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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>16/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS, ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
  66           </li>
  67           <li>
  68           <!-- JAL -->
  69           </li>
  70         </ul> <em>Release processes</em>
  71         <ul>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  74           </li>
  75         </ul> <em>Build System</em>
  76         <ul>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
  79           </li>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
  82             report
  83           </li>
  84         </ul> <em>Deprecations</em>
  85       </td>
  86       <td align="left" valign="top">
  87         <ul>
  88           <li>
  89             <!-- -->
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- -->
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
  96             with annotation and exceptions thrown when only a few
  97             columns shown in wrapped mode
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 101             wrapped alignment figure with annotations
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 105             ID fails with ClassCastException
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 109             Project
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 113             feature settings dialog also selects columns
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 117             IllegalArgumentException in some circumstances
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 121             help documentation for 2.11.0 release
 122           </li>
 123         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 124         <ul>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 127           </li>
 128         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 129         <ul>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 132             repository
 133           </li>
 134         </ul>
 135         <em>New Known Issues</em>
 136         <ul>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 139             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 140             command line
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 144             clipped in headless figure export when Right Align option
 145             enabled
 146           </li>
 147         </ul>
 148       </td>
 149     </tr>
 150     <tr>
 151       <td width="60" align="center" nowrap>
 152           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 153             <em>04/07/2019</em></strong>
 154       </td>
 155       <td align="left" valign="top">
 156         <ul>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 159             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 160             source project) rather than InstallAnywhere
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 164             settings, receive over the air updates and launch specific
 165             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 166               Rings' GetDown</a>)
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 170             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 174             arguments and switch between different getdown channels
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 178             or alignment files
 179           </li>
 180
 181           <li>
 182             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 183             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 186             'Translate as cDNA'</li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 189           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 190             <ul>
 191                       <li>
 192             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 193             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 194           <li>
 195                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 196                 features can be filtered and shaded according to any
 197                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 198                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 199                 file)
 200               </li>
 201               <li>
 202                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 203                 stored and restored from Jalview Projects
 204               </li>
 205               <li>
 206                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 207                 recognise variant features
 208               </li>
 209               <li>
 210                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 211                 sequences (also coloured red by default)
 212               </li>
 213               <li>
 214                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 215                 details
 216               </li>
 217               <li>
 218                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 219                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 220               </li>
 221               <li>
 222                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 223                 dialog
 224               </li>
 225             </ul>
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 229             tree and PCA calculations
 230           </li>
 231           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 232             <ul>
 233               <li>
 234                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 235                 and Viewer state saved in Jalview Project
 236               </li>
 237               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 238                 drop-down menus</li>
 239               <li>
 240                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 241                 incrementally
 242               </li>
 243               <li>
 244                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 245               </li>
 246             </ul>
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 250           </li>
 251           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 252           <ul>
 253               <li>
 254                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 255                 multiple groups when working with large alignments
 256               </li>
 257               <li>
 258                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 259                 Stockholm files
 260               </li>
 261             </ul>
 262           <li><strong>User Interface</strong>
 263           <ul>
 264               <li>
 265                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 266                 view
 267               </li>
 268               <li>
 269                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 270                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 271                 default (can be changed in user preferences)
 272               </li>
 273               <li>
 274                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 275                 to the Overwrite Dialog
 276               </li>
 277               <li>
 278                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 279                 sequences are hidden
 280               </li>
 281               <li>
 282                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 283                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 284               </li>
 285               <li>
 286                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 287                 labels
 288               </li>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 291                 when in wrapped mode
 292               </li>
 293               <li>
 294                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 295                 annotation
 296               </li>
 297               <li>
 298                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 299               </li>
 300               <li>
 301                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 302                 panel
 303               </li>
 304               <li>
 305                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 306                 popup menu
 307               </li>
 308               <li>
 309               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 310               <li>
 311               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 312
 313
 314             </ul></li>
 315             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 316           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 317             <ul>
 318               <li>
 319                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 320                 trapping CMD-Q
 321               </li>
 322             </ul></li>
 323         </ul>
 324         <em>Deprecations</em>
 325         <ul>
 326           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 327             capabilities removed from the Jalview Desktop
 328           </li>
 329           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 330             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 331             and XML based data retrieval clients</li>
 332           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 333           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 334         </ul> <em>Documentation</em>
 335         <ul>
 336           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 337             not supported in EPS figure export
 338           </li>
 339           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 340         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 341         <ul>
 342           <li>
 343           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 344           </li>
 345       <li>
 346       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 347           <li>
 348           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 349             gradle-eclipse
 350           </li>
 351           <li>
 352           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 353             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 354             execution
 355           </li>
 356           <li>
 357           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 358             operations
 359           </li>
 360           <li>
 361           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 362             issues resolved
 363           </li>
 364           <li>
 365           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 366             markdown (with HTML rendering)
 367           </li>
 368           <li>
 369           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 370           </li>
 371           <li>
 372           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 373             versions of Jalview
 374           </li>
 375         </ul>
 376       </td>
 377       <td align="left" valign="top">
 378         <ul>
 379           <li>
 380             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 384             superposition in Jmol fail on Windows
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 388             structures for sequences with lots of PDB structures
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 392             monospaced font
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 396             project involving multiple views
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 400             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 401             Annotation dialog hides columns
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 405             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 406             one view, then making another selection in the other view
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 410             columns
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 414             Settings and Jalview Preferences panels
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 418             overview with large alignments
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 422             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 423             mouse moved to the left of the first column
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 427             hidden column marker via scale popup menu
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 431             doesn't tell users the invalid URL
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 435             score from view
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 439             show cross references or Fetch Database References are shown in
 440             red in original view
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 444             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 448             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 452             when columns are hidden
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 456             Columns by Annotation description
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 460             out of Scale or Annotation Panel
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 464             scale panel
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 468             alignment down
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 472             scale panel
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 476             Page Up in wrapped mode
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 486             on opening an alignment
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 490             Colour menu
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 494             different groups in the alignment are selected
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 498             correctly in menu
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 502             threshold limit
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 506             threshold gets 'unrounded'
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 510             colour
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 520             Tree font
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 524             project file
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 528             shown in complementary view
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 532             without normalisation
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 536             of report
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 540           </li>
 541           <li>
 542           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 543           </li>
 544         </ul> <em>Editing</em>
 545         <ul>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 548             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 549             sequence
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 553             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 554             removed (Known defect since 2.10)
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 558             dialog corrupts dataset sequence
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 562             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 563           </li>
 564         </ul> <em>Datamodel</em>
 565         <ul>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 568             sequence's End is greater than its length
 569           </li>
 570         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 571           general release)</em>
 572         <ul>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 575           </li>
 576         </ul> <em>New Known Defects</em>
 577         <ul>
 578         <li>
 579         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 580         </li>
 581         <li>
 582           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 583           regions of protein alignment.
 584         </li>
 585         <li>
 586           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 587           is restored from a Jalview 2.11 project
 588         </li>
 589         <li>
 590           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 591           'New View'
 592         </li>
 593         <li>
 594           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 595           columns within hidden columns
 596         </li>
 597         <li>
 598           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 599           window after dragging left to select columns to left of visible
 600           region
 601         </li>
 602         <li>
 603           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 604           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 605           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 606           create a Score filter instead.
 607         </li>
 608         <li>
 609         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 610         <li>
 611         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 612         </li>
 613         <li>
 614           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 615           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 616         </li>
 617         </ul>
 618         <em>Java 11 Specific defects</em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 622               alphabetically when saved
 623             </li>
 624         </ul>
 625       </td>
 626     </tr>
 627     <tr>
 628     <td width="60" nowrap>
 629       <div align="center">
 630         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 631       </div>
 632     </td>
 633     <td><div align="left">
 634         <em></em>
 635         <ul>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 638               InstallAnywhere increased to 1G.
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 642               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 643               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 644                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 645                 properties file.</em>
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 649               API and sequence data now imported as JSON.
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 653               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 654               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 655               property.
 656             </li>
 657           </ul>
 658           <em>Development</em>
 659           <ul>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 662               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 663                 Clover</a>
 664             </li>
 665           </ul>
 666         </div></td>
 667     <td><div align="left">
 668         <em></em>
 669         <ul>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 672               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 673               alignment.
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 677               annotation displayed.
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 681               for newly created group when 'Apply to all groups'
 682               selected
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 686               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 687               visible.
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 691               when sequences are selected in exported view.</em>
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 695               aren't rendered with correct colour.
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 699               types of knotted RNA secondary structure.
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 703               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 704               do not start at 1.
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 708               annotation when columns are inserted into an alignment,
 709               and when exporting as Stockholm flatfile.
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 713               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 714               treated as RNA secondary structure.
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 718               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 722               transfers focus to previous window on OSX
 723             </li>
 724           </ul>
 725           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 729               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 730               box.
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 734               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 735               'look and feel' which has improved compatibility with the
 736               latest version of OSX.
 737             </li>
 738           </ul>
 739         </div>
 740     </td>
 741     </tr>
 742     <tr>
 743       <td width="60" nowrap>
 744         <div align="center">
 745           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 746             <em>7/06/2018</em></strong>
 747         </div>
 748       </td>
 749       <td><div align="left">
 750           <em></em>
 751           <ul>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 754               annotation retrieved from Uniprot
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 758               onto the Jalview Desktop
 759             </li>
 760           </ul>
 761         </div></td>
 762       <td><div align="left">
 763           <em></em>
 764           <ul>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 767               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 771               right-hand column parsed correctly
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 775               not alignment area in exported graphic
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 779               window has input focus
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 783               annotation added to view (Windows)
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 787               network connectivity is poor
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 791               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 792                 the currently open URL and links from a page viewed in
 793                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 794                 you are using Edge, only links in the page can be
 795                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 796                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 797             </li>
 798           </ul>
 799           <em>New Known Defects</em>
 800           <ul>
 801             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 802           </ul>
 803         </div></td>
 804     </tr>
 805     <tr>
 806       <td width="60" nowrap>
 807         <div align="center">
 808           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 809         </div>
 810       </td>
 811       <td><div align="left">
 812           <em></em>
 813           <ul>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 816               for disabling automatic superposition of multiple
 817               structures and open structures in existing views
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 821               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 822               adjust them.
