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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>8/09/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 126             but not calculated and no protein or DNA score models are
 127             available for tree/PCA calculation when launched with
 128             Turkish language locale
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 132             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 136             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 140             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 144             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 145             '%s'" on the console
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 149             when there are both local and complementary features mapped
 150             to the position under the cursor
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 154             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 158             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 162             internationalised text for some messages and log output
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 166             hidden gapped columns
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 170             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 174             specifying output format when exporting an alignment via the
 175             command line
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 179             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 180             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 181             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 182             file again, and if that fails, delete the original file and
 183             save in place.)
 184           </li>
 185         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 186         <ul>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 189             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 190             OutOfMemory error.
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 194             monitor the release channel
 195           </li>
 196         </ul> <em>New Known defects</em>
 197         <ul>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 200             are ordered differently when shown on alignment and in
 201             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 205             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 206             works for the top left quadrant of the alignment window
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 210             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 214             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 215           </li>
 216         </ul>
 217       </td>
 218     </tr>
 219     <tr>
 220       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 221           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 222           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 223       <td align="left" valign="top">
 224         <ul>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 227             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 228             for display in alignments, on structure views (including
 229             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 230             export.
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 234             exported and re-imported as GFF3 files
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 238             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 242             validation while parsing
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 246             position if reopened
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 250             of associated view
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 254             enabled by default
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 258             tooltips and menus
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 262             with no feature types visible
 263           </li>
 264           <li>
 265           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 266           </li>
 267         </ul><em>Jalview Installer</em>
 268             <ul>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 271             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 278           </li>
 279               <li>
 280                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 281               <li>
 282                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 283         </ul> <em>Release processes</em>
 284         <ul>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 290           </li>
 291         </ul> <em>Build System</em>
 292         <ul>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 298             report
 299           </li>
 300         </ul>
 301         <em>Groovy Scripts</em>
 302             <ul>
 303           <li>
 304             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 305             to stdout containing the consensus sequence for each
 306             alignment in a Jalview session
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 310             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 311             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 312           </li>
 313         </ul>
 314       </td>
 315       <td align="left" valign="top">
 316         <ul>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 319             'Show hidden markers' option is not ticked
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 323             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 324             jalview preferences or properties file
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 328             'Show Sequence Features' option is not ticked
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 332             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 333             features are visible
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 337             equal when split frame is first opened
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 341             correct after editing a sequence's start position
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 345             with annotation and exceptions thrown when only a few
 346             columns shown in wrapped mode
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 350             wrapped alignment figure with annotations
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 354             ID fails with ClassCastException
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 358             Project
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 362             feature settings dialog also selects columns
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 366             IllegalArgumentException in some circumstances
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 370             opened for a view
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 374             alignment window is closed
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 378             help documentation for 2.11.0 release
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 382             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 383             Uniprot Accession
 384           </li>
 385         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 386         <ul>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 389             PDB/Uniprot search panel
 390           </li>
 391         </ul> <em>Installer</em>
 392         <ul>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 395             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 396           </li>
 397         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 398         <ul>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 401             repository
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 405             memory
 406           </li>
 407         </ul> <em>New Known Issues</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 411             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 412             command line
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 416             clipped in headless figure export when Right Align option
 417             enabled
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 421             'Source' in console output
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 425             bamboo server but run fine locally.
 426           </li>
 427         </ul>
 428       </td>
 429     </tr>
 430     <tr>
 431       <td width="60" align="center" nowrap>
 432           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 433             <em>04/07/2019</em></strong>
 434       </td>
 435       <td align="left" valign="top">
 436         <ul>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 439             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 440             source project) rather than InstallAnywhere
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 444             settings, receive over the air updates and launch specific
 445             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 446               Rings' GetDown</a>)
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 450             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 454             arguments and switch between different getdown channels
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 458             or alignment files
 459           </li>
 460
 461           <li>
 462             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 463             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 466             'Translate as cDNA'</li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 469           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 470             <ul>
 471                       <li>
 472             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 473             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 474           <li>
 475                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 476                 features can be filtered and shaded according to any
 477                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 478                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 479                 file)
 480               </li>
 481               <li>
 482                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 483                 stored and restored from Jalview Projects
 484               </li>
 485               <li>
 486                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 487                 recognise variant features
 488               </li>
 489               <li>
 490                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 491                 sequences (also coloured red by default)
 492               </li>
 493               <li>
 494                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 495                 details
 496               </li>
 497               <li>
 498                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 499                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 500               </li>
 501               <li>
 502                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 503                 dialog
 504               </li>
 505             </ul>
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 509             tree and PCA calculations
 510           </li>
 511           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 512             <ul>
 513               <li>
 514                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 515                 and Viewer state saved in Jalview Project
 516               </li>
 517               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 518                 drop-down menus</li>
 519               <li>
 520                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 521                 incrementally
 522               </li>
 523               <li>
 524                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 525               </li>
 526             </ul>
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 530           </li>
 531           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 532           <ul>
 533               <li>
 534                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 535                 multiple groups when working with large alignments
 536               </li>
 537               <li>
 538                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 539                 Stockholm files
 540               </li>
 541             </ul>
 542           <li><strong>User Interface</strong>
 543           <ul>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 546                 view
 547               </li>
 548               <li>
 549                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 550                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 551                 default (can be changed in user preferences)
 552               </li>
 553               <li>
 554                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 555                 to the Overwrite Dialog
 556               </li>
 557               <li>
 558                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 559                 sequences are hidden
 560               </li>
 561               <li>
 562                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 563                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 564               </li>
 565               <li>
 566                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 567                 labels
 568               </li>
 569               <li>
 570                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 571                 when in wrapped mode
 572               </li>
 573               <li>
 574                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 575                 annotation
 576               </li>
 577               <li>
 578                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 579               </li>
 580               <li>
 581                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 582                 panel
 583               </li>
 584               <li>
 585                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 586                 popup menu
 587               </li>
 588               <li>
 589               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 590               <li>
 591               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 592
 593
 594             </ul></li>
 595             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 596           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 597             <ul>
 598               <li>
 599                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 600                 trapping CMD-Q
 601               </li>
 602             </ul></li>
 603         </ul>
 604         <em>Deprecations</em>
 605         <ul>
 606           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 607             capabilities removed from the Jalview Desktop
 608           </li>
 609           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 610             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 611             and XML based data retrieval clients</li>
 612           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 613           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 614         </ul> <em>Documentation</em>
 615         <ul>
 616           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 617             not supported in EPS figure export
 618           </li>
 619           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 620         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 621         <ul>
 622           <li>
 623           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 624           </li>
 625       <li>
 626       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 627           <li>
 628           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 629             gradle-eclipse
 630           </li>
 631           <li>
 632           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 633             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 634             execution
 635           </li>
 636           <li>
 637           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 638             operations
 639           </li>
 640           <li>
 641           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 642             issues resolved
 643           </li>
 644           <li>
 645           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 646             markdown (with HTML rendering)
 647           </li>
 648           <li>
 649           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 650           </li>
 651           <li>
 652           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 653             versions of Jalview
 654           </li>
 655         </ul>
 656       </td>
 657       <td align="left" valign="top">
 658         <ul>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 664             superposition in Jmol fail on Windows
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 668             structures for sequences with lots of PDB structures
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 672             monospaced font
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 676             project involving multiple views
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 680             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 681             Annotation dialog hides columns
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 685             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 686             one view, then making another selection in the other view
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 690             columns
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 694             Settings and Jalview Preferences panels
 695           </li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 698             overview with large alignments
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 702             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 703             mouse moved to the left of the first column
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 707             hidden column marker via scale popup menu
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 711             doesn't tell users the invalid URL
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 715             score from view
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 719             show cross references or Fetch Database References are shown in
 720             red in original view
 721           </li>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 724             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 728             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 732             when columns are hidden
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 736             Columns by Annotation description
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 740             out of Scale or Annotation Panel
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 744             scale panel
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 748             alignment down
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 752             scale panel
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 756             Page Up in wrapped mode
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 760           </li>
 761           <li>
 762             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 766             on opening an alignment
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 770             Colour menu
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 774             different groups in the alignment are selected
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 778             correctly in menu
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 782             threshold limit
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 786             threshold gets 'unrounded'
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 790             colour
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 800             Tree font
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 804             project file
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 808             shown in complementary view
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 812             without normalisation
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 816             of report
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 820           </li>
 821           <li>
 822           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 823           </li>
 824         </ul> <em>Editing</em>
 825         <ul>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 828             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 829             sequence
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 833             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 834             removed (Known defect since 2.10)
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 838             dialog corrupts dataset sequence
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 842             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 843           </li>
 844         </ul> <em>Datamodel</em>
 845         <ul>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 848             sequence's End is greater than its length
 849           </li>
 850         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 851           general release)</em>
 852         <ul>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 855           </li>
 856         </ul> <em>New Known Defects</em>
 857         <ul>
 858         <li>
 859         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 860         </li>
 861         <li>
 862           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 863           regions of protein alignment.
 864         </li>
 865         <li>
 866           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 867           is restored from a Jalview 2.11 project
 868         </li>
 869         <li>
 870           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 871           'New View'
 872         </li>
 873         <li>
 874           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 875           columns within hidden columns
 876         </li>
 877         <li>
 878           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 879           window after dragging left to select columns to left of visible
 880           region
 881         </li>
 882         <li>
 883           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 884           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 885           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 886           create a Score filter instead.
 887         </li>
 888         <li>
 889         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 890         <li>
 891         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 892         </li>
 893         <li>
 894           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 895           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 896         </li>
 897         </ul>
 898         <em>Java 11 Specific defects</em>
 899           <ul>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 902               alphabetically when saved
 903             </li>
 904         </ul>
 905       </td>
 906     </tr>
 907     <tr>
 908     <td width="60" nowrap>
 909       <div align="center">
 910         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 911       </div>
 912     </td>
 913     <td><div align="left">
 914         <em></em>
 915         <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 918               InstallAnywhere increased to 1G.
