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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>24/02/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL- -->
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
  70           </li>
  71         </ul> <em>JalviewJS</em>
  72         <ul><li><!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with SIFTS</li>
  73         <li></li>
  74         </ul> <em>Development</em>
  75         <ul>
  76           <li>Updated building instructions</li>
  77           <li>First integrated JalviewJS and Jalview release</li>
  78         </ul>
  79
  80       </td>
  81       <td>
  82         <ul>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not propagated between Linked CDS - Protein alignments and their trees (known defect from 2.11.1.3)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
  88             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
  92             Structure Preferences
  93           </li>
  94           <li><!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)</li>
  95           <li><!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end</li>
  96           <li><!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a modified graduated colour</li>
  97         </ul> <em>Development</em>
  98         <ul>
  99           <li>Gradle<ul><li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 100           <li><!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with Gradle v.6.6+</li></ul></li>
 101
 102         </ul>
 103       </td>
 104     </tr>
 105     <tr>
 106       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 107           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 108           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 109       <td></td>
 110       <td align="left" valign="top">
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 114             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 115             Unix/BSD OSs)
 116           </li>
 117         </ul> <em>Security</em>
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 121             certificates.
 122           </li>
 123         </ul>
 124     </tr>
 125     <tr>
 126       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 127           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 128           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 129
 130       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 131         <ul>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 134             </li>
 135         </ul></td>
 136       <td>
 137       </td>
 138     </tr>
 139     <tr>
 140       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 141           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 142           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 143
 144       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 145         <ul>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 148             (was log4j 1.2.x).
 149         </ul> <em>Development</em>
 150         <ul>
 151           <li>Updated building instructions</li>
 152         </ul></td>
 153       <td>
 154         <ul>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 157             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 158             and display)
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 162             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 163             only)
 164           </li>
 165         </ul> <em>Development</em>
 166         <ul>
 167           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 168         </ul>
 169       </td>
 170     </tr>
 171     <tr>
 172       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 173           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 174           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 175       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 176           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 177         <ul>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 180             launch of the news browser (like -nonews argument)
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 184             download of linkout URLs from
 185             www.jalview.org/services/identifiers
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 189             download of BIOJSHTML templates
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 193             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 194             disabled
 195           </li>
 196         </ul></td>
 197       <td align="left" valign="top">
 198         <ul>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 201             Jmol
 202           </li>
 203         </ul> <em>New Known defects</em>
 204         <ul>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 207             always restored from project (since 2.10.3)
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 211             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 212           </li>
 213         </ul>
 214       </td>
 215     </tr>
 216     <tr>
 217       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 218           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 219           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 220       <td align="left" valign="top">
 221         <ul>
 222
 223         </ul>
 224       </td>
 225       <td align="left" valign="top">
 226         <ul>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 229             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 233             sequences can be classed as nucleotide
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 237             sequences after alignment of protein products (known defect
 238             first reported for 2.11.1.0)
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 242             features outwith CDS shown overlaid on protein
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 246             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 247             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 251             CDS features
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 255             always select corresponding protein sequences
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 259             column selection doesn't always ignore hidden columns
 260           </li>
 261         </ul> <em>Installer</em>
 262         <ul>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 265             Windows prevents install4j launching getdown
 266           </li>
 267         </ul> <em>Development</em>
 268         <ul>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 271             version numbers in doc/building.md
 272           </li>
 273         </ul>
 274       </td>
 275     </tr>
 276     <tr>
 277       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 278           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 279           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 280       <td align="left" valign="top">
 281         <ul>
 282         </ul>
 283       </td>
 284       <td align="left" valign="top">
 285         <ul>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 288             "Encountered problems opening
 289             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 290           </li>
 291         </ul>
 292       </td>
 293     </tr>
 294     <tr>
 295       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 296           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 297           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 298       <td align="left" valign="top">
 299         <ul>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 302             residue in cursor mode
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 306             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 310             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 311             improved compatibility with JalviewJS
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 315             alignments from Pfam and Rfam
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 319             import (no longer based on .gz extension)
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 326             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 327             EMBL flat file
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 331             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 332             saving or making backup files.
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 336             <ul>
 337               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 338               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 339             </ul>
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 343             when running on Linux (Requires Java 11+)
 344           </li>
 345         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 346         <ul>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 349             through a system property
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 353             line help for configuring Jalview's memory
 354           </li>
 355         </ul>
 356       </td>
 357       <td align="left" valign="top">
 358         <ul>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 361             but not calculated and no protein or DNA score models are
 362             available for tree/PCA calculation when launched with
 363             Turkish language locale
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 367             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 371             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 375             sequence under the cursor
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 379             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 383             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 384             '%s'" on the console
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 388             when there are both local and complementary features mapped
 389             to the position under the cursor
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 393             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 397             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 401             internationalised text for some messages and log output
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 405             hidden gapped columns
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 409             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 413             specifying output format when exporting an alignment via the
 414             command line
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 418             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 419             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 420             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 421             file again, and if that fails, delete the original file and
 422             save in place.)
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 426             via command line
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 430             program and documentation
 431           </li>
 432         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 433         <ul>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 436             first time for a version that has different jars to the
 437             previous launched version.
 438           </li>
 439         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 440         <ul>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 443             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 444             OutOfMemory error.
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 448             monitor the release channel
 449           </li>
 450         </ul> <em>New Known defects</em>
 451         <ul>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 454             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 455             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 456             genome of RNA viruses)
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 460             are ordered differently when shown on alignment and in
 461             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 465             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 466             works for the top left quadrant of the alignment window
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 470             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 474             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 478             protein products for certain ENA records are repeatedly
 479             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 480           </li>
 481         </ul>
 482       </td>
 483     </tr>
 484     <tr>
 485       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 486           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 487           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 488       <td align="left" valign="top">
 489         <ul>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 492             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 493             for display in alignments, on structure views (including
 494             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 495             export.
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 499             exported and re-imported as GFF3 files
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 503             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 507             validation while parsing
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 511             position if reopened
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 515             of associated view
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 519             enabled by default
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 523             tooltips and menus
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 527             with no feature types visible
 528           </li>
 529           <li>
 530           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 531           </li>
 532         </ul><em>Jalview Installer</em>
 533             <ul>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 536             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 543           </li>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 546               <li>
 547                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 548         </ul> <em>Release processes</em>
 549         <ul>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 555           </li>
 556         </ul> <em>Build System</em>
 557         <ul>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 563             report
 564           </li>
 565         </ul>
 566         <em>Groovy Scripts</em>
 567             <ul>
 568           <li>
 569             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 570             to stdout containing the consensus sequence for each
 571             alignment in a Jalview session
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 575             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 576             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 577           </li>
 578         </ul>
 579       </td>
 580       <td align="left" valign="top">
 581         <ul>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 584             'Show hidden markers' option is not ticked
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 588             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 589             jalview preferences or properties file
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 593             'Show Sequence Features' option is not ticked
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 597             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 598             features are visible
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 602             equal when split frame is first opened
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 606             correct after editing a sequence's start position
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 610             with annotation and exceptions thrown when only a few
 611             columns shown in wrapped mode
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 615             wrapped alignment figure with annotations
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 619             ID fails with ClassCastException
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 623             Project
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 627             feature settings dialog also selects columns
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 631             IllegalArgumentException in some circumstances
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 635             opened for a view
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 639             alignment window is closed
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 643             help documentation for 2.11.0 release
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 647             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 648             Uniprot Accession
 649           </li>
 650         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 651         <ul>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 654             PDB/Uniprot search panel
 655           </li>
 656         </ul> <em>Installer</em>
 657         <ul>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 660             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 661           </li>
 662         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 663         <ul>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 666             repository
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 670             memory
 671           </li>
 672         </ul> <em>New Known Issues</em>
 673         <ul>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 676             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 677             command line
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 681             clipped in headless figure export when Right Align option
 682             enabled
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 686             'Source' in console output
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 690             bamboo server but run fine locally.
 691           </li>
 692         </ul>
 693       </td>
 694     </tr>
 695     <tr>
 696       <td width="60" align="center" nowrap>
 697           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 698             <em>04/07/2019</em></strong>
 699       </td>
 700       <td align="left" valign="top">
 701         <ul>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 704             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 705             source project) rather than InstallAnywhere
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 709             settings, receive over the air updates and launch specific
 710             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 711               Rings' GetDown</a>)
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 715             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 719             arguments and switch between different getdown channels
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 723             or alignment files
 724           </li>
 725
 726           <li>
 727             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 728             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 731             'Translate as cDNA'</li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 734           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 735             <ul>
 736                       <li>
 737             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 738             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 739           <li>
 740                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 741                 features can be filtered and shaded according to any
 742                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 743                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 744                 file)
 745               </li>
 746               <li>
 747                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 748                 stored and restored from Jalview Projects
 749               </li>
 750               <li>
 751                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 752                 recognise variant features
 753               </li>
 754               <li>
 755                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 756                 sequences (also coloured red by default)
 757               </li>
 758               <li>
 759                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 760                 details
 761               </li>
 762               <li>
 763                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 764                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 765               </li>
 766               <li>
 767                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 768                 dialog
 769               </li>
 770             </ul>
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 774             tree and PCA calculations
 775           </li>
 776           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 777             <ul>
 778               <li>
 779                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 780                 and Viewer state saved in Jalview Project
 781               </li>
 782               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 783                 drop-down menus</li>
 784               <li>
 785                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 786                 incrementally
 787               </li>
 788               <li>
 789                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 790               </li>
 791             </ul>
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 795           </li>
 796           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 797           <ul>
 798               <li>
 799                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 800                 multiple groups when working with large alignments
 801               </li>
 802               <li>
 803                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 804                 Stockholm files
 805               </li>
 806             </ul>
 807           <li><strong>User Interface</strong>
 808           <ul>
 809               <li>
 810                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 811                 view
 812               </li>
 813               <li>
 814                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 815                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 816                 default (can be changed in user preferences)
 817               </li>
 818               <li>
 819                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 820                 to the Overwrite Dialog
 821               </li>
 822               <li>
 823                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 824                 sequences are hidden
 825               </li>
 826               <li>
 827                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 828                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 829               </li>
 830               <li>
 831                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 832                 labels
 833               </li>
 834               <li>
 835                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 836                 when in wrapped mode
 837               </li>
 838               <li>
 839                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 840                 annotation
 841               </li>
 842               <li>
 843                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 844               </li>
 845               <li>
 846                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 847                 panel
 848               </li>
 849               <li>
 850                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 851                 popup menu
 852               </li>
 853               <li>
 854               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 855               <li>
 856               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 857
 858
 859             </ul></li>
 860             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 861           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 862             <ul>
 863               <li>
 864                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 865                 trapping CMD-Q
 866               </li>
 867             </ul></li>
 868         </ul>
 869         <em>Deprecations</em>
 870         <ul>
 871           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 872             capabilities removed from the Jalview Desktop
 873           </li>
 874           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 875             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 876             and XML based data retrieval clients</li>
 877           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 878           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 879         </ul> <em>Documentation</em>
 880         <ul>
 881           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 882             not supported in EPS figure export
 883           </li>
 884           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 885         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 886         <ul>
 887           <li>
 888           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 889           </li>
 890       <li>
 891       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 892           <li>
 893           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 894             gradle-eclipse
 895           </li>
 896           <li>
 897           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 898             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 899             execution
 900           </li>
 901           <li>
 902           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 903             operations
 904           </li>
 905           <li>
 906           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 907             issues resolved
 908           </li>
 909           <li>
 910           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 911             markdown (with HTML rendering)
 912           </li>
 913           <li>
 914           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 915           </li>
 916           <li>
 917           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 918             versions of Jalview
 919           </li>
 920         </ul>
 921       </td>
 922       <td align="left" valign="top">
 923         <ul>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 929             superposition in Jmol fail on Windows
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 933             structures for sequences with lots of PDB structures
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 937             monospaced font
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 941             project involving multiple views
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 945             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 946             Annotation dialog hides columns
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 950             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 951             one view, then making another selection in the other view
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 955             columns
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 959             Settings and Jalview Preferences panels
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 963             overview with large alignments
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 967             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 968             mouse moved to the left of the first column
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 972             hidden column marker via scale popup menu
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 976             doesn't tell users the invalid URL
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 980             score from view
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 984             show cross references or Fetch Database References are shown in
 985             red in original view
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 989             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 993             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 997             when columns are hidden
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1001             Columns by Annotation description
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
1005             out of Scale or Annotation Panel
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
1009             scale panel
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1013             alignment down
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1017             scale panel
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1021             Page Up in wrapped mode
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1031             on opening an alignment
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1035             Colour menu
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1039             different groups in the alignment are selected
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1043             correctly in menu
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1047             threshold limit
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1051             threshold gets 'unrounded'
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1055             colour
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1065             Tree font
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1069             project file
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1073             shown in complementary view
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1077             without normalisation
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1081             of report
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1085           </li>
1086           <li>
1087           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1088           </li>
1089         </ul> <em>Editing</em>
1090         <ul>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1093             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1094             sequence
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1098             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1099             removed (Known defect since 2.10)
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1103             dialog corrupts dataset sequence
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1107             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1108           </li>
1109         </ul> <em>Datamodel</em>
1110         <ul>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1113             sequence's End is greater than its length
1114           </li>
1115         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1116           general release)</em>
1117         <ul>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1120           </li>
1121         </ul> <em>New Known Defects</em>
1122         <ul>
1123         <li>
1124         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1125         </li>
1126         <li>
1127           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1128           regions of protein alignment.