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 826               Ensembl services
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 830               and lots of hidden columns
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 834               of features (particularly when transparency is disabled)
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 838               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 839               generally available
 840             </li>
 841           </ul>
 842           </div>
 843       </td>
 844       <td><div align="left">
 845           <ul>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 848               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 852               overlapping alignment panel
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 856               sequence as gaps
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 860               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 861               UTR
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 865               factor annotation not added to sequence when local PDB
 866               file associated with it by drag'n'drop or structure
 867               chooser
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 871               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 875               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 879               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 883               columns in annotation row
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 887               honored in batch mode
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 891               for structures added to existing Jmol view
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 895               entries after importing project with multiple views
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 899               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 900               with negative residue numbers or missing residues fails
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 904               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 905               as generated by CONSURF)
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 909               tooltip doesn't include a text description of mutation
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 913               structure and/or overview windows are also shown
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 917               very slow for alignments with large numbers of sequences
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 921               with 'StringIndexOutOfBounds'
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 925               platforms running Java 10
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 929               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 930             </li>
 931           </ul>
 932           <em>Applet</em>
 933           <ul>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 936               should copy the group consensus when popup is opened on it
 937             </li>
 938           </ul>
 939           <em>Batch Mode</em>
 940           <ul>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 943           </li>
 944           </ul>
 945           <em>New Known Defects</em>
 946           <ul>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 949               editing a large alignment and overview is displayed
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 953               repeatedly after a series of edits even when the overview
 954               is no longer reflecting updates
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 958               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 959               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 960               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 964               option gives blank output
 965             </li>
 966           </ul>
 967         </div>
 968           </td>
 969     </tr>
 970     <tr>
 971       <td width="60" nowrap>
 972         <div align="center">
 973           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 974         </div>
 975       </td>
 976       <td><div align="left">
 977           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 978               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 979       <td><div align="left">
 980           <em>Desktop</em><ul>
 981           <ul>
 982             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 983             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 984             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 985             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 986             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 987             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 988             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 989           </ul>
 990           </div>
 991       </td>
 992     </tr>
 993     <tr>
 994       <td width="60" nowrap>
 995         <div align="center">
 996           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 997         </div>
 998       </td>
 999       <td><div align="left">
1000           <em></em>
1001           <ul>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1004               rendering of sequence features
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1008               429 rate limit request hander
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1012               their colours have changed
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1016               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1020               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1024               view from Ensembl locus cross-references
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1028               Alignment report
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1032               feature can be disabled
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1036               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1040               Uniprot
1041             </li>
1042           </ul>
1043           <em>Scripting</em>
1044           <ul>
1045             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1046             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1047               percent identity scores for current alignment.</li>
1048           </ul>
1049           <em>Testing and Deployment</em>
1050           <ul>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1053             </li>
1054           </ul>
1055         </div></td>
1056       <td><div align="left">
1057           <em>General</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1061               threshold text field doesn't trigger an update to the
1062               alignment view
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1066               strings in parallel
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1070               alignment window is closed
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1074               group visibility
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1078               takes a long time in Cursor mode
1079             </li>
1080           </ul>
1081           <em>Desktop</em>
1082           <ul>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1085               cannot be viewed in Chimera
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1089               CDS/Protein view
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1093               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1094               Search Dialogs
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1104               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1108               scrolling right in unwapped alignment view
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1112               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1113               database
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1117               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1121               features of same type and group to be selected for
1122               amending
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1126               alignments when hidden columns are present
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1130               displaying several structures
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1134               moving a window
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1138               within the Jalview desktop on OSX
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1142               when in wrapped alignment mode
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1146               hand end of alignment
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1150               each selected sequence do not have correct start/end
1151               positions
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1155               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1159               restoring project until a new view is created
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1163               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1164               configured (since 2.10.2b2)
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1168               position is adjusted
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1172               in a multi-chain structure when viewing alignment
1173               involving more than one chain (since 2.10)
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1177               if new selection moves alignment window
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1181               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1185               that produces correctly annotated transcripts and products
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1189               doesn't update associated structure view
1190             </li>
1191           </ul>
1192           <em>Applet</em><br />
1193           <ul>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1196               closing alignment panel
1197             </li>
1198           </ul>
1199           <em>BioJSON</em><br />
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1203               non-positional features
1204             </li>
1205           </ul>
1206           <em>New Known Issues</em>
1207           <ul>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1210               sequence features correctly (for many previous versions of
1211               Jalview)
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1215               using cursor in wrapped panel other than top
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1219               graduated colour threshold
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1223               always preserve numbering and sequence features
1224             </li>
1225           </ul>
1226           <em>Known Java 9 Issues</em>
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1230               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1231               9.01, OSX 10.10)
1232             </li>
1233           </ul>
1234         </div></td>
1235     </tr>
1236     <tr>
1237       <td width="60" nowrap>
1238         <div align="center">
1239           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1240             <em>2/10/2017</em></strong>
1241         </div>
1242       </td>
1243       <td><div align="left">
1244           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1245           <ul>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1248             </li>
1249             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1250             </li>
1251           </ul>
1252         </div></td>
1253       <td><div align="left">
1254         </div></td>
1255     </tr>
1256     <tr>
1257       <td width="60" nowrap>
1258         <div align="center">
1259           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1260             <em>7/9/2017</em></strong>
1261         </div>
1262       </td>
1263       <td><div align="left">
1264           <em></em>
1265           <ul>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1268               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1269               white)
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1273               Preferences
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1277               in size and progress bar shown as higher resolution
1278               overview is recalculated
1279             </li>
1280
1281           </ul>
1282         </div></td>
1283       <td><div align="left">
1284           <em></em>
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1288               column region row by row
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1292               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1296               format setting is unticked
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1300               if group has show boxes format setting unticked
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1304               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1305               include sequences and columns not currently displayed
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1309               assemblies are imported via CIF file
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1313               displayed when threshold or conservation colouring is also
1314               enabled.
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1318               server version
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1322               dragging a selected region off the visible region of the
1323               alignment
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1327               colourscheme to all groups in a view
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1331               initially after font size change using the Font chooser or
1332               middle-mouse zoom
1333             </li>
1334           </ul>
1335         </div></td>
1336     </tr>
1337     <tr>
1338       <td width="60" nowrap>
1339         <div align="center">
1340           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1341         </div>
1342       </td>
1343       <td><div align="left">
1344           <em>Calculations</em>
1345           <ul>
1346
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1349               ungapped positions in each column of the alignment.
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1353               a calculation dialog box
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1357               and memory efficiency (~30x faster)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1361               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1362               and other calculations
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1366               files within the Jalview codebase
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1370               Similarity may have different topology due to increased
1371               precision
1372             </li>
1373           </ul>
1374           <em>Rendering</em>
1375           <ul>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1378               model for alignments and groups
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1382               scripts
1383             </li>
1384           </ul>
1385           <em>Overview</em>
1386           <ul>
1387             <li>
1388               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1389               with alignment and overview windows
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1393               overview
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1397               omitted in Overview
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1401               adjustment of visible position
1402             </li>
1403           </ul>
1404
1405           <em>Data import/export</em>
1406           <ul>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1409               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1413               annotation input/output via stockholm flatfile
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1417               extension when importing structure files without embedded
1418               names or PDB accessions
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1422               format sequence substitution matrices
1423             </li>
1424           </ul>
1425           <em>User Interface</em>
1426           <ul>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1429               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1430               the application.
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1434               via Overview or sequence motif search operations
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1438               opened by double clicking gaps within sequence feature
1439               extent
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1443               aligned positions were available to create a 3D structure
1444               superposition.
1445             </li>
1446           </ul>
1447           <em>3D Structure</em>
1448           <ul>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1451               coloured in linked structure views
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1455               file-based command exchange
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1459               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1460               structures are already available for sequences
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1464               the Jalview project rather than downloaded again when the
1465               project is reopened.
