help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><br />
  61             <em>16/2/2020</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li><!-- -->
  66           </li>
  67         </ul>
  68         <em>Deprecations</em>
  69       </td>
  70       <td align="left" valign="top">
  71         <ul>
  72         </ul>
  73         <em>Java 11 Compatibility issues</em>
  74         <ul>
  75           <li>
  76             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
  77           </li>
  78         </ul>
  79
  80         <em>Repository and Source Release</em>
  81         <ul>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
  84             repository
  85           </li>
  86         </ul>
  87       </td>
  88     </tr>
  89     <tr>
  90       <td width="60" align="center" nowrap>
  91           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  92             <em>04/07/2019</em></strong>
  93       </td>
  94       <td align="left" valign="top">
  95         <ul>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  98             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  99             source project) rather than InstallAnywhere
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 103             settings, receive over the air updates and launch specific
 104             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 105               Rings' GetDown</a>)
 106           </li>
 107                                         <li>
 108                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 109                                                 formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 110                                         </li>
 111                                         <li>
 112                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 113                                                 arguments and switch between different getdown channels
 114                                         </li>
 115                                         <li>
 116                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 117                                                 or alignment files
 118                                         </li>
 119
 120                                         <li>
 121             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 122             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 125             'Translate as cDNA'</li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 128                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 129                                                 <ul>
 130                                                           <li>
 131             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 132             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 133           <li>
 134                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 135                 features can be filtered and shaded according to any
 136                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 137                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 138                 file)
 139               </li>
 140               <li>
 141                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 142                 stored and restored from Jalview Projects
 143               </li>
 144               <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 146                                                                 recognise variant features
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 150                                                                 sequences (also coloured red by default)
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 154                                                                 details
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 158                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 162                                                                 dialog
 163                                                         </li>
 164                                                 </ul>
 165                                         </li>
 166                                         <li>
 167                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 168                                                 tree and PCA calculations
 169                                         </li>
 170                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 171             <ul>
 172                                                         <li>
 173                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 174                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 175                                                         </li>
 176                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 177                                                                 drop-down menus</li>
 178                                                         <li>
 179                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 180                                                                 incrementally
 181                                                         </li>
 182                                                         <li>
 183                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 184                                                         </li>
 185                                                 </ul>
 186                                         </li>
 187                                         <li>
 188                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 189                                         </li>
 190                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 191                                         <ul>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 194                                                                 multiple groups when working with large alignments
 195                                                         </li>
 196                                                         <li>
 197                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 198                                                                 Stockholm files
 199                                                         </li>
 200                                                 </ul>
 201                                         <li><strong>User Interface</strong>
 202                                         <ul>
 203                                                         <li>
 204                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 205                                                                 view
 206                                                         </li>
 207                                                         <li>
 208                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 209                                                                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 210                                                                 default (can be changed in user preferences)
 211                                                         </li>
 212                                                         <li>
 213                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 214                                                                 to the Overwrite Dialog
 215                                                         </li>
 216                                                         <li>
 217                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 218                                                                 sequences are hidden
 219                                                         </li>
 220                                                         <li>
 221                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 222                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 223                                                         </li>
 224                                                         <li>
 225                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 226                                                                 labels
 227                                                         </li>
 228                                                         <li>
 229                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 230                                                                 when in wrapped mode
 231                                                         </li>
 232                                                         <li>
 233                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 234                                                                 annotation
 235                                                         </li>
 236                                                         <li>
 237                                                                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 238                                                         </li>
 239                                                         <li>
 240                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 241                                                                 panel
 242                                                         </li>
 243                                                         <li>
 244                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 245                                                                 popup menu
 246                                                         </li>
 247                                                         <li>
 248                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 249                                                         <li>
 250                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 251
 252
 253                                                 </ul></li>
 254                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 255                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 256                                                 <ul>
 257                                                         <li>
 258                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 259                                                                 trapping CMD-Q
 260                                                         </li>
 261                                                 </ul></li>
 262                                 </ul>
 263         <em>Deprecations</em>
 264         <ul>
 265           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 266             capabilities removed from the Jalview Desktop
 267           </li>
 268           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 269             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 270             and XML based data retrieval clients</li>
 271           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 272           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 273         </ul> <em>Documentation</em>
 274                                 <ul>
 275                                         <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 276                                                 not supported in EPS figure export
 277                                         </li>
 278                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 279                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 280         <ul>
 281                 <li>
 282                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 283                                         </li>
 284                         <li>
 285                         <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 286           <li>
 287           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 288             gradle-eclipse
 289           </li>
 290           <li>
 291           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 292             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 293             execution
 294           </li>
 295           <li>
 296           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 297             operations
 298           </li>
 299           <li>
 300           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 301             issues resolved
 302           </li>
 303           <li>
 304           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 305             markdown (with HTML rendering)
 306           </li>
 307           <li>
 308           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 309           </li>
 310           <li>
 311           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 312             versions of Jalview
 313           </li>
 314         </ul>
 315       </td>
 316                         <td align="left" valign="top">
 317                                 <ul>
 318                                         <li>
 319                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 320                                         </li>
 321                                         <li>
 322                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 323                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 324                                         </li>
 325                                         <li>
 326                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 327                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 328                                         </li>
 329                                         <li>
 330                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 331                                                 monospaced font
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 335                                                 project involving multiple views
 336                                         </li>
 337                                         <li>
 338                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 339                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 340                                                 Annotation dialog hides columns
 341                                         </li>
 342                                         <li>
 343                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 344                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 345                                                 one view, then making another selection in the other view
 346                                         </li>
 347                                         <li>
 348                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 349                                                 columns
 350                                         </li>
 351                                         <li>
 352                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 353                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 354                                         </li>
 355                                         <li>
 356                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 357                                                 overview with large alignments
 358                                         </li>
 359                                         <li>
 360                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 361                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 362                                                 mouse moved to the left of the first column
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 366                                                 hidden column marker via scale popup menu
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 370                                                 doesn't tell users the invalid URL
 371                                         </li>
 372                                         <li>
 373                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 374                                                 score from view
 375                                         </li>
 376                                         <li>
 377                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 378                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 379                                                 red in original view
 380                                         </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 383             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 384           </li>
 385                                         <li>
 386                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 387                                                 manually created features (where feature score is Float.NaN)
 388                                         </li>
 389                                         <li>
 390                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 391                                                 when columns are hidden
 392                                         </li>
 393                                         <li>
 394                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 395                                                 Columns by Annotation description
 396                                         </li>
 397                                         <li>
 398                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 399                                                 out of Scale or Annotation Panel
 400                                         </li>
 401                                         <li>
 402                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 403                                                 scale panel
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 407                                                 alignment down
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 411                                                 scale panel
 412                                         </li>
 413                                         <li>
 414                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 415                                                 Page Up in wrapped mode
 416                                         </li>
 417                                         <li>
 418                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 419                                         </li>
 420                                         <li>
 421                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 422                                         </li>
 423                                         <li>
 424                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 425                                                 on opening an alignment
 426                                         </li>
 427                                         <li>
 428                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 429                                                 Colour menu
 430                                         </li>
 431                                         <li>
 432                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 433                                                 different groups in the alignment are selected
 434                                         </li>
 435                                         <li>
 436                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 437                                                 correctly in menu
 438                                         </li>
 439                                         <li>
 440                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 441                                                 threshold limit
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 445                                                 threshold gets 'unrounded'
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 449                                                 colour
 450                                         </li>
 451                                         <li>
 452                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 453                                         </li>
 454                                         <li>
 455                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 456                                         </li>
 457                                         <li>
 458                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 459                                                 Tree font
 460                                         </li>
 461                                         <li>
 462                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 463                                                 project file
 464                                         </li>
 465                                         <li>
 466                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 467                                                 shown in complementary view
 468                                         </li>
 469                                         <li>
 470                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 471                                                 without normalisation
 472                                         </li>
 473                                         <li>
 474                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 475                                                 of report
 476                                         </li>
 477                                         <li>
 478                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 479                                         </li>
 480                                   <li>
 481                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 482                                   </li>
 483                                 </ul> <em>Editing</em>
 484                                 <ul>
 485                                         <li>
 486                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 487                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 488                                                 sequence
 489                                         </li>
 490                                         <li>
 491                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 492                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 493                                                 removed (Known defect since 2.10)
 494                                         </li>
 495                                         <li>
 496                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 497                                                 dialog corrupts dataset sequence
 498                                         </li>
 499                                         <li>
 500                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 501                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 502                                         </li>
 503                                 </ul> <em>Datamodel</em>
 504         <ul>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 507             sequence's End is greater than its length
 508           </li>
 509         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 510           general release)</em>
 511         <ul>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 514           </li>
 515         </ul> <em>New Known Defects</em>
 516         <ul>
 517                                 <li>
 518                                 <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 519                                 </li>
 520                                 <li>
 521                                         <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 522                                         regions of protein alignment.
 523                                 </li>
 524                                 <li>
 525                                         <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 526                                         is restored from a Jalview 2.11 project
 527                                 </li>
 528                                 <li>
 529                                         <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 530                                         'New View'
 531                                 </li>
 532                                 <li>
 533                                         <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 534                                         columns within hidden columns
 535                                 </li>
 536                                 <li>
 537                                         <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 538                                         window after dragging left to select columns to left of visible
 539                                         region
 540                                 </li>
 541                                 <li>
 542                                         <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 543                                         string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 544                                         not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 545                                         create a Score filter instead.
 546                                 </li>
 547                                 <li>
 548                                 <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 549                                 <li>
 550                                 <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 551                                 </li>
 552         <li>
 553           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 554           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 555         </li>
 556         </ul>
 557         <em>Java 11 Specific defects</em>
 558           <ul>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 561               alphabetically when saved
 562             </li>
 563         </ul>
 564       </td>
 565                 </tr>
 566     <tr>
 567     <td width="60" nowrap>
 568       <div align="center">
 569         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 570       </div>
 571     </td>
 572     <td><div align="left">
 573         <em></em>
 574         <ul>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 577               InstallAnywhere increased to 1G.
