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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>16/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- -->
  66           </li>
  67         </ul> <em>Release processes</em>
  68         <ul>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  71           </li>
  72         </ul> <em>Build System</em>
  73         <ul>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
  79             report
  80           </li>
  81         </ul> <em>Deprecations</em>
  82       </td>
  83       <td align="left" valign="top">
  84         <ul>
  85           <li>
  86             <!-- -->
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- -->
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- -->
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
  96             ID fails with ClassCastException
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 100             Project
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 104             feature settings dialog also selects columns
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 108             IllegalArgumentException in some circumstances
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 112             help documentation for 2.11.0 release
 113           </li>
 114         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 115         <ul>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 118           </li>
 119         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 120         <ul>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 123             repository
 124           </li>
 125         </ul>
 126       </td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td width="60" align="center" nowrap>
 130           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 131             <em>04/07/2019</em></strong>
 132       </td>
 133       <td align="left" valign="top">
 134         <ul>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 137             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 138             source project) rather than InstallAnywhere
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 142             settings, receive over the air updates and launch specific
 143             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 144               Rings' GetDown</a>)
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 148             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 152             arguments and switch between different getdown channels
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 156             or alignment files
 157           </li>
 158
 159           <li>
 160             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 161             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 164             'Translate as cDNA'</li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 167           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 168             <ul>
 169                       <li>
 170             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 171             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 172           <li>
 173                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 174                 features can be filtered and shaded according to any
 175                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 176                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 177                 file)
 178               </li>
 179               <li>
 180                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 181                 stored and restored from Jalview Projects
 182               </li>
 183               <li>
 184                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 185                 recognise variant features
 186               </li>
 187               <li>
 188                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 189                 sequences (also coloured red by default)
 190               </li>
 191               <li>
 192                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 193                 details
 194               </li>
 195               <li>
 196                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 197                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 198               </li>
 199               <li>
 200                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 201                 dialog
 202               </li>
 203             </ul>
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 207             tree and PCA calculations
 208           </li>
 209           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 210             <ul>
 211               <li>
 212                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 213                 and Viewer state saved in Jalview Project
 214               </li>
 215               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 216                 drop-down menus</li>
 217               <li>
 218                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 219                 incrementally
 220               </li>
 221               <li>
 222                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 223               </li>
 224             </ul>
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 228           </li>
 229           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 230           <ul>
 231               <li>
 232                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 233                 multiple groups when working with large alignments
 234               </li>
 235               <li>
 236                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 237                 Stockholm files
 238               </li>
 239             </ul>
 240           <li><strong>User Interface</strong>
 241           <ul>
 242               <li>
 243                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 244                 view
 245               </li>
 246               <li>
 247                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 248                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 249                 default (can be changed in user preferences)
 250               </li>
 251               <li>
 252                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 253                 to the Overwrite Dialog
 254               </li>
 255               <li>
 256                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 257                 sequences are hidden
 258               </li>
 259               <li>
 260                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 261                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 262               </li>
 263               <li>
 264                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 265                 labels
 266               </li>
 267               <li>
 268                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 269                 when in wrapped mode
 270               </li>
 271               <li>
 272                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 273                 annotation
 274               </li>
 275               <li>
 276                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 277               </li>
 278               <li>
 279                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 280                 panel
 281               </li>
 282               <li>
 283                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 284                 popup menu
 285               </li>
 286               <li>
 287               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 288               <li>
 289               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 290
 291
 292             </ul></li>
 293             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 294           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 295             <ul>
 296               <li>
 297                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 298                 trapping CMD-Q
 299               </li>
 300             </ul></li>
 301         </ul>
 302         <em>Deprecations</em>
 303         <ul>
 304           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 305             capabilities removed from the Jalview Desktop
 306           </li>
 307           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 308             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 309             and XML based data retrieval clients</li>
 310           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 311           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 312         </ul> <em>Documentation</em>
 313         <ul>
 314           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 315             not supported in EPS figure export
 316           </li>
 317           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 318         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 319         <ul>
 320           <li>
 321           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 322           </li>
 323       <li>
 324       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 325           <li>
 326           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 327             gradle-eclipse
 328           </li>
 329           <li>
 330           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 331             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 332             execution
 333           </li>
 334           <li>
 335           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 336             operations
 337           </li>
 338           <li>
 339           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 340             issues resolved
 341           </li>
 342           <li>
 343           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 344             markdown (with HTML rendering)
 345           </li>
 346           <li>
 347           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 348           </li>
 349           <li>
 350           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 351             versions of Jalview
 352           </li>
 353         </ul>
 354       </td>
 355       <td align="left" valign="top">
 356         <ul>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 362             superposition in Jmol fail on Windows
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 366             structures for sequences with lots of PDB structures
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 370             monospaced font
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 374             project involving multiple views
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 378             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 379             Annotation dialog hides columns
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 383             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 384             one view, then making another selection in the other view
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 388             columns
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 392             Settings and Jalview Preferences panels
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 396             overview with large alignments
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 400             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 401             mouse moved to the left of the first column
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 405             hidden column marker via scale popup menu
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 409             doesn't tell users the invalid URL
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 413             score from view
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 417             show cross references or Fetch Database References are shown in
 418             red in original view
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 422             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 426             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 430             when columns are hidden
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 434             Columns by Annotation description
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 438             out of Scale or Annotation Panel
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 442             scale panel
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 446             alignment down
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 450             scale panel
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 454             Page Up in wrapped mode
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 464             on opening an alignment
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 468             Colour menu
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 472             different groups in the alignment are selected
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 476             correctly in menu
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 480             threshold limit
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 484             threshold gets 'unrounded'
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 488             colour
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 498             Tree font
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 502             project file
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 506             shown in complementary view
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 510             without normalisation
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 514             of report
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 518           </li>
 519           <li>
 520           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 521           </li>
 522         </ul> <em>Editing</em>
 523         <ul>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 526             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 527             sequence
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 531             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 532             removed (Known defect since 2.10)
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 536             dialog corrupts dataset sequence
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 540             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 541           </li>
 542         </ul> <em>Datamodel</em>
 543         <ul>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 546             sequence's End is greater than its length
 547           </li>
 548         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 549           general release)</em>
 550         <ul>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 553           </li>
 554         </ul> <em>New Known Defects</em>
 555         <ul>
 556         <li>
 557         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 558         </li>
 559         <li>
 560           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 561           regions of protein alignment.
 562         </li>
 563         <li>
 564           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 565           is restored from a Jalview 2.11 project
 566         </li>
 567         <li>
 568           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 569           'New View'
 570         </li>
 571         <li>
 572           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 573           columns within hidden columns
 574         </li>
 575         <li>
 576           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 577           window after dragging left to select columns to left of visible
 578           region
 579         </li>
 580         <li>
 581           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 582           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 583           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 584           create a Score filter instead.
 585         </li>
 586         <li>
 587         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 588         <li>
 589         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 590         </li>
 591         <li>
 592           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 593           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 594         </li>
 595         </ul>
 596         <em>Java 11 Specific defects</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 600               alphabetically when saved
 601             </li>
 602         </ul>
 603       </td>
 604     </tr>
 605     <tr>
 606     <td width="60" nowrap>
 607       <div align="center">
 608         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 609       </div>
 610     </td>
 611     <td><div align="left">
 612         <em></em>
 613         <ul>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 616               InstallAnywhere increased to 1G.
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 620               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 621               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 622                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 623                 properties file.</em>
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 627               API and sequence data now imported as JSON.
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 631               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 632               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 633               property.
 634             </li>
 635           </ul>
 636           <em>Development</em>
 637           <ul>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 640               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 641                 Clover</a>
 642             </li>
 643           </ul>
 644         </div></td>
 645     <td><div align="left">
 646         <em></em>
 647         <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 650               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 651               alignment.
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 655               annotation displayed.
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 659               for newly created group when 'Apply to all groups'
 660               selected
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 664               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 665               visible.
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 669               when sequences are selected in exported view.</em>
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 673               aren't rendered with correct colour.
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 677               types of knotted RNA secondary structure.
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 681               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 682               do not start at 1.
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 686               annotation when columns are inserted into an alignment,
 687               and when exporting as Stockholm flatfile.
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 691               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 692               treated as RNA secondary structure.
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 696               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 700               transfers focus to previous window on OSX
 701             </li>
 702           </ul>
 703           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 707               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 708               box.
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 712               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 713               'look and feel' which has improved compatibility with the
 714               latest version of OSX.
 715             </li>
 716           </ul>
 717         </div>
 718     </td>
 719     </tr>
 720     <tr>
 721       <td width="60" nowrap>
 722         <div align="center">
 723           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 724             <em>7/06/2018</em></strong>
 725         </div>
 726       </td>
 727       <td><div align="left">
 728           <em></em>
 729           <ul>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 732               annotation retrieved from Uniprot
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 736               onto the Jalview Desktop
 737             </li>
 738           </ul>
 739         </div></td>
 740       <td><div align="left">
 741           <em></em>
 742           <ul>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 745               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 749               right-hand column parsed correctly
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 753               not alignment area in exported graphic
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 757               window has input focus
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 761               annotation added to view (Windows)
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 765               network connectivity is poor
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 769               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 770                 the currently open URL and links from a page viewed in
 771                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 772                 you are using Edge, only links in the page can be
 773                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 774                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 775             </li>
 776           </ul>
 777           <em>New Known Defects</em>
 778           <ul>
 779             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 780           </ul>
 781         </div></td>
 782     </tr>
 783     <tr>
 784       <td width="60" nowrap>
 785         <div align="center">
 786           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 787         </div>
 788       </td>
 789       <td><div align="left">
 790           <em></em>
 791           <ul>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 794               for disabling automatic superposition of multiple
 795               structures and open structures in existing views
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 799               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 800               adjust them.