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1469               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1470               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1471                 Feature</strong>)
1472             </li>
1473           </ul>
1474           <em>Web Services</em>
1475           <ul>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1481               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1482               Analysis services
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1486               cross-references provided by identifiers.org and the
1487               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1488             </li>
1489           </ul>
1490
1491           <em>Scripting</em>
1492           <ul>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1495               identifying file formats (instead of String constants)
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1499               efficiency when counting all displayed features (not
1500               backwards compatible with 2.10.1)
1501             </li>
1502           </ul>
1503           <em>Example files</em>
1504           <ul>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1507               included in the example feature file
1508             </li>
1509           </ul>
1510           <em>Documentation</em>
1511           <ul>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1514               with the built-in Java help viewer
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1518               sequence description' option
1519             </li>
1520           </ul>
1521           <em>Test Suite</em>
1522           <ul>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1525               Uniprot REST Free Text Search Client
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1532               during tests
1533             </li>
1534           </ul>
1535         </div></td>
1536       <td><div align="left">
1537           <em>Calculations</em>
1538           <ul>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1541               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1542               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1543             </li>
1544             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1545               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1546               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1547               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1548               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1549               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1550               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1551               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1552               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1553               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1554               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1555               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1556               // for 2.10.1 mode <br />
1557               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1558               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1559                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1560                 calculations (not recommended)</em></li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1563               scaling of branch lengths for trees computed using
1564               Sequence Feature Similarity.
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1568               generating output report when working with highly
1569               redundant alignments
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1573               right of selected region when gaps present on right-hand
1574               boundary
1575             </li>
1576           </ul>
1577           <em>User Interface</em>
1578           <ul>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1581               doesn't reselect a specific sequence's associated
1582               annotation after it was used for colouring a view
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1586               opened on a region of alignment without groups
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1590               of an alignment with overlapping groups
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1594               name and description match
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1598               hidden regions results in incorrect hidden regions
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1602               changing colour does not apply Conservation slider value
1603               to all groups
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1607               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1611               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1615               gaps before start of features
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1619               restored to UI when feature colour is edited
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1623               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1627               as graduate feature colour settings are modified via the
1628               dialog box
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1632               when a group defined on the alignment is resized
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1636               wrapped view result in positional status updates
1637             </li>
1638
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1641               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1645               alignment included gapped columns
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1649               widgets don't permanently disappear
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1653               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1654               T-Coffee column reliability scores)
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1658               sequence feature on gaps only
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1662               button from a Find inherit previously defined feature type
1663               rather than the Find query string
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1667               exporting tree calculated in Jalview
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1671               and then revealing them reorders sequences on the
1672               alignment
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1676               doesn't update to reflect available set of groups after
1677               interactively adding or modifying features
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1681               Linux
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1685               only excluded gaps in current sequence and ignored
1686               selection.
1687             </li>
1688           </ul>
1689           <em>Rendering</em>
1690           <ul>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1693               erratically when hidden rows or columns are present
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1697               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1698               sequence colouring
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1702               colour and group colour menu for protein alignments
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1706               reflect currently selected view or group's shading
1707               thresholds
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1711               when rendered on overview and structures when opacity at
1712               100%
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1716               overview when features overlaid on alignment
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1720               recovered correctly from Jalview project file
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1724               (automatically via preferences) are different to the main
1725               alignment panel
1726             </li>
1727           </ul>
1728           <em>Data import/export</em>
1729           <ul>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1732               load
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1736               added after a sequence was imported are not written to
1737               Stockholm File
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1741               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1745               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1749               with lightGray or darkGray via features file (but can
1750               specify lightgray)
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1754               when alignment view imported from project
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1758               structure and sequences extracted from structure files
1759               imported via URL and viewed in Jmol
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1763               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1764               the project is loaded and the structure viewed
1765             </li>
1766           </ul>
1767           <em>Web Services</em>
1768           <ul>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1771               release of Ensembl v.88
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1775               appear enabled in Preferences->Connections
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1779               removed from console output
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1783               Ensembl by Peptide ID
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1787               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1788               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1789               due to 'null' string rather than empty string used for
1790               residues with no corresponding PDB mapping).
1791             </li>
1792           </ul>
1793           <em>Application UI</em>
1794           <ul>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1797               menu
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1801               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1802               new documentation and tooltips added)
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1806               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1810               new features are added to alignment
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1814               changes to feature colours via the Amend features dialog
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1818               edit graduated feature colour via amend features dialog
1819               box
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1823               selection menu changes colours of alignment views
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1827               from alignment calculation workers after alignment has
1828               been closed
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1832               groups now 'Create Group'
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1836               Create/Undefine group doesn't always work
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1840               shown again after pressing 'Cancel'
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1844               adjusts start position in wrap mode
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1848               ambiguous amino acids
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1852               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1853               proteins
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1857               Defined' don't appear in Colours menu
1858             </li>
1859           </ul>
1860           <em>Applet</em>
1861           <ul>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1864               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1868               overview or linked structure view
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1872               work (since 2.8)
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1876               user-defined colourscheme doesn't restore original
1877               colourscheme
1878             </li>
1879           </ul>
1880           <em>Test Suite</em>
1881           <ul>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1884               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1888               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1889               problems with deep array comparison equality asserts in
1890               successive versions of TestNG
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1894               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1895             </li>
1896           </ul>
1897           <em>New Known Issues</em>
1898           <ul>
1899             <li>
1900               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1901               phase after a sequence motif find operation
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1905               containing just upper and lower case letters are
1906               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1910               reliably from eggnog Ortholog database
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1914               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1915               to mark columns containing highlighted regions.
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1919               doesn't always add secondary structure annotation.
1920             </li>
1921           </ul>
1922         </div>
1923     <tr>
1924       <td width="60" nowrap>
1925         <div align="center">
1926           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1927         </div>
1928       </td>
1929       <td><div align="left">
1930           <em>General</em>
1931           <ul>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1934               for all consensus calculations
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1938               3rd Oct 2016)
1939             </li>
1940             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1941               for 2016-2017</li>
1942           </ul>
1943           <em>Application</em>
1944           <ul>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1947               set of database cross-references, sorted alphabetically
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1951               from database cross references. Users with custom links
1952               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1953                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1957               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1958               Chimera session
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1962               the Chimera it is connected to is shut down
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1966               columns menu item to mark columns containing highlighted
1967               regions (e.g. from structure selections or results of a
1968               Find operation)
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1972               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1973               MSAviewer
1974             </li>
1975           </ul>
1976         </div></td>
1977       <td>
1978         <div align="left">
1979           <em>General</em>
1980           <ul>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1983               are not coloured or thresholded according to percent
1984               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1988               hydrophobic
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1992               threshold, amino acid properties)
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1996               reported as mapped to residues in a structure file in the
1997               View Mapping report
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2001               could be added multiple times to a sequence
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2005               bond features shown as two highlighted residues rather
2006               than a range in linked structure views, and treated
2007               correctly when selecting and computing trees from features
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2011               cross-references are matched to database name regardless
2012               of case
2013             </li>
2014
2015           </ul>
2016           <em>Application</em>
2017           <ul>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2020               names without regular expressions also offer links from
2021               Sequence ID
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2025               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2026               update Jalview configuration
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2030               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2034               files with similarly named sequences if dropped onto the
2035               alignment
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2039               entries where more chains exist in the PDB accession than
2040               are reported in the SIFTS file
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2044               the structure view when displayed with Chimera
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2048               panel's View->Show Chains submenu
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2052               work for wrapped alignment views
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2056               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2060               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2061               first annotation row
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2065               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2069               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2070             </li>
2071             <!-- JAL-2319 -->
2072             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2073             coordindate data
2074             </li>
2075           </ul>
2076           <!--           <em>New Known Issues</em>
2077           <ul>
2078             <li></li>
2079           </ul> -->
2080         </div>
2081       </td>
2082     </tr>
2083     <td width="60" nowrap>
2084       <div align="center">
2085         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2086           <em>25/10/2016</em></strong>
2087       </div>
2088     </td>
2089     <td><em>Application</em>
2090       <ul>
2091         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2092           view if structures already loaded</li>
2093         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2094           structure views</li>
2095       </ul></td>
2096     <td>
2097       <div align="left">
2098         <em>General</em>
2099         <ul>
2100           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2101             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2102           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2103             example sequences/projects/trees</li>
2104         </ul>
2105         <em>Application</em>
2106         <ul>
2107           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2108             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2109           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2110             without timeout for structures with multiple models or
2111             multiple sequences in alignment</li>
2112           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2113             PDB ID HEADER line</li>
2114           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2115             is performed</li>
2116           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2117             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2118           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2119           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2120             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2121             option</li>
2122           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2123             is created on the alignment</li>
2124           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2125             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2126             pop-up menu</li>
2127         </ul>
2128         <em>Build and deployment</em>
2129         <ul>
2130           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2131             tags</li>
2132         </ul>
2133         <em>New Known Issues</em>
2134         <ul>
2135           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2136             on Windows</li>
2137         </ul>
2138       </div>
2139     </td>
2140     </tr>
2141     <tr>
2142       <td width="60" nowrap>
2143         <div align="center">
2144           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2145         </div>
2146       </td>
2147       <td><em>General</em>
2148         <ul>
2149           <li>
2150             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2151           </li>
2152           <li>
2153             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2154             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2155             better PDB parsing.
2156           </li>
2157           <li>
2158             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2159             reference sequence
2160           </li>
2161           <li>
2162             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2163             mousing over sequence associated annotation
2164           </li>
2165           <li>
2166             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2167             for manual entry
2168           </li>
2169           <li>
2170             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2171             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2172             for each column
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2176             showing or hiding columns containing a feature
2177           </li>
2178           <li>
2179             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2180             group and sequence associated annotation labels
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2184             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2185             dialogs
2186           </li>
2187
2188         </ul> <em>Application</em>
2189         <ul>
2190           <li>
2191             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2192             gene/transcript view
2193           </li>
2194           <li>
2195             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2196             dialog
2197           </li>
2198           <li>
2199             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2200             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2204             Pfam sources to xfam.org
2205           </li>
2206           <li>
2207             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2208           </li>
2209           <li>
2210             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2211             over sequences in Jalview
2212           </li>
2213           <li>
2214             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2215             regions in ENA and EMBL
2216           </li>
2217           <li>
2218             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2219             for record retrieval via ENA rest API
2220           </li>
2221           <li>
2222             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2223             complement operator
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2227             groovy script execution
2228           </li>
2229           <li>
2230             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2231             alignment window's Calculate menu
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2235             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2236           </li>
2237           <li>
2238             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2239             calculation workers from groovy scripts
2240           </li>
2241           <li>
2242             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2243             Jalview projects
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2247             associations are now saved/restored from project
2248           </li>
2249           <li>
2250             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2251             before sequence fetcher is opened
2252           </li>
2253           <li>
2254             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2255             database chooser opens a sequence fetcher
2256           </li>
2257           <li>
2258             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2259             the UniProt REST API
2260           </li>
2261           <li>
2262             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2263             the news reader opening
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2267             querying stored in preferences
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2271             search results
2272           </li>
2273           <li>
2274             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2278             menu for nucleotide sequences
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2282             and feature counts preserves alignment ordering (and
2283             debugged for complex feature sets).
