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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>24/02/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  72             memory settings at launch
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL- -->
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL- -->
  79           </li>
  80           <li>
  81             <!-- JAL- -->
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL- -->
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL- -->
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL- -->
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
  96             schema
  97           </li>
  98         </ul> <em>JalviewJS</em>
  99         <ul>
 100           <li>
 101             <!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 102             SIFTS
 103           </li>
 104           <li>
 105             <!-- JAL- -->
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL- -->
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL- -->
 112           </li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 115             reported once per key (avoids excessive log output in js
 116             console)
 117           </li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 120             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 121           </li>
 122           <li></li>
 123         </ul> <em>Development</em>
 124         <ul>
 125           <li>First integrated JalviewJS and Jalview release</li>
 126           <li>Updated building instructions</li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build process
 129             for system package provided eclipse installs on linux
 130           </li>
 131           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 132           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 133             Sur and Monterey</li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 136             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 137             the DMG
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 141             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 142             Jalview Launcher
 143           </li>
 144
 145         </ul>
 146
 147       </td>
 148       <td>
 149         <ul>
 150                   <li>
 151             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 152             execution
 153           </li>
 154         <li>
 155             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 156             disappears when only one structure is shown (and many
 157             sequences:one chain mappings are present)
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 161             the first SEQUENCE_GROUP defined
 162
 163           </li>
 164
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 167             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 168             trees (known defect from 2.11.1.3)
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 172             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 173           </li>
 174                     <li>
 175             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown base
 176             in DNA sequences
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 180             Structure Preferences
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 190             modified graduated colour
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 194             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 195             clustal colouring is enabled
 196           </li>
 197           <li><!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels</li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 200             routing to stderr and appear as a raw template
 201           </li>
 202         </ul> <em>JalviewJS</em>
 203         <ul>
 204           <li>
 205             <!-- -->
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- -->
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- -->
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- -->
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- -->
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 221             via Info.args when there are arguments on the URL
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 228             JalviewJS
 229           </li>
 230         </ul> <em>Development</em>
 231         <ul>
 232           <li>Gradle
 233             <ul>
 234               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 235               <li>
 236                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 237                 Gradle v.6.6+
 238               </li>
 239             </ul>
 240           </li>
 241
 242         </ul>
 243       </td>
 244     </tr>
 245     <tr>
 246       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 247           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 248           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 249       <td></td>
 250       <td align="left" valign="top">
 251         <ul>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 254             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 255             Unix/BSD OSs)
 256           </li>
 257         </ul> <em>Security</em>
 258         <ul>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 261             certificates.
 262           </li>
 263         </ul>
 264     </tr>
 265     <tr>
 266       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 267           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 268           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 269
 270       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 271         <ul>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 274             </li>
 275         </ul></td>
 276       <td>
 277       </td>
 278     </tr>
 279     <tr>
 280       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 281           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 282           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 283
 284       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 285         <ul>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 288             (was log4j 1.2.x).
 289         </ul> <em>Development</em>
 290         <ul>
 291           <li>Updated building instructions</li>
 292         </ul></td>
 293       <td>
 294         <ul>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 297             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 298             and display)
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 302             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 303             only)
 304           </li>
 305         </ul> <em>Development</em>
 306         <ul>
 307           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 308         </ul>
 309       </td>
 310     </tr>
 311     <tr>
 312       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 313           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 314           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 315       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 316           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 317         <ul>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 320             launch of the news browser (like -nonews argument)
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 324             download of linkout URLs from
 325             www.jalview.org/services/identifiers
 326           </li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 329             download of BIOJSHTML templates
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 333             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 334             disabled
 335           </li>
 336         </ul></td>
 337       <td align="left" valign="top">
 338         <ul>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 341             Jmol
 342           </li>
 343         </ul> <em>New Known defects</em>
 344         <ul>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 347             always restored from project (since 2.10.3)
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 351             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 352           </li>
 353         </ul>
 354       </td>
 355     </tr>
 356     <tr>
 357       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 358           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 359           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 360       <td align="left" valign="top">
 361         <ul>
 362
 363         </ul>
 364       </td>
 365       <td align="left" valign="top">
 366         <ul>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 369             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 373             sequences can be classed as nucleotide
 374           </li>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 377             sequences after alignment of protein products (known defect
 378             first reported for 2.11.1.0)
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 382             features outwith CDS shown overlaid on protein
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 386             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 387             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 391             CDS features
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 395             always select corresponding protein sequences
 396           </li>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 399             column selection doesn't always ignore hidden columns
 400           </li>
 401         </ul> <em>Installer</em>
 402         <ul>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 405             Windows prevents install4j launching getdown
 406           </li>
 407         </ul> <em>Development</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 411             version numbers in doc/building.md
 412           </li>
 413         </ul>
 414       </td>
 415     </tr>
 416     <tr>
 417       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 418           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 419           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 420       <td align="left" valign="top">
 421         <ul>
 422         </ul>
 423       </td>
 424       <td align="left" valign="top">
 425         <ul>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 428             "Encountered problems opening
 429             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 430           </li>
 431         </ul>
 432       </td>
 433     </tr>
 434     <tr>
 435       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 436           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 437           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 438       <td align="left" valign="top">
 439         <ul>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 442             residue in cursor mode
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 446             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 450             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 451             improved compatibility with JalviewJS
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 455             alignments from Pfam and Rfam
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 459             import (no longer based on .gz extension)
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 466             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 467             EMBL flat file
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 471             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 472             saving or making backup files.
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 476             <ul>
 477               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 478               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 479             </ul>
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 483             when running on Linux (Requires Java 11+)
 484           </li>
 485         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 486         <ul>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 489             through a system property
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 493             line help for configuring Jalview's memory
 494           </li>
 495         </ul>
 496       </td>
 497       <td align="left" valign="top">
 498         <ul>
 499           <li>
 500             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 501             but not calculated and no protein or DNA score models are
 502             available for tree/PCA calculation when launched with
 503             Turkish language locale
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 507             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 511             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 515             sequence under the cursor
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 519             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 523             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 524             '%s'" on the console
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 528             when there are both local and complementary features mapped
 529             to the position under the cursor
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 533             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 537             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 541             internationalised text for some messages and log output
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 545             hidden gapped columns
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 549             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 553             specifying output format when exporting an alignment via the
 554             command line
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 558             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 559             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 560             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 561             file again, and if that fails, delete the original file and
 562             save in place.)
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 566             via command line
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 570             program and documentation
 571           </li>
 572         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 573         <ul>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 576             first time for a version that has different jars to the
 577             previous launched version.
 578           </li>
 579         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 580         <ul>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 583             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 584             OutOfMemory error.
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 588             monitor the release channel
 589           </li>
 590         </ul> <em>New Known defects</em>
 591         <ul>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 594             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 595             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 596             genome of RNA viruses)
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 600             are ordered differently when shown on alignment and in
 601             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 605             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 606             works for the top left quadrant of the alignment window
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 610             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 614             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 618             protein products for certain ENA records are repeatedly
 619             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 620           </li>
 621         </ul>
 622       </td>
 623     </tr>
 624     <tr>
 625       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 626           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 627           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 628       <td align="left" valign="top">
 629         <ul>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 632             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 633             for display in alignments, on structure views (including
 634             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 635             export.
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 639             exported and re-imported as GFF3 files
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 643             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 647             validation while parsing
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 651             position if reopened
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 655             of associated view
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 659             enabled by default
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 663             tooltips and menus
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 667             with no feature types visible
 668           </li>
 669           <li>
 670           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 671           </li>
 672         </ul><em>Jalview Installer</em>
 673             <ul>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 676             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 683           </li>
 684               <li>
 685                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 686               <li>
 687                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 688         </ul> <em>Release processes</em>
 689         <ul>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 695           </li>
 696         </ul> <em>Build System</em>
 697         <ul>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 703             report
 704           </li>
 705         </ul>
 706         <em>Groovy Scripts</em>
 707             <ul>
 708           <li>
 709             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 710             to stdout containing the consensus sequence for each
 711             alignment in a Jalview session
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 715             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 716             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 717           </li>
 718         </ul>
 719       </td>
 720       <td align="left" valign="top">
 721         <ul>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 724             'Show hidden markers' option is not ticked
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 728             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 729             jalview preferences or properties file
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 733             'Show Sequence Features' option is not ticked
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 737             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 738             features are visible
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 742             equal when split frame is first opened
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 746             correct after editing a sequence's start position
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 750             with annotation and exceptions thrown when only a few
 751             columns shown in wrapped mode
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 755             wrapped alignment figure with annotations
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 759             ID fails with ClassCastException
 760           </li>
 761           <li>
 762             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 763             Project
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 767             feature settings dialog also selects columns
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 771             IllegalArgumentException in some circumstances
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 775             opened for a view
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 779             alignment window is closed
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 783             help documentation for 2.11.0 release
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 787             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 788             Uniprot Accession
 789           </li>
 790         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 791         <ul>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 794             PDB/Uniprot search panel
 795           </li>
 796         </ul> <em>Installer</em>
 797         <ul>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 800             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 801           </li>
 802         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 803         <ul>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 806             repository
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 810             memory
 811           </li>
 812         </ul> <em>New Known Issues</em>
 813         <ul>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 816             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 817             command line
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 821             clipped in headless figure export when Right Align option
 822             enabled
 823           </li>
 824           <li>
 825             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 826             'Source' in console output
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 830             bamboo server but run fine locally.
