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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>25/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li><!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  65           </li>
  66           <li>
  67             <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS,
  68             ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  72             validation while parsing (e.g. AF* attributes)
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  76             enabled by default
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL -->
  80           </li>
  81         </ul> <em>Release processes</em>
  82         <ul>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  85           </li>
  86         </ul> <em>Build System</em>
  87         <ul>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
  93             report
  94           </li>
  95         </ul> <em>Deprecations</em>
  96       </td>
  97       <td align="left" valign="top">
  98         <ul>
  99           <li>
 100             <!-- -->
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 104             with annotation and exceptions thrown when only a few
 105             columns shown in wrapped mode
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 109             wrapped alignment figure with annotations
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 113             ID fails with ClassCastException
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 117             Project
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 121             feature settings dialog also selects columns
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 125             IllegalArgumentException in some circumstances
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 129             help documentation for 2.11.0 release
 130           </li>
 131         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 132         <ul>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 135           </li>
 136         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 137         <ul>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 140             repository
 141           </li>
 142         </ul>
 143         <em>New Known Issues</em>
 144         <ul>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 147             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 148             command line
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 152             clipped in headless figure export when Right Align option
 153             enabled
 154           </li>
 155         </ul>
 156       </td>
 157     </tr>
 158     <tr>
 159       <td width="60" align="center" nowrap>
 160           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 161             <em>04/07/2019</em></strong>
 162       </td>
 163       <td align="left" valign="top">
 164         <ul>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 167             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 168             source project) rather than InstallAnywhere
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 172             settings, receive over the air updates and launch specific
 173             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 174               Rings' GetDown</a>)
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 178             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 182             arguments and switch between different getdown channels
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 186             or alignment files
 187           </li>
 188
 189           <li>
 190             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 191             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 194             'Translate as cDNA'</li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 197           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 198             <ul>
 199                       <li>
 200             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 201             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 202           <li>
 203                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 204                 features can be filtered and shaded according to any
 205                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 206                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 207                 file)
 208               </li>
 209               <li>
 210                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 211                 stored and restored from Jalview Projects
 212               </li>
 213               <li>
 214                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 215                 recognise variant features
 216               </li>
 217               <li>
 218                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 219                 sequences (also coloured red by default)
 220               </li>
 221               <li>
 222                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 223                 details
 224               </li>
 225               <li>
 226                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 227                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 228               </li>
 229               <li>
 230                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 231                 dialog
 232               </li>
 233             </ul>
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 237             tree and PCA calculations
 238           </li>
 239           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 240             <ul>
 241               <li>
 242                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 243                 and Viewer state saved in Jalview Project
 244               </li>
 245               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 246                 drop-down menus</li>
 247               <li>
 248                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 249                 incrementally
 250               </li>
 251               <li>
 252                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 253               </li>
 254             </ul>
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 258           </li>
 259           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 260           <ul>
 261               <li>
 262                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 263                 multiple groups when working with large alignments
 264               </li>
 265               <li>
 266                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 267                 Stockholm files
 268               </li>
 269             </ul>
 270           <li><strong>User Interface</strong>
 271           <ul>
 272               <li>
 273                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 274                 view
 275               </li>
 276               <li>
 277                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 278                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 279                 default (can be changed in user preferences)
 280               </li>
 281               <li>
 282                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 283                 to the Overwrite Dialog
 284               </li>
 285               <li>
 286                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 287                 sequences are hidden
 288               </li>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 291                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 292               </li>
 293               <li>
 294                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 295                 labels
 296               </li>
 297               <li>
 298                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 299                 when in wrapped mode
 300               </li>
 301               <li>
 302                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 303                 annotation
 304               </li>
 305               <li>
 306                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 307               </li>
 308               <li>
 309                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 310                 panel
 311               </li>
 312               <li>
 313                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 314                 popup menu
 315               </li>
 316               <li>
 317               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 318               <li>
 319               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 320
 321
 322             </ul></li>
 323             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 324           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 325             <ul>
 326               <li>
 327                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 328                 trapping CMD-Q
 329               </li>
 330             </ul></li>
 331         </ul>
 332         <em>Deprecations</em>
 333         <ul>
 334           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 335             capabilities removed from the Jalview Desktop
 336           </li>
 337           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 338             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 339             and XML based data retrieval clients</li>
 340           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 341           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 342         </ul> <em>Documentation</em>
 343         <ul>
 344           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 345             not supported in EPS figure export
 346           </li>
 347           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 348         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 349         <ul>
 350           <li>
 351           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 352           </li>
 353       <li>
 354       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 355           <li>
 356           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 357             gradle-eclipse
 358           </li>
 359           <li>
 360           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 361             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 362             execution
 363           </li>
 364           <li>
 365           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 366             operations
 367           </li>
 368           <li>
 369           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 370             issues resolved
 371           </li>
 372           <li>
 373           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 374             markdown (with HTML rendering)
 375           </li>
 376           <li>
 377           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 378           </li>
 379           <li>
 380           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 381             versions of Jalview
 382           </li>
 383         </ul>
 384       </td>
 385       <td align="left" valign="top">
 386         <ul>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 392             superposition in Jmol fail on Windows
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 396             structures for sequences with lots of PDB structures
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 400             monospaced font
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 404             project involving multiple views
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 408             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 409             Annotation dialog hides columns
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 413             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 414             one view, then making another selection in the other view
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 418             columns
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 422             Settings and Jalview Preferences panels
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 426             overview with large alignments
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 430             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 431             mouse moved to the left of the first column
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 435             hidden column marker via scale popup menu
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 439             doesn't tell users the invalid URL
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 443             score from view
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 447             show cross references or Fetch Database References are shown in
 448             red in original view
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 452             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 456             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 460             when columns are hidden
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 464             Columns by Annotation description
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 468             out of Scale or Annotation Panel
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 472             scale panel
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 476             alignment down
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 480             scale panel
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 484             Page Up in wrapped mode
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 494             on opening an alignment
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 498             Colour menu
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 502             different groups in the alignment are selected
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 506             correctly in menu
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 510             threshold limit
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 514             threshold gets 'unrounded'
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 518             colour
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 528             Tree font
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 532             project file
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 536             shown in complementary view
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 540             without normalisation
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 544             of report
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 548           </li>
 549           <li>
 550           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 551           </li>
 552         </ul> <em>Editing</em>
 553         <ul>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 556             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 557             sequence
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 561             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 562             removed (Known defect since 2.10)
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 566             dialog corrupts dataset sequence
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 570             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 571           </li>
 572         </ul> <em>Datamodel</em>
 573         <ul>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 576             sequence's End is greater than its length
 577           </li>
 578         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 579           general release)</em>
 580         <ul>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 583           </li>
 584         </ul> <em>New Known Defects</em>
 585         <ul>
 586         <li>
 587         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 588         </li>
 589         <li>
 590           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 591           regions of protein alignment.
 592         </li>
 593         <li>
 594           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 595           is restored from a Jalview 2.11 project
 596         </li>
 597         <li>
 598           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 599           'New View'
 600         </li>
 601         <li>
 602           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 603           columns within hidden columns
 604         </li>
 605         <li>
 606           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 607           window after dragging left to select columns to left of visible
 608           region
 609         </li>
 610         <li>
 611           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 612           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 613           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 614           create a Score filter instead.
 615         </li>
 616         <li>
 617         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 618         <li>
 619         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 620         </li>
 621         <li>
 622           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 623           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 624         </li>
 625         </ul>
 626         <em>Java 11 Specific defects</em>
 627           <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 630               alphabetically when saved
 631             </li>
 632         </ul>
 633       </td>
 634     </tr>
 635     <tr>
 636     <td width="60" nowrap>
 637       <div align="center">
 638         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 639       </div>
 640     </td>
 641     <td><div align="left">
 642         <em></em>
 643         <ul>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 646               InstallAnywhere increased to 1G.
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 650               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 651               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 652                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 653                 properties file.</em>
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 657               API and sequence data now imported as JSON.
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 661               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 662               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 663               property.
 664             </li>
 665           </ul>
 666           <em>Development</em>
 667           <ul>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 670               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 671                 Clover</a>
 672             </li>
 673           </ul>
 674         </div></td>
 675     <td><div align="left">
 676         <em></em>
 677         <ul>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 680               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 681               alignment.
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 685               annotation displayed.
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 689               for newly created group when 'Apply to all groups'
 690               selected
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 694               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 695               visible.
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 699               when sequences are selected in exported view.</em>
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 703               aren't rendered with correct colour.
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 707               types of knotted RNA secondary structure.
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 711               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 712               do not start at 1.
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 716               annotation when columns are inserted into an alignment,
 717               and when exporting as Stockholm flatfile.
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 721               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 722               treated as RNA secondary structure.
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 726               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 730               transfers focus to previous window on OSX
 731             </li>
 732           </ul>
 733           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 734           <ul>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 737               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 738               box.
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 742               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 743               'look and feel' which has improved compatibility with the
 744               latest version of OSX.
 745             </li>
 746           </ul>
 747         </div>
 748     </td>
 749     </tr>
 750     <tr>
 751       <td width="60" nowrap>
 752         <div align="center">
 753           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 754             <em>7/06/2018</em></strong>
 755         </div>
 756       </td>
 757       <td><div align="left">
 758           <em></em>
 759           <ul>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 762               annotation retrieved from Uniprot
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 766               onto the Jalview Desktop
 767             </li>
 768           </ul>
 769         </div></td>
 770       <td><div align="left">
 771           <em></em>
 772           <ul>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 775               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 779               right-hand column parsed correctly
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 783               not alignment area in exported graphic
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 787               window has input focus
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 791               annotation added to view (Windows)
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 795               network connectivity is poor
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 799               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 800                 the currently open URL and links from a page viewed in
 801                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 802                 you are using Edge, only links in the page can be
 803                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 804                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 805             </li>
 806           </ul>
 807           <em>New Known Defects</em>
 808           <ul>
 809             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 810           </ul>
 811         </div></td>
 812     </tr>
 813     <tr>
 814       <td width="60" nowrap>
 815         <div align="center">
 816           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 817         </div>
 818       </td>
 819       <td><div align="left">
 820           <em></em>
 821           <ul>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 824               for disabling automatic superposition of multiple
 825               structures and open structures in existing views
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 829               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 830               adjust them.
