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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187 -->Option to show 'virtual' codon features on
  66             protein (or vice versa)
  67             <ul>
  68               <li>
  69                 <!-- JAL-3304 -->Option to export virtual features if
  70                 shown
  71               </li>
  72               <li>
  73                 <!-- JAL-3302 -->Option to transfer virtual features to
  74                 Chimera
  75               </li>
  76             </ul>
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values POS,
  83             ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation while parsing
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen position if reopened
  90            </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views enabled by default
  93            </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in tooltips and menus
  96            </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted with no feature types visible
  99           </li>
 100         </ul><em>Jalview Installer</em>
 101             <ul>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 104             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 111           </li>
 112               <li>
 113                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 114               <li>
 115                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 116         </ul> <em>Release processes</em>
 117         <ul>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 120           </li>
 121         </ul> <em>Build System</em>
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 128             report
 129           </li>
 130         </ul>
 131         <ul>
 132           <em>Groovy Scripts</em>
 133           <ul>
 134             <li>
 135               <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA
 136               file to stdout containing the consensus sequence for each
 137               alignment in a Jalview session
 138             </li>
 139           </ul>
 140         </ul>
 141       </td>
 142       <td align="left" valign="top">
 143         <ul>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 146             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 147             features are visible
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 151             equal when split frame is first opened
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 155             correct after editing a sequence's start position
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 159             with annotation and exceptions thrown when only a few
 160             columns shown in wrapped mode
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 164             wrapped alignment figure with annotations
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 168             ID fails with ClassCastException
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 172             Project
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 176             feature settings dialog also selects columns
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 180             IllegalArgumentException in some circumstances
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be opened for a view
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if alignment window is closed
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 190             help documentation for 2.11.0 release
 191           </li>
 192         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 193         <ul>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in PDB/Uniprot search panel
 196           </li>
 197         </ul> <em>Installer</em>
 198         <ul>
 199           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 200           </li>
 201         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 202         <ul>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from repository
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of memory
 208           </li>
 209         </ul>
 210         <em>New Known Issues</em>
 211         <ul>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 214             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 215             command line
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 219             clipped in headless figure export when Right Align option
 220             enabled
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output
 224           </li>
 225         </ul>
 226       </td>
 227     </tr>
 228     <tr>
 229       <td width="60" align="center" nowrap>
 230           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 231             <em>04/07/2019</em></strong>
 232       </td>
 233       <td align="left" valign="top">
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 237             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 238             source project) rather than InstallAnywhere
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 242             settings, receive over the air updates and launch specific
 243             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 244               Rings' GetDown</a>)
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 248             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 252             arguments and switch between different getdown channels
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 256             or alignment files
 257           </li>
 258
 259           <li>
 260             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 261             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 264             'Translate as cDNA'</li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 267           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 268             <ul>
 269                       <li>
 270             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 271             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 272           <li>
 273                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 274                 features can be filtered and shaded according to any
 275                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 276                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 277                 file)
 278               </li>
 279               <li>
 280                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 281                 stored and restored from Jalview Projects
 282               </li>
 283               <li>
 284                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 285                 recognise variant features
 286               </li>
 287               <li>
 288                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 289                 sequences (also coloured red by default)
 290               </li>
 291               <li>
 292                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 293                 details
 294               </li>
 295               <li>
 296                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 297                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 298               </li>
 299               <li>
 300                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 301                 dialog
 302               </li>
 303             </ul>
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 307             tree and PCA calculations
 308           </li>
 309           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 310             <ul>
 311               <li>
 312                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 313                 and Viewer state saved in Jalview Project
 314               </li>
 315               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 316                 drop-down menus</li>
 317               <li>
 318                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 319                 incrementally
 320               </li>
 321               <li>
 322                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 323               </li>
 324             </ul>
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 328           </li>
 329           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 330           <ul>
 331               <li>
 332                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 333                 multiple groups when working with large alignments
 334               </li>
 335               <li>
 336                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 337                 Stockholm files
 338               </li>
 339             </ul>
 340           <li><strong>User Interface</strong>
 341           <ul>
 342               <li>
 343                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 344                 view
 345               </li>
 346               <li>
 347                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 348                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 349                 default (can be changed in user preferences)
 350               </li>
 351               <li>
 352                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 353                 to the Overwrite Dialog
 354               </li>
 355               <li>
 356                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 357                 sequences are hidden
 358               </li>
 359               <li>
 360                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 361                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 362               </li>
 363               <li>
 364                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 365                 labels
 366               </li>
 367               <li>
 368                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 369                 when in wrapped mode
 370               </li>
 371               <li>
 372                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 373                 annotation
 374               </li>
 375               <li>
 376                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 377               </li>
 378               <li>
 379                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 380                 panel
 381               </li>
 382               <li>
 383                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 384                 popup menu
 385               </li>
 386               <li>
 387               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 388               <li>
 389               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 390
 391
 392             </ul></li>
 393             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 394           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 395             <ul>
 396               <li>
 397                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 398                 trapping CMD-Q
 399               </li>
 400             </ul></li>
 401         </ul>
 402         <em>Deprecations</em>
 403         <ul>
 404           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 405             capabilities removed from the Jalview Desktop
 406           </li>
 407           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 408             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 409             and XML based data retrieval clients</li>
 410           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 411           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 412         </ul> <em>Documentation</em>
 413         <ul>
 414           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 415             not supported in EPS figure export
 416           </li>
 417           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 418         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 419         <ul>
 420           <li>
 421           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 422           </li>
 423       <li>
 424       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 425           <li>
 426           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 427             gradle-eclipse
 428           </li>
 429           <li>
 430           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 431             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 432             execution
 433           </li>
 434           <li>
 435           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 436             operations
 437           </li>
 438           <li>
 439           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 440             issues resolved
 441           </li>
 442           <li>
 443           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 444             markdown (with HTML rendering)
 445           </li>
 446           <li>
 447           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 448           </li>
 449           <li>
 450           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 451             versions of Jalview
 452           </li>
 453         </ul>
 454       </td>
 455       <td align="left" valign="top">
 456         <ul>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 462             superposition in Jmol fail on Windows
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 466             structures for sequences with lots of PDB structures
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 470             monospaced font
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 474             project involving multiple views
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 478             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 479             Annotation dialog hides columns
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 483             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 484             one view, then making another selection in the other view
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 488             columns
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 492             Settings and Jalview Preferences panels
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 496             overview with large alignments
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 500             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 501             mouse moved to the left of the first column
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 505             hidden column marker via scale popup menu
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 509             doesn't tell users the invalid URL
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 513             score from view
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 517             show cross references or Fetch Database References are shown in
 518             red in original view
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 522             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 526             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 530             when columns are hidden
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 534             Columns by Annotation description
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 538             out of Scale or Annotation Panel
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 542             scale panel
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 546             alignment down
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 550             scale panel
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 554             Page Up in wrapped mode
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 564             on opening an alignment
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 568             Colour menu
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 572             different groups in the alignment are selected
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 576             correctly in menu
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 580             threshold limit
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 584             threshold gets 'unrounded'
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 588             colour
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 598             Tree font
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 602             project file
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 606             shown in complementary view
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 610             without normalisation
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 614             of report
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 618           </li>
 619           <li>
 620           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 621           </li>
 622         </ul> <em>Editing</em>
 623         <ul>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 626             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 627             sequence
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 631             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 632             removed (Known defect since 2.10)
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 636             dialog corrupts dataset sequence
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 640             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 641           </li>
 642         </ul> <em>Datamodel</em>
 643         <ul>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 646             sequence's End is greater than its length
 647           </li>
 648         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 649           general release)</em>
 650         <ul>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 653           </li>
 654         </ul> <em>New Known Defects</em>
 655         <ul>
 656         <li>
 657         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 658         </li>
 659         <li>
 660           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 661           regions of protein alignment.
 662         </li>
 663         <li>
 664           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 665           is restored from a Jalview 2.11 project
 666         </li>
 667         <li>
 668           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 669           'New View'
 670         </li>
 671         <li>
 672           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 673           columns within hidden columns
 674         </li>
 675         <li>
 676           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 677           window after dragging left to select columns to left of visible
 678           region
 679         </li>
 680         <li>
 681           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 682           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 683           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 684           create a Score filter instead.
 685         </li>
 686         <li>
 687         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 688         <li>
 689         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 690         </li>
 691         <li>
 692           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 693           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 694         </li>
 695         </ul>
 696         <em>Java 11 Specific defects</em>
 697           <ul>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 700               alphabetically when saved
 701             </li>
 702         </ul>
 703       </td>
 704     </tr>
 705     <tr>
 706     <td width="60" nowrap>
 707       <div align="center">
 708         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 709       </div>
 710     </td>
 711     <td><div align="left">
 712         <em></em>
 713         <ul>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 716               InstallAnywhere increased to 1G.
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 720               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 721               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 722                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 723                 properties file.</em>
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 727               API and sequence data now imported as JSON.
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 731               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 732               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 733               property.
 734             </li>
 735           </ul>
 736           <em>Development</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 740               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 741                 Clover</a>
 742             </li>
 743           </ul>
 744         </div></td>
 745     <td><div align="left">
 746         <em></em>
 747         <ul>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 750               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 751               alignment.
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 755               annotation displayed.
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 759               for newly created group when 'Apply to all groups'
 760               selected
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 764               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 765               visible.
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 769               when sequences are selected in exported view.</em>
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 773               aren't rendered with correct colour.
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 777               types of knotted RNA secondary structure.
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 781               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 782               do not start at 1.
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 786               annotation when columns are inserted into an alignment,
 787               and when exporting as Stockholm flatfile.
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 791               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 792               treated as RNA secondary structure.
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 796               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 800               transfers focus to previous window on OSX
 801             </li>
 802           </ul>
 803           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 804           <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 807               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 808               box.