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 581               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 582               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 583                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 584                 properties file.</em>
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 588               API and sequence data now imported as JSON.
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 592               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 593               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 594               property.
 595             </li>
 596           </ul>
 597           <em>Development</em>
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 601               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 602                 Clover</a>
 603             </li>
 604           </ul>
 605         </div></td>
 606     <td><div align="left">
 607         <em></em>
 608         <ul>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 611               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 612               alignment.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 616               annotation displayed.
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 620               for newly created group when 'Apply to all groups'
 621               selected
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 625               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 626               visible.
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 630               when sequences are selected in exported view.</em>
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 634               aren't rendered with correct colour.
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 638               types of knotted RNA secondary structure.
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 642               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 643               do not start at 1.
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 647               annotation when columns are inserted into an alignment,
 648               and when exporting as Stockholm flatfile.
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 652               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 653               treated as RNA secondary structure.
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 657               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 661               transfers focus to previous window on OSX
 662             </li>
 663           </ul>
 664           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 665           <ul>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 668               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 669               box.
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 673               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 674               'look and feel' which has improved compatibility with the
 675               latest version of OSX.
 676             </li>
 677           </ul>
 678         </div>
 679     </td>
 680     </tr>
 681     <tr>
 682       <td width="60" nowrap>
 683         <div align="center">
 684           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 685             <em>7/06/2018</em></strong>
 686         </div>
 687       </td>
 688       <td><div align="left">
 689           <em></em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 693               annotation retrieved from Uniprot
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 697               onto the Jalview Desktop
 698             </li>
 699           </ul>
 700         </div></td>
 701       <td><div align="left">
 702           <em></em>
 703           <ul>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 706               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 710               right-hand column parsed correctly
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 714               not alignment area in exported graphic
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 718               window has input focus
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 722               annotation added to view (Windows)
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 726               network connectivity is poor
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 730               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 731                 the currently open URL and links from a page viewed in
 732                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 733                 you are using Edge, only links in the page can be
 734                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 735                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 736             </li>
 737           </ul>
 738           <em>New Known Defects</em>
 739           <ul>
 740             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 741           </ul>
 742         </div></td>
 743     </tr>
 744     <tr>
 745       <td width="60" nowrap>
 746         <div align="center">
 747           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 748         </div>
 749       </td>
 750       <td><div align="left">
 751           <em></em>
 752           <ul>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 755               for disabling automatic superposition of multiple
 756               structures and open structures in existing views
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 760               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 761               adjust them.
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 765               Ensembl services
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 769               and lots of hidden columns
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 773               of features (particularly when transparency is disabled)
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 777               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 778               generally available
 779             </li>
 780           </ul>
 781           </div>
 782       </td>
 783       <td><div align="left">
 784           <ul>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 787               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 791               overlapping alignment panel
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 795               sequence as gaps
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 799               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 800               UTR
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 804               factor annotation not added to sequence when local PDB
 805               file associated with it by drag'n'drop or structure
 806               chooser
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 810               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 814               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 818               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 822               columns in annotation row
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 826               honored in batch mode
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 830               for structures added to existing Jmol view
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 834               entries after importing project with multiple views
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 838               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 839               with negative residue numbers or missing residues fails
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 843               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 844               as generated by CONSURF)
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 848               tooltip doesn't include a text description of mutation
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 852               structure and/or overview windows are also shown
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 856               very slow for alignments with large numbers of sequences
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 860               with 'StringIndexOutOfBounds'
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 864               platforms running Java 10
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 868               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 869             </li>
 870           </ul>
 871           <em>Applet</em>
 872           <ul>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 875               should copy the group consensus when popup is opened on it
 876             </li>
 877           </ul>
 878           <em>Batch Mode</em>
 879           <ul>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 882           </li>
 883           </ul>
 884           <em>New Known Defects</em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 888               editing a large alignment and overview is displayed
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 892               repeatedly after a series of edits even when the overview
 893               is no longer reflecting updates
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 897               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 898               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 899               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 900             </li>
 901                                                 <li>
 902                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 903                                                         option gives blank output
 904                                                 </li>
 905                                         </ul>
 906         </div>
 907           </td>
 908     </tr>
 909     <tr>
 910       <td width="60" nowrap>
 911         <div align="center">
 912           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 913         </div>
 914       </td>
 915       <td><div align="left">
 916           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 917               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 918       <td><div align="left">
 919           <em>Desktop</em><ul>
 920           <ul>
 921             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 922             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 923             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 924             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 925             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 926             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 927             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 928           </ul>
 929           </div>
 930       </td>
 931     </tr>
 932     <tr>
 933       <td width="60" nowrap>
 934         <div align="center">
 935           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 936         </div>
 937       </td>
 938       <td><div align="left">
 939           <em></em>
 940           <ul>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 943               rendering of sequence features
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 947               429 rate limit request hander
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 951               their colours have changed
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 955               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 959               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 963               view from Ensembl locus cross-references
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 967               Alignment report
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 971               feature can be disabled
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 975               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 979               Uniprot
 980             </li>
 981           </ul>
 982           <em>Scripting</em>
 983           <ul>
 984             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 985             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 986               percent identity scores for current alignment.</li>
 987           </ul>
 988           <em>Testing and Deployment</em>
 989           <ul>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 992             </li>
 993           </ul>
 994         </div></td>
 995       <td><div align="left">
 996           <em>General</em>
 997           <ul>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1000               threshold text field doesn't trigger an update to the
1001               alignment view
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1005               strings in parallel
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1009               alignment window is closed
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1013               group visibility
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1017               takes a long time in Cursor mode
1018             </li>
1019           </ul>
1020           <em>Desktop</em>
1021           <ul>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1024               cannot be viewed in Chimera
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1028               CDS/Protein view
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1032               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1033               Search Dialogs
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1043               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1047               scrolling right in unwapped alignment view
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1051               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1052               database
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1056               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1060               features of same type and group to be selected for
1061               amending
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1065               alignments when hidden columns are present
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1069               displaying several structures
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1073               moving a window
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1077               within the Jalview desktop on OSX
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1081               when in wrapped alignment mode
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1085               hand end of alignment
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1089               each selected sequence do not have correct start/end
1090               positions
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1094               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1098               restoring project until a new view is created
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1102               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1103               configured (since 2.10.2b2)
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1107               position is adjusted
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1111               in a multi-chain structure when viewing alignment
1112               involving more than one chain (since 2.10)
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1116               if new selection moves alignment window
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1120               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1124               that produces correctly annotated transcripts and products
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1128               doesn't update associated structure view
1129             </li>
1130           </ul>
1131           <em>Applet</em><br />
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1135               closing alignment panel
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>BioJSON</em><br />
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1142               non-positional features
1143             </li>
1144           </ul>
1145           <em>New Known Issues</em>
1146           <ul>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1149               sequence features correctly (for many previous versions of
1150               Jalview)
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1154               using cursor in wrapped panel other than top
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1158               graduated colour threshold
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1162               always preserve numbering and sequence features
1163             </li>
1164           </ul>
1165           <em>Known Java 9 Issues</em>
1166           <ul>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1169               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1170               9.01, OSX 10.10)
1171             </li>
1172           </ul>
1173         </div></td>
1174     </tr>
1175     <tr>
1176       <td width="60" nowrap>
1177         <div align="center">
1178           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1179             <em>2/10/2017</em></strong>
1180         </div>
1181       </td>
1182       <td><div align="left">
1183           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1187             </li>
1188             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1189             </li>
1190           </ul>
1191         </div></td>
1192       <td><div align="left">
1193         </div></td>
1194     </tr>
1195     <tr>
1196       <td width="60" nowrap>
1197         <div align="center">
1198           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1199             <em>7/9/2017</em></strong>
1200         </div>
1201       </td>
1202       <td><div align="left">
1203           <em></em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1207               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1208               white)
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1212               Preferences
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1216               in size and progress bar shown as higher resolution
1217               overview is recalculated
1218             </li>
1219
1220           </ul>
1221         </div></td>
1222       <td><div align="left">
1223           <em></em>
1224           <ul>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1227               column region row by row
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1231               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1235               format setting is unticked
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1239               if group has show boxes format setting unticked
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1243               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1244               include sequences and columns not currently displayed
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1248               assemblies are imported via CIF file
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1252               displayed when threshold or conservation colouring is also
1253               enabled.
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1257               server version
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1261               dragging a selected region off the visible region of the
1262               alignment
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1266               colourscheme to all groups in a view
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1270               initially after font size change using the Font chooser or
1271               middle-mouse zoom
1272             </li>
1273           </ul>
1274         </div></td>
1275     </tr>
1276     <tr>
1277       <td width="60" nowrap>
1278         <div align="center">
1279           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1280         </div>
1281       </td>
1282       <td><div align="left">
1283           <em>Calculations</em>
1284           <ul>
1285
1286             <li>
1287               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1288               ungapped positions in each column of the alignment.
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1292               a calculation dialog box
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1296               and memory efficiency (~30x faster)
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1300               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1301               and other calculations
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1305               files within the Jalview codebase
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1309               Similarity may have different topology due to increased
1310               precision
1311             </li>
1312           </ul>
1313           <em>Rendering</em>
1314           <ul>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1317               model for alignments and groups
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1321               scripts
1322             </li>
1323           </ul>
1324           <em>Overview</em>
1325           <ul>
1326             <li>
1327               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1328               with alignment and overview windows
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1332               overview
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1336               omitted in Overview
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1340               adjustment of visible position
1341             </li>
1342           </ul>
1343
1344           <em>Data import/export</em>
1345           <ul>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1348               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1352               annotation input/output via stockholm flatfile
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1356               extension when importing structure files without embedded
1357               names or PDB accessions
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1361               format sequence substitution matrices
1362             </li>
1363           </ul>
1364           <em>User Interface</em>
1365           <ul>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1368               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1369               the application.
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1373               via Overview or sequence motif search operations
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1377               opened by double clicking gaps within sequence feature
1378               extent
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1382               aligned positions were available to create a 3D structure
1383               superposition.