1129         </li>
1130         <li>
1131           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1132           is restored from a Jalview 2.11 project
1133         </li>
1134         <li>
1135           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1136           'New View'
1137         </li>
1138         <li>
1139           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1140           columns within hidden columns
1141         </li>
1142         <li>
1143           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1144           window after dragging left to select columns to left of visible
1145           region
1146         </li>
1147         <li>
1148           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1149           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1150           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1151           create a Score filter instead.
1152         </li>
1153         <li>
1154         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1155         <li>
1156         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1157         </li>
1158         <li>
1159           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1160           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1161         </li>
1162         </ul>
1163         <em>Java 11 Specific defects</em>
1164           <ul>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1167               alphabetically when saved
1168             </li>
1169         </ul>
1170       </td>
1171     </tr>
1172     <tr>
1173     <td width="60" nowrap>
1174       <div align="center">
1175         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1176       </div>
1177     </td>
1178     <td><div align="left">
1179         <em></em>
1180         <ul>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1183               InstallAnywhere increased to 1G.
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1187               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1188               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1189                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1190                 properties file.</em>
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1194               API and sequence data now imported as JSON.
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1198               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1199               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1200               property.
1201             </li>
1202           </ul>
1203           <em>Development</em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1207               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1208                 Clover</a>
1209             </li>
1210           </ul>
1211         </div></td>
1212     <td><div align="left">
1213         <em></em>
1214         <ul>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1217               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1218               alignment.
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1222               annotation displayed.
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1226               for newly created group when 'Apply to all groups'
1227               selected
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1231               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1232               visible.
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1236               when sequences are selected in exported view.</em>
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1240               aren't rendered with correct colour.
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1244               types of knotted RNA secondary structure.
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1248               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1249               do not start at 1.
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1253               annotation when columns are inserted into an alignment,
1254               and when exporting as Stockholm flatfile.
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1258               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1259               treated as RNA secondary structure.
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1263               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1267               transfers focus to previous window on OSX
1268             </li>
1269           </ul>
1270           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1271           <ul>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1274               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1275               box.
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1279               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1280               'look and feel' which has improved compatibility with the
1281               latest version of OSX.
1282             </li>
1283           </ul>
1284         </div>
1285     </td>
1286     </tr>
1287     <tr>
1288       <td width="60" nowrap>
1289         <div align="center">
1290           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1291             <em>7/06/2018</em></strong>
1292         </div>
1293       </td>
1294       <td><div align="left">
1295           <em></em>
1296           <ul>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1299               annotation retrieved from Uniprot
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1303               onto the Jalview Desktop
1304             </li>
1305           </ul>
1306         </div></td>
1307       <td><div align="left">
1308           <em></em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1312               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1316               right-hand column parsed correctly
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1320               not alignment area in exported graphic
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1324               window has input focus
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1328               annotation added to view (Windows)
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1332               network connectivity is poor
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1336               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1337                 the currently open URL and links from a page viewed in
1338                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1339                 you are using Edge, only links in the page can be
1340                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1341                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1342             </li>
1343           </ul>
1344           <em>New Known Defects</em>
1345           <ul>
1346             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1347           </ul>
1348         </div></td>
1349     </tr>
1350     <tr>
1351       <td width="60" nowrap>
1352         <div align="center">
1353           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1354         </div>
1355       </td>
1356       <td><div align="left">
1357           <em></em>
1358           <ul>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1361               for disabling automatic superposition of multiple
1362               structures and open structures in existing views
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1366               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1367               adjust them.
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1371               Ensembl services
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1375               and lots of hidden columns
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1379               of features (particularly when transparency is disabled)
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1383               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1384               generally available
1385             </li>
1386           </ul>
1387           </div>
1388       </td>
1389       <td><div align="left">
1390           <ul>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1393               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1397               overlapping alignment panel
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1401               sequence as gaps
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1405               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1406               UTR
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1410               factor annotation not added to sequence when local PDB
1411               file associated with it by drag'n'drop or structure
1412               chooser
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1416               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1420               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1424               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1428               columns in annotation row
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1432               honored in batch mode
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1436               for structures added to existing Jmol view
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1440               entries after importing project with multiple views
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1444               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1445               with negative residue numbers or missing residues fails
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1449               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1450               as generated by CONSURF)
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1454               tooltip doesn't include a text description of mutation
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1458               structure and/or overview windows are also shown
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1462               very slow for alignments with large numbers of sequences
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1466               with 'StringIndexOutOfBounds'
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1470               platforms running Java 10
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1474               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1475             </li>
1476           </ul>
1477           <em>Applet</em>
1478           <ul>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1481               should copy the group consensus when popup is opened on it
1482             </li>
1483           </ul>
1484           <em>Batch Mode</em>
1485           <ul>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1488           </li>
1489           </ul>
1490           <em>New Known Defects</em>
1491           <ul>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1494               editing a large alignment and overview is displayed
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1498               repeatedly after a series of edits even when the overview
1499               is no longer reflecting updates
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1503               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1504               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1505               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1509               option gives blank output
1510             </li>
1511           </ul>
1512         </div>
1513           </td>
1514     </tr>
1515     <tr>
1516       <td width="60" nowrap>
1517         <div align="center">
1518           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1519         </div>
1520       </td>
1521       <td><div align="left">
1522           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1523               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1524       <td><div align="left">
1525           <em>Desktop</em><ul>
1526           <ul>
1527             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1528             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1529             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1530             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1531             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1532             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1533             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1534           </ul>
1535           </div>
1536       </td>
1537     </tr>
1538     <tr>
1539       <td width="60" nowrap>
1540         <div align="center">
1541           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1542         </div>
1543       </td>
1544       <td><div align="left">
1545           <em></em>
1546           <ul>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1549               rendering of sequence features
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1553               429 rate limit request hander
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1557               their colours have changed
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1561               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1565               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1569               view from Ensembl locus cross-references
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1573               Alignment report
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1577               feature can be disabled
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1581               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1585               Uniprot
1586             </li>
1587           </ul>
1588           <em>Scripting</em>
1589           <ul>
1590             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1591             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1592               percent identity scores for current alignment.</li>
1593           </ul>
1594           <em>Testing and Deployment</em>
1595           <ul>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1598             </li>
1599           </ul>
1600         </div></td>
1601       <td><div align="left">
1602           <em>General</em>
1603           <ul>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1606               threshold text field doesn't trigger an update to the
1607               alignment view
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1611               strings in parallel
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1615               alignment window is closed
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1619               group visibility
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1623               takes a long time in Cursor mode
1624             </li>
1625           </ul>
1626           <em>Desktop</em>
1627           <ul>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1630               cannot be viewed in Chimera
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1634               CDS/Protein view
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1638               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1639               Search Dialogs
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1649               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1653               scrolling right in unwapped alignment view
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1657               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1658               database
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1662               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1666               features of same type and group to be selected for
1667               amending
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1671               alignments when hidden columns are present
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1675               displaying several structures
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1679               moving a window
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1683               within the Jalview desktop on OSX
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1687               when in wrapped alignment mode
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1691               hand end of alignment
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1695               each selected sequence do not have correct start/end
1696               positions
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1700               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1704               restoring project until a new view is created
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1708               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1709               configured (since 2.10.2b2)
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1713               position is adjusted
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1717               in a multi-chain structure when viewing alignment
1718               involving more than one chain (since 2.10)
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1722               if new selection moves alignment window
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1726               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1730               that produces correctly annotated transcripts and products
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1734               doesn't update associated structure view
1735             </li>
1736           </ul>
1737           <em>Applet</em><br />
1738           <ul>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1741               closing alignment panel
1742             </li>
1743           </ul>
1744           <em>BioJSON</em><br />
1745           <ul>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1748               non-positional features
1749             </li>
1750           </ul>
1751           <em>New Known Issues</em>
1752           <ul>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1755               sequence features correctly (for many previous versions of
1756               Jalview)
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1760               using cursor in wrapped panel other than top
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1764               graduated colour threshold
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1768               always preserve numbering and sequence features
1769             </li>
1770           </ul>
1771           <em>Known Java 9 Issues</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1775               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1776               9.01, OSX 10.10)
1777             </li>
1778           </ul>
1779         </div></td>
1780     </tr>
1781     <tr>
1782       <td width="60" nowrap>
1783         <div align="center">
1784           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1785             <em>2/10/2017</em></strong>
1786         </div>
1787       </td>
1788       <td><div align="left">
1789           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1790           <ul>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1793             </li>
1794             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1795             </li>
1796           </ul>
1797         </div></td>
1798       <td><div align="left">
1799         </div></td>
1800     </tr>
1801     <tr>
1802       <td width="60" nowrap>
1803         <div align="center">
1804           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1805             <em>7/9/2017</em></strong>
1806         </div>
1807       </td>
1808       <td><div align="left">
1809           <em></em>
1810           <ul>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1813               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1814               white)
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1818               Preferences
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1822               in size and progress bar shown as higher resolution
1823               overview is recalculated
1824             </li>
1825
1826           </ul>
1827         </div></td>
1828       <td><div align="left">
1829           <em></em>
1830           <ul>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1833               column region row by row
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1837               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1841               format setting is unticked
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1845               if group has show boxes format setting unticked
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1849               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1850               include sequences and columns not currently displayed
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1854               assemblies are imported via CIF file
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1858               displayed when threshold or conservation colouring is also
1859               enabled.