 831           </li>
 832         </ul>
 833       </td>
 834     </tr>
 835     <tr>
 836       <td width="60" align="center" nowrap>
 837           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 838             <em>04/07/2019</em></strong>
 839       </td>
 840       <td align="left" valign="top">
 841         <ul>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 844             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 845             source project) rather than InstallAnywhere
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 849             settings, receive over the air updates and launch specific
 850             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 851               Rings' GetDown</a>)
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 855             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 859             arguments and switch between different getdown channels
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 863             or alignment files
 864           </li>
 865
 866           <li>
 867             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 868             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 871             'Translate as cDNA'</li>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 874           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 875             <ul>
 876                       <li>
 877             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 878             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 879           <li>
 880                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 881                 features can be filtered and shaded according to any
 882                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 883                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 884                 file)
 885               </li>
 886               <li>
 887                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 888                 stored and restored from Jalview Projects
 889               </li>
 890               <li>
 891                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 892                 recognise variant features
 893               </li>
 894               <li>
 895                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 896                 sequences (also coloured red by default)
 897               </li>
 898               <li>
 899                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 900                 details
 901               </li>
 902               <li>
 903                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 904                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 905               </li>
 906               <li>
 907                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 908                 dialog
 909               </li>
 910             </ul>
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 914             tree and PCA calculations
 915           </li>
 916           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 917             <ul>
 918               <li>
 919                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 920                 and Viewer state saved in Jalview Project
 921               </li>
 922               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 923                 drop-down menus</li>
 924               <li>
 925                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 926                 incrementally
 927               </li>
 928               <li>
 929                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 930               </li>
 931             </ul>
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 935           </li>
 936           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 937           <ul>
 938               <li>
 939                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 940                 multiple groups when working with large alignments
 941               </li>
 942               <li>
 943                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 944                 Stockholm files
 945               </li>
 946             </ul>
 947           <li><strong>User Interface</strong>
 948           <ul>
 949               <li>
 950                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 951                 view
 952               </li>
 953               <li>
 954                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 955                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 956                 default (can be changed in user preferences)
 957               </li>
 958               <li>
 959                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 960                 to the Overwrite Dialog
 961               </li>
 962               <li>
 963                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 964                 sequences are hidden
 965               </li>
 966               <li>
 967                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 968                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 969               </li>
 970               <li>
 971                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 972                 labels
 973               </li>
 974               <li>
 975                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 976                 when in wrapped mode
 977               </li>
 978               <li>
 979                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 980                 annotation
 981               </li>
 982               <li>
 983                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 984               </li>
 985               <li>
 986                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 987                 panel
 988               </li>
 989               <li>
 990                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 991                 popup menu
 992               </li>
 993               <li>
 994               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 995               <li>
 996               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 997
 998
 999             </ul></li>
1000             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
1001           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
1002             <ul>
1003               <li>
1004                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
1005                 trapping CMD-Q
1006               </li>
1007             </ul></li>
1008         </ul>
1009         <em>Deprecations</em>
1010         <ul>
1011           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1012             capabilities removed from the Jalview Desktop
1013           </li>
1014           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
1015             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
1016             and XML based data retrieval clients</li>
1017           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
1018           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
1019         </ul> <em>Documentation</em>
1020         <ul>
1021           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
1022             not supported in EPS figure export
1023           </li>
1024           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
1025         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1026         <ul>
1027           <li>
1028           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
1029           </li>
1030       <li>
1031       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
1032           <li>
1033           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1034             gradle-eclipse
1035           </li>
1036           <li>
1037           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
1038             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
1039             execution
1040           </li>
1041           <li>
1042           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1043             operations
1044           </li>
1045           <li>
1046           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1047             issues resolved
1048           </li>
1049           <li>
1050           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1051             markdown (with HTML rendering)
1052           </li>
1053           <li>
1054           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1055           </li>
1056           <li>
1057           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1058             versions of Jalview
1059           </li>
1060         </ul>
1061       </td>
1062       <td align="left" valign="top">
1063         <ul>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1069             superposition in Jmol fail on Windows
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
1073             structures for sequences with lots of PDB structures
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
1077             monospaced font
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
1081             project involving multiple views
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1085             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1086             Annotation dialog hides columns
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
1090             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
1091             one view, then making another selection in the other view
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1095             columns
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
1099             Settings and Jalview Preferences panels
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
1103             overview with large alignments
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1107             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
1108             mouse moved to the left of the first column
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
1112             hidden column marker via scale popup menu
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
1116             doesn't tell users the invalid URL
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1120             score from view
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
1124             show cross references or Fetch Database References are shown in
1125             red in original view
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
1129             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1133             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
1137             when columns are hidden
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1141             Columns by Annotation description
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
1145             out of Scale or Annotation Panel
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
1149             scale panel
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1153             alignment down
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1157             scale panel
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1161             Page Up in wrapped mode
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1171             on opening an alignment
1172           </li>
1173           <li>
1174             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1175             Colour menu
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1179             different groups in the alignment are selected
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1183             correctly in menu
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1187             threshold limit
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1191             threshold gets 'unrounded'
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1195             colour
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1205             Tree font
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1209             project file
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1213             shown in complementary view
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1217             without normalisation
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1221             of report
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1225           </li>
1226           <li>
1227           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1228           </li>
1229         </ul> <em>Editing</em>
1230         <ul>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1233             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1234             sequence
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1238             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1239             removed (Known defect since 2.10)
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1243             dialog corrupts dataset sequence
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1247             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1248           </li>
1249         </ul> <em>Datamodel</em>
1250         <ul>
1251           <li>
1252             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1253             sequence's End is greater than its length
1254           </li>
1255         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1256           general release)</em>
1257         <ul>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1260           </li>
1261         </ul> <em>New Known Defects</em>
1262         <ul>
1263         <li>
1264         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1265         </li>
1266         <li>
1267           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1268           regions of protein alignment.
1269         </li>
1270         <li>
1271           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1272           is restored from a Jalview 2.11 project
1273         </li>
1274         <li>
1275           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1276           'New View'
1277         </li>
1278         <li>
1279           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1280           columns within hidden columns
1281         </li>
1282         <li>
1283           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1284           window after dragging left to select columns to left of visible
1285           region
1286         </li>
1287         <li>
1288           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1289           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1290           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1291           create a Score filter instead.
1292         </li>
1293         <li>
1294         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1295         <li>
1296         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1297         </li>
1298         <li>
1299           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1300           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1301         </li>
1302         </ul>
1303         <em>Java 11 Specific defects</em>
1304           <ul>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1307               alphabetically when saved
1308             </li>
1309         </ul>
1310       </td>
1311     </tr>
1312     <tr>
1313     <td width="60" nowrap>
1314       <div align="center">
1315         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1316       </div>
1317     </td>
1318     <td><div align="left">
1319         <em></em>
1320         <ul>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1323               InstallAnywhere increased to 1G.
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1327               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1328               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1329                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1330                 properties file.</em>
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1334               API and sequence data now imported as JSON.
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1338               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1339               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1340               property.
1341             </li>
1342           </ul>
1343           <em>Development</em>
1344           <ul>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1347               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1348                 Clover</a>
1349             </li>
1350           </ul>
1351         </div></td>
1352     <td><div align="left">
1353         <em></em>
1354         <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1357               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1358               alignment.
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1362               annotation displayed.
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1366               for newly created group when 'Apply to all groups'
1367               selected
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1371               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1372               visible.
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1376               when sequences are selected in exported view.</em>
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1380               aren't rendered with correct colour.
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1384               types of knotted RNA secondary structure.
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1388               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1389               do not start at 1.
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1393               annotation when columns are inserted into an alignment,
1394               and when exporting as Stockholm flatfile.
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1398               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1399               treated as RNA secondary structure.
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1403               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1407               transfers focus to previous window on OSX
1408             </li>
1409           </ul>
1410           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1411           <ul>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1414               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1415               box.
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1419               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1420               'look and feel' which has improved compatibility with the
1421               latest version of OSX.
1422             </li>
1423           </ul>
1424         </div>
1425     </td>
1426     </tr>
1427     <tr>
1428       <td width="60" nowrap>
1429         <div align="center">
1430           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1431             <em>7/06/2018</em></strong>
1432         </div>
1433       </td>
1434       <td><div align="left">
1435           <em></em>
1436           <ul>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1439               annotation retrieved from Uniprot
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1443               onto the Jalview Desktop
1444             </li>
1445           </ul>
1446         </div></td>
1447       <td><div align="left">
1448           <em></em>
1449           <ul>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1452               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1456               right-hand column parsed correctly
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1460               not alignment area in exported graphic
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1464               window has input focus
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1468               annotation added to view (Windows)
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1472               network connectivity is poor
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1476               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1477                 the currently open URL and links from a page viewed in
1478                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1479                 you are using Edge, only links in the page can be
1480                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1481                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1482             </li>
1483           </ul>
1484           <em>New Known Defects</em>
1485           <ul>
1486             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1487           </ul>
1488         </div></td>
1489     </tr>
1490     <tr>
1491       <td width="60" nowrap>
1492         <div align="center">
1493           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1494         </div>
1495       </td>
1496       <td><div align="left">
1497           <em></em>
1498           <ul>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1501               for disabling automatic superposition of multiple
1502               structures and open structures in existing views
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1506               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1507               adjust them.
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1511               Ensembl services
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1515               and lots of hidden columns
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1519               of features (particularly when transparency is disabled)
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1523               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1524               generally available
1525             </li>
1526           </ul>
1527           </div>
1528       </td>
1529       <td><div align="left">
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1533               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1537               overlapping alignment panel
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1541               sequence as gaps
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1545               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1546               UTR
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1550               factor annotation not added to sequence when local PDB
1551               file associated with it by drag'n'drop or structure
1552               chooser
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1556               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1560               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1564               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1568               columns in annotation row
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1572               honored in batch mode
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1576               for structures added to existing Jmol view
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1580               entries after importing project with multiple views
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1584               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1585               with negative residue numbers or missing residues fails
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1589               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1590               as generated by CONSURF)
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1594               tooltip doesn't include a text description of mutation
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1598               structure and/or overview windows are also shown
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1602               very slow for alignments with large numbers of sequences
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1606               with 'StringIndexOutOfBounds'
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1610               platforms running Java 10
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1614               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1615             </li>
1616           </ul>
1617           <em>Applet</em>
1618           <ul>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1621               should copy the group consensus when popup is opened on it
1622             </li>
1623           </ul>
1624           <em>Batch Mode</em>
1625           <ul>
1626           <li>
1627             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1628           </li>
1629           </ul>
1630           <em>New Known Defects</em>
1631           <ul>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1634               editing a large alignment and overview is displayed
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1638               repeatedly after a series of edits even when the overview
1639               is no longer reflecting updates
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1643               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1644               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1645               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1649               option gives blank output
1650             </li>
1651           </ul>
1652         </div>
1653           </td>
1654     </tr>
1655     <tr>
1656       <td width="60" nowrap>
1657         <div align="center">
1658           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1659         </div>
1660       </td>
1661       <td><div align="left">
1662           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1663               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1664       <td><div align="left">
1665           <em>Desktop</em><ul>
1666           <ul>
1667             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1668             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1669             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1670             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1671             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1672             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1673             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1674           </ul>
1675           </div>
1676       </td>
1677     </tr>
1678     <tr>
1679       <td width="60" nowrap>
1680         <div align="center">
1681           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1682         </div>
1683       </td>
1684       <td><div align="left">
1685           <em></em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1689               rendering of sequence features
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1693               429 rate limit request hander
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1697               their colours have changed
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1701               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1705               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1709               view from Ensembl locus cross-references
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1713               Alignment report
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1717               feature can be disabled
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1721               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1725               Uniprot
1726             </li>
1727           </ul>
1728           <em>Scripting</em>
1729           <ul>
1730             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1731             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1732               percent identity scores for current alignment.</li>
1733           </ul>
1734           <em>Testing and Deployment</em>
1735           <ul>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1738             </li>
1739           </ul>
1740         </div></td>
1741       <td><div align="left">
1742           <em>General</em>
1743           <ul>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1746               threshold text field doesn't trigger an update to the
1747               alignment view
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1751               strings in parallel
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1755               alignment window is closed
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1759               group visibility
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1763               takes a long time in Cursor mode
1764             </li>
1765           </ul>
1766           <em>Desktop</em>
1767           <ul>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1770               cannot be viewed in Chimera
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1774               CDS/Protein view
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1778               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1779               Search Dialogs
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1789               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1793               scrolling right in unwapped alignment view
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1797               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1798               database
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1802               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1806               features of same type and group to be selected for
1807               amending
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1811               alignments when hidden columns are present
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1815               displaying several structures
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1819               moving a window
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1823               within the Jalview desktop on OSX
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1827               when in wrapped alignment mode
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1831               hand end of alignment
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1835               each selected sequence do not have correct start/end
1836               positions
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1840               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1844               restoring project until a new view is created
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1848               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1849               configured (since 2.10.2b2)
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1853               position is adjusted
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1857               in a multi-chain structure when viewing alignment
1858               involving more than one chain (since 2.10)
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1862               if new selection moves alignment window
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1866               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1870               that produces correctly annotated transcripts and products
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1874               doesn't update associated structure view
1875             </li>
1876           </ul>
1877           <em>Applet</em><br />
1878           <ul>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1881               closing alignment panel
1882             </li>
1883           </ul>
1884           <em>BioJSON</em><br />
1885           <ul>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1888               non-positional features
1889             </li>
1890           </ul>
1891           <em>New Known Issues</em>
1892           <ul>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1895               sequence features correctly (for many previous versions of
1896               Jalview)
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1900               using cursor in wrapped panel other than top
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1904               graduated colour threshold
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1908               always preserve numbering and sequence features
1909             </li>
1910           </ul>
1911           <em>Known Java 9 Issues</em>
1912           <ul>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1915               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1916               9.01, OSX 10.10)
1917             </li>
1918           </ul>
1919         </div></td>
1920     </tr>
1921     <tr>
1922       <td width="60" nowrap>
1923         <div align="center">
1924           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1925             <em>2/10/2017</em></strong>
1926         </div>
1927       </td>
1928       <td><div align="left">
1929           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1930           <ul>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1933             </li>
1934             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1935             </li>
1936           </ul>
1937         </div></td>
1938       <td><div align="left">
1939         </div></td>
1940     </tr>
1941     <tr>
1942       <td width="60" nowrap>
1943         <div align="center">
1944           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1945             <em>7/9/2017</em></strong>
1946         </div>
1947       </td>
1948       <td><div align="left">
1949           <em></em>
1950           <ul>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1953               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1954               white)
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1958               Preferences
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1962               in size and progress bar shown as higher resolution
1963               overview is recalculated
1964             </li>
1965
1966           </ul>
1967         </div></td>
1968       <td><div align="left">
1969           <em></em>
1970           <ul>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1973               column region row by row
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1977               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1981               format setting is unticked
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1985               if group has show boxes format setting unticked
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1989               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1990               include sequences and columns not currently displayed
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1994               assemblies are imported via CIF file
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1998               displayed when threshold or conservation colouring is also
1999               enabled.