1384             </li>
1385           </ul>
1386           <em>3D Structure</em>
1387           <ul>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1390               coloured in linked structure views
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1394               file-based command exchange
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1398               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1399               structures are already available for sequences
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1403               the Jalview project rather than downloaded again when the
1404               project is reopened.
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1408               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1409               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1410                 Feature</strong>)
1411             </li>
1412           </ul>
1413           <em>Web Services</em>
1414           <ul>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1420               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1421               Analysis services
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1425               cross-references provided by identifiers.org and the
1426               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1427             </li>
1428           </ul>
1429
1430           <em>Scripting</em>
1431           <ul>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1434               identifying file formats (instead of String constants)
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1438               efficiency when counting all displayed features (not
1439               backwards compatible with 2.10.1)
1440             </li>
1441           </ul>
1442           <em>Example files</em>
1443           <ul>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1446               included in the example feature file
1447             </li>
1448           </ul>
1449           <em>Documentation</em>
1450           <ul>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1453               with the built-in Java help viewer
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1457               sequence description' option
1458             </li>
1459           </ul>
1460           <em>Test Suite</em>
1461           <ul>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1464               Uniprot REST Free Text Search Client
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1471               during tests
1472             </li>
1473           </ul>
1474         </div></td>
1475       <td><div align="left">
1476           <em>Calculations</em>
1477           <ul>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1480               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1481               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1482             </li>
1483             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1484               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1485               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1486               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1487               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1488               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1489               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1490               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1491               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1492               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1493               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1494               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1495               // for 2.10.1 mode <br />
1496               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1497               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1498                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1499                 calculations (not recommended)</em></li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1502               scaling of branch lengths for trees computed using
1503               Sequence Feature Similarity.
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1507               generating output report when working with highly
1508               redundant alignments
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1512               right of selected region when gaps present on right-hand
1513               boundary
1514             </li>
1515           </ul>
1516           <em>User Interface</em>
1517           <ul>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1520               doesn't reselect a specific sequence's associated
1521               annotation after it was used for colouring a view
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1525               opened on a region of alignment without groups
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1529               of an alignment with overlapping groups
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1533               name and description match
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1537               hidden regions results in incorrect hidden regions
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1541               changing colour does not apply Conservation slider value
1542               to all groups
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1546               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1550               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1554               gaps before start of features
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1558               restored to UI when feature colour is edited
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1562               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1566               as graduate feature colour settings are modified via the
1567               dialog box
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1571               when a group defined on the alignment is resized
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1575               wrapped view result in positional status updates
1576             </li>
1577
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1580               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1584               alignment included gapped columns
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1588               widgets don't permanently disappear
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1592               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1593               T-Coffee column reliability scores)
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1597               sequence feature on gaps only
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1601               button from a Find inherit previously defined feature type
1602               rather than the Find query string
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1606               exporting tree calculated in Jalview
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1610               and then revealing them reorders sequences on the
1611               alignment
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1615               doesn't update to reflect available set of groups after
1616               interactively adding or modifying features
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1620               Linux
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1624               only excluded gaps in current sequence and ignored
1625               selection.
1626             </li>
1627           </ul>
1628           <em>Rendering</em>
1629           <ul>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1632               erratically when hidden rows or columns are present
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1636               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1637               sequence colouring
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1641               colour and group colour menu for protein alignments
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1645               reflect currently selected view or group's shading
1646               thresholds
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1650               when rendered on overview and structures when opacity at
1651               100%
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1655               overview when features overlaid on alignment
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1659               recovered correctly from Jalview project file
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1663               (automatically via preferences) are different to the main
1664               alignment panel
1665             </li>
1666           </ul>
1667           <em>Data import/export</em>
1668           <ul>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1671               load
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1675               added after a sequence was imported are not written to
1676               Stockholm File
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1680               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1684               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1688               with lightGray or darkGray via features file (but can
1689               specify lightgray)
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1693               when alignment view imported from project
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1697               structure and sequences extracted from structure files
1698               imported via URL and viewed in Jmol
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1702               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1703               the project is loaded and the structure viewed
1704             </li>
1705           </ul>
1706           <em>Web Services</em>
1707           <ul>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1710               release of Ensembl v.88
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1714               appear enabled in Preferences->Connections
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1718               removed from console output
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1722               Ensembl by Peptide ID
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1726               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1727               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1728               due to 'null' string rather than empty string used for
1729               residues with no corresponding PDB mapping).
1730             </li>
1731           </ul>
1732           <em>Application UI</em>
1733           <ul>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1736               menu
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1740               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1741               new documentation and tooltips added)
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1745               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1749               new features are added to alignment
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1753               changes to feature colours via the Amend features dialog
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1757               edit graduated feature colour via amend features dialog
1758               box
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1762               selection menu changes colours of alignment views
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1766               from alignment calculation workers after alignment has
1767               been closed
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1771               groups now 'Create Group'
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1775               Create/Undefine group doesn't always work
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1779               shown again after pressing 'Cancel'
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1783               adjusts start position in wrap mode
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1787               ambiguous amino acids
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1791               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1792               proteins
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1796               Defined' don't appear in Colours menu
1797             </li>
1798           </ul>
1799           <em>Applet</em>
1800           <ul>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1803               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1807               overview or linked structure view
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1811               work (since 2.8)
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1815               user-defined colourscheme doesn't restore original
1816               colourscheme
1817             </li>
1818           </ul>
1819           <em>Test Suite</em>
1820           <ul>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1823               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1827               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1828               problems with deep array comparison equality asserts in
1829               successive versions of TestNG
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1833               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1834             </li>
1835           </ul>
1836           <em>New Known Issues</em>
1837           <ul>
1838             <li>
1839               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1840               phase after a sequence motif find operation
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1844               containing just upper and lower case letters are
1845               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1849               reliably from eggnog Ortholog database
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1853               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1854               to mark columns containing highlighted regions.
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1858               doesn't always add secondary structure annotation.
1859             </li>
1860           </ul>
1861         </div>
1862     <tr>
1863       <td width="60" nowrap>
1864         <div align="center">
1865           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1866         </div>
1867       </td>
1868       <td><div align="left">
1869           <em>General</em>
1870           <ul>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1873               for all consensus calculations
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1877               3rd Oct 2016)
1878             </li>
1879             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1880               for 2016-2017</li>
1881           </ul>
1882           <em>Application</em>
1883           <ul>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1886               set of database cross-references, sorted alphabetically
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1890               from database cross references. Users with custom links
1891               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1892                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1896               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1897               Chimera session
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1901               the Chimera it is connected to is shut down
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1905               columns menu item to mark columns containing highlighted
1906               regions (e.g. from structure selections or results of a
1907               Find operation)
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1911               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1912               MSAviewer
1913             </li>
1914           </ul>
1915         </div></td>
1916       <td>
1917         <div align="left">
1918           <em>General</em>
1919           <ul>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1922               are not coloured or thresholded according to percent
1923               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1927               hydrophobic
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1931               threshold, amino acid properties)
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1935               reported as mapped to residues in a structure file in the
1936               View Mapping report
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1940               could be added multiple times to a sequence
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1944               bond features shown as two highlighted residues rather
1945               than a range in linked structure views, and treated
1946               correctly when selecting and computing trees from features
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1950               cross-references are matched to database name regardless
1951               of case
1952             </li>
1953
1954           </ul>
1955           <em>Application</em>
1956           <ul>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1959               names without regular expressions also offer links from
1960               Sequence ID
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1964               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1965               update Jalview configuration
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1969               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1973               files with similarly named sequences if dropped onto the
1974               alignment
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1978               entries where more chains exist in the PDB accession than
1979               are reported in the SIFTS file
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1983               the structure view when displayed with Chimera
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1987               panel's View->Show Chains submenu
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1991               work for wrapped alignment views
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1995               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1999               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2000               first annotation row
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2004               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2008               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2009             </li>
2010             <!-- JAL-2319 -->
2011             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2012             coordindate data
2013             </li>
2014           </ul>
2015           <!--           <em>New Known Issues</em>
2016           <ul>
2017             <li></li>
2018           </ul> -->
2019         </div>
2020       </td>
2021     </tr>
2022     <td width="60" nowrap>
2023       <div align="center">
2024         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2025           <em>25/10/2016</em></strong>
2026       </div>
2027     </td>
2028     <td><em>Application</em>
2029       <ul>
2030         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2031           view if structures already loaded</li>
2032         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2033           structure views</li>
2034       </ul></td>
2035     <td>
2036       <div align="left">
2037         <em>General</em>
2038         <ul>
2039           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2040             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2041           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2042             example sequences/projects/trees</li>
2043         </ul>
2044         <em>Application</em>
2045         <ul>
2046           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2047             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2048           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2049             without timeout for structures with multiple models or
2050             multiple sequences in alignment</li>
2051           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2052             PDB ID HEADER line</li>
2053           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2054             is performed</li>
2055           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2056             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2057           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2058           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2059             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2060             option</li>
2061           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2062             is created on the alignment</li>
2063           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2064             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2065             pop-up menu</li>
2066         </ul>
2067         <em>Build and deployment</em>
2068         <ul>
2069           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2070             tags</li>
2071         </ul>
2072         <em>New Known Issues</em>
2073         <ul>
2074           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2075             on Windows</li>
2076         </ul>
2077       </div>
2078     </td>
2079     </tr>
2080     <tr>
2081       <td width="60" nowrap>
2082         <div align="center">
2083           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2084         </div>
2085       </td>
2086       <td><em>General</em>
2087         <ul>
2088           <li>
2089             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2090           </li>
2091           <li>
2092             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2093             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2094             better PDB parsing.
