3643                 <ul>
3644                   <li>Applet initialisation</li>
3645                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3646                 </ul>
3647               </li>
3648               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3649                 functions</li>
3650               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3651               <li>javascript structure viewer harness to pass
3652                 messages between Jmol and Jalview when running as
3653                 distinct applets</li>
3654               <li>sortBy method</li>
3655               <li>Set of applet and application examples shipped
3656                 with documentation</li>
3657               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3658                 javascript message exchange</li>
3659             </ul>
3660         </ul> <em>General</em>
3661         <ul>
3662           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3663             multiple alignments</li>
3664           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3665           <li>User configurable link to enable redirects to a
3666             www.Jalview.org mirror</li>
3667           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3668           <li>Configurable newline string when writing alignment
3669             and other flat files</li>
3670           <li>Allow alignment annotation description lines to
3671             contain html tags</li>
3672         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3673         <ul>
3674           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3675             examples</li>
3676           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3677             using a web service before displaying the result in the
3678             Jalview desktop</li>
3679           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3680           <li>Ant target to publish example html files with applet
3681             archive</li>
3682           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3683           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3684         </ul></td>
3685       <td><em>Application</em>
3686         <ul>
3687           <li>User defined colourscheme throws exception when
3688             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3689           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3690             dialog for valid filename/format</li>
3691           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3692           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3693             P37173</li>
3694           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3695             which sequence is to be associated with the file</li>
3696           <li>Find All raises null pointer exception when query
3697             only matches sequence IDs</li>
3698           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3699           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3700             2.4 cannot be loaded</li>
3701           <li>Filetype associations not installed for webstart
3702             launch</li>
3703           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3704             with sequences in different alignments do not get coloured
3705             by their associated sequence</li>
3706           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3707             not preserved when project is loaded</li>
3708           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3709             stored in Jalview project</li>
3710           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3711             Jalview project</li>
3712           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3713           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3714             by conservation</li>
3715           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3716             created on new view</li>
3717           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3718             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3719           <li>Alignment quality not updated after alignment
3720             annotation row is hidden then shown</li>
3721           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3722             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3723           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3724             properly</li>
3725           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3726             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3727           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3728           <li>Structures imported from file and saved in project
3729             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3730           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3731             job execution in full once it is complete</li>
3732         </ul> <em>Applet</em>
3733         <ul>
3734           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3735             annotation rows are displayed</li>
3736           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3737             codebase</li>
3738           <li>View follows highlighting does not work for positions
3739             in sequences</li>
3740           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3741           <li>Export features raises exception when no features
3742             exist</li>
3743           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3744             for javascript api is modified when separator string
3745             provided as parameter</li>
3746           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3747             alignment with no existing selection</li>
3748           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3749             to applet&#39;s codebase</li>
3750           <li>Status bar not updated after finished searching and
3751             search wraps around to first result</li>
3752           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3753             several Jalview applets causes race conditions and memory
3754             leaks</li>
3755           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3756             not sent from Jmol in applet</li>
3757           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3758             applet API fatally hang browser</li>
3759         </ul> <em>General</em>
3760         <ul>
3761           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3762             position with wrapped view and hidden regions</li>
3763           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3764             with/without hidden columns</li>
3765           <li>Sequence length given in alignment properties window
3766             is off by 1</li>
3767           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3768             import PDB like structure files</li>
3769           <li>Positional search results are only highlighted
3770             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3771           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3772           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3773             given sequence position</li>
3774           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3775             output</li>
3776           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3777             from nucleotide chains correctly</li>
3778           <li>Structure colours not updated when tree partition
3779             changed in alignment</li>
3780           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3781             parsed in interleaved stockholm</li>
3782           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3783             state</li>
3784           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3785             properly</li>
3786           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3787             properly associated with their pdb files</li>
3788         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3789         <ul>
3790           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3791             ApplyCopyright tool</li>
3792         </ul></td>
3793     </tr>
3794     <tr>
3795       <td>
3796         <div align="center">