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 922               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 923               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 924                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 925                 properties file.</em>
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 929               API and sequence data now imported as JSON.
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 933               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 934               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 935               property.
 936             </li>
 937           </ul>
 938           <em>Development</em>
 939           <ul>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 942               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 943                 Clover</a>
 944             </li>
 945           </ul>
 946         </div></td>
 947     <td><div align="left">
 948         <em></em>
 949         <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 952               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 953               alignment.
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 957               annotation displayed.
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 961               for newly created group when 'Apply to all groups'
 962               selected
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 966               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 967               visible.
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 971               when sequences are selected in exported view.</em>
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 975               aren't rendered with correct colour.
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 979               types of knotted RNA secondary structure.
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 983               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 984               do not start at 1.
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 988               annotation when columns are inserted into an alignment,
 989               and when exporting as Stockholm flatfile.
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 993               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 994               treated as RNA secondary structure.
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 998               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1002               transfers focus to previous window on OSX
1003             </li>
1004           </ul>
1005           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1006           <ul>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1009               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1010               box.
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1014               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1015               'look and feel' which has improved compatibility with the
1016               latest version of OSX.
1017             </li>
1018           </ul>
1019         </div>
1020     </td>
1021     </tr>
1022     <tr>
1023       <td width="60" nowrap>
1024         <div align="center">
1025           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1026             <em>7/06/2018</em></strong>
1027         </div>
1028       </td>
1029       <td><div align="left">
1030           <em></em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1034               annotation retrieved from Uniprot
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1038               onto the Jalview Desktop
1039             </li>
1040           </ul>
1041         </div></td>
1042       <td><div align="left">
1043           <em></em>
1044           <ul>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1047               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1051               right-hand column parsed correctly
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1055               not alignment area in exported graphic
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1059               window has input focus
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1063               annotation added to view (Windows)
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1067               network connectivity is poor
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1071               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1072                 the currently open URL and links from a page viewed in
1073                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1074                 you are using Edge, only links in the page can be
1075                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1076                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1077             </li>
1078           </ul>
1079           <em>New Known Defects</em>
1080           <ul>
1081             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1082           </ul>
1083         </div></td>
1084     </tr>
1085     <tr>
1086       <td width="60" nowrap>
1087         <div align="center">
1088           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1089         </div>
1090       </td>
1091       <td><div align="left">
1092           <em></em>
1093           <ul>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1096               for disabling automatic superposition of multiple
1097               structures and open structures in existing views
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1101               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1102               adjust them.
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1106               Ensembl services
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1110               and lots of hidden columns
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1114               of features (particularly when transparency is disabled)
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1118               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1119               generally available
1120             </li>
1121           </ul>
1122           </div>
1123       </td>
1124       <td><div align="left">
1125           <ul>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1128               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1132               overlapping alignment panel
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1136               sequence as gaps
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1140               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1141               UTR
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1145               factor annotation not added to sequence when local PDB
1146               file associated with it by drag'n'drop or structure
1147               chooser
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1151               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1155               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1159               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1163               columns in annotation row
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1167               honored in batch mode
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1171               for structures added to existing Jmol view
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1175               entries after importing project with multiple views
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1179               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1180               with negative residue numbers or missing residues fails
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1184               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1185               as generated by CONSURF)
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1189               tooltip doesn't include a text description of mutation
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1193               structure and/or overview windows are also shown
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1197               very slow for alignments with large numbers of sequences
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1201               with 'StringIndexOutOfBounds'
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1205               platforms running Java 10
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1209               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1210             </li>
1211           </ul>
1212           <em>Applet</em>
1213           <ul>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1216               should copy the group consensus when popup is opened on it
1217             </li>
1218           </ul>
1219           <em>Batch Mode</em>
1220           <ul>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1223           </li>
1224           </ul>
1225           <em>New Known Defects</em>
1226           <ul>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1229               editing a large alignment and overview is displayed
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1233               repeatedly after a series of edits even when the overview
1234               is no longer reflecting updates
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1238               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1239               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1240               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1244               option gives blank output
1245             </li>
1246           </ul>
1247         </div>
1248           </td>
1249     </tr>
1250     <tr>
1251       <td width="60" nowrap>
1252         <div align="center">
1253           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1254         </div>
1255       </td>
1256       <td><div align="left">
1257           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1258               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1259       <td><div align="left">
1260           <em>Desktop</em><ul>
1261           <ul>
1262             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1263             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1264             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1265             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1266             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1267             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1268             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1269           </ul>
1270           </div>
1271       </td>
1272     </tr>
1273     <tr>
1274       <td width="60" nowrap>
1275         <div align="center">
1276           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1277         </div>
1278       </td>
1279       <td><div align="left">
1280           <em></em>
1281           <ul>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1284               rendering of sequence features
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1288               429 rate limit request hander
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1292               their colours have changed
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1296               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1300               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1304               view from Ensembl locus cross-references
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1308               Alignment report
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1312               feature can be disabled
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1316               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1320               Uniprot
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <em>Scripting</em>
1324           <ul>
1325             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1326             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1327               percent identity scores for current alignment.</li>
1328           </ul>
1329           <em>Testing and Deployment</em>
1330           <ul>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1333             </li>
1334           </ul>
1335         </div></td>
1336       <td><div align="left">
1337           <em>General</em>
1338           <ul>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1341               threshold text field doesn't trigger an update to the
1342               alignment view
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1346               strings in parallel
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1350               alignment window is closed
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1354               group visibility
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1358               takes a long time in Cursor mode
1359             </li>
1360           </ul>
1361           <em>Desktop</em>
1362           <ul>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1365               cannot be viewed in Chimera
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1369               CDS/Protein view
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1373               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1374               Search Dialogs
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1384               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1388               scrolling right in unwapped alignment view
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1392               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1393               database
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1397               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1401               features of same type and group to be selected for
1402               amending
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1406               alignments when hidden columns are present
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1410               displaying several structures
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1414               moving a window
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1418               within the Jalview desktop on OSX
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1422               when in wrapped alignment mode
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1426               hand end of alignment
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1430               each selected sequence do not have correct start/end
1431               positions
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1435               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1439               restoring project until a new view is created
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1443               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1444               configured (since 2.10.2b2)
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1448               position is adjusted
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1452               in a multi-chain structure when viewing alignment
1453               involving more than one chain (since 2.10)
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1457               if new selection moves alignment window
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1461               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1465               that produces correctly annotated transcripts and products
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1469               doesn't update associated structure view
1470             </li>
1471           </ul>
1472           <em>Applet</em><br />
1473           <ul>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1476               closing alignment panel
1477             </li>
1478           </ul>
1479           <em>BioJSON</em><br />
1480           <ul>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1483               non-positional features
1484             </li>
1485           </ul>
1486           <em>New Known Issues</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1490               sequence features correctly (for many previous versions of
1491               Jalview)
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1495               using cursor in wrapped panel other than top
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1499               graduated colour threshold
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1503               always preserve numbering and sequence features
1504             </li>
1505           </ul>
1506           <em>Known Java 9 Issues</em>
1507           <ul>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1510               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1511               9.01, OSX 10.10)
1512             </li>
1513           </ul>
1514         </div></td>
1515     </tr>
1516     <tr>
1517       <td width="60" nowrap>
1518         <div align="center">
1519           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1520             <em>2/10/2017</em></strong>
1521         </div>
1522       </td>
1523       <td><div align="left">
1524           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1525           <ul>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1528             </li>
1529             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1530             </li>
1531           </ul>
1532         </div></td>
1533       <td><div align="left">
1534         </div></td>
1535     </tr>
1536     <tr>
1537       <td width="60" nowrap>
1538         <div align="center">
1539           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1540             <em>7/9/2017</em></strong>
1541         </div>
1542       </td>
1543       <td><div align="left">
1544           <em></em>
1545           <ul>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1548               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1549               white)
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1553               Preferences
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1557               in size and progress bar shown as higher resolution
1558               overview is recalculated
1559             </li>
1560
1561           </ul>
1562         </div></td>
1563       <td><div align="left">
1564           <em></em>
1565           <ul>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1568               column region row by row
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1572               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1576               format setting is unticked
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1580               if group has show boxes format setting unticked
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1584               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1585               include sequences and columns not currently displayed
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1589               assemblies are imported via CIF file
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1593               displayed when threshold or conservation colouring is also
1594               enabled.
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1598               server version
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1602               dragging a selected region off the visible region of the
1603               alignment
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1607               colourscheme to all groups in a view
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1611               initially after font size change using the Font chooser or
1612               middle-mouse zoom
1613             </li>
1614           </ul>
1615         </div></td>
1616     </tr>
1617     <tr>
1618       <td width="60" nowrap>
1619         <div align="center">
1620           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1621         </div>
1622       </td>
1623       <td><div align="left">
1624           <em>Calculations</em>
1625           <ul>
1626
1627             <li>
1628               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1629               ungapped positions in each column of the alignment.
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1633               a calculation dialog box
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1637               and memory efficiency (~30x faster)
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1641               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1642               and other calculations
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1646               files within the Jalview codebase
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1650               Similarity may have different topology due to increased
1651               precision
1652             </li>
1653           </ul>
1654           <em>Rendering</em>
1655           <ul>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1658               model for alignments and groups
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1662               scripts
1663             </li>
1664           </ul>
1665           <em>Overview</em>
1666           <ul>
1667             <li>
1668               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1669               with alignment and overview windows
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1673               overview
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1677               omitted in Overview
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1681               adjustment of visible position
1682             </li>
1683           </ul>
1684
1685           <em>Data import/export</em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1689               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1693               annotation input/output via stockholm flatfile
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1697               extension when importing structure files without embedded
1698               names or PDB accessions
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1702               format sequence substitution matrices
1703             </li>
1704           </ul>
1705           <em>User Interface</em>
1706           <ul>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1709               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1710               the application.
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1714               via Overview or sequence motif search operations
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1718               opened by double clicking gaps within sequence feature
1719               extent
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1723               aligned positions were available to create a 3D structure
1724               superposition.