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 804               Ensembl services
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 808               and lots of hidden columns
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 812               of features (particularly when transparency is disabled)
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 816               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 817               generally available
 818             </li>
 819           </ul>
 820           </div>
 821       </td>
 822       <td><div align="left">
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 826               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 830               overlapping alignment panel
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 834               sequence as gaps
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 838               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 839               UTR
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 843               factor annotation not added to sequence when local PDB
 844               file associated with it by drag'n'drop or structure
 845               chooser
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 849               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 853               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 857               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 861               columns in annotation row
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 865               honored in batch mode
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 869               for structures added to existing Jmol view
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 873               entries after importing project with multiple views
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 877               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 878               with negative residue numbers or missing residues fails
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 882               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 883               as generated by CONSURF)
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 887               tooltip doesn't include a text description of mutation
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 891               structure and/or overview windows are also shown
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 895               very slow for alignments with large numbers of sequences
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 899               with 'StringIndexOutOfBounds'
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 903               platforms running Java 10
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 907               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 908             </li>
 909           </ul>
 910           <em>Applet</em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 914               should copy the group consensus when popup is opened on it
 915             </li>
 916           </ul>
 917           <em>Batch Mode</em>
 918           <ul>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 921           </li>
 922           </ul>
 923           <em>New Known Defects</em>
 924           <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 927               editing a large alignment and overview is displayed
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 931               repeatedly after a series of edits even when the overview
 932               is no longer reflecting updates
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 936               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 937               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 938               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 942               option gives blank output
 943             </li>
 944           </ul>
 945         </div>
 946           </td>
 947     </tr>
 948     <tr>
 949       <td width="60" nowrap>
 950         <div align="center">
 951           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 952         </div>
 953       </td>
 954       <td><div align="left">
 955           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 956               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 957       <td><div align="left">
 958           <em>Desktop</em><ul>
 959           <ul>
 960             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 961             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 962             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 963             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 964             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 965             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 966             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 967           </ul>
 968           </div>
 969       </td>
 970     </tr>
 971     <tr>
 972       <td width="60" nowrap>
 973         <div align="center">
 974           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 975         </div>
 976       </td>
 977       <td><div align="left">
 978           <em></em>
 979           <ul>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 982               rendering of sequence features
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 986               429 rate limit request hander
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 990               their colours have changed
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 994               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 998               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1002               view from Ensembl locus cross-references
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1006               Alignment report
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1010               feature can be disabled
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1014               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1018               Uniprot
1019             </li>
1020           </ul>
1021           <em>Scripting</em>
1022           <ul>
1023             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1024             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1025               percent identity scores for current alignment.</li>
1026           </ul>
1027           <em>Testing and Deployment</em>
1028           <ul>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1031             </li>
1032           </ul>
1033         </div></td>
1034       <td><div align="left">
1035           <em>General</em>
1036           <ul>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1039               threshold text field doesn't trigger an update to the
1040               alignment view
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1044               strings in parallel
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1048               alignment window is closed
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1052               group visibility
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1056               takes a long time in Cursor mode
1057             </li>
1058           </ul>
1059           <em>Desktop</em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1063               cannot be viewed in Chimera
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1067               CDS/Protein view
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1071               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1072               Search Dialogs
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1082               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1086               scrolling right in unwapped alignment view
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1090               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1091               database
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1095               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1099               features of same type and group to be selected for
1100               amending
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1104               alignments when hidden columns are present
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1108               displaying several structures
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1112               moving a window
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1116               within the Jalview desktop on OSX
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1120               when in wrapped alignment mode
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1124               hand end of alignment
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1128               each selected sequence do not have correct start/end
1129               positions
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1133               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1137               restoring project until a new view is created
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1141               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1142               configured (since 2.10.2b2)
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1146               position is adjusted
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1150               in a multi-chain structure when viewing alignment
1151               involving more than one chain (since 2.10)
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1155               if new selection moves alignment window
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1159               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1163               that produces correctly annotated transcripts and products
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1167               doesn't update associated structure view
1168             </li>
1169           </ul>
1170           <em>Applet</em><br />
1171           <ul>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1174               closing alignment panel
1175             </li>
1176           </ul>
1177           <em>BioJSON</em><br />
1178           <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1181               non-positional features
1182             </li>
1183           </ul>
1184           <em>New Known Issues</em>
1185           <ul>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1188               sequence features correctly (for many previous versions of
1189               Jalview)
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1193               using cursor in wrapped panel other than top
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1197               graduated colour threshold
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1201               always preserve numbering and sequence features
1202             </li>
1203           </ul>
1204           <em>Known Java 9 Issues</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1208               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1209               9.01, OSX 10.10)
1210             </li>
1211           </ul>
1212         </div></td>
1213     </tr>
1214     <tr>
1215       <td width="60" nowrap>
1216         <div align="center">
1217           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1218             <em>2/10/2017</em></strong>
1219         </div>
1220       </td>
1221       <td><div align="left">
1222           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1223           <ul>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1226             </li>
1227             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1228             </li>
1229           </ul>
1230         </div></td>
1231       <td><div align="left">
1232         </div></td>
1233     </tr>
1234     <tr>
1235       <td width="60" nowrap>
1236         <div align="center">
1237           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1238             <em>7/9/2017</em></strong>
1239         </div>
1240       </td>
1241       <td><div align="left">
1242           <em></em>
1243           <ul>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1246               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1247               white)
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1251               Preferences
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1255               in size and progress bar shown as higher resolution
1256               overview is recalculated
1257             </li>
1258
1259           </ul>
1260         </div></td>
1261       <td><div align="left">
1262           <em></em>
1263           <ul>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1266               column region row by row
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1270               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1274               format setting is unticked
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1278               if group has show boxes format setting unticked
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1282               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1283               include sequences and columns not currently displayed
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1287               assemblies are imported via CIF file
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1291               displayed when threshold or conservation colouring is also
1292               enabled.
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1296               server version
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1300               dragging a selected region off the visible region of the
1301               alignment
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1305               colourscheme to all groups in a view
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1309               initially after font size change using the Font chooser or
1310               middle-mouse zoom
1311             </li>
1312           </ul>
1313         </div></td>
1314     </tr>
1315     <tr>
1316       <td width="60" nowrap>
1317         <div align="center">
1318           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1319         </div>
1320       </td>
1321       <td><div align="left">
1322           <em>Calculations</em>
1323           <ul>
1324
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1327               ungapped positions in each column of the alignment.
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1331               a calculation dialog box
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1335               and memory efficiency (~30x faster)
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1339               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1340               and other calculations
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1344               files within the Jalview codebase
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1348               Similarity may have different topology due to increased
1349               precision
1350             </li>
1351           </ul>
1352           <em>Rendering</em>
1353           <ul>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1356               model for alignments and groups
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1360               scripts
1361             </li>
1362           </ul>
1363           <em>Overview</em>
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1367               with alignment and overview windows
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1371               overview
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1375               omitted in Overview
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1379               adjustment of visible position
1380             </li>
1381           </ul>
1382
1383           <em>Data import/export</em>
1384           <ul>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1387               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1391               annotation input/output via stockholm flatfile
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1395               extension when importing structure files without embedded
1396               names or PDB accessions
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1400               format sequence substitution matrices
1401             </li>
1402           </ul>
1403           <em>User Interface</em>
1404           <ul>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1407               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1408               the application.
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1412               via Overview or sequence motif search operations
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1416               opened by double clicking gaps within sequence feature
1417               extent
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1421               aligned positions were available to create a 3D structure
1422               superposition.
1423             </li>
1424           </ul>
1425           <em>3D Structure</em>
1426           <ul>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1429               coloured in linked structure views
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1433               file-based command exchange
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1437               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1438               structures are already available for sequences
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1442               the Jalview project rather than downloaded again when the
1443               project is reopened.
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1447               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1448               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1449                 Feature</strong>)
1450             </li>
1451           </ul>
1452           <em>Web Services</em>
1453           <ul>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1459               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1460               Analysis services
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1464               cross-references provided by identifiers.org and the
1465               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1466             </li>
1467           </ul>
1468
1469           <em>Scripting</em>
1470           <ul>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1473               identifying file formats (instead of String constants)
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1477               efficiency when counting all displayed features (not
1478               backwards compatible with 2.10.1)
1479             </li>
1480           </ul>
1481           <em>Example files</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1485               included in the example feature file
1486             </li>
1487           </ul>
1488           <em>Documentation</em>
1489           <ul>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1492               with the built-in Java help viewer
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1496               sequence description' option
1497             </li>
1498           </ul>
1499           <em>Test Suite</em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1503               Uniprot REST Free Text Search Client
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1510               during tests
1511             </li>
1512           </ul>
1513         </div></td>
1514       <td><div align="left">
1515           <em>Calculations</em>
1516           <ul>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1519               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1520               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1521             </li>
1522             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1523               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1524               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1525               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1526               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1527               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1528               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1529               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1530               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1531               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1532               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1533               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1534               // for 2.10.1 mode <br />
1535               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1536               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1537                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1538                 calculations (not recommended)</em></li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1541               scaling of branch lengths for trees computed using
1542               Sequence Feature Similarity.
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1546               generating output report when working with highly
1547               redundant alignments
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1551               right of selected region when gaps present on right-hand
1552               boundary
1553             </li>
1554           </ul>
1555           <em>User Interface</em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1559               doesn't reselect a specific sequence's associated
1560               annotation after it was used for colouring a view
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1564               opened on a region of alignment without groups
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1568               of an alignment with overlapping groups
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1572               name and description match
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1576               hidden regions results in incorrect hidden regions
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1580               changing colour does not apply Conservation slider value
1581               to all groups
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1585               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1589               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1593               gaps before start of features
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1597               restored to UI when feature colour is edited
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1601               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1605               as graduate feature colour settings are modified via the
1606               dialog box
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1610               when a group defined on the alignment is resized
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1614               wrapped view result in positional status updates
1615             </li>
1616
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1619               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1623               alignment included gapped columns
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1627               widgets don't permanently disappear
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1631               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1632               T-Coffee column reliability scores)
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1636               sequence feature on gaps only
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1640               button from a Find inherit previously defined feature type
1641               rather than the Find query string
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1645               exporting tree calculated in Jalview
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1649               and then revealing them reorders sequences on the
1650               alignment
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1654               doesn't update to reflect available set of groups after
1655               interactively adding or modifying features
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1659               Linux
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1663               only excluded gaps in current sequence and ignored
1664               selection.