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 812               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 813               'look and feel' which has improved compatibility with the
 814               latest version of OSX.
 815             </li>
 816           </ul>
 817         </div>
 818     </td>
 819     </tr>
 820     <tr>
 821       <td width="60" nowrap>
 822         <div align="center">
 823           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 824             <em>7/06/2018</em></strong>
 825         </div>
 826       </td>
 827       <td><div align="left">
 828           <em></em>
 829           <ul>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 832               annotation retrieved from Uniprot
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 836               onto the Jalview Desktop
 837             </li>
 838           </ul>
 839         </div></td>
 840       <td><div align="left">
 841           <em></em>
 842           <ul>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 845               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 849               right-hand column parsed correctly
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 853               not alignment area in exported graphic
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 857               window has input focus
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 861               annotation added to view (Windows)
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 865               network connectivity is poor
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 869               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 870                 the currently open URL and links from a page viewed in
 871                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 872                 you are using Edge, only links in the page can be
 873                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 874                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 875             </li>
 876           </ul>
 877           <em>New Known Defects</em>
 878           <ul>
 879             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 880           </ul>
 881         </div></td>
 882     </tr>
 883     <tr>
 884       <td width="60" nowrap>
 885         <div align="center">
 886           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 887         </div>
 888       </td>
 889       <td><div align="left">
 890           <em></em>
 891           <ul>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 894               for disabling automatic superposition of multiple
 895               structures and open structures in existing views
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 899               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 900               adjust them.
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 904               Ensembl services
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 908               and lots of hidden columns
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 912               of features (particularly when transparency is disabled)
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 916               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 917               generally available
 918             </li>
 919           </ul>
 920           </div>
 921       </td>
 922       <td><div align="left">
 923           <ul>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 926               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 930               overlapping alignment panel
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 934               sequence as gaps
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 938               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 939               UTR
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 943               factor annotation not added to sequence when local PDB
 944               file associated with it by drag'n'drop or structure
 945               chooser
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 949               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 953               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 957               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 961               columns in annotation row
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 965               honored in batch mode
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 969               for structures added to existing Jmol view
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 973               entries after importing project with multiple views
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 977               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 978               with negative residue numbers or missing residues fails
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 982               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 983               as generated by CONSURF)
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 987               tooltip doesn't include a text description of mutation
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 991               structure and/or overview windows are also shown
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 995               very slow for alignments with large numbers of sequences
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 999               with 'StringIndexOutOfBounds'
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1003               platforms running Java 10
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1007               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1008             </li>
1009           </ul>
1010           <em>Applet</em>
1011           <ul>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1014               should copy the group consensus when popup is opened on it
1015             </li>
1016           </ul>
1017           <em>Batch Mode</em>
1018           <ul>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1021           </li>
1022           </ul>
1023           <em>New Known Defects</em>
1024           <ul>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1027               editing a large alignment and overview is displayed
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1031               repeatedly after a series of edits even when the overview
1032               is no longer reflecting updates
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1036               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1037               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1038               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1042               option gives blank output
1043             </li>
1044           </ul>
1045         </div>
1046           </td>
1047     </tr>
1048     <tr>
1049       <td width="60" nowrap>
1050         <div align="center">
1051           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1052         </div>
1053       </td>
1054       <td><div align="left">
1055           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1056               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1057       <td><div align="left">
1058           <em>Desktop</em><ul>
1059           <ul>
1060             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1061             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1062             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1063             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1064             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1065             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1066             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1067           </ul>
1068           </div>
1069       </td>
1070     </tr>
1071     <tr>
1072       <td width="60" nowrap>
1073         <div align="center">
1074           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1075         </div>
1076       </td>
1077       <td><div align="left">
1078           <em></em>
1079           <ul>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1082               rendering of sequence features
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1086               429 rate limit request hander
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1090               their colours have changed
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1094               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1098               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1102               view from Ensembl locus cross-references
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1106               Alignment report
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1110               feature can be disabled
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1114               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1118               Uniprot
1119             </li>
1120           </ul>
1121           <em>Scripting</em>
1122           <ul>
1123             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1124             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1125               percent identity scores for current alignment.</li>
1126           </ul>
1127           <em>Testing and Deployment</em>
1128           <ul>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1131             </li>
1132           </ul>
1133         </div></td>
1134       <td><div align="left">
1135           <em>General</em>
1136           <ul>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1139               threshold text field doesn't trigger an update to the
1140               alignment view
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1144               strings in parallel
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1148               alignment window is closed
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1152               group visibility
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1156               takes a long time in Cursor mode
1157             </li>
1158           </ul>
1159           <em>Desktop</em>
1160           <ul>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1163               cannot be viewed in Chimera
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1167               CDS/Protein view
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1171               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1172               Search Dialogs
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1182               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1186               scrolling right in unwapped alignment view
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1190               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1191               database
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1195               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1199               features of same type and group to be selected for
1200               amending
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1204               alignments when hidden columns are present
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1208               displaying several structures
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1212               moving a window
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1216               within the Jalview desktop on OSX
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1220               when in wrapped alignment mode
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1224               hand end of alignment
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1228               each selected sequence do not have correct start/end
1229               positions
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1233               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1237               restoring project until a new view is created
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1241               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1242               configured (since 2.10.2b2)
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1246               position is adjusted
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1250               in a multi-chain structure when viewing alignment
1251               involving more than one chain (since 2.10)
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1255               if new selection moves alignment window
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1259               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1263               that produces correctly annotated transcripts and products
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1267               doesn't update associated structure view
1268             </li>
1269           </ul>
1270           <em>Applet</em><br />
1271           <ul>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1274               closing alignment panel
1275             </li>
1276           </ul>
1277           <em>BioJSON</em><br />
1278           <ul>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1281               non-positional features
1282             </li>
1283           </ul>
1284           <em>New Known Issues</em>
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1288               sequence features correctly (for many previous versions of
1289               Jalview)
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1293               using cursor in wrapped panel other than top
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1297               graduated colour threshold
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1301               always preserve numbering and sequence features
1302             </li>
1303           </ul>
1304           <em>Known Java 9 Issues</em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1308               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1309               9.01, OSX 10.10)
1310             </li>
1311           </ul>
1312         </div></td>
1313     </tr>
1314     <tr>
1315       <td width="60" nowrap>
1316         <div align="center">
1317           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1318             <em>2/10/2017</em></strong>
1319         </div>
1320       </td>
1321       <td><div align="left">
1322           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1323           <ul>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1326             </li>
1327             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1328             </li>
1329           </ul>
1330         </div></td>
1331       <td><div align="left">
1332         </div></td>
1333     </tr>
1334     <tr>
1335       <td width="60" nowrap>
1336         <div align="center">
1337           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1338             <em>7/9/2017</em></strong>
1339         </div>
1340       </td>
1341       <td><div align="left">
1342           <em></em>
1343           <ul>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1346               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1347               white)
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1351               Preferences
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1355               in size and progress bar shown as higher resolution
1356               overview is recalculated
1357             </li>
1358
1359           </ul>
1360         </div></td>
1361       <td><div align="left">
1362           <em></em>
1363           <ul>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1366               column region row by row
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1370               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1374               format setting is unticked
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1378               if group has show boxes format setting unticked
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1382               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1383               include sequences and columns not currently displayed
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1387               assemblies are imported via CIF file
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1391               displayed when threshold or conservation colouring is also
1392               enabled.
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1396               server version
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1400               dragging a selected region off the visible region of the
1401               alignment
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1405               colourscheme to all groups in a view
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1409               initially after font size change using the Font chooser or
1410               middle-mouse zoom
1411             </li>
1412           </ul>
1413         </div></td>
1414     </tr>
1415     <tr>
1416       <td width="60" nowrap>
1417         <div align="center">
1418           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1419         </div>
1420       </td>
1421       <td><div align="left">
1422           <em>Calculations</em>
1423           <ul>
1424
1425             <li>
1426               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1427               ungapped positions in each column of the alignment.
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1431               a calculation dialog box
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1435               and memory efficiency (~30x faster)
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1439               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1440               and other calculations
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1444               files within the Jalview codebase
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1448               Similarity may have different topology due to increased
1449               precision
1450             </li>
1451           </ul>
1452           <em>Rendering</em>
1453           <ul>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1456               model for alignments and groups
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1460               scripts
1461             </li>
1462           </ul>
1463           <em>Overview</em>
1464           <ul>
1465             <li>
1466               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1467               with alignment and overview windows
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1471               overview
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1475               omitted in Overview
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1479               adjustment of visible position
1480             </li>
1481           </ul>
1482
1483           <em>Data import/export</em>
1484           <ul>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1487               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1491               annotation input/output via stockholm flatfile
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1495               extension when importing structure files without embedded
1496               names or PDB accessions
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1500               format sequence substitution matrices
1501             </li>
1502           </ul>
1503           <em>User Interface</em>
1504           <ul>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1507               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1508               the application.
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1512               via Overview or sequence motif search operations
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1516               opened by double clicking gaps within sequence feature
1517               extent
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1521               aligned positions were available to create a 3D structure
1522               superposition.
1523             </li>
1524           </ul>
1525           <em>3D Structure</em>
1526           <ul>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1529               coloured in linked structure views
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1533               file-based command exchange
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1537               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1538               structures are already available for sequences
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1542               the Jalview project rather than downloaded again when the
1543               project is reopened.