1725             </li>
1726           </ul>
1727           <em>3D Structure</em>
1728           <ul>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1731               coloured in linked structure views
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1735               file-based command exchange
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1739               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1740               structures are already available for sequences
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1744               the Jalview project rather than downloaded again when the
1745               project is reopened.
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1749               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1750               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1751                 Feature</strong>)
1752             </li>
1753           </ul>
1754           <em>Web Services</em>
1755           <ul>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1761               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1762               Analysis services
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1766               cross-references provided by identifiers.org and the
1767               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1768             </li>
1769           </ul>
1770
1771           <em>Scripting</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1775               identifying file formats (instead of String constants)
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1779               efficiency when counting all displayed features (not
1780               backwards compatible with 2.10.1)
1781             </li>
1782           </ul>
1783           <em>Example files</em>
1784           <ul>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1787               included in the example feature file
1788             </li>
1789           </ul>
1790           <em>Documentation</em>
1791           <ul>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1794               with the built-in Java help viewer
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1798               sequence description' option
1799             </li>
1800           </ul>
1801           <em>Test Suite</em>
1802           <ul>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1805               Uniprot REST Free Text Search Client
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1812               during tests
1813             </li>
1814           </ul>
1815         </div></td>
1816       <td><div align="left">
1817           <em>Calculations</em>
1818           <ul>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1821               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1822               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1823             </li>
1824             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1825               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1826               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1827               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1828               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1829               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1830               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1831               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1832               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1833               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1834               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1835               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1836               // for 2.10.1 mode <br />
1837               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1838               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1839                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1840                 calculations (not recommended)</em></li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1843               scaling of branch lengths for trees computed using
1844               Sequence Feature Similarity.
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1848               generating output report when working with highly
1849               redundant alignments
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1853               right of selected region when gaps present on right-hand
1854               boundary
1855             </li>
1856           </ul>
1857           <em>User Interface</em>
1858           <ul>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1861               doesn't reselect a specific sequence's associated
1862               annotation after it was used for colouring a view
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1866               opened on a region of alignment without groups
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1870               of an alignment with overlapping groups
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1874               name and description match
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1878               hidden regions results in incorrect hidden regions
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1882               changing colour does not apply Conservation slider value
1883               to all groups
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1887               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1891               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1895               gaps before start of features
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1899               restored to UI when feature colour is edited
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1903               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1907               as graduate feature colour settings are modified via the
1908               dialog box
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1912               when a group defined on the alignment is resized
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1916               wrapped view result in positional status updates
1917             </li>
1918
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1921               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1925               alignment included gapped columns
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1929               widgets don't permanently disappear
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1933               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1934               T-Coffee column reliability scores)
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1938               sequence feature on gaps only
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1942               button from a Find inherit previously defined feature type
1943               rather than the Find query string
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1947               exporting tree calculated in Jalview
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1951               and then revealing them reorders sequences on the
1952               alignment
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1956               doesn't update to reflect available set of groups after
1957               interactively adding or modifying features
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1961               Linux
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1965               only excluded gaps in current sequence and ignored
1966               selection.
1967             </li>
1968           </ul>
1969           <em>Rendering</em>
1970           <ul>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1973               erratically when hidden rows or columns are present
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1977               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1978               sequence colouring
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1982               colour and group colour menu for protein alignments
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1986               reflect currently selected view or group's shading
1987               thresholds
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1991               when rendered on overview and structures when opacity at
1992               100%
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1996               overview when features overlaid on alignment
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2000               recovered correctly from Jalview project file
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2004               (automatically via preferences) are different to the main
2005               alignment panel
2006             </li>
2007           </ul>
2008           <em>Data import/export</em>
2009           <ul>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2012               load
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2016               added after a sequence was imported are not written to
2017               Stockholm File
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2021               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2025               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2029               with lightGray or darkGray via features file (but can
2030               specify lightgray)
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2034               when alignment view imported from project
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2038               structure and sequences extracted from structure files
2039               imported via URL and viewed in Jmol
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2043               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2044               the project is loaded and the structure viewed
2045             </li>
2046           </ul>
2047           <em>Web Services</em>
2048           <ul>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2051               release of Ensembl v.88
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2055               appear enabled in Preferences->Connections
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2059               removed from console output
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2063               Ensembl by Peptide ID
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2067               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2068               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2069               due to 'null' string rather than empty string used for
2070               residues with no corresponding PDB mapping).
2071             </li>
2072           </ul>
2073           <em>Application UI</em>
2074           <ul>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2077               menu
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2081               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2082               new documentation and tooltips added)
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2086               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2090               new features are added to alignment
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2094               changes to feature colours via the Amend features dialog
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2098               edit graduated feature colour via amend features dialog
2099               box
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2103               selection menu changes colours of alignment views
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2107               from alignment calculation workers after alignment has
2108               been closed
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2112               groups now 'Create Group'
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2116               Create/Undefine group doesn't always work
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2120               shown again after pressing 'Cancel'
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2124               adjusts start position in wrap mode
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2128               ambiguous amino acids
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2132               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2133               proteins
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2137               Defined' don't appear in Colours menu
2138             </li>
2139           </ul>
2140           <em>Applet</em>
2141           <ul>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2144               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2148               overview or linked structure view
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2152               work (since 2.8)
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2156               user-defined colourscheme doesn't restore original
2157               colourscheme
2158             </li>
2159           </ul>
2160           <em>Test Suite</em>
2161           <ul>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2164               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2168               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2169               problems with deep array comparison equality asserts in
2170               successive versions of TestNG
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2174               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2175             </li>
2176           </ul>
2177           <em>New Known Issues</em>
2178           <ul>
2179             <li>
2180               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2181               phase after a sequence motif find operation
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2185               containing just upper and lower case letters are
2186               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2190               reliably from eggnog Ortholog database
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2194               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2195               to mark columns containing highlighted regions.
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2199               doesn't always add secondary structure annotation.
2200             </li>
2201           </ul>
2202         </div>
2203     <tr>
2204       <td width="60" nowrap>
2205         <div align="center">
2206           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2207         </div>
2208       </td>
2209       <td><div align="left">
2210           <em>General</em>
2211           <ul>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2214               for all consensus calculations
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2218               3rd Oct 2016)
2219             </li>
2220             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2221               for 2016-2017</li>
2222           </ul>
2223           <em>Application</em>
2224           <ul>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2227               set of database cross-references, sorted alphabetically
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2231               from database cross references. Users with custom links
2232               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2233                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2237               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2238               Chimera session
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2242               the Chimera it is connected to is shut down
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2246               columns menu item to mark columns containing highlighted
2247               regions (e.g. from structure selections or results of a
2248               Find operation)
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2252               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2253               MSAviewer
2254             </li>
2255           </ul>
2256         </div></td>
2257       <td>
2258         <div align="left">
2259           <em>General</em>
2260           <ul>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2263               are not coloured or thresholded according to percent
2264               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2268               hydrophobic
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2272               threshold, amino acid properties)
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2276               reported as mapped to residues in a structure file in the
2277               View Mapping report
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2281               could be added multiple times to a sequence
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2285               bond features shown as two highlighted residues rather
2286               than a range in linked structure views, and treated
2287               correctly when selecting and computing trees from features
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2291               cross-references are matched to database name regardless
2292               of case
2293             </li>
2294
2295           </ul>
2296           <em>Application</em>
2297           <ul>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2300               names without regular expressions also offer links from
2301               Sequence ID
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2305               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2306               update Jalview configuration
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2310               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2314               files with similarly named sequences if dropped onto the
2315               alignment
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2319               entries where more chains exist in the PDB accession than
2320               are reported in the SIFTS file
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2324               the structure view when displayed with Chimera
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2328               panel's View->Show Chains submenu
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2332               work for wrapped alignment views
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2336               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2340               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2341               first annotation row
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2345               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2349               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2350             </li>
2351             <!-- JAL-2319 -->
2352             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2353             coordindate data
2354             </li>
2355           </ul>
2356           <!--           <em>New Known Issues</em>
2357           <ul>
2358             <li></li>
2359           </ul> -->
2360         </div>
2361       </td>
2362     </tr>
2363     <td width="60" nowrap>
2364       <div align="center">
2365         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2366           <em>25/10/2016</em></strong>
2367       </div>
2368     </td>
2369     <td><em>Application</em>
2370       <ul>
2371         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2372           view if structures already loaded</li>
2373         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2374           structure views</li>
2375       </ul></td>
2376     <td>
2377       <div align="left">
2378         <em>General</em>
2379         <ul>
2380           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2381             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2382           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2383             example sequences/projects/trees</li>
2384         </ul>
2385         <em>Application</em>
2386         <ul>
2387           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2388             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2389           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2390             without timeout for structures with multiple models or
2391             multiple sequences in alignment</li>
2392           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2393             PDB ID HEADER line</li>
2394           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2395             is performed</li>
2396           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2397             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2398           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2399           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2400             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2401             option</li>
2402           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2403             is created on the alignment</li>
2404           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2405             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2406             pop-up menu</li>
2407         </ul>
2408         <em>Build and deployment</em>
2409         <ul>
2410           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2411             tags</li>
2412         </ul>
2413         <em>New Known Issues</em>
2414         <ul>
2415           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2416             on Windows</li>
2417         </ul>
2418       </div>
2419     </td>
2420     </tr>
2421     <tr>
2422       <td width="60" nowrap>
2423         <div align="center">
2424           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2425         </div>
2426       </td>
2427       <td><em>General</em>
2428         <ul>
2429           <li>
2430             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2431           </li>
2432           <li>
2433             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2434             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2435             better PDB parsing.
