help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89         </ul> <em>Launching Jalview</em>
  90         <ul>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
  93             through a system property
  94           </li>
  95         </ul>
  96       </td>
  97       <td align="left" valign="top">
  98         <ul>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 101             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 105             doesn't slide selected sequences
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 109             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 113             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 114             '%s'" on the console
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 118             when there are both local and complementary features mapped
 119             to the position under the cursor
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 123             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 124           </li>
 125         </ul>
 126       </td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 130           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 131           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 132       <td align="left" valign="top">
 133         <ul>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 136             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 137             for display in alignments, on structure views (including
 138             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 139             export.
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 143             exported and re-imported as GFF3 files
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 147             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 151             validation while parsing
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 155             position if reopened
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 159             of associated view
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 163             enabled by default
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 167             tooltips and menus
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 171             with no feature types visible
 172           </li>
 173           <li>
 174           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 175           </li>
 176         </ul><em>Jalview Installer</em>
 177             <ul>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 180             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 187           </li>
 188               <li>
 189                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 190               <li>
 191                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 192         </ul> <em>Release processes</em>
 193         <ul>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 199           </li>
 200         </ul> <em>Build System</em>
 201         <ul>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 207             report
 208           </li>
 209         </ul>
 210         <em>Groovy Scripts</em>
 211             <ul>
 212           <li>
 213             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 214             to stdout containing the consensus sequence for each
 215             alignment in a Jalview session
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 219             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 220             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 221           </li>
 222         </ul>
 223       </td>
 224       <td align="left" valign="top">
 225         <ul>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 228             'Show hidden markers' option is not ticked
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 232             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 233             jalview preferences or properties file
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 237             'Show Sequence Features' option is not ticked
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 241             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 242             features are visible
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 246             equal when split frame is first opened
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 250             correct after editing a sequence's start position
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 254             with annotation and exceptions thrown when only a few
 255             columns shown in wrapped mode
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 259             wrapped alignment figure with annotations
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 263             ID fails with ClassCastException
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 267             Project
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 271             feature settings dialog also selects columns
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 275             IllegalArgumentException in some circumstances
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 279             opened for a view
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 283             alignment window is closed
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 287             help documentation for 2.11.0 release
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 291             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 292             Uniprot Accession
 293           </li>
 294         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 295         <ul>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 298             PDB/Uniprot search panel
 299           </li>
 300         </ul> <em>Installer</em>
 301         <ul>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 304             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 305           </li>
 306         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 307         <ul>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 310             repository
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 314             memory
 315           </li>
 316         </ul> <em>New Known Issues</em>
 317         <ul>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 320             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 321             command line
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 325             clipped in headless figure export when Right Align option
 326             enabled
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 330             'Source' in console output
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 334             bamboo server but run fine locally.
 335           </li>
 336         </ul>
 337       </td>
 338     </tr>
 339     <tr>
 340       <td width="60" align="center" nowrap>
 341           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 342             <em>04/07/2019</em></strong>
 343       </td>
 344       <td align="left" valign="top">
 345         <ul>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 348             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 349             source project) rather than InstallAnywhere
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 353             settings, receive over the air updates and launch specific
 354             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 355               Rings' GetDown</a>)
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 359             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 363             arguments and switch between different getdown channels
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 367             or alignment files
 368           </li>
 369
 370           <li>
 371             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 372             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 375             'Translate as cDNA'</li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 378           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 379             <ul>
 380                       <li>
 381             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 382             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 383           <li>
 384                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 385                 features can be filtered and shaded according to any
 386                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 387                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 388                 file)
 389               </li>
 390               <li>
 391                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 392                 stored and restored from Jalview Projects
 393               </li>
 394               <li>
 395                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 396                 recognise variant features
 397               </li>
 398               <li>
 399                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 400                 sequences (also coloured red by default)
 401               </li>
 402               <li>
 403                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 404                 details
 405               </li>
 406               <li>
 407                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 408                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 409               </li>
 410               <li>
 411                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 412                 dialog
 413               </li>
 414             </ul>
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 418             tree and PCA calculations
 419           </li>
 420           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 421             <ul>
 422               <li>
 423                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 424                 and Viewer state saved in Jalview Project
 425               </li>
 426               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 427                 drop-down menus</li>
 428               <li>
 429                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 430                 incrementally
 431               </li>
 432               <li>
 433                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 434               </li>
 435             </ul>
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 439           </li>
 440           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 441           <ul>
 442               <li>
 443                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 444                 multiple groups when working with large alignments
 445               </li>
 446               <li>
 447                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 448                 Stockholm files
 449               </li>
 450             </ul>
 451           <li><strong>User Interface</strong>
 452           <ul>
 453               <li>
 454                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 455                 view
 456               </li>
 457               <li>
 458                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 459                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 460                 default (can be changed in user preferences)
 461               </li>
 462               <li>
 463                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 464                 to the Overwrite Dialog
 465               </li>
 466               <li>
 467                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 468                 sequences are hidden
 469               </li>
 470               <li>
 471                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 472                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 473               </li>
 474               <li>
 475                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 476                 labels
 477               </li>
 478               <li>
 479                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 480                 when in wrapped mode
 481               </li>
 482               <li>
 483                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 484                 annotation
 485               </li>
 486               <li>
 487                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 488               </li>
 489               <li>
 490                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 491                 panel
 492               </li>
 493               <li>
 494                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 495                 popup menu
 496               </li>
 497               <li>
 498               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 499               <li>
 500               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 501
 502
 503             </ul></li>
 504             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 505           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 506             <ul>
 507               <li>
 508                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 509                 trapping CMD-Q
 510               </li>
 511             </ul></li>
 512         </ul>
 513         <em>Deprecations</em>
 514         <ul>
 515           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 516             capabilities removed from the Jalview Desktop
 517           </li>
 518           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 519             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 520             and XML based data retrieval clients</li>
 521           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 522           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 523         </ul> <em>Documentation</em>
 524         <ul>
 525           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 526             not supported in EPS figure export
 527           </li>
 528           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 529         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 530         <ul>
 531           <li>
 532           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 533           </li>
 534       <li>
 535       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 536           <li>
 537           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 538             gradle-eclipse
 539           </li>
 540           <li>
 541           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 542             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 543             execution
 544           </li>
 545           <li>
 546           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 547             operations
 548           </li>
 549           <li>
 550           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 551             issues resolved
 552           </li>
 553           <li>
 554           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 555             markdown (with HTML rendering)
 556           </li>
 557           <li>
 558           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 559           </li>
 560           <li>
 561           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 562             versions of Jalview
 563           </li>
 564         </ul>
 565       </td>
 566       <td align="left" valign="top">
 567         <ul>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 573             superposition in Jmol fail on Windows
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 577             structures for sequences with lots of PDB structures
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 581             monospaced font
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 585             project involving multiple views
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 589             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 590             Annotation dialog hides columns
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 594             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 595             one view, then making another selection in the other view
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 599             columns
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 603             Settings and Jalview Preferences panels
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 607             overview with large alignments
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 611             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 612             mouse moved to the left of the first column
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 616             hidden column marker via scale popup menu
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 620             doesn't tell users the invalid URL
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 624             score from view
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 628             show cross references or Fetch Database References are shown in
 629             red in original view
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 633             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 637             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 641             when columns are hidden
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 645             Columns by Annotation description
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 649             out of Scale or Annotation Panel
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 653             scale panel
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 657             alignment down
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 661             scale panel
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 665             Page Up in wrapped mode
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 675             on opening an alignment
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 679             Colour menu
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 683             different groups in the alignment are selected
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 687             correctly in menu
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 691             threshold limit
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 695             threshold gets 'unrounded'
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 699             colour
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 709             Tree font
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 713             project file
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 717             shown in complementary view
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 721             without normalisation
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 725             of report
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 729           </li>
 730           <li>
 731           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 732           </li>
 733         </ul> <em>Editing</em>
 734         <ul>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 737             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 738             sequence
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 742             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 743             removed (Known defect since 2.10)
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 747             dialog corrupts dataset sequence
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 751             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 752           </li>
 753         </ul> <em>Datamodel</em>
 754         <ul>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 757             sequence's End is greater than its length
 758           </li>
 759         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 760           general release)</em>
 761         <ul>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 764           </li>
 765         </ul> <em>New Known Defects</em>
 766         <ul>
 767         <li>
 768         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 769         </li>
 770         <li>
 771           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 772           regions of protein alignment.
 773         </li>
 774         <li>
 775           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 776           is restored from a Jalview 2.11 project
 777         </li>
 778         <li>
 779           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 780           'New View'
 781         </li>
 782         <li>
 783           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 784           columns within hidden columns
 785         </li>
 786         <li>
 787           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 788           window after dragging left to select columns to left of visible
 789           region
 790         </li>
 791         <li>
 792           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 793           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 794           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 795           create a Score filter instead.
 796         </li>
 797         <li>
 798         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 799         <li>
 800         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 801         </li>
 802         <li>
 803           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 804           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 805         </li>
 806         </ul>
 807         <em>Java 11 Specific defects</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 811               alphabetically when saved
 812             </li>
 813         </ul>
 814       </td>
 815     </tr>
 816     <tr>
 817     <td width="60" nowrap>
 818       <div align="center">
 819         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 820       </div>
 821     </td>
 822     <td><div align="left">
 823         <em></em>
 824         <ul>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 827               InstallAnywhere increased to 1G.
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 831               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 832               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 833                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 834                 properties file.</em>
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 838               API and sequence data now imported as JSON.
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 842               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 843               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 844               property.
 845             </li>
 846           </ul>
 847           <em>Development</em>
 848           <ul>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 851               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 852                 Clover</a>
 853             </li>
 854           </ul>
 855         </div></td>
 856     <td><div align="left">
 857         <em></em>
 858         <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 861               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 862               alignment.
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 866               annotation displayed.
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 870               for newly created group when 'Apply to all groups'
 871               selected
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 875               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 876               visible.