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1547               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1548               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1549                 Feature</strong>)
1550             </li>
1551           </ul>
1552           <em>Web Services</em>
1553           <ul>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1559               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1560               Analysis services
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1564               cross-references provided by identifiers.org and the
1565               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1566             </li>
1567           </ul>
1568
1569           <em>Scripting</em>
1570           <ul>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1573               identifying file formats (instead of String constants)
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1577               efficiency when counting all displayed features (not
1578               backwards compatible with 2.10.1)
1579             </li>
1580           </ul>
1581           <em>Example files</em>
1582           <ul>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1585               included in the example feature file
1586             </li>
1587           </ul>
1588           <em>Documentation</em>
1589           <ul>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1592               with the built-in Java help viewer
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1596               sequence description' option
1597             </li>
1598           </ul>
1599           <em>Test Suite</em>
1600           <ul>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1603               Uniprot REST Free Text Search Client
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1610               during tests
1611             </li>
1612           </ul>
1613         </div></td>
1614       <td><div align="left">
1615           <em>Calculations</em>
1616           <ul>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1619               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1620               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1621             </li>
1622             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1623               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1624               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1625               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1626               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1627               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1628               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1629               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1630               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1631               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1632               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1633               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1634               // for 2.10.1 mode <br />
1635               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1636               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1637                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1638                 calculations (not recommended)</em></li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1641               scaling of branch lengths for trees computed using
1642               Sequence Feature Similarity.
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1646               generating output report when working with highly
1647               redundant alignments
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1651               right of selected region when gaps present on right-hand
1652               boundary
1653             </li>
1654           </ul>
1655           <em>User Interface</em>
1656           <ul>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1659               doesn't reselect a specific sequence's associated
1660               annotation after it was used for colouring a view
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1664               opened on a region of alignment without groups
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1668               of an alignment with overlapping groups
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1672               name and description match
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1676               hidden regions results in incorrect hidden regions
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1680               changing colour does not apply Conservation slider value
1681               to all groups
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1685               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1689               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1693               gaps before start of features
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1697               restored to UI when feature colour is edited
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1701               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1705               as graduate feature colour settings are modified via the
1706               dialog box
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1710               when a group defined on the alignment is resized
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1714               wrapped view result in positional status updates
1715             </li>
1716
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1719               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1723               alignment included gapped columns
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1727               widgets don't permanently disappear
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1731               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1732               T-Coffee column reliability scores)
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1736               sequence feature on gaps only
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1740               button from a Find inherit previously defined feature type
1741               rather than the Find query string
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1745               exporting tree calculated in Jalview
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1749               and then revealing them reorders sequences on the
1750               alignment
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1754               doesn't update to reflect available set of groups after
1755               interactively adding or modifying features
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1759               Linux
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1763               only excluded gaps in current sequence and ignored
1764               selection.
1765             </li>
1766           </ul>
1767           <em>Rendering</em>
1768           <ul>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1771               erratically when hidden rows or columns are present
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1775               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1776               sequence colouring
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1780               colour and group colour menu for protein alignments
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1784               reflect currently selected view or group's shading
1785               thresholds
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1789               when rendered on overview and structures when opacity at
1790               100%
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1794               overview when features overlaid on alignment
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1798               recovered correctly from Jalview project file
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1802               (automatically via preferences) are different to the main
1803               alignment panel
1804             </li>
1805           </ul>
1806           <em>Data import/export</em>
1807           <ul>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1810               load
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1814               added after a sequence was imported are not written to
1815               Stockholm File
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1819               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1823               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1827               with lightGray or darkGray via features file (but can
1828               specify lightgray)
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1832               when alignment view imported from project
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1836               structure and sequences extracted from structure files
1837               imported via URL and viewed in Jmol
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1841               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1842               the project is loaded and the structure viewed
1843             </li>
1844           </ul>
1845           <em>Web Services</em>
1846           <ul>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1849               release of Ensembl v.88
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1853               appear enabled in Preferences->Connections
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1857               removed from console output
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1861               Ensembl by Peptide ID
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1865               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1866               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1867               due to 'null' string rather than empty string used for
1868               residues with no corresponding PDB mapping).
1869             </li>
1870           </ul>
1871           <em>Application UI</em>
1872           <ul>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1875               menu
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1879               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1880               new documentation and tooltips added)
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1884               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1888               new features are added to alignment
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1892               changes to feature colours via the Amend features dialog
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1896               edit graduated feature colour via amend features dialog
1897               box
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1901               selection menu changes colours of alignment views
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1905               from alignment calculation workers after alignment has
1906               been closed
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1910               groups now 'Create Group'
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1914               Create/Undefine group doesn't always work
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1918               shown again after pressing 'Cancel'
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1922               adjusts start position in wrap mode
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1926               ambiguous amino acids
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1930               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1931               proteins
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1935               Defined' don't appear in Colours menu
1936             </li>
1937           </ul>
1938           <em>Applet</em>
1939           <ul>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1942               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1946               overview or linked structure view
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1950               work (since 2.8)
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1954               user-defined colourscheme doesn't restore original
1955               colourscheme
1956             </li>
1957           </ul>
1958           <em>Test Suite</em>
1959           <ul>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1962               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1966               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1967               problems with deep array comparison equality asserts in
1968               successive versions of TestNG
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1972               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1973             </li>
1974           </ul>
1975           <em>New Known Issues</em>
1976           <ul>
1977             <li>
1978               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1979               phase after a sequence motif find operation
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1983               containing just upper and lower case letters are
1984               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1988               reliably from eggnog Ortholog database
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1992               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1993               to mark columns containing highlighted regions.
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1997               doesn't always add secondary structure annotation.
1998             </li>
1999           </ul>
2000         </div>
2001     <tr>
2002       <td width="60" nowrap>
2003         <div align="center">
2004           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2005         </div>
2006       </td>
2007       <td><div align="left">
2008           <em>General</em>
2009           <ul>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2012               for all consensus calculations
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2016               3rd Oct 2016)
2017             </li>
2018             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2019               for 2016-2017</li>
2020           </ul>
2021           <em>Application</em>
2022           <ul>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2025               set of database cross-references, sorted alphabetically
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2029               from database cross references. Users with custom links
2030               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2031                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2035               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2036               Chimera session
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2040               the Chimera it is connected to is shut down
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2044               columns menu item to mark columns containing highlighted
2045               regions (e.g. from structure selections or results of a
2046               Find operation)
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2050               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2051               MSAviewer
2052             </li>
2053           </ul>
2054         </div></td>
2055       <td>
2056         <div align="left">
2057           <em>General</em>
2058           <ul>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2061               are not coloured or thresholded according to percent
2062               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2066               hydrophobic
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2070               threshold, amino acid properties)
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2074               reported as mapped to residues in a structure file in the
2075               View Mapping report
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2079               could be added multiple times to a sequence
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2083               bond features shown as two highlighted residues rather
2084               than a range in linked structure views, and treated
2085               correctly when selecting and computing trees from features
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2089               cross-references are matched to database name regardless
2090               of case
2091             </li>
2092
2093           </ul>
2094           <em>Application</em>
2095           <ul>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2098               names without regular expressions also offer links from
2099               Sequence ID
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2103               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2104               update Jalview configuration
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2108               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2112               files with similarly named sequences if dropped onto the
2113               alignment
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2117               entries where more chains exist in the PDB accession than
2118               are reported in the SIFTS file
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2122               the structure view when displayed with Chimera
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2126               panel's View->Show Chains submenu
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2130               work for wrapped alignment views
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2134               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2138               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2139               first annotation row
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2143               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2147               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2148             </li>
2149             <!-- JAL-2319 -->
2150             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2151             coordindate data
2152             </li>
2153           </ul>
2154           <!--           <em>New Known Issues</em>
2155           <ul>
2156             <li></li>
2157           </ul> -->
2158         </div>
2159       </td>
2160     </tr>
2161     <td width="60" nowrap>
2162       <div align="center">
2163         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2164           <em>25/10/2016</em></strong>
2165       </div>
2166     </td>
2167     <td><em>Application</em>
2168       <ul>
2169         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2170           view if structures already loaded</li>
2171         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2172           structure views</li>
2173       </ul></td>
2174     <td>
2175       <div align="left">
2176         <em>General</em>
2177         <ul>
2178           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2179             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2180           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2181             example sequences/projects/trees</li>
2182         </ul>
2183         <em>Application</em>
2184         <ul>
2185           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2186             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2187           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2188             without timeout for structures with multiple models or
2189             multiple sequences in alignment</li>
2190           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2191             PDB ID HEADER line</li>
2192           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2193             is performed</li>
2194           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2195             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2196           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2197           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2198             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2199             option</li>
2200           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2201             is created on the alignment</li>
2202           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2203             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2204             pop-up menu</li>
2205         </ul>
2206         <em>Build and deployment</em>
2207         <ul>
2208           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2209             tags</li>
2210         </ul>
2211         <em>New Known Issues</em>
2212         <ul>
2213           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2214             on Windows</li>
2215         </ul>
2216       </div>
2217     </td>
2218     </tr>
2219     <tr>
2220       <td width="60" nowrap>
2221         <div align="center">
2222           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2223         </div>
2224       </td>
2225       <td><em>General</em>
2226         <ul>
2227           <li>
2228             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2232             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2233             better PDB parsing.
2234           </li>
2235           <li>
2236             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2237             reference sequence
2238           </li>
2239           <li>
2240             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2241             mousing over sequence associated annotation
2242           </li>
2243           <li>
2244             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2245             for manual entry
2246           </li>
2247           <li>
2248             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2249             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2250             for each column
2251           </li>
2252           <li>
2253             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2254             showing or hiding columns containing a feature
2255           </li>
2256           <li>
2257             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2258             group and sequence associated annotation labels
2259           </li>
2260           <li>
2261             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2262             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2263             dialogs
2264           </li>
2265
2266         </ul> <em>Application</em>
2267         <ul>
2268           <li>
2269             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2270             gene/transcript view
2271           </li>
2272           <li>
2273             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2274             dialog
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2278             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2282             Pfam sources to xfam.org
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2286           </li>
2287           <li>
2288             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2289             over sequences in Jalview
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2293             regions in ENA and EMBL
2294           </li>
2295           <li>
2296             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2297             for record retrieval via ENA rest API
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2301             complement operator
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2305             groovy script execution
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2309             alignment window's Calculate menu
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2313             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2314           </li>
2315           <li>
2316             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2317             calculation workers from groovy scripts
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2321             Jalview projects
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2325             associations are now saved/restored from project
2326           </li>
2327           <li>
2328             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2329             before sequence fetcher is opened
2330           </li>
2331           <li>
2332             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2333             database chooser opens a sequence fetcher
2334           </li>
2335           <li>
2336             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2337             the UniProt REST API
2338           </li>
2339           <li>
2340             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2341             the news reader opening
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2345             querying stored in preferences
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2349             search results
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2353           </li>
2354           <li>
2355             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2356             menu for nucleotide sequences
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2360             and feature counts preserves alignment ordering (and
2361             debugged for complex feature sets).