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2003               server version
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2007               dragging a selected region off the visible region of the
2008               alignment
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2012               colourscheme to all groups in a view
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2016               initially after font size change using the Font chooser or
2017               middle-mouse zoom
2018             </li>
2019           </ul>
2020         </div></td>
2021     </tr>
2022     <tr>
2023       <td width="60" nowrap>
2024         <div align="center">
2025           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2026         </div>
2027       </td>
2028       <td><div align="left">
2029           <em>Calculations</em>
2030           <ul>
2031
2032             <li>
2033               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2034               ungapped positions in each column of the alignment.
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2038               a calculation dialog box
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2042               and memory efficiency (~30x faster)
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2046               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2047               and other calculations
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2051               files within the Jalview codebase
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2055               Similarity may have different topology due to increased
2056               precision
2057             </li>
2058           </ul>
2059           <em>Rendering</em>
2060           <ul>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2063               model for alignments and groups
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2067               scripts
2068             </li>
2069           </ul>
2070           <em>Overview</em>
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2074               with alignment and overview windows
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2078               overview
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2082               omitted in Overview
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2086               adjustment of visible position
2087             </li>
2088           </ul>
2089
2090           <em>Data import/export</em>
2091           <ul>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2094               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2098               annotation input/output via stockholm flatfile
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2102               extension when importing structure files without embedded
2103               names or PDB accessions
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2107               format sequence substitution matrices
2108             </li>
2109           </ul>
2110           <em>User Interface</em>
2111           <ul>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2114               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2115               the application.
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2119               via Overview or sequence motif search operations
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2123               opened by double clicking gaps within sequence feature
2124               extent
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2128               aligned positions were available to create a 3D structure
2129               superposition.
2130             </li>
2131           </ul>
2132           <em>3D Structure</em>
2133           <ul>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2136               coloured in linked structure views
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2140               file-based command exchange
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2144               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2145               structures are already available for sequences
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2149               the Jalview project rather than downloaded again when the
2150               project is reopened.
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2154               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2155               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2156                 Feature</strong>)
2157             </li>
2158           </ul>
2159           <em>Web Services</em>
2160           <ul>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2166               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2167               Analysis services
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2171               cross-references provided by identifiers.org and the
2172               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2173             </li>
2174           </ul>
2175
2176           <em>Scripting</em>
2177           <ul>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2180               identifying file formats (instead of String constants)
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2184               efficiency when counting all displayed features (not
2185               backwards compatible with 2.10.1)
2186             </li>
2187           </ul>
2188           <em>Example files</em>
2189           <ul>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2192               included in the example feature file
2193             </li>
2194           </ul>
2195           <em>Documentation</em>
2196           <ul>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2199               with the built-in Java help viewer
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2203               sequence description' option
2204             </li>
2205           </ul>
2206           <em>Test Suite</em>
2207           <ul>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2210               Uniprot REST Free Text Search Client
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2217               during tests
2218             </li>
2219           </ul>
2220         </div></td>
2221       <td><div align="left">
2222           <em>Calculations</em>
2223           <ul>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2226               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2227               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2228             </li>
2229             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2230               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2231               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2232               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2233               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2234               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2235               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2236               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2237               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2238               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2239               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2240               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2241               // for 2.10.1 mode <br />
2242               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2243               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2244                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2245                 calculations (not recommended)</em></li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2248               scaling of branch lengths for trees computed using
2249               Sequence Feature Similarity.
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2253               generating output report when working with highly
2254               redundant alignments
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2258               right of selected region when gaps present on right-hand
2259               boundary
2260             </li>
2261           </ul>
2262           <em>User Interface</em>
2263           <ul>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2266               doesn't reselect a specific sequence's associated
2267               annotation after it was used for colouring a view
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2271               opened on a region of alignment without groups
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2275               of an alignment with overlapping groups
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2279               name and description match
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2283               hidden regions results in incorrect hidden regions
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2287               changing colour does not apply Conservation slider value
2288               to all groups
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2292               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2296               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2300               gaps before start of features
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2304               restored to UI when feature colour is edited
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2308               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2312               as graduate feature colour settings are modified via the
2313               dialog box
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2317               when a group defined on the alignment is resized
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2321               wrapped view result in positional status updates
2322             </li>
2323
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2326               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2330               alignment included gapped columns
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2334               widgets don't permanently disappear
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2338               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2339               T-Coffee column reliability scores)
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2343               sequence feature on gaps only
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2347               button from a Find inherit previously defined feature type
2348               rather than the Find query string
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2352               exporting tree calculated in Jalview
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2356               and then revealing them reorders sequences on the
2357               alignment
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2361               doesn't update to reflect available set of groups after
2362               interactively adding or modifying features
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2366               Linux
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2370               only excluded gaps in current sequence and ignored
2371               selection.
2372             </li>
2373           </ul>
2374           <em>Rendering</em>
2375           <ul>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2378               erratically when hidden rows or columns are present
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2382               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2383               sequence colouring
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2387               colour and group colour menu for protein alignments
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2391               reflect currently selected view or group's shading
2392               thresholds
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2396               when rendered on overview and structures when opacity at
2397               100%
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2401               overview when features overlaid on alignment
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2405               recovered correctly from Jalview project file
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2409               (automatically via preferences) are different to the main
2410               alignment panel
2411             </li>
2412           </ul>
2413           <em>Data import/export</em>
2414           <ul>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2417               load
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2421               added after a sequence was imported are not written to
2422               Stockholm File
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2426               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2430               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2434               with lightGray or darkGray via features file (but can
2435               specify lightgray)
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2439               when alignment view imported from project
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2443               structure and sequences extracted from structure files
2444               imported via URL and viewed in Jmol
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2448               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2449               the project is loaded and the structure viewed
2450             </li>
2451           </ul>
2452           <em>Web Services</em>
2453           <ul>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2456               release of Ensembl v.88
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2460               appear enabled in Preferences->Connections
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2464               removed from console output
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2468               Ensembl by Peptide ID
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2472               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2473               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2474               due to 'null' string rather than empty string used for
2475               residues with no corresponding PDB mapping).
2476             </li>
2477           </ul>
2478           <em>Application UI</em>
2479           <ul>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2482               menu
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2486               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2487               new documentation and tooltips added)
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2491               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2495               new features are added to alignment
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2499               changes to feature colours via the Amend features dialog
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2503               edit graduated feature colour via amend features dialog
2504               box
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2508               selection menu changes colours of alignment views
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2512               from alignment calculation workers after alignment has
2513               been closed
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2517               groups now 'Create Group'
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2521               Create/Undefine group doesn't always work
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2525               shown again after pressing 'Cancel'
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2529               adjusts start position in wrap mode
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2533               ambiguous amino acids
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2537               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2538               proteins
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2542               Defined' don't appear in Colours menu
2543             </li>
2544           </ul>
2545           <em>Applet</em>
2546           <ul>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2549               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2553               overview or linked structure view
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2557               work (since 2.8)
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2561               user-defined colourscheme doesn't restore original
2562               colourscheme
2563             </li>
2564           </ul>
2565           <em>Test Suite</em>
2566           <ul>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2569               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2573               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2574               problems with deep array comparison equality asserts in
2575               successive versions of TestNG
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2579               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2580             </li>
2581           </ul>
2582           <em>New Known Issues</em>
2583           <ul>
2584             <li>
2585               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2586               phase after a sequence motif find operation
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2590               containing just upper and lower case letters are
2591               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2595               reliably from eggnog Ortholog database
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2599               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2600               to mark columns containing highlighted regions.
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2604               doesn't always add secondary structure annotation.