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1863               server version
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1867               dragging a selected region off the visible region of the
1868               alignment
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1872               colourscheme to all groups in a view
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1876               initially after font size change using the Font chooser or
1877               middle-mouse zoom
1878             </li>
1879           </ul>
1880         </div></td>
1881     </tr>
1882     <tr>
1883       <td width="60" nowrap>
1884         <div align="center">
1885           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1886         </div>
1887       </td>
1888       <td><div align="left">
1889           <em>Calculations</em>
1890           <ul>
1891
1892             <li>
1893               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1894               ungapped positions in each column of the alignment.
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1898               a calculation dialog box
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1902               and memory efficiency (~30x faster)
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1906               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1907               and other calculations
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1911               files within the Jalview codebase
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1915               Similarity may have different topology due to increased
1916               precision
1917             </li>
1918           </ul>
1919           <em>Rendering</em>
1920           <ul>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1923               model for alignments and groups
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1927               scripts
1928             </li>
1929           </ul>
1930           <em>Overview</em>
1931           <ul>
1932             <li>
1933               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1934               with alignment and overview windows
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1938               overview
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1942               omitted in Overview
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1946               adjustment of visible position
1947             </li>
1948           </ul>
1949
1950           <em>Data import/export</em>
1951           <ul>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1954               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1958               annotation input/output via stockholm flatfile
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1962               extension when importing structure files without embedded
1963               names or PDB accessions
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1967               format sequence substitution matrices
1968             </li>
1969           </ul>
1970           <em>User Interface</em>
1971           <ul>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1974               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1975               the application.
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1979               via Overview or sequence motif search operations
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1983               opened by double clicking gaps within sequence feature
1984               extent
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1988               aligned positions were available to create a 3D structure
1989               superposition.
1990             </li>
1991           </ul>
1992           <em>3D Structure</em>
1993           <ul>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1996               coloured in linked structure views
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2000               file-based command exchange
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2004               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2005               structures are already available for sequences
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2009               the Jalview project rather than downloaded again when the
2010               project is reopened.
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2014               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2015               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2016                 Feature</strong>)
2017             </li>
2018           </ul>
2019           <em>Web Services</em>
2020           <ul>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2026               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2027               Analysis services
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2031               cross-references provided by identifiers.org and the
2032               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2033             </li>
2034           </ul>
2035
2036           <em>Scripting</em>
2037           <ul>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2040               identifying file formats (instead of String constants)
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2044               efficiency when counting all displayed features (not
2045               backwards compatible with 2.10.1)
2046             </li>
2047           </ul>
2048           <em>Example files</em>
2049           <ul>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2052               included in the example feature file
2053             </li>
2054           </ul>
2055           <em>Documentation</em>
2056           <ul>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2059               with the built-in Java help viewer
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2063               sequence description' option
2064             </li>
2065           </ul>
2066           <em>Test Suite</em>
2067           <ul>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2070               Uniprot REST Free Text Search Client
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2077               during tests
2078             </li>
2079           </ul>
2080         </div></td>
2081       <td><div align="left">
2082           <em>Calculations</em>
2083           <ul>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2086               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2087               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2088             </li>
2089             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2090               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2091               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2092               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2093               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2094               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2095               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2096               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2097               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2098               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2099               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2100               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2101               // for 2.10.1 mode <br />
2102               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2103               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2104                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2105                 calculations (not recommended)</em></li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2108               scaling of branch lengths for trees computed using
2109               Sequence Feature Similarity.
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2113               generating output report when working with highly
2114               redundant alignments
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2118               right of selected region when gaps present on right-hand
2119               boundary
2120             </li>
2121           </ul>
2122           <em>User Interface</em>
2123           <ul>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2126               doesn't reselect a specific sequence's associated
2127               annotation after it was used for colouring a view
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2131               opened on a region of alignment without groups
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2135               of an alignment with overlapping groups
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2139               name and description match
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2143               hidden regions results in incorrect hidden regions
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2147               changing colour does not apply Conservation slider value
2148               to all groups
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2152               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2156               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2160               gaps before start of features
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2164               restored to UI when feature colour is edited
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2168               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2172               as graduate feature colour settings are modified via the
2173               dialog box
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2177               when a group defined on the alignment is resized
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2181               wrapped view result in positional status updates
2182             </li>
2183
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2186               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2190               alignment included gapped columns
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2194               widgets don't permanently disappear
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2198               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2199               T-Coffee column reliability scores)
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2203               sequence feature on gaps only
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2207               button from a Find inherit previously defined feature type
2208               rather than the Find query string
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2212               exporting tree calculated in Jalview
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2216               and then revealing them reorders sequences on the
2217               alignment
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2221               doesn't update to reflect available set of groups after
2222               interactively adding or modifying features
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2226               Linux
2227             </li>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2230               only excluded gaps in current sequence and ignored
2231               selection.
2232             </li>
2233           </ul>
2234           <em>Rendering</em>
2235           <ul>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2238               erratically when hidden rows or columns are present
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2242               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2243               sequence colouring
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2247               colour and group colour menu for protein alignments
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2251               reflect currently selected view or group's shading
2252               thresholds
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2256               when rendered on overview and structures when opacity at
2257               100%
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2261               overview when features overlaid on alignment
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2265               recovered correctly from Jalview project file
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2269               (automatically via preferences) are different to the main
2270               alignment panel
2271             </li>
2272           </ul>
2273           <em>Data import/export</em>
2274           <ul>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2277               load
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2281               added after a sequence was imported are not written to
2282               Stockholm File
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2286               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2290               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2294               with lightGray or darkGray via features file (but can
2295               specify lightgray)
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2299               when alignment view imported from project
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2303               structure and sequences extracted from structure files
2304               imported via URL and viewed in Jmol
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2308               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2309               the project is loaded and the structure viewed
2310             </li>
2311           </ul>
2312           <em>Web Services</em>
2313           <ul>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2316               release of Ensembl v.88
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2320               appear enabled in Preferences->Connections
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2324               removed from console output
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2328               Ensembl by Peptide ID
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2332               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2333               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2334               due to 'null' string rather than empty string used for
2335               residues with no corresponding PDB mapping).
2336             </li>
2337           </ul>
2338           <em>Application UI</em>
2339           <ul>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2342               menu
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2346               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2347               new documentation and tooltips added)
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2351               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2355               new features are added to alignment
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2359               changes to feature colours via the Amend features dialog
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2363               edit graduated feature colour via amend features dialog
2364               box
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2368               selection menu changes colours of alignment views
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2372               from alignment calculation workers after alignment has
2373               been closed
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2377               groups now 'Create Group'
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2381               Create/Undefine group doesn't always work
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2385               shown again after pressing 'Cancel'
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2389               adjusts start position in wrap mode
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2393               ambiguous amino acids
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2397               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2398               proteins
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2402               Defined' don't appear in Colours menu
2403             </li>
2404           </ul>
2405           <em>Applet</em>
2406           <ul>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2409               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2413               overview or linked structure view
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2417               work (since 2.8)
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2421               user-defined colourscheme doesn't restore original
2422               colourscheme
2423             </li>
2424           </ul>
2425           <em>Test Suite</em>
2426           <ul>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2429               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2433               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2434               problems with deep array comparison equality asserts in
2435               successive versions of TestNG
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2439               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2440             </li>
2441           </ul>
2442           <em>New Known Issues</em>
2443           <ul>
2444             <li>
2445               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2446               phase after a sequence motif find operation
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2450               containing just upper and lower case letters are
2451               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2455               reliably from eggnog Ortholog database
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2459               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2460               to mark columns containing highlighted regions.
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2464               doesn't always add secondary structure annotation.
2465             </li>
2466           </ul>
2467         </div>
2468     <tr>
2469       <td width="60" nowrap>
2470         <div align="center">
2471           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2472         </div>
2473       </td>
2474       <td><div align="left">
2475           <em>General</em>
2476           <ul>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2479               for all consensus calculations
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2483               3rd Oct 2016)
2484             </li>
2485             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2486               for 2016-2017</li>
2487           </ul>
2488           <em>Application</em>
2489           <ul>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2492               set of database cross-references, sorted alphabetically
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2496               from database cross references. Users with custom links
2497               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2498                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2502               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2503               Chimera session
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2507               the Chimera it is connected to is shut down
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2511               columns menu item to mark columns containing highlighted
2512               regions (e.g. from structure selections or results of a
2513               Find operation)
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2517               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2518               MSAviewer
2519             </li>
2520           </ul>
2521         </div></td>
2522       <td>
2523         <div align="left">
2524           <em>General</em>
2525           <ul>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2528               are not coloured or thresholded according to percent
2529               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2533               hydrophobic
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2537               threshold, amino acid properties)
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2541               reported as mapped to residues in a structure file in the
2542               View Mapping report
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2546               could be added multiple times to a sequence
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2550               bond features shown as two highlighted residues rather
2551               than a range in linked structure views, and treated
2552               correctly when selecting and computing trees from features
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2556               cross-references are matched to database name regardless
2557               of case
2558             </li>
2559
2560           </ul>
2561           <em>Application</em>
2562           <ul>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2565               names without regular expressions also offer links from
2566               Sequence ID
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2570               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2571               update Jalview configuration
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2575               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2579               files with similarly named sequences if dropped onto the
2580               alignment
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2584               entries where more chains exist in the PDB accession than
2585               are reported in the SIFTS file
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2589               the structure view when displayed with Chimera
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2593               panel's View->Show Chains submenu
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2597               work for wrapped alignment views
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2601               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2605               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2606               first annotation row
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2610               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2614               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2615             </li>
2616             <!-- JAL-2319 -->
2617             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2618             coordindate data
2619             </li>
2620           </ul>
2621           <!--           <em>New Known Issues</em>
2622           <ul>
2623             <li></li>
2624           </ul> -->
2625         </div>
2626       </td>
2627     </tr>
2628     <td width="60" nowrap>
2629       <div align="center">
2630         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2631           <em>25/10/2016</em></strong>
2632       </div>
2633     </td>
2634     <td><em>Application</em>
2635       <ul>
2636         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2637           view if structures already loaded</li>
2638         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2639           structure views</li>
2640       </ul></td>
2641     <td>
2642       <div align="left">
2643         <em>General</em>
2644         <ul>
2645           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2646             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2647           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2648             example sequences/projects/trees</li>
2649         </ul>
2650         <em>Application</em>
2651         <ul>
2652           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2653             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2654           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2655             without timeout for structures with multiple models or
2656             multiple sequences in alignment</li>
2657           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2658             PDB ID HEADER line</li>
2659           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2660             is performed</li>
2661           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2662             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2663           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2664           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2665             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2666             option</li>
2667           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2668             is created on the alignment</li>
2669           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2670             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2671             pop-up menu</li>
2672         </ul>
2673         <em>Build and deployment</em>
2674         <ul>
2675           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2676             tags</li>
2677         </ul>
2678         <em>New Known Issues</em>
2679         <ul>
2680           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2681             on Windows</li>
2682         </ul>
2683       </div>
2684     </td>
2685     </tr>
2686     <tr>
2687       <td width="60" nowrap>
2688         <div align="center">
2689           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2690         </div>
2691       </td>
2692       <td><em>General</em>
2693         <ul>
2694           <li>
2695             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2696           </li>
2697           <li>
2698             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2699             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2700             better PDB parsing.