2362           </li>
2363           <li>
2364             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2365             viewing structures with Jalview 2.10
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2369             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2370             Ensembl Genomes REST API
2371           </li>
2372           <li>
2373             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2374             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2375             (Ensembl)
2376           </li>
2377           <li>
2378             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2379             sequences
2380           </li>
2381           <li>
2382             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2383             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2384             data from external database records.
2385           </li>
2386           <li>
2387             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2388             efficient recovery of sequence coding and alignment
2389             annotation relationships.
2390           </li>
2391         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2392         <ul>
2393           <li>
2394             -- JAL---
2395           </li>
2396         </ul> --></td>
2397       <td>
2398         <div align="left">
2399           <em>General</em>
2400           <ul>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2403               menu on OSX
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2407               includes graduated colourschemes
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2411               working with big alignments and lots of hidden columns
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2415               at right of alignment window
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2419               contents
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2423               for DNA alignments
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2427               based tree calculation
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2431               unconserved enabled for group on alignment
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2435               set as reference
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2439               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2440               annotation
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2444               hidden columns present
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2448               user created annotation added to alignment
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2452               '()' base pair annotation
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2456               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2457               Consensus
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2461               feature not working
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2465               beginning of sequence
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2469               entry 3a6s
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2473               from a tree when t-coffee scores are shown
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2477               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2481               some structures
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2485               to Clustal, PIR and PileUp output
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2489               not visible causes alignment window to repaint
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2493               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2494               scores associated with features and annotation rows
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2498               calculation should be case independent
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2502               columns
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2506               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2507               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2511               problems when reference sequence defined and 'show
2512               non-conserved' enabled
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2516               load even when Consensus calculation is disabled
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2520               alignment does nothing
2521             </li>
2522           </ul>
2523           <em>Application</em>
2524           <ul>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2527               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2528               yet fixed for El Capitan)
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2532               output when running on non-gb/us i18n platforms
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2536               hidden sequences as flat-file alignment
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2540               launching Chimera
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2544               (also hotfix for 2.9.0b2)
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2548               reference sequence defined
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2552               alignments and views when revealing hidden columns
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2556               view in a cDNA/Protein splitframe
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2560               sequence from project when only one sequence is
2561               represented
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2565               in Structure Chooser
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2569               structure consensus didn't refresh annotation panel
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2573               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2577               dialogs format columns correctly, don't display array
2578               data, sort columns according to type
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2582               file chooser is cancelled during an image export
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2586               sequence name containing special characters
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2590               case insensitive
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2594               formatting don't wrap
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2598               truncated so L looks like I in consensus annotation
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2602               currently displayed features for the current selection or
2603               view
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2607               after fetching cross-references, and restoring from
2608               project
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2612               followed in the structure viewer
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2616               splitframe not restored from project
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2620               trailing end of protein alignment in transcript/product
2621               splitview when pad-gaps not enabled by default
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2625               is case dependent
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2629               article has been read (reopened issue due to
2630               internationalisation problems)
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2634               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2635               cross-references
2636             </li>
2637
2638             <li>
2639               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2640               alignment as HTML
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2644               multiple structures are shown for one or more sequences.
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2648               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2649               is enabled.
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2653               specific PDB id for sequence
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2657               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2658               columns' is disabled.
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2662               selects lowest rather than highest resolution structures
2663               for each sequence
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2667               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2671               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2675               after clicking on it to create new annotation for a
2676               column.
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2680               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2681             </li>
2682             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2683             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2684           </ul>
2685           <em>Applet</em>
2686           <ul>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2689               hidden columns present before start of sequence
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2693               (JSON jars)
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2697               sequences are hidden in applet
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2701               deployment on examples pages.
2702             </li>
2703           </ul>
2704         </div>
2705       </td>
2706     </tr>
2707     <tr>
2708       <td width="60" nowrap>
2709         <div align="center">
2710           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2711             <em>16/10/2015</em></strong>
2712         </div>
2713       </td>
2714       <td><em>General</em>
2715         <ul>
2716           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2717             jars</li>
2718         </ul></td>
2719       <td>
2720         <div align="left">
2721           <em>Application</em>
2722           <ul>
2723             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2724               shown when tree is partitioned</li>
2725             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2726               multiple cDNA/Protein split views</li>
2727           </ul>
2728         </div>
2729       </td>
2730     </tr>
2731     <tr>
2732       <td width="60" nowrap>
2733         <div align="center">
2734           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2735             <em>8/10/2015</em></strong>
2736         </div>
2737       </td>
2738       <td><em>General</em>
2739         <ul>
2740           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2741             2.9</li>
2742         </ul> <em>Application</em>
2743         <ul>
2744           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2745           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2746           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2747         </ul> <em>Applet</em>
2748         <ul>
2749           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2750         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2751         <ul>
2752           <li>
2753             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2754             suite
2755           </li>
2756         </ul></td>
2757       <td>
2758         <div align="left">
2759           <em>General</em>
2760           <ul>
2761             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2762               incorrect when sequence start > 1</li>
2763             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2764               documentation</li>
2765             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2766             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2767               loading a features file containing HTML tags in feature
2768               description</li>
2769
2770           </ul>
2771           <em>Application</em>
2772           <ul>
2773             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2774               reimport</li>
2775             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2776               with 'trim retrieved sequences'</li>
2777             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2778               deleting selected columns</li>
2779             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2780               JNLP templates for webstart launch</li>
2781             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2782               unreleased structures for download or viewing</li>
2783             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2784               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2785             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2786               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2787             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2788               recovered from jalview project</li>
2789             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2790               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2791               alignment view</li>
2792             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2793               color schemes from BioJSON</li>
2794           </ul>
2795           <em>Applet</em>
2796           <ul>
2797             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2798               frame</li>
2799             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2800           </ul>
2801         </div>
2802       </td>
2803     </tr>
2804     <tr>
2805       <td><div align="center">
2806           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2807         </div></td>
2808       <td><em>General</em>
2809         <ul>
2810           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2811             alignments:
2812             <ul>
2813               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2814                 and DNA alignment views</li>
2815               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2816                 cDNA alignment views</li>
2817               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2818                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2819               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2820                 protein sequences</li>
2821             </ul>
2822           </li>
2823           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2824           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2825             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2826           <li>New alignment annotation file statements for
2827             reference sequences and marking hidden columns</li>
2828           <li>Reference sequence based alignment shading to
2829             highlight variation</li>
2830           <li>Select or hide columns according to alignment
2831             annotation</li>
2832           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2833           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2834             acid conservation row</li>
2835           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2836         </ul> <em>Application</em>
2837         <ul>
2838           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2839             <ul>
2840               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2841                 view with cDNA/Protein</li>
2842               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2843                 sequences are placed in the same alignment</li>
2844               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2845                 projects</li>
2846             </ul>
2847           </li>
2848
2849           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2850           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2851             Jalview windows</li>
2852
2853           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2854           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2855           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2856             be shown in VARNA</li>
2857
2858           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2859             as the active selected region</li>
2860
2861           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2862             similarity</li>
2863           <li>New Export options
2864             <ul>
2865               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2866                 region export in flat file generation</li>
2867
2868               <li>Export alignment views for display with the <a
2869                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2870
2871               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2872               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2873                 alignment figures to HTML</li>
2874           </li>
2875           <li>3D structure retrieval and display
2876             <ul>
2877               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2878                 Search API</li>
2879               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2880                 PDB structures for a sequence set</li>
2881             </ul>
2882           </li>
2883
2884           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2885             predictions</li>
2886           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2887             for one or a group of sequences</li>
2888           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2889             from the JPred4 web server</li>
2890           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2891             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2892             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2893           </li>
2894           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2895             VARNA 2D Structure'</li>
2896           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2897             Structure ..."</li>
2898
2899         </ul> <em>Applet</em>
2900         <ul>
2901           <li>New layout for applet example pages</li>
2902           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2903             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2904           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2905             Protein alignments</li>
2906         </ul> <em>Development and deployment</em>
2907         <ul>
2908           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2909           <li>Include installation type and git revision in build
2910             properties and console log output</li>
2911           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2912             storing BioJsMSA Templates</li>
2913           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2914         </ul></td>
2915       <td>
2916         <!-- <em>General</em>
2917         <ul>
2918         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2919         <ul>
2920           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2921           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2922           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2923             predictions are not highlighted in amber</li>
2924           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2925             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2926           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2927             associated structure views</li>
2928           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2929             width checkbox not enabled</li>
2930           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2931             creating user defined colours</li>
2932           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2933             mappings for just that viewer's sequences</li>
2934           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2935             multiple models in Chimera</li>