2284           </li>
2285           <li>
2286             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2287             viewing structures with Jalview 2.10
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2291             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2292             Ensembl Genomes REST API
2293           </li>
2294           <li>
2295             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2296             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2297             (Ensembl)
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2301             sequences
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2305             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2306             data from external database records.
2307           </li>
2308           <li>
2309             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2310             efficient recovery of sequence coding and alignment
2311             annotation relationships.
2312           </li>
2313         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2314         <ul>
2315           <li>
2316             -- JAL---
2317           </li>
2318         </ul> --></td>
2319       <td>
2320         <div align="left">
2321           <em>General</em>
2322           <ul>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2325               menu on OSX
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2329               includes graduated colourschemes
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2333               working with big alignments and lots of hidden columns
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2337               at right of alignment window
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2341               contents
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2345               for DNA alignments
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2349               based tree calculation
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2353               unconserved enabled for group on alignment
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2357               set as reference
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2361               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2362               annotation
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2366               hidden columns present
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2370               user created annotation added to alignment
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2374               '()' base pair annotation
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2378               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2379               Consensus
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2383               feature not working
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2387               beginning of sequence
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2391               entry 3a6s
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2395               from a tree when t-coffee scores are shown
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2399               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2403               some structures
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2407               to Clustal, PIR and PileUp output
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2411               not visible causes alignment window to repaint
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2415               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2416               scores associated with features and annotation rows
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2420               calculation should be case independent
2421             </li>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2424               columns
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2428               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2429               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2433               problems when reference sequence defined and 'show
2434               non-conserved' enabled
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2438               load even when Consensus calculation is disabled
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2442               alignment does nothing
2443             </li>
2444           </ul>
2445           <em>Application</em>
2446           <ul>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2449               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2450               yet fixed for El Capitan)
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2454               output when running on non-gb/us i18n platforms
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2458               hidden sequences as flat-file alignment
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2462               launching Chimera
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2466               (also hotfix for 2.9.0b2)
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2470               reference sequence defined
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2474               alignments and views when revealing hidden columns
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2478               view in a cDNA/Protein splitframe
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2482               sequence from project when only one sequence is
2483               represented
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2487               in Structure Chooser
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2491               structure consensus didn't refresh annotation panel
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2495               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2499               dialogs format columns correctly, don't display array
2500               data, sort columns according to type
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2504               file chooser is cancelled during an image export
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2508               sequence name containing special characters
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2512               case insensitive
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2516               formatting don't wrap
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2520               truncated so L looks like I in consensus annotation
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2524               currently displayed features for the current selection or
2525               view
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2529               after fetching cross-references, and restoring from
2530               project
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2534               followed in the structure viewer
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2538               splitframe not restored from project
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2542               trailing end of protein alignment in transcript/product
2543               splitview when pad-gaps not enabled by default
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2547               is case dependent
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2551               article has been read (reopened issue due to
2552               internationalisation problems)
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2556               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2557               cross-references
2558             </li>
2559
2560             <li>
2561               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2562               alignment as HTML
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2566               multiple structures are shown for one or more sequences.
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2570               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2571               is enabled.
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2575               specific PDB id for sequence
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2579               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2580               columns' is disabled.
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2584               selects lowest rather than highest resolution structures
2585               for each sequence
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2589               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2593               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2597               after clicking on it to create new annotation for a
2598               column.
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2602               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2603             </li>
2604             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2605             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2606           </ul>
2607           <em>Applet</em>
2608           <ul>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2611               hidden columns present before start of sequence
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2615               (JSON jars)
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2619               sequences are hidden in applet
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2623               deployment on examples pages.
2624             </li>
2625           </ul>
2626         </div>
2627       </td>
2628     </tr>
2629     <tr>
2630       <td width="60" nowrap>
2631         <div align="center">
2632           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2633             <em>16/10/2015</em></strong>
2634         </div>
2635       </td>
2636       <td><em>General</em>
2637         <ul>
2638           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2639             jars</li>
2640         </ul></td>
2641       <td>
2642         <div align="left">
2643           <em>Application</em>
2644           <ul>
2645             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2646               shown when tree is partitioned</li>
2647             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2648               multiple cDNA/Protein split views</li>
2649           </ul>
2650         </div>
2651       </td>
2652     </tr>
2653     <tr>
2654       <td width="60" nowrap>
2655         <div align="center">
2656           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2657             <em>8/10/2015</em></strong>
2658         </div>
2659       </td>
2660       <td><em>General</em>
2661         <ul>
2662           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2663             2.9</li>
2664         </ul> <em>Application</em>
2665         <ul>
2666           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2667           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2668           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2669         </ul> <em>Applet</em>
2670         <ul>
2671           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2672         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2673         <ul>
2674           <li>
2675             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2676             suite
2677           </li>
2678         </ul></td>
2679       <td>
2680         <div align="left">
2681           <em>General</em>
2682           <ul>
2683             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2684               incorrect when sequence start > 1</li>
2685             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2686               documentation</li>
2687             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2688             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2689               loading a features file containing HTML tags in feature
2690               description</li>
2691
2692           </ul>
2693           <em>Application</em>
2694           <ul>
2695             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2696               reimport</li>
2697             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2698               with 'trim retrieved sequences'</li>
2699             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2700               deleting selected columns</li>
2701             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2702               JNLP templates for webstart launch</li>
2703             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2704               unreleased structures for download or viewing</li>
2705             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2706               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2707             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2708               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2709             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2710               recovered from jalview project</li>
2711             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2712               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2713               alignment view</li>
2714             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2715               color schemes from BioJSON</li>
2716           </ul>
2717           <em>Applet</em>
2718           <ul>
2719             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2720               frame</li>
2721             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2722           </ul>
2723         </div>
2724       </td>
2725     </tr>
2726     <tr>
2727       <td><div align="center">
2728           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2729         </div></td>
2730       <td><em>General</em>
2731         <ul>
2732           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2733             alignments:
2734             <ul>
2735               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2736                 and DNA alignment views</li>
2737               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2738                 cDNA alignment views</li>
2739               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2740                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2741               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2742                 protein sequences</li>
2743             </ul>
2744           </li>
2745           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2746           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2747             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2748           <li>New alignment annotation file statements for
2749             reference sequences and marking hidden columns</li>
2750           <li>Reference sequence based alignment shading to
2751             highlight variation</li>
2752           <li>Select or hide columns according to alignment
2753             annotation</li>
2754           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2755           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2756             acid conservation row</li>
2757           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2758         </ul> <em>Application</em>
2759         <ul>
2760           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2761             <ul>
2762               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2763                 view with cDNA/Protein</li>
2764               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2765                 sequences are placed in the same alignment</li>
2766               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2767                 projects</li>
2768             </ul>
2769           </li>
2770
2771           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2772           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2773             Jalview windows</li>
2774
2775           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2776           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2777           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2778             be shown in VARNA</li>
2779
2780           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2781             as the active selected region</li>
2782
2783           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2784             similarity</li>
2785           <li>New Export options
2786             <ul>
2787               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2788                 region export in flat file generation</li>
2789
2790               <li>Export alignment views for display with the <a
2791                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2792
2793               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2794               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2795                 alignment figures to HTML</li>
2796           </li>
2797           <li>3D structure retrieval and display
2798             <ul>
2799               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2800                 Search API</li>
2801               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2802                 PDB structures for a sequence set</li>
2803             </ul>
2804           </li>
2805
2806           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2807             predictions</li>
2808           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2809             for one or a group of sequences</li>
2810           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2811             from the JPred4 web server</li>
2812           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2813             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2814             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2815           </li>
2816           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2817             VARNA 2D Structure'</li>
2818           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2819             Structure ..."</li>
2820
2821         </ul> <em>Applet</em>
2822         <ul>
2823           <li>New layout for applet example pages</li>
2824           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2825             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2826           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2827             Protein alignments</li>
2828         </ul> <em>Development and deployment</em>
2829         <ul>
2830           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2831           <li>Include installation type and git revision in build
2832             properties and console log output</li>
2833           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2834             storing BioJsMSA Templates</li>
2835           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2836         </ul></td>
2837       <td>
2838         <!-- <em>General</em>
2839         <ul>
2840         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2841         <ul>
2842           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2843           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2844           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2845             predictions are not highlighted in amber</li>
2846           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2847             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2848           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2849             associated structure views</li>
2850           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2851             width checkbox not enabled</li>
2852           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2853             creating user defined colours</li>
2854           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2855             mappings for just that viewer's sequences</li>
2856           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2857             multiple models in Chimera</li>
2858           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2859             over Jmol structure</li>