2701           </li>
2702           <li>
2703             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2704             reference sequence
2705           </li>
2706           <li>
2707             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2708             mousing over sequence associated annotation
2709           </li>
2710           <li>
2711             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2712             for manual entry
2713           </li>
2714           <li>
2715             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2716             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2717             for each column
2718           </li>
2719           <li>
2720             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2721             showing or hiding columns containing a feature
2722           </li>
2723           <li>
2724             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2725             group and sequence associated annotation labels
2726           </li>
2727           <li>
2728             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2729             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2730             dialogs
2731           </li>
2732
2733         </ul> <em>Application</em>
2734         <ul>
2735           <li>
2736             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2737             gene/transcript view
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2741             dialog
2742           </li>
2743           <li>
2744             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2745             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2746           </li>
2747           <li>
2748             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2749             Pfam sources to xfam.org
2750           </li>
2751           <li>
2752             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2753           </li>
2754           <li>
2755             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2756             over sequences in Jalview
2757           </li>
2758           <li>
2759             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2760             regions in ENA and EMBL
2761           </li>
2762           <li>
2763             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2764             for record retrieval via ENA rest API
2765           </li>
2766           <li>
2767             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2768             complement operator
2769           </li>
2770           <li>
2771             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2772             groovy script execution
2773           </li>
2774           <li>
2775             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2776             alignment window's Calculate menu
2777           </li>
2778           <li>
2779             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2780             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2781           </li>
2782           <li>
2783             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2784             calculation workers from groovy scripts
2785           </li>
2786           <li>
2787             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2788             Jalview projects
2789           </li>
2790           <li>
2791             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2792             associations are now saved/restored from project
2793           </li>
2794           <li>
2795             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2796             before sequence fetcher is opened
2797           </li>
2798           <li>
2799             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2800             database chooser opens a sequence fetcher
2801           </li>
2802           <li>
2803             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2804             the UniProt REST API
2805           </li>
2806           <li>
2807             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2808             the news reader opening
2809           </li>
2810           <li>
2811             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2812             querying stored in preferences
2813           </li>
2814           <li>
2815             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2816             search results
2817           </li>
2818           <li>
2819             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2820           </li>
2821           <li>
2822             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2823             menu for nucleotide sequences
2824           </li>
2825           <li>
2826             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2827             and feature counts preserves alignment ordering (and
2828             debugged for complex feature sets).
2829           </li>
2830           <li>
2831             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2832             viewing structures with Jalview 2.10
2833           </li>
2834           <li>
2835             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2836             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2837             Ensembl Genomes REST API
2838           </li>
2839           <li>
2840             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2841             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2842             (Ensembl)
2843           </li>
2844           <li>
2845             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2846             sequences
2847           </li>
2848           <li>
2849             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2850             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2851             data from external database records.
2852           </li>
2853           <li>
2854             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2855             efficient recovery of sequence coding and alignment
2856             annotation relationships.
2857           </li>
2858         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2859         <ul>
2860           <li>
2861             -- JAL---
2862           </li>
2863         </ul> --></td>
2864       <td>
2865         <div align="left">
2866           <em>General</em>
2867           <ul>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2870               menu on OSX
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2874               includes graduated colourschemes
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2878               working with big alignments and lots of hidden columns
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2882               at right of alignment window
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2886               contents
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2890               for DNA alignments
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2894               based tree calculation
2895             </li>
2896             <li>
2897               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2898               unconserved enabled for group on alignment
2899             </li>
2900             <li>
2901               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2902               set as reference
2903             </li>
2904             <li>
2905               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2906               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2907               annotation
2908             </li>
2909             <li>
2910               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2911               hidden columns present
2912             </li>
2913             <li>
2914               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2915               user created annotation added to alignment
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2919               '()' base pair annotation
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2923               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2924               Consensus
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2928               feature not working
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2932               beginning of sequence
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2936               entry 3a6s
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2940               from a tree when t-coffee scores are shown
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2944               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2945             </li>
2946             <li>
2947               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2948               some structures
2949             </li>
2950             <li>
2951               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2952               to Clustal, PIR and PileUp output
2953             </li>
2954             <li>
2955               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2956               not visible causes alignment window to repaint
2957             </li>
2958             <li>
2959               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2960               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2961               scores associated with features and annotation rows
2962             </li>
2963             <li>
2964               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2965               calculation should be case independent
2966             </li>
2967             <li>
2968               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2969               columns
2970             </li>
2971             <li>
2972               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2973               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2974               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2975             </li>
2976             <li>
2977               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2978               problems when reference sequence defined and 'show
2979               non-conserved' enabled
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2983               load even when Consensus calculation is disabled
2984             </li>
2985             <li>
2986               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2987               alignment does nothing
2988             </li>
2989           </ul>
2990           <em>Application</em>
2991           <ul>
2992             <li>
2993               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2994               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2995               yet fixed for El Capitan)
2996             </li>
2997             <li>
2998               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2999               output when running on non-gb/us i18n platforms
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3003               hidden sequences as flat-file alignment
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3007               launching Chimera
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3011               (also hotfix for 2.9.0b2)
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3015               reference sequence defined
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3019               alignments and views when revealing hidden columns
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3023               view in a cDNA/Protein splitframe
3024             </li>
3025             <li>
3026               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3027               sequence from project when only one sequence is
3028               represented
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3032               in Structure Chooser
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3036               structure consensus didn't refresh annotation panel
3037             </li>
3038             <li>
3039               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3040               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3041             </li>
3042             <li>
3043               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3044               dialogs format columns correctly, don't display array
3045               data, sort columns according to type
3046             </li>
3047             <li>
3048               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3049               file chooser is cancelled during an image export
3050             </li>
3051             <li>
3052               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3053               sequence name containing special characters
3054             </li>
3055             <li>
3056               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3057               case insensitive
3058             </li>
3059             <li>
3060               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3061               formatting don't wrap
3062             </li>
3063             <li>
3064               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3065               truncated so L looks like I in consensus annotation
3066             </li>
3067             <li>
3068               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3069               currently displayed features for the current selection or
3070               view
3071             </li>
3072             <li>
3073               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3074               after fetching cross-references, and restoring from
3075               project
3076             </li>
3077             <li>
3078               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3079               followed in the structure viewer
3080             </li>
3081             <li>
3082               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3083               splitframe not restored from project
3084             </li>
3085             <li>
3086               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3087               trailing end of protein alignment in transcript/product
3088               splitview when pad-gaps not enabled by default
3089             </li>
3090             <li>
3091               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3092               is case dependent
3093             </li>
3094             <li>
3095               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3096               article has been read (reopened issue due to
3097               internationalisation problems)
3098             </li>
3099             <li>
3100               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3101               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3102               cross-references
3103             </li>
3104
3105             <li>
3106               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3107               alignment as HTML
3108             </li>
3109             <li>
3110               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3111               multiple structures are shown for one or more sequences.
3112             </li>
3113             <li>
3114               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3115               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3116               is enabled.
3117             </li>
3118             <li>
3119               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3120               specific PDB id for sequence
3121             </li>
3122             <li>
3123               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3124               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3125               columns' is disabled.
3126             </li>
3127             <li>
3128               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3129               selects lowest rather than highest resolution structures
3130               for each sequence
3131             </li>
3132             <li>
3133               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3134               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3135             </li>
3136             <li>
3137               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3138               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3139             </li>
3140             <li>
3141               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3142               after clicking on it to create new annotation for a
3143               column.
3144             </li>
3145             <li>
3146               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3147               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3148             </li>
3149             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3150             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3151           </ul>
3152           <em>Applet</em>
3153           <ul>
3154             <li>
3155               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3156               hidden columns present before start of sequence
3157             </li>
3158             <li>
3159               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3160               (JSON jars)
3161             </li>
3162             <li>
3163               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3164               sequences are hidden in applet
3165             </li>
3166             <li>
3167               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3168               deployment on examples pages.