1665             </li>
1666           </ul>
1667           <em>Rendering</em>
1668           <ul>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1671               erratically when hidden rows or columns are present
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1675               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1676               sequence colouring
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1680               colour and group colour menu for protein alignments
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1684               reflect currently selected view or group's shading
1685               thresholds
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1689               when rendered on overview and structures when opacity at
1690               100%
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1694               overview when features overlaid on alignment
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1698               recovered correctly from Jalview project file
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1702               (automatically via preferences) are different to the main
1703               alignment panel
1704             </li>
1705           </ul>
1706           <em>Data import/export</em>
1707           <ul>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1710               load
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1714               added after a sequence was imported are not written to
1715               Stockholm File
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1719               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1723               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1727               with lightGray or darkGray via features file (but can
1728               specify lightgray)
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1732               when alignment view imported from project
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1736               structure and sequences extracted from structure files
1737               imported via URL and viewed in Jmol
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1741               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1742               the project is loaded and the structure viewed
1743             </li>
1744           </ul>
1745           <em>Web Services</em>
1746           <ul>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1749               release of Ensembl v.88
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1753               appear enabled in Preferences->Connections
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1757               removed from console output
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1761               Ensembl by Peptide ID
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1765               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1766               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1767               due to 'null' string rather than empty string used for
1768               residues with no corresponding PDB mapping).
1769             </li>
1770           </ul>
1771           <em>Application UI</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1775               menu
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1779               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1780               new documentation and tooltips added)
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1784               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1788               new features are added to alignment
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1792               changes to feature colours via the Amend features dialog
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1796               edit graduated feature colour via amend features dialog
1797               box
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1801               selection menu changes colours of alignment views
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1805               from alignment calculation workers after alignment has
1806               been closed
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1810               groups now 'Create Group'
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1814               Create/Undefine group doesn't always work
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1818               shown again after pressing 'Cancel'
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1822               adjusts start position in wrap mode
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1826               ambiguous amino acids
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1830               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1831               proteins
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1835               Defined' don't appear in Colours menu
1836             </li>
1837           </ul>
1838           <em>Applet</em>
1839           <ul>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1842               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1846               overview or linked structure view
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1850               work (since 2.8)
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1854               user-defined colourscheme doesn't restore original
1855               colourscheme
1856             </li>
1857           </ul>
1858           <em>Test Suite</em>
1859           <ul>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1862               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1866               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1867               problems with deep array comparison equality asserts in
1868               successive versions of TestNG
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1872               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1873             </li>
1874           </ul>
1875           <em>New Known Issues</em>
1876           <ul>
1877             <li>
1878               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1879               phase after a sequence motif find operation
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1883               containing just upper and lower case letters are
1884               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1888               reliably from eggnog Ortholog database
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1892               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1893               to mark columns containing highlighted regions.
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1897               doesn't always add secondary structure annotation.
1898             </li>
1899           </ul>
1900         </div>
1901     <tr>
1902       <td width="60" nowrap>
1903         <div align="center">
1904           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1905         </div>
1906       </td>
1907       <td><div align="left">
1908           <em>General</em>
1909           <ul>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1912               for all consensus calculations
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1916               3rd Oct 2016)
1917             </li>
1918             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1919               for 2016-2017</li>
1920           </ul>
1921           <em>Application</em>
1922           <ul>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1925               set of database cross-references, sorted alphabetically
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1929               from database cross references. Users with custom links
1930               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1931                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1935               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1936               Chimera session
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1940               the Chimera it is connected to is shut down
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1944               columns menu item to mark columns containing highlighted
1945               regions (e.g. from structure selections or results of a
1946               Find operation)
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1950               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1951               MSAviewer
1952             </li>
1953           </ul>
1954         </div></td>
1955       <td>
1956         <div align="left">
1957           <em>General</em>
1958           <ul>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1961               are not coloured or thresholded according to percent
1962               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1966               hydrophobic
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1970               threshold, amino acid properties)
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1974               reported as mapped to residues in a structure file in the
1975               View Mapping report
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1979               could be added multiple times to a sequence
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1983               bond features shown as two highlighted residues rather
1984               than a range in linked structure views, and treated
1985               correctly when selecting and computing trees from features
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1989               cross-references are matched to database name regardless
1990               of case
1991             </li>
1992
1993           </ul>
1994           <em>Application</em>
1995           <ul>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1998               names without regular expressions also offer links from
1999               Sequence ID
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2003               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2004               update Jalview configuration
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2008               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2012               files with similarly named sequences if dropped onto the
2013               alignment
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2017               entries where more chains exist in the PDB accession than
2018               are reported in the SIFTS file
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2022               the structure view when displayed with Chimera
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2026               panel's View->Show Chains submenu
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2030               work for wrapped alignment views
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2034               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2038               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2039               first annotation row
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2043               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2047               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2048             </li>
2049             <!-- JAL-2319 -->
2050             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2051             coordindate data
2052             </li>
2053           </ul>
2054           <!--           <em>New Known Issues</em>
2055           <ul>
2056             <li></li>
2057           </ul> -->
2058         </div>
2059       </td>
2060     </tr>
2061     <td width="60" nowrap>
2062       <div align="center">
2063         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2064           <em>25/10/2016</em></strong>
2065       </div>
2066     </td>
2067     <td><em>Application</em>
2068       <ul>
2069         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2070           view if structures already loaded</li>
2071         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2072           structure views</li>
2073       </ul></td>
2074     <td>
2075       <div align="left">
2076         <em>General</em>
2077         <ul>
2078           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2079             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2080           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2081             example sequences/projects/trees</li>
2082         </ul>
2083         <em>Application</em>
2084         <ul>
2085           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2086             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2087           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2088             without timeout for structures with multiple models or
2089             multiple sequences in alignment</li>
2090           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2091             PDB ID HEADER line</li>
2092           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2093             is performed</li>
2094           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2095             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2096           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2097           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2098             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2099             option</li>
2100           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2101             is created on the alignment</li>
2102           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2103             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2104             pop-up menu</li>
2105         </ul>
2106         <em>Build and deployment</em>
2107         <ul>
2108           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2109             tags</li>
2110         </ul>
2111         <em>New Known Issues</em>
2112         <ul>
2113           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2114             on Windows</li>
2115         </ul>
2116       </div>
2117     </td>
2118     </tr>
2119     <tr>
2120       <td width="60" nowrap>
2121         <div align="center">
2122           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2123         </div>
2124       </td>
2125       <td><em>General</em>
2126         <ul>
2127           <li>
2128             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2129           </li>
2130           <li>
2131             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2132             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2133             better PDB parsing.
2134           </li>
2135           <li>
2136             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2137             reference sequence
2138           </li>
2139           <li>
2140             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2141             mousing over sequence associated annotation
2142           </li>
2143           <li>
2144             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2145             for manual entry
2146           </li>
2147           <li>
2148             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2149             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2150             for each column
2151           </li>
2152           <li>
2153             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2154             showing or hiding columns containing a feature
2155           </li>
2156           <li>
2157             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2158             group and sequence associated annotation labels
2159           </li>
2160           <li>
2161             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2162             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2163             dialogs
2164           </li>
2165
2166         </ul> <em>Application</em>
2167         <ul>
2168           <li>
2169             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2170             gene/transcript view
2171           </li>
2172           <li>
2173             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2174             dialog
2175           </li>
2176           <li>
2177             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2178             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2182             Pfam sources to xfam.org
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2186           </li>
2187           <li>
2188             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2189             over sequences in Jalview
2190           </li>
2191           <li>
2192             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2193             regions in ENA and EMBL
2194           </li>
2195           <li>
2196             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2197             for record retrieval via ENA rest API
2198           </li>
2199           <li>
2200             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2201             complement operator
2202           </li>
2203           <li>
2204             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2205             groovy script execution
2206           </li>
2207           <li>
2208             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2209             alignment window's Calculate menu
2210           </li>
2211           <li>
2212             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2213             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2217             calculation workers from groovy scripts
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2221             Jalview projects
2222           </li>
2223           <li>
2224             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2225             associations are now saved/restored from project
2226           </li>
2227           <li>
2228             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2229             before sequence fetcher is opened
2230           </li>
2231           <li>
2232             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2233             database chooser opens a sequence fetcher
2234           </li>
2235           <li>
2236             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2237             the UniProt REST API
2238           </li>
2239           <li>
2240             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2241             the news reader opening
2242           </li>
2243           <li>
2244             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2245             querying stored in preferences
2246           </li>
2247           <li>
2248             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2249             search results
2250           </li>
2251           <li>
2252             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2253           </li>
2254           <li>
2255             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2256             menu for nucleotide sequences
2257           </li>
2258           <li>
2259             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2260             and feature counts preserves alignment ordering (and
2261             debugged for complex feature sets).