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 834               Ensembl services
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 838               and lots of hidden columns
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 842               of features (particularly when transparency is disabled)
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 846               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 847               generally available
 848             </li>
 849           </ul>
 850           </div>
 851       </td>
 852       <td><div align="left">
 853           <ul>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 856               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 860               overlapping alignment panel
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 864               sequence as gaps
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 868               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 869               UTR
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 873               factor annotation not added to sequence when local PDB
 874               file associated with it by drag'n'drop or structure
 875               chooser
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 879               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 883               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 887               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 891               columns in annotation row
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 895               honored in batch mode
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 899               for structures added to existing Jmol view
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 903               entries after importing project with multiple views
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 907               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 908               with negative residue numbers or missing residues fails
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 912               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 913               as generated by CONSURF)
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 917               tooltip doesn't include a text description of mutation
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 921               structure and/or overview windows are also shown
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 925               very slow for alignments with large numbers of sequences
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 929               with 'StringIndexOutOfBounds'
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 933               platforms running Java 10
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 937               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>Applet</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 944               should copy the group consensus when popup is opened on it
 945             </li>
 946           </ul>
 947           <em>Batch Mode</em>
 948           <ul>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 951           </li>
 952           </ul>
 953           <em>New Known Defects</em>
 954           <ul>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 957               editing a large alignment and overview is displayed
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 961               repeatedly after a series of edits even when the overview
 962               is no longer reflecting updates
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 966               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 967               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 968               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 972               option gives blank output
 973             </li>
 974           </ul>
 975         </div>
 976           </td>
 977     </tr>
 978     <tr>
 979       <td width="60" nowrap>
 980         <div align="center">
 981           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 982         </div>
 983       </td>
 984       <td><div align="left">
 985           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 986               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 987       <td><div align="left">
 988           <em>Desktop</em><ul>
 989           <ul>
 990             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 991             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 992             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 993             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 994             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 995             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 996             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 997           </ul>
 998           </div>
 999       </td>
1000     </tr>
1001     <tr>
1002       <td width="60" nowrap>
1003         <div align="center">
1004           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1005         </div>
1006       </td>
1007       <td><div align="left">
1008           <em></em>
1009           <ul>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1012               rendering of sequence features
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1016               429 rate limit request hander
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1020               their colours have changed
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1024               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1028               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1032               view from Ensembl locus cross-references
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1036               Alignment report
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1040               feature can be disabled
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1044               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1048               Uniprot
1049             </li>
1050           </ul>
1051           <em>Scripting</em>
1052           <ul>
1053             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1054             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1055               percent identity scores for current alignment.</li>
1056           </ul>
1057           <em>Testing and Deployment</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1061             </li>
1062           </ul>
1063         </div></td>
1064       <td><div align="left">
1065           <em>General</em>
1066           <ul>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1069               threshold text field doesn't trigger an update to the
1070               alignment view
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1074               strings in parallel
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1078               alignment window is closed
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1082               group visibility
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1086               takes a long time in Cursor mode
1087             </li>
1088           </ul>
1089           <em>Desktop</em>
1090           <ul>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1093               cannot be viewed in Chimera
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1097               CDS/Protein view
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1101               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1102               Search Dialogs
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1112               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1116               scrolling right in unwapped alignment view
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1120               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1121               database
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1125               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1129               features of same type and group to be selected for
1130               amending
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1134               alignments when hidden columns are present
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1138               displaying several structures
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1142               moving a window
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1146               within the Jalview desktop on OSX
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1150               when in wrapped alignment mode
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1154               hand end of alignment
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1158               each selected sequence do not have correct start/end
1159               positions
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1163               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1167               restoring project until a new view is created
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1171               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1172               configured (since 2.10.2b2)
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1176               position is adjusted
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1180               in a multi-chain structure when viewing alignment
1181               involving more than one chain (since 2.10)
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1185               if new selection moves alignment window
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1189               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1193               that produces correctly annotated transcripts and products
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1197               doesn't update associated structure view
1198             </li>
1199           </ul>
1200           <em>Applet</em><br />
1201           <ul>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1204               closing alignment panel
1205             </li>
1206           </ul>
1207           <em>BioJSON</em><br />
1208           <ul>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1211               non-positional features
1212             </li>
1213           </ul>
1214           <em>New Known Issues</em>
1215           <ul>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1218               sequence features correctly (for many previous versions of
1219               Jalview)
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1223               using cursor in wrapped panel other than top
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1227               graduated colour threshold
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1231               always preserve numbering and sequence features
1232             </li>
1233           </ul>
1234           <em>Known Java 9 Issues</em>
1235           <ul>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1238               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1239               9.01, OSX 10.10)
1240             </li>
1241           </ul>
1242         </div></td>
1243     </tr>
1244     <tr>
1245       <td width="60" nowrap>
1246         <div align="center">
1247           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1248             <em>2/10/2017</em></strong>
1249         </div>
1250       </td>
1251       <td><div align="left">
1252           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1253           <ul>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1256             </li>
1257             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1258             </li>
1259           </ul>
1260         </div></td>
1261       <td><div align="left">
1262         </div></td>
1263     </tr>
1264     <tr>
1265       <td width="60" nowrap>
1266         <div align="center">
1267           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1268             <em>7/9/2017</em></strong>
1269         </div>
1270       </td>
1271       <td><div align="left">
1272           <em></em>
1273           <ul>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1276               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1277               white)
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1281               Preferences
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1285               in size and progress bar shown as higher resolution
1286               overview is recalculated
1287             </li>
1288
1289           </ul>
1290         </div></td>
1291       <td><div align="left">
1292           <em></em>
1293           <ul>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1296               column region row by row
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1300               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1304               format setting is unticked
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1308               if group has show boxes format setting unticked
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1312               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1313               include sequences and columns not currently displayed
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1317               assemblies are imported via CIF file
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1321               displayed when threshold or conservation colouring is also
1322               enabled.
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1326               server version
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1330               dragging a selected region off the visible region of the
1331               alignment
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1335               colourscheme to all groups in a view
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1339               initially after font size change using the Font chooser or
1340               middle-mouse zoom
1341             </li>
1342           </ul>
1343         </div></td>
1344     </tr>
1345     <tr>
1346       <td width="60" nowrap>
1347         <div align="center">
1348           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1349         </div>
1350       </td>
1351       <td><div align="left">
1352           <em>Calculations</em>
1353           <ul>
1354
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1357               ungapped positions in each column of the alignment.
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1361               a calculation dialog box
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1365               and memory efficiency (~30x faster)
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1369               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1370               and other calculations
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1374               files within the Jalview codebase
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1378               Similarity may have different topology due to increased
1379               precision
1380             </li>
1381           </ul>
1382           <em>Rendering</em>
1383           <ul>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1386               model for alignments and groups
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1390               scripts
1391             </li>
1392           </ul>
1393           <em>Overview</em>
1394           <ul>
1395             <li>
1396               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1397               with alignment and overview windows
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1401               overview
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1405               omitted in Overview
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1409               adjustment of visible position
1410             </li>
1411           </ul>
1412
1413           <em>Data import/export</em>
1414           <ul>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1417               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1421               annotation input/output via stockholm flatfile
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1425               extension when importing structure files without embedded
1426               names or PDB accessions
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1430               format sequence substitution matrices
1431             </li>
1432           </ul>
1433           <em>User Interface</em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1437               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1438               the application.
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1442               via Overview or sequence motif search operations
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1446               opened by double clicking gaps within sequence feature
1447               extent
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1451               aligned positions were available to create a 3D structure
1452               superposition.
1453             </li>
1454           </ul>
1455           <em>3D Structure</em>
1456           <ul>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1459               coloured in linked structure views
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1463               file-based command exchange
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1467               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1468               structures are already available for sequences
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1472               the Jalview project rather than downloaded again when the
1473               project is reopened.