3797           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3798         </div>
3799       </td>
3800       <td><em>Application</em>
3801         <ul>
3802           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3803             contact web services</li>
3804           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3805             service job window</li>
3806           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3807         </ul></td>
3808       <td>
3809         <ul>
3810           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3811             pir file emitted by Jalview</li>
3812           <li>Existing feature settings transferred to new
3813             alignment view created from cut'n'paste</li>
3814           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3815             parsing PDB files</li>
3816           <li>Consensus and conservation annotation rows
3817             occasionally become blank for all new windows</li>
3818           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3819             in wrapped view mode</li>
3820         </ul> <em>Application</em>
3821         <ul>
3822           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3823             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3824           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3825             parameter names</li>
3826           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3827             is down</li>
3828         </ul>
3829       </td>
3830     </tr>
3831     <tr>
3832       <td>
3833         <div align="center">
3834           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3835         </div>
3836       </td>
3837       <td><em>Application</em>
3838         <ul>
3839           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3840             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3841             (JABAWS)
3842           </li>
3843           <li>Web Services preference tab</li>
3844           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3845             preferences</li>
3846           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3847           <li>Superpose structures using associated sequence
3848             alignment</li>
3849           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3850             viewer</li>
3851         </ul> <em>Applet</em>
3852         <ul>
3853           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3854             link out mechanism</li>
3855         </ul> <em>Other</em>
3856         <ul>
3857           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3858             series 12</li>
3859           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3860             require Java 1.5</li>
3861           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3862             sequence annotation files</li>
3863           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3864             type colour specification</li>
3865           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3866             script to check if it being run in an interactive session or
3867             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3868         </ul></td>
3869       <td>
3870         <ul>
3871           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3872             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3873         </ul> <em>Application</em>
3874         <ul>
3875           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3876             selected Regions menu item</li>
3877           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3878             part of a valid accession ID</li>
3879           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3880             runs out of memory</li>
3881           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3882             analysis results</li>
3883           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3884             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3885           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3886         </ul> <em>Applet</em>
3887         <ul>
3888           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3889             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3890             defined.</li>
3891         </ul>
3892       </td>
3893     </tr>
3894     <tr>
3895       <td>
3896         <div align="center">
3897           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3898         </div>
3899       </td>
3900       <td></td>
3901       <td>
3902         <ul>
3903           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3904             sequence IDs</li>
3905           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3906             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3907           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3908             import correctly</li>
3909           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3910             number of columns are hidden</li>
3911           <li>annotation label popup menu not providing correct
3912             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3913             present</li>
3914           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3915             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3916           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3917             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3918
3919         </ul> <em>Applet</em>
3920         <ul>
3921           <li>annotation panel disappears when annotation is
3922             hidden/removed</li>
3923         </ul> <em>Application</em>
3924         <ul>
3925           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3926             alignment opened where annotation panel is visible but no
3927             annotations are present on alignment</li>
3928           <li>pasted region containing hidden columns is
3929             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3930           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3931             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3932           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3933             selected Rregions menu item.</li>
3934           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3935             'Un' or 'Non'conserved</li>
3936           <li>Sequence feature settings are being shared by
3937             multiple distinct alignments</li>
3938           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3939             changed</li>
3940           <li>double click on group annotation to select sequences
3941             does not propagate to associated trees</li>
3942           <li>Mac OSX specific issues:
3943             <ul>
3944               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3945                 window background</li>
3946               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3947                 name set correctly</li>
3948               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3949                 save feature colourscheme button</li>
3950             </ul>
3951           </li>
3952         </ul>
3953       </td>
3954     </tr>
3955     <tr>
3956
3957       <td>
3958         <div align="center">
3959           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3960         </div>
3961       </td>
3962       <td><em>New Capabilities</em>
3963         <ul>
3964           <li>URL links generated from description line for
3965             regular-expression based URL links (applet and application)
3966
3967           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3968             menu</li>
3969           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3970             structures</li>
3971           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3972             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3973           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3974             average score or total feature count for each sequence.</li>
3975           <li>Shading features by score or associated description</li>