2262           </li>
2263           <li>
2264             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2265             viewing structures with Jalview 2.10
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2269             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2270             Ensembl Genomes REST API
2271           </li>
2272           <li>
2273             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2274             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2275             (Ensembl)
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2279             sequences
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2283             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2284             data from external database records.
2285           </li>
2286           <li>
2287             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2288             efficient recovery of sequence coding and alignment
2289             annotation relationships.
2290           </li>
2291         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2292         <ul>
2293           <li>
2294             -- JAL---
2295           </li>
2296         </ul> --></td>
2297       <td>
2298         <div align="left">
2299           <em>General</em>
2300           <ul>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2303               menu on OSX
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2307               includes graduated colourschemes
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2311               working with big alignments and lots of hidden columns
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2315               at right of alignment window
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2319               contents
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2323               for DNA alignments
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2327               based tree calculation
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2331               unconserved enabled for group on alignment
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2335               set as reference
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2339               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2340               annotation
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2344               hidden columns present
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2348               user created annotation added to alignment
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2352               '()' base pair annotation
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2356               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2357               Consensus
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2361               feature not working
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2365               beginning of sequence
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2369               entry 3a6s
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2373               from a tree when t-coffee scores are shown
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2377               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2381               some structures
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2385               to Clustal, PIR and PileUp output
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2389               not visible causes alignment window to repaint
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2393               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2394               scores associated with features and annotation rows
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2398               calculation should be case independent
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2402               columns
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2406               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2407               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2411               problems when reference sequence defined and 'show
2412               non-conserved' enabled
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2416               load even when Consensus calculation is disabled
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2420               alignment does nothing
2421             </li>
2422           </ul>
2423           <em>Application</em>
2424           <ul>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2427               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2428               yet fixed for El Capitan)
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2432               output when running on non-gb/us i18n platforms
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2436               hidden sequences as flat-file alignment
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2440               launching Chimera
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2444               (also hotfix for 2.9.0b2)
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2448               reference sequence defined
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2452               alignments and views when revealing hidden columns
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2456               view in a cDNA/Protein splitframe
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2460               sequence from project when only one sequence is
2461               represented
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2465               in Structure Chooser
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2469               structure consensus didn't refresh annotation panel
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2473               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2477               dialogs format columns correctly, don't display array
2478               data, sort columns according to type
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2482               file chooser is cancelled during an image export
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2486               sequence name containing special characters
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2490               case insensitive
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2494               formatting don't wrap
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2498               truncated so L looks like I in consensus annotation
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2502               currently displayed features for the current selection or
2503               view
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2507               after fetching cross-references, and restoring from
2508               project
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2512               followed in the structure viewer
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2516               splitframe not restored from project
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2520               trailing end of protein alignment in transcript/product
2521               splitview when pad-gaps not enabled by default
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2525               is case dependent
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2529               article has been read (reopened issue due to
2530               internationalisation problems)
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2534               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2535               cross-references
2536             </li>
2537
2538             <li>
2539               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2540               alignment as HTML
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2544               multiple structures are shown for one or more sequences.
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2548               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2549               is enabled.
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2553               specific PDB id for sequence
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2557               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2558               columns' is disabled.
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2562               selects lowest rather than highest resolution structures
2563               for each sequence
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2567               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2571               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2575               after clicking on it to create new annotation for a
2576               column.
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2580               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2581             </li>
2582             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2583             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2584           </ul>
2585           <em>Applet</em>
2586           <ul>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2589               hidden columns present before start of sequence
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2593               (JSON jars)
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2597               sequences are hidden in applet
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2601               deployment on examples pages.
2602             </li>
2603           </ul>
2604         </div>
2605       </td>
2606     </tr>
2607     <tr>
2608       <td width="60" nowrap>
2609         <div align="center">
2610           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2611             <em>16/10/2015</em></strong>
2612         </div>
2613       </td>
2614       <td><em>General</em>
2615         <ul>
2616           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2617             jars</li>
2618         </ul></td>
2619       <td>
2620         <div align="left">
2621           <em>Application</em>
2622           <ul>
2623             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2624               shown when tree is partitioned</li>
2625             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2626               multiple cDNA/Protein split views</li>
2627           </ul>
2628         </div>
2629       </td>
2630     </tr>
2631     <tr>
2632       <td width="60" nowrap>
2633         <div align="center">
2634           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2635             <em>8/10/2015</em></strong>
2636         </div>
2637       </td>
2638       <td><em>General</em>
2639         <ul>
2640           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2641             2.9</li>
2642         </ul> <em>Application</em>
2643         <ul>
2644           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2645           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2646           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2647         </ul> <em>Applet</em>
2648         <ul>
2649           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2650         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2651         <ul>
2652           <li>
2653             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2654             suite
2655           </li>
2656         </ul></td>
2657       <td>
2658         <div align="left">
2659           <em>General</em>
2660           <ul>
2661             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2662               incorrect when sequence start > 1</li>
2663             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2664               documentation</li>
2665             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2666             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2667               loading a features file containing HTML tags in feature
2668               description</li>
2669
2670           </ul>
2671           <em>Application</em>
2672           <ul>
2673             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2674               reimport</li>
2675             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2676               with 'trim retrieved sequences'</li>
2677             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2678               deleting selected columns</li>
2679             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2680               JNLP templates for webstart launch</li>
2681             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2682               unreleased structures for download or viewing</li>
2683             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2684               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2685             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2686               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2687             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2688               recovered from jalview project</li>
2689             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2690               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2691               alignment view</li>
2692             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2693               color schemes from BioJSON</li>
2694           </ul>
2695           <em>Applet</em>
2696           <ul>
2697             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2698               frame</li>
2699             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2700           </ul>
2701         </div>
2702       </td>
2703     </tr>
2704     <tr>
2705       <td><div align="center">
2706           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2707         </div></td>
2708       <td><em>General</em>
2709         <ul>
2710           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2711             alignments:
2712             <ul>
2713               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2714                 and DNA alignment views</li>
2715               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2716                 cDNA alignment views</li>
2717               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2718                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2719               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2720                 protein sequences</li>
2721             </ul>
2722           </li>
2723           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2724           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2725             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2726           <li>New alignment annotation file statements for
2727             reference sequences and marking hidden columns</li>
2728           <li>Reference sequence based alignment shading to
2729             highlight variation</li>
2730           <li>Select or hide columns according to alignment
2731             annotation</li>
2732           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2733           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2734             acid conservation row</li>
2735           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2736         </ul> <em>Application</em>
2737         <ul>
2738           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2739             <ul>
2740               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2741                 view with cDNA/Protein</li>
2742               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2743                 sequences are placed in the same alignment</li>
2744               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2745                 projects</li>
2746             </ul>
2747           </li>
2748
2749           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2750           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2751             Jalview windows</li>
2752
2753           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2754           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2755           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2756             be shown in VARNA</li>
2757
2758           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2759             as the active selected region</li>
2760
2761           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2762             similarity</li>
2763           <li>New Export options
2764             <ul>
2765               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2766                 region export in flat file generation</li>
2767
2768               <li>Export alignment views for display with the <a
2769                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2770
2771               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2772               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2773                 alignment figures to HTML</li>
2774           </li>
2775           <li>3D structure retrieval and display
2776             <ul>
2777               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2778                 Search API</li>
2779               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2780                 PDB structures for a sequence set</li>
2781             </ul>
2782           </li>
2783
2784           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2785             predictions</li>
2786           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2787             for one or a group of sequences</li>
2788           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2789             from the JPred4 web server</li>
2790           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2791             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2792             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2793           </li>
2794           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2795             VARNA 2D Structure'</li>
2796           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2797             Structure ..."</li>
2798
2799         </ul> <em>Applet</em>
2800         <ul>
2801           <li>New layout for applet example pages</li>
2802           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2803             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2804           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2805             Protein alignments</li>
2806         </ul> <em>Development and deployment</em>
2807         <ul>
2808           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2809           <li>Include installation type and git revision in build
2810             properties and console log output</li>
2811           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2812             storing BioJsMSA Templates</li>
2813           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2814         </ul></td>
2815       <td>
2816         <!-- <em>General</em>
2817         <ul>
2818         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2819         <ul>
2820           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2821           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2822           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2823             predictions are not highlighted in amber</li>
2824           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2825             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2826           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2827             associated structure views</li>
2828           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2829             width checkbox not enabled</li>
2830           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2831             creating user defined colours</li>
2832           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2833             mappings for just that viewer's sequences</li>
2834           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2835             multiple models in Chimera</li>
2836           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2837             over Jmol structure</li>