2860           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2861             output to text box</li>
2862           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2863             have incorrect sequence start/end</li>
2864           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2865             Jalview fails</li>
2866           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2867             work for nucleotide</li>
2868           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2869             to a grey/invisible alignment window</li>
2870           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2871             imports to different position</li>
2872           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2873             on some platforms</li>
2874           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2875             populated</li>
2876           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2877             console if Chimera has been opened</li>
2878           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2879           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2880             retrieved</li>
2881           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2882           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2883             either sequence shows on first structure</li>
2884           <li>'Show annotations' options should not make
2885             non-positional annotations visible</li>
2886           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2887             in right place after 'view flanking regions'</li>
2888           <li>File Save As type unset when current file format is
2889             unknown</li>
2890           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2891             projects</li>
2892           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2893             responsive</li>
2894           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2895             several views on same alignment</li>
2896           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2897           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2898             spaces</li>
2899         </ul> <em>Applet</em>
2900         <ul>
2901           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2902           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2903             descriptions containing angle brackets</li>
2904         </ul> <em>General</em>
2905         <ul>
2906           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2907             via jalview annotation file</li>
2908           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2909             with RNA secondary structure</li>
2910           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2911             translation doesn't work.</li>
2912           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2913           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2914             positions</li>
2915           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2916             choosing 1pt font</li>
2917           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2918             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2919             'h'</li>
2920           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2921             new feature</li>
2922           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2923             order dependent</li>
2924           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2925             sequences</li>
2926           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2927         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2928         <ul>
2929           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2930             www.jalview.org</li>
2931         </ul> <em>Application Known issues</em>
2932         <ul>
2933           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2934           <li>Misleading message appears after trying to delete
2935             solid column.</li>
2936           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2937             version launches</li>
2938           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2939             fails with a sequence mismatch</li>
2940           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2941             scrolling alignment to right</li>
2942           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2943             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2944           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2945             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2946           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2947             ultra-high resolution</li>
2948           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2949             quality and conservation</li>
2950           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2951             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2952         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2953         <ul>
2954           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2955           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2956             window is being resized</li>
2957
2958         </ul>
2959       </td>
2960     </tr>
2961     <tr>
2962       <td><div align="center">
2963           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2964         </div></td>
2965       <td><em>General</em>
2966         <ul>
2967           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2968             Certum.PL.</li>
2969           <li>Features and annotation preserved when performing
2970             pairwise alignment</li>
2971           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2972             imported/exported/displayed</li>
2973           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2974             protein secondary structure</li>
2975           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2976               post-hoc with 2.9 release</em>)
2977           </li>
2978
2979         </ul> <em>Application</em>
2980         <ul>
2981           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2982             with 3D structures</li>
2983           <li>Support for parsing RNAML</li>
2984           <li>Annotations menu for layout
2985             <ul>
2986               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2987               <li>place sequence annotation above/below alignment
2988                 annotation</li>
2989             </ul>
2990           <li>Output in Stockholm format</li>
2991           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2992             translation</li>
2993           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2994           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2995             shared between alignments</li>
2996           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2997             Jalview</li>
2998           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2999             all or current selection</li>
3000           <li>disorder and secondary structure predictions
3001             available as dataset annotation</li>
3002           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3003
3004
3005           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3006             alignments from Rfam</li>
3007           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3008
3009           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3010             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3011           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3012           <li>include installation type in build properties and
3013             console log output</li>
3014           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3015             annotation</li>
3016         </ul></td>
3017       <td>
3018         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3019         <ul>
3020           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3021             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3022           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3023             alignment</li>
3024           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3025           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3026           <li>Double click on sequence associated annotation
3027             selects only first column</li>
3028           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3029             leaves shown in tree</li>
3030           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3031             properly</li>
3032           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3033           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3034             screen and buttons not visible</li>
3035           <li>author list isn't updated if already written to
3036             Jalview properties</li>
3037           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3038             from database</li>
3039           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3040           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3041             browser search window</li>
3042           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3043             in feature settings dialog</li>
3044           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3045             desktop</li>
3046           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3047             pass validation</li>
3048           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3049             fit on screen</li>
3050           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3051             tooltip</li>
3052           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3053             defined user preset</li>
3054           <li>MSA web services warns user if they were launched
3055             with invalid input</li>
3056           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3057             Java 8</li>
3058           <li>
3059             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3060             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3061             created
3062           </li>
3063
3064         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3065         <ul>
3066         </ul> <em>General</em>
3067         <ul>
3068         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3069         <ul>
3070           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3071             memory allocation</li>
3072           <li>launchApp service doesn't automatically open
3073             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3074           <li>
3075             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3076             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3077             1.7_055 is available
3078           </li>
3079         </ul> <em>Application Known issues</em>
3080         <ul>
3081           <li>
3082             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3083             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3084             alignment to right
3085           </li>
3086           <li>
3087             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3088             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3089             with large number of ID
3090           </li>
3091           <li>
3092             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3093             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3094             start/end
3095           </li>
3096           <li>
3097             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3098             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3099             structure tracks are rearranged
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3103             invalid rna structure positional highlighting does not
3104             highlight position of invalid base pairs
3105           </li>
3106           <li>
3107             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3108             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3109             project from alignment window file menu
3110           </li>
3111           <li>
3112             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3113             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3114             structures
3115           </li>
3116           <li>
3117             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3118             colour by RNA Helices not enabled when user created
3119             annotation added to alignment
3120           </li>
3121           <li>
3122             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3123             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3124           </li>
3125         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3126         <ul>
3127           <li>
3128             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3129             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3130           </li>
3131           <li>
3132             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3133             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3134           </li>
3135
3136           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3137             when selected</li>
3138         </ul>
3139       </td>
3140     </tr>
3141     <tr>
3142       <td><div align="center">
3143           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3144         </div></td>
3145       <td>
3146         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3147         <em>General</em>
3148         <ul>
3149           <li>Internationalisation of user interface (usually
3150             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3151           <li>Define/Undefine group on current selection with
3152             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3153           <li>Improved group creation/removal options in
3154             alignment/sequence Popup menu</li>
3155           <li>Sensible precision for symbol distribution
3156             percentages shown in logo tooltip.</li>
3157           <li>Annotation panel height set according to amount of
3158             annotation when alignment first opened</li>
3159         </ul> <em>Application</em>
3160         <ul>
3161           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3162             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3163           <li>Select columns containing particular features from
3164             Feature Settings dialog</li>
3165           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3166             sequences</li>
3167           <li>Update Jalview project format:
3168             <ul>
3169               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3170               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3171                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3172               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3173                 colouring</li>
3174             </ul>
3175           </li>
3176           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3177             (PAM250)</li>
3178           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3179             flanking regions for an alignment</li>
3180         </ul>
3181       </td>
3182       <td>
3183         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3184         <ul>
3185           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3186             running after job is cancelled</li>
3187           <li>cannot export features from alignments imported from
3188             Jalview/VAMSAS projects</li>
3189           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3190             float values</li>
3191           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3192             have 'display all symbols' flag set</li>
3193           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3194             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3195           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3196             Jalview</li>
3197           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3198             Lion/Webstart</li>
3199           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3200           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3201           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3202             alignment onto desktop</li>
3203           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3204             'extract scores' function</li>
3205           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3206             alignment window</li>
3207           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3208             performing IUPred disorder prediction</li>
3209           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3210             changing 'normalise logo' display setting</li>
3211           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3212             nothing matches query</li>
3213           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3214             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3215           </li>
3216           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3217             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3218           </li>
3219           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3220             Jalview's menu</li>
3221           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3222             'invalid literal/length code'</li>
3223           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3224             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3225           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3226             colourscheme</li>
3227
3228         </ul> <em>Applet</em>
3229         <ul>
3230           <li>Remove group option is shown even when selection is
3231             not a group</li>
3232           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3233             don't affect groups</li>
3234           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3235             colourscheme name</li>
3236           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3237             Annotation panel is not displayed</li>
3238           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3239             embedded windows</li>
3240         </ul> <em>Other</em>
3241         <ul>
3242           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3243             single sequence were not calculated</li>
3244           <li>annotation files that contain only groups imported as
3245             annotation and junk sequences</li>
3246           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3247             recognised as PFAM or BLC</li>
3248           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3249             doesn't affect background (2.8.0b1)
3250           <li></li>
3251           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3252           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3253             trailing gaps</li>
3254           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3255             registered correctly on import</li>
3256           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3257             certain alignments</li>
3258           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3259             existing annotation based 'use original colours'
3260             colourscheme loses original colours setting</li>
3261         </ul>
3262       </td>
3263     </tr>
3264     <tr>
3265       <td><div align="center">
3266           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3267             <em>30/1/2014</em></strong>
3268         </div></td>
3269       <td>
3270         <ul>
3271           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3272             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3273             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3274             open source project).