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 880               when sequences are selected in exported view.</em>
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 884               aren't rendered with correct colour.
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 888               types of knotted RNA secondary structure.
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 892               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 893               do not start at 1.
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 897               annotation when columns are inserted into an alignment,
 898               and when exporting as Stockholm flatfile.
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 902               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 903               treated as RNA secondary structure.
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 907               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 911               transfers focus to previous window on OSX
 912             </li>
 913           </ul>
 914           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 918               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 919               box.
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 923               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 924               'look and feel' which has improved compatibility with the
 925               latest version of OSX.
 926             </li>
 927           </ul>
 928         </div>
 929     </td>
 930     </tr>
 931     <tr>
 932       <td width="60" nowrap>
 933         <div align="center">
 934           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 935             <em>7/06/2018</em></strong>
 936         </div>
 937       </td>
 938       <td><div align="left">
 939           <em></em>
 940           <ul>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 943               annotation retrieved from Uniprot
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 947               onto the Jalview Desktop
 948             </li>
 949           </ul>
 950         </div></td>
 951       <td><div align="left">
 952           <em></em>
 953           <ul>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 956               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 960               right-hand column parsed correctly
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 964               not alignment area in exported graphic
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 968               window has input focus
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 972               annotation added to view (Windows)
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 976               network connectivity is poor
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 980               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 981                 the currently open URL and links from a page viewed in
 982                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 983                 you are using Edge, only links in the page can be
 984                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 985                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 986             </li>
 987           </ul>
 988           <em>New Known Defects</em>
 989           <ul>
 990             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 991           </ul>
 992         </div></td>
 993     </tr>
 994     <tr>
 995       <td width="60" nowrap>
 996         <div align="center">
 997           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 998         </div>
 999       </td>
1000       <td><div align="left">
1001           <em></em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1005               for disabling automatic superposition of multiple
1006               structures and open structures in existing views
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1010               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1011               adjust them.
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1015               Ensembl services
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1019               and lots of hidden columns
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1023               of features (particularly when transparency is disabled)
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1027               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1028               generally available
1029             </li>
1030           </ul>
1031           </div>
1032       </td>
1033       <td><div align="left">
1034           <ul>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1037               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1041               overlapping alignment panel
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1045               sequence as gaps
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1049               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1050               UTR
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1054               factor annotation not added to sequence when local PDB
1055               file associated with it by drag'n'drop or structure
1056               chooser
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1060               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1064               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1068               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1072               columns in annotation row
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1076               honored in batch mode
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1080               for structures added to existing Jmol view
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1084               entries after importing project with multiple views
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1088               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1089               with negative residue numbers or missing residues fails
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1093               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1094               as generated by CONSURF)
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1098               tooltip doesn't include a text description of mutation
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1102               structure and/or overview windows are also shown
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1106               very slow for alignments with large numbers of sequences
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1110               with 'StringIndexOutOfBounds'
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1114               platforms running Java 10
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1118               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1119             </li>
1120           </ul>
1121           <em>Applet</em>
1122           <ul>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1125               should copy the group consensus when popup is opened on it
1126             </li>
1127           </ul>
1128           <em>Batch Mode</em>
1129           <ul>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1132           </li>
1133           </ul>
1134           <em>New Known Defects</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1138               editing a large alignment and overview is displayed
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1142               repeatedly after a series of edits even when the overview
1143               is no longer reflecting updates
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1147               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1148               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1149               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1153               option gives blank output
1154             </li>
1155           </ul>
1156         </div>
1157           </td>
1158     </tr>
1159     <tr>
1160       <td width="60" nowrap>
1161         <div align="center">
1162           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1163         </div>
1164       </td>
1165       <td><div align="left">
1166           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1167               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1168       <td><div align="left">
1169           <em>Desktop</em><ul>
1170           <ul>
1171             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1172             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1173             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1174             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1175             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1176             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1177             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1178           </ul>
1179           </div>
1180       </td>
1181     </tr>
1182     <tr>
1183       <td width="60" nowrap>
1184         <div align="center">
1185           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1186         </div>
1187       </td>
1188       <td><div align="left">
1189           <em></em>
1190           <ul>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1193               rendering of sequence features
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1197               429 rate limit request hander
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1201               their colours have changed
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1205               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1209               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1213               view from Ensembl locus cross-references
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1217               Alignment report
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1221               feature can be disabled
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1225               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1229               Uniprot
1230             </li>
1231           </ul>
1232           <em>Scripting</em>
1233           <ul>
1234             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1235             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1236               percent identity scores for current alignment.</li>
1237           </ul>
1238           <em>Testing and Deployment</em>
1239           <ul>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1242             </li>
1243           </ul>
1244         </div></td>
1245       <td><div align="left">
1246           <em>General</em>
1247           <ul>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1250               threshold text field doesn't trigger an update to the
1251               alignment view
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1255               strings in parallel
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1259               alignment window is closed
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1263               group visibility
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1267               takes a long time in Cursor mode
1268             </li>
1269           </ul>
1270           <em>Desktop</em>
1271           <ul>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1274               cannot be viewed in Chimera
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1278               CDS/Protein view
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1282               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1283               Search Dialogs
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1293               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1297               scrolling right in unwapped alignment view
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1301               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1302               database
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1306               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1310               features of same type and group to be selected for
1311               amending
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1315               alignments when hidden columns are present
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1319               displaying several structures
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1323               moving a window
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1327               within the Jalview desktop on OSX
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1331               when in wrapped alignment mode
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1335               hand end of alignment
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1339               each selected sequence do not have correct start/end
1340               positions
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1344               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1348               restoring project until a new view is created
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1352               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1353               configured (since 2.10.2b2)
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1357               position is adjusted
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1361               in a multi-chain structure when viewing alignment
1362               involving more than one chain (since 2.10)
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1366               if new selection moves alignment window
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1370               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1374               that produces correctly annotated transcripts and products
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1378               doesn't update associated structure view
1379             </li>
1380           </ul>
1381           <em>Applet</em><br />
1382           <ul>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1385               closing alignment panel
1386             </li>
1387           </ul>
1388           <em>BioJSON</em><br />
1389           <ul>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1392               non-positional features
1393             </li>
1394           </ul>
1395           <em>New Known Issues</em>
1396           <ul>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1399               sequence features correctly (for many previous versions of
1400               Jalview)
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1404               using cursor in wrapped panel other than top
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1408               graduated colour threshold
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1412               always preserve numbering and sequence features
1413             </li>
1414           </ul>
1415           <em>Known Java 9 Issues</em>
1416           <ul>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1419               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1420               9.01, OSX 10.10)
1421             </li>
1422           </ul>
1423         </div></td>
1424     </tr>
1425     <tr>
1426       <td width="60" nowrap>
1427         <div align="center">
1428           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1429             <em>2/10/2017</em></strong>
1430         </div>
1431       </td>
1432       <td><div align="left">
1433           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1437             </li>
1438             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1439             </li>
1440           </ul>
1441         </div></td>
1442       <td><div align="left">
1443         </div></td>
1444     </tr>
1445     <tr>
1446       <td width="60" nowrap>
1447         <div align="center">
1448           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1449             <em>7/9/2017</em></strong>
1450         </div>
1451       </td>
1452       <td><div align="left">
1453           <em></em>
1454           <ul>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1457               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1458               white)
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1462               Preferences
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1466               in size and progress bar shown as higher resolution
1467               overview is recalculated
1468             </li>
1469
1470           </ul>
1471         </div></td>
1472       <td><div align="left">
1473           <em></em>
1474           <ul>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1477               column region row by row
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1481               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1485               format setting is unticked
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1489               if group has show boxes format setting unticked
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1493               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1494               include sequences and columns not currently displayed
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1498               assemblies are imported via CIF file
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1502               displayed when threshold or conservation colouring is also
1503               enabled.
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1507               server version
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1511               dragging a selected region off the visible region of the
1512               alignment
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1516               colourscheme to all groups in a view
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1520               initially after font size change using the Font chooser or
1521               middle-mouse zoom
1522             </li>
1523           </ul>
1524         </div></td>
1525     </tr>
1526     <tr>
1527       <td width="60" nowrap>
1528         <div align="center">
1529           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1530         </div>
1531       </td>
1532       <td><div align="left">
1533           <em>Calculations</em>
1534           <ul>
1535
1536             <li>
1537               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1538               ungapped positions in each column of the alignment.
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1542               a calculation dialog box
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1546               and memory efficiency (~30x faster)
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1550               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1551               and other calculations
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1555               files within the Jalview codebase
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1559               Similarity may have different topology due to increased
1560               precision
1561             </li>
1562           </ul>
1563           <em>Rendering</em>
1564           <ul>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1567               model for alignments and groups
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1571               scripts
1572             </li>
1573           </ul>
1574           <em>Overview</em>
1575           <ul>
1576             <li>
1577               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1578               with alignment and overview windows
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1582               overview
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1586               omitted in Overview
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1590               adjustment of visible position
1591             </li>
1592           </ul>
1593
1594           <em>Data import/export</em>
1595           <ul>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1598               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1602               annotation input/output via stockholm flatfile
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1606               extension when importing structure files without embedded
1607               names or PDB accessions
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1611               format sequence substitution matrices
1612             </li>
1613           </ul>
1614           <em>User Interface</em>
1615           <ul>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1618               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1619               the application.
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1623               via Overview or sequence motif search operations
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1627               opened by double clicking gaps within sequence feature
1628               extent
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1632               aligned positions were available to create a 3D structure
1633               superposition.
1634             </li>
1635           </ul>
1636           <em>3D Structure</em>
1637           <ul>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1640               coloured in linked structure views
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1644               file-based command exchange
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1648               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1649               structures are already available for sequences
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1653               the Jalview project rather than downloaded again when the
1654               project is reopened.