3169             </li>
3170           </ul>
3171         </div>
3172       </td>
3173     </tr>
3174     <tr>
3175       <td width="60" nowrap>
3176         <div align="center">
3177           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3178             <em>16/10/2015</em></strong>
3179         </div>
3180       </td>
3181       <td><em>General</em>
3182         <ul>
3183           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3184             jars</li>
3185         </ul></td>
3186       <td>
3187         <div align="left">
3188           <em>Application</em>
3189           <ul>
3190             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3191               shown when tree is partitioned</li>
3192             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3193               multiple cDNA/Protein split views</li>
3194           </ul>
3195         </div>
3196       </td>
3197     </tr>
3198     <tr>
3199       <td width="60" nowrap>
3200         <div align="center">
3201           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3202             <em>8/10/2015</em></strong>
3203         </div>
3204       </td>
3205       <td><em>General</em>
3206         <ul>
3207           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3208             2.9</li>
3209         </ul> <em>Application</em>
3210         <ul>
3211           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3212           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3213           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3214         </ul> <em>Applet</em>
3215         <ul>
3216           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3217         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3218         <ul>
3219           <li>
3220             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3221             suite
3222           </li>
3223         </ul></td>
3224       <td>
3225         <div align="left">
3226           <em>General</em>
3227           <ul>
3228             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3229               incorrect when sequence start > 1</li>
3230             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3231               documentation</li>
3232             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3233             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3234               loading a features file containing HTML tags in feature
3235               description</li>
3236
3237           </ul>
3238           <em>Application</em>
3239           <ul>
3240             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3241               reimport</li>
3242             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3243               with 'trim retrieved sequences'</li>
3244             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3245               deleting selected columns</li>
3246             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3247               JNLP templates for webstart launch</li>
3248             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3249               unreleased structures for download or viewing</li>
3250             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3251               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3252             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3253               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3254             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3255               recovered from jalview project</li>
3256             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3257               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3258               alignment view</li>
3259             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3260               color schemes from BioJSON</li>
3261           </ul>
3262           <em>Applet</em>
3263           <ul>
3264             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3265               frame</li>
3266             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3267           </ul>
3268         </div>
3269       </td>
3270     </tr>
3271     <tr>
3272       <td><div align="center">
3273           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3274         </div></td>
3275       <td><em>General</em>
3276         <ul>
3277           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3278             alignments:
3279             <ul>
3280               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3281                 and DNA alignment views</li>
3282               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3283                 cDNA alignment views</li>
3284               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3285                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3286               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3287                 protein sequences</li>
3288             </ul>
3289           </li>
3290           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3291           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3292             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3293           <li>New alignment annotation file statements for
3294             reference sequences and marking hidden columns</li>
3295           <li>Reference sequence based alignment shading to
3296             highlight variation</li>
3297           <li>Select or hide columns according to alignment
3298             annotation</li>
3299           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3300           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3301             acid conservation row</li>
3302           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3303         </ul> <em>Application</em>
3304         <ul>
3305           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3306             <ul>
3307               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3308                 view with cDNA/Protein</li>
3309               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3310                 sequences are placed in the same alignment</li>
3311               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3312                 projects</li>
3313             </ul>
3314           </li>
3315
3316           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3317           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3318             Jalview windows</li>
3319
3320           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3321           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3322           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3323             be shown in VARNA</li>
3324
3325           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3326             as the active selected region</li>
3327
3328           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3329             similarity</li>
3330           <li>New Export options
3331             <ul>
3332               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3333                 region export in flat file generation</li>
3334
3335               <li>Export alignment views for display with the <a
3336                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3337
3338               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3339               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3340                 alignment figures to HTML</li>
3341           </li>
3342           <li>3D structure retrieval and display
3343             <ul>
3344               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3345                 Search API</li>
3346               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3347                 PDB structures for a sequence set</li>
3348             </ul>
3349           </li>
3350
3351           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3352             predictions</li>
3353           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3354             for one or a group of sequences</li>
3355           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3356             from the JPred4 web server</li>
3357           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3358             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3359             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3360           </li>
3361           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3362             VARNA 2D Structure'</li>
3363           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3364             Structure ..."</li>
3365
3366         </ul> <em>Applet</em>
3367         <ul>
3368           <li>New layout for applet example pages</li>
3369           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3370             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3371           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3372             Protein alignments</li>
3373         </ul> <em>Development and deployment</em>
3374         <ul>
3375           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3376           <li>Include installation type and git revision in build
3377             properties and console log output</li>
3378           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3379             storing BioJsMSA Templates</li>
3380           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3381         </ul></td>
3382       <td>
3383         <!-- <em>General</em>
3384         <ul>
3385         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3386         <ul>
3387           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3388           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3389           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3390             predictions are not highlighted in amber</li>
3391           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3392             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3393           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3394             associated structure views</li>
3395           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3396             width checkbox not enabled</li>
3397           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3398             creating user defined colours</li>
3399           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3400             mappings for just that viewer's sequences</li>
3401           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3402             multiple models in Chimera</li>
3403           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3404             over Jmol structure</li>
3405           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3406             output to text box</li>
3407           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3408             have incorrect sequence start/end</li>
3409           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3410             Jalview fails</li>
3411           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3412             work for nucleotide</li>
3413           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3414             to a grey/invisible alignment window</li>
3415           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3416             imports to different position</li>
3417           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3418             on some platforms</li>
3419           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3420             populated</li>
3421           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3422             console if Chimera has been opened</li>
3423           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3424           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3425             retrieved</li>
3426           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3427           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3428             either sequence shows on first structure</li>
3429           <li>'Show annotations' options should not make
3430             non-positional annotations visible</li>
3431           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3432             in right place after 'view flanking regions'</li>
3433           <li>File Save As type unset when current file format is
3434             unknown</li>
3435           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3436             projects</li>
3437           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3438             responsive</li>
3439           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3440             several views on same alignment</li>
3441           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3442           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3443             spaces</li>
3444         </ul> <em>Applet</em>
3445         <ul>
3446           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3447           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3448             descriptions containing angle brackets</li>
3449         </ul> <em>General</em>
3450         <ul>
3451           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3452             via jalview annotation file</li>
3453           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3454             with RNA secondary structure</li>
3455           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3456             translation doesn't work.</li>
3457           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3458           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3459             positions</li>
3460           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3461             choosing 1pt font</li>
3462           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3463             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3464             'h'</li>
3465           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3466             new feature</li>
3467           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3468             order dependent</li>
3469           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3470             sequences</li>
3471           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3472         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3473         <ul>
3474           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3475             www.jalview.org</li>
3476         </ul> <em>Application Known issues</em>
3477         <ul>
3478           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3479           <li>Misleading message appears after trying to delete
3480             solid column.</li>
3481           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3482             version launches</li>
3483           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3484             fails with a sequence mismatch</li>
3485           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3486             scrolling alignment to right</li>
3487           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3488             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3489           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3490             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3491           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3492             ultra-high resolution</li>
3493           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3494             quality and conservation</li>
3495           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3496             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3497         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3498         <ul>
3499           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3500           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3501             window is being resized</li>
3502
3503         </ul>
3504       </td>
3505     </tr>
3506     <tr>
3507       <td><div align="center">
3508           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3509         </div></td>
3510       <td><em>General</em>
3511         <ul>
3512           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3513             Certum.PL.</li>
3514           <li>Features and annotation preserved when performing
3515             pairwise alignment</li>
3516           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3517             imported/exported/displayed</li>
3518           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3519             protein secondary structure</li>
3520           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3521               post-hoc with 2.9 release</em>)
3522           </li>
3523
3524         </ul> <em>Application</em>
3525         <ul>
3526           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3527             with 3D structures</li>
3528           <li>Support for parsing RNAML</li>
3529           <li>Annotations menu for layout
3530             <ul>
3531               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3532               <li>place sequence annotation above/below alignment
3533                 annotation</li>
3534             </ul>
3535           <li>Output in Stockholm format</li>
3536           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3537             translation</li>
3538           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3539           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3540             shared between alignments</li>
3541           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3542             Jalview</li>
3543           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3544             all or current selection</li>
3545           <li>disorder and secondary structure predictions
3546             available as dataset annotation</li>
3547           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3548
3549
3550           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3551             alignments from Rfam</li>
3552           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3553
3554           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3555             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3556           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3557           <li>include installation type in build properties and
3558             console log output</li>
3559           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3560             annotation</li>
3561         </ul></td>
3562       <td>
3563         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3564         <ul>
3565           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3566             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3567           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3568             alignment</li>
3569           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3570           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3571           <li>Double click on sequence associated annotation
3572             selects only first column</li>
3573           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3574             leaves shown in tree</li>
3575           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3576             properly</li>
3577           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3578           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3579             screen and buttons not visible</li>
3580           <li>author list isn't updated if already written to
3581             Jalview properties</li>
3582           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3583             from database</li>
3584           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3585           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3586             browser search window</li>
3587           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3588             in feature settings dialog</li>
3589           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3590             desktop</li>
3591           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3592             pass validation</li>
3593           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3594             fit on screen</li>
3595           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3596             tooltip</li>
3597           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3598             defined user preset</li>
3599           <li>MSA web services warns user if they were launched
3600             with invalid input</li>
3601           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3602             Java 8</li>
3603           <li>
3604             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3605             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3606             created
3607           </li>
3608
3609         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3610         <ul>
3611         </ul> <em>General</em>
3612         <ul>
3613         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3614         <ul>
3615           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3616             memory allocation</li>
3617           <li>launchApp service doesn't automatically open
3618             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3619           <li>
3620             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3621             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3622             1.7_055 is available
3623           </li>
3624         </ul> <em>Application Known issues</em>
3625         <ul>
3626           <li>
3627             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3628             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3629             alignment to right
3630           </li>
3631           <li>
3632             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3633             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3634             with large number of ID
3635           </li>
3636           <li>
3637             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3638             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3639             start/end
3640           </li>
3641           <li>
3642             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3643             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3644             structure tracks are rearranged
3645           </li>
3646           <li>
3647             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3648             invalid rna structure positional highlighting does not
3649             highlight position of invalid base pairs
3650           </li>
3651           <li>
3652             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3653             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3654             project from alignment window file menu
3655           </li>
3656           <li>
3657             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3658             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3659             structures
3660           </li>
3661           <li>
3662             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3663             colour by RNA Helices not enabled when user created
3664             annotation added to alignment
3665           </li>
3666           <li>
3667             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3668             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3669           </li>
3670         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3671         <ul>
3672           <li>
3673             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3674             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3675           </li>
3676           <li>
3677             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3678             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3679           </li>
3680
3681           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3682             when selected</li>
3683         </ul>
3684       </td>
3685     </tr>
3686     <tr>
3687       <td><div align="center">
3688           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3689         </div></td>
3690       <td>
3691         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3692         <em>General</em>
3693         <ul>
3694           <li>Internationalisation of user interface (usually
3695             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3696           <li>Define/Undefine group on current selection with
3697             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3698           <li>Improved group creation/removal options in
3699             alignment/sequence Popup menu</li>
3700           <li>Sensible precision for symbol distribution
3701             percentages shown in logo tooltip.</li>
3702           <li>Annotation panel height set according to amount of
3703             annotation when alignment first opened</li>
3704         </ul> <em>Application</em>
3705         <ul>
3706           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3707             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3708           <li>Select columns containing particular features from
3709             Feature Settings dialog</li>
3710           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3711             sequences</li>
3712           <li>Update Jalview project format:
3713             <ul>
3714               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3715               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3716                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3717               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3718                 colouring</li>
3719             </ul>
3720           </li>
3721           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3722             (PAM250)</li>
3723           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3724             flanking regions for an alignment</li>
3725         </ul>
3726       </td>
3727       <td>
3728         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3729         <ul>
3730           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3731             running after job is cancelled</li>
3732           <li>cannot export features from alignments imported from
3733             Jalview/VAMSAS projects</li>
3734           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3735             float values</li>
3736           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3737             have 'display all symbols' flag set</li>
3738           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3739             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3740           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3741             Jalview</li>
3742           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3743             Lion/Webstart</li>
3744           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3745           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3746           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3747             alignment onto desktop</li>
3748           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3749             'extract scores' function</li>
3750           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3751             alignment window</li>
3752           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3753             performing IUPred disorder prediction</li>
3754           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3755             changing 'normalise logo' display setting</li>
3756           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3757             nothing matches query</li>
3758           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3759             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3760           </li>
3761           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3762             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3763           </li>
3764           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3765             Jalview's menu</li>
3766           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3767             'invalid literal/length code'</li>
3768           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3769             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3770           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3771             colourscheme</li>
3772
3773         </ul> <em>Applet</em>
3774         <ul>
3775           <li>Remove group option is shown even when selection is
3776             not a group</li>
3777           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3778             don't affect groups</li>
3779           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3780             colourscheme name</li>
3781           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3782             Annotation panel is not displayed</li>
3783           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3784             embedded windows</li>
3785         </ul> <em>Other</em>
3786         <ul>
3787           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3788             single sequence were not calculated</li>
3789           <li>annotation files that contain only groups imported as
3790             annotation and junk sequences</li>
3791           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3792             recognised as PFAM or BLC</li>
3793           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3794             doesn't affect background (2.8.0b1)
3795           <li></li>
3796           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3797           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3798             trailing gaps</li>
3799           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3800             registered correctly on import</li>
3801           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3802             certain alignments</li>
3803           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3804             existing annotation based 'use original colours'
3805             colourscheme loses original colours setting</li>
3806         </ul>
3807       </td>
3808     </tr>
3809     <tr>
3810       <td><div align="center">
3811           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3812             <em>30/1/2014</em></strong>
3813         </div></td>
3814       <td>
3815         <ul>
3816           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3817             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3818             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3819             open source project).
