help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 104             non-alphanumerics when discovering database references with
 105             'Fetch DB Refs'
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 109             Console whilst discovering database references for a
 110             sequence
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 114             schema
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 118             disabled by default
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 122             argument to prevent automatic discovery of analysis
 123             webservices on launch
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 127             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 128             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 129             textbox
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 133             proxies that require authentication
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 137             text
 138           </li>
 139         </ul>
 140         <em>Jalview Native App</em>
 141         <ul>
 142           <li>
 143             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 144             to get at Jalview's development builds
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 148             and Jalview Develop applications.
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 152             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 153             than anonymous 'Java' icons
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing) Look and Feel (LaF) used by Jalview
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved operation on Linux Ubuntu with
 160             HiDPI display in Java 11 (still known issues with HiDPI screens in java
 161             8 and 11. see <a
 162             href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh, .ps1, .bat) usable on
 166             macOS, Linux/Unix, Windows and documentation in Help.  Installer wizard has option
 167             to add this to PATH, or link to it in your PATH.
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 171             configuration from jalview_properties
 172           </li>
 173         </ul> <em>JalviewJS</em>
 174         <ul>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 177             SIFTS
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 184             reported once per key (avoids excessive log output in js
 185             console)
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 189             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 190           </li>
 191           <li></li>
 192         </ul> <em>Development</em>
 193         <ul>
 194           <li>
 195             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 196           </li>
 197           <li>Updated building instructions</li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 200             process, added support for system package provided eclipse
 201             installs on linux
 202           </li>
 203           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 204           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 205             Sur and Monterey</li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 208             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 209             the DMG
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 213             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 214             Jalview Launcher
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 218             with Java 17 (next LTS target)
 219           </li>
 220
 221         </ul>
 222
 223       </td>
 224       <td>
 225         <ul>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 228             execution
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 232             disappears when only one structure is shown (and many
 233             sequences:one chain mappings are present)
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 237             the first SEQUENCE_GROUP defined
 238
 239           </li>
 240
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 243             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 244             trees (known defect from 2.11.1.3)
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 248             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 252             base in DNA sequences
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 256             Structure Preferences
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 266             modified graduated colour
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 270             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 271             clustal colouring is enabled
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 278             from Preferences
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 282             routing to stderr and appear as a raw template
 283           </li>
 284         </ul> <em>JalviewJS</em>
 285         <ul>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 288             down) percentage values causing a divide by zero
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- -->
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- -->
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- -->
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- -->
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 304             via Info.args when there are arguments on the URL
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 311             JalviewJS
 312           </li>
 313         </ul> <em>Development</em>
 314         <ul>
 315           <li>Gradle
 316             <ul>
 317               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 318               <li>
 319                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 320                 Gradle v.6.6+
 321               </li>
 322             </ul>
 323           </li>
 324
 325         </ul>
 326         <em>Known Issues</em>
 327         <ul>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 330             suppressed when structures associated with a sequence are
 331             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1 series)
 332           </li>
 333         </ul>
 334       </td>
 335     </tr>
 336     <tr>
 337       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 338           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 339           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 340       <td></td>
 341       <td align="left" valign="top">
 342         <ul>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 345             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 346             Unix/BSD OSs)
 347           </li>
 348         </ul> <em>Security</em>
 349         <ul>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 352             certificates.
 353           </li>
 354         </ul>
 355     </tr>
 356     <tr>
 357       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 358           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 359           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 360
 361       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 362         <ul>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 365             2.16.0 to 2.17.0.
 366           </li>
 367         </ul></td>
 368       <td></td>
 369     </tr>
 370     <tr>
 371       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 372           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 373           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 374
 375       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 376         <ul>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 379             (was log4j 1.2.x).
 380         </ul> <em>Development</em>
 381         <ul>
 382           <li>Updated building instructions</li>
 383         </ul></td>
 384       <td>
 385         <ul>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 388             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 389             and display)
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 393             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 394             only)
 395           </li>
 396         </ul> <em>Development</em>
 397         <ul>
 398           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 399         </ul>
 400       </td>
 401     </tr>
 402     <tr>
 403       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 404           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 405           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 406       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 407           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 411             launch of the news browser (like -nonews argument)
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 415             download of linkout URLs from
 416             www.jalview.org/services/identifiers
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 420             download of BIOJSHTML templates
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 424             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 425             disabled
 426           </li>
 427         </ul></td>
 428       <td align="left" valign="top">
 429         <ul>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 432             Jmol
 433           </li>
 434         </ul> <em>New Known defects</em>
 435         <ul>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 438             always restored from project (since 2.10.3)
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 442             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 443           </li>
 444         </ul>
 445       </td>
 446     </tr>
 447     <tr>
 448       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 449           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 450           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 451       <td align="left" valign="top">
 452         <ul>
 453
 454         </ul>
 455       </td>
 456       <td align="left" valign="top">
 457         <ul>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 460             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 464             sequences can be classed as nucleotide
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 468             sequences after alignment of protein products (known defect
 469             first reported for 2.11.1.0)
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 473             features outwith CDS shown overlaid on protein
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 477             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 478             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 482             CDS features
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 486             always select corresponding protein sequences
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 490             column selection doesn't always ignore hidden columns
 491           </li>
 492         </ul> <em>Installer</em>
 493         <ul>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 496             Windows prevents install4j launching getdown
 497           </li>
 498         </ul> <em>Development</em>
 499         <ul>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 502             version numbers in doc/building.md
 503           </li>
 504         </ul>
 505       </td>
 506     </tr>
 507     <tr>
 508       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 509           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 510           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 511       <td align="left" valign="top">
 512         <ul>
 513         </ul>
 514       </td>
 515       <td align="left" valign="top">
 516         <ul>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 519             "Encountered problems opening
 520             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 521           </li>
 522         </ul>
 523       </td>
 524     </tr>
 525     <tr>
 526       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 527           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 528           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 529       <td align="left" valign="top">
 530         <ul>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 533             residue in cursor mode
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 537             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 541             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 542             improved compatibility with JalviewJS
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 546             alignments from Pfam and Rfam
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 550             import (no longer based on .gz extension)
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 557             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 558             EMBL flat file
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 562             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 563             saving or making backup files.
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 567             <ul>
 568               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 569               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 570             </ul>
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 574             when running on Linux (Requires Java 11+)
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 578             green ones) are not automatically displayed when associated
 579             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 580             PDB.
 581           </li>
 582         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 583         <ul>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 586             through a system property
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 590             line help for configuring Jalview's memory
 591           </li>
 592         </ul>
 593       </td>
 594       <td align="left" valign="top">
 595         <ul>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 598             but not calculated and no protein or DNA score models are
 599             available for tree/PCA calculation when launched with
 600             Turkish language locale
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 604             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 608             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 612             sequence under the cursor
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 616             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 620             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 621             '%s'" on the console
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 625             when there are both local and complementary features mapped
 626             to the position under the cursor
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 630             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 634             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 638             internationalised text for some messages and log output
 639           </li>
 640           <li>
 641             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 642             hidden gapped columns
 643           </li>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 646             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 650             specifying output format when exporting an alignment via the
 651             command line
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 655             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 656             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 657             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 658             file again, and if that fails, delete the original file and
 659             save in place.)
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 663             sequence features displayed causes displayed features to be
 664             hidden.
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 668             via command line
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 672             program and documentation
 673           </li>
 674         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 675         <ul>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 678             first time for a version that has different jars to the
 679             previous launched version.
 680           </li>
 681         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 682         <ul>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 685             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 686             OutOfMemory error.
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 690             monitor the release channel
 691           </li>
 692         </ul> <em>New Known defects</em>
 693         <ul>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 696             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 697             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 698             RNA viruses)
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 702             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 703             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 707             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 708             works for the top left quadrant of the alignment window
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 712             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 716             when alignment view restored from project (since Jalview
 717             2.11.0)
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 721             protein products for certain ENA records are repeatedly
 722             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 723           </li>
 724         </ul>
 725       </td>
 726     </tr>
 727     <tr>
 728       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 729           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 730           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 731       <td align="left" valign="top">
 732         <ul>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 735             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 736             for display in alignments, on structure views (including
 737             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 738             export.