3275           </li>
3276           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3277           <li>Output in Stockholm format</li>
3278           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3279           <li>Export/import group and sequence associated line
3280             graph thresholds</li>
3281           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3282             ambiguity codes</li>
3283           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3284             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3285             works</li>
3286           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3287         </ul> <em>Other improvements</em>
3288         <ul>
3289           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3290           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3291             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3292           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3293             files</li>
3294           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3295           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3296             link but no description</li>
3297           <li>Select primary source when selecting authority in
3298             database fetcher GUI</li>
3299           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3300             Jalview</li>
3301           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3302         </ul>
3303       </td>
3304       <td>
3305         <ul>
3306           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3307             displayed</li>
3308           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3309             secondary structure annotation line</li>
3310           <li>Sequence database accessions not imported when
3311             fetching alignments from Rfam</li>
3312           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3313             identical IDs</li>
3314           <li>View all structures does not always superpose
3315             structures</li>
3316           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3317             reflect user or preset settings</li>
3318           <li>Null pointer exceptions for some services without
3319             presets or adjustable parameters</li>
3320           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3321             discover PDB xRefs</li>
3322           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3323             features with DAS</li>
3324           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3325             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3326           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3327             residue follows a gap</li>
3328           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3329             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3330           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3331             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3332           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3333             annotation already exists on alignment</li>
3334           <li>oninit javascript function should be called after
3335             initialisation completes</li>
3336           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3337             alignment window display</li>
3338           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3339           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3340             to annotation file</li>
3341           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3342             groups created</li>
3343           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3344             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3345           <li>Pressing return several times causes Number Format
3346             exceptions in keyboard mode</li>
3347           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3348             correct partitions for input data</li>
3349           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3350           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3351           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3352           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3353             mode</li>
3354           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3355             changes one row&#39;s threshold</li>
3356           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3357             doesn&#39;t open</li>
3358           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3359             quality histograms</li>
3360         </ul>
3361       </td>
3362     </tr>
3363     <tr>
3364       <td><div align="center">
3365           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3366         </div></td>
3367       <td><em>Application</em>
3368         <ul>
3369           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3370             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3371           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3372             preferences</li>
3373           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3374             in Jalview alignment window</li>
3375           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3376             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3377           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3378             RNA and ambiguity codes</li>
3379
3380           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3381           <li>Support fetching and database reference look up
3382             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3383             refs')</li>
3384           <li>Jalview project improvements
3385             <ul>
3386               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3387                 flag for annotation</li>
3388               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3389                 alignment</li>
3390               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3391                 Jalview project</li>
3392
3393             </ul>
3394           </li>
3395           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3396           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3397             running</li>
3398           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3399           <li>visual indication that web service results are still
3400             being retrieved from server</li>
3401           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3402             starts up for first time</li>
3403           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3404             services</li>
3405           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3406             client library</li>
3407           <li>Examples directory and Groovy library included in
3408             InstallAnywhere distribution</li>
3409         </ul> <em>Applet</em>
3410         <ul>
3411           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3412             visualization applet example</li>
3413         </ul> <em>General</em>
3414         <ul>
3415           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3416           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3417             defaults</li>
3418           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3419             calculation</li>
3420           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3421             matrices
3422           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3423             in HTML</li>
3424           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3425             structure contacts</li>
3426           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3427           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3428           <li>Parse sequence associated secondary structure
3429             information in Stockholm files</li>
3430           <li>HTML Export database accessions and annotation
3431             information presented in tooltip for sequences</li>
3432           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3433             style RNA alignment files</li>
3434           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3435             alignment</li>
3436           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3437             shade each sequence according to its associated alignment
3438             annotation</li>
3439           <li>New Jalview Logo</li>
3440         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3441         <ul>
3442           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3443           <li>New Website!</li>
3444         </ul></td>
3445       <td><em>Application</em>
3446         <ul>
3447           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3448             wsdbfetch REST service</li>
3449           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3450           <li>Filetype associations not installed for webstart
3451             launch</li>
3452           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3453             job execution in full once it is complete</li>
3454           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3455             uploaded via ali_file parameter</li>
3456           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3457           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3458           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3459             submitted for prediction</li>
3460           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3461             desktop window</li>
3462           <li>Putting fractional value into integer text box in
3463             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3464           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3465             windows 7</li>
3466           <li>View all structures fails with exception shown in
3467             structure view</li>
3468           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3469             escaped in a platform independent way</li>
3470           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3471             using proxy</li>
3472           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3473             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3474           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3475             failure when java web start temporary file caching is
3476             disabled</li>
3477           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3478             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3479           <li>Errors during processing of command line arguments
3480             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3481           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3482             DAS sources in sequence fetcher</li>
3483           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3484             dialog is shown</li>
3485           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3486           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3487           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3488           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3489             on OSX Mountain Lion</li>
3490           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3491             sequences with alignment annotation are pasted into the
3492             alignment</li>
3493           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3494             when loaded from Jalview project</li>
3495           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3496           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3497             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3498           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3499             associated with all views</li>
3500           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3501             annotation rows to new window</li>
3502         </ul> <em>Applet</em>
3503         <ul>
3504           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3505             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3506           <li>loading features via javascript API automatically
3507             enables feature display</li>
3508           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3509             work</li>
3510         </ul> <em>General</em>
3511         <ul>
3512           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3513           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3514             and then deselected</li>
3515           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3516           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3517             coloured with clustalx</li>
3518           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3519             exceptions and redraw errors</li>
3520           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3521             reconfigured view</li>
3522           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3523             colour</li>
3524           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3525             for lots of labels</li>
3526         </ul>
3527     </tr>
3528     <tr>
3529       <td>
3530         <div align="center">
3531           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3532         </div>
3533       </td>
3534       <td><em>Application</em>
3535         <ul>
3536           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3537           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3538           <li>View/alignment association menu to enable user to
3539             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3540             its colours/correspondences from</li>
3541           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3542           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3543             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3544           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3545           <li>Annotation row column label formatting attributes
3546             stored in project file</li>
3547           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3548             rows preserved in Jalview project file</li>
3549           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3550             saved using Desktop window menu</li>
3551           <li>Visual indication that command line arguments are
3552             still being processed</li>
3553           <li>Groovy script execution from URL</li>
3554           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3555             preferences</li>
3556           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3557             alignment with sequences that have high similarity and
3558             matching IDs</li>
3559           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3560           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3561             structures in same window</li>
3562           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3563           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3564             analysis function in its own submenu</li>
3565         </ul> <em>Applet</em>
3566         <ul>
3567           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3568             groups</li>
3569           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3570           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3571           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3572           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3573           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3574             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3575           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3576           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3577             parameters are treated as such</li>
3578           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3579             <ul>
3580               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3581               <li>Javascript callbacks for
3582                 <ul>
3583                   <li>Applet initialisation</li>
3584                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3585                 </ul>
3586               </li>
3587               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3588                 functions</li>
3589               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3590               <li>javascript structure viewer harness to pass
3591                 messages between Jmol and Jalview when running as
3592                 distinct applets</li>
3593               <li>sortBy method</li>
3594               <li>Set of applet and application examples shipped
3595                 with documentation</li>
3596               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3597                 javascript message exchange</li>
3598             </ul>
3599         </ul> <em>General</em>
3600         <ul>
3601           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3602             multiple alignments</li>
3603           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3604           <li>User configurable link to enable redirects to a
3605             www.Jalview.org mirror</li>
3606           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3607           <li>Configurable newline string when writing alignment
3608             and other flat files</li>
3609           <li>Allow alignment annotation description lines to
3610             contain html tags</li>
3611         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3612         <ul>
3613           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3614             examples</li>
3615           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3616             using a web service before displaying the result in the
3617             Jalview desktop</li>
3618           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3619           <li>Ant target to publish example html files with applet
3620             archive</li>
3621           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3622           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3623         </ul></td>
3624       <td><em>Application</em>
3625         <ul>
3626           <li>User defined colourscheme throws exception when
3627             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3628           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3629             dialog for valid filename/format</li>
3630           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3631           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3632             P37173</li>
3633           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3634             which sequence is to be associated with the file</li>
3635           <li>Find All raises null pointer exception when query
3636             only matches sequence IDs</li>
3637           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3638           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3639             2.4 cannot be loaded</li>
3640           <li>Filetype associations not installed for webstart
3641             launch</li>
3642           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3643             with sequences in different alignments do not get coloured
3644             by their associated sequence</li>
3645           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3646             not preserved when project is loaded</li>
3647           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3648             stored in Jalview project</li>
3649           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3650             Jalview project</li>
3651           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3652           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3653             by conservation</li>
3654           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3655             created on new view</li>
3656           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3657             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3658           <li>Alignment quality not updated after alignment
3659             annotation row is hidden then shown</li>
3660           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3661             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3662           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3663             properly</li>
3664           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3665             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3666           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3667           <li>Structures imported from file and saved in project
3668             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3669           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3670             job execution in full once it is complete</li>
3671         </ul> <em>Applet</em>
3672         <ul>
3673           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3674             annotation rows are displayed</li>
3675           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3676             codebase</li>
3677           <li>View follows highlighting does not work for positions
3678             in sequences</li>
3679           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3680           <li>Export features raises exception when no features
3681             exist</li>
3682           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3683             for javascript api is modified when separator string
3684             provided as parameter</li>