3820           </li>
3821           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3822           <li>Output in Stockholm format</li>
3823           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3824           <li>Export/import group and sequence associated line
3825             graph thresholds</li>
3826           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3827             ambiguity codes</li>
3828           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3829             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3830             works</li>
3831           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3832         </ul> <em>Other improvements</em>
3833         <ul>
3834           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3835           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3836             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3837           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3838             files</li>
3839           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3840           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3841             link but no description</li>
3842           <li>Select primary source when selecting authority in
3843             database fetcher GUI</li>
3844           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3845             Jalview</li>
3846           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3847         </ul>
3848       </td>
3849       <td>
3850         <ul>
3851           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3852             displayed</li>
3853           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3854             secondary structure annotation line</li>
3855           <li>Sequence database accessions not imported when
3856             fetching alignments from Rfam</li>
3857           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3858             identical IDs</li>
3859           <li>View all structures does not always superpose
3860             structures</li>
3861           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3862             reflect user or preset settings</li>
3863           <li>Null pointer exceptions for some services without
3864             presets or adjustable parameters</li>
3865           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3866             discover PDB xRefs</li>
3867           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3868             features with DAS</li>
3869           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3870             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3871           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3872             residue follows a gap</li>
3873           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3874             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3875           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3876             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3877           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3878             annotation already exists on alignment</li>
3879           <li>oninit javascript function should be called after
3880             initialisation completes</li>
3881           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3882             alignment window display</li>
3883           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3884           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3885             to annotation file</li>
3886           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3887             groups created</li>
3888           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3889             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3890           <li>Pressing return several times causes Number Format
3891             exceptions in keyboard mode</li>
3892           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3893             correct partitions for input data</li>
3894           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3895           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3896           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3897           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3898             mode</li>
3899           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3900             changes one row&#39;s threshold</li>
3901           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3902             doesn&#39;t open</li>
3903           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3904             quality histograms</li>
3905         </ul>
3906       </td>
3907     </tr>
3908     <tr>
3909       <td><div align="center">
3910           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3911         </div></td>
3912       <td><em>Application</em>
3913         <ul>
3914           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3915             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3916           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3917             preferences</li>
3918           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3919             in Jalview alignment window</li>
3920           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3921             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3922           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3923             RNA and ambiguity codes</li>
3924
3925           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3926           <li>Support fetching and database reference look up
3927             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3928             refs')</li>
3929           <li>Jalview project improvements
3930             <ul>
3931               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3932                 flag for annotation</li>
3933               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3934                 alignment</li>
3935               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3936                 Jalview project</li>
3937
3938             </ul>
3939           </li>
3940           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3941           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3942             running</li>
3943           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3944           <li>visual indication that web service results are still
3945             being retrieved from server</li>
3946           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3947             starts up for first time</li>
3948           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3949             services</li>
3950           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3951             client library</li>
3952           <li>Examples directory and Groovy library included in
3953             InstallAnywhere distribution</li>
3954         </ul> <em>Applet</em>
3955         <ul>
3956           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3957             visualization applet example</li>
3958         </ul> <em>General</em>
3959         <ul>
3960           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3961           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3962             defaults</li>
3963           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3964             calculation</li>
3965           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3966             matrices
3967           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3968             in HTML</li>
3969           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3970             structure contacts</li>
3971           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3972           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3973           <li>Parse sequence associated secondary structure
3974             information in Stockholm files</li>
3975           <li>HTML Export database accessions and annotation
3976             information presented in tooltip for sequences</li>
3977           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3978             style RNA alignment files</li>
3979           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3980             alignment</li>
3981           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3982             shade each sequence according to its associated alignment
3983             annotation</li>
3984           <li>New Jalview Logo</li>
3985         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3986         <ul>
3987           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3988           <li>New Website!</li>
3989         </ul></td>
3990       <td><em>Application</em>
3991         <ul>
3992           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3993             wsdbfetch REST service</li>
3994           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3995           <li>Filetype associations not installed for webstart
3996             launch</li>
3997           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3998             job execution in full once it is complete</li>
3999           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4000             uploaded via ali_file parameter</li>
4001           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4002           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4003           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4004             submitted for prediction</li>
4005           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4006             desktop window</li>
4007           <li>Putting fractional value into integer text box in
4008             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4009           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4010             windows 7</li>
4011           <li>View all structures fails with exception shown in
4012             structure view</li>
4013           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4014             escaped in a platform independent way</li>
4015           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4016             using proxy</li>
4017           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4018             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4019           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4020             failure when java web start temporary file caching is
4021             disabled</li>
4022           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4023             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4024           <li>Errors during processing of command line arguments
4025             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4026           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4027             DAS sources in sequence fetcher</li>
4028           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4029             dialog is shown</li>
4030           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4031           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4032           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4033           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4034             on OSX Mountain Lion</li>
4035           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4036             sequences with alignment annotation are pasted into the
4037             alignment</li>
4038           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4039             when loaded from Jalview project</li>
4040           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4041           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4042             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4043           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4044             associated with all views</li>
4045           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4046             annotation rows to new window</li>
4047         </ul> <em>Applet</em>
4048         <ul>
4049           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4050             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4051           <li>loading features via javascript API automatically
4052             enables feature display</li>
4053           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4054             work</li>
4055         </ul> <em>General</em>
4056         <ul>
4057           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4058           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4059             and then deselected</li>
4060           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4061           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4062             coloured with clustalx</li>
4063           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4064             exceptions and redraw errors</li>
4065           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4066             reconfigured view</li>
4067           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4068             colour</li>
4069           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4070             for lots of labels</li>
4071         </ul>
4072     </tr>
4073     <tr>
4074       <td>
4075         <div align="center">
4076           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4077         </div>
4078       </td>
4079       <td><em>Application</em>
4080         <ul>
4081           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4082           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4083           <li>View/alignment association menu to enable user to
4084             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4085             its colours/correspondences from</li>
4086           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4087           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4088             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4089           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4090           <li>Annotation row column label formatting attributes
4091             stored in project file</li>
4092           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4093             rows preserved in Jalview project file</li>
4094           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4095             saved using Desktop window menu</li>
4096           <li>Visual indication that command line arguments are
4097             still being processed</li>
4098           <li>Groovy script execution from URL</li>
4099           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4100             preferences</li>
4101           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4102             alignment with sequences that have high similarity and
4103             matching IDs</li>
4104           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4105           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4106             structures in same window</li>
4107           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4108           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4109             analysis function in its own submenu</li>
4110         </ul> <em>Applet</em>
4111         <ul>
4112           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4113             groups</li>
4114           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4115           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4116           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4117           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4118           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4119             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4120           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4121           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4122             parameters are treated as such</li>
4123           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4124             <ul>
4125               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4126               <li>Javascript callbacks for
4127                 <ul>
4128                   <li>Applet initialisation</li>
4129                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4130                 </ul>
4131               </li>
4132               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4133                 functions</li>
4134               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4135               <li>javascript structure viewer harness to pass
4136                 messages between Jmol and Jalview when running as
4137                 distinct applets</li>
4138               <li>sortBy method</li>
4139               <li>Set of applet and application examples shipped
4140                 with documentation</li>
4141               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4142                 javascript message exchange</li>
4143             </ul>
4144         </ul> <em>General</em>
4145         <ul>
4146           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4147             multiple alignments</li>
4148           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4149           <li>User configurable link to enable redirects to a
4150             www.Jalview.org mirror</li>
4151           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4152           <li>Configurable newline string when writing alignment
4153             and other flat files</li>
4154           <li>Allow alignment annotation description lines to
4155             contain html tags</li>
4156         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4157         <ul>
4158           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4159             examples</li>
4160           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4161             using a web service before displaying the result in the
4162             Jalview desktop</li>
4163           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4164           <li>Ant target to publish example html files with applet
4165             archive</li>
4166           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4167           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4168         </ul></td>
4169       <td><em>Application</em>
4170         <ul>
4171           <li>User defined colourscheme throws exception when
4172             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4173           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4174             dialog for valid filename/format</li>
4175           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4176           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4177             P37173</li>
4178           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4179             which sequence is to be associated with the file</li>
4180           <li>Find All raises null pointer exception when query
4181             only matches sequence IDs</li>
4182           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4183           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4184             2.4 cannot be loaded</li>
4185           <li>Filetype associations not installed for webstart
4186             launch</li>
4187           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4188             with sequences in different alignments do not get coloured
4189             by their associated sequence</li>
4190           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4191             not preserved when project is loaded</li>
4192           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4193             stored in Jalview project</li>
4194           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4195             Jalview project</li>
4196           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4197           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4198             by conservation</li>
4199           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4200             created on new view</li>
4201           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4202             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4203           <li>Alignment quality not updated after alignment
4204             annotation row is hidden then shown</li>
4205           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4206             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4207           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4208             properly</li>
4209           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4210             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4211           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4212           <li>Structures imported from file and saved in project
4213             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4214           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4215             job execution in full once it is complete</li>
4216         </ul> <em>Applet</em>
4217         <ul>
4218           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4219             annotation rows are displayed</li>
4220           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4221             codebase</li>
4222           <li>View follows highlighting does not work for positions
4223             in sequences</li>
4224           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4225           <li>Export features raises exception when no features
4226             exist</li>
4227           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4228             for javascript api is modified when separator string
4229             provided as parameter</li>
4230           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4231             alignment with no existing selection</li>