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 742             exported and re-imported as GFF3 files
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 746             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 750             validation while parsing
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 754             position if reopened
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 758             of associated view
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 762             enabled by default
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 766             tooltips and menus
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 770             with no feature types visible
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 774             attributes with large integer values
 775           </li>
 776         </ul>
 777         <em>Jalview Installer</em>
 778         <ul>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 781             installer template version reported in console (may be null
 782             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 786             higher quality background images
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 790             generated with install4j 8.0.4
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 794             Platforms
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 798             setting when running on large memory machines
 799           </li>
 800         </ul> <em>Release processes</em>
 801         <ul>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 807             access to test-release channel builds
 808           </li>
 809         </ul> <em>Build System</em>
 810         <ul>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 816             report
 817           </li>
 818         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 819         <ul>
 820           <li>
 821             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 822             to stdout containing the consensus sequence for each
 823             alignment in a Jalview session
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 827             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 828             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 829           </li>
 830         </ul>
 831       </td>
 832       <td align="left" valign="top">
 833         <ul>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 836             'Show hidden markers' option is not ticked
 837           </li>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 840             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 841             jalview preferences or properties file
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 845             'Show Sequence Features' option is not ticked
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 849             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 850             features are visible
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 854             equal when split frame is first opened
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 858             correct after editing a sequence's start position
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 862             with annotation and exceptions thrown when only a few
 863             columns shown in wrapped mode
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 867             wrapped alignment figure with annotations
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 871             ID fails with ClassCastException
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 875             Project
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 879             feature settings dialog also selects columns
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 883             IllegalArgumentException in some circumstances
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 887             opened for a view
 888           </li>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 891             alignment window is closed
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 895             help documentation for 2.11.0 release
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 899             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 900             Uniprot Accession
 901           </li>
 902         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 903         <ul>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 906             PDB/Uniprot search panel
 907           </li>
 908         </ul> <em>Installer</em>
 909         <ul>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 912             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 913           </li>
 914         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 915         <ul>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 918             repository
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 922             memory
 923           </li>
 924         </ul> <em>New Known Issues</em>
 925         <ul>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 928             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 929             command line
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 933             clipped in headless figure export when Right Align option
 934             enabled
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 938             'Source' in console output
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 942             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 943           </li>
 944         </ul>
 945       </td>
 946     </tr>
 947     <tr>
 948       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 949           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 950       <td align="left" valign="top">
 951         <ul>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 954             Application and Installers built with <a
 955             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 956             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 957             InstallAnywhere
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 961             memory settings, receive over the air updates and launch
 962             specific versions via (<a
 963             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 964               Rings' GetDown</a>)
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 968             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 969             files)
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 973             line arguments and switch between different getdown channels
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 977             project or alignment files
 978           </li>
 979
 980           <li>
 981             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 982             data files
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 986             updated to version 2.12.0
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 990             'Translate as cDNA'
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 994           </li>
 995           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 996               of Sequence Features</strong>
 997             <ul>
 998               <li>
 999                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1000                 implementation that allows updates) used for Sequence
1001                 Feature collections
1002               </li>
1003               <li>
1004                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1005                 features can be filtered and shaded according to any
1006                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1007                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1008                 file)
1009               </li>
1010               <li>
1011                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1012                 stored and restored from Jalview Projects
1013               </li>
1014               <li>
1015                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1016                 BioJava) to recognise variant features
1017               </li>
1018               <li>
1019                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1020                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1021               </li>
1022               <li>
1023                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1024                 selected sequence feature's details
1025               </li>
1026               <li>
1027                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1028                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1029                 and filter aware)
1030               </li>
1031               <li>
1032                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1033                 Settings dialog
1034               </li>
1035             </ul></li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1038             and PCA calculations
1039           </li>
1040           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1041             <ul>
1042               <li>
1043                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1044                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1045               </li>
1046               <li>
1047                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1048                 viewer's drop-down menus
1049               </li>
1050               <li>
1051                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1052                 PCA image incrementally
1053               </li>
1054               <li>
1055                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1056               </li>
1057             </ul></li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1060           </li>
1061           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1062             <ul>
1063               <li>
1064                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1065                 selections and multiple groups when working with large
1066                 alignments
1067               </li>
1068               <li>
1069                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1070                 parsing Stockholm files
1071               </li>
1072             </ul>
1073           <li><strong>User Interface</strong>
1074             <ul>
1075               <li>
1076                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1077                 each view
1078               </li>
1079               <li>
1080                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1081                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1082                 regions of alignment are shown by default (can be
1083                 changed in user preferences)
1084               </li>
1085               <li>
1086                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1087                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1088               </li>
1089               <li>
1090                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1091                 when all sequences are hidden
1092               </li>
1093               <li>
1094                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1095                 selection region, and gap count when inserting or
1096                 deleting gaps
1097               </li>
1098               <li>
1099                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1100                 annotation labels
1101               </li>
1102               <li>
1103                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1104                 shown when in wrapped mode
1105               </li>
1106               <li>
1107                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1108                 left/right in a graph or histogram annotation
1109               </li>
1110               <li>
1111                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1112                 search panels
1113               </li>
1114               <li>
1115                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1116                 Overview panel
1117               </li>
1118               <li>
1119                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1120                 sequence id popup menu
1121               </li>
1122               <li>
1123                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1124                 not shown if no subgroups are created
1125               </li>
1126               <li>
1127                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1128                 search history by right-clicking search box
1129               </li>
1130
1131
1132             </ul></li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1135             Groovy v2.5
1136           </li>
1137           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1138               release)</strong>
1139             <ul>
1140               <li>
1141                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1142                 entry and trapping CMD-Q
1143               </li>
1144             </ul></li>
1145         </ul> <em>Deprecations</em>
1146         <ul>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1149             capabilities removed from the Jalview Desktop
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1153             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1154             projects and XML based data retrieval clients
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1158             removal
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1162             Start
1163           </li>
1164         </ul> <em>Documentation</em>
1165         <ul>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1168             effects not supported in EPS figure export
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1172             dialog
1173           </li>
1174         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1175         <ul>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1178             from Ant to Gradle
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1182             keys in Message bundles
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1186             gradle-eclipse
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1190             continuous integration for unattended Test Suite execution
1191           </li>
1192           <li>
1193             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1194             operations
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1198             issues resolved
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1202             markdown (with HTML rendering)
1203           </li>
1204           <li>
1205             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1209             versions of Jalview
1210           </li>
1211         </ul>
1212       </td>
1213       <td align="left" valign="top">
1214         <ul>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1220             superposition in Jmol fail on Windows
1221           </li>
1222           <li>
1223             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1224             discovering structures for sequences with lots of PDB
1225             structures
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1229             with monospaced font
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1233             Jalview project involving multiple views
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1237             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1238             Annotation dialog hides columns
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1242             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1243             selection in one view, then making another selection in the
1244             other view
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1248             columns
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1252             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1253           </li>
1254           <li>
1255             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1256             redrawing the overview with large alignments
1257           </li>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1260             region if columns were selected by dragging right-to-left
1261             and the mouse moved to the left of the first column
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1265             a hidden column marker via scale popup menu
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1269             URLs doesn't tell users the invalid URL
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1273             score from view
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1277             during show cross references or Fetch Database References
1278             are shown in red in original view
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1282             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1283             p.Res.null)
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1287             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1291             printed when columns are hidden
1292           </li>
1293           <li>
1294             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1295             Columns by Annotation description
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1299             dragging out of Scale or Annotation Panel
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1303             out of scale panel
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1307             alignment down
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1311             in scale panel
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1315             Down, Page Up in wrapped mode
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1319           </li>
1320           <li>
1321             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1325             selected on opening an alignment
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1329             in Colour menu
1330           </li>
1331           <li>
1332             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1333             when different groups in the alignment are selected
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1337             shown correctly in menu
1338           </li>
1339           <li>
1340             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1341             min/max threshold limit
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1345             threshold gets 'unrounded'
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1349             colour
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1353             axis
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1360             alignment, not Tree font
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1364             from project file
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1368             Overview shown in complementary view
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1372             shown without normalisation
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1376             positioned at top of report
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1383             OSX Mojave
1384           </li>
1385         </ul> <em>Editing</em>
1386         <ul>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1389             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1390             via 'Edit' sequence
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1394             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1395             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1399             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1403             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1404             in 2.10.5)
1405           </li>
1406         </ul> <em>Datamodel</em>
1407         <ul>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1410             sequence's End is greater than its length
1411           </li>
1412         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1413           release)</em>
1414         <ul>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1417           </li>
1418         </ul> <em>New Known Defects</em>
1419         <ul>
1420           <li>
1421             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1422             clicking ignores bounds of an existing selected region
1423           </li>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1426             gapped regions of protein alignment.
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1430             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1431           </li>
1432           <li>
1433             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1434             after 'New View'
1435           </li>
1436           <li>
1437             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1438             columns within hidden columns
1439           </li>
1440           <li>
1441             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1442             re-enters window after dragging left to select columns to
1443             left of visible region
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1447             description string and thresholded by score in earlier
1448             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1449             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1450           </li>
1451           <li>
1452             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1453             reset group visibility
1454           </li>
1455           <li>
1456             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1457             linked CDS/Protein view
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1461             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1462           </li>
1463         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1464         <ul>
1465           <li>
1466             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1467             alphabetically when saved
1468           </li>
1469         </ul>
1470       </td>
1471     </tr>
1472     <tr>
1473       <td width="60" nowrap>
1474         <div align="center">
1475           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1476         </div>
1477       </td>
1478       <td><div align="left">
1479           <em></em>
1480           <ul>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1483               InstallAnywhere increased to 1G.
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1487               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1488               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1489                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1490                 properties file.</em>
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1494               API and sequence data now imported as JSON.
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1498               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1499               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1500               property.
1501             </li>
1502           </ul>
1503           <em>Development</em>
1504           <ul>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1507               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1508                 Clover</a>
1509             </li>
1510           </ul>
1511         </div></td>
1512       <td><div align="left">
1513           <em></em>
1514           <ul>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1517               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1518               alignment.
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1522               annotation displayed.
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1526               for newly created group when 'Apply to all groups'
1527               selected
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1531               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1532               visible.
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1536               when sequences are selected in exported view.</em>
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1540               aren't rendered with correct colour.
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1544               types of knotted RNA secondary structure.
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1548               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1549               do not start at 1.
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1553               annotation when columns are inserted into an alignment,
1554               and when exporting as Stockholm flatfile.
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1558               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1559               treated as RNA secondary structure.
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1563               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1567               transfers focus to previous window on OSX
1568             </li>
1569           </ul>
1570           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1571           <ul>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1574               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1575               box.
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1579               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1580               'look and feel' which has improved compatibility with the
1581               latest version of OSX.
1582             </li>
1583           </ul>
1584         </div></td>
1585     </tr>
1586     <tr>
1587       <td width="60" nowrap>
1588         <div align="center">
1589           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1590             <em>7/06/2018</em></strong>
1591         </div>
1592       </td>
1593       <td><div align="left">
1594           <em></em>
1595           <ul>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1598               annotation retrieved from Uniprot
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1602               onto the Jalview Desktop
1603             </li>
1604           </ul>
1605         </div></td>
1606       <td><div align="left">
1607           <em></em>
1608           <ul>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1611               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1615               right-hand column parsed correctly
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1619               not alignment area in exported graphic
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1623               window has input focus
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1627               annotation added to view (Windows)
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1631               network connectivity is poor
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1635               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1636                 the currently open URL and links from a page viewed in
1637                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1638                 you are using Edge, only links in the page can be
1639                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1640                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1641             </li>
1642           </ul>
1643           <em>New Known Defects</em>
1644           <ul>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1647               Annotation
1648             </li>
1649           </ul>
1650         </div></td>
1651     </tr>
1652     <tr>
1653       <td width="60" nowrap>
1654         <div align="center">
1655           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1656         </div>
1657       </td>
1658       <td><div align="left">
1659           <em></em>
1660           <ul>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1663               for disabling automatic superposition of multiple
1664               structures and open structures in existing views
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1668               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1669               adjust them.