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1658               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1659               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1660                 Feature</strong>)
1661             </li>
1662           </ul>
1663           <em>Web Services</em>
1664           <ul>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1670               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1671               Analysis services
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1675               cross-references provided by identifiers.org and the
1676               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1677             </li>
1678           </ul>
1679
1680           <em>Scripting</em>
1681           <ul>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1684               identifying file formats (instead of String constants)
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1688               efficiency when counting all displayed features (not
1689               backwards compatible with 2.10.1)
1690             </li>
1691           </ul>
1692           <em>Example files</em>
1693           <ul>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1696               included in the example feature file
1697             </li>
1698           </ul>
1699           <em>Documentation</em>
1700           <ul>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1703               with the built-in Java help viewer
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1707               sequence description' option
1708             </li>
1709           </ul>
1710           <em>Test Suite</em>
1711           <ul>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1714               Uniprot REST Free Text Search Client
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1721               during tests
1722             </li>
1723           </ul>
1724         </div></td>
1725       <td><div align="left">
1726           <em>Calculations</em>
1727           <ul>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1730               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1731               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1732             </li>
1733             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1734               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1735               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1736               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1737               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1738               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1739               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1740               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1741               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1742               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1743               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1744               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1745               // for 2.10.1 mode <br />
1746               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1747               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1748                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1749                 calculations (not recommended)</em></li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1752               scaling of branch lengths for trees computed using
1753               Sequence Feature Similarity.
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1757               generating output report when working with highly
1758               redundant alignments
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1762               right of selected region when gaps present on right-hand
1763               boundary
1764             </li>
1765           </ul>
1766           <em>User Interface</em>
1767           <ul>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1770               doesn't reselect a specific sequence's associated
1771               annotation after it was used for colouring a view
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1775               opened on a region of alignment without groups
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1779               of an alignment with overlapping groups
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1783               name and description match
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1787               hidden regions results in incorrect hidden regions
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1791               changing colour does not apply Conservation slider value
1792               to all groups
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1796               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1800               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1804               gaps before start of features
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1808               restored to UI when feature colour is edited
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1812               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1816               as graduate feature colour settings are modified via the
1817               dialog box
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1821               when a group defined on the alignment is resized
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1825               wrapped view result in positional status updates
1826             </li>
1827
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1830               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1834               alignment included gapped columns
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1838               widgets don't permanently disappear
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1842               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1843               T-Coffee column reliability scores)
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1847               sequence feature on gaps only
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1851               button from a Find inherit previously defined feature type
1852               rather than the Find query string
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1856               exporting tree calculated in Jalview
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1860               and then revealing them reorders sequences on the
1861               alignment
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1865               doesn't update to reflect available set of groups after
1866               interactively adding or modifying features
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1870               Linux
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1874               only excluded gaps in current sequence and ignored
1875               selection.
1876             </li>
1877           </ul>
1878           <em>Rendering</em>
1879           <ul>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1882               erratically when hidden rows or columns are present
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1886               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1887               sequence colouring
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1891               colour and group colour menu for protein alignments
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1895               reflect currently selected view or group's shading
1896               thresholds
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1900               when rendered on overview and structures when opacity at
1901               100%
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1905               overview when features overlaid on alignment
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1909               recovered correctly from Jalview project file
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1913               (automatically via preferences) are different to the main
1914               alignment panel
1915             </li>
1916           </ul>
1917           <em>Data import/export</em>
1918           <ul>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1921               load
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1925               added after a sequence was imported are not written to
1926               Stockholm File
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1930               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1934               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1938               with lightGray or darkGray via features file (but can
1939               specify lightgray)
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1943               when alignment view imported from project
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1947               structure and sequences extracted from structure files
1948               imported via URL and viewed in Jmol
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1952               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1953               the project is loaded and the structure viewed
1954             </li>
1955           </ul>
1956           <em>Web Services</em>
1957           <ul>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1960               release of Ensembl v.88
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1964               appear enabled in Preferences->Connections
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1968               removed from console output
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1972               Ensembl by Peptide ID
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1976               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1977               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1978               due to 'null' string rather than empty string used for
1979               residues with no corresponding PDB mapping).
1980             </li>
1981           </ul>
1982           <em>Application UI</em>
1983           <ul>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1986               menu
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1990               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1991               new documentation and tooltips added)
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1995               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1999               new features are added to alignment
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2003               changes to feature colours via the Amend features dialog
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2007               edit graduated feature colour via amend features dialog
2008               box
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2012               selection menu changes colours of alignment views
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2016               from alignment calculation workers after alignment has
2017               been closed
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2021               groups now 'Create Group'
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2025               Create/Undefine group doesn't always work
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2029               shown again after pressing 'Cancel'
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2033               adjusts start position in wrap mode
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2037               ambiguous amino acids
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2041               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2042               proteins
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2046               Defined' don't appear in Colours menu
2047             </li>
2048           </ul>
2049           <em>Applet</em>
2050           <ul>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2053               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2057               overview or linked structure view
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2061               work (since 2.8)
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2065               user-defined colourscheme doesn't restore original
2066               colourscheme
2067             </li>
2068           </ul>
2069           <em>Test Suite</em>
2070           <ul>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2073               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2077               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2078               problems with deep array comparison equality asserts in
2079               successive versions of TestNG
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2083               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2084             </li>
2085           </ul>
2086           <em>New Known Issues</em>
2087           <ul>
2088             <li>
2089               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2090               phase after a sequence motif find operation
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2094               containing just upper and lower case letters are
2095               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2099               reliably from eggnog Ortholog database
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2103               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2104               to mark columns containing highlighted regions.
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2108               doesn't always add secondary structure annotation.
2109             </li>
2110           </ul>
2111         </div>
2112     <tr>
2113       <td width="60" nowrap>
2114         <div align="center">
2115           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2116         </div>
2117       </td>
2118       <td><div align="left">
2119           <em>General</em>
2120           <ul>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2123               for all consensus calculations
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2127               3rd Oct 2016)
2128             </li>
2129             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2130               for 2016-2017</li>
2131           </ul>
2132           <em>Application</em>
2133           <ul>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2136               set of database cross-references, sorted alphabetically
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2140               from database cross references. Users with custom links
2141               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2142                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2146               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2147               Chimera session
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2151               the Chimera it is connected to is shut down
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2155               columns menu item to mark columns containing highlighted
2156               regions (e.g. from structure selections or results of a
2157               Find operation)
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2161               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2162               MSAviewer
2163             </li>
2164           </ul>
2165         </div></td>
2166       <td>
2167         <div align="left">
2168           <em>General</em>
2169           <ul>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2172               are not coloured or thresholded according to percent
2173               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2177               hydrophobic
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2181               threshold, amino acid properties)
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2185               reported as mapped to residues in a structure file in the
2186               View Mapping report
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2190               could be added multiple times to a sequence
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2194               bond features shown as two highlighted residues rather
2195               than a range in linked structure views, and treated
2196               correctly when selecting and computing trees from features
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2200               cross-references are matched to database name regardless
2201               of case
2202             </li>
2203
2204           </ul>
2205           <em>Application</em>
2206           <ul>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2209               names without regular expressions also offer links from
2210               Sequence ID
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2214               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2215               update Jalview configuration
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2219               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2223               files with similarly named sequences if dropped onto the
2224               alignment
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2228               entries where more chains exist in the PDB accession than
2229               are reported in the SIFTS file
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2233               the structure view when displayed with Chimera
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2237               panel's View->Show Chains submenu
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2241               work for wrapped alignment views
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2245               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2249               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2250               first annotation row
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2254               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2258               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2259             </li>
2260             <!-- JAL-2319 -->
2261             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2262             coordindate data
2263             </li>
2264           </ul>
2265           <!--           <em>New Known Issues</em>
2266           <ul>
2267             <li></li>
2268           </ul> -->
2269         </div>
2270       </td>
2271     </tr>
2272     <td width="60" nowrap>
2273       <div align="center">
2274         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2275           <em>25/10/2016</em></strong>
2276       </div>
2277     </td>
2278     <td><em>Application</em>
2279       <ul>
2280         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2281           view if structures already loaded</li>
2282         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2283           structure views</li>
2284       </ul></td>
2285     <td>
2286       <div align="left">
2287         <em>General</em>
2288         <ul>
2289           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2290             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2291           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2292             example sequences/projects/trees</li>
2293         </ul>
2294         <em>Application</em>
2295         <ul>
2296           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2297             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2298           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2299             without timeout for structures with multiple models or
2300             multiple sequences in alignment</li>
2301           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2302             PDB ID HEADER line</li>
2303           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2304             is performed</li>
2305           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2306             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2307           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2308           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2309             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2310             option</li>
2311           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2312             is created on the alignment</li>
2313           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2314             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2315             pop-up menu</li>
2316         </ul>
2317         <em>Build and deployment</em>
2318         <ul>
2319           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2320             tags</li>
2321         </ul>
2322         <em>New Known Issues</em>
2323         <ul>
2324           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2325             on Windows</li>
2326         </ul>
2327       </div>
2328     </td>
2329     </tr>
2330     <tr>
2331       <td width="60" nowrap>
2332         <div align="center">
2333           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2334         </div>
2335       </td>
2336       <td><em>General</em>
2337         <ul>
2338           <li>
2339             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2340           </li>
2341           <li>
2342             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2343             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2344             better PDB parsing.