3976           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3977             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3978           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3979             hide everything but the currently selected region.</li>
3980           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3981         </ul> <em>Application</em>
3982         <ul>
3983           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3984             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3985           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3986             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3987           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3988             database references and protein_name is parsed as
3989             description line (BioSapiens terms).</li>
3990           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3991             references in sequence ID tooltip from View menu in
3992             application.</li>
3993           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3994       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3995           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3996             conservation plots</li>
3997           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3998             and visualized as sequence logos</li>
3999           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4000             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4001           </li>
4002           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4003             when a new tree is opened.</li>
4004           <li>Jalview Java Console</li>
4005           <li>Better placement of desktop window when moving
4006             between different screens.</li>
4007           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4008             consensus annotation</li>
4009           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4010             Workflows</li>
4011           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4012             <ul>
4013               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4014                 used to preserve views, structures, and tree display
4015                 settings)</li>
4016               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4017                 command line</li>
4018               <li>Sharing of selected regions between views and
4019                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4020               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4021             </ul></li>
4022         </ul> <em>Applet</em>
4023         <ul>
4024           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4025           <li>New Parameters
4026             <ul>
4027               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4028                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4029                 opened.</li>
4030               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4031                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4032               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4033                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4034               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4035                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4036                 view</li>
4037               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4038                 increase the height or width of a cell in the alignment
4039                 grid relative to the current font size.</li>
4040             </ul>
4041           </li>
4042           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4043             tooltip</li>
4044         </ul> <em>Other</em>
4045         <ul>
4046           <li>Features format: graduated colour definitions and
4047             specification of feature scores</li>
4048           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4049             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4050             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4051           <li>XML formats extended to support graduated feature
4052             colourschemes, group associated annotation, and profile
4053             visualization settings.</li></td>
4054       <td>
4055         <ul>
4056           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4057             rather than description</li>
4058           <li>Non-positional features are now included in sequence
4059             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4060             visibility in tooltip).</li>
4061           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4062           <li>Added URL embedding instructions to features file
4063             documentation.</li>
4064           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4065             'X' in peptide product</li>
4066           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4067             sequence ID and sequence string and query strings do not
4068             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4069           <li>AMSA files only contain first column of
4070             multi-character column annotation labels</li>
4071           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4072             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4073             exported and re-imported)</li>
4074           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4075             name</li>
4076           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4077             as subsequence matches, and correctly reports total number
4078             of both.</li>
4079           <li>Application:
4080             <ul>
4081               <li>Better handling of exceptions during sequence
4082                 retrieval</li>
4083               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4084                 link text excludes the start_end suffix</li>
4085               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4086                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4087               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4088               <li>Sequence description lines properly shared via
4089                 VAMSAS</li>
4090               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4091                 data sources</li>
4092               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4093                 completes before alignment figures are generated.</li>
4094               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4095                 first time.</li>
4096               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4097                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4098               <li>User defined group colours properly recovered
4099                 from Jalview projects.</li>
4100             </ul>
4101           </li>
4102         </ul>
4103       </td>
4104
4105     </tr>
4106     <tr>
4107       <td>
4108         <div align="center">
4109           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4110         </div>
4111       </td>
4112       <td>
4113         <ul>
4114           <li>Experimental support for google analytics usage
4115             tracking.</li>
4116           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4117         </ul>
4118       </td>
4119       <td>
4120         <ul>
4121           <li>Race condition in applet preventing startup in
4122             jre1.6.0u12+.</li>
4123           <li>Exception when feature created from selection beyond
4124             length of sequence.</li>
4125           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4126           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4127             all sequences with a given id</li>
4128           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4129             ID string searches</li>
4130           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4131             alignment to fail with exception</li>
4132         </ul> <em>Application Issues</em>
4133         <ul>
4134           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4135           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4136             data sources</li>
4137         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4138         <ul>