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1673               Ensembl services
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1677               and lots of hidden columns
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1681               of features (particularly when transparency is disabled)
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1685               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1686               made generally available
1687             </li>
1688           </ul>
1689         </div></td>
1690       <td><div align="left">
1691           <ul>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1694               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1698               overlapping alignment panel
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1702               sequence as gaps
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1706               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1707               UTR
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1711               factor annotation not added to sequence when local PDB
1712               file associated with it by drag'n'drop or structure
1713               chooser
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1717               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1721               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1725               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1729               columns in annotation row
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1733               not honored in batch mode
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1737               for structures added to existing Jmol view
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1741               entries after importing project with multiple views
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1745               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1746               with negative residue numbers or missing residues fails
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1750               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1751               files (e.g. as generated by CONSURF)
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1755               tooltip doesn't include a text description of mutation
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1759               structure and/or overview windows are also shown
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1763               regions very slow for alignments with large numbers of
1764               sequences
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1768               with 'StringIndexOutOfBounds'
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1772               Feel for OSX platforms running Java 10
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1776               view appears to do nothing because the view is hidden
1777               behind the alignment view
1778             </li>
1779           </ul>
1780           <em>Applet</em>
1781           <ul>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1784               should copy the group consensus when popup is opened on it
1785             </li>
1786           </ul>
1787           <em>Batch Mode</em>
1788           <ul>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1791               respected
1792             </li>
1793           </ul>
1794           <em>New Known Defects</em>
1795           <ul>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1798               editing a large alignment and overview is displayed
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1802               repeatedly after a series of edits even when the overview
1803               is no longer reflecting updates
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1807               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1808               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1809               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1813               CSV option gives blank output
1814             </li>
1815           </ul>
1816         </div></td>
1817     </tr>
1818     <tr>
1819       <td width="60" nowrap>
1820         <div align="center">
1821           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1822             <em>24/1/2018</em></strong>
1823         </div>
1824       </td>
1825       <td><div align="left">
1826           <ul>
1827             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1828               30th November 2018)</li>
1829           </ul>
1830         </div></td>
1831       <td><div align="left">
1832           <em>Desktop</em>
1833           <ul>
1834             <ul>
1835               <li>
1836                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1837                 several sequences and structures are selected for
1838                 viewing/superposing
1839               </li>
1840               <li>
1841                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1842                 vertically via trackpad and scrollwheel
1843               </li>
1844               <li>
1845                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1846                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1847                 start of alignment
1848               </li>
1849               <li>
1850                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1851                 scrolled into view if columns are hidden
1852               </li>
1853               <li>
1854                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1855                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1856                 hidden columns
1857               </li>
1858               <li>
1859                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1860                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1861                 effect
1862               </li>
1863               <li>
1864                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1865                 relationships when retrieving sequences from
1866                 EnsemblGenomes
1867               </li>
1868             </ul>
1869         </div></td>
1870     </tr>
1871     <tr>
1872       <td width="60" nowrap>
1873         <div align="center">
1874           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1875         </div>
1876       </td>
1877       <td><div align="left">
1878           <em></em>
1879           <ul>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1882               rendering of sequence features
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1886               429 rate limit request hander
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1890               their colours have changed
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1894               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1898               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1902               view from Ensembl locus cross-references
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1906               Alignment report
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1910               feature can be disabled
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1914               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1918               Uniprot
1919             </li>
1920           </ul>
1921           <em>Scripting</em>
1922           <ul>
1923             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1924             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1925               percent identity scores for current alignment.</li>
1926           </ul>
1927           <em>Testing and Deployment</em>
1928           <ul>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1931             </li>
1932           </ul>
1933         </div></td>
1934       <td><div align="left">
1935           <em>General</em>
1936           <ul>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1939               threshold text field doesn't trigger an update to the
1940               alignment view
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1944               strings in parallel
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1948               alignment window is closed
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1952               group visibility
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1956               takes a long time in Cursor mode
1957             </li>
1958           </ul>
1959           <em>Desktop</em>
1960           <ul>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1963               cannot be viewed in Chimera
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1967               CDS/Protein view
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1971               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1972               Search Dialogs
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1982               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1986               scrolling right in unwapped alignment view
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1990               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1991               database
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1995               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1999               features of same type and group to be selected for
2000               amending
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2004               alignments when hidden columns are present
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2008               displaying several structures
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2012               moving a window
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2016               within the Jalview desktop on OSX
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2020               when in wrapped alignment mode
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2024               hand end of alignment
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2028               each selected sequence do not have correct start/end
2029               positions
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2033               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2037               restoring project until a new view is created
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2041               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2042               configured (since 2.10.2b2)
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2046               position is adjusted
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2050               in a multi-chain structure when viewing alignment
2051               involving more than one chain (since 2.10)
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2055               if new selection moves alignment window
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2059               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2063               that produces correctly annotated transcripts and products
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2067               doesn't update associated structure view
2068             </li>
2069           </ul>
2070           <em>Applet</em><br />
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2074               closing alignment panel
2075             </li>
2076           </ul>
2077           <em>BioJSON</em><br />
2078           <ul>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2081               non-positional features
2082             </li>
2083           </ul>
2084           <em>New Known Issues</em>
2085           <ul>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2088               sequence features correctly (for many previous versions of
2089               Jalview)
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2093               using cursor in wrapped panel other than top
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2097               graduated colour threshold
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2101               always preserve numbering and sequence features
2102             </li>
2103           </ul>
2104           <em>Known Java 9 Issues</em>
2105           <ul>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2108               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2109               9.01, OSX 10.10)
2110             </li>
2111           </ul>
2112         </div></td>
2113     </tr>
2114     <tr>
2115       <td width="60" nowrap>
2116         <div align="center">
2117           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2118             <em>2/10/2017</em></strong>
2119         </div>
2120       </td>
2121       <td><div align="left">
2122           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2123           <ul>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2126               at uniprot.org
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2130               ebi.ac.uk
2131             </li>
2132           </ul>
2133         </div></td>
2134       <td><div align="left"></div></td>
2135     </tr>
2136     <tr>
2137       <td width="60" nowrap>
2138         <div align="center">
2139           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2140             <em>7/9/2017</em></strong>
2141         </div>
2142       </td>
2143       <td><div align="left">
2144           <em></em>
2145           <ul>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2148               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2149               white)
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2153               Preferences
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2157               in size and progress bar shown as higher resolution
2158               overview is recalculated
2159             </li>
2160
2161           </ul>
2162         </div></td>
2163       <td><div align="left">
2164           <em></em>
2165           <ul>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2168               column region row by row
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2172               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2176               format setting is unticked
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2180               if group has show boxes format setting unticked
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2184               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2185               include sequences and columns not currently displayed
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2189               assemblies are imported via CIF file
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2193               displayed when threshold or conservation colouring is also
2194               enabled.
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2198               server version
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2202               dragging a selected region off the visible region of the
2203               alignment
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2207               colourscheme to all groups in a view
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2211               initially after font size change using the Font chooser or
2212               middle-mouse zoom
2213             </li>
2214           </ul>
2215         </div></td>
2216     </tr>
2217     <tr>
2218       <td width="60" nowrap>
2219         <div align="center">
2220           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2221         </div>
2222       </td>
2223       <td><div align="left">
2224           <em>Calculations</em>
2225           <ul>
2226
2227             <li>
2228               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2229               ungapped positions in each column of the alignment.
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2233               a calculation dialog box
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2237               and memory efficiency (~30x faster)
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2241               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2242               and other calculations
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2246               files within the Jalview codebase
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2250               Similarity may have different topology due to increased
2251               precision
2252             </li>
2253           </ul>
2254           <em>Rendering</em>
2255           <ul>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2258               model for alignments and groups
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2262               scripts
2263             </li>
2264           </ul>
2265           <em>Overview</em>
2266           <ul>
2267             <li>
2268               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2269               with alignment and overview windows
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2273               overview
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2277               omitted in Overview
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2281               adjustment of visible position
2282             </li>
2283           </ul>
2284
2285           <em>Data import/export</em>
2286           <ul>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2289               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2293               annotation input/output via stockholm flatfile
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2297               extension when importing structure files without embedded
2298               names or PDB accessions
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2302               format sequence substitution matrices
2303             </li>
2304           </ul>
2305           <em>User Interface</em>
2306           <ul>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2309               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2310               the application.
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2314               via Overview or sequence motif search operations
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2318               opened by double clicking gaps within sequence feature
2319               extent
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2323               aligned positions were available to create a 3D structure
2324               superposition.
2325             </li>
2326           </ul>
2327           <em>3D Structure</em>
2328           <ul>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2331               coloured in linked structure views
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2335               file-based command exchange
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2339               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2340               structures are already available for sequences
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2344               the Jalview project rather than downloaded again when the
2345               project is reopened.
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2349               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2350               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2351                 Feature</strong>)
2352             </li>
2353           </ul>
2354           <em>Web Services</em>
2355           <ul>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2361               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2362               Analysis services
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2366               cross-references provided by identifiers.org and the
2367               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2368             </li>
2369           </ul>
2370
2371           <em>Scripting</em>
2372           <ul>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2375               identifying file formats (instead of String constants)
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2379               efficiency when counting all displayed features (not
2380               backwards compatible with 2.10.1)
2381             </li>
2382           </ul>
2383           <em>Example files</em>
2384           <ul>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2387               included in the example feature file
2388             </li>
2389           </ul>
2390           <em>Documentation</em>
2391           <ul>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2394               with the built-in Java help viewer
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2398               sequence description' option
2399             </li>
2400           </ul>
2401           <em>Test Suite</em>
2402           <ul>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2405               Uniprot REST Free Text Search Client
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2412               during tests
2413             </li>
2414           </ul>
2415         </div></td>
2416       <td><div align="left">
2417           <em>Calculations</em>
2418           <ul>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2421               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2422               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2423             </li>
2424             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2425               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2426               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2427               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2428               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2429               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2430               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2431               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2432               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2433               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2434               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2435               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2436               // for 2.10.1 mode <br />
2437               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2438               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2439                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2440                 calculations (not recommended)</em></li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2443               scaling of branch lengths for trees computed using
2444               Sequence Feature Similarity.
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2448               generating output report when working with highly
2449               redundant alignments
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2453               right of selected region when gaps present on right-hand
2454               boundary
2455             </li>
2456           </ul>
2457           <em>User Interface</em>
2458           <ul>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2461               doesn't reselect a specific sequence's associated
2462               annotation after it was used for colouring a view
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2466               opened on a region of alignment without groups
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2470               of an alignment with overlapping groups
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2474               name and description match
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2478               hidden regions results in incorrect hidden regions
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2482               changing colour does not apply Conservation slider value
2483               to all groups
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2487               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2491               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2495               gaps before start of features
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2499               restored to UI when feature colour is edited
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2503               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2507               as graduate feature colour settings are modified via the
2508               dialog box
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2512               when a group defined on the alignment is resized
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2516               wrapped view result in positional status updates
2517             </li>
2518
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2521               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2525               alignment included gapped columns
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2529               widgets don't permanently disappear
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2533               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2534               T-Coffee column reliability scores)
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2538               sequence feature on gaps only
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2542               button from a Find inherit previously defined feature type
2543               rather than the Find query string
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2547               exporting tree calculated in Jalview
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2551               and then revealing them reorders sequences on the
2552               alignment
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2556               doesn't update to reflect available set of groups after
2557               interactively adding or modifying features
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2561               Linux
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2565               only excluded gaps in current sequence and ignored
2566               selection.
2567             </li>
2568           </ul>
2569           <em>Rendering</em>
2570           <ul>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2573               erratically when hidden rows or columns are present
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2577               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2578               sequence colouring
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2582               colour and group colour menu for protein alignments
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2586               reflect currently selected view or group's shading
2587               thresholds
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2591               when rendered on overview and structures when opacity at
2592               100%
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2596               overview when features overlaid on alignment
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2600               recovered correctly from Jalview project file
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2604               opened (automatically via preferences) are different to
2605               the main alignment panel
2606             </li>
2607           </ul>
2608           <em>Data import/export</em>
2609           <ul>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2612               load
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2616               added after a sequence was imported are not written to
2617               Stockholm File
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2621               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2625               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2629               with lightGray or darkGray via features file (but can
2630               specify lightgray)
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2634               when alignment view imported from project
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2638               structure and sequences extracted from structure files
2639               imported via URL and viewed in Jmol
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2643               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2644               the project is loaded and the structure viewed
2645             </li>
2646           </ul>
2647           <em>Web Services</em>
2648           <ul>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2651               release of Ensembl v.88
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2655               appear enabled in Preferences->Connections
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2659               removed from console output
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2663               Ensembl by Peptide ID
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2667               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2668               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2669               due to 'null' string rather than empty string used for
2670               residues with no corresponding PDB mapping).
2671             </li>
2672           </ul>
2673           <em>Application UI</em>
2674           <ul>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2677               menu
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2681               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2682               new documentation and tooltips added)
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2686               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2690               new features are added to alignment
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2694               changes to feature colours via the Amend features dialog
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2698               edit graduated feature colour via amend features dialog
2699               box
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2703               selection menu changes colours of alignment views
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2707               from alignment calculation workers after alignment has
2708               been closed
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2712               groups now 'Create Group'
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2716               Create/Undefine group doesn't always work
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2720               shown again after pressing 'Cancel'
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2724               adjusts start position in wrap mode
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2728               ambiguous amino acids
2729             </li>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2732               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2733               proteins
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2737               Defined' don't appear in Colours menu
2738             </li>
2739           </ul>
2740           <em>Applet</em>
2741           <ul>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2744               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2745             </li>
2746             <li>
2747               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2748               overview or linked structure view
2749             </li>
2750             <li>
2751               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2752               work (since 2.8)
2753             </li>
2754             <li>
2755               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2756               user-defined colourscheme doesn't restore original
2757               colourscheme
2758             </li>
2759           </ul>
2760           <em>Test Suite</em>
2761           <ul>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2764               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2768               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2769               problems with deep array comparison equality asserts in
2770               successive versions of TestNG
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2774               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2775             </li>
2776           </ul>
2777           <em>New Known Issues</em>
2778           <ul>
2779             <li>
2780               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2781               phase after a sequence motif find operation
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2785               containing just upper and lower case letters are
2786               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2790               reliably from eggnog Ortholog database
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2794               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2795               to mark columns containing highlighted regions.