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1477               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1478               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1479                 Feature</strong>)
1480             </li>
1481           </ul>
1482           <em>Web Services</em>
1483           <ul>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1489               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1490               Analysis services
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1494               cross-references provided by identifiers.org and the
1495               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1496             </li>
1497           </ul>
1498
1499           <em>Scripting</em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1503               identifying file formats (instead of String constants)
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1507               efficiency when counting all displayed features (not
1508               backwards compatible with 2.10.1)
1509             </li>
1510           </ul>
1511           <em>Example files</em>
1512           <ul>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1515               included in the example feature file
1516             </li>
1517           </ul>
1518           <em>Documentation</em>
1519           <ul>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1522               with the built-in Java help viewer
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1526               sequence description' option
1527             </li>
1528           </ul>
1529           <em>Test Suite</em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1533               Uniprot REST Free Text Search Client
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1540               during tests
1541             </li>
1542           </ul>
1543         </div></td>
1544       <td><div align="left">
1545           <em>Calculations</em>
1546           <ul>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1549               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1550               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1551             </li>
1552             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1553               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1554               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1555               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1556               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1557               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1558               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1559               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1560               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1561               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1562               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1563               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1564               // for 2.10.1 mode <br />
1565               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1566               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1567                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1568                 calculations (not recommended)</em></li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1571               scaling of branch lengths for trees computed using
1572               Sequence Feature Similarity.
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1576               generating output report when working with highly
1577               redundant alignments
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1581               right of selected region when gaps present on right-hand
1582               boundary
1583             </li>
1584           </ul>
1585           <em>User Interface</em>
1586           <ul>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1589               doesn't reselect a specific sequence's associated
1590               annotation after it was used for colouring a view
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1594               opened on a region of alignment without groups
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1598               of an alignment with overlapping groups
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1602               name and description match
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1606               hidden regions results in incorrect hidden regions
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1610               changing colour does not apply Conservation slider value
1611               to all groups
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1615               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1619               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1623               gaps before start of features
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1627               restored to UI when feature colour is edited
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1631               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1635               as graduate feature colour settings are modified via the
1636               dialog box
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1640               when a group defined on the alignment is resized
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1644               wrapped view result in positional status updates
1645             </li>
1646
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1649               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1653               alignment included gapped columns
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1657               widgets don't permanently disappear
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1661               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1662               T-Coffee column reliability scores)
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1666               sequence feature on gaps only
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1670               button from a Find inherit previously defined feature type
1671               rather than the Find query string
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1675               exporting tree calculated in Jalview
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1679               and then revealing them reorders sequences on the
1680               alignment
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1684               doesn't update to reflect available set of groups after
1685               interactively adding or modifying features
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1689               Linux
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1693               only excluded gaps in current sequence and ignored
1694               selection.
1695             </li>
1696           </ul>
1697           <em>Rendering</em>
1698           <ul>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1701               erratically when hidden rows or columns are present
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1705               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1706               sequence colouring
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1710               colour and group colour menu for protein alignments
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1714               reflect currently selected view or group's shading
1715               thresholds
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1719               when rendered on overview and structures when opacity at
1720               100%
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1724               overview when features overlaid on alignment
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1728               recovered correctly from Jalview project file
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1732               (automatically via preferences) are different to the main
1733               alignment panel
1734             </li>
1735           </ul>
1736           <em>Data import/export</em>
1737           <ul>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1740               load
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1744               added after a sequence was imported are not written to
1745               Stockholm File
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1749               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1753               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1757               with lightGray or darkGray via features file (but can
1758               specify lightgray)
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1762               when alignment view imported from project
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1766               structure and sequences extracted from structure files
1767               imported via URL and viewed in Jmol
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1771               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1772               the project is loaded and the structure viewed
1773             </li>
1774           </ul>
1775           <em>Web Services</em>
1776           <ul>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1779               release of Ensembl v.88
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1783               appear enabled in Preferences->Connections
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1787               removed from console output
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1791               Ensembl by Peptide ID
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1795               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1796               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1797               due to 'null' string rather than empty string used for
1798               residues with no corresponding PDB mapping).
1799             </li>
1800           </ul>
1801           <em>Application UI</em>
1802           <ul>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1805               menu
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1809               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1810               new documentation and tooltips added)
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1814               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1818               new features are added to alignment
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1822               changes to feature colours via the Amend features dialog
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1826               edit graduated feature colour via amend features dialog
1827               box
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1831               selection menu changes colours of alignment views
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1835               from alignment calculation workers after alignment has
1836               been closed
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1840               groups now 'Create Group'
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1844               Create/Undefine group doesn't always work
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1848               shown again after pressing 'Cancel'
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1852               adjusts start position in wrap mode
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1856               ambiguous amino acids
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1860               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1861               proteins
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1865               Defined' don't appear in Colours menu
1866             </li>
1867           </ul>
1868           <em>Applet</em>
1869           <ul>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1872               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1876               overview or linked structure view
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1880               work (since 2.8)
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1884               user-defined colourscheme doesn't restore original
1885               colourscheme
1886             </li>
1887           </ul>
1888           <em>Test Suite</em>
1889           <ul>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1892               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1896               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1897               problems with deep array comparison equality asserts in
1898               successive versions of TestNG
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1902               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1903             </li>
1904           </ul>
1905           <em>New Known Issues</em>
1906           <ul>
1907             <li>
1908               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1909               phase after a sequence motif find operation
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1913               containing just upper and lower case letters are
1914               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1918               reliably from eggnog Ortholog database
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1922               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1923               to mark columns containing highlighted regions.
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1927               doesn't always add secondary structure annotation.
1928             </li>
1929           </ul>
1930         </div>
1931     <tr>
1932       <td width="60" nowrap>
1933         <div align="center">
1934           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1935         </div>
1936       </td>
1937       <td><div align="left">
1938           <em>General</em>
1939           <ul>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1942               for all consensus calculations
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1946               3rd Oct 2016)
1947             </li>
1948             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1949               for 2016-2017</li>
1950           </ul>
1951           <em>Application</em>
1952           <ul>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1955               set of database cross-references, sorted alphabetically
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1959               from database cross references. Users with custom links
1960               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1961                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1965               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1966               Chimera session
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1970               the Chimera it is connected to is shut down
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1974               columns menu item to mark columns containing highlighted
1975               regions (e.g. from structure selections or results of a
1976               Find operation)
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1980               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1981               MSAviewer
1982             </li>
1983           </ul>
1984         </div></td>
1985       <td>
1986         <div align="left">
1987           <em>General</em>
1988           <ul>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1991               are not coloured or thresholded according to percent
1992               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1996               hydrophobic
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2000               threshold, amino acid properties)
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2004               reported as mapped to residues in a structure file in the
2005               View Mapping report
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2009               could be added multiple times to a sequence
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2013               bond features shown as two highlighted residues rather
2014               than a range in linked structure views, and treated
2015               correctly when selecting and computing trees from features
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2019               cross-references are matched to database name regardless
2020               of case
2021             </li>
2022
2023           </ul>
2024           <em>Application</em>
2025           <ul>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2028               names without regular expressions also offer links from
2029               Sequence ID
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2033               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2034               update Jalview configuration
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2038               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2042               files with similarly named sequences if dropped onto the
2043               alignment
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2047               entries where more chains exist in the PDB accession than
2048               are reported in the SIFTS file
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2052               the structure view when displayed with Chimera
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2056               panel's View->Show Chains submenu
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2060               work for wrapped alignment views
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2064               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2068               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2069               first annotation row
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2073               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2077               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2078             </li>
2079             <!-- JAL-2319 -->
2080             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2081             coordindate data
2082             </li>
2083           </ul>
2084           <!--           <em>New Known Issues</em>
2085           <ul>
2086             <li></li>
2087           </ul> -->
2088         </div>
2089       </td>
2090     </tr>
2091     <td width="60" nowrap>
2092       <div align="center">
2093         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2094           <em>25/10/2016</em></strong>
2095       </div>
2096     </td>
2097     <td><em>Application</em>
2098       <ul>
2099         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2100           view if structures already loaded</li>
2101         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2102           structure views</li>
2103       </ul></td>
2104     <td>
2105       <div align="left">
2106         <em>General</em>
2107         <ul>
2108           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2109             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2110           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2111             example sequences/projects/trees</li>
2112         </ul>
2113         <em>Application</em>
2114         <ul>
2115           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2116             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2117           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2118             without timeout for structures with multiple models or
2119             multiple sequences in alignment</li>
2120           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2121             PDB ID HEADER line</li>
2122           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2123             is performed</li>
2124           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2125             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2126           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2127           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2128             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2129             option</li>
2130           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2131             is created on the alignment</li>
2132           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2133             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2134             pop-up menu</li>
2135         </ul>
2136         <em>Build and deployment</em>
2137         <ul>
2138           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2139             tags</li>
2140         </ul>
2141         <em>New Known Issues</em>
2142         <ul>
2143           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2144             on Windows</li>
2145         </ul>
2146       </div>
2147     </td>
2148     </tr>
2149     <tr>
2150       <td width="60" nowrap>
2151         <div align="center">
2152           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2153         </div>
2154       </td>
2155       <td><em>General</em>
2156         <ul>
2157           <li>
2158             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2159           </li>
2160           <li>
2161             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2162             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2163             better PDB parsing.
2164           </li>
2165           <li>
2166             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2167             reference sequence
2168           </li>
2169           <li>
2170             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2171             mousing over sequence associated annotation
2172           </li>
2173           <li>
2174             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2175             for manual entry
2176           </li>
2177           <li>
2178             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2179             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2180             for each column
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2184             showing or hiding columns containing a feature
2185           </li>
2186           <li>
2187             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2188             group and sequence associated annotation labels
2189           </li>
2190           <li>
2191             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2192             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2193             dialogs
2194           </li>
2195
2196         </ul> <em>Application</em>
2197         <ul>
2198           <li>
2199             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2200             gene/transcript view
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2204             dialog
2205           </li>
2206           <li>
2207             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2208             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2212             Pfam sources to xfam.org
2213           </li>
2214           <li>
2215             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2216           </li>
2217           <li>
2218             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2219             over sequences in Jalview
2220           </li>
2221           <li>
2222             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2223             regions in ENA and EMBL
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2227             for record retrieval via ENA rest API
2228           </li>
2229           <li>
2230             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2231             complement operator
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2235             groovy script execution
2236           </li>
2237           <li>
2238             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2239             alignment window's Calculate menu
2240           </li>
2241           <li>
2242             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2243             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2247             calculation workers from groovy scripts
2248           </li>
2249           <li>
2250             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2251             Jalview projects
2252           </li>
2253           <li>
2254             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2255             associations are now saved/restored from project
2256           </li>
2257           <li>
2258             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2259             before sequence fetcher is opened
2260           </li>
2261           <li>
2262             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2263             database chooser opens a sequence fetcher
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2267             the UniProt REST API
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2271             the news reader opening
2272           </li>
2273           <li>
2274             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2275             querying stored in preferences
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2279             search results
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2286             menu for nucleotide sequences
2287           </li>
2288           <li>
2289             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2290             and feature counts preserves alignment ordering (and
2291             debugged for complex feature sets).