2605             </li>
2606           </ul>
2607         </div>
2608     <tr>
2609       <td width="60" nowrap>
2610         <div align="center">
2611           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2612         </div>
2613       </td>
2614       <td><div align="left">
2615           <em>General</em>
2616           <ul>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2619               for all consensus calculations
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2623               3rd Oct 2016)
2624             </li>
2625             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2626               for 2016-2017</li>
2627           </ul>
2628           <em>Application</em>
2629           <ul>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2632               set of database cross-references, sorted alphabetically
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2636               from database cross references. Users with custom links
2637               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2638                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2642               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2643               Chimera session
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2647               the Chimera it is connected to is shut down
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2651               columns menu item to mark columns containing highlighted
2652               regions (e.g. from structure selections or results of a
2653               Find operation)
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2657               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2658               MSAviewer
2659             </li>
2660           </ul>
2661         </div></td>
2662       <td>
2663         <div align="left">
2664           <em>General</em>
2665           <ul>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2668               are not coloured or thresholded according to percent
2669               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2673               hydrophobic
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2677               threshold, amino acid properties)
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2681               reported as mapped to residues in a structure file in the
2682               View Mapping report
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2686               could be added multiple times to a sequence
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2690               bond features shown as two highlighted residues rather
2691               than a range in linked structure views, and treated
2692               correctly when selecting and computing trees from features
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2696               cross-references are matched to database name regardless
2697               of case
2698             </li>
2699
2700           </ul>
2701           <em>Application</em>
2702           <ul>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2705               names without regular expressions also offer links from
2706               Sequence ID
2707             </li>
2708             <li>
2709               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2710               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2711               update Jalview configuration
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2715               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2719               files with similarly named sequences if dropped onto the
2720               alignment
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2724               entries where more chains exist in the PDB accession than
2725               are reported in the SIFTS file
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2729               the structure view when displayed with Chimera
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2733               panel's View->Show Chains submenu
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2737               work for wrapped alignment views
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2741               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2745               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2746               first annotation row
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2750               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2754               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2755             </li>
2756             <!-- JAL-2319 -->
2757             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2758             coordindate data
2759             </li>
2760           </ul>
2761           <!--           <em>New Known Issues</em>
2762           <ul>
2763             <li></li>
2764           </ul> -->
2765         </div>
2766       </td>
2767     </tr>
2768     <td width="60" nowrap>
2769       <div align="center">
2770         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2771           <em>25/10/2016</em></strong>
2772       </div>
2773     </td>
2774     <td><em>Application</em>
2775       <ul>
2776         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2777           view if structures already loaded</li>
2778         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2779           structure views</li>
2780       </ul></td>
2781     <td>
2782       <div align="left">
2783         <em>General</em>
2784         <ul>
2785           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2786             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2787           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2788             example sequences/projects/trees</li>
2789         </ul>
2790         <em>Application</em>
2791         <ul>
2792           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2793             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2794           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2795             without timeout for structures with multiple models or
2796             multiple sequences in alignment</li>
2797           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2798             PDB ID HEADER line</li>
2799           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2800             is performed</li>
2801           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2802             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2803           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2804           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2805             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2806             option</li>
2807           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2808             is created on the alignment</li>
2809           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2810             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2811             pop-up menu</li>
2812         </ul>
2813         <em>Build and deployment</em>
2814         <ul>
2815           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2816             tags</li>
2817         </ul>
2818         <em>New Known Issues</em>
2819         <ul>
2820           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2821             on Windows</li>
2822         </ul>
2823       </div>
2824     </td>
2825     </tr>
2826     <tr>
2827       <td width="60" nowrap>
2828         <div align="center">
2829           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2830         </div>
2831       </td>
2832       <td><em>General</em>
2833         <ul>
2834           <li>
2835             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2836           </li>
2837           <li>
2838             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2839             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2840             better PDB parsing.
2841           </li>
2842           <li>
2843             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2844             reference sequence
2845           </li>
2846           <li>
2847             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2848             mousing over sequence associated annotation
2849           </li>
2850           <li>
2851             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2852             for manual entry
2853           </li>
2854           <li>
2855             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2856             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2857             for each column
2858           </li>
2859           <li>
2860             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2861             showing or hiding columns containing a feature
2862           </li>
2863           <li>
2864             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2865             group and sequence associated annotation labels
2866           </li>
2867           <li>
2868             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2869             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2870             dialogs
2871           </li>
2872
2873         </ul> <em>Application</em>
2874         <ul>
2875           <li>
2876             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2877             gene/transcript view
2878           </li>
2879           <li>
2880             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2881             dialog
2882           </li>
2883           <li>
2884             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2885             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2886           </li>
2887           <li>
2888             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2889             Pfam sources to xfam.org
2890           </li>
2891           <li>
2892             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2893           </li>
2894           <li>
2895             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2896             over sequences in Jalview
2897           </li>
2898           <li>
2899             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2900             regions in ENA and EMBL
2901           </li>
2902           <li>
2903             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2904             for record retrieval via ENA rest API
2905           </li>
2906           <li>
2907             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2908             complement operator
2909           </li>
2910           <li>
2911             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2912             groovy script execution
2913           </li>
2914           <li>
2915             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2916             alignment window's Calculate menu
2917           </li>
2918           <li>
2919             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2920             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2921           </li>
2922           <li>
2923             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2924             calculation workers from groovy scripts
2925           </li>
2926           <li>
2927             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2928             Jalview projects
2929           </li>
2930           <li>
2931             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2932             associations are now saved/restored from project
2933           </li>
2934           <li>
2935             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2936             before sequence fetcher is opened
2937           </li>
2938           <li>
2939             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2940             database chooser opens a sequence fetcher
2941           </li>
2942           <li>
2943             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2944             the UniProt REST API
2945           </li>
2946           <li>
2947             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2948             the news reader opening
2949           </li>
2950           <li>
2951             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2952             querying stored in preferences
2953           </li>
2954           <li>
2955             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2956             search results
2957           </li>
2958           <li>
2959             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2960           </li>
2961           <li>
2962             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2963             menu for nucleotide sequences
2964           </li>
2965           <li>
2966             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2967             and feature counts preserves alignment ordering (and
2968             debugged for complex feature sets).
2969           </li>
2970           <li>
2971             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2972             viewing structures with Jalview 2.10
2973           </li>
2974           <li>
2975             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2976             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2977             Ensembl Genomes REST API
2978           </li>
2979           <li>
2980             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2981             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2982             (Ensembl)
2983           </li>
2984           <li>
2985             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2986             sequences
2987           </li>
2988           <li>
2989             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2990             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2991             data from external database records.
2992           </li>
2993           <li>
2994             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2995             efficient recovery of sequence coding and alignment
2996             annotation relationships.
2997           </li>
2998         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2999         <ul>
3000           <li>
3001             -- JAL---
3002           </li>
3003         </ul> --></td>
3004       <td>
3005         <div align="left">
3006           <em>General</em>
3007           <ul>
3008             <li>
3009               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3010               menu on OSX
3011             </li>
3012             <li>
3013               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3014               includes graduated colourschemes
3015             </li>
3016             <li>
3017               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3018               working with big alignments and lots of hidden columns
3019             </li>
3020             <li>
3021               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3022               at right of alignment window
3023             </li>
3024             <li>
3025               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3026               contents
3027             </li>
3028             <li>
3029               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3030               for DNA alignments
3031             </li>
3032             <li>
3033               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3034               based tree calculation
3035             </li>
3036             <li>
3037               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3038               unconserved enabled for group on alignment
3039             </li>
3040             <li>
3041               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3042               set as reference
3043             </li>
3044             <li>
3045               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3046               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3047               annotation
3048             </li>
3049             <li>
3050               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3051               hidden columns present
3052             </li>
3053             <li>
3054               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3055               user created annotation added to alignment
3056             </li>
3057             <li>
3058               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3059               '()' base pair annotation
3060             </li>
3061             <li>
3062               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3063               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3064               Consensus
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3068               feature not working
3069             </li>
3070             <li>
3071               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3072               beginning of sequence
3073             </li>
3074             <li>
3075               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3076               entry 3a6s
3077             </li>
3078             <li>
3079               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3080               from a tree when t-coffee scores are shown
3081             </li>
3082             <li>
3083               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3084               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3085             </li>
3086             <li>
3087               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3088               some structures
3089             </li>
3090             <li>
3091               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3092               to Clustal, PIR and PileUp output
3093             </li>
3094             <li>
3095               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3096               not visible causes alignment window to repaint
3097             </li>
3098             <li>
3099               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3100               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3101               scores associated with features and annotation rows
3102             </li>
3103             <li>
3104               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3105               calculation should be case independent
3106             </li>
3107             <li>
3108               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3109               columns
3110             </li>
3111             <li>
3112               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3113               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3114               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3115             </li>
3116             <li>
3117               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3118               problems when reference sequence defined and 'show
3119               non-conserved' enabled
3120             </li>
3121             <li>
3122               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3123               load even when Consensus calculation is disabled
3124             </li>
3125             <li>
3126               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3127               alignment does nothing
3128             </li>
3129           </ul>
3130           <em>Application</em>
3131           <ul>
3132             <li>
3133               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3134               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3135               yet fixed for El Capitan)
3136             </li>
3137             <li>
3138               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3139               output when running on non-gb/us i18n platforms
3140             </li>
3141             <li>
3142               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3143               hidden sequences as flat-file alignment
3144             </li>
3145             <li>
3146               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3147               launching Chimera
3148             </li>
3149             <li>
3150               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3151               (also hotfix for 2.9.0b2)
3152             </li>
3153             <li>
3154               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3155               reference sequence defined
3156             </li>
3157             <li>
3158               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3159               alignments and views when revealing hidden columns
3160             </li>
3161             <li>
3162               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3163               view in a cDNA/Protein splitframe
3164             </li>
3165             <li>
3166               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3167               sequence from project when only one sequence is
3168               represented
3169             </li>
3170             <li>
3171               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3172               in Structure Chooser
3173             </li>
3174             <li>
3175               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3176               structure consensus didn't refresh annotation panel
3177             </li>
3178             <li>
3179               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3180               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3181             </li>
3182             <li>
3183               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3184               dialogs format columns correctly, don't display array
3185               data, sort columns according to type
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3189               file chooser is cancelled during an image export
3190             </li>
3191             <li>
3192               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3193               sequence name containing special characters
3194             </li>
3195             <li>
3196               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3197               case insensitive
3198             </li>
3199             <li>
3200               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3201               formatting don't wrap
3202             </li>
3203             <li>
3204               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3205               truncated so L looks like I in consensus annotation
3206             </li>
3207             <li>
3208               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3209               currently displayed features for the current selection or
3210               view
3211             </li>
3212             <li>
3213               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3214               after fetching cross-references, and restoring from
3215               project
3216             </li>
3217             <li>
3218               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3219               followed in the structure viewer
3220             </li>
3221             <li>
3222               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3223               splitframe not restored from project
3224             </li>
3225             <li>
3226               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3227               trailing end of protein alignment in transcript/product
3228               splitview when pad-gaps not enabled by default
3229             </li>
3230             <li>
3231               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3232               is case dependent
3233             </li>
3234             <li>
3235               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3236               article has been read (reopened issue due to
3237               internationalisation problems)
3238             </li>
3239             <li>
3240               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3241               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3242               cross-references
3243             </li>
3244
3245             <li>
3246               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3247               alignment as HTML
3248             </li>
3249             <li>
3250               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3251               multiple structures are shown for one or more sequences.
3252             </li>
3253             <li>
3254               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3255               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3256               is enabled.
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3260               specific PDB id for sequence
3261             </li>
3262             <li>
3263               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3264               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3265               columns' is disabled.
3266             </li>
3267             <li>
3268               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3269               selects lowest rather than highest resolution structures
3270               for each sequence
3271             </li>
3272             <li>
3273               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3274               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3275             </li>
3276             <li>
3277               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3278               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3279             </li>
3280             <li>
3281               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3282               after clicking on it to create new annotation for a
3283               column.
3284             </li>
3285             <li>
3286               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3287               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3288             </li>
3289             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3290             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3291           </ul>
3292           <em>Applet</em>
3293           <ul>
3294             <li>
3295               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3296               hidden columns present before start of sequence
3297             </li>
3298             <li>
3299               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3300               (JSON jars)
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3304               sequences are hidden in applet
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3308               deployment on examples pages.