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2799               doesn't always add secondary structure annotation.
2800             </li>
2801           </ul>
2802         </div>
2803     <tr>
2804       <td width="60" nowrap>
2805         <div align="center">
2806           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2807         </div>
2808       </td>
2809       <td><div align="left">
2810           <em>General</em>
2811           <ul>
2812             <li>
2813               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2814               for all consensus calculations
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2818               3rd Oct 2016)
2819             </li>
2820             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2821               for 2016-2017</li>
2822           </ul>
2823           <em>Application</em>
2824           <ul>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2827               set of database cross-references, sorted alphabetically
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2831               from database cross references. Users with custom links
2832               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2833                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2834             </li>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2837               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2838               Chimera session
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2842               the Chimera it is connected to is shut down
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2846               columns menu item to mark columns containing highlighted
2847               regions (e.g. from structure selections or results of a
2848               Find operation)
2849             </li>
2850             <li>
2851               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2852               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2853               MSAviewer
2854             </li>
2855           </ul>
2856         </div></td>
2857       <td>
2858         <div align="left">
2859           <em>General</em>
2860           <ul>
2861             <li>
2862               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2863               are not coloured or thresholded according to percent
2864               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2868               hydrophobic
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2872               threshold, amino acid properties)
2873             </li>
2874             <li>
2875               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2876               reported as mapped to residues in a structure file in the
2877               View Mapping report
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2881               could be added multiple times to a sequence
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2885               bond features shown as two highlighted residues rather
2886               than a range in linked structure views, and treated
2887               correctly when selecting and computing trees from features
2888             </li>
2889             <li>
2890               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2891               cross-references are matched to database name regardless
2892               of case
2893             </li>
2894
2895           </ul>
2896           <em>Application</em>
2897           <ul>
2898             <li>
2899               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2900               names without regular expressions also offer links from
2901               Sequence ID
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2905               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2906               update Jalview configuration
2907             </li>
2908             <li>
2909               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2910               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2914               files with similarly named sequences if dropped onto the
2915               alignment
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2919               entries where more chains exist in the PDB accession than
2920               are reported in the SIFTS file
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2924               the structure view when displayed with Chimera
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2928               panel's View->Show Chains submenu
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2932               work for wrapped alignment views
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2936               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2940               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2941               first annotation row
2942             </li>
2943             <li>
2944               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2945               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2946             </li>
2947             <li>
2948               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2949               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2950             </li>
2951             <!-- JAL-2319 -->
2952             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2953             coordindate data
2954             </li>
2955           </ul>
2956           <!--           <em>New Known Issues</em>
2957           <ul>
2958             <li></li>
2959           </ul> -->
2960         </div>
2961       </td>
2962     </tr>
2963     <td width="60" nowrap>
2964       <div align="center">
2965         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2966           <em>25/10/2016</em></strong>
2967       </div>
2968     </td>
2969     <td><em>Application</em>
2970       <ul>
2971         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2972           view if structures already loaded</li>
2973         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2974           structure views</li>
2975       </ul></td>
2976     <td>
2977       <div align="left">
2978         <em>General</em>
2979         <ul>
2980           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2981             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2982           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2983             example sequences/projects/trees</li>
2984         </ul>
2985         <em>Application</em>
2986         <ul>
2987           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2988             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2989           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2990             without timeout for structures with multiple models or
2991             multiple sequences in alignment</li>
2992           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2993             PDB ID HEADER line</li>
2994           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2995             is performed</li>
2996           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2997             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2998           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2999           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3000             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3001             option</li>
3002           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3003             is created on the alignment</li>
3004           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3005             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3006             pop-up menu</li>
3007         </ul>
3008         <em>Build and deployment</em>
3009         <ul>
3010           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3011             tags</li>
3012         </ul>
3013         <em>New Known Issues</em>
3014         <ul>
3015           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3016             on Windows</li>
3017         </ul>
3018       </div>
3019     </td>
3020     </tr>
3021     <tr>
3022       <td width="60" nowrap>
3023         <div align="center">
3024           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3025         </div>
3026       </td>
3027       <td><em>General</em>
3028         <ul>
3029           <li>
3030             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3031           </li>
3032           <li>
3033             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3034             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3035             better PDB parsing.
3036           </li>
3037           <li>
3038             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3039             reference sequence
3040           </li>
3041           <li>
3042             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3043             mousing over sequence associated annotation
3044           </li>
3045           <li>
3046             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3047             for manual entry
3048           </li>
3049           <li>
3050             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3051             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3052             for each column
3053           </li>
3054           <li>
3055             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3056             showing or hiding columns containing a feature
3057           </li>
3058           <li>
3059             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3060             group and sequence associated annotation labels
3061           </li>
3062           <li>
3063             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3064             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3065             dialogs
3066           </li>
3067
3068         </ul> <em>Application</em>
3069         <ul>
3070           <li>
3071             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3072             gene/transcript view
3073           </li>
3074           <li>
3075             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3076             dialog
3077           </li>
3078           <li>
3079             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3080             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3081           </li>
3082           <li>
3083             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3084             Pfam sources to xfam.org
3085           </li>
3086           <li>
3087             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3088           </li>
3089           <li>
3090             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3091             over sequences in Jalview
3092           </li>
3093           <li>
3094             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3095             regions in ENA and EMBL
3096           </li>
3097           <li>
3098             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3099             for record retrieval via ENA rest API
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3103             complement operator
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3107             groovy script execution
3108           </li>
3109           <li>
3110             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3111             alignment window's Calculate menu
3112           </li>
3113           <li>
3114             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3115             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3116           </li>
3117           <li>
3118             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3119             calculation workers from groovy scripts
3120           </li>
3121           <li>
3122             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3123             Jalview projects
3124           </li>
3125           <li>
3126             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3127             associations are now saved/restored from project
3128           </li>
3129           <li>
3130             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3131             before sequence fetcher is opened
3132           </li>
3133           <li>
3134             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3135             database chooser opens a sequence fetcher
3136           </li>
3137           <li>
3138             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3139             the UniProt REST API
3140           </li>
3141           <li>
3142             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3143             the news reader opening
3144           </li>
3145           <li>
3146             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3147             querying stored in preferences
3148           </li>
3149           <li>
3150             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3151             search results
3152           </li>
3153           <li>
3154             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3155           </li>
3156           <li>
3157             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3158             menu for nucleotide sequences
3159           </li>
3160           <li>
3161             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3162             and feature counts preserves alignment ordering (and
3163             debugged for complex feature sets).
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3167             viewing structures with Jalview 2.10
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3171             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3172             Ensembl Genomes REST API
3173           </li>
3174           <li>
3175             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3176             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3177             (Ensembl)
3178           </li>
3179           <li>
3180             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3181             sequences
3182           </li>
3183           <li>
3184             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3185             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3186             data from external database records.
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3190             efficient recovery of sequence coding and alignment
3191             annotation relationships.
3192           </li>
3193         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3194         <ul>
3195           <li>
3196             -- JAL---
3197           </li>
3198         </ul> --></td>
3199       <td>
3200         <div align="left">
3201           <em>General</em>
3202           <ul>
3203             <li>
3204               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3205               menu on OSX
3206             </li>
3207             <li>
3208               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3209               includes graduated colourschemes
3210             </li>
3211             <li>
3212               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3213               working with big alignments and lots of hidden columns
3214             </li>
3215             <li>
3216               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3217               at right of alignment window
3218             </li>
3219             <li>
3220               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3221               contents
3222             </li>
3223             <li>
3224               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3225               for DNA alignments
3226             </li>
3227             <li>
3228               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3229               based tree calculation
3230             </li>
3231             <li>
3232               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3233               unconserved enabled for group on alignment
3234             </li>
3235             <li>
3236               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3237               set as reference
3238             </li>
3239             <li>
3240               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3241               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3242               annotation
3243             </li>
3244             <li>
3245               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3246               hidden columns present
3247             </li>
3248             <li>
3249               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3250               user created annotation added to alignment
3251             </li>
3252             <li>
3253               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3254               '()' base pair annotation
3255             </li>
3256             <li>
3257               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3258               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3259               Consensus
3260             </li>
3261             <li>
3262               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3263               feature not working
3264             </li>
3265             <li>
3266               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3267               beginning of sequence
3268             </li>
3269             <li>
3270               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3271               entry 3a6s
3272             </li>
3273             <li>
3274               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3275               from a tree when t-coffee scores are shown
3276             </li>
3277             <li>
3278               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3279               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3280             </li>
3281             <li>
3282               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3283               some structures
3284             </li>
3285             <li>
3286               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3287               to Clustal, PIR and PileUp output
3288             </li>
3289             <li>
3290               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3291               not visible causes alignment window to repaint
3292             </li>
3293             <li>
3294               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3295               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3296               scores associated with features and annotation rows
3297             </li>
3298             <li>
3299               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3300               calculation should be case independent
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3304               columns
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3308               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3309               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3310             </li>
3311             <li>
3312               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3313               problems when reference sequence defined and 'show
3314               non-conserved' enabled
3315             </li>
3316             <li>
3317               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3318               load even when Consensus calculation is disabled
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3322               alignment does nothing
3323             </li>
3324           </ul>
3325           <em>Application</em>
3326           <ul>
3327             <li>
3328               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3329               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3330               yet fixed for El Capitan)
3331             </li>
3332             <li>
3333               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3334               output when running on non-gb/us i18n platforms
3335             </li>
3336             <li>
3337               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3338               hidden sequences as flat-file alignment
3339             </li>
3340             <li>
3341               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3342               launching Chimera
3343             </li>
3344             <li>
3345               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3346               (also hotfix for 2.9.0b2)
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3350               reference sequence defined
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3354               alignments and views when revealing hidden columns
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3358               view in a cDNA/Protein splitframe
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3362               sequence from project when only one sequence is
3363               represented
3364             </li>
3365             <li>
3366               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3367               in Structure Chooser
3368             </li>
3369             <li>
3370               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3371               structure consensus didn't refresh annotation panel
3372             </li>
3373             <li>
3374               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3375               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3379               dialogs format columns correctly, don't display array
3380               data, sort columns according to type
3381             </li>
3382             <li>
3383               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3384               file chooser is cancelled during an image export
3385             </li>
3386             <li>
3387               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3388               sequence name containing special characters
3389             </li>
3390             <li>
3391               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3392               case insensitive
3393             </li>
3394             <li>
3395               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3396               formatting don't wrap
3397             </li>
3398             <li>
3399               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3400               truncated so L looks like I in consensus annotation
3401             </li>
3402             <li>
3403               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3404               currently displayed features for the current selection or
3405               view
3406             </li>
3407             <li>
3408               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3409               after fetching cross-references, and restoring from
3410               project
3411             </li>
3412             <li>
3413               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3414               followed in the structure viewer
3415             </li>
3416             <li>
3417               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3418               splitframe not restored from project
3419             </li>
3420             <li>
3421               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3422               trailing end of protein alignment in transcript/product
3423               splitview when pad-gaps not enabled by default
3424             </li>
3425             <li>
3426               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3427               is case dependent
3428             </li>
3429             <li>
3430               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3431               article has been read (reopened issue due to
3432               internationalisation problems)
3433             </li>
3434             <li>
3435               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3436               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3437               cross-references
3438             </li>
3439
3440             <li>
3441               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3442               alignment as HTML
3443             </li>
3444             <li>
3445               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3446               multiple structures are shown for one or more sequences.