2936           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2937             over Jmol structure</li>
2938           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2939             output to text box</li>
2940           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2941             have incorrect sequence start/end</li>
2942           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2943             Jalview fails</li>
2944           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2945             work for nucleotide</li>
2946           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2947             to a grey/invisible alignment window</li>
2948           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2949             imports to different position</li>
2950           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2951             on some platforms</li>
2952           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2953             populated</li>
2954           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2955             console if Chimera has been opened</li>
2956           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2957           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2958             retrieved</li>
2959           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2960           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2961             either sequence shows on first structure</li>
2962           <li>'Show annotations' options should not make
2963             non-positional annotations visible</li>
2964           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2965             in right place after 'view flanking regions'</li>
2966           <li>File Save As type unset when current file format is
2967             unknown</li>
2968           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2969             projects</li>
2970           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2971             responsive</li>
2972           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2973             several views on same alignment</li>
2974           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2975           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2976             spaces</li>
2977         </ul> <em>Applet</em>
2978         <ul>
2979           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2980           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2981             descriptions containing angle brackets</li>
2982         </ul> <em>General</em>
2983         <ul>
2984           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2985             via jalview annotation file</li>
2986           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2987             with RNA secondary structure</li>
2988           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2989             translation doesn't work.</li>
2990           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2991           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2992             positions</li>
2993           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2994             choosing 1pt font</li>
2995           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2996             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2997             'h'</li>
2998           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2999             new feature</li>
3000           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3001             order dependent</li>
3002           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3003             sequences</li>
3004           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3005         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3006         <ul>
3007           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3008             www.jalview.org</li>
3009         </ul> <em>Application Known issues</em>
3010         <ul>
3011           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3012           <li>Misleading message appears after trying to delete
3013             solid column.</li>
3014           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3015             version launches</li>
3016           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3017             fails with a sequence mismatch</li>
3018           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3019             scrolling alignment to right</li>
3020           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3021             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3022           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3023             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3024           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3025             ultra-high resolution</li>
3026           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3027             quality and conservation</li>
3028           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3029             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3030         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3031         <ul>
3032           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3033           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3034             window is being resized</li>
3035
3036         </ul>
3037       </td>
3038     </tr>
3039     <tr>
3040       <td><div align="center">
3041           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3042         </div></td>
3043       <td><em>General</em>
3044         <ul>
3045           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3046             Certum.PL.</li>
3047           <li>Features and annotation preserved when performing
3048             pairwise alignment</li>
3049           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3050             imported/exported/displayed</li>
3051           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3052             protein secondary structure</li>
3053           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3054               post-hoc with 2.9 release</em>)
3055           </li>
3056
3057         </ul> <em>Application</em>
3058         <ul>
3059           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3060             with 3D structures</li>
3061           <li>Support for parsing RNAML</li>
3062           <li>Annotations menu for layout
3063             <ul>
3064               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3065               <li>place sequence annotation above/below alignment
3066                 annotation</li>
3067             </ul>
3068           <li>Output in Stockholm format</li>
3069           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3070             translation</li>
3071           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3072           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3073             shared between alignments</li>
3074           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3075             Jalview</li>
3076           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3077             all or current selection</li>
3078           <li>disorder and secondary structure predictions
3079             available as dataset annotation</li>
3080           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3081
3082
3083           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3084             alignments from Rfam</li>
3085           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3086
3087           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3088             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3089           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3090           <li>include installation type in build properties and
3091             console log output</li>
3092           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3093             annotation</li>
3094         </ul></td>
3095       <td>
3096         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3097         <ul>
3098           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3099             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3100           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3101             alignment</li>
3102           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3103           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3104           <li>Double click on sequence associated annotation
3105             selects only first column</li>
3106           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3107             leaves shown in tree</li>
3108           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3109             properly</li>
3110           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3111           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3112             screen and buttons not visible</li>
3113           <li>author list isn't updated if already written to
3114             Jalview properties</li>
3115           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3116             from database</li>
3117           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3118           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3119             browser search window</li>
3120           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3121             in feature settings dialog</li>
3122           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3123             desktop</li>
3124           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3125             pass validation</li>
3126           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3127             fit on screen</li>
3128           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3129             tooltip</li>
3130           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3131             defined user preset</li>
3132           <li>MSA web services warns user if they were launched
3133             with invalid input</li>
3134           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3135             Java 8</li>
3136           <li>
3137             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3138             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3139             created
3140           </li>
3141
3142         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3143         <ul>
3144         </ul> <em>General</em>
3145         <ul>
3146         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3147         <ul>
3148           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3149             memory allocation</li>
3150           <li>launchApp service doesn't automatically open
3151             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3152           <li>
3153             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3154             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3155             1.7_055 is available
3156           </li>
3157         </ul> <em>Application Known issues</em>
3158         <ul>
3159           <li>
3160             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3161             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3162             alignment to right
3163           </li>
3164           <li>
3165             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3166             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3167             with large number of ID
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3171             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3172             start/end
3173           </li>
3174           <li>
3175             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3176             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3177             structure tracks are rearranged
3178           </li>
3179           <li>
3180             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3181             invalid rna structure positional highlighting does not
3182             highlight position of invalid base pairs
3183           </li>
3184           <li>
3185             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3186             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3187             project from alignment window file menu
3188           </li>
3189           <li>
3190             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3191             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3192             structures
3193           </li>
3194           <li>
3195             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3196             colour by RNA Helices not enabled when user created
3197             annotation added to alignment
3198           </li>
3199           <li>
3200             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3201             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3202           </li>
3203         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3204         <ul>
3205           <li>
3206             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3207             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3208           </li>
3209           <li>
3210             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3211             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3212           </li>
3213
3214           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3215             when selected</li>
3216         </ul>
3217       </td>
3218     </tr>
3219     <tr>
3220       <td><div align="center">
3221           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3222         </div></td>
3223       <td>
3224         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3225         <em>General</em>
3226         <ul>
3227           <li>Internationalisation of user interface (usually
3228             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3229           <li>Define/Undefine group on current selection with
3230             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3231           <li>Improved group creation/removal options in
3232             alignment/sequence Popup menu</li>
3233           <li>Sensible precision for symbol distribution
3234             percentages shown in logo tooltip.</li>
3235           <li>Annotation panel height set according to amount of
3236             annotation when alignment first opened</li>
3237         </ul> <em>Application</em>
3238         <ul>
3239           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3240             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3241           <li>Select columns containing particular features from
3242             Feature Settings dialog</li>
3243           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3244             sequences</li>
3245           <li>Update Jalview project format:
3246             <ul>
3247               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3248               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3249                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3250               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3251                 colouring</li>
3252             </ul>
3253           </li>
3254           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3255             (PAM250)</li>
3256           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3257             flanking regions for an alignment</li>
3258         </ul>
3259       </td>
3260       <td>
3261         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3262         <ul>
3263           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3264             running after job is cancelled</li>
3265           <li>cannot export features from alignments imported from
3266             Jalview/VAMSAS projects</li>
3267           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3268             float values</li>
3269           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3270             have 'display all symbols' flag set</li>
3271           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3272             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3273           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3274             Jalview</li>
3275           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3276             Lion/Webstart</li>
3277           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3278           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3279           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3280             alignment onto desktop</li>
3281           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3282             'extract scores' function</li>
3283           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3284             alignment window</li>
3285           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3286             performing IUPred disorder prediction</li>
3287           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3288             changing 'normalise logo' display setting</li>
3289           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3290             nothing matches query</li>
3291           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3292             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3293           </li>
3294           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3295             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3296           </li>
3297           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3298             Jalview's menu</li>
3299           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3300             'invalid literal/length code'</li>
3301           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3302             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3303           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3304             colourscheme</li>
3305
3306         </ul> <em>Applet</em>
3307         <ul>
3308           <li>Remove group option is shown even when selection is
3309             not a group</li>
3310           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3311             don't affect groups</li>
3312           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3313             colourscheme name</li>
3314           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3315             Annotation panel is not displayed</li>
3316           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3317             embedded windows</li>
3318         </ul> <em>Other</em>
3319         <ul>
3320           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3321             single sequence were not calculated</li>
3322           <li>annotation files that contain only groups imported as
3323             annotation and junk sequences</li>
3324           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3325             recognised as PFAM or BLC</li>
3326           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3327             doesn't affect background (2.8.0b1)
3328           <li></li>
3329           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3330           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3331             trailing gaps</li>
3332           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3333             registered correctly on import</li>
3334           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3335             certain alignments</li>
3336           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3337             existing annotation based 'use original colours'
3338             colourscheme loses original colours setting</li>
3339         </ul>
3340       </td>
3341     </tr>
3342     <tr>
3343       <td><div align="center">
3344           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3345             <em>30/1/2014</em></strong>
3346         </div></td>
3347       <td>
3348         <ul>
3349           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3350             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3351             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3352             open source project).