2436           </li>
2437           <li>
2438             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2439             reference sequence
2440           </li>
2441           <li>
2442             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2443             mousing over sequence associated annotation
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2447             for manual entry
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2451             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2452             for each column
2453           </li>
2454           <li>
2455             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2456             showing or hiding columns containing a feature
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2460             group and sequence associated annotation labels
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2464             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2465             dialogs
2466           </li>
2467
2468         </ul> <em>Application</em>
2469         <ul>
2470           <li>
2471             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2472             gene/transcript view
2473           </li>
2474           <li>
2475             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2476             dialog
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2480             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2484             Pfam sources to xfam.org
2485           </li>
2486           <li>
2487             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2488           </li>
2489           <li>
2490             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2491             over sequences in Jalview
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2495             regions in ENA and EMBL
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2499             for record retrieval via ENA rest API
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2503             complement operator
2504           </li>
2505           <li>
2506             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2507             groovy script execution
2508           </li>
2509           <li>
2510             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2511             alignment window's Calculate menu
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2515             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2519             calculation workers from groovy scripts
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2523             Jalview projects
2524           </li>
2525           <li>
2526             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2527             associations are now saved/restored from project
2528           </li>
2529           <li>
2530             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2531             before sequence fetcher is opened
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2535             database chooser opens a sequence fetcher
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2539             the UniProt REST API
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2543             the news reader opening
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2547             querying stored in preferences
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2551             search results
2552           </li>
2553           <li>
2554             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2555           </li>
2556           <li>
2557             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2558             menu for nucleotide sequences
2559           </li>
2560           <li>
2561             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2562             and feature counts preserves alignment ordering (and
2563             debugged for complex feature sets).
2564           </li>
2565           <li>
2566             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2567             viewing structures with Jalview 2.10
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2571             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2572             Ensembl Genomes REST API
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2576             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2577             (Ensembl)
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2581             sequences
2582           </li>
2583           <li>
2584             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2585             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2586             data from external database records.
2587           </li>
2588           <li>
2589             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2590             efficient recovery of sequence coding and alignment
2591             annotation relationships.
2592           </li>
2593         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2594         <ul>
2595           <li>
2596             -- JAL---
2597           </li>
2598         </ul> --></td>
2599       <td>
2600         <div align="left">
2601           <em>General</em>
2602           <ul>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2605               menu on OSX
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2609               includes graduated colourschemes
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2613               working with big alignments and lots of hidden columns
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2617               at right of alignment window
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2621               contents
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2625               for DNA alignments
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2629               based tree calculation
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2633               unconserved enabled for group on alignment
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2637               set as reference
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2641               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2642               annotation
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2646               hidden columns present
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2650               user created annotation added to alignment
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2654               '()' base pair annotation
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2658               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2659               Consensus
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2663               feature not working
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2667               beginning of sequence
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2671               entry 3a6s
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2675               from a tree when t-coffee scores are shown
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2679               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2683               some structures
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2687               to Clustal, PIR and PileUp output
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2691               not visible causes alignment window to repaint
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2695               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2696               scores associated with features and annotation rows
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2700               calculation should be case independent
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2704               columns
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2708               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2709               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2713               problems when reference sequence defined and 'show
2714               non-conserved' enabled
2715             </li>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2718               load even when Consensus calculation is disabled
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2722               alignment does nothing
2723             </li>
2724           </ul>
2725           <em>Application</em>
2726           <ul>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2729               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2730               yet fixed for El Capitan)
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2734               output when running on non-gb/us i18n platforms
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2738               hidden sequences as flat-file alignment
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2742               launching Chimera
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2746               (also hotfix for 2.9.0b2)
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2750               reference sequence defined
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2754               alignments and views when revealing hidden columns
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2758               view in a cDNA/Protein splitframe
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2762               sequence from project when only one sequence is
2763               represented
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2767               in Structure Chooser
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2771               structure consensus didn't refresh annotation panel
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2775               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2779               dialogs format columns correctly, don't display array
2780               data, sort columns according to type
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2784               file chooser is cancelled during an image export
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2788               sequence name containing special characters
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2792               case insensitive
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2796               formatting don't wrap
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2800               truncated so L looks like I in consensus annotation
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2804               currently displayed features for the current selection or
2805               view
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2809               after fetching cross-references, and restoring from
2810               project
2811             </li>
2812             <li>
2813               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2814               followed in the structure viewer
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2818               splitframe not restored from project
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2822               trailing end of protein alignment in transcript/product
2823               splitview when pad-gaps not enabled by default
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2827               is case dependent
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2831               article has been read (reopened issue due to
2832               internationalisation problems)
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2836               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2837               cross-references
2838             </li>
2839
2840             <li>
2841               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2842               alignment as HTML
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2846               multiple structures are shown for one or more sequences.
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2850               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2851               is enabled.
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2855               specific PDB id for sequence
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2859               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2860               columns' is disabled.
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2864               selects lowest rather than highest resolution structures
2865               for each sequence
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2869               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2873               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2877               after clicking on it to create new annotation for a
2878               column.
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2882               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2883             </li>
2884             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2885             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2886           </ul>
2887           <em>Applet</em>
2888           <ul>
2889             <li>
2890               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2891               hidden columns present before start of sequence
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2895               (JSON jars)
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2899               sequences are hidden in applet
2900             </li>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2903               deployment on examples pages.
2904             </li>
2905           </ul>
2906         </div>
2907       </td>
2908     </tr>
2909     <tr>
2910       <td width="60" nowrap>
2911         <div align="center">
2912           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2913             <em>16/10/2015</em></strong>
2914         </div>
2915       </td>
2916       <td><em>General</em>
2917         <ul>
2918           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2919             jars</li>
2920         </ul></td>
2921       <td>
2922         <div align="left">
2923           <em>Application</em>
2924           <ul>
2925             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2926               shown when tree is partitioned</li>
2927             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2928               multiple cDNA/Protein split views</li>
2929           </ul>
2930         </div>
2931       </td>
2932     </tr>
2933     <tr>
2934       <td width="60" nowrap>
2935         <div align="center">
2936           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2937             <em>8/10/2015</em></strong>
2938         </div>
2939       </td>
2940       <td><em>General</em>
2941         <ul>
2942           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2943             2.9</li>
2944         </ul> <em>Application</em>
2945         <ul>
2946           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2947           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2948           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2949         </ul> <em>Applet</em>
2950         <ul>
2951           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2952         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2953         <ul>
2954           <li>
2955             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2956             suite
2957           </li>
2958         </ul></td>
2959       <td>
2960         <div align="left">
2961           <em>General</em>
2962           <ul>
2963             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2964               incorrect when sequence start > 1</li>
2965             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2966               documentation</li>
2967             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2968             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2969               loading a features file containing HTML tags in feature
2970               description</li>
2971
2972           </ul>
2973           <em>Application</em>
2974           <ul>
2975             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2976               reimport</li>
2977             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2978               with 'trim retrieved sequences'</li>
2979             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2980               deleting selected columns</li>
2981             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2982               JNLP templates for webstart launch</li>
2983             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2984               unreleased structures for download or viewing</li>
2985             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2986               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2987             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2988               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2989             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2990               recovered from jalview project</li>
2991             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2992               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2993               alignment view</li>
2994             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2995               color schemes from BioJSON</li>
2996           </ul>
2997           <em>Applet</em>
2998           <ul>
2999             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3000               frame</li>
3001             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3002           </ul>
3003         </div>
3004       </td>
3005     </tr>
3006     <tr>
3007       <td><div align="center">
3008           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3009         </div></td>
3010       <td><em>General</em>
3011         <ul>
3012           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3013             alignments:
3014             <ul>
3015               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3016                 and DNA alignment views</li>
3017               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3018                 cDNA alignment views</li>
3019               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3020                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3021               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3022                 protein sequences</li>
3023             </ul>
3024           </li>
3025           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3026           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3027             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3028           <li>New alignment annotation file statements for
3029             reference sequences and marking hidden columns</li>
3030           <li>Reference sequence based alignment shading to
3031             highlight variation</li>
3032           <li>Select or hide columns according to alignment
3033             annotation</li>
3034           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3035           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3036             acid conservation row</li>
3037           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3038         </ul> <em>Application</em>
3039         <ul>
3040           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3041             <ul>
3042               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3043                 view with cDNA/Protein</li>
3044               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3045                 sequences are placed in the same alignment</li>
3046               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3047                 projects</li>
3048             </ul>
3049           </li>
3050
3051           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3052           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3053             Jalview windows</li>
3054
3055           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3056           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3057           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3058             be shown in VARNA</li>
3059
3060           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3061             as the active selected region</li>
3062
3063           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3064             similarity</li>
3065           <li>New Export options
3066             <ul>
3067               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3068                 region export in flat file generation</li>
3069
3070               <li>Export alignment views for display with the <a
3071                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3072
3073               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3074               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3075                 alignment figures to HTML</li>
3076           </li>
3077           <li>3D structure retrieval and display
3078             <ul>
3079               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3080                 Search API</li>
3081               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3082                 PDB structures for a sequence set</li>
3083             </ul>
3084           </li>
3085
3086           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3087             predictions</li>
3088           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3089             for one or a group of sequences</li>
3090           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3091             from the JPred4 web server</li>
3092           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3093             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3094             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3095           </li>
3096           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3097             VARNA 2D Structure'</li>
3098           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3099             Structure ..."</li>
3100