2292           </li>
2293           <li>
2294             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2295             viewing structures with Jalview 2.10
2296           </li>
2297           <li>
2298             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2299             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2300             Ensembl Genomes REST API
2301           </li>
2302           <li>
2303             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2304             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2305             (Ensembl)
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2309             sequences
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2313             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2314             data from external database records.
2315           </li>
2316           <li>
2317             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2318             efficient recovery of sequence coding and alignment
2319             annotation relationships.
2320           </li>
2321         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2322         <ul>
2323           <li>
2324             -- JAL---
2325           </li>
2326         </ul> --></td>
2327       <td>
2328         <div align="left">
2329           <em>General</em>
2330           <ul>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2333               menu on OSX
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2337               includes graduated colourschemes
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2341               working with big alignments and lots of hidden columns
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2345               at right of alignment window
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2349               contents
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2353               for DNA alignments
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2357               based tree calculation
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2361               unconserved enabled for group on alignment
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2365               set as reference
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2369               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2370               annotation
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2374               hidden columns present
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2378               user created annotation added to alignment
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2382               '()' base pair annotation
2383             </li>
2384             <li>
2385               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2386               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2387               Consensus
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2391               feature not working
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2395               beginning of sequence
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2399               entry 3a6s
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2403               from a tree when t-coffee scores are shown
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2407               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2411               some structures
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2415               to Clustal, PIR and PileUp output
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2419               not visible causes alignment window to repaint
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2423               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2424               scores associated with features and annotation rows
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2428               calculation should be case independent
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2432               columns
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2436               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2437               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2441               problems when reference sequence defined and 'show
2442               non-conserved' enabled
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2446               load even when Consensus calculation is disabled
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2450               alignment does nothing
2451             </li>
2452           </ul>
2453           <em>Application</em>
2454           <ul>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2457               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2458               yet fixed for El Capitan)
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2462               output when running on non-gb/us i18n platforms
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2466               hidden sequences as flat-file alignment
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2470               launching Chimera
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2474               (also hotfix for 2.9.0b2)
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2478               reference sequence defined
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2482               alignments and views when revealing hidden columns
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2486               view in a cDNA/Protein splitframe
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2490               sequence from project when only one sequence is
2491               represented
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2495               in Structure Chooser
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2499               structure consensus didn't refresh annotation panel
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2503               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2507               dialogs format columns correctly, don't display array
2508               data, sort columns according to type
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2512               file chooser is cancelled during an image export
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2516               sequence name containing special characters
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2520               case insensitive
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2524               formatting don't wrap
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2528               truncated so L looks like I in consensus annotation
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2532               currently displayed features for the current selection or
2533               view
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2537               after fetching cross-references, and restoring from
2538               project
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2542               followed in the structure viewer
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2546               splitframe not restored from project
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2550               trailing end of protein alignment in transcript/product
2551               splitview when pad-gaps not enabled by default
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2555               is case dependent
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2559               article has been read (reopened issue due to
2560               internationalisation problems)
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2564               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2565               cross-references
2566             </li>
2567
2568             <li>
2569               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2570               alignment as HTML
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2574               multiple structures are shown for one or more sequences.
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2578               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2579               is enabled.
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2583               specific PDB id for sequence
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2587               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2588               columns' is disabled.
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2592               selects lowest rather than highest resolution structures
2593               for each sequence
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2597               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2601               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2605               after clicking on it to create new annotation for a
2606               column.
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2610               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2611             </li>
2612             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2613             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2614           </ul>
2615           <em>Applet</em>
2616           <ul>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2619               hidden columns present before start of sequence
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2623               (JSON jars)
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2627               sequences are hidden in applet
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2631               deployment on examples pages.
2632             </li>
2633           </ul>
2634         </div>
2635       </td>
2636     </tr>
2637     <tr>
2638       <td width="60" nowrap>
2639         <div align="center">
2640           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2641             <em>16/10/2015</em></strong>
2642         </div>
2643       </td>
2644       <td><em>General</em>
2645         <ul>
2646           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2647             jars</li>
2648         </ul></td>
2649       <td>
2650         <div align="left">
2651           <em>Application</em>
2652           <ul>
2653             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2654               shown when tree is partitioned</li>
2655             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2656               multiple cDNA/Protein split views</li>
2657           </ul>
2658         </div>
2659       </td>
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td width="60" nowrap>
2663         <div align="center">
2664           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2665             <em>8/10/2015</em></strong>
2666         </div>
2667       </td>
2668       <td><em>General</em>
2669         <ul>
2670           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2671             2.9</li>
2672         </ul> <em>Application</em>
2673         <ul>
2674           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2675           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2676           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2677         </ul> <em>Applet</em>
2678         <ul>
2679           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2680         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2681         <ul>
2682           <li>
2683             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2684             suite
2685           </li>
2686         </ul></td>
2687       <td>
2688         <div align="left">
2689           <em>General</em>
2690           <ul>
2691             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2692               incorrect when sequence start > 1</li>
2693             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2694               documentation</li>
2695             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2696             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2697               loading a features file containing HTML tags in feature
2698               description</li>
2699
2700           </ul>
2701           <em>Application</em>
2702           <ul>
2703             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2704               reimport</li>
2705             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2706               with 'trim retrieved sequences'</li>
2707             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2708               deleting selected columns</li>
2709             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2710               JNLP templates for webstart launch</li>
2711             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2712               unreleased structures for download or viewing</li>
2713             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2714               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2715             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2716               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2717             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2718               recovered from jalview project</li>
2719             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2720               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2721               alignment view</li>
2722             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2723               color schemes from BioJSON</li>
2724           </ul>
2725           <em>Applet</em>
2726           <ul>
2727             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2728               frame</li>
2729             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2730           </ul>
2731         </div>
2732       </td>
2733     </tr>
2734     <tr>
2735       <td><div align="center">
2736           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2737         </div></td>
2738       <td><em>General</em>
2739         <ul>
2740           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2741             alignments:
2742             <ul>
2743               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2744                 and DNA alignment views</li>
2745               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2746                 cDNA alignment views</li>
2747               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2748                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2749               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2750                 protein sequences</li>
2751             </ul>
2752           </li>
2753           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2754           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2755             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2756           <li>New alignment annotation file statements for
2757             reference sequences and marking hidden columns</li>
2758           <li>Reference sequence based alignment shading to
2759             highlight variation</li>
2760           <li>Select or hide columns according to alignment
2761             annotation</li>
2762           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2763           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2764             acid conservation row</li>
2765           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2766         </ul> <em>Application</em>
2767         <ul>
2768           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2769             <ul>
2770               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2771                 view with cDNA/Protein</li>
2772               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2773                 sequences are placed in the same alignment</li>
2774               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2775                 projects</li>
2776             </ul>
2777           </li>
2778
2779           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2780           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2781             Jalview windows</li>
2782
2783           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2784           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2785           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2786             be shown in VARNA</li>
2787
2788           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2789             as the active selected region</li>
2790
2791           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2792             similarity</li>
2793           <li>New Export options
2794             <ul>
2795               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2796                 region export in flat file generation</li>
2797
2798               <li>Export alignment views for display with the <a
2799                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2800
2801               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2802               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2803                 alignment figures to HTML</li>
2804           </li>
2805           <li>3D structure retrieval and display
2806             <ul>
2807               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2808                 Search API</li>
2809               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2810                 PDB structures for a sequence set</li>
2811             </ul>
2812           </li>
2813
2814           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2815             predictions</li>
2816           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2817             for one or a group of sequences</li>
2818           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2819             from the JPred4 web server</li>
2820           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2821             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2822             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2823           </li>
2824           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2825             VARNA 2D Structure'</li>
2826           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2827             Structure ..."</li>
2828
2829         </ul> <em>Applet</em>
2830         <ul>
2831           <li>New layout for applet example pages</li>
2832           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2833             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2834           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2835             Protein alignments</li>
2836         </ul> <em>Development and deployment</em>
2837         <ul>
2838           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2839           <li>Include installation type and git revision in build
2840             properties and console log output</li>
2841           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2842             storing BioJsMSA Templates</li>
2843           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2844         </ul></td>
2845       <td>
2846         <!-- <em>General</em>
2847         <ul>
2848         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2849         <ul>
2850           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2851           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2852           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2853             predictions are not highlighted in amber</li>
2854           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2855             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2856           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2857             associated structure views</li>
2858           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2859             width checkbox not enabled</li>
2860           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2861             creating user defined colours</li>
2862           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2863             mappings for just that viewer's sequences</li>
2864           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2865             multiple models in Chimera</li>