4139           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4140             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4141           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4142             version (java class versioning error fixed)</li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145     </tr>
4146     <tr>
4147       <td>
4148
4149         <div align="center">
4150           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4151         </div>
4152       </td>
4153       <td><em>User Interface</em>
4154         <ul>
4155           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4156             translation and protein products</li>
4157           <li>Linked highlighting of structure associated with
4158             residue mapping to codon position</li>
4159           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4160             and 'clear' button</li>
4161           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4162             Tools menu</li>
4163           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4164             numeric data in description line</li>
4165           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4166           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4167             of sequence</li>
4168         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4169         <ul>
4170           <li>JPred3 web service</li>
4171           <li>Prototype sequence search client (no public services
4172             available yet)</li>
4173           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4174             PFAM</li>
4175           <li>URL Links created for matching database cross
4176             references as well as sequence ID</li>
4177           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4178         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4179         <ul>
4180           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4181             databases</li>
4182           <li>Generalised database reference retrieval and
4183             validation to all fetchable databases</li>
4184           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4185             sequence command</li>
4186         </ul> <em>Import and Export</em>
4187         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4188         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4189           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4190         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4191           File</li>
4192         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4193           triplet as name of colourscheme</li>
4194         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4195         <ul>
4196           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4197           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4198             alignments (experimental)</li>
4199           <li>Create new or select existing session to join</li>
4200           <li>load and save of vamsas documents</li>
4201         </ul> <em>Application command line</em>
4202         <ul>
4203           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4204             from applet)</li>
4205           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4206             of DAS servers to query for alignment features</li>
4207           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4208             that are also automatically queried for features</li>
4209           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4210             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4211         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4212         <ul>
4213           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4214             application (when using &quot;View in full
4215             application&quot;)</li>
4216         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4217         <ul>
4218           <li>feature group display control parameter</li>
4219           <li>debug parameter</li>
4220           <li>showbutton parameter</li>
4221         </ul> <em>Applet API methods</em>
4222         <ul>
4223           <li>newView public method</li>
4224           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4225           <li>Feature display control methods</li>
4226           <li>get list of currently selected sequences</li>
4227         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4228         <ul>
4229           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4230           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4231             Jalview release.</li>
4232           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4233             property controls execution of obfuscator</li>
4234           <li>Build target for generating source distribution</li>
4235           <li>Debug flag for javacc</li>
4236           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4237             jalview.bin.Cache</li>
4238           <li>Continuous Build Integration for stable and
4239             development version of Application, Applet and source
4240             distribution</li>
4241         </ul></td>
4242       <td>
4243         <ul>
4244           <li>selected region output includes visible annotations
4245             (for certain formats)</li>
4246           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4247             for editing</li>
4248           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4249           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4250           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4251           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4252             comments</li>
4253           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4254             filenames containing a ':'</li>
4255           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4256             global sequence features</li>
4257           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4258             references from alignment sequences goes to zero</li>
4259           <li>Close of tree branch colour box without colour
4260             selection causes cascading exceptions</li>
4261           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4262           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4263             file parsing fails.</li>
4264           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4265           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4266             not a valid output format</li>
4267           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4268             vamsas</li>
4269           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4270           <li>error messages passed up and output when data read
4271             fails</li>
4272           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4273             sequence is edited</li>
4274           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4275             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4276           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4277             filetype</li>
4278           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4279             import fixed for PFAM records</li>
4280           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4281             window list</li>
4282           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4283             can be read and written correctly to annotation file</li>
4284           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4285             correctly</li>
4286           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4287             non-italic font for representatives in Applet</li>
4288           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4289             Macs.</li>
4290           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4291             Applet)</li>
4292           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4293             due to null pointer exceptions</li>
4294           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4295             first column of alignment</li>
4296           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4297             July 2008</li>