2095           </li>
2096           <li>
2097             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2098             reference sequence
2099           </li>
2100           <li>
2101             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2102             mousing over sequence associated annotation
2103           </li>
2104           <li>
2105             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2106             for manual entry
2107           </li>
2108           <li>
2109             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2110             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2111             for each column
2112           </li>
2113           <li>
2114             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2115             showing or hiding columns containing a feature
2116           </li>
2117           <li>
2118             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2119             group and sequence associated annotation labels
2120           </li>
2121           <li>
2122             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2123             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2124             dialogs
2125           </li>
2126
2127         </ul> <em>Application</em>
2128         <ul>
2129           <li>
2130             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2131             gene/transcript view
2132           </li>
2133           <li>
2134             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2135             dialog
2136           </li>
2137           <li>
2138             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2139             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2140           </li>
2141           <li>
2142             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2143             Pfam sources to xfam.org
2144           </li>
2145           <li>
2146             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2147           </li>
2148           <li>
2149             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2150             over sequences in Jalview
2151           </li>
2152           <li>
2153             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2154             regions in ENA and EMBL
2155           </li>
2156           <li>
2157             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2158             for record retrieval via ENA rest API
2159           </li>
2160           <li>
2161             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2162             complement operator
2163           </li>
2164           <li>
2165             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2166             groovy script execution
2167           </li>
2168           <li>
2169             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2170             alignment window's Calculate menu
2171           </li>
2172           <li>
2173             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2174             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2175           </li>
2176           <li>
2177             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2178             calculation workers from groovy scripts
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2182             Jalview projects
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2186             associations are now saved/restored from project
2187           </li>
2188           <li>
2189             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2190             before sequence fetcher is opened
2191           </li>
2192           <li>
2193             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2194             database chooser opens a sequence fetcher
2195           </li>
2196           <li>
2197             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2198             the UniProt REST API
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2202             the news reader opening
2203           </li>
2204           <li>
2205             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2206             querying stored in preferences
2207           </li>
2208           <li>
2209             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2210             search results
2211           </li>
2212           <li>
2213             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2217             menu for nucleotide sequences
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2221             and feature counts preserves alignment ordering (and
2222             debugged for complex feature sets).
2223           </li>
2224           <li>
2225             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2226             viewing structures with Jalview 2.10
2227           </li>
2228           <li>
2229             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2230             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2231             Ensembl Genomes REST API
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2235             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2236             (Ensembl)
2237           </li>
2238           <li>
2239             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2240             sequences
2241           </li>
2242           <li>
2243             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2244             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2245             data from external database records.
2246           </li>
2247           <li>
2248             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2249             efficient recovery of sequence coding and alignment
2250             annotation relationships.
2251           </li>
2252         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2253         <ul>
2254           <li>
2255             -- JAL---
2256           </li>
2257         </ul> --></td>
2258       <td>
2259         <div align="left">
2260           <em>General</em>
2261           <ul>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2264               menu on OSX
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2268               includes graduated colourschemes
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2272               working with big alignments and lots of hidden columns
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2276               at right of alignment window
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2280               contents
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2284               for DNA alignments
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2288               based tree calculation
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2292               unconserved enabled for group on alignment
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2296               set as reference
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2300               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2301               annotation
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2305               hidden columns present
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2309               user created annotation added to alignment
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2313               '()' base pair annotation
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2317               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2318               Consensus
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2322               feature not working
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2326               beginning of sequence
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2330               entry 3a6s
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2334               from a tree when t-coffee scores are shown
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2338               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2342               some structures
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2346               to Clustal, PIR and PileUp output
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2350               not visible causes alignment window to repaint
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2354               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2355               scores associated with features and annotation rows
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2359               calculation should be case independent
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2363               columns
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2367               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2368               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2372               problems when reference sequence defined and 'show
2373               non-conserved' enabled
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2377               load even when Consensus calculation is disabled
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2381               alignment does nothing
2382             </li>
2383           </ul>
2384           <em>Application</em>
2385           <ul>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2388               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2389               yet fixed for El Capitan)
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2393               output when running on non-gb/us i18n platforms
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2397               hidden sequences as flat-file alignment
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2401               launching Chimera
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2405               (also hotfix for 2.9.0b2)
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2409               reference sequence defined
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2413               alignments and views when revealing hidden columns
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2417               view in a cDNA/Protein splitframe
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2421               sequence from project when only one sequence is
2422               represented
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2426               in Structure Chooser
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2430               structure consensus didn't refresh annotation panel
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2434               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2438               dialogs format columns correctly, don't display array
2439               data, sort columns according to type
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2443               file chooser is cancelled during an image export
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2447               sequence name containing special characters
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2451               case insensitive
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2455               formatting don't wrap
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2459               truncated so L looks like I in consensus annotation
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2463               currently displayed features for the current selection or
2464               view
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2468               after fetching cross-references, and restoring from
2469               project
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2473               followed in the structure viewer
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2477               splitframe not restored from project
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2481               trailing end of protein alignment in transcript/product
2482               splitview when pad-gaps not enabled by default
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2486               is case dependent
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2490               article has been read (reopened issue due to
2491               internationalisation problems)
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2495               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2496               cross-references
2497             </li>
2498
2499             <li>
2500               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2501               alignment as HTML
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2505               multiple structures are shown for one or more sequences.
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2509               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2510               is enabled.
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2514               specific PDB id for sequence
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2518               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2519               columns' is disabled.
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2523               selects lowest rather than highest resolution structures
2524               for each sequence
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2528               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2532               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2536               after clicking on it to create new annotation for a
2537               column.
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2541               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2542             </li>
2543             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2544             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2545           </ul>
2546           <em>Applet</em>
2547           <ul>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2550               hidden columns present before start of sequence
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2554               (JSON jars)
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2558               sequences are hidden in applet
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2562               deployment on examples pages.
2563             </li>
2564           </ul>
2565         </div>
2566       </td>
2567     </tr>
2568     <tr>
2569       <td width="60" nowrap>
2570         <div align="center">
2571           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2572             <em>16/10/2015</em></strong>
2573         </div>
2574       </td>
2575       <td><em>General</em>
2576         <ul>
2577           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2578             jars</li>
2579         </ul></td>
2580       <td>
2581         <div align="left">
2582           <em>Application</em>
2583           <ul>
2584             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2585               shown when tree is partitioned</li>
2586             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2587               multiple cDNA/Protein split views</li>
2588           </ul>
2589         </div>
2590       </td>
2591     </tr>
2592     <tr>
2593       <td width="60" nowrap>
2594         <div align="center">
2595           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2596             <em>8/10/2015</em></strong>
2597         </div>
2598       </td>
2599       <td><em>General</em>
2600         <ul>
2601           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2602             2.9</li>
2603         </ul> <em>Application</em>
2604         <ul>
2605           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2606           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2607           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2608         </ul> <em>Applet</em>
2609         <ul>
2610           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2611         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2612         <ul>
2613           <li>
2614             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2615             suite
2616           </li>
2617         </ul></td>
2618       <td>
2619         <div align="left">
2620           <em>General</em>
2621           <ul>
2622             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2623               incorrect when sequence start > 1</li>
2624             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2625               documentation</li>
2626             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2627             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2628               loading a features file containing HTML tags in feature
2629               description</li>
2630
2631           </ul>
2632           <em>Application</em>
2633           <ul>
2634             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2635               reimport</li>
2636             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2637               with 'trim retrieved sequences'</li>
2638             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2639               deleting selected columns</li>
2640             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2641               JNLP templates for webstart launch</li>
2642             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2643               unreleased structures for download or viewing</li>
2644             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2645               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2646             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2647               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2648             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2649               recovered from jalview project</li>
2650             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2651               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2652               alignment view</li>
2653             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2654               color schemes from BioJSON</li>
2655           </ul>
2656           <em>Applet</em>
2657           <ul>
2658             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2659               frame</li>
2660             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2661           </ul>
2662         </div>
2663       </td>
2664     </tr>
2665     <tr>
2666       <td><div align="center">
2667           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2668         </div></td>
2669       <td><em>General</em>
2670         <ul>
2671           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2672             alignments:
2673             <ul>
2674               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2675                 and DNA alignment views</li>
2676               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2677                 cDNA alignment views</li>
2678               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2679                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2680               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2681                 protein sequences</li>
2682             </ul>
2683           </li>
2684           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2685           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2686             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2687           <li>New alignment annotation file statements for
2688             reference sequences and marking hidden columns</li>
2689           <li>Reference sequence based alignment shading to
2690             highlight variation</li>
2691           <li>Select or hide columns according to alignment
2692             annotation</li>
2693           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2694           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2695             acid conservation row</li>
2696           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2697         </ul> <em>Application</em>
2698         <ul>
2699           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2700             <ul>
2701               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2702                 view with cDNA/Protein</li>
2703               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2704                 sequences are placed in the same alignment</li>
2705               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2706                 projects</li>
2707             </ul>
2708           </li>
2709
2710           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2711           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2712             Jalview windows</li>
2713
2714           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2715           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2716           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2717             be shown in VARNA</li>
2718
2719           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2720             as the active selected region</li>
2721
2722           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2723             similarity</li>
2724           <li>New Export options
2725             <ul>
2726               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2727                 region export in flat file generation</li>
2728
2729               <li>Export alignment views for display with the <a
2730                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2731
2732               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2733               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2734                 alignment figures to HTML</li>
2735           </li>
2736           <li>3D structure retrieval and display
2737             <ul>
2738               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2739                 Search API</li>
2740               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2741                 PDB structures for a sequence set</li>
2742             </ul>
2743           </li>
2744
2745           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2746             predictions</li>
2747           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2748             for one or a group of sequences</li>
2749           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2750             from the JPred4 web server</li>
2751           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2752             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2753             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2754           </li>