2866           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2867             over Jmol structure</li>
2868           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2869             output to text box</li>
2870           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2871             have incorrect sequence start/end</li>
2872           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2873             Jalview fails</li>
2874           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2875             work for nucleotide</li>
2876           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2877             to a grey/invisible alignment window</li>
2878           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2879             imports to different position</li>
2880           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2881             on some platforms</li>
2882           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2883             populated</li>
2884           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2885             console if Chimera has been opened</li>
2886           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2887           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2888             retrieved</li>
2889           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2890           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2891             either sequence shows on first structure</li>
2892           <li>'Show annotations' options should not make
2893             non-positional annotations visible</li>
2894           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2895             in right place after 'view flanking regions'</li>
2896           <li>File Save As type unset when current file format is
2897             unknown</li>
2898           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2899             projects</li>
2900           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2901             responsive</li>
2902           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2903             several views on same alignment</li>
2904           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2905           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2906             spaces</li>
2907         </ul> <em>Applet</em>
2908         <ul>
2909           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2910           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2911             descriptions containing angle brackets</li>
2912         </ul> <em>General</em>
2913         <ul>
2914           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2915             via jalview annotation file</li>
2916           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2917             with RNA secondary structure</li>
2918           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2919             translation doesn't work.</li>
2920           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2921           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2922             positions</li>
2923           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2924             choosing 1pt font</li>
2925           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2926             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2927             'h'</li>
2928           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2929             new feature</li>
2930           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2931             order dependent</li>
2932           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2933             sequences</li>
2934           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2935         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2936         <ul>
2937           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2938             www.jalview.org</li>
2939         </ul> <em>Application Known issues</em>
2940         <ul>
2941           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2942           <li>Misleading message appears after trying to delete
2943             solid column.</li>
2944           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2945             version launches</li>
2946           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2947             fails with a sequence mismatch</li>
2948           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2949             scrolling alignment to right</li>
2950           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2951             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2952           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2953             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2954           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2955             ultra-high resolution</li>
2956           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2957             quality and conservation</li>
2958           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2959             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2960         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2961         <ul>
2962           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2963           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2964             window is being resized</li>
2965
2966         </ul>
2967       </td>
2968     </tr>
2969     <tr>
2970       <td><div align="center">
2971           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2972         </div></td>
2973       <td><em>General</em>
2974         <ul>
2975           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2976             Certum.PL.</li>
2977           <li>Features and annotation preserved when performing
2978             pairwise alignment</li>
2979           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2980             imported/exported/displayed</li>
2981           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2982             protein secondary structure</li>
2983           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2984               post-hoc with 2.9 release</em>)
2985           </li>
2986
2987         </ul> <em>Application</em>
2988         <ul>
2989           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2990             with 3D structures</li>
2991           <li>Support for parsing RNAML</li>
2992           <li>Annotations menu for layout
2993             <ul>
2994               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2995               <li>place sequence annotation above/below alignment
2996                 annotation</li>
2997             </ul>
2998           <li>Output in Stockholm format</li>
2999           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3000             translation</li>
3001           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3002           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3003             shared between alignments</li>
3004           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3005             Jalview</li>
3006           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3007             all or current selection</li>
3008           <li>disorder and secondary structure predictions
3009             available as dataset annotation</li>
3010           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3011
3012
3013           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3014             alignments from Rfam</li>
3015           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3016
3017           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3018             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3019           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3020           <li>include installation type in build properties and
3021             console log output</li>
3022           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3023             annotation</li>
3024         </ul></td>
3025       <td>
3026         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3027         <ul>
3028           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3029             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3030           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3031             alignment</li>
3032           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3033           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3034           <li>Double click on sequence associated annotation
3035             selects only first column</li>
3036           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3037             leaves shown in tree</li>
3038           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3039             properly</li>
3040           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3041           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3042             screen and buttons not visible</li>
3043           <li>author list isn't updated if already written to
3044             Jalview properties</li>
3045           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3046             from database</li>
3047           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3048           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3049             browser search window</li>
3050           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3051             in feature settings dialog</li>
3052           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3053             desktop</li>
3054           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3055             pass validation</li>
3056           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3057             fit on screen</li>
3058           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3059             tooltip</li>
3060           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3061             defined user preset</li>
3062           <li>MSA web services warns user if they were launched
3063             with invalid input</li>
3064           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3065             Java 8</li>
3066           <li>
3067             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3068             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3069             created
3070           </li>
3071
3072         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3073         <ul>
3074         </ul> <em>General</em>
3075         <ul>
3076         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3077         <ul>
3078           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3079             memory allocation</li>
3080           <li>launchApp service doesn't automatically open
3081             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3082           <li>
3083             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3084             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3085             1.7_055 is available
3086           </li>
3087         </ul> <em>Application Known issues</em>
3088         <ul>
3089           <li>
3090             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3091             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3092             alignment to right
3093           </li>
3094           <li>
3095             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3096             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3097             with large number of ID
3098           </li>
3099           <li>
3100             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3101             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3102             start/end
3103           </li>
3104           <li>
3105             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3106             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3107             structure tracks are rearranged
3108           </li>
3109           <li>
3110             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3111             invalid rna structure positional highlighting does not
3112             highlight position of invalid base pairs
3113           </li>
3114           <li>
3115             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3116             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3117             project from alignment window file menu
3118           </li>
3119           <li>
3120             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3121             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3122             structures
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3126             colour by RNA Helices not enabled when user created
3127             annotation added to alignment
3128           </li>
3129           <li>
3130             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3131             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3132           </li>
3133         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3134         <ul>
3135           <li>
3136             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3137             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3138           </li>
3139           <li>
3140             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3141             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3142           </li>
3143
3144           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3145             when selected</li>
3146         </ul>
3147       </td>
3148     </tr>
3149     <tr>
3150       <td><div align="center">
3151           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3152         </div></td>
3153       <td>
3154         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3155         <em>General</em>
3156         <ul>
3157           <li>Internationalisation of user interface (usually
3158             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3159           <li>Define/Undefine group on current selection with
3160             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3161           <li>Improved group creation/removal options in
3162             alignment/sequence Popup menu</li>
3163           <li>Sensible precision for symbol distribution
3164             percentages shown in logo tooltip.</li>
3165           <li>Annotation panel height set according to amount of
3166             annotation when alignment first opened</li>
3167         </ul> <em>Application</em>
3168         <ul>
3169           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3170             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3171           <li>Select columns containing particular features from
3172             Feature Settings dialog</li>
3173           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3174             sequences</li>
3175           <li>Update Jalview project format:
3176             <ul>
3177               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3178               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3179                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3180               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3181                 colouring</li>
3182             </ul>
3183           </li>
3184           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3185             (PAM250)</li>
3186           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3187             flanking regions for an alignment</li>
3188         </ul>
3189       </td>
3190       <td>
3191         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3192         <ul>
3193           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3194             running after job is cancelled</li>
3195           <li>cannot export features from alignments imported from
3196             Jalview/VAMSAS projects</li>
3197           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3198             float values</li>
3199           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3200             have 'display all symbols' flag set</li>
3201           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3202             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3203           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3204             Jalview</li>
3205           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3206             Lion/Webstart</li>
3207           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3208           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3209           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3210             alignment onto desktop</li>
3211           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3212             'extract scores' function</li>
3213           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3214             alignment window</li>
3215           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3216             performing IUPred disorder prediction</li>
3217           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3218             changing 'normalise logo' display setting</li>
3219           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3220             nothing matches query</li>
3221           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3222             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3223           </li>
3224           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3225             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3226           </li>
3227           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3228             Jalview's menu</li>
3229           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3230             'invalid literal/length code'</li>
3231           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3232             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3233           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3234             colourscheme</li>
3235
3236         </ul> <em>Applet</em>
3237         <ul>
3238           <li>Remove group option is shown even when selection is
3239             not a group</li>
3240           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3241             don't affect groups</li>
3242           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3243             colourscheme name</li>
3244           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3245             Annotation panel is not displayed</li>
3246           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3247             embedded windows</li>
3248         </ul> <em>Other</em>
3249         <ul>
3250           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3251             single sequence were not calculated</li>
3252           <li>annotation files that contain only groups imported as
3253             annotation and junk sequences</li>
3254           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3255             recognised as PFAM or BLC</li>
3256           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3257             doesn't affect background (2.8.0b1)
3258           <li></li>
3259           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3260           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3261             trailing gaps</li>
3262           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3263             registered correctly on import</li>
3264           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3265             certain alignments</li>
3266           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3267             existing annotation based 'use original colours'
3268             colourscheme loses original colours setting</li>
3269         </ul>
3270       </td>
3271     </tr>
3272     <tr>
3273       <td><div align="center">
3274           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3275             <em>30/1/2014</em></strong>
3276         </div></td>
3277       <td>
3278         <ul>
3279           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3280             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3281             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3282             open source project).