3101         </ul> <em>Applet</em>
3102         <ul>
3103           <li>New layout for applet example pages</li>
3104           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3105             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3106           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3107             Protein alignments</li>
3108         </ul> <em>Development and deployment</em>
3109         <ul>
3110           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3111           <li>Include installation type and git revision in build
3112             properties and console log output</li>
3113           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3114             storing BioJsMSA Templates</li>
3115           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3116         </ul></td>
3117       <td>
3118         <!-- <em>General</em>
3119         <ul>
3120         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3121         <ul>
3122           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3123           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3124           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3125             predictions are not highlighted in amber</li>
3126           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3127             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3128           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3129             associated structure views</li>
3130           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3131             width checkbox not enabled</li>
3132           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3133             creating user defined colours</li>
3134           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3135             mappings for just that viewer's sequences</li>
3136           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3137             multiple models in Chimera</li>
3138           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3139             over Jmol structure</li>
3140           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3141             output to text box</li>
3142           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3143             have incorrect sequence start/end</li>
3144           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3145             Jalview fails</li>
3146           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3147             work for nucleotide</li>
3148           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3149             to a grey/invisible alignment window</li>
3150           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3151             imports to different position</li>
3152           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3153             on some platforms</li>
3154           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3155             populated</li>
3156           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3157             console if Chimera has been opened</li>
3158           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3159           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3160             retrieved</li>
3161           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3162           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3163             either sequence shows on first structure</li>
3164           <li>'Show annotations' options should not make
3165             non-positional annotations visible</li>
3166           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3167             in right place after 'view flanking regions'</li>
3168           <li>File Save As type unset when current file format is
3169             unknown</li>
3170           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3171             projects</li>
3172           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3173             responsive</li>
3174           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3175             several views on same alignment</li>
3176           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3177           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3178             spaces</li>
3179         </ul> <em>Applet</em>
3180         <ul>
3181           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3182           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3183             descriptions containing angle brackets</li>
3184         </ul> <em>General</em>
3185         <ul>
3186           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3187             via jalview annotation file</li>
3188           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3189             with RNA secondary structure</li>
3190           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3191             translation doesn't work.</li>
3192           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3193           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3194             positions</li>
3195           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3196             choosing 1pt font</li>
3197           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3198             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3199             'h'</li>
3200           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3201             new feature</li>
3202           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3203             order dependent</li>
3204           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3205             sequences</li>
3206           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3207         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3208         <ul>
3209           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3210             www.jalview.org</li>
3211         </ul> <em>Application Known issues</em>
3212         <ul>
3213           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3214           <li>Misleading message appears after trying to delete
3215             solid column.</li>
3216           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3217             version launches</li>
3218           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3219             fails with a sequence mismatch</li>
3220           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3221             scrolling alignment to right</li>
3222           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3223             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3224           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3225             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3226           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3227             ultra-high resolution</li>
3228           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3229             quality and conservation</li>
3230           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3231             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3232         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3233         <ul>
3234           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3235           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3236             window is being resized</li>
3237
3238         </ul>
3239       </td>
3240     </tr>
3241     <tr>
3242       <td><div align="center">
3243           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3244         </div></td>
3245       <td><em>General</em>
3246         <ul>
3247           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3248             Certum.PL.</li>
3249           <li>Features and annotation preserved when performing
3250             pairwise alignment</li>
3251           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3252             imported/exported/displayed</li>
3253           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3254             protein secondary structure</li>
3255           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3256               post-hoc with 2.9 release</em>)
3257           </li>
3258
3259         </ul> <em>Application</em>
3260         <ul>
3261           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3262             with 3D structures</li>
3263           <li>Support for parsing RNAML</li>
3264           <li>Annotations menu for layout
3265             <ul>
3266               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3267               <li>place sequence annotation above/below alignment
3268                 annotation</li>
3269             </ul>
3270           <li>Output in Stockholm format</li>
3271           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3272             translation</li>
3273           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3274           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3275             shared between alignments</li>
3276           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3277             Jalview</li>
3278           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3279             all or current selection</li>
3280           <li>disorder and secondary structure predictions
3281             available as dataset annotation</li>
3282           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3283
3284
3285           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3286             alignments from Rfam</li>
3287           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3288
3289           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3290             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3291           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3292           <li>include installation type in build properties and
3293             console log output</li>
3294           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3295             annotation</li>
3296         </ul></td>
3297       <td>
3298         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3299         <ul>
3300           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3301             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3302           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3303             alignment</li>
3304           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3305           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3306           <li>Double click on sequence associated annotation
3307             selects only first column</li>
3308           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3309             leaves shown in tree</li>
3310           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3311             properly</li>
3312           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3313           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3314             screen and buttons not visible</li>
3315           <li>author list isn't updated if already written to
3316             Jalview properties</li>
3317           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3318             from database</li>
3319           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3320           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3321             browser search window</li>
3322           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3323             in feature settings dialog</li>
3324           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3325             desktop</li>
3326           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3327             pass validation</li>
3328           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3329             fit on screen</li>
3330           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3331             tooltip</li>
3332           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3333             defined user preset</li>
3334           <li>MSA web services warns user if they were launched
3335             with invalid input</li>
3336           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3337             Java 8</li>
3338           <li>
3339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3340             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3341             created
3342           </li>
3343
3344         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3345         <ul>
3346         </ul> <em>General</em>
3347         <ul>
3348         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3349         <ul>
3350           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3351             memory allocation</li>
3352           <li>launchApp service doesn't automatically open
3353             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3354           <li>
3355             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3356             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3357             1.7_055 is available
3358           </li>
3359         </ul> <em>Application Known issues</em>
3360         <ul>
3361           <li>
3362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3363             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3364             alignment to right
3365           </li>
3366           <li>
3367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3368             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3369             with large number of ID
3370           </li>
3371           <li>
3372             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3373             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3374             start/end
3375           </li>
3376           <li>
3377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3378             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3379             structure tracks are rearranged
3380           </li>
3381           <li>
3382             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3383             invalid rna structure positional highlighting does not
3384             highlight position of invalid base pairs
3385           </li>
3386           <li>
3387             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3388             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3389             project from alignment window file menu
3390           </li>
3391           <li>
3392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3393             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3394             structures
3395           </li>
3396           <li>
3397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3398             colour by RNA Helices not enabled when user created
3399             annotation added to alignment
3400           </li>
3401           <li>
3402             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3403             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3404           </li>
3405         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3406         <ul>
3407           <li>
3408             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3409             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3410           </li>
3411           <li>
3412             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3413             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3414           </li>
3415
3416           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3417             when selected</li>
3418         </ul>
3419       </td>
3420     </tr>
3421     <tr>
3422       <td><div align="center">
3423           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3424         </div></td>
3425       <td>
3426         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3427         <em>General</em>
3428         <ul>
3429           <li>Internationalisation of user interface (usually
3430             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3431           <li>Define/Undefine group on current selection with
3432             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3433           <li>Improved group creation/removal options in
3434             alignment/sequence Popup menu</li>
3435           <li>Sensible precision for symbol distribution
3436             percentages shown in logo tooltip.</li>
3437           <li>Annotation panel height set according to amount of
3438             annotation when alignment first opened</li>
3439         </ul> <em>Application</em>
3440         <ul>
3441           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3442             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3443           <li>Select columns containing particular features from
3444             Feature Settings dialog</li>
3445           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3446             sequences</li>
3447           <li>Update Jalview project format:
3448             <ul>
3449               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3450               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3451                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3452               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3453                 colouring</li>
3454             </ul>
3455           </li>
3456           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3457             (PAM250)</li>
3458           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3459             flanking regions for an alignment</li>
3460         </ul>
3461       </td>
3462       <td>
3463         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3464         <ul>
3465           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3466             running after job is cancelled</li>
3467           <li>cannot export features from alignments imported from
3468             Jalview/VAMSAS projects</li>
3469           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3470             float values</li>
3471           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3472             have 'display all symbols' flag set</li>
3473           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3474             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3475           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3476             Jalview</li>
3477           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3478             Lion/Webstart</li>
3479           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3480           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3481           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3482             alignment onto desktop</li>
3483           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3484             'extract scores' function</li>
3485           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3486             alignment window</li>
3487           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3488             performing IUPred disorder prediction</li>
3489           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3490             changing 'normalise logo' display setting</li>
3491           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3492             nothing matches query</li>
3493           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3494             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3495           </li>
3496           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3497             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3498           </li>
3499           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3500             Jalview's menu</li>
3501           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3502             'invalid literal/length code'</li>
3503           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3504             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3505           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3506             colourscheme</li>
3507
3508         </ul> <em>Applet</em>
3509         <ul>
3510           <li>Remove group option is shown even when selection is
3511             not a group</li>
3512           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3513             don't affect groups</li>
3514           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3515             colourscheme name</li>
3516           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3517             Annotation panel is not displayed</li>
3518           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3519             embedded windows</li>
3520         </ul> <em>Other</em>
3521         <ul>
3522           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3523             single sequence were not calculated</li>
3524           <li>annotation files that contain only groups imported as
3525             annotation and junk sequences</li>
3526           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3527             recognised as PFAM or BLC</li>
3528           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3529             doesn't affect background (2.8.0b1)
3530           <li></li>
3531           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3532           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3533             trailing gaps</li>
3534           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3535             registered correctly on import</li>
3536           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3537             certain alignments</li>
3538           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3539             existing annotation based 'use original colours'
3540             colourscheme loses original colours setting</li>
3541         </ul>
3542       </td>
3543     </tr>
3544     <tr>
3545       <td><div align="center">
3546           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3547             <em>30/1/2014</em></strong>
3548         </div></td>
3549       <td>
3550         <ul>
3551           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3552             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3553             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3554             open source project).