2838           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2839             output to text box</li>
2840           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2841             have incorrect sequence start/end</li>
2842           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2843             Jalview fails</li>
2844           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2845             work for nucleotide</li>
2846           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2847             to a grey/invisible alignment window</li>
2848           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2849             imports to different position</li>
2850           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2851             on some platforms</li>
2852           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2853             populated</li>
2854           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2855             console if Chimera has been opened</li>
2856           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2857           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2858             retrieved</li>
2859           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2860           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2861             either sequence shows on first structure</li>
2862           <li>'Show annotations' options should not make
2863             non-positional annotations visible</li>
2864           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2865             in right place after 'view flanking regions'</li>
2866           <li>File Save As type unset when current file format is
2867             unknown</li>
2868           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2869             projects</li>
2870           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2871             responsive</li>
2872           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2873             several views on same alignment</li>
2874           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2875           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2876             spaces</li>
2877         </ul> <em>Applet</em>
2878         <ul>
2879           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2880           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2881             descriptions containing angle brackets</li>
2882         </ul> <em>General</em>
2883         <ul>
2884           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2885             via jalview annotation file</li>
2886           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2887             with RNA secondary structure</li>
2888           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2889             translation doesn't work.</li>
2890           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2891           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2892             positions</li>
2893           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2894             choosing 1pt font</li>
2895           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2896             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2897             'h'</li>
2898           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2899             new feature</li>
2900           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2901             order dependent</li>
2902           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2903             sequences</li>
2904           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2905         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2906         <ul>
2907           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2908             www.jalview.org</li>
2909         </ul> <em>Application Known issues</em>
2910         <ul>
2911           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2912           <li>Misleading message appears after trying to delete
2913             solid column.</li>
2914           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2915             version launches</li>
2916           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2917             fails with a sequence mismatch</li>
2918           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2919             scrolling alignment to right</li>
2920           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2921             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2922           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2923             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2924           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2925             ultra-high resolution</li>
2926           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2927             quality and conservation</li>
2928           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2929             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2930         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2931         <ul>
2932           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2933           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2934             window is being resized</li>
2935
2936         </ul>
2937       </td>
2938     </tr>
2939     <tr>
2940       <td><div align="center">
2941           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2942         </div></td>
2943       <td><em>General</em>
2944         <ul>
2945           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2946             Certum.PL.</li>
2947           <li>Features and annotation preserved when performing
2948             pairwise alignment</li>
2949           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2950             imported/exported/displayed</li>
2951           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2952             protein secondary structure</li>
2953           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2954               post-hoc with 2.9 release</em>)
2955           </li>
2956
2957         </ul> <em>Application</em>
2958         <ul>
2959           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2960             with 3D structures</li>
2961           <li>Support for parsing RNAML</li>
2962           <li>Annotations menu for layout
2963             <ul>
2964               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2965               <li>place sequence annotation above/below alignment
2966                 annotation</li>
2967             </ul>
2968           <li>Output in Stockholm format</li>
2969           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2970             translation</li>
2971           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2972           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2973             shared between alignments</li>
2974           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2975             Jalview</li>
2976           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2977             all or current selection</li>
2978           <li>disorder and secondary structure predictions
2979             available as dataset annotation</li>
2980           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2981
2982
2983           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2984             alignments from Rfam</li>
2985           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2986
2987           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2988             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2989           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2990           <li>include installation type in build properties and
2991             console log output</li>
2992           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2993             annotation</li>
2994         </ul></td>
2995       <td>
2996         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2997         <ul>
2998           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2999             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3000           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3001             alignment</li>
3002           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3003           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3004           <li>Double click on sequence associated annotation
3005             selects only first column</li>
3006           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3007             leaves shown in tree</li>
3008           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3009             properly</li>
3010           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3011           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3012             screen and buttons not visible</li>
3013           <li>author list isn't updated if already written to
3014             Jalview properties</li>
3015           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3016             from database</li>
3017           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3018           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3019             browser search window</li>
3020           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3021             in feature settings dialog</li>
3022           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3023             desktop</li>
3024           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3025             pass validation</li>
3026           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3027             fit on screen</li>
3028           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3029             tooltip</li>
3030           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3031             defined user preset</li>
3032           <li>MSA web services warns user if they were launched
3033             with invalid input</li>
3034           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3035             Java 8</li>
3036           <li>
3037             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3038             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3039             created
3040           </li>
3041
3042         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3043         <ul>
3044         </ul> <em>General</em>
3045         <ul>
3046         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3047         <ul>
3048           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3049             memory allocation</li>
3050           <li>launchApp service doesn't automatically open
3051             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3052           <li>
3053             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3054             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3055             1.7_055 is available
3056           </li>
3057         </ul> <em>Application Known issues</em>
3058         <ul>
3059           <li>
3060             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3061             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3062             alignment to right
3063           </li>
3064           <li>
3065             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3066             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3067             with large number of ID
3068           </li>
3069           <li>
3070             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3071             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3072             start/end
3073           </li>
3074           <li>
3075             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3076             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3077             structure tracks are rearranged
3078           </li>
3079           <li>
3080             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3081             invalid rna structure positional highlighting does not
3082             highlight position of invalid base pairs
3083           </li>
3084           <li>
3085             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3086             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3087             project from alignment window file menu
3088           </li>
3089           <li>
3090             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3091             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3092             structures
3093           </li>
3094           <li>
3095             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3096             colour by RNA Helices not enabled when user created
3097             annotation added to alignment
3098           </li>
3099           <li>
3100             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3101             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3102           </li>
3103         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3104         <ul>
3105           <li>
3106             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3107             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3108           </li>
3109           <li>
3110             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3111             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3112           </li>
3113
3114           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3115             when selected</li>
3116         </ul>
3117       </td>
3118     </tr>
3119     <tr>
3120       <td><div align="center">
3121           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3122         </div></td>
3123       <td>
3124         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3125         <em>General</em>
3126         <ul>
3127           <li>Internationalisation of user interface (usually
3128             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3129           <li>Define/Undefine group on current selection with
3130             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3131           <li>Improved group creation/removal options in
3132             alignment/sequence Popup menu</li>
3133           <li>Sensible precision for symbol distribution
3134             percentages shown in logo tooltip.</li>
3135           <li>Annotation panel height set according to amount of
3136             annotation when alignment first opened</li>
3137         </ul> <em>Application</em>
3138         <ul>
3139           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3140             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3141           <li>Select columns containing particular features from
3142             Feature Settings dialog</li>
3143           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3144             sequences</li>
3145           <li>Update Jalview project format:
3146             <ul>
3147               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3148               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3149                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3150               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3151                 colouring</li>
3152             </ul>
3153           </li>
3154           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3155             (PAM250)</li>
3156           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3157             flanking regions for an alignment</li>
3158         </ul>
3159       </td>
3160       <td>
3161         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3162         <ul>
3163           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3164             running after job is cancelled</li>
3165           <li>cannot export features from alignments imported from
3166             Jalview/VAMSAS projects</li>
3167           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3168             float values</li>
3169           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3170             have 'display all symbols' flag set</li>
3171           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3172             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3173           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3174             Jalview</li>
3175           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3176             Lion/Webstart</li>
3177           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3178           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3179           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3180             alignment onto desktop</li>
3181           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3182             'extract scores' function</li>
3183           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3184             alignment window</li>
3185           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3186             performing IUPred disorder prediction</li>
3187           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3188             changing 'normalise logo' display setting</li>
3189           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3190             nothing matches query</li>
3191           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3192             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3193           </li>
3194           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3195             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3196           </li>
3197           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3198             Jalview's menu</li>
3199           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3200             'invalid literal/length code'</li>
3201           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3202             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3203           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3204             colourscheme</li>
3205
3206         </ul> <em>Applet</em>
3207         <ul>
3208           <li>Remove group option is shown even when selection is
3209             not a group</li>
3210           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3211             don't affect groups</li>
3212           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3213             colourscheme name</li>
3214           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3215             Annotation panel is not displayed</li>
3216           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3217             embedded windows</li>
3218         </ul> <em>Other</em>
3219         <ul>
3220           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3221             single sequence were not calculated</li>
3222           <li>annotation files that contain only groups imported as
3223             annotation and junk sequences</li>
3224           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3225             recognised as PFAM or BLC</li>
3226           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3227             doesn't affect background (2.8.0b1)
3228           <li></li>
3229           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3230           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3231             trailing gaps</li>
3232           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3233             registered correctly on import</li>
3234           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3235             certain alignments</li>
3236           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3237             existing annotation based 'use original colours'
3238             colourscheme loses original colours setting</li>
3239         </ul>
3240       </td>
3241     </tr>
3242     <tr>
3243       <td><div align="center">
3244           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3245             <em>30/1/2014</em></strong>
3246         </div></td>
3247       <td>
3248         <ul>
3249           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3250             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3251             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3252             open source project).