3447             </li>
3448             <li>
3449               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3450               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3451               is enabled.
3452             </li>
3453             <li>
3454               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3455               specific PDB id for sequence
3456             </li>
3457             <li>
3458               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3459               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3460               columns' is disabled.
3461             </li>
3462             <li>
3463               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3464               selects lowest rather than highest resolution structures
3465               for each sequence
3466             </li>
3467             <li>
3468               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3469               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3470             </li>
3471             <li>
3472               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3473               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3474             </li>
3475             <li>
3476               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3477               after clicking on it to create new annotation for a
3478               column.
3479             </li>
3480             <li>
3481               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3482               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3483             </li>
3484             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3485             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3486           </ul>
3487           <em>Applet</em>
3488           <ul>
3489             <li>
3490               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3491               hidden columns present before start of sequence
3492             </li>
3493             <li>
3494               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3495               (JSON jars)
3496             </li>
3497             <li>
3498               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3499               sequences are hidden in applet
3500             </li>
3501             <li>
3502               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3503               deployment on examples pages.
3504             </li>
3505           </ul>
3506         </div>
3507       </td>
3508     </tr>
3509     <tr>
3510       <td width="60" nowrap>
3511         <div align="center">
3512           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3513             <em>16/10/2015</em></strong>
3514         </div>
3515       </td>
3516       <td><em>General</em>
3517         <ul>
3518           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3519             jars</li>
3520         </ul></td>
3521       <td>
3522         <div align="left">
3523           <em>Application</em>
3524           <ul>
3525             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3526               shown when tree is partitioned</li>
3527             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3528               multiple cDNA/Protein split views</li>
3529           </ul>
3530         </div>
3531       </td>
3532     </tr>
3533     <tr>
3534       <td width="60" nowrap>
3535         <div align="center">
3536           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3537             <em>8/10/2015</em></strong>
3538         </div>
3539       </td>
3540       <td><em>General</em>
3541         <ul>
3542           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3543             2.9</li>
3544         </ul> <em>Application</em>
3545         <ul>
3546           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3547           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3548           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3549         </ul> <em>Applet</em>
3550         <ul>
3551           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3552         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3553         <ul>
3554           <li>
3555             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3556             suite
3557           </li>
3558         </ul></td>
3559       <td>
3560         <div align="left">
3561           <em>General</em>
3562           <ul>
3563             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3564               incorrect when sequence start > 1</li>
3565             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3566               documentation</li>
3567             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3568             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3569               loading a features file containing HTML tags in feature
3570               description</li>
3571
3572           </ul>
3573           <em>Application</em>
3574           <ul>
3575             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3576               reimport</li>
3577             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3578               with 'trim retrieved sequences'</li>
3579             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3580               deleting selected columns</li>
3581             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3582               JNLP templates for webstart launch</li>
3583             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3584               unreleased structures for download or viewing</li>
3585             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3586               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3587             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3588               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3589             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3590               recovered from jalview project</li>
3591             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3592               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3593               alignment view</li>
3594             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3595               color schemes from BioJSON</li>
3596           </ul>
3597           <em>Applet</em>
3598           <ul>
3599             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3600               frame</li>
3601             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3602           </ul>
3603         </div>
3604       </td>
3605     </tr>
3606     <tr>
3607       <td><div align="center">
3608           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3609         </div></td>
3610       <td><em>General</em>
3611         <ul>
3612           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3613             alignments:
3614             <ul>
3615               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3616                 and DNA alignment views</li>
3617               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3618                 cDNA alignment views</li>
3619               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3620                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3621               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3622                 protein sequences</li>
3623             </ul>
3624           </li>
3625           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3626           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3627             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3628           <li>New alignment annotation file statements for
3629             reference sequences and marking hidden columns</li>
3630           <li>Reference sequence based alignment shading to
3631             highlight variation</li>
3632           <li>Select or hide columns according to alignment
3633             annotation</li>
3634           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3635           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3636             acid conservation row</li>
3637           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3638         </ul> <em>Application</em>
3639         <ul>
3640           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3641             <ul>
3642               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3643                 view with cDNA/Protein</li>
3644               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3645                 sequences are placed in the same alignment</li>
3646               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3647                 projects</li>
3648             </ul>
3649           </li>
3650
3651           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3652           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3653             Jalview windows</li>
3654
3655           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3656           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3657           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3658             be shown in VARNA</li>
3659
3660           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3661             as the active selected region</li>
3662
3663           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3664             similarity</li>
3665           <li>New Export options
3666             <ul>
3667               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3668                 region export in flat file generation</li>
3669
3670               <li>Export alignment views for display with the <a
3671                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3672
3673               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3674               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3675                 alignment figures to HTML</li>
3676           </li>
3677           <li>3D structure retrieval and display
3678             <ul>
3679               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3680                 Search API</li>
3681               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3682                 PDB structures for a sequence set</li>
3683             </ul>
3684           </li>
3685
3686           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3687             predictions</li>
3688           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3689             for one or a group of sequences</li>
3690           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3691             from the JPred4 web server</li>
3692           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3693             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3694             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3695           </li>
3696           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3697             VARNA 2D Structure'</li>
3698           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3699             Structure ..."</li>
3700
3701         </ul> <em>Applet</em>
3702         <ul>
3703           <li>New layout for applet example pages</li>
3704           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3705             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3706           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3707             Protein alignments</li>
3708         </ul> <em>Development and deployment</em>
3709         <ul>
3710           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3711           <li>Include installation type and git revision in build
3712             properties and console log output</li>
3713           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3714             storing BioJsMSA Templates</li>
3715           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3716         </ul></td>
3717       <td>
3718         <!-- <em>General</em>
3719         <ul>
3720         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3721         <ul>
3722           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3723           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3724           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3725             predictions are not highlighted in amber</li>
3726           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3727             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3728           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3729             associated structure views</li>
3730           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3731             width checkbox not enabled</li>
3732           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3733             creating user defined colours</li>
3734           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3735             mappings for just that viewer's sequences</li>
3736           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3737             multiple models in Chimera</li>
3738           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3739             over Jmol structure</li>
3740           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3741             output to text box</li>
3742           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3743             have incorrect sequence start/end</li>
3744           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3745             Jalview fails</li>
3746           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3747             work for nucleotide</li>
3748           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3749             to a grey/invisible alignment window</li>
3750           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3751             imports to different position</li>
3752           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3753             on some platforms</li>
3754           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3755             populated</li>
3756           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3757             console if Chimera has been opened</li>
3758           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3759           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3760             retrieved</li>
3761           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3762           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3763             either sequence shows on first structure</li>
3764           <li>'Show annotations' options should not make
3765             non-positional annotations visible</li>
3766           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3767             in right place after 'view flanking regions'</li>
3768           <li>File Save As type unset when current file format is
3769             unknown</li>
3770           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3771             projects</li>
3772           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3773             responsive</li>
3774           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3775             several views on same alignment</li>
3776           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3777           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3778             spaces</li>
3779         </ul> <em>Applet</em>
3780         <ul>
3781           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3782           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3783             descriptions containing angle brackets</li>
3784         </ul> <em>General</em>
3785         <ul>
3786           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3787             via jalview annotation file</li>
3788           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3789             with RNA secondary structure</li>
3790           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3791             translation doesn't work.</li>
3792           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3793           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3794             positions</li>
3795           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3796             choosing 1pt font</li>
3797           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3798             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3799             'h'</li>
3800           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3801             new feature</li>
3802           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3803             order dependent</li>
3804           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3805             sequences</li>
3806           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3807         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3808         <ul>
3809           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3810             www.jalview.org</li>
3811         </ul> <em>Application Known issues</em>
3812         <ul>
3813           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3814           <li>Misleading message appears after trying to delete
3815             solid column.</li>
3816           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3817             version launches</li>
3818           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3819             fails with a sequence mismatch</li>
3820           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3821             scrolling alignment to right</li>
3822           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3823             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3824           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3825             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3826           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3827             ultra-high resolution</li>
3828           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3829             quality and conservation</li>
3830           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3831             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3832         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3833         <ul>
3834           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3835           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3836             window is being resized</li>
3837
3838         </ul>
3839       </td>
3840     </tr>
3841     <tr>
3842       <td><div align="center">
3843           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3844         </div></td>
3845       <td><em>General</em>
3846         <ul>
3847           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3848             Certum.PL.</li>
3849           <li>Features and annotation preserved when performing
3850             pairwise alignment</li>
3851           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3852             imported/exported/displayed</li>
3853           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3854             protein secondary structure</li>
3855           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3856               post-hoc with 2.9 release</em>)
3857           </li>
3858
3859         </ul> <em>Application</em>
3860         <ul>
3861           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3862             with 3D structures</li>
3863           <li>Support for parsing RNAML</li>
3864           <li>Annotations menu for layout
3865             <ul>
3866               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3867               <li>place sequence annotation above/below alignment
3868                 annotation</li>
3869             </ul>
3870           <li>Output in Stockholm format</li>
3871           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3872             translation</li>
3873           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3874           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3875             shared between alignments</li>
3876           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3877             Jalview</li>
3878           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3879             all or current selection</li>
3880           <li>disorder and secondary structure predictions
3881             available as dataset annotation</li>
3882           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3883
3884
3885           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3886             alignments from Rfam</li>
3887           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3888
3889           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3890             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3891           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3892           <li>include installation type in build properties and
3893             console log output</li>
3894           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3895             annotation</li>
3896         </ul></td>
3897       <td>
3898         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3899         <ul>
3900           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3901             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3902           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3903             alignment</li>
3904           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3905           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3906           <li>Double click on sequence associated annotation
3907             selects only first column</li>
3908           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3909             leaves shown in tree</li>
3910           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3911             properly</li>
3912           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3913           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3914             screen and buttons not visible</li>
3915           <li>author list isn't updated if already written to
3916             Jalview properties</li>
3917           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3918             from database</li>
3919           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3920           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3921             browser search window</li>
3922           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3923             in feature settings dialog</li>
3924           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3925             desktop</li>
3926           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3927             pass validation</li>
3928           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3929             fit on screen</li>
3930           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3931             tooltip</li>
3932           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3933             defined user preset</li>
3934           <li>MSA web services warns user if they were launched
3935             with invalid input</li>
3936           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3937             Java 8</li>
3938           <li>
3939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3940             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3941             created
3942           </li>
3943
3944         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3945         <ul>
3946         </ul> <em>General</em>
3947         <ul>
3948         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3949         <ul>
3950           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3951             memory allocation</li>
3952           <li>launchApp service doesn't automatically open
3953             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3954           <li>
3955             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3956             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3957             1.7_055 is available
3958           </li>
3959         </ul> <em>Application Known issues</em>
3960         <ul>
3961           <li>
3962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3963             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3964             alignment to right
3965           </li>
3966           <li>
3967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3968             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3969             with large number of ID
3970           </li>
3971           <li>
3972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3973             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3974             start/end
3975           </li>
3976           <li>
3977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3978             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3979             structure tracks are rearranged
3980           </li>
3981           <li>
3982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3983             invalid rna structure positional highlighting does not
3984             highlight position of invalid base pairs
3985           </li>
3986           <li>
3987             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3988             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3989             project from alignment window file menu
3990           </li>
3991           <li>
3992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3993             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3994             structures
3995           </li>
3996           <li>
3997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3998             colour by RNA Helices not enabled when user created
3999             annotation added to alignment
4000           </li>
4001           <li>
4002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4003             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4004           </li>
4005         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4006         <ul>
4007           <li>
4008             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4009             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4010           </li>
4011           <li>
4012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4013             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4014           </li>
4015
4016           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4017             when selected</li>
4018         </ul>
4019       </td>
4020     </tr>
4021     <tr>
4022       <td><div align="center">
4023           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4024         </div></td>
4025       <td>
4026         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4027         <em>General</em>
4028         <ul>
4029           <li>Internationalisation of user interface (usually
4030             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4031           <li>Define/Undefine group on current selection with
4032             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4033           <li>Improved group creation/removal options in
4034             alignment/sequence Popup menu</li>
4035           <li>Sensible precision for symbol distribution
4036             percentages shown in logo tooltip.</li>
4037           <li>Annotation panel height set according to amount of
4038             annotation when alignment first opened</li>
4039         </ul> <em>Application</em>
4040         <ul>
4041           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4042             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4043           <li>Select columns containing particular features from
4044             Feature Settings dialog</li>
4045           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4046             sequences</li>
4047           <li>Update Jalview project format:
4048             <ul>
4049               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4050               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4051                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4052               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4053                 colouring</li>
4054             </ul>
4055           </li>
4056           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4057             (PAM250)</li>
4058           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4059             flanking regions for an alignment</li>
4060         </ul>
4061       </td>
4062       <td>
4063         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4064         <ul>
4065           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4066             running after job is cancelled</li>
4067           <li>cannot export features from alignments imported from
4068             Jalview/VAMSAS projects</li>
4069           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4070             float values</li>
4071           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4072             have 'display all symbols' flag set</li>
4073           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4074             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4075           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4076             Jalview</li>
4077           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4078             Lion/Webstart</li>
4079           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4080           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4081           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4082             alignment onto desktop</li>
4083           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4084             'extract scores' function</li>
4085           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4086             alignment window</li>
4087           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4088             performing IUPred disorder prediction</li>
4089           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4090             changing 'normalise logo' display setting</li>
4091           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4092             nothing matches query</li>
4093           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4094             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4095           </li>
4096           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4097             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4098           </li>
4099           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4100             Jalview's menu</li>
4101           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4102             'invalid literal/length code'</li>
4103           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4104             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4105           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4106             colourscheme</li>
4107
4108         </ul> <em>Applet</em>
4109         <ul>
4110           <li>Remove group option is shown even when selection is
4111             not a group</li>
4112           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4113             don't affect groups</li>
4114           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4115             colourscheme name</li>
4116           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4117             Annotation panel is not displayed</li>
4118           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4119             embedded windows</li>
4120         </ul> <em>Other</em>
4121         <ul>
4122           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4123             single sequence were not calculated</li>
4124           <li>annotation files that contain only groups imported as
4125             annotation and junk sequences</li>
4126           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4127             recognised as PFAM or BLC</li>
4128           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4129             doesn't affect background (2.8.0b1)
4130           <li></li>
4131           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4132           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4133             trailing gaps</li>
4134           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4135             registered correctly on import</li>
4136           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4137             certain alignments</li>
4138           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4139             existing annotation based 'use original colours'
4140             colourscheme loses original colours setting</li>
4141         </ul>
4142       </td>
4143     </tr>
4144     <tr>
4145       <td><div align="center">
4146           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4147             <em>30/1/2014</em></strong>
4148         </div></td>
4149       <td>
4150         <ul>
4151           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4152             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4153             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4154             open source project).