3555           </li>
3556           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3557           <li>Output in Stockholm format</li>
3558           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3559           <li>Export/import group and sequence associated line
3560             graph thresholds</li>
3561           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3562             ambiguity codes</li>
3563           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3564             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3565             works</li>
3566           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3567         </ul> <em>Other improvements</em>
3568         <ul>
3569           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3570           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3571             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3572           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3573             files</li>
3574           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3575           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3576             link but no description</li>
3577           <li>Select primary source when selecting authority in
3578             database fetcher GUI</li>
3579           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3580             Jalview</li>
3581           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3582         </ul>
3583       </td>
3584       <td>
3585         <ul>
3586           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3587             displayed</li>
3588           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3589             secondary structure annotation line</li>
3590           <li>Sequence database accessions not imported when
3591             fetching alignments from Rfam</li>
3592           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3593             identical IDs</li>
3594           <li>View all structures does not always superpose
3595             structures</li>
3596           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3597             reflect user or preset settings</li>
3598           <li>Null pointer exceptions for some services without
3599             presets or adjustable parameters</li>
3600           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3601             discover PDB xRefs</li>
3602           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3603             features with DAS</li>
3604           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3605             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3606           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3607             residue follows a gap</li>
3608           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3609             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3610           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3611             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3612           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3613             annotation already exists on alignment</li>
3614           <li>oninit javascript function should be called after
3615             initialisation completes</li>
3616           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3617             alignment window display</li>
3618           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3619           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3620             to annotation file</li>
3621           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3622             groups created</li>
3623           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3624             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3625           <li>Pressing return several times causes Number Format
3626             exceptions in keyboard mode</li>
3627           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3628             correct partitions for input data</li>
3629           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3630           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3631           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3632           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3633             mode</li>
3634           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3635             changes one row&#39;s threshold</li>
3636           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3637             doesn&#39;t open</li>
3638           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3639             quality histograms</li>
3640         </ul>
3641       </td>
3642     </tr>
3643     <tr>
3644       <td><div align="center">
3645           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3646         </div></td>
3647       <td><em>Application</em>
3648         <ul>
3649           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3650             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3651           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3652             preferences</li>
3653           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3654             in Jalview alignment window</li>
3655           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3656             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3657           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3658             RNA and ambiguity codes</li>
3659
3660           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3661           <li>Support fetching and database reference look up
3662             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3663             refs')</li>
3664           <li>Jalview project improvements
3665             <ul>
3666               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3667                 flag for annotation</li>
3668               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3669                 alignment</li>
3670               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3671                 Jalview project</li>
3672
3673             </ul>
3674           </li>
3675           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3676           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3677             running</li>
3678           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3679           <li>visual indication that web service results are still
3680             being retrieved from server</li>
3681           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3682             starts up for first time</li>
3683           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3684             services</li>
3685           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3686             client library</li>
3687           <li>Examples directory and Groovy library included in
3688             InstallAnywhere distribution</li>
3689         </ul> <em>Applet</em>
3690         <ul>
3691           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3692             visualization applet example</li>
3693         </ul> <em>General</em>
3694         <ul>
3695           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3696           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3697             defaults</li>
3698           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3699             calculation</li>
3700           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3701             matrices
3702           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3703             in HTML</li>
3704           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3705             structure contacts</li>
3706           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3707           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3708           <li>Parse sequence associated secondary structure
3709             information in Stockholm files</li>
3710           <li>HTML Export database accessions and annotation
3711             information presented in tooltip for sequences</li>
3712           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3713             style RNA alignment files</li>
3714           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3715             alignment</li>
3716           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3717             shade each sequence according to its associated alignment
3718             annotation</li>
3719           <li>New Jalview Logo</li>
3720         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3721         <ul>
3722           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3723           <li>New Website!</li>
3724         </ul></td>
3725       <td><em>Application</em>
3726         <ul>
3727           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3728             wsdbfetch REST service</li>
3729           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3730           <li>Filetype associations not installed for webstart
3731             launch</li>
3732           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3733             job execution in full once it is complete</li>
3734           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3735             uploaded via ali_file parameter</li>
3736           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3737           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3738           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3739             submitted for prediction</li>
3740           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3741             desktop window</li>
3742           <li>Putting fractional value into integer text box in
3743             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3744           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3745             windows 7</li>
3746           <li>View all structures fails with exception shown in
3747             structure view</li>
3748           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3749             escaped in a platform independent way</li>
3750           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3751             using proxy</li>
3752           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3753             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3754           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3755             failure when java web start temporary file caching is
3756             disabled</li>
3757           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3758             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3759           <li>Errors during processing of command line arguments
3760             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3761           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3762             DAS sources in sequence fetcher</li>
3763           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3764             dialog is shown</li>
3765           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3766           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3767           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3768           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3769             on OSX Mountain Lion</li>
3770           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3771             sequences with alignment annotation are pasted into the
3772             alignment</li>
3773           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3774             when loaded from Jalview project</li>
3775           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3776           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3777             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3778           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3779             associated with all views</li>
3780           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3781             annotation rows to new window</li>
3782         </ul> <em>Applet</em>
3783         <ul>
3784           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3785             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3786           <li>loading features via javascript API automatically
3787             enables feature display</li>
3788           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3789             work</li>
3790         </ul> <em>General</em>
3791         <ul>
3792           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3793           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3794             and then deselected</li>
3795           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3796           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3797             coloured with clustalx</li>
3798           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3799             exceptions and redraw errors</li>
3800           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3801             reconfigured view</li>
3802           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3803             colour</li>
3804           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3805             for lots of labels</li>
3806         </ul>
3807     </tr>
3808     <tr>
3809       <td>
3810         <div align="center">
3811           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3812         </div>
3813       </td>
3814       <td><em>Application</em>
3815         <ul>
3816           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3817           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3818           <li>View/alignment association menu to enable user to
3819             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3820             its colours/correspondences from</li>
3821           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3822           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3823             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3824           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3825           <li>Annotation row column label formatting attributes
3826             stored in project file</li>
3827           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3828             rows preserved in Jalview project file</li>
3829           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3830             saved using Desktop window menu</li>
3831           <li>Visual indication that command line arguments are
3832             still being processed</li>
3833           <li>Groovy script execution from URL</li>
3834           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3835             preferences</li>
3836           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3837             alignment with sequences that have high similarity and
3838             matching IDs</li>
3839           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3840           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3841             structures in same window</li>
3842           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3843           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3844             analysis function in its own submenu</li>
3845         </ul> <em>Applet</em>
3846         <ul>
3847           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3848             groups</li>
3849           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3850           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3851           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3852           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3853           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3854             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3855           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3856           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3857             parameters are treated as such</li>
3858           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3859             <ul>
3860               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3861               <li>Javascript callbacks for
3862                 <ul>
3863                   <li>Applet initialisation</li>
3864                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3865                 </ul>
3866               </li>
3867               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3868                 functions</li>
3869               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3870               <li>javascript structure viewer harness to pass
3871                 messages between Jmol and Jalview when running as
3872                 distinct applets</li>
3873               <li>sortBy method</li>
3874               <li>Set of applet and application examples shipped
3875                 with documentation</li>
3876               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3877                 javascript message exchange</li>
3878             </ul>
3879         </ul> <em>General</em>
3880         <ul>
3881           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3882             multiple alignments</li>
3883           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3884           <li>User configurable link to enable redirects to a
3885             www.Jalview.org mirror</li>
3886           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3887           <li>Configurable newline string when writing alignment
3888             and other flat files</li>
3889           <li>Allow alignment annotation description lines to
3890             contain html tags</li>
3891         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3892         <ul>
3893           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3894             examples</li>
3895           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3896             using a web service before displaying the result in the
3897             Jalview desktop</li>
3898           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3899           <li>Ant target to publish example html files with applet
3900             archive</li>
3901           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3902           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3903         </ul></td>
3904       <td><em>Application</em>
3905         <ul>
3906           <li>User defined colourscheme throws exception when
3907             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3908           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3909             dialog for valid filename/format</li>
3910           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3911           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3912             P37173</li>
3913           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3914             which sequence is to be associated with the file</li>
3915           <li>Find All raises null pointer exception when query
3916             only matches sequence IDs</li>
3917           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3918           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3919             2.4 cannot be loaded</li>
3920           <li>Filetype associations not installed for webstart
3921             launch</li>
3922           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3923             with sequences in different alignments do not get coloured
3924             by their associated sequence</li>
3925           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3926             not preserved when project is loaded</li>
3927           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3928             stored in Jalview project</li>
3929           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3930             Jalview project</li>
3931           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3932           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3933             by conservation</li>
3934           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3935             created on new view</li>
3936           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3937             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3938           <li>Alignment quality not updated after alignment
3939             annotation row is hidden then shown</li>
3940           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3941             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3942           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3943             properly</li>
3944           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3945             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3946           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3947           <li>Structures imported from file and saved in project
3948             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3949           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3950             job execution in full once it is complete</li>
3951         </ul> <em>Applet</em>
3952         <ul>
3953           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3954             annotation rows are displayed</li>
3955           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3956             codebase</li>
3957           <li>View follows highlighting does not work for positions
3958             in sequences</li>
3959           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3960           <li>Export features raises exception when no features
3961             exist</li>
3962           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3963             for javascript api is modified when separator string
3964             provided as parameter</li>
3965           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3966             alignment with no existing selection</li>