3309             </li>
3310           </ul>
3311         </div>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td width="60" nowrap>
3316         <div align="center">
3317           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3318             <em>16/10/2015</em></strong>
3319         </div>
3320       </td>
3321       <td><em>General</em>
3322         <ul>
3323           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3324             jars</li>
3325         </ul></td>
3326       <td>
3327         <div align="left">
3328           <em>Application</em>
3329           <ul>
3330             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3331               shown when tree is partitioned</li>
3332             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3333               multiple cDNA/Protein split views</li>
3334           </ul>
3335         </div>
3336       </td>
3337     </tr>
3338     <tr>
3339       <td width="60" nowrap>
3340         <div align="center">
3341           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3342             <em>8/10/2015</em></strong>
3343         </div>
3344       </td>
3345       <td><em>General</em>
3346         <ul>
3347           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3348             2.9</li>
3349         </ul> <em>Application</em>
3350         <ul>
3351           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3352           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3353           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3354         </ul> <em>Applet</em>
3355         <ul>
3356           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3357         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3358         <ul>
3359           <li>
3360             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3361             suite
3362           </li>
3363         </ul></td>
3364       <td>
3365         <div align="left">
3366           <em>General</em>
3367           <ul>
3368             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3369               incorrect when sequence start > 1</li>
3370             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3371               documentation</li>
3372             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3373             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3374               loading a features file containing HTML tags in feature
3375               description</li>
3376
3377           </ul>
3378           <em>Application</em>
3379           <ul>
3380             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3381               reimport</li>
3382             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3383               with 'trim retrieved sequences'</li>
3384             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3385               deleting selected columns</li>
3386             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3387               JNLP templates for webstart launch</li>
3388             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3389               unreleased structures for download or viewing</li>
3390             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3391               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3392             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3393               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3394             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3395               recovered from jalview project</li>
3396             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3397               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3398               alignment view</li>
3399             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3400               color schemes from BioJSON</li>
3401           </ul>
3402           <em>Applet</em>
3403           <ul>
3404             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3405               frame</li>
3406             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3407           </ul>
3408         </div>
3409       </td>
3410     </tr>
3411     <tr>
3412       <td><div align="center">
3413           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3414         </div></td>
3415       <td><em>General</em>
3416         <ul>
3417           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3418             alignments:
3419             <ul>
3420               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3421                 and DNA alignment views</li>
3422               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3423                 cDNA alignment views</li>
3424               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3425                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3426               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3427                 protein sequences</li>
3428             </ul>
3429           </li>
3430           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3431           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3432             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3433           <li>New alignment annotation file statements for
3434             reference sequences and marking hidden columns</li>
3435           <li>Reference sequence based alignment shading to
3436             highlight variation</li>
3437           <li>Select or hide columns according to alignment
3438             annotation</li>
3439           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3440           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3441             acid conservation row</li>
3442           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3443         </ul> <em>Application</em>
3444         <ul>
3445           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3446             <ul>
3447               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3448                 view with cDNA/Protein</li>
3449               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3450                 sequences are placed in the same alignment</li>
3451               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3452                 projects</li>
3453             </ul>
3454           </li>
3455
3456           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3457           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3458             Jalview windows</li>
3459
3460           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3461           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3462           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3463             be shown in VARNA</li>
3464
3465           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3466             as the active selected region</li>
3467
3468           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3469             similarity</li>
3470           <li>New Export options
3471             <ul>
3472               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3473                 region export in flat file generation</li>
3474
3475               <li>Export alignment views for display with the <a
3476                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3477
3478               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3479               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3480                 alignment figures to HTML</li>
3481           </li>
3482           <li>3D structure retrieval and display
3483             <ul>
3484               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3485                 Search API</li>
3486               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3487                 PDB structures for a sequence set</li>
3488             </ul>
3489           </li>
3490
3491           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3492             predictions</li>
3493           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3494             for one or a group of sequences</li>
3495           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3496             from the JPred4 web server</li>
3497           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3498             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3499             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3500           </li>
3501           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3502             VARNA 2D Structure'</li>
3503           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3504             Structure ..."</li>
3505
3506         </ul> <em>Applet</em>
3507         <ul>
3508           <li>New layout for applet example pages</li>
3509           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3510             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3511           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3512             Protein alignments</li>
3513         </ul> <em>Development and deployment</em>
3514         <ul>
3515           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3516           <li>Include installation type and git revision in build
3517             properties and console log output</li>
3518           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3519             storing BioJsMSA Templates</li>
3520           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3521         </ul></td>
3522       <td>
3523         <!-- <em>General</em>
3524         <ul>
3525         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3526         <ul>
3527           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3528           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3529           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3530             predictions are not highlighted in amber</li>
3531           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3532             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3533           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3534             associated structure views</li>
3535           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3536             width checkbox not enabled</li>
3537           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3538             creating user defined colours</li>
3539           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3540             mappings for just that viewer's sequences</li>
3541           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3542             multiple models in Chimera</li>
3543           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3544             over Jmol structure</li>
3545           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3546             output to text box</li>
3547           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3548             have incorrect sequence start/end</li>
3549           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3550             Jalview fails</li>
3551           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3552             work for nucleotide</li>
3553           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3554             to a grey/invisible alignment window</li>
3555           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3556             imports to different position</li>
3557           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3558             on some platforms</li>
3559           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3560             populated</li>
3561           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3562             console if Chimera has been opened</li>
3563           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3564           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3565             retrieved</li>
3566           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3567           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3568             either sequence shows on first structure</li>
3569           <li>'Show annotations' options should not make
3570             non-positional annotations visible</li>
3571           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3572             in right place after 'view flanking regions'</li>
3573           <li>File Save As type unset when current file format is
3574             unknown</li>
3575           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3576             projects</li>
3577           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3578             responsive</li>
3579           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3580             several views on same alignment</li>
3581           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3582           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3583             spaces</li>
3584         </ul> <em>Applet</em>
3585         <ul>
3586           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3587           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3588             descriptions containing angle brackets</li>
3589         </ul> <em>General</em>
3590         <ul>
3591           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3592             via jalview annotation file</li>
3593           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3594             with RNA secondary structure</li>
3595           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3596             translation doesn't work.</li>
3597           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3598           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3599             positions</li>
3600           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3601             choosing 1pt font</li>
3602           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3603             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3604             'h'</li>
3605           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3606             new feature</li>
3607           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3608             order dependent</li>
3609           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3610             sequences</li>
3611           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3612         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3613         <ul>
3614           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3615             www.jalview.org</li>
3616         </ul> <em>Application Known issues</em>
3617         <ul>
3618           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3619           <li>Misleading message appears after trying to delete
3620             solid column.</li>
3621           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3622             version launches</li>
3623           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3624             fails with a sequence mismatch</li>
3625           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3626             scrolling alignment to right</li>
3627           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3628             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3629           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3630             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3631           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3632             ultra-high resolution</li>
3633           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3634             quality and conservation</li>
3635           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3636             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3637         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3638         <ul>
3639           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3640           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3641             window is being resized</li>
3642
3643         </ul>
3644       </td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td><div align="center">
3648           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3649         </div></td>
3650       <td><em>General</em>
3651         <ul>
3652           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3653             Certum.PL.</li>
3654           <li>Features and annotation preserved when performing
3655             pairwise alignment</li>
3656           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3657             imported/exported/displayed</li>
3658           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3659             protein secondary structure</li>
3660           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3661               post-hoc with 2.9 release</em>)
3662           </li>
3663
3664         </ul> <em>Application</em>
3665         <ul>
3666           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3667             with 3D structures</li>
3668           <li>Support for parsing RNAML</li>
3669           <li>Annotations menu for layout
3670             <ul>
3671               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3672               <li>place sequence annotation above/below alignment
3673                 annotation</li>
3674             </ul>
3675           <li>Output in Stockholm format</li>
3676           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3677             translation</li>
3678           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3679           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3680             shared between alignments</li>
3681           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3682             Jalview</li>
3683           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3684             all or current selection</li>
3685           <li>disorder and secondary structure predictions
3686             available as dataset annotation</li>
3687           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3688
3689
3690           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3691             alignments from Rfam</li>
3692           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3693
3694           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3695             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3696           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3697           <li>include installation type in build properties and
3698             console log output</li>
3699           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3700             annotation</li>
3701         </ul></td>
3702       <td>
3703         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3704         <ul>
3705           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3706             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3707           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3708             alignment</li>
3709           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3710           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3711           <li>Double click on sequence associated annotation
3712             selects only first column</li>
3713           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3714             leaves shown in tree</li>
3715           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3716             properly</li>
3717           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3718           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3719             screen and buttons not visible</li>
3720           <li>author list isn't updated if already written to
3721             Jalview properties</li>
3722           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3723             from database</li>
3724           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3725           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3726             browser search window</li>
3727           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3728             in feature settings dialog</li>
3729           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3730             desktop</li>
3731           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3732             pass validation</li>
3733           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3734             fit on screen</li>
3735           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3736             tooltip</li>
3737           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3738             defined user preset</li>
3739           <li>MSA web services warns user if they were launched
3740             with invalid input</li>
3741           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3742             Java 8</li>
3743           <li>
3744             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3745             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3746             created
3747           </li>
3748
3749         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3750         <ul>
3751         </ul> <em>General</em>
3752         <ul>
3753         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3754         <ul>
3755           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3756             memory allocation</li>
3757           <li>launchApp service doesn't automatically open
3758             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3759           <li>
3760             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3761             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3762             1.7_055 is available
3763           </li>
3764         </ul> <em>Application Known issues</em>
3765         <ul>
3766           <li>
3767             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3768             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3769             alignment to right
3770           </li>
3771           <li>
3772             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3773             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3774             with large number of ID
3775           </li>
3776           <li>
3777             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3778             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3779             start/end
3780           </li>
3781           <li>
3782             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3783             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3784             structure tracks are rearranged
3785           </li>
3786           <li>
3787             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3788             invalid rna structure positional highlighting does not
3789             highlight position of invalid base pairs
3790           </li>
3791           <li>
3792             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3793             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3794             project from alignment window file menu
3795           </li>
3796           <li>
3797             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3798             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3799             structures
3800           </li>
3801           <li>
3802             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3803             colour by RNA Helices not enabled when user created
3804             annotation added to alignment
3805           </li>
3806           <li>
3807             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3808             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3809           </li>
3810         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3811         <ul>
3812           <li>
3813             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3814             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3815           </li>
3816           <li>
3817             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3818             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3819           </li>
3820
3821           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3822             when selected</li>
3823         </ul>
3824       </td>
3825     </tr>
3826     <tr>
3827       <td><div align="center">
3828           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3829         </div></td>
3830       <td>
3831         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3832         <em>General</em>
3833         <ul>
3834           <li>Internationalisation of user interface (usually
3835             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3836           <li>Define/Undefine group on current selection with
3837             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3838           <li>Improved group creation/removal options in
3839             alignment/sequence Popup menu</li>
3840           <li>Sensible precision for symbol distribution
3841             percentages shown in logo tooltip.</li>
3842           <li>Annotation panel height set according to amount of
3843             annotation when alignment first opened</li>
3844         </ul> <em>Application</em>
3845         <ul>
3846           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3847             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3848           <li>Select columns containing particular features from
3849             Feature Settings dialog</li>
3850           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3851             sequences</li>
3852           <li>Update Jalview project format:
3853             <ul>
3854               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3855               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3856                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3857               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3858                 colouring</li>
3859             </ul>
3860           </li>
3861           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3862             (PAM250)</li>
3863           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3864             flanking regions for an alignment</li>
3865         </ul>
3866       </td>
3867       <td>
3868         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3869         <ul>
3870           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3871             running after job is cancelled</li>
3872           <li>cannot export features from alignments imported from
3873             Jalview/VAMSAS projects</li>
3874           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3875             float values</li>
3876           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3877             have 'display all symbols' flag set</li>
3878           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3879             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3880           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3881             Jalview</li>
3882           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3883             Lion/Webstart</li>
3884           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3885           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3886           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3887             alignment onto desktop</li>
3888           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3889             'extract scores' function</li>
3890           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3891             alignment window</li>
3892           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3893             performing IUPred disorder prediction</li>
3894           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3895             changing 'normalise logo' display setting</li>
3896           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3897             nothing matches query</li>
3898           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3899             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3900           </li>
3901           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3902             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3903           </li>
3904           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3905             Jalview's menu</li>
3906           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3907             'invalid literal/length code'</li>
3908           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3909             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3910           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3911             colourscheme</li>
3912
3913         </ul> <em>Applet</em>
3914         <ul>
3915           <li>Remove group option is shown even when selection is
3916             not a group</li>
3917           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3918             don't affect groups</li>
3919           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3920             colourscheme name</li>
3921           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3922             Annotation panel is not displayed</li>
3923           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3924             embedded windows</li>
3925         </ul> <em>Other</em>
3926         <ul>
3927           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3928             single sequence were not calculated</li>
3929           <li>annotation files that contain only groups imported as
3930             annotation and junk sequences</li>
3931           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3932             recognised as PFAM or BLC</li>
3933           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3934             doesn't affect background (2.8.0b1)
3935           <li></li>
3936           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3937           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3938             trailing gaps</li>
3939           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3940             registered correctly on import</li>
3941           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3942             certain alignments</li>
3943           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3944             existing annotation based 'use original colours'
3945             colourscheme loses original colours setting</li>
3946         </ul>
3947       </td>
3948     </tr>
3949     <tr>
3950       <td><div align="center">
3951           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3952             <em>30/1/2014</em></strong>
3953         </div></td>
3954       <td>
3955         <ul>
3956           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3957             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3958             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3959             open source project).