3353           </li>
3354           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3355           <li>Output in Stockholm format</li>
3356           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3357           <li>Export/import group and sequence associated line
3358             graph thresholds</li>
3359           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3360             ambiguity codes</li>
3361           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3362             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3363             works</li>
3364           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3365         </ul> <em>Other improvements</em>
3366         <ul>
3367           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3368           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3369             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3370           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3371             files</li>
3372           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3373           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3374             link but no description</li>
3375           <li>Select primary source when selecting authority in
3376             database fetcher GUI</li>
3377           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3378             Jalview</li>
3379           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3385             displayed</li>
3386           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3387             secondary structure annotation line</li>
3388           <li>Sequence database accessions not imported when
3389             fetching alignments from Rfam</li>
3390           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3391             identical IDs</li>
3392           <li>View all structures does not always superpose
3393             structures</li>
3394           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3395             reflect user or preset settings</li>
3396           <li>Null pointer exceptions for some services without
3397             presets or adjustable parameters</li>
3398           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3399             discover PDB xRefs</li>
3400           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3401             features with DAS</li>
3402           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3403             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3404           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3405             residue follows a gap</li>
3406           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3407             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3408           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3409             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3410           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3411             annotation already exists on alignment</li>
3412           <li>oninit javascript function should be called after
3413             initialisation completes</li>
3414           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3415             alignment window display</li>
3416           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3417           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3418             to annotation file</li>
3419           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3420             groups created</li>
3421           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3422             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3423           <li>Pressing return several times causes Number Format
3424             exceptions in keyboard mode</li>
3425           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3426             correct partitions for input data</li>
3427           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3428           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3429           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3430           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3431             mode</li>
3432           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3433             changes one row&#39;s threshold</li>
3434           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3435             doesn&#39;t open</li>
3436           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3437             quality histograms</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440     </tr>
3441     <tr>
3442       <td><div align="center">
3443           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3444         </div></td>
3445       <td><em>Application</em>
3446         <ul>
3447           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3448             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3449           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3450             preferences</li>
3451           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3452             in Jalview alignment window</li>
3453           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3454             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3455           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3456             RNA and ambiguity codes</li>
3457
3458           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3459           <li>Support fetching and database reference look up
3460             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3461             refs')</li>
3462           <li>Jalview project improvements
3463             <ul>
3464               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3465                 flag for annotation</li>
3466               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3467                 alignment</li>
3468               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3469                 Jalview project</li>
3470
3471             </ul>
3472           </li>
3473           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3474           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3475             running</li>
3476           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3477           <li>visual indication that web service results are still
3478             being retrieved from server</li>
3479           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3480             starts up for first time</li>
3481           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3482             services</li>
3483           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3484             client library</li>
3485           <li>Examples directory and Groovy library included in
3486             InstallAnywhere distribution</li>
3487         </ul> <em>Applet</em>
3488         <ul>
3489           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3490             visualization applet example</li>
3491         </ul> <em>General</em>
3492         <ul>
3493           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3494           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3495             defaults</li>
3496           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3497             calculation</li>
3498           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3499             matrices
3500           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3501             in HTML</li>
3502           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3503             structure contacts</li>
3504           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3505           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3506           <li>Parse sequence associated secondary structure
3507             information in Stockholm files</li>
3508           <li>HTML Export database accessions and annotation
3509             information presented in tooltip for sequences</li>
3510           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3511             style RNA alignment files</li>
3512           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3513             alignment</li>
3514           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3515             shade each sequence according to its associated alignment
3516             annotation</li>
3517           <li>New Jalview Logo</li>
3518         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3519         <ul>
3520           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3521           <li>New Website!</li>
3522         </ul></td>
3523       <td><em>Application</em>
3524         <ul>
3525           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3526             wsdbfetch REST service</li>
3527           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3528           <li>Filetype associations not installed for webstart
3529             launch</li>
3530           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3531             job execution in full once it is complete</li>
3532           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3533             uploaded via ali_file parameter</li>
3534           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3535           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3536           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3537             submitted for prediction</li>
3538           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3539             desktop window</li>
3540           <li>Putting fractional value into integer text box in
3541             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3542           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3543             windows 7</li>
3544           <li>View all structures fails with exception shown in
3545             structure view</li>
3546           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3547             escaped in a platform independent way</li>
3548           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3549             using proxy</li>
3550           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3551             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3552           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3553             failure when java web start temporary file caching is
3554             disabled</li>
3555           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3556             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3557           <li>Errors during processing of command line arguments
3558             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3559           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3560             DAS sources in sequence fetcher</li>
3561           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3562             dialog is shown</li>
3563           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3564           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3565           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3566           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3567             on OSX Mountain Lion</li>
3568           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3569             sequences with alignment annotation are pasted into the
3570             alignment</li>
3571           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3572             when loaded from Jalview project</li>
3573           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3574           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3575             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3576           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3577             associated with all views</li>
3578           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3579             annotation rows to new window</li>
3580         </ul> <em>Applet</em>
3581         <ul>
3582           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3583             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3584           <li>loading features via javascript API automatically
3585             enables feature display</li>
3586           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3587             work</li>
3588         </ul> <em>General</em>
3589         <ul>
3590           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3591           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3592             and then deselected</li>
3593           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3594           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3595             coloured with clustalx</li>
3596           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3597             exceptions and redraw errors</li>
3598           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3599             reconfigured view</li>
3600           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3601             colour</li>
3602           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3603             for lots of labels</li>
3604         </ul>
3605     </tr>
3606     <tr>
3607       <td>
3608         <div align="center">
3609           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3610         </div>
3611       </td>
3612       <td><em>Application</em>
3613         <ul>
3614           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3615           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3616           <li>View/alignment association menu to enable user to
3617             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3618             its colours/correspondences from</li>
3619           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3620           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3621             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3622           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3623           <li>Annotation row column label formatting attributes
3624             stored in project file</li>
3625           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3626             rows preserved in Jalview project file</li>
3627           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3628             saved using Desktop window menu</li>
3629           <li>Visual indication that command line arguments are
3630             still being processed</li>
3631           <li>Groovy script execution from URL</li>
3632           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3633             preferences</li>
3634           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3635             alignment with sequences that have high similarity and
3636             matching IDs</li>
3637           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3638           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3639             structures in same window</li>
3640           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3641           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3642             analysis function in its own submenu</li>
3643         </ul> <em>Applet</em>
3644         <ul>
3645           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3646             groups</li>
3647           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3648           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3649           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3650           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3651           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3652             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3653           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3654           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3655             parameters are treated as such</li>
3656           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3657             <ul>
3658               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3659               <li>Javascript callbacks for
3660                 <ul>
3661                   <li>Applet initialisation</li>
3662                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3663                 </ul>
3664               </li>
3665               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3666                 functions</li>
3667               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3668               <li>javascript structure viewer harness to pass
3669                 messages between Jmol and Jalview when running as
3670                 distinct applets</li>
3671               <li>sortBy method</li>
3672               <li>Set of applet and application examples shipped
3673                 with documentation</li>
3674               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3675                 javascript message exchange</li>
3676             </ul>
3677         </ul> <em>General</em>
3678         <ul>
3679           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3680             multiple alignments</li>
3681           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3682           <li>User configurable link to enable redirects to a
3683             www.Jalview.org mirror</li>
3684           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3685           <li>Configurable newline string when writing alignment
3686             and other flat files</li>
3687           <li>Allow alignment annotation description lines to
3688             contain html tags</li>
3689         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3690         <ul>
3691           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3692             examples</li>
3693           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3694             using a web service before displaying the result in the
3695             Jalview desktop</li>
3696           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3697           <li>Ant target to publish example html files with applet
3698             archive</li>
3699           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3700           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3701         </ul></td>
3702       <td><em>Application</em>
3703         <ul>
3704           <li>User defined colourscheme throws exception when
3705             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3706           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3707             dialog for valid filename/format</li>
3708           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3709           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3710             P37173</li>
3711           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3712             which sequence is to be associated with the file</li>
3713           <li>Find All raises null pointer exception when query
3714             only matches sequence IDs</li>
3715           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3716           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3717             2.4 cannot be loaded</li>
3718           <li>Filetype associations not installed for webstart
3719             launch</li>
3720           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3721             with sequences in different alignments do not get coloured
3722             by their associated sequence</li>
3723           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3724             not preserved when project is loaded</li>
3725           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3726             stored in Jalview project</li>
3727           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3728             Jalview project</li>
3729           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3730           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3731             by conservation</li>
3732           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3733             created on new view</li>
3734           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3735             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3736           <li>Alignment quality not updated after alignment
3737             annotation row is hidden then shown</li>
3738           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3739             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3740           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3741             properly</li>
3742           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3743             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3744           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3745           <li>Structures imported from file and saved in project
3746             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3747           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3748             job execution in full once it is complete</li>
3749         </ul> <em>Applet</em>
3750         <ul>
3751           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3752             annotation rows are displayed</li>
3753           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3754             codebase</li>
3755           <li>View follows highlighting does not work for positions
3756             in sequences</li>
3757           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3758           <li>Export features raises exception when no features
3759             exist</li>
3760           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3761             for javascript api is modified when separator string
3762             provided as parameter</li>
3763           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3764             alignment with no existing selection</li>