3967           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3968             to applet&#39;s codebase</li>
3969           <li>Status bar not updated after finished searching and
3970             search wraps around to first result</li>
3971           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3972             several Jalview applets causes race conditions and memory
3973             leaks</li>
3974           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3975             not sent from Jmol in applet</li>
3976           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3977             applet API fatally hang browser</li>
3978         </ul> <em>General</em>
3979         <ul>
3980           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3981             position with wrapped view and hidden regions</li>
3982           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3983             with/without hidden columns</li>
3984           <li>Sequence length given in alignment properties window
3985             is off by 1</li>
3986           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3987             import PDB like structure files</li>
3988           <li>Positional search results are only highlighted
3989             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3990           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3991           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3992             given sequence position</li>
3993           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3994             output</li>
3995           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3996             from nucleotide chains correctly</li>
3997           <li>Structure colours not updated when tree partition
3998             changed in alignment</li>
3999           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4000             parsed in interleaved stockholm</li>
4001           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4002             state</li>
4003           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4004             properly</li>
4005           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4006             properly associated with their pdb files</li>
4007         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4008         <ul>
4009           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4010             ApplyCopyright tool</li>
4011         </ul></td>
4012     </tr>
4013     <tr>
4014       <td>
4015         <div align="center">
4016           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4017         </div>
4018       </td>
4019       <td><em>Application</em>
4020         <ul>
4021           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4022             contact web services</li>
4023           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4024             service job window</li>
4025           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4026         </ul></td>
4027       <td>
4028         <ul>
4029           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4030             pir file emitted by Jalview</li>
4031           <li>Existing feature settings transferred to new
4032             alignment view created from cut'n'paste</li>
4033           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4034             parsing PDB files</li>
4035           <li>Consensus and conservation annotation rows
4036             occasionally become blank for all new windows</li>
4037           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4038             in wrapped view mode</li>
4039         </ul> <em>Application</em>
4040         <ul>
4041           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4042             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4043           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4044             parameter names</li>
4045           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4046             is down</li>
4047         </ul>
4048       </td>
4049     </tr>
4050     <tr>
4051       <td>
4052         <div align="center">
4053           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4054         </div>
4055       </td>
4056       <td><em>Application</em>
4057         <ul>
4058           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4059             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4060             (JABAWS)
4061           </li>
4062           <li>Web Services preference tab</li>
4063           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4064             preferences</li>
4065           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4066           <li>Superpose structures using associated sequence
4067             alignment</li>
4068           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4069             viewer</li>
4070         </ul> <em>Applet</em>
4071         <ul>
4072           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4073             link out mechanism</li>
4074         </ul> <em>Other</em>
4075         <ul>
4076           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4077             series 12</li>
4078           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4079             require Java 1.5</li>
4080           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4081             sequence annotation files</li>
4082           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4083             type colour specification</li>
4084           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4085             script to check if it being run in an interactive session or
4086             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4087         </ul></td>
4088       <td>
4089         <ul>
4090           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4091             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4092         </ul> <em>Application</em>
4093         <ul>
4094           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4095             selected Regions menu item</li>
4096           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4097             part of a valid accession ID</li>
4098           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4099             runs out of memory</li>
4100           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4101             analysis results</li>
4102           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4103             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4104           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4105         </ul> <em>Applet</em>
4106         <ul>
4107           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4108             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4109             defined.</li>
4110         </ul>
4111       </td>
4112     </tr>
4113     <tr>
4114       <td>
4115         <div align="center">
4116           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4117         </div>
4118       </td>
4119       <td></td>
4120       <td>
4121         <ul>
4122           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4123             sequence IDs</li>
4124           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4125             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4126           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4127             import correctly</li>
4128           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4129             number of columns are hidden</li>
4130           <li>annotation label popup menu not providing correct
4131             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4132             present</li>
4133           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4134             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4135           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4136             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4137
4138         </ul> <em>Applet</em>
4139         <ul>
4140           <li>annotation panel disappears when annotation is
4141             hidden/removed</li>
4142         </ul> <em>Application</em>
4143         <ul>
4144           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4145             alignment opened where annotation panel is visible but no
4146             annotations are present on alignment</li>
4147           <li>pasted region containing hidden columns is
4148             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4149           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4150             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4151           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4152             selected Rregions menu item.</li>
4153           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4154             'Un' or 'Non'conserved</li>
4155           <li>Sequence feature settings are being shared by
4156             multiple distinct alignments</li>
4157           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4158             changed</li>
4159           <li>double click on group annotation to select sequences
4160             does not propagate to associated trees</li>
4161           <li>Mac OSX specific issues:
4162             <ul>
4163               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4164                 window background</li>
4165               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4166                 name set correctly</li>
4167               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4168                 save feature colourscheme button</li>
4169             </ul>
4170           </li>
4171         </ul>
4172       </td>
4173     </tr>
4174     <tr>
4175
4176       <td>
4177         <div align="center">
4178           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4179         </div>
4180       </td>
4181       <td><em>New Capabilities</em>
4182         <ul>
4183           <li>URL links generated from description line for
4184             regular-expression based URL links (applet and application)
4185
4186           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4187             menu</li>
4188           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4189             structures</li>
4190           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4191             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4192           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4193             average score or total feature count for each sequence.</li>
4194           <li>Shading features by score or associated description</li>
4195           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4196             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4197           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4198             hide everything but the currently selected region.</li>
4199           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4200         </ul> <em>Application</em>
4201         <ul>
4202           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4203             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4204           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4205             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4206           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4207             database references and protein_name is parsed as
4208             description line (BioSapiens terms).</li>
4209           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4210             references in sequence ID tooltip from View menu in
4211             application.</li>
4212           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4213       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4214           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4215             conservation plots</li>
4216           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4217             and visualized as sequence logos</li>
4218           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4219             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4220           </li>
4221           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4222             when a new tree is opened.</li>
4223           <li>Jalview Java Console</li>
4224           <li>Better placement of desktop window when moving
4225             between different screens.</li>
4226           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4227             consensus annotation</li>
4228           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4229             Workflows</li>
4230           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4231             <ul>
4232               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4233                 used to preserve views, structures, and tree display
4234                 settings)</li>
4235               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4236                 command line</li>
4237               <li>Sharing of selected regions between views and
4238                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4239               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4240             </ul></li>
4241         </ul> <em>Applet</em>
4242         <ul>
4243           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4244           <li>New Parameters
4245             <ul>
4246               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4247                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4248                 opened.</li>
4249               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4250                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4251               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4252                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4253               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4254                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4255                 view</li>
4256               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4257                 increase the height or width of a cell in the alignment
4258                 grid relative to the current font size.</li>
4259             </ul>
4260           </li>
4261           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4262             tooltip</li>
4263         </ul> <em>Other</em>
4264         <ul>
4265           <li>Features format: graduated colour definitions and
4266             specification of feature scores</li>
4267           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4268             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4269             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4270           <li>XML formats extended to support graduated feature
4271             colourschemes, group associated annotation, and profile
4272             visualization settings.</li></td>
4273       <td>
4274         <ul>
4275           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4276             rather than description</li>
4277           <li>Non-positional features are now included in sequence
4278             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4279             visibility in tooltip).</li>
4280           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4281           <li>Added URL embedding instructions to features file
4282             documentation.</li>
4283           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4284             'X' in peptide product</li>
4285           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4286             sequence ID and sequence string and query strings do not
4287             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4288           <li>AMSA files only contain first column of
4289             multi-character column annotation labels</li>
4290           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4291             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4292             exported and re-imported)</li>
4293           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4294             name</li>
4295           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4296             as subsequence matches, and correctly reports total number
4297             of both.</li>
4298           <li>Application:
4299             <ul>
4300               <li>Better handling of exceptions during sequence
4301                 retrieval</li>
4302               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4303                 link text excludes the start_end suffix</li>
4304               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4305                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4306               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4307               <li>Sequence description lines properly shared via
4308                 VAMSAS</li>
4309               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4310                 data sources</li>
4311               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4312                 completes before alignment figures are generated.</li>
4313               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4314                 first time.</li>
4315               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4316                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4317               <li>User defined group colours properly recovered
4318                 from Jalview projects.</li>
4319             </ul>
4320           </li>
4321         </ul>
4322       </td>
4323
4324     </tr>
4325     <tr>
4326       <td>
4327         <div align="center">
4328           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4329         </div>
4330       </td>
4331       <td>
4332         <ul>
4333           <li>Experimental support for google analytics usage
4334             tracking.</li>
4335           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4336         </ul>
4337       </td>
4338       <td>
4339         <ul>
4340           <li>Race condition in applet preventing startup in
4341             jre1.6.0u12+.</li>
4342           <li>Exception when feature created from selection beyond
4343             length of sequence.</li>
4344           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4345           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4346             all sequences with a given id</li>
4347           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4348             ID string searches</li>
4349           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4350             alignment to fail with exception</li>
4351         </ul> <em>Application Issues</em>
4352         <ul>
4353           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4354           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4355             data sources</li>
4356         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4357         <ul>
4358           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4359             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4360           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4361             version (java class versioning error fixed)</li>
4362         </ul>
4363       </td>
4364     </tr>
4365     <tr>
4366       <td>
4367
4368         <div align="center">
4369           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4370         </div>
4371       </td>
4372       <td><em>User Interface</em>
4373         <ul>
4374           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4375             translation and protein products</li>
4376           <li>Linked highlighting of structure associated with
4377             residue mapping to codon position</li>
4378           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4379             and 'clear' button</li>
4380           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4381             Tools menu</li>
4382           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4383             numeric data in description line</li>
4384           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4385           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4386             of sequence</li>
4387         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4388         <ul>
4389           <li>JPred3 web service</li>
4390           <li>Prototype sequence search client (no public services
4391             available yet)</li>
4392           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4393             PFAM</li>
4394           <li>URL Links created for matching database cross
4395             references as well as sequence ID</li>
4396           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4397         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4398         <ul>
4399           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4400             databases</li>
4401           <li>Generalised database reference retrieval and
4402             validation to all fetchable databases</li>
4403           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4404             sequence command</li>
4405         </ul> <em>Import and Export</em>
4406         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4407         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4408           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4409         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4410           File</li>
4411         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4412           triplet as name of colourscheme</li>
4413         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4414         <ul>
4415           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4416           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4417             alignments (experimental)</li>