3283           </li>
3284           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3285           <li>Output in Stockholm format</li>
3286           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3287           <li>Export/import group and sequence associated line
3288             graph thresholds</li>
3289           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3290             ambiguity codes</li>
3291           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3292             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3293             works</li>
3294           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3295         </ul> <em>Other improvements</em>
3296         <ul>
3297           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3298           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3299             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3300           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3301             files</li>
3302           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3303           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3304             link but no description</li>
3305           <li>Select primary source when selecting authority in
3306             database fetcher GUI</li>
3307           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3308             Jalview</li>
3309           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3310         </ul>
3311       </td>
3312       <td>
3313         <ul>
3314           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3315             displayed</li>
3316           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3317             secondary structure annotation line</li>
3318           <li>Sequence database accessions not imported when
3319             fetching alignments from Rfam</li>
3320           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3321             identical IDs</li>
3322           <li>View all structures does not always superpose
3323             structures</li>
3324           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3325             reflect user or preset settings</li>
3326           <li>Null pointer exceptions for some services without
3327             presets or adjustable parameters</li>
3328           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3329             discover PDB xRefs</li>
3330           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3331             features with DAS</li>
3332           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3333             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3334           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3335             residue follows a gap</li>
3336           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3337             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3338           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3339             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3340           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3341             annotation already exists on alignment</li>
3342           <li>oninit javascript function should be called after
3343             initialisation completes</li>
3344           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3345             alignment window display</li>
3346           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3347           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3348             to annotation file</li>
3349           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3350             groups created</li>
3351           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3352             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3353           <li>Pressing return several times causes Number Format
3354             exceptions in keyboard mode</li>
3355           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3356             correct partitions for input data</li>
3357           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3358           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3359           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3360           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3361             mode</li>
3362           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3363             changes one row&#39;s threshold</li>
3364           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3365             doesn&#39;t open</li>
3366           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3367             quality histograms</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370     </tr>
3371     <tr>
3372       <td><div align="center">
3373           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3374         </div></td>
3375       <td><em>Application</em>
3376         <ul>
3377           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3378             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3379           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3380             preferences</li>
3381           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3382             in Jalview alignment window</li>
3383           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3384             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3385           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3386             RNA and ambiguity codes</li>
3387
3388           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3389           <li>Support fetching and database reference look up
3390             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3391             refs')</li>
3392           <li>Jalview project improvements
3393             <ul>
3394               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3395                 flag for annotation</li>
3396               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3397                 alignment</li>
3398               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3399                 Jalview project</li>
3400
3401             </ul>
3402           </li>
3403           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3404           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3405             running</li>
3406           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3407           <li>visual indication that web service results are still
3408             being retrieved from server</li>
3409           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3410             starts up for first time</li>
3411           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3412             services</li>
3413           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3414             client library</li>
3415           <li>Examples directory and Groovy library included in
3416             InstallAnywhere distribution</li>
3417         </ul> <em>Applet</em>
3418         <ul>
3419           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3420             visualization applet example</li>
3421         </ul> <em>General</em>
3422         <ul>
3423           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3424           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3425             defaults</li>
3426           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3427             calculation</li>
3428           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3429             matrices
3430           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3431             in HTML</li>
3432           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3433             structure contacts</li>
3434           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3435           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3436           <li>Parse sequence associated secondary structure
3437             information in Stockholm files</li>
3438           <li>HTML Export database accessions and annotation
3439             information presented in tooltip for sequences</li>
3440           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3441             style RNA alignment files</li>
3442           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3443             alignment</li>
3444           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3445             shade each sequence according to its associated alignment
3446             annotation</li>
3447           <li>New Jalview Logo</li>
3448         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3449         <ul>
3450           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3451           <li>New Website!</li>
3452         </ul></td>
3453       <td><em>Application</em>
3454         <ul>
3455           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3456             wsdbfetch REST service</li>
3457           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3458           <li>Filetype associations not installed for webstart
3459             launch</li>
3460           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3461             job execution in full once it is complete</li>
3462           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3463             uploaded via ali_file parameter</li>
3464           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3465           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3466           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3467             submitted for prediction</li>
3468           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3469             desktop window</li>
3470           <li>Putting fractional value into integer text box in
3471             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3472           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3473             windows 7</li>
3474           <li>View all structures fails with exception shown in
3475             structure view</li>
3476           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3477             escaped in a platform independent way</li>
3478           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3479             using proxy</li>
3480           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3481             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3482           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3483             failure when java web start temporary file caching is
3484             disabled</li>
3485           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3486             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3487           <li>Errors during processing of command line arguments
3488             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3489           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3490             DAS sources in sequence fetcher</li>
3491           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3492             dialog is shown</li>
3493           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3494           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3495           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3496           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3497             on OSX Mountain Lion</li>
3498           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3499             sequences with alignment annotation are pasted into the
3500             alignment</li>
3501           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3502             when loaded from Jalview project</li>
3503           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3504           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3505             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3506           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3507             associated with all views</li>
3508           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3509             annotation rows to new window</li>
3510         </ul> <em>Applet</em>
3511         <ul>
3512           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3513             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3514           <li>loading features via javascript API automatically
3515             enables feature display</li>
3516           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3517             work</li>
3518         </ul> <em>General</em>
3519         <ul>
3520           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3521           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3522             and then deselected</li>
3523           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3524           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3525             coloured with clustalx</li>
3526           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3527             exceptions and redraw errors</li>
3528           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3529             reconfigured view</li>
3530           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3531             colour</li>
3532           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3533             for lots of labels</li>
3534         </ul>
3535     </tr>
3536     <tr>
3537       <td>
3538         <div align="center">
3539           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3540         </div>
3541       </td>
3542       <td><em>Application</em>
3543         <ul>
3544           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3545           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3546           <li>View/alignment association menu to enable user to
3547             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3548             its colours/correspondences from</li>
3549           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3550           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3551             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3552           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3553           <li>Annotation row column label formatting attributes
3554             stored in project file</li>
3555           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3556             rows preserved in Jalview project file</li>
3557           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3558             saved using Desktop window menu</li>
3559           <li>Visual indication that command line arguments are
3560             still being processed</li>
3561           <li>Groovy script execution from URL</li>
3562           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3563             preferences</li>
3564           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3565             alignment with sequences that have high similarity and
3566             matching IDs</li>
3567           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3568           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3569             structures in same window</li>
3570           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3571           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3572             analysis function in its own submenu</li>
3573         </ul> <em>Applet</em>
3574         <ul>
3575           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3576             groups</li>
3577           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3578           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3579           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3580           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3581           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3582             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3583           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3584           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3585             parameters are treated as such</li>
3586           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3587             <ul>
3588               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3589               <li>Javascript callbacks for
3590                 <ul>
3591                   <li>Applet initialisation</li>
3592                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3593                 </ul>
3594               </li>
3595               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3596                 functions</li>
3597               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3598               <li>javascript structure viewer harness to pass
3599                 messages between Jmol and Jalview when running as
3600                 distinct applets</li>
3601               <li>sortBy method</li>
3602               <li>Set of applet and application examples shipped
3603                 with documentation</li>
3604               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3605                 javascript message exchange</li>
3606             </ul>
3607         </ul> <em>General</em>
3608         <ul>
3609           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3610             multiple alignments</li>
3611           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3612           <li>User configurable link to enable redirects to a
3613             www.Jalview.org mirror</li>
3614           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3615           <li>Configurable newline string when writing alignment
3616             and other flat files</li>
3617           <li>Allow alignment annotation description lines to
3618             contain html tags</li>
3619         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3620         <ul>
3621           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3622             examples</li>
3623           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3624             using a web service before displaying the result in the
3625             Jalview desktop</li>
3626           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3627           <li>Ant target to publish example html files with applet
3628             archive</li>
3629           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3630           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3631         </ul></td>
3632       <td><em>Application</em>
3633         <ul>
3634           <li>User defined colourscheme throws exception when
3635             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3636           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3637             dialog for valid filename/format</li>
3638           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3639           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3640             P37173</li>
3641           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3642             which sequence is to be associated with the file</li>
3643           <li>Find All raises null pointer exception when query
3644             only matches sequence IDs</li>
3645           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3646           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3647             2.4 cannot be loaded</li>
3648           <li>Filetype associations not installed for webstart
3649             launch</li>
3650           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3651             with sequences in different alignments do not get coloured
3652             by their associated sequence</li>
3653           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3654             not preserved when project is loaded</li>
3655           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3656             stored in Jalview project</li>
3657           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3658             Jalview project</li>
3659           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3660           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3661             by conservation</li>
3662           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3663             created on new view</li>
3664           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3665             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3666           <li>Alignment quality not updated after alignment
3667             annotation row is hidden then shown</li>
3668           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3669             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3670           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3671             properly</li>
3672           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3673             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3674           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3675           <li>Structures imported from file and saved in project
3676             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3677           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3678             job execution in full once it is complete</li>
3679         </ul> <em>Applet</em>
3680         <ul>
3681           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3682             annotation rows are displayed</li>
3683           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3684             codebase</li>
3685           <li>View follows highlighting does not work for positions
3686             in sequences</li>
3687           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3688           <li>Export features raises exception when no features
3689             exist</li>
3690           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3691             for javascript api is modified when separator string
3692             provided as parameter</li>