3685           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3686             alignment with no existing selection</li>
3687           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3688             to applet&#39;s codebase</li>
3689           <li>Status bar not updated after finished searching and
3690             search wraps around to first result</li>
3691           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3692             several Jalview applets causes race conditions and memory
3693             leaks</li>
3694           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3695             not sent from Jmol in applet</li>
3696           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3697             applet API fatally hang browser</li>
3698         </ul> <em>General</em>
3699         <ul>
3700           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3701             position with wrapped view and hidden regions</li>
3702           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3703             with/without hidden columns</li>
3704           <li>Sequence length given in alignment properties window
3705             is off by 1</li>
3706           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3707             import PDB like structure files</li>
3708           <li>Positional search results are only highlighted
3709             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3710           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3711           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3712             given sequence position</li>
3713           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3714             output</li>
3715           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3716             from nucleotide chains correctly</li>
3717           <li>Structure colours not updated when tree partition
3718             changed in alignment</li>
3719           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3720             parsed in interleaved stockholm</li>
3721           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3722             state</li>
3723           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3724             properly</li>
3725           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3726             properly associated with their pdb files</li>
3727         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3728         <ul>
3729           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3730             ApplyCopyright tool</li>
3731         </ul></td>
3732     </tr>
3733     <tr>
3734       <td>
3735         <div align="center">
3736           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3737         </div>
3738       </td>
3739       <td><em>Application</em>
3740         <ul>
3741           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3742             contact web services</li>
3743           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3744             service job window</li>
3745           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3746         </ul></td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3750             pir file emitted by Jalview</li>
3751           <li>Existing feature settings transferred to new
3752             alignment view created from cut'n'paste</li>
3753           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3754             parsing PDB files</li>
3755           <li>Consensus and conservation annotation rows
3756             occasionally become blank for all new windows</li>
3757           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3758             in wrapped view mode</li>
3759         </ul> <em>Application</em>
3760         <ul>
3761           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3762             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3763           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3764             parameter names</li>
3765           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3766             is down</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769     </tr>
3770     <tr>
3771       <td>
3772         <div align="center">
3773           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3774         </div>
3775       </td>
3776       <td><em>Application</em>
3777         <ul>
3778           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3779             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3780             (JABAWS)
3781           </li>
3782           <li>Web Services preference tab</li>
3783           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3784             preferences</li>
3785           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3786           <li>Superpose structures using associated sequence
3787             alignment</li>
3788           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3789             viewer</li>
3790         </ul> <em>Applet</em>
3791         <ul>
3792           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3793             link out mechanism</li>
3794         </ul> <em>Other</em>
3795         <ul>
3796           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3797             series 12</li>
3798           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3799             require Java 1.5</li>
3800           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3801             sequence annotation files</li>
3802           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3803             type colour specification</li>
3804           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3805             script to check if it being run in an interactive session or
3806             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3807         </ul></td>
3808       <td>
3809         <ul>
3810           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3811             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3812         </ul> <em>Application</em>
3813         <ul>
3814           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3815             selected Regions menu item</li>
3816           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3817             part of a valid accession ID</li>
3818           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3819             runs out of memory</li>
3820           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3821             analysis results</li>
3822           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3823             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3824           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3825         </ul> <em>Applet</em>
3826         <ul>
3827           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3828             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3829             defined.</li>
3830         </ul>
3831       </td>
3832     </tr>
3833     <tr>
3834       <td>
3835         <div align="center">
3836           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3837         </div>
3838       </td>
3839       <td></td>
3840       <td>
3841         <ul>
3842           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3843             sequence IDs</li>
3844           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3845             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3846           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3847             import correctly</li>
3848           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3849             number of columns are hidden</li>
3850           <li>annotation label popup menu not providing correct
3851             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3852             present</li>
3853           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3854             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3855           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3856             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3857
3858         </ul> <em>Applet</em>
3859         <ul>
3860           <li>annotation panel disappears when annotation is
3861             hidden/removed</li>
3862         </ul> <em>Application</em>
3863         <ul>
3864           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3865             alignment opened where annotation panel is visible but no
3866             annotations are present on alignment</li>
3867           <li>pasted region containing hidden columns is
3868             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3869           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3870             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3871           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3872             selected Rregions menu item.</li>
3873           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3874             'Un' or 'Non'conserved</li>
3875           <li>Sequence feature settings are being shared by
3876             multiple distinct alignments</li>
3877           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3878             changed</li>
3879           <li>double click on group annotation to select sequences
3880             does not propagate to associated trees</li>
3881           <li>Mac OSX specific issues:
3882             <ul>
3883               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3884                 window background</li>
3885               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3886                 name set correctly</li>
3887               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3888                 save feature colourscheme button</li>
3889             </ul>
3890           </li>
3891         </ul>
3892       </td>
3893     </tr>
3894     <tr>
3895
3896       <td>
3897         <div align="center">
3898           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3899         </div>
3900       </td>
3901       <td><em>New Capabilities</em>
3902         <ul>
3903           <li>URL links generated from description line for
3904             regular-expression based URL links (applet and application)
3905
3906           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3907             menu</li>
3908           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3909             structures</li>
3910           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3911             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3912           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3913             average score or total feature count for each sequence.</li>
3914           <li>Shading features by score or associated description</li>
3915           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3916             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3917           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3918             hide everything but the currently selected region.</li>
3919           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3920         </ul> <em>Application</em>
3921         <ul>
3922           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3923             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3924           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3925             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3926           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3927             database references and protein_name is parsed as
3928             description line (BioSapiens terms).</li>
3929           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3930             references in sequence ID tooltip from View menu in
3931             application.</li>
3932           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3933       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3934           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3935             conservation plots</li>
3936           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3937             and visualized as sequence logos</li>
3938           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3939             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3940           </li>
3941           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3942             when a new tree is opened.</li>
3943           <li>Jalview Java Console</li>
3944           <li>Better placement of desktop window when moving
3945             between different screens.</li>
3946           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3947             consensus annotation</li>
3948           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3949             Workflows</li>
3950           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3951             <ul>
3952               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3953                 used to preserve views, structures, and tree display
3954                 settings)</li>
3955               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3956                 command line</li>
3957               <li>Sharing of selected regions between views and
3958                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3959               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3960             </ul></li>
3961         </ul> <em>Applet</em>
3962         <ul>
3963           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3964           <li>New Parameters
3965             <ul>
3966               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3967                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3968                 opened.</li>
3969               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3970                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3971               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3972                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3973               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3974                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3975                 view</li>
3976               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3977                 increase the height or width of a cell in the alignment
3978                 grid relative to the current font size.</li>
3979             </ul>
3980           </li>
3981           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3982             tooltip</li>
3983         </ul> <em>Other</em>
3984         <ul>
3985           <li>Features format: graduated colour definitions and
3986             specification of feature scores</li>
3987           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3988             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3989             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3990           <li>XML formats extended to support graduated feature
3991             colourschemes, group associated annotation, and profile
3992             visualization settings.</li></td>
3993       <td>
3994         <ul>
3995           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3996             rather than description</li>
3997           <li>Non-positional features are now included in sequence
3998             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3999             visibility in tooltip).</li>
4000           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4001           <li>Added URL embedding instructions to features file
4002             documentation.</li>
4003           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4004             'X' in peptide product</li>
4005           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4006             sequence ID and sequence string and query strings do not
4007             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4008           <li>AMSA files only contain first column of
4009             multi-character column annotation labels</li>
4010           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4011             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4012             exported and re-imported)</li>
4013           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4014             name</li>
4015           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4016             as subsequence matches, and correctly reports total number
4017             of both.</li>
4018           <li>Application:
4019             <ul>
4020               <li>Better handling of exceptions during sequence
4021                 retrieval</li>
4022               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4023                 link text excludes the start_end suffix</li>
4024               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4025                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4026               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4027               <li>Sequence description lines properly shared via
4028                 VAMSAS</li>
4029               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4030                 data sources</li>
4031               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4032                 completes before alignment figures are generated.</li>
4033               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4034                 first time.</li>
4035               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4036                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4037               <li>User defined group colours properly recovered
4038                 from Jalview projects.</li>
4039             </ul>
4040           </li>
4041         </ul>
4042       </td>
4043
4044     </tr>
4045     <tr>
4046       <td>
4047         <div align="center">
4048           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4049         </div>
4050       </td>
4051       <td>
4052         <ul>
4053           <li>Experimental support for google analytics usage
4054             tracking.</li>
4055           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4056         </ul>
4057       </td>
4058       <td>
4059         <ul>
4060           <li>Race condition in applet preventing startup in
4061             jre1.6.0u12+.</li>
4062           <li>Exception when feature created from selection beyond
4063             length of sequence.</li>
4064           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4065           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4066             all sequences with a given id</li>
4067           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4068             ID string searches</li>
4069           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4070             alignment to fail with exception</li>
4071         </ul> <em>Application Issues</em>
4072         <ul>
4073           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4074           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4075             data sources</li>
4076         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4077         <ul>
4078           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4079             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4080           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4081             version (java class versioning error fixed)</li>
4082         </ul>
4083       </td>
4084     </tr>
4085     <tr>
4086       <td>
4087
4088         <div align="center">
4089           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4090         </div>
4091       </td>
4092       <td><em>User Interface</em>
4093         <ul>
4094           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4095             translation and protein products</li>
4096           <li>Linked highlighting of structure associated with
4097             residue mapping to codon position</li>
4098           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4099             and 'clear' button</li>
4100           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4101             Tools menu</li>
4102           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4103             numeric data in description line</li>
4104           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4105           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4106             of sequence</li>
4107         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4108         <ul>
4109           <li>JPred3 web service</li>
4110           <li>Prototype sequence search client (no public services
4111             available yet)</li>
4112           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4113             PFAM</li>
4114           <li>URL Links created for matching database cross
4115             references as well as sequence ID</li>
4116           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4117         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4118         <ul>
4119           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4120             databases</li>
4121           <li>Generalised database reference retrieval and
4122             validation to all fetchable databases</li>
4123           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4124             sequence command</li>
4125         </ul> <em>Import and Export</em>
4126         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4127         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4128           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4129         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4130           File</li>
4131         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4132           triplet as name of colourscheme</li>
4133         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4134         <ul>