2345           </li>
2346           <li>
2347             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2348             reference sequence
2349           </li>
2350           <li>
2351             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2352             mousing over sequence associated annotation
2353           </li>
2354           <li>
2355             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2356             for manual entry
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2360             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2361             for each column
2362           </li>
2363           <li>
2364             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2365             showing or hiding columns containing a feature
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2369             group and sequence associated annotation labels
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2373             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2374             dialogs
2375           </li>
2376
2377         </ul> <em>Application</em>
2378         <ul>
2379           <li>
2380             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2381             gene/transcript view
2382           </li>
2383           <li>
2384             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2385             dialog
2386           </li>
2387           <li>
2388             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2389             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2393             Pfam sources to xfam.org
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2397           </li>
2398           <li>
2399             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2400             over sequences in Jalview
2401           </li>
2402           <li>
2403             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2404             regions in ENA and EMBL
2405           </li>
2406           <li>
2407             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2408             for record retrieval via ENA rest API
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2412             complement operator
2413           </li>
2414           <li>
2415             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2416             groovy script execution
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2420             alignment window's Calculate menu
2421           </li>
2422           <li>
2423             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2424             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2425           </li>
2426           <li>
2427             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2428             calculation workers from groovy scripts
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2432             Jalview projects
2433           </li>
2434           <li>
2435             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2436             associations are now saved/restored from project
2437           </li>
2438           <li>
2439             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2440             before sequence fetcher is opened
2441           </li>
2442           <li>
2443             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2444             database chooser opens a sequence fetcher
2445           </li>
2446           <li>
2447             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2448             the UniProt REST API
2449           </li>
2450           <li>
2451             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2452             the news reader opening
2453           </li>
2454           <li>
2455             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2456             querying stored in preferences
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2460             search results
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2464           </li>
2465           <li>
2466             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2467             menu for nucleotide sequences
2468           </li>
2469           <li>
2470             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2471             and feature counts preserves alignment ordering (and
2472             debugged for complex feature sets).
2473           </li>
2474           <li>
2475             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2476             viewing structures with Jalview 2.10
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2480             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2481             Ensembl Genomes REST API
2482           </li>
2483           <li>
2484             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2485             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2486             (Ensembl)
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2490             sequences
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2494             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2495             data from external database records.
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2499             efficient recovery of sequence coding and alignment
2500             annotation relationships.
2501           </li>
2502         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2503         <ul>
2504           <li>
2505             -- JAL---
2506           </li>
2507         </ul> --></td>
2508       <td>
2509         <div align="left">
2510           <em>General</em>
2511           <ul>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2514               menu on OSX
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2518               includes graduated colourschemes
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2522               working with big alignments and lots of hidden columns
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2526               at right of alignment window
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2530               contents
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2534               for DNA alignments
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2538               based tree calculation
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2542               unconserved enabled for group on alignment
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2546               set as reference
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2550               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2551               annotation
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2555               hidden columns present
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2559               user created annotation added to alignment
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2563               '()' base pair annotation
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2567               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2568               Consensus
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2572               feature not working
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2576               beginning of sequence
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2580               entry 3a6s
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2584               from a tree when t-coffee scores are shown
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2588               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2592               some structures
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2596               to Clustal, PIR and PileUp output
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2600               not visible causes alignment window to repaint
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2604               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2605               scores associated with features and annotation rows
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2609               calculation should be case independent
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2613               columns
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2617               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2618               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2619             </li>
2620             <li>
2621               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2622               problems when reference sequence defined and 'show
2623               non-conserved' enabled
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2627               load even when Consensus calculation is disabled
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2631               alignment does nothing
2632             </li>
2633           </ul>
2634           <em>Application</em>
2635           <ul>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2638               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2639               yet fixed for El Capitan)
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2643               output when running on non-gb/us i18n platforms
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2647               hidden sequences as flat-file alignment
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2651               launching Chimera
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2655               (also hotfix for 2.9.0b2)
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2659               reference sequence defined
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2663               alignments and views when revealing hidden columns
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2667               view in a cDNA/Protein splitframe
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2671               sequence from project when only one sequence is
2672               represented
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2676               in Structure Chooser
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2680               structure consensus didn't refresh annotation panel
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2684               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2688               dialogs format columns correctly, don't display array
2689               data, sort columns according to type
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2693               file chooser is cancelled during an image export
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2697               sequence name containing special characters
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2701               case insensitive
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2705               formatting don't wrap
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2709               truncated so L looks like I in consensus annotation
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2713               currently displayed features for the current selection or
2714               view
2715             </li>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2718               after fetching cross-references, and restoring from
2719               project
2720             </li>
2721             <li>
2722               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2723               followed in the structure viewer
2724             </li>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2727               splitframe not restored from project
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2731               trailing end of protein alignment in transcript/product
2732               splitview when pad-gaps not enabled by default
2733             </li>
2734             <li>
2735               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2736               is case dependent
2737             </li>
2738             <li>
2739               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2740               article has been read (reopened issue due to
2741               internationalisation problems)
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2745               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2746               cross-references
2747             </li>
2748
2749             <li>
2750               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2751               alignment as HTML
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2755               multiple structures are shown for one or more sequences.
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2759               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2760               is enabled.
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2764               specific PDB id for sequence
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2768               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2769               columns' is disabled.
2770             </li>
2771             <li>
2772               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2773               selects lowest rather than highest resolution structures
2774               for each sequence
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2778               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2782               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2786               after clicking on it to create new annotation for a
2787               column.
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2791               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2792             </li>
2793             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2794             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2795           </ul>
2796           <em>Applet</em>
2797           <ul>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2800               hidden columns present before start of sequence
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2804               (JSON jars)
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2808               sequences are hidden in applet
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2812               deployment on examples pages.
2813             </li>
2814           </ul>
2815         </div>
2816       </td>
2817     </tr>
2818     <tr>
2819       <td width="60" nowrap>
2820         <div align="center">
2821           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2822             <em>16/10/2015</em></strong>
2823         </div>
2824       </td>
2825       <td><em>General</em>
2826         <ul>
2827           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2828             jars</li>
2829         </ul></td>
2830       <td>
2831         <div align="left">
2832           <em>Application</em>
2833           <ul>
2834             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2835               shown when tree is partitioned</li>
2836             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2837               multiple cDNA/Protein split views</li>
2838           </ul>
2839         </div>
2840       </td>
2841     </tr>
2842     <tr>
2843       <td width="60" nowrap>
2844         <div align="center">
2845           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2846             <em>8/10/2015</em></strong>
2847         </div>
2848       </td>
2849       <td><em>General</em>
2850         <ul>
2851           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2852             2.9</li>
2853         </ul> <em>Application</em>
2854         <ul>
2855           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2856           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2857           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2858         </ul> <em>Applet</em>
2859         <ul>
2860           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2861         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2862         <ul>
2863           <li>
2864             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2865             suite
2866           </li>
2867         </ul></td>
2868       <td>
2869         <div align="left">
2870           <em>General</em>
2871           <ul>
2872             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2873               incorrect when sequence start > 1</li>
2874             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2875               documentation</li>
2876             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2877             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2878               loading a features file containing HTML tags in feature
2879               description</li>
2880
2881           </ul>
2882           <em>Application</em>
2883           <ul>
2884             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2885               reimport</li>
2886             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2887               with 'trim retrieved sequences'</li>
2888             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2889               deleting selected columns</li>
2890             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2891               JNLP templates for webstart launch</li>
2892             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2893               unreleased structures for download or viewing</li>
2894             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2895               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2896             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2897               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2898             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2899               recovered from jalview project</li>
2900             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2901               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2902               alignment view</li>
2903             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2904               color schemes from BioJSON</li>
2905           </ul>
2906           <em>Applet</em>
2907           <ul>
2908             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2909               frame</li>
2910             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2911           </ul>
2912         </div>
2913       </td>
2914     </tr>
2915     <tr>
2916       <td><div align="center">
2917           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2918         </div></td>
2919       <td><em>General</em>
2920         <ul>
2921           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2922             alignments:
2923             <ul>
2924               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2925                 and DNA alignment views</li>
2926               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2927                 cDNA alignment views</li>
2928               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2929                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2930               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2931                 protein sequences</li>
2932             </ul>
2933           </li>
2934           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2935           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2936             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2937           <li>New alignment annotation file statements for
2938             reference sequences and marking hidden columns</li>
2939           <li>Reference sequence based alignment shading to
2940             highlight variation</li>
2941           <li>Select or hide columns according to alignment
2942             annotation</li>
2943           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2944           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2945             acid conservation row</li>
2946           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2947         </ul> <em>Application</em>
2948         <ul>
2949           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2950             <ul>
2951               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2952                 view with cDNA/Protein</li>
2953               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2954                 sequences are placed in the same alignment</li>
2955               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2956                 projects</li>
2957             </ul>
2958           </li>
2959
2960           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2961           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2962             Jalview windows</li>
2963
2964           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2965           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2966           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2967             be shown in VARNA</li>
2968
2969           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2970             as the active selected region</li>
2971
2972           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2973             similarity</li>
2974           <li>New Export options
2975             <ul>
2976               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2977                 region export in flat file generation</li>
2978
2979               <li>Export alignment views for display with the <a
2980                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2981
2982               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2983               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2984                 alignment figures to HTML</li>
2985           </li>
2986           <li>3D structure retrieval and display
2987             <ul>
2988               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2989                 Search API</li>
2990               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2991                 PDB structures for a sequence set</li>
2992             </ul>
2993           </li>
2994
2995           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2996             predictions</li>
2997           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2998             for one or a group of sequences</li>
2999           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3000             from the JPred4 web server</li>
3001           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3002             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3003             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3004           </li>