3960           </li>
3961           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3962           <li>Output in Stockholm format</li>
3963           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3964           <li>Export/import group and sequence associated line
3965             graph thresholds</li>
3966           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3967             ambiguity codes</li>
3968           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3969             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3970             works</li>
3971           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3972         </ul> <em>Other improvements</em>
3973         <ul>
3974           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3975           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3976             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3977           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3978             files</li>
3979           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3980           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3981             link but no description</li>
3982           <li>Select primary source when selecting authority in
3983             database fetcher GUI</li>
3984           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3985             Jalview</li>
3986           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3987         </ul>
3988       </td>
3989       <td>
3990         <ul>
3991           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3992             displayed</li>
3993           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3994             secondary structure annotation line</li>
3995           <li>Sequence database accessions not imported when
3996             fetching alignments from Rfam</li>
3997           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3998             identical IDs</li>
3999           <li>View all structures does not always superpose
4000             structures</li>
4001           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4002             reflect user or preset settings</li>
4003           <li>Null pointer exceptions for some services without
4004             presets or adjustable parameters</li>
4005           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4006             discover PDB xRefs</li>
4007           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4008             features with DAS</li>
4009           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4010             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4011           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4012             residue follows a gap</li>
4013           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4014             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4015           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4016             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4017           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4018             annotation already exists on alignment</li>
4019           <li>oninit javascript function should be called after
4020             initialisation completes</li>
4021           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4022             alignment window display</li>
4023           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4024           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4025             to annotation file</li>
4026           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4027             groups created</li>
4028           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4029             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4030           <li>Pressing return several times causes Number Format
4031             exceptions in keyboard mode</li>
4032           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4033             correct partitions for input data</li>
4034           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4035           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4036           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4037           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4038             mode</li>
4039           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4040             changes one row&#39;s threshold</li>
4041           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4042             doesn&#39;t open</li>
4043           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4044             quality histograms</li>
4045         </ul>
4046       </td>
4047     </tr>
4048     <tr>
4049       <td><div align="center">
4050           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4051         </div></td>
4052       <td><em>Application</em>
4053         <ul>
4054           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4055             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4056           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4057             preferences</li>
4058           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4059             in Jalview alignment window</li>
4060           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4061             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4062           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4063             RNA and ambiguity codes</li>
4064
4065           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4066           <li>Support fetching and database reference look up
4067             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4068             refs')</li>
4069           <li>Jalview project improvements
4070             <ul>
4071               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4072                 flag for annotation</li>
4073               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4074                 alignment</li>
4075               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4076                 Jalview project</li>
4077
4078             </ul>
4079           </li>
4080           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4081           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4082             running</li>
4083           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4084           <li>visual indication that web service results are still
4085             being retrieved from server</li>
4086           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4087             starts up for first time</li>
4088           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4089             services</li>
4090           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4091             client library</li>
4092           <li>Examples directory and Groovy library included in
4093             InstallAnywhere distribution</li>
4094         </ul> <em>Applet</em>
4095         <ul>
4096           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4097             visualization applet example</li>
4098         </ul> <em>General</em>
4099         <ul>
4100           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4101           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4102             defaults</li>
4103           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4104             calculation</li>
4105           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4106             matrices
4107           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4108             in HTML</li>
4109           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4110             structure contacts</li>
4111           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4112           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4113           <li>Parse sequence associated secondary structure
4114             information in Stockholm files</li>
4115           <li>HTML Export database accessions and annotation
4116             information presented in tooltip for sequences</li>
4117           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4118             style RNA alignment files</li>
4119           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4120             alignment</li>
4121           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4122             shade each sequence according to its associated alignment
4123             annotation</li>
4124           <li>New Jalview Logo</li>
4125         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4126         <ul>
4127           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4128           <li>New Website!</li>
4129         </ul></td>
4130       <td><em>Application</em>
4131         <ul>
4132           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4133             wsdbfetch REST service</li>
4134           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4135           <li>Filetype associations not installed for webstart
4136             launch</li>
4137           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4138             job execution in full once it is complete</li>
4139           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4140             uploaded via ali_file parameter</li>
4141           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4142           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4143           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4144             submitted for prediction</li>
4145           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4146             desktop window</li>
4147           <li>Putting fractional value into integer text box in
4148             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4149           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4150             windows 7</li>
4151           <li>View all structures fails with exception shown in
4152             structure view</li>
4153           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4154             escaped in a platform independent way</li>
4155           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4156             using proxy</li>
4157           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4158             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4159           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4160             failure when java web start temporary file caching is
4161             disabled</li>
4162           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4163             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4164           <li>Errors during processing of command line arguments
4165             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4166           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4167             DAS sources in sequence fetcher</li>
4168           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4169             dialog is shown</li>
4170           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4171           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4172           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4173           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4174             on OSX Mountain Lion</li>
4175           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4176             sequences with alignment annotation are pasted into the
4177             alignment</li>
4178           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4179             when loaded from Jalview project</li>
4180           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4181           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4182             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4183           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4184             associated with all views</li>
4185           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4186             annotation rows to new window</li>
4187         </ul> <em>Applet</em>
4188         <ul>
4189           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4190             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4191           <li>loading features via javascript API automatically
4192             enables feature display</li>
4193           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4194             work</li>
4195         </ul> <em>General</em>
4196         <ul>
4197           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4198           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4199             and then deselected</li>
4200           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4201           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4202             coloured with clustalx</li>
4203           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4204             exceptions and redraw errors</li>
4205           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4206             reconfigured view</li>
4207           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4208             colour</li>
4209           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4210             for lots of labels</li>
4211         </ul>
4212     </tr>
4213     <tr>
4214       <td>
4215         <div align="center">
4216           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4217         </div>
4218       </td>
4219       <td><em>Application</em>
4220         <ul>
4221           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4222           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4223           <li>View/alignment association menu to enable user to
4224             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4225             its colours/correspondences from</li>
4226           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4227           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4228             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4229           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4230           <li>Annotation row column label formatting attributes
4231             stored in project file</li>
4232           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4233             rows preserved in Jalview project file</li>
4234           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4235             saved using Desktop window menu</li>
4236           <li>Visual indication that command line arguments are
4237             still being processed</li>
4238           <li>Groovy script execution from URL</li>
4239           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4240             preferences</li>
4241           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4242             alignment with sequences that have high similarity and
4243             matching IDs</li>
4244           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4245           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4246             structures in same window</li>
4247           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4248           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4249             analysis function in its own submenu</li>
4250         </ul> <em>Applet</em>
4251         <ul>
4252           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4253             groups</li>
4254           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4255           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4256           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4257           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4258           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4259             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4260           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4261           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4262             parameters are treated as such</li>
4263           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4264             <ul>
4265               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4266               <li>Javascript callbacks for
4267                 <ul>
4268                   <li>Applet initialisation</li>
4269                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4270                 </ul>
4271               </li>
4272               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4273                 functions</li>
4274               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4275               <li>javascript structure viewer harness to pass
4276                 messages between Jmol and Jalview when running as
4277                 distinct applets</li>
4278               <li>sortBy method</li>
4279               <li>Set of applet and application examples shipped
4280                 with documentation</li>
4281               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4282                 javascript message exchange</li>
4283             </ul>
4284         </ul> <em>General</em>
4285         <ul>
4286           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4287             multiple alignments</li>
4288           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4289           <li>User configurable link to enable redirects to a
4290             www.Jalview.org mirror</li>
4291           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4292           <li>Configurable newline string when writing alignment
4293             and other flat files</li>
4294           <li>Allow alignment annotation description lines to
4295             contain html tags</li>
4296         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4297         <ul>
4298           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4299             examples</li>
4300           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4301             using a web service before displaying the result in the
4302             Jalview desktop</li>
4303           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4304           <li>Ant target to publish example html files with applet
4305             archive</li>
4306           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4307           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4308         </ul></td>
4309       <td><em>Application</em>
4310         <ul>
4311           <li>User defined colourscheme throws exception when
4312             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4313           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4314             dialog for valid filename/format</li>
4315           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4316           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4317             P37173</li>
4318           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4319             which sequence is to be associated with the file</li>
4320           <li>Find All raises null pointer exception when query
4321             only matches sequence IDs</li>
4322           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4323           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4324             2.4 cannot be loaded</li>
4325           <li>Filetype associations not installed for webstart
4326             launch</li>
4327           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4328             with sequences in different alignments do not get coloured
4329             by their associated sequence</li>
4330           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4331             not preserved when project is loaded</li>
4332           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4333             stored in Jalview project</li>
4334           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4335             Jalview project</li>
4336           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4337           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4338             by conservation</li>
4339           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4340             created on new view</li>
4341           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4342             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4343           <li>Alignment quality not updated after alignment
4344             annotation row is hidden then shown</li>
4345           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4346             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4347           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4348             properly</li>
4349           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4350             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4351           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4352           <li>Structures imported from file and saved in project
4353             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4354           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4355             job execution in full once it is complete</li>
4356         </ul> <em>Applet</em>
4357         <ul>
4358           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4359             annotation rows are displayed</li>
4360           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4361             codebase</li>
4362           <li>View follows highlighting does not work for positions
4363             in sequences</li>
4364           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4365           <li>Export features raises exception when no features
4366             exist</li>
4367           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4368             for javascript api is modified when separator string
4369             provided as parameter</li>
4370           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4371             alignment with no existing selection</li>