2755           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2756             VARNA 2D Structure'</li>
2757           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2758             Structure ..."</li>
2759
2760         </ul> <em>Applet</em>
2761         <ul>
2762           <li>New layout for applet example pages</li>
2763           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2764             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2765           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2766             Protein alignments</li>
2767         </ul> <em>Development and deployment</em>
2768         <ul>
2769           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2770           <li>Include installation type and git revision in build
2771             properties and console log output</li>
2772           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2773             storing BioJsMSA Templates</li>
2774           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2775         </ul></td>
2776       <td>
2777         <!-- <em>General</em>
2778         <ul>
2779         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2780         <ul>
2781           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2782           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2783           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2784             predictions are not highlighted in amber</li>
2785           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2786             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2787           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2788             associated structure views</li>
2789           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2790             width checkbox not enabled</li>
2791           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2792             creating user defined colours</li>
2793           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2794             mappings for just that viewer's sequences</li>
2795           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2796             multiple models in Chimera</li>
2797           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2798             over Jmol structure</li>
2799           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2800             output to text box</li>
2801           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2802             have incorrect sequence start/end</li>
2803           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2804             Jalview fails</li>
2805           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2806             work for nucleotide</li>
2807           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2808             to a grey/invisible alignment window</li>
2809           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2810             imports to different position</li>
2811           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2812             on some platforms</li>
2813           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2814             populated</li>
2815           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2816             console if Chimera has been opened</li>
2817           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2818           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2819             retrieved</li>
2820           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2821           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2822             either sequence shows on first structure</li>
2823           <li>'Show annotations' options should not make
2824             non-positional annotations visible</li>
2825           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2826             in right place after 'view flanking regions'</li>
2827           <li>File Save As type unset when current file format is
2828             unknown</li>
2829           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2830             projects</li>
2831           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2832             responsive</li>
2833           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2834             several views on same alignment</li>
2835           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2836           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2837             spaces</li>
2838         </ul> <em>Applet</em>
2839         <ul>
2840           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2841           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2842             descriptions containing angle brackets</li>
2843         </ul> <em>General</em>
2844         <ul>
2845           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2846             via jalview annotation file</li>
2847           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2848             with RNA secondary structure</li>
2849           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2850             translation doesn't work.</li>
2851           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2852           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2853             positions</li>
2854           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2855             choosing 1pt font</li>
2856           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2857             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2858             'h'</li>
2859           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2860             new feature</li>
2861           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2862             order dependent</li>
2863           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2864             sequences</li>
2865           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2866         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2867         <ul>
2868           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2869             www.jalview.org</li>
2870         </ul> <em>Application Known issues</em>
2871         <ul>
2872           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2873           <li>Misleading message appears after trying to delete
2874             solid column.</li>
2875           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2876             version launches</li>
2877           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2878             fails with a sequence mismatch</li>
2879           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2880             scrolling alignment to right</li>
2881           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2882             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2883           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2884             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2885           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2886             ultra-high resolution</li>
2887           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2888             quality and conservation</li>
2889           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2890             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2891         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2892         <ul>
2893           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2894           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2895             window is being resized</li>
2896
2897         </ul>
2898       </td>
2899     </tr>
2900     <tr>
2901       <td><div align="center">
2902           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2903         </div></td>
2904       <td><em>General</em>
2905         <ul>
2906           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2907             Certum.PL.</li>
2908           <li>Features and annotation preserved when performing
2909             pairwise alignment</li>
2910           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2911             imported/exported/displayed</li>
2912           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2913             protein secondary structure</li>
2914           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2915               post-hoc with 2.9 release</em>)
2916           </li>
2917
2918         </ul> <em>Application</em>
2919         <ul>
2920           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2921             with 3D structures</li>
2922           <li>Support for parsing RNAML</li>
2923           <li>Annotations menu for layout
2924             <ul>
2925               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2926               <li>place sequence annotation above/below alignment
2927                 annotation</li>
2928             </ul>
2929           <li>Output in Stockholm format</li>
2930           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2931             translation</li>
2932           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2933           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2934             shared between alignments</li>
2935           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2936             Jalview</li>
2937           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2938             all or current selection</li>
2939           <li>disorder and secondary structure predictions
2940             available as dataset annotation</li>
2941           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2942
2943
2944           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2945             alignments from Rfam</li>
2946           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2947
2948           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2949             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2950           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2951           <li>include installation type in build properties and
2952             console log output</li>
2953           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2954             annotation</li>
2955         </ul></td>
2956       <td>
2957         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2958         <ul>
2959           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2960             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2961           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2962             alignment</li>
2963           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2964           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2965           <li>Double click on sequence associated annotation
2966             selects only first column</li>
2967           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2968             leaves shown in tree</li>
2969           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2970             properly</li>
2971           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2972           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2973             screen and buttons not visible</li>
2974           <li>author list isn't updated if already written to
2975             Jalview properties</li>
2976           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2977             from database</li>
2978           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2979           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2980             browser search window</li>
2981           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2982             in feature settings dialog</li>
2983           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2984             desktop</li>
2985           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2986             pass validation</li>
2987           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2988             fit on screen</li>
2989           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2990             tooltip</li>
2991           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2992             defined user preset</li>
2993           <li>MSA web services warns user if they were launched
2994             with invalid input</li>
2995           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2996             Java 8</li>
2997           <li>
2998             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2999             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3000             created
3001           </li>
3002
3003         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3004         <ul>
3005         </ul> <em>General</em>
3006         <ul>
3007         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3008         <ul>
3009           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3010             memory allocation</li>
3011           <li>launchApp service doesn't automatically open
3012             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3013           <li>
3014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3015             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3016             1.7_055 is available
3017           </li>
3018         </ul> <em>Application Known issues</em>
3019         <ul>
3020           <li>
3021             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3022             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3023             alignment to right
3024           </li>
3025           <li>
3026             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3027             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3028             with large number of ID
3029           </li>
3030           <li>
3031             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3032             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3033             start/end
3034           </li>
3035           <li>
3036             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3037             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3038             structure tracks are rearranged
3039           </li>
3040           <li>
3041             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3042             invalid rna structure positional highlighting does not
3043             highlight position of invalid base pairs
3044           </li>
3045           <li>
3046             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3047             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3048             project from alignment window file menu
3049           </li>
3050           <li>
3051             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3052             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3053             structures
3054           </li>
3055           <li>
3056             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3057             colour by RNA Helices not enabled when user created
3058             annotation added to alignment
3059           </li>
3060           <li>
3061             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3062             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3063           </li>
3064         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3065         <ul>
3066           <li>
3067             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3068             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3069           </li>
3070           <li>
3071             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3072             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3073           </li>
3074
3075           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3076             when selected</li>
3077         </ul>
3078       </td>
3079     </tr>
3080     <tr>
3081       <td><div align="center">
3082           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3083         </div></td>
3084       <td>
3085         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3086         <em>General</em>
3087         <ul>
3088           <li>Internationalisation of user interface (usually
3089             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3090           <li>Define/Undefine group on current selection with
3091             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3092           <li>Improved group creation/removal options in
3093             alignment/sequence Popup menu</li>
3094           <li>Sensible precision for symbol distribution
3095             percentages shown in logo tooltip.</li>
3096           <li>Annotation panel height set according to amount of
3097             annotation when alignment first opened</li>
3098         </ul> <em>Application</em>
3099         <ul>
3100           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3101             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3102           <li>Select columns containing particular features from
3103             Feature Settings dialog</li>
3104           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3105             sequences</li>
3106           <li>Update Jalview project format:
3107             <ul>
3108               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3109               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3110                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3111               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3112                 colouring</li>
3113             </ul>
3114           </li>
3115           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3116             (PAM250)</li>
3117           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3118             flanking regions for an alignment</li>
3119         </ul>
3120       </td>
3121       <td>
3122         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3123         <ul>
3124           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3125             running after job is cancelled</li>
3126           <li>cannot export features from alignments imported from
3127             Jalview/VAMSAS projects</li>
3128           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3129             float values</li>
3130           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3131             have 'display all symbols' flag set</li>
3132           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3133             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3134           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3135             Jalview</li>
3136           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3137             Lion/Webstart</li>
3138           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3139           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3140           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3141             alignment onto desktop</li>
3142           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3143             'extract scores' function</li>
3144           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3145             alignment window</li>
3146           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3147             performing IUPred disorder prediction</li>
3148           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3149             changing 'normalise logo' display setting</li>
3150           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3151             nothing matches query</li>
3152           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3153             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3154           </li>
3155           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3156             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3157           </li>
3158           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3159             Jalview's menu</li>
3160           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3161             'invalid literal/length code'</li>
3162           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3163             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3164           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3165             colourscheme</li>
3166
3167         </ul> <em>Applet</em>
3168         <ul>
3169           <li>Remove group option is shown even when selection is
3170             not a group</li>
3171           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3172             don't affect groups</li>
3173           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3174             colourscheme name</li>
3175           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3176             Annotation panel is not displayed</li>
3177           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3178             embedded windows</li>
3179         </ul> <em>Other</em>
3180         <ul>
3181           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3182             single sequence were not calculated</li>
3183           <li>annotation files that contain only groups imported as
3184             annotation and junk sequences</li>
3185           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3186             recognised as PFAM or BLC</li>
3187           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3188             doesn't affect background (2.8.0b1)
3189           <li></li>
3190           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3191           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3192             trailing gaps</li>
3193           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3194             registered correctly on import</li>
3195           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3196             certain alignments</li>
3197           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3198             existing annotation based 'use original colours'
3199             colourscheme loses original colours setting</li>
3200         </ul>
3201       </td>
3202     </tr>
3203     <tr>
3204       <td><div align="center">
3205           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3206             <em>30/1/2014</em></strong>
3207         </div></td>
3208       <td>
3209         <ul>
3210           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3211             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3212             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3213             open source project).