3765           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3766             to applet&#39;s codebase</li>
3767           <li>Status bar not updated after finished searching and
3768             search wraps around to first result</li>
3769           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3770             several Jalview applets causes race conditions and memory
3771             leaks</li>
3772           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3773             not sent from Jmol in applet</li>
3774           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3775             applet API fatally hang browser</li>
3776         </ul> <em>General</em>
3777         <ul>
3778           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3779             position with wrapped view and hidden regions</li>
3780           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3781             with/without hidden columns</li>
3782           <li>Sequence length given in alignment properties window
3783             is off by 1</li>
3784           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3785             import PDB like structure files</li>
3786           <li>Positional search results are only highlighted
3787             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3788           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3789           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3790             given sequence position</li>
3791           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3792             output</li>
3793           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3794             from nucleotide chains correctly</li>
3795           <li>Structure colours not updated when tree partition
3796             changed in alignment</li>
3797           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3798             parsed in interleaved stockholm</li>
3799           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3800             state</li>
3801           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3802             properly</li>
3803           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3804             properly associated with their pdb files</li>
3805         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3806         <ul>
3807           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3808             ApplyCopyright tool</li>
3809         </ul></td>
3810     </tr>
3811     <tr>
3812       <td>
3813         <div align="center">
3814           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3815         </div>
3816       </td>
3817       <td><em>Application</em>
3818         <ul>
3819           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3820             contact web services</li>
3821           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3822             service job window</li>
3823           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3824         </ul></td>
3825       <td>
3826         <ul>
3827           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3828             pir file emitted by Jalview</li>
3829           <li>Existing feature settings transferred to new
3830             alignment view created from cut'n'paste</li>
3831           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3832             parsing PDB files</li>
3833           <li>Consensus and conservation annotation rows
3834             occasionally become blank for all new windows</li>
3835           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3836             in wrapped view mode</li>
3837         </ul> <em>Application</em>
3838         <ul>
3839           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3840             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3841           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3842             parameter names</li>
3843           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3844             is down</li>
3845         </ul>
3846       </td>
3847     </tr>
3848     <tr>
3849       <td>
3850         <div align="center">
3851           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3852         </div>
3853       </td>
3854       <td><em>Application</em>
3855         <ul>
3856           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3857             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3858             (JABAWS)
3859           </li>
3860           <li>Web Services preference tab</li>
3861           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3862             preferences</li>
3863           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3864           <li>Superpose structures using associated sequence
3865             alignment</li>
3866           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3867             viewer</li>
3868         </ul> <em>Applet</em>
3869         <ul>
3870           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3871             link out mechanism</li>
3872         </ul> <em>Other</em>
3873         <ul>
3874           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3875             series 12</li>
3876           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3877             require Java 1.5</li>
3878           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3879             sequence annotation files</li>
3880           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3881             type colour specification</li>
3882           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3883             script to check if it being run in an interactive session or
3884             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3885         </ul></td>
3886       <td>
3887         <ul>
3888           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3889             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3890         </ul> <em>Application</em>
3891         <ul>
3892           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3893             selected Regions menu item</li>
3894           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3895             part of a valid accession ID</li>
3896           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3897             runs out of memory</li>
3898           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3899             analysis results</li>
3900           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3901             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3902           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3903         </ul> <em>Applet</em>
3904         <ul>
3905           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3906             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3907             defined.</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td></td>
3918       <td>
3919         <ul>
3920           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3921             sequence IDs</li>
3922           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3923             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3924           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3925             import correctly</li>
3926           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3927             number of columns are hidden</li>
3928           <li>annotation label popup menu not providing correct
3929             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3930             present</li>
3931           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3932             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3933           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3934             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3935
3936         </ul> <em>Applet</em>
3937         <ul>
3938           <li>annotation panel disappears when annotation is
3939             hidden/removed</li>
3940         </ul> <em>Application</em>
3941         <ul>
3942           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3943             alignment opened where annotation panel is visible but no
3944             annotations are present on alignment</li>
3945           <li>pasted region containing hidden columns is
3946             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3947           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3948             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3949           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3950             selected Rregions menu item.</li>
3951           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3952             'Un' or 'Non'conserved</li>
3953           <li>Sequence feature settings are being shared by
3954             multiple distinct alignments</li>
3955           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3956             changed</li>
3957           <li>double click on group annotation to select sequences
3958             does not propagate to associated trees</li>
3959           <li>Mac OSX specific issues:
3960             <ul>
3961               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3962                 window background</li>
3963               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3964                 name set correctly</li>
3965               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3966                 save feature colourscheme button</li>
3967             </ul>
3968           </li>
3969         </ul>
3970       </td>
3971     </tr>
3972     <tr>
3973
3974       <td>
3975         <div align="center">
3976           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3977         </div>
3978       </td>
3979       <td><em>New Capabilities</em>
3980         <ul>
3981           <li>URL links generated from description line for
3982             regular-expression based URL links (applet and application)
3983
3984           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3985             menu</li>
3986           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3987             structures</li>
3988           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3989             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3990           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3991             average score or total feature count for each sequence.</li>
3992           <li>Shading features by score or associated description</li>
3993           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3994             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3995           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3996             hide everything but the currently selected region.</li>
3997           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3998         </ul> <em>Application</em>
3999         <ul>
4000           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4001             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4002           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4003             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4004           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4005             database references and protein_name is parsed as
4006             description line (BioSapiens terms).</li>
4007           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4008             references in sequence ID tooltip from View menu in
4009             application.</li>
4010           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4011       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4012           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4013             conservation plots</li>
4014           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4015             and visualized as sequence logos</li>
4016           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4017             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4018           </li>
4019           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4020             when a new tree is opened.</li>
4021           <li>Jalview Java Console</li>
4022           <li>Better placement of desktop window when moving
4023             between different screens.</li>
4024           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4025             consensus annotation</li>
4026           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4027             Workflows</li>
4028           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4029             <ul>
4030               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4031                 used to preserve views, structures, and tree display
4032                 settings)</li>
4033               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4034                 command line</li>
4035               <li>Sharing of selected regions between views and
4036                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4037               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4038             </ul></li>
4039         </ul> <em>Applet</em>
4040         <ul>
4041           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4042           <li>New Parameters
4043             <ul>
4044               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4045                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4046                 opened.</li>
4047               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4048                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4049               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4050                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4051               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4052                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4053                 view</li>
4054               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4055                 increase the height or width of a cell in the alignment
4056                 grid relative to the current font size.</li>
4057             </ul>
4058           </li>
4059           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4060             tooltip</li>
4061         </ul> <em>Other</em>
4062         <ul>
4063           <li>Features format: graduated colour definitions and
4064             specification of feature scores</li>
4065           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4066             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4067             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4068           <li>XML formats extended to support graduated feature
4069             colourschemes, group associated annotation, and profile
4070             visualization settings.</li></td>
4071       <td>
4072         <ul>
4073           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4074             rather than description</li>
4075           <li>Non-positional features are now included in sequence
4076             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4077             visibility in tooltip).</li>
4078           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4079           <li>Added URL embedding instructions to features file
4080             documentation.</li>
4081           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4082             'X' in peptide product</li>
4083           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4084             sequence ID and sequence string and query strings do not
4085             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4086           <li>AMSA files only contain first column of
4087             multi-character column annotation labels</li>
4088           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4089             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4090             exported and re-imported)</li>
4091           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4092             name</li>
4093           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4094             as subsequence matches, and correctly reports total number
4095             of both.</li>
4096           <li>Application:
4097             <ul>
4098               <li>Better handling of exceptions during sequence
4099                 retrieval</li>
4100               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4101                 link text excludes the start_end suffix</li>
4102               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4103                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4104               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4105               <li>Sequence description lines properly shared via
4106                 VAMSAS</li>
4107               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4108                 data sources</li>
4109               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4110                 completes before alignment figures are generated.</li>
4111               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4112                 first time.</li>
4113               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4114                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4115               <li>User defined group colours properly recovered
4116                 from Jalview projects.</li>
4117             </ul>
4118           </li>
4119         </ul>
4120       </td>
4121
4122     </tr>
4123     <tr>
4124       <td>
4125         <div align="center">
4126           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4127         </div>
4128       </td>
4129       <td>
4130         <ul>
4131           <li>Experimental support for google analytics usage
4132             tracking.</li>
4133           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4134         </ul>
4135       </td>
4136       <td>
4137         <ul>
4138           <li>Race condition in applet preventing startup in
4139             jre1.6.0u12+.</li>
4140           <li>Exception when feature created from selection beyond
4141             length of sequence.</li>
4142           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4143           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4144             all sequences with a given id</li>
4145           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4146             ID string searches</li>
4147           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4148             alignment to fail with exception</li>
4149         </ul> <em>Application Issues</em>
4150         <ul>
4151           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4152           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4153             data sources</li>
4154         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4155         <ul>
4156           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4157             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4158           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4159             version (java class versioning error fixed)</li>
4160         </ul>
4161       </td>
4162     </tr>
4163     <tr>
4164       <td>
4165
4166         <div align="center">
4167           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4168         </div>
4169       </td>
4170       <td><em>User Interface</em>
4171         <ul>
4172           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4173             translation and protein products</li>
4174           <li>Linked highlighting of structure associated with
4175             residue mapping to codon position</li>
4176           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4177             and 'clear' button</li>
4178           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4179             Tools menu</li>
4180           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4181             numeric data in description line</li>
4182           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4183           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4184             of sequence</li>
4185         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4186         <ul>
4187           <li>JPred3 web service</li>
4188           <li>Prototype sequence search client (no public services
4189             available yet)</li>
4190           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4191             PFAM</li>
4192           <li>URL Links created for matching database cross
4193             references as well as sequence ID</li>
4194           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4195         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4196         <ul>
4197           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4198             databases</li>
4199           <li>Generalised database reference retrieval and
4200             validation to all fetchable databases</li>
4201           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4202             sequence command</li>
4203         </ul> <em>Import and Export</em>
4204         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4205         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4206           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4207         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4208           File</li>
4209         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4210           triplet as name of colourscheme</li>
4211         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4212         <ul>
4213           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4214           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4215             alignments (experimental)</li>