4418           <li>Create new or select existing session to join</li>
4419           <li>load and save of vamsas documents</li>
4420         </ul> <em>Application command line</em>
4421         <ul>
4422           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4423             from applet)</li>
4424           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4425             of DAS servers to query for alignment features</li>
4426           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4427             that are also automatically queried for features</li>
4428           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4429             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4430         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4431         <ul>
4432           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4433             application (when using &quot;View in full
4434             application&quot;)</li>
4435         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4436         <ul>
4437           <li>feature group display control parameter</li>
4438           <li>debug parameter</li>
4439           <li>showbutton parameter</li>
4440         </ul> <em>Applet API methods</em>
4441         <ul>
4442           <li>newView public method</li>
4443           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4444           <li>Feature display control methods</li>
4445           <li>get list of currently selected sequences</li>
4446         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4447         <ul>
4448           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4449           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4450             Jalview release.</li>
4451           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4452             property controls execution of obfuscator</li>
4453           <li>Build target for generating source distribution</li>
4454           <li>Debug flag for javacc</li>
4455           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4456             jalview.bin.Cache</li>
4457           <li>Continuous Build Integration for stable and
4458             development version of Application, Applet and source
4459             distribution</li>
4460         </ul></td>
4461       <td>
4462         <ul>
4463           <li>selected region output includes visible annotations
4464             (for certain formats)</li>
4465           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4466             for editing</li>
4467           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4468           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4469           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4470           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4471             comments</li>
4472           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4473             filenames containing a ':'</li>
4474           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4475             global sequence features</li>
4476           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4477             references from alignment sequences goes to zero</li>
4478           <li>Close of tree branch colour box without colour
4479             selection causes cascading exceptions</li>
4480           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4481           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4482             file parsing fails.</li>
4483           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4484           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4485             not a valid output format</li>
4486           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4487             vamsas</li>
4488           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4489           <li>error messages passed up and output when data read
4490             fails</li>
4491           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4492             sequence is edited</li>
4493           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4494             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4495           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4496             filetype</li>
4497           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4498             import fixed for PFAM records</li>
4499           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4500             window list</li>
4501           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4502             can be read and written correctly to annotation file</li>
4503           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4504             correctly</li>
4505           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4506             non-italic font for representatives in Applet</li>
4507           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4508             Macs.</li>
4509           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4510             Applet)</li>
4511           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4512             due to null pointer exceptions</li>
4513           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4514             first column of alignment</li>
4515           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4516             July 2008</li>
4517           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4518             file is case-insensitive</li>
4519           <li>Sequence features read from Features file appended to
4520             all sequences with matching IDs</li>
4521           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4522             containing a sub-sequence</li>
4523           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4524           <li>feature and annotation file applet parameters
4525             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4526           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4527           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4528             splash-screen version check to complete</li>
4529           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4530             when passing them to the launchApp service</li>
4531           <li>display name and local features preserved in results
4532             retrieved from web service</li>
4533           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4534             sequence fetcher initialisation</li>
4535           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4536             dasobert DAS client</li>
4537           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4538             association</li>
4539           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4540             sequences
4541           </li>
4542         </ul>
4543       </td>
4544     </tr>
4545     <tr>
4546       <td>
4547         <div align="center">
4548           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4549         </div>
4550       </td>
4551       <td>
4552         <ul>
4553           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4554           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4555           <li>Slide sequences</li>
4556           <li>Edit sequence in place</li>
4557           <li>EMBL CDS features</li>
4558           <li>DAS Feature mapping</li>
4559           <li>Feature ordering</li>
4560           <li>Alignment Properties</li>
4561           <li>Annotation Scores</li>
4562           <li>Sort by scores</li>
4563           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4564         </ul>
4565       </td>
4566       <td>
4567         <ul>
4568           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4569           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4570           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4571           <li>Feature group display state in XML</li>
4572           <li>Feature ordering in XML</li>
4573           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4574           <li>Stockholm alignment properties</li>
4575           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4576           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4577           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4578           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4579         </ul>
4580       </td>
4581
4582     </tr>
4583     <tr>
4584       <td>
4585         <div align="center">
4586           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4587         </div>
4588       </td>
4589       <td>
4590         <ul>
4591           <li>Non standard characters can be read and displayed
4592           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4593             applet via textbox
4594           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4595             name &amp; description
4596           <li>Preference setting to display sequence name in
4597             italics
4598           <li>Annotation file format extended to allow
4599             Sequence_groups to be defined
4600           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4601             specified in preferences
4602           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4603             sequences
4604         </ul>
4605       </td>
4606       <td>
4607         <ul>
4608           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4609             installed
4610           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4611           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4612         </ul>
4613       </td>
4614     </tr>
4615     <tr>
4616       <td>
4617         <div align="center">
4618           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4619         </div>
4620       </td>
4621       <td>
4622         <ul>
4623           <li>Multiple views on alignment
4624           <li>Sequence feature editing
4625           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4626           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4627           <li>Background dependent text colour
4628           <li>Right align sequence ids
4629           <li>User-defined lower case residue colours
4630           <li>Format Menu
4631           <li>Select Menu
4632           <li>Menu item accelerator keys
4633           <li>Control-V pastes to current alignment
4634           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4635           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4636           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4637
4638           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4639         </ul>
4640       </td>
4641       <td>
4642         <ul>
4643           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4644           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4645             calculations
4646           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4647             edits
4648           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4649             of alignment)
4650           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4651
4652           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4653             display correctly
4654           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4655           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4656             analysis results
4657           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4658             &#8739;
4659           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4660           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4661           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4662
4663         </ul>
4664       </td>
4665     </tr>
4666     <tr>
4667       <td>
4668         <div align="center">
4669           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4670         </div>
4671       </td>
4672       <td>
4673         <ul>
4674           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4675         </ul>
4676       </td>
4677       <td>
4678         <ul>
4679           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4680             sequence id panel has been resized</li>
4681           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4682             rendered</li>
4683           <li>Annotation files with sequence references - all
4684             elements in file are relative to sequence position</li>
4685           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4686         </ul>
4687       </td>
4688     </tr>
4689     <tr>
4690       <td>
4691         <div align="center">
4692           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4693         </div>
4694       </td>
4695       <td>
4696         <ul>
4697           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4698           <li>DAS Feature fetching</li>
4699           <li>Hide sequences and columns</li>
4700           <li>Export Annotations and Features</li>
4701           <li>GFF file reading / writing</li>
4702           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4703             files</li>
4704           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4705           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4706           <li>Applet can launch the full application</li>
4707           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4708             required)</li>
4709           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4710           <li>Applet can load sequences from parameter
4711             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4712           </li>
4713         </ul>
4714       </td>
4715       <td>
4716         <ul>
4717           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4718           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4719           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4720         </ul>
4721       </td>
4722     </tr>
4723     <tr>
4724       <td>
4725         <div align="center">
4726           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4727         </div>
4728       </td>
4729       <td>
4730         <ul>
4731           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4732           <li>Choose to match case when searching</li>
4733           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4734             expand the visible width and height of the alignment</li>
4735         </ul>
4736       </td>
4737       <td>
4738         <ul>
4739           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4740         </ul>
4741       </td>
4742     </tr>
4743     <tr>
4744       <td>
4745         <div align="center">
4746           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4747         </div>
4748       </td>
4749       <td>&nbsp;</td>
4750       <td>
4751         <ul>
4752           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4753           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4754             value</li>
4755         </ul>
4756       </td>
4757     </tr>
4758     <tr>
4759       <td>
4760         <div align="center">
4761           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4762         </div>
4763       </td>
4764       <td>
4765         <ul>
4766           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4767           <li>Keyboard editing</li>
4768           <li>Create sequence features from searches</li>
4769           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4770             alignments</li>
4771           <li>Features file allows grouping of features</li>
4772           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4773           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4774           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4775         </ul>
4776       </td>
4777       <td>
4778         <ul>
4779           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4780           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4781             descriptions saved.</li>
4782         </ul>
4783       </td>
4784     </tr>
4785     <tr>
4786       <td>
4787         <div align="center">
4788           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4789         </div>
4790       </td>
4791       <td>
4792         <ul>
4793           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4794           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4795           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4796             name for file output</li>
4797           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4798           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4799             used for HTML form input</li>
4800         </ul>
4801       </td>
4802       <td>
4803         <ul>
4804           <li>HTML output writes groups and features</li>
4805           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4806           <li>File IO bugs</li>
4807         </ul>
4808       </td>
4809     </tr>
4810     <tr>
4811       <td>
4812         <div align="center">
4813           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4814         </div>
4815       </td>
4816       <td>
4817         <ul>
4818           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4819           <li>More options for PCA viewer</li>
4820         </ul>
4821       </td>
4822       <td>
4823         <ul>
4824           <li>GUI bugs resolved</li>
4825           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4826         </ul>
4827       </td>
4828     </tr>
4829     <tr>
4830       <td height="63">
4831         <div align="center">
4832           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4833         </div>
4834       </td>
4835       <td>
4836         <ul>
4837           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4838           <li>Jar files are executable</li>
4839           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4840         </ul>
4841       </td>
4842       <td>
4843         <ul>
4844           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4845           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4846           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4847         </ul>
4848       </td>
4849     </tr>
4850     <tr>
4851       <td>
4852         <div align="center">
4853           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4854         </div>
4855       </td>
4856       <td>
4857         <ul>
4858           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4859         </ul>
4860       </td>
4861       <td>
4862         <ul>
4863           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4864         </ul>
4865       </td>
4866     </tr>
4867     <tr>
4868       <td>
4869         <div align="center">
4870           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4871         </div>
4872       </td>
4873       <td>
4874         <ul>
4875           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4876             size</li>
4877         </ul>
4878       </td>
4879       <td>
4880         <ul>
4881           <li>Improved JPred client reliability</li>
4882           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4883         </ul>
4884       </td>
4885     </tr>
4886     <tr>
4887       <td>
4888         <div align="center">
4889           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4890         </div>
4891       </td>
4892       <td>
4893         <ul>
4894           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4895           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4896           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4897             to Colour Menu</li>
4898           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4899           <li>Unix users can set default web browser</li>
4900           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4901           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4902         </ul>
4903       </td>
4904       <td>
4905         <ul>
4906           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4907         </ul>
4908       </td>
4909     </tr>
4910     <tr>
4911       <td>
4912         <div align="center">
4913           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4914         </div>
4915       </td>
4916       <td>&nbsp;</td>
4917       <td>
4918         <ul>
4919           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4920             alignment order.</li>
4921         </ul>
4922       </td>
4923     </tr>
4924     <tr>
4925       <td>
4926         <div align="center">
4927           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4928         </div>
4929       </td>
4930       <td>
4931         <ul>
4932           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4933           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4934           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4935             annotations.</li>
4936           <li>Version and build date written to build properties
4937             file.</li>
4938           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4939             at launch of Jalview.</li>
4940         </ul>
4941       </td>
4942       <td>
4943         <ul>
4944           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4945           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4946           <li>Can remove groups one by one.</li>
4947           <li>Filechooser icons installed.</li>
4948           <li>Finder ignores return character when searching.
4949             Return key will initiate a search.<br>
4950           </li>
4951         </ul>
4952       </td>
4953     </tr>
4954     <tr>
4955       <td>
4956         <div align="center">
4957           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4958         </div>
4959       </td>
4960       <td>
4961         <ul>
4962           <li>New codebase</li>
4963         </ul>
4964       </td>
4965       <td>&nbsp;</td>
4966     </tr>
4967   </table>
4968   <p>&nbsp;</p>
4969 </body>
4970 </html>