3214           </li>
3215           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3216           <li>Output in Stockholm format</li>
3217           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3218           <li>Export/import group and sequence associated line
3219             graph thresholds</li>
3220           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3221             ambiguity codes</li>
3222           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3223             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3224             works</li>
3225           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3226         </ul> <em>Other improvements</em>
3227         <ul>
3228           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3229           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3230             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3231           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3232             files</li>
3233           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3234           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3235             link but no description</li>
3236           <li>Select primary source when selecting authority in
3237             database fetcher GUI</li>
3238           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3239             Jalview</li>
3240           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3241         </ul>
3242       </td>
3243       <td>
3244         <ul>
3245           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3246             displayed</li>
3247           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3248             secondary structure annotation line</li>
3249           <li>Sequence database accessions not imported when
3250             fetching alignments from Rfam</li>
3251           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3252             identical IDs</li>
3253           <li>View all structures does not always superpose
3254             structures</li>
3255           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3256             reflect user or preset settings</li>
3257           <li>Null pointer exceptions for some services without
3258             presets or adjustable parameters</li>
3259           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3260             discover PDB xRefs</li>
3261           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3262             features with DAS</li>
3263           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3264             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3265           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3266             residue follows a gap</li>
3267           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3268             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3269           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3270             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3271           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3272             annotation already exists on alignment</li>
3273           <li>oninit javascript function should be called after
3274             initialisation completes</li>
3275           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3276             alignment window display</li>
3277           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3278           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3279             to annotation file</li>
3280           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3281             groups created</li>
3282           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3283             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3284           <li>Pressing return several times causes Number Format
3285             exceptions in keyboard mode</li>
3286           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3287             correct partitions for input data</li>
3288           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3289           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3290           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3291           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3292             mode</li>
3293           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3294             changes one row&#39;s threshold</li>
3295           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3296             doesn&#39;t open</li>
3297           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3298             quality histograms</li>
3299         </ul>
3300       </td>
3301     </tr>
3302     <tr>
3303       <td><div align="center">
3304           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3305         </div></td>
3306       <td><em>Application</em>
3307         <ul>
3308           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3309             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3310           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3311             preferences</li>
3312           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3313             in Jalview alignment window</li>
3314           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3315             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3316           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3317             RNA and ambiguity codes</li>
3318
3319           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3320           <li>Support fetching and database reference look up
3321             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3322             refs')</li>
3323           <li>Jalview project improvements
3324             <ul>
3325               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3326                 flag for annotation</li>
3327               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3328                 alignment</li>
3329               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3330                 Jalview project</li>
3331
3332             </ul>
3333           </li>
3334           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3335           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3336             running</li>
3337           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3338           <li>visual indication that web service results are still
3339             being retrieved from server</li>
3340           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3341             starts up for first time</li>
3342           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3343             services</li>
3344           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3345             client library</li>
3346           <li>Examples directory and Groovy library included in
3347             InstallAnywhere distribution</li>
3348         </ul> <em>Applet</em>
3349         <ul>
3350           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3351             visualization applet example</li>
3352         </ul> <em>General</em>
3353         <ul>
3354           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3355           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3356             defaults</li>
3357           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3358             calculation</li>
3359           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3360             matrices
3361           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3362             in HTML</li>
3363           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3364             structure contacts</li>
3365           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3366           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3367           <li>Parse sequence associated secondary structure
3368             information in Stockholm files</li>
3369           <li>HTML Export database accessions and annotation
3370             information presented in tooltip for sequences</li>
3371           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3372             style RNA alignment files</li>
3373           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3374             alignment</li>
3375           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3376             shade each sequence according to its associated alignment
3377             annotation</li>
3378           <li>New Jalview Logo</li>
3379         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3380         <ul>
3381           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3382           <li>New Website!</li>
3383         </ul></td>
3384       <td><em>Application</em>
3385         <ul>
3386           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3387             wsdbfetch REST service</li>
3388           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3389           <li>Filetype associations not installed for webstart
3390             launch</li>
3391           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3392             job execution in full once it is complete</li>
3393           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3394             uploaded via ali_file parameter</li>
3395           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3396           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3397           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3398             submitted for prediction</li>
3399           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3400             desktop window</li>
3401           <li>Putting fractional value into integer text box in
3402             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3403           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3404             windows 7</li>
3405           <li>View all structures fails with exception shown in
3406             structure view</li>
3407           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3408             escaped in a platform independent way</li>
3409           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3410             using proxy</li>
3411           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3412             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3413           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3414             failure when java web start temporary file caching is
3415             disabled</li>
3416           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3417             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3418           <li>Errors during processing of command line arguments
3419             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3420           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3421             DAS sources in sequence fetcher</li>
3422           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3423             dialog is shown</li>
3424           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3425           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3426           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3427           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3428             on OSX Mountain Lion</li>
3429           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3430             sequences with alignment annotation are pasted into the
3431             alignment</li>
3432           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3433             when loaded from Jalview project</li>
3434           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3435           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3436             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3437           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3438             associated with all views</li>
3439           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3440             annotation rows to new window</li>
3441         </ul> <em>Applet</em>
3442         <ul>
3443           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3444             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3445           <li>loading features via javascript API automatically
3446             enables feature display</li>
3447           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3448             work</li>
3449         </ul> <em>General</em>
3450         <ul>
3451           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3452           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3453             and then deselected</li>
3454           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3455           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3456             coloured with clustalx</li>
3457           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3458             exceptions and redraw errors</li>
3459           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3460             reconfigured view</li>
3461           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3462             colour</li>
3463           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3464             for lots of labels</li>
3465         </ul>
3466     </tr>
3467     <tr>
3468       <td>
3469         <div align="center">
3470           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3471         </div>
3472       </td>
3473       <td><em>Application</em>
3474         <ul>
3475           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3476           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3477           <li>View/alignment association menu to enable user to
3478             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3479             its colours/correspondences from</li>
3480           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3481           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3482             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3483           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3484           <li>Annotation row column label formatting attributes
3485             stored in project file</li>
3486           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3487             rows preserved in Jalview project file</li>
3488           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3489             saved using Desktop window menu</li>
3490           <li>Visual indication that command line arguments are
3491             still being processed</li>
3492           <li>Groovy script execution from URL</li>
3493           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3494             preferences</li>
3495           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3496             alignment with sequences that have high similarity and
3497             matching IDs</li>
3498           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3499           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3500             structures in same window</li>
3501           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3502           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3503             analysis function in its own submenu</li>
3504         </ul> <em>Applet</em>
3505         <ul>
3506           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3507             groups</li>
3508           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3509           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3510           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3511           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3512           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3513             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3514           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3515           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3516             parameters are treated as such</li>
3517           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3518             <ul>
3519               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3520               <li>Javascript callbacks for
3521                 <ul>
3522                   <li>Applet initialisation</li>
3523                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3524                 </ul>
3525               </li>
3526               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3527                 functions</li>
3528               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3529               <li>javascript structure viewer harness to pass
3530                 messages between Jmol and Jalview when running as
3531                 distinct applets</li>
3532               <li>sortBy method</li>
3533               <li>Set of applet and application examples shipped
3534                 with documentation</li>
3535               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3536                 javascript message exchange</li>
3537             </ul>
3538         </ul> <em>General</em>
3539         <ul>
3540           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3541             multiple alignments</li>
3542           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3543           <li>User configurable link to enable redirects to a
3544             www.Jalview.org mirror</li>
3545           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3546           <li>Configurable newline string when writing alignment
3547             and other flat files</li>
3548           <li>Allow alignment annotation description lines to
3549             contain html tags</li>
3550         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3551         <ul>
3552           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3553             examples</li>
3554           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3555             using a web service before displaying the result in the
3556             Jalview desktop</li>
3557           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3558           <li>Ant target to publish example html files with applet
3559             archive</li>
3560           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3561           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3562         </ul></td>
3563       <td><em>Application</em>
3564         <ul>
3565           <li>User defined colourscheme throws exception when
3566             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3567           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3568             dialog for valid filename/format</li>
3569           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3570           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3571             P37173</li>
3572           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3573             which sequence is to be associated with the file</li>
3574           <li>Find All raises null pointer exception when query
3575             only matches sequence IDs</li>
3576           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3577           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3578             2.4 cannot be loaded</li>
3579           <li>Filetype associations not installed for webstart
3580             launch</li>
3581           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3582             with sequences in different alignments do not get coloured
3583             by their associated sequence</li>
3584           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3585             not preserved when project is loaded</li>
3586           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3587             stored in Jalview project</li>
3588           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3589             Jalview project</li>
3590           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3591           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3592             by conservation</li>
3593           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3594             created on new view</li>
3595           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3596             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3597           <li>Alignment quality not updated after alignment
3598             annotation row is hidden then shown</li>
3599           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3600             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3601           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3602             properly</li>
3603           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3604             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3605           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3606           <li>Structures imported from file and saved in project
3607             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3608           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3609             job execution in full once it is complete</li>
3610         </ul> <em>Applet</em>
3611         <ul>
3612           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3613             annotation rows are displayed</li>
3614           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3615             codebase</li>
3616           <li>View follows highlighting does not work for positions
3617             in sequences</li>
3618           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3619           <li>Export features raises exception when no features
3620             exist</li>
3621           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3622             for javascript api is modified when separator string
3623             provided as parameter</li>