3005           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3006             VARNA 2D Structure'</li>
3007           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3008             Structure ..."</li>
3009
3010         </ul> <em>Applet</em>
3011         <ul>
3012           <li>New layout for applet example pages</li>
3013           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3014             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3015           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3016             Protein alignments</li>
3017         </ul> <em>Development and deployment</em>
3018         <ul>
3019           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3020           <li>Include installation type and git revision in build
3021             properties and console log output</li>
3022           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3023             storing BioJsMSA Templates</li>
3024           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3025         </ul></td>
3026       <td>
3027         <!-- <em>General</em>
3028         <ul>
3029         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3030         <ul>
3031           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3032           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3033           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3034             predictions are not highlighted in amber</li>
3035           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3036             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3037           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3038             associated structure views</li>
3039           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3040             width checkbox not enabled</li>
3041           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3042             creating user defined colours</li>
3043           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3044             mappings for just that viewer's sequences</li>
3045           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3046             multiple models in Chimera</li>
3047           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3048             over Jmol structure</li>
3049           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3050             output to text box</li>
3051           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3052             have incorrect sequence start/end</li>
3053           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3054             Jalview fails</li>
3055           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3056             work for nucleotide</li>
3057           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3058             to a grey/invisible alignment window</li>
3059           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3060             imports to different position</li>
3061           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3062             on some platforms</li>
3063           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3064             populated</li>
3065           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3066             console if Chimera has been opened</li>
3067           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3068           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3069             retrieved</li>
3070           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3071           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3072             either sequence shows on first structure</li>
3073           <li>'Show annotations' options should not make
3074             non-positional annotations visible</li>
3075           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3076             in right place after 'view flanking regions'</li>
3077           <li>File Save As type unset when current file format is
3078             unknown</li>
3079           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3080             projects</li>
3081           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3082             responsive</li>
3083           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3084             several views on same alignment</li>
3085           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3086           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3087             spaces</li>
3088         </ul> <em>Applet</em>
3089         <ul>
3090           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3091           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3092             descriptions containing angle brackets</li>
3093         </ul> <em>General</em>
3094         <ul>
3095           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3096             via jalview annotation file</li>
3097           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3098             with RNA secondary structure</li>
3099           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3100             translation doesn't work.</li>
3101           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3102           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3103             positions</li>
3104           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3105             choosing 1pt font</li>
3106           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3107             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3108             'h'</li>
3109           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3110             new feature</li>
3111           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3112             order dependent</li>
3113           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3114             sequences</li>
3115           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3116         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3117         <ul>
3118           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3119             www.jalview.org</li>
3120         </ul> <em>Application Known issues</em>
3121         <ul>
3122           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3123           <li>Misleading message appears after trying to delete
3124             solid column.</li>
3125           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3126             version launches</li>
3127           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3128             fails with a sequence mismatch</li>
3129           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3130             scrolling alignment to right</li>
3131           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3132             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3133           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3134             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3135           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3136             ultra-high resolution</li>
3137           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3138             quality and conservation</li>
3139           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3140             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3141         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3142         <ul>
3143           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3144           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3145             window is being resized</li>
3146
3147         </ul>
3148       </td>
3149     </tr>
3150     <tr>
3151       <td><div align="center">
3152           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3153         </div></td>
3154       <td><em>General</em>
3155         <ul>
3156           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3157             Certum.PL.</li>
3158           <li>Features and annotation preserved when performing
3159             pairwise alignment</li>
3160           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3161             imported/exported/displayed</li>
3162           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3163             protein secondary structure</li>
3164           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3165               post-hoc with 2.9 release</em>)
3166           </li>
3167
3168         </ul> <em>Application</em>
3169         <ul>
3170           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3171             with 3D structures</li>
3172           <li>Support for parsing RNAML</li>
3173           <li>Annotations menu for layout
3174             <ul>
3175               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3176               <li>place sequence annotation above/below alignment
3177                 annotation</li>
3178             </ul>
3179           <li>Output in Stockholm format</li>
3180           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3181             translation</li>
3182           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3183           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3184             shared between alignments</li>
3185           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3186             Jalview</li>
3187           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3188             all or current selection</li>
3189           <li>disorder and secondary structure predictions
3190             available as dataset annotation</li>
3191           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3192
3193
3194           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3195             alignments from Rfam</li>
3196           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3197
3198           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3199             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3200           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3201           <li>include installation type in build properties and
3202             console log output</li>
3203           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3204             annotation</li>
3205         </ul></td>
3206       <td>
3207         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3208         <ul>
3209           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3210             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3211           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3212             alignment</li>
3213           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3214           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3215           <li>Double click on sequence associated annotation
3216             selects only first column</li>
3217           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3218             leaves shown in tree</li>
3219           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3220             properly</li>
3221           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3222           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3223             screen and buttons not visible</li>
3224           <li>author list isn't updated if already written to
3225             Jalview properties</li>
3226           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3227             from database</li>
3228           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3229           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3230             browser search window</li>
3231           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3232             in feature settings dialog</li>
3233           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3234             desktop</li>
3235           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3236             pass validation</li>
3237           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3238             fit on screen</li>
3239           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3240             tooltip</li>
3241           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3242             defined user preset</li>
3243           <li>MSA web services warns user if they were launched
3244             with invalid input</li>
3245           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3246             Java 8</li>
3247           <li>
3248             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3249             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3250             created
3251           </li>
3252
3253         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3254         <ul>
3255         </ul> <em>General</em>
3256         <ul>
3257         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3258         <ul>
3259           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3260             memory allocation</li>
3261           <li>launchApp service doesn't automatically open
3262             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3263           <li>
3264             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3265             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3266             1.7_055 is available
3267           </li>
3268         </ul> <em>Application Known issues</em>
3269         <ul>
3270           <li>
3271             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3272             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3273             alignment to right
3274           </li>
3275           <li>
3276             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3277             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3278             with large number of ID
3279           </li>
3280           <li>
3281             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3282             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3283             start/end
3284           </li>
3285           <li>
3286             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3287             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3288             structure tracks are rearranged
3289           </li>
3290           <li>
3291             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3292             invalid rna structure positional highlighting does not
3293             highlight position of invalid base pairs
3294           </li>
3295           <li>
3296             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3297             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3298             project from alignment window file menu
3299           </li>
3300           <li>
3301             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3302             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3303             structures
3304           </li>
3305           <li>
3306             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3307             colour by RNA Helices not enabled when user created
3308             annotation added to alignment
3309           </li>
3310           <li>
3311             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3312             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3313           </li>
3314         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3315         <ul>
3316           <li>
3317             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3318             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3319           </li>
3320           <li>
3321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3322             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3323           </li>
3324
3325           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3326             when selected</li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329     </tr>
3330     <tr>
3331       <td><div align="center">
3332           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3333         </div></td>
3334       <td>
3335         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3336         <em>General</em>
3337         <ul>
3338           <li>Internationalisation of user interface (usually
3339             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3340           <li>Define/Undefine group on current selection with
3341             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3342           <li>Improved group creation/removal options in
3343             alignment/sequence Popup menu</li>
3344           <li>Sensible precision for symbol distribution
3345             percentages shown in logo tooltip.</li>
3346           <li>Annotation panel height set according to amount of
3347             annotation when alignment first opened</li>
3348         </ul> <em>Application</em>
3349         <ul>
3350           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3351             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3352           <li>Select columns containing particular features from
3353             Feature Settings dialog</li>
3354           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3355             sequences</li>
3356           <li>Update Jalview project format:
3357             <ul>
3358               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3359               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3360                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3361               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3362                 colouring</li>
3363             </ul>
3364           </li>
3365           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3366             (PAM250)</li>
3367           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3368             flanking regions for an alignment</li>
3369         </ul>
3370       </td>
3371       <td>
3372         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3373         <ul>
3374           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3375             running after job is cancelled</li>
3376           <li>cannot export features from alignments imported from
3377             Jalview/VAMSAS projects</li>
3378           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3379             float values</li>
3380           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3381             have 'display all symbols' flag set</li>
3382           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3383             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3384           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3385             Jalview</li>
3386           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3387             Lion/Webstart</li>
3388           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3389           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3390           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3391             alignment onto desktop</li>
3392           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3393             'extract scores' function</li>
3394           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3395             alignment window</li>
3396           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3397             performing IUPred disorder prediction</li>
3398           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3399             changing 'normalise logo' display setting</li>
3400           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3401             nothing matches query</li>
3402           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3403             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3404           </li>
3405           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3406             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3407           </li>
3408           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3409             Jalview's menu</li>
3410           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3411             'invalid literal/length code'</li>
3412           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3413             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3414           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3415             colourscheme</li>
3416
3417         </ul> <em>Applet</em>
3418         <ul>
3419           <li>Remove group option is shown even when selection is
3420             not a group</li>
3421           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3422             don't affect groups</li>
3423           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3424             colourscheme name</li>
3425           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3426             Annotation panel is not displayed</li>
3427           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3428             embedded windows</li>
3429         </ul> <em>Other</em>
3430         <ul>
3431           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3432             single sequence were not calculated</li>
3433           <li>annotation files that contain only groups imported as
3434             annotation and junk sequences</li>
3435           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3436             recognised as PFAM or BLC</li>
3437           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3438             doesn't affect background (2.8.0b1)
3439           <li></li>
3440           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3441           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3442             trailing gaps</li>
3443           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3444             registered correctly on import</li>
3445           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3446             certain alignments</li>
3447           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3448             existing annotation based 'use original colours'
3449             colourscheme loses original colours setting</li>
3450         </ul>
3451       </td>
3452     </tr>
3453     <tr>
3454       <td><div align="center">
3455           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3456             <em>30/1/2014</em></strong>
3457         </div></td>
3458       <td>
3459         <ul>
3460           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3461             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3462             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3463             open source project).