4298           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4299             file is case-insensitive</li>
4300           <li>Sequence features read from Features file appended to
4301             all sequences with matching IDs</li>
4302           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4303             containing a sub-sequence</li>
4304           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4305           <li>feature and annotation file applet parameters
4306             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4307           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4308           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4309             splash-screen version check to complete</li>
4310           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4311             when passing them to the launchApp service</li>
4312           <li>display name and local features preserved in results
4313             retrieved from web service</li>
4314           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4315             sequence fetcher initialisation</li>
4316           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4317             dasobert DAS client</li>
4318           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4319             association</li>
4320           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4321             sequences
4322           </li>
4323         </ul>
4324       </td>
4325     </tr>
4326     <tr>
4327       <td>
4328         <div align="center">
4329           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4330         </div>
4331       </td>
4332       <td>
4333         <ul>
4334           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4335           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4336           <li>Slide sequences</li>
4337           <li>Edit sequence in place</li>
4338           <li>EMBL CDS features</li>
4339           <li>DAS Feature mapping</li>
4340           <li>Feature ordering</li>
4341           <li>Alignment Properties</li>
4342           <li>Annotation Scores</li>
4343           <li>Sort by scores</li>
4344           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4345         </ul>
4346       </td>
4347       <td>
4348         <ul>
4349           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4350           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4351           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4352           <li>Feature group display state in XML</li>
4353           <li>Feature ordering in XML</li>
4354           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4355           <li>Stockholm alignment properties</li>
4356           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4357           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4358           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4359           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4360         </ul>
4361       </td>
4362
4363     </tr>
4364     <tr>
4365       <td>
4366         <div align="center">
4367           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4368         </div>
4369       </td>
4370       <td>
4371         <ul>
4372           <li>Non standard characters can be read and displayed
4373           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4374             applet via textbox
4375           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4376             name &amp; description
4377           <li>Preference setting to display sequence name in
4378             italics
4379           <li>Annotation file format extended to allow
4380             Sequence_groups to be defined
4381           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4382             specified in preferences
4383           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4384             sequences
4385         </ul>
4386       </td>
4387       <td>
4388         <ul>
4389           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4390             installed
4391           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4392           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4393         </ul>
4394       </td>
4395     </tr>
4396     <tr>
4397       <td>
4398         <div align="center">
4399           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4400         </div>
4401       </td>
4402       <td>
4403         <ul>
4404           <li>Multiple views on alignment
4405           <li>Sequence feature editing
4406           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4407           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4408           <li>Background dependent text colour
4409           <li>Right align sequence ids
4410           <li>User-defined lower case residue colours
4411           <li>Format Menu
4412           <li>Select Menu
4413           <li>Menu item accelerator keys
4414           <li>Control-V pastes to current alignment
4415           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4416           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4417           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4418
4419           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4420         </ul>
4421       </td>
4422       <td>
4423         <ul>
4424           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4425           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4426             calculations
4427           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4428             edits
4429           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4430             of alignment)
4431           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4432
4433           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4434             display correctly
4435           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4436           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4437             analysis results
4438           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4439             &#8739;
4440           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4441           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4442           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4443
4444         </ul>
4445       </td>
4446     </tr>
4447     <tr>
4448       <td>
4449         <div align="center">
4450           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4451         </div>
4452       </td>
4453       <td>
4454         <ul>
4455           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4456         </ul>
4457       </td>
4458       <td>
4459         <ul>
4460           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4461             sequence id panel has been resized</li>
4462           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4463             rendered</li>
4464           <li>Annotation files with sequence references - all
4465             elements in file are relative to sequence position</li>
4466           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4467         </ul>
4468       </td>
4469     </tr>
4470     <tr>
4471       <td>
4472         <div align="center">
4473           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4474         </div>
4475       </td>
4476       <td>
4477         <ul>
4478           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4479           <li>DAS Feature fetching</li>
4480           <li>Hide sequences and columns</li>
4481           <li>Export Annotations and Features</li>
4482           <li>GFF file reading / writing</li>
4483           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4484             files</li>
4485           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4486           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4487           <li>Applet can launch the full application</li>
4488           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4489             required)</li>
4490           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4491           <li>Applet can load sequences from parameter
4492             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4493           </li>