4135           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4136           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4137             alignments (experimental)</li>
4138           <li>Create new or select existing session to join</li>
4139           <li>load and save of vamsas documents</li>
4140         </ul> <em>Application command line</em>
4141         <ul>
4142           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4143             from applet)</li>
4144           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4145             of DAS servers to query for alignment features</li>
4146           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4147             that are also automatically queried for features</li>
4148           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4149             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4150         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4151         <ul>
4152           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4153             application (when using &quot;View in full
4154             application&quot;)</li>
4155         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4156         <ul>
4157           <li>feature group display control parameter</li>
4158           <li>debug parameter</li>
4159           <li>showbutton parameter</li>
4160         </ul> <em>Applet API methods</em>
4161         <ul>
4162           <li>newView public method</li>
4163           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4164           <li>Feature display control methods</li>
4165           <li>get list of currently selected sequences</li>
4166         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4167         <ul>
4168           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4169           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4170             Jalview release.</li>
4171           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4172             property controls execution of obfuscator</li>
4173           <li>Build target for generating source distribution</li>
4174           <li>Debug flag for javacc</li>
4175           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4176             jalview.bin.Cache</li>
4177           <li>Continuous Build Integration for stable and
4178             development version of Application, Applet and source
4179             distribution</li>
4180         </ul></td>
4181       <td>
4182         <ul>
4183           <li>selected region output includes visible annotations
4184             (for certain formats)</li>
4185           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4186             for editing</li>
4187           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4188           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4189           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4190           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4191             comments</li>
4192           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4193             filenames containing a ':'</li>
4194           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4195             global sequence features</li>
4196           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4197             references from alignment sequences goes to zero</li>
4198           <li>Close of tree branch colour box without colour
4199             selection causes cascading exceptions</li>
4200           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4201           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4202             file parsing fails.</li>
4203           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4204           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4205             not a valid output format</li>
4206           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4207             vamsas</li>
4208           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4209           <li>error messages passed up and output when data read
4210             fails</li>
4211           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4212             sequence is edited</li>
4213           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4214             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4215           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4216             filetype</li>
4217           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4218             import fixed for PFAM records</li>
4219           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4220             window list</li>
4221           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4222             can be read and written correctly to annotation file</li>
4223           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4224             correctly</li>
4225           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4226             non-italic font for representatives in Applet</li>
4227           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4228             Macs.</li>
4229           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4230             Applet)</li>
4231           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4232             due to null pointer exceptions</li>
4233           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4234             first column of alignment</li>
4235           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4236             July 2008</li>
4237           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4238             file is case-insensitive</li>
4239           <li>Sequence features read from Features file appended to
4240             all sequences with matching IDs</li>
4241           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4242             containing a sub-sequence</li>
4243           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4244           <li>feature and annotation file applet parameters
4245             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4246           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4247           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4248             splash-screen version check to complete</li>
4249           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4250             when passing them to the launchApp service</li>
4251           <li>display name and local features preserved in results
4252             retrieved from web service</li>
4253           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4254             sequence fetcher initialisation</li>
4255           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4256             dasobert DAS client</li>
4257           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4258             association</li>
4259           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4260             sequences
4261           </li>
4262         </ul>
4263       </td>
4264     </tr>
4265     <tr>
4266       <td>
4267         <div align="center">
4268           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4269         </div>
4270       </td>
4271       <td>
4272         <ul>
4273           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4274           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4275           <li>Slide sequences</li>
4276           <li>Edit sequence in place</li>
4277           <li>EMBL CDS features</li>
4278           <li>DAS Feature mapping</li>
4279           <li>Feature ordering</li>
4280           <li>Alignment Properties</li>
4281           <li>Annotation Scores</li>
4282           <li>Sort by scores</li>
4283           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4284         </ul>
4285       </td>
4286       <td>
4287         <ul>
4288           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4289           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4290           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4291           <li>Feature group display state in XML</li>
4292           <li>Feature ordering in XML</li>
4293           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4294           <li>Stockholm alignment properties</li>
4295           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4296           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4297           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4298           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4299         </ul>
4300       </td>
4301
4302     </tr>
4303     <tr>
4304       <td>
4305         <div align="center">
4306           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4307         </div>
4308       </td>
4309       <td>
4310         <ul>
4311           <li>Non standard characters can be read and displayed
4312           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4313             applet via textbox
4314           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4315             name &amp; description
4316           <li>Preference setting to display sequence name in
4317             italics
4318           <li>Annotation file format extended to allow
4319             Sequence_groups to be defined
4320           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4321             specified in preferences
4322           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4323             sequences
4324         </ul>
4325       </td>
4326       <td>
4327         <ul>
4328           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4329             installed
4330           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4331           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4332         </ul>
4333       </td>
4334     </tr>
4335     <tr>
4336       <td>
4337         <div align="center">
4338           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4339         </div>
4340       </td>
4341       <td>
4342         <ul>
4343           <li>Multiple views on alignment
4344           <li>Sequence feature editing
4345           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4346           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4347           <li>Background dependent text colour
4348           <li>Right align sequence ids
4349           <li>User-defined lower case residue colours
4350           <li>Format Menu
4351           <li>Select Menu
4352           <li>Menu item accelerator keys
4353           <li>Control-V pastes to current alignment
4354           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4355           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4356           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4357
4358           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4359         </ul>
4360       </td>
4361       <td>
4362         <ul>
4363           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4364           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4365             calculations
4366           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4367             edits
4368           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4369             of alignment)
4370           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4371
4372           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4373             display correctly
4374           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4375           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4376             analysis results
4377           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4378             &#8739;
4379           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4380           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4381           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4382
4383         </ul>
4384       </td>
4385     </tr>
4386     <tr>
4387       <td>
4388         <div align="center">
4389           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4390         </div>
4391       </td>
4392       <td>
4393         <ul>
4394           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4395         </ul>
4396       </td>
4397       <td>
4398         <ul>
4399           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4400             sequence id panel has been resized</li>
4401           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4402             rendered</li>
4403           <li>Annotation files with sequence references - all
4404             elements in file are relative to sequence position</li>
4405           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4406         </ul>
4407       </td>
4408     </tr>
4409     <tr>
4410       <td>
4411         <div align="center">
4412           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4413         </div>
4414       </td>
4415       <td>
4416         <ul>
4417           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4418           <li>DAS Feature fetching</li>
4419           <li>Hide sequences and columns</li>
4420           <li>Export Annotations and Features</li>
4421           <li>GFF file reading / writing</li>
4422           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4423             files</li>
4424           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4425           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4426           <li>Applet can launch the full application</li>
4427           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4428             required)</li>
4429           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4430           <li>Applet can load sequences from parameter
4431             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4432           </li>
4433         </ul>
4434       </td>
4435       <td>
4436         <ul>
4437           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4438           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4439           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4440         </ul>
4441       </td>
4442     </tr>
4443     <tr>
4444       <td>
4445         <div align="center">
4446           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4447         </div>
4448       </td>
4449       <td>
4450         <ul>
4451           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4452           <li>Choose to match case when searching</li>
4453           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4454             expand the visible width and height of the alignment</li>
4455         </ul>
4456       </td>
4457       <td>
4458         <ul>
4459           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4460         </ul>
4461       </td>
4462     </tr>
4463     <tr>
4464       <td>
4465         <div align="center">
4466           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4467         </div>
4468       </td>
4469       <td>&nbsp;</td>
4470       <td>
4471         <ul>
4472           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4473           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4474             value</li>
4475         </ul>
4476       </td>
4477     </tr>
4478     <tr>
4479       <td>
4480         <div align="center">
4481           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4482         </div>
4483       </td>
4484       <td>
4485         <ul>
4486           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4487           <li>Keyboard editing</li>
4488           <li>Create sequence features from searches</li>
4489           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4490             alignments</li>
4491           <li>Features file allows grouping of features</li>
4492           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4493           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4494           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4495         </ul>
4496       </td>
4497       <td>
4498         <ul>
4499           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4500           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4501             descriptions saved.</li>
4502         </ul>
4503       </td>
4504     </tr>
4505     <tr>
4506       <td>
4507         <div align="center">
4508           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4509         </div>
4510       </td>
4511       <td>
4512         <ul>
4513           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4514           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4515           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4516             name for file output</li>
4517           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4518           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4519             used for HTML form input</li>
4520         </ul>
4521       </td>
4522       <td>
4523         <ul>
4524           <li>HTML output writes groups and features</li>
4525           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4526           <li>File IO bugs</li>
4527         </ul>
4528       </td>
4529     </tr>
4530     <tr>
4531       <td>
4532         <div align="center">
4533           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4534         </div>
4535       </td>
4536       <td>
4537         <ul>
4538           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4539           <li>More options for PCA viewer</li>
4540         </ul>
4541       </td>
4542       <td>
4543         <ul>
4544           <li>GUI bugs resolved</li>
4545           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4546         </ul>
4547       </td>
4548     </tr>
4549     <tr>
4550       <td height="63">
4551         <div align="center">
4552           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4553         </div>
4554       </td>
4555       <td>
4556         <ul>
4557           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4558           <li>Jar files are executable</li>
4559           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4560         </ul>
4561       </td>
4562       <td>
4563         <ul>
4564           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4565           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4566           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4567         </ul>
4568       </td>
4569     </tr>
4570     <tr>
4571       <td>
4572         <div align="center">
4573           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4574         </div>
4575       </td>
4576       <td>
4577         <ul>
4578           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4579         </ul>
4580       </td>
4581       <td>
4582         <ul>
4583           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4584         </ul>
4585       </td>
4586     </tr>
4587     <tr>
4588       <td>
4589         <div align="center">
4590           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4591         </div>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4596             size</li>
4597         </ul>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>Improved JPred client reliability</li>
4602           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4603         </ul>
4604       </td>
4605     </tr>
4606     <tr>
4607       <td>
4608         <div align="center">
4609           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4610         </div>
4611       </td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4615           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4616           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4617             to Colour Menu</li>
4618           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4619           <li>Unix users can set default web browser</li>
4620           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4621           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4622         </ul>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4627         </ul>
4628       </td>
4629     </tr>
4630     <tr>
4631       <td>
4632         <div align="center">
4633           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4634         </div>
4635       </td>
4636       <td>&nbsp;</td>
4637       <td>
4638         <ul>
4639           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4640             alignment order.</li>
4641         </ul>
4642       </td>
4643     </tr>
4644     <tr>
4645       <td>
4646         <div align="center">
4647           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4648         </div>
4649       </td>
4650       <td>
4651         <ul>
4652           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4653           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4654           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4655             annotations.</li>
4656           <li>Version and build date written to build properties
4657             file.</li>
4658           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4659             at launch of Jalview.</li>
4660         </ul>
4661       </td>
4662       <td>
4663         <ul>
4664           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4665           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4666           <li>Can remove groups one by one.</li>
4667           <li>Filechooser icons installed.</li>
4668           <li>Finder ignores return character when searching.
4669             Return key will initiate a search.<br>
4670           </li>
4671         </ul>
4672       </td>
4673     </tr>
4674     <tr>
4675       <td>
4676         <div align="center">
4677           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4678         </div>
4679       </td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>New codebase</li>
4683         </ul>
4684       </td>
4685       <td>&nbsp;</td>
4686     </tr>
4687   </table>
4688   <p>&nbsp;</p>
4689 </body>
4690 </html>