3253           </li>
3254           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3255           <li>Output in Stockholm format</li>
3256           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3257           <li>Export/import group and sequence associated line
3258             graph thresholds</li>
3259           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3260             ambiguity codes</li>
3261           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3262             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3263             works</li>
3264           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3265         </ul> <em>Other improvements</em>
3266         <ul>
3267           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3268           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3269             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3270           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3271             files</li>
3272           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3273           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3274             link but no description</li>
3275           <li>Select primary source when selecting authority in
3276             database fetcher GUI</li>
3277           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3278             Jalview</li>
3279           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3280         </ul>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3285             displayed</li>
3286           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3287             secondary structure annotation line</li>
3288           <li>Sequence database accessions not imported when
3289             fetching alignments from Rfam</li>
3290           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3291             identical IDs</li>
3292           <li>View all structures does not always superpose
3293             structures</li>
3294           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3295             reflect user or preset settings</li>
3296           <li>Null pointer exceptions for some services without
3297             presets or adjustable parameters</li>
3298           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3299             discover PDB xRefs</li>
3300           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3301             features with DAS</li>
3302           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3303             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3304           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3305             residue follows a gap</li>
3306           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3307             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3308           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3309             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3310           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3311             annotation already exists on alignment</li>
3312           <li>oninit javascript function should be called after
3313             initialisation completes</li>
3314           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3315             alignment window display</li>
3316           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3317           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3318             to annotation file</li>
3319           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3320             groups created</li>
3321           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3322             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3323           <li>Pressing return several times causes Number Format
3324             exceptions in keyboard mode</li>
3325           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3326             correct partitions for input data</li>
3327           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3328           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3329           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3330           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3331             mode</li>
3332           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3333             changes one row&#39;s threshold</li>
3334           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3335             doesn&#39;t open</li>
3336           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3337             quality histograms</li>
3338         </ul>
3339       </td>
3340     </tr>
3341     <tr>
3342       <td><div align="center">
3343           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3344         </div></td>
3345       <td><em>Application</em>
3346         <ul>
3347           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3348             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3349           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3350             preferences</li>
3351           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3352             in Jalview alignment window</li>
3353           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3354             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3355           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3356             RNA and ambiguity codes</li>
3357
3358           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3359           <li>Support fetching and database reference look up
3360             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3361             refs')</li>
3362           <li>Jalview project improvements
3363             <ul>
3364               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3365                 flag for annotation</li>
3366               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3367                 alignment</li>
3368               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3369                 Jalview project</li>
3370
3371             </ul>
3372           </li>
3373           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3374           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3375             running</li>
3376           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3377           <li>visual indication that web service results are still
3378             being retrieved from server</li>
3379           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3380             starts up for first time</li>
3381           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3382             services</li>
3383           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3384             client library</li>
3385           <li>Examples directory and Groovy library included in
3386             InstallAnywhere distribution</li>
3387         </ul> <em>Applet</em>
3388         <ul>
3389           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3390             visualization applet example</li>
3391         </ul> <em>General</em>
3392         <ul>
3393           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3394           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3395             defaults</li>
3396           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3397             calculation</li>
3398           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3399             matrices
3400           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3401             in HTML</li>
3402           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3403             structure contacts</li>
3404           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3405           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3406           <li>Parse sequence associated secondary structure
3407             information in Stockholm files</li>
3408           <li>HTML Export database accessions and annotation
3409             information presented in tooltip for sequences</li>
3410           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3411             style RNA alignment files</li>
3412           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3413             alignment</li>
3414           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3415             shade each sequence according to its associated alignment
3416             annotation</li>
3417           <li>New Jalview Logo</li>
3418         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3419         <ul>
3420           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3421           <li>New Website!</li>
3422         </ul></td>
3423       <td><em>Application</em>
3424         <ul>
3425           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3426             wsdbfetch REST service</li>
3427           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3428           <li>Filetype associations not installed for webstart
3429             launch</li>
3430           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3431             job execution in full once it is complete</li>
3432           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3433             uploaded via ali_file parameter</li>
3434           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3435           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3436           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3437             submitted for prediction</li>
3438           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3439             desktop window</li>
3440           <li>Putting fractional value into integer text box in
3441             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3442           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3443             windows 7</li>
3444           <li>View all structures fails with exception shown in
3445             structure view</li>
3446           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3447             escaped in a platform independent way</li>
3448           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3449             using proxy</li>
3450           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3451             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3452           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3453             failure when java web start temporary file caching is
3454             disabled</li>
3455           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3456             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3457           <li>Errors during processing of command line arguments
3458             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3459           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3460             DAS sources in sequence fetcher</li>
3461           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3462             dialog is shown</li>
3463           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3464           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3465           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3466           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3467             on OSX Mountain Lion</li>
3468           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3469             sequences with alignment annotation are pasted into the
3470             alignment</li>
3471           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3472             when loaded from Jalview project</li>
3473           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3474           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3475             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3476           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3477             associated with all views</li>
3478           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3479             annotation rows to new window</li>
3480         </ul> <em>Applet</em>
3481         <ul>
3482           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3483             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3484           <li>loading features via javascript API automatically
3485             enables feature display</li>
3486           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3487             work</li>
3488         </ul> <em>General</em>
3489         <ul>
3490           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3491           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3492             and then deselected</li>
3493           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3494           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3495             coloured with clustalx</li>
3496           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3497             exceptions and redraw errors</li>
3498           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3499             reconfigured view</li>
3500           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3501             colour</li>
3502           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3503             for lots of labels</li>
3504         </ul>
3505     </tr>
3506     <tr>
3507       <td>
3508         <div align="center">
3509           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3510         </div>
3511       </td>
3512       <td><em>Application</em>
3513         <ul>
3514           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3515           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3516           <li>View/alignment association menu to enable user to
3517             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3518             its colours/correspondences from</li>
3519           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3520           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3521             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3522           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3523           <li>Annotation row column label formatting attributes
3524             stored in project file</li>
3525           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3526             rows preserved in Jalview project file</li>
3527           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3528             saved using Desktop window menu</li>
3529           <li>Visual indication that command line arguments are
3530             still being processed</li>
3531           <li>Groovy script execution from URL</li>
3532           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3533             preferences</li>
3534           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3535             alignment with sequences that have high similarity and
3536             matching IDs</li>
3537           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3538           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3539             structures in same window</li>
3540           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3541           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3542             analysis function in its own submenu</li>
3543         </ul> <em>Applet</em>
3544         <ul>
3545           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3546             groups</li>
3547           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3548           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3549           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3550           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3551           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3552             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3553           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3554           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3555             parameters are treated as such</li>
3556           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3557             <ul>
3558               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3559               <li>Javascript callbacks for
3560                 <ul>
3561                   <li>Applet initialisation</li>
3562                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3563                 </ul>
3564               </li>
3565               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3566                 functions</li>
3567               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3568               <li>javascript structure viewer harness to pass
3569                 messages between Jmol and Jalview when running as
3570                 distinct applets</li>
3571               <li>sortBy method</li>
3572               <li>Set of applet and application examples shipped
3573                 with documentation</li>
3574               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3575                 javascript message exchange</li>
3576             </ul>
3577         </ul> <em>General</em>
3578         <ul>
3579           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3580             multiple alignments</li>
3581           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3582           <li>User configurable link to enable redirects to a
3583             www.Jalview.org mirror</li>
3584           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3585           <li>Configurable newline string when writing alignment
3586             and other flat files</li>
3587           <li>Allow alignment annotation description lines to
3588             contain html tags</li>
3589         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3590         <ul>
3591           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3592             examples</li>
3593           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3594             using a web service before displaying the result in the
3595             Jalview desktop</li>
3596           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3597           <li>Ant target to publish example html files with applet
3598             archive</li>
3599           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3600           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3601         </ul></td>
3602       <td><em>Application</em>
3603         <ul>
3604           <li>User defined colourscheme throws exception when
3605             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3606           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3607             dialog for valid filename/format</li>
3608           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3609           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3610             P37173</li>
3611           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3612             which sequence is to be associated with the file</li>
3613           <li>Find All raises null pointer exception when query
3614             only matches sequence IDs</li>
3615           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3616           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3617             2.4 cannot be loaded</li>
3618           <li>Filetype associations not installed for webstart
3619             launch</li>
3620           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3621             with sequences in different alignments do not get coloured
3622             by their associated sequence</li>
3623           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3624             not preserved when project is loaded</li>
3625           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3626             stored in Jalview project</li>
3627           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3628             Jalview project</li>
3629           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3630           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3631             by conservation</li>
3632           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3633             created on new view</li>
3634           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3635             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3636           <li>Alignment quality not updated after alignment
3637             annotation row is hidden then shown</li>
3638           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3639             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3640           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3641             properly</li>
3642           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3643             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3644           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3645           <li>Structures imported from file and saved in project
3646             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3647           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3648             job execution in full once it is complete</li>
3649         </ul> <em>Applet</em>
3650         <ul>
3651           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3652             annotation rows are displayed</li>
3653           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3654             codebase</li>
3655           <li>View follows highlighting does not work for positions
3656             in sequences</li>
3657           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3658           <li>Export features raises exception when no features
3659             exist</li>
3660           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3661             for javascript api is modified when separator string
3662             provided as parameter</li>
3663           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3664             alignment with no existing selection</li>