4232           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4233             to applet&#39;s codebase</li>
4234           <li>Status bar not updated after finished searching and
4235             search wraps around to first result</li>
4236           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4237             several Jalview applets causes race conditions and memory
4238             leaks</li>
4239           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4240             not sent from Jmol in applet</li>
4241           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4242             applet API fatally hang browser</li>
4243         </ul> <em>General</em>
4244         <ul>
4245           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4246             position with wrapped view and hidden regions</li>
4247           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4248             with/without hidden columns</li>
4249           <li>Sequence length given in alignment properties window
4250             is off by 1</li>
4251           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4252             import PDB like structure files</li>
4253           <li>Positional search results are only highlighted
4254             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4255           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4256           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4257             given sequence position</li>
4258           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4259             output</li>
4260           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4261             from nucleotide chains correctly</li>
4262           <li>Structure colours not updated when tree partition
4263             changed in alignment</li>
4264           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4265             parsed in interleaved stockholm</li>
4266           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4267             state</li>
4268           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4269             properly</li>
4270           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4271             properly associated with their pdb files</li>
4272         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4273         <ul>
4274           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4275             ApplyCopyright tool</li>
4276         </ul></td>
4277     </tr>
4278     <tr>
4279       <td>
4280         <div align="center">
4281           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4282         </div>
4283       </td>
4284       <td><em>Application</em>
4285         <ul>
4286           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4287             contact web services</li>
4288           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4289             service job window</li>
4290           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4291         </ul></td>
4292       <td>
4293         <ul>
4294           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4295             pir file emitted by Jalview</li>
4296           <li>Existing feature settings transferred to new
4297             alignment view created from cut'n'paste</li>
4298           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4299             parsing PDB files</li>
4300           <li>Consensus and conservation annotation rows
4301             occasionally become blank for all new windows</li>
4302           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4303             in wrapped view mode</li>
4304         </ul> <em>Application</em>
4305         <ul>
4306           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4307             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4308           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4309             parameter names</li>
4310           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4311             is down</li>
4312         </ul>
4313       </td>
4314     </tr>
4315     <tr>
4316       <td>
4317         <div align="center">
4318           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4319         </div>
4320       </td>
4321       <td><em>Application</em>
4322         <ul>
4323           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4324             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4325             (JABAWS)
4326           </li>
4327           <li>Web Services preference tab</li>
4328           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4329             preferences</li>
4330           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4331           <li>Superpose structures using associated sequence
4332             alignment</li>
4333           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4334             viewer</li>
4335         </ul> <em>Applet</em>
4336         <ul>
4337           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4338             link out mechanism</li>
4339         </ul> <em>Other</em>
4340         <ul>
4341           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4342             series 12</li>
4343           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4344             require Java 1.5</li>
4345           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4346             sequence annotation files</li>
4347           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4348             type colour specification</li>
4349           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4350             script to check if it being run in an interactive session or
4351             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4352         </ul></td>
4353       <td>
4354         <ul>
4355           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4356             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4357         </ul> <em>Application</em>
4358         <ul>
4359           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4360             selected Regions menu item</li>
4361           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4362             part of a valid accession ID</li>
4363           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4364             runs out of memory</li>
4365           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4366             analysis results</li>
4367           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4368             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4369           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4370         </ul> <em>Applet</em>
4371         <ul>
4372           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4373             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4374             defined.</li>
4375         </ul>
4376       </td>
4377     </tr>
4378     <tr>
4379       <td>
4380         <div align="center">
4381           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4382         </div>
4383       </td>
4384       <td></td>
4385       <td>
4386         <ul>
4387           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4388             sequence IDs</li>
4389           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4390             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4391           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4392             import correctly</li>
4393           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4394             number of columns are hidden</li>
4395           <li>annotation label popup menu not providing correct
4396             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4397             present</li>
4398           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4399             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4400           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4401             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4402
4403         </ul> <em>Applet</em>
4404         <ul>
4405           <li>annotation panel disappears when annotation is
4406             hidden/removed</li>
4407         </ul> <em>Application</em>
4408         <ul>
4409           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4410             alignment opened where annotation panel is visible but no
4411             annotations are present on alignment</li>
4412           <li>pasted region containing hidden columns is
4413             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4414           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4415             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4416           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4417             selected Rregions menu item.</li>
4418           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4419             'Un' or 'Non'conserved</li>
4420           <li>Sequence feature settings are being shared by
4421             multiple distinct alignments</li>
4422           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4423             changed</li>
4424           <li>double click on group annotation to select sequences
4425             does not propagate to associated trees</li>
4426           <li>Mac OSX specific issues:
4427             <ul>
4428               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4429                 window background</li>
4430               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4431                 name set correctly</li>
4432               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4433                 save feature colourscheme button</li>
4434             </ul>
4435           </li>
4436         </ul>
4437       </td>
4438     </tr>
4439     <tr>
4440
4441       <td>
4442         <div align="center">
4443           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4444         </div>
4445       </td>
4446       <td><em>New Capabilities</em>
4447         <ul>
4448           <li>URL links generated from description line for
4449             regular-expression based URL links (applet and application)
4450
4451           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4452             menu</li>
4453           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4454             structures</li>
4455           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4456             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4457           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4458             average score or total feature count for each sequence.</li>
4459           <li>Shading features by score or associated description</li>
4460           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4461             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4462           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4463             hide everything but the currently selected region.</li>
4464           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4465         </ul> <em>Application</em>
4466         <ul>
4467           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4468             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4469           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4470             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4471           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4472             database references and protein_name is parsed as
4473             description line (BioSapiens terms).</li>
4474           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4475             references in sequence ID tooltip from View menu in
4476             application.</li>
4477           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4478       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4479           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4480             conservation plots</li>
4481           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4482             and visualized as sequence logos</li>
4483           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4484             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4485           </li>
4486           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4487             when a new tree is opened.</li>
4488           <li>Jalview Java Console</li>
4489           <li>Better placement of desktop window when moving
4490             between different screens.</li>
4491           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4492             consensus annotation</li>
4493           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4494             Workflows</li>
4495           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4496             <ul>
4497               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4498                 used to preserve views, structures, and tree display
4499                 settings)</li>
4500               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4501                 command line</li>
4502               <li>Sharing of selected regions between views and
4503                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4504               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4505             </ul></li>
4506         </ul> <em>Applet</em>
4507         <ul>
4508           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4509           <li>New Parameters
4510             <ul>
4511               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4512                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4513                 opened.</li>
4514               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4515                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4516               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4517                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4518               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4519                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4520                 view</li>
4521               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4522                 increase the height or width of a cell in the alignment
4523                 grid relative to the current font size.</li>
4524             </ul>
4525           </li>
4526           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4527             tooltip</li>
4528         </ul> <em>Other</em>
4529         <ul>
4530           <li>Features format: graduated colour definitions and
4531             specification of feature scores</li>
4532           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4533             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4534             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4535           <li>XML formats extended to support graduated feature
4536             colourschemes, group associated annotation, and profile
4537             visualization settings.</li></td>
4538       <td>
4539         <ul>
4540           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4541             rather than description</li>
4542           <li>Non-positional features are now included in sequence
4543             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4544             visibility in tooltip).</li>
4545           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4546           <li>Added URL embedding instructions to features file
4547             documentation.</li>
4548           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4549             'X' in peptide product</li>
4550           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4551             sequence ID and sequence string and query strings do not
4552             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4553           <li>AMSA files only contain first column of
4554             multi-character column annotation labels</li>
4555           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4556             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4557             exported and re-imported)</li>
4558           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4559             name</li>
4560           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4561             as subsequence matches, and correctly reports total number
4562             of both.</li>
4563           <li>Application:
4564             <ul>
4565               <li>Better handling of exceptions during sequence
4566                 retrieval</li>
4567               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4568                 link text excludes the start_end suffix</li>
4569               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4570                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4571               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4572               <li>Sequence description lines properly shared via
4573                 VAMSAS</li>
4574               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4575                 data sources</li>
4576               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4577                 completes before alignment figures are generated.</li>
4578               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4579                 first time.</li>
4580               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4581                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4582               <li>User defined group colours properly recovered
4583                 from Jalview projects.</li>
4584             </ul>
4585           </li>
4586         </ul>
4587       </td>
4588
4589     </tr>
4590     <tr>
4591       <td>
4592         <div align="center">
4593           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4594         </div>
4595       </td>
4596       <td>
4597         <ul>
4598           <li>Experimental support for google analytics usage
4599             tracking.</li>
4600           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4601         </ul>
4602       </td>
4603       <td>
4604         <ul>
4605           <li>Race condition in applet preventing startup in
4606             jre1.6.0u12+.</li>
4607           <li>Exception when feature created from selection beyond
4608             length of sequence.</li>
4609           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4610           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4611             all sequences with a given id</li>
4612           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4613             ID string searches</li>
4614           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4615             alignment to fail with exception</li>
4616         </ul> <em>Application Issues</em>
4617         <ul>
4618           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4619           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4620             data sources</li>
4621         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4622         <ul>
4623           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4624             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4625           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4626             version (java class versioning error fixed)</li>
4627         </ul>
4628       </td>
4629     </tr>
4630     <tr>
4631       <td>
4632
4633         <div align="center">
4634           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4635         </div>
4636       </td>
4637       <td><em>User Interface</em>
4638         <ul>
4639           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4640             translation and protein products</li>
4641           <li>Linked highlighting of structure associated with
4642             residue mapping to codon position</li>
4643           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4644             and 'clear' button</li>
4645           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4646             Tools menu</li>
4647           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4648             numeric data in description line</li>
4649           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4650           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4651             of sequence</li>
4652         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4653         <ul>
4654           <li>JPred3 web service</li>
4655           <li>Prototype sequence search client (no public services
4656             available yet)</li>
4657           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4658             PFAM</li>
4659           <li>URL Links created for matching database cross
4660             references as well as sequence ID</li>
4661           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4662         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4663         <ul>
4664           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4665             databases</li>
4666           <li>Generalised database reference retrieval and
4667             validation to all fetchable databases</li>
4668           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4669             sequence command</li>
4670         </ul> <em>Import and Export</em>
4671         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4672         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4673           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4674         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4675           File</li>
4676         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4677           triplet as name of colourscheme</li>
4678         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4679         <ul>
4680           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4681           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4682             alignments (experimental)</li>