4372           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4373             to applet&#39;s codebase</li>
4374           <li>Status bar not updated after finished searching and
4375             search wraps around to first result</li>
4376           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4377             several Jalview applets causes race conditions and memory
4378             leaks</li>
4379           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4380             not sent from Jmol in applet</li>
4381           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4382             applet API fatally hang browser</li>
4383         </ul> <em>General</em>
4384         <ul>
4385           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4386             position with wrapped view and hidden regions</li>
4387           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4388             with/without hidden columns</li>
4389           <li>Sequence length given in alignment properties window
4390             is off by 1</li>
4391           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4392             import PDB like structure files</li>
4393           <li>Positional search results are only highlighted
4394             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4395           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4396           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4397             given sequence position</li>
4398           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4399             output</li>
4400           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4401             from nucleotide chains correctly</li>
4402           <li>Structure colours not updated when tree partition
4403             changed in alignment</li>
4404           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4405             parsed in interleaved stockholm</li>
4406           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4407             state</li>
4408           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4409             properly</li>
4410           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4411             properly associated with their pdb files</li>
4412         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4413         <ul>
4414           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4415             ApplyCopyright tool</li>
4416         </ul></td>
4417     </tr>
4418     <tr>
4419       <td>
4420         <div align="center">
4421           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4422         </div>
4423       </td>
4424       <td><em>Application</em>
4425         <ul>
4426           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4427             contact web services</li>
4428           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4429             service job window</li>
4430           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4431         </ul></td>
4432       <td>
4433         <ul>
4434           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4435             pir file emitted by Jalview</li>
4436           <li>Existing feature settings transferred to new
4437             alignment view created from cut'n'paste</li>
4438           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4439             parsing PDB files</li>
4440           <li>Consensus and conservation annotation rows
4441             occasionally become blank for all new windows</li>
4442           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4443             in wrapped view mode</li>
4444         </ul> <em>Application</em>
4445         <ul>
4446           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4447             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4448           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4449             parameter names</li>
4450           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4451             is down</li>
4452         </ul>
4453       </td>
4454     </tr>
4455     <tr>
4456       <td>
4457         <div align="center">
4458           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4459         </div>
4460       </td>
4461       <td><em>Application</em>
4462         <ul>
4463           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4464             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4465             (JABAWS)
4466           </li>
4467           <li>Web Services preference tab</li>
4468           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4469             preferences</li>
4470           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4471           <li>Superpose structures using associated sequence
4472             alignment</li>
4473           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4474             viewer</li>
4475         </ul> <em>Applet</em>
4476         <ul>
4477           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4478             link out mechanism</li>
4479         </ul> <em>Other</em>
4480         <ul>
4481           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4482             series 12</li>
4483           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4484             require Java 1.5</li>
4485           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4486             sequence annotation files</li>
4487           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4488             type colour specification</li>
4489           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4490             script to check if it being run in an interactive session or
4491             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4492         </ul></td>
4493       <td>
4494         <ul>
4495           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4496             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4497         </ul> <em>Application</em>
4498         <ul>
4499           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4500             selected Regions menu item</li>
4501           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4502             part of a valid accession ID</li>
4503           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4504             runs out of memory</li>
4505           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4506             analysis results</li>
4507           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4508             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4509           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4510         </ul> <em>Applet</em>
4511         <ul>
4512           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4513             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4514             defined.</li>
4515         </ul>
4516       </td>
4517     </tr>
4518     <tr>
4519       <td>
4520         <div align="center">
4521           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4522         </div>
4523       </td>
4524       <td></td>
4525       <td>
4526         <ul>
4527           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4528             sequence IDs</li>
4529           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4530             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4531           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4532             import correctly</li>
4533           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4534             number of columns are hidden</li>
4535           <li>annotation label popup menu not providing correct
4536             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4537             present</li>
4538           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4539             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4540           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4541             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4542
4543         </ul> <em>Applet</em>
4544         <ul>
4545           <li>annotation panel disappears when annotation is
4546             hidden/removed</li>
4547         </ul> <em>Application</em>
4548         <ul>
4549           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4550             alignment opened where annotation panel is visible but no
4551             annotations are present on alignment</li>
4552           <li>pasted region containing hidden columns is
4553             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4554           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4555             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4556           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4557             selected Rregions menu item.</li>
4558           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4559             'Un' or 'Non'conserved</li>
4560           <li>Sequence feature settings are being shared by
4561             multiple distinct alignments</li>
4562           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4563             changed</li>
4564           <li>double click on group annotation to select sequences
4565             does not propagate to associated trees</li>
4566           <li>Mac OSX specific issues:
4567             <ul>
4568               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4569                 window background</li>
4570               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4571                 name set correctly</li>
4572               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4573                 save feature colourscheme button</li>
4574             </ul>
4575           </li>
4576         </ul>
4577       </td>
4578     </tr>
4579     <tr>
4580
4581       <td>
4582         <div align="center">
4583           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4584         </div>
4585       </td>
4586       <td><em>New Capabilities</em>
4587         <ul>
4588           <li>URL links generated from description line for
4589             regular-expression based URL links (applet and application)
4590
4591           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4592             menu</li>
4593           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4594             structures</li>
4595           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4596             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4597           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4598             average score or total feature count for each sequence.</li>
4599           <li>Shading features by score or associated description</li>
4600           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4601             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4602           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4603             hide everything but the currently selected region.</li>
4604           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4605         </ul> <em>Application</em>
4606         <ul>
4607           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4608             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4609           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4610             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4611           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4612             database references and protein_name is parsed as
4613             description line (BioSapiens terms).</li>
4614           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4615             references in sequence ID tooltip from View menu in
4616             application.</li>
4617           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4618       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4619           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4620             conservation plots</li>
4621           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4622             and visualized as sequence logos</li>
4623           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4624             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4625           </li>
4626           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4627             when a new tree is opened.</li>
4628           <li>Jalview Java Console</li>
4629           <li>Better placement of desktop window when moving
4630             between different screens.</li>
4631           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4632             consensus annotation</li>
4633           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4634             Workflows</li>
4635           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4636             <ul>
4637               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4638                 used to preserve views, structures, and tree display
4639                 settings)</li>
4640               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4641                 command line</li>
4642               <li>Sharing of selected regions between views and
4643                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4644               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4645             </ul></li>
4646         </ul> <em>Applet</em>
4647         <ul>
4648           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4649           <li>New Parameters
4650             <ul>
4651               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4652                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4653                 opened.</li>
4654               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4655                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4656               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4657                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4658               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4659                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4660                 view</li>
4661               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4662                 increase the height or width of a cell in the alignment
4663                 grid relative to the current font size.</li>
4664             </ul>
4665           </li>
4666           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4667             tooltip</li>
4668         </ul> <em>Other</em>
4669         <ul>
4670           <li>Features format: graduated colour definitions and
4671             specification of feature scores</li>
4672           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4673             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4674             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4675           <li>XML formats extended to support graduated feature
4676             colourschemes, group associated annotation, and profile
4677             visualization settings.</li></td>
4678       <td>
4679         <ul>
4680           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4681             rather than description</li>
4682           <li>Non-positional features are now included in sequence
4683             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4684             visibility in tooltip).</li>
4685           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4686           <li>Added URL embedding instructions to features file
4687             documentation.</li>
4688           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4689             'X' in peptide product</li>
4690           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4691             sequence ID and sequence string and query strings do not
4692             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4693           <li>AMSA files only contain first column of
4694             multi-character column annotation labels</li>
4695           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4696             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4697             exported and re-imported)</li>
4698           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4699             name</li>
4700           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4701             as subsequence matches, and correctly reports total number
4702             of both.</li>
4703           <li>Application:
4704             <ul>
4705               <li>Better handling of exceptions during sequence
4706                 retrieval</li>
4707               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4708                 link text excludes the start_end suffix</li>
4709               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4710                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4711               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4712               <li>Sequence description lines properly shared via
4713                 VAMSAS</li>
4714               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4715                 data sources</li>
4716               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4717                 completes before alignment figures are generated.</li>
4718               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4719                 first time.</li>
4720               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4721                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4722               <li>User defined group colours properly recovered
4723                 from Jalview projects.</li>
4724             </ul>
4725           </li>
4726         </ul>
4727       </td>
4728
4729     </tr>
4730     <tr>
4731       <td>
4732         <div align="center">
4733           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4734         </div>
4735       </td>
4736       <td>
4737         <ul>
4738           <li>Experimental support for google analytics usage
4739             tracking.</li>
4740           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4741         </ul>
4742       </td>
4743       <td>
4744         <ul>
4745           <li>Race condition in applet preventing startup in
4746             jre1.6.0u12+.</li>
4747           <li>Exception when feature created from selection beyond
4748             length of sequence.</li>
4749           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4750           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4751             all sequences with a given id</li>
4752           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4753             ID string searches</li>
4754           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4755             alignment to fail with exception</li>
4756         </ul> <em>Application Issues</em>
4757         <ul>
4758           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4759           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4760             data sources</li>
4761         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4762         <ul>
4763           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4764             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4765           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4766             version (java class versioning error fixed)</li>
4767         </ul>
4768       </td>
4769     </tr>
4770     <tr>
4771       <td>
4772
4773         <div align="center">
4774           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4775         </div>
4776       </td>
4777       <td><em>User Interface</em>
4778         <ul>
4779           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4780             translation and protein products</li>
4781           <li>Linked highlighting of structure associated with
4782             residue mapping to codon position</li>
4783           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4784             and 'clear' button</li>
4785           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4786             Tools menu</li>
4787           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4788             numeric data in description line</li>
4789           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4790           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4791             of sequence</li>
4792         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4793         <ul>
4794           <li>JPred3 web service</li>
4795           <li>Prototype sequence search client (no public services
4796             available yet)</li>
4797           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4798             PFAM</li>
4799           <li>URL Links created for matching database cross
4800             references as well as sequence ID</li>
4801           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4802         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4803         <ul>
4804           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4805             databases</li>
4806           <li>Generalised database reference retrieval and
4807             validation to all fetchable databases</li>
4808           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4809             sequence command</li>
4810         </ul> <em>Import and Export</em>
4811         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4812         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4813           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4814         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4815           File</li>
4816         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4817           triplet as name of colourscheme</li>
4818         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4819         <ul>
4820           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4821           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4822             alignments (experimental)</li>