3693           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3694             alignment with no existing selection</li>
3695           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3696             to applet&#39;s codebase</li>
3697           <li>Status bar not updated after finished searching and
3698             search wraps around to first result</li>
3699           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3700             several Jalview applets causes race conditions and memory
3701             leaks</li>
3702           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3703             not sent from Jmol in applet</li>
3704           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3705             applet API fatally hang browser</li>
3706         </ul> <em>General</em>
3707         <ul>
3708           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3709             position with wrapped view and hidden regions</li>
3710           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3711             with/without hidden columns</li>
3712           <li>Sequence length given in alignment properties window
3713             is off by 1</li>
3714           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3715             import PDB like structure files</li>
3716           <li>Positional search results are only highlighted
3717             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3718           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3719           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3720             given sequence position</li>
3721           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3722             output</li>
3723           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3724             from nucleotide chains correctly</li>
3725           <li>Structure colours not updated when tree partition
3726             changed in alignment</li>
3727           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3728             parsed in interleaved stockholm</li>
3729           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3730             state</li>
3731           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3732             properly</li>
3733           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3734             properly associated with their pdb files</li>
3735         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3736         <ul>
3737           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3738             ApplyCopyright tool</li>
3739         </ul></td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td><em>Application</em>
3748         <ul>
3749           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3750             contact web services</li>
3751           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3752             service job window</li>
3753           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3754         </ul></td>
3755       <td>
3756         <ul>
3757           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3758             pir file emitted by Jalview</li>
3759           <li>Existing feature settings transferred to new
3760             alignment view created from cut'n'paste</li>
3761           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3762             parsing PDB files</li>
3763           <li>Consensus and conservation annotation rows
3764             occasionally become blank for all new windows</li>
3765           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3766             in wrapped view mode</li>
3767         </ul> <em>Application</em>
3768         <ul>
3769           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3770             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3771           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3772             parameter names</li>
3773           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3774             is down</li>
3775         </ul>
3776       </td>
3777     </tr>
3778     <tr>
3779       <td>
3780         <div align="center">
3781           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3782         </div>
3783       </td>
3784       <td><em>Application</em>
3785         <ul>
3786           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3787             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3788             (JABAWS)
3789           </li>
3790           <li>Web Services preference tab</li>
3791           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3792             preferences</li>
3793           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3794           <li>Superpose structures using associated sequence
3795             alignment</li>
3796           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3797             viewer</li>
3798         </ul> <em>Applet</em>
3799         <ul>
3800           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3801             link out mechanism</li>
3802         </ul> <em>Other</em>
3803         <ul>
3804           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3805             series 12</li>
3806           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3807             require Java 1.5</li>
3808           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3809             sequence annotation files</li>
3810           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3811             type colour specification</li>
3812           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3813             script to check if it being run in an interactive session or
3814             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3815         </ul></td>
3816       <td>
3817         <ul>
3818           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3819             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3820         </ul> <em>Application</em>
3821         <ul>
3822           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3823             selected Regions menu item</li>
3824           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3825             part of a valid accession ID</li>
3826           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3827             runs out of memory</li>
3828           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3829             analysis results</li>
3830           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3831             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3832           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3833         </ul> <em>Applet</em>
3834         <ul>
3835           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3836             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3837             defined.</li>
3838         </ul>
3839       </td>
3840     </tr>
3841     <tr>
3842       <td>
3843         <div align="center">
3844           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3845         </div>
3846       </td>
3847       <td></td>
3848       <td>
3849         <ul>
3850           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3851             sequence IDs</li>
3852           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3853             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3854           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3855             import correctly</li>
3856           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3857             number of columns are hidden</li>
3858           <li>annotation label popup menu not providing correct
3859             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3860             present</li>
3861           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3862             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3863           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3864             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3865
3866         </ul> <em>Applet</em>
3867         <ul>
3868           <li>annotation panel disappears when annotation is
3869             hidden/removed</li>
3870         </ul> <em>Application</em>
3871         <ul>
3872           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3873             alignment opened where annotation panel is visible but no
3874             annotations are present on alignment</li>
3875           <li>pasted region containing hidden columns is
3876             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3877           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3878             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3879           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3880             selected Rregions menu item.</li>
3881           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3882             'Un' or 'Non'conserved</li>
3883           <li>Sequence feature settings are being shared by
3884             multiple distinct alignments</li>
3885           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3886             changed</li>
3887           <li>double click on group annotation to select sequences
3888             does not propagate to associated trees</li>
3889           <li>Mac OSX specific issues:
3890             <ul>
3891               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3892                 window background</li>
3893               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3894                 name set correctly</li>
3895               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3896                 save feature colourscheme button</li>
3897             </ul>
3898           </li>
3899         </ul>
3900       </td>
3901     </tr>
3902     <tr>
3903
3904       <td>
3905         <div align="center">
3906           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3907         </div>
3908       </td>
3909       <td><em>New Capabilities</em>
3910         <ul>
3911           <li>URL links generated from description line for
3912             regular-expression based URL links (applet and application)
3913
3914           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3915             menu</li>
3916           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3917             structures</li>
3918           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3919             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3920           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3921             average score or total feature count for each sequence.</li>
3922           <li>Shading features by score or associated description</li>
3923           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3924             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3925           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3926             hide everything but the currently selected region.</li>
3927           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3928         </ul> <em>Application</em>
3929         <ul>
3930           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3931             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3932           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3933             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3934           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3935             database references and protein_name is parsed as
3936             description line (BioSapiens terms).</li>
3937           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3938             references in sequence ID tooltip from View menu in
3939             application.</li>
3940           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3941       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3942           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3943             conservation plots</li>
3944           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3945             and visualized as sequence logos</li>
3946           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3947             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3948           </li>
3949           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3950             when a new tree is opened.</li>
3951           <li>Jalview Java Console</li>
3952           <li>Better placement of desktop window when moving
3953             between different screens.</li>
3954           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3955             consensus annotation</li>
3956           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3957             Workflows</li>
3958           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3959             <ul>
3960               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3961                 used to preserve views, structures, and tree display
3962                 settings)</li>
3963               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3964                 command line</li>
3965               <li>Sharing of selected regions between views and
3966                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3967               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3968             </ul></li>
3969         </ul> <em>Applet</em>
3970         <ul>
3971           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3972           <li>New Parameters
3973             <ul>
3974               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3975                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3976                 opened.</li>
3977               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3978                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3979               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3980                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3981               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3982                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3983                 view</li>
3984               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3985                 increase the height or width of a cell in the alignment
3986                 grid relative to the current font size.</li>
3987             </ul>
3988           </li>
3989           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3990             tooltip</li>
3991         </ul> <em>Other</em>
3992         <ul>
3993           <li>Features format: graduated colour definitions and
3994             specification of feature scores</li>
3995           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3996             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3997             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3998           <li>XML formats extended to support graduated feature
3999             colourschemes, group associated annotation, and profile
4000             visualization settings.</li></td>
4001       <td>
4002         <ul>
4003           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4004             rather than description</li>
4005           <li>Non-positional features are now included in sequence
4006             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4007             visibility in tooltip).</li>
4008           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4009           <li>Added URL embedding instructions to features file
4010             documentation.</li>
4011           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4012             'X' in peptide product</li>
4013           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4014             sequence ID and sequence string and query strings do not
4015             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4016           <li>AMSA files only contain first column of
4017             multi-character column annotation labels</li>
4018           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4019             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4020             exported and re-imported)</li>
4021           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4022             name</li>
4023           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4024             as subsequence matches, and correctly reports total number
4025             of both.</li>
4026           <li>Application:
4027             <ul>
4028               <li>Better handling of exceptions during sequence
4029                 retrieval</li>
4030               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4031                 link text excludes the start_end suffix</li>
4032               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4033                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4034               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4035               <li>Sequence description lines properly shared via
4036                 VAMSAS</li>
4037               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4038                 data sources</li>
4039               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4040                 completes before alignment figures are generated.</li>
4041               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4042                 first time.</li>
4043               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4044                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4045               <li>User defined group colours properly recovered
4046                 from Jalview projects.</li>
4047             </ul>
4048           </li>
4049         </ul>
4050       </td>
4051
4052     </tr>
4053     <tr>
4054       <td>
4055         <div align="center">
4056           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4057         </div>
4058       </td>
4059       <td>
4060         <ul>
4061           <li>Experimental support for google analytics usage
4062             tracking.</li>
4063           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4064         </ul>
4065       </td>
4066       <td>
4067         <ul>
4068           <li>Race condition in applet preventing startup in
4069             jre1.6.0u12+.</li>
4070           <li>Exception when feature created from selection beyond
4071             length of sequence.</li>
4072           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4073           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4074             all sequences with a given id</li>
4075           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4076             ID string searches</li>
4077           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4078             alignment to fail with exception</li>
4079         </ul> <em>Application Issues</em>
4080         <ul>
4081           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4082           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4083             data sources</li>
4084         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4085         <ul>
4086           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4087             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4088           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4089             version (java class versioning error fixed)</li>
4090         </ul>
4091       </td>
4092     </tr>
4093     <tr>
4094       <td>
4095
4096         <div align="center">
4097           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4098         </div>
4099       </td>
4100       <td><em>User Interface</em>
4101         <ul>
4102           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4103             translation and protein products</li>
4104           <li>Linked highlighting of structure associated with
4105             residue mapping to codon position</li>
4106           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4107             and 'clear' button</li>
4108           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4109             Tools menu</li>
4110           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4111             numeric data in description line</li>
4112           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4113           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4114             of sequence</li>
4115         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4116         <ul>
4117           <li>JPred3 web service</li>
4118           <li>Prototype sequence search client (no public services
4119             available yet)</li>
4120           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4121             PFAM</li>
4122           <li>URL Links created for matching database cross
4123             references as well as sequence ID</li>
4124           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4125         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4126         <ul>
4127           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4128             databases</li>
4129           <li>Generalised database reference retrieval and
4130             validation to all fetchable databases</li>
4131           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4132             sequence command</li>
4133         </ul> <em>Import and Export</em>
4134         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4135         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4136           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4137         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4138           File</li>
4139         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4140           triplet as name of colourscheme</li>
4141         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4142         <ul>
4143           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4144           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4145             alignments (experimental)</li>