3665           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3666             to applet&#39;s codebase</li>
3667           <li>Status bar not updated after finished searching and
3668             search wraps around to first result</li>
3669           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3670             several Jalview applets causes race conditions and memory
3671             leaks</li>
3672           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3673             not sent from Jmol in applet</li>
3674           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3675             applet API fatally hang browser</li>
3676         </ul> <em>General</em>
3677         <ul>
3678           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3679             position with wrapped view and hidden regions</li>
3680           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3681             with/without hidden columns</li>
3682           <li>Sequence length given in alignment properties window
3683             is off by 1</li>
3684           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3685             import PDB like structure files</li>
3686           <li>Positional search results are only highlighted
3687             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3688           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3689           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3690             given sequence position</li>
3691           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3692             output</li>
3693           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3694             from nucleotide chains correctly</li>
3695           <li>Structure colours not updated when tree partition
3696             changed in alignment</li>
3697           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3698             parsed in interleaved stockholm</li>
3699           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3700             state</li>
3701           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3702             properly</li>
3703           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3704             properly associated with their pdb files</li>
3705         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3706         <ul>
3707           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3708             ApplyCopyright tool</li>
3709         </ul></td>
3710     </tr>
3711     <tr>
3712       <td>
3713         <div align="center">
3714           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3715         </div>
3716       </td>
3717       <td><em>Application</em>
3718         <ul>
3719           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3720             contact web services</li>
3721           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3722             service job window</li>
3723           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3724         </ul></td>
3725       <td>
3726         <ul>
3727           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3728             pir file emitted by Jalview</li>
3729           <li>Existing feature settings transferred to new
3730             alignment view created from cut'n'paste</li>
3731           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3732             parsing PDB files</li>
3733           <li>Consensus and conservation annotation rows
3734             occasionally become blank for all new windows</li>
3735           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3736             in wrapped view mode</li>
3737         </ul> <em>Application</em>
3738         <ul>
3739           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3740             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3741           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3742             parameter names</li>
3743           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3744             is down</li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747     </tr>
3748     <tr>
3749       <td>
3750         <div align="center">
3751           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3752         </div>
3753       </td>
3754       <td><em>Application</em>
3755         <ul>
3756           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3757             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3758             (JABAWS)
3759           </li>
3760           <li>Web Services preference tab</li>
3761           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3762             preferences</li>
3763           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3764           <li>Superpose structures using associated sequence
3765             alignment</li>
3766           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3767             viewer</li>
3768         </ul> <em>Applet</em>
3769         <ul>
3770           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3771             link out mechanism</li>
3772         </ul> <em>Other</em>
3773         <ul>
3774           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3775             series 12</li>
3776           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3777             require Java 1.5</li>
3778           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3779             sequence annotation files</li>
3780           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3781             type colour specification</li>
3782           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3783             script to check if it being run in an interactive session or
3784             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3785         </ul></td>
3786       <td>
3787         <ul>
3788           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3789             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3790         </ul> <em>Application</em>
3791         <ul>
3792           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3793             selected Regions menu item</li>
3794           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3795             part of a valid accession ID</li>
3796           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3797             runs out of memory</li>
3798           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3799             analysis results</li>
3800           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3801             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3802           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3803         </ul> <em>Applet</em>
3804         <ul>
3805           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3806             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3807             defined.</li>
3808         </ul>
3809       </td>
3810     </tr>
3811     <tr>
3812       <td>
3813         <div align="center">
3814           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3815         </div>
3816       </td>
3817       <td></td>
3818       <td>
3819         <ul>
3820           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3821             sequence IDs</li>
3822           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3823             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3824           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3825             import correctly</li>
3826           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3827             number of columns are hidden</li>
3828           <li>annotation label popup menu not providing correct
3829             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3830             present</li>
3831           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3832             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3833           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3834             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3835
3836         </ul> <em>Applet</em>
3837         <ul>
3838           <li>annotation panel disappears when annotation is
3839             hidden/removed</li>
3840         </ul> <em>Application</em>
3841         <ul>
3842           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3843             alignment opened where annotation panel is visible but no
3844             annotations are present on alignment</li>
3845           <li>pasted region containing hidden columns is
3846             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3847           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3848             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3849           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3850             selected Rregions menu item.</li>
3851           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3852             'Un' or 'Non'conserved</li>
3853           <li>Sequence feature settings are being shared by
3854             multiple distinct alignments</li>
3855           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3856             changed</li>
3857           <li>double click on group annotation to select sequences
3858             does not propagate to associated trees</li>
3859           <li>Mac OSX specific issues:
3860             <ul>
3861               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3862                 window background</li>
3863               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3864                 name set correctly</li>
3865               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3866                 save feature colourscheme button</li>
3867             </ul>
3868           </li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871     </tr>
3872     <tr>
3873
3874       <td>
3875         <div align="center">
3876           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3877         </div>
3878       </td>
3879       <td><em>New Capabilities</em>
3880         <ul>
3881           <li>URL links generated from description line for
3882             regular-expression based URL links (applet and application)
3883
3884           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3885             menu</li>
3886           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3887             structures</li>
3888           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3889             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3890           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3891             average score or total feature count for each sequence.</li>
3892           <li>Shading features by score or associated description</li>
3893           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3894             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3895           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3896             hide everything but the currently selected region.</li>
3897           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3898         </ul> <em>Application</em>
3899         <ul>
3900           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3901             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3902           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3903             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3904           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3905             database references and protein_name is parsed as
3906             description line (BioSapiens terms).</li>
3907           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3908             references in sequence ID tooltip from View menu in
3909             application.</li>
3910           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3911       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3912           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3913             conservation plots</li>
3914           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3915             and visualized as sequence logos</li>
3916           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3917             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3918           </li>
3919           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3920             when a new tree is opened.</li>
3921           <li>Jalview Java Console</li>
3922           <li>Better placement of desktop window when moving
3923             between different screens.</li>
3924           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3925             consensus annotation</li>
3926           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3927             Workflows</li>
3928           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3929             <ul>
3930               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3931                 used to preserve views, structures, and tree display
3932                 settings)</li>
3933               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3934                 command line</li>
3935               <li>Sharing of selected regions between views and
3936                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3937               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3938             </ul></li>
3939         </ul> <em>Applet</em>
3940         <ul>
3941           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3942           <li>New Parameters
3943             <ul>
3944               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3945                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3946                 opened.</li>
3947               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3948                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3949               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3950                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3951               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3952                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3953                 view</li>
3954               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3955                 increase the height or width of a cell in the alignment
3956                 grid relative to the current font size.</li>
3957             </ul>
3958           </li>
3959           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3960             tooltip</li>
3961         </ul> <em>Other</em>
3962         <ul>
3963           <li>Features format: graduated colour definitions and
3964             specification of feature scores</li>
3965           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3966             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3967             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3968           <li>XML formats extended to support graduated feature
3969             colourschemes, group associated annotation, and profile
3970             visualization settings.</li></td>
3971       <td>
3972         <ul>
3973           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3974             rather than description</li>
3975           <li>Non-positional features are now included in sequence
3976             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3977             visibility in tooltip).</li>
3978           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3979           <li>Added URL embedding instructions to features file
3980             documentation.</li>
3981           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3982             'X' in peptide product</li>
3983           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3984             sequence ID and sequence string and query strings do not
3985             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3986           <li>AMSA files only contain first column of
3987             multi-character column annotation labels</li>
3988           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3989             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3990             exported and re-imported)</li>
3991           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3992             name</li>
3993           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3994             as subsequence matches, and correctly reports total number
3995             of both.</li>
3996           <li>Application:
3997             <ul>
3998               <li>Better handling of exceptions during sequence
3999                 retrieval</li>
4000               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4001                 link text excludes the start_end suffix</li>
4002               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4003                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4004               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4005               <li>Sequence description lines properly shared via
4006                 VAMSAS</li>
4007               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4008                 data sources</li>
4009               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4010                 completes before alignment figures are generated.</li>
4011               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4012                 first time.</li>
4013               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4014                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4015               <li>User defined group colours properly recovered
4016                 from Jalview projects.</li>
4017             </ul>
4018           </li>
4019         </ul>
4020       </td>
4021
4022     </tr>
4023     <tr>
4024       <td>
4025         <div align="center">
4026           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4027         </div>
4028       </td>
4029       <td>
4030         <ul>
4031           <li>Experimental support for google analytics usage
4032             tracking.</li>
4033           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4034         </ul>
4035       </td>
4036       <td>
4037         <ul>
4038           <li>Race condition in applet preventing startup in
4039             jre1.6.0u12+.</li>
4040           <li>Exception when feature created from selection beyond
4041             length of sequence.</li>
4042           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4043           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4044             all sequences with a given id</li>
4045           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4046             ID string searches</li>
4047           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4048             alignment to fail with exception</li>
4049         </ul> <em>Application Issues</em>
4050         <ul>
4051           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4052           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4053             data sources</li>
4054         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4055         <ul>
4056           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4057             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4058           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4059             version (java class versioning error fixed)</li>
4060         </ul>
4061       </td>
4062     </tr>
4063     <tr>
4064       <td>
4065
4066         <div align="center">
4067           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4068         </div>
4069       </td>
4070       <td><em>User Interface</em>
4071         <ul>
4072           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4073             translation and protein products</li>
4074           <li>Linked highlighting of structure associated with
4075             residue mapping to codon position</li>
4076           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4077             and 'clear' button</li>
4078           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4079             Tools menu</li>
4080           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4081             numeric data in description line</li>
4082           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4083           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4084             of sequence</li>
4085         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4086         <ul>
4087           <li>JPred3 web service</li>
4088           <li>Prototype sequence search client (no public services
4089             available yet)</li>
4090           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4091             PFAM</li>
4092           <li>URL Links created for matching database cross
4093             references as well as sequence ID</li>
4094           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4095         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4096         <ul>
4097           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4098             databases</li>
4099           <li>Generalised database reference retrieval and
4100             validation to all fetchable databases</li>
4101           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4102             sequence command</li>
4103         </ul> <em>Import and Export</em>
4104         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4105         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4106           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4107         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4108           File</li>
4109         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4110           triplet as name of colourscheme</li>
4111         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4112         <ul>