4494         </ul>
4495       </td>
4496       <td>
4497         <ul>
4498           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4499           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4500           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4501         </ul>
4502       </td>
4503     </tr>
4504     <tr>
4505       <td>
4506         <div align="center">
4507           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4508         </div>
4509       </td>
4510       <td>
4511         <ul>
4512           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4513           <li>Choose to match case when searching</li>
4514           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4515             expand the visible width and height of the alignment</li>
4516         </ul>
4517       </td>
4518       <td>
4519         <ul>
4520           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4521         </ul>
4522       </td>
4523     </tr>
4524     <tr>
4525       <td>
4526         <div align="center">
4527           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4528         </div>
4529       </td>
4530       <td>&nbsp;</td>
4531       <td>
4532         <ul>
4533           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4534           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4535             value</li>
4536         </ul>
4537       </td>
4538     </tr>
4539     <tr>
4540       <td>
4541         <div align="center">
4542           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4543         </div>
4544       </td>
4545       <td>
4546         <ul>
4547           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4548           <li>Keyboard editing</li>
4549           <li>Create sequence features from searches</li>
4550           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4551             alignments</li>
4552           <li>Features file allows grouping of features</li>
4553           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4554           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4555           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4556         </ul>
4557       </td>
4558       <td>
4559         <ul>
4560           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4561           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4562             descriptions saved.</li>
4563         </ul>
4564       </td>
4565     </tr>
4566     <tr>
4567       <td>
4568         <div align="center">
4569           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4570         </div>
4571       </td>
4572       <td>
4573         <ul>
4574           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4575           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4576           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4577             name for file output</li>
4578           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4579           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4580             used for HTML form input</li>
4581         </ul>
4582       </td>
4583       <td>
4584         <ul>
4585           <li>HTML output writes groups and features</li>
4586           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4587           <li>File IO bugs</li>
4588         </ul>
4589       </td>
4590     </tr>
4591     <tr>
4592       <td>
4593         <div align="center">
4594           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4595         </div>
4596       </td>
4597       <td>
4598         <ul>
4599           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4600           <li>More options for PCA viewer</li>
4601         </ul>
4602       </td>
4603       <td>
4604         <ul>
4605           <li>GUI bugs resolved</li>
4606           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4607         </ul>
4608       </td>
4609     </tr>
4610     <tr>
4611       <td height="63">
4612         <div align="center">
4613           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4614         </div>
4615       </td>
4616       <td>
4617         <ul>
4618           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4619           <li>Jar files are executable</li>
4620           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4621         </ul>
4622       </td>
4623       <td>
4624         <ul>
4625           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4626           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4627           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4628         </ul>
4629       </td>
4630     </tr>
4631     <tr>
4632       <td>
4633         <div align="center">
4634           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4635         </div>
4636       </td>
4637       <td>
4638         <ul>
4639           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4640         </ul>
4641       </td>
4642       <td>
4643         <ul>
4644           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4645         </ul>
4646       </td>
4647     </tr>
4648     <tr>
4649       <td>
4650         <div align="center">
4651           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4652         </div>
4653       </td>
4654       <td>
4655         <ul>
4656           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4657             size</li>
4658         </ul>
4659       </td>
4660       <td>
4661         <ul>
4662           <li>Improved JPred client reliability</li>
4663           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4664         </ul>
4665       </td>
4666     </tr>
4667     <tr>
4668       <td>
4669         <div align="center">
4670           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4671         </div>
4672       </td>
4673       <td>
4674         <ul>
4675           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4676           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4677           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4678             to Colour Menu</li>
4679           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4680           <li>Unix users can set default web browser</li>
4681           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4682           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4683         </ul>
4684       </td>
4685       <td>
4686         <ul>
4687           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4688         </ul>
4689       </td>
4690     </tr>
4691     <tr>
4692       <td>
4693         <div align="center">
4694           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4695         </div>
4696       </td>
4697       <td>&nbsp;</td>
4698       <td>
4699         <ul>
4700           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4701             alignment order.</li>
4702         </ul>
4703       </td>
4704     </tr>
4705     <tr>
4706       <td>
4707         <div align="center">
4708           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4709         </div>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4714           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4715           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4716             annotations.</li>
4717           <li>Version and build date written to build properties
4718             file.</li>
4719           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4720             at launch of Jalview.</li>
4721         </ul>
4722       </td>
4723       <td>
4724         <ul>
4725           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4726           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4727           <li>Can remove groups one by one.</li>
4728           <li>Filechooser icons installed.</li>
4729           <li>Finder ignores return character when searching.
4730             Return key will initiate a search.<br>
4731           </li>
4732         </ul>
4733       </td>
4734     </tr>
4735     <tr>
4736       <td>
4737         <div align="center">
4738           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4739         </div>
4740       </td>
4741       <td>
4742         <ul>
4743           <li>New codebase</li>
4744         </ul>
4745       </td>
4746       <td>&nbsp;</td>
4747     </tr>
4748   </table>
4749   <p>&nbsp;</p>
4750 </body>
4751 </html>