3464           </li>
3465           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3466           <li>Output in Stockholm format</li>
3467           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3468           <li>Export/import group and sequence associated line
3469             graph thresholds</li>
3470           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3471             ambiguity codes</li>
3472           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3473             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3474             works</li>
3475           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3476         </ul> <em>Other improvements</em>
3477         <ul>
3478           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3479           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3480             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3481           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3482             files</li>
3483           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3484           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3485             link but no description</li>
3486           <li>Select primary source when selecting authority in
3487             database fetcher GUI</li>
3488           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3489             Jalview</li>
3490           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3491         </ul>
3492       </td>
3493       <td>
3494         <ul>
3495           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3496             displayed</li>
3497           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3498             secondary structure annotation line</li>
3499           <li>Sequence database accessions not imported when
3500             fetching alignments from Rfam</li>
3501           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3502             identical IDs</li>
3503           <li>View all structures does not always superpose
3504             structures</li>
3505           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3506             reflect user or preset settings</li>
3507           <li>Null pointer exceptions for some services without
3508             presets or adjustable parameters</li>
3509           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3510             discover PDB xRefs</li>
3511           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3512             features with DAS</li>
3513           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3514             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3515           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3516             residue follows a gap</li>
3517           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3518             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3519           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3520             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3521           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3522             annotation already exists on alignment</li>
3523           <li>oninit javascript function should be called after
3524             initialisation completes</li>
3525           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3526             alignment window display</li>
3527           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3528           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3529             to annotation file</li>
3530           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3531             groups created</li>
3532           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3533             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3534           <li>Pressing return several times causes Number Format
3535             exceptions in keyboard mode</li>
3536           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3537             correct partitions for input data</li>
3538           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3539           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3540           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3541           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3542             mode</li>
3543           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3544             changes one row&#39;s threshold</li>
3545           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3546             doesn&#39;t open</li>
3547           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3548             quality histograms</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551     </tr>
3552     <tr>
3553       <td><div align="center">
3554           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3555         </div></td>
3556       <td><em>Application</em>
3557         <ul>
3558           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3559             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3560           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3561             preferences</li>
3562           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3563             in Jalview alignment window</li>
3564           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3565             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3566           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3567             RNA and ambiguity codes</li>
3568
3569           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3570           <li>Support fetching and database reference look up
3571             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3572             refs')</li>
3573           <li>Jalview project improvements
3574             <ul>
3575               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3576                 flag for annotation</li>
3577               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3578                 alignment</li>
3579               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3580                 Jalview project</li>
3581
3582             </ul>
3583           </li>
3584           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3585           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3586             running</li>
3587           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3588           <li>visual indication that web service results are still
3589             being retrieved from server</li>
3590           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3591             starts up for first time</li>
3592           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3593             services</li>
3594           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3595             client library</li>
3596           <li>Examples directory and Groovy library included in
3597             InstallAnywhere distribution</li>
3598         </ul> <em>Applet</em>
3599         <ul>
3600           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3601             visualization applet example</li>
3602         </ul> <em>General</em>
3603         <ul>
3604           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3605           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3606             defaults</li>
3607           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3608             calculation</li>
3609           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3610             matrices
3611           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3612             in HTML</li>
3613           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3614             structure contacts</li>
3615           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3616           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3617           <li>Parse sequence associated secondary structure
3618             information in Stockholm files</li>
3619           <li>HTML Export database accessions and annotation
3620             information presented in tooltip for sequences</li>
3621           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3622             style RNA alignment files</li>
3623           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3624             alignment</li>
3625           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3626             shade each sequence according to its associated alignment
3627             annotation</li>
3628           <li>New Jalview Logo</li>
3629         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3630         <ul>
3631           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3632           <li>New Website!</li>
3633         </ul></td>
3634       <td><em>Application</em>
3635         <ul>
3636           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3637             wsdbfetch REST service</li>
3638           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3639           <li>Filetype associations not installed for webstart
3640             launch</li>
3641           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3642             job execution in full once it is complete</li>
3643           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3644             uploaded via ali_file parameter</li>
3645           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3646           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3647           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3648             submitted for prediction</li>
3649           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3650             desktop window</li>
3651           <li>Putting fractional value into integer text box in
3652             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3653           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3654             windows 7</li>
3655           <li>View all structures fails with exception shown in
3656             structure view</li>
3657           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3658             escaped in a platform independent way</li>
3659           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3660             using proxy</li>
3661           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3662             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3663           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3664             failure when java web start temporary file caching is
3665             disabled</li>
3666           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3667             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3668           <li>Errors during processing of command line arguments
3669             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3670           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3671             DAS sources in sequence fetcher</li>
3672           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3673             dialog is shown</li>
3674           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3675           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3676           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3677           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3678             on OSX Mountain Lion</li>
3679           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3680             sequences with alignment annotation are pasted into the
3681             alignment</li>
3682           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3683             when loaded from Jalview project</li>
3684           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3685           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3686             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3687           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3688             associated with all views</li>
3689           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3690             annotation rows to new window</li>
3691         </ul> <em>Applet</em>
3692         <ul>
3693           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3694             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3695           <li>loading features via javascript API automatically
3696             enables feature display</li>
3697           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3698             work</li>
3699         </ul> <em>General</em>
3700         <ul>
3701           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3702           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3703             and then deselected</li>
3704           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3705           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3706             coloured with clustalx</li>
3707           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3708             exceptions and redraw errors</li>
3709           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3710             reconfigured view</li>
3711           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3712             colour</li>
3713           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3714             for lots of labels</li>
3715         </ul>
3716     </tr>
3717     <tr>
3718       <td>
3719         <div align="center">
3720           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3721         </div>
3722       </td>
3723       <td><em>Application</em>
3724         <ul>
3725           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3726           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3727           <li>View/alignment association menu to enable user to
3728             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3729             its colours/correspondences from</li>
3730           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3731           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3732             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3733           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3734           <li>Annotation row column label formatting attributes
3735             stored in project file</li>
3736           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3737             rows preserved in Jalview project file</li>
3738           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3739             saved using Desktop window menu</li>
3740           <li>Visual indication that command line arguments are
3741             still being processed</li>
3742           <li>Groovy script execution from URL</li>
3743           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3744             preferences</li>
3745           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3746             alignment with sequences that have high similarity and
3747             matching IDs</li>
3748           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3749           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3750             structures in same window</li>
3751           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3752           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3753             analysis function in its own submenu</li>
3754         </ul> <em>Applet</em>
3755         <ul>
3756           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3757             groups</li>
3758           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3759           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3760           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3761           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3762           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3763             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3764           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3765           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3766             parameters are treated as such</li>
3767           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3768             <ul>
3769               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3770               <li>Javascript callbacks for
3771                 <ul>
3772                   <li>Applet initialisation</li>
3773                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3774                 </ul>
3775               </li>
3776               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3777                 functions</li>
3778               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3779               <li>javascript structure viewer harness to pass
3780                 messages between Jmol and Jalview when running as
3781                 distinct applets</li>
3782               <li>sortBy method</li>
3783               <li>Set of applet and application examples shipped
3784                 with documentation</li>
3785               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3786                 javascript message exchange</li>
3787             </ul>
3788         </ul> <em>General</em>
3789         <ul>
3790           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3791             multiple alignments</li>
3792           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3793           <li>User configurable link to enable redirects to a
3794             www.Jalview.org mirror</li>
3795           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3796           <li>Configurable newline string when writing alignment
3797             and other flat files</li>
3798           <li>Allow alignment annotation description lines to
3799             contain html tags</li>
3800         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3801         <ul>
3802           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3803             examples</li>
3804           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3805             using a web service before displaying the result in the
3806             Jalview desktop</li>
3807           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3808           <li>Ant target to publish example html files with applet
3809             archive</li>
3810           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3811           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3812         </ul></td>
3813       <td><em>Application</em>
3814         <ul>
3815           <li>User defined colourscheme throws exception when
3816             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3817           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3818             dialog for valid filename/format</li>
3819           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3820           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3821             P37173</li>
3822           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3823             which sequence is to be associated with the file</li>
3824           <li>Find All raises null pointer exception when query
3825             only matches sequence IDs</li>
3826           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3827           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3828             2.4 cannot be loaded</li>
3829           <li>Filetype associations not installed for webstart
3830             launch</li>
3831           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3832             with sequences in different alignments do not get coloured
3833             by their associated sequence</li>
3834           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3835             not preserved when project is loaded</li>
3836           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3837             stored in Jalview project</li>
3838           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3839             Jalview project</li>
3840           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3841           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3842             by conservation</li>
3843           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3844             created on new view</li>
3845           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3846             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3847           <li>Alignment quality not updated after alignment
3848             annotation row is hidden then shown</li>
3849           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3850             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3851           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3852             properly</li>
3853           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3854             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3855           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3856           <li>Structures imported from file and saved in project
3857             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3858           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3859             job execution in full once it is complete</li>
3860         </ul> <em>Applet</em>
3861         <ul>
3862           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3863             annotation rows are displayed</li>
3864           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3865             codebase</li>
3866           <li>View follows highlighting does not work for positions
3867             in sequences</li>
3868           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3869           <li>Export features raises exception when no features
3870             exist</li>
3871           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3872             for javascript api is modified when separator string
3873             provided as parameter</li>