3624           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3625             alignment with no existing selection</li>
3626           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3627             to applet&#39;s codebase</li>
3628           <li>Status bar not updated after finished searching and
3629             search wraps around to first result</li>
3630           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3631             several Jalview applets causes race conditions and memory
3632             leaks</li>
3633           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3634             not sent from Jmol in applet</li>
3635           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3636             applet API fatally hang browser</li>
3637         </ul> <em>General</em>
3638         <ul>
3639           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3640             position with wrapped view and hidden regions</li>
3641           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3642             with/without hidden columns</li>
3643           <li>Sequence length given in alignment properties window
3644             is off by 1</li>
3645           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3646             import PDB like structure files</li>
3647           <li>Positional search results are only highlighted
3648             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3649           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3650           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3651             given sequence position</li>
3652           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3653             output</li>
3654           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3655             from nucleotide chains correctly</li>
3656           <li>Structure colours not updated when tree partition
3657             changed in alignment</li>
3658           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3659             parsed in interleaved stockholm</li>
3660           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3661             state</li>
3662           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3663             properly</li>
3664           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3665             properly associated with their pdb files</li>
3666         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3667         <ul>
3668           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3669             ApplyCopyright tool</li>
3670         </ul></td>
3671     </tr>
3672     <tr>
3673       <td>
3674         <div align="center">
3675           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3676         </div>
3677       </td>
3678       <td><em>Application</em>
3679         <ul>
3680           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3681             contact web services</li>
3682           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3683             service job window</li>
3684           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3685         </ul></td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3689             pir file emitted by Jalview</li>
3690           <li>Existing feature settings transferred to new
3691             alignment view created from cut'n'paste</li>
3692           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3693             parsing PDB files</li>
3694           <li>Consensus and conservation annotation rows
3695             occasionally become blank for all new windows</li>
3696           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3697             in wrapped view mode</li>
3698         </ul> <em>Application</em>
3699         <ul>
3700           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3701             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3702           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3703             parameter names</li>
3704           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3705             is down</li>
3706         </ul>
3707       </td>
3708     </tr>
3709     <tr>
3710       <td>
3711         <div align="center">
3712           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3713         </div>
3714       </td>
3715       <td><em>Application</em>
3716         <ul>
3717           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3718             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3719             (JABAWS)
3720           </li>
3721           <li>Web Services preference tab</li>
3722           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3723             preferences</li>
3724           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3725           <li>Superpose structures using associated sequence
3726             alignment</li>
3727           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3728             viewer</li>
3729         </ul> <em>Applet</em>
3730         <ul>
3731           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3732             link out mechanism</li>
3733         </ul> <em>Other</em>
3734         <ul>
3735           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3736             series 12</li>
3737           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3738             require Java 1.5</li>
3739           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3740             sequence annotation files</li>
3741           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3742             type colour specification</li>
3743           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3744             script to check if it being run in an interactive session or
3745             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3746         </ul></td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3750             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3751         </ul> <em>Application</em>
3752         <ul>
3753           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3754             selected Regions menu item</li>
3755           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3756             part of a valid accession ID</li>
3757           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3758             runs out of memory</li>
3759           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3760             analysis results</li>
3761           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3762             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3763           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3764         </ul> <em>Applet</em>
3765         <ul>
3766           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3767             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3768             defined.</li>
3769         </ul>
3770       </td>
3771     </tr>
3772     <tr>
3773       <td>
3774         <div align="center">
3775           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3776         </div>
3777       </td>
3778       <td></td>
3779       <td>
3780         <ul>
3781           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3782             sequence IDs</li>
3783           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3784             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3785           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3786             import correctly</li>
3787           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3788             number of columns are hidden</li>
3789           <li>annotation label popup menu not providing correct
3790             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3791             present</li>
3792           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3793             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3794           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3795             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3796
3797         </ul> <em>Applet</em>
3798         <ul>
3799           <li>annotation panel disappears when annotation is
3800             hidden/removed</li>
3801         </ul> <em>Application</em>
3802         <ul>
3803           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3804             alignment opened where annotation panel is visible but no
3805             annotations are present on alignment</li>
3806           <li>pasted region containing hidden columns is
3807             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3808           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3809             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3810           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3811             selected Rregions menu item.</li>
3812           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3813             'Un' or 'Non'conserved</li>
3814           <li>Sequence feature settings are being shared by
3815             multiple distinct alignments</li>
3816           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3817             changed</li>
3818           <li>double click on group annotation to select sequences
3819             does not propagate to associated trees</li>
3820           <li>Mac OSX specific issues:
3821             <ul>
3822               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3823                 window background</li>
3824               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3825                 name set correctly</li>
3826               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3827                 save feature colourscheme button</li>
3828             </ul>
3829           </li>
3830         </ul>
3831       </td>
3832     </tr>
3833     <tr>
3834
3835       <td>
3836         <div align="center">
3837           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3838         </div>
3839       </td>
3840       <td><em>New Capabilities</em>
3841         <ul>
3842           <li>URL links generated from description line for
3843             regular-expression based URL links (applet and application)
3844
3845           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3846             menu</li>
3847           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3848             structures</li>
3849           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3850             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3851           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3852             average score or total feature count for each sequence.</li>
3853           <li>Shading features by score or associated description</li>
3854           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3855             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3856           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3857             hide everything but the currently selected region.</li>
3858           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3859         </ul> <em>Application</em>
3860         <ul>
3861           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3862             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3863           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3864             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3865           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3866             database references and protein_name is parsed as
3867             description line (BioSapiens terms).</li>
3868           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3869             references in sequence ID tooltip from View menu in
3870             application.</li>
3871           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3872       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3873           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3874             conservation plots</li>
3875           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3876             and visualized as sequence logos</li>
3877           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3878             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3879           </li>
3880           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3881             when a new tree is opened.</li>
3882           <li>Jalview Java Console</li>
3883           <li>Better placement of desktop window when moving
3884             between different screens.</li>
3885           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3886             consensus annotation</li>
3887           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3888             Workflows</li>
3889           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3890             <ul>
3891               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3892                 used to preserve views, structures, and tree display
3893                 settings)</li>
3894               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3895                 command line</li>
3896               <li>Sharing of selected regions between views and
3897                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3898               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3899             </ul></li>
3900         </ul> <em>Applet</em>
3901         <ul>
3902           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3903           <li>New Parameters
3904             <ul>
3905               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3906                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3907                 opened.</li>
3908               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3909                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3910               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3911                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3912               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3913                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3914                 view</li>
3915               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3916                 increase the height or width of a cell in the alignment
3917                 grid relative to the current font size.</li>
3918             </ul>
3919           </li>
3920           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3921             tooltip</li>
3922         </ul> <em>Other</em>
3923         <ul>
3924           <li>Features format: graduated colour definitions and
3925             specification of feature scores</li>
3926           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3927             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3928             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3929           <li>XML formats extended to support graduated feature
3930             colourschemes, group associated annotation, and profile
3931             visualization settings.</li></td>
3932       <td>
3933         <ul>
3934           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3935             rather than description</li>
3936           <li>Non-positional features are now included in sequence
3937             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3938             visibility in tooltip).</li>
3939           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3940           <li>Added URL embedding instructions to features file
3941             documentation.</li>
3942           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3943             'X' in peptide product</li>
3944           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3945             sequence ID and sequence string and query strings do not
3946             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3947           <li>AMSA files only contain first column of
3948             multi-character column annotation labels</li>
3949           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3950             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3951             exported and re-imported)</li>
3952           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3953             name</li>
3954           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3955             as subsequence matches, and correctly reports total number
3956             of both.</li>
3957           <li>Application:
3958             <ul>
3959               <li>Better handling of exceptions during sequence
3960                 retrieval</li>
3961               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3962                 link text excludes the start_end suffix</li>
3963               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3964                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3965               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3966               <li>Sequence description lines properly shared via
3967                 VAMSAS</li>
3968               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3969                 data sources</li>
3970               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3971                 completes before alignment figures are generated.</li>
3972               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3973                 first time.</li>
3974               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3975                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3976               <li>User defined group colours properly recovered
3977                 from Jalview projects.</li>
3978             </ul>
3979           </li>
3980         </ul>
3981       </td>
3982
3983     </tr>
3984     <tr>
3985       <td>
3986         <div align="center">
3987           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3988         </div>
3989       </td>
3990       <td>
3991         <ul>
3992           <li>Experimental support for google analytics usage
3993             tracking.</li>
3994           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3995         </ul>
3996       </td>
3997       <td>
3998         <ul>
3999           <li>Race condition in applet preventing startup in
4000             jre1.6.0u12+.</li>
4001           <li>Exception when feature created from selection beyond
4002             length of sequence.</li>
4003           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4004           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4005             all sequences with a given id</li>
4006           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4007             ID string searches</li>
4008           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4009             alignment to fail with exception</li>
4010         </ul> <em>Application Issues</em>
4011         <ul>
4012           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4013           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4014             data sources</li>
4015         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4016         <ul>
4017           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4018             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4019           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4020             version (java class versioning error fixed)</li>
4021         </ul>
4022       </td>
4023     </tr>
4024     <tr>
4025       <td>
4026
4027         <div align="center">
4028           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4029         </div>
4030       </td>
4031       <td><em>User Interface</em>
4032         <ul>
4033           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4034             translation and protein products</li>
4035           <li>Linked highlighting of structure associated with
4036             residue mapping to codon position</li>
4037           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4038             and 'clear' button</li>
4039           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4040             Tools menu</li>
4041           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4042             numeric data in description line</li>
4043           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4044           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4045             of sequence</li>
4046         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4047         <ul>
4048           <li>JPred3 web service</li>
4049           <li>Prototype sequence search client (no public services
4050             available yet)</li>
4051           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4052             PFAM</li>
4053           <li>URL Links created for matching database cross
4054             references as well as sequence ID</li>
4055           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4056         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4057         <ul>
4058           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4059             databases</li>
4060           <li>Generalised database reference retrieval and
4061             validation to all fetchable databases</li>
4062           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4063             sequence command</li>
4064         </ul> <em>Import and Export</em>
4065         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4066         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4067           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4068         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4069           File</li>
4070         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4071           triplet as name of colourscheme</li>
4072         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4073         <ul>
4074           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4075           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4076             alignments (experimental)</li>