4823           <li>Create new or select existing session to join</li>
4824           <li>load and save of vamsas documents</li>
4825         </ul> <em>Application command line</em>
4826         <ul>
4827           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4828             from applet)</li>
4829           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4830             of DAS servers to query for alignment features</li>
4831           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4832             that are also automatically queried for features</li>
4833           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4834             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4835         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4836         <ul>
4837           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4838             application (when using &quot;View in full
4839             application&quot;)</li>
4840         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4841         <ul>
4842           <li>feature group display control parameter</li>
4843           <li>debug parameter</li>
4844           <li>showbutton parameter</li>
4845         </ul> <em>Applet API methods</em>
4846         <ul>
4847           <li>newView public method</li>
4848           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4849           <li>Feature display control methods</li>
4850           <li>get list of currently selected sequences</li>
4851         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4852         <ul>
4853           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4854           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4855             Jalview release.</li>
4856           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4857             property controls execution of obfuscator</li>
4858           <li>Build target for generating source distribution</li>
4859           <li>Debug flag for javacc</li>
4860           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4861             jalview.bin.Cache</li>
4862           <li>Continuous Build Integration for stable and
4863             development version of Application, Applet and source
4864             distribution</li>
4865         </ul></td>
4866       <td>
4867         <ul>
4868           <li>selected region output includes visible annotations
4869             (for certain formats)</li>
4870           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4871             for editing</li>
4872           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4873           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4874           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4875           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4876             comments</li>
4877           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4878             filenames containing a ':'</li>
4879           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4880             global sequence features</li>
4881           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4882             references from alignment sequences goes to zero</li>
4883           <li>Close of tree branch colour box without colour
4884             selection causes cascading exceptions</li>
4885           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4886           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4887             file parsing fails.</li>
4888           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4889           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4890             not a valid output format</li>
4891           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4892             vamsas</li>
4893           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4894           <li>error messages passed up and output when data read
4895             fails</li>
4896           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4897             sequence is edited</li>
4898           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4899             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4900           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4901             filetype</li>
4902           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4903             import fixed for PFAM records</li>
4904           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4905             window list</li>
4906           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4907             can be read and written correctly to annotation file</li>
4908           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4909             correctly</li>
4910           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4911             non-italic font for representatives in Applet</li>
4912           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4913             Macs.</li>
4914           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4915             Applet)</li>
4916           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4917             due to null pointer exceptions</li>
4918           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4919             first column of alignment</li>
4920           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4921             July 2008</li>
4922           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4923             file is case-insensitive</li>
4924           <li>Sequence features read from Features file appended to
4925             all sequences with matching IDs</li>
4926           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4927             containing a sub-sequence</li>
4928           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4929           <li>feature and annotation file applet parameters
4930             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4931           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4932           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4933             splash-screen version check to complete</li>
4934           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4935             when passing them to the launchApp service</li>
4936           <li>display name and local features preserved in results
4937             retrieved from web service</li>
4938           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4939             sequence fetcher initialisation</li>
4940           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4941             dasobert DAS client</li>
4942           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4943             association</li>
4944           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4945             sequences
4946           </li>
4947         </ul>
4948       </td>
4949     </tr>
4950     <tr>
4951       <td>
4952         <div align="center">
4953           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4954         </div>
4955       </td>
4956       <td>
4957         <ul>
4958           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4959           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4960           <li>Slide sequences</li>
4961           <li>Edit sequence in place</li>
4962           <li>EMBL CDS features</li>
4963           <li>DAS Feature mapping</li>
4964           <li>Feature ordering</li>
4965           <li>Alignment Properties</li>
4966           <li>Annotation Scores</li>
4967           <li>Sort by scores</li>
4968           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4969         </ul>
4970       </td>
4971       <td>
4972         <ul>
4973           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4974           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4975           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4976           <li>Feature group display state in XML</li>
4977           <li>Feature ordering in XML</li>
4978           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4979           <li>Stockholm alignment properties</li>
4980           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4981           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4982           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4983           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4984         </ul>
4985       </td>
4986
4987     </tr>
4988     <tr>
4989       <td>
4990         <div align="center">
4991           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4992         </div>
4993       </td>
4994       <td>
4995         <ul>
4996           <li>Non standard characters can be read and displayed
4997           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4998             applet via textbox
4999           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5000             name &amp; description
5001           <li>Preference setting to display sequence name in
5002             italics
5003           <li>Annotation file format extended to allow
5004             Sequence_groups to be defined
5005           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5006             specified in preferences
5007           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5008             sequences
5009         </ul>
5010       </td>
5011       <td>
5012         <ul>
5013           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5014             installed
5015           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5016           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5017         </ul>
5018       </td>
5019     </tr>
5020     <tr>
5021       <td>
5022         <div align="center">
5023           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5024         </div>
5025       </td>
5026       <td>
5027         <ul>
5028           <li>Multiple views on alignment
5029           <li>Sequence feature editing
5030           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5031           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5032           <li>Background dependent text colour
5033           <li>Right align sequence ids
5034           <li>User-defined lower case residue colours
5035           <li>Format Menu
5036           <li>Select Menu
5037           <li>Menu item accelerator keys
5038           <li>Control-V pastes to current alignment
5039           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5040           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5041           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5042
5043           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5044         </ul>
5045       </td>
5046       <td>
5047         <ul>
5048           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5049           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5050             calculations
5051           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5052             edits
5053           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5054             of alignment)
5055           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5056
5057           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5058             display correctly
5059           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5060           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5061             analysis results
5062           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5063             &#8739;
5064           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5065           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5066           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5067
5068         </ul>
5069       </td>
5070     </tr>
5071     <tr>
5072       <td>
5073         <div align="center">
5074           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5075         </div>
5076       </td>
5077       <td>
5078         <ul>
5079           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5080         </ul>
5081       </td>
5082       <td>
5083         <ul>
5084           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5085             sequence id panel has been resized</li>
5086           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5087             rendered</li>
5088           <li>Annotation files with sequence references - all
5089             elements in file are relative to sequence position</li>
5090           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093     </tr>
5094     <tr>
5095       <td>
5096         <div align="center">
5097           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5098         </div>
5099       </td>
5100       <td>
5101         <ul>
5102           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5103           <li>DAS Feature fetching</li>
5104           <li>Hide sequences and columns</li>
5105           <li>Export Annotations and Features</li>
5106           <li>GFF file reading / writing</li>
5107           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5108             files</li>
5109           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5110           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5111           <li>Applet can launch the full application</li>
5112           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5113             required)</li>
5114           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5115           <li>Applet can load sequences from parameter
5116             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5117           </li>
5118         </ul>
5119       </td>
5120       <td>
5121         <ul>
5122           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5123           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5124           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5125         </ul>
5126       </td>
5127     </tr>
5128     <tr>
5129       <td>
5130         <div align="center">
5131           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5132         </div>
5133       </td>
5134       <td>
5135         <ul>
5136           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5137           <li>Choose to match case when searching</li>
5138           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5139             expand the visible width and height of the alignment</li>
5140         </ul>
5141       </td>
5142       <td>
5143         <ul>
5144           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5145         </ul>
5146       </td>
5147     </tr>
5148     <tr>
5149       <td>
5150         <div align="center">
5151           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5152         </div>
5153       </td>
5154       <td>&nbsp;</td>
5155       <td>
5156         <ul>
5157           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5158           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5159             value</li>
5160         </ul>
5161       </td>
5162     </tr>
5163     <tr>
5164       <td>
5165         <div align="center">
5166           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5167         </div>
5168       </td>
5169       <td>
5170         <ul>
5171           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5172           <li>Keyboard editing</li>
5173           <li>Create sequence features from searches</li>
5174           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5175             alignments</li>
5176           <li>Features file allows grouping of features</li>
5177           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5178           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5179           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5180         </ul>
5181       </td>
5182       <td>
5183         <ul>
5184           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5185           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5186             descriptions saved.</li>
5187         </ul>
5188       </td>
5189     </tr>
5190     <tr>
5191       <td>
5192         <div align="center">
5193           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5194         </div>
5195       </td>
5196       <td>
5197         <ul>
5198           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5199           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5200           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5201             name for file output</li>
5202           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5203           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5204             used for HTML form input</li>
5205         </ul>
5206       </td>
5207       <td>
5208         <ul>
5209           <li>HTML output writes groups and features</li>
5210           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5211           <li>File IO bugs</li>
5212         </ul>
5213       </td>
5214     </tr>
5215     <tr>
5216       <td>
5217         <div align="center">
5218           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5219         </div>
5220       </td>
5221       <td>
5222         <ul>
5223           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5224           <li>More options for PCA viewer</li>
5225         </ul>
5226       </td>
5227       <td>
5228         <ul>
5229           <li>GUI bugs resolved</li>
5230           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5231         </ul>
5232       </td>
5233     </tr>
5234     <tr>
5235       <td height="63">
5236         <div align="center">
5237           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5238         </div>
5239       </td>
5240       <td>
5241         <ul>
5242           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5243           <li>Jar files are executable</li>
5244           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5245         </ul>
5246       </td>
5247       <td>
5248         <ul>
5249           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5250           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5251           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5252         </ul>
5253       </td>
5254     </tr>
5255     <tr>
5256       <td>
5257         <div align="center">
5258           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5259         </div>
5260       </td>
5261       <td>
5262         <ul>
5263           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5264         </ul>
5265       </td>
5266       <td>
5267         <ul>
5268           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5269         </ul>
5270       </td>
5271     </tr>
5272     <tr>
5273       <td>
5274         <div align="center">
5275           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5276         </div>
5277       </td>
5278       <td>
5279         <ul>
5280           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5281             size</li>
5282         </ul>
5283       </td>
5284       <td>
5285         <ul>
5286           <li>Improved JPred client reliability</li>
5287           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5288         </ul>
5289       </td>
5290     </tr>
5291     <tr>
5292       <td>
5293         <div align="center">
5294           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5295         </div>
5296       </td>
5297       <td>
5298         <ul>
5299           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5300           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5301           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5302             to Colour Menu</li>
5303           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5304           <li>Unix users can set default web browser</li>
5305           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5306           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5307         </ul>
5308       </td>
5309       <td>
5310         <ul>
5311           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5312         </ul>
5313       </td>
5314     </tr>
5315     <tr>
5316       <td>
5317         <div align="center">
5318           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5319         </div>
5320       </td>
5321       <td>&nbsp;</td>
5322       <td>
5323         <ul>
5324           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5325             alignment order.</li>
5326         </ul>
5327       </td>
5328     </tr>
5329     <tr>
5330       <td>
5331         <div align="center">
5332           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5333         </div>
5334       </td>
5335       <td>
5336         <ul>
5337           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5338           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5339           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5340             annotations.</li>
5341           <li>Version and build date written to build properties
5342             file.</li>
5343           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5344             at launch of Jalview.</li>
5345         </ul>
5346       </td>
5347       <td>
5348         <ul>
5349           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5350           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5351           <li>Can remove groups one by one.</li>
5352           <li>Filechooser icons installed.</li>
5353           <li>Finder ignores return character when searching.
5354             Return key will initiate a search.<br>
5355           </li>
5356         </ul>
5357       </td>
5358     </tr>
5359     <tr>
5360       <td>
5361         <div align="center">
5362           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5363         </div>
5364       </td>
5365       <td>
5366         <ul>
5367           <li>New codebase</li>
5368         </ul>
5369       </td>
5370       <td>&nbsp;</td>
5371     </tr>
5372   </table>
5373   <p>&nbsp;</p>
5374 </body>
5375 </html>