3874           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3875             alignment with no existing selection</li>
3876           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3877             to applet&#39;s codebase</li>
3878           <li>Status bar not updated after finished searching and
3879             search wraps around to first result</li>
3880           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3881             several Jalview applets causes race conditions and memory
3882             leaks</li>
3883           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3884             not sent from Jmol in applet</li>
3885           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3886             applet API fatally hang browser</li>
3887         </ul> <em>General</em>
3888         <ul>
3889           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3890             position with wrapped view and hidden regions</li>
3891           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3892             with/without hidden columns</li>
3893           <li>Sequence length given in alignment properties window
3894             is off by 1</li>
3895           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3896             import PDB like structure files</li>
3897           <li>Positional search results are only highlighted
3898             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3899           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3900           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3901             given sequence position</li>
3902           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3903             output</li>
3904           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3905             from nucleotide chains correctly</li>
3906           <li>Structure colours not updated when tree partition
3907             changed in alignment</li>
3908           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3909             parsed in interleaved stockholm</li>
3910           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3911             state</li>
3912           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3913             properly</li>
3914           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3915             properly associated with their pdb files</li>
3916         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3917         <ul>
3918           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3919             ApplyCopyright tool</li>
3920         </ul></td>
3921     </tr>
3922     <tr>
3923       <td>
3924         <div align="center">
3925           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3926         </div>
3927       </td>
3928       <td><em>Application</em>
3929         <ul>
3930           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3931             contact web services</li>
3932           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3933             service job window</li>
3934           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3935         </ul></td>
3936       <td>
3937         <ul>
3938           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3939             pir file emitted by Jalview</li>
3940           <li>Existing feature settings transferred to new
3941             alignment view created from cut'n'paste</li>
3942           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3943             parsing PDB files</li>
3944           <li>Consensus and conservation annotation rows
3945             occasionally become blank for all new windows</li>
3946           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3947             in wrapped view mode</li>
3948         </ul> <em>Application</em>
3949         <ul>
3950           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3951             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3952           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3953             parameter names</li>
3954           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3955             is down</li>
3956         </ul>
3957       </td>
3958     </tr>
3959     <tr>
3960       <td>
3961         <div align="center">
3962           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3963         </div>
3964       </td>
3965       <td><em>Application</em>
3966         <ul>
3967           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3968             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3969             (JABAWS)
3970           </li>
3971           <li>Web Services preference tab</li>
3972           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3973             preferences</li>
3974           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3975           <li>Superpose structures using associated sequence
3976             alignment</li>
3977           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3978             viewer</li>
3979         </ul> <em>Applet</em>
3980         <ul>
3981           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3982             link out mechanism</li>
3983         </ul> <em>Other</em>
3984         <ul>
3985           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3986             series 12</li>
3987           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3988             require Java 1.5</li>
3989           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3990             sequence annotation files</li>
3991           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3992             type colour specification</li>
3993           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3994             script to check if it being run in an interactive session or
3995             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3996         </ul></td>
3997       <td>
3998         <ul>
3999           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4000             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4001         </ul> <em>Application</em>
4002         <ul>
4003           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4004             selected Regions menu item</li>
4005           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4006             part of a valid accession ID</li>
4007           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4008             runs out of memory</li>
4009           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4010             analysis results</li>
4011           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4012             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4013           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4014         </ul> <em>Applet</em>
4015         <ul>
4016           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4017             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4018             defined.</li>
4019         </ul>
4020       </td>
4021     </tr>
4022     <tr>
4023       <td>
4024         <div align="center">
4025           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4026         </div>
4027       </td>
4028       <td></td>
4029       <td>
4030         <ul>
4031           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4032             sequence IDs</li>
4033           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4034             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4035           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4036             import correctly</li>
4037           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4038             number of columns are hidden</li>
4039           <li>annotation label popup menu not providing correct
4040             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4041             present</li>
4042           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4043             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4044           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4045             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4046
4047         </ul> <em>Applet</em>
4048         <ul>
4049           <li>annotation panel disappears when annotation is
4050             hidden/removed</li>
4051         </ul> <em>Application</em>
4052         <ul>
4053           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4054             alignment opened where annotation panel is visible but no
4055             annotations are present on alignment</li>
4056           <li>pasted region containing hidden columns is
4057             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4058           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4059             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4060           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4061             selected Rregions menu item.</li>
4062           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4063             'Un' or 'Non'conserved</li>
4064           <li>Sequence feature settings are being shared by
4065             multiple distinct alignments</li>
4066           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4067             changed</li>
4068           <li>double click on group annotation to select sequences
4069             does not propagate to associated trees</li>
4070           <li>Mac OSX specific issues:
4071             <ul>
4072               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4073                 window background</li>
4074               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4075                 name set correctly</li>
4076               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4077                 save feature colourscheme button</li>
4078             </ul>
4079           </li>
4080         </ul>
4081       </td>
4082     </tr>
4083     <tr>
4084
4085       <td>
4086         <div align="center">
4087           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4088         </div>
4089       </td>
4090       <td><em>New Capabilities</em>
4091         <ul>
4092           <li>URL links generated from description line for
4093             regular-expression based URL links (applet and application)
4094
4095           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4096             menu</li>
4097           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4098             structures</li>
4099           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4100             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4101           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4102             average score or total feature count for each sequence.</li>
4103           <li>Shading features by score or associated description</li>
4104           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4105             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4106           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4107             hide everything but the currently selected region.</li>
4108           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4109         </ul> <em>Application</em>
4110         <ul>
4111           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4112             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4113           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4114             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4115           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4116             database references and protein_name is parsed as
4117             description line (BioSapiens terms).</li>
4118           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4119             references in sequence ID tooltip from View menu in
4120             application.</li>
4121           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4122       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4123           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4124             conservation plots</li>
4125           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4126             and visualized as sequence logos</li>
4127           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4128             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4129           </li>
4130           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4131             when a new tree is opened.</li>
4132           <li>Jalview Java Console</li>
4133           <li>Better placement of desktop window when moving
4134             between different screens.</li>
4135           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4136             consensus annotation</li>
4137           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4138             Workflows</li>
4139           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4140             <ul>
4141               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4142                 used to preserve views, structures, and tree display
4143                 settings)</li>
4144               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4145                 command line</li>
4146               <li>Sharing of selected regions between views and
4147                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4148               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4149             </ul></li>
4150         </ul> <em>Applet</em>
4151         <ul>
4152           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4153           <li>New Parameters
4154             <ul>
4155               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4156                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4157                 opened.</li>
4158               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4159                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4160               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4161                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4162               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4163                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4164                 view</li>
4165               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4166                 increase the height or width of a cell in the alignment
4167                 grid relative to the current font size.</li>
4168             </ul>
4169           </li>
4170           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4171             tooltip</li>
4172         </ul> <em>Other</em>
4173         <ul>
4174           <li>Features format: graduated colour definitions and
4175             specification of feature scores</li>
4176           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4177             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4178             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4179           <li>XML formats extended to support graduated feature
4180             colourschemes, group associated annotation, and profile
4181             visualization settings.</li></td>
4182       <td>
4183         <ul>
4184           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4185             rather than description</li>
4186           <li>Non-positional features are now included in sequence
4187             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4188             visibility in tooltip).</li>
4189           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4190           <li>Added URL embedding instructions to features file
4191             documentation.</li>
4192           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4193             'X' in peptide product</li>
4194           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4195             sequence ID and sequence string and query strings do not
4196             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4197           <li>AMSA files only contain first column of
4198             multi-character column annotation labels</li>
4199           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4200             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4201             exported and re-imported)</li>
4202           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4203             name</li>
4204           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4205             as subsequence matches, and correctly reports total number
4206             of both.</li>
4207           <li>Application:
4208             <ul>
4209               <li>Better handling of exceptions during sequence
4210                 retrieval</li>
4211               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4212                 link text excludes the start_end suffix</li>
4213               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4214                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4215               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4216               <li>Sequence description lines properly shared via
4217                 VAMSAS</li>
4218               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4219                 data sources</li>
4220               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4221                 completes before alignment figures are generated.</li>
4222               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4223                 first time.</li>
4224               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4225                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4226               <li>User defined group colours properly recovered
4227                 from Jalview projects.</li>
4228             </ul>
4229           </li>
4230         </ul>
4231       </td>
4232
4233     </tr>
4234     <tr>
4235       <td>
4236         <div align="center">
4237           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4238         </div>
4239       </td>
4240       <td>
4241         <ul>
4242           <li>Experimental support for google analytics usage
4243             tracking.</li>
4244           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4245         </ul>
4246       </td>
4247       <td>
4248         <ul>
4249           <li>Race condition in applet preventing startup in
4250             jre1.6.0u12+.</li>
4251           <li>Exception when feature created from selection beyond
4252             length of sequence.</li>
4253           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4254           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4255             all sequences with a given id</li>
4256           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4257             ID string searches</li>
4258           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4259             alignment to fail with exception</li>
4260         </ul> <em>Application Issues</em>
4261         <ul>
4262           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4263           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4264             data sources</li>
4265         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4266         <ul>
4267           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4268             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4269           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4270             version (java class versioning error fixed)</li>
4271         </ul>
4272       </td>
4273     </tr>
4274     <tr>
4275       <td>
4276
4277         <div align="center">
4278           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4279         </div>
4280       </td>
4281       <td><em>User Interface</em>
4282         <ul>
4283           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4284             translation and protein products</li>
4285           <li>Linked highlighting of structure associated with
4286             residue mapping to codon position</li>
4287           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4288             and 'clear' button</li>
4289           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4290             Tools menu</li>
4291           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4292             numeric data in description line</li>
4293           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4294           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4295             of sequence</li>
4296         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4297         <ul>
4298           <li>JPred3 web service</li>
4299           <li>Prototype sequence search client (no public services
4300             available yet)</li>
4301           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4302             PFAM</li>
4303           <li>URL Links created for matching database cross
4304             references as well as sequence ID</li>
4305           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4306         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4307         <ul>
4308           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4309             databases</li>
4310           <li>Generalised database reference retrieval and
4311             validation to all fetchable databases</li>
4312           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4313             sequence command</li>
4314         </ul> <em>Import and Export</em>
4315         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4316         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4317           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4318         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4319           File</li>
4320         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4321           triplet as name of colourscheme</li>