4077           <li>Create new or select existing session to join</li>
4078           <li>load and save of vamsas documents</li>
4079         </ul> <em>Application command line</em>
4080         <ul>
4081           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4082             from applet)</li>
4083           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4084             of DAS servers to query for alignment features</li>
4085           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4086             that are also automatically queried for features</li>
4087           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4088             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4089         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4090         <ul>
4091           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4092             application (when using &quot;View in full
4093             application&quot;)</li>
4094         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4095         <ul>
4096           <li>feature group display control parameter</li>
4097           <li>debug parameter</li>
4098           <li>showbutton parameter</li>
4099         </ul> <em>Applet API methods</em>
4100         <ul>
4101           <li>newView public method</li>
4102           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4103           <li>Feature display control methods</li>
4104           <li>get list of currently selected sequences</li>
4105         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4106         <ul>
4107           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4108           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4109             Jalview release.</li>
4110           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4111             property controls execution of obfuscator</li>
4112           <li>Build target for generating source distribution</li>
4113           <li>Debug flag for javacc</li>
4114           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4115             jalview.bin.Cache</li>
4116           <li>Continuous Build Integration for stable and
4117             development version of Application, Applet and source
4118             distribution</li>
4119         </ul></td>
4120       <td>
4121         <ul>
4122           <li>selected region output includes visible annotations
4123             (for certain formats)</li>
4124           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4125             for editing</li>
4126           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4127           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4128           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4129           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4130             comments</li>
4131           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4132             filenames containing a ':'</li>
4133           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4134             global sequence features</li>
4135           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4136             references from alignment sequences goes to zero</li>
4137           <li>Close of tree branch colour box without colour
4138             selection causes cascading exceptions</li>
4139           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4140           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4141             file parsing fails.</li>
4142           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4143           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4144             not a valid output format</li>
4145           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4146             vamsas</li>
4147           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4148           <li>error messages passed up and output when data read
4149             fails</li>
4150           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4151             sequence is edited</li>
4152           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4153             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4154           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4155             filetype</li>
4156           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4157             import fixed for PFAM records</li>
4158           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4159             window list</li>
4160           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4161             can be read and written correctly to annotation file</li>
4162           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4163             correctly</li>
4164           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4165             non-italic font for representatives in Applet</li>
4166           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4167             Macs.</li>
4168           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4169             Applet)</li>
4170           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4171             due to null pointer exceptions</li>
4172           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4173             first column of alignment</li>
4174           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4175             July 2008</li>
4176           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4177             file is case-insensitive</li>
4178           <li>Sequence features read from Features file appended to
4179             all sequences with matching IDs</li>
4180           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4181             containing a sub-sequence</li>
4182           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4183           <li>feature and annotation file applet parameters
4184             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4185           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4186           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4187             splash-screen version check to complete</li>
4188           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4189             when passing them to the launchApp service</li>
4190           <li>display name and local features preserved in results
4191             retrieved from web service</li>
4192           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4193             sequence fetcher initialisation</li>
4194           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4195             dasobert DAS client</li>
4196           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4197             association</li>
4198           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4199             sequences
4200           </li>
4201         </ul>
4202       </td>
4203     </tr>
4204     <tr>
4205       <td>
4206         <div align="center">
4207           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4208         </div>
4209       </td>
4210       <td>
4211         <ul>
4212           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4213           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4214           <li>Slide sequences</li>
4215           <li>Edit sequence in place</li>
4216           <li>EMBL CDS features</li>
4217           <li>DAS Feature mapping</li>
4218           <li>Feature ordering</li>
4219           <li>Alignment Properties</li>
4220           <li>Annotation Scores</li>
4221           <li>Sort by scores</li>
4222           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4223         </ul>
4224       </td>
4225       <td>
4226         <ul>
4227           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4228           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4229           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4230           <li>Feature group display state in XML</li>
4231           <li>Feature ordering in XML</li>
4232           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4233           <li>Stockholm alignment properties</li>
4234           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4235           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4236           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4237           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4238         </ul>
4239       </td>
4240
4241     </tr>
4242     <tr>
4243       <td>
4244         <div align="center">
4245           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4246         </div>
4247       </td>
4248       <td>
4249         <ul>
4250           <li>Non standard characters can be read and displayed
4251           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4252             applet via textbox
4253           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4254             name &amp; description
4255           <li>Preference setting to display sequence name in
4256             italics
4257           <li>Annotation file format extended to allow
4258             Sequence_groups to be defined
4259           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4260             specified in preferences
4261           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4262             sequences
4263         </ul>
4264       </td>
4265       <td>
4266         <ul>
4267           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4268             installed
4269           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4270           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4271         </ul>
4272       </td>
4273     </tr>
4274     <tr>
4275       <td>
4276         <div align="center">
4277           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4278         </div>
4279       </td>
4280       <td>
4281         <ul>
4282           <li>Multiple views on alignment
4283           <li>Sequence feature editing
4284           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4285           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4286           <li>Background dependent text colour
4287           <li>Right align sequence ids
4288           <li>User-defined lower case residue colours
4289           <li>Format Menu
4290           <li>Select Menu
4291           <li>Menu item accelerator keys
4292           <li>Control-V pastes to current alignment
4293           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4294           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4295           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4296
4297           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4298         </ul>
4299       </td>
4300       <td>
4301         <ul>
4302           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4303           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4304             calculations
4305           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4306             edits
4307           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4308             of alignment)
4309           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4310
4311           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4312             display correctly
4313           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4314           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4315             analysis results
4316           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4317             &#8739;
4318           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4319           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4320           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4321
4322         </ul>
4323       </td>
4324     </tr>
4325     <tr>
4326       <td>
4327         <div align="center">
4328           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4329         </div>
4330       </td>
4331       <td>
4332         <ul>
4333           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4334         </ul>
4335       </td>
4336       <td>
4337         <ul>
4338           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4339             sequence id panel has been resized</li>
4340           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4341             rendered</li>
4342           <li>Annotation files with sequence references - all
4343             elements in file are relative to sequence position</li>
4344           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4345         </ul>
4346       </td>
4347     </tr>
4348     <tr>
4349       <td>
4350         <div align="center">
4351           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4352         </div>
4353       </td>
4354       <td>
4355         <ul>
4356           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4357           <li>DAS Feature fetching</li>
4358           <li>Hide sequences and columns</li>
4359           <li>Export Annotations and Features</li>
4360           <li>GFF file reading / writing</li>
4361           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4362             files</li>
4363           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4364           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4365           <li>Applet can launch the full application</li>
4366           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4367             required)</li>
4368           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4369           <li>Applet can load sequences from parameter
4370             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4371           </li>
4372         </ul>
4373       </td>
4374       <td>
4375         <ul>
4376           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4377           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4378           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4379         </ul>
4380       </td>
4381     </tr>
4382     <tr>
4383       <td>
4384         <div align="center">
4385           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4386         </div>
4387       </td>
4388       <td>
4389         <ul>
4390           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4391           <li>Choose to match case when searching</li>
4392           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4393             expand the visible width and height of the alignment</li>
4394         </ul>
4395       </td>
4396       <td>
4397         <ul>
4398           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4399         </ul>
4400       </td>
4401     </tr>
4402     <tr>
4403       <td>
4404         <div align="center">
4405           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4406         </div>
4407       </td>
4408       <td>&nbsp;</td>
4409       <td>
4410         <ul>
4411           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4412           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4413             value</li>
4414         </ul>
4415       </td>
4416     </tr>
4417     <tr>
4418       <td>
4419         <div align="center">
4420           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4421         </div>
4422       </td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4426           <li>Keyboard editing</li>
4427           <li>Create sequence features from searches</li>
4428           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4429             alignments</li>
4430           <li>Features file allows grouping of features</li>
4431           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4432           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4433           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4434         </ul>
4435       </td>
4436       <td>
4437         <ul>
4438           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4439           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4440             descriptions saved.</li>
4441         </ul>
4442       </td>
4443     </tr>
4444     <tr>
4445       <td>
4446         <div align="center">
4447           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4448         </div>
4449       </td>
4450       <td>
4451         <ul>
4452           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4453           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4454           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4455             name for file output</li>
4456           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4457           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4458             used for HTML form input</li>
4459         </ul>
4460       </td>
4461       <td>
4462         <ul>
4463           <li>HTML output writes groups and features</li>
4464           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4465           <li>File IO bugs</li>
4466         </ul>
4467       </td>
4468     </tr>
4469     <tr>
4470       <td>
4471         <div align="center">
4472           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4473         </div>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4478           <li>More options for PCA viewer</li>
4479         </ul>
4480       </td>
4481       <td>
4482         <ul>
4483           <li>GUI bugs resolved</li>
4484           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4485         </ul>
4486       </td>
4487     </tr>
4488     <tr>
4489       <td height="63">
4490         <div align="center">
4491           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4492         </div>
4493       </td>
4494       <td>
4495         <ul>
4496           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4497           <li>Jar files are executable</li>
4498           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4499         </ul>
4500       </td>
4501       <td>
4502         <ul>
4503           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4504           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4505           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4506         </ul>
4507       </td>
4508     </tr>
4509     <tr>
4510       <td>
4511         <div align="center">
4512           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4513         </div>
4514       </td>
4515       <td>
4516         <ul>
4517           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4518         </ul>
4519       </td>
4520       <td>
4521         <ul>
4522           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4523         </ul>
4524       </td>
4525     </tr>
4526     <tr>
4527       <td>
4528         <div align="center">
4529           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4530         </div>
4531       </td>
4532       <td>
4533         <ul>
4534           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4535             size</li>
4536         </ul>
4537       </td>
4538       <td>
4539         <ul>
4540           <li>Improved JPred client reliability</li>
4541           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4542         </ul>
4543       </td>
4544     </tr>
4545     <tr>
4546       <td>
4547         <div align="center">
4548           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4549         </div>
4550       </td>
4551       <td>
4552         <ul>
4553           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4554           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4555           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4556             to Colour Menu</li>
4557           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4558           <li>Unix users can set default web browser</li>
4559           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4560           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4561         </ul>
4562       </td>
4563       <td>
4564         <ul>
4565           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4566         </ul>
4567       </td>
4568     </tr>
4569     <tr>
4570       <td>
4571         <div align="center">
4572           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4573         </div>
4574       </td>
4575       <td>&nbsp;</td>
4576       <td>
4577         <ul>
4578           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4579             alignment order.</li>
4580         </ul>
4581       </td>
4582     </tr>
4583     <tr>
4584       <td>
4585         <div align="center">
4586           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4587         </div>
4588       </td>
4589       <td>
4590         <ul>
4591           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4592           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4593           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4594             annotations.</li>
4595           <li>Version and build date written to build properties
4596             file.</li>
4597           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4598             at launch of Jalview.</li>
4599         </ul>
4600       </td>
4601       <td>
4602         <ul>
4603           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4604           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4605           <li>Can remove groups one by one.</li>
4606           <li>Filechooser icons installed.</li>
4607           <li>Finder ignores return character when searching.
4608             Return key will initiate a search.<br>
4609           </li>
4610         </ul>
4611       </td>
4612     </tr>
4613     <tr>
4614       <td>
4615         <div align="center">
4616           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4617         </div>
4618       </td>
4619       <td>
4620         <ul>
4621           <li>New codebase</li>
4622         </ul>
4623       </td>
4624       <td>&nbsp;</td>
4625     </tr>
4626   </table>
4627   <p>&nbsp;</p>
4628 </body>
4629 </html>