4113           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4114           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4115             alignments (experimental)</li>
4116           <li>Create new or select existing session to join</li>
4117           <li>load and save of vamsas documents</li>
4118         </ul> <em>Application command line</em>
4119         <ul>
4120           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4121             from applet)</li>
4122           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4123             of DAS servers to query for alignment features</li>
4124           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4125             that are also automatically queried for features</li>
4126           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4127             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4128         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4129         <ul>
4130           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4131             application (when using &quot;View in full
4132             application&quot;)</li>
4133         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4134         <ul>
4135           <li>feature group display control parameter</li>
4136           <li>debug parameter</li>
4137           <li>showbutton parameter</li>
4138         </ul> <em>Applet API methods</em>
4139         <ul>
4140           <li>newView public method</li>
4141           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4142           <li>Feature display control methods</li>
4143           <li>get list of currently selected sequences</li>
4144         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4145         <ul>
4146           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4147           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4148             Jalview release.</li>
4149           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4150             property controls execution of obfuscator</li>
4151           <li>Build target for generating source distribution</li>
4152           <li>Debug flag for javacc</li>
4153           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4154             jalview.bin.Cache</li>
4155           <li>Continuous Build Integration for stable and
4156             development version of Application, Applet and source
4157             distribution</li>
4158         </ul></td>
4159       <td>
4160         <ul>
4161           <li>selected region output includes visible annotations
4162             (for certain formats)</li>
4163           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4164             for editing</li>
4165           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4166           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4167           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4168           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4169             comments</li>
4170           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4171             filenames containing a ':'</li>
4172           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4173             global sequence features</li>
4174           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4175             references from alignment sequences goes to zero</li>
4176           <li>Close of tree branch colour box without colour
4177             selection causes cascading exceptions</li>
4178           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4179           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4180             file parsing fails.</li>
4181           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4182           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4183             not a valid output format</li>
4184           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4185             vamsas</li>
4186           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4187           <li>error messages passed up and output when data read
4188             fails</li>
4189           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4190             sequence is edited</li>
4191           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4192             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4193           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4194             filetype</li>
4195           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4196             import fixed for PFAM records</li>
4197           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4198             window list</li>
4199           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4200             can be read and written correctly to annotation file</li>
4201           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4202             correctly</li>
4203           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4204             non-italic font for representatives in Applet</li>
4205           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4206             Macs.</li>
4207           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4208             Applet)</li>
4209           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4210             due to null pointer exceptions</li>
4211           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4212             first column of alignment</li>
4213           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4214             July 2008</li>
4215           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4216             file is case-insensitive</li>
4217           <li>Sequence features read from Features file appended to
4218             all sequences with matching IDs</li>
4219           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4220             containing a sub-sequence</li>
4221           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4222           <li>feature and annotation file applet parameters
4223             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4224           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4225           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4226             splash-screen version check to complete</li>
4227           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4228             when passing them to the launchApp service</li>
4229           <li>display name and local features preserved in results
4230             retrieved from web service</li>
4231           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4232             sequence fetcher initialisation</li>
4233           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4234             dasobert DAS client</li>
4235           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4236             association</li>
4237           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4238             sequences
4239           </li>
4240         </ul>
4241       </td>
4242     </tr>
4243     <tr>
4244       <td>
4245         <div align="center">
4246           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4247         </div>
4248       </td>
4249       <td>
4250         <ul>
4251           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4252           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4253           <li>Slide sequences</li>
4254           <li>Edit sequence in place</li>
4255           <li>EMBL CDS features</li>
4256           <li>DAS Feature mapping</li>
4257           <li>Feature ordering</li>
4258           <li>Alignment Properties</li>
4259           <li>Annotation Scores</li>
4260           <li>Sort by scores</li>
4261           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4262         </ul>
4263       </td>
4264       <td>
4265         <ul>
4266           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4267           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4268           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4269           <li>Feature group display state in XML</li>
4270           <li>Feature ordering in XML</li>
4271           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4272           <li>Stockholm alignment properties</li>
4273           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4274           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4275           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4276           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4277         </ul>
4278       </td>
4279
4280     </tr>
4281     <tr>
4282       <td>
4283         <div align="center">
4284           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4285         </div>
4286       </td>
4287       <td>
4288         <ul>
4289           <li>Non standard characters can be read and displayed
4290           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4291             applet via textbox
4292           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4293             name &amp; description
4294           <li>Preference setting to display sequence name in
4295             italics
4296           <li>Annotation file format extended to allow
4297             Sequence_groups to be defined
4298           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4299             specified in preferences
4300           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4301             sequences
4302         </ul>
4303       </td>
4304       <td>
4305         <ul>
4306           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4307             installed
4308           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4309           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4310         </ul>
4311       </td>
4312     </tr>
4313     <tr>
4314       <td>
4315         <div align="center">
4316           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4317         </div>
4318       </td>
4319       <td>
4320         <ul>
4321           <li>Multiple views on alignment
4322           <li>Sequence feature editing
4323           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4324           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4325           <li>Background dependent text colour
4326           <li>Right align sequence ids
4327           <li>User-defined lower case residue colours
4328           <li>Format Menu
4329           <li>Select Menu
4330           <li>Menu item accelerator keys
4331           <li>Control-V pastes to current alignment
4332           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4333           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4334           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4335
4336           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4337         </ul>
4338       </td>
4339       <td>
4340         <ul>
4341           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4342           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4343             calculations
4344           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4345             edits
4346           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4347             of alignment)
4348           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4349
4350           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4351             display correctly
4352           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4353           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4354             analysis results
4355           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4356             &#8739;
4357           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4358           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4359           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4360
4361         </ul>
4362       </td>
4363     </tr>
4364     <tr>
4365       <td>
4366         <div align="center">
4367           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4368         </div>
4369       </td>
4370       <td>
4371         <ul>
4372           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4373         </ul>
4374       </td>
4375       <td>
4376         <ul>
4377           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4378             sequence id panel has been resized</li>
4379           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4380             rendered</li>
4381           <li>Annotation files with sequence references - all
4382             elements in file are relative to sequence position</li>
4383           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4384         </ul>
4385       </td>
4386     </tr>
4387     <tr>
4388       <td>
4389         <div align="center">
4390           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4391         </div>
4392       </td>
4393       <td>
4394         <ul>
4395           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4396           <li>DAS Feature fetching</li>
4397           <li>Hide sequences and columns</li>
4398           <li>Export Annotations and Features</li>
4399           <li>GFF file reading / writing</li>
4400           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4401             files</li>
4402           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4403           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4404           <li>Applet can launch the full application</li>
4405           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4406             required)</li>
4407           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4408           <li>Applet can load sequences from parameter
4409             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4410           </li>
4411         </ul>
4412       </td>
4413       <td>
4414         <ul>
4415           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4416           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4417           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4418         </ul>
4419       </td>
4420     </tr>
4421     <tr>
4422       <td>
4423         <div align="center">
4424           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4425         </div>
4426       </td>
4427       <td>
4428         <ul>
4429           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4430           <li>Choose to match case when searching</li>
4431           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4432             expand the visible width and height of the alignment</li>
4433         </ul>
4434       </td>
4435       <td>
4436         <ul>
4437           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4438         </ul>
4439       </td>
4440     </tr>
4441     <tr>
4442       <td>
4443         <div align="center">
4444           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4445         </div>
4446       </td>
4447       <td>&nbsp;</td>
4448       <td>
4449         <ul>
4450           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4451           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4452             value</li>
4453         </ul>
4454       </td>
4455     </tr>
4456     <tr>
4457       <td>
4458         <div align="center">
4459           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4460         </div>
4461       </td>
4462       <td>
4463         <ul>
4464           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4465           <li>Keyboard editing</li>
4466           <li>Create sequence features from searches</li>
4467           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4468             alignments</li>
4469           <li>Features file allows grouping of features</li>
4470           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4471           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4472           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4478           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4479             descriptions saved.</li>
4480         </ul>
4481       </td>
4482     </tr>
4483     <tr>
4484       <td>
4485         <div align="center">
4486           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4487         </div>
4488       </td>
4489       <td>
4490         <ul>
4491           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4492           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4493           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4494             name for file output</li>
4495           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4496           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4497             used for HTML form input</li>
4498         </ul>
4499       </td>
4500       <td>
4501         <ul>
4502           <li>HTML output writes groups and features</li>
4503           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4504           <li>File IO bugs</li>
4505         </ul>
4506       </td>
4507     </tr>
4508     <tr>
4509       <td>
4510         <div align="center">
4511           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4512         </div>
4513       </td>
4514       <td>
4515         <ul>
4516           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4517           <li>More options for PCA viewer</li>
4518         </ul>
4519       </td>
4520       <td>
4521         <ul>
4522           <li>GUI bugs resolved</li>
4523           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4524         </ul>
4525       </td>
4526     </tr>
4527     <tr>
4528       <td height="63">
4529         <div align="center">
4530           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4531         </div>
4532       </td>
4533       <td>
4534         <ul>
4535           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4536           <li>Jar files are executable</li>
4537           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4538         </ul>
4539       </td>
4540       <td>
4541         <ul>
4542           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4543           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4544           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4545         </ul>
4546       </td>
4547     </tr>
4548     <tr>
4549       <td>
4550         <div align="center">
4551           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4552         </div>
4553       </td>
4554       <td>
4555         <ul>
4556           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4557         </ul>
4558       </td>
4559       <td>
4560         <ul>
4561           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4562         </ul>
4563       </td>
4564     </tr>
4565     <tr>
4566       <td>
4567         <div align="center">
4568           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4569         </div>
4570       </td>
4571       <td>
4572         <ul>
4573           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4574             size</li>
4575         </ul>
4576       </td>
4577       <td>
4578         <ul>
4579           <li>Improved JPred client reliability</li>
4580           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4581         </ul>
4582       </td>
4583     </tr>
4584     <tr>
4585       <td>
4586         <div align="center">
4587           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4588         </div>
4589       </td>
4590       <td>
4591         <ul>
4592           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4593           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4594           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4595             to Colour Menu</li>
4596           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4597           <li>Unix users can set default web browser</li>
4598           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4599           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4600         </ul>
4601       </td>
4602       <td>
4603         <ul>
4604           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4605         </ul>
4606       </td>
4607     </tr>
4608     <tr>
4609       <td>
4610         <div align="center">
4611           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4612         </div>
4613       </td>
4614       <td>&nbsp;</td>
4615       <td>
4616         <ul>
4617           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4618             alignment order.</li>
4619         </ul>
4620       </td>
4621     </tr>
4622     <tr>
4623       <td>
4624         <div align="center">
4625           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4626         </div>
4627       </td>
4628       <td>
4629         <ul>
4630           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4631           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4632           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4633             annotations.</li>
4634           <li>Version and build date written to build properties
4635             file.</li>
4636           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4637             at launch of Jalview.</li>
4638         </ul>
4639       </td>
4640       <td>
4641         <ul>
4642           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4643           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4644           <li>Can remove groups one by one.</li>
4645           <li>Filechooser icons installed.</li>
4646           <li>Finder ignores return character when searching.
4647             Return key will initiate a search.<br>
4648           </li>
4649         </ul>
4650       </td>
4651     </tr>
4652     <tr>
4653       <td>
4654         <div align="center">
4655           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4656         </div>
4657       </td>
4658       <td>
4659         <ul>
4660           <li>New codebase</li>
4661         </ul>
4662       </td>
4663       <td>&nbsp;</td>
4664     </tr>
4665   </table>
4666   <p>&nbsp;</p>
4667 </body>
4668 </html>