4322         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4323         <ul>
4324           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4325           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4326             alignments (experimental)</li>
4327           <li>Create new or select existing session to join</li>
4328           <li>load and save of vamsas documents</li>
4329         </ul> <em>Application command line</em>
4330         <ul>
4331           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4332             from applet)</li>
4333           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4334             of DAS servers to query for alignment features</li>
4335           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4336             that are also automatically queried for features</li>
4337           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4338             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4339         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4340         <ul>
4341           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4342             application (when using &quot;View in full
4343             application&quot;)</li>
4344         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4345         <ul>
4346           <li>feature group display control parameter</li>
4347           <li>debug parameter</li>
4348           <li>showbutton parameter</li>
4349         </ul> <em>Applet API methods</em>
4350         <ul>
4351           <li>newView public method</li>
4352           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4353           <li>Feature display control methods</li>
4354           <li>get list of currently selected sequences</li>
4355         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4356         <ul>
4357           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4358           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4359             Jalview release.</li>
4360           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4361             property controls execution of obfuscator</li>
4362           <li>Build target for generating source distribution</li>
4363           <li>Debug flag for javacc</li>
4364           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4365             jalview.bin.Cache</li>
4366           <li>Continuous Build Integration for stable and
4367             development version of Application, Applet and source
4368             distribution</li>
4369         </ul></td>
4370       <td>
4371         <ul>
4372           <li>selected region output includes visible annotations
4373             (for certain formats)</li>
4374           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4375             for editing</li>
4376           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4377           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4378           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4379           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4380             comments</li>
4381           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4382             filenames containing a ':'</li>
4383           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4384             global sequence features</li>
4385           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4386             references from alignment sequences goes to zero</li>
4387           <li>Close of tree branch colour box without colour
4388             selection causes cascading exceptions</li>
4389           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4390           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4391             file parsing fails.</li>
4392           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4393           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4394             not a valid output format</li>
4395           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4396             vamsas</li>
4397           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4398           <li>error messages passed up and output when data read
4399             fails</li>
4400           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4401             sequence is edited</li>
4402           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4403             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4404           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4405             filetype</li>
4406           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4407             import fixed for PFAM records</li>
4408           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4409             window list</li>
4410           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4411             can be read and written correctly to annotation file</li>
4412           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4413             correctly</li>
4414           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4415             non-italic font for representatives in Applet</li>
4416           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4417             Macs.</li>
4418           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4419             Applet)</li>
4420           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4421             due to null pointer exceptions</li>
4422           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4423             first column of alignment</li>
4424           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4425             July 2008</li>
4426           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4427             file is case-insensitive</li>
4428           <li>Sequence features read from Features file appended to
4429             all sequences with matching IDs</li>
4430           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4431             containing a sub-sequence</li>
4432           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4433           <li>feature and annotation file applet parameters
4434             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4435           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4436           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4437             splash-screen version check to complete</li>
4438           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4439             when passing them to the launchApp service</li>
4440           <li>display name and local features preserved in results
4441             retrieved from web service</li>
4442           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4443             sequence fetcher initialisation</li>
4444           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4445             dasobert DAS client</li>
4446           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4447             association</li>
4448           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4449             sequences
4450           </li>
4451         </ul>
4452       </td>
4453     </tr>
4454     <tr>
4455       <td>
4456         <div align="center">
4457           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4458         </div>
4459       </td>
4460       <td>
4461         <ul>
4462           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4463           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4464           <li>Slide sequences</li>
4465           <li>Edit sequence in place</li>
4466           <li>EMBL CDS features</li>
4467           <li>DAS Feature mapping</li>
4468           <li>Feature ordering</li>
4469           <li>Alignment Properties</li>
4470           <li>Annotation Scores</li>
4471           <li>Sort by scores</li>
4472           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4478           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4479           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4480           <li>Feature group display state in XML</li>
4481           <li>Feature ordering in XML</li>
4482           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4483           <li>Stockholm alignment properties</li>
4484           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4485           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4486           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4487           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4488         </ul>
4489       </td>
4490
4491     </tr>
4492     <tr>
4493       <td>
4494         <div align="center">
4495           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4496         </div>
4497       </td>
4498       <td>
4499         <ul>
4500           <li>Non standard characters can be read and displayed
4501           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4502             applet via textbox
4503           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4504             name &amp; description
4505           <li>Preference setting to display sequence name in
4506             italics
4507           <li>Annotation file format extended to allow
4508             Sequence_groups to be defined
4509           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4510             specified in preferences
4511           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4512             sequences
4513         </ul>
4514       </td>
4515       <td>
4516         <ul>
4517           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4518             installed
4519           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4520           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4521         </ul>
4522       </td>
4523     </tr>
4524     <tr>
4525       <td>
4526         <div align="center">
4527           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4528         </div>
4529       </td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>Multiple views on alignment
4533           <li>Sequence feature editing
4534           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4535           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4536           <li>Background dependent text colour
4537           <li>Right align sequence ids
4538           <li>User-defined lower case residue colours
4539           <li>Format Menu
4540           <li>Select Menu
4541           <li>Menu item accelerator keys
4542           <li>Control-V pastes to current alignment
4543           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4544           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4545           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4546
4547           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4548         </ul>
4549       </td>
4550       <td>
4551         <ul>
4552           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4553           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4554             calculations
4555           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4556             edits
4557           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4558             of alignment)
4559           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4560
4561           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4562             display correctly
4563           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4564           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4565             analysis results
4566           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4567             &#8739;
4568           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4569           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4570           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4571
4572         </ul>
4573       </td>
4574     </tr>
4575     <tr>
4576       <td>
4577         <div align="center">
4578           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4579         </div>
4580       </td>
4581       <td>
4582         <ul>
4583           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4584         </ul>
4585       </td>
4586       <td>
4587         <ul>
4588           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4589             sequence id panel has been resized</li>
4590           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4591             rendered</li>
4592           <li>Annotation files with sequence references - all
4593             elements in file are relative to sequence position</li>
4594           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4595         </ul>
4596       </td>
4597     </tr>
4598     <tr>
4599       <td>
4600         <div align="center">
4601           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4602         </div>
4603       </td>
4604       <td>
4605         <ul>
4606           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4607           <li>DAS Feature fetching</li>
4608           <li>Hide sequences and columns</li>
4609           <li>Export Annotations and Features</li>
4610           <li>GFF file reading / writing</li>
4611           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4612             files</li>
4613           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4614           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4615           <li>Applet can launch the full application</li>
4616           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4617             required)</li>
4618           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4619           <li>Applet can load sequences from parameter
4620             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4621           </li>
4622         </ul>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4627           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4628           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4629         </ul>
4630       </td>
4631     </tr>
4632     <tr>
4633       <td>
4634         <div align="center">
4635           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4636         </div>
4637       </td>
4638       <td>
4639         <ul>
4640           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4641           <li>Choose to match case when searching</li>
4642           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4643             expand the visible width and height of the alignment</li>
4644         </ul>
4645       </td>
4646       <td>
4647         <ul>
4648           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4649         </ul>
4650       </td>
4651     </tr>
4652     <tr>
4653       <td>
4654         <div align="center">
4655           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4656         </div>
4657       </td>
4658       <td>&nbsp;</td>
4659       <td>
4660         <ul>
4661           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4662           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4663             value</li>
4664         </ul>
4665       </td>
4666     </tr>
4667     <tr>
4668       <td>
4669         <div align="center">
4670           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4671         </div>
4672       </td>
4673       <td>
4674         <ul>
4675           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4676           <li>Keyboard editing</li>
4677           <li>Create sequence features from searches</li>
4678           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4679             alignments</li>
4680           <li>Features file allows grouping of features</li>
4681           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4682           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4683           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4684         </ul>
4685       </td>
4686       <td>
4687         <ul>
4688           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4689           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4690             descriptions saved.</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693     </tr>
4694     <tr>
4695       <td>
4696         <div align="center">
4697           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4698         </div>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4703           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4704           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4705             name for file output</li>
4706           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4707           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4708             used for HTML form input</li>
4709         </ul>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>HTML output writes groups and features</li>
4714           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4715           <li>File IO bugs</li>
4716         </ul>
4717       </td>
4718     </tr>
4719     <tr>
4720       <td>
4721         <div align="center">
4722           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4723         </div>
4724       </td>
4725       <td>
4726         <ul>
4727           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4728           <li>More options for PCA viewer</li>
4729         </ul>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>GUI bugs resolved</li>
4734           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4735         </ul>
4736       </td>
4737     </tr>
4738     <tr>
4739       <td height="63">
4740         <div align="center">
4741           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4742         </div>
4743       </td>
4744       <td>
4745         <ul>
4746           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4747           <li>Jar files are executable</li>
4748           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4749         </ul>
4750       </td>
4751       <td>
4752         <ul>
4753           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4754           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4755           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4756         </ul>
4757       </td>
4758     </tr>
4759     <tr>
4760       <td>
4761         <div align="center">
4762           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4763         </div>
4764       </td>
4765       <td>
4766         <ul>
4767           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4768         </ul>
4769       </td>
4770       <td>
4771         <ul>
4772           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4773         </ul>
4774       </td>
4775     </tr>
4776     <tr>
4777       <td>
4778         <div align="center">
4779           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4780         </div>
4781       </td>
4782       <td>
4783         <ul>
4784           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4785             size</li>
4786         </ul>
4787       </td>
4788       <td>
4789         <ul>
4790           <li>Improved JPred client reliability</li>
4791           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4792         </ul>
4793       </td>
4794     </tr>
4795     <tr>
4796       <td>
4797         <div align="center">
4798           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4799         </div>
4800       </td>
4801       <td>
4802         <ul>
4803           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4804           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4805           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4806             to Colour Menu</li>
4807           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4808           <li>Unix users can set default web browser</li>
4809           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4810           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4811         </ul>
4812       </td>
4813       <td>
4814         <ul>
4815           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4816         </ul>
4817       </td>
4818     </tr>
4819     <tr>
4820       <td>
4821         <div align="center">
4822           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4823         </div>
4824       </td>
4825       <td>&nbsp;</td>
4826       <td>
4827         <ul>
4828           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4829             alignment order.</li>
4830         </ul>
4831       </td>
4832     </tr>
4833     <tr>
4834       <td>
4835         <div align="center">
4836           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4837         </div>
4838       </td>
4839       <td>
4840         <ul>
4841           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4842           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4843           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4844             annotations.</li>
4845           <li>Version and build date written to build properties
4846             file.</li>
4847           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4848             at launch of Jalview.</li>
4849         </ul>
4850       </td>
4851       <td>
4852         <ul>
4853           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4854           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4855           <li>Can remove groups one by one.</li>
4856           <li>Filechooser icons installed.</li>
4857           <li>Finder ignores return character when searching.
4858             Return key will initiate a search.<br>
4859           </li>
4860         </ul>
4861       </td>
4862     </tr>
4863     <tr>
4864       <td>
4865         <div align="center">
4866           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4867         </div>
4868       </td>
4869       <td>
4870         <ul>
4871           <li>New codebase</li>
4872         </ul>
4873       </td>
4874       <td>&nbsp;</td>
4875     </tr>
4876   </table>
4877   <p>&nbsp;</p>
4878 </body>
4879 </html>