4216           <li>Create new or select existing session to join</li>
4217           <li>load and save of vamsas documents</li>
4218         </ul> <em>Application command line</em>
4219         <ul>
4220           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4221             from applet)</li>
4222           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4223             of DAS servers to query for alignment features</li>
4224           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4225             that are also automatically queried for features</li>
4226           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4227             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4228         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4229         <ul>
4230           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4231             application (when using &quot;View in full
4232             application&quot;)</li>
4233         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4234         <ul>
4235           <li>feature group display control parameter</li>
4236           <li>debug parameter</li>
4237           <li>showbutton parameter</li>
4238         </ul> <em>Applet API methods</em>
4239         <ul>
4240           <li>newView public method</li>
4241           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4242           <li>Feature display control methods</li>
4243           <li>get list of currently selected sequences</li>
4244         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4245         <ul>
4246           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4247           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4248             Jalview release.</li>
4249           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4250             property controls execution of obfuscator</li>
4251           <li>Build target for generating source distribution</li>
4252           <li>Debug flag for javacc</li>
4253           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4254             jalview.bin.Cache</li>
4255           <li>Continuous Build Integration for stable and
4256             development version of Application, Applet and source
4257             distribution</li>
4258         </ul></td>
4259       <td>
4260         <ul>
4261           <li>selected region output includes visible annotations
4262             (for certain formats)</li>
4263           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4264             for editing</li>
4265           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4266           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4267           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4268           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4269             comments</li>
4270           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4271             filenames containing a ':'</li>
4272           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4273             global sequence features</li>
4274           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4275             references from alignment sequences goes to zero</li>
4276           <li>Close of tree branch colour box without colour
4277             selection causes cascading exceptions</li>
4278           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4279           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4280             file parsing fails.</li>
4281           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4282           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4283             not a valid output format</li>
4284           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4285             vamsas</li>
4286           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4287           <li>error messages passed up and output when data read
4288             fails</li>
4289           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4290             sequence is edited</li>
4291           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4292             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4293           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4294             filetype</li>
4295           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4296             import fixed for PFAM records</li>
4297           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4298             window list</li>
4299           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4300             can be read and written correctly to annotation file</li>
4301           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4302             correctly</li>
4303           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4304             non-italic font for representatives in Applet</li>
4305           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4306             Macs.</li>
4307           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4308             Applet)</li>
4309           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4310             due to null pointer exceptions</li>
4311           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4312             first column of alignment</li>
4313           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4314             July 2008</li>
4315           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4316             file is case-insensitive</li>
4317           <li>Sequence features read from Features file appended to
4318             all sequences with matching IDs</li>
4319           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4320             containing a sub-sequence</li>
4321           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4322           <li>feature and annotation file applet parameters
4323             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4324           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4325           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4326             splash-screen version check to complete</li>
4327           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4328             when passing them to the launchApp service</li>
4329           <li>display name and local features preserved in results
4330             retrieved from web service</li>
4331           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4332             sequence fetcher initialisation</li>
4333           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4334             dasobert DAS client</li>
4335           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4336             association</li>
4337           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4338             sequences
4339           </li>
4340         </ul>
4341       </td>
4342     </tr>
4343     <tr>
4344       <td>
4345         <div align="center">
4346           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4347         </div>
4348       </td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4352           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4353           <li>Slide sequences</li>
4354           <li>Edit sequence in place</li>
4355           <li>EMBL CDS features</li>
4356           <li>DAS Feature mapping</li>
4357           <li>Feature ordering</li>
4358           <li>Alignment Properties</li>
4359           <li>Annotation Scores</li>
4360           <li>Sort by scores</li>
4361           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4362         </ul>
4363       </td>
4364       <td>
4365         <ul>
4366           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4367           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4368           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4369           <li>Feature group display state in XML</li>
4370           <li>Feature ordering in XML</li>
4371           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4372           <li>Stockholm alignment properties</li>
4373           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4374           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4375           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4376           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4377         </ul>
4378       </td>
4379
4380     </tr>
4381     <tr>
4382       <td>
4383         <div align="center">
4384           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4385         </div>
4386       </td>
4387       <td>
4388         <ul>
4389           <li>Non standard characters can be read and displayed
4390           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4391             applet via textbox
4392           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4393             name &amp; description
4394           <li>Preference setting to display sequence name in
4395             italics
4396           <li>Annotation file format extended to allow
4397             Sequence_groups to be defined
4398           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4399             specified in preferences
4400           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4401             sequences
4402         </ul>
4403       </td>
4404       <td>
4405         <ul>
4406           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4407             installed
4408           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4409           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4410         </ul>
4411       </td>
4412     </tr>
4413     <tr>
4414       <td>
4415         <div align="center">
4416           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4417         </div>
4418       </td>
4419       <td>
4420         <ul>
4421           <li>Multiple views on alignment
4422           <li>Sequence feature editing
4423           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4424           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4425           <li>Background dependent text colour
4426           <li>Right align sequence ids
4427           <li>User-defined lower case residue colours
4428           <li>Format Menu
4429           <li>Select Menu
4430           <li>Menu item accelerator keys
4431           <li>Control-V pastes to current alignment
4432           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4433           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4434           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4435
4436           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4437         </ul>
4438       </td>
4439       <td>
4440         <ul>
4441           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4442           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4443             calculations
4444           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4445             edits
4446           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4447             of alignment)
4448           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4449
4450           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4451             display correctly
4452           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4453           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4454             analysis results
4455           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4456             &#8739;
4457           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4458           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4459           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4460
4461         </ul>
4462       </td>
4463     </tr>
4464     <tr>
4465       <td>
4466         <div align="center">
4467           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4468         </div>
4469       </td>
4470       <td>
4471         <ul>
4472           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4478             sequence id panel has been resized</li>
4479           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4480             rendered</li>
4481           <li>Annotation files with sequence references - all
4482             elements in file are relative to sequence position</li>
4483           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4484         </ul>
4485       </td>
4486     </tr>
4487     <tr>
4488       <td>
4489         <div align="center">
4490           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4491         </div>
4492       </td>
4493       <td>
4494         <ul>
4495           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4496           <li>DAS Feature fetching</li>
4497           <li>Hide sequences and columns</li>
4498           <li>Export Annotations and Features</li>
4499           <li>GFF file reading / writing</li>
4500           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4501             files</li>
4502           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4503           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4504           <li>Applet can launch the full application</li>
4505           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4506             required)</li>
4507           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4508           <li>Applet can load sequences from parameter
4509             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4510           </li>
4511         </ul>
4512       </td>
4513       <td>
4514         <ul>
4515           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4516           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4517           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4518         </ul>
4519       </td>
4520     </tr>
4521     <tr>
4522       <td>
4523         <div align="center">
4524           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4525         </div>
4526       </td>
4527       <td>
4528         <ul>
4529           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4530           <li>Choose to match case when searching</li>
4531           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4532             expand the visible width and height of the alignment</li>
4533         </ul>
4534       </td>
4535       <td>
4536         <ul>
4537           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4538         </ul>
4539       </td>
4540     </tr>
4541     <tr>
4542       <td>
4543         <div align="center">
4544           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4545         </div>
4546       </td>
4547       <td>&nbsp;</td>
4548       <td>
4549         <ul>
4550           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4551           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4552             value</li>
4553         </ul>
4554       </td>
4555     </tr>
4556     <tr>
4557       <td>
4558         <div align="center">
4559           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4560         </div>
4561       </td>
4562       <td>
4563         <ul>
4564           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4565           <li>Keyboard editing</li>
4566           <li>Create sequence features from searches</li>
4567           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4568             alignments</li>
4569           <li>Features file allows grouping of features</li>
4570           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4571           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4572           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4573         </ul>
4574       </td>
4575       <td>
4576         <ul>
4577           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4578           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4579             descriptions saved.</li>
4580         </ul>
4581       </td>
4582     </tr>
4583     <tr>
4584       <td>
4585         <div align="center">
4586           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4587         </div>
4588       </td>
4589       <td>
4590         <ul>
4591           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4592           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4593           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4594             name for file output</li>
4595           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4596           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4597             used for HTML form input</li>
4598         </ul>
4599       </td>
4600       <td>
4601         <ul>
4602           <li>HTML output writes groups and features</li>
4603           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4604           <li>File IO bugs</li>
4605         </ul>
4606       </td>
4607     </tr>
4608     <tr>
4609       <td>
4610         <div align="center">
4611           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4612         </div>
4613       </td>
4614       <td>
4615         <ul>
4616           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4617           <li>More options for PCA viewer</li>
4618         </ul>
4619       </td>
4620       <td>
4621         <ul>
4622           <li>GUI bugs resolved</li>
4623           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4624         </ul>
4625       </td>
4626     </tr>
4627     <tr>
4628       <td height="63">
4629         <div align="center">
4630           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4631         </div>
4632       </td>
4633       <td>
4634         <ul>
4635           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4636           <li>Jar files are executable</li>
4637           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4638         </ul>
4639       </td>
4640       <td>
4641         <ul>
4642           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4643           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4644           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4645         </ul>
4646       </td>
4647     </tr>
4648     <tr>
4649       <td>
4650         <div align="center">
4651           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4652         </div>
4653       </td>
4654       <td>
4655         <ul>
4656           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4657         </ul>
4658       </td>
4659       <td>
4660         <ul>
4661           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4662         </ul>
4663       </td>
4664     </tr>
4665     <tr>
4666       <td>
4667         <div align="center">
4668           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4669         </div>
4670       </td>
4671       <td>
4672         <ul>
4673           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4674             size</li>
4675         </ul>
4676       </td>
4677       <td>
4678         <ul>
4679           <li>Improved JPred client reliability</li>
4680           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4681         </ul>
4682       </td>
4683     </tr>
4684     <tr>
4685       <td>
4686         <div align="center">
4687           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4688         </div>
4689       </td>
4690       <td>
4691         <ul>
4692           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4693           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4694           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4695             to Colour Menu</li>
4696           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4697           <li>Unix users can set default web browser</li>
4698           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4699           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4700         </ul>
4701       </td>
4702       <td>
4703         <ul>
4704           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4705         </ul>
4706       </td>
4707     </tr>
4708     <tr>
4709       <td>
4710         <div align="center">
4711           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4712         </div>
4713       </td>
4714       <td>&nbsp;</td>
4715       <td>
4716         <ul>
4717           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4718             alignment order.</li>
4719         </ul>
4720       </td>
4721     </tr>
4722     <tr>
4723       <td>
4724         <div align="center">
4725           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4726         </div>
4727       </td>
4728       <td>
4729         <ul>
4730           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4731           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4732           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4733             annotations.</li>
4734           <li>Version and build date written to build properties
4735             file.</li>
4736           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4737             at launch of Jalview.</li>
4738         </ul>
4739       </td>
4740       <td>
4741         <ul>
4742           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4743           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4744           <li>Can remove groups one by one.</li>
4745           <li>Filechooser icons installed.</li>
4746           <li>Finder ignores return character when searching.
4747             Return key will initiate a search.<br>
4748           </li>
4749         </ul>
4750       </td>
4751     </tr>
4752     <tr>
4753       <td>
4754         <div align="center">
4755           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4756         </div>
4757       </td>
4758       <td>
4759         <ul>
4760           <li>New codebase</li>
4761         </ul>
4762       </td>
4763       <td>&nbsp;</td>
4764     </tr>
4765   </table>
4766   <p>&nbsp;</p>
4767 </body>
4768 </html>