4155           </li>
4156           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4157           <li>Output in Stockholm format</li>
4158           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4159           <li>Export/import group and sequence associated line
4160             graph thresholds</li>
4161           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4162             ambiguity codes</li>
4163           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4164             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4165             works</li>
4166           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4167         </ul> <em>Other improvements</em>
4168         <ul>
4169           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4170           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4171             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4172           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4173             files</li>
4174           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4175           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4176             link but no description</li>
4177           <li>Select primary source when selecting authority in
4178             database fetcher GUI</li>
4179           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4180             Jalview</li>
4181           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4182         </ul>
4183       </td>
4184       <td>
4185         <ul>
4186           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4187             displayed</li>
4188           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4189             secondary structure annotation line</li>
4190           <li>Sequence database accessions not imported when
4191             fetching alignments from Rfam</li>
4192           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4193             identical IDs</li>
4194           <li>View all structures does not always superpose
4195             structures</li>
4196           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4197             reflect user or preset settings</li>
4198           <li>Null pointer exceptions for some services without
4199             presets or adjustable parameters</li>
4200           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4201             discover PDB xRefs</li>
4202           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4203             features with DAS</li>
4204           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4205             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4206           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4207             residue follows a gap</li>
4208           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4209             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4210           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4211             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4212           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4213             annotation already exists on alignment</li>
4214           <li>oninit javascript function should be called after
4215             initialisation completes</li>
4216           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4217             alignment window display</li>
4218           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4219           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4220             to annotation file</li>
4221           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4222             groups created</li>
4223           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4224             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4225           <li>Pressing return several times causes Number Format
4226             exceptions in keyboard mode</li>
4227           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4228             correct partitions for input data</li>
4229           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4230           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4231           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4232           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4233             mode</li>
4234           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4235             changes one row&#39;s threshold</li>
4236           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4237             doesn&#39;t open</li>
4238           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4239             quality histograms</li>
4240         </ul>
4241       </td>
4242     </tr>
4243     <tr>
4244       <td><div align="center">
4245           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4246         </div></td>
4247       <td><em>Application</em>
4248         <ul>
4249           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4250             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4251           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4252             preferences</li>
4253           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4254             in Jalview alignment window</li>
4255           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4256             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4257           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4258             RNA and ambiguity codes</li>
4259
4260           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4261           <li>Support fetching and database reference look up
4262             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4263             refs')</li>
4264           <li>Jalview project improvements
4265             <ul>
4266               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4267                 flag for annotation</li>
4268               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4269                 alignment</li>
4270               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4271                 Jalview project</li>
4272
4273             </ul>
4274           </li>
4275           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4276           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4277             running</li>
4278           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4279           <li>visual indication that web service results are still
4280             being retrieved from server</li>
4281           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4282             starts up for first time</li>
4283           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4284             services</li>
4285           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4286             client library</li>
4287           <li>Examples directory and Groovy library included in
4288             InstallAnywhere distribution</li>
4289         </ul> <em>Applet</em>
4290         <ul>
4291           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4292             visualization applet example</li>
4293         </ul> <em>General</em>
4294         <ul>
4295           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4296           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4297             defaults</li>
4298           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4299             calculation</li>
4300           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4301             matrices
4302           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4303             in HTML</li>
4304           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4305             structure contacts</li>
4306           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4307           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4308           <li>Parse sequence associated secondary structure
4309             information in Stockholm files</li>
4310           <li>HTML Export database accessions and annotation
4311             information presented in tooltip for sequences</li>
4312           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4313             style RNA alignment files</li>
4314           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4315             alignment</li>
4316           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4317             shade each sequence according to its associated alignment
4318             annotation</li>
4319           <li>New Jalview Logo</li>
4320         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4321         <ul>
4322           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4323           <li>New Website!</li>
4324         </ul></td>
4325       <td><em>Application</em>
4326         <ul>
4327           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4328             wsdbfetch REST service</li>
4329           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4330           <li>Filetype associations not installed for webstart
4331             launch</li>
4332           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4333             job execution in full once it is complete</li>
4334           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4335             uploaded via ali_file parameter</li>
4336           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4337           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4338           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4339             submitted for prediction</li>
4340           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4341             desktop window</li>
4342           <li>Putting fractional value into integer text box in
4343             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4344           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4345             windows 7</li>
4346           <li>View all structures fails with exception shown in
4347             structure view</li>
4348           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4349             escaped in a platform independent way</li>
4350           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4351             using proxy</li>
4352           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4353             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4354           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4355             failure when java web start temporary file caching is
4356             disabled</li>
4357           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4358             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4359           <li>Errors during processing of command line arguments
4360             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4361           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4362             DAS sources in sequence fetcher</li>
4363           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4364             dialog is shown</li>
4365           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4366           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4367           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4368           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4369             on OSX Mountain Lion</li>
4370           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4371             sequences with alignment annotation are pasted into the
4372             alignment</li>
4373           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4374             when loaded from Jalview project</li>
4375           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4376           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4377             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4378           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4379             associated with all views</li>
4380           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4381             annotation rows to new window</li>
4382         </ul> <em>Applet</em>
4383         <ul>
4384           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4385             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4386           <li>loading features via javascript API automatically
4387             enables feature display</li>
4388           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4389             work</li>
4390         </ul> <em>General</em>
4391         <ul>
4392           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4393           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4394             and then deselected</li>
4395           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4396           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4397             coloured with clustalx</li>
4398           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4399             exceptions and redraw errors</li>
4400           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4401             reconfigured view</li>
4402           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4403             colour</li>
4404           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4405             for lots of labels</li>
4406         </ul>
4407     </tr>
4408     <tr>
4409       <td>
4410         <div align="center">
4411           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4412         </div>
4413       </td>
4414       <td><em>Application</em>
4415         <ul>
4416           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4417           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4418           <li>View/alignment association menu to enable user to
4419             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4420             its colours/correspondences from</li>
4421           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4422           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4423             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4424           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4425           <li>Annotation row column label formatting attributes
4426             stored in project file</li>
4427           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4428             rows preserved in Jalview project file</li>
4429           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4430             saved using Desktop window menu</li>
4431           <li>Visual indication that command line arguments are
4432             still being processed</li>
4433           <li>Groovy script execution from URL</li>
4434           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4435             preferences</li>
4436           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4437             alignment with sequences that have high similarity and
4438             matching IDs</li>
4439           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4440           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4441             structures in same window</li>
4442           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4443           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4444             analysis function in its own submenu</li>
4445         </ul> <em>Applet</em>
4446         <ul>
4447           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4448             groups</li>
4449           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4450           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4451           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4452           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4453           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4454             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4455           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4456           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4457             parameters are treated as such</li>
4458           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4459             <ul>
4460               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4461               <li>Javascript callbacks for
4462                 <ul>
4463                   <li>Applet initialisation</li>
4464                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4465                 </ul>
4466               </li>
4467               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4468                 functions</li>
4469               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4470               <li>javascript structure viewer harness to pass
4471                 messages between Jmol and Jalview when running as
4472                 distinct applets</li>
4473               <li>sortBy method</li>
4474               <li>Set of applet and application examples shipped
4475                 with documentation</li>
4476               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4477                 javascript message exchange</li>
4478             </ul>
4479         </ul> <em>General</em>
4480         <ul>
4481           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4482             multiple alignments</li>
4483           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4484           <li>User configurable link to enable redirects to a
4485             www.Jalview.org mirror</li>
4486           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4487           <li>Configurable newline string when writing alignment
4488             and other flat files</li>
4489           <li>Allow alignment annotation description lines to
4490             contain html tags</li>
4491         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4492         <ul>
4493           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4494             examples</li>
4495           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4496             using a web service before displaying the result in the
4497             Jalview desktop</li>
4498           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4499           <li>Ant target to publish example html files with applet
4500             archive</li>
4501           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4502           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4503         </ul></td>
4504       <td><em>Application</em>
4505         <ul>
4506           <li>User defined colourscheme throws exception when
4507             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4508           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4509             dialog for valid filename/format</li>
4510           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4511           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4512             P37173</li>
4513           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4514             which sequence is to be associated with the file</li>
4515           <li>Find All raises null pointer exception when query
4516             only matches sequence IDs</li>
4517           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4518           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4519             2.4 cannot be loaded</li>
4520           <li>Filetype associations not installed for webstart
4521             launch</li>
4522           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4523             with sequences in different alignments do not get coloured
4524             by their associated sequence</li>
4525           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4526             not preserved when project is loaded</li>
4527           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4528             stored in Jalview project</li>
4529           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4530             Jalview project</li>
4531           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4532           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4533             by conservation</li>
4534           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4535             created on new view</li>
4536           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4537             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4538           <li>Alignment quality not updated after alignment
4539             annotation row is hidden then shown</li>
4540           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4541             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4542           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4543             properly</li>
4544           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4545             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4546           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4547           <li>Structures imported from file and saved in project
4548             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4549           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4550             job execution in full once it is complete</li>
4551         </ul> <em>Applet</em>
4552         <ul>
4553           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4554             annotation rows are displayed</li>
4555           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4556             codebase</li>
4557           <li>View follows highlighting does not work for positions
4558             in sequences</li>
4559           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4560           <li>Export features raises exception when no features
4561             exist</li>
4562           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4563             for javascript api is modified when separator string
4564             provided as parameter</li>
4565           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4566             alignment with no existing selection</li>