4683           <li>Create new or select existing session to join</li>
4684           <li>load and save of vamsas documents</li>
4685         </ul> <em>Application command line</em>
4686         <ul>
4687           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4688             from applet)</li>
4689           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4690             of DAS servers to query for alignment features</li>
4691           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4692             that are also automatically queried for features</li>
4693           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4694             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4695         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4696         <ul>
4697           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4698             application (when using &quot;View in full
4699             application&quot;)</li>
4700         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4701         <ul>
4702           <li>feature group display control parameter</li>
4703           <li>debug parameter</li>
4704           <li>showbutton parameter</li>
4705         </ul> <em>Applet API methods</em>
4706         <ul>
4707           <li>newView public method</li>
4708           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4709           <li>Feature display control methods</li>
4710           <li>get list of currently selected sequences</li>
4711         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4712         <ul>
4713           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4714           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4715             Jalview release.</li>
4716           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4717             property controls execution of obfuscator</li>
4718           <li>Build target for generating source distribution</li>
4719           <li>Debug flag for javacc</li>
4720           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4721             jalview.bin.Cache</li>
4722           <li>Continuous Build Integration for stable and
4723             development version of Application, Applet and source
4724             distribution</li>
4725         </ul></td>
4726       <td>
4727         <ul>
4728           <li>selected region output includes visible annotations
4729             (for certain formats)</li>
4730           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4731             for editing</li>
4732           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4733           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4734           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4735           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4736             comments</li>
4737           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4738             filenames containing a ':'</li>
4739           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4740             global sequence features</li>
4741           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4742             references from alignment sequences goes to zero</li>
4743           <li>Close of tree branch colour box without colour
4744             selection causes cascading exceptions</li>
4745           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4746           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4747             file parsing fails.</li>
4748           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4749           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4750             not a valid output format</li>
4751           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4752             vamsas</li>
4753           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4754           <li>error messages passed up and output when data read
4755             fails</li>
4756           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4757             sequence is edited</li>
4758           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4759             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4760           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4761             filetype</li>
4762           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4763             import fixed for PFAM records</li>
4764           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4765             window list</li>
4766           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4767             can be read and written correctly to annotation file</li>
4768           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4769             correctly</li>
4770           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4771             non-italic font for representatives in Applet</li>
4772           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4773             Macs.</li>
4774           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4775             Applet)</li>
4776           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4777             due to null pointer exceptions</li>
4778           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4779             first column of alignment</li>
4780           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4781             July 2008</li>
4782           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4783             file is case-insensitive</li>
4784           <li>Sequence features read from Features file appended to
4785             all sequences with matching IDs</li>
4786           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4787             containing a sub-sequence</li>
4788           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4789           <li>feature and annotation file applet parameters
4790             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4791           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4792           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4793             splash-screen version check to complete</li>
4794           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4795             when passing them to the launchApp service</li>
4796           <li>display name and local features preserved in results
4797             retrieved from web service</li>
4798           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4799             sequence fetcher initialisation</li>
4800           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4801             dasobert DAS client</li>
4802           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4803             association</li>
4804           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4805             sequences
4806           </li>
4807         </ul>
4808       </td>
4809     </tr>
4810     <tr>
4811       <td>
4812         <div align="center">
4813           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4814         </div>
4815       </td>
4816       <td>
4817         <ul>
4818           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4819           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4820           <li>Slide sequences</li>
4821           <li>Edit sequence in place</li>
4822           <li>EMBL CDS features</li>
4823           <li>DAS Feature mapping</li>
4824           <li>Feature ordering</li>
4825           <li>Alignment Properties</li>
4826           <li>Annotation Scores</li>
4827           <li>Sort by scores</li>
4828           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4829         </ul>
4830       </td>
4831       <td>
4832         <ul>
4833           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4834           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4835           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4836           <li>Feature group display state in XML</li>
4837           <li>Feature ordering in XML</li>
4838           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4839           <li>Stockholm alignment properties</li>
4840           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4841           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4842           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4843           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4844         </ul>
4845       </td>
4846
4847     </tr>
4848     <tr>
4849       <td>
4850         <div align="center">
4851           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4852         </div>
4853       </td>
4854       <td>
4855         <ul>
4856           <li>Non standard characters can be read and displayed
4857           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4858             applet via textbox
4859           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4860             name &amp; description
4861           <li>Preference setting to display sequence name in
4862             italics
4863           <li>Annotation file format extended to allow
4864             Sequence_groups to be defined
4865           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4866             specified in preferences
4867           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4868             sequences
4869         </ul>
4870       </td>
4871       <td>
4872         <ul>
4873           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4874             installed
4875           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4876           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4877         </ul>
4878       </td>
4879     </tr>
4880     <tr>
4881       <td>
4882         <div align="center">
4883           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4884         </div>
4885       </td>
4886       <td>
4887         <ul>
4888           <li>Multiple views on alignment
4889           <li>Sequence feature editing
4890           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4891           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4892           <li>Background dependent text colour
4893           <li>Right align sequence ids
4894           <li>User-defined lower case residue colours
4895           <li>Format Menu
4896           <li>Select Menu
4897           <li>Menu item accelerator keys
4898           <li>Control-V pastes to current alignment
4899           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4900           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4901           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4902
4903           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4904         </ul>
4905       </td>
4906       <td>
4907         <ul>
4908           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4909           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4910             calculations
4911           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4912             edits
4913           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4914             of alignment)
4915           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4916
4917           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4918             display correctly
4919           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4920           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4921             analysis results
4922           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4923             &#8739;
4924           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4925           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4926           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4927
4928         </ul>
4929       </td>
4930     </tr>
4931     <tr>
4932       <td>
4933         <div align="center">
4934           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4935         </div>
4936       </td>
4937       <td>
4938         <ul>
4939           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4940         </ul>
4941       </td>
4942       <td>
4943         <ul>
4944           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4945             sequence id panel has been resized</li>
4946           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4947             rendered</li>
4948           <li>Annotation files with sequence references - all
4949             elements in file are relative to sequence position</li>
4950           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4951         </ul>
4952       </td>
4953     </tr>
4954     <tr>
4955       <td>
4956         <div align="center">
4957           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4958         </div>
4959       </td>
4960       <td>
4961         <ul>
4962           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4963           <li>DAS Feature fetching</li>
4964           <li>Hide sequences and columns</li>
4965           <li>Export Annotations and Features</li>
4966           <li>GFF file reading / writing</li>
4967           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4968             files</li>
4969           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4970           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4971           <li>Applet can launch the full application</li>
4972           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4973             required)</li>
4974           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4975           <li>Applet can load sequences from parameter
4976             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4977           </li>
4978         </ul>
4979       </td>
4980       <td>
4981         <ul>
4982           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4983           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4984           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4985         </ul>
4986       </td>
4987     </tr>
4988     <tr>
4989       <td>
4990         <div align="center">
4991           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4992         </div>
4993       </td>
4994       <td>
4995         <ul>
4996           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4997           <li>Choose to match case when searching</li>
4998           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4999             expand the visible width and height of the alignment</li>
5000         </ul>
5001       </td>
5002       <td>
5003         <ul>
5004           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5005         </ul>
5006       </td>
5007     </tr>
5008     <tr>
5009       <td>
5010         <div align="center">
5011           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5012         </div>
5013       </td>
5014       <td>&nbsp;</td>
5015       <td>
5016         <ul>
5017           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5018           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5019             value</li>
5020         </ul>
5021       </td>
5022     </tr>
5023     <tr>
5024       <td>
5025         <div align="center">
5026           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5027         </div>
5028       </td>
5029       <td>
5030         <ul>
5031           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5032           <li>Keyboard editing</li>
5033           <li>Create sequence features from searches</li>
5034           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5035             alignments</li>
5036           <li>Features file allows grouping of features</li>
5037           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5038           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5039           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5040         </ul>
5041       </td>
5042       <td>
5043         <ul>
5044           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5045           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5046             descriptions saved.</li>
5047         </ul>
5048       </td>
5049     </tr>
5050     <tr>
5051       <td>
5052         <div align="center">
5053           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5054         </div>
5055       </td>
5056       <td>
5057         <ul>
5058           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5059           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5060           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5061             name for file output</li>
5062           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5063           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5064             used for HTML form input</li>
5065         </ul>
5066       </td>
5067       <td>
5068         <ul>
5069           <li>HTML output writes groups and features</li>
5070           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5071           <li>File IO bugs</li>
5072         </ul>
5073       </td>
5074     </tr>
5075     <tr>
5076       <td>
5077         <div align="center">
5078           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5079         </div>
5080       </td>
5081       <td>
5082         <ul>
5083           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5084           <li>More options for PCA viewer</li>
5085         </ul>
5086       </td>
5087       <td>
5088         <ul>
5089           <li>GUI bugs resolved</li>
5090           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093     </tr>
5094     <tr>
5095       <td height="63">
5096         <div align="center">
5097           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5098         </div>
5099       </td>
5100       <td>
5101         <ul>
5102           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5103           <li>Jar files are executable</li>
5104           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5105         </ul>
5106       </td>
5107       <td>
5108         <ul>
5109           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5110           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5111           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5112         </ul>
5113       </td>
5114     </tr>
5115     <tr>
5116       <td>
5117         <div align="center">
5118           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5119         </div>
5120       </td>
5121       <td>
5122         <ul>
5123           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5124         </ul>
5125       </td>
5126       <td>
5127         <ul>
5128           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5129         </ul>
5130       </td>
5131     </tr>
5132     <tr>
5133       <td>
5134         <div align="center">
5135           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5136         </div>
5137       </td>
5138       <td>
5139         <ul>
5140           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5141             size</li>
5142         </ul>
5143       </td>
5144       <td>
5145         <ul>
5146           <li>Improved JPred client reliability</li>
5147           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5148         </ul>
5149       </td>
5150     </tr>
5151     <tr>
5152       <td>
5153         <div align="center">
5154           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5155         </div>
5156       </td>
5157       <td>
5158         <ul>
5159           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5160           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5161           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5162             to Colour Menu</li>
5163           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5164           <li>Unix users can set default web browser</li>
5165           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5166           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5167         </ul>
5168       </td>
5169       <td>
5170         <ul>
5171           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5172         </ul>
5173       </td>
5174     </tr>
5175     <tr>
5176       <td>
5177         <div align="center">
5178           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5179         </div>
5180       </td>
5181       <td>&nbsp;</td>
5182       <td>
5183         <ul>
5184           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5185             alignment order.</li>
5186         </ul>
5187       </td>
5188     </tr>
5189     <tr>
5190       <td>
5191         <div align="center">
5192           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5193         </div>
5194       </td>
5195       <td>
5196         <ul>
5197           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5198           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5199           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5200             annotations.</li>
5201           <li>Version and build date written to build properties
5202             file.</li>
5203           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5204             at launch of Jalview.</li>
5205         </ul>
5206       </td>
5207       <td>
5208         <ul>
5209           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5210           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5211           <li>Can remove groups one by one.</li>
5212           <li>Filechooser icons installed.</li>
5213           <li>Finder ignores return character when searching.
5214             Return key will initiate a search.<br>
5215           </li>
5216         </ul>
5217       </td>
5218     </tr>
5219     <tr>
5220       <td>
5221         <div align="center">
5222           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5223         </div>
5224       </td>
5225       <td>
5226         <ul>
5227           <li>New codebase</li>
5228         </ul>
5229       </td>
5230       <td>&nbsp;</td>
5231     </tr>
5232   </table>
5233   <p>&nbsp;</p>
5234 </body>
5235 </html>