4146           <li>Create new or select existing session to join</li>
4147           <li>load and save of vamsas documents</li>
4148         </ul> <em>Application command line</em>
4149         <ul>
4150           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4151             from applet)</li>
4152           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4153             of DAS servers to query for alignment features</li>
4154           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4155             that are also automatically queried for features</li>
4156           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4157             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4158         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4159         <ul>
4160           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4161             application (when using &quot;View in full
4162             application&quot;)</li>
4163         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4164         <ul>
4165           <li>feature group display control parameter</li>
4166           <li>debug parameter</li>
4167           <li>showbutton parameter</li>
4168         </ul> <em>Applet API methods</em>
4169         <ul>
4170           <li>newView public method</li>
4171           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4172           <li>Feature display control methods</li>
4173           <li>get list of currently selected sequences</li>
4174         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4175         <ul>
4176           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4177           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4178             Jalview release.</li>
4179           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4180             property controls execution of obfuscator</li>
4181           <li>Build target for generating source distribution</li>
4182           <li>Debug flag for javacc</li>
4183           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4184             jalview.bin.Cache</li>
4185           <li>Continuous Build Integration for stable and
4186             development version of Application, Applet and source
4187             distribution</li>
4188         </ul></td>
4189       <td>
4190         <ul>
4191           <li>selected region output includes visible annotations
4192             (for certain formats)</li>
4193           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4194             for editing</li>
4195           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4196           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4197           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4198           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4199             comments</li>
4200           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4201             filenames containing a ':'</li>
4202           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4203             global sequence features</li>
4204           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4205             references from alignment sequences goes to zero</li>
4206           <li>Close of tree branch colour box without colour
4207             selection causes cascading exceptions</li>
4208           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4209           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4210             file parsing fails.</li>
4211           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4212           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4213             not a valid output format</li>
4214           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4215             vamsas</li>
4216           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4217           <li>error messages passed up and output when data read
4218             fails</li>
4219           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4220             sequence is edited</li>
4221           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4222             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4223           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4224             filetype</li>
4225           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4226             import fixed for PFAM records</li>
4227           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4228             window list</li>
4229           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4230             can be read and written correctly to annotation file</li>
4231           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4232             correctly</li>
4233           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4234             non-italic font for representatives in Applet</li>
4235           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4236             Macs.</li>
4237           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4238             Applet)</li>
4239           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4240             due to null pointer exceptions</li>
4241           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4242             first column of alignment</li>
4243           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4244             July 2008</li>
4245           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4246             file is case-insensitive</li>
4247           <li>Sequence features read from Features file appended to
4248             all sequences with matching IDs</li>
4249           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4250             containing a sub-sequence</li>
4251           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4252           <li>feature and annotation file applet parameters
4253             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4254           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4255           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4256             splash-screen version check to complete</li>
4257           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4258             when passing them to the launchApp service</li>
4259           <li>display name and local features preserved in results
4260             retrieved from web service</li>
4261           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4262             sequence fetcher initialisation</li>
4263           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4264             dasobert DAS client</li>
4265           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4266             association</li>
4267           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4268             sequences
4269           </li>
4270         </ul>
4271       </td>
4272     </tr>
4273     <tr>
4274       <td>
4275         <div align="center">
4276           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4277         </div>
4278       </td>
4279       <td>
4280         <ul>
4281           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4282           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4283           <li>Slide sequences</li>
4284           <li>Edit sequence in place</li>
4285           <li>EMBL CDS features</li>
4286           <li>DAS Feature mapping</li>
4287           <li>Feature ordering</li>
4288           <li>Alignment Properties</li>
4289           <li>Annotation Scores</li>
4290           <li>Sort by scores</li>
4291           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4292         </ul>
4293       </td>
4294       <td>
4295         <ul>
4296           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4297           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4298           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4299           <li>Feature group display state in XML</li>
4300           <li>Feature ordering in XML</li>
4301           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4302           <li>Stockholm alignment properties</li>
4303           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4304           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4305           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4306           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4307         </ul>
4308       </td>
4309
4310     </tr>
4311     <tr>
4312       <td>
4313         <div align="center">
4314           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4315         </div>
4316       </td>
4317       <td>
4318         <ul>
4319           <li>Non standard characters can be read and displayed
4320           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4321             applet via textbox
4322           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4323             name &amp; description
4324           <li>Preference setting to display sequence name in
4325             italics
4326           <li>Annotation file format extended to allow
4327             Sequence_groups to be defined
4328           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4329             specified in preferences
4330           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4331             sequences
4332         </ul>
4333       </td>
4334       <td>
4335         <ul>
4336           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4337             installed
4338           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4339           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4340         </ul>
4341       </td>
4342     </tr>
4343     <tr>
4344       <td>
4345         <div align="center">
4346           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4347         </div>
4348       </td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>Multiple views on alignment
4352           <li>Sequence feature editing
4353           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4354           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4355           <li>Background dependent text colour
4356           <li>Right align sequence ids
4357           <li>User-defined lower case residue colours
4358           <li>Format Menu
4359           <li>Select Menu
4360           <li>Menu item accelerator keys
4361           <li>Control-V pastes to current alignment
4362           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4363           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4364           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4365
4366           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4367         </ul>
4368       </td>
4369       <td>
4370         <ul>
4371           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4372           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4373             calculations
4374           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4375             edits
4376           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4377             of alignment)
4378           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4379
4380           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4381             display correctly
4382           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4383           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4384             analysis results
4385           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4386             &#8739;
4387           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4388           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4389           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4390
4391         </ul>
4392       </td>
4393     </tr>
4394     <tr>
4395       <td>
4396         <div align="center">
4397           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4398         </div>
4399       </td>
4400       <td>
4401         <ul>
4402           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4403         </ul>
4404       </td>
4405       <td>
4406         <ul>
4407           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4408             sequence id panel has been resized</li>
4409           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4410             rendered</li>
4411           <li>Annotation files with sequence references - all
4412             elements in file are relative to sequence position</li>
4413           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4414         </ul>
4415       </td>
4416     </tr>
4417     <tr>
4418       <td>
4419         <div align="center">
4420           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4421         </div>
4422       </td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4426           <li>DAS Feature fetching</li>
4427           <li>Hide sequences and columns</li>
4428           <li>Export Annotations and Features</li>
4429           <li>GFF file reading / writing</li>
4430           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4431             files</li>
4432           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4433           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4434           <li>Applet can launch the full application</li>
4435           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4436             required)</li>
4437           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4438           <li>Applet can load sequences from parameter
4439             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4440           </li>
4441         </ul>
4442       </td>
4443       <td>
4444         <ul>
4445           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4446           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4447           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4448         </ul>
4449       </td>
4450     </tr>
4451     <tr>
4452       <td>
4453         <div align="center">
4454           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4455         </div>
4456       </td>
4457       <td>
4458         <ul>
4459           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4460           <li>Choose to match case when searching</li>
4461           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4462             expand the visible width and height of the alignment</li>
4463         </ul>
4464       </td>
4465       <td>
4466         <ul>
4467           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4468         </ul>
4469       </td>
4470     </tr>
4471     <tr>
4472       <td>
4473         <div align="center">
4474           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4475         </div>
4476       </td>
4477       <td>&nbsp;</td>
4478       <td>
4479         <ul>
4480           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4481           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4482             value</li>
4483         </ul>
4484       </td>
4485     </tr>
4486     <tr>
4487       <td>
4488         <div align="center">
4489           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4490         </div>
4491       </td>
4492       <td>
4493         <ul>
4494           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4495           <li>Keyboard editing</li>
4496           <li>Create sequence features from searches</li>
4497           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4498             alignments</li>
4499           <li>Features file allows grouping of features</li>
4500           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4501           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4502           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4503         </ul>
4504       </td>
4505       <td>
4506         <ul>
4507           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4508           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4509             descriptions saved.</li>
4510         </ul>
4511       </td>
4512     </tr>
4513     <tr>
4514       <td>
4515         <div align="center">
4516           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4517         </div>
4518       </td>
4519       <td>
4520         <ul>
4521           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4522           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4523           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4524             name for file output</li>
4525           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4526           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4527             used for HTML form input</li>
4528         </ul>
4529       </td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>HTML output writes groups and features</li>
4533           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4534           <li>File IO bugs</li>
4535         </ul>
4536       </td>
4537     </tr>
4538     <tr>
4539       <td>
4540         <div align="center">
4541           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4542         </div>
4543       </td>
4544       <td>
4545         <ul>
4546           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4547           <li>More options for PCA viewer</li>
4548         </ul>
4549       </td>
4550       <td>
4551         <ul>
4552           <li>GUI bugs resolved</li>
4553           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4554         </ul>
4555       </td>
4556     </tr>
4557     <tr>
4558       <td height="63">
4559         <div align="center">
4560           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4561         </div>
4562       </td>
4563       <td>
4564         <ul>
4565           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4566           <li>Jar files are executable</li>
4567           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4568         </ul>
4569       </td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4573           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4574           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4575         </ul>
4576       </td>
4577     </tr>
4578     <tr>
4579       <td>
4580         <div align="center">
4581           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4582         </div>
4583       </td>
4584       <td>
4585         <ul>
4586           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4587         </ul>
4588       </td>
4589       <td>
4590         <ul>
4591           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4592         </ul>
4593       </td>
4594     </tr>
4595     <tr>
4596       <td>
4597         <div align="center">
4598           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4599         </div>
4600       </td>
4601       <td>
4602         <ul>
4603           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4604             size</li>
4605         </ul>
4606       </td>
4607       <td>
4608         <ul>
4609           <li>Improved JPred client reliability</li>
4610           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4611         </ul>
4612       </td>
4613     </tr>
4614     <tr>
4615       <td>
4616         <div align="center">
4617           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4618         </div>
4619       </td>
4620       <td>
4621         <ul>
4622           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4623           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4624           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4625             to Colour Menu</li>
4626           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4627           <li>Unix users can set default web browser</li>
4628           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4629           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4630         </ul>
4631       </td>
4632       <td>
4633         <ul>
4634           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4635         </ul>
4636       </td>
4637     </tr>
4638     <tr>
4639       <td>
4640         <div align="center">
4641           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4642         </div>
4643       </td>
4644       <td>&nbsp;</td>
4645       <td>
4646         <ul>
4647           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4648             alignment order.</li>
4649         </ul>
4650       </td>
4651     </tr>
4652     <tr>
4653       <td>
4654         <div align="center">
4655           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4656         </div>
4657       </td>
4658       <td>
4659         <ul>
4660           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4661           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4662           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4663             annotations.</li>
4664           <li>Version and build date written to build properties
4665             file.</li>
4666           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4667             at launch of Jalview.</li>
4668         </ul>
4669       </td>
4670       <td>
4671         <ul>
4672           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4673           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4674           <li>Can remove groups one by one.</li>
4675           <li>Filechooser icons installed.</li>
4676           <li>Finder ignores return character when searching.
4677             Return key will initiate a search.<br>
4678           </li>
4679         </ul>
4680       </td>
4681     </tr>
4682     <tr>
4683       <td>
4684         <div align="center">
4685           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4686         </div>
4687       </td>
4688       <td>
4689         <ul>
4690           <li>New codebase</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693       <td>&nbsp;</td>
4694     </tr>
4695   </table>
4696   <p>&nbsp;</p>
4697 </body>
4698 </html>