4567           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4568             to applet&#39;s codebase</li>
4569           <li>Status bar not updated after finished searching and
4570             search wraps around to first result</li>
4571           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4572             several Jalview applets causes race conditions and memory
4573             leaks</li>
4574           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4575             not sent from Jmol in applet</li>
4576           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4577             applet API fatally hang browser</li>
4578         </ul> <em>General</em>
4579         <ul>
4580           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4581             position with wrapped view and hidden regions</li>
4582           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4583             with/without hidden columns</li>
4584           <li>Sequence length given in alignment properties window
4585             is off by 1</li>
4586           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4587             import PDB like structure files</li>
4588           <li>Positional search results are only highlighted
4589             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4590           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4591           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4592             given sequence position</li>
4593           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4594             output</li>
4595           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4596             from nucleotide chains correctly</li>
4597           <li>Structure colours not updated when tree partition
4598             changed in alignment</li>
4599           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4600             parsed in interleaved stockholm</li>
4601           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4602             state</li>
4603           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4604             properly</li>
4605           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4606             properly associated with their pdb files</li>
4607         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4608         <ul>
4609           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4610             ApplyCopyright tool</li>
4611         </ul></td>
4612     </tr>
4613     <tr>
4614       <td>
4615         <div align="center">
4616           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4617         </div>
4618       </td>
4619       <td><em>Application</em>
4620         <ul>
4621           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4622             contact web services</li>
4623           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4624             service job window</li>
4625           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4626         </ul></td>
4627       <td>
4628         <ul>
4629           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4630             pir file emitted by Jalview</li>
4631           <li>Existing feature settings transferred to new
4632             alignment view created from cut'n'paste</li>
4633           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4634             parsing PDB files</li>
4635           <li>Consensus and conservation annotation rows
4636             occasionally become blank for all new windows</li>
4637           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4638             in wrapped view mode</li>
4639         </ul> <em>Application</em>
4640         <ul>
4641           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4642             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4643           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4644             parameter names</li>
4645           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4646             is down</li>
4647         </ul>
4648       </td>
4649     </tr>
4650     <tr>
4651       <td>
4652         <div align="center">
4653           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4654         </div>
4655       </td>
4656       <td><em>Application</em>
4657         <ul>
4658           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4659             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4660             (JABAWS)
4661           </li>
4662           <li>Web Services preference tab</li>
4663           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4664             preferences</li>
4665           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4666           <li>Superpose structures using associated sequence
4667             alignment</li>
4668           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4669             viewer</li>
4670         </ul> <em>Applet</em>
4671         <ul>
4672           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4673             link out mechanism</li>
4674         </ul> <em>Other</em>
4675         <ul>
4676           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4677             series 12</li>
4678           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4679             require Java 1.5</li>
4680           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4681             sequence annotation files</li>
4682           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4683             type colour specification</li>
4684           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4685             script to check if it being run in an interactive session or
4686             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4687         </ul></td>
4688       <td>
4689         <ul>
4690           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4691             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4692         </ul> <em>Application</em>
4693         <ul>
4694           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4695             selected Regions menu item</li>
4696           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4697             part of a valid accession ID</li>
4698           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4699             runs out of memory</li>
4700           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4701             analysis results</li>
4702           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4703             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4704           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4705         </ul> <em>Applet</em>
4706         <ul>
4707           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4708             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4709             defined.</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712     </tr>
4713     <tr>
4714       <td>
4715         <div align="center">
4716           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4717         </div>
4718       </td>
4719       <td></td>
4720       <td>
4721         <ul>
4722           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4723             sequence IDs</li>
4724           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4725             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4726           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4727             import correctly</li>
4728           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4729             number of columns are hidden</li>
4730           <li>annotation label popup menu not providing correct
4731             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4732             present</li>
4733           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4734             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4735           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4736             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4737
4738         </ul> <em>Applet</em>
4739         <ul>
4740           <li>annotation panel disappears when annotation is
4741             hidden/removed</li>
4742         </ul> <em>Application</em>
4743         <ul>
4744           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4745             alignment opened where annotation panel is visible but no
4746             annotations are present on alignment</li>
4747           <li>pasted region containing hidden columns is
4748             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4749           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4750             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4751           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4752             selected Rregions menu item.</li>
4753           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4754             'Un' or 'Non'conserved</li>
4755           <li>Sequence feature settings are being shared by
4756             multiple distinct alignments</li>
4757           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4758             changed</li>
4759           <li>double click on group annotation to select sequences
4760             does not propagate to associated trees</li>
4761           <li>Mac OSX specific issues:
4762             <ul>
4763               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4764                 window background</li>
4765               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4766                 name set correctly</li>
4767               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4768                 save feature colourscheme button</li>
4769             </ul>
4770           </li>
4771         </ul>
4772       </td>
4773     </tr>
4774     <tr>
4775
4776       <td>
4777         <div align="center">
4778           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4779         </div>
4780       </td>
4781       <td><em>New Capabilities</em>
4782         <ul>
4783           <li>URL links generated from description line for
4784             regular-expression based URL links (applet and application)
4785
4786
4787           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4788             menu</li>
4789           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4790             structures</li>
4791           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4792             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4793           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4794             average score or total feature count for each sequence.</li>
4795           <li>Shading features by score or associated description</li>
4796           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4797             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4798           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4799             hide everything but the currently selected region.</li>
4800           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4801         </ul> <em>Application</em>
4802         <ul>
4803           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4804             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4805           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4806             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4807           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4808             database references and protein_name is parsed as
4809             description line (BioSapiens terms).</li>
4810           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4811             references in sequence ID tooltip from View menu in
4812             application.</li>
4813           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4814       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4815           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4816             conservation plots</li>
4817           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4818             and visualized as sequence logos</li>
4819           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4820             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4821           </li>
4822           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4823             when a new tree is opened.</li>
4824           <li>Jalview Java Console</li>
4825           <li>Better placement of desktop window when moving
4826             between different screens.</li>
4827           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4828             consensus annotation</li>
4829           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4830             Workflows</li>
4831           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4832             <ul>
4833               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4834                 used to preserve views, structures, and tree display
4835                 settings)</li>
4836               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4837                 command line</li>
4838               <li>Sharing of selected regions between views and
4839                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4840               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4841             </ul></li>
4842         </ul> <em>Applet</em>
4843         <ul>
4844           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4845           <li>New Parameters
4846             <ul>
4847               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4848                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4849                 opened.</li>
4850               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4851                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4852               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4853                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4854               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4855                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4856                 view</li>
4857               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4858                 increase the height or width of a cell in the alignment
4859                 grid relative to the current font size.</li>
4860             </ul>
4861           </li>
4862           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4863             tooltip</li>
4864         </ul> <em>Other</em>
4865         <ul>
4866           <li>Features format: graduated colour definitions and
4867             specification of feature scores</li>
4868           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4869             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4870             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4871           <li>XML formats extended to support graduated feature
4872             colourschemes, group associated annotation, and profile
4873             visualization settings.</li></td>
4874       <td>
4875         <ul>
4876           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4877             rather than description</li>
4878           <li>Non-positional features are now included in sequence
4879             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4880             visibility in tooltip).</li>
4881           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4882           <li>Added URL embedding instructions to features file
4883             documentation.</li>
4884           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4885             'X' in peptide product</li>
4886           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4887             sequence ID and sequence string and query strings do not
4888             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4889           <li>AMSA files only contain first column of
4890             multi-character column annotation labels</li>
4891           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4892             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4893             exported and re-imported)</li>
4894           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4895             name</li>
4896           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4897             as subsequence matches, and correctly reports total number
4898             of both.</li>
4899           <li>Application:
4900             <ul>
4901               <li>Better handling of exceptions during sequence
4902                 retrieval</li>
4903               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4904                 link text excludes the start_end suffix</li>
4905               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4906                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4907               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4908               <li>Sequence description lines properly shared via
4909                 VAMSAS</li>
4910               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4911                 data sources</li>
4912               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4913                 completes before alignment figures are generated.</li>
4914               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4915                 first time.</li>
4916               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4917                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4918               <li>User defined group colours properly recovered
4919                 from Jalview projects.</li>
4920             </ul>
4921           </li>
4922         </ul>
4923       </td>
4924
4925     </tr>
4926     <tr>
4927       <td>
4928         <div align="center">
4929           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4930         </div>
4931       </td>
4932       <td>
4933         <ul>
4934           <li>Experimental support for google analytics usage
4935             tracking.</li>
4936           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4937         </ul>
4938       </td>
4939       <td>
4940         <ul>
4941           <li>Race condition in applet preventing startup in
4942             jre1.6.0u12+.</li>
4943           <li>Exception when feature created from selection beyond
4944             length of sequence.</li>
4945           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4946           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4947             all sequences with a given id</li>
4948           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4949             ID string searches</li>
4950           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4951             alignment to fail with exception</li>
4952         </ul> <em>Application Issues</em>
4953         <ul>
4954           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4955           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4956             data sources</li>
4957         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4958         <ul>
4959           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4960             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4961           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4962             version (java class versioning error fixed)</li>
4963         </ul>
4964       </td>
4965     </tr>
4966     <tr>
4967       <td>
4968
4969         <div align="center">
4970           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4971         </div>
4972       </td>
4973       <td><em>User Interface</em>
4974         <ul>
4975           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4976             translation and protein products</li>
4977           <li>Linked highlighting of structure associated with
4978             residue mapping to codon position</li>
4979           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4980             and 'clear' button</li>
4981           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4982             Tools menu</li>
4983           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4984             numeric data in description line</li>
4985           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4986           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4987             of sequence</li>
4988         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4989         <ul>
4990           <li>JPred3 web service</li>
4991           <li>Prototype sequence search client (no public services
4992             available yet)</li>
4993           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4994             PFAM</li>
4995           <li>URL Links created for matching database cross
4996             references as well as sequence ID</li>
4997           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4998         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4999         <ul>
5000           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5001             databases</li>
5002           <li>Generalised database reference retrieval and
5003             validation to all fetchable databases</li>
5004           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5005             sequence command</li>
5006         </ul> <em>Import and Export</em>
5007         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5008         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5009           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5010         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5011           File</li>
5012         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5013           triplet as name of colourscheme</li>
5014         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5015         <ul>
5016           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5017           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5018             alignments (experimental)</li>
5019           <li>Create new or select existing session to join</li>
5020           <li>load and save of vamsas documents</li>
5021         </ul> <em>Application command line</em>
5022         <ul>
5023           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5024             from applet)</li>
5025           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5026             of DAS servers to query for alignment features</li>
5027           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5028             that are also automatically queried for features</li>
5029           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5030             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5031         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5032         <ul>
5033           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5034             application (when using &quot;View in full
5035             application&quot;)</li>
5036         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5037         <ul>
5038           <li>feature group display control parameter</li>
5039           <li>debug parameter</li>
5040           <li>showbutton parameter</li>
5041         </ul> <em>Applet API methods</em>
5042         <ul>
5043           <li>newView public method</li>
5044           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5045           <li>Feature display control methods</li>
5046           <li>get list of currently selected sequences</li>
5047         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5048         <ul>
5049           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5050           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5051             Jalview release.</li>
5052           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5053             property controls execution of obfuscator</li>
5054           <li>Build target for generating source distribution</li>
5055           <li>Debug flag for javacc</li>
5056           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5057             jalview.bin.Cache</li>
5058           <li>Continuous Build Integration for stable and
5059             development version of Application, Applet and source
5060             distribution</li>
5061         </ul></td>
5062       <td>
5063         <ul>
5064           <li>selected region output includes visible annotations
5065             (for certain formats)</li>
5066           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5067             for editing</li>
5068           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5069           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5070           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5071           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5072             comments</li>
5073           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5074             filenames containing a ':'</li>
5075           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5076             global sequence features</li>
5077           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5078             references from alignment sequences goes to zero</li>
5079           <li>Close of tree branch colour box without colour
5080             selection causes cascading exceptions</li>
5081           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5082           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5083             file parsing fails.</li>
5084           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5085           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5086             not a valid output format</li>
5087           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5088             vamsas</li>
5089           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5090           <li>error messages passed up and output when data read
5091             fails</li>
5092           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5093             sequence is edited</li>
5094           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5095             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5096           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5097             filetype</li>
5098           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5099             import fixed for PFAM records</li>
5100           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5101             window list</li>
5102           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5103             can be read and written correctly to annotation file</li>
5104           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5105             correctly</li>
5106           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5107             non-italic font for representatives in Applet</li>
5108           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5109             Macs.</li>
5110           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5111             Applet)</li>
5112           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5113             due to null pointer exceptions</li>
5114           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5115             first column of alignment</li>
5116           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5117             July 2008</li>
5118           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5119             file is case-insensitive</li>
5120           <li>Sequence features read from Features file appended to
5121             all sequences with matching IDs</li>
5122           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5123             containing a sub-sequence</li>
5124           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5125           <li>feature and annotation file applet parameters
5126             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5127           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5128           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5129             splash-screen version check to complete</li>
5130           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5131             when passing them to the launchApp service</li>
5132           <li>display name and local features preserved in results
5133             retrieved from web service</li>
5134           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5135             sequence fetcher initialisation</li>
5136           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5137             dasobert DAS client</li>
5138           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5139             association</li>
5140           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5141             sequences
5142           </li>
5143         </ul>
5144       </td>
5145     </tr>
5146     <tr>
5147       <td>
5148         <div align="center">
5149           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5150         </div>
5151       </td>
5152       <td>
5153         <ul>
5154           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5155           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5156           <li>Slide sequences</li>
5157           <li>Edit sequence in place</li>
5158           <li>EMBL CDS features</li>
5159           <li>DAS Feature mapping</li>
5160           <li>Feature ordering</li>
5161           <li>Alignment Properties</li>
5162           <li>Annotation Scores</li>
5163           <li>Sort by scores</li>
5164           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5165         </ul>
5166       </td>
5167       <td>
5168         <ul>
5169           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5170           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5171           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5172           <li>Feature group display state in XML</li>
5173           <li>Feature ordering in XML</li>
5174           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5175           <li>Stockholm alignment properties</li>
5176           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5177           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5178           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5179           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5180         </ul>
5181       </td>
5182
5183     </tr>
5184     <tr>
5185       <td>
5186         <div align="center">
5187           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5188         </div>
5189       </td>
5190       <td>
5191         <ul>
5192           <li>Non standard characters can be read and displayed
5193           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5194             applet via textbox
5195           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5196             name &amp; description
5197           <li>Preference setting to display sequence name in
5198             italics
5199           <li>Annotation file format extended to allow
5200             Sequence_groups to be defined
5201           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5202             specified in preferences
5203           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5204             sequences
5205         </ul>
5206       </td>
5207       <td>
5208         <ul>
5209           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5210             installed
5211           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5212           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5213         </ul>
5214       </td>
5215     </tr>
5216     <tr>
5217       <td>
5218         <div align="center">
5219           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5220         </div>
5221       </td>
5222       <td>
5223         <ul>
5224           <li>Multiple views on alignment
5225           <li>Sequence feature editing
5226           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5227           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5228           <li>Background dependent text colour
5229           <li>Right align sequence ids
5230           <li>User-defined lower case residue colours
5231           <li>Format Menu
5232           <li>Select Menu
5233           <li>Menu item accelerator keys
5234           <li>Control-V pastes to current alignment
5235           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5236           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5237           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5238
5239
5240           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5241         </ul>
5242       </td>
5243       <td>
5244         <ul>
5245           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5246           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5247             calculations
5248           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5249             edits
5250           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5251             of alignment)
5252           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5253
5254
5255           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5256             display correctly
5257           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5258           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5259             analysis results
5260           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5261             &#8739;
5262           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5263           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5264           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5265
5266
5267         </ul>
5268       </td>
5269     </tr>
5270     <tr>
5271       <td>
5272         <div align="center">
5273           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5274         </div>
5275       </td>
5276       <td>
5277         <ul>
5278           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5279         </ul>
5280       </td>
5281       <td>
5282         <ul>
5283           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5284             sequence id panel has been resized</li>
5285           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5286             rendered</li>
5287           <li>Annotation files with sequence references - all
5288             elements in file are relative to sequence position</li>
5289           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5290         </ul>
5291       </td>
5292     </tr>
5293     <tr>
5294       <td>
5295         <div align="center">
5296           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5297         </div>
5298       </td>
5299       <td>
5300         <ul>
5301           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5302           <li>DAS Feature fetching</li>
5303           <li>Hide sequences and columns</li>
5304           <li>Export Annotations and Features</li>
5305           <li>GFF file reading / writing</li>
5306           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5307             files</li>
5308           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5309           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5310           <li>Applet can launch the full application</li>
5311           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5312             required)</li>
5313           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5314           <li>Applet can load sequences from parameter
5315             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5316           </li>
5317         </ul>
5318       </td>
5319       <td>
5320         <ul>
5321           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5322           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5323           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5324         </ul>
5325       </td>
5326     </tr>
5327     <tr>
5328       <td>
5329         <div align="center">
5330           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5331         </div>
5332       </td>
5333       <td>
5334         <ul>
5335           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5336           <li>Choose to match case when searching</li>
5337           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5338             expand the visible width and height of the alignment</li>
5339         </ul>
5340       </td>
5341       <td>
5342         <ul>
5343           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5344         </ul>
5345       </td>
5346     </tr>
5347     <tr>
5348       <td>
5349         <div align="center">
5350           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5351         </div>
5352       </td>
5353       <td>&nbsp;</td>
5354       <td>
5355         <ul>
5356           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5357           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5358             value</li>
5359         </ul>
5360       </td>
5361     </tr>
5362     <tr>
5363       <td>
5364         <div align="center">
5365           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5366         </div>
5367       </td>
5368       <td>
5369         <ul>
5370           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5371           <li>Keyboard editing</li>
5372           <li>Create sequence features from searches</li>
5373           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5374             alignments</li>
5375           <li>Features file allows grouping of features</li>
5376           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5377           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5378           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5379         </ul>
5380       </td>
5381       <td>
5382         <ul>
5383           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5384           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5385             descriptions saved.</li>
5386         </ul>
5387       </td>
5388     </tr>
5389     <tr>
5390       <td>
5391         <div align="center">
5392           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5393         </div>
5394       </td>
5395       <td>
5396         <ul>
5397           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5398           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5399           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5400             name for file output</li>
5401           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5402           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5403             used for HTML form input</li>
5404         </ul>
5405       </td>
5406       <td>
5407         <ul>
5408           <li>HTML output writes groups and features</li>
5409           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5410           <li>File IO bugs</li>
5411         </ul>
5412       </td>
5413     </tr>
5414     <tr>
5415       <td>
5416         <div align="center">
5417           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5418         </div>
5419       </td>
5420       <td>
5421         <ul>
5422           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5423           <li>More options for PCA viewer</li>
5424         </ul>
5425       </td>
5426       <td>
5427         <ul>
5428           <li>GUI bugs resolved</li>
5429           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5430         </ul>
5431       </td>
5432     </tr>
5433     <tr>
5434       <td height="63">
5435         <div align="center">
5436           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5437         </div>
5438       </td>
5439       <td>
5440         <ul>
5441           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5442           <li>Jar files are executable</li>
5443           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5444         </ul>
5445       </td>
5446       <td>
5447         <ul>
5448           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5449           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5450           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5451         </ul>
5452       </td>
5453     </tr>
5454     <tr>
5455       <td>
5456         <div align="center">
5457           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5458         </div>
5459       </td>
5460       <td>
5461         <ul>
5462           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5463         </ul>
5464       </td>
5465       <td>
5466         <ul>
5467           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5468         </ul>
5469       </td>
5470     </tr>
5471     <tr>
5472       <td>
5473         <div align="center">
5474           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5475         </div>
5476       </td>
5477       <td>
5478         <ul>
5479           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5480             size</li>
5481         </ul>
5482       </td>
5483       <td>
5484         <ul>
5485           <li>Improved JPred client reliability</li>
5486           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5487         </ul>
5488       </td>
5489     </tr>
5490     <tr>
5491       <td>
5492         <div align="center">
5493           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5494         </div>
5495       </td>
5496       <td>
5497         <ul>
5498           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5499           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5500           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5501             to Colour Menu</li>
5502           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5503           <li>Unix users can set default web browser</li>
5504           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5505           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5506         </ul>
5507       </td>
5508       <td>
5509         <ul>
5510           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5511         </ul>
5512       </td>
5513     </tr>
5514     <tr>
5515       <td>
5516         <div align="center">
5517           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5518         </div>
5519       </td>
5520       <td>&nbsp;</td>
5521       <td>
5522         <ul>
5523           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5524             alignment order.</li>
5525         </ul>
5526       </td>
5527     </tr>
5528     <tr>
5529       <td>
5530         <div align="center">
5531           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5532         </div>
5533       </td>
5534       <td>
5535         <ul>
5536           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5537           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5538           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5539             annotations.</li>
5540           <li>Version and build date written to build properties
5541             file.</li>
5542           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5543             at launch of Jalview.</li>
5544         </ul>
5545       </td>
5546       <td>
5547         <ul>
5548           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5549           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5550           <li>Can remove groups one by one.</li>
5551           <li>Filechooser icons installed.</li>
5552           <li>Finder ignores return character when searching.
5553             Return key will initiate a search.<br>
5554           </li>
5555         </ul>
5556       </td>
5557     </tr>
5558     <tr>
5559       <td>
5560         <div align="center">
5561           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5562         </div>
5563       </td>
5564       <td>
5565         <ul>
5566           <li>New codebase</li>
5567         </ul>
5568       </td>
5569       <td>&nbsp;</td>
5570     </tr>
5571   </table>
5572   <p>&nbsp;</p>
5573 